JP2002351908A - データベース検索装置、データベース検索システム、データベース検索方法、プログラム及び記憶媒体 - Google Patents
データベース検索装置、データベース検索システム、データベース検索方法、プログラム及び記憶媒体Info
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 データベース側に何ら特殊な処理を要求する
ことなく、データベース所持者やネットワークの途中で
データベース検索を観察する者に対して、クエリーの内
容を知られずに、データベース検索を行うことが可能な
検索方法を提供する。 【解決手段】 配列パターンを蓄積したデータベースサ
ーバ１０にアクセスし、このデータベースサーバ１０に
蓄積されている配列パターンが所定の配列中に存在する
かを問い合わせるクライアント２０において、検索対象
である検索配列を分割して複数の部分配列を作成する配
列加工部２１と、この配列加工部２１により作成された
複数の部分配列のそれぞれを問い合わせ配列としてデー
タベースサーバ１０に対しクエリーを発行するクエリー
発行部２２とを備える。
ことなく、データベース所持者やネットワークの途中で
データベース検索を観察する者に対して、クエリーの内
容を知られずに、データベース検索を行うことが可能な
検索方法を提供する。 【解決手段】 配列パターンを蓄積したデータベースサ
ーバ１０にアクセスし、このデータベースサーバ１０に
蓄積されている配列パターンが所定の配列中に存在する
かを問い合わせるクライアント２０において、検索対象
である検索配列を分割して複数の部分配列を作成する配
列加工部２１と、この配列加工部２１により作成された
複数の部分配列のそれぞれを問い合わせ配列としてデー
タベースサーバ１０に対しクエリーを発行するクエリー
発行部２２とを備える。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、データベース検索
方法に関し、特にクエリーを発行するクライアント以外
には検索対象を隠蔽することができるデータベース検索
方法に関する。
方法に関し、特にクエリーを発行するクライアント以外
には検索対象を隠蔽することができるデータベース検索
方法に関する。
【０００２】
【従来の技術】近年、ＤＮＡなどの多くの遺伝子情報が
解読され、その成果が、モチーフデータベースなど、様
々な公開データベースに蓄積されている。そして、新し
く得られたＤＮＡの解析結果などに関して、これらのデ
ータベースを利用して関連情報の検索が行われる。
解読され、その成果が、モチーフデータベースなど、様
々な公開データベースに蓄積されている。そして、新し
く得られたＤＮＡの解析結果などに関して、これらのデ
ータベースを利用して関連情報の検索が行われる。
【０００３】例えば、モチーフデータベースは、ＤＮＡ
や蛋白質における機能と関連した様々なパターンを集め
たデータベースである。このデータベースには、 A..T..ATAT...CGATGA （. は任意の文字を表す） A..[AT]..ATCG.A （[AT] はAまたはTを表す） のようなパターンが蓄積されている。したがって、ＤＮ
Ａの解析結果を照合することにより、当該解析結果中に
どのようなパターンが含まれているか、すなわち、当該
解析結果にかかるＤＮＡがどのような機能を持っている
かを検索することができる。
や蛋白質における機能と関連した様々なパターンを集め
たデータベースである。このデータベースには、 A..T..ATAT...CGATGA （. は任意の文字を表す） A..[AT]..ATCG.A （[AT] はAまたはTを表す） のようなパターンが蓄積されている。したがって、ＤＮ
Ａの解析結果を照合することにより、当該解析結果中に
どのようなパターンが含まれているか、すなわち、当該
解析結果にかかるＤＮＡがどのような機能を持っている
かを検索することができる。
【０００４】一方、このようなデータベース検索におい
ては、データベースに対するクエリー（query：問い合
わせ）に個人情報や研究開発上の機密性の高い情報など
が含まれる場合があり、その漏洩が懸念される。従来、
このデータベース検索における情報の漏洩を防止する対
策としては、クエリーにかかるデータを暗号化する方法
や、Private Information Retrievalという検索手法な
どが知られていた。
ては、データベースに対するクエリー（query：問い合
わせ）に個人情報や研究開発上の機密性の高い情報など
が含まれる場合があり、その漏洩が懸念される。従来、
このデータベース検索における情報の漏洩を防止する対
策としては、クエリーにかかるデータを暗号化する方法
や、Private Information Retrievalという検索手法な
どが知られていた。
【０００５】
【発明が解決しようとする課題】上述したように、公開
されたデータベースを用いてデータベース検索を行う場
合、クエリーに含まれる情報が漏洩する可能性があり、
これを効果的に防止する手段が望まれている。
されたデータベースを用いてデータベース検索を行う場
合、クエリーに含まれる情報が漏洩する可能性があり、
これを効果的に防止する手段が望まれている。
【０００６】情報の漏洩を防ぐ方法の一つである暗号化
されたデータを用いた検索方法は、暗号化したデータを
含むクエリーをデータベースに送り、データベースにお
いて当該暗号化されたデータをデコードした後に検索処
理を行い、結果を返す方法である。そして、暗号化には
様々な手法が存在している。しかしながら、この方法
は、データベースにおいて暗号化されたデータをデコー
ドする機能を持たなければならないため、導入に手間を
要する。また、データベースの所持者は、クエリーの内
容を知ることができるため、情報が漏洩する可能性が残
る。
されたデータを用いた検索方法は、暗号化したデータを
含むクエリーをデータベースに送り、データベースにお
いて当該暗号化されたデータをデコードした後に検索処
理を行い、結果を返す方法である。そして、暗号化には
様々な手法が存在している。しかしながら、この方法
は、データベースにおいて暗号化されたデータをデコー
ドする機能を持たなければならないため、導入に手間を
要する。また、データベースの所持者は、クエリーの内
容を知ることができるため、情報が漏洩する可能性が残
る。
【０００７】また、Private Information Retrieval
は、データベースに対して、当該データベースにおける
どのエントリーを知りたいかを知らせずにクエリーを発
行する方法である。したがって、この方法によれば、情
報理論的な安全性が理論的に保証され、情報の漏洩を完
全に防止できる。しかしながら、この方法は、処理手順
の中にデータベースにおける特殊な動作を含むため、デ
ータベースをこの方法による検索に対応させて構築する
ことが必要となる。このため、導入に多大な手間を要す
る。また、この方法による安全性の保証に不可欠な部分
として、データベースが全てのエントリーを１回ずつ見
るという動作が含まれるため、巨大なデータベースにお
いては多大な検索時間を要することとなり、現実的では
ない。さらにまた、データシークエンスのマッチングに
不可欠な曖昧さを許した検索ができないといった不都合
もある。
は、データベースに対して、当該データベースにおける
どのエントリーを知りたいかを知らせずにクエリーを発
行する方法である。したがって、この方法によれば、情
報理論的な安全性が理論的に保証され、情報の漏洩を完
全に防止できる。しかしながら、この方法は、処理手順
の中にデータベースにおける特殊な動作を含むため、デ
ータベースをこの方法による検索に対応させて構築する
ことが必要となる。このため、導入に多大な手間を要す
る。また、この方法による安全性の保証に不可欠な部分
として、データベースが全てのエントリーを１回ずつ見
るという動作が含まれるため、巨大なデータベースにお
いては多大な検索時間を要することとなり、現実的では
ない。さらにまた、データシークエンスのマッチングに
不可欠な曖昧さを許した検索ができないといった不都合
もある。
【０００８】そこで、本発明は、データベース側に何ら
特殊な処理を要求することなく、データベース所持者や
ネットワークの途中でデータベース検索を観察する者に
対して、クエリーの内容を知られずに、データベース検
索を行うことが可能な検索方法を提供することを目的と
する。
特殊な処理を要求することなく、データベース所持者や
ネットワークの途中でデータベース検索を観察する者に
対して、クエリーの内容を知られずに、データベース検
索を行うことが可能な検索方法を提供することを目的と
する。
【０００９】
【課題を解決するための手段】上記の目的を達成する本
発明は、配列パターンを蓄積したデータベースにアクセ
スし、このデータベースに蓄積されている配列パターン
が所定の配列中に存在するかを問い合わせるデータベー
ス検索装置において、検索対象である検索配列を分割し
て複数の部分配列を作成する配列加工部と、この配列加
工部により作成された複数の部分配列のそれぞれを問い
合わせ配列としてデータベースに対しクエリーを発行す
るクエリー発行部とを備えることを特徴とする。
発明は、配列パターンを蓄積したデータベースにアクセ
スし、このデータベースに蓄積されている配列パターン
が所定の配列中に存在するかを問い合わせるデータベー
ス検索装置において、検索対象である検索配列を分割し
て複数の部分配列を作成する配列加工部と、この配列加
工部により作成された複数の部分配列のそれぞれを問い
合わせ配列としてデータベースに対しクエリーを発行す
るクエリー発行部とを備えることを特徴とする。
【００１０】ここで、この配列加工部は、データベース
に蓄積された配列パターンの長さに応じて、所定の長さ
の配列要素を重複させてこの複数の部分配列を作成する
ことができる。このように重複部分を持たせることによ
り、データベース検索において部分配列を跨いで存在す
