ES2863680T3 - Determinación de la predisposición genética al cáncer de próstata agresivo - Google Patents
Determinación de la predisposición genética al cáncer de próstata agresivo Download PDFInfo
- Publication number
- ES2863680T3 ES2863680T3 ES17728245T ES17728245T ES2863680T3 ES 2863680 T3 ES2863680 T3 ES 2863680T3 ES 17728245 T ES17728245 T ES 17728245T ES 17728245 T ES17728245 T ES 17728245T ES 2863680 T3 ES2863680 T3 ES 2863680T3
- Authority
- ES
- Spain
- Prior art keywords
- prostate cancer
- hoxb13
- cip2a
- subject
- risk
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 title claims abstract description 292
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 278
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 title description 8
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims abstract description 139
- 102200145956 rs138213197 Human genes 0.000 claims abstract description 101
- 102220485724 Protein CIP2A_R229Q_mutation Human genes 0.000 claims abstract description 87
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 70
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims abstract description 37
- 238000010998 test method Methods 0.000 claims abstract description 4
- 102100021088 Homeobox protein Hox-B13 Human genes 0.000 claims description 113
- 101001041145 Homo sapiens Homeobox protein Hox-B13 Proteins 0.000 claims description 113
- 101000766826 Homo sapiens Protein CIP2A Proteins 0.000 claims description 99
- 102100028634 Protein CIP2A Human genes 0.000 claims description 99
- 108010072866 Prostate-Specific Antigen Proteins 0.000 claims description 31
- 102100038358 Prostate-specific antigen Human genes 0.000 claims description 31
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 26
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 22
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 18
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims description 15
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims description 13
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 10
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 claims description 9
- 238000011160 research Methods 0.000 claims description 9
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims description 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 8
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 7
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 7
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 7
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 6
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 6
- 206010004446 Benign prostatic hyperplasia Diseases 0.000 claims description 5
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 claims description 5
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 claims description 4
- 108010041834 Growth Differentiation Factor 15 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100040896 Growth/differentiation factor 15 Human genes 0.000 claims description 4
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 claims description 4
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 claims description 4
- 238000002595 magnetic resonance imaging Methods 0.000 claims description 4
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 4
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 4
- 238000011471 prostatectomy Methods 0.000 claims description 4
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 claims description 4
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 claims description 4
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 claims description 4
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 claims description 3
- 102100038356 Kallikrein-2 Human genes 0.000 claims description 3
- 101710176220 Kallikrein-2 Proteins 0.000 claims description 3
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 claims description 3
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 claims description 3
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims description 3
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 claims description 3
- 201000001514 prostate carcinoma Diseases 0.000 claims description 3
- 235000008474 Cardamine pratensis Nutrition 0.000 claims description 2
- 240000000606 Cardamine pratensis Species 0.000 claims description 2
- 102100038970 Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 Human genes 0.000 claims description 2
- 101000882127 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000984753 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase B-raf Proteins 0.000 claims description 2
- 101000642268 Homo sapiens Speckle-type POZ protein Proteins 0.000 claims description 2
- 101000744436 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) Trans-acting factor D Proteins 0.000 claims description 2
- 102100027103 Serine/threonine-protein kinase B-raf Human genes 0.000 claims description 2
- 102100036422 Speckle-type POZ protein Human genes 0.000 claims description 2
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 claims description 2
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 claims description 2
- 102100025093 Zinc fingers and homeoboxes protein 2 Human genes 0.000 claims description 2
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 2
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 2
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 2
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 claims description 2
- 230000004927 fusion Effects 0.000 claims description 2
- 230000011987 methylation Effects 0.000 claims description 2
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 claims description 2
- 108091008025 regulatory factors Proteins 0.000 claims description 2
- 102100025142 Beta-microseminoprotein Human genes 0.000 claims 2
- 108090000368 Fibroblast growth factor 8 Proteins 0.000 claims 1
- 108091033411 PCA3 Proteins 0.000 claims 1
- 102100039277 Pleiotrophin Human genes 0.000 claims 1
- 108010020169 beta-microseminoprotein Proteins 0.000 claims 1
- -1 eQTLs Proteins 0.000 claims 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 59
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 37
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 33
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 33
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 28
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 21
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 18
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 17
- 238000011161 development Methods 0.000 description 16
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 16
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 16
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 11
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 11
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 11
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 10
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 9
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 9
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 9
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 7
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 7
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 7
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 6
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 6
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 6
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 6
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 6
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 6
- 230000002195 synergetic effect Effects 0.000 description 6
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 6
- 230000008859 change Effects 0.000 description 5
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 4
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 4
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 4
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000034994 death Effects 0.000 description 4
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 4
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 4
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 4
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 4
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 4
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 4
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 4
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 3
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 3
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 3
- 238000011256 aggressive treatment Methods 0.000 description 3
- 239000003098 androgen Substances 0.000 description 3
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 3
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 description 3
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 description 3
- 208000035392 hereditary 6 prostate cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000032154 hereditary 8 prostate cancer Diseases 0.000 description 3
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 3
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 3
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 3
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 3
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 3
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 2
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 2
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 2
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 208000004403 Prostatic Hyperplasia Diseases 0.000 description 2
- 108091027967 Small hairpin RNA Proteins 0.000 description 2
- MUMGGOZAMZWBJJ-DYKIIFRCSA-N Testostosterone Chemical compound O=C1CC[C@]2(C)[C@H]3CC[C@](C)([C@H](CC4)O)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 MUMGGOZAMZWBJJ-DYKIIFRCSA-N 0.000 description 2
- 238000002487 chromatin immunoprecipitation Methods 0.000 description 2
- 230000002559 cytogenic effect Effects 0.000 description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 2
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 2
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 238000000126 in silico method Methods 0.000 description 2
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 2
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- 108091008819 oncoproteins Proteins 0.000 description 2
- 102000027450 oncoproteins Human genes 0.000 description 2
- 238000004223 overdiagnosis Methods 0.000 description 2
- 230000007918 pathogenicity Effects 0.000 description 2
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 2
- 238000011472 radical prostatectomy Methods 0.000 description 2
- 238000012340 reverse transcriptase PCR Methods 0.000 description 2
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 description 2
- 238000010187 selection method Methods 0.000 description 2
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 description 2
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- 235000011330 Armoracia rusticana Nutrition 0.000 description 1
- 240000003291 Armoracia rusticana Species 0.000 description 1
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 description 1
- 102100034770 Cyclin-dependent kinase inhibitor 3 Human genes 0.000 description 1
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 208000010228 Erectile Dysfunction Diseases 0.000 description 1
- 208000002846 Familial prostate cancer Diseases 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 101150033506 HOX gene Proteins 0.000 description 1
- 102100034889 Homeobox protein Hox-B1 Human genes 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101100439050 Homo sapiens CDKN3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101001019745 Homo sapiens Homeobox protein Hox-B1 Proteins 0.000 description 1
- 108010000178 IGF-I-IGFBP-3 complex Proteins 0.000 description 1
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 1
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 1
- 108010011536 PTEN Phosphohydrolase Proteins 0.000 description 1
- 102000014160 PTEN Phosphohydrolase Human genes 0.000 description 1
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 1
- 208000006994 Precancerous Conditions Diseases 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- 206010046543 Urinary incontinence Diseases 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 208000009956 adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 238000009167 androgen deprivation therapy Methods 0.000 description 1
- 229940030486 androgens Drugs 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 description 1
- 101150036080 at gene Proteins 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000009141 biological interaction Effects 0.000 description 1
- 230000036765 blood level Effects 0.000 description 1
- 238000009534 blood test Methods 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 210000003483 chromatin Anatomy 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 101150089280 cip2 gene Proteins 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 230000001268 conjugating effect Effects 0.000 description 1
- 230000001186 cumulative effect Effects 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 230000006866 deterioration Effects 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 230000008034 disappearance Effects 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002224 dissection Methods 0.000 description 1
- 230000002222 downregulating effect Effects 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000001976 enzyme digestion Methods 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 208000020735 familial prostate carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 108091006047 fluorescent proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000034287 fluorescent proteins Human genes 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 210000004907 gland Anatomy 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003163 gonadal steroid hormone Substances 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 235000004280 healthy diet Nutrition 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 208000010710 hepatitis C virus infection Diseases 0.000 description 1
- 238000001794 hormone therapy Methods 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 125000004435 hydrogen atom Chemical class [H]* 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 201000001881 impotence Diseases 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 230000002687 intercalation Effects 0.000 description 1
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 238000011880 melting curve analysis Methods 0.000 description 1
- 208000010658 metastatic prostate carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000007479 molecular analysis Methods 0.000 description 1
- 230000008450 motivation Effects 0.000 description 1
- 210000002200 mouth mucosa Anatomy 0.000 description 1
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 201000011519 neuroendocrine tumor Diseases 0.000 description 1
- 239000002547 new drug Substances 0.000 description 1
- 238000003203 nucleic acid sequencing method Methods 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 230000000771 oncological effect Effects 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 1
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000011338 personalized therapy Methods 0.000 description 1
- 230000002974 pharmacogenomic effect Effects 0.000 description 1
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 230000008092 positive effect Effects 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 238000009117 preventive therapy Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 230000037209 prostate health Effects 0.000 description 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 1
- 230000004853 protein function Effects 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 238000000611 regression analysis Methods 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 238000012502 risk assessment Methods 0.000 description 1
- 102220047458 rs267606632 Human genes 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 208000011581 secondary neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 1
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 1
- 208000000649 small cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 210000001082 somatic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 238000013179 statistical model Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 229960003604 testosterone Drugs 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 206010044412 transitional cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 1
- 238000011277 treatment modality Methods 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57434—Specifically defined cancers of prostate
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/50—Determining the risk of developing a disease
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/56—Staging of a disease; Further complications associated with the disease
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Un método para analizar un sujeto en cuanto a marcadores asociados a cáncer de próstata, en que el método comprende ensayar una muestra obtenida a partir de dicho sujeto en cuanto a HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911, y en que la presencia de al menos un alelo T de HOXB13 rs138213197 y al menos un alelo T de CIP2A rs2278911 indica que dicho sujeto tiene un riesgo aumentado de tener o desarrollar cáncer de próstata.
Description
DESCRIPCIÓN
Determinación de la predisposición genética al cáncer de próstata agresivo
Campo de la invención
La presente invención se refiere a marcadores genéticos asociados al cáncer de próstata. Más específicamente, la invención se refiere a un método para predecir, diagnosticar y/o pronosticar el cáncer de próstata, especialmente una forma agresiva y clínicamente relevante del cáncer de próstata. La invención se refiere también a diferentes usos de dicho método y a un estuche de ensayo para ser usado en dicho método.
Antecedentes de la invención
El cáncer de próstata es el segundo cáncer más común en hombres en todo el mundo. Se estima que 1,1 millones de hombres fueron diagnosticados con cáncer de próstata en 2012, lo que supone un 15% de los cánceres diagnosticados en hombres con casi un 60% de los casos (759.000) que se produjeron en las zonas más desarrolladas. Con una estimación de 307000 muertes en 2012, el cáncer de próstata es la quinta causa más importante de muertes por cáncer en hombres (6,6% de las muertes totales de hombres) en todo el mundo. La detección y el tratamiento precoz puede mejorar significativamente la supervivencia al cáncer de próstata. El ensayo más frecuentemente usado para investigar el cáncer de próstata, a saber, el ensayo en sangre del antígeno específico de próstata (PSA), es eficaz para detectar la fase temprana del cáncer de próstata. Intentos para aumentar adicionalmente la sensibilidad y exactitud de la investigación de PSA han conducido al desarrollo de ensayos modificados que detectan formas moleculares alternativas de la molécula, que incluyen PSA intacto (iPSA), PSA libre (fPSA) y total (tPSA). Algunos ensayos incorporan además la medición de calicreína 2 humana (hK2). A pesar de las mejoras en los ensayos de investigación de PSA, ninguno de ellos ha sido capaz de distinguir exactamente entre cánceres agresivos potencialmente mortales de cánceres clínicamente insignificantes que no habrían provocado síntomas ni deterioro en el paciente. Por otra parte, los ensayos de investigación de PSA pueden dejar pasar también algunos cánceres dañinos. Sin embargo, de forma general, la investigación de PSA ha conducido a una sobrediagnosis de cáncer de próstata, ya que la mayoría de los cánceres de próstata progresan lentamente y solo poseen un riesgo bajo de morbilidad y mortalidad relacionadas con el cáncer de próstata.
Debido a la falta de marcadores de pronóstico eficaz, la mayoría de los hombres con cáncer de próstata detectado mediante investigación de PSA experimentan, a menudo de forma innecesaria, prostatectomía radical o radioterapia que tienen efectos secundarios como impotencia sexual, incontinencia urinaria y problemas intestinales. Por tanto, los factores de pronóstico para la gravedad de la enfermedad serían muy beneficiosos para evitar un tratamiento excesivo de las formas de crecimiento lentas y menos agresivas del cáncer de próstata y para dirigir específicamente a diana las formas más radicales de terapia a las formas agresivas del cáncer de próstata.
