FR3046798A1 - Procede de detection rapide de sensibilite de microorganismes aux drogues - Google Patents
Procede de detection rapide de sensibilite de microorganismes aux drogues Download PDFInfo
- Publication number
- FR3046798A1 FR3046798A1 FR1652783A FR1652783A FR3046798A1 FR 3046798 A1 FR3046798 A1 FR 3046798A1 FR 1652783 A FR1652783 A FR 1652783A FR 1652783 A FR1652783 A FR 1652783A FR 3046798 A1 FR3046798 A1 FR 3046798A1
- Authority
- FR
- France
- Prior art keywords
- microorganism
- particles
- compound
- container
- antibiotic
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 244000005700 microbiome Species 0.000 title claims abstract description 129
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 120
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 title claims abstract description 36
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title description 12
- 239000003814 drug Substances 0.000 title description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 title description 3
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 claims abstract description 54
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 claims abstract description 50
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims abstract description 45
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims abstract description 29
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 claims abstract description 14
- 239000002245 particle Substances 0.000 claims description 113
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 40
- 230000005291 magnetic effect Effects 0.000 claims description 37
- 230000012010 growth Effects 0.000 claims description 36
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 claims description 34
- 239000002609 medium Substances 0.000 claims description 33
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 20
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 claims description 16
- -1 synergistins Chemical class 0.000 claims description 13
- 238000011161 development Methods 0.000 claims description 12
- 229940121375 antifungal agent Drugs 0.000 claims description 11
- 230000005672 electromagnetic field Effects 0.000 claims description 11
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 claims description 10
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 claims description 10
- 230000005684 electric field Effects 0.000 claims description 9
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 7
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 7
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 6
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 claims description 5
- 229960000308 fosfomycin Drugs 0.000 claims description 5
- YMDXZJFXQJVXBF-STHAYSLISA-N fosfomycin Chemical compound C[C@@H]1O[C@@H]1P(O)(O)=O YMDXZJFXQJVXBF-STHAYSLISA-N 0.000 claims description 5
- 238000009630 liquid culture Methods 0.000 claims description 5
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 claims description 4
- 230000004931 aggregating effect Effects 0.000 claims description 3
- IZXIZTKNFFYFOF-UHFFFAOYSA-N 2-Oxazolidone Chemical class O=C1NCCO1 IZXIZTKNFFYFOF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- FUBFWTUFPGFHOJ-UHFFFAOYSA-N 2-nitrofuran Chemical class [O-][N+](=O)C1=CC=CO1 FUBFWTUFPGFHOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 229930186147 Cephalosporin Natural products 0.000 claims description 2
- 108010078777 Colistin Proteins 0.000 claims description 2
- DYDCUQKUCUHJBH-UWTATZPHSA-N D-Cycloserine Chemical compound N[C@@H]1CONC1=O DYDCUQKUCUHJBH-UWTATZPHSA-N 0.000 claims description 2
- DYDCUQKUCUHJBH-UHFFFAOYSA-N D-Cycloserine Natural products NC1CONC1=O DYDCUQKUCUHJBH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 108010013198 Daptomycin Proteins 0.000 claims description 2
- IECPWNUMDGFDKC-UHFFFAOYSA-N Fusicsaeure Natural products C12C(O)CC3C(=C(CCC=C(C)C)C(O)=O)C(OC(C)=O)CC3(C)C1(C)CCC1C2(C)CCC(O)C1C IECPWNUMDGFDKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 108010015899 Glycopeptides Proteins 0.000 claims description 2
- 102000002068 Glycopeptides Human genes 0.000 claims description 2
- 229930182555 Penicillin Natural products 0.000 claims description 2
- 108010040201 Polymyxins Proteins 0.000 claims description 2
- 229930189077 Rifamycin Natural products 0.000 claims description 2
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 claims description 2
- 229940126575 aminoglycoside Drugs 0.000 claims description 2
- 239000003781 beta lactamase inhibitor Substances 0.000 claims description 2
- 229940126813 beta-lactamase inhibitor Drugs 0.000 claims description 2
- 229940041011 carbapenems Drugs 0.000 claims description 2
- 229940124587 cephalosporin Drugs 0.000 claims description 2
- 150000001780 cephalosporins Chemical class 0.000 claims description 2
- 229960003346 colistin Drugs 0.000 claims description 2
- 229960003077 cycloserine Drugs 0.000 claims description 2
- 229960005484 daptomycin Drugs 0.000 claims description 2
- DOAKLVKFURWEDJ-QCMAZARJSA-N daptomycin Chemical compound C([C@H]1C(=O)O[C@H](C)[C@@H](C(NCC(=O)N[C@@H](CCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@H](CO)C(=O)N[C@H](C(=O)N1)[C@H](C)CC(O)=O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)NC(=O)CCCCCCCCC)C(=O)C1=CC=CC=C1N DOAKLVKFURWEDJ-QCMAZARJSA-N 0.000 claims description 2
- 229960004675 fusidic acid Drugs 0.000 claims description 2
- IECPWNUMDGFDKC-MZJAQBGESA-N fusidic acid Chemical compound O[C@@H]([C@@H]12)C[C@H]3\C(=C(/CCC=C(C)C)C(O)=O)[C@@H](OC(C)=O)C[C@]3(C)[C@@]2(C)CC[C@@H]2[C@]1(C)CC[C@@H](O)[C@H]2C IECPWNUMDGFDKC-MZJAQBGESA-N 0.000 claims description 2
- 229940041028 lincosamides Drugs 0.000 claims description 2
- 239000003120 macrolide antibiotic agent Substances 0.000 claims description 2
- 229940041033 macrolides Drugs 0.000 claims description 2
- 229940041009 monobactams Drugs 0.000 claims description 2
- MINDHVHHQZYEEK-HBBNESRFSA-N mupirocin Chemical compound C[C@H](O)[C@H](C)[C@@H]1O[C@H]1C[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](C\C(C)=C\C(=O)OCCCCCCCCC(O)=O)OC1 MINDHVHHQZYEEK-HBBNESRFSA-N 0.000 claims description 2
- JORAUNFTUVJTNG-BSTBCYLQSA-N n-[(2s)-4-amino-1-[[(2s,3r)-1-[[(2s)-4-amino-1-oxo-1-[[(3s,6s,9s,12s,15r,18s,21s)-6,9,18-tris(2-aminoethyl)-3-[(1r)-1-hydroxyethyl]-12,15-bis(2-methylpropyl)-2,5,8,11,14,17,20-heptaoxo-1,4,7,10,13,16,19-heptazacyclotricos-21-yl]amino]butan-2-yl]amino]-3-h Chemical compound CC(C)CCCCC(=O)N[C@@H](CCN)C(=O)N[C@H]([C@@H](C)O)CN[C@@H](CCN)C(=O)N[C@H]1CCNC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CCN)NC(=O)[C@H](CCN)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCN)NC1=O.CCC(C)CCCCC(=O)N[C@@H](CCN)C(=O)N[C@H]([C@@H](C)O)CN[C@@H](CCN)C(=O)N[C@H]1CCNC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CCN)NC(=O)[C@H](CCN)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCN)NC1=O JORAUNFTUVJTNG-BSTBCYLQSA-N 0.000 claims description 2
- 150000004957 nitroimidazoles Chemical class 0.000 claims description 2
- 238000010899 nucleation Methods 0.000 claims description 2
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 claims description 2
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 claims description 2
- 150000002960 penicillins Chemical class 0.000 claims description 2
- XDJYMJULXQKGMM-UHFFFAOYSA-N polymyxin E1 Natural products CCC(C)CCCCC(=O)NC(CCN)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)NC(CCN)C(=O)NC1CCNC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C(CCN)NC(=O)C(CCN)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CCN)NC1=O XDJYMJULXQKGMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- KNIWPHSUTGNZST-UHFFFAOYSA-N polymyxin E2 Natural products CC(C)CCCCC(=O)NC(CCN)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)NC(CCN)C(=O)NC1CCNC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C(CCN)NC(=O)C(CCN)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CCN)NC1=O KNIWPHSUTGNZST-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 229940041153 polymyxins Drugs 0.000 claims description 2
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 2
- ZZYXNRREDYWPLN-UHFFFAOYSA-N pyridine-2,3-diamine Chemical class NC1=CC=CN=C1N ZZYXNRREDYWPLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 150000007660 quinolones Chemical class 0.000 claims description 2
- 230000000284 resting effect Effects 0.000 claims description 2
- BTVYFIMKUHNOBZ-QXMMDKDBSA-N rifamycin s Chemical class O=C1C(C(O)=C2C)=C3C(=O)C=C1NC(=O)\C(C)=C/C=C\C(C)C(O)C(C)C(O)C(C)C(OC(C)=O)C(C)C(OC)\C=C/OC1(C)OC2=C3C1=O BTVYFIMKUHNOBZ-QXMMDKDBSA-N 0.000 claims description 2
- 229940081192 rifamycins Drugs 0.000 claims description 2
- 229940124530 sulfonamide Drugs 0.000 claims description 2
- 150000003456 sulfonamides Chemical class 0.000 claims description 2
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 claims description 2
- 229940040944 tetracyclines Drugs 0.000 claims description 2
- 150000003522 tetracyclines Chemical class 0.000 claims description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 abstract description 3
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract description 2
- 238000004659 sterilization and disinfection Methods 0.000 abstract description 2
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 30
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 26
- 239000011325 microbead Substances 0.000 description 18
- 230000000843 anti-fungal effect Effects 0.000 description 17
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 12
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 12
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 10
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 10
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 9
- ULGZDMOVFRHVEP-RWJQBGPGSA-N Erythromycin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](C)C(=O)O[C@@H]([C@@]([C@H](O)[C@@H](C)C(=O)[C@H](C)C[C@@](C)(O)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@H](C[C@@H](C)O2)N(C)C)O)[C@H]1C)(C)O)CC)[C@H]1C[C@@](C)(OC)[C@@H](O)[C@H](C)O1 ULGZDMOVFRHVEP-RWJQBGPGSA-N 0.000 description 8
- 230000000941 anti-staphylcoccal effect Effects 0.000 description 8
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 8
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 8
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 7
- 229920000515 polycarbonate Polymers 0.000 description 7
- 239000004417 polycarbonate Substances 0.000 description 7
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 7
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 6
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 6
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 6
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 6
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 6
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 6
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 6
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 5
- 239000002054 inoculum Substances 0.000 description 5
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 5
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 4
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 4
- 241000191967 Staphylococcus aureus Species 0.000 description 4
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 239000003139 biocide Substances 0.000 description 4
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 4
- 229960003276 erythromycin Drugs 0.000 description 4
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 4
- 230000036541 health Effects 0.000 description 4
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 4
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 4
- JQXXHWHPUNPDRT-WLSIYKJHSA-N rifampicin Chemical compound O([C@](C1=O)(C)O/C=C/[C@@H]([C@H]([C@@H](OC(C)=O)[C@H](C)[C@H](O)[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)\C=C\C=C(C)/C(=O)NC=2C(O)=C3C([O-])=C4C)C)OC)C4=C1C3=C(O)C=2\C=N\N1CC[NH+](C)CC1 JQXXHWHPUNPDRT-WLSIYKJHSA-N 0.000 description 4
- 229960001225 rifampicin Drugs 0.000 description 4
- 241001316595 Acris Species 0.000 description 3
- 241000606108 Bartonella quintana Species 0.000 description 3
- 241001647378 Chlamydia psittaci Species 0.000 description 3
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 3
- 241000589517 Pseudomonas aeruginosa Species 0.000 description 3
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 description 3
- 241000295644 Staphylococcaceae Species 0.000 description 3
- 241000607626 Vibrio cholerae Species 0.000 description 3
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 3
- 230000003042 antagnostic effect Effects 0.000 description 3
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 description 3
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 3
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 3
- 238000003113 dilution method Methods 0.000 description 3
- 230000005415 magnetization Effects 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 230000002906 microbiologic effect Effects 0.000 description 3
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 3
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 3
- 239000012429 reaction media Substances 0.000 description 3
- 241000894007 species Species 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 230000002195 synergetic effect Effects 0.000 description 3
- 241000589155 Agrobacterium tumefaciens Species 0.000 description 2
- 101100273890 Bacteroides fragilis (strain ATCC 25285 / DSM 2151 / CCUG 4856 / JCM 11019 / NCTC 9343 / Onslow) bfce gene Proteins 0.000 description 2
- 241000588832 Bordetella pertussis Species 0.000 description 2
- 241001647372 Chlamydia pneumoniae Species 0.000 description 2
- 241000606153 Chlamydia trachomatis Species 0.000 description 2
- 241000186227 Corynebacterium diphtheriae Species 0.000 description 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 2
- 241000194033 Enterococcus Species 0.000 description 2
- 241000589602 Francisella tularensis Species 0.000 description 2
- 241000605986 Fusobacterium nucleatum Species 0.000 description 2
- 241000207201 Gardnerella vaginalis Species 0.000 description 2
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 2
- 241000590002 Helicobacter pylori Species 0.000 description 2
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 description 2
- IABBAGAOMDWOCW-UHFFFAOYSA-N Nicametate citrate Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O.CCN(CC)CCOC(=O)C1=CC=CN=C1 IABBAGAOMDWOCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 2
- 241000605862 Porphyromonas gingivalis Species 0.000 description 2
- 241000293869 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium Species 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 241000122973 Stenotrophomonas maltophilia Species 0.000 description 2
