ES2197900T3 - Sistema de transformacion de plantas biologicamente seguro. - Google Patents

Sistema de transformacion de plantas biologicamente seguro.

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ES2197900T3 ES91912391T ES91912391T ES2197900T3 ES 2197900 T3 ES2197900 T3 ES 2197900T3 ES 91912391 T ES91912391 T ES 91912391T ES 91912391 T ES91912391 T ES 91912391T ES 2197900 T3 ES2197900 T3 ES 2197900T3
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Abstract

ESTA INVENCION SE REFIERE A METODOS PARA LA PRODUCCION DE PLANTAS TRANSGENICAS QUE CONTENGAN UN GEN DE INTERES Y QUE NO CONTENGAN ACIDOS NUCLEICOS SECUNDARIOS EXTRAÑOS. CON ESTOS METODOS SE CONSIGUE LA PRODUCCION DE PLANTAS QUE CONTIENEN UN GEN DESEADO, PERO QUE NO TIENEN LAS SECUENCIAS VECTORIALES NI LAS SECUENCIAS MARCADORAS UTILIZADAS PARA TRANSFORMAR LA PLANTE. EL METODO PARA LA TRANSFORMACION DE TALES PLANES CONSISTE EN TRANSFORMAR LAS PLANTAS CON UN GEN DE INTERES MEDIANTE LA INTRODUCCION DEL GEN EN UNA ESTRUCTURA DE ADN QUE CONTENGA UN TRANSPONEDOR Y ACIDOS NUCLEICOS SECUNDARIOS EXTRAÑOS; CRUZAR LA PLANTA TRANSFORMADA MEDIANTE UN AUTOCRUZAMIENTO O CON OTRA PLANTA PARA OBTENER F1 O DESCENDIENTES MAS ALEJADOS; Y UTILIZAR UN ELEMENTO PARA SELECCIONAR ESOS DESCENDIENTES QUE LLEVAN EL GEN DE INTERES Y QUE NO CONTIENEN ACIDOS NUCLEICOS SECUNDARIOS. TALES DESCENDIENTES SE PUEDEN DETECTAR BIOQUIMICAMENTE, MEDIANTE UNA HIBRIDIZACION DE SOUTHERN, MEDIANTE EL USO DE PROCEDIMIENTOS DE REACCION DE UNA CADENA DE POLIMERASA Y A TRAVES DE OTROS METODOS DISPONIBLES EN LA MATERIA.

Description

Sistema de transformación de plantas biológicamente seguro.
Esta invención se refiere a métodos para crear plantas transgénicas a través del uso de transposones. Más específicamente, se refiere a un sistema que proporciona plantas transformadas que contienen una cantidad mínima de material genético extraño auxiliar. Además, se proporcionan métodos para someter a la técnica de la huella dactilar molecular a variedades de cultivo patentadas usando transposones y otras secuencias de DNA introducidas.
La producción de plantas transgénicas abre un campo apasionante con la promesa de que pueden incorporarse innumerables características deseables a las plantas de las que depende la sociedad. Por ejemplo, debido a los problemas medioambientales y otros costes contraídos con el uso de plaguicidas químicos, la capacidad para desarrollar plantas que sean naturalmente resistentes a las plagas es primordial.
Sin embargo, usando los procedimientos de transformación actuales, sólo aproximadamente uno de cada millón de células de planta se transforma. El problema de la transformación se traduce a continuación en identificar la única célula que se ha transformado en este fondo de células no transformadas. El problema se ha tratado generalmente conectando físicamente un gen, típicamente un gen bacteriano que confiere resistencia a antibióticos, al gen deseado. La célula que ha captado el gen deseado puede seleccionarse a continuación mediante su capacidad para crecer sobre un medio que contiene el antibiótico particular. Las células de plantas no transformadas no contienen el gen de resistencia y, así, no crecen.
La presencia de genes de resistencia a antibióticos y otras secuencias auxiliares en la variedad de cultivo final es sin embargo particularmente indeseable. Estas secuencias auxiliares son necesarias para los procedimientos de transformación, pero no contribuyen positivamente a la variedad de cultivo final y de hecho disminuyen su atractivo para el consumidor. En la percepción del público, la transferencia de secuencias entre grupos taxonómicos ampliamente separados preocupa más que la transferencia entre grupos más estrechamente afines. Así, una variedad de cultivo transgénica que tiene secuencias de una bacteria puede ser más indeseable que una que tiene secuencias de una especie salvaje del mismo género. Para incrementar la aceptación por el público de plantas transgénicas, es extremadamente importante eliminar genes de resistencia bacterianos y otras secuencias auxiliares de la variedad de cultivo. Los efectos biológicos de la inserción de este material genético no deseado no están claros. Las plantas transgénicas se han encontrado así con resistencia y escepticismo en gran parte debido a la incertidumbre asociada con el material genético auxiliar.
La presencia de estas secuencias indeseables también puede complicar los procedimientos reguladores necesarios para comercializar la variedad de cultivo. La estructura reguladora actual basa el grado de escrutinio requerido para la liberación de organismos transgénicos en parte en la diferencia taxonómica entre el organismo huésped y la fuente de la secuencia insertada.
Un método fiable para eliminar las secuencias auxiliares no deseadas mejoraría así la viabilidad comercial incrementando la aceptación por el público y simplificando el procedimiento regulador. La especialidad previa no ha reconocido la importancia de este problema, ni ha trabajado para proporcionar una solución.
Esta invención se refiere a métodos para producir plantas transgénicas de acuerdo con la reivindicación 1, que contienen un gen de interés y que están libres de ácidos nucleicos auxiliares extraños. Estos métodos permiten la producción de plantas que contienen así un gen deseado, pero que están libres de secuencias vectoriales y/o secuencias marcadoras usadas para transformar la planta. El método de transformación de tales plantas exige transformar las plantas con un constructo de DNA que comprende un gen de interés, ácidos nucleicos auxiliares extraños que comprenden secuencias de gen marcador y un transposón que funciona en las plantas; cruzar la planta transformada a través de auto-cruzamiento o con otra planta para obtener una progenie F_{1} o de una generación más separada; y utilizar un medio para seleccionar las progenies que pueden tener el gen de interés y están libres de secuencias de gen marcador. Tal progenie puede detectarse, bioquímicamente, mediante hibridación Southern, a través del uso de procedimientos de reacción en cadena de la polimerasa y otros métodos disponibles en la especialidad.
El gen de interés se clona con los extremos del transposón en las regiones no esenciales centrales del transposón de modo que, durante la transposición, se separa de las secuencias vectorial y marcadora. Se hacen a continuación cruces para eliminar las secuencias vectorial y marcadora seleccionando una progenie en la que no aparecen. Alternativamente, el ácido nucleico auxiliar extraño que comprende las secuencias del gen marcador puede clonarse dentro de los extremos del transposón, con el gen de interés sobre el constructo de DNA fuera del transposón, de modo que durante la transposición las secuencias marcadoras se separan del gen de interés. Pueden realizarse cruces para eliminar las secuencias marcadoras, o DNA no deseado, seleccionando la progenie apropiada.
Alternativamente, también se proporcionan métodos para identificar la progenie de una planta a través de la creación de una huella dactilar molecular en el genoma de la planta insertando un constructo de obtención de la huella dactilar de DNA en el genoma, detectando sitios únicos de inserción del DNA extraño en el genoma y registrando los sitios únicos de inserción. A continuación, DNA de una segunda planta que se sospecha que deriva de tal planta se aísla y se detecta la presencia o ausencia de los sitios únicos de inserción. El constructo de obtención de la huella dactilar de DNA puede comprender un elemento transposónico.
Breve descripción de los dibujos
Figura 1. Se representa esquemáticamente la estructura del plásmido pMAC que contiene Ac. El plásmido se derivó de pMON200 (Fraley y otros, Biotech, 3:629-635, 1985) clonando un fragmento de restricción Sal I-Pst 1 que contiene Ac7 (Behrens y otros, Mol. Gen. Genet. 194:346-347, 1984) en el sitio Xho de pMON200. Se muestran unos pocos sitios de reconocimiento de enzimas de restricción clave y sus posiciones cartográficas. La orientación del mapa ilustra el plásmido después de la inserción en el genoma de la planta.
Las cajas debajo de la línea indican porciones clave del plásmido. LB y RB indican los límites de T-DNA izquierdo y derecho, respectivamente. La región LIH es la región de homología requerida para que pMON200 se integre en el plásmido Ti desarmado PGV3111-SE (Fraley y otros, 1985). Ac7 representa todo el elemento Ac clonado en el policonector de pMON200. Las líneas punteadas en cualquier lado de Ac7 representan DNA de maíz que flanquea el elemento Ac7. NPTII es el gen de neomicina fosfotransferasa que se ha manipulado para expresarse en células de planta y permite su crecimiento en medios que contienen kanamicina. Este es el gen marcador seleccionable que es indeseable en la variedad de cultivo final. SPI SM son genes bacterianos que codifican la resistencia a estreptomicina y espectinomicina y se usan para mantener pMON200 en Agrobacterium. NOS es el gen que codifica nopalina sintasa y se usa para confirmar sucesos de transformación. Estos diversos componentes se describen adicionalmente en Fraley y otros (1985).
Figura 2. El plásmido pDs203 es un derivado de pMON200 y contiene el elemento DSI de 450 pb y DNA de maíz de flanqueo en el sitio EcoRI de pMON200. La porción Ds203 se muestra como la caja con Ds, las líneas punteadas que flanquean Ds representan DNA de maíz.
Figura 3. El plásmido pDS202 se construyó reemplazando la porción central de 1,6 Kb de Ac, limitada por los sitios HindIII internos, con el gen bacteriano que codifica \beta-galactosidasa (Bgal). El resto de pDs202 es virtualmente idéntico a pMAC.
Figura 4. El vector pTs105 contiene la región de codificación de transposasa de Ac7 clonada en el sitio policonector de pMON200. Ambos extremos de pTs105 se han retirado enzimáticamente para evitar la transposición adicional de este gen de transposasa.
Figura 5. El plásmido pTV101 contiene tanto el gen de transposasa como el componente Ds en el mismo derivado de pMON200. En el centro del elemento Ds, como la posición 3200, se inserta un sitio policonector para permitir la clonación rápida en esta región de pTV101.
Figura 6. El plásmido pBT101 contendría el gen de proteína de control de insecto de 4 kb (B.t.k.) aislado de Bacillus thuringiensis var. kurstaki clonado en el policonector de pTV101. Este plásmido contendría el gen B.t.k. flanqueado por las repeticiones invertidas de Ds así como el gen que codifica transposasa estable.
Figura 7. El plásmido pBT201 ilustra un vector en el que los marcadores seleccionables NPTII y SP/SM estarían situados internos a las repeticiones invertidas de Ds. Esta conformación permitiría la retirada de los genes marcadores seleccionables de la planta transgénica deseada sin resituar el gen B.t.k.
