ES2684687T3 - Pronóstico del impacto de la dieta en comorbilidades relacionadas con la obesidad - Google Patents

Abstract

Método para determinar si un sujeto con sobrepeso tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, comprendiendo dicho método: a) detectar a partir de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto si por lo menos uno de los conjuntos de 25 genes bacterianos de por lo menos una especie bacteriana tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, y b) determinar que el sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, si por lo menos uno de los conjuntos de 25 genes bacterianos de por lo menos una especie bacteriana de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra.

Description

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DESCRIPCION

Pronóstico del impacto de la dieta en comorbilidades relacionadas con la obesidad.

La presente invención se refiere a métodos para determinar el riesgo de comorbilidades relacionadas con la obesidad en sujetos con sobrepeso basado en el microbioma bacteriano intestinal, y a métodos para aumentar la riqueza bacteriana en individuos que lo necesitan, particularmente en individuos con sobrepeso.

El sobrepeso y la obesidad se definen como una acumulación anormal o excesiva de grasa que presenta un riesgo para la salud. Una medida poblacional burda de la obesidad es el índice de masa corporal (BMI), el peso de una persona (en kilogramos) dividido entre el cuadrado de su altura (en metros). Una persona con un BMI igual o superior a 25 se considera con sobrepeso. Una persona con un BMI de 30 o mayor generalmente se considera obesa.

El sobrepeso y la obesidad son los principales factores de riesgo para numerosas enfermedades crónicas, o las llamadas comorbilidades relacionadas con la obesidad, incluyendo diabetes, enfermedades cardiovasculares y cáncer. Una amplia bibliografía apoya que el sobrepeso y la obesidad son las causas principales de las comorbilidades que pueden conducir a una mayor morbimortalidad. En una revisión reciente, se mostró que 18 comorbilidades están estadísticamente correlacionadas con el sobrepeso y la obesidad: cáncer (renal, colorrectal, de próstata, de ovario, de útero/endometrial, de esófago, de páncreas, y de mama posmenopáusico), diabetes tipo II, riesgo de enfermedad cardiovascular (hipertensión, arteriopatía coronaria, insuficiencia cardiaca congestiva, embolia pulmonar, derrame cerebral), enfermedad de la vesícula biliar, dolor de espalda crónico, osteoartritis y asma (Guh D. et al, BMC Public Health.; 9: 88; 2009).

Esto suscita una grave preocupación con respecto a la salud pública, tanto desde el punto de vista de los pacientes como también desde el punto de vista económico. De hecho, las enfermedades mencionadas anteriormente requieren muy a menudo tratamientos médicos extensos, o, en el caso de las enfermedades crónicas, requieren de monitorización continua.

Si bien se ha reconocido desde hace tiempo que la estrategia más eficaz para prevenir esas enfermedades es la pérdida de peso, se pueden considerar muchas estrategias de pérdida de peso diferentes, dependiendo del paciente. Aunque las clásicas dietas bajas en calorías se han recomendado por los médicos durante mucho tiempo, en algunos casos pueden ser necesarios los enfoques drásticos, tales como la cirugía. Aún se discute en cuanto a qué tipo de estrategia de pérdida de peso es más eficaz para aliviar los riesgos de comorbilidad. Una de las posibilidades que parecen surgir de los diferentes estudios es que se pueden necesitar estrategias de pérdida de peso específicas adaptadas a la persona con sobrepeso u obesidad, dependiendo de varios factores tales como los antecedentes genéticos y el perfil hormonal. Sin embargo, probablemente debido a la diversidad de los casos, no se han identificado indicadores claros que podrían servir a los médicos como ayuda para la toma de decisiones.

Sin embargo, las investigaciones recientes apuntan hacia otro aspecto del tema que nos ocupa, que es que la microbiota humana juega un papel crucial en las predisposiciones de diferentes enfermedades (Clemente et al., Cell, 148(6): 1258-1270, 2012).

La microbiota humana comprende miles de especies bacterianas, entre las cuales están las bacterias comensales, benéficas o patógenas. Los seres humanos hospedan microbiota en varios lugares, tales como la piel, los pulmones, la vagina, la boca y el intestino. Esa microbiota es diferente dependiendo de su ubicación y su composición bacteriana. La microbiota intestinal es la más grande en su composición. En general, se considera que comprende miles de especies bacterianas, pesa alrededor de 1,5 kg, y constituye un rico repertorio de genes por sí mismo, también llamado microbioma intestinal, que es 100 veces más grande que el genoma nuclear humano.

Se ha demostrado que la microbiota intestinal desempeña un papel en el desarrollo de trastornos metabólicos tales como la obesidad, el síndrome metabólico y la diabetes. Mientras que la normbiosis, que califica el estado normal de la microbiota, parece garantizar la homeostasis, la disbiosis, que es la distorsión de la normbiosis, se correlaciona con una larga lista de enfermedades.

Estudios recientes muestran que la microbiota intestinal humana puede estar modificada en individuos obesos con respecto a individuos delgados, incluso si se han dado a conocer ciertos cambios inconsistentes. En algunos estudios, pero no en todos, se observó un aumento en el phylum Firmicutes y una disminución de Bacteroidetes asociados con la obesidad, dándose a conocer también lo contrario. Igualmente se dio a conocer un aumento de Actinobacteria en obesos. Las alteraciones relacionadas con la obesidad de la microbiota intestinal de ratón se caracterizan por cambios en la relación de Firmicutes a Bacteroidetes, que aumenta en los animales obesos. Estos cambios probablemente no son una mera consecuencia de la obesidad, ya que el fenotipo obeso se puede transmitir por transplante de microbiota intestinal en ratones, lo que indica que las poblaciones microbianas intestinales pueden tener un papel activo en la patogénesis de la obesidad, y de este modo probablemente en las comorbilidades asociadas.

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Sin embargo, no todas las especies bacterianas de la microbiota intestinal se han identificado y secuenciado, principalmente porque la mayoría de ellas no pueden ser cultivadas. Además, la mayoría de las bacterias solamente están presentes en un bajo número de copias en la microbiota intestinal, lo que las hace difíciles de detectar (Hamady y Knight, Genome Res., 19: 1141-1152, 2009). Por lo tanto, la mayoría de las secuencias en el ADN bacteriano del intestino no están asignadas taxonómicamente todavía, lo que restringe el uso como biomarcadores a especies y genes taxonómicamente conocidos.

De este modo, todavía hay necesidad de marcadores que permitan la determinación del riesgo de un sujeto con sobrepeso para desarrollar comorbilidades relacionadas con la obesidad, y además para diferenciar entre sujetos con sobrepeso con el fin de adaptar la estrategia de pérdida de peso a cada individuo.

Leyenda de las figuras

Figura 1. Composición microbiana intestinal de sujetos LGC (n = 18) y HGC (n = 27).

a) Distribución del recuento de genes en todos los individuos (línea roja) o enterotipos (líneas negras) al inicio del estudio, después de la reducción de los datos a 7 millones de lecturas únicamente coincidentes. b) Presencia y frecuencia de 25 genes trazadores para 18 especies bacterianas. Las filas corresponden a los genes, y la frecuencia relativa de cada gen está indicada por el color, incrementando desde gris claro a gris intenso; el diana denota que un gen no ha sido detectado. Las columnas corresponden a los individuos, que han sido ordenados por número creciente de genes para los 3 puntos de tiempo del estudio. Los valores en el lado derecho de la figura dan la probabilidad de Mann-Whitney (q: ajustada por el método de Benjamini-Hochberg) de que una especie sea abundante de manera diferencial entre los individuos con baja y alta cantidad de genes; la abundancia de una especie en un individuo se calculó como la media de las frecuencias de los genes trazadores. F. prau y R. inul significa F. prausnitzii y R. inulinivorans, respectivamente. c) Los valores de AUC obtenidos para las mejores combinaciones de 1 a 15 especies en un análisis ROC de 45 individuos de nuestra cohorte (rojo); Recuadro: AUC para la mejor combinación de 6 especies. El AUC francés y AUC danés se refieren a las cohortes francesa (Micro-obeso) y danesa (MetaHIT), respectivamente.

Figura 2. Diferencias entre sujetos LGC (n = 18) y HGC (n = 27) en las variables bioclínicas.

Las barras blancas y negras se refieren a los grupos LGC y HGC, respectivamente; se indican los errores estándar de la media. 0wk: línea de base, 6wks: fin del periodo de restricción de energía, y 12wks: fin del periodo de estabilización. #valor de p <0,1, *: valor de p <0,05, **: valor de p <0,01 mediante pruebas de Mann-Whitney. El “índice de Disse” se calcula combinando los valores de lípidos y de insulina (véase el material complementario).

Descripción

Los inventores han establecido que los rasgos clínicos vinculados a las comorbilidades relacionadas con la obesidad se correlacionan significativamente con una diversidad bacteriana intestinal reducida en sujetos con sobrepeso. Ellos, además, diseñaron un método para determinar con precisión si un sujeto con sobrepeso tiene una diversidad bacteriana reducida. De ese modo es posible determinar con una sensibilidad elevada si un sujeto con sobrepeso está en riesgo de desarrollar comorbilidades relacionadas con la obesidad.

La presente invención está dirigida a un método para determinar si un sujeto con sobrepeso que tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida está en riesgo de desarrollar comorbilidades relacionadas con la obesidad. Dicha determinación es particularmente útil para evaluar si un sujeto con sobrepeso está en riesgo de desarrollar comorbilidades relacionadas con la obesidad. Los inventores han mostrado que es posible discriminar entre sujetos con sobrepeso que tienen una diversidad bacteriana intestinal reducida y aquellos que tienen una diversidad bacteriana intestinal normal simplemente evaluando la presencia de un pequeño número de especies bacterianas en el intestino

Los inventores han encontrado un conjunto de especies bacterianas específicas, cuya presencia o ausencia en el ADN bacteriano de las heces de un sujeto con sobrepeso se correlaciona significativamente con la diversidad bacteriana intestinal reducida. Estas especies no se limitan a aquellas que ya se conocían mediante la técnica anterior.

Por “diversidad bacteriana intestinal reducida”, se refiere aquí a una microbiota intestinal en la que el número de especies bacterianas está reducido en comparación con la microbiota intestinal normal promedio.

Por ejemplo, la comparación entre una microbiota de ensayo y una microbiota intestinal normal se puede lograr mediante el genotipado secuencias obtenidas de las muestras biológicas, por ejemplo con un secuenciador de ADN masivamente en paralelo. En ese caso, un sujeto con diversidad bacteriana reducida puede tener un microbioma que comprende menos de 480 000 recuentos de genes bacterianos, en el que dichos recuentos se obtienen secuenciando ADN microbiano intestinal obtenido a partir de una muestra de 200 mg de heces con secuenciación de alta resolución basada en Illumina, cartografiando las secuencias obtenidas sobre un conjunto de

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referencia del genoma bacteriano (tal como se describe en Arumugam et al., Nature, 473(7346): 174-80, 2011), eliminando la contaminación humana, descartando el cartografiado de lecturas en múltiples posiciones, y basado en la cantidad total de lecturas coincidentes que quedan.

De acuerdo con la invención, un sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, o una diversidad bacteriana normal. El persona experta entenderá entonces fácilmente que cuando el método de la invención no determina que el sujeto con sobrepeso tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, dicho sujeto, obviamente, tiene una diversidad bacteriana intestinal normal. Por “diversidad bacteriana intestinal normal”, se refiere aquí a una microbiota intestinal en la que el número de especies bacterianas es alrededor del número encontrado en la microbiota intestinal normal promedio, es decir, entre 10% inferior y 10% superior al número de especies bacterianas encontradas en la microbiota intestinal normal promedio.

Por “microbiota”, se refiere aquí a la microflora y microfauna en un ecosistema, tales como intestinos, boca, vagina o pulmones. En microbiología, la flora (plural: floras o florae) se refiere a las bacterias colectivas y a otros microorganismos en un ecosistema (por ejemplo, una parte del cuerpo de un hospedante animal). La “microbiota intestinal” consiste en todas las especies bacterianas que constituyen la microbiota presente en el intestino de un individuo.

Una especie bacteriana de acuerdo con la invención comprende no solamente especies bacterianas conocidas, sino también especies que todavía no han sido descritas taxonómicamente. De hecho, ya sea que hayan sido descritas taxonómicamente o no, las especies bacterianas se pueden caracterizar por su genoma. Por ejemplo, los métodos para caracterizar bacterias usando información genética se han descrito en Vandamme et al. (Microbiol Rev. 1996, 60 (2): 407).

Será obvio para el experto en la técnica que los genes de una especie bacteriana están físicamente vinculados como una unidad en lugar de estar distribuidos de forma independiente entre individuos, es decir, el genoma de dicha especie bacteriana comprende secuencias de genes que siempre están presentes o ausentes juntas entre individuos. Por lo tanto, la especie bacteriana puede definirse por partes de su genoma, y la secuenciación de todo el genoma de la especie bacteriana no es necesario para la identificación adecuada de la especie bacteriana.

Por ejemplo, un método para la identificación de especies bacterianas en una composición microbiana, basado en la secuenciación del ADN bacteriano y el uso de genes marcadores como referencias taxonómicas, se ha descrito en Liu et al. (BMC genomics, 12(S2):S4, 2011). La persona experta en la técnica puede referirse además a Arumugam et al. (Nature, 473(7346): 174-80, 2011) o Qin et al. (Nature, 490(7418): 55-60, 2012) para métodos detallados para la identificación de especies bacterianas basados en secuenciación de ADN bacteriano.

De acuerdo con la presente invención, una “especie bacteriana” es un grupo de genes bacterianos del microbioma intestinal, cuyo nivel de abundancia varía en la misma proporción entre las diferentes muestras individuales. En otras palabras, una especie bacteriana de acuerdo con la invención es un grupo de secuencias de genes bacterianos cuyos niveles de abundancia en las muestras de diferentes sujetos están estadísticamente vinculados en lugar de estar distribuidos al azar. Será inmediatamente evidente para la persona experta que dicho grupo corresponde así a una especie bacteriana.

Los genes del microbioma se pueden atribuir a una especie bacteriana mediante varios métodos estadísticos conocidos por la persona experta en la técnica. Preferentemente, se usa un método estadístico para la prueba de covarianza para probar si dos genes pertenecen al mismo grupo. Para ello, el experto puede usar medidas no paramétricas de dependencia estadística, tales como, por ejemplo, el coeficiente de correlación de rangos de Spearman. Lo más preferible, una especie bacteriana de acuerdo con la descripción es un grupo que comprende genes bacterianos intestinales y que se determina por el método usado en Qin et al. (Nature, 490(7418): 55-60, 2012) para identificar grupos de vinculación metagenómica.

Por “sujeto”, se refiere aquí a un vertebrado, preferentemente un mamífero, y más preferentemente un ser humano. Por “sujeto con sobrepeso”, se refiere aquí a un ser humano que tiene un índice de masa corporal superior a 25 kg/m2. El índice de masa corporal se define como la masa corporal del individuo dividida entre el cuadrado de su altura. Las fórmulas usadas universalmente en medicina producen una unidad de medida de kg/m2.

Hay varias maneras de obtener las muestras de ADN microbiano intestinal de dicho sujeto (Sokol et al, Inflamm. Bowel Dis., 14(6): 858-867, 2008). Por ejemplo, es posible preparar muestras de las mucosas, o biopsias, obtenidas por colonoscopia. Sin embargo, la colonoscopia es un procedimiento invasivo que está mal definido en términos de procedimiento de recolección de estudio a estudio. Asimismo, es posible obtener biopsias a través de la cirugía. Sin embargo, incluso más que la colonoscopia, la cirugía es un procedimiento invasivo, cuyos efectos sobre la población microbiana no se conocen. Se prefiere el análisis fecal, un procedimiento que se ha usado de manera confiable en la técnica (Bullock et al, Curr Issues Intest Microbiol.; 5 (2): 59-64, 2004; Manichanh et al, Gut, 55: 205-211,2006; Bakir et al, Int J Syst Evol Microbiol, 56(5): 931-935, 2006; Manichanh et al., Nucl. Acids Res., 36(16): 5180-5188, 2008; Sokol et al., Inflamm. Bowel Dis., 14(6): 858-867, 2008). Un ejemplo de este procedimiento se describe en la sección de Métodos de los Ejemplos Experimentales. Las heces contienen alrededor de 1011 células bacterianas por gramo (peso húmedo), y las células bacterianas comprenden alrededor

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de 50% de la masa fecal. La microbiota de las heces representa principalmente la microbiología del intestino grueso distal. Por lo tanto, es posible aislar y analizar grandes cantidades de ADN microbiano a partir de las heces de un individuo. Por “ADN microbiano intestinal”, se entiende aquí el ADN de cualquiera de las comunidades bacterianas residentes del intestino humano. El término “ADN microbiano intestinal” abarca tanto las secuencias codificantes como no codificantes; no se limita en particular a genes completos, sino que también comprende fragmentos de secuencias codificantes. El análisis fecal es de este modo un procedimiento no invasivo, que produce resultados consistentes y directamente comparables de paciente a paciente.

Como se explicó anteriormente, el “microbioma intestinal”, como se usa aquí, se refiere al conjunto de genes bacterianos de las especies que constituyen la microbiota presente en el intestino de dicho sujeto. Las secuencias del microbioma de la descripción comprenden por lo menos las secuencias de genes del catálogo de genes bacterianos publicado por Qin et al. (Nature, 464: 59-65, 2010). Las secuencias de genes a partir del catálogo están disponibles en los sitios web de EMBL (
http://www.bork.embl.de/~arumugam/Qin_et_al_2010/) y de BGI (
http://gutmeta.genomics.org.cn).

Estas especies no se limitan a las que ya se conocen de la técnica anterior. De forma importante, estas especies bacterianas específicas muestran un alto coeficiente de correlación con la diversidad bacteriana intestinal reducida. De este modo, es posible determinar si un sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con una alta sensibilidad. La sensibilidad de un método es la proporción de positivos reales que se identifican correctamente como tales, y se puede estimar por el área bajo la curva ROC (Característica Operativa del Receptor), también llamada AUC. Una curva Característica Operativa del Receptor (ROC), o simplemente ROC, es una representación gráfica que ilustra el comportamiento de un sistema clasificador binario conforme varía su umbral de discriminación. Se crea al representar gráficamente la fracción de positivos reales de los positivos (TPR = tasa de positivos reales) frente a la fracción de falsos positivos de los negativos (FPR = tasa de falsos positivos), a diversos ajustes del umbral. La TPR también se conoce como sensibilidad, y la FPR es uno menos la especificidad o la tasa negativa real. El Área Bajo la Curva (AUC) es una medida de un comportamiento clasificador/de ensayo a través de todos los posibles valores de los umbrales. Cuanto mayor es el AUC, mejor será el comportamiento del ensayo.

Los inventores han encontrado que no es necesario determinar la presencia o ausencia de cada una de dichas especies bacterianas a fin de evaluar la diversidad de la población bacteriana intestinal. Más bien, dicha diversidad se puede evaluar con un alto grado de confianza y precisión examinando un pequeño subconjunto de especies bacterianas. Como se muestra en la parte experimental, un número muy pequeño de especies es un buen marcador de dicha diversidad. De hecho, incluso cuando se evalúa la presencia o ausencia de una sola especie bacteriana, el método de la invención permite la detección de la diversidad bacteriana reducida en un sujeto con un AUC de por lo menos 0,74, y puede ser de hasta 0,89, dependiendo de las especies bacterianas elegidas.

En comparación, un método aleatorio por lo general tiene un AUC de 0,5. Además, cuando la enfermedad inflamatoria intestinal, una de las patologías asociadas con la diversidad bacteriana reducida, se evalúa mediante secuenciación del ARNr 16S de muestras fecales, el AUC es de sólo 0,83 (Papa et al; PLoS One 2012; 7(6):e39242. 2012).

De acuerdo con una primera realización de la invención, el método para determinar si un sujeto con sobrepeso tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida comprende una etapa de detección de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto, en la que por lo menos un gen de por lo menos una especie bacteriana de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra.

Las especies bacterianas de la descripción se seleccionan de entre la lista que consiste en las especies bacterianas de la Tabla 1. Más precisamente, las especies bacterianas de la descripción se seleccionan de entre la lista que consiste en MOHL-1, MOHL-2, MOHL-3, MOHL-4, MOHL-5, MOHL-6, MOHL-7, MOHL-8, MOHL-9, MOHL-10, MOHL-11, MOHL-12, MOHL-13, MOHL-14, MOHL-15, MOHL-16, MOHL-17, MOHL-1.

Por “por lo menos una especie bacteriana”, se entiende aquí que se evalúa la ausencia de una especie única o de más de una especie. En una realización preferida, el método de la invención incluye la detección de la ausencia de 1,2, 3, 4, o 5 especies bacterianas. Incluso más preferentemente, dicho método incluye la detección de la ausencia de más de 5 especies bacterianas. Lo más preferible, dicho método incluye la detección de la ausencia de 18 especies bacterianas.

La mayoría de los comensales intestinales no pueden ser cultivados. Se han desarrollado estrategias genómicas para superar esta limitación (Hamady y Knight, Genome Res, 19: 1141-1152, 2009). Estas estrategias han permitido la definición del microbioma como el conjunto de los genes comprendidos en los genomas de la microbiota (Turnbaugh et al., Nature, 449: 804-8010, 2007; Hamady y Knight, Genome Res, 19: 1141-1152, 2009). Se ha demostrado la existencia de un pequeño número de especies compartidas por todos los individuos que constituyen el núcleo filogenético de la microbiota intestinal humana (Tap et al, Environ Microbiol., 11(10): 2574-2584, 2009). Recientemente, un análisis de metagenómica ha conducido a la identificación de un amplio catálogo de 3,3 millones de genes microbianos no redundantes del intestino humano, que corresponden a 576,7 gigabases de secuencia (Qin et al., Nature, 464(7285): 59-65, 2010).

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Será evidente inmediatamente para la persona experta en la técnica que la presencia de una especie bacteriana se puede determinar fácilmente detectando una secuencia de ácido nucleico específica de dicha especie. La presencia de especies bacterianas intestinales generalmente se determina mediante la detección de las secuencias del gene de ARNm 16S. Sin embargo, este método se limita a las especies bacterianas conocidas.

Por el contrario, en el método de la invención, no se requiere la identificación previa de las especies bacterianas a las que pertenece dicho gen. Los inventores han determinado un conjunto mínimo de 25 secuencias de genes bacterianos que son secuencias no redundantes para cada especie bacteriana de la Tabla 1, y que pueden ser usadas como genes trazadores.

