JP2003519494A - 病原性生物体の検出法 - Google Patents
病原性生物体の検出法Info
- Publication number
- JP2003519494A JP2003519494A JP2001551236A JP2001551236A JP2003519494A JP 2003519494 A JP2003519494 A JP 2003519494A JP 2001551236 A JP2001551236 A JP 2001551236A JP 2001551236 A JP2001551236 A JP 2001551236A JP 2003519494 A JP2003519494 A JP 2003519494A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- rnase
- rna
- species
- chlamydia
- gene
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 244000052769 pathogen Species 0.000 title claims abstract description 19
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title abstract description 4
- 108090000621 Ribonuclease P Proteins 0.000 claims abstract description 72
- 102000004167 Ribonuclease P Human genes 0.000 claims abstract description 71
- 241000894007 species Species 0.000 claims abstract description 43
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 35
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 27
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 claims abstract description 27
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 claims abstract description 26
- 241000606161 Chlamydia Species 0.000 claims description 44
- 108091027305 Heteroduplex Proteins 0.000 claims description 12
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 9
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 9
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 6
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 6
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 claims description 5
- 108091007491 NSP3 Papain-like protease domains Proteins 0.000 claims description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 3
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 claims description 3
- 239000003596 drug target Substances 0.000 claims description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 claims description 2
- 208000035143 Bacterial infection Diseases 0.000 claims 1
- 208000022362 bacterial infectious disease Diseases 0.000 claims 1
- 238000004513 sizing Methods 0.000 claims 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 abstract description 6
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 abstract description 3
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 45
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 28
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 20
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 18
- 101100305808 Methanosarcina acetivorans (strain ATCC 35395 / DSM 2834 / JCM 12185 / C2A) rnp2 gene Proteins 0.000 description 18
- 201000008827 tuberculosis Diseases 0.000 description 17
- 241000606069 Chlamydiaceae Species 0.000 description 16
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 15
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 13
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 13
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 12
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 10
- 241000224422 Acanthamoeba Species 0.000 description 9
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 8
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 7
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 7
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 6
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 6
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 6
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 5
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 5
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 5
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 5
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 5
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 5
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 5
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 5
- 241001647378 Chlamydia psittaci Species 0.000 description 4
- 241000606153 Chlamydia trachomatis Species 0.000 description 4
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 4
- 241001647368 Simkania negevensis Species 0.000 description 4
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 4
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241001647372 Chlamydia pneumoniae Species 0.000 description 3
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000282324 Felis Species 0.000 description 3
- 241000186367 Mycobacterium avium Species 0.000 description 3
- 241000186364 Mycobacterium intracellulare Species 0.000 description 3
- 241000187480 Mycobacterium smegmatis Species 0.000 description 3
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 3
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 3
- CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L Sodium Carbonate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]C([O-])=O CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 3
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 3
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L magnesium chloride Substances [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 3
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 3
- 238000013081 phylogenetic analysis Methods 0.000 description 3
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 3
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 3
- 108700022487 rRNA Genes Proteins 0.000 description 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 3
