CZ394297A3 - Thermal shock streptococcus proteins of the hsp70 group - Google Patents
Thermal shock streptococcus proteins of the hsp70 group Download PDFInfo
- Publication number
- CZ394297A3 CZ394297A3 CZ973942A CZ394297A CZ394297A3 CZ 394297 A3 CZ394297 A3 CZ 394297A3 CZ 973942 A CZ973942 A CZ 973942A CZ 394297 A CZ394297 A CZ 394297A CZ 394297 A3 CZ394297 A3 CZ 394297A3
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- seq
- sequence
- polypeptide
- dna
- hsp72
- Prior art date
Links
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title description 212
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 title description 161
- 230000035939 shock Effects 0.000 title description 34
- 101150031823 HSP70 gene Proteins 0.000 title description 18
- 101100125027 Dictyostelium discoideum mhsp70 gene Proteins 0.000 title description 14
- 241000194017 Streptococcus Species 0.000 title description 14
- 101150052825 dnaK gene Proteins 0.000 title description 14
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 220
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims abstract description 190
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims abstract description 160
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 86
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims abstract description 68
- 108010027814 HSP72 Heat-Shock Proteins Proteins 0.000 claims abstract description 58
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 54
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 54
- 241000193996 Streptococcus pyogenes Species 0.000 claims abstract description 53
- 241000193985 Streptococcus agalactiae Species 0.000 claims abstract description 52
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims abstract description 39
- 241000193998 Streptococcus pneumoniae Species 0.000 claims abstract description 37
- 229940031000 streptococcus pneumoniae Drugs 0.000 claims abstract description 35
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims abstract description 24
- 101710178376 Heat shock 70 kDa protein Proteins 0.000 claims abstract description 7
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims abstract description 7
- 230000002265 prevention Effects 0.000 claims abstract description 5
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims abstract description 3
- 101710163595 Chaperone protein DnaK Proteins 0.000 claims abstract 6
- 101710152018 Heat shock cognate 70 kDa protein Proteins 0.000 claims abstract 6
- 102100040352 Heat shock 70 kDa protein 1A Human genes 0.000 claims abstract 5
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 claims abstract 4
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 129
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 99
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims description 71
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 claims description 64
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 61
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 60
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 54
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 42
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 36
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 28
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 claims description 28
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 25
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 23
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 claims description 22
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 claims description 22
- 206010061372 Streptococcal infection Diseases 0.000 claims description 17
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 claims description 17
- 230000028993 immune response Effects 0.000 claims description 17
- 230000004927 fusion Effects 0.000 claims description 16
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 claims description 15
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 15
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 14
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 11
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 claims description 10
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 9
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims description 9
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims description 9
- 108020003215 DNA Probes Proteins 0.000 claims description 8
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 claims description 5
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 5
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 claims description 5
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 4
- 230000001024 immunotherapeutic effect Effects 0.000 claims description 4
- 238000011534 incubation Methods 0.000 claims description 4
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims description 4
- 102000004195 Isomerases Human genes 0.000 claims description 3
- 108090000769 Isomerases Proteins 0.000 claims description 3
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 3
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 claims description 2
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 claims description 2
- 238000009413 insulation Methods 0.000 claims 2
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 claims 2
- 241001529936 Murinae Species 0.000 claims 1
- 210000000628 antibody-producing cell Anatomy 0.000 claims 1
- 102000002812 Heat-Shock Proteins Human genes 0.000 abstract description 24
- 108010004889 Heat-Shock Proteins Proteins 0.000 abstract description 24
- 201000010099 disease Diseases 0.000 abstract description 24
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 abstract description 24
- 101000839464 Leishmania braziliensis Heat shock 70 kDa protein Proteins 0.000 abstract 1
- BYXHQQCXAJARLQ-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ala-Ala Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O BYXHQQCXAJARLQ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 176
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 158
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 97
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 80
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 71
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 71
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 64
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 63
- RLMISHABBKUNFO-WHFBIAKZSA-N Ala-Ala-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O RLMISHABBKUNFO-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 59
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 43
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 38
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 36
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 29
- 108010050848 glycylleucine Proteins 0.000 description 27
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 26
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 26
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 25
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 25
- VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N glycyl-DL-alpha-alanine Natural products OC(=O)C(C)NC(=O)CN VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 22
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 22
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 description 22
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 21
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 21
- 108010049041 glutamylalanine Proteins 0.000 description 21
- 108010003700 lysyl aspartic acid Proteins 0.000 description 21
- QOOWRKBDDXQRHC-BQBZGAKWSA-N L-lysyl-L-alanine Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN QOOWRKBDDXQRHC-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 19
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 19
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 18
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 17
- 241000194023 Streptococcus sanguinis Species 0.000 description 16
- 230000004044 response Effects 0.000 description 16
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 16
- 108010079364 N-glycylalanine Proteins 0.000 description 15
- 108010038633 aspartylglutamate Proteins 0.000 description 15
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 15
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 15
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 15
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 14
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 14
- 108010005233 alanylglutamic acid Proteins 0.000 description 14
- 108010040443 aspartyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 14
- 108010047857 aspartylglycine Proteins 0.000 description 14
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 14
- 108010009298 lysylglutamic acid Proteins 0.000 description 14
- 125000001360 methionine group Chemical group N[C@@H](CCSC)C(=O)* 0.000 description 14
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 14
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 13
- 108010047495 alanylglycine Proteins 0.000 description 13
- 239000013592 cell lysate Substances 0.000 description 13
- 230000004224 protection Effects 0.000 description 13
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 13
- JZDHUJAFXGNDSB-WHFBIAKZSA-N Glu-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O JZDHUJAFXGNDSB-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 12
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 12
- 108010092854 aspartyllysine Proteins 0.000 description 12
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 12
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 12
- 239000000047 product Substances 0.000 description 12
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 11
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 11
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 11
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 11
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 11
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 11
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 11
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 11
- QCTFKEJEIMPOLW-JURCDPSOSA-N Ala-Ile-Phe Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 QCTFKEJEIMPOLW-JURCDPSOSA-N 0.000 description 10
- KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N alpha-L-glutamyl-L-glutamic acid Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 10
- YAXNATKKPOWVCP-ZLUOBGJFSA-N Ala-Asn-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O YAXNATKKPOWVCP-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 9
- VIRHEUMYXXLCBF-WDSKDSINSA-N Asp-Gly-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O VIRHEUMYXXLCBF-WDSKDSINSA-N 0.000 description 9
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 9
- NSTPXGARCQOSAU-VIFPVBQESA-N N-formyl-L-phenylalanine Chemical compound O=CN[C@H](C(=O)O)CC1=CC=CC=C1 NSTPXGARCQOSAU-VIFPVBQESA-N 0.000 description 9
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 9
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 9
- 108010062796 arginyllysine Proteins 0.000 description 9
- 230000001332 colony forming effect Effects 0.000 description 9
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 9
- 108010055341 glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 9
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 9
- 241000894007 species Species 0.000 description 9
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 9
- CXISPYVYMQWFLE-VKHMYHEASA-N Ala-Gly Chemical compound C[C@H]([NH3+])C(=O)NCC([O-])=O CXISPYVYMQWFLE-VKHMYHEASA-N 0.000 description 8
- SBHUBSDEZQFJHJ-CIUDSAMLSA-N Asp-Asp-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O SBHUBSDEZQFJHJ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 8
- CKAJHWFHHFSCDT-WHFBIAKZSA-N Asp-Glu Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O CKAJHWFHHFSCDT-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 8
- BSWHERGFUNMWGS-UHFFFAOYSA-N Asp-Ile Chemical compound CCC(C)C(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC(O)=O BSWHERGFUNMWGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 8
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 8
- 108010042283 HSP40 Heat-Shock Proteins Proteins 0.000 description 8
- DRCKHKZYDLJYFQ-YWIQKCBGSA-N Ile-Thr Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O DRCKHKZYDLJYFQ-YWIQKCBGSA-N 0.000 description 8
- CNMOKANDJMLAIF-CIQUZCHMSA-N Ile-Thr-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CNMOKANDJMLAIF-CIQUZCHMSA-N 0.000 description 8
- DLFAACQHIRSQGG-CIUDSAMLSA-N Leu-Asp-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O DLFAACQHIRSQGG-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 8
- WSXTWLJHTLRFLW-SRVKXCTJSA-N Lys-Ala-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O WSXTWLJHTLRFLW-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 8
- CIOWSLJGLSUOME-BQBZGAKWSA-N Lys-Asp Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O CIOWSLJGLSUOME-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 8
- IWWMPCPLFXFBAF-SRVKXCTJSA-N Lys-Asp-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O IWWMPCPLFXFBAF-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 8
- VUTWYNQUSJWBHO-BZSNNMDCSA-N Lys-Leu-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O VUTWYNQUSJWBHO-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 8
- XMBSYZWANAQXEV-UHFFFAOYSA-N N-alpha-L-glutamyl-L-phenylalanine Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XMBSYZWANAQXEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 8
- 230000005875 antibody response Effects 0.000 description 8
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 8
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 8
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 8
- YMAWOPBAYDPSLA-UHFFFAOYSA-N glycylglycine Chemical compound [NH3+]CC(=O)NCC([O-])=O YMAWOPBAYDPSLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 8
- BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N isopropyl beta-D-thiogalactopyranoside Chemical compound CC(C)S[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N 0.000 description 8
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 8
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 8
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 8
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 8
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 8
- SOBIAADAMRHGKH-CIUDSAMLSA-N Ala-Leu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SOBIAADAMRHGKH-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 7
- VGRHZPNRCLAHQA-IMJSIDKUSA-N Asp-Asn Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O VGRHZPNRCLAHQA-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 7
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 7
- AIGROOHQXCACHL-WDSKDSINSA-N Glu-Gly-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O AIGROOHQXCACHL-WDSKDSINSA-N 0.000 description 7
- YWAQATDNEKZFFK-BYPYZUCNSA-N Gly-Gly-Ser Chemical compound NCC(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O YWAQATDNEKZFFK-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 7
- LHYJCVCQPWRMKZ-WEDXCCLWSA-N Gly-Leu-Thr Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O LHYJCVCQPWRMKZ-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 7
- KTGFOCFYOZQVRJ-ZKWXMUAHSA-N Ile-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O KTGFOCFYOZQVRJ-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 7
- PELCGFMHLZXWBQ-BJDJZHNGSA-N Ile-Ser-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)N PELCGFMHLZXWBQ-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 7
- NFNVDJGXRFEYTK-YUMQZZPRSA-N Leu-Glu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O NFNVDJGXRFEYTK-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 7
- XGDCYUQSFDQISZ-BQBZGAKWSA-N Leu-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O XGDCYUQSFDQISZ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 7
- PBLLTSKBTAHDNA-KBPBESRZSA-N Lys-Gly-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O PBLLTSKBTAHDNA-KBPBESRZSA-N 0.000 description 7
- RDFQNDHEHVSONI-ZLUOBGJFSA-N Ser-Asn-Ser Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O RDFQNDHEHVSONI-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 7
- HJOSVGCWOTYJFG-WDCWCFNPSA-N Thr-Glu-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O HJOSVGCWOTYJFG-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 7
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 7
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 7
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 7
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 7
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 7
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 7
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 7
- 108010063718 gamma-glutamylaspartic acid Proteins 0.000 description 7
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 7
- 108010044311 leucyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 7
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 7
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 7
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 7
- 108010061238 threonyl-glycine Proteins 0.000 description 7
- WNHNMKOFKCHKKD-BFHQHQDPSA-N Ala-Thr-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O WNHNMKOFKCHKKD-BFHQHQDPSA-N 0.000 description 6
- SAHQGRZIQVEJPF-JXUBOQSCSA-N Ala-Thr-Lys Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN SAHQGRZIQVEJPF-JXUBOQSCSA-N 0.000 description 6
- IIFDPDVJAHQFSR-WHFBIAKZSA-N Asn-Glu Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O IIFDPDVJAHQFSR-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 6
- PBSQFBAJKPLRJY-BYULHYEWSA-N Asn-Gly-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(=O)N)N PBSQFBAJKPLRJY-BYULHYEWSA-N 0.000 description 6
- XEDQMTWEYFBOIK-ACZMJKKPSA-N Asp-Ala-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O XEDQMTWEYFBOIK-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 6
- MFTVXYMXSAQZNL-DJFWLOJKSA-N Asp-Ile-His Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N MFTVXYMXSAQZNL-DJFWLOJKSA-N 0.000 description 6
- DIXKFOPPGWKZLY-CIUDSAMLSA-N Glu-Arg-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O DIXKFOPPGWKZLY-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 6
- LGYCLOCORAEQSZ-PEFMBERDSA-N Glu-Ile-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O LGYCLOCORAEQSZ-PEFMBERDSA-N 0.000 description 6
- GMTXWRIDLGTVFC-IUCAKERBSA-N Gly-Lys-Glu Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O GMTXWRIDLGTVFC-IUCAKERBSA-N 0.000 description 6
- JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N H-Gly-Phe-OH Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 101000616438 Homo sapiens Microtubule-associated protein 4 Proteins 0.000 description 6
- PNDMHTTXXPUQJH-RWRJDSDZSA-N Ile-Glu-Thr Chemical compound N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)O PNDMHTTXXPUQJH-RWRJDSDZSA-N 0.000 description 6
- JWBXCSQZLLIOCI-GUBZILKMSA-N Ile-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(C)C JWBXCSQZLLIOCI-GUBZILKMSA-N 0.000 description 6
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 6
- KKXDHFKZWKLYGB-GUBZILKMSA-N Leu-Asn-Glu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N KKXDHFKZWKLYGB-GUBZILKMSA-N 0.000 description 6
- LAPSXOAUPNOINL-YUMQZZPRSA-N Leu-Gly-Asp Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O LAPSXOAUPNOINL-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 6
- LRKCBIUDWAXNEG-CSMHCCOUSA-N Leu-Thr Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O LRKCBIUDWAXNEG-CSMHCCOUSA-N 0.000 description 6
- WGLAORUKDGRINI-WDCWCFNPSA-N Lys-Glu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O WGLAORUKDGRINI-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 6
- YYEIFXZOBZVDPH-DCAQKATOSA-N Met-Lys-Asp Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O YYEIFXZOBZVDPH-DCAQKATOSA-N 0.000 description 6
- 102100023174 Methionine aminopeptidase 2 Human genes 0.000 description 6
- 102100021794 Microtubule-associated protein 4 Human genes 0.000 description 6
- YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N N-L-alpha-glutamyl-L-leucine Natural products CC(C)CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCC(O)=O YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 6
- IAOZOFPONWDXNT-IXOXFDKPSA-N Phe-Ser-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O IAOZOFPONWDXNT-IXOXFDKPSA-N 0.000 description 6
- XNQMZHLAYFWSGJ-HTUGSXCWSA-N Phe-Thr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O XNQMZHLAYFWSGJ-HTUGSXCWSA-N 0.000 description 6
- JIPVNVNKXJLFJF-BJDJZHNGSA-N Ser-Ile-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N JIPVNVNKXJLFJF-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 6
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 6
- IGROJMCBGRFRGI-YTLHQDLWSA-N Thr-Ala-Ala Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O IGROJMCBGRFRGI-YTLHQDLWSA-N 0.000 description 6
- TYVAWPFQYFPSBR-BFHQHQDPSA-N Thr-Ala-Gly Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O TYVAWPFQYFPSBR-BFHQHQDPSA-N 0.000 description 6
- PRONOHBTMLNXCZ-BZSNNMDCSA-N Tyr-Leu-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 PRONOHBTMLNXCZ-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 6
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 6
- 108010069205 aspartyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 6
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 6
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 6
- XBGGUPMXALFZOT-UHFFFAOYSA-N glycyl-L-tyrosine hemihydrate Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 XBGGUPMXALFZOT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 6
- 229940042743 immune sera Drugs 0.000 description 6
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 6
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 6
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 6
- YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N phenylmethanesulfonyl fluoride Chemical compound FS(=O)(=O)CC1=CC=CC=C1 YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 6
- 238000001243 protein synthesis Methods 0.000 description 6
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 6
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 6
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 6
- HONKEGXLWUDTCF-YFKPBYRVSA-N (2s)-2-amino-2-methyl-4-phosphonobutanoic acid Chemical compound OC(=O)[C@](N)(C)CCP(O)(O)=O HONKEGXLWUDTCF-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 5
- KXEVYGKATAMXJJ-ACZMJKKPSA-N Ala-Glu-Asp Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O KXEVYGKATAMXJJ-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 5
- PAIHPOGPJVUFJY-WDSKDSINSA-N Ala-Glu-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O PAIHPOGPJVUFJY-WDSKDSINSA-N 0.000 description 5
- PMQXMXAASGFUDX-SRVKXCTJSA-N Ala-Lys-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](C)N)CCCCN PMQXMXAASGFUDX-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 5
- OMDNCNKNEGFOMM-BQBZGAKWSA-N Ala-Met-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)NCC(O)=O OMDNCNKNEGFOMM-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 5
- IHRGVZXPTIQNIP-NAKRPEOUSA-N Ala-Met-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](C)N IHRGVZXPTIQNIP-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 5
- JNJHNBXBGNJESC-KKXDTOCCSA-N Ala-Tyr-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O JNJHNBXBGNJESC-KKXDTOCCSA-N 0.000 description 5
- RFXXUWGNVRJTNQ-QXEWZRGKSA-N Arg-Gly-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N RFXXUWGNVRJTNQ-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 5
- UZGFHWIJWPUPOH-IHRRRGAJSA-N Arg-Leu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N UZGFHWIJWPUPOH-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 5
- PQBHGSGQZSOLIR-RYUDHWBXSA-N Arg-Phe Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 PQBHGSGQZSOLIR-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 5
- HZPSDHRYYIORKR-WHFBIAKZSA-N Asn-Ala-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O HZPSDHRYYIORKR-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 5
- COWITDLVHMZSIW-CIUDSAMLSA-N Asn-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O COWITDLVHMZSIW-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 5
- AYOAHKWVQLNPDM-HJGDQZAQSA-N Asn-Lys-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O AYOAHKWVQLNPDM-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 5
- HPNDBHLITCHRSO-WHFBIAKZSA-N Asp-Ala-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O HPNDBHLITCHRSO-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 5
- GHODABZPVZMWCE-FXQIFTODSA-N Asp-Glu-Glu Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O GHODABZPVZMWCE-FXQIFTODSA-N 0.000 description 5
- UMHUHHJMEXNSIV-CIUDSAMLSA-N Asp-Leu-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O UMHUHHJMEXNSIV-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 5
- DONWIPDSZZJHHK-HJGDQZAQSA-N Asp-Lys-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N)O DONWIPDSZZJHHK-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 5
- NTQDELBZOMWXRS-IWGUZYHVSA-N Asp-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O NTQDELBZOMWXRS-IWGUZYHVSA-N 0.000 description 5
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 description 5
- 208000035143 Bacterial infection Diseases 0.000 description 5
- SHZGCJCMOBCMKK-UHFFFAOYSA-N D-mannomethylose Natural products CC1OC(O)C(O)C(O)C1O SHZGCJCMOBCMKK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- MPZWMIIOPAPAKE-BQBZGAKWSA-N Glu-Arg Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCNC(N)=N MPZWMIIOPAPAKE-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 5
- FYYSIASRLDJUNP-WHFBIAKZSA-N Glu-Asp Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O FYYSIASRLDJUNP-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 5
- NTBDVNJIWCKURJ-ACZMJKKPSA-N Glu-Asp-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O NTBDVNJIWCKURJ-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 5