Tabla 1: especies bacterianas ausentes en sujetos con sobrepeso con diversidad bacteriana reducida, y secuencias comprendidas en ellas.

Especies bacterianas

Secuencias

MOHL-1

SEC ID NO. 1 a 25

MOHL-2

SEC ID NO. 26 a 50

MOHL-3

SEC ID NO. 51 a 75

MOHL-4

SEC ID NO. 76 a 100

MOHL-5

SEC ID NO. 101 a 125

MOHL-6

SEC ID NO. 126 a 150

MOHL-7

SEC ID NO. 151 a 175

MOHL-8

SEC ID NO. 176 a 200

MOHL-9

SEC ID NO. 201 a 225

MOHL-10

SEC ID NO. 226 a 250

MOHL-11

SEC ID NO. 251 a 275

MOHL-12

SEC ID NO. 276 a 300

MOHL-13

SEC ID NO. 301 a 325

MOHL-14

SEC ID NO. 326 a 350

MOHL-15

SEC ID NO. 351 a 375

MOHL-16

SEC ID NO. 376 a 400

MOHL-17

SEC ID NO. 401 a 425

MOHL-18

SEC ID NO. 426 a 450

Será obvio para el experto en la técnica que el número de bacterias a partir de una especie bacteriana dada en una muestra se correlaciona directamente con el número de copias de por lo menos una secuencia del gen detectada en dicha muestra. De ese modo, es posible determinar la ausencia de por lo menos una de las especies bacterianas de la Tabla 1, simplemente detectando la ausencia de por lo menos un gen bacteriano de dichas especies.

Por lo tanto, la invención permite evaluar la diversidad bacteriana intestinal reducida en un sujeto con sobrepeso, y de ese modo el riesgo de dicho sujeto para desarrollar comorbilidades relacionadas con la obesidad, sin la necesidad de un análisis estadístico complejo y tedioso. Además, debido a que el método de la invención puede depender de tan poco como un gen bacteriano como un marcador, se puede implementar por cualquier técnica conocida de amplificación o secuenciación de ADN, y no se limita a un método o aparato específico.

Otra realización de la invención es un método para determinar si un sujeto con sobrepeso tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, comprendiendo dicho método:

a) detectar a partir de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto si por lo menos uno de los conjuntos de 25 genes bacterianos de por lo menos una especie bacteriana de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, y

b) determinar que el sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, si por lo menos uno de los conjuntos de 25 genes bacterianos de por lo menos una especie bacteriana de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra.

En una realización preferida, las secuencias de los genes bacterianos de las especies bacterianas de acuerdo con la invención se seleccionan de entre la lista que consiste en la secuencia SEC iD NO. 1 a la secuencia SEC ID NO. 450.

Dependiendo del tamaño de la muestra y de la existencia de los genes bacterianos de interés, ciertos genes bacterianos pueden ser difíciles de detectar en una muestra. De este modo, el persona experta podría concebir fácilmente que, para aumentar la confianza de los resultados, es ventajoso determinar la ausencia de una especie bacteriana mediante la detección de la abundancia promedio de varios genes bacterianos procedentes de una especie bacteriana.

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En una realización, detectar si por lo menos un gen bacteriano de por lo menos una especie bacteriana de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra comprende determinar el número de copias de por lo menos 1,2, 3, 4 o 5 genes bacterianos de dichas especies bacterianas en la muestra. En una realización preferida, detectar si por lo menos un gen bacteriano de por lo menos una especie bacteriana de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra comprende determinar el número de copias de por lo menos 10, 15, 20 o por lo menos 25 genes bacterianos de dichas especies bacterianas en la muestra.

Además, entre todos los genes bacterianos, algunas especies bacterianas se correlacionan más significativamente con la diversidad bacteriana intestinal reducida. Por ejemplo, como se muestra en la Tabla 3 de la parte experimental, la detección de la presencia o ausencia de una de las especies bacterianas entre MO_HL_5, MO_HL_6, MO_HL_14, MO_HL_9, MO_HL_11, MO_HL_13, MO_HL_3, MO_HL_8, MO_HL_16, MO_HL_4, MO_HL_17, MO_HL_1, o MO_HL_7 permite la detección de la diversidad bacteriana reducida en un sujeto con un AUC superior a 0,83.

De ese modo, es posible aumentar la sensibilidad del método de la invención, simplemente evaluando la presencia o ausencia de esas especies bacterianas específicas, o de por lo menos un gen de las especies bacterianas específicas a las que pertenece.

En una realización ventajosa, el método de la invención comprende una etapa de detección, a partir de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto, de si por lo menos un gen de una especie bacteriana seleccionada de entre la lista que consiste en MO_HL_5, MO_HL_6, MO_HL_14, MO_Hl_9, MO_HL_11, MO_HL_13, MO_HL_3, MO_HL_8, MO_HL_16, MO_HL_4, MO_HL_17, MO_HL_1, or MO_HL_7 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra.

En una realización particularmente ventajosa, el método de la invención comprende una etapa de detección, a partir de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto, de si por lo menos un gen a partir de la especie bacteriana MOHL-5 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra. La persona experta en la técnica sabe que cuantas más especies bacterianas distintas de la Tabla 1 estén presentes en el ADN bacteriano de las heces del sujeto, mayor será la probabilidad de que los sujetos tengan una diversidad bacteriana intestinal reducida. Por lo tanto, seria evidente para la persona experta que la sensibilidad del método de la invención se puede aumentar evaluando la ausencia de genes bacterianos de varias especies bacterianas diferentes de la Tabla 1. Entonces, es posible aumentar la sensibilidad del método mediante el uso de genes bacterianos procedentes de una combinación lineal de 2, 3, 4, 5 o más especies bacterianas diferentes. Por ejemplo, las combinaciones de 2 especies bacterianas de la Tabla 1 permiten un AUC entre alrededor de 0,775 y 0,948, las combinaciones de 3 especies bacterianas de la Tabla 1 permiten un AUC entre alrededor de 0,813 y 0,993, y las combinaciones de 4 especies bacterianas de la Tabla 1 permiten un AUC entre alrededor de 0,827 y 0,987. Sin embargo, los inventores han descubierto sorprendentemente que la detección de combinaciones específicas de 2, 3 o 4 especies bacterianas permite un AUC muy alto. Las combinaciones más ventajosas de 2, 3 y 4 especies bacterianas se indican en las Tablas 3, 4 y 5 respectivamente.

En una realización preferida, el método de la invención comprende una etapa de detección, a partir de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto, de si por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas de cualquiera de las combinaciones de especies bacterianas indicadas en las Tablas 3, 4 y/o 5 está ausente en dicha muestra.

Los inventores han seleccionado adicionalmente combinaciones de especies bacterianas de 2 a 18 especies bacterianas que permiten obtener AUC particularmente importantes, como se indica en la Tabla 6, que oscilan desde alrededor de 0,89 a 0,99.

En una realización ventajosa, el método de la invención comprende una etapa de detección, a partir de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto, de si:

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_12 y MO_HL_11 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_7 y mO_HL_12 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_5, MO_HL_7 y MO_HL_12 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_8, MO_HL_12, MO_HL_7 y MO_HL_2 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_17, MO_HL_5, MO_HL_12, MO_HL_7, MO_HL_11 y MO_HL_8 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

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- por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL12, MO_HL_11, MO_HL_2, MO_HL_5, MO_HL_8, MO_HL_13 y MO_HL_7 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_12, MO_HL_2, MO_HL_17, MO_HL_11, MO_HL_13, MO_HL_5, MO_HL_8 y MO_HL_7 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

- por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_4, MO_HL_11, MO_HL_6, MO_HL_13, MO_HL_2, MO_HL_8, MO_HL_12, MO_HL_7 y MO_HL_17 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO HL_8,

MO HL_11, MO_HL_6, MO_HL_4, MO_HL_13, MO_HL_5, MO_HL_2, MO_HL_7, MO_HL_17 y

MO_HL_12 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_5, MO_HL_13, MO_HL_4, MO_HL_12, MO_HL_15, MO_HL_17, MO_HL_6, MO_HL_2, MO_HL_8, MO_HL_7 y MO_HL_11 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas

MO_HL_11, MO_HL_6, MO_HL_17, MO_HL_4, MO_HL_3, MO_HL_12, MO_HL_5, MO_HL_10,

MO_HL_8, MO_HL_7, MO_HL_2 y MO_HL_13 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO HL_18, MO_HL_15, MO_HL_11, MO_HL_10, MO_HL_5, MO_HL_4, MO_HL_6, MO_HL_8, MO_HL_12, MO_HL_7, MO_HL_2, MO_HL_13 y MO_HL_3 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_6,

MO_HL_17, MO_HL_3, MO_HL_2, MO_HL_4, MO_HL_18, MO_HL_5, MO_HL_13, MO_HL_10,

MO_HL_15, MO_HL_7, MO_HL_1, MO_HL_8 y MO_HL_12 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO HL_10, MO_HL_18, MO_HL_2, MO_HL_13, MO_HL_7, MO_HL_1, MO_HL_11, MO_HL_3, MO_HL_4, MO_HL_15, MO_HL_5, MO_HL_6, MO_HL_17, MO_HL_12 y MO_HL_8 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_7, MO_HL_4, MO_HL_13, MO_HL_1, MO_HL_5, MO_HL_6, MO_HL_11, MO_HL_12, MO_HL_8, MO_HL_3, MO_HL_18, MO_HL_2, MO_HL_10, MO_HL_17, MO_HL_15 y MO_HL_9 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_10, MO_HL_8, MO_HL_1, MO_HL_16, MO_HL_18, MO_HL_5, MO_HL_15, MO_HL_2, MO_HL_7, MO_HL_6, MO_HL_13, MO_HL_11, MO_HL_17, MO_HL_3, MO_HL_14, MO_HL_4 y MO_HL_12 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra;

- por lo menos uno del conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL15, MO_HL_17, MO_HL_4, MO_HL_14, MO_HL_16, MO_HL_10, MO_HL_7, MO_HL_6, MO_HL_11, MO_HL_9, MO_HL_5, MO_HL_3, MO_HL_8, MO_HL_1, MO_HL_12, MO_HL_18, MO_HL_13 y MO_HL_2 de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra.

Un gen bacteriano está ausente de la muestra cuando su número de copias en la muestra es inferior a un cierto valor umbral. Por consiguiente, un gen bacteriano está presente en la muestra cuando su número de copias en la muestra es superior a un cierto valor umbral.

De acuerdo con la presente invención, un “valor umbral” pretende significar un valor que permite discriminar muestras en las que el número de copias del gen bacteriano de interés es bajo o alto.

En particular, si un número de copias de un gen bacteriano de interés es inferior o igual al valor umbral, entonces el número de copias de este gen bacteriano en la muestra se considera bajo, mientras que si el número de copias es superior al valor umbral, entonces el número de copias de este gen bacteriano en la muestra se considera alto. Un bajo número de copias significa que el gen bacteriano está ausente de la muestra, mientras que un alto número de copias significa que el gen bacteriano está presente en la muestra.

Para cada gen, y dependiendo del método usado para medir el número de copias del gen bacteriano, el valor

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umbral óptimo puede variar. Sin embargo, se puede determinar fácilmente por una persona experta en base al análisis del microbioma de varios individuos en los que se conoce el número de copias (alto o bajo) para este gen bacteriano particular, y a la comparación del mismo con el número de copias de un gen de control. Dicha comparación se puede facilitar mediante el uso de la misma cantidad de ADN bacteriano para cada una de las muestras analizadas, o dividiendo el número de copias obtenidas del gen bacteriano entre la cantidad inicial de ADN bacteriano usado en el ensayo. De hecho, es bien conocido por la persona experta que la cantidad total de bacterias en el intestino de un sujeto, y por consiguiente en sus heces, sigue siendo la misma incluso en el caso de diversidad bacteriana reducida. También es posible usar una referencia, tal como una especie bacteriana intestinal, cuya abundancia se sabe que no varía entre los individuos con diversidad bacteriana reducida y con diversidad bacteriana normal.

De acuerdo con la invención, la determinación del número de copias de por lo menos un conjunto de 25 genes bacterianos de la menos una especie bacteriana tal como se describe en la Tab. 1 en una muestra obtenida del sujeto se puede lograr mediante cualquier técnica capaz de detectar y cuantificar secuencias de ácidos nucleicos, e incluye entre otras hibridación con una sonda marcada, amplificación mediante PCR, secuenciación, y todos los otros métodos conocidos por la persona experta en la técnica.

En una primera realización, la determinación del número de copias de por lo menos un gen bacteriano en una muestra obtenida del sujeto se realiza usando secuenciación. Opcionalmente, el ADN se puede fragmentar, por ejemplo mediante una nucleasa de restricción, antes de la secuenciación. La secuenciación se realiza usando cualquier técnica conocida en el estado de la técnica, incluyendo la secuenciación por ligación, pirosecuenciación, secuenciación por síntesis, o secuenciación de una sola molécula. La secuenciación también incluye técnicas basadas en PCR, tales como, por ejemplo, PCR cuantitativa o PCR por emulsión.

La secuenciación se realiza en todo el ADN contenido en la muestra biológica, o en porciones del ADN contenido en la muestra biológica. Será inmediatamente evidente para la persona experta que dicha muestra contiene por lo menos una mezcla de ADN bacteriano y de ADN humano del sujeto hospedante. Sin embargo, aunque el ADN bacteriano global probablemente represente la fracción principal del aDn total presente en la muestra, cada especie bacteriana puede representar solamente una pequeña fracción del ADN total presente en la muestra.

Para superar esta dificultad, la persona experta puede usar un método que permite el genotipado cuantitativo con alta precisión de las secuencias obtenidas de la muestra biológica. En una realización de este enfoque, la precisión se consigue mediante el análisis de un gran número (por ejemplo, millones o miles de millones) de polinucleótidos. Además, la precisión se puede mejorar mediante el uso de secuenciación de ADN masivamente en paralelo, tal como, pero sin limitarse a, la realizada por la plataforma Illumina Genome Analyzer (Bentley et al. Nature; 456: 53-59, 2008), la plataforma Roche 454 (Margulies et al. Nature; 437: 376-380, 2005), la plataforma ABI SOLiD (McKernan et al., Genome Res; 19: 1527-1541, 2009), la plataforma de secuenciación de una sola molécula Helicos (Harris et al. Science; 320: 106-109, 2008), la secuenciación en tiempo real usando moléculas de polimerasa individuales (Science; 323: 133-138, 2009), la secuenciación por Ion Torrent (documento WO 2010/008480; Rothberg et al., Nature, 475: 348-352, 2011), y la secuenciación por nanoporo (Clarke J et al.; Nat Nanotechnol.; 4: 265-270, 2009).

Cuando la persona experta se basa en métodos de secuenciación para detectar la presencia o ausencia de ciertos genes bacterianos, la información obtenida de la secuenciación se usa para determinar el número de copias de secuencias de ácido nucleico de interés a través de procedimientos de bioinformática. Por ejemplo, en una realización, las secuencias de ácido nucleico de dicha especie bacteriana en la muestra de ADN bacteriano intestinal se identifican en los datos globales de secuenciación mediante la comparación con las secuencias de ácidos nucleicos SEC ID NO. 1 a SEC ID NO. 450. Esta comparación se basa ventajosamente en el nivel de identidad de secuencia con las secuencias SEC ID NO.1 a SEC ID NO. 450.

De este modo, una secuencia de ácido nucleico que presenta por lo menos 90%, por lo menos 95%, por lo menos 96%, por lo menos 97%, por lo menos 98%, por lo menos 99%, o 100% de identidad con por lo menos una de las secuencias de ácidos nucleicos SEC ID NO. 1 a SEC ID NO. 450 se identifica como una secuencia comprendida en una de las especies bacterianas de la descripción. De este modo, en una realización preferida, detectar si por lo menos una especie bacteriana de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra comprende determinar el número de secuencias de ácido nucleico en la muestra de ADN bacteriano intestinal que tiene por lo menos 90%, por lo menos 95%, por lo menos 96 %, por lo menos 97%, por lo menos 98%, por lo menos 99%, o 100% de identidad con por lo menos una de las secuencias de ácido nucleico SEC ID NO. 1 a SEC ID NO. 450.

La expresión “identidad de secuencia” se refiere aquí a la identidad entre dos secuencias de ácido nucleico. La identidad entre secuencias se puede determinar comparando una posición en cada una de las secuencias que se puede alinearse con fines comparativos. Cuando una posición en las secuencias comparadas está ocupada por la misma base, entonces las secuencias son idénticas en esa posición. Un grado de identidad de secuencia entre las secuencias de ácido nucleico es una función del número de nucleótidos idénticos en las posiciones compartidas por estas secuencias.

Para determinar el porcentaje de identidad de dos secuencias de aminoácidos, las secuencias se alinean para la

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comparación óptima. Por ejemplo, pueden introducirse espacios en la secuencia de una primera secuencia de ácido nucleico para alineación óptima con la segunda secuencia de ácido nucleico. Entonces se comparan los nucleótidos en las posiciones nucleotídicas correspondientes. Cuando una posición en la primera secuencia está ocupada por el mismo nucleótido que la posición correspondiente en la segunda secuencia, las moléculas son idénticas en esa posición. El porcentaje de identidad entre las dos secuencias es una función del número de posiciones idénticas compartidas por las secuencias. Por lo tanto, el % de identidad = número de posiciones idénticas/número total de posiciones que se solapan X 100.

En esta comparación, las secuencias pueden tener la misma longitud o pueden ser diferentes en longitud. El alineamiento óptimo de secuencias para determinar una ventana de comparación se puede realizar por el algoritmo de homología local de Smith y Waterman (J. Theor. Biol., 91(2): 370-380, 1981), mediante el algoritmo de alineamiento de homología de Needleman y Wunsch (J. Mol. Biol, 48(3): 443-453, 1972), mediante la búsqueda de similitud por el método de Pearson y Lipman (Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 85(5): 2444-2448, 1988), por implementaciones computerizadas de estos algoritmos (GAP, BESTFIT, FASTA y TFASTA en el Wisconsin Genetics Software Package versión 7,0, Genetic Computer Group, 575, Science Drive, Madison, Wisconsin), o mediante inspección. Se selecciona la mejor alineación (es decir, aquella que da como resultado el mayor porcentaje de identidad a lo largo de la ventana de comparación) generada por los diversos métodos.

La expresión “identidad de secuencia” significa de este modo que dos secuencias polinucleotídicas son idénticas (es decir, en una base de nucleótido a nucleótido) a lo largo de la ventana de comparación. La expresión “porcentaje de identidad de secuencia” se calcula comparando dos secuencias óptimamente alineadas a lo largo de la ventana de comparación, determinando el número de posiciones en las que aparece la base idéntica del ácido nucleico (por ejemplo, A, T, C, G, U, o I) en ambas secuencias para dar el número de posiciones coincidentes, dividiendo el número de posiciones coincidentes entre el número total de posiciones en la ventana de comparación (es decir, el tamaño de la ventana), y multiplicando el resultado por 100 para dar el porcentaje de identidad de secuencia. El mismo proceso se puede aplicar a las secuencias polipeptídicas. El porcentaje de identidad de secuencia de una secuencia de ácido nucleico o una secuencia de aminoácidos también se puede calcular usando el software BLAST (Versión 2,06 de septiembre de 1998), con el parámetro por defecto o definido por el usuario.

En otra realización preferida, las técnicas basadas en PCR se usan para determinar el número de copias de por lo menos un gen bacteriano. Preferentemente, la técnica de PCR usada cuantitativamente mide cantidades iniciales de ADN, ADNc, o ARN. Los ejemplos de técnicas basadas en PCR de acuerdo con la invención incluyen técnicas tales como, pero no limitadas a, PCR cuantitativa (Q-PCR), reacción en cadena de la polimerasa por transcriptasa inversa (RT-PCR), PCR cuantitativa con transcriptasa inversa (QRT-PCR), amplificación por circulo rodante (RCA), o PCR digital. Estas técnicas son tecnologías bien conocidas y fácilmente disponibles para los expertos en la técnica y no necesitan una descripción precisa. En una realización preferida, la determinación del número de copias de los genes bacterianos usados en la invención se lleva a cabo mediante PCR cuantitativa.

De este modo, los cebadores de amplificación específicos para los genes a ensayar también son muy útiles para llevar a cabo los métodos de acuerdo con la invención. La presente descripción también abarca así cebadores para la amplificación de por lo menos un gen seleccionado de los genes de secuencia SEC ID NO. 1-450.

En otra realización preferida, la presencia o ausencia de los genes bacterianos de acuerdo con la descripción se detecta mediante el uso de una micromatriz nucleica. Una “micromatriz nucleica” consiste en diferentes sondas de ácido nucleico que se unen a un sustrato, que puede ser un microchip, un portaobjetos de vidrio o una perla del tamaño de una microesfera. Un microchip puede estar constituido por polímeros, plásticos, resinas, polisacáridos, sílice o materiales a base de sílice, carbono, metales, vidrios inorgánicos, o nitrocelulosa. Las sondas pueden ser ácidos nucleicos tales como ADNc (“micromatriz de ADNc”) u oligonucleótidos (“micromatriz oligonucleótida”), y los oligonucleótidos pueden ser de alrededor de 25 a alrededor de 60 pares de bases o menos de longitud.

Para determinar el número de copias de una muestra nucleica diana, dicha muestra se marca, en contacto con la micromatriz en condiciones de hibridación, conduciendo a la formación de complejos entre los ácidos nucleicos diana que son complementarios a las secuencias sonda unidas a la superficie de la micromatriz. Después se detecta la presencia de complejos hibridados marcados. Están disponibles para el experto en la técnica muchas variantes de la tecnología de hibridación por micromatriz.