- 108091029536 tRNA precursor Proteins 0.000 description 3
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000224489 Amoeba Species 0.000 description 2
- 208000002109 Argyria Diseases 0.000 description 2
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 2
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 2
- 241001647367 Chlamydia muridarum Species 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 241000192125 Firmicutes Species 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 2
- 108091023242 Internal transcribed spacer Proteins 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- 241001657948 Midea Species 0.000 description 2
- 241000204031 Mycoplasma Species 0.000 description 2
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 2
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 2
- SQGYOTSLMSWVJD-UHFFFAOYSA-N silver(1+) nitrate Chemical compound [Ag+].[O-]N(=O)=O SQGYOTSLMSWVJD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- KQLXBKWUVBMXEM-UHFFFAOYSA-N 2-amino-3,7-dihydropurin-6-one;7h-purin-6-amine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1NC=N2.O=C1NC(N)=NC2=C1NC=N2 KQLXBKWUVBMXEM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020005097 23S Ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- 108020005029 5' Flanking Region Proteins 0.000 description 1
- 208000030507 AIDS Diseases 0.000 description 1
- 241000235389 Absidia Species 0.000 description 1
- 241000224423 Acanthamoeba castellanii Species 0.000 description 1
- 241000186361 Actinobacteria <class> Species 0.000 description 1
- 208000031295 Animal disease Diseases 0.000 description 1
- 241000203069 Archaea Species 0.000 description 1
- 241000228212 Aspergillus Species 0.000 description 1
- 241000606125 Bacteroides Species 0.000 description 1
- 241000335423 Blastomyces Species 0.000 description 1
- 241000222120 Candida <Saccharomycetales> Species 0.000 description 1
- 102100033029 Carbonic anhydrase-related protein 11 Human genes 0.000 description 1
- 241001647373 Chlamydia abortus Species 0.000 description 1
- 241001647374 Chlamydia felis Species 0.000 description 1
- 241001647370 Chlamydia suis Species 0.000 description 1
- 241001185363 Chlamydiae Species 0.000 description 1
- 241000223203 Coccidioides Species 0.000 description 1
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- 241001337994 Cryptococcus <scale insect> Species 0.000 description 1
- 241000195493 Cryptophyta Species 0.000 description 1
- 241000192700 Cyanobacteria Species 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 241000192093 Deinococcus Species 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 241000282323 Felidae Species 0.000 description 1
- 241000589565 Flavobacterium Species 0.000 description 1
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150023414 HSP60 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000867841 Homo sapiens Carbonic anhydrase-related protein 11 Proteins 0.000 description 1
- 101001075218 Homo sapiens Gastrokine-1 Proteins 0.000 description 1
- 208000019693 Lung disease Diseases 0.000 description 1
- 101710105759 Major outer membrane porin Proteins 0.000 description 1
- 101710164702 Major outer membrane protein Proteins 0.000 description 1
- 241001467578 Microbacterium Species 0.000 description 1
- 241001314546 Microtis <orchid> Species 0.000 description 1
- 241000041810 Mycetoma Species 0.000 description 1
- 241000186359 Mycobacterium Species 0.000 description 1
- 241000187482 Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis Species 0.000 description 1
- 241000186366 Mycobacterium bovis Species 0.000 description 1
- 241001467552 Mycobacterium bovis BCG Species 0.000 description 1
- 241000187485 Mycobacterium gastri Species 0.000 description 1
- 241000186363 Mycobacterium kansasii Species 0.000 description 1
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 description 1
- 241000187494 Mycobacterium xenopi Species 0.000 description 1
- 241000202952 Mycoplasma fermentans Species 0.000 description 1
- 241001520860 Mycoplasma microti Species 0.000 description 1
- GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N Nitric acid Chemical compound O[N+]([O-])=O GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000699700 Ondatra zibethicus Species 0.000 description 1
- 208000001388 Opportunistic Infections Diseases 0.000 description 1
- 239000008118 PEG 6000 Substances 0.000 description 1
- 241001647379 Parachlamydia Species 0.000 description 1
- 241001647381 Parachlamydia acanthamoebae Species 0.000 description 1
- 241001537205 Paracoccidioides Species 0.000 description 1
- 208000026681 Paratuberculosis Diseases 0.000 description 1
- 244000012838 Phyllodium elegans Species 0.000 description 1
- 229920002584 Polyethylene Glycol 6000 Polymers 0.000 description 1
- 230000007022 RNA scission Effects 0.000 description 1
- 238000012952 Resampling Methods 0.000 description 1
- 101710089766 Ribonuclease P protein component Proteins 0.000 description 1
- 241000831652 Salinivibrio sharmensis Species 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 241000589970 Spirochaetales Species 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 241000589499 Thermus thermophilus Species 0.000 description 1
- 241000223238 Trichophyton Species 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 1
