JP2002521490A - Ｈｉｖ膜融合のインヒビター - Google Patents

Ｈｉｖ膜融合のインヒビター

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カー，ピーター，エイ．
キム，ピーター，エス．
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Abstract

(57)【要約】 ＨＩＶ膜融合のインヒビターならびにＮ−ヘリックスコイルドコイルおよびＨＩＶ ｇｐ４１エンベロープタンパク質のＣヘリックスの結合を阻害する薬物または薬剤を同定する方法。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 関連出願 本出願は、１９９７年４月１７日に提出された、ＨＩＶエンベロープ糖タンパ
ク質由来のｇｐ４１のコア構造と題するデービッド シー．チャン（Ｄａｖｉｄ
Ｃ．Ｃｈａｎ）、デボラ ファス（Ｄｅｂｏｒａｈ Ｆａｓｓ）、ミン ルー
（Ｍｉｎ Ｌｕ）、ジェイムス エム．バーガー（Ｊａｍｅｓ Ｍ．Ｂｅｒｇｅ
ｒ）およびペーター エス．キム（Ｐｅｔｅｒ Ｓ．Ｋｉｍ）による米国仮出願
第６０／０４３，２８０号および１９９８年４月１７日に提出された、ＨＩＶエ
ンベロープ糖タンパク質由来のｇｐ４１のコア構造と題するデービッド シー．
チャン、デボラ ファス、ミン ルー、ジェイムス エム．バーガーおよびペー
ター エス．キムによる米国出願第０９／０６２，２４１号に関する。本出願は
、１９９８年７月３０日に提出された、ＨＩＶ膜融合のインヒビターと題するデ
ービッド シー．チャン、デブラ エム．アーゴット（Ｄｅｂｒａ Ｍ．Ｅｈｒ
ｇｏｔｔ）およびペーター エス．キムによる米国仮出願第６０／０９４，６７
６号；１９９８年９月１４日に提出された、ＨＩＶ膜融合のインヒビターと題す
るデービッド シー．チャン、デブラ エム．アーゴットおよびペーター エス
．キムによる米国仮出願第６０／１００，２６５号および１９９８年９月１８日
に提出された、ＨＩＶ膜融合のインヒビターと題するデービッド シー．チャン
、デブラ エム．アーゴットおよびペーター エス．キムによる米国仮出願第６
０／１０１，０５８号；ならびに１９９９年５月３日に提出された、デブラ エ
ム．アーゴット、デービッド シー．チャン、ブラジミール マラシュケヴィッ
チ（Ｖｌａｄｉｍｉｒ Ｍａｌａｓｈｋｅｖｉｃｈ）およびペーター エス．キ
ムによる米国仮出願第６０／１３２，２９５号の利益を主張するものである。こ
れらの参照された出願の全ての教示は、参照により本明細書に取り込まれる。
【０００２】 政府の支援 本発明は、国立衛生研究所交付番号Ｐ０１ ＧＭ５６５５２により、全部また
は一部支援された。米国政府は、本発明において、一定の権利を有する。
【０００３】 発明の背景 ヒト免疫不全ウイルス１型（ＨＩＶ−１）由来のタンパク質の構造研究は、抗
レトロウイルス薬物の開発に必須であった。構造に基づく創薬は、臨床用途にお
けるＨＩＶ−１薬物の２つのクラスである逆転写酵素インヒビターとプロテアー
ゼインヒビターに関して、最も熱心であった。ＨＩＶ侵入に対して、構造に基づ
く創薬を行ないうることも有用であろう。
【０００４】 発明の要旨 本明細書に記載のように、ＨＩＶエンベロープタンパク質ｇｐ４１サブユニッ
ト（例えば、ＨＩＶ−１エンベロープタンパク質ｇｐ４１−サブユニット）のＮ
−ヘリックスコイルドコイルの表面のくぼみ（ｃａｖｉｔｙ）は、該コイルドコ
イル表面、とりわけ、くぼみを結合することにより、細胞へのＨＩＶ侵入を阻害
する薬物または他の薬剤の標的である。これは、ＨＩＶ（例えば、ＨＩＶ−１、
ＨＩＶ−２など）の細胞への侵入を阻害する薬物または薬剤を同定およびデザイ
ンするための基礎として有用である。
【０００５】 本明細書に記載された結果は、ｇｐ４１コアにおける前記コイルドコイルくぼ
み（疎水性ポケットともいう）は、魅力的な薬物標的であり、かつ当該くぼみを
結合する分子がＨＩＶ感染性（細胞へのＨＩＶ侵入）を妨害（阻害）することを
示す。出願人は、まず、疎水性ポケットに突出する保存残基が、明らかにＣ３４
のＨＩＶ−１感染を阻害する能力において主要な役割を果たすことを示した。ｇ
ｐ４１機能に対するくぼみ接近（ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼ
みとＣペプチド領域の残基との間）の重要性は、明らかである。逆に、ｇｐ４１
機能の阻害において、かかるくぼみ接近を妨げ、したがって細胞へのＨＩＶ−１
侵入を阻害することの重要性も、明らかである。また、ｇｐ４１の中央−コイル
ドコイルの疎水性ポケットに対する薬物を指向することは、ＨＩＶ−１エンベロ
ープタンパク質の最も高く保存された領域の１つを標的とするものであり、この
ことは、コイルドコイル表面、および特にその疎水性ポケットを標的とする薬剤
が多岐にわたるＨＩＶ単離物に対する広範な活性を有するであろうことならびに
薬剤回避変異体が現れるのが困難であろうことを意味する。
【０００６】 鏡像ファージディスプレイ技術〔ティー．エヌ．シューマッハー（Ｔ．Ｎ．Ｓ
ｃｈｕｍａｃｈｅｒ）ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２７１：１８５４（１９９６）〕、
コンビナトリアルケミストリー〔エー．ボーシャート（Ａ．Ｂｏｒｃｈａｒｄｔ
），エス．ディー．リバールス（Ｓ．Ｄ．Ｌｉｂｅｒｌｅｓ），エス・アール．
ビッガー（Ｓ．Ｒ．Ｂｉｇｇｅｒ），ジー．アール．クラブトゥリー（Ｇ．Ｒ．
Ｃｒａｂｔｒｅｅ），エス．エル．シュレイバー（Ｓ．Ｌ．Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ
），Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，４：９６１（１９９７）；ジェイ．シー．シャバラ
（Ｊ．Ｃ．Ｃｈａｂａｌａ），Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，
６：６３２（１９９５）〕、合理的な薬物デザインおよび他の薬物スクリーニン
グならびに医薬化学法などの種々の方法を用いて、ＨＩＶ−１感染を阻害するに
十分な親和性によりコイルドコイルくぼみを結合するＤ−ペプチド、ペプチド擬
似物および小分子を同定しうる。本明細書に記載のＮ３６／Ｃ３４安定性とＣ３
４の効力との間の近密な関係は、かかる化合物の有効性がそれらのくぼみ接近の
強度に決定的に依存するであろうことを示唆する。本明細書に記載のように、候
補化合物は、Ｃ３４とＮ３６との間の安定な複合体の形成を妨げるそれらの能力
または２者の結合を破壊する（複合体を破壊する）能力について調べられ、それ
により、ＨＩＶ−１侵入の強力なインヒビターを同定および評価するための迅速
な定量的スクリーニングを提供しうる。
【０００７】 一方、スクリーニングを行ない、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルくぼみの結合
を妨げるかあるいは破壊する分子または化合物およびくぼみを結合するペプチド
を同定することができ、そうして、「ポケット特異的」結合薬剤または薬物であ
る分子を同定する方法を提供する。本明細書に記載された分子および化合物（薬
物または薬剤ともいう）は、ｇｐ４１を不活性化し、そうして細胞へのＨＩＶ−
１侵入を防ぎまたは減少（阻害）するのに有用である。理論的に結合されること
が期待されない場合、これらのインヒビターがｇｐ４１のプレ−ヘアピン中間体
に結合し、かつｇｐ４１の融合活性化段階に対応するｇｐ４１コアの３量体ヘア
ピン構造へのその変換を防ぐことを提案するのが道理にあう。〔チャン，ディー
．シー（Ｃｈａｎ，Ｄ．Ｃ．）およびピー．エス．キム（Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ）、Ｃ
ｅｌｌ，９３：６８１（１９９８）、図１を参照のこと〕。したがって、本方法
は、ＨＩＶ−１ ｇｐ４１エンベロープタンパク質の融合活性化状態の形成を（
全体的にまたは部分的に）阻害する薬物または薬剤を同定するのに有用である。
本方法において、小分子（例えば、小有機分子）、ペプチド（Ｄ−ペプチドまた
はＬ−ペプチド）、ペプチド擬似物、タンパク質または抗体などのいかなるタイ
プの化合物または分子でありうる候補インヒビター（候補薬物ともいう）のｇｐ
４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルを結合し、安定な複合体を形成する能力を
評価する。さらに、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルに結合する化合物または分子
を、代表的な方法が、本明細書に記載され、参照されるＨＩＶ−１感染（ウイル
ス侵入）およびシンシチウム（syncytium ）アッセイを介するなど、ｇｐ４１機
能を阻害する（膜融合を阻害する）それらの能力について評価する。かかるアッ
セイを介してｇｐ４１機能を阻害することが示されるこれらの薬剤を、さらに付
加的なイン・ビトロアッセイおよび適切な動物モデルにおいて、それらの活性を
評価しうる〔例えば、レトビン，エヌ．エル．（Ｌｅｔｖｉｎ，Ｎ．Ｌ．），Ｓ
ｃｉｅｎｃｅ，２８０，（５３７１）：１８７５−１８８０（１９９８），ハー
シュ，ブイ．エム．（Ｈｉｒｓｃｈ，Ｖ．Ｍ．）およびピー．アール．ジョンソ
ン（Ｐ．Ｒ．Ｊｏｈｎｓｏｎ），Ｖｉｒｕｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，３２（２）：
１８３−２０３（１９９４）；レイマン，ケー．エー．（Ｒｅｉｍａｎｎ，Ｋ．
Ａ．）ら，Ｊ．Ｖｉｖｏｌ．，７０（１０）：６９２２−６９２８（１９９６）
〕。いかなる適切なアプローチをも用いて、候補インヒビターのＮ−ヘリックス
コイルドコイルへの結合と、本明細書に記載された研究の結果、Ｎ−ヘリックス
コイルドコイルくぼみへの結合とを評価することができる。１つの態様において
、候補インヒビターの合成ペプチドＮ３６〔ルー，エム（Ｌｕ，Ｍ．）ら，Ｊ．
Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｄｙｎ．１５：４６５（１９９７），チャン．デ
ィー．シー．（Ｃｈａｎ，Ｄ．Ｃ．）ら，Ｃｅｌｌ，８９，２６３（１９９７）
および１９９７年４月１７日に提出されたデービッド シー チャン，デボラ
ファス，ミン ルー，ジェイムス エム．バーガーおよびペーター エス．キム
による、ＨＩＶエンベロープ糖タンパク質由来のｇｐ４１のコア構造と題した米
国仮出願第６０／０４３，２８０号に記載〕を結合する能力を評価する。本明細
書に記載の方法を用いて、得られた複合体の安定性を評価する。
【０００８】 Ｎ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合する化合物または分子（薬物また
は薬剤）を同定する方法の具体的な態様において、ｇｐ４１コイルドコイルくぼ
みを提示する可溶性モデルを用いる。ＨＩＶ ｇｐ４１の６つのヘリックスの束
（bundle）は、３量体コイルドコイルの外側における保存された疎水性溝に適合
する３つのＣ−ペプチドにより囲まれた３つの同じＮ−ペプチドから構成される
内部３量体コイルドコイルからなる。３量体コイルドコイルのＣ末端は、Ｃ−ペ
プチド由来の巨大な疎水性基に包まれる大きなくぼみを含む。本疎水性ポケット
は、抗ＨＩＶ薬物の発見および／またはデザインの標的として用いられる。残念
ながら、Ｃ−ペプチドの非存在下に、Ｎ−ペプチドは、凝集され、１００％らせ
ん状でない。したがって、Ｎ３６、Ｎ５１〔ルー，エム．（Ｌｕ，Ｍ．）ら、Ｎ
ａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９５〕またはＤＰ−１０７（
ワイルド（Ｗｉｌｄ）ら、ＰＮＡＳ ８９：１０５３７−１０５４１（１９９２
）などのＨＩＶ−１ ｇｐ４１由来のＮペプチドを単に用いることは、Ｎ−ヘリ
ックスコイルドコイルの有効なモデルを提供する見込みがない。
【０００９】 本明細書に記載のように、出願人は、ＨＩＶ ｇｐ４１の疎水性ポケットの可
溶性非凝集性３量体ペプチドモデルを製造することに成功し、したがって、初め
て、（ＨＩＶ ｇｐ４１構造における対応残基に類似した構造を形成する様式ま
たは立体配置で）この疎水性ポケットまたはくぼみを適切に提示するモデルを提
供した。（「ポケット」および「くぼみ」は互換的に用いられる）。記載された
ように、可溶性３量体コイルドコイル部分と、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリック
スコイルドコイルのポケットまたはくぼみ（Ｎ−ペプチドの残基を含むポケット
）を形成するアミノ酸残基を含むＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチド領域由来の部
分とを含むペプチド（融合タンパク質ともいう）を製造し、ＨＩＶ ｇｐ４１機
能、例えば、細胞へのＨＩＶ侵入を阻害する分子または化合物を同定するのに有
用なかかる可溶性モデルであることを示した。ペプチドにおける、３量体状のコ
イルドコイル（融合タンパク質ともいう）は、ＨＩＶのタンパク質ではないタン
パク質（ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉなどの非ＨＩＶタンパク質）またはＨＩＶ起源のタ
ンパク質（ＨＩＶ由来のタンパク質またはＨＩＶタンパク質と同一または類似の
アミノ酸配列を有するタンパク質）のコイルドコイル領域でありうる。特定の態
様において、大きなくぼみを有する、ＩＱＮ１７という可溶性非凝集性３量体ペ
プチドモデルは、酵母転写活性化因子であるＧＣＮ４の、３量体状のコイルドコ
イル領域とｇｐ４１のＮペプチドのＣ末端の部分とを含有する。ＩＱＮ１７は、
安定性を増大させる３つの変異とＨＩＶの１７残基とを含む、（以前、米国仮出
願第６０／１０１，０５８号において、ＧＣＮ４−ｐＩＱと称された）〔エッカ
ート，ディー．エム．（Ｅｃｋｅｒｔ，Ｄ．Ｍ．）ら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．
，２８４：８５９−８６５（１９９８）〕ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉの２９残基を含む
；４５残基の融合タンパク質の全長をなす、２つのタンパク質間の１残基のオー
バーラップが存在する。ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉの配列は：ａｃ−ＲＭＫＱＩＥＤＫ
ＩＥＥＩＬＳＫＱＹＨＩＥＮＥＩＡＲＩＫＫＬＩＧＥＲ（配列番号：１）である
。ＨＩＶ配列は：ＬＬＱＬＴＶＷＧＩＫＱＬＱＡＲＩＬ（配列番号：２０）であ
る。ＩＱＮ１７の配列は：ａｃ−ＲＭＫＱＩＥＤＫＩＥＥＩＥＳＫＱＫＫＩＥＮ
ＥＩＡＲＩＫＫＬＬＱＬＴＶＷＧＩＫＱＬＱＡＲＩＬ−ａｍ（配列番号：２）で
ある。ＨＩＶ部分を配列番号：２に下線を付す；ａｃ−は、Ｎ末端アセチル基を
示し、−ａｍは、Ｃ末端アミドを示す。ＩＱＮ１７におけるＧＣＮ４の、可溶性
３量体状のコイルドコイル領域（ＧＣＮ４の可溶性３量体コイルドコイルという
）の配列は：ＲＭＫＱＩＥＤＫＩＥＥＩＥＳＫＱＫＫＩＥＮＥＩＡＲＩＫＫ（配
列番号：２５）である。ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉコイルドコイルのライズ（ｒｉｓｅ
）およびピッチ（ｐｉｔｃｈ）などのスーパーヘリックスパラメーター〔ハーバ
リー，ピー．ビー．（Ｈａｒｂｕｒｙ，Ｐ．Ｂ．）ら，Ｎａｔｕｒｅ ３７１：
８０−８３（１９９４）；ハーバリーら、ＰＮＡＳ ９２：８４０８−８４１２
（１９９５）〕は、ＨＩＶ ｇｐ４１ Ｎヘリックスコイルドコイルとほぼ同一
である。したがって、得られた融合タンパク質分子（ＩＱＮ１７）は、Ｃ末端の
Ｎ−ペプチド疎水性くぼみを提示する長い３量体コイルドコイルを形成すること
が予想される。ＩＱＮ１７は、−３６，０００ｄｅｇ ｃｍ2 ｄｍｏｌ−1 の２
２２ｎｍのモル楕円率で円二色性により決定されたように完全にらせん状である
。沈降係数により決定されたように、ＩＱＮ１７は、２０μＭの濃度における単
量体分子量の３．００〜３．１６倍の範囲の算出分子量に対する観察された分子
量の割合を有する別個の３量体種に近い。Ｘ線結晶学により決定されるように、
ＩＱＮ１７は、ＨＩＶ ｇｐ４１ Ｎヘリックスコイルドコイルにおけるポケッ
トとほぼ同一の様式でＮペプチド疎水性ポケットを提示する。
【００１０】 （天然のＬ掌体またはエナンチオマーＤ掌体の）ＩＱＮ１７分子は、高処理量
薬剤スクリーニングを含むスクリーニングに用いて、コイルドコイルポケットに
結合する分子を同定することができる。Ｄ掌体のＩＱＮ１７分子は、（天然Ｌ掌
体の）ｇｐ４１の疎水性ポケットに結合する小分子（Ｄ−ペプチド）を同定し、
ＨＩＶ膜融合を阻害するために、鏡像ファージディスプレイ〔シューマッハ（Ｓ
ｃｈｕｍａｃｈｅｒ）ら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２７１：１８５４，１９９６〕にお
ける標的として用いられている。所望の標的（疎水性ポケットを含むＨＩＶ ｇ
ｐ４１のＮ−ヘリックス）は、天然由来標的の正しい鏡像である。天然由来のコ
イルドコイルポケットの鏡像を結合する能力の評価対象の化合物または分子のラ
イブラリーまたはコレクションをスクリーニングするために用いられる。天然由
来のｇｐ４１ポケットの鏡像を結合することが見出された化合物または分子の鏡
像は、天然の掌体のｇｐ４１ポケットを結合するであろう。スクリーニングされ
たライブラリーまたはコレクションは、ファージディスプレイライブラリー、ペ
プチドライブラリー、ＤＮＡライブラリー、ＲＮＡライブラリー、コンビナトリ
アルライブラリー、化学薬剤もしくは薬物のコレクション、細胞溶解物、細胞培
養培地または細胞により産生された産物を含む上清などのいかなる型でもありう
る。ファージディスプレイライブラリーの場合、Ｄ−標的を用いてファージコー
トタンパク質をスクリーニングする。標的に結合する特異的なファージクローン
を同定し、発現したタンパク質の鏡像を、Ｄ−アミノ酸を用いて化学合成する。
鏡像ファージディスプレイにおいて、ＩＱＮ１７を用いることにより、ｇｐ４１
疎水性ポケットに結合するＤ−ペプチドを同定した。記載されているように、さ
らなる評価を行ない、Ｄ−ペプチドのＨＩＶ ｇｐ４１機能阻害能を示した。ｇ
ｐ４１疎水性ポケットを結合し、ＨＩＶ感染性を阻害するＤ−ペプチドを同定し
た。疎水性ポケットを結合するＤ−ペプチドは、（薬物がコイルドコイルポケッ
トに結合し、ＨＩＶ感染力を阻害するものである）創薬のためのリード分子およ
び／または薬物発見のための試薬として有用であろう。天然Ｌ掌体のＩＱＮ１７
分子は、高処理量薬剤スクリーニングを含むスクリーニングに用いて、コイルド
コイルポケットに結合する分子を同定することができる。ＩＱＮ１７を用いて、
疎水性ポケットの結合能の評価対象である化合物または分子のコレクションまた
はライブラリーをスクリーニングすることができる。スクリーニングされたライ
ブラリーまたはコレクションは、ファージディスプレイライブラリー、ＲＮＡラ
イブラリー、ＤＮＡライブラリー、ペプチドライブラリー、コンビナトリアルラ
イブラリー、化学薬剤もしくは薬物のコレクション、細胞溶解物、細胞培養培地
または細胞により産生された産物を含む上清などのいかなる型でもありうる。さ
らに、疎水性ポケットを結合する化合物または分子は創薬のためのリード分子お
よび／または薬物発見のための試薬として役立つであろう。
【００１１】 ＩＱＮ１７のバリアントである融合タンパク質を生産し、ｇｐ４１ Ｎ−ヘリ
ックスコイルドコイルポケットを結合する薬物のスクリーニングに用いることが
できる。これらの変化は、コイルドコイルの３量体状態を変えないのであれば、
広範なバリエーションのいずれもがＩＱＮ１７のＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ成分におい
てなされ得、本方法に用いられうる。コイルドコイルの３量体状態を維持するの
であれば、例えば、ＧＣＮ４成分のアミノ酸組成は、１以上のアミノ酸残基の付
加、置換、修飾および／または欠失により変えられ得る。例えば、ＩＱＮ１７に
おけるＡｓｐ残基（コイルドコイルの「ｆ−位」）は、天然アミノ酸のいずれに
よっても置換されうる。〔オニール（Ｏ’Ｎｅｉｌ）およびデグラード（ＤｅＧ
ｒａｄｏ）、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５０：６４６（１９９０）〕。一方、融合タン
パク質でのこの成分は、モロニーマウス白血病ウイルス〔ファス，ディー（Ｆａ
ｓｓ，Ｄ）ら、Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌｏｇｙ，３：４６５（１
９９６）〕、ＧＣＮ４−ｐＩＩ〔ハーバリー（Ｈａｒｂｕｒｙ）ら、Ｎａｔｕｒ
ｅ，３１７：８０、１９９４〕またはＡＢＣヘテロ３量体（ナウチャル（Ｎａｕ
ｔｉｙａｌ）およびアルバー（Ａｌｂｅｒ）、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ
８：８４（１９９９）〕由来などの他のタンパク質の、３量体状のコイルドコ
イル領域でありうる。
【００１２】 また、ＨＩＶ ｇｐ４１ ＮペプチドのＣ末端部分である融合タンパク質成分
のアミノ酸組成を変化させ、ＩＱＮ１７バリアントを生産することができる。Ｃ
末端部分は、１以上のアミノ酸残基の付加、置換、修飾および／または欠失によ
り変えられうる。コイルドコイルの３量体状態およびＨＩＶ ｇｐ４１のＮペプ
チドの疎水性ポケットが維持されるのであれば、融合タンパク質のいずれかの成
分または両方の成分のアミノ酸組成が変えられ得、可能なアミノ酸残基変化の数
または型に限定されない。ＩＱＮ１７、ＩＱＮ１７バリアントまたは大きなくぼ
みを有する任意の可溶性モデルは、Ｎ−ヘリックスコイルドコイル、特にポケッ
トを結合する薬物またはリード薬物候補物またはワクチン標品に用いるための候
補物をスクリーニングし、さらに、高処理量形式などの当業者に公知の方法を用
いてさらにスクリーニングするために用いられうる。
【００１３】 本明細書に記載された結果は、以下に記載のように、Ｃ３４のバリアントであ
るＨＩＶ ｇｐ４１のインヒビターをスクリーニングするために有用である。Ｎ
３６を安定に結合するＣ３４バリアントなどのＣ３４のバリアントが同定される
と、それを用い、さらに得られるように評価し、あるいは（例えば、安定性、可
溶性、生体利用性を増強するために）所望もしくは必要であれば、それを（例え
ば、少なくとも１アミノ酸残基を改変、付加、欠失もしくは置換すること、また
は非アミノ酸置換物を付加することにより）改変しうる。一方、Ｃ３４バリアン
トを評価して、より短い成分（より少ないアミノ酸残基の領域）もまたインヒビ
ターとして活性であるかどうかを決定することができる。本明細書に記載のよう
に、Ｎ３６ ３量体における深部の保存ポケットに包まれる３つのＣ３４残基Ｔ
ｒｐ628 、Ｔｒｐ631 およびＩｌｅ635 は、阻害活性に重要である。Ｎ３６コイ
ルドコイルへのより高い親和性を有するＣ３４バリアントは、ＨＩＶ感染に対し
て、より強い阻害活性を有するという観察は、強いインヒビターを同定し評価す
るためのスクリーニングの基礎をなす。例えば、コンビナトリアルペプチドケミ
ストリーの『分割（ｓｐｌｉｔ）−合成』技術〔チェン，シー．エル．（Ｃｈｅ
ｎ，Ｃ．Ｌ．）ら、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２６７：２１１−２１９
（１９９６）；ラム，ケイ．エス（Ｌａｍ，Ｋ．Ｓ．）ら、Ｎａｔｕｒｅ，３５
４：８２−８４（１９９１）〕を用いて、疎水性性質を変える化学的置換により
３つの重要な疎水性残基をランダムに置換されたＣ３４バリアントのライブラリ
ーを合成する。この合成技術は、単一のバリアントＣ３４ペプチドの多くのコピ
ーをそれぞれが含むビーズの巨大ライブラリー（すなわち、『１ビーズ、１化合
物』型のライブラリー）の創出をもたらす。Ｎ−ヘリックスコイルドコイルを安
定に結合するＣ３４バリアントを同定するために、Ｎ３６（または改変Ｎ−ペプ
チド）の標識体を、最も高い親和性を有するこれらのＣ３４バリアントのみへの
結合に限られる条件下（例えば、高温）にペプチドビーズと混合する。結合は、
公知の方法を用いて、Ｎ−ヘリックスペプチドにおける標識の検出により測定さ
れる。分割−合成技術の簡単な改変は、質量分析により選別されたペプチド配列
の迅速な同定を可能にする（ヤングクイスト，アール．エス．（Ｙｏｕｎｇｑｕ
ｉｓｔ，Ｒ．Ｓ．）ら、Ｊ．Ａｍｅｒ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１７，３９００−
３９０６（１９９５）〕。選択されたＣ３４バリアント、とりわけＮ３６に対す
る最も高い結合親和性を有するものを、ｇｐ４１阻害活性について、シンシチウ
ムアッセイおよび感染アッセイで試験する。くぼみ−結合領域のみを含むこれら
のＣ３４バリアントの切形型も、阻害活性を試験されうる。一方、評価対象の他
のペプチドのライブラリーを合成して、それぞれが評価対象のペプチドを含む（
それに結合した）ビーズのライブラリーを作製することができる。このライブラ
リーは、Ｃ３４バリアントについて上記のように解析され、得られたヒット（Ｎ
３６に対して適切な結合親和性を有するメンバー）が、ｇｐ４１阻害活性につい
てさらに解析される。別の例として、Ｎ３６ペプチドまたは前記に述べられた、
ＩＱＮ１７、ＧＣＮ４−Ｎ−ヘリックスペプチドなどの可溶性バリアントをファ
ージディスプレイまたは鏡像ファージディスプレイ技術の標的として用い、くぼ
みに結合するペプチドを同定することができる。
【００１４】 さらに、ＩＱＮ１７を用いて、コイルドコイルくぼみに結合する抗体（モノク
ローナルおよび／またはポリクローナル）を生じさせうる。さらに、ＩＱＮ１７
を単独または他の物質と組み合わせて、投与（ワクチン接種）される個体におい
て、コイルドコイルに結合する抗体の生産を惹起し、それにより感染および／ま
たは疾患に対する防御を提示するワクチンに用いうる。
【００１５】 ＨＩＶ−１エンベロープ糖タンパク質ｇｐ４１の３量体Ｎ−ヘリックスコイル
ドコイルにおける深部の疎水性ポケットに適合するＤ−ペプチドおよびＬ−ペプ
チドの両方のペプチドも本発明の主題である。Ｄ−ペプチドは、ｇｐ４１疎水性
ポケットに排他的に結合することが示されている最初の分子である。これらのＤ
−ペプチドがｇｐ４１−媒介膜融合過程（シンシチウム形成およびウイルス感染
）を阻害するという観察は、ＨＩＶ−１感染がポケットに特異的に結合する分子
により阻害されうるという最初の直接的な説明を提供する。薬物標的としてのｇ
ｐ４１疎水性ポケットの確認は、細胞へのウイルス侵入を阻害することにより働
く経口的に生体利用可能な抗ＨＩＶ薬物の新しいクラスの開発の段階を設定する
。かかる薬物は、治療との組み合わせでＨＩＶ−１感染を治療するのに用いられ
る現行の養生法への有用な補助でありうる。本明細書に記載されたＤ−ペプチド
、その部分、改変体およびバリアントならびに本明細書に記載のＤ−ペプチドの
全部または一部を含有したより大きい分子（例えば、ポリペプチド）などのＤ−
ペプチドは、ＨＩＶ膜融合を阻害し、したがって、細胞へのＨＩＶ侵入を阻害す
るのに有用である。本明細書に記載されたように同定されたファージ配列のＤ−
アミノ酸体に対応するＤ−ペプチドがＨＩＶ−１感染およびシンシチウム形成の
インヒビターである。これらのＤ−ペプチドインヒビターにおけるＣ−末端残基
は、配列パターン：ＣＸＸＸＸＸＥＷＸＷＬＣＡＡ−ａｍを有する。（ファージ
ディスプレイライブラリーにおいて、Ｃ残基に対応する位置はＣまたはＳのいず
れかとしてコードされ、ＡＡ残基に対応する位置はそれらとしてコードされ、（
Ｘで示された）他の１０個の位置はランダムにコードされた。−ａｍはＣ−末端
アミドを表わし、ペプチド合成過程の一部として付加される）。Ｄ−ペプチドイ
ンヒビターにおけるＮ−末端残基は、例えば、ａｃ−ＧＡ、ａｃ−ＫＫＧＡまた
はａｃ−ＫＫＫＫＧＡである。ａｃ−は、ペプチド合成過程の部分として付加さ
れるＮ−末端アセチル基を表わす。Ｃ−末端アミドおよびＮ−末端アセチル基は
、本発明のＤ−ペプチドの任意成分である。他のＮ−末端残基は、前記センテン
スにおけるものの代わりまたはそれに加えて、所望のように（例えば、可溶性の
増大のために）含みうる。例えば、下記の配列： を有するＤ−ペプチドも本発明の主題である。
【００１６】 アミノ酸残基は１文字表記（ｃｏｎｖｅｎｔｉｏｎ）により表され、Ｘは任意
のアミノ酸残基（天然由来もしくは非天然由来）、または修飾されたアミノ酸残
基などの他の残基（ｍｏｉｅｔｙ）を表す。