En una realización específica, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen que tiene una secuencia seleccionada de sEc ID NOs 1-450. Preferentemente, dicha micromatriz comprende por lo menos 18 oligonucleótidos, siendo cada oligonucleótido específico para un gen de un grupo distinto de la invención. Más preferentemente, la micromatriz de la invención consiste en 450 oligonucleótidos específicos para cada uno de los genes de secuencias SEC ID NOs. 1-450.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_12 y MO_HL_11. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que

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consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_12 y MO_HL_11.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_7 y MO_HL_12. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_7 y MO_Hl_12.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_5, MO_HL_7 y MO_HL_12. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, mO_HL_5, Mo_Hl_7 y MO_HL_12.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_8, MO_HL_12, mO_HL_7 y MO_HL_2. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_Hl_8, MO_HL_12, MO_HL_7 y MO_HL_2.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_17, MO_HL_5, MO_HL_12, mO_HL_7, MO_HL_11 y MO_HL_8. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_17, MO_HL_5, MO_HL_12, MO_HL_7, MO_HL_11 y MO_HL_8.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_12, MO_HL_11, MO_HL_2, MO_HL_5, MO_HL_8, MO_HL_13 y MO_HL_7. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_12, mO_HL_11, MO_HL_2, MO_HL_5, MO_HL_8, MO_HL_13 y MO_HL_7.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_12, MO_HL_2, MO_HL_17, MO_HL_11, MO_HL_13, MO_HL_5, MO_HL_8 y MO_HL_7. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_12, MO_HL_2, MO_HL_17, MO_HL_11, MO_HL_13, MO_HL_5, MO_HL_8 y MO_HL_7.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_4, MO_HL_11, MO_HL_6, MO_HL_13, MO_HL_2, MO_HL_8, MO_HL_12, MO_HL_7 y MO_HL_17. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_4, MO_HL_11, MO_HL_6, MO_HL_13, MO_HL_2, MO_HL_8, MO_HL_12, MO_HL_7 y MO_HL_17.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_8, MO_HL_11, MO_HL_6, MO_HL_4, MO_HL_13, MO_HL_5, MO_HL_2, MO_HL_7, MO_HL_17 y MO_HL_12. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_8, MO_HL_11, MO_HL_6, MO_HL_4, MO_HL_13, MO_HL_5, MO_HL_2, MO_HL_7, MO_HL_17 y MO_HL_12.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_5, MO_HL_13, MO_HL_4, MO_HL_12, MO_HL_15, MO_HL_17, MO_HL_6, MO_HL_2, MO_HL_8, MO_HL_7 y MO_HL_11. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_5, MO_HL_13, MO_HL_4, MO_HL_12, MO_HL_15, MO_HL_17, MO_HL_6, MO_HL_2, MO_HL_8, MO_HL_7 y MO_HL_11.

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En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_6, MO_HL_17, MO_HL_4, MO_HL_3, MO_HL_12, MO_HL_5, MO_HL_10, MO_HL_8, MO_HL_7, MO_HL_2 y MO_HL_13. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_6, MO_HL_17, MO_HL_4, MO_HL_3, MO_HL_12, MO_HL_5, MO_HL_10, MO_HL_8, MO_HL_7, MO_HL_2 y MO_HL_13.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_18, MO_HL_15, MO_HL_11, MO_HL_10, MO_HL_5, MO_HL_4, MO_HL_6, MO_HL_8, MO_HL_12, MO_HL_7, MO_HL_2, MO_HL_13 y MO_HL_3. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_18, MO_HL_15, MO_HL_11, MO_HL_10, MO_HL_5, MO_HL_4, MO_HL_6, MO_HL_8, MO_HL_12, MO_HL_7, MO_HL_2, MO_HL_13 y MO_HL_3.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_6, MO_HL_17, MO_HL_3, MO_HL_2, MO_HL_4, MO_HL_18, MO_HL_5, MO_HL_13, MO_HL_10, MO_HL_15, MO_HL_7, MO_HL_1, MO_HL_8 y MO_HL_12. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_6, MO_HL_17, MO_HL_3, MO_HL_2, MO_HL_4, MO_HL_18, MO_HL_5, MO_HL_13, MO_HL_10, MO_HL_15, MO_HL_7, MO_HL_1, MO_HL_8 y MO_HL_12.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_10, MO_HL_18, MO_HL_2, MO_HL_13, MO_HL_7, MO_HL_1, MO_HL_11, MO_HL_3, MO_HL_4, MO_HL_15, MO_HL_5, MO_HL_6, MO_HL_17, MO_HL_12 y MO_HL_8. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_10, MO_HL_18, MO_HL_2, MO_HL_13, MO_HL_7, MO_HL_1, MO_HL_11, MO_HL_3, MO_HL_4, MO_HL_15, MO_HL_5, MO_HL_6, MO_HL_17, MO_HL_12 y MO_HL_8.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_7, MO_HL_4, MO_HL_13, MO_HL_1, MO_HL_5, MO_HL_6, MO_HL_11, MO_HL_12, MO_HL_8, MO_HL_3, MO_HL_18, MO_HL_2, MO_HL_10, MO_HL_17, MO_HL_15 y MO_HL_9. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_7, MO_HL_4, MO_HL_13, MO_HL_1, MO_HL_5, MO_HL_6, MO_HL_11, MO_HL_12, MO_HL_8, MO_HL_3, MO_HL_18, MO_HL_2, MO_HL_10, MO_HL_17, MO_HL_15 y MO_HL_9.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_10, MO_HL_8, MO_HL_1, MO_HL_16, MO_HL_18, MO_HL_5, MO_HL_15, MO_HL_2, MO_HL_7, MO_HL_6, MO_HL_13, MO_HL_11, MO_HL_17, MO_HL_3, MO_HL_14, MO_HL_4 y MO_HL_12. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_10, MO_HL_8, MO_HL_1, MO_HL_16, MO_HL_18, MO_HL_5, MO_HL_15, MO_HL_2, MO_HL_7, MO_HL_6, MO_HL_13, MO_HL_11, MO_HL_17, MO_HL_3, MO_HL_14, MO_HL_4 y MO_HL_12.

En otra realización, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos un gen de cada una de las especies bacterianas MO_HL_15, MO_HL_17, MO_HL_4, MO_HL_14, MO_HL_16, MO_HL_10, MO_HL_7, MO_HL_6, MO_HL_11, MO_HL_9, MO_HL_5, MO_HL_3, MO_HL_8, MO_HL_1, MO_HL_12, MO_HL_18, MO_HL_13 y MO_HL_2. Preferentemente, la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende o que consiste en oligonucleótidos específicos para por lo menos 2, 3, 4, 5, 10, 20, o 25 genes de cada una de las especies bacterianas MO_HL_15, MO_HL_17, MO_HL_4, MO_HL_14, MO_HL_16, MO_HL_10, MO_HL_7, MO_HL_6, MO_HL_11, MO_HL_9, MO_HL_5, MO_HL_3, MO_HL_8, MO_HL_1, MO_HL_12, MO_HL_18, MO_HL_13 y MO_HL_2.

Dicha micromatriz puede comprender además por lo menos un oligonucleótido para detectar por lo menos un gen de por lo menos una especie bacteriana de control. Una especie bacteriana conveniente puede ser, por ejemplo, una especie bacteriana cuya abundancia no varía entre individuos con una diversidad bacteriana reducida e individuos con diversidad bacteriana normal. Preferentemente, los oligonucleótidos son de alrededor de 50 bases de longitud.

Los oligonucleótidos adecuados de la micromatriz, específicos para cualquier gen de SEC ID NOs. 1-450, se

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pueden diseñar, basándose en la secuencia genómica de cada gen, usando cualquier método de diseño de oligonucleótidos de la micromatriz conocido en la técnica. En particular, se puede usar cualquier software disponible desarrollado para el diseño de oligonucleótidos de micromatrices, tal como, por ejemplo, el software OligoArray (disponible en
http://berry.engin.umich.edu/oligoarray/), el software GoArrays (disponible en
http://www.isima.fr/bioinfo/goarrays/), el software Array Designer (disponible en
http://www.premierbiosoft.com/dnamicroarray/index.html), el software Primer3 (disponible en
http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html), o el software Promide (disponible
http://oligos.molgen.mpg.de/).

La descripción se refiere además a un kit para la determinación in vitro del fenotipo de diversidad bacteriana intestinal reducida, que comprende por lo menos un reactivo para la determinación del número de copias de por lo menos un gen que tiene una secuencia seleccionada de SEC ID NOs. 1-450. Por “un reactivo para la determinación del número de copias de por lo menos un gen”, se entiende un reactivo que permite específicamente la determinación del número de copias de dicho gen, es decir, un reactivo destinado específicamente para la determinación específica del número de copias de por lo menos un gen que tiene una secuencia seleccionada de SEC ID NOs. 1-450. Esta definición excluye los reactivos genéricos útiles para la determinación del nivel de expresión de cualquier gen, tales como Taq polimerasa o un amortiguador de la amplificación, aunque dichos reactivos también pueden incluirse en un kit de acuerdo con la descripción. Dicho reactivo para la determinación del número de copias de por lo menos un gen puede ser, por ejemplo, una micromatriz dedicada, como se describió anteriormente, o cebadores de la amplificación específicos para por lo menos un gen que tiene una secuencia seleccionada de SEC ID NOs. 1-450. De este modo, la presente descripción también se refiere a un kit para la determinación in vitro del fenotipo de diversidad bacteriana intestinal reducida, comprendiendo dicho kit una micromatriz dedicada, como se describió anteriormente, o cebadores de la amplificación específicos para por lo menos un gen que tiene una secuencia seleccionada de SEC ID NOs. 1-450. Aquí también, cuando el kit comprende cebadores de la amplificación, aunque dicho kit pueda comprender cebadores de la amplificación específicos para otros genes, dicho kit comprende preferentemente como máximo 100, como máximo 75, como máximo 50, como máximo 40, como máximo 30, preferentemente como máximo 25, como máximo 20, como máximo 15, más preferentemente como máximo 10, como máximo 8, como máximo 6, incluso más preferentemente como máximo 5, como máximo 4, como máximo 3 o incluso 2 o uno o incluso cero parejas de cebadores de la amplificación específicos para genes distintos de los genes de secuencias SEC ID NOs 1-450. Por ejemplo, dicho kit puede comprender por lo menos un par de cebadores de la amplificación para por lo menos un gen, además de los cebadores para por lo menos un gen que tiene una secuencia seleccionada de SEC ID NOs. 1-450.

Dicho kit para la determinación in vitro del fenotipo de diversidad bacteriana intestinal reducida puede comprender además instrucciones para la detección de la presencia o ausencia de un fenotipo sensible.

Como han mostrado los inventores, el sujeto con sobrepeso con una diversidad bacteriana intestinal reducida presenta un mayor riesgo de comorbilidades asociadas con la obesidad. La determinación de que un sujeto con sobrepeso tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida es por lo tanto extremadamente útil en la determinación de dicho riesgo, de manera particular puesto que se realiza totalmente in vitro.

Por lo tanto, otro objeto de la invención es un método para determinar si un sujeto con sobrepeso está en riesgo de desarrollar comorbilidades relacionadas con la obesidad, comprendiendo dicho método las etapas siguientes:

a) determinar que dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método de acuerdo con las reivindicaciones 1 a 9;

b) si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, determinar si dicho sujeto con sobrepeso está en riesgo de desarrollar comorbilidades relacionadas con la obesidad.

Las comorbilidades relacionadas con la obesidad son bien conocidas por la persona experta. Se han estudiado a fondo en la bibliografía científica, y en Guh D. et al, BMC Public Health., 9:88, 2009, se puede encontrar una lista amplia de ellas. Las más significativa de ellas son diabetes tipo II, todos los cánceres, excepto cáncer de esófago, de páncreas y de próstata, todas las enfermedades cardiovasculares (excepto la insuficiencia cardiaca congestiva), asma, enfermedad de la vesícula biliar, osteoartritis y dolor de espalda crónico.

De este modo, en una realización, el método de la invención es para determinar si un sujeto con sobrepeso está en riesgo de desarrollar diabetes tipo II, todos los cánceres excepto el cáncer esofágico, de páncreas y de próstata, todas las enfermedades cardiovasculares (excepto la insuficiencia cardiaca congestiva), el asma, la enfermedad de la vesícula biliar, la osteoartritis y el dolor de espalda crónico.

Además, los inventores han encontrado que el microbioma bacteriano intestinal de los sujetos con sobrepeso con una diversidad bacteriana intestinal reducida se puede enriquecer por modificaciones de su dieta, es decir, mediante la implementación de una dieta específica. De hecho, descubrieron que la diversidad bacteriana intestinal se puede aumentar con una dieta baja en calorías, rica en proteínas. Los inventores mostraron que el incremento en la diversidad bacteriana intestinal debido a la implementación de dicha dieta es más significativo en los sujetos

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con sobrepeso con una diversidad bacteriana reducida. Por lo tanto, esos sujetos son particularmente propensos a beneficiarse de la intervención dietética.

Por tanto, otro objeto de la invención es un método para determinar si un sujeto con sobrepeso necesita una dieta, comprendiendo dicho método las etapas siguientes:

a) determinar que dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método de las reivindicaciones 1 a 9,

b) si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, determinar si dicho sujeto necesita una dieta.

En una realización preferida, la dieta de la invención es una dieta rica en proteína, baja en calorías. En una realización más preferida, la dieta de la invención comprende las dietas de entre 1.200 y 1.500 kcal por día, en la que las proteínas representan 35% de la cantidad total de calorías, los lípidos representan 25% de la cantidad total de calorías, los hidratos de carbono representan 44% de la cantidad total de calorías. Ventajosamente, si el sujeto con sobrepeso es una mujer, la dieta comprende 1.200 Kcal por día, y si el sujeto con sobrepeso es un hombre, la dieta comprende 1.500 Kcal por día.

De forma importante, este enriquecimiento en especies bacterianas intestinales se correlaciona con un alivio de los rasgos clínicos asociados con las comorbilidades relacionadas con la obesidad, y de este modo, con el riesgo de desarrollar comorbilidades relacionadas con la obesidad, a excepción de la inflamación de bajo grado.

Otro objeto de la invención es un método para aliviar los riesgos de desarrollar comorbilidades relacionadas con la obesidad, comprendiendo dicho método las etapas siguientes:

a) determinar que dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método de las reivindicaciones 1 a 9;

b) si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, determinar si dicho sujeto necesita una dieta.

Será inmediatamente evidente para la persona experta en la técnica que los sujetos con sobrepeso con una diversidad bacteriana intestinal reducida, que también presentan una inflamación de bajo grado, pueden beneficiarse sólo parcialmente de la implementación de una dieta. Sin embargo, es particularmente importante tratar la inflamación de bajo grado tan pronto como sea posible, y por lo tanto ser capaz de distinguir entre los sujetos con sobrepeso para los que la inflamación de bajo grado se pueda aliviar de manera eficiente por la intervención dietética solamente, y aquellos cuya inflamación de bajo grado requiera tratamientos adicionales. El método de la invención permite una detección temprana de aquellos sujetos que requerirán tratamientos para la inflamación de bajo grado, además de la implementación de la dieta.

Por lo tanto, otro objeto de la invención es un método para determinar si un sujeto con sobrepeso necesita un tratamiento para la inflamación de bajo grado, preferentemente además de la implementación de una dieta, que comprende las etapas siguientes:

a) determinar que dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método de las reivindicaciones 1 a 9;

b) si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, determinar si dicho sujeto necesita un tratamiento para la inflamación de bajo grado, preferentemente además de la implementación de una dieta.

Los tratamientos adicionales para la inflamación de bajo grado pueden ser cualquier tratamiento antiinflamatorio convencional, tal como los inhibidores de la 3-hidroxi-3-metilglutaril coenzima A (HMG-Co A) reductasa que disminuyen los lipidos (estatinas) y también los activadores del receptor y activado por el proliferador de peroxisoma sensibilizado por insulina (tiazolidindionas).

La evolución de la diversidad bacteriana con la implementación de aquellas modificaciones de la dieta se puede monitorizar fácilmente con el método de la invención.

Por lo tanto, otro objeto de la invención es un método para monitorizar la eficacia de una dieta en el aumento de la riqueza del microbioma bacteriano intestinal en un sujeto con sobrepeso que necesita la misma, comprendiendo dicho método las etapas siguientes:

a) determinar que dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método de las reivindicaciones 1 a 9;

b) implementar dicha dieta;

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c) determinar a partir de una segunda muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto, si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método de la invención;

d) si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, determinar que la dieta es eficaz para aumentar la riqueza del microbioma bacteriano intestinal en dicho sujeto.

La práctica de la invención emplea, a menos que se indique lo contrario, técnicas convencionales o de química de proteínas, virología molecular, microbiología, tecnología del ADN recombinante, y farmacología, que están dentro de la capacidad de la técnica. Dichas técnicas se explican completamente en la bibliografía. (Véase Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Eds., John Wiley & Sons, Inc. Nueva York, 1995; Remington's Pharmaceutical Sciences, 17a ed, Mack Publishing Co., Easton, Pa., 1985; y Sambrook et al., Molecular cloning: A laboratory manual 2nd edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press - Cold Spring Harbor, NY, USA, 1989). Las nomenclaturas usadas en relación con, y los procedimientos y técnicas de, biología molecular y celular, bioquímica de proteínas, enzimología y química medicinal y farmacéutica, descritos aquí, son aquellos bien conocidos y usados comúnmente en la técnica.

Habiendo descrito en general esta invención, se puede obtener una mayor comprensión de las características y ventajas de la invención mediante la referencia a ciertos ejemplos específicos y figuras que se proporcionan aquí con fines de ilustración solamente y no están destinados a ser limitantes a menos que se especifique lo contrario.

Ejemplos

Investigación clínica

Sujetos obesos (n=38) y con sobrepeso (n=11), 8 hombres y 41 mujeres, fueron reclutados para una intervención dietética controlada de 12 semanas en el Centro de Investigación en Nutrición Humana, del Hospital Pitié-Salpétriére, París, Francia. Los sujetos incluidos en el estudio no tenían ninguna patología crónica, excepto exceso de peso corporal. Su peso corporal se mantuvo estable en los 3 meses previos al estudio. No tomaron antibióticos ni fármacos dentro de los 2 meses antes de o durante el transcurso del estudio. El Comité Ético del Hospital de Pitié-Salpétriére aprobó el estudio clínico, y los sujetos dieron su autorización firmada. En la primera fase de 6 semanas, los sujetos consumieron una dieta alta en proteínas de energía restringida (1.200 Kcal/día para las mujeres y 1.500 para los hombres: 35% de proteínas, 25% de lipidos, 44% de hidratos de carbono) con hidratos de carbono de bajo índice glucémico y enriquecimiento con fibra soluble. A esta fase le siguió un segundo periodo de estabilización del peso corporal de 6 semanas, con 20% de aumento en el consumo total de energía, por encima de su tasa metabólica de energía en reposo (calorimetría indirecta, Deltatrac, Datex, Francia). A las 0, 6 y 12 semanas, se recogieron muestras de sangre y de heces, y se realizaron mediciones antropométricas. Los sujetos llenaron un registro dietético de 7 días, y fueron entrevistados por un dietista autorizado. En el día de la visita, el dietista revisó la información y aclaró cualquier ambigüedad con respecto a los detalles de los alimentos consumidos. Todos los registros fueron analizados por el dietista autorizado usando el programa informático PROFILE DOSSIER V3 (Audit Conseil en Informatique Médicale, Bourges, Francia), que tiene una base de datos dietética compuesta inicialmente por 400 artículos alimenticios representativa de la dieta francesa como se describió previamente2. Se generó un análisis de los nutrientes para cada sujeto. La composición corporal se determinó mediante absorciometría de rayos X de energía dual (DEXA). Se obtuvieron muestras de sangre después de 12 horas de ayuno, para medir el colesterol total, lipoproteínas de alta densidad (HDL), colesterol, triglicéridos, insulina, glucosa, y marcadores inflamatorios (proteína C reactiva de alta sensibilidad (hs-CRP) e interleucina 6 (IL-6)) como se describió previamente3. Se calculó la resistencia a la insulina mediante la evaluación del modelo homeostático de resistencia a la insulina (HOMA-IR) y el índice “Disse”4,5. Se obtuvieron muestras de tejido adiposo abdominal subcutáneo en todos los puntos de tiempo mediante biopsia con aguja a partir de la zona periumbilical bajo anestesia local (xilocaína al 1%), para medir el diámetro de los adipocitos6 y para estudios inmunohistoquímicos (macrófagos teñidos con HAM56+ en el tejido adiposo). Se realizaron pruebas de Wilcoxon pareadas, para analizar los cambios en estas variables entre los distintos puntos de tiempo (valor de p <0,05). Los valores de p se ajustaron para múltiples ensayos usando el procedimiento de Benjamini-Hochberg7.

Secuenciación por metagenómica

Se determinó el contenido de genes bacterianos intestinales de 49 individuos obesos y con sobrepeso en 3 puntos de tiempo (valor inicial, semana 6 y semana 12) mediante una tecnología de secuenciación ABI SOLiD de alto rendimiento de ADN fecal total. Para cada muestra, se determinó un promedio de 76,5 + 36,5 (media + sd) millones de lecturas individuales de 35 base de longitud (un total de 393 Gb de secuencia). Mediante el uso de corona_lite (v4.0r2.0), se cartografió un promedio de 24,8 + 14,3 millones de lecturas por individuos en el catálogo de referencia de 3,3 millones de genes8 con un máximo de 3 apareamientos incorrectos. Se descartó el cartografiado de las lecturas en múltiples posiciones, y se retuvo un promedio de 14,2 + 8,1 millones de lecturas cartografiadas de forma única por individuos, para estimar la abundancia de cada gen de referencia mediante el uso de METEOR9. La abundancia de cada gen en un individuo se normalizó con METEOR al dividir el número de lecturas que se cartografiaron de forma única con respecto al gen de interés entre la longitud del gen. Después de eso, las abundancias del gen normalizadas se transformaron en frecuencias al dividirlas entre el número total de lecturas

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cartografiadas de forma única para una muestra dada. El conjunto resultante de las frecuencias génicas, denominado perfil génico microbiano de un individuo, se usó para análisis posteriores.

Especies diferencialmente abundantes entre LGC y HGC

Se definieron dos grupos de pacientes con bajo conteo de genes (LGC) y alto conteo de genes (HGC) usando la distribución de riqueza génica (Figura 1a). Los genes significativamente diferentes en grupos de individuos se identificaron mediante pruebas de Mann-Whitney, a un umbral de valor de p de 0,0001. Se agruparon mediante una estrategia de reagrupamiento basado en la abundancia, usando la covarianza de sus perfiles de frecuencia genética entre los individuos de la cohorte. Se determinaron por parejas los coeficientes de correlación de Spearman, y todos los genes que se correlacionaron por encima de un coeficiente rho de 0,85 se asignaron al mismo grupo. La abundancia de una especie dada en cada individuo se calculó como una abundancia media de 25 genes “trazadores” seleccionados arbitrariamente para cada grupo. Los valores estuvieron muy cerca de la frecuencia media de todos los genes de un grupo.