る配列パターンの検出を落とすことを防止できる。
に蓄積された配列パターンの長さに応じて、所定の長さ
の配列要素を重複させてこの複数の部分配列を作成する
ことができる。このように重複部分を持たせることによ
り、データベース検索において部分配列を跨いで存在す
る配列パターンの検出を落とすことを防止できる。
【００１１】また、この配列加工部は、この検索配列の
後端部分の配列要素と、この検索配列の前端部分の配列
要素とを接続した配列を作成し、この部分配列に追加す
ることができる。このような配列を追加し、部分配列と
共にクエリーを発行することにより、元の検索配列を知
らない者が部分配列から元の検索配列を復元しようとし
ても、どの部分配列が先頭であるかわからないため、デ
ータベース検索における検索配列の機密性を高めること
ができる。
後端部分の配列要素と、この検索配列の前端部分の配列
要素とを接続した配列を作成し、この部分配列に追加す
ることができる。このような配列を追加し、部分配列と
共にクエリーを発行することにより、元の検索配列を知
らない者が部分配列から元の検索配列を復元しようとし
ても、どの部分配列が先頭であるかわからないため、デ
ータベース検索における検索配列の機密性を高めること
ができる。
【００１２】さらに、この配列加工部は、この検索配列
に関するデータベース検索には寄与しないダミー配列を
作成し、この部分配列に追加することができる。このダ
ミー配列としては、複数の部分配列における重複部分を
混在させた配列や、部分配列と同様の重複部分を持ちか
つ重複しない部分に任意の配列要素を挿入した配列、任
意の配列要素で構成され部分配列と共通の長さの配列な
どを用いることができる。
に関するデータベース検索には寄与しないダミー配列を
作成し、この部分配列に追加することができる。このダ
ミー配列としては、複数の部分配列における重複部分を
混在させた配列や、部分配列と同様の重複部分を持ちか
つ重複しない部分に任意の配列要素を挿入した配列、任
意の配列要素で構成され部分配列と共通の長さの配列な
どを用いることができる。
【００１３】また、本発明のデータベース検索装置は、
次のように構成することができる。すなわち、このデー
タベース検索装置は、検索対象である検索配列に任意の
配列を接続する配列加工部と、この配列加工部により複
数の配列を接続して得られた配列を問い合わせ配列とし
てデータベースに対しクエリーを発行するクエリー発行
部とを備えることを特徴とする。ここで、検索配列に接
続する配列は、他の検索配列であっても良いし、意味の
ないダミー配列であっても良い。複数の配列を接続する
ことによって、データベース検索における本来の目的で
ある検索配列を隠蔽することができる。
次のように構成することができる。すなわち、このデー
タベース検索装置は、検索対象である検索配列に任意の
配列を接続する配列加工部と、この配列加工部により複
数の配列を接続して得られた配列を問い合わせ配列とし
てデータベースに対しクエリーを発行するクエリー発行
部とを備えることを特徴とする。ここで、検索配列に接
続する配列は、他の検索配列であっても良いし、意味の
ないダミー配列であっても良い。複数の配列を接続する
ことによって、データベース検索における本来の目的で
ある検索配列を隠蔽することができる。
【００１４】さらに、この配列加工部は、この検索配列
に任意の配列を接続して得られた配列を分割して複数の
部分配列を作成することができる。この場合、クエリー
発行部は、この複数の部分配列を問い合わせ配列として
このデータベースに対しクエリーを発行する。複数の配
列を接続した後に分割することにより、元の検索配列を
復元することが一層困難になる。
に任意の配列を接続して得られた配列を分割して複数の
部分配列を作成することができる。この場合、クエリー
発行部は、この複数の部分配列を問い合わせ配列として
このデータベースに対しクエリーを発行する。複数の配
列を接続した後に分割することにより、元の検索配列を
復元することが一層困難になる。
【００１５】さらにまた、本発明のデータベース検索装
置は、次のような構成とすることができる。すなわち、
このデータベース検索装置は、検索対象である検索配列
を、この検索配列の所定の部分ごとに複数回にわたって
データベースへの問い合わせを行う問い合わせ手段と、
このデータベースから検索結果を受け取り、検索配列に
対する検索結果に相当する情報を抽出する情報抽出手段
とを備えることを特徴とする。
置は、次のような構成とすることができる。すなわち、
このデータベース検索装置は、検索対象である検索配列
を、この検索配列の所定の部分ごとに複数回にわたって
データベースへの問い合わせを行う問い合わせ手段と、
このデータベースから検索結果を受け取り、検索配列に
対する検索結果に相当する情報を抽出する情報抽出手段
とを備えることを特徴とする。
【００１６】ここで、この問い合わせ手段は、データベ
ースに蓄積された配列パターンの長さに応じて、所定の
長さの配列要素を重複させながらこの検索配列の部分を
切り出し、この切り出された部分ごとに前記データベー
スへの問い合わせを行うことができる。
ースに蓄積された配列パターンの長さに応じて、所定の
長さの配列要素を重複させながらこの検索配列の部分を
切り出し、この切り出された部分ごとに前記データベー
スへの問い合わせを行うことができる。
【００１７】また、本発明は、コンピュータを制御し、
上述したデータベース検索装置における各構成要素とし
て動作させるプログラムとすることができる。このプロ
グラムは、磁気ディスクや光ディスク、半導体メモリ、
その他の記憶媒体に格納して配布したり、プログラム伝
送装置の記録装置に格納しネットワークを介して配信し
たりすることにより提供することができる。
上述したデータベース検索装置における各構成要素とし
て動作させるプログラムとすることができる。このプロ
グラムは、磁気ディスクや光ディスク、半導体メモリ、
その他の記憶媒体に格納して配布したり、プログラム伝
送装置の記録装置に格納しネットワークを介して配信し
たりすることにより提供することができる。
【００１８】さらに、本発明は、次のように構成された
ことを特徴とするデータベース検索システムを提供する
ことができる。このデータベース検索システムは、ネッ
トワーク上に設けられ所定の配列パターンを蓄積したデ
ータベースサーバと、このネットワークを介してこのデ
ータベースサーバに対し検索の問い合わせを行うクライ
アントとを備え、このクライアントは、検索対象である
検索配列を分割し、分割により得られた個々の配列に関
するクエリーをこのデータベースサーバに対して送信
し、このデータベースサーバは、このクライアントから
受信したクエリーに対するデータベース検索を行い、検
索結果をこのクライアントに返送する。
ことを特徴とするデータベース検索システムを提供する
ことができる。このデータベース検索システムは、ネッ
トワーク上に設けられ所定の配列パターンを蓄積したデ
ータベースサーバと、このネットワークを介してこのデ
ータベースサーバに対し検索の問い合わせを行うクライ
アントとを備え、このクライアントは、検索対象である
検索配列を分割し、分割により得られた個々の配列に関
するクエリーをこのデータベースサーバに対して送信
し、このデータベースサーバは、このクライアントから
受信したクエリーに対するデータベース検索を行い、検
索結果をこのクライアントに返送する。
【００１９】また、本発明は、配列パターンを蓄積した
データベースにアクセスし、このデータベースに蓄積さ
れている配列パターンが所定の配列中に存在するかを問
い合わせるデータベース検索方法において、検索対象で
ある検索配列を分割して複数の部分配列を作成するステ
ップと、作成されたこの複数の部分配列のそれぞれを問
い合わせ配列としてデータベースに対しクエリーを発行
するステップと、このデータベースから受信したこのク
エリーに対する検索結果に基づいて、この検索配列に対
する検索結果に相当する情報を抽出するステップとを含
むことを特徴とする。
データベースにアクセスし、このデータベースに蓄積さ
れている配列パターンが所定の配列中に存在するかを問
い合わせるデータベース検索方法において、検索対象で
ある検索配列を分割して複数の部分配列を作成するステ
ップと、作成されたこの複数の部分配列のそれぞれを問
い合わせ配列としてデータベースに対しクエリーを発行
するステップと、このデータベースから受信したこのク
エリーに対する検索結果に基づいて、この検索配列に対
する検索結果に相当する情報を抽出するステップとを含
むことを特徴とする。
【００２０】さらに、このデータベース検索方法は、こ
のクエリーを発行するステップに先立って、検索配列に
関するデータベース検索には寄与しないダミー配列を作
成するステップを含み、このクエリーを発行するステッ
プは、前記ダミー配列を問い合わせ配列として前記デー
タベースに対しクエリーを発行するステップを含むこと
ができる。
のクエリーを発行するステップに先立って、検索配列に
関するデータベース検索には寄与しないダミー配列を作
成するステップを含み、このクエリーを発行するステッ
プは、前記ダミー配列を問い合わせ配列として前記デー
タベースに対しクエリーを発行するステップを含むこと
ができる。
【００２１】また、この部分配列を作成するステップ
は、検索配列の分割に先立って、この検索配列に任意の
配列を接続して新たな配列を作成するステップと、作成
されたこの新たな配列を分割して複数の部分配列を作成
するステップとを含む構成とすることができる。
は、検索配列の分割に先立って、この検索配列に任意の
配列を接続して新たな配列を作成するステップと、作成
されたこの新たな配列を分割して複数の部分配列を作成
するステップとを含む構成とすることができる。
【００２２】
【発明の実施の形態】以下、添付図面に示す実施の形態
に基づいて、この発明を詳細に説明する。本実施の形態
は、ある程度の長さを持つ配列の中から特定の配列やパ
ターンを検出するようなデータベース検索を行う。すな