【００１７】 さらに、１２アミノ酸残基ぺプチドの内の１０アミノ酸残基「コア」（システ
イン残基により両端がフランキングされている十量体）、ならびに該十量体の部
分、改変体（modification) およびバリアント（ｖａｒｉａｎｔｓ）も膜融合お
よびＨＩＶの細胞への侵入を阻害するのに有用である。これらのぺプチドのバリ
アント、部分および改変体もインヒビターとして有用である。本発明にさらに詳
細に記載しているように、コンセンサス配列（例えば、ＷＸＷＬ（配列番号：２
３）、ＥＷＸＷＬ（配列番号：２４）、ＣＸＸＸＸＸＥＷＸＷＬＣ（配列番号：
１２）またはそれらの部分）を含有するＤ−ぺプチドは、Ｎ−ヘリックス超らせ
んを結合することが示されており、膜融合およびＨＩＶの細胞への侵入を阻害す
るのに有用である。鏡像異性ぺプチド（Ｄ−ぺプチド）は、プロテアーゼなどの
酵素に対する効率的な基質として働かず、したがってＬ−ぺプチドよりもタンパ
ク質分解に対して耐性があり；それらはＬ−ぺプチドより免疫原性が低い。本発
明のＤ−ぺプチドの具体的態様は： である。
【００１８】 本明細書に記載のＤ−ぺプチドは、Ｎ−ヘリックスポケットを結合することが
示されたリガンドであり、Ｎ−ヘリックスポケットを結合することからＨＩＶの
インヒビターでもある化合物または分子（例えば、化合物ライブラリー、組換え
的に製造された産物、天然に存在する物質、培養培地または上清み由来）を同定
するための薬物スクリーニングにおいても有用である。例えば、Ｎ−ヘリックス
くぼみを結合するＤ−ぺプチド（例えば、本明細書に記載のＤ−ぺプチド）；Ｉ
ＱＮ１７（例えば、天然のＬ体の）、またはＮ−ヘリックスくぼみを提示する可
溶性モデルである別の融合タンパク質；および候補インヒビター（Ｎ−ヘリック
スくぼみを結合する能力の評価対象の化合物または分子）を組み合わせることに
より、競合アッセイを行うことができる。例えば、Ｄ１０ｐｅｐ５またはＤ１０
ｐｅｐ１、ＩＱＮ１７、および候補インヒビター（候補薬物）を、Ｄ１０ｐｅｐ
５またはＤ１０ｐｅｐ１のＩＱＮ１７への結合に適するバッファー条件およびぺ
プチド濃度を用いて組み合わせることができる。Ｄ−ぺプチドの結合が生じる程
度を測定し、同一条件下であるが、ＨＩＶありｇｐ４１エンベロープタンパク質
のＮ−ヘリックス超らせんくぼみを結合する能力の評価対象の化合物または分子
（候補薬物または候補インヒビターという）の非存在下で結合が生じる程度（対
照）と比較する。Ｄ１０ｐｅｐ５またはＤ１０ｐｅｐ１の結合が、候補インヒビ
ターの存在下（被検試料）において非存在下（対照試料）よりも低い程度で生じ
る場合、候補インヒビターは、Ｎ−ヘリックス超らせんくぼみを結合するリガン
ドであり、したがってインヒビターである。このようにして同定されるインヒビ
ターは、本明細書に記載のようなウイルス感染力アッセイおよびシンシチウム（
ｓｙｎｃｔｉａ）形成アッセイにおいてその活性をさらに評価することができる
。かかるアッセイにおいて活性を示すそのようなインヒビターは、適当な動物モ
デルまたはヒトにおいてさらに評価することができる。
【００１９】 Ｎ−ヘリックスくぼみを結合することが知られたＤ−ぺプチドの結合を検出す
ることができる任意の方法を用い、候補インヒビターが結合を妨害するか否かを
評価することができる。例えば、Ｄ−ぺプチドは検出可能に標識することができ
、候補インヒビターの存在下および非存在下に、標識がＮ−ヘリックスくぼみ上
に現れる（Ｄ−ぺプチドの結合の結果）程度を検出する。候補インヒビターの非
存在下（対照試料）よりも候補インヒビターの存在下（被検試料）において、よ
り少ない標識がＩＱＮ１７（または他の適当な融合タンパク質）のＮ−ヘリック
スくぼみ上に現れる場合、候補インヒビターは、Ｎ−ヘリックスくぼみを結合（
およびＤ−ぺプチドの結合を妨害）するリガンドである。あるいはまた、近接し
たときに発蛍光団の蛍光シグナルを消光する適当な消光物質（例えば、ＤＡＢＣ
ＹＬ；４−（４’−ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸）とともに、発蛍光
団（例えば、ＥＤＡＮＳ；５−（２’アミノエチル）アミノナフタレン−１−ス
ルホン酸）により、Ｄ−ぺプチド（例えば、Ｄ１０ｐｅｐ５またはＤ１０ｐｅｐ
１）およびＩＱＮ１７を標識することができる。候補インヒビターがＩＱＮ１７
のＮ−ヘリックスくぼみを結合する場合、候補インヒビターの結合の結果、Ｄ−
ぺプチドが、レポーターシグナルが消光され得るには消光物質に十分に近接しな
いため、蛍光が観察される。あるいはまた、蛍光レポーター分子をＩＱＮ１７上
に、かつＤ−ぺプチド上に適当な消光物質を存在させ得る。どちらの場合も、Ｉ
ＱＮ１７上のレポーターまたは消光物質の位置は、Ｄ−ぺプチドがＮ−ヘリック
スくぼみを結合すると、該レポーターおよび消光物質部分が、互いに消光を生じ
るよう十分に近接するようでなければならない（Ｔｙａｇｉ，Ｓ．ら、Ｎａｔｕ
ｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １６：４９（１９９８））。
【００２０】 また、本発明の主題は、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックス超らせんポケット
を結合し、細胞へのＨＩＶ侵入を（部分的または完全に）阻害する薬物（化合物
および分子）である。一態様では、これらの薬物は、本明細書に記載のようにし
て、またはその他の方法によって同定することができる。ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ
−ヘリックス超らせんポケットを結合する薬物は、細胞へのＨＩＶ侵入を妨害ま
たは侵入が起こる程度を低減するための治療剤として、例えば、ＨＩＶ ｇｐ４
１機能のメカニズムを研究するための研究ツールとして、および個体（例えば、
動物モデルまたは感染したヒト）によるウイルスクリアランスの割合を調べるた
めに有用である。
【００２１】 また、本発明の主題は、粘膜細胞へのＨＩＶの侵入の妨害方法に有用な組成物
であり、これらの組成物は、適当な担体または基剤ならびに： （ａ）Ｃ３４ぺプチド； （ｂ）ＤＰ１７８； （ｃ）Ｔ６４９； （ｄ）Ｔ１２４９； （ｅ）（ａ）〜（ｄ）の誘導体； （ｆ）ＨＩＶ ｇｐ４１の疎水性ポケットに結合するＤ−ぺプチド； （ｇ）（ｆ）の誘導体； （ｈ）（ａ）〜（ｇ）の２種以上の組み合わせ；および （ｉ）Ｎ−ヘリックス超らせんへの結合によるＨＩＶ感染力を阻害する分子 からなる群より選ばれる少なくとも１種の成分を含有する。該組成物は、かかあ
る成分の１種または２種以上の成分を含有することができる。
【００２２】 本発明のさらなる主題は、ＨＩＶ感染および／または疾患に対して（部分的ま
たは完全に）防御するであろう免疫応答（例えば、抗体産生）を顕現させるため
に使用しうる組成物（例えば、タンパク質またはタンパク質性物質）である。か
かる組成物は、防御剤（例えば、ワクチン）として、および研究ツール、診断用
ツール、薬物スクリーニング試薬として有用な（モノクローナルおよび／または
ポリクローナル）抗体を得るため、ならびに動物モデルまたは感染したヒトにお
けるウイルス動力学（ウイルスの生成およびクリアランスの速度）を評価するた
めに有用である。
【００２３】 また、本発明の主題は、ＩＱＮ１７とＤ１０ｐｅｐ１の複合体のＸ線結晶構造
の原子座標のリストである。また、本発明の主題は、ＩＱＮ１７のＸ線結晶構造
の座標のリストである。これらの座標は、Ｄ１０ｐｅｐ１がどのようにＮ−ヘリ
ックス超らせんくぼみおよびＮ−ヘリックス超らせんくぼみのモデルに結合する
のかを示す複合体のモデルを作製するために使用（例えば、コンピューターグラ
フィックスのプログラムのための電子ファイルとして）することができる。かか
るモデルは、コンピューターグラフィックスモデリングなどの当業者に知られた
方法において、他のぺプチド、ぺプチド擬似物、小分子、薬物または他の化合物
によるＮ−ヘリックス超らせんくぼみへの結合のしやすさを評価するための新し
いモデルを構築するために使用することができる。かかるモデルを、Ｎ−ヘリッ
クス超らせんくぼみを結合する分子（ぺプチド、ぺプチド擬似物、小有機分子、
薬物または他の化合物）の構造の新しいモデルを構築するためにも使用すること
ができる（例えば、Ｈ．クビニー（Ｋｕｂｉｎｙｉ）、Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｄｒｕ
ｇ Ｄｉｓｃｏｖ．Ｄｅｖｅｌｏｐ．，１：１６（１９９８）；Ｐ．Ｌ．Ｗｏｏ
ｄ，ｉｂｉｄ，１：３４（１９９８）；Ｊ．Ｒ．Ｍｏｒｐｈｙ，ｉｂｉｄ，１：
５９（１９９８））。これらのモデルおよび原子座標の対応するリストを、当業
者に知られた方法を用い、ＨＩＶ感染を阻害する、より効果的および／または新
しいＤ−ぺプチド、Ｌ−ぺプチド、ぺプチド擬似物、他の小分子または薬物を同
定、評価、発見および設計するのに使用することができる。本発明のさらなる主
題は、本明細書に記載のＨＩＶ ｇｐ４１疎水性ポケットの可溶性四量体ぺプチ
ドモデル（例えば、ＩＱＮ１７またはそのバリアント）の結晶、Ｄ−ぺプチドと
の複合体であるようなモデル（例えば、Ｄ１０ｐｅｐ１などの本明細書に記載の
Ｄ−ぺプチドとの複合体としてのＩＱＮ１７またはそのバリアント）の結晶、ま
たはＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックス超らせんのポケットを含むアミノ酸残基
を含有するＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ぺプチド領域の結晶などの、結晶の原子座標
の使用によるＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックス超らせんポケットに適合する（
内部に詰まる、結合する）薬物の製造または同定方法である。該方法は、エンプ
ティ（ｅｍｐｔｙ）可溶性モデル（Ｄ−ぺプチドとの複合体でない）などの可溶
性モデルの結晶を得る工程、該結晶（例えば、ＩＱＮ１７などのエンプティ可溶
性モデルの結晶）の原子座標を得る工程；得られた原子座標を使用してＨＩＶ
ｇｐ４１のＮ−ヘリックス超らせんポケットを明確化する工程；Ｎ−ヘリックス
超らせんポケットに適合する分子または化合物を同定し、該分子または化合物を
得る工程；該分子また化合物をＮ−ヘリックス超らせんポケットと〔例えば、該
ポケット（例えば、ＩＱＮ１７もしくはそのバリアントまたはＮ−ぺプチド）を
含むポリぺプチドと接触させることにより〕接触させ、該分子または化合物のＨ
ＩＶ ｇｐ４１のポケットに適合する能力を評価（測定）する工程を含み、ここ
で、該分子または化合物においてポケットに適合し、そしてＮ−ヘリックス超ら
せんポケットに適合する薬物であり、それによりポケットに適合する薬物を製造
する。結晶の原子座標はＸ線回折試験により得ることができ、すなわち、ＩＱＮ
１７のための本明細書に示されたＰＤＢ（図１１Ａ〜１１Ｖ）などのコンピュー
タファイルもしくはプロテイン・データ・ベース（ＰＤＢ）を形成し得る。
【００２４】 同様に、該方法は、Ｄ−ぺプチド（例えば、Ｄ１０ｐｅｐ１などの本明細書に
記載のＤ−ぺプチド）との複合体の状態の可溶性三量体モデルの結晶、またはＮ
−ヘリックス超らせんのポケットを含有するＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ぺプチド領
域の結晶を用いて行うことができる。
【００２５】 このようにして製造される薬物は、ポケットに適合する能力をコンフォームす
るために（例えば、ＮＭＲにより）さらに評価することができ、細胞へのＨＩＶ
侵入を阻害する能力を（例えば、シンシチウムアッセイまたは感染力アッセイに
より）評価することができる。
【００２６】 本明細書において引用したすべての文献の教示および全内容は参照により特に
本出願に取り込まれる。
【００２７】 発明の詳細な説明 ＨＩＶ−１エンベロープタンパク質のｇｐ４１サブユニットは、ウイルス膜と
細胞膜との融合を媒介する。ｇｐ４１のエクトドメインコア結晶構造は、逆平行
のＣ−ヘリックスと対形成するＮ−ヘリックスからそれぞれがなる３つのらせん
状ヘアピンから構成される６回らせんの束である〔Ｄ．Ｃ．Ｃｈａｎ、Ｄ．Ｆａ
ｓｓ、Ｊ．Ｍ．Ｂｅｒｇｅｒ、Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ、Ｃｅｌｌ、８９：２６３（１９
９７）、Ｗ．Ｗｅｉｓｓｅｎｈｏｒｎ、Ａ．Ｄｅｓｓｅｎ、Ｓ．Ｃ．Ｈａｒｒｉ
ｓｏｎ、Ｊ．Ｊ．Ｓｋｅｈｅｌ、Ｄ．Ｃ．Ｗｉｌｅｙ、Ｎａｔｕｒｅ、３８７：
４２６（１９９７）；Ｋ．Ｔａｎ、Ｊ．Ｌｉｕ、Ｊ．Ｗａｎｇ、Ｓ．Ｓｈｅｎ、
Ｍ．Ｌｕ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９４：１２３０３
（１９９７）〕。３つのＮ−ヘリックスにより、内部に位置する三量体の超らせ
んが形成され、そして３つのＣ−ヘリックスにより、保存された疎水性の溝に沿
ったこのＮ−ヘリックス超らせんの外側が包まれている。この構造は、（Ｄ．Ｃ
．Ｃｈａｎ、Ｄ．Ｆａｓｓ、Ｊ．Ｍ．Ｂｅｒｇｅｒ、Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ、Ｃｅｌｌ
、８９：２６３（１９９７）ならびにＤ．Ｃ．ＣｈａｎおよびＰｅｔｅｒ Ｓ．
Ｋｉｍ、Ｃｅｌｌ、９３：６８１（１９９８）において議論されている）ｇｐ４
１の融合活性状態のコアに対応していることが考えられ、下記のウイルスに由来
するエンベロープ融合タンパク質の提案された融合誘導（fusogenic）構造との
類似性を示している：インフルエンザ（Ｐ．Ａ．Ｂｕｌｌｏｕｇｈ、Ｆ．Ｍ．Ｈ
ｕｇｈｓｏｎ、Ｊ．Ｊ．Ｓｋｅｈｅｌ、Ｄ．Ｃ．Ｗｉｌｅｙ、Ｎａｔｕｒｅ、３
７１：３７（１９９４））、モロニーマウス白血病ウイルス（Ｄ．Ｆａｓｓ、Ｓ
．Ｃ．Ｈａｒｒｉｓｏｎ、Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ、Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．
、３：４６５（１９９６））、およびサル免疫不全症ウイルス（ＳＩＶ）（Ｖ．
Ｎ．Ｍａｌａｓｈｋｅｖｉｃｈ、Ｄ．Ｃ．Ｃｈａｎ、Ｃ．Ｔ．Ｃｈｕｔｋｏｗｓ
ｋｉ、Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９５
：９１３４（１９９８）、Ｍ．Ｃａｆｆｒｅｙ他、ＥＭＢＯ Ｊ．、１７：４５
７２（１９９８））、ならびにエボラウイルス（Ｗ．Ｗｅｉｓｓｅｎｈｏｒｎ他
、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ、２：６０５（１９９８）、Ｖ．Ｎ．Ｍａｌａｓｈｋｅｖｉ
ｃｈ他、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９６：２６６２（１
９９２））。
【００２８】 ＤＰ１７８およびＣ３４などの合成Ｃ−ペプチド（Ｃ−ヘリックスに対応する
ペプチド）は、ＨＩＶ−１膜融合の強力なインヒビターであり、実験室で使用さ
れている株および直接得られた単離体の両方に対して効果的である〔Ｖ．Ｎ．Ｍ
ａｌａｓｈｋｅｖｉｃｈ、Ｄ．Ｃ．Ｃｈａｎ、Ｃ．Ｔ．Ｃｈｕｔｋｏｗｓｋｉ、
Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９５：９１
３４（１９９８）〕。ＤＰ１７８はＨＩＶ−１ ｇｐ４１の残基６３８〜６７３
に対応し、そのアミノ末端がアセチル化され、カルボキシ末端がアミド化されて
いる（Ｃ．Ｔ．Ｗｉｌｄ、Ｄ．Ｃ．Ｓｈｕｇａｒｓ、Ｔ．Ｋ．Ｇｒｅｅｎｗｅｌ
ｌ、Ｃ．Ｂ．ＭｃＤａｎａｌ、Ｔ．Ｊ．Ｍａｔｔｈｅｗｓ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ
．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９１：９７７０（１９９４）、Ｓ．Ｊｉａｎｇ、
Ｋ．Ｌｉｎ、Ｎ．Ｓｔｒｉｃｋ、Ａ．Ｒ．Ｎｅｕｒａｔｈ、Ｎａｔｕｒｅ、３６
５：１１３（１９９３））。Ｃ−ペプチドのＤＰ１７８（Ｔ−２０とも呼ばれる
）を用いた第Ｉ相臨床試験により、ウイルス量（load）の減少をもたらす抗ウイ
ルス活性をインビボで有していることが示される（Ｍ．Ｓａａｇ他、アメリカ伝
染病学会第３５年会（Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ、１９９７年９月１６
日）で発表された抄録＃７７１；Ｋｉｌｂｙ，Ｊ．Ｍ．他、Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅ
ｄ．、４：１３０２〜１３０７（１９９８））。ｇｐ４１コアの構造的特徴に基
づいて、これらのペプチドは、外因性のＣ−ペプチドがｇｐ４１の中心に位置す
る超らせんに結合して、その不活性化をもたらす優性ネガティブ機構によって作
用していることが考えられている（Ｄ．Ｃ．ＣｈａｎおよびＰ．Ｓ．Ｋｉｍ、Ｃ
ｅｌｌ、９３：６８１（１９９８）；Ｒ．Ａ．Ｆｕｒｕｔａ他、Ｎａｔ．Ｓｔｒ
ｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．、５：２７６（１９９８）；Ｄ．Ｃ．Ｃｈａｎ、Ｄ．Ｆａｓ
ｓ、Ｊ．Ｍ．Ｂｅｒｇｅｒ、Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ．、Ｃｅｌｌ、８９：２６３（１９
９７）、Ｗ．Ｗｅｉｓｓｅｎｈｏｒｎ、Ａ．Ｄｅｓｓｅｎ、Ｓ．Ｃ．Ｈａｒｒｉ
ｓｏｎ、Ｊ．Ｊ．Ｓｋｅｈｅｌ、Ｄ．Ｃ．Ｗｉｌｅｙ、Ｎａｔｕｒｅ、３８７：
４２６（１９９７）；Ｋ．Ｔａｎ、Ｊ．Ｌｉｕ、Ｊ．Ｗａｎｇ、Ｓ．Ｓｈｅｎ、
Ｍ．Ｌｕ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９４：１２３０３
（１９９７）、Ｍ．Ｌｕ、Ｓ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｌｏｗ、Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ、Ｎａｔ
．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．、２：１０７５（１９９５）ならびにＣ．Ｈ．Ｃｈ
ｅｎ、Ｔ．Ｊ．Ｍａｔｔｈｅｗｓ、Ｃ．Ｂ．ＭｃＤａｎａｌ、Ｄ．Ｐ．Ｂｏｌｏ
ｇｎｅｓｉ、Ｍ．Ｌ．Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇ、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．、６９：３７７１
（１９９５））。これらのペプチドは、本来のｇｐ４１構造〔すなわち、遊離ビ
リオンの表面に存在する非融合誘導性（nonfusogenic）立体配座〕がｇｐ１２０
／ＣＤ４／コレセプターの相互作用によって乱されるときに形成されるｇｐ４１
のプレヘアピン中間体に作用することが考えられている。このプレヘアピン中間
体は、露出したＮ−超らせんを有し、それにより、融合活性なヘアピン構造が形
成される前に、Ｃ−ペプチドに結合してｇｐ４１を不活性化し得ることが提案さ
れている（Ｄ．Ｃ．Ｃｈａｎ、Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ、Ｃｅｌｌ、９３：６８１（１９
９８））。このモデルは、Ｃ−ペプチドのＤＰ１７８がｇｐ４１に結合すること
を示す免疫沈降実験によってさらに支持されている（Ｒ．Ａ．Ｆｕｒｕｔａ、Ｃ
．Ｔ．Ｗｉｌｄ、Ｙ．Ｗｅｎｇ、Ｃ．Ｄ．Ｗｅｉｓｓ、Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．
Ｂｉｏｌ．、５：２７６（１９９８））。さらに、ＤＰ１７８による阻害を逃れ
るウイルスには、ｇｐ４１の中心に位置する超らせん領域における変異が明らか
にされている（Ｌ．Ｔ．Ｒｉｍｓｋｙ、Ｄ．Ｃ．Ｓｈｕｇａｒｓ、Ｔ．Ｊ．Ｍａ
ｔｔｈｅｗｓ、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．、７２：９８６（１９９８））。
【００２９】 ｇｐ４１の近年の結晶学的研究により、Ｃ−ペプチドと対照的に経口投与され
る可能性を有する小分子のペプチド模倣薬物の開発が容易になっている。超らせ
んのそれぞれの境界には、Ｎ−ヘリックスの超らせん内の残基のクラスターによ
って形成され、抗ウイルス化合物を開発するための興味深い標的である深いくぼ
みが存在する。Ｃ−ヘリックスの３つの残基（Ｔｒｐ628 、Ｔｒｐ631 およびＩ
ｌｅ635 ）がこのくぼみに進入して、広範囲の疎水性接触が形成される。変異分
析により、このくぼみを構成するＮ−ヘリックス残基の２つ（Ｌｅｕ568 および
Ｔｒｐ571 ）が膜融合活性に極めて重要であることが示されている（Ｊ．Ｃａｏ
他、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．、６７：２７４７（１９９３））。従って、このくぼみに
対して大きな親和力で結合して、Ｎ−ヘリックスおよびＣ−ヘリックスの正常な
対形成を妨げる化合物は効果的なＨＩＶ−１インヒビターになることが十分に考
えられる。さらに、このくぼみ内の残基は様々なＨＩＶ−１単離体において高度
に保存されている。構造が高度に保存されているために、この部位を標的とする
薬物は、様々なＨＩＶ−１単離体に対して、そしておそらくはＨＩＶ−２単離体
に対して広い活性を有する。
【００３０】 この仮説は注目されているが、現在まで、このようなくぼみの接触がＣ３４イ
ンヒビターの効力に重要であることは明らかにされていない。実際、くぼみに結
合する残基を有しないＣ−ペプチドのいくつか（ＤＰ１７８（Ｃ．Ｔ．Ｗｉｌｄ
、Ｄ．Ｃ．Ｓｈｕｇａｒｓ、Ｔ．Ｋ．Ｇｒｅｅｎｗｅｌｌ、Ｃ．Ｂ．ＭｃＤａｎ
ａｌ、Ｔ．Ｊ．Ｍａｔｔｈｅｗｓ、同上、９１：９７７０（１９９４）；Ｋｉｌ
ｂｙ，Ｊ．Ｍ．他、Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．、４：１３０２（１９９８））など
）は、ＨＩＶ−１膜融合の非常に効果的なインヒビターである。このようなこと
により、Ｃ−ペプチドの活性決定基を同定するために体系的な構造−機能分析が
必要であることが強く唱えられている。
【００３１】 阻害活性におけるくぼみ接触の役割を明らかにするために、構造に基づく変異
誘発をＣ３４において行った。ｇｐ４１エクトドメインのコア（図１）を、Ｎ３
６およびＣ３４と呼ばれる２つの合成ペプチドを用いて再構成した〔Ｍ．Ｌｕ、
Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ、Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｄｙｎ．、１５：４６５（
１９９７）、Ｄ．Ｃ．Ｃｈａｎ、Ｄ．Ｆａｓｓ、Ｊ．Ｍ．Ｂｅｒｇｅｒ、Ｐ．Ｓ
．Ｋｉｍ、Ｃｅｌｌ、８９：２６３（１９９７）〕。１個のアラニン置換を有す
るＣ３４ペプチドのバリアント（variants）を合成して、変異型（mutant）Ｎ３
６／Ｃ３４複合体のらせん含有量および熱安定性を円二色性により定量した。予
想されるように、Ｎ３６の超らせんと接触しないＣ３４残基（Ｍｅｔ629 、Ａｒ
ｇ633 ）の変異は、２２２ｎｍにおける平均残基楕円率（らせん含有量の大きさ
）またはＮ３６／Ｃ３６複合体の安定性に対してほとんど影響しなかった（表１
）。しかし、Ｎ３６の超らせんくぼみに突き出る３残基の変異（Ｔｒｐ628 →Ａ
ｌａ、Ｔｒｐ631 →ＡｌａまたはＩｌｅ635 →Ａｌａ）は、平均楕円率および安
定性が実質的に低下したＮ３６／Ｃ３４複合体をもたらした（表１）。最も大き
な不安定化が、野生型の６６℃と比較して、３７℃の見かけの融解温度（Ｔm ）
を有するＮ３６／Ｃ３４複合体が形成されたＴｒｐ631 →Ａｌａのバリアントで
認められた。これらの結果は、Ｎ３６の超らせんくぼみとの疎水性接触を形成す
るＣ３４の残基がｇｐ４１エクトドメインコアのらせん−ヘアピン構造の安定化
に重要であることを示している。
【００３２】 膜融合を阻害するＣ３４の能力におけるこれらの残基の重要性を明らかにする
ために、Ｃ３４ペプチドの活性をＨＩＶ−１のウイルス侵入アッセイおよびシン
シチウムアッセイで調べた（表１）。Ｎ３６／Ｃ３４複合体の安定性に対してほ
とんど影響しない変異（Ｍｅｔ629 →ＡｌａおよびＡｒｇ633 →Ａｌａ）はまた
、野生型Ｃ３４の阻害活性に対してほとんど影響しなかった（ウイルス侵入およ
びシンシチウム形成に対するＩＣ50は、それぞれ、約２．１ｎＭおよび約０．５
５ｎＭであった）。しかし、完全に保存されているＴｒｐ628 またはＴｒｐ631 のアラニンへの変異は、活性を、それぞれ、約５分の１および約３０分の１に実
質的に低下させた（表１）。あまりよく保存されていないＩｌｅ635 の変異は、
阻害活性を約２分の１に低下させただけであった。これらの結果により、ｇｐ４
１のポケットと接触するＣ３４の残基がＣ３４の阻害能にとって重要であること
が初めて明らかにされた。
【００３３】 変異型Ｃ３４ペプチドの効力と変異型Ｎ３６／Ｃ３４複合体の安定性との関係
が、Ｔｒｐ631 変異の大きな不安定化作用を利用して、安定性が徐々に変化した
一連のＮ３６／Ｃ３４複合体を構築することによって明らかにされた。Ｔｒｐ63 1 の位置を「ゲスト部位」として使用し、このトリプトファンを、広範囲の疎水
性原子団（bulk）を示す天然アミノ酸および非天然アミノ酸で置換した。疎水性
原子団が大きくなる順に、下記の置換体を使用した：グリシン（Ｇｌｙ）、アラ
ニン（Ａｌａ）、Ｌ−α−アミノ酪酸（Ａｂｕ）、バリン（Ｖａｌ）、ロイシン
（Ｌｅｕ）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ）、野生型残基のトリプトファン（Ｔｒ
ｐ）、およびＬ−β−（１−ナフチル）アラニン（Ｎａｌ）。この方法により、
Ｔm が３７℃〜６６℃の範囲にあるＮ３６／Ｃ３４複合体を形成する一組のＣ３
４ペプチドが得られた。Ｎ３６／Ｃ３４バリアントに対するＴm および［θ］22 2 （１０3 ｄｅｇｃｍ2 ｄｍｏｌ-1）（ならびに、ウイルス侵入および細胞融合
のＩＣ50値（ナノモル濃度）をそれぞれ括弧内に示す）は下記の通りである：Ｔ
ｒｐ631 →Ｇｌｙ、３５℃、１７．１（３８±６．１、２５±３．８）；Ｔｒｐ 631 →Ａｌａ、３７℃、−２４．９（４０±４．３、１５±０．８）；Ｔｒｐ63 1 →Ａｂｕ、４３℃、−２３．２（１６±４．８、６．９±０．４）；Ｔｒｐ63 1 →Ｖａｌ、４３℃、−２３．９（１３±２．８、４．５±０．０９）；Ｔｒｐ 631 →Ｌｅｕ、５０℃、−２６．７（５．３±１．０、３．２±０．１）；Ｔｒ
ｐ631 →Ｐｈｅ、５９℃、−２６．３（３．６±０．８、１．６±０．０５）；
野生型、６６℃、−３１．７（１．５±０．２、０．５５±０．０３）；Ｔｒｐ 631 →Ｎａｌ、６２℃、−３２．０（１．４±０．３、０．７９±０．０８）。
Ｔｒｐ631 →Ｎａｌペプチドの濃度は、２８２ｎｍでのε＝６９００の吸光係数
を使用してＮａｌの吸収によって求めた（Ｊ．Ｂｌａｋｅ、Ｃ．Ｈ．Ｌｉ、Ｊ．
Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．、１８：４２３〜４２６（１９７５））。ＨＩＶ−１の感染
アッセイおよびシンシチウムアッセイにおいて、この一連のペプチドは、対応す
るＮ３６／Ｃ３４複合体のＴm と非常に相関する効力を示した（図２）。これら
のバリアントの効力の大きさは、野生型〜Ｎａｌ＞Ｐｈｅ＞Ｌｅｕ＞Ｖａｌ〜Ａ
ｂｕ＞Ａｌａ〜Ｇｌｙであり、置換体の疎水性原子団およびＮ３６／Ｃ３４複合
体の安定性とよく一致している。Ｔm の関数としてＩＣ50を対数スケールでプロ
ットした場合、驚くほどの一次の関係が存在する（図２）。ΔＧ＝−ＲＴｌｎＫ
（ΔＧ、自由エネルギーの変化；Ｒ、気体定数；Ｔ、絶対温度；およびＫ、平衡
定数）、およびΔＴm （Ｔm 、野生型複合体−Ｔm 、変異型複合体）はΔ（ΔＧ）
（ΔＧ野生型複合体−ΔＧ変異型複合体）に比例する（Ｗ．Ｊ．Ｂｅｃｋｔｅｌ
、Ｊ．Ａ．Ｓｃｈｅｌｌｍａｎ、Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ、２６：１８５９（１
９８７））ため、認められた一次の関係により、阻害の優性ネガティブモードに
よって推定されるように、Ｃ３４バリアントの効力はＮ−ヘリックス超らせんに
対するその親和力と直接関連していることが強く示唆される。これらの結果は、
ｇｐ４１コアにおける超らせんのくぼみが薬物の興味深い標的であるという考え
を強く支持している。疎水性のくぼみに突き出ている保存された残基が、ＨＩＶ
−１感染を妨げるＣ３４の能力における主要な役割を果たしていることは明らか
