JP2002517996A

JP2002517996A - 短型のＡｐａｆ−１およびその使用方法

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Publication number: JP2002517996A
Application number: JP2000554762A
Authority: JP
Inventors: エマドエス．アルネムリ，
Original assignee: トーマスジェファーソンユニヴァーシティー
Priority date: 1998-06-16
Filing date: 1999-06-14
Publication date: 2002-06-25
Also published as: WO1999065937A9; AU4822999A; CA2330842A1; US6403765B1; WO1999065937A2; EP1086221A2; WO1999065937A3; AU752689B2

Abstract

(57)【要約】短型のＡｐａｆ−１核酸およびコードされたポリペプチドが提供される。また、自己プロセシングし得る自己オリゴマー化するカスパーゼ分子が提供される。１つの実施態様においては、本発明は、全細胞または再構成された成分のアッセイシステムを使用する、アポトーシスのインヒビターおよびエンハンサーを同定するための方法を提供する。さらないる実施態様においては、細胞に提供され得、それによってアポトーシスを誘導し得る、短型のＡｐａｆ−１および自己オリゴマー化するカスパーゼ構築物が、記載される。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】（技術分野）本発明は、一般的には、アポトーシスの調節に関し、そしてより詳細には、短
型のＡｐａｆ−１、ならびに短型のＡｐａｆ−１およびアポトーシスの調節因子
を同定するための自己オリゴマー化カスパーゼを使用する方法に関する。

【０００２】（発明の背景）アポトーシスは、組織の恒常性を維持するプログラムされた細胞死の正常な生
理学的プロセスである。正常な細胞の代謝回転を妨げるかまたは遅らせる、アポ
トーシス経路に対する変更は、細胞周期の調節における異常であるのとちょうど
同様に疾患の病因において重要であり得る。細胞周期調節タンパク質間での複雑
な相互作用を通じて制御される細胞分裂と同様に、アポトーシスは、細胞死を妨
げるかまたは誘導するかのいずれかである遺伝子産物の相互作用によって正常な
環境下で同様に調節される。

【０００３】アポトーシスは、胚の発生、免疫細胞の調節、および正常な細胞の代謝回転の
ような生理学的なプロセスの範囲において組織の恒常性を維持することにおいて
機能するので、調節されたアポトーシスの不全または欠失は、種々の病理学的な
疾患状態を導き得る。例えば、アポトーシスの欠失は、自己反応性リンパ球の病
理学的な蓄積を導き得、これは多くの自己免疫性疾患を引き起こす。アポトーシ
スの不適切な欠失または阻害もまた、ウイルスに感染した細胞および過増殖性の
細胞（例えば、新生物細胞または腫瘍細胞）の蓄積を導き得る。同様に、アポト
ーシスの不適切な活性化もまた、例えば、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）、
神経変性疾患、および虚血損傷を含む種々の病理学的な疾患状態に寄与し得る。
これらおよび他の病理学的な状態においてアポトーシス経路を調節するように特
異的に設計される処置は、これらの疾患の多くの自然な進行を変化させ得る。

【０００４】アポトーシスは、細胞性の遺伝子産物の多様なシグナルおよび複雑な相互作用
によって媒介されるが、これらの相互作用の結果は、最終的には、ヒトと無脊椎
動物との間で進化的に保存されている細胞死の経路に与える。この経路は、それ
自体、血液の凝固カスケードのものに類似のタンパク質溶解的な事象のカスケー
ドである。

【０００５】アポトーシスのプロセスを調節するいくつかの遺伝子ファミリーおよび遺伝子
産物が、現在同定されている。１つのファミリーは、アスパラギン特異的システ
インプロテアーゼ（「カスパーゼ」）である。ヒトのカスパーゼファミリーは、
例えば、Ｃｅｄ−３、ヒトＩＣＥ（インターロイキン−１−β転換酵素）（カス
パーゼ−１）、ＩＣＨ−１（カスパーゼ−２）、ＣＰＰ３２（カスパーゼ−３）
、ＩＣＥ_relＩＩ（カスパーゼ−４）、ＩＣＥ_relＩＩＩ（カスパーゼ−５）、Ｍ
ｃｈ２（カスパーゼ−６）、ＩＣＥ−ＬＡＰ３（カスパーゼ−７）、Ｍｃｈ５（
カスパーゼ−８）、ＩＣＥ−ＬＡＰ６（カスパーゼ−９）、Ｍｃｈ４（カスパー
ゼ−１０）などを含む。

【０００６】カスパーゼタンパク質は、いくつかの共通の特徴を共有する。これに関しては
、カスパーゼは、Ａｓｐ−Ｘ結合で基質を切断するシステインプロテアーゼ（活
性部位中のシステイン残基について命名された）である。さらに、カスパーゼは
、活性化のために特異的な内部のアスパラギン酸残基でのタンパク質溶解的切断
を必要とする、不活性な酵素前駆体として主に産生される。一次遺伝子産物は、
Ｎ末端ペプチド（プロドメイン）が、大きなサブユニットドメインに先行し、こ
れが小さなサブユニットドメインに先行するように配列される。大きなサブユニ
ットは、保存された活性部位のペンタペプチドＱＡＣＸＧ（Ｘ＝Ｒ，Ｑ，Ｇ）を
含む。これは、求核性のシステイン残基を含む。小さいサブユニットは、Ａｓｐ
カルボン酸側鎖および基質特異性を決定する他のものに結合する残基を含む。カ
スパーゼの切断によって、ヘテロダイマーを形成するように非共有的に結合する
２つのサブユニット（大きなサブユニット（一般的には、約２０ｋＤ）および小
さなサブユニット（一般的には、約１０ｋＤ））を生じる。そしていくつかのカ
スパーゼにおいては、種々の長さのＮ末端ペプチドを生じる。ヘテロダイマーは
、テトラマーを形成するように非共有的に組み合わせ得る。

【０００７】カスパーゼ酵素前駆体は、それ自体が、カスパーゼの基質である。各酵素前駆
体中のドメイン間結合の検査は、カスパーゼ活性化の分類体系的な関係を示す標
的部位（すなわち、プロテアーゼ部位）を明らかにする。このような経路を分析
することによって、カスパーゼがアポトーシスを生じるために必要とされること
が実証されている。さらに、カスパーゼが、伝統的なアポトーシスの特徴である
正確および限定的なタンパク質溶解事象のために必要とされることが、明らかで
ある（ＳａｌｖｅｓｅｎおよびＤｉｘｉｔ、Ｃｅｌｌ９１：４４３−４４６、
１９９７を参照のこと）。一旦活性化されると、ほとんどのカスパーゼは、イン
ビトロで、それら自身および他の不活性なプロカスパーゼをプロセシングし得、
そして活性化し得る（Ｆｅｒｎａｎｄｅｓ−Ａｌｎｅｍｒｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａ
ｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９３：７４６４−７４６９、１９９６；Ｓｒ
ｉｎｉｖａｓｕｌａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９３
：１３７０６−１３７１１、１９９６）。この特徴は、アポトーシスに関与して
いるカスパーゼが、プロカスパーゼのインヒビターおよび実行因子（ｅｘｅｃｕ
ｔｉｏｎｅｒ）の連続的な活性化のカスケードを通じてアポトーシスプログラム
を実行し得ることを示唆する（ＳａｌｖｅｓｅｎおよびＤｉｘｉｔ、Ｃｅｌｌ
９１：４４３−４４６、１９９７）。開始因子は、実行因子のプロセシングおよ
び活性化を担う。実行因子は、特徴的な形態学的な変化およびＤＮＡの断片化（
これらはしばしばアポトーシスに関係する）を導く多数の細胞性のタンパク質の
タンパク質溶解的切断を担う（Ｃｏｈｅｎ、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３２６：１−
１６、１９９７；Ｈｅｎｋａｒｔ，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ４：１９５−２０１、１
９９６；ＭａｒｔｉｎおよびＧｒｅｅｎ、Ｃｅｌｌ８２：３４９−３５２、１
９９５；ＮｉｃｈｏｌｓｏｎおよびＴｈｏｒｎｂｅｒｒｙ、ＴＩＢＳ２５７：
２９９−３０６、１９９７；Ｐｏｒｔｅｒら、ＢｉｏＥｓｓａｙｓ１９：５０
１−５０７、１９９７；ＳａｌｖｅｓｅｎおよびＤｉｘｉｔ、Ｃｅｌｌ９１：
４４３−４４６、１９９７）によって概説されている）。アポトーシスのカスパ
ーゼカスケードについての最初の証拠は、死のレセプターシグナル伝達について
の研究から得られた（ＦｒａｓｅｒおよびＥｖａｎ、Ｃｅｌｌ８５：７８１−
７８４、１９９６；Ｎａｇａｔａ、Ｃｅｌｌ８８：３５５−３６５、１９９７
によって概説されている）。これは、死のシグナルが、開始因子であるプロカス
パーゼ−８および実行因子であるプロカスパーゼ−３の連続的な活性化によって
一部伝達されることを示す（Ｂｏｌｄｉｎら、Ｃｅｌｌ８５：８０３−８１５
、１９９６；Ｆｅｒｎａｎｄｅｓ−Ａｌｎｅｍｒｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａ
ｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９３：７４６４−７４６９、１９９６；Ｍｕｚｉｏら
、Ｃｅｌｌ８５：８１７−８２７、１９９６；Ｓｒｉｎｉｖａｓｕｌａら、Ｐ
ｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９３：１３７０６−１３７１１
、１９９６）。より直接的な証拠が、最近提供されている。ここでは、チトクロ
ームｃの死のシグナルがプロカスパーゼ−９およびプロカスパーゼ−３を含むカ
スケードの活性化を通じて伝達されることが実証された（Ｌｉら、Ｃｅｌｌ９
１：４７９−４８９、１９９７）。

【０００８】しかし、開始因子カスパーゼが、プロカスパーゼ−８およびプロカスパーゼ−
９が同様に活性化されるかどうかは未だ明らかではない。Ａｐａｆ−１がプロカ
スパーゼ−９の活性化において役割を果たすことは既知であるが、実際の機構は
未だ決定されていない。

【０００９】従って、Ａｐａｆ−１によって媒介されるカスパーゼ活性に影響を与えるそれ
らの能力について化合物をアッセイする方法、ならびに疾患および症候群を処置
するためにアポトーシスを調節する方法の必要性が、当該分野で存在する。本発
明は、この必要性を満たし、一方、他の関連する利点をさらに提供する。

【００１０】（発明の要旨）本発明は、一般的には、短型のＡｐａｆ−１を提供する。１つの局面において
は、本発明は、短型のＡｐａｆ−１またはその改変体をコードする単離された核
酸分子を提供する。１つの実施態様においては、コードされた短型のＡｐａｆ−
１は、ヒトの短型のＡｐａｆ−１である。別の実施態様においては、ヒトの短型
のＡｐａｆ−１は、配列番号２のアミノ酸配列またはその改変体を有する。別の
実施態様においては、短型のＡｐａｆ−１をコードする核酸分子またはその改変
体は、配列番号１の核酸配列またはその改変体を有する。別の実施態様において
は、核酸分子は、カスパーゼとオリゴマー化する短型のＡｐａｆ−１またはその
フラグメントをコードする。なお別の実施態様においては、核酸分子は、カスパ
ーゼとオリゴマー化する配列番号２のアミノ酸配列またはその改変体を有する、
ヒトの短型のＡｐａｆ−１をコードする。

【００１１】本発明の別の局面は、上記に言及した短型のＡｐａｆ−１またはその改変体を
コードする核酸分子のいずれかを含む発現ベクターを提供することである。ここ
で、短型のＡｐａｆ−１をコードする核酸分子は、プロモーターに作動可能に連
結される。１つの実施態様においては、プロモーターは誘導性である。なお別の
局面においては、本発明は、このような発現ベクターでトランスフェクトされた
宿主細胞を提供する。特定の実施態様においては、宿主細胞は、細菌、昆虫細胞
、または哺乳動物細胞であり得る。

【００１２】本発明の別の局面は、単離された短型のＡｐａｆ−１ポリペプチドまたはその
フラグメントに関する。１つの実施態様においては、単離された短型のＡｐａｆ
−１ポリペプチドまたはそのフラグメントは、カスパーゼとオリゴマー化する。
別の実施態様においては、単離された短型のＡｐａｆ−１ポリペプチドまたはそ
のフラグメントは、ヒトの短型のＡｐａｆ−１であり、これは、さらなる実施態
様においては、カスパーゼとオリゴマー化し得る。特定の実施態様においては、
単離された短型のＡｐａｆ−１ポリペプチドまたはそのフラグメントがオリゴマ
ー化するカスパーゼは、カスパーゼ−１、カスパーゼ−２、カスパーゼ−３、カ
スパーゼ−４、カスパーゼ−５、カスパーゼ−６、カスパーゼ−７、カスパーゼ
−８、カスパーゼ−９、カスパーゼ−１０、カスパーゼ−１１、カスパーゼ−１
２、またはカスパーゼ−１３であり得る。特定の実施態様においては、単離され
たヒトの短型のＡｐａｆ−１ポリペプチドまたはそのフラグメントがオリゴマー
化するカスパーゼは、カスパーゼ−１、カスパーゼ−２、カスパーゼ−３、カス
パーゼ−４、カスパーゼ−５、カスパーゼ−６、カスパーゼ−７、カスパーゼ−
８、プロカスパーゼ−９、カスパーゼ−１０、カスパーゼ−１１、カスパーゼ−
１２、またはカスパーゼ−１３であり得る。別の実施態様においては、単離され
たヒトの短型のＡｐａｆ−１ポリペプチドまたはそのフラグメントは、配列番号
２またはその改変体を含む。別の実施態様においては、単離されたヒトの短型の
Ａｐａｆ−１ポリペプチドまたはそのフラグメントは、配列番号１またはその改
変体によってコードされる。

【００１３】本発明の別の局面は、Ａｐａｆ−１によって媒介されるカスパーゼのプロセシ
ングのインヒビターまたはエンハンサーを、短型のＡｐａｆ−１またはそのフラ
グメントおよび１つ以上のカスパーゼを含有するサンプルを、候補のインヒビタ
ーまたは候補のエンハンサーと接触させること、ならびに大きなカスパーゼサブ
ユニットおよび小さなカスパーゼサブユニットの存在を検出すること、ならびに
それによってカスパーゼのプロセシング活性のレベルを決定することによって同
定する方法を提供することである。ここで、プロセシングにおける減少は、カス
パーゼのプロセシングのインヒビターの存在を示す。そしてここで、プロセシン
グにおける増大は、カスパーゼのプロセシングのエンハンサーの存在を示す。本
発明のこの局面の１つの実施態様においては、少なくとも１つのカスパーゼが、
プロカスパーゼ−９またはその機能的なフラグメントである。別の実施態様にお
いては、カスパーゼは、インビトロで翻訳され、そして標識される。さらなる実
施態様においては、標識は、放射性標識、ペプチドタグ、酵素、またはビオチン
であり得る。

【００１４】本発明の別の局面は、Ａｐａｆ−１によって媒介されるカスパーゼのプロセシ
ングのインヒビターまたはエンハンサーを、上記の短型のＡｐａｆ−１またはそ
の改変体をコードする核酸を発現するベクターでトランスフェクトした細胞を、
候補のインヒビターまたは候補のエンハンサーと接触させること、大きなカスパ
ーゼサブユニットおよび小さなカスパーゼサブユニットの存在を検出すること、
ならびにそれによってカスパーゼのプロセシング活性のレベルを決定することに
よって同定する方法を提供する。ここで、プロセシングにおける減少は、カスパ
ーゼのプロセシングのインヒビターの存在を示す。そしてここで、プロセシング
における増大は、カスパーゼのプロセシングのエンハンサーの存在を示す。

【００１５】Ａｐａｆ−１によって媒介されるカスパーゼのプロセシングのインヒビターま
たはエンハンサーを同定するこれらの方法の特定の実施態様においては、検出工
程はゲル電気泳動を含む。

【００１６】本発明の別の局面に関しては、上記の短型のＡｐａｆ−１またはその改変体を
発現するベクターでトランスフェクトされた細胞を、候補のインヒビターまたは
候補のエンハンサーと接触させること、ならびに細胞の生存性を検出することに
よる、Ａｐａｆ−１によって媒介されるアポトーシスのインヒビターまたはエン
ハンサーを同定するための方法が、提供される。ここで、細胞の生存性における
増大はインヒビターの存在を示し、そして細胞の生存性における減少はエンハン
サーの存在を示す。

【００１７】本発明の別の局面は、短型のＡｐａｆ−１ポリペプチドをコードする核酸分子
の有効量を細胞に送達し、そしてポリペプチドの発現に十分な条件下で細胞を維
持することによる、細胞中でアポトーシスを誘導するための方法を提供すること
である。１つの実施態様においては、送達工程は、細胞中に核酸分子を注入する
ことを含む。別の実施態様においては、送達工程は、核酸分子を、細胞が位置す
る温血哺乳動物の循環系に対して投与することを含む。

【００１８】本発明の別の局面においては、短型のＡｐａｆ−１をコードする核酸分子に相
補的である核酸配列を含むアンチセンス核酸分子が、提供される。

【００１９】本発明の別の局面においては、上記の短型のＡｐａｆ−１またはその改変体を
コードする核酸分子を含む遺伝子送達ビヒクルが提供される。ここで、核酸分子
は、プロモーターに作動可能に連結される。特定の実施態様においては、ビヒク
ルは、レトロウイルスまたはアデノウイルスである。特定の他の実施態様におい
ては、核酸分子は、ポリカチオンと結合される。特定の他の実施態様においては
、遺伝子送達ビヒクルはさらに、細胞表面レセプターに結合するリガンドを含み
得る。

【００２０】本発明はまた、上記のような短型のＡｐａｆ−１またはその改変体をコードす
る核酸分子を含む遺伝子送達ビヒクルを患者に投与することによる、ガンを処置
する方法を提供する。ここで、核酸分子はプロモーターに作動可能に連結させら
れ、そしてここで遺伝子送達ビヒクルは、腫瘍細胞によってインターナライズさ
れる。

【００２１】別の局面においては、本発明は、上記のような短型のＡｐａｆ−１またはその
改変体をコードする核酸分子を含む遺伝子送達ビヒクルを患者に投与することに
よる、自己免疫疾患を処置する方法を提供する。ここで、核酸分子はプロモータ
ーに作動可能に連結され、そしてこれはさらに、レトロウイルスまたはアデノウ
イルスであり得、核酸分子は細胞表面レセプターに結合するポリカチオンまたは
リガンドと結合され得、そしてここで遺伝子送達ビヒクルは、自己免疫疾患を媒
介する細胞によってインターナライズされる。

