FI113666B - Menetelmiä, joissa käytetään kromosomin 12 spesifisiä katkoskohtia ja/tai neuroninavigaattori 3 -geeniä ihon primaaristen T-solulymfoomien diagnosoimiseksi ja taudin etenemisen seuraamiseksi tai ennustamiseksi, sekä näiden katkoskohtien ja geenien käyttö - Google Patents

Description

113666

Menetelmiä, joissa käytetään kromosomin 12 spesifisiä katkoskohtia ja/tai neuroninavigaattori 3 -geeniä ihon primaaristen T-solulymfoomien diagnosoimiseksi ja taudin etenemisen seuraamiseksi tai ennustamiseksi, sekä näiden katkoskohtien ja geenin käyttö 5 Keksinnön ala

Esillä oleva keksintö koskee uusia menetelmiä lymfoproliferatiivisten sairauksien diagnosoimiseksi ja hoitamiseksi. Esillä oleva keksintö koskee erityisesti uusia diagnostisia ja hoitomenetelmiä, joissa hyödynnetään kromosomin katkoskohtien toteamista kromosomissa 12 ja/tai kromosomimateriaalin translo-10 kaation kromosomista 12 toteamista, jolloin mainitut kromosomaaliset katkos-kohdat tai translokaatio(t) liittyvät lymfoproliferatiivisiin sairauksiin, kuten esimerkiksi ihon primaariseen T-solulymfoomaan (CTCL). Esillä oleva keksintö koskee lisäksi kromosomaalisiin katkoskohtiin kromosomissa 12 ja/tai niiden translo-kaatioihin liittyvän neuroninavigaattori 3 -geenin (NAV3) tai sen ekvivalentin tai 15 funktionaalisen fragmentin käyttöä, jolloin mainittu geeni ja/tai sen translokaa-tiot liittyvät lymfoproliferatiivisiin sairauksiin, kuten esimerkiksi ihon primaariseen T-solulymfoomaan (CTCL). Esillä oleva keksintö koskee myös hoidon kehittämistä.

Keksinnön tausta 20 Ihon primaarit T-solulymfoomat (CTCL) ovat heterogeeninen ryhmä non-Hodgkin-lymfoomia (NHL), joiden etiologia ja patomekanismi ovat huonosti tunnetut [Siegel, R. S., et ai., J. Clin. Oncol. 18 (2000) 2908 - 2925].

• CTCL:ään ei ole parantavaa hoitoa. Viimeisten kymmenen vuoden aikana : *; CTCL:n ilmaantuvuudessa on havaittu n. 2 - 8%:n kasvu kehittyneissä maissa ., 25 [Doll, R., et ai. (toim.), Trends in cancer incidence and mortality, cancer sur- .· : veys, Vol 19/20, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1994, 423 - 53; Hjal- grim, H., et a/., Br. J. Cancer 73 (1996) 951 - 54], CTCL muodostaa yhdessä • · ihon B-solulymfoomien kanssa primaaristen suolistolymfoomien jälkeen toiseksi yleisimmän ryhmän ekstranodaalisia NHL:ia [Isaacson, P. G. ja Norton, ·;;; 30 A. J., Cutaneous lymphoma, teoksessa Extranodal lymphomas, London, Chur- chill Livingstone, 1994, s.172]. Suomessa CTCL:n ilmaantuvuudessa on ta-:* ‘: pahtunut kolminkertainen lisääntyminen miehillä, mutta ei naisilla, viimeisten .··*. 40 vuoden aikana [Väkevä, L., et ai., J. Invest. Dermatol. 115 (2000) 62 - 65].

·, Valtaosalla, n. 80%:lla, CTCL-potilaista taudinkulku on indolentti ja I I · 35 pitkiä remissioita voidaan saavuttaa. Noin 20%:lla potilaista tapahtuu kuitenkin : muuntuminen aggressiiviseksi suurisoluiseksi tautimuodoksi, jossa kasvainso- 2 113666 lut tunkeutuvat useisiin kudoksiin, kuten ihoon, vereen, imusolmukkeisiin ja luuytimeen, ja on viitteitä siitä, että kyseessä on alkuperäinen maligni solu-klooni [Wolfe, J., et ai., J. Clin. Oncol. 13 (1995) 1751 - 57]. Näistä potilaista alle 15 % on elossa viiden vuoden kuluttua [Willemze, R., et ai., Blood 90 5 (1997) 354 - 371; Siegel, R. S., et ai., supra]. Taudin transformaatiota ei voida ennustaa millään nykyisin käytettävissä olevalla keinolla.

Tavallisin CTCL:n muoto on mycosis fungoides (MF). Sen ensimmäiset ihomuutokset kehittyvät hitaasti. Ne muistuttavat ekseemaa tai lievää psoriaasia ja niitä kutsutaan nimellä Parapsoriasis en plaques (Pps). Varhai-10 sissa vaiheissa poly- tai oligoklonaaliset CD4-positiiiviset lymfosyytit infiltroivat ihon epidermikseen. Ei tiedetä, milloin ja missä elimistössä solujen maligni transformoituminen tapahtuu [Veelken, H., et ai., J. Invest. Dermatol. 104 (1995) 889]. Myöhemmin maligneja lymfosyyttejä tavataan myös veressä ja imusolmukkeissa. Viimeaikaiset tutkimustulokset kuitenkin viittaavat siihen, et-15 tä malignit solut saattavat levitä jo aikaisemmin kuin tähän asti on ajateltu [Karenko, L, et ai., J. Invest. Dermatol. 108 (1997) 22 - 29; Karenko, L, et ai., J. Invest. Dermatol. 112 (1999) 329 - 95: Karenko L, et ai., J. Invest. Dermatol. 16(2001) 188- 193],

Leukeeminen Sezaryn syndrooma (SS) on aggressiivisempi 20 CTCL:n muoto ja se voi kehittyä joko MF:stä tai alkaa suoraan erytrodermisin iho-oirein.

CTCL:n hoidossa varhainen diagnoosi on ratkaisevan tärkeä, koska : sairaudella on taipumus uusiutua pidemmälle kehittyneissä vaiheissaan.

CTCL:n definitiiviseen diagnoosiin ei kuitenkaan ole käytettävissä keinoja. Eri- 25 tyisesti MF:n varhaisvaiheet ovat vaikeasti diagnosoitavia, koska ne muistutta- : vat ekseemaa tai lievää psoriaasia ja valitettavasti voivat siten jäädä toteamat- • · · ta ajoissa. Diagnosoitaessa CTCL:ää ihottuma-alueelta otetaan ihon koepala • · ja siitä tehdään histopatologinen tutkimus. Histopatologinen diagnoosi perustuu siihen, että löytyy epidermotrooppisia, morfologisesti maligneja lymfosyyt-·;;; 30 tejä eli soluja, joilla on hyperkromaattinen, kerebriforminen tuma (Willemze, R., et ai, supra). Valtaosassa tapauksista, joskaan ei kaikissa, nämä solut ilmen-tävät CD4-pintamarkkeria, joka voidaan osoittaa immunohistokemiallisesti (Wil-lemze, R., et ai., supra). Täten diagnostinen tarkkuus riippuu visuaalisesta luo- •»» kituksesta ja patologin vaikutelmasta, ja havaitsematta voivat jäädä varhaiset

• * I

· · ‘ 35 muutokset, joissa on vain hyvin harvoja maligneja soluja tai kromosomaalisesti ' : klonaalisia maligneja lymfosyyttejä, joilla on vielä normaali morfologia.

3 113666

Lisäksi T-solureseptorin (TCR) uudelleenjärjestymän osoittamista verestä tai ihomuutoksista eristetyssä DNA:ssa on käytetty diagnostiikassa täydentävänä menetelmänä. TCR:n uudelleenjärjestymä ei kuitenkaan ole spesifi markkeri sairaudelle, sillä se tunnistaa myös reaktiiviset klonaaliset so-5 lut [Guitart J. ja Kaul K., Arch. Dermatol. 135 (1999) 158 - 62].

Lisäksi CTCL:ssä on molekyylisytogeneettisissä tutkimuksissa todettu useita kromosomaalisia muutoksia, erityisesti numeerisia muutoksia, ja näitä voidaan käyttää diagnostiikassa. Sytogeneettisten muutosten on erityisesti todettu edeltävän histologisesti tunnistettavaa maligniteettia [Whang- 10 Peng, J., et ai., Cancer 50 (1982) 1539; Berger, R., et ai., Cancer Genet Cyto-genet 27 (1987) 79; Karenko et ai., 1997, supra]. Sairauden varhaisissa vaiheissa nämä muutokset ovat kuitenkin olleet ei-klonaalisia, mikä vuoksi osoitus on epäspesifinen.

On erityisen tärkeätä kehittää uusia menetelmiä, jotka mahdollista- 15 vat varhaisen diagnoosin ja hoidollisten interventioiden seurannan residuaalis-ten malignien solujen osalta lymfoproliferatiivisissa sairauksissa, kuten CTCL:ssä. Tarvitaan myös lisäkeinoja uusien ohjeiden kehittämiseksi hoidon aloittamista ja seurantaa varten.

Keksinnön yhteenveto 20 Olemme nyt identifioineet kromosomissa 12, erityisesti 12q14 - 12q24, spesifit toistuvat kromosomaaliset katkoskohdat ja/tai translokaatiot, jotka liittyvät ihon T-solulymfoomaan (CTCL). Olemme myös identifioineet .··: geenin, joka liittyy tällaisiin kromosomaalisiin katkoskohtiin ja/tai translokaatioi- , hin. Tällaisten spesifien kromosomaalisten katkoskohtien ja/tai translokaatioi- .25 den sekä geenin ja/tai geenin translokaation, deleetioiden tai muiden virheiden : identifiointi mahdollistaa uusien diagnostisten ja terapeuttisten menetelmien kehittämisen lymfoproliferatiivisten sairauksien, kuten CTCL:n, toteamiseen ja seurantaan.

