JP2002533083A - 遺伝子およびたんぱく質、およびそれらの用途 - Google Patents

遺伝子およびたんぱく質、およびそれらの用途

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ジョセフ デイビッド サンタンジェロ，
ジョナサン ダグラス レイン，
ポール エベレスト，
ロバート フェルドマン，
ジョアン クリスティン ムーア，
レベッカ ケリー ウィルソン，
リチャード ジェイムズ ドブソン，
ゴードン ドゥーガン，
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マイクロサイエンス リミテッド
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Abstract

(57)【要約】 【構成】本発明によれば、１群の遺伝子がストレプトコッカスＢ群で識別され、その産物は、生物の外表面に結合することができる。前記遺伝子またはその機能的断片は、たとえば、菌感染に対して患者を免疫するためのワクチンのような治療薬物の調製に有用であることができる。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 （従来技術） 本発明は、菌遺伝子およびたんぱく質の同定、およびそれらの用途に関する。さ
らに詳細には、それは、治療における免疫のためのそれらの用途、および薬物ス
クリーニングにおけるそれらの用途に関する。
【０００２】 （背景技術） ストレプトコッカスＢ群（ＧＢＳ）は、また、ストレプトコッカス・アガラク
ティエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）として公知であ
り、さまざまな状態の原因物質である。特に、ＧＢＳは、下記を起こす。
【０００３】 早期発症新生児感染。 この感染は通常子宮ではじまり、乳児において重篤な敗血症および肺炎を起こ
し、未加療の場合致命的であり、加療されたにしても、死亡率１０−２０％に結
びつく。
【０００４】 後期発症新生児感染。 この感染は、年齢約３ヶ月までの出生まもない時期に起こる。それは、敗血症を
起こし、９０％の症例で髄膜炎を合併する。骨髄炎、敗血症性関節炎、膿瘍およ
び眼内炎を含む他の病巣感染も同様に起こる。
【０００５】 成人感染類。 これらはますます一般的になっているように思われ、乳児を分娩したばかりの
婦人、老人および免疫障害を持つ患者で最も頻繁に起こる。それらは、敗血症お
よび骨髄炎、敗血症性関節炎、膿瘍および眼内炎を含む他の病巣感染を特徴とす
る。
【０００６】 尿路感染。 ＧＢＳは尿路感染の原因であり、妊娠中の全感染の約１０％にのぼる。
【０００７】 家畜感染。 ＧＢＳは、ウシにおいて慢性乳腺炎を起こす。これは、その後、牛乳産生の低
下となり、従って、かなりの経済的重要性を有している。
【０００８】 ＧＢＳ感染は、抗生物質で治療できる。しかし、免疫的治療が好適である。し
たがって、治療上有効なワクチンで使用できる免疫原の開発が望まれている。
【０００９】 （発明の開示） 本発明は、ＧＢＳおよび関連生物における一連の遺伝子の同定に基づいており
、その産物は生物の外表面に局在でき、従って、免疫療法のターゲットとして有
用であろう。 本発明の第１の面によれば、ストレプトコッカスＢ群から得られる本文でｐｈｏ
１−１３、ｐｈｏ３−２１、ｐｈｏ２−１５、ｐｈｏ３−１８、ｐｈｏ３−２２
、ｐｈｏ３−３、ｐｈｏ３−１７、ｐｈｏ２−２、ｐｈｏ１−５、ｐｈｏ３−１
、ｐｈｏ３−２３、ｐｈｏ３−５０、ｐｈｏ１−１４、ｐｈｏ２−１０、ｐｈｏ
３−１４、ｐｈｏ３−２４およびｐｈｏ３−２９として識別した遺伝子のいずれ
か、そのホモログまたは機能断片を含むオペロンによってペプチドがコードされ
る。このようなペプチドは、たとえば単離した際に、治療用途のために適してい
る。
【００１０】 用語“機能的断片”とは、遺伝子またはペプチド全体の活性を保有する部分遺伝
子またはペプチドを規定するために本文で使用される。たとえば、ペプチドの機
能断片は、抗原決定基として使用することができ、ワクチンにおいてまたは抗体
の産生において有用である。
【００１１】 遺伝子断片は、活性ペプチドをコードするために使用できる。これとは別に、遺
伝子断片は遺伝子療法において用途を有し、インビボで野生型遺伝子を標的とし
て治療効果を発揮できる。
【００１２】 本発明のペプチドは、本文で配列番号２、４、６、８、１０、１１、１３、１５
、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３および３５として識
別したアミノ酸配列のいずれか、またはその機能断片を含むことができる。
【００１３】 細胞外または細胞表面局在のゆえ、本発明のペプチドは、ＧＢＳに対する治療上
有効なワクチンを産生するための適切な候補であることができる。用語“治療上
有効な”とは、ワクチンの予防効果を含むことを意味している。たとえば、ワク
チンは、本発明のペプチドまたはその発現のための手段を感染治療のために含む
ことができる。このワクチンは、婦人に対して、妊娠前または妊娠中において、
母体および新生児をＧＢＳ感染から予防するために投与できる。
【００１４】 本発明の別の面によれば、前記ペプチドまたは遺伝子は、潜在的抗菌性薬物のス
クリーニングのためまたは菌毒性検出のため使用することができる。
【００１５】 さらに本発明の別の面は、本文で同定した産物のいずれかをストレプトコッカス
Ｂ群株感染に関連した状態の治療または予防のための用途である。 前記たんぱく質の患者治療における用途について説明してきたが、本発明の産物
の家畜に対する用途もまた、本発明の範囲にあると考えられる。特に、前記ペプ
チドまたはワクチンは、ウシにおける慢性乳腺炎の治療に使用することができる
。
【００１６】 （発明を実施するための最良の形態） 本発明を、ストレプトコッカスＢ群Ｍ７３２株を参考にし説明する。しかし、全
ＧＢＳ株および多くの他の菌株は、Ｍ７３２ペプチドとアミノ酸配列相同性を有
する関連ペプチドまたはたんぱく質を含むようである。前記ペプチドをおそらく
含有する生物は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓ．ｓｕ
ｉｓ、Ｓ．ｍｉｌｌｅｒｉ、Ｃ群およびＧ群ストレプトコッカスおよびエンテロ
コッカスを含むが、これらに限定されない。これらのそれぞれに対するワクチン
は、ＧＢＳについて記載されているのと同様の方法で開発することができるであ
ろう。
【００１７】 ワクチン産生に有用である前記ペプチドは、好適には、本文で同定したペプチド
と４０％を超える配列類似性を有する。前記ペプチドは、さらに好適には、６０
％を超える配列類似性を有する。前記ペプチドは、最も好適には、たとえば９５
％類似性のような８０％を超える配列類似性を有する。
【００１８】 本発明による遺伝子を特性解析したので、他の微生物における相同性を確立する
ために、遺伝子配列を使用することが可能である。このようにして、他の微生物
が類似の外表面産物を有するかどうかを決定できる。配列相同性は、たとえば、
ＥＭＢＬまたはＧｅｎｂａｎｋのような既存のデータベースをサーチすることに
よって、確立できる。
【００１９】 本発明のペプチドまたはたんぱく質は、当該技術で公知の方法によって精製かつ
単離できる。特に、遺伝子配列を同定したので、適切な宿主中でこの遺伝子を発
現させる組換え技術を用いることができるであろう。活性断片およびホモログを
識別でき、治療に有用であろう。たとえば、前記ペプチドまたはそれらの活性断
片は、ワクチン中で抗原決定基として使用でき、免疫応答を惹起できる。それら
はまた、受動免疫のための抗体調製または診断適用のために使用することもでき
る。適切な抗体には、モノクローナル抗体または単鎖ｆｖ断片を含むその断片が
含まれる。抗体調製方法は、当業者に自明であろう。
【００２０】 弱毒微生物に基づくワクチン調製は、当業者に公知である。ワクチン組成物は、