わち、データベースには、クエリーにかける配列（以
下、問い合わせ配列と称す）に比べて十分に短い配列ま
たはパターンが格納されており、当該問い合わせ配列中
に、データベースに格納されている配列やパターンと同
一または類似する配列、パターンが存在するかどうかを
調べるような検索である。具体的には、例えば、ＤＮＡ
の塩基配列を問い合わせ配列とし、遺伝子のモチーフデ
ータベースに蓄積された塩基配列のパターンを検出する
場合などが該当する。一般的に、遺伝子のモチーフデー
タベースにおけるモチーフの長さは４〜４０ｂｐ程度で
あり、検索にかける問い合わせ配列は、１ｋｂｐ〜数M
ｂｐであるので、妥当な設定と言える。
に基づいて、この発明を詳細に説明する。本実施の形態
は、ある程度の長さを持つ配列の中から特定の配列やパ
ターンを検出するようなデータベース検索を行う。すな
わち、データベースには、クエリーにかける配列（以
下、問い合わせ配列と称す）に比べて十分に短い配列ま
たはパターンが格納されており、当該問い合わせ配列中
に、データベースに格納されている配列やパターンと同
一または類似する配列、パターンが存在するかどうかを
調べるような検索である。具体的には、例えば、ＤＮＡ
の塩基配列を問い合わせ配列とし、遺伝子のモチーフデ
ータベースに蓄積された塩基配列のパターンを検出する
場合などが該当する。一般的に、遺伝子のモチーフデー
タベースにおけるモチーフの長さは４〜４０ｂｐ程度で
あり、検索にかける問い合わせ配列は、１ｋｂｐ〜数M
ｂｐであるので、妥当な設定と言える。
【００２３】図１は、本実施の形態によるデータベース
検索を行うデータベース検索システムの構成を示す図で
ある。図１に示すように、本実施の形態のデータベース
検索システムは、インターネットなどのネットワーク３
０上に設けられたデータベースサーバ１０と、ネットワ
ーク３０を介してデータベースサーバ１０にアクセスし
検索を行うデータベース検索装置としてのクライアント
２０とを備える。
検索を行うデータベース検索システムの構成を示す図で
ある。図１に示すように、本実施の形態のデータベース
検索システムは、インターネットなどのネットワーク３
０上に設けられたデータベースサーバ１０と、ネットワ
ーク３０を介してデータベースサーバ１０にアクセスし
検索を行うデータベース検索装置としてのクライアント
２０とを備える。
【００２４】データベースサーバ１０は、ワークステー
ションやパーソナルコンピュータなどのコンピュータ装
置にて実現され、本実施の形態における検索を行うため
のデータベース１１を備える。ここで、本実施の形態に
て用いられるデータベース１１について説明する。上述
したように、本実施の形態では、ある程度の長さを持つ
配列の中から特定の配列やパターンを検出する。したが
って、データベース１１にはこの特定の配列やパターン
が格納されている。例えば、次のようなデータベースが
考えられる。 （ａ）配列データベース 比較的短い配列を集めたデータベース。例えば、ＤＮ
Ａ、ＲＮＡ、蛋白質などにおけるプロモーター配列のデ
ータベースなどが該当する。 （ｂ）モチーフデータベース ＤＮＡや蛋白質における機能と関連した様々なパターン
（モチーフ）を集めたデータベース。このデータベース
には、 A..T..ATAT...CGATGA （. は任意の文字を表す） A..[AT]..ATCG.A ([AT] は A または T を表す) のようなパターンが蓄積されている。 （ｃ）マトリックスデータベース ある長さの区間で、それぞれの位置における各塩基の出
現確率を行列で表し、そのパターンを集めたデータベー
ス。図１６に、マトリックスデータベースの中のパター
ンの例を示す。 （ｄ）ＨＭＭデータベース 隠れマルコフモデル（Hidden Markov Model）で表現し
たモチーフを集めたデータベース。ただし、本実施の形
態に用いるには長さに上限があるようなものが好まし
い。
ションやパーソナルコンピュータなどのコンピュータ装
置にて実現され、本実施の形態における検索を行うため
のデータベース１１を備える。ここで、本実施の形態に
て用いられるデータベース１１について説明する。上述
したように、本実施の形態では、ある程度の長さを持つ
配列の中から特定の配列やパターンを検出する。したが
って、データベース１１にはこの特定の配列やパターン
が格納されている。例えば、次のようなデータベースが
考えられる。 （ａ）配列データベース 比較的短い配列を集めたデータベース。例えば、ＤＮ
Ａ、ＲＮＡ、蛋白質などにおけるプロモーター配列のデ
ータベースなどが該当する。 （ｂ）モチーフデータベース ＤＮＡや蛋白質における機能と関連した様々なパターン
（モチーフ）を集めたデータベース。このデータベース
には、 A..T..ATAT...CGATGA （. は任意の文字を表す） A..[AT]..ATCG.A ([AT] は A または T を表す) のようなパターンが蓄積されている。 （ｃ）マトリックスデータベース ある長さの区間で、それぞれの位置における各塩基の出
現確率を行列で表し、そのパターンを集めたデータベー
ス。図１６に、マトリックスデータベースの中のパター
ンの例を示す。 （ｄ）ＨＭＭデータベース 隠れマルコフモデル（Hidden Markov Model）で表現し
たモチーフを集めたデータベース。ただし、本実施の形
態に用いるには長さに上限があるようなものが好まし
い。
【００２５】図２は、図１に示したクライアント２０の
構成を説明する図である。上記のようなデータベースサ
ーバ１０にアクセスするクライアント２０は、ワークス
テーションやパーソナルコンピュータなどのコンピュー
タ装置で実現され、検索対象である配列（検索配列）を
加工して問い合わせ配列を作成する配列加工部２１と、
データベースサーバ１０へのクエリーを発行するクエリ
ー発行部２２と、クエリー発行部２２から発行されたク
エリーに対する検索結果をデータベースサーバ１０から
受け取り必要な情報を抽出する情報抽出部２３とを備え
る。図２に示す配列加工部２１、クエリー発行部２２及
び情報抽出部２３は、コンピュータプログラムにより制
御されたＣＰＵにて実現される仮想的なソフトウェアブ
ロックである。ＣＰＵを制御する当該コンピュータプロ
グラムは、ＣＤ−ＲＯＭやフロッピー（登録商標）ディ
スクなどの記憶媒体に格納して配布したり、ネットワー
クを介して伝送したりすることにより提供される。
構成を説明する図である。上記のようなデータベースサ
ーバ１０にアクセスするクライアント２０は、ワークス
テーションやパーソナルコンピュータなどのコンピュー
タ装置で実現され、検索対象である配列（検索配列）を
加工して問い合わせ配列を作成する配列加工部２１と、
データベースサーバ１０へのクエリーを発行するクエリ
ー発行部２２と、クエリー発行部２２から発行されたク
エリーに対する検索結果をデータベースサーバ１０から
受け取り必要な情報を抽出する情報抽出部２３とを備え
る。図２に示す配列加工部２１、クエリー発行部２２及
び情報抽出部２３は、コンピュータプログラムにより制
御されたＣＰＵにて実現される仮想的なソフトウェアブ
ロックである。ＣＰＵを制御する当該コンピュータプロ
グラムは、ＣＤ−ＲＯＭやフロッピー（登録商標）ディ
スクなどの記憶媒体に格納して配布したり、ネットワー
クを介して伝送したりすることにより提供される。
【００２６】配列加工部２１は、検索配列を入力し、加
工する。ここで、配列加工部２１は、データベースサー
バ１０においても、ネットワーク３０の途中で当該クエ
リーまたはその回答を観察する者に対しても、加工前の
本来の検索配列を知ることができないように加工する。
具体的な加工方法については口述する。
工する。ここで、配列加工部２１は、データベースサー
バ１０においても、ネットワーク３０の途中で当該クエ
リーまたはその回答を観察する者に対しても、加工前の
本来の検索配列を知ることができないように加工する。
具体的な加工方法については口述する。
【００２７】クエリー発行部２２は、配列加工部２１に
より加工された検索配列を問い合わせ配列としてクエリ
ーを生成し、ネットワーク３０を介してデータベースサ
ーバ１０に問い合わせを行う。
より加工された検索配列を問い合わせ配列としてクエリ
ーを生成し、ネットワーク３０を介してデータベースサ
ーバ１０に問い合わせを行う。
【００２８】情報抽出部２３は、クエリー発行部２２か
ら発行されたクエリーに対するデータベースサーバ１０
からの回答を受け付けて解析し、元の検索配列に対する
検索結果に相当する情報を抽出して出力する。元の検索
配列に対する検索結果は、クエリー発行部２２における
検索配列の加工方法に応じた手法でデータベースサーバ
１０からの回答を解析処理することにより得られる。
ら発行されたクエリーに対するデータベースサーバ１０
からの回答を受け付けて解析し、元の検索配列に対する
検索結果に相当する情報を抽出して出力する。元の検索
配列に対する検索結果は、クエリー発行部２２における
検索配列の加工方法に応じた手法でデータベースサーバ
１０からの回答を解析処理することにより得られる。
【００２９】次に、配列加工部２１による検索配列の加
工方法について、詳細に説明する。 （１）検索配列の分割 検索配列を適当な長さの複数の配列に分割し、得られた
部分配列に関して個別にデータベース検索を行うことに
より、元の検索配列を隠すことができる。具体的な問い
合わせ配列の分割方法を次に説明する。まず、所定の配
列あるいはパターンに対する全一致検索を行う場合は、
データベースサーバ１０のデータベース１１に蓄積され
ている配列あるいはパターンのうちで最長の配列あるい
はパターンの長さをｍとする。ホモロジー検索を行う場
合は、許されるホモロジーを持つ配列における類似する
部分の長さの最大値を考えることができるので、その長
さをｍとする。そして、データベース検索を行おうとす
る配列（文字列）をＳ[0..n] とし、次のように分割す