Descripción detallada
Esta invención proporciona métodos para la retirada de secuencias de ácido nucleico no deseadas, tales como secuencias vectoriales, de una planta que se ha transformado con un gen extraño deseado. Estos métodos proporcionan así plantas transgénicas que están libres de ácido nucleico extraño auxiliar que típicamente acompaña al gen de interés durante la transformación. La reducción de secuencias de ácido nucleico auxiliares en la planta transformada reduciría mucho la preocupación del público sobre las plantas transgénicas. Los problemas reguladores encontrados al probar las plantas pueden reducirse y debe aliviarse la preocupación de los consumidores sobre la seguridad de consumo de las plantas.
I. Métodos generales
Generalmente, la nomenclatura usada aquí y los procedimientos de laboratorio en la tecnología de DNA recombinante descrita más adelante son aquellos bien conocidos y empleados comúnmente en la especialidad. Se usan técnicas estándar para la clonación, el aislamiento, la amplificación y la purificación de DNA y RNA. Se realizan generalmente reacciones enzimáticas que implican DNA ligasa, DNA polimerasa, endonucleasas de restricción y similares, de acuerdo con las especificaciones de los fabricantes. Estas técnicas y diversas otras técnicas se realizan generalmente de acuerdo con Sambrook y otros, Molecular Cloning - A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, Nueva York (1989). El manual se denomina aquí en lo sucesivo ``Sambrook''. Otras referencias generales se proporcionan a lo largo de este documento. Se cree que los presentes procedimientos son bien conocidos en la especialidad y se proporcionan para la comodidad del lector.
II. Transformación de plantas A. El constructo de DNA
Para los propósitos de esta invención, se produce un constructo de DNA que se usa en la transformación de plantas. El ``constructo de DNA'' contendrá el gen de interés, secuencias de ácido nucleico auxiliares extrañas y un transposón, todos según se definen más adelante, tal que el gen de interés o las secuencias auxiliares no deseadas probablemente se transpondrán con el transposón una vez que se produce la transposición.
Los beneficios de insertar genes deseados en el genoma de plantas son ilimitados. Un ``gen deseado'' o ``gen de interés'' es cualquier gen que codifique para una propiedad deseada para una propiedad o un fenotipo identificable deseados y que no sea natural de la planta. Preferiblemente, el gen codifica una propiedad o un fenotipo agronómicamente útiles. Genes de interés, por ejemplo, podrían incluir genes que codifiquen resistencia a enfermedades (por ejemplo, resistencia viral, resistencia fúngica o el gen para la endotoxina de Bacillus thuringiensis, genes implicados en rutas biosintéticas específicas (por ejemplo, genes implicados en la maduración de frutos, la biosíntesis de aceites o pigmentos o el metabolismo del almidón) o genes implicados en la tolerancia ambiental (por ejemplo, tolerancia a las sales, tolerancia a la sequía o tolerancia a condiciones anaerobias). La naturaleza del propio gen deseado no es crítica para esta invención. Ejemplos de tales genes y su disponibilidad están publicados y los expertos en la especialidad también pueden identificar y aislar genes deseados adicionales. Véase Weising y otros, Ann. Rev. Gen, 22:421-478 (1988).
Transposones de uso en esta invención se refieren a secuencias de DNA que tienen la capacidad de moverse o saltar hasta nuevas localizaciones dentro de un genoma. Se requieren dos componentes para la transposición: la enzima transposasa que cataliza la transposición y las secuencias nucleotídicas presentes en el extremo del transposón sobre el que actúa la enzima. Los transposones son tanto autónomos como no autónomos. Los transposones autónomos son aquellos que son capaces tanto de transponerse como de catalizar la transposición de elementos no autónomos. Ejemplos de transposones autónomos son los elementos Ac y transposones Spm aislados de maíz, todos los cuales se han clonado y se han descrito bien en la especialidad. Véanse, por ejemplo, la Patente de EE.UU. Nº 4.732.856 y Gierl y otros, Plant Mol. Biol. 13:261-266 (1989).
Los transposones autónomos comprenden secuencias para la transposasa y secuencias que son reconocidas por la enzima transposasa en los extremos del transposón (el ``elemento Ds''). Las secuencias para la transposasa (o el gen de transposasa) son activas independientemente de las secuencias extremas, es decir si las secuencias extremas se eliminan, la actividad del gen de transposasa se conserva y el elemento que codifica la enzima puede usarse así junto con un elemento no autónomo o Ds para activar la transposición del elemento Ds. El gen de transposasa es evidente en los elementos Ts101 y Ts105.
Sólo se requieren las secuencias de DNA presentes en los extremos de un elemento no autónomo para que sea transposicionalmente activo en presencia del gen de transposasa. Estos extremos se denominan aquí los ``extremos del transposón'' o el ``elemento Ds''. Véase, por ejemplo, Coupland y otros, PNAS 86:9385 (1989), que describe las secuencias necesarias para la transposición. Las secuencias de DNA internas a los extremos del transposón no son esenciales y pueden estar comprendidas por secuencias virtualmente de cualquier fuente. Esto permite clonar DNA extraño entre los extremos del transposón. Si un gen se clona dentro de los extremos del transposón, se transpondrá con el elemento del transposón. El constructo será estable en la unidad de planta transformada hasta que el gen de transposasa se introduzca, genéticamente o asexualmente, en la misma planta.
Los elementos del transposón o elementos Ds son aquellos elementos no autónomos que pueden transponerse sólo cuando está presente un gen de transposasa en el mismo genoma, tal como la Disociación (DS) o Ds1, que se han clonado y se han descrito bien en la especialidad. Véanse, por ejemplo, Lassner y otros, Mol. Gen. Genet., 218:25-32 (1989) y Yoder y otros, Mol. Gen. Genet., 213:291-296 (1988).
Actualmente, el sistema transposónico más preferido es el sistema Ac/Ds de maíz, aunque también pueden usarse elementos de otras especies. Sin embargo, se sabe que muchas plantas contienen transpones. Son detectados típicamente mediante abigarramiento que surge de una mutación somática. Una revisión de los transposones puede encontrarse en Nevers y otros, Adv. in Bot. Res. 12: 103-203 (1987).
Los transposones pueden aislarse de diversas fuentes de plantas mediante métodos descritos. Los transposones se aíslan lo más comúnmente como una inserción en un gen que codifica un producto génico bien caracterizado. Las etapas requeridas para aislar un transposón mediante este método son: (a) un gen de planta responsable de codificar un fenotipo deseable se clona mediante cualquiera de los sistemas de clonación estándar (Sambrook y otros, previamente), (b) una mutación inducida por transposón en el gen clonado se obtiene rastreando plantas con respecto a la inactivación del gen clonado en poblaciones en las que se sabe que el transposón es activo, (c) usando el gen clonado como un sonda de hibridación, se obtiene el gen mutante obtenido de la población evaluada, a continuación (d) se usan comparaciones de las secuencias nucleotídicas hechas entre el gen activo y el gen mutante para identificar la inserción del transposón.
El predominio de elementos transponibles en poblaciones naturales ha permitido que sea satisfactorio un segundo método para aislar transposones. En el procedimiento de cartografía genética que usa cartografía de polimorfismo de la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP), se observan ocasionalmente modelos de RFLP que son consecuentes con una inserción en la secuencia de DNA evaluada. Este procedimiento, basado en ensayar aleatoriamente el genoma con respecto a nuevas inserciones, ha sido satisfactorio para identificar transposones.
El constructo de DNA también contendrá ácidos nucleicos auxiliares extraños que también se incorporarán en el cromosoma de la planta transformada junto con el gen de interés. ``Acidos nucleicos auxiliares extraños'', ``ácidos nucleicos auxiliares'' o ``secuencias auxiliares'' son los ácidos nucleicos que son extraños a la planta que se transforma y que son secuencias no deseadas. ``Secuencias no deseadas'' son las secuencias que se eligen para la eliminación de una planta transformada. Si el gen de interés se clona en el constructo de DNA dentro del elemento transposónico, las secuencias no deseadas son las secuencias en el constructo de DNA que están fuera del elemento transposónico, que se separarán del elemento transposónico durante la transposición. Si el gen de interés se clona en el constructo de DNA de modo que no está dentro del elemento transposónico, las secuencias no deseadas son el propio elemento transposónico y las secuencias que están dentro del elemento transposónico, que se separarán del gen de interés durante la transposición. Una planta que está ``libre de'' ácidos nucleicos auxiliares extraños es una en la que las secuencias no deseadas no son detectables mediante procedimientos de hibridación estándar, tales como mediante hibridación Southern.
B. Construcción de vectores
El constructo de DNA deseado comprenderá un transposón que contiene un casete de expresión diseñado para iniciar la transcripción del gen de interés en plantas. También se incluyen típicamente secuencias auxiliares, de origen bacteriano o viral, para permitir que el vector se clone en un huésped bacteriano o de fágico.
El vector también contendrá típicamente un gen marcador seleccionable auxiliar mediante el que las células de plantas transformadas pueden identificarse en el cultivo. Habitualmente, el gen marcador codificará resistencia a antibióticos. Estos marcadores incluyen resistencia a G418, higromicina, bleomicina, kanamicina, metotrexato, clorsulfurón, lincomicina, clindamicina, espectinomicina, fosfinotricina, glifosato y gentamicina. Después de transformar las células de planta, aquellas células que tienen el vector se identificarán por su capacidad para crecer sobre un medio que contiene el antibiótico particular.
Otras secuencias de DNA auxiliares que codifican funciones adicionales también pueden estar presentes en el vector, como se sabe en la especialidad. Por ejemplo, en el caso de transformaciones con Agrobacterium, también se incluirán secuencias de T-DNA para la transferencia subsiguiente a cromosomas de planta.
Un vector de expresión bacteriano puede usarse si se desea la expresión de un gen en bacterias. La construcción de un vector de expresión bacteriano se realiza típicamente poniendo el gen aguas abajo de un promotor bacteriano fuerte. Ejemplos de promotores bacterianos que podrían usarse incluyen 8-lactamasa, \beta-galactosidasa y los promotores del fago \lambdapL. La eficacia de traducción de mRNA en bacterias depende críticamente de la presencia de un sitio de unión del ribosoma y su distancia desde el codón de iniciación de la transcripción.
Para la expresión en plantas, el casete de expresión recombinante contendrá típicamente, además de la secuencia deseada, una región promotora de planta, un sitio de iniciación de la transcripción (si la secuencia que ha de transcribirse carece de uno) y una secuencia de terminación de la transcripción. Se incluyen típicamente sitios de enzimas de restricción únicos en los extremos 5' y 3' del casete para permitir la inserción fácil en un vector preexistente.