- 238000006555 catalytic reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 229940038705 chlamydia trachomatis Drugs 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- MTHSVFCYNBDYFN-UHFFFAOYSA-N diethylene glycol Chemical compound OCCOCCO MTHSVFCYNBDYFN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000011841 epidemiological investigation Methods 0.000 description 1
- 210000002615 epidermis Anatomy 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 239000008098 formaldehyde solution Substances 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 201000001371 inclusion conjunctivitis Diseases 0.000 description 1
- 244000000056 intracellular parasite Species 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 229910017604 nitric acid Inorganic materials 0.000 description 1
- 101150115693 ompA gene Proteins 0.000 description 1
- 244000045947 parasite Species 0.000 description 1
- 230000007918 pathogenicity Effects 0.000 description 1
- 239000000049 pigment Substances 0.000 description 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 235000011962 puddings Nutrition 0.000 description 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 description 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 1
- 229910001961 silver nitrate Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910000029 sodium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 206010044325 trachoma Diseases 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 241001148471 unidentified anaerobic bacterium Species 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000001325 yolk sac Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Geophysics And Detection Of Objects (AREA)
- Measuring Pulse, Heart Rate, Blood Pressure Or Blood Flow (AREA)
Abstract
Description
間の識別を含んでいる。本方法は特に、従来の方法で検出するには困難な、およ
び/または労力を必要とする病原性生物体による感染を検出および診断するのに
適している。本発明はRNase P RNA遺伝子の特異的変異領域の分析に
依存している。背景技術 RNase Pはすべての生きている細胞に存在する酵素である。それはtR
NA前駆体分子から5’リーダー配列の除去を触媒する。細菌において、RNa
se Pは約400ntの長さのRNA分子(11、28)および小さな(約1
20aa)蛋白質から成っている(33)。細菌門において、RNA部分はイン
ビトロにおいて有効な触媒として機能することが示されており(12);それ故
に、少なくともこれらの生物体において、RNase Pはリボザイムである(
化学反応を触媒しているRNA分子)。細菌RNase P RNAは二つの主
な構造的部類へ分けられている。A型は最も普通の構造的部類であり、およびB
型は低G+Cグラム陽性細菌に見出されている(50)。RNase P RN
Aの二次構造は多くの細菌系列で特徴付けられており、へリックス間の変異は有
用な系統発生的情報を提供する(51)。
い(5)、しかし、属内では遺伝子はかなり類似することがありうる。数百のR
Nase P RNA配列がRNase P RNAデータベースに存在してい
る(http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNase
P/home.html)。
群である。それらはヒトおよび広範囲の動物の寄生生物である。クラミディア科
中の種は最近9つの種を含む、2つの属(クラミディアおよびクラミドフィラ)
に再分類された(43)。加えて、現在、新規の科もまたクラミディア目に属し
ており、それらはパラクラミディア科およびシムカニア科を含んでいる(43)
。パラクラミディア科の菌型種はパラクラミディア アカントアメーバ(Par achlamydia acanthamoebae)(アメーバ アカントア メーバ カステラニ(Acanthamoeba castellani)の共
生生物、およびこのアメーバを獲得した人々にはしばしば病原体)である(34
)。シムカニア ネゲベンシス(Simkania negevensis)も
またヒト感染を起こす(56、57、61)。
り診断道具として有用であることが以前に示されている(13);それ故、この
遺伝子は株識別に有用である可能性がある。配列間の識別はまた、分子のどの部
分が触媒活性に重要であるかのヒントを与え、突然変異および構造研究を補足し
ている。
クテリアである。伝統的診断法は、培養に続いて、臨床試料中の抗酸菌を示すこ
とに依存している。この方法では信頼はおけるが、マイコバクテリウム ツベル クローシス (Mycobacterium tuberculosis)のよう
な増殖が遅い種では十分に大きな集団を形成するのに6から8週間を必要とする
ので時間がかかりすぎる。ここ数年、多くのPCRに基づいた検出アッセイが、
hsp60遺伝子のeg(16)、または16Sおよび23S rRNA遺伝子
間の可変散在性領域(15、24、30)に基づいて開発されており、この傾向
は続いている。M.ツベルクローシスからのRNase P RNA遺伝子配列
(6)、ならびにM.ボビス(bovis) BCGおよびM.レプレ(lep rae )からのものは既知である。M.ボビス配列はM.ツベルクローシスから
のものと同一であるが、一方、M.レプレとは相違している。触媒活性に重要で
あると他の手段により同定されているRNase P RNA中の領域は、マイ
コバクテリア間でほとんど全部が保存されていた。マイクロバクテリアのような
微生物属内の密接な関係は、同一属の種間の識別を非常に困難にまたは不可能に
している。発明の要約 本発明は、マイコバクテリアおよびクラミディアのような、同一属内種間識別
の問題を解決している。さらに、本発明は通常の方法で検出するのが困難なおよ
び/または労力を必要とする病原体を検出する問題を解決している。
めに使用される。従って、病原体には古細菌および真性細菌が含まれる。後者に
は、その基本群として滑走細菌、スピロヘータ、剛性細菌およびマイコプラズマ
が含まれている。剛性細菌には放線菌類および単純単細胞細菌が含まれる。後者
の群は偏性細胞内寄生生物および自由生活細菌から成っている。自由生活変異菌
の中には(1)グラム陽性菌(この中には(a)球菌、(b)非胞子形成杆菌、
(c)胞子形成杆菌、これはさらに偏性好気性菌および偏性嫌気性菌に副分割で
きる、が存在する);および(2)グラム陰性菌(この中には(a)球菌、(b
)らせん形の非腸内杆菌および直杆菌、および(c)通性嫌気性菌、偏性好気性
菌および偏性嫌気性菌を含む腸内杆菌が存在する)が存在する。特異的細菌種は
さらにMedical Microbiology(Brooksら編,第19
版(1991),Prentice−Hall International,
USA)を参照されたい。
その例はコウジカビ、カンジダ、アブシジア、ケカビ、クモノスカビ、クリプト
コッカス、ヒソプラズマ、ブラストミセス、コクシジオイデス、パラコクシジオ
イデス、スポロトリコーシス、色素酵母菌、菌腫、小胞子菌、白癬菌および表皮
菌である。診断される他の病原体は原虫類および藻類に見いだされる。
本発明の目的に特に興味が持たれる:II門の細菌−緑色細菌;III門−デイ
ノバクテリア(テルムス/デイノコッカス);IV門−スピロヘータ;VI門−
グラム陰性嫌気性菌および滑走細菌(バクテロイド/フラボバクテリウム);V
III門−クラミディア;IX門−グラム陽性菌と3つの系列:系列A(“グラ
ム陰性”)、系列B(G+C−リッチ細菌)、系列C(G+C−プア細菌);X
門−シアノバクテリア;XI門−プロテオバクテリアと5つの系列アルファ、ベ
ータ、ガンマ、デルタおよび“E”。
を検出した。 第一の様相において、本発明は種間識別を含んだ、病原性生物体を検出するた
めの方法に関しており、診断標的としてRNase P RNA遺伝子のP3お
よび/またはP19超可変領域を使用することを含んでいる。
び薬剤耐性細菌の拡がりの疫学的調査である。 好適には、該領域はPCR(ポリメラーゼ連鎖反応)によるように増幅され、
および配列決定されるか、または、さもなければ、ヘテロ二重鎖分析、サイズ決
定、RFLP(制限断片長多形)、融点決定などによるようにフィンガープリン
トされる。
に関しており、病原体からのRNase P RNA遺伝子の、超可変領域核酸
の増幅;関連核酸とのヘテロ二重鎖の形成;およびそれらの分析を含んでいる。
リダイゼーション工程および未変性ゲル電気泳動分析から成っている。全過程は
24時間未満で実施できる。
として、RNase P RNA遺伝子中のP3および/またはP19超可変領
域を使用することに関している。発明の詳細な説明 本発明はここで2つの非制限的実施例に関してより詳細に説明されるであろう
。実施例1:マイコバクテリア 材料および方法 細菌株 . 本研究で使用された微生物が下記表1に掲げられている。臨床的株は
各々の供給源地の研究所での16S RNA遺伝子配列決定によりすでに型分け
されている。M.ツベルクローシス、M.ボビス BCGおよびM.レプレのR
Nase P RNA配列はGenBank配列データベースから検索された。
びL78818)に基づき、遺伝子の末端近傍にハイブリダイズするプライマー
対が設計された。フォワードプライマーtbf(5’ CGGATGAGTTG
GCTGGGCGG 3’)およびリバースプライマーtbr(5’ GTTG
GCCTGTAAGCCGGATT 3’)の両方ともM.レプレ配列に対して
1つの誤対合を示している。このプライマー対を使用し、RNase P遺伝子
が試験されたすべてのマイコバクテリアから増幅できた。ほとんどの反応は、染
色体DNAを前もって単離および精製することなく、培養からの未処理マイコバ
クテリアに対して実施された。PCRはRapidcyclerキャピラリーP
CR装置(Idaho technology,Idaho Falls US
A)を使用し、50μlの反応液中で、以下のパラメーターで実施された:94