Análisis de la Característica Operativa del Receptor (ROC)

Se llevaron a cabo análisis para distinguir entre individuos HGC y LGC mediante una combinación de especies bacterianas. Para cada combinación, solamente se consideró un modelo de decisión único, calculado como una suma de abundancia de especies más frecuentes en los individuos HGC que en los LGC. A diferencia del número infinito de modelos de regresión, estos modelos son finitos, y se pueden explorar de forma exhaustiva. Para seleccionar los mejores modelos, se usó el criterio del área validada cruzada bajo la curva ROC (CV-AUC)11, que se adapta bien a los modelos de clasificación para datos de resultados binarios.

Correlaciones entre las variables microbiana y clínicas

Se usaron pruebas de Mann-Whitney para comparar las variables bioclínicas, artículos alimenticios y grupos de genes entre la clase de genes LGC y HGC en cada punto de tiempo. Se investigaron las asociaciones entre la riqueza génica basal cuantitativa y las variables bioclínicas/de alimentos o deltas de variables bioclínicas/de alimentos, usando modelos lineales. Para los deltas, los modelos se ajustaron mediante los valores iniciales de las variables. Se aplicó un umbral de valor de p de 0,05 para la significancia estadística. No se usó ningún ajuste para ensayos múltiples debido a las variables bioclínicas y de alimentos muy correlacionadas. Sin embargo, hallazgos similares obtenidos en el artículo adjunto10 apoyan los resultados.

Anotación taxonómica

Para obtener una anotación taxonómica precisa y actualizada usando BLASTN (BLAST 2.2.24, parámetros por defecto), los 3,3 millones de genes del catálogo de referencia se compararon con la base de datos iMOMi12 (publicada en mayo 2011) que contiene 3.340 genomas microbianos completos y en proyecto descargados de los bancos de datos del NCBI. Siguiendo los parámetros de asignación taxonómica descritos por Arumugam13, cada gen se asignó con la taxonomía de la mejor coincidencia que abarca >80% de la longitud del gen y de acuerdo con el umbral de identidad para el rango taxonómico (>65% para el filo, >85% para género y >90% para la especie).

Resultados

Se reclutaron cuarenta y nueve sujetos obesos o con sobrepeso y se sometieron a una dieta alta en proteína y restringida en energía de 6 semanas, seguido de una dieta de mantenimiento de peso de 6 semanas; el cumplimiento fue bueno, como se indica mediante un análisis de PCA de 35 nutrientes a lo largo del tiempo. Las características bioclínicas y las características cualitativas y cuantitativas detalladas de la ingesta de alimentos de los individuos se obtuvieron al inicio, a las 6 y a las 12 semanas. La disminución del 35% en la ingesta de energía después de las primeras 6 semanas se asoció con una reducción en la masa de grasa corporal, el diámetro de los adipocitos y las mejoras de sensibilidad a la insulina y marcadores del metabolismo e inflamación. Durante la fase de mantenimiento del peso, la ingesta de nutrientes tendía a volver a los valores del inicio, mientras que la ingesta de energía total de la dieta, hidratos de carbono y lípidos se mantuvo más baja que al comienzo de la intervención. Las variables de lípidos en suero también tendieron a volver a sus niveles básales, mientras que se produjo una reducción progresiva en los marcadores de la inflamación sistémica.

La composición microbiana intestinal de la población de estudio se examinó en primer lugar al inicio. Se observó una distribución bimodal del número de genes bacterianos (Figura 1), similar a la encontrada en una cohorte de 292 individuos daneses10, aunque un poco menos distinta, posiblemente debido a un menor tamaño de la cohorte. A un umbral de 480.000 genes, definido visualmente y que corresponde a la del manuscrito adjunto10, hubo 18 individuos (40%) con bajo conteo de genes (LGC) y 27 (60%) con alto conteo de genes (HGC), que tuvieron en promedio 379.436 y 561.499 genes, respectivamente, una diferencia de un tercio. Se determinaron los enterotipos de los individuos en nuestra cohorte13. Se encontró que los enterotipos determinados por Bacteroides y Ruminococcus fueron prevalentes entre los individuos LGC y HGC, respectivamente, mientras que el enterotipo determinado por Prevotella se distribuyó de manera más uniforme (Figura 1).

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Entonces, se examinaron los fenotipos del inicio de la población de estudio. El grupo LGC tuvo niveles significativamente mayores de resistencia a la insulina y de triglicéridos en suero en ayunas, así como una mayor tendencia a la inflamación que el grupo HGC (Figura 2). Parece ser que en dos países europeos, los individuos del grupo LGC, que tiene baja riqueza bacteriana intestinal, presentan fenotipos que los exponen a un mayor riesgo de comorbilidades asociadas con la obesidad. Se ha dado a conocer que los tratamientos con antibióticos, que reducen la diversidad, mejoran el estado hormonal, metabólico e inflamatorio de ratones obesos; esta aparente contradicción puede ser debida a una restauración de un balance de las especies bacterianas pro- e inflamatorias en ratones. Curiosamente, los sujetos LGC parecen consumir menos frutas y vegetales y menos productos de pescado que los sujetos HGC (Tabla 7), aumentando la posibilidad de que los hábitos dietéticos a largo plazo puedan afectar la riqueza de genes y los fenotipos asociados.

A continuación buscamos las especies bacterianas diferencialmente abundantes en los grupos LGC y HGC. Para este objetivo, primero se identificaron los genes que tenían frecuencias significativamente diferentes en los grupos LGC y HGC. Los genes de la misma especie se agruparon entonces mediante un análisis de covarianza basado en la frecuencia, los genes que varían de una manera coordinada probablemente pertenezcan a la misma especie10. Se identificaron 6.230 genes que eran diferentes según Mann-Whitney p<0,0001; 4.462 (72%) se agruparon en 112 grupos que contienen por lo menos 2 genes en un coeficiente de correlación de Spearman >0,85. Una inmensa mayoría de estos genes (3.966; 89%) se encontró en sólo 18 grupos, que probablemente se originan de especies diferencialmente abundantes en los grupos LGC y HGC. Sólo dos (Faecalibacterium prausnitzii y Roseburia inulinivorans) tuvieron una asignación taxonómica clara. La abundancia relativa de las 18 especies en cada individuo se calcula como una frecuencia de la mediana de sus genes; todos fueron significativamente más abundantes entre los individuos HGC (Figura 1).

Para probar si los individuos LGC y HGC se podían distinguir mediante las 18 especies, se llevó a cabo un análisis ROC exhaustivo de todas las combinaciones de especies, con la validación cruzada de 10 veces, usando 90% de los individuos para el cálculo y el restante 10% para el ensayo. Los mejores valores de AUC para la combinación de diferentes números de especies se muestran en la Figura 1; oscilaron entre 0,96 y 0,99 para 2 a 9 combinaciones de especies, lo que indica una estratificación casi perfecta de los individuos LGC y HGC.

Curiosamente, 14 de las 18 especies (78%) también se identificaron como diferencialmente abundantes entre los individuos LGC y HGC en una cohorte danesa más grande11. De manera no sorprendente, las combinaciones de especies que producen los mejores valores del AUC para nuestra cohorte también estratificaron eficientemente a los daneses LGC y HGC (Figura 1). Esto indica que los individuos LGC y HGC de dos países europeos difieren de manera similar, no sólo por sus fenotipos clínicos, sino también por las características específicas de su microbiota intestinal.

De forma muy interesante, la riqueza génica aumentó significativamente en el grupo LGC después de la dieta restringida en energía, y se mantuvo más alta que al inicio después de la fase de estabilización, incluso si era evidente una ligera tendencia a la baja, mientras que no cambió significativamente durante la intervención en el grupo HGC. De este modo, una intervención dietética puede corregir una pérdida putativa de la riqueza en el grupo LGC, aunque sea parcialmente, puesto que la diferencia entre los grupos LGC y HGC permaneció significativa al final de la intervención. La intervención condujo a una mejora de las variables metabólicas en individuos LGC, acercándolos a la de los individuos HGC: la tendencia hacia una mayor resistencia a la insulina desapareció, mientras que la diferencia en los niveles de triglicéridos se atenuó (Figura 2). De forma importante, aunque la inflamación se redujo en todos los individuos, la diferencia entre los individuos LGC y HGC no se atenuó (Figura 2).

Para investigar aún más las correlaciones entre la riqueza de genes y la intervención dietética, se estudiaron de manera cuantitativa. Para este fin, el tamaño del conjunto de datos se redujo a 4,5 millones de lecturas cartografiadas de manera única, lo que nos permite incluir en cada punto de tiempo a 45 personas. Antes de la intervención dietética, la riqueza génica no estaba relacionada con la edad, el sexo y el BMI, pero se asoció con un mayor consumo de frutas y vegetales y con menores niveles de triglicéridos y colesterol, lo que confirma las comparaciones del grupo lGc/HGC. Después de 6 semanas de dieta baja en calorías, los sujetos con alta riqueza génica al inicio del estudio tuvieron menor resistencia a la insulina y triglicéridos en suero, así como menos células inflamatorias del tejido adiposo que los sujetos con menor riqueza génica; la diferencia fue significativa para los triglicéridos y la inflamación sistémica después de la fase de mantenimiento del peso, a las 12 semanas. Estas observaciones indican que la riqueza de genes afecta la eficacia de la intervención dietética, incluso si la diferencia entre los individuos LGC y HGC se atenuó globalmente. Esta conclusión se vio reforzada por las asociaciones entre la mayor riqueza de genes al inicio del estudio y la mejora del tejido adiposo y de la inflamación sistémica (cambios delta a las 6 y 12 semanas, respectivamente). La riqueza génica parece ser predictiva de la eficacia de la intervención dietética en individuos con sobrepeso/obesidad.

Tabla 2: AUC obtenida al determinar la baja diversidad intestinal mediante la detección de la presencia o ausencia de un conjunto de 25 genes bacterianos de las especies bacterianas dadas.

Especies bacterianas

AUC

MO HL 5

0,890946502057613

MO HL 6

0,890946502057613

MO HL 14

0,872427983539095

MO HL 9

0,845679012345679

MO HL 11

0,843621399176955

MO HL 13

0,831275720164609

MO HL 3

0,82716049382716

MO HL 8

0,826131687242798

MO HL 16

0,825102880658436

MO HL 4

0,820987654320988

MO HL 17

0,812757201646091

MO HL 1

0,808641975308642

MO HL 7

0,800411522633745

MO HL 12

0,79835390946502

MO HL 2

0,777777777777778

MO HL 10

0,765432098765432

MO HL 15

0,742798353909465

MO HL 18

0,740740740740741

Tabla 3: Se obtienen AUC por encima de 0,9 cuando se determina baja diversidad intestinal mediante la detección de la presencia o ausencia de un conjunto de 25 genes bacterianos de la combinación dada de 2 especies bacterianas.

5

Combinación de especies bacterianas

AUC Combinación de especies bacterianas AUC

MO HL 5 y MO HL 6

0,948559670781893 MO HL 3 y MO HL 13 0,874485596707819

MO HL 11 y MO HL 12

0,948559670781893 MO_HL_13 y MO_HL_14 0,874485596707819

MO HL 6 y MO HL 7

0,94238683127572 MO HL 14 y MO HL 15 0,874485596707819

MO HL 5 y MO HL11

0,938271604938272 MO HL 14 y MO HL 17 0,874485596707819

MO HL 6 y MO HL 8

0,932098765432099 MO HL 4 y MO HL 8 0,872427983539095

MO HL 7 y MO HL 11

0,932098765432099 MO HL 4 y MO HL 14 0,872427983539095

MO HL 4 y MO HL 13

0,92798353909465 MO HL 9 y MO HL 15 0,872427983539094

MO HL 5 y MO HL 12

0,921810699588477 MO HL 1 y MO HL 3 0,87037037037037

MO HL 6 y MO HL 13

0,921810699588477 MO HL 1 y MO HL 5 0,87037037037037

MO HL 13 y MO HL 17

0,919753086419753 MO_HL_1 y MO_HL_13 0,868312757201646

MO HL 5 y MO HL 17

0,91358024691358 MO HL3y MO HL 16 0,868312757201646

MO HL6y MO HL 12

0,91358024691358 MO HL 11 y MO HL 15 0,868312757201646

MO HL 5y MO HL 7

0,911522633744856 MO HL 13 y MO HL 15 0,864197530864198

MO HL 5 y MO HL 8

0,909465020576132 MO HL 3y MO HL 12 0,864197530864197

MO HL 8 y MO HL 11

0,909465020576132 MO HL 5 y MO HL 9 0,864197530864197

MO HL 3 y MO HL 9

0,907407407407407 MO HL 6 y MO HL 9 0,864197530864197

MO HL 5 y MO HL 13

0,907407407407407 MO HL 7 y MO HL 18 0,864197530864197

MO HL 14 y MO HL 16

0,905349794238683 MO_HL_2 y MO_HL_15 0,863168724279835

MO HL 12 y MO HL 13

0,904320987654321 MO_HL_1 y MO_HL_11 0,862139917695473

MO HL 2 y MO HL 7

0,901234567901235 MO HL 3 y MO HL 6 0,862139917695473

MO HL 2 y MO HL 14

0,89917695473251 MO HL8y MO HL 17 0,862139917695473

MO HL 4 y MO HL 5

0,89917695473251 MO HL 13 y MO HL 18 0,862139917695473

MO HL 11 y MO HL 17

0,89917695473251 MO_HL_7 y MO_HL_9 0,860082304526749

MO HL 4 y MO HL 11

0,898148148148148 MO HL8y MO HL 18 0,860082304526749

MO HL 7 y MO HL 12

0,896090534979424 MO HL9y MO HL 16 0,860082304526749

MO HL 1 y MO HL 7

0,895061728395062 MO HL 1 y MO HL 17 0,858024691358025

MO HL 1 y MO HL 8

0,895061728395062 MO HL 5 y MO HL 15 0,858024691358025

MO HL 8 y MO HL 12

0,895061728395062 MO HL 3 y MO HL 10 0,858024691358024

MO HL 2 y MO HL 5

0,893004115226337 MO HL 1 y MO HL 15 0,8559670781893

MO HL 2 y MO HL 13

0,893004115226337 MO HL 9 y MO HL 10 0,8559670781893

MO HL 3 y MO HL 14

0,893004115226337 MO HL 8 y MO HL 13 0,854938271604938

MO HL 6 y MO HL 11

0,890946502057613 MO HL 2 y MO HL 16 0,853909465020576

MO HL 9 y MO HL 14

0,890946502057613 MO HL 8 y MO HL 9 0,853909465020576

MO HL 6 y MO HL 17

0,888888888888889 MO HL 4 y MO HL 18 0,851851851851852

MO HL 2 y MO HL 4

0,887860082304527 MO HL 9 y MO HL 12 0,851851851851852

MO HL 4 y MO HL 6

0,886831275720165 MO HL 9 y MO HL 17 0,851851851851852

MOHL7 y MO HL 13

0,885802469135803 MO HL 10 y MO HL 13 0,849794238683127

MOHL4 y MO HL 7

0,885802469135802 MO HL 11 y MO HL 18 0,849794238683127

MO HL 2 y MO HL 6

0,88477366255144 MO HL 1 y MO HL 2 0,847736625514403

MO HL 2 y MO HL 8

0,88477366255144 MO HL 3y MO HL 17 0,847736625514403

MO HL 2 y MO HL 9

0,88477366255144 MO HL 1 y MO HL 6 0,845679012345679

MO HL 3 y MO HL 7

0,88477366255144 MO HL 3 y MO HL 18 0,845679012345679

MO HL 3 y MO HL 8

0,88477366255144 MO HL 4 y MO HL 9 0,845679012345679

MO HL 6 y MO HL 15

0,88477366255144 MO HL 8 y MO HL 15 0,845679012345679

MO HL 9 y MO HL 13

0,88477366255144 MO HL 1 y MO HL 16 0,843621399176955

MO HL 1 y MO HL 9

0,882716049382716 MO HL 3 y MO HL 11 0,843621399176954

MO HL 2 y MO HL 3

0,882716049382716 MO HL 12 y MO HL 17 0,842592592592593

MO HL 2 y MO HL 11

0,882716049382716 MO HL 2 y MO HL 12 0,842592592592592

MO HL 10 y MO HL 14

0,882716049382716 MO_HL_2 y MO_HL_17 0,84156378600823

MO HL 11 y MO HL 13

0,882716049382716 MO_HL_7 y MO_HL_10 0,84156378600823

MO HL 3 y MO HL 4

0,880658436213992 MO HL 1 y MO HL 12 0,839506172839506

MO HL 5 y MO HL 18

0,880658436213992 MO HL3y MO HL 5 0,839506172839506

MO HL 7 y MO HL 8

0,880658436213992 MO HL 3 y MO HL 15 0,837448559670782

MO HL 7 y MO HL 17

0,880658436213992 MO HL 7 y MO HL 15 0,83641975308642

MO HL 9 y MO HL 11

0,878600823045268 MO HL 6 y MO HL 18 0,835390946502058

MO HL 6 y MO HL 14

0,878600823045267 MO HL 7 y MO HL 16 0,835390946502058

MO HL 1 y MO HL 14

0,876543209876543 MO HL 8 y MO HL 16 0,835390946502058

MO HL 5 y MO HL 14

0,876543209876543 MO HL 13 y MO HL 16 0,835390946502058

MO HL 7 y MO HL 14

0,876543209876543 MO HL 4 y MO HL 16 0,835390946502057

MO HL 8 y MO HL 14

0,876543209876543 MO HL 8 y MO HL 10 0,835390946502057

MO HL 9 y MO HL 18

0,876543209876543 MO HL 6 y MO HL 10 0,833333333333333

MO HL 11 y MO HL 14

0,876543209876543 MO_HL_6 y MO_HL_16 0,833333333333333

MO HL 12 y MO HL 14

0,876543209876543 MO_HL_1 0 y MO_HL_16 0,833333333333333

MO HL 14 y MO HL 18

0,876543209876543 MO_HL_11 y MO_HL_16 0,833333333333333

MO HL 2 y MO HL 10

0,874485596707819 MO HL 1 y MO HL 4 0,831275720164609

MO HL 15 y MO HL 17 0,831275720164609

Tabla 4: Se obtienen AUC por encima de 0,95 cuando se determina baja diversidad intestinal mediante la detección de la presencia o ausencia de un conjunto de 25 genes bacterianos de la combinación dada de 3 especies bacterianas.

5

Combinación de especies bacterianas

AUC

MO HL 7, MO HL 11 y MO HL 12

0,993827160493827

MO HL 5, MO HL 11 y MO HL 12

0,977366255144033

MO HL 8, MO HL 11 y MO HL 12

0,967078189300411

MO HL 4, MO HL 7y MO HL 11

0,965020576131687

MO HL 5, MO HL 7 y MO HL 11

0,965020576131687

MO HL 7, MO HL 11 y MO HL 17

0,958847736625514

MO HL 5, MO HL 6y MO HL 8

0,954732510288066

MO HL 7, MO HL 12 y MO HL 13

0,954732510288066

MO HL 5, MO HL 6y MO HL 12

0,952674897119342

MO HL 6, MO HL 7y MO HL 12

0,952674897119342

MO HL 7, MO HL 8 y MO HL 11

0,952674897119342

MO HL 4, MO HL 5 y MO HL 11

0,950617283950617

MO HL 6, MO HL 8 y MO HL 11

0,950617283950617

Tabla 5: Se obtienen AUC por encima de 0,96 cuando se determina baja diversidad intestinal mediante la detección de la presencia o ausencia de un conjunto de 25 genes bacterianos de la combinación dada de 4 especies bacterianas.

10

Combinación de especies bacterianas

AUC

MO HL 5, MO HL 7,MO HL 11y MO HL 12

0,987654320987654

MO HL 7, MO HL 8, MO HL 11 y MO HL 12

0,981481481481482

MO HL 7, MO HL 11, MO HL 12 y MO HL 17

0,981481481481481

MO HL 6, MO HL 8,MO HL 11y MO HL 12

0,977366255144033

MO HL 2, MO HL 7,MO HL 11y MO HL 12

0,975308641975309

MO

HL 7, MO HL 11 , MC HL LO _l X o1 CM 0,975308641975309

MO

HL 2, MO HL 8, MO HL 11 y MO HL 12 0,973251028806584

MO

HL 5, MO HL 11 , MO HL 12 y MO HL 17 0,973251028806584

MO

HL 6, MO HL 7, MO HL 11 y MO HL 12 0,973251028806584

MO

HL 5, MO HL 8, MO HL 11 y MO HL 12 0,97119341563786

MO

HL 8, MO HL 11 , MO _HL 12 y MO HL 17 0,97119341563786

MO

HL 7, MO HL 11 , MO HL 12 y MO HL 13 0,969135802469136

MO

HL 5, MO HL 6, MO HL 8 y MO HL 11 0,967078189300411

MO

HL 7, MO HL 8, MO HL 11 y MO HL 17 0,967078189300411

MO

HL 2, MO HL 5, MO HL 11 y MO HL 12 0,965020576131687

MO

HL 4, MO HL 7, MO HL 11 y MO HL 12 0,965020576131687

MO

HL 5, MO HL 7, MO HL 8 y MO HL 11 0,965020576131687

MO

HL 7, MO HL 8, MO HL 12 y MO HL 13 0,965020576131687

MO

HL 7, MO HL 12 , MO HL 13 y MO HL 17 0,965020576131687

MO

HL 2, MO HL _4 MO HL 7 y MO HL 11 0,962962962962963

MO

HL 2, MO HL 7, MO HL 8 y MO HL 13 0,962962962962963

MO

HL 2, MO HL 7, MO HL 12 y MO HL 13 0,962962962962963

MO

HL 4 MO HL _5, MO HL 7 y MO HL 11 0,962962962962963

MO

HL 5, MO HL 6, MO HL 12 y MO HL 13 0,962962962962963

MO

HL 5, MO HL 11 , MO HL 12 y MO HL 13 0,962962962962963

MO

HL 6, MO HL 8, MO HL 12 y MO HL 13 0,962962962962963

MO

HL 2, MO HL 7, MO HL 8 y MO HL 11 0,960905349794239

MO

HL 5, MO HL 6, MO HL 7 y MO HL 8 0,960905349794239

MO

HL 5, MO HL 6, MO HL 11 y MO HL 12 0,960905349794239

MO

HL 6, MO HL 7, MO HL 8 y MO HL 11 0,960905349794239

MO

HL 6, MO HL 7, MO HL 8 y MO HL 12 0,960905349794239

MO

HL 6, MO HL 7, MO HL 12 y MO HL 13 0,960905349794239

MO

HL 7, MO HL 8, MO HL 11 y MO HL 15 0,960905349794239

MO

HL 11 , MO HL 12, MO HL 13 y MO HL 17 0,960905349794239

Tabla 6: Especies bacterianas y combinaciones de 2 a 18 especies bacterianas que dan la mejor AUC en el método de la invención.