Keksinnön tarkoitus on tarjota käyttöön uusia menetelmiä ja keinoja * · # 30 lymfoproliferatiivisten sairauksien, kuten CTCL:n, diagnostiikkaan siten, että nämä menetelmät ja keinot mahdollistavat sairauden varhaisen diagnoosin.

v. Keksinnön toinen tarkoitus on tarjota käyttöön uusia menetelmiä ja .··*. keinoja lymfoproliferatiivisten sairauksien, kuten CTCL:n, diagnostiikkaan si ten, että nämä menetelmät ja keinot ovat spesifejä ja luotettavia.

35 Vielä yksi keksinnön tarkoitus on tarjota käyttöön uusia menetelmiä : ja keinoja taudin etenemisen ja sen aggressiiviseksi muuttumisen ennustami- 113666 4 seen lymfoproliferatiivisissa sairauksissa, kuten CTCL:ssä, siten, että nämä menetelmät ja keinot mahdollistavat ajoissa tehdyn terapeuttisen intervention, joka voi olla hengen pelastava.

Vielä yksi keksinnön tarkoitus on tarjota käyttöön uusia menetelmiä 5 ja keinoja lymfoproliferatiivisten sairauksien, kuten CTCL:n, hoidon aloituksen ja terapeuttisten interventioiden seurannan ohjeistuksen kehittämiseksi samoin kuin uusien hoitomuotojen kehittämiseen lymfoproliferatiivisille sairauksille, kuten CTCLIle, siten että nämä menetelmät ja keinot pidentävät taudin uusiutumista ja tuovat uusia mahdollisuuksia taistella sairautta vastaan ja potilaan pa-10 ranemiseksi.

Esillä oleva keksintö koskee uutta menetelmää ihon primaaristen T-solulymfoomien (CTCL) diagnosoimiseksi ja taudin etenemisen seuraamiseksi, jossa menetelmässä määritetään biologisesta näytteestä vähintään yhden spesifisen kromosomaalisen katkoskohdan kromosomissa 12 alueella 12q14-15 12q24 ja/tai vähintään yhden kromosomimateriaalin translokaation kromoso mista 12 alueelta 12q14-12q24 esiintyminen tai puuttuminen, jolloin mainitut katkoskohdat ja translokaatiot liittyvät mainittuihin T-solulymfoomiin.

Esillä oleva keksintö koskee lisäksi uutta menetelmää ihon primaaristen T-solulymfoomien (CTCL) diagnosoimiseksi ja taudin etenemisen seu-20 raamiseksi, jossa menetelmässä määritetään biologisesta näytteestä mainittuihin T-solulymfoomiin liittyvän neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin, jolla on sekvenssi nro 1, tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka :··: koodaa oleellisesti samaa proteiinia, tai sen fragmentin esiintyminen tai puut- tuminen.

25 Esillä oleva keksintö koskee vielä lisäksi uutta menetelmää ihon pri- .·. : maaristen T-solulymfoomien (CTCL) diagnosoimiseksi ja taudin etenemisen seuraamiseksi, jossa menetelmässä määritetään kliinisestä näytteestä mainittuihin T-solulymfoomiin liittyvän neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin, jolla on sekvenssi nro 1, tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka ·;;; 30 koodaa oleellisesti samaa proteiinia, translokaation tai deleetion tai muun vir- • · ’·.·* heen esiintyminen tai puuttuminen.

Esillä oleva keksintö koskee myös nopeita testisysteemejä vähin- • » ;··*. tään yhden spesifisen, ihon primaarisiin T-solulymfoomiin (CTCL) liittyvän ·, kromosomaalisen katkoskohdan kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 tai • I » *·:·* 35 sen translokaation toteamiseksi kromosomista 12 alueelta 12q14-12q24 tai ‘ : molekyylisytogeneettisten muutosten identifioimiseksi kromosomissa 12 alu- 113666 5 eella 12q14-12q24 kliinisissä näytteissä, jotka on otettu CTCL:ää potevilta potilailta, joka testisysteemi sisältää kaksi DNA-koetinta, jotka käsittävät kro-mosomaalisen katkoskohdan (kromosomaaliset katkoskohdat) kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 ja jotka on merkitty erilaisilla värireaktion tuottavilla 5 tai fluoresoivilla merkkiaineilla ja jotka hybridisoituvat kromosomiin 12 alueeseen 12q14-12q24 biologisessa näytteessä, ja reagenssit in situ hybridisaatio -analyysin suorittamiseksi.

Esillä oleva keksintö koskee edelleen diagnostista testipakkausta vähintään yhden spesifisen, ihon primaarisiin T-solulymfoomiin (CTCL) liittyvän 10 kromosomaalisen katkoskohdan kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 ja/tai sen translokaation tai neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin, jolla on sekvenssi nro 1, tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteiinia, tai fragmentin tai neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin translokaation, deleetion tai muun virheen kromosomissa 12 alueella 15 12q14-12q24 toteamiseksi, joka testipakkaus käsittää tarvittavat reagenssit, joita ovat spesifiset vasta-aineet, edullisesti monoklonaaliset vasta-aineet, jotka pystyvät identifioimaan NAV3:n tai sen geenituotteet tai näiden fragmentit, ja muut vasta-aineet, markkerit ja vakiot, jotka tarvitaan visualisointiin tai kvan-titointiin, sekä puskurit, laimentimet, pesuliuokset ja vastaavat.

20 Esillä oleva keksintö koskee edelleen menetelmää sellaisten potilai den tunnistamiseksi, joilla on riski kehittää ihon primaarisen T-solulymfooman : '·· (CTCL) aggressiivinen muoto, jossa menetelmässä määritetään mainittua sai- rautta potevasta potilaasta otetusta biologisesta näytteestä vähintään yhden : spesifisen kromosomaalisen katkoskohdan kromosomissa 12 alueella 12q14- ·:·· 25 12q24 ja/tai vähintään yhden kromosomimateriaalin translokaation kromoso- : mistä 12 alueelta 12q14-12q24 ja/tai neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin, jol- .· ·. la on sekvenssi nro 1, tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteiinia, translokaation tai deleetion tai muun . virheen esiintyminen tai puuttuminen, jolloin mainittu kromosomaalinen kat- *;;; 30 koskohta tai translokaatio ja geenin translokaatio tai deleetio tai muu virhe liit- ’ ·; ·* tyvät taudin alatyyppeihin.

Esillä oleva keksintö koskee edelleen menetelmää primaaristen T-: ’ * ’: solulymfoomien (CTCL) etenemisen ennustamiseksi ja niiden muuttumisen » I t aggressiiviseksi variantiksi toteamiseksi, jossa menetelmässä määritetään 35 mainittua sairautta potevasta potilaasta otetusta biologisesta näytteestä vähin-' ' tään yhden spesifisen kromosomaalisen katkoskohdan kromosomissa 12 alu- 113666 6 eella 12q14-12q24 ja/tai vähintään yhden kromosomimateriaalin translokaation kromosomista 12 alueelta 12q14-12q24 ja/tai neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin, jolla on sekvenssi 1, tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteiinia, translokaation tai deleetion 5 tai muun virheen esiintyminen tai puuttuminen, jolloin mainittu kromosomaali-nen katkoskohta tai translokaatio ja geenin translokaatio tai deleetio tai muu virhe liittyvät taudin alatyyppeihin.

Esillä oleva keksintö koskee myös spesifisen kromosomaalisen katkoskohdan ja/tai kromosomaalisen materiaalin translokaation käyttöä ihon pri-10 maarisiin T-solulymfoomiin (CTCL) liittyvien sairauksien diagnosoinnissa, joka mainittu katkoskohta on kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 ja joka mainittu kromosomaalisen materiaalin translokaatio tapahtuu kromosomista 12 alueelta 12q14-12q24, jolloin mainittu katkoskohta ja translokaatio liittyvät mainittuihin sairauksiin.

15 Esillä oleva keksintö koskee myös neuroninavigaattori 3 (NAV3) - geenin, jolla on sekvenssi nro 1, tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteiinia, tai sen fragmentin ja/tai neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin translokaation, deleetion tai muun virheen kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24, käyttöä ihon primaarisiin T-20 solulymfoomiin (CTCL) liittyvien sairauksien diagnosoinnissa, jolloin mainittu geeni, translokaatio, deleetio tai virhe liittyvät mainittuihin sairauksiin.

Piirustusten lyhyt kuvaus

Kuviossa 1 esitetään SKY-analyysi kromosomien 12q (viininpunai-nen) ja kromosomin 18q (punainen) välisestä translokaatiosta SS-potilaan . · · 25 näytteessä. Normaalit kromosomit on merkitty N:llä, translokoituneet Tiliä.

; ' j Kuviossa 2 esitetään FISH-analyysi kromosomien 12q, 4q ja 10 vä- .· *, lisistä translokaatioista. Ylimmässä kuvapaneelissa esitetään normaali kromo somi 4. Toisessa kuvapaneelissa esitetään kromosomi 4, jossa on kromosomista 12 translokoitunutta materiaalia distaalisesti q-käsivarressa. Kolmannes-·;;; 30 sa kuvapaneelissa esitetään kromosomi 12q, jossa on katkoskohta q22:ssa ja kromosomista 10 translokoitunutta materiaalia distaalisesti q-käsivarressa. Alimmassa kuvapaneelissa esitetään kromosomi 10. MFISH:n kromosomikoh-täiset yhdistetyt värit on esitetty kunkin kuvapaneelin oikealla puolella (N = II» \ normaali, T = translokaatio).

’**. 35 Kuviossa 3 esitetään FISH-analyysi kromosominäytteestä. Kuviot * »· * » 3A) ja 3B) esittävät kromosomien 12 ja 18 väriyhdistelmiä samassa solussa.

7 113666

Kromosomien yhdistetyt värit näkyvät oikealla puolella molemmissa kuvissa. Värispektrit esitetään keskimmäisissä kuvapaneeleissa. Näyte oli otettu samasta potilaasta kuin kuviossa 1.

