DE3786876T2 - Verfahren zum Nachweis von Restriktionsfragmentlängenpolymorphien in eukaryotischen Genomen. - Google Patents

Verfahren zum Nachweis von Restriktionsfragmentlängenpolymorphien in eukaryotischen Genomen.

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Description

  • Es ist bekannt, daß das menschliche Genom etwa 10&sup7; bis 3·10&sup7; polymorphe Loci enthält. Untersuchungen über die menschliche genetische Variation sind wesentlich durch die Erforschung von Restriktionsfragmentlängenpolymorphismen (RFLPs) gesteigert worden.
  • Mehrere Hundert Sonden, die RFLPs nachweisen, sind charakterisiert worden; die meisten Sonden stammen aus systematischen Untersuchungen willkürlich clonierter DNA-Segmente oder aus chromosomenspezifischen Genbanken.
  • Im allgemeinen weisen diese menschlichen genetischen Marker Einzelbasenaustausche von Einzelkopie-Sequenzen nach (Botstein et al., 1980). Dennoch reichen diese mehrere Hundert Sonden immer noch nicht aus, um die Identifizierung von genügend RFLPs zu erlauben, welche das menschliche Genom in kurzen genetischen Abständen abdecken (etwa 10 cM). Das menschliche Genom enthält jedoch einzigartige repetitive DNA. Tandemartig organisierte einfache repetitive DNA, die im Genom häufig eingestreut ist, zeigt ebenfalls Basensequenz-Polymorphismen. Diese RFLPs stammen wahrscheinlich aus ungleichen Austauschen, welche die Anzahl der Tandemwiederholungen in einem bestimmten DNA-Fragment verändern. Da zahlreiche Varianten existieren, können viele Allele definiert werden. Wegen der Anzahl und der Häufigkeiten ihrer Allele werden Regionen von eingestreuter einfacher repetitiver DNA als die informativsten genetischen Marker betrachtet (White , 1985). Unter Ausnutzung bestimmter eingestreuter repetitiver DNAs, der sogenannten Mini-Satelliten, entwickelten Jeffreys und Mitarbeiter (1985 a, b, c) das Prinzip des "DNA-Fingerprinting": clonierte Sonden, die auf einem Kern von tandemartig wiederholten Sequenzen beruhen, welche viele hochveränderliche Loci gleichzeitig entdecken können und deshalb hochgradig individuenspezifische Hybridisierungsmuster liefern.
  • Eine andere Familie einfacher Wiederholungen, die GATA-Sequenzen, ist ursprünglich aus weiblich-spezifischer Schlangen-Satelliten-DNA identifiziert und charakterisiert worden (Epplen et al., 1982a). Später wurde gefunden, daß diese einfachen Viererwiederholungen (sqr) in den Eukaryonten konserviert sind. Im menschlichen Genom und im Maus-Genom sind die sqr über das gesamte chromosomale Komplement eingestreut (Epplen et al., 1982b Schäfer et al., 1986a). Diese Eigenschaften qualifizieren die sqr als Kandidaten für RFLP-Untersuchungen.
  • Das Problem, das der vorliegenden Erfindung zugrunde liegt, ist die Bereitstellung eines Verfahrens zum Nachweis von RFLPs in eukaryontischen Genomen, insbesondere im menschlichen Genom, welches nicht auf den Nachweis einzelner Basenaustausche bei Einzelkopie-Sequenzen begrenzt ist, sondern den gleichzeitigen Nachweis vieler RFLPs in einem eukaryontischen Genom und insbesondere im menschlichen Genom erlaubt.
  • Die Lösung dieses technischen Problems wird durch die Bereitstellung eines DNA- Fingerprinting-Verfahrens erreicht, bei dem Oligonucleotide, die spezifisch für einfache Tandemwiederholungen mit einer Periodizität von 2 oder 3 Basen sind, als Sonden verwendet werden.