Especies bacterianas y combinación de las mismas

AUC

MO HL 5

0,890946502

MO HL 12 y MO HL 11

0,948559671

MO HL 11, MO HL 7 y MO HL 12

0,99382716

MO HL 11, MO HL 5, MO HL 7 y MO HL 12

0,987654321

MO HL 11, MO HL 8, MO HL 12, MO HL 7 y MO HL 2

0,983539095

MO HL 17, MO HL 5, MO HL 12, MO HL 7, MO HL 11 y MO HL 8

0,981481481

MO HL 12, MO HL 11, MO HL 2, MO HL 5, MO HL 8, MO HL 13 y MO HL 7

0,983539095

MO HL 12, MO HL 2, MO HL 17, MO HL 11, MO HL 13, MO HL 5, MO HL 8 y MO HL 7

0,983539095

MO HL 4, MO HL 11, MO HL 6, MO HL 13, MO HL 2, MO HL 8, MO HL 12, MO HL 7 y MO HL 17

0,979423868

MO HL 8, MO HL 11, MO HL 6, MO HL 4, MO HL 13, MO HL 5, MO HL 2, MO HL 7, MO HL 17 y MO HL 12

0,981481481

MO HL 5, MO HL 13, MO HL 4, MO HL 12, MO HL 15, MO HL 17, MO HL 6, MO HL 2, MO HL 8, MO HL 7y MO HL 11

0,977366255

MO HL 11, MO HL 6, MO HL 17, MO HL 4, MO HL 3, MO HL 12, MO HL 5, MO HL 10, MO HL 8, MO HL 7, MO HL 2 y MO HL 13

0,975308642

MO HL 18, MO HL 15, MO HL 11, MO HL 10, MO HL 5, MO HL 4, MO HL 6, MO HL 8, MO HL 12, MO HL 7, MO HL 2,MO HL 13y MO HL 3

0,973251029

MO HL 6, MO HL 17, MO HL 3, MO HL 2, MO HL 4, MO HL 18, MO HL 5, MO HL 13, MO HL 10, MO HL 15,MO HL 7,MO HL 1,MO HL 8 y MO HL 12

0,971193416

MO HL 10, MO HL 18, MO HL 2, MO HL 13, MO HL 7, MO HL 1, MO HL 11, MO HL 3, MO HL 4, MO HL 15, MO HL 5, MO HL 6, MO HL 17, MO HL 12 y MO HL 8

0,971193416

MO HL 7, MO HL 4, MO HL 13, MO HL 1, MO HL 5, MO HL 6, MO HL 11, MO HL 12, MO HL 8, MO HL 3, MO HL 18, MO HL 2, MO HL 10, MO HL 17, MO HL 15 y MO HL 9

0,946502058

MO HL 10, MO HL 8, MO HL 1, MO HL 16, MO HL 18, MO HL 5, MO HL 15, MO HL 2, MO HL 7, MO HL 6, MO HL 13, MO HL 11, MO HL 17, MO HL 3, MO HL 14, MO HL 4y MO HL 12

0,942386831

MO HL 15, MO HL 17, MO HL 4, MO HL 14, MO HL 16, MO HL 10, MO HL 7, MO HL 6, MO HL 11, MO HL 9, MO HL 5, MO HL 3, MO HL 8, MO HL 1, MO HL 12, MO HL 18, MO HL 13 y MO HL 2

0,940329218

5

10

15

20

25

30

35

40

45

50

55

60

65

Referencias

1. Rizkalla, S. W. et al. Differential effects of macronutrient content in 2 energy-restricted diets on cardiovascular risk factors y adipose tissue cell size in moderately obese individuáis: a randomized controlled trial. Am. J. Clin. Nutr. 95, 49-63 (2012).

2. Bouché, C. et al. Five-week, low-glycemic index diet decreases total fat mass y improves plasma lipid profile in moderately overweight nondiabetic men. Diabetes Care 25, 822-828 (2002).

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Listado de secuencias

<110> INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE

UNIVERSITE PIERRE ET MARIE CURIE UPMC

INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT IRD

LE CHATELIER, Emmanuelle

EHRLICH, Stanislav

DORE, Joel

CLEMENT, Karine

zUCKER, Jean Daniel

<120> PRONÓSTICO DEL IMPACTO DE LA DIETA EN COMORBILIDADES RELACIONADAS CON LA OBESIDAD.

<130> 364100D31429

<150> EP 12306285,3 <151> 2012-10-17

<160> 450

<170> PatentIn version 3,5

<210> 1 <211> 1713

<212> ADN <213> Desconocida

5 <220>

<223> Bacteria intestinal desconocida <400> 1

atgacaccat cagaatggag tttccgtatg ctgctgatcc ttgcgctgct gatcggcgcg ctgacggaga gcgtgtttac ctactggggc cgcgccatca cctgctacaa gctcgccatg atctggctct cgaacgctta caaacggagc gtcaacgcca tcacgcagag ccccgacgcg tacgtggagc aggacaacct ccttgacgcc gccgtccgca cccagatcga cgccctgcgc ggcacctata cggaatacat cgatgtcacc gtctgcaaca gcgatttccc ggccgaggag accgcgggcg agagcaagat cgtcgcgctg gcggtctacg ccggctatac cgtcggcagc gggctggaca gctatgtccg tgagctgctc gacgagctct gggccatcga ggagctggac ctgccgtact tcaccggcct gcgcacgctc ctgtcggtcc tcgcccagct gccgacgctg

10

tcgtcggcgg cgatgagcac catcgtctca

ggctgcgccg tcatcgacat caacgccctg

ctttccaaca acaccatctc cgacctcacc

ctgcatctga ccaacaaccc catcacctcg

gagatcctct acgcgaacca gtgctccatc

gcgctcaagg agctgtatct ggccaacaac

tgcacggcgc tgcagacgct ggacctgtcg

tccgagctca ggcagctggt cgacctcaac

gctgtggacg ccgatacgcc gctctggcac

ctgaccggcc ttgcgggcaa cctctccgtc

aagtccatcg caaagctcga ggcgtgcgtc

cccgtgaaca ccgacgaggt caagaagctg

cccgaataca aggaaacgga cacagaagcc

<210>2 <211> 1746 15 <212> ADN

<213> Desconocida

aaacacacgt tgaaaatact gatcccgatc 60 tgctggtttt tcctcatcgc ccgccgcgat 120 aatcattttt ataacaacgg ccgctacggc 180 cacttcgccc cgaaggacgc cgagcttgcc 240 ggcaactata cgaaggccga atataccctc 300 gccgacctct acatcgccct gtccaagacc 360 gagaccatgc tctgccgcat caccaacgac 420 cccgccgcac ccgtgatcga gccggagagc 480 atcaccggga ccgagggcac cgtctacgcc 540 acggacatct ataccggccc catctccctg 600 agcgtggcgg aaaacggcct cgtgagcgac 660 gtcgtggagc cggtcacgct ggcggacgcg 720 ggcaagacgg ctggcagcac gctgatgacg 780 ctgcccgata ccgtcgcctc gctggaggat 840 gcgctgcacc atagcagcgc gtcgatggac 900 cgcacgctgg acctgtccgg ctgcacgctc 960 ctgccggagc tgacgagcct gaacctctcc 1020 attggcctgc agaagctgga attcctcgac 1080 gccctgtccg ccctgcaggc gctcaaggag 1140 ctcgccaacc tcaaaaactg cacgcagctg 1200 acgcgcatcg cgggcctggc cgaccatacg 1260 cagatcgcgg atatctccgt cctcgcctcc 1320 ttcaacgcgg tcacggatat ctccatcgtt 1380 gtgagcaaca accagatcac cgtcttcccg 1440 gtcgatatca gccacaacca gatcgaggat 1500 aacttcatca acgccgacta taataagatc 1560 atgctcgtta agatgaacct ctgggataac 1620 caggacgtcg gcatcatcat caactataac 1680 tga 1713

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

5

10

<400>2

atgatcaaac

gtgtgcatgg

atcaacgcga

ttcgtcatcg

gccgcggcgg

tcctttgcga

gtcacgaaca

atgctggtgt

gccgggatcg

ctgttcaagg

caggccatgc

gccgcctccg

tcccctgcca

aagctcatcg

acgtattcca

acgatggcgc

cagaacccgg

aactttaagt

agatccggcc

cagctcatct

gtgcggcagt

gtgctgttct

gaggagctgc

gacaaatacg

cggctgtgca

acctccgctg

ccggagacga

atcctcgtgc

tcgaaccgga

ggctaa

gtttggcggc

tgggcgaggt

tccagaacgg

ccatgctgtc

gctttgcgaa

acatcgaccg

tccagaacgc

tcgcggtggt

tgccggtgct

cggtcttcaa

gcgtggtcaa

actccgtgcg

tgcagttctg

tcacgtcggg

tgcagatcct

aggcctccgg

cagagccggt

attcggcggc

agaccgtcgg

gccggctgta

acgatctgga

ccggcacgat

agcgggcctg

acacctatat

tcgcgcgggc

tcgacacgaa

cgaagttcat

tcgagggcgg

tctaccggga

ctgtatccgg

cgtatgcgag

ctgcacgatg

gctggggttc

gaatctgcgg

gttttcgacc

gttcatgatg

gatgtccgtc

ggggttcgcg

gaaatacgac

gagcttcgtg

gaaggatttc

cgtgtacacg

cggaacgtat

catgagcctg

caagcgcatc

ctatgatgtg

ggcgaagcgc

catcattggc

cgacgtgacg

gacgctgcgc

caaggagaat

cgagctggcg

cgagcagggc

gctgctgaaa

gaccgacgcg

catcgcgcag

gcagatcgac

agtctatgaa

<210>3 <211>1251 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida <400> 3

gaatacaaaa

tgcacgatcc

cagaccattc

ggatcgttgt

catgatctgt

tcgtcgctcg

tgcatccgca

cgcgtgggca

ctgtttctga

gcgctcaacc

cgcgaggact

ctcaaggcgg

tcgatgatcc

ctgggcgtgg

atgatgctct

tgcgaggtgc

aagaacggcg

agcgcgcttt

ggcacggggt

gacggcagcg

aaccaggtcg

ctgcgctggg

tgcgcggatg

ggcacgaacg

aagccgaaga

aagatccgcg

cggatctcgt

gccatgggca

tctcagaaca

ggccgacgat

cgctgctgac

tgtccttcgg

ccggctggtt

attatcaggt

tcacgcggct

tcgcggtgcg

agcagctggc

tgatccggag

actccgtgca

atgagacgga

agaaaatcct

tcatctcgta

gaagtctgac

cgatgatctt

tcgacgagac

acgtggattt

cggacgttga

cttctaagac

tgcgggtcgg

cggtcgtgct

gcgacgcgaa

aattcatcca

tcggcggcgg

ttttgatcct

cggcgctgcg

ccatccagaa

cgcacgagca

aggcgggagg

cctgaccccc

ggcggatctg

actcaagctg

cgcggcagag

gcagggcttt

gacgacggac

cgcgccgatg

gctcatcttc

cgcgctgccg

ggagaacgtg

gaaattctcc

ggcgctcaac

tttcgcggcg

gagcatgatc

cgtgatgctg

gagcagcctg

tgaccatgtc

tttccatgtg

gagtctggtg

cggcgtggac

gcagaagaac

cgcgtcggac

gcagatgccg

gcagaagcag

cgacgactcg

ctcggagatc

cgcggatctc

gctgctggct

tgctgacaat

60

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1746

5

10

atgaaaatca aaaatgttgt ctgcgcacca ggacgtaccg gcttctattt tgacgatcag

cgcgcgatca agcgcggcgc ggggcacgac gggatgttct atatcggtca gcctgtcacc

gagggctttt ccgccgtccg tcaggcaggc gaggcgatct cggtcatgct gatcctggag

gacggccagg tcgcttacgg cgactgcgcg gcggtacagt attccggcgc aggcgggcgc

gatccgctgt ttttggcgaa ggattttatt cctattattg agcagtacat caaaccgtgt

ctggttggcc aggaagcgga caatttccgt gcgcttgccg caaggatgga agccatcgag

gtcggcggca agcggctgca tacggcgatc cgctatggtg tttctcaggc gctgcttgac

gccgttgcaa aggcgagcgg gcgcatgatg tgtgaggtcg tggcggatga atacggctgc

acggtatcgg atcacctgat tccgatcttt acccagtccg gggacgaccg gtatgataat

gcggacaaaa tgatcatcaa gggcgcgcag gtgctcccgc acgcattgat caacaacggg

gagacgaagc tcggcgcgca cggcgaaaag cttcaggagt atgtggcgtg gcttcgtgac

cggatcttgg cgcagcgtct ggacgagcac tatgccccgg tcctgcatat cgatgtctac

ggtacgatcg gcgcagcctt cggaaatcat aactacgcag ccatggcgga ttatctggcg

gtcctggagc agaccgcaaa gccgttccac ctgcggatcg aaggaccgat ggactgcgac

tgtgaccgcg aaacgcagat ggaggcgctc gcggggctga ccgcggagct ggaccggcgc

ggcatcgatg ttgagctggt cgctgacgaa tggtgcaata cgctcgaaga tatcaagctt

ttcgccgatc acaaagccgg tcacatgatc cagatcaaaa cgccggatct cggcggcatc

aacaatacca tcgaggcagt cctctactgc aaggaaaagg gcatcggtgc atatcagggc

ggcacctgca atgagaccga ccgctctgcg caggtctgcg tgcagtgcgc catggcgaca

cagccggcac agatcctcgc aaagcccggc atgggtgtgg acgaaggcta tatgatcgtc

tataacgaga tgaaccggat cctcgcgctg cggaaggcaa aggcagaata a

<210>4 <211> 990 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida <400> 4

60

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1251

5

10

atgcagaagg agcaggttat catgcgcgga atcccgtctt

aaagtcttta ccgaggtcgc ccggatggca tactccggcg

atccccttca agatcgtccc cggccagagc ccgctgcacc

cgcgccatcg cgggcgaacg cgtgcgtctt gcgatgggtc

acgcgcacgc ttctgaccga gggcatggac caggccgcca

ccgccgctcg tcaacatcat cccctacgcc tgccacgcct

gtcaacgagc tgtgtcaggg ctgtctcgcc tcctcgtgcc

gcgatcaaat ttgtcaacgg caagagccgc atcgaccaga

aaatgcgcca gatcctgtcc gtacaacgcc atcacctacc

gcctgcggca tggacgccat cggcgtcgac gaatacggca

cgctgcgtct cctgcggcca gtgccttgtg agctgcccgt

agccagatct atcaggtcat ccgctccatg ctcgagggca

gcgccgtcgt tcgtcggcca gttcggcaag gacgtgaccg

atgaagcagc tcggctttgc cgatgtggtc gaggtcgcgg

atcgaggaag cgcgggactt tatggaaaag gtcccggagg

tcctgctgcc cgtcgtggcg gatgatggcc agacggctgt

atttccatga cctacacgcc gatggtctat

<210>5 <211> 1221 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida <400> 5

tgatcacaga gatccgaaag actacaccga tatggaggat gcgaatcggt ctttcttgag tgtccctgca gcccgtacag tcgccgagca gtattacgag gcccgacgcg gcagtaccgt agcgcgtgtg cccgaagggc aactgtgcat caagtgcggc tcgagcgccc gtgtcaggcc aggcctgcat cgactatgac tcggcgcgat cgtcgacaag acgaggtcgt ggccatcgtc tgccgaagtt cctcacggcc tcggcgcgga tatctgcacg agcagcggtt catggcgacc tccccgccga atccggcaac

60

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

990

5

10

tcgcattgct

gcttgcagcg atcatggtgc tcggtctggc tgcctgcgca 60

agcccgagac

caccaccgaa ccggaaacca ccaccgaaac cgctcccgag 120

aacccgccgc

tgaggagccc gcagctgaag aagagacccc ggctgaagag 180

acgctgctta

ctccgtcgcc atgatcaccg actacggtga taccaccgac 240

accagaccac

ctacgaggcc tgcaaggagt tctgcgaggc caacggcctg 300

atttcaagcc

cgccggtgac tccgacgccg agcgtgtcgc catgatcgag 360

acgagggcta

caacgttgtt gtgatgcccg gctacgcttt cgcaggcgcc 420

ctgccgacat

ctatcccgag gtcaccttca ttgcgctgga cgtcagtgcc 480

gcgatgacta

caccctgccc gccaacctct actgcgctgt ctatcaggaa 540

gctacatggc

cggctacgca gctgtgaagc tccgctacac caagcgcgga 600

gcatggctgt

ccccgctgtt gtccgttacg gcttcggcta tgtgcagggc 660

ctgccaagga

gctcggcatc acggtcgacc tcaagtacgc ttacggcaac 720

gcgacgctga

catcaccgct gcaatggaca cctggtatca gggcggcacg 780

tcgcctgcgg

cggcggcatc tatacctccg cggctgaggc tgctgccaag 840

agatcatcgg

cgtcgacgtt gaccaggccg gcatcatcga cggcgattac 900

tgaccgttac

ctccgcaatg aagggccttg ctcccaccgt caagcatctg 960

tcgtggccgg

caactttgcc aactacggcg gcaagatcga aacgctgggc 1020

ccaacccgga

agagaactac gtccagatcc cgaccgcttc cacgcagttc 1080

agttcaccca

ggctgactac gaagcgctcg tcgctgccat gttcgccggc 1140

tctccaacga

catcacggct atgcccgctg tcaccaacgt caccgttgag 1200

acctgaagta

a 1221

<210>6 <211> 1446 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 6

5

10

atgctgccgc

tgggtgatgc

cgggccgtca

tcgctcgtcg

gtgttcgaga

gagctcgaca

attctggtgt

cgggccgaga

aagatcctct

ggcggcgagc

tttgccatcc

gtcttcatgg

ttcgacctgg

acgctgctca

catcacgcgg

tttgacctgt

agcgccgggt

gccaaggcgg

ggcaagcccg

ctcatcgctg

ctcacggccg

gcgggcaact

ctcgggcggc

aaataa

gggcgatcgt

ctatgtgctg ggcgcggtgc tgctgatcgg ggccgcgctg 60

cgctgctcgt

ggcgctgatc taccatgagg taagcggctg gtatttcctc 120

tgggggcggc

ggtgctcggc gcgctggccc tgcggctggg cggcggcaag 180

tgtacgcaaa

agaagggctg atcgcggtgg cgctcagctg gatcgtgctt 240

gcgcgctgcc

gttcacgctt tcggggcaga tcccgtttta tctcgacgcc 300

tgatctccgg

ctttaccacc accggctcga gcatcctgcc cgcggtggag 360

agtgcatgct

gttctggcgc agcttttcgc actggatcgg cggcatgggc 420

tcatgctggc

catcgtccgg atggacggcg gccaggccat ccacctgctg 480

gccccgggcc

gacggtctcc aagatggtgc cgcggatggc cgattcgtcc 540

acgggatcta

ttttggcctg acggtgctgc agatcctctt ttatctggcc 600

cgctgcttga

ctcgctctgc aatgccttcg gcacggccgg caccggcggc 660

gcaacgattc

cttcgcctcc tacagcgcct acacgcagac ggtcacgacc 720

ccctgttcgg

cgtcaatttt tcgatctatt tcttcctgct gcgccggaaa 780

cgtggaagaa

tacggagctg cgctggtacg tgtcgatcat tctcggctcg 840

tcacctgcaa

catcatgaag ctctacggcg gcgatttcgg cttcagcctg 900

cttttgccgt

ctcctccgtc atcaccacga cgggctttgg cacggagaac 960

ggccggagtt

ttcccgcgtg atcctggtgc tcctcatgat cgtcggtgcg 1020

cgacgggcgg

cggactgaag gtctcgcgcg tggtcatcct gatgcgcgcg 1080

agctgcgcaa

gatcctgcac ccgcacaccg tgaaggtcat caccgtcgac 1140

tctccggcga

gacggtccgg gccgtgagca cctattttat cctgtacgtg 1200

cggcgtcggt

gctgctcgtc tcgctcgacg gctacgacgg ctcgaccacg 1260

tcatggcgac

gttcaacaac atcggtcccg gcctcggcct ctgcggcccg 1320

tcgcgttctt

ttctccgttc gcgaaggtga tcctgtgcct cgatatgctg 1380

tggagctgta

cccgatgctg gtgctgctga tgccgagcac gtggagaaag 1440

1446

<210>7 <211> 657 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida <400>7

5

10

15

ttggacgcga

ggcagcaact

gtcgcgatcg

gtgctggagc

cgcacaaagg

aaggtctcgg

tccctgcatg

ctcaacgtgg

ccggtcgcgc

ggcgctcttc

tacactctct

aattactgga cctgctggag gcgaagtggt gatccacgag aaaacgggca tgtgaccggc agctggggca cgaggatgac acggaaagat cctgaaatcc ggatcctggg gatcaactat acttcatctc agccgatcag ccgatctgct cgacgacctc tgatgaccaa agacgacaag tgattaccaa atccggcgat attcatacct agataacagt

cagatcgcaa aggcgatcgc ctttccggca aaagcgccta cgcaaggtgg gcgacgggcc agcgcaaagg atcagcttgc tcctctgtgt atatccgtga gacatttcca tgatgcagct catgcgagcc gcgagcccga atccggcagg cggacgaact gtcaaggcca tccgctatct aaaatagcga agcatttcgg aaaacaggag gaacaaacga