- UHVIQGKBMXEVGN-WDSKDSINSA-N Glu-Gly-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O UHVIQGKBMXEVGN-WDSKDSINSA-N 0.000 description 5
- ZCOJVESMNGBGLF-GRLWGSQLSA-N Glu-Ile-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O ZCOJVESMNGBGLF-GRLWGSQLSA-N 0.000 description 5
- ZHNHJYYFCGUZNQ-KBIXCLLPSA-N Glu-Ile-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O ZHNHJYYFCGUZNQ-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 5
- GPSHCSTUYOQPAI-JHEQGTHGSA-N Glu-Thr-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O GPSHCSTUYOQPAI-JHEQGTHGSA-N 0.000 description 5
- DHDOADIPGZTAHT-YUMQZZPRSA-N Gly-Glu-Arg Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N DHDOADIPGZTAHT-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 5
- ULZCYBYDTUMHNF-IUCAKERBSA-N Gly-Leu-Glu Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O ULZCYBYDTUMHNF-IUCAKERBSA-N 0.000 description 5
- DBUNZBWUWCIELX-JHEQGTHGSA-N Gly-Thr-Glu Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O DBUNZBWUWCIELX-JHEQGTHGSA-N 0.000 description 5
- 102000004447 HSP40 Heat-Shock Proteins Human genes 0.000 description 5
- 101000979001 Homo sapiens Methionine aminopeptidase 2 Proteins 0.000 description 5
- 101000969087 Homo sapiens Microtubule-associated protein 2 Proteins 0.000 description 5
- 101000969594 Homo sapiens Modulator of apoptosis 1 Proteins 0.000 description 5
- WIZPFZKOFZXDQG-HTFCKZLJSA-N Ile-Ile-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O WIZPFZKOFZXDQG-HTFCKZLJSA-N 0.000 description 5
- PWDSHAAAFXISLE-SXTJYALSSA-N Ile-Ile-Asp Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O PWDSHAAAFXISLE-SXTJYALSSA-N 0.000 description 5
- YBKKLDBBPFIXBQ-MBLNEYKQSA-N Ile-Thr-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)O)N YBKKLDBBPFIXBQ-MBLNEYKQSA-N 0.000 description 5
- PRZVBIAOPFGAQF-SRVKXCTJSA-N Leu-Glu-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O PRZVBIAOPFGAQF-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 5
- HYMLKESRWLZDBR-WEDXCCLWSA-N Leu-Gly-Thr Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O HYMLKESRWLZDBR-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 5
- XWOBNBRUDDUEEY-UWVGGRQHSA-N Leu-His Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CNC=N1 XWOBNBRUDDUEEY-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 5
- JIHDFWWRYHSAQB-GUBZILKMSA-N Leu-Ser-Glu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O JIHDFWWRYHSAQB-GUBZILKMSA-N 0.000 description 5
- UGTZHPSKYRIGRJ-YUMQZZPRSA-N Lys-Glu Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O UGTZHPSKYRIGRJ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 5
- ZXEUFAVXODIPHC-GUBZILKMSA-N Lys-Glu-Asn Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O ZXEUFAVXODIPHC-GUBZILKMSA-N 0.000 description 5
- VMTYLUGCXIEDMV-QWRGUYRKSA-N Lys-Leu-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN VMTYLUGCXIEDMV-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 5
- SXWQMBGNFXAGAT-FJXKBIBVSA-N Met-Gly-Thr Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O SXWQMBGNFXAGAT-FJXKBIBVSA-N 0.000 description 5
- 102100021440 Modulator of apoptosis 1 Human genes 0.000 description 5
- RIYZXJVARWJLKS-KKUMJFAQSA-N Phe-Asp-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 RIYZXJVARWJLKS-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 5
- PTDAGKJHZBGDKD-OEAJRASXSA-N Phe-Thr-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=CC=C1)N)O PTDAGKJHZBGDKD-OEAJRASXSA-N 0.000 description 5
- MWMKFWJYRRGXOR-ZLUOBGJFSA-N Ser-Ala-Asn Chemical compound N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)O)CC(N)=O)C)CO MWMKFWJYRRGXOR-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 5
- FPCGZYMRFFIYIH-CIUDSAMLSA-N Ser-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O FPCGZYMRFFIYIH-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 5
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 5
- UQTNIFUCMBFWEJ-IWGUZYHVSA-N Thr-Asn Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O UQTNIFUCMBFWEJ-IWGUZYHVSA-N 0.000 description 5
- NHQVWACSJZJCGJ-FLBSBUHZSA-N Thr-Thr-Ile Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O NHQVWACSJZJCGJ-FLBSBUHZSA-N 0.000 description 5
- 108010008685 alanyl-glutamyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 5
- ZVDPYSVOZFINEE-BQBZGAKWSA-N alpha-Asp-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O ZVDPYSVOZFINEE-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 5
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 5
- 108010013835 arginine glutamate Proteins 0.000 description 5
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 5
- 208000022362 bacterial infectious disease Diseases 0.000 description 5
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 5
- 239000007330 chocolate agar Substances 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 108010081551 glycylphenylalanine Proteins 0.000 description 5
- 108010087823 glycyltyrosine Proteins 0.000 description 5
- 210000004201 immune sera Anatomy 0.000 description 5
- 108010034529 leucyl-lysine Proteins 0.000 description 5
- 108010054155 lysyllysine Proteins 0.000 description 5
- 108010038320 lysylphenylalanine Proteins 0.000 description 5
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 5
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 5
- 238000003156 radioimmunoprecipitation Methods 0.000 description 5
- 239000012723 sample buffer Substances 0.000 description 5
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 5
- 108010005652 splenotritin Proteins 0.000 description 5
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 5
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 5
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- RVLOMLVNNBWRSR-KNIFDHDWSA-N (2s)-2-aminopropanoic acid;(2s)-2,6-diaminohexanoic acid Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O.NCCCC[C@H](N)C(O)=O RVLOMLVNNBWRSR-KNIFDHDWSA-N 0.000 description 4
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- HMRWQTHUDVXMGH-GUBZILKMSA-N Ala-Glu-Lys Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN HMRWQTHUDVXMGH-GUBZILKMSA-N 0.000 description 4
- FBHOPGDGELNWRH-DRZSPHRISA-N Ala-Glu-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O FBHOPGDGELNWRH-DRZSPHRISA-N 0.000 description 4
- BLIMFWGRQKRCGT-YUMQZZPRSA-N Ala-Gly-Lys Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN BLIMFWGRQKRCGT-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 4
- ZSOICJZJSRWNHX-ACZMJKKPSA-N Ala-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C([O-])=O)NC(=O)[C@H](C)[NH3+] ZSOICJZJSRWNHX-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 4
- QYLJIYOGHRGUIH-CIUDSAMLSA-N Arg-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N QYLJIYOGHRGUIH-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 4
- KXEGPPNPXOKKHK-ZLUOBGJFSA-N Asn-Asp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O KXEGPPNPXOKKHK-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 4
- IICZCLFBILYRCU-WHFBIAKZSA-N Asn-Gly-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O IICZCLFBILYRCU-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 4
- KRXIWXCXOARFNT-ZLUOBGJFSA-N Asp-Ala-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O KRXIWXCXOARFNT-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 4
- AYFVRYXNDHBECD-YUMQZZPRSA-N Asp-Leu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O AYFVRYXNDHBECD-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 4
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 4
- 102000006303 Chaperonin 60 Human genes 0.000 description 4
- 108010058432 Chaperonin 60 Proteins 0.000 description 4
- 241000606153 Chlamydia trachomatis Species 0.000 description 4
- 241000194032 Enterococcus faecalis Species 0.000 description 4
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 description 4
- KOSRFJWDECSPRO-WDSKDSINSA-N Glu-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-WDSKDSINSA-N 0.000 description 4
- LSPKYLAFTPBWIL-BYPYZUCNSA-N Glu-Gly Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O LSPKYLAFTPBWIL-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 4
- YBAFDPFAUTYYRW-YUMQZZPRSA-N Glu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O YBAFDPFAUTYYRW-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 4
- SCCPDJAQCXWPTF-VKHMYHEASA-N Gly-Asp Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O SCCPDJAQCXWPTF-VKHMYHEASA-N 0.000 description 4
- ZQIMMEYPEXIYBB-IUCAKERBSA-N Gly-Glu-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)CN ZQIMMEYPEXIYBB-IUCAKERBSA-N 0.000 description 4
- UQJNXZSSGQIPIQ-FBCQKBJTSA-N Gly-Gly-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)CN UQJNXZSSGQIPIQ-FBCQKBJTSA-N 0.000 description 4
- NNCSJUBVFBDDLC-YUMQZZPRSA-N Gly-Leu-Ser Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O NNCSJUBVFBDDLC-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 4
- IGOYNRWLWHWAQO-JTQLQIEISA-N Gly-Phe-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC1=CC=CC=C1 IGOYNRWLWHWAQO-JTQLQIEISA-N 0.000 description 4
- IDXZDKMBEXLFMB-HGNGGELXSA-N His-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CNC=N1 IDXZDKMBEXLFMB-HGNGGELXSA-N 0.000 description 4
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 4
- SHZGCJCMOBCMKK-DHVFOXMCSA-N L-fucopyranose Chemical compound C[C@@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O SHZGCJCMOBCMKK-DHVFOXMCSA-N 0.000 description 4
- HBJZFCIVFIBNSV-DCAQKATOSA-N Leu-Arg-Asn Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O HBJZFCIVFIBNSV-DCAQKATOSA-N 0.000 description 4
- KOSWSHVQIVTVQF-ZPFDUUQYSA-N Leu-Ile-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O KOSWSHVQIVTVQF-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 4
- XOWMDXHFSBCAKQ-SRVKXCTJSA-N Leu-Ser-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(C)C XOWMDXHFSBCAKQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 4
- YRAWWKUTNBILNT-FXQIFTODSA-N Met-Ala-Ala Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O YRAWWKUTNBILNT-FXQIFTODSA-N 0.000 description 4
- 102000016943 Muramidase Human genes 0.000 description 4
- 108010014251 Muramidase Proteins 0.000 description 4
- 108010062010 N-Acetylmuramoyl-L-alanine Amidase Proteins 0.000 description 4
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 4
- 101100131116 Oryza sativa subsp. japonica MPK3 gene Proteins 0.000 description 4
- HWMGTNOVUDIKRE-UWVGGRQHSA-N Phe-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 HWMGTNOVUDIKRE-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 4
- 238000011579 SCID mouse model Methods 0.000 description 4
- GXXTUIUYTWGPMV-FXQIFTODSA-N Ser-Arg-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O GXXTUIUYTWGPMV-FXQIFTODSA-N 0.000 description 4
- RIAKPZVSNBBNRE-BJDJZHNGSA-N Ser-Ile-Leu Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O RIAKPZVSNBBNRE-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 4
- XVWDJUROVRQKAE-KKUMJFAQSA-N Ser-Phe-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)CO)CC1=CC=CC=C1 XVWDJUROVRQKAE-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 244000057717 Streptococcus lactis Species 0.000 description 4
- 241000194019 Streptococcus mutans Species 0.000 description 4
- 241001505901 Streptococcus sp. 'group A' Species 0.000 description 4
- VTVVYQOXJCZVEB-WDCWCFNPSA-N Thr-Leu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O VTVVYQOXJCZVEB-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 4
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 4
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 4
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 4
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 4
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 4
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 4
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 4
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 4
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 4
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 4
- 210000004900 c-terminal fragment Anatomy 0.000 description 4
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 4
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 4
- 229940032049 enterococcus faecalis Drugs 0.000 description 4
- XKUKSGPZAADMRA-UHFFFAOYSA-N glycyl-glycyl-glycine Natural products NCC(=O)NCC(=O)NCC(O)=O XKUKSGPZAADMRA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108010077435 glycyl-phenylalanyl-glycine Proteins 0.000 description 4
- 108010015792 glycyllysine Proteins 0.000 description 4
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 4
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 4
- 229960000274 lysozyme Drugs 0.000 description 4
- 239000004325 lysozyme Substances 0.000 description 4
- 235000010335 lysozyme Nutrition 0.000 description 4
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 4
- 108010005942 methionylglycine Proteins 0.000 description 4
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 4
- 230000007918 pathogenicity Effects 0.000 description 4
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 4
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 4
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 3
- GFBLJMHGHAXGNY-ZLUOBGJFSA-N Ala-Asn-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O GFBLJMHGHAXGNY-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 3
- ZIWWTZWAKYBUOB-CIUDSAMLSA-N Ala-Asp-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O ZIWWTZWAKYBUOB-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 3
- QHASENCZLDHBGX-ONGXEEELSA-N Ala-Gly-Phe Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 QHASENCZLDHBGX-ONGXEEELSA-N 0.000 description 3
- LSMDIAAALJJLRO-XQXXSGGOSA-N Ala-Thr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O LSMDIAAALJJLRO-XQXXSGGOSA-N 0.000 description 3
- PGNNQOJOEGFAOR-KWQFWETISA-N Ala-Tyr-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C)CC1=CC=C(O)C=C1 PGNNQOJOEGFAOR-KWQFWETISA-N 0.000 description 3
- VPPXTHJNTYDNFJ-CIUDSAMLSA-N Asp-Ala-Lys Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N VPPXTHJNTYDNFJ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 3
- CJUKAWUWBZCTDQ-SRVKXCTJSA-N Asp-Leu-Lys Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O CJUKAWUWBZCTDQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 3
- WOPJVEMFXYHZEE-SRVKXCTJSA-N Asp-Phe-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O WOPJVEMFXYHZEE-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 3
- 238000011537 Coomassie blue staining Methods 0.000 description 3
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 3
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 3
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000194033 Enterococcus Species 0.000 description 3
- 241000192125 Firmicutes Species 0.000 description 3
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- IVGJYOOGJLFKQE-AVGNSLFASA-N Glu-Leu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N IVGJYOOGJLFKQE-AVGNSLFASA-N 0.000 description 3
- MRWYPDWDZSLWJM-ACZMJKKPSA-N Glu-Ser-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O MRWYPDWDZSLWJM-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 3
- JSIQVRIXMINMTA-ZDLURKLDSA-N Glu-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O JSIQVRIXMINMTA-ZDLURKLDSA-N 0.000 description 3
- FUTAPPOITCCWTH-WHFBIAKZSA-N Gly-Asp-Asp Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O FUTAPPOITCCWTH-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 3
- PAWIVEIWWYGBAM-YUMQZZPRSA-N Gly-Leu-Ala Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O PAWIVEIWWYGBAM-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 3
- PFMUCCYYAAFKTH-YFKPBYRVSA-N Gly-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN PFMUCCYYAAFKTH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 3
- VPZXBVLAVMBEQI-VKHMYHEASA-N Glycyl-alanine Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)CN VPZXBVLAVMBEQI-VKHMYHEASA-N 0.000 description 3
- YADRBUZBKHHDAO-XPUUQOCRSA-N His-Gly-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O YADRBUZBKHHDAO-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 3
- QSPLUJGYOPZINY-ZPFDUUQYSA-N Ile-Asp-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N QSPLUJGYOPZINY-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 3
- ADDYYRVQQZFIMW-MNXVOIDGSA-N Ile-Lys-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N ADDYYRVQQZFIMW-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 3
- 206010021531 Impetigo Diseases 0.000 description 3
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- ILJREDZFPHTUIE-GUBZILKMSA-N Leu-Asp-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O ILJREDZFPHTUIE-GUBZILKMSA-N 0.000 description 3
- LESXFEZIFXFIQR-LURJTMIESA-N Leu-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O LESXFEZIFXFIQR-LURJTMIESA-N 0.000 description 3
- PDQDCFBVYXEFSD-SRVKXCTJSA-N Leu-Leu-Asp Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O PDQDCFBVYXEFSD-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 3
- QYOXSYXPHUHOJR-GUBZILKMSA-N Lys-Asn-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O QYOXSYXPHUHOJR-GUBZILKMSA-N 0.000 description 3
- ZXFRGTAIIZHNHG-AJNGGQMLSA-N Lys-Ile-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N ZXFRGTAIIZHNHG-AJNGGQMLSA-N 0.000 description 3
- XBZOQGHZGQLEQO-IUCAKERBSA-N Lys-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN XBZOQGHZGQLEQO-IUCAKERBSA-N 0.000 description 3
- URGPVYGVWLIRGT-DCAQKATOSA-N Lys-Met-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O URGPVYGVWLIRGT-DCAQKATOSA-N 0.000 description 3
- DLCAXBGXGOVUCD-PPCPHDFISA-N Lys-Thr-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O DLCAXBGXGOVUCD-PPCPHDFISA-N 0.000 description 3
- FRWZTWWOORIIBA-FXQIFTODSA-N Met-Asn-Asn Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N FRWZTWWOORIIBA-FXQIFTODSA-N 0.000 description 3
- UZWMJZSOXGOVIN-LURJTMIESA-N Met-Gly-Gly Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)NCC(O)=O UZWMJZSOXGOVIN-LURJTMIESA-N 0.000 description 3
- SODXFJOPSCXOHE-IHRRRGAJSA-N Met-Leu-Leu Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O SODXFJOPSCXOHE-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 3
- UNPGTBHYKJOCCZ-DCAQKATOSA-N Met-Lys-Ala Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O UNPGTBHYKJOCCZ-DCAQKATOSA-N 0.000 description 3
- IUVYJBMTHARMIP-PCBIJLKTSA-N Phe-Asp-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O IUVYJBMTHARMIP-PCBIJLKTSA-N 0.000 description 3
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 3
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 3
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 3
- 101100456045 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) map3 gene Proteins 0.000 description 3
- HRNQLKCLPVKZNE-CIUDSAMLSA-N Ser-Ala-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O HRNQLKCLPVKZNE-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 3
- LRWBCWGEUCKDTN-BJDJZHNGSA-N Ser-Lys-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O LRWBCWGEUCKDTN-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 3
- XNXRTQZTFVMJIJ-DCAQKATOSA-N Ser-Met-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O XNXRTQZTFVMJIJ-DCAQKATOSA-N 0.000 description 3
- 241000191967 Staphylococcus aureus Species 0.000 description 3
- 235000014897 Streptococcus lactis Nutrition 0.000 description 3
- SHOMROOOQBDGRL-JHEQGTHGSA-N Thr-Glu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O SHOMROOOQBDGRL-JHEQGTHGSA-N 0.000 description 3
- MPUMPERGHHJGRP-WEDXCCLWSA-N Thr-Gly-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O MPUMPERGHHJGRP-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 3
- LUMXICQAOKVQOB-YWIQKCBGSA-N Thr-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)O LUMXICQAOKVQOB-YWIQKCBGSA-N 0.000 description 3
- JLNMFGCJODTXDH-WEDXCCLWSA-N Thr-Lys-Gly Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)NCC(O)=O JLNMFGCJODTXDH-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 3
- JWQNAFHCXKVZKZ-UVOCVTCTSA-N Thr-Lys-Thr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O JWQNAFHCXKVZKZ-UVOCVTCTSA-N 0.000 description 3
- WYLAVUAWOUVUCA-XVSYOHENSA-N Thr-Phe-Asp Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O WYLAVUAWOUVUCA-XVSYOHENSA-N 0.000 description 3
- RVMNUBQWPVOUKH-HEIBUPTGSA-N Thr-Ser-Thr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O RVMNUBQWPVOUKH-HEIBUPTGSA-N 0.000 description 3
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 3
- 108010024078 alanyl-glycyl-serine Proteins 0.000 description 3
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 3
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 3
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 3
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 3
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 3
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 3
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 3
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 3
- -1 for example Chemical class 0.000 description 3
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 3
- 108010089804 glycyl-threonine Proteins 0.000 description 3
- 108010036413 histidylglycine Proteins 0.000 description 3
- 210000003000 inclusion body Anatomy 0.000 description 3
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 3
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 3
- 231100000518 lethal Toxicity 0.000 description 3
- 230000001665 lethal effect Effects 0.000 description 3
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 3
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 3
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 3
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 3
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 3
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 108010012581 phenylalanylglutamate Proteins 0.000 description 3
- 108010051242 phenylalanylserine Proteins 0.000 description 3
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 3
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 3
- 229920002981 polyvinylidene fluoride Polymers 0.000 description 3
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 3
- 230000003938 response to stress Effects 0.000 description 3
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 3
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 3
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 3
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 3
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 3
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 3
- 230000003442 weekly effect Effects 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- GJLXVWOMRRWCIB-MERZOTPQSA-N (2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-acetamido-5-(diaminomethylideneamino)pentanoyl]amino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)pentanoyl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)propanoyl]amino]-6-aminohexanoyl]amino]-6-aminohexanoyl]amino]-6-aminohexanoyl]amino]-6-aminohexanoyl]amino]-6-aminohexanoyl]amino]-6-aminohexanoyl]amino]-6-aminohexanamide Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)C)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(N)=O)C1=CC=C(O)C=C1 GJLXVWOMRRWCIB-MERZOTPQSA-N 0.000 description 2
- 108010052418 (N-(2-((4-((2-((4-(9-acridinylamino)phenyl)amino)-2-oxoethyl)amino)-4-oxobutyl)amino)-1-(1H-imidazol-4-ylmethyl)-1-oxoethyl)-6-(((-2-aminoethyl)amino)methyl)-2-pyridinecarboxamidato) iron(1+) Proteins 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 2
- JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid Chemical compound OCC[NH+]1CCN(CCS([O-])(=O)=O)CC1 JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HXUVTXPOZRFMOY-NSHDSACASA-N 2-[[(2s)-2-[[2-[(2-aminoacetyl)amino]acetyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]acetic acid Chemical compound NCC(=O)NCC(=O)N[C@H](C(=O)NCC(O)=O)CC1=CC=CC=C1 HXUVTXPOZRFMOY-NSHDSACASA-N 0.000 description 2
- QFVHZQCOUORWEI-UHFFFAOYSA-N 4-[(4-anilino-5-sulfonaphthalen-1-yl)diazenyl]-5-hydroxynaphthalene-2,7-disulfonic acid Chemical compound C=12C(O)=CC(S(O)(=O)=O)=CC2=CC(S(O)(=O)=O)=CC=1N=NC(C1=CC=CC(=C11)S(O)(=O)=O)=CC=C1NC1=CC=CC=C1 QFVHZQCOUORWEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- AAQGRPOPTAUUBM-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ala-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O AAQGRPOPTAUUBM-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 2
- FJVAQLJNTSUQPY-CIUDSAMLSA-N Ala-Ala-Lys Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN FJVAQLJNTSUQPY-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- CCUAQNUWXLYFRA-IMJSIDKUSA-N Ala-Asn Chemical compound C[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@H](C([O-])=O)CC(N)=O CCUAQNUWXLYFRA-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 2
- ZVFVBBGVOILKPO-WHFBIAKZSA-N Ala-Gly-Ala Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O ZVFVBBGVOILKPO-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- CBCCCLMNOBLBSC-XVYDVKMFSA-N Ala-His-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O CBCCCLMNOBLBSC-XVYDVKMFSA-N 0.000 description 2
- HHRAXZAYZFFRAM-CIUDSAMLSA-N Ala-Leu-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O HHRAXZAYZFFRAM-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- GHBSKQGCIYSCNS-NAKRPEOUSA-N Ala-Leu-Asp-Asp Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O GHBSKQGCIYSCNS-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 2
- MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N Ala-Leu-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- XSTZMVAYYCJTNR-DCAQKATOSA-N Ala-Met-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O XSTZMVAYYCJTNR-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- DHBKYZYFEXXUAK-ONGXEEELSA-N Ala-Phe-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C)CC1=CC=CC=C1 DHBKYZYFEXXUAK-ONGXEEELSA-N 0.000 description 2
- WEZNQZHACPSMEF-QEJZJMRPSA-N Ala-Phe-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C)CC1=CC=CC=C1 WEZNQZHACPSMEF-QEJZJMRPSA-N 0.000 description 2
- DCVYRWFAMZFSDA-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ser-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O DCVYRWFAMZFSDA-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 2
- 206010002383 Angina Pectoris Diseases 0.000 description 2
- 101000748781 Anthoceros angustus Uncharacterized 3.0 kDa protein in psbT-psbN intergenic region Proteins 0.000 description 2