  • Diese Lösung beruht auf der vorstehend erwähnten Entdeckung, daß die einfachen Tandemwiederholungen, die eine Periodizität von 2 oder 3 Basen haben, die informativsten genetischen Marker sind, welche in den Genomen der Eukaryonten konserviert sind.
  • Der Gegenstand der Erfindung ist deshalb ein Verfahren zur Analyse eukaryontischer DNA, bei dem die DNA eines Individuums isoliert wird, die DNA einer Restriktionsendonuclease-Spaltung unterzogen wird, die gespaltene DNA durch Gelelektrophorese getrennt wird, das Gel getrocknet und mit einer Sonde hybridisiert wird, und das Bandenmuster der DNA ausgewertet wird; das Verfahren ist dadurch charakterisiert, daß die verwendete Sonde ein Oligonucleotid ist, das spezifisch mit eukaryontischen einfachen Tandemwiederholungen hybridisiert, die eine Periodizität von 2 oder 3 Basen aufweisen.
  • Unter geeigneten Hybridisierungsbedingungen sind die Oligonucleotid- Sonden absolut spezifisch, so daß eine einzige Basen-Fehlpaarung die Hybridisierung verhindert (Itakura et al., 1984). Deshalb wurden Sonden mit Tandemwiederholungen verschiedener Längen verwendet.
  • Eine Untergruppe einfacher Tandemwiederholungen, welche im erfindungsgemaßen Verfahren anwendbar ist, sind repetitive Dreiersequenzen (TCC)&sub5;.
  • Eine weitere Untergruppe einfacher Tandemwiederholungen, die im erfindungsgemäßen Verfahren verwendet werden kann, sind repetitive Zweiersequenzen, für die die Sequenzen (GT)&sub8; und (CT)&sub8; spezifische Beispiele darstellen.
  • Die Vorteile der "Mini-Satelliten"-Sonden gegenüber traditionellen RFLP- Sonden sind ausführlich diskutiert worden (Jeffreys et al., 1985 a, b, c). Alle diese Vorteile können auch durch die Oligonucleotidsonden erreicht werden, die hier in Beispielen erläutert werden. Zusätzlich können quantitative Unterschiede (Bandenintensitäten) ausgewertet werden. Außerdem ist die Oligonucleotid-Hybridisierung viel schneller, und die Exponierungszeit beträgt ungefähr ein Sechstel der klassischen "Mini-Satelliten"-Sonden. Zusammengefaßt sind Oligoncleotide, die spezifisch für einfache, sich wiederholende DNA sind, als eine wertvolle alternative Sonde für die meisten RFLP-Untersuchungen zu betrachten.
  • Das erfindungsgemäße Verfahren kann im allgemeinen für die Analyse eukaryontischer DNA verwendet werden. Es kann vorteilhaft für die Analyse tierischer, besonders menschlicher, DNA verwendet werden. Spezifische Beispiele von Restriktionsenzymen, die im Verfahren verwendet werden, sind Alu I, Hae III, Hinf I und Mbo I.
  • Die verwendeten Dreier-Oligonucleotide weisen vorzugsweise eine Länge von 15-24 Basen auf; besonders bevorzugt sind 15-mere. Ein spezifisches, im Verfahren verwendetes Beispiel ist (TCC)&sub5; sowie das Komplement dazu, (GGA)&sub5;. Der erfindungsgemäße Gegenstand umfaßt auch alle Dreier-Oligonucleotide, welche die vorstehend erwähnte Sequenz aufweisen, aber mit einer beliebigen anderen Base beginnen, das sind CC(TCC)&sub4;T, C(TCC)4TC, und die dazu komplementären Sequenzen
  • Die verwendeten Zweier-Oligonucleotidsonden weisen ebenfalls vorzugsweise eine Länge von 16-24 Basen auf; besonders bevorzugt sind 16- mere. Spezifische Beispiele sind (CT)&sub8; und (GT)&sub8; sowie die Komplemente davon, (GA)&sub8; und (CA)&sub8;. Die Erfindung umfaßt auch alle Zweier-Sonden, die die vorstehend erwähnte Sequenz aufweisen, aber mit der anderen Base beginnen, das sind T(CT)&sub7;C und T(GT)&sub7;G und die komplementären Sequenzen dazu.