Los factores genéticos se ha estimado que suponen hasta un 58% del riesgo de cáncer de próstata y hasta ahora por encima de 100 lugares de susceptibilidad, que tiene cada uno una variante común con una baja penetración, han sido asociados con el cáncer de próstata. En sujetos de descendencia nórdica el impacto genético más elevado sobre el riesgo de cáncer de próstata ha sido atribuido a una mutación con cambio de sentido recurrente y raro, a saber, rs138213197/G84E, en HOXB13, un gen de factor de transcripción homeobox que es importante en el desarrollo de la próstata. Consecuentemente, la solicitud internacional publicada WO 2013/070933 describe un método para identificar sujetos que tienen dicha mutación con cambio de sentido en HOXB13 como sujetos que tienen una propensión aumentada a desarrollar cáncer de próstata. Sin embargo, para evitar nuevamente una sobreestimación del riesgo de cáncer de próstata y, al mismo tiempo, provocar una preocupación innecesaria entre los individuos estudiados, se necesitan mejores marcadores para una predicción más exacta de la aparición del cáncer de próstata y, especialmente, las formas más agresivas de cáncer de próstata. El descubrimiento de estos marcadores, genéticos y otros, sería altamente beneficioso para determinar el riesgo del cáncer de próstata y, especialmente, el riesgo de cáncer de próstata agresivo en la población global. Por ejemplo, en individuos que pertenecen a los grupos con una incidencia elevada de cáncer de próstata.
El inhibidor canceroso de la proteína fosfatasa 2A (CIP2A) también conocida como KIAA 1524I p90, es una oncoproteína humana recientemente identificada, cuya expresión se conoce que es aumentada a una frecuencia elevada en la mayoría de los tipos de cáncer humano, incluido el cáncer de próstata, en el que ha sido asociado
con tumores escasamente diferenciados y de riesgo elevado (Vaarala et al., J Exp Clin Cáncer Res. 2010; 29:136). Sin embargo, el mecanismo que induce la expresión de CIP2A en el cáncer continúa siendo todavía ampliamente desconocido. Hasta ahora, el CIP2A ha sido estudiado principalmente sobre la expresión del nivel de proteínas, mientras que solamente un estudio se ha ocupado de su función potencial como un gen de susceptibilidad del cáncer. En ese estudio (Li et al., Oncol Lett. 2012; 4:358-364), sin embargo, se encontró que ninguna de las mutaciones analizadas (rs2278911 and rs4855656) estaba asociado con el riesgo de carcinoma hepatocelular (HCC). El principal descubrimiento del estudio fue que los portadores C de rs2278911 ejercían un efecto sinérgico con la infección por virus de hepatitis B y C sobre el riesgo de HCC en la población china Han. De acuerdo con lo que antecede, hay una necesidad identificada de marcadores de diagnóstico y pronóstico predictivos que puedan diferenciar preferentemente entre cánceres de próstata con una importancia clínica inferior, que incluyen los que están localizados y/o son de crecimiento lento, de estos cánceres de próstata que son propensos a progresar hasta una enfermedad avanzada y mortal si se dejan sin tratamiento y pueden provocar la mayor parte de la morbilidad y mortalidad relacionadas con la enfermedad. Estos marcadores serían necesarios, por ejemplo, para dirigir las formas más intensivas y generalmente más dañinas de terapia a los pacientes de cáncer de próstata que tienen el cáncer de próstata más elevado en relación a la morbilidad y la mortalidad y, por tanto, una mayor necesidad de terapia.
Además de ello, como el desarrollo de nuevos fármacos y terapias para sujetos que padecen de cáncer de próstata está también dificultado por la morbilidad y mortalidad altamente variable relacionada con el cáncer, los marcadores que permitan una selección más precisa de los sujetos con las formas más agresivas del cáncer de próstata para ensayos terapéuticos son crucialmente necesarios para facilitar el desarrollo de estrategias de tratamiento nuevas o alternativas, especialmente para las formas agresivas de la enfermedad.
Breve descripción de la invención.
En un aspecto, la presente invención proporciona un método para analizar un sujeto en cuando a marcadores asociados al cáncer de próstata, en que el método comprende ensayar una muestra obtenida a partir de dicho sujeto en cuanto a HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 y en que la presencia de al menos un alelo T de hOx B13 138213197 y un alelo T de CIP2A rs2278911 indica que dicho sujeto tiene un riesgo aumentado de tener o desarrollar cáncer de próstata, que además, en algunas realizaciones es cáncer de próstata agresivo, como cáncer de próstata resistente a la castración. Todavía en otras realizaciones, dicho riesgo aumentado de tener o desarrollar cáncer de próstata indica antes que una aparición media del cáncer de próstata clínicamente relevante y, incluso en algunas realizaciones adicionales, dicho sujeto tiene un diagnóstico anterior de la hiperplasia de próstata benigna y/o es un varón caucásico.
El presente método puede ser usado para diversos fines que incluyen, pero sin limitación, los seleccionados entre el grupo que consiste en determinar un riesgo de un sujeto de cáncer de próstata, determinar la susceptibilidad del sujeto al cáncer de próstata, determinar un riesgo del sujeto de tener o desarrollar cáncer de próstata, diagnosticar el cáncer de próstata en un sujeto, pronosticar el cáncer de próstata en un sujeto, asignar un sujeto a un grupo de riesgo elevado o riesgo bajo de cáncer de próstata, asignar un sujeto para verificar el comienzo de un cáncer de próstata, asignar un sujeto en cuanto al seguimiento activo para el progreso del cáncer de próstata, asignar un sujeto en cuanto a radioterapia o prostatectomía, asignar un sujeto en cuanto a estudios clínicos e investigar una población en cuanto a cáncer de próstata.
En otro aspecto, la presente invención proporciona el uso de un estuche de ensayo en el presente método y en cualquiera de sus realizaciones. Dicho estuche de ensayo comprende un primer cuerpo de unión para ensayar dicha muestra en cuanto a HOXB13 rs138213197 y un segundo cuerpo de unión para ensayar dicha muestra en cuanto a CIP2A rs2278911.
En algunas realizaciones del presente uso del estuche de ensayo, dicho primer cuerpo de unión es para determinar específicamente la presencia o ausencia de HOXB 13 rs138213197 (T) y dicho segundo cuerpo de unión es para determinar específicamente la presencia o ausencia de CIP2A rs2278911 (T). De forma alternativa o adicional, el estuche de ensayo puede comprender además unos primeros cuerpos de unión y/o adicionalmente unos segundos cuerpos de unión para determinar específicamente la presencia o ausencia de HOXB13 rs138213197 (C) y/o CIP2A rs2278911 (C), respectivamente.
En algunas realizaciones adicionales del presente estuche de ensayo, dichos primero y segundo anticuerpos de
unión se seleccionan, independientemente uno de otro, entre el grupo que consiste en cebadores de ácidos nucleicos, sondas de ácidos nucleicos, aptámeros, anticuerpos o fragmentos de anticuerpos, péptidos, receptores y enzimas como enzimas de restricción.
Otros objetivos, aspectos, realizaciones, detalles y ventajas de la presente invención resultarán evidentes a partir de las siguientes figuras, descripción detallada, ejemplos y reivindicaciones dependientes.
Descripción detallada de la invención
Un objeto de la presente invención es proporcionar un método para la predicción, diagnóstico y/o pronóstico predictivo del cáncer de próstata, especialmente cáncer de próstata agresivo.
Este objetivo se puede conseguir, al menos parcialmente, mediante un método de determinar la presencia de dos mutaciones de líneas germinales, a saber, HOXB13 rs138213197 (T) y CIP2A rs2278911 (T), que poseen un efecto sinérgico sorprendente en la aparición aumentada de cáncer de próstata, especialmente cáncer de próstata agresivo, en sujetos que portan las dos mutaciones simultáneamente. El efecto sinérgico utilizado en la presente memoria descriptiva se manifiesta por sí mismo en que el potencial predictivo, de diagnóstico y/o de pronóstico de los marcadores, cuando se producen simultáneamente, es mejor que la suma de las partes. Aunque el HOXB13 rs138213197 (T) tiene un potencial predictivo, de diagnóstico y/o de pronóstico (aunque hasta un alcance menor) cuando se usa solo, el CIP2A rs2278911 (T) no tiene este potencial cuando se usa como marcador único. Estos marcadores sinérgicos son considerablemente más difíciles de encontrar en comparación con los marcadores con un efecto directo y predecible sobre la aparición o la gravedad de una enfermedad y, consecuentemente, normalmente se descubren de forma accidental.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “cáncer de próstata” se refiere a cualquier cáncer de la glándula prostática, un órgano pequeño en forma de nuez que produce el fluido seminal que suministra y transporta el semen, en el que las células de la próstata mutan y comienzan a multiplicarse fuera de control. La expresión incluye no solamente los adenocarcinomas, que se desarrollan a partir de las células de la glándula y son los tipos más comunes de cáncer de próstata, sino también a los cánceres de próstata raros que incluyen, pero sin limitación sarcomas, carcinomas de células pequeñas y otros tumores neuroendocrinos y carcinomas de células transicionales. La expresión cáncer de próstata incluye también todas las fases, categorías, subcategorías y agrupaciones de fases del cáncer de próstata independientemente del sistema de fases usados. A modo de ejemplo, el sistema de fases más común para el cáncer de próstata es el sistema TNM. El sistema TNM está basado en el tamaño y/o el alcance del tumor primario (que es lo que indica la letra “T” en TM), la cantidad de extensión hasta los nódulos linfáticos cercanos (que es lo que indica la letra “N”) y la presencia de metástasis (que es lo que indica la letra “M”) o tumores secundarios formados mediante la extensión de células cancerígenas hasta otras partes del cuerpo.
El cáncer de próstata normalmente crece de forma lenta e inicialmente permanece confinado en la glándula prostática, en la cual no provoca un daño clínico grave. Aunque los tipos de crecimiento lento del cáncer de próstata pueden requerir un tratamiento mínimo o nulo, algunos otros tipos de cáncer de próstata son más agresivos y se pueden extender a otras partes del cuerpo, es decir, metastasizarce.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, las expresiones “cáncer de próstata agresivo” y “forma agresiva de cáncer de próstata” son intercambiable y significan cánceres de próstata que están relacionados con una morbilidad y/o mortalidad relacionada con el cáncer más elevadas en comparación con las formas localizadas de crecimiento lento del cáncer. De forma característica, las formas agresivas del cáncer de próstata, crecen más rápidamente y/o tienen o desarrollarán la capacidad de mestatasizarce. Ejemplos de cánceres de próstata agresivos incluyen también, pero sin limitación cánceres de próstata resistentes a la castración, cánceres de próstata escasamente diferenciados, cánceres de próstata de grado elevado y cánceres de próstata que tienen una puntuación de Gleason de 8 o más.
Como el crecimiento de cáncer de próstata está dirigido a menudo por hormonas sexuales masculinas denominadas andrógenos, que incluyen la testosterona, una opción de tratamiento común para el cáncer de próstata es rebajar los niveles de andrógenos en el cuerpo de un varón a través de medios químicos o quirúrgicos. Este tipo de tratamiento, puede ser denominado terapia de hormonas, terapia de derivación de andrógenos o tratamiento de castración. Ocasionalmente, muchos cánceres de próstata metastáticos se hacen resistentes al tratamiento y vuelven a crecer a pesar del tratamiento de castración. El cáncer de próstata, que ya
no responde al tratamiento de castración se denomina en la presente memoria descriptiva mediante la expresión “cáncer de próstata resistente a la castración” (CRPC). Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “cáncer de próstata detectado por investigación” se refiere al cáncer de próstata que ha sido detectado a través de un nivel en sangre aumentado de antígeno específico de próstata (PSA). Muchos de los cánceres de próstata detectados por investigación son clínicamente insignificantes y habían permanecido sin detectar durante la ida en ausencia de investigación. Por tanto, la investigación de PSA puede conducir a un sobrediagnóstico del cáncer de próstata.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “cáncer de próstata clínicamente detectad” se refiere a un cáncer de próstata que ha sido detectado a través de síntomas clínicos y, que indica, por tanto, una morbilidad relacionada con el cáncer. Las expresiones “cáncer de próstata clínicamente significativo” y “cáncer de próstata clínicamente relevante” son intercambiables y, además de los cánceres de próstata clínicamente detectados comprende también los cánceres de próstata agresivos, de grado elevado, de volumen grande y/o no orgánicos que han progresado o es probable que progresen hasta una enfermedad avanzada o mortal si se dejan sin tratar, así como cánceres de próstata relacionados con una morbilidad o mortalidad significativa de la enfermedad.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “hiperplasia prostática benigna” (BPH), también conocida como hipertrofia prostática benigna, se refiere a un alargamiento no canceroso común de la glándula prostática en hombres de edad avanzada. Generalmente, la BPH no es considerada una lesión premaligna ni un precursor de carcinoma.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, el término “sujeto” se refiere a un sujeto mamífero, preferentemente un varón humano. El sujeto puede pertenecer a cualquier raza o población, pero preferentemente es un varón caucásico. En algunas realizaciones, el sujeto puede ser uno que no haya sido previamente diagnosticado de tener cáncer de próstata y que puede o no exhibir uno o más indicios o síntomas de cáncer de próstata. En algunas otras realizaciones, el sujeto puede ser uno que no haya sido previamente diagnosticado con cáncer de próstata, o identificado como un sujeto que necesita un tratamiento para cáncer de próstata. Puede haber experimentado también un tratamiento para cáncer de próstata o para uno o más indicios o síntomas de cáncer de próstata. En la presente memoria descriptiva, los términos “sujeto”, “individuo” y “paciente” son intercambiables.