【００２２】本発明の別の局面は、Ａｐａｆ−１によって媒介されるカスパーゼのプロセシ
ングのインヒビターを、上記の短型のＡｐａｆ−１またはその改変体を発現する
誘導性の発現ベクターでトランスフェクトした細胞を、候補のインヒビターと接
触させること；短型のＡｐａｆ−１の発現を誘導し得るインデューサーと、トラ
ンスフェクトさせた細胞とを接触させること、ならびに大きなカスパーゼサブユ
ニットおよび小さなカスパーゼサブユニットの存在を検出すること、ならびにそ
れによってカスパーゼのプロセシング活性のレベルを決定することによって同定
する方法を提供する。ここで、プロセシングにおける減少は、カスパーゼのプロ
セシングのインヒビターの存在を示す。１つの実施態様においては、検出工程は
ゲル電気泳動を含む。

【００２３】本発明の別の局面においては、Ａｐａｆ−１によって媒介されるアポトーシス
のインヒビターを、上記の短型のＡｐａｆ−１またはその改変体を発現する誘導
性の発現ベクターでトランスフェクトした細胞を、候補のインヒビターと接触さ
せること、短型のＡｐａｆ−１の発現を誘導し得るインデューサーと、トランス
フェクトした細胞とを接触させること；および細胞の生存性を検出することによ
って同定するための方法が提供される。ここで、細胞の生存性における増大は、
インヒビターの存在を示す。

【００２４】本発明の別の局面は、アポトーシスのインヒビターを、自己オリゴマー化しそ
して自己プロセシングするカスパーゼを発現し得る誘導性の発現ベクターでトラ
ンスフェクトした細胞を、候補のインヒビターと接触させること；自己オリゴマ
ー化するカスパーゼの発現を誘導し得るインデューサーと、トランスフェクトし
た細胞とを接触させること、ならびに大きなカスパーゼサブユニットおよび小さ
なカスパーゼサブユニットの存在を検出すること、ならびにそれによってカスパ
ーゼのプロセシング活性のレベルを決定することによって同定する方法を提供す
る。ここで、プロセシングにおける減少は、アポトーシスのインヒビターの存在
を示す。１つの実施態様においては、検出工程はゲル電気泳動を含む。

【００２５】本発明の別の局面は、アポトーシスのインヒビターを、自己オリゴマー化しそ
して自己プロセシングするカスパーゼを発現し得る誘導性の発現ベクターでトラ
ンスフェクトした細胞を、候補のインヒビターと接触させること、自己オリゴマ
ー化するカスパーゼの発現を誘導し得るインデューサーとトランスフェクトさせ
た細胞とを接触させること、および細胞の生存性を検出することによって同定す
る方法を提供する。ここで、細胞の生存性における増大は、インヒビターの存在
を示す。

【００２６】本発明の別の局面は、カスパーゼ−９プロドメインをコードする核酸分子の有
効量を細胞に送達すること；およびポリペプチドの発現に十分な条件下で細胞を
維持することによる、細胞におけるアポトーシスを阻害するための方法を提供す
る。

【００２７】本発明の別の局面は、自己オリゴマー化するカスパーゼ−９ポリペプチドをコ
ードする核酸分子の有効量を細胞に送達すること；およびポリペプチドの発現に
十分な条件下で細胞を維持することによる、細胞におけるアポトーシスを誘導す
るための方法を提供する。１つの実施態様においては、送達工程は、核酸分子を
細胞に注入することを含む。別の実施態様においては、送達工程は、細胞が位置
する温血哺乳動物の循環系に核酸分子を投与することを含む。

【００２８】本発明の別の局面は、自己オリゴマー化するカスパーゼ−９ポリペプチドをコ
ードする核酸分子を含む遺伝子送達ビヒクルを提供する。ここで核酸分子は、プ
ロモーターに作動可能に連結される。特定の実施態様においては、ビヒクルは、
レトロウイルスまたはアデノウイルスである。特定の他の実施態様においては、
核酸分子はポリカチオンと結合される。特定の他の実施態様においては、遺伝子
送達ビヒクルは、細胞表面レセプターに結合するリガンドをさらに含み得る。

【００２９】別の局面に関しては、本発明は、自己オリゴマー化するカスパーゼ−９ポリペ
プチドをコードする核酸分子を含む遺伝子送達ビヒクルを患者に投与することに
よる、ガンを処置する方法を提供する。ここで核酸分子は、プロモーターに作動
可能に連結される。ここで、遺伝子送達ビヒクルは腫瘍細胞によってインターナ
ライズされる。特定の実施態様においては、ビヒクルは、レトロウイルスまたは
アデノウイルスである。特定の他の実施態様においては、核酸分子はポリカチオ
ンと結合される。そして、特定の他の実施態様においては、遺伝子送達ビヒクル
は、細胞表面レセプターに結合するリガンドをさらに含み得る。

【００３０】本発明のなお別の局面は、自己オリゴマー化するカスパーゼ−９ポリペプチド
をコードする核酸分子を含む遺伝子送達ビヒクルを患者に投与することによる、
自己免疫疾患を処置する方法を提供することである。ここで核酸分子は、プロモ
ーターに作動可能に連結される。そしてここで、遺伝子送達ビヒクルは腫瘍細胞
によってインターナライズされる。特定の実施態様においては、ビヒクルは、レ
トロウイルスまたはアデノウイルスである。特定の他の実施態様においては、核
酸分子はポリカチオンと結合される。

【００３１】本発明のこれらおよび他の局面は、以下の詳細な説明および添付の図面を参照
して明らかとなる。さらに、より詳細に特定の手順または組成物（例えば，プラ
スミドなど）を記載する種々の参考文献を以下に示し、そして従って、それらの
全体が参考して援用される。

【００３２】（発明の詳細な説明）本発明を示す前に本明細書中以降、使用される特定の用語の定義を示すことは
、その理解を助け得る。

【００３３】「短型のＡｐａｆ−１」は、天然のヒトの配列の６０％未満、およびいくつか
の実施態様においては、５０％未満、ならびに他の実施態様においては４５％未
満を含み、そしてチトクロームｃおよびｄＡＴＰの非存在下でカスパーゼとオリ
ゴマー化し得る、Ａｐａｆ−ａ分子をいう。簡潔には、Ａｐａｆ−１は、Ｃ．ｅ
ｌｅｇａｎｓＣＥＤ−４の機能的なホモログである（ＹｕａｎおよびＨｏｒｖ
ｉｔｚ、Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ１１６：３０９−３２０、１９９２；Ｚｏｕ
ら、Ｃｅｌｌ９０：４０５−４１３、１９９７）。これは３個の機能的なドメ
イン（短いＮ末端ＣＡＲＤ（ｃａｓｐａｓｅｒｅｃｒｕｉｔｍｅｎｔｄｏｍ
ａｉｎ）（Ｈｏｆｍａｎｎら、ＴｒｅｎｄｓＢｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．２５７
：１５５−１５６、１９９７）、中央のＣＥＤ−４相同ドメイン、および長いＷ
Ｄ−４０反復ドメイン）から構成される。Ａｐａｆ−１のｄＡＴＰの存在下での
チトクロームｃへの結合は、そのＣＡＲＤを曝し、これは次いで、プロカスパー
ゼ−９のプロドメイン中の対応するモチーフに結合し、この複合体へのその漸増
を生じる（Ｌｉら、Ｃｅｌｌ９１：４７９−４８９、１９９７）。プロカスパ
ーゼ−９のＡｐａｆ−１複合体に対する漸増は、依然として未知である機構によ
るその活性化を生じる。

【００３４】本発明の短型のＡｐａｆ−１分子はまた、天然のタンパク質配列の改変体（対
立遺伝子を含む）を含む。簡潔には、このような改変体は、天然の多形性によっ
て生じ得るか、または組換え方法によって合成され得、そして１つ以上のアミノ
酸の置換、挿入、欠失などによって野生型タンパク質とは異なる。改変体は一般
的には、天然の配列に対して、少なくとも７５％のヌクレオチド同一性、好まし
くは少なくとも８０−８５％、そして最も好ましくは、少なくとも９０％のヌク
レオチド同一性を有する。代表的には、操作された場合は、アミノ酸置換は保存
的（すなわち、極性、非極性、芳香族、荷電性などのアミノ酸のグループ内での
アミノ酸の置換）である。天然の配列に対する相同性の領域においては、改変体
は、好ましくは、少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有し、そして特定の
実施態様においては、９２％、９５％、または９７％よりも大きい同一性を有す
る。このようなアミノ酸配列同一性は、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇ
ｏｖ．で利用可能なＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈ
ｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＢＬＡＳＴ検索方法の使用を含む、標
準的な方法論によって決定され得る。同一性の方法論は、米国特許第５，６９１
，１７９号、およびＡｌｔｓｃｈｕｌら、ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ
．２５：３３８９−３４０２、１９９７（これらの両方が本明細書中で参考とし
て援用されている）に記載されているものが最も好ましい。

【００３５】当業者に明らかであるように、短型のＡｐａｆ−１またはその変異体をコード
するヌクレオチド配列は、コドンの縮重、ヌクレオチドの多形性、またはアミノ
酸の差異によって、既知の天然の配列とは異なり得る。特定の実施態様において
は、改変体は、好ましくは、通常のストリンジェンシーの条件（これは、天然の
二本鎖のＴｍより約２５−３０℃下（例えば、５×ＳＳＰＥ、０．５％のＳＤＳ
、５×Ｄｅｎｈａｒｄｔ溶液、５０％のホルムアミド、４２℃、または同等の条
件；一般的には、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：
ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ、第２版、ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇ
ＨａｒｂｏｒＰｒｅｓｓ、１９８９；Ａｕｓｕｂｅｌら、ＣｕｒｒｅｎｔＰ
ｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭｏｌｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ
Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ、１９９５を参照のこと））で、天然のヌクレオチド配列
に対してハイブリダイズする。比較すると、低いストリンジェンシーのハイブリ
ダイゼーションは、Ｔｍより約４０℃下の条件を利用し、そして高いストリンジ
ェンシーのハイブリダイゼーションは、Ｔｍより約１０℃下の条件を利用する。

【００３６】「カスパーゼ」とは、Ａｓｐ残基の後ろでタンパク質を特異的に切断するシス
テインプロテアーゼをいう。カスパーゼは、酵素前駆体として最初に発現され、
ここでは、大きなサブユニットが小さいサブユニットに対してＮ末端に存在する
。カスパーゼは、一般的には、内部のＡｓｐ残基での切断によって活性化される
。これらのタンパク質は、Ｃ．ｅｌｅｇａｎ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ、マウス、
およびヒトを含む多くの真核生物中で同定されている。現在は、少なくとも１３
個の公知のカスパーゼ遺伝子（カスパーゼ−１からカスパーゼ−１３までで命名
されている）が存在する。カスパーゼは、無数の生物体（ヒト、マウス、昆虫（
例えば、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）、および他の脊椎動物（例えば、Ｃ．ｅｌｅｇ
ａｎｓ）を含む）中で見出されている。表１においては、１０個のヒトのカスパ
ーゼを、それらの別の名称とともに列挙する。

【００３７】

【表１】「単離された核酸分子」とは、別々のフラグメントの形態で、または大きな核
酸構築物の成分としての、ポリヌクレオチド分子をいう。これは、少なくとも１
回はその供給源の細胞（それが通常存在している染色体を含む）から分離されて
おり、そして好ましくは、実質的に純粋な形態である。核酸分子は、広範な種々
のヌクレオチド（ＤＮＡ、ＲＮＡ，ヌクレオチドアナログ、またはそれらの組み
合わせを含む）から構成され得る。

【００３８】用語「自己オリゴマー化する」とは、ポリペプチド構築物がそれ自体の他のコ
ピーと多量体を形成する能力をいう。ポリペプチドは、他のカスパーゼのキメラ
、カスパーゼ−融合構築物（例えば、Ｆｃ−カスパーゼ融合体）、変異させられ
たカスパーゼ、または短型のカスパーゼであるカスパーゼであり得る。本発明の
状況において有用である自己オリゴマー化構築物は、オリゴマー化後にカスパー
ゼを活性化し、それによりアポトーシスを活性化するか、または結合して他のカ
スパーゼを阻害もしくは一時的に抑え、それによってカスパーゼの活性化を阻害
しそしてアポトーシスを生じるかのいずれかであるカスパーゼである。

【００３９】用語「インビトロ」とは、細胞を含まないシステムをいう。

【００４０】用語「インビボ」とは、完全な細胞を含むシステムをいう。これは、例えば、
初代および二次細胞培養物、全器官培養物、全生物体、および当業者に公知の同
様のシステムを含む。

【００４１】（Ａ．短型のＡｐａｆ−１核酸分子およびそのコードされる産物）（１．Ａｐａｆ−１およびカスパーゼ核酸分子の単離）本発明は、短型のＡｐａｆ−１核酸分子を提供する。特定の実施態様において
は、これは、全長のＡｐａｆ−１核酸分子から構築される。本発明において使用
されるＡｐａｆ−１およびカスパーゼ核酸分子は、ゲノムＤＮＡまたは好ましく
はｃＤＮＡのいずれかから単離され得る（米国特許出願番号第０８／８６９，５
５３号、および米国特許第５，５５０，０１９号を参照のこと、これらのそれぞ
れが、本明細書中で参考として援用されている）。ゲノムＤＮＡまたはｃＤＮＡ
からのＡｐａｆ−１およびカスパーゼ核酸分子の単離は、代表的には、最初に、
当該分野で公知のライブラリーを構築するための技術（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍ
ｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ
，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＰｒｅｓｓ、１９８９を参照のこと
）を通じて適切なＤＮＡライブラリーを生成すること、または市販の供給源（例
えば、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，ＰａｌｏＡｌｔｏ，ＣＡ）から購入して、実行され
得る。簡潔には、ｃＤＮＡライブラリーは、スクリーニングに適切なバクテリオ
ファージベクター（例えば、λＺＡＰＩＩ）、プラスミドなどの中に構築され得
る。一方、ゲノムＤＮＡライブラリーは、染色体ベクター（例えば、ＹＡＣ（酵
母人工染色体（ｙｅａｓｔａｒｔｉｆｉｃｉａｌｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ）
）、バクテリオファージベクター（例えば、λＥＭＢＬ３、λｇｔ１０、コスミ
ド、またはプラスミド）中で構築され得る。

【００４２】１つの実施態様においては、公知のＡｐａｆ−１およびカスパーゼ配列は、ゲ
ノムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするために適切
なオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを設計するために利用さ
れ得る。好ましくは、このようなオリゴヌクレオチドプローブは、２０−３０塩
基の長さである。ハイブリダイゼーションの検出を容易にするために、オリゴヌ
クレオチドは便利に、一般的には、５’末端でレポーター分子（例えば、放射性
核種（例えば、³²Ｐ）、酵素標識、タンパク質標識、蛍光標識、またはビオチン
）を用いて、標識され得る。このようなライブラリーは、次いで、一般的には、
使用されるベクターに依存してファージまたはコロニーとしてプレートされる。
続いて、そこにコロニーまたはファージが移されているニトロセルロースまたは
ナイロンメンブレンが、カスパーゼ遺伝子を含む候補クローンを同定するために
プローブされる。このような候補は、例えば、ＤＮＡ配列分析または第２の重複
しないプローブでのハイブリダイゼーションを含む、任意の種々の手段によって
、カスパーゼＤＮＡを含むとして確認され得る。

【００４３】一旦、ライブラリーがＡｐａｆ−１またはカスパーゼ核酸分子を含むとして同
定されると、分子は、増幅によって単離され得る。簡潔には、ｃＤＮＡライブラ
リーＤＮＡが鋳型として使用される場合は、増幅プライマーは、公知のＡｐａｆ
−１またはカスパーゼ核酸配列（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号第ＡＦ０１３２６３（
Ａｐａｆ−１）、Ｘ６５０１９（カスパーゼ−１）、Ｕ１３０２１（カスパーゼ
−２）、Ｕ１３７３７（カスパーゼ−３）、Ｕ２５８０４（カスパーゼ−４）、
Ｕ２８０１５（カスパーゼ−５）、Ｕ２０５３６（カスパーゼ−６）、Ｕ３７４
４８（カスパーゼ−７）、Ｕ６０５２０（カスパーゼ−８）、Ｕ５６３９０（カ
スパーゼ−９）、Ｕ６０５１９（カスパーゼ−１０）、および本明細書中で提供
される配列）に基づいて設計される。高いカスパーゼ活性またはＡｐａｆ−１活
性を有する細胞から作製されたｃＤＮＡライブラリーの増幅が好ましい。全長の
ｃＤＮＡを単離するために、増幅のためのプライマーは、好ましくは、５’およ
び３’の非翻訳領域中の配列に由来する。プライマーは好ましくは、約５０％の
ＧＣ含量を有し、そしてクローニングを容易にするための制限部位を含み、そし
て自己相補配列もそれらの３’末端での相補配列も含まない（プライマー二量体
の形成を防ぐため）。プライマーは、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡとアニーリン
グさせられ、そして十分な増幅サイクルが、ゲル電気泳動および染色によって容
易に可視化される生成物を生じるために行われる。増幅されたフラグメントは、
精製され、そしてベクター（例えば、λｇｔ１０またはｐＢＳ（Ｍ１３＋））中
に挿入され、そして増幅される。フラグメントの性質の確認は、ＤＮＡ配列分析
によって、またはコードされるタンパク質のアミノ酸配列決定を通じて間接的に
得られ得る。

【００４４】他の方法もまた、Ａｐａｆ−１またはカスパーゼをコードする核酸分子を得る
ために使用され得る。例えば、Ａｐａｆ−１またはカスパーゼをコードする核酸
分子は、そのようなＡｐａｆ−１またはカスパーゼと反応する抗体（単数または
複数）を用いてスクリーニングすることによって、発現ライブラリーから得られ
得る（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂ
ｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ、第２版、ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏ
ｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ，ＮＹ，１９８９：Ａｕｓｕｂｅｌら、
ＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏ
ｇｙ、ＧｒｅｅｎｅＰｕｂｌｉｓｈｉｎｇＡｓｓｏｃｉａｔｅｓａｎｄ
Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，ＮＹ，１９９５を参照のこと）。

