EP0846774A2 - Device for performing gene expression analysis - Google Patents

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EP0846774A2
EP0846774A2 EP97119863A EP97119863A EP0846774A2 EP 0846774 A2 EP0846774 A2 EP 0846774A2 EP 97119863 A EP97119863 A EP 97119863A EP 97119863 A EP97119863 A EP 97119863A EP 0846774 A2 EP0846774 A2 EP 0846774A2
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
reaction chambers
container
insert
openings
samples
Prior art date
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Withdrawn
Application number
EP97119863A
Other languages
German (de)
French (fr)
Other versions
EP0846774A3 (en
Inventor
Klaus Dr. Schughart
Thomas Günther
Wolfgang Dietz
Ralf Spörle
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Helmholtz Zentrum Muenchen Deutsches Forschungszentrum fuer Gesundheit und Umwelt GmbH
Original Assignee
Helmholtz Zentrum Muenchen Deutsches Forschungszentrum fuer Gesundheit und Umwelt GmbH
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Filing date
Publication date
Application filed by Helmholtz Zentrum Muenchen Deutsches Forschungszentrum fuer Gesundheit und Umwelt GmbH filed Critical Helmholtz Zentrum Muenchen Deutsches Forschungszentrum fuer Gesundheit und Umwelt GmbH
Publication of EP0846774A2 publication Critical patent/EP0846774A2/en
Publication of EP0846774A3 publication Critical patent/EP0846774A3/en
Withdrawn legal-status Critical Current

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Classifications

    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
    • B01L3/5025—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures for parallel transport of multiple samples
    • B01L3/50255—Multi-well filtration