℃ 10″;50℃ 10″;72℃ 15″。配列決定 . PCR生成物はプライマーを除去するため、1パーセントアガロー
ズゲルで精製された。精製DNAの約1/20が、増幅反応で使用されたものと
同じプライマーを用い、自動化配列決定に使用された。配列決定はApplie
d Biosystemsモデル310キャピラリーシークエンサーで実施され
た。ヘテロ二重鎖分析 . RNase P P3ループ領域のヘテロ二重鎖分析のた
め、約250bpの生成物を与えるオリゴヌクレオチドtbfおよび(5’ C
TTGCTTGCCCTCCCTTTGCC 3’)でDNAが増幅された(5
0μl反応液)。生成物はゲル精製され、生成物の約1/10が各々の分析に使
用された。DNAは等量のM.ツベルクローシスからのDNAと混合し、95℃
で1’加熱し、室温まで放置して冷却した。生成物は15mAで14時間の10
パーセント未変性ポリアクリルアミドゲルで分離された。バンドは銀染色で可視
化された。DNAゲルの銀染色 . ゲルは10パーセントエタノール中で5”固定し、1パ
ーセント硝酸中で5”インキュベートした。染色は硝酸銀の1mg/ml溶液中
で30”であった。バンドは炭酸ナトリウム/ホルムアルデヒド溶液(15gの
無水炭酸ナトリウムおよび300μlの37パーセントホルムアミドを500m
lの水に)中、明瞭に見えるようになるまで発色させた。反応は10パーセント
酢酸で停止した。結果 実施例1の結果は付随する図、図1−5と連携して以下に示されている。
Nase P RNA遺伝子のPCR増幅において、各々の反応でマイコバクテ
リア種に依存して387(M.セラツム(celatum))から428(M. ツベルクローシス )bpの範囲の単一断片が得られた。
胞を使用し、試験されたすべてのマイコバクテリアからRNase P RNA
遺伝子を増幅することが可能であった。前もっての染色体DNA精製は必要では
なかった。
されたヌクレオチド配列を示したが、3つの主要な領域は除かれ、そこでは類似
性が壊れおよび適切なアラインメントが不可能であった。遺伝子全体の類似性は
80から85パーセントの間であった。しかしながら、これは非常に情報を与え
る図ではない、よく保存されている領域内の類似性は100パーセントに近いの
に、一方、分岐進化領域は整列させるにはあまりにも似ていない。
すれば(図2)、ほとんどの相違がどのように、ステム−ループ構造の末端に属
している領域内に置かれているのかをはっきり見ることができる。主な分岐進化
領域はP3、P16およびP19ループである。加えて、M.スメグマチス(s megmatis )およびM.フォルツイツム(fortuitum)中のP1
2ループには、このループのいくつかの不対ヌクレオチドから成る欠失が存在す
る。主な種間相違はP3およびP19ループ内に存在している。
いくつかの密接に関連した種がRNase P RNA配列に基づいて識別でき
た。MAI複合体M.アビウム(avium)およびM.イントラセルラレ(i ntracellulare )のメンバーは、M.アビウムのP19ループ中の
欠失を含んでいくつかの位置が異なっている(図2)。M.パラツベルクローシ ス (paratuberculosis)およびM.アビウムはRNase P RNA遺伝子配列に基づいては区別できなかった。
列決定したが、公表されているM.ツベルクローシス配列(6)からの変異は検
出されなかった。従って、この群のメンバーはRNase P RNA遺伝子相
違に基づいて識別できなかった。
の可能性が調べられた。M.アビウムおよびM.イントラセルラレの場合、5つ
のM.アビウム(動物)および5つのM.イントラセルラレ(ヒト)の臨床単離
物からのRNase P RNA遺伝子が増幅され、および配列決定された。血
液型亜型間の相違は検出できなかった。
れた1つの種はM.カンサシであった(図3)。相違は主としてC−T変換であ
った。M.ガストリ(gastri)の2つの株が同様に配列決定されたが、こ
の種では単離物間の遺伝子配列は同一であった。4つの位置で、M.カンサシ株
からのすべてのRNase P RNA遺伝子配列はM.ガストリからの配列と
異なっていた。これらの相違の内の3つはC−T変換であり、4つ目はC−A変
換であった。
単な診断応用の試みのためには十分大きいと考えられた。超可変P3領域をこの
分析のために選択し、tbfおよび280rオリゴヌクレオチドを使用して増幅
した。各々のPCR反応で約250bpの単一バンドが得られた。M.ツベルク ローシス からの領域を標品として使用し、異なった種からの生成物と等量で混合
した。未変性ポリアクリルアミドゲルで断片を分子した後、バンドを染色した。
試験されたすべての種間でヘテロ二重鎖に明瞭な相違が存在した(図4A)。
感染性疾患制御研究所から)にさらに応用された。得られたゲル(図4B)上、
レーン2、3および6の試料はM.アビウムによるものであり(レーン8と比較
して)、一方、試料4、5および7はM.イントラセルラレであると思われる(
レーン9と比較して)。各々の場合において、RNase P RNA遺伝子の
配列決定し、ヘテロ二重鎖分析から得られた結果を確認した。議論 クラミディアの場合と比較し、マイコバクテリアからのRNase P RN
A遺伝子は、80−86パーセントの全体での類似性を持ち、種間でよりよく保
存されている。しかしながら、この全体の値は誤解させるものであり、ほとんど
の相違は特異的領域に集まっており、そこでの変異性はあいまいなアラインメン
トも不可能にする程度である。すべてのマイコバクテリアRNase P RN
Aは、クラミディアおよびシアノバクテリア型のP15−P17領域(13、3
1)を示し、それは驚くべきことには生物体の密接な同族性を与えない。
は、他の背景に基づいて異質性であると記載されている株であるM.カンサシ(
14、32)を除いて相違は観察されなかった。数個の変異位置がM.カンサシ およびM.ガストリ間で共有されていたが、微量配列決定またはヘテロ二重鎖分
析で、密接に関連するM.ガストリとの識別を可能にする遺伝子中の十分な−M .カンサシ 特異的塩基が存在した。M.カンサシは非ツベルクローシスマイコバ
クテリアにより生じる肺疾患の重要な原因である。
変部位の組み合わせは、未知のマイコバクテリア試料の迅速な型分けを可能にす
る。オリゴヌクレオチドは完全にまたはほとんど完全に整合した保存領域へハイ
ブリダイズするであろうので、その間の可変部に対する信頼可能な増幅を可能に
する。
)はAIDS患者における主な日和見感染である(21、22)。この複合体の
メンバー間の識別は分子的方法およびRNase P RNA遺伝子からのPC
R生成物の我々のヘテロ二重鎖分析を必要とし、現在の方法に対して迅速でおよ
びかなり安価な代替法を提供する(7、8、10、18、19、23、27、2
9)。
についての手掛かり得ることもできる。マイコバクテリアの場合(図2)、配列
中のほとんどすべての変異は非対合領域、またはインビトロでの触媒活性に重要
と思われる構造中に存在している。
12ループ末端に相当する塩基160−164(図2)はRNase P RN
A遺伝子配列に存在していない。マイコプラズマ フェルメンタンス(Myco plasma fermentans )のような、いくつかの他の生物体からの
遺伝子ではP12ループは失われているので(4、25)、リボザイム活性には
必要とされないようである。
結論を支持している。モチーフ75−85およびnt409−417の対形成(
図2)のような示唆された重要な領域は、すべての分析されたマイコバクテリア
種を通して保存されている。たぶん、これら2つの領域の塩基対は、整合してい
る配列であり、生物体間でよく保存されている。マイコバクテリア種間のほとん
どの可変領域は各々P3およびP19ループであった。P19構造はインビトロ
でのRNase P活性には必要ではなく(25)、および生物体間のP3ルー
プにもかなりの変異性が存在するが、インビボでの役割は不明である。
変異の助けを借りて今でも改良できる。重要であると信じられている構造はP1
8ステム−ループ(領域nt330−351)であり、それは大腸菌およびクラ
ミディアRNase P RNAでよく保存されたステムを持っている。示唆さ
れたマイコバクテリア構造はあまり納得のゆかないステム構造を持っている(図
2参照、これは古い構造予測に基づいている)。しかしながら、M.スメグマチ ス およびM.マリヌムにおいて、共通配列からの変異が存在している(図1)。
わずかに異なったステム−ループ構造は、これらの構造が一方で共通二次構造を
天然のまま維持しながら、同時により納得がいく塩基対形成パターン(図5)を
可能にすることに便宜をはかっているのであろう。このことはまた、RNase
P機能におけるこのステム−ループの重要性の議論を強化している。実施例2:クラミディア 材料および方法 細菌株 . 分析された生物体のDNAは、細胞培養増殖生物体の標準プロテイナ
ーゼK処理により放出され、およびフェノール抽出され、精製DNA調製試料と
して提供された。
子は、C.トラコマチス配列(13)に基づいて設計されたプライマー対BH1
−BH2を用いるPCRにより増幅された(表3)。
mM MgCl2、10mMトリス−HCl(pH8.3)、50mM KCl
、15%グリセロールおよび2U Taqポリメラーゼを含んでいた。増幅条件
は、94℃で45秒、42℃で45秒、72℃で1分を7サイクル、続いてアニ
ーリング温度が58℃に上げられた35サイクルから成っていた。特に記載しな
い限り、本文中に述べられたすべてのPCR−生成物は、完全長遺伝子の82%
を増幅するプライマー対BH1−BH2を使用することを指している。9つのク
ラミディア科種の型株からの5’−隣接領域を発生させるため、C.トラコマチ ス の完全RNase P RNA遺伝子配列から得られたプライマー対JB1−
JB2(親切にもJ.Brown博士から提供された)を使用した。増幅条件は
BH1−BH2で記載したような条件であったが、ただし、グリセロールは除か
れ、アニーリング温度は各々53℃および58℃であった。S.ネゲベンシスお
よびP.アカントアメーバの増幅のためには、BH1プライマーは、前に説明し
たように(13)高度に保存されたヌクレオチドを含むが、rnpBの5’末端
の配列決定を許可しないBM1に置き換えられた。生じたPCR生成物はターミ
ネーター標識サイクル配列決定化学を使用することにより配列決定され、配列反
応は310 Genetic Analyzer(Perkin−Elmer)
で分析された。配列はEMBLに寄託され、表2に掲げたすべての受け入れ番号
は本研究からのものである。配列アラインメントおよび系統発生的分析 . 配列アラインメントは各々のRN
ase P RNA分子の二次元構造モデル化を必要とし、それは比較配列分析
を使用することにより人力で実施された。予想された構造は続いてループおよび
ステム領域同定の助けとしてアラインメント法で使用された。アラインメントは
分子系統発生を研究するために使用された。計算された距離マトリックスはJu
kes & Cantor(1969)(55)の一パラメーターモデルにより
、一つの位置での多塩基変化で補正された。このマトリックスは続いて、近隣結
合プログラム(77)を使用することにより進化系統樹を計算するために使用さ
れ、Phylogenetic Inference Package、PHY
LIPバージョン3.51c中の名前NEIGHBORで実施された(44)。
最節約樹はDNAPARSプログラムを使用して推論された。データ組を100
0回再サンプリングすることにより、近隣結合および最節約に基づき樹をブース
トラップするため、SEQBOOTプログラムが使用された。最見込み樹の構築
は、経験的塩基頻度、全体再配置およびジャンブルオプションを応用した分子進
化のF84モデルを使用するDNAMLプログラムで実施された。RNase P RNAおよび基質の調製 . rnpB触媒活性を試験するため
、完全長C.トラコマチス rnpBがPCR増幅され、T7プロモーターの後
にクローン化され、tRNA前駆体切断がアッセイされた。我々は5’末端に整
合するPCRプライマーを設計した(5’TTGAATTCGAAATTAAT
