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Die
vorliegende Erfindung betrifft ein Ein-Vektor Tet-System und dessen
Verwendung. Die vorliegende Erfindung gehört zum Bereich
der Molekularbiologie und betrifft ein Nukleinsäurekonstrukt,
umfassend eine erste Expressionskassette für einen durch
Tetracyclin steuerbaren Transaktivator und eine zweite Expressionskassette,
dessen Produkt von Interesse eine kodierende Nukleinsäuresequenz
unter der Kontrolle von neuartigen Regulationseinheiten steht, die
mittels des Transaktivators regulierbar sind. Die Erfindung betrifft auch
die Verwendung des Nukleinsäurekonstrukts in der Zell-
und Gentherapie und in der Herstellung eines Produkts von Interesse,
sowie eine Zelle oder eine Zellpopulation, umfassend das Nukleinsäurekonstrukt,
sowie ein Verfahren zur Herstellung eines Produktes von Interesse
unter Verwendung der Zelle oder der Zellpopulation.
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TECHNISCHER HINTERGRUND DER ERFINDUNG
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Die
Regulation der Genexpression eines therapeutischen Gens, z. B. durch
die natürliche temporäre Kontrolle eines Gens
im Verlauf der Zelldifferenzierung, aber auch durch die Menge des
erzeugten Genproduktes des therapeutischen Gens, ist unter Umständen
maßgeblich für den Erfolg einer Gentherapie. Ebenso kann
die Expression eines therapeutischen Gens nur zu einem bestimmten
Zeitpunkt erwünscht sein, z. B. wenn das therapeutische
Gen einen Selektionsvorteil bietet. Beispielsweise könnte
ein therapeutisches Gen einer Patientenzelle helfen, eine Chemotherapie
leichter zu überstehen, wodurch es möglich wird,
die Frequenz der Therapiezyklen oder die Dosis des Chemotherapeutikums
zu erhöhen.
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Für
die Gentherapie haben sich virale Vektorsysteme als sehr geeignet
erwiesen, da diese therapeutische Gene mit hoher Effizienz in primäre
humane Zellen übertragen können. Im Falle der
Nutzung retroviraler Systeme (Lentiviren oder c-Typ Retroviren)
wird/werden nach Integration des Vektorgenoms in eine Zielzelle (Transduktion)
das/die transferierte(n) Gen(e) auch über längere
Zeit dort mit hoher Effizienz exprimiert, wie erste Erfahrungen
mit Langzeitbeobachtungen am Menschen (X-SCID) belegen.
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Die
Expression eines therapeutischen Gens wurde in diesen ersten klinischen
Untersuchungen von dem viralen (LTR) Promotor gesteuert, den man
derzeit verantwortlich für die Entstehung von Leukämien
nach Integration des Vektors an bestimmten Stellen im Genom der
Zielzelle in einigen dieser Patienten macht. Neuere Vektorsysteme,
so genannte „selbstinaktivierende Vektoren” (SIN),
verzichten auf eine LTR-gesteuerte Expression und verwenden stattdessen
interne Promotoren für die Expression der Transgene. Regulierte
Promotoren finden in Folge von grundsätzlichen Problemen
in klinischen Studien derzeit noch keine Verwendung.
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Diese
Probleme lassen sich in zwei Gruppen einteilen: (i) FUNKTIONALITÄT-
hier ist das Expressionsniveau und im Besonderen auch die „Dichtigkeit” im
Sinne der Hintergrundexpression des Systems von Bedeutung. (ii)
STRUKTUR- für gentherapeutische Anwendungen ist es wünschenswert,
beide zur Regulation eines Transgens erforderlichen Komponenten,
den Transaktivator und die Kassette zur regulierten Expression des
Gens, auf einem Vektor zu platzieren, da einerseits mehrfache Transduktionen
aus technischen Gründen mit humanen primären Zellen
nur bedingt möglich sind und andererseits das gleichzeitige
Einführen von zwei Vektoren zwangsläufig zur Aufspaltung
der transduzierten Zellpopulation führt.
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Die
vorliegende Erfindung befasst sich sowohl mit den strukturellen
als auch den funktionalen Gegebenheiten eines solchen regulierten
Vektors, der auch als Ein-Vektor-System bezeichnet wird.
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Ein
grundsätzliche Problem ist, dass der Transaktivator in
der Zielzelle in ausreichender Menge vorliegen muss, um die Expression
des therapeutischen Gens durch Binden an so genannte Operator-Sequenzen am
regulierten Promotor induzieren zu können (1a).
Die Expression des Transaktivators kann entweder durch ubiquitär
aktive oder zelltypspezifische Promotoren bewerkstelligt werden,
wobei zu beachten ist, dass ein hohes Maß der Expression
nicht nur nicht erforderlich, sondern im Gegenteil, eher schädlich
ist. Im Stand der Technik ist dieser Effekt auch unter dem Begriff „Squelching” bekannt.
Die bislang publizierten, mittels des Tetracyclin(Tet)-regulierten
Transaktivators hoch induzierbaren Minimalpromotoren (z. B. Ptet-1, Ptight) sind
im Allgemeinen auf der Ebene von Zellklonen, d. h., selektierten
Zellen einer Transgen-positiven Population, bereits gut regulierbar.
In der Gentherapie sind dagegen Einzelzell-Klonierungen nicht möglich,
da in der Regel das zusätzliche Einführen eines
selektierbaren Markers nicht erwünscht ist, da dies das
Risiko einer Immunantwort gegen die transduzierten Zellen erhöhen
könnte. Andererseits ist die Zeitspanne für die
erforderliche in vitro Kultivierung der Zellen für viele
Anwendungen zu lang und birgt neben weiteren hohen Kosten auch die Gefahr
unerwünschter Zelldifferenzierung oder, z. B. im Falle
von Stammzell-basierten Ansätzen, den Verlust der Fähigkeit
zur Repopulation des Knochenmarks. In anderen Anwendungen, wie z.
B. der Modifizierung von Blutstammzellen oder Zellen des Lymphsystems,
ist Klonalität ebenfalls unerwünscht, da man in
diesen Fällen mit der Selektion eines einzigen Ideotyps
den Erfolg der gesamten Therapie in Frage stellt.
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Demzufolge
sollte das (virale) Ein-Vektor-System nach Infektion einer Zellpopulation
günstige regulative Eigenschaften auf alle transduzierten
Zellen übertragen. Die Art des Vektors (Plasmid, oder integrierender und
nicht-integrierender viraler Vektor) ist dabei zweitrangig. Im vorliegenden
Falle wurde aus Gründen der Vereinfachung mit einem integrierenden
retroviralen Vektor der Beweis des Wirkprinzips gezeigt.
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Die
Herstellung von einem viralen Ein-Vektor-System basiert im Stand
der Technik im Wesentlichen auf drei unterschiedlichen Ansätzen.
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Ansatz 1:
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Die
Transaktivator Expression wurde an die Expression des induzierbaren
Transgens in Form eines autoregulierten Zyklus gekoppelt. Dies wurde
durch den Aufbau einer bi-cistronischen Einheit erreicht, in der eine
interne Ribosomeneintrittstelle (IRES, internal ribosomal entry
site) zwischen dem Transgen (5') und dem Transaktivator (3') eingesetzt
wurde (Hoffmann et al., 1996; Paulus et
al., 1996; Lindemann et al., 1997; Markusic
et al., 2005). Dieses System wurde ausschließlich
in integrierenden Vektoren eingesetzt. Der große Nachteil
dieses Ansatzes ist, dass nach Integration des Vektors in die Zielzelle
die Expression des Transgens nur in solchen Zellen induzierbar ist,
die eine konstante, wenn auch minimale, Hintergrundexpression aufweisen,
damit eine geringe basale Menge des Transaktivators zur Induktion
des Systems gebildet werden kann. Die erreichten Regulationsfaktoren
(Expressionslevel des Transgens vor und nach Induktion) waren auf
Populationsebene nicht höher als ca. 100–300fach
und bewegen sich insgesamt lediglich auf sehr niedrigem Expressionsniveau.
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Ansatz 2:
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Dieser
Ansatz behandelt die Integration von voneinander unabhängigen
Expressionskassetten des Transaktivators und des Transgens auf viralen
Vektoren. Im Falle adenoviraler Vektoren stellt dies kein Problem
dar, weil hier die natürlichen Gegebenheiten (E1 und E3
Deletion) zur Integration der beiden Tet-Komponenten ausgenutzt
werden können (Mzuguchi and Haykawa, 2002; Dumortier
et al., 2005; Berenjian and Akusjärvi,
2006). Die auf dem Genom weit entfernt liegenden Bereiche
sorgen für eine ausreichende Separierung der beiden Einheiten,
weshalb die Regulationsfaktoren auf der Ebene von Zellpopulationen
auf bis zu einem Faktor von 1000 verbessert werden konnte.
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Im
Falle retroviraler Vektoren wurde der Integration der konstitutiven
Kassette zur Expression des Transaktivators besondere Aufmerksamkeit
gewidmet. Diese wurde beispielsweise in dem Bereich der „long terminal
repeat” (LTR) platziert, und liegt somit im Provirus dupliziert
vor (Markusic et al, 2005). In einem anderen Fall
wurde die Tetregulierte Kassette in die LTR und die konstitutive
Expressionseinheit für den Transaktivator intern eingebaut
(Yu et al., 1996; Vigna et al 2002).
Auch die unidirektionale Anordnung der Kassetten mit unterschiedlichen
Promotoren, unter Anderem auch unter Verwendung der viralen LTR,
wurde zur Expression des Transaktivators eingeführt (Lida
et al., 1996; Hwang et al, 1996; Reiser
et al., 2000). Das Ergebnis all dieser Untersuchungen war,
dass die Regulationsfaktoren des Tet-regulierbaren Transgens ca.
30–350fach über den Hintergrund gesteigert werden
konnten.
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Ansatz 3:
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Die
Entwicklung bi-direktionaler Vektoren erlaubt die Expression beider
Komponenten in entgegen gesetzter Richtung innerhalb des viralen
Genoms (Gascon et al., 2007; Vigna et al.,
2005; Chtarto et al., 2003). Der Nachteil
hierbei ist die räumliche Nähe zwischen dem konstitutiven
und dem Tet-regulierten Promotor, was letztlich durch gegenseitige
Wechselwirkung zu erhöhter Hintergrundexpression und damit
trotz eines guten Expressionsniveaus nur zu Regulationsfaktoren
von ca. 100fach gegenüber der Hintergrundexpression führt. Durch
zusätzliche Integration eines ebenfalls konstitutiv exprimierenden
Tet-abhängigen Repressors zum konstitutiv exprimierten
Tet-abhängigen Transaktivator konnte eine Verbesserungen
des Regulationsfaktors auf einen Wert von bis zu 1000 erreicht werden
(Yao et al., 2006). Letzteres ist aber nur bei
sehr großen viralen Genomen möglich und hat den
Nachteil, dass eine weitere Komponente in allen Zielzellen im richtigen
Verhältnis vorhanden sein muss.
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Insgesamt
basieren alle bisher konstruierten Ein-Vektor-Systeme auf dem von
Gossen und Bujard entwickelten Ptet-1 Promotor, der einen CMV Minimalpromotor
gekoppelt an 7 Tet-Operatoren als regulatorische Einheit enthält,
wobei die Zentren der Tet-Operatoren in einem Abstand von 42 bp
vorliegen. Daneben werden verschiedene, konstitutive Promotoren
(inkl. der viralen LTR) zur Expression des Tet-abhängigen
Transaktivators benutzt. In den verschiedenen Systemen werden sowohl
der authentische (stTA-2), als auch der reverse (s-rtTA-2, M2) Transaktivator
eingesetzt. Die besten bisher auf Populationsebene publizierten
Regulationsfaktoren betragen ca. 300fach mit retroviralen, und ca.
1000fach mit nicht-integrierenden Vektoren.
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Mit
der vorliegenden Erfindung kann eine neue Größenordnung
der regulierten Genexpression erreicht werden. Der Einbau neuer
regulatorischer Einheiten gekoppelt an ein hochempfindliches Reportergen ermöglicht
neben einer ausgesprochen starken Induktion der Genexpression auch
eine deutliche Verringerung des unregulierten Hintergrundes. Daraus
resultiert eine signifikante Steigerung der Regulation von 3–4
Größenordnungen für integrierende Vektoren.