Secuencias que controlan la expresión de genes eucarióticos se han estudiado intensivamente. Los elementos de la secuencia promotora incluyen la secuencia de consenso de la caja TATA (TATAAT), que está habitualmente de 20 a 30 pares de bases (pb) aguas arriba del sitio de iniciación de la transcripción. En la mayoría de los casos la caja TATA se requiere para la iniciación de la transcripción exacta. Por convención, el sitio de iniciación se denomina +1. A las secuencias que se extienden en la dirección 5' (aguas arriba) se les dan números negativos y a las secuencias que se extienden en la dirección 3' (aguas abajo) se les dan números positivos.
En las plantas, más aguas arriba de la caja TATA, en las posiciones -80 a -100, existe típicamente un elemento promotor con una serie de adeninas que rodean el trinucleótido G (o T) N.G.J. Messing y otros, en Genetic Engineering in Plants, pp. 221-227 (Kosage, Meredith and Hollaender, eds. 1983). Otras secuencias que confieren especificidad tisular, respuesta a señales ambientales o eficacia máxima de transcripción también pueden encontrarse en la región promotora. Tales secuencias se encuentran a menudo dentro de los 400 pb del sitio de iniciación de la transcripción, pero pueden extenderse tanto como 2000 pb o más.
En la construcción de combinaciones heterólogas de promotor/gen estructural, el promotor se sitúa preferiblemente aproximadamente a la misma distancia desde el sitio de iniciación de la transcripción heterólogo que del sitio de iniciación de la transcripción en su marco natural. Como se sabe en la especialidad, sin embargo, puede admitirse alguna variación en esta distancia sin pérdida de la función promotora.
El promotor particular usado en el casete de expresión es un aspecto no crítico de la invención. Cualquiera de un número de promotores que dirigen la transcripción en células de planta es adecuado. El promotor puede ser constitutivo o inducible. Los promotores de origen bacteriano incluyen el promotor de octopina sintasa, el promotor de nopalina sintasa y otros promotores derivados de plásmidos Ti naturales. Herrara-Estrella y otros, Nature, 303:209-213 (1983). Promotores virales incluyen los promotores de RNA 35S y 19S del virus del mosaico de la coliflor. Odell y otros, Nature, 313:810-812 (1985). Posibles promotores de plantas incluyen el promotor de la subunidad pequeña de ribulosa-1,3-bisfosfato carboxilasa, la secuencia promotora del gen E8 y el promotor de faseolina.
Además de una secuencia promotora, el casete de expresión también debe contener una región de terminación de la transcripción aguas abajo del gen estructural para proporcionar la terminación eficaz. La región de terminación puede obtenerse a partir del mismo gen que la secuencia promotora o puede obtenerse a partir de diferentes genes.
Si el mRNA codificado por el gen estructural ha de traducirse eficazmente, también se añaden comúnmente secuencias de poliadenilación al constructo vectorial. Alber y Kawasaki, Mol. and Appl. Genet, 1:419-434 (1982). Secuencias de poliadenilación incluyen, pero no se limitan a, la señal de octopina sintasa de Agrobacterium (Gielen y otros, EMBO J., 3:835-846, 1984) o la señal de nopalina sintasa (Depicker y otros, Mol. and Appl. Genet., 1:561-573 (1982)).
El uso del transposón en el vector permite la separación del gen deseado de secuencias auxiliares. Los transposones en el constructo de DNA se usarán en dos configuraciones independientes. O bien (1) el gen de interés se clonará dentro de los extremos del transposón en las regiones no esenciales centrales del transposón o bien (2) las secuencias del gen marcador seleccionable usadas para seleccionar la planta transformada se clonarán dentro de los extremos del transposón en las regiones no esenciales, clonándose el gen deseado fuera del transposón. En el primer caso, la movilización del transposón se usará para separar el gen de interés de las secuencias vectoriales transformantes. En el segundo caso, la movilización del transposón se usará para eliminar las secuencias marcadoras seleccionables del constructo que contiene el gen de interés.
C. Transformación directa
El constructo de DNA descrito previamente puede microinyectarse directamente en células de planta mediante el uso de micropipetas para transferir mecánicamente el DNA recombinante, de modo cruzado, Mol. Gen. Genetics 202:179-185 (1985). El material genético también puede transferirse a la célula de planta usando polietilenglicol, Krens y otros, Nature 296:72-74 (1982).
Otro método de introducción de segmentos de ácido nucleico es la penetración balística de alta velocidad por partículas pequeñas con el ácido nucleico dentro de la matriz de cuentas o partículas pequeñas o sobre la superficie, Klein y otros, Nature 327:70-73 (1987).
Otro método más de introducción es la fusión de protoplastos con otras entidades, bien minicélulas, células, lisosomas u otros cuerpos con superficie lipídica fusionables, Fraley y otros, Proc. Natl. Acad. Sci USA 7:1859-1863 (1982).
El DNA también puede introducirse en las células de planta mediante electroporación, Fromm y otros, Pro. Natl. Acad. Sci. USA 82:5824 (1985). En esta técnica, protoplastos de planta se someten a electroporación en presencia de plásmidos que contienen el casete de expresión. Impulsos eléctricos de alta intensidad de campo permeabilizan reversiblemente las biomembranas permitiendo la introducción de los plásmidos. Los protoplastos de planta sometidos a electroporación reforman la pared celular, se dividen y se regeneran.
D. Transformación vectorial
El virus del mosaico de la coliflor (CaMV) puede usarse como un vector para introducir el gen de interés en células de planta, (Hohn y otros ``Molecular Biology of Plant Tumors'' Academic Press, Nueva York, pp. 549-560 (1982): Howell, Patente de Estados de Unidos Nº 4.407.956). De acuerdo con el método descrito, todo el genoma de DNA viral de CaMV se inserta en un plásmido bacteriano parental creando una molécula de DNA recombinante que puede propagarse en bacterias. Después de la clonación, el plásmido recombinante se modifica adicionalmente mediante la introducción de la secuencia deseada en sitios de restricción únicos en la porción viral del plásmido. La porción viral modificada del plásmido recombinante se corta a continuación del plásmido bacteriano parental y se usa para inocular las células de planta o las plantas.
Otro método para introducir el DNA en células de planta es infectar una célula de planta con Agrobacterium tumefaciens o A. Rhizogenes previamente transformadas con el gen. Bajo condiciones apropiadas conocidas en la especialidad, las células de planta transformadas se hacen crecer para formar retoños o raíces, y se desarrollan adicionalmente como plantas.
Agrobacterium es un género representativo de la familia Gram negativa Rhizobiaceae. Sus especies son responsables del tumor de hernia de raíz (A. tumefaciens) y la enfermedad de las raíces tomentosas (A. rhizogenes). Las células de planta en tumores de hernia de raíz y raíces tomentosas se inducen para producir derivados de aminoácidos conocidos como opinas, que son catabolizados solamente por las bacterias. Los genes bacterianos responsables de la expresión de opinas son una fuente conveniente de elementos de control para casetes de expresión quiméricos. Además, el ensayo con respecto a la presencia de opinas puede usarse para identificar tejido transformado. Pueden introducirse secuencias genéticas heterólogas en células de planta apropiadas, por medio del plásmido Ti de A. tumefaciens o el plásmido Ri de A. rhizogenes. El plásmido Ti o Ri se transmite a células de planta durante la infección mediante Agrobacterium y se integra establemente en el genoma de la planta, J. Schell, Science 237:1176-1183, 1987.
Los plásmidos Ti y Ri contienen dos regiones esenciales para la producción de células transformadas. Una de estas, denominada DNA transferido (T-DNA) se transfiere a núcleos de planta e induce la formación de tumores o raíces. La otra, denominada la región de virulencia (vir), es esencial para la transferencia del T-DNA pero no se transfiere ella misma. El T-DNA se transferirá a una célula de planta incluso si la región vir está sobre un plásmido diferente, Hoekema y otros, Nature 303:179-189, 1983. La región de DNA transferido puede incrementarse de tamaño mediante la inserción de DNA heterólogo sin que se afecte su capacidad para ser transferida. Un plásmido Ti o Ri modificado, en el que se han suprimido los genes que provocan la enfermedad, puede usarse como un vector para la transferencia de los constructos génicos de esta invención a una célula de planta apropiada.
La construcción de plásmidos Ti y Ri recombinantes siguen en general métodos usados típicamente con los vectores bacterianos más comunes, tales como pBR322. Puede hacerse un uso adicional de elementos genéticos auxiliares encontrados a veces con los plásmidos naturales y construidos a veces a partir de secuencias extrañas. Estos pueden incluir, pero no se limitan a, ``vectores lanzadera'', (Ruvkun y Ausubel, Nature 298:85-88 (1981)), promotores (Lawton y otros, Plant Mol. Biol. 9:315-324 (1981)) y genes estructurales para la resistencia a antibióticos como un factor de selección (Fraley y otros, Proc. Nat. Acad. Sci. 80:4803-4807 (1983)).
Todas las células de planta que pueden transformarse mediante Agrobacterium y de las que pueden regenerarse plantas enteras pueden transformarse de acuerdo con la presente invención para producir plantas intactas transformadas que contienen el DNA deseado. Estos son dos modos comunes de transformar células de planta con Agrobacterium:
(1)
co-cultivo de Agrobacterium con protoplastos aislados cultivados, o
(2)
transformación de células o tejidos intactos con Agrobacterium.
El método (1) requiere un sistema de cultivo establecido que permita cultivar protoplastos y la regeneración de plantas subsiguiente a partir de protoplastos cultivados.
El método (2) requiere (a) que los tejidos de planta intactos, tales como cotiledones, puedan ser transformados mediante Agrobacterium y (b) que las células o los tejidos transformados puedan introducirse para regenerarse como plantas enteras.
La mayoría de las especies dicotiledóneas pueden transformarse mediante Agrobacterium. Todas las especies que son un huésped de planta natural para Agrobacterium son transformables in vitro. Las plantas monocotiledóneas, y, en particular, los cereales, no son huéspedes naturales para Agrobacterium. Los intentos de transformarlas usando Agrobacterium han sido insatisfactorios hasta hace poco. (Hooykas-Van Siogteren y otros, Nature 311:763-764 (1984). Existe una evidencia creciente de que ciertas monocotiledóneas pueden transformarse mediante Agrobacterium. Usando nuevos sistemas experimentales, pueden transformarse ahora especies de cereales tales como centeno (de la Pena y otros, Nature 325:274-276 (1987)), maíz (Rhodes y otros, Science 240:204-207 (1988)) y arroz (Shimamoto y otros, Nature 338:274-276 (1989)).
Un plásmido vectorial binario de Agrobacterium preferido (Van den Elzen y otros, Plant Mol. Biol. 5:149-154 (1985)) contendrá un gen de resistencia a fármacos conectado, tal como uno para la resistencia a la kanamicina, para seleccionar células de planta transformadas. Este vector de transformación puede usarse para generar plantas resistentes a kanamicina para el rastreo fácil de plantas transformadas.