必要に応じまたは所望の場合には、たとえばミョウバンのような適切な担体また
はアジュバントとともに製剤化し治療に使用でき、ストレプトコッカスＢ群また
は他の関連微生物に対して有効な免疫を供する。ワクチン製剤の調製は、当業者
に自明であろう。
【００２１】 さらに一般的にかつ当業者に周知であるように、適切な担体または賦形剤または
投与経路と同様、適切な量の本発明の活性成分を治療用途のために選択できる。
これらの因子は、治療すべき状態の性質／重篤度、対象の種類または健康状態の
ような公知の基準に従って、選択または決定されるであろう。
【００２２】 本発明の産物は、下記のようにして同定された。 ＧＢＳ（Ｍ７３２株）染色体ＤＮＡの部分遺伝子ライブラリは、プラスミドベク
ターｐＦＷ−ｐｈｏＡ１、ｐＦＷ−ｐｈｏＡ２およびｐＦＷ−ｐｈｏＡ３を用い
て調製した（Ｐｏｄｂｉｅｌｓｋｉ、Ａ．ら、１９９６．Ｇｅｎｅ １７７：１
３７−１４７）。これらのプラスミドは、構成要素中にスペクチノマイシンアデ
ニルトランスフェラーゼ抗生物質耐性マーカーを有しており、これは、高度のス
ペクチノマイシン耐性を付与し、それゆえに容易に選択される。さらに、これら
のベクターは、アルカリホスファターゼの切断された（リーダーレス）Ｅｓｃｈ
ｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｐｈｏＡ遺伝子を有している。前記の３個のベクタ
ーは、上流インフレームＢａｍＨＩ制限酵素部位に比較して、読み取り枠の点に
関してのみ異なっている。この切断されたＥ．ｃｏｌｉ ｐｈｏＡ遺伝子は菌膜
を介したこの酵素のエクスポートのためのリーダー配列を欠失しているので、こ
れらのプラスミドがＥ．ｃｏｌｉ ｐｈｏＡ変異体（例 ＤＨ５アルファ）中で
増殖するとき、細胞外アルカリホスファターゼ活性はない。発色性のアルカリホ
スファターゼ基質であるＸＰ（５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリル−ホス
フェート）は未改変の菌細胞に入らないので、エクスポートまたは表面結合アル
カリホスファターゼ活性のみが検出できる。エクスポートまたは表面結合アルカ
リホスファターゼ活性が存在するとき、発色性のＸＰ基質は切断され、青色の色
素を産生し、対応する菌コロニーは、それらの青色によって識別される。
【００２３】 プラスミドＤＮＡをＢａｍＨＩで完全に消化し、エビアルカリホスファターゼを
用いて脱リン酸した。ＧＢＳゲノムＤＮＡはＳａｕ３ＡＩで部分消化し、ショ糖
勾配でサイズ分画し、調製したｐＦＷ−ｐｈｏＡベクター中に大きさが１ｋｂ未
満の断片を連結した。Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＨ５アルファ株は機能的ｐｈｏＡ遺伝子
を欠失しているので、それをクローニング宿主として選択した。組換えプラスミ
ドは、スペクチノマイシン１００マイクログラム／ｍｌおよび発色性基質４０マ
イクログラム／ｍｌを含有するルリア（Ｌｕｒｉａ）寒天上で選択した。リーダ
ーレスｐｈｏＡ遺伝子のエクスポートシグナル配列に相補性のＧＢＳインサート
ＤＮＡを有するプラスミドを保有するＥ．ｃｏｌｉ形質転換体を、コロニーの青
色によって識別した。ＧＢＳインサートＤＮＡを有する異なる組換えプラスミド
を約３０、０００個、このようにしてスクリーニングし、リーダーレスｐｈｏＡ
に相補性の組変えプラスミド８３個をさらに調べるために選択した。
【００２４】 これらの実験から数個のクローンを選択したが、各クローンは、リーダーレスｐ
ｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその部分）を有するプラスミドを含有していた
。
【００２５】 各クローン中の遺伝子を同定した後、全長遺伝子配列を下記のように入手するこ
とが可能である。
【００２６】 同定し配列決定した遺伝子断片を用いて、オリゴヌクレオチドプライマーをゲノ
ムＤＮＡ配列決定のために設計した。これらのプライマーは、入手した配列から
“外”方向に配列するように設計した。いったん読み取られた時点で、得られた
配列を遺伝子の５’および３’末端に到達したかどうかを調べるために調べた。
これらの特性の存在は、相同配列に対して調べることによって確認し、５’末端
のためには、シャインダルガルノ（Ｓｈｉｎｅ−Ｄａｌｇａｒｎｏ）配列が先行
するＡＵＧスタートコドン（または容認された同等物）の存在を、さらに、３’
末端のためには、翻訳終止（ストップ）コドンの存在を調べた。
【００２７】 全長遺伝子を同定した時点で、全長産物増幅のためにプライマーを設計した。使
用したプライマーは制限酵素認識部位（５’末端のＮｃｏＩおよび３’末端のＥ
ｃｏ０１０９Ｉ）を含み、使用したラクトコッカス発現系への産物のその後のク
ローニングを可能とした。
【００２８】 ＰＣＲはこのプライマーを用いて実施し、産物をｐＣＲ２．１クローニングベク
ター（ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ）中にクローニングした。クローニングした断片の
存在を確認した後、このＤＮＡを制限酵素ＮｃｏＩおよびＥｃｏ０１０９Ｉを用
いて切断した。
【００２９】 この断片を挿入したベクターは、ｐＮＺＺ８０４８の改変体であった（Ｋｕｉｐ
ｅｒｓ、Ｏ．Ｐ．ら（１９９８）、Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈ ６４：１５−２１）。
このベクターはラクトコッカス複製開始点、クロラムフェニコール耐性マーカー
、誘導可能ナイシンプロモータおよびマルチクローニングサイトを保有しており
、このマルチクローニングサイトを２個の１０Ｘ Ｈｉｓタグで置換することで
このベクターを改変し、５最末端でＮｃｏＩ部位に隣接させ、マルチクローニン
グサイト（Ｅｃｏ０１０９０Ｉを含む）およびＨｉｓタグの３’末端のストップ
（終止）コドンによって、中央で分断した。
【００３０】 問題の遺伝子を挿入して、コード領域に対して３’位置に１０Ｘ Ｈｉｓタグが
あるようにした。組換えプラスミドのＬ．ｌａｃｔｉｓ（ＮＺ９０００株−Ｋｕ
ｉｐｅｒｓ、Ｏ．Ｐ．ら（１９９８）同上）への形質導入後、培養液４００ｍｌ
を調製し、ナイシンを前記培養液に添加することによってたんぱく質の翻訳を誘
発した。２時間インキュベーションした後、細胞を採取し、かつビーズ攪拌によ
って溶菌させた。生成した溶菌物を遠心分離によって透明にし、その後、金属ア
フィニティ（Ｔａｌｏｎ、Ｃｌｏｎｅｔｅｃｈ）カラムを通過させた。結合した
たんぱく質がイミダゾールによって溶出されるまで、このカラムを繰り返し洗浄
した。
【００３１】 Ｈｉｓタグ組換えたんぱく質を含む分画を識別するため、各分画の等分標本をＳ
ＤＳ−ＰＡＧＥによって解析し、ウェスタンブロットを行い、抗Ｈｉｓ抗体でプ
ローブした。
【００３２】 得られた組換えたんぱく質をその後用いてニュージーランド白色ウサギを免疫し
、免疫前血清を免疫前に採取した。ブースト後ウサギを犠牲にし、その血清を採
取した。この血清をウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡおよび動物予防モデルに用
いた。
【００３３】 動物研究から得られた血清を用いて、免疫吸着研究を実施した。 ストレプトコッカスＢ群は、Ｔｏｄｄ Ｈｅｗｉｔｔ培養液（ＴＨＢ）２０ｍｌ
中で８時間増殖させ、採取後、ＰＢＳ ５ｍｌ中に再懸濁させた。この等分標本
５０マイクロリットルずつを９６穴プレート（Ｎｕｎｃ Ｉｍｍｕｎｏ−Ｓｏｒ
ｂ）中のウェルを被覆した。これを一晩４℃で放置し、菌をプレート上に吸着さ
せた。プレートをＰＢＳで２回洗浄し、その後、３％ＢＳＡによってＰＢＳ中で
１時間、３７℃でブロックした。再度プレートを洗浄した。この血清を順次１０
倍希釈したものをＰＢＳで調製し、これらの希釈物の５０マイクロリットルを前
記プレートのウェル中に正・副２通りに添加した。プレートにカバーをし、３７