ACGACTCACTATAGCGAACTAATCGGAAGAGTA)。下
線を付けた残基はC.トラコマチス rnpBと一致しており、一方、プライマ
ーの残りの部分はT7プロモーターへ対応している。我々は3’末端に相補的な
プライマーを設計した(5’TTTAAGCTTGGATGGTACCTTGG AAAAGCTCGGAAGAGCGAGTAA )。下線を付けた残基はC.ト ラコマチス rnpBと相補的であり、印がついていない残基は、生じたプラス
ミドをFokIで切断できるように取り込まれた。PCR増幅C.トラコマチス rnpBはEcoRIおよびHindIIIで切断され、同じ酵素で切断され
ているpUC19内へ挿入された。組換えプラスミドで標準プロトコールに従っ
て大腸菌株DH5aを形質転換した。
および前駆体tRNA Tyr Su3は別の所で説明されているように(59および
その参考文献)、T7 DNA依存性RNAを使用して発生させた。RNase P RNAアッセイ . RNase P RNA活性は以前に記載
されているように(59およびその参考文献)、我々の標準反応緩衝液(50m
Mトリス−HCl(pH7.5)、5%(w/v)PEG6000、100mM
NH4Cl(または指示されている場合、1M NH4Cl)および100mM
MgCl2)中、37℃でモニターされ、C.トラコマチス RNase P
RNAの最終濃度は≒2.4ピコモル・mL-1であり、前駆体tRNA Tyr S
u3は≒0.052ピコモル・mL-1であった。ヌクレオチド配列受け入れ番号 . 試験された種の代表的ヌクレオチド配列はE
MBLに寄託された。受け入れ番号は表2に掲げられている。結果 実施例2の結果は付随する図、図6−8と連携して以下に議論されるであろう
。rnpB配列の比較 完全長rnpB遺伝子の82%を含むPCR生成物が60のクラミディア株か
ら得られた。P.アカントアメーバ株Bn9 TおよびBerg17からの生成物は3
13塩基長であり、それらの配列は同一であった。S.ネゲベンシスのZT株か
らの299−bp生成物の配列はP.アカントアメーバ配列と68.9%同じで
あった。クラミディア科PCR生成物はP.アカントアメーバおよびS.ネゲベ ンシス から入手可能なセグメントと63.8%から69.3%の間の類似性であ
った。クラミディア科の2つの属である、クラミディアおよびクラミドフィラか
らのrnpB配列は75.9%−83.3%類似していた。クラミディアに属す
る18株は>89.9%類似しており;クラミドフィラに属する38株は>84
.8%類似していた。14のC.トラコマチス配列ではトラコーマ次亜種と比較
してLGV次亜種では単一塩基が置換されていることのみ異なっていた。2つの クラミディア スイス(Chlamydia suis)株は2つのヌクレオチ
ド位置のみが異なっていた。6つのクラミディア ペコルム(Chlamydi a pecorum )株は同一であるかまたは1または2塩基が異なっていた。
10のクラミディア シッタシ(Chlamydia psittaci)株(
株M56を除いて、下記参照)、10のクラミディア ニューモニエ(Chla mydia pneumoniae ) TWAR次亜種配列、9つのクラミディ ア アボルツス(Chlamydia abortus)配列、3つのクラミデ ィア フェリス(Chlamydia felis)配列および2つのクラミデ ィア ムリダルム(Chlamydia muridarum)配列については
種内で配列は同一であった。
JB1およびJB2を使用するPCRにより、ほとんど完全長の遺伝子セグメン
ト(rnpB遺伝子の98%)が発生された。これらの配列の比較は、それらは
可変P3領域を含んでいるので、種間類似性を2.6%ほど減少させた。rnp B における多様性は、クラミディア科の種組分けを明瞭に区別するために十分大
きかった。ompA遺伝子(50%まで異なる)およびリボソームRNA遺伝子
(<10%相違している)と異なり、この多様性は属−および組−特異的PCR
プローブを設計することを容易に可能にするであろう。
MOMP遺伝子配列が異なっていることが示されている(85)。対照的に、2
つのC.ムリダルム株中のrnpB遺伝子は、リボソーム16S/23S遺伝子
間スペーサーおよび23SドメインIセグメントでも観察されるように、同一で
あった(42)。表面発現蛋白質に対する進化的圧力は、翻訳過程に関与する遺
伝子に対するよりも明らかに大きかった。
いる。我々の研究はこれらの株を、6.7%までのrnpB遺伝子配列相違によ
り4つの種の組へ分類した(データは示されていない)。これらの種は遠位起源
の宿主群から単離されており、それらは広いスペクトルの疾患を起こす(表2)
。C.シッタシ株M56のみがC.シッタシとしてのその分類に矛盾し、この株
のPCRは、本研究で分析されたネコ配列と一致したrnpB配列を生成した。
M56の歴史はこのことがなぜ起こるかについてのいくつかの考察を提供する。
M56は1961年にカナダのマスクラットから単離され(79)、Ames,
Iowa,USAのUSDA National Animal Diseas
e Centerで保存され、ATCCへ配送された。細胞培養において、M5
6のATCC調製試料は1つの細胞株でのM56血清型として、および別にネコ
血清型として増殖された(Andersen,未発表)。Fukushi &
Hirai(1989)(46)はATCCから得られたM56に対してネコ血
清型を報告した。胎児を有する卵の卵黄嚢中で、8/1/90にNADCで培養
されたM56のPCRはC.シッタシ−トリ−様リボソームおよび完全長主膜外
蛋白質遺伝子配列を与えたと報告している(42)。現在の研究に使用されたM
56 DNAは1997年の研究からの一部であった。この歴史を鑑みると、我
々のrnpB分析は、M56培養物が1960年代の間にネコクラミディア科で
汚染されたことを示唆しており、汚染されていない単離物はもはや入手不可能で
ある。RNase P RNAの二次構造 9つのクラミディア科種から誘導されたrnpB遺伝子配列のアラインメント
は、示唆された二次構造中に、P3、P12、P17およびP19と表示された
、独特なステムループに位置している超可変領域を示した(図7)。
tRNAの3’−終端RCCAモチーフとの塩基対形成によりtRNAと相互作
用するGGU−モチーフを繋ぎ止めているので(60)、興味が持たれる。クラ
ミディア科のすべてのメンバーにおけるこの配列モチーフの不在は目立っており
、C.ニューモニエ(GAAA)およびC.フェリス(ACAA)を除いた9つ
すべてのクラミディア科種でATAA−バルジが観察される(C.シッタシにお
ける291から294位、図7)。さらに、クラミディア科種のP15領域中の
異なった構造は、どの同定されたtRNA遺伝子も3’−終端CCA配列をコー
ド化していない(80)という発見により合理的に説明される。
んでいるプリンに富んだバルジを繋ぎ止めている。このことは、CCA配列がこ
の種のtRNA遺伝子中にコード化されていると仮定すれば、これらのRNas
e P RNAは大腸菌RNase P RNAが行うように3’終端RCCA
配列と相互作用することを示していると言ってもさしつかえない。対照してみる
と、S.ネゲベンシスから誘導されたRNase P RNAのP15ループ構
造は、ほとんどのシアノバクテリアで観察された構造(87)と類似しており、 テルムス テルモフィルス(Thermus thermophilus)に由
来するRNase P RNAが行うように(53)、P15ループ中にGGA
U−モチーフを運んでいる。T.テルモフィルス中のRNase P RNAの
このループはtRNA前駆体の3’末端に対する高親和性結合部位を運んでおり
、それ故、それはS.ネゲベンシスにもあてはまるであろう。
が、一方、P.アカントアメーバおよびS.ネゲベンシスはこの要素が欠けてい
るようである。P18へリックスは触媒活性を失うことなく欠失できることが以
前に示されており、それは直接触媒作用には関係しないことを示唆している(4
9)。存在する場合、P18へリックスは、P8中の示唆されたレセプター(C .シッタシ におけるG83C93塩基対;図2;38、68)内にドッキングす
る系統発生的に保存されているGNRAテトラループに関係している。さらに、
P18へリックスを欠く細菌RNase P RNAは伸張されたP8へリック
スを持っており、このことがp18の喪失を補償していると示唆されている(3
8)。P.アカントアメーバおよびS.ネゲベンシスとも伸張されたP8または
GNRAテトラループを含む明白なP18を持っていないが、多分、P18領域
中のヌクレオチドがP8と相互作用する別の構造要素を形成するのであろう。
作用もまた示唆されている(38、62)。このことは、クラミディア科の9つ
すべての種における我々のデータ(C.シッタシにおけるU82A94塩基対お
よびG201;図7)により、およびP.アカントアメーバおよびS.ネゲベン シス におけるP14ループのAおよびP8のGC塩基対の存在(図2)により支
持される。この相互作用を仮定すれば、C.トラコマチスの3つの血清型L1か
らL3においてG205ヌクレオチド(C.シッタシにおけるG201に相当す
る、図7)がAにより置換されているが、P8へリックスにおいて相当する塩基
対移動がないことは驚くべきことである。
レオチド塩基を持っている(39)。我々のデータは、60位のよく保存されて
いるシトシンがクラミドフィラ属のすべての試験された種においてはウラシルに
より置き換えられており(図7)、一方、クラミディア属では変化は観察されな
かったことを示している。このことは、376位(番号付けはC.シッタシを参
照)の残基に依存してUGゆらぎ塩基対またはUA塩基対を発生させる。これら
の種に由来するRNase P RNAの領域は、本研究で使用されたプライマ
ーでは試験できない。C.トラコマチスRNase P RNAによるtRNA前駆体の切断 細菌RNase P RNAはRNase P蛋白質部分が存在しなくても触
媒的に活性である(33およびその引用文献)。クラミディアRNase P
RNA単独でその基質を切断できるかどうかを調べるため、我々はC.トラコマ チス RNase P RNAを発生させ、基質として大腸菌tRNATyrSu3
(pSu3)前駆体を使用して切断パターンを分析した。このRNase P
RNAは実際、方法で説明したように、高濃度のNH4Clを使用した場合にの
み予測された位置でpSu3を切断できた。このことはC.トラコマチスRNa
se P RNAによる切断についての以前の観察(51)と一致している。構
造的観察と一緒にすると、このことは触媒活性にはP15内部ループ(またはP
15ヘアピンループ)は必要とされないことを示している。しかしながら、C. トラコマチス RNase P RNA切断の程度は、大腸菌RNase P R
NAによる切断と比較すると著しく減少していることが認められた。クラミディア科の系統発生学 へリックスP15、P16、P17、P18およびP19の二次構造はクラミ
ディア科のメンバーにとっては解明するのが最も困難な領域であった。結果とし
て、これらの領域の内2つ、即ちP17およびP19は系統発生計算に使用され
た最終データ組から除かれた。このことは、P17の場所での高いヌクレオチド
変異性、およびP.アカントアメーバ rnpB遺伝子中のヘリックスP19の
明らかな不在によっている(図6&7)。また、不確かに整列された位置94、
150、151、153、286および298(図6におけるC.トラコマチス のrnpB遺伝子の番号付けに従って)は系統発生的分析に先立って除かれた。
1から68位はS.ネゲベンシスおよびP.アカントアメーバについては決定さ
れていないので、5’末端の終端を除いてギャップ位置は一般的に最終アライン
メントから省かれた。その結果、補正された最終アラインメントは271の位置
を含んでいた。
なったアルゴリズムが使用された。事実上、同一の樹トポロジーが距離マトリッ
クスおよび特質に基づいた方法を使用することにより得られた。近隣結合法(N
J)(Saitou & Nei,1987)を使用することにより導かれた代