  • Das erfindungsgemäße Verfahren kann zur in vitro -Diagnose genetischer Fehler, wie Erbkrankheiten, oder zur Bestimmung genetischer Verwandtschaften eingesetzt werden.
  • Fig. 1: Vergleich der Oligonucleotidsonden, die zum DNA-Fingerprinting menschlicher DNA verwendet werden. Die DNA von sechs Familien (Stammbäume siehe unten) wurde mit den Restriktionsenzymen Mbo I (M), Hinf 1(H) und Alu 1(A) gespalten. DNA-Proben wurden gespalten und das Gel getrocknet. Das gleiche Gel wurde nacheinander mit den folgenden sechs Sonden hybridisiert [bei den angegebenen Temperaturen]: (CT)&sub8; [43ºC, abgekürzt CT]; (GACA)&sub4; [43ºC, abgekürzt GACA]; (GATA)&sub2;GACA (GATA)&sub2; [47ºC, abgekürzt GATA]; (GATA)&sub4; [35ºC, abgekürzt GATA]; (GGAT)&sub4; [43ºC, abgekürzt GGAT]; (GT)&sub8; [43ºC, abgekürzt GT] und (TCC)&sub5; [45ºC, abgekürzt
  • Man beachte die verwandten Bandenmuster bei den CT-, GACA- und GATA Hybridisierungen. Die GT- und TCC-Oligonucleotide weisen sogar noch mehr polymorphe Banden nach als die Sonden mit Viererwiederholungen. Molekulargewichtsmarker sind durch die horizontalen Striche in Kilobasen angezeigt. Für weitere Details siehe Materialien und Methoden.
  • Symbole: männlich; weiblich; Nachkommenschaft.
  • Die folgenden Beispiele dienen zur Erläuterung der Erfindung und sollen nicht beschränkend wirken.
    • BEISPIEL 1 A. Materialien und Methoden
  • DNA wurde aus peripherem Blut von zehn nichtverwandten und vier verwandten Blutspendern gemäß Kunkel et al. (1977) mit geringen Modifikationen isoliert. Die untersuchten nichtverwandten Individuen waren normal und umfaßten sieben Kaukasier (fünf Deutsche, zwei Briten), zwei Asiaten (aus Indien) und einen Schwarzafrikaner (aus Äthiopien). Die vier verwandten Blutspender nahmen an einem Reihenuntersuchungsprogramm zur RFLP-Analyse teil. Von jedem Individuum wurden drei bis fünf ug DNA mit den Restriktionsenzymen Alu I, Hae III, Hinf I, und Mbo I gemäß den Empfehlungen der Hersteller gespalten. Um sicherzustellen, daß die Spaltungen vollständig waren, wurden mit Plasmid-DNA, die den Proben mit menschlicher DNA zugefügt wurde, Kontrollspaltungen durchgeführt. Die Elektrophorese wurde in 0.6%-Agarosegelen in TAE-Puffer (40 mM Tris, 1 2mM Na-Acetat, 2 mM EDTA; pH 8.3) durchgeführt. Die Gele wurden auf einem Vakuumgeltrockner eine Stunde bei Lufttemperatur und eine Stunde bei 60ºC getrocknet (Tsao et al., 1983). Vor der Hybridisierung wurden die Gele in 0.5 M NaOH/ 0.15 M NaCl 30 Minuten denaturiert und in 0.5 M Tris/ 0.15 M NaCl (pH 8) 30 Minuten bei Raumtemperatur neutralisiert. Die Oligonucleotidsonden wurden in einer Standard-Kinasereaktion (Schäfer et al . . 1986 a) mit γ³²p-ATP markiert.
