JP2002521495A - 核酸標識化合物 - Google Patents

核酸標識化合物

Info

Publication number
JP2002521495A
JP2002521495A JP2000562553A JP2000562553A JP2002521495A JP 2002521495 A JP2002521495 A JP 2002521495A JP 2000562553 A JP2000562553 A JP 2000562553A JP 2000562553 A JP2000562553 A JP 2000562553A JP 2002521495 A JP2002521495 A JP 2002521495A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
nucleic acid
alkyl
aryl
labeled compound
labeled
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2000562553A
Other languages
English (en)
Inventor
グレン エイチ． マクガル，
アンソニー ディー． バローン，
Original Assignee
アフィメトリックス インコーポレイテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by アフィメトリックス インコーポレイテッド filed Critical アフィメトリックス インコーポレイテッド
Publication of JP2002521495A publication Critical patent/JP2002521495A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/052—Imidazole radicals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06—Pyrimidine radicals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06—Pyrimidine radicals
    • C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/12—Triazine radicals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids

Abstract

(57)【要約】 ヘテロ環式誘導体を含む核酸標識化合物を開示する。ヘテロ環式誘導体含有化合物は、ヘテロ環式誘導体と環式基（例えば、リボフラノース誘導体）を縮合することによって合成される。標識化合物は、末端または内部のいずれかでの核酸に対する酵素的結合に適切であり、核酸検出の機構を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 （連邦政府委託研究により行われる発明の権利書） 本発明は、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｐｒｏｇｒａｍ ｏｆ
ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｓｔａｎｄａｒｄｓ
ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙにより与えられた７０ＮＡＮＢ５Ｈ１０３１と
契約を結び、政府の支援により行われた。
【０００２】 （技術分野） 本発明は核酸標識化合物に関する。より詳細には、本発明は、検出可能な部分
を含有する複素環式誘導体を提供する。本発明はまた、このような複素環式誘導
体の作製方法を提供する。本発明はさらに、この複素環式誘導体を核酸に結合さ
せる方法を提供する。
【０００３】 （背景技術） 病気の個体および健常な個体における遺伝子発現は、しばしば異なり、そして
特徴付け可能である。このような場合において、遺伝子発現をモニターする能力
は、医師に強力な診断ツールを提供する。この形態の診断は、腫瘍学の領域にお
いて特に重要であり、ここで癌遺伝子の過剰発現、または腫瘍サプレッサ遺伝子
の過小発現が腫瘍形成を引き起こすと考えられる。Ｍｉｋｋｅｌｓｏｎら、Ｊ．
Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１９９１，４６，３〜８を参照のこと。
【０００４】 遺伝子発現は、例えば、標的遺伝子の転写産物である核酸（例えば、ｍＲＮＡ
）を測定することによって、間接的にモニターされ得る。核酸は、検出可能部分
で化学的または生化学的に標識化され、公知の配列の局在的核酸プローブとハイ
ブリダイズし得る。プローブ位置で標識化された核酸の検出は、標的遺伝子が発
現したことを示す。国際出願公開ＷＯ９７／２７３１７、ＷＯ９２／１０５８８
およびＷＯ９７／１０３６５を参照のこと。
【０００５】 核酸の標識化は典型的に、検出可能基（ラベル）を内部または末端位に共有結
合することによって行われる。科学者は、酵素学的にオリゴヌクレオチドまたは
ポリヌクレオチドに取り込まれる、多数の検出可能ヌクレオチドアナログを報告
した。例えば、Ｌａｎｇｅｒらは、共有結合ビオチン部分を含有するｄＵＴＰお
よびＵＴＰのアナログを開示した。Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ
ＳＡ １９８１，７８，６６３３〜６６３７。以下に示されるこれらのアナログ
は、ピリミジン環のＣ−５位に結合されたアリルアミンリンカーアームを有する
。ｄＵＴＰおよびＵＴＰアナログ（ここで、ＲはＨまたはＯＨである）は、ポリ
ヌクレオチドに取り込まれた。
【０００６】
【化７】 Ｐｅｔｒｉｅらは、ｄＡＴＰアナログである、３−［５−［（Ｎ−ビオチニル
−６−アミノカプロイル）アミノ］ペンチル］−１−（２−デオキシ−β−Ｄ−
エリスロ−ペントフラノシル）−１Ｈ−ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジン−４
−アミン−５’−トリホスフェートを開示した。Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃ
ｈｅｍ．１９９１，２，４４１〜４４６。以下に示されるアナログは、３位を、
ビオチン部分に結合されるリンカーアームで修飾される。Ｐｅｔｒｉｅらは、Ｒ
がビオチンである化合物は、ニックトランスレーションによってＤＮＡに取り込
まれることを報告した。
【０００７】
【化８】 Ｐｒｏｂｅｒらは、各々がスクシニルフルオレセイン色素を含む、４つのジデ
オキシヌクレオチドのセットを開示した。Ｓｃｉｅｎｃｅ １９８７，２３８，
３３６〜３４１。これらのジデオキシヌクレオチド（これらのうちの１つが以下
に示される）は、プライマーのテンプレート定方向伸長（ｔｅｍｐｌａｔｅ ｄ
ｉｒｅｃｔｅｄ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）によってオリゴヌクレオチドに酵素学的
に取り込まれる。これらの化合物は、ゲル移動に基づくＤＮＡ配列決定法を提供
する。
【０００８】
【化９】 Ｈｅｒｒｌｅｉｎらは、４つのＤＮＡ塩基の修飾されたヌクレオシド三リン酸
を開示した。Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ １９９４，７７，５８６〜５９６
。これらの化合物（これらのうちの１つが以下に示される）は、放射性部分また
は蛍光性部分を含有する３’−アミノ基を含む。Ｈｅｒｒｌｅｉｎらはさらに、
ＤＮＡ鎖ターミネーターとしてのヌクレオシドアナログの使用を記載した。
【０００９】
【化１０】 Ｃｅｃｈらは、３’−アミノ官能化ヌクレオシド三リン酸を開示した。Ｃｏｌ
ｌｅｃｔ．Ｃｚｅｃｈ．Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．１９９６，６１，Ｓ２９７〜
Ｓ３００。これらの化合物（これらのうちの１つが以下に示される）は、アミノ
リンカーを通して３’位に結合されたフルオレセインを含有する。Ｃｅｃｈらは
、記載された官能化ヌクレオシドはＤＮＡ配列決定のためのターミネーターとし
て有用であることを提案した。
【００１０】
【化１１】 （発明の開示） 効率的に核酸に取り込まれ、容易に検出可能な組成物を提供する、新規の核酸
標識化合物の開発は、遺伝子分析技術に役立った。これは、例えば、遺伝子発現
のモニタリング、ならびに突然変異および多型現象の検出およびスクリーニング
において、役立つ。このような化合物は、核酸への酵素学的取り込みに適切でな
ければならない。さらに、標識化合物が結合される核酸は、プローブ（例えば、
相補的核酸）に結合するその能力を保持しなければならない。
【００１１】 本発明は、核酸に酵素学的に取り込まれ得る、核酸標識化合物を提供する。こ
れらの化合物が結合される核酸は、相補的核酸配列に結合するそれらの能力を維
持する。
【００１２】 本発明の核酸標識化合物は、以下の構造を有する： Ａ−Ｏ−ＣＨ2−Ｔ−Ｈc−Ｌ−（Ｍ）m−Ｑ ここで、Ａは、水素、または核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；
Ｔは、テンプレート部分であり；Ｈcは、複素環式基であり；Ｌは、リンカー部
分であり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、結合基であり、ここでｍは
、０〜約５の範囲の整数である。
【００１３】 一実施態様において、核酸標識化合物は以下の構造を有する：
【００１４】
【化１２】 ここで、Ａは、Ｈ、または核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；Ｘ
は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して、
Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1または
ＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり
；Ｌは、アミドアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、結合
基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である。
【００１５】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり
；Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり、ここでＲ1はＨ、アルキルまたはアリールであり
；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはア
リールであり；Ｌは、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、約
２〜約１０の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセイ
ンであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍは、１または
０である。
【００１６】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）4ＮＨ−であり；Ｑは、ビオチンであり；そ
してＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨであり、ここでｍは１である。
【００１７】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）4ＮＨ−であり；Ｑは、５−カルボキシフル
オレセインであり；そしてｍは０である。
【００１８】 一実施態様において、核酸標識化合物は以下の構造を有する：
【００１９】
【化１３】 ここで、Ａは、Ｈ、または核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；Ｘ
は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して、
Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1または
ＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり
；Ｌは、アミノアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、結合
基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である。
【００２０】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；
Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり、ここでＲ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；
Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリ
ールであり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、約２〜約１０
の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；
そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−またはＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5 ＮＨ−であり、ここでｍは、１または０である。
【００２１】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）4ＮＨ−であり；Ｑは、ビオチンであり；そしてｍは
０である。
【００２２】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）4ＮＨ−であり；Ｑは、５−カルボキシフルオレセイ
ンであり；そしてｍは０である。
【００２３】 一実施態様において、核酸標識化合物は以下の構造を有する：
【００２４】
【化１４】 ここで、Ａは、Ｈ、または核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；Ｘ
は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して、
Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1または
ＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり
；Ｌは、アルキニルアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、
結合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である。
【００２５】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；
Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり、ここでＲ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；
Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリ
ールであり；Ｌは、−Ｃ≡Ｃ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、約１〜約１
０の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり
；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍは、１または０である
。
【００２６】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−Ｃ≡ＣＣＨ2ＮＨ−であり；Ｑは、ビオチンであり；そしてｍは１
である。
【００２７】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−Ｃ≡ＣＣＨ2ＮＨ−であり；Ｑは、５−カルボキシフルオレセイン
であり；そしてｍは１である。
【００２８】 一実施態様において、核酸標識化合物は以下の構造を有する：
【００２９】
【化１５】 ここで、Ａは、Ｈ、または核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；Ｘ
は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して、
Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1または
ＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり
；Ｌは、アミノアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、結合
基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である。
【００３０】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；
Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり、ここでＲ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；
Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリ
ールであり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、約２〜約１０
の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；
そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−またはＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5 ＮＨ−であり、ここでｍは、１または０である。
【００３１】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）4ＮＨ−であり；Ｑは、ビオチンであり；そしてＭは
、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは１である。
【００３２】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）4ＮＨ−であり；Ｑは、５−カルボキシフルオレセイ
ンであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍは１である。
【００３３】 １つの実施態様において、核酸標識化合物は、以下の構造である：
【００３４】
【化１６】 ここで、Ａは、Ｈまたは核酸標識化合物が核酸に結合することを可能にする官能
基であり；Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は
、独立して、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、
ＳＲ1、またはＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまた
はアリールであり；Ｌは、官能基化されたアルキル、アルケニルアルキル、また
はアルキニルアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そして、Ｍは、結合
基であり、ここで、ｍは、０〜約３までの範囲の整数である。
【００３５】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり
；Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルま
たはアリールであり；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎ
は、約１〜約１０までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフ
ルオレセインであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ 2 ）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【００３６】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨＣＨ2ＮＨ−であり；Ｑは、ビオチンであり；そしてｍ
は０である。
【００３７】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨＣＨ2ＮＨ−であり；Ｑは、５−カルボキシフルオレセ
インであり；そしてｍは０である。
【００３８】 １つの実施態様において、核酸標識化合物は、以下の構造である：
【００３９】
【化１７】 ここで、Ａは、Ｈまたは核酸標識化合物が核酸に結合することを可能にする官能
基であり；Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は
、独立して、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、
ＳＲ1、またはＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまた
はアリールであり；Ｌは、官能基化されたアルキル、アルケニルアルキル、また
はアルキニルアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そして、Ｍは、結合
基であり、ここで、ｍは、０〜約３までの範囲の整数である。
【００４０】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり
；Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルま
たはアリールであり；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎ
は、約１〜約１０までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフ
ルオレセインであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ 2 ）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【００４１】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨＣＨ2ＮＨ−であり；Ｑは、ビオチンであり；そしてｍ
は０である。
【００４２】 別の実施態様において、Ｙは、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであ
り；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨＣＨ2ＮＨ−であり；Ｑは、５−カルボキシフルオレセ
インであり；そしてｍは０である。
【００４３】 本発明はまた、核酸標識化合物と核酸および相補的なプローブに結合された核
酸誘導体を含むハイブリダイゼーション産物とを結合させることによって生成さ
れる核酸誘導体を提供する。
【００４４】 １つの実施態様において、結合に使用される核酸標識化合物は、以下の構造で
ある：
【００４５】
【化１８】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約１
０までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインで
あり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０
である。
【００４６】 この核酸誘導体から形成されるハイブリダイゼーション産物は、相補的なプロ
ーブに結合された核酸誘導体を含む。１つの実施態様において、プローブは、ガ
ラスチップに結合される。
【００４７】 別の実施態様において、結合に使用される核酸標識化合物は、以下の構造であ
る：
【００４８】
【化１９】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約１０までの
範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そ
してＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5 ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【００４９】 この核酸誘導体から形成されるハイブリダイゼーション産物は、相補的なプロ
ーブに結合された核酸誘導体を含む。１つの実施態様において、プローブは、ガ
ラスチップに結合される。
【００５０】 別の実施態様において、結合に使用される核酸標識化合物は、以下の構造であ
る：
【００５１】
【化２０】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、−Ｃ≡Ｃ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約１〜約１０まで
の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；
そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である
。
【００５２】 この核酸誘導体から形成されるハイブリダイゼーション産物は、相補的なプロ
ーブに結合された核酸誘導体を含む。１つの実施態様において、プローブは、ガ
ラスチップに結合される。
【００５３】 別の実施態様において、結合に使用される核酸標識化合物は、以下の構造であ
る：
【００５４】
【化２１】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約１０までの
範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そ
してＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5 ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【００５５】 この核酸誘導体から形成されるハイブリダイゼーション産物は、相補的なプロ
ーブに結合された核酸誘導体を含む。１つの実施態様において、プローブは、ガ
ラスチップに結合される。
【００５６】 別の実施態様において、結合に使用される核酸標識化合物は、以下の構造であ
る：
【００５７】
【化２２】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約１〜約１０
までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであ
り；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（Ｃ
Ｈ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【００５８】 この核酸誘導体から形成されるハイブリダイゼーション産物は、相補的なプロ
ーブに結合された核酸誘導体を含む。１つの実施態様において、プローブは、ガ
ラスチップに結合される。
【００５９】 別の実施態様において、結合に使用される核酸標識化合物は、以下の構造であ
る：
【００６０】
【化２３】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約１〜約１０
までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであ
り；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（Ｃ
Ｈ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【００６１】 この核酸誘導体から形成されるハイブリダイゼーション産物は、相補的なプロ
ーブに結合された核酸誘導体を含む。１つの実施態様において、プローブは、ガ
ラスチップに結合される。
【００６２】 本発明はまた、核酸標識化合物を核酸に結合することによって核酸誘導体を合
成する方法を提供する。さらに、これは、プローブと共に核酸誘導体をインキュ
ベーションする工程を含む、核酸を検出する方法を提供する。
【００６３】 １つの実施態様において、核酸に結合される核酸標識化合物は、以下の構造で