℃で１時間インキュベーションした。プレートを洗浄し、その後、５０マイクロ
リットルの抗ウサギアルカリホスファターゼ結合二次抗体を濃度１：５０００で
各ウェルに添加した。３７℃で１時間インキュベーションした後、プレートを再
度洗浄した。基質（ＰＮＰＰ）５０マイクロリットルを各ウェルに添加し、吸光
度が４０５ｎｍで読み取れるまで反応を３０分間進行させた。
【００３４】 動物予防研究も同様に実行し、免疫ウサギに及ぼす予防効果を試験した。 ＧＢＳ Ｍ７３２を、中期ｌｏｇ相に約５時間後到達するまでＴＨＢ中で増殖さ
せた。細胞を計数チェンバーで計数し、菌体を希釈し、免疫前または試験血清中
ｍｌ当たり２×１０7菌体の濃度になるようにした。この５０マイクロリットル
を０−１日齢のマウスに腹腔内注入した。このマウスを４８時間にわたり、その
生存を観察した。
【００３５】 下記の実施例は、本発明を例示する。 （実施例） 実施例１ 第１クローンは、配列番号２として識別されたアミノ酸配列を有する配列番号１
として識別された遺伝子配列を有しており、ｐｈｏ１−１３として分類された。
【００３６】 ｐｈｏ１−１３のアミノ酸配列比較を実行した。 ＧＢＳ ｐｈｏ１−１３遺伝子産物のホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉ
ｔｉｃａ、 Ａｑｕｉｆｅｘ ａｅｏｌｉｃｕｓ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ
ｐｙｌｏｒｉおよびＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅにおいて同
定できる。このＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓおよびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａホモログは
ゲノム配列データから同定し、この遺伝子または遺伝子産物の特性については、
全く注釈が得られなかった。他のすべての場合において、上記のホモログは、Ａ
ＴＰ依存性Ｃｌｐプロテアーゼタンパク質分解性サブユニットとして識別できる
。Ｃｌｐプロテアーゼの触媒活性の結果、ＡＴＰおよびマグネシウム存在下にお
いてたんぱく質の小ペプチドへの加水分解が起こる（Ｇｉｆｆａｒｄ、Ｐ．Ｍ．
ら、１９９３．Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１３９：９１３−９２０）。
さらに、ＣｌｐプロテアーゼのＣｌｐＰ成分は、ヒートショック応答の一部とし
て誘発されることが明らかになっており（Ｋｒｏｈ、Ｈ．Ｅ．およびＬ．Ｄ．Ｓ
ｉｍｏｎ．１９９０．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７２：６０２６−６０３４）
、さらに、このサブユニットまたはその完全タンパク質分解ドメインが菌表面に
結合するらしい。 上記のようにして実行した免疫研究によって、下記の結果が得られた。
【００３７】
【表１】
【００３８】 実施例２ ｐｈｏ１−１４と命名したプラスミドを含有する第２クローンを選択した。この
プラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその部分
）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列をそれぞれ、配列番
号３および４として示した。 ｐｈｏ１−１４のアミノ酸配列の比較を行った。
【００３９】 ＧＢＳ ｐｈｏ１−１４遺伝子産物に対するホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ
ｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓおよ
びＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅで同定できる。これらの
ホモログはゲノム配列データから同定し、この遺伝子または遺伝子産物の特性に
ついては、全く注釈が得られなかった。さらに、２個の可能なホモログも、同様
に、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ（ＳｐａＲ）およびＹｅｒｓｉｎｉａ
ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（ＹｓｃＴ）から同定した。これら後
者の２個のホモログは関連たんぱく質であり、菌膜に固定されていると考えられ
た（Ｂｅｒｇｍａｎ、Ｔ．ら、１９９４．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７６：２
６１９−２６２６）。Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉにおいて、ｓｐａＲ遺伝子の産物は
、上皮細胞の侵入にとって重要であると明らかにされている（Ｓａｓａｋａｗａ
、Ｃ．ら、１９９３．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７５：２３３４−２３４６）
。さらに、ｓｐａＲ遺伝子の産物もまた、侵入プラスミド抗原の表面提示のため
に必要である。Ｙ．ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓにおけるアナログた
んぱく質は、Ｙｏｐ分泌系の成分であり、同様に、この生物中における毒性に重
要である。
【００４０】 実施例３ ｐｈｏ１−５と命名されたプラスミドを含有する第３クローンを選択した。この
プラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその部分
）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号５およ
び６として示した。 ｐｈｏ１−５のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ１−５遺伝子産物に対するホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃ
ｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｒｎｏｓｕ
ｓ（ｓｃｅＡ）で同定できる。Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓホモログは、ゲノム配列デ
ータから同定し、この遺伝子または遺伝子産物の特性については、全く注釈が得
られなかった。さらに、Ｓ．ｃａｒｎｏｓｕｓ由来ｓｃｅＡ遺伝子産物の機能に
ついては、ほとんど情報が得られない。このｓｃｅＡ遺伝子産物は、Ｌａｃｔｏ
ｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ由来凝集促進たんぱく質に対して一部配列類
似性を示す。ｓｃｅＡ遺伝子産物の分析に基づくと、この分子は保存良好なシグ
ナル配列を含有しており、明らかに、分泌されるかまたは菌細胞表面に結合して
いる。
【００４１】 実施例４ ｐｈｏ３−３と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。こ
のプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその部
分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号７お
よび８として示した。
【００４２】 ｐｈｏ３−３のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ３−３遺伝子産物に対するホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃ
ｕｓ ｍｕｔａｎｓ（ｒｍｉＣ）、（ｃｐｓＭ）Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよ
びＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓで同定できる。このＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓホモログは、
ゲノム配列データから同定し、この遺伝子または遺伝子産物の特性については、
全く注釈が得られなかった。さらに、Ｓ．ｐｎｅｕｎｏｍｉａｅにおいて、この
ホモログは、ｄＴＤＰ−４−ケト−デオキシグルコース−３、５−エピメラーゼ
として同定できる。他の２つの場合において、上記のホモログは、ｄＴＤＰ−４
−ケト−Ｌ−ラムノースレダクターゼ（ｒｍｌＣ）として同定できる。Ｓ．ｍｕ
ｔａｎｓにおいて、この酵素をコードする遺伝子はｒｍｌＣであり、ｒｍｌ座の
一部である。ｒｍｌ座は、Ｓ．ｍｕｔａｎｓ多糖きょう膜中のラムノース成分の
直近の前駆体であるｄＴＤＰ−ラムノースの生合成に関与する酵素に対して有意
な類似性を示す３個の遺伝子から構成されている（Ｔｓｕｋｉｏｋａ、Ｙ．ら、
１９９７．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７９：１１２６−１１３４）。アナログ
座もまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ中において同定されている（Ｃｏｆｆｅｙ
、Ｔ．Ｊ．ら．１９９８．Ｍｏｌ．Ｍｉｃｏｂｉｏｌ．１７：７３８３−）。ほ
とんどすべてのストレプトコッカス類は、細胞壁結合多糖類中にラムノースを有
していることを特徴としており（Ｓｃｈｌｅｉｆｅｒ、Ｋ．Ｈ．およびＲ．Ｋｉ
ｌｐｅｒ−Ｂａｌｚ．１９８７．Ｓｙｓｔ．Ａｐｐｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１
０：１−１９）、ｄＴＤＰ−４−ケト−Ｌ−ラムノースレダクターゼがストレプ
トコッカス中の外表面に結合している可能性は極めて高い。
【００４３】 実施例５ ｐｈｏ２−１０と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。
このプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその
部分）を含んでいた。 ヌクレオチド配列を配列番号９に示した。これから、上流および下流コード領域
を同定し、推定アミノ酸配列を、配列番号１０および１１として示した。 ｐｈｏ２−１０のアミノ酸配列の比較を行った。
【００４４】 ＧＢＳ ｐｈｏ２−１０遺伝子産物に対するホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ
ｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｄ
ｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ（ｈａｔＩ）およびＥｓｃ
ｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（ｔｒｋＤ）中で同定できる。このＳ．ｐｙｏｇｅ
ｎｅｓおよびＥ．ｆａｅｃａｌｉｓホモログは、ゲノム配列データから同定し、
この遺伝子または遺伝子産物の特性については、全く注釈が得られなかった。酵
母Ｄ．ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓにおいて、ｈａｋ１遺伝子は、大腸菌由来ｔｒ
ｋＤ遺伝子のホモログである（Ｂａｎｕｅｌｏｓ、Ｍ．Ａ．ら、１９９５．ＥＭ
ＢＯ Ｊ．１４：３０２１−３０２７）。大腸菌のｔｒｋＤ遺伝子は、ｋｕｐカ
リウム取り込み系の一部である。ここで同定した具体的ホモログは、ｋｕｐ系カ
リウム取り込みたんぱく質である。このｋｕｐ系は、Ｅ．ｃｏｌｉ中において重
要な構成要素であるカリウム取り込み系である。ｋｕｐ系カリウム取り込みたん
ぱく質は極めて疎水性のＮ末端を含有しており、これは、少なくとも１２回膜に
貫通していると予測される。Ｋｕｐは、他の公知の膜たんぱく質配列と相同では
ない。ＡＴＰ結合を示唆するものはなく、この系が化学的浸透勾配によって稼動
していると提唱されている（Ｓｃｈｌｅｙｅｒ、Ｍ．＆Ｅ．Ｐ．Ｂａｋｋｅｒ、
１９９３．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７５：６９２５−６９３１）。
【００４５】 実施例６ ｐｈｏ２−１５と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。
このプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその
部分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号１
２および１３として示した。
【００４６】 ｐｈｏ２−１５のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ２−１５遺伝子産物に対するホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ
ｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ
ｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓおよびＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉ
ａ ｃｏｌｉ（ｇａｔＣおよびＳｇｃＣ）中で同定できる。このＳ．ｐｙｏｇｅ
ｎｅｓ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＥ．ｆａｅｃａｌｉｓホモログは、ゲ
ノム配列データから同定し、この遺伝子または遺伝子産物の特性については、全
く注釈が得られなかった。Ｅ．ｃｏｌｉ中において、ｇａｔＣおよびｓｇｃＣ遺
伝子産物は、主要炭水化物活性トランスポートシステムであるホスホエノールピ
ルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）のＩＩＣ成分として同
定できる。ＰＴＳ系において、ＩＩＣ成分は、典型的には、細胞外炭水化物の結
合に関与しており、ＩＩＤ成分と錯体を形成し、膜チャンネルを構成する（Ｎｏ
ｂｅｌｍａｎｎ、Ｂ．およびＪ．Ｗ．Ｌｅｎｇｅｌｅｒ．１９９５．Ｂｉｏｃｈ
ｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．１２６２：６９−７２）。
【００４７】 実施例７ ｐｈｏ２−２と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。こ
のプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその部
分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、それぞれ、配
列番号１４および１５として示した。
【００４８】 ｐｈｏ２−２のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ２−２遺伝子産物に対するホモログは、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕ
ｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（ｍａｌＫおよびａ
ｆｕＣ）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ（ｇｌｎＯ）、Ｈａｅｍｏｐｈ
ｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（ｙｅｂＭおよびｐｏｔＡ）、Ｓｔｒｅｐｔｏ
ｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏ
ｎｉａｅおよびＳａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ（ｍａｌＫ）中
で同定できる。このＥ．ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓおよびＳ．ｐ
ｎｅｕｍｏｎｉａｅホモログは、ゲノム配列データから同定し、この遺伝子また
は遺伝子産物の特性については、全く注釈が得られなかった。その他のすべての
場合において、ホモログは、ＡＢＣ型トランスポーターの一部であるＡＴＰ結合
トランスポートたんぱく質を表していた。ＡＢＣ型トランスポーターの成分の多
くは、これらの系が細胞外環境から細胞内コンパートメントへの巨大分子トラン
スポートに関与しているので、膜または細胞表面に結合している。
【００４９】 実施例８ ｐｈｏ３−１４と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。
このプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその
部分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号１
６および１７として示した。
【００５０】 ｐｈｏ３−１４のアミノ酸配列の比較を行い、公表されたデータベースのいずれ
においてもホモログは全く同定できなかった。ＧＢＳ ｐｈｏ３−１４遺伝子産
物に対するホモログが１個、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓに
おいて同定でき、このホモログはゲノム配列データから同定できたが、この遺伝
子または遺伝子産物の特性については、全く注釈が得られなかった。このＳ．ｐ
ｙｏｇｅｎｅｓホモログを用いて公表されたデータベースをサーチしたが、それ
以上の情報は全く得られなかった。このｐｈｏ３−１４産物は、リーダーレスｐ
ｈｏＡ遺伝子に相補性であったので、このたんぱく質（またはその一部）が細胞
外に局在する可能性が極めて高いであろうと結論できる。
【００５１】 実施例９ ｐｈｏ３−１７と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。
このプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその
部分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号１
８および１９として示した。
【００５２】 ｐｈｏ３−１７のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ３−１７遺伝子産物に対するホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ
ｃｕｓ ｍｕｔａｎｓおよびＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ中で同定で
き、Ｎ−アセチルムラミダーゼに対する類似性が示された。類似性は、また、非
同定遺伝子であるＢａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ由来のｙｕｅＥについて
も見られる。
【００５３】 Ｎ−アセチルムラミダーゼは、細胞分割に関与する自己分解酵素である。この限
定された情報をｐｈｏ３−１７がリーダーレスｐｈｏＡ遺伝子と相互性であった
という事実とともに用いて、ｐｈｏ３−１７産物が、細胞外に局在する可能性が
極めて高いであろうと結論できる。
【００５４】 実施例１０ ｐｈｏ３−１８と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。
このプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその
部分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号２
０および２１として示した。
【００５５】 ｐｈｏ３−１８のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ３−１８遺伝子産物に対するホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ
ｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎ
ｉａｅ中で同定できる。これらのホモログは、ゲノム配列データから同定し、こ
の遺伝子または遺伝子産物の特性については、全く注釈が得られなかった。これ
らのＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓおよびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅを用いて公表された
データベースをサーチし、外表面および膜分布たんぱく質に対する部分的類似性
が示された。このＯＲＦ３−１８産物は、リーダーレスｐｈｏＡ遺伝子に相補性
であったので、このたんぱく質（またはその部分）が細胞外に局在する可能性が
極めて高いと結論できる。
【００５６】 実施例１１ ｐｈｏ３−１と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。こ
のプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその部
分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号２２
および２３として示した。
【００５７】 ｐｈｏ３−１のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ３−１遺伝子産物に対するホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃ
ｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ
、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ（ｙｕｔＤ）およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃ
ｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ中で同定できる。このＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓ．ｐ
ｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＥ．ｆａｅｃａｌｉｓホモログは、ゲノム配列データ
から同定し、この遺伝子または遺伝子産物の特性については、全く注釈が得られ
なかった。Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓにおいて、ｙｕｔＤ遺伝子産物の機能は不明で
ある。しかし、このｙｕｔＤ遺伝子が細胞壁合成に関与している遺伝子を含有す
る領域中のＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ染色体中に局在していることを指摘できる。こ
のＤＮＡ配列がリーダーレスｐｈｏＡ遺伝子に相補性であるという事実は、この
遺伝子産物が細胞外に局在していることを示唆している。
【００５８】 実施例１２ ｐｈｏ３−２１と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。
このプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその
部分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号２
４および２５として示した。
【００５９】 ｐｈｏ３−２１のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ３−２１遺伝子産物に対するホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ
ｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ
ｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（ｂｓｐＡ）およびＬａ
ｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ（ｃｎｂ）中で同定できる。このＳ．
ｐｙｏｇｅｎｅｓおよびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅホモログは、ゲノム配列デー
タから同定し、この遺伝子または遺伝子産物の特性については、全く注釈が得ら
れなかった。Ｌ．ｆｅｒｍｅｎｔｕｍにおいて、ｂｓｐＡ遺伝子産物は、菌溶質
結合たんぱく質のＩＩＩ族にやや配列類似性を有している塩基性の細胞表面局在
たんぱく質として同定されている（Ｔｕｒｎｅｒ、Ｍ．Ｓ．ら、１９９７、Ｊ．
Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７９：３３１０−３３１６）。Ｌ．ｒｅｕｔｅｒｉにお
いて、ｃｎｂ遺伝子産物は、菌ＡＢＣトランスポーターの溶質結合成分に対して
やや配列類似性を有しているコラーゲン結合たんぱく質として同定されている（
Ｒｏｏｓ、Ｓ．ら、１９９６、ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｌｅｔｔ．１４
４：３３−３８）。
【００６０】 実施例１３ ｐｈｏ３−２２と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。
このプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその
部分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号２
６および２７として示した。
【００６１】 ｐｈｏ３−２２のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ３−２２遺伝子産物に対するホモログは、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃ
ｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｅｑｕｉｓｉｍｉｌｉ
ｓ（ｌｐｐＣ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ（ｏｐｒＩ
）およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（ｏｒｆ１４
２）中で同定できる。このＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓホモロ
グは、ゲノム配列データから同定し、この遺伝子または遺伝子産物の特性につい
ては、全く注釈が得られなかった。Ｓ．ｅｑｕｉｓｉｍｉｌｉｓにおいて、ｌｐ
ｐＣ遺伝子は、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ由来のＥ（Ｐ４
）外膜たんぱく質に相同なリポプロテインとして同定されている（Ｇａｓｅ、Ｋ
．ら、１９９７．Ｍｅｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８６：６３
−７３）。同様に、Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ ｏｐｒＩ遺伝子は、主要外膜
リポプロテインをコードする（Ｃｏｒｎｅｌｉｓ、Ｐ．ら、１９８９．Ｍｏｌ．
Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３：４２１−４２８）。Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓに
おいて、ｏｒｆ１４２産物は、バクテリオファージＴＰ−Ｊ３４およびＳｆｉ２
１のためのレセプターとして作用することができる細胞表面露出リポプロテイン
として推定上同定されている（Ｎｅｖｅ、Ｈ．ら、１９９８．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ
２４１：６１−７２）。このＯＲＦ３−２２産物は、上記のホモログに対して
特にＮ末端において良好な類似性を示した。これは、リーダーレスｐｈｏＡ遺伝
子の相補性に必要な領域である可能性が高く、従って、リーダー配列として作用
する。
【００６２】 実施例１４ ｐｈｏ３−２３と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。
このプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその
部分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号２
８および２９として示した。
【００６３】 ｐｈｏ３−２３のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ３−２３遺伝子産物に対するホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ
ｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ
ｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃ
ｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ（ｐｅｒＭ）中で同定できる。このＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ
、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＥ．ｆａｅｃａｌｉｓホモログは、ゲノム配
列データから同定し、この遺伝子または遺伝子産物の特性については、全く注釈
が得られなかった。Ｓ．ｍｕｔａｎｓにおいて、ｐｅｒＭ遺伝子産物は、パーミ
アーゼとして推定的に同定されているが、このタンパク質の機能に関する他の情
報は全く得られていない。ｐｈｏ３−２３コード領域がリーダーレスｐｈｏＡ遺
伝子に相補性であることを考えると、ｐｈｏ３−１７遺伝子産物が細胞外に局在
しているであろうと結論できる。
【００６４】 実施例１５ ｐｈｏ３−２４と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。
このプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその
部分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号３
０および３１として示した。
【００６５】 ｐｈｏ３−２４のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ３−２４遺伝子産物に対するホモログは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ
ｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ（ｄｌｔＢ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍ
ｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃ
ｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｙ（ｄ
ｌｔＢ）およびＢａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ（ｄｌｔＢ）中で同定でき
る。このＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓおよびＥ．ｆａｅｃ
ａｌｉｓホモログはゲノム配列データから同定し、この遺伝子または遺伝子産物
の特性については、全く注釈が得られなかった。Ｓ．ｍｕｔａｎｓ、Ｌ．ｃａｓ
ｅｉおよびＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓにおいて、ｄｌｔＢ遺伝子産物は細胞膜を介し
た活性化Ｄ−アラニンのトランスポートに関与する塩基性膜タンパク質として同
定されている。このｄｌｔＢ遺伝子産物は、Ｄ−アラニル−リポテイコ酸の生合
成に関与している（Ｈｅａｔｏｎ、Ｍ．Ｐ．およびＦ．Ｃ．Ｎｅｕｈａｕｓ．１
９９２．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７４：４７０７−４７１７）。Ｌ．ｃａｓ
ｅｉおよびＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓにおいて、ｄｌｔＢ遺伝子産物は少なくとも９
個の膜分布ドメインを有していると考えられており、このことは、前記タンパク
質またはその部分が細胞外部に露出していることを示唆している。
【００６６】 実施例１６ ｐｈｏ３−２９と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。
このプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその
部分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号３
２および３３として示した。
【００６７】 ｐｈｏ３−２９のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ３−２９遺伝子産物に対するホモログは、Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂ
ｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ（ｐ２３またはｏｓｐＣ）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖ
ｉｓ（ｏｗｐ）およびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（ｏｐｒ
Ｉ）中で同定できる。これらのホモログは互いに関連していないが、それらは、
すべて、主要外表面タンパク質をあらわしている。Ｓ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ
において、ｏｓｐＣ遺伝子産物は、この菌の表面上で免疫決定抗原である２３−
ｋＤａたんぱく質として同定されている（Ｐａｄｕｌａ、Ｓ．Ｊ．ら、１９９３
．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．６１：５０９７−５１０５）。Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ
由来ｏｗｐ遺伝子産物は、表面層ラティス構造に関与する２個の主要細胞壁タン
パク質のひとつである（Ｔｓｕｂｏｉ、Ａ．１９８８．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ
．１７０：９３５−９４５）。最後に、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来ｏｐｒＩ
遺伝子は、主要外膜リポプロテイン前駆体をコードする（Ｓａｉｎｔ−Ｏｎｇｅ
、Ａ．ら、１９９２．Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１３８：７３３−７４
１）。
【００６８】 実施例１７ ｐｈｏ３−５０と命名されたプラスミドを含有するクローンをさらに選択した。
このプラスミドは、前記のリーダーレスｐｈｏＡに相補性の遺伝子（またはその
部分）を含んでいた。このヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、配列番号３
４および３５として示した。
【００６９】 ｐｈｏ３−５０のアミノ酸配列の比較を行った。 ＧＢＳ ｐｈｏ３−５０遺伝子産物に対するホモログは、さまざまのストレプト
コッカス（ｐｅｎＡ、ｐｂｐ２Ｂ、ｐｂｐＢ２）、Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇ
ｄｏｒｆｅｒｉ（ｐｂｐ２）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ（
ｐｂｐＣ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（ｐｂｐＡ）、Ｍｙ
ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ（ｐｂｐＢ）およびＨｅｌｉｃｏｂａｃ
ｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ（ｐｂｐ２）中で同定できる。すべての場合において、上
記のホモログは、ペニシリン結合タンパク質（ＰＢＰｓ）として同定できる。ペ
ニシリン結合タンパク質をコードする遺伝子は、しばしば、細胞壁合成に関連す
る遺伝子クラスターに局在する（Ｐｕｃｃｉ、Ｍ．Ｊ．ら、１９９７．Ｊ．Ｂａ
ｃｔｅｒｉｏｌ．１７９：５６３２−５６３５）。さらに、ＰＢＰは、典型的に
は、菌の細胞壁中に取り込まれ、タンパク質の一部または全体が菌外表面に露出
している。
【配列表】
【手続補正書】特許協力条約第３４条補正の翻訳文提出書
【提出日】平成１３年２月８日（２００１．２．８）
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ａ６１Ｐ 31/04 Ｃ０７Ｋ 14/315 Ｃ０７Ｋ 14/315 16/12 16/12 Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/19 1/19 1/21 1/21 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ 5/10 33/50 Ｚ Ｇ０１Ｎ 33/15 33/569 Ｆ 33/50 Ｃ１２Ｎ 15/00 Ａ 33/569 5/00 Ａ (31)優先権主張番号 ９８２８３５２．６ (32)優先日 平成10年12月22日(1998．12．22) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９８２８３５５．９ (32)優先日 平成10年12月22日(1998．12．22) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９８２８３５４．２ (32)優先日 平成10年12月22日(1998．12．22) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９８２８３４９．２ (32)優先日 平成10年12月22日(1998．12．22) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９８２８３４５．