  • Hybridisierungen wurden bei geeigneten Temperaturen 4-5 Stunden in 5· SSPE (1 · SSPE = 180 mM NaCl, 10 mM Na1.5PO&sub4; 1 mM EDTA; pH 8.0), 0.1% SDS, 10 ug/ml ultraschallbehandelter und denaturierter E.coli-DNA und 1 · 10&sup6;cpm/ml der radioaktiv markierten Sonden durchgeführt. Bei den Hybridisierungen sollten die Temperaturen innerhalb eines Schwankungsbereichs von 2ºC bleiben. Nach der Hybridisierung wurden die Gele auf Eis in 6· SSC (20 · SSC: 175.3 g NaCl, 88.2 g Na-Citrat pro Liter) gewaschen, gefolgt von einem einminütigen Waschen bei der entsprechenden Hybridisierungstemperatur. Die Gele wurden ohne Verstärkerfolie auf Kodak-XAR-5 -Röntgenfilmen exponiert. Für eine erneute Sondenhybridisierung der Gele wurden die Sonden durch Behandlung der Gele, so wie vorher für die Denaturierung und Neutralisierung beschrieben, und durch zweimaliges Waschen, jeweils 15 Minuten, in 5 mM EDTA (pH 7) bei 60ºC und zuletzt durch eine Behandlung der Gele mit 6 · SSC 20 Minuten bei Raumtemperatur entfernt.
  • Um die Variationen in der Kopiezahl in den individuellen DNA-Proben abschätzen zu können, wurden die Plasmide pmlc 2 und pmcl 4 (Schäfer et al., 1986b) in die Gelelektrophorese einbezogen. Diese Plasmide enthalten bekannte Bereiche von GATA- und GACA-Wiederholungen. Auf der Grundlage verschiedener Plasmidkonzentrationen und deren Unterschiede in der Signalintensität wurden die Kopiezahlen in der menschlichen genomischen DNA abgeschätzt.
  • Der Nachweis von DNA-Fingerprints mit Oligonucleotidsonden kann ebenfalls mit dem Biotin/Streptavidin-Markierungsverfahren ausgeführt werden. Obwohl dieses Verfahren weniger empfindlich ist als die ³²p- Markierung, werden die Bandenmuster schnell sichtbar. Das ist darauf zurückzuführen, daß viele Sondenmoleküle mit jedem polymorphen DNA- Fragment hybridisieren (wegen des tandemartig repetitiven Charakters der nachgewiesenen , einfach-wiederholten Sequenzen). Die Anwendbarkeit einer nicht-radioaktiven Methode wird durch die Synthese biotinylierter Oligonucleotidsonden nachgewiesen (z. B. gemäß dem von Agrawal et al., Nucleic Acids Research fl4 (1986), 6227, beschriebenen Verfahren). Die Vorteile der nicht-radioaktiven Nachweisverfahren sind offensichtlich.
    • B. Ergebnisse
  • DNA-Fingerprint-Muster (so wie die vorstehend erwähnten) sind mit der Oligonucleotidsonde (GGAT)&sub4; oder Sonden mit noch kürzerer Periodizität , wie z. B. (TCC)&sub5;, (GT)&sub8;, und (CT)&sub8;, gewonnen worden (siehe Fig. 1). Methodologische Details sind in der Legende zur Figur und im vorstehenden Abschnitt Materialien und Methoden angegeben. Aus Fig. 1 wird deutlich, daß die (GT)&sub8;- und (TCC)&sub8;-Sonden sogar noch mehr polymorphe Banden nachweisen, und so die Notwendigkeit reduzieren, verschiedene Enzyme und Sonden für individuenspezifische Fingerprints einsetzen zu müssen. Die niedrige Mutationsrate für einfache Tandemwiederholungen stellt einen bemerkenswerten Vorteil gegenüber den Verfahren nach Jeffreys et al., (1985) dar.