En algunas realizaciones, dicho sujeto se sospecha que tiene o está en riesgo de tener o desarrollar cáncer de próstata, o va a ser analizado o determinado en cuanto a riesgo de cáncer de próstata, predisposición genética o susceptibilidad al cáncer de próstata, la presencia o ausencia de cáncer de próstata o el progreso del cáncer de próstata va a ser diagnosticado en cuanto al cáncer de próstata.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “estado del cortador” se refiere a la presencia o ausencia de un alelo específico de un gen en el genoma de un individuo.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, el término “alelo” se refiere a una cualquiera de una serie de dos o más formas alternativas de un gen que ocupan la misma posición o lugar en un cromosoma. Los alelos diferentes se dice que son polimorfos.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “alelo principal” o “alelo prevalente” se refieren al alelo que se encuentra en la mayoría de los individuos en una población dada, mientras que la expresión “alelo menor” o “alelo no común” se refiere al alelo que se encuentra en la minoría de individuos en una población dada. Con referencia a los genes que tienen un impacto sobre la susceptibilidad de la enfermedad, los alelos menores son normalmente alelos asociados a un riesgo o predisposición a dicha enfermedad.
El término “heterocigoto” se refiere a individuos con un alelo principal y un alelo menor en un lugar específico. La expresión “homocigoto menor” se refiere a individuos con dos alelos menores en lugares específicos, mientras que la expresión “homocigoto principal” se refiere a individuos con dos alelos principales en un lugar específico. Consecuentemente, la expresión “portador” se refiere a un sujeto que porta un alelo específico en su genoma, en forma homocigótica o heterocigótico.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “polimorfismo de nucleótido único” (SNP) se
refiere a un polimorfismo que se produce en una posición de nucleótido única en una secuencia de nucleótidos para las que están presentes dos o más alelos alternativos en una población dada. Los SNP incluyen inserciones de nucleótidos, deleciones y sustituciones que pueden dar lugar, aunque no necesariamente, a diferencias detectables en la expresión génica de una función de proteína. Una sustitución que cambia un codón que codifica un aminoácido respecto a un codón que codifica un aminoácido diferente puede ser referida como una mutación con cambio de sentido. Como es bien conocido den la técnica, cada SNP es identificable por un número ID del SNP rs único indicado por la entidad National Center for Biotechnology Information (NCBI).
Como se usa en la presente memoria descriptiva, el término “polimorfismo” se refiere a una variación provocada por los alelos alternativos entre individuos en una población la que se pueden detectar también variaciones por otros medios y a diferentes niveles moleculares que detectando la variación de secuencia al nivel génico. Los niveles moleculares alternativos a los que pueden ser evaluados o detectados los polimorfismos en lugar de o además del análisis de los correspondientes alelos génicos, se pueden seleccionar a partir del grupo que consiste, por ejemplo, en los correspondientes productos de expresión génica que incluyen mRNA y/o proteína. Como se usa en la presente memoria descriptiva, el término “HOXB13” o "Homeobox B13" se refiere a un gen de factor de transcripción homeobox ubicado en una agrupación de genes HOX, cuya ubicación citogénica es 17q2.32 y que codifica la proteína HOXB13.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, el término "HOXB13 rs138213197" se refiere a una secuencia genómica polimórfica GCC T[C/T]C AAA g Ta ACC (SEQ ID NO:1) en la posición NC_000017.11:g.48728343 (GRCh38.p2), que se manifiesta en sí misma al nivel de expresión de la secuencia de mRNA GGT TAC TTT G[G/A]A GGC (SEQ ID NO:2). El “alelo C” del SNP C/T de rs138213197 es el alelo HOXB13 principal, y se puede citar también mediante los términos “alelo sin riesgo”, “alelo no asociado a enfermedad” y “HOXB13 rs138213197 (C)”. Consecuentemente, el “alelo T” del SNP C/T de rs138213197 es alelo HOXB13 menor, y puede ser citado mediante los términos “alelo de riesgo”, “alelo asociado a enfermedad”, “HOXB13 rs138213197 (T)”, “alelo T de HOXB13” y similares.
El cambio de timina por citosina en la posición NC_000017.11:g.48728343 (GRCh38.p2) en HOXB13 da lugar a una variación de aminoácidos indicada como “G84E”, en la que la posición 84 codifica un ácido glutámico (E) en lugar de una glicina (G). Consecuentemente, la variante G84E de HOXB13 puede ser indicada mediante los términos “variante de riesgo” y “variante asociada a enfermedad”. Como se usa en la presente memoria descriptiva, los términos “HOXB13 G84E", "HOXB13 rs138213197 (T)", y " alelo T de HOXB13" son intercambiables.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, el término “CIP2A” se refiere a un gen que codifica la oncoproteína humana CIP2A también conocida como KIAA1524 o p90, cuya ubicación citogénica es 3q 13.13. Como se usa en la presente memoria descriptiva, el término “CIP2A rs2278911” se refiere a una secuencia genómica polimorfa GtT T[C/T]G AGC ATG GAA (SEQ ID NO:3) en la posición NC_000003.12:g.108579413 (GRCh38.p2) que se manifiesta por sí misma al nivel de expresión de la secuencia de mRNA TTC CAT GCT C[G/A]A AAC (SEQ ID NO:4). El "alelo C" del SNP C/T de rs2278911 es el alelo CIP2A principal y puede ser citado también mediante las expresiones “alelo sin riesgo”, “alelo no asociado a enfermedad” y “CIP2A rs2278911 (C)”. Consecuentemente, el “alelo T” del SNP C/T de rs2278911 es alelo CIP2A principal y puede sr citado mediante las expresiones “alelo de riesgo”, “alelo asociado a enfermedad” y “CIP2A rs2278911 (T)" y similares.
El cambio de timina por citosina en la posición NC_000017.11:g.48728343 (GRCh38.p2) en CIP2A da lugar a una variación de aminoácidos denominada “R229Q” en la que la posición 229 codifica una glutamina (Q) en lugar de una arginina (r). Consecuentemente, la variante R229Q de CIP2A puede ser indicada mediante la expresión “variante de riesgo” o “variante asociada a enfermedad”. Como se usa en la presente memoria descriptiva, los términos CIP2A R229Q", "CIP2A rs2278911 (T)", y " alelo TCIP2A" son intercambiables.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “portador dua1HOXB13 T y CIP2A T” y cualesquiera expresiones equivalentes, se refieren a un sujeto que porta alelos T tanto HOXB13 como CIP2A. Independientemente uno del otro, dichos alelos T pueden estar presentes en forma homocigótica o heterocigótica. Por tanto, dicho portador dual puede ser un sujeto que tiene un genotipo de HOXB13 TT y CIP2A TT, HOXB13 CT y CIP2A TT, HOXB13 TT y CIP2A CT, o HOXB13 CT y CIP2A CT. Las expresiones “HOXB13 T
y CIP2A T”, "alelo HOXB13 T y alelo CIP2A T", "HOXB13 rs138213197 (T) y "CIP2A rs2278911 (T)", "HOXB13 G84E y CIP2A R229Q" y cualesquiera variaciones lingüísticas de las mismas son intercambiables y se refieren a la presencia simultánea de alelo T de HOXB13 y alelo T de CIP2A.
Consecuentemente, la expresión “portador de HOXB13 T” se refiere a un sujeto que porta al menos un alelo HOXB13 T y que puede portar un alelo CIP2A C o T. Dicho de otro modo, dicho portador de HOXB13 T puede ser un sujeto que tiene un genotipo de HOXB13 TT y CIP2A TT, HOXB13 TT y CIP2A CT, HOXB13 TT y CIP2A CC, HOXB13 CT y CIP2A TT, HOXB13 CT y CIP2A CT, o HOXB13 CT y CIP2A CC. La presencia de un alelo C o T o CIP2A puede estar indicada mediante la expresión “CIP2A rs2278911 (C/T)".
La expresión “portador de CIP2A T se refiere a un sujeto que porta al menos un alelo CIP2A T y que puede portar un alelo HOXB13 C o T. Dicho de otro modo, dicho portador de CIP2A T puede ser un sujeto que tiene un genotipo de HOXB13 TT y CIP2A TT, HOXB13 CT y CIP2A TT, HOXB13 CC y CIP2A TT, HOXB13 TT y CIP2A CT, HOXB13 CT y CIP2A CT, o HOXB13 CC y CIP2A CT. La presencia del alelo C o T de HOXB13 puede estar indicada mediante el término "rs138213197 (C/T)".
Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “portador de T no dual” se refiere a un sujeto que no porta el alelo T de HOXB13 ni el alelo T de CIP2A T; o que porta el alelo T de HOXB13 o el alelo T de CIp2a , pero no ambos. Dicho de otro modo, un portador de T no dual puede tener un genotipo HOXB13 CC y CIP2A CC; genotipo HOXB13 CT y CIP2A CC; genotipo HOXB13 TT y CIP2A CC; genotipo HOXB13 CC y CIP2A CT; o genotipo HOXB13 CC y CIP2A TT.
La expresión “la presencia de” un alelo específico o variante indica que un sujeto que porta dicho alelo o variante es al menos heterocigótico para el mismo. Por tanto, la expresión “la presencia de HOXB13 rs138213197 (T)” por ejemplo, es intercambiable con la expresión “la presencia de al menos un alelo T de "HOXB13 rs138213197”. Ambas expresiones significan que el sujeto en cuestión puede ser heterocigótico u homocigótico para HOXB13 rs138213197 (T). Se aplica la nomenclatura correspondiente para CIP2A.
La predisposición, susceptibilidad o riesgo genético de un sujeto al cáncer de próstata se puede expresar como una probabilidad, como una razón de momios o relación de riesgo. Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “razón de momios” (OR) se refiere a la relación de la frecuencia de la enfermedad en individuos que tienen un marcador particular (alelo o polimorfismo) respecto a la frecuencia de la enfermedad en individuos sin el marcador, alelo o polimorfismo). Las razones de momios son usadas lo más habitualmente en estudios de caso-control pero pueden ser aplicadas también en diseños de estudios de sección transversal y de cohortes, como es bien conocido en la técnica.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “relación de riesgo” (HR) se refiere a la relación de un riesgo instantáneo en dos ramas experimentales a lo largo del período de tiempo de estudio. Representa la estimación puntual en cualquier valor de tiempo dado, por lo que no siendo por tanto una estimación acumulativa como la razón de momios. Las relaciones de riesgos son aplicadas habitualmente en análisis de supervivencia, como es bien conocido en la técnica.
Por tanto, con respecto a un riesgo de enfermedad, si la estimación del riesgo (OR o HR) para un alelo particular en una posición del SNP es mayor que uno, esto indica que un individuo con este alelo particular tiene un riesgo mayor respecto a la enfermedad que un individuo que tiene el otro alelo en la posición del SNP. Por el contrario, si la estimación de riesgo (OR h R) para un alelo particular es menor que uno, esto indica que un individuo con este alelo particular tiene un riesgo reducido respecto a la enfermedad en comparación con un individuo que tiene el otro alelo en la posición del SNP.
Como se usa en la presente memoria descriptiva, la expresión “intervalo de confianza de 95%” (95% CI) se refiere a un intervalo de valores estimado que se puede asegurar que un 95% contiene la media verdadera de la población, siendo calculado el intervalo estimado a partir de un conjunto dado de datos simples. Generalmente, el 95% CI es usado para estimar la precisión del OR o HR. Un CI amplio indica un nivel bajo de precisión del OR o HR, mientras que un CI estrecho indica una precisión mayor del OR o HR.
Como se usan en la presente memoria descriptiva, las expresiones riesgo aumentado” y “riesgo más elevado” se usan de forma intercambiable y se refieren a una probabilidad de que al menos 1,5 veces, al menos aproximadamente 1,75 y al menos aproximadamente 2 veces, al menos aproximadamente 3 veces, al menos
aproximadamente 4 veces, al menos aproximadamente 6 veces, al menos aproximadamente 7 veces, al menos aproximadamente 8 veces, al menos aproximadamente 9 veces, al menos aproximadamente 10 veces, al menos aproximadamente 15 veces, al menos aproximadamente 20 veces, al menos aproximadamente 2 veces, al menos aproximadamente 30 veces, al menos aproximadamente 35 veces o al menos aproximadamente 40 veces mayor que una correspondiente probabilidad en un testigo relevante. En algunas realizaciones, dicho testigo relevante es un sujeto que no porta HOXB13 rs138213197 (T) mientras que, en otras realizaciones, dicho testigo relevante es un portador de T no dual, como un sujeto que no porta HOXB13 rs138213197 (T) ni CIP2A rs2278911 (T). Los expertos en la técnica pueden escoger fácilmente el testigo relevante para cada caso.