【００４５】種々の種に由来するＡｐａｆ−１およびカスパーゼの核酸分子は、本明細書中
で提供される組成物を使用して単離され得る。密接に関連する種については、ヒ
トの配列またはその一部が、ゲノムまたはｃＤＮＡライブラリーに対するプロー
ブとして利用され得る。例えば、Ａｐａｆ−１のＣＡＲＤドメインまたはカスパ
ーゼの触媒部位を含むポリペプチド領域をコードする核酸のフラグメントが標識
され得、そして、マウス、霊長類、ラット、イヌ、または他の脊椎動物、温血動
物、または哺乳動物種から構築されたライブラリーに対するプローブとして使用
され得る。通常のストリンジェンシーでの最初のハイブリダイゼーションは、候
補のクローンまたはフラグメントを生じ得る。ハイブリダイゼーションが最初に
観察されない場合は、ストリンジェンシーの程度を変化させることが使用され得
る（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前出、およびストリンジェンシーの条件についての他
の周知の供給源を参照のこと）。このようなプローブはまた、進化的に異なる種
（例えば、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）に由来するライブラリーをプローブするため
にも使用され得るが、ハイブリダイゼーション条件はおそらくあまりストリンジ
ェントではない。

【００４６】ヒトの配列から設計されたプローブを使用するゆるいハイブリダイゼーション
条件が、進化的に異なる種のＡｐａｆ−１またはカスパーゼの核酸分子を同定し
得るが、ヒト配列自体を必要とはしない方法を使用して、ライブラリーからこれ
らの分子を直接単離することを試みることが、さらに有利であり得る。これらの
方法として、保存された領域に由来するプライマーを使用する増幅、種々の領域
に由来する縮重プライマーを使用する増幅、発現ライブラリーの抗体プロービン
グなどが挙げられるが、これらに限定されない。例えば、ランダムプライム増幅
（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応）が、使用され得る（例えば、Ｍｅｔｈｏｄｓ
Ｅｎｚｙｍｏｌ．２５４：２７５、１９９５；ＴｒｅｎｄｓＧｅｎｅｔ．１
１：２４２，１９９５；ＬｉａｎｇおよびＰａｒｄｅｅ，Ｓｃｉｅｎｃｅ２５
７：９６７、１９９２；Ｗｅｌｓｈら、Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．２０：
４９６５、１９９２を参照のこと）。さらに、ランダムプライムＰＣＲのバリエ
ーションもまた、特に、特定の遺伝子または遺伝子ファミリーが所望される場合
に、使用され得る。このような方法においては、一方の増幅プライマーは、「ア
ンカーオリゴ（ｄＴ）（オリゴ（ｄＴ）ｄＮ）」であり、そして他方のプライマ
ーは、関連する遺伝子のアミノ酸配列またはヌクレオチド配列に基づく縮重プラ
イマーである。遺伝子配列は、アミノ酸の類似性および／または核酸の類似性に
よって、Ａｐａｆ−１またはカスパーゼとして同定される。一般的には、アミノ
酸の類似性が好ましい。候補のＡｐａｆ−１またはカスパーゼ遺伝子は、本明細
書中に記載される機能的なアッセイの１つ、または他の等価なアッセイによって
、酵素活性について試験され得る。

【００４７】本明細書中で提供されるＡｐａｆ−１の改変体、短型のＡｐａｆ−１、および
カスパーゼの核酸分子は、天然の改変体（例えば、多形性、スプライシング変異
体、突然変異体）から操作され得るか、合成され得るか、または構築され得る。
変異体を作製するための多くの方法が、開発されてきた（一般的には、Ｓａｍｂ
ｒｏｏｋら、前出；Ａｕｓｕｂｅｌら、前出、および上記の議論を参照のこと）
。簡潔には、ヌクレオチドの置換を作製するための好ましい方法は、変異される
塩基（単数または複数）にまたがり、そして変異された塩基（単数または複数）
を含むオリゴヌクレオチドを利用する。オリゴヌクレオチドは、相補的な一本鎖
の核酸にハイブリダイズし、そして第２鎖の合成が、オリゴヌクレオチドによっ
てプライムされる。二本鎖の核酸は、宿主細胞（代表的には、Ｅ．ｃｏｌｉ、し
かしあるいは、他の原核生物細胞、酵母、または他の真核生物細胞）中への形質
転換のために調製される。標準的なスクリーニングおよびベクター増殖プロトコ
ールが、変異体配列を同定し、そして高い収量を得るために使用される。

【００４８】同様に、Ａｐａｆ−１、短型のＡｐａｆ−ａ、またカスパーゼは核酸分子の欠
失および／または挿入が、上記に議論されるような任意の種々の公知の方法によ
って構築され得る。例えば、核酸分子は、制限酵素で消化され得、そして再度連
結され得、それによって欠失または配列をさらなる配列と再連結する。その結果
、挿入または大きな置換が作製される。改変体配列を作製する他の手段は、例え
ば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前出；Ａｕｓｕｂｅｌら、前出に記載されているよう
な、当該分野で公知の方法を用いて使用され得る。改変体配列の確認は、代表的
には、制限酵素マッピング、配列分析、またはプローブハイブリダイゼーション
によって達成される。そのコードされる産物がそれ自体もしくはＡｐａｆ−１の
形態に対してオリゴマー化し得るか、またはＡｓｐ−特異的切断を触媒する活性
な形態にプロセシングされ得るカスパーゼ核酸分子の改変体は、本発明の状況に
おいて有用である。さらに、カスパーゼ、カスパーゼ改変体、またはＢｃｌ−ｘ _L タンパク質とオリゴマー化し得る生成物をコードする、改変体Ａｐａｆ−１お
よび短型のＡｐａｆ−１核酸分子が、本発明の状況において有用である。

【００４９】（Ｂ．短型のＡｐａｆ−１）本発明の短型のＡｐａｆ−１分子は、Ａｐａｆ−１遺伝子またはその変異体の
遺伝子配列を短縮することによって生成され得る。特定の実施態様においては、
核酸配列は、ほとんど、および好ましくは、全てのＷＤ−４０反復（図１）を欠
失しているＡｐａｆ−１分子をコードする。

【００５０】Ａｐａｆ−１中に含まれる配列モチーフは、大きなプロドメインを含む開始因
子カスパーゼ中に含まれるものに関連する（Ａｈｍａｄら、Ｃｅｎｃｅｒ．Ｒｅ
ｓ．５７：６１５−６１９、１９９７；Ｂｏｌｄｉｎら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅ
ｍ．２７０：７７９５−７７９８、１９９５；Ｃｈｉｎｎａｉｙａｎら、Ｃｅｌ
ｌ８１：５０５−５１２、１９９５；ＤｕａｎおよびＤｉｘｉｔ、Ｎａｔｕｒ
ｅ３８５：８６−８９、１９９７；Ｚｏｕら、Ｃｅｌｌ９０：４０５−４１
３、１９９７）。このようなモチーフはチトクロームｃ−Ａｐａｆ−１シグナル
伝達経路において存在するが（Ｌｉら、Ｃｅｌｌ９１：４７９、１９９７；Ｚ
ｏｕら、Ｃｅｌｌ９０：４０５−４１３、１９９７）、Ａｐａｆ−１の研究は
、チトクロームｃおよびｄＡＴＰの両方がカスパーゼ（例えば、プロカスパーゼ
−９）の活性化に不可欠であることを実証した（Ｌｉｕら、Ｃｅｌｌ８６：１
４７、１９９６）。いくつかのカスパーゼ分子のドメインを以下に示す。

【００５１】

【表２】１つの実施態様においては、本発明の短型のＡｐａｆ−１は、カスパーゼとオ
リゴマー化し得る。さらなる実施態様においては、本発明の短型のＡｐａｆ−１
は、ｄＡＴＰおよびチトクロームｃの非存在化でのカスパーゼのプロセシングを
誘導し得る。

【００５２】（１．短型のＡｐａｆ−１の構造）全長のＡｐａｆ−１は、１１９４アミノ酸の長さである。これは、ＣＥＤ−３
プロドメインと相同であるＮ末端のＣＡＲＤ（残基１−９７）、中央のＣＥＤ−
４相同ドメイン（残基９８−４１２）、および１２個のＷＤ−４０反復を含むＣ
末端ドメイン（残基４１３−１１９４）を含む。ＣＥＤ−４相同ドメインは、Ｗ
ａｌｋｅｒＡおよびＢ配列を含む。これらは、ヌクレオチドの結合のためのＰ
ループ配列（残基１３９−１５７）、および推定のＭｇ⁺⁺結合部位（残基（２２
８−２３５）を含む（図１）。本発明の短型のＡｐａｆ−１分子は、少なくとも
一部のＣＡＲＤドメイン、および少なくとも一部の中央のＣＥＤ−４相同ドメイ
ンを含む。好ましい実施態様においては、短型のＡｐａｆ−１はまた、１２個の
ＷＤ−４０反復の一部を含む。他の実施態様においては、短型のＡｐａｆ−１は
、発現、精製、オリゴマー化、および／または標的化を補助するために、他のポ
リペプチド配列に対して融合される。例えば、Ｈｉｓ６、Ｔ７、Ｆｌａｇタグと
の融合は、精製および／または免疫同定を補助し得る。

【００５３】１つの実施態様においては、配列番号２のアミノ酸残基１から少なくとも４２
０をコードする短型のＡｐａｆ−１をコードする核酸分子が、設計される。さら
なる実施態様においては、アミノ酸残基１から少なくとも５３０（配列番号２）
をコードする短型のＡｐａｆ−１をコードする核酸分子が、設計される。当業者
は、Ａｐａｆ−１の絶対的な長さが、チトクロームｃまたはｄＡＴＰの存在を伴
わずにカスパーゼのプロセシングを開始し得る短縮された形態を設計する場合の
、唯一の二次的な考慮事項であることを認識する。このような構築物は、本明細
書中に記載されるアッセイによってカスパーゼのプロセシングを開始するそれら
の能力について容易に試験され得る。さらに、このような構築物は、カスパーゼ
（例えば、プロカスパーゼ−９）をオリゴマー化するそれらの能力について試験
され得る。このようなオリゴマー化は、カスパーゼを放射性標識すること、およ
びオリゴマーの形成の程度を決定するために得られる複合体を計数することを含
む、種々の手段によって決定され得る。このような実験は、当業者に容易に行わ
れる。

【００５４】（２．短型のＡｐａｆ−１の構築）本発明の短型のＡｐａｆ−１分子は、当該分野で公知の種々の方法によって、
Ａｐａｆ−１配列から構築され得る。好ましい方法は、個々の領域を選択的に増
幅するための増幅（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ））であり、そして
これらを、実施例１に記載されているようなｐＵＣのようなクローニングベクタ
ー中に配置する。さらに、このようなＰＣＲ反応は、増幅のために使用されるプ
ライマーがベクター中への挿入を容易にする特異的な制限エンドヌクレアーゼ部
位を含むような種々の方法において、行われ得る。

【００５５】さらに、ＰＣＲ以外の種々の他の方法が、所望の構築物を達成するために使用
され得る。例えば、当業者は、配列を切り出しおよび挿入するためにヌクレオチ
ド配列中に存在する既存の制限エンドヌクレアーゼ部位を使用して、または、部
位特異的変異誘発、続く切り出しおよび挿入による別の制限エンドヌクレアーゼ
部位の導入による、目的のヌクレオチド配列を増幅するための等温（ｉｓｏｔｈ
ｅｒｍａｌ）方法を使用し得る。これらおよび他の方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら
、前出；Ａｕｓｕｂｅｌら、前出に記載されている。簡潔には、１つの方法は、
Ａｐａｆ−１の一本鎖のｃＤＮＡを生成し、続いてプライマー（これは、所望さ
れる変更（例えば、ドメイン間に特有の制限部位が作製される小さい挿入、欠失
、または変異）を除いて相補的である）をアニーリングさせることである。細菌
細胞が形質転換され、そして所望の構築物を含むそれらの細胞についてスクリー
ニングされる。この構築物は、次いで、所望の配列を遊離させるように設計され
る。これは次いで、精製され得、そして適切な方向で再度連結され得る。

【００５６】上記に示すように、Ａｐａｆ−１の核酸分子は、挿入、欠失、または置換を含
むように操作され得る。さらに、本発明の状況において有用なこのような改変体
Ａｐａｆ−１分子は、カスパーゼのプロセシングを阻害するかまたは促進するも
のを含む。

【００５７】（Ｃ．ベクター、宿主細胞、およびタンパク質の発現および産生方法）短型のＡｐａｆ−１は、種々の宿主生物中で発現させられ得る。特定の実施態
様においては、短型のＡｐａｆ−１は、細菌（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）または哺
乳動物細胞（例えば、ＣＨＯおよびＣＯＳ−７）（これらについては、多くの発
現ベクターが開発されており、そして利用可能である））中で産生される。他の
適切な宿主生物体として、他の細菌種および真核生物（例えば、酵母（例えば、
Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）および昆虫細胞（例えば
、Ｓｆ９））が挙げられる。

【００５８】１つの実施態様においては、短型のＡｐａｆ−１をコードするＤＮＡ配列が、
宿主細胞について適切な発現ベクター中に導入される。特定の実施態様において
は、融合タンパク質が産生されるように、短型のＡｐａｆ−１がベクター中に挿
入される。短型のＡｐａｆ−１配列は、本明細書中に記載されるように誘導され
る。上記に議論されるように、配列は、複数のコドンを有する各アミノ酸につい
て別のコドンを含み得る。別のコドンは、宿主種について「最適に」選択され得
る。制限部位は、代表的には、プライマー配列中に取りこまれ、そしてベクター
のクローニング部位に関して選択される。必要な場合は、翻訳開始コドンおよび
停止コドンは、プライマー配列中に操作され得る。

【００５９】最少には、ベクターは、プロモーター配列を含む、本明細書中で使用される場
合は、「プロモーター」とは、連結された遺伝子の転写を指向するエレメントを
含むヌクレオチド配列をいう。最少には、プロモーターは、ＲＮＡポリメラーゼ
結合部位を含む。より代表的には、真核生物細胞においては、プロモーター配列
は、遺伝子の発現の速度およびタイミングを制御する他の転写因子についての結
合部位を含む。このような部位として、ＴＡＴＡボックス、ＣＡＡＴボックス、
ＰＯＵボックス、ＡＰ１結合部位などが挙げられる。プロモーター領域はまた、
エンハンサーエレメントを含み得る。プロモーターが遺伝子の転写を可能にする
ように遺伝子に連結される場合は、これは「作動可能に連結される」。

【００６０】他の調節配列が含まれ得る。このような配列として、転写終結配列、分泌シグ
ナル配列、複製起点、選択マーカーなどが挙げられる。調節配列は、転写または
翻訳を可能にするように、互いに作動可能に連結される。

【００６１】本明細書中で使用される発現ベクターは、宿主細胞（例えば、細菌）中でのタ
ンパク質の発現のために設計されたプロモーターを含む。適切なプロモーターが
後半に入手可能であり、そして当該分野で周知である。誘導性または構成的なプ
ロモーターが好ましい。細菌中での発現のためのこのようなプロモーターは、Ｔ
７ファージおよび他のファージ（例えば、Ｔ３、Ｔ５、およびＳＰ６）に由来す
るプロモーター、およびｔｒｐ、ｌｐｐ、およびｌａｃオペロンを含む。ハイブ
リッドプロモーター（例えば、米国特許第４，５５１，４３３号）（例えば、ｔ
ａｃおよびｔｒｃ）もまた、使用され得る。真核生物細胞中での発現のためのプ
ロモーターとして、バキュロウイルス／昆虫細胞発現システムのＰ１０またはポ
リへドロン遺伝子プロモーター（例えば、米国特許第５，２４３，０４１号、同
第５，２４２，６７８号、同第５，２６６，３１７号、同第４，７４５，０５１
号、および同第５，１６９，７８４号）、ＭＭＴＶＬＴＲ、ＣＭＶＩＥプロ
モーター、ＲＳＶＬＴＲ、ＳＶ４０、メタロチオネインプロモーター（例えば
、米国特許第４，８７０，００９号を参照のこと）、エクジソン応答エレメント
システム、テトラサイクリン可逆性サイレンシングシステム（ｔｅｔ−ｏｎ、ｔ
ｅｔ−ｏｆｆ）などが挙げられる。

【００６２】短型のＡｐａｆ−１の転写を制御するプロモーターは、それ自体がリプレッサ
ーによって制御され得る。いくつかのシステムにおいては、プロモーターは、細
胞の生理学的条件を変更することによって、例えば、リプレッサーに競合的に結
合する分子の添加によって、または増殖培地の温度を変更することによって、脱
抑制され得る。好ましいリプレッサータンパク質として、ＩＰＴＧの誘導に応答
性であるＥ．ｃｏｌｉｌａｃＩリプレッサー、温度感受性λｃＩ８５７リプレ
ッサーなどが挙げられるが、これに限定されない。

【００６３】他の選択実施態様においては、ベクターはまた、転写終結配列を含む。「転写
終結領域」は、選択されたプロモーターを認識するポリメラーゼによって転写を
終結させるシグナルを提供する配列および／またはポリアデニル化のためのシグ
ナル配列のいずれかを有する。

【００６４】１つの局面においては、このベクターは、宿主細胞中で複製し得る。従って、
宿主細胞が細菌である場合は、ベクターは好ましくは、細菌の複製起点を含む。
細菌の複製起点として、ｆ１−ｏｒｉ、およびｃｏｌＥ１複製起点、特に、ｐ
ＵＣプラスミドに由来するｏｒｉが挙げられる。酵母中では、ＡＲＳ配列または
ＣＥＮ配列が、複製を確実にするために使用され得る。哺乳動物細胞中でよく使
用される系は、ＳＶ４０ｏｒｉである。

【００６５】プラスミドはまた、好ましくは、宿主中で機能的である少なくとも１つの選択
マーカーを含む。選択マーカー遺伝子として、形質転換された細胞が同定されそ
して選択的に増殖することを可能にする、宿主に対して表現型を付与する任意の
遺伝子が挙げられる。細菌宿主に適切な選択マーカー遺伝子として、アンピシリ
ン耐性遺伝子（Ａｍｐ^r）、テトラサイクリン耐性遺伝子（Ｔｃ^r）、およびカナ
マイシン耐性遺伝子（Ｋａｎ^r）が挙げられる。カナマイシン耐性遺伝子がここ
では好ましい。真核生物に適切なマーカーは、通常は、宿主において相補性欠損
（例えば、ｔｋ−宿主中でのチミジンキナーゼ（ｔｋ））を必要とする。しかし
、薬物マーカーもまた、利用可能である（例えば、Ｇ４１８耐性およびハイグロ
マイシン耐性）。