- RWCLSUOSKWTXLA-FXQIFTODSA-N Arg-Asp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O RWCLSUOSKWTXLA-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- UFBURHXMKFQVLM-CIUDSAMLSA-N Arg-Glu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UFBURHXMKFQVLM-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- UAOSDDXCTBIPCA-QXEWZRGKSA-N Arg-Ile-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N UAOSDDXCTBIPCA-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 2
- UHFUZWSZQKMDSX-DCAQKATOSA-N Arg-Leu-Asn Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N UHFUZWSZQKMDSX-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- JEOCWTUOMKEEMF-RHYQMDGZSA-N Arg-Leu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O JEOCWTUOMKEEMF-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 2
- CVXXSWQORBZAAA-SRVKXCTJSA-N Arg-Lys-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N CVXXSWQORBZAAA-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- VIINVRPKMUZYOI-DCAQKATOSA-N Arg-Met-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O VIINVRPKMUZYOI-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- IJYZHIOOBGIINM-WDSKDSINSA-N Arg-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N IJYZHIOOBGIINM-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- WCZXPVPHUMYLMS-VEVYYDQMSA-N Arg-Thr-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O WCZXPVPHUMYLMS-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 2
- OGZBJJLRKQZRHL-KJEVXHAQSA-N Arg-Thr-Tyr Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 OGZBJJLRKQZRHL-KJEVXHAQSA-N 0.000 description 2
- SJUXYGVRSGTPMC-IMJSIDKUSA-N Asn-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O SJUXYGVRSGTPMC-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 2
- KSBHCUSPLWRVEK-ZLUOBGJFSA-N Asn-Asn-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O KSBHCUSPLWRVEK-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 2
- HZYFHQOWCFUSOV-IMJSIDKUSA-N Asn-Asp Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O HZYFHQOWCFUSOV-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 2
- OLGCWMNDJTWQAG-GUBZILKMSA-N Asn-Glu-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O OLGCWMNDJTWQAG-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- VXLBDJWTONZHJN-YUMQZZPRSA-N Asn-His-Gly Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N VXLBDJWTONZHJN-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- DVUFTQLHHHJEMK-IMJSIDKUSA-N Asp-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O DVUFTQLHHHJEMK-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 2
- PSZNHSNIGMJYOZ-WDSKDSINSA-N Asp-Arg Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N PSZNHSNIGMJYOZ-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- FRYULLIZUDQONW-IMJSIDKUSA-N Asp-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O FRYULLIZUDQONW-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 2
- VHWNKSJHQFZJTH-FXQIFTODSA-N Asp-Asp-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N VHWNKSJHQFZJTH-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- JHFNSBBHKSZXKB-VKHMYHEASA-N Asp-Gly Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O JHFNSBBHKSZXKB-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- XWSIYTYNLKCLJB-CIUDSAMLSA-N Asp-Lys-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O XWSIYTYNLKCLJB-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- NVFSJIXJZCDICF-SRVKXCTJSA-N Asp-Lys-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N NVFSJIXJZCDICF-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- IOXWDLNHXZOXQP-FXQIFTODSA-N Asp-Met-Ser Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N IOXWDLNHXZOXQP-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 2
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 2
- 101000792449 Cyanophora paradoxa Uncharacterized 3.4 kDa protein in atpE-petA intergenic region Proteins 0.000 description 2
- OIMUAKUQOUEPCZ-WHFBIAKZSA-N Cys-Asn-Gly Chemical compound SC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O OIMUAKUQOUEPCZ-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- SBDVXRYCOIEYNV-YUMQZZPRSA-N Cys-His-Gly Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N SBDVXRYCOIEYNV-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- HAYVLBZZBDCKRA-SRVKXCTJSA-N Cys-His-Lys Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N HAYVLBZZBDCKRA-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- QNNYDGBKNFDYOD-UBHSHLNASA-N Cys-Trp-Cys Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N QNNYDGBKNFDYOD-UBHSHLNASA-N 0.000 description 2
- OEDPLIBVQGRKGZ-AVGNSLFASA-N Cys-Tyr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O OEDPLIBVQGRKGZ-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 2
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 2
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 2
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 2
- 238000012270 DNA recombination Methods 0.000 description 2
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101000686777 Escherichia phage T7 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 241001147749 Gemella morbillorum Species 0.000 description 2
- SZXSSXUNOALWCH-ACZMJKKPSA-N Glu-Ala-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O SZXSSXUNOALWCH-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 2
- KBKGRMNVKPSQIF-XDTLVQLUSA-N Glu-Ala-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O KBKGRMNVKPSQIF-XDTLVQLUSA-N 0.000 description 2
- VAZZOGXDUQSVQF-NUMRIWBASA-N Glu-Asn-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N)O VAZZOGXDUQSVQF-NUMRIWBASA-N 0.000 description 2
- IESFZVCAVACGPH-PEFMBERDSA-N Glu-Asp-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O IESFZVCAVACGPH-PEFMBERDSA-N 0.000 description 2
- PABVKUJVLNMOJP-WHFBIAKZSA-N Glu-Cys Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O PABVKUJVLNMOJP-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- LGYZYFFDELZWRS-DCAQKATOSA-N Glu-Glu-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O LGYZYFFDELZWRS-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- YLJHCWNDBKKOEB-IHRRRGAJSA-N Glu-Glu-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O YLJHCWNDBKKOEB-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 2
- KRGZZKWSBGPLKL-IUCAKERBSA-N Glu-Gly-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N KRGZZKWSBGPLKL-IUCAKERBSA-N 0.000 description 2
- ZWABFSSWTSAMQN-KBIXCLLPSA-N Glu-Ile-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O ZWABFSSWTSAMQN-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 2
- QXDXIXFSFHUYAX-MNXVOIDGSA-N Glu-Ile-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O QXDXIXFSFHUYAX-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 2
- BBBXWRGITSUJPB-YUMQZZPRSA-N Glu-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O BBBXWRGITSUJPB-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- QDMVXRNLOPTPIE-WDCWCFNPSA-N Glu-Lys-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O QDMVXRNLOPTPIE-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 2
- YHOJJFFTSMWVGR-HJGDQZAQSA-N Glu-Met-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O YHOJJFFTSMWVGR-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 2
- XMBSYZWANAQXEV-QWRGUYRKSA-N Glu-Phe Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XMBSYZWANAQXEV-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 2
- BPLNJYHNAJVLRT-ACZMJKKPSA-N Glu-Ser-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O BPLNJYHNAJVLRT-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 2
- RFTVTKBHDXCEEX-WDSKDSINSA-N Glu-Ser-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(O)=O RFTVTKBHDXCEEX-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- QCMVGXDELYMZET-GLLZPBPUSA-N Glu-Thr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O QCMVGXDELYMZET-GLLZPBPUSA-N 0.000 description 2
- MFVQGXGQRIXBPK-WDSKDSINSA-N Gly-Ala-Glu Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O MFVQGXGQRIXBPK-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- FUESBOMYALLFNI-VKHMYHEASA-N Gly-Asn Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O FUESBOMYALLFNI-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- UTYGDAHJBBDPBA-BYULHYEWSA-N Gly-Ile-Asp Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)CN UTYGDAHJBBDPBA-BYULHYEWSA-N 0.000 description 2
- DKEXFJVMVGETOO-LURJTMIESA-N Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN DKEXFJVMVGETOO-LURJTMIESA-N 0.000 description 2
- PDUHNKAFQXQNLH-ZETCQYMHSA-N Gly-Lys-Gly Chemical compound NCCCC[C@H](NC(=O)CN)C(=O)NCC(O)=O PDUHNKAFQXQNLH-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 2
- PTIIBFKSLCYQBO-NHCYSSNCSA-N Gly-Lys-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)CN PTIIBFKSLCYQBO-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 2
- WMGHDYWNHNLGBV-ONGXEEELSA-N Gly-Phe-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC1=CC=CC=C1 WMGHDYWNHNLGBV-ONGXEEELSA-N 0.000 description 2
- GAFKBWKVXNERFA-QWRGUYRKSA-N Gly-Phe-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC1=CC=CC=C1 GAFKBWKVXNERFA-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 2
- BCCRXDTUTZHDEU-VKHMYHEASA-N Gly-Ser Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O BCCRXDTUTZHDEU-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- WCORRBXVISTKQL-WHFBIAKZSA-N Gly-Ser-Ser Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O WCORRBXVISTKQL-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- OLIFSFOFKGKIRH-WUJLRWPWSA-N Gly-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN OLIFSFOFKGKIRH-WUJLRWPWSA-N 0.000 description 2
- LLWQVJNHMYBLLK-CDMKHQONSA-N Gly-Thr-Phe Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O LLWQVJNHMYBLLK-CDMKHQONSA-N 0.000 description 2
- TVTZEOHWHUVYCG-KYNKHSRBSA-N Gly-Thr-Thr Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O TVTZEOHWHUVYCG-KYNKHSRBSA-N 0.000 description 2
- GBYYQVBXFVDJPJ-WLTAIBSBSA-N Gly-Tyr-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)NC(=O)CN)O GBYYQVBXFVDJPJ-WLTAIBSBSA-N 0.000 description 2
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 2
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 2
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 2
- IPIVXQQRZXEUGW-UWJYBYFXSA-N His-Ala-His Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC=1NC=NC=1)C(O)=O)C1=CN=CN1 IPIVXQQRZXEUGW-UWJYBYFXSA-N 0.000 description 2
- XINDHUAGVGCNSF-QSFUFRPTSA-N His-Ala-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O XINDHUAGVGCNSF-QSFUFRPTSA-N 0.000 description 2
- VSLXGYMEHVAJBH-DLOVCJGASA-N His-Ala-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O VSLXGYMEHVAJBH-DLOVCJGASA-N 0.000 description 2
- CNHSMSFYVARZLI-YJRXYDGGSA-N His-His-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O CNHSMSFYVARZLI-YJRXYDGGSA-N 0.000 description 2
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JRHFQUPIZOYKQP-KBIXCLLPSA-N Ile-Ala-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O JRHFQUPIZOYKQP-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 2
- HYXQKVOADYPQEA-CIUDSAMLSA-N Ile-Arg Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N HYXQKVOADYPQEA-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- FJWYJQRCVNGEAQ-ZPFDUUQYSA-N Ile-Asn-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N FJWYJQRCVNGEAQ-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 2
- UMYZBHKAVTXWIW-GMOBBJLQSA-N Ile-Asp-Arg Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)N UMYZBHKAVTXWIW-GMOBBJLQSA-N 0.000 description 2
- RGSOCXHDOPQREB-ZPFDUUQYSA-N Ile-Asp-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)N RGSOCXHDOPQREB-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 2
- CTHAJJYOHOBUDY-GHCJXIJMSA-N Ile-Cys-Asp Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N CTHAJJYOHOBUDY-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 2
- KLBVGHCGHUNHEA-BJDJZHNGSA-N Ile-Leu-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N KLBVGHCGHUNHEA-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 2
- GVNNAHIRSDRIII-AJNGGQMLSA-N Ile-Lys-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N GVNNAHIRSDRIII-AJNGGQMLSA-N 0.000 description 2
- AKOYRLRUFBZOSP-BJDJZHNGSA-N Ile-Lys-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N AKOYRLRUFBZOSP-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 2
- FFJQAEYLAQMGDL-MGHWNKPDSA-N Ile-Lys-Tyr Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 FFJQAEYLAQMGDL-MGHWNKPDSA-N 0.000 description 2
- HQEPKOFULQTSFV-JURCDPSOSA-N Ile-Phe-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N HQEPKOFULQTSFV-JURCDPSOSA-N 0.000 description 2
- PRTZQMBYUZFSFA-XEGUGMAKSA-N Ile-Tyr-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)NCC(=O)O)N PRTZQMBYUZFSFA-XEGUGMAKSA-N 0.000 description 2
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 2
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 2
- HGCNKOLVKRAVHD-UHFFFAOYSA-N L-Met-L-Phe Natural products CSCCC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 HGCNKOLVKRAVHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N L-Phenylalanyl-L-lysin Natural products NCCCCC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- SENJXOPIZNYLHU-UHFFFAOYSA-N L-leucyl-L-arginine Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CCCN=C(N)N SENJXOPIZNYLHU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CQQGCWPXDHTTNF-GUBZILKMSA-N Leu-Ala-Glu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O CQQGCWPXDHTTNF-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- WNGVUZWBXZKQES-YUMQZZPRSA-N Leu-Ala-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O WNGVUZWBXZKQES-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- BQSLGJHIAGOZCD-CIUDSAMLSA-N Leu-Ala-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O BQSLGJHIAGOZCD-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- JKGHDYGZRDWHGA-SRVKXCTJSA-N Leu-Asn-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O JKGHDYGZRDWHGA-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- ZURHXHNAEJJRNU-CIUDSAMLSA-N Leu-Asp-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O ZURHXHNAEJJRNU-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- DZQMXBALGUHGJT-GUBZILKMSA-N Leu-Glu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O DZQMXBALGUHGJT-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- QVFGXCVIXXBFHO-AVGNSLFASA-N Leu-Glu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O QVFGXCVIXXBFHO-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- KEVYYIMVELOXCT-KBPBESRZSA-N Leu-Gly-Phe Chemical compound CC(C)C[C@H]([NH3+])C(=O)NCC(=O)N[C@H](C([O-])=O)CC1=CC=CC=C1 KEVYYIMVELOXCT-KBPBESRZSA-N 0.000 description 2
- JRJLGNFWYFSJHB-HOCLYGCPSA-N Leu-Gly-Trp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O JRJLGNFWYFSJHB-HOCLYGCPSA-N 0.000 description 2
- CSFVADKICPDRRF-KKUMJFAQSA-N Leu-His-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C([O-])=O)CC1=CN=CN1 CSFVADKICPDRRF-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 2
- LXKNSJLSGPNHSK-KKUMJFAQSA-N Leu-Leu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N LXKNSJLSGPNHSK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 2
- IEWBEPKLKUXQBU-VOAKCMCISA-N Leu-Leu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O IEWBEPKLKUXQBU-VOAKCMCISA-N 0.000 description 2
- KPYAOIVPJKPIOU-KKUMJFAQSA-N Leu-Lys-Lys Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O KPYAOIVPJKPIOU-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 2
- PTRKPHUGYULXPU-KKUMJFAQSA-N Leu-Phe-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O PTRKPHUGYULXPU-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 2
- IZPVWNSAVUQBGP-CIUDSAMLSA-N Leu-Ser-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O IZPVWNSAVUQBGP-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- WXJKFRMKJORORD-DCAQKATOSA-N Lys-Arg-Ala Chemical compound NC(=N)NCCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN WXJKFRMKJORORD-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- HQVDJTYKCMIWJP-YUMQZZPRSA-N Lys-Asn-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O HQVDJTYKCMIWJP-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- PBIPLDMFHAICIP-DCAQKATOSA-N Lys-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O PBIPLDMFHAICIP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- ITWQLSZTLBKWJM-YUMQZZPRSA-N Lys-Gly-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCCN ITWQLSZTLBKWJM-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- FMIIKPHLJKUXGE-GUBZILKMSA-N Lys-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN FMIIKPHLJKUXGE-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- WVJNGSFKBKOKRV-AJNGGQMLSA-N Lys-Leu-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O WVJNGSFKBKOKRV-AJNGGQMLSA-N 0.000 description 2
- ZJWIXBZTAAJERF-IHRRRGAJSA-N Lys-Lys-Arg Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N ZJWIXBZTAAJERF-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 2
- SPNKGZFASINBMR-IHRRRGAJSA-N Lys-Met-His Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N SPNKGZFASINBMR-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 2
- MTBBHUKKPWKXBT-ULQDDVLXSA-N Lys-Met-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O MTBBHUKKPWKXBT-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 2
- PSVAVKGDUAKZKU-BZSNNMDCSA-N Lys-Tyr-His Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N)O PSVAVKGDUAKZKU-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 2
- 241000282567 Macaca fascicularis Species 0.000 description 2
- 101000626970 Marchantia polymorpha Uncharacterized 3.3 kDa protein in psbT-psbN intergenic region Proteins 0.000 description 2
- GETCJHFFECHWHI-QXEWZRGKSA-N Met-Ile-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)N GETCJHFFECHWHI-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 2
- IMTUWVJPCQPJEE-IUCAKERBSA-N Met-Lys Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN IMTUWVJPCQPJEE-IUCAKERBSA-N 0.000 description 2
- CRVSHEPROQHVQT-AVGNSLFASA-N Met-Met-Lys Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N CRVSHEPROQHVQT-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- DSZFTPCSFVWMKP-DCAQKATOSA-N Met-Ser-Lys Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN DSZFTPCSFVWMKP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- 241000186362 Mycobacterium leprae Species 0.000 description 2
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 description 2
- 108010002311 N-glycylglutamic acid Proteins 0.000 description 2
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 2
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 2
- BKWJQWJPZMUWEG-LFSVMHDDSA-N Phe-Ala-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 BKWJQWJPZMUWEG-LFSVMHDDSA-N 0.000 description 2
- HHOOEUSPFGPZFP-QWRGUYRKSA-N Phe-Asn-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O HHOOEUSPFGPZFP-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 2
- RTUWVJVJSMOGPL-KKUMJFAQSA-N Phe-Met-Glu Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=CC=C1)N RTUWVJVJSMOGPL-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 2
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000035109 Pneumococcal Infections Diseases 0.000 description 2
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 2
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 2
- 206010040047 Sepsis Diseases 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- LVVBAKCGXXUHFO-ZLUOBGJFSA-N Ser-Ala-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O LVVBAKCGXXUHFO-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 2
- LTFSLKWFMWZEBD-IMJSIDKUSA-N Ser-Asn Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O LTFSLKWFMWZEBD-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 2
- BYIROAKULFFTEK-CIUDSAMLSA-N Ser-Asp-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CO BYIROAKULFFTEK-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- UIGMAMGZOJVTDN-WHFBIAKZSA-N Ser-Gly-Ser Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UIGMAMGZOJVTDN-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- HDBOEVPDIDDEPC-CIUDSAMLSA-N Ser-Lys-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O HDBOEVPDIDDEPC-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- OWCVUSJMEBGMOK-YUMQZZPRSA-N Ser-Lys-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)NCC(O)=O OWCVUSJMEBGMOK-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- KZPRPBLHYMZIMH-MXAVVETBSA-N Ser-Phe-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O KZPRPBLHYMZIMH-MXAVVETBSA-N 0.000 description 2
- RRVFEDGUXSYWOW-BZSNNMDCSA-N Ser-Phe-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O RRVFEDGUXSYWOW-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 2
- GYDFRTRSSXOZCR-ACZMJKKPSA-N Ser-Ser-Glu Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O GYDFRTRSSXOZCR-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 2
- FLMYSKVSDVHLEW-SVSWQMSJSA-N Ser-Thr-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O FLMYSKVSDVHLEW-SVSWQMSJSA-N 0.000 description 2
- UYLKOSODXYSWMQ-XGEHTFHBSA-N Ser-Thr-Met Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N)O UYLKOSODXYSWMQ-XGEHTFHBSA-N 0.000 description 2
- 241000256251 Spodoptera frugiperda Species 0.000 description 2
- 241000194049 Streptococcus equinus Species 0.000 description 2
- GLQFKOVWXPPFTP-VEVYYDQMSA-N Thr-Arg-Asp Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O GLQFKOVWXPPFTP-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 2
- KCRQEJSKXAIULJ-FJXKBIBVSA-N Thr-Gly-Arg Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O KCRQEJSKXAIULJ-FJXKBIBVSA-N 0.000 description 2
- YZUWGFXVVZQJEI-PMVVWTBXSA-N Thr-Gly-His Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N)O YZUWGFXVVZQJEI-PMVVWTBXSA-N 0.000 description 2
- IMULJHHGAUZZFE-MBLNEYKQSA-N Thr-Gly-Ile Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O IMULJHHGAUZZFE-MBLNEYKQSA-N 0.000 description 2
- CRZNCABIJLRFKZ-IUKAMOBKSA-N Thr-Ile-Asp Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)N CRZNCABIJLRFKZ-IUKAMOBKSA-N 0.000 description 2
- XYFISNXATOERFZ-OSUNSFLBSA-N Thr-Ile-Val Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)N XYFISNXATOERFZ-OSUNSFLBSA-N 0.000 description 2
- APIDTRXFGYOLLH-VQVTYTSYSA-N Thr-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)O APIDTRXFGYOLLH-VQVTYTSYSA-N 0.000 description 2
- PCMDGXKXVMBIFP-VEVYYDQMSA-N Thr-Met-Asn Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O PCMDGXKXVMBIFP-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 2
- AAZOYLQUEQRUMZ-GSSVUCPTSA-N Thr-Thr-Asn Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O AAZOYLQUEQRUMZ-GSSVUCPTSA-N 0.000 description 2
- CYCGARJWIQWPQM-YJRXYDGGSA-N Thr-Tyr-Ser Chemical compound C[C@@H](O)[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CO)C([O-])=O)CC1=CC=C(O)C=C1 CYCGARJWIQWPQM-YJRXYDGGSA-N 0.000 description 2
- 206010044013 Tonsillitis streptococcal Diseases 0.000 description 2
- 101000764204 Trieres chinensis Uncharacterized 3.3 kDa protein in rpl11-trnW intergenic region Proteins 0.000 description 2
- FEZASNVQLJQBHW-CABZTGNLSA-N Trp-Gly-Ala Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)=CNC2=C1 FEZASNVQLJQBHW-CABZTGNLSA-N 0.000 description 2
- NOFFAYIYPAUNRM-HKUYNNGSSA-N Trp-Gly-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)N NOFFAYIYPAUNRM-HKUYNNGSSA-N 0.000 description 2
- DDHFMBDACJYSKW-AQZXSJQPSA-N Trp-Thr-Asp Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)N)O DDHFMBDACJYSKW-AQZXSJQPSA-N 0.000 description 2
- JXNRXNCCROJZFB-RYUDHWBXSA-N Tyr-Arg Chemical compound NC(=N)NCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 JXNRXNCCROJZFB-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 2
- CNLKDWSAORJEMW-KWQFWETISA-N Tyr-Gly-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CNLKDWSAORJEMW-KWQFWETISA-N 0.000 description 2
- ZQOOYCZQENFIMC-STQMWFEESA-N Tyr-His Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1N=CNC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 ZQOOYCZQENFIMC-STQMWFEESA-N 0.000 description 2
- GULIUBBXCYPDJU-CQDKDKBSSA-N Tyr-Leu-Ala Chemical compound [O-]C(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H]([NH3+])CC1=CC=C(O)C=C1 GULIUBBXCYPDJU-CQDKDKBSSA-N 0.000 description 2
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BZDGLJPROOOUOZ-XGEHTFHBSA-N Val-Thr-Cys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O BZDGLJPROOOUOZ-XGEHTFHBSA-N 0.000 description 2
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 2
- 238000013019 agitation Methods 0.000 description 2
- 108010041407 alanylaspartic acid Proteins 0.000 description 2
- 108010070783 alanyltyrosine Proteins 0.000 description 2
- INJRKJPEYSAMPD-UHFFFAOYSA-N aluminum;silicic acid;hydrate Chemical compound O.[Al].[Al].O[Si](O)(O)O INJRKJPEYSAMPD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 2
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 2
- 229910002091 carbon monoxide Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 2
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 2
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 2
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 2
- 229940038705 chlamydia trachomatis Drugs 0.000 description 2
- 239000013599 cloning vector Substances 0.000 description 2
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 2
- 108010069495 cysteinyltyrosine Proteins 0.000 description 2
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 2
- 230000034994 death Effects 0.000 description 2
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 2
- KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N deoxycholic acid Chemical compound C([C@H]1CC2)[C@H](O)CC[C@]1(C)[C@@H]1[C@@H]2[C@@H]2CC[C@H]([C@@H](CCC(O)=O)C)[C@@]2(C)[C@@H](O)C1 KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N 0.000 description 2
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 2
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 2
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 108010067216 glycyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 2
- 108010020688 glycylhistidine Proteins 0.000 description 2
- 108010037850 glycylvaline Proteins 0.000 description 2
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 2
- 108010025306 histidylleucine Proteins 0.000 description 2
- 108010092114 histidylphenylalanine Proteins 0.000 description 2
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000000521 hyperimmunizing effect Effects 0.000 description 2