ある：
【００６４】
【化２４】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約１
０までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインで
あり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０
である。
【００６５】 この核酸誘導体を使用する核酸検出方法は、プローブと誘導体のインキュベー
ションを含む。１つの実施態様において、プローブは、ガラスチップに結合され
る。
【００６６】 １つの実施態様において、核酸に結合される核酸標識化合物は、以下の構造で
ある：
【００６７】
【化２５】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約１０までの
範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そ
してＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5 ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【００６８】 この核酸誘導体を使用する核酸検出方法は、プローブと誘導体のインキュベー
ションを含む。１つの実施態様において、プローブは、ガラスチップに結合され
る。
【００６９】 １つの実施態様において、核酸に結合される核酸標識化合物は、以下の構造で
ある：
【００７０】
【化２６】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、−Ｃ≡Ｃ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約１〜約１０まで
の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；
そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である
。
【００７１】 この核酸誘導体を使用する核酸検出方法は、プローブと誘導体のインキュベー
ションを含む。１つの実施態様において、プローブは、ガラスチップに結合され
る。
【００７２】 １つの実施態様において、核酸に結合される核酸標識化合物は、以下の構造で
ある：
【００７３】
【化２７】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約１０までの
範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そ
してＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5 ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【００７４】 この核酸誘導体を使用する核酸検出方法は、プローブと誘導体のインキュベー
ションを含む。１つの実施態様において、プローブは、ガラスチップに結合され
る。
【００７５】 １実施態様において、核酸に結合した核酸標識化合物は以下の構造を有し：
【００７６】
【化２８】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；ＹはＨまたはＯＲ1 であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；ＺはＨ、Ｎ3、Ｆま
たはＯＲ1であり、ここでＲ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｌは−ＣＨ
＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは約１〜約１０の範囲の整数であり；
Ｑはビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そしてＭは−ＣＯ（ＣＨ 2 ）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍ
は１または０である。
【００７７】 核酸誘導体を使用する核酸検出の方法は、プローブと誘導体のインキュベーシ
ョンを含む。１実施態様において、プローブはガラスチップに結合される。
【００７８】 １実施態様において、核酸に結合した核酸標識化合物は、以下の構造を有し：
【００７９】
【化２９】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；ＹはＨまたはＯＲ1 であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；ＺはＨ、Ｎ3、Ｆま
たはＯＲ1であり、ここでＲ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｌは−ＣＨ
＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは約１〜約１０の範囲の整数であり；
Ｑはビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そしてＭは−ＣＯ（ＣＨ 2 ）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍ
は１または０である。
【００８０】 核酸誘導体を使用する核酸検出の方法は、プローブと誘導体のインキュベーシ
ョンを含む。１実施態様において、プローブはガラスチップに結合される。
【００８１】 （発明を実施するための最良モード） （定義） 「アルキル」は、炭素および水素のみを含む直鎖、分枝または環式の化学基を
いう。アルキル基には、エチル、プロピル、ブチル、ペンチル、シクロペンチル
および２−メチルブチルが挙げられるが、これらに限定されない。アルキル基は
１個以上の置換基（例えば、ハロゲン、アルコキシ、アミノ）で置換されないか
または置換される。
【００８２】 「アリール」は、一価の不飽和芳香族炭素環式基をいう。アリール基には、フ
ェニル、ナフチル、アントリルおよびビフェニルが挙げられるが、これらに限定
されない。アリール基は、１個以上の置換基（例えば、ハロゲン、アルコキシ、
アミノ）で置換されないかまたは置換される。
【００８３】 「アミドアルキル」は、構造−Ｃ（Ｏ）ＮＲ3Ｒ4−を有する化学基をいい、こ
こで、Ｒ3は水素、アルキルまたはアリールであり、そしてＲ4はアルキルまたは
アリールである。好ましくは、アミドアルキル基の構造は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（Ｃ
Ｈ2）nＲ5−であり、ここで、ｎは約２〜約１０の範囲の整数であり、そしてＲ5 はＯ、ＮＲ6またはＣ（Ｏ）であり、ここでＲ6は水素、アルキルまたはアリール
である。より好ましくは、アミドアルキル基の構造は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2
）nＮ（Ｈ）−であり、ここでｎは約２〜約６の範囲の整数である。最も好まし
くは、アミドアルキル基の構造は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）4Ｎ（Ｈ）−である
。
【００８４】 「アルキニルアルキル」は、構造−Ｃ≡Ｃ−Ｒ4−を有する化学基をいい、こ
こでＲ4はアルキルまたはアリールである。好ましくは、アルキニルアルキル基
の構造は、−Ｃ≡Ｃ−（ＣＨ2）nＲ5−であり、ここでｎは１〜約１０の範囲の
整数であり、Ｒ5はＯ、ＮＲ6またはＣ（Ｏ）であり、ここでＲ6は水素、アルキ
ルまたはアリールである。さらに好ましくは、アルキニルアルキル基の構造は、
−Ｃ≡Ｃ−（ＣＨ2）nＮ（Ｈ）−であり、ここで、ｎは１〜約４の範囲の整数で
ある。最も好ましくは、アルキニルアルキル基の構造は、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ2Ｎ（
Ｈ）−である。
【００８５】 「アルケニルアルキル」は、構造−ＣＨ＝ＣＨ−Ｒ4−を有する化学基をいい
、ここでＲ4はアルキルまたはアリールである。好ましくは、アルケニルアルキ
ル基の構造は、−ＣＨ＝ＣＨ−（ＣＨ2）nＲ5−であり、ここでｎは１〜約１０
の範囲の整数であり、Ｒ5はＯ、ＮＲ6またはＣ（Ｏ）であり、ここでＲ6は水素
、アルキルまたはアリールである。より好ましくは、アルケニルアルキル基の構
造は、−ＣＨ＝ＣＨ−（ＣＨ2）nＮ（Ｈ）−であり、ここでｎは１〜約４の範囲
の整数である。最も好ましくは、アルケニルアルキル基の構造は、−ＣＨ＝ＣＨ
−ＣＨ2Ｎ（Ｈ）−である。
【００８６】 「官能基化されたアルキル」は、構造−（ＣＨ2）nＲ7−の化学基をいい、こ
こでｎは、１〜約１０の範囲の整数であり、そしてＲ7はＯ、Ｓ、ＮＨまたはＣ
（Ｏ）である。好ましくは、官能基化されたアルキル基の構造は、−（ＣＨ2）n Ｃ（Ｏ）−であり、ここでｎは、１〜約４の範囲の整数である。より好ましくは
、官能基化されたアルキル基の構造は、−ＣＨ2Ｃ（Ｏ）−である。
【００８７】 「アルコキシ」は、構造−Ｏ（ＣＨ2）nＲ8−の化学基をいい、ここで、ｎは
２〜約１０の範囲の整数であり、そしてＲ8はＯ、Ｓ、ＮＨまたはＣ（Ｏ）であ
る。好ましくは、アルコキシ基の構造は、−Ｏ（ＣＨ2）nＣ（Ｏ）−であり、こ
こで、ｎは２〜約４の範囲の整数である。より好ましくは、アルコキシ基の構造
は、−ＯＣＨ2ＣＨ2Ｃ（Ｏ）−である。
【００８８】 「チオ」は、構造−Ｓ（ＣＨ2）nＲ8−の化学基をいい、ここでｎは２〜約１
０の範囲の整数であり、そしてＲ8はＯ、Ｓ、ＮＨまたはＣ（Ｏ）である。好ま
しくは、チオ基の構造は、−Ｓ（ＣＨ2）nＣ（Ｏ）−であり、ｎは、２〜約４の
範囲の整数である。より好ましくは、チオ基の構造は、−ＳＣＨ2ＣＨ2Ｃ（Ｏ）
−である。
【００８９】 「アミノアルキル」は、アルキル基に結合したアミノ基を有する化学基をいう
。好ましくは、アミノアルキルの構造は、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここ
で、ｎは約２〜約１０の範囲の整数である。より好ましくは、アミノアルキルの
構造は−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは約２〜約４の範囲の整数であ
る。最も好ましくは、このアミノアルキル基の構造は、−ＮＨ（ＣＨ2）4ＮＨ−
である。
【００９０】 「核酸」は、２個以上のヌクレオチドを含むポリマーをいい、一本鎖、二本鎖
および三本鎖のポリマーが挙げられる。「ヌクレオチド」は、天然に存在するお
よび天然に存在しない両方の化合物をいい、複素環式塩基、糖、および結合基、
好ましくはリン酸エステルを含む。例えば、構造基が、２’−Ｏ位におけるメチ
ルまたはアリル基、あるいは２’−Ｏ基と置換するフルオロ基のような、ヌクレ
オチドのリボシルまたはデオキシリボシル単位に加えられ得る。核酸のホスホジ
エステルのような結合基は、例えば、メチルホスホネートまたはＯ−メチルホス
ホネートで置換され得るか、または改変され得る。塩基および糖はまた、当該分
野で公知であるように、改変され得る。本開示の目的のための「核酸」はまた、
天然または改変された核酸塩基がポリアミド骨格に結合される「ペプチド核酸」
を含む。
【００９１】 「プローブ」は、ハイブリダイゼーションによって、標的核酸を検出するため
に使用され得る核酸をいう。好ましくは、プローブは、プローブの全長に沿って
標的核酸に対して相補的であるが、プローブと標的との間の１個以上の塩基ミス
マッチの存在下でハイブリダイゼーションが起こり得る。
【００９２】 （核酸標識化合物） 本発明の核酸標識化合物は、以下の構造を有し：
【００９３】
【化３０】 ここで、Ａは、核酸への核酸標識化合物の結合を可能にする水素または官能基で
あり；Ｔはテンプレート部分であり；Ｈcは複素環式環であり；Ｌはリンカー部
分であり；Ｑは検出可能部分であり；そしてＭは、結合基であり、ここでｍは０
〜約５の範囲の整数である。
【００９４】 基Ａは、核酸への核酸標識化合物の結合を可能にする水素または官能基のいず
れかである。このような基の限定しない例には以下が挙げられる：モノホスフェ
ート；ジホスフェート；トリホスフェート（Ｈ4Ｏ9Ｐ）；ホスホルアミダイト（
（Ｒ2Ｎ）（Ｒ’Ｏ）Ｐ）であり、ここでＲは直鎖、分枝または環式アルキルで
あり、Ｒ’は２−シアノエチルのような保護基であり；およびＨ−ホスホネート
（ＨＰ（Ｏ）Ｏ−ＨＮＲ3）であり、ここでＲは直鎖、分枝または環式アルキル
である。
【００９５】 テンプレート部分（Ｔ）は、ある位置でメチレン基（ＣＨ2）に共有結合され
、そして別の位置で複素環式基（Ｈc）に共有結合される。テンプレート部分の
限定されない組は図１に示され、ここで置換基は以下のように規定される：Ｘは
、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり；ＹはＨ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1または
ＮＨＲ1であり；ＺはＨ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり；ＷはＯ、ＳまたはＣＨ2で
あり；ＤはＯまたはＳであり；そしてＧはＯ、ＮＨまたはＣＨ2である。置換基
Ｒ1およびＲ2は、互いに独立し、Ｈ、アルキル、またはアリールである。
【００９６】 複素環式基（Ｈc）は、炭素およびヘテロ原子の両方を含む環式部分である。
本発明により意図される複素環式基の限定されない例は図２に示される：４−ア
ミノピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジン；ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジン；
１，３−ジアゾール（イミダゾール）；１，２，４−トリアジン−３−オン；１
，２，４−トリアジン−３，５−ジオン；および５−アミノ−１，２，４−トリ
アジン−３−オン。
【００９７】 核酸標識化合物のリンカー部分（Ｌ）は、１つの末端位置にて複素環（Ｈc）
に共有結合される。それは、別の末端位置にて検出可能部分（Ｑ）に、直接にま
たは結合基（Ｍ）を介して結合される。それは、核酸への挿入に対して立体的に
かつ電子的に適した構造を有する。リンカー部分の限定されない例には、アミド
アルキル基、アルキニルアルキル基、アルケニルアルキル基、官能基化したアル
キル基、アルコキシ基、チオ基およびアミノアルキル基が挙げられる。
【００９８】 アミドアルキル基の構造は、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ3Ｒ4−であり、ここで、Ｒ3は水
素、アルキルまたはアリールであり、そしてＲ4はアルキルまたはアリールであ
る。このアミドアルキル基の構造は、好ましくは、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）nＲ 5 −であり、ここでｎは約２〜約１０の範囲の整数であり、Ｒ5はＯ、ＮＲ6また
はＣ（Ｏ）であり、そしてここでＲ6は、水素、アルキルまたはアリールである
。さらに好ましくは、アミドアルキル基の構造は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）nＮ
（Ｈ）−であり、ここでｎは約２〜約６の範囲の整数である。最も好ましくは、
アミドアルキル基の構造は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）4Ｎ（Ｈ）−である。
【００９９】 アルキニルアルキル基の構造は、−Ｃ≡Ｃ−Ｒ4−であり、ここで、Ｒ4は、ア
ルキルまたはアリールである。アルキニルアルキル基の構造は、好ましくは、−
Ｃ≡Ｃ（ＣＨ2）nＲ5−であり、ここで、ｎは１〜約１０の範囲の整数であり、
そしてＲ5はＯ、ＮＲ6またはＣ（Ｏ）であり、ここでＲ6は水素、アルキルまた
はアリールである。さらに好ましくは、アルキニルアルキル基の構造は、−Ｃ≡
Ｃ−（ＣＨ2）nＮ（Ｈ）−であり、ここでｎは、１〜約４の範囲の整数である。
最も好ましくは、アルキニルアルキル基の構造は、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ2Ｎ（Ｈ）−
である。
【０１００】 アルケニルアルキル基の構造は、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｒ4−であり、ここでＲ4はア
ルキルまたはアリールである。アルケニルアルキル基の構造は、好ましくは、−
ＣＨ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＲ5−であり、ここで、ｎは１〜約１０の範囲の整数であ
り、Ｒ5はＯ、ＮＲ6またはＣ（Ｏ）であり、ここでＲ6は水素、アルキルまたは
アリールである。より好ましくは、アルケニルアルキル基の構造は、−ＣＨ＝Ｃ
Ｈ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、１〜約４の範囲の整数である。最も好
ましくは、アルケニルアルキル基の構造は、−ＣＨ＝ＣＨＣＨ2ＮＨ−である。
【０１０１】 官能基化したアルキル基の構造は、−（ＣＨ2）nＲ7−であり、ここでｎは、
１〜約１０の範囲の整数であり、そしてＲ7はＯ、Ｓ、ＮＨ、またはＣ（Ｏ）で
ある。官能基化したアルキル基の構造は、好ましくは、−（ＣＨ2）nＣ（Ｏ）−
であり、ここで、ｎは、１〜約４の範囲の整数である。より詳細には、官能基化
したアルキル基は、−ＣＨ2Ｃ（Ｏ）−である。
【０１０２】 アルコキシ基の構造は、−Ｏ（ＣＨ2）nＲ8−であり、ここで、ｎは２〜約１
０の範囲の整数であり、そしてＲ8はＯ、Ｓ、ＮＨ、またはＣ（Ｏ）である。ア
ルコキシ基の構造は、好ましくは、−Ｏ（ＣＨ2）nＣ（Ｏ）−であり、ここで、
ｎは２〜約４の範囲の整数である。より好ましくは、アルコキシ基の構造は−Ｏ
ＣＨ2ＣＨ2Ｃ（Ｏ）−である。
【０１０３】 チオ基は、構造−Ｓ（ＣＨ2）nＲ8−（ここで、ｎは、２〜約１０の範囲であ
る整数であり、そしてＲ8は、Ｏ、Ｓ、ＮＨ、またはＣ（Ｏ）である）である。
このチオ基は、好ましくは、構造−Ｓ（ＣＨ2）nＣ（Ｏ）−（ここで、ｎは、２
〜約４の範囲である整数である）である。より好ましくは、このチオ基は、構造
−ＳＣＨ2ＣＨ2Ｃ（Ｏ）−である。
【０１０４】 アミノアルキル基は、アルキル基に連結するアミノ基を含む。好ましくは、ア
ミノアルキル基は、構造−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−（ここで、ｎは、約２〜約１０
の範囲である整数である）である。このアミノアルキル基は、さらに好ましくは
、構造−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−（ここで、ｎは、約２〜約４の範囲である整数で
ある）である。最も好ましくは、このアミノアルキル基は、構造−ＮＨ（ＣＨ2
）4ＮＨ−である。
【０１０５】 検出可能部分（Ｑ）は、シグナルを提供する化学基である。このシグナルは、
任意の適切な手段により検出され、これらには、分光学的手段、光化学的手段、
生化学的手段、免疫化学的手段、電気的手段、光学的手段、または化学的手段が
挙げられる。特定の場合において、シグナルは、２以上の手段によって検出可能
である。
【０１０６】 検出可能部分は、直接的または間接的のいずれかのシグナルを提供する。標識
基が、自発的にシグナルを放射するか、または適切な刺激を導入してシグナルを
発生する場合に、直接的シグナルが生じる。放射標識（例えば、3Ｈ、125Ｉ、35 Ｓ、14Ｃまたは32Ｐ）および磁性粒子（たとえば、ＤｙｎａｂｅａｄｓTM）は、
直接的かつ自発的にシグナルを提供する基の非制限例である。刺激の存在下でシ
グナルを直接的に提供する標識基には、次の非制限例が挙げられる：コロイド金
（４０〜８０ｎｍ直径）（これは、高い効率で緑色光を散乱する）；蛍光標識（
例えば、フルオレセイン、テキサスレッド（ｔｅｘａｓ ｒｅｄ）、ローダミン
、および緑色蛍光タンパク質（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ、Ｅｕｇｅｎ
ｅ、Ｏｒｅｇｏｎ）（これらは、光を吸収し、そして実質的に光を放射する）；
化学ルミネセンスまたはバイオルミネセンス標識（例えば、ルミノール、ロフィ
ン、アクリジン塩およびルシフェリン）（これらは、化学的反応または生物学的
反応の結果として電気的に励起され、そして実質的に光を放射する）；スピン標
識（例えば、バナジウム、銅、鉄、マンガン、およびニトロオキシド遊離ラジカ
ル）（これらは、電子スピン共鳴（ＥＳＲ）分光器によって測定される）；色素
（例えば、キノリン色素、トリアリールメタン色素およびアクリジン色素）（こ
れらは、特定の波長の光を吸収する）；ならびに着色ガラスまたはプラスチック
（例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックスなど）のビーズ。米国特
許第３，８１７，８３７；３，８５０，７５２；３，９３９，３５０；３，９９
６，３４５；４，２７７，４３７；４，２７５，１４９および４，３６６，２４
１号を参照のこと。
【０１０７】 検出可能部分は、自発的にシグナルを放射するか、または適切な刺激を導入し
てシグナルを発生する第二化合物と相互作用する場合に直接的シグナルを生じる
。例えば、ビオチンは、ストレプトアビジンと結合体を形成することでシグナル
を生じ、これは、次いで検出される。Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ｗｉｔｈ
Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓを参照のこと。Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ
Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅ
ｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ；Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｐ．編；Ｅｌｓｅｖｉｅｒ：Ｎ
ｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９３；第２４巻。ホースラディシュペルオキシダーゼまた
はアルカリホスファターゼのような酵素（ＥＬＩＳＡアッセイにおけるような標
識−抗体−抗体の抗体に結合される）はまた、間接的シグナルを生じる。
【０１０８】 好ましい検出可能部分は、蛍光基である。蛍光基は、高いシグナル対ノイズ比
を典型的に生じ、これにより検出手順において増加した分解能および感度を提供
する。好ましくは、蛍光基は、約３００ｎｍより上、より好ましくは約３５０ｎ
ｍより上および最も好ましくは、約４００ｎｍより上の波長で光を吸収する。蛍
光基によって放射される光の波長は、好ましくは、約３１０ｎｍより上、より好
ましくは約３６０ｎｍより上および最も好ましくは、約４１０ｎｍより上の波長
で光を吸収する。
【０１０９】 蛍光検出可能部分は、種々の構造クラスから選択され、これらには、以下の非
制限的な例が挙げられる：１−および２−アミノナフタレン、ｐ，ｐ’−ジアミ
ノスチルベン、ピレン、四級フェナントリジン塩、９−アミノアクリジン、ｐ，
ｐ’−ジアミノベンゾフェノンイミン、アントラセン、オキサカルボシアニン、
マロシアニン、３−アミノエキレニン、ペリレン、ビスベンズオキサゾール、ビ
ス−ｐ−オキサゾリルベンゼン、１，２−ベンゾフェナジン、レチノール、ビス
−３−アミノピリジニウム塩、ヘレブリゲニン、テトラサイクリン、ステロフェ
ノール（ｓｔｅｒｏｐｈｅｎｏｌ）、ベンズイミダゾリルフェニルアミン、２−
オキソ−３−クロメン（ｃｈｒｏｍｅｎ）、インドール、キサンテン、７−ヒド
ロキシクマリン、フェノキサジン、サリチラート、ストロファンチジン、ポルフ
ィリン、トリアリールメタン、フラビン、キサンテン色素（例えば、フルオレセ
インおよびローダミン色素）；シアニン色素；４，４−ジフルオロ−４−ボラ−
３ａ，４ａ−ジアザ−ｓ−インダセン色素、ならびに蛍光タンパク質（例えば、
緑色蛍光タンパク質、フィコビリンタンパク質）。
【０１１０】 多数の蛍光化合物は、本発明に組み込むのに適している。このような化合物の
非制限例には、以下が挙げられる：ダンシルクロリド；フルオレセイン（例えば
、３，６−ジヒドロキシ−９−フェニルキサントヒドロール；ローダミンイソチ
オシアネート；Ｎ−フェニル−１−アミノ−８−スルホナトナフタレン；Ｎ−フ
ェニル−２−アミノ−６−スルホナトナフタレン；４−アセタミド−４−イソチ
オシアナトスチルベン−２，２’−ジスルホン酸；ピレン−３−スルホン酸；２
−トルイジノナフタレン−６−スルホナート；Ｎ−フェニル，Ｎ−メチル２−ア
ミノナフタレン−６−スルホナート；臭化エチジウム；ステブリン（ｓｔｅｂｒ
ｉｎｅ）；アウロミン（ａｕｒｏｍｉｎｅ）−０，２−（９’−アントロリル）
パルミタート；ダンシルホスファチジルエタノールアミン；Ｎ−Ｎ’−ジオクタ
デシルオキサカルボシアニン（ｃｙｃａｎｉｎｅ）；Ｎ，Ｎ’−ジヘキシルオキ
サカルボシアニン；メロシアニン、４−（３’−ピレニル）ブトリエート（ｂｕ
ｔｒｙａｔｅ）；ｄ−３−アミノデスオキシ−エキレニン；１２−（９’−アン
トロイル）ステアラート；２−メチルアントラセン；９−ビニルアントラセン；
２，２’−（ビニレン−ｐ−フェニレン）ビスベンズオキサゾール；ｐ−ビス［
２−（４−メチル−５−フェニルオキサゾリル）］ベンゼン；６−ジメチルアミ
ノ−１，２−ベンゾフェンジン；レチノール；ビス（３’−アミノピリジニウム
）−１，１０−デカンジイルジヨージド；ヘレブリゲニン（ｈｅｌｌｉｂｒｉｅ
ｎｉｎ）のスルホナフチルヒドラゾン；クロロテトラサイクリン；Ｎ−（７−ジ
メチルアミノ−４−メチル−２−オキソ−３−クロメニル）マレイミド；Ｎ−［
ｐ−（２−ベンズイミダゾールイル）フェニル］マレイミド；Ｎ−（４−フルオ
ランチル）マレイミド；ビス（ホモバニリン酸）；レザズリン（ｒｅｓａｚａｒ
ｉｎ）；４−クロロ−７−ニトロ−２，１，３−ベンゾオキサジゾール；メロシ
アニン５４０；レゾルフィン（ｒｅｓｏｒｕｆｉｎ）；ローズベンガルならびに
２，４−ジフェニル−３（２Ｈ）−フラノン。好ましくは、蛍光検出可能部分は
、フルオレセインまたはローダミン色素である。
【０１１１】 別の好ましい検出可能部分は、コロイド金である。このコロイド金粒子は、典
型的に、直径４０ｎｍ〜８０ｎｍである。このコロイド金は、種々の方法で標識
化合物に結合され得る。１実施態様において、核酸標識化合物のリンカー部分は
、チオール基（−ＳＨ）で終結し、そしてチオール基は、配位結合を介して直接
的にコロイド金に結合する。Ｍｉｒｋｉｎら、Ｎａｔｕｒｅ １９９６、３８２
、６０７〜６０９を参照のこと。別の実施態様において、例えば、抗ビオチンの
コロイド金結合体とビオチン化標識化合物との相互作用を介して間接的に結合さ
れる。金標識化合物の検出は、銀エンハンスメント法（ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ
ｍｅｔｈｏｄ）の使用を介して増強され得る。Ｄａｎｓｃｈｅｒら、Ｊ．Ｈｉ
ｓｔｏｔｅｃｈ １９９３、１６、２０１−２０７を参照のこと。
【０１１２】 結合基（Ｍ）mは、リンカー基（Ｌ）を検出可能部分（Ｑ）に共有結合するの
に役に立ち得る。任意の適切な構造は、標識化合物の機能と相互作用しない構造
である。Ｍ基の非制限例には、以下が挙げられる：−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−、−
ＣＯ−、−ＣＯ（Ｏ）−、−ＣＯ（ＮＨ）−、および−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ
（ＣＨ2）5ＮＨ−；ここで、ｍは、０〜約５、好ましくは０〜約３の範囲の整数
である。
【０１１３】 １実施態様において、本発明の核酸標識化合物は、以下の構造である：
【０１１４】
【化３１】 ここで、Ｌは、リンカー部分であり；Ｑは、検出可能部分であり；Ｘは、Ｏ、Ｓ
、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1またはＮＨＲ1 であり；Ｚは、Ｈ，Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり；Ｈcは、複素環式基であり；Ａ
は、Ｈ、または核酸標識を核酸に結合させる官能基であり；そしてＭは、結合基
であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である。置換基Ｒ1およびＲ2は、互
いに独立しており、そしてＨ、アルキルまたはアリールである。
【０１１５】 １実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、イミダゾールであり、そしてこ
の核酸標識化合物は、以下の構造である：
【０１１６】
【化３２】 ここで、Ｌは、リンカー部分であり；Ｑは、検出可能部分であり；Ｘは、Ｏ、Ｓ
、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1またはＮＨＲ1 であり；Ｚは、Ｈ，Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり；Ａは、Ｈ、または核酸標識を核