る。 Ｓ＝ A1 B1 A2 B2 A3 B3 ... Ak-1 Bk-1 Ak ただし、Ai、Bi（i＝1,2,3,...,k-1,k）は共に配列Ｓの
配列要素である部分文字列であって、Aiは長さｍ−1以
上の部分文字列、Biは任意の長さ(空配列でも可)の部分
文字列とする。このように分割した配列Ｓに関して、 C1＝ A1 B1 A2 C2＝ A2 B2 A3 ... Ck-1＝ Ak-1 Bk-1 Ak として、C1,...,Ck-1のk-1個の配列を問い合わせ配列と
してデータベース検索を行う。すなわち、先頭部分と最
後尾とにおいて、データベース１１中の所定の配列また
はパターンを含むだけの長さの文字列を重複させた一連
の問い合わせ配列に関して、データベース検索を行うこ
とになる。これにより、配列Ｓについてデータベース検
索を行った場合と同じ検出結果を得ることができる。図
３は、配列Ｓと配列C1,...,Ck-1との関係を示す図であ
る。なお、この配列C1,...,Ck-1の問い合わせにおける
クエリー量は、最大で（全ての部分文字列B1,...,Bk-1
が空集合である場合）、高々、元の配列Ｓをそのままデ
ータベース検索する場合の倍の文字数である。
工方法について、詳細に説明する。 （１）検索配列の分割 検索配列を適当な長さの複数の配列に分割し、得られた
部分配列に関して個別にデータベース検索を行うことに
より、元の検索配列を隠すことができる。具体的な問い
合わせ配列の分割方法を次に説明する。まず、所定の配
列あるいはパターンに対する全一致検索を行う場合は、
データベースサーバ１０のデータベース１１に蓄積され
ている配列あるいはパターンのうちで最長の配列あるい
はパターンの長さをｍとする。ホモロジー検索を行う場
合は、許されるホモロジーを持つ配列における類似する
部分の長さの最大値を考えることができるので、その長
さをｍとする。そして、データベース検索を行おうとす
る配列（文字列）をＳ[0..n] とし、次のように分割す
る。 Ｓ＝ A1 B1 A2 B2 A3 B3 ... Ak-1 Bk-1 Ak ただし、Ai、Bi（i＝1,2,3,...,k-1,k）は共に配列Ｓの
配列要素である部分文字列であって、Aiは長さｍ−1以
上の部分文字列、Biは任意の長さ(空配列でも可)の部分
文字列とする。このように分割した配列Ｓに関して、 C1＝ A1 B1 A2 C2＝ A2 B2 A3 ... Ck-1＝ Ak-1 Bk-1 Ak として、C1,...,Ck-1のk-1個の配列を問い合わせ配列と
してデータベース検索を行う。すなわち、先頭部分と最
後尾とにおいて、データベース１１中の所定の配列また
はパターンを含むだけの長さの文字列を重複させた一連
の問い合わせ配列に関して、データベース検索を行うこ
とになる。これにより、配列Ｓについてデータベース検
索を行った場合と同じ検出結果を得ることができる。図
３は、配列Ｓと配列C1,...,Ck-1との関係を示す図であ
る。なお、この配列C1,...,Ck-1の問い合わせにおける
クエリー量は、最大で（全ての部分文字列B1,...,Bk-1
が空集合である場合）、高々、元の配列Ｓをそのままデ
ータベース検索する場合の倍の文字数である。
【００３０】このように、データベース検索しようとす
る配列を一定の条件を満足するように分割し、得られた
部分配列を新たな問い合わせ配列として個別にデータベ
ース検索することにより、個々のデータベース検索から
本来の検索目的である元の問い合わせ配列を知られるこ
となく、当該元の配列に関するデータベース検索と同様
の結果を得ることができる。しかしながら、この場合で
あっても、各部分配列に対するデータベース検索のクエ
リーに関する情報を全て集めれば、データベース１１の
所持者やネットワーク３０上の観察者において、元の配
列を構築することが可能である。したがって、機密性が
完全に保持されているとは言えない。そこで、本実施の
形態では、上記のように分割した問い合わせ配列をさら
に加工する。
る配列を一定の条件を満足するように分割し、得られた
部分配列を新たな問い合わせ配列として個別にデータベ
ース検索することにより、個々のデータベース検索から
本来の検索目的である元の問い合わせ配列を知られるこ
となく、当該元の配列に関するデータベース検索と同様
の結果を得ることができる。しかしながら、この場合で
あっても、各部分配列に対するデータベース検索のクエ
リーに関する情報を全て集めれば、データベース１１の
所持者やネットワーク３０上の観察者において、元の配
列を構築することが可能である。したがって、機密性が
完全に保持されているとは言えない。そこで、本実施の
形態では、上記のように分割した問い合わせ配列をさら
に加工する。
【００３１】（２）問い合わせ配列の先頭を隠す配列の
追加 上述した元の配列Ｓを分割して得られた部分配列に基づ
く問い合わせ配列C1,...,Ck-1と共に、 Ck＝ Ak Bk A1 という配列を問い合わせ配列としてデータベース検索を
行う。ここで、文字列Bkは、空配列を含むどのような配
列でも良い。図４は、図３に示した問い合わせ配列C
1,...,Ck-1に問い合わせ配列Ckを付加した様子を示す図
である。これは、問い合わせ配列として、元の配列Ｓに
おける最後尾を先頭につなげるような部分配列を追加す
ることを意味する。この追加により、クエリーに関する
情報からｋ個の問い合わせ配列を全て集めても、どの問
い合わせ配列が元の配列Ｓの先頭に当たるのかが分から
なくなる。したがって、データベース１１の所持者やネ
ットワーク３０上の観察者が元の配列Ｓを構築すること
は困難になる。ただし、この場合であっても、問い合わ
せ配列中の文字列Aiのうちに要素が同一の文字列が無い
場合、各問い合わせ配列の並ぶ順番は特定できるので、
各問い合わせ配列を先頭とする配列を全て構築すれば、
その中に元の配列Ｓが含まれることとなる。
追加 上述した元の配列Ｓを分割して得られた部分配列に基づ
く問い合わせ配列C1,...,Ck-1と共に、 Ck＝ Ak Bk A1 という配列を問い合わせ配列としてデータベース検索を
行う。ここで、文字列Bkは、空配列を含むどのような配
列でも良い。図４は、図３に示した問い合わせ配列C
1,...,Ck-1に問い合わせ配列Ckを付加した様子を示す図
である。これは、問い合わせ配列として、元の配列Ｓに
おける最後尾を先頭につなげるような部分配列を追加す
ることを意味する。この追加により、クエリーに関する
情報からｋ個の問い合わせ配列を全て集めても、どの問
い合わせ配列が元の配列Ｓの先頭に当たるのかが分から
なくなる。したがって、データベース１１の所持者やネ
ットワーク３０上の観察者が元の配列Ｓを構築すること
は困難になる。ただし、この場合であっても、問い合わ
せ配列中の文字列Aiのうちに要素が同一の文字列が無い
場合、各問い合わせ配列の並ぶ順番は特定できるので、
各問い合わせ配列を先頭とする配列を全て構築すれば、
その中に元の配列Ｓが含まれることとなる。
【００３２】（３）配列の付加 元の配列Ｓの文字列において、全てのAp, Aq（p+1 !=
q）に対して次のような配列Dp,qを考える。 Dp,q＝ Ap Ep,q Aq ただし、Ep,qは、空配列を含む任意の配列である。ま
た、この配列Dp,qの個数は、ｋ（ｋ−１）となる。図５
は、配列Ｓにおける部分文字列A1,...,Akのうち、部分
文字列A1に関する上述した配列D1,q（＝ A1 E1,q Aq）
を示す図である。データベースサーバ１０に対してクエ
リーを発行する際に、問い合わせ配列として、（１）に
おいて元の配列Ｓを分割して得られた配列C1,...,Ck-1
に、上記の配列Dp,qを加える。これにより、問い合わせ
配列中の文字列Aiのうちに要素が同一の文字列が無い場
合であっても、各問い合わせ配列を並べて構築される配
列はｋ！通り以上という膨大な数になる。したがって、
ｋの値が十分に大きければ、元の配列Ｓを復元すること
はほぼ不可能である。なお、問い合わせ配列中の文字列
Aiのうちに要素が同一の文字列が有る場合は、元の配列
Ｓの復元が一層困難となることは言うまでもない。
q）に対して次のような配列Dp,qを考える。 Dp,q＝ Ap Ep,q Aq ただし、Ep,qは、空配列を含む任意の配列である。ま
た、この配列Dp,qの個数は、ｋ（ｋ−１）となる。図５
は、配列Ｓにおける部分文字列A1,...,Akのうち、部分
文字列A1に関する上述した配列D1,q（＝ A1 E1,q Aq）
を示す図である。データベースサーバ１０に対してクエ
リーを発行する際に、問い合わせ配列として、（１）に
おいて元の配列Ｓを分割して得られた配列C1,...,Ck-1
に、上記の配列Dp,qを加える。これにより、問い合わせ
配列中の文字列Aiのうちに要素が同一の文字列が無い場
合であっても、各問い合わせ配列を並べて構築される配
列はｋ！通り以上という膨大な数になる。したがって、
ｋの値が十分に大きければ、元の配列Ｓを復元すること
はほぼ不可能である。なお、問い合わせ配列中の文字列
Aiのうちに要素が同一の文字列が有る場合は、元の配列
Ｓの復元が一層困難となることは言うまでもない。
【００３３】ここで、問い合わせ配列として追加する付
加配列の数は、上述の手法ではｋ（ｋ−１）個とした
が、付加配列を適当に間引いても良い。例えば、次のよ
うな配列Fpを加えることによっても、上記の配列Dp,qを
付加する場合と同様に、元の配列Ｓの復元を困難にさせ
ることができる。 Fp＝ Ap Gp Ap+2 （ただし、p+2＞kならばAp+2はAp+2-kを表す。Gpは任意
の配列） この場合、問い合わせ配列中の文字列Aiのうちに要素が
同一の文字列が無いならば、各問い合わせ配列を並べて
構築される配列は２(k-2)/2通りとなり、ｋの値が十分
に大きければ、元の配列Ｓを復元することは極めて困難
となる。
加配列の数は、上述の手法ではｋ（ｋ−１）個とした
が、付加配列を適当に間引いても良い。例えば、次のよ
うな配列Fpを加えることによっても、上記の配列Dp,qを
付加する場合と同様に、元の配列Ｓの復元を困難にさせ