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 2
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 2
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 2
- 230000002480 immunoprotective effect Effects 0.000 description 2
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 2
- 239000002054 inoculum Substances 0.000 description 2
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 2
- 108010045069 keyhole-limpet hemocyanin Proteins 0.000 description 2
- 108010053037 kyotorphin Proteins 0.000 description 2
- 108010051673 leucyl-glycyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 2
- 108010047926 leucyl-lysyl-tyrosine Proteins 0.000 description 2
- 108010000761 leucylarginine Proteins 0.000 description 2
- 230000029226 lipidation Effects 0.000 description 2
- 150000002632 lipids Chemical group 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 2
- 230000005923 long-lasting effect Effects 0.000 description 2
- 108010064235 lysylglycine Proteins 0.000 description 2
- 108010017391 lysylvaline Proteins 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 108010068488 methionylphenylalanine Proteins 0.000 description 2
- 108010034507 methionyltryptophan Proteins 0.000 description 2
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 2
- 108010009719 mutanolysin Proteins 0.000 description 2
- 210000004897 n-terminal region Anatomy 0.000 description 2
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 2
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 2
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 2
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 2
- 108010084525 phenylalanyl-phenylalanyl-glycine Proteins 0.000 description 2
- 108010083476 phenylalanyltryptophan Proteins 0.000 description 2
- YHHSONZFOIEMCP-UHFFFAOYSA-O phosphocholine Chemical compound C[N+](C)(C)CCOP(O)(O)=O YHHSONZFOIEMCP-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 2
- 229940124733 pneumococcal vaccine Drugs 0.000 description 2
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 2
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 2
- 238000010814 radioimmunoprecipitation assay Methods 0.000 description 2
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 2
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 2
- 108010048818 seryl-histidine Proteins 0.000 description 2
- 206010040872 skin infection Diseases 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 2
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 2
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 2
- 230000017105 transposition Effects 0.000 description 2
- 108010035534 tyrosyl-leucyl-alanine Proteins 0.000 description 2
- 108010051110 tyrosyl-lysine Proteins 0.000 description 2
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 2
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 2
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 2
- 230000001018 virulence Effects 0.000 description 2
- 239000000304 virulence factor Substances 0.000 description 2
- 230000007923 virulence factor Effects 0.000 description 2
- 239000012130 whole-cell lysate Substances 0.000 description 2
- JNTMAZFVYNDPLB-PEDHHIEDSA-N (2S,3S)-2-[[[(2S)-1-[(2S,3S)-2-amino-3-methyl-1-oxopentyl]-2-pyrrolidinyl]-oxomethyl]amino]-3-methylpentanoic acid Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O JNTMAZFVYNDPLB-PEDHHIEDSA-N 0.000 description 1
- AUXMWYRZQPIXCC-KNIFDHDWSA-N (2s)-2-amino-4-methylpentanoic acid;(2s)-2-aminopropanoic acid Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O.CC(C)C[C@H](N)C(O)=O AUXMWYRZQPIXCC-KNIFDHDWSA-N 0.000 description 1
- GZCWLCBFPRFLKL-UHFFFAOYSA-N 1-prop-2-ynoxypropan-2-ol Chemical compound CC(O)COCC#C GZCWLCBFPRFLKL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MHKBMNACOMRIAW-UHFFFAOYSA-N 2,3-dinitrophenol Chemical group OC1=CC=CC([N+]([O-])=O)=C1[N+]([O-])=O MHKBMNACOMRIAW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JRBJSXQPQWSCCF-UHFFFAOYSA-N 3,3'-Dimethoxybenzidine Chemical compound C1=C(N)C(OC)=CC(C=2C=C(OC)C(N)=CC=2)=C1 JRBJSXQPQWSCCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BRMWTNUJHUMWMS-UHFFFAOYSA-N 3-Methylhistidine Natural products CN1C=NC(CC(N)C(O)=O)=C1 BRMWTNUJHUMWMS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OSJPPGNTCRNQQC-UWTATZPHSA-N 3-phospho-D-glyceric acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)COP(O)(O)=O OSJPPGNTCRNQQC-UWTATZPHSA-N 0.000 description 1
- CVSDWRGWBWLCLS-UHFFFAOYSA-N 4-(2-hydroxyethyl)piperazine-1-sulfonic acid Chemical compound OCCN1CCN(S(O)(=O)=O)CC1 CVSDWRGWBWLCLS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 101710092702 47 kDa protein Proteins 0.000 description 1
- 229940117976 5-hydroxylysine Drugs 0.000 description 1
- 108010042708 Acetylmuramyl-Alanyl-Isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 102000013563 Acid Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108010051457 Acid Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- YYSWCHMLFJLLBJ-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ala-Ser Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O YYSWCHMLFJLLBJ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- LWUWMHIOBPTZBA-DCAQKATOSA-N Ala-Arg-Lys Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](NC(=O)[C@@H](N)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O LWUWMHIOBPTZBA-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- XEXJJJRVTFGWIC-FXQIFTODSA-N Ala-Asn-Arg Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)N XEXJJJRVTFGWIC-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- FUSPCLTUKXQREV-ACZMJKKPSA-N Ala-Glu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O FUSPCLTUKXQREV-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- NWVVKQZOVSTDBQ-CIUDSAMLSA-N Ala-Glu-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O NWVVKQZOVSTDBQ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- PUBLUECXJRHTBK-ACZMJKKPSA-N Ala-Glu-Ser Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O PUBLUECXJRHTBK-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- LJFNNUBZSZCZFN-WHFBIAKZSA-N Ala-Gly-Cys Chemical compound N[C@@H](C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O LJFNNUBZSZCZFN-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- BEMGNWZECGIJOI-WDSKDSINSA-N Ala-Gly-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O BEMGNWZECGIJOI-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- LXAARTARZJJCMB-CIQUZCHMSA-N Ala-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O LXAARTARZJJCMB-CIQUZCHMSA-N 0.000 description 1
- AWZKCUCQJNTBAD-SRVKXCTJSA-N Ala-Leu-Lys Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN AWZKCUCQJNTBAD-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- LDLSENBXQNDTPB-DCAQKATOSA-N Ala-Lys-Arg Chemical compound NCCCC[C@H](NC(=O)[C@@H](N)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N LDLSENBXQNDTPB-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- SDZRIBWEVVRDQI-CIUDSAMLSA-N Ala-Lys-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O SDZRIBWEVVRDQI-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- BLTRAARCJYVJKV-QEJZJMRPSA-N Ala-Lys-Phe Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(O)=O BLTRAARCJYVJKV-QEJZJMRPSA-N 0.000 description 1
- NINQYGGNRIBFSC-CIUDSAMLSA-N Ala-Lys-Ser Chemical compound NCCCC[C@H](NC(=O)[C@@H](N)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O NINQYGGNRIBFSC-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- NHWYNIZWLJYZAG-XVYDVKMFSA-N Ala-Ser-His Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N NHWYNIZWLJYZAG-XVYDVKMFSA-N 0.000 description 1
- OMCKWYSDUQBYCN-FXQIFTODSA-N Ala-Ser-Met Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O OMCKWYSDUQBYCN-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- VRTOMXFZHGWHIJ-KZVJFYERSA-N Ala-Thr-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O VRTOMXFZHGWHIJ-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- MTDDMSUUXNQMKK-BPNCWPANSA-N Ala-Tyr-Arg Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)N MTDDMSUUXNQMKK-BPNCWPANSA-N 0.000 description 1
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 1
- 206010060937 Amniotic cavity infection Diseases 0.000 description 1
- 108010039627 Aprotinin Proteins 0.000 description 1
- RVDVDRUZWZIBJQ-CIUDSAMLSA-N Arg-Asn-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O RVDVDRUZWZIBJQ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- YSUVMPICYVWRBX-VEVYYDQMSA-N Arg-Asp-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O YSUVMPICYVWRBX-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- VXXHDZKEQNGXNU-QXEWZRGKSA-N Arg-Asp-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N VXXHDZKEQNGXNU-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- HPKSHFSEXICTLI-CIUDSAMLSA-N Arg-Glu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O HPKSHFSEXICTLI-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- RKRSYHCNPFGMTA-CIUDSAMLSA-N Arg-Glu-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O RKRSYHCNPFGMTA-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- PNQWAUXQDBIJDY-GUBZILKMSA-N Arg-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O PNQWAUXQDBIJDY-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- PBSOQGZLPFVXPU-YUMQZZPRSA-N Arg-Glu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O PBSOQGZLPFVXPU-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- JAYIQMNQDMOBFY-KKUMJFAQSA-N Arg-Glu-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O JAYIQMNQDMOBFY-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- CYXCAHZVPFREJD-LURJTMIESA-N Arg-Gly-Gly Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)NCC(O)=O CYXCAHZVPFREJD-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- JQFZHHSQMKZLRU-IUCAKERBSA-N Arg-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N JQFZHHSQMKZLRU-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- CLICCYPMVFGUOF-IHRRRGAJSA-N Arg-Lys-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O CLICCYPMVFGUOF-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- OISWSORSLQOGFV-AVGNSLFASA-N Arg-Met-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N OISWSORSLQOGFV-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- ZRNWJUAQKFUUKV-SRVKXCTJSA-N Arg-Met-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O ZRNWJUAQKFUUKV-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- QLSRIZIDQXDQHK-RCWTZXSCSA-N Arg-Val-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O QLSRIZIDQXDQHK-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- LEFKSBYHUGUWLP-ACZMJKKPSA-N Asn-Ala-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O LEFKSBYHUGUWLP-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- DAPLJWATMAXPPZ-CIUDSAMLSA-N Asn-Asn-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DAPLJWATMAXPPZ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- VKCOHFFSTKCXEQ-OLHMAJIHSA-N Asn-Asn-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O VKCOHFFSTKCXEQ-OLHMAJIHSA-N 0.000 description 1
- PPMTUXJSQDNUDE-CIUDSAMLSA-N Asn-Glu-Arg Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N PPMTUXJSQDNUDE-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- DMLSCRJBWUEALP-LAEOZQHASA-N Asn-Glu-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O DMLSCRJBWUEALP-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- HXWUJJADFMXNKA-BQBZGAKWSA-N Asn-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O HXWUJJADFMXNKA-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- ZMUQQMGITUJQTI-CIUDSAMLSA-N Asn-Leu-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O ZMUQQMGITUJQTI-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- ALKWEXBKAHPJAQ-NAKRPEOUSA-N Asn-Leu-Asp-Asp Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O ALKWEXBKAHPJAQ-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- YVXRYLVELQYAEQ-SRVKXCTJSA-N Asn-Leu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N YVXRYLVELQYAEQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- FHETWELNCBMRMG-HJGDQZAQSA-N Asn-Leu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O FHETWELNCBMRMG-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- QJMCHPGWFZZRID-BQBZGAKWSA-N Asn-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O QJMCHPGWFZZRID-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- XTMZYFMTYJNABC-ZLUOBGJFSA-N Asn-Ser-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N XTMZYFMTYJNABC-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- HPBNLFLSSQDFQW-WHFBIAKZSA-N Asn-Ser-Gly Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(O)=O HPBNLFLSSQDFQW-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- QNNBHTFDFFFHGC-KKUMJFAQSA-N Asn-Tyr-Lys Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N)O QNNBHTFDFFFHGC-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- QHAJMRDEWNAIBQ-FXQIFTODSA-N Asp-Arg-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O QHAJMRDEWNAIBQ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- AXXCUABIFZPKPM-BQBZGAKWSA-N Asp-Arg-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(O)=O AXXCUABIFZPKPM-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- CNKAZIGBGQIHLL-GUBZILKMSA-N Asp-Arg-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N CNKAZIGBGQIHLL-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- UQBGYPFHWFZMCD-ZLUOBGJFSA-N Asp-Asn-Asn Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O UQBGYPFHWFZMCD-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- JDHOJQJMWBKHDB-CIUDSAMLSA-N Asp-Asn-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N JDHOJQJMWBKHDB-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- SVFOIXMRMLROHO-SRVKXCTJSA-N Asp-Asp-Phe Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 SVFOIXMRMLROHO-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- KHBLRHKVXICFMY-GUBZILKMSA-N Asp-Glu-Lys Chemical compound N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O KHBLRHKVXICFMY-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- SVABRQFIHCSNCI-FOHZUACHSA-N Asp-Gly-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O SVABRQFIHCSNCI-FOHZUACHSA-N 0.000 description 1
- JOCQXVJCTCEFAZ-CIUDSAMLSA-N Asp-His-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O JOCQXVJCTCEFAZ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- OGTCOKZFOJIZFG-CIUDSAMLSA-N Asp-His-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O OGTCOKZFOJIZFG-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- TZOZNVLBTAFJRW-UGYAYLCHSA-N Asp-Ile-Asp Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N TZOZNVLBTAFJRW-UGYAYLCHSA-N 0.000 description 1
- RQHLMGCXCZUOGT-ZPFDUUQYSA-N Asp-Leu-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O RQHLMGCXCZUOGT-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- YQKYLDVPCOGIRB-SEKJGCFDSA-N Asp-Leu-Thr-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O YQKYLDVPCOGIRB-SEKJGCFDSA-N 0.000 description 1
- MYOHQBFRJQFIDZ-KKUMJFAQSA-N Asp-Leu-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O MYOHQBFRJQFIDZ-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- CTWCFPWFIGRAEP-CIUDSAMLSA-N Asp-Lys-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O CTWCFPWFIGRAEP-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- FQHBAQLBIXLWAG-DCAQKATOSA-N Asp-Lys-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N FQHBAQLBIXLWAG-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- YWLDTBBUHZJQHW-KKUMJFAQSA-N Asp-Lys-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N YWLDTBBUHZJQHW-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- LKVKODXGSAFOFY-VEVYYDQMSA-N Asp-Met-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O LKVKODXGSAFOFY-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- YZQCXOFQZKCETR-UWVGGRQHSA-N Asp-Phe Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 YZQCXOFQZKCETR-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- UCHSVZYJKJLPHF-BZSNNMDCSA-N Asp-Phe-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O UCHSVZYJKJLPHF-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- PWAIZUBWHRHYKS-MELADBBJSA-N Asp-Phe-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC2=CC=CC=C2)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N)C(=O)O PWAIZUBWHRHYKS-MELADBBJSA-N 0.000 description 1
- DWBZEJHQQIURML-IMJSIDKUSA-N Asp-Ser Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O DWBZEJHQQIURML-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- MNQMTYSEKZHIDF-GCJQMDKQSA-N Asp-Thr-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O MNQMTYSEKZHIDF-GCJQMDKQSA-N 0.000 description 1
- UXIPUCUHQBIQOS-SRVKXCTJSA-N Asp-Tyr-Cys Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N)O UXIPUCUHQBIQOS-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- OQMGSMNZVHYDTQ-ZKWXMUAHSA-N Asp-Val-Cys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N OQMGSMNZVHYDTQ-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- QOJJMJKTMKNFEF-ZKWXMUAHSA-N Asp-Val-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O QOJJMJKTMKNFEF-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 1
- 101001101476 Bacillus subtilis (strain 168) 50S ribosomal protein L21 Proteins 0.000 description 1
- 208000031729 Bacteremia Diseases 0.000 description 1
- 108020000946 Bacterial DNA Proteins 0.000 description 1
- 108010077805 Bacterial Proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000589968 Borrelia Species 0.000 description 1
- 241000589969 Borreliella burgdorferi Species 0.000 description 1
- 241000701822 Bovine papillomavirus Species 0.000 description 1
- CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M Bromide Chemical compound [Br-] CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 241000589568 Brucella ovis Species 0.000 description 1
- 125000001433 C-terminal amino-acid group Chemical group 0.000 description 1
- 101100015199 Caenorhabditis elegans gly-11 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100291031 Caenorhabditis elegans gly-13 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100512078 Caenorhabditis elegans lys-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100507655 Canis lupus familiaris HSPA1 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010007882 Cellulitis Diseases 0.000 description 1
- 241000606161 Chlamydia Species 0.000 description 1
- 201000005019 Chlamydia pneumonia Diseases 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 241000282552 Chlorocebus aethiops Species 0.000 description 1
- 108010049048 Cholera Toxin Proteins 0.000 description 1
- 102000009016 Cholera Toxin Human genes 0.000 description 1
- 206010008748 Chorea Diseases 0.000 description 1
- 208000008158 Chorioamnionitis Diseases 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 241000186031 Corynebacteriaceae Species 0.000 description 1
- 239000004971 Cross linker Substances 0.000 description 1
- HAYVTMHUNMMXCV-IMJSIDKUSA-N Cys-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CS HAYVTMHUNMMXCV-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- TULNGKSILXCZQT-IMJSIDKUSA-N Cys-Asp Chemical compound SC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O TULNGKSILXCZQT-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- LVNMAAGSAUGNIC-BQBZGAKWSA-N Cys-His Chemical compound SC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CNC=N1 LVNMAAGSAUGNIC-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- SAEVTQWAYDPXMU-KATARQTJSA-N Cys-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O SAEVTQWAYDPXMU-KATARQTJSA-N 0.000 description 1
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 description 1
- 230000007023 DNA restriction-modification system Effects 0.000 description 1
- 101710101803 DNA-binding protein J Proteins 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 101100016370 Danio rerio hsp90a.1 gene Proteins 0.000 description 1
- 208000011897 Deaf-Blind disease Diseases 0.000 description 1
- AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N Deoxyuridine 5'-triphosphate Chemical compound O1[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 1
- 241000702421 Dependoparvovirus Species 0.000 description 1
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 1
- 101100285708 Dictyostelium discoideum hspD gene Proteins 0.000 description 1
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 208000004145 Endometritis Diseases 0.000 description 1
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 description 1
- 201000000297 Erysipelas Diseases 0.000 description 1
- 101100340330 Escherichia coli (strain K12) idlP gene Proteins 0.000 description 1
- 241001198387 Escherichia coli BL21(DE3) Species 0.000 description 1
- 241001302584 Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 Species 0.000 description 1
- 241001524679 Escherichia virus M13 Species 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- PNNNRSAQSRJVSB-SLPGGIOYSA-N Fucose Natural products C[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)C=O PNNNRSAQSRJVSB-SLPGGIOYSA-N 0.000 description 1
- 241000195480 Fucus Species 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 206010048461 Genital infection Diseases 0.000 description 1
- 206010018364 Glomerulonephritis Diseases 0.000 description 1
- UTKUTMJSWKKHEM-WDSKDSINSA-N Glu-Ala-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O UTKUTMJSWKKHEM-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- RLZBLVSJDFHDBL-KBIXCLLPSA-N Glu-Ala-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O RLZBLVSJDFHDBL-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 1
- ITYRYNUZHPNCIK-GUBZILKMSA-N Glu-Ala-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O ITYRYNUZHPNCIK-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- AVZHGSCDKIQZPQ-CIUDSAMLSA-N Glu-Arg-Ala Chemical compound C[C@H](NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O)C(O)=O AVZHGSCDKIQZPQ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- CGYDXNKRIMJMLV-GUBZILKMSA-N Glu-Arg-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O CGYDXNKRIMJMLV-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- YKLNMGJYMNPBCP-ACZMJKKPSA-N Glu-Asn-Asp Chemical compound C(CC(=O)O)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N YKLNMGJYMNPBCP-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- CKRUHITYRFNUKW-WDSKDSINSA-N Glu-Asn-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O CKRUHITYRFNUKW-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- CYHBMLHCQXXCCT-AVGNSLFASA-N Glu-Asp-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O CYHBMLHCQXXCCT-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- CGOHAEBMDSEKFB-FXQIFTODSA-N Glu-Glu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CGOHAEBMDSEKFB-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- MTAOBYXRYJZRGQ-WDSKDSINSA-N Glu-Gly-Asp Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O MTAOBYXRYJZRGQ-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- HPJLZFTUUJKWAJ-JHEQGTHGSA-N Glu-Gly-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O HPJLZFTUUJKWAJ-JHEQGTHGSA-N 0.000 description 1
- SNFUTDLOCQQRQD-ZKWXMUAHSA-N Glu-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O SNFUTDLOCQQRQD-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- WNRZUESNGGDCJX-JYJNAYRXSA-N Glu-Leu-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O WNRZUESNGGDCJX-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- OQXDUSZKISQQSS-GUBZILKMSA-N Glu-Lys-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O OQXDUSZKISQQSS-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- YKBUCXNNBYZYAY-MNXVOIDGSA-N Glu-Lys-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O YKBUCXNNBYZYAY-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 1
- ILWHFUZZCFYSKT-AVGNSLFASA-N Glu-Lys-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O ILWHFUZZCFYSKT-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- ITVBKCZZLJUUHI-HTUGSXCWSA-N Glu-Phe-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O ITVBKCZZLJUUHI-HTUGSXCWSA-N 0.000 description 1
- UQHGAYSULGRWRG-WHFBIAKZSA-N Glu-Ser Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UQHGAYSULGRWRG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- QOXDAWODGSIDDI-GUBZILKMSA-N Glu-Ser-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N QOXDAWODGSIDDI-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- ZGXGVBYEJGVJMV-HJGDQZAQSA-N Glu-Thr-Met Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N)O ZGXGVBYEJGVJMV-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- UUTGYDAKPISJAO-JYJNAYRXSA-N Glu-Tyr-Leu Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 UUTGYDAKPISJAO-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- PMSDOVISAARGAV-FHWLQOOXSA-N Glu-Tyr-Phe Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 PMSDOVISAARGAV-FHWLQOOXSA-N 0.000 description 1
- YPHPEHMXOYTEQG-LAEOZQHASA-N Glu-Val-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O YPHPEHMXOYTEQG-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- 108010015776 Glucose oxidase Proteins 0.000 description 1
- 239000004366 Glucose oxidase Substances 0.000 description 1
- SXRSQZLOMIGNAQ-UHFFFAOYSA-N Glutaraldehyde Chemical compound O=CCCCC=O SXRSQZLOMIGNAQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YMUFWNJHVPQNQD-ZKWXMUAHSA-N Gly-Ala-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CN YMUFWNJHVPQNQD-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- JLXVRFDTDUGQEE-YFKPBYRVSA-N Gly-Arg Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N JLXVRFDTDUGQEE-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- JXYMPBCYRKWJEE-BQBZGAKWSA-N Gly-Arg-Ala Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O JXYMPBCYRKWJEE-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- UPOJUWHGMDJUQZ-IUCAKERBSA-N Gly-Arg-Arg Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](NC(=O)CN)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O UPOJUWHGMDJUQZ-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- PYUCNHJQQVSPGN-BQBZGAKWSA-N Gly-Arg-Cys Chemical compound C(C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)CN)CN=C(N)N PYUCNHJQQVSPGN-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- RJIVPOXLQFJRTG-LURJTMIESA-N Gly-Arg-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CCCN=C(N)N RJIVPOXLQFJRTG-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- DWUKOTKSTDWGAE-BQBZGAKWSA-N Gly-Asn-Arg Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N DWUKOTKSTDWGAE-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- KQDMENMTYNBWMR-WHFBIAKZSA-N Gly-Asp-Ala Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O KQDMENMTYNBWMR-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- XQHSBNVACKQWAV-WHFBIAKZSA-N Gly-Asp-Asn Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O XQHSBNVACKQWAV-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- ZRZILYKEJBMFHY-BQBZGAKWSA-N Gly-Asp-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)CN ZRZILYKEJBMFHY-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- YZACQYVWLCQWBT-BQBZGAKWSA-N Gly-Cys-Arg Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O YZACQYVWLCQWBT-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- IEFJWDNGDZAYNZ-BYPYZUCNSA-N Gly-Glu Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O IEFJWDNGDZAYNZ-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- MOJKRXIRAZPZLW-WDSKDSINSA-N Gly-Glu-Ala Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O MOJKRXIRAZPZLW-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- BEQGFMIBZFNROK-JGVFFNPUSA-N Gly-Glu-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)CN)C(=O)O BEQGFMIBZFNROK-JGVFFNPUSA-N 0.000 description 1