III. Selección y regeneración de células de planta transformadas
Después de la transformación, las células de planta o las plantas transformadas que comprenden el gen deseado deben identificarse. Se usa típicamente un marcador seleccionable, tal como los analizados previamente. Las células de planta transformadas pueden seleccionarse haciendo crecer las células sobre un medio de crecimiento que contiene el antibiótico apropiado. La presencia de opinas también puede usarse si las plantas son transformadas con Agrobacterium.
Después de seleccionar las células transformadas, puede confirmarse la expresión del gen heterólogo deseado. La detección simple de mRNA codificado por el DNA insertado puede alcanzarse mediante métodos bien conocidos en la especialidad, tales como hibridación por transferencia Northern. La secuencia insertada también puede identificarse mediante hibridación por transferencia Southern. Véase, por ejemplo, Sambrook, previamente.
Todas las plantas de las que pueden aislarse y cultivarse protoplastos para dar plantas regeneradas enteras pueden transformarse. Algunas plantas adecuadas incluyen, por ejemplo, especies de los géneros Fragaria, Lotus, Medicago, Onobrychis, Trifolium, Trigonella, Vigna, Citrus, Linum, Geranium, Manihot, Daucus, Arabidopsis, Brassica, Raphanus, Sinapis, Atropa, Capsicum, Datura, Hyoscyamus, Lycopersicon, Nicotiana, Solanum, Petunia, Digitalis, Majorana, Cichorium, Helianthus, Lactuca, Bromus, Asparagus. Antirrhinum, Hererocallis, Nemesia, Pelargonium, Panicum, Pennisetum, Ranunculus. Senecio, Salpiglossis, Cucumis. Browalia, Glycine, Lolium, Zea, Triticum, Sorghum, Malus, Apium y Datura.
La regeneración de plantas a partir de protoplastos cultivados se describe en Evans y otros, Handbook of Plant Cell Cultures, Vol. 1: (MacMillan Publishing Co. Nueva York (1983)); y Vasil I.R. (ed.) Cell Culture and Somatic Cell Genetics of Plants, Acad. Press, Orlando, Vol. I, 1984, y Vol. III (1986).
Se sabe que prácticamente todas las plantas pueden regenerarse a partir de células o tejidos cultivados, incluyendo, pero no limitadas a, todas las especies principales de caña de azúcar, remolacha azucarera, algodón, árboles frutales y legumbres.
Los medios para la regeneración varían de especie a especie de plantas, pero generalmente se proporciona en primer lugar una suspensión de protoplastos transformados o una placa Petri que contiene explantes transformados. Se forma tejido calloso y pueden inducirse retoños a partir del callo y subsiguientemente enraizarse. Alternativamente, puede inducirse la formación de embriones en el tejido calloso. Estos embriones germinan como embriones naturales para formar plantas. Los medios de cultivo contendrán generalmente diversos aminoácidos y hormonas, tales como auxina y fitoquininas. También es ventajoso añadir ácido glutámico y prolina al medio, especialmente para especies tales como maíz y alfalfa. La regeneración eficaz dependerá del medio, del genotipo y de la historia del cultivo. Si se controlan estas tres variables, a continuación la regeneración es habitualmente reproducible y repetible.
Después de que el casete de expresión se incorpore establemente en plantas transgénicas, puede transferirse a otras plantas mediante cruzamiento sexual. Puede usarse cualquiera de un número de técnicas de mejora genética estándar, dependiendo de la especie que ha de cruzarse.
IV. Separación de las secuencias extrañas auxiliares procedentes del gen de interés
Una vez que una planta se ha transformado de modo que el gen de interés, el transposón y los ácidos nucleicos extraños auxiliares se incorporan en el genoma de la planta, la planta transformada se cruza mediante reproducción sexual de cualquier manera bien conocida en la especialidad y descrita para la especie individual de planta para obtener una generación F_{1} o una más separada. Los cruces conducen finalmente a la eliminación de las secuencias auxiliares procedentes de la planta. Además, como se analizará más adelante, las secuencias pueden eliminarse a través de segregación somática.
Según se analiza previamente, los constructos que tienen el gen de interés o el gen marcador seleccionable insertado con el transposón se introducen en una planta. En la planta transformada, el elemento transposónico de la construcción es estable a no ser que se introduzcan en la misma planta secuencias que codifican transposasa. Así, el gen de interés y las secuencias auxiliares no se separarán.
Pueden introducirse secuencias que codifican transposasa en la planta transformada mediante transformación asexual con un vector que contiene secuencias de transposasa o cruzando genéticamente con una planta que contiene ella misma secuencias de transposasa. La presencia de la transposasa permite a continuación que el transposón ``salte'' desde el otro DNA insertado.
Cuando las secuencias de transposasa se transforman directamente en la planta huésped, pueden coexistir en el mismo plásmido que el elemento Ds o pueden introducirse en la planta en una transformación secundaria. El gen de transposasa también puede introducirse en la planta que tiene el elemento Ds cruzando sexualmente dos plantas transgénicas diferentes, teniendo una un gen de transposasa y teniendo una el elemento Ds. En plantas que tienen tanto el gen de transposasa como el elemento Ds, el elemento transposónico, que tiene el gen de interés o el gen marcador seleccionable, se transpondrá hasta una nueva posición cromosómica, distinta de la posición de la construcción de DNA transformante. Mientras que las transposiciones van a veces a sitios conectados genéticamente, la transposición a regiones más distantes del genoma también se recupera frecuentemente.
Después de que el transposón se haya movido hasta un nuevo locus, la siguiente etapa es cruzar la planta para eliminar las secuencias auxiliares. Esto se realiza típicamente usando cruces sexuales. Los cruzamientos pueden ser auto-cruzamientos, retro-cruzamientos o cruzamientos con cualquier otra planta que sea compatible para la reproducción sexual con el objetivo de obtener progenies que pueden tener el gen de interés y que están libre de los ácidos nucleicos auxiliares. Tales cruzamientos serán típicamente de un programa de mejora genética comercial.
Según se analiza previamente, los cruzamientos sexuales dan como resultado la selección independiente de genes no conectados en poblaciones de progenies. Cuando el elemento Ds se ha transpuesto hasta una posición no conectada con el vector transferente inicial cada secuencia se seleccionará independientemente en la progenie. Por lo tanto, algunas de las progenies obtenidas en los cruzamientos contendrán el gen de interés dentro de los extremos del transposón sin las secuencias auxiliares si el gen se clonaba en el transposón. Alternativamente, el gen de interés puede estar en su posición original desde la que se ha retirado el gen marcador seleccionable mediante un caso de transposición si el marcador se clonaba en los extremos del transposón.
La generación F_{1} se refiere aquí a la progenie del cruce entre la planta transformada y su pareja y a la progenie resultante de auto-cruzamiento. ``Progenies de una generación más separada'' se refiere a las progenies que resultan de cruces subsiguientes que descienden de la planta transformada con tal de que uno de los miembros del cruce contenga el gen de interés.
Este procedimiento también es compatible para producir transgénicos con especies de cultivo propagadas asexualmente. La transposición también puede producirse durante la mitosis y el transposón puede insertarse en una cromátida dejando la cromátida hermana inalterada. En estos casos, la segregación somática eliminará las secuencias auxiliares de las células o las plantas enteras que tienen el gen de interés. Puede detectarse la presencia de células segregadas somáticamente en la planta transformada o la generación más separada que tiene el gen de interés y está libre de los ácidos nucleicos auxiliares. Una planta puede regenerarse a continuación a partir de tales células.
V. Identificación de la progenie libre de las secuencias auxiliares
Medios para seleccionar la progenie que tiene el gen de interés y está libre de los ácidos nucleicos auxiliares incluyen los métodos disponibles que permiten identificar la presencia o ausencia de ciertas secuencias de ácido nucleico conocidas. La detección de los ácidos nucleicos extraños auxiliares puede determinarse mediante una variedad de técnicas de hibridación de ácidos nucleicos estándar que son suficientemente sensibles para asegurar que no quede material genético microbiano en las plantas huésped. Tales técnicas abarcarán reacciones de hibridación homogéneas en las que ambos ácidos nucleicos complementarios están libres en solución y ensayos heterogéneos en los que un ácido nucleico está unido a un soporte sólido tal como transferencia lineal (``slot-blot'') o un ensayo de transferencia Southern. La técnica de hibridación específica no es crítica. Un número de métodos se describe generalmente en Nucleic Acid Hybridization, A Practical Approach, (Hames, B.D. y Higgins, S.J., Eds.) IRL Press (1985).
Se prefiere que la sensibilidad del ensayo se mejore a través del uso de un sistema de amplificación de ácidos nucleicos. Tales sistemas multiplican los números absolutos del ácido nucleico diana que se detecta. El sistema de amplificación específico no es crítico para esta invención y existen al menos dos sistemas disponibles para el uso.
El primer sistema es el sistema de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Este procedimiento de amplificación es un método de extensión de cebador con DNA polimerasa dependiente de una plantilla para replicar secuencias seleccionadas de DNA. El método se basa en el uso de un exceso de cebadores específicos para iniciar la replicación con DNA polimerasa de secuencias específicas de un polinucleótido de DNA seguido por etapas de desnaturalización y extensión con polimerasa repetidas. El sistema de PCR es bien conocido en la especialidad (véanse las Patentes de EE.UU. Nº 4.683.195 y 4.683.202). Reactivos y hardware para efectuar la PCR están disponibles comercialmente a través de Perkin-Elmer/Cetus Instruments (PECI) de Norwalk, Connecticut.
El segundo sistema de amplificación es la reacción de amplificación con ligasa (LAR). La LAR, como la PCR, usa múltiples ciclos de temperatura alternativa para amplificar los números de una secuencia diana de DNA. A diferencia de la PCR, la LAR no usa nucleótidos individuales para la extensión con plantilla. La LAR se basa en cambio en un exceso de oligonucleótidos que son complementarios a ambas hebras de la región diana. Después de la desnaturalización de un DNA de plantilla de doble hebra, comienza el procedimiento de LAR con la ligación de dos cebadores oligonucleotídicos complementarios a regiones adyacentes en una de las hebras diana. Los oligonucleótidos complementarios a cada hebra pueden enlazarse. Después de la ligación y una segunda etapa de desnaturalización, las hebras de la plantilla original y los dos productos recientemente enlazados sirven como plantillas para la ligación adicional para proporcionar una amplificación exponencial de las secuencias elegidas como diana. Este método se ha detallado en Genomics 4:560-569 (1989).