ることができる。 Fp＝ Ap Gp Ap+2 （ただし、p+2＞kならばAp+2はAp+2-kを表す。Gpは任意
の配列） この場合、問い合わせ配列中の文字列Aiのうちに要素が
同一の文字列が無いならば、各問い合わせ配列を並べて
構築される配列は２(k-2)/2通りとなり、ｋの値が十分
に大きければ、元の配列Ｓを復元することは極めて困難
となる。
【００３４】（４）別配列の付加 元の配列Ｓの文字列Apにおいて、全てのｐに対し、次の
ような配列Hpを考える。 Hp= ApB'pAp+1 （ただし、B'pはBpとは異なる任意の配列） すなわち、元の配列Ｓとは関係のない配列をダミーとし
てクエリーの中に含ませる。これにより、問い合わせ配
列中の文字列Aiのうちに要素が同一の文字列が無い場
合、各問い合わせ配列を並べて構築される配列は２k/2
通り以上となる。したがって、ｋの値が十分に大きけれ
ば、元の配列Ｓを復元することは極めて困難となる。
ような配列Hpを考える。 Hp= ApB'pAp+1 （ただし、B'pはBpとは異なる任意の配列） すなわち、元の配列Ｓとは関係のない配列をダミーとし
てクエリーの中に含ませる。これにより、問い合わせ配
列中の文字列Aiのうちに要素が同一の文字列が無い場
合、各問い合わせ配列を並べて構築される配列は２k/2
通り以上となる。したがって、ｋの値が十分に大きけれ
ば、元の配列Ｓを復元することは極めて困難となる。
【００３５】（５）複数の問い合わせ配列の接続 データベース検索を行おうとする配列が複数ある場合
は、これらの問い合わせ配列を接続して１つの配列と
し、この配列に対して上述した（１）乃至（４）の手法
を適用することができる。例えば、データベース検索を
行おうとする配列が配列Ｓと配列Ｔである場合、これら
を接続した配列Ｓ＋Ｔとする。そして、この配列Ｓ＋Ｔ
に対し、分割や配列の付加といった処理を行って複数の
問い合わせ配列を作成し、クエリーを発行する。ただ
し、この場合、（１）の手法により配列Ｓ＋Ｔを分割し
た境界を含む部分配列は、配列Ｓに対する検索結果と配
列Ｔに対する検索結果の両方を含む可能性がある。した
がって、配列Ｓ及び配列Ｔに対する正しい検索結果を取
得するためには、検索結果を取得後、配列Ｓに対する検
索結果と配列Ｔに対する検索結果とを分離する後処理を
行う必要がある。本手法の場合、複製の問い合わせ配列
を合成し処理することにより、元の配列Ｓ＋Ｔが復元で
きたとしても、この配列自体には意味がない（意味があ
る配列は配列Ｓ及び配列Ｔであり、これらを接続して配
列Ｓ＋Ｔが作成されたことは、データベース１１の所持
者やネットワーク３０上の観察者には知り得ない）。し
たがって、クエリーの発行者がデータベース検索を行お
うとした配列Ｓ、Ｔの機密性を一層向上させることがで
きる。さらに、この手法を一般化し、データベース検索
を行おうとする配列Ｓに対して任意のダミー配列Ｔ、Ｕ
を用意して接続し、配列Ｔ＋Ｓ＋Ｕを作成した後、上記
の（１）乃至（４）の手法を用いて問い合わせ配列を作
成することも可能である。また、複数の配列を接続して
作成された新たな配列から元の配列Ｓを検出できない場
合には、（１）乃至（４）の手法を用いることなく、こ
の新たな配列を問い合わせ配列として用いてクエリーを
発行することもできる。
は、これらの問い合わせ配列を接続して１つの配列と
し、この配列に対して上述した（１）乃至（４）の手法
を適用することができる。例えば、データベース検索を
行おうとする配列が配列Ｓと配列Ｔである場合、これら
を接続した配列Ｓ＋Ｔとする。そして、この配列Ｓ＋Ｔ
に対し、分割や配列の付加といった処理を行って複数の
問い合わせ配列を作成し、クエリーを発行する。ただ
し、この場合、（１）の手法により配列Ｓ＋Ｔを分割し
た境界を含む部分配列は、配列Ｓに対する検索結果と配
列Ｔに対する検索結果の両方を含む可能性がある。した
がって、配列Ｓ及び配列Ｔに対する正しい検索結果を取
得するためには、検索結果を取得後、配列Ｓに対する検
索結果と配列Ｔに対する検索結果とを分離する後処理を
行う必要がある。本手法の場合、複製の問い合わせ配列
を合成し処理することにより、元の配列Ｓ＋Ｔが復元で
きたとしても、この配列自体には意味がない（意味があ
る配列は配列Ｓ及び配列Ｔであり、これらを接続して配
列Ｓ＋Ｔが作成されたことは、データベース１１の所持
者やネットワーク３０上の観察者には知り得ない）。し
たがって、クエリーの発行者がデータベース検索を行お
うとした配列Ｓ、Ｔの機密性を一層向上させることがで
きる。さらに、この手法を一般化し、データベース検索
を行おうとする配列Ｓに対して任意のダミー配列Ｔ、Ｕ
を用意して接続し、配列Ｔ＋Ｓ＋Ｕを作成した後、上記
の（１）乃至（４）の手法を用いて問い合わせ配列を作
成することも可能である。また、複数の配列を接続して
作成された新たな配列から元の配列Ｓを検出できない場
合には、（１）乃至（４）の手法を用いることなく、こ
の新たな配列を問い合わせ配列として用いてクエリーを
発行することもできる。
【００３６】以上説明した、データベース検索を行おう
とする配列を隠蔽するための各手法は、（１）の手法に
より配列を分割することを基本として、（２）乃至
（５）の各手法を任意に組み合わせて用いることができ
る。また、（１）の手法により配列を分割する際、元の
配列Ｓに長さm-1以上の全く同じ部分文字列が含まれて
いる場合、かかる部分文字列を上述した文字列Aiの部分
として選ぶことができる。これにより、作成された複数
の問い合わせ配列の中に、端部の文字列が同一である複
数の問い合わせ配列が含まれることとなる。このように
すれば、複数の問い合わせ配列を合成して作成される配
列の種類が大幅に増加するため、元の配列Ｓを復元する
ことがより一層困難となる。
とする配列を隠蔽するための各手法は、（１）の手法に
より配列を分割することを基本として、（２）乃至
（５）の各手法を任意に組み合わせて用いることができ
る。また、（１）の手法により配列を分割する際、元の
配列Ｓに長さm-1以上の全く同じ部分文字列が含まれて
いる場合、かかる部分文字列を上述した文字列Aiの部分
として選ぶことができる。これにより、作成された複数
の問い合わせ配列の中に、端部の文字列が同一である複
数の問い合わせ配列が含まれることとなる。このように
すれば、複数の問い合わせ配列を合成して作成される配
列の種類が大幅に増加するため、元の配列Ｓを復元する
ことがより一層困難となる。
【００３７】次に、本実施の形態によるデータベース検
索の動作について、具体的な例を挙げて説明する。図６
は、データベースサーバ１０への問い合わせ手段である
図２に示した配列加工部２１及びクエリー発行部２２
が、検索配列に対して上述した加工を行い、クエリーを
発行する動作を説明するフローチャート、図７は、デー
タベースサーバ１０からの回答である検索結果を受信し
た情報抽出部２３の動作を説明するフローチャートであ
る。また、図８は、蛋白質のパターンを複数含むデータ
ベース１１の例である。図８に示すような蛋白質のパタ
ーンはモチーフとも呼ばれる。図示のパターンの中で、
「．」にはいずれの文字が入っても良い。図８に示した
データベース１１に対し、任意の蛋白質配列をクエリー
としてデータベース検索を行った場合に、当該クエリー
にかかる配列（問い合わせ配列）に含まれるデータベー
ス１１中のパターンの全てを回答するような検索システ
ム（データベースサーバ１０）を考える。例えば、 TAAELCTLVIALGA という蛋白質配列を問い合わせ配列としてデータベース
サーバ１０に対してクエリーすると、図８のデータベー
ス１１中の A..L..L.IAL というパターンが、この配列の２文字目から現れる。し
たがって、データベースサーバ１０は、このパターンを
検索結果として返すこととなる。
索の動作について、具体的な例を挙げて説明する。図６
は、データベースサーバ１０への問い合わせ手段である
図２に示した配列加工部２１及びクエリー発行部２２
が、検索配列に対して上述した加工を行い、クエリーを
発行する動作を説明するフローチャート、図７は、デー
タベースサーバ１０からの回答である検索結果を受信し
た情報抽出部２３の動作を説明するフローチャートであ
る。また、図８は、蛋白質のパターンを複数含むデータ
ベース１１の例である。図８に示すような蛋白質のパタ
ーンはモチーフとも呼ばれる。図示のパターンの中で、
「．」にはいずれの文字が入っても良い。図８に示した
データベース１１に対し、任意の蛋白質配列をクエリー
としてデータベース検索を行った場合に、当該クエリー
にかかる配列（問い合わせ配列）に含まれるデータベー
ス１１中のパターンの全てを回答するような検索システ
ム（データベースサーバ１０）を考える。例えば、 TAAELCTLVIALGA という蛋白質配列を問い合わせ配列としてデータベース
サーバ１０に対してクエリーすると、図８のデータベー
ス１１中の A..L..L.IAL というパターンが、この配列の２文字目から現れる。し
たがって、データベースサーバ１０は、このパターンを
検索結果として返すこととなる。
【００３８】図９は、大腸菌の蛋白質（アクセッション
番号 gi2982763）の配列を示す図である。ここで、図９
に示す蛋白質配列を問い合わせ配列として、図８に示し
たデータベース１１を持つデータベースサーバ１０に対
して、クエリーを発行する場合を考える。図１０は、こ
のようなクエリーに対するデータベースサーバ１０の回
答（検索結果）を示す図である。図１０に示すように、
図９の蛋白質配列を問い合わせ配列としたクエリーに対
し、データベースサーバ１０は、図８のデータベース１
１に基づいて１８個のパターンを返す。
番号 gi2982763）の配列を示す図である。ここで、図９
に示す蛋白質配列を問い合わせ配列として、図８に示し
たデータベース１１を持つデータベースサーバ１０に対
して、クエリーを発行する場合を考える。図１０は、こ
のようなクエリーに対するデータベースサーバ１０の回
答（検索結果）を示す図である。図１０に示すように、