表的進化系統樹が図3に示されている。分岐オーダーの安定性は、ブートストラ
ップパーセンテージ値を決定することにより統計的に評価された。これらの値は
NJにより得られ、および最節約は結節点に与えられている。最見込み樹(ML
)により支持された分岐オーダーもまた図3の各々の分岐点に加えられている。
MLにより構築されたデンドログラム中、2つのタクソンはいくぶん異なって分
岐し、この不安定性を示している実際の節にはアステリスクが付けられている。
図3に示したようなものと同一の樹トポロジーがまた、クラミドフィラおよびク
ラミディアに属している種からのrnpBデータのみを使用して、ただし、デー
タ組を5’末端のヌクレオチド情報を含ませた場合にも得られた。従って、樹の
この部分の分岐オーダーは解明されなかった。
することによりお互いに容易に区別できることを示している。これらの発見は、
最近公表された完全長16Sおよび23SリボソームRNA遺伝子、およびそれ
らの遺伝子間スペーサー領域に基づいた系統発生学(42、43、73)と一致
している。しかしながら、Petterssonら(1997)による16S
rRNA遺伝子に対して示された結果とは矛盾している。16S rRNA研究
はこれらの遺伝子についてただの4/5の完全長ヌクレオチド情報に基づいてい
ること、および比較に使用されたいくつかの配列はどちらかといえば遠い関係で
あったことが最も妥当な説明である。従って、いくつかの系統発生的情報が最終
データ組で失われていた。ほとんど完全な16S rRNA遺伝子配列および外
群として密接な関係物のみを使用する続いての16S rRNA分析においては
、他の分岐オーダーとの相関が制限されている。従って、16S rRNA遺伝
子は、クラミディア科メンバーの進化的相互関係を記述するには低い程度の分離
度しか提供しないことが結論できる。
クラミディア系統発生学を示した。16S rRNA分析は集団が付いた多数の
長い枝を示すのに対し、rnpB分析は、科、属および種レベルでクラミディア
群を区別する、平等に分布した配列相違を示している。クラミディア目の種にお
けるrnpB遺伝子の配列多様性は、クラミディア種の区別のためにこの遺伝子
を使用することを可能にしている。さらに、この特異性は記載されているような
種特異的生態学的地位(70)と一致する各々の組分けの機能的単離を明らかに
する。保存もまた従来同定されている組分けと一致する。tRNAプロセッシン
グとしての機能での特異性はかなり基本的であることが観察され、クラミディア
科における種組分けは非常に長い時間で進化的に分離されたことを示唆している
。本系統発生的分析は以前に記載されているような(43)、クラミディア科の
分類の修正を支持している。
ア科の9つの種および関連するクラミディア目の種、パラクラミディア アカン トアメーバ およびシムカニア ネゲベンシスを代表する60の株で決定された。
これらの配列はクラミディア科間の進化的関係を推論するために使用された。分
析はクラミドフィラおよびクラミディアを二つの系統に分離し、クラミドフィラ は3つの固有の集団を形成する:クラミドフィラ ニューモニエ株、クラミドフ ィラ ペコルム株および第三の集団は種クラミドフィラ シッタシ、クラミドフ ィラ 、クラミドフィラ アボルツス、クラミドフィラ カビエおよびクラミドフ ィラ フェリスから成っている。クラミディア下降列は2つの集団を含んでいる
、クラミディア トラコマチスおよびクラミディア ムリダルムの株からはっき
りと分離したクラミディア スイス。この分析は、rnpB配列および構造がク
ラミディア科の種に対して固有のマーカーであることを示した。我々はまた、C .トラコマチス から誘導されたRNase P RNAは蛋白質不在下でtRN
A前駆体を切断できることも示した。我々の発見はクラミディアRNase P RNAの構造に関連して議論された。
インメント。ダッシュは配列同一性を示し;星印塩基は配列中で失われている。
バクテリア種間で変異している領域は影を付けられている。比較的重要でない可
変領域は示されていない。
)およびM.カンサシ(kansasii)の6つの株からのRNase P
RNA遺伝子の配列アラインメント。M.ガストリ配列に独特の塩基はボールド
体である。
A遺伝子領域の、最初の280bpのヘテロ二重鎖分析。種々のマイコバクテリ
ア種からのDNAはM.ツベルクローシス DNAとハイブリダイズされ、生じ
た二重鎖は10パーセントポリアクリルアミドゲルで分離された。レーン1、M .ツベルクローシス からの対照DNA;レーン2、M.アビウム;レーン3、M .イントラセルラレ ;レーン4、M.マルモエンス(malmoense);レ
ーン5、M.セラツム;レーン6、M.カンサシ;レーン7、M.バッカ(va ccae) ;レーン8、M.ゼノピ(xenopii)。 図4Bは、M.イントラセルラレかまたはM.アビウムと信じられている臨床
試料から増幅されたDNAのヘテロ二重鎖分析。レーン1、M.ツベルクローシ ス からの対照DNA;レーン2、3、6、M.アビウムと疑われているものから
のDNA;レーン4、5、7、M.イントラセルラレと疑われているものからの
DNA;レーン8、M.アビウムからの対照DNA;レーン9、M.イントラセ ルラレ からの対照DNA。
P P18ループの示唆された構造。配列はA)M.ツベルクローシス(tub erculosis );B)M.スメグマチス(smegmatis);C)M .マリヌム (marinum)。
ar−13T配列との同一性を示しており、およびダッシュはアラインメントに
おけるギャップを示している。超可変領域P3、P12、P17およびP19が
示されている。番号付けはBrown(39)に従っている。
のRNase P RNAの推定された二次構造。プライマー配列中のヌクレオ
チドはロウアーケース型であり、mはアデニン−シトシン混合物を示し、および
rはこの位置でのアデニン−グアニン混合物を示している。Nは最少共通細菌R
Nase P RNA(39)に基づいたプライマーの隣接領域においての仮の
ヌクレオチドを示している。
係を示しており、P.アカントアメーバ(acanthamoebae)株Bn 9 T およびS.ネゲベンシス(negevensis)株ZTが外群として選択さ
れた。節約法およびML分析は同一の分岐オーダーを生み出した。しかしながら
、2つのタクソンはML樹においてわずかに異なって分岐し、この節はアステリ
スクで印を付けられている。節でのブーストラップ支持値は、隣接結合および最
節約法を使用し、データ組の1000回の再サンプリングから得られた。縮尺線
は100ヌクレオチド当たり5置換を示している。
Claims (9)
- 【請求項1】 種間識別を含んでいる病原性生物体の検出法であって、RN
ase P RNA遺伝子のP3および/またはP19超可変領域の分析を含ん
でいる方法。 - 【請求項2】 核酸増幅を含む、請求項1に記載の方法。
- 【請求項3】 核酸が種同定のために配列決定される、請求項1−2に記載
の方法。 - 【請求項4】 核酸が、RFLP、ヘテロ二重鎖分析、サイズ決定、融点決
定などのように、種同定のためにフィンガープリントされる、請求項1−2に記
載の方法。 - 【請求項5】 種間識別を含んでいる病原性生物体の検出法であって、病原
体からのRNase P RNA遺伝子の超可変領域核酸の増幅;関連核酸との
ヘテロ二重鎖の形成;およびそれらの分析を含んでいる方法。 - 【請求項6】 超可変領域がP3および/またはP19である、請求項6に
記載の方法。 - 【請求項7】 病原体がマイコバクテリアまたはクラミディアである、任意
の上記請求項に記載の方法。 - 【請求項8】 病原体がクラミディアであり、および増幅に使用されるプラ
イマーがJB1およびJB2(表3)である、請求項7に記載の方法。 - 【請求項9】 細菌感染処置のための医薬製造における薬剤標的としての、
RNase P RNA遺伝子中のP3および/またはP19可変領域の使用。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
SE0000061A SE0000061D0 (sv) | 2000-01-10 | 2000-01-10 | A method for detection of pathogenic organisms |
SE0000061-2 | 2000-01-10 | ||
PCT/SE2001/000031 WO2001051662A1 (en) | 2000-01-10 | 2001-01-10 | A method for detection of pathogenic organisms |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2003519494A true JP2003519494A (ja) | 2003-06-24 |
JP5214083B2 JP5214083B2 (ja) | 2013-06-19 |
Family
ID=20278064
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2001551236A Expired - Fee Related JP5214083B2 (ja) | 2000-01-10 | 2001-01-10 | 病原性生物体の検出法 |
Country Status (20)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US8367321B2 (ja) |
EP (1) | EP1254258B2 (ja) |
JP (1) | JP5214083B2 (ja) |
CN (1) | CN1394235A (ja) |
AT (1) | ATE356884T1 (ja) |
AU (1) | AU2721701A (ja) |
CA (1) | CA2397176A1 (ja) |
DE (1) | DE60127238T3 (ja) |
EE (1) | EE200200378A (ja) |
ES (1) | ES2283391T3 (ja) |
HU (1) | HUP0301009A2 (ja) |
IL (1) | IL150670A0 (ja) |
MX (1) | MXPA02006588A (ja) |
NO (1) | NO20023311L (ja) |
NZ (1) | NZ519649A (ja) |
PL (1) | PL356306A1 (ja) |
RU (1) | RU2002121510A (ja) |
SE (1) | SE0000061D0 (ja) |
SK (1) | SK9582002A3 (ja) |
WO (1) | WO2001051662A1 (ja) |
Families Citing this family (37)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20030027135A1 (en) | 2001-03-02 | 2003-02-06 | Ecker David J. | Method for rapid detection and identification of bioagents |
WO2004060278A2 (en) | 2002-12-06 | 2004-07-22 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals |
US20040121309A1 (en) | 2002-12-06 | 2004-06-24 | Ecker David J. | Methods for rapid detection and identification of bioagents in blood, bodily fluids, and bodily tissues |
US7226739B2 (en) | 2001-03-02 | 2007-06-05 | Isis Pharmaceuticals, Inc | Methods for rapid detection and identification of bioagents in epidemiological and forensic investigations |