Kuvio 3A). Ylimmässä kuvapaneelissa esitetään normaali kromo-5 somi 12 (N 1), joka on myös keskimmäinen kromosomi kolmen kromosomin 12 ryhmässä taustakuvan oikealla puolella. Kromosomin 12 sentromeeri antaa punaisen signaalin, joka näkyy kuvapaneeleissa kirkkaanpunaisen ja viininpunaisen yhdistelmänä. YAC 803-C-2 on viininpunainen signaali kaikissa kuva-paneeleissa ja taustakuvissa. BAC RP11-359M6 on vihreä täplä normaalissa 10 kromosomi 12:ssa (N1) ja näkyvissä ylimmässä kuvapaneelissa ja keskellä kromosomissa 12 kromosomien 12 ryhmässä. Vihreä signaali puuttuu kahdesta seuraavasta kuvapaneelista, mikä osoittaa sen, että se on siirtynyt pois kromosomin 12 kahdesta muusta kopiosta (T1 ja T2). Vihreä väri puuttuu myös kromosomeista, jotka ovat taustakuvassa normaalin kromosomin 12 mo-15 lemmilla puolilla, kun sen sijaan viininpunainen YAC308-C-2-täplä näkyy näissä kahdessa kopiossa ja osoittaa YAC308-C-2:een sisältyvän materiaalin läsnäolon. Alimmaisin kuvapaneeli esittää kromosomia 18 (T3), joka on saanut BAC RP11-359M6:ia vastaavaa materiaalia. Kromosomin 18 sentromeeri on ylempi vihreä täplä ja alempi vihreä täplä on BAC. Taustakuvan neljän kro-20 mosomin 18 ryhmässä vastaava translokoituneen materiaalin osoittava kromosomi 18 on vasemmanpuoleisin (T3) kromosomi 18.

'· Kuvio 3B). Kaksi ylintä kuvapaneelia edustavat normaaleja kro- :·’! mosomeja 18 (N2 ja N3) ja niissä on vain vihreät sentromeerit. Kolmannessa ; :\· kuvapaneelissa on kromosomi 18 (T4), joka on saanut materiaalia kromoso- • 25 mistä 12 (BAC 359M6 on toinen vihreä täplä vihreänvärisen sentromeerin ala- .·. : puolella). Tämä kromosomi (T4) on toinen oikealta taustakuvassa.

.’··! Kuviossa 4 esitetään FISH-analyysi kromosomien 12 ja 18 välisestä • · translokaatiosta BAC 36P3:a ja YAC 857F6:tta käyttäen. Ylimmässä kuva- paneelissa esitetään normaali kromosomi 12: sentromeeri antaa punaisen sig-

·;;; 30 naalin; BAC 36P3 antaa pienen punaisen signaalin sentromeerin alla; YAC

• · ';·* 857F6 antaa vihreän signaalin. Toisessa kuvapaneelissa esitetään poikkeava :***: kromosomi 12, josta kromosomimateriaalia on translokoitunut kromosomiin 18.

Sentromeeri on punainen signaali; BAC 36P3:a ei enää havaita; YAC 857F6 on vihreä signaali. Kolmannessa kuvapaneelissa esitetään poikkeava kromo-35 somi 18: sentromeeri antaa vihreän signaalin; BAC 36P3 antaa punaisen signaalin osoittaen kromosomista 12 translokoitunutta materiaalia. Alimmassa 113666 8 kuvapaneelissa esitetään normaali kromosomi 18: sentromeeri antaa vihreän signaalin. FISH:n kromosomikohtaiset yhdistetyt värit on esitetty kunkin kuva-paneelin oikealla puolella. Ylemmässä taustakuvassa on normaali ja poikkeava kromosomi 12 vasemmalla ja vastaavasti oikealla puolella, ja alemmassa 5 taustakuvassa on normaali ja poikkeava kromosomi 18 oikealla ja vastaavasti vasemmalla puolella.

Kuviossa 5 esitetään FISH-analyysi kromosomien 12 (sentromeeri punainen) ja kromosomin 18q (sentromeeri vihreä) välisestä translokaatiosta BAC 36P3:n käyttäen SS-potilaan näytteessä. Ylempi rivi vasemmalta oikealle: 10 kaksi poikkeavaa kromosomia 12 ja yksi normaali kromosomi 12; kromosomin 12 sentromeeri ja BAC 36P3 antavat molemmat punaiset signaalit, jotka ovat sulautuneet yhteen kromosomin 12 lyhyydestä johtuen. Alempi rivi vasemmalta oikealle: kaksi poikkeavaa kromosomia 18 ja kaksi normaalia kromosomia 18, jolloin sentromeeri antaa vihreän signaalin ja translokoitunut BAC 35P3 15 punaisen signaalin.

Kuviossa 6 esitetään FISH-analyysi kromosomien 12 ja 18 välisistä translokaatioista BAC781A6:tta (vihreä) ja BAC136F16:tta (punainen ja viininpunainen) käyttäen. Ylimmässä kuvapaneelissa esitetään kromosomi 12 trans-lokaation jälkeen: sentromeeri antaa violetin signaalin; BAC 136F16 puuttuu; 20 BAC 781A6 antaa vihreän signaalin. Toisessa kuvapaneelissa esitetään normaali kromosomi 12: sentromeeri antaa violetin signaalin; BAC 136F16 antaa punaisen ja violetin kaksoissignaalin sentromeerin alla; BAC 781A6 antaa vih-reän signaalin. Kolmannessa kuvapaneelissa esitetään normaali kromosomi 18 ilman spesifisiä signaaleja. Alimmassa kuvapaneelissa esitetään kromoso-*:·*: 25 mi 18 translokaation jälkeen: BAC 136F16 antaa punaisen ja violetin kaksois- : signaalin. FISH:n kromosomikohtaiset yhdistetyt värit on esitetty kunkin kuva- .···. paneelin oikealla puolella. Ylemmässä taustakuvassa on normaali ja poikkea- • · va kromosomi 12 oikealla ja vastaavasti vasemmalla puolella ja alemmassa taustakuvassa on normaali ja poikkeava kromosomi 18 vasemmalla ja vastaa-30 vasti oikealla puolella.

*·;' Kuviossa 7 esitetään kromosomin 12 MFISH-analyysi BAC494K17:ää (vihreä) ja BAC144J4:ää (12q24) (punainen) käyttäen. Ylem-mässä kuvapaneelissa esitetään normaali kromosomi 12: sentromeeri antaa violetin signaalin. Alemmassa kuvapaneelissa esitetään kromosomi 12 trans-35 lokaation jälkeen: BAC 494K17 (vihreä) säilyy; BAC 144J4 (punainen) on hävinnyt.

113666 9

Kuviossa 8 esitetään YAC-, BAC- tai Pac (P1) -koettimien signaalit FISH-määrityksessä, jossa käytetään joitakin vastaavia geenejä poikkeavassa kromosomissa 12, jotka havaittiin potilailla 1, 2 ja 3, jotka kaikki potivat SS:ää, CTCL:n leukeemista alatyyppiä, ja jossa osoitettiin pitkät kromosomaaliset 5 etäisyydet tutkittuna hybridisaatioilla

Kuviossa 9 esitetään NAV3-geenin osat, jotka liittyvät translokaati-oon potilaalla 3, osoitettuna FISH:llä, joka suoritettiin käyttäen BAC-koettimia. Tarkka katkoskohta (kysymysmerkki) rajoissa BAC RP11 - 494K17 on arvio.

Keksinnön yksityiskohtainen kuvaus 10 Esillä oleva keksintö perustuu CTCL:ään liittyvän, spesifin katkos- kohdan tai spesifien katkoskohtien identifioimiseen kromosomissa 12q, erityisesti välillä 12q14 - q24, joko yhdessä tai ilman kromosomimateriaalin siirtymistä toisiin kromosomeihin.

Tässä käytetyt termit "kromosomaalinen katkoskohta" ja "kro-15 mosomaalinen katkos" tarkoittavat kohtaa, josta kromosomi on menettänyt materiaalia ja kyseessä on siten kromosomin rakenteellinen poikkeavuus. Tässä käytetty termi "translokaatio" tarkoittaa kromosomin alueiden siirtymistä ei-homologisten kromosomien välillä.

Tässä käytetty termi "neuroninavigaattori geeni 3" (NAV3) viittaa 20 geeniin, jolla on sekvenssi, jota identifioi sekvenssi tunnusnumero 1, tai sen ekvivalenttiin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteiinia, tai geeniin, jolla on sekvenssi, jota identifioi sekvenssi tunnus-”· numero 3 tai sen ekvivalenttiin. Termi "ekvivalentti" käsittää lisäksi NAV3:n funktionaaliset fragmentit tai variantit, kuten sekvenssin, jota identifioi sek-··· 25 venssi tunnusnumero 2, tai funktionaalisesti ekvivalentit, eristetyt DNA- sekvenssit, jotka hybridisoituvat siihen.

.··*. Tässä käytetty termi NAV3-geenin "funktionaalisesti ekvivalentit fragmentit" viittaavat sellaisiin geenifragmentteihin, jotka voidaan osoittaa kek-sinnön mukaisilla menetelmillä.

30 Tässä käytetty ilmaisu NAV3-geenin "deleetio tai muu virhe" viittaa nukleotidin tai nukleotidien ja/tai eksonin tai eksonien puuttumiseen geenise-: ' : kvenssistä, jolloin puuttuminen vaikuttaa haitallisesti geenin funktioon.

Katkoskohta havaittiin alueella 12q14-12q24 6:llä 7:sta Sezaryn syndroomaa (SS) CTCL:n leukeemista muotoa, sairastavasta potilaasta ja 3:lla 35 Mycosis fungoidesta (MF; vaihe 1A - MB), CTCL:n alaryhmää potevalla potilaalla (katso kuviot 1 ja 2). Kahdella potilaalla katkoskohta tarkennettiin alueel- 113666 10 le 12q14-q21.3 (kuvio 3). Toisella näistä viimeksi mainituista potilaista deleetio 12q:ssa oli interstitiaalinen siten, että distaalinen katkoskohta oli 12q23:ssa tai 12q24:ssa. Kolmella SS-potilaalla kromosomaalinen materiaali oli siirtynyt kromosomiin 18p tai 18q12-q21. Yhdellä SS-potilaalla kromosomista 12 peräi-5 sin olevaa materiaalia esiintyi kromosomissa 4 (kuvio 2) ja myös translokaatio kromosomiin 22 löydettiin.