０ (32)優先日 平成10年12月22日(1998．12．22) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９８２８３５０．０ (32)優先日 平成10年12月22日(1998．12．22) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９８２８３５７．５ (32)優先日 平成10年12月22日(1998．12．22) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９８２８３５６．７ (32)優先日 平成10年12月22日(1998．12．22) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９９０００８４．６ (32)優先日 平成11年１月４日(1999．1．4) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９９０００８２．０ (32)優先日 平成11年１月４日(1999．1．4) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９９０００８５．３ (32)優先日 平成11年１月４日(1999．1．4) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９９０００８６．１ (32)優先日 平成11年１月４日(1999．1．4) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９９０００８３．８ (32)優先日 平成11年１月４日(1999．1．4) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９９０１９１６．８ (32)優先日 平成11年１月28日(1999．1．28) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (31)優先権主張番号 ９９０１９２２．６ (32)優先日 平成11年１月28日(1999．1．28) (33)優先権主張国 イギリス（ＧＢ） (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ )，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ， ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ， ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，Ｃ Ｒ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ， ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，Ｋ Ｚ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ， ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，Ｓ Ｋ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ (72)発明者 サンタンジェロ， ジョセフ デイビッド イギリス国 アールジー41 ５ティーユー バークシャイアー、ウォッキンガム、ウ ィナーシュ トライアングル、エスクデー ル ロード 545、マイクロサイエンス リミテッド (72)発明者 レイン， ジョナサン ダグラス イギリス国 アールジー41 ５ティーユー バークシャイアー、ウォッキンガム、ウ ィナーシュ トライアングル、エスクデー ル ロード 545、マイクロサイエンス リミテッド (72)発明者 エベレスト， ポール イギリス国 ジー84 ９ジェイジェイ ダ ンバートンシャイアー、ヘレンスバーグ、 レッドクライフェ ガーデンズ 16 (72)発明者 フェルドマン， ロバート イギリス国 アールジー41 ５ティーユー バークシャイアー、ウォッキンガム、ウ ィナーシュ トライアングル、エスクデー ル ロード 545、マイクロサイエンス リミテッド (72)発明者 ムーア， ジョアン クリスティン イギリス国 アールジー41 ５ティーユー バークシャイアー、ウォッキンガム、ウ ィナーシュ トライアングル、エスクデー ル ロード 545、マイクロサイエンス リミテッド (72)発明者 ウィルソン， レベッカ ケリー イギリス国 ダブリュー14 ８ユージェイ ロンドン、ウエスト ケンジントン、モ ーニントン アベニュー ５ (72)発明者 ドブソン， リチャード ジェイムズ イギリス国 アールジー41 ５ティーユー バークシャイアー、ウォッキンガム、ウ ィナーシュ トライアングル、エスクデー ル ロード 545、マイクロサイエンス リミテッド (72)発明者 ドゥーガン， ゴードン イギリス国 エスダブリュー７ ２エーゼ ット ロンドン、 エキシビジョン ロー ド、デプト オブ バイオケミストリー、 アイ・シー・エス・ティー・エム Ｆターム(参考） 2G045 AA28 AA29 CB03 CB21 DA12 DA13 DA14 DA36 FB03 4B024 AA01 AA13 BA80 CA03 DA05 EA04 GA11 HA09 HA12 4B065 AA01X AA53Y AB01 AC14 BA02 CA24 CA45 CA46 4C085 AA03 BA14 DD86 FF01 4H045 AA11 CA11 DA76 DA86 EA31 EA52 FA74

Claims (12)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】ストレプトコッカスＢ群から得られる本文でｐｈｏ１−１３、ｐｈ
    ｏ３−２１、ｐｈｏ２−１５、ｐｈｏ３−１８、ｐｈｏ３−２２、ｐｈｏ３−３
    、ｐｈｏ３−１７、ｐｈｏ２−２、ｐｈｏ１−５、ｐｈｏ３−１、ｐｈｏ３−２
    ３、ｐｈｏ３−５０、ｐｈｏ１−１４、ｐｈｏ２−１０、ｐｈｏ３−１４、ｐｈ
    ｏ３−２４およびｐｈｏ３−２９として識別した遺伝子のいずれか、そのホモロ
    グまたは機能断片を含むオペロンによってコードされるペプチド。
  2. 【請求項２】配列番号２、４、６、８、１０、１１、１３、１５、１７、１９、
    ２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３および３５として本文で識別したア
    ミノ酸配列のいずれかを含む請求項１記載のペプチド。
  3. 【請求項３】治療用途のための請求項１または２記載のペプチド。
  4. 【請求項４】治療用途のための請求項１または２記載のペプチドをコードするポ
    リヌクレオチド。
  5. 【請求項５】請求項１または２記載のペプチドを発現するべく形質転換された宿
    主。
  6. 【請求項６】請求項１または２記載のペプチドまたはその発現のための手段を含
    むワクチン。
  7. 【請求項７】潜在的薬物のスクリーニングまたは菌毒性検出のための請求項１乃
    至５のいずれかに記載の産物の用途。
  8. 【請求項８】菌感染に関連した状態の治療または予防のために使用される薬物の
    製造のための請求項１乃至５のいずれかに記載の用途。
  9. 【請求項９】前記感染がストレプトコッカスＢ群感染である請求項８記載の用途
    。
  10. 【請求項１０】前記感染が病巣感染である請求項８または請求項９記載の用途。
  11. 【請求項１１】前記感染が尿路感染である請求項８または請求項９記載の用途。
  12. 【請求項１２】請求項１または請求項２記載のペプチドに対して作製した抗体。
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