Los sistemas de detección y amplificación descritos aquí son puestos en práctica habitualmente por los expertos en la especialidad pertinente. Esta invención no se limita a ningún sistema de detección o amplificación particular. A medida que se desarrollan otros sistemas, también pueden encontrar uso en esta invención. Por ejemplo, pueden usarse métodos de hibridación Southern digiriendo los ácidos nucleicos en cuestión con enzimas de restricción y sondeando las transferencias preparadas a partir de los digestos con sondas para las secuencias de interés o sondas que de otro modo indican la presencia o ausencia de la secuencia de interés. Ejemplos de este método pueden encontrarse en Yoder y otros, Mol. Gen. Genet. 213:291-296 (1988).
Además, pueden usarse marcadores químicos para identificar si una secuencia está presente o no si el marcador es expresado por un fenotipo fácilmente observable. Por ejemplo, están disponibles ensayos no destructivos para la sensibilidad a kanamicina. Así, las plantas transformadas que tienen el gen de interés pero han perdido el gen de resistencia a la kanamicina pueden identificarse fácilmente. Véase, Weide y otros, Theor. Appl. Genet., 78:169-172 (1989).
VI. Optimización de la expresión génica
Se observa la variación en la expresión génica basándose en la posición del gen en el cromosoma, Jones y otros, EMBO 4:2411-2418 (1985). Los métodos de esta invención pueden usarse para optimizar la expresión del gen de interés. La transposición del gen de interés puede activarse, según se describe previamente, insertando el gen deseado dentro de los extremos del transposón, para obtener plantas transgénicas que tienen el gen deseado y que tienen niveles de expresión deseados. Se obtiene una planta transformada que tiene el gen deseado clonado dentro de los extremos del transposón. La transposición se activa mediante cualquiera de los métodos descritos previamente y se seleccionan la progenie o los transformantes resultantes que tienen una expresión génica óptima. Este método puede ser particularmente ventajoso para las plantas que son difíciles de transformar. Una vez que se obtiene una planta transformada que contiene el gen de interés dentro de un transposón, la transposición se induce mediante cruzamiento o segregación somática hasta que se obtiene una planta con expresión génica óptima. La progenie resultante se examina de modo que se seleccionan aquellas con expresión génica óptima. La expresión génica óptima es una determinación subjetiva basada en el gen de interés y el fenotipo que codifica.
VIII. Definiciones adicionales
Para los propósitos de esta invención, una ``planta'' incluirá una célula de planta, una semilla de planta o cualquier parte de una planta. Una ``planta transgénica'' es cualquier planta que ha incorporado en su genoma ácido nucleico extraño.
Los siguientes ejemplos se proporcionan para ilustración y no deben considerarse como una limitación de las reivindicaciones.
Ejemplos I. Construcción de vectores A. Plásmidos que incorporan elementos Ac y Ds con un gen de interés sobre vectores separados 1. Construcción de pMAC
Un clon lambda que contiene el elemento Ac7 y secuencias wx de flanqueo (Behrens y otros, Mol. Gen. Gent. 194:346-347, 1984) se digirió con Bg1II y se subclonó en el sitio BamHI de pUC13 (Messing, J. Methods in Ezymology, 101 (1983)). Este vector intermedio se digirió con SalI y PstI y el fragmento de 6 kb que contiene Ac se clonó en el sitio XhoI del vector basado en Ti pMON200 (Fraley y otros, Biotech 3:629-635, 1985). La construcción resultante se denominó pMAC. Un mapa de restricción de la porción transformante de pMAC se muestra en la figura 1.
2. Construcción de pDs203
El vector pDS203 es un derivado de pMON200 que contiene el elemento Ds1 junto con secuencias Adh1 de maíz de flanqueo (Sutton y otros, Science 223:1265-1268, 1984, incorporado aquí mediante referencia). Se preparó mediante clonación de extremos romos del fragmento HindIII-BamHI de 750 pb de pDs2.A (Sutton y otros, Science 223:1265 (1984) en el sitio EcoRI de pMON200. Un mapa de esta construcción se muestra en la figura 2.
3. Construcción de pDs202
El plásmido pDs202, un derivado de pMAC, contiene un gen de \beta-galactosidasa (Bgal) bacteriano que reemplaza al fragmento HindIII central de Ac. Se construyó en dos etapas. Un fragmento SacI de 800 pb de T-DNA que alojaba un sitio HindIII se suprimió de pMAC digiriendo pMAC con SacI y recircularizando el plásmido derivado. Después de la digestión con HindIII, que corta un fragmento de 1,6 kb del centro del elemento Ac, el derivado de pMAC se ligó con un fragmento HindIII de 4,7 kb que contenía un gen de \beta-galactosidasa de E. coli bajo el control de un promotor polC de Bacillus subtilis (Ott y otros, Mol. Gen. Genet. 207:335-341, 198). La mezcla de ligación se transformó en DH5\alpha de E. coli y el plásmido recombinante se seleccionó rastreando con respecto a colonias azules resistentes a espectinomicina y estreptomicina sobre placas de X-gal (5-bromo-4-cloro-3-indolil-\beta-D-galactopiranósido). El elemento Ds, denominado Ds202, se representa esquemáticamente en la figura 3.
4. Construcción del elemento de transposasa Ts105
Para construir un elemento de transposasa estable, el extremo de Ac más cercano al extremo 3' del transcrito de Ac se suprimió. Se digirió pJAC con ClaI, que segmentaba un solo sitio en el vector pBR322. La exonucleasa III y la nucleasa S1 se usaron para generar derivados de supresión plasmídicos según se describe por Henikoff (1984), excepto que los conectores de ClaI se ligaron a los extremos romos antes de la recircularización y la transformación en E. coli. DNA aislado de las colonias se ensayó mediante análisis de restricción para encontrar un derivado con aproximadamente 50 pb suprimidas del extremo de Ac. Un fragmento de 4,3 kb que contenía toda la región de codificación de transposasa de Ac se obtuvo mediante digestión con Cla y Bam HI. Los extremos del fragmento BamI-ClaI que contenía el gen de transposasa se rellenaron con enzima de Klenow y trifosfatos de desoxinucleótido y el fragmento se clonó en pMON200 digerido con EcoRI, acabado en extremos romos y desfosforilado. El elemento, denominado Ts105, se representa esquemáticamente en la figura 4.
5. Construcción de pTV101
DNA de pDs202 se digiere con HindIII y los extremos sobresalientes se rellenan usando polimerasa de Klenow y desoxinucleótidos. En una reacción separada, el plásmido pUC19 (Yanische-Perron, C. y otros, Gene 33:103-119 ( 1985)) se digiere con PvuII y el fragmento de 30 pares de bases que contiene el policonector se aísla sobre un gel de agarosa preparativo. Los extremos de este fragmento se rellenan de forma similar con la polimerasa de Klenow y este fragmento de 300 pb se inserta en el sitio HindIII de extremos romos de pDs202. Después de la confirmación de este vector intermedio, el vector se digiere con Bgl2 y Cla1 dando como resultado la linealización del vector con extremos de Bgl2 y Cla1 incompatibles. En una reacción separada, la transposasa de 4,3 kb que codifica el fragmento de pJAC se aísla después de la digestión con BamHI y Cla1 según se describe previamente. Este fragmento se liga en el producto intermedio pDs202 digerido con Bgl2, Cla1. Este vector, pTV101, contiene un elemento Ds no autónomo con un policonector en su porción interna así como una secuencia de codificación de transposasa estable, y se representa esquemáticamente en la figura 5.
6. Para la construcción de pBT101 y pBT201 que contienen el Gen B.t.k.
Véase la sección 3 más adelante
II. Transformación y análisis de plantas transgénicas A. transformación de plantas
Las construcciones previas se introdujeron en GV311SE de A. tumefaciens (Monsanto, St. Louis, Mo.) mediante apareamiento triparental según se describe por Fraley y otros (1985). Híbrido F_{1} de Lycopersicon esculentum x L. pennelli y variedades de cultivo de L. esculentum de cereza VF36 y VFNT se transformaron mediante una adaptación de procedimientos de transformación publicados (Koornneef y otros, Plant Sci. 45:201-208, 1986; Filatti y otros, Biol/Technology 5:726-730, 1987). Las semillas se esterilizaron superficialmente durante una hora en lejía comercial al 50% y germinaban en medio MSSV (Fillatti y otros, 1987). Se cortaron cotiledones de 4 a 7 días de edad y se pusieron en placas alimentadoras de tabaco preparadas recientemente, preparadas decantando 1-2 ml de células de tabaco en cultivo en suspensión sobre medio 2Z (Thomas y Pratt, Theor. Appl. Genet. 59:215-219, 1981). Después de 48 horas los cotiledones se sumergieron durante 5 minutos en un cultivo nocturno de Agrobacterium diluido hasta una DO_{600} de 0,1. Se transfirieron a continuación en seco y se volvieron a poner sobre las placas alimentadoras. Después de 24 horas los explantes se pusieron en medio 2Z complementado con 340 mg/l de carbenicilina (Pfizer, Nueva York, Nueva York) y 100 mg/l de sulfato de kanamicina (Boehringer-Mannheim, Alemania Occidental). Los retoños cortados se enraizaron en medio que contenía 50 mg/l de kanamicina. Para asegurar que cada transformante se derivara independientemente, sólo se propagó una plántula resistente a kanamicina por explante.
Las plantas transgénicas se analizaron usando análisis de transferencia Southern. Se aisló DNA genómico de tejido de planta congelado mediante el método CTAB descrito por Bernatzky y Tanksley, Theor. Appl. Genet. 72:314-321 (1986). Se digirieron 10 microgramos de DNA genómico con enzimas de restricción de acuerdo con las recomendaciones del fabricante con la adición de espermidina (Sigma Chemical Co., St. Louis, Missouri) 4 mM. Las muestras se separaron electroforéticamente en geles de agarosa al 0,8% y se transfirieron a Zeta-probe (BioRad Laboratories, Richmond, California) o Hybond-N (Amersham, Arlington Heights, Illinois). La prehibridación (4 h) y la hibridación (16 h) se efectuaron a 42ºC en 5 x SSC, 10 x solución de Denhardt (Denhardt, Biochem. Biophys. Res. Commun. 23:641 (1966)), tampón de fosfato sódico 50 mM (pH 7,0), sulfato de dextrano al 10%, SDS al 1%, 500 \mug/ml de DNA de esperma de salmón desnaturalizado (Sigma) y formamida al 50%. Después de la hibridación, los filtros se lavaron durante 2 h a 65ºC en 0,2 x SSC, SDS al 1% y pirofosfato sódico al 0,1%; la solución de lavado se cambió de 4 a 5 veces. Antes de resondar, los filtros se separaron con dos lavados de 15 minutos a 95ºC usando la solución de lavado.