酸に結合させる官能基であり；そしてＭは、結合基であり、ここでｍは、０〜約
３の範囲の整数である。置換基Ｒ1およびＲ2は、互いに独立しており、そしてＨ
、アルキルまたはアリールである。
【０１１７】 好ましい実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、イミダゾールであり、そ
して連結部分は、アミノアルキルである：
【０１１８】
【化３３】 ここで、Ｙは、水素またはヒドロキシルであり；Ｚは、水素またはヒドロキシル
であり；Ｒ3は、水素またはアルキルであり；Ｒ4は、−（ＣＨ2）nＮＨ−であり
、ここで、ｎは、約２〜約１０の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカル
ボキシフルオレセインであり；Ａは、水素またはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；そしてＭ
は、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ−、ここでｍは、１または０である。
より好ましくは、ＹおよびＺは水素であり；Ｒ3は水素であり；Ｒ4は、−（ＣＨ 2 ）4ＮＨ−であり；Ａは、Ｈ4Ｏ9Ｐ3−であり；そしてＱは、ビオチンであり、
ここで、Ｍは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、かつｍが１であり、あるいは、
５−または６−カルボキシフルオレセインであり、かつｍが０である。
【０１１９】 別の実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、Ｃ３置換４−アミノピラゾロ
［３，４−ｄ］ピリミジンであり、そして核酸標識化合物は、以下の構造である
：
【０１２０】
【化３４】 ここで、Ｌは、リンカー部分であり；Ｑは、検出可能部分であり；Ｘは、Ｏ、Ｓ
、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1またはＮＨＲ1 であり；Ｚは、Ｈ，Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり；Ａは、Ｈ、または核酸標識を核
酸に結合させる官能基であり；そしてＭは、結合基であり、ここでｍは、０〜約
３の範囲の整数である。置換基Ｒ1およびＲ2は、互いに独立しており、そしてＨ
、アルキルまたはアリールである。
【０１２１】 好ましい実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、Ｃ３置換４−アミノピラ
ゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンであり、そして結合基は、アルキニルアルキルで
ある：
【０１２２】
【化３５】 ここで、Ｙは、水素またはヒドロキシルであり；Ｚは、水素またはヒドロキシル
であり；ｎは、１〜約１０の範囲の整数であり；Ｒ5は、ＯまたはＮＨであり；
Ａは、水素またはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオ
レセインであり；Ｍは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍは、１または
０である。より好ましくは、ＹおよびＺは、ＯＨであり；ｎは１であり；Ｒ5は
、ＮＨであり；Ａは、Ｈ4Ｏ9Ｐ3−であり；そしてＱは、ビオチンあるいは５−
または６−カルボキシフルオレセインであり、ここでｍは１である。
【０１２３】 別の実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、Ｃ４置換ピラゾロ［３，４−
ｄ］ピリミジンであり、そして核酸標識化合物は、以下の構造である：
【０１２４】
【化３６】 ここで、Ｌは、リンカー部分であり；Ｑは、検出可能部分であり；Ｘは、Ｏ、Ｓ
、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1またはＮＨＲ1 であり；Ｚは、Ｈ，Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり；Ａは、Ｈ、または核酸標識を核
酸に結合させる官能基であり；そしてＭは、結合基であり、ここでｍは、０〜約
３の範囲の整数である。置換基Ｒ1およびＲ2は、互いに独立しており、そしてＨ
、アルキルまたはアリールである。
【０１２５】 好ましい実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、Ｎ４置換４−アミノ−ピ
ラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンであり、そして結合基は、アミノアルキルであ
る：
【０１２６】
【化３７】 ここで、Ｙは、水素またはヒドロキシルであり；Ｚは、水素またはヒドロキシル
であり；ｎは、約２〜約１０の範囲の整数であり；Ａは、水素またはＨ4Ｏ9Ｐ3
−であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；Ｍは、−Ｃ
Ｏ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、
ここでｍは、１または０である。より好ましくは、ＹおよびＺは、水素であり；
ｎは４であり；Ａは、Ｈ4Ｏ9Ｐ3−であり；そしてＱは、ビオチンあるいは５−
または６−カルボキシフルオレセインであり、ここでｍは０である。
【０１２７】 別の実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、１，２，４−トリアジン−３
−オンであり、そして核酸標識化合物は、以下の構造である：
【０１２８】
【化３８】 ここで、Ｌは、リンカー部分であり；Ｑは、検出可能部分であり；Ｘは、Ｏ、Ｓ
、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1またはＮＨＲ1 であり；Ｚは、Ｈ，Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり；Ａは、Ｈ、または核酸標識を核
酸に結合させる官能基であり；そしてＭは、結合基であり、ここでｍは、０〜約
３の範囲の整数である。置換基Ｒ1およびＲ2は、互いに独立しており、そしてＨ
、アルキルまたはアリールである。
【０１２９】 好ましい実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、１，２，４−トリアジン
−３−オンであり、そして結合基は、アミノアルキルである：
【０１３０】
【化３９】 ここで、Ｙは、水素またはヒドロキシルであり；Ｚは、水素またはヒドロキシル
であり；ｎは、約２〜約１０の範囲の整数であり；Ａは、水素またはＨ4Ｏ9Ｐ3
−であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；Ｍは、−Ｃ
Ｏ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、
ここでｍは、１または０である。より好ましくは、ＹおよびＺは、水素であり；
ｎは４であり；Ａは、Ｈ4Ｏ9Ｐ3−であり；そしてＱは、ビオチンあるいは５−
または６−カルボキシフルオレセインであり、ここでＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5Ｎ
Ｈ−であり、そしてｍは１である。
【０１３１】 別の実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、１，２，４−トリアジン−３
，５−ジオンであり、そして核酸標識化合物は、以下の構造である：
【０１３２】
【化４０】 ここで、Ｌは、リンカー部分であり；Ｑは、検出可能な部分であり；Ｘは、Ｏ、
Ｓ、ＮＲ1、またはＣＨＲ2であり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1、または
ＮＨＲ1；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、またはＯＲ1；Ａは、Ｈまたは核酸標識の核酸へ
の付着を可能にする官能基であり；そしてＭは、結合基であり、ここで、ｍは、
０〜約３の範囲の整数である。置換基Ｒ1およびＲ2は、互いに独立であり、そし
てＨ、アルキルまたはアリールである。
【０１３３】 好ましい実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、１，２，４−トリアジン
−３，５−ジオンであり、そして結合基は、アルケニルアルキルである：
【０１３４】
【化４１】 ここで、Ｙは、水素またはヒドロキシルであり；Ｚは、水素またはヒドロキシル
であり；ｎは、約１〜約１０の範囲の整数であり；Ｒ5は、ＮＲ6であり、ここで
、Ｒ6は、水素、アルキルまたはアリールであり；Ａは、水素またはＨ4Ｏ9Ｐ3−
であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；Ｍは、−ＣＯ
（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、こ
こで、ｍは、１または０である。
【０１３５】 別の実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、５−アミノ−１，２，４−ト
リアジン−３−オンであり、そして核酸標識化合物は、以下の構造である：
【０１３６】
【化４２】 ここで、Ｌは、リンカー部分であり；Ｑは、検出可能な部分であり；Ｘは、Ｏ、
Ｓ、ＮＲ1、またはＣＨＲ2であり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1、または
ＮＨＲ1；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、またはＯＲ1；Ａは、Ｈまたは核酸標識の核酸へ
の付着を可能にする官能基であり；そしてＭは、結合基であり、ここで、ｍは、
０〜約３の範囲の整数である。置換基Ｒ1およびＲ2は、互いに独立であり、そし
てＨ、アルキルまたはアリールである。
【０１３７】 好ましい実施態様において、複素環式基（Ｈc）は、５−アミノ−１，２，４
−トリアジン−３−オンであり、そして結合基は、アルケニルアルキルである：
【０１３８】
【化４３】 ここで、Ｙは、水素またはヒドロキシルであり；Ｚは、水素またはヒドロキシル
であり；ｎは、約１〜約１０の範囲の整数であり；Ｒ5は、ＮＲ6であり、ここで
、Ｒ6は、水素、アルキルまたはアリールであり；Ａは、水素またはＨ4Ｏ9Ｐ3−
であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；Ｍは、−ＣＯ
（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、こ
こで、ｍは、１または０である。
【０１３９】 （核酸標識化合物の合成） 図３は、核酸標識化合物８ａおよび８ｂへの合成経路を示し、ここで、複素環
式基（Ｈc）は、イミダゾールであり、そしてリンカー部分（Ｌ）は、アミドア
ルキルである。シリル保護イミダゾール（２）をペントフラノース（１）に添加
し、カルボエトキシイミダゾールジデオキシリボシド異性体（３ａ〜３ｄ）の混
合物を得た。この異性体を分離して、精製された３ｃを得た。３ｃのカルボエト
キシ基を、ジアミンを用いて、アミノカルボキシアミド（ｃａｒｂｏｘａｍｉｄ
ｅ）（４）に転換した。４の末端アミンを保護し、トリフルオロアセチル化生成
物５を得た。５のシリル保護基を除去し、第１級アルコール６を得た。化合物６
を５’−トリホスフェートに転換し、７を得た。７のトリフルオロアセチル保護
基を除去し、そして脱保護されたアミンを、ビオチン−ＮＨ（ＣＨ2）5ＣＯ−Ｎ
ＨＳまたは５−カルボキシフルオレセイン−ＮＨＳと反応させ、それぞれ核酸標
識化合物８ａおよび８ｂを得た。
【０１４０】 図４は、Ｃ３−標識４−アミノピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンβ−Ｄ−リ
ボフラノシドトリホスフェートへの合成経路を示す。保護されたプロパルギルア
ミンリンカーを、パラジウム触媒下で、ヌクレオシド（９）に添加して、カップ
リングされた生成物（１０）を得た。アルキレン置換ヌクレオシド（１０）の第
１級アルコールをホスホリル化し、５’−トリホスフェート１１を得た。トリホ
スフェート１１の保護アミンを、次いで、脱保護し、そして生じた第１級アミン
を、反応性ビオチンまたはフルオレセイン誘導体で処理し、それぞれ核酸標識化
合物１２ａおよび１２ｂを得た。
【０１４１】 図５は、ピラゾロピリミジンヌクレオチドへの合成経路を示す。クロロピラゾ
ロピリミジン（１３）を、ペントフラノース１に添加し、アノマーの混合物とし
て付加体１４を得た。ジアミンを化合物１４に添加し、第１級アミン（１５）の
混合物を得た。第１級アミン（１５）を保護し、そしてクロマトグラフィーによ
って分離し、純粋なβ−アノマー１６を得た。１６のシリル基を除去し、そして
生じた第１級アルコールをホスホリル化し、トリホスフェート１７を得た。１７
のトリフルオロアセチル基を除去し、そして脱保護されたアミンを、反応性ビオ
チンまたはカルボキシフルオレセイン誘導体で処理して、それぞれ核酸標識化合
物１８ａ〜１８ｄを得た。
【０１４２】 図６は、Ｎ４−標識１，２，４−トリアジン−３−オンβ−Ｄ−リボフラノシ
ドトリホスフェートへの反応経路を示す。１，２，４−トリアジン−３，５−ジ
オンリボヌクレオシド１９を、トリアゾールおよび三塩化リンで処理して、トリ
アゾールヌクレオシド２０に転換した。ジアミンを２０へ添加して、アミノアル
キルヌクレオシド２１を得た。２１の第１級アミンを保護し、トリフルオロアセ
トアミド２２を得た。２２の第１級アルコールをホスホリル化し、そして保護ア
ミンを脱保護し、そして、反応性ビオチンまたはカルボキシフルオレセイン誘導
体と反応させて、それぞれ核酸標識化合物２３ａおよび２３ｂを得た。
【０１４３】 図７は、Ｃ５−標識１，２，４−トリアジン−３，５−ジオンリボシドホスフ
ェートへの反応経路を示す。アルデヒド２４をイリド２５と反応させ、フタルイ
ミド保護アリルアミン２６を得る。化合物２６をペントフラノシド２７とカップ
リングし、ヌクレオシド２８を得る。２８のフタルイミド基をヒドラジンで処理
して除去し、第１級アミン２９を得る。アミン２９を、アミド３０として保護す
る。アミド３０をホスホリル化し、脱保護し、そして、ビオチンまたはカルボキ
シフルオレセインの反応性誘導体で処理して、それぞれ核酸標識化合物３１ａお
よび３１ｂを得る。
【０１４４】 図８は、Ｃ５−標識５−アミノ−１，２，４−トリアジン−３−オンリボシド
トリホスフェートへの反応経路を示す。化合物２８を、塩素化剤およびアンモニ
アで処理して、アミノ−１，３，６−トリアジン化合物３２に転換する。３２の
フタルイミド基を、ヒドラジンで処理して除去し、そして得られる第１級アミン
を保護して、３３を得る。化合物３３をホスホリル化し、脱保護し、そしてビオ
チンまたはカルボキシフルオレセインの反応性誘導体で処理して、それぞれ核酸
標識化合物３４ａおよび３４ｂを得る。
【０１４５】 （核酸標識） 核酸は、生体サンプルから単離され得るか、または、当業者に公知の方法に従
って、例えば、固体支持体上または溶液中で、合成され得る。本明細書中で使用
されるように、標識化プロセスにおいて使用される核酸の長さまたは起源におい
て、制限は存在しない。核酸の例示的な単離および精製方法は、Ｔｈｅｏｒｙ
ａｎｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎに記述される（Ｌ
ａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ
ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ
Ｗｉｔｈ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓ；Ｐ．Ｔｉｊｓｓｅｎ，
編；第１巻；Ｅｌｓｅｖｉｅｒ：Ｎ．Ｙ．，１９９３）。単離の好ましい方法は
、酸グアニジニウム（ｇｕａｎｉｄｉｎｉｕｍ）−フェノール−クロロホルム抽
出に続いて、オリゴｄＴカラムクロマトグラフィーまたは（ｄＴ）ｎ磁気ビード
の使用に関係する（Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ
：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版；Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ
ｓ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８９；第１〜３巻；およびＣｕ
ｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ
；Ｆ．Ａｕｓｕｂｅｌら編；Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ ａｎｄ Ｗ
ｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ：Ｎ．Ｙ．，１９８７）。
【０１４６】 特定の場合において、核酸は増幅を通して、量が増加する。適切な増幅法は、
以下の例を含むが、それらに限定されない：ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（
Ｉｎｎｉｓ，らＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ．Ａ ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈ
ｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ；Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ：Ｓ
ａｎ Ｄｉｅｇｏ，１９９０）；リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（ＷｕおよびＷａ
ｌｌａｃｅ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ １９８９，４，５６０；Ｌａｎｄｇｒｅｎ，ら
Ｓｃｉｅｎｃｅ １９８８，２４１，１０７７；およびＢａｒｒｉｎｇｅｒ，ら
Ｇｅｎｅ １９９０，８９、１１７）；転写増幅（Ｋｗｏｈら，Ｐｒｏｃ．Ｎａ
ｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ１９８９，８６，１１７３）；および自己持続
配列複製（ｓｅｌｆ−ｓｕｓｔａｉｎｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｌｉｃａ
ｔｉｏｎ）（Ｇｕａｔｅｌｌｉ，ら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ
ＳＡ１９９０，８７，１８７４）。
【０１４７】 核酸標識化合物は、種々の方法を使用して、核酸内に組み込まれ得る。例えば
、それは、起源の核酸サンプル（例えば、ＭＲＮＡ、ポリＡｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ
）または増幅生成物へ直接付着させ得る。標識化合物を核酸に付着する方法は、
ニック転位、３−末端−標識、連結反応、インビトロ転写（ＩＶＴ）またはラン
ダムプライミングを含むが、これだけに限定されない。核酸がＲＮＡである場合
、標識化リボリゴヌクレオチドが、例えば、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼのようなＲＮ
Ａリガーゼを使用して連結される（Ｔｈｅ Ｅｎｚｙｍｅｓ；Ｕｈｌｅｎｂｅｃ
ｋおよびＧｒｅｅｎｓｐｏｔ，編；第１５巻，Ｂ，ｐｐ．３１−５８；およびＳ
ａｍｂｒｏｏｋら，ｐｐ．５．６６−５．６９）。末端転位酵素は、例えば、核
酸が１本鎖ＤＮＡである場合、デオキシ−、ジデオキシ−、またはリボヌクレオ
シド（ｄＮＴＰ、ｄｄＮＴＰまたはＮＴＰ）を付加するために使用される。
【０１４８】 標識化合物はまた、核酸の内部位置で組み込まれ得る。例えば、標識化合物の
存在下でのＰＣＲは、内部に標識された増幅生成物を提供する。例えば、Ｙｕら
、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １９９４，２２，３２２６
−３２３２を参照。同様に、標識化合物の存在下におけるＩＶＴは、内部に標識
化された核酸を提供し得る。
【０１４９】 （プローブハイブリダイゼーション） 標識化合物が付着する核酸は、核酸プローブとのハイブリダイゼーション後、
検出され得る。あるいは、プローブは、使用者によって好まれる実験スキームに
依存して、標識され得る。プローブは核酸であるか、または改変された核酸であ
り、これは、固体支持体に付着されるか、または溶液中に存在するかのいずれで
ある。それは、それがハイブリダイズする標識された核酸に対し、構造において
相補的である。固体支持体は、任意の適切な材料であり、これはポリスチレンベ
ースビーズおよびガラスチップを含む。好ましい実施態様において、プローブま
たは標的核酸は、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）製品（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，
Ｉｎｃ．，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）のようなガラスチップに付着される
。国際出願公開第ＷＯ９７／１０３６５号、同第ＷＯ９７／２９２１２号、同第
ＷＯ９７／２７３１７号、同第ＷＯ９５／１１９９５号、同第ＷＯ９０／１５０
７０号、および米国特許第５，７４４，３０５号、同第５，４４５，９３４号を
参照。これらは、これによって参考として援用される。
【０１５０】 プローブハイブリダイゼーションは、たいてい核酸の検出における工程である
ので、核酸標識化合物は、このプロセスに、実質的に干渉しない構造であるべき
である。従って、標識化合物の立体的および電子的性質は、付着された核酸の相
補的構造への結合と両立できる。
【０１５１】 （実施例） 以下の実施例は、例示のために示されるのであり、本発明を限定するためでは
ない。
【０１５２】 （一般的な実験の詳細） 試薬は、Ａｌｄｒｉｃｈ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐａｎｙ（Ｍｉｌｗａｕ
ｋｅｅ，ＷＩ）から、入手可能な最高の純度で購入した。列挙する全ての溶媒は
、無水物であった。中間体は、1Ｈ ＮＭＲおよび質量分析により特徴付けた。
【０１５３】 （実施例１） フルオレセインおよびビオチンにより標識した、１−（２，３−ジデオキシ−
β−Ｄ−グリセロペンタフラノシル）イミダゾール−４−カルボキサミドヌクレ
オチドの合成 １−Ｏ−アセチル−５−Ｏ−（ｔ−ブチルジメチルシリル）−２，３−ジデオ
キシ−Ｄ−グリセロ−ペンタフラノース１（９．４ｇ、３４．２ｍｍｏｌｅ）（
Ｄｕｅｌｈｏｌｍ，Ｋ．；Ｐｅｎｄｅｒｓｏｎ，Ｅ．Ｂ．，Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ
，１９９２，１を参照のこと）および１−トリメチルシリル−４−カルボエトキ
シイミダゾール２（６．３ｇ；３４．２ｍｍｏｌｅ）（Ｐｏｃｈｅｔ，Ｓら、Ｂ
ｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９５，５，１６７９を参照の
こと）を、１００ｍｌの乾燥ＤＣＭ中Ａｒ下で合わせ、そしてトリメチルシリル
トリフレート触媒（６．２ｍｌ；３４．２ｍｍｏｌｅ）を０℃で添加した。この
溶液を室温で５時間撹拌し、そして次いで、１００ｍｌのＮａＨＣＯ3飽和水溶
液で３回、ＮａＣｌ飽和水溶液で１回洗浄し、ＮａＳＯ4で乾燥して、エバポレ
ートし、４種類のカルボエトキシイミダゾールジデオキシリボシド異性体（３ａ
〜ｄ）（これらは、Ｎ１およびＮ３の両方のアルキル化生成物のαおよびβアノ
マーに対応する）の粗製混合物を１４ｇ得た。これらの異性体生成物を精製し、
そしてフラッシュクロマトグラフィー（シリカゲル、ＥｔＯＡｃ−ヘキサン）で
分離して、全収率は５２％であった。β−Ｎ１異性体（２．２ｇ；１８％収率）
を、1Ｈ−ＮＭＲの化学シフトおよびＮＯＥデータにより同定した（Ｐｏｃｈｅ
ｔ，Ｓら、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９５，５，１６
７９を参照のこと）。精製した３ｃ（０．５ｇ；１．４ｍｍｏｌｅ）を、２０倍
過剰の１，４−ジアミノブタン（３．０ｍｌ、３０ｍｍｏｌｅ）と共に、１４５
℃付近で４時間加熱し、次いで、得られた混合物を、５０ｍｌのＥｔＯＡｃで希
釈し、水で３回、ブラインで１回洗浄し、ＮａＳＯ4で乾燥して、エバポレート
し、イミダゾール−４−（４−アミノブチル）カルボキサミドジデオキシリボシ
ド４を、無色のオイルとして、５００ｍｇ（９５％）得た。トルエンと共蒸発さ
せた後に、４（３９３ｍｇ；０．７５ｍｍｏｌｅ）を、トリフルオロアセチルイ
ミダゾール（９４μＬ；０．８３ｍｍｏｌｅ）と５ｍｌ乾燥ＴＨＦ中で０℃で合
わせ、そして１０分間撹拌した。溶媒をエバポレートし、そして油性の残渣を５
０ｍｌのＥｔＯＡｃに溶解し、ＮａＨＣＯ3飽和水溶液で２回、ＮａＣｌ飽和水
溶液で１回抽出し、ＮａＳＯ4で乾燥し、そしてエバポレートして、４７５ｍｇ
（９９％）のＮ−ＴＦＡ保護されたヌクレオシド５を、無色のオイルとして得た
。ＴＢＤＭＳ基を、２０ｍｌの乾燥ＴＨＦ中の過剰のトリエチルアミントリヒド
ロフルオリド（２．３ｍｌ；１４．４ｍｍｏｌｅ）を添加し、一晩撹拌すること
によって、除去した。ＴＨＦを真空下でエバポレートし、残渣を５０ｍｌのＥｔ
ＯＡｃに溶解し、そしてこの溶液をＮａＨＣＯ3飽和水溶液とブラインの１：１
の混合物で注意深く洗浄して中性とし、次いでＮａＳＯ4で乾燥し、そしてエバ
ポレートして、３４０ｍｇ（９６％）の５を淡黄色オイルとして得た。ＮＭＲお
よびＭＳのデータは、帰属した構造と一致した。
【０１５４】 ヌクレオシド６を、他の箇所（Ｐｒｏｂｅｒ，Ｊ．Ｍ．ら、１９８８、ＰＣＴ
０ ２５２ ６８３ Ａ２を参照のこと）に報告された手順に従って、５’−
トリホスフェートに転換し、脱保護し、ビオチン−ＮＨ（ＣＨ2）5ＣＯ−ＮＨＳ
または５−カルボキシフルオレセイン−ＮＨＳと反応させ、そして精製して、標
識されたヌクレオチド８ａ、ｂを得た（ＨＰＬＣ、31Ｐ−ＮＭＲから、９５％よ
り高い純度）。
【０１５５】 （実施例２） Ｃ３−標識４−アミノピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンβ−Ｄ−リボフラノ
シドトリホスフェートの合成 ３−ヨード−４−アミノピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンリボフラノシド（
ｒｉｂｏｆｕｒａｎｓｉｄｅ）（９）の合成を、Ｈ．Ｂ．Ｃｏｔｔａｍら、１９
９３、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３６：３４２４に記載のように実施した。適切な
デオキシフラノシド前駆体を使用して、２’−デオキシおよび２’，３’−ジデ
オキシヌクレオシドの両方を、類似の手順を使用して調製した。例えば、Ｕ．Ｎ
ｅｉｄｂａｌｌａおよびＨ．Ｖｏｒｂｒｕｇｇｅｎ １９７４、Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃ
ｈｅｍ．３９：３６５４；Ｋ．Ｌ．ＤｕｅｈｏｍおよびＥ．Ｂ．Ｐｅｄｅｒｓｏ
ｎ １９９２、Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ １９９２：１を参照のこと。あるいは、こ
れらは、確立された手順に従って、リボフラノシド９を脱酸素することにより、
調製される。Ｍ．Ｊ．Ｒｏｂｉｎｓら、１９８３ Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ
．１０３：４０５９；およびＣ．Ｋ．Ｃｈｕら、１９８９ Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅ
ｍ．５４：２２１７を参照のこと。
【０１５６】 保護されたプロパルギルアミンリンカーを、有機パラジウムに媒介される４−
アミノピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンリボシドの３位への置換を経て、４−
アミノピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンヌクレオシド（９）に付加した（Ｈｏ
ｂｂｓ（Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．５４：３４２０；Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３８：３
３６）により記載される手順を使用した）。ヨウ化銅（３８ｍｇ；０．２ｍｍｏ
ｌｅ）、トリエチルアミン（５６０μＬ；４．０ｍｍｏｌｅ）、Ｎ−トリフルオ
ロアセチル−３−アミノプロピン（７００μＬ；６．０ｍｍｏｌｅ）および３−