図９の蛋白質配列を問い合わせ配列としたクエリーに対
し、データベースサーバ１０は、図８のデータベース１
１に基づいて１８個のパターンを返す。
【００３９】本実施の形態において、クライアント２０
は、上記のようなデータベース検索を行いたい場合に、
上述した（１）〜（５）の手法を用いて図９に示した配
列を加工し、加工後の配列を問い合わせ配列としてデー
タベースサーバ１０に対してクエリーを発行する。図６
のフローチャートを参照すると、クライアント２０の配
列加工部２１は、まず検索配列である図９の蛋白質配列
を入力し（ステップ６０１）、（１）の手法に示したよ
うにこの蛋白質配列を分割する（ステップ６０２）。こ
の際、配列の分割に先立って、（５）の手法に示したよ
うに、他の検索配列やダミー配列を接続し、その後に配
列の分割を行うことができる。次に、配列加工部２１
は、必要に応じてさらに（２）（３）（４）の手法に示
したダミーの配列を作成し、ステップ６０２で分割され
た複数の配列に追加する（ステップ６０３）。図１１
は、図９に示した蛋白質配列に対して加工を施した例を
示す図である。図１１に示す例では、図９の配列を、３
０塩基ずつ重複した長さ６０の配列に分割する。図１１
において、各配列の後半の下線を付した部分が、次の配
列における前半の下線を付していない部分と重複してい
る。さらにここでは、配列７）が最後の配列であること
を識別できないように、ランダムな文字列（図１１の例
では「HRRAMK」）を付加して長さを６０に揃えている。
なお、配列を加工する（１）の手法に関して上述したよ
うに、データベース１１に蓄積されているパターンのう
ちで最長のものの長さをｍとした場合に、重複部分Aiの
長さはｍ−１以上である。すなわち、ここでは、図８に
示したデータベース１１において、ｍ≦３１であること
を想定している。また、ここでは全ての配列において部
分文字列Biを空配列とし、各配列の長さを６０に揃えた
が、部分文字列Biをランダムに設定することにより、各
配列の長さを不揃いにすることもできる。このようにす
れば、配列７）の後尾に意味のない文字列を付加しなく
ても、配列７）が最後の配列であることを識別できない
ようにすることができる。
は、上記のようなデータベース検索を行いたい場合に、
上述した（１）〜（５）の手法を用いて図９に示した配
列を加工し、加工後の配列を問い合わせ配列としてデー
タベースサーバ１０に対してクエリーを発行する。図６
のフローチャートを参照すると、クライアント２０の配
列加工部２１は、まず検索配列である図９の蛋白質配列
を入力し（ステップ６０１）、（１）の手法に示したよ
うにこの蛋白質配列を分割する（ステップ６０２）。こ
の際、配列の分割に先立って、（５）の手法に示したよ
うに、他の検索配列やダミー配列を接続し、その後に配
列の分割を行うことができる。次に、配列加工部２１
は、必要に応じてさらに（２）（３）（４）の手法に示
したダミーの配列を作成し、ステップ６０２で分割され
た複数の配列に追加する（ステップ６０３）。図１１
は、図９に示した蛋白質配列に対して加工を施した例を
示す図である。図１１に示す例では、図９の配列を、３
０塩基ずつ重複した長さ６０の配列に分割する。図１１
において、各配列の後半の下線を付した部分が、次の配
列における前半の下線を付していない部分と重複してい
る。さらにここでは、配列７）が最後の配列であること
を識別できないように、ランダムな文字列（図１１の例
では「HRRAMK」）を付加して長さを６０に揃えている。
なお、配列を加工する（１）の手法に関して上述したよ
うに、データベース１１に蓄積されているパターンのう
ちで最長のものの長さをｍとした場合に、重複部分Aiの
長さはｍ−１以上である。すなわち、ここでは、図８に
示したデータベース１１において、ｍ≦３１であること
を想定している。また、ここでは全ての配列において部
分文字列Biを空配列とし、各配列の長さを６０に揃えた
が、部分文字列Biをランダムに設定することにより、各
配列の長さを不揃いにすることもできる。このようにす
れば、配列７）の後尾に意味のない文字列を付加しなく
ても、配列７）が最後の配列であることを識別できない
ようにすることができる。
【００４０】次に、クエリー発行部２２は、配列加工部
２１により作成された図１１に示す配列１）〜７）をそ
れぞれ問い合わせ配列としてクエリーを作成し、データ
ベースサーバ１０に送信する（ステップ６０４）。な
お、作成された複数の問い合わせ配列の全てについての
クエリーをまとめて送信しても良いし、何回かに分けて
送信しても良い。データベースサーバ１０では、クライ
アント２０から受信した複数のクエリーによる問い合わ
せ配列に対してデータベース検索を行い、検索結果を当
該クライアント２０に返送する。このデータベース検索
では、問い合わせ配列である配列１）〜７）の重複部分
の長さが３０であるから、元の配列（図９の蛋白質配
列）に含まれる長さ３０以下のパターンの全てについて
検索を行うことができる。そして、上記のように、図８
に示したデータベースサーバ１１には長さ３１よりも長
いパターンは含まれない。したがって、配列１）〜７）
についてデータベース検索を行うことにより、元の配列
に含まれるデータベース１１中の全てのパターンが検索
できることとなる。
２１により作成された図１１に示す配列１）〜７）をそ
れぞれ問い合わせ配列としてクエリーを作成し、データ
ベースサーバ１０に送信する（ステップ６０４）。な
お、作成された複数の問い合わせ配列の全てについての
クエリーをまとめて送信しても良いし、何回かに分けて
送信しても良い。データベースサーバ１０では、クライ
アント２０から受信した複数のクエリーによる問い合わ
せ配列に対してデータベース検索を行い、検索結果を当
該クライアント２０に返送する。このデータベース検索
では、問い合わせ配列である配列１）〜７）の重複部分
の長さが３０であるから、元の配列（図９の蛋白質配
列）に含まれる長さ３０以下のパターンの全てについて
検索を行うことができる。そして、上記のように、図８
に示したデータベースサーバ１１には長さ３１よりも長
いパターンは含まれない。したがって、配列１）〜７）
についてデータベース検索を行うことにより、元の配列
に含まれるデータベース１１中の全てのパターンが検索
できることとなる。
【００４１】次に、図７のフローチャートを参照する
と、情報抽出部２３は、データベースサーバ１０から受
信した検索結果を受信し（ステップ７０１）、その中か
ら図９の配列に対する検索結果に相当するものを抽出し
出力する（ステップ７０２）。図１２は、図１１に示し
た配列１）に対してデータベースサーバ１０から返送さ
れる検索結果を示す図である。すなわち、配列１）に
は、図１２に示す７種類のパターンが含まれていること
がわかる。情報抽出部２３は、各配列１）〜７）に対し
て同様に返送された検索結果を集めて、検索配列である
図９の蛋白質配列に対する検索結果として出力する。た
だし、配列７）の最後尾には意味のない文字列「HRRAM
K」が存在するので、この部分にマッチするパターンは
除外する。
と、情報抽出部２３は、データベースサーバ１０から受
信した検索結果を受信し（ステップ７０１）、その中か
ら図９の配列に対する検索結果に相当するものを抽出し
出力する（ステップ７０２）。図１２は、図１１に示し
た配列１）に対してデータベースサーバ１０から返送さ
れる検索結果を示す図である。すなわち、配列１）に
は、図１２に示す７種類のパターンが含まれていること
がわかる。情報抽出部２３は、各配列１）〜７）に対し
て同様に返送された検索結果を集めて、検索配列である
図９の蛋白質配列に対する検索結果として出力する。た
だし、配列７）の最後尾には意味のない文字列「HRRAM
K」が存在するので、この部分にマッチするパターンは
除外する。
【００４２】以上のように、本実施の形態を用いれば、
元の検索配列を知っているクライアント２０以外では、
クエリーにかかる問い合わせ配列から元の検索配列を復
元することは困難である。したがって、クライアント２
０がどのような配列に対してデータベース検索を行って
いるのかを、データベース１１の所持者やネットワーク
３０上の観察者に知られることを有効に防止することが
できる。さらに、本実施の形態では、クライアント２０
において検索配列を加工し、かつデータベースサーバ１
０から返送された検索結果を検索配列に対する加工のな
いように基づいて処理することにより、この検索配列を
直接データベース検索した場合と同様の検索結果を得る
ことができる。したがって、データベース１１及びこれ
を含むデータベースサーバ１０の設計を変更する必要が
ない。このため、本実施の形態によるデータベース検索
手法は、既存のデータベース検索システムに対しても極
めて容易に導入することが可能である。
元の検索配列を知っているクライアント２０以外では、
クエリーにかかる問い合わせ配列から元の検索配列を復
元することは困難である。したがって、クライアント２
０がどのような配列に対してデータベース検索を行って
いるのかを、データベース１１の所持者やネットワーク
３０上の観察者に知られることを有効に防止することが
できる。さらに、本実施の形態では、クライアント２０
において検索配列を加工し、かつデータベースサーバ１
０から返送された検索結果を検索配列に対する加工のな
いように基づいて処理することにより、この検索配列を
直接データベース検索した場合と同様の検索結果を得る
ことができる。したがって、データベース１１及びこれ
を含むデータベースサーバ１０の設計を変更する必要が
ない。このため、本実施の形態によるデータベース検索
手法は、既存のデータベース検索システムに対しても極
めて容易に導入することが可能である。
【００４３】以上、検索配列である図９の蛋白質配列
を、上記（１）の手法で分割してデータベース検索を行
う場合について説明した。本実施の形態では、さらに、
図１１の７つの配列１）〜７）に、さらに上記（２）乃
至（４）の手法により種々の配列を追加してクエリーを