Definitions

  • the invention relates to a device for carrying out Gene expression analysis according to the preamble of the claim 1, as described in Rosen, B. et al. (1993). Whole mount in situ hybridization in the mouse embryo: gene expression in three dimensions. TIG 9 162-167 is known.
  • ISH In-situ hybridization
  • ISH there are a number of experimental requirements to fulfill. First, all samples are in the same Way pretreated for the ISH. At the actual ISH is it then required groups of samples, each with different Incubate probes separately. Then everyone Samples washed with the same buffers. During the washing steps it is necessary that the individual sample groups, hybridized with different probes stay separated.
  • the object of the invention is to provide a device of the e. G. Art to provide, with the help of routine operations the ISH can be carried out in parallel.
  • the device according to the invention allows in one essential simplified procedures, the hybridization of many sample groups with several different probes at the same time. This leads to an enormous time saving, because the Experimentator only a fraction of the previous time must spend on the individual procedures.
  • Figure 1 shows the insert and Figure 2 housing with cover of the Contraption.
  • Fig. 1 shows the cuboid insert 4 in this Case contains, for example, six reaction chambers.
  • the Eisatzes 4 is a glued to the floor Plastic net 7 indicated that the bottoms of the reaction chambers 1 forms.
  • the spacers are also located on the underside 5.
  • the reaction chambers 1 are threaded at the top provided in which the closures 6 can be screwed.
  • the seal between the closures 6 and the insert 4 takes place for example with the help of sealing rings, not here shown.
  • the top of the insert contains recesses 9 for inserting lifting handles.
  • Fig. 2 shows the container 2 of a rectangular recess for inserting the insert 4.
  • the top of the container 2 contains a groove 10 for receiving a sealing ring, not shown here.
  • At the top of the container are on two brackets glued to the narrow sides, the threaded holes Wear to secure the cover 3.
  • the lid 3 contains also tapped holes for receiving knurled thumb screws for the tight closure of container 2 and lid 3rd
  • lid 3 and 4 other shapes such as B. uses a circular disc will.
  • the samples are placed in individual reaction chambers 1 an insert 4 placed. Since the reaction chambers 1 on the Bottom are closed with a network 7, which remain Samples in reaction chambers 1, but can all be made with the same Solution.
  • the entire insert 4 is introduced into a container 2, which contains the corresponding solution.
  • the entire block 4 can be placed in a second container 2 are transferred with the new solution, or the solution in Container 2 can be replaced.
  • the insert 4 can meanwhile placed on the sterile inside of the lid 3 will. This way all samples are in the same Treated wisely, but the individual sample groups remain Cut.
  • Sub-groups are formed: e.g. a group of wild-type embryos, the embryos from three different stages of development contains, all of which are hybridized with a gene probe A.
  • a second group could consist of embryos of the same stages of development exist, but to hybridize with gene probe B. are.
  • the device meets both requirements and allows at the same time a much easier and faster handling. Because the individual steps are processed faster can save an enormous amount of time for the experimenter.
  • each sample group (the are in different reaction chambers 1) one each another probe added.
  • the solutions should be from different reaction chambers not mixed together will.
  • the top openings of the reaction chambers 1 hermetically sealed with closures 6, the entire insert 4 turned over and vice versa into container 2 set. So that are now closed with the network 7 Sides of the reaction chambers 1 above, and to the individual
  • the desired probe can now be added to groups of samples without probes in a reaction chamber mix with probes in other chambers 1.
  • the hybridization takes place in a solution containing formaldehyde and at high temperatures. This places special demands to the materials and adhesives used. To construction therefore plexiglass was used, and a special one Adhesive designed and used to the required Meets requirements. The materials used must have temperatures withstand from 70 ° C and physiologically harmless be. In addition to plexiglass, there is also the use of stainless steel or Teflon possible.
  • ISH probes The manufacture of the ISH probes is relatively expensive, and the volumes of the washing solutions should only be as large as it is necessary for the corresponding experiment. That's why it is necessary that the hybridization is not too large Volumes is used.
  • Device is designed so that the same amount of hybridization solution can be used as this was previously required with individual test tubes. This is achieved in that the diameter of the bores (reaction chambers 1) that of the test tubes usually used of 12mm.
  • the construction can be varied that for larger samples the diameter increases, or for smaller samples is reduced.
  • the device may vary Can be made in different sizes. For this purpose Devices with 6, 12 or 24 reaction chambers as prototypes tested. When used in screening processes, too Sizes with more reaction chambers possible. When used for Individual hybridization can also be done with only 2 reaction chambers can be used. That way it is possible to keep the volumes of the solutions used to a minimum to limit and save costs. In addition to of the rectangular ones used here are also rotationally symmetrical or other shapes can be used.
  • the samples After hybridization, the samples must be washed in order to remove non-specifically bound probe. In doing so again all samples were treated with the same washing solutions.
  • the entire insert 4 is removed from the container 2 taken and vice versa (the closed with the networks 7 Openings down) in a container with washing solution.
  • To ensure a good exchange of the washing solution with the samples To achieve the insert 4 with container 2 on one Shakers are placed and moved gently, or from time to time Can be briefly raised and lowered again. To wash solutions to change, the solution in the container 2 is exchanged or the entire insert 4 in a container with new one Wash solution transferred.
  • the device is designed so that an optimal exchange between the material to be hybridized and the environment can take place without the tissue being destroyed.
  • To this Purpose was to use the reaction chambers little feet set.
  • networks with different Mesh sizes are used. Especially the use a fine-meshed network also allows processing smaller pieces of tissue, organs and embryos.
  • the diameter of the boreholes can be used in the construction be adapted to the respective requirements.
  • the device can be used not only for ISH, but in the same Way for antibody staining on whole embryos, organs or pieces of tissue can be used.

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Abstract

Apparatus for gene expression analysis has a container (2) and cover (3). The cover seals the container in a tight fit. A stand (4), open at one side, holds the reaction chambers (1) upright. The bases (7), which close the openings at the other side of the reaction chambers (1), give an unimpeded fluid exchange and retain the material for analysis in the reaction chambers. Closures (6) give a hermetic seal at the openings into the reaction chambers opposite the bases.

Description

Die Erfindung betrifft eine Vorrichtung zur Durchführung von Genexpressionsanalysen nach dem Oberbegriff des Patentanspruchs 1, wie sie aus Rosen, B. et al. (1993). Whole mount in situ hybritisation in the mouse embryo: gene expression in three dimensions. TIG 9 162- 167, bekannt ist.The invention relates to a device for carrying out Gene expression analysis according to the preamble of the claim 1, as described in Rosen, B. et al. (1993). Whole mount in situ hybridization in the mouse embryo: gene expression in three dimensions. TIG 9 162-167 is known.