    • Literaturverzeichnis
  • Botsteiri D., White R.t., Skolnick N., Davis R.W. (1980), construction of a genetic linkage map in man using restriction fraginent length polymorphisins, Am. J. Hum. Genet. 32:314-331
  • Epplen J.T., Sutou S., Mccarrey J.R. and Ohno S. (1982a) Is sex specifically arranged repetitive DNA involved in primary sex determination in vetebrates. In: Bonnetamir B (ed) Human Genetics Part A: The Unfolding Genome. Alan R. Liss, New York, pp. 317-326
  • Epplen J.T., Mccarrey J.R., Sotou s., Ohno S. (1982b) Base sequence of a cloned snake w-chromosome DNA fragment and identification of a male specific putative mRNA in the mouse. Proc. Natl. Acad. sci. USA 21 : 3798- 3802
  • Itakura K., Rossi J.J., Wallace R.B. (1984) Synthesis and use of synthetic oligonucleotides. Ann Rev. Biochem. 53 : 323-356
  • Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.t. (1985a) Hypervariable "minisatellite" regions in human DNA. Nature 314:67-73
  • Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.t. (1985b) Individual-specific "fingerprints" of human DNA. Natur- 111 : 76-79
  • Jeffreys A.J., Brookfield J.F.Y., Semeonoff R. (1985c) Positive Identification of an immigration testcase using human DNA fingerprints. Nature 317:818-819
  • Kunkel L.N., Smith K.D., Boyer S.H., Borgaonkar D.S., Wachtel S.S., Miller O.J., Breg W.R., Jr. Jones H.W., Rary J.N. (1977) Analysis of human Y chromosomespecific reiterated DNA in chromosome variants. Proc Natl. Acad Sci. USA 74 : 1245-1249
  • Schäfer R., All s., Epplen J.T. (1986a) The organization of the evolutionarily conserved GATA/GACA repeats in the mouse genomes. Chroinosona 93 : 502-510
  • Schäfer R., Boltz E., Becker A., Bartels F., Epplen J.T. (1986b) The expresslon of the evolutionarily conserved GATA/GACA repeats in mouse tissue. Chromosoma 93 : 496-501
  • Tsao S.G.S., BrunJc C.F., Perman R.E. (1983) Hybridizatlon of nuclelc acids dlrectly in agarose gels. Analvt Blochem. 131 : 365-372
  • White R. (1965) DNA sequence polymorphisms revitalize linkage approaches in human genetlcs. Trends Genet. 1:177-181

Claims (21)

1. Verfahren zur Analyse von eukaryontischer DNA, in dem die DNA eines Individuums isoliert wird, die DNA einem Restriktionsendonuclease-Verdau unterworfen wird, die gespaltene DNA durch eine Gelelektrophorese getrennt wird, das Gel getrocknet und mit einer Sonde hybridisiert wird und das Bandenmuster der DNA ausgewertet wird, dadurch gekennzeichnet, daß die verwendete Sonde ein Oligonucleotid ist, das spezifisch mit eukaryontischen einfachen Tandemwiederholungen, die eine Periodizität von 2 oder 3 Basen aufweisen, hybridisiert.
2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß die verwendete DNA eine menschliche oder tierische DNA ist.
3. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 und 2, dadurch gekennzeichnet, daß das verwendete Restriktionsenzym Alu I, Hae III, Hinf I oder Mbo I ist.
4. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, daß die verwendete Sonde ein Oligonucleotid ist, das spezifisch mit eukaryontischen einfachen Dreierwiederholungen hybridisiert.
5. Verfahren nach Anspruch 4, dadurch gekennzeichnet, daß die einfachen Dreierwiederholungen, die von der Oligonucleotidsonde in dem eukaryontischen Genom erkannt werden, TCC-Sequenzen oder die komplementären Sequenzen GGA sind.
6. Verfahren nach Anspruch 5, dadurch gekennzeichnet, daß das Oligonucleotid eine Länge von 15 bis 24 Nucleotiden aufweist.