- 244000057717 Streptococcus lactis Species 0.000 description 2
- 235000014897 Streptococcus lactis Nutrition 0.000 description 2
- 101710120037 Toxin CcdB Proteins 0.000 description 2
- 230000009471 action Effects 0.000 description 2
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 2
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 2
- 230000003698 anagen phase Effects 0.000 description 2
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 2
- 239000003429 antifungal agent Substances 0.000 description 2
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000032770 biofilm formation Effects 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 239000001569 carbon dioxide Substances 0.000 description 2
- 229910002092 carbon dioxide Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 2
- 238000010908 decantation Methods 0.000 description 2
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 2
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 2
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 108010026228 mRNA guanylyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 2
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 2
- 244000000010 microbial pathogen Species 0.000 description 2
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 2
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 2
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 2
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 241001148471 unidentified anaerobic bacterium Species 0.000 description 2
- 229940118696 vibrio cholerae Drugs 0.000 description 2
- XMAYWYJOQHXEEK-OZXSUGGESA-N (2R,4S)-ketoconazole Chemical compound C1CN(C(=O)C)CCN1C(C=C1)=CC=C1OC[C@@H]1O[C@@](CN2C=NC=C2)(C=2C(=CC(Cl)=CC=2)Cl)OC1 XMAYWYJOQHXEEK-OZXSUGGESA-N 0.000 description 1
- MQHLMHIZUIDKOO-OKZBNKHCSA-N (2R,6S)-2,6-dimethyl-4-[(2S)-2-methyl-3-[4-(2-methylbutan-2-yl)phenyl]propyl]morpholine Chemical compound C1=CC(C(C)(C)CC)=CC=C1C[C@H](C)CN1C[C@@H](C)O[C@@H](C)C1 MQHLMHIZUIDKOO-OKZBNKHCSA-N 0.000 description 1
- MPIPASJGOJYODL-SFHVURJKSA-N (R)-isoconazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1[C@@H](OCC=1C(=CC=CC=1Cl)Cl)CN1C=NC=C1 MPIPASJGOJYODL-SFHVURJKSA-N 0.000 description 1
- AFNXATANNDIXLG-SFHVURJKSA-N 1-[(2r)-2-[(4-chlorophenyl)methylsulfanyl]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]imidazole Chemical compound C1=CC(Cl)=CC=C1CS[C@H](C=1C(=CC(Cl)=CC=1)Cl)CN1C=NC=C1 AFNXATANNDIXLG-SFHVURJKSA-N 0.000 description 1
- ZCJYUTQZBAIHBS-UHFFFAOYSA-N 1-[2-(2,4-dichlorophenyl)-2-{[4-(phenylsulfanyl)benzyl]oxy}ethyl]imidazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1C(OCC=1C=CC(SC=2C=CC=CC=2)=CC=1)CN1C=NC=C1 ZCJYUTQZBAIHBS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OCAPBUJLXMYKEJ-UHFFFAOYSA-N 1-[biphenyl-4-yl(phenyl)methyl]imidazole Chemical compound C1=NC=CN1C(C=1C=CC(=CC=1)C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 OCAPBUJLXMYKEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LEZWWPYKPKIXLL-UHFFFAOYSA-N 1-{2-(4-chlorobenzyloxy)-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl}imidazole Chemical compound C1=CC(Cl)=CC=C1COC(C=1C(=CC(Cl)=CC=1)Cl)CN1C=NC=C1 LEZWWPYKPKIXLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QXHHHPZILQDDPS-UHFFFAOYSA-N 1-{2-[(2-chloro-3-thienyl)methoxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl}imidazole Chemical compound S1C=CC(COC(CN2C=NC=C2)C=2C(=CC(Cl)=CC=2)Cl)=C1Cl QXHHHPZILQDDPS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JLGKQTAYUIMGRK-UHFFFAOYSA-N 1-{2-[(7-chloro-1-benzothiophen-3-yl)methoxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl}imidazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1C(OCC=1C2=CC=CC(Cl)=C2SC=1)CN1C=NC=C1 JLGKQTAYUIMGRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VHVPQPYKVGDNFY-DFMJLFEVSA-N 2-[(2r)-butan-2-yl]-4-[4-[4-[4-[[(2r,4s)-2-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1,2,4-triazol-1-ylmethyl)-1,3-dioxolan-4-yl]methoxy]phenyl]piperazin-1-yl]phenyl]-1,2,4-triazol-3-one Chemical compound O=C1N([C@H](C)CC)N=CN1C1=CC=C(N2CCN(CC2)C=2C=CC(OC[C@@H]3O[C@](CN4N=CN=C4)(OC3)C=3C(=CC(Cl)=CC=3)Cl)=CC=2)C=C1 VHVPQPYKVGDNFY-DFMJLFEVSA-N 0.000 description 1
- RCIPRGNHNAEGHR-ZLHAWHIKSA-N 3-[(3s,6s,13s,16r,19r,22r,25r,28s)-6,13,19,22-tetrakis(2-amino-2-oxoethyl)-16-(hydroxymethyl)-25-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-10-(11-methyltridecyl)-2,5,8,12,15,18,21,24,27-nonaoxo-1,4,7,11,14,17,20,23,26-nonazabicyclo[26.3.0]hentriacontan-3-yl]propanamide Chemical compound C([C@H]1NC(=O)[C@@H]2CCCN2C(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)CC(NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](CO)NC(=O)[C@@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](CC(N)=O)NC1=O)CCCCCCCCCCC(C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 RCIPRGNHNAEGHR-ZLHAWHIKSA-N 0.000 description 1
- 241000606749 Aggregatibacter actinomycetemcomitans Species 0.000 description 1
- 201000002909 Aspergillosis Diseases 0.000 description 1
- 241000228212 Aspergillus Species 0.000 description 1
- 208000036641 Aspergillus infections Diseases 0.000 description 1
- 241000894009 Azorhizobium caulinodans Species 0.000 description 1
- 241000589149 Azotobacter vinelandii Species 0.000 description 1
- 241000193738 Bacillus anthracis Species 0.000 description 1
- 241000193755 Bacillus cereus Species 0.000 description 1
- 241000194108 Bacillus licheniformis Species 0.000 description 1
- 241000194107 Bacillus megaterium Species 0.000 description 1
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 1
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 1
- 108010001478 Bacitracin Proteins 0.000 description 1
- 241000606660 Bartonella Species 0.000 description 1
- 241001518086 Bartonella henselae Species 0.000 description 1
- 241000588779 Bordetella bronchiseptica Species 0.000 description 1
- 241000589969 Borreliella burgdorferi Species 0.000 description 1
- 241000193764 Brevibacillus brevis Species 0.000 description 1
- 238000009631 Broth culture Methods 0.000 description 1
- 241000589567 Brucella abortus Species 0.000 description 1
- 241001148106 Brucella melitensis Species 0.000 description 1
- 241001148111 Brucella suis Species 0.000 description 1
- 241000722910 Burkholderia mallei Species 0.000 description 1
- 241001136175 Burkholderia pseudomallei Species 0.000 description 1
- 241000589877 Campylobacter coli Species 0.000 description 1
- 241000589875 Campylobacter jejuni Species 0.000 description 1
- 241000222120 Candida <Saccharomycetales> Species 0.000 description 1
- 241000222122 Candida albicans Species 0.000 description 1
- 206010007134 Candida infections Diseases 0.000 description 1
- 241000193163 Clostridioides difficile Species 0.000 description 1
- 241000193403 Clostridium Species 0.000 description 1
- 241000193155 Clostridium botulinum Species 0.000 description 1
- 241000193468 Clostridium perfringens Species 0.000 description 1
- 241000606678 Coxiella burnetii Species 0.000 description 1
- 201000007336 Cryptococcosis Diseases 0.000 description 1
- 241001337994 Cryptococcus <scale insect> Species 0.000 description 1
- 241000221204 Cryptococcus neoformans Species 0.000 description 1
- 241000195493 Cryptophyta Species 0.000 description 1
- 241000605310 Ehrlichia chaffeensis Species 0.000 description 1
- 241001468179 Enterococcus avium Species 0.000 description 1
- 241000520130 Enterococcus durans Species 0.000 description 1
- 241000194032 Enterococcus faecalis Species 0.000 description 1
- 241000194031 Enterococcus faecium Species 0.000 description 1
- 241000194030 Enterococcus gallinarum Species 0.000 description 1
- 241001621835 Frateuria aurantia Species 0.000 description 1
- 241000193385 Geobacillus stearothermophilus Species 0.000 description 1
- 241000606768 Haemophilus influenzae Species 0.000 description 1
- 241000606766 Haemophilus parainfluenzae Species 0.000 description 1
- 206010020429 Human ehrlichiosis Diseases 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 241001534216 Klebsiella granulomatis Species 0.000 description 1
- 241000588747 Klebsiella pneumoniae Species 0.000 description 1
- 241000588754 Klebsiella sp. Species 0.000 description 1
- 240000001046 Lactobacillus acidophilus Species 0.000 description 1
- 235000013956 Lactobacillus acidophilus Nutrition 0.000 description 1
- 244000199866 Lactobacillus casei Species 0.000 description 1
- 235000013958 Lactobacillus casei Nutrition 0.000 description 1
- 241000589242 Legionella pneumophila Species 0.000 description 1
- 241001134775 Lysinibacillus fusiformis Species 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 241000202974 Methanobacterium Species 0.000 description 1
- BYBLEWFAAKGYCD-UHFFFAOYSA-N Miconazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1COC(C=1C(=CC(Cl)=CC=1)Cl)CN1C=NC=C1 BYBLEWFAAKGYCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001467578 Microbacterium Species 0.000 description 1
- 241000191938 Micrococcus luteus Species 0.000 description 1
- 241000588655 Moraxella catarrhalis Species 0.000 description 1
- 241000186367 Mycobacterium avium Species 0.000 description 1
- 241000186366 Mycobacterium bovis Species 0.000 description 1
- 241000186364 Mycobacterium intracellulare Species 0.000 description 1
- 241000186362 Mycobacterium leprae Species 0.000 description 1
- 241000908167 Mycobacterium lepraemurium Species 0.000 description 1
- 241000187481 Mycobacterium phlei Species 0.000 description 1
- 241000187480 Mycobacterium smegmatis Species 0.000 description 1
- 241000202952 Mycoplasma fermentans Species 0.000 description 1
- 241000204051 Mycoplasma genitalium Species 0.000 description 1
- 241000204048 Mycoplasma hominis Species 0.000 description 1
- 241000202934 Mycoplasma pneumoniae Species 0.000 description 1
- 241000588652 Neisseria gonorrhoeae Species 0.000 description 1
- 241000588650 Neisseria meningitidis Species 0.000 description 1
- 241000187654 Nocardia Species 0.000 description 1
- 241000606856 Pasteurella multocida Species 0.000 description 1
- 208000037581 Persistent Infection Diseases 0.000 description 1
- 241001135223 Prevotella melaninogenica Species 0.000 description 1
- 206010037422 Pulmonary mycosis Diseases 0.000 description 1
- 241000606697 Rickettsia prowazekii Species 0.000 description 1
- 241000606695 Rickettsia rickettsii Species 0.000 description 1
- 241000606726 Rickettsia typhi Species 0.000 description 1
- 241000203719 Rothia dentocariosa Species 0.000 description 1
- 241001354013 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis Species 0.000 description 1
- 241000293871 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Species 0.000 description 1
- 241000607715 Serratia marcescens Species 0.000 description 1
- 241000607764 Shigella dysenteriae Species 0.000 description 1
- 241000194017 Streptococcus Species 0.000 description 1
- 241001134658 Streptococcus mitis Species 0.000 description 1
- 241000194019 Streptococcus mutans Species 0.000 description 1
- 241000194025 Streptococcus oralis Species 0.000 description 1
- 241000193998 Streptococcus pneumoniae Species 0.000 description 1
- 241000193996 Streptococcus pyogenes Species 0.000 description 1
- 241000194052 Streptococcus ratti Species 0.000 description 1
- 241000194024 Streptococcus salivarius Species 0.000 description 1
- 241000194023 Streptococcus sanguinis Species 0.000 description 1
- 241000193987 Streptococcus sobrinus Species 0.000 description 1
- 208000003217 Tetany Diseases 0.000 description 1
- 241000589884 Treponema pallidum Species 0.000 description 1
- 241000607272 Vibrio parahaemolyticus Species 0.000 description 1
- 241000607265 Vibrio vulnificus Species 0.000 description 1
- 241000607447 Yersinia enterocolitica Species 0.000 description 1
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 description 1
- 241000607477 Yersinia pseudotuberculosis Species 0.000 description 1
- 241000606834 [Haemophilus] ducreyi Species 0.000 description 1
- HLALFJXMCAGFLY-UHFFFAOYSA-N [SiH3]S(=O)(=O)N=[N+]=[N-] Chemical class [SiH3]S(=O)(=O)N=[N+]=[N-] HLALFJXMCAGFLY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000006978 adaptation Effects 0.000 description 1
- 238000013019 agitation Methods 0.000 description 1
- 229960003204 amorolfine Drugs 0.000 description 1
- 239000012984 antibiotic solution Substances 0.000 description 1
- 229940065181 bacillus anthracis Drugs 0.000 description 1
- 229960003071 bacitracin Drugs 0.000 description 1
- 229930184125 bacitracin Natural products 0.000 description 1
- CLKOFPXJLQSYAH-ABRJDSQDSA-N bacitracin A Chemical compound C1SC([C@@H](N)[C@@H](C)CC)=N[C@@H]1C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]1C(=O)N[C@H](CCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@@H](CC=2N=CNC=2)C(=O)N[C@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCCCC1 CLKOFPXJLQSYAH-ABRJDSQDSA-N 0.000 description 1
- 229940092524 bartonella henselae Drugs 0.000 description 1
- 229940092523 bartonella quintana Drugs 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 239000007621 bhi medium Substances 0.000 description 1
- 229960002206 bifonazole Drugs 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 1
- 229940056450 brucella abortus Drugs 0.000 description 1
- 229940038698 brucella melitensis Drugs 0.000 description 1
- 229940074375 burkholderia mallei Drugs 0.000 description 1
- 229960002962 butenafine Drugs 0.000 description 1
- ABJKWBDEJIDSJZ-UHFFFAOYSA-N butenafine Chemical compound C=1C=CC2=CC=CC=C2C=1CN(C)CC1=CC=C(C(C)(C)C)C=C1 ABJKWBDEJIDSJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005074 butoconazole Drugs 0.000 description 1
- SWLMUYACZKCSHZ-UHFFFAOYSA-N butoconazole Chemical compound C1=CC(Cl)=CC=C1CCC(SC=1C(=CC=CC=1Cl)Cl)CN1C=NC=C1 SWLMUYACZKCSHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000003984 candidiasis Diseases 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 229940038705 chlamydia trachomatis Drugs 0.000 description 1
- 229960004022 clotrimazole Drugs 0.000 description 1
- VNFPBHJOKIVQEB-UHFFFAOYSA-N clotrimazole Chemical compound ClC1=CC=CC=C1C(N1C=NC=C1)(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 VNFPBHJOKIVQEB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940126523 co-drug Drugs 0.000 description 1
- 230000001332 colony forming effect Effects 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 238000004320 controlled atmosphere Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 230000001934 delay Effects 0.000 description 1
- 239000000645 desinfectant Substances 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 238000007865 diluting Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 229960003913 econazole Drugs 0.000 description 1