Volviendo ahora a la parte experimental, los presentes estudios del nivel de alelos muestran que e1HOXB13 rs138213197 (T) estaba asociado con un riesgo global significativamente aumentado de cáncer de próstata en casos no familiares y no seleccionados (OR 8,0; 95 CI 5,0-12,8; p =7,69 E-25). La asociación era más fuerte con cáncer de próstata clínicamente detectado frente a testigos (OR 8,6; 95% CI 5,4-13,8; p =3,1 x 10-19) que con cáncer de próstata detectado por investigación frente a testigos (OR 5,2; 95% CI 2,8-9,9; p= 3,4 x 10-7). Esto indica que los portadores T de HOXB13 rs138213197 tienen un riesgo más elevado respecto al cáncer de próstata clínicamente relevante que respecto al cáncer clínicamente no relevante. Además de ello, los portadores T de HOXB13 rs138213197 mostraron una aparición más temprana que la media que el cáncer de próstata entre hombres caucásicos (HR 1,9; 95% CI, 1,6-2,2; p = 6.07E-16) y un riesgo significativamente aumentado de progreso en CRPC en comparación con no portadores T (OR 10,8; 95% CI, 5,8-19,9; p = 3,1 x 10'14). Tomados conjuntamente, estos resultados garantizan el uso de HOXB13 rs138213197 (T) como un marcador predictivo, de diagnóstico y/o de pronóstico del cáncer de próstata, especialmente el cáncer de próstata clínicamente relevante que incluye cáncer de próstata agresivo y, particularmente, CRPC.
Como se describe también en la parte experimental, el riesgo de cáncer de próstata era especialmente elevado en portadores T de HOXB13 rs138213197 con diagnóstico BPH anterior (OR 12,6; 95% CI, 2,8 -56,8; p = 0,001). Esto es un resultado importante porque, generalmente, el BPH no es considerado un estado precanceroso; consecuentemente, en algunas realizaciones, es ventajoso emplear HOXB13 rs138213197 (T) para determinar el riesgo de cáncer de próstata, diagnosticar cáncer de próstata y/o pronosticar el cáncer de próstata en un sujeto que tiene un diagnóstico anterior de BPH.
La parte experimental describe también una asociación estadísticamente significativa entre la presencia de HoXb 13 rs138213197 (T) y un nivel de PSA elevado (> 20 ng/ml) en diagnóstico (OR 1,5; 95% CI, 1,1 - 2,3; p = 0,012). Consecuentemente, en algunas realizaciones, es preferible usar determinaciones de HOXB13 rs138213197 (T) en combinación con mediciones de PSA en la determinación del riesgo de un sujeto de cáncer de próstata, diagnosticar el cáncer de próstata y/o pronosticar el cáncer de próstata. La presencia simultánea de HOXB13 rs138213197 (T) y un nivel elevado de PSA (> 20 ng/ml) indica la presencia o riesgo de tener o desarrollar un cáncer de próstata clínicamente relevante.
Además, la parte experimental muestra que los portadores duales de HOXB13 rs138213197 (T) y CIP2A rs2278911 (T) tienen probabilidades considerablemente superiores de desarrollar cáncer de próstata que los no portadores T duales (OR 21,1; 95% CI, 5,2-87,5; p= 0,000024). Nuevamente, la asociación era más fuerte con cáncer de próstata clínicamente detectado frente a testigos (OR, 23,4; 95% CI, 5,7-96,8, p = 0,000013) que con cáncer de próstata detectado por investigación frente a testigo (OR 10,7; 95% CI, 2,0-58,8; p= 0,006). Esto indica que los portadores T duales son más propensos a tener o desarrollar cáncer de próstata clínicamente relevante que cáncer clínicamente no relevante. Estos resultados garantizan el uso de HOXB13 rs138213197 (T) y CIP2A rs2278911 (C) como marcadores predictivos, de diagnóstico o de pronóstico de cáncer de próstata, especialmente cáncer de próstata clínicamente relevante.
Además de ello, los portadores T duales de HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 mostraron antes que un promedio la aparición de cáncer de próstata entre hombres caucásicos (HR 2,1; 95% CI, 1,6-2,8; p= 4.52 E-7), garantizando una verificación más estrecha de portadores duales para el desarrollo de la aparición de cáncer de próstata.
La parte experimental demuestra también que los portadores T duales HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 tienen probabilidades más elevadas de desarrollar cáncer de próstata con una puntuación de Gleason elevada (> 8) que los portadores T no duales (OR 2,3; 95% CI 1,1-4,8; p = 0,025). Además de ello, los portadores T duales de HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 tienen un riesgo 36,6 veces más elevado de desarrollar cáncer de próstata resistente a la castración en comparación con portadores T no duales (OR 36,6; 95% CI 7,5168,5; p= 0,000007). Los dos resultados anteriores demuestran que los portadores T duales de HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 tienen probabilidades más elevadas de desarrollar cáncer de próstata agresivo en comparación con portadores T no duales. Naturalmente, el tener un cáncer de próstata agresivo predice un pronóstico peor. De hecho, la parte experimental muestra que los portadores duales de alelos T de HOXB13 y CIP2A tienen una tasa de supervivencia significativamente peor y mueren antes de cáncer de próstata que los portadores T no duales (HR 3,9; 95% CI 91,6-94,5; p=0,048). Estos resultados confirman adicionalmente el valor de HOXB13 rs138213197 (T) y CIP2A rs2278911 (C) como marcadores predictivos, de diagnóstico o de pronóstico del cáncer de próstata, especialmente cáncer de próstata agresivo.
Los efectos de riesgos descritos en la presente memoria descriptiva de HOXB13 rs138213197 (T), particularmente en combinación con CIP2A rs2278911 (C), en diversos aspectos de cáncer de próstata clínicamente relevante son considerablemente superiores a los de los SNP asociados a cáncer de próstata conocidos. Generalmente, los OR de SNP conocidos varían en el intervalo entre 1,04 y 2,9.
En un aspecto, la presente invención proporciona un método que comprende proporcionar una muestra obtenida a partir de un sujeto y ensayar dicha muestra en cuanto a HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911. Más específicamente, dicho método puede ser un método de analizar un sujeto en cuanto a marcadores asociados a cáncer de próstata, un método de determinación del riesgo clínico o un método para predecir cáncer de próstata, determinar el riesgo de cáncer de próstata (incluido el riesgo determinante de tener o desarrollar cáncer de próstata), determinar la predisposición o susceptibilidad genética al cáncer de próstata, determinar la presencia de cáncer de próstata, diagnosticar cáncer de próstata y/o pronosticar cáncer de próstata. Dicho de otro modo, dicho método puede ser concebido, en algunas realizaciones, como un método para predecir, diagnosticar y/o pronosticar el cáncer de próstata. En el presente método, y en cualquiera de sus realizaciones, la presencia de HOXB13 rs138213197 (T), preferentemente en combinación con CiP2A rs2278911 (C), indica que dicho sujeto está en riesgo aumentado de tener o desarrollar cáncer de próstata. Por otra parte, la ausencia de HOXB13 rs138213197 (T), ya sea solo o en combinación con la ausencia de CIP2A rs2278911 (C), indica que dicho sujeto no está en un riesgo aumentado de tener o desarrollar cáncer de próstata.
En algunas realizaciones del presente método, la presencia de HOXB13 rs138213197 (T), independientemente del estado del portador CIP2A del sujeto, es decir, la presencia de CIP2A rs2278911 (C), indica un riesgo aumentado de cáncer de próstata, la presencia de cáncer de próstata clínicamente relevante, la presencia de cáncer de próstata agresivo, especialmente CRPC o un riesgo aumentado de progreso en forma de cáncer de próstata clínicamente relevante o agresivo, especialmente CRPC. En algunas realizaciones adicionales, dicho riesgo aumentado indica antes que la media la aparición de cáncer de próstata. Todavía en algunas realizaciones adicionales, el sujeto que va a ser analizado en cuanto al riesgo del cáncer de próstata, diagnosticado en cuanto a la presencia de cáncer de próstata o analizado en cuanto al riesgo de progreso de cáncer de próstata, tiene un diagnóstico anterior de BPH. En una realización del presente método, el sujeto que va a ser analizado en cuanto al riesgo de cáncer de próstata, diagnosticado en cuanto a la presencia de cáncer de próstata o analizado en cuanto al riesgo de progreso de cáncer de próstata pertenece al grupo con una elevada incidencia de cáncer de próstata.
En algunas otras realizaciones del presente método, la presencia de HOXB13 rs138213197 (T) y de CIP2A rs2278911 (C) indica la presencia de un riesgo considerablemente aumentado de tener o desarrollar, o una susceptibilidad considerable o predisposición genética al cáncer de próstata, especialmente cáncer de próstata clínicamente relevante, cáncer de próstata agresivo o CRPC; o un riesgo aumentado de progreso en forma de cáncer de próstata agresivo, especialmente CRPC. En algunas realizaciones adicionales, dicho riesgo aumentado indica antes que la media la aparición de cáncer de próstata.
En algunas realizaciones adicionales, los efectos de riesgos descritos en la presente memoria descriptiva son mayores en sujetos que son homocigóticos para uno o los dos de los alelos de riesgo presentes en sujetos que son heterocigóticos para los dos alelos de riesgo. Dicho de otro modo, los efectos de riesgos aumentan con el número creciente de alelos T asociados a la enfermedad. Un sujeto que es homocigótico para HOXB13 rs138213197 (T) y CIP2A rs2278911 (C) tiene cuatro (es decir, el número máximo) alelos T asociados a la enfermedad.
Todavía en otras realizaciones, la determinación de la susceptibilidad o predisposición de un sujeto al cáncer de próstata significa determinar el riesgo de dicho sujeto a contraer cáncer de próstata antes de cualquier diagnóstico de cáncer de próstata. Por tanto, en algunas realizaciones, el presente método se va llevar a cabo
antes de cualquier diagnóstico de cáncer de próstata. En estas realizaciones, la presencia de al menos un alelo T de HOXB13 rs138213197, especialmente junto con la presencia de al menos un alelo T del CIP2A rs2278911 es indicativo de un riesgo aumentado de dicho sujeto de contraer cáncer de próstata. Consecuentemente, la detección de la presencia de HOXB13 rs138213197 (T) y, especialmente, la detección simultánea de la presencia de HOXB13 rs138213197 (T) y CIP2A rs2278911 (C), justificaría exámenes médicos programados o una investigación más frecuente en sujetos en los que el cáncer de próstata todavía no ha sido diagnosticado, pero para los cuales se identifica un riesgo aumentado de cáncer de próstata, especialmente cáncer de próstata agresivo, mediante uno cualquiera de los métodos descritos en la presente memoria descriptiva.
Por tanto, el presente método puede ser usado para asignar sujetos a un grupo de riesgo elevado o un grupo de riesgo bajo sobre la base de su genotipo de HOXB1 y CIP2A, de forma que los sujetos que son portadores del alelo HOXB13 T y, especialmente, portadores duales de alelos HOXB13 y CIP2A T, son asignados al grupo de riesgo elevado, mientras que los no portadores del alelo HOXB13 T y, especialmente, portadores no duales de alelos HOXB13 y CIP2A T, son asignados al grupo de bajo riesgo. En algunas realizaciones, esta agrupación puede ser usada para asignar sujetos de riesgo elevado no diagnosticados con cáncer de próstata en cuanto a la verificación activa de la aparición de cáncer de próstata, para una intervención temprana para terapias de prevención o para ensayos terapéuticos para los mismos con el objetivo de prevenir o retrasar la aparición de cáncer de próstata o cáncer de próstata agresivo.
Consecuentemente, el presente método y las determinaciones del riesgo de cáncer de próstata descritas en la presente memoria descriptiva pueden ser incorporados en un protocolo de investigación de una población para identificar sujetos predispuestos o susceptibles al cáncer de próstata antes de la aparición de la enfermedad y/o antes del aumento de los niveles de PSA. Esto haría posible un seguimiento activo en cuanto a la aparición del cáncer de próstata, por ejemplo, mediante un ensayo de PSA más frecuente, formación de imágenes por resonancia magnética biparamétrica (MRI) y/o examen rectal digital (DRE). Esta investigación haría posible también que los sujetos adoptaran las etapas apropiadas dirigidas a prevenir, retrasar o reducir la gravedad del cáncer de próstata. Estas etapas apropiadas son bien conocidas en la técnica e incluyen escoger una dieta saludable, reducir el peso y hacer ejercicio. Además, la detección temprana del cáncer de próstata permitiría tratar la enfermedad con posibilidades de curación más elevadas.