Es ist zu erwarten, dass im Falle nicht-integrierender Vektoren
diese regulatorischen Eigenschaften sogar noch verbessert sind,
da diese nicht, wie etwa bei integrierenden Retroviren, dem direkten
Einfluss des den chromosomalen Locus umgebenden Chromatins ausgesetzt
sind.
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In
Verbindung mit dem reversen Transaktivator (M2) oder dem authentischen
Transaktivator (stTA-2) und einem konstitutiven, ubiquitären
oder Zelltyp-spezifischen Promotor mit moderatem Expressionsniveau, können
daher Ein-Vektor-Systeme konzipiert werden, die ausreichende Regulation
und auch Expression für gentherapeutische Anwendungen zur
Verfügung stellen. Insbesondere die hierin beschriebene
T6-, aber auch die T8-regulatorische Einheit ist prädestiniert
für diese Anwendungen.
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Die
grundsätzliche Frage, welches Vektorprinzip (integrierend
oder nicht) angewendet wird, sowie die Wahl des Transaktivators
(Tet-on (reverser Typ) oder Tet-off) ist nur für das jeweilige
Experiment oder den jeweiligen Therapieansatz von Bedeutung, jedoch
nicht für die qualitativen Eigenschaften des Ein-Vektor-Systems.
Mit zunehmender Authentizität der Promotoren, d. h. abnehmender
Empfindlichkeit gegenüber chromosomalen Einflüssen,
ist die Verwendung bestimmter viraler Sequenzen, wie z. B., der
pol/env Region der C-Typ Retroviren, obsolet geworden. Dies bedeutet,
dass die neuen regulatorischen Einheiten unter Umständen auch
eine Vereinfachung der Vektoren ermöglichen, welches einen
nicht unwichtigen Umstand in Hinblick auf die Sicherheit gentherapeutischer
Verfahren darstellt.
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Ein
Ziel der Erfindung ist es daher, ein Ein-Vektor Tet-System mit verbesserten
Regulationseigenschaften bereitzustellen. Durch solche verbesserten Regulationseigenschaften
kann dieses Ein-Vektor Tet-System in der wissenschaftlichen Forschung
bei der Verwendung zur regulierten Expression eines Produktes von
Interesse, sowie in der Gentherapie oder der Generierung von Zellen
oder Zelllinien mit bestimmten Eigenschaften, wie z. B. für
die Herstellung von Proteinen genutzt werden.
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AUSFÜHRLICHE BESCHREIBUNG DER
BEVORZUGTEN AUSFÜHRUNGSFORMEN
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Die
vorliegende Erfindung stellt ein neuartiges, tet-reguliertes Ein-Vektor-System
bereit und ermöglicht dessen Einsatz in gentherapeutischen
Anwendungen. Dabei spielt der Ursprung der Vektoren keine maßgebliche
Rolle. Die verbesserte Regulation auf Zellpopulationsebene ist primär
auf die Verwendung neuer regulatorischer Einheiten zurückzuführen.
Es werden hierin Beispiele auf Basis von C-Typ Retroviren und Lentiviren gezeigt.
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Folglich
wird in einem ersten Aspekt der Erfindung ein Nukleinsäurekonstrukt
bereitgestellt, umfassend
- (a) eine erste Expressionskassette,
umfassend in funktionsfähiger Verknüpfung
(i)
einen konstitutiv exprimierenden Promotor, und
(ii) eine erste
Komponente eines Transaktivatorsystems, die einen Transaktivator
kodiert, der durch Tetracyclin (Tet) oder ein Analogon davon steuerbar
ist;
und
- (b) eine zweite Expressionskassette, umfassend in funktionsfähiger
Verknüpfung,
(i) einen zweiten Promotor, wobei der
zweite Promotor ein Minimalpromotor ist, der die Expression einer Nukleinsäuresequenz
steuert, die ein Produkt von Interesse kodiert, und
(ii) eine
zweite Komponente des Transaktivatorsystems, umfassend mindestens
zwei Tet-Operator-Sequenzen, die in einem Abstand angeordnet sind,
welcher 33 bis 39 bp zwischen dem Zentrum der ersten Tet-Operator-Sequenz
und dem Zentrum der darauf folgenden Tet-Operator-Sequenz(en) beträgt,
wobei die zweite Komponente mittels des Transaktivators die Aktivität
des zweiten Promotors reguliert.
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Der
Begriff „Nukleinsäurekonstrukt” beschreibt
ein Konstrukt, das aus einer Abfolge von Nukleinsäuresequenzen
besteht. Der Begriff „Nukleinsäuren” umfasst
hierbei Ribonukleinsäuren und Desoxyribonukleinsäuren,
sowie natürlich vorkommende Nukleinsäuren, als
auch nicht natürlich vorkommende Nukleinsäuren. Natürlich vorkommende
und nicht natürlich vorkommende Nukleinsäuren
sind dem Fachmann bekannt.
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Eine
Expressionskassette umfasst im Allgemeinen eine Promotorsequenz,
die mit einer Nukleinsäuresequenz funktionsfähig
verknüpft ist, die ein Genprodukt kodiert, und ein Polyadenylierungssignal.
Wenn zwei Expressionskassetten in einer uni-direktionalen Weise
angeordnet sind, kann die Polyadenylierungssequenz der 3'-gelegenen
Expressionskassette von beiden Expressionskassetten genutzt werden,
so dass ein Polyadenylierungssignal in der 5'-gelegenen Expressionskassette
zur erfolgreichen Expression nicht erforderlich ist.
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Die
einzelnen Sequenzen der Expressionskassette sind „in funktionsfähiger
Verknüpfung”, wenn die einzelnen Bestandteile
der Expressionskassette so angeordnet sind, dass sie zusammen die
vorgesehene Aufgabe, nämlich die Expression der Nukleinsäure,
die ein gewünschtes Produkt kodiert, erfüllen.
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Der
konstitutiv exprimierende Promtor kann ein beliebiger Promotor sein,
wobei jedoch bei der Auswahl berücksichtigt werden sollte,
dass die Regulationsfähigkeit des Transaktivatorsystems
durch die Verwendung konstitutiver Promotoren eingeschränkt
wird, da diese aufgrund der räumlichen Nähe zum
Minimalpromotor der zweiten Expressionskassette, mit diesem interagieren
können. Aus diesem Grund sind in einem Ein-Vektor-System
so genannte „housekeeping”-Promotoren als konstitutiv
exprimierende Promotoren bevorzugt, da diese in der Regel im Vergleich
zu den induzierbaren Promotoren der zweiten Expressionskassette einer
anderen Expressionskontrolle unterliegen. So enthalten diese „housekeeping” Promotoren
beispielsweise keine TATA-Box oder ähnliche, für
starke Promotoren charakteristische Elemente. Bevorzugterweise ist
der konstitutiv exprimierende Promotor relativ schwach im Verhältnis
zu beispielsweise viralen Promotoren. Dies ist insbesondere von
Bedeutung, wenn das Nukleinsäurekonstrukt ein retroviraler
Vektor ist und der konstitutiv exprimierende Promotor Bestandteil
einer Expressionskassette, die sich in Antisense-Orientierung zum
viralen (+)-Strang befindet, da der mittels des konstitutiv exprimierenden
Promotors entstehende (–)-RNA-Strang die Menge infektiöser
Virenpartikel im Verlauf der Produktion des Vektors drastisch reduzieren
kann.
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In
einer bevorzugten Ausführungsform ist der konstitutiv exprimierende
Promotor ubiquitär aktiv oder zelltypspezifisch. Der Begriff „zelltypspezifisch” ist
hierbei so zu verstehen, dass der Promotor ausschließlich in
einer Zelle eines bestimmten Zelltyps oder eines bestimmten Gewebes
oder alternativ nur in einer Zelle einer bestimmten Entwicklungsstufe,
bzw. während einer bestimmten Entwicklungsstufe, eine Expression
des Transaktivators bewirkt. Im Gegensatz hierzu ist die Expression
eines ubiquitär aktiven Promotors nicht auf einen bestimmten
Zelltyp, Gewebe oder auf eine bestimmte Entwicklungsstufe beschränkt.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform ist der konstitutiv
exprimierende Promotor der Promotor der humanen Phosphoglyceratkinase
(hPGK), wobei der Promotor vorzugsweise eine Nukleinsäuresequenz
umfasst, die zu mindestens 70% identisch mit der Nukleinsäuresequenz
von Positionen 5336–5873 der SEQ ID NO: 1 ist.
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In
einer weiteren bevorzugten Ausfürungsform umfasst der konstitutiv
exprimierende Promotor eine Nukleinsäuresequenz, die zu
mindestens 75%, mindestens 80%, mindestens 85%, mindestens 90%,
mindestens 95%, mindestens 97%, mindestens 98%, mindestens 99%,
oder zu 100% identisch mit der Nukleinsäuresequenz von
Positionen 5336–5873 der SEQ ID NO: 1 ist.
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Eine
Nukleinsäuresequenz ist „mindestens X% identisch” mit
einer anderen Nukleinsäuresequenz, wenn die Sequenzidentität
zwischen den beiden verglichenen Sequenzen mindestens X% beträgt
in Bezug auf die volle Länge der Nukleinsäuresequenz
der vorliegenden Erfindung oder der dazu komplementären
Sequenz. Sequenzvergleiche können unter Verwendung von öffentlich
zugänglichen Computer-Homologieprogrammen und den darin
vorgegebenen Voreinstellungen, wie dem „BLAST”-Programm,
welches auf der NCBI Internetseite auf http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi bereitgestellt
ist, durchgeführt werden. Weitere Verfahren zum Berechnen
von Sequenzidentitäten sind dem Fachmann wohlbekannt.
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Es
ist jedoch beabsichtigt, dass nur solche Nukleinsäuresequenzen
mit X% Sequenzidentität umfasst sind, die die Funktion
der ursprünglichen Nukleinsäuresequenz (100% Identität)
aufweisen. Um festzustellen, ob eine Nukleinsäuresequenz
mit X% Identität die Funktion der ursprünglichen
Nukleinsäuresequenz (100% Identität) aufweist,
kann der Fachmann den folgenden Test durchführen: Eine
Ht1080 Zellpopulation wird jeweils separat mit dem erfindungsgemäßen
Nukleinsäurekonstrukt, das die fragliche Nukleinsäuresequenz
mit X% Identität umfasst, und dem erfindungsgemäßen
Nukleinsäurekonstrukt, das die zu der fraglichen Nukleinsäuresequenz
entsprechende ursprüngliche Nukleinsäuresequenz
umfasst, wobei für beide Nukleinsäurekonstrukte
das Produkt von Interesse Luciferase ist, transduziert. Die transduzierten
Zellen werden mittels Fluoreszenz-basiertem Sortieren der Zellen
(flourescence activated cell sorting, FACS) angereichert, welches
z. B. durch die GFP-Aktivität des verwendeten dualen Reportergens
lmg* ermöglicht wird, so dass die Reinheit der Population ≥ 90%
beträgt. Alternativ zur Verwendung von lmg* kann z. B.
auch ein Fusionsgen mit spezifischer Proteaseschnittstelle (2A),
für die posttranslationale Trennung des Luciferase und
eGFP Gens, verwendet werden, oder eine Nukleinsäuresequenz
verwendet werden, die eine bicistronische RNA kodiert, die eine
durch IRES (internal ribosomal entry site) vermittelte Translation
eines unabhängigen zweiten Gens, das 3' zum ersten Gen
liegt, erlaubt. Die Zellpopulationen werden jeweils in zwei Vertiefungen
einer Platte mit 6 Vertiefungen transferiert (1 × 105/Vertiefung), wobei jeweils die Zellen in
einer der Vertiefungen so gehalten werden, dass die Expression des
Produktes von Interesse in dem Nukleinsäurekonstrukt, das
die ursprüngliche Nukleinsäuresequenz umfasst,
induziert ist, und jeweils die Zellen der zweiten Vertiefung so
gehalten werden, dass die Expression des Produktes von Interesse
in dem Nukleinsäurekonstrukt, das die ursprüngliche
Nukleinsäuresequenz umfasst, nicht induziert ist. Die Zellen
werden für 96 Stunden kultiviert, anschließend
gegebenenfalls mittels PBS/EDTA von der Platte abgelöst
und bei 4°C und 350 × g zentrifugiert. Nach Abnahme
des Zellüberstandes werden die Zellpellets in 25 mM TRIS-phosphate,
pH 7,8; 2 mM Na2-EDTA, 5% Glycerin, 1% Triton X-100,
20 mM DTT lysiert und bei –20°C eingefroren. Nach
dem Auftauen werden die Proben für 2 min bei 4°C zentrifugiert
(14.000 × g) und vom Überstand werden je nach
Aktivität, zwischen 0,1–10 μl mit 250 μl
Messpuffer (25 mM Glycylglycin, 15 mM MgSO4,
frisch versetzt mit 5 mM rATP) gemischt. Die Messung über
einen Zeitraum von 10 Sekunden wird in einem Lumat (Berthold LB9507,
Applied Biosystems) durch Zugabe des Substrates (Luciferin, 125 μM)
gestartet. Zur Bestimmung der spezifischen Aktivität wird
der Proteingehalt der Probe nach Bradford bestimmt. Die Proteinbestimmung
nach Bradford ist im Stand der Technik eine wohlbekannte Methode
und dem Fachmann bekannt. Die Berechnung der Regulationsfaktoren
erfolgt durch Quotientenbildung der Luziferase Aktivität
des induzierten durch die des nicht-induzierten Zustands.