【００６６】短型のＡｐａｆ−１をコードするヌクレオチドの配列はまた、分泌シグナルを
含み得る。これによって、得られるペプチドは、プロセシングされそして分泌さ
れた前駆体タンパク質である。得られるプロセシングされたタンパク質は、ペリ
プラズム空間または醗酵培地から回収され得る。使用に適切な分泌シグナルは、
広範に入手可能であり、そして当該分野で周知である（ｖｏｎＨｅｉｊｎｅ、
Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１８４：９９−１０５、１９８５）。Ｅ．ｃｏｌｉ（ま
たは他の宿主）中で機能的である原核生物および真核生物の分泌シグナルが、使
用され得る。本発明で好ましい分泌シグナルとして、Ｅ．ｃｏｌｉ遺伝子：ｐｅ
ｌＢ（Ｌｅｉら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１６９：４３７９、１９８７）、ｐ
ｈｏＡ、ｏｍｐＡ、ｏｍｐＴ、ｏｍｐＦ、ｏｍｐＣ、β−ラクタマーゼ、および
アルカリホスファターゼによってコードされるものが挙げられるが、これらに限
定されない。

【００６７】広範な種々の細菌細胞中での発現に適切なベクターが存在し、そしてこれらは
容易に入手可能であることが、当業者に明らかである。ｐＥＴシリーズ（Ｎｏｖ
ａｇｅｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）、ｔａｃシリーズおよびｔｒｃシリーズ（Ｐ
ｈａｒｍａｃｉａ、Ｕｐｐｓａｌａ、Ｓｗｅｄｅｎ）、ｐＴＴＱ１８（Ａｍｅｒ
ｓｈａｍＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌｐｌｃ、Ｅｎｇｌａｎｄ）、ｐＡＣＹ
Ｃ１７７、ｐＧＥＸシリーズなどのようなベクターは、短型のＡｐａｆ−１の
発現に適切である。バキュロウイルスベクター（例えば、ｐＢｌｕｅＢａｃ（例
えば、米国特許第５，２７８，０５０号、同第５，２４４，８０５号、同第５，
２４３，０４１号、同第５，２４２，６８７号、同第５，２６６，３１７号、同
第４，７４５，０５１号、および同第５，１６９，７８４号を参照のこと）；Ｉ
ｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，ＳａｎＤｉｅｇｏから入手可能）が、昆虫細胞（例えば
、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｆｒｕｇｉｐｅｒｄａｓｆ９細胞（例えば、米国特
許第４，７４５，０５１号を参照のこと））中での発現のために使用され得る。
短型のＡｐａｆ−１の発現のための細菌宿主の選択は、ベクターによって一部支
配される。市販によって入手可能なベクターは、適切な宿主と合わせられる。

【００６８】真核生物細胞中での発現のための広範な種々の適切なベクターもまた、入手可
能である。このようなベクターとして、ｐＣＭＶＬａｃＩ、ｐＸＴ１（Ｓｔｒａ
ｔａｇｅｎｅＣｌｏｎｉｎｇＳｙｓｔｅｍｓ，ＬａＪｏｌｌａ，ＣＡ）；
ｐＣＤＮＡシリーズ、ｐＲＥＰシリーズ、ｐＥＢＶＨｉｓ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅ
ｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）が挙げられる。特定の実施態様においては、短型
のＡｐａｆ−１核酸分子は、遺伝子標的化ベクター（例えば、ｐＭＣ１ｎｅｏ、
ｐＯＧシリーズのベクター（ＳｔｒａｔａｇｅｎｅＣｌｏｎｉｎｇＳｙｓｔ
ｅｍｓ））中にクローン化される。

【００６９】短型のＡｐａｆ−１は、標準的な方法（例えば、アフィニティークロマトグラ
フィー、サイズ排除クロマトグラフィー、金属イオンクロマトグラフィー、イオ
ン交換クロマトグラフィー、ＨＰＬＣ、および他の公知のタンパク質単離方法）
によって単離され得る。（一般的には、Ａｕｓｕｂｅｌら、前出；Ｓａｍｂｒｏ
ｏｋら、前出を参照のこと）。単離され精製されたタンパク質は、クマシーブル
ーで染色した場合に、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ上で単一のバンドを生じる。

【００７０】短型のＡｐａｆ−１は、ヘキサ−ｈｉｓ（Ｈｉｓ６）融合タンパク質として発
現され得、そして金属含有クロマトグラフィー（例えば、ニッケル結合ビーズ）
によって単離され得る。簡潔には、Ｈｉｓ６をコードする配列は、短型のＡｐａ
ｆ−１をコードするＤＮＡに連結される。Ｈｉｓ６タグ配列は、分子中のどこに
でも配置され得るが、好ましくはこれは、５’末端、または終結コドン直前の３
’末端で連結される。融合は、任意の種々の方法によって構築され得る。便利な
方法は、Ｈｉｓ６のコドンを含む下流のプライマーを使用する短型のＡｐａｆ−
１核酸分子の増幅である。類似の様式において、Ｔ７、Ｆｌａｇ、および種々の
他の融合が可能である。

【００７１】カスパーゼのタンパク質／ポリペプチド、および核酸分子は、短型のＡｐａｆ
−１に対して適用可能な上記の全ての方法によって、単離され、改変され、そし
て発現され得る。例えば、核酸分子は、カスパーゼ融合タンパク質（例えば、Ｆ
ｃ−カスパーゼ）、カスパーゼキメラ（例えば、実施例１１）、および自己、他
のカスパーゼ分子、またはＡｐａｆ−１の形態とオリゴマー化し得る他のカスパ
ーゼ改変体をコードする分子を作製するために、以前に記載されているように操
作され得る。１つの実施態様においては、それらがプロカスパーゼ−９または他
のカスパーゼとオリゴマー化し得、そしてそれらのプロセシングを阻害するよう
に構築されたカスパーゼが、アポトーシスを阻害することにおいて有用である。
例えば、活性部位での変異体カスパーゼをコードする核酸が構築され得、その結
果、細胞に導入される際に、コードされる産物が他のカスパーゼまたは内因性の
Ａｐａｆ−１に結合しそしてそのプロセシングを阻害するか、あるいはそれらを
一時的に抑え、それによってアポトーシスを阻害する。さらなる実施態様におい
ては、カスパーゼ（例えば、カスパーゼ−９）のプロドメインが、アポトーシス
を阻害するために細胞に導入され得る。例えば、カスパーゼ−９のプロドメイン
をコードする核酸分子が、構成的なプロモーターの下で細胞中に導入され得、そ
の結果、コードされるポリペプチドは、内因性のＡｐａｆ−１結合について内因
性のカスパーゼ−９と競合する、別の実施態様においては、キメラカスパーゼま
たはタンパク質融合カスパーゼが、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前出；Ａｕｓｕｂｅｌ
ら、前出によって記載されているような標準的な分子生物学的技術によって構築
され得る。簡潔には、１つのカスパーゼの目的の領域が、クローニングベクター
中に、そして制限酵素消化の補助を用いてクローン化され得、その結果、別のカ
スパーゼの核酸配列がそれに融合され得る。これによって、キメラタンパク質を
コードするキメラ核酸分子が作製され得る。同じ手順が、カスパーゼ融合タンパ
ク質を作製するために使用され得るが、しかし、この場合には、融合構築物を含
み、そして単純な一工程のプロセスでベクター中への目的の挿入物の直接のクロ
ーニングを可能にする多くのベクターが市販されている。

【００７２】精製された短型のＡｐａｆ−１タンパク質およびカスパーゼ融合タンパク質は
、下記に詳細に記載されているように、アポトーシスを調節する分子についてス
クリーニングするためのアッセイにおいて使用され得る。さらなる実施態様にお
いては、これらのタンパク質はまた、結晶化され得、そして３次元構造を決定す
るためのＸ線分析に供され得るか、または抗体を作製するために利用され得る。

【００７３】（Ｄ．短型のＡｐａｆ−１核酸分子およびそのコードされる産物の使用）（１．カスパーゼ活性のインヒビターおよびエンハンサーの同定）候補のインヒビターおよびエンハンサーが、種々の供給源（例えば、細菌、真
菌、植物、寄生虫、化合物のライブラリー、ペプチドまたはペプチド誘導体など
）から単離され得るかまたは入手され得る。インヒビターおよびエンハンサーは
また、Ｘ線結晶解析によって決定されるタンパク質構造に基づいて合理的に設計
され得る。特定の好ましい実施態様においては、インヒビターは、Ａｐａｆ−１
／カスパーゼ相互作用を標的化する。

【００７４】特定の理論に束縛されることも、特定の機構に妨げられることも望まないが、
このインヒビターは、カスパーゼのプロセシングを妨げることによって、または
酵素活性を妨げることによって、Ａｐａｆ−１／カスパーゼ複合体の形成を阻害
することによって、または他の機構によって作用し得る。このインヒビターは、
直接または間接的に作用し得る。好ましい実施態様においては、インヒビターは
、カスパーゼタンパク質のプロセシング、またはＡｐａｆ−１／カスパーゼ複合
体の形成、および／ならびに複合体の完全性を妨害する。他の実施態様において
は、インヒビターは、低分子である。１つの実施態様においては、インヒビター
は、アポトーシスを妨げる。インヒビターは、最少の副作用を有するはずであり
、そして好ましくは、非毒性である。細胞を透過し得るインヒビターが好ましい
。

【００７５】さらに、カスパーゼのプロセシング活性または発現のエンハンサーが、特定の
状況において所望される。このとき、アポトーシスの増大は、治療効果を有する
。例えば、腫瘍または自己免疫疾患を媒介する細胞は、崩壊についてのアポトー
シス性の細胞である。エンハンサーは、カスパーゼのプロセシングの速度または
効率を増大させ得、転写または翻訳を増大させ得、または他の機構を通じて作用
し得る。当業者に明らかであるように、上記に示される多くの指針は、エンハン
サーの設計に十分に適用される。本発明の状況においては、短型のＡｐａｆ−１
はそれ自体が、エンハンサーとして作用し得る。さらに、カスパーゼのオリゴマ
ー化を容易にする他の化合物は、アポトーシスを増強することが、適度に予想さ
れる。例えば、Ｆｃドメインに融合されたカスパーゼタンパク質、ＦＫＢＰ（Ｆ
Ｋ５０６結合タンパク質）などは、カスパーゼの活性化を導くオリゴマーを形成
し得る（例えば、実施例８）。

【００７６】インヒビターおよびエンハンサーについてのスクリーニングアッセイは、イン
ヒビターまたはエンハンサーの型、および影響を受ける活性の性質に従って変化
する。アッセイは、インビトロまたはインビボで行われ得る。一般的には、イン
ビトロでのアッセイは、カスパーゼタンパク質のプロセシングまたはカスパーゼ
の酵素活性を評価するように設計され、そしてインビボでのアッセイは、カスパ
ーゼタンパク質のプロセシング、カスパーゼの酵素活性、アポトーシス、または
カスパーゼの基質の切断を評価するために設計される。任意のアッセイにおいて
は、適切なコントロールと比較した統計的に有意な増大または減少は、増強また
は阻害の指標である。１つの実施態様においては、アッセイに利用されるカスパ
ーゼは、プロカスパーゼ−９である。

【００７７】１つのインビトロでのアッセイは、カスパーゼの２つのサブユニットへのプロ
セシングに対する、候補の化合物の影響を試験することによって行われ得る。簡
潔には、カスパーゼ（これは、主な翻訳産物である）は、インビトロの翻訳系か
ら得られる。カスパーゼは、好ましくは、正常な自動プロセシングをし得るよう
に構築され得るが、カスパーゼが自己オリゴマー化し、それにより自動プロセシ
ングするように構築され得る。上記のように、自己オリゴマー化は、カスパーゼ
と、Ｆｃドメインのような自己会合することが既知のドメインとの融合体を作製
することによって達成され得る。さらに、キメラカスパーゼ構築物が作製され得
、その結果、１つのカスパーゼ中のオリゴマー化を担うドメインが、別のカスパ
ーゼに移される（例えば、実施例１１を参照のこと）。このようなキメラ構築物
は、タンパク質−タンパク質の結合を検出する公知の方法によって、自己、Ａｐ
ａｆ−１、または短型のＡｐａｆ−１オリゴマー化について容易に試験され得る
。例えば、沈降分析、電気泳動ゲルシフト分析、放射性標識結合研究などを利用
し得る。さらに、主なインビトロでの翻訳産物が、自己オリゴマー化のために構
築される場合は、これは、候補の化合物のと、接触させられるかもしくは接触さ
せられず、または候補の化合物の存在下または非存在下で翻訳され、そして２つ
のサブユニットの出現について評価される。さらに、検出を容易にするために、
代表的には、インビトロでの翻訳産物は、翻訳の間に標識される。あるいは、短
型のＡｐａｆ−１は、候補化合物の存在または非存在下でカスパーゼ（代表的に
は、標識の存在下または非存在下でインビトロで翻訳される）と接触させられ得
、そしてカスパーゼのプロセシングは、２つのカスパーゼサブユニットの出現に
よって評価される。２つのサブユニットは、ゲル電気泳動後のオートラジオグラ
フィーによって容易に検出され得る。当業者は、標識および検出の他の方法が別
に使用され得ることを認識する。

【００７８】別のインビトロのアッセイは、カスパーゼの基質（例えば、アセチルＤＥＶＤ
−アミノメチルクマリン（ａｍｃ）、ラミニン、ＰＲＰＰ、ＰＡＲＰなど）の切
断を測定するように設計される。目的のカスパーゼによる基質の代謝回転がアッ
セイされ得、これは、カスパーゼのプロセシングの程度としてのデータを提供す
る。簡潔には、この方法においては、カスパーゼが翻訳され、そして候補化合物
の存在下または非存在下でオリゴマー化に十分な時間放置される。上記のように
、オリゴマー化は、混合物中に短型のＡｐａｆ−１を有すること、または上記の
自己オリゴマー化カスパーゼを構築することによって、生じ得る。次いで、カス
パーゼの基質が、反応に添加される。切断された基質の検出は、種々の標準的な
方法の任意の１つによって行われる。一般的には、基質は標識され、そして続い
て、適切な検出手段によって検出される。

【００７９】さらに、任意の公知の酵素分析が、酵素的に活性であるカスパーゼを産生する
、自己オリゴマー化カスパーゼまたは短型のＡｐａｆ−１／カスパーゼ複合体の
能力に関して候補化合物の阻害能力または増強能力を追跡するために使用され得
る。例えば、細胞株中で目的の自己オリゴマー化カスパーゼ構築物または短型の
Ａｐａｆ−１構築物を発現させ、そして得られるポリペプチドを精製し得る。細
胞株は、細菌、昆虫、哺乳動物、または他のものである。次いで、精製された短
型のＡａｆ−１または自己オリゴマー化カスパーゼは、上記のような、候補化合
物の存在下でプロセシングを容易にする能力または触媒能力を追跡するための種
々のアッセイにおいて使用され得る。組換えタンパク質のこのような発現および
精製方法は、当該分野で公知であり、そして例は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌ
ｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ、Ｃ
ｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＰｒｅｓｓ、１９８９、ならびに多数の
他の供給源中に見出され得る。

【００８０】インビボのアッセイは、代表的には、短型のＡｐａｆ−１核酸分子または自己
オリゴマー化カスパーゼ核酸分子（例えば、本明細書中に記載されているものの
ような）を含有する発現ベクターで一時的または安定にトランスフェクトされた
のいずれかの細胞中で行われ得る。これらの細胞は、候補の化合物の存在または
非存在下での、カスパーゼのプロセシング、基質の代謝回転、またはアポトーシ
スを測定するために、使用される。アポトーシスをアッセイする場合は、種々の
細胞の分析物（例えば、核酸の断片化および細胞の空隙率を試験するための色素
染色および顕微鏡を含む）が、使用され得る。さらに、天然のカスパーゼの切断
を容易にするための、既知の基質または短型のＡｐａｆ−１を切断するトランス
フェクトされた自己オリゴマー化カスパーゼの能力についてのインビボアッセイ
は、既知の基質を同時トランスフェクトすることによって、または候補化合物の
存在下で細胞培養培地中にこれらの基質を配置することによって行われ得、それ
によって基質の代謝回転の検出および決定を可能にする。

【００８１】本明細書中に簡潔に記載されるアッセイは、個々のカスパーゼについて、また
はＡｐａｆ−１／カスパーゼの相互作用について特異的である、エンハンサーま
たはインヒビターを同定するために使用され得る。

【００８２】候補化合物の効果を研究するために使用され得る種々の方法論が、存在する。
このような方法論は、酵素的な反応を分析するために一般的に使用されるもので
あり、そして例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、分光分析、ＨＰＬＣ分析、オートラジ
オグラフィー、化学発光、色素産生性反応、および免疫化学（例えば、ブロッテ
ィング、沈殿など）が挙げられる。

【００８３】（２．インヒビターおよびエンハンサーの使用）インヒビターおよびエンハンサーはまた、細胞死のプロセスまたはサイトカイ
ンの活性化（例えば、カスパーゼ−１によって活性化されるＩＬ−１）の制御を
発揮する本発明の状況において使用され得る。従って、これらのインヒビターお
よびエンハンサーは、アポトーシスの過剰なレベルまたは不十分なレベルのいず
れかによって特徴付けられる疾患において有用性を有する。カスパーゼの活性の
阻害は、主要な神経退行性疾患：発作、パーキンソン病、アルツハイマー病、お
よびＡＬＳを処置するために使用され得る。同様に、カスパーゼ活性のインヒビ
ターは、心筋梗塞後の心臓における、急性の虚血後の腎臓における、および肝臓
の疾患におけるアポトーシスを阻害するために、使用され得る。カスパーゼの活
性のエンハンサーは、アポトーシスまたはサイトカインの活性が所望される状況
において使用され得る。例えば、ガン細胞または異常に増殖している細胞中でア
ポトーシスを誘導または増大させることは、カスパーゼのエンハンサーの送達に
よって達成され得る。これに関しては、短型のＡｐａｆ−１および自己オリゴマ
ー化カスパーゼ（例えば、プロカスパーゼ−９）は、それ自体が、細胞中に導入
された場合に、アポトーシスのエンハンサーとして機能し得る。