agcacaattc

60

ttcctcgatc

120

ctcccatgtg

180

gtatctgacg

240

cgagtccgga

300

gtttgaaaac

360

gcgcatcacc

420

ggttggaaaa

480

cagtaattcc

540

catatccaag

600

actatga

657

<210>8 <211> 1176 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400>8

gaagacgccg

ctcaaggccg

gtgctgaccg

gaggtcccca

atgcaggacc

gtcattctgg

ggctataccc

ggcctgaagg

gagctggccg

aagcccgagc

ctcaagaaga

tttgagaacg

atgatcgacg

ggcatgaaga

tccatgcgcc

catcaggaga

gagcagtaca

tccgatctca

aaggaaaagg

gctcccgcag

tcaacgagat

tcggccagcc

tttccactga

aggagaccgt

gcaacgcccg

actttgaagg

tgacgctcgg

ccggtgaaga

gcaaggccgc

tcgacgacga

gcatcaaggc

aggctgtcgt

agcaggtcga

tggaagacta

cgatggcgga

acatcgacgt

agatggagct

agggccgcaa

aaaagaaggc

aagaggctcc

cttccccgag

ctccgttacc

gctctacccc

ttccatctcc

catcgagacc

ctttgtcgac

ctccggcgcg

gaaggccgtc

gaccttccag

gttcgccaag

cgacctcgcc

tctggccggc

caagcacctc

cgtcaagatg

gcagaccgtc

gaccgacgag

ggacaagatc

ggctgtgaag

cgccaagaaa

caaggctgag

atctacgaag

gatatgcaga

gaggtcaccc

aaggccgaag

gttgaccgcg

ggcaagccct

ttcatccccg

gaggtcacct

tgcaagatcc

gacgtctccg

aagaagcgtc

aagaacatga

gagcagtttg

atcggcggcg

cgcagcaaca

gaagtcgaag

aaggaaatga

ctgatcgtcg

tctgccaaga

gaataa

ctgccattgt

cccccgaaga

tcggcgagta

tcgacgcaga

aagccaagac

tcgacggcgg

gcttcgaaga

tccccgagag

acgaggtcaa

aatacgacac

aggaagctgt

cctgcgacat

cctatcagct

acgtcaaggg

tcctgctgag

aagagctgaa

tcgacgtcga

acaatgccaa

aggaagacga

caagcaggag

cggcagcgtc

caagggcatc

gctcggccgc

cggcgacacc

caaggccgag

tcagctcgtc

ctacaccaag

ggagaccatc

gctggccgcc

tgaccgtgac

ccccgcctgc

gcagtcccag

catgcgcgat

cgagatcgtc

gaagctggcc

ggccgtcaag

gcccgtcgag

ggctgccgaa

60

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1176

<210>9 <211> 1653

5

10

15

20

<212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida <400>9

cagcagatga

tgctccccca

ccctatatgg

gaggcgggca

aacgcgccgc

ggcatcgctg

gtggaaaagc

ctcgactgcg

atccacatct

gtgaagatcc

tgcaccgaga

cgccgcgcca

aactactgca

ggcgcgatcg

gccgcgacgg

agcccggacg

agcggcacgc

tgcgtcggct

tgcatgtaca

tacgtcttct

gccgtcgagc

ggcggcaagc

gccgacatgg

acgatgctga

cgcccggtcg

gatatccccg

tgcaaggaca

ggctgctcca

tccaggagaa gaatgcacga tccagatcgc cggaaaaggc tgaccgcggg gcatccagac agccgaccat ccgcgtgcat attcctactc gccgcaaagc agtgcccgca tctatatece gcatgctcaa actacaagca gcttcaaccc tcgtctcgag tcctgcgccc cccgctgtga cggcgaagca acatcgacgt agtacggcgt tcaaggtgca tcgtcctcgc cggcctccat aaagcccgac agacggtcgc gcctgacctg actgtgaaaa

gatccacgaa

gcagacgttc

caacatccgc

catcatcctc

cagcagcccc

ggcgctcgac

cggcggcaag

cctgaccccg

cgagatcgaa

gcgcttcgtc

gaagaaggtc

cttcgcacag

aaacggcaag

gaccgacacc

catcgacctt

cctggaattt

gtccgacggc

cggtgtggag

cgccatgctc

ccggaccccc

gcattacatc

ggcgtccgac

ggccgccatc

ggacaccaac

ggcaggcgtg

acaggcgtcc

caacccgtgc

ggtctgcccc

<210> 10 <211> 843 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 10

tacgggctga

cgcaagacct

gageagtget

ggccgggccg

gtgaccaagc

atcgccgagg

atgacccaga

aagatggtcg

tccgtgggcg

aaggaagacg

ccgaacgaat

gccgtgccga

tgcggtgtgt

tteategage

tccaaattcg

gagcgcctca

acgcacccga

aagggcaagc

tgccgcgaaa

ggcaaaaact

aagggcatgg

ctgctcgaga

gagcctgaca

gactttttca

ttcctgtccg

gccgcggcgg

gtggcgcagc

tac

ccggcgtagt

gtgaaaaagc

cctggatcca

ccatcgccaa

gggcgctcgt

ccggatttga

tcgacaagac

actgcgcaca

gcttcgtcgg

tctgcaccgg

tcaacctcgg

aggtcgcgac

gcgcaaaggt

aggaatacgg

atgaattcgc

tgaacgccgc

agaccatcgt

cctactgctc

aatacccgga

ttgacgagtt

tcggcaaggt

accggcagct

agtccgcccg

ccgaggccca

gcatgtgcca

cgaaggtcat

cggatgagat

catctgttcg

aggtctcaac

caagtacaag

ggtacatctg

catcggcggc

ggtcgatatc

cttcccgacg

gaacgagaag

caacttccac

ctgcggactt

catggacaac

catcgatccc

ctgttccgcc

cgccatcgtc

ctacagccag

gggcccgacg

cttcgtccag

caagatctgc

caccgacgtg

ctaccgcaga

cacgccggag

gcacatcgac

gccgctcgct

tccgaagctc

ggggccgaag

cggccttctg

gatgtgcaac

60

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1653

5

10

atctacgtgc

gttttgcgca

tttacgggcc

gccgccatca

ctcaaattct

ctcggcgtgt

atcggcctgc

gccgagatca

cagctgctgc

atctgcatcg

atccgcgatg

atggcattca

cagaccacgg

gtc

aaaaaggcct ctccctgcag tcgccttcct gctcgaccgc agggcgcgat ctattccctc tgttctccct cggacaggcg acatctcgag cggcatccgc ccctgaccga gacgctgcag tcgtttcgct gctgctggcg ccgtcctgaa gctcaagagc tccgcgcgct ggtccagctc gcggcttccc gtatttctcc ccatcgtcgt gctgctgatc atgagatcgc cgccgaggcc tcatctcctc gttctttgcc tccaggccaa cacgttcaaa

acgatcctga ccatcgcggg atcccgggcg tgcccatcat gtcgccgtct ccatgaacct ggcttcatgc tggtcggcgc tcgacggtgt atcagtacta aacgccctcg gcaatacggc ggcctgctcg ccgcggggct gactatctgg ccatcgccac gaggcgttcg cgcccgtcgc gataccttca tgccgttcgt aactcgacct acggccgcgc atgggcatca accttgccca ggcatctccg gcgcgctgct tcggccatga cgtatgagat

catcgccctc

60

gctcacgacg

120

gctcaacggc

180

ctatgccttc

240

tgatccgctg

300

gggcaccgtc

360

ggcgtacete

420

gctcggcttc

480

caacggctcg

540

gatcgtcggc

600

cttcaaggcc

660

ccacaagcgc

720

ggccatgtac

780

cctgctcatc

840

843

<210> 11 <211> 978 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 11

atgatcgtgg atattaccta ccccattgag acctggccga agcagaatga gctgacgcac 60

atcaccgagg

gcaagactcg

ggcgatttcg

cgcaacggcc

ttcttccagc

ctcgacgtcg

gacgcggaat

aagacgtcca

gcgctcaaat

gtgctgctcc

aagctccacg

ggcatggacg

atcaagggca

acggatatgc

agcgaggtca

ctgtacggca

gcatcaagca

atccccagct

tcctgcagga

gcacgtcctt

acgcgggcgc

atatcttcca

acggcacgaa

tcgacgtcgt

acaccgacta

gcggagaaga

agctgggcgt

agaacggcaa

ccgtcggcgc

cgctgccgga

gcgcgtccga

agaaataa

gtccaccggc

tccgctcgtg

gatgggaaaa

taccgcggtc

gaacgcctac

cattggctat

gatggcgcgg

ctccgaggcg

ctgcatcatc

cggcgtgctg

tgcgaagtgg

ttactatgag

gggcgacgcg

ggcgctgaag

cggcgtgaag

ggctcggtct gcctccggct tacaagaata atgtccaaca tacggcgagg atcctgctgc cttctgcacc ggcgagcgct aacgagcttg catgtggaaa gccgtcatee tttgagagcc ttctgcgcgg ctcggcgctt acgaaggatg

gcaacaccat

ttgccgggca

tcgacctttc

accagacgaa

acgacatcga

tgccgcatct

gggcgcagaa

ttgcgcggct

agacccagca

acatgaaggc

actgcccgga

tgaagctccc

gcgttctgta

gcagcgcggc

aagtcctgaa

ttcggacctc

tgacgccgag

catggtcaag

ggagcgcacc

ctgggataag

ggacgagccg

ggccgggatg

cgtgaccccg

gaccacgggc

cgcgctgcag

gatcggctgc

gaagggctat

cgcggcggag

ggcctccctc

gctgtacgag

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

978

5

10

15

20

<210> 12 <211> 567 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 12

atgacaacct

cagacgctca

tccttcggct

ctccccaagg

ttccggccca

atgctgcagc

ggcagcggcg

tgctatttct

gctgggcagg

atggtcaagc

tctccgagca

gttccctatc gtatttcagg ccctgaatgt gggctttttg 60

agctgttttt

tgtgacgctc atcggcgcga tcccgctggg tctgatcatc 120

ccatgagccg

ctggtcgccg ctgggctttc tgcgcccgta tctgaaaaat 180

acggcaagct

cacctggtgg cagaagacgc agctatggtt cgcggtcgac 240

tccgcctgat

tgtgcgtttc gtcatctggg tcgtgcgcgg cacgccgctg 300

tgctggtgtt

ctactacttc cccggccttg tgctgcacaa gaatatctgg 360

aggcagggcg

cttcctcgca tcgtcgatcg cgttcatctt caactacgcg 420

ccgagatgtt

ccgcggcggc atccagggcg tcccgaaggg gcagcaggag 480

tgctcggcat

gacgagcacg cagatcttct tcaaggtgac gctgctgcag 540

gcatcgtgcc

gcccatg 567

<210> 13 <211> 1449 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 13

5

10

gacctgaatc

ggcaagacca

acgatcggcg

cgcaaggtcg

aacatctcct

aaaaatgctg

gacgagtgcc

gacgccttta

ggggccgatc

gccgcgaagg

gtcgtcaagc

agccgcatcg

cagcagcagc

gacgaaccgc

cgcctgcacg

atgacgctcg

ccgctggagg

tccatcaact

gtcctcggtg

ttcgcagacc

cagaagggct

gtcgacgagg

ctcggcatcc

tacggcgcc

tcaaactcga

acacgtcacc aagcgctggg ccaagttcta cgctgtggaa 60

ttaccattga

gaataacgcg ttcgtcacgc tgctcggtcc ctccggctgc 120

cgacgctccg

catgatcgcg ggtctggaga ccccgacgtc gggccgcatc 180

acaaggtcgt

cttcgacagc gacctcggta tcaacgtccc ggccaacaag 240

gcttcctgtt

ccagaactat gcgctctggc ccaacatgac ggtctaccag 300

tcggcctctc

caacatcaaa gaggagctcc egaagatega cttcgaggcc 360

cgcgtctggc

tcagatcctc cagactccgt ccgatgtgac cgcggttctg 420

gcgacaagga

cggcaagctg gaagaaaaga aggccgtcct caagctcatc 480

cgctctcgca

gtacacggcg aagaagctct tcggctatca tctggagaac 540

gcgccgccgc

gatcgccgca ctgcaggcaa aggtcgacgc agcccataag 600

acgccggctg

cacgctggac gaggagttcc gcttctgcag ggacggcagc 660

agacgagaaa

gctcacgaag gaggagatcg acctctccgt ccgccgcgtc 720

tcaagattgg

catgttcatg gaccggtatg cggccgagct ctccggcggc 780

gtgtcgccat

cgcaagaacg ctcgcgccgg agcccacggt tttgttcatg 840

tgtcgaacct

cgacgcgaag ctgcggctcg agatgegeta tgagctgcag 900

tggagaccgg

ctcgaccttc gtctacgtca cgcacgacca gatggaggcc 960

ccacgcagat

ctgcctcatc aataacggcg ttctgcagca gtatgaagcg 1020

tctatcatea

cccggcgaac ctctttgtcg ccgacttcgt cggcaacccg 1080

ttgtcgaagc

caagggcaag caggcggccg acggctcgct gaccctcacg 1140

ggctgacagc

cagattccgc ccggcaaagg cgctcgagct ttccaagtgg 1200

gcgacgcagc

tgccgccaag aaagccgccg acctcaagga gaaggccgcg 1260

acgtcgaaaa

gggcaacaag gatgaggtct tccgctatca tatcgcaaag 1320

aagacgactc

ccttgcggag cttcccgaga teaegaaega agattttgtc 1380

gcccggagtt

cctcgacatc gcggacgaag ggaacctccg cggcgagatc 1440

1449

<210> 14 <211> 1020 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 14

5

10

tttggctgcg

caagggatcg

atgcacgacg

ctgaccatgc

ctgctctctg

ggcccgcaga

gcggactgca

aaggtcctcg

aagggcggcg

aagatcaact

gtcgtttccg

ttcatggcct

cttttgtgca

ggcaccgcgc

ctggccatcc

acactggcag

acaacgcccc

ggatcagatc gcgctcggtg cgatccaggc cgcgaaggac 60

aggccgtact

ggtcggccgc ggcgaggcca ttttgcaggc gctcaaggac 120

agacgcttcc

caagggcgtg gagatcgcca acgccgacga cgtcgtcgat 180

acccggcgac

ggtcgtgaaa aagaaaaagg attcctccat ggtcgtcgga 240

tcaaagaggg

cggcggcgac gcgttcgtct ccgccggctc gacgggcgca 300

cggcgacgct

gatcgtccgg cgcgtcaagg gcatccgccg cgcggccatg 360

tcccgacgaa

gaccggccgg gagtgcgtcc tcatcgactg cggtgcaacg 420

cgccggagtt

tctgctgcag tttgccttca tgggctcgta ttacgcggaa 480

ggatcgaaaa

cccgcgcgtg gcgcttctca acatcggcgc agaggactcc 540

agctgcagaa

ggccgtttac ccgctgctga agcaggcggg cgaggccggg 600

tcaccggcaa

catcgaagcg cgtgacgtgc cgctgggcgg cgcggacgtg 660

acggcttctc

cggcaatatc ctgctcaagg ggatcgaggg catggcgctt 720

ccatgatgaa

ggacatgttc aagaaaaatc tgctgaccaa gctggccgcg 780

tggacggcgt

caaggcgttc aagaagaaaa tggactaccg cgagaccggc 840

tgatcggcct

caacaagcct gtcatcaagg cgcacggctc gtccgacgcg 900

gcaacgccat

ccggcaggcc atcggcgccg tcgaggcgga tgtcgccggg 960

caaatatcga

ccatatggtc gttccaaagg agtatcaaca tgctgagtga 1020

<210> 15 <211> 1347 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 15 atggcgaccc

ggctactatt

ggcgaggatc

cagatgctgc

gagaagttcg

ctgaacgact

gtcttccgta ttccgatttt gccgatatcc cggtggaatg ctggggcggc gctacgttcg cctggcagag actgcgcgac atccgcaagg ttcgcggcca gaacctgctc ggctacaagc tcgagctgtc catcaagaac ggcatcgaca tccgcaacat cgccaccgcg ctggaagcta

tgccggaaat

gaacaaggcc 60

actcctgcct

gcgttacctg 120

ccatgcccga

caccaagctg 180

actatcatga

cgacgtcgtc 240

tcctgcgtat

ctttgacgca 300

ccaagaaata

cgcgaccaag 360

5

10

aacaccgtcg

tatgtcgaga

atggccggca

gtcggcgatg

gtgacgaagg

aacggcacca

gagactggcc

cagaagtacg

ctggtctaca

aaggccatgg

ggctatcccc

gtcctgatgg

cagtacggca

ggcggcaagc

aaagccaagg

tgctatccgg

tgcacctacg

cctccggctg tatctcctac tgtgcaagga gctcaagaac ccatgagccc gtacgaggcc ttcccctcat cctgcacacc ccatcgagtc cggcatcgac gccagccctc caccgagacc tcaatgagga cgtcatcaac tcgattccgg ccgcatcagc aggtcccggg cggcatgctc ataagttcga cgccgcgctc cgctggtcac cccgctgagc gcgagcgcta caagatcgtc tcgcgcccgc gcctgtctct ccgtcgactg ccgcatcgaa aagccctcgg cgatctggcg atcaggccat gaagttcttc tcatcgaaga agcataa

acccagagcc cggtccacac atgggcttcg acaccatctg gagcacctca tcaagggcat cactgcacca ccggcatggc gtgatcgact gcgcgacctc atgttctacg ccctcggcca aaggtcaacg actacttcaa gccaagtcca tggcgaccga tccaacatga tcgccaacct aaggagatcc ccgaagtccg cagatggtcg gcaaccaggc tccaaggaag tgcagaacta gaagagctgc aggccaagat gacgccaagc gcaccggcga aagagcgaag aggatgtcat gaagaccgca aggccaagga

ggtcgaaata

420

cctgaaggat

480

caaggacgcc

540

ttacatgacc

600

ctgcttctcc

660

gtacggcatc

720

gcccatcaag

780

cgcgcaggcg

840

gaccgacatg

900

caaggatctg

960

cgttaccaac

1020

tttcaagggc

1080

cctcggcgag

1140

agacttcaag

1200

gagctacate

1260

agaaaacgtc

1320

1347

<210> 16 <211> 1329 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 16

ctgcgtctgc

acttatatag

gagcagggca

gcgcgctatg

tccgacctgc

ctgctggagt

tacgccgaaa

gcggccatct

gcgatggggc

ctgcgcgaga

gcggcacgcg

cggaaaagcg ctgaaaacaa aggagcacgg aacagtgaac 60

taaagggaga

tatetgette agccggagca tggatgagat cgtctgtctg 120

gcatcgttgt

ggaaaacggc cgcatcaccg gcgtctttca gacgctgccg 180

ccgcgctgcc

ggtgctcgat tacggccatc ggctgatcct gcccggtatg 240

atgtccacgc

gccgcagttc gccttccgcg ggctcggcat ggatatggag 300

ggctcaacac

ctataccttc ccggaggaat ccaaatacaa ggacctggac 360

gggcgtatgg

cagcttcgcc tcgcatctgc tgcgcagcac gaccacgcgc 420

tcgccaccat

ccatgtgccc gcgacggagc ttctcatgca gaagctggac 480

tggaatgctt

cgtgggcaag gtcaatatga accgcaactc gccggtctac 540

tctccaccaa

ccaggccctg cgcgccaccg agcgctgcat ctgcgagacg 600

10

15

atgcccatgt

caggcccatc ctgaccccgc gcttcatccc gtcgtgcacg 660

tgttcgggct

ggcgcggctg cgggtgaaat acgacctgcc ggtgcagagc 720

aaaactattc

ggagatcgcc tggatccgcg agctgtgccc gcgctcgaag 780

acgcgtatga

gcagttcggc atgttcggcg gcggatatcc gtgcatcatg 840

tccactcgaa

cgaggacgag caggcgctga tgcagaaaaa cggcgtgttc 900

cgccggaatc

gaacatgaac ctcgcctccg gcgtcgcgcc gatcaataaa 960

acggtctgca

ggtcggcctt gcgacggata tcgccggcgg cagccacgag 1020

gcgccatgac

ccacgccatc caggcctcga agctccgctg gcggctgtat 1080

tgaagcccct

gtcgtttgac cgcgcgttct atcttgccac catgggcggc 1140

tcggcaaggt

cggctcgttc ctggacggct acgaatttga cgccgtcgtg 1200

cggcgctgga

ccatccgcag gagctttcgg tccgcgcccg gctcgagcgc 1260

tggccgacga

ccggaacctc acggccaaat ttgtcgcggg gcagaaaatt 1320

1329

ctcggttga

<210> 17 <211> 882 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida <400> 17

atgaagaaaa aacgctattt ttcccgcacg gtctgctttc tgctctgcgc ggtgttcgcg 60

ctgttgtttt tgctgccgac ggttctgacc atcacgaact ccttcatgac gcagagcgag 120

atcacggcca gctacggcca ggtctttgaa aacgccaacg acggcaagag ctacatctcc 180

aagaccattg aactcaaatt catccccgac aaggtcagct tcacccagta tttcaccgtc 240

ctgctcaaaa gcccggacta tctgctgaaa ttctggaact ccgtcatcct gaccgcgccg 300

atcgtcttcg cgcagctcat ggtcgcgtcc atcgcggcct atggctttac ccgctggcgc 360

gggaaggtgc gcgacagtct gttcttcttc tatgtgatcc tgatgctcat gccgtatcag 420

gtcacgctgg tccccaacta tctggtgagc gactggctga agatcctcaa tacccggtgg 480

gcgatcttcc tgcccggcgc gtttgcgccg ttctcggtct ttctgctcac caaattcatg 540

cgccgcatcc ccatggctgt catcgaatcg gccaagatcg acggcgcgaa cgagtggcat 600

atcttctgga acatctgcct gccgcagtgc cggagcgccc tctattccat tgcgatcctg 660

gtgttcatcg acaactggaa catggtcgaa cagccgctga tcctgctcaa cgacgtggag 720

aagcagccgc tttcgatgtt cctgtccagc atcaacgccg gcgagatcgg catcgccttt 780

gccgccgccg tcatctatat gatccccggt ctgctgctgt ttctgcacgg cgaggcgtat 840

ctggtggaag gcatcgcaca ttctggctct gtgaaaggat aa 882

<210> 18 <211> 1347 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

5

5

10

<400> 18 atgacccaca

catatgctct

gagctcgtca

aacattctcg

ggctgtcttg

gtgcttggca

aaacgctaca

accacgccgg

tactgcatca

aaggaggcgg

accagccgct

ctgtgccgga

tcacaggagc

ccgatccagc

tacgtcaagg

agccttatca

ttgaaggaat

cgcgcggcag

gccgagatcc

caggtcctgt

gactcgccgg

gactttgccg

gaagaataca

cgataggcat gatctcgctt ggctgctgcg gcaggcaggg tcgtcaacac ctgcggcttt ccatggcgca gctcaaggcg cgcagcgcta tcaggaggag ccggctccta ctttgacgtt agcgcttcga cgatatcaat agtattatgc ctatctgaag tcccgaagct gcgcggcaag agcagcttgc ggccgacggc acggtctcga tctctacggc tcgacgggct tgtctggatc tgattgacgt gctggcgaac acatcaacga cgatatcctc agctgttcgc caagctccgc ccggccttcc cggcgagggc acaagctcga gcgcgtcggt agatggaata tcctgatacc agtcccgcat catggacgat gcgagggcta cgatcccgat atattgacgg gaagatctgg acgtccgtgt ggtggacgcc atgacgactg cgagtaa