Die Analyse von Genexpressionsmustern mit Hilfe der sogenannten In-Situ-Hybridisierung (ISH) ist zu einer der wichtigsten Methoden in der modernen Biologie geworden, und es ist abzusehen, daß diese Technik künftig auch in der Medizin eine bedeutende Rolle spielen wird. Bei einer ISH werden mit spezifischen, speziell markierten Sonden die Orte der Genaktivität in ganzen Embryonen, Organen oder Gewebeproben (hier als Probe bezeichnet) nachgewiesen.The analysis of gene expression patterns using the so-called In-situ hybridization (ISH) has become one of the most important Methods have become in modern biology and it is foreseeable that this technology will also be an important one in medicine in the future Role will play. At an ISH, specific, specially labeled probes the locations of gene activity in whole embryos, organs or tissue samples (here as a sample designated) demonstrated.

Diese Technik ist sehr arbeitsintensiv und erstreckt sich über mehrere Tage, da viele Inkubationen und Waschschritte notwendig sind. Die einzelnen Schritte wurden bisher in Reagenzröhrchen durchgeführt, und es waren für die verschiedenen Sonden und Proben jeweils ein eigenes Röhrchen erforderlich. Aus diesem Grund war es nur mit erheblichem Aufwand möglich, eine große Anzahl von Proben mit vielen verschiedenen Sonden gleichzeitig zu hybridisieren.This technique is very labor intensive and extends over several days, since many incubations and washing steps are necessary are. The individual steps have so far been in test tubes performed, and it was for the different probes and samples each require a separate tube. For this The reason was that it was only possible with considerable effort large number of samples with many different probes hybridize at the same time.

Bei einer ISH sind eine Reihe von experimentellen Anforderungen zu erfüllen. Zunächst werden alle Proben in der gleichen Weise für die ISH vorbehandelt. Bei der eigentlichen ISH ist es dann erforderlich, Gruppen von Proben mit jeweils verschiedenen Sonden getrennt zu inkubieren. Anschließend werden alle Proben mit den gleichen Puffern gewaschen. Bei den Waschschritten ist es erforderlich, daß die einzelnen Probengruppen, die mit verschiedenen Sonden hybridisiert wurden, weiterhin getrennt bleiben. At an ISH there are a number of experimental requirements to fulfill. First, all samples are in the same Way pretreated for the ISH. At the actual ISH is it then required groups of samples, each with different Incubate probes separately. Then everyone Samples washed with the same buffers. During the washing steps it is necessary that the individual sample groups, hybridized with different probes stay separated.

Aufgabe der Erfindung ist es, eine Vorrichtung der e. g. Art zur Verfügung zu stellen, mit deren Hilfe routinemäßige Abläufe der ISH parallel durchgeführt werden können.The object of the invention is to provide a device of the e. G. Art to provide, with the help of routine operations the ISH can be carried out in parallel.

Gelöst wird diese Aufgabe durch die Merkmale des Patentanspruchs 1. die Unteransprüche beschreiben vorteilhafte Ausgestaltungen der Erfindung.This object is achieved by the features of the patent claim 1. the sub-claims describe advantageous Embodiments of the invention.

Die erfindungsgemäße Vorrichtung erlaubt, in einem wesentlich vereinfachten Verfahren, die Hybridisierung vieler Probengruppen mit mehreren verschiedenen Sonden zur gleichen Zeit durchzuführen. Dies führt zu einer enormen Zeitersparnis, da der Experimentator nur noch einen Bruchteil der bisherigen Zeit für die einzelnen Prozeduren aufwenden muß.The device according to the invention allows in one essential simplified procedures, the hybridization of many sample groups with several different probes at the same time. This leads to an enormous time saving, because the Experimentator only a fraction of the previous time must spend on the individual procedures.