Un fragmento ClaI-BamHI de 4,3 kb de pJAC-D (Yoder y otros, 1988) se usó como la sonda específica para Ac. DNA para la sonda específica para wx se aisló como un fragmento SalI de 3,2 kb de pSALC (Shure y otros, Cell, 35:235-242 (1983)). Un fragmento de 0,75 kb homólogo a Ds1 y que flanquea secuencias Adh1 de maíz se aisló de pDS2.A (Sutton y otros, Science 223:1365-1268, 1984) mediante digestión con HindIII y BamHI. Un fragmento de DNA de 300 pb usado para la sonda Ds1 interna se sintetizó usando la reacción en cadena de la polimerasa (Saiki y otros, Science 209:487-491, 1988) sobre 1 \mug de pDS2.A (Sutton y otros, 1984) con los cebadores CGCTCCTCACAGGCTCATCTC y CCTCCGCAAATCTTCGAACAG. El DNA se amplificó durante 30 ciclos usando el siguiente régimen: (1) 2 minutos a 96ºC; (2) 2 minutos a 45ºC y (3) 2 minutos a 72ºC. Todos los fragmentos de DNA usados para las sondas se sometieron a electroforesis 2 veces a través de geles de agarosa, realizándose la segunda separación en agarosa de bajo punto de fusión. La concentración de agarosa se diluyó hasta 0,5% o menos con H_{2}O y el DNA se marcó mediante el método del cebador aleatorio (Feinberg y Vogelstein, Anal. Biochem. 132:6-13, 1983) usando un estuche comercial (Amersham).
B. Análisis de células de planta transformadas 1.Ds1 cortado en respuesta a Ac
DNA de dos transformantes de tomate primarios que contenían Ds1 se examinó mediante análisis Southern para determinar la integridad y el número de inserciones de T-DNA. El análisis Southern de la planta T27-03 indicaba la presencia de un límite izquierdo y un límite derecho de T-DNA, sugiriendo que la planta contenía una sola copia del elemento Ds1. El análisis de la segunda planta indicaba que el transformante T26-18 contenía dos límites izquierdos y dos límites derechos y sugería la presencia de dos copias del elemento Ds1 que no eran inserciones de T-DNA conectadas en tándem. El análisis de DNA aislado de la planta T16-03, usando una estrategia descrita en Yoder y otros, Mol. Gen. Genet. 213:391-296 (1988), incorporado aquí mediante referencia, indicaba aquí la presencia de al menos un elemento Ac activo.
Se usaron plantas transformadas con Ds1 como donantes de polen en cruces con los transformantes Ac, la progenie F_{1} se hizo crecer y se aisló DNA de tejido foliar de una progenie individual. Debido a que los progenitores eran hemicigóticos para los genes introducidos, se esperaba que los elementos transponibles se transmitieran a aproximadamente 50% de la progenie de las plantas T16-03 y T27-03 y aproximadamente 75% de la progenie de la planta T26-18. Se realizó un análisis Southern para determinar qué progenie heredaba Ac, Ds1 o ambos. Además, era posible determinar si Ds1 se cortaba de su posición original.
La posición residente de un elemento transponible, según se describe aquí, se refiere a su posición original en el T-DNA. Cuando un elemento se corta durante la transposición, queda un sitio donante vacío que consiste en el T-DNA sin el elemento. Después de la digestión de DNA de planta con BamHI y HindIII, la posición residente de Ds1 está en el fragmento de restricción de 2,1 kb; si Ds1 se corta de su posición residente, se predice un sitio donante vacío de 1,7 kb (figura 1). Una digestión doble con BamHI-HindIII de Ac da tres fragmentos de restricción homólogos a la sonda de Ac usada en estos análisis. Dos fragmentos de restricción de 1,6 kb son internos a Ac, y por lo tanto están presentes independientemente de la localización de Ac en el genoma del tabaco. Cuando Ac está en su posición residente en el T-DNA, el tamaño del tercer fragmento de restricción es 2,4 kb. Si Ac se transpone, este tercer fragmento de restricción consiste en 1,2 kb de Ac y DNA de tomate de flanqueo que se extiende hasta el sitio BamHI o HindIII más cercano; así, este fragmento de restricción es de un tamaño diferente para cada posición de Ac en el genoma del tomate. La variación de los modelos de formación de bandas (sonda de Ac) sugiere que Ac está en posiciones distintas de su posición residente en todas las progenies mostradas.
El análisis de hibridación Southern de 24 progenies F_{1} que resultaban del cruce entre Ac (T16-03) y Ds1 (T27-03 y T26-18) se muestra en la Tabla 1. La segregación de Ac y Ds mostrada en la Tabla 1 está de acuerdo con la presencia de un locus Ds1 en T27-3, dos loci Ds1 no conectados en T26-18 y un solo locus Ac en T16-3. Cinco progenies contenían Ds1 pero no Ac; no se detectaba un sitio donante vacío en esas plantas. Once gemelos contenían tanto Ac como Ds1; todos tenían una banda del tamaño predicho para un sitio donante vacío. La relación de sitio residente a sitio donante vacío variaba de planta a planta según se esperaba si el material examinado contenía elementos Ds1 tanto transpuestos como no transpuestos. Estos resultados muestran que Ds1 es estable en ausencia de Ac. Sin embargo, cuando un elemento Ac está presente en la misma planta, Ds1 puede cortarse.
TABLA 1
\catcode`\#=12\nobreak\centering\begin{tabular}{|l|c|c|c|c|c|}\hline\multicolumn{6}{|l|}{Segregaclón
de Ac, Ts y Ds en progenies F _{1} }\\\hline  Cruce ^{a}  
\+\multicolumn{5}{|l|}{Número de progenies}\\\hline   \+ Total  \+
AclDs ^{b}   \+ Acl ^{-b}   \+ -lDs  \+ - \\\hline 
T16-03 x T27-03  \+ 15  \+ 5  \+ 3 
\+ 2  \+ 5 \\\hline  T16-03 x T26-18
 \+ 9  \+ 6  \+ 0  \+ 3  \+ 0 \\\hline  T16-12 x
T27-03  \+ 14  \+ 3  \+ 3  \+ 3  \+ 5 \\\hline 
T16-03 x T27-14  \+ 14  \+ 2  \+ 3 
\+ 6  \+ 3 \\\hline  T16-12 x T20-14
 \+ 5  \+ 3  \+ 2  \+ 0  \+ 0 \\\hline  T16-03 x
88-119  \+ 20  \+ 8  \+ 4  \+ 5  \+ 3
\\\hline\end{tabular}\par\vskip.5\baselineskip
^{a}El progenitor femenino se muestra en primer lugar y sigue el progenitor masculino. T16-03 contenía Ac, T26-18 y T27-03 contenían Ds1, T16-12 contenía Ts101, T20-14 contenía Ds202 y 88-119 contenían Ds204.
^{b}Ac se refiere a plantas que contienen Ac o Ts101.
2. Un Ds1 activado con el elemento Ts
Tres transformantes primarios que contenían Ts101 se analizaron mediante hibridación Southern. Un digesto doble de BamHI-HindIII de Ts101 daba tres fragmentos de restricción homólogos a la sonda de Ac: Dos fragmentos de 1,6 kb eran internos al elemento y un fragmento de 1,1 kb se extendía en el T-DNA. Si se transponía Ts101 a nuevas localizaciones en el genoma del tomate, el fragmento de 1,1 kb sería de un tamaño diferente dependiendo de la posición del sitio HindIII o BamHI más cercano en el DNA de tomate de flanqueo. Se detectaron sólo las bandas de 1,6 kb y 1,1 kb cuando se analizaron los tres transformantes primarios.
Una planta transgénica que contiene Ds1 (T27-03) se cruzó con una planta transgénica que contiene Ts101 (T16-12) y las progenies F_{1} se examinaron mediante análisis Southern. La segregación de Ts101 y Ds1 se muestra en la Tabla 1 y está de acuerdo con la presencia de un solo locus de Ts101 en T16-12. Cuando se sondaban con una sonda de Ac, ninguna de las progenies exhibía bandas además de los fragmentos de 1,6 kb y 1,1 kb. Cuando se sondaba con un fragmento que contenía las secuencias tanto Ds1 como Adh1, el sitio donante vacío se encontraba en las tres plantas que contenían los elementos tanto Ts como Ds: los tres hijos que contenían sólo Ds no tenían sitio donante vacío. Ds1 era estable en ausencia de Ts101, pero se cortaba de su posición residente en todas las plantas que contenían Ts101.
Así, los elementos Ds, Ds202 y Ds1, son estables en plantas de tomate transgénicas en ausencia de una transposasa introducida. Pueden transactivarse en plantas de tomate transgénicas cruzando con plantas transgénicas que contienen una transposasa activa. Los elementos Ds se cortan ambos de sus posiciones residentes en el T-DNA y se reintegran en nuevas posiciones en el genoma del tabaco.
Además de usar un elemento Ac natural para activar los elementos Ds, se usó un derivado estable, Ts101. Puesto que Ts101 cataliza la transposición de elementos Ds, los 50 pb en el extremo 3' de Ac no son necesarios para la función de transacción de Ac. Este hallazgo está de acuerdo con predicciones basadas en la cartografía del transcrito de Ac de otros investigadores, que sugiere que el transcrito de Ac termina a 265 pb del extremo de Ac.
Se examinaron tres transformantes primarios y seis progenies que contenían Ts101. Puesto que ninguna de las plantas contenía ningún fragmento además de las bandas de 1,6 kb y 1,1 kb, que diagnostican Ts101 en su posición residente, no se detectó la transposición del elemento.
3.Ds1 reinsertado en el genoma de tabaco
La sonda de Ds contenía tanto Ds1 como las secuencias de Adh1 de flanqueo. Se espera que las plantas que contienen un sitio donante vacío también contengan nuevas bandas resultantes de Ds integrado en nuevas posiciones en el genoma del tomate. No se detectaron tales bandas incluso bajo condiciones que podrían permitir la detección de una banda presente en menos de un décimo de las células de planta. La planta F_{1} (88-207B) que contenía tanto Ac como Ds1 se autopolinizó. Las progenies F_{2} se ensayaron con respecto a la presencia de nuevas bandas que contienen Ds1. Puesto que los cigotos F_{2} se forman mediante la unión de células simples de los gametofitos masculino y femenino, cualesquiera elementos Ds1 transpuestos transmitidos al cigoto deben estar presentes en una o dos copias por células, una abundancia que puede detectarse fácilmente mediante análisis Southern. La progenie de la planta 88-207B se segregaba con respecto a la presencia de Ds1 en varias nuevas posiciones. Por lo tanto, Ds1 se reintegraba en nuevas posiciones en el genoma del tomate. La incapacidad para detectar estas nuevas posiciones en la F_{1} se debía lo más probablemente a la baja frecuencia de cualquier posición particular en el tejido de planta muestreado.