- 230000005670 electromagnetic radiation Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 229940032049 enterococcus faecalis Drugs 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 229960001274 fenticonazole Drugs 0.000 description 1
- 229960004884 fluconazole Drugs 0.000 description 1
- RFHAOTPXVQNOHP-UHFFFAOYSA-N fluconazole Chemical compound C1=NC=NN1CC(C=1C(=CC(F)=CC=1)F)(O)CN1C=NC=N1 RFHAOTPXVQNOHP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940118764 francisella tularensis Drugs 0.000 description 1
- 244000053095 fungal pathogen Species 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 229940047650 haemophilus influenzae Drugs 0.000 description 1
- 229940037467 helicobacter pylori Drugs 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 238000005286 illumination Methods 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 230000036512 infertility Effects 0.000 description 1
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 1
- 229910052500 inorganic mineral Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- DDFOUSQFMYRUQK-RCDICMHDSA-N isavuconazole Chemical compound C=1SC([C@H](C)[C@](O)(CN2N=CN=C2)C=2C(=CC=C(F)C=2)F)=NC=1C1=CC=C(C#N)C=C1 DDFOUSQFMYRUQK-RCDICMHDSA-N 0.000 description 1
- 229960000788 isavuconazole Drugs 0.000 description 1
- 229960004849 isoconazole Drugs 0.000 description 1
- 229960004130 itraconazole Drugs 0.000 description 1
- 229960004125 ketoconazole Drugs 0.000 description 1
- 239000003835 ketolide antibiotic agent Substances 0.000 description 1
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 229940039695 lactobacillus acidophilus Drugs 0.000 description 1
- 229940017800 lactobacillus casei Drugs 0.000 description 1
- 229940115932 legionella pneumophila Drugs 0.000 description 1
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 1
- 238000011866 long-term treatment Methods 0.000 description 1
- 230000028744 lysogeny Effects 0.000 description 1
- 239000006249 magnetic particle Substances 0.000 description 1
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 1
- 229960002509 miconazole Drugs 0.000 description 1
- 239000011707 mineral Substances 0.000 description 1
- 229940055036 mycobacterium phlei Drugs 0.000 description 1
- 108700030603 mycosubtiline Proteins 0.000 description 1
- 229960004313 naftifine Drugs 0.000 description 1
- OZGNYLLQHRPOBR-DHZHZOJOSA-N naftifine Chemical compound C=1C=CC2=CC=CC=C2C=1CN(C)C\C=C\C1=CC=CC=C1 OZGNYLLQHRPOBR-DHZHZOJOSA-N 0.000 description 1
- 238000000424 optical density measurement Methods 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 230000010355 oscillation Effects 0.000 description 1
- 229960003483 oxiconazole Drugs 0.000 description 1
- QRJJEGAJXVEBNE-MOHJPFBDSA-N oxiconazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1CO\N=C(C=1C(=CC(Cl)=CC=1)Cl)\CN1C=NC=C1 QRJJEGAJXVEBNE-MOHJPFBDSA-N 0.000 description 1
- 238000006213 oxygenation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 229940051027 pasteurella multocida Drugs 0.000 description 1
- 230000000704 physical effect Effects 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 229920000379 polypropylene carbonate Polymers 0.000 description 1
- 229960001589 posaconazole Drugs 0.000 description 1
- RAGOYPUPXAKGKH-XAKZXMRKSA-N posaconazole Chemical compound O=C1N([C@H]([C@H](C)O)CC)N=CN1C1=CC=C(N2CCN(CC2)C=2C=CC(OC[C@H]3C[C@@](CN4N=CN=C4)(OC3)C=3C(=CC(F)=CC=3)F)=CC=2)C=C1 RAGOYPUPXAKGKH-XAKZXMRKSA-N 0.000 description 1
- 230000002250 progressing effect Effects 0.000 description 1
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 1
- 238000012797 qualification Methods 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- OPAHEYNNJWPQPX-RCDICMHDSA-N ravuconazole Chemical compound C=1SC([C@H](C)[C@](O)(CN2N=CN=C2)C=2C(=CC(F)=CC=2)F)=NC=1C1=CC=C(C#N)C=C1 OPAHEYNNJWPQPX-RCDICMHDSA-N 0.000 description 1
- 229950004154 ravuconazole Drugs 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000007430 reference method Methods 0.000 description 1
- 229940046939 rickettsia prowazekii Drugs 0.000 description 1
- 229940075118 rickettsia rickettsii Drugs 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 229960005429 sertaconazole Drugs 0.000 description 1
- 229940007046 shigella dysenteriae Drugs 0.000 description 1
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 1
- 229940031000 streptococcus pneumoniae Drugs 0.000 description 1
- 229960002607 sulconazole Drugs 0.000 description 1
- 230000009469 supplementation Effects 0.000 description 1
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 229960002722 terbinafine Drugs 0.000 description 1
- DOMXUEMWDBAQBQ-WEVVVXLNSA-N terbinafine Chemical compound C1=CC=C2C(CN(C\C=C\C#CC(C)(C)C)C)=CC=CC2=C1 DOMXUEMWDBAQBQ-WEVVVXLNSA-N 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 229960004546 thiabendazole Drugs 0.000 description 1
- WJCNZQLZVWNLKY-UHFFFAOYSA-N thiabendazole Chemical compound S1C=NC(C=2NC3=CC=CC=C3N=2)=C1 WJCNZQLZVWNLKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004308 thiabendazole Substances 0.000 description 1
- 235000010296 thiabendazole Nutrition 0.000 description 1
- 229960004214 tioconazole Drugs 0.000 description 1
- 238000012549 training Methods 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 1
- BCEHBSKCWLPMDN-MGPLVRAMSA-N voriconazole Chemical compound C1([C@H](C)[C@](O)(CN2N=CN=C2)C=2C(=CC(F)=CC=2)F)=NC=NC=C1F BCEHBSKCWLPMDN-MGPLVRAMSA-N 0.000 description 1
- 229960004740 voriconazole Drugs 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940098232 yersinia enterocolitica Drugs 0.000 description 1
- 150000003952 β-lactams Chemical class 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
- G01N33/56911—Bacteria
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
- G01N33/54313—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals the carrier being characterised by its particulate form
- G01N33/54326—Magnetic particles
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Virology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
La présente invention se rapporte à un procédé de détermination de la sensibilité d'un microorganisme à au moins un composé et/ou à un agent physique. La présente invention se rapporte également à l'utilisation du procédé de détermination rapide de la sensibilité d'un microorganisme pour déterminer la concentration minimale inhibitrice d'un microorganisme à au moins un composé, par exemple un antibiotique, et/ou un agent physique. La présente invention trouve une application notamment dans les domaines analytiques, de la recherche biologique, enzymologique, dans le domaine pharmaceutique, dans le domaine du diagnostic et/ou dans le domaine médical et/ou dans le domaine de la désinfection, par exemple de surface.
Description
PROCEDE DE DETECTION RAPIDE DE SENSIBILITE DE MICROORGANISMES AUX DROGUES
Domaine technique
La présente invention se rapporte à un procédé de détermination de la sensibilité d’un microorganisme à au moins un composé et/ou à un agent physique.
La présente invention se rapporte également à l’utilisation du procédé de détermination rapide de la sensibilité d’un microorganisme pour déterminer la concentration minimale inhibitrice d’un microorganisme à au moins un composé, par exemple un antibiotique, et/ou un agent physique.
La présente invention trouve une application notamment dans les domaines analytiques, de la recherche biologique, enzymologique, dans le domaine pharmaceutique, dans le domaine du diagnostic et/ou dans le domaine médical et/ou dans le domaine de la désinfection, par exemple de surface.
Dans la description ci-dessous, les références entre crochets ([]) renvoient à la liste des références présentée à la fin du texte.
Etat de la technique
Les antibiogrammes sont des tests permettant de déterminer la sensibilité d’un microorganisme à un antibiotique. Cette détermination est en général réalisée pour des microorganismes pathogènes. L'antibiogramme a pour but de déterminer les Concentrations Minimales Inhibitrices (CMI) d'une souche bactérienne vis-à-vis de divers antibiotiques. Selon la définition de l’Organisation Mondiale de la Santé (O.M.S.), la CMI est la plus faible concentration d'antibiotique capable de provoquer une inhibition complète de la croissance d'une bactérie donnée, appréciable à l'œil nu, après une période d'incubation donnée. La détermination de cette valeur est peu précise mais elle est consacrée par l'usage et elle bénéficie d'une masse importante d'informations recueillies à son sujet, par exemple tel que mentionné dans le document « Conditions techniques générales. Bulletin de la
Société Française de Microbiologie, 1993, 8, 156-66 [1], et dans le document Clinical Microbiological Infection 1996, 2, Suppl. 1 [2], A la suite des recommandations du Comité d'Experts de la Standardisation biologique de l'OMS (Recommandations du Comité d'Experts de la Standardisation biologique de l'OMS. Rapports techniques n° 610, 1977 [3]), la Société Française de Microbiologie a créé un Comité de l'Antibiogramme (CA-SFM) chargé de déterminer les valeurs critiques qui délimitent les catégories cliniques (antérieurement désignées comme catégories thérapeutiques) et de proposer un guide pour la détermination de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques. Les valeurs critiques définies pour les concentrations et les diamètres des zones d'inhibition, ainsi que les recommandations spécifiques pour certaines espèces ou pour certains groupes d'antibiotiques sont publiées dans un communiqué annuel.
Les méthodes et procédés connus pour réaliser un antibiogramme sont connus et résumés notamment dans les recommandations du Comité de l’Antibiogramme de Société Française de Microbiologie (Recommandations 2010. Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie [4]).
En particulier les protocoles du CA-SFM pour la détermination de la CMI en milieu liquide décrivent les conditions et milieux pour leurs mises en œuvre. Selon les « conditions techniques générales pour les méthodes de dilution... >> (Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie, Recommandations 2010, page 4, [4]) le milieu recommandé est le milieu de Mueller-Flinton, avec ou sans supplémentation. En particulier, ce document décrit la préparation de l’inoculum:« Inoculum : à partir d’une culture de 18-24 h sur milieu gélosé non sélectif, préparer une suspension en bouillon Mueller-Hinton ou en solution saline (0,9 % NaCI) équivalente au standard McFarland 0,5 (~ 1.108 UFC/ml). Cette suspension peut également être préparée à partir d’une culture en bouillon Mueller-Flinton obtenue après incubation à 37° C au bain-marie agité pendant 3 à 5 h, et dort la densité est ajustée au standard McFarland 0,5 ».
Selon les mêmes recommandations du CA-SFM, les résultats sont obtenus en 18h, 24h jusqu’à 72h en fonction de la vitesse de croissance des souches bactériennes. Ce délai est la conséquence de la définition de la CMI (Concentration Minimale Inhibitrice) : la plus faible concentration d'antibiotique capable de provoquer une inhibition complète de la croissance d'une bactérie donnée, appréciable à l'œil nu, après une période d'incubation donnée. Ce délai important est un handicap pour le thérapeute.
Il existe donc un réel besoin dans l’état de la technique de trouver un procédé/moyen permettant de déterminer plus rapidement, par exemple en moins de 18 heures, la valeur de la CMI.
Il est fréquent, pour un patient présentant des signes cliniques pour lesquels une infection est suspectée, lors de son examen à JO par un médecin et/ou praticien, par exemple un lundi qu’à partir d’un prélèvement réalisé le jour même, entre 12 et 24 heures, voire une nuit soient nécessaires pour isoler la bactérie pathogène présente dans ledit prélèvement. Cet isolement est usuellement effectué, sur boite gélosée, de Pétri, selon le protocole décrit par le CA-SFM. Après cette phase d’isolement, un antibiogramme peut enfin être réalisé à partir d’une ou plusieurs colonies isolées prélevées à la surface de ladite gélose. Ainsi, le temps pour obtenir un résultat est d’au moins 18 heures voire jusqu’à 72 heures. Ces délais sont importants, beaucoup plus importants que la plupart des délais de rendus de résultats en Laboratoire d’Analyses Médicales.
En outre, pour déterminer la sensibilité d’un microorganisme à un antibiotique ou principe actif, l’homme du métier est incité à suivre les recommandations du Comité de l’antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM), en testant plusieurs dilutions de raison 2 autour de la valeur de concentration critique et en prévoyant aussi une à plusieurs mesure(s) témoin(s) sans antibiotique ou principe actif. La détermination de la CMI selon ces recommandations en appréciant la turbidité du milieu de culture à l’œil nu peut être réalisée après au moins 18 heures.
Il existe donc un réel besoin de disposer d’un procédé, notamment un antibiogramme simple à mettre en œuvre, rapide, permettant une détection précoce de la CMI.
Il existe également un réel besoin de disposer d’un procédé permettant de déterminer la sensibilité d’un microorganisme à un antibiotique palliant les problèmes précités de l’art antérieur, notamment un procédé permettant l’obtention de résultat dans un délai inférieur à 18 heures.
En outre, il existe un réel besoin pour l’homme du métier de disposer d’un procédé permettant d’obtenir des résultats rapides, par exemple disponibles en moins de 6 heures présentant des résultats similaires et conformes à ceux obtenus avec les procédés de l’art, notamment selon les recommandations du CA-SFM.
En particulier, il existe un réel besoin de trouver un procédé et/ou un moyen permettant d’obtenir un résultat fiable dans un délai de 6 heures, en particulier dans la mesure où ce résultat permettrait au thérapeute et/ou médecin de connaître le résultat de l’antibiogramme au maximum un jour après osculation/prélèvement (à J+1), par exemple dans la journée de mardi si l’admission/l’osculation/le prélèvement a été effectuée le lundi.
Cette obtention rapide du résultat permettra au médecin/thérapeute qui aura prescrit un traitement présomptif, probabilistique de pouvoir adapter/modifier le traitement en fonction du résultat de l’antibiogramme : par exemple si la bactérie pathogène isolée à partir du prélèvement est résistante à l’antibiotique prescrit et cela avec un jour d’avance par rapport aux procédés usuels.
Il existe dans l’état de la technique des procédés susceptibles d’accélérer la croissance bactérienne, par exemple via l’utilisation d’un milieu de culture particulier plus adapté à l’espèce bactérienne, par augmentation du taux de glucose, adaptation du taux d’oxygène, ou du taux de dioxyde de carbone etc. Toutefois, l’utilisation de ces procédés ne permet pas l’obtention d’un résultat, notamment un antibiogramme dans des temps inférieurs à 18 heures.