Die Erfindung wird im folgenden anhand eines Ausführungsbeispiels mit Hilfe der Figuren näher erläutert. Dabei zeigt die Figur 1 den Einsatz und die Figur 2 Gehäuse mit Deckel der Vorrichtung..The invention is described below using an exemplary embodiment explained in more detail with the help of the figures. The shows Figure 1 shows the insert and Figure 2 housing with cover of the Contraption..

Die Fig. 1 zeigt den quaderförmigen Einsatz 4 der in diesem Fall beispielsweise sechs Reaktionskammern enthält. An der Unterseite des Eisatzes 4 ist ein mit dem Boden verklebtes Kunststoffnetz 7 angedeutet, das die Böden der Reaktionskammern 1 bildet. An der Unterseite befinden sich auch die Abstandshalter 5.Die Reaktionskammern 1 sind oben mit Gewinden versehen in die die Verschlüsse 6 eingeschraubt werden können. Die Dichtung zwischen den Verschlüssen 6 und dem Einsatz 4 erfolgt beispielsweise mit Hilfe von Dichtringen, hier nicht dargestellt. Die Oberseite des Einsatzes enthält Ausnehmungen 9 zum einsetzen von Hebegriffen.Fig. 1 shows the cuboid insert 4 in this Case contains, for example, six reaction chambers. On the bottom the Eisatzes 4 is a glued to the floor Plastic net 7 indicated that the bottoms of the reaction chambers 1 forms. The spacers are also located on the underside 5. The reaction chambers 1 are threaded at the top provided in which the closures 6 can be screwed. The seal between the closures 6 and the insert 4 takes place for example with the help of sealing rings, not here shown. The top of the insert contains recesses 9 for inserting lifting handles.

Die Fig. 2 zeigt den Behälter 2 der eine quaderförmige Ausnehmung zur Aufnahme des Einsatzes 4 hat. Der obere Rand des Behälters 2 enthält eine Nut 10 zur Aufnahme eines Dichtrings, hier nicht dargestellt. An der Oberseite des Behälters sind an den Schmalseiten zwei Ausleger angeklebt, die Gewindebohrungen zur Befestigung des Deckels 3 tragen. Der Deckel 3 enthält ebenfalls Gewindebohrungen zur Aufnahme von hinterdrehten Rändelschrauben zum dichten Verschluß von Behälter 2 und Deckel 3.Fig. 2 shows the container 2 of a rectangular recess for inserting the insert 4. The top of the container 2 contains a groove 10 for receiving a sealing ring, not shown here. At the top of the container are on two brackets glued to the narrow sides, the threaded holes Wear to secure the cover 3. The lid 3 contains also tapped holes for receiving knurled thumb screws for the tight closure of container 2 and lid 3rd

Statt der Quaderform können für Behälter 2, Deckel 3 und Einsatz 4 auch andere Formen wie z. B. eine Kreisscheibe verwendet werden.Instead of the cuboid shape can be used for container 2, lid 3 and 4 other shapes such as B. uses a circular disc will.

Die Proben werden für die ISH in einzelne Reaktionskammern 1 eines Einsatzes 4 gelegt. Da die Reaktionskammern 1 auf der Unterseite mit einem Netz 7 verschlossen sind, verbleiben die Proben in den Reaktionskammern 1, können aber alle mit derselben Lösung behandelt werden. Zur Inkubation der Proben mit den Lösungen wird der gesamte Einsatz 4 in einen Behälter 2 eingeführt, welche die entsprechende Lösung enhält. Zum Wechseln der Lösungen kann der gesamte Block 4 in ein zweiten Behälter 2 mit der neuen Lösung überführt werden, oder die Lösung im Behälter 2 ausgetauscht werden. Der Einsatz 4 kann dabei zwischenzeitlich auf die sterile Innenseite des Deckels 3 abgestellt werden. Auf diese Weise werden alle Proben in der gleichen Weise behandelt, die einzelnen Probengruppen bleiben aber getrennt.For the ISH, the samples are placed in individual reaction chambers 1 an insert 4 placed. Since the reaction chambers 1 on the Bottom are closed with a network 7, which remain Samples in reaction chambers 1, but can all be made with the same Solution. For incubating the samples with the Solutions, the entire insert 4 is introduced into a container 2, which contains the corresponding solution. To change of the solutions, the entire block 4 can be placed in a second container 2 are transferred with the new solution, or the solution in Container 2 can be replaced. The insert 4 can meanwhile placed on the sterile inside of the lid 3 will. This way all samples are in the same Treated wisely, but the individual sample groups remain Cut.