発行することができる。例えば、（２）の手法を用いれ
ば、図１１の７つの配列に、さらに図１３に示す配列
８）を追加することができる。図１３の配列８）は、前
半部（下線の無い部分）が図１１の配列７）の後半部分
（下線部分）と重複しており、後半部（下線部分）が配
列１）の前半部分（下線の無い部分）と重複している。
したがって、この配列８）を図１１の配列１）〜７）に
追加してデータベース検索を行うことにより、例え、配
列１）〜８）に対する全ての検索結果を取得しても、配
列１）〜８）中のどの配列が元の配列（図９の蛋白質配
列）の先頭かわからないため、当該元の配列を知らなけ
れば、正しい検出結果を直ちに得ることはできない。
を、上記（１）の手法で分割してデータベース検索を行
う場合について説明した。本実施の形態では、さらに、
図１１の７つの配列１）〜７）に、さらに上記（２）乃
至（４）の手法により種々の配列を追加してクエリーを
発行することができる。例えば、（２）の手法を用いれ
ば、図１１の７つの配列に、さらに図１３に示す配列
８）を追加することができる。図１３の配列８）は、前
半部（下線の無い部分）が図１１の配列７）の後半部分
（下線部分）と重複しており、後半部（下線部分）が配
列１）の前半部分（下線の無い部分）と重複している。
したがって、この配列８）を図１１の配列１）〜７）に
追加してデータベース検索を行うことにより、例え、配
列１）〜８）に対する全ての検索結果を取得しても、配
列１）〜８）中のどの配列が元の配列（図９の蛋白質配
列）の先頭かわからないため、当該元の配列を知らなけ
れば、正しい検出結果を直ちに得ることはできない。
【００４４】また、（３）の手法を用いれば、次のよう
な配列を作成することができる。まず、図９の蛋白質配
列を、図１４に示す、長さ３０の８つの部分文字列Ａ〜
Ｈに分割する。ただし、部分文字列Ｈには、図１１に示
した配列７）と同様に、長さを揃えるための意味のない
文字列「HRRAMK」が付加されている。ここで、図１４の
各文字列Ａ〜Ｈに関して、 Ａ＋Ｃ、Ａ＋Ｄ、Ａ＋Ｅ、Ａ＋Ｆ、Ａ＋Ｇ、Ａ＋Ｈ、 Ｂ＋Ａ、Ｂ＋Ｄ、Ｂ＋Ｅ、Ｂ＋Ｆ、Ｂ＋Ｇ、Ｂ＋Ｈ、 Ｃ＋Ａ、Ｃ＋Ｂ、Ｃ＋Ｅ、Ｃ＋Ｆ、Ｃ＋Ｇ、Ｃ＋Ｈ、 Ｄ＋Ａ、Ｄ＋Ｂ、Ｄ＋Ｃ、Ｄ＋Ｆ、Ｄ＋Ｇ、Ｄ＋Ｈ、 Ｅ＋Ａ、Ｅ＋Ｂ、Ｅ＋Ｃ、Ｅ＋Ｄ、Ｅ＋Ｇ、Ｅ＋Ｈ、 Ｆ＋Ａ、Ｆ＋Ｂ、Ｆ＋Ｃ、Ｆ＋Ｄ、Ｆ＋Ｅ、Ｆ＋Ｈ、 Ｇ＋Ａ、Ｇ＋Ｂ、Ｇ＋Ｃ、Ｇ＋Ｄ、Ｇ＋Ｅ、Ｇ＋Ｆ、 Ｈ＋Ｂ、Ｈ＋Ｃ、Ｈ＋Ｄ、Ｈ＋Ｅ、Ｈ＋Ｆ、Ｈ＋Ｇ という４８種類の配列を作成する（この配列において、
例えばＡ＋Ｃは文字列Ａと文字列Ｃとを接続した配列を
意味する。また、ここでは、Ａ＋Ａ、Ｂ＋Ｂというよう
な同一の文字列を重ねた配列を作成していないが、この
ような配列を作成しても良い）。そして、これらの配列
を図１１の配列１）〜７）に図１３の配列８）を加えた
８つの配列に追加してクエリーを発行する。
な配列を作成することができる。まず、図９の蛋白質配
列を、図１４に示す、長さ３０の８つの部分文字列Ａ〜
Ｈに分割する。ただし、部分文字列Ｈには、図１１に示
した配列７）と同様に、長さを揃えるための意味のない
文字列「HRRAMK」が付加されている。ここで、図１４の
各文字列Ａ〜Ｈに関して、 Ａ＋Ｃ、Ａ＋Ｄ、Ａ＋Ｅ、Ａ＋Ｆ、Ａ＋Ｇ、Ａ＋Ｈ、 Ｂ＋Ａ、Ｂ＋Ｄ、Ｂ＋Ｅ、Ｂ＋Ｆ、Ｂ＋Ｇ、Ｂ＋Ｈ、 Ｃ＋Ａ、Ｃ＋Ｂ、Ｃ＋Ｅ、Ｃ＋Ｆ、Ｃ＋Ｇ、Ｃ＋Ｈ、 Ｄ＋Ａ、Ｄ＋Ｂ、Ｄ＋Ｃ、Ｄ＋Ｆ、Ｄ＋Ｇ、Ｄ＋Ｈ、 Ｅ＋Ａ、Ｅ＋Ｂ、Ｅ＋Ｃ、Ｅ＋Ｄ、Ｅ＋Ｇ、Ｅ＋Ｈ、 Ｆ＋Ａ、Ｆ＋Ｂ、Ｆ＋Ｃ、Ｆ＋Ｄ、Ｆ＋Ｅ、Ｆ＋Ｈ、 Ｇ＋Ａ、Ｇ＋Ｂ、Ｇ＋Ｃ、Ｇ＋Ｄ、Ｇ＋Ｅ、Ｇ＋Ｆ、 Ｈ＋Ｂ、Ｈ＋Ｃ、Ｈ＋Ｄ、Ｈ＋Ｅ、Ｈ＋Ｆ、Ｈ＋Ｇ という４８種類の配列を作成する（この配列において、
例えばＡ＋Ｃは文字列Ａと文字列Ｃとを接続した配列を
意味する。また、ここでは、Ａ＋Ａ、Ｂ＋Ｂというよう
な同一の文字列を重ねた配列を作成していないが、この
ような配列を作成しても良い）。そして、これらの配列
を図１１の配列１）〜７）に図１３の配列８）を加えた
８つの配列に追加してクエリーを発行する。
【００４５】このようにすれば、例えば、前半の文字列
がＡである配列は、Ａ＋Ｂ（図１１の配列１））、Ａ＋
Ｃ、Ａ＋Ｄ、Ａ＋Ｅ、Ａ＋Ｆ、Ａ＋Ｇ、Ａ＋Ｈの７種類
があり、文字列Ａの次にどの文字列がくる配列が正しい
のかを知る術はない。そのため、これらを組み合わせて
作られる配列の可能な組合せは４０３２０（＝８！）通
り存在し、全てのクエリーに対する検索結果を集めて元
の配列を復元することは極めて困難である。
がＡである配列は、Ａ＋Ｂ（図１１の配列１））、Ａ＋
Ｃ、Ａ＋Ｄ、Ａ＋Ｅ、Ａ＋Ｆ、Ａ＋Ｇ、Ａ＋Ｈの７種類
があり、文字列Ａの次にどの文字列がくる配列が正しい
のかを知る術はない。そのため、これらを組み合わせて
作られる配列の可能な組合せは４０３２０（＝８！）通
り存在し、全てのクエリーに対する検索結果を集めて元
の配列を復元することは極めて困難である。
【００４６】また、上記の４８種類の配列を全て追加す
るのではなく、例えば、図１１の配列１）（図１３の文
字列を用いたＡ＋Ｂの配列に相当）に対して、Ａ＋Ｃの
文字列を追加するというように、図１１の配列１）〜
７）のそれぞれに対して１つずつ、Ａ＋Ｃ、Ｂ＋Ｄ、Ｃ
＋Ｅ、Ｄ＋Ｆ、Ｅ＋Ｇ、Ｆ＋Ｈ、Ｇ＋Ａ、Ｈ＋Ｂという
８個の配列を追加する場合を考える。この場合であって
も、例えば、前半の文字列がＡである配列は、Ａ＋Ｂと
Ａ＋Ｃの２種類が存在し、どちらが正しい配列かを知る
術はない。したがって、これらを組み合わせて作られる
配列の可能な組合せは４９６通りであり、全てのクエリ
ーに対する検索結果を集めて元の配列を復元することは
やはり困難と言える。
るのではなく、例えば、図１１の配列１）（図１３の文
字列を用いたＡ＋Ｂの配列に相当）に対して、Ａ＋Ｃの
文字列を追加するというように、図１１の配列１）〜
７）のそれぞれに対して１つずつ、Ａ＋Ｃ、Ｂ＋Ｄ、Ｃ
＋Ｅ、Ｄ＋Ｆ、Ｅ＋Ｇ、Ｆ＋Ｈ、Ｇ＋Ａ、Ｈ＋Ｂという
８個の配列を追加する場合を考える。この場合であって
も、例えば、前半の文字列がＡである配列は、Ａ＋Ｂと
Ａ＋Ｃの２種類が存在し、どちらが正しい配列かを知る
術はない。したがって、これらを組み合わせて作られる
配列の可能な組合せは４９６通りであり、全てのクエリ
ーに対する検索結果を集めて元の配列を復元することは
やはり困難と言える。
【００４７】さらにまた、（４）の手法を用いて、図１
５に示すような、長さが３０の文字列Ｉを作成し、Ａ＋
Ｉ、Ｉ＋Ｄというようなダミーの配列を、図１１の配列
１）〜７）に対して任意に追加することにより、元の配
列の復元を困難にすることができる。なお、具体的な例
は挙げないが、（１）の手法による図９の蛋白質配列の
分割に先立ち、（５）の手法により、他の配列を当該図
９の蛋白質配列に接続することによって、クエリーに対
する検索結果を集めて図９の蛋白質配列に対する検索結
果を取得することを一層困難にすることができる。
５に示すような、長さが３０の文字列Ｉを作成し、Ａ＋
Ｉ、Ｉ＋Ｄというようなダミーの配列を、図１１の配列
１）〜７）に対して任意に追加することにより、元の配
列の復元を困難にすることができる。なお、具体的な例
は挙げないが、（１）の手法による図９の蛋白質配列の
分割に先立ち、（５）の手法により、他の配列を当該図
９の蛋白質配列に接続することによって、クエリーに対
する検索結果を集めて図９の蛋白質配列に対する検索結
果を取得することを一層困難にすることができる。
【００４８】
【発明の効果】以上説明したように、本発明によれば、
データベース側に何ら特殊な処理を要求することなく、
データベース所持者やネットワークの途中でデータベー
ス検索を観察する者に対して、クエリーの内容を知られ
ずに、データベース検索を行うことが可能となる。
データベース側に何ら特殊な処理を要求することなく、
データベース所持者やネットワークの途中でデータベー
ス検索を観察する者に対して、クエリーの内容を知られ
ずに、データベース検索を行うことが可能となる。
【００４９】また、本発明によれば、データベースの設
計変更を必要とせずに、データベース所持者やネットワ
ーク上の観察者に対して、クエリーの内容を隠蔽したデ
ータベース検索が実現できるため、既存のデータベース
検索システムに対しても導入が容易である。
計変更を必要とせずに、データベース所持者やネットワ
ーク上の観察者に対して、クエリーの内容を隠蔽したデ
ータベース検索が実現できるため、既存のデータベース
検索システムに対しても導入が容易である。
【図１】 本実施の形態によるデータベース検索を行う
データベース検索システムの構成を示す図である。
データベース検索システムの構成を示す図である。
【図２】 本実施の形態におけるクライアントの構成を
説明する図である。
説明する図である。
【図３】 本実施の形態における検索配列Ｓとこの検索
配列Ｓを分割して得られる配列C1,...,Ck-1との関係を
示す図である。
配列Ｓを分割して得られる配列C1,...,Ck-1との関係を
示す図である。
【図４】 図３に示した問い合わせ配列C1,...,Ck-1に
問い合わせ配列Ckを付加した様子を示す図である。
問い合わせ配列Ckを付加した様子を示す図である。
【図５】 図３に示した問い合わせ配列C1,...,Ck-1に
追加する配列の例を示す図である。
追加する配列の例を示す図である。
【図６】 本実施の形態における配列加工部及びクエリ
ー発行部の動作を説明するフローチャートである。
ー発行部の動作を説明するフローチャートである。
【図７】 本実施の形態における情報抽出部の動作を説
明するフローチャートである。
明するフローチャートである。
【図８】 本実施の形態にて用いられる、蛋白質のパタ
ーンを複数含むデータベースの例である。
ーンを複数含むデータベースの例である。
【図９】 大腸菌の蛋白質（アクセッション番号 gi298
2763）の配列を示す図である。
2763）の配列を示す図である。
【図１０】 図８のデータベースに図９の配列を問い合