ヨード−４−アミノピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジン −Ｄ−リボフラノシド
（９）（Ｈ．Ｂ．Ｃｏｔｔａｍら、１９９３、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３６：３
４２４）（７８６ｍｇ；２．０ｍｍｏｌｅ）を、５ｍｌの乾燥ＤＭＦ中アルゴン
下で合わせた。この撹拌混合物に、テトラキス（トリフェニルホスフィン）パラ
ジウム（０）（２３２ｍｇ；０．２ｍｍｏｌｅ）を添加した。この溶液は、１０
分以内に均一になり、そして暗所でさらに４時間撹拌し、この時点で、この反応
物を２０ｍＬのＭｅＯＨ−ＤＣＭ（１：１）で希釈し、３．３ｇのＤｏｗｅｘ
ＡＧ−１アニオン交換樹脂（重炭酸塩形態）を添加して、撹拌をさらに１５分間
続けた。この樹脂を濾過により除去して、ＭｅＯＨ−ＤＣＭ（１：１）で洗浄し
、そしてあわせた濾液をエバポレートして乾固させた。残渣を４ｍＬの熱ＭｅＯ
Ｈに溶解し、次いで１５ｍＬのＤＣＭを添加して、この混合物を昇温状態に保っ
て均一な溶液を維持し、同時にこの溶液を、１：９ ＭｅＯＨ−ＤＣＭ中に充填
したシリカゲルのカラム（５ｃｍ×２５ｃｍ）に装填した。この生成物（Ｒf約
０．４、６：３：１：１ ＤＣＭ−ＥｔＯＡｃ−ＭｅＯＨ−ＨＯＡｃ）を、１０
〜１５〜２０％ ＭｅＯＨ−ＤＣＭの段階的な勾配で溶出した。得られた淡黄色
の固体を、２．５ｍｌの氷冷アセトニトリルで３回、次いでエーテルで２回洗浄
し、真空下で乾燥して、６３０ｍｇ（７５％）の４−アミノ−３−（Ｎ−トリフ
ルオロアセチル−３−アミノプロピニル）ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンβ
−Ｄ−リボフラノシド（１０）を得た。この生成物の同定を、1Ｈ−ｎｍｒ、質
量分析および元素分析により、確認した。
【０１５７】 このヌクレオシドを、他の箇所（Ｐｒｏｂｅｒ，Ｊ．Ｍ．ら、１９８８、ＰＣ
Ｔ ０ ２５２ ６８３ Ａ２）に報告された手順に従って、５’−トリホスフ
ェート（１１）に転換し、脱保護し、オキシスクシニミジル−（Ｎ−ビオチノイ
ル−６−アミノ）ヘキサノエート、またはオキシスクシニミジル−（Ｎ−（フル
オレセイン−５−カルボキシル）−６−アミノ）ヘキサノエートと反応させ、そ
して精製して、ビオチン−およびフルオレセイン−標識ヌクレオチド（１２ａ、
１２ｂ）を、９５％より高い純度で得た。
【０１５８】 （実施例３） フルオレセイン−およびビオチン−Ｎ６−ジデオキシ−ピラゾロ［３，４−ｄ
］ピリミジンヌクレオチドの合成 １−Ｏ−アセチル−５−Ｏ（ｔ−ブチルジメチルシリル）−２，３−ジデオキ
シ−Ｄ−グリセロ−ペントフラノース（１）および１−トリメチルシリル−４−
クロロピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジン（１３）を、文献の手順に従って合成
した。Ｄｕｅｌｈｏｌｍ，Ｋ．Ｌ．；Ｐｅｎｄｅｒｓｏｎ，Ｅ．Ｂ．、Ｓｙｎｔ
ｈｅｓｉｓ １９９２、１〜２２；およびＲｏｂｉｎｓ，Ｒ．Ｋ．、Ｊ．Ａｍｅ
ｒ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ．１９９５、７８、７８４〜７９０。４０ｍｌの乾燥ＤＣ
Ｍ中の２．３ｇ（８．３ｍｍｏｌ）の１および１．９ｇ（８．３ｍｍｏｌ、１当
量）の１３に、０℃、アルゴン下で、１．５ｍＬ（８．３ｍｍｏｌ、１当量）の
トリメチルシリルトリフレートを、５分間かけてゆっくりと添加した。３０分後
、４．２ｍｌ（４１．５ｍｍｏｌ、５当量）の１，２−ジアミノブタンを手早く
添加し、そしてこの反応系を室温で１時間撹拌した。溶媒をエバポレートし；残
渣を５０ｍｌの酢酸エチルに溶解して、５０ｍｌのＮａＨＣＯ3の飽和水溶液で
洗浄し、そしてＮａ2ＳＯ4で乾燥し、濾過して、溶媒をエバポレートし、４．２
ｇの黄色泡状物を得た。この泡状物を、１００ｍｌのジエチルエーテルに溶解し
、そして１００ｍｌのヘキサンを添加して、生成物をオイルとして沈殿させた。
この溶媒をデカントし、そしてこのオイルを高真空下で乾燥させて、３．４ｇの
１５を淡黄色泡状物として得た。ＨＰＬＣ、ＵＶおよびＭＳのデータは、α−お
よびβ−アノマーの２：１混合物に一致した。
【０１５９】 １４０ｍｌの乾燥ＴＨＦ中の、異性体の粗製混合物（３．４ｇ、８．１ｍｍｏ
ｌ、約５０％純粋）に、０℃、アルゴン下で、１．０ｍｌの１−トリフルオロア
セチルイミダゾール（８．９ｍｍｏｌ、１．１当量）をゆっくりと添加した。こ
の反応系を、ＲＰ−ＨＰＬＣで追跡した。さらなる５％のアシル化剤を添加して
、出発物質をＴＦＡ−保護されたアノマーの混合物に完全に転換させた。Ｂｅｒ
ｇｅｒｓｏｎ，Ｒ．Ｇ．；ＭｃＭａｉｎｓ，Ｊ．Ｓ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ
１９９８、５３、３１０８〜３１１１。この反応系を室温まで昇温させ、次いで
溶媒をエバポレートして約２５ｍｌ容量とし、そして１００ｍｌの酢酸エチルで
希釈した。この溶液を、２５ｍｌの１％ＮａＨＣＯ3水溶液で２回、ブラインで
１回抽出し、次いでＮａ2ＳＯ4で乾燥し、そしてエバポレートして、３．４ｇの
黄色泡状物を得た。この粗製物質を、ＥｔＯＡｃ−ヘキサン中のシリカゲルのフ
ラッシュクロマトグラフィーで精製して、１６の１．３ｇのα−アノマーおよび
０．７ｇのβ−アノマーを得た（全収率５０％）。１Ｈ−ＮＭＲおよびＭＳのデ
ータは、帰属した構造および立体化学に一致した。
【０１６０】 ５０ｍｌの乾燥ＴＨＦ中の１．３ｇ（２．５ｍｍｏｌ）の１６（α−アノマー
）に、アルゴン下で、１ｍｌ（１３．６ｍｍｏｌ）のトリエチルアミンおよび６
．１ｍｌ（３７．５ｍｍｏｌ、１５当量）のトリエチルアミントリヒドロフルオ
リドを添加した。１６時間の撹拌の後に、この溶媒をエバポレートし、そして残
渣のトリエチルアミントリヒドロフルオリドを、高真空下で除去した。Ｐｉｒｒ
ｕｎｇ，Ｍ．Ｃ．ら；Ｂｉｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．１９９４、４
、１３４５〜１３４６。その残渣を１００ｍｌの酢酸エチルに溶解し、そして１
００ｍｌのＮａＨＣＯ3の飽和水溶液で４回、ブラインで１回、注意深く洗浄し
、次いでＮａ2ＳＯ4で乾燥し、そしてエバポレートして、８５０ｍｇ（９５％）
の白色泡状物を得た。１Ｈ−ＮＭＲ、ＵＶおよびＭＳのデータは、脱シリル化し
たヌクレオシドの帰属した構造に一致し、これを、さらに精製することなく次の
工程に使用した。
【０１６１】 このヌクレオシドを、Ｅｃｋｓｔｅｉｎリン酸化手順（Ｌｕｄｗｉｇ，Ｊ．Ｌ
．；Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，Ｆ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９８９、５４、６３１〜
６３５）を使用して、トリホスフェートに転換し、続いてＲｅｓｏｕｒｃｅＱア
ニオン交換カラム（緩衝液Ａは、２０ｍＭ Ｔｒｉ ｐＨ８、２０％ＣＨ3ＣＮ
であり、そして緩衝液Ｂは、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８、１Ｍ ＮａＣｌ、２
０％ＣＨ３ＣＮである）におけるＨＰＬＣで精製した。31Ｐ−ＮＭＲ、ＵＶおよ
びＭＳのデータは、このトリホスフェートの構造に一致した。このトリフルオロ
アセチル保護基を、過剰のＮＨ4ＯＨで、５５℃で１時間処理することによって
除去し、続いてエバポレートして乾固させた。質量分析データは、アミノブチル
ヌクレオチド１７に一致した。さらに精製することなく、このヌクレオチドを、
他の箇所（Ｐｒｏｂｅｒ，Ｊ．Ｍ．ら、１９８８、ＰＣＴ ０ ２５２ ６８３
Ａ２）に記載のように、ビオチン−ＮＨＳエステルまたは５−カルボキシフル
オレセイン−ＮＨＳのいずれかで処理し、それぞれの標識ヌクレオチド１８ａ〜
１８ｄを形成し、これらを記載のように（Ｐｒｏｂｅｒ，Ｊ．Ｍ．ら、１９８８
、ＰＣＴ ０ ２５２ ６８３ Ａ２）、ＨＰＬＣによって精製した（１８ａの
場合には、緩衝液が２０ｍＭリン酸ナトリウムｐＨ６であったことを例外とする
）。31Ｐ−ＮＭＲおよびＵＶのデータは、この標識アナログの構造に一致した。
【０１６２】 （実施例４） （Ｎ４−標識１，２，４−トリアジン−３−オンβ−Ｄ−リボフラノシド三リ
ン酸） ３０ｍＬ乾燥ＡＣＮ中の１，２，４−トリアゾール（６．７ｇ；９７ｍｍｏｌ
）の溶液へ、ＰＯＣｌ3（２．１ｍＬ；２２ｍｍｏｌ）を攪拌しながらアルゴン
下で徐々に添加した。３０分後、この溶液を０℃まで冷却し、そして１０ｍＬＡ
ＣＮ中のトリエチルアミン（２１ｍＬ；１５０ｍｍｏｌ）および２’，３’，５
’−トリ−Ｏ−アセチル−６−アザウリジン（１９、４．１４ｇ；１１ｍｍｏｌ
（Ａｌｄｒｉｃｈ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐａｎｙから市販））の溶液を添
加した。さらに１時間室温で攪拌した後、得られた活性化ヌクレオシドの溶液を
、２０ｍＬ ＭｅＯＨ中、１，４−ジアミノブタン（４６ｇ；５２４ｍｍｏｌ）
の攪拌溶液へ滴下して移した。この溶媒を真空下で除去し、そして残渣を水に溶
解し、酢酸で中和し、そして再度エバポレートして乾固した。この粗残渣を、シ
リカゲルのクロマトグラフィー（９５：５ ＭｅＯＨ−ＮＨ4ＯＨ）、続いて分
取逆層ＨＰＬＣによって精製し、１５０ｍｇ（０．４５ｍｍｏｌ；３％）のアミ
ノブチルヌクレオシド（２１）を得た。これを、０℃で２時間、３ｍＬのＡＣＮ
中の１−トリフルオロアセチルイミダゾール（３００ｕＬ；１．８ｍｍｏｌ）と
の反応によって、直接、ＴＦＡ保護ヌクレオシド（２２）へ転換し、この溶媒を
エバポレートし、そしてフラッシュクロマトグラフィー（１：９ ＭｅＯＨ−Ｄ
ＣＭ）によって精製した。収量１７５ｍｇ（０．４２ｍｍｏｌ；９３％）この生
成物の同定を、1Ｈ−ｎｍｒおよび質量分析によって確認した。
【０１６３】 このヌクレオシドを、５’−三リン酸へ転換し、脱保護し、オキシスクシンイ
ミジル−（Ｎ−ビオチノイル−６−アミノ）ヘキサノエート、またはオキシスク
シンイミジル−（Ｎ−（フルオレセイン−５−カルボキシ）−６−アミノ）ヘキ
サノエートと反応させ、そして他に報告される手順（Ｐｒｏｂｅｒ，Ｊ．Ｍ．ら
、１９８８，ＰＣＴ ０ ２５２ ６８３ Ａ２．）に従って精製し、ビオチン
−およびフルオレセイン−標識ヌクレオチド（２３ａ、２３ｂ）を＞９５％の純
度で得た。
【０１６４】 （実施例５） （ビオチンおよびフルオレセインＣ５−標識１，２，４，−トリアジン−３，
５−ジオンリボシド三リン酸の合成） ５−ホルミル−６−アザウラシル（２４）を、文献手順に従って調製した。Ｓ
ｃｏｐｅｓ，Ｄ．Ｉ．Ｃ．１９８６，Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｍｅｄ．，２９，８０９−
８１６、およびそこで引用される参考文献を参照のこと。化合物２４を、２５の
ホスホニウムイリド（これは、２５を触媒量のｔ−ブトキシドで処理することに
よって形成される）と反応させ、フタルイミドイル保護アリルアミン２６を得る
。Ｓｃｏｐｅｓら、１９８６、Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｍｅｄ．，２９，８０９−８１６
の手順に従って、２６とβ−Ｄ−ペントフラノシド２７（Ａｌｄｒｉｃｈから市
販）とを反応させて、保護アリルアミン２６をリボシル化し、β−アノマー２８
を得る。β−リボヌクレオシド２８を、ＴＨＦ中の無水ヒドラジンで脱保護し、
アリルアミン２９を得る。ＴＨＦ中での一級アミン２９とトリフルオロアセチル
イジダゾールとの反応によって、保護アミン３０を得る。
【０１６５】 ヌクレオシド３０を、５’−三リン酸へ転換し、脱保護し、オキシスクシンイ
ミジル−（Ｎ−ビオチオニル−６−アミノ）ヘキサノエートまたはオキシスクシ
ンイミジル−（Ｎ−（フルオレセイン−５−カルボキシ）−６−アミノ）ヘキサ
ノエートと反応させ、そしてＰｒｏｂｅｒ，Ｊ．Ｍ．ら、１９８８，ＰＣＴ ０
２５２ ６８３ Ａ２）で報告される手順に従って精製し、それぞれビオチン
−ならびにフルオレセイン−標識ヌクレオチド３１ａおよび３１ｂを得る。
【０１６６】 （実施例６） （ビオチンおよびフルオレセインＣ５−標識５−アミノ−１，２，４−トリア
ジン−３−オンリボシド三リン酸の合成） 上述のβ−リボヌクレオシド２８を、ＳＯＣｌ2またはＰＯＣｌ3で処理し、そ
して引き続いてアンモニアと反応させ、４−アミノ−１，３，６−トリアジンヌ
クレオシド３２を得る。３２のフタルイミド基を、ヒドラジンとの反応で除去し
、そして得られる一級アミンを保護し、ヌクレオシド３３を得る。ヌクレオシド
３３を、５’−三リン酸へ転換し、脱保護し、オキシスクシンイミジル−（Ｎ−
ビオチノイル−６−アミノ）ヘキサノエート、またはオキシスクシンイミジル−
（Ｎ−（フルオレセイン−５−カルボキシ）−６−アミノ）ヘキサノエートと反
応させ、そして他に報告される手順（Ｐｒｏｂｅｒ，Ｊ．Ｍ．ら、１９８８，Ｐ
ＣＴ ０ ２５２ ６８３ Ａ２）に従って精製し、それぞれビオチン−および
フルオレセイン−標識ヌクレオチド３４ａ，３４ｂを得る。
【０１６７】 （実施例７） （修飾ヌクレオチドの酵素による組み込みのＨＰＬＣ分析に関する手順） （反応条件） ＴｄＴ ３ｕＭｄ Ｔ１６テンプレート １５（３０）ｕＭ ＮＴＰ ４０Ｕ ＴｄＴ（Ｐｒｏｍｅｇａ） １Ｘ緩衝液、ｐＨ７．５（Ｐｒｏｍｅｇａ） 手順：１時間３７℃で、次いで１０分７０℃でインキュベートし、続いて５０
ｕＬの容量のＥＤＴＡ（２ｍＭ 最終濃度）を添加する。
【０１６８】 （ＨＰＬＣ分析） （物質および試薬） ４．６ｍｍＸ２５０ｍｍ Ｎｕｃｌｅｏｐａｃ ＰＡ−１００イオン交換カラ
ム（Ｄｉｏｎｅｘ） 緩衝液Ａ：２０ｍＭ ＮａＯＨ（または２０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８、色素標
識されていないヌクレオチド三リン酸のＴｄＴ組み込みの場合） 緩衝液Ｂ：２０ｍＭ ＮａＯＨ、１Ｍ ＮａＣｌ（または２０ｍＭ Ｔｒｉｓ
ｐＨ８、１Ｍ ＮａＣｌ、色素標識されていないヌクレオチド三リン酸のＴｄ
Ｔ組み込みの場合） （一般的手順） この反応物を５０ｕＬの緩衝液Ａで希釈する。５０ｕＬのこのサンプルをＨＰ
ＬＣカラムへ注入し、そして５〜１００％の緩衝液Ｂの勾配を使用して３０分に
わたり１ｍＬ／分の流速で分画する。この色素の２６０ｎｍでの吸光度のピーク
および吸光度の極大（この色素のフルオレセイン発光極大）を同時に検出する。
【０１６９】 この組み込み効率は、標識されたオリゴヌクレオチドの割合として表される。
この数値は、標識されたオリゴヌクレオチドの２６０ｎｍで測定した吸光度ピー
ク面積を、標識されていないオリゴヌクレオチドおよび標識されたオリゴヌクレ
オチドの合計ピーク面積で除算することによって、決定した。（フルオレセイン
標識されたｄＴ１６の保持時間は、２〜３分のオーダーにおいてであり、標識さ
れていないｄＴ１６よりも長い）。この種のアッセイにおける誤差は、約１０％
である。４種の核酸標識化合物についてのパーセンテージ標識効率は、以下の表
１において示される。
【０１７０】
【表１】 （実施例８） （標識されたイミダゾールカルボキサミド（「ＩＴＰ」）および４−アミノピ
ラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジン（「ＡＰＰＴＰ」）ヌクレオチドのハイブリダ
イゼーション研究） 標識されたイミダゾールカルボキサミドおよび４−アミノピラゾロ［３，４−
ｄ］ピリミジンヌクレオチドの性能を、標準ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プロ
ダクトプロトコル（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ
，ＣＡ）を使用してｐ５３アッセイにおいて評価し、これは、例えば、Ｇｅｎｅ
Ｃｈｉｐ（登録商標）ｐ５３アッセイのパッケージ挿入物中に詳細に記載される
。この実験において使用されるサンプルＤＮＡは、プラスミド「ｐ５３ｍｕｔ２
４８」であった。この標識されたヌクレオチドアナログを、通常の標識試薬（フ
ルオレセイン−Ｎ６−ｄｄＡＴＰまたはビオチン−Ｍ−Ｎ６−ｄｄＡＴＰ（ここ
で、Ｍ＝アミノカプロイル）、ＮＥＮから、それぞれパート番号ＮＥＬ−５０３
およびＮＥＬ−５０８）で置き換えた。標識反応を、このアッセイプロトコルに
おいて指定される標準量（２５Ｕ）のＴｄＴ酵素および１００Ｕの酵素の両方を
使用して、実施した。標識化後、フルオレセイン標識標的を、この配列にハイブ
リダイズし、そして直接スキャンした。ビオチン標識標的を使用する実験におい
て、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）チップを、ハイブリダイゼーション工程後に
おいて、スキャンの前に、記載される手順（Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８０：１０７７
−１０８２（１９９８））に従ってフィコエリトリン−ストレプトアビジン接合
体（ＰＥ−ＳＡ）で染色した。
【０１７１】 図９は、このチップの「Ｕｎｉｔ−２」部分でコールされる１３００塩基につ
いて観察されたハイブリダイゼーション蛍光強度の比較を示す。下方のプロット
において、フルオレセイン−ｄｄＩＴＰ（８ｂ）標識標的についての強度を、標
準フルオレセイン−Ｎ６−ｄｄＡＴＰ標識標的（コントロール）についての強度
に対してプロットする（両方ともＴｄＴが２５Ｕで）。観察される約０．７５の
傾きは、８ｂの標識効率が、これらの条件下でのＦｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ−Ｎｄ
−ｄｄＡＴＰの標識効率の約７５％であったことを示す。上方のプロットにおい
て、同一の比較が、１００ＵのＴｄＴが８ｂ標識反応において使用されたことを
除いてなされた。約１．１の傾きは、標準Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ−Ｎ６−ｄｄ
ＡＴＰ／２５Ｕコントロールの反応よりもわずかに良好かまたは等しいことを示
す。
【０１７２】 図１０は、このチップの「Ｕｎｉｔ−２」部分でコールされる１３００塩基に
対して観察されたハイブリダイゼーション蛍光強度の比較を示す。ビオチン−（
Ｍ）2−ｄｄＡＰＰＴＰ（１８ｃ、Ｍ＝アミノカプロイルリンカー；図１０にお
いてビオチン−Ｎ４−ｄｄＡＰＰＴＰとして表す）標識標的（ＰＥ−ＳＡ染色後
）についての強度を、標準ビオチン−Ｍ−Ｎ６−ｄｄＡＴＰ標識標的（コントロ
ール）についての強度に対してプロットする（両方ともＴｄＴが２５Ｕで）。約
０．３の観察された傾きは、ビオチン−（Ｍ）2−ｄｄＡＰＰＴＰ（１８ｃ）で
の標識効率が、これらの条件下で、ビオチン−Ｍ−Ｎ６−ｄｄＡＴＰの標識効率
の約３０％であったことを示す。
【０１７３】 図１１は、チップの「Ｕｎｉｔ−２」でコールされる１３００塩基に対して観
察されるハイブリダイゼーション蛍光強度の比較を示す。下方のプロットにおい
て、ビオチン−Ｍ−ｄｄＩＴＰ（８ａ、Ｍ＝アミノカプロイル；図１１において
Ｂｉｏ−ｄｄＩＴＰとして表す）標識標的についての強度が、標準ビオチン−Ｍ
−Ｎ６−ｄｄＡＴＰ標識コントロール標的についての強度に対してプロットされ
る（両方ともＴｄＴが２５Ｕで）。約０．４の観察された傾きは、８ａでの標識
効率が、これらの条件下で、ビオチン−Ｍ−Ｎ６−ｄｄＡＴＰの標識効率の約４
０％であったことを示す。上方のプロットにおいて、同一の比較が、８ａ標識反
応において１００ＵのＴｄＴが使用されることを除いて、実施される。約１．１
の傾きは、標準ビオチン−Ｍ−Ｎ６−ｄｄＡＴＰ／２５Ｕコントロール反応より
もわずかに良いかまたは等しい標識化を示す。
【０１７４】 図１２は、ＴｄＴが２５Ｕおよび１００Ｕの両方でのフルオレセイン−ｄｄＩ
ＴＰ標識標的、ならびに標準フルオレセイン−Ｎ６−ｄｄＡＴＰ／２５Ｕ Ｔｄ
Ｔ標識「コントロール」標的を使用して得られた、両方の鎖についての全ての再
塩基配列決定（塩基−コーリング（ｂａｓｅ−ｃａｌｌｉｎｇ））精度の比較を
示す。図１３は、ビオチン−Ｍ−ｄｄＩＰ（８ａ；図１３においてビオチン−ｄ
ｄＩＴＰとして表す）およびビオチン−Ｍ−Ｎ６−ｄｄＡＴＰ「コントロール」
で標識した標的についての同様の比較を示す。続いてＰＥ−ＳＡ染色。図１４は
、ビオチン−（Ｍ）2−ｄｄＡＰＰＴＰ／１００Ｕ ＴｄＴおよびビオチン−Ｍ
−Ｎ６−ｄｄＡＴＰ／２５Ｕ ＴｄＴを使用する、再塩基配列決定精度の比較を
示す。これらのデータは、標識されたイミダゾールカルボキサミドおよび４−ア
ミノピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンジデオキシヌクレオチドアナログが、ハ
イブリダイゼーションベースアッセイにおけるＤＮＡ標識のために使用され得、
そして標準標識−Ｎ６−ｄｄＡＴＰ試薬と等価の性能を与えることを示す。
【０１７５】 （実施例９） ビオチン標識したイミダゾールカルボキサミドおよび４−アミノピラゾロ［３
，４−ｄ］ピリミジンのヌクレオチド（「ビオチン−Ｍ−ＩＴＰ」（８ａ）およ
び「ビオチン−（Ｍ）2−ＡＰＰＴＰ」（１８ｃ））の性能を、シングルヌクレ
オチド多形遺伝子型（ｓｉｎｇｌｅ−ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｇｅｎｏｔｙ
ｐｉｎｇ）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）チップアレイを使用して評価した。公
開されたプロトコル（Ｄ．Ｇ．Ｗａｎｇら、１９９８、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８０
：１０７７〜８２）を、これらの実験において、以下の改変を除いて使用した：
１）標識反応を、公開されたプロトコルにおいて指定される標準量（１５Ｕ）の
ＴｄＴ酵素、または３倍（４５Ｕ）の酵素、の両方を使用して実施した；２）標
識ヌクレオチドアナログを標準的な標識試薬（ビオチン−Ｎ６−ｄｄＡＴＰ、Ｎ
ＥＮ：Ｐ／Ｎ ＮＥＬ−５０８から）で置換；３）この標識されたヌクレオチド
アナログを、公開プロトコルにおいて指定される標準濃度の２倍（２５ｕＭ）、
または６倍（７５ｕＭ）のいずれかで使用した。標識後、ビオチン標識標的を、
これらのアレイにハイブリダイズさせ、フィコエリトリン−ストレプトアビジン
接合体（ＰＥ−ＳＡ）で染色し、そしてこのアレイを、公開された手順に従って
スキャンして分析した。
【０１７６】 このデータを以下の表２において示す。観察されたハイブリダイゼーションシ
グナルの平均強度（全アレイにわたって平均化した）によって示されるように、
２５ｕＭのビオチン−Ｍ−ＩＴＰ（８ａ）での標識効率は、１２．５ｕＭのビオ
チン−Ｎ６−ｄｄＡＴＰと同じぐらい良好であり、そして７５ｕＭで８ａを使用
することによってなおさらに高い強度が得られた（項目１〜３；７、８）。コン
トロールと比較して、このアナログは、等しいまたはより良好な性能を提供し、
コレクトベースコール（ｃｏｒｒｅｃｔ ｂａｓｅ ｃａｌｌ）比として表され
た。幾分低い平均シグナル強度が、このアナログの低い組み込み効率を反映して
、ビオチン−（Ｍ）2−ＡＰＰＴＰ（１８ｃ）で観察されるが、等しいアッセイ
性能が、幾分高い酵素およびヌクレオチド濃度を使用して、このアナログを用い
てさらに達成され得た。
【０１７７】
【表２】
【図面の簡単な説明】
【図１】 図１は、限定しない組のテンプレート部分を示す。
【図２】 図２は、以下の限定しない組の複素環式基を示す：４−アミノピラゾロ［３，
４−ｄ］ピリミジン、ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジン、１、３−ジアゾール
（イミダゾール）、１，２，４−トリアジン−３−オン、１，２，４−トリアジ
ン−３，５−ジオンおよび５−アミノ−１，２，４−トリアジン−３−オン。
【図３】 図３は、フルオレセインおよびビオチンで標識した１−（２，３−ジデオキシ
−Ｄ−グリセロ−ペンタフラノシル）イミダゾール−４−カルボキサミドヌクレ
オチドへの合成経路を示す。
【図４】 図４は、Ｃ３−標識４−アミノピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンβ−Ｄ−リ
ボフラノシドトリホスフェートへの合成経路を示す。
【図５】 図５は、フルオレセインおよびビオチンで標識したＮ６−ジデオキシ−ピラゾ
ロ［３，４−ｄ］ピリミジンヌクレオチドへの合成経路を示す。
【図６】 図６は、Ｎ４−標識１，２，４−トリアジン−３−オンβ−Ｄ−リボフラノシ
ドトリホスフェートへの合成経路を示す。
【図７】 図７は、ビオチンおよびフルオレセインＣ５標識１，２，４−トリアジン−３
，５−ジオンリボシドトリホスフェートへの合成経路を示す。
【図８】 図８は、ビオチンおよびフルオレセインＣ５標識５−アミノ−１，２，４−ト
リアジン−３−オンリボシドトリホスフェートへの合成経路を示す。
【図９】 図９は、フルオレセインｄｄＩＴＰおよびフルオレセインｄｄＡＴＰを使用し
て観察したハイブリダイゼーション蛍光強度のグラフィカル比較を示す。
【図１０】 図１０は、ビオチン−（Ｍ）2−ｄｄＡＰＴＰ（ここでＭ＝アミノカプロイル
）およびビオチン−Ｎ６−ｄｄＡＴＰを使用して観察したハイブリダイゼーショ
ン蛍光強度のグラフィカル比較を示す。
【図１１】 図１１は、ビオチン−Ｍ−ｄｄＩＴＰ（ここでＭ＝アミノカプロイル）および
ビオチン−Ｎ６−ｄｄＡＴＰを使用して観察したハイブリダイゼーション蛍光強
度のグラフィカル比較を示す。
【図１２】 図１２は、フルオレセインｄｄＩＴＰおよびフルオレセインＮ６−ｄｄＡＴＰ
標識標的を使用した全体の再配列塩基決定（塩基−コール）精度のグラフィカル
比較を示す。
【図１３】 図１３は、ビオチン−Ｍ−ｄｄＩＴＰ（ここでＭ＝アミノカプロイル）および
ビオチン−Ｎ６−ｄｄＡＴＰを使用した全体の再配列塩基決定精度のグラフィカ
ル比較を示す。
【図１４】 図１４は、ビオチン−（Ｍ）2−ｄｄＡＰＰＴＰ（ここで、Ｍ＝アミノカプロ
イル）およびビオチン−Ｎ６−ｄｄＡＴＰを使用した再配列塩基決定精度のグラ
フィカル比較を示す。
【手続補正書】
【提出日】平成１３年３月２日（２００１．３．２）
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正内容】
【特許請求の範囲】
【化１】 ここで、 Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり； Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、ア
ルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、アミドアルキルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そして、 Ｍは、結合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【化２】 ここで、 Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり； Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、ア
ルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、アミドアルキルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そして、 Ｍは、結合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【化３】 ここで、Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、ア
ルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、アミノアルキルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そして Ｍは、結合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【化４】 ここで、 Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり； Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、ア
ルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、アミノアルキルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そして、 Ｍは、結合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【化５】 ここで、Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、ア
ルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、アルキニルアルキルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そして Ｍは、結合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【化６】 ここで、 Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり； Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、ア
ルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、アルキニルアルキルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そして、 Ｍは、結合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【化４４】 ここで、 Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり； Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、ア
ルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、アミノアルキルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、結合基であり、ここでｍは、０〜約３
の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【化４５】 ここで、 Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり； Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、ア
ルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、アミノアルキルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そして Ｍは、結合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【化４６】 ここで、 Ａは、Ｈまたは該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり； Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9、またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ
、アルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、官能基化されたアルキル、アルケニルアルキル、またはアルキニルアルキ
ルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そして、 Ｍは、結合基であり、ここで、ｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【化４７】 ここで、 Ａは、Ｈまたは該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり； Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9、またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ
、アルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、官能基化されたアルキル、アルケニルアルキル、またはアルキニルアルキ
ルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そして、 Ｍは、結合基であり、ここで、ｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【化４８】 ここで、 Ａは、Ｈまたは該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり； Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9、またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ
、アルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、官能基化されたアルキル、アルケニルアルキル、またはアルキニルアルキ
ルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そして、Ｍは、結合基であり、ここで、ｍは、０〜
約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【化４９】 ここで、 Ａは、Ｈまたは該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり； Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
、Ｈ、アルキルまたはアリールであり； Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9、またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ
、アルキルまたはアリールであり； Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり； Ｌは、官能基化されたアルキル、アルケニルアルキル、またはアルキニルアルキ
ルであり； Ｑは、検出可能部分であり；そして、 Ｍは、結合基であり、ここで、ｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正内容】
【００１４】
【化１２】 ここで、Ａは、Ｈ、または核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；Ｘ
は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して、
Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9または
ＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、アミドアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、結
合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１５
【補正方法】変更
【補正内容】
【００１５】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり
；Ｙは、ＨまたはＯＲ9であり、ここでＲ9はＨ、アルキルまたはアリールであり
；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたは
アリールであり；Ｌは、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、
約２〜約１０の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセ
インであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍは、１また
は０である。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１９
【補正方法】変更
【補正内容】
【００１９】
【化１３】 ここで、Ａは、Ｈ、または核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；Ｘ
は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して、
Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9または
ＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、アミノアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、結
合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正内容】
【００２０】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；
Ｙは、ＨまたはＯＲ9であり、ここでＲ9はＨ、アルキルまたはアリールであり；
Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、約２〜約１
０の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり
；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ 2 ）5ＮＨ−であり、ここでｍは、１または０である。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正内容】
【００２４】
【化１４】 ここで、Ａは、Ｈ、または核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；Ｘ
は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して、
Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9または
ＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、アルキニルアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは
、結合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正内容】
【００２５】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；
Ｙは、ＨまたはＯＲ9であり、ここでＲ9はＨ、アルキルまたはアリールであり；
Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり；Ｌは、−Ｃ≡Ｃ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、約１〜約
１０の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであ
り；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍは、１または０であ
る。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２９
【補正方法】変更
【補正内容】
【００２９】
【化１５】 ここで、Ａは、Ｈ、または核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；Ｘ
は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して、
Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9または
ＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはアリールであ
り；Ｌは、アミノアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、結
合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３０
【補正方法】変更
【補正内容】
【００３０】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；
Ｙは、ＨまたはＯＲ9であり、ここでＲ9はＨ、アルキルまたはアリールであり；
Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルまたはア
リールであり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、約２〜約１
０の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり
；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−またはＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2
）5ＮＨ−であり、ここでｍは、１または０である。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３４
【補正方法】変更
【補正内容】
【００３４】
【化１６】 ここで、Ａは、Ｈまたは核酸標識化合物が核酸に結合することを可能にする官能
基であり；Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は
、独立して、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、
ＳＲ9、またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルま
たはアリールであり；Ｌは、官能基化されたアルキル、アルケニルアルキル、ま
たはアルキニルアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そして、Ｍは、結
合基であり、ここで、ｍは、０〜約３までの範囲の整数である。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正内容】
【００３５】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり
；Ｙは、ＨまたはＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキル
またはアリールであり；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、
ｎは、約１〜約１０までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシ
フルオレセインであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（Ｃ
Ｈ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３９
【補正方法】変更
【補正内容】
【００３９】
【化１７】 ここで、Ａは、Ｈまたは核酸標識化合物が核酸に結合することを可能にする官能
基であり；Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は
、独立して、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、
ＳＲ9、またはＮＨＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10はＨ、アルキルま
たはアリールであり；Ｌは、官能基化されたアルキル、アルケニルアルキル、ま
たはアルキニルアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そして、Ｍは、結
合基であり、ここで、ｍは、０〜約３までの範囲の整数である。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４０
【補正方法】変更
【補正内容】
【００４０】 別の実施態様において、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり
；Ｙは、ＨまたはＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキル
またはアリールであり；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、
ｎは、約１〜約１０までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシ
フルオレセインであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（Ｃ
Ｈ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４５
【補正方法】変更
【補正内容】
【００４５】
【化１８】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｌは、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約
１０までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセイン
であり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または
０である。
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４８
【補正方法】変更
【補正内容】
【００４８】
【化１９】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約１０まで
の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；
そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2
）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５１
【補正方法】変更
【補正内容】
【００５１】
【化２０】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｌは、−Ｃ≡Ｃ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約１〜約１０ま
での範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり
；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０であ
る。
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５４
【補正方法】変更
【補正内容】
【００５４】
【化２１】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約１０まで
の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；
そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2
）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【手続補正１８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５７
【補正方法】変更
【補正内容】
【００５７】
【化２２】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約１〜約１
０までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインで
あり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（
ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【手続補正１９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６０
【補正方法】変更
【補正内容】
【００６０】
【化２３】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約１〜約１
０までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインで
あり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（
ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【手続補正２０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６４
【補正方法】変更
【補正内容】
【００６４】
【化２４】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｌは、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約
１０までの範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセイン
であり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または
０である。
【手続補正２１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６７
【補正方法】変更
【補正内容】
【００６７】
【化２５】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約１０まで
の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；
そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2
）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【手続補正２２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７０
【補正方法】変更
【補正内容】
【００７０】
【化２６】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｌは、−Ｃ≡Ｃ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約１〜約１０ま
での範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり
；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０であ
る。
【手続補正２３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７３
【補正方法】変更
【補正内容】
【００７３】
【化２７】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、Ｈまたは
ＯＲ9であり、ここで、Ｒ9は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、
Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり、ここで、Ｒ10は、Ｈ、アルキルまたはアリールで
あり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約２〜約１０まで
の範囲の整数であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；
そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2
）5ＮＨ−であり、ここで、ｍは、１または０である。
【手続補正２４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７６
【補正方法】変更
【補正内容】
【００７６】
【化２８】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；ＹはＨまたはＯＲ9 であり、ここで、Ｒ9はＨ、アルキルまたはアリールであり；ＺはＨ、Ｎ3、Ｆま
たはＯＲ10であり、ここでＲ10はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｌは−Ｃ
Ｈ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは約１〜約１０の範囲の整数であり
；Ｑはビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そしてＭは−ＣＯ（Ｃ
Ｈ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで
ｍは１または０である。
【手続補正２５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７９
【補正方法】変更
【補正内容】
【００７９】
【化２９】 ここで、Ａは、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；ＹはＨまたはＯＲ9 であり、ここで、Ｒ9はＨ、アルキルまたはアリールであり；ＺはＨ、Ｎ3、Ｆま
たはＯＲ10であり、ここでＲ10はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｌは−Ｃ
Ｈ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは約１〜約１０の範囲の整数であり
；Ｑはビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そしてＭは−ＣＯ（Ｃ
Ｈ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここで
ｍは１または０である。
【手続補正２６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９５
【補正方法】変更
【補正内容】
【００９５】 テンプレート部分（Ｔ）は、ある位置でメチレン基（ＣＨ2）に共有結合され
、そして別の位置で複素環式基（Ｈc）に共有結合される。テンプレート部分の
限定されない組は図１に示され、ここで置換基は以下のように規定される：Ｘは
、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり；ＹはＨ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ9、ＳＲ9または
ＮＨＲ9であり；ＺはＨ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ10であり；ＷはＯ、ＳまたはＣＨ2
であり；ＤはＯまたはＳであり；そしてＧはＯ、ＮＨまたはＣＨ2である。置換
基Ｒ1、Ｒ2、Ｒ9およびＲ10は、独立して、Ｈ、アルキル、またはアリールであ
る。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ０７Ｈ 21/04 Ｃ０７Ｈ 21/04 Ｂ ４Ｈ０５０ Ｃ１２Ｎ 15/09 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｇ０１Ｎ 21/78 Ｃ Ｇ０１Ｎ 21/78 33/50 Ｐ 33/50 33/53 Ｍ 33/53 33/566 33/566 Ｃ１２Ｎ 15/00 Ａ (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＵＧ，ＺＷ)，Ｅ Ａ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ， ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＥ，Ｇ Ｈ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ， ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，Ｍ Ｗ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ， ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，Ｚ Ｗ (72)発明者 バローン， アンソニー ディー． アメリカ合衆国 カリフォルニア 95125， サン ノゼ， エレン アベニュー 2118 Ｆターム(参考） 2G045 BB41 BB51 DA13 FA29 FB02 FB07 GC10 2G054 AA06 BB20 CA22 EA03 EB01 GA04 4B024 AA11 CA01 CA09 CA11 HA13 4B063 QA01 QQ42 QQ52 QR41 QR56 QR66 QR82 QS03 QS34 QX02 4C057 BB02 CC01 DD01 LL02 LL50 4H050 AB20 AB92