4.Ds202 era activado tanto por Ac como por Ts101
Puesto que Ds202 es un derivado de Ac que contiene un gen de \beta-galactosidasa bacteriano que reemplaza el fragmento HindIII de 1,6 kb central de Ac, el análisis de plantas que contienen ambos elementos es complicado por su similitud de secuencia. Sin embargo, los sitios residente y donante vacío de Ac y Ds202 pueden distinguirse usando digestiones dobles de EcoRI-SmaI. Usando la sonda wx, que es homóloga a secuencias que flanquean tanto Ac como Ds202, la banda residente para Ac es de 4,3 kb y el sitio donante vacío es de 2,6 kb. Usando la misma sonda, Ds202 tiene una banda residente de 3,5 kb y un sitio donante vacío de 1,8 kb.
Plantas de tomate que contienen Ds202 se cruzaron con plantas que contienen Ac y Ts101. La segregación de Ds202 en la progenie estaba de acuerdo con un solo locus que se había introducido en la transformación de la planta T20-14 (Tabla 1). En el análisis de la progenie que se segrega con respecto a Ac y Ds202, las dos trayectorias que contenían tanto Ac como Ds202 son las únicas trayectorias que exhibían el sitio donante vacío del elemento Ds202. Las tres progenies F_{1} que contenían Ts101 y Ds202 son las únicas trayectorias que exhibían el sitio donante vacío del elemento Ds202. Las tres progenies F_{1} que contenían Ts101 y Ds202 contenían todas un sitio donante vacío. Dos gemelos que contenían sólo Ds202 y no Ts101 no contenían un sitio donante vacío. Ds202 era estable en plantas que carecían de una transposasa introducida y se cortaba de su posición residente en todas las plantas examinadas que contenían Ac o Ts101.
Cuando DNA aislado de plantas que contienen Ds202 se digiere con XbaI, una sonda de \beta-galactosidasa se hibrida a un fragmento de 6,7 kb cuando el elemento Ds está en su posición residente; si Ds202 se transpone, se predice que está en un fragmento de tamaño diferente, mayor que 6,5 kb. Para determinar si Ds202 se integraba en nuevas posiciones en el genoma del tabaco, se sometieron las plantas F_{1} (progenie de Ac x Ds202 y Ts101 x Ds202) a tal análisis: sólo se detectó la banda de 6,7 kb indicativa de Ds202 en su posición residente. Subsiguientemente, se analizó la progenie F_{2} de un cruce Ac x Ds202. El transformante Ds202 usado para generar el progenitor F_{1}, T22-25, contenía múltiples inserciones de T-DNA y múltiples loci de Ds202. Cuando se examinaban 20 plantas F_{2}, 6 contenían la banda residente y una nueva banda de 8,8 kb que sugería que una copia de Ds202 se había transpuesto a una nueva posición en el progenitor F_{1}.
C. Caracterización de la transmisión sexual de elementos Ac transpuestos desde la R_{0} hasta la generación F_{1} de plantas de tomate transgénico
La variedad de cultivo de tomate VF36 se transformó con pMAC como se describe previamente. Los transformantes primarios se denominan los R_{0}; las progenies que resultan de autofecundar plantas R_{0} son F_{1} para los presentes propósitos.
Se recogieron semillas autofecundadas de 30 transformantes primarios y de 20 a 100 semillas por familia se sembraron en el invernadero. Las progenies se evaluaron visualmente con respecto a aberraciones del fenotipo, y se seleccionaron cuatro familias con variantes fenotípicas interesantes para el análisis molecular descrito aquí. Estas cuatro líneas son 88-01, que se segrega con respecto a una conformación redonda de la hoja (rlm); 88-08, que se segrega con respecto a una clorosis foliar con aberración (var); 88-14, para una mutación albina letal (lab) y 88-94, que contiene una mutación que da como resultado tanto la clorosis de las hojas como una conformación foliar entera (bzr). Tres de estos mutantes (88-01, 88-08, 88-14) se segregaban en la progenie F_{1} en relaciones de acuerdo con ser mutaciones recesivas monogénicas simples. La cuarta, 88-94, aparecía sólo una vez en aproximadamente 50 plántulas. Para obtener una imagen general del comportamiento de Ac en la progenie transgénica, también se caracterizó la segregación de Ac en seis familias que parecían fenotípicamente normales. Estas diez familias se listan en la Tabla 2 a continuación.
TABLA 2
\catcode`\#=12\nobreak\centering\begin{tabular}{|c|c|c|c|c|c|c|c|c|}\hline\multicolumn{9}{|c|}{Sumario
de datos de transferencia Southern de F _{1} }\\\hline   \+  \+  \+ 
\+\multicolumn{3}{|c|}{Segregación}\+ \+ \\\hline  Familia  \+
Fenotipo  \+ Nº de  \+ Nº de copias  \+ T-DNA  \+
 Ac   \+ -  \+ -  \+ Progenie  que \\   \+  \+ progenie  \+ de
T-DNA  \+ de AC  \+ -  \+ T-DNA  \+
-  \+ hereda un  Ac  \\    \+  \+  \+  \+  \+  \+  \+  \+
transpuesto \\\hline  88-01  \+ rim  \+ 17  \+ 1  \+
12  \+ 2  \+ 3  \+ 0  \+ 12 \\  88-04  \+ wt  \+ 6 
\+ 1  \+ 4  \+ 0  \+ 2  \+ 0  \+ 0 \\  88-05  \+ wt 
\+ 6  \+ 1  \+ 4  \+ 1  \+ 1  \+ 0  \+ 1 \\  88-08 
\+ var  \+ 12  \+   > 2  \+ 0  \+ 0  \+ 9  \+ 3  \+ 0 \\ 
88-09  \+ wt  \+ 6  \+   > 2  \+ 6  \+ 0  \+ 0 
\+ 0  \+ 0 \\  88-10  \+ wt  \+ 6  \+ 1  \+ 2  \+ 0 
\+ 1  \+ 3  \+ 2 \\  88-11  \+ wt  \+ 6  \+ 1  \+ 5 
\+ 0  \+ 0  \+ 1  \+ 0 \\  88-12  \+ wt  \+ 6  \+  
> 1  \+ 2  \+ 1  \+ 2  \+ 1  \+ 1 \\  88-14  \+
lab  \+ 12  \+ 4  \+ 10  \+ 1  \+ 0  \+ 1  \+ 5 \\ 
89-94  \+ bzr  \+ 13  \+ 1  \+ 7  \+ 1  \+ 3  \+ 2 
\+ 5 \\  Total  \+  \+ 90  \+  \+ 52  \+ 6  \+ 21  \+ 11  \+ 26
\\\hline\end{tabular}\par\vskip.5\baselineskip
Se realizaron hibridaciones Southern de las progenies 6 a 17 de los diez transformantes primarios seleccionados según se describe previamente, con los resultados indicados en la Tabla 2. Se distinguieron inserciones de Ac que se transmitían genéticamente desde las producidas somáticamente en la F_{1} mediante tres criterios: se detectó la misma inserción en plantas tanto parentales como de progenie; la misma inserción comigraba en al menos dos gemelos; o se detectaba un suceso de recombinación meiótica que daba como resultado una progenie que contenía un elemento Ac transpuesto pero no T-DNA.
La presencia de un Ac transpuesto en una progenie que carece de secuencias de T-DNA indica que un Ac transpuesto era heredado del progenitor. Tales presencias requieren que Ac se transponga más allá del locus de T-DNA en el progenitor. Esto permite a continuación la recombinación y la selección de los loci. Por lo tanto, un Ac heredado sin T-DNA tendría que haberse transpuesto en primer lugar en el progenitor. Para evaluar la progenie con respecto a la presencia de secuencias de Ac y T-DNA, una transferencia HindIII-BamHI se sondó secuencialmente con la sonda Ac de 4,3 kb y la sonda wx. Esta digestión permitía la detección de secuencias de Ac independientemente de su posición gracias al doblete de 1,6 kb interno que se hibrida con la sonda de Ac. La sonda wx detectaba una banda residente de 2,4 kb o un sitio donante vacío de 3,0 kb. Las transferencias se sondaron adicionalmente con sondas específicas para los límites derecho e izquierdo de T-DNA para determinar el número de copias de pMAC en los transformantes. Cada progenie que contenía secuencias de wx, como un fragmento de sitio residente o donante vacío, también contenía secuencias de límite de T-DNA. Por lo tanto, la presencia de la banda reversiva de wx, la banda residente de pMAC o los límites de T-DNA podía usarse para identificar el locus de inserción de T-DNA.
Una planta tenía secuencias de Ac pero no secuencias de wx o T-DNA. El modelo observado en esta planta debe haber surgido de una combinación meiótica entre el Ac transpuesto y el plásmido pMAC donante. La frecuencia de este suceso en las otras nueve familias examinadas se describe más tarde.
Una planta de la familia 88-14, planta I, tenía una sola nueva inserción de Ac según se determinaba usando cada una de las dos sondas de Ac. A diferencia de la otra progenie, no había fragmentos de pMAC residentes de 2,4 kb y 3,6 kb en esta planta. Adicionalmente, no existía evidencia del plásmido donante en esta progenie cuando la transferencia se sondaba con sondas específicas para wx o T-DNA.
Los datos obtenidos sondando transferencias Southern de las diez familias con sondas de Ac, wx y límites de T-DNA se resumen en la Tabla 2. Esta tabla indica el número de progenies con las secuencias tanto de Ac como de T-DNA, el número con las secuencias de Ac o T-DNA y el número sin ninguna. En cinco de las diez familias, se identificaron progenies que contenían Ac pero no secuencias del plásmido donante. Esto significa que en al menos la mitad de las familias, algunas progenies heredaban un Ac que se transponía una distancia genética suficiente para permitir la detección de la recombinación. En total, 6 de 90 progenies tenían Ac pero no T-DNA. Esto es una infravaloración del número de las progenies en las que Ac y T-DNA se seleccionan meióticamente debido a que incluso cuando las secuencias están totalmente desconectadas, 9/16 de las progenies contenían todavía ambas. Debido a los pequeños tamaños de las poblaciones, no se podían estimar distancias cartográficas de transposición.
Plantas de progenie que contienen una sola copia transpuesta de Ac que se ha segregado meióticamente del T-DNA son valiosas para seguir el comportamiento subsiguiente de Ac. La planta de progenie 88-01 O es un candidato tal. Se mostraron semillas autofecundadas de esta planta y DNA aislado de 7 progenies. El DNA se digirió con HindIII y la hibridación Southern resultante se sondó con la secuencia de Ac entera encontrada en pJAC-D. La digestión con HindIII del elemento transpuesto en 88-01 O da como resultado un fragmento interno de 1,6 kb y fragmentos de unión de 2,2 kb y 3,7 kb. Debido a la segregación, dos de las sietes progenies (A y F) no heredaban un Ac. Las cinco progenies que alojaban (B, C, D, E y G) muestran las mismas tres bandas que estaban presentes en el progenitor. Sin embargo, además de estas bandas parentales, son evidentes nuevos sitios de inserción de Ac. Las intensidades variables de estas bandas sugieren fuertemente que resultan de la transposición somática de Ac en la F_{2}. Las progenies de otras dos plantas F_{1} que contenían una sola copia de Ac y no T-DNA (88-01 O y 88-14 I) también exhibían transposición somática de Ac en la generación F_{2}. Por lo tanto, se concluye que Ac continúa transponiéndose al menos hasta la tercera generación después de la regeneración.