わせ配列とするクエリーを発行した場合の回答を示す図
である。
わせ配列とするクエリーを発行した場合の回答を示す図
である。
【図１１】 図９に示した蛋白質配列に対して本実施の
形態による加工を施した例を示す図である。
形態による加工を施した例を示す図である。
【図１２】 図１１に示した配列１）に対してデータベ
ースサーバから返送される検索結果を示す図である。
ースサーバから返送される検索結果を示す図である。
【図１３】 本実施の形態による（２）の手法を用いた
配列に対する加工の例を説明する図である。
配列に対する加工の例を説明する図である。
【図１４】 本実施の形態による（３）の手法を用いた
配列に対する加工の例を説明する図である。
配列に対する加工の例を説明する図である。
【図１５】 本実施の形態による（４）の手法を用いた
配列に対する加工の例を説明する図である。
配列に対する加工の例を説明する図である。
【図１６】 マトリックスデータベースの例を示す図で
ある。
ある。
１０…データベースサーバ、１１…データベース、２０
…クライアント、２１…配列加工部、２２…クエリー発
行部、２３…情報抽出部、３０…ネットワーク
…クライアント、２１…配列加工部、２２…クエリー発
行部、２３…情報抽出部、３０…ネットワーク
フロントページの続き (72)発明者 渋谷 哲朗 神奈川県大和市下鶴間1623番地14 日本ア イ・ビー・エム株式会社 東京基礎研究所 内 (72)発明者 鹿島 久嗣 神奈川県大和市下鶴間1623番地14 日本ア イ・ビー・エム株式会社 東京基礎研究所 内 Ｆターム(参考） 5B075 ND04 ND20 PP26 UU19
Claims (17)
- 【請求項１】 配列パターンを蓄積したデータベースに
アクセスし、当該データベースに蓄積されている配列パ
ターンが所定の配列中に存在するかを問い合わせるデー
タベース検索装置において、 検索対象である検索配列を分割して複数の部分配列を作
成する配列加工部と、 前記配列加工部により作成された前記複数の部分配列の
それぞれを問い合わせ配列として前記データベースに対
しクエリーを発行するクエリー発行部とを備えることを
特徴とするデータベース検索装置。 - 【請求項２】 前記配列加工部は、前記データベースに
蓄積された配列パターンの長さに応じて、所定の長さの
配列要素を重複させて前記複数の部分配列を作成するこ
とを特徴とする請求項１に記載のデータベース検索装
置。 - 【請求項３】 前記配列加工部は、前記検索配列の後端
部分の配列要素と、前記検索配列の前端部分の配列要素
とを接続した配列を作成し、前記部分配列に追加するこ
とを特徴とする請求項１に記載のデータベース検索装
置。 - 【請求項４】 前記配列加工部は、前記検索配列に関す
るデータベース検索には寄与しないダミー配列を作成
し、前記部分配列に追加することを特徴とする請求項１
に記載のデータベース検索装置。 - 【請求項５】 配列パターンを蓄積したデータベースに
アクセスし、当該データベースに蓄積されている配列パ
ターンが所定の配列中に存在するかを問い合わせるデー
タベース検索装置において、 検索対象である検索配列に任意の配列を接続する配列加
工部と、 前記配列加工部により加工された前記検索配列を問い合
わせ配列として前記データベースに対しクエリーを発行
するクエリー発行部とを備えることを特徴とするデータ
ベース検索装置。 - 【請求項６】 前記配列加工部は、前記検索配列に任意
の配列を接続して得られた配列を分割して複数の部分配
列を作成し、 前記クエリー発行部は、前記複数の部分配列を問い合わ
せ配列として前記データベースに対しクエリーを発行す
ることを特徴とする請求項５に記載のデータベース検索
装置。 - 【請求項７】 前記データベースから検索結果を受け取
り、受け取った当該検索結果から前記検索配列に対する
検索結果に相当する情報を抽出する情報抽出部をさらに
備えたことを特徴とする請求項５に記載のデータベース
検索装置。 - 【請求項８】 配列パターンを蓄積したデータベースに
アクセスし、当該データベースに蓄積されている配列パ
ターンが所定の配列中に存在するかを問い合わせるデー
タベース検索装置において、 検索対象である検索配列を、当該検索配列の所定の部分
ごとに複数回にわたって前記データベースへの問い合わ
せを行う問い合わせ手段と、 前記データベースから検索結果を受け取り、前記検索配
列に対する検索結果に相当する情報を抽出する情報抽出
手段とを備えることを特徴とするデータベース検索装
置。 - 【請求項９】 前記問い合わせ手段は、前記データベー
スに蓄積された配列パターンの長さに応じて、所定の長
さの配列要素を重複させながら前記検索配列の部分を切
り出し、当該部分ごとに前記データベースへの問い合わ
せを行うことを特徴とする請求項８に記載のデータベー
ス検索装置。 - 【請求項１０】 ネットワーク上に設けられ所定の配列
パターンを蓄積したデータベースサーバと、 前記ネットワークを介して前記データベースサーバに対
し検索の問い合わせを行うクライアントとを備え、 前記クライアントは、 検索対象である検索配列を分割し、 前記分割により得られた個々の配列に関するクエリーを
前記データベースサーバに対して送信し、 前記データベースサーバは、 前記クライアントから受信したクエリーに対するデータ
ベース検索を行い、検索結果を前記クライアントに返送
することを特徴とするデータベース検索システム。 - 【請求項１１】 配列パターンを蓄積したデータベース
にアクセスし、当該データベースに蓄積されている配列
パターンが所定の配列中に存在するかを問い合わせるデ
ータベース検索方法において、 検索対象である検索配列を分割して複数の部分配列を作
成するステップと、 作成された前記複数の部分配列のそれぞれを問い合わせ
配列として前記データベースに対しクエリーを発行する
ステップと、 前記データベースから受信した前記クエリーに対する検
索結果に基づいて、前記検索配列に対する検索結果に相
当する情報を抽出するステップとを含むことを特徴とす
るデータベース検索方法。 - 【請求項１２】 前記クエリーを発行するステップに先
立って、前記検索配列に関するデータベース検索には寄
与しないダミー配列を作成するステップをさらに含み、 前記クエリーを発行するステップは、前記ダミー配列を
問い合わせ配列として前記データベースに対しクエリー
を発行するステップを含むことを特徴とする請求項１１
に記載のデータベース検索方法。 - 【請求項１３】 前記部分配列を作成するステップは、 前記検索配列の分割に先立って、当該検索配列に任意の
配列を接続して新たな配列を作成するステップと、 作成された前記新たな配列を分割して複数の部分配列を
作成するステップとを含むことを特徴とする請求項１１
に記載のデータベース検索方法。 - 【請求項１４】 コンピュータを制御して、配列パター
ンを蓄積したデータベースにアクセスし、当該データベ
ースに蓄積されている配列パターンが所定の配列中に存
在するかの問い合わせを行うプログラムであって、 検索対象である検索配列を分割して複数の部分配列を作
成する配列加工手段と、 前記配列加工手段により作成された前記複数の部分配列
のそれぞれを問い合わせ配列として前記データベースに
対しクエリーを発行するクエリー発行手段として、 前記コンピュータを動作させることを特徴とするプログ
ラム。 - 【請求項１５】 前記プログラムにて実現される前記配
列加工手段は、前記検索配列に関するデータベース検索
には寄与しないダミー配列を作成し、 前記プログラムにて実現される前記クエリー発行手段
は、作成された前記ダミー配列を問い合わせ配列として
前記データベースに対しクエリーを発行すること、を特
徴とする請求項１４に記載のプログラム。 - 【請求項１６】 前記プログラムにて実現される前記配
列加工手段は、 前記検索配列の分割に先立って、当該検索配列に任意の
配列を接続して新たな配列を作成し、 作成された前記新たな配列を分割して複数の部分配列を
作成することを特徴とする請求項１４に記載のプログラ
ム。 - 【請求項１７】 コンピュータを制御して、配列パター
ンを蓄積したデータベースにアクセスし、当該データベ
ースに蓄積されている配列パターンが所定の配列中に存
在するかの問い合わせを行うプログラムを格納した記憶
媒体であって、 前記プログラムは、 検索対象である検索配列を分割して複数の部分配列を作
成する配列加工手段と、 前記配列加工手段により作成された前記複数の部分配列
のそれぞれを問い合わせ配列として前記データベースに
対しクエリーを発行するクエリー発行手段として、前記
コンピュータを動作させることを特徴とする記憶媒体。
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2001145684A JP3871301B2 (ja) | 2001-05-15 | 2001-05-15 | データベース検索装置、及びプログラム |
| US10/146,342 US6928437B2 (en) | 2001-05-15 | 2002-05-15 | Database search device, database search system, database search method, program and storage medium |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2001145684A JP3871301B2 (ja) | 2001-05-15 | 2001-05-15 | データベース検索装置、及びプログラム |
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ID=18991454
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|---|---|---|---|
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