- CCQOOWAONKGYKQ-BYPYZUCNSA-N Gly-Gly-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)CNC(=O)CN CCQOOWAONKGYKQ-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- KAJAOGBVWCYGHZ-JTQLQIEISA-N Gly-Gly-Phe Chemical compound [NH3+]CC(=O)NCC(=O)N[C@H](C([O-])=O)CC1=CC=CC=C1 KAJAOGBVWCYGHZ-JTQLQIEISA-N 0.000 description 1
- YIWFXZNIBQBFHR-LURJTMIESA-N Gly-His Chemical compound [NH3+]CC(=O)N[C@H](C([O-])=O)CC1=CN=CN1 YIWFXZNIBQBFHR-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- HHSOPSCKAZKQHQ-PEXQALLHSA-N Gly-His-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)CN HHSOPSCKAZKQHQ-PEXQALLHSA-N 0.000 description 1
- KGVHCTWYMPWEGN-FSPLSTOPSA-N Gly-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN KGVHCTWYMPWEGN-FSPLSTOPSA-N 0.000 description 1
- IUZGUFAJDBHQQV-YUMQZZPRSA-N Gly-Leu-Asn Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O IUZGUFAJDBHQQV-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- IKAIKUBBJHFNBZ-LURJTMIESA-N Gly-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN IKAIKUBBJHFNBZ-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- BBTCXWTXOXUNFX-IUCAKERBSA-N Gly-Met-Arg Chemical compound CSCC[C@H](NC(=O)CN)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O BBTCXWTXOXUNFX-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- JBCLFWXMTIKCCB-VIFPVBQESA-N Gly-Phe Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 JBCLFWXMTIKCCB-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- MTBIKIMYHUWBRX-QWRGUYRKSA-N Gly-Phe-Asn Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)CN MTBIKIMYHUWBRX-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- GGAPHLIUUTVYMX-QWRGUYRKSA-N Gly-Phe-Ser Chemical compound OC[C@@H](C([O-])=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)C[NH3+])CC1=CC=CC=C1 GGAPHLIUUTVYMX-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- OHUKZZYSJBKFRR-WHFBIAKZSA-N Gly-Ser-Asp Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O OHUKZZYSJBKFRR-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- FGPLUIQCSKGLTI-WDSKDSINSA-N Gly-Ser-Glu Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O FGPLUIQCSKGLTI-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- VNNRLUNBJSWZPF-ZKWXMUAHSA-N Gly-Ser-Ile Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O VNNRLUNBJSWZPF-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- FFALDIDGPLUDKV-ZDLURKLDSA-N Gly-Thr-Ser Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O FFALDIDGPLUDKV-ZDLURKLDSA-N 0.000 description 1
- AJHCSUXXECOXOY-NSHDSACASA-N Gly-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)CN)C(O)=O)=CNC2=C1 AJHCSUXXECOXOY-NSHDSACASA-N 0.000 description 1
- UIQGJYUEQDOODF-KWQFWETISA-N Gly-Tyr-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC1=CC=C(O)C=C1 UIQGJYUEQDOODF-KWQFWETISA-N 0.000 description 1
- GWNIGUKSRJBIHX-STQMWFEESA-N Gly-Tyr-Arg Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)NC(=O)CN)O GWNIGUKSRJBIHX-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- SYOJVRNQCXYEOV-XVKPBYJWSA-N Gly-Val-Glu Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O SYOJVRNQCXYEOV-XVKPBYJWSA-N 0.000 description 1
- ZVXMEWXHFBYJPI-LSJOCFKGSA-N Gly-Val-Ile Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O ZVXMEWXHFBYJPI-LSJOCFKGSA-N 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 101000636168 Grapevine leafroll-associated virus 3 (isolate United States/NY1) Movement protein p5 Proteins 0.000 description 1
- 101710121996 Hexon protein p72 Proteins 0.000 description 1
- MDCTVRUPVLZSPG-BQBZGAKWSA-N His-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CNC=N1 MDCTVRUPVLZSPG-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- LYCVKHSJGDMDLM-LURJTMIESA-N His-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 LYCVKHSJGDMDLM-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- PYNUBZSXKQKAHL-UWVGGRQHSA-N His-Gly-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O PYNUBZSXKQKAHL-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- NDKSHNQINMRKHT-PEXQALLHSA-N His-Ile-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)N NDKSHNQINMRKHT-PEXQALLHSA-N 0.000 description 1
- IWXMHXYOACDSIA-PYJNHQTQSA-N His-Ile-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O IWXMHXYOACDSIA-PYJNHQTQSA-N 0.000 description 1
- XMAUFHMAAVTODF-STQMWFEESA-N His-Phe Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CN=CN1 XMAUFHMAAVTODF-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- WRPDZHJNLYNFFT-GEVIPFJHSA-N His-Thr Chemical compound C[C@@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)N)O WRPDZHJNLYNFFT-GEVIPFJHSA-N 0.000 description 1
- PMMYEEVYMWASQN-DMTCNVIQSA-N Hydroxyproline Chemical compound O[C@H]1CN[C@H](C(O)=O)C1 PMMYEEVYMWASQN-DMTCNVIQSA-N 0.000 description 1
- RCFDOSNHHZGBOY-ACZMJKKPSA-N Ile-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O RCFDOSNHHZGBOY-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- LQSBBHNVAVNZSX-GHCJXIJMSA-N Ile-Ala-Asn Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N LQSBBHNVAVNZSX-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 1
- YOTNPRLPIPHQSB-XUXIUFHCSA-N Ile-Arg-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N YOTNPRLPIPHQSB-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- HZYHBDVRCBDJJV-HAFWLYHUSA-N Ile-Asn Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O HZYHBDVRCBDJJV-HAFWLYHUSA-N 0.000 description 1
- NCSIQAFSIPHVAN-IUKAMOBKSA-N Ile-Asn-Thr Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)O)N NCSIQAFSIPHVAN-IUKAMOBKSA-N 0.000 description 1
- HGNUKGZQASSBKQ-PCBIJLKTSA-N Ile-Asp-Phe Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)N HGNUKGZQASSBKQ-PCBIJLKTSA-N 0.000 description 1
- BCVIOZZGJNOEQS-XKNYDFJKSA-N Ile-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)[C@@H](C)CC BCVIOZZGJNOEQS-XKNYDFJKSA-N 0.000 description 1
- YNMQUIVKEFRCPH-QSFUFRPTSA-N Ile-Ile-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)O)N YNMQUIVKEFRCPH-QSFUFRPTSA-N 0.000 description 1
- HUORUFRRJHELPD-MNXVOIDGSA-N Ile-Leu-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N HUORUFRRJHELPD-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 1
- WVUDHMBJNBWZBU-XUXIUFHCSA-N Ile-Lys-Met Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)N WVUDHMBJNBWZBU-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- VZSDQFZFTCVEGF-ZEWNOJEFSA-N Ile-Phe-Tyr Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(O)=O VZSDQFZFTCVEGF-ZEWNOJEFSA-N 0.000 description 1
- IITVUURPOYGCTD-NAKRPEOUSA-N Ile-Pro-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O IITVUURPOYGCTD-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- KTNGVMMGIQWIDV-OSUNSFLBSA-N Ile-Pro-Thr Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O KTNGVMMGIQWIDV-OSUNSFLBSA-N 0.000 description 1
- AGGIYSLVUKVOPT-HTFCKZLJSA-N Ile-Ser-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)O)N AGGIYSLVUKVOPT-HTFCKZLJSA-N 0.000 description 1
- JNLSTRPWUXOORL-MMWGEVLESA-N Ile-Ser-Pro Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N JNLSTRPWUXOORL-MMWGEVLESA-N 0.000 description 1
- PXKACEXYLPBMAD-JBDRJPRFSA-N Ile-Ser-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N PXKACEXYLPBMAD-JBDRJPRFSA-N 0.000 description 1
- KBDIBHQICWDGDL-PPCPHDFISA-N Ile-Thr-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)N KBDIBHQICWDGDL-PPCPHDFISA-N 0.000 description 1
- QHUREMVLLMNUAX-OSUNSFLBSA-N Ile-Thr-Val Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)N QHUREMVLLMNUAX-OSUNSFLBSA-N 0.000 description 1
- DLEBSGAVWRPTIX-PEDHHIEDSA-N Ile-Val-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)[C@@H](C)CC DLEBSGAVWRPTIX-PEDHHIEDSA-N 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 108700005091 Immunoglobulin Genes Proteins 0.000 description 1
- 102100034349 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 1
- 206010022971 Iron Deficiencies Diseases 0.000 description 1
- HFKJBCPRWWGPEY-BQBZGAKWSA-N L-arginyl-L-glutamic acid Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O HFKJBCPRWWGPEY-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- RCFDOSNHHZGBOY-UHFFFAOYSA-N L-isoleucyl-L-alanine Natural products CCC(C)C(N)C(=O)NC(C)C(O)=O RCFDOSNHHZGBOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KFKWRHQBZQICHA-STQMWFEESA-N L-leucyl-L-phenylalanine Natural products CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 KFKWRHQBZQICHA-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- 241000589242 Legionella pneumophila Species 0.000 description 1
- 241000880493 Leptailurus serval Species 0.000 description 1
- KSZCCRIGNVSHFH-UWVGGRQHSA-N Leu-Arg-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(O)=O KSZCCRIGNVSHFH-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- UCOCBWDBHCUPQP-DCAQKATOSA-N Leu-Arg-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UCOCBWDBHCUPQP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- VCSBGUACOYUIGD-CIUDSAMLSA-N Leu-Asn-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O VCSBGUACOYUIGD-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- OIARJGNVARWKFP-YUMQZZPRSA-N Leu-Asn-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O OIARJGNVARWKFP-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- ULXYQAJWJGLCNR-YUMQZZPRSA-N Leu-Asp-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O ULXYQAJWJGLCNR-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- NEEOBPIXKWSBRF-IUCAKERBSA-N Leu-Glu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O NEEOBPIXKWSBRF-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- VWHGTYCRDRBSFI-ZETCQYMHSA-N Leu-Gly-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)NCC(O)=O VWHGTYCRDRBSFI-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- QPXBPQUGXHURGP-UWVGGRQHSA-N Leu-Gly-Met Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)N QPXBPQUGXHURGP-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- POZULHZYLPGXMR-ONGXEEELSA-N Leu-Gly-Val Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O POZULHZYLPGXMR-ONGXEEELSA-N 0.000 description 1
- USLNHQZCDQJBOV-ZPFDUUQYSA-N Leu-Ile-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O USLNHQZCDQJBOV-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- RZXLZBIUTDQHJQ-SRVKXCTJSA-N Leu-Lys-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O RZXLZBIUTDQHJQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- HVHRPWQEQHIQJF-AVGNSLFASA-N Leu-Lys-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O HVHRPWQEQHIQJF-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- NTISAKGPIGTIJJ-IUCAKERBSA-N Leu-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(C)C NTISAKGPIGTIJJ-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- NJMXCOOEFLMZSR-AVGNSLFASA-N Leu-Met-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O NJMXCOOEFLMZSR-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- PJWOOBTYQNNRBF-BZSNNMDCSA-N Leu-Phe-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N PJWOOBTYQNNRBF-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- GOFJOGXGMPHOGL-DCAQKATOSA-N Leu-Ser-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(C)C GOFJOGXGMPHOGL-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- ZDJQVSIPFLMNOX-RHYQMDGZSA-N Leu-Thr-Arg Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N ZDJQVSIPFLMNOX-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- ICYRCNICGBJLGM-HJGDQZAQSA-N Leu-Thr-Asp Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O ICYRCNICGBJLGM-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- DAYQSYGBCUKVKT-VOAKCMCISA-N Leu-Thr-Lys Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O DAYQSYGBCUKVKT-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- XOEDPXDZJHBQIX-ULQDDVLXSA-N Leu-Val-Phe Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XOEDPXDZJHBQIX-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- 241000985284 Leuciscus idus Species 0.000 description 1
- 239000006137 Luria-Bertani broth Substances 0.000 description 1
- 208000016604 Lyme disease Diseases 0.000 description 1
- HKCCVDWHHTVVPN-CIUDSAMLSA-N Lys-Asp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O HKCCVDWHHTVVPN-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- FLCMXEFCTLXBTL-DCAQKATOSA-N Lys-Asp-Arg Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)N FLCMXEFCTLXBTL-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- LMVOVCYVZBBWQB-SRVKXCTJSA-N Lys-Asp-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN LMVOVCYVZBBWQB-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- GCMWRRQAKQXDED-IUCAKERBSA-N Lys-Glu-Gly Chemical compound [NH3+]CCCC[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@@H](CCC([O-])=O)C(=O)NCC([O-])=O GCMWRRQAKQXDED-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- ODUQLUADRKMHOZ-JYJNAYRXSA-N Lys-Glu-Tyr Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N)O ODUQLUADRKMHOZ-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- ULUQBUKAPDUKOC-GVXVVHGQSA-N Lys-Glu-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O ULUQBUKAPDUKOC-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- HGNRJCINZYHNOU-LURJTMIESA-N Lys-Gly Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O HGNRJCINZYHNOU-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- WOEDRPCHKPSFDT-MXAVVETBSA-N Lys-His-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)[C@H](CCCCN)N WOEDRPCHKPSFDT-MXAVVETBSA-N 0.000 description 1
- ATIPDCIQTUXABX-UWVGGRQHSA-N Lys-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN ATIPDCIQTUXABX-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- SKRGVGLIRUGANF-AVGNSLFASA-N Lys-Leu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O SKRGVGLIRUGANF-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- AIRZWUMAHCDDHR-KKUMJFAQSA-N Lys-Leu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O AIRZWUMAHCDDHR-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- NVGBPTNZLWRQSY-UWVGGRQHSA-N Lys-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN NVGBPTNZLWRQSY-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- XOQMURBBIXRRCR-SRVKXCTJSA-N Lys-Lys-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN XOQMURBBIXRRCR-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- KJIXWRWPOCKYLD-IHRRRGAJSA-N Lys-Lys-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CCCCN)N KJIXWRWPOCKYLD-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- XFOAWKDQMRMCDN-ULQDDVLXSA-N Lys-Phe-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)CCCCN)CC1=CC=CC=C1 XFOAWKDQMRMCDN-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- TWPCWKVOZDUYAA-KKUMJFAQSA-N Lys-Phe-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O TWPCWKVOZDUYAA-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- GHKXHCMRAUYLBS-CIUDSAMLSA-N Lys-Ser-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O GHKXHCMRAUYLBS-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- ZOKVLMBYDSIDKG-CSMHCCOUSA-N Lys-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN ZOKVLMBYDSIDKG-CSMHCCOUSA-N 0.000 description 1
- RPWTZTBIFGENIA-VOAKCMCISA-N Lys-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O RPWTZTBIFGENIA-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- VWPJQIHBBOJWDN-DCAQKATOSA-N Lys-Val-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O VWPJQIHBBOJWDN-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 101710125418 Major capsid protein Proteins 0.000 description 1
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 1
- 201000009906 Meningitis Diseases 0.000 description 1
- QAHFGYLFLVGBNW-DCAQKATOSA-N Met-Ala-Lys Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN QAHFGYLFLVGBNW-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- BLIPQDLSCFGUFA-GUBZILKMSA-N Met-Arg-Asn Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O BLIPQDLSCFGUFA-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- WGBMNLCRYKSWAR-DCAQKATOSA-N Met-Asp-Lys Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN WGBMNLCRYKSWAR-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- QQPMHUCGDRJFQK-RHYQMDGZSA-N Met-Thr-Leu Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(C)C QQPMHUCGDRJFQK-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- 108090000192 Methionyl aminopeptidases Proteins 0.000 description 1
- 108010006519 Molecular Chaperones Proteins 0.000 description 1
- 102000005431 Molecular Chaperones Human genes 0.000 description 1
- 208000034486 Multi-organ failure Diseases 0.000 description 1
- 208000010718 Multiple Organ Failure Diseases 0.000 description 1
- JDHILDINMRGULE-LURJTMIESA-N N(pros)-methyl-L-histidine Chemical compound CN1C=NC=C1C[C@H](N)C(O)=O JDHILDINMRGULE-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- AUEJLPRZGVVDNU-UHFFFAOYSA-N N-L-tyrosyl-L-leucine Natural products CC(C)CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 AUEJLPRZGVVDNU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BACYUWVYYTXETD-UHFFFAOYSA-N N-Lauroylsarcosine Chemical compound CCCCCCCCCCCC(=O)N(C)CC(O)=O BACYUWVYYTXETD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AJHCSUXXECOXOY-UHFFFAOYSA-N N-glycyl-L-tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(NC(=O)CN)C(O)=O)=CNC2=C1 AJHCSUXXECOXOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001429 N-terminal alpha-amino-acid group Chemical group 0.000 description 1
- 108091007491 NSP3 Papain-like protease domains Proteins 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010060860 Neurological symptom Diseases 0.000 description 1
- 101100205189 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) leu-5 gene Proteins 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 208000005141 Otitis Diseases 0.000 description 1
- 108010058846 Ovalbumin Proteins 0.000 description 1
- 101150012394 PHO5 gene Proteins 0.000 description 1
- 208000030852 Parasitic disease Diseases 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 229930182555 Penicillin Natural products 0.000 description 1
- JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N Penicillin G Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N 0.000 description 1
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 1
- 201000007100 Pharyngitis Diseases 0.000 description 1
- CGOMLCQJEMWMCE-STQMWFEESA-N Phe-Arg-Gly Chemical compound NC(N)=NCCC[C@@H](C(=O)NCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 CGOMLCQJEMWMCE-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- AGYXCMYVTBYGCT-ULQDDVLXSA-N Phe-Arg-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O AGYXCMYVTBYGCT-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- HTKNPQZCMLBOTQ-XVSYOHENSA-N Phe-Asn-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC1=CC=CC=C1)N)O HTKNPQZCMLBOTQ-XVSYOHENSA-N 0.000 description 1
- LXVFHIBXOWJTKZ-BZSNNMDCSA-N Phe-Asn-Tyr Chemical compound N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)O LXVFHIBXOWJTKZ-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- LDSOBEJVGGVWGD-DLOVCJGASA-N Phe-Asp-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 LDSOBEJVGGVWGD-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- QPQDWBAJWOGAMJ-IHPCNDPISA-N Phe-Asp-Trp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 QPQDWBAJWOGAMJ-IHPCNDPISA-N 0.000 description 1
- FRPVPGRXUKFEQE-YDHLFZDLSA-N Phe-Asp-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O FRPVPGRXUKFEQE-YDHLFZDLSA-N 0.000 description 1
- SFKOEHXABNPLRT-KBPBESRZSA-N Phe-His-Gly Chemical compound N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(=O)NCC(O)=O SFKOEHXABNPLRT-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- BYAIIACBWBOJCU-URLPEUOOSA-N Phe-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O BYAIIACBWBOJCU-URLPEUOOSA-N 0.000 description 1
- KBVJZCVLQWCJQN-KKUMJFAQSA-N Phe-Leu-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O KBVJZCVLQWCJQN-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- CMHTUJQZQXFNTQ-OEAJRASXSA-N Phe-Leu-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC1=CC=CC=C1)N)O CMHTUJQZQXFNTQ-OEAJRASXSA-N 0.000 description 1
- RMKGXGPQIPLTFC-KKUMJFAQSA-N Phe-Lys-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O RMKGXGPQIPLTFC-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- PEFJUUYFEGBXFA-BZSNNMDCSA-N Phe-Lys-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 PEFJUUYFEGBXFA-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- LTAWNJXSRUCFAN-UNQGMJICSA-N Phe-Thr-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O LTAWNJXSRUCFAN-UNQGMJICSA-N 0.000 description 1
- GTMSCDVFQLNEOY-BZSNNMDCSA-N Phe-Tyr-Asn Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC2=CC=C(C=C2)O)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N GTMSCDVFQLNEOY-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- BAONJAHBAUDJKA-BZSNNMDCSA-N Phe-Tyr-Asp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 BAONJAHBAUDJKA-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- 102000004160 Phosphoric Monoester Hydrolases Human genes 0.000 description 1
- 108090000608 Phosphoric Monoester Hydrolases Proteins 0.000 description 1
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 1
- MTHRMUXESFIAMS-DCAQKATOSA-N Pro-Asn-Lys Chemical compound C1C[C@H](NC1)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O MTHRMUXESFIAMS-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 description 1
- 241000589516 Pseudomonas Species 0.000 description 1
- 108010079005 RDV peptide Proteins 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 101100071627 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) swo1 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010040070 Septic Shock Diseases 0.000 description 1
- LAFKUZYWNCHOHT-WHFBIAKZSA-N Ser-Glu Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O LAFKUZYWNCHOHT-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- BPMRXBZYPGYPJN-WHFBIAKZSA-N Ser-Gly-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O BPMRXBZYPGYPJN-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- QYSFWUIXDFJUDW-DCAQKATOSA-N Ser-Leu-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O QYSFWUIXDFJUDW-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- SBMNPABNWKXNBJ-BQBZGAKWSA-N Ser-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CO SBMNPABNWKXNBJ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- OCWWJBZQXGYQCA-DCAQKATOSA-N Ser-Lys-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O OCWWJBZQXGYQCA-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- VXYQOFXBIXKPCX-BQBZGAKWSA-N Ser-Met-Gly Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N VXYQOFXBIXKPCX-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- PPQRSMGDOHLTBE-UWVGGRQHSA-N Ser-Phe Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 PPQRSMGDOHLTBE-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- VGQVAVQWKJLIRM-FXQIFTODSA-N Ser-Ser-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O VGQVAVQWKJLIRM-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- RXUOAOOZIWABBW-XGEHTFHBSA-N Ser-Thr-Arg Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N RXUOAOOZIWABBW-XGEHTFHBSA-N 0.000 description 1
- NADLKBTYNKUJEP-KATARQTJSA-N Ser-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O NADLKBTYNKUJEP-KATARQTJSA-N 0.000 description 1
- BEBVVQPDSHHWQL-NRPADANISA-N Ser-Val-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O BEBVVQPDSHHWQL-NRPADANISA-N 0.000 description 1
- LGIMRDKGABDMBN-DCAQKATOSA-N Ser-Val-Lys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N LGIMRDKGABDMBN-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 206010062255 Soft tissue infection Diseases 0.000 description 1
- 101100288418 Staphylococcus xylosus lacP gene Proteins 0.000 description 1
- 201000005010 Streptococcus pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 241000680505 Streptococcus pneumoniae WU2 Species 0.000 description 1
- 241000187747 Streptomyces Species 0.000 description 1
- 230000005867 T cell response Effects 0.000 description 1
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000008049 TAE buffer Substances 0.000 description 1
- 108020005038 Terminator Codon Proteins 0.000 description 1
- 108010055044 Tetanus Toxin Proteins 0.000 description 1
- VPZKQTYZIVOJDV-LMVFSUKVSA-N Thr-Ala Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O VPZKQTYZIVOJDV-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- MQCPGOZXFSYJPS-KZVJFYERSA-N Thr-Ala-Arg Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O MQCPGOZXFSYJPS-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- HYLXOQURIOCKIH-VQVTYTSYSA-N Thr-Arg Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCNC(N)=N HYLXOQURIOCKIH-VQVTYTSYSA-N 0.000 description 1
- CAGTXGDOIFXLPC-KZVJFYERSA-N Thr-Arg-Ala Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)CCCN=C(N)N CAGTXGDOIFXLPC-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- UTSWGQNAQRIHAI-UNQGMJICSA-N Thr-Arg-Phe Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](NC(=O)[C@@H](N)[C@H](O)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 UTSWGQNAQRIHAI-UNQGMJICSA-N 0.000 description 1
- OJRNZRROAIAHDL-LKXGYXEUSA-N Thr-Asn-Ser Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O OJRNZRROAIAHDL-LKXGYXEUSA-N 0.000 description 1
- YOSLMIPKOUAHKI-OLHMAJIHSA-N Thr-Asp-Asp Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O YOSLMIPKOUAHKI-OLHMAJIHSA-N 0.000 description 1