ggctgcgcca aaaatcaggt tatgagatca gccccgaccc atcgagtccg caaagaccga gagggccgga tccagaagat attctgcagg aaatgccgga gccaacgcgg tcgggcaggt gcagaccagt cggaggatgg atcgccgagg gctgcgacaa ctgcgcagcc gcccgatcga gtcaaggagc tgatcgtcgt gagcggaagc tcgcggagct cgcgtgcact atctctatcc gagccgaaga tcgtcaagta cgccgcatga accgccgcgg cgcgagatcc caggccttgt gaggcggaat ttgcccagct gcgtttgcgt tctccccgga gagatcgccc ggcagcgcgc tacaacgaat cgtgcatcgg gaagagagct attacggccg ttcacggcgg aaaaacatat tatgacggtg agcttgtcgg

caatgccgag

60

cgacggtgcg

120

ggccatcgac

180

cctggtcacc

240

ggtcgacggc

300

gctgagcggc

360

ccgtatcctg

420

ccactgtgcc

480

ggagctcgtc

540

cgcgcaggat

600

gctgcggcag

660

ggatgagatg

720

tctggatatc

780

caacggcgaa

840

gctccgcacg

900

ctgtgacttt

960

ggagggcacg

1020

ggacatggtc

1080

caagaccatg

1140

gacctttgcc

1200

caagaccggt

1260

tgtgctggag

1320

1347

<210> 19 <211> 1383 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 19

5

10

taa

ccctcggccg

caccatcctc cagctctacc atcagaccta cggccgcacg 60

gaagatcgct

ggacgatctg gcgccgaagt acgtcatcga caccgtcaaa 120

cacgccgggc

caagctccac gagctggagc agaagcgcga taagctcgag 180

ccaagctctc

cgaaacggag cagtatgcca agcacaccga gctcgacacc 240

tggccgagga

cgcgctgctc gacatcacaa agatcgtcgg cggcttcctc 300

atctcgatcc

cgtgatcgcg gcctattcca aggactacgg catcgcgcgc 360

cgctcgagga

aaggcggcag gcgctgcagg tcgacgtcga cgacgcgcag 420

agaccgccga

agaggcgggc aagtccgaaa agtccggcca gctcgaaaag 480

agctcaagca

gtgtgacgat cagatcgccg cgctgcggca gcagctggac 540

aggagatcga

ggcgctgcgc cagccgtatg ccagcgatcc cgaattccag 600

cctaccgcga

cgacggtatc gaccttgccc gactggagta caacgagatg 660

gcagcgatat

gcagctcatt ttccaggatc cgtattcctc gctgaacccg 720

tcggccagat

catcagcgag ggcatgcagg cgcacaacat gatcaagaaa 780

gtatgcagca

gctcgtcctg aacatcatgg acgaatgcgg cctcgcaccg 840

accgcttccc

gcaccagttc tccggcggcc agcggcagcg catcggcatc 900

tcgccacgaa

cccgaagttc gtcgtctgcg acgaggctgt ttccgcgctg 960

ttcaggccca

gatcatcaac ctgctgctcg acctcaagga gcaccagaac 1020

tgttcatcac

gcacgacctg tccgtcgtca agtacatctc cgaccgcgtc 1080

acctcggcaa

catggtcgag ctggcggagg ccgacgagat cttccaccac 1140

cgtacaccga

ggccctgctc aacgccatcc cgacgacgga taccgtcggc 1200

tctccatcct

cgaaggcgat atccccagcc cggtcaaccc gccgaagggc 1260

acacgcgctg

caagtactgc acagagatct gcacgcaggt cgtcccggcg 1320

tccggccgaa

ccatttcgtc gcctgccatc ataagctcga agtcaaggag 1380

1383

<210> 20 <211> 1194 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 20

5

10

15

gcctacggcg

ggcaatcctt

accgtcccgg

gcgaagatgg

tatatgacct

ggcgacgagg

gcgggcggca

gccttctccg

ccttccggtg

aaatcagccg

gcctatgacg

tattccttca

ccggagctga

ggctatatca

gcggatatct

ggctatacct

gacgcgaccg

gaattcggct

cgcagcctcc

aaaaaatggt

cgcctggggc agccagggct gcgtcatccg ggatctcgcc 60

agcagcgcgc

cgccgtcgtc ggcgcggaaa acgtgttcaa ctttaccatc 120

ccgtcccggc

gccgtcctgc gtccggcaga cgatcgagca cctgctgcag 180

ccgagcagct

gcacgcctat acggccgcgc cgggccttgc gtccgtccgc 240

cggcgtatct

cgagaagacg ttcggcgtcg gctaccgcgc ggaggacgtg 300

ccggcgcatc

ctcggcgctg gcgatgctgg cctatgcgct gctctcgccg 360

tgctgacgct

cagcccgtat ttctcggagt acaagctcta cgccgaggcc 420

cgctcacggc

cgtgccctcg aacccggagg atttccagat cgatctggac 480

ctgccatcag

cgagaagacc gccgtcgtcc tcctgaactc cccgaacaac 540

tcatcctctc

ccgccggagc atcacaaagc tggcggagct gctggagaaa 600

aatacggcca

ccgcatctac atcgtcgccg acgagcccta ccgcgagctg 660

gcgaggaggt

gccgttcatc cccgccatct acaaggacac catctactgc 720

gcaagaccct

ctcgctgccc ggtgagcgca tcggcttcct ggccatccat 780

ccgactacgc

gcgcgtccgc gcggccatct acggcgcggg ccgggcgctc 840

acgccagcac

gatgttccag ctcgtagcgg cggaatgcgt cgggcagacg 900

ccgtctacaa

gcagaaccgg gatctgatcc atacggcgct tctggatatg 960

gcgtgaagcc

ttcgggcgcg ttctatcttt tcctcaaaac gccggagccg 1020

cgttctgcaa

aaaggcgatg gcgctcgacc tgctggtcgt gccgggcgac 1080

gcccgggcta

cgtccgcctg gcctactgcg tccccaaaac catgctcgag 1140

cccgcttccg

ccagctcgcc gaccaatacg gcctcaaaaa ataa 1194

<210> 21 <211> 498 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 21

gcctatgaca accggccgct tacgtctccg ccacgcccgc gtgatccggc ccacgggcct atcgacgatc tcatcggcga acgacgctga cgaagaagat cgcgtgcgct acatgcactc ctgcgcatgg cgaagttcga ctgcccgagg tctcgctcat gagacgagcc tcatccag

caccttcgac gaatttacag ggactatgag cgcagccgcg tctcgacccc gaggtcttcg gatcaacgcc acgaccgaca ggccgaggat ctgaccaaat ggacatcggc gcgatggaac tgtactggtc ggcatcaacc cgccattctt gacgcagaca

accgcatcca tcaggccatc ccgggcagat cgccgagcag tgcgccccat tgaggggcag agggcgagcg cacgctcgtc atctgaccga aaacggcatc gcatggagat catccgcgat tgctgcgcga ggggctcgac aggaggggtt cctgcgctcc

60

120

180

240

300

360

420

480

<210> 22 <211> 1932 <212> ADN <213> Desconocida

5

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 22

gaccacggcg

aagcccatcg

ggcgtcgaca

aatctcagct

gatatggagc

gggcgcatcc

gagtatgccg

ccggagcagc

ctcgtcgtga

ctgctctgca

gaggaattct

gcgtttgaca

tatttcctgc

ctctgccgcg

ctcgactacg

tgggatttcg

gccgcgggct

gggctttatt

gacttcggtg

gaccatgtcg

gtcggccgcg

ccgacgccgc

tacgactctg

ccgcgcaaca

tatgtgccgc

gaggagctcg

gatgccatcc

aacgacccca

gaatcgaccg

tccatcatcg

tgcaagcagg

gtcacctacg

gggtattcgc

tcatgtacgg

tcggctgcga

aagaacccta

atatggtctc

tgctgcgcga

cgcagtcgat

aagttttcgg

ggaccgtcaa

cgaacgacgc

tccagaccgg

atctcaagag

atacagtaaa

cggaattcaa

agggctttga

agatcgacat

tgcgctttgc

cgatggtcac

tcgagcgttt

acacccggcg

cacagatcgt

tgatgaactt

acatgacgct

acgaacgggt

cctcgacgca

tggcgacgaa

ggctcctcaa

gcgatatccg

aggtcatgga

gcatgacggg

tcgccgccta

atccgtcgct

gctgcatcct

te

<210> 23 <211> 1323 <212> ADN <213> Desconocida

cacgatcgac

ggtctatgtc

ccatctcgtc

gctcggcttc

gcatcacgag

catgcaggac

gccggaccat

cgcacagatc

acactatctg

caagaccgcc

cgaagaggag

aattgcggag

gctcccggag

cgagctctac

gategagaag

caaatcggcc

ctactgcctg

cctcaacccg

cgccgaggtc

caccttcggt

cacctacgcc

ggcggacgcg

cagggaactg

cgccgcgggc

cgacggcacg

aatggacttc

taagaccgag

catgctcacg

cgtgtgcatg

ccggccgggc

cgtcaaatac

ctatcaggag

ttttaccgcg

gcccgccgca

ctcctgtgtg

acggagggct

ggcctgatcg

gacctgcagg

ttttatctgg

cgcaagctcg

cgcaagtcgg

gacgacccga

ctgcgcgagc

cgctgcaatg

ggcgtgacga

gggacagagc

atgggcttta

gggatcccgg

catatcaccg

gcgcgcgtga

gtcgactacg

accatggctg

gagacggacg

ctgaagcagt

gtcgacacgg

gtggtcatca

atcgttaccg

ctcggcctgc

ccggacttct

cagggccgga

ggcctgaagc

ccgatggaat

aagcacccga

caggtcatcg

cagcaaagaa

cgcgcttcga

aaaacgagac

tttataaccg

ccctgtccgc

ccgccgagca

agctgcagga

ccgaaaaact

acgcgaaaat

accgcatgaa

tgttcccgga

tggagtttac

gcctttcgta

acccggaata

ccgattactt

tcggccccgg

agatcgaccc

cgatgcccga

tccggcgcaa

cgcgcggctc

cggtggccaa

cgccgcagct

caaaggccat

ccaagctccc

aatacaccat

gcaacatcac

ccatggcccg

ccgccggtgt

cgcagtcgat

cgatcccgcg

tgctgcagcc

agatcttccg

ggccgggatc

caaggtccac

cggctaccgc

cccgcgcgtg

ctgtctggct

ggcggcgcgc

tcacggcatc

gtctctgccg

gcaggacgtg

atttgagacg

tgtgccggag

gttcggcaag

tettaageag

tatgeageag

cctcatcgtg

gcgcggcagc

catgaaatac

tategatatg

atacggcgag

catccgcgac

gctcgtgccg

gcggcagatg

cgagggcatg

ggtctatgac

gacgacgctg

cgtcatcgac

cgtcaccgac

gttccagatg

cgaagatctg

cctgatcgcc

catcctctcc

caagcttgcc

60

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800

1860

1920

1932

5

10

15

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida <400> 23

atgcaggcgc agcggatgac ggagcccggc gcggattctg tgagcatgct gcacgtgctg gtagaagccg cgcacttcaa ccatcacctg tttgtccggc agctgtgcgc ctcgctcggc caggcgcggg cggcgcagac gcatgaatct gcgttctttg acacactccc cggccttgtc gagactgtgc tcctgaacct cacgcgcggg ccgaagcgcg gacggctcat ccggccgatg tgtcttgctg agcacggatt ttcttatgtg cggcgcaacc ggctgcgcca gcgcgtgatc gcacagaccg tcttccggac ctgcgcgctg cgggcgcgcg aggcgctgca ggctgctcaa tccgcttggc cggaggctgt gcgcacccgc gcgcccaatc tgacgcagcg gcatatcgat ccctccgctt ctgtctcgct gccgggcggc tacctgacgg accgctcccc tgccgcttcc acagtgctga tcccggcgct cgggctgcgc gaaaaagcaa aaaccctctc cacttttgca cggatcacga tccgtccgcg tcaggcgcat tcgctcaaaa agctgctgat cgaccgcaag gtggccgctg acgcatccgg tgttctgggc gccgcggctc cgggcgaacg cgcggtcatc tag

<210> 24 <211> 1836 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida <400> 24

gatacggtcg tatgcgcagt gtcgggcggc ctgtcactgc aggacacgct cgacatccgg cgcggcgcgg aatccgaccg cgacgaggcc gtgccgctgc acacgggcgg cggcgacgtg ctggaagagg ctgcgcgcaa gctccgctac gccacggcgc acacgcagga cgacaatctc accggccttg ccgggctgac cggcatcccg ctggtctgca cgcgggcgca gatcgaggcg accgacagca ccaatctcct gccggacgcc ccgcttctgc gggaggaaaa ccccgccgtc ctccgtaagg atgacgcata tcttgatacg ttgccggacg gtgtcagccg cagtgcactt gcagtccggc tgctgctcga gtcgatccat gcggtcgacc ggctgctgtt cgcttcgtgc tttgccgcgc ggctggaata tgacaggctg ttttcacccg tgacactttc gccgggcgag gtcgaatgcc ggatcgaaga aaattttcag gtcaaatatg ataccataga gcaaactccc gacgtcatgc gcacggcagg cggcacgaaa gtccccgcag cacgacgtgc gctcatgccg gtttatggga tcggcgtcga tctgggccgc atcacaatcg aagaaacaga gaaagaggat

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1323

5

gcgccggagg

ctctcgaagg

ctgatctact

atcggcatct

gacatcgacc

catccggagg

ctgctgttcg

ctgctggccg

gtgctgtatt

cgtgtgctct

taccccgcgg

gagccggtcg

tcgatcgcgg

gcgcccgcca

cgcaggtgcg

gccgtgaccg

agccagaaat

ccgggtcccg

cgcaaggagg

ctcacgacgc

agcgtgacgg

aaggtgccgc

gggctgttcc

ccgcggctgg

ctggagaacg

tcggccgtgc

gacctggtgg

ccggacgcga

gcgccgcaca

aacatccgcg

cccgtcaagg

accgcttccc

ggtatccggc

gcctgtgcct

cgccgtggac

cctccatgac

acccgctgtg

tgggcgggga

cgggctgccg

atctcaatga

ccccggcccg

ccaagcggcg

acgtgcaggt

tgcggctgcg

tcgaggagga

cgttccgcgt

acggcacggg

acggcatcca

aggagctgga

ccaccgccta

tgatgctgcc

agttcatcgc

ggcggatgcg

cgagcaggac

gcgactattc

acgcgcggat

tgcgggcgat

gcgaatgcaa

tggcgccgta

actgcggcgt

agccggagct

tcgagagcaa

ggccgcgctg

caaccagatc

gcggctcaag

cgatctgacc

gccggagctg

ttcgccgctg

cgaggtcatg

gagcaggctc

gaatatgtcg

gaagctgcgg

caactggacg

gctgcgcgcg

ccggggcgtg

caagagctac

gctggtgtat

cggcctcatc

gatcccggcg

ggacagcttc

tcagctctcc

ggtggacgcc

ggccgtcatg

ccgccggccc

gcttcggaac

gctcgcggag

gatggccgcc

gccgctgttt

atcgtgcctg

tgtcgcgcgg

cgtcagctgg

ggaatcccat

ccagcgctgg

<210> 25 <211> 1359 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

gatgatgcgc

ctgctgtgcg

cagcggaagc

ggctccggcc

ctgcagtttt

ttcggcgatc

ctcgacgaca

atcgtcgcgc

gatttcgaca

tggatgcggc

aactacttcc

gcgctggacg

ttctggtatt

ccgctcgtcc

aagaaccggc

ttcctcaaga

gagcgcggcg

ctgcactatg

ggcacgccgg

gtaaaggcca

atgaaggcca

gtcaaggtcc

ttcgcgtcct

atctgcaaga

aagatcgcca

atcaaaaata

tgcctgtcca

atggatttca

gacggcacga

ttttaccgtg

acgtga

tcgtcagcta

gcgagtctgc

tgccgctgcc

agtcctatat

acgcggcgtg

tgacgggctt

cgcgggtgct

cggagcgctg

cgatcaacca

tggacaacgc

gcctctccgc

ttacggtgcg

atctcgagga

acgtgccgtt

tggccgtgga

cgctgacggc

tgctcggccg

ccggtaacgt

agccggacgg

aggcgaaaga

tcagcgacct

tgctgccggt

acgtgacgcc

tcgtgcgcta

cgaacgtcgc

tcgccatgaa

atctcgggct

tcatcggcgt

tgtatatcaa

tcctgcacac

tcagtatctg

gggcggcgga

atgcgggctg

cgacacccgc

ctataccgac

tccgccgtcg

gcacgaaaag

gcacgcgtat

gtttatgacg

cgcgaagatc

cacgctgaca

gcgcttcccg

gatcagcaag

cgacgacgtg

gtttttccac

ggaatatctg

gctggaggat

caccgccagc

ctttctggat

gtttggcgtc

gcagaccgag

caacctgcgc

ggagatcgac

ccgcatgggt

gagcgaacgc

ggccgttttc

ggtacagctg

acaggcaaag

catgatccgc

gctggggctg

60

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800

1836

5

10

gccgcggcaa tgtcgctggt cctgtccggc

acgctcccta agcactctga tgaatataac

tccagccaga acgcgtccta cgccgcgccg

ctggccgatc tggacggcga cgggacggaa

gacaagccgc tcaaggcctg catcttttcc

gtgatcgagg gcgacggtac cagctttgcg

cccggtgttg agctggtcat cgggcggcag

gcgtattcgt acaccggcgg gcacgtggtc

cgctgcgtcg atctcgacga agacgggcgg

gagcagccgc agggcgtggc cgagctctac

ccggaggcgt atctgacggc cggcgcgtcg

atggaagatg tcccggctgt ctttgtggcg

gacgtgtttg ccttccggga cggcgtgttc

gcgctttcca ccgtgcgcag ctattacgtc

atcgagctgc cgcagatcct tccgctgccg

gtcatcagat ggtataattt agacctgcag

cacagctttt ccggcggctg gttcttatcc

atcacccgca gcgaagaggt cggcggtgtc

gagacgcaca cggagctgat cttcaccatc

ctcgcttcgt ctgacggccg gttcctcctt

cagcttgcag cagggaagtg ggcaggcgag

cactttattc atattgactg gaattcggga

<210> 26 <211> 1101 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida <400> 26

cggatgaaac ggatgctgct ggccgtgctg tgctttgtca agaccgtcga cgagctgtac cggctggaac aggccatcga tcaggtcatg gtctccggca tgaaccagca gtcggtccag gaggcggtcg ctttcctgaa aacgacgggc cgcgtcgatg aggattatca gctcatggac agcgtggaat acgtgccgct gaccggcggc ctttccacgg acgtgctgca gtcgctgtgc gagctgctga gcacgaatta ctcggaatac acggatctgt tcgtcctccg ctttgacgcg cgctggcagg gcgaccagat ggagcgcgag ccggtcaagc gcattgtgtc cggtgatctg agcgcctatg aagagaacgg gcttgcgacc cgcaacatta ccgctgccga cccgggcagc tacgccaccg atgtggacag cgacggactc tcggctgcgg gctcggagga gaactacagc ggccgcagca caccgaagat gacgacctat ctgccggacc ggtggcagaa ccggctctgc cgcggctacg tcttctccga gtggaaggat tatgccttct ccggcgacga ccgggcgcag gccgagaagg gcgatatcac atacgcagcg ctttccgagc agacgctcag aggcatgttc gagacgtga