Il existe dans l’état de la technique un procédé permettant de déterminer la sensibilité d’une souche bactérienne formant un biofilm à un agent tel qu’un antibiotique, ou à un anti-fongique dans le cas de champignons, par exemple le procédé décrit dans la demande internationale WO 2005/090944 [5]. Toutefois, le procédé décrit dans ce document ne permet pas de déterminer la sensibilité d’un microorganisme ne formant pas de biofilm. En effet, le procédé décrit dans la demande internationale WO 2005/090944 s’appuie sur la mesure de mobilité de microbilles magnétiques dans un puits de culture (un puits de microplaque 96 puits par exemple) co-incubée avec un microorganisme producteur de biofilm. Lorsqu’un biofilm s’est formé, les microbilles sont piégées par ledit biofilm et ne sont plus mobiles, comparativement à un puits dans lequel le biofilm ne s’est pas formé. Le procédé permet également de déterminer l’efficacité d’un antibiotique, par exemple, à inhiber la formation de biofilm. Or, de nombreuses souches de bactéries pathogènes telles que Escherichia coli, Klebsiella sp., Pseudomonas aeruginosa [8] ne forment pas spontanément du biofilm. Le procédé décrit dans ce document ne permet donc pas de déterminer la sensibilité de certains microorganismes pathogènes ou non et ne peut donc pas être utilisé universellement.
Il existe donc un réel besoin de trouver un procédé palliant ces défauts, inconvénients et obstacles de l’art antérieur, en particulier d’un procédé permettant de maîtriser le temps d’obtention du résultat d’un antibiogramme, réduire les coûts et de réduire le temps d’obtention des résultats d’antibiogramme.
En particulier, il existe un réel besoin de trouver un procédé et/ou dispositif permettant de réaliser fournir un résultat d’antibiogramme dans un temps inférieur à 6h.
Il existe également dans l’état de la technique des procédés utilisant des anticorps, par exemple les tests ELISA utilisés à des fins de diagnostic.
Ce procédé présente plusieurs inconvénients, par exemple il nécessite nombreux lavages contrôlés diminuant sa sensibilité. Il comprend également de nombreuses étapes de manipulations par l’homme du métier; la réalisation d’au moins deux réactions d’affinités ; le marquage obligatoire du second anticorps avec, au moins un marqueur sensible et sophistiqué, l’utilisation d’un dispositif complexe et difficile à paramétrer pour détecter et quantifier le signal émis par le marqueur. Ce procédé est donc long, coûteux, et nécessite une instrumentation complexe pour sa mise en oeuvre. En outre, le test ELISA est utilisé pour quantifier ou semi-quantifier un analyte/composant apporté dans un mélange réactionnel, généralement dans un puits de microplaque. Ce procédé ne permet pas de mesurer de révolution de la quantité d’un analyte par rapport à la quantité, ou sa concentration, initial(e).
Il existe d’autres méthodes pour détecter une réaction d’affinité utilisant un anticorps, par exemple des techniques basées sur la résonnance de plasmon de surface (« plasmon surface résonance >>), des balances piézo-électriques, voire une simple observation par microscope dans des cas particulier. Pour ce faire, l’anticorps est fixé sur un support adapté à la technique de détection, la substance est mise en contact pendant un temps donné avec l’anticorps fixé sur le support, puis la lecture est réalisée directement ou après un rinçage pour éliminer les substances n’ayant pas réagies par affinité avec les anticorps. Ces procédés utilisent notamment des phénomènes de diffraction, notamment sur des surfaces en or, qui nécessitent des dispositifs très complexe pour l’obtention des résultats. De plus ce procédés nécessite notamment la préparation des échantillons dans des conditions de pH et/ou de force ionique particulières qui peuvent être à l’origine de résultats faux positifs ou faux négatifs.
Toutes ces méthodes présentent de nombreux inconvénients, par exemple l’instrumentation/le dispositif nécessaire pour réaliser la lecture est sophistiqué et coûteux. En outre elles nécessitent des supports particuliers pour la fixation desdits anticorps. Par ailleurs, elles nécessitent un grand nombre d’étapes et sont dépendantes de la qualité et de la quantité d’anticorps fixés. De plus, elles ne sont pas adaptées à la mesure de l’évolution quantitative d’analytes, en particulier d’un microorganisme, dans le puits réactionnel.
Il existe donc un réel besoin de trouver un procédé palliant ces défauts, inconvénients et obstacles de l’art antérieur, en particulier d’un procédé permettant de maîtriser le temps d’obtention du résultat d’un antibiogramme, réduire les coûts et de réduire le temps d’obtention des résultats d’antibiogramme.
En outre, il existe donc un réel besoin de trouver un procédé simple permettant l’obtention des résultats d’antibiogramme, en particulier un procédé ne nécessitant pas de dispositifs complexes, ni d’étapes complexes de préparation des échantillons et/ou de supports pour la mise en oeuvre et la réalisation de l’antibiogramme.
Description de l’invention
La présente invention permet de résoudre les problèmes et inconvénients de l’état de la technique en fournissant un procédé de détermination de la sensibilité d’un microorganisme à au moins un composé et/ou agent physique comprenant les étapes suivantes: a) introduire dans un contenant de culture comprenant à la surface de ces parois internes un ligand dudit microorganisme, un milieu de culture liquide de microorganismes comprenant i. au moins deux particules magnétiques ou magnétisables ii. au moins un microorganisme, et iii. au moins un composé et/ou un agent physique lesdites au moins deux particules magnétiques ou magnétisables reposant sur une surface immergée par le milieu de culture dans ledit contenant, b) déterminer la sensibilité du microorganisme audit composé et/ou agent physique par application d’un champ magnétique et/ou électromagnétique capable d’agréger lesdites au moins deux particules magnétiques ou magnétisables, l’absence d’agrégation desdites au moins deux particules révélant l’insensibilité dudit microorganisme audit composé et/ou agent physique ou l’agrégation desdites particules révélant la sensibilité dudit microorganisme audit composé et/ou agent physique.
Les inventeurs sont en effet les premiers à avoir démontré de manière surprenante que le procédé selon l’invention permet de déterminer simplement et dans un temps inférieur à 8 heures la sensibilité d’un microorganisme à un ou plusieurs principe(s) actif(s), antibiotique(s) ou agents physiques.
En particulier, les inventeurs ont démontré de manière surprenante que la capture de microorganismes par des ligands adsorbés au fond d’un contenant permet en fonction de la quantité de microorganismes l’immobilisation des microparticules.
Les inventeurs ont également démontré qu’après incubation des microorganismes dans les contenants, dans des conditions de croissance, la concentration initiale des microorganismes dans l‘inoculum étant inférieur à la concentration connue susceptible d’entraver le mouvement des microparticules, il est possible d’observer un blocage des particules dû à une croissance des microorganismes.
En d’autres termes, les inventeurs ont démontré de manière surprenante que grâce aux ligands à la surface des parois internes du contenant, plus précisément au fond, l’introduction de microorganismes dans ce contenant à une concentration ne modifiant pas la mobilité des particules permet après croissance un blocage des particules.
En outre, les inventeurs ont démontré de manière surprenante que le procédé selon l’invention, de par la présence de ligands à la surface des parois internes du contenant, plus précisément au fond, permet d’augmenter la sensibilité de détermination de la sensibilité du microorganisme à au moins un composé et/ou agent physique.
De plus, les inventeurs ont démontré de manière surprenante qu’en l’absence de ligand sur la surface interne de la paroi du contenant, plus précisément au fond, l’application du champ magnétique provoque un regroupement/agrégation des particules quelques soient les conditions d’incubations du microorganisme c’est-à-dire en présence ou absence d’un composé vis-à-vis duquel le microorganisme est sensible. Aussi, les inventeurs ont démontré de manière surprenante et inattendue que le ligand fixé sur la surface des parois internes du contenant est nécessaire pour la détermination, selon l’invention, de la Sensibilité ou de la Résistance du microorganisme à un composé et/ou agent physique.
Les inventeurs ont également démontré que le procédé de l’invention permet l’obtention de résultats dans un temps très inférieur à ceux des procédés connus. Le temps pour obtenir les résultats peut sensiblement varier en fonction du microorganisme, par exemple en fonction de son temps de génération. En particulier, le temps de génération, c’est-à-dire de doublement, in vitro, des microorganismes, notamment ceux impliqués dans des pathologies humaines ou animales, varie par exemple de 10 minutes pour Vibrio cholerae, 20 minutes pour Escherichia coli, de 20 à 30 minutes pour Salmonella typhimurium, de 25 à 30 minutes pour Staphylococcus aureus, de 30 à 40 minutes pour Pseudomonas aeruginosa, de 2h pour la levure Saccharomyces cerevisiae, et jusqu’à 20h pour Mycobacterium tuberculosis, (Microbiochimie et alimentation, Alain Branger, Educagri Editions, 2012 [9]). En présence d’un composé, par exemple un antibiotique, un biocide, ou d’une action physique la croissance microbienne pourra se ralentir, par exemple bactériostase partielle, ou s'arrêter totalement. Pour des microorganismes ayant un temps de doublement de 40 minutes, une incubation de 2h correspond à 3 temps de génération, soit une multiplication de 23, soit un facteur multiplicateur de 8. Pour un microorganisme présentant un temps de génération exceptionnellement long, par exemple de 120 minutes, 3 temps de génération correspondent à 360 minutes, soit 6h.
Les inventeurs ont démontré, par exemple dans le cas d’un microorganisme doublant en 40 minutes, partant d’un inoculum 8 fois inférieur à la quantité de microorganismes bloquant les particules, un blocage des particules a été observé lorsqu’elles ont été soumises à un champ magnétique après 2h d’incubation. En parallèle, le même microorganisme a été incubé dans les mêmes conditions, avec différentes doses/concentrations de composés, par exemple d’antibiotique(s), ou tout autre agent inhibiteur de croissance, les inventeurs ont démontré que le récipient comprenant la concentration la plus faible à partir de laquelle les particules ne sont pas bloquées correspond à la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI). Avantageusement les inventeurs ont démontré que le procédé de l’invention permet de déterminer la CMI d’un composé vis-à-vis d’un microorganisme, par exemple d’un antibiotique vis-à-vis d’une bactérie, en moins de 6 heures. Avantageusement, le procédé selon l’invention permet donc de raccourcir considérablement le temps d’obtention du résultat, à savoir une réduction de 3 à 4 fois du temps, par rapport à l’antibiogramme classique, dont le résultat est lié à une mesure « de la croissance d'une bactérie donnée, appréciable à l'œil nu » selon la définition du CA-SFM est obtenu après 18 ou 24h.
Ainsi, avantageusement, le procédé selon l’invention permet de déterminer la sensibilité d’un microorganisme à un antibiotique ou à un ou plusieurs principe(s) actif(s) bien avant les procédés connus de l’homme du métier. En outre, le procédé selon l’invention permet avantageusement de déterminer la sensibilité d’un microorganisme avant que l’homme du métier ne puisse apprécier à l’œil nu une croissance du microorganisme dans le milieu de culture.
Avantageusement, le procédé de l’invention permet de déterminer la sensibilité d’un microorganisme à un antibiotique ou à un principe actif dans un temps environ trois à quatre fois inférieur à ceux de l’état de la technique, passant ainsi de 18-24 à 4-6 heures pour le temps de détermination.
En outre, avantageusement, le procédé de l’invention permet la détermination de la CMI à l’œil nu, par exemple sans dispositif particulier de lecture. Avantageusement, le procédé selon l’invention permet la détermination de la CMI à l’œil nu qui peut correspondre à la première concentration de composé, en progressant dans une série de raison 2, dans laquelle il est observé à l’œil nu une mise en mouvement desdites particules magnétiques ou magnétisables par application d’un champ magnétique ou électrique ou électromagnétique.
En outre, les inventeurs ont démontré de manière surprenante que le procédé de l’invention permet d’obtenir un résultat fiable et reproductible avec une spécificité similaire voir supérieure à celle des procédés usuels.
Dans la présente invention, on entend par « microorganisme >> tout microorganisme connu de l’homme du métier. Il peut s’agir par exemple de bactéries, de champignons, d’algues et/ou de protozoaires.
Il peut s’agir par exemple les bactéries choisi dans le groupe, sans être limité à celui-ci, comprenant Acetobacter aurantius, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Agrobacterium tumefaciens, Azorhizobium caulinodans, Azotobacter vinelandii, Bacillus anthracis, Bacillus brevis, Bacillus cereus, Bacillus fusiformis, Bacillus licheniformis, Bacillus megaterium, Bacillus stearothermophilus, Bacillus subtilis, Bacteroides gingivalis, Bacteroides melaninogenicus, Bartonella henselae, Bartonella quintana, Bordetella bronchiseptica, Bordetella pertussis, Borrelia burgdorferi, Branhamella catarrhalis, Brucella abortus, Brucella melitensis, Brucella suis, Burkholderia mallei, Burkholderia pseudomallei Calymmatobacterium granulomatis, Campylobacter coli, Campylobacter jejuni, Campylobacter pylori, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia psittaci, Chlamydia trachomatis, Chlamydophila pneumoniae, Chlamydophila psittaci, Clostridium botulinum, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium tetani, Clostridium welchii, Corynebacterium diphtheriae, Corynebacterium fusiforme, Coxiella burnetii Ehrlichia chaffeensis, Enterococcus avium, Enterococcus durans, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Enterococcus galllinarum, Enterococcus maloratus, Escherichia coli Francisella tularensis, Fusobacterium nucleatum Gardnerella vaginalis Haemophilus ducreyi, Haemophilus influenzae, Haemophilus parainfluenzae, Haemophilus pertussis, Haemophilus vaginalis, Hélicobacter pylori Klebsiella pneumoniae, Klebseilla rhinoscleromatis-klebsiella oxytoca Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei, Lactococcus lactis, Légionella pneumophila, Methanobacterium extroquens, Microbacterium multiforme, Micrococcus luteus, Mycobacterium avium, Mycobacterium bovis, Mycobacterium diphtheriae, Mycobacterium intracellulare, Mycobacterium leprae, Mycobacterium lepraemurium, Mycobacterium phlei, Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma fermentans, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Mycoplasma pneumoniae Neisseria gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, Nocardia astéroïdes Pasteurella multocida, Pasteurella tularensis, Porphyromonas gingivalis, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas maltophilia, Rhizobium radiobacter, Rickettsia prowazekii, Rickettsia mooseri, Rickettsia psittaci, Rickettsia quintana, Rickettsia rickettsii, Rickettsia trachomae, Rochalimaea henseiae, Rochalimaea quintana, Rothia dentocariosa, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella typhimurium, Serratia marcescens, Shigella dysenteriae, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus avium, Streptococcus bovis, Streptococcus cricetus, Streptococcus faceium, Streptococcus faecalis, Streptococcus férus, Streptococcus gallinarum, Streptococcus lactis, Streptococcus mitior, Streptococcus mitis, Streptococcus mutans, Streptococcus oralis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus rattus, Streptococcus salivarius, Streptococcus sanguis, Streptococcus sobrinus, Treponema pallidum, Vibrio cholerae, Vibrio comma, Vibrio parahemolyticus, Vibrio vulnificus, Xanthomonas maltophilia Yersinia enterocolitica, Yersinia pestis et Yersinia pseudotuberculosis, etc.