En otras realizaciones, la determinación de la susceptibilidad, predisposición o riesgo de un sujeto al cáncer de próstata agresivo se realiza antes, en el momento o después del diagnóstico del cáncer de próstata,, en que la presencia de al menos un alelo T del HOXB13 rs138213197, especialmente en combinación con la presencia de al menos un alelo T del CIP2A rs2278911, es indicativa de un riesgo aumentado de dicho sujeto de tener cáncer de próstata agresivo o de tener cáncer de próstata que posteriormente progresa hasta cáncer de próstata agresivo.
En algunas realizaciones adicionales, el ensayo de HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 se lleva a cabo en una muestra obtenida a partir de un sujeto que ya ha sido diagnosticado con cáncer de próstata. En estas realizaciones, la presencia de HOXB13 rs138213197 y, especialmente, la presencia simultánea de HOXB13 rs138213197 (T) y CIP2A rs2278911 (C) indica un riesgo aumentado para la presencia o el progreso de una forma agresiva de cáncer de próstata.
Las presentes determinaciones de riesgos garantizan un seguimiento activo de sujetos con riesgo elevado en cuanto al progreso de cáncer de próstata y proporcionan una ayuda sustancial en la adopción de una decisión clínica para escoger procedimientos de tratamiento apropiados y para dirigir los recursos sobre los grupos de sujetos que tienen mayor necesidad. Por ejemplo, la presencia simultánea de alelos HOXB13 y CIP2A T en un sujeto que tiene un diagnóstico de cáncer de próstata indica que puede ser beneficioso usar una estrategia de tratamiento más agresiva como radioterapia o prostatectomía, en lugar de una estrategia de tratamiento menos agresiva. Por otra parte, la ausencia de HOXB13 rs138213197 (T), ya sea sola o en combinación con la ausencia de CIP2A rs2278911 (C), indica que sería suficiente el tratamiento menos agresivo.
Por tanto, la asignación de riesgos anteriormente descrita de sujetos sobre la base de su genotipo HOXB13 y CIP2A puede ser usada para asignar los sujetos a un grupo de riesgo elevado de cáncer de próstata agresivo o a un grupo de riesgo bajo con un cáncer de próstata indolente o clínicamente insignificante. Como se usan en la presente memoria descriptiva, las expresiones “cáncer de próstata indolente” y “cáncer de próstata clínicamente insignificante” son intercambiables y significan un cáncer de próstata con un significado clínico limitado, que incluyen un cáncer de próstata localizado y de crecimiento lento, un cáncer de próstata que es improbable que
progrese hasta una enfermedad avanzada o mortal si se deja sin tratar y/o un cáncer de próstata no relacionado con una morbilidad o mortalidad significativa de la enfermedad. Los sinónimos para un cáncer de próstata clínicamente insignificante incluyen, entre otros, cáncer de próstata de grado bajo, de volumen pequeño, de volumen bajo, mínimo, confinado al órgano, diminuto o microfocal.
En algunas realizaciones, los presentes métodos se usan para la asignación de sujetos diagnosticados con cáncer de próstata a un grupo de riesgo elevado con una probabilidad elevada de tener o desarrollar un cáncer de próstata agresivo y un subgrupo de riesgo bajo con una probabilidad elevada de tener un cáncer de próstata indolente o clínicamente insignificante. En algunas realizaciones adicionales, los sujetos asignados a los subgrupos de riesgo elevado y riesgo bajo reciben preferentemente una terapia personalizada diferencial para un cáncer de próstata basada en sus diferentes puntos finales clínicos estimados relacionados con el cáncer de próstata. Los sujetos en el grupo de riesgo elevado son más propensos a beneficiarse y, por tanto son más propensos a ser tratados mediante prostatectomía radical o radioterapia que los sujetos en el grupo de riesgo bajo.
Incluso en algunas realizaciones adicionales, los sujetos con un riesgo estimado elevado de desarrollar cáncer de próstata o cáncer de próstata agresivo basado en el estado de los portadores duales del sujeto de alelos T de HOXB13 y CIP2A se seleccionan para un seguimiento clínico enfocado, que puede incluir, por ejemplo, exámenes médicos realizados más frecuentemente, o verificación de biomarcador (es) asociado(s) a cáncer o cáncer de próstata, con el objetivo de verificar y/o realizar una terapia temprana del cáncer de próstata tras la aparición en comparación con los portadores no duales de los alelos T de HOXB13 y CIP2A.
La presente invención proporciona ventajas no solamente para la atención individual del paciente, sino también para una mejor selección y asignación de pacientes para ensayos clínicos. Por ejemplo, los pacientes con un riesgo significativamente aumentado de formas agresivas de cáncer de próstata podrían ser seleccionados para estudios clínicos con el objetivo de desarrollar herramientas terapéuticas nuevas y eficaces como nuevos procedimientos médicos o fármacos.
Adicionalmente, la presente invención y sus diversas realizaciones pueden ser empleadas en estudios farmacogenómicos, con el objetivo de analizar y predecir una respuesta a un tratamiento o un fármaco para cáncer de próstata. Consecuente, el ensayo del sujeto en cuanto a HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 se puede llevar a cabo en cualquiera de las siguientes cohortes: una cohorte que responde favorablemente a un régimen de tratamiento, una cohorte que no responde favorablemente a un régimen de tratamiento, una cohorte que responde significativamente a un régimen de tratamiento una cohorte que no responde significativamente a un régimen de tratamiento, y una cohorte que responde adversamente a un régimen de tratamiento, (por ejemplo, que exhibe uno o más efectos secundarios). Estas cohortes se proporcionan solamente como ejemplos, y pueden ser analizadas otras cohortes o sub-cohortes mediante el presente método. Por tanto, un sujeto puede ser genotipado o ensayado en cuando a HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 para predecir si responderá de forma favorable o significativa a un régimen de tratamiento, si no responde favorablemente o significativamente a un régimen de tratamiento o si responde adversamente a un régimen de tratamiento. Si un sujeto es probable que responda positivamente a un tratamiento de cáncer de próstata con un fármaco, el fármaco puede ser administrado a dicho sujeto. Por otra parte, si un sujeto es probable que responda negativamente (es decir, que no exhiba efectos positivos o que exhiba efectos secundarios adversos) a un tratamiento de cáncer de próstata con un fármaco puede ser aplicado un proceso o tratamiento alternativo. Además de ello, la presente invención u sus diversas realizaciones proporcionan también fundamentos para estudios moleculares dirigidos a diana con el objetivo de resolver los fundamentos y motivaciones biológicos que subyacen en el efecto sinérgico de las variantes de HOXB13 y CIP2A T.
Los recientes estudios funcionales del solicitante que evalúan la interacción biológica entre HOXB13 y CIP2A refuerzan las observaciones de un sinergismo en el cáncer de próstata. Al usar una inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) con anticuerpos contra HOXB13, acoplados a un secuenciado masivamente paralelo (ChIP-seq), se observó una fuerte unión de cromatina de HOXB13 en el lugar de CIP2A tanto en las líneas celulares de cáncer de próstata como en las muestras de tejidos tumorales (datos no publicados). La funcionalidad de HOXB13 regula la expresión de CIP2A mostrada por una desaparición mediada por RNA de horquilla corta (shRNA) de HOXB13 en la línea celular de cáncer de próstata. El choque de HOXB13 conduce a un nivel considerablemente disminuido de CIP2A, sugiriendo que el CIP2A es una diana reguladora directa de HOXB13.
En el presente método, y en cualquiera de sus realizaciones, los resultados de las determinaciones del riesgo genético se pueden combinar con otros resultados indicativos de cáncer de próstata, como resultados de ensayar uno o más biomarcadores asociados al cáncer de próstata, MRI biparamétrico, o DRE, que de forma previa, simultánea o posterior se reunieron con respecto al ensayo de predisposición genética. De forma alternativa o adicional, los resultados de la presente determinación de riesgos genéticos pueden ser analizados en combinación con otros factores de riesgo de variables clínicas como la edad historial familiar, biopsia de próstata previa, BPH previo, resultados de un examen de próstata (por ejemplo, MRI biparamétrico y DRE) y/o índice de masa corporal. En algunas realizaciones adicionales, la combinación de los resultados de determinación de riesgos genéticos con otros resultados y/o factores de riesgos o variables clínicas relevantes puede ser indicativa o probativa de cáncer de próstata, especialmente cáncer de próstata agresivo, y la combinación puede ser utilizada como una realización de cualquiera de los métodos descritos en la presente memoria descriptiva.
En algunas realizaciones preferidas, la determinación de HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 va precedida, combinada o seguida por la medición de al menos un biomarcador asociado al cáncer de próstata con la finalidad de aumentar el valor predictivo, de diagnóstico y/o de pronóstico del presente método. Ejemplos no limitativos de biomarcadores asociados al cáncer de próstata adecuaos para ser ensayados a partir de sangre incluyen antígeno específico de próstata total (tPSA), antígeno específico de próstata libre (fPSA), antígeno específico de próstata intacto (iPSA), proPSA, calicreína 2 humanas (hK2), microsceminoproteína-beta (MSMB) y citoquina-1 inhibidora de macrófagos (MIC1). En algunas realizaciones, se emplea una combinación o relación de biomarcadores asociados al cáncer de próstata. Ejemplos de estas combinaciones o relaciones incluyen la relación de iPSA y tPSA sola o en combinación con la determinación de hK2, la relación de fPSA respecto a tPSA y el índice de salud de próstata (PHI). Ejemplos no limitativos de biomarcadores asociados al cáncer de próstata adecuados para ser ensayados a partir de orina incluyen antígeno 3 de cáncer de próstata (PCA3) y producto de fusión génica TMPRSS2-ERG, mientras que ERG es un ejemplo no limitativo de marcadores de tejidos asociados al cáncer de próstata que pueden ser detectados mediante inmunohistoquímica. El presente método puede ser usado también en combinación para ensayar o para cualquier biomarcador asociado al cáncer de próstata futuro o naciente que incluye, pero sin limitación, otros polimorfismos genéticos en HOBX13 y/o CIP2A, polimorfismos genéticos en otros genes como PTEN, RAF, BRAF, SPOP, EZH2 y Spink 1 así como factores de regulación génica (por ejemplo, eQTLs, factores de transcripción, mejoradores, marcas de metilación). Los expertos en la técnica conocen el modo de medir o ensayar estos biomarcadores asociados al cáncer de próstata y se comprende que se pueden emplear también cualesquiera derivados o variantes genéticas biológicamente activados o inactivados de cualquiera de los biomarcadores anteriormente mencionados, si es apropiado.
La presente invención y sus diversas realizaciones proporcionan una herramienta fácilmente aplicable, simple y rápida para pronósticos diagnósticos predictivos de cáncer de próstata porque dirige a diana mutaciones de líneas germinales y, por tanto, puede ser aplicada directamente a cualquier tipo de muestra que contenga células somáticas del sujeto, no restringiendo el método a muestras obtenidas mediante biopsia. Los tipos de muestras adecuados incluyen, pero sin limitación sangre completa, plasma, suero, saliva, orina, tejido y/o muestras de frotis tomadas, por ejemplo, frotando las membranas de mucosas como la mucosa oral.
La presencia o ausencia de alelos HOXB13 y CIP2A de interés, preferentemente los alelos T, en una muestra obtenida a partir de un sujeto, se puede determinar mediante cualquier medio disponible o futuro para estos fines y a diferentes niveles moleculares. La determinación de los alelos T se puede realizar al nivel genético (es decir, nivel génico) analizando DNA o al nivel de expresión analizando RNA o proteína. La presencia o ausencia de alelos T de HOXB13 y CIP2A se puede determinar independientemente una de otra, es decir, a niveles moleculares iguales o diferentes y/o mediante los mismos métodos o técnicas. Algunos métodos pueden permitir simultáneamente de forma múltiple el ensayo de HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911. Preferentemente, se usa el mismo método para analizar una muestra de HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911.
Además de ello, un estado de portador del portador del sujeto referido uno o ambos de los alelos de riesgo presentes (es decir, alelo T de HOXB13, alelo T de CIP2A o ambos) puede ser valorado directamente determinando la presencia o ausencia de dichos alelos de riesgo en una muestra tomada de dicho sujeto. Alternativamente, la aparición de uno o ambos de los alelos de riesgo puede ser valorada indirectamente determinando la presencia o ausencia de un correspondiente alelo no de riesgo en una muestra tomada a partir de dicho sujeto. Dicho de otro modo, la ausencia de un alelo no de riesgo indica la presencia de un correspondiente alelo de riesgo en forma homocigótica mientras que, dependiendo del método usado, la presencia de un alelo no de riesgo indica la ausencia de un correspondiente alelo de riesgo o que el sujeto es
heterocigótico para los alelos de riesgo y de no riesgo. Generalmente, la determinación de la presencia o ausencia del alelo o variante de interés puede ser mencionada como “ensayar una muestra en cuanto a HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 ”.