- BECPPKYKPSRKCP-ZDLURKLDSA-N Thr-Glu Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O BECPPKYKPSRKCP-ZDLURKLDSA-N 0.000 description 1
- FHDLKMFZKRUQCE-HJGDQZAQSA-N Thr-Glu-Arg Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O FHDLKMFZKRUQCE-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- BIYXEUAFGLTAEM-WUJLRWPWSA-N Thr-Gly Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O BIYXEUAFGLTAEM-WUJLRWPWSA-N 0.000 description 1
- XFTYVCHLARBHBQ-FOHZUACHSA-N Thr-Gly-Asn Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O XFTYVCHLARBHBQ-FOHZUACHSA-N 0.000 description 1
- NIEWSKWFURSECR-FOHZUACHSA-N Thr-Gly-Asp Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O NIEWSKWFURSECR-FOHZUACHSA-N 0.000 description 1
- QQWNRERCGGZOKG-WEDXCCLWSA-N Thr-Gly-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O QQWNRERCGGZOKG-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 1
- JQAWYCUUFIMTHE-WLTAIBSBSA-N Thr-Gly-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O JQAWYCUUFIMTHE-WLTAIBSBSA-N 0.000 description 1
- GXUWHVZYDAHFSV-FLBSBUHZSA-N Thr-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O GXUWHVZYDAHFSV-FLBSBUHZSA-N 0.000 description 1
- BVOVIGCHYNFJBZ-JXUBOQSCSA-N Thr-Leu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O BVOVIGCHYNFJBZ-JXUBOQSCSA-N 0.000 description 1
- MECLEFZMPPOEAC-VOAKCMCISA-N Thr-Leu-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O MECLEFZMPPOEAC-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- SPVHQURZJCUDQC-VOAKCMCISA-N Thr-Lys-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O SPVHQURZJCUDQC-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- DXPURPNJDFCKKO-RHYQMDGZSA-N Thr-Lys-Val Chemical compound CC(C)[C@H](NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)O)C(O)=O DXPURPNJDFCKKO-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- IQHUITKNHOKGFC-MIMYLULJSA-N Thr-Phe Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 IQHUITKNHOKGFC-MIMYLULJSA-N 0.000 description 1
- NZRUWPIYECBYRK-HTUGSXCWSA-N Thr-Phe-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O NZRUWPIYECBYRK-HTUGSXCWSA-N 0.000 description 1
- WNQJTLATMXYSEL-OEAJRASXSA-N Thr-Phe-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O WNQJTLATMXYSEL-OEAJRASXSA-N 0.000 description 1
- DEGCBBCMYWNJNA-RHYQMDGZSA-N Thr-Pro-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)O DEGCBBCMYWNJNA-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- OLFOOYQTTQSSRK-UNQGMJICSA-N Thr-Pro-Phe Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 OLFOOYQTTQSSRK-UNQGMJICSA-N 0.000 description 1
- GVMXJJAJLIEASL-ZJDVBMNYSA-N Thr-Pro-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O GVMXJJAJLIEASL-ZJDVBMNYSA-N 0.000 description 1
- VUXIQSUQQYNLJP-XAVMHZPKSA-N Thr-Ser-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N)O VUXIQSUQQYNLJP-XAVMHZPKSA-N 0.000 description 1
- DSGIVWSDDRDJIO-ZXXMMSQZSA-N Thr-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O DSGIVWSDDRDJIO-ZXXMMSQZSA-N 0.000 description 1
- TZQWJCGVCIJDMU-HEIBUPTGSA-N Thr-Thr-Cys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)N)O TZQWJCGVCIJDMU-HEIBUPTGSA-N 0.000 description 1
- QJIODPFLAASXJC-JHYOHUSXSA-N Thr-Thr-Phe Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)N)O QJIODPFLAASXJC-JHYOHUSXSA-N 0.000 description 1
- CSZFFQBUTMGHAH-UAXMHLISSA-N Thr-Thr-Trp Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)C(=O)O)N)O CSZFFQBUTMGHAH-UAXMHLISSA-N 0.000 description 1
- PELIQFPESHBTMA-WLTAIBSBSA-N Thr-Tyr-Gly Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)NCC(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 PELIQFPESHBTMA-WLTAIBSBSA-N 0.000 description 1
- CURFABYITJVKEW-QTKMDUPCSA-N Thr-Val-His Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N)O CURFABYITJVKEW-QTKMDUPCSA-N 0.000 description 1
- 206010044248 Toxic shock syndrome Diseases 0.000 description 1
- 231100000650 Toxic shock syndrome Toxicity 0.000 description 1
- 101000980463 Treponema pallidum (strain Nichols) Chaperonin GroEL Proteins 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- MHNHRNHJMXAVHZ-AAEUAGOBSA-N Trp-Asn-Gly Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)NCC(=O)O)N MHNHRNHJMXAVHZ-AAEUAGOBSA-N 0.000 description 1
- YXONONCLMLHWJX-SZMVWBNQSA-N Trp-Glu-Leu Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O)=CNC2=C1 YXONONCLMLHWJX-SZMVWBNQSA-N 0.000 description 1
- OKAMOYTUQMIFJO-JBACZVJFSA-N Trp-Glu-Phe Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)N)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 OKAMOYTUQMIFJO-JBACZVJFSA-N 0.000 description 1
- 101710162629 Trypsin inhibitor Proteins 0.000 description 1
- 229940122618 Trypsin inhibitor Drugs 0.000 description 1
- ONWMQORSVZYVNH-UWVGGRQHSA-N Tyr-Asn Chemical compound NC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 ONWMQORSVZYVNH-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- QZOSVNLXLSNHQK-UWVGGRQHSA-N Tyr-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 QZOSVNLXLSNHQK-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- BARBHMSSVWPKPZ-IHRRRGAJSA-N Tyr-Asp-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O BARBHMSSVWPKPZ-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- HPYDSVWYXXKHRD-VIFPVBQESA-N Tyr-Gly Chemical compound [O-]C(=O)CNC(=O)[C@@H]([NH3+])CC1=CC=C(O)C=C1 HPYDSVWYXXKHRD-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- AKLNEFNQWLHIGY-QWRGUYRKSA-N Tyr-Gly-Asp Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N)O AKLNEFNQWLHIGY-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- AZGZDDNKFFUDEH-QWRGUYRKSA-N Tyr-Gly-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 AZGZDDNKFFUDEH-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- AOLHUMAVONBBEZ-STQMWFEESA-N Tyr-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 AOLHUMAVONBBEZ-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- JLKVWTICWVWGSK-JYJNAYRXSA-N Tyr-Lys-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 JLKVWTICWVWGSK-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- XJPXTYLVMUZGNW-IHRRRGAJSA-N Tyr-Pro-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O XJPXTYLVMUZGNW-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- ABSXSJZNRAQDDI-KJEVXHAQSA-N Tyr-Val-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O ABSXSJZNRAQDDI-KJEVXHAQSA-N 0.000 description 1
- HSRXSKHRSXRCFC-WDSKDSINSA-N Val-Ala Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O HSRXSKHRSXRCFC-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- CWSIBTLMMQLPPZ-FXQIFTODSA-N Val-Cys-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](C(C)C)N CWSIBTLMMQLPPZ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- ZXAGTABZUOMUDO-GVXVVHGQSA-N Val-Glu-Lys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N ZXAGTABZUOMUDO-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- SDUBQHUJJWQTEU-XUXIUFHCSA-N Val-Ile-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N SDUBQHUJJWQTEU-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- LYERIXUFCYVFFX-GVXVVHGQSA-N Val-Leu-Glu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N LYERIXUFCYVFFX-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- QSPOLEBZTMESFY-SRVKXCTJSA-N Val-Pro-Val Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O QSPOLEBZTMESFY-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- NLNCNKIVJPEFBC-DLOVCJGASA-N Val-Val-Glu Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O NLNCNKIVJPEFBC-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- UZQJVUCHXGYFLQ-AYDHOLPZSA-N [(2s,3r,4s,5r,6r)-4-[(2s,3r,4s,5r,6r)-4-[(2r,3r,4s,5r,6r)-4-[(2s,3r,4s,5r,6r)-3,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)-4-[(2s,3r,4s,5s,6r)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxyoxan-2-yl]oxy-3,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-dihydroxy-6-(hy Chemical compound O([C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]([C@@H]1O)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]([C@@H]1O)O[C@H]1CC[C@]2(C)[C@H]3CC=C4[C@@]([C@@]3(CC[C@H]2[C@@]1(C=O)C)C)(C)CC(O)[C@]1(CCC(CC14)(C)C)C(=O)O[C@H]1[C@@H]([C@@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@H](O[C@H]4[C@@H]([C@@H](O[C@H]5[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O5)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O4)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O3)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)O)[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O UZQJVUCHXGYFLQ-AYDHOLPZSA-N 0.000 description 1
- 239000002250 absorbent Substances 0.000 description 1
- 230000002745 absorbent Effects 0.000 description 1
- HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N acetic acid;2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid Chemical compound CC(O)=O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000007818 agglutination assay Methods 0.000 description 1
- 238000011256 aggressive treatment Methods 0.000 description 1
- 108010087924 alanylproline Proteins 0.000 description 1
- 150000003862 amino acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N ammonium sulfate Chemical class N.N.OS(O)(=O)=O BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000019812 amnionitis Diseases 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001727 anti-capsular Effects 0.000 description 1
- 230000000845 anti-microbial effect Effects 0.000 description 1
- 229960004405 aprotinin Drugs 0.000 description 1
- 108010052670 arginyl-glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010043240 arginyl-leucyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- XKNKHVGWJDPIRJ-UHFFFAOYSA-N arsanilic acid Chemical compound NC1=CC=C([As](O)(O)=O)C=C1 XKNKHVGWJDPIRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229950002705 arsanilic acid Drugs 0.000 description 1
- 206010003246 arthritis Diseases 0.000 description 1
- 108010068265 aspartyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- 239000012298 atmosphere Substances 0.000 description 1
- 230000006472 autoimmune response Effects 0.000 description 1
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 1
- 239000000440 bentonite Substances 0.000 description 1
- 229910000278 bentonite Inorganic materials 0.000 description 1
- SVPXDRXYRYOSEX-UHFFFAOYSA-N bentoquatam Chemical compound O.O=[Si]=O.O=[Al]O[Al]=O SVPXDRXYRYOSEX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IYNDLOXRXUOGIU-LQDWTQKMSA-M benzylpenicillin potassium Chemical compound [K+].N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C([O-])=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 IYNDLOXRXUOGIU-LQDWTQKMSA-M 0.000 description 1
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 1
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 244000309466 calf Species 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 229940041514 candida albicans extract Drugs 0.000 description 1
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000030570 cellular localization Effects 0.000 description 1
- 230000036755 cellular response Effects 0.000 description 1
- 239000013522 chelant Substances 0.000 description 1
- 238000010382 chemical cross-linking Methods 0.000 description 1
- 108010031071 cholera toxoid Proteins 0.000 description 1
- 208000012601 choreatic disease Diseases 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 230000001268 conjugating effect Effects 0.000 description 1
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 1
- NKLPQNGYXWVELD-UHFFFAOYSA-M coomassie brilliant blue Chemical compound [Na+].C1=CC(OCC)=CC=C1NC1=CC=C(C(=C2C=CC(C=C2)=[N+](CC)CC=2C=C(C=CC=2)S([O-])(=O)=O)C=2C=CC(=CC=2)N(CC)CC=2C=C(C=CC=2)S([O-])(=O)=O)C=C1 NKLPQNGYXWVELD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010016616 cysteinylglycine Proteins 0.000 description 1
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 230000007123 defense Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- YSMODUONRAFBET-UHFFFAOYSA-N delta-DL-hydroxylysine Natural products NCC(O)CCC(N)C(O)=O YSMODUONRAFBET-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000010217 densitometric analysis Methods 0.000 description 1
- 229940009976 deoxycholate Drugs 0.000 description 1
- 229960003964 deoxycholic acid Drugs 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 239000000032 diagnostic agent Substances 0.000 description 1
- 229940039227 diagnostic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000005546 dideoxynucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000001085 differential centrifugation Methods 0.000 description 1
- 208000027751 diffuse rash Diseases 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- FRTGEIHSCHXMTI-UHFFFAOYSA-N dimethyl octanediimidate Chemical compound COC(=N)CCCCCCC(=N)OC FRTGEIHSCHXMTI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010013023 diphtheria Diseases 0.000 description 1
- 108010054812 diprotin A Proteins 0.000 description 1
- PMMYEEVYMWASQN-UHFFFAOYSA-N dl-hydroxyproline Natural products OC1C[NH2+]C(C([O-])=O)C1 PMMYEEVYMWASQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 1
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 208000019258 ear infection Diseases 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 206010014665 endocarditis Diseases 0.000 description 1
- YSMODUONRAFBET-UHNVWZDZSA-N erythro-5-hydroxy-L-lysine Chemical compound NC[C@H](O)CC[C@H](N)C(O)=O YSMODUONRAFBET-UHNVWZDZSA-N 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000003203 everyday effect Effects 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000001215 fluorescent labelling Methods 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000005227 gel permeation chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000012215 gene cloning Methods 0.000 description 1
- 238000007429 general method Methods 0.000 description 1
- 229940116332 glucose oxidase Drugs 0.000 description 1
- 235000019420 glucose oxidase Nutrition 0.000 description 1
- 108010085059 glutamyl-arginyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 230000002414 glycolytic effect Effects 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- 108010090037 glycyl-alanyl-isoleucine Proteins 0.000 description 1
- 108010072405 glycyl-aspartyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010048994 glycyl-tyrosyl-alanine Proteins 0.000 description 1
- 108010084389 glycyltryptophan Proteins 0.000 description 1
- STKYPAFSDFAEPH-LURJTMIESA-N glycylvaline Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN STKYPAFSDFAEPH-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 101150053330 grpE gene Proteins 0.000 description 1
- 229960004198 guanidine Drugs 0.000 description 1
- PJJJBBJSCAKJQF-UHFFFAOYSA-N guanidinium chloride Chemical compound [Cl-].NC(N)=[NH2+] PJJJBBJSCAKJQF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000009931 harmful effect Effects 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 210000003709 heart valve Anatomy 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000028996 humoral immune response Effects 0.000 description 1
- 230000008348 humoral response Effects 0.000 description 1
- 125000001165 hydrophobic group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 229960002591 hydroxyproline Drugs 0.000 description 1
- 239000012133 immunoprecipitate Substances 0.000 description 1
- 230000003308 immunostimulating effect Effects 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 1
- ZPNFWUPYTFPOJU-LPYSRVMUSA-N iniprol Chemical compound C([C@H]1C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@H]2CSSC[C@H]3C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@H](C(N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC(O)=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC(O)=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CSSC[C@H](NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC=4C=CC=CC=4)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC2=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CSSC[C@H](NC(=O)[C@H](CC=2C=CC=CC=2)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H]2N(CCC2)C(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N3)C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@H](C(=O)N1)C(C)C)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)=O)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 ZPNFWUPYTFPOJU-LPYSRVMUSA-N 0.000 description 1
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 1
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 1
- 239000007928 intraperitoneal injection Substances 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000012948 isocyanate Substances 0.000 description 1
- 108010044374 isoleucyl-tyrosine Proteins 0.000 description 1
- 230000009191 jumping Effects 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 1
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 1
- 201000003723 learning disability Diseases 0.000 description 1
- 229940115932 legionella pneumophila Drugs 0.000 description 1
- DVCSNHXRZUVYAM-BQBZGAKWSA-N leu-asp Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O DVCSNHXRZUVYAM-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- 108010044056 leucyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 108010091871 leucylmethionine Proteins 0.000 description 1
- 108010057821 leucylproline Proteins 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000009630 liquid culture Methods 0.000 description 1
- 239000008297 liquid dosage form Substances 0.000 description 1
- 239000006193 liquid solution Substances 0.000 description 1
- 239000006194 liquid suspension Substances 0.000 description 1
- 235000015250 liver sausages Nutrition 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 101150023497 mcrA gene Proteins 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 108010085203 methionylmethionine Proteins 0.000 description 1
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 150000007522 mineralic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 208000029744 multiple organ dysfunction syndrome Diseases 0.000 description 1
- 125000001446 muramyl group Chemical group N[C@@H](C=O)[C@@H](O[C@@H](C(=O)*)C)[C@H](O)[C@H](O)CO 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 1
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 1
- 125000000449 nitro group Chemical group [O-][N+](*)=O 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003953 normal phase liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 150000007524 organic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 229940092253 ovalbumin Drugs 0.000 description 1
- 101150057545 p72 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 1
- 244000045947 parasite Species 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 229940049954 penicillin Drugs 0.000 description 1
- 230000000737 periodic effect Effects 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 1
- 210000002826 placenta Anatomy 0.000 description 1
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 1
- 229960001973 pneumococcal vaccines Drugs 0.000 description 1
- 208000030773 pneumonia caused by chlamydia Diseases 0.000 description 1
- 238000002264 polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 108700042769 prolyl-leucyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 238000002731 protein assay Methods 0.000 description 1
- 239000012474 protein marker Substances 0.000 description 1
- 239000012460 protein solution Substances 0.000 description 1
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000031070 response to heat Effects 0.000 description 1
- 230000006903 response to temperature Effects 0.000 description 1
- 238000004366 reverse phase liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 201000003068 rheumatic fever Diseases 0.000 description 1
- 208000004124 rheumatic heart disease Diseases 0.000 description 1
- XYSQXZCMOLNHOI-UHFFFAOYSA-N s-[2-[[4-(acetylsulfamoyl)phenyl]carbamoyl]phenyl] 5-pyridin-1-ium-1-ylpentanethioate;bromide Chemical compound [Br-].C1=CC(S(=O)(=O)NC(=O)C)=CC=C1NC(=O)C1=CC=CC=C1SC(=O)CCCC[N+]1=CC=CC=C1 XYSQXZCMOLNHOI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 108700004121 sarkosyl Proteins 0.000 description 1
- 231100000241 scar Toxicity 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 239000008299 semisolid dosage form Substances 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 208000013223 septicemia Diseases 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 1
- 108010069117 seryl-lysyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 1
- 206010040560 shock Diseases 0.000 description 1
- 229910052709 silver Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000004332 silver Substances 0.000 description 1
- 238000001542 size-exclusion chromatography Methods 0.000 description 1
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 239000007909 solid dosage form Substances 0.000 description 1
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000005063 solubilization Methods 0.000 description 1
- 230000007928 solubilization Effects 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 210000004989 spleen cell Anatomy 0.000 description 1
- 208000002254 stillbirth Diseases 0.000 description 1
- 231100000537 stillbirth Toxicity 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- 210000001768 subcellular fraction Anatomy 0.000 description 1
- 230000004960 subcellular localization Effects 0.000 description 1
- 239000007929 subcutaneous injection Substances 0.000 description 1
- 238000010254 subcutaneous injection Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 239000012085 test solution Substances 0.000 description 1
- 229960000814 tetanus toxoid Drugs 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PIEPQKCYPFFYMG-UHFFFAOYSA-N tris acetate Chemical compound CC(O)=O.OCC(N)(CO)CO PIEPQKCYPFFYMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003656 tris buffered saline Substances 0.000 description 1
- 239000002753 trypsin inhibitor Substances 0.000 description 1
- 229960001005 tuberculin Drugs 0.000 description 1
- 201000008827 tuberculosis Diseases 0.000 description 1
- 108010020532 tyrosyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 108010078580 tyrosylleucine Proteins 0.000 description 1
- 238000000108 ultra-filtration Methods 0.000 description 1
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 1
- 208000019206 urinary tract infection Diseases 0.000 description 1
- 108010073969 valyllysine Proteins 0.000 description 1
- 239000007762 w/o emulsion Substances 0.000 description 1
- 239000002569 water oil cream Substances 0.000 description 1
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000012138 yeast extract Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/12—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria
- C07K16/1267—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-positive bacteria
- C07K16/1275—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-positive bacteria from Streptococcus (G)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/02—Bacterial antigens
- A61K39/09—Lactobacillales, e.g. aerococcus, enterococcus, lactobacillus, lactococcus, streptococcus
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/04—Antibacterial agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
- C07K14/315—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Streptococcus (G), e.g. Enterococci
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
- C07K14/315—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Streptococcus (G), e.g. Enterococci
- C07K14/3156—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Streptococcus (G), e.g. Enterococci from Streptococcus pneumoniae (Pneumococcus)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/30—Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency
- C07K2317/34—Identification of a linear epitope shorter than 20 amino acid residues or of a conformational epitope defined by amino acid residues
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Pulmonology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Mycology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Distillation Of Fermentation Liquor, Processing Of Alcohols, Vinegar And Beer (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Oblast technikyTechnical field
Vynález popisuje nové proteiny teplotního šoku (HSP) bakterií Streptoccocus pneumoniae, Streptoccocus pyogenes a Streptoccocus agalactiae a imunologicky příbuzné polypeptidy, které tvoří základ nových imunoterapeutických, profylaktických a diagnostických činidel použitelných pro léčbu, prevenci a diagnostiku nemocí. Tento vynález se zejména týká proteinů teplotního šoku bakterií S. pneumoniae,The invention discloses novel heat shock proteins (HSPs) of Streptoccocus pneumoniae, Streptoccocus pyogenes and Streptoccocus agalactiae and immunologically related polypeptides that form the basis of novel immunotherapeutic, prophylactic and diagnostic agents useful for the treatment, prevention and diagnosis of diseases. In particular, the present invention relates to heat shock proteins of S. pneumoniae,
S. pyogenes a S. agalactiae, které patří do rodiny proteinů HSP70, jejichž zdánlivá molekulová hmotnost je 70 až 72 kilodaltonú. Vynález se dále týká odpovídajících nukleotidů a odvozených sekvencí aminokyselin, produkce HSP70/HSP72 a imunologicky příbuzných polypeptidů za použití metod genového inženýrství, protilátek, které vážou zmíněné proteiny HSP a způsobů a kompozic vhodných pro diagnostikování, prevenci a léčbu nemocí, které způsobují bakterie S. pneumoniae a jim příbuzné bakterie, jako jsou Streptoccocus pyogenes a Streptoccocus agalactiae.S. pyogenes and S. agalactiae, which belong to the family of HSP70 proteins whose apparent molecular weight is 70 to 72 kilodaltons. The invention further relates to the corresponding nucleotides and derived amino acid sequences, the production of HSP70 / HSP72 and immunologically related polypeptides using genetic engineering methods, antibodies that bind said HSP proteins, and methods and compositions suitable for diagnosing, preventing and treating diseases caused by S. bacteria. pneumoniae and related bacteria such as Streptoccocus pyogenes and Streptoccocus agalactiae.