【００８４】さらなる実施態様は、短型のＡｐａｆ−１をコードする配列番号１の核酸配列
の全てまたは一部、あるいはカスパーゼ−９をコードする配列番号３の核酸配列
に対して相補的である、特異的なアンチセンスポリヌクレオチドを利用すること
による、新生物またはアポトーシスの阻害を含む。このような相補的なアンチセ
ンスポリヌクレオチドは、配列番号１または配列番号３中の関連する標的配列に
対する特異的なハイブリダイゼーションがポリペプチドの機能的な特性として維
持される限りは、置換、付加、欠失、または転座を含み得る。カスパーゼ−９お
よびＡｐａｆ−１に対応するｍＲＮＡの転写および／または翻訳を妨げるアンチ
センスポリヌクレオチドは、アポトーシスを阻害し得る。種々の長さのアンチセ
ンスポリヌクレオチドが産生され得、そして使用され得るが、配列の長さは、代
表的には、配列番号１または配列番号３の配列と実質的にまたは完全に同一であ
る、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドである（米国特許第５，６９１，
１７９号、およびＡｎｔｉｓｅｎｓｅＲＮＡａｎｄＤＮＡ、Ｄ．Ａ．Ｍｅ
ｌｔｏｎ編、ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ、
ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．１９８８を参照のこと。これ
らのそれぞれが、本明細書中で参考として援用されている）。

【００８５】インヒビターおよびエンハンサーはさらに、細胞に対して特異的な細胞表面レ
セプターに結合する標的化部分とさらに結合させられ得る。インヒビターまたは
エンハンサーの投与は、一般的には、以下の確立されたプロトコルに従う。本発
明の組成物は、単独で、または薬学的組成物としてのいずれかで、投与され得る
。簡潔には、本発明の薬学的組成物は、１つ以上の薬学的または生理学的に受容
可能なキャリア、希釈剤、または賦形剤と組み合わせて、本明細書中に記載され
るような１つ以上のインヒビターまたはエンハンサーを含み得る。このような組
成物は、中性の緩衝化生理食塩水、リン酸緩衝化生理食塩水などのような緩衝液
、グルコース、マンノース、スクロース、またはデキストランなどの炭水化物、
、マンニトール、タンパク質、ポリペプチド、あるいはグリシンのようなアミノ
酸、抗酸化剤、ＥＤＴＡ、またはグルタチオンのようなキレート剤、アジュバン
ト（例えば、水酸化アルミニウム）、ならびに保存剤を含み得る。さらに、本発
明の薬学的組成物はまた、１つ以上のさらなる有効成分を含有し得る。

【００８６】本発明の組成物は、例えば、経口、鼻内、静脈内、頭蓋内、腹膜内、皮下、筋
肉内投与を含む、示される投与の様式のために処方され得る。本発明の他の実施
態様においては、本明細書中に記載される組成物は、徐放性移植物の一部として
投与され得る。なお他の実施態様においては、本発明の組成物は、凍結乾燥物お
よび続く再水和物としての安定性を提供する適切な賦形剤を利用して、凍結乾燥
物として処方され得る。当業者は、適切な様式で、そして受容される実行に従っ
て（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＳｃｉ
ｅｎｃｅｓ，Ｇｅｎｎａｒｏ編、ＭａｃｋＰｕｂｌｉｓｈｉｎｇＣｏ．，Ｅ
ａｓｔｏｎ，ＰＡ１９９０に開示されているもの）本発明のエンハンサーまた
はインヒビターをさらに処方し得る。

【００８７】（３．遺伝子治療）上記のように、短型のＡｐａｆ−１または自己オリゴマー化カスパーゼは、遺
伝子送達ビヒクルと組み合わせて細胞に送達される。多くの疾患および症候群に
おいては、不十分なアポトーシスが、それらの発症において重要な特徴である。
多くの自己免疫疾患および腫瘍の処置は、増大したアポトーシスによって恩恵を
受ける。アポトーシスを増大させるための１つの手段は、自己オリゴマー化する
カスパーゼの核酸分子を発現可能な形態で標的細胞に提供することである。ある
いは、当業者は、短型のＡｐａｆ−１核酸分子を有する標的細胞を、発現可能な
形態で提供し得る。これらの方法は、短型のＡｐａｆ−１または自己オリゴマー
化カスパーゼのいずれかをインビボで転写し得るＤＮＡまたはｃＤＮＡの送達に
よって達成され得る。より詳細には、短型のＡｐａｆ−１または自己オリゴマー
化カスパーゼのいずれかをインビボで産生するために、いずれかをコードする核
酸配列が、真核生物プロモーター（例えば、ｐｏｌＩＩＩプロモーター、ＣＭＶ
、またはＳＶ４０プロモーター）の制御下に配置される。より特異的に転写を制
御することが所望される場合は、短型のＡｐａｆ−１または自己オリゴマー化カ
スパーゼが、組織または細胞の特異的プロモータ（例えば、肝臓中の細胞を標的
化するために）、あるいは誘導性プロモーター（例えば、ＭＭＴＶＬＴＲ、Ｃ
ＭＶＩＥプロモーター、ＲＳＶＬＴＲＳＶ４０メタロチオネインプロモー
ター（例えば、米国特許第４，８７０，００９号を参照のこと））、エクジソン
応答エレメント系、テトラサイクリン可逆性サイレンシング系（ｔｅｔ−ｏｎ、
ｔｅｔ−ｏｆｆ）などの制御下に配置され得る。

【００８８】核酸の導入のための多くの技術が公知である。このような方法は、レトロウイ
ルスベクター、および続くレトロウイルス感染、アデノウイルスまたはアデノ随
伴ウイルスベクター、および続く感染、ならびに濃縮剤（例えば、ポリ−リジン
）との核酸の複合体化を含む。これらの複合体またはウイルスベクターは、ビヒ
クル中に取りこまれるリガンドの方法によって、特定の細胞の型に対して標的化
され得る。腫瘍細胞および他の細胞に特異的な多くのリガンドは、当該分野で周
知である。

【００８９】広範な種々のベクター（例えば、プラスミド、ウイルス、レトロトランスポゾ
ン、およびコスミドを含む）が、本発明の状況において利用され得る。代表的な
例として、アデノウイルスベクター（例えば、ＷＯ９４／２６９１４、ＷＯ９３
／９１９１；Ｙｅｉら、ＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ１：１９２−２００、１９
９４；Ｋｏｌｌｓら、ＰＮＡＳ９１（１）：２１５−２１９、１９９４；Ｋａ
ｓｓ−Ｅｉｓｌｅｒら、ＰＮＡＳ９０（２４）：１１４９８−５０２、１９９
３；Ｇｕｚｍａｎら、Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ８８（６）：２８３８−４８、
１９９３；Ｇｕｚｍａｎら、Ｃｉｒ．Ｒｅｓ．７３（６）１２０２−１２０７、
１９９３；Ｚａｂｎｅｒら、Ｃｅｌｌ７５（２）：２０７−２１６、１９９３
；Ｌｉら、ＨｕｍＧｅｎｅＴｈｅｒ．４（４）：４０３−４０９、１９９３
；Ｃａｉｌｌａｕｄら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．５（１０）：１２８７
−１２９１、１９９３）、アデノ随伴１型（「ＡＡＶ−１」）またはアデノ随伴
２型（「ＡＡＶ−２」）ベクター（ＷＯ９５／１３３６５；Ｆｌｏｔｔｅら、Ｐ
ＮＡＳ９０（２２）：１０６１３−１０６１７、１９９３）、デルタ肝炎ベク
ター、生の弱毒化デルタウイルス、およびヘルペスウイルスベクター（例えば、
米国特許第５，２８８，６４１号）、ならびに米国特許５，１６６，３２０号に
開示されるベクターが挙げられる。他の代表的なベクターとして、レトロウイル
スベクター（例えば、ＥＰ０４１５７３１；ＷＯ９０／０７９３６；ＷＯ
９１／０２８０５；ＷＯ９４／０３６２２；ＷＯ９３／２５６９８；ＷＯ９３／
２５２３４；米国特許第５，２１９，７４０号；ＷＯ９３／１１２３０；ＷＯ９
３／１０２１８）が挙げられる。

【００９０】本発明の特定の局面においては、短型のＡｐａｆ−１または自己オリゴマー化
カスパーゼをコードする核酸分子が、遺伝子送達ビヒクルを利用して、または種
々の物理的な方法によって宿主細胞中に導入され得る。このような方法の代表的
な例として、リン酸カルシウム沈殿（Ｄｕｂｅｎｓｋｙら、ＰＮＡＳ８１：７
５２９−７５３３、１９８４）を使用する形質転換、このような核酸分子のイン
タクトな標的細胞中への直接的なマイクロインジェクション（Ａｃｓａｄｉら、
Ｎａｔｕｒｅ３５２：８１５−８１８、１９９１）、およびエレクトロポレー
ションが挙げられ、それによって、濃縮溶液中に懸濁された細胞は、膜に一時的
に局在化するように強い電場に供され、それによって核酸分子の侵入が可能にな
る。他の手順として、不活性なアデノウイルスに連結された核酸分子（Ｃｏｔｔ
ｏｎら、ＰＮＡＳ８９：６０９４、１９９０）、リポフェクション（Ｆｅｌｇ
ｎｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８４：７４１３−
７４１７、１９８９）、マイクロプロジェクタイルボンバードメント（Ｗｉｌｌ
ｉａｍｓら、ＰＮＡＳ８８：２７２６−２７３０、１９９１）、ポリカチオン
化合物（例えば、ポリリジン）、レセプター特異的リガンド、リポソーム捕捉核
酸分子、スフェロプラスト融合の使用が挙げられ、これによって核酸分子を含有
するＥ．ｃｏｌｉがそれらの外細胞壁を取り除かれ、そしてポリエチレングリコ
ール、ウイルス形質導入（Ｃｌｉｎｅら、Ｐｈａｒｍａｃ．Ｔｈｅｒ．２９：６
９、１９８５；およびＦｒｉｅｄｍａｎｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ２４４：１２７
５、１９８９）、およびＤＮＡリガンド（Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２
６４：１６９８５−１６９８７、１９８９）、ならびにソラレンで不活化したウ
イルス（例えば、センダイウイルスまたはアデノウイルス）を使用して動物細胞
に対して融合される。１つの実施態様においては、短型のＡｐａｆ−１または自
己オリゴマー化カスパーゼ構築物は、リポソームを使用して宿主細胞中に導入さ
れる。

【００９１】上記のように、薬学的組成物はまた、本発明によって提供される。これらの組
成物は、任意の上記のインヒビター、エンハンサー、ＤＮＡ分子、ベクターまた
は宿主細胞を、薬学的または生理学的に受容可能なキャリア、賦形剤または希釈
剤とともに含む。一般的には、このようなキャリアは、使用される投与量および
濃度でレシピエントに対して非毒性でなければならない。通常は、このような組
成物の調製は、緩衝液、抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸）、低分子量（約１
０残基未満）ポリペプチド、タンパク質、アミノ酸、炭水化物（グルコース、ス
クロース、またはデキストリンを含む）、キレート剤（例えば、ＥＤＴＡ），グ
ルタチオン、ならびに他の安定剤および賦形剤との治療薬の組み合わせを必然的
に伴う。中性の緩衝化された生理食塩水または非特異的な血清アルブミンと混合
された生理食塩水が、例示的な適切な希釈剤である。

【００９２】さらに、本発明の薬学的組成物は、種々の異なる経路（例えば、動脈内、頭蓋
内、皮内、筋肉内、視覚内、腹膜内、包膜内、静脈内、皮下を含む）による投与
のために、または腫瘍内への直接投与のためさえ、調製され得る。さらに、本発
明の薬学的組成物は、このような薬学的組成物の使用に関する説明書を提供する
包装材料とともに、容器中に配置され得る。一般的には、このような説明書は、
試薬の濃度、ならびに特定の実施態様においては、賦形剤の成分または希釈液（
例えば、水、生理食塩水、またはＰＢＳ）（これらは、薬学的組成物の再構成の
ために不可欠であり得る）の相対的な量を記載する実際の表記を含む。薬学的組
成物は、診断または治療目的の両方に有用である。

【００９３】本発明の薬学的組成物は、処置される（または予防される）疾患に適切な様式
で投与され得る。投与の量および頻度は、患者の状態、ならびに患者の疾患の型
および重篤度のような因子によって決定される。投与量は、臨床試験の間に最も
正確に決定され得る。患者は、臨床的な悪化、画像診断などの徴候を含む、適切
な技術によって治療の有効性についてモニターされ得る。

【００９４】以下の実施例は、例示の目的のために与えられ、そして限定の目的のためには
与えられない。

【００９５】（実施例）（実施例１：ｃＤＮＡ発現構築物の作製）短型のＡｐａｆ−１改変体または変異したＡｐａｆ−１改変体をコードするｃ
ＤＮＡをＰＣＲによって作製し、そして細菌の発現ベクターｐＥＴ−２８ａまた
はｐＥＴ−２１ｂ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）中にサブクローン化した。Ｃ末端に
Ｈｉｓ６タグを有する組換えタンパク質を、ＢＬ−２１ＤＥ３細菌中で発現さ
せ、そしてＮｉ²⁺アフィニティー樹脂上でのアフィニティー精製によって精製し
た。野生型（ＷＴ）または変異体カスパーゼ−９、プロカスパーゼ−３、Ａｐａ
ｆ−１、ＤＲ４、ＤＲ５、またはＢｃｌ−ｘ_Lをコードする構築物は、以前に記
載されている（Ｈｅｇｄｅら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７３：７７８３−７
７８６、１９９８；Ｌｉら、Ｃｅｌｌ９１：４７９−４８９（１９９７）；Ｍ
ａｃＦａｒｌａｎｅら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：２５４１７−２５４
２０、１９９７；Ｓｒｉｎｉｖａｓｕｌａら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７
１：２７０９９−２７１０６、１９９６）。Ｔ７エピトープタグ化タンパク質ま
たはＦｌａｇエピトープタグ化タンパク質をコードする構築物を、哺乳動物発現
ベクターＴ７−ｐｃＤＮＡ３またはｐＦＬＡＧ−ＣＭＶ−２中にインフレームで
それぞれの遺伝子のｃＤＮＡをクローニングすることによって作製した。

【００９６】短縮された形態の増幅のために使用したプライマーを以下に提供する：

【００９７】

【化１】（実施例２：インビトロでのカスパーゼ−９活性化アッセイ）アフィニティー精製したＡｐａｆ−１改変体を、インビトロで翻訳したＷＴま
たは変異体プロカスパーゼ−９とともに、緩衝液Ａ（２０ｍＭのＨＥＰＥＳ、ｐ
Ｈ７．５、１０ｍＭのＫＣｌ、１．５ｍＭのＭｇＣｌ₂、１ｍＭのＥＤＴＡ、１
ｍＭのＥＧＴＡ、１ｍＭのＤＴＴ、０．１ｍＭのＰＭＳＦ）中で、チトクローム
ｃおよび／またはｄＡＴＰの存在下または非存在下でインキュベートした（２時
間）。次いで、ＳＤＳサンプル緩衝液を、各サンプルに添加し、煮沸し、そして
ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析、それに続くオートラジオグラフィーに供した。図２Ａに
おいては、プロカスパーゼ−９を、³⁵Ｓメチオニンの存在下でインビトロで翻訳
した。翻訳後、プロカスパーゼ−９を、バイオスピン（ｂｉｏｓｐｉｎ）カラム
（ＢｉｏＲａｄ）を通してのゲル濾過によって脱塩して、取りこまれていないメ
チオニンおよび遊離のヌクレオチドを除去した。脱塩したプロカスパーゼ−９を
、次いで、２００ｎｇのＮｉ²⁺アフィニティー精製した、細菌によって発現され
た組換えＡｐａｆ−５３０（ＷＴまたはＫ１４９Ｒ変異体）とともに、チトクロ
ームｃもしくはｄＡＴＰまたはその両方の存在下または非存在下で、３０℃にて
２時間インキュベートした。空のベクターで形質転換した細菌に由来するＮｉ²⁺ アフィニティー精製した物質を含有する擬似サンプルを、ネガティブコントロー
ルとして使用した。インキュベーション後、生成物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよび
オートラジオグラフィーによって分析した。図２Ｂにおいては、³⁵Ｓで標識した
プロカスパーゼ−９（上記の通り）を、示すような短型のＡｐａｆ−１改変体を
含有する細菌溶解物とともにインキュベートし、次いで上記のように分析した（
２Ｂ、上段のパネル）。細菌の溶解物をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析し、そし
てＡｐａｆ−１のＮ末端を認識するＡｐａｆ−１抗体（レーン２〜６）および抗
Ｔ７タグ抗体（レーン７〜８）を用いてイムノブロットして、異なるＡｐａｆ−
１改変体の発現および同等の濃度を確認した（２Ｂ、下段のパネル）。分子量マ
ーカーを、下段のパネルの右側に示す。

【００９８】 ³⁵Ｓ標識したカスパーゼを、製造業者の推奨に従ってＴＮＴキット（Ｐｒｏｍ
ｅｇａ）を使用して、ウサギの網状赤血球溶解物中で連結転写／翻訳システムを
使用して、³⁵Ｓ−メチオニンの存在下でのインビトロでの翻訳によって得た。

【００９９】（実施例３：哺乳動物細胞中での短型のＡｐａｆ−１構築物の発現およびアポ
トーシスについてのアッセイ）哺乳動物細胞中でカスパーゼまたは短型のＡｐａｆ−１を発現させ、そしてそ
れらのアポトーシス活性をアッセイするために、これらを、ｐＥＴ２８ａ構築物
を鋳型として使用してＴ７タグプライマーおよび逆プライマーを用いて増幅し、
そして哺乳動物二重発現ベクターｐＲＳＣ−ＬａｃＺ（ＭａｃＦａｒｌａｎｅら
、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．、２７２：２５４１７−２５４２０、１９９７；Ｔ
ｓａｎｇら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、２２：６８、１９９７）中に、ま
たは以前に記載されているように（Ｌｉら、Ｃｅｌｌ９１：４７９−４８９、
１９９７；Ｓｒｉｎｉｖａｓｕｌａら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．、２７２：１
８４５２−１８５４５、１９９７）サブクローン化した。このベクターは、ラウ
ス肉腫ウイルスプロモーターの下でのｌａｃＺの発現を可能とし、そしてＣＭＶ
プロモーター下でのｃＤＮＡの試験を可能とする。アポトーシスについてアッセ
イするために、ＭＣＦ−７細胞または２９３細胞を、ＬｉｐｏｆｅｃｔＡｍｉ
ｎｅ法（ＬｉｆｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．）として商業的に入手
可能な方法を使用して、異なるアポトーシスインヒビターの存在下または非存在
下でｐＲＳＣ−ＬａｃＺ構築物を用いてトランスフェクトした。トランスフェク
ションの３０時間後、細胞をβ−ガラクトシダーゼで染色し、そしてアポトーシ
スの形態学的徴候について試験した。丸い青色のアポトーシス細胞の百分率（平
均±ＳＤ）を位相差顕微鏡法によって決定し、そして次いで、各条件下での全青
色細胞の関数として示した（ｎ≧３）。