Kromosomaaliset katkoskohdat ja sijainnit identifioitiin moniväri-fluoresenssi in situ -hybridisaatiolla: joko kombinatoriaalisella multi-fluor FISH:llä [MFISH, Speicher, M. R„ et ai., Nat. Genet. 2 (1996) 368 - 375] tai 10 spektraalisella karyotyypitykselIä [SKY; Schröck, E., et ai., Science 273 (1966) 494 - 497]. Translokaatiot ja katkoskohdat tarkennettiin edelleen lokus-spesifisillä kaupallisilla koettimilla YAC 803-C-2 (12q14-q15) ja BAC RP11-359M6 FISH:n avulla. YAC 803-C-2 on osa julkaistua 12q15:n YAC-jatkumoa [Scoenmakers, et ai., Genomics 29 (1995) 665 - 678]. Se sijaitsee DNA-15 markkereiden STS 12-98 ja STS-72 välissä sisältäen mainitut markkerit ja sijaitsee lähellä jatkumon proksimaalista päätä. YAC 803-C-2 ei ole kimeerinen. YAC 803-C-2 sisältää "high mobility group protein” -geenin HMGI-C [Schoen-makers, et al., Nature Genetics 10 (1995) 436 - 444; Schoenmakers, et ai, Genomics 29 (1995) 665 - 678], BAC RP11-359M6 on julkaistu [AC027288.26 20 8422..8574 osoitteessa www.ncbi.nlm.gov (Roswell Park Cancer Institute Hu man BAC Library, complete sequence 177080]. BAC RP11-359M6 sisältää ihmisen PAWR-geenin [lokalisaatio 12q21; Johnstone, et al., Genomics 53 : (1998) 241 - 243; BAC:n osalta katso www.ncbi.nlm.nih.qov1. Lokus 12q24:n , tiedetään sisältävän retropseudogeenin HMGIY [Rogalla, etal., Cancer Genet.

* ·; 25 Cytogenet. 130 (2001) 51 - 56], joka on toinen ’’high mobility group protein” : -geeniryhmän jäsen. Kohdun leiomyoomissa 12q24.1:ssa sijaitsevan mito- .···,’ kondriaalisen aldehydidehydrogenaasi (ALDH2) -geenin on havaittu olevan • · osallisena HMGIC:n translokaatioon [Kazmierczak, et al., Cancer Res 55 (1995)6038-6039].

* I · ·;;; 30 FISH-analyysissä kromosomaalinen katkoskohta 12q14-q21:ssä ja '··’ sen translokaatio 18q12-q21:een SS-potilaalta otetussa biologisessa näyttees- sä nähtiin vihreän BAC RP11-359M6-täplän katoamisena kromosomista 12 ;·*·; (kuvio 3A, ylin kuvapaneeli, normaali kromosomi, versus kaksi seuraavaa ku- vapaneelia, puutteelliset kromosomit) ja ylimääräisen vihreän BAC RP11-‘ 35 359M6-täplän ilmestymisenä kromosomiin 18 (kuvio 3B, kaksi ylintä kuva- 113666 11 paneelia, normaalit kromosomit, versus alin kuvapaneeli, viallinen kromosomi 18).

Kromosomaalisen katkoksen ja translokaation seurauksena kasvu-rajoitegeeni voi katketa tai solukasvua tai apoptoosia suosivan geenin tran-5 skriptio voi amplifioitua, tai voi muodostua ns. neogeeni, joka sekaantuu tunnettujen, solukasvua säätelevien transkriptiotekijöiden kanssa indusoiden taudin muuttumisen maligniksi.

Havaittujen katkoskohtien ja translokaatioiden identifioimiseksi edelleen sekä translokoituneen materiaalin identifioimiseksi suoritettiin lisäana-10 lyysejä käyttäen toisia spesifisiä YAC- ja BAC-koettimia (kuvio 8).

Koettimen YAC 855F7 nähtiin jakautuvan poikkeavan kromosomin 12 ja poikkeavan kromosomin 18 välille, mikä osoittaa, että katkoskohdan translokaatio tutkitussa potilasnäytteessä oli tämän YAC:n rajojen sisällä. YAC 855F7 on osa YAC-jatkumoa 12.4 (NIH: www.ncbi.nlm.nih.gov) ja käsittää alu-15 een markkerien CHLC.GATA65A12 ja WI-6487 välissä. NCBI-tietokanta paljasti näiden markkereiden välissä vastaavassa genomisessa jatkumossa (NT 009551) peräkkäiset lokukset, ts. lokukset LOC255379, LOC255315, LOC204040, LOC121318 ja KIAA0938. Lokusspesifisiä STS-markkereita käyttäen suoritetun PCR:n ja BLASTA-tietokoneanalyysin (www.ncbi.nlm.nih.gov) 20 mukaan näiden alueiden havaittiin sijaitsevan YAC 855F7-DNA:ssa ja neljässä BAC.issa: RP11-781A6, RP11-494K17, RP11-136F16 ja RP11-36P3 (vienti-numerot AC073552.1, AC022268.5, AC073571.14, ja vastaavasti ! AC073608.19).

BAC RP11-494K17 sisältää lokuksen 255315 ja lähes koko lokuk-25 sen 204040. Osa jälkimmäisestä lokuksesta on läsnä myös BAC 136F16:ssa, . . : joka sisältää myös koko lokuksen 121318 ja pienen osan KIAA0938:sta. BAC

t * * RP11-36P3 sisältää koko lokuksen KIAA0938, mutta ei lokuksen 121318 sek- t · venssiä. BAC 781A6 sisältää lokuksen 255379 ja pienen osan lokusta 255315 (katso kuvio 8) * * · • 30 BLASTA-analyysin ja Maes et ai:n [Genomics 80 (2002) 21 - 30] ·>·* mukaan lokukset 255315, 203040, 121318 ja KIAA0938 muodostavat yhdessä RAINBI-geenin homologin, neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin (sekvenssi tunnusnumero 1) tai sen osittaisen koodaavan sekvenssin (AF397731). LOC 255315:n (sekvenssi tunnusnumero 2) sekvenssi 498 - 668 on yhteinen NAV3- * · ·*[ 35 sekvenssin 1 - 171 kanssa yhtä nukleotidia lukuun ottamatta asemassa 594.

» 12 113666 NAV3-geenin sekvenssi, joka sisältää täyden 5'-pään, on esitetty sekvenssillä tunnusnumero 3.

Edellä havaittu kromosomaalinen katkoskohta kromosomissa 12q14-q21 ja translokaatio t(12;18)(q21;q12-21) varmistettiin FISH-analyysillä 5 SS-potilaalta otetussa biologisessa näytteessä punaisen BAC 36P3-täplän häviämisenä kromosomista 12 (kuvio 4A, ylin kuvapaneeli, normaali kromosomi, versus seuraava kuvapaneeli, poikkeava kromosomi) ja ylimääräisen punaisen BAC 36P3-täplän ilmestymisenä kromosomiin 18 (kuvio 4, kolmas ja neljäs kuvapaneeli, poikkeava kromosomi 18 ja vastaavasti normaali kromosomi 18).

10 YAC 857F6 säilyi kromosomissa 12. Kromosomimateriaalin translokaatio kromosomista 12 kromosomiin 18 havaittiin myös SKY-analyysillä.

Translokaatio kromosomien 12 (sentromeeri punainen) ja kromosomin 18q (sentromeeri vihreä) välillä varmistettiin edelleen toisella FISH-analyysillä BAC 36P3:a käyttäen SS-potilaalta otetussa näytteessä (kuvio 5) 15 Vielä uudessa FISH-analyysissä SS-potilaan näytteellä BAC 781A6 (vihreä signaali kuviossa 6) ja BAC136F16 (punainen ja viininpunainen signaali kuviossa 6) eroavat toisistaan translokaatiossa, kuten voidaan päätellä punaisen täplän puuttumisesta ja vihreän täplän esiintymisestä poikkeavassa kromosomissa 12 verrattuna normaaliin kromosomiin 12. Tämä materiaali on 20 translokoitunut kromosomiin 18 (katso punainen täplä poikkeavassa kromosomissa 18 kuviossa 6). Toisaalta BAC 494K17 pysyy kromosomissa 12 (vihreä signaali poikkeavassa kromosomissa 12 kuviossa 7) ja BAC 144J4 siir-.·: tyy pois kromosomista 12 (puuttuva punainen signaali poikkeavassa kro- mosomissa 12 kuviossa 7) 25 Koska edellä olevat BAC:t sisältävät lokukset, jotka yhdessä muo- \ : dostavat NAV3-geenin, signaalien eroaminen, mikä osoittaa lokusten eroamis- , ··] ta, osoittaa NAV3-geenin hajoavan kahteen osaan translokaatiossa toisen osan jäädessä kromosomiin 12 (osat ja lokukset, jotka sijaitsevat BAC:eissa RP11-786A1 ja 494K17) ja toisen osan (osat ja lokukset, jotka sijaitsevat 1 » · ;; 30 BAC:eissa 136F16 ja 36P3) translokoituessa kromosomiin 18q.

;·* FISH-kokeista päätelty katkoskohta sijaitsee BAC 494K17:n peittä- *: män alueen distaalisessa osassa (mahdollisesti lokus 204040, kuvio 8). Tar- kempi määrittely vaatii DNA-tasoisia tutkimuksia, esimerkiksi translokaatiokat-koskohdan kloonaamista.