Claims (60)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 以下の構造の核酸標識化合物であって： 【化１】 ここで、Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；
    Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
    、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1また
    はＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ
    、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであ
    り；Ｌは、アミドアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、結
    合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
  2. 【請求項２】 請求項１に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ａは、
    ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり、こ
    こでＲ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1
    であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｌは、−Ｃ（Ｏ）
    ＮＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、約２〜約１０の範囲の整数であり；
    Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そしてＭは、−ＣＯ（
    ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍは、１または０である、核酸標識化合物。
  3. 【請求項３】 請求項２に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ｙは、
    ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ 2 ）4ＮＨ−であり；Ｑは、ビオチンであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ
    であり、ここでｍは１である、 核酸標識化合物。
  4. 【請求項４】 請求項２に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ｙは、
    ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ 2 ）4ＮＨ−であり；Ｑは、５−カルボキシフルオレセインであり；そしてｍは０
    である、核酸標識化合物。
  5. 【請求項５】 以下の構造の核酸標識化合物であって： 【化２】 ここで、Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；
    Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
    、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1また
    はＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ
    、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであ
    り；Ｌは、アミノアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、結
    合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
  6. 【請求項６】 請求項５に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ａは、
    ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり、ここ
    でＲ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1で
    あり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2 ）nＮＨ−であり、ここでｎは、約２〜約１０の範囲の整数であり；Ｑは、ビオ
    チンまたはカルボキシフルオレセインであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5Ｎ
    Ｈ−または、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍは、
    １または０である、核酸標識化合物。
  7. 【請求項７】 請求項６に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ｙは、
    ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）4ＮＨ
    −であり；Ｑは、ビオチンであり；そしてｍは０である、核酸標識化合物。
  8. 【請求項８】 請求項６に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ｙは、
    ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）4ＮＨ
    −であり；Ｑは、５−カルボキシフルオレセインであり；そしてｍは０である、
    核酸標識化合物。
  9. 【請求項９】 以下の構造の核酸標識化合物であって： 【化３】 ここで、Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；
    Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
    、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1また
    はＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ
    、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであ
    り；Ｌは、アルキニルアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは
    、結合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
  10. 【請求項１０】 請求項９に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ａは
    、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり、こ
    こでＲ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1
    であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｌは、−Ｃ≡Ｃ（
    ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、約１〜約１０の範囲の整数であり；Ｑは、
    ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2
    ）5ＮＨ−であり、ここでｍは、１または０である、核酸標識化合物。
  11. 【請求項１１】 請求項１０に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ｙ
    は、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−Ｃ≡ＣＣＨ2Ｎ
    Ｈ−であり；Ｑは、ビオチンであり；そしてｍは１である、核酸標識化合物。
  12. 【請求項１２】 請求項１０に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ｙ
    は、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−Ｃ≡ＣＣＨ2Ｎ
    Ｈ−であり；Ｑは、５−カルボキシフルオレセインであり；そしてｍは１である
    、核酸標識化合物。
  13. 【請求項１３】 以下の構造の核酸標識化合物であって： 【化４】 ここで、Ａは、Ｈ、または該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；
    Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して
    、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1また
    はＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ
    、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであ
    り；Ｌは、アミノアルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そしてＭは、結
    合基であり、ここでｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
  14. 【請求項１４】 請求項１３に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ａ
    は、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；ＸはＯであり；Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり、
    ここでＲ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ 1 であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールであり；Ｌは、−ＮＨ（Ｃ
    Ｈ2）nＮＨ−であり、ここでｎは、約２〜約１０の範囲の整数であり；Ｑは、ビ
    オチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5 ＮＨ−または、ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍは、
    １または０である、核酸標識化合物。
  15. 【請求項１５】 請求項１４に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ｙ
    は、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）4 ＮＨ−であり；Ｑは、ビオチンであり；そしてＭは、−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−で
    あり、ここで、ｍは１である、核酸標識化合物。
  16. 【請求項１６】 請求項１４に記載の核酸化合物であって、ここで、Ｙは、
    ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−ＮＨ（ＣＨ2）4ＮＨ
    −であり；Ｑは、５−カルボキシフルオレセインであり；そしてＭは、−ＣＯ（
    ＣＨ2）5ＮＨ−であり、ここでｍは１である、核酸標識化合物。
  17. 【請求項１７】 以下の構造の核酸標識化合物であって： 【化５】 ここで、Ａは、Ｈまたは該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；Ｘ
    は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して、
    Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1、また
    はＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、
    Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールで
    あり；Ｌは、官能基化されたアルキル、アルケニルアルキル、またはアルキニル
    アルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そして、Ｍは、結合基であり、こ
    こで、ｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
  18. 【請求項１８】 請求項１７に記載の核酸標識化合物であって、Ａは、Ｈま
    たはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり、ここで
    、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1
    であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｌは、−ＣＨ＝
    ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約１〜約１０の範囲の整数であり
    ；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そしてＭは、−ＣＯ
    （ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であり、こ
    こで、ｍは、１または０である、核酸標識化合物。
  19. 【請求項１９】 請求項１８に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ｙ
    は、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨＣＨ 2 ＮＨ−であり；Ｑは、ビオチンであり；そしてｍは０である、核酸標識化合物
    。
  20. 【請求項２０】 請求項１８に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ｙ
    は、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨＣＨ 2 ＮＨ−であり；Ｑは、５−カルボキシフルオレセインであり；そしてｍは０で
    ある、核酸標識化合物。
  21. 【請求項２１】 以下の構造の核酸標識化合物であって： 【化６】 ここで、Ａは、Ｈまたは該核酸標識化合物を核酸に結合し得る官能基であり；Ｘ
    は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ1またはＣＨＲ2であり、ここで、Ｒ1およびＲ2は、独立して、
    Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｙは、Ｈ、Ｎ3、Ｆ、ＯＲ1、ＳＲ1、また
    はＮＨＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、
    Ｈ、Ｎ3、ＦまたはＯＲ1であり、ここで、Ｒ1はＨ、アルキルまたはアリールで
    あり；Ｌは、官能基化されたアルキル、アルケニルアルキル、またはアルキニル
    アルキルであり；Ｑは、検出可能部分であり；そして、Ｍは、結合基であり、こ
    こで、ｍは、０〜約３の範囲の整数である、 核酸標識化合物。
  22. 【請求項２２】 請求項２１に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ａ
    は、ＨまたはＨ4Ｏ9Ｐ3−であり；Ｘは、Ｏであり；Ｙは、ＨまたはＯＲ1であり
    、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｚは、Ｈ、Ｎ3、Ｆまた
    はＯＲ1であり、ここで、Ｒ1は、Ｈ、アルキルまたはアリールであり；Ｌは、−
    ＣＨ＝ＣＨ（ＣＨ2）nＮＨ−であり、ここで、ｎは、約１〜約１０の範囲の整数
    であり；Ｑは、ビオチンまたはカルボキシフルオレセインであり；そしてＭは、
    −ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−または−ＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−であ
    り、ここで、ｍは、１または０である、 核酸標識化合物。
  23. 【請求項２３】 請求項２２に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ｙ
    は、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨＣＨ 2 ＮＨ−であり；Ｑは、ビオチンであり；そしてｍは０である、核酸標識化合物
    。
  24. 【請求項２４】 請求項２２に記載の核酸標識化合物であって、ここで、Ｙ
    は、ＨまたはＯＨであり；Ｚは、ＨまたはＯＨであり；Ｌは、−ＣＨ＝ＣＨＣＨ 2 ＮＨ−であり；Ｑは、５−カルボキシフルオレセインであり；そしてｍは０で
    ある、核酸標識化合物。
  25. 【請求項２５】 請求項２に記載の核酸標識化合物と核酸を結合させること
    によって生成される、核酸誘導体。
  26. 【請求項２６】 請求項６に記載の核酸標識化合物と核酸を結合させること
    によって生成される、核酸誘導体。
  27. 【請求項２７】 請求項１０に記載の核酸標識化合物と核酸を結合させるこ
    とによって生成される、核酸誘導体。
  28. 【請求項２８】 請求項１４に記載の核酸標識化合物と核酸を結合させるこ
    とによって生成される、核酸誘導体。
  29. 【請求項２９】 請求項１８に記載の核酸標識化合物と核酸を結合させるこ
    とによって生成される、核酸誘導体。
  30. 【請求項３０】 請求項２２に記載の核酸標識化合物と核酸を結合させるこ
    とによって生成される、核酸誘導体。
  31. 【請求項３１】 ハイブリダイゼーション産物であって、ここで、該ハイブ
    リダイゼーション産物が、相補的なプローブに結合された請求項２５に記載の核
    酸誘導体を含む、ハイブリダイゼーション産物。
  32. 【請求項３２】 請求項３１に記載のハイブリダイゼーション産物であって
    、ここで、前記プローブがガラスチップに結合されている、ハイブリダイゼーシ
    ョン産物。
  33. 【請求項３３】 ハイブリダイゼーション産物であって、ここで、該ハイブ
    リダイゼーション産物が、相補的なプローブに結合された請求項２６に記載の核
    酸誘導体を含む、ハイブリダイゼーション産物。
  34. 【請求項３４】 請求項３３に記載のハイブリダイゼーション産物であって
    、ここで、前記プローブがガラスチップに結合されている、ハイブリダイゼーシ
    ョン産物。
  35. 【請求項３５】 ハイブリダイゼーション産物であって、ここで、該ハイブ
    リダイゼーション産物が、相補的なプローブに結合された請求項２７に記載の核
    酸誘導体を含む、ハイブリダイゼーション産物。
  36. 【請求項３６】 請求項３５に記載のハイブリダイゼーション産物であって
    、ここで、前記プローブがガラスチップに結合されている、ハイブリダイゼーシ
    ョン産物。
  37. 【請求項３７】 ハイブリダイゼーション産物であって、ここで、該ハイブ
    リダイゼーション産物が、相補的なプローブに結合された請求項２８に記載の核
    酸誘導体を含む、ハイブリダイゼーション産物。
  38. 【請求項３８】 請求項３７に記載のハイブリダイゼーション産物であって
    、ここで、前記プローブがガラスチップに結合されている、ハイブリダイゼーシ
    ョン産物。
  39. 【請求項３９】 ハイブリダイゼーション産物であって、ここで、該ハイブ
    リダイゼーション産物が、相補的なプローブに結合された請求項２９に記載の核
    酸誘導体を含む、ハイブリダイゼーション産物。
  40. 【請求項４０】 請求項３９に記載のハイブリダイゼーション産物であって
    、ここで、前記プローブがガラスチップに結合されている、ハイブリダイゼーシ
    ョン産物。
  41. 【請求項４１】 ハイブリダイゼーション産物であって、ここで、該ハイブ
    リダイゼーション産物が、相補的なプローブに結合された請求項３０に記載の核
    酸誘導体を含む、ハイブリダイゼーション産物。
  42. 【請求項４２】 請求項４１に記載のハイブリダイゼーション産物であって
    、ここで、前記プローブがガラスチップに結合されている、ハイブリダイゼーシ
    ョン産物。
  43. 【請求項４３】 標識された核酸を合成する方法であって、該方法は、請求
    項２に記載の核酸標識化合物を核酸に結合させる工程を包含する、方法。
  44. 【請求項４４】 標識された核酸を合成する方法であって、該方法は、請求
    項６に記載の核酸標識化合物を核酸に結合させる工程を包含する、方法。
  45. 【請求項４５】 標識された核酸を合成する方法であって、該方法は、請求
    項１０に記載の核酸標識化合物を核酸に結合させる工程を包含する、方法。
  46. 【請求項４６】 標識された核酸を合成する方法であって、該方法は、請求
    項１４に記載の核酸標識化合物を核酸に結合させる工程を包含する、方法。
  47. 【請求項４７】 標識された核酸を合成する方法であって、該方法は、請求
    項１８に記載の核酸標識化合物を核酸に結合させる工程を包含する、方法。
  48. 【請求項４８】 標識された核酸を合成する方法であって、該方法は、請求
    項２２に記載の核酸標識化合物を核酸に結合させる工程を包含する、方法。
  49. 【請求項４９】 核酸を検出する方法であって、該方法は、請求項２５に記
    載の核酸誘導体をプローブと共にインキュベートする工程を包含する、方法。
  50. 【請求項５０】 請求項４９に記載の方法であって、ここで、前記プローブ
    がガラスチップに結合されている、方法。
  51. 【請求項５１】 核酸を検出する方法であって、該方法は、請求項２６に記
    載の核酸誘導体をプローブと共にインキュベートする工程を包含する、方法。
  52. 【請求項５２】 請求項５１に記載の方法であって、ここで、前記プローブ
    がガラスチップに結合されている、方法。
  53. 【請求項５３】 核酸を検出する方法であって、該方法は、請求項２７に記
    載の核酸誘導体をプローブと共にインキュベートする工程を包含する、方法。
  54. 【請求項５４】 請求項５３に記載の方法であって、ここで、前記プローブ
    がガラスチップに結合されている、方法。
  55. 【請求項５５】 核酸を検出する方法であって、該方法は、請求項２８に記
    載の核酸誘導体をプローブと共にインキュベートする工程を包含する、方法。
  56. 【請求項５６】 請求項５５に記載の方法であって、ここで、前記プローブ
    がガラスチップに結合されている、方法。
  57. 【請求項５７】 核酸を検出する方法であって、該方法は、請求項２９に記
    載の核酸誘導体をプローブと共にインキュベートする工程を包含する、方法。
  58. 【請求項５８】 請求項５７に記載の方法であって、ここで、前記プローブ
    がガラスチップに結合されている、方法。
  59. 【請求項５９】 核酸を検出する方法であって、該方法は、請求項３０に記
    載の核酸誘導体をプローブと共にインキュベートする工程を包含する、方法。
  60. 【請求項６０】 請求項５９に記載の方法であって、ここで、前記プローブ
    がガラスチップに結合されている、方法。
JP2000562553A 1998-07-31 1999-07-20 核酸標識化合物 Pending JP2002521495A (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US09/126,645 1998-07-31
US09/126,645 US20010018514A1 (en) 1998-07-31 1998-07-31 Nucleic acid labeling compounds
PCT/US1999/012390 WO2000006771A2 (en) 1998-07-31 1999-07-20 Nucleic acid labeling compounds