である。このことは、このインヒビターが、Ｎ−ヘリックスの超らせんと大きな
親和性複合体を形成することによって作用していることを示している。従来のペ
プチドを超えて、鏡像ファージディスプレー技術（Ｔ．Ｎ．Ｓｃｈｕｍａｃｈｅ
ｒ他、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２７１：１８５４（１９９６））、選択−反射アプタマ
ー技術（Ｋ．Ｐ．Ｗｉｌｌｉａｍｓ他、ＰＮＡＳ、９４：１１２８５（１９９７
）；Ｓ．Ｋｌｕβｍａｎｎ他、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．、４：１１１２（１９
９６）；Ａ．Ｎｏｌｔｅ他、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．、１４：１１１６（１９
９６））、コンビナトリアルケミストリー（Ａ．Ｂｏｒｃｈａｒｄｔ、Ｓ．Ｄ．
Ｌｉｂｅｒｌｅｓ、Ｓ．Ｒ．Ｂｉｇｇａｒ、Ｇ．Ｒ．Ｃｒａｂｔｒｅｅ、Ｓ．Ｌ
．Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ、Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．、４：９６１（１９９７）；Ｊ．
Ｃ．Ｃｈａｂａｌａ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、６：６３
２（１９９５））、および構造に基づく薬物設計におけるコンピューター法（Ｈ
．Ｋｕｂｉｎｙｉ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ．Ｄｅｖｅｌ
ｏｐ．、１：１６（１９９８））を使用して、超らせんのくぼみに対して大きな
親和力で結合するＤ−ペプチド、ペプチド擬似物および小分子を同定することが
できる。Ｎ３６／Ｃ３４安定性とＣ３４阻害能との密接な相関により、そのよう
な化合物の有効性がそれらのくぼみ接触の強さに極めて依存していることが示唆
される。これらの結果は、候補化合物を、Ｎ３６との安定な複合体を形成する能
力について調べることができ、それによって、ＨＩＶ−１侵入の潜在的なインヒ
ビターを同定して評価するための迅速で定量的なスクリーニングに関する基礎が
提供され得ることを示唆している。
【００３４】 中心に位置する超らせんのくぼみに対する小分子のインヒビターは、ＨＩＶ−
１エンベロープタンパク質の最も高度に保存された領域の１つを標的とする。Ｓ
ＩＶ ｇｐ４１コアにおける類似したくぼみは、側鎖の立体配座が保存されてい
る本質的には同一の構造を有する（Ｖ．Ｎ．Ｍａｌａｓｈｋｅｖｉｃｈ、Ｄ．Ｃ
．Ｃｈａｎ、Ｃ．Ｔ．Ｃｈｕｔｋｏｗｓｋｉ、Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ、Ｐｒｏｃ．Ｎａ
ｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９５：９１３４（１９９８））。この高い構
造的保存の程度により、実験室で使用されている株ならびに一次単離体に対して
効果的なＣ−ペプチドの広範囲の中和活性が説明される（Ｃ．Ｔ．Ｗｉｌｄ、Ｄ
．Ｃ．Ｓｈｕｇａｒｓ、Ｔ．Ｋ．Ｇｒｅｅｎｗｅｌｌ、Ｃ．Ｂ．ＭｃＤａｎａｌ
、Ｔ．Ｊ．Ｍａｔｔｈｅｗｓ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ
、９１：９７７０（１９９４）；Ｓ．Ｊｉａｎｇ、Ｋ．Ｌｉｎ、Ｎ．Ｓｔｒｉｃ
ｋ、Ａ．Ｒ．Ｎｅｕｒａｔｈ、Ｎａｔｕｒｅ、３６５：１１３（１９９３））。
注目されることに、ＳＩＶ Ｃ３４ペプチドは、ＨＩＶ−１感染の阻害において
ＨＩＶ−１ Ｃ３４とほぼ同じくらい効果的である（Ｖ．Ｎ．Ｍａｌａｓｈｋｅ
ｖｉｃｈ、Ｄ．Ｃ．Ｃｈａｎ、Ｃ．Ｔ．Ｃｈｕｔｋｏｗｓｋｉ、Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ
、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９５：９１３４（１９９８
））。さらに、くぼみに結合する領域を含有するＣ−ペプチド（Ｔ６４９）は、
耐性ウイルスの進化に対して、この領域を有しないＤＰ１７８（Ｔ−２０とも呼
ばれる）よりもはるかに低い感受性を有している（Ｌ．Ｔ．Ｒｉｍｓｋｙ、Ｄ．
Ｃ．Ｓｈｕｇａｒｓ、Ｔ．Ｊ．Ｍａｔｔｈｅｗｓ、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．、７２：９
８６（１９９８）。これらの観察から、超らせんの表面、特に、そのくぼみを標
的とする高親和性リガンドは、（ＨＩＶ−２を含む）様々なＨＩＶ単離体に対す
る広範な活性を有し、かつ薬物から逃れるバリアントによって回避される可能性
がほとんどないことが明らかである。
【００３５】 Ｃ−ペプチドの作用機構に関するこれらの研究はまた、ｇｐ４１コアの三量体
ヘアピン構造（Ｃｈａｎ，Ｄ．Ｃ．他、Ｃｅｌｌ、８９：２６３（１９９７）；
Ｗｅｉｓｓｅｎｈｏｒｎ，Ｗ．他、Ｎａｔｕｒｅ、３８７：４２６（１９９７）
；Ｔａｎ，Ｋ．他、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９４：１
２３０３（１９９７））がｇｐ４１の融合活性状態に対応しているという仮説を
支持している。本明細書に記載されている研究により、Ｃ３４の阻害能はｇｐ４
１のＮ−超らせんに結合するその能力に依存することが明らかにされている。ｇ
ｐ４１のヘアピン構造は（９０℃を超える融解温度を有して）極めて安定である
ために（Ｌｕ，Ｍ．他、Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：１０７５（１９
９５））、特に、変化を受けていないｇｐ４１分子内において非常に効果的な濃
度のＮ−ヘリックスおよびＣ−ヘリックスが提供されたときに、この構造が一旦
形成されると、ナノモル濃度のＣ３４によって、この構造が破壊され得ることは
考えられない。むしろ、Ｃ−ペプチドは、中心に位置する超らせんが露出した一
次的なプレ−ヘアピン中間体に結合することによって、ｇｐ４１のヘアピンが形
成される前に作用していることが考えられる。Ｃ−ペプチドがこのプレ−ヘアピ
ン中間体に結合することによって、ｇｐ４１は不活性化され、融合活性なヘアピ
ン構造へのその変換が妨げられる（Ｄ．Ｃ．Ｃｈａｎ、Ｐ．Ｓ．Ｋｉｍ、Ｃｅｌ
ｌ、９３：６８１（１９９８））。
【００３６】 本明細書中に記載されているように、ＨＩＶ−１エンベロープタンパク質のｇ
ｐ４１サブユニットのＮ−ヘリックス超らせんの表面にあるポケットは薬物の標
的である。同様に、ＡＩＤＳを引き起こし得る他の病原体（例えば、ＨＩＶ−２
）またはＡＩＤＳ様状態を非ヒト哺乳動物において引き起こす病原体（例えば、
ＳＩＶ）におけるくぼみもまた薬物の標的である。本明細書中に記載されている
ように、利用可能な方法（例えば、鏡像ファージディスプレー法、コンビナトリ
アルケミストリー、コンピューター法、ならびに他の薬物スクリーニング法およ
び医化学的方法）を使用して、ウイルスの細胞内侵入を妨げ、従って、ウイルス
感染を妨げるのに十分な親和性で、ＨＩＶ−１（および／またはＨＩＶ−２）の
超らせんくぼみを結合するペプチド、Ｄ−ペプチド、ペプチド擬似物および小分
子を同定することができる。本明細書中（実施例３）にさらに記載されているよ
うに、鏡像ファージディスプレイが、ＨＩＶ−１ ｇｐ４１のＮ−ヘリックス超
らせんの表面におけるくぼみに結合するＤ−ペプチドを同定するために使用され
ている。
【００３７】 本明細書中に記載されいる研究の結果として、Ｃ３４／Ｎ３６複合体の形成を
妨げ、かつ／または一旦形成された複合体を破壊する分子または化合物（薬剤ま
たは薬物）を同定するスクリーニングアッセイが行うことができ、それは、ＨＩ
Ｖ ｇｐ４１のＮ−ヘリックス超らせんのポケットを結合する分子または化合物
（薬剤または薬物）を同定する方法である。そのような薬物または薬剤は、ＨＩ
Ｖの細胞内侵入、従って、ＨＩＶによる感染を（完全または部分的に）阻害する
のに有用である。
【００３８】 Ｃ３４とＮ３６との安定な複合体の形成を妨げ、あるいはこの２つの分子にお
ける複合体を破壊する化合物または分子（薬物または薬剤とも呼ばれる）に関す
るスクリーニング法、およびＨＩＶｇｐ４１のＮ−ヘリックス超らせんのポケッ
トを結合する化合物または分子に関するスクリーニング法は本発明の主題である
。
【００３９】 本発明のスクリーニング法の１つの実施形態において、Ｃ３４ペプチドとＮ３
６ペプチドとの複合体の形成を妨げる薬物が、Ｃ３４とＮ３６との複合体を形成
させるために適切な条件のもとで、候補薬物（Ｃ３４とＮ３６との複合体の形成
を妨げるその能力のアッセイ対象の化合物または分子）をＣ３４およびＮ３６と
合わせて、そうして、被検試料を形成し、その後、Ｃ３４／Ｎ３６複合体の形成
が被検試料中で（部分的または完全に）阻害されているかどうかを測定すること
によって同定される。この評価の結果は、候補薬物が存在しないことを除いて被
検試料と同じ組み合わせである適切な対照の結果と比較することができる；この
とき、対照は、被検試料が供されるのと同じ条件に供される。Ｃ３４／Ｎ３６複
合体が、（被検試料中において）候補薬物の存在下で形成されず、あるいはその
非存在下でより小さい程度で形成される場合、その候補薬物は、Ｃ３４とＮ３６
との安定な複合体の形成を妨げる薬物である。そのような薬物はまた、本明細書
中ではＣ３４／Ｎ３６複合体形成のインヒビターとして示されている。複合体形
成の阻害は、Ｃ３４およびＮ３６のそれぞれが一対のドナー−アクセプター分子
のメンバー（menber）によって標識されているか、あるいは、一方のペプチドの
一端（例えば、Ｃ３４のＮ末端）がそのような対の一方の成分（ＥＤＡＮＳ）で
標識され、Ｎ３６ペプチドに存在する天然の蛍光性トリプトファンがそのような
ドナー／アクセプター対のもう一方の成分である蛍光アッセイ（例えば、ＦＲＥ
Ｔ）などの手段によって、複合体のこの２成分の結合が生じる程度を測定するこ
とによって評価することができる。Ｃ３４およびＮ３６の結合は、発光（ＦＲＥ
Ｔ）がアクセプターモデルから生じる程度、および／または放出された光の波長
スペクトルが変化する程度によって評価される。候補薬物が結合を妨げることに
よって、光を発する程度が変化し、かつ／またはＣ３４とＮ３６の結合が生じた
場合に生じるであろう波長の変化が妨げられる。あるいは、Ｃ３４は、（例えば
、キナーゼおよび放射活性ＡＴＰを用いて標識され得るキナーゼ認識部位を有す
る変異型Ｃ３４を合成することによって）放射性標識などの検出可能な標識で標
識することができる。放射性標識されたＣ３４および候補薬剤は、例えば、固体
表面（例えば、ビーズまたはプラスチックウエル）に固定化されたＮ３６と合わ
され、そうして被検試料が作製される。標識されたＣ３４と固定化Ｎ３６との結
合が生じる程度が測定され、そして候補薬物が（対照試料中に）存在しないこと
を除いて、被検試料が供されるのと同じ条件下において、固定化Ｎ３６に対する
標識されたＣ３４の結合が生じる程度と比較される。典型的には、この評価は、
試料が、Ｃ３４／Ｎ３６の結合が生じ、そしてその後、未結合のＣ３４および候
補薬物を除くために洗浄されるのに適切な条件下で十分な時間にわたって保持さ
れた後に行われる。被検試料において固定化Ｎ３６に結合した放射性標識が対照
試料の場合よりも少ないことによって明らかにされるように、結合が、被検試料
において、対照試料の場合よりも小さい程度で生じた場合、その候補薬物はＣ３
４とＮ３６の結合のインヒビターである。あるいは、Ｃ３４における標識または
タグを結合形成対の一方の成分とすることができ、そのもう一方の成分が、Ｎ３
６に対する結合を検出するために使用される。例えば、Ｃ３４は、（例えば、標
準的な固相ペプチド合成によって）ビオチンで標識（tagged）することができ、
そして溶液状態であり得るか、あるいはビーズ、ウエルまたは平坦／平面の表面
などの固体表面に結合させることができるＮ３６と、候補薬物とともに合わせる
ことができ（被検試料）、あるいは候補薬物または非存在下で合わせることがで
きる（対照試料）。Ｎ３６に対するＣ３４の結合は、Ｃ３４におけるビオチンに
結合し、その後、その標識によりそれ自体が検出される標識されたストレプトア
ビジン（例えば、ストレプトアビジン−ＨＲＰ、ストレプトアビジン−ＡＰ、ま
たはヨウ素化ストレプトアビジン）の使用などによってＮ３６と結合したビオチ
ンの存在を検出することによって評価される。被検試料においてＮ３６で検出さ
れるビオチンが対照試料の場合よりも少ないことによって明らかにされるように
、結合が、候補薬物の存在下（被検試料の場合）において、候補薬物の非存在下
（対照試料の場合）よりも小さい程度で生じる場合、その候補薬物はＣ３４／Ｎ
３６の結合のインヒビターである。そのような候補薬物は、例えば、合成された
有機化合物またはランダムなペプチド配列のライブラリーから得ることができる
。そのようなライブラリーは、合成的あるいは組換え技術によって作製すること
ができる。
【００４０】 類似する様式で、Ｃ３４／Ｎ３６の結合を破壊する候補薬物の能力を評価して
、Ｃ３４／Ｎ３６のインヒビター、従って、ＨＩＶ感染のインヒビターを同定す
ることができる。この実施形態において、事前に形成されたＣ３４／Ｎ３６複合
体が、該複合体を破壊するその能力の評価対象の候補薬物と合わされ、そうして
被検試料が作製される。対照試料は、対照試料が候補薬物を含有しないことを除
いて被検試料と同じである；対照試料は、被検試料と同じように処理される。Ｃ
３４／Ｎ３６の結合が候補薬物の存在下で破壊され、対照試料中で破壊されない
場合、あるいは複合体の破壊が、被検試料において、対照試料の場合よりも大き
な程度で生じる場合、その候補薬物はＣ３４／Ｎ３６のインヒビター（破壊剤）
である。結合破壊の検出は、（例えば、ＦＲＥＴまたは蛍光アッセイによって、
あるいは放射性標識またはビオチンなどの他の検出可能な標識を検出することに
よって）Ｃ３４／Ｎ３６結合の防止の／妨害の検出に関して上記に記載されてい
るように行うことができる。
【００４１】 本明細書中に記載されている結果は、ハイブリッド（すなわち、融合タンパク
質）がタンパク質（ＧＣＮ４など）の三量体状のコイルドコイル領域とＨＩＶ
ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルとの間で形成され得ること、およびそ
のようなハイブリッドが三量体であり（すなわち、凝集しておらず）、１００％
のらせん状であることを明らかにしている。本明細書中に記載されている結果は
また、そのような融合タンパク質はＮ−ペプチドの大きなくぼみ（すなわち、疎
水性ポケット）の構造を破壊または変化しないことを明確に示している。これは
、ＩＱＮ１７（リガンドを含まず、Ｄ１０ｐｅｐ１との複合体状態；実施例５を
参照のこと）において、本質的にはＮ３６の場合（すなわち、Ｃ３４との複合体
状態；Ｃｈａｎ Ｄ．Ｃ．他、Ｃｅｌｌ、８９，２６３（１９９７））と同じで
ある。
【００４２】 図５Ａ、図５Ｂおよび図６は、本明細書中に記載されているペプチドの評価結
果を示している。図５Ａ〜５Ｂにおいて、ＩＱＮ１７の結晶構造が、３つの鎖か
らなる連続したコイルドコイルであることが明らかにされている；ＨＩＶ ｇｐ
４１に由来する１７残基により、ｇｐ４１の結晶構造において見出された疎水性
ポケットと非常に類似した疎水性ポケットが形成されている。示されているよう
に、Ｄ１０ｐｅｐ１はこのポケットに結合し、そして本明細書中に記載されてい
るＤ−ペプチドインヒビターのすべてに見出されている保存された残基（ロイシ
ン、トリプトファン、トリプトファン）に対応するＤ１０ｐｅｐ１の残基がこの
ポケットに詰め込まれる。明らかに、このことは、これらの保存された残基を含
む他のＤ−ペプチドインヒビターが同じようにＩＱＮ１７に結合するであろうこ
とを示している。図６には、Ｃｈａｎ他（Ｃｈａｎ，Ｄ．Ｃ．他、Ｐｒｏｃ．Ｎ
ａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．、９５：１５６１３〜１５６１７（１９９８））に
よって記載された方法に従って行われたシンシチウムアッセイの結果が示されて
いる。図６にその結果が示されている実験では、本明細書中の記載に従って同定
されたＤ−ペプチドが使用された。それぞれの場合において、ブロック基（例え
ば、アセチル基）がそのＮ末端に存在し、ＣＯＮＨ2 （アミド）がそのＣ末端に
存在した。これらのアッセイの結果は様々なＩＣ50濃度を示した。この場合、Ｉ
Ｃ50は、ペプチドを含まない対照と比較して、半数のシンシチウムが認められる
濃度である。例えば、Ｎ末端に２個のリジンを有するＤ１０ｐｅｐ５は約６μＭ
のＩＣ50を有している。
【００４３】 別の実施形態において、本発明は、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイル
ドコイルくぼみを結合する薬物を同定する方法に関する。この場合、さらに、そ
のアッセイは、上記に記載されているＣ３４／Ｎ３６複合体アッセイとは異なり
、結合の喪失または低下を評価することに基づいている。これは、このアッセイ
が、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックス領域によって形成される溝の任意の部分
との相互作用を含み、あるいはそのような相互作用を検出する点でより一般的な
アッセイであり、この実施形態は、ＨＩＶ ｇｐ４１の疎水性ポケット（Ｎ−ヘ
リックスコイルドコイルくぼみ）に注目している。この実施形態において、この
方法は、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのくぼみに結合する
その能力についての評価対象の候補薬物を、タンパク質のコイルドコイル領域の
三量体型、およびＨＩＶ ｇｐ４１のくぼみを含むのに充分な部分のＨＩＶ ｇ
ｐ４１のＮ−ペプチドを含む融合タンパク質と、ペプチドまたは他の分子による
結合のためにＨＩＶ ｇｐ４１が提示されるのに適切な条件のもとで合わせる工
程、および、候補薬物がその融合タンパク質を結合するかどうかを（例えば、高
処理能スクリーニングで）測定する工程を含む。結合が生じる場合、その候補薬
物は、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのくぼみを結合する薬
物であり得る「当たり（hit）」である。結合が生じる場合、その候補薬物は、
Ｎ−ヘリックスのコイルドコイルに結合しており、それがコイルドコイルのくぼ
みに結合しているかどうかを明らかにすることができる。その後、そのような「
当たり」は、その候補薬物が薬物になるかどうかを決定するために、細胞／細胞
融合アッセイおよびＨＩＶ感染力アッセイなどの二次アッセイでスクリーニング
され得る。あるいは、さらに、そのような「当たり」は、ポケット結合分子が結
合しない他の融合タンパク質（またはペプチド）を用いた対抗スクリーニングの
使用によってさらに評価することができる。例えば、（ＩＱＮ１７の場合と同じ
３つの表面変異を有する）ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ、または疎水性ポケットにおける
点変異を有するＩＱＮ１７の一形態であるＩＱＮ１７（Ｇ３９Ｗ）（これは、グ
リシン３９が、ポケットへの大きな突出をもたらすトリプトファンに変異してい
る）を対抗スクリーニングにおいて使用することができる。この例において、Ｉ
ＱＮ１７には結合するが、（ＩＱＮ１７の場合と同じ３つの表面変異を有する）
ＧＣＮ４−ｐＩQ ＩまたはＩＱＮ１７（Ｇ３９Ｗ）には結合しない候補薬物が、
ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのくぼみを結合する薬物であ
る。
【００４４】 さらなる実施形態において、競合的アッセイが行われる。この実施形態におい
て、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのくぼみを結合するペプ
チドまたはタンパク質が、候補薬物および融合タンパク質と合わされ、その後、
候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１のくぼみを結合するかどうかが、ＨＩＶ ｇｐ４１
のＮ−ヘリックスのらせん状くぼみを結合するペプチドの存在下で測定される。
候補薬物が融合タンパク質を結合する場合、その候補薬物は、ＨＩＶ ｇｐ４１
のくぼみを結合する薬物である。例えば、ＧＣＮ４の、三量体状のコイルドコイ
ル領域と、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルのくぼみを含むＨＩＶ ｇｐ４１のＮ
−ペプチドのＣ末端とを含む融合タンパク質（ＩＱＮ１７）が、Ｎ−ヘリックス
コイルドコイルのくぼみを結合する「参照」Ｄ−ペプチド（例えば、本明細書中
に記載されているＤ−ペプチドのいずれかまたはその変異体）、およびＨＩＶ
ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのくぼみを結合するその能力について
の評価対象の候補薬物と合わされ、そうして被検試料が作製される。その後、被
検試料は、くぼみに結合するＤ−ペプチドの結合に関して適切な条件のもとで維
持される。候補薬物を除いて被検試料と同じ成分を含み、かつ被検試料と同じよ
うに扱われる対照試料もまた評価される。両方の試料において、参照Ｄ−ペプチ
ドの結合が評価される。参照Ｄ−ペプチドの結合が、候補薬物の存在下（被検試
料の場合）において、その非存在下の場合（対照試料の場合）よりも小さい程度
で生じる場合、その候補薬物は、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコ
イルのくぼみを結合する薬物である。結合の検出は、例えば、本発明のＣ３４／
Ｎ３６の実施形態に関して上記に記載されているような類似した方法で評価され
る。例えば、Ｄ−ペプチドは、放射性標識または結合形成対の一方の成分（例え
ば、ビオチン）などの検出可能な標識で標識され、その後、（参照Ｄ−ペプチド
がくぼみに結合するのに適切な条件のもとで被検試料が保持された後において）
Ｎ−ヘリックスコイルドコイルのくぼみが有する標識の程度が測定される。放射
性標識が使用される場合、融合タンパク質が放射性標識を有する程度が被検試料
において評価され、そして対照試料において融合タンパク質が放射性標識を有す
る程度と比較される。検出可能な標識が結合形成対の一方の成分（例えば、ビオ
チン）である場合、融合タンパク質が結合する程度を参照Ｄ−ペプチドにより検
出するために、その結合形成対の第２成分（結合パートナー）が試料に加えられ
る。これは、直接的に、あるいは（例えば、結合形成対の第２成分に結合する抗
体または他の成分などの分子を加えることによって）間接的に行うことができる
。候補薬物がくぼみに対するＤ−ペプチドの結合を（完全または部分的に）阻害
する場合、標識は、融合タンパク質（Ｎ−ヘリックスコイルドコイルのくぼみ）
にはほとんど存在していない。結合が、被検試料の場合（候補薬物の存在下）に
おいて、対照試料の場合（候補薬物の非存在下の場合）よりも小さい程度で生じ
た場合、その候補薬物は、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルの
くぼみを結合する薬物である。
【００４５】 Ｄ−エナンチオマーのＩＱＮ１７またはその変異体は、ライブラリーまたはコ
レクションの成分であり、かつｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルを結合
する分子または化合物を同定するために有用である。例えば、ファージディスプ
レイライブラリーなどの分子または化合物のライブラリーまたはコレクションは
、ポケットを結合する成分を同定するために、Ｄ−エナンチオマーのＩＱＮ１７
を用いてスクリーニングすることができる。これは、本明細書中に記載されてい
るように問題なく行われている。ＩＱＮ１７の鏡像体またはその変異体は、標的
分子として使用される。本明細書中で使用されている用語である「ポリペプチド
のＤ−エナンチオマー」および「Ｄ−ペプチド」は、天然の掌体にある分子の完
全な鏡像体をいう。従って、第２のキラル中心を含有するアミノ酸残基（Ｉｌｅ
およびＴｈｒなど）の場合、天然に存在するアミノ酸残基の完全な鏡像体が、ポ
リペプチドのＤ体を作製するために使用される。本明細書中で同様に使用されて
いる用語の「Ｄ−アミノ酸」および「Ｌ−アミノ酸」はともに、非キラルなアミ
ノ酸であるグリシンを含むことを意味する。Ｄ−ＩＱＮ１７は、結合形成対の一
方の成分（例えば、ビオチン）をそれに付加し、そしてその結合形成対のもう一
方の成分（例えば、ストレプトアビジン）を固体表面に付加することなどによっ
て固体表面に固定化することができる。この２成分が結合することにより、ファ
ージパンニングなどのためにＤ−ＩＱＮ１７が固体表面に固定化される。酵素の
認識部位であるリンカー（例えば、Ｌ−リジン残基が使用されるＧｌｙ−Ｌｙｓ
−Ｇｌｙなどのアミノ酸リンカー）を、酵素の認識部位（この場合、トリプシン
の認識部位）を提供するためにＤ−ＩＱＮ１７配列と結合形成対成分との間（ビ
オチンとＤ−ＩＱＮ１７との間）に設置することができ、その結果、結合したフ
ァージを、酸の添加などの非特異的な溶出よりはむしろ、トリプシン消化によっ
て溶出することができる。ファージディスプレイライブラリーは、適切なファー
ジ遺伝子に融合させた任意の適切な長さのＬ−アミノ酸ペプチドのライブラリー
であり得る。１つの実施形態において、そのようなライブラリーは、Ｍ１３ファ
ージのｇＩＩＩ遺伝子に融合させたＬ−アミノ酸ペプチドのファージディスプレ
イライブラリーである。ペプチドは、１つの実施形態において、両端にシステイ
ンまたはセリンのいずれかが隣接した１０個のランダムにコードされたアミノ酸
残基を含む。典型的には、数回のパンニングが行われる。Ｄ−ＩＱＮ１７に特異
的に結合するファージが同定される。Ｄ−ＩＱＮ１７のｇｐ４１領域のみを結合
するファージを、パンニング後の評価によって、例えば、抗原を有しないウエル
に対してスクリーニングを行い、その後、一連の分子に対してさらに試験するこ
とによって同定することができる。例えば、特異的なポケット結合性ファージに
は、Ｄ−ＩＱＮ１７を結合するが、（ＩＱＮ１７の場合と同じ３つの表面変異を
有する）Ｄ−ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ、または疎水性ポケットにおける点変異を有す
るＤ−ＩＱＮ１７の形態であるＤ−ＩＱＮ１７（Ｇ３９Ｗ）（これは、グリシン
３９が、ポケットへの大きな突出をもたらすトリプトファンに変異している）に
は結合しないファージが含まれる。このような方法で同定されたＤ−ペプチドは
、細胞／細胞融合アッセイおよびＨＩＶ感染力アッセイなどの知られているアッ
セイを使用して、ＨＩＶ ｇｐ４１を阻害するその能力について評価することが
できる。本明細書中に記載されている鏡像ファージディスプレイ法により、ＩＱ
Ｎ１７およびＩＱＮ１７（Ｇ３９Ｗ）ならびにそれらのＤ−エナンチオマーの価
値が、ｇｐ４１ポケットを結合するＨＩＶ−１侵入のインヒビターを同定する際
に明らかにされた。同定された９個の特異的なポケット結合性ファージ配列（Ｄ
−ＩＱＮ１７（Ｇ３９Ｗ）にではなく、Ｄ−ＩＱＮ１７に結合するファージ）の
うち、８個はＥＷＸＷＬのコンセンサス配列を含有し、Ｄ−ペプチドとして試験
されたときにＨＩＶ−１ ｇｐ４１により誘導されるシンシチウム形成を阻害す
る。９番目のペプチドは細胞に対して毒性を有していたために、それ以上は調べ
なかった。
【００４６】 Ｄ−ＩＱＮ１７およびＤ−ＩＱＮ１７（Ｇ３９Ｗ）のＤ体は、天然酵素による
酵素的分解を受けない他のポケット結合分子を発見するために、他の生物学的に
コードされるライブラリーを用いた類似する方法において使用することができる
。例えば、他のファージディスプレイライブラリーを使用して、（例えば、両側
に位置するＣｙｓ残基間に異なる数の残基を有し、かつ／またはシステイン残基
が両側に位置する領域の外側にランダムにコードされたアミノ酸残基を有し、か
つ／または３つ以上のシステイン残基を有する）新しいＤ−ペプチドインヒビタ
ーを同定することができる。ファージを用いることなくペプチドライブラリーを
コードする方法（例えば、この場合、コードするｍＲＮＡがペプチドに結合する
）を、Ｄ−ペプチドインヒビターを同定するために使用することができる。ＲＮ
ＡライブラリーまたはＤＮＡライブラリーを（例えば、ＳＥＬＥＸ法とともに）
使用して、疎水性ポケットには結合するが、天然のヌクレアーゼに対する基質で
はないＬ−リボースまたはＬ−デオキシリボースに基づくＲＮＡアプタマーまた
はＤＮＡアプタマーをそれぞれ同定することができる（例えば、Ｗｉｌｌｉａｍ
ｓ他、ＰＮＡＳ、７４：１１２８５（１９９７））。
【００４７】 天然のＬ掌体にあるＩＱＮ１７およびＩＱＮ１７（Ｇ３９Ｗ）の形態もまた、
生物学的にコードされたライブラリーを用いた類似する方法において使用するこ
とはできるが、最も可能性のある適用は、他の非生物学的にコードされたライブ
ラリーとの使用であろう。例えば、（１ビーズに１化合物の多様性を有する）ビ
ーズにおける化学的なコンビナトリアルライブラリーを、（例えば、放射性また
は発色基により）標識されたＩＱＮ１７を用いてスクリーニングして、ＩＱＮ１
７に結合する分子を含有するビーズを同定することができる。この例において、
ＩＱＮ１７（Ｇ３９Ｗ）を、そのようなビーズにおける分子がＩＱＮ１７のポケ
ットに結合するかどうかを明らかにするための対抗スクリーニングとして使用す
ることができる（分子がＩＱＮ１７（Ｇ３９Ｗ）に結合した場合、それらはポケ
ット結合分子であるとは考えられない）。別の例として、ＩＱＮ１７が前もって
結合しているビーズを、潜在的なポケット結合分子の混合物（例えば、化学物質
または天然産物抽出物の混合物）とインキュベーションすることができる。その
後、（ビーズに結合している）ＩＱＮ１７を混合物から分離し、洗浄し、次いで
、ビーズ上のＩＱＮ１７に結合している分子を溶出させる条件（例えば、有機溶
媒、低いｐＨ、高い温度）に供することができる。溶出された分子（すなわち、
潜在的なポケット結合分子）を分析化学的方法（例えば、ＨＰＬＣ、質量分析法
）によって同定することができよう。ＩＱＮ１７（Ｇ３９Ｗ）を用いた対抗スク
リーニングは、真のポケット結合分子を同定することを助けるために有用である
。
【００４８】 上記に記載されている方法によって同定された薬物は、その後、ＨＩＶ ｇｐ
４１の機能（膜融合）、従って、細胞内への侵入を（完全または部分的に）阻害
するその能力についてさらに試験される。これは、本明細書中に記載されている
シンシチウムアッセイおよび／または感染力アッセイあるいは当業者に知られて
いる他のアッセイなどのインビトロアッセイ、および／または適切な動物モデル
もしくはヒトにおけるインビボアッセイをさらに使用して行われる。
【００４９】 本発明の１つの実施形態は、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイ
ルに結合する薬物、特に、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルポケットを結合する薬
物を同定する方法である。この方法は、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイ
ルドコイルポケットを結合するその能力についての評価対象の候補薬物と、可溶
性三量体のコイルドコイル、およびＨＩＶ ｇｐ４１ポケットを含むのに充分な
部分のＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチドを含むペプチドとを、分子または化合物
（例えば、薬物）による結合に関してＨＩＶ ｇｐ４１ポケットが提示されるの
に適切な条件のもとで合わせる工程、および、その候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１
ポケットを結合するかどうかを測定する工程を含む。候補薬物とＨＩＶ ｇｐ４
１ポケットとの結合が生じた場合、その候補薬物は、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘ
リックスコイルドコイルのポケットを結合する薬物である。所望により、候補薬
物の結合は、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルポケットを結合するペプチド（ポケ
ットを結合するペプチドとして以前に同定されたペプチド）が候補薬物およびそ
のペプチドが合わされることを除いて、上記に記載されているアッセイで評価す
ることができる。このような競合的アッセイにおいて、Ｎ−ヘリックスコイルド
コイルのポケットに対する候補薬物の結合が、既知の結合性成分（moiety）（ポ
ケットを結合する分子または化合物）の存在下で評価される。候補薬物の結合が
その既知の結合性成分の存在下で生じた場合、その候補薬物は、既知の結合性成
分と充分に競合する充分な親和性でＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケットを
結合する薬物である。この実施形態において使用される融合タンパク質は、可溶
性三量体状のコイルドコイル、例えば、タンパク質の、可溶性三量体状のコイル
ドコイル領域（例えば、ＧＣＮ４またはＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉのタンパク質などの
非ＨＩＶタンパク質、しかし、ＨＩＶタンパク質を使用することができる）と、
ＨＩＶ ｇｐ４１のくぼみを含むのに充分な部分のＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプ
チドとを含む。例えば、この部分は、配列番号：２０を含むことができ、あるい
はくぼみを含むの充分な部分を含むことができ、そして適切な融合タンパク質ま
たは他の可溶性モデルにおいて存在する場合に、結合が得られるような方法でく
ぼみを提示し得る。あるいは、本明細書中に示されているＨＩＶ ｇｐ４１の配
列変異体、ヒトウイルスの別の株（例えば、ＨＩＶ−２）に由来する配列、また
は別の種（例えば、ＳＩＶ、ネコ免疫不全症ウイルス、Ｖｉｓｎａウイルス（Ｍ
．Ｓｉｎｇｈ他、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２９０：１０３１（１９９９））に
由来する配列を融合タンパク質または可溶性モデルにおいて使用することができ
る。融合タンパク質は、それがＨＩＶ成分との融合タンパク質である場合、結合
が得られるような方法でＨＩＶのくぼみが提示されるときには、任意のタンパク
質の、可溶性三量体状のコイルドコイルを含むことができる。例えば、ＧＣＮ４
−ｐＩQ Ｉ、ＧＣＮ４−ｐＩＩ、モロニーマウス白血病ウイルス（Ｍｏ−ＭＬＶ
）またはＡＢＣヘテロ三量体の融合タンパク質であり得る。１つの実施形態にお
いて、融合タンパク質はＤ型のＩＱＮ１７である。別の実施形態において、融合
タンパク質は天然のＬ掌体のＩＱＮ１７である。
【００５０】 競合的アッセイ形式において、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルのくぼみを結合
することが知られているペプチドはどれも、知られている結合性成分として使用
することができる。例えば、本明細書中に記載されているペプチド（配列番号：
３〜１２、１５、１７〜１９、２３、２４）のいずれか、あるいはその変異体ま
たはその一部を使用することができる。また、ペプチドでない任意のポケット結
合分子を競合的アッセイ形式において使用することができる。競合的アッセイは
、溶液中で、あるいはビーズ上で、あるいは固体表面で行うことができる。
【００５１】 １つの実施形態において、候補薬物は検出可能に標識され、そしてＨＩＶ ｇ
ｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルに対する候補薬物の結合が、（標識され
た候補薬物がＮ−ヘリックスコイルドコイルに結合する結果として）ＨＩＶ ｇ
ｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルにおける検出可能な標識の存在を検出す
ることにより測定される。可溶性モデルのヘリックスコイルドコイルのポケット
における標識の検出により、候補薬物がＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケッ
トに結合することが示され、そして候補薬物が、Ｎ−ヘリックスコイルドコイル
のポケットに結合する薬物であることが明らかにされる。標識された候補薬物が
融合タンパク質において検出される場合、候補薬物は、Ｎ−ヘリックスコイルド
コイルのくぼみを結合する薬物である。
【００５２】 ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケットを結合する薬物
を同定する方法の別の実施形態において、薬物による結合が得られるような方法
でポケットを提示する可溶性モデルが候補薬物と合わされ、そして候補薬物と可
溶性モデルのＮ−ヘリックスコイルドコイルとの結合が生じているかどうかが測
定される。結合が生ずる場合、その候補薬物は、ポケットを結合する薬物である
。この場合もまた、競合的アッセイ形式を使用することができる。競合アッセイ
の成分（例えば、ＩＱＮ１７およびＤ−ペプチド）を、蛍光基／消光基の組み合
わせを含む様々な検出可能な標識のいずれかで標識することができる。候補薬物
を、上記に記載されているように、様々な検出可能な標識のいずれかで標識する
ことができる。この実施形態において使用される可溶性モデル（融合タンパク質
）の成分、および競合的アッセイ形式において使用される競合性成分もまた、上
記のようでありうる。
【００５３】 本発明はまた、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケット
を結合する薬物を製造する方法に関する。１つの実施形態において、この方法は
下記のように行われる；ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポ
ケットを提示する可溶性モデル、あるいは（例えば、ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ、ＧＣ
Ｎ４−ｐＩＩ、Ｍｏ−ＭＬＶ、ＡＢＣヘテロ三量体などの非ＨＩＶタンパク質ま
たはＨＩＶタンパク質などのタンパク質の）可溶性三量体のコイルドコイルを含
む融合タンパク質が、薬物による結合のためにＨＩＶ ｇｐ４１のポケットが提
示されるのに適切な条件のもとで、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルド
コイルのポケットを結合して、細胞内への侵入を阻害するその能力についての評
価対象の候補薬物と合わされる。候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１のポケットを結合
するかどうかが測定される。この場合、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイ
ルドコイルのポケットに対する候補薬物の結合が生ずる場合、その候補薬物は、
ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合する薬物である
。この実施形態において、融合タンパク質は、（例えば、ＧＣＮ４、ＧＣＮ４−
ｐＩＱＩ、ＧＣＮ４−ｐＩＩ、Ｍｏ−ＭＬＶ、ＡＢＣヘテロ三量体の可溶性三量
体コイルドコイルなどの非ＨＩＶタンパク質またはＨＩＶタンパク質などのタン
パク質の）可溶性三量体コイルドコイルと、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックス
コイルドコイルのポケットを含むのに充分な部分のＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプ
チド（例えば、配列番号：２０のすべてまたは一部、あるいはその変異体または
改変体、あるいは別の株または種から得られる配列）とを含む。本明細書中に記
載されているＩＱＮ１７をこの方法において使用することができる；ＩＱＮ１７
のＤエナンチオマーもまた、（例えば、鏡像ファージ適用において）使用するこ
とができる。ＨＩＶの細胞内侵入を阻害するために製造された薬物の能力は、本
明細書中に記載されているように、例えば、シンシチウムアッセイおよび／また
は感染力アッセイにおいて評価される。そのような能力は、適切な動物モデルに
おいて、あるいはヒトにおいてさらに評価することができる。
【００５４】 本発明はまた、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケット
を結合する薬物を製造する方法に関する。この方法は：ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−
ヘリックスコイルドコイルポケットの可溶性モデル（例えば、本明細書中に記載
されている融合タンパク質、および特に、ＩＱＮ１７またはその変異体）を製造
するか、またはそのようなモデルを得る工程；ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリック
スコイルドコイルのポケットを結合するその能力についての評価対象の候補薬物
（分子または化合物）と、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポ
ケットの可溶性モデルとを合わせる工程、および、候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１
のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケットを結合するかどうかを測定する工程
を含む。候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケッ
トを結合する場合、その候補薬物は、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイル
ドコイルのポケットを結合する薬物である；結果として、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ
−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合する薬物が製造される。この実施形態
において使用される融合タンパク質は、本明細書中に記載されており、例えば、
ＩＱＮ１７、ＩＱＮ１７のＤエナンチオマー、またはその変異体であり得る。あ
るいは、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケットを結合し
て、ＨＩＶの細胞内侵入を阻害する薬物は、下記に記載される工程を含む方法に
よって製造することができる：本明細書中に記載されているようにして、ＨＩＶ
ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットの可溶性モデルを製造する
か、またはそのようなモデルを得る工程；そのような可溶性モデルと、ＨＩＶ
ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケットを結合するその能力につい
ての評価対象の候補薬物とを合わせる工程；候補薬物が可溶性モデル（融合タン
パク質）のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケットを結合するかどうかを測定
する工程、この場合、結合が生ずる場合、その候補薬物は、ＨＩＶ ｇｐ４１の
Ｎ−ヘリックスコイルドコイルを結合する薬物である；およびＮ−ヘリックスコ
イルドコイルを結合して、ＨＩＶの細胞内侵入を阻害する薬物の能力を評価する
工程、この場合、薬物がＨＩＶの細胞内侵入を阻害する場合、その薬物は、ＨＩ
Ｖ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットを結合して、ＨＩＶの細
胞内侵入を阻害する薬物である。ＨＩＶの細胞内侵入を阻害するその能力は、（
例えば、シンシチウムアッセイ、感染力アッセイにおいて）インビトロで、ある
いは（例えば、適切な動物モデルまたはヒトにおいて）インビボで評価すること
ができる。可溶性モデルは、タンパク質の可溶性三量体コイルドコイル（例えば
、ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ）などの可溶性三量体コイルドコイルと、ＨＩＶ ｇｐ４
１のポケットを含むのに十分な部分のＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチドとを含む
ペプチドであり得る。
【００５５】 本明細書中に記載されている方法ならびに他の方法によって同定または製造さ
れる薬物であって、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルを結合し
て、ＨＩＶの細胞内侵入を阻害する薬物もまた本発明の主題である。
【００５６】 本明細書中に記載されている方法ならびに他の方法によって同定または製造さ
れる薬物であって、ＨＩＶ ｇｐ４１の２つ以上のＮ−ヘリックスコイルドコイ
ルに結合して、ＨＩＶの細胞内侵入を阻害する薬物もまた本発明の主題である。
そのような薬物は、阻害の有効性を増大させるために、例えば、適切なリンカー
（例えば、アミノ酸残基または他の化学的成分のリンカー）を介して２つ以上の
ポケット結合分子（薬物）を連結することによって得ることができる。連結され
るポケット結合分子は同じであってもよく、異なっていてもよい。本明細書中に
記載されている方法または他の方法によって同定または製造される薬物であって
、ＨＩＶｇｐ１２０、ＣＤ４、ＣＣＲ５、ＣＸＣＲ４、またはＨＩＶ ｇｐ４１
の非ポケット領域に結合することに加えて、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックス
コイルドコイルポケットに結合する薬物もまた本発明の主題である。
【００５７】 ＨＩＶ ｇｐ４１を阻害する薬物はまた、ＩＱＮ１７と、ＩＱＮ１７によって
提示されるＮ−ヘリックスコイルドコイルのくぼみを結合するＤ−ペプチドとの
複合体のＸ線結晶構造を参照して、例えば、本明細書中に示されているＩＱＮ１
７とＤ１０ｐｅｐ１との複合体のＸ線結晶構造を参照して設計または改善するこ
とができる。あるいは、さらに、ＨＩＶ ｇｐ４１を阻害する薬物はまた、本明
細書中に示されている遊離のＩＱＮ１７のＸ線結晶構造を参照して設計または改
善することができる。
【００５８】 本明細書中に記載されているようにして同定された化合物および分子（薬物）
は、ＨＩＶの細胞内侵入を（部分的または完全に）阻害し、従って、未感染個体
（ヒト）および感染個体において、（例えば、未感染個体における感染を防止ま
たは低減させるために、感染個体におけるさらなる感染を低減または予防するた
めに）治療的に有用であり、そして、ｇｐ４１により誘導される膜融合の機構を
研究するための研究用試薬、および個体によるウイルスクリアランス速度を評価
するための研究用試薬の両方として有用であり、そしてＨＩＶの細胞内侵入を阻
害する他の化合物および分子（薬物）を発見または開発するための試薬として有
用である。本明細書中に記載されているＤ−ペプチド（例えば、Ｄ１０ｐｅｐ５
、Ｄ１０ｐｅｐ１）は、本明細書中に記載されている感染力アッセイを使用して
、細胞の感染を阻害することが示されている。他のＤ−ペプチドは、感染力を阻
害するその能力について同様に評価することができる。
【００５９】 上記薬剤は、経口投与、鼻腔投与、腹腔内投与、筋肉内投与、膣投与または直
腸投与などの様々な経路で投与できる。各態様では、上記薬剤が、適当な担体ま
たは医薬組成物に入れて提供される。例えば、くぼみ結合薬は、適当な緩衝液、
食塩水、水、ゲル、フォーム、クリームまたは他の適当な担体に含めて投与する
ことができる。上記薬剤ならびに一般に適当な担体および随意の成分（例えば安
定化剤、吸収もしくは取込み促進剤、着香料および／または乳化剤など）を含ん
でなる医薬組成物を製剤化し、それを個体（ＨＩＶ未感染者またはＨＩＶ感染者
）に治療有効量で投与することができる。一態様として、ｇｐ４１のＮ−ヘリッ
クスコイルドコイルを結合する薬剤（例えば本明細書に記載するもの、ＤＰ１７
８（Ｃ．Ｔ．Ｗｉｌｄ，Ｄ．Ｃ．Ｓｈｕｇａｒｓ，Ｔ．Ｋ．Ｇｒｅｅｎｗｅｌｌ
，Ｃ．Ｂ．ＭｃＤａｎａｌ，Ｔ．Ｊ．Ｍａｔｔｈｅｗｓ，同上 ９１：９７７０
（１９９４））、ＨＩＶ−１ ｇｐ４１（ＨＸＢ２株）の残基１１７−１５２に
相当しアミノ末端がアセチル化されカルボキシ末端がアミド化されているＴ６４
９）（Ｌ．Ｔ．Ｒｉｍｓｋｙ，Ｄ．Ｃ．Ｓｈｕｇａｒｓ，Ｔ．Ｊ．Ｍａｔｔｈｅ
ｗｓ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，７２：９８６（１９９８）などは、殺微生物薬として
投与（または適用）され、細胞へのウイルス侵入を妨害する。例えば、ＨＩＶく
ぼみを結合する１または複数の薬剤を、膣、直腸または口腔粘膜などの粘膜表面
に適用もしくは粘膜表面と接触させる組成物に組み込むことができる。上記組成
物は、上記薬剤の他に、粘膜表面または避妊具（例：コンドーム、子宮頚部（ｃ
ｅｒｖｉｃａｌ）キャップ、ペッサリー）の表面への適用に適した担体または基
剤（例：クリーム、フォーム、ゲル、その他、上記薬剤、水、緩衝液を保持する
のに十分な粘性を持つ物質）を含んでなる。上記薬剤は、上記薬剤を含有するフ
ォーム、ゲル、クリーム、水または他の担体の適用などによって、粘膜表面に適
用することができる。もう一つの選択肢として、使用条件（例えば膣または直腸
の温度、ｐＨ、湿度条件）下に（例えば分解、溶解、その他の放出手段によって
）薬剤を放出または送達する素材で作られた、１または複数の上記薬剤を含有す
る担体または基剤である膣坐剤または直腸坐剤を使って適用することもできる。
これらの組成物を経口的に投与（例えばカプセル、丸剤、液体、その他の形態で
嚥下）して、個体の血流中に移行させることもできる。いずれの態様でも、例え
ば薬剤を徐々に放出するまたは所定の期間後に放出する組成物に上記薬剤を組み
込むことなどによって、薬剤の制御放出または持効性放出（ｔｉｍｅ ｒｅｌｅ
ａｓｅ）（徐放、投与または挿入後の特定の時点での放出）を達成することがで
きる。もう一つの選択肢として、（例えば膣、口または直腸への）投与または適
用後直ちにまたは速やかに薬剤を放出する組成物に、上記薬剤を組み込むことも
できる。複合的放出（例えば薬剤の一部を挿入後直ちにまたは速やかに放出する
と共に、薬剤の一部を挿入後経時的に、または特定の時点で放出すること）も効
果的であり得る（例えば、２種類以上の素材から構成され、一つの素材からは放
出または送達が挿入後直ちにまたは速やかに起こり、および／または、一つの素
材からは放出または送達が徐々に起こり、および／または、一つの素材からは指
定の期間後に放出が起こる組成物を製造することなどによる）。例えば、ＨＩＶ
くぼみを結合する１または複数の薬剤を、米国特許第４，７０７，３６２号に記
載されているような徐放性組成物に組み込むことができる。それらのクリーム、
フォーム、ゲルまたは坐剤は、産児制限にも使用されるもの（例えば殺精子剤ま
たは他の避妊剤）であってもよいが、そうである必要はない（例えば、抗ＨＩＶ
薬を単独で、または別の非避妊剤（抗菌薬、抗真菌薬または潤滑剤など）と組み
合わせて送達するためだけに、それらを使用することもできる）。本発明の抗Ｈ
ＩＶ薬は、ＨＩＶ ｇｐ４１ Ｎ−ヘリックスコイルドコイルを結合する１また
は複数の薬剤でコーティングされている、または使用条件下での放出が可能な形
でそれらの薬剤が組み込まれている避妊具（例えばコンドーム、子宮頚部キャッ
プ、ペッサリー）を使って、個体に投与することもできる。上述のように、薬剤
の放出は直ちに、徐々に、または指定した時点で起こりうる。その結果、それら
の薬剤は、ＨＩＶと接触しＨＩＶを結合して、細胞へのウイルス侵入を減少させ
、または防止する。
【００６０】 もう一つの態様では、ｇｐ４１ Ｎ−ヘリックスコイルドコイルくぼみへの結
合以外の機序によって細胞へのＨＩＶ侵入を妨害する薬剤（例えば、ＣＤ４段階
でｇｐ１２０結合を妨害することによって、ウイルス侵入を妨害する薬剤）が、
ｇｐ４１ Ｎ−ヘリックスコイルドコイルに結合する薬剤について上述したよう
に、粘膜表面に投与または適用される。
【００６１】 本発明の融合タンパク質は、可溶性三量体型または可溶性三量体状のコイルド
コイル、例えばある（非ＨＩＶ由来またはＨＩＶ由来の）タンパク質の可溶性三
量体型または可溶性三量体状のコイルドコイル領域などと、ＨＩＶ ｇｐ４１の
ＮペプチドのＣ末端のうちＨＩＶコイルドコイルくぼみまたは疎水性ポケットを
包含する（構成する）のに十分な部分（Ｎ−ペプチドのポケット構成残基）とを
含んでなる。ＨＩＶ ｇｐ４１のＮペプチドは、ＨＩＶ−１、ＨＩＶ−２、別の
ＨＩＶ株、または他の種に由来する株（例えばサル免疫不全症ウイルス（ＳＩＶ
）、ネコ免疫不全症ウイルスまたはビスナウイルスなど）のものであってよい。
例えばＨＩＶ−２配列ＬＬＲＬＴＶＷＧＴＫＮＬＱＡＲＶＴ（配列番号：２６）
、ＳＩＶ配列ＬＬＲＬＴＶＷＧＴＫＮＬＱＴＲＶＴ（配列番号：２７）、または
ＨＩＶ−１、ＨＩＶ−２およびＳＩＶ中の不変残基からなる配列（ＬＬＸＬＴＶ
ＷＧＸＫＸＬＱＸＲＸＸ（配列番号：４２）で表される；ここにアミノ酸残基Ｌ
、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｇ、Ｋ、ＱおよびＲはアミノ酸残基に使用される一文字コードで
あり、Ｘは任意のアミノ酸残基を表す）。また本発明の主題はＨＩＶ ｇｐ４１
疎水性ポケットの可溶性三量体モデルであり、これはＤ−ペプチドであってもＬ
−ペプチドであってもよく、可溶性三量体コイルドコイルと、ＨＩＶ ｇｐ４１
のＮペプチドのうちＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイル領域のポ
ケットを形成するアミノ酸残基を含むのに十分な部分とを含んでなる。上記Ｄ−
またはＬ−ペプチドは、ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ、ＧＣＮ４−ｐＩＩ、モロニーマウ
ス白血病ウイルスまたはＡＢＣヘテロ三量体のコイルドコイルを、可溶性三量体
コイルドコイルとして含んでなることができる。ＨＩＶ ｇｐ４１のＮペプチド
のうち該ポケットのアミノ酸残基を含むのに十分な部分である成分は、例えばＨ
ＩＶ−１のＬＬＱＬＴＶＷＧＩＫＱＬＱＡＲＩＬ（配列番号：２０）、ＨＩＶ−
２のＬＬＲＬＴＶＷＧＴＫＮＬＱＡＲＶＴ（配列番号：２６）、ＳＩＶのＬＬＲ
ＬＴＶＷＧＴＫＮＬＱＴＲＶＴ（配列番号：２７）またはこれらの不変残基、す
なわちＬＬＸＬＴＶＷＧＸＫＸＬＱＸＲＸＸ（配列番号：４２）を含んでなるこ
とができる。
【００６２】 本発明の一態様は、あるタンパク質（ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉなど）の三量体状の
コイルドコイル領域と、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルとの
融合タンパク質であって、Ｎ−ヘリックスくぼみの全部または一部を含むか、Ｎ
−ヘリックスくぼみを含まないものである。すなわち、本発明の融合タンパク質
は、ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉの三量体型のコイルドコイル領域と、ＨＩＶ−１ ｐｇ
４１のＮ−ペプチドの一部を含んでなることができ、そのｇｐ４１のＮ−ペプチ
ドの一部は、ＨＩＶ−１ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスくぼみの一部または全部を
含むか、ＨＩＶ−１ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスくぼみを含まない。例えば、Ｇ
ＣＮ４−ｐＩQ Ｉ由来の残基とＮ−３６由来の残基を含有する融合タンパク質を
作成することができる。ＩＱＮ２４ｎと表記される融合タンパク質は、溶解性を
増すための３つの突然変異を含むＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉの２９残基と、Ｎ３６のＮ
−末端に由来する２４残基（ＳＧＩＶＱＱＱＮＮＬＬＲＡＩＥＡＱＱＨＬＬＱＬ
Ｔ）（配列番号：２１）を含有し、大腸菌での組換え発現用に、余分のＭｅｔ残
基がＮ−末端に追加されている。例えば、融合タンパク質は、（配列番号：２１
）のアミノ酸配列を含んでなるＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチドの一部を含んで
なることができる。ＩＱＮ２４ｎの配列は、ＭＲＭＫＱＩＥＤＫＩＥＥＩＥＳＫ
ＱＫＫＩＥＮＥＩＡＲＩＫＫＬＩＳＧＩＶＱＱＱＮＮＬＬＲＡＩＥＡＱＱＨＬＬ
ＱＬＴ（配列番号：２２）である。この融合タンパク質は、化学合成法または組
換えＤＮＡ法などの様々な方法によって、もしくは大腸菌での組換え発現によっ
て製造することができ、その場合はＮ−およびＣ−末端はブロックされない。Ｇ
ＣＮ４−ｐＩQ ＩコイルドコイルのコイルドコイルパラメーターはＨＩＶ ｇｐ
４１ Ｎ−ヘリックスコイルドコイルとほぼ同一であるので、得られる融合タン
パク質分子（ＩＱＮ２４ｎ）は、ｇｐ４１ Ｎ−ヘリックスコイルドコイルの一
部を（凝集していない）三量体として提示する長い三量体コイルドコイルを形成
すると予想される。
【００６３】 本発明のもう一つの態様は、個体における免疫反応を誘発する方法を提供する
。ｇｐ４１ Ｎ−末端領域コイルドコイルの一部分に関する可溶性三量体モデル
を作成するために使用した戦略は、ＨＩＶワクチン候補の開発にも役立つ。将来
的なＨＩＶワクチンの一つの目標は、ＨＩＶ−１ ｇｐ１２０／ｇｐ４１エンベ
ロープタンパク質複合体の「プレヘアピン」中間体に結合する中和抗体反応を誘
発することである。この過渡的な形態では、ｇｐ４１のＮ−ヘリックス領域は露
出しているが、Ｃ−ヘリックス領域は露出していない。ｇｐ４１のＮ−ヘリック
ス領域に対する抗体反応を誘発するには、免疫原として、Ｎ−ペプチド（Ｎ３６
、Ｎ５１またはＤＰ−１０７など）を使用することが妥当であるように思われる
が、単離されたＮ−ペプチドは凝集し、ｇｐ４１ Ｎ−ヘリックスコイルドコイ
ル三量体を正しく提示しない。したがって、一般に、ｇｐ４１疎水性ポケットに
関するこの問題を解決するために本明細書に記載する戦略と同じ戦略を、ｇｐ４
１ Ｎ−ヘリックスコイルドコイル領域の可溶性三量体モデルの開発にも適用す
ることができる。このような三量体モデル（ＩＱＮ１７など、ただし例えばｇｐ
４１のポケット残基を含まないペプチドも挙げられる）を免疫原として使用する
ことにより、プレヘアピン中間体に対する抗体反応を誘発し、それによってＨＩ
Ｖ−１感染を阻害することができる。例えば、免疫化しようとする個体には、あ
るタンパク質の三量体型のコイルドコイル領域とＨＩＶ−１ ｇｐ４１由来のＮ
−ペプチドの一部とからなり、そのｇｐ４１由来の部分がＮ−ヘリックスコイル
ドコイルくぼみの一部または全部を含むか、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルくぼ
みを含まない融合タンパク質を、医薬的に許容できる担体に入れて投与すること
ができる。例えばＩＱＮ２４ｎを単独で、または他の物質と組み合わせて、ワク
チンに使用することができ、そのワクチンは、それが投与される個体（ワクチン
接種者）中で上記コイルドコイルに結合する抗体の産生を誘発し、それによって
感染および／または疾患からの保護を与えるだろう。ＩＱＮ２４ｎはＮ−ヘリッ
クスコイルドコイルに結合する抗体（モノクローナルおよび／またはポリクロー
ナル抗体）を（ヒト、その他の動物、または抗体ライブラリーから）同定するた
め、および／または、それらの抗体を産生させるためにも使用できる。これは、
ＩＱＮ２４ｎ（またはＩＱＮ１７もしくは他の可溶性三量体モデル）を使って、
生物学的試料（例えば血液）中のＮ−ヘリックスコイルドコイルを結合する抗体
の存在／不在／レベルを評価する診断法の基礎になる。
【００６４】 本明細書に記載する融合タンパク質（例えばＩＱＮ１７またはＩＱＮ２４ｎ）
のＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ成分には、それらの変化がコイルドコイルの三量体状態を
変化させないという条件で、任意の多種多様な変異を施し、上記の方法に使用す
ることができる。ＨＩＶ ｇｐ４１ Ｎ３６ペプチドに由来する部分である融合
タンパク質成分のアミノ酸組成を変化させて、変異体（例えばＩＱＮ１７または
ＩＱＮ２４ｎの変異体）を作成することもできる。コイルドコイルの三量体状態
およびＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチドコイルドコイルに相当する融合タンパク
質の表面の構造が維持されるのであれば、可能なアミノ酸残基変化の数または種
類に制限はない。ＨＩＶ ｇｐ４１ Ｎ−ペプチドの一部である融合タンパク質
成分は、Ｎ−ヘリックスくぼみの全部または一部を含んでもよいし、Ｎ−ヘリッ
クスくぼみを含まなくてもよい。例えば、Ｎ５１、Ｎ３６、ＤＰ−１０７の他の
部分またはＨＩＶ ｇｐ４１ Ｎ−ヘリックス領域の他の領域を、ＧＣＮ４−ｐ
ＩQ Ｉ（または別の三量体状のタンパク質のコイルドコイル領域）に融合して、
（凝集していない）三量体らせんコイルドコイル融合タンパク質を作成し、それ
を上記の方法に使用することができる。コイルドコイルの三量体状態およびＨＩ
Ｖ ｇｐ４１のＮ−ペプチドコイルドコイルに相当する融合タンパク質の表面の
構造が維持されるのであれば、設計し作成することができる融合タンパク質の数
と種類に制限はない。そのような融合タンパク質は、例えばコイルドコイルのヘ
プタドリピート位置またはコイルドコイルパラメーターを評価するなどといった
、当業者に知られている方法を使って、設計し作成できる。
【００６５】 本明細書には、ＨＩＶエンベロープ糖タンパク質ｇｐ４１（例えばＨＩＶ−１
、ＨＩＶ−２）のＮ−ヘリックスコイルドコイルの表面にあるくぼみに結合する
ペプチド（Ｄ−ペプチドであってもＬ−ペプチドであってもよい）が記載される
。そのようなペプチドは、それらが、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルくぼみとＨ
ＩＶ ｇｐ４１のＣ−ペプチド領域のアミノ酸残基の相互作用を妨害し細胞への
ＨＩＶ侵入を防止するような形でくぼみを結合するのに足りる長さを持つのであ
れば、どのような長さであってもよい。例えば、Ｄ−またはＬ−ペプチドは少な
くとも２つのアミノ酸残基からなり、一般的には約２〜約２１アミノ酸残基にな
るだろう。すなわち、それらは約２〜約２１個の範囲の任意のアミノ酸残基数か
らなりうる。アミノ酸残基は、後述するように、天然型または非天然型または修
飾型のアミノ酸残基でありうる。ペプチドは直鎖状でも環状でもよい。
【００６６】 本明細書に記述するように同定されるＤ−ペプチドの例を図３に示す。ライブ
ラリーの設計上、各ペプチドには、示したアミノ酸残基に加えて、Ｎ−末端にＧ
Ａが、Ｃ−末端にＡＡが隣接している。Ｎ−末端のリジン残基は水溶性を向上さ
せるために付加した。
【００６７】 一態様として、本発明は、ＨＩＶ−１ ｇｐ４１エンベロープタンパク質のＣ
−ヘリックスに対するＮ−ヘリックスコイルドコイルの結合を阻害する化合物を
提供する。このような化合物はＨＩＶに感染した患者または潜在的にＨＩＶに感
染しやすい患者を治療する方法に役立つ。これらの化合物は、もう一つの化合物
のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみへの結合能を評価する方法にも役立つ。
【００６８】 一態様として、ＨＩＶ−１ ｇｐ４１エンベロープタンパク質のＣ−ヘリック
スに対するＮ−ヘリックスコイルドコイルの結合を阻害する化合物は、次の式Ｉ
の化合物である： 式中、Ａ、Ｂ、ＤおよびＥはそれぞれ独立して１つのＤ−アミノ酸残基、１つの
Ｌ−アミノ酸残基、または１つのＮ−置換グリシル残基である。天然アミノ酸残
基または非天然アミノ酸残基を使用できる。Ｋ、Ｌ、ＭおよびＮはそれぞれ独立
して１つのアミノ酸残基、または同一でも異なってもよい２〜約６アミノ酸残基
のポリペプチド基であり、ｎ、ｐ、ｑおよびｒはそれぞれ独立して０または１で
ある。Ｆは直接結合または二官能性連結基であり、ｓは０または１である。
【００６９】 式Ｉの化合物の部分集合の一つでは、Ａが次式のＤ−アミノ酸残基、Ｌ−アミ
ノ酸残基またはＮ−置換グリシル残基である： 式中、ＲA1とＲA2の一方は、置換されたまたは非置換のアリール、ヘテロアリー
ル、アリールメチル、ヘテロアリールメチル、ベンゾ縮合アリール、ベンゾ縮合
へテロアリール、ベンゾ縮合アリールメチル、ベンゾ縮合へテロアリールメチル
、シクロアルキルまたはビシクロアルキルであり、他方は水素である。Ｗは水素
、メチル、トリフルオロメチルまたはハロゲン（例えばフッ素、塩素、臭素また
はヨウ素）である。
【００７０】 Ｂは、グリシル残基または次式のＤ−アミノ酸またはＮ−置換グリシル残基で
ある： 式中、ＲB1とＲB2の一方は、置換されたまたは非置換の直鎖状、分枝鎖状または
環状アルキル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアリールまたはヘテロアリ
ールアルキル基であり、他方は水素である。Ｘは水素、メチル、トリフルオロメ
チルまたはハロゲン（フッ素、塩素、臭素またはヨウ素など）である。
【００７１】 Ｄは、次式のＤ−アミノ酸残基またはＮ−置換グリシル残基である： 式中、ＲD1とＲD2の一方は、置換されたまたは非置換のアリール、ヘテロアリー
ル、アリールメチル、ヘテロアリールメチル、ベンゾ縮合アリール、ベンゾ縮合
へテロアリール、ベンゾ縮合アリールメチル、ベンゾ縮合へテロアリールメチル
、シクロアルキルまたはビシクロアルキルであり、他方は水素である。Ｙは水素
、メチル、トリフルオロメチルまたはハロゲン（フッ素、塩素、臭素またはヨウ
素など）である。
【００７２】 Ｅは、次式のＤ−アミノ酸残基またはＮ−置換グリシル残基である： 式中、ＲE1とＲE2の一方は、置換されたまたは非置換の直鎖状、分枝鎖状または
環状アルキル、アリールまたはアリールアルキル基であり、他方は水素である。
Ｚは水素、メチル、トリフルオロメチルまたはハロゲン（フッ素、塩素、臭素ま
たはヨウ素など）である。
【００７３】 Ｋ、Ｌ、ＭおよびＮはそれぞれ独立して、１〜約６個の（同一でも異なっても
よい）Ｄ−アミノ酸残基、Ｌ−アミノ酸残基、Ｎ−置換グリシル残基またはそれ
らの組み合せからなる。天然アミノ酸残基または非天然アミノ酸残基を使用でき
る。１つまたは複数のアミノ酸残基またはＮ−置換グリシル残基が、随意に、α
−炭素がメチルまたはトリフルオロメチル基もしくはハロゲン（フッ素、塩素、
臭素またはヨウ素原子など）で置換されていてもよい。
【００７４】 好ましい一態様として、ＲA1とＲA2の一方およびＲD1とＲD2の一方は独立して
フェニル、置換フェニル、ナフチル、置換ナフチル、ナフチルメチル、置換ナフ
チルメチル、ベンジルまたは置換ベンジル基であるか、式： ［式中、ＪはＯ、ＳまたはＮＲであり、ＲはＨまたは直鎖状、分枝鎖状もしくは
環状のＣ1 −Ｃ6 アルキル、好ましくはメチルである。Ｒ1、Ｒ2 、Ｒ3 、Ｒ4 お
よびＲ5 は、水素、ハロゲンおよびアルキル、好ましくは直鎖状、分枝鎖状、ま
たは環状のＣ1 −Ｃ4 アルキル（メチルなど）からなる群より独立して選択され
る］の基である。好適なフェニル、ナフチル、ナフチルメチルおよびベンジル置
換基としては、アルキル、好ましくは直鎖状、分枝鎖状または環状のＣ1 −Ｃ4 アルキル（メチルなど）およびハロゲン（フッ素、塩素、臭素またはヨウ素など
）が挙げられる。より好ましくは、ＲA1とＲD1は共に水素であり、ＲA2とＲD2は
それぞれ独立して上述した基の一つである。
【００７５】 ＲB1とＲB2の一方は水素、置換されたまたは非置換の直鎖状、分枝鎖状または
環状Ｃ1 −Ｃ4 アルキル、フェニル、ベンジル、ナフチルまたはナフチルメチル
であることが好ましい。好適な置換基としては、直鎖状、分枝鎖状または環状の
Ｃ1 −Ｃ4 アルキル基およびハロゲン（フッ素、塩素、臭素またはヨウ素など）
が挙げられる。より好ましくは、ＲB1は水素であり、ＲB2は上述した基の一つで
ある。
【００７６】 ＲE1とＲE2の一方は、置換されたまたは非置換の直鎖状、分枝鎖状または環状
Ｃ1 −Ｃ6 アルキル基であるか、置換されたまたは非置換のフェニルもしくはナ
フチル基であることが好ましい。好適な置換基としては、直鎖状、分枝鎖状また
は環状のＣ1 −Ｃ4 アルキル基（メチルなど）およびハロゲン（フッ素、塩素、
臭素およびヨウ素など）が挙げられる。ＲE1は水素であり、ＲE2は上述した基の
一つであることが、より好ましい。
【００７７】 式Ｉの化合物の好ましい部分集合では、ＡとＤが、それぞれＤ−トリプトファ
ン残基であり、ＥはＤ−ロイシン残基である。
【００７８】 Ｋは、アミノ−、カルボキシル−またはスルフヒドリル置換側鎖を含有するＤ
−アミノ酸残基またはＮ−置換グリシル残基（システイン、グルタミン酸、アス
パラギン酸またはリジン残基など）であり、Ｌは２〜３個のＤ−アミノ酸残基、
Ｌ−アミノ酸残基（それらＤ−またはＬ−アミノ酸残基は同一でも異なってもよ
い）またはＮ−置換グリシン残基からなるポリペプチドであることが好ましい。
例えば一態様として、Ｌは、Ｄ−グリシン、Ｄ−アラニンまたはＤ−α−Ｃ1 −
Ｃ4 −アルキルグリシンの中から選択される２〜３個の残基からなる。
【００７９】 Ｍは、２〜約８個のＤ−アミノ酸残基（そのうち少なくとも一つは、アミノ−
、カルボキシ−またはスルフヒドリル−置換側鎖を含有するシステイン、グルタ
ミン酸、アスパラギン酸またはリジン残基などのアミノ酸残基）からなるポリペ
プチド基であることが好ましい。Ｎは、１〜約６個のアミノ酸残基（そのうち少
なくとも一つはリジン残基である）からなるポリペプチド基であることが好まし
い。
【００８０】 二価連結基Ｆの独自性は、それが、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルくぼみと相
互作用する位置にＡ〜Ｅの残基を配置させるのに適した長さであるならば、重要
ではない（Ｊ．Ｒ．Ｍｏｒｐｈｙ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ．
Ｄｅｖｅｌｏｐ．，１：５９−６５（１９９８））。例えばＦは、約２〜約４０
原子の長さを持つことが好ましい。一態様として、Ｆは直接結合であるか、式：
−Ｐn −のポリペプチド連結基である（式中、ｎは１〜約１２であり、各Ｐは独
立してＬ−またはＤ−アミノ酸もしくはＮ−置換グリシル残基またはグリシル残
基もしくはＮ−置換グリシル誘導体である）。
【００８１】 もう一つの態様では、Ｆが、置換されたまたは非置換のＣ4 −Ｃ40−アルキレ
ン基、例えば式：−（ＣＨ2 ）m −のポリメチレン基（式中、ｍは約４〜約４０
である）などであるか、１または複数の位置が窒素、酸素またはイオウ原子など
のヘテロ原子によって介在されているアルキレン基である。例えばＦは、（ＣＨ 2 ＣＨ2 Ｏ）q −の基（式中、ｑは１〜約２０である）でありうる。またＦは、
１または複数の位置が、フェニレンまたはヘテロアリーレン基もしくは多糖基（
例えばグリコシド基、もしくは１または複数のグリコシド基（例えば１〜約１０
個のグリコシド基）からなるポリ（グリコシド）基）で介在されているアルキレ
ン基であってもよい。好適なグリコシドとしては、グルコシド、ラクトシド、マ
ンノシド、ガラクトシド、フコシド、フルクトシド、グロシド、アロシド、アル
トロシド、タロシド、イドシド、その他当該技術分野で知られれているもの（ピ
ラノシド類およびフラノシド類など）が挙げられる。
【００８２】 Ｃ−末端アミノ酸残基を持つ式Ｉの化合物では、そのＣ末端残基は、当該技術
分野で知られているように、例えばアミド、Ｎ−置換アミドまたはカルボン酸保
護基の形であってもよい。Ｎ−末端残基の窒素原子は、当該技術分野で知られて
いるように、アシル化（例えばアセチル化）されていてもよく、あるいはアミノ
保護基で置換されていてもよい。
【００８３】 本明細書において「Ｄ−アミノ酸残基」という用語は、Ｄ−グリセルアルデヒ
ドと同じ絶対配置を持つα−アミノ酸残基を指す。そのアミノ酸残基が、第１の
非水素α置換基と、メチルおよびハロゲンから選択される第２のα置換基とを含
む場合、その絶対配置は、グリセルアルデヒドα炭素上に水素原子の代わりに当
該第２のα置換基を持つＤ−グリセルアルデヒドと同じである。
【００８４】 本明細書に記載のペプチド、当該ペプチドの一部、当該ペプチドの変異体／誘
導体または当該変異体／誘導体の一部は、細胞へのＨＩＶ侵入のインヒビターと
して使用できる。図３に記載のペプチド、またはコイルドコイルのＣ末端にある
疎水性ポケットに収まり、ｇｐ４１のＣ−ペプチド領域のＮ−ペプチド領域との
相互作用を防ぐのに十分なペプチドの一部は、ＨＩＶ感染を阻止するのに役立つ
。記載した任意のペプチドまたはその誘導体の一部は、２〜２０アミノ酸残基（
２から２０までの任意の残基数）の大きさをとりうる。本明細書に記載のコンセ
ンサス配列トリプトファン−トリプトファン−ロイシンまたは配列トリプトファ
ン−トリプトファン−ロイシン−グルタミン酸および追加の残基からなるＤ−ペ
プチドを使用することができる。そのようなＤ−ペプチド中に存在する他の残基
とそのＤ−ペプチドの大きさは、本明細書に記載のペプチドを参照して選択する
ことができ、あるいは、そのペプチドが疎水性ポケットに収まりインヒビターと
して作用できるような形で上記の３または４残基が配置されるという条件で、本
明細書に記載のペプチドとは無関係に設計することもできる。本明細書に記載の
Ｄ−ペプチドのＮ−末端、Ｃ−末端または両方に追加のアミノ酸残基が存在して
、より大きなペプチドになっていてもよい。あるいは、例えば結合親和性を高め
るために、選択された他のアミノ酸残基が存在してもよい。あるいは、図３のＤ
−ペプチドの保存されたアミノ酸残基を含んでなるペプチドを使用することもで
きる。例えばそのようなペプチドは１６アミノ酸残基の大きさで、保存されたア
ミノ酸残基を含むことができ、それら保存されたアミノ酸残基は図３に示すペプ
チドにおけるそれらの位置と同じ位置にありうる。介在アミノ酸残基は図３に示
すいずれかのペプチド中でそれらの位置にあるアミノ酸残基とは異なってもよく
（例えばそれら介在アミノ酸残基はイソロイシンまたはアスパラギンまたは図３
に記載のペプチドには認められない他のアミノ酸残基であってもよく）、あるい
は、それら介在アミノ酸残基で図３に示す別のペプチドの特定の位置に示される
アミノ酸残基を置換するか、それら介在アミノ酸残基を当該別のペプチドの特定
の位置に示されるアミノ酸残基で置換することができる（例えばＤ１０ｐｅｐ１
中のアスパラギン酸残基をセリン残基で置換することができる）。天然タンパク
質中に見出される２０種類のＬ−アミノ酸のＤ−状以外のアミノ酸残基も使用で
きる。そのような改変は、例えば、ペプチドの生物学的利用能、結合親和性また
は他の特性を向上させるために施すことができる。Ｄ−ペプチドは図３に示すペ
プチド中に存在する保存されたアミノ酸残基を含んでなりうるが、それらは図３
に示す介在アミノ酸残基の数よりも少ない（または多い）アミノ酸残基で分離さ
れていてもよい。例えば図３に示すコンセンサス配列中の最初のシステインとグ
ルタミン酸との間には、５残基より少ないアミノ酸残基が存在してもよい（例：
Ｔａｒｒａｇｏ−Ｌｉｔｖａｋ，Ｌ．ら，ＦＡＳＥＢ，Ｊ．，８：４９７（１９
９４）；Ｔｕｃｋｅｒ，Ｔ．Ｊ．ら，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．，２７
５：４４０（１９９６）、Ｔａｒｒａｇｏ−Ｌｉｔｖａｋ，Ｌ．ら，ＦＡＳＥＢ
，Ｊ．，８：４９７（１９９４）；Ｔｕｃｋｅｒ，Ｔ．Ｊ．ら，Ｍｅｔｈｏｄｓ
Ｅｎｚｙｍｏｌ．，２７５：４４０（１９９６））。あるいは、これら２つの
残基は、５残基より多いアミノ酸残基で分離されてもよい。内部修飾も（例えば
ペプチドの結合を増進したり、溶解度を増大させるために）施しうる。例えばＤ
１０ｐｅｐ５の最初のトリプトファンは、溶解度を増大させるためにアルギニン
で置換することができる。Ｄ−ペプチドはそのＮ−末端に追加の成分またはアミ
ノ酸を持つことができる。例えばＮ末端を保護する成分またはＮ末端に本来存在
する電荷を除く成分を付加することができる。この成分は、例えば、グリシン（
Ｇ）に直接結合したアセチル基などのブロック成分、またはＧのＮ−末端に結合
した１または複数の追加のアミノ酸残基に結合したアセチル基、例えばＮ末端の
Ｇに順番に結合している１または複数のリジン残基に結合しているアセチル基な
どでありうる。一態様として、例えばペプチドの溶解度を増大させるために２つ
のリジン残基をＮ−末端のＧに結合し（ＫＫＧＡＣ．．．．）、その末端リジン
にアセチル基などのブロック成分を結合することができる（アセチル基ＫＫＧＡ
Ｃ．．．．）。もう一つの態様として、４つのリジン残基をＮ−末端のＧに結合
する。これに加えて、Ｄ−ペプチドはそのＣ−末端にも、追加のおよび／または
改変された成分もしくはアミノ酸を持ちうる。例えば、Ｃ末端にあるアラニン残
基の１つまたは両方を改変し、および／または、１または複数の残基をＣ末端に
追加して、例えば結合を増進させることができる。もう一つの選択肢として、ア
ミノ酸残基以外の官能基（化学基）を組み込んで、本発明のインヒビターを作成
することもできる。例えば、これら追加の化学基は、Ｎ末端、Ｃ末端、両末端、
または内部に存在できる。また、阻害の有効性を増大させるために、２またはそ
れ以上のＤ−ペプチドを適当なリンカー（例えばアミノ酸残基または他の化学成
分のリンカー）を介して連結することもできる。もう一つの選択肢として、阻害
の有効性を増大させるために、１または複数のＤ−ペプチドを、ＨＩＶ ｇｐ１
２０、ＣＤ４、ＣＣＲ５、ＣＸＣＲ４またはＨＩＶ ｇｐ４１の非ポケット領域
に結合する分子（薬剤）に、適当なリンカーを介して連結することもできる。
【００８５】 Ｄ−ペプチド（またはＬ−ペプチドもしくはＤ−アミノ酸とＬ−アミノ酸の両
方を含むペプチド）は、化学法や組換え法などの既知の方法を使って製造できる
。ポリペプチド主鎖は、そのペプチドの１または複数の位置で、改変（例えばＮ
−メチル化）し、または代替骨格（例えばペプトイド）で置換することができる
。ペプチドには、例えばそのペプチドのアミノ酸間またはアミノ酸部分間に配置
されるリンカー（化学リンカー、アミノ酸リンカー）などの追加の成分を（例え
ば柔軟性を向上させるために、または剛性を高めるために）組み込んでもよい。
本明細書に述べるように、Ｄ−ペプチドを同定する際に使用したライブラリーの
設計上、本発明のＤ−ペプチドにはＮ−末端にＧＡが、またＣ−末端にＡＡが隣
接している。例えば吸収、分布、代謝および／または排出性が異なるＤ−ペプチ
ドを製造するために、これら４つのアミノ酸残基の一部または全部を、改変、置
換または削除することができる。一態様として、Ｃ−末端アミドの直前にグリシ
ン残基を付加することによってＣ−末端を修飾する。もう一つの態様として、最
もＣ−末端側のＡを改変／修飾するか、異なるアミノ酸残基で置換するか、削除
する。
【００８６】 天然に存在するペプチドの対称性とは反対の対称性を持つＤ−ペプチドは、プ
ロテアーゼなどの酵素にとって効率のよい基質にはならず、したがって、Ｌ−ペ
プチドほど容易には分解されない。また、Ｄ−ペプチドを標的とする効果的な免
疫反応もないので、Ｄ−ペプチドはＬアミノ酸ペプチドによって誘発される免疫
反応に匹敵するような免疫反応は誘発しない。
【００８７】 以下、実施例によって本発明を説明するが、これらの実施例は決して限定を意
図するものではない。
【００８８】 実施例１ Ｃ３４ペプチドの変異体の合成 固相ＦＭＯＣペプチド化学によって突然変異型ペプチドを合成した。これらの
突然変異型ペプチドはアセチル化されたアミノ末端とアミド化されたカルボキシ
末端を持つ。樹脂から切り離した後、ペプチドをセファデックスＧ−２５カラム
（ファルマシア社）で脱塩し、次に直線的水−アセトニトリル勾配および０．１
％トリフルオロ酢酸を用いるＶｙｄａｃ Ｃ１８分取用カラムでの逆相高速液体
クロマトグラフィー（ウォーターズ社）によって精製した。ペプチドの確認はＭ
ＡＬＤＩ質量分析（Ｖｏｙａｇｅｒ Ｅｌｉｔｅ、パーセプティブ・バイオシス
テムズ社）で行なった。ペプチド濃度は６Ｍ ＧｕＨＣｌ中でのトリプトファン
およびチロシン吸収によって測定した［Ｈ．Ｅｄｅｌｈｏｃｈ，Ｂｉｏｃｈｅｍ
ｉｓｔｒｙ，６：１９４８（１９６７）］。
【００８９】 実施例２ 突然変異型Ｎ３６／Ｃ３４複合体のヘリックス含量と熱安定性の定量 先に記述されているように（Ｍ．Ｌｕ，Ｓ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｌｏｗ，Ｐ．Ｓ．
Ｋｉｍ，Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：１０７５（１９９５））、ア
ビブ（Ａｖｉｖ）製モデル６２ＤＳ分光計を使って、リン酸緩衝食塩水（５０ｍ
Ｍリン酸ナトリウム、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ７．０）中で、ＣＤ測定を行
なった。各複合体の見かけ上の融点は、温度に関する［θ］222 の一次導関数の
極大から見積もった。０℃における平均残基楕円率（［θ］222 、１０3 ｄｅｇ
・ｃｍ2 ・ｄｍｏｌ-1）は次の通りだった：野生型、−３１．７；Ｍｅｔ629 →
Ａｌａ、−３２．０；Ａｒｇ633 →Ａｌａ、−３０．７；Ｉｌｅ635 →Ａｌａ、
−２５．９；Ｔｒｐ628 →Ａｌａ、−２７．０；Ｔｒｐ631 →Ａｌａ、−２４．
９。Ｔｒｐ628 →ＡｌａおよびＴｒｐ631 →Ａｌａ突然変異の場合、［θ］222 の減少はヘリックス含量の実際の減少を高く見積もりすぎているようである。モ
デルヘリックスからトリプトファン残基を除去すると、ヘリックス含量にほとん
ど変化がない場合でも［θ］222 の絶対値が有意に減少すると報告されている（
Ａ．Ｃｈａｋｒａｂａｒｔｔｙ，Ｔ．Ｋｏｒｔｅｍｍｅ，Ｓ．Ｐａｄｍａｎａｂ
ｈａｎ，Ｒ．Ｌ．Ｂａｌｄｗｉｎ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３２：５５６０
（１９９３））。
【００９０】 実施例３ ＨＩＶ−１ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルの表面にある
ポケットに結合するペプチドの同定 ＨＩＶエンベロープ糖タンパク質ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルの
表面にあるくぼみに結合するＤ−ペプチドを同定するのに役立つ方法がある。以
下に詳述するように、ＨＩＶ−１エンベロープ糖タンパク質ｇｐ４１のＮ−ヘリ
ックスコイルドコイルの表面にあるくぼみに結合するＤ−ペプチドを、鏡像ファ
ージディスプレイ法（ｍｉｒｒｏｒ−ｉｍａｇｅ ｐｈａｇｅ ｄｉｓｐｌａｙ
）によって同定した。この方法では、ファージディスプレイライブラリーをスク
リーニングすることによって、Ｄ−アミノ酸からなるリガンドを同定する。Ｄ−
アミノ酸含有リガンドは、基質とインヒビターに対して、天然に存在するＬ−ア
ミノ酸リガンドとは反対のキラル特異性を有する。ファージディスプレイライブ
ラリーを使って、標的または所望のＬ−アミノ酸ペプチドを結合するＤ−アミノ
酸ペプチドリガンドが同定されている（Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒら，Ｓｃｉｅｎｃ
ｅ，２７１：１８５４−１８５７（１９９６））。
【００９１】 ｇｐ４１の疎水ポケットに結合するＤ−ペプチドは、Ｎ−末端にＧＣＮ４−ｐ
ＩQ Ｉの２９残基を含有しＣ末端にｇｐ４１の１７残基を含有するハイブリッド
分子ＩＱＮ１７のエナンチオマーである標的を使って同定された。選択に使用し
たファージライブラリーは、米国特許第５，７８０，２２１号およびＳｃｈｕｍ
ａｃｈｅｒら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２７１：１８５４−１８５７（１９９６）に記
載されている。ライブラリーの複雑度は１０8 種類の配列を超える。各配列は両
端にシステインまたはセリンを持ち、中間に１０個のランダムな残基がある。こ
れらの配列は、ファージの外面に約５コピーとして発現されるコートタンパク質
、ファージのｐＩＩＩ遺伝子中に配置されている。
【００９２】 ここに記載する例では以下の実験手順を使用した。
【００９３】 ファージディスプレイ ＮｅｕｔｒＡｖｉｄｉｎ（ピアス社、１００μＬの１００ｍＭ ＮａＨＣＯ3 中１０μｇ）を９６ウェル高吸着スチレン製プレート（コースター社）の各ウェ
ルに入れ、振盪台上４℃で一晩インキュベートした。ＮｅｕｔｒＡｖｉｄｉｎを
除去し、ウェルをＴＢＳ／Ｔｗｅｅｎ溶液で４回洗浄した。ビオチン化Ｄ−ＩＱ
Ｎ１７（１００ｍＭ ＮａＨＣＯ3 中の１０μＬペプチド溶液１００μＬ）を各
ウェルに加え、２５℃で１時間インキュベートした。ビオチン化標的を除去し、
ブロッキング溶液（１００ｍＭ ＮａＨＣＯ3 中の３０ｍｇ／ｍｌ脱脂粉乳）を
各ウェルに加え、振とうしながら４℃で２時間インキュベートした。ブロッキン
グ溶液を除去し、ウェルを再び上述のようにビオチン化標的でコーティングした
。標的を除去し、５ｍＭビオチンを含むブロッキング溶液を添加することにより
、リガンドと結合していないＮｅｕｔｒＡｖｉｄｉｎをブロックした。ビオチン
を除去した後、各ウェルをＴＢＳ／Ｔｗｅｅｎ溶液で６回洗浄した。次に、ファ
ージストックを各ウェルに加えた（５０μＬのファージストック＋５０μＬのフ
ァージ結合緩衝液：ＴＢＳ、０．１％Ｔｗｅｅｎ−２０、１ｍｇ／ｍｌミルク、
０．０５％アジ化ナトリウム）。ウェルでのファージストックのインキュベーシ
ョン時間は、選択ラウンド数が増すにつれて短くした。インキュベーション後に
、ファージ溶液を除去し、結合していないファージを除去するために、ウェルを
ＴＢＳ／Ｔｗｅｅｎで１２回洗浄した。奇数回目の洗浄はインキュベーション時
間なしですばやく行ない、偶数回目の洗浄は、ファージ選択のラウンド数が増え
るごとに時間を増やしてインキュベートした。１００μＬのファージ結合緩衝液
および２．５ｍＭ ＣａＣｌ2 中のトリプシン２μｇを添加し、３７℃で１時間
インキュベートすることにより、ファージを溶出させた。回収率を決定するため
に、溶出したファージの希釈液を使って、Ｋ９１ ｋａｎ細胞を感染させた。１
時間のインキュベーション後に、細胞１００μＬを取り出し、ＬＢで１：１０、
１：１００および１：１００に希釈した液をＬＢ／テトラサイクリンプレートに
播種した。ファージ回収率は、回収された形質導入単位（溶出したファージの力
価）の、投入した形質導入単位数（そのラウンドで使用したファージストックの
力価）に対する割合として決定した。形質導入単位はＬＢ／テトラサイクリンプ
レート上のテトラサイクリン耐性コロニーの数を数えることによって決定した。
非特異的ファージ回収が一般に１０-8〜１０-9の桁の比率を持つのに対して、特
異的に増幅されたファージは１０-7以上の比率を持つ。個々のクローンを増幅し
、配列決定した。それらを結合測定法で測定して、結合特異性を決定した。
【００９４】 ５ラウンドのファージ選択後にＤ１０ｐｅｐ７が同定された。７ラウンドのフ
ァージ選択後に、Ｄ１０ｐｅｐ１、Ｄ１０ｐｅｐ３、Ｄ１０ｐｅｐ４、Ｄ１０ｐ
ｅｐ５およびＤ１０ｐｅｐ６が同定された。インキュベーション時間を短く、ま
た洗浄を長くしてファージ選択を再び行ない、３ラウンドの選択後にＤ１０ｐｅ
ｐ１０およびＤ１０ｐｅｐ１２が同定された。（９番目のＤ−ペプチドが同定さ
れたが、細胞に対して毒性であることが分かって、それ以上は調べなかった。）
【００９５】 同定されたファージクローンのＤ−ＩＱＮ１７のポケットに対する結合の特異
性を調べるために、それらのファージクローンを、上述のようにＤ−ＩＮＱ１７
、Ｄ−ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ（３つの突然変異を持つもの）またはＤ−ＩＱＮ１７
（Ｇ３９Ｗ＝グリシン３６がトリプトファンで置換されているもの）でコーティ
ングした９６ウェルプレートのウェルもしくは標的を含まないウェルに加えた。
ファージを、それらが同定された時のラウンドと同じ時間にわたって、プレート
上でインキュベートし、洗浄した。溶出したファージを使ってＫ９１ ｋａｎ細
胞を感染させ、回収される形質導入単位を上述のように決定した。これらの配列
はＤ−ＩＱＮ１７を含むウェルに特異的に結合した。
【００９６】 ペプチド精製 ＩＱＮ１７と各Ｄ１０ペプチドは、ＦＭＯＣペプチド化学によって合成した。
それらはアセチル化されたＮ−末端とＣ−末端アミドを持つ。ＩＱＮ１７はＧＣ
Ｎ４−ｐＩQ Ｉに由来する２９残基をＮ−末端に含有し、Ｎ３６のＣ−末端に由
来する１７残基をＣ−末端に含有する。ＧＣＮ４−ｐＩQ ＩとＮ３６領域には１
残基の重複があるので、４５残基長のペプチドになる。溶解度を改善するために
、元のＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ配列と比較して３つのアミノ酸置換を、ＩＱＮ１７の
ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ領域に施した（Ｅｃｋｅｒｔ，Ｄ．Ｍ．ら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂ
ｉｏｌ．，２８４：８５９−８６５，１９９８）。それらの置換はＬ１３Ｅ、Ｙ
１７ＫおよびＨ１８Ｋである。したがってＩＱＮ７の配列は、 ａｃ−ＲＭＫＱＩＥＤＫＩＥＥＩＥＳＫＱＫＫＩＥＮＥＩＡＲＩＫＫＬＬＱＬＴ ＶＷＧＩＫＱＬＱＡＲｌＬ −ａｍ （ａｃ−はＮ−末端アセチル基を表し、−ａｍはＣ−末端アミドを表す） であり、下線部はＨＩＶ部分である。鏡像ファージディスプレイのために、Ｄ−
アミノ酸を使ってＩＱＮ１７を合成した（ＩｌｅやＴｈｒなどの２つ目のキラル
中心を含むアミノ酸残基については、天然に存在するアミノ酸残基の正確な鏡像
を使ってＤ型の標的を作成する）。また、ペプチドのＮ−末端をＮＨＳ−ＬＣ−
ビオチンＩＩ（ピアス社、カタログ番号２１３３６）を使ってビオチン化した。
ビオチンとＩＱＮ１７配列の間にはＧＫＧの３アミノ酸リンカーがあり、そのリ
ジンは天然に存在するＬ−型である。このリジンはトリプシン認識部位として挿
入した。
【００９７】 Ｄ−ペプチドの配列は次の通りである（全てのアミノ酸はＤ−エナンチオマー
であり、２つ目のキラル中心を含むＩｌｅとＴｈｒについては、天然に存在する
アミノ酸残基の正確な鏡像を使用した）：
【００９８】 樹脂から切り離した後、ペプチドをセファデックスＧ−２５カラム（ファルマ
シア社）で脱塩し、凍結乾燥した。凍結乾燥ペプチドを、Ｖｙｄａｃ Ｃ１８分
取用カラムでの逆相高速液体クロマトグラフィー（ウォーターズ社）によって精
製した。次に凍結乾燥粉末を２０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．２）に溶解し、室温
で数日撹拌することにより、それらＤ−ペプチドを空気酸化した。酸化されたペ
プチドを先と同様にＨＰＬＣ精製した。予想されるペプチドの分子量をＭＡＬＤ
Ｉ−ＴＯＦ質量分析法で確認した（パーセプティブ・バイオシステムズ社）。ペ
プチド濃度は６Ｍ ＧｕＨＣｌ中２８０ｎｍでのチロシン、トリプトファンおよ
びシステイン吸収を使って決定した（Ｅｄｅｌｈｏｃｈ，１９６７）。ペプチド
原液はＤＭＳＯ中に調製した。
【００９９】 Ｄ１０ｐｅｐ３、Ｄ１０ｐｅｐ５、Ｄ１０ｐｅｐ７ａ、Ｄ１０ｐｅｐ１０およ
びＤ１０ｐｅｐ１２においてＮ−末端リジンを付加し、ペプチドの水溶性を増大
させた。ペプチドの阻害活性に対する添加したリジンの効果を調査するために、
Ｄ１０ｐｅｐ１を、２つのＮ末端リジンを有するように合成し（Ｄ１０ｐｅｐ１
ａと示す）、リジンを有さないＤ１０ｐｅｐ１と比較した：Ｄ１０ｐｅｐ１ａが
、シンシチウム形成の阻害に関してＤ１０ｐｅｐ１（すなわち、リジンなし）よ
りも約２倍高いＩＣ50を有することを見出した。さらに、ＤＰ１０ｐｅｐ５を、
２つのさらなるＮ末端リジン（Ｄ１０ｐｅｐ５ａを意味するペプチドを産生する
ために合計４つのリジン）を有するように合成した。Ｄ１０ｐｅｐ５ａのシンシ
チウム形成の阻害に関するＩＣ50は、Ｄ１０ｐｅｐ５よりも約２倍高かった。Ｄ
ペプチドへのＮ末端リジン残基の添加は、阻害活性の穏やかな減少を生じただけ
であった。
【０１００】 研究のために合成したＮ末端に付加した更なるＤ−Ｌｙｓ残基を有するＤ−ペ
プチドは、ペプチドの名称に「ａ」を付して示され、下記： を含む。
【０１０１】 これらの配列はまた、図３に示される。各Ｄ−ペプチドの１２アミノ酸「コア
」（次いで、１０マーおよび本明細書中に記載されるコンセンサス配列を含む）
は下記：
【０１０２】 これらのペプチド間に高度に保存されたコンセンサス配列が存在することはた
だちに明らかである。図３に示される１２アミノ酸ペプチドは、ＣＸＸＸＸＸＥ
ＷＸＷＬＣ（配列番号：１２）で表され得、ここで、複数のペプチドで共通する
アミノ酸を示し、Ｘは、ペプチド間で保存されていないアミノ酸残基を示す。
【０１０３】 実施例４ Ｃ３４ペプチドおよびＤ−ペプチドの活性の評価 ウイルス感染を阻害することにおけるＣ３４ペプチドの効力およびＤ−ペプチ
ドのＨＩＶ−１感染阻害活性を、組換えルシフェラーゼ発現ＨＩＶ−１（Ｃｈｅ
ｎ，Ｂ．Ｋ．ら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．、６８：６５４（１９９４））；Ｍａｌａｓ
ｈｋｅｖｉｃｈ、Ｖ．Ｎ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳ
Ａ，９５：９１３４（１９９８））。ウイルスを、２９３Ｔ細胞へのエンベロー
プ欠損ＨＩＶゲノムＮＬ４３ＬｕｃＲ−Ｅ−（Ｃｈｅｎ，Ｂ．Ｋら、Ｊ．Ｖｉｒ
ｏｌ．、６８：６５４（１９９４）およびＨＸＢ２ ｇｐ１６０発現ベクターｐ
ＣＭＶＨＸＢ２ｇｐ１６０（Ｃｈａｎ，Ｄ．Ｃ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃ
ａｄ．Ｓｃｉ．、９５：１１５１３（１９９８））の同時トランスフェクトによ
って産生した。低速度遠心分離を用いて細胞細片のウイルス上清を清澄化した。
上清を、０〜５００μＭの範囲の範囲の濃度のＤ−ペプチドの存在下でＨＯＳ−
ＣＤ４／融合細胞（Ｎ，Ｌａｎｄａｕ、ＮＩＨ ＡＩＤＳ Ｒｅａｇｅｎｔ Ｐ
ｒｏｇｒａｍ）を感染させるために使用した。細胞を、感染の４８時間後に回収
し、ルシフェラーゼ活性をＷａｌｌａｃ ＡｕｔｏＬｕｍａｔ ＬＢ９５３ ル
ミノメーター（Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、ＭＤ）でモニターした。ＩＣ50は、
ペプチドを欠失した対照試料と比較して５０％の活性の減少を生じるペプチド濃
度である。ＩＣ50を、ラングミュア式［ｙ＝ｋ／（１＋（［ペプチド］／ＩＣ50 ）＋ｘ］（式中、ｙ＝ルシフェラーゼ活性、ｋおよびｘは換算定数（ｓｃａｌｉ
ｎｇ ｃｏｎｓｔａｎｔ）である）にデータを当てはめることにより計算した。
【０１０４】 細胞／細胞融合アッセイ 細胞／細胞融合（すなわち、シンシチウム形成）の阻害を、ＨＸＢ２エンベロ
ープを発現するチャイニーズハムスター卵巣細胞（Ｋ．Ｋｏｚａｒｓｋｙら、Ｊ
．Ａｃｑｕｉｒ．Ｉｍｍｕｎｅ．Ｄｅｆｉｃ．Ｓｙｎｄｒ．、２：１６３（１９
８９））およびＨｅＬａ−ＣＤ４−ＬＴＲ−β−ｇａｌ細胞（Ｍ．Ｅｍｅｒｍａ
ｎ，ＮＩＨ ＡＩＤＳ Ｒｅａｇｅｎｔ ｐｒｏｇｒａｍ）を、異なる濃度のペ
プチドの存在下で共培養することによってアッセイした。混合した場合、これら
の細胞はシンシチウム、または多核細胞を形成するか、β−ガラクトシダーゼを
発現する。細胞を共培養した約２０時間後、シンシチウムを視覚化するために単
層を５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリル−β−Ｄ−ガラクトシドで染色し
た。シンシチウムを顕微鏡で視覚化し、手作業で計数する（シンシチウムを、３
またはそれ以上の核を含有する融合細胞として得点づけた）。ＩＣ50を、ラング
ミュア式［ｙ＝ｋ／（１＋［ペプチド］／ＩＣ50）＋ｘ］（式中、ｙ＝シンシチ
ウムの数、ｋおよびｘは換算定数（ｓｃａｌｉｎｇ ｃｏｎｓｔａｎｔ）である
）にデータを当てはめることにより計算した。
【０１０５】
【表１】
【０１０６】 変異体Ｃ３４ペプチド（１０μＭ）を、円偏光二色性測定のためにリン酸緩衝
化生理食塩水（ｐＨ７．０）中のＮ３６ペプチド（１０μＭ）と複合体化させた
。見かけ上の溶解温度（Ｔｍ）を、２２２ｎｍでのＣＤシグナルの温度依存性か
ら推定した。ウイルス侵入の阻害を、組換えルシフェラーゼ発現ＨＩＶ−１を用
いた細胞培養感染アッセイにおいて測定した。細胞−細胞融合の阻害を、シンシ
チウムアッセイにおいて測定した。平均および標準誤差は３連試行に由来する。
【０１０７】 同様に、記載したＤ−ペプチドの活性を、上記の２つのアッセイを用いて評価
した。図６Ａ〜６Ｂおよび図８Ａ〜８Ｂに結果を示す。
【０１０８】 実施例５：ＩＱ１７／Ｄ１０ｐｅｐ１複合体およびリガンド非含有ＩＱＮ１７の
結晶化 ペプチド精製、結晶化 ペプチドＩＱＮ１７およびＤ１０ｐｅｐ１を、上記のようにＦＭＯＣペプチド
化学によって合成した。
【０１０９】 ＩＱＮ１７とＤ１０ｐｅｐ１との混合物の１０ｍｇ／ｍｌストックを調製した
。ＩＱＮ１７の最終濃度は約１．３７ｎＭであり、Ｄ１０ｐｅｐ１の最終濃度は
約１．５１ｍＭであった。最初の結晶化の条件を、Ｃｒｙｓｔａｌ Ｋｉｔ Ｉ
およびＩＩ（Ｈａｍｐｔｏｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を用いて見出し、次いで至適
化した。最もよい回折用結晶を成長させるために、１μｌの当該ストックを１μ
ｌの貯蔵緩衝液（１０％ＰＥＧ４０００、０．１Ｍ ＮａＣｉ ｐＨ５．６、２
０％２−プロパノール）に添加し、貯蔵緩衝液に対して平衡化させた。結晶は、
空間群Ｐ３２１（ａ＝ｂ＝４１．８３オングストローム；ｃ＝８４．８２オング
ストローム、α＝β＝９０°、γ＝１２０°）に属し、非対称単位において１つ
のＩＱＮ１７／Ｄ１０ｐｅｐ１モノマーを含有する。有用なオスミウム誘導体を
、貯蔵溶液中のＰＥＧ４０００の濃度を４％上昇させ、５ｍＭの最終濃度で（Ｎ
Ｈ4 ）2 ＯｓＣｌ6 を貯蔵溶液に添加し、得られた溶液の５μｌを、タンパク質
結晶を含有するドロップに添加することによって生産した。データ収集の前に、
天然および重原子誘導体の結晶を、２０％ＰＥＧ４０００、０．１Ｍ ＮａＣｉ
ＰＨ５．６、２０％２−プロパノールを含有するクライオ溶液に移し、Ｘ−ｓ
ｔｒｅａｍ ｃｒｙｏｇｅｎｉｃ ｃｒｙｓｔａｌ ｃｏｏｌｅｒ（Ｍｏｌｅｃ
ｕｌａｒ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）を用いて瞬間凍結さ
せた。
【０１１０】 リガンド非含有ＩＱＮ１７の最もよい回折用結晶を、上記と同様の技術で成長
させた：１（on）μｌのＩＱＮ１７の１０ｍｇ／ｍｌ水溶液を１μｌの貯蔵緩衝
液（１．０Ｍ 酒石酸Ｋ、Ｎａ、０．１Ｍ ＮａＨＥＰＥＳ ｐＨ７．０）に添
加し、貯蔵緩衝液に対して平衡化させた。瞬間凍結の前に、結晶を、２３％グリ
セロールの最終濃度に増大した量のグリセロールを有する貯蔵溶液からなる緩衝
液に移した。結晶は、空間群Ｃ２２２1 （ａ＝５７．９４オングストローム、ｂ
＝１２１．９６オングストローム、Ｃ＝７３．６７オングストローム；α＝β＝
γ＝９０°）に属し、非対称単位において１つのＩＱＮ１７トリマーを含む。
【０１１１】 Ｘ線データ収集および処理 最初のデータを、Ｒ軸ＩＶエリア検出器に据え付けたＲｉｇａｋｕ ＲＵ３０
０回転陽極Ｘ線発生装置（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｃｏｒｐ
ｏｒａｔｉｏｎ）で収集した。ＩＱＮ１７の回折データをＱｕａｎｔｕｍ−４Ｃ
ＣＤ検出器を用いて１００Ｋで、そしてＡｄｖａｎｃｅｄ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕ
ｒｃｅ（Ｂｅｒｋｅｌｅｙ、ＵＳＡ）で５．０．２ビームライン（ｂｅａｍｌｉ
ｎｅ）で収集した。ＩＱＮ１７／Ｄ１０ｐｅｐ１に関する最終の天然の、および
多波長変則回折（ｍｕｌｔｉｗａｖｅｌｅｎｇｔｈ ａｎｏｍａｌｏｕｓ ｄｉ
ｆｆｒａｃｔｉｏｎ；ＭＡＤ）データを、Ｒａｘｉｓ−ＩＶ ｄｅｔｅｃｔｏｒ
を用いてＨｏｗａｒｄ Ｈｕｇｈｅｓ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ
Ｂｅａｍｌｉｎｅ Ｘ４Ａで収集した。ＭＡＤデータに関して、オスミウムＬ−
ＩＩＩ吸収端付近の４つの波長を、Ｏｓ誘導体結晶の蛍光スペクトルに基づいて
選択した（表２）。４つの波長は：１．１３９８オングストローム、１．１４０
３オングストローム、１．１３９３オングストローム、１．１１９７オングスト
ロームであった。データセット間の結晶崩壊を最小化するために、データセット
を、２０°バッチで収集し、次のバッチに移る前に各波長で同じバッチを収集す
ることを可能にした。反射を、プログラムＤＥＮＺＯおよびＳＣＡＬＥＰＡＣＫ
で積分し、計測した（Ｏｔｗｉｎｏｗｓｋｉ，Ｚ．、（１９９３）、Ｄａｔａ
Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ、Ｓａｗｅｒ，Ｌ．、Ｉ
ｓａａｃｓ，Ｎ．およびＢａｉｌｅｙ，Ｓ．編（ＳＥＲＣ，Ｄａｒｅｓｂｕｒｙ
Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｗａｒｒｉｎｇｔｏｎ，Ｅｎｇｌａｎｄ）、ｐｐ．５
５−６２）。
【０１１２】 さらなる回折データ処理、位相決定およびマップ計算を、ＣＣＰ４一式（ｓｕ
ｉｔｅ）のプログラム（ＣＣＰ４、Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔ．Ｄ５０：７６０−７
６３（１９９４））を用いて行った。強度をプログラムＴＲＵＮＣＡＴＥで振幅
に減少させ、Ｏｓ Ｌ−ＩＩＩ吸収端に最も近い波長（λ１、λ２、λ３）に関
するデータセットを、離れた波長（λ４）データセットまでＳＣＡＬＥＩＴで計
測し除去した（表２）。
【０１１３】 位相決定および結晶学的精密化 最初に、ＩＱＮ１７／Ｄ１０ｐｅｐ１結晶に関する位相決定を、ポリセリン鎖
に切断された側鎖を有する公開されたＧＣＮ４−ｐＩＱＩおよびＨＩＶ ｇｐ４
１構造に由来する理論モデルのＩＱＮ１７構造（ｂｕｉｌｄ）（Ｅｃｋｅｒｔ，
Ｄ．Ｍら、（１９９８）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８４：８５９−８６５；Ｃｈ
ａｎ，Ｄ．Ｃ．ら、（１９９７）Ｃｅｌｌ ８９，２６３−２７３）を用いて分
子置換技術で試みた。得られた分子置換溶液は、あいまいであり、電子密度図は
、Ｄ１０ｐｅｐ１ペプチドのコンホメーションを示さなかった。しかし、分子置
換位相は、差異および多義的なフーリエマップを用いて対応する誘導体中の単一
のＯｓ原子の座標を決定するのに充分に良好だった。重原子は、結晶学的３倍軸
（ｃｒｙａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ ｔｈｒｅｅ−ｆｏｌｄ ａｘｉｓ）（０．２
２２、０．６６７、０．０４７）に結合する。次いで、ＭＡＤ位相を、プログラ
ムＭＬＰＨＡＲＥ（表２）で産生し、プログラムＤＭでより高い分解能に拡大し
た。１．５オングストロームでのＭＡＤ電子密度図の質は、例外的であり、明快
さを伴ってＩＱＮ１７およびＤ１０ｐｅｐ１ペプチドの構造的詳細を示した。電
子密度図解釈およびモデル構築をプログラムＯ（Ｊｏｎｅｓ，Ｔ．Ａ．ら、（１
９９１）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ４７，１１０−１１９）で行っ
た。ＩＱＮ１７−Ｄ１０ｐｅｐ１複合体の構造を、プログラムＣＮＳ（Ｂｒｅｕ
ｎｇｅｒ，Ａ．Ｔ．ら、Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ５４，９０５−
９２１（１９９８））を用いて精密化した。構造の正確さを、シミュレートした
アニーリング省略マップおよびプログラムＷＨＡＴ ＣＨＥＣＫ（Ｈｏｆｆ，Ｒ
．ＷＷ．ら、Ｎａｔｕｒｅ ３８１：２７２（１９９６））でチェックした。Ｉ
ＱＮ１７およびＤ１０ｐｅｐ１ペプチド（その鏡像に変換されていない場合）の
全ての残基は、ラマチャンドランプロットの最も好ましい領域を占める。ＩＱＮ
１７の２つの最もＮ末端の残基ならびにＤ１０ｐｅｐ１ペプチドのＡｒｇ−６お
よびＡｒｇ−８の側鎖以外については、残基の大部分のコンホメーションは充分
に規定されている。
【０１１４】 リガンド非含有ＩＱＮ１７の構造を、プログラムＡＭＯＲＥ（Ｎａｖａｚａ，
Ｊ．（１９９４）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ａ５０，１５７−１６３
）および試験モデルとして精密化されたＩＱＮ１７／Ｄ１０ｐｅｐ１構造のＩＱ
Ｎ１７部分を用いて解析した。３倍非結晶学的平均化、溶媒平坦化およびプログ
ラムＤＭとのヒストグラムマッチングを位相改善のために使用した。電子密度図
解釈およびモデル構築をプログラムＯ（Ｊｏｎｅｓら、Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａ
ｌｌｏｇｒ．Ｄ５４，９０５−９２１（１９９１））で行った。ＩＱＮ１７／Ｄ
１０ｐｅｐ１複合体の構造をプログラムＣＮＳ（Ｂｒｕｎｇｅｒ，Ａ．Ｔ．ら、
Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ５４，９０５−９２１（１９９８））を
用いて精密化した。
【０１１５】 結晶構造は、ＨＩＶ感染性を阻害するより有効なおよび／または新規のＤ−ペ
プチド、ペプチド擬似体または他の低分子を設計するために使用され得る。
【０１１６】 実施例６ ｇｐ４１のＮ−ヘリックス疎水性ポケットに結合する化合物を同定す
るための核磁気共鳴（ＮＭＲ）法 Ａ．ＩＱＮ１７疎水性ポケットとＤ−ペプチドとの特異的結合アッセイ ＩＱＮ１７への各Ｄ−ペプチドの結合をアッセイするためにＮＭＲ実験を使用
した。ＩＱＮ１７の単一のトリプトファン残基（Ｔｒｐ−５７１で示される）は
、ｇｐ４１の疎水性ポケットへの特異的結合の最良のプローブを提供する。酸化
重水素（重水素水）緩衝液において、ＩＱＮ１７の単純な均一核一次元1 Ｈ Ｎ
ＭＲスペクトル（図９Ａ、中段）は、この分子の他の全てのシグナルから特に充
分に分離した、Ｔｒｐ−５７１インドール由来の５つのシグナルを示す。ｇｐ４
１ポケットへの結合に関して化合物を試験するために、２つの一次元1 Ｈ ＮＭ
Ｒ測定を重水素化緩衝液中の試料で行った。最初に、ＩＱＮ１７の参照（対照）
スペクトルを採取し、非結合形態のＴｒｐ５７１化学シフトを同定した。第２の
スペクトルを、ＩＱＮ１７および目的の化合物を含有する試料で得た。選択任意
の第３のＤ−ペプチド（もしくは他の低分子、または分子の混合物）もまた採取
した。1 Ｈ ＮＭＲ実験をＢｒｕｋｅｒ ＡＭＸ５００スペクトロメーターにお
いて行った。データを、Ｓｉｌｉｃｏｎ Ｇｒａｐｈｉｃｓコンピュータにおい
てのＦｅｌｉｘ ９８．０（ＭＳＩ）で処理し、全てのスペクトルをＤＳＳに対
して照会した。全ての実験を、１００ｍＭ ＮａＣｌ、５０ｍＭリン酸ナトリウ
ム（ｐＨ７．５）において２５℃で行った。使用した全ての緩衝液は、交換可能
な骨格および側鎖のプロトンに由来する重複する共鳴を除去するために＞９９．
７％Ｄ2 Ｏであった。溶質濃度は、個々のペプチドに関して０．３〜１．０ｍＭ
の範囲であり、ＩＱＮ１７と各Ｄペプチドとの１：１複合体に関しては０．８〜
１．０ｍＭの範囲であった。
【０１１７】 ２またはそれ以上の成分の単結合は、よりブロードなピーク（複合体の増大し
たサイズによる）および化学シフトにおける変化（遊離形態および結合形態の核
により経験される異なる化学環境による）を生じることが予想される。疎水性ポ
ケットへの特異的結合は、Ｔｒｐ−５７１化学シフトにおける変化、ならびにピ
ークのブロード化によって示される。また、結合は、アッセイした分子（例えば
、ペプチドおよび低有機分子）の化学シフトにおける類似した変化およびピーク
幅により示されうる。図９Ａは、これらの効果の例を示す：ＩＱＮ１７／Ｄ１０
ｐｅｐ１ａ複合体のＮＭＲスペクトルは、よりブロードなピークおよび２つの分
離した化合物のいずれのスペクトルとも劇的に異なる化学シフトを示す。研究し
た全てのＩＱＮ１７／Ｄ−ペプチド複合体は、化学シフト分散の程度に違いはあ
るが、類似した結果を示した。従って、結合は全てのケースで示された。
【０１１８】 Ｄ１０ｐｅｐ１における２つの保存されたＴｒｐ残基、および保存されたＬｅ
ｕ残基が、ＩＱＮ１７ポケットの結合に直接関与するというＸ線結晶学的知見は
、他のＤ−ペプチドがポケットに結合する場合にこれらの保存された残基が同様
の様式で関与することを強く示唆する。これらの保存されたトリプトファン残基
、およびＩＱＮ１７のＴｒｐ−５７１は、結合界面を大いにより詳細に研究する
機会を提供する。ＩＱＮ１７／Ｄ１０ｐｅｐ１結晶構造において、ＩＱＮ１７の
Ｔｒｐ−５７１側鎖は、Ｔｒｐ−１０インドール基の平面上のＴｒｐ−５７１の
いつかのプロトン（Ｈζ2 ，Ｈη2 ，Ｈζ3 ，Ｈε3 ；芳香族環の４つのスカラ
ー共役プロトン）によりＤ１０ｐｅｐ１のＴｒｐ−１０と密接に接触する。この
位置において、芳香族環電流相互作用（ｃｕｒｒｅｎｔ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏ
ｎ）（Ｆ．Ａ．Ｂｏｖｅｙ，Ｎｕｃｌｅａｒ Ｍａｇｎｅｔｉｃ Ｒｅｓｏｎａ
ｎｃｅ Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ（１９８８））は、それらのプロトンの内の
いくつかの化学シフトを変化させ、理解されるような様式で高磁場にピークを移
動させる（図９Ａ、下段）。構造に基づく化学シフト予想プログラムＳＨＩＦＴ
Ｓ（３．０ｂ２版、Ｋ．Ｏｓａｐａｙ，Ｄ．Ｓｉｔｋｏｆｆ，Ｄ．Ｃａｓｅ）の
使用はまた、Ｔｒｐ−５７１に由来するプロトンのみが、特にＨζ3 プロトンが
、大きな高磁場シフトを経験することを予想する。他のＤ−ペプチドがＤ１０ｐ
ｅｐ１と同じ様式でＩＱＮ１７ポケットに結合する場合、Ｔｒｐ−５７１とＴｒ
ｐ−１０との同様の並列（ｊｕｘｔａｐｏｓｉｔｉｏｎ）が生じ、高磁場シフト
したピークを生じるはずである。研究した全てのＤ−ペプチド／ＩＱＮ１７複合
体は、シフトの程度に違いはあるが、このようなピークを示した（図９Ｂ）。Ｄ
１０ｐｅｐ１複合体は、最も極度の高磁場シフトを示し、Ｄ１０ｐｅｐ７ａが最
も小さな高磁場シフトを示した。これらの変化の振幅は非常に大きく、最も高磁
場シフトしたプロトン（割り当てられ得る全てのケースにおいて、Ｈζ3 ）に関
しておおよそ０．５〜２ｐｐｍの範囲である。比較すると、ＮＭＲ実験よりＳＡ
Ｒにおける結合を検出するのにしばしば使用される化学シフトの差異（Ｓｈｕｋ
ｅｒ，Ｓ．Ｂ．、Ｈａｊｄｕｋ，Ｐ．Ｊ．、Ｍｅａｄｏｗｓ，Ｒ．Ｐ．、Ｆｅｓ
ｉｋ，Ｓ．Ｗ．、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７４：１５３１−１５３４（１９９６））
は、頻繁に０．０５〜０．２ｐｐｍの範囲である。広範囲の高磁場化学シフトが
観察されたが、環電流効果は、距離および方向に高度に敏感でありうるので、小
さな構造の差異が、化学シフトにおいてかなりの変化を生じるかもしれない。（
観察された全ての高磁場シフトは、ｘ線結晶構造から予測されたＴｒｐ側鎖のお
およその方向と一致する。）さらに、高磁場シフトしたピークは、これらのＮＭ
Ｒスペクトルの他のものと比較して幾分ブロードである（交換プロセスのある型
によるようである）、この効果は、Ｄ１０ｐｅｐ５ａとのおよびＤ１０ｐｅｐ７
ａとの複合体について特に明白である。
【０１１９】 強く高磁場シフトしたピークが全ての単一の側鎖（ほぼ間違いなくＴｒｐ−５
７１）に対応することを確認するために、二次元ＮＭＲ（ＴＯＣＳＹ）実験を、
各々のＩＱＮ１７／Ｄ−ペプチド複合体で行った。予想したように、ＴＯＣＳＹ
実験は、各複合体において、強く高磁場シフトした共鳴は全て同一の芳香族側鎖
に属し、４スカラー共役プロトンの基として同定される。１例のＴＯＣＳＹスペ
クトルを図９Ｃに示す。研究したいくつかの複合体について、ＮＯＥＳＹ実験は
また、ＩＱＮ１７／Ｄ１０ｐｅｐ１構造から予想したように、この側鎖と他の（
割り当てられていない）芳香族基との接触を示している。６．８〜７．６ｐｐｍ
領域における激しいスペクトルの重複のために、潜在的なＮＯＥ交差ピークの全
てを分離することはできなかった。Ｊ．Ｃａｖａｎａｕｇｈ、Ｗ．Ｊ．Ｆａｉｒ
ｂｒｏｔｈｅｒ、Ａ．Ｇ．Ｐａｌｍｅｒ、Ｎ．Ｊ．Ｓｋｅｌｔｏｎ、Ｐｒｏｔｅ
ｉｎ ＮＭＲ Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐ
ｒａｃｔｉｃｅ （１９９６）に記載されるような２Ｄ ＮＯＥＳＹおよびＴＯ
ＣＳＹの実験を、ＩＱＮ１７および各複合体の試料で３０〜９０ｍｓ（ＮＯＥＳ
Ｙ）および３０〜７０ｍｓ（ＴＯＣＳＹ）の範囲のミックス時間により行った。
１１，１１１Ｈｚおよび５５５５Ｈｚのスペクトル幅を、獲得（ａｃｑｕｉｓｉ
ｔｉｏｎ）（ｔ2 ）および間接（ｉｎｃｉｒｅｃｔ）（ｔ1 ）の次元の各々に使
用した。ＴＯＣＳＹ実験には、ＤＩＰＳＩ−２ｒｃミックス配列（Ｊ．Ｃａｖａ
ｎａｕｇｈ，Ｍ．Ｒａｎｃｅ，Ｊ．Ｍａｇｎ．Ｒｅｓｏｎ．Ｓｅｒｙ．Ａ．，１
０５：３２８（１９９３））を使用した。
【０１２０】 我々は、アッセイした全てのＤ−ペプチドが、ＩＱＮ１７の疎水性ポケットに
明白に結合すると結論付ける。さらに，これらのＩＱＮ１７複合体の大多数（す
なわち、Ｄ１０ｐｅｐ１、Ｄ１０ｐｅｐ３、Ｄ１０ｐｅｐ４、Ｄ１０ｐｅｐ６、
Ｄ１０ｐｅｐ１０、およびＤ１０ｐｅｐ１２）において、Ｄ−ペプチドは、非常
に類似した結合界面でポケットと接触し、Ｔｒｐ−５７１をＴｒｐ−１０の芳香
族環との近接した接触にもたらす。Ｄ１０ｐｅｐ５ａとの複合体およびＤ１０ｐ
ｅｐ７ａとの複合体の場合には、より限られた化学シフト分散およびよりブロー
ドなピークは、幾分他の様式の結合のわずかな可能性を生じさせるが、この結論
はまた非常に妥当であるようである。
【０１２１】 本明細書中で使用された結合アッセイはまた、ｇｐ４１（例えば、ＩＱＮ１７
中に見出されるような）の疎水性ポケットに他の分子の結合をアッセイするのに
使用されうる。上記アッセイは、上記のＤ−ペプチドのセットに関するように、
芳香族環がポケットに結合する場合に解釈することが特に容易である。しかし、
いかなるポケット結合分子も、容易に注目すべき影響であるＴｒｐ−５７１の化
学シフトを混乱させるはずである。さらに、結合において低分子自身によって産
生された新規ＮＭＲシグナルもまた、結合の指標である。
【０１２２】 一次元の同核1 Ｈ ＮＭＲの使用は、特異的結合を決定するための、多次元の
異核を超える有意な利点を提供する：（１）感受性がより高く、より迅速に試料
をアッセイすることができる；交互に、より高い感受性は、低濃度のＩＱＮ１７
と推定上の結合因子との使用は、より高い親和性の化合物を、それらの多くを同
時にスクリーニングすることを可能にする。（２）非アイソトープ標識したタン
パク質は生産することが容易であり、より経済的である。しかし、同核または異
核（15Ｎおよび／または13Ｃアイソトープ標識による）の二次元ＮＭＲ実験もま
た使用されうる。
【０１２３】 Ｂ．化学ライブラリースクリーニング 上記（Ａ）に記載される結合アッセイは、化学ライブラリー中に存在する多数
の化合物をスクリーニングするのに使用されうる。単純な一次元の同核1 Ｈ Ｎ
ＭＲ実験は、アイソトープ標識を必要とすることなく結合を評価するのに充分で
ある。同核または異核（15Ｎおよび／または13Ｃアイソトープ標識による）二次
元ＮＭＲ実験もまた使用されうる。単一化合物を、本プロセスの時にスクリーニ
ングし得る。しかし、多数の化合物もまた、ＩＱＮ１７（またはｇｐ４１ Ｎ−
ヘリックスコイルドコイルの任意の代表）と同一のアッセイで組み合わされ、同
時にスクリーニングされうる。上記混合物の任意の成分によるポケットへの結合
は、Ｔｒｐ−５７１化学シフトにおける変化によって示される。多数の化合物か
らのＮＭＲシグナルは、共にＴｒｐ−５７１からのシグナルを不明瞭にする可能
性を有する；非結合分子に由来するこれらのシグナルは、当該技術分野で充分知
られているパルスフィールドグラジエント技術を用いて排除されうる。これらの
技術および市販されているＮＭＲチューブサンプルチェンジャーの使用により、
多数の化合物の自動スクリーニングが容易になる。
【０１２４】 Ｃ．多数の組み合わせ合成の産物の評価 上記（Ｂ）に記載されるスクリーニングプロセスは、組み合わせ有機合成法を
利用することを意図しうる。かかる方法は、多数の化学的に関連する化合物を含
む各ファミリーに関して、化合物の全ファミリーを作製するために使用されてい
る。上記のシンプルなアッセイにより、全体の組み合わせ合成の産物が、同時に
スクリーニングされうる。結合が示されない場合、その化合物のファミリーのい
かなるメンバーにおいてもさらに注意を払う必要はない。単純な一次元の同核1 Ｈ ＮＭＲ実験は、アイソトープ標識を必要とすることなく結合を評価するのに
充分である。同核または異核（15Ｎおよび／または13Ｃアイソトープ標識による
）の二次元ＮＭＲ実験もまた使用されうる。
【０１２５】
【表２】
【０１２６】 本発明を、特にその好ましい態様に関して示し、記載してきたが、形式および
細部における種々の変化が、付随する特許請求の範囲に規定される本発明の意図
および範囲を逸脱することなくなされ得ることが当業者に理解される。
【図面の簡単な説明】
【図１】 図１は、４，３疎水性ヘプタドリピート（ｈｅｐｔａｄ ｒｅｐｅａｔｓ）（
標識されたヘプタドリピート１およびヘプタドリピート２、それぞれＮ−ぺプチ
ド領域およびＣ−ぺプチド領域ともいう）を含む２つの領域内に位置する、Ｎ３
６（ＳＧＩＶＱＱＱＮＮＬＬＲＡＩＥＱＱＨＬＬＱＬＴＶＷＧＩＫＱＬＱＡＲＩ
Ｌ）（配列番号：１３）およびＣ３４（ＷＭＥＷＤＲＥＩＮＮＹＴＳＬＩＨＳＬ
ＩＥＥＳＱＮＱＱＥＫＮＥＱＥＬＬ）（配列番号：１４）のぺプチドを示すＨＩ
Ｖ−１ ｇｐ４１の概略図である。Ｃ３４における下線部の残基は、本研究にお
いて変異させた。これらの残基のうち３個（Ｗ、ＷおよびＩ）は、Ｎ３６くぼみ
内に突出するが、これらの残基のうちの２個（ＭおよびＲ）は突出しない。ＦＰ
は融合ぺプチド；Ｓ−Ｓはジスルフィド結合；ＴＭは膜貫通領域；ＩＮＴＲＡは
ウイルス内領域。
【図２】 図２は、Ｃ３４阻害能力とＮ３６／Ｃ３４安定性との相関を示すグラフである
。Ｔｒｐ631 位における置換を有するＣ３４ぺプチドバリアントを、ウイルス侵
入（黒丸）および細胞−細胞融合（白丸）の阻害について試験した。対応するＮ
３６／Ｃ３４複合体のTm（融解温度）に対してＩＣ50値を対数スケールでプロッ
トする。置換の態様（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）と化学構造を、対応するデータ点の下
に示す。疎水性のかさ高さが増加する順では、置換は：グリシン（Ｇｌｙ）、ア
ラニン（Ａｌａ）、Ｌ−α−アミノ酪酸（Ａｂｕ）、バリン（Ｖａｌ）、ロイシ
ン（Ｌｅｕ）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ）、野生型残基トリプトファン（Ｔｒ
ｐ）、およびＬ−β−（１−ナフチル）アラニン（Ｎａｌ）であった。エラーバ
ーは、３回の実験の標準誤差を示す。
【図３】 図３は、Ｄ−ぺプチドのアミノ酸配列（配列番号：３４、３８、１５、３５、
１６、１７、３６、４０、４１、１８および１９）ならびにコンセンサス配列（
配列番号：１２）を示す。図示のように、各ぺプチドは、Ｎ−末端でＧＡにより
、Ｃ−末端でＡＡによりフランキングされており、Ｎ−末端にブロッキング基：
（アセチル−ＧＡ−Ｃ−十量体−Ｃ−ＡＡ−ＣＯＮＨ2 ；これはａｃ−ＧＡ−Ｃ
−十量体−Ｃ−ＡＡ−ａｍと表すこともできる）を有する。アミノ酸残基を表す
ために使用する１文字記号は、以下の通りである：Ｇ＝グリシン；Ａ＝アラニン
；Ｃ＝システイン；Ｄ＝アスパラギン酸；Ｌ＝ロイシン；Ｋ＝リジン；Ｅ＝グル
タミン酸；Ｗ＝トリプトファン；Ｆ＝フェニルアラニン；Ｒ＝アルギニン；Ｈ＝
ヒスチジン；Ｓ＝セリン；およびＱ＝グルタミン。
【図４】 図４は、Ｄ−ＩＱＮ１７標的による鏡像ファージのディスプレイの概略図であ
る。ここで、（１）ファージ選択のラウンドは、Ｄ−ＩＱＮ１７へのバインダー
（ｂｉｎｄｅｒｓ）を同定するために行われる；（２）個々のクローンを配列決
定する；（３）結合特異性を、ファージがＤ−ＩＱＮ１７のｇｐ４１領域に結合
するか否かを調べることにより評価する；（４）結合するファージ配列であるＤ
−ぺプチドを作製する；および（５）Ｄ−ぺプチドの抗ＨＩＶ活性をアッセイす
る。
【図５】 図５Ａおよび５Ｂは、Ｄ１０ｐｅｐ１に結合したＩＱＮ１７の結晶構造を示す
。ＩＱＮ１７は、連続的な三本鎖コイルであることを示し、Ｄ１０ｐｅｐ１の保
存アミノ酸残基の結合は、ＨＩＶ ｇｐ４１由来の１７残基により形成される、
ＩＱＮ１７の疎水性ポケットに対して存在することを示す。図５Ａは、ＨＩＶ−
１ ｇｐ４１残基に融合したＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ残基からなるＩＱＮ１７、およ
びＩＱＮ１７の疎水性ポケット（囲まれた領域内）へのＤ１０ｐｅｐ１の結合を
示す。該ポケットに結合するＤ−ぺプチドは、枝分かれした伸長部により表わさ
れる（すなわち、棒状に示した部分）。図５Ｂは、囲まれた領域の拡大であり、
ポケット内に詰められた保存残基（Ｔｒｐ、Ｔｒｐ Ｌｅｕ）およびグルタミン
酸（Ｇｌｕ）を示す。
【図６】 図６Ａおよび６Ｂは、本明細書に記載のＤ−ぺプチドを用いたシンシチウムア
ッセイの結果を示す。図６Ａはシンシチウムアッセイの結果のグラフである。図
６Ｂは、１回またはそれ以上の実験の結果を伴うＤ−ぺプチドのＩＣ50データを
表わす。
【図７】 図７Ａ〜７Ｎは、ＩＱＮ１７に結合したＤ１０ｐｅｐ１の結晶構造の原子座標
を列挙するＰＤＢファイルであり、ここで、Ａ鎖の０〜２８残基はＧＣＮ４−ｐ
ＩQ Ｉ配列（３個の変異を有する）に由来し、Ａ鎖の２９〜４５残基はＨＩＶ
ｇｐ４１配列に由来し、Ｄ鎖の０〜１６残基はＤ−ぺプチドを表し、整列した（
ｏｒｄｅｒｅｄ）水分子をＷで表し、結合した塩化物イオンはＩ鎖で表す。残基
０はアセチル基を表す。ＰＤＢファイルは一量体を表わし；三量体は結晶学的対
称により形成される。
【図８】 図８Ａおよび８Ｂは、Ｄ−ぺプチドによるＨＩＶ−１膜融合の阻害の評価の結
果を示す。図８ＡはＤ−ぺプチドを用いないシンシチウムアッセイの結果を示す
。図８ＢはＤ−ぺプチドを用いるシンシチウムアッセイの結果を示す。
【図９】 図９Ａ〜９Ｃは、ＩＱＮ１７／Ｄ−ぺプチド複合体の芳香族残基を特性付けす
る1 Ｈ ＮＭＲ実験の結果を示す。図９Ａは、Ｄ１０ｐｅｐ１ａ（上）、ＩＱＮ
１７（中央）およびＤ１０ｐｅｐ１ａとＩＱＮ１７の１：１複合体（下）の１Ｄ
−ＮＭＲスペクトルを示す。ｘ軸は下の（Ｃ）と同じである。Ｔｒｐ−５７１の
４個のスカラー結合（ｓｃａｌａｒ−ｃｏｕｐｌｅｄ）芳香環プロトンに割り当
てられた高磁場側ピークを示す。下部痕跡のマークしていない（ｕｎｍａｒｋｅ
ｄ）高磁場側ピークは、割り当てられていないＨα共鳴に対応する。図９Ｂは、
ＩＱＮ１７と（標識された）各Ｄ−ぺプチドとの１：１複合体の１Ｄスペクトル
を示す。同じ４個のプロトンがいくつかのスペクトルにより示されている。図９
Ｃは、ＩＱＮ１７／Ｄ１０ｐｅｐ１ａ複合体の２Ｄ−ＮＭＲ ＴＯＣＳＹスペク
トルを示す。これらの４個のトリプトファンプロトンに関連する交差ピーク（ｃ
ｒｏｓｓ−ｐｅａｋ）を、特定の割当（ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｓｓｉｇｎｍｅｎ
ｔ）とともに示す。ＴＯＣＳＹ混合時間は４２ｍｓであった。
【図１０】 図１０は、Ｘ線結晶学により測定した、ＩＱＮ１７との複合体における場合の
Ｄ１０ｐｅｐ１ぺプチドの立体配座を示す。
【図１１】 図１１Ａ〜１１Ｖは、ＩＱＮ１７の結晶構造の原子座標を列挙するＰＤＢファ
イルであり、ここで、ＩＱＮ１７三量体のＡ、ＢおよびＣ鎖の残基０〜２８はＧ
ＣＮ４−ｐＩQ Ｉ配列（３個の変異を有する）に由来し、Ａ、ＢおよびＣ鎖の残
基２９〜４５はＨＩＶ ｇｐ４１に由来し、整列した水分子をＷで表わし、結合
した塩化物イオンをＩ鎖で表す。ＰＤＢファイルは結晶学的に非対称な単位で三
量体全体を表わす。
【手続補正書】特許協力条約第３４条補正の翻訳文提出書
【提出日】平成１２年１月２４日（２０００．１．２４）
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１７
【補正方法】変更
【補正内容】
【００１７】 さらに、１２アミノ酸残基ぺプチドの内の１０アミノ酸残基「コア」（システ
イン残基により両端がフランキングされている十量体）、ならびに該十量体の部
分、改変体（modification) およびバリアント（ｖａｒｉａｎｔｓ）も膜融合お
よびＨＩＶの細胞への侵入を阻害するのに有用である。これらのぺプチドのバリ
アント、部分および改変体もインヒビターとして有用である。本発明にさらに詳
細に記載しているように、コンセンサス配列（例えば、ＷＸＷＬ（配列番号：２
３）、ＥＷＸＷＬ（配列番号：２４）、ＣＸＸＸＸＸＥＷＸＷＬＣ（配列番号：
６３）またはそれらの部分）を含有するＤ−ぺプチドは、Ｎ−ヘリックス超らせ
んを結合することが示されており、膜融合およびＨＩＶの細胞への侵入を阻害す
るのに有用である。鏡像異性ぺプチド（Ｄ−ぺプチド）は、プロテアーゼなどの
酵素に対する効率的な基質として働かず、したがってＬ−ぺプチドよりもタンパ
ク質分解に対して耐性があり；それらはＬ−ぺプチドより免疫原性が低い。本発
明のＤ−ぺプチドの具体的態様は： である。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９７
【補正方法】変更
【補正内容】
【００９７】 Ｄ−ペプチドの配列は次の通りである（全てのアミノ酸はＤ−エナンチオマー
であり、２つ目のキラル中心を含むＩｌｅとＴｈｒについては、天然に存在する
アミノ酸残基の正確な鏡像を使用した）：
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１００
【補正方法】変更
【補正内容】
【０１００】 研究のために合成したＮ末端に付加した更なるＤ−Ｌｙｓ残基を有するＤ−ペ
プチドは、ペプチドの名称に「ａ」を付して示され、下記： を含む。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０２
【補正方法】変更
【補正内容】
【０１０２】 これらのペプチド間に高度に保存されたコンセンサス配列が存在することはた
だちに明らかである。図３に示される１２アミノ酸ペプチドは、ＣＸＸＸＸＸＥ
ＷＸＷＬＣ（配列番号：６３）で表され得、ここで、複数のペプチドで共通する
アミノ酸を示し、Ｘは、ペプチド間で保存されていないアミノ酸残基を示す。
【手続補正書】特許協力条約第３４条補正の翻訳文提出書
【提出日】平成１２年９月１２日（２０００．９．１２）
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正内容】
【特許請求の範囲】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ１２Ｑ 1/02 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ Ｇ０１Ｎ 33/15 33/50 Ｚ 33/50 Ａ６１Ｋ 37/02 (31)優先権主張番号 ６０／１０１，０５８ (32)優先日 平成10年９月18日(1998．9．18) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ６０／１３２，２９５ (32)優先日 平成11年５月３日(1999．5．3) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＣＡ，ＪＰ，Ｕ Ｓ (72)発明者 チャン，デイビッド，シー． アメリカ合衆国 マサチューセッツ 02146 ブルックリン，ケント ストリー ト 205，アパートメント 38 (72)発明者 マラシュケビッチ，ウラジミール アメリカ合衆国 マサチューセッツ 02144 サマビル，ハンコック ストリー ト 17 (72)発明者 カー，ピーター，エイ． アメリカ合衆国 マサチューセッツ 02139 ケンブリッジ，プットナム アベ ニュー 463，アパートメント １ (72)発明者 キム，ピーター，エス． アメリカ合衆国 マサチューセッツ 02420 レキシントン，バスキン ロード 48 Ｆターム(参考） 2G045 AA40 DA36 GC15 4B063 QA01 QA20 QQ08 QQ79 QR48 QR66 QS33 QX02 4C076 AA01 BB29 BB30 CC35 FF68 4C084 AA02 AA06 BA18 CA59 MA31 MA56 MA60 NA10 NA14 ZB33 ZC78 4H045 AA10 AA30 BA17 CA01 EA29 EA50 EA53 FA41

Claims (97)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 可溶性の三量体型のコイルドコイルと、ＨＩＶ ｇｐ４１の
    Ｎ−ヘリックスコイルドコイルのポケットを形成するアミノ酸残基を含むのに充
    分なＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチド領域の部分とを含んでなるペプチド。
  2. 【請求項２】 Ｄ−ペプチドである請求項１記載のペプチド。
  3. 【請求項３】 コイルドコイルが： （ａ）ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉのコイルドコイル； （ｂ）ＧＣＮ４−ｐＩＩのコイルドコイル； （ｃ）モロニーマウス白血病ウイルスのコイルドコイル；および （ｄ）ＡＢＣヘテロ三量体のコイルドコイル、 からなる群より選ばれるものである請求項２記載のＤ−ペプチド。
  4. 【請求項４】 コイルドコイルのアミノ酸配列が： ＲＭＫＱＩＥＤＫＩＥＥＩＥＳＫＱＫＫＩＥＮＥＩＡＲＩＫＫ（配列番号：２５
    ） である請求項３記載のＤ−ペプチド。
  5. 【請求項５】 ＨＩＶ ｇｐ４１のＮペプチド領域の充分な部分が、配列：
    ＬＬＱＬＴＶＷＧＩＫＱＬＱＡＲＩＬ（配列番号：２０） を含んでなるものである請求項２記載のＤ−ペプチド。
  6. 【請求項６】 ＩＱＮ１７（配列番号：２）である請求項５記載のＤ−ペプ
    チド。
  7. 【請求項７】 配列番号：２５および１７個のアミノ酸残基を含んでなる配
    列を含んでなり、該１７個のアミノ酸残基が、配列：ＬＬＸＬＴＶＷＧＸＫＸＬ
    ＱＸＲＸＸ（配列番号：４２）（式中、Ｌ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｇ、Ｋ、ＱおよびＲは
    一文字アミノ酸コードにより表わされたアミノ酸残基であり、ＸはいずれかのＤ
    −アミノ酸残基である）を含んでなるものである、ＨＩＶ ｇｐ４１疎水性ポケ
    ットの可溶性の三量体ペプチドモデルであるＤ−ペプチド。
  8. 【請求項８】 １７個のアミノ酸残基を含んでなる配列が、配列番号：２０
    ；配列番号：２６；配列番号：２７および配列番号：４２からなる群より選ばれ
    るものである請求項７記載のＤ−ペプチド。
  9. 【請求項９】 （ｙ’） ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合す
    る（ａ）〜（ｘ’）の配列の変異体、 （式中、Ｃ−末端のａｃ−およびＮ−末端の−ａｍは任意である） からなる群より選ばれるＤ−ペプチド。
  10. 【請求項１０】 Ｌ−ペプチドである請求項１記載のペプチド。
  11. 【請求項１１】 可溶性の三量体のコイルドコイルが： （ａ）ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉのコイルドコイル； （ｂ）ＧＣＮ４−ｐＩＩのコイルドコイル； （ｃ）モロニーマウス白血病ウイルスのコイルドコイル；および （ｄ）ＡＢＣヘテロ三量体のコイルドコイル、 からなる群より選ばれるものである請求項１０記載のＬ−ペプチド。
  12. 【請求項１２】 ＨＩＶ ｇｐ４１のＮペプチド領域の充分な部分が、配列
    ：ＬＬＱＬＴＶＷＧＩＫＱＬＱＡＲＩＬ（配列番号：２０） を含んでなるものである請求項１０記載のＬ−ペプチド。
  13. 【請求項１３】 ＩＱＮ１７（配列番号：２）である請求項１２記載のＬ−
    ペプチド。
  14. 【請求項１４】 配列番号：２５および１７個のアミノ酸残基を含んでなる
    配列を含んでなり、該１７個のアミノ酸残基が、配列：ＬＬＸＬＴＶＷＧＸＫＸ
    ＬＱＸＲＸＸ（式中、Ｌ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｇ、Ｋ、ＱおよびＲは一文字アミノ酸コ
    ードにより表わされたアミノ酸残基であり、ＸはいずれかのＤ−アミノ酸残基で
    ある）を含んでなるものである、ＨＩＶ ｇｐ１疎水性ポケットの可溶性の三量
    体モデルであるＬ−ペプチド。
  15. 【請求項１５】 １７個のアミノ酸残基を含んでなる配列が、配列番号：２
    ０；配列番号：２６；および配列番号：２７からなる群より選ばれるものである
    請求項１４記載のＬ−ペプチド。
  16. 【請求項１６】 （ａ）Ｃ３４ペプチドとＮ３６ペプチドとの間での複合体
    の形成に適する条件下に、Ｃ３４ペプチドおよびＮ３６ペプチドと、Ｃ３４ペプ
    チドとＮ３６ペプチドとの間での複合体の形成を妨げるその能力についての評価
    対象の候補薬物とを合わせ、それにより被検試料を形成する工程；ならびに （ｂ）Ｃ３４ペプチドとＮ３６ペプチドとの間での複合体の形成が阻害されるか
    否かを決定する工程、 を含み、複合体の形成が阻害される場合、候補薬物は複合体の形成を妨げる薬物
    であり、それにより、複合体の形成を妨げる薬物が同定される、Ｃ３４ペプチド
    とＮ３６ペプチドとの間での複合体の形成を妨げる薬物の同定方法。
  17. 【請求項１７】 （ａ）において被検試料が形成される条件下と同じ条件下
    に、Ｃ３４ペプチドとＮ３６ペプチドとを合せることにより対照試料を形成し；
    Ｃ３４ペプチドとＮ３６ペプチドとの間での複合体の形成を測定し、かつ被検試
    料において複合体が形成される程度を対照試料において複合体が形成される程度
    と比較し、複合体が対照試料におけるよりも被検試料においてより低い程度で形
    成される場合、候補薬物は複合体の形成を妨げる薬物であり、それにより、複合
    体の形成を妨げる薬物を同定する、請求項１６記載の方法。
  18. 【請求項１８】 Ｃ３４ペプチドとＮ３６ペプチドを各々１組のドナー−ア
    クセプター分子のメンバーにより標識し、かつＣ３４とＮ３６との間での複合体
    の形成が生ずる程度を、アクセプター分子から生ずる発光の程度を測定すること
    により評価し、発光が候補薬物の非存在下よりも候補薬物の存在下においてより
    低い程度で生ずる場合、候補薬物はＣ３４ペプチドとＮ３６ペプチドとの間での
    複合体の形成を妨げる薬物である、請求項１６記載の方法。
  19. 【請求項１９】 Ｃ３４ペプチドとＮ３６ペプチドを各々１組またはドナー
    −アクセプター分子のメンバーにより標識し、かつ発光が生ずる程度を被検試料
    においておよび対照試料において評価し、発光が対照試料におけるよりも被検試
    料においてより少ない場合、候補薬物はＣ３４プルプチド（ｐｒｐｔｉｄｅ）と
    Ｎ３６ペプチドとの間での複合体の形成を阻害する薬物である、請求項１７記載
    の方法。
  20. 【請求項２０】 複合体の形成を妨げる薬物が細胞へのＨＩＶ侵入のインヒ
    ビターであるか否かを、細胞／細胞融合または細胞のＨＩＶ感染に対する薬物の
    影響が薬物の非存在下におけるよりも薬物の存在下においてより低いことを評価
    することにより評価する工程をさらに含み、該薬物は細胞へのＨＩＶ侵入のイン
    ヒビターである、請求項１６記載の方法。
  21. 【請求項２１】 タンパク質の、三量体型のコイルドコイル領域と、ＨＩＶ
    ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルの一部または全部を形成するアミノ
    酸残基を含むのに充分なＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチド領域の部分とを含んで
    なるペプチドを個体に導入する工程を含み、かつ該ペプチドは製薬学的に許容さ
    れ得る担体中に存在するものである、個体における免疫応答の顕現方法。
  22. 【請求項２２】 筋内、腹腔内、経口、経鼻および経皮からなる群より選択
    される投与経路により個体にペプチドを導入する請求項２１記載の方法。
  23. 【請求項２３】 コイルドコイルが、ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ；ＧＣＮ４−ｐＩ
    Ｉ；モロニーマウス白血病ウイルスおよびＡＢＣヘテロ三量体からなる群より選
    ばれるものである請求項２１記載の方法。
  24. 【請求項２４】 ペプチドがＩＱＮ１７である請求項２１記載の方法。
  25. 【請求項２５】 （１）ＨＩＶエンベロープタンパク質ｇｐ４１サブユニッ
    トを結合し、かつ粘膜表面の細胞へのＨＩＶの侵入を妨げる薬物、および（２）
    担体または基剤を含んでなる組成物を粘膜表面に投与または適用する工程を含む
    、粘膜細胞へのＨＩＶの侵入の妨害方法。
  26. 【請求項２６】 薬物がＨＩＶエンベロープタンパク質ｇｐ４１サブユニッ
    トのＮ−ヘリックスコイルドコイルの表面上のくぼみを結合する、請求項２５記
    載の方法。
  27. 【請求項２７】 薬物がｇｐ４１の立体配座変化を防ぎまたは減少させ、そ
    れにより、粘膜表面の細胞へのＨＩＶの侵入を妨げる、請求項２６記載の方法。
  28. 【請求項２８】 組成物が： （ａ）Ｃ３４ペプチド； （ｂ）ＤＰ１７８； （ｃ）ＤＰ６４９； （ｄ）Ｔ１２４９； （ｅ）（ａ）〜（ｄ）の誘導体； （ｆ）ＨＩＶ ｇｐ４１の疎水性ポケットに結合するＤ−ペプチド； （ｇ）（ｆ）の誘導体； （ｈ）（ａ）〜（ｇ）の２つまたはそれ以上の組み合わせ；および （ｉ）Ｎ−ヘリックスコイルドコイルに結合することによりＨＩＶ感染力を阻害
    する分子、 からなる群より選ばれる成分を含んでなるものである、請求項２５記載の方法。
  29. 【請求項２９】 担体または基剤が、フォーム、ゲル、薬物を保持するのに
    充分に粘性のその他の物質、水および緩衝液からなる群より選ばれるものである
    請求項２８記載の方法。
  30. 【請求項３０】 担体または基剤が膣座剤または直腸座剤である請求項２８
    記載の方法。
  31. 【請求項３１】 薬物が膣、口または直腸に投与もしくは適用された直後ま
    たは投与もしくは適用された後すぐに、該薬物が担体または基剤から放出される
    、請求項２８記載の方法。
  32. 【請求項３２】 薬物が膣、口または直腸に投与もしくは適用された後に徐
    々に、または投与もしくは適用された後、特定の期間の後に、該薬物が担体また
    は基剤から放出される、請求項２８記載の方法。
  33. 【請求項３３】 薬物を、使用の条件下に該薬物の放出が可能となるような
    様式で避妊具の表面上に存在させるか、または避妊具内に組み込む、請求項２８
    記載の方法。
  34. 【請求項３４】 （ｅ）のＤ−ペプチドが： （ｙ’） ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合す
    る（ａ）〜（ｘ’）の配列の変異体、 （式中、Ｃ−末端のａｃ−およびＮ−末端の−ａｍは任意である） からなる群より選ばれるアミノ酸配列を含んでなるものである、請求項２８記載
    の方法。
  35. 【請求項３５】 評価対象の化合物または分子を候補インヒビターといい、 （ａ）Ｎ−ヘリックスコイルドコイルくぼみへのＤ−ペプチドの結合に適する条
    件下に、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合するＤ−ペプチド、Ｎ−ヘ
    リックスコイルドコイルくぼみを提示する可溶性モデルである融合タンパク質お
    よび候補インヒビターを合わせ、それにより、被検試料を作製する工程； （ｂ）被検試料におけるＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみへのＤ−ペプチド
    の結合の程度を測定する工程；ならびに （ｃ）対照試料におけるＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみに対する場合と測
    定した結合の程度を比較する工程、ここで、対照試料は候補インヒビターを含ん
    でいないことを除いて被検試料と同じであり、かつ該対照試料は、Ｎ−ヘリック
    スコイルドコイルくぼみへのＤ−ペプチドの結合に適する被検試料と同じ条件下
    に維持される、 を含み、被検試料における結合の程度が対照試料における結合の程度より低い場
    合、候補インヒビターはＨＩＶ−１ ｇｐ４１エンベロープタンパク質のＮ−ヘ
    リックスコイルドコイルくぼみを結合する化合物または分子である、ＨＩＶ−１
    ｇｐ４１エンベロープタンパク質のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結
    合する化合物または分子の同定方法。
  36. 【請求項３６】 融合タンパク質がＩＱＮ１７である請求項３５記載の方法
    。
  37. 【請求項３７】 Ｄ−ペプチドを蛍光性レポーターで標識し、かつ融合タン
    パク質を、蛍光性レポーターに充分に近接した場合に該レポーターからのシグナ
    ルを消去する消光物質で標識し、かつ蛍光性レポーターからのシグナルの検出が
    、候補インヒビターがＨＩＶ−１ ｇｐ４１エンベロープタンパク質のＮ−ヘリ
    ックスコイルドコイルくぼみを結合する化合物または分子であることを示す、請
    求項３５記載の方法。
  38. 【請求項３８】 ＧＣＮ４の、三量体型のコイルドコイル領域と、ＨＩＶ−
    １ ｇｐ４１のＮ−ペプチド領域の部分とを含んでなり、ｇｐ４１のＮ−ペプチ
    ド領域の部分がＨＩＶ−１ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケット
    の一部または全部を含んでなるか、または含まないものである融合タンパク質。
  39. 【請求項３９】 ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチド領域の部分が、ＨＩＶの
    以下の２４個のアミノ酸残基：ＳＧＩＶＱＱＱＮＮＬＬＲＡＩＥＡＱＱＨＬＬＱ
    ＬＴを含んでなるものである、請求項３８記載の融合タンパク質。
  40. 【請求項４０】 可溶性の三量体型のコイルドコイルと、ＨＩＶ−１ ｇｐ
    ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケットを形成するアミノ酸残基を含む
    のに充分なＨＩＶ−１ ｇｐ４１のＮ−ペプチド領域の部分とを含んでなる融合
    タンパク質を個体に導入する工程を含み、該融合タンパク質が製薬学的に許容さ
    れ得る担体中に存在するものである、個体における免疫応答の顕現方法。
  41. 【請求項４１】 少なくとも４個のアミノ酸残基を含んでなり、かつコンセ
    ンサス配列ＷＸＷＬ（式中、ＷはＤ−トリプトファンを表し、ＬはＤ−ロイシン
    を表し、ならびにＸはいずれかの残基（moiety）を表わす）を含んでなるＤ−ペ
    プチド。
  42. 【請求項４２】 ＸがＤ−アミノ酸残基または修飾Ｄ−アミノ酸残基である
    レーム（laim）４１記載のＤ−ペプチド。
  43. 【請求項４３】 ２〜２１個のアミノ酸残基を含んでなる請求項４１記載の
    Ｄ−ペプチド。
  44. 【請求項４４】 ＥＷＸＷＬ（式中、ＥはＤ−グルタミン酸を表し、ＷはＤ
    −トリプトファンを表し、ＬはＤ−ロイシンを表し、ならびにＸはアミノ酸残基
    、修飾アミノ酸残基またはアミノ酸残基以外の残基を表わす）である少なくとも
    ５個のアミノ酸残基を含んでなるＤ−ペプチド。
  45. 【請求項４５】 （ｙ’） ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合す
    る、（ａ）〜（ｘ’）の配列の変異体、 （式中、Ｃ−末端のａｃ−およびＮ−末端の−ａｍは任意である） からなる群より選ばれるアミノ酸配列を含んでなるＤ−ペプチド。
  46. 【請求項４６】 （ａ）（１）ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルド
    コイルくぼみを結合するその能力についての評価対象の候補薬物と；（２）タン
    パク質の、三量体状のコイルドコイル領域と、ＨＩＶ ｇｐ４１くぼみを含むの
    に充分なＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチドの部分とを含んでなる融合タンパク質
    とを、薬物による結合についてＨＩＶ ｇｐ４１くぼみの提示に適する条件下に
    合せる工程；ならびに （ｂ）候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１くぼみを結合するか否かを決定する工程、こ
    こで、結合が生ずる場合、候補薬物はＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイル
    ドコイルくぼみを結合する薬物である、 を含む、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合する薬
    物の同定方法。
  47. 【請求項４７】 （ａ）において、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイ
    ルドコイルくぼみを結合するペプチドを候補薬物および融合タンパク質と合わせ
    、かつ（ｂ）において、候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１くぼみを結合するか否かを
    ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合するペプチドの
    存在下に測定する、請求項４６記載の方法。
  48. 【請求項４８】 ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみ
    を結合するペプチドが、 （ｙ’） ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合す
    る、（ａ）〜（ｘ’）の配列の変異体、 （式中、Ｃ−末端のａｃ−およびＮ−末端の−ａｍは任意である） からなる群より選ばれるものである、請求項４２記載の方法。
  49. 【請求項４９】 候補薬物を検出可能に標識し、かつＨＩＶ ｇｐ４１くぼ
    みへの候補薬物の結合をＨＩＶ ｇｐ４１くぼみ上の検出可能な標識の存在を検
    出することにより測定する、請求項４６記載の方法。
  50. 【請求項５０】 融合タンパク質が、ＧＣＮ４の可溶性の三量体状のコイル
    ドコイル領域と、ＨＩＶ ｇｐ４１くぼみを含むのに充分なＨＩＶ ｇｐ４１の
    Ｎ−ペプチドの部分とを含んでなるものである、請求項４６記載の方法。
  51. 【請求項５１】 融合タンパク質がＩＱＮ１７またはその変異体であり、Ｉ
    ＱＮ１７のアミノ酸配列が配列番号：２である請求項５０記載の方法。
  52. 【請求項５２】 （ａ）（１）薬物による結合が可能であるような様式でＨ
    ＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを提示する可溶性モデル
    と（２）Ｎ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合するその能力についての評
    価対象の候補薬物とを合せる工程；ならびに （ｂ）候補薬物が可溶性モデルのＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合す
    るか否かを測定する工程、 を含み、結合が生ずる場合、候補薬物はＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイ
    ルドコイルくぼみを結合する薬物である、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコ
    イルドコイルくぼみを結合する薬物の同定方法。
  53. 【請求項５３】 （ａ）（１）ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルド
    コイルくぼみを結合し、かつ細胞へのＨＩＶ侵入を阻害するその能力についての
    評価対象の候補薬物と、（２）タンパク質の、三量体状のコイルドコイル領域と
    、ＨＩＶ ｇｐ４１くぼみを含むのに充分なＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチドの
    部分とを含んでなる融合タンパク質とを、薬物による結合についてＨＩＶ ｇｐ
    ４１くぼみの提示に適する条件下に合わせる工程； （ｂ）候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１くぼみを結合するか否かを測定する工程、こ
    こで、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみへの候補薬物の
    結合が生ずる場合、該候補薬物はＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコ
    イルくぼみを結合する薬物であり、それにより、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリッ
    クスコイルドコイルくぼみを結合する薬物を製造する；ならびに （ｃ）（ｂ）において製造された薬物の細胞へのＨＩＶ侵入を阻害する能力を評
    価する工程、ここで、薬物が細胞へのＨＩＶ侵入を阻害する場合、該薬物は、Ｈ
    ＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合し、かつ細胞への
    ＨＩＶ侵入を阻害する薬物である、 を含む、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合し、か
    つ細胞へのＨＩＶ侵入を阻害する薬物の製造方法。
  54. 【請求項５４】 （ａ）（２）の融合タンパク質が、ＧＣＮ４の、可溶性の
    三量体型のコイルドコイル領域と、ＨＩＶ ｇｐ４１くぼみを含むのに充分なＨ
    ＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチドの部分とを含んでなり、かつ（ｂ）において製造
    された薬物の細胞へのＨＩＶ侵入を阻害する能力をシンシチウムアッセイ、感染
    アッセイまたは両方で評価する、請求項５３記載の方法。
  55. 【請求項５５】 （ｃ）において同定された薬物を、適切な動物モデルにお
    けるインビボ評価により細胞へのＨＩＶ侵入を阻害するその能力についてさらに
    評価する、請求項５４記載の方法。
  56. 【請求項５６】 融合タンパク質がＩＱＮ１７またはその変異体であり、Ｉ
    ＱＮ１７のアミノ酸配列が配列番号：２である、請求項５４記載の方法。
  57. 【請求項５７】 （ａ）可溶性の三量体型のコイルドコイルと（ｂ）ＨＩＶ
    ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケットを形成するアミノ酸残基
    を含むのに充分なＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチド領域の部分とを含んでなる融
    合タンパク質を製造する工程を含む、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイル
    ドコイルくぼみの可溶性モデルの製造方法。
  58. 【請求項５８】 （ａ）のタンパク質が、ＧＣＮ４−ｐＩQ Ｉ、ＧＣＮ４−
    ｐＩＩ、モロニーマウス白血病ウイルスまたはＡＢＣヘテロ三量体であり、かつ
    （ｂ）の充分な部分が、配列番号：２０を含んでなる部分；配列番号：２６を含
    んでなる部分；配列番号：２７を含んでなる部分および配列番号：４２を含んで
    なる部分からなる群より選ばれるものである、請求項５７記載の方法。
  59. 【請求項５９】 融合タンパク質がＩＱＮ１７またはその変異体であり、Ｉ
    ＱＮ１７のアミノ酸配列が配列番号：２である、請求項５７記載の方法。
  60. 【請求項６０】 （ａ）ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイル
    くぼみの可溶性モデルを製造または得る工程； （ｂ）（１）ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合す
    るその能力についての評価対象の候補薬物と（２）ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリ
    ックスコイルドコイルくぼみの可溶性モデルとを合わせる工程；ならびに （ｃ）候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結
    合するか否かを決定する工程、 を含み、候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを
    結合する場合、候補薬物はＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルく
    ぼみを結合する薬物であり、それにより、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコ
    イルドコイルくぼみを結合する薬物を製造する、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリッ
    クスコイルドコイルくぼみを結合する薬物の製造方法。
  61. 【請求項６１】 可溶性モデルが、タンパク質の、三量体状のコイルドコイ
    ル領域と、ＨＩＶ ｇｐ４１くぼみを含むのに充分なＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペ
    プチドの部分とを含んでなる融合タンパク質である、請求項６０記載の方法。
  62. 【請求項６２】 融合タンパク質がＩＱＮ１７またはその変異体であり、Ｉ
    ＱＮ１７のアミノ酸配列が配列番号：２である、請求項６１記載の方法。
  63. 【請求項６３】 （ａ）ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイル
    くぼみの可溶性モデルを製造または得る工程； （ｂ）（１）ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合す
    るその能力についての評価対象の候補薬物と（２）ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリ
    ックスコイルドコイルくぼみの可溶性モデルとを合わせる工程； （ｃ）候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結
    合するか否かを決定する工程、ここで、候補薬物がＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリ
    ックスコイルドコイルくぼみを結合する場合、該候補薬物はＨＩＶ ｇｐ４１の
    Ｎ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合する薬物であり、それにより、ＨＩ
    Ｖ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合する薬物を製造する
    、ならびに； （ｄ）（ｃ）において製造した薬物の細胞へのＨＩＶ侵入を阻害する能力を評価
    する工程、 を含み、薬物が細胞へのＨＩＶ侵入を阻害する場合、薬物はＨＩＶ ｇｐ４１の
    Ｎ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結合し、かつ細胞へのＨＩＶ侵入を阻害
    する薬物である、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみを結
    合し、かつ細胞へのＨＩＶ侵入を阻害する薬物の製造方法。
  64. 【請求項６４】 可溶性モデルが、タンパク質の、三量体状のコイルドコイ
    ル領域と、ＨＩＶ ｇｐ４１くぼみを含むのに充分なＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペ
    プチドの部分とを含んでなる融合タンパク質である、請求項６３記載の方法。
  65. 【請求項６５】 融合タンパク質がＩＱＮ１７またはその変異体であり、Ｉ
    ＱＮ１７のアミノ酸配列が配列番号；２である、請求項６４記載の方法。
  66. 【請求項６６】 請求項６０記載の方法により製造された薬物。
  67. 【請求項６７】 請求項６１記載の方法により製造された薬物。
  68. 【請求項６８】 請求項６２記載の方法により製造された薬物。
  69. 【請求項６９】 請求項６３記載の方法により製造された薬物。
  70. 【請求項７０】 請求項６４記載の方法により製造された薬物。
  71. 【請求項７１】 請求項６５記載の方法により製造された薬物。
  72. 【請求項７２】 （ａ）Ｄ−掌体（handedness）のＩＱＮ１７をＬ−アミノ
    酸ペプチドのファージディスプレイライブラリーと、Ｄ−掌体のＩＱＮ１７への
    該ライブラリーのメンバーの結合に適する条件下に合わせる工程；ならびに （ｂ）Ｄ−掌体のＩＱＮ１７とファージディスプレイライブラリーの１つまたは
    複数のメンバーとの間で結合が生ずるか否かを決定する工程、ここで、結合が生
    ずる場合、Ｄ−掌体のＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみ
    に結合するペプチドが同定される、 を含む、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみに結合するペ
    プチドの同定方法。
  73. 【請求項７３】 Ｄ−掌体のＩＱＮ１７に結合するファージディスプレイラ
    イブラリーの１つまたは複数のメンバーのアミノ酸配列を決定する工程、ならび
    に決定されたアミノ酸配列を含んでなるＤ型のペプチドを製造する工程をさらに
    含み、Ｄ型のペプチドが天然のＬ−掌体のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみ
    を結合するものである、請求項７２記載の方法。
  74. 【請求項７４】 式Ｉ 〔式中、ＡはＤ−アミノ酸残基または式 （式中、ＲA1とＲA2の一方は、置換もしくは非置換の、アリール、ヘテロアリー
    ル、アリールメチル、ヘテロアリールメチル、ベンゾ縮合アリール、ベンゾ縮合
    ヘテロアリール、ベンゾ縮合アリールメチル、ベンゾ縮合ヘテロアリールメチル
    、シクロアルキルまたはビシクロアルキルであり；かつ他方は水素であり；およ
    びＷは水素、メチル、トリフルオロメチルまたはハロゲン、たとえば、フッ素、
    塩素、臭素またはヨウ素である） のＮ−置換グリシル残基である； Ｂはグリシル残基または式 （式中、ＲB1とＲB2の一方は、置換もしくは非置換の、直鎖、分岐もしくは環状
    の、アルキル基、アリール基、アリールアルキル基、ヘテロアリール基またはヘ
    テロアリールアルキル基であり；かつ他方は水素であり；およびＸは水素、メチ
    ル、トリフルオロメチルまたはフッ素、塩素、臭素もしくはヨウ素等のハロゲン
    である） のＤ−アミノ酸もしくはＮ−置換グリシル残基である； Ｄは式 （式中、ＲD1とＲD2の一方は、置換もしくは非置換の、アリール、ヘテロアリー
    ル、アリールメチル、ヘテロアリールメチル、ベンゾ縮合アリール、ベンゾ縮合
    ヘテロアリール、ベンゾ縮合アリールメチル；ベンゾ縮合ヘテロアリールメチル
    、シクロアルキルまたはビシクロアルキルであり；かつ他方は水素であり；およ
    びＹは水素、メチル、トリフルオロメチルまたはフッ素、塩素、臭素もしくはヨ
    ウ素等のハロゲンである） のＤ−アミノ酸残基またはＮ−置換グリシル残基である； Ｅは式 （式中、ＲE1とＲE2の一方は、置換もしくは非置換の、直鎖、分岐もしくは環状
    の、アルキル基、アリール基またはアリールアルキル基であり；かつ他方は水素
    であり；およびＺは水素、メチル、トリフルオロメチルまたはフッ素、塩素、臭
    素もしくはヨウ素等のハロゲンである） のＤ−アミノ酸残基またはＮ−置換グリシル残基である； Ｋ、Ｌ、ＭおよびＮは各々独立して、アミノ酸残基または２〜約８個のアミノ
    酸残基を含んでなるポリペプチド基である； Ｆは直接結合または二官能性連結基である；ならびに ｎ、ｐ、ｑ、ｒおよびｓは各々独立して、０または１である〕 の化合物。
  75. 【請求項７５】 ＲA1とＲA2の一方およびＲD1とＲD2の一方が独立して、フ
    ェニル基、置換フェニル基、ナフチル基、置換ナフチル基、ナフチルメチル基、
    置換ナフチルメチル基、ベンジル基もしくは置換ベンジル基、または式 （式中、ＪはＯ、ＳまたはＮＲであり、ＲはＨまたは直鎖、分岐もしくは環状の
    Ｃ1 〜Ｃ6 −アルキルであり；ならびに Ｒ1 、Ｒ2 、Ｒ3 、Ｒ4 およびＲ5 は独立して、水素、ハロゲンおよびアルキル
    からなる群より選ばれるものである） の基である、請求項７４記載の化合物。
  76. 【請求項７６】 ＲA1とＲD1が両方とも水素である請求項７５記載の化合物
    。
  77. 【請求項７７】 ＲB1とＲB2の一方が、水素、置換もしくは非置換の、直鎖
    、分岐もしくは環状のＣ1 〜Ｃ4 −アルキル、フェニル、ベンジル、ナフチルま
    たはナフチルメチルである、請求項７４記載の化合物。
  78. 【請求項７８】 ＲB1が水素である請求項７７記載の化合物。
  79. 【請求項７９】 ＲE1とＲE2の一方が、置換もしくは非置換の、直鎖、分岐
    もしくは環状のＣ1 〜Ｃ6 −アルキル基または置換もしくは非置換のフェニル基
    もしくはナフチル基であり、かつ他方が水素である、請求項７４記載の化合物。
  80. 【請求項８０】 ＲE1が水素である請求項７９記載の化合物。
  81. 【請求項８１】 ＡおよびＤが各々Ｄ−トリプトファン残基であり、かつＥ
    がＤ−ロイシン残基である請求項７４記載の化合物。
  82. 【請求項８２】 ＫがＤ−アミノ酸残基またはアミノ−、カルボキシル−も
    しくはスルフヒドリル置換側鎖を含んでなるＮ−置換グリシル残基であり、かつ
    Ｌが２もしくは３個のＤ−アミノ酸残基またはＮ−置換グリシン残基を含んでな
    るポリペプチドである請求項７４記載の化合物。
  83. 【請求項８３】 Ｍが２〜約８個のＤ−アミノ酸残基を含んでなり、該アミ
    ノ酸残基の少なくとも１つがアミノ−、カルボキシ−もしくはスルフヒドリル置
    換側鎖を含んでなるポリペプチド基であり、かつＮが１〜約６個のアミノ酸残基
    を含んでなり、該アミノ酸残基の少なくとも１つがリジン残基であるポリペプチ
    ド基である請求項７４記載の化合物。
  84. 【請求項８４】 Ｆが約２〜約４０原子の長さを有する二価の連結基である
    請求項７４記載の化合物。
  85. 【請求項８５】 Ｆが式−Ｐn −（式中、ｎは１〜約１２の整数であり、か
    つ各Ｐは独立して、Ｌ−もしくはＤ−アミノ酸もしくはＮ−置換グリシル残基、
    グリシル残基またはＮ−置換グリシル残基である）のポリペプチド連結基である
    請求項８４記載の化合物。
  86. 【請求項８６】 Ｆは置換もしくは非置換のＣ4 〜Ｃ40−アルキレン基また
    は１もしくはそれ以上の箇所においてヘテロ原子、フェニレン基もしくはヘテロ
    アリーレン基により介在されているＣ4 〜Ｃ40−アルキレン基である請求項８４
    記載の化合物。
  87. 【請求項８７】 Ｆが１〜約１０個のグリコシド基を含んでなる多糖類基で
    ある請求項８４記載の化合物。
  88. 【請求項８８】 （ａ）ＨＩＶ ｇｐ４１疎水性ポケットの可溶性の三量体
    ペプチドモデルの結晶を得る工程； （ｂ）（ａ）において得られた結晶を用いてＸ線回折研究によりペプチドモデル
    の原子座標を得る工程； （ｃ）（ｂ）において得られた原子座標を用いてＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリッ
    クスコイルドコイルポケットを明確化する工程； （ｄ）ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに適合する分
    子または化合物を同定する工程； （ｅ）（ｄ）において同定された分子または化合物を得る工程；ならびに （ｆ）（ｅ）において得られた分子または化合物をＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリ
    ックスコイルドコイルポケットと接触させて、分子または化合物のＨＩＶ ｇｐ
    ４１のポケットに適合する能力を評価する工程、 を含み、分子または化合物がＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイル
    ポケットに適合する場合、該分子または化合物は該ポケットに適合する薬物であ
    り、それにより、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに
    適合する薬物を製造する、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポ
    ケットに適合する薬物の製造方法。
  89. 【請求項８９】 可溶性の三量体ペプチド分子が、可溶性の三量体型のコイ
    ルドコイルと、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケットを
    形成するアミノ酸残基を含むのに充分なＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ペプチド領域の
    部分とを含んでなるものである、請求項８８記載の方法。
  90. 【請求項９０】 （ｆ）において、分子または化合物をＩＱＮ１７、ＨＩＶ
    ｇｐ４１のＮ−ヘリックスまたはＨＩＶポケットを含んでなるポリペプチドと
    接触させることにより、該分子または化合物をＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリック
    スコイルドコイルポケットと接触させる、請求項８９記載の方法。
  91. 【請求項９１】 可溶性モデルがＩＱＮ１７である請求項８９記載の方法。
  92. 【請求項９２】 （ａ）において得られた結晶が空間群Ｃ２２２のＩＱＮ１
    ７の結晶である請求項８８記載の方法。
  93. 【請求項９３】 （ａ）ＩＱＮ１７の原子座標を得る工程； （ｂ）（ａ）において得られた原子座標を用いてＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリッ
    クスコイルドコイルポケットを明確化する工程； （ｃ）ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに適合する分
    子または化合物を同定する工程； （ｄ）（ｃ）において同定された分子または化合物を得る工程；ならびに （ｅ）（ｄ）において得られた分子または化合物をＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリ
    ックスコイルドコイルポケットと接触させて、分子または化合物のＨＩＶ ｇｐ
    ４１のポケットに適合する能力を評価する工程、 を含み、分子または化合物がＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイル
    ポケットに適合する場合、該分子または化合物は該ポケットに適合する薬物であ
    り、それにより、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに
    適合する薬物を製造する、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポ
    ケットを結合する薬物の製造方法。
  94. 【請求項９４】 原子座標が図１１Ａ〜１１Ｖに表わされるＰＤＢファイル
    における原子座標である請求項９３記載の方法。
  95. 【請求項９５】 （ａ）Ｄ−掌体のＩＱＮ１７をリガンドの生物学的にコー
    ドされたライブラリーと、Ｄ−掌体のＩＱＮ１７への該ライブラリーのメンバー
    の結合に適する条件下に合わせる工程；ならびに （ｂ）Ｄ−掌体のＩＱＮ１７と生物学的にコードされたライブラリーの１つまた
    は複数のメンバーとの間で結合が生ずるか否かを測定する工程、ここで、結合が
    生ずる場合、Ｄ−掌体のＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼ
    みに結合するリガンドが同定される、 を含む、ＨＩＶ ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルくぼみに結合する分
    子の同定方法。
  96. 【請求項９６】 Ｄ−掌体のＩＱＮ１７に結合する生物学的にコードされた
    ライブラリーの１つまたは複数のメンバーの配列を決定する工程、ならびに決定
    された配列を含んでなる、生物学的にコードされたリガンドの鏡像掌体のリガン
    ドを製造する工程をさらに含む請求項９５記載の方法。
  97. 【請求項９７】 生物学的にコードされたライブラリーがファージディスプ
    レイライブラリー、ＤＮＡライブラリー、ＲＮＡライブラリーおよび生物学的に
    コードされたペプチドライブラリーからなる群より選ばれるものである請求項９
    ５記載の方法。
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