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1359

5

10

taggaattct

cagcgagacc tttgctcgct ccggctttgc taatctcagc 60

gcgtcatgct

gctcatttcc tttgtgctgc tgtactgcgc cattgtaaag 120

cgctgctgct

gctgcccatc gcttttggta tgatgctggc caacctgcct 180

ttatgaccga

tgccaccgaa gccgccaccc ttgcggtaaa gaatgcttcg 240

ccgccgatcc

taccaaccca acgcttgtct cggaactggc tgctgcccag 300

ccaatgttca

ctggtatgat tccggcgttc tgcgtatcat ccaccgcggc 360

ccatcttccc

ctgcctcatc ttcatgggcg taggcgcgat gaccgacttt 420

tggccaaccc

catctccctg ctgctcggcg ctgccgctca gctgggtatc 480

tcatcttcgc

caatgccatc accgtcggcg gcgagcacct gttcacggct 540

cttccatcgg

tatcatcggc ggcgcggatg gtcctaccgc tatctttgtt 600

tggctcccga

gctgctctct gccatcgcag tagctgccta ctcctacatg 660

cgctcatcca

gccccccatc atgaaggctc ttaccaccaa gaaagagcgc 720

tgggccagct

gcgcaaggtt tccaaggcgg agaaggtcat cttccccatt 780

gcgttgttat

catgctcatc cccgataccg cttctctgat cggctgcctg 840

acctgttccg

tgaggccggc tgcgttgagc gtctttccga caccgcgcag 900

gcaacatcgt

taccatcatg ctgggtacca ccgttggcgc taccgccgat 960

tcctttccct

gcagaccatt ggtatcgtcg taatgggtct ggctgccttc 1020

ccgctggtgg

tgtactgctg ggcaagctgc tgtgcctgct caccggcggc 1080

ctctgatcgg

t 1101

<210> 27 <211>1281 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 27

5

10

ataccgacaa

tgcgctgcgg cgcagcgtga tctatgaagt atatgtacgc 60

cggaggggac

ctttaaggcg atagagcctg acctggaccg gatagcggca 120

atattgtatg

gttcatgccc attcacccta ttggggggct gaacaaaaaa 180

gctgccccta

tgccaaccgg gactatcgca ccgtgaaccc ggaatacggc 240

attttctgca

cctggtggag gagatccata agcggggtat gaagtgcatc 300

tgtataacca

cacctcgccc gattccacac tggtggcgga gcatccggac 360

ataagccgga

tggctgccgc ggcaacaagg tgggcgactg gaccgatgtg 420

actatgaaaa

ccgcgcgctg tggcagtatc agattgattc gctgtgctac 480

atgtggatgg

cttccgttgc gatgtagcca gcaccgtgcc ggtggccttt 540

cccgccgggc

tgtggagcag atccggccgg gggccatctg gctgggagaa 600

tggcgcacat

tcaggccttc cgggagatgg gcttctatgc cgcgaccgat 660

tcacggcttt

cgatatccta tacccctacg acctgtggcc gctgtatgag 720

agggacggct

gccgctttcc cggtggtttg atgccgtgga ttaccaggag 780

agagcggata

caataagctg cgctgcctgg aaaaccatga taccagccgc 840

gcttcccgga

gcggaagaag ctgctggcct ggacagcgct gaattacttt 900

ccatactact

gtacgctggg caggaggtat gtgaaaagca cacgccctcc 960

aggagccggt

ggactggaac agcggagagg atatcagcgg ttatctggcc 1020

ccatcaagaa

gaagctgccc accgatgagc tgttccgcat tggggcggat 1080

gcatagtgac

cgccagctat atcgggccag ccacacgggc tgtgggcggc 1140

agggcaacgg

cggcaccgtg gccgtacccc tgccggatgg cgcctacacc 1200

gtggcaaagc

agtaacagta gccgatggca tgctgaccat cggggaagaa 1260

tattgggata

a 1281

<210> 28 <211> 1131 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 28

5

10

ggtacggtgc

atttccgctt

ctgcatctgc

ggttggcagg

ctacggcata

tttatgggac

gcatttgatg

cggacgaccc

gatactgtga

attcgggtgc

ggcctggcag

tttgccccga

gaatcggtac

catggccatc

gatgaccgcc

tacttgcgcc

aacctgtggt

tttgagagct

tgaaactgac

agaaggagca gcccggcggg gagcgcttac caccgtacat 60

agacgccggc

ctttatgaat gtggcgacgg cggctgccat caagggcggt 120

atgacctgaa

ggagctgaag tgccaggtgg tgctgtgcaa tacctatcac 180

gacctggtga

taatgtggtg cgtcagctgg gagggctgca caggtttacc 240

gacccatcct

gaccgacagc ggcgggttcc aggtgttttc gcttgcatcg 300

tcgaggaaaa

gggagtgacc tttgcctccc atategatgg acatcgtatt 360

cagaggagag

catgcagatc cagtcgcatt tgggttctac cattgcaatg 420

aatgtatcga

aaacccatcg ccccgggatt atgtgcagaa atcggtagca 480

gatggttgga

gcgctgccaa aaggaaatgg cccggctgaa cagcctggag 540

atccacacca

gctactgttt ggcatcaacc agggcagcac ctatgaggat 600

agcacatgaa

ggatattgct gcgatgggac tggacggcta tgccatcggt 660

tgggcgagag

cgccgaagag atgtatcata tcattgaggc tgtggagccc 720

aggataagat

ccgttaccta atgggtgttg gtacacctgt gaatatcttg 780

accggggtgt

agatcttttt gactgtgtga tgccaagccg caatgcccga 840

tttttacctg

ggaagggatc attaatatcc aaaatgctaa gtatgtaacg 900

cggtggatgc

cctttgcggg tgcccactgt gccgtaacca tacccgcgcc 960

acctgatgcg

tgccaatgaa atgcttggta tgcggctggc tgtgatgcat 1020

tctataatac

actgatggaa aagataaggt tagcactgga tgagggacgg 1080

tttaccgcga

gcatgtgcca atactgggta atagaatata a 1131

<210> 29 <211>1251 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 29 atgaaaaaag

gtttccaccg

atgcagtcca

gaccagaact

accgtccccg

acctacaagt

gatatcatea

catttgcact ggcactggct ggaaccagac tggctacccc tcgtgcccgg acagtctatc ggggcaagac caacggcagc taggcagcga tctcatcgcc atgtggtgac caccaaggcc tttccggcgt aaaggtcacc

gtgctgatgg tgtgcaccat ggcggcacct ccgcggccga gtattcacee aggaagagct tttgacccca agaagaatac agccagggct gggtacggac aatgagacct ctgtactgga gtttacggtg tttccgctcc

ggcgtttgcg

60

taacacctac

120

gggcctgact

180

cgttaccctg

240

cgatgagacc

300

taacaatgcc

360

ggcgctgaat

420

5

10

gtgagctatg gagctggcga agcgaggacc gccgtatttg tatactgtaa tccgtcaccg aagatctact aacgacaacc caggtcatea gcctacatgg actggtctgc ctgaccgcga ggcggcagcc gggggtatca

tgaaggatgt

aaacggcgtg accaactata cctatgttac cagctttgat 480

gcttctccgc

caaggagccg ggcgacaact tctgccccat gaacgccaag 540

acatcctggc

catgtgcttc gactacggcc gcaaggctga tgaggccgac 600

gcgcgggcgg

actgaatgtc gccaacatgg ataagaccgg taaaatcctg 660

aggccgccac

cgtagatggc cagtacatca ccagcggcag ctggaaccag 720

aggataacgg

cggcaaggtc actgtttctg tcccgctgaa ggccggcgac 780

ttggcaccgt

gaattacacc accctttccc ccgccgccca gaaggcgctg 840

taaccaaggc

cggcgcttcc atcaaggctt cctacggcta cggcgctgag 900

tcaaccgccc

ggcggagatc accgtggacg gcatggccaa gggctacaat 960

tccgcgagga

cggctccctg cagagcctga gcgccaagtt taatgagggc 1020

tgagctttgg

cggcaccctg accggcccgg tcatcgtgac cgataaggca 1080

ccaccaccag

caatagcggc aacagcggct ccaatggctc caacagcaat 1140

agaatcctgc

caccggtgcc aatgacatcg taggcgtagc ggccgctctg 1200

ccggcgtttc

cgccgccgcc atttccctga agaaggacta a 1251

<210> 30 <211> 1551 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 30

atgttaggtt

ctcatcggtg

ggcggccgca

agctacctgc

tggacctgca

ctgcggcgct

tatggcgata

atcccctata

gtggattacc

ggcggtttta

ctgatcgttg

aatgccgagg

ggcgcggctt

ctcaagtagt

cattctgata accatagcgg tatacctgat tgccatggtg 60

tatactttgg

caaaaagggc agcggcaaca gcagcgatga cttttacctg 120

agatgggccc

gctggtgacg gccatgagcg ctgaggccag cgatatgagc 180

tgatgggtct

gccgggactg gcatacctgt gcggcctgcc ggaggtttcc 240

tcgggctggc

gataggcacc tacctcaact ggcttatcgt agcgcggcgg 300

attcggcccg

cattggggcc atcaccgtgc cggacttttt ctcccgccgg 360

agaaaaacct

gctttccgcc attgcggcgg tggtaatcct ggttttcttt 420

ccgcttccgg

ctttaaggcc atcggtacgc tgttcaacag cctgtttggg 480

ataccgcgat

gatcgtgggc gctattgtag tcattggcta tacagtgctg 540

tggcggtttc

cttcaccgac ctgatccagt ccatctttat gaccattgcg 600

tagtggtgtt

tggcatccaa caggcgggcg gtgtggatac cgtcattgcc 660

cgctgcccgg

ctacttgagc atgaccaagg gctatgatgt gactaccggc 720

ccttcggggg

gctcagcatt atctccacgc tggcgtgggg tctgggctac 780

5

10

tttggtatgc gattcccgtc ggtgtgattg gatgeagaga gccattgtgg agccagctgc atcaagctga gccatcggta gcctgggcag cgcagcaaca tggaagtacc tttgtggtgg gaaattgtag

ctcacatcct

gctgcgcttt atggctatca aggaggaaaa gaagcttaac 840

ggatcgcgac

cgtctgggtg gtgatctcga tgttcattgc ggtggctatt 900

gttatagcgt

ttcggtggcg ggcaaggtgc ccttcctgac caacagcagc 960

cgatcatcat

taagctggcg gacctgatga gtcagcacgg taccctgctg 1020

cgggcgtaat

cctttccggt attctggcgg cgacgatgtc caccgcggac 1080

tgacagcggc

ttccagcgtt tcgcaggatc tttctcagaa tgtgtttggc 1140

gcagcaagac

cgagatgatc gtggcacggg cgacagtact ggttattgcg 1200

ttactctggc

gtgggacccc aatagctcgg tattccgggt ggtttccttt 1260

gctttggcgc

ggcttttggc ccggtggtgc tgttctcgct gttctggaag 1320

agtggggcgc

cctggccggt atggttgccg gcggcgtgat ggtatttgtg 1380

tgattgcccc

gatgggcggc gcatgggcca tetaegaget gctgccggcc 1440

cgtgcattgc

cctagtggtg gtttctctgc tgaccgaggc cccggaaaag 1500

agacctacga

aagcgtgtgt gccaagaagg taaaggcgta a 1551

<210> 31 <211> 1146 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 31 atgtcaaagc

gtcacccgtc

ctgctggcgc

tccatctacg

catgatatcg

ttctggaata

atgctggtgc

gccatcctct

accaatgaga

ttcctcaagg

ggctggttcc

gtctgcatcg

gtgggcgaaa

tgaataaacc gcaggccact gggatcagat cccgctgggc tcatcgtgtg cagtgtggtc ccaccatcct ccacggcgcg ccattctgct gtgcatctcg ccggcgccga aggccaggtg tgggcggcaa agtgcccgat ccggcgttat ctggggcatt ccctcttcac ccttatgatg tggcggataa gaccggctcc cggaaatttt cggcgtcaag ccatgcacat ctacctgcgg gcgaaaatac cgcccattac

gcccgtcccg cccgggaacc cgggccattc tcatccgggt acccgtgtcc tcaccgggga ttcggcaccg gccgtatgct ctggcggtca ccccggcctt ctcatcggct gcctttccac ggtctgctca tcctcatcat atccccgcct tctttaaggc aactatgttg ccatccagct aatgttgtcg gccccgatct tatctgctca atatccttat tacagcaagc acggctatga atcggcatcg atgtcaaaaa

cttcctctat

60

catcgccatc

120

tgaccccctc

180

ggtcaccctg

240

ccgcatgcgc

300

cgcggtatgc

360

ggcagtttcc

420

ccattggaac

480

ggtggaatac

540

gctcacccac

600

cgtcgccatc

660

gatcgccgtt

720

ggtcatéate

780

5

10

15

cgcaccatgg

tcctcccact

tcctggctcg

ctggcccgcg

atccttaccg

gtccatttca

aactga

ctctttccgg cgccatctgc ccatcgattc caacctcgtg ccaagttcga tcccttcacc gcgccgatga agtcacctcc gcatcatctt gttcttcatc atcatcacaa aaaagaaaaa

ggcctggccg gtctgctgct gatggccgcg gcttcaccgc atgatcctta ccacgctgct aagtttggcc tcaacagcga atcggctgtg agttctttat acggcgtcgg ccgccgtcag

ggtcggcggc

840

catcatggtt

900

gctggtgttc

960

tttttccgag

1020

caattaccag

1080

cggggagggg

1140

1146

<210> 32 <211> 1200 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

<400> 32

atgaacaaga

gccttttccc

accgaacggg

tactacggct

ggcctggagg

tccggcagcg

ctgctggttc

gcgcttatta

ggccgcctgc

gagaacaact

gtaagtgaag

ttcatcgccc

cgcggcgtta

agcggtactg

gatgcgaaca

acggagctct

accgccggca

gtcaccacgg

cccgactatg

gctgaactgg

aaatttcgct

tggcgcggcc atcgcctata tggccatcgt agcggctgtg 60

ttaccatgat

ctactcgatg aacctgttca atgtgaagat gacaggcatc 120

aaaaaatgta

cagctctctg catgaggtag acctgtatgt gcgggaaaat 180

ccatcaatga

ggaagcgctg caggaggcca ttgcccgcgg gtatatcgat 240

acagcaatgc

ccgctacttc accgctgcgg aatatgaggc ctatacccaa 300

gcaaatatgt

aggcgtgggt ctggtgaccg agatggattc ctccggctat 360

gggaggttta

tcccgattct ccggcgcaga tggcgggcat caaggtgggg 420

ccaatgtaaa

cggcacccgc gtgaccgaaa ataacaatga aagcatggcg 480

gtggcgaagc

cggcaccaag gtgactctga ccatccaaca ggatagccag 540

acgagctgac

cctgcgcgcc attgaggtgc ccacagtaaa aacgaccatg 600

ataccgccta

tatcagcttt accgagtgga gcggtaccac tgccgaccag 660

agctgaatgc

cttgaaggcc caggaagtaa agggcattct gctggatgta 720

ccagcaatga

gctttcctat gcggtccggc tgctggatcc gctgctgccc 780

tggcctattc

ccgcgctaag gacggcaacc tgaccgccgt ggcggaatcc 840

gctgggatat

tccgctggtg gtgctggccg atgagaccac cggtggcacc 900

ttgtgatggc

gctgcaggac tttggccggt ccaaggtggt aggcgcccgc 960

acggcgatat

caccgagatc ttcaagcttt cgggtggttc ggccatccag 1020

cgcagtatgc

cgggcccaag caaaagagct ttggtgatac cggtgtgggc 1080

aagtggaact

ggcagccagc gagagtaacc ggggtgacat cctgggcaac 1140

atgctcccta

taagaaggca ctggaagtgc tggcagcggc catccggtaa 1200

<210> 33 <211> 3576 <212> ADN <213> Desconocida

<220>

<223> Bacteria intestinal desconocida

Claims (15)

1. 5

   10

   15

   20

   25

   30

   35

   40

   45

   50

   55

   60

   65

   1. Método para determinar si un sujeto con sobrepeso tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, comprendiendo dicho método:

   a) detectar a partir de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto si por lo menos uno de los conjuntos de 25 genes bacterianos de por lo menos una especie bacteriana tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, y

   b) determinar que el sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, si por lo menos uno de los conjuntos de 25 genes bacterianos de por lo menos una especie bacteriana de la Tabla 1 está ausente en dicha muestra.
2. 2. Método según la reivindicación 1, caracterizado por que comprende una etapa de detección a partir de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto de si por lo menos uno de los conjuntos de 25 genes bacterianos de una especie bacteriana seleccionada de entre la lista que consiste en MO_HL_5, MO_HL_6, MO_HL_14, MO_HL_9, MO_HL_11, MO_HL_13, MO_HL_3, MO_HL_8, MO_HL_16, MO_HL_4, MO_HL_17, MO_HL_1, o MO_HL_7 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra.
3. 3. Método según la reivindicación 1 o 2, caracterizado por que comprende una etapa de detección a partir de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto de si por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de la especie bacteriana MOHL-5 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra.
4. 4. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, caracterizado por que comprende una etapa de detección a partir de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto de si por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas de cualquiera de las combinaciones de especies bacterianas indicadas en la Tabla 3, 4 y/o 5 está ausente en dicha muestra.
5. 5. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, caracterizado por que comprende una etapa de detección a partir de una muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto de si:

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_12 y MO_HL_11 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_7 y MO_HL_12 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_5, MO_HL_7 y MO_HL_12 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_8, MO_HL_12, MO_HL_7 y MO_HL_2 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_17, MO_HL_5, MO_HL_12, MO_HL_7, MO_HL_11 y MO_HL_8 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_12, MO_HL_11, MO_HL_2, MO_HL_5, MO_HL_8, MO_HL_13 y MO_HL_7 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_12, MO_HL_2, MO_HL_17, MO_HL_11, MO_HL_13, MO_HL_5, MO_HL_8 y MO_HL_7 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_4, MO_HL_11, MO_HL_6, MO_HL_13, MO_HL_2, MO_HL_8, MO_HL_12, MO_HL_7 y MO_HL_17 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_8, MO_HL_11, MO_HL_6, MO_HL_4, MO_HL_13, MO_HL_5, MO_HL_2, MO_HL_7, MO_HL_17 y MO_HL_12 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_5, MO_HL_13, MO_HL_4, MO_HL_12, MO_HL_15, MO_HL_17, MO_HL_6, MO_HL_2, MO_HL_8, MO_HL_7 y MO_HL_11 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra;

   5

   10

   15

   20

   25

   30

   35

   40

   45

   50

   55

   60

   65

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_11, MO_HL_6, MO_HL_17, MO_HL_4, MO_HL_3, MO_HL_12, MO_HL_5, MO_HL_10, MO_HL_8, MO_HL_7, MO_HL_2 y MO_HL_13 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_18, MO_HL_15, MO_HL_11, MO_HL_10, MO_HL_5, MO_HL_4, MO_HL_6, MO_HL_8, MO_HL_12, MO_HL_7, MO_HL_2, MO_HL_13 y MO_HL_3 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_6, MO_HL_17, MO_HL_3, MO_HL_2, MO_HL_4, MO_HL_18, MO_HL_5, MO_HL_13, MO_HL_10, MO_HL_15, MO_HL_7, MO_HL_1, MO_HL_8 y MO_HL_12 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_10, MO_HL_18, MO_HL_2, MO_HL_13, MO_HL_7, MO_HL_1, MO_HL_11, MO_HL_3, MO_HL_4, MO_HL_15, MO_HL_5, MO_HL_6, MO_HL_17, MO_HL_12 y MO_HL_8 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_7, MO_HL_4, MO_HL_13, MO_HL_1, MO_HL_5, MO_HL_6, MO_HL_11, MO_HL_12, MO_HL_8, MO_HL_3, MO_HL_18, MO_HL_2, MO_HL_10, MO_HL_17, MO_HL_15 y MO_HL_9 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra, o;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_10, MO_HL_8, MO_HL_1, MO_HL_16, MO_HL_18, MO_HL_5, MO_HL_15, MO_HL_2, MO_HL_7, MO_HL_6, MO_HL_13, MO_HL_11, MO_HL_17, MO_HL_3, MO_HL_14, MO_HL_4 y MO_HL_12 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra;

   - por lo menos el conjunto de 25 genes bacterianos de cada una de las especies bacterianas MO_HL_15, MO_HL_17, MO_HL_4, MO_HL_14, MO_HL_16, MO_HL_10, MO_HL_7, MO_HL_6, MO_HL_11, MO_HL_9, MO_HL_5, MO_HL_3, MO_HL_8, MO_HL_1, MO_HL_12, MO_HL_18, MO_HL_13 y MO_HL_2 tal como se describe en la Tabla 1 está ausente en dicha muestra.
6. 6. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, caracterizado por que comprende detectar el número de copias de por lo menos uno de dichos conjuntos de 25 genes bacterianos de dichas especies bacterianas en la muestra.
7. 7. Método según la reivindicación 6, caracterizado por que dichos genes bacterianos se seleccionan de entre la lista que consiste en la secuencia SEC ID 1 a la secuencia SEC ID 450.
8. 8. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, caracterizado por que la presencia o ausencia de los genes bacterianos según la invención es detectada mediante el uso de una micromatriz nucleica, que es preferentemente una micromatriz oligonucleotídica o una micromatriz de ADNc.
9. 9. Método según la reivindicación 8, caracterizado por que la micromatriz nucleica es una micromatriz oligonucleotídica que comprende por lo menos un oligonucleótido específico para por lo menos cada uno de dichos 25 genes bacterianos que tienen una secuencia seleccionada de entre las SEC ID NOs 1-450.
10. 10. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, caracterizado por que dicha muestra de ADN microbiano intestinal se obtiene de una muestra de heces.
11. 11. Método para determinar si un sujeto con sobrepeso está en riesgo de desarrollar comorbilidades relacionada con la obesidad seleccionadas de entre diabetes tipo II; cánceres, excepto cáncer de esófago, de páncreas y de próstata; enfermedades cardiovasculares, excepto insuficiencia cardiaca congestiva; asma; enfermedad de la vesícula biliar; osteoartritis; y dolor de espalda crónico, comprendiendo dicho método las etapas siguientes:

    a) determinar que dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10;

    b) si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, determinar que dicho sujeto con sobrepeso está en riesgo de desarrollar comorbilidades relacionadas con la obesidad.
12. 12. Método para determinar si un sujeto con sobrepeso necesita una dieta, comprendiendo dicho método las etapas siguientes:

    5

    10

    15

    20

    25

    30

    35

    40

    a) determinar que dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10;

    b) si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, determinar que dicho sujeto necesita una dieta.
13. 13. Método para aliviar los riesgos de desarrollar comorbilidades relacionadas con la obesidad seleccionadas de entre diabetes tipo II; cánceres, excepto cáncer de esófago, de páncreas y de próstata; enfermedades cardiovasculares, excepto insuficiencia cardiaca congestiva; asma; enfermedad de la vesícula biliar; osteoartritis; y dolor de espalda crónico, comprendiendo dicho método las etapas siguientes:

    a) determinar que dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10;

    b) si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, determinar que dicho sujeto necesita una dieta.
14. 14. Método para determinar si un sujeto con sobrepeso necesita un tratamiento para la inflamación de bajo grado, preferentemente además de la implementación de una dieta, que comprende las etapas siguientes:

    a) determinar que dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10;

    b) si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, determinar que dicho sujeto necesita un tratamiento para la inflamación de bajo grado, preferentemente además de la implementación de una dieta.
15. 15. Método para monitorizar la eficacia de una dieta en el aumento de la riqueza del microbioma bacteriano intestinal en un sujeto con sobrepeso que necesita la misma, comprendiendo dicho método las etapas siguientes:

    a) determinar que dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10;

    b) implementar dicha dieta;

    c) determinar a partir de una segunda muestra de ADN microbiano intestinal obtenida de dicho sujeto si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida con un método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10;

    d) si dicho sujeto tiene una diversidad bacteriana intestinal reducida, determinar que la dieta es eficaz en el aumento de la riqueza del microbioma bacteriano intestinal en dicho sujeto.

    imagen1

    FIGURA 1

    mmol/l

    índice Disse

    *

    imagen2

    -8

    •10 -

    0 semanas 6 semanas 12 semanas

    HOMA-IR

    1>5 l

    imagen3

    0 semanas 6 semanas 12 semanas

    2,5

    Triglicéridos

    imagen4

    hsCRP

    6 n

    6 -

    imagen5

    0 semanas 6 semanas 12 semanas

    FIGURA 2