Consecuentemente, en algunas realizaciones, el ensayo en cuanto a HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 se puede llevar a cabo usando un método que simplemente indica si se produce o no el alelo de interés de HOXB13 y/o CIP2A en el genoma de un sujeto. Dicho de otro modo, si el alelo de interés está presente, el método no dice si el sujeto es heterocigótico y homocigótico para la presencia de dicho alelo. En algunas realizaciones, el ensayo de HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 se puede llevar a cabo mediante un método que sea capaz de detectar alelos tanto de riesgo como de no riesgo. Usando este método, se puede determinar tanto la presencia de un alelo de riesgo en el genoma de un sujeto como si el sujeto es homocigótico o heterocigótico para el alelo de riesgo.
Diversos métodos para determinar la presencia o ausencia de los alelos de HOHB13 y CIP2A están disponibles, preferentemente los alelos de riesgo y son habitualmente conocidos por los expertos en la técnica. Consecuentemente, el ensayo en cuanto a HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 se puede realizar, por ejemplo, mediante secuenciado de ácidos nucleicos. Con estos fines, se seleccionan cebadores que flanquean el CNP y se usan para amplificar la región que comprende el SNP. La región amplificada seguidamente es secuenciada usando cualquier técnica de secuenciado conocida para determinar que alelo(s) de HOXB13 y CIP2A está(n) presente(s) en la muestra. Ejemplos no limitativos de métodos de secuenciado de ácidos nucleicos adecuados para ser usados en la presente invención incluyen secuenciado de Sanger, aplicaciones basadas en NGS, secuenciado de células únicas y minisecuenciado.
La presencia o ausencia de un alelo particular puede ser detectada también usando una reacción de amplificación específica para alelos, en la que los cebadores específicos para alelos soportan la extensión del alelo solamente si está presente el alelo dirigido a diana. Alternativamente, el ensayo en cuanto HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 se puede llevar a cabo mediante ensayos de extensión de cebadores usando cebadores que se hibridan a nucleótidos inmediatamente en dirección ascendente del SNP. Una DNA-polimerasa extiende seguidamente y el cebador hibridado incorporando un nucleótido detectable que es complementario al SNP. Normalmente, los nucleótidos detectables comprenden una etiqueta capaz de producir directa o indirectamente, una señal detectable. Análogamente, cualesquiera ensayos de amplificación de ácidos nucleicos disponibles o futuros que incluyen pero sin limitación reacción de cadena de polimerasa (PCR), reacción de cadena de ligasa (LCR), amplificación mediada por bucle (LAMP), amplificación dependiente de helicasa (HDA), reacción de amplificación de enzima de corte (NEAR), amplificación mediada por transcripción (TMA), amplificación basada en secuencia de ácidos nucleicos (NASBA), amplificación de desplazamiento de cadenas (SDA) y otros diversos métodos de amplificación dependientes de la temperatura o isotérmicos pueden ser empleados en el ensayo de una muestra en cuanto HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911.
En otras realizaciones, la determinación de la presencia o ausencia de alelos de HOXB13 y CIP2A de interés puede implicar una susceptibilidad diferencial del sitio polimorfo respecto a enzimas de restricción, para estos fines, se puede usar una PCR para amplificar la región que comprende el CNP. El producto de PCR amplificado es seguidamente sometido a una digestión de enzima de restricción seguida de análisis electroforético del producto de restricción. Si un alelo del SNP específico está asociado con un sitio de restricción específico, la digestión de ese sitio es indicativa de la presencia del SNP particular.
Muchos otros tipos de ensayos de discriminación alélica son conocidos en la técnica. Un genotipo de HOXB13 rs138213197 y/o CIP2A rs2278911 de un sujeto puede ser determinado también usando una zona de oligonucleótido específica para el alelo C o T de HOXB13 y CIP2A. En algunas realizaciones, una región que comprende el SNP es ampliada con anterioridad o de forma simultánea con la realización de una reacción de hibridación con la sonda. La hibridación de la sonda para el producto de amplificación bajo condiciones de hibridación restrictivas indica que la región amplificada contiene el alelo particular de HOXB13 y CIP2A para el que es específica la sonda.
Otros métodos adecuado para determinar la presencia o ausencia de alelos HOXB13 y CIP2A de interés al nivel de ácidos nucleicos o genético incluyen, pero sin limitación, análisis de protección de RNasa, ensayos de oligonucleótidos basados en balizas moleculares, análisis de curva de fusión combinada con sondas de oligonucleótidos y/o etiquetas de intercalación, análisis por electroforesis de gel, transferencia Southern, micromatrices como micromatrices de DNA y micromatrices de RNA, exploración directa y ensayos de
acumulación de señales con o sin amplificación de los ácidos nucleicos dianas.
Como se expuso con anterioridad, la determinación del estado de los portadores de un sujeto en cuanto a HOXB13 y CIP2A, es decir, la determinación de la presencia o ausencia de alelos HOXB13 y CIP2A de interés, se puede llevar a cabo a un nivel de proteínas. La presencia de HOXBG84E o CIP2A R229Q es una indicación directa de la presencia de los correspondientes alelos de riesgo (alelos T). Ejemplos no limitativos de métodos adecuados para un análisis a nivel de proteínas incluyen espectrometría de masas, inmunoensayos, inmunohistoquímica y otros ensayos de unión de proteínas. En algunas realizaciones específicas, uno o más anticuerpos o fragmentos de anticuerpos específicos para una proteína o polipéptido codificados por una forma polimórfica particular de HOXB13 o CIP2A pueden ser usados para la determinación. Los anticuerpos de unión alternativos a anticuerpos incluyen, pero sin limitación aptámeros receptores y proteínas de interacción biológica, como dianas sobre-o infra-reguladoras identificadas en trayectorias señalizadoras biológicas relevantes.
Puede ser aplicada cualquier técnica de detección de mRNA disponible o futura para determinar la presencia o ausencia de alelos HOXB13 y CIP2 de interés a nivel de la expresión. Ejemplos no limitativos de métodos adecuados para análisis de nivel de mRNA incluyen PCR de transcriptasa inversa (RT-PCR), micromatrices de RNA y espectrometría de masas.
La presente invención proporciona también un estuche de ensayo para ser usado en el presente método y cualquiera de sus realizaciones. El estuche de ensayo comprende un primer cuerpo de unión para ensayar dicha muestra de HOXB13 rs138213197 y un segundo cuerpo de unión para ensayar dicha muestra en cuanto a CIP2A rs2278911. Dicho primer cuerpo de unión puede ser específico para determinar la presencia o ausencia de HOXB13 rs138213197 (T) o CIP2A rs2278911 (C). Independientemente de la especificidad del primer cuerpo de unión, dicho segundo cuerpo puede ser específico para determinar la presencia o ausencia de HOXB13 rs138213197 (T) o CIP2A rs2278911 (C). En algunas realizaciones, el estuche de ensayo puede comprender incluso un primer cuerpo de unión para determinar específicamente la presencia o ausencia de HOXB13 rs138213197 (T) y un primer cuerpo de unión diferente para determinar específicamente la presencia o ausencia de CIP2A rs2278911 (C) y/o un segundo cuerpo de unión para determinar específicamente la presencia o ausencia de HOXB13 rs138213197 (T) y un segundo cuerpo de unión diferente para determinar específicamente la presencia o ausencia de CIP2A rs2278911 (C). Estas realizaciones se emplean normalmente para determinar si la muestra que va a ser analizada con el estuche de ensayo es homocigótica o heterocigótica para HOXB13 rs138213197 y/o CIP2A rs2278911.
Dependiendo de la técnica de detección y el nivel de detección (es decir, detección a nivel génico, a nivel de mRNA o a nivel de proteínas) que va a ser empleado, los expertos en la técnica pueden escoger fácilmente los primeros y segundos cuerpos de unión apropiados para que sean incluidos en el estuche de ensayo, para determinar la presencia o ausencia de HOXB13 rs138213197 (T), HOXB13 rs138213197 (C), CIP2A rs2278911 (T) y/o CIP2A rs2278911 (C). Por ejemplo, dichos primero y segundo cuerpos de unión pueden ser seleccionados, independientemente uno de otro, del grupo que consiste en cebadores de ácidos nucleicos, sondas de ácidos nucleicos aptámeros, anticuerpos o fragmentos de anticuerpos, péptidos, receptores y enzimas, incluidas enzimas, de restricción. Los expertos en a técnica pueden escoger fácilmente los cuerpos de unión apropiados dependiendo de la técnica de detección que va a ser empleada.
Para la detección, los cuerpos de unión pueden ser conjugados o asociados de alguna otra manera con una etiqueta detectable seleccionada entre el grupo que incluye pero sin limitación agentes ópticos como etiquetas luminiscentes o fluorescentes que incluyen una diversidad de moléculas pequeñas orgánicas y/o inorgánicas y una diversidad de proteínas fluorescentes y sus derivados, etiquetas fluorescentes, etiquetas quimioluminiscentes y etiquetas cromógenas; etiquetas radioactivas como radionúclidos que emiten rayos gamma, positrones, partículas alfa o beta o rayos X; y enzimas como fosfatasa alcalina (AP), luciferasa o peroxidasa de hidrógeno (rábano), (HRP). Dicha asociación puede ser directa, por ejemplo, a través de un enlace covalente o indirecta, por ejemplo, a través de otro agente de unión quelador o conector. También, la etiqueta puede ser directamente detectable o indirectamente detectable a través de un cuerpo de unión secundario etiquetado de forma detectable. Las etiquetas detectables y las técnicas para conjugar o asociar de alguna otra manera dichas etiquetas detectables para cuerpos de unión son bien conocidas en la técnica. Además, los expertos en la técnica pueden escoger fácilmente etiquetas detectables apropiadas dependiendo del tipo de cuerpos de unión que van a ser empleados.
Es evidente para un experto en la técnica que, a medida que avanza la técnica, el concepto inventivo puede
ponerse en práctica de diversas formas. La invención y sus realizaciones no están limitadas a los ejemplos descritos con anterioridad, sino que pueden variar dentro del alcance de las reivindicaciones.
Ejemplos
Ejemplo 1. Secuenciado y genotipado del SNP de sujetos de estudio
Sujetos de estudio
El estudio se realizó en Finlandia y todos los casos de cáncer y testigos implicados y genotipados en este estudio eran de origen caucásico. Se obtuvo un consentimiento informado por escrito de cada sujeto del estudio. El protocolo de estudio fue aprobado por el comité ético de investigación de la entidad Pirkanmaa Hospital District (Tampere, Finlandia) y por la National Supervisory Authority for Welfare and Health (VALVI-RA).
Para la mutación 2669 de HOXB13 y para la variante 2738 de CIP2A se analizaron, respectivamente, cáncer de próstata elegible no familiar (PrCa). El genotipado se llevó a cabo parcialmente mediante el consorcio PRACTICAL (PRostate cancer AssoCiation group To Investigate Cancer Associated aLterations in the genome). De estos casos 2281 fueron casos clínicamente diagnósticados del hospital Pirkanmaa Hospital District, confirmados a partir de registros médicos. Otro conjunto de sujetos consistió en 457 casos de cáncer filandeses detectados por investigación, reclutados de la rama filandesa de la entidad The European Randomized Study of Screening for Prostate Cancer (ERSPC). Este estudio fue iniciado a mediados de los años 90 para evaluar el efecto de la selección de un antígeno específico de próstata (PSA) sobre las tazas de mortalidad a partir de PrCa (Schroder et al., N Engl J Med. 2009;360:1320-8). Estos pacientes 106 eran casos de aparición en jóvenes. Los sujetos de PrCa (HOXB13 G84E, n=2423; CIP2A R229Q, n=2427), pertenecientes al grupo testigo de ensayo de selección, eran derivados de la rama filandesa de la entidad ERSPC (Schroder et al., Ibid). Los sujetos testigos eran individuos sanos de población coincidente con edades entre 70 y 86 años que habían experimentado una investigación de PSA. Su estado de enfermedad se evaluó anualmente a partir de los registros de la entidad Finnish Cancer Registry.
Subclasificación clínica y patológica de pacientes de PrCa
Los casos de PrCa clínicamente detectados 83,3%) dominaron el conjunto de la muestra en comparación con una proporción más pequeña de pacientes detectados por investigación (16,7%). De forma particular, un 27,4% de todos los casos desarrolló un progreso de PSA, progreso local o distante y un 10,5% dio lugar a una resistencia a la castración después de una terapia de privación de andrógenos. De 1126 pacientes de PrCa fallecidos, un 26,4% murió de PrCa, que es un 10,9% de la población de PrCa global estudiada. Además, el DNA de línea germinal estaba disponible a partir de BPH clínica y patológicamente definidos de forma conjunta a partir de la clínica de pacientes externos de urología en el hospital Tampere University Hospital (Tampere, Finlandia). De todos estos, 198 (un 33,6% de los pacientes de BPH) desarrollaron PrCa posteriormente en vida (7,23% de todos los casos de PrCa). Las características clínicas de los pacientes de PrCa genotipados se resumen en la Tabla 1.