III. Inserción del gen de proteína de control de insecto de Bacillus thuringiensis var. Kurstaki en tomate usando el vector de transformación pTV101
La bacteria Bacillus thuringiensis var. kurstaki (B.t.k.) codifica una proteína (proteína B.t.) que es preferencialmente letal para insectos lepidópteros. El gen que codifica esta proteína se ha clonado, las secuencias de DNA que permiten la expresión de los implantes génicos se han insertado en la secuencia de control del gen y el gen se ha transformado en plantas de tabaco mediante transformación medida por Agrobacterium (Fischoff, D. y otros, Biotechnology 5:807-813 (1987)). Las plantas que expresan esta proteína quimérica muestran tolerancia incrementada a larvas de lepidópteros.
A. Clonación del gen de B.t.k. en pTV101
El fragmento de DNA de aproximadamente 4 kb que contenía el gen de toxina de B.t.k. conectado a las secuencias promotoras 35S de CaMV y reguladora NOS3' se digiere del plásmido pMON9711 usando las enzimas de restricción apropiadas. Este fragmento se clona a continuación en la porción Ds de TV101 usando cualquiera de las enzimas de restricción disponibles en la región policonectora. Después de la confirmación de la estructura predicha mediante electroforesis a través de geles de agarosa, el vector se introduce en cepas de Agrobacterium tuemefaciens que contiene plásmidos Ti desarmados según se describe por Fraley y otros, Biotechnology 3:629-635 (1985). La construcción final de pBT101 se representa esquemáticamente en la figura 6.
La Agrobacterium que contiene pBT101 se incuba con extractos de cotiledones de las variedades de cultivo de tomate que se describen en Yoder y otros (1988), previamente. Las células transformadas se seleccionan incluyendo 50 \mug/ml de kanamicina en el medio de regeneración. Las plantas de tomate se regeneran en plantas maduras según se describe (Yoder, previamente (1988)). El DNA genómico se ensaya mediante hibridación Southern para confirmar la inserción de T-DNA deseada.
Durante la regeneración del transformante primario que tiene un pBT101, la porción de Ds de la construcción se transpone hasta una nueva posición genómica catalizada por el gen de transposasa. La porción de Ds que tiene el gen 2B.t.k. puede transponerse más de una vez durante el crecimiento de la planta. En efecto, se ha observado que diferentes partes del mismo transformante primario contendrán elementos transpuestos en diferentes posiciones genómicas, indicativas de sucesos de transposición secundarios (Yoder y otros (1988)).
Cuando la planta está madura, se autopoliniza o se fecunda cruzadamente con una variedad sexualmente compatible. Las progenies F_{1} son las progenies híbridas de un cruce o autofecundando el transformante R_{0} primario se recogen semillas y las plantas de la progenie crecen.
Cuando el Ds que tiene el gen B.t.k. se ha transpuesto a una posición cromosómica genéticamente distante del sitio de inserción del vector donante pBT101, el Ds quimérico y el vector donante pBT101, ahora carente de Ds, se seleccionará independientemente en la progenie. En el caso de retrocruzamiento, la mitad de la progenie F_{1} contendrá secuencias de pBT101 y la mitad contendrá el gen Ds. Puesto que cada uno se distribuye aleatoriamente en esta población, aproximadamente 1/4 de la progenie contendrá pBT101 y Ds, 1/4 contendrá pBT101 pero no Ds, 1/4 contendrá Ds pero no pBT101 y 1/4 no contendrá ninguno. Se obtiene una relación diferente cuando la planta R_{0} se autopoliniza. En este caso el número de plantas que contienen tanto pBT101 como Ds, pBT101 pero no Ds, Ds pero no pBT101 o ni pBT101 ni Ds será 9:3:3:1. En ambos casos, una cierta proporción de las plantas contendrá una secuencia de Ds que tiene el gen B.t.k. pero no contendrá ninguna otra secuencia aportada por el plásmido donante. La porción Ds-B.t.k. es estable ahora debido a que el gen de transposasa se ha eliminado junto con el resto de las secuencias donantes.
B. Clonación del constructo de gen B.t.k.-Ds y las secuencias de transposasa sobre plásmidos separados
Un esquema alternativo para mover una construcción de gen B.t.k.-Ds desde su posición original es introducir el gen de transposasa en un plásmido separado. Esto tiene la ventaja de que un transformante primario que contiene el gen de interés en una posición estable puede regenerarse antes de mover el gen deseado a una nueva posición.
Se prepara una construcción similar a pDs202 que contiene el gen B.t.k. en lugar del fragmento de B-gal. Esta construcción se transforma en una planta y se regenera a una planta madura. A diferencia del caso previo, la porción Ds-B.t.k. es ahora completamente estable debido a que no se ha introducido en la planta gen de transposasa.
Un gen de transposasa activo puede introducirse en la planta que contiene la construcción Ds-B.t.k. en cualquiera de dos modos. En primar lugar, el gen de transposasa puede transformarse directamente en el transformante primario o en la progenie de esta planta. Por ejemplo, el transformante primario que contiene la construcción Ds-B.t.k. podría hacerse crecer hasta la madurez, autopolinizarse y recogerse las semillas. Estas semillas germinarían y brotarían plántulas usadas como materia huésped para una transformación secundaria usando un plásmido que contiene el gen de transposasa. En algunos casos, puede ser beneficioso usar un segundo marcador seleccionable, por ejemplo la resistencia a la higromicina, para identificar transformantes que contienen transposasa. Las plantas transgénicas que contienen tanto el constructo Ds-B.t.k. como el gen de transposasa se hacen crecer hasta la madurez, se autopolinizan o se fecundan cruzadamente y las semillas de la progenie se recogen. Como en el esquema previo, las plantas que contienen un fragmento Ds-B.t.k. transpuesto pero no otra secuencias donantes pueden identificarse como segregadoras en las poblaciones de la progenie.
C. Eliminación de genes no deseados de una construcción de DNA transformante
En algunos casos, puede ser deseable mover el gen de interés más allá de su sitio de inserción original después de la transformación. Este será el caso si la expresión del gen deseado es óptima en su posición inicial. En estos casos, la recolocación del gen de interés puede disminuir la eficacia con la que se expresa el gen.
El sistema vectorial de transposición puede incorporarse en estos casos insertando el gen marcador seleccionable entre los límites de Ds. El gen B.t.k. se clona a continuación en una región del vector que no se moviliza mediante la acción de transposasa. Tal construcción se representa esquemáticamente en la figura 7 como pBT201.
El plásmido pBT201 se transforma en una planta y la selección con respecto a transformantes utiliza el marcador de resistencia a la kanamicina. Durante la regeneración de esta planta, la porción Ds, que tiene el marcador seleccionable usado para la transformación, se transpondrá a nuevas posiciones. Como con los casos previos, cuando el elemento Ds se ha transpuesto a una posición no conectada, la segregación del plásmido donante, que contiene el gen B.t.k., y el elemento Ds, que tiene el marcador seleccionable, dará como resultado plantas que contienen el gen B.t.k. pero no secuencias marcadoras seleccionables.
Este esquema también puede incorporar el sistema de dos plásmidos descrito en la sección B.
D. Selección de plantas que contienen el gen de interés pero no secuencias indeseables
En cada uno de los esquemas descritos, se usa segregación genética para crear plantas que contienen el gen deseado pero no tienen secuencias indeseables. Estas plantas pueden identificarse fácilmente mediante cualquiera de un número de procedimientos de diagnóstico estándar para identificar DNA extraño en planas. Adicionalmente, pueden usarse condiciones selectivas de baja restricción para identificar plantas que no contienen el marcador seleccionable. Estas condiciones no son letales para plantas sin el gen (Weide y otros, previamente).

Claims (11)

1. Un método para producir una planta transgénica que comprende un gen de interés que está libre de secuencias de genes marcadores, comprendiendo dicho método:
(a)
proporcionar un constructo de DNA que comprende el gen de interés, ácidos nucleicos auxiliares extraños que comprenden secuencias de gen marcador y un transposón que funciona en plantas, en donde
(i)
el gen de interés se clona dentro de los extremos del transposón en las regiones no esenciales centrales del transposón, o
(ii)
el ácido nucleico auxiliar extraño que comprende las secuencias de gen marcador está entre los extremos del transposón;
(b)
transformar una primera planta con el constructo de DNA, en donde
(i)
la primera planta ha sido provista de una secuencia que codifica transposasa, mediante transformación asexual con un vector, o
(ii)
la primera planta se cruza con una segunda planta que contiene en su genoma una secuencia que codifica transposasa;
(c)
cruzar la planta transformada a través de autocruzamiento o cruzamiento con otra planta para obtener una progenie F_{1} o de una generación más separada; y
(d)
seleccionar las progenies que tengan el gen de interés y estén libres de secuencias del gen marcador.
2. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que el transposón es un elemento Ds.
3. El método de acuerdo con la reivindicación 2, en el que el elemento Ds es un sistema Ac/Ds o un transposón Spm, ambos aislados de maíz.
4. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que el gen de interés se selecciona del grupo que consiste en un gen de endotoxina de Bacillus thuringiensis, un gen de resistencia a una enfermedad, un gen de resistencia viral, un gen de resistencia fúngica, un gen de maduración de frutos, un gen de biosíntesis de aceite, un gen de biosíntesis de pigmento, un gen del metabolismo del almidón o un gen de tolerancia ambiental.
5. El método de acuerdo con la reivindicación 4, en el que el gen de endotoxina de Bacillus thuringiensis es B.t.k.
6. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que un medio para seleccionar la progenie F_{1} o de una generación más separada se selecciona del grupo que consiste en hibridación Southern e hibridación por transferencia lineal.
7. El método de acuerdo con la reivindicación 6, comprendiendo el método además un sistema de amplificación de ácidos nucleicos para mejorar los ensayos de hibridación.
8. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que el ácido nucleico auxiliar extraño se selecciona del grupo que consiste en un gen marcador, además de las secuencias de origen bacteriano o viral que permiten que el constructo de DNA se clone en un huésped bacteriano o fágico, o secuencias de T-DNA de Agrobacterium.
9. El método de acuerdo con la reivindicación 8, en el que el gen marcador es un gen de resistencia a antibióticos.
10. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que las secuencias que codifican transposasa de planta se introducen en la planta mediante inserción en el constructo de DNA, o se introducen en la planta con un segundo constructo de DNA que comprende una secuencia que codifica transposasa en una transformación secundaria.
11. El método de acuerdo con la reivindicación 7, en el que el sistema de amplificación de ácidos nucleicos es la reacción de amplificación con ligasa.
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