35 Tämä on ensimmäinen kerta, kun spesifi toistuva katkoskohta tai > I I t ‘ * translokaatio on havaittu CTCL:ssä, joskin muita hematopoieettisen systeemin 113666 13 maligniteettejä, joissa esiintyy kromosomaalisia katkoskohtia/translokaatioita, on kuvattu. Parhaiten tunnettu on kromosomien 9 ja 22 välinen translokaatio, josta syntyy ns. Philadelphia-kromosomi, joka on identifioitu CML:ssä [Nowell, P. ja Hungerford, D., Science 132 (1960) 1497; Rowley, J., Nature 243 (1973) 5 290 -93.]. Tämä transformaatio johtaa BCR- ja ABL-geenien fuusioon, joka puolestaan on välttämätön CML:n kehittymiselle [Shtivelman, E., et ai., Nature 315 (1985) 550 - 554]. Fuusiogeenillä on tyrosiinikinaasi-aktiivisuutta. MLL (Mixed Lineage Leukemia) -geeni on yleinen kromosomaalisten translokaatioi-den kohde ihmisen akuuteissa leukemioissa. Viimeksi mainitut translokaatiot 10 johtavat MLL-geenin toiminnan lisääntymiseen synnyttämällä uusia kimeerisiä proteiineja, joissa MLL:n aminoterminaalinen pää on fuusioitunut lukukehyksessä johonkin 30:stä eri partneriproteiinista. Tämän fuusioproteiinin ilmentyminen on välttämätöntä, mutta ei riittävä leukemogeneesille hiirimallissa [Ay-ton, P. ja Cleary, M., Oncogene 20 (2001) 5695 - 707].

15 Akuutille promyelosyyttileukemialle on tyypillistä t(15;17)- translokaatio (Xu et ai, 2001), pernan marginaalivyöhykkeen B-solu-lymfoomalle t(11;14)(p11;q32)-translokaatio [Cuneo, A., et ai, Leukemia 15 (2001) 1262 - 7], follikulaarisissa lymfoomissa on t(14;18)(q32;q21)-trans-lokaatio, joka johtaa IGH:n promoottorialueen jukstapositioon anti-20 apoptoottisen proteiinin Bcl-2 koodaavan alueen kanssa kromosomissa 18 [Fukuhara, S., et ai, Cancer Res 39 (1979) 3119 - 3128, Tsujimoto, Y. et ai, Science 266 (1984) 1097 - 1099]. Toistuva, resiprokaalinen balansoitu translo-"’i kaatio t(2;5)(p23;q35) on löydetty CD30-positiivisessa anaplastisessa suu- risolulymfoomassa [Kadin, M.E. ja Morris, S.W., Leuk Lymphoma 29 (1998) :··: 25 249 - 56] ja jopa 50 %:ssa CD30-positiivisista primaarisista CTCL:stä [Beylot- : Barry, M. et ai, Blood 91 (1998) 4668 - 76], Tämä translokaatio synnyttää uu- ,···. den fuusioproteiinin, jolla on transformoivia ominaisuuksia in vitro.

Samoin tämä on ensimmäinen kerta, kun spesifinen geeni, NAV3, ja sen translokaatiot on yhdistetty lymfoproliferatiivisiin, kuten CTCL:ään.

* ·· » ;;; 30 Neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geeni on äskettäin identifioidun, ih- misen geeniperheen jäsen, joka on homologinen i//?c-53:n, Caenorhabditis v: elegansm solunohjausgeenin, kanssa (Maes et ai., supra). Sillä on homologi- siä sekvenssejä myös ihmisen RAINB1:n (retinoic acid inducible in neuroblastoma cells), unc-53:n nisäkäshomologin [Merrill et ai, PNAS 99 (2002) 3422 -35 3427], kanssa. NAV3 koostuu 39 eksonista ja sen ilmentyminen mRNA- detektion perusteella rajoittuu pääasiassa aivokudokseen (Maes et ai, 2002, 113666 14 supra), mutta hematopoieettisia tai lymfoidisia kudoksia ei ole tutkittu aikaisemmin. NAV3:n osoitettiin tuottavan transkriptejä, jotka koodaavat eripituisia proteiineja, ja se saattaa olla kudosspesifisen vaihtoehtoisen silmukoitumisen kohde. NAV3:n subsellulaarista sijaintia ei tiedetä. Homologisessa proteiinissa 5 UNC-53 on ennustetun rakenteen perusteella kaksi runsaasti polyproliinia sisältävää domeenia, jotka saattavat edustaa SH3-sitovia domeeneja, keskeisten kiertyneiden kierrealueiden dubletti (joka mahdollisesti on vuorovaikutuksessa muiden proteiinien kanssa) ja mahdollinen ATP/GTP-nukleotideja sitova kohta. Se sisältää myös kaksi mahdollista aktiinia sitovaa domeenia [String-10 ham, E., et ai., Development 129 (2002) 3367 - 3379].

Tämänhetkisen tietämyksen perusteella edellä mainituista homologisista geeneistä ja proteiineista oletamme, että NAV3:lla, kuten se esitetään sekvensseissä tunnusnumerot 1 tai 3, on funktio signaalin transduktiossa, ja sen puuttuminen (geenin deleetio) tai häiriintynyt tai amplifioitunut toiminta 15 (seurauksena translokaatiosta) saa aikaan kasvuedun, mahdollisesti säätelemällä vastetta apoptoosille, soluille, mikä puolestaan on edellytys maligniteetil-le.

Retinoid ien tiedetään olevan terapeuttisesti aktiivisia CTCLissä [Zackheim, H. S., Dermatology 199 (1999) 102 - 105) ja koska NAV3-geeni to-20 dennäköisesti indusoituu all-trans-retinoiinihapolla, kuten edellä mainitut homologinsa, on ymmärrettävää, että tässä osoitettu NAV3:n deleetio/translokaatio ·· tuottaa resistenssin tällaiselle hoidolle in vivo (kuten kävi kaikkien tutkitun koi- ; ‘ · men potilaan kohdalla tässä esitetyissä kokeissa).

: Lisäksi esillä olevassa keksinnössä identifioidaan uusi mahdollinen :*·· 25 funktio NAV3-geenille osoittamalla sen osallistuminen lymfoproliferatiivisessa ;* I sairaudessa, nimittäin CTCL:ssä ja erityisesti sen leukeemisessa muodossa, I · ." ·. Sezaryn syndroomassa.

Esillä oleva keksintö karakterisoi sytogeneettiset havainnot ja identifioi T-solukloonit, joissa on spesifi sytogeneettinen muutos. Identifioidut solut ; 30 ovat määritelmän mukaisesti todellisia maligneja soluja ja niiden tunnistaminen kliinisistä kudosnäytteistä osoittaa sairauden.

Esillä oleva keksintö identifioi translokaatiot ja mahdolliset neogee-nien muodostumiset sekä spesifit geenin deleetiot ja transformaatiot, jotka liit-tyvät lymfoproliferatiiviseen sairauteen, nimittäin CTCLiään ja erityisesti sen 35 leukeemiseen muotoon, Sezaryn syndroomaan. Yhdistämällä yllä olevat tiedot, 113666 15 patofysiologinen kaavio, jossa on mallipiirteitä muillekin lymfoproliferatiivisille sairauksille, voidaan antaa käyttöön uusia diagnostisia välineitä.

Esillä olevan keksinnön diagnostisen menetelmän mukaisesti kro-mosomaalisen katkoskohdan tai katkoskohtien läsnäolo tai puuttuminen voidaan 5 osoittaa biologisesta näytteestä millä tahansa tunnetulla toteamismenetelmällä, joka on sovelias osoittamaan katkoskohtia ja translokaatioita. Tällaiset menetelmät ovat helposti alan ammattimiesten tunnistettavissa ja niitä ovat käsittävät fluoresenssi in situ -hybridisaatiot, kuten moniväri-fluoressenssi in situ -hybridisaatiot, jotka perustuvat kromosomispesifisiin tai käsivarsispesifisiin maa-10 lauskoettimiin, jotka maalaavat kromosomin 12 spesifillä värillä, spektrillä, vä-risuhteella tai värin intensiteetillä tai näiden yhdistelmällä. Maalauskoetinta voidaan käyttää joko yksin tai yhdistettynä muihin maalauskoettimiin, jotka tunnistavat muita kromosomeja tai kromosomien käsivarsia kuten moniväri-fluoresenssi in situ -hybridisaatiossa [MFISH, kuvattu artikkelissa Speicher, M. R., et ai., Nat 15 Genet 12 (1996) 368 - 375], tai spektraalisessa karyotyypityksessä [SKY, kuvannut Schröck, E., et ai., Science 273 (1996) 494 - 497], tai yhdistetyssä binaarisen suhteen leimauksessa [Combined binary ratio labelling, COBRA; kuvannut Tanke, H. J., et ai., Eur J. Hum. Genet 7 (1999) 2 - 11] tai värinmuutos-karyotyypityksessä [colour changing karyotyping, CCK; kuvannut Henegariu, O., 20 et ai., Nat. Genet. 23 (1999) 263 - 4], tai sentromeerispesifeillä koettimilla, tai lo-kusspesifisillä tai translokoituneita lokuksia tunnistavilla raitaspesifisillä koettimilla. Jopa konventionaalisia G-raitatekniikoita voidaan käyttää tapauksissa, joissa karkea translokaation osoittaminen katsotaan riittäväksi. Edullisia mene-: telmiä ovat ne, jotka soveltuvat kliinisten laboratorioiden käyttöön, kuten ,·· 25 MFISH ja SKY.