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Eine
Nukleinsäuresequenz mit X% Identität weist die
Funktion der ursprünglichen Nukleinsäuresequenz
(100% Identität) auf, wenn der wie oben bestimmte Regulationsfaktor
unter Verwendung des Nukleinsäurekonstruktes mit der Nukleinsäuresequenz
mit X% Identität im Vergleich zu dem Nukleinsäurekonstrukt mit
der ursprünglichen Nukleinsäuresequenz mindestens
40%, bevorzugt mindestens 50%, bevorzugt mindestens 60%, stärker
bevorzugt mindestens 70%, noch stärker bevorzugt mindestens
80%, und am stärksten bevorzugt mindestens 85%, mindestens
90%, mindestens 95%, mindestens 97%, mindestens 98%, mindestens 99%,
oder mindestens 100% beträgt.
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Das
Transaktivatorsystem ist ein durch Tetracyclin oder ein Analogon
dessen steuerbares System, das die Expression einer Nukleinsäure
reguliert, die ein Produkt von Interesse kodiert. Diese durch Tetracyclin steuerbaren
Transaktivatorsysteme bestehen aus zwei Komponenten, einer Nukleinsäure,
die einen Transaktivator kodiert, der durch Tetracyclin oder einem
Analogon dessen steuerbar ist, und aus einer Nukleinsäuresequenz,
die eine Tet-Operator-Sequenz umfasst, die mittels des Transaktivators
die Aktivität eines Minimalpromotors regulieren kann. Dem
Fachmann sind zwei Arten von Tetracyclinsteuerbaren Transaktivatorsystemen
bekannt. In dem so genannten „Tet-off”-System
umfasst der Transaktivator ein Fusionsprotein aus dem aus Escherichia
coli abgeleiteten Tetracyclin-Repressor (Tet-R) und einem aus dem
Herpes-simplex-Virus abgeleiteten VP16-Protein. Dieses Fusionsprotein,
auch tTA-Protein genannt, bindet an die so genannten Tet-Operatoren,
wodurch ein Minimalpromotor in der Nähe des Tet-Operators
zur Transkription des funktionsfähig mit dem Minimalpromotor
verknüpften Gen aktiviert wird. Tetracyclin oder dessen
Analogon bindet an tTA, was zu einem Abdiffundieren des Fusionsproteins
von dem Tet-Operator führt, wodurch eine weitere Transaktivierung
des Zielgens verhindert wird. In dem so genannten „Tet-on”-System
sind Punktmutationen in dem tTA-Protein enthalten, welche zu einer
Umkehrung der Funktion des Proteins führen. Das aus diesen
Mutationen resultierende reverse tTA-Protein (rtTA) ist in Abwesenheit
von Tetracyclin oder eines Analogons hiervon nicht fähig,
an eine Tet-Operator-Sequenz zu binden. Dies erfolgt erst nach Bindung
von Tetracyclin oder des Analogons, wodurch die Transaktivierung
des Minimalpromotors erfolgt.
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Je
nach Verwendung des Transaktivators kann somit die Expression eines
Genprodukts in Gegenwart von Tetracyclin oder eines Analogons davon
aktiviert oder deaktiviert werden. Dementsprechend ist in einer bevorzugten
Ausführungsform der Transaktivator ausgewählt
aus der Gruppe bestehend aus stTA-2 (kodiert durch SEQ ID NO: 37),
rtTA-3 und M2 (kodiert durch Nukleotide 5883–6637 der SEQ
ID NO: 1). In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform
ist der Transaktivator M2. Diese Transaktivatoren als solche sind
dem Fachmann wohlbekannt.
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Tetracycline
stellen eine wohlbekannte Gruppe von Antibiotika dar, die von verschiedenen
Streptomyceten über einen Polyketidweg synthetisiert werden.
In ihrer Wirkung als Antibiotikum führen sie zu einer Hemmung
der bakteriellen Proteinsynthese an deren Ribosom. Neben den natürlichen
Tetracyclinen, wie z. B. Anhydrotetracyclin, Tetracyclin, Chlortetracyclin,
Oxytetracyclin und Demiclocyclin, gehören zu dieser Gruppe auch
partialsynthetische Analoga, die aus anderen Tetracyclinen, wie
z. B. Oxytetracyclin, hergestellt werden. Weitere Beispiele für
solche semisynthetische Tetracycline sind Doxycyclin, Lymecyclin,
Meclocyclin, Metacyclin, Minocyclin, Rolitetracyclin und Tigecyclin.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird Tetracyclin (siehe Formel
I) oder Doxycyclin (siehe Formel II) zum Steuern des Transaktivators
verwendet.
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Die
Auswahl des Tetracyclins oder dessen Analogon richtet sich unter
Anderem nach dem verwendeten Transaktivator. So wird bei Verwendung
der vorangehend beschriebenen M2 oder rtTA-3 Transaktivatoren bevorzugt
Doxycyclin verwendet, hingegen bei Verwendung des stTA-2 Transaktivators
bevorzugt Tetracyclin oder Doxycyclin. In einer Ausführungsform
ist daher der Transaktivator M2 oder rtTA-3 durch Doxycyclin steuerbar
oder der Transaktivator stTA-2 durch Tetracyclin oder Doxycyclin
steuerbar. Es kann jedoch auch ein beliebiger anderer Stoff aus
der Gruppe der Tetracycline, oder eine beliebige andere biologische
oder chemische Verbindung, die die Funktion des Tetracyclin oder
eines Analogons davon nachahmt, verwendet werden, so lange dieser
Stoff fähig ist, die Aktivität des Minimalpromotors
mittels der erfindungsgemäßen Operatorsequenz
und des Transaktivators zu regulieren.
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Hierzu
kann der Fachmann folgenden Test durchführen: Eine Voraussetzung
für die Fähigkeit eines Stoffes oder eines Analogons,
die Aktivität des Minimalpromotors mittels der erfindungsgemäßen
Operatorsequenz und des Transaktivators zu regulieren, ist die Bindung
des Stoffes oder Analogons an den Transaktivator. Diese Voraussetzung
ist dann erfüllt, wenn die Assoziationskonstante der Bindung
des Stoffes oder des Analogons an den Transaktivator größer
oder gleich der Assoziationskonstante mindestens einer Verbindung ist,
von der bekannt ist, dass diese Verbindung die Aktivität
des Minimalpromotors mittels des Transaktivators regulieren kann.
Eine solche Verbindung kann z. B. Tetracyclin oder Doxycyclin sein.
Die Assoziationskonstante des Stoffes oder des Analogons lässt
sich z. B. bestimmen nach der Methode von Degenkolb et al.
(1991), Antimicrob. Agents Chemother., 35, 1591–1595.
Dem Fachmann werden aber auch weitere Methoden zur Bestimmung einer
Assoziationskonstante für die Bindung des Stoffes oder
Analogons an den Transaktivator bekannt sein. Anschließend
wird eine Ht1080 Zellpopulation mit dem erfindungsgemäßen
Nukleinsäurekonstrukt, welches Luciferase als das Produkt
von Interesse umfasst, transduziert. Die transduzierten Ht1080 Zellen
werden mittels Fluoreszenz-basiertem Sortieren der Zellen (flourescence
activated cell sorting, FACS) angereichert, welches z. B. durch
die GFP-Aktivität des verwendeten dualen Reportergens lmg*
ermöglicht wird, so dass die Reinheit der Population ≥ 90%
beträgt. Alternativ zur Verwendung von lmg* kann z. B.
auch ein Fusionsgen mit spezifischer Proteaseschnittstelle (2A),
für die posttranslationale Trennung des Luciferase und eGFP Gens,
verwendet werden, oder eine Nukleinsäuresequenz verwendet
werden, die eine bicistronische RNA kodiert, die eine durch IRES
(internal ribosomal entry site) vermittelte Translation eines unabhängigen zweiten
Gens, das 3' zum ersten Gen liegt, erlaubt. Die Zellpopulation wird
anschließend auf zwei Vertiefungen einer Platte mit sechs
Vertiefungen transferiert (1 × 105/Vertiefung),
wobei jeweils die Zellen einer Vertiefung in Gegenwart einer Konzentration
des Stoffes oder des Analogons gehalten werden, die der Konzentration
entspricht, bei welcher die bekannte Verbindung die Expression des
Produktes von Interesse induzieren würde, und die Zellen
der anderen Vertiefung in Gegenwart einer Konzentration des Stoffes
oder Analogons gehalten werden, die der Konzentration entspricht,
bei welcher die bekannte Verbindung die Expression des Produktes nicht
induzieren würde. Eine dieser Konzentrationen sollte jedoch
0 mg/ml betragen. Die Zellen werden für 96 Stunden kultiviert
und anschließend gegebenenfalls mittels PBS/EDTA von der
Platte abgelöst und bei 4°C und 350 × g
zentrifugiert. Nach Abnahme des Zellüberstandes werden
die Zellpellets in 25 mM TRIS-phosphate, pH 7,8; 2 mM Na2-EDTA, 5% Glycerin, 1% Triton X-100, 20
mM DTT lysiert und bei –20°C eingefroren. Nach dem
Auftauen werden die Proben für 2 min bei 4°C zentrifugiert
(14.000 × g) und vom Überstand werden je nach
Aktivität, zwischen 0,1–10 μl mit 250 μl
Messpuffer (25 mM Glycylglycin, 15 mM MgSO4,
frisch versetzt mit 5 mM rATP) gemischt. Die Messung über
einen Zeitraum von 10 Sekunden wird in einem Lumat (Berthold LB9507,
Applied Biosystems) durch Zugabe des Substrates (Luciferin, 125 μM)
gestartet. Zur Bestimmung der spezifischen Aktivität wird
der Proteingehalt der Probe nach Bradford bestimmt. Die Proteinbestimmung
nach Bradford ist dem Fachmann bekannt. Anschließend wird
durch Quotientenbildung der Luziferase Aktivität des induzierten
durch die des nicht-induzierten Zustands der Regulationsfaktor bestimmt.
Ist der Regulationsfaktor > 100,
so ist der Stoff oder das Analogon fähig, die Aktivität
des Minimalpromotors mittels der erfindungsgemäßen
Operatorsequenz und des Transaktivators zu regulieren.
-
Ein
Minimalpromotor wird hier definiert als ein Promotor, der idealerweise
keine oder nur eine sehr geringe Aktivität aufweist, d.
h. dass die in funktionsfähiger Verknüpfung stehende
Nukleinsäuresequenz durch den Minimalpromotor ausschließlich
in sehr geringer Weise transkribiert wird (Hintergrundexpression),
so dass das Zellwachstum der mit dem den Minimalpromotor umfassenden
Nukleinsäurekonstrukt transfizierten Zelle beeinträchtigt
ist, oder eine Anreicherung des Produktes von Interesse während
des nicht induzierten Zustandes stattfindet. In einer weiteren bevorzugten
Ausführungsform ist der Minimalpromotor ausgewählt
aus
- (a) einem von einem CMV-Minimalpromotor
abgeleiteten Minimalpromotor, der eine TATA-Box und eine Bindestelle
für einen allgemeinen Transkriptionsfaktor umfasst und
in dem der 5' untranslatierte Bereich durch eine Region des Turnip
Yellow Mosaik Pflanzenvirus (TYMV) ersetzt ist, wobei die Bindestelle
für den allgemeinen Transkriptionsfaktor vorzugsweise eine
Transkriptionsfaktor II B-Bindestelle ist; insbesondere wobei der
Minimalpromotor vorzugsweise eine Nukleinsäuresequenz umfasst,
die zu mindestens 70%, vorzugsweise zu mindestens 75%, mindestens
80%, mindestens 85%, mindestens 90%, 95 mindestens %, mindestens
97%, mindestens 98%, mindestens 99%, oder zu 100% identisch mit
der Nukleinsäuresequenz von Positionen 4952 bis 5075 der
SEQ ID NO: 2 ist; oder
- (b) einem auf dem Mouse Mammary Tumor Virus (MMTV) abgeleiteten
Minimalpromotor mit verkürztem 5'-Bereich, in dem bestimmte
cis-Elemente eleminiert wurden und der eine Bindestelle für
einen allgemeinen Transkriptionsfaktor umfasst, wobei die Bindestelle
für den allgemeinen Transkriptionsfaktor vorzugsweise eine
Transkriptionsfaktor II B-Bindestelle ist; insbesondere wobei der
Minimalpromotor vorzugsweise eine Nukleinsäuresequenz umfasst,
die zu mindestens 70%, vorzugsweise zu mindestens 75%, mindestens
80%, mindestens 85%, mindestens 90%, 95 mindestens %, mindestens
97%, mindestens 98%, mindestens 99%, oder zu 100% identisch mit
der Nukleinsäuresequenz von Positionen 5064 bis 5226 der
SEQ ID NO: 7 ist; oder
- (c) einem Promotor, in dem die CMV-Sequenzen des Promotors nach
(a) gegen MMTV-Sequenzen ausgetauscht wurden; insbesondere wobei
der Minimalpromotor vorzugsweise eine Nukleinsäuresequenz
umfasst, die zu mindestens 70%, vorzugsweise zu mindestens 75%,
mindestens 80%, mindestens 85%, mindestens 90%, 95 mindestens %,
mindestens 97%, mindestens 98%, mindestens 99%, oder zu 100% identisch
mit der Nukleinsäuresequenz von Positionen 5064 bis 5176
der SEQ ID NO: 8 ist; oder
- (d) einem aus einem Mouse Mammary Tumor Virus (MMTV)-Minimalpromotor
abgeleiteten Minimalpromotor; insbesondere wobei der Minimalpromotor
vorzugsweise eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die zu mindestens
70%, vorzugsweise zu mindestens 75%, mindestens 80%, mindestens
85%, mindestens 90%, 95 mindestens %, mindestens 97%, mindestens
98%, mindestens 99%, oder zu 100% identisch mit der Nukleinsäuresequenz
von Positionen 4952 bis 5161 der SEQ ID NO: 3 ist; oder
- (e) einem auf dem Mouse Mammary Tumor Virus (MMTV) abgeleiteten
Minimalpromotor mit verkürztem 5'-Bereich, in dem bestimmte
cis-Elemente eleminiert wurden, insbesondere wobei der Minimalpromotor vorzugsweise
eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die zu mindestens 70%,
vorzugsweise zu mindestens 75%, mindestens 80%, mindestens 85%,
mindestens 90%, 95 mindestens %, mindestens 97%, mindestens 98%,
mindestens 99%, oder zu 100% identisch mit der Nukleinsäuresequenz
von Positionen 5064 bis 5222 der SEQ ID NO: 6 ist; oder
- (f) einem von einem CMV-Minimalpromotor abgeleiteten Minimalpromotor,
der eine TATA-Box und eine Bindestelle für einen allgemeinen
Transkriptionsfaktor umfasst, wobei die Bindestelle für
den allgemeinen Transkriptionsfaktor vorzugsweise eine Transkriptionsfaktor-II-B-Bindestelle
ist; insbesondere wobei der Minimalpromotor vorzugsweise eine Nukleinsäuresequenz
umfasst, die zu mindestens 70%, vorzugsweise zu mindestens 75%,
mindestens 80%, mindestens 85%, mindestens 90%, 95 mindestens %,
mindestens 97%, mindestens 98%, mindestens 99%, oder zu 100% identisch
mit der Nukleinsäuresequenz von Positionen 4952 bis 5077
der SEQ ID NO: 1 ist.
-
Der
Begriff „TATA-Box” bezeichnet ein DNA-Sequenzmotif,
welches in der Promotorregion von vielen eukaryotischen Genen gefunden
wird. Es handelt sich um eine Bindestelle für Transkriptionsfaktoren,
insbesondere dem TATA-Bindeprotein (TBP), welches im Verlauf der
Transkription die DNA für die Transkriptionsmaschinerie
zugänglich macht. Es wird allgemein angenommen, dass der
allgemeine Transkriptionsfaktor TF-II D an die TATA-Box bindet,
gefolgt von TF-II A und TF-II B. Die RNA-Polymerase kann diesen
Multiproteinkomplex erkennen und bindet an ihn, zusammen mit weiteren
zahlreichen Transkriptionsfaktoren, wie TF-II F, TF-II E und TF-II
H. Hierdurch wird die Transkription initiiert und die Polymerase
wandert entlang des DNA-Stranges, wobei TF-II D und TF-II A gebunden
an die TATA-Box zurückbleiben. Diese können dann
die Bindung von weiteren RNA-Polymerasemolekülen vermitteln.
Die Konsensussequenz der TATA-Box ist dem Fachmann wohlbekannt.
Es kann auch eine Variante der TATA-Box verwendet werden, in der
ein oder zwei Basen gegenüber der Konsensussequenz ausgetauscht
sind. Erfahrungsgemäß führt dies jedoch
zu einer reduzierten Expression des Genproduktes. Allgemeine Transkriptionsfaktoren
sind solche Transkriptionsfaktoren, die für jede Transkription
notwendig sind. Sie übernehmen verschiedene Aufgaben und
binden dabei entweder direkt an die DNA, an die RNA-Polymerase oder
an andere Proteine des Transkriptions-Initiationskomplexes. Allgemeine Transkriptionsfaktoren
sind ubiquitär, d. h. in allen Zellen eines Organismus
gleichmäßig vorhanden und haben an einer spezifischen
Genregulation keinen Anteil.
-
In
einer weiteren bevorzugten Ausführungsform ist das Produkt
ein Polypeptid, eine funktionelle RNA, ein Ribozym oder ein attenuiertes
Virus. Das Polypeptid kann ein beliebiges Polypeptid sein, ein zelltoxisches, ein
nicht-zelltoxisches, ein Protein, Enzym, oder Antikörper,
sowie ein Antikörperfragment. Das Polypeptid kann auch
ein Fusionsprotein sein und/oder einen Peptidrest enthalten, der
eine spätere einfache Rückgewinnung erlaubt. Funktionelle
RNAs sind kleine Ribonukleinsäuresequenzen, die durch Interaktion
mit einer mRNA die Translation dieser mRNA verhindern können.
Beispiele für funktionelle RNAs sind Small interfering RNAs
(siRNAs), microRNA (miRNA) oder shRNA. siRNAs sind 21 bis 28 Nukleotide
lange RNAs, die von der RNAse III Dicer aus langen doppelsträngigen
RNAs herausgeschnitten werden. Auch andere kleine einzelsträngige
RNAs, die in der RNA-Interferenz (RNAi) benutzt werden, werden im
Allgemeinen als siRNAs bezeichnet. siRNAs umfassen die Untergruppen
tasiRNA (transacting siRNA), ra-siRNA (repeat-associated siRNA),
scn-RNA (small-scan-RNA) und shRNA (small hairpin RNA). shRNAs liegen
beispielsweise in Form einer Haarnadelstruktur vor und werden erst
durch zelluläre Enzyme in siRNAs gespalten. siRNAs können
eingesetzt werden, um durch RNA-Interferenz die Expression von spezifischen
Zielgenen zu verringern. So können siRNAs in isolierte
Zellen eingebracht werden, um einen Abbau der mRNA eines Zielgens
innerhalb einer Zelle zu bewirken. Ist die Expression der siRNA,
wie in dem vorliegenden Fall, induzierbar, so spricht man auch von einem
konditionierten Knock-Out. Antisense-RNA und siRNAs finden zunehmend
Verbreitung in der Medizin und Pharmakologie und werden aktuell
intensiv auf ihre Beteiligung an verschiedenen Zellvorgängen
(Apoptose, Genregulation, Prionen, etc.) und Krankheiten wie Krebs
erforscht. Im Gegensatz zu siRNAs führt die Bindung von
miRNA an einen RNA-Strang nicht zu dessen Abbau, sondern bewirkt
aufgrund ihrer unterschiedlichen Bindungseigenschaften eine Repression
der Translation. Ribozyme sind katalytisch aktive RNA-Moleküle,
die wie Enzyme chemische Reaktionen katalysieren. Attenuierte Viren
sind vermehrungsunfähige, und daher in ihrer Virulenz abgeschwächte
Viren. Sie werden unter anderem zur Herstellung von Impfstoffen,
z. B. für Poliomyelitis, Masern, Mumps, Röteln
und Gelbfieber verwendet.
-
Der
Begriff „Tet-Operator-Sequenz” ist hierin definiert
ein Sequenzmotiv zu umfassen, welches die palindromische Sequenz
der Nukleinsäuresequenz der SEQ ID NO. 9 umfasst. Das Zentrum
einer Tet-Operator-Sequenz ist hierin als die Base definiert, welche
exakt in der Mitte der palindromischen Sequenz der Tet-Operatorsequenz
liegt. Für SEQ ID NO. 9 ist dies die Base an Position 10.
Die zweite Komponente des Transaktivatorsystems umfasst mindestens
zwei Tet-Operator-Sequenzen, d. h. die zweite Komponente kann auch
2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 oder mehr Tet-Operator-Sequenzen umfassen.
In einer bevorzugten Ausführungsform umfasst die zweite
Komponente des Transaktivatorsystems 7 Tet-Operator-Sequenzen.
-
Ohne
sich auf eine Theorie zu beschränken, wird davon ausgegangen,
dass ein Abstand von 36 bp zwischen dem Zentrum der ersten Tet-Operator-Sequenz
und dem Zentrum der darauf folgenden Tet-Operator-Sequenz zu einer
verbesserten Expression der regulierten Nukleinsäuresequenz
führt. Es wird angenommen, dass dieser Abstand der Tet-Operator-Sequenzen
zueinander dazu führt, dass im Vergleich zu herkömmlichen
Tet-Operatormultimeren, in denen die Tet-Operator-Zentren in einem
Abstand von 42 bp vorliegen (wie z. B. in Ptet-1), eine größere
Anzahl von Transaktivatoren in räumlicher Nähe
zu dem Minimalpromotor binden können. Diese erhöhte
Transaktivatordichte kann durch deren Bindung in trans auf der DNA-Helix
erklärt werden, da der Zentrumsabstand der Operatoren von
36 bp zueinander, zu alternierenden Bindungstellen auf der DNA-Helix
führt. Ähnliche Untersuchungen sind beschrieben
durch: Agha-Mohammadi et al., 2004. J. Gene Med. 6, 817–828.
-
In
einer bevorzugten Ausführungsform sind daher die mindestens
zwei Tet-Operator-Sequenzen jeweils in einem Abstand angeordnet,
welcher 33–39 Basenpaare, vorzugsweise 34–38 Basenpaare,
vorzugsweise 35–37 Basenpaare, und am meisten bevorzugt
36 Basenpaare zwischen dem Zentrum der ersten Tet-Operator-Sequenz
und dem Zentrum der jeweils darauf folgenden Tet-Operator-Sequenz
beträgt. Der Abstand zwischen den Zentren der einzelnen
Tet-Operator-Sequenzen kann immer der gleiche sein, oder variieren.
Der Abstand zwischen dem Zentrum der ersten Tet-Operator-Sequenz
und dem Zentrum der jeweils darauf folgenden Tet-Operator-Sequenz
muss jedoch jeweils 33–39 bp, vorzugsweise 34–38
bp, weiter bevorzugt 35–37 bp, insbesondere 36 bp betragen.
-
In
einer weiteren bevorzugten Ausführungsform umfasst die
zweite Komponente des Transaktivatorsystems 7 Tet-Operator-Sequenzen;
wobei vorzugsweise die zweite Komponente des Transaktivatorsystems eine
Nukleinsäuresequenz umfasst, die zu mindestens 70%, vorzugsweise
zu mindestens 75%, mindestens 80%, mindestens 85%, mindestens 90%,
95 mindestens %, mindestens 97%, mindestens 98%, mindestens 99%,
oder zu 100% identisch mit der Nukleinsäuresequenz von
Positionen 5084–5329 der SEQ ID NO. 1 ist.
-
Weiterhin
kann das Nukleinsäurekonstrukt zusätzliche post-transkriptionelle
Verstärker-/Regulatorelemente umfassen. Beispiele hierfür
sind das „SRV-1 Constitutive Transport Element” (cte),
welches den nukleo/zytosolischen Transport der unprozessierten RNA optimiert,
das Woodchuck-Hepatitis-Virus-post-transkriptionelles regulatorisches
Element (W-PRE), das vermutlich die Stabilität der Transkripte
erhöht und damit zu einer Steigerung der Translationseffizienz
beiträgt. Retrovirale Vektoren enthalten zusätzlich
long terminal repeats und können zusätzlich virale
Verpackungsregionen umfassen, z. B. psi, oder psi/psi+, oder psi/psi+/pol-env.
-
In
einer weiteren bevorzugten Ausführungsform sind die erste
und die zweite Expressionskassette uni-direktional oder bidirektional
zueinander angeordnet.
-
In
einer anderen bevorzugten Ausführungsform ist das Nukleinsäurekonstrukt
ein integrierender oder ein nicht integrierender Vektor. Im Falle
eines nicht integrierenden Vektors ist dieser in einer weiteren
bevorzugten Ausführungsform ein replizierender oder ein
nicht-replizierender Vektor. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform
ist der integrierende Vektor ein Transposon.
-
In
einer weiteren bevorzugten Ausführungsform ist der Vektor
ein retroviraler Vektor; vorzugsweise ein C-Typ, oder ein lentiviraler
Vektor, insbesondere ein Vektor auf Basis des Mouse Moloney Leukemia
Virus (MLV) oder des Humanen Immundefizienz Virus (HIV). Weitere
Beispiele für retrovirale Vektoren sind Vektoren auf Basis
von nativen Varianten des MLV, wie z. B. MPSV, PCMV, MESV, SFFV
oder FESV, sowie hybride Vektoren, die Elemente der einzelnen Viren
kombinieren. Beispiele für humane Retroviren sind z. B.
HIV-1 und HIV-2.
-
Retrovirale
Vektoren werden in der Gentechnik verwendet, um genetisches Material
in Zielzellen zu schleusen. Verglichen mit traditionellen Methoden
erlaubt eine Transduktion mit retroviralen Vektoren, dass nahezu
100% der Zellen das genetische Material erhalten, ohne dass die
Lebensfähigkeit der Zellen nennenswert eingeschränkt
wird. Die von Viren abgeleiteten retroviralen Vektoren sind zudem
in der Lage, in das Genom der Zielzelle zu integrieren, so dass
sie den Tochterzellen vererbt werden können. Zur Gattung
der c-Typ Retroviren, auch Gammaretroviren genannt, gehört
das MLV. Lentiviren sind eine Gattung innerhalb der Retroviren.
Sie können im Gegensatz zu Gammaretroviren, die nur sich
teilende Zellen infizieren können, auch ruhende Zellen
infizieren und haben daher ein potenziell breiteres Anwendungsspektrum.
Weil retrovirale Vektoren das Risiko bergen, durch die starken Enhancer-Elemente
in ihren LTRs potenzielle Onkongene in der Nähe ihres Integrationsortes
zu aktivieren, wurden sogenannte SIN-Vektoren (von self inactivating)
entwickelt, in denen diese Enhancer im 3'-LTR-Bereich deletiert
wurden. Nach der Reversen Transkription und der Integration des
Provirus in das Wirtsgenom fehlen diese auch im 5'-LTR-Bereich.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist der retrovirale
Vektor ein selbstinaktivierender Vektor (SIN-Vektor).
-
In
einer anderen bevorzugten Ausführungsform ist das Nukleinsäurekonstrukt
ein Plasmid. Plasmide sind kleine, in der Regel zirkuläre
DNA-Moleküle, die in Zellen vorkommen können,
aber im Allgemeinen extrachromosomal vorliegen. Enthält
das Plasmid einen Replikationsursprung, der in der Zelle funktionsfähig
ist, so kann das Plasmid unabhängig von der chromosomalen
DNA repliziert und von Zelle zu Zelle vererbt werden. Je nach Art
des Replikationsursprungs können Plasmide in geringer (low
copy) oder sehr hoher Kopienzahl (high copy) vorliegen. Bestimmte
Plasmide, Episome, können auch in die chromosomale DNA
der Wirtszelle integrieren und dort zusammen mit dem Wirtsgenom
mit jeder Zellteilung repliziert werden
-
In
einer weiteren bevorzugten Ausführungsform weist das Nukleinsäurekonstrukt
einen Regulationsfaktor auf Ebene einer Zellpopulation von 1000-fach
bis 11000-fach, insbesondere von 1500-fach bis 11000-fach, 2000-fach
bis 11000-fach, 2500-fach bis 11000-fach, 3000-fach bis 11000-fach,
3500-fach bis 11000-fach, 4000-fach bis 11000-fach, 5000-fach bis
11000-fach, 6000-fach bis 11000-fach, 7000fach bis 11000-fach, 8000-fach
bis 11000-fach, 9000-fach bis 11000-fach, oder mindestens 11000-fach
auf. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform weist
das Nukleinsäurekonstrukt einen Regulationsfaktor auf Ebene einer
Zellpopulation von 1000-fach bis 2000-fach, 1000-fach bis 3000-fach,
1000-fach bis 3500fach, 1000-fach bis 4000-fach, 1000-fach bis 5000-fach,
1000-fach bis 6000-fach, 1000-fach bis 7000-fach, 3000-fach bis 8000-fach,
4000-fach bis 9000-fach, 5000-fach bis 10000-fach, oder 6000-fach
bis 11000-fach auf.
-
Der
Begriff „auf Ebene einer Zellpopulation” bedeutet
hier, dass der Regulationsfaktor für eine Zellpopulation
bestimmt wird, die das erfindungsgemäße Nukleinsäurekonstrukt
umfasst, wobei die Zellpopulation nicht durch Einzelzellklonierung
gewonnen wurde. Das Expressionsniveau und der Regulationsfaktor
können wie nachstehend beschrieben bestimmt werden. Der
Regulationsfaktor ist dabei definiert als der Quotient der Menge
an Genprodukt nach Induktion geteilt durch die Menge an Genprodukt
vor Induktion, wobei dieser Quotient wie folgt bestimmt werden kann:
Eine Ht1080 Zellpopulation wird mit dem erfindungsgemäßen
Nukleinsäurekonstrukt, welches Luciferase als das Produkt
von Interesse umfasst, transduziert. Die transduzierten Ht1080 Zellen
werden mittels Fluoreszenz-basiertem Sortieren der Zellen (flourescence
activated cell sorting, FACS) angereichert, welches z. B. durch
die GFP-Aktivität des verwendeten dualen Reportergens lmg*
ermöglicht wird, so dass die Reinheit der Population ≥ 90%
beträgt. Alternativ zur Verwendung von lmg* kann z. B. auch
ein Fusionsgen mit spezifischer Proteaseschnittstelle (2A), für
die posttranslationale Trennung des Luciferase und eGFP Gens, verwendet
werden, oder eine Nukleinsäuresequenz verwendet werden,
die eine bicistronische RNA kodiert, die eine durch IRES (internal
ribosomal entry site) vermittelte Translation eines unabhängigen
zweiten Gens, das 3' zum ersten Gen liegt, erlaubt. Die Zellpopulation
wird anschließend auf zwei Vertiefungen einer Platte mit
sechs Vertiefungen transferiert (1 × 105/Vertiefung),
wobei jeweils die Zellen einer Vertiefung so gehalten werden, dass
die Expression des Produktes von Interesse induziert ist, und die
Zellen der anderen Vertiefung so gehalten werden, dass die Expression
des Produktes von Interesse nicht induziert ist. Die Zellen werden
für 96 Stunden kultiviert und anschließend gegebenenfalls
mittels PBS/EDTA von der Platte abgelöst und bei 4°C
und 350 × g zentrifugiert. Nach Abnahme des Zellüberstandes
werden die Zellpellets in 25 mM TRIS-phosphate, pH 7,8; 2 mM Na2-EDTA, 5% Glycerin, 1% Triton X-100, 20
mM DTT lysiert und bei –20°C eingefroren. Nach
dem Auftauen werden die Proben für 2 min bei 4°C
zentrifugiert (14.000 × g) und vom Überstand werden
je nach Aktivität, zwischen 0,1–10 μl
mit 250 μl Messpuffer (25 mM Glycylglycin, 15 mM MgSO4, frisch versetzt mit 5 mM rATP) gemischt.
Die Messung über einen Zeitraum von 10 Sekunden wird in
einem Lumat (Berthold LB9507, Applied Biosystems) durch Zugabe des
Substrates (Luciferin, 125 μM) gestartet. Zur Bestimmung
der spezifischen Aktivität wird der Proteingehalt der Probe
nach Bradford bestimmt. Die Proteinbestimmung nach Bradford ist
im Stand der Technik eine wohlbekannte Methode und dem Fachmann
bekannt. Die Berechnung der Regulationsfaktoren erfolgt durch Division
der Luziferase Aktivität des induzierten durch die des
nicht-induzierten Zustands.
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In
noch einer weiteren bevorzugten Ausführungsform weist das
Nukleinsäurekonstrukt auf Ebene einer Zellpopulation ein
Expressionsniveau von mindestens 0,1–7,0 × 106 rlu/μg Protein, mindestens 0,5–7,0 × 106 rlu/μg Protein, mindestens 1,0–7,0 × 106 rlu/μg Protein, mindestens 1,5–7,0 × 106 rlu/μg Protein, mindestens 2,0–7,0 × 106 rlu/μg Protein, mindestens 2,5–7,0 × 106 rlu/μg Protein, mindestens 3,0–7,0 × 106 rlu/μg Protein, insbesondere mindestens
3,5–7,0 × 106 rlu/μg
Protein, mindestens 3,6–7,0 × 106 rlu/μg
Protein, mindestens 3,7–7,0 × 106 rlu/μg
Protein, mindestens 3,8–7,0 × 106 rlu/μg
Protein, mindestens 3,9–7,0 × 106 rlu/μg
Protein, mindestens 4,0–7,0 × 106 rlu/μg
Protein, mindestens 4,1–7,0 × 106 rlu/μg
Protein, mindestens 4,5–7,0 × 106 rlu/μg
Protein, mindestens 5,0–7,0 × 106 rlu/μg
Protein, mindestens 5,5–7,0 × 106 rlu/μg
Protein, mindestens 6,0–7,0 × 106 rlu/μg
Protein, mindestens 6,5–9,0 × 106 rlu/μg
Protein, oder mindestens 7,0–9,0 × 106 rlu/μg Protein,
wenn das Produkt von Interesse Luciferase ist.
-
Ein
zweiter Aspekt der Erfindung beschreibt die Verwendung des oben
beschriebenen Nukleinsäurekonstrukts in der Zell- und Gentherapie.
Als Gentherapie bezeichnet man das Einfügen von Genen in
eine Zelle eines Individuums zur Behandlung von genetischen Defekten,
verursacht z. B. durch Erbkrankheiten. Durch die Expression des
Produkts von Interesse kann somit ein genetischer Defekt, Über-
oder Unterexpression eines Genproduktes, des Individuums kompensiert
werden. Prinzipiell ergeben sich zwei Arten der Gentherapie. Eine
Möglichkeit besteht darin, dem Körper Zellen zu
entnehmen, welche anschließend mit dem Nukleinsäurekonstrukt
des ersten Aspektes transfiziert/transduziert werden, um sie anschließend
wieder in den Körper einzubringen (ex vivo). Hierbei spricht
man auch von Zelltherapie. Andererseits kann das Nukleinsäurekonstrukt
des ersten Aspektes verwendet werden, um Zellen direkt im Körper
zu transfizieren/transduzieren (in vivo). Insbesondere ist hierbei
jedoch darauf zu achten, dass eine Gentherapie nicht an menschlichen
Keimbahn-Zellen oder menschlichen embryonalen Stammzellen durchgeführt
wird, um eine Vererbung der künstlich eingeführten
genetischen Information an Nachkommen zu unterbinden.
-
Ein
weiterer Aspekt der Erfindung betrifft die Verwendung des beschriebenen
Nukleinsäurekonstrukts zur Herstellung eines Produkts von
Interesse, insbesondere eines Polypeptids, einer funktionellen RNA,
einem Ribozym oder eines attenuierten Virus. Dieser Aspekt ist insbesondere
für die klinische Forschung und für die Grundlagenforschung
von Bedeutung. Daneben ist das Nukleinsäurekonstrukt auch
für industrielle Verfahren von Bedeutung, insbesondere
für Screeningverfahren und für Wirkstoffanalysen
im Kleinmaßstab, als auch im Hochdurchsatzverfahren.
-
Weiterhin
wird eine Zelle oder eine Zellpopulation offenbart, die das beschriebene
Nukleinsäurekonstrukt umfasst. Die Zelle kann eine beliebige
isolierte Zelle sein, insbesondere jedoch keine humane embryonale
Zelle und keine Keimbahnzelle.
-
Die
Zelle oder Zellpopulation kann eine prokaryotische oder eukaryotische
Zelle, insbesondere eine Säugerzelle sein. Die Zellpopulation,
die die Zelle umfasst, kann durch Transfektion oder Transduktion
mit dem beschriebenen Nukleinsäurekonstrukt erhalten werden,
gegebenenfalls indem transfizierte oder transduzierte Zellen anschließend
angereichert werden. In einer bevorzugten Ausführungsform
wird die Zellpopulation nicht durch Einzelzellklonierung gewonnen,
sondern durch Anreicherung von transduzierten Zellen aus einem Zellbatch.
Das Einführen des Nukleinsäurekonstrukts kann
unter Verwendung eines Virus oder durch Transfektion erfolgen, einschließlich
z. B. durch chemische Transfektionsmedien, wie Lipofektamin, FuGene,
etc., durch Elektroporation, Calciumphosphat-Copräzipitation
und durch direkte Diffusion von DNA. Entsprechend der Auswahl des
Vektors kann das Nukleinsäurekonstrukt stabil integriert,
transient, oder episomal in der Zelle oder Zellpopulation vorliegen.
So kann das Nukleinsäurekonstrukt in der Zelle oder den
Zellen der Zellpopulation intrachromosomal, als auch extrachromosomal
vorliegen. Wenn das Nukleinsäurekonstrukt extrachromosomal
vorliegt, kann dieses replizierend oder nicht-replizierend sein.
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Vorzugsweise
umfassen mindestens 20% aller Zellen der Zellpopulation das Nukleinsäurekonstrukt. Insbesondere
bevorzugt umfassen mindestens 30%, mindestens 35%, mindestens 40%,
mindestens 45%, mindestens 50%, mindestens 55%, mindestens 60%,
mindestens 65%, mindestens 70%, mindestens 75%, mindestens 80%,
mindestens 85%, mindestens 90%, mindestens 95%, mindestens 98%,
mindestens 99% oder 100% der Zellen das beschriebene Nukleinsäurekonstrukt.
Es gibt zahlreiche, dem Fachmann wohlbekannte Verfahren zum Bestimmen,
ob eine Zelle ein gewünschtes Nukleinsäurekonstrukt
beinhaltet. Das Nukleinsäurekonstrukt kann zum Beispiel
einen Fluoreszenzmarker enthalten, oder transduzierte Zellen könnten durch
Verwendung eines mit einem Fluoreszenzmarker gekoppelten Antikörpers,
der gegen ein Polypeptid gerichtet ist, das für das Vorhandensein
des Nukleinsäurekonstruktes in der Zelle signifikant ist,
nachgewiesen werden. Der prozentuale Anteil transduzierter Zellen
innerhalb einer Zellpopulation lässt sich so beispielsweise mittels
durchflusscytometrischer Methoden, oder durch Auszählen
der Zellen bestimmen. Das Nukleinsäurekonstrukt könnte
auch eine Nukleinsäuresequenz umfassen, die das Enzym beta-Galaktosidase
kodiert. In diesem Fall könnte das Konstrukt durch kommerziell
erhältliche Tests nachgewiesen werden, z. B. durch Beta-Gal
Histochemical Staining Kit (in situ, X-Gal), M1R2600, Mirus Corp.;
oder ONPG BGal Assay Kit, GO10001 (405–420 nm), OzBiosciences;
oder CRPG BGal Assay Kit, GO10001 (570–595 nm), OzBiosciences.
-
In
einem letzten Aspekt betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Herstellung
eines Produktes von Interesse, wobei das Verfahren umfasst:
- (i) Bereitstellen einer Zelle oder Zellpopulation,
wie vorstehend beschrieben, in einem Medium, das für die Expression
des Produktes förderlich ist, und eine definierte erste
Konzentration an Tetracylin (Tet) oder eines Analogons davon enthält;
- (ii) Kultivieren der Zelle oder Zellpopulation in Gegenwart
einer definierten zweiten Konzentration an Tet oder eines Analogons
davon im Medium, so dass die Herstellung des Produkts induziert
wird; und
- (iii) Rückgewinnen des Produkts.
-
Die
Zelle kann bei einer geeigneten Temperatur und einer geeigneten
Atmosphäre (typischerweise 37°C, 5% CO2), gegebenenfalls in einem Zellinkubator
gemäß Methoden und Verfahren kultiviert werden,
die dem Fachmann bekannt sind, wobei die Kulturbedingungen für
den jeweiligen Zelltyp variieren können. Rezepturen für
Medien können sich im pH, in der Glucosekonzentration und
dem Vorhandensein von Wachstumsfaktoren und anderen Nährstoffen
unterscheiden. Medien für die Zellkultur sind im Handel
erhältlich oder können gemäß Zusammensetzungen,
die z. B. von der American Tissue Culture Collection (ATCC) erhältlich sind,
zubereitet werden. Bei der Herstellung der Medien ist insbesondere
darauf zu achten, dass die einzelnen Bestandteile frei von Tetracyclin
oder dessen Analogon sind, insbesondere wenn tierische Produkte,
wie z. B. Seren, Bestandteil des Mediums sind. Die definierte erste
Konzentration an Tetracyclin oder eines Analogons davon und die
definierte zweite Konzentration an Tetracyclin oder eines Analogons
davon im Medium sind abhängig von dem verwendeten Transaktivatorsystem.
-
Wird
ein „Tet-on”-System verwendet, so ist die erste
Konzentration an Tetracyclin oder des Analogons davon möglichst
null oder in einer vernachlässigbaren Menge vorhanden,
so dass das Produkt von Interesse nicht, oder nur auf Niveau der
Hintergrundexpression exprimiert wird. Vorzugsweise ist kein Tetracyclin
oder Analogon davon in dem Medium enthalten. Anschließend
wird die Zelle oder Zellpopulation in Gegenwart einer definierten
zweiten Konzentration an Tet oder eines Analogons davon im Medium
kultiviert, wobei die zweite Konzentration an Tet oder eines Analogons
davon so zu wählen ist, dass die Herstellung des Produkts
mittels des Transaktivators induziert wird. Anschließend,
in einem dritten Schritt, kann das Produkt rückgewonnen werden.
Geeignete Konzentrationen zur Induktion können den nachfolgenden
Beispielen entnommen werden (siehe insbesondere die Beispiele 4
und 5) und sind auch im Stand der Technik bekannt. Ob eine Konzentration von
Tet oder eines Analogons davon ausreichend ist, um die Expression
eines gewünschten Produktes zu induzieren, kann durch Vortests
unter Verwendung unterschiedlicher Konzentrationen an Tet, oder
eines Analogons davon, durch Bestimmung des Regulationsfaktor, wie
vorangehend beschrieben, bestimmt werden. Ist der Regulationsfaktor
größer als 100, so hat eine Induktion stattgefunden.
-
Wird
als Transaktivatorsystem ein „Tet-off”-System
verwendet, so ist die erste definierte Konzentration an Tetracyclin
oder des Analogons davon so hoch zu wählen, dass das Produkt
von Interesse nicht, oder nur auf Niveau der Hintergrundexpression
exprimiert wird. Geeignete Konzentrationen der ersten definierten
Konzentration können aus den nachfolgenden Beispielen abgeleitet
werden (siehe insbesondere Beispiele 4 und 5) und sind im Stand
der Technik wohlbekannt. Zur Induktion wird das Tetracyclin oder
ein Analogon hiervon, aus dem Medium, z. B. durch Pelletieren der
Zellen und Überführen in ein neues Medium, welches
kein Tetracyclin oder Analogon davon enthält, induziert. Anschließend
erfolgt ebenfalls das Rückgewinnen des Produktes in einem
dritten Verfahrensschritt.
-
Die
Rückgewinnung des Produktes kann aus den Zellen, dem Medium,
oder aus beidem erfolgen. Verfahren zum Rückgewinnen eines
Produktes von Interesse sind zahlreich und dem Fachmann wohlbekannt.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist das Produkt ein
Polypeptid, eine funktionelle RNA, ein Ribozym oder ein attenuiertes
Virus.
-
Die
oben beschriebenen Ausführungsformen können entweder
allein oder in Kombination mit anderen Ausführungsformen
verwendet werden. Diese und andere Einzelheiten, sowie weitere besondere
Ausführungsformen und Vorzüge der Erfindung werden
aus den folgenden Beispielen, den Patentansprüchen und den
Zeichnungen offensichtlich werden.
-
BESCHREIBUNG DER FIGUREN
-
1 Schema der Tet-regulierten Expression
und initiale Testung verschiedener regulatorischer Einheiten in
retroviralem Vektorhintergrund.
-
2 Konstruktionsvergleich
von Varianten des Ein-Vektor-System.
-
3 Qualitativer
Vergleich verschiedener regulatorischer Einheiten im MLV-basierten
Ein-Vektor-System pMOV-1.
-
4 Vergleich
unterschiedlicher Konstruktionsprinzipien des Ein-Vektor-Systems.
-
5 Qualitativer
Vergleich verschiedener regulatorischer Einheiten im MLV-basierten
Ein-Vektor-System pMOV.1-TXsc.
-
BEISPIELE
-
Beispiel 1
-
Konstruktion der viralen Vektoren
-
A) Aufbau des viralen Vektors
-
B) Aufbau der tet-regulierten Expressionseinheit
-
C) Aufbau der konstitutiven Expressionseinheit
für den Transaktivator
-
A)
Der Aufbau der retroviralen Vektoren folgt einem streng systematischen
Konzept. Bestimmte Schnittstellen wurden für bestimmte
virale und nicht virale Elemete benutzt, unabhängig von
der endgültigen Zusammensetzung der Vektoren. Als Basis
für die hier beispielhaft verwendeten retroviralen Vektoren
wurde der pS2f-c(LMCG)p Vektor verwendet (Löw et
al., 2006).
-
Der
virale 5'-Promotor (Synthese des viralen Genoms zur Produktion des
Vektors) ist bei den retroviralen Konstrukten jeweils als 5'-Avr
II und 3'-Nar I Fragment kloniert. Darauf folgt die virale Verpackungsregion, die
unterschiedlich ausgeprägt sein kann (entweder nur psi,
oder psi/psi+, oder psi/psi+/pol-env) und als 5'-Nar I und 3'-Bgl
II Fragment integriert ist.
-
Auf
diese notwendigen viralen Komponenten folgt bei den bi-direktionalen
Konstrukten (pMOV.1 und pHOV.1) das für die antisense Expression
benötigte Polyadenylierungssignal. Im vorliegenden Beispiel
wurde entweder SV40pA (Simian Virus 40 polyadenylation signal) oder
hGHpA (human Growth Hormone polyadenylation signal) als Bgl II/Bam
HI fragment in die Bgl II Schnittstelle des Vektors integriert.
-
Im
Falle der uni-direktionalen Vektoren (pMOV.2) wurde an dieser Stelle
die Tetregulierte Expressionseinheit (Promotor und Transgen) eingebaut,
dessen Aufbau in einem separaten Subklonierungsplasmid erfolgt (siehe
B); aus technischen Gründen ist es nicht möglich
alle erforderlichen Schnittstellen für die Klonierung auf dem
finalen Vektorkonstruktionsplasmid freizuhalten).
-
Ebenfalls
in antisense Orientierung wurde das cte-Element (constitutive Iransport
element, SRV-1, Simian Retrovirus 1) als Bgl II/Bam HI fragment
in die BamHI Schnittstelle integriert. Die resultierende Bam HI Schnittstelle
markiert zunächst die Grenze zur regulierten Einheit, welche
in einem separaten Klonierungsplasmid fertig gestellt wurde (siehe
B); aus technischen Gründen ist es nicht möglich
alle erforderlichen Schnittstellen für die Klonierung auf
dem finalen Vektorkonstruktionsplasmid freizuhalten).
-
Aus
dem gleichen Grund markiert eine Not I Schnittstelle die Grenze
zur konstitutiven Expressionseinheit, auf die in 3'-Richtung wieder
invariable Teile des Vektors folgen.
-
Hier
wurde zunächst das pre-Element (W-PRE: aus Woodchuck Hepatitis
Virus – posttranscriptional regulatory element) als Not
I/Eag I Fragment integriert, welches in verschiedenen Formen genutzt
werden kann. Bevorzugt ist hier die verkürzte Variante,
mit deletiertem „atg” des X-Proteins des Hepatitis
Virus.
-
Für
die Konstruktion der bi-direktionalen Vektoren wurde ein multiple
Klonierungsstelle (MCS) zwischen die 5'-liegende Bam HI und die
3'-gelegene Not I Schnittstellen integriert, um die gerichtete Klonierung der
regulierten Expressionskassette und der konstitutiven Transaktivator
Kassette zu ermöglichen. Diese MCS enthält in
5' zu 3'Orientierung die Schnittstellen: Not I-Xho I-Eco RI-Bam
HI.
-
Auf
das pre-Element folgt die 3'-Region des viralen Vektors, die neben
dem Polypurin Trakt (PPT) die 3'-LTR (Long Terminal Repeat) enthält.
Jedoch wurde die U3-Region der 3'-LTR fast vollständig
deletiert, und neben der für die spätere Integration
des viralen Genoms in das Wirtsgenom notwendige 5'-Begrenzung (border, –448/–412),
wurde lediglich der Bereich um die PAPA-box (–70/–1)
beibehalten. In letztere wurden Punktmutationen zur Inaktivierung
der TATA-box (TFIID-Bindungstelle) eingefügt.
-
Die
Deletion der Enhacer Region und die Inaktivierung der TATA-box führen
zur Generierung eines so genannten SIN-Vektors (Selbst IN aktivierend).
-
B)
Der Aufbau der Tet-regulierten Expressionseinheit erfolgt in einem
aufgrund seiner vorhandenen Schnittstellen zur Subklonierung geeigneten
Plasmid, dem pBluescript SK II+ Vektor (Stratagene). Mittels vorhandener
Primerbindungsstellen innerhalb des Plasmides wird die Sequenzierung
der Integrate ermöglicht.
-
Zur
Synthese des Tet-Operators wurden die durch Polyacrylamidgelelektrophorese
(PAGE) gereinigten Oligonukleotide TOH-1 bis TOH-6 verwendet (siehe
nachstehende Tabelle).
-
Tabelle
1: Liste der Oligonukleotidpaare. Die nachstehend angegebenen SEQ
ID NOs unterhalb der jeweiligen Kästen beschreiben jeweils
die untere und obere Nukleotidsequenz.
-
Hierzu
wurden zunächst jeweils die Nukleotid-Paare TOH-2/TOH-3
und TOH-4/TOH-5 ligiert und die resultierenden DNA-Fragmente nochmals
durch PAGE aufgereinigt. Die beiden gereinigten DNA-Fragmente wurden
anschließend wiederum miteinander ligiert. Das resultierende
Fragment (TOH-2.3.4.5) wird ebenfalls durch PAGE gereinigt. Nach
einem weiteren Ligationsschritt von TOH-2.3.4.5 mit TOH-1, gefolgt
von einem Reinigungsschritt durch PAGE, und einer letzten Ligation
mit dem Oligonukleotid TOH-6 führt dies zu dem Endprodukt,
dem TO7 Fragment. Durch die bereitgestellte 5' Xho I-Schnittstelle
und der 3' Nco I Schnittstelle wurde das Fragment direkt in ein
pBluescript SKII+ Plasmid 5'- zu einem bereits vorhanden GFP Reportergen
einkloniert. Das resultierende Plasmid wurde SK-TO7.g genannt. Dieser
Subklon diente als Basis für die Aufnahme und den Transfer
der regulierbaren Promotoren als Xho I/Nco I fragmente, oder auch
nur der minimal Promotoren als Hin dIII/Nco I fragmente.
-
Die
Tet-regulierten Promotoren wurden jeweils mittels Xho I/Nco I in
das SK II+ Plasmid integriert, in welches zuvor wiederum das duale
Reportergen (lmg*) über Nco I/Not I integriert wurde.
-
Aus
diesen Plasmiden (SK-TO7.C*-Img* (T2), SK-TO7.3-lmg* (P6) und SK-TO7.5-lmg*
(T8)) wird der tet-regulierte Promotor zusammen mit dem dualen Reportergen
als Xho I/Not I Fragment freigesetzt und in die vorbereiteten viralen
Vektoren eingesetzt. Dazu wird die MCS der Vektoren mit den gleichen
Restriktionsenzymen geöffnet. Diese Schnittstellen bleiben
als singuläre Schnittstellen erhalten und erlauben so den
gerichteten Austausch der Promotoren (T2, T6, oder T8).
-
Der
Ptet-T1 Promotor enthält den CMV
Minimalpromotor (–53/+75), wie beschrieben in Gossen
und Bujard, 1992, und wurde über Hind III/Sal
I aus einem Subklon in das mit den gleichen Enzymen verdauten SK II+
Plasmid integriert. Die weiteren einzelnen Promotor Module wurden
durch ortsspezifische Mutagenese mittels PCR generiert.
-
Der
Ptet-T2 Promotor wurde durch ortsspezifische
Mutagenese des SK-Ptet-P1 Konstruktes erhalten. Hierzu wurden mutierte
Oligonukleotide (CMV-mutTB, SEQ ID NO: 22 und SEQ ID NO: 23) entworfen,
die das „ag” Dinukleotid oberhalb der TATA-Box
durch „c” ersetzt, was zu der Einführung
einer TFIIB Bindestelle führt, und durch Austausch des „t” an
Position –25 zu „a” in einer TATA-Box
Konsensussequenz resultiert.
-
Der
Ptet-T6 Promotor wurde durch überlappende
PCR mit Hilfe der Oligonukleotide TO7.3s (SEQ ID NO: 24) und TO7.3as
(SEQ ID NO: 25) und dem PO7.2 Promotorfragment als Templat erhalten.
Das TO7.2 Fragment wurde wiederum durch Mutagenese mittels überlappender
Oligonucleotide (TO7.2s (SEQ ID NO: 28) und TO7.2as (SEQ ID NO:
29) und dem SK-TO7.g Plasmid als Template erhalten.
-
Der
Ptet-T8 Promotor wurde über PCR
durch Vervielfältigung des Minimalpromotors mit Hilfe der MMTV-5'
(–89) (SEQ ID NO: 26) und MMTV-3' (+122) (SEQ ID NO: 27)
Oligonukleotide sowie dem pΔMtetO-luc Konstrukt als Template
(Hoffmann et al., 1997) hergestellt. Das resultierende
PCR Produkt enthält die für die in das SK II+
Konstrukt direkte Einklonierung notwendigen Restriktionsschnittstellen.
-
Der
T9 Promotor wurde mittels PCR durch Vervielfältigung des
gesamten Promotors unter Verwendung der Oligonukleotide MMTV-5'
(–37) (SEQ ID NO: 30) und MMTV-3' (+122) (SEQ ID NO: 27),
sowie dem wie vorstehend beschrieben hergestellten T8 Promotor-PCR
Fragment als Template generiert. Das hierbei resultierende PCR Fragment
wurde in das pBluescript SK II+ Plasmid kloniert, sequenziert, und
anschließend über Hind III/Sal I in das SK-TO7.g
Plasmid umkloniert. Das sich hieraus ergebende Plasmid wurde TO7.6
genannt. Der Ptet-T9 Promotor lässt sich aus diesem Konstrukt
als Xho I/Sal I oder Xho I/Nco I Fragment herausschneiden.
-
Der
T10 Minimalpromotor wurde ebenfalls mittels PCR unter Verwendung
der Oligonukleotide TO7.7s (SEQ ID NO: 31) und TO7.7as (SEQ ID NO:
32), sowie dem wie vorstehend beschrieben hergestellten T9 Promotor-PCR
Fragment als Template generiert. Hierbei wurden durch das 5' Oligonukleotid
eine TFIIB und eine TATA Konsensussequenz eingeführt. Die
im weiteren Verlauf verwendeten Sal I und Nco I Restriktionsschnittstelle
wurde mittels des 3' Oligonukleotids eingeführt. Das resultierende
PCR Fragment wurde in das pBluescript SK II+ Plasmid kloniert, sequenziert,
und anschließend über Hind III/Sal I in das SK-TO7.g
Plasmid umkloniert. Das sich hieraus ergebende Plasmid wurde TO7.7
genannt. Der Ptet-T10 Promotor lässt sich aus diesem Konstrukt
als Xho I/Sal I oder Xho I/Nco I Fragment herausschneiden.
-
Der
T11 Minimalpromotor wurde durch Oligonukleotid-basierter Synthese
mit Hilfe von überlappenden Oligonukleotiden und PCR hergestellt.
Hierzu wurde den Oligonukleotiden TO7.8-s1 (SEQ ID NO: 33) und TO7.8-as1
(SEQ ID NO: 34) erlaubt sich aneinander anzulagern und anschließend
die Enden des resultierenden Doppelstranges mittels T4-Polymerase
zu einem „blunt-end” geglättet. Analog
wurde mit den Oligonukleotiden TO7.8-s2 (SEQ ID NO: 35) und TO7.8-as2
(SEQ ID NO: 36) verfahren. Beide Doppelstränge wurden anschließend
durch Polyacrylamidgelektrophorese gereinigt. Im nächsten
Schritt wurden die beiden Oligonukleotide in einer äquimolaren
Menge (jeweils 1 pmol) miteinander vermischt und mittels PCR vervielfältigt.
Der hierdurch resultierende Minimalpromotor T11 wurde über
Hind III/Sal I in das SK-TO7.g Plasmid umkloniert und sequenziert.
Das sich hieraus ergebende Plasmid wurde TO7.8 genannt. Der Ptet-T11
Promotor lässt sich aus diesem Konstrukt als Xho I/Sal
I oder Xho I/Nco I Fragment herausschneiden.
-
Zur
Integration in sense Orientierung (pMOV.2) wird das original S2f-c(LMCG)
Vektor-tragende Plasmid verwendet, dass die Integration als Xho
I/Not I Fragment erlaubt.
-
C)
Der Aufbau der konstitutiven Expressionseinheit für den
Transaktivator (entweder authentisch, dann tTA-2 (Induktion der
Genexpression in Abwesenheit von Doxycycline) oder revers, dann
M2 (Induktion der Genexpression in Anwesenheit von Doxycycline))
erfolgte ebenfalls in einem SKII+ basierten Plasmid.
-
Das
parentale Plasmid war SK-hPGK, d. h., ein in den SKII+ Vektor klonierter
humaner Phosphoglyceratkinase Promotor, der 3' über eine
Eco RI und eine Bam HI Schnittstelle verfügte. In diese
Restriktionsschnittstellen wurden die Transaktivatoren tTA oder
M2 aus Plasmiden des Bujard Labors, pUHD 154-1 und pUHrt 63-1 kloniert.
Die konstitutive Expressionseinheit wurde dann über Xho
I/Bam HI in das virale Konstrukt überführt, in
das bereits die regulierte Einheit integriert war.