US7666588B2 (en) | 2001-03-02 | 2010-02-23 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA and characterization of mitochondrial DNA heteroplasmy |
US8073627B2 (en) | 2001-06-26 | 2011-12-06 | Ibis Biosciences, Inc. | System for indentification of pathogens |
US7217510B2 (en) | 2001-06-26 | 2007-05-15 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Methods for providing bacterial bioagent characterizing information |
US20040185438A1 (en) * | 2003-03-10 | 2004-09-23 | Ecker David J. | Methods of detection and notification of bioagent contamination |
US8057993B2 (en) | 2003-04-26 | 2011-11-15 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for identification of coronaviruses |
US8158354B2 (en) | 2003-05-13 | 2012-04-17 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture |
US7964343B2 (en) | 2003-05-13 | 2011-06-21 | Ibis Biosciences, Inc. | Method for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture |
US8097416B2 (en) | 2003-09-11 | 2012-01-17 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for identification of sepsis-causing bacteria |
US8546082B2 (en) | 2003-09-11 | 2013-10-01 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for identification of sepsis-causing bacteria |
US8242254B2 (en) | 2003-09-11 | 2012-08-14 | Ibis Biosciences, Inc. | Compositions for use in identification of bacteria |
US8163895B2 (en) | 2003-12-05 | 2012-04-24 | Ibis Biosciences, Inc. | Compositions for use in identification of orthopoxviruses |
US7666592B2 (en) | 2004-02-18 | 2010-02-23 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for concurrent identification and quantification of an unknown bioagent |
JP4810533B2 (ja) | 2004-05-24 | 2011-11-09 | アイビス バイオサイエンシズ インコーポレイティッド | ディジタルスレショルド化による選択的イオン濾過作用を用いた質量分光測定法 |
US20050266411A1 (en) | 2004-05-25 | 2005-12-01 | Hofstadler Steven A | Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA |
US7811753B2 (en) | 2004-07-14 | 2010-10-12 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for repairing degraded DNA |
US7309589B2 (en) * | 2004-08-20 | 2007-12-18 | Vironix Llc | Sensitive detection of bacteria by improved nested polymerase chain reaction targeting the 16S ribosomal RNA gene and identification of bacterial species by amplicon sequencing |
US8084207B2 (en) | 2005-03-03 | 2011-12-27 | Ibis Bioscience, Inc. | Compositions for use in identification of papillomavirus |
CA2600184A1 (en) | 2005-03-03 | 2006-09-08 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions for use in identification of adventitious viruses |
US8026084B2 (en) | 2005-07-21 | 2011-09-27 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid identification and quantitation of nucleic acid variants |
EP2064332B1 (en) | 2006-09-14 | 2012-07-18 | Ibis Biosciences, Inc. | Targeted whole genome amplification method for identification of pathogens |
WO2008104002A2 (en) | 2007-02-23 | 2008-08-28 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid forensic dna analysis |
WO2008151023A2 (en) | 2007-06-01 | 2008-12-11 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods and compositions for multiple displacement amplification of nucleic acids |
WO2010007605A1 (en) * | 2008-07-16 | 2010-01-21 | Agriculture And Food Development Authority (Teagasc) | A method of assessing bacterial load of a sample |
WO2010033627A2 (en) | 2008-09-16 | 2010-03-25 | Ibis Biosciences, Inc. | Sample processing units, systems, and related methods |
US8534447B2 (en) | 2008-09-16 | 2013-09-17 | Ibis Biosciences, Inc. | Microplate handling systems and related computer program products and methods |
WO2010033599A2 (en) | 2008-09-16 | 2010-03-25 | Ibis Biosciences, Inc. | Mixing cartridges, mixing stations, and related kits, systems, and methods |
US8158936B2 (en) | 2009-02-12 | 2012-04-17 | Ibis Biosciences, Inc. | Ionization probe assemblies |
WO2011008972A1 (en) | 2009-07-17 | 2011-01-20 | Ibis Biosciences, Inc. | Systems for bioagent identification |
US8950604B2 (en) | 2009-07-17 | 2015-02-10 | Ibis Biosciences, Inc. | Lift and mount apparatus |
US9890408B2 (en) | 2009-10-15 | 2018-02-13 | Ibis Biosciences, Inc. | Multiple displacement amplification |
ES2817930T3 (es) * | 2014-07-21 | 2021-04-08 | Ericsson Telefon Ab L M | Antena de ranura |
US20170117630A1 (en) * | 2015-10-21 | 2017-04-27 | Microsoft Technology Licensing, Llc | Single loop near field communications antenna |
CN108779499B (zh) * | 2016-01-04 | 2023-08-11 | 简·探针公司 | 用于检测念珠菌属物种的方法和组合物 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH03130099A (ja) * | 1989-04-20 | 1991-06-03 | Thomas G Barry | 標的ヌクレオチド配列に対する特異的プローブの生成 |
WO1999011653A1 (en) * | 1997-09-04 | 1999-03-11 | Smithkline Beecham Corporation | Novel rnase p |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6984487B1 (en) * | 1989-08-22 | 2006-01-10 | Hsc Research Development Corporation | Cystic fibrosis gene |
US7041490B1 (en) * | 1997-11-28 | 2006-05-09 | Serono Genetics Institute, S.A. | Chlamydia trachomatis polynucleotides and vectors, recombinant host cells, DNA chips or kits containing the same |
-
2000
- 2000-01-10 SE SE0000061A patent/SE0000061D0/xx unknown
-
2001
- 2001-01-10 DE DE60127238.2T patent/DE60127238T3/de not_active Expired - Lifetime
- 2001-01-10 EE EEP200200378A patent/EE200200378A/xx unknown
- 2001-01-10 AU AU27217/01A patent/AU2721701A/en not_active Abandoned