【０１００】（実施例４：そのＷＤ反復を有さない短型のＡＰＡＦ−１はチトクロームｃお
よびｄＡＴＰとは無関係に機能する）プロカスパーゼ−９のＡｐａｆ−１によって誘導されるプロセシングの機構に
おけるＷＤ−４０反復の役割を決定するために、そのＷＤ−４０反復を欠失して
いる短型のＡｐａｆ−１（Ａｐａｆ−５３０）（図１）を発現させ、そして精製
した。組換えカスパーゼ−９活性化システムを再構築するために、短型のＡｐａ
ｆ−５３０を、チトクロームｃおよびｄＡＴＰの存在下または非存在下で、イン
ビトロで翻訳された組換えプロカスパーゼ−９とともにインキュベートした。全
長の天然のＡｐａｆ−１を用いた以前の観察（Ｌｉら、Ｃｅｌｌ９１：４７９
−４８９、１９９７）とは異なり、組換えＡｐａｆ−５３０は、チトクロームｃ
またはｄＡＴＰの非存在下で３５ｋＤａのフラグメント（ｐ３５）を生じるよう
なプロカスパーゼ−９のプロセシングを促進し得た（図２Ａ）。ヌクレオチドの
結合のために必要とされるＣＥＤ−４Ｋ１６５Ｒの変異がその活性を破壊する
ことが、以前に示された（Ｃｈｉｎｎａｉｙａｎら、Ｎａｔｕｒｅ３８８：７
２８−７２９、１９９７；Ｊａｍｅｓら、Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．７：２４６−２
５２、１９９７；ＳｅｓｈａｇｉｒｉおよびＭｉｌｌｅｒ、Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ
．７：４５５−４６０、１９９７）。興味深いことに、Ａｐａｆ−１（Ｋ１４９
Ｒ）中の類似の変異は、組換えＡｐａｆ−５３０の活性をわずかに低下させたが
、その活性を阻害しなかった（図２Ａ）。これらの観察は、ＷＤ−４０反復がＡ
ｐａｆ−１の活性に対してドミナントネガティブの影響を発揮し得ることを示唆
する。従って、チトクロームｃおよびｄＡＴＰに対するＡｐａｆ−１の結合、ま
たは反復の欠失のいずれかが、Ａｐａｆ−１がプロカスパーゼ−９に結合しそし
てプロセシングすることを可能にするコンホメーション変化を誘導し得る。

【０１０１】プロカスパーゼ−９の活性化を促進することが可能であるＡｐａｆ−１の最少
配列を決定するために、再構築実験を、いくつかの短型の組換えＡｐａｆ−１改
変体を用いて行った（図１）。図２Ｂに示すように、Ａｐａｆ−４２０（残基１
〜４２０）（これは、Ａｐａｆ−１とＣＥＤ−４との間の最少の保存された配列
を含む）は、Ａｐａｆ−５３０よりもほぼ９０％低い活性を生じた（レーン４）
。さらに、Ａｐａｆ−１のＣＥＤ−４相同領域における欠失（Ａｐａｆ−３５０
、残基１〜３５０）は、その活性をさらに低下させた（レーン５）。ＣＥＤ−４
相同領域全体の欠失（Ａｐａｆ−９７、残基１〜９７）またはＡｐａｆ−１のＣ
ＡＲＤドメインの欠失（Ａｐａｆ−５３０ΔＣＡＲＤ、残基９８〜５３０）は、
Ａｐａｆ−１を不活化した（レーン６および７）。ＷＤ−４０反復領域（Ａｐａ
ｆ−ＷＤ、残基５３０〜１１９４）もまた、不活性であった（レーン８）。従っ
て、Ａｐａｆ−１のＣＥＤ−４相同領域の一部およびそのＣＡＲＤドメインの少
なくとも一部が、その活性のために必要である。

【０１０２】（実施例５：ＡＰＡＦ−５３０によるプロカスパーゼ−９のプロセシングは自
触反応によって生じる）プロカスパーゼ−９中の正確なプロセシング部位をマップするため、およびプ
ロカスパーゼ−９のプロセシングが自触反応によって生じるかどうかを決定する
ために、２つの可能性のあるプロセシング部位（Ａｓｐ３１５およびＡｓｐ３３
０）、および活性部位であるＣｙｓ２８７を変異させた。これらの部位で自触反
応によってプロセシングが生じるならば、プロセシング部位または活性部位Ｃ２
８７の変異はプロセシングを妨げるはずである。このプロセシングの事象を研究
するために、Ａｐａｆ−５３０再構築システムを利用した。

【０１０３】図３においては、プロカスパーゼ−９の³⁵Ｓ標識したＷＴまたは変異体Ｄ３３
０Ａ、Ｄ３１５Ａ、もしくはＣ２８７Ａ変異体、あるいはプロドメインを有さな
いプロカスパーゼ−９（Δｐｒｏ、残基１３４〜４１６）を、緩衝液とともに（
レーン１、４、７、１０、１３）、精製したＡｐａｆ−５３０とともに（レーン
２、５、８、１１、１４）、または擬似精製した物質とともに（レーン３、６、
９、１２、１５）インキュベートし、次いでＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびオートラジ
オグラフィーによって分析した。

【０１０４】図３に示すように、ＷＴまたはＤ３３０Ａ変異体プロカスパーゼ−９とのＡｐ
ａｆ−５３０のインキュベーションは、ｐ３５フラグメント（レーン２および５
）を生じた。しかし、Ａｐｆ−５３０は、Ｄ３１５Ａ変異体プロカスパーゼ−９
をプロセシングすることはできなかった。このことは、Ａｓｐ３１５でプロセシ
ングが生じることを示す（レーン１１）。従って、Ａｐａｆ−１は、Ａｓｐ３１
５でのみプロカスパーゼ−９のプロセシングを誘発する。Ａｐａｆ−５３０はま
た、プロカスパーゼ−９活性部位のＣ２８７Ａ変異体のプロセシングを促進する
こともできなかった（レーン８）。このことは、Ａｐａｆ−１がプロカスパーゼ
−９をプロセシングし得るタンパク質分解活性を有さないことを示唆する。従っ
て、Ａｐａｆ−１によって媒介されるプロカスパーゼ−９のプロセシングは、プ
ロカスパーゼ−９自体の固有の活性であり、そして自触作用によって生じる。

【０１０５】カスパーゼ−９のプロドメインもまた、Ａｐａｆ−５３０によるプロカスパー
ゼ−９の活性化に必要である。このドメインの欠失は、プロカスパーゼ−９のプ
ロセシングを妨げた（図３、レーン１４）。まとめると、これらのデータは、プ
ロカスパーゼ−９のプロドメインを通じてのＡｐａｆ−１とのプロカスパーゼ−
９の相互作用が、それがＡｓｐ３１５で自触性プロセシングを受けることを誘導
することを示す。

【０１０６】（実施例６：チトクロームｃ／Ａｐａｆ−１依存性経路におけるプロカスパー
ゼ−９のプロセシング）チトクロームｃ／Ａｐａｆ−１依存性経路におけるプロカスパーゼ−９のプロ
セシングを研究するために、プロカスパーゼ−９のＷＴおよびＡｓｐからＡｌａ
への変異体を、チトクロームｃおよびｄＡＴＰの存在下または非存在下で、細胞
性のＳ１００抽出物とともにインキュベートした。図４に示すように、³⁵Ｓで標
識したＷＴ（レーン１〜３）または変異体Ｄ３１５Ａ＋Ｄ３３０Ａ（レーン４〜
６）、Ｄ３１５Ａ（レーン７〜９）、Ｄ３３０Ａ（レーン１０〜１２）のプロカ
スパーゼ−９を、チトクロームｃ＋ｄＡＴＰ、またはＤＥＶＤ−ＣＨＯ（カスパ
ーゼ−３インヒビターおよびカスパーゼ−７インヒビター）、またはこれらの両
方の存在下または非存在下で、３０℃にて１時間、２９３細胞に由来するＳ１０
０抽出物とともにインキュベートした。次いで、サンプルを、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ
およびオートラジオグラフィーによって分析した。

【０１０７】図４は、チトクロームｃおよびｄＡＴＰが、ＷＴプロカスパーゼ−９のプロセ
シングを誘導して、３７ｋＤａのフラグメント（ｐ３７）および３５ｋＤａのフ
ラグメント（Ｐ３５）を生じることを実証する（レーン２）。さらに、チトクロ
ームｃおよびｄＡＴＰは、二重変異体Ａｓｐ３１５＋３３０のプロセシングを誘
導することはできなかった（レーン５）。しかし、これらは、Ａｓｐ３１５変異
体またはＡｓｐ３３０変異体のプロセシングを誘導して、ｐ３７（レーン８）フ
ラグメントまたはｐ３５（レーン１１）フラグメントをそれぞれ生じ得た。この
ことは、Ａｓｐ３１５でのプロセシングが、ｐ３５フラグメントを生じ、一方、
Ａｓｐ３３０でのプロセシングがｐ３７フラグメントを生じることを確認する。
興味深いことに、Ａｓｐ３１５（レーン３および１２）ではなくＡｓｐ３３０（
レーン３および９）でのプロセシングが、ＤＥＶＤ−ＣＨＯ（Ａｓｐ−Ｇｌｕ−
Ｖａｌ−Ａｓｐ−アルデヒド）による阻害に敏感であった。Ａｓｐ３１５でのプ
ロセシングが、下流のカスパーゼ−３を直接活性化するカスパーゼ−９を活性化
するので、Ａｓｐ３３０でのプロセシングは、ＤＥＶＤ−ＣＨＯによって強力に
阻害される活性化されたカスパーゼ−３に原因があるに違いない。

【０１０８】このことを確認するために、プロカスパーゼ−９およびプロカスパーゼ−３の
プロセシングの時間経過分析を、２９３細胞およびＭＣＦ−７細胞からの細胞性
のＳ１００抽出物中で行った。２９３細胞はプロカスパーゼ−３を発現し、一方
ＭＣＦ−７は発現しない（Ｌｉら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：３０２９
９−３０３０５、１９９７）ので、これらの２つの細胞株に由来する抽出物を使
用した。図５に示すように、³⁵Ｓで標識したＷＴプロカスパーゼ−９を、チトク
ロームｃ／ｄＡＴＰまたはＤＥＶＤ−ＣＨＯまたはこれらの両方の存在下または
非存在下で、２９３細胞またはＭＣＦ−７細胞に由来するＳ１００抽出物ととも
にインキュベートした。示した時間に反応を停止させ、そして次いで、ＳＤＳ−
ＰＡＧＥおよびオートラジオグラフィー（プロカスパーゼ−９のパネル）によっ
て、または抗カスパーゼ−３ｐ２０ポリクローナル抗体を使用するウェスタン
ブロット分析（プロカスパーゼ−３のパネル）によって分析した。小さい矢印は
、抗カスパーゼー３抗体によって検出された非特異的なバンドを示す。

【０１０９】図５に示すように、２９３Ｓ１００抽出物中では、Ａｓｐ３１５およびＡｓ
ｐ３３０でのプロセシングは同時には起こらなかった。自触的に生成されたｐ３
５フラグメントが、最初の５分以内で検出された（図５、レーン２、２９３−上
段のパネル）。１０分後に、ｐ３７フラグメントが検出可能であり、そしてその
出現は、カスパーゼー３の活性化と一致した（図５、レーン３−６、２９３−下
段のパネル）。ＤＥＶＤ−ＣＨＯの存在下では、カスパーゼ−９−ｐ３７フラグ
メントの生成およびカスパーゼ−３−ｐ２０からｐ１９への自動的な転換の両方
がブロックされた（レーン７）。このことは、活性なカスパーゼ−３がｐ３７フ
ラグメント生成を担うことを示す。それにもかかわらず、ＤＥＶＤ−ＣＨＯは、
ｐ３５フラグメントの自触性生成をブロックしなかったが、これは、プロカスパ
ーゼ−３のプロセシングをわずかに弱めた（レーン７）。これらのデータは、カ
スパーゼ−９がカスパーゼ−３の上流に存在し、そしてチトクロームｃに依存す
る経路におけるその活性化を担うという本発明者らの以前の観察と一致する（Ｌ
ｉら、１９９７ｂ）。しかし、一旦、プロカスパーゼ−３がカスパーゼ−９によ
って活性化されると、これは、残っているプロカスパーゼ−９にフィードバック
し、そしてそれをＡｓｐ３３０で切断して、さらに活性なカスパーゼ−９を生成
し、従って、カスパーゼのカスケードを増幅する。

【０１１０】ＭＣＦ−７抽出物においては、チトクロームｃおよびｄＡＴＰによる活性化は
、ｐ３５フラグメントのみを生じ、そしてｐ３７フラグメントは見出されなかっ
た（図５、ＭＣＦ−７−上段のパネル）。また、ウェスタンブロット分析は、こ
れらの抽出物中で極わずかなカスパーゼ−３と反応する種を明らかにした（図５
、ＭＣＦ−７−下段のパネル）。このことは、ＭＣＦ−７細胞がプロカスパーゼ
−３を欠いているかまたは無視できる量のプロカスパーゼ−３を含むという以前
の観察と一致する（Ｌｉら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．、２７２：３０２９９−
３０３０５，１９９７）。このことは、Ａｓｐ３３０でのプロカスパーゼ−９の
プロセシングが、実行因子であるカスパーゼ−３の活性であることを確認する（
図６）。

【０１１１】（実施例７：カスパーゼ−９はまたプロカスパーゼ−７をプロセシングし得る
がプロカスパーゼ−６はプロセシングし得ない）他の実行因子であるカスパーゼの前駆体（すなわち、プロカスパーゼ−６およ
びプロカスパーゼ−７）に対するカスパーゼ−９の活性を試験するために、精製
された組換え成熟カスパーゼ−９を、³⁵Ｓで標識したプロカスパーゼ−３（図７
、レーン２）、プロカスパーゼ−６（図７、レーン４）、またはプロカスパーゼ
−７（図７、レーン６）とともに３７℃にて１時間インキュベートし、そしてＳ
ＤＳ−ＰＡＧＥおよびオートラジオグラフィーによって分析した。

【０１１２】図７に示すように、カスパーゼ−９は、プロカスパーゼ−３（レーン２）およ
びプロカスパーゼ−７（レーン６）を、対応する大きなサブユニットフラグメン
トおよび小さなサブユニットフラグメントへとプロセシングし得たが、プロカス
パーゼ−６（レーン４）はプロセシングし得なかった。興味深いことに、全ての
３個のカスパーゼは、これらの抽出物をチトクロームｃおよびｄＡＴＰで刺激し
た場合に、２９３Ｓ１００抽出物中でプロセシングを受けた（図８）。図８に
おいては、³⁵Ｓで標識したプロカスパーゼ−３、プロカスパーゼ−６、またはプ
ロカスパーゼ−７を、チトクロームｃ／ｄＡＴＰまたはＤＥＶＤ−ＣＨＯまたは
これらの両方の存在下または非存在下で、２９３細胞に由来するＳ１００抽出物
とともにインキュベートし、そしてＳＤＳ−ＰＡＧＥ、その後のオートラジオグ
ラフィーによって分析した。しかし、ＤＥＶＤ−ＣＨＯを含んだ場合には、プロ
カスパーゼ−３（レーン３）でもプロカスパーゼ−７（レーン９）でもなく、プ
ロカスパーゼ−６（レーン６）のプロセシングが阻害された。カスパーゼ−３お
よびカスパーゼ−７の両方の活性はＤＥＶＤ−ＣＨＯによって強力に阻害された
が、カスパーゼ−９の活性は阻害されなかったので、カスパーゼ−３またはカス
パーゼ−７のいずれかがプロカスパーゼ−６のプロセシングを担うということに
なる。また、カスパーゼ−７はプロカスパーゼ−６をプロセシングし得ない（Ｓ
ｒｉｎｉｖａｓｕｌａら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２７０９９−２７
１０６，１９９６）ので、カスパーゼ−３は、チトクロームｃおよびｄＡＴＰに
依存する経路においてプロカスパーゼ−６のプロセシングを担うカスパーゼであ
る。

【０１１３】（実施例８：異種オリゴマー化によるプロカスパーゼ−９の活性化）過剰発現または異種誘導性オリゴマー化システムによるプロカスパーゼ−１ま
たはプロカスパーゼ−８の人工的に誘導したオリゴマー化は、それらの自触性プ
ロセシング／活性化を生じる（Ｇｕら、ＥＭＢＯ１４：１９２３−１９３１、
１９９５；Ｍｕｚｉｏら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７３：２９２６−２９３
０、１９９８；Ｙａｎｇら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ１：３１９−３２５、１９９８
）。プロカスパーゼ−９もまた異種オリゴマー化によって活性化され得るかどう
かを試験するために、ＷＴおよびＣ２８７Ａ変異体プロカスパーゼ−９を、分子
間ジスルフィド結合によって自発的に二量体を形成し得るマウスのＩｇＧ−Ｆｃ
部分に対して融合させた。図９は、融合していないＷＴプロカスパーゼ−９（ｐ
ｃａｓｐ−９、レーン１）、またはＣ末端Ｆｃ融合ＷＴ（ｐｃａｓｐ−９−Ｆｃ
、レーン２）、またはＣ２８７Ａ（活性部位）変異体（ｐｃａｓｐ−９−Ｃ２８
７Ａ−Ｆｃ、レーン３）プロカスパーゼ−９（これらは、³⁵Ｓメチオニンの存在
下でインビトロで翻訳させ、次いでＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびオートラジオグラフ
ィーによって分析した）のプロセシングを示す。

【０１１４】インビトロで翻訳された³⁵Ｓ標識したプロカスパーゼ−９−Ｆｃ融合タンパク
質は、それ自体を、大きなサブユニット（ｐ３５フラグメント）および小さいサ
ブユニットに対応するペプチド（ｐ１２−Ｆｃ）にプロセシングし得た（図９、
レーン２）。Ｃ２８７Ａ−Ｆｃ変異体（レーン３）およびＷＴプロカスパーゼ−
９（レーン１）は、プロセシングすることができず、そしてプロセシングされて
いないプロカスパーゼ−９に対応するペプチドとして移動した。