Eine Trennung von Probengruppen (nach ihrer Herkunft und Hybridisierung mit unterschiedlichen Sonden) ist bei einer ISH besonders wichtig. So sollen z. B. Proben von Wildtyp-Embryonen (oder -Geweben) und von Mutanten-Embyonen (oder -Geweben) auf Unterschiede in der Genaktivität hin untersucht werden. Im Verlauf der ISH-Prozedur müssen natürlich die Wildtyp- und Mutanten-Embryonen (-Gewebe) stets getrennt bleiben, um anschließend Unterschiede zwischen beiden Gruppen festzustellen.A separation of sample groups (according to their origin and hybridization with different probes) is at an ISH particularly important. So z. B. Wild-type embryo samples (or tissues) and mutant embyons (or tissues) to be examined for differences in gene activity. in the Of course, the wild type and mutant embryos must follow the course of the ISH procedure (-Weave) always remain separate, afterwards Find differences between the two groups.

Innerhalb einer Gruppe (Wildtyp bzw. Mutante) können weitere Sub-Gruppen gebildet werden: Z. B. eine Gruppe von Wildtyp-Embryonen, die Embryonen aus drei verschiedenen Entwicklungsstadien enthält, die alle mit einer Gensonde A hybridisiert werden. Eine zweite Gruppe könnte aus Embryonen der gleichen Entwicklungsstufen bestehen, die aber mit der Gensonde B zu hybridisieren sind.Within a group (wild type or mutant), further Sub-groups are formed: e.g. a group of wild-type embryos, the embryos from three different stages of development contains, all of which are hybridized with a gene probe A. A second group could consist of embryos of the same stages of development exist, but to hybridize with gene probe B. are.

Aus diesem Grund ist es deshalb für den Experimentator extrem wichtig, gleich zu Beginn des ISH-Experimentes, Probengruppen zusammenstellen zu können, die im weiteren Verlauf der Analyse getrennt bleiben. Trotzdem bleibt die Notwendigkeit, alle Probengruppen auf die gleiche Weise zu behandeln, damit konstante Bedingungen (für Wildtyp und Mutanten-Embyonen und -Gewebe) geschaffen werden.For this reason, it is extreme for the experimenter important, right at the beginning of the ISH experiment, sample groups to be able to compile the further course of the analysis stay separated. Nevertheless, the need remains for all sample groups treat in the same way so constant Conditions (for wild type and mutant embyons and tissues) be created.

Die Vorrichtung erfüllt beide Erfordernisse und erlaubt gleichzeitig eine wesentlich einfachere und schnellere Handhabung. Da die einzelnen Schritte schneller abgewickelt werden können, bedeutet dies für den Experimentator eine enorme Zeitersparnis.The device meets both requirements and allows at the same time a much easier and faster handling. Because the individual steps are processed faster can save an enormous amount of time for the experimenter.

Bei dem bisherigen Arbeitsablauf mußten z.B. bei der Vorbereitung und den anschließenden Hybridisierungs- und Waschschritten von 10 Probengruppen, alle 10 Gruppen in 10 verschiedene, mit Schraubdeckeln verschlossene, Röhrchen überführt und getrennt behandelt werden. Dazu mußte jedes Röhrchen einzeln aufgeschraubt, die Lösung vorsichtig entfernt, die neue Lösung hinzugefügt und das Röhrchen wieder verschlossen werden. Diese Schritte sind nun derart vereinfacht, daß der gesamte Einsatz in einen Behälter mit neuer Lösung überführt wird, bzw. die Lösung in dem Behälter ausgetauscht wird.In the previous workflow, e.g. in preparation and the subsequent hybridization and washing steps of 10 sample groups, all 10 groups in 10 different, tubes sealed with screw caps, transferred and separated be treated. Each tube had to do this individually screwed on, the solution carefully removed, the new solution added and the tube closed again. This Steps are now simplified so that the entire effort is transferred to a container with a new solution, or the Solution in the container is exchanged.