Dosavadní stav technikyBACKGROUND OF THE INVENTION
Bakterie S. pneumoniae jsou důležité agens lidských nemocí, zvláště u kojenců, starých lidí a u osob se sníženou imunitou. Tyto bakterie se často izolují u pacientů z celého světa, kteří mají invazivní onemocnění s vysokou nemocností a úmrtností, jako je bakteriémie/septikémie, pneumonie a meningitida.S. pneumoniae bacteria are important agents of human diseases, especially in infants, the elderly and immunocompromised persons. These bacteria are often isolated in patients from all over the world who have invasive diseases with high morbidity and mortality such as bacteraemia / septicemia, pneumonia and meningitis.
Ačkoli příchod antimikrobiálních léků snižil celkovou úmrtnost v případě pneumokokových onemocnění, hlavní problém dnešních dnů po celém světě je existence rezistentních • Φ φφφφ pneumokokových organizmů. Účinné pneumokokové vakciny mohou mít hlavni vliv na nemocnost a úmrtnost spojenou s onemocněním, které je způsobeno bakteriemi S.pneumoniae. Takové vakciny se také mohou použít při prevenci otitid u kojenců a malých dětí.Although the advent of antimicrobial drugs has reduced overall mortality in pneumococcal disease, the major problem of the world today is the existence of resistant pneumococcal organisms. Effective pneumococcal vaccines may have a major effect on morbidity and mortality associated with the disease caused by S. pneumoniae. Such vaccines can also be used to prevent otitis in infants and young children.
Je zřejmé, že řada pneumokokových faktorů hraje důležitou úlohu při patogenitě onemocnění (G.J.Boulnois, J.Gen.Microbiol., 138, pp. 249-259 (1992); C.J.Lee et al.,It is clear that many pneumococcal factors play an important role in the pathogenicity of the disease (G. J. Boulnois, J. Gen. Microbiol., 138, pp. 249-259 (1992); C. J. Lee et al.
Crit. Rev. Microbiol., 18, pp. 89-114 (1991)). Kapsule pneumokoků, navzdory chybějící toxicitě, se považují za bezpodmíněčně nutné v případech pneumokokové virulence. Na základě antigenní rozdílnosti se určilo více jak 80 pneumokokových kapsulárních sérotypů. Protilátky slouží jako mechanizmus ochrany a je dobře známa důležitá úloha antikapsulárních protilátek v ochranném systému hostitele proti bakteriím S.pneumoniae. (R.Austrian, Am.J.Med., 67, pp. 547-549 (1979)). Přesto současně dostupná pneumokokové vakcína, která obsahuje 23 kapsulárních polysacharidů, jež jsou nej častější příčinou onemocnění, má podstatné nedostatky, jako jsou nízká imunogenita kapsulárních polysacharidů, diverzita sérotypů a výskyt různých sérotypů v různém čase, v různých geografických oblastech a v různých věkových skupinách. Zvláště neúspěch existujících vakcín při ochraně malých dětí proti většině sérotypů je trnitým ohodnocením jiných komponentů bakterií S.pneumoniae. Vyskytuje se stále více důkazů, které potvrzují, že určité pneumokokové proteiny jsou aktivní, jak při ochraně proti onemocnění tak i při jeho patogenitě (J.C.Paton, Ann. Rev. Microbiol., 47, pp.89-115 (1993)). Avšak, studovalo se pouze několik proteinů S.pneumoniae. Výsledkem může být nedostatek proteinově specifických protilátek, proto je obtížné studovat úlohu proteinových antigenů při ochraně a patogenitě. Věří se, že pneumokokové proteinové antigeny nejsou přílišCrit. Roar. Microbiol., 18, s. 89-114 (1991)). Pneumococcal capsules, despite lack of toxicity, are considered essential in cases of pneumococcal virulence. More than 80 pneumococcal capsular serotypes were identified based on antigenic diversity. Antibodies serve as a mechanism of protection and the important role of anticapsular antibodies in the host defense system against S. pneumoniae is well known. (R.Austrian, Am. J. Med., 67, pp. 547-549 (1979)). However, the currently available pneumococcal vaccine, which contains 23 capsular polysaccharides, which are the most common cause of the disease, has significant drawbacks such as low immunogenicity of capsular polysaccharides, diversity of serotypes and the occurrence of different serotypes at different times, geographies and age groups. In particular, the failure of existing vaccines to protect young children against most serotypes is a thorny evaluation of other S.pneumoniae components. There is increasing evidence to suggest that certain pneumococcal proteins are active both in protection against disease and in its pathogenicity (J.C.Paton, Ann. Rev. Microbiol., 47, pp.89-115 (1993)). However, only a few S. pneumoniae proteins have been studied. This may result in a lack of protein specific antibodies, making it difficult to study the role of protein antigens in protection and pathogenicity. It is believed that pneumococcal protein antigens are not too much
• · imunogenni a že většina odezev protilátek je na fosfocholin a kapsulárni polysacharidy (L.S.McDaniel et al., J.Exp.Med., 160, pp. 389-397 (1984); R.M.Krause, Adv.Immunol., 12, pp. 156 (1970); D.G.Braun et al., J.Exp.Med., 129, pp. 809-830 (1969)). Při studii na imunodeficitnich myších, jejichž odezva na sacharidové antigeny a na fosfocholin je slabá, ale které vykazují relativně normální odezvy na proteinové antigeny, se zjistilo, že frekvence výskytu monoklonálních protilátek reagujících s pneumokokovými proteinovými antigeny je méně než 10%. Tato skutečnost naznačuje, že proteiny bakterií S. pneumoniae jsou slabými imunogeny (McDaniel et al., citace uvedena shora).Immunogenic and that most antibody responses are to phosphocholine and capsular polysaccharides (LSMcDaniel et al., J. Exp. Med., 160, pp. 389-397 (1984); RMKrause, Adv.Immunol., 12, pp. 156 (1970); DG Brun et al., J.Exp. Med., 129, pp. 809-830 (1969)). In a study in immunodeficient mice whose response to carbohydrate antigens and phosphocholine is poor but which exhibit relatively normal responses to protein antigens, it has been found that the frequency of occurrence of monoclonal antibodies reactive with pneumococcal protein antigens is less than 10%. This suggests that S. pneumoniae proteins are weak immunogens (McDaniel et al., Supra).
Bakterie Streptoccocus agalactiae, které se také nazývají streptokoky skupiny B (GBS), nejběžněji způsobují sepse (krevní infekce) a u novorozenců mengitidu. U kojenců jsou GBS také často příčinou pneumonie. V USA každý rok přibližně 8 000 kojenců onemocní GBS infekcí; 5 až 15% těchto dětí zemře. Kojenci, kteří tuto infekci přežijí, zvláště jdeli o meninigitidu, mohou mít dlouho přetrvávající problémy, jako jsou ztráta sluchu a zraku nebo poruchy učení. V případě těhotných žen GBS mohou způsobit infekce močových cest, infekce vnitřních genitálií (amnionitida, endometritida) a narození mrtvého plodu. U žen, které nejsou těhotné, a mužů nejběžnějším onemocněním způsobeným GBS je infekce krve, kůže nebo měkké tkáně a pneumonie. Přibližně 20% žen, které nejsou těhotné, a mužů s onemocněním způsobené GBS zemře. Infekce způsobené GBS jsou obvykle u novorozenců i u dospělých léčeny antibiotiky (například penicilín nebo ampicilin), které se aplikují intravenozně. Jestliže těhotným ženám během porodu intravenozně aplikujeme antibiotika, můžeme se u novorozenců předejít onemocnění, které způsobují GBS. Vyvíjejí se vakcíny pro prevenci onemocnění, které způsobují GBS. V budoucnosti se očekává, že vakcinované ženy budou tvořit protilátky, • · které projdou placentou a tak ochrání novorozence během porodu a těsně po narození.Streptoccocus agalactiae bacteria, also called group B streptococci (GBS), most commonly cause sepsis (blood infections) and mengitis in neonates. GBS is also often the cause of pneumonia in infants. In the US, approximately 8,000 infants each year suffer from GBS infection; 5 to 15% of these children die. Infants who survive this infection, especially meninigitide, may have long-lasting problems such as hearing and vision loss or learning disabilities. In pregnant women GBS can cause urinary tract infections, internal genital infections (amnionitis, endometritis) and stillbirth. In women who are not pregnant and in men, the most common disease caused by GBS is blood, skin or soft tissue infection and pneumonia. Approximately 20% of women who are not pregnant and men with the disease caused by GBS die. GBS infections are usually treated with antibiotics (such as penicillin or ampicillin) that are administered intravenously in both newborns and adults. If pregnant women are given intravenous antibiotics during delivery, we can prevent the disease that causes GBS in newborns. Vaccines are being developed to prevent diseases that cause GBS. In the future, vaccinated women are expected to produce antibodies that cross the placenta to protect the newborn baby during delivery and shortly after birth.
Od osmdesátých let se Streptoccocus pyogenes, který se také nazývá streptokokus skupiny A (GAS) , znovu objevuje jako agens vážných onemocnění, příčinou čehož je zvýšení virulence bakteriálního organizmu. GAS způsobují faryngitidu, běžně nazývanou streptokoková angína, a infekce kůže (impetigo, erysipel/celulitida). Streptokoková angína a impetigo mohou vést k onemocnění nazývanému glomerulonefritida (poškození ledvin). Přibližně 3% onemocnění streptokokové angíny vede k onemocnění nazývanému revmatická horečka (migrující artritida), jejíž komplikace zahrnují chorea (neurologické symptomy), a v 50% případů dochází k revmatickému onemocnění srdce (poškození srdeční chlopně) s možnou následnou dlouho trvající endokarditidou. Aby se předešlo komplikacím je důležité léčit impetigo a streptokokovou angínu antibiotiky. Infekce kmeny, které produkují toxíny vede k onemocnění, které se nazývá spála (difúzní vyrážka a teplota) nebo k velmi vážnému onemocnění, kterým je streptokokový toxický.šok (TSS; GAS se nazývají masožravé bakterie), jež se charakterizuje rychlým vývojem šoku a systémovým selháním více orgánů. Úmrtnost v případě TSS je 30 až 70% a agresivní léčba zahrnuje odstranění ložiska bakteriální infekce a aplikaci antibiotik. Četnost výskytu tohoto onemocnění je 10 až 20 případů na 100 000. V současné době neexistuje dostupná vakcína.Since the 1980s, Streptoccocus pyogenes, also called group A streptococcus (GAS), has reappeared as a serious disease agent, causing increased virulence of the bacterial organism. GAS causes pharyngitis, commonly called streptococcal tonsillitis, and skin infections (impetigo, erysipelas / cellulitis). Streptococcal angina and impetigo can lead to a disease called glomerulonephritis (kidney damage). Approximately 3% of streptococcal tonsillitis leads to a disease called rheumatic fever (migrating arthritis), the complications of which include chorea (neurological symptoms), and in 50% of cases rheumatic heart disease (damage to the heart valve) with possible subsequent long-lasting endocarditis. To prevent complications, it is important to treat impetigo and streptococcal angina with antibiotics. Infection with toxin-producing strains leads to a disease called scar (diffuse rash and temperature) or a very serious disease, which is a streptococcal toxic shock (TSS; GAS are called carnivorous bacteria), which is characterized by rapid shock development and systemic multiple organ failure. The TSS mortality rate is 30 to 70% and aggressive treatment includes removal of the focus of bacterial infection and administration of antibiotics. The frequency of this disease is 10 to 20 cases per 100,000. There is currently no available vaccine.
Proteiny teplotního šoku nebo stresové proteiny (HSP) patří k nej konzervativnějším proteinům, které se v hojném množství vyskytují v přírodě (F.C.Neidhardt et al., Ann.Rev.Genet., 18, pp. 295-329 (1984); S.Lindquist, Ann.Rev.Biochem., 55, pp. 1151-1191 (1986)). Tyto proteiny produkují všechny buňky jako odezvu na různé fyziologické i nefyziologické stimuly. Ze stresových odezev je nejlépeHeat shock proteins or stress proteins (HSPs) are among the most conserved proteins found in abundance in nature (FCNeidhardt et al., Ann.Rev.Genet., 18, pp. 295-329 (1984); S. Lindquist, Ann. Rev. Biochem., 55, pp. 1151-1191 (1986)). These proteins produce all cells in response to various physiological and non-physiological stimuli. Of the stress responses is best
·.· · · studována odezva na teplotní šok, kdy náhlé zvýšeni teploty indukuje syntézu HSP. Další podmínky prostředí, jako je nízké pH, nedostatek železa a peroxid vodíku, mohou také indukovat syntézu HSP. HSP se definují svou velikostí. Proteiny, které patří do rodin hsp90, hsp70 a hsp60, se spolu s hlavními HSP nacházejí ve všech prokaryontech a eukaryontech. Tyto proteiny plní řadu doprovodných funkcí tím, že přispívá//k balení proteinů a napomáhají jejich transportu přes membránu (C.Georgopoulos and W.J.Welch, Ann. Rev. Cell. Biol., 9, pp.601-634 (1993); D. Ang et al., J.Biol .Chem. , 266, pp. 24233-24236 (1991)). Jako molekulový chaperon a pravděpodobně pomocí jiných mechanizmů jsou HSP zahrnuty do mechanizmu ochrany buněk před škodlivými účinky stresu. Skutečnost, že podmínky prostředí ovlivňují několik faktorů virulence naznačuje úlohu HSP v patogenitě mikrobů (J.J.Mekalanos, J.Bacteriol., 174, pp. 1-7 (1992); P.J. Murray and R.A.Young, J.Bacteriol., 174, pp. 4193-4196 (1992)). S ohledem na tyto skutečnosti poslední studie specie Salmonella naznačuje, že odezva na stres může být kriticky spojena se schopností intracelulárních patogenů vyvolat a udržovat infekci (N.A.Buchmeir and F.Hoffron, Sciences, 248, pp. 730-732 (1990); K.Z.Abshire and F.C.Neidhardt, J.Bacteriol., 175, pp. 3734-3743 (1993)); B.B. Finlay et al., Science, 243, pp. 940943 (1989)). Další studie ukázaly, že lysteriolysin, který je podstatný faktor virulence u D. monocytogenes, se indukuje za podmínek teplotního šoku (Z.Sokolovic and W.Goebel, Infect.Immun., 57, pp. 295-298 (1989)).Temperature shock response, where a sudden rise in temperature induces HSP synthesis. Other environmental conditions such as low pH, iron deficiency and hydrogen peroxide may also induce HSP synthesis. HSPs are defined by their size. Proteins belonging to the hsp90, hsp70 and hsp60 families, along with major HSPs, are found in all prokaryotes and eukaryotes. These proteins fulfill a number of accompanying functions by contributing to the packaging of proteins and facilitating their transport across the membrane (C.Georgopoulos and WJ Welch, Ann. Rev. Cell. Biol., 9, pp.601-634 (1993); D Ang et al., J. Biol. Chem., 266, pp. 24233-24236 (1991)). As a molecular chaperone and probably by other mechanisms, HSPs are involved in the mechanism of protecting cells from the harmful effects of stress. The fact that environmental factors affect several virulence factors suggests a role for HSP in the pathogenicity of microbes (JJ Mekalanos, J.Bacteriol., 174, pp. 1-7 (1992); 4193-4196 (1992)). Against this background, a recent Salmonella specimen suggests that stress response may be critically associated with the ability of intracellular pathogens to induce and maintain infection (NABuchmeir and F. Hoffron, Sciences, 248, pp. 730-732 (1990); KZAbshire and FC Neidhardt, J. Bacteriol., 175, pp. 3734-3743 (1993)); B.B. Finlay et al., Science, 243 pp. 940943 (1989)). Further studies have shown that lysteriolysin, which is an essential virulence factor in D. monocytogenes, is induced under temperature shock conditions (Z.Sokolovic and W. Goebel, Infect.Immun., 57, pp. 295-298 (1989)).
Současné důkazy ukazují, že HSP jsou hlavními antigeny mnoha patogenů. Členové proteinové rodiny hsp60, které se také nazývají CroEL-příbuzné proteiny, pro jejich podobnost s proteinem CroEL z E.coli, jsou hlavními antigeny různých bakteriálních patogenů, mezi něž patří Mycobacterium leprae a Mycobacterium tuberculosis (D.Young et al., Proč. Nati. Acad.Recent evidence suggests that HSPs are major antigens of many pathogens. Members of the hsp60 protein family, also called CroEL-related proteins, because of their similarity to the E. coli CroEL protein, are major antigens of various bacterial pathogens, including Mycobacterium leprae and Mycobacterium tuberculosis (D.Young et al., Proc. Natl Acad.
Sci. USA, 85, pp. 4267-4270 (1988)), Legionella pneumophila (B.B. Plikaytis et al., J.Clinic.Microbiol., 25, pp. 20802084 (1987)), Borrelia burg^dorferi (B.J.Luft et al., J.Immunol., 146, pp. 2776-2782 (1991)) a Chlamydia trachomatis (E.A.Wagar et al., J.Infect.Dis., 162, pp. 922927 (1990)). Tento antigen je homolog všude se vyskytujícího běžného antigenu a věří se, že zmíněný antigen se vyskytuje v každé bakterii (J.E.Thole et al., Microb.Pathogen., 4, pp. 71-83 (1988)). V případě několika bakteriálních a parazitových infekcí se také popisují protilátky proti členům rodiny proteinů hsp70 nebo proteiny vztahující se k DnaK (Young et al., citace shora uvedena; Luft et al., citace shora uvedena; D.M.Engman et al., J.Immunol., 144, pp. 39873991 (1990); N.M.Rothstein et al., Molec.Biochem.Parasitol., 33, pp.229-235 (1989); V.Nussenzweig and R.S. Nussenzweig, Adv.Immunol., 45, pp. 283-334 (1989)). HSP mohou vyvolat silné odezvy B- a T-buněk a ukázalo se, že 20% CD4+ Tlymfocytů z myší, které se naočkovaly M. tuberculosis, jsou reaktivní se samotným proteinem hsp60 (s.H.E. Kaufman et al., Eur.J.Immunol., 17, pp. 351-357 (1987)). Podobně 7 ze 24 monoklonálních protilátek určených proti proteinům M. leprae rozeznalo determinanty na hsp60 (H.D.Engers et al., Infect. Immun., 48, pp. 603-605 (1985)). Zdá se, že imunitní odezva na stresové proteiny může mít důležitou úlohu při ochraně proti infekci. V souladu s tím se ukázalo, že protilátky a T buňky reaktivní s mikrobiálními HSP mohou vykazovat neutralizaci a ochrannou aktivitu (A.Noll etal., Infect. Immun., 62, pp. 2784-2791 (1994); a S.L.Danilition et al., Infect. Immun., 58, pp. 189-196 (1990)). Stresové proteiny jsou atraktivní svými imunologickými vlastnostmi v souvislosti s jejich využitím jako komponent vakciny a současně se uvažuje, že několik HSP najde uplatnění při prevenci mikrobiálních infekcí a léčbě rakoviny. Zatím se • 9 9 ·Sci. USA, 85, s. 4267-4270 (1988)), Legionella pneumophila (BB Plikaytis et al., J. Clinic Microbiol., 25, pp. 20802084 (1987)), Borrelia burgor dorferi (BJLuft et al., J. Immunol., 146 , pp. 2776-2782 (1991)) and Chlamydia trachomatis (EAWagar et al., J. Infect. Dis., 162, pp. 922927 (1990)). This antigen is a homologue of an everyday common antigen and is believed to be present in every bacterium (JEThole et al., Microb. Pathogen., 4, pp. 71-83 (1988)). In the case of several bacterial and parasitic infections, antibodies against members of the hsp70 protein family or proteins related to DnaK are also described (Young et al., Supra; Luft et al., Supra. DMEngman et al., J. Immunol. , 144, pp. 39873991 (1990); NMRothstein et al., Molec. Biochem. Parasitol., 33, pp. 229-235 (1989); V. Nussenzweig and RS Nussenzweig, Adv. Immunol., 45, pp. 283 334 (1989)). HSPs can elicit strong B- and T-cell responses, and it has been shown that 20% of CD4 + T - lymphocytes from mice inoculated with M. tuberculosis are reactive with hsp60 protein alone (sHE Kaufman et al., Eur. J. Immunol. 17, pp. 351-357 (1987)). Similarly, 7 of the 24 monoclonal antibodies directed against M. leprae proteins recognized determinants of hsp60 (HDEngers et al., Infect. Immun., 48, pp. 603-605 (1985)). It appears that the immune response to stress proteins may play an important role in protecting against infection. Accordingly, it has been shown that antibodies and T cells reactive with microbial HSPs may exhibit neutralization and protective activity (A.Noll et al., Infect. Immun., 62, pp. 2784-2791 (1994); and SLDanilition et al. Infect. Immun., 58, pp. 189-196 (1990)). Stress proteins are attractive because of their immunological properties in connection with their use as a component of a vaccine, and at the same time it is thought that several HSPs will find use in preventing microbial infections and treating cancer. So far • 9 9 ·
Φ · · · však studie soustředily na intracelulárni patogen, jako jsou Mycobacteria, Salmonella, Chlamydia a několik parazitů. Informace popisující antigeny proteinů teplotního šoku v extracelulárních gram-pozitivních bakteriích jsou dokumentovány daleko méně. U bakterií S.pneumoniae, S.pyogenes a S.agalactiae se neprokázaly ani proteiny teplotního šoku ani jejich genové struktury.However, studies have focused on intracellular pathogen such as Mycobacteria, Salmonella, Chlamydia and several parasites. Information describing heat shock protein antigens in extracellular gram-positive bacteria is documented far less. S.pneumoniae, S.pyogenes and S.agalactiae showed neither heat shock proteins nor their gene structures.
Podstata vynálezuSUMMARY OF THE INVENTION
Vynález se týká problémů, které jsou shora popsány tak, že poskytuje proteiny teplotního šoku z bakterií S.pneumoniae, S.pyogenes a S.agalactiae a imunulogicky příbuzné peptidy. Také poskytuje sekvence DNA, které kódují předchozí polypeptidy, vektory obsahující polypeptidy, jednobuněčné hostitele, kteří jsou transformováni těmito vektory, a postup pro přípravu v podstatě čistých rekombinantních polypeptidů. Vynález dále poskytuje protilátky, které jsou specifické k předchozím polypeptidům. Polypeptidy, sekvence DNA a protilátky podle vynálezu poskytují základ pro nové způsoby a farmaceutické kompozice, které se hodí pro detekci, prevenci a léčbu nemocí. Vynález zvláště poskytuje novou vakcínu založenou na fragmentech těchto polypeptidů, které jsou specifické pro kmeny streptokoků.The invention relates to the problems described above by providing heat shock proteins from S. pneumoniae, S.pyogenes and S.agalactiae and immunulogically related peptides. It also provides DNA sequences that encode the previous polypeptides, vectors containing the polypeptides, unicellular hosts that are transformed with these vectors, and a process for preparing substantially pure recombinant polypeptides. The invention further provides antibodies that are specific to the preceding polypeptides. The polypeptides, DNA sequences, and antibodies of the invention provide the basis for novel methods and pharmaceutical compositions suitable for the detection, prevention and treatment of diseases. In particular, the invention provides a novel vaccine based on fragments of these polypeptides that are specific for strains of streptococci.