Il peut s’agir de tout champignon connu de l’homme du métier, par exemple de champignons pathogènes ou non pathogènes, par exemple de champignons responsables de pathologies, par exemple en santé humaine ou non, de champignons environnementaux, des champignons choisis dans le groupe comprenant les levures, par exemple Candida et/ou Cryptococcus, par exemple de levures responsables de pathologies, par exemple en santé humaine, par exemple de candidoses et/ou de cryptococcose, et/ou le groupe comprenant les moisissures, par exemple Aspergillus, par exemple de moisissures responsable de pathologie, par exemple en santé humaine, par exemple d’aspergillose et/ou mycose pulmonaire.
Selon l’invention dans le cas d’utilisation de bactéries anaérobies, les conditions de culture anaérobie du microorganisme pourront êtres obtenues par obturation de l’extrémité ouverte du réacteur de culture par exemple à l’aide de Parafilm (marque déposée), d’un bouchon etc. ou en mettant ledit réacteur dans des conditions permettant le développement des bactéries anaérobies. Il peut s’agir par exemple de jarres d’anaérobiose, sachets générant une atmosphère appauvrie en oxygène et enrichie en dioxyde de carbone, enceintes anaérobies avec atmosphère contrôlée et/ou tout moyen connu de l’homme du métier adapté.
Selon l’invention, le microorganisme peut être introduit dans un contenant de culture à une concentration comprise de 1.106 à 2.108 CFU/ml (CFU : Colony-Forming Unit), par exemple de 1.107 à 8.107 CFU/ml. Par exemple dans un volume de 200μΙ la quantité de microorganisme peut être comprise de 2.105 à 4.107 CFU par exemple de 2.106 à 1,6.107 CFU. L’homme du métier, de part ces connaissances générales saure adapter la concentration dudit microorganisme, par exemple en fonction de sa taille, par exemple du nombre connu nécessaire pour bloquer les particules, et de sa vitesse de croissance et/ou de génération.
Dans la présente par concentration entravant le mouvement des microparticules on entend la quantité de microorganismes, dans le volume réactionnel ajouté dans le contenant sur lequel sont présents les anticorps ou ligands, la concentration (ou quantité), préférentiellement minimale, de microorganismes capables de s’opposer à l’agrégation/regroupement des particules au centre du contenant par l’application du champ. Par exemple, pour les staphylocoques la quantité entravant le mouvement des particules est de l’ordre de 1.108 pour des staphylocoques. La concentration entravant le mouvement des particules peut être déterminer, par exemple, via un procédé comprenant l’ajout dans un contenant sur lequel sont présents les anticorps ou ligands, des quantités variables de microorganismes dans un milieu réactionnel contenant les particules magnétiques ou magnétisables, l’incubation desdits microorganismes dans le contenant afin de permettre l’interaction desdits microorganismes avec les ligands présents sur la surface du contenant, l’application d’un champ capable d’attirer les particules vers le centre du contenant pour les agréger, la mesure de l’agrégation desdites particules, la détermination de la plus faible concentration / quantité de microorganisme ayant conduit à une absence d’agrégation des particules. Il peut s’agir par exemple du procédé décrit dans l’exemple 1.
Selon l’invention le procédé peut comprendre préalablement à l’étape a) une étape AO) préalable de culture du microorganisme afin d’obtenir un microorganisme en phase exponentielle de croissance. Il peut s’agir par exemple de la culture dudit microorganisme dans un milieu de culture adapté. L’homme du métier, de part ces connaissances générales saura en fonction du microorganisme choisir le milieu de culture et les conditions adaptées afin d’obtenir un microorganisme en phase exponentielle de croissance.
Avantageusement, l’étape préalable AO de culture du microorganisme permet de standardiser la croissance des microorganismes et notamment de réduire le temps de détermination de la sensibilité dans la mesure où les microorganismes sont en phase exponentielle de croissance.
Selon l’invention par « contenant de culture >> on entend tout contenant de culture connu de l’homme du métier. Il peut s’agir par exemple un réacteur de culture, des cupules, des tubes ou des puits par exemple de plaques de microdilution.
Selon l’invention le contenant de culture peut être par exemple une enceinte avec une extrémité fermée, du type tube, puits, etc. ou une enceinte présentant deux ouvertures. Il peut s’agir également d’un contenant comprenant une extrémité fermée de sorte à former un fond plat, un contenant avec une extrémité fermée de sorte à former un fond hémisphérique, un contenant comprenant deux extrémités ouvertes. Lorsque le contenant comprend deux extrémités ouvertes ledit contenant peut être configuré afin de permettre un écoulement du milieu de culture en flux constant ou en flux discontinu.
Il peut s’agir par exemple de plaque de microdilution le type de plaque défini par exemple par l’American National Standards Institute et la Society for Biomolecular Screening (« microplates ») portant 96 puits, 384 et même 1536, ou à l’inverse 48 ou 24 puits ou tout autre nombre de puits.
Il peut s’agir par exemple d’un contenant de culture constitué par tout matériau connu de l’homme du métier adapté. Il peut s’agir par exemple de plastique, par exemple du polycarbonate, du polypropylène, polystyrène, etc., de verre, de métal.
Il peut s’agir par exemple de microplaques en polycarbonate ou polypropylène à fond plat, conique ou rond. Avantageusement lorsque le contenant est en polycarbonate ou le polypropylène cela permet d’éviter une adhésion non désirée du microorganisme sur les surfaces internes du contenant.
Il peut s’agir par exemple de contenant en polystyrène, par exemple tout polystyrène connu de l’homme du métier. Avantageusement, lorsque les surfaces internes du contenant sont en polystyrène la fixation du ligand dudit microorganisme pourra être améliorée. L’homme du métier, de par ses connaissances générales saura adapter/choisir le polystyrène adapté pour une meilleur fixation du ligand, par exemple en fonction de ces propriétés physicochimiques, par exemple hydrophiles, hydrophobes.
Selon l’invention, le milieu de culture peut être tout milieu de culture connu de l’homme du métier et/ou disponible dans le commerce dans lequel au moins un microorganisme est susceptible de se développer. Il peut s’agir par exemple d'un milieu naturel ou synthétique. Il peut s’agir par exemple d’un milieu de culture pour la croissance bactérienne, par exemple le milieu BHI (« Brain Heart Infusion >>; bouillon cœur cerveau), le milieu LB (« Lysogeny broth >> également appelé « Luria Bertani »), le milieu MH (« milieu Mueller-Hinton >>), de bouillon glucosé, de milieu de culture de levures, par exemple le milieu Sabouraudv L’homme du métier de part ces connaissances générales saura choisir le milieu de culture adapté en fonction du microorganisme.
Selon l’invention par « ligand du microorganisme >> on entend tout ligand connu de l’homme du métier. Il peut s’agir par exemple d’un ligand choisi dans le groupe comprenant les anticorps, les peptides, les aptamères.
Dans la présente, les anticorps peuvent être tout anticorps connu de l’homme du métier et/ou disponible dans le commerce. Il peut s’agir par exemple d’anticorps monoclonaux, d’anticorps polyclonaux ou un mélange de ceux-ci. Il peut s’agir par exemple d’anticorps disponibles dans le commerce, par exemple d’anticorps commercialisés par la société AbCam, Acris, Fitzgerald, GeneTex, ThermoFisher Scientific.
Dans la présente, les peptides peuvent être tout peptide connu de l’homme du métier et/ou disponible dans le commerce. Il peut s’agir par exemple de peptides commercialisés par la société Clinisciences, Proteomic Solutions, Biomatik, Casio, Genscript.
Dans la présente, les aptamères peuvent être tout aptamère connu de l’homme du métier et/ou disponible dans le commerce. Il peut s’agir par exemple d’aptamères commercialisés par la société Aptagen, IBA, Novaptech.
Dans la présente, le « ligand du microorganisme >> peut être un ligand spécifique ou non spécifique du microorganisme.
Selon l’invention, le ligand non spécifique peut être tout ligand connu de l’homme du métier et/ou disponible dans le commerce. Il peut s’agir par exemple d’un ligand choisi dans le groupe comprenant la Protéine A, la Protéine G, la Protéine L.
Selon l’invention le ligand du microorganisme peut être fixé à la surface des parois internes du contenant à une concentration comprise de 0,1 à 20 pg/ml, par exemple de 0,5 à 5pg/ml, par exemple égal à 6 pg/ml.
Selon l’invention, le ligand du microorganisme peut être fixé à la surface des parois internes du contenant par tout procédé et/ou moyen connu de l’homme du métier. Il peut s’agir par exemple d’une adsorption passive, communément appelée « coating >>, par exemple comprenant l’incubation du ligand dans le contenant de culture permettant l’adsorption dudit ligand sur les parois dudit contenant puis lavage du contenant afin d’éliminer les ligands non fixés. Il peut s’agir par exemple de procédé utilisant des polymères de couplage, par exemple le polypropylène, le polycarbonate, associés par exemple à des silylsulfonylazides.
Selon l’invention, la surface des parois internes du contenant de culture peuvent comprendre un ou plusieurs ligand(s) fixé(s) à leur surface. Lorsque la surface des parois internes du contenant de culture comprend plusieurs ligand fixés à la surface, le procédé de fixation peut comprendre une première étape de fixation de ligand, par exemple un ligand choisi dans le groupe comprenant la Protéine A, la Protéine G, la Protéine L suivi d’une seconde étape de fixation, par exemple de ligand choisi dans le groupe comprenant des anticorps.
Selon l'invention, lesdites, au moins deux, particules, peuvent être choisies dans le groupe comprenant une particule chargée électriquement, une particule magnétique, une particule revêtue d’au moins une couche magnétique, une particule magnétisable, une particule revêtue d’une couche magnétisable, un mélange de deux ou plusieurs de ces particules. En fait, il peut s’agir de toute particule permettant de mettre en œuvre la présente invention.
Selon l’invention, les particules reposent sur une surface immergée dans le milieu de culture. Lesdites particules sont en position stables, c’est-à-dire au repos, en l'absence du champ magnétique, ou électromagnétique. Avantageusement, lesdites particules peuvent être des particules de toute forme adaptée à la mise en œuvre de la présente invention, par exemple sous forme de bille, de palet, de forme géométrique asymétrique, par exemple avec une face plane, etc.
Toute taille appropriée de particules magnétiques ou magnétisables peut être utilisée. La taille peut être choisie par exemple en fonction de la taille du microorganisme, et/ou de la taille du contenant le milieu de culture pour la mise en œuvre du procédé de l’invention et/ou du microorganisme.
Par exemple la particule magnétique ou magnétisable peut présenter une taille de, par exemple de 10nm à 100pm, par exemple de 0,1 à 10pm.
Selon l’invention, les particules peuvent être de tailles identiques ou différentes, la proportion entre les particules de tailles différentes, relatives au microorganisme considéré, pouvant modifier la sensibilité du test.
Lorsque les particules sont de tailles différentes, les petites particules peuvent présenter une taille, par exemple, de 10 nm à 1pm, par exemple de 100 à 500 nm, et les grosses particules peuvent présenter une taille, par exemple, de 1 pm à 100 pm, par exemple de 1pm à 10pm, par exemple de 1pm à 5pm. Bien sûr, la taille respective des grandes et des petites particules est choisie de manière à pouvoir déterminer différents stades de développement.
Selon l’invention, on peut également utiliser une pluralité de particules de tailles identiques avec une magnétisation différente. Le mouvement des particules sera dépendant de leur magnétisation, le blocage étant quant à lui maintenu constant du fait de l’encombrement relatif des particules dû à leur taille.
Selon l’invention, le procédé de l’invention peut être mis en oeuvre avec une pluralité de particules, par exemple de 2 à 10 000 000, de 1000 à 10 000 000, de 1000 à 1 000 000, de de 10 000 à 1 000 000, de 100 000 à 1 000 000, de 10 000 à 100 000, avantageusement de 1 000 à 1 000 000 de particules.
Selon l’invention, les particules peuvent être éclairées, par exemple au moyen d’une source lumineuse. L’éclairage permet avantageusement d’augmenter le contraste entre les particules et la solution.
Selon l’invention, lesdites, au moins deux, particules sont de préférence des particules génératrices d’un signal détectable. La détection de ce signal sera fonction des propriétés des particules. À titre d’exemple il peut s’agir de particules fluorescentes, fluorescentes en FRET, phosphorescentes, radioactives, chimioluminescentes, réfléchissantes ou colorées.
Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont fluorescentes, la fluorescence émise par les particules peut être détectée par exemple visuellement, et/ou par tout moyen optique connu de l’homme du métier. Lesdites, au moins deux, particules peuvent être par exemple éclairée, pour suivre son mouvement au moyen d’une source lumineuse, par exemple par un faisceau laser.
Par exemple, dans le cas d’utilisation de la technologie FRET (Fluorescence Résonance Energy Transfer), la fluorescence émise par une première particule excitée par une longueur d’onde va elle-même exciter la seconde molécule qui va émettre généralement de la fluorescence à une longueur d’onde très éloignée de la première longueur d’onde excitatrice, et après un temps tel que l’émission bruit de fond due à la première excitation soit éteinte. Ce transfert du premier type de particule au second ne peut se faire que si les particules sont très proches et est proportionnel au nombre de particules rassemblées/agrégées.
Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont phosphorescentes, ces particules peuvent être visualisées par exemple visuellement, par tout moyen optique connu de l’homme du métier.
Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont radioactives, ces particules peuvent être détectées même au travers de liquides ou milieux de cultures optiquement opaques, ainsi qu’au travers de plaques de microdilution optiquement opaques par tout dispositif de détection de la radioactivité émise connue de l’homme du métier, notamment la méthode classique de révélation sur film autoradiographique. Il suffit alors de plaquer le film sensible sous la plaque de microdilution et de révéler ensuite l’image du fond de ladite plaque de microdilution.
Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont chimioluminescentes la détection des particules peut se former par ajout dans le milieu du réactif chimique permettant l’émission d’énergie lumineuse par les particules. La détection de ce signal peut être par exemple visuelle et/ou par tout moyen connu de l’homme du métier notamment par l’utilisation de caméra CCD (« Charge Coupled
Device >>) sensible aux longueurs d’ondes émises, qui balaient (scannent) les cupules, les puits de la plaque de microdilution.
Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont réfléchissantes la détection des particules peut être par exemple visuelle ou par tout moyen optique connu de l’homme du métier. Avantageusement, lesdites, au moins deux, particules peuvent être par exemple éclairées, pour suivre leurs mouvements au moyen d’une source lumineuse, par exemple par un faisceau laser.
Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont colorées, la détection de la particule peut être par exemple visuelle et/ou par tout moyen connu de l’homme du métier pour la détection de particules colorées. Avantageusement, si les particules sont attirées vers le centre et fond des puits comme décrit dans WO 2005/090944, une image peut être acquise par un appareil de type scanner puis être analysée par un logiciel d’analyse d’images permettant une quantification des particules rassemblées/agrégées au centre du puits.
Selon l’invention, les particules peuvent avantageusement être choisies de couleurs différentes en fonction de leur taille et/ou en fonction de leur pouvoir magnétique.
Il peut s’agir également d’une particule excitable, par exemple une particule fluorescente en FRET. L’homme du métier de part ces connaissances générales, adaptera /choisira les propriétés visuelles desdites, au moins deux, particules peut en fonction du milieu. Avantageusement la détection du mouvement desdites, au moins deux, particules est d’autant plus facile que le contraste entre lesdites, au moins deux, particules et le milieu de culture est grand.
Selon l’invention, l’observation de peut être réalisée par tout moyen connue de l’homme du métier. Il peut s’agir par exemple d’un dispositif optique, par exemple un microscope, un appareil photo, d’un scanner de document, par exemple un scanner perfection V600 EPSON, une observation visuelle.
Selon l’invention, l’observation peut permettre de mesurer, par exemple l’intensité, le contraste, la variance, d’image, par exemple via tout moyen connu de l’homme du métier, par exemple un logiciel d’imagerie, par exemple ImageJ permettant, par exemple de mesurer, par exemple des différences de contrastes, d’intensités, correspondant par exemple aux particules, dans des zones d’une image à une autre et ainsi de déterminer les différences d’une observation à une autre.
Selon l’invention, l’utilisation de particules émettrices d’un signal, par exemple des particules colorées, fluorescentes, phosphorescentes, luminescentes, radioactives peut permettre, par exemple une observation automatisée
Dans la présente invention, le champ permettant de mettre en mouvement lesdites, au moins deux particules magnétisables peut être un champ magnétique, ou électrique, ou électromagnétique. Ledit champ magnétique, ou électrique ou électromagnétique peut être généré, par exemple par un aimant ou par un solénoïde. L’aimant peut être par exemple sous forme de barreau, de pointe, de pièce, etc. ou toute forme appropriée pour la mise en œuvre de la présente invention. Le champ peut, par exemple être appliqué par tout moyen connu de l’homme du métier, par exemple par impulsion, par augmentation progressive du champ électrique ou électromagnétique, par variations de champ électrique ou électromagnétique ou par une combinaison ces applications.
Une augmentation progressive du champ magnétique, ou électrique ou électromagnétique peut être obtenue, par exemple, par rapprochement d’un aimant ou d’un solénoïde selon une trajectoire rectiligne ou sinusoïdale, ou selon un mouvement oscillant présentant ou non une amplitude d’oscillation et/ou une fréquence variables. Des variations de champ plus complexes peuvent être obtenues, par exemple par rotation ou par des combinaisons de mouvements d’un matériau aimanté à proximité desdites, au moins deux, particules.
Ainsi, selon l’invention, ledit champ magnétique, ou électrique, ou électromagnétique peut être généré par des moyens générateurs de champ qui peuvent être ou non en mouvement.
Lorsque plusieurs particules doivent être mises en mouvement, le champ magnétique, ou électrique, ou électromagnétique doit pouvoir regrouper lesdites particules sur ladite surface immergée dans le milieu de culture ou à ladite surface dudit milieu de culture.
Selon l’invention, par composé, on entend tout composé, par exemple naturel ou obtenu par synthèse ou hémi-synthèse chimique, connu de l’homme du métier susceptible de modifier la croissance/développement de microorganismes et/ou capable de tuer un microorganisme. Il peut s’agir par exemple d’un biocide, par exemple un désinfectant, un produit de protection, un produit de lutte contre les espèces dites nuisibles et autre et/ou tout biocide inclus dans la liste selon la directive 98/8/CE ou le règlement (UE) n°528/2012, d’un antibiotique, d’un anti-fongique.
Il peut s’agir par exemple d’un antibiotique choisi dans le groupe comprenant l’acide fusidique, les aminosides, les bêta-Lactamines, les pénicillines, les inhibiteurs de bêta-lactamases, les céphalosporines, les carbapénèmes, les monobactames, la cyclosérine, la daptomycine, la fosfomycine, les lincosamides, les macrolides et kétolides, la mupirocine, les nitro-imidazolés, les nitrofuranes, les oligosaccharides, les oxazolidinones, les polypeptides: bacitracine, glycopeptides, polymyxines et colistine, les quinolones, les rifamycines, les sulfamides et les diaminopyridines, les synergistines, les tétracyclines, les antifongiques, ou un quelconque mélange de ceux-ci.
Il peut s’agir par exemple d’un anti-fongique choisi dans le groupe comprenant le Miconazole, le Kétoconazole, le Clotrimazole, l’Éconazole, le Bifonazole, le Butoconazole, le Fenticonazole, l’Isoconazole, l’Oxiconazole, le Sertaconazole, le Sulconazole, le Thiabendazole, le Tioconazole, le Fluconazole, l’Itraconazole, l’Isavuconazole, le Ravuconazole, le Posaconazole, le Voriconazole, la Terbinafine, l’Amorolfine, la Naftifine, la Butenafine, la Mycosubtiline ou un quelconque mélange de ceux-ci.
Il peut s’agir également de tout nouveau composé dont on cherche à mettre en évidence une éventuelle activité antibiotique et/ou antifongique, seule ou en association avec un ou plusieurs autres composés.
Selon l’invention, l’antibiotique et/ou l’anti-fongique peut-être en solution dans le milieu de culture, ou sous forme déshydratée ou lyophilisée, et/ou fixé sur la surface immergée dans ledit milieu.
Les moyens de fixation utilisables de l’antibiotique et/ou de l’antifongique sont ceux connus de l’homme du métier pour la fixation d’un antibiotique et/ou d’un anti-fongique sur une surface. Il peut s’agir par exemple de ceux disponibles dans le commerce, par exemple commercialisé par la société NUNC (Danemark), Corning (Etats-Unis), et Greiner Bio-One (Autriche).
Selon l’invention, on peut introduire dans le milieu de culture un ou plusieurs composés, par exemple un ou plusieurs antibiotiques
Avantageusement, lorsque le procédé selon l’invention permet de de tester différents antibiotiques et/ou anti-fongiques seuls et/ou de rechercher un effet de combinaison ou d’association d’antibiotiques et/ou d’anti-fongique dans un format couramment appelé « échiquier >> (ou checkerboard en anglais). La mise en oeuvre du procédé de l’invention avec un mélange d’antibiotiques et/ou d’anti-fongique (combinaison, association) peut permettre avantageusement de détecter d’éventuels effets additifs, synergiques et/ou antagonistes.
Par « effet additif >>, on entend l’addition des actions d’au moins deux antibiotiques permettant, par exemple, de trouver une combinaison d’antibiotiques ayant un même effet antibiotique qu’un antibiotique seul, mais avec des concentrations inférieures.
Par « effet synergique >>, on entend une amélioration de l’efficacité d’un antibiotique et/ou d’anti-fongique par ajout d’au moins un deuxième antibiotique et/ou d’anti-fongique, ce mélange d’antibiotiques et/ou d’anti-fongique ayant un effet supérieur à l’addition de l’effet de chaque antibiotique et/ou anti-fongique seul.
Enfin par « effet antagoniste >> on entend l’inhibition de l’action d’un antibiotique et/ou d’un anti-fongique sur le microorganisme par l’ajout d’au moins un deuxième antibiotique et/ou anti-fongique. Ce mode de réalisation peut permettre de sélectionner des combinaisons, des associations d’antibiotiques et/ou d’anti-fongiques (« co-drug >>) pertinentes pour, par exemple, inhiber le développement du microorganisme.
Selon l’invention, les antibiotiques et/ou anti-fongiques peuvent également être introduits successivement dans le milieu afin d’identifier des effets additifs, synergiques ou antagonistes tels que décrit précédemment.
Avantageusement, le procédé selon l’invention permet de déterminer/détecter et/ou d’identifier la sensibilité de microorganismes à des composés. Aussi, le procédé selon l’invention permet avantageusement d’identifier de nouveau biocide, par exemple de nouveau antibiotique et/ou antifongique. En outre, le procédé selon l’invention peut avantageusement permettre de déterminer la spécificité d’un composé, par exemple s’il s’agit d’un antibiotique et/ou un antifongique.
Selon l’invention par « agent physique >> on entend la température, le rayonnement thermique, la pression, des rayonnements, ou radiations. Il peut s’agir par exemple de tout rayonnement connus de l’homme du métier, par exemple des rayonnements corpusculaires, des rayonnements ondulatoires et/ou des rayonnements électromagnétiques.
Selon l’invention le procédé peut comprendre préalablement à l’étape a) les étapes suivantes: A1) introduire dans un contenant (a2) de culture comprenant un milieu de culture liquide approprié au développement dudit microorganisme, i. au moins deux particules magnétiques ou magnétisables ii. au moins un microorganisme permettant d’ensemencer ledit milieu, et iii. au moins un composé et/ou agent physique A2) maintenir le milieu de culture ensemencé et ladite au moins deux molécule dans des conditions permettant un développement et/ou croissance dudit microorganisme, le milieu obtenu étant le milieu introduit dans le contenant de l’étape a).
Selon l’invention le contenant (a2) et le contenant de l’étape a) peuvent être identique ou différent. Par exemple le contenant (a2) peut être par exemple en plastique, par exemple en polycarbonate, en polypropylène, polystyrène, en verre, en métal. Avantageusement, le contenant peut être un puit de microplaques en polycarbonate et/ou polypropylène à fond plat, conique ou rond. Avantageusement, le polycarbonate ou le polypropylène permet de réduire l’attachement des microorganismes à la surface des parois internes du contenant favorisant avantageusement sa croissance.
Selon l’invention, lorsque le procédé comprend les étapes A1 et A2, le contenant de culture de l’étape a) peut être avantageusement différent du contenant a2. Il peut s’agir par exemple d’un contenant un polystyrène tel que décrit ci-dessus.
Selon l’invention, le maintien du milieu de culture ensemencé dans des conditions permettant un développement et/ou croissance dudit microorganisme peut être réalisé pendant 30 minutes à 6 heures, par exemple de 1 à 5 heures, de 2 à 4 heures. Avantageusement, le milieu de culture est maintenu dans des conditions permettant un développement et/ou croissance dudit microorganisme pendant 2 à 5 heures. L’homme du métier, par ces connaissances générales saura choisir les conditions de pH, la température, l’oxygénation, l’apport en sources métabolisables et en composants essentiels (tels que minéraux) permettant un développement et/ou croissance dudit microorganisme.
Selon l’invention, le procédé peut être réalisé dans une pluralité de contenants comprenant à la surface de leurs parois internes un ligand dudit microorganisme comprenant chacun : ledit milieu de culture, ladite, au moins deux particules, et ledit microorganisme, ledit composé et/ou agent physique, lesdits contenants comprenant une concentration différente dudit composé et/ou agent physique et/ou un composé et/ou agent physique différent d’un contenant à l’autre.
Selon l’invention, les différents contenants peuvent être regroupés sur un même support, par exemple sur une plaque comportant de 1 à 384 puits, par exemple 6, 12, 24, 48, 96, etc.
Selon l’invention, le procédé peut permettre avantageusement de déterminer la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) de la croissance planctonique, c’est-à-dire dans la phase liquide, dans le milieu de culture, dudit microorganisme.
Selon l’invention, la détermination de la concentration minimale de l’antibiotique inhibant la croissance dudit microorganisme, c’est à dire la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) peut être réalisée par mise en œuvre successivement ou simultanément du procédé de l’invention dans des conditions identiques utilisant un milieu de culture liquide approprié au développement d’un microorganisme, au moins deux particules magnétiques ou magnétisables, au moins un microorganisme et au moins un composé dans une concentration différente d’une réalisation à une autre. Ladite concentration d’antibiotique peut être établie par exemple selon une suite géométrique de raison Vz à partir d’une concentration initiale X, par exemple X, X/2, X/4, X/8, etc., ou de tout autre suite géométrique appropriée. Lors de la mise en œuvre du procédé de l’invention, et parmi les réalisations, la première concentration, c’est-à-dire la concentration la plus faible à partir de laquelle les particules sont mobiles, reflétant l’activité de l’antibiotique sur la croissance des bactéries, correspond à la concentration minimale inhibitrice (CMI). Cette estimation de la mobilité des particules peut être faite simplement visuellement, par exemple comme pour les antibiogrammes en tubes, ou avantageusement suite à l’analyse de l’image par un logiciel adapté, comme par exemple le logiciel BFC Eléments (marque déposée) développé par la société BioFilm Control. Ainsi, le procédé selon l’invention permet avantageusement de déterminer la concentration minimale d’antibiotique à partir de laquelle le microorganisme est sensible à l’antibiotique dans sa croissance, c’est-à-dire la concentration minimale pour laquelle les, au moins deux, particules peuvent être mises en mouvement/agrégées par application du champ magnétique dans un desdits contenant.
Le procédé de l’invention peut être également mis en œuvre avec une concentration de composé nulle, ladite réalisation constituant un témoin de croissance du microorganisme dans le milieu de culture. Un autre témoin peut consister à valider la stérilité du milieu en présence de particules pendant la durée du test. Un autre témoin peut consister à valider que l’antibiotique ne provoque pas d’artéfacts dans le milieu en présence de particules.
Quel que soit le mode de mise en œuvre de l’invention, le procédé de l’invention peut avantageusement être réalisé simultanément dans une pluralité de contenants.
Lorsque le procédé de l’invention est mis en œuvre dans une pluralité de contenants, pour la mise en mouvement des particules dans lesdits contenants, une pluralité de champs magnétiques, par exemple d’aimants, peuvent avantageusement être utilisés. Les aimants peuvent par exemple être fixés sur un support de telle manière à permettre une juxtaposition de chaque contenant dans lequel on réalise le procédé de l’invention avec un aimant du support. L’application du champ magnétique sur lesdits contenants est indépendante d’un contenant à un autre. Le champ magnétique appliqué auxdits contenants peut être identique ou différent d’un contenant à l’autre, de préférence identique.
Le procédé de l’invention permet donc également, avantageusement, de déterminer la concentration minimale inhibitrice d’un antibiotique pour la croissance bactérienne pour ledit microorganisme par la réalisation du procédé de l’invention dans les différents contenants en une seule étape sur un seul support.