Tabla 1. Características clínicas de pacientes de cáncer de próstata
Genotipado y secuencia del SNP
Se recogió DNA de sangre de línea germinal y se aisló según un método estándar y se genotipo en cuanto a
HOXB13 G84E (rs138213197) usando un ensayo del SNP Custom Taq-Man (Applied Biosystems/Life Technologies) y CIP2A R229Q (rs2278911) usando una plataforma de matriz de genotipado del s Np Illumina iSelect a medida, diseñada como parte del estudio Collaborative Oncological Gene-Environment Study (COGS), según las instrucciones del fabricante. Las muestras de BPH para HOXB13 G84E fueron genotipadas por la entidad Technology Centre, Institute for Molecular Medicine Finland (FIMM), Universidad de Helsinki (Helsinki, Finlandia) usando la plataforma MassARRAY iPLEX (Sequenom, Inc.). Se incluyeron muestras de ensayo por duplicado y cuatro testigos negativos en cada placa de 384 pocillos. La concordancia para las muestras testigo fue > 99%. En un conjunto seleccionado para muestras de PrCa las variantes estudiadas se confirmaron a través de secuenciado de Sanger estándar usando un estuche de ensayo ABI PRISM BigDye Termination Cycle Sequencing Ready Reaction Kit (Applied Biosystems/Life Technologies).
Ejemplo 2. Riesgo de cáncer de próstata
Se usó la ecuación de equilibrio de Hardy-Weinberg para determinar si la proporción de cada genotipo obtenido estaba en concordancia con los valores esperados según se calcularon a partir de las frecuencias de alelos.
Se realizaron análisis estadísticos con BM SPSS versión 22 (SPSS Inc, Chicago, EE.UU.) salvo que se especifique otra cosa. Como el número de parámetros era relativamente pequeño en comparación con el número de sujetos, se usaron análisis de regresión logística incondicional para medir la asociación entre variantes de HOXB13 y CIP2A y el riesgo de PrCa mediante estimación de razón de momios (OR) y su intervalo de confianza (CI) de 95%. Los valores de p fueron de dos partes y un valor de p < 0,05 se consideró que indicaba un resultado estadísticamente significativo.
Según los resultados, las mutaciones de HOXB13 G84E y CIP2A R229Q estaban en equilibrio de Hardy-Weinberg en ambos casos (p = 0,097 y p = 0,739) y en los testigos (p =0,838 y p = 0,498), respectivamente. La frecuencia global del alelo menor para la variante de G84E fue de 1,8% y para R229Q fue de 13,8% en el conjunto completo de las muestras. La mutación de G84E se detectó en 187 sujetos, de los que 167 eran pacientes con cáncer de próstata (frecuencia del portador 6,24%) y 20 eran testigos sanos (frecuencia del portador 080%). La frecuencia del portador de la variante de R229Q fue de 24,7/% (n = 675) en los casos y de 26,5% (n = 642) en los testigos (Tabla 2).
Tabla 2. Asociación entre variantes de HOXB13 rs138213197, CIP2A rs2278911 y el riesgo de cáncer de próstata
Genotipo de lugar Casos, n (%) Testigos, n (%) R (95%) P HOXB13 rs 138213197
CC 2502 (93,7 2403 (99,2) 1,0
CT 166 (6,2) 20 (0,80) 7,9 (4,9 -12,7) 1,22E-24 TT1 1 (0,10) 0 (0,00) - -Portadores T 167 (6,24) 20 (0,80) 8,0 (5,0 -12,8) 7,69E-25 CIP2A rs2278911
CC 2063 (75,3) 1785(73,5) 1,0
CT 625 (22,8) 588 (24,2) 0,9 (0,8 - 1,1) 0,236 TT1 50 (1,80) 54 (2,20) 0,8 (0,6-1,2) 0,308 Portadores T 675 (24,7) 642 (26,5) 0,9 (0,8 - ,0) 0,139 Portadores duales de HOXB13 C y CIP2A C
HOXB13 C y CIP2A C 2620(98,2) 2369 (97,8) 1,0
HOXB13 T y CIP2A C 165(6,20) 20 (0,80) 7,9 (5,0-12,6) 4,23E-18 HOXB13 C y CIP2A C 2620 (98,2) 2369 (97,80) 1,0
HOXB13 T y CIP2A C 165 (6,20) 20 (0,80) 7,9 (5,0-12,6) 4,2E-18 HOXB13 T y CIP2A T 46 (1,70) 2 (0,10) 21,2 (5,2-87,5) 0,000024 Análisis de regresión logística de casos-testigos
OR, relación de momios
CI, intervalo de confianza
1 La OR para el genotipo de HOXB13 TT no pudo ser calculada debido a limitaciones del método de regresión logarítmica
Los resultados están en negrita si el CI 95% excluía 1 y la asociación significativa a p < 0,05 frente a testigos
El alelo HOXB13 G84E T estaba asociado con un riesgo aumentado de 8,0 veces de PrCa (95% CI 5,0-12,8, p = 7,69 E-25) en casos no familiares sin seleccionar en muestras finlandesas analizadas.
Se observó un resultado significativo para portadores duales de HOXB13 T y CIP2A T ya que mostraron un riesgo aumentado en 21,1 veces para PrCa (95% CI 5,2-87,5; p = 0,000024).
Ejemplo 3. Disección del efecto de variantes de HOXB13 G84E y CIP2A R229Q sobre el riesgo del cáncer de próstata
Para evaluar los efectos relativos de las variantes de HOXB13 y CIP2A sobre el desarrollo de PrCa se usó el método de regresión logística por etapas binario con eliminación de retroceso como se describe por Cordell et al. (Am J Hum Genet. 2002; 70:124-41.37). Ajustando modelos estadísticos con efectos principales, se empleó un ensayo con unos pocos grados de libertad que es probable que sea potente para detectar determinantes etiológicos primarios. Esta propuesta es aplicable a estudios de casos-testigos modelados a través de una regresión logística incondicional. Al ensayar dos polimorfismos, estará presente un número pequeño de grados de libertad.
Dicho de otro modo, los efectos de las variantes de HOXB13 y CIP2A sobre el riesgo de PrCa se ensayaron con tres métodos de selección (entrada, hacia adelante y hacia atrás) de regresión logística por etapas binario. El método de eliminación hacia atrás habitualmente preferido proporcionó el resultado más significativo. Este procedimiento se comenzó con todas las variantes candidatas y se ensayó si la supresión de la variante mejora el modelo mayor al ser suprimido y repitiendo este procedimiento hasta que ya no fue posible una mejora adicional. La totalidad de las variantes genéticas, portador de HOXB13 T, portador de CIP2A T y estado del portador de alelos menor dual (TT) fueron incluidos en el modelo inicial y se usó el procedimiento de selección de regresión por etapas hacia atrás, con un valor de p de salida de 0,05, para crear el modelo final. La eliminación de los portadores de HOXB13 T deterioró el modelo mayor, el cambio de la posibilidad de registro -2 log fue de 76,365 puntos, el valor significativo del cambio fue de p = 1,3681E-28. Además, la supresión de los portadores T duales deterioró también el modelo, pero con un efecto menor (el cambio de la posibilidad de registro -2 log fue de 4,330 puntos, p = 0,037).
Cuando se usan todas las variantes genéticas predictoras como un grupo (método ENTER) el ensayo Nagelkerke R Square puso de manifiesto que se debe tener en cuenta un 3,3% de la variabilidad en el riesgo de PrCa para la totalidad de los predictores usados en los pacientes finlandeses. Con este método, los portadores de h Ox B13 T mostraron un riesgo significativo en cuanto a PrCa (OR 6,268; 95% CI, 3,804-10,327; p = 5,8567E-13); pero ninguna de las otras variables ensayadas.
De esta forma, el análisis de regresión mostró que la variante de HOXB13 tiene el efecto principal en el desarrollo de PrCa de todas las variantes usadas en el modelo de análisis.
Ejemplo 4. Tiempo para el desarrollo de cáncer de próstata.
El tiempo para los análisis de acontecimientos (portadores frente a no portadores) se llevó a cabo mediante el método de regresión de COX. Los resultados se muestran en la Tabla 3 siguiente.
Tabla 3. Acontecimiento de tiempo para PrCa de portadores frente a no portadores de HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911
Portadores frente a no portadores n Edad media HR 95% CI P de diagnóstico
No portadores de HOXB13 T 2502 68,1 1,0
Portadores de HOXB13 T 167 67,8 1,9 1,6-1,2 6,07E-16 No portadores de CIP2A T 2063 68,2 1,0
Portadores de CIP2A T 675 67,7 0,9 0,9-1,1 0,399 Portadores no duales de HOXB13 T & CIP2A T 2623 68,1 1,0
Portadores duales de HOXB13 T & CIP2A T 46 67,5 2,1 1,6-2,8 4,5E2-7 Análisis de regresión de Cox_______________
Relación de momios, HR
Intervalo de confianza, CI
Los resultados están en negrita si el 95% CI excluía 1 y la asociación significativa a p < 0,05 frente a no portadores__________________________________________________________________________________
Los resultados mostraron un riesgo significativo para el desarrollo temprano de PrCa en portadores de alelos HOXB13 T (HR 1,9; 95% CI 1,6-2,2; p = 6,07E-16), mientras que se mostró un efecto sinérgico en portadores duales de alelos HOXB13 T y CIP2A T no solamente en una susceptibilidad creciente, sino también en un desarrollo más temprano de la enfermedad (HR 2,1; 95% CI 1,6-2,8; p = 4,52E - 7).
Ejemplo 5. Correlación con características clínicas
Se realizaron análisis de regresión logística binaria para evaluar el impacto de las mutaciones sobre el fenotipo tumoral y las características clínicas seleccionadas, incluido el PSA en diagnóstico, puntuación de Gleason, progreso general, detección clínica y de selección, desarrollo de CRPC, estado de BPH y desarrollo de PrCa, muerte general y específica de la enfermedad
Las asociaciones estadísticamente significativas de portadores de HOXB13 G84E y los portadores duales de HOXB13 G84E y CIP2A R229Q (frente a no portadores, con características técnicas se presentan en la tabla 4. No se encontró una evidencia de asociación del estado de portadores y características clínicas de CIP2A R229Q de los pacientes de PrCa examinados.
Se observó una asociación significativa entre el estado de mutación de HOXB13 y un PSA elevado en diagnóstico (PSA >20 ng/ml; OR 1,5; 95% CI 1,1 -2,3; p= 0,012); los datos de PSA total estaban disponibles para un 94,3% de casos. No se observó una asociación significativa entre el estado de mutación y la puntuación de Gleason presentada (p =0,93).
Las características clínicas de portadores duales de HOXB13 G84E y CIP2A R229Q se examinaron en comparación con portadores T no duales. Se observó una asociación significativa entre portadores T duales de variantes HOXB13 y CIP2A y una puntuación de Gleason elevada (Gleason > 8, OR 2,3; 95% CI 1, 1 -4,8; p =0,025), que es un parámetro clínico comúnmente usado que define un cáncer agresivo con predicción de pronóstico más escaso.
Ejemplo 6. Asociación con subgrupos de cáncer de próstata específico.
Unos análisis de comparación de subgrupos testigos indirectos de caos aplicados para PrCa clínicamente diferenciado y el estado de portadores de HOXB13 G48E, CIP2A R229Q pusieron de manifiesto asociaciones con diversas características distintivas de la enfermedad (Tabla 5).
La mutación de HOXB13 mostró una fuerte asociación con casos de PrCa clínicamente detectados OR 8,6; 96% CI, 5,4-13,8; p = 3,1 x 1019) frente a testigos y una asociación inferior con los PrCa detectados por investigación frente a los testigos (OR 5,22; 95% CI 2,8-9,9 p=3,4x10'7). La función del alelo HOXB13 T en enfermedad clínicamente más grave se confirmó cuando se compararon los caos clínicamente detectados frente a los PrCa detectados por investigación (OR 1,6; 95% CI 1,0-2,7; p= 0,046). Aunque la BPH no es considerada como una lesión premaligna, el presente estudio mostró que los hombres con la variante G84E con diagnóstico anterior de BPH tenían un riesgo de 12,6 de desarrollar PrCa en comparación con testigos de BPH (BPH, pero no con desarrollo posterior de PrCa; 95% CI 2,8-56,8; p = 0,001). El estado del portador de HOXB13 T confirió un riesgo aumentado de PrCa en hombres con diagnóstico de BPH en comparación con hombres con BPH, pero sin desarrollo posterior de PrCa (OR 12,6; 95% CI 2,8-56,8; p =0,001). De forma importante, se detectó una evidencia estadísticamente significativa de la contribución del alelo HOXB13 T al riesgo de CRPC en comparación con testigos no detectados (OR 10,8; 95% CI, 5,8-19,9; p= 3,1 x 10'14).