' : Erään esillä olevan keksinnön edullisen suoritusmuodon mukaan, ,* *, jolloin käytetään hyväksi NAV3-geenin identifiointia lymfoproliferatiivisissa sai rauksissa, NAV3-geenin tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteiinia, tai fragmentin esiintyminen tai puut-30 tuminen voidaan todeta biologisesta täytteestä millä tahansa tunnetulla toteamismenetelmällä, joka sopii geenin ilmentymisen (tai kopioluvun) toteami-seen, ts. menetelmillä, jotka perustuvat geenin kopioluvun (tai DNAn) toteami-seen, ja/tai menetelmillä, jotka perustuvat geenin ilmentymistuotteiden (mRNA tai

: I

proteiini) toteamiseen. Alan ammattimiehet tunnistavat tällaiset menetelmät hel-35 posti ja niitä ovat in situ -hybridisaatiot, kuten fluoresenssi in situ -hybridisaatio

' 1 I

(FISH), mRNA in situ -hybridisaatio, Northern-analyysi, RT-PCR, Southern- ja 16 113666

Western-analyysit, immunohistokemia ja muut immunomääritykset, kuten ELISA, edullisia menetelmiä ovat menetelmät, jotka sopivat käytettäviksi tavallisssa kliinisissä laboratorioissa, kuten FISH, RT-PCR-menetelmät ja immunohistokemia.

Terapiassa voidaan käyttää NAV3-geenin normaalin funktion palaut-5 tamista. Tämä voidaan saavuttaa lisäämällä funktionaalisesti homologisten geenien ilmentämistä viemällä ehjä NAV3-geeni tai käyttämällä NAV3-geenin muunnettua muotoa tai antisense-oligonukleotidiä NAV3:a vastaan millä tahansa tunnetulla tekniikalla, joka on tällä hetkellä käytettävissä geeniterapiaan leviävän taudin ehkäisemiseksi. Erityisesti kasvainsolujen kasvua voidaan hidastaa tai se 10 voidaan jopa pysäyttää tällaisella hoidolla. Näitä tekniikoita ovat ex vivo- ja in situ -hoitomenetelmät, joista ensiksi mainittu käsittää ehjän tai muunnetun NAV3-geenin (tai sen funktionaalisten domeenien) transdusoinnin tai transfektoinnin re-kombinantti- tai peptidimuodossa tai antisense-oligonukleotideinä tai vektorissa potilaaseen, ja jälkimmäinen käsittää muunnetun geenin tai oligonukleotidin li-15 säämisen kantajaan, joka sitten viedään potilaaseen. Hoidettavasta taudista riippuen voidaan saavuttaa väliaikainen tai pysyvä paraneminen. Vaihtoehtoisesti monoklonaalisia tai humanisoituja vasta-aineita tai peptidejä, jotka sitoutuvat NAV3-proteiiniin tai fuusiogeeniin, joka syntyy translokaation seurauksena, voidaan käyttää muuttuneen NAV3-proteiinin funktion suppressoimiseksi ja siten 20 kasvaimen kasvua voidaan hidastaa tai se voidaan jopa pysäyttää. Myös vasta-aineita NAV3:a vastaan voitaisiin käyttää viemään muita aineita, kuten sytotoksi-sia aineita, syöpäsoluihin, jotka yli-ilmentävät NAV3-geeniä. Tällaisia aineita voi-': täisiin sitten käyttää syöpäsolujen tappamiseen spesifisesti.

: Esillä oleva keksintö mahdollistaa myös nopeiden testimenetelmien • 25 kehittämisen identifioituja molekyylisytogeneettisiä muutoksia varten kliinisissä : näytteissä. Tällaiset menetelmät käsittävät kaksi DNA-koetinta, jotka ylettyvät ,···[ kromosomaalisen katkoskohdan (kromosomaalisten katkoskohtien) ylitse ja • · jotka on leimattu erilaisilla värireaktion tai fluoresenssin antavilla markkereina ja jotka hybridisoituvat helposti saataviin ei-jakautuviin ihon tai veren (interfaa- ·;;; 30 si) soluihin. Jos näytteessä esiintyy kromosomaalinen katkoskohta, joka sijait- *··** see koettimien välisellä alueella, visualisoidut signaalit joko visuaalisesti eroa- vat toisistaan, katoavat tai yhtyvät. Keksinnön tässä suoritusmuodossa käyttö-kelpoisia koettimia ovat esimerkiksi YAC:ihin tai BAC:ihin perustuvat, P1:t tai *, kosmidit, jotka sisältävät ihmisen lokusspesifejä sekvenssejä. Katso myös 35 esimerkki 2. Koettimia voidaan myös edelleen kehittää erilaisin menettelyin,

• I

17 113666 esimerkiksi käyttäen PCR:ää rikastamaan YAC:n humaani-inserttiä ja käyttäen erilaisia leimausmenetelmiä.

Yksi keksinnön suoritusmuoto on diagnostinen testipakkaus, joka käsittä NAV3-geenin, geenituotteiden tai näiden fragmenttien toteamiseen tarvitta-5 vat reagenssit. Näitä reagensseja voivat olla spesifiset vasta-aineet, edullisesti monoklonaliset vasta-aineet, jotka pystyvät identifioimaan NAV3:n tai sen geeni-tuotteet tai näiden fragmentit, muut vasta-aineet, markkerit ja vakiot, joita tarvitaan visualisointiin tai kvantitointiin, sekä puskurit, laimentimet, pesuliuokset ja vastaavat, jotka tavallisesti sisältyvät kaupalliseen reagenssitestipakkaukseen.

10 Vaihtoehtoisesti esillä olevan keksinnön mukainen diagnostinen testipakkaus voi käsittää NAV3-geenin tuotteen tai sen funktionaalisen variantin tai fragmentin yhdessä sopivien reagenssien, kuten edellä lueteltujen reagenssien, kanssa, joita tarvitaan NAV3-proteiinia vastaan muodostuneiden vasta-aineiden toteamiseen.

15 Keksinnön mukaisessa menetelmässä biologinen näyte voi olla mikä tahansa sopiva kudosnäyte, kuten esimerkiksi biopsia ihosta tai imusolmukkeesta, kudosneste, kuten kokoveri, lymfa tai aivoselkäydinneste. Biologinen näyte voidaan, jos on tarpeen, esikäsitellä sopivalla alan ammattimiesten tuntemalla tavalla.

20 Kromosomaalisten katkoskohtien osoittaminen kromosomissa 12 ja/tai sen translokaation osoittaminen on arvokas erityisesti lymfoproliferatiivisten sairauksien, kuten primaarisen ihon T-solulymfooman (CTCL), varhaisdiagnos- : tilkassa ja ennustettaessa progressiota tai transformaatiota yhdistetyllä dia- : : gnostisella lähestymistavalla. Esimerkiksi CTCL:n kohdalla toistuva katkoskoh- j 25 ta (toistuvat katkoskohdat) kromosomissa 12 ja/tai sen translokaatio (translo- : kaatiot) osoitettuna esillä olevan keksinnön mukaisesti ensi kertaa identifioivat • * __ .·· . CTCL:n aggressiiviset muodot ja, mikä tärkeää, taudin varhaisessa vaiheessa.

Kuitenkin yhdistämällä tämän kromosomaalisen translokaation osoitus myöhemmin kuvattaviin tullaan luomaan perusta kromosomaalisten poikkeavuuk-·;;; 30 sien kirjolle, jotka liittyvät lymfoproliferatiivisten sairauksien tiettyyn kliiniseen kulkuun. Myöskin haluttaessa varmistaa affisoituneiden lymfosyyttien toimin-nallinen kyky tässä kuvattu keksintö voidaan yhdistää solujen pintamarkkerei-den osoittamiseen, kuten on aikaisemmin kuvattu tunnettujen sentromeeris-, pesifien kromosomaalisten koettimien osalta [Karenko, L. et ai., J. Invest.

35 Dermatol. 116 (2001) 188- 193], » · 113666 18

Esillä oleva keksintö mahdollistaa luotettavamman, varhaisemman ja helpomman diagnoosin tekemisen lymfoproliferatiivisissa sairauksissa, kuten CTCLssä, ja avaa uusia mahdollisuuksia niiden hoitoon.

Seuraavat esimerkit annetaan keksinnön valaisemiseksi edelleen.

5 Esimerkki 1

Kromosomin 12 translokaation tunnistaminen a) Soluviljely ja tavanomaiset kromosomipreparaatit

Perifeerisen veren lymfosyyttejä eristettiin sentrifugoimalla Ficoll-Isopaque-tuotteella, pestiin RPMI 1640 -väliaineella (Gibco BRL, Life Techno-10 logies) ja viljeltiin kolme päivää RPMI 1640:ssä, joka sisälsi 20 % naudan sikiön seerumia (Gibco BRL), L-glutamiinia (100X Liquid, käytettiin 1X, Gibco BRL), antibiootteja (penisilliini 10 000 IU/ml, streptomysiini 10 000 /vg/ml, käytettiin laimennoksena 1:100) ja fytohemagglutiniinia (PHA 10576-015, Gibco BRL, käytettiin laimennoksena 1:100). Sen jälkeen solut käsiteltiin hypotonisel-15 la KCI-liuoksella, kiinnitettiin asetoni-metanolissa (1:3) ja solususpensiota tiputettiin objektilaseille tavallisiksi kromosomipreparaateiksi.

b) MFISH-menetelmä

Ilmakuivatut preparaatit kiinnitettiin 0,1-%:isella paraformaldehydillä ja kuivattiin etanolisarjassa (70 %, 85 %, 100 %). Kutakin kromosomiparia kro- 20 mosomispesifisenä fluoresoivana väriyhdistelmänä tunnistavaksi leimattu maa- v lauskoetinseosta (24XCyte-MetaSystems’ 24 color kit, MetaSystems GmbH, ' * Altlussheim, Saksa) denaturoitiin 75 °C:n vesihauteessa kuusi minuuttia, käy- » · ’*,*·: tettiin lyhyesti jäillä ja inkuboitiin 30 - 60 minuuttia 37 °C:n inkubaattorissa vai- mistajan käyttöohjeen mukaan. Kromosomien DNA denaturoitiin 70-%:isessa 25 formamidissa 2xSSC:ssä, pH 7,0, kahden minuutin ajan, lasit kuivattiin 70-, .85-, ja 100-prosenttisessa etanolissa ja pantiin 37-celsiusasteiselle lämpölevyl-", le. Koetin pipetoitiin laseilla oleville kromosomeille ja peitinlasi liimattiin kiinni • ’ kumisementillä (Starkey Chemical CO, IL, USA). Laseja inkuboitiin 3-5 päivää kosteassa kammiossa 37 °C:n lämpötilassa.