7. Verfahren nach Anspruch 6, dadurch gekennzeichnet, daß das Oligonucleotid (TCC)&sub5; oder die komplementäre Sequenz (GGA)&sub5; ist.
8. Verfahren nach Anspruch 6, dadurch gekennzeichnet, daß das Qligonucleotid die in Anspruch 7 erwähnte Sequenz aufweist, aber mit irgendeinem der anderen Nucleotide beginnt.
9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, daß die verwendete Sonde ein Oligonucleotid ist, das spezifisch mit eukaryontischen einfachen Zweierwiederholungen hybridisiert.
10. Verfahren nach Anspruch 9, dadurch gekennzeichnet, daß die einfachen Zweierwiederholungen, die von der Oligonucleotidsonde in dem eukaryontischen Genom erkannt werden, GT-Sequenzen oder die komplementären Sequenzen AC sind.
11. Verfahren nach Anspruch 10, dadurch gekennzeichnet, daß das Oligonucleotid eine Länge von 16 bis 24 Nucleotiden aufweist.
12. Verfahren nach Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet, daß das Oligonucleotid (GT)&sub8; oder die komplementäre Sequenz (AC)&sub8; ist.
13. Verfahren nach Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet, daß das Oligonucleotid (CT)&sub8; oder die komplementäre Sequenz (AG)&sub8; ist.
14. Verfahren nach Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet, daß das Oligonucleotid die in den Ansprüchen 12 oder 13 erwähnte Sequenz aufweist, aber mit einem anderen Nucleotid beginnt.
15. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 14, dadurch gekennzeichnet, daß das Hybridisierungs- und Auswertungs- Verfahren die Hybridisierung der gespaltenen DNA mit einer radioaktiv markierten Sonde, die Entfernung des nicht-hybridisierten Teils der Sonde, die Exponierung eines Röntgenfilms mit dem hybridisierten Produkt, die Entfernung des hybridisierten Produkts aus dem Gel und Wiederholung des Arbeitsganges mit einer anderen Sonde umfaßt.
16. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 14, dadurch gekennzeichnet, daß das Hybridisierungs- und Auswertungs- Verfahren die Übertragung der gespaltenen DNA auf einen festen Träger, die Hybridisierung der DNA mit der biotinylierten Sonde und die Entwicklung des hybridisierten Produktes mit Streptavidin umfaßt.
17. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 14, dadurch gekennzeichnet, daß mehrere Sonden verschiedener Länge innerhalb des in Anspruch 6 oder 11 definierten Bereiches in aufeinanderfolgenden Hybridisierungs- und Auswertungsverfahren verwendet werden, wobei die Hybridisierung mit den Sonden bei einer für die einzelne Sonde spezifischen Hybridisierungstemperatur durchgeführt wird.
18. Verfahren nach Anspruch 17, dadurch gekennzeichnet, daß mehr als ein Verdau durchgeführt wird.
19. Verfahren zur in vitro-Diagnose von genetischen Defekten, wie Erbkrankheiten, das eine DNA-Analyse nach einem der Ansprüche 1 bis 18 umfaßt.
20. Verfahren zur Bestimmung von genetischen Verwandtschaftsgraden, das eine DNA-Analyse nach einem der Ansprüche 1 bis 18 umfaßt.
21. Verwendung einer Oligonucleotidsonde, die spezifisch mit eukaryontischen einfachen Tandemwiederholungen, die eine Periodizität von 2 oder 3 Basen aufweisen, hybridisiert in einem DNA-Fingerprint-Verfahren zur Analyse von eukaryontischer DNA.
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Families Citing this family (27)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB8720855D0 (en) * 1987-09-04 1987-10-14 Oxford University Of Chancello Probe
DE3834636A1 (de) 1988-10-11 1990-04-19 Max Planck Gesellschaft Verfahren zur analyse von laengenpolymorphismen in dna-bereichen
US5766847A (en) * 1988-10-11 1998-06-16 Max-Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. Process for analyzing length polymorphisms in DNA regions
GB8905961D0 (en) * 1989-03-15 1989-04-26 Univ Manchester Characterisation of yeasts
US5192658A (en) * 1989-03-30 1993-03-09 Lifecodes Corporation Compositions and protocols applicable to genetic analysis
FR2646160A1 (fr) * 1989-04-21 1990-10-26 Centre Nat Rech Scient Sequence polynucleotidique et ses applications en tant que sonde moleculaire pour l'etablissement d'empreintes genetiques de diverses especes vegetales et animales
WO1991010748A1 (en) * 1990-01-16 1991-07-25 Collaborative Research, Inc. Dna sequences from specific human genomic loci useful for identification of individuals
US5364759B2 (en) * 1991-01-31 1999-07-20 Baylor College Medicine Dna typing with short tandem repeat polymorphisms and identification of polymorphic short tandem repeats
RU1794088C (ru) * 1991-03-18 1993-02-07 Институт Молекулярной Биологии Ан@ Ссср Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени
FR2680520B1 (fr) * 1991-08-22 1995-09-22 France Etat Armement Procede de detection de nouvelles regions hypervariables dans une sequence d'adn, sequences de nucleotides constituant des sondes d'hybridation et leur application biologique.
US5679514A (en) * 1992-12-31 1997-10-21 Texas Tech University Method for determining the sex of birds
US5972693A (en) * 1995-10-24 1999-10-26 Curagen Corporation Apparatus for identifying, classifying, or quantifying DNA sequences in a sample without sequencing
US5871697A (en) * 1995-10-24 1999-02-16 Curagen Corporation Method and apparatus for identifying, classifying, or quantifying DNA sequences in a sample without sequencing
US6418382B2 (en) 1995-10-24 2002-07-09 Curagen Corporation Method and apparatus for identifying, classifying, or quantifying DNA sequences in a sample without sequencing
US6965020B2 (en) 1996-01-23 2005-11-15 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US6864059B2 (en) 1996-01-23 2005-03-08 Affymetrix, Inc. Biotin containing C-glycoside nucleic acid labeling compounds
US20010018514A1 (en) 1998-07-31 2001-08-30 Mcgall Glenn H. Nucleic acid labeling compounds
US7282327B2 (en) 1996-01-23 2007-10-16 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US7291463B2 (en) 1996-01-23 2007-11-06 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US7423143B2 (en) 1996-01-23 2008-09-09 Affymetrix. Inc. Nucleic acid labeling compounds
EP0880598A4 (de) 1996-01-23 2005-02-23 Affymetrix Inc Verfahren zur analyse von nukleinsäure
US5754524A (en) * 1996-08-30 1998-05-19 Wark; Barry J. Computerized method and system for analysis of an electrophoresis gel test
AU6455198A (en) * 1997-03-10 1998-09-29 Mansour Samadpour Method for the identification of genetic subtypes
AU2002258502A1 (en) 2001-03-12 2002-09-24 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
WO2005012548A2 (en) * 2003-08-01 2005-02-10 Dynal Biotech Inc. Self-hybridizing multiple target nucleic acid probes and methods of use
US10131913B2 (en) 2009-08-31 2018-11-20 Centre National De La Recherche Scientifique Purification process of nascent DNA
EP2473623B1 (de) * 2009-08-31 2015-07-08 Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) Verfahren zur aufreinigung von naszierender dna

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683194A (en) * 1984-05-29 1987-07-28 Cetus Corporation Method for detection of polymorphic restriction sites and nucleic acid sequences
IS1355B6 (is) * 1984-11-12 1989-04-19 Lister Institute Of Preventive Medicine Fjölkjarna kannar
GB8606719D0 (en) * 1986-03-19 1986-04-23 Lister Preventive Med Genetic probes

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Publication number Publication date
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US4987066A (en) 1991-01-22

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