Für die eigentliche ISH wird nun zu jeder Probengruppe (die sich in verschiedenen Reaktionskammern 1 befinden) eine jeweils andere Sonde hinzugegeben. Dabei dürften die Lösungen aus verschiedenen Reaktionskammern nicht miteinander vermischt werden. Zu diesem Zweck werden die oberen Öffnungen der Reaktionskammern 1 mit Verschlüssen 6 hermetisch abgedichtet, der gesamte Einsatz 4 umgedreht und umgekehrt in den Behälter 2 gesetzt. Damit befinden sich nun die mit dem Netz 7 verschlossenen Seiten der Reaktionskammern 1 oben, und zu den einzelnen Gruppen von Proben kann nun jeweils die gewünschte Sonde hinzugefügt werden, ohne daß Sonden in einer Reaktionskammer sich mit Sonden in anderen Kammern 1 vermischen.For the actual ISH, each sample group (the are in different reaction chambers 1) one each another probe added. The solutions should be from different reaction chambers not mixed together will. For this purpose the top openings of the reaction chambers 1 hermetically sealed with closures 6, the entire insert 4 turned over and vice versa into container 2 set. So that are now closed with the network 7 Sides of the reaction chambers 1 above, and to the individual The desired probe can now be added to groups of samples without probes in a reaction chamber mix with probes in other chambers 1.

Anschließend erfolgt die eigentliche Hybridisierung der Proben mit der Sonde bei hoher Temparatur. Hierbei ist es wichtig, daß keine Flüssigkeit verdampft und es so zu einer Konzentrierung von Salzen in der Hybridisierungslösung kommt. Dieses Problem ist bei derart gelöst, daß der Behälter 2, in dem sich der Einsatz 4 mit den Reaktionskammern 1 befindet, mit einem Verschluß abgedichtet wird. Möglich sind hier neben Rändelschrauben auch Filmschaniere, Schrauben und Klemmen mit Federbügeln oder Spannverschlüsse, die über Federdruck arbeiten. Dadurch ensteht in dem gesamten Behälter (einschließlich der Reaktionskammern) ein gasgesättigter Raum.The actual hybridization of the samples then takes place with the probe at high temperature. It is important here that no liquid evaporates and so it becomes a concentration of salts in the hybridization solution. This Problem is solved in such a way that the container 2, in which the insert 4 with the reaction chambers 1, with a Closure is sealed. Knurled screws are also possible here also film hinges, screws and clamps with spring clips or latches that work via spring pressure. This creates in the entire container (including the Reaction chambers) a gas-saturated room.

Die Hybridisierung erfolgt in Formaldehyd enthaltender Lösung und bei hohen Temperaturen. Dies stellt besondere Anforderungen an die verwendeten Materialien und Klebstoffe. Zur Konstruktion wurde deshalb Plexiglas verwendet, und ein spezieller Klebstoff entwickelt und verwendet, der den erforderlichen Ansprüchen genügt. Die verwendeten Materialien müssen Temperaturen von 70°C standhalten und physiologisch unbedenklich sein. Neben Plexiglas ist hier auch die Verwendung von Edelstahl oder Teflon möglich.The hybridization takes place in a solution containing formaldehyde and at high temperatures. This places special demands to the materials and adhesives used. To construction therefore plexiglass was used, and a special one Adhesive designed and used to the required Meets requirements. The materials used must have temperatures withstand from 70 ° C and physiologically harmless be. In addition to plexiglass, there is also the use of stainless steel or Teflon possible.