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2006077729A Division JP2006258818A (ja) 1998-07-31 2006-03-20 核酸標識化合物

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2002521495A true JP2002521495A (ja) 2002-07-16

Family

ID=22425958

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2000562553A Pending JP2002521495A (ja) 1998-07-31 1999-07-20 核酸標識化合物
JP2006077729A Pending JP2006258818A (ja) 1998-07-31 2006-03-20 核酸標識化合物

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2006077729A Pending JP2006258818A (ja) 1998-07-31 2006-03-20 核酸標識化合物

Country Status (8)

Country Link
US (5) US20010018514A1 (ja)
EP (2) EP1589025A3 (ja)
JP (2) JP2002521495A (ja)
AT (1) ATE296833T1 (ja)
AU (1) AU5203599A (ja)
CA (1) CA2339016A1 (ja)
DE (1) DE69925624T2 (ja)
WO (1) WO2000006771A2 (ja)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2006510623A (ja) * 2002-11-22 2006-03-30 エフ．ホフマン−ラ　ロシュ　アーゲー 検出できるラベルされたヌクレオシド類似体及びその使用方法
JP2008501679A (ja) * 2004-06-02 2008-01-24 エーエスエム サイエンティフィック， インコーポレイテッド ２’−ニトロベンジル改変型リボヌクレオチド
JP2010241754A (ja) * 2009-04-08 2010-10-28 Japan Advanced Institute Of Science & Technology Hokuriku アザピリミジン骨格を有する光応答性核酸類
JP2016138078A (ja) * 2015-01-29 2016-08-04 学校法人日本大学 ８−アザ−３，７−ジデアザアデニンヌクレオシド誘導体、８−アザ−３，７−ジデアザアデニンヌクレオチド誘導体及びポリヌクレオチド誘導体ならびにプローブ