Los portadores T duales de HOXB13 y CIP2A tenían un riesgo mayor de cánceres de próstata clínicamente detectados en comparación con los testigos (OR 23,4; 95% CI 5,7-96,8, p = 0,000013) y una probabilidad inferior de ser reconocidos a través de una investigación de PrCa frente a testigos (OR 10,7; 95% CI, 2,0-58,8; p = 0,006). El riesgo de CRPC frente a testigos fue más de tres veces mayor (Or 36,6 (95% CI 7,5-168,5), p = 0,000007) cuando el paciente tenía portador T dual de HOXB13 y CIP2a en comparación con pacientes que tenían solamente el alelo HOXB13.
Incluso aunque la asociación de portadores T duales y desarrollo de PrCa en hombres diagnosticados con BPH no pudo ser estadísticamente evaluada debida al tamaño pequeño de la muestra, es digno de mencionarse que a partir de 590 muestras de BPH, dos eran portadores T duales y ambos tenían un diagnóstico de PrCa. Es especialmente importante evaluar el riesgo de las variantes estudiadas de desarrollo de resistencia a la castración durante el tratamiento, es decir, el riesgo de sujetos que desarrollan un cáncer de próstata resistente a la castración.
Después de examinar a fondo las modalidades de tratamiento, se encontró que los pacientes tratados con prostatectomía tenían una mayor tasa de portadores de mutación para HOXB13 T, CIP2A T y portadores T duales (7,4%, 25,2% y 2,2%, respectivamente) en comparación con pacientes en seguimiento activo (5,5%, 21,7% 71,6%, respectivamente). Los portadores con alelos HOXB13 y/o CIP2A T por tanto eran más propensos a recibir un tratamiento oncológico primario.
Ejemplo 7. Supervivencia
Con el fin de explorar la función de HOXB13 y CIP2A en la supervivencia global y específica de PrCa, se aplicaron análisis de supervivencia de Kaplan-Meier. El tiempo de supervivencia (años) se comparó entre portadores T de HOXB13 y CIP2A y los que no tenían las mutaciones.
Explorando el tiempo más prolongado de seguimiento (nacimiento-muerte) los portadores T de HOXB13 y CIP2A tenían una supervivencia significativamente peor y murieron anteriormente de PrCa (ensayo de Breslow test, HR 3,9; 95% CI 91,6-94,5; p = 0,048) frente a los que no tenían portadores T duales.
La combinación de alelos HOXB13 T y CIP2A T parece que tiene un efecto definido sobre el riesgo de PrCa, el tiempo para desarrollar la enfermedad, la enfermedad agresiva, la supervivencia y la muestre específica por PrCa.
Ejemplo 8. Predicción de la patogenicidad in silico
Para explorar adicionalmente la función de las variantes de HOXB13 G84E y CIP2A R229Q en PrCa y para investigar la predicción de la patogenicidad en variantes de G84E y R229Q, se usó una herramienta in silico para variantes con pérdida de sentido, denominada Software de predicción de agotamiento dependiente de anotaciones combinadas (CADD). Esto hace posible la integración objetiva de muchas anotaciones diversas en una medición única (puntuación C) para cada variante. Este software integra diversas anotaciones de genomas, usando conjuntamente ~63 herramientas diferentes que aplican matrices de conservación, así como matrices basadas en proteínas. La base de CADD es contrastar las anotaciones de alelos fijos en seres humanos con las de variante simuladas. Una variante se predice que es patógena si la puntuación C en escala calculada por el software está por encima de 10, que indica los estados perjudiciales de 10% más elevados entre las posibles
Claims (13)
1. Un método para analizar un sujeto en cuanto a marcadores asociados a cáncer de próstata, en que el método comprende ensayar una muestra obtenida a partir de dicho sujeto en cuanto a HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911, y en que la presencia de al menos un alelo T de HOXB13 rs138213197 y al menos un alelo T de CIP2A rs2278911 indica que dicho sujeto tiene un riesgo aumentado de tener o desarrollar cáncer de próstata.
2. El método según la reivindicación 1, en el que dicho riesgo indica una aparición más temprana que la media de cáncer de próstata clínicamente relevante.
3. El método según la reivindicación 1 o 2, en el que dicho sujeto tiene un diagnóstico más temprano de hiperplasia de próstata benigna.
4. El método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-3, en el que dicho sujeto es un varón caucásico
5. El método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-4, en que dicho método se usa para una finalidad seleccionada entre el grupo que consiste en determinar el riesgo de un sujeto de cáncer de próstata, determinar la susceptibilidad de un sujeto al cáncer de próstata, determinar el riesgo de un sujeto a tener o desarrollar cáncer de próstata, diagnosticar cáncer de próstata en un sujeto, pronosticar cáncer de próstata en un sujeto, asignar un sujeto a un grupo de riesgo elevado o riesgo bajo de cáncer de próstata, asignar un sujeto en cuanto a verificar la aparición de cáncer próstata, asignar un sujeto en cuanto a un seguimiento activo del progreso de cáncer de próstata, asignar un sujeto en cuanto a radioterapia o prostatectomía, asignar un sujeto en cuanto a estudios clínicos e investigación de una población en cuanto a cáncer de próstata.
6. El método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-5, en que dicho cáncer de próstata es un cáncer de próstata agresivo.
7. El método según la reivindicación 6, en que el cáncer de próstata agresivo es un cáncer de próstata resistente a la castración.
8. El método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-7, en el que dicho ensayo en cuanto a HOXB13 rs138213197 y CIP2A rs2278911 se lleva a cabo a nivel génico, a nivel de mRNA o a nivel de proteínas.
9. El método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-8, que comprende adicionalmente detectar uno o más marcadores adicionales asociados a cáncer de próstata seleccionados entre el grupo que consiste en antígeno específico de próstata total (tPSA), antígeno específico de próstata libre (fPSA), antígeno específico de próstata intacto (iPSA), proPSA, calicreína 2 humana (hK2), microseminoproteína-beta (MSMB), citoquina 1 inhibidora de macrófagos (MIC1), antígeno 3 de cáncer de próstata (pCa 3), producto de fusión génica TMPRSS2-ERG, proteína ERG, PTN, RAF, BRAF, SPOP, EZH2, Spink 1, otros marcadores genéticos asociados a cáncer de próstata, otros polimorfismos genéticos en HOXB13 o CIP2A que rs138213197 o rs2278911, respectivamente, factores de regulación génica como eQTLs, factores de transcripción, mejoradores y marcadores de metilación, derivados biológicamente activados o inactivados o variantes de los mismos y cualquier combinación de los mismos.
10. El método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-9, que comprende adicionalmente detectar una o más variables clínicas seleccionadas entre el grupo que consiste en la edad, historial familiar, biopsia de próstata previa, diagnóstico previo con hiperplasia de próstata benigna, resultados de formación de imágenes por resonancia magnética biparamétrica (MRI), resultados de examen rectal digital (DRE) e índice de masa corporal.
11. Uso de un estuche de ensayo en el método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-10, en que dicho estuche de ensayo comprende un primer cuerpo de unión para ensayar dicha muestra en cuanto HOXB13 rs138213197 y un segundo cuerpo de unión para ensayar dicha muestra en cuanto a CIP2A rs2278911.
12. El uso según la reivindicación 11, en que dicho primer cuerpo de unión es para determinar específicamente la presencia o ausencia de HOXB13 rs138213197 (T) y/o dicho segundo cuerpo de unión es para determinar específicamente la presencia o ausencia de CIP2A rs2278911 (T).
13. El uso según la reivindicación 11 o 12, en que dicho primero y segundo cuerpos de unión se seleccionan independientemente uno de otro entre el grupo que consiste en cebadores de ácidos nucleicos, sondas de ácidos nucleicos, aptámeros, anticuerpos o fragmentos de anticuerpos, péptidos, receptores y enzimas como enzimas de restricción.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FI20165432 | 2016-05-24 | ||
| PCT/FI2017/050383 WO2017203100A1 (en) | 2016-05-24 | 2017-05-23 | Determination of genetic predisposition to aggressive prostate cancer |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| ES2863680T3 true ES2863680T3 (es) | 2021-10-11 |
Family
ID=59014660
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| ES17728245T Active ES2863680T3 (es) | 2016-05-24 | 2017-05-23 | Determinación de la predisposición genética al cáncer de próstata agresivo |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20210222249A1 (es) |
| EP (1) | EP3464620B1 (es) |
| AU (1) | AU2017270496B9 (es) |
| CA (1) | CA3025089C (es) |
| DK (1) | DK3464620T3 (es) |
| ES (1) | ES2863680T3 (es) |
| PL (1) | PL3464620T3 (es) |
| WO (1) | WO2017203100A1 (es) |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2013070933A2 (en) * | 2011-11-08 | 2013-05-16 | The Johns Hopkins University | Compositions and methods for the treatment of prostate carcinoma |
-
2017
- 2017-05-23 CA CA3025089A patent/CA3025089C/en active Active
- 2017-05-23 PL PL17728245T patent/PL3464620T3/pl unknown
- 2017-05-23 AU AU2017270496A patent/AU2017270496B9/en not_active Ceased
- 2017-05-23 EP EP17728245.6A patent/EP3464620B1/en active Active
- 2017-05-23 WO PCT/FI2017/050383 patent/WO2017203100A1/en unknown
- 2017-05-23 DK DK17728245.6T patent/DK3464620T3/da active
- 2017-05-23 ES ES17728245T patent/ES2863680T3/es active Active
- 2017-05-23 US US16/304,461 patent/US20210222249A1/en not_active Abandoned
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| AU2017270496B9 (en) | 2020-12-03 |
| NZ748621A (en) | 2020-10-30 |
| DK3464620T3 (da) | 2021-04-06 |
| PL3464620T3 (pl) | 2021-11-15 |
| AU2017270496B2 (en) | 2020-07-16 |
| EP3464620A1 (en) | 2019-04-10 |
| CA3025089A1 (en) | 2017-11-30 |
| AU2017270496A1 (en) | 2018-12-20 |
| WO2017203100A1 (en) | 2017-11-30 |
| CA3025089C (en) | 2021-05-11 |
| EP3464620B1 (en) | 2021-02-24 |
| US20210222249A1 (en) | 2021-07-22 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| ES2759533T5 (es) | Métodos y materiales para evaluar la pérdida de heterocigosidad | |
| US20220002810A1 (en) | Methods and compositions for correlating genetic markers with prostate cancer risk | |
| Rezvani et al. | Detection of SPG20 gene promoter-methylated DNA, as a novel epigenetic biomarker, in plasma for colorectal cancer diagnosis using the MethyLight method | |
| US20210238696A1 (en) | Biomarkers for the Identification of Prostate Cancer and Methods of Use | |
| Polakova et al. | Genotype and haplotype analysis of cell cycle genes in sporadic colorectal cancer in the Czech Republic | |
| JP2017503523A (ja) | Ｎｕｄｔ１５遺伝子内の単一塩基多型マーカーを含むチオプリン誘導白血球減少症の発病危険予測用組成物 | |
| Polat et al. | The association of MYNN and TERC gene polymorphisms and bladder cancer in a Turkish population | |
| JP5924644B2 (ja) | 肝細胞癌への進展予測マーカー | |
| JP5807894B2 (ja) | 一塩基多型に基づく前立腺癌の検査方法 | |
| Dai et al. | The association between AXIN2 gene polymorphisms and the risk of breast cancer in chinese women | |
| KR102195591B1 (ko) | Glut3의 다형성을 이용한 비소세포폐암의 예후 진단 방법 | |
| WO2020254693A1 (en) | Detection of hypermethylated genes for diagnosing gastric cancer | |
| ES2863680T3 (es) | Determinación de la predisposición genética al cáncer de próstata agresivo | |
| JP2011097833A (ja) | 特定の遺伝子のメチル化の頻度を、頭頸部腫瘍のバイオマーカーとして使用する方法 | |
| JP2008000096A (ja) | 尿路結石症の発症リスク判定方法、及び発症リスク判定用キット | |
| JP6516128B2 (ja) | 抗甲状腺薬誘発性無顆粒球症リスクを判定するための検査方法及び判定用キット | |
| NZ748621B2 (en) | Determination of genetic predisposition to aggressive prostate cancer | |
| KR101895677B1 (ko) | Dtx1의 다형성을 이용한 비소세포폐암의 예후 진단 방법 | |
| KR101819795B1 (ko) | 대장암 발병 진단 및 예측용 유전 마커 | |
| WO2023196874A2 (en) | Urinary rad9 biomarker diagnostic and prognostic assay for prostate cancer | |
| WO2021174262A1 (en) | Methods of evaluating breast cancer prognosis and treatment regimens based on methylation status of the ins-igf2 region | |
| KR101507656B1 (ko) | 폐암 환자의 생존 예측용 gnb2l1 다형성 마커 및 이를 이용한 폐암 생존 예후의 예측 방법 | |
| WO2019173494A1 (en) | Compositions and methods for specific target amplification for high throughput single-cell quantitative rt-pcr | |
| Hellmig et al. | Germline variations of the topoisomerase IIα gene as risk factors for primary gastric B-cell lymphoma | |
| JP2018093764A (ja) | 食道癌の予後を予測する方法 |