Die Herstellung der ISH-Sonden ist verhältnismäßig teuer, und die Volumina der Waschlösungen sollten nur so groß sein, wie es für den entsprechenden Versuch erforderlich ist. Deshalb ist es notwendig, daß bei der Hybridisierung nicht zu große Volumina eingesezt wird. Vorrichtung ist so konstruiert, daß die gleiche Menge an Hybidisierungslösung einsetzbar ist, wie dies zuvor mit einzelnen Reagenzgefäßen erforderlich war. Dies wird dadurch erreicht, daß der Durchmesser der Bohrungen (Reaktionskammern 1) dem der üblicherweise verwendeten Reagenzgefäßen von 12mm entspricht. The manufacture of the ISH probes is relatively expensive, and the volumes of the washing solutions should only be as large as it is necessary for the corresponding experiment. That's why it is necessary that the hybridization is not too large Volumes is used. Device is designed so that the same amount of hybridization solution can be used as this was previously required with individual test tubes. This is achieved in that the diameter of the bores (reaction chambers 1) that of the test tubes usually used of 12mm.

Je nach Bedarf kann die Konstruktion aber so variiert werden, daß für größere Proben der Durchmesser vergrößert, bzw. für kleineren Proben verringert wird. Die Vorrichtung kann je nach Bedarf in verschiedenen Größen angefertigt werden. Hierzu wurden Apparaturen mit 6, 12 oder 24 Reaktionskammern als Prototypen getestet. Beim Einsatz in Screening-Prozessen sind auch Größen mit mehr Reaktionskammern möglich. Bei Verwendung zur individuellen Hybridisierung können auch Einsätze mit lediglich 2 Reaktionskammern verwendet werden. Auf diese Weise ist es möglich, die Volumina der verwendeten Lösungen auf ein Minimum zu begrenzen und Kosten einzusparen. Ferner kann neben der hier verwendeten rechteckigen auch rotationssymmetrische oder andere Formen verwendet werden.Depending on your needs, the construction can be varied that for larger samples the diameter increases, or for smaller samples is reduced. The device may vary Can be made in different sizes. For this purpose Devices with 6, 12 or 24 reaction chambers as prototypes tested. When used in screening processes, too Sizes with more reaction chambers possible. When used for Individual hybridization can also be done with only 2 reaction chambers can be used. That way it is possible to keep the volumes of the solutions used to a minimum to limit and save costs. In addition to of the rectangular ones used here are also rotationally symmetrical or other shapes can be used.

Nach der Hybridisierung müssen die Proben gewaschen werden, um nicht spezifisch gebundene Sonde zu entfernen. Dabei werden wieder alle Proben jeweils mit denselben Waschlösungen behandelt. Hierfür wird der gesamte Einsatz 4 aus dem Behälter 2 genommen und umgekehrt (die mit den Netzen 7 verschlossenen Öfnungen nach unten) in einen Behälter mit Waschlösung gesetzt. Um einen guten Austausch der Waschlösung mit den Proben zu erreichen, kann der Einsatz 4 mit Behälter 2 auf einen Schüttler gestellt und schwach bewegt werden, oder von Zeit zu Zeit kurz angehoben und wieder abgesenkt werden. Um Waschlösungen zu wechseln, wird die Lösung in dem Behälter 2 ausgetauscht oder der gesamte Einsatz 4 in einen Behälter mit neuer Waschlösung überführt.After hybridization, the samples must be washed in order to remove non-specifically bound probe. In doing so again all samples were treated with the same washing solutions. For this purpose, the entire insert 4 is removed from the container 2 taken and vice versa (the closed with the networks 7 Openings down) in a container with washing solution. To ensure a good exchange of the washing solution with the samples To achieve the insert 4 with container 2 on one Shakers are placed and moved gently, or from time to time Can be briefly raised and lowered again. To wash solutions to change, the solution in the container 2 is exchanged or the entire insert 4 in a container with new one Wash solution transferred.

Die Vorrichtung ist so konstruiert, daß ein optimaler Austausch zwischen dem zu hybridisierenden Material und der Umgebung erfolgen kann, ohne daß das Gewebe zerstört wird. Zu diesem Zweck wurde der Einsatz mit den Reaktionskammern auf kleine Füßchen gesetzt.The device is designed so that an optimal exchange between the material to be hybridized and the environment can take place without the tissue being destroyed. To this Purpose was to use the reaction chambers little feet set.

Je nach der Größe der verwendeten Proben können Netze mit verschiedenen Maschengrößen verwendet werden. Vor allem die Verwendung eines feinmaschigeren Netzes erlaubt so auch die Verarbeitung kleinerer Gewebestücke, Organe und Embryonen.Depending on the size of the samples used, networks with different Mesh sizes are used. Especially the use a fine-meshed network also allows processing smaller pieces of tissue, organs and embryos.

Außerdem kann bei der Konstruktion der Durchmesser der Bohrlöcher den jeweiligen Anforderungen angepasst werden.In addition, the diameter of the boreholes can be used in the construction be adapted to the respective requirements.

Die Vorrichtung kann nicht nur für ISH, sondern in der gleichen Weise für Antikörper-Färbungen an ganzen Embryonen, Organen oder Gewebestücken verwendet werden.The device can be used not only for ISH, but in the same Way for antibody staining on whole embryos, organs or pieces of tissue can be used.

Claims (6)

Vorrichtung zur Durchführung von Genexpressionsanalysen bestehend aus mindestens zwei Reaktionskammern, welche auf einer Seite hermetisch verschließbar sind, gekennzeichnet durch a) einen Behälter (2) und einen Deckel (3), wobei Deckel (3) und Behälter (2) dicht verschließbar sind, b) einen Einsatz (4), welcher die Reaktionskammern (1) enthält, wobei die Reaktionskammern (1) senkrecht angeordnet an einer Seite offen sind, c) Böden (7), welche die auf der anderen Seite liegenden Öffnungen der Reaktionskammern (1) verschließen, wobei die Böden (7) einen ungehinderten Flüssigkeitsaustausch ermöglichen, und das zu analysierende Material in der Reaktionskammer zurückhalten, und d) Verschlüsse (6) zur hermetischen Abdichtung, der den Böden gegenüberliegenden Öffnungen der Reaktionskammern. Device for carrying out gene expression analyzes consisting of at least two reaction chambers, which can be hermetically sealed on one side, characterized by a) a container (2) and a lid (3), the lid (3) and container (2) being sealable, b) an insert (4) which contains the reaction chambers (1), the reaction chambers (1) being arranged vertically and open on one side, c) trays (7) which close the openings on the other side of the reaction chambers (1), the trays (7) allowing unhindered liquid exchange and retaining the material to be analyzed in the reaction chamber, and d) closures (6) for hermetic sealing of the openings of the reaction chambers opposite the floors. Vorrichtung nach Anspruch 1 gekennzeichnet durch Abstandhalter (5) an dem Einsatz an der Seite der Böden (7).Device according to claim 1, characterized by spacers (5) on the insert on the side of the bottoms (7). Vorrichtung nach Anspruch 1 oder 2 dadurch gekennzeichnet, daß die Böden (7) durch ein einziges, alle Öffnungen überdeckendes Element gebildet werden.Device according to claim 1 or 2, characterized in that the floors (7) by a single, covering all openings Element are formed. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 1 bis 3 gekennzeichnet durch Ausnehmungen (9) im Einsatz (4) zur Aufnahme von Hebegriffen.Device according to one of claims 1 to 3, characterized through recesses (9) in the insert (4) for receiving lifting handles. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 1 bis 4 dadurch gekennzeichnet, daß das alle Öffnungen überdeckende Element ein aufgeklebtes Nylonnetz ist, Device according to one of claims 1 to 4, characterized in that that the element covering all openings is a glued nylon net, Vorrichtung nach einem der Ansprüche 1 bis 5 dadurch gekennzeichnet, daß das Material des Deckels (3), der Kammer (2) und des Einsatzes (4) aus Plexiglas bestehen.Device according to one of claims 1 to 5, characterized in that the material of the lid (3), the chamber (2) and the insert (4) made of plexiglass.
EP97119863A 1996-12-07 1997-11-13 Device for performing gene expression analysis Withdrawn EP0846774A3 (en)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE19650880 1996-12-07
DE1996150880 DE19650880C1 (en) 1996-12-07 1996-12-07 Apparatus for gene expression analysis

Publications (2)

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EP0846774A2 true EP0846774A2 (en) 1998-06-10
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