-
Zur
Integration in sense Orientierung (pMOV.2) wird das originale S2f-c(LMCG)
Vektor-tragende Plasmid verwendet, in das bereits die tet-regulierte
Expressionseinheit integriert worden war. Die Integration erfolgt dann
als CIa I(blunt)/Bam HI in den Not I/Bam HI geschnittenen Vektor.
-
Beispiel 2
-
1A) zeigt das Prinzip der Tet-regulierten Genexpression
(nach: Gossen und Bujard, 1992). Der Tetracyclin-abhängige
Transaktivator (tTA) wird mittels konstitutiver Expression kontinuierlich
bereitgestellt. Nach Translation liegt tTA in der aktiven Form vor
und kann als Dimer an die tet-Operatoren der regulatorischen Einheit
binden. Nach der Bindung wird die Synthese des Gens (Luciferase)
am Minimalpromotor (C) induziert. Zugabe von Doxycyclin (Dox), und
dessen Bindung an tTA, führt zu dessen Konformationsänderung, und
nachfolgend zu dessen Dissoziation von den tet-Operatoren.
-
Dadurch
wird die Synthese des induzierbaren Gens gestoppt. Zu beachten ist,
dass reverse Transaktivatoren („TET-on”), wie
S2 oder M2 (Urlinger et al., 2000) genau umgekehrt
arbeiten, d. h., sie werden zunächst in der inaktiven Form
synthetisiert und durch Dox Zugabe aktiviert.
-
In 1B) ist der grundsätzlicher Aufbau
der regulatorischen Einheiten im retroviralen Testvektor dargestellt
(zur Nomenklatur der viralen Bestandteile, siehe 2).
Ptet-1 gibt das originale System wieder, d. h., die Zentren der
tet-Operatoren sind 42 bp voneinander getrennt, der CMV-Minimalpromotor
reicht von –53/+75 relativ zum Transkriptionsstart. T1–T11
sind regulatorische Einheiten, die einen 36 bp Abstand zwischen
den Operatorzentren aufweisen. Dabei ist T1 der identische Promotor
wie in Ptet-1. Für die Synthese von T2 wurden in diesen
Minimalpromotor die Konsensussequenzen einer TFIIB- und einer TFIID-Bindungsstelle
(TATA-box) eingeführt, während das Initiatorelement
(INI) in allen CMV basierten Vektoren enthalten ist. Für
T6 wurde zudem der 5'-untranslatierte Bereich des T2 Minimalpromotors
durch eine entsprechende Region aus dem Turnip Yellow Mosaik Pflanzenvirus
(TYMV) ersetzt. Zusätzliche Promotoren für das
Ein-Vektor System sind für T8 bis T11 gezeigt. Diese basieren
auf dem Mouse Mammary Tumor Virus (MMTV). Ausgehend von einem Minimalpromotor
(T8, –88/+122), wurde dessen 5'-Region gekürzt
(T9, –37/+122), bzw in die verkürzte Variante
noch die TFIIB Bindungsttelle (T10) eingeführt. Der mit
T11 bezeichnete Promotor entspricht weitestgehend dem T6 Promotor,
allerdings wurden hier alle CMV-Sequenzen durch Sequenzen aus MMTV
ersetzt.
-
1C) zeigt die Luciferase Aktivität des
lmg* Reportergens im „on und off” Zustand des
Systems, gemessen nach Transduktion einer tTA-produzierenden HeLa
Zelllinie (HtTA-1; Gossen and Bujard, 1992) mit dem
pES.1 Testvektor. Die transduzierten Zellen wurde mittels der GFP-Aktivität
des lmg* Reportergens durch Fluoreszenz Aktivierte Zell-Sortierung
(FACS) angereichert (> 95%)
und die entstandene Population im abgeschalteten Zustand (+100 ng/ml
Dox) bzw. induzierten Zustand (–Dox) vermessen. Der Regulationsfaktor
für die einzelnen regulatorischen Einheiten entspricht
dem Quotient der induzierten Aktivität („on”)
und nicht regulierbaren Hintergrundaktivität („off”).
-
Beispiel 3
-
2A) zeigt den retroviralen, bi-direktionalen
Vektor pMOV-1TX, der auf dem Maus Moloney Leukemia Virus (MLV) basiert.
Gezeigt ist der prinzipielle Aufbau des Provirus mit einem beispielhaft
eingesetzten Promotor (pMOV.1-T2). In beiden long terminal repeats
(5'-, 3'-LTR) wurde der enhancer/promoter Bereich aus der U3-Region
deletiert (ΔU3), d. h. nach Integration wird keine virale
genomische RNA mehr gebildet. Die angrenzenden Bereiche der LTR,
die R- und U5-Region, sind essentiell für die Polyadenylierung
und die Synthese des Vektors und daher unverändert. Am
5'-Ende ist die sogenannte psi-region (Ψ) vorhanden, die
essentiell für die Verpackung des Genoms ins virale Capsid
ist und zusätzlich die ersten 400 bp des gag-Gens (Ψ+),
die eine verbesserte Vektorausbeute während der Produktion
gewährleisten. Als Terminationsstelle (pAn) für
die antisense orientierte (relativ zur viralen Expression) regulierbare
Einheit (Promotor und das lmg* Transgen ist die humane Wachstumshormon
Polyadenylierungsstelle (human Growth Hormon, hGH), gekoppelt an
das SRV-1 konstitutive Transportelement (cte), welche den nukleo/cytosolischen
Transport unprozessierter mRNA optimiert. Weitere Promotoren sind
der T6 oder auch T8 Promotor (siehe 1).
Der konstitutive humane PGK Promotor treibt die Synthese des (reversen)
Doxycycline-abhängigen M2 Transaktivators. Das 3'-dazu
integrierte Woodchuck Posttranscriptional Regulatory Element (WPRE)
ist ein Translationsenhancer und scheint zudem für die
Produktion der Vektoren von Bedeutung zu sein.
-
2B) zeigt den retroviralen, bi-direktionalen
Vektor pHOV-1, der auf dem Humanen Immundefizienz Virus Typ 2 (HIV-2)
basiert. Die prinzipielle Struktur der Expressionskassetten ist
identisch. Für diesen Vektor spezifische Elemente sind:
(i) das rev-response element (RRE), welches essentiell für
die Minimierung des Splicing während der Genomsynthese
und die Optimierung des nukleo/cytosolischen Transport der unprozessierten
mRNA ist; (ii) die zentrale Poly-Purinstelle (cPPT), die für
die Synthese des viralen Genoms und im Verlauf der Infektion von
großer Bedeutung ist.
-
Der
in 2C) gezeigte Vektor pMOV-2 ist
ebenfalls ein retroviraler, aber unidirektionaler Vektor, der auf
dem Maus Moloney Leukemia Virus (MLV) basiert. Die Elemente sind
identisch, der wesentliche Unterschied zu pMOV-1 ist die in sense
orientierte, regulierte Expressionskassette. Damit entfällt
die zusätzliche pA/cte Sequenz von pMOV-1, weil beide Transkripte
an der pAn-Stelle in der viralen 3'-LTR terminiert werden.
-
Der
Vektor pMOV-1TXsc, wie gezeigt in 2D) ist
bis auf einige Details identisch mit der pMOX-1TX Serie viraler
Vektoren. Die Unterschiede sind: (i) der Austausch der hGH Polyadenylierungsstelle
gegen eine Terminationsstelle (pAn) aus dem Simian Virus 40 (SV40pA)
und (ii) der Integration des MLV pol/env Fragments (p/e) mit nativen
splice acceptor (SA) für die, relativ zur viralen Expressionsrichtung
in antisense orientierten regulierbaren Einheit. Außerdem
wurde eine verkürzte Version des WPRE elements eingesetzt.
Beispielhaft ist hier der T6-Promotor dargestellt (pMOV.1-T6sc),
der alternativ aber durch die Promotoren T8–T11 ersetzt
werden kann.
-
Beispiel 4
-
Ht1080
Zellen wurden mit pMOV-1(T2), pMOV-1(T6) und pMOV-1(T8) Vektoren
infiziert (3a)). Die transduzierten
Zellpopulationen (ca. 1–5%) wurden mittels FACS angereichert
(> 95%) und die spezifische
Luziferaseaktivität im induzierten („on”,
500 ng Dox/ml) bzw. nicht-induzierten Zutsand („off”)
vermessen. Die Werte zeigen eindeutig, dass durch die Verwendung
der T6, bzw. T8 regulatorischen Einheiten die nicht regulierbare
Hintergrundaktivität des Systems im abgeschalteten Zustaand
(„off”) um mehr als eine Größenordnung
reduziert wird. Dagegen fällt die Abnahme der induzierten
Aktivität mit 30 und 50% als Folge der Verwendung der T6,
bzw. T8 Einheiten relativ gering aus.
-
Die
regulatorischen Eigenschaften des Ein-Vektor-Systems verbessern
sich eindeutig durch die Verwendung der T6, bzw. T8 Promotoren (3B)). Die dargestellten Regulationsfaktoren
entsprechen dem Quotienten der induzierten/nicht-induzierten spezifischen
Luciferaseakti-vität der in (A) gezeigten transduzierten Ht1080
Populationen.
-
Beispiel 5
-
Ht1080
Zellen wurden mit pMOV-1(T6), pMOV-2(T6) und pHOV-1(T6) Vektoren
(zu den Vektoren siehe 2A, B und C) infiziert (4A)). Die transduzierten Zellpopulationen
(ca. 1–5%) wurden mittels FACS angereichert (> 95%) und die spezifische
Luziferaseaktivität im induzierten („on”,
500 ng Dox/ml) bzw. nicht-induzierten Zutsand („off”)
vermessen. Die Werte zeigen, dass in Abhängigkeit des Vektordesigns
(pMOV-1/-2) bei Verwendung der gleichen (T6) regulatorischen Einheit
deutliche Unterschiede hinsichtlich der Induktion sowie der nicht
regulierbaren Hintergrundaktivität auftreten. Die Verwendung
des lentiviralen Vektors pHOV-1 führt dagegen zu einer
mit dem pMOV-1 Vektor vergleichbaren Luciferaseaktivität.
-
Die
regulatorischen Eigenschaften des Ein-Vektor-Systems sind stark
abhängig von der Struktur im Sinne der Organisation der
regulatorischen/konstitutiven Expressionseinheiten innerhalb der
Vektoren. Aus den Ergebnissen in 4B) geht
hervor, dass unter regulatorischen Gesichtspunkten die bi-direktionale
Expression vorteilhaft ist. Die dargestellten Regulationsfaktoren
entsprechen dem Quotienten der induzierten/nicht-induzierten spezifischen
Luciferaseaktivität der in (A) gezeigten transduzierten
Ht1080 Populationen.
-
Beispiel 6
-
Ht1080
Zellen wurden mit pMOV.1-T6sc, -T8sc, -T9sc, T10sc und -T11sc Vektoren
(zu den Vektoren siehe 2D) infiziert
(5A)). Die transduzierten Zellpopulationen (ca.
1–5%) wurden mittels FACS angereichert (> 95%) und die spezifische
Luziferaseaktivität im induzierten („on”,
500 ng Dox/ml) bzw. nicht-induzierten Zutsand („off”)
vermessen. Die Werte zeigen eindeutig, dass, mit Ausnahme der T9
regulatorischen Einheit, die Induktion der Luziferase Aktivität
für alle regulatorischen Einheiten nahezu identisch ist.
Die Aktivität nimmt ausgehend von ca. 1,3 × 107 rlu/μg Protein für T10 > T6 > T8 > T11 >> T9 auf ca. 1,7 × 106 rlu/μg Protein
ab. Die messbaren Unterschiede zeigen sich im Wesentlichen nur durch
die nicht regulierte Hintergrundaktivität, die für
die T9-Promotorvariante am niedrigsten ist. Die Hintergrundaktivität
steigt ausgehend von ca. 1200 rlu/μg Protein für
T9 > T8 > T11 > T10 > T6 bis auf ca. 9200
rlu/μg Protein.
-
Die
regulatorischen Eigenschaften des Ein-Vektor-Systems basierend auf
dem pMOV.1-TXsc Vektor ergeben sich entsprechend aus den für
die einzelnen Promotoren gefundenen „on/off” Werten
(siehe 5B) sowie 3).
Damit zeigt sich bei Verwendung des pMOV.1-TXsc System, dass die
besten regulatorischen Eigenschaften von T8 > T10 > T11
erreicht werden.
-
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