- 2001-01-10 IL IL15067001A patent/IL150670A0/xx unknown
- 2001-01-10 SK SK958-2002A patent/SK9582002A3/sk unknown
- 2001-01-10 JP JP2001551236A patent/JP5214083B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2001-01-10 RU RU2002121510/13A patent/RU2002121510A/ru unknown
- 2001-01-10 NZ NZ519649A patent/NZ519649A/en unknown
- 2001-01-10 MX MXPA02006588A patent/MXPA02006588A/es unknown
- 2001-01-10 HU HU0301009A patent/HUP0301009A2/hu unknown
- 2001-01-10 CA CA002397176A patent/CA2397176A1/en not_active Abandoned
- 2001-01-10 US US10/169,831 patent/US8367321B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2001-01-10 CN CN01803592A patent/CN1394235A/zh active Pending
- 2001-01-10 PL PL01356306A patent/PL356306A1/xx not_active Application Discontinuation
- 2001-01-10 WO PCT/SE2001/000031 patent/WO2001051662A1/en active IP Right Grant
- 2001-01-10 ES ES01901634T patent/ES2283391T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2001-01-10 EP EP01901634.4A patent/EP1254258B2/en not_active Expired - Lifetime
- 2001-01-10 AT AT01901634T patent/ATE356884T1/de not_active IP Right Cessation
-
2002
- 2002-07-09 NO NO20023311A patent/NO20023311L/no not_active Application Discontinuation
-
2013
- 2013-01-02 US US13/732,625 patent/US20140018445A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH03130099A (ja) * | 1989-04-20 | 1991-06-03 | Thomas G Barry | 標的ヌクレオチド配列に対する特異的プローブの生成 |
WO1999011653A1 (en) * | 1997-09-04 | 1999-03-11 | Smithkline Beecham Corporation | Novel rnase p |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
RU2002121510A (ru) | 2004-02-20 |
JP5214083B2 (ja) | 2013-06-19 |
NO20023311D0 (no) | 2002-07-09 |
NZ519649A (en) | 2004-02-27 |
US20140018445A1 (en) | 2014-01-16 |
WO2001051662A1 (en) | 2001-07-19 |
ES2283391T3 (es) | 2007-11-01 |
CA2397176A1 (en) | 2001-07-19 |
SE0000061D0 (sv) | 2000-01-10 |
PL356306A1 (en) | 2004-06-28 |
CN1394235A (zh) | 2003-01-29 |
EP1254258B1 (en) | 2007-03-14 |
NO20023311L (no) | 2002-09-09 |
DE60127238D1 (de) | 2007-04-26 |
EP1254258B2 (en) | 2014-07-23 |
US8367321B2 (en) | 2013-02-05 |
HUP0301009A2 (hu) | 2003-07-28 |
DE60127238T2 (de) | 2007-12-20 |
EE200200378A (et) | 2003-10-15 |
IL150670A0 (en) | 2003-02-12 |
DE60127238T3 (de) | 2014-12-24 |
MXPA02006588A (es) | 2004-09-10 |
ATE356884T1 (de) | 2007-04-15 |
AU2721701A (en) | 2001-07-24 |
EP1254258A1 (en) | 2002-11-06 |
SK9582002A3 (en) | 2003-01-09 |
US20030134295A1 (en) | 2003-07-17 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5214083B2 (ja) | 病原性生物体の検出法 | |
AU708543B2 (en) | Compositions and methods for the detection of chlamydia trachomatis | |
JP5139620B2 (ja) | 微生物を検出する方法 | |
US6261769B1 (en) | Intergenic spacer target sequence for detecting and distinguishing Chlamydial species or strains | |
Kim et al. | Molecular analysis of isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis isolates recovered from South Korea | |
AU2001276180A1 (en) | A method of detecting microorganisms | |
Tomioka et al. | A multiplex polymerase chain reaction microarray assay to detect bioterror pathogens in blood | |
NZ555620A (en) | Methods for simplifying microbial nucleic acids by chemical modification of cytosines | |
JP4212648B2 (ja) | 遺伝標識および大腸菌血清型―0157:h7の検出方法 | |
Flores et al. | Differential expression of PE and PE_PGRS genes in Mycobacterium tuberculosis strains | |
de Wit et al. | Mycobacterium leprae isolates from different sources have identical sequences of the spacer region between the 16S and 23S ribosomal RNA genes | |
JP2000511058A (ja) | Mycobacterium Kansasiiを検出するための組成物および方法 | |
EP1952145B1 (en) | A method for specific detection of legionella pneumophila | |
EP1511860A1 (en) | Improvements in and relating to a method of dna testing for------mycobacterium paratuberculosis strains | |
JP2002142774A (ja) | 真菌検出用核酸及びそれを用いた真菌の検出方法 | |
JP2004065244A (ja) | ヨーネ菌検出用プライマーおよびこれを用いたヨーネ病の診断法 | |
JPH06197763A (ja) | ビフィドバクテリウム・インファンティスに特異的なオリゴヌクレオチド及びこれを用いる検出方法 | |
JP2004254591A (ja) | 抗酸菌鑑別方法及び鑑別用プローブ |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20071214 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20101007 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20110106 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20110114 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20110204 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20110214 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20110307 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20110314 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20110405 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20111215 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20120314 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20120322 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20120416 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20120423 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20120515 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20120704 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20121105 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20130108 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20130129 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20130227 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20160308 Year of fee payment: 3 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |