JP2002518048A - 前立腺癌関連遺伝子 - Google Patents

前立腺癌関連遺伝子

Info

Publication number
JP2002518048A
JP2002518048A JP2000556027A JP2000556027A JP2002518048A JP 2002518048 A JP2002518048 A JP 2002518048A JP 2000556027 A JP2000556027 A JP 2000556027A JP 2000556027 A JP2000556027 A JP 2000556027A JP 2002518048 A JP2002518048 A JP 2002518048A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
polynucleotide
polypeptide
expression
genes
sequence
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2000556027A
Other languages
English (en)
Inventor
ウォーカー、マイケル・ジー
フォルクマス、ウェイン
クリングラー、トッド・エム
スプリンザック、エイナット・エイ
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Incyte Corp
Original Assignee
Incyte Pharmaceuticals Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Incyte Pharmaceuticals Inc filed Critical Incyte Pharmaceuticals Inc
Publication of JP2002518048A publication Critical patent/JP2002518048A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P13/00—Drugs for disorders of the urinary system
    • A61P13/08—Drugs for disorders of the urinary system of the prostate
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Abstract

(57)【要約】 本発明は、新規な前立腺癌関連遺伝子及びそれらの遺伝子によってコードされるポリペプチドを提供する。また本発明は、発現ベクター、宿主細胞、抗体、アゴニスト、及びアンタゴニストを提供する。また本発明は、疾病の診断、処置、又は予防方法を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 本明細書の開示内容の一部は、著作権法による保護を受けている。本著作権の
所有者は、各国特許庁における場合での、その特許文書又は特許の開示内容のフ
ァクシミリによる送信に異論を唱えるものではないが、他の場合には無断転載を
禁ずるものである。
【０００２】 （技術分野） 本発明は、遺伝子の発現パターンの解析方法に関するものである。また本発明
は、その方法によって特定された８種の前立腺癌関連遺伝子及びそれらの対応す
るポリペプチドに関するものであり、且つ疾病、特に癌のような細胞増殖に関連
する疾病の診断、予後、処置、予防、及び治療の評価におけるこれらの生体分子
の使用法に関するものである。
【０００３】 （発明の背景） 多くのヒトの遺伝子のＤＮＡ配列が決定されてきたが、それらの遺伝子の多く
については、それらの生物学的機能、特にそれらの疾病との関係は未知であるか
或いは殆ど理解されていない。新規に配列決定された遺伝子のあり得る機能を決
定又は予測するための現在の実験及び計算による方法は、時間がかかりコストが
嵩む。従って、機能についての更なる情報が得られる新規な方法が必要とされて
いる。
【０００４】 前立腺癌は、年齢５０歳以上の男性に多く見られる悪性病変であり、その発生
率は年齢が上がるとともに上昇する。合衆国においては、毎年新たに前立腺癌と
診断される症例が概ね１３万２千あり、前立腺癌によって毎年３万３千人以上が
死亡している。前立腺癌の出現率は、地域によって異なっている。例えば、米国
においては毎年１０万人の男性中１４名の割合であり、これに対してスウェーデ
ンでは２２名、日本では２名の割合である。
【０００５】 例えば前立腺特異性抗原（ＰＳＡ）、前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、
カリクレイン、精漿タンパク質（seminal plasma protein）、及び前立腺特異性
トランスグルタミナーゼ（prostate-specific transglutaminase）のような前立
腺癌に関係があることが知られている遺伝子は、診断及び予後の試験のための基
礎及び治療上の標的として用いられたり、或いは使用することが提案されてきた
。詳述すると、前立腺特異性抗原（ＰＳＡ）は前立腺癌の診断において用いられ
るプロテアーゼである（Morris, D. L. 等 (1998) J. Clin. Lab. Anal, 12: 65
-74）。前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）は、前立腺で合成され、アンドロ
ゲンの調節下で精漿に分泌されるホスホモノエステラーゼであり（Ostrowski, W
. S.及びR. Kuciel (1994) Clin. Chim. Acta 226:121-129）、前立腺癌の診断
試験や転移性癌の予後試験において用いられてきた（Presti, J. C., Jr.及びP.
R. Carroll (1996) Semin Urol Oncol 14(3): 134-138）。カリクレインは、前
立腺において特異的に発現されるプロテアーゼであり、ＰＳＡとの８０％の配列
類似性を有している（Corey, E., K. R.等 (1997) Urology 50: 567-572）。カ
リクレインは、前立腺癌の診断試験において用いられるものとして評価されてき
ている（Pannek, J.及びPartin, A. W. (1997) Oncology 11: 1273-1282）。精
漿タンパク質は、前立腺癌に関係のあるトランスフォーミング成長因子のスーパ
ーファミリーのメンバーであるインヒビンに類似した活性を有する、前立腺で特
異的に分泌されるタンパク質である（Mbikay, M., S.等 (1987) DNA 6: 23-29;
Thomas, T. Z.等 (1998) Prostate 34: 34-43）。雄のラットにおいてインヒビ
ンα遺伝子が欠失すると、原発性の生殖線顆粒膜層／セルトリ細胞腫瘍が発生す
る（Mellor, S. L.等 (1998) J. Clin. Endocrinol. Metab. 83: 969-975）。前
立腺特異性トランスグルタミナーゼは、翻訳後タンパク質の架橋を触媒し、且つ
前立腺癌の細胞系において異なった発現を示す（Dubbink, H. J. (1996) Bioche
m. J. 315: 901-908）。
【０００６】 既知の遺伝子に基づく試験の診断の感度及び特異性及び予測の精度は実質的に
１００％未満である。例えば、前立腺癌のために前立腺切除術を受けた患者の約
２０％が正常なレベルのＰＳＡを有している（Presti及びCarroll, 前出）。従
って、前立腺癌のマーカー及び治療上の標的となり得る新規な遺伝子及びポリペ
プチドを特定することが望まれている。
【０００７】 本発明は、疾病、特に癌のような細胞増殖に関連する疾病の診断、予後、処置
、予防、及び治療の評価において役立つ新規な組成物を提供することにより当分
野における必要性を満たすものである。我々は、遺伝子の発現パターンを解析す
るための方法を実施し、これらと既知の前立腺癌特異的遺伝子との同時発現によ
って８種のヒト前立腺癌関連遺伝子を特定した。
【０００８】 （発明の概要） 或る実施態様では、本発明は、疾病、特に癌、より具体的には前立腺癌のよう
な細胞増殖に関連する疾病の診断、予後、処置、予防、及び治療の評価において
役立つポリヌクレオチド又はポリペプチドのような生体分子を特定するための方
法を提供する。その方法は、共通の調節経路に関与する遺伝子を解明するために
も用いることができる。
【０００９】 前記方法では、初めに複数のｃＤＮＡライブラリーにおいて発現されるポリヌ
クレオチドの発現パターンを特性化する。発現されたポリヌクレオチドは、機能
が既知及び未知の遺伝子を含む。第２に、１又は２以上の特定機能遺伝子の発現
パターンを、１又は２以上の機能が未知の遺伝子の発現パターンと比較して、特
定機能遺伝子の発現パターンに類似した発現パターンを有する新規な遺伝子のサ
ブセットを特定する。
【００１０】 この方法では、初めに各遺伝子について発生データのベクトルを生成すること
により２種の遺伝子の発現パターンを比較する。そのベクトルの要素は、ライブ
ラリーにおいて遺伝子が存在することを１によって表現し、遺伝子が存在しない
ことを０によって表現する。次にそのベクトルを解析して、その遺伝子群の中の
任意のもの同士の発現パターンが類似しているか否かを決定する。特定の同時発
現確率の閾値を満たしている場合には発現パターンは類似している。同時発現確
率の閾値は、好ましくは０．００１未満であり、より好ましくは０．００００１
未満である。
【００１１】 好ましい実施態様では、特定機能の遺伝子が、前立腺特異性抗原（ＰＳＡ）、
前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、カリクレイン、精漿タンパク質、前立腺
特異的トランスグルタミナーゼ等の前立腺癌特異性遺伝子配列である。これらの
前立腺癌特異性遺伝子を用いて、前立腺癌特異性遺伝子と顕著に同時発現される
、機能が特定されていない他のポリヌクレオチドを同定する。本発明により解析
されたポリヌクレオチドは、ＥＳＴ、組み立て配列（assembled sequence）、及
び完全長遺伝子コード配列、イントロン、調節領域、５’非翻訳領域、及び３’
非翻訳領域等であり得る。
【００１２】 第２の態様では、本発明は、本発明の方法により前立腺癌に関連するものとし
て特定された、実質的に精製されたポリヌクレオチドを提供する。詳述すると、
このポリヌクレオチドは、配列番号（SEQ ID NO）：１−８、その相補的な分子
、配列番号：１−８と少なくとも７０％の配列同一性を有する変異体、配列番号
：１−８とストリンジェントな条件の下でハイブリダイズするポリヌクレオチド
、及び配列番号：９及び１０をコードするポリヌクレオチドからなる群から選択
された配列を含む。また本発明は、上述の配列のなかの少なくとも１８個の連続
したヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを包含する。そのポリヌクレオチドは
、癌、特に前立腺癌の診断、処置、予後又は予防において使用するのに適してい
る。また、そのポリヌクレオチドは、癌の治療の評価のためにも適している。
【００１３】 別の態様では、本発明は、上述のポリヌクレオチドを含む発現ベクター、その
発現ベクターを含む宿主細胞、及びサンプルにおける標的のヌクレオチドを検出
するための方法を提供する。
【００１４】 別の実施態様では、本発明は、配列番号：９及び配列番号：１０からなる群か
ら選択されたアミノ酸配列を含む、実質的に精製されたポリペプチドを提供する
。また本発明は、配列番号：９−１０と少なくとも８０％の配列同一性を有する
、実質的に精製されたポリペプチドを提供する。更に本発明は、配列番号：９−
１０のなかの少なくとも６個の連続したアミノ酸を有する配列を提供する。
【００１５】 また本発明は、上述のアミノ酸配列を含む実質的に精製されたポリペプチド、
及びそのポリペプチドに特異的に結合する抗体、アゴニスト、及びアンタゴニス
トの製造方法も提供する。更に、本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドを
含む医薬品組成物も提供される。本発明のポリペプチドの製造方法及び本発明の
ポリヌクレオチドに相補的な標的ポリヌクレオチドの検出方法も本発明に包含さ
れている。
【００１６】 本発明は、一般的に、疾病又は状態の診断又は処置において有用な生体分子を
特定するための方法に関するものである。その方法は、（ａ）複数種のｃＤＮＡ
ライブラリーにおいて発現される複数の生体分子の発現パターンを検査する過程
であって、前記発現された生体分子が１又は２以上の疾病特異性生体分子及び１
又は２以上の機能が未知の生体分子を含む、該過程と、（ｂ）前記疾病特異性生
体分子の発現パターンと、機能が未知の生体分子の発現パターンとを比較して、
疾病特異性生体分子の発現パターンに類似した発現パターンを有する機能が未知
の生体分子のサブセットを特定する過程とを含む。
【００１７】 （配列表の簡単な説明） 配列表は、ポリヌクレオチド配列である配列番号：１−８、及びポリペプチド
配列である配列番号：９−１０を含む前立腺癌関連配列を示すものである。各配
列は、配列番号（SEQ ID NO）及びその配列が初めて同定されたインサイト社の
クローンの番号によって特定される。
【００１８】 （発明の説明） 本明細書の発明の詳細な説明及び特許請求の範囲において、単数を表す「或る
」及び「その（この）」と形容されたものは、前後関係でそうでないことが明ら
かである場合以外は、複数の意味も含んでいることに注意しなければならない。
従って、例えば、「或る宿主細胞」なる表記が表すものには、複数のそのような
宿主細胞が含まれ、「或る抗体」なる表記は、１種又は複数の種類の抗体及び当
業者に公知のその等価物等も表している。
【００１９】 （定義） 「ＮＳＥＱ」は配列番号：１−８を含む、本発明のポリヌクレオチド配列を指
す。「ＰＳＥＱ」は、配列番号：９−１０を含む、本発明のポリペプチド配列を
指す。
【００２０】 「変異体」は、配列が配列番号：１−１０、又は配列番号：９−１０から変異
した配列を有するポリヌクレオチド又はポリペプチドの何れかを指す。ポリヌク
レオチド配列の変異は、例えば１個又は複数のヌクレオチドの欠失、付加、及び
置換のような突然変異による変化によって生じ得る。また、このような相違は、
コドン使用頻度の相違を原因としても生じ得る。このような各種の変化のそれぞ
れは、所定の配列において単独で、又は複数の種類が組み合わさって、１回又は
複数回生じ得る。ポリペプチド変異体は、配列番号：９−１０の少なくとも１種
類の構造上又は機能上の特徴を有する配列を含む。
【００２１】 「遺伝子」又は「遺伝子配列」は、遺伝子の部分的又は完全なコーディング配
列である。この用語は、５’又は３’非翻訳領域も指す。遺伝子は、センス方向
又はアンチセンス（相補的）方向であり得る。
【００２２】 「前立腺癌特異性遺伝子」は、前立腺癌の診断、処置、予後、又は予防におい
て有用なものとして以前に特定された遺伝子配列を指す。一般的には、前立腺癌
特異性遺伝子は、健康な組織と比較して前立腺癌組織において高いレベルで発現
される。
【００２３】 「前立腺癌関連遺伝子」は、その発現パターンが前立腺癌特異性遺伝子の発現
パターンに類似しており、且つ癌の診断、処置、予後、又は予防において有用な
遺伝子配列である。この遺伝子配列は、癌の治療の評価においても用いることが
できる。
【００２４】 「実質的に精製された」は、その天然の環境から取り除かれ、且つ単離又は分
離され、自然にはそれが結合して存在する他の成分が６０％以上、好ましくは７
５％以上、最も好ましくは９０％以上除去された核酸又はアミノ酸配列である。
【００２５】 （発明） 本発明は、特定の疾病、調節経路、細胞下の構成要素、細胞の種類、組織の種
類、又は種に関連する生体分子を特定するための方法を包含する。詳述すると、
その方法によって、細胞増殖に関連する疾病、特に癌、より具体的には前立腺癌
の診断、予後、処置、予防、及び治療の評価において有用な遺伝子配列が特定さ
れる。
【００２６】 その方法では、初めにｃＤＮＡライブラリーにおいて発現されるポリヌクレオ
チドを特定する。そのポリヌクレオチドは、機能が既知の遺伝子、特定の疾病プ
ロセス、細胞下の構成要素、細胞の種類、組織の種類、又は種において特異的に
発現されることが知られている遺伝子を含む。加えて、そのポリヌクレオチドは
、機能が未知の遺伝子も含む。次に既知の遺伝子の発現パターンと、機能が未知
の遺伝子の発現パターンとを比較して、特定の同時発現確率の閾値を超えている
か否かを決定する。この比較によって、その既知の遺伝子との高い同時発現確率
を有するポリヌクレオチドのサブセットが特定され得る。高い同時発現確率は、
０．００１未満、より好ましくは０．００００１未満の特定の同時発現確率閾値
と相互関係を有する。
【００２７】 そのポリヌクレオチドは、様々な起源に由来するｃＤＮＡライブラリーにおい
て得られたものである。ｃＤＮＡライブラリーの起源としては、以下に限定する
ものではないが、ヒト、マウス、ラット、イヌ、サル、植物、及び酵母等の真核
生物や、細菌及びウイルス等の原核生物等が挙げられる。これらのポリヌクレオ
チドは、以下に限定するものではないが、ＥＳＴ、組み立てポリヌクレオチド配
列、及び完全長遺伝子コーディング領域、イントロン、調節配列、５’非翻訳領
域、及び３’非翻訳領域等の様々な種類の配列から選択されたものであり得る。
統計的に有意な解析の結果を得るために、そのポリヌクレオチドは、少なくとも
３種のｃＤＮＡライブラリーにおいて発現される必要がある。
【００２８】 本発明の同時発現解析において用いられるｃＤＮＡライブラリーは、血管、心
臓、血球、培養された細胞、結合組織、上皮、ランゲルハンス島、ニューロン、
貪食細胞、胆管、食道、胃腸系、肝臓、膵臓、胎児、胎盤、クロム親和系、内分
泌腺、卵巣、子宮、陰茎、前立腺、精嚢、精巣、骨髄、免疫系、軟骨、筋肉、骨
格、中枢神経系、神経節、神経膠、神経内分泌系、末梢神経系、気管支、喉頭、
肺、鼻、胸膜、耳、目、口、咽頭、外分泌腺、膀胱、腎臓、尿管等から作製され
たものであり得る。選択されたｃＤＮＡライブラリーの数は、２０種程度から１
万種以上までの範囲であり得る。好ましくはｃＤＮＡライブラリーの数は５００
種以上である。
【００２９】 好ましい実施態様では、遺伝子配列は、例えば１個の転写物に由来する配列断
片を組み立てたもののように、関連する配列を反映するように組み立てられる。
そのポリヌクレオチド配列の組立ては、以下に限定するものではないが、ＥＳＴ
、延長配列、又はショットガン配列等の様々な種類の配列を用いて行われ得る。
最も好ましい実施態様では、そのポリヌクレオチド配列が、1998年3月26日出願
のLincoln等による米国特許出願第60/079469号の"Database and System for Sto
ring, Comparing and Displaying Related Biomolecular Sequence Information
"に記載されているアルゴリズムを用いて組み立てられたヒトの配列に由来する
ものである。上記文献は、この引用により本明細書の一部とする。
【００３０】 実験的には、ポリヌクレオチドの異なった発現の評価は、以下に限定するもの
ではないが、空間的固定化による相違の表示、又はゲル電気泳動法、ゲノムのミ
スマッチスキャン、表現の相違の解析、及び転写映像化による相違の表示等の方
法によって行われ得る。加えて、異なった発現は、マイクロアレイ技術によって
評価することもできる。これらの方法は単独で又は幾つかを組み合わせて利用で
きる。
【００３１】 前立腺癌特異性であることが知られている遺伝子は、前立腺癌の診断用又は予
後用マーカーとして、又は治療用の標的としてのその遺伝子の使用に基づいて選
択され得る。好ましくは、前立腺癌特異性遺伝子としては、前立腺特異性抗原（
ＰＳＡ）、前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、カリクレイン、精漿タンパク
質、前立腺特異的トラングルタミナーゼ等が挙げられる。
【００３２】 統計的に有意な前立腺癌特異性遺伝子との同時発現パターンを示す新規な遺伝
子を特定するための手順は以下の通りである。初めに、或るｃＤＮＡライブラリ
ーにおける遺伝子配列の存在又は不存在を確認する。その遺伝子に一致する少な
くとも１個のｃＤＮＡ断片がそのライブラリーからのｃＤＮＡサンプルにおいて
検出された時にはｃＤＮＡライブラリーにその遺伝子が存在し、対応するｃＤＮ
Ａ断片がそのサンプルにおいて検出されない時はその遺伝子は存在しないことに
なる。
【００３３】 第２に、遺伝子同時発現の有意性を、同時発現の偶然の一致の確率を測定する
確率論的方法を用いて評価する。この確率論的方法はフィッシャーの正確確率検
定、カイ二乗検定、又はカッパ検定等であり得る。これらの検定方法及びその応
用例は当分野において公知であり、標準的な統計学のテキストに見出すことがで
きる（Agresti, A. (1990) Categorical Data Analysis. New York, NY, Wiley;
Rice, J. A. (1988) Mathematical Statistics and Data Analysis. Pacific G
rove, CA, Wadsworth & Brooks/Cole）。１個の遺伝子対複数の他の遺伝子の統
計的な結果を補正するために、ボンフェローニ補正（Rice, 前出, page 384）も
確率論的な方法の１つと組み合わせて利用することができる。好ましい実施態様
では、偶然の一致の確率がフィッシャーの正確確率検定によって測定され、偶然
の一致の確率の閾値は、０．００１未満、より好ましくは０．００００１未満に
設定される。
【００３４】 ２種類の遺伝子Ａ及びＢが類似の同時発現パターンを有しているか否かを決定
するために、遺伝子の存在を１で表現し不存在を０で表現する、表１に示すよう
な発生データのベクトルを生成することができる。０は遺伝子がそのライブラリ
ーにおいて発生しなかったことを示し、１は少なくとも１回遺伝子が発生したこ
とを示す。
【表１】
【００３５】 所定の一対の遺伝子について、表１における発生データは、２×２の分割表に
要約することができる。
【表２】
【００３６】 表２は、合計３０種のライブラリーにおける遺伝子Ａ及び遺伝子Ｂについての
同時発生データを示す。Ａ及びＢの両遺伝子は、そのライブラリーにおいて１０
回発生する。表２は、以下の内容を要約して提示している。即ち、（１）遺伝子
Ａ及びＢの両方がライブラリーに存在する回数、（２）遺伝子Ａ及びＢの両方が
ライブラリーに存在しない回数、（３）遺伝子Ａが存在するが遺伝子Ｂが存在し
ない回数、（４）遺伝子Ｂが存在するが、遺伝子Ａが存在しない回数を提示して
いる。左上の項は、ライブラリーにおいて２つの遺伝子が同時発生した回数であ
り、右中央の項はライブラリーにおいて何れの遺伝子も発生しなかった回数であ
る。他の対角線上の項は、一方の遺伝子は発生したが他方の遺伝子は発生しなか
った回数である。Ａ及びＢの両方が存在したのは８回、両方が存在しなかったの
は１８回、遺伝子Ａが存在するが遺伝子Ｂが存在しなかったのは２回、遺伝子Ｂ
が存在するが遺伝子Ａが存在しなかったのは２回である。フィッシャーの正確確
率検定を用いて計算された、偶然の一致によって発生した上述の相関の確率（Ｐ
値）は、０．０００３である。相関は、通常Ｐ値が０．０１未満の場合に有意で
あると考えられる（Agresti, 前出; Rice, 前出）。
【００３７】 ２つの遺伝子の同時発現の確率を評価するこの方法は、幾つかの仮定に基づい
ている。この方法では、ライブラリー同士が独立であり、全く同じようにサンプ
リングされたこと仮定している。しかし、実際の状況では、選択されたｃＤＮＡ
ライブラリーは完全に独立ではない。２種以上のライブラリーが１名の患者又は
１個の組織から得られたものであり得るからである。また、それらは完全に全く
同じようにサンプリングされたものではない。各ライブラリーからは異なる数の
ｃＤＮＡが配列決定され得る（一般的にはライブラリー当たり５千〜１万種のｃ
ＤＮＡが配列決定される）からである。加えて、フィッシャーの正確確率検定に
よる同時発現確率は、各遺伝子に対して４１４１９種の他の遺伝子について計算
されるので、複数の統計学的検定のためのボンフェローニ補正が必要である。
【００３８】 本発明の方法を用いて、前立腺癌特異性の既知の遺伝子と強い関係又は同時発
現を示す８種の新規な遺伝子を特定した。これらの既知の前立腺癌特異性遺伝子
には、腺カリクレイン、前立腺精漿タンパク質、前立腺特異性抗原、及び前立腺
酸性ホスファターゼが含まれる。表５〜表１２に示したこの結果から、８種の新
規な遺伝子の発現が、癌特異性遺伝子具体的には前立腺癌特異性遺伝子の発現と
直接的又は間接的な相互関係を有することが分かった。従って、これらの新規な
遺伝子は、癌の診断、処置、予後、若しくは予防、又は癌の治療の評価において
利用し得る。更に、これらの８種の新規な遺伝子の遺伝子産物は、治療用タンパ
ク質及び抗癌治療の標的となり得る。
【００３９】 従って、或る実施態様では、本発明は、配列番号：１−８の配列を含むポリヌ
クレオチド配列を包含する。これらの８種のポリヌクレオチドは、本発明の方法
によって、前立腺癌特異性遺伝子及び相互に強い同時発現の相関性を有すること
が示されている。また本発明は、そのポリヌクレオチド配列の変異体、相補的配
列、又は上述の配列の中の１８個の連続したヌクレオチドを包含する。変異体ポ
リヌクレオチド配列は、一般的に、ＮＳＥＱとの少なくとも約７０％、より好ま
しくは約８５％、最も好ましくは少なくとも約９５％のポリヌクレオチド配列同
一性を有する。
【００４０】 変異体を特定するための好ましい方法の１つでは、ＮＳＥＱ及び／又はＰＳＥ
Ｑ配列を用いて、GenBankの霊長類（pri）、げっ歯類（rod）、及び哺乳類（mam
）、脊椎動物（vrtp）及び真核生物（eukp）データベース、SwissProt、BLOCKS
（Bairoch, A.等 (1997) Nucleic Acids Res. 25:217-221）、PFAM、及び以前に
同定されたモチーフ、配列、及び遺伝子の機能が注釈付きで含まれている他のデ
ータベースを検索する。ヌクレオチド及びアミノ酸配列を操作・解析するために
、二次構造のギャップペナルティと共に一次配列パターンを検索する方法（Smit
h, T.等 (1992) Protein Engineering 5:35-51）と共に、BLAST（Basic Local A
lignment Search Tool; Altschul, S.F. (1993) J. Mol. Evol 36:290-300; 及
びAltschul等 (1990) J. Mol. Biol. 215:403-41）、BLOCKS（Henikoff S.及びH
enikoff G.J. (1991) Nucleic Acids Research 19:6565-6572)、隠れマルコフモ
デル（HMM; Eddy, SR. (1996) Cur. Opin. Str. Biol. 6:361-365; 及びSonnham
mer, E.L.L.等 (1997) Proteins 28:405-420）等のアルゴリズムを用いることが
できる。これらのデータベース、アルゴリズム、及び他の方法は公知であり、Au
subel, F.M.等（1997; Short Protocols in Molecular Biolocy, John Wiley &
Sons, New York , NY ）及びMeyers, R.A.（1995; Molecular Bioloev and Biot
echnolney, Wiley VCH, Inc, New York, NY, p 856-853）に記載されている。
【００４１】 また本発明の範囲に含まれるものとして、ストリンジェントな条件の下で配列
番号：１−８、及びそれらの断片とハイブリダイズし得るポリヌクレオチド配列
がある。ストリンジェントな条件は、塩濃度、温度、及び他の化学物質及び公知
の条件によって決められる。詳述すると、ストリンジェンシー（厳密さ）は、塩
濃度を低下させたり、或いはハイブリダイゼーション温度を上昇させることによ
って高めることができる。
【００４２】 例えば、ストリンジェントな塩濃度は、通常約７５０ｍＭ未満のＮａＣｌ及び
７５ｍＭ未満の酢酸３ナトリウム、好ましくは約５００ｍＭ未満のＮａＣｌ及び
５０ｍＭ未満の酢酸３ナトリウム、最も好ましくは約２５０ｍＭ未満のＮａＣｌ
及び２５ｍＭ未満の酢酸３ナトリウムである。ストリンジェントな温度条件は、
通常、少なくとも約３０℃、より好ましくは少なくとも３７℃、最も好ましくは
少なくとも約４２℃の温度である。別のパラメータ、例えばハイブリダイゼーシ
ョン時間、界面活性剤（ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ））又は溶媒（ホルム
アミド）の濃度、及びキャリアＤＮＡの有無等を変えることも、当業者に公知で
ある。これらの条件についての別の変更は、当業者には容易に理解されよう（Wa
hl, G.M.及びS.L. Berger (1987) Methods Enzymol. 152:399-407; Kimmel, A.R
. (1987) Methods Enzymol. 152:507-511; Ausubel, F.M. 等 (1997) Short Pro
tocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, NY;及びSambroo
k, J.等 (1989) Molecular Cloning. A Laboratory Manual, Cold Spring Harbo
r Press, Plainview, NY）。
【００４３】 ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド配列を、部分的なヌクレ
オチド配列を利用して、様々な公知のＰＣＲをベースにした方法を用いて伸長さ
せ、プロモーター及び調節エレメントのような上流の配列を検出することができ
る。（例えば、Dieffenbach, C.W.及びG.S. Dveksler (1995; PCR Primer, a La
boratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Plainview, NY, pp.1-5); Sarka
r, G. (1993; PCR Methods Applic. 2:318-322); Triglia, T.等 (1988; Nuclei
c Acids Res. 16:8186); Lagerstrom, M.等 (1991; PCR Methods Applic. 1:111
-119);及びParker, J.D.等 (1991; Nucleic Acids Res. 19:3055-306)を参照。
）更に、ＰＣＲ法、入れ子プライマー、及びPROMOTERFINDERライブラリーを用い
て、ゲノムＤＮＡ内歩行を行うことができる（Clontech, Palo Alto, CA）。こ
の方法では、ライブラリーをスクリーニングする必要がなく、イントロン／エク
ソン接合部を探し出すのに有用である。全てのＰＣＲをベースにした方法のため
に、プライマーは、OLIGO 4.06 Primer Analysis software（National Bioscien
ces Inc., Plymouth MN）のような市販のソフトウェアや他の適切なプログラム
を用いて、長さが１８〜３０ヌクレオチドで、ＧＣ含量が５０％以上で、且つ約
６８〜７２℃の温度で鋳型配列にアニールするように設計することができる。
【００４４】 本発明の別の実施例では、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチ
ド配列を、組換えＤＮＡ分子に組み入れることにより、適切な宿主細胞内でのＰ
ＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチド、又はそれらの構造的又
は機能的断片の発現を誘導することができる。遺伝暗号固有の縮重のために、実
質的に同一又は機能的に等価な或いはをコードする他のＤＮＡ配列も作り出され
得、これらの配列をＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドを
発現させるために用いることができる。本発明のヌクレオチド配列は、様々な目
的でそのヌクレオチド配列を改変するために、公知の方法を用いて組み換えるこ
とができる。この配列改変の目的としては、以下に限定するものではないが、遺
伝子産物のクローニング、プロセシング、及び／又は発現の改変等が挙げられる
。無作為断片化によるＤＮＡ再編成や遺伝子の断片及び合成オリゴヌクレオチド
のＰＣＲによる再構成によって、ヌクレオチド配列を組み換えることができる。
例えば、オリゴヌクレオチドによって媒介される部位特異的突然変異誘発によっ
て、新たな制限部位の生成、グリコシル化パターンの変更、コドン選好の変更、
スプライスバリアントの作出等を行うための突然変異を導入することができる。
【００４５】 生物学的に活性なＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドを発現させるた
めには、ＮＳＥＱ、ＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド配列、又はそれらの
誘導体を適切なベクター、即ち適切な宿主内で挿入されたコーディング配列の転
写及び翻訳の調節に必要な配列を含むベクターに挿入することができる。これら
の配列としては、例えば、ベクターにおける及びＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコード
するポリヌクレオチド配列における、エンハンサー、構成的及び誘導的プロモー
ター、及び５’及び３’非翻訳領域等が挙げられる。当業者に公知の方法を用い
て、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド配列、及び適切な転写
及び翻訳の調節配列を含む発現ベクターを作製することができる。これらの方法
としては、in vitro組換えＤＮＡ技術、合成技術、及びin vivo遺伝子組換え等
が挙げられる（例えばSambrook（前出）及びAusuhel 参照）。
【００４６】 様々な発現ベクター／宿主細胞系を、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリ
ヌクレオチド配列を導入し、かつ発現させるために用いることができる。このよ
うなものとしては、以下に限定するものではないが、組換えバクテリオファージ
、プラスミド、又はコスミドＤＮＡ発現ベクターで形質転換された細菌のような
微生物；酵母発現ベクターで形質転換された酵母；ウイルスの発現ベクター（バ
キュロウイルス）を感染させた昆虫細胞系；ウイルスの発現ベクター、カリフラ
ワーモザイクウイルス（CaMV）又はタバコモザイクウイルス（TMV）、若しくは
細菌の発現ベクター（Ti又はpBR322プラスミド）で形質転換した植物細胞系；又
は動物細胞系等が挙げられる。本発明は、使用される宿主細胞によって限定され
るものではない。哺乳動物系において組換えタンパク質の長期間にわたる産生を
確保するためには、細胞系においてＮＳＥＱによってコードされるポリペプチド
が安定して発現されるのが望ましい。例えば、ウイルスの複製起点及び／又は内
在性発現エレメント及び選択マーカー遺伝子を同一の又は別のベクター上に有し
得る発現ベクターを用いて、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードする配列を細胞系に
形質転換することができる。
【００４７】 一般的に、ＮＳＥＱを含み、ＰＳＥＱを発現する宿主細胞は、当業者に公知の
様々な方法によって特定することができる。このような方法としては、以下に限
定するものではないが、ＤＮＡ−ＤＮＡ又はＤＮＡ−ＲＮＡハイブリダイゼーシ
ョン、ＰＣＲ法による増幅、及び核酸又はタンパク質の配列を検出及び／又は定
量するための、膜、溶液、又はチップを用いる技術を含むタンパク質バイオアッ
セイ又はイムノアッセイ等が挙げられる。ＰＳＥＱの発現の検出及び測定のため
の、特異的ポリクローナル抗体又はモノクローナル抗体の何れかを用いる免疫学
的方法が公知である。このような技術の例としては、酵素結合免疫検定法（ＥＬ
ＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、及び蛍光表示式細胞分取器法（Ｆ
ＡＣＳ）等が挙げられる。
【００４８】 ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド配列で形質転換した宿主
細胞を、そのタンパク質を発現させ、培地から回収するのに適した条件の下で培
養することができる。形質転換された細胞によって産生されるタンパク質は、使
用される配列及び／又はベクターに応じて分泌されるか若しくは細胞内に保持さ
れる。当業者には理解されるように、ＮＳＥＱのポリヌクレオチド又はＰＳＥＱ
をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱに
よってコードされるポリペプチドの原核細胞か真核細胞の細胞膜を通しての分泌
を誘導するシグナル配列を含むように設計することができる。
【００４９】 加えて、宿主細胞株は、望ましい方式で発現されるタンパク質をプロセシング
したり或いは挿入された配列の発現を変調するその細胞の能力について選択する
ことができる。このようなポリペプチドの修飾としては、限定するものではない
が、アセチル化、カルボキシル化、グリコシル化、リン酸化、脂質化、及びアシ
ル化等が挙げられる。タンパク質の「プレプロ」部分を切り離す翻訳後プロセシ
ングを利用して、タンパク質のターゲティング、折り畳み、及び／又は活性を特
定することもできる。翻訳後の活性のための特定の細胞装置及び特徴的な機構を
有する異なる宿主細胞（例えばCHO、HeLa、MDCK、HEK293、及びWI38）は、Ameri
can Type Culture Collection（ATCC, Bethesda, MD）から入手でき、外来タン
パク質の正しい修飾やプロセシングが確実に行われるように選択することができ
る。
【００５０】 本発明の別の実施態様では、天然の、修飾した、又は組み換え体のＮＳＥＱ又
はＰＳＥＱをコードする核酸配列を、異種の配列に連結して、上述の宿主系の何
れかにおいてヘテロのタンパク質部分を含む融合タンパク質の翻訳が行われるよ
うにする。そのようなヘテロなタンパク質の部分によって、市販のアフィニティ
マトリクスを用いた融合タンパク質の精製が容易になる。そのような部分として
は、以下に限定するものではないが、グルタチオンＳトランスフェラーゼ（GST
）、マルトース結合タンパク質（MBP）、シオレドキシン（Trx）、カルモジュリ
ン結合ペプチド（CBP）、6-His、FLAG、c-myc、赤血球凝集素（HA）、及びモノ
クローナル抗体のエピトープ等が挙げられる。
【００５１】 別の実施態様では、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードする配列の全体又は一部を
公知の化学的方法を用いて合成する（例えば、Caruthers, M.H.等 (1980) Nucl.
Acids Res. Symp. Ser. 215-223; Hom, T.等 (1980) Nucl. Acids Res. Symp.
Ser. 225-232;及びAusubel, (前出)を参照）。或いは、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱに
よってコードされるポリペプチド配列自体、又はその断片を化学的方法を用いて
合成し得る。例えば、ペプチドの合成は、様々な固相技術を用いて行うことがで
きる（Roberge, JY.等 (1995) Science 269:202-204）。また、ABI 431 A Pepti
de Synthesizer （Perkin Elmer）を用いて合成を自動化することができる。更
に、ＰＳＥＱ若しくはＮＳＥＱによってコードされるアミノ酸配列、又はそれら
の任意の一部分を、直接の合成の際に改変したり、及び／又は他のタンパク質又
はその任意の一部の配列と結合して改変して、ポリペプチド変異体を作り出すこ
とができる。
【００５２】 別の実施態様では、本発明は、配列番号：９、配列番号：１０、又はそれらの
断片からなる群から選択されたアミノ酸配列を含む、実質的に精製されたポリペ
プチドを包含する。配列番号：９は配列番号：４によってコードされ、細胞表面
受容体と相互作用する膜貫通タンパク質であり得る。配列番号：１０は配列番号
：８によってコードされ、ＧＰＩ結合細胞表面糖タンパク質、Ly-6/u-PARのファ
ミリーと配列の相同性を有し得る。
【００５３】 （診断及び治療） これらの遺伝子の配列を、細胞増殖に関係のある疾病、特に癌、より具体的に
は前立腺癌の診断、予後、処置、予防、及び治療の評価において用いることがで
きる。更に、この新規な遺伝子によってコードされるアミノ酸配列は、治療用の
タンパク質及び抗癌治療の標的となり得る。
【００５４】 或る好ましい実施態様では、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱによってコードされるポリ
ヌクレオチドのポリヌクレオチド配列を診断の目的で、ＰＳＥＱの不存在、存在
、及び過剰発現を判定したり、治療的介入の際にｍＲＮＡ又はＮＳＥＱによって
コードされるポリペプチドのレベルの調節をモニタリングするために用いる。こ
のポリヌクレオチドは、少なくとも１８個のヌクレオチドからなる長さを有し、
相補的ＲＮＡ及びＤＮＡ分子、変異した核酸、及びペプチド核酸（ＰＮＡ）であ
り得る。或いは、ＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドの発現
が疾病と相互関係を有する場合に、サンプルにおける遺伝子発現を検出・定量す
るためにこのポリヌクレオチドを用いる。更に、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコード
するポリヌクレオチドを用いて、疾病に関連する遺伝子の多型を検出することが
できる。これらの多型は、転写物ｃＤＮＡ又はゲノムレベルで検出することがで
きる。
【００５５】 そのプローブの特異性、即ちそのプローブが高度に特異的な領域（例えば５’
調節領域）、或いは特異性の低い領域（例えば保存モチーフ）の何れから作られ
たかということ、及びハイブリダイゼーション又は増幅の（最大の、高い、中程
度の、又は低い）ストリンジェンシーにより、そのプローブが自然発生のＰＳＥ
Ｑをコードする配列のみを同定するものであるか、アレル変異体や近縁な配列も
同定するものであるかが決まる。
【００５６】 プローブは、近縁な配列の検出のためにも用いることができ、好ましくは、Ｎ
ＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードする配列の何れかと少なくとも５０％の配列同一性
を有するべきである。
【００５７】 ＰＳＥＱをコードするＤＮＡに特異的なハイブリダイゼーションプローブを作
製するための手段としては、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチ
ド配列を、ｍＲＮＡプローブを作り出すためベクターにクローン化する方法があ
る。そのようなベクターは公知で、市販されており、適切なＲＮＡポリメラーゼ
及び適切な標識されたヌクレオチドを付加することによりin vitroでのＲＮＡプ
ローブの合成のために用いることができる。ハイブリダイゼーションプローブは
様々なリポーター分子、例えば32Ｐ又は35Ｓのような放射性核種、又は例えばア
ビジン／ビオチン結合系を介してプローブに結合するアルカリホスファターゼの
ような酵素標識によって標識することができる。ＰＳＥＱをコードするポリヌク
レオチド配列は、患者の組織や体液を用いる、サザンブロット法或いはノーザン
ブロット法、ドットブロット法或いは他の膜をベースにした技術や、ＰＣＲ技術
、及びマイクロアレイにおいて用いることによって、ＰＳＥＱの発現の変化を検
出することができる。このような定性的又は定量的試験法は当分野で公知である
。
【００５８】 ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするヌクレオチド配列を標準的な方法で標識し
、ハイブリダイゼーション複合体の形成に適した条件の下で患者の体液又は組織
のサンプルに加えることができる。適当なインキュベーション時間の経過後、サ
ンプルを洗浄し、シグナルを定量して標準値と比較する。患者のサンプルにおけ
るシグナルの量が標準値と比較して有意に異なっている場合には、サンプルにお
けるＮＳＥＱ及びＰＳＥＱをコードするヌクレオチド配列の濃度の変化の存在が
、関連する疾病の存在を示すことになる。このようなアッセイは、動物実験、臨
床試験における特定の治療的処置の有効性を評価するため、又は個々の患者に対
する処置の効果のモニタリングのために用いることもできる。
【００５９】 一旦疾病が確認され、治療プロトコルが開始されると、ハイブリダイゼーショ
ン又は増幅アッセイを定期的に反復して行って、患者における発現レベルが正常
な被験者において観察されるレベルに近付き始めたか否かを確認することができ
る。継続的なアッセイから得られる結果を用いて、数日間、或いは数ヶ月にわた
る期間での処置の効果を知ることができる。
【００６０】 このポリヌクレオチドを、細胞増殖に関連する様々な疾病の診断のために用い
ることができる。そのような疾病としては、例えば腺癌、白血病、リンパ腫、黒
色腫、骨髄腫、肉腫、奇形癌腫等の癌、具体的には副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、
乳房、子宮頚、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵
臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び
子宮の癌等が挙げられる。
【００６１】 或いは、このポリヌクレオチドをマイクロアレイにおけるターゲット（標的）
として用いることができる。マイクロアレイを用いて、多くの遺伝子の発現レベ
ルを同時にモニタリングし、かつスプライスバリアント、変異、及び多型を同定
することができる。この情報は、遺伝子の機能の決定、疾病の遺伝的な基礎の理
解、疾病の診断、及び治療薬の開発やその作用のモニタリングのために利用する
ことができる。
【００６２】 更に別の実施態様では、ポリヌクレオチドを、自然発生のゲノムの配列のマッ
ピングに役立つハイブリダイゼーションプローブを作り出すために用いることが
できる。蛍光in situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）は、他の物理的染色
体マッピング技術及び遺伝子地図データと相互関係を有し得る（例えば、Heinz-
Ulrich,等 (1995) in Meyers, R.A. (ed.) Molecular Biolocy and Biotechnolo
cy, VCH Publishers New York, NY, pp. 965-968参照）。
【００６３】 別の実施態様では、ＰＳＥＱに特異的に結合する抗体を、ＰＳＥＱ又はＮＳＥ
Ｑによってコードされるポリペプチドの過剰発現又は過少発現によって特徴付け
られる疾病の診断のために用いることができる。或いは、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱ
によってコードされるポリペプチドに結合し得る中和抗体が、ポリペプチドとの
結合について試験対象の物質と競合する競合的薬物スクリーニングアッセイを利
用することができる。この方法では、抗体を、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコ
ードされるポリペプチドと１個又は複数の抗原決定基を共有するあらゆるペプチ
ドの存在の検出のために用いることができる。ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコ
ードされるポリペプチドの診断アッセイとしては、ヒトの体液又は細胞又は組織
の抽出物に存在するＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドを
検出するために抗体及び標識を利用する方法がある。ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、及び
ＦＡＣＳ等の、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドを測定
するための様々なプロトコルが公知であり、このプロトコルがＰＳＥＱ又はＮＳ
ＥＱによってコードされるポリペプチドの発現のレベルの変化又は異常を診断す
るための基礎となる。ＰＳＥＱの発現の正常値又は標準値は、正常な被験体、好
ましくはヒトから採取された体液又は細胞抽出物とＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによっ
てコードされるポリペプチドとを、複合体形成に適した条件の下で結合すること
によって確立される。標準的な複合体形成量は、様々な方法、好ましくは測光手
段によって定量することができる。被検体、対照、及び生検組織からの疾病サン
プルにおいて発現されるＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチ
ドの量を、標準値と比較する。標準値と被験者の値との偏差から、疾病の診断又
はモニタリングのためのパラメータが確立される。
【００６４】 別の実施態様では、本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドを、癌の治療
又は癌の治療的処置のモニタリングのために用いることができる。ＮＳＥＱのポ
リヌクレオチド又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド、又はそれらの任意
の断片若しくは相補的分子を治療の目的で用いることができる。或る態様では、
ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチドに相補的な分子を、ｍＲＮ
Ａの転写又は翻訳をブロックすることが望ましい状況の下で用いることができる
。
【００６５】 レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペス或いはワクシニアウイルス由来の
発現ベクター、又は様々な細菌のプラスミド由来の発現ベクターを、標的の器官
、組織又は細胞集団にヌクレオチド配列を送達するために用いることができる。
ＰＳＥＱコードするポリヌクレオチドに相補的な核酸配列を発現するベクターは
、当業者に公知の方法を用いて作製することができる（例えば、Sambrook, (前
出); 及びAusubel, (前出)参照）。
【００６６】 ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド配列を有する遺伝子を、
ＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド又はその断片を高レベルで発現するベク
ターで細胞又は組織を形質転換することによりブロックすることができる。その
ような作製物は、翻訳不可能なセンス又はアンチセンス配列を細胞に導入するた
めに用いられ得る。転写開始部位に由来するオリゴヌクレオチド、例えば開始部
位の概ね−１０〜＋１０の範囲にある領域に由来するオリゴヌクレオチドが好適
である。同様に、三重らせん塩基対合法を用いて阻害を達成することができる。
三重らせん対合が有用なのは、三重らせん体が、ポリメラーゼ、転写制御因子、
又は調節分子の結合のために十分なだけ二重らせんがほどけて開く能力を阻害す
るからである。三重らせんＤＮＡを用いる最近の治療上の進歩については文献に
記載されている（例えば、Huber, B.E. 及びBI. Carr, Molecular and Immunolo
cic Anoroaches, Futura Publishing Co., Mt. Kisco, NY, pp. 163-177に記載
のGee, JE.等 (1994)参照）。ＲＮＡの特定の切断を触媒するために酵素性ＲＮ
Ａ分子であるリボザイムを用いることもできる。
【００６７】 ＲＮＡ分子は、その細胞内での安定性を高めたり半減期を長くするために修飾
することができる。可能な修飾としては、以下に限定するものではないが、その
分子の５’末端及び／又は３’末端への隣接配列の付加や、分子のバックボーン
内でホスホジエステラーゼ結合ではなくホスホロチオネートや２’O-メチルを使
用すること等が挙げられる。この考え方は、元々ＰＮＡの作製における考え方で
あり、非翻訳性の塩基を含めることによってこれらの分子の全てに拡張すること
ができる。前記非翻訳性塩基としては、内生エンドヌクレアーゼにより容易に認
識されることがないアデニン、シチジン、グアニン、チミン、及びウリジンのア
セチル−、メチル−、チオ−、及び類似の修飾形態のみならず、イノシン、キュ
エオシン、及びワイブトシン等が挙げられる。
【００６８】 細胞又は組織内にベクターを導入するための多くの方法が利用可能であり、そ
れらの方法は、in vivo、in vitro、及びex vivoでの使用にも同様に適している
。ex vivo治療の場合、患者から採取された幹細胞にベクターを導入し、自家移
植用にクローンとして増殖させ同じ患者に戻す方法がある。また、トランスフェ
クション、リポソーム注入、又はポリカチオンアミノポリマーによるデリバリー
は、公知の方法を用いて行うことができる（例えば、Goldman, C.K. 等 (1997)
Nature Biotechnology 15:462-466参照）。
【００６９】 更に、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドのアンタゴニ
スト又は抗体をＰＳＥＱの発現又は活性の上昇に関連する癌の処置又は予防のた
めに患者に投与し得る。そのポリペプチドに特異的に結合する抗体を、アンタゴ
ニストとして直接的に用いたり、或いはそのポリペプチドを発現する細胞又は組
織に薬物を送達するためのターゲティング又はデリバリー機構として間接的に用
いることができる。
【００７０】 ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドに対する抗体も公知
の方法を用いて作り出すことができる。そのような抗体としては、以下に限定す
るものではないが、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、及
び一本鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、及びＦａｂ発現ライブラリーによって作ら
れるフラグメント等を挙げることができる。中和抗体（即ち二量体形成を阻害す
るもの）は治療の用途に特に好適である。ＰＳＥＱに対するモノクローナル抗体
は、培地内の無制限増殖性細胞系によって抗体分子を産生する技術を用いて作製
することができる。このような技術としては、以下に限定するものではないが、
ハイブリドーマ技術、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術、及びＥＢＶ−ハイブリド
ーマ技術等が挙げられる。加えて、キメラ抗体の産生のために開発された技術も
用いることができる（例えば、Molecular Biology and Biotechnology, RA. Mye
rs, ed.,(1995)John Wiley & Sons, Inc., New York, NY参照）。或いは、一本
鎖抗体の産生のために開発された技術を用いても良い。ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱに
よってコードされるポリペプチド配列に対する特異的結合部位を含む抗体断片を
作り出すこともできる。
【００７１】 所望の特異性を有する抗体を特定するスクリーニングのために様々なイムノア
ッセイを用いることができる。確立した特異性を有するポリクローナル抗体かモ
ノクローナル抗体の何れかを用いる競合的結合アッセイ又は免疫放射線アッセイ
の多くのプロトコルが公知である。
【００７２】 更に、前記ポリペプチドの発現又は活性の低下に関連する癌の処置又は予防の
ために、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドのアゴニスト
を患者に投与し得る。
【００７３】 本発明の別の側面は、上述の治療効果の何れかを達成するために、医薬品組成
物又は滅菌組成物を医薬上許容される担体と共に投与することに関連する。この
ような医薬品組成物は、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチ
ド、前記ポリペプチドに対する抗体、及び前記ポリペプチドの模擬体（mimetics
）、アゴニスト、アンタゴニスト、又はインヒビターからなるものであり得る。
この医薬品組成物は、単独で、或いは例えば安定化剤のような一種類以上の他の
薬剤と組み合わせて滅菌した生体適合性の医薬用担体を用いて投与することがで
きる。このような担体としては、以下に限定するものではないが、生理食塩水、
緩衝食塩水、ブドウ糖、及び水等が挙げられる。このような組成物は、単独で、
又は他の薬剤、薬物、若しくはホルモンと組み合わせて患者に投与し得る。
【００７４】 本発明で用いられる医薬品組成物の投与経路としては、以下に限定するもので
はないが、経口投与、静脈内投与、筋内投与、動脈内投与、髄内投与、くも膜下
内投与、心室内投与、経皮投与、皮下投与、腹腔内投与、鼻腔内投与、経腸投与
、局所投与、舌下投与、又は直腸内投与等が挙げられる。
【００７５】 これらの医薬品組成物は、主成分に加えて、作用物質を医療上使用可能な製剤
に加工するのを容易にする、賦形剤及び添加剤のような適切な医薬上許容される
担体を含み得る。調合又は投与についての技術の詳細は、Reminetons Pharmaceu
tical Sciences （Maack Publishing Co., Easson, PA）の最新版において見出
すことができる。
【００７６】 あらゆる物質について、治療上有効な量は、初めに、新生物細胞、或いはマウ
ス、ラット、ウサギ、イヌ、又はブタのような動物モデルの何れかの細胞培地活
性において推定することができる。動物モデルは、適切な濃度範囲や投与経路を
決定するためにも用いることができる。次にこのような情報を利用して、人にお
ける有効な量や投与経路を決定することができる。
【００７７】 治療上有効な量とは、症状や状態を改善する有効成分、例えばＰＳＥＱ又はＮ
ＳＥＱによってコードされるポリペプチド又はそれらの断片、そのポリペプチド
の抗体、及びそのポリペプチドのアゴニスト、アンタゴニスト、若しくはインヒ
ビターの量である。治療上の有効性及び毒性は、細胞培地における標準的な薬学
上の方法又は実験動物を用いることによって、例えばＥＤ50（集団の５０％にお
いて治療上有効な投与量）又はＬＤ50（集団の５０％の致死投与量）の統計値を
計算することによって決定することができる。
【００７８】 上述の治療方法の何れも、例えばイヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ウサギ、サル、及
び最も好ましくはヒトのような哺乳動物を含む、そのような治療を必要とする任
意の被検体に適用することができる。
【００７９】
【実施例】
本発明は、本明細書に記載の特定の方法論、プロトコル、及び試薬に限定され
ず、それらは様々に変更可能であることを了解されたい。また、本明細書におい
て使用される用語は、特定の実施例のみを説明する目的で用いられており、請求
項の記載のみによって限定される本発明の真の範囲を限定することを意図したも
のでないことを了解されたい。以下の実施例は、本発明の単なる例示であり、本
発明をこの実施例に限定しようとするものではない。
【００８０】 １ PROSTUT05 ｃＤＮＡライブラリーの作製 例示として、PROSTUT05ライブラリーの作製について説明する。PROSTUT05 ｃ
ＤＮＡライブラリーは、年齢６９歳の白人男性から、根治的前立腺切除術の際に
採取された前立腺腫瘍組織から単離されたポリ（Ａ）ＲＮＡを用いて作製した。
病変は、右側周辺部に及ぶ腺癌（グリーソングレード３＋４）を示していた。腫
瘍は被膜に浸潤していたが、それを超えてはいなかった。神経周囲の浸潤が存在
していた。腺線維腫性過形成も存在していた。右精嚢には腫瘍が併発していた。
その患者には、前立腺特異性抗原（ＰＳＡ）の濃度の上昇がみられた。患者は、
部分的結腸切除術を受けたことがあり、喫煙の習慣があった。家族歴には、うっ
血性心不全、多発性骨髄腫、高脂血症、及びリウマチ性関節炎があった。
【００８１】 冷凍組織を、Brinkmann Homogenizer Polytron PT-3000（Brinkmann Instrume
nts, Westbury, NY）を用いて、グアニジニウムイソチオリアネート溶液中でホ
モジナイズし溶解した。溶解物を、Beckmann L8-70M超遠心分離機（Beckmann In
struments）においてBeckmann SW28ロータを用いて、周囲温度で１８時間、１分
当たり２５０００回転の回転速度で５．７Ｍ塩化セシウムのクッション上で遠心
分離した。ＲＮＡを酸性フェノールｐＨ４．７で抽出し、０．３Ｍ酢酸ナトリウ
ム及び２．５倍量のエタノールを用いて沈殿させ、ＲＮＡアーゼの無い水に再懸
濁した後、３７℃でＤＮアーゼによる処理を行った。次にｍＲＮＡの抽出及び沈
殿を前と同様に反復した。次にｍＲＮＡを、Qiagen Oligotex kit（QIAGEN, Inc
., Chatsworth, CA）を用いて単離し、それを用いてｃＤＮＡライブラリーを作
製した。
【００８２】 ｍＲＮＡを、ｃＤＮＡの合成及びプロスミドのクローニングのためのSuperScr
ipt Plasmid System（GIBCO/BRL）の推奨プロトコルに従って、ｍＲＮＡを取扱
った。ｃＤＮＡを、Sepharose CL4Bカラム（Pharmacia）上で分画化し、４００
ｂｐを越える大きさのｃＤＮＡを、pSPORT 1に連結した。次にプラスミドpSport
1をDH5aTMコンピテント細胞（Life Technologies, Gaithersburg, MD）に形質
転換した。
【００８３】 ２ ｃＤＮＡクローンの単離及び配列決定 プラスミドＤＮＡはその細胞から放出され、これをREAL Prep 96 Plasmid Kit
（QIAGEN）を用いて精製した。このキットによって、マルチチャネルディスペン
サを用いた９６穴ブロックにおける９６のサンプルの同時精製が可能となる。推
奨プロトコルを採用したが、以下の点を変更した。（１）２５ｍｇ／Ｌのカルベ
ニシリン及び０．４％のグリセロールを含む１ｍｌの滅菌Terrific Broth （Lif
e Technologies）において細菌を培養した。（２）植菌の後、培溶液を１９時間
インキュベートして、インキュベーションの終了時に細胞を０．３ｍｌの溶解バ
ッファーに溶解した。（３）イソプロパノール沈殿を行った後、プラスミドＤＮ
Ａのペレットを０．１ｍｌの蒸留水に再懸濁した。プロトコルの最終ステップの
後、サンプルを９６穴ブロックに移し、４℃で保管した。
【００８４】 ｃＤＮＡを調製し、その配列決定を、Peltier Thermal Cyclers （MJ Researc
h, Watertown, MAのPTC200）及びApplied Biosystems 377 DNA Sequencing Syst
emsと組み合わせてHamilton Micro Lab 2200 （Hamilton, Reno, NV）を用いて
、Sangerらの方法（1975, J. Mol. Biol.94:441f）により行った。
【００８５】 ３ 配列の選択、組立、及び特性化 同時発現解析のために用いられる配列は、ＥＳＴ配列、５’及び３’ロングリ
ード（longread）配列、及び完全長コーディング配列から組み立てられたもので
あった。選択された組立配列は、少なくとも３種のｃＤＮＡライブラリーにおい
て発現されたものであった。
【００８６】 配列組み立てプロセスについて以下説明する。ＥＳＴ配列のクロマトグラムを
処理し、且つ検証した。次にPHREDを用いてQualityスコアを得た（Ewing, B.等
(1998) Genome Res. 8:175-185; Ewing, B.及びP. Green (1998) Genome Res. 8
:186-194）。次に、編集された配列を関係型データベース管理システム（ＲＤＢ
ＭＳ）にロードした。ＥＳＴ配列を積（product）スコア５０でBLASTを用いてビ
ンの第１の組にクラスタ化した。２以上の配列のクラスタの全てを、ビン（bin
）として生成した。或るビンに表される重複する配列は、転写された遺伝子の配
列に対応する。
【００８７】 各ビン内での構成要素配列の組立は、ＤＮＡ断片の組立のための一般に入手可
能なプログラムであるPhrapを改良したものを用いて行った（Green, P., Univer
sity of Washington, Seattle, WA）。コンセンサス配列同士の間で局所的な塩
基対ごとのアライメントから８２％の同一性を示したビンを併合した。
【００８８】 NCBIのgbpri及びgenpeptのような公的データベースにおいて各ビンにおけるコ
ンセンサス配列をスクリーニングすることによってビンに注釈付けを行った。注
釈付けプロセスでは、GenBankにおけるgbpriデータベースにFASTnスクリーニン
グを行った。パーセント同一性が７０％以上でアライメント長さが１００塩基対
以上のヒットをホモログのヒットとして記録した。残った注釈付けされなかった
配列は、genpeptに対してFASTxスクリーニングを行った。Ｅ値が１０-8以下とな
るヒットをホモログのヒットとして記録する。
【００８９】 BLASTn及び高速でタンパク質及び核酸配列の比較及びデータベース検索を行う
プログラムであるCross-Match（Green, P., University of Washington, Seattl
e, WA）を順次用いて、配列の再クラスタ化を行った。スコアが１５０以上であ
る配列とコンセンサス配列とのBLASTアライメントについて、cross-matchを用い
て再度アライメントを取った。その配列をビンに加えたが、そのビンのコンセン
サス配列は、少なくとも８２％の同一性を有する局所アライメントの中で最も高
いSmith-Watermanスコアを与えるものであった。一致しない配列については新た
なビンを生成した。その新たなビンについて組立及びコンセンサス配列の生成プ
ロセスを実施した。
【００９０】 ４ 既知の前立腺癌特異性遺伝子の同時発現解析 ５種類の既知の前立腺癌特異性遺伝子を、前立腺癌に密接な関係がある遺伝子
の特定での本発明の同時発現解析方法の有効性を試験するために選択した。その
５種の既知の遺伝子は、前立腺特異性抗原、腺カリクレイン、前立腺精漿タンパ
ク質、前立腺酸性ホスファターゼ、及び前立腺トランスグルタミナーゼであった
。前述のように、本発明の方法により、それらの間の既知の遺伝子の強い相互関
係を特定することができ、このことは、本発明の同時発現解析方法が、前立腺癌
と密接な関係を有する遺伝子の特定において有効であることを示している。
【００９１】 表４は、既知の前立腺癌特異的遺伝子と最も密接な関係を有する上位１０種の
遺伝子を示す。これらの遺伝子は、それらのｐ値と共に提示されている。尚、表
の列の見出しは、以下のような意味を表す。即ち、 ・Ｐ値：フィッシャーの正確確率検定法を用いて求めた観察された同時発生の数
が偶然の一致である確率、 ・同時発現された遺伝子：有意な標的との同時発現を示す遺伝子、 ・発生数：関連する遺伝子が発生するライブラリーの数、 ・同時発生数：標的遺伝子と同時発現された遺伝子の両方が発生するライブラリ
ーの数、 ・標的のみの数：標的遺伝子のみが発生するライブラリーの数、 ・遺伝子のみの数：関連する遺伝子のみが発生するライブラリーの数、 ・非発生数：標的遺伝子も関連する遺伝子も発生しないライブラリーの数、 という意味を表す。
【表３】
【００９２】 標的として、前立腺特異性抗原は、調べられた５２２種のｃＤＮＡライブラリ
ーのなかの３８種において発生し、腺カリクレイン、前立腺精漿タンパク質、前
立腺酸性ホスファターゼ、及び前立腺トランスグルタミナーゼとの強い同時発現
を示した。その標的は、ヒトの神経ペプチドチロシン（ＮＰＹ）ｍＲＮＡとの強
い同時発現も示した。加えて、標的との強い同時発現を示した上位１０種の遺伝
子の４つは、新規にインサイト社において組み立てられた遺伝子であるインサイ
ト社遺伝子番号1816556、1864683、1344875、1651189、及び1646118であった。
これらの結果は表４に示されておりその関連確率は1.58E-13〜 1.53E-31の範囲
である。
【００９３】 他の４種の既知の前立腺癌特異性遺伝子、即ち腺カリクレイン、前立腺精漿タ
ンパク質、前立腺酸性ホスファターゼ、及び前立腺トランスグルタミナーゼを標
的遺伝子として用いた時にも似たような結果が観察された。これらの標的遺伝子
においては、その多くが癌関連である幾つかの既知の遺伝子との強い関連性も認
められた。その癌関連遺伝子は、ヒト神経ペプチドチロシン（ＮＰＹ）、TMPRSS
2によってコードされるヒト・セリンプロテアーゼ、ソルビトールデヒドロゲナ
ーゼアイソザイム、ヒトZn-α-2-糖タンパク質、及びMAT-8である。
【００９４】 ＮＰＹは、ヒトクロム親和細胞腫から初めて単離され（Minth, C. D.等 (1984
) Proc Natl Acad Sci 81(14): 4577-4581）、前立腺癌と関連を有することが報
告された（Rogatnick, L. A.等 (1990) Proc West Pharmacol Soc 33: 47-53; M
ack, D., G.等 (1997) Eur J Cancer 33:317-318）。TMPRSS2遺伝子は、アルギ
ニン（Arg）又はリジン（Lys）残基における切断に特異的なセリンプロテアーゼ
ドメインをコードする遺伝子として同定された（Paoloni-Giacobino, A.等 (199
7) Genomics 44:309-320）。TMPRSS2のプロテアーゼ活性は、共にヒト前立腺癌
特異性遺伝子であるＰＳＡ及びカリクレインのプロテアーゼ活性に類似している
。ソルビトールデヒドロゲナーゼアイソザイムは、前立腺を含むヒトの生殖器組
織のマーカーとして用いられてきた（Holmes, R. S.等 (1978) J Exp Zool 206:
279-88）。この酵素の強い活性は、生殖組織に損傷を与える。Zn-α-2-糖タン
パク質は、ホルモン応答性乳癌において同定された分泌性タンパク質であり（Fr
eije, J. P.等 (1993) Genomics 18:575-87）、乳癌のマーカーとして用いるこ
とが提案されてきた（Lopez-Boado, Y. S.等 (1994) Breast Cancer Res Treat
29: 247-58）。これは、５年間の乳癌生存について予後徴候となることが分かっ
ており（Hurlimann, J.及びU. van Melle (1991) Am J Clin Pathol 95:835-43
）、前立腺癌において異なった発現を示すことが報告された（Gagnon, S.等 (19
90) Am J Pathol 136: 1147-52）。MAT-8は、マウスの乳房腫瘍で特定され、続
けて原発性ヒト乳房腫瘍及び細胞系において特定された（Morrison, B. W.等 (1
995) J Biol Chem 270: 2176-82）。このMAT-8は、乳癌進行のマーカーとなるこ
とが分かった（Schiemann, S.等 (1998) Clin Exp Metastasis 16:129-39）。現
在までに、前立腺癌との関係は報告されていない。
【００９５】 ５ 新規な前立腺癌関連遺伝子の同定 同時発現解析を利用して、我々は、総数４１４１９個の組み立てられた遺伝子
配列のなかから前立腺癌と強い関連性を示す８種の新規な遺伝子を特定した。関
連性の程度は、確率値（Ｐ値）によって測定され、０．００００１未満のＰ値の
カットオフを有する。確率値の測定後、確率検定を行ったその遺伝子が既知の前
立腺癌特異性遺伝子と強い関連性を有することを確実にするために注釈付け及び
文献検索を行った。このプロセスを反復して、初めの４１４１９種の遺伝子が、
最終的な８種の前立腺癌関連遺伝子に絞られた。８種の新規な前立腺癌関連遺伝
子の同定の詳細は、表５〜表１２に提示されている。これらの表は、フィッシャ
ーの正確確率検定を用いて同時発現を測定したとき、各標的の新規な遺伝子につ
いてもっとも強い関連性を有する１０種の遺伝子を示している。列の見出しは、
実施例４において説明したのと同様の意味を有する。
【表４】
【００９６】 調べられた５２２種のｃＤＮＡライブラリーのなかの５５種において発生した
インサイト社遺伝子番号842349は、表５に示すように、腺カリクレイン、前立腺
精漿タンパク質、前立腺特異性抗原、及び前立腺酸性ホスファターゼを含む既知
の前立腺癌特異性遺伝子の幾つかとの強い同時発現を示した。842349は、ヒトTM
PRSS2によってコードされるセリンプロテアーゼとも強い関連性を示した。セリ
ンプロテアーゼは、実施例４において前立腺癌特異性の前立腺酸性ホスファター
ゼと強い関連性を有することが示された。更に、842349は、４種の新規なインサ
イト社遺伝子、1816556、1344875、1697453、及び1864683との強い関連性を示し
た。これらの結果は、842349が前立腺癌との関連性を有し、かつ842349が少なく
とも４種の新規なインサイト社遺伝子と機能上又は調節の面で関連性を有し得る
という見解と整合するものである。
【表５】
【００９７】 調べられた５２２種のｃＤＮＡライブラリーのなかの５種において発生したイ
ンサイト社遺伝子番号1682557は、図６に示すように、例えば腺カリクレイン、
前立腺酸性ホスファターゼ、及び前立腺特異性抗原のような既知の前立腺癌特異
性遺伝子の幾つかとの強い同時発現を示した。1682557は、リガンドをゲートと
する陽イオンチャネルで、シナプス後細胞における速やかな脱分極を生じさせる
神経伝達物質であるヒト・ニコチン様アセチルコリン受容体Ａとも強い同時発現
を示した。更に、表６は、1682557が、５種の新規なインサイト遺伝子、1816556
、1344875、1864683、1864804、3096181、及び1794279と強い関連性を有してい
ることを示している。これらの結果は、1682557が前立腺癌と関連性を有してお
り、かつ1682557が、少なくとも５種の新規なインサイト遺伝子と機能上又は調
節の面で関連性を有し得るという見解と整合する。
【表６】
【００９８】 調べられた５２２種のｃＤＮＡライブラリーのなかの２４種において発生した
インサイト社遺伝子番号1816556は、表７に示すように、腺カリクレイン、前立
腺酸性ホスファターゼ、及び前立腺特異性抗原、前立腺精漿タンパク質、及び前
立腺トランスグルタミナーゼのような既知の前立腺癌特異性遺伝子の幾つかとの
強い同時発現を示した。1816556は、前立腺トランスグルタミナーゼをコードす
る前立腺癌特異性遺伝子と強い関連性を有することを実施例４で示した、ヒトの
Zn-α-2-糖タンパク質の遺伝子とも強い関連性を示した。更に、1816556は、４
種の新規なインサイト社遺伝子、1344875、1864683、1651189、及び2819055との
強い同時発現を示した。これらの結果は、1816556が前立腺癌と関連を有し、か
つ1816556が少なくとも４種の新規なインサイト社遺伝子と機能上又は調節の面
で関連を有し得るという見解と整合する。
【表７】
【００９９】 調べられた５２２種のｃＤＮＡライブラリーのなかの４０種において発生した
インサイト社遺伝子番号1864683は、表８に示すように、前立腺特異性抗原、腺
カリクレイン、前立腺精漿タンパク質、前立腺酸性ホスファターゼ、及び前立腺
トランスグルタミナーゼのような既知の前立腺癌特異性遺伝子の幾つかとの強い
同時発現を示した。1864683は、前立腺酸性ホスファターゼをコードする前立腺
癌特異性遺伝子と強い関連を有することを実施例４で示したヒトのTMPRSS2によ
ってコードされたセリンプロテアーゼとも強い関連性を示した。更に1864683は
、新規なインサイト遺伝子、1344875、1816556、1651189、及び2819055との強い
同時発現を示した。これらの結果は、1864683が前立腺癌との関連性を有し、か
つ1864683が少なくとも４種の新規なインサイト遺伝子と機能上又は調節の面で
関連性を有し得るという見解と整合する。
【表８】
【０１００】 調べられた５２２種のｃＤＮＡライブラリーのなかの１０種において発生した
インサイト社遺伝子番号2187866は、表９に示すように、例えば前立腺酸性ホス
ファターゼ、腺カリクレイン、及び前立腺特異性抗原のような既知の前立腺癌特
異性遺伝子の幾つかと強い関連性を示した。2187866は、ヒトリンパ球ホスファ
ターゼ関連燐タンパク質（ＬＰＡＰ）遺伝子及びヒトのTMPRSS2によってコード
されたセリンプロテアーゼとも強い関連性を示した。ＬＰＡＰは非共有結合によ
ってチロシンホスファターゼＣＤ４５と結合する３２ｋＤａのタンパク質である
（Bruyns, E.等 (1998)Int Immunol 10: 185-94; Bruyns, E., A等. (1996) Gen
omics 38: 79-83）。実施例４で説明したように、TMPRSS2によってコードされた
セリンプロテアーゼは、前立腺酸性ホスファターゼをコードする前立腺癌特異性
遺伝子と関連性を有する。更に、2187866は、５種の新規なインサイト遺伝子、1
816556、1344875、1864683、2819055、及び843197と関連性を示した。これらの
結果は、2187866が前立腺癌との関連を有し、かつ2187866が少なくとも５種の新
規なインサイト遺伝子と機能上及び調節の面で関連性を有し得るという見解と整
合する。
【表９】
【０１０１】 調べられた５２２種のｃＤＮＡライブラリーのなかの２１種で発生したインサ
イト社遺伝子番号3096181は、表１０に示すように、腺カリクレイン、前立腺特
異性抗原、前立腺酸性ホスファターゼ、前立腺精漿タンパク質、及び前立腺トラ
ンスグルタミナーゼのような既知の前立腺癌特異性遺伝子の幾つかとの強い同時
発現を示した。3096181は、ヒトのZN-α-2-糖タンパク質及びヒトＴ細胞受容体
γ鎖の遺伝子とも強い同時発現を示した。実施例４で説明したように、ZN-α-2-
糖タンパク質のヒト遺伝子は、前立腺トランスグルタミナーゼをコードする前立
腺癌特異性遺伝子と関連を有する。ZN-α-2-糖タンパク質自体は、ホルモン応答
性乳癌において同定された（Freije等, 前出）。ヒトＴ細胞受容体γ／δは、乳
癌の患者の腫瘍浸潤性リンパ球において発現され（Alam, S.M.等 (1992) Immuno
l Lett 31:279-283）、かつ肝脾障害を示す悪性リンパ腫において発現される（F
arcet, J. P.等 (1990) Blood 75: 2213-2219）。Ｔ細胞γ陽性細胞は、癌患者
において過剰に発現される（Seki, S等 (1990) J Clin Invest 86: 409-15）。
更に、3096181は、３種の新規なインサイト遺伝子、1344875、1816556、及び186
4683との同時発現を示した。これらの結果は、3096181が前立腺癌との関連を有
し、かつ3096181が少なくとも３種の新規なインサイト遺伝子と機能上又は調節
の面で関連性を有し得るという見解と整合する。
【表１０】
【０１０２】 調べられた５２２種のｃＤＮＡライブラリーのなかの３４種で発生したインサ
イト社遺伝子番号3360806は、表１１に示すように、前立腺特異性抗原、腺カリ
クレイン、前立腺精漿タンパク質、及び前立腺トランスグルタミナーゼのような
既知の前立腺癌特異性遺伝子の幾つかとの強い同時発現を示した。3360806は、
前立腺トランスグルタミナーゼをコードする前立腺癌特異性遺伝子との関連性を
実施例４で示したZN-α-2-糖タンパク質のヒト遺伝子とも強い同時発現を示した
。ZN-α-2-糖タンパク質自体は、ホルモン応答性乳癌においても見出された（Fr
eije等,前出）。更に3360806は、５種の新規なインサイト遺伝子、1651189、186
4683、1344875、 1816556、及び1685861との関連性も示した。これらの結果は、
3360806が前立腺癌との関連を有し、かつ3360806が少なくとも５種の新規なイン
サイト遺伝子と機能上又は調節の面で関連性を有し得るという見解と整合する。
【表１１】
【０１０３】 調べられた５２２種のｃＤＮＡライブラリーのなかの７種において発生したイ
ンサイト社遺伝子番号3458076は、表１２に示すように、腺カリクレイン、前立
腺精漿タンパク質、前立腺酸性ホスファターゼ、前立腺特異性抗原、及び前立腺
トランスグルタミナーゼのような既知の前立腺癌特異性遺伝子の幾つかとの強い
同時発現を示した。3458076は、染色体１の長いアームの多型ＣＡマイクロサテ
ライト反復配列に隣接する領域である（Raymond, M. H.,等 (1987) GI 2182124,
GenBank）、ヒトジヌクレオチドリピートフランキング領域との関連性も示した
。この領域における遺伝子は特性化されていない。更に、3458076は、４種の新
規なインサイト遺伝子、1816556、1344875、1864683、及び1651189との同時発現
も示した。これらの結果は、3458076が前立腺癌との関連を有し、かつ3458076が
少なくとも４種の新規なインサイト遺伝子と機能上又は調節の面で関連性を有し
得るという見解と整合する。
【０１０４】 ６ 新規な前立腺癌関連遺伝子 表５〜表１２に示すデータから、８種の新規なインサイト社遺伝子が前立腺癌
に関連を有するものとして特定された。
【０１０５】 本発明の配列番号：１−１０のコンセンサス配列を含む核酸は、それぞれイン
サイト社クローン番号842349、1682557、1816556、1864683、2187866、3096181
、3360806、及び3458076から初めて特定され、且つ実施例３に従って組み立てら
れたものである。実施例７に従って配列番号：１−８についてBLAST及び他のモ
チーフ検索を行った。配列は翻訳され、既知の配列との配列の一致は認められな
かった。興味深いことに、配列番号：１の概ね１９５番目〜４４６番目のヌクレ
オチドによってコードされるアミノ酸配列は、マウスのＲＮＡポリメラーゼＩの
サブユニット、ＰＲＡ１６（GI 1778684）と５８％の配列同一性を示し、配列番
号：３の概ね１８５番目〜８２５番目のヌクレオチドによってコードされるアミ
ノ酸配列は、Sus scrofaエナメルマトリックスセリンプロテアーゼ（GI 2737921
）と約７６％の配列同一性を示した。エナメルマトリックスセリンプロテアーゼ
のプロテアーゼ活性は、共に既知のヒト前立腺癌特異性遺伝子であるＰＳＡ及び
カリクレインのプロテアーゼ活性と一致する。配列番号：９は、配列番号：４に
よってコードされるアミノ酸配列である。配列番号：９は２３１個のアミノ酸か
らなる長さを有する。１８８番目〜２０９番目の残基は膜貫通ドメインであり得
る領域を含み、１番目〜４７番目の残基はシグナルペプチド配列であり得る。配
列番号：９は、１００番目のＳ（以下Ｓ１００のように表記する。）及びＳ１４
２に２個のカゼインキナーゼＩＩリン酸化可能部位を有し、Ｓ１４７に１個のプ
ロテインキナーゼＣリン酸化可能部位を有し、細胞表面受容体と相互作用する残
基Ｒ９３ＧＤを包含する細胞接着配列であり得る配列を有する。配列番号：１０
は配列番号：８によってコードされるアミノ酸配列である。配列番号：１０は１
６２個のアミノ酸からなる長さを有する。８３番目〜９９番目の残基からなる断
片は、ＧＰＩ結合細胞表面糖タンパク質のファミリーであるLy-6/u-PARのBLOCK
シグネチャと類似する。また配列番号：１０は、Ｎ４に１個のＮグリコシル化可
能部位を有し、Ｔ４８にｃＡＭＰ−及びｃＧＭＰ依存性プロテインキナーゼリン
酸化可能部位を有し、Ｔ２５、Ｔ３４、Ｓ４４に３個のプロテインキナーゼＣリ
ン酸化可能部位を有する。
【０１０６】 ７ 前立腺癌関連遺伝子及びその遺伝子によってコードされるタンパク質の相
同性検索 ポリヌクレオチド配列の配列番号：１−８及びポリペプチド配列の配列番号：
９−１０を問い合わせ配列として用いて、例えばGenBank、SwissProtのようなデ
ータベースを検索した。これらのデータベースには既に同定された配列が注釈付
きで含められており、BLAST（Basic Local Alignment Tool; Altschul, S.F.等(
1990) J. Mol. Biol. 215: 403-410）及びSmith-Waterman alignment（Smith, T
等(1992) Protein Engineering 5:35-51）を用いて類似性を有する領域をこのデ
ータベースのなかから検索した。BLASTは、配列の一致を検索し、ヌクレオチド
配列で１０-25未満、ポリペプチド配列で１０-8未満の確率閾値を満たすものの
みを報告した。
【０１０７】 ポリヌクレオチド配列は、MOTIFS、SPSCAN、BLIMPS、及び隠れマルコフモデル
（HMM）ベースのプトロコルを利用して既知のモチーフのパターンについても解
析した。MOTIFS（Genetics Computer Group, Madison, WI）は、ポリペプチド配
列における、Prosite Dictionary of Protein Sites and Patterns（Bairoch, A
.等(1997) Nucleic Acids Res. 25:217-221）において定義されたものと一致す
るパターンを解析し、かつ見出されたパターン及びそれらの対応する文献の要約
を表示する。SPSCAN（Genetics Computer Group, Madison, WI）は、重み付けマ
トリクス法（Nielson, H.等(1997) Prot. Eng. 10: 1-6）を用いてシグナルペプ
チド配列であり得る配列を検索する。５以上のスコアを有するヒットが考慮され
る。BLIMPSは、重み付けマトリクスアルゴリズムを用いて、ポリペプチド配列と
、PROSITEデータベース（Henikoff, S.及びG. J. Henikoff (1991) Nucleic Aci
ds Res. 19:6565-6572; Bairoch等, 前出）からコンパイルされた、３−６０個
のアミノ酸からなる長さの短いアミノ酸のセグメント即ちブロックからなるデー
タベースであるBLOCKSに含められた配列、及び例えばSwissProt、GenBank、PIR
、及びNRL-3Dのようなソースから得られた冗長でない配列群をベースにしたタン
パク質フィンガープリントデータベースであるPRINTS（Attwood, T. K.ら (1997
) J. Chem. Inf. Comput. Sci. 37:417-424）に含められた配列との間の配列類
似性を検索する。本発明の目的のため、BLIMPS検索では、カットオフスコアが１
０００以上で、カットオフ確率値が1.0×10-3以上の一致が報告される。HMMベー
スのプロトコルは、確率論的方法に基づいており、タンパク質配列における遺伝
子ファミリーのコンセンサス一次構造を検索する（Eddy, S.R. (1996) Cur. Opi
n. Str. Biol. 6:361-365; Sonnhammer, E.L.L.等 (1997) Proteins 28:405-420
）。カットオフスコアが１０〜５０ビットの範囲にある５００種以上の既知のタ
ンパク質ファミリーを、本発明において用いるために選択した。
【０１０８】 ８ ポリヌクレオチドの延長 初めのプライマーは、OLIGO 4.06（National Biosciences, Plymouth, MN）、
或いは他の適切なプログラムを用いて設計したもので、約２２個から約３０個の
ヌクレオチドからなる長さで、５０％以上のＧＣ含量を有し、かつ約６８〜約７
２℃の温度で標的配列にアニールするように設計した。ヘアピン構造及びプライ
マー−プライマー二量体化を生じるようなあらゆるヌクレオチドのストレッチは
除いた。選択されたヒトｃＤＮＡライブラリー（Gibco/BRL）を用いて、この配
列を延長した。２段階以上の延長が必要または望ましい場合は、既知領域をさら
に延長するための追加のプライマーの組を設計する。
【０１０９】 XL-PCRキット（Perkin Elmer）の説明書の指示に従って、酵素と反応混合物と
を徹底的に混合することにより、高い忠実度の増幅がなされる。ＰＣＲは、Pelt
ier Thermal Cycler（PTC200；M.J. Reserch, Watertown MA）を用いてを用いて
行い、４０ｐｍｏｌの各プライマーと、推奨された濃度のキットの他の全ての成
分とから増幅を開始した。
【０１１０】 反応混合物の５〜１０μｌのアリコットを、低濃度（約０．６〜０．８％）ア
ガロースミニゲル上での電気泳動で解析して、配列を延長する反応が成功したか
否かを決定した。最も大きな生成物即ちバンドを選択して、ゲルから切り出し、
QIAQuickTM（QIAGEN Inc., Chatsworth, CA）を用いて精製し、Klenow酵素を用
いて一本鎖ヌクレオチドの延び出し（overhang）を切り取って、再結合及びクロ
ーニングを容易にする平滑末端を作った。
【０１１１】 エタノール沈殿の後、生成物を１３μｌの連結バッファーに再溶解し、１μｌ
のＴ４−ＤＮＡリガーゼ（１５単位）及び１μｌのＴ４ポリヌクレオチドキナー
ゼを加えて、その混合物を室温で２〜３時間、或いは１６℃で終夜インキュベー
トした。（４０μｌの適切な培養液中の）コンピテントな大腸菌細胞を、３μｌ
のライゲーション混合物を用いて形質転換し、８０μｌのＳＯＣ培地で培養した
。３７℃で１時間のインキュベーションの後、全ての形質転換混合物を、２ｘＣ
ａｒｂを含むLuria Bertani（ＬＢ）寒天上にのせた。後日、いくつかのコロニ
ーを各プレートから無作為に選択し、適切な市販の無菌の９６穴マイクロタイタ
ープレートの各のウェル内に入れられた１５０μｌの液状ＬＢ／２ｘＣａｒｂ培
地で培養した。
【０１１２】 ９ ハイブリダイゼーションプローブの標識及び使用 OLIGO4.06（National Bioscience）のような最新式のソフトウェアを用いてオ
リゴヌクレオチドを設計し、それぞれ５０ｐｍｏｌのオリゴマーと、２５０μＣ
ｉの［γ‐32Ｐ］アデノシン三リン酸（Amersham, Chicago, IL）及びＴ４ポリ
ヌクレオチドキナーゼ（DuPont NEN, Boston, MA）とを結合することによって標
識する。標識されたオリゴヌクレオチドを、Sephadex G-25超微粒子樹脂カラム
（Pharmacia & Upjohn, Kalamazoo, MI）を用いて精製する。毎分１０7カウント
の標識されたプローブを含むアリコットを、エンドヌクレアーゼAseI，Bgl II，
EcoRI，Pst I，Xba1或いはPvuII（DuPont NEN, Boston, MA）の１つを用いて消
化したヒトゲノムＤＮＡの、一般的な膜を用いるハイブリダイゼーション解析に
おいて用いる。
【０１１３】 各消化物からのＤＮＡを、０．７％アガロースゲル上で分画化して、ナイロン
膜（Nytran Plus, Schleicher & Schuell, Durham NH）にトランスファーする。
ハイブリダイゼーションは４０℃で１６時間かけて行う。非特異的シグナルを取
り除くため、ブロットを、０．１ｘクエン酸ナトリウム水及び０．５％ドデシル
硫酸ナトリウムまでの、段階的にストリンジェンシーが増す条件下で室温にて順
次洗浄する。XOMAT ARTMフィルム（Kodak, Rochester, NY）をブロットに数時間
露光した後、ハイブリダイゼーションパターンを視覚的に比較する。
【配列表】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ａ６１Ｐ 13/08 Ｃ０７Ｋ 14/47 ４Ｃ０８５ 35/00 16/18 ４Ｈ０４５ Ｃ０７Ｋ 14/47 Ｃ１２Ｎ 1/15 16/18 1/19 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/21 1/19 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 1/21 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ 5/10 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ Ｃ１２Ｐ 21/02 Ａ６１Ｋ 37/02 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ａ (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＵＧ，ＺＷ)，Ｅ Ａ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ ，ＴＭ)，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ，ＣＺ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＥ，ＧＨ，Ｇ Ｍ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ， ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，Ｎ Ｏ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＵＡ， ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＷ (72)発明者 フォルクマス、ウェイン アメリカ合衆国カリフォルニア州94025・ メンロパーク・＃１・ローブルアベニュー 783 (72)発明者 クリングラー、トッド・エム アメリカ合衆国カリフォルニア州94070・ サンカルロス・ドーバーコート 28 (72)発明者 スプリンザック、エイナット・エイ イスラエル国ラマット−ガン・タラードス トリート 20 Ｆターム(参考） 4B024 AA01 AA11 BA80 CA04 CA09 CA20 DA01 DA02 DA05 DA06 DA11 EA04 GA11 HA13 HA14 HA20 4B063 QA01 QA18 QA19 QQ43 QQ53 QQ79 QR08 QR32 QR42 QR56 QR62 QS25 QS33 QS34 QX02 QX10 4B064 AG01 CA01 CA02 CA19 CC01 CC24 DA01 DA13 4B065 AA01X AA26X AA58X AA72X AA87X AA93Y AB01 AC14 BA02 CA24 CA44 CA46 4C084 AA01 AA02 AA06 AA07 AA17 BA01 BA22 CA53 ZB262 4C085 AA13 BB01 DD88 GG02 GG03 GG04 GG06 GG08 4H045 AA10 AA11 AA20 AA30 BA10 CA40 DA75 EA28 EA51 FA71 FA74

Claims (20)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 細胞増殖に関連する疾病の診断又は治療に有用な生体分子
    を同定する方法であって、 （ａ）複数のｃＤＮＡライブラリーにおいて発現されるポリヌクレオチドの発
    現パターンを調べる過程であって、前記発現されたポリヌクレオチドが１個又は
    複数の前立腺癌特異性遺伝子及び１個又は複数の機能が未知の遺伝子を有する、
    該過程と、 （ｂ）前記前立腺癌特異性遺伝子の発現パターンと、機能が未知の遺伝子の発
    現パターンとを比較して、前立腺癌特異性遺伝子の発現パターンに類似する発現
    パターンを有する機能が未知の遺伝子のサブセットを特定する比較過程とを含む
    ことを特徴とする細胞増殖に関連する疾病の診断又は治療に有用な生体分子を同
    定する方法。
  2. 【請求項２】 前記ポリヌクレオチドが、ＥＳＴ、組み立てられた配列（
    assembled sequences）、完全長遺伝子コーディング配列、５’非翻訳領域、及
    び３’非翻訳領域からなる群から選択されたものであることを特徴とする請求項
    １に記載の方法。
  3. 【請求項３】 前記前立腺癌特異性遺伝子が、前立腺特異性抗原、前立腺
    酸性ホスファターゼ、カリクレイン、精漿タンパク質、及び前立腺特異性トラン
    スグルタミナーゼからなる群から選択されたものであることを特徴とする請求項
    １に記載の方法。
  4. 【請求項４】 前記比較過程が、 （ａ）発現されたポリヌクレオチドのそれぞれについて発生データベクトルを
    生成する過程と、 （ｂ）２以上の発現されたポリヌクレオチドについてのベクトルを解析して、
    同時発現の確率を決定する過程と、 （ｃ）前記２以上の発現されたポリヌクレオチドの同時発現の確率が特定の同
    時発現確率閾値より小さいか否かを決定する過程とを含むことを特徴とする請求
    項１に記載の方法。
  5. 【請求項５】 前記比較過程が、前記機能が未知の遺伝子のサブセットを
    翻訳し、対応するポリペプチドを生成する過程を含むことを特徴とする請求項１
    に記載の方法。
  6. 【請求項６】 請求項１の方法によって特定されたポリヌクレオチド。
  7. 【請求項７】 請求項５の方法によって特定されたポリペプチド。
  8. 【請求項８】 細胞増殖に関連する疾病の診断又は治療において有用な実
    質的に精製された生体分子であって、 前記生体分子が、 （Ａ）配列番号（SEQ ID NO）：１−８からなる群から選択されたポリヌクレ
    オチド、 （Ｂ）配列番号：９−１０からなる群から選択されたポリペプチドをコードす
    るポリヌクレオチド、 （Ｃ）（Ａ）又は（Ｂ）のポリヌクレオチドと少なくとも７０％の配列同一性
    を有するポリヌクレオチド、 （Ｄ）（Ａ）、（Ｂ）、又は（Ｃ）のポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレ
    オチド、 （Ｅ）（Ａ）、（Ｂ）、（Ｃ）、又は（Ｄ）のポリヌクレオチドの少なくとも
    １８個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、 （Ｆ）配列番号：９−１０からなる群から選択されたポリペプチド、 （Ｇ）（Ｆ）のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペ
    プチド、及び （Ｈ）（Ｆ）又は（Ｇ）のポリペプチドの少なくとも６個の連続するアミノ酸
    を含むポリペプチドからなる群から選択された生体分子であることを特徴とする
    細胞増殖に関連する疾病の診断又は治療において有用な実質的に精製された生体
    分子。
  9. 【請求項９】 （Ａ）配列番号：１−８からなる群から選択されたポリヌ
    クレオチド、 （Ｂ）配列番号：９−１０からなる群から選択されたポリペプチドをコードす
    るポリヌクレオチド、 （Ｃ）（Ａ）又は（Ｂ）のポリヌクレオチドと少なくとも７０％の配列同一性
    を有するポリヌクレオチド、 （Ｄ）（Ａ）、（Ｂ）、又は（Ｃ）のポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレ
    オチド、 （Ｅ）（Ａ）、（Ｂ）、（Ｃ）、又は（Ｄ）のポリヌクレオチドの少なくとも
    １８個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、及び （Ｆ）（Ａ）、（Ｂ）、（Ｃ）、（Ｄ）、又は（Ｅ）のポリヌクレオチドとス
    トリンジェントな条件の下でハイブリダイズするポリヌクレオチドからなる群か
    ら選択されたヌクレオチド配列を含むことを特徴とする請求項８に記載の実質的
    に精製された生体分子。
  10. 【請求項１０】 （Ａ）配列番号：９−１０からなる群から選択されたポ
    リペプチド、 （Ｂ）（Ａ）のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペ
    プチド、及び （Ｃ）（Ａ）又は（Ｂ）のポリペプチドの少なくとも６個の連続するアミノ酸
    を含むポリペプチドからなる群から選択するポリペプチド配列を含むことを特徴
    とする請求項８に記載の実質的に精製された生体分子。
  11. 【請求項１１】 請求項９のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
  12. 【請求項１２】 請求項１１の発現ベクターを含む宿主細胞
  13. 【請求項１３】 請求項１０のポリペプチドの製造方法であって、 （ａ）前記ポリペプチドの発現に適した条件の下で請求項１２の宿主細胞を培
    養する過程と、 （ｂ）前記宿主細胞の培地から前記ポリペプチドを回収する過程とを含むこと
    を特徴とする請求項１０のポリペプチドの製造方法。
  14. 【請求項１４】 請求項８の生体分子を適切な医薬用担体と共に含む医薬
    品組成物。
  15. 【請求項１５】 請求項１０のポリペプチドに特異的に結合する抗体。
  16. 【請求項１６】 生物学的サンプルにおいて標的ポリヌクレオチドを検出
    する方法であって、 （ａ）請求項９のポリヌクレオチドと標的ポリヌクレオチドとをハイブリダイ
    ズさせ、ハイブリダイゼーション複合体を形成する過程と、 （ｂ）前記ハイブリダイゼーション複合体を検出する過程であって、前記ハイ
    ブリダイゼーション複合体の存在が前記標的ポリヌクレオチドの存在との相互関
    係を有する、該過程とを含むことを特徴とする生物学的サンプルにおける標的ポ
    リヌクレオチドの検出方法。
  17. 【請求項１７】 疾病の診断又は処置において有用な生体分子を同定する
    方法であって、 （ａ）複数のｃＤＮＡライブラリーにおいて発現される複数の生体分子の発現
    パターンを調べる過程であって、前記発現される生体分子が１個又は複数の疾病
    特異性生体分子及び１個又は複数の機能が未知の生体分子を含む、該過程と、 （ｂ）前記疾病特異性生体分子の発現パターンと機能が未知の生体分子の発現
    パターンとを比較して、疾病特異性生体分子の発現パターンに類似する発現パタ
    ーンを有する機能が未知の生体分子のサブセットを特定する比較過程とを含むこ
    とを特徴とする疾病の診断又は処置において有用な生体分子を同定する方法。
  18. 【請求項１８】 前記比較過程が、 （ａ）発現される生体分子のそれぞれについて発生データベクトルを生成する
    過程と、 （ｂ）２以上の発現された生体分子の発生データベクトルを解析して、同時発
    現の確率を決定する過程と、 （ｃ）前記２以上の発現される生体分子の同時発現確率が特定の同時発現確率
    閾値より小さいか否かを決定する過程とを含むことを特徴とする請求項１７に記
    載の方法。
  19. 【請求項１９】 請求項１７の方法によって特定されたポリヌクレオチド
    。
  20. 【請求項２０】 請求項１７の方法によって特定されたポリペプチド。
JP2000556027A 1998-06-22 1999-06-15 前立腺癌関連遺伝子 Pending JP2002518048A (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US10261598A 1998-06-22 1998-06-22
US09/102,615 1998-06-22
PCT/US1999/013524 WO1999067384A2 (en) 1998-06-22 1999-06-15 Prostate cancer-associated genes

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2002518048A true JP2002518048A (ja) 2002-06-25

Family

ID=22290762

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2000556027A Pending JP2002518048A (ja) 1998-06-22 1999-06-15 前立腺癌関連遺伝子

Country Status (5)

Country Link
EP (1) EP1088072A2 (ja)
JP (1) JP2002518048A (ja)
AU (1) AU4823599A (ja)
CA (1) CA2331769A1 (ja)
WO (1) WO1999067384A2 (ja)

Families Citing this family (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7517952B1 (en) 1997-02-25 2009-04-14 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of prostate cancer
US20030185830A1 (en) 1997-02-25 2003-10-02 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of prostate cancer
US6630305B1 (en) 1999-11-12 2003-10-07 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of prostate cancer
US6943236B2 (en) 1997-02-25 2005-09-13 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of prostate cancer
US7202342B1 (en) 1999-11-12 2007-04-10 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of prostate cancer
US6902892B1 (en) 1998-10-19 2005-06-07 Diadexus, Inc. Method of diagnosing, monitoring, staging, imaging and treating prostate cancer
WO2000023111A1 (en) * 1998-10-19 2000-04-27 Diadexus Llc Method of diagnosing, monitoring, staging, imaging and treating prostate cancer
WO2000071711A2 (en) * 1999-05-20 2000-11-30 Fahri Saatcioglu Differentially expressed genes in prostate cancer
CO5450246A1 (es) * 1999-07-13 2004-10-29 Smithkline Beecham Corp Vacuna
WO2001034802A2 (en) * 1999-11-12 2001-05-17 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of prostate cancer
US7611892B2 (en) 2000-03-24 2009-11-03 President And Fellows Of Harvard College Prostate-specific or testis-specific nucleic acid molecules, polypeptides, and diagnostic and therapeutic methods
US20020009455A1 (en) * 2000-04-27 2002-01-24 Ted Lau DNA encoding a novel PROST 03 polypeptide
US7048931B1 (en) 2000-11-09 2006-05-23 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of prostate cancer
MXPA03004637A (es) * 2000-11-28 2003-09-05 Wyeth Corp Analisis de expresion de acidos nucleicos y polipeptidos kiaa utiles en diagnostico y tratamiento de cancer de prostata.
CA2446788A1 (en) * 2001-05-09 2002-11-14 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of prostate cancer
US7572887B2 (en) 2003-04-08 2009-08-11 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Gene expressed in prostate cancer, methods and use thereof
EP2148697B1 (en) 2007-05-24 2012-10-03 GlaxoSmithKline Biologicals S.A. Lyophilised cpg containing wt-1 composition

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5786148A (en) * 1996-11-05 1998-07-28 Incyte Pharmaceuticals, Inc. Polynucleotides encoding a novel prostate-specific kallikrein

Also Published As

Publication number Publication date
AU4823599A (en) 2000-01-10
CA2331769A1 (en) 1999-12-29
WO1999067384A3 (en) 2000-04-06
WO1999067384A2 (en) 1999-12-29
EP1088072A2 (en) 2001-04-04

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2002518048A (ja) 前立腺癌関連遺伝子
JP2002530077A (ja) 炎症関連遺伝子
JP2004526444A (ja) Ｓｔｅａｐ関連タンパク質
US6277574B1 (en) Genes associated with diseases of the kidney
WO2004076639A2 (en) Use of gene expression profiling in the diagnosis and treatment of lupus nephritis and systemic lupus erythematosus
JP2001515349A (ja) Ｔｍ４ｓｆヒト腫瘍関連抗原
JP2002536995A (ja) 結腸の疾患に関連する遺伝子
JP2011254830A (ja) 結腸癌に関するポリヌクレオチド
US20030215803A1 (en) Human genes and gene expression products isolated from human prostate
JP2001526914A (ja) ヒト・調節タンパク質
US20060275314A1 (en) Transmembrane protein differentially expressed in cancer
JP2002534088A (ja) インスリン合成遺伝子
JP2001525675A (ja) 腫瘍関連抗原
WO2002052005A1 (fr) Genes et proteines codees par ceux-ci
JP2004516813A (ja) 関連腫瘍マーカー
JP2004521611A (ja) 細胞周期で発現した遺伝子
JP2005505267A (ja) 癌において差次的に発現する膜貫通タンパク質
JP2002511736A (ja) ２つのヒト・ガレクチン−５ホモログ
JP2002523045A (ja) ヒトｒｎａ関連タンパク質
JP2002529086A (ja) コルチコステロイド合成関連遺伝子
JP2002525039A (ja) 神経伝達物質プロセシング関連遺伝子
CA2493263A1 (en) Novel gene associated with rheumatoid arthritis
US20060242721A1 (en) Gene families associated with liver cancer
JP2001518794A (ja) ヒトｇｔｐ結合タンパク質
JP2002514922A (ja) ヒト１型多発性内分泌腫瘍タンパク質