Avantageusement, le procédé de l’invention permet par exemple de suivre les recommandations du Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie, relatives aux conditions techniques générales pour les méthodes de dilution.
Selon l’invention, on peut également déterminer, avantageusement, la concentration minimale inhibitrice dudit antibiotique vis-à-vis de la croissance dudit microorganisme en suspension dans chaque contenant.
Le procédé de l’invention peut par exemple être utilisé pour la mise en oeuvre d’un antibiogramme d’aide à la prescription de l’antibiotique (ou des antibiotiques) efficace(s) sur un microorganisme prélevé chez un patient, par application du procédé de l’invention. Ce microorganisme peut alors être testé avec différents antibiotiques, par exemple sur un seul support d’analyse, pour optimiser le traitement de ce patient. L’application du procédé sur ledit microorganisme permet de vérifier que le micro-organisme est bien sensible à des antibiotiques à une concentration par exemple égale à la CMI.
Le procédé de l’invention peut permettre également de suivre in-vitro révolution de la CMI d’un microorganisme d’un patient vis-à-vis d’un antibiotique. Cet aspect est important pour des traitements au long cours, ou pour des malades immunodéprimés sujets à des infections chroniques avec le même micro-organisme. Le procédé de l’invention permet de suivre l’apparition d’une résistance à un traitement. Le procédé permet alors de trouver d’autres antibiotiques plus aptes à inhiber la croissance dudit microorganisme.
Avantageusement, le procédé de l’invention, de par l’application du champs et l’agrégation ou non des particules permet d’obtenir un résultat rapide et visuel de la sensibilité ou non du microorganisme au composé et/ou agent physique. D’autres avantages pourront encore apparaître à l’homme du métier à la lecture des exemples ci-dessous, illustrés par les figures annexées, donnés à titre illustratif.
Brève description des figures
La figure 1 (A, B, C) montre que le blocage des microbilles est proportionnel au nombre de bactéries dans les puits, au moment de l’aimantation, et permet de déterminer le seuil à partir duquel les microbilles sont bloquées. La figure 1 A est une photographie d’une plaque multipuits après application du champ, les points au centre des puits correspond au regroupement des particules, la figure 1 B représente le schéma de la plaque et les conditions pour chaque puits à savoir le ligand fixé : anticorps anti E. coli (Ac anti-coli) ou anticorps anti S. aureus (Ac anti S. aureus) ainsi que les concentrations de départ des bactéries pour chaque contenant. La figure 1 C est un graphique des BFI obtenus en fonction des quantités de bactéries S. aureus déposées dans des contenants (puits) dont sur les surfaces internes desquels les anticorps anti-Staphylococcus aureus avaient été recouvertes ("coatés") à 6pg/ml, pour 2 conditions en réplicats (Expériences 1 et 2).
La figure 2 est une photographie de plaque multipuits après la mise en œuvre du procédé. Elle correspond à un exemple de détermination de Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) de 3 antibiotiques sur des souches de Staphylococcus aureus.
EXEMPLES
Exemple 1 : détermination de la quantité de bactéries nécessaires au blocage des microbilles.
Les résultats sont représentés sur la figure 1.
Plusieurs colonies (environ 6) de Staphylococcus aureus ont été prises sur une boite de Pétri contenant du milieu Mueller-Hinton gélosé et resuspendues dans du milieu Mueller-Hinton liquide. La densité optique (à 600nm) a été mesurée, considérant qu’une unité de DO correspond à 1x109 bactéries/ml. Une plaque de polystyrène a été préalablement recouverte (« coatée >>) avec des anticorps anti-staphylococcus aureus {Anti-Staphylococcus aureus de lapin, fraction IgG purifiée, Acris). Pour ce faire, la plaque a été incubée pendant une nuit, à 4°C, avec 200pl/puits avec une solution d’anticorps aux concentrations 1 ; 2 ; 4 ; 6 ou 8pg/ml dans du tampon phosphate salin (PBS). La plaque a été lavée 2 fois au laveur de plaque avec du PBS additionné de Tween-20 à 0,1% afin d’éliminer les anticorps non adsorbés sur le polystyrène. Après le dernier lavage, les puits ont été laissés vides. 200μΙ de solution de bactéries à une concentration de 0 à 1x108/ml dans un milieu Mueller-Hinton, en présence de microbilles magnétiques, de l’ordre de 5x105 à 2x107 par puits, ont été ajoutés et laissés pendant 30 minutes pour permettre la capture des bactéries par les anticorps et la décantation des microbilles magnétiques. La microplaque a été ensuite recouverte de 10ΟμΙ de liquide de contraste et placée 1 minute sur un bloc portant 96 mini-aimants disposés de telle sorte qu’ils soient centrés par rapport aux puits. La microplaque a été ensuite placée sur un scanner, piloté par le logiciel BFCE 3 et une image a été capturée. L’image est ensuite analysée et une valeur de BFI (BioFilm Index) tel que décrite dans Chavant et al. [10] a été calculée. Une valeur de 0 correspond à un blocage total des microbilles alors qu’une valeur de 20, ou proche, correspond à une mobilité totale des billes. Toutes les valeurs intermédiaires sont possibles.
Le plan de plaque a été défini tel que décrit dans la figure 1 B. Le plan détaille les 2 variables testées : la quantité de bactéries déposées dans les puits, ainsi que la concentration d’anticorps anti-Staphylococcus aureus utilisés pour le revêtement des puits (coating). La figure 1A correspond à l’image brute obtenue. La figure 1C correspond à la représentation graphique des BFI obtenus en fonction des quantités de bactéries S. aureus déposées dans des contenants (puits) dont sur les surfaces internes desquels les anticorps anti-Staphylococcus aureus avaient été coatés à 6pg/ml, pour 2 conditions en réplicats (1 et 2).
Tel que démontré sur les figures 1A et 1C, plus le nombre de bactérie présentes dans le milieu est grand, plus la mobilité des particules est réduite. En d'autres termes, le blocage des billes est proportionnel au nombre de bactéries présentes dans le milieu. Le blocage des microbilles est total (BFI = 0) pour une quantité de 1.108 S. aureus.
Exemple 2 : antibiogrammes selon le procédé de l'invention et comparaison par rapport aux procédés de l'état de la technique.
La détermination de la Sensibilité ou de la Résistance des souches, sur la base de leur CMI, à différents antibiotiques a été établie selon le protocole standard du Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM), en milieu Mueller-Hinton liquide par dilution de raison 2. Ce protocole est bien connu de l’homme de l’art et est décrit dans les Conditions techniques générales pour les méthodes de dilution (bulletin de la Société Française de Microbiologie, 1993, 8, 156-66 [1] ; Clinical Microbiological Infection 1996, 2, Suppl. 1 [2]). Les mêmes valeurs ont été obtenues en milieu BHI liquide.
La qualification de Sensible (S) ou Résistante (R) d’une souche est basée sur la position relative de la CMI déterminée par rapport au « breakpoint », valeur prenant en compte différents paramètres. Ainsi, pour un type de bactérie donné, et un antibiotique donné, une valeur de breakpoint a été établie par des comités. Cette valeur de breakpoint sert de seuil : si la CMI de la souche testée est inférieure au breakpoint, la bactérie est dite Sensible, c’est-à-dire une « faible » dose d’antibiotique suffit à inhiber sa croissance, si au contraire la CMI de la souche est supérieure au « breakpoint », la souche est dire Résistante. Pour certains antibiotiques, cette valeur n’est pas unique mais peut s’étaler sur plusieurs concentrations.
Dans cet exemple, 2 souches de S. aureus ont été choisies car présentant des profils de Sensibilité / Résistance opposés pour les 3 antibiotiques choisis.
La souche A929 est fosfomycine (S), érythromycine (S) et rifampicine (R).
La souche B198 est fosfomycine (R), érythromycine (R) et rifampicine (S).
Les antibiotiques (érythromycine, référence E1300000 ; fosfomycine, référence F0400000 ; rifampicine, référence R0700000) provenaient de EDQM (European Directorate for the Quality of Medicines and healthcare ; Conseil de l’Europe) et répondent aux critères de la pharmacopée européenne.
Les bactéries ont été resuspendues dans un tube contenant 2ml de milieu Mueller-Hinton liquide et laissées à pousser sous agitation légère pendant 2h. Cette étape a pour but d’obtenir des bactéries en phase exponentielle de croissance et de standardiser leur croissance pendant les 2 heures en microplaque, en présence d’antibiotiques. Cette croissance, en présence d’antibiotiques a été réalisée dans des microplaques en polypropylène, à fond rond, de marque et référence
Nunc 054309, ce type de support étant préféré pour limiter l’adhésion des microorganismes à ce stade.
Des microplaques polystyrène, à fond plat de marque et référence Costar 3370, ont été recouvertes avec des anticorps polyclonaux de lapin, anti-staphylococcus aureus, selon le procédé suivant. Une plaque de polystyrène a été préalablement recouverte (« coatée ») avec des anticorps anti-staphylococcus aureus (Anti-Staphylococcus aureus de lapin, fraction IgG purifiée, Acris). Pour ce faire, la plaque a été incubée pendant une nuit, à 4°C, avec 200pl/puits d’une soütion d’anticorps à la concentration de 6pg/ml dans du tampon phosphate salin (PBS). La plaque a été lavée 2 fois au laveur de plaque avec du PBS additionné de Tween-20 à 0,1% afin d’éliminer les anticorps non adsorbés sur le polystyrène. Après le dernier lavage, les puits ont été laissés vides.
Une seconde plaque, non coatée, a servi de contrôle.
Dans d’autres microplaques en polypropylène, à fond rond, de marque et référence Nunc 054309, pour chacune des conditions testées, 40μΙ de solution d’antibiotique à une concentration 10X a été déposée. Les solutions déposées étaient 10 fois plus concentrées que la concentration finale recherchée car l’addition ensuite de 360μΙ de milieu contenant les bactéries a pour effet de les diluer d’un facteur 10 (400/40). La concentration exprimée dans les résultats est la concentration finale, en présence des bactéries.
Suite à l’addition des 40μΙ d’antibiotiques, 360μΙ de milieu Mueller-Hinton, contenant les microbilles à une concentration de l’ordre de 5.105 à 2.107 par puits ont été ajoutés (pour 2 puits). L’inoculum de départ des staphylocoques correspond à une mesure de DO à 600nm de 0,04, soit de l’ordre de 4.107 bactéries/ml, soit en quantité, 8.106 bactéries dans les 200μΙ de milieu réactionnel. L’incubation à 37°C a lieu pendant 2h.
Suite à l’incubation pendant 2h dans la microplaque Nunc 054309 en présence d’antibiotiques, 200μΙ du milieu réactionnel de chaque puits (milieu Mueller Hinton, bactéries, antibiotiques, microbilles magnétiques) ont été transférés dans les puits coatés de la microplaque Costa 3370 (et non coatés, en contrôle) et laissés pendant 30 minutes pour permettre la capture des bactéries par les anticorps et la décantation des microbilles magnétiques.
Les microplaques ont été ensuite recouvertes de 10ΟμΙ de liquide de contraste et placées 1 minute sur un bloc portant 96 mini-aimants disposés de telle sorte qu’ils soient centrés par rapport aux puits. Les microplaques ont été ensuite placées sur un scanner, piloté par le logiciel BFCE 3 et une image a été capturée.
La lettre S définit la souche comme Sensible (CMI inférieure au breakpoint EUCAST) alors que la lettre R définit la souche comme Résistante (CMI supérieure au breakpoint EUCAST).
Le schéma de plaque est le suivant :
Les valeurs dans le tableau sont en pg/ml (ou mg/l).
La valeur du breakpoint est mentionnée en caractère gras entre crochets. A partir de ce schéma de plaque, deux plaques A et B ont été établies. La plaque A a été recouverte avec les anticorps anti-S. aureus, ligand du microorganisme, alors que la plaque B ne l’a pas été. Ainsi, une plaque comprenait des contenants de culture comprenant à la surface de leurs parois interne un ligand du microorganisme (plaque A) ou non (plaque B).
Les résultats obtenus après application du champ magnétique sont représentés sur la figure 2 A et 2B.
Tel que représenté sur la figure 2B, en l’absence de ligand sur la surface interne de la paroi du contenant de culture (condition contrôle), aucun blocage n’a pu être observé et un regroupement/agrégation des particules a été observé quelque soit les conditions d’incubations du microorganisme. Aussi, il apparaît clairement que le ligand fixé sur la surface des parois internes du contenant est nécessaire pour la détermination de la Sensibilité ou de la Résistance du microorganisme.
Sur la figure 2 A, il apparaît que dans la colonne 1 (souche S) les microbilles ne sont pas bloquées à partir de la ligne C, donc au-dessus de la valeur du breakpoint, alors que dans la colonne 2 (souche R) les microbilles sont mobiles uniquement dans la ligne A, à une concentration supérieure au breakpoint.
De même, dans la colonne 3 (souche S), les microbilles sont mobiles dès la ligne F, alors qu’en colonne 4 (souche R), les microbilles sont bloquées à toutes les concentrations d’érythromycine.
En colonne 5 (souche R), les microbilles sont bloquées à toutes concentrations de rifampicine, alors qu’en colonne 6 (souche S), les microbilles sont mobiles dès la ligne G.
Les résultats obtenus sont donc conformes et identiques à ceux obtenus avec les procédés de l’état de la technique, en particulier les procédés de référence de détermination d’un antibiogramme.
En outre, tel que démontré dans cet exemple, le procédé selon l’invention permet avantageusement d’obtenir un résultat fiable, conforme, sans mise en oeuvre de dispositif complexe. En outre, le procédé selon l’invention permet de déterminer la sensibilité d’un microorganisme à un composé et de déterminer sa CMI dans un temps 3 à 4 fois inférieur au procédé connus, par exemple entre 3 et 5 heures.
Le procédé selon l’invention, de par l’obtention rapide de la sensibilité ou de la résistance du microorganisme à une molécule, par exemple un antibiotique, d’adapter rapidement et/ou de confirmer le traitement antibiotique d’un patient fournissant ainsi un réel avantage clinique, par exemple en gagnant 24 heures dans le traitement et son éventuel adaptation.