30 Laseja pestiin 50-%:isella formamidilla 2xSSC:ssä, pH 7,3, 42 °C:ssa 2x5 minuutin ajan, sitten 2xSSC:llä, pH 7,0, 42 °C:ssa 2 x 5 mi-nuuttia ja 4xSSC:ssä, jossa oli 0,01 % Tween 20:tä (=SSCT), pH 7,0, yhden minuutin ajan. Biotiinileimat detektoitiin yhdellä tai kahdella kerroksella strepta- 113666 19 vidiini-Cy5:ttä valmistajan käyttöohjeen mukaan (B-tect kit, MetaSystems GmbH), ja preparaatit peitettiin värin haihtumista estävällä aineella ja DAPIJIa (B-tect kit, Metasystems GmbH).

Metafaasit kuvattiin UV-mikroskoopilla (Axioplan imagining 2, Zeiss, 5 Saksa) ja analysoitiin Isis-tietokoneohjelmalla (Isis of MetaSystems GmbH, jossa oli MFISH-ohjelmamoduuli).

Katkoskohtia tarkennettiin edelleen tavallisella G-raitavärjäyksellä (Verma, R. S. ja Babu, A., Human Chromosomes. Manual of basic techniques, 1. painos, Pergamon Press, New York, 1989), jolla näitä translokaatiokro-10 mosomeja oli mahdollista löytää markkerikromosomien ja deletoituneiden kromosomien joukosta.

1c) SKY-menetelmä (MFISH:in vaihtoehto) SKY [kuvannut Schröck, E., et ai., Science 273 (1996) 494 - 497] suoritettiin ASI:n (Applied Spectral Imaging) suositusten mukaan. Lyhyesti sa-15 nottuna koetinseos (SKY-kitistä, ASI) denaturoitiin ja sitä inkuboitiin 37 °C:ssa yksi tunti. Lasit denaturoitiin 70-%:isessa formamidissa 2xSSC:ssä ja vesi kuivattiin pois. Koetin pipetoitiin metafaaseille ja hybridisoitiin 37 °C:ssa kaksi päivää. Biotinyloitu koetin detektoitiin avidiini-Cy5:llä ja digoksigeniinillä leimattu koetin hiiren anti-digoksigeniinillä ja sen jälkeen vuohen Cy5.5:een konju-20 goidulla vuohen anti-hiirivasta-aineella.

Joko MFISHJIä tai SKY:lla havaittiin katkoskohta alueella q14-;··: 12q24 5:llä 6:sta Sezaryn syndroomaa (SS), leukeemista CTCL:n muotoa sai- : rastavasta potilaasta ja 2:lla Mycosis fungoides -potilaalla (MF, CTCL:n ala- tyyppi, kuviot 1 ja 2). Kolmella SS-potilaalla kromosomimateriaalia oli translo-: 25 koitunut kromosomeihin 18p tai 18q12-q21 (kuvio 3) ja yhdellä potilaalla kro- ] mosomiin 4 (kuvio 2).

Esimerkki 2 * * » . · · ·. Translokaation karakterisointi » I »

Translokaatio määriteltiin edelleen FISH:llä käyttäen lokusspesifisiä :* 30 YAC-koettimia tai BAC-koettimia (YAC-koettimet CEPH:sta, Fondation Jean '·;· Dausset, Ranska; BAC-koettimet Research Genetics -yhtiöstä, Groningen, ; Alankomaat). YAC:it kasvatettiin AHC-liemessä ja puhdistettiin Genomesys- tems-yhtiön (St. Louis, Missouri, USA) ohjeiden mukaan. BAC:it kasvatettiin ja puhdistettiin Research Genetics -yhtiön (Groningen) ohjeiden mukaan. Sekä 113666 20 YAC:it että BAC:it leimattiin FITC:lla (Fluorescein-12-dUTP, NEN Life Science Products, Inc, Boston, MA, USA), Alexa 488®:lla tai Alexa 594 ®:llä (molemmat Molecular probes -yhtiöstä, Leiden, Alankomaat) tai biotiinilla (Oncor Inc. Gaithersburg, MD, USA) nick-translaatio-menetelmällä. BAC:it kasvatettiin ja 5 puhdistettiin Research Genetics -yhtiön (Groningen) ohjeiden mukaan. Mitä tulee YAC:iin 803-C-2 ja BAC RP11-359M6, katso luku “Keksinnön yksityiskohtainen kuvaus”.

Kyseiset kromosomit tunnistettiin kromosomien 12 ja 18 sentromee-reille spesifisillä koettimilla, jotka oli leimattu biotiinilla (Oncor Inc. Gaithers-10 burg, MD, USA) tai digoksigeniinilla (Oncor Inc). Biotiini detektoitiin kahdella kerroksella avidiini-Cy3:a (ExtrAvidin-Cy3-konjugaatti, Sigma-AIdrich, Saint Louis, Missouri, USA) ja biotinyloitu anti-avidiinivasta-aine (vuohi; Vector) niiden välissä. Digoksigeniinileima detektoitiin lampaassa tehdyllä anti-digoksigeniinivasta-aineella (Roche, Mannheim, Saksa) ja sen jälkeen aasissa 15 tehdyllä, FITC:llä leimatulla anti-lammasvasta-aineella (Jackson West Grove, Pennsylvania, USA). Preparaatit peitettiin Vectashield®:illä, jossa oli DAPIiia (Vector Laboratories, Inc, Burlingame, CA, USA).

Metafaasit kuvattiin UV-mikroskoopilla (Axioplan imagining 2, Zeiss, Saksa) ja analysoitiin MetaSystems GmbH:n Isis-tietokoneohjelmalla, jossa oli 20 MFISH-ohjelmamoduuli.

Yllä olevalla menetelmällä katkoskohta tarkennettiin alueelle 12q14-q21.3 kahdella potilaalla (kuvio 3).

Esimerkki 3 NAV3-geenin identifiointi translokaatiossa • I · '· '** 25 Translokaation identifioimiseksi edelleen FISH:ssä käytettiin toisia koettimia. YAC 855F7:ää (CEPH) kasvatettiin ja se puhdistettiin ja leimattiin digoksigeniini-11-dUTP:lla (Roche) käyttäen nick-translaatiota esimerkissä 2 kuvatulla tavalla. Hybridisaatio suoritettiin, kuten edellä olevassa esimerkissä 2 on kuvattu, ja hybridisoitunut koetin todettiin lampaan anti-digoksigeniini-:v, 30 rodamiini-vasta-aineilla (Roche, Mannheim).

Hybridisoitunut koetin kuvattiin ja analysoitiin ultraviolettimikroskoo-" pilla ja Isis 3 -tietokoneohjelmalla (kuvio 8). SS:ää sairastavalta potilaalta 3 otetussa näytteessä YAC 855F7 jakautui kahden kromosomin, 12q:n ja 18q:n, :*·: välille. Toisissa hybridisaatioissa muilla YAC:eilla YAC:t, jotka sijaitsivat alueil- 35 la, jotka olivat YAC 855F7:n yläpuolella (katso kuvio 8, potilasvastepylväs), py- 113666 21 syivät vastaavilla paikoillaan poikkeavassa 12q:ssa, ja YAC:ien, jotka olivat YAC 855F7:n alapuolella, havaittiin translokoituvan poikkeavasta 12q:sta poikkeavaan kromosomiin 18q. Potilailta 1 ja 2 otetuissa näytteissä YAC 855F7 oli läsnä vain kromosomin 12 normaalissa homologissa, eikä sitä näkynyt yhdes-5 säkään muussa kromosomissa. Vain yksi homologi geeneistä, jotka ovat edustettuina YAC855F7:ssa, kuten NAV3, oli läsnä soluissa.

YAC 855F7, joka on osa YAC-jatkumoa 12.4 (NIH: www.ncbi.nlm.nih.gov), käsittää markkereiden CHLC.GATA65A12 ja WI-6487 välisen alueen. Viisi peräkkäistä lokusta, nimittäin LOC255379, LOC255315, 10 LOC204040, LOC121318 ja KIAA0938 löydettiin NCBI-tietokannasta (www.ncbi.nlm.nih.gov) vastaavassa genomisessa jatkumossa (NT 009551). Lokuksen PCR:n ja BAC-spesifisten STS-markkereiden (SHGC-155034, G62498, SHGC-79622 ja vastaavasti WI-6487) sekä BLASTA-tietokoneanalyysin (www.ncbi.nlm.nih.gov) mukaan näiden lokusten havaittiin 15 sijaitsevan YAC 855F7-DNA:ssa ja neljässä BACissa RP11-781A6, RP11-494K17, RP11-136F16 ja RP11-36P3 (vientinumerot AC073552.1, AC022268.5, AC073571.14 ja vastaavasti AC073608.19).

Neljä BAC:ia, RP11-781A6, RP11-494K17, RP11-136F16 ja RP11-36P3, puhdistettiin, leimattiin, hybridisoitiin ja valokuvattiin edellä kuvatulla ta-20 valla. SS:ää sairastavalta potilaalta 3 otetussa näytteessä BAC RP11-781A6 ja BAC RP11-494K17 pysyivät paikoillaan poikkeavassa kromosomissa 12, kun taas BAC RP11-136F6 ja BAC RP11-36P3 translokoituivat kromosomiin 18q.

: SS-potilailta 1 ja 2 otetuissa näytteissä yksi homologi, joka vastaa BAC RP11- 36P3:a, puuttui kokonaan ja signaali esiintyi vain normaalissa 12q:ssa (kuvio , · 25 8, suurennos).

. . | BLASTA-analyysin ja Maes et al:n (2002) mukaan edellä olevat lo- .·*.’ kukset 255315, 204040, 121318 ja KIAA0938 yhdessä muodostavat RAINB1- geenin homologin neuroninavigaattori 3 (NAV3). Tällä geenillä on sekvenssi tunnusnumero 1 (AF397731) tai vaihtoehtoisesti 3.