【０１１５】ＭＣＦ−７細胞中のＷＴプロカスパーゼ−９のインビボでの過剰発現は、アポ
トーシスをほとんど誘導しなかった（図１０）。図１０においては、図９に記載
されるＦｃまたはプロカスパーゼ−９改変体をコードする哺乳動物発現構築物を
、レポーターβ−ｇａｌ発現構築物とともに、３：１の比で、ＭＣＦ−７細胞中
にトランスフェクトした。トランスフェクションの３０時間後、細胞をβ−ｇａ
ｌで染色し、そしてアポトーシスの形態学的徴候について試験した。しかし、記
載するように、プロカスパーゼ−９−Ｆｃ融合タンパク質の過剰発現は、トラン
スフェクトした細胞の９０％においてアポトーシスを強力に誘導した。Ｃ２８７
Ａ−Ｆｃ変異体またはＦｃ自体は、アポトーシスを誘導できなかった。まとめる
と、これらのデータは、オリゴマー化がプロカスパーゼ−９の自触性プロセシン
グおよび活性化を誘導し得ることを確認する。

【０１１６】（実施例９：Ａｐａｆ−５３０はオリゴマーを形成する）ＡＰＡＦ−５３０がプロカスパーゼ−９をオリゴマー化する能力を試験した。
２９３細胞中での同時トランスフェクション実験を、Ｔ７タグ化Ａｐａｆ−５３
０および異なるＦｌａｇタグ化Ａｐａｆ−１改変体を用いて行い、そして細胞溶
解物を調製し、そして抗Ｆｌａｇ抗体を用いて免疫沈降させた。免疫沈降物を、
抗Ｔ７抗体を用いるウェスタンブロッティングによって分析した。図１１に示す
ように、Ｔ７−Ａｐａｆ−５３０は、全長のＦｌａｇ−Ａｐａｆ−１、Ｆｌａｇ
−Ａｐａｆ−５３０、およびＦｌａｇ−Ａｐａｆ−５３０ΔＣＡＲＤを用いて同
時沈降させられたが、Ｆｌａｇ−Ａｐａｆ−９７を用いては沈降させられなかっ
た。このことは、Ａｐａｆ−５３０がそのＣＥＤ−４相同性ドメインの自己会合
によってオリゴマーを形成することを示す。

【０１１７】図１１においては、２９３細胞を、Ｔ７タグ化Ａｐａｆ−５３０および空のベ
クター（レーン１）をコードする構築物、またはＦｌａｇタグ化したＡｐａｆ−
１（レーン２）、Ｆｌａｇタグ化したＡｐａｆ−５３０（レーン３）、Ｆｌａｇ
タグ化したＡｐａｆ−５３０ΔＣＡＲＤ（レーン４）、またはＦｌａｇタグ化し
たＡｐａｆ−９７（レーン５）をコードする構築物で同時トランスフェクトした
。３６時間後、抽出物を調製し、そしてＦｌａｇエピトープに対するモノクロー
ナル抗体を用いて免疫沈降させた。免疫沈降物（上段のパネル）を、ＳＤＳ−Ｐ
ＡＧＥによって分析し、そして西洋ワサビペルオキシド結合体化Ｔ７抗体を用い
てイムノブロットした。対応する細胞性の抽出物をもまた、ＳＤＳ−ＰＡＧＥに
よって分析し、そして西洋ワサビペルオキシド結合体化Ｔ７抗体（中段のパネル
）または抗Ｆｌａｇ抗体（下段のパネル）を用いてイムノブロットした。

【０１１８】（実施例１０：Ａｐａｆ−１はオリゴマー化によってプロカスパーゼ−９を活
性化する）Ａｐａｆ−１がオリゴマーを形成し得るので、これは、２つのプロカスパーゼ
−９を密接に近接させ得、これによって、それらのサブユニットが互いに相補す
ることを可能にする。このプロセスは、次いで、それ自体プロセシングし得る触
媒的に活性な中間複合体の形成を導き得る（図１２）。相補機構は、成熟ヘテロ
二量体の２つのサブユニットが２つの密接する前駆体分子から生じることを仮定
する。成熟カスパーゼ−９様中間複合体の機構は、成熟ヘテロ二量体の２つのサ
ブユニットが同じ前駆体分子に由来することを仮定する。

【０１１９】この場合においては、成熟ヘテロ二量体の１つのサブユニットが、第１の前駆
体分子に由来し、そして他のサブユニットは、第２の密接する前駆体分子に由来
する。あるいは、カスパーゼの成熟活性形態は、ヘテロ四量体であるので、Ａｐ
ａｆ−１が媒介するオリゴマー化は、それ自体または隣接する分子をプロセシン
グし得る成熟カスパーゼ−９−様中間複合体の形成を生じ得る（図１２）。この
場合においては、成熟ヘテロ二量体の２つのサブユニットは、同じ前駆体分子に
由来する。

【０１２０】最初の可能性を試験するために、プロカスパーゼ−９の遺伝子内相補実験を、
Ａｐａｆ−５３０再構築システムを用いて行った。２つのプロカスパーゼ−９活
性部位変異体（一方は、大きなサブユニット中にＣ２８７Ａ変異を有し、そして
他方は小さなサブユニット中にＲ３５５Ｅ変異を有する）を、ＡＰＡＦ−５３０
とともにインキュベートした。Ａｐａｆ−５３０が相補によってプロカスパーゼ
−９の活性化を誘導する場合は、Ｃ２８７Ａ変異体およびＲ３５５Ｅ変異体は、
自己プロセシングし得る活性なカスパーゼを形成するように会合するはずである
。一方、Ａｐａｆ−５３０が成熟カスパーゼ−９様中間複合体の形成によってプ
ロカスパーゼ−９の活性化を誘導する場合は、これらの変異体は、互いに相補し
得ない。図１３では、³⁵Ｓ標識したＣ２８７ＡまたはＲ３５５Ｅ変異体プロカス
パーゼ−９を、Ａｐａｆ−５３０とともに別々に（それぞれ、レーン３および４
）、または一緒に（レーン５）、３０℃にて１時間インキュベートし、そしてＳ
ＤＳ−ＰＡＧＥ、その後のオートラジオグラフィーによって分析した。緩衝液（
レーン１）またはＡｐａｆ−５３０（レーン２）とともにインキュベートしたＷ
Ｔプロカスパーゼ−９をコントロールとして使用した。図１３によって明らかに
されるように、Ａｐａｆ−５３０とともに別々に、または一緒にインキュベート
した場合には、いずれの変異体も自己プロセシングし得なかった。このことは、
Ａｐａｆ−５３０は相補誘導性活性化を可能としないことを示す。

【０１２１】第２の可能性を試験するために、Ａｐａｆ−５３０を、³⁵Ｓ標識した全長のＣ
２８７Ａ変異体（図１４、レーン１〜４）またはプロドメインを有さないプロカ
スパーゼ−９（図１４、レーン５〜８）とともに、放射性標識していないＷＴプ
ロカスパーゼ−９の存在下または非存在下でインキュベートした。次いで、サン
プルを、ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびオートラジオグラフィーによって分析した。Ａ
ｐａｆ−５３０が、それ自体または隣接する分子をプロセシングし得る成熟カス
パーゼ−９様中間複合体の形成によってプロカスパーゼ−９の活性化を誘導する
ならば、ＷＴプロカスパーゼ−９はＣ２８７Ａ変異体と会合しそしてＣ２８７Ａ
変異体をプロセシングするはずであるが、プロドメインを有さない変異体はそう
ではない。言い換えると、Ａｐａｆ−５３０は、Ｃ２８７Ａ変異体およびＷＴプ
ロカスパーゼ−９を密接に接近させることが可能であるが、プロドメインを有さ
ない変異体はこれらを接近させることが可能でない。Ａｐａｆ−５３０−プロカ
スパーゼ−９複合体は、Ｃ２８７Ａ変異体のプロセシングを誘導し得たが、プロ
ドメインを有さない変異体はこれを誘導することができなかった（図１４）。こ
のことは、Ａｐａｆ−５３０オリゴマーが２つの前駆体分子（ＷＴおよびＣ２８
７Ａ）を密接に接近させ、ＷＴ分子にＣ２８７Ａ変異体を強いてプロセシングさ
せることが、可能であることを示す。Ａｐａｆ−５３０は、プロドメインを有さ
ない変異体を複合体に補充することができないので、活性化されたＡｐａｆ−５
３０結合カスパーゼ−９はそれをプロセシングすることはできなかった。

【０１２２】（実施例１１：活性化されたＡｐａｆ−５３０結合カスパーゼ−９はプロカス
パーゼ−３をプロセシングできない）組換えの可溶性のカスパーゼ−９またはＡｐａｆ−１活性化カスパーゼ−９が
プロカスパーゼ−３をプロセシングし得ることが、最近示されている（Ｌｉら、
Ｃｅｌｌ９１：４７９−４８９，１９９７）。興味深いことに、プロカスパー
ゼ−３に対する活性化されたＡｐａｆ−５３０結合カスパーゼ−９の活性を分析
することによっては、プロカスパーゼ−３のプロセシングは観察されなかった。
このことは、Ａｐａｆ−５３０が複合体から活性化されたカスパーゼ−９を遊離
させることができないことを示唆した。従って、プロカスパーゼ−３が複合体に
なり得るならば、成熟Ａｐａｆ−５３０結合カスパーゼ−９は、それをプロセシ
ングし得るはずである。このことを達成するために、Ｎ末端にカスパーゼ−９プ
ロドメインを有するキメラプロカスパーゼ−３を構築した。キメラ中のカスパー
ゼ−９プロドメインは、Ａｐａｆ−５３０−カスパーゼ−９複合体に対するキメ
ラプロカスパーゼ−３の補充を可能とし得る。図１５によって明らかであるよう
に、キメラプロカスパーゼー３をＡｐａｆ−５３０とともに放射性標識していな
いプロカスパーゼ−９の存在下でインキュベートした場合には、キメラプロカス
パーゼ−３は、大きなサブユニットおよび小さなサブユニットに対応するフラグ
メントへとプロセシングされた。図１５においては、Ｎ末端のプロカスパーゼ−
９プロドメインを有する³⁵Ｓ標識したキメラプロカスパーゼ−３（レーン１〜４
）またはＷＴプロカスパーゼ−３（レーン５〜８）を、放射性標識していないＷ
Ｔプロカスパーゼ−９の存在下または非存在下で、緩衝液またはＡｐａｆ−５３
０とともにインキュベートし、そしてＳＤＳ−ＰＡＧＥ、その後のオートラジオ
グラフィーによって分析した。

【０１２３】図１５に示すように、同じ条件下でキメラではないＷＴプロカスパーゼ−３を
用いては、プロセシングは観察されなかった。また、プロカスパーゼ−９の非存
在下でキメラプロカスパーゼ−３を用いては、プロセシングは観察されなかった
。このことは、このプロセスが、プロカスパーゼ−９の活性化に特異的であるこ
とを示唆する。このことは、Ａｐａｆ−５３０が多量体の複合体を形成すること
をさらなる証拠を提供する。プロカスパーゼ−３に対する全長Ａｐａｆ−１の活
性とＡｐａｆ−５３０複合体の活性との間の差異は、全長Ａｐａｆ−１が複合体
から活性化されたカスパーゼ−９を遊離し得、ここでそれが次いでサイトゾル中
でプロカスパーゼ−３を活性化し得るか、または複合体中にプロカスパーゼ−３
をもたらし得、ここでそれが、結合したカスパーゼ−９によって活性化され、次
いでサイトゾル中に遊離されるかのいずれかの２つの可能性を示唆する。Ａｐａ
ｆ−５３０はＷＤ−４０反復を欠失しているので、これは、それがプロカスパー
ゼー３のプロセシングを促進できないことを説明し得る。

【０１２４】（実施例１２：Ｂｃｌ−ｘ_LはＡｐａｆ−１と相互作用する）Ａｐａｆ−１改変体とＢｃｌ−ｘ₁との間でのインビボでの相互作用実験を行
った。Ａｐａｆ−１がＢｃｌ−ｘ_Lと相互作用する能力を分析するために、２９
３細胞を、Ｔ７タグ化Ｂｃｌ−ｘ_Lをコードする構築物、およびＦｌａｇタグ化
Ａｐａｆ−９７（図１６、レーン１）、Ａｐａｆ−１（図１６、レーン２）、Ａ
ｐａｆ−５３０（図１６、レーン３）、Ａｐａｆ−５３０ΔＣＡＲＤ（図１６、
レーン４）、またはプロカスパーゼ−９Ｃ２８７Ａ（図１６、レーン５）をコ
ードする構築物で同時トランスフェクトした。３６時間後、抽出物を調製し、そ
してＦｌａｇエピトープに対するモノクローナル抗体で免疫沈降させた。免疫沈
降物（図１６、上段のパネル）を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析し、そして西
洋ワサビペルオキシダーゼ結合体化Ｔ７抗体でイムノブロットした。対応する細
胞性の抽出物もまた、ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析し、そして西洋ワサビペル
オキシド結合体化Ｔ７抗体（図１６、中段のパネル）で、または抗Ｆｌａｇ抗体
（図１６、下段のパネル）でイムノブロットした。

【０１２５】図１６によって示されるように、全長のＡｐａｆ−１、Ａｐａｆ−５３０、お
よびＡｐａｆ−５３０ΔＣＡＲＤは全て、Ｂｃｌ−ｘ_Lを免疫沈降させ得たが、
Ａｐａｆ−９７は免疫沈降させ得なかった。Ｂｃｌ−ｘ_LがＡｐａｆ−９７では
なくＡｐａｆ−５３０ΔＣＡＲＤを免疫沈降させる能力は、相互作用モチーフが
ＣＥＤ−４相同性領域中に存在することを示唆する。

【０１２６】Ｂｃｌ−ｘ_Lはまた、プロカスパーゼ−９を免疫沈降し得た。このことは、Ｂ
ｃｌ−ｘ_LがＡｐａｆ−１およびプロカスパーゼ−９と三重複合体を形成し得る
ことを示唆する。ＣＥＤ−９、ＣＥＤ−４、およびＣＥＤ−３からなる同様の三
重複合体が、以前に記載された（Ｃｈｉｎｎａｉｙａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ２
７５：１１２２−１１２６、１９９７）。従って、本発明者らのデータは、Ｂｃ
ｌ−ｘ_L−Ａｐａｆ−１−プロカスパーゼ−９の三重複合体が、哺乳動物細胞中
に存在し得ることを示す。

【０１２７】（実施例１３：ドミナントネガティブカスパーゼ−９はアポトーシスの複数の
経路を阻害する）ドミナントネガティブカスパーゼ−９変異体（カスパーゼ−９−ＤＮ）が、Ｂ
ｃｌ−２ファミリーの前アポトーシス性のメンバーによって誘導されるアポトー
シスを阻害し得ることが、最近実証されている（Ｈｅｇｄｅら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．
Ｃｈｅｍ．２７３：７７８３−７７８６、１９９８；Ｌｉら、Ｃｅｌｌ９１：
４７９−４８９、１９９７）。カスパーゼ−９−ＤＮはまた、ＵＶ、Ｆａｓアゴ
ニスト抗体、ＴＲＡＩＬ、およびＴＲＡＩＬレセプター過剰発現、ＤＲ４および
ＤＲ５によって誘導されるアポトーシスを阻害し得る（図１７および１８）。ド
ミナントネガティブプロカスパーゼ−９がインビボでアポトーシスを阻害する能
力を、図１７に示す。ここでは、ＭＣＦ−７細胞を、ドミナントネガティブプロ
カスパーゼ−９−Ｃ２８７Ａ変異体、Ｂｃｌ−ｘ_L、またはＸ−ＩＡＰ、および
β−ｇａｌレポータープラスミドを発現する構築物で一時的にトランスフェクト
し、次いで、リガンドＴＲＡＩＬ、アゴニストＦａｓ抗体、またはＵＶでのトラ
ンスフェクションの３０時間後に処理した。ＭＣＦ−７細胞をまた、４倍過剰の
プロカスパーゼ−９−Ｃ２８７Ａ、Ｂｃｌ−ｘ_L、またはＸ−ＩＡＰ（アポトー
シスタンパク質のＸ連鎖インヒビター）と組み合わせてＤＲ４またはＤＲ５をコ
ードするｐＲＳＣ−ｌａｃＺプラスミドで、あるいは空のベクターで一時的にト
ランスフェクトした。

【０１２８】ドミナントネガティブカスパーゼ−９変異体による阻害は、Ｂｃｌ−ｘ_Lまた
はＸ−ＩＡＰを用いて観察されるものと同様に有効であった。カスパーゼ−９−
ＤＮはまた、用量依存性の様式で、２９３Ｓ１００抽出物中でプロカスパーゼ
−９およびプロカスパーゼ−３のチトクロームｃ／ｄＡＴＰによって誘導される
活性化を弱めることが可能であった（図１８）。図１８においては、³⁵Ｓ標識し
たプロカスパーゼ−９（上段のパネル）またはプロカスパーゼ−３（下段のパネ
ル）を補充した２９３細胞性のＳ１００抽出物を、漸増量の精製した組換えプロ
カスパーゼ−９−Ｃ２８７Ａ変異体の存在下で、チトクロームｃおよびｄＡＴＰ
とともに（レーン３〜７）またはそれらを含まずに（レーン２）、３０℃にて１
時間インキュベートし、次いで、ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびオートラジオグラフィ
ーによって分析した。同様の結果がまた、インビトロの再構成システムにおいて
、プロカスパーゼ−９のＡｐａｆ−５３０によって誘導される活性化を用いて得
られた（データは示さない）。このことは、Ａｐａｆ−１／チトクロームｃ複合
体が、インビボでのカスパーゼ−９−ＤＮによる阻害の標的であることを示す。
結果として、Ａｐａｆ−１／カスパーゼ−９経路は、中心的なアポトーシス経路
であるようであり、この経路にほとんどのアポトーシスのシグナルが集中する。

【図面の簡単な説明】

【図１】図１は、全長のＡｐａｆ−１およびその短縮された形態の模式図である。Ｃ末
端の網掛けした四角は、精製を容易にするためのＨｉｓ−６タグを示す。一方、
Ｎ末端の網掛けした四角は、イムノブロット検出を補助するためのＴ７タグを示
す。Ｎ末端のＣＡＲＤドメインは標識され、そして白い四角で示され（残基１−
９７）、ヌクレオチド結合のためのＰ−ループ配列（残基１３９−１５７）を含
むＷａｌｋｅｒＡおよびＢ（ＡおよびＢで示される）配列、ならびに推定のＭ
ｇ⁺⁺結合部位（残基２２８−２３５）を含む中央のＣＥＤ−４相同ドメイン（残
基９８−４１２）は黒い四角で示される。そして１２個のＷＤ−４０反復（残基
（４１３−１１９４）を含むＣ末端ドメインは、灰色と白の長方形を含む四角で
示される。