Liste de références 1. Conditions techniques générales. Bulletin de la Société Française de Microbiologie, 1993, 8, 156-66 ; 2. Clinical Microbiological Infection 1996, 2, Suppl. 1 ; 3. Recommandations du Comité d'Experts de la Standardisation biologique de l'OMS. Rapports techniques n° 610,1977 ; 4. Recommandations 2010. Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie ; 5. WO 2005/090944 « Procédé et dispositif permettant de détecter la formation et le développement de biofilms dans un milieu de culture » 6. Romling U and Balsalobre C. Biofilm infections, their resilience to therapy and innovative treatment strategies. J Intern Med 2012, 272(6):541-561 7. Research on Microbial Biofilms, NIH Parent Grant Announcement. 2002. NIH website. Available: http://grants.nih.gov/grants/guide/pa-files/PA-03-047.html. Accessed 2014 Sept 2.NIH 2002. 8. Olivares E, Badel-Berchoux S, Provot C, Jaulhac B, Prévost G, Bernardi T, Jehl F. The Biofilm Ring Test®: a rapid method for the routine analysis of P. aeruginosa biofilm formation kinetics. J Clin Microbiol.
2015 Dec 30. pii: JCM.02938-15. 9. Microbiochimie et alimentation, Alain Branger, Educagri Editions, 2012 10-Chavant P, Gaillard-Martinie B, Talon R, Flébraud M, Bernardi T A new device for rapid évaluation of biofilm formation potential by bacteria.. J Microbiol Methods. 2007;68(3):605-12
Claims (17)
- REVENDICATIONS1. Procédé de détermination de la sensibilité d’un microorganisme à au moins un composé et/ou agent physique comprenant les étapes suivantes: a) introduire dans un contenant de culture comprenant à la surface de ces parois internes un ligand dudit microorganisme, un milieu de culture liquide de microorganisme comprenant i. au moins deux particules magnétiques ou magnétisables ii. au moins un microorganisme, et iii. au moins un composé et/ou agent physique lesdites au moins deux particules magnétiques ou magnétisables reposant sur une surface immergée par le milieu de culture dans ledit contenant, b) déterminer la sensibilité du microorganisme audit composé et/ou agent physique par application d’un champ magnétique capable d’agréger lesdites au moins deux particules magnétiques ou magnétisables, l’absence d’agrégation desdites particules révélant l’insensibilité dudit microorganisme audit composé et/ou agent physique ou l’agrégation desdites particules révélant la sensibilité dudit microorganisme audit composé et/ou agent physique.
- 2. Procédé selon la revendication 1, ledit procédé comprenant avant l’étape a) les étapes suivantes: A1) introduction dans un contenant a1 de culture comprenant un milieu de culture liquide approprié au développement dudit microorganisme, i. au moins deux particules magnétiques ou magnétisables, ii. au moins un microorganisme permettant d’ensemencer ledit milieu, et iii. au moins un composé et/ou agent physique A2) maintenir le milieu de culture ensemencé et ladite au moins une molécule dans des conditions permettant un développement et/ou croissance dudit microorganisme, le milieu obtenu étant le milieu introduit dans le contenant de l’étape a).
- 3. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le ligand dudit microorganisme est choisi dans le groupe comprenant les anticorps, les peptides, les aptamères.
- 4. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le ligand est fixé à la surface des parois internes dudit contenant à une concentration de 0,1 à 20pg/ml
- 5. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le ligand dudit microorganisme est choisi parmi un anticorps monoclonal, un anticorps polyclonal ou un mélange de ceux-ci.
- 6. Procédé selon la revendication 5, dans lequel la concentration d’anticorps fixés est comprise de 0,5 à 7pg/ml.
- 7. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes dans lequel lesdites, au moins deux, particules sont soumises à un champ électromagnétique, éventuellement appliqué par impulsion et/ou un champ électrique.
- 8. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel lesdites, au moins deux, particules sont soumises à une augmentation progressive du champ électromagnétique.
- 9. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel ledit champ magnétique est généré par des moyens générateurs de champ en mouvement.
- 10. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel lesdites, au moins deux, particules sont éclairées au moyen d’une source lumineuse pour détecter son mouvement.
- 11. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel lesdites particules, au moins deux, sont génératrices d’un signal.
- 12. Procédé selon la revendication précédente, dans lequel lesdites particules, au moins deux, sont excitables, fluorescentes ou phosphorescentes ou radioactives ou chimioluminescentes.
- 13. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le procédé est réalisé avec une pluralité de particules de 2 à 10 000 000 particules.
- 14. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes dans lequel ledit composé est un antibiotique choisi dans le groupe comprenant l’acide fusidique, les aminosides, les béta-Lactamines, les pénicillines, des inhibiteurs le béta-lactamases, les céphalosporines, les carbapénèmes, les monobactames, la cyclosérine, la daptomycine, la fosfomycine, les lincosamides, les macrolides et kétoiides, la mupirocine, les nitro-imidazolés, les nitrofuranes, les Oligosaccharides, les oxazolidinones, les polypeptides, glycopeptides, polymyxines et colistine, les quinolones, les rifamycines, les sulfamides et les diaminopyridines, les synergistines, les tétracyclines, les antifongiques.
- 15. Procédé selon la revendication 1, dans lequel on utilise une pluralité de contenants comprenant à la surface de leurs parois internes un ligand dudit microorganisme comprenant chacun : ledit milieu de culture, lesdites, au moins deux particules, et ledit microorganisme, ledit composé et/ou agent physique, lesdits contenants comprenant une concentration différente dudit composé et/ou agent physique et/ou un composé et/ou agent physique différent d’un contenant à l’autre.
- 16. Procédé selon la revendication 15, dans lequel on détermine grâce à la pluralité desdits contenants la concentration minimale dudit composé, ledit composé consistant en un antibiotique pour ledit microorganisme.
- 17. Utilisation du procédé définie selon l’une quelconque des revendications 15 à 16 pour déterminer la concentration minimale inhibitrice d’un microorganisme d’un composé, ledit composé étant_un antibiotique.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PCT/FR2017/050069 WO2017121964A1 (fr) | 2016-01-15 | 2017-01-12 | Procédé de détection rapide de sensibilité de microorganismes aux drogues |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FR1650344A FR3046797A1 (fr) | 2016-01-15 | 2016-01-15 | Procede de detection rapide de sensibilite de microorganismes aux drogues |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| FR3046798A1 true FR3046798A1 (fr) | 2017-07-21 |
| FR3046798B1 FR3046798B1 (fr) | 2020-10-09 |
Family
ID=56372988
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| FR1650344A Pending FR3046797A1 (fr) | 2016-01-15 | 2016-01-15 | Procede de detection rapide de sensibilite de microorganismes aux drogues |
| FR1652783A Expired - Fee Related FR3046798B1 (fr) | 2016-01-15 | 2016-03-31 | Procede de detection rapide de sensibilite de microorganismes aux drogues |
Family Applications Before (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| FR1650344A Pending FR3046797A1 (fr) | 2016-01-15 | 2016-01-15 | Procede de detection rapide de sensibilite de microorganismes aux drogues |
Country Status (2)
| Country | Link |
|---|---|
| FR (2) | FR3046797A1 (fr) |
| WO (1) | WO2017121964A1 (fr) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR3108917B1 (fr) * | 2020-04-06 | 2022-11-11 | Univ Limoges | Recherche de résistance aux antimicrobiens par la méthode de Fractionnement par Couplage Flux-Force |
Citations (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR2615621A1 (fr) * | 1987-05-19 | 1988-11-25 | Syntex Inc | Composes et procedes permettant une agglutination reversible, et kits analytiques contenant lesdits composes |
| FR2898363A1 (fr) * | 2006-03-10 | 2007-09-14 | Biofilm Control Sarl | Prodede de releves d'images, notamment pour l'etude du developpement d'un biofilm dans un milieu de culture |
| FR2916761A1 (fr) * | 2007-05-30 | 2008-12-05 | Biofilm Control Soc Par Action | Test antibiogramme utilisant des microbilles |
| FR2928656A1 (fr) * | 2008-03-14 | 2009-09-18 | Biomerieux Sa | Procede de detection en temps reel de microorganismes dans un milieu de culture liquide par agglutination. |
| WO2012001312A1 (fr) * | 2010-07-02 | 2012-01-05 | Biofilm Control | Procede de detection d'interactions moleculaires |
| WO2012004540A1 (fr) * | 2010-07-08 | 2012-01-12 | bioMérieux | Procede de detection et d'identification directe d'un microorganisme dans un echantillon biologique dilue dans un bouillon d'enrichissement |
| WO2013165615A2 (fr) * | 2012-04-12 | 2013-11-07 | Becton Dickinson And Company | Procédés, systèmes, et dispositifs pour détecter et identifier des micro-organismes dans des échantillons de culture microbiologiques |
| FR3001038A1 (fr) * | 2013-01-17 | 2014-07-18 | Centre Nat Rech Scient | Procede de capture, procede de detection et kit de capture d'une molecule dans un echantillon |
| WO2014155020A1 (fr) * | 2013-03-28 | 2014-10-02 | Biofilm Control | Antibiogramme rapide |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR2866707A1 (fr) | 2004-02-23 | 2005-08-26 | Thierry Bernardi | Procede et dispositif permettant de detecter la formation et le developpement de biofilms dans un milieu de culture |
-
2016
- 2016-01-15 FR FR1650344A patent/FR3046797A1/fr active Pending
- 2016-03-31 FR FR1652783A patent/FR3046798B1/fr not_active Expired - Fee Related
-
2017
- 2017-01-12 WO PCT/FR2017/050069 patent/WO2017121964A1/fr active Application Filing
Patent Citations (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR2615621A1 (fr) * | 1987-05-19 | 1988-11-25 | Syntex Inc | Composes et procedes permettant une agglutination reversible, et kits analytiques contenant lesdits composes |
| FR2898363A1 (fr) * | 2006-03-10 | 2007-09-14 | Biofilm Control Sarl | Prodede de releves d'images, notamment pour l'etude du developpement d'un biofilm dans un milieu de culture |
| FR2916761A1 (fr) * | 2007-05-30 | 2008-12-05 | Biofilm Control Soc Par Action | Test antibiogramme utilisant des microbilles |
| FR2928656A1 (fr) * | 2008-03-14 | 2009-09-18 | Biomerieux Sa | Procede de detection en temps reel de microorganismes dans un milieu de culture liquide par agglutination. |
| WO2012001312A1 (fr) * | 2010-07-02 | 2012-01-05 | Biofilm Control | Procede de detection d'interactions moleculaires |
| WO2012004540A1 (fr) * | 2010-07-08 | 2012-01-12 | bioMérieux | Procede de detection et d'identification directe d'un microorganisme dans un echantillon biologique dilue dans un bouillon d'enrichissement |
| WO2013165615A2 (fr) * | 2012-04-12 | 2013-11-07 | Becton Dickinson And Company | Procédés, systèmes, et dispositifs pour détecter et identifier des micro-organismes dans des échantillons de culture microbiologiques |
| FR3001038A1 (fr) * | 2013-01-17 | 2014-07-18 | Centre Nat Rech Scient | Procede de capture, procede de detection et kit de capture d'une molecule dans un echantillon |
| WO2014155020A1 (fr) * | 2013-03-28 | 2014-10-02 | Biofilm Control | Antibiogramme rapide |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| CHAVANT ET AL: "A new device for rapid evaluation of biofilm formation potential by bacteria", JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS, ELSEVIER, AMSTERDAM, NL, vol. 68, no. 3, 16 February 2007 (2007-02-16), pages 605 - 612, XP005892101, ISSN: 0167-7012, DOI: 10.1016/J.MIMET.2006.11.010 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| FR3046797A1 (fr) | 2017-07-21 |
| FR3046798B1 (fr) | 2020-10-09 |
| WO2017121964A1 (fr) | 2017-07-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Dong et al. | Rapid identification and susceptibility testing of uropathogenic microbes via immunosorbent ATP-bioluminescence assay on a microfluidic simulator for antibiotic therapy | |
| Li et al. | Rapid identification of bacterial biofilms and biofilm wound models using a multichannel nanosensor | |
| Sträuber et al. | Viability states of bacteria—specific mechanisms of selected probes | |
| FR2997703A1 (fr) | Procede de traitement d'au moins un echantillon biologique | |
| Funari et al. | Nanoplasmonics for real-time and label-free monitoring of microbial biofilm formation | |
| EP3268741B1 (fr) | Procédé de détermination de phénotypes cellulaires | |
| EP2646565B1 (fr) | Procede de detection et de quantification de microorganismes | |
| EP2588845A1 (fr) | Procede de detection d'interactions moleculaires | |
| Majee et al. | Spatiotemporal evaporating droplet dynamics on fomites enhances long term bacterial pathogenesis | |
| CN107109331A (zh) | 使用胶凝剂跟踪单细胞的新型生物活性测试结构 | |
| Mufamadi et al. | Nanomaterial-based biosensors in agriculture application and accessibility in rural smallholding farms: food security | |
| Garzón et al. | Personalized medicine for antibiotics: the role of nanobiosensors in therapeutic drug monitoring | |
| Park et al. | Optimization and application of a dithiobis-succinimidyl propionate-modified immunosensor platform to detect Listeria monocytogenes in chicken skin | |
| FR2916761A1 (fr) | Test antibiogramme utilisant des microbilles | |
| Zhang et al. | Rapid antimicrobial susceptibility testing on clinical urine samples by video-based object scattering intensity detection | |
| Saxena et al. | Nanotechnology approaches for rapid detection and theranostics of antimicrobial resistant bacterial infections | |
| Aslan et al. | Activation of the two-component system LisRK promotes cell adhesion and high ampicillin tolerance in Listeria monocytogenes | |
| Yuan et al. | Microfluidics for biofilm studies | |
| Ribeiro et al. | Advances in biosensor development for the determination of antibiotics in cow's milk-A review | |
| WO2014155020A1 (fr) | Antibiogramme rapide | |
| Maeyama et al. | Confocal imaging of biofilm formation process using fluoroprobed Escherichia coli and fluoro‐stained exopolysaccharide | |
| WO2017121964A1 (fr) | Procédé de détection rapide de sensibilité de microorganismes aux drogues | |
| Tătaru et al. | Staphylococcus aureus–Review on potential targets for sensors development | |
| Wang et al. | Development of a self-driving bioassay based on diffusion for simple detection of microorganisms | |
| Huang et al. | Lysozyme for capture of microorganisms on protein biochips |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PLFP | Fee payment |
Year of fee payment: 2 |
|
| PLSC | Publication of the preliminary search report |
Effective date: 20170721 |
|
| PLFP | Fee payment |
Year of fee payment: 3 |
|
| PLFP | Fee payment |
Year of fee payment: 5 |
|
| PLFP | Fee payment |
Year of fee payment: 6 |
|
| PLFP | Fee payment |
Year of fee payment: 7 |
|
| ST | Notification of lapse |
Effective date: 20231105 |