;;; 30 BAC RP11-494K17 sisältää lokuksen 255315 ja lähes kokonaan lo-

;·* kuksen 204040. Osa jälkimmäistä lokuksesta on myös edustettuna BAC

136F16:ssa sekä koko lokus 121318 ja pieni osa KIAA0938:a. BAC RP11-36P3 sisältää koko lokuksen KIAA0938, mutta ei lokuksen 121318 sekvenssiä. BAC 781A6 sisältää lokuksen 255379 ja pienen osan lokusta 255315 (kuvio : \ 35 9). Siten potilaan 3 näytteessä olevassa translokaatiossa, NAV3-geeni on ja kautunut kahteen osaan siten, että toinen osa jää kromosomiin 12q, mutta toi- 22 113666 nen osa translokoituu kromosomiin 18q. Kahdesta muusta SS-potilaasta otetuissa näytteissä, jotka tutkittiin, ainakin geenin alin osa (BAC RP11-36P3) on täysin deletoitunut.

»« ·

Claims (18)

23 1 13666

1. Menetelmä ihon primaaristen T-solulymfoomien (CTCL) diagnosoimiseksi ja taudin etenemisen seuraamiseksi, tunnettu siitä, että määri-5 tetään biologisesta näytteestä vähintään yhden spesifisen kromosomaalisen katkoskohdan kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 ja/tai vähintään yhden kromosomimateriaalin translokaation kromosomista 12 alueelta 12q14-12q24 esiintyminen tai puuttuminen, jolloin mainitut katkoskohdat ja translokaatiot liittyvät mainittuihin T-solulymfoomiin.

2. Menetelmä ihon primaaristen T-solulymfoomien (CTCL) diagno soimiseksi ja taudin etenemisen seuraamiseksi, tunnettu siitä, että määritetään biologisesta näytteestä mainittuihin T-solulymfoomiin liittyvän neu-roninavigaattori 3 (NAV3) -geenin, jolla on sekvenssi nro 1, tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteii-15 nia, tai fragmentin esiintyminen tai puuttuminen.

3. Menetelmä ihon primaaristen T-solulymfoomien (CTCL) diagnosoimiseksi ja taudin etenemisen seuraamiseksi, tunnettu siitä, että määritetään kliinisestä näytteestä mainittuihin T-solulymfoomiin liittyvän neu-roninavigaattori 3 (NAV3) -geenin, jolla on sekvenssi nro 1, tai sen ekvivalen-20 tin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteiinia, translokaation tai deleetion tai muun virheen esiintyminen tai puuttuminen.

: *·· 4. Menetelmä sellaisten potilaiden tunnistamiseksi, joilla on riski ke- • "i hittää ihon primaarisen T-solulymfooman (CTCL) aggressiivinen muoto, tunnettu siitä, että määritetään mainittua sairautta potevasta potilaasta ,··· 25 otetusta biologisesta näytteestä vähintään yhden spesifisen kromosomaalisen : katkoskohdan kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 ja/tai vähintään yhden ,···. kromosomimateriaalin translokaation kromosomista 12 alueelta 12q14-12q24 ja/tai neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin, jolla on sekvenssi nro 1, tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa > >· 30 proteiinia, translokaation tai deleetion tai muun virheen esiintyminen tai puut-;·* tuminen, jolloin mainittu kromosomaalinen katkoskohta tai translokaatio ja ‘ : geenin translokaatio tai deleetio tai muu virhe liittyvät taudin alatyyppeihin.

5. Menetelmä ihon primaaristen T-solulymfoomien (CTCL) etenemisen ennustamiseksi ja niiden muuttumisen aggressiiviseksi variantiksi toteami-'* 35 seksi, tunnettu siitä, että määritetään mainittua sairautta potevasta poti laasta otetusta biologisesta näytteestä vähintään yhden spesifisen kro- 113666 24 mosomaalisen katkoskohdan kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 ja/tai vähintään yhden kromosomimateriaalin translokaation kromosomista 12 alueelta 12q14-12q24 ja/tai neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin, jolla on sekvenssi 1, tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa 5 oleellisesti samaa proteiinia, translokaation tai deleetion tai muun virheen esiintyminen tai puuttuminen, jolloin mainittu kromosomaalinen katkoskohta tai translokaatio ja geenin translokaatio tai deleetio tai muu virhe liittyvät taudin alatyyppeihin.

6. Jonkin patenttivaatimuksen 1 ja 3 - 5 mukainen menetelmä, 10 tunnettu siitä, että määritetään kromosomista 12 alueelta 12q14-12q24 peräisin olevan materiaalin translokaatio kromosomiin 4 tai kromosomiin 18.

7. Jonkin patenttivaatimuksen 1 ja 3 - 5 mukainen menetelmä, tunnettu siitä, että määritetään vähintään yksi spesifinen kromosomaalinen katkoskohta kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 ja sen translokaatio 15 kromosomiin 4 tai 18.

8. Jonkin patenttivaatimuksen 1 ja 3 - 5 mukainen menetelmä, tunnettu siitä, että määritetään NAV3-geenin osan translokaatio kromosomiin 18.

9. Patenttivaatimuksen 2 mukainen menetelmä, tunnettu siitä 20 että määritetään NAV3-geenin tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteiinia, tai fragmentin läsnäolo tai puuttuminen kromosomissa 12 alueelta 12q14-12q24. "i

10. Jonkin patenttivaatimuksen 1 - 9 mukainen menetelmä, f: tunnettu siitä, että määrittäminen suoritetaan fluoresenssi in situ hybridi- - 25 saatio -menetelmällä, joka perustuu kromosomispesifisiin tai käsivarsispesifisiin : maalauskoettimiin, jotka maalaavat kromosomin 12 alueen 12q14-12q24 spesi- .· · ·. fillä värillä, spektrillä, värisuhteella tai värien intensiteetillä tai niiden yhdistelmällä.

11. Jonkin patenttivaatimuksen 1-9 mukainen menetelmä, tunnettu siitä, että määrittäminen suoritetaan multi-fluor in situ - *;;; 30 hybridisaatiolla (MFISH) tai spektraalisella karyotyypityksellä (SKY).

12. Jonkin patenttivaatimuksen 1-9 mukainen menetelmä, l‘‘‘: tunnettu siitä, että ihon primaarinen T-solulymfooma (CTCL) on mycosis fungoides (MF).

13. Patenttivaatimuksen 1 mukainen menetelmä, tunnettu siitä, 35 että ihon primaarinen T-solulymfooma (CTCL) on leukeeminen Sezaryn syn- 1 » * 1 * drooma (SS). 113666 25

14. Spesifisen kromosomaalisen katkoskohdan ja/tai kromosomaa-lisen materiaalin translokaation käyttö ihon primaarisiin T-solulymfoomiin (CTCL) liittyvien sairauksien diagnosoinnissa, joka mainittu katkoskohta on kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 ja joka mainittu kromosomaalisen ma- 5 teriaalin translokaatio tapahtuu kromosomista 12 alueelta 12q14-12q24, jolloin mainittu katkoskohta ja translokaatio liittyvät mainittuihin sairauksiin.

15. Neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin, jolla on sekvenssi nro 1, tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteiinia, tai sen fragmentin ja/tai neuroninavigaattori 3 (NAV3) - 10 geenin translokaation, deleetion tai muun virheen kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 käyttö ihon primaarisiin T-solulymfoomiin (CTCL) liittyvien sairauksien diagnosoinnissa, jolloin mainittu geeni, translokaatio, deleetio tai virhe liittyvät mainittuihin sairauksiin.

16. Patenttivaatimuksessa 2 määritellyn neuroninavigaattori 3 15 (NAV3) -geenin, jolla on sekvenssi nro 1, tai sen ekvivalentin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteiinia, tai sen fragmentin käyttö ihon primaaristen T-solulymfoomien (CTCL) hoitoon tarkoitetun lääkkeen valmistamiseksi.

17. Testisysteemi vähintään yhden spesifisen, ihon primaarisiin T- 20 solulymfoomiin (CTCL) liittyvän kromosomaalisen katkoskohdan kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 tai sen translokaation toteamiseksi kromosomista : '· 12 alueelta 12q14-12q24 tai molekyylisytogeneettisten muutosten identifioimi- 'i seksi kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 kliinisissä näytteissä, jotka on otettu CTCL:ää potevilta potilailta, tunnettu siitä että se sisältää kaksi j 25 DNA-koetinta, jotka käsittävät kromosomaalisen katkoskohdan (kromosomaa-. : liset katkoskohdat) kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 ja jotka on merkitty , ·*·. erilaisilla värireaktion tuottavilla tai fluoresoivilla merkkiaineilla ja jotka hybridi- soituvat kromosomiin 12 alueeseen 12q14-12q24 biologisessa näytteessä, ja reagenssit in situ hybridisaatio -analyysin suorittamiseksi. • > ·

18. Diagnostinen testipakkaus vähintään yhden spesifisen, ihon primaarisiin T-solulymfoomiin (CTCL) liittyvän kromosomaalisen katkoskohdan kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 ja/tai sen translokaation tai neu-roninavigaattori 3 (NAV3) -geenin, jolla on sekvenssi nro 1, tai sen ekvivalen- > I > \ tin, jolla on oleellisesti sama funktio ja joka koodaa oleellisesti samaa proteii- < » · 35 nia, tai fragmentin tai neuroninavigaattori 3 (NAV3) -geenin translokaation, de- > » » »· leetion tai muun virheen kromosomissa 12 alueella 12q14-12q24 määrittämi- 113666 26 seksi, tunnettu siitä, että se käsittää tarvittavat reagenssit, joita ovat spesifiset vasta-aineet, edullisesti monoklonaaliset vasta-aineet, jotka pystyvät identifioimaan NAV3:n tai sen geenituotteet tai näiden fragmentit, ja muut vasta-aineet, markkerit ja vakiot, jotka tarvitaan visualisointiin tai kvantitointiin, se-5 kä puskurit, laimentimet, pesuliuokset ja vastaavat. » t I » » I · t ‘ · 27 1 13666