【図２Ａ】図２Ａは、チトクロームｃおよびｄＡＴＰの存在下ならびに非存在下での短型
のＡｐａｆ−５３０（オートラジオグラムによって画像化した２Ａ）、または短
縮された形態のＡｐａｆ−１（オートラジオグラムによって画像化した２Ｂの上
段のパネル、イムノブロットによって画像化した下段のパネル）のいずれかの、
プロカスパーゼ−９のプロセシングのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す、スキャンし
た画像である。

【図２Ｂ】図２Ｂは、チトクロームｃおよびｄＡＴＰの存在下ならびに非存在下での短型
のＡｐａｆ−５３０（オートラジオグラムによって画像化した２Ａ）、または短
縮された形態のＡｐａｆ−１（オートラジオグラムによって画像化した２Ｂの上
段のパネル、イムノブロットによって画像化した下段のパネル）のいずれかの、
プロカスパーゼ−９のプロセシングのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す、スキャンし
た画像である。

【図３】図３は、Ａｓｐ３１５でのＡｐａｆ−５３０によって媒介されるプロカスパー
ゼ−９の自己プロセシングのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す、オートラジオグラム
のスキャンした画像である。

【図４】図４は、２９３の細胞抽出物中のプロカスパーゼ−９の変異体形態の、チトク
ロームｃ／ｄＡＴＰ依存性のプロセシングのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す、オー
トラジオグラムのスキャンした画像である。

【図５】図５は、インキュベーション時間の関数としての、２９３およびＭＣＦ−７の
細胞抽出物中のプロカスパーゼ−９およびプロカスパーゼ−３の、チトクローム
ｃ／ｄＡＴＰ依存性のプロセシングのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す、オートラジ
オグラムのスキャンした画像である。

【図６】図６は、全長のプロカスパーゼ−９の模式図であり、カスパーゼ−９およびカ
スパーゼ−３によるプロセシングの部位および得られるフラグメントを示す。

【図７】図７は、プロカスパーゼー３、プロカスパーゼ−６、およびプロカスパーゼ−
７のカスパーゼ−９によるプロセシングのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す、オート
ラジオグラムのスキャンした画像である。

【図８】図８は、細胞抽出物中の、プロカスパーゼー３、プロカスパーゼ−６、および
プロカスパーゼ−７のプロセシングのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す、オートラジ
オグラムのスキャンした画像である。

【図９】図９は、インビトロで翻訳されたＷＴプロカスパーゼ−９およびＦｃ融合プロ
カスパーゼ−９変異体のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す、オートラジオグラムのス
キャンした画像である。

【図１０】図１０は、ＭＣＦ−７細胞中でオリゴマー化しそしてアポトーシスを誘導する
プロカスパーゼ−Ｆｃ融合構築物の能力を示す棒グラフである。棒グラフは、丸
い青色のアポトーシス細胞の割合（平均±Ｓ．Ｄ．）を、各条件下での全青色の
細胞の関数（ｎ≧３）として示す。

【図１１】図１１は、Ｎ末端がタグ化されたＡｐａｆ−１改変体がオリゴマーを形成する
能力のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す、スキャンしたイムノブロットである。分子
量マーカーを、下段のパネルの右側に示す。

【図１２】図１２は、オリゴマー化によるプロカスパーゼ−９の活性化の２つの可能性の
ある機構を示す模式図である。

【図１３】図１３は、Ａｐａｆ−５３０の存在下での、プロカスパーゼ−９変異体の相補
的なプロセシング能力のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す、オートラジオグラムのス
キャンした画像である。

【図１４】図１４は、Ａｐａｆ−５３０の存在下でのＷＴプロカスパーゼ−９がプロカス
パーゼ−９変異体の自己プロセシングを誘導する能力のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を
示す、オートラジオグラムのスキャンした画像である。

【図１５】図１５は、成熟Ａｐａｆ−５３０結合カスパーゼ−９がＮ末端のプロカスパー
ゼ−９プロドメインでキメラプロカスパーゼ−３をプロセシングする能力のＳＤ
Ｓ−ＰＡＧＥ分析を示す、オートラジオグラムのスキャンした画像である。Δｐ
１２は、そのｐ１２領域を有さないキメラプロカスパーゼを示す。

【図１６】図１６は、Ａｐａｆ−１がＢｃｌ−ｘ_Lと相互作用する能力のＳＤＳ−ＰＡＧ
Ｅ分析を示す、イムノブロットのスキャンした画像である。分子量マーカーを、
下段のパネルの右側に示す。

【図１７】図１７は、ドミナントネガティブプロカスパーゼ−９がインビボでアポトーシ
スを阻害する能力を示す棒グラフである。

【図１８】図１８は、ドミナントネガティブプロカスパーゼ−９−Ｃ２８７Ａ変異体がイ
ンビトロでのプロカスパーゼ−３およびプロカスパーゼ−９の自己プロセシング
を阻害する能力のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す、オートラジオグラムのスキャン
した画像である。

【図１９】図１９は、Ａｐａｆ−１の核酸配列（配列番号１）およびアミノ酸配列（配列
番号２）を示す。

【図２０】図２０は、カスパーゼ−９の核酸配列（配列番号３）を示す。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ｇ０１Ｎ 33/50 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ｂ (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷＦターム(参考） 2G045 BB20 CB01 CB17 CB21 DA12 DA13 DA14 DA20 DA80 FB02 FB03 FB04 FB05 FB06 FB08 GC22 JA20 4B024 AA01 BA14 CA04 DA02 DA05 EA04 GA11 HA01 HA03 4B065 AA01X AA90X AA90Y AB01 BA02 CA27 CA44 4H045 AA10 AA20 CA40 DA89 EA20 FA72 FA74

Claims

【特許請求の範囲】

【請求項１】短型のＡｐａｆ−１またはその改変体をコードする、単離さ
れた核酸分子。
【請求項２】前記コードされた短型のＡｐａｆ−１がヒトの短型のＡｐａ
ｆ−１である、請求項１に記載の核酸分子。
【請求項３】前記ヒトの短型のＡｐａｆ−１が、配列番号２またはその改
変体を含む、請求項２に記載の核酸分子。
【請求項４】配列番号１またはその改変体を含む、請求項２に記載の核酸
分子。
【請求項５】前記短型のＡｐａｆ−１またはそのフラグメントがカスパー
ゼとオリゴマー化する、請求項１に記載の核酸分子。
【請求項６】前記短型のＡｐａｆ−１またはそのフラグメントがカスパー
ゼとオリゴマー化する、請求項３に記載の核酸分子。
【請求項７】請求項１から６のいずれか１項に記載の核酸分子を含む発現
ベクターであって、ここで、前記短型のＡｐａｆ−１をコードする核酸分子が、
プロモーターに作動可能に連結されている、発現ベクター。
【請求項８】前記プロモーターが誘導性である、請求項７に記載の発現ベ
クター。
【請求項９】請求項７に記載の発現ベクターでトランスフェクトされた、
宿主細胞。
【請求項１０】前記細胞が、細菌細胞、昆虫細胞、および哺乳動物細胞か
らなる群より選択される、請求項９に記載の宿主細胞。
【請求項１１】単離された短型のＡｐａｆ−１ポリペプチドまたはそのフ
ラグメント。
【請求項１２】前記ポリペプチドまたはそのフラグメントがカスパーゼと
オリゴマー化する、請求項１１に記載の短型のＡｐａｆ−１。
【請求項１３】前記短型のＡｐａｆ−１がヒトの短型のＡｐａｆ−１であ
る、請求項１１に記載の短型のＡｐａｆ−１。
【請求項１４】前記短型のＡｐａｆ−１ポリペプチドまたはそのフラグメ
ントがカスパーゼとオリゴマー化する、請求項１３に記載の短型のＡｐａｆ−１
。
【請求項１５】前記カスパーゼが、カスパーゼ−１、カスパーゼ−２、カ
スパーゼ−３、カスパーゼ−４、カスパーゼ−５、カスパーゼ−６、カスパーゼ
−７、カスパーゼ−８、カスパーゼ−９、カスパーゼ−１０、カスパーゼ−１１
、カスパーゼ−１２、およびカスパーゼ−１３からなる群より選択される、請求
項１２に記載の短型のＡｐａｆ−１。
【請求項１６】前記カスパーゼが、カスパーゼ−１、カスパーゼ−２、カ
スパーゼ−３、カスパーゼ−４、カスパーゼ−５、カスパーゼ−６、カスパーゼ
−７、カスパーゼ−８、カスパーゼ−９、カスパーゼ−１０、カスパーゼ−１１
、カスパーゼ−１２、およびカスパーゼ−１３からなる群より選択される、請求
項１４に記載の短型のＡｐａｆ−１。
【請求項１７】前記カスパーゼが、プロカスパーゼ−９である、請求項１
４に記載の短型のＡｐａｆ−１。
【請求項１８】前記短型のＡｐａｆ−１が配列番号２またはその改変体を
含む、請求項１３に記載の短型のＡｐａｆ−１。
【請求項１９】前記短型のＡｐａｆ−１が配列番号１またはその改変体に
よってコードされる、請求項１３に記載の短型のＡｐａｆ−１。
【請求項２０】Ａｐａｆ−１によって媒介されるカスパーゼのプロセシン
グのインヒビターまたはエンハンサーを同定する方法であって、以下の工程を包
含する、方法：（ａ）短型のＡｐａｆ−１またはそのフラグメントおよび１つ以上のカスパーゼ
を含有するサンプルを、候補のインヒビターまたは候補のエンハンサーと接触さ
せる工程；および（ｂ）大きなカスパーゼサブユニットおよび小さなカスパーゼサブユニットの存
在を検出し、そしてそれによって、カスパーゼのプロセシング活性のレベルを決
定する工程であって、ここで、プロセシングにおける減少がカスパーゼのプロセ
シングのインヒビターの存在を示し、そしてここで、プロセシングにおける増大
が、カスパーゼのプロセシングのエンハンサーの存在を示す、工程。
【請求項２１】少なくとも１つのカスパーゼが、プロカスパーゼー９また
はその機能的なフラグメントである、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】前記カスパーゼがインビトロで翻訳され、そして標識され
る、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】前記標識が、放射性標識、ペプチドタグ、酵素、およびビ
オチンからなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】Ａｐａｆ−１によって媒介されるカスパーゼのプロセシン
グのインヒビターまたはエンハンサーを同定する方法であって、以下の工程を包
含する、方法：（ａ）請求項７に記載の短型のＡｐａｆ−１を発現するベクターでトランスフェ
クトした細胞を、候補のインヒビターまたは候補のエンハンサーと接触させる工
程；および（ｂ）大きなカスパーゼサブユニットおよび小さなカスパーゼサブユニットの存
在を検出し、そしてそれによって、カスパーゼのプロセシング活性のレベルを決
定する工程であって、ここで、プロセシングにおける減少がカスパーゼのインヒ
ビターの存在を示し、そしてここで、プロセシングにおける増大が、カスパーゼ
のプロセシングのエンハンサーの存在を示す、工程。
【請求項２５】前記検出工程が、ゲル電気泳動を含む、請求項２０または
請求項２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】Ａｐａｆ−１によって媒介されるアポトーシスのインヒビ
ターまたはエンハンサーを同定する方法であって、以下の工程を包含する、方法
：（ａ）請求項７に記載の短型のＡｐａｆ−１を発現するベクターでトランスフェ
クトした細胞を、候補のインヒビターまたは候補のエンハンサーと接触させる工
程；および（ｂ）細胞の生存性を検出する工程であって、ここで、細胞の生存性における増
大がインヒビターの存在を示し、そして細胞の生存性における減少が、エンハン
サーを示す、工程。
【請求項２７】細胞中でアポトーシスを誘導するための方法であって、以
下の工程を包含する、方法：（ａ）短型のＡｐａｆ−１ポリペプチドをコードする核酸分子の有効量を細胞に
送達する工程；および（ｂ）該ポリペプチドの発現に十分な条件下で該細胞を維持する工程。
【請求項２８】前記送達工程が、前記核酸分子を前記細胞に注入すること
を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】前記送達工程が、前記核酸分子を、前記細胞が位置する温
血哺乳動物の循環系に投与することを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】短型のＡｐａｆ−１をコードする核酸分子に相補的である
核酸配列を含む、アンチセンス核酸分子。
【請求項３１】請求項１から６のいずれか１項に記載の核酸分子を含む遺
伝子送達ビヒクルであって、該核酸分子がプロモーターに作動可能に連結されて
いる、遺伝子送達ビヒクル。
【請求項３２】前記ビヒクルがレトロウイルスまたはアデノウイルスであ
る、請求項３１に記載の遺伝子送達ビヒクル。
【請求項３３】前記核酸分子がポリカチオンと結合されている、請求項３
１に記載の遺伝子送達ビヒクル。
【請求項３４】細胞表面レセプターに結合するリガンドをさらに含む、請
求項３１に記載の遺伝子送達ビヒクル。
【請求項３５】ガンを処置する方法であって、請求項３１に記載の遺伝子
送達ビヒクルを患者に投与する工程を包含し、ここで該遺伝子送達ビヒクルは、
腫瘍細胞によってインターナライズされる、方法。
【請求項３６】自己免疫疾患を処置する方法であって、請求項３１から３
４のいずれか１項に記載の遺伝子送達ビヒクルを患者に投与する工程を包含し、
ここで該遺伝子送達ビヒクルは自己免疫疾患を媒介する細胞によってインターナ
ライズされる、方法。
【請求項３７】Ａｐａｆ−１によって媒介されるカスパーゼのプロセシン
グのインヒビターを同定する方法であって、以下の工程を包含する、方法：（ａ）請求項８に記載の誘導性の発現ベクターでトランスフェクトした細胞を、
候補のインヒビターと接触させる工程；（ｂ）短型のＡｐａｆ−１の発現を誘導し得るインデューサーと、該トランスフ
ェクトした細胞とを接触させる工程；および（ｃ）大きなカスパーゼサブユニットおよび小さなカスパーゼサブユニットの存
在を検出し、そしてそれによってカスパーゼのプロセシング活性のレベルを決定
する工程であって、ここで、プロセシングにおける減少がカスパーゼのプロセシ
ングのインヒビターの存在を示す、工程。
【請求項３８】前記検出工程がゲル電気泳動を含む、請求項３７に記載の
方法。
【請求項３９】Ａｐａｆ−１によって媒介されるアポトーシスのインヒビ
ターを同定する方法であって、以下の工程を包含する、方法：（ａ）請求項８に記載の誘導性の発現ベクターでトランスフェクトした細胞を、
候補のインヒビターと接触させる工程；（ｂ）短型のＡｐａｆ−１の発現を誘導し得るインデューサーと、該トランスフ
ェクトした細胞とを接触させる工程；および（ｃ）細胞の生存性を検出する工程であって、ここで、細胞の生存性における増
大がインヒビターの存在を示す、工程。
【請求項４０】アポトーシスのインヒビターを同定する方法であって、以
下の工程を包含する、方法：（ａ）自己オリゴマー化しそして自己プロセシングするカスパーゼを発現し得る
誘導性の発現ベクターでトランスフェクトした細胞を、候補のインヒビターと接
触させる工程；（ｂ）自己オリゴマー化するカスパーゼの発現を誘導し得るインデューサーと、
該トランスフェクトした細胞とを接触させる工程；および（ｃ）大きなカスパーゼサブユニットおよび小さなカスパーゼサブユニットの存
在を検出し、そしてそれによってカスパーゼのプロセシング活性のレベルを決定
する工程であって、ここで、プロセシングにおける減少がアポトーシスのインヒ
ビターの存在を示す、工程。
【請求項４１】前記検出工程がゲル電気泳動を含む、請求項４０に記載の
方法。
【請求項４２】アポトーシスのインヒビターを同定する方法であって、以
下の工程を包含する、方法：（ａ）自己オリゴマー化しそして自己プロセシングするカスパーゼを発現し得る
誘導性の発現ベクターでトランスフェクトした細胞を、候補のインヒビターと接
触させる工程；（ｂ）自己オリゴマー化するカスパーゼの発現を誘導し得るインデューサーと、
該トランスフェクトした細胞とを接触させる工程；および（ｃ）細胞の生存性を検出する工程であって、ここで、細胞の生存性における増
大がインヒビターの存在を示す、工程。
【請求項４３】細胞中でアポトーシスを阻害するための方法であって、以
下の工程を包含する、方法：（ａ）カスパーゼ−９のプロドメインをコードする核酸分子の有効量を細胞に送
達する工程；および（ｂ）ポリペプチドの発現に十分な条件下で該細胞を維持する工程。
【請求項４４】細胞中でアポトーシスを誘導するための方法であって、以
下の工程を包含する、方法：（ａ）自己オリゴマー化するカスパーゼ−９ポリペプチドをコードする核酸分子
の有効量を細胞に送達する工程；および（ｂ）該ポリペプチドの発現に十分な条件下で該細胞を維持する工程。
【請求項４５】前記送達工程が、前記核酸分子を前記細胞に注入すること
を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】前記送達工程が、前記核酸分子を、前記細胞が位置する温
血哺乳動物の循環系に投与することを含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】自己オリゴマー化するカスパーゼ−９ポリペプチドをコー
ドする核酸分子を含む遺伝子送達ビヒクルであって、該核酸分子はプロモーター
に作動可能に連結されている、遺伝子送達ビヒクル。
【請求項４８】前記ビヒクルがレトロウイルスまたはアデノウイルスであ
る、請求項４７に記載の遺伝子送達ビヒクル。
【請求項４９】前記核酸分子がポリカチオンと結合されている、請求項４
７に記載の遺伝子送達ビヒクル。
【請求項５０】細胞表面レセプターに結合するリガンドをさらに含む、請
求項４７から４９のいずれか１項に記載の遺伝子送達ビヒクル。
【請求項５１】ガンを処置する方法であって、請求項４７から４９のいず
れか１項に記載の遺伝子送達ビヒクルを患者に投与する工程を包含し、ここで該
遺伝子送達ビヒクルは腫瘍細胞によってインターナライズされる、方法。
【請求項５２】自己免疫疾患を処置する方法であって、請求項４７から４
９のいずれか１項に記載の遺伝子送達ビヒクルを患者に投与する工程を包含し、
該遺伝子送達ビヒクルが自己免疫疾患を媒介する細胞によってインターナライズ
される、方法。