Families Citing this family (61)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6864059B2 (en) 1996-01-23 2005-03-08 Affymetrix, Inc. Biotin containing C-glycoside nucleic acid labeling compounds
US20010018514A1 (en) 1998-07-31 2001-08-30 Mcgall Glenn H. Nucleic acid labeling compounds
US7282327B2 (en) 1996-01-23 2007-10-16 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US6965020B2 (en) 1996-01-23 2005-11-15 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US7291463B2 (en) * 1996-01-23 2007-11-06 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US7423143B2 (en) 1996-01-23 2008-09-09 Affymetrix. Inc. Nucleic acid labeling compounds
US6251691B1 (en) 1996-04-25 2001-06-26 Bioarray Solutions, Llc Light-controlled electrokinetic assembly of particles near surfaces
US6582921B2 (en) * 1996-07-29 2003-06-24 Nanosphere, Inc. Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses thereof
US6949367B1 (en) 1998-04-03 2005-09-27 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Modified oligonucleotides for mismatch discrimination
US7715989B2 (en) 1998-04-03 2010-05-11 Elitech Holding B.V. Systems and methods for predicting oligonucleotide melting temperature (TmS)
US7045610B2 (en) 1998-04-03 2006-05-16 Epoch Biosciences, Inc. Modified oligonucleotides for mismatch discrimination
US6683173B2 (en) 1998-04-03 2004-01-27 Epoch Biosciences, Inc. Tm leveling methods
US7875440B2 (en) 1998-05-01 2011-01-25 Arizona Board Of Regents Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules
US6780591B2 (en) 1998-05-01 2004-08-24 Arizona Board Of Regents Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules
US20030096321A1 (en) * 1999-05-19 2003-05-22 Jose Remacle Method for the identification and/or the quantification of a target compound obtained from a biological sample upon chips
US6660845B1 (en) * 1999-11-23 2003-12-09 Epoch Biosciences, Inc. Non-aggregating, non-quenching oligomers comprising nucleotide analogues; methods of synthesis and use thereof
US6727356B1 (en) 1999-12-08 2004-04-27 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Fluorescent quenching detection reagents and methods
US6800439B1 (en) 2000-01-06 2004-10-05 Affymetrix, Inc. Methods for improved array preparation
EP1944310A3 (en) * 2000-03-01 2008-08-06 Epoch Biosciences, Inc. Modified oligonucleotides for mismatch discrimination
ES2391213T3 (es) * 2000-03-01 2012-11-22 Epoch Biosciences, Inc. Oligonucle�tidos modificados para discriminaci�n de desapareamiento
US6833450B1 (en) 2000-03-17 2004-12-21 Affymetrix, Inc. Phosphite ester oxidation in nucleic acid array preparation
US6806361B1 (en) 2000-03-17 2004-10-19 Affymetrix, Inc. Methods of enhancing functional performance of nucleic acid arrays
US7005259B1 (en) 2000-06-01 2006-02-28 Affymetrix, Inc. Methods for array preparation using substrate rotation
DE60117556T2 (de) 2000-06-21 2006-11-02 Bioarray Solutions Ltd. Multianalytische molekularanalyse durch verwendung anwendungsspezifischer zufallspartikelarrays
US9709559B2 (en) 2000-06-21 2017-07-18 Bioarray Solutions, Ltd. Multianalyte molecular analysis using application-specific random particle arrays
AU2001278517A1 (en) 2000-08-03 2002-02-18 F. Hoffman-La Roche Ag Nucleic acid binding compounds containing pyrazolo(3,4-d)pyrimidine analogues of purin-2,6-diamine and their uses
AU2002258502A1 (en) 2001-03-12 2002-09-24 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
WO2003000187A2 (en) * 2001-06-21 2003-01-03 Ariad Pharmaceuticals, Inc. Novel pyrazolo-and pyrrolo-pyrimidines and uses thereof
US7262063B2 (en) * 2001-06-21 2007-08-28 Bio Array Solutions, Ltd. Directed assembly of functional heterostructures
US7439346B2 (en) * 2001-10-12 2008-10-21 Perkinelmer Las Inc. Nucleic acids arrays and methods of use therefor
NZ532947A (en) 2001-10-15 2006-01-27 Bioarray Solutions Ltd Multiplexed analysis of polymorphic loci by concurrent interrogation and enzyme-mediated detection
AU2003298655A1 (en) 2002-11-15 2004-06-15 Bioarray Solutions, Ltd. Analysis, secure access to, and transmission of array images
ATE533849T1 (de) 2003-01-17 2011-12-15 Danisco Verfahren zur in-situ-herstellung eines emulgators in einem nahrungsmittel
CA2463719A1 (en) 2003-04-05 2004-10-05 F. Hoffmann-La Roche Ag Nucleotide analogs with six membered rings
US9394565B2 (en) 2003-09-05 2016-07-19 Agena Bioscience, Inc. Allele-specific sequence variation analysis
WO2005029705A2 (en) 2003-09-18 2005-03-31 Bioarray Solutions, Ltd. Number coding for identification of subtypes of coded types of solid phase carriers
ATE532066T1 (de) 2003-09-22 2011-11-15 Bioarray Solutions Ltd Oberflächenimmobilisierter polyelektrolyt mit mehreren, zur kovalenten bindung an biomoleküle fähigen funktionellen gruppen
WO2005042763A2 (en) 2003-10-28 2005-05-12 Bioarray Solutions Ltd. Optimization of gene expression analysis using immobilized capture probes
EP1694859B1 (en) 2003-10-29 2015-01-07 Bioarray Solutions Ltd Multiplexed nucleic acid analysis by fragmentation of double-stranded dna
US7169560B2 (en) 2003-11-12 2007-01-30 Helicos Biosciences Corporation Short cycle methods for sequencing polynucleotides
WO2005049849A2 (en) 2003-11-14 2005-06-02 Integrated Dna Technologies, Inc. Fluorescence quenching azo dyes, their methods of preparation and use
EP1716254B1 (en) 2004-02-19 2010-04-07 Helicos Biosciences Corporation Methods for analyzing polynucleotide sequences
JP5149622B2 (ja) * 2004-05-20 2013-02-20 クエスト ダイアグノスティックス インヴェストメンツ インコーポレイテッド 単一標識比較ハイブリダイゼーション
US7848889B2 (en) 2004-08-02 2010-12-07 Bioarray Solutions, Ltd. Automated analysis of multiplexed probe-target interaction patterns: pattern matching and allele identification
ATE491941T1 (de) * 2005-01-27 2011-01-15 Quest Diagnostics Invest Inc Schnelle komparative genomhybridisierung
US8486629B2 (en) 2005-06-01 2013-07-16 Bioarray Solutions, Ltd. Creation of functionalized microparticle libraries by oligonucleotide ligation or elongation
US20060292576A1 (en) * 2005-06-23 2006-12-28 Quest Diagnostics Investments Incorporated Non-in situ hybridization method for detecting chromosomal abnormalities
US7977108B2 (en) * 2005-07-25 2011-07-12 Roche Molecular Systems, Inc. Method for detecting a mutation in a repetitive nucleic acid sequence
US7666593B2 (en) 2005-08-26 2010-02-23 Helicos Biosciences Corporation Single molecule sequencing of captured nucleic acids
US8076074B2 (en) 2005-11-29 2011-12-13 Quest Diagnostics Investments Incorporated Balanced translocation in comparative hybridization
US7807359B2 (en) * 2006-12-01 2010-10-05 Quest Diagnostics Investments Incorporated Methods of detecting TPMT mutations
US7507539B2 (en) * 2007-07-30 2009-03-24 Quest Diagnostics Investments Incorporated Substractive single label comparative hybridization
US8093063B2 (en) * 2007-11-29 2012-01-10 Quest Diagnostics Investments Incorporated Assay for detecting genetic abnormalities in genomic nucleic acids
US8039794B2 (en) * 2008-12-16 2011-10-18 Quest Diagnostics Investments Incorporated Mass spectrometry assay for thiopurine-S-methyl transferase activity and products generated thereby
US20110086772A1 (en) * 2009-09-25 2011-04-14 Signature Genomics Laboratories Llc Multiplex (+/-) stranded arrays and assays for detecting chromosomal abnormalities associated with cancer and other diseases
EP2553123B1 (en) 2010-03-26 2016-08-24 Integrated DNA Technologies, Inc. Methods for enhancing nucleic acid hybridization
US9506057B2 (en) 2010-03-26 2016-11-29 Integrated Dna Technologies, Inc. Modifications for antisense compounds
US8536323B2 (en) 2010-04-21 2013-09-17 Pierce Biotechnology, Inc. Modified nucleotides
US9206216B2 (en) 2010-04-21 2015-12-08 Pierce Biotechnology, Inc. Modified nucleotides methods and kits
CA2809457C (en) 2010-09-07 2019-07-30 Integrated Dna Technologies, Inc. Modifications for antisense compounds
US20120153139A1 (en) * 2010-12-16 2012-06-21 Exxonmobil Research And Engineering Company Generation of model-of-composition of petroleum by high resolution mass spectrometry and associated analytics

Family Cites Families (72)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US389162A (en) * 1888-09-04 George a
GB721016A (en) 1952-07-08 1954-12-29 Gen Motors Corp Improved refrigerator
US3352849A (en) * 1965-10-24 1967-11-14 Merck & Co Inc 6-aza-2'-deoxyuridines
NL154598B (nl) 1970-11-10 1977-09-15 Organon Nv Werkwijze voor het aantonen en bepalen van laagmoleculire verbindingen en van eiwitten die deze verbindingen specifiek kunnen binden, alsmede testverpakking.
DE2122991C2 (de) * 1971-05-04 1982-06-09 Schering Ag, 1000 Berlin Und 4619 Bergkamen Verfahren zur Herstellung von Cytosin- und 6-Azacytosinnucleosiden
US3817837A (en) * 1971-05-14 1974-06-18 Syva Corp Enzyme amplification assay
US3939350A (en) 1974-04-29 1976-02-17 Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Fluorescent immunoassay employing total reflection for activation
US3996345A (en) * 1974-08-12 1976-12-07 Syva Company Fluorescence quenching with immunological pairs in immunoassays
US4277437A (en) 1978-04-05 1981-07-07 Syva Company Kit for carrying out chemically induced fluorescence immunoassay
US4275149A (en) * 1978-11-24 1981-06-23 Syva Company Macromolecular environment control in specific receptor assays
US4427633A (en) 1980-07-03 1984-01-24 Beckman Instruments, Inc. Gas mixing apparatus for metastable transfer emission spectroscopy
US4366241A (en) 1980-08-07 1982-12-28 Syva Company Concentrating zone method in heterogeneous immunoassays
US4711955A (en) * 1981-04-17 1987-12-08 Yale University Modified nucleotides and methods of preparing and using same
US4594339A (en) * 1982-04-06 1986-06-10 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Anti-herpes virus compositions containing 5-substituted 1-2'(deoxy-2-'-substituted-β-d-arabinofuranosyl)pyrimedene nucleosides
US4948882A (en) * 1983-02-22 1990-08-14 Syngene, Inc. Single-stranded labelled oligonucleotides, reactive monomers and methods of synthesis
JPS6010174A (ja) 1983-06-29 1985-01-19 Fuji Photo Film Co Ltd オ−トラジオグラフイ−による遺伝子のスクリ−ニング方法
FR2552164B1 (fr) * 1983-09-21 1986-12-26 Snecma Disque de compresseur avec accelerateur centripete integre pour l'aspiration d'air dans un dispositif de refroidissement d'une turbine a gaz
CA1260372A (en) 1984-04-27 1989-09-26 Elazar Rabbani Hybridization method for the detection of genetic materials
JPS61109797A (ja) 1984-11-01 1986-05-28 Yuki Gosei Yakuhin Kogyo Kk 標識化ヌクレオチドおよび標識化ポリヌクレオチド
US4981783A (en) 1986-04-16 1991-01-01 Montefiore Medical Center Method for detecting pathological conditions
US5242796A (en) * 1986-07-02 1993-09-07 E. I. Du Pont De Nemours And Company Method, system and reagents for DNA sequencing
CA1340806C (en) * 1986-07-02 1999-11-02 James Merrill Prober Method, system and reagents for dna sequencing
US5151507A (en) * 1986-07-02 1992-09-29 E. I. Du Pont De Nemours And Company Alkynylamino-nucleotides
US4987066A (en) 1986-11-07 1991-01-22 Max Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. Process for the detection of restriction fragment length polymorphisms in eukaryotic genomes
US5202231A (en) 1987-04-01 1993-04-13 Drmanac Radoje T Method of sequencing of genomes by hybridization of oligonucleotide probes
US6211158B1 (en) 1987-04-10 2001-04-03 Roche Diagnostics Gmbh Desazapurine-nucleotide derivatives, processes for the preparation thereof, pharmaceutical compositions containing them and the use thereof for nucleic acid sequencing and as antiviral agents
CA1323293C (en) 1987-12-11 1993-10-19 Keith C. Backman Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization
DE3888653T2 (de) 1987-12-21 1994-07-07 Applied Biosystems Verfahren und Testsatz zum Nachweis einer Nukleinsäure-Sequenz.
GB8810400D0 (en) 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
CA1341584C (en) 1988-04-06 2008-11-18 Bruce Wallace Method of amplifying and detecting nucleic acid sequences
US5002867A (en) 1988-04-25 1991-03-26 Macevicz Stephen C Nucleic acid sequence determination by multiple mixed oligonucleotide probes
JPH03505966A (ja) 1988-07-14 1991-12-26 ベイラー カレッジ オブ メディシン 生物高分子の固相組立及び再構築方法
US5262536A (en) 1988-09-15 1993-11-16 E. I. Du Pont De Nemours And Company Reagents for the preparation of 5'-tagged oligonucleotides
US4997928A (en) * 1988-09-15 1991-03-05 E. I. Du Pont De Nemours And Company Fluorescent reagents for the preparation of 5'-tagged oligonucleotides
WO1990003370A1 (en) 1988-09-28 1990-04-05 Microprobe Corporation DERIVATIVES OF PYRAZOLO[3,4-d]PYRIMIDINE
US5424186A (en) 1989-06-07 1995-06-13 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis
US6040138A (en) 1995-09-15 2000-03-21 Affymetrix, Inc. Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5744101A (en) * 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US5614617A (en) * 1990-07-27 1997-03-25 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant, pyrimidine modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
US5173260A (en) 1990-09-17 1992-12-22 Eastman Kodak Company Beads fused to a test device support
WO1992010092A1 (en) 1990-12-06 1992-06-25 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis
EP0562047A4 (en) 1990-12-06 1995-11-02 Affymax Tech Nv Sequencing by hybridization of a target nucleic acid to a matrix of defined oligonucleotides
RU1794088C (ru) 1991-03-18 1993-02-07 Институт Молекулярной Биологии Ан@ Ссср Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени
US5342796A (en) * 1991-05-28 1994-08-30 Sharp Kabushiki Kaisha Method for controlling gate size for semiconduction process
US5422241A (en) 1991-07-03 1995-06-06 Ambion, Inc. Methods for the recovery of nucleic acids from reaction mixtures
US5324633A (en) 1991-11-22 1994-06-28 Affymax Technologies N.V. Method and apparatus for measuring binding affinity
CA2129105A1 (en) 1992-02-12 1993-08-19 Michael J. Conrad Applications of fluorescent n-nucleosides and fluorescent structural analogs of n-nucleosides
DE69333650T2 (de) 1992-02-19 2006-01-12 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Neue anordnungn von oligonukleotiden und ihr nutzen zum sortieren, isolieren, sequenzieren und manipulieren von nukleinsäuren
US5543292A (en) 1992-06-16 1996-08-06 Hitachi, Ltd. Process for the measurement of nucleic acids
US6114114A (en) 1992-07-17 2000-09-05 Incyte Pharmaceuticals, Inc. Comparative gene transcript analysis
JP3954092B2 (ja) 1993-06-25 2007-08-08 アフィメトリックス インコーポレイテッド 核酸配列のハイブリダイゼーションと配列決定
RU2041261C1 (ru) 1993-08-11 1995-08-09 Институт молекулярной биологии им.В.А.Энгельгардта РАН Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей
RU2041263C1 (ru) 1993-08-11 1995-08-09 Геннадий Моисеевич Ершов Способ микродозирования водных растворов веществ на носитель и устройство для его осуществления
RU2041262C1 (ru) 1993-08-11 1995-08-09 Институт молекулярной биологии им.В.А.Энгельгардта РАН Способ иммобилизации водорастворимых биоорганических соединений на капиллярно-пористый носитель
EP0730663B1 (en) 1993-10-26 2003-09-24 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
DE69503126T2 (de) 1994-05-05 1998-11-12 Beckman Instruments Inc Repetitive oligonukleotide matrix
US5571639A (en) 1994-05-24 1996-11-05 Affymax Technologies N.V. Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks
US5807522A (en) 1994-06-17 1998-09-15 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods for fabricating microarrays of biological samples
US5795716A (en) 1994-10-21 1998-08-18 Chee; Mark S. Computer-aided visualization and analysis system for sequence evaluation
US6974666B1 (en) 1994-10-21 2005-12-13 Appymetric, Inc. Methods of enzymatic discrimination enhancement and surface-bound double-stranded DNA
US6174998B1 (en) 1996-03-12 2001-01-16 Roche Diagnostics Gmbh C-nucleoside derivatives and their use in the detection of nucleic acids
DE19509038A1 (de) 1995-03-14 1996-09-19 Boehringer Mannheim Gmbh C-Nukleosid-Derivate und deren Verwendung in der Detektion von Nukleinsäuren
US5684142A (en) * 1995-06-07 1997-11-04 Oncor, Inc. Modified nucleotides for nucleic acid labeling
US6864059B2 (en) * 1996-01-23 2005-03-08 Affymetrix, Inc. Biotin containing C-glycoside nucleic acid labeling compounds
US20010018514A1 (en) 1998-07-31 2001-08-30 Mcgall Glenn H. Nucleic acid labeling compounds
JP2002515738A (ja) * 1996-01-23 2002-05-28 アフィメトリックス，インコーポレイティド 核酸分析法
US6965020B2 (en) * 1996-01-23 2005-11-15 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
GB9602028D0 (en) * 1996-02-01 1996-04-03 Amersham Int Plc Nucleoside analogues
EP0937159A4 (en) 1996-02-08 2004-10-20 Affymetrix Inc SPECIATION OF MICROORGANISMS FROM MICROPLATES AND CHARACTERIZATION OF THE PHENOTYPES THEREOF
AU2733697A (en) * 1996-04-17 1997-11-07 Aronex Pharmaceuticals, Inc. Antisense inhibitors of vascular endothelial growth factor (vegf/vpf) expression
DE19637042A1 (de) 1996-09-12 1998-03-19 Boehringer Mannheim Gmbh Heterocyclische Verbindungen und deren Verwendung in der Detektion von Nucleinsäuren

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2006510623A (ja) * 2002-11-22 2006-03-30 エフ．ホフマン−ラ　ロシュ　アーゲー 検出できるラベルされたヌクレオシド類似体及びその使用方法
JP4898119B2 (ja) * 2002-11-22 2012-03-14 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー 検出できるラベルされたヌクレオシド類似体及びその使用方法
JP2008501679A (ja) * 2004-06-02 2008-01-24 エーエスエム サイエンティフィック， インコーポレイテッド ２’−ニトロベンジル改変型リボヌクレオチド
JP2012095665A (ja) * 2004-06-02 2012-05-24 Twistdx Inc ２’−ニトロベンジル改変型リボヌクレオチド
JP2010241754A (ja) * 2009-04-08 2010-10-28 Japan Advanced Institute Of Science & Technology Hokuriku アザピリミジン骨格を有する光応答性核酸類
JP2016138078A (ja) * 2015-01-29 2016-08-04 学校法人日本大学 ８−アザ−３，７−ジデアザアデニンヌクレオシド誘導体、８−アザ−３，７−ジデアザアデニンヌクレオチド誘導体及びポリヌクレオチド誘導体ならびにプローブ

Also Published As

Publication number Publication date
US7491818B2 (en) 2009-02-17
US20040002595A1 (en) 2004-01-01
US20010044531A1 (en) 2001-11-22
WO2000006771A3 (en) 2001-06-21
EP1589025A2 (en) 2005-10-26
DE69925624T2 (de) 2006-04-27
EP1124838A2 (en) 2001-08-22
US6844433B2 (en) 2005-01-18
EP1589025A3 (en) 2006-04-19
ATE296833T1 (de) 2005-06-15
WO2000006771A2 (en) 2000-02-10
US6596856B2 (en) 2003-07-22
AU5203599A (en) 2000-02-21
CA2339016A1 (en) 2000-02-10
US20010018514A1 (en) 2001-08-30
EP1124838B1 (en) 2005-06-01
US7179905B2 (en) 2007-02-20
US20050164268A1 (en) 2005-07-28
WO2000006771A9 (en) 2002-08-22
DE69925624D1 (de) 2005-07-07
JP2006258818A (ja) 2006-09-28
US20030232979A1 (en) 2003-12-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2002521495A (ja) 核酸標識化合物
AU2007315190B2 (en) Click chemistry for the production of reporter molecules
US8076072B2 (en) Nucleic acid labeling compounds
JPH11513388A (ja) 選択的結合性相補的オリゴヌクレオチド
US7291463B2 (en) Nucleic acid labeling compounds
US7282327B2 (en) Nucleic acid labeling compounds
US6965020B2 (en) Nucleic acid labeling compounds
US6864059B2 (en) Biotin containing C-glycoside nucleic acid labeling compounds
Kolganova et al. Simple and Stereoselective Preparation of an 4‐(Aminomethyl)‐1, 2, 3‐triazolyl Nucleoside Phosphoramidite
US7423143B2 (en) Nucleic acid labeling compounds
US20040210045A1 (en) Nucleic acid labeling compounds

Legal Events

Date Code Title Description
A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20050920

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20051213

A602 Written permission of extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602

Effective date: 20051221

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20060320

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20060725

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20070111