Mezi nové proteiny teplotního šoku patří protein teplotního šoku bakteií Streptococcus pneumonia (HSP72) , jehož molekulová hmotnost je 72kDa (SEQ ID č. 5), přibližně 70kDa velký protein teplotního šoku z bakterií Streptococcus pyogenes (HSP70) (SEQ ID č. 20) a přibližně 70kDa velký protein teplotního šoku z bakterií Streptococcus agalactiae (HSP70) (SEQ ID č. 22), dále jejich analogy, homology a deriváty a fragmenty předchozích polypeptidů, které obsahují nejméně jeden imunogenní epitop. Preferují se fragmenty • · • ·Novel heat shock proteins include the heat shock protein of Streptococcus pneumonia (HSP72), which has a molecular weight of 72 kDa (SEQ ID No. 5), an approximately 70 kDa large heat shock protein from Streptococcus pyogenes (HSP70) (SEQ ID No. 20), and an approximately 70 kDa heat shock protein from Streptococcus agalactiae (HSP70) (SEQ ID No. 22), analogs, homologs and derivatives thereof, and fragments of the preceding polypeptides that contain at least one immunogenic epitope. Fragments are preferred • · • ·
HSP70/72, které zahrnují oblast C-konce polypeptidů HSP70/72. Zvláště zahrnují C-koncový fragment 169 zbytků (C-169) (zbytky 439-607, SEQ ID č. 5), C-koncový fragment 151 zbytků (C-151) (zbytky 457-607, SEQ ID č. 5) a menší fragmenty obsahující epitopy polypeptidu v oblasti C-169. Zvláště se preferují fragmenty v oblasti C-169 HSP72, které zahrnují peptidové sekvence GFDAERDAAQAALDD (zbytky 527-541 SEQ ID č. 5) a AEGAQATGNAGDDW (zbytky 586-600 SEQ ID č. 5), jež se vyskytují pouze v HSP72 bakterií Streptococcus pneumoniae. Dokonce více preferovanými jsou fragmenty, které vyvolávají imunní reakci proti S. pneumoniae, S. pyogenes a S. agalactiae, ale nevyvolávají auto-imunní reakci v lidském hostiteli. Takové fragmenty se mohou vybrat ze skupiny následujících peptidů: CS870, CS873, CS874, CS875, CS876, CS877, CS878, CS879, CS800, CS882, MAP1, MAP2, MAP3 a MAP4 (tabulka č. 5, shora uvedeno).HSP70 / 72, which include the C-terminal region of the HSP70 / 72 polypeptides. In particular, the C-terminal fragment comprises 169 residues (C-169) (residues 439-607, SEQ ID NO 5), the C-terminal fragment of 151 residues (C-151) (residues 457-607, SEQ ID No. 5), and smaller fragments containing epitopes of the polypeptide in the C-169 region. Particularly preferred are fragments in the C-169 region of HSP72, which include the peptide sequences GFDAERDAAQAALDD (residues 527-541 of SEQ ID NO: 5) and AEGAQATGNAGDDW (residues 586-600 of SEQ ID NO: 5) that occur only in HSP72 of Streptococcus pneumoniae . Even more preferred are fragments that elicit an immune response against S. pneumoniae, S. pyogenes and S. agalactiae, but do not elicit an auto-immune response in the human host. Such fragments may be selected from the group of the following peptides: CS870, CS873, CS874, CS875, CS876, CS877, CS878, CS879, CS800, CS882, MAP1, MAP2, MAP3 and MAP4 (Table 5, supra).
Preferovanými protilátkami podle vynálezu jsou monoklonální protilátky (MAb) Fl-Pn3.1, F2-Pn3.2 a F2-Pn3.4, které jsou specifické k HSP72.Preferred antibodies of the invention are monoclonal antibodies (MAb) F1-Pn3.1, F2-Pn3.2, and F2-Pn3.4 that are specific to HSP72.
Více se preferují monoklonální protilátky F2-Pn3.2 a F2Pn3.4, které jsou specifické k HSP70 a HSP72. Ještě více se preferují protilátky Fl-Pn3.1, které jsou specifické pro Streptococcus pneumoniae.More preferred are monoclonal antibodies F2-Pn3.2 and F2Pn3.4 that are specific to HSP70 and HSP72. Even more preferred are Fl-Pn3.1 antibodies that are specific for Streptococcus pneumoniae.
Preferované polypeptidy a protilátky podle vnálezu poskytují základ pro nové metody a farmaceutické kompozice, které jsou vhodné pro detekci, prevenci a léčbu pneumokokových onemocnění.Preferred polypeptides and antibodies of the invention provide the basis for novel methods and pharmaceutical compositions that are suitable for detecting, preventing and treating pneumococcal diseases.
Vynález popisuje nové proteiny teplotního šoku bakterií S. pneumoniae, S. pyogenes a S. agalactiae, jejich analogy, homology, deriváty a fragmenty, které obsahují nejméně jeden imunogenní epitop. Termín protein teplotního šoku znamená přirozeně se vyskytující protein, který vykazuje za podmínek teplotního šoku přednostní transkripci. Protein teplotního šoku podleThe present invention provides novel heat shock proteins of S. pneumoniae, S. pyogenes and S. agalactiae, analogs, homologs, derivatives and fragments thereof containing at least one immunogenic epitope. The term heat shock protein refers to a naturally occurring protein that exhibits preferred transcription under heat shock conditions. Thermal shock protein according to
odezvu. Nové proteiny teplotního šoku podle vynálezu se charakterizují svou schopností vyvolat ochrannou imunní odezvu proti streptokokovým infekcím, zvláště proti letálním bakteriím S.pneumoniae, S.pyogenes a S. agalactiae.feedback. The novel heat shock proteins of the invention are characterized by their ability to elicit a protective immune response against streptococcal infections, in particular against lethal bacteria S. pneumoniae, S. pyogenes and S. agalactiae.
Vynález zvláště popisuje protein teplotního šoku bakterií Streptococcus pneumoniae, který je přibližně 72 kDa velký (HSP72) a jeho odvozená aminokyselinová sekvence je uvedená v SEQ ID č. : 5, jeho analogy, homology, deriváty a fragmenty, jež obsahují nejméně jeden imunogenní epitop.In particular, the invention provides a Streptococcus pneumoniae heat shock protein that is approximately 72 kDa large (HSP72) and its deduced amino acid sequence is set forth in SEQ ID NO: 5, analogs, homologs, derivatives and fragments thereof that comprise at least one immunogenic epitope.
Termín analogy HSP72 jsou ty proteiny S.pneumoniae, kde jeden nebo více aminokyselinových zbytků v aminokyselinové sekvenci HSP72 (SEQ ID č.: 5) je nahrazeno zbytkem jiné aminokyseliny, přičemž veškerá funkčnost a imunogenní vlastnosti analogického proteinu se zachovaly. Takové analogy se mohou vyskytovat přirozeně nebo se mohou produkovat synteticky nebo způsoby genového inženýrství, například mutagenezí sekvence HSP72. Analogy HSP72 mají nejméně jeden antigen, který je schopný vyvolat tvorbu protilátek, jež reagují s HSP72, například Streptococcus pyogenes a Streptococcus agalactiae.The term HSP72 analogs are those of S. pneumoniae, wherein one or more amino acid residues in the HSP72 amino acid sequence (SEQ ID NO: 5) is replaced by a residue of another amino acid, while all the functionality and immunogenic properties of the analogue protein have been retained. Such analogs may occur naturally or may be produced synthetically or by genetic engineering, for example, by mutagenesis of the HSP72 sequence. HSP72 analogs have at least one antigen capable of eliciting the production of antibodies that react with HSP72, for example Streptococcus pyogenes and Streptococcus agalactiae.
Termín homology HSP72 jsou proteiny z jiných druhů streptokoků než jsou pyogenes, pneumoniae a agalactiae nebo z jiných rodů než je Streptococcus, kde jeden nebo více aminokyselinových zbytků v aminokyselinové sekvenci (SEQ ID č.:5) je nahrazen zbytkem jiné aminokyseliny, přičemč veškerá funkčnost a imunogenní vlastnosti homologického proteinu se zachovaly. Takové homology se mohou vyskytovat přirozeně nebo se mohou produkovat synteticky nebo způsoby genového inženýrství. Homology HSP72 mají nejméně jeden antigen, který ·· MM je schopný vyvolat tvorbu protilátek, jež reagují s HSP72, např. u bakterií Enterococcus faecalis.The term HSP72 homologs are proteins from species of streptococci other than pyogenes, pneumoniae and agalactiae or from genera other than Streptococcus, wherein one or more amino acid residues in the amino acid sequence (SEQ ID NO: 5) is replaced by a residue of another amino acid, all functional and the immunogenic properties of the homologous protein have been retained. Such homologues can occur naturally or can be produced synthetically or by genetic engineering. HSP72 homologues have at least one antigen that MM is capable of inducing the production of antibodies that react with HSP72, e.g., Enterococcus faecalis.
Termín derivát je polypeptid, kde se změnila jedna nebo více fyzikálních, chemických nebo biologických vlastností. Takové změny například zahrnují: substituce aminokyselin, modifikace, adice a delece; změny glykosylace nebo fosforylace; reakce v paternu lipidace, volných aminokyselin, karboxylových nebo hydroxylových postranních skupin aminokyselinových zbytků, které se nacházejí v polypeptidu spolu s jinými organickými a anorganickými molekulami; a jiné změny, přičemž libovolná z nich může vést ke změnám primární, sekundární nebo terciální struktury.The term derivative is a polypeptide where one or more physical, chemical or biological properties have changed. Such changes include, for example: amino acid substitutions, modifications, additions and deletions; changes in glycosylation or phosphorylation; reactions in the pattern of lipidation, free amino acids, carboxyl or hydroxyl side groups of amino acid residues found in the polypeptide together with other organic and inorganic molecules; and other changes, any of which may lead to changes in the primary, secondary or tertiary structure.
Fragmenty podle vynálezu mají nejméně jeden imunogenní epitop. Termín imunogenní epitop je epitop, který je nápomocný při vyvolání imunní odezvy. Výhodné fragmenty podle vynálezu vyvolají imunní odezvu, která je dostatečná pro prevenci nebo zmírnění síly infekce, například infekce bakteriemi S. pneumoniae. Preferované fragmenty HSP72 zahrnují oblast C-konce polypeptidu. S výhodou preferované fragmenty zahrnují C-koncový fragment 169 zbytků (C-169) (SEQ ID č.:5, zbytky 439 až 607), C-koncových 151 zbytků (C-151) (SEQ ID č.:5, zbytky 457 až 607) a menší fragmenty obsahující epitopy peptidu z oblasti C-169. Zvláště preferované fragmenty z oblasti C-169 HSP72 zahrnují peptidové sekvence GFDAERDAAQAALDD (zbytky 527 až 541 SEQ ID č. : 5) a AEGAQATGNAGDDW (zbytky 586 až 600 SEQ ID č.: 5), které se vyskytují pouze u HSP72 bakterií Streptococcus pneumoniae nebo odpovídají zkráceným fragmentům z bakterií S. pyogenes nebo S. agalactiae (obrázek, č. 25) . Více preferované jsou fragmenty, které vyvolávají specifické imunní reakce proti kmenům streptokoků. Takové fragmenty se mohou vybrat ze skupiny peptidů, která obsahuje: CS870, CS873, CS874,The fragments of the invention have at least one immunogenic epitope. The term immunogenic epitope is an epitope that is helpful in eliciting an immune response. Preferred fragments of the invention elicit an immune response that is sufficient to prevent or lessen the severity of the infection, for example infection by S. pneumoniae. Preferred HSP72 fragments include the C-terminal region of the polypeptide. Preferred fragments include the C-terminal fragment of 169 residues (C-169) (SEQ ID NO: 5, residues 439 to 607), the C-terminal 151 residues (C-151) (SEQ ID NO: 5, residues 457) to 607) and smaller fragments containing peptide epitopes from the C-169 region. Particularly preferred fragments from the HSP72 C-169 region include the peptide sequences GFDAERDAAQAALDD (residues 527-541 of SEQ ID NO: 5) and AEGAQATGNAGDDW (residues 586-600 of SEQ ID NO: 5), which occur only in HSP72 of Streptococcus pneumoniae or they correspond to truncated fragments of S. pyogenes or S. agalactiae (Figure 25). More preferred are fragments that elicit specific immune responses against strains of streptococci. Such fragments may be selected from the group of peptides comprising: CS870, CS873, CS874,
CS875, • · • · · ·CS875
CS876, CS877, CS878, CS879, CS880, CS882, MAP1, MAP2, MAP 3 a ΜΆΡ4 (tabulka č. 5, uvedena shora) nebo jejich homology.CS876, CS877, CS878, CS879, CS880, CS882, MAP1, MAP2, MAP 3 and ΜΆΡ4 (Table 5 above) or homologues thereof.
Vynález dále poskytuje polypeptidy, které jsou imunologicky příbuzné HSP70/72. Imunologicky příbuzné polypeptidy jsou charakterizovány jednou nebo více z následujících vlastností:The invention further provides polypeptides that are immunologically related to HSP70 / 72. Immunologically related polypeptides are characterized by one or more of the following properties:
a) jsou imunologicky reaktivní s protilátkami, které vznikají při infekci savčího hostitele buňkami Streptococcus pneumoniae. Tyto protilátky jsou imunologicky reaktivní s HSP72 (SEQ ID č.: 5) a HSP70 (SEQ ID č.: 20 a SEQ ID č.: 22);(a) are immunologically reactive with antibodies arising from infection of a mammalian host by Streptococcus pneumoniae cells. These antibodies are immunologically reactive with HSP72 (SEQ ID NO: 5) and HSP70 (SEQ ID NO: 20 and SEQ ID NO: 22);
b) jsou schopny vyvolávat tvorbu protilátek, které jsou imunologicky reaktivní s HSP72 (SEQ ID č.:5) a HSP70 (SEQ ID č.: 20 a SEQ ID č. 22);b) are capable of eliciting antibodies that are immunologically reactive with HSP72 (SEQ ID NO: 5) and HSP70 (SEQ ID NO: 20 and SEQ ID NO 22);
c) jsou imunologicky reaktivní s protilátkami vyvolanými imunizací savce s proteinem HSP72 (SEQ ID č.: 5).c) are immunologically reactive with antibodies elicited by immunizing a mammal with the HSP72 protein (SEQ ID NO: 5).
Podle definice, analogy, homology a deriváty HSP70/72 jsou imunologicky příbuznými polypeptidy. Avšak, všechny imunologicky příbuzné polypeptidy obsahují nejméně jeden HSP70/72 antigen. Proto antigeny proteinu HSP70/72 se mohou nacházet v samotném HSP70/72 nebo v imunologicky příbuzných polypeptidech.By definition, analogs, homologs and derivatives of HSP70 / 72 are immunologically related polypeptides. However, all immunologically related polypeptides contain at least one HSP70 / 72 antigen. Therefore, HSP70 / 72 protein antigens can be found in HSP70 / 72 alone or in immunologically related polypeptides.
Vynález dále poskytuje polypeptidy, které jsou imunologicky příbuzné s HSP72. Imunologicky příbuzné polypeptidy jsou charakterizovány jednou nebo více z následujících vlastností:The invention further provides polypeptides that are immunologically related to HSP72. Immunologically related polypeptides are characterized by one or more of the following properties:
(a) jsou imunologicky reaktivní s protilátkami, které vznikají při infekci savčího hostitele buňkami Streptococcus pneumoniae. Tyto protilátky jsou imunologicky reaktivní s HSP72 (SEQ ID č.: 5);(a) are immunologically reactive with antibodies that result from infection of a mammalian host by Streptococcus pneumoniae cells. These antibodies are immunologically reactive with HSP72 (SEQ ID NO: 5);
(b) jsou schopny vyvolávat tvorbu protilátek, které jsou imunologicky reaktivní s HSP72 (SEQ ID č.:5);(b) are capable of eliciting antibodies that are immunologically reactive with HSP72 (SEQ ID NO: 5);
• · · · ·· ···· ·· ···· • · · ·· ' ·· (c) jsou imunologicky reaktivní s protilátkami vyvolanými imunizací savce s proteinem HSP72 (SEQ ID č.: 5) .(C) are immunologically reactive with antibodies elicited by immunization of a mammal with the HSP72 protein (SEQ ID NO: 5).
Podle definice, analogy, homology a deriváty HSP72 jsou imunologicky příbuznými polypeptidy. Avšak, všechny imunologicky příbuzné polypeptidy obsahují nejméně jeden HSP72 antigen. Proto antigeny proteinu HSP72 se mohou nacházet v samotném HSP72 nebo v imunologicky příbuzných polypeptidech.By definition, analogs, homologues and derivatives of HSP72 are immunologically related polypeptides. However, all immunologically related polypeptides comprise at least one HSP72 antigen. Therefore, HSP72 protein antigens can be found in HSP72 alone or in immunologically related polypeptides.
Termín příbuzné bakterie znamená bakterie, které mají antigeny schopné vyvolávat tvorbu protilátek, jež reagují s HSP72. Příklady příbuzných bakterií zahrnují Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus mutans, Streptococcus sanguis, Streptococcus agalactiae a Enterococcus faecalis.Related bacteria refers to bacteria that have antigens capable of eliciting the production of antibodies that react with HSP72. Examples of related bacteria include Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus mutans, Streptococcus sanguis, Streptococcus agalactiae and Enterococcus faecalis.
Rozumí se, že na základě následujících příkladů podle vynálezu může odborník bez provádění experimentů určit, zda určitý analog, homolog, derivát, imunologicky příbuzný polypeptid nebo fragment je použitelný pro diagnostiku, prevenci nebo léčbu onemocnění. Použitelné polypeptidy a fragmenty vyvolávají tvorbu protilátek, které jsou imunoreaktivní s HSP72 (Příklad 4). Použitelné polypeptidy a fragmenty s výhodou vykazují schopnost vyvolat ochranou imunní odezvu proti letální bakteriální infekci (Příklad 5).It will be understood that on the basis of the following examples of the invention, one of ordinary skill in the art can determine whether a particular analog, homolog, derivative, immunologically related polypeptide or fragment is useful for diagnosing, preventing or treating a disease. Useful polypeptides and fragments elicit the production of antibodies that are immunoreactive to HSP72 (Example 4). The useful polypeptides and fragments preferably exhibit the ability to elicit a protective immune response against a lethal bacterial infection (Example 5).
Vynález dále zahrnuje polymerní formy polypeptidů. Tyto polymerní formy zahrnují například jeden nebo více polypeptidů, které jsou síťované se siťovadly, jako jsou avidin/biotin, glutaraldehyd nebo dimethylsuberimidát. Takové polymerní formy také zahrnují polypeptidy obsahující dva nebo více tandemových nebo obrácených přilehlých proteinových sekvencí, produkovaných prostřednictvím multicistronové mRNA, která vzniká metodou genového inženýrství.The invention further encompasses polymeric forms of polypeptides. Such polymeric forms include, for example, one or more polypeptides that are cross-linked with crosslinkers, such as avidin / biotin, glutaraldehyde, or dimethylsuberimidate. Such polymeric forms also include polypeptides comprising two or more tandem or inverted adjacent protein sequences produced by multicistronic mRNA that are produced by a genetic engineering method.
• · »· ···· • · · · ·« • · · ·♦♦ φ · • · · · · · ·· Φ··· ·9 ·Φ• · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · ·
Vynález popisuje v podstatě čistý HSP72 a imunologicky příbuzné polypeptidy. Termín v podstatě čistý znamená, že polypeptidy podle vynálezu a sekvence DNA, které je kóduji, jsou v podstatě bez dalších bakteriálních proteinů. Podstatně čisté proteiny se mohou získat řadou různých běžných postupů, například postupy, které se popisují v příkladu 3 a 5.The invention provides substantially pure HSP72 and immunologically related polypeptides. The term substantially pure means that the polypeptides of the invention and the DNA sequences encoding them are substantially free of other bacterial proteins. Substantially pure proteins can be obtained by a variety of conventional methods, for example those described in Examples 3 and 5.
Tento vynález poprvé popisuje sekvenci DNA kódující protein teplotního šoku bakterií S.pneumoniae, přesněji HSP72 (SEQ ID č.: 4, nukleotidy 682-2502).The present invention describes for the first time a DNA sequence encoding a heat shock protein of S. pneumoniae, more particularly HSP72 (SEQ ID NOs: 4, nucleotides 682-2502).
Sekvence DNA podle vynálezu také zahrnují sekvence DNA kódující polypeptidové analogy a homology HSP72, sekvence DNA kódující imunologicky příbuzné polypeptidy, sekvence DNA, které se degenerují na libovolnou s předchozích sekvencí DNA, a fragmenty libovolné z předchozích sekvencí DNA. Lze snadno ocenit, že odborník, když je polypeptid určen a izolován, je schopen určit sekvenci DNA libovolného z polypeptidů podle vynálezu za použití běžných metod sekvenace DNA.The DNA sequences of the invention also include DNA sequences encoding HSP72 polypeptide analogs and homologues, DNA sequences encoding immunologically related polypeptides, DNA sequences that degenerate to any of the preceding DNA sequences, and fragments of any of the preceding DNA sequences. It will be readily appreciated that one skilled in the art, when the polypeptide is determined and isolated, is able to determine the DNA sequence of any of the polypeptides of the invention using conventional DNA sequencing methods.
Oligonukleotidové primery a jiné sondy nukleových kyselin odvozené od genů, které kódují polypeptidy podle vynálezu, se mohou také použít pro izolaci a klonování jiných příbuzných proteinů z bakterií S.pneumoniae a příbuzných bakterií, jenž mohou obsahovat oblasti bakteriální DNA homologickou se sekvencemi DNA podle vynálezu. Navíc, sekvence DNA podle vynálezu se mohou používat při reakcích PCR k detekci přítomnosti S.pneumoniae nebo příbuzných bakterií v biologickém vzorku.Oligonucleotide primers and other nucleic acid probes derived from the genes encoding the polypeptides of the invention can also be used to isolate and clone other related proteins from S. pneumoniae and related bacteria, which may contain bacterial DNA regions homologous to the DNA sequences of the invention. In addition, the DNA sequences of the invention can be used in PCR reactions to detect the presence of S. pneumoniae or related bacteria in a biological sample.
Polypeptidy podle vynálezu se mohou připravovat různými postupy, například frakcionací proteinu z vhodných buněčných extraktů za použití běžných separačních metod, jako je iontoměničová a gelová chromatografie a elektroforéza, nebo za použití metod genového inženýrství. Použití metod genového inženýrství je zvláště vhodné pro přípravu v podstatě čistých polypeptidů podle vynálezu.The polypeptides of the invention can be prepared by a variety of methods, for example, by fractionating the protein from suitable cell extracts using conventional separation methods, such as ion-exchange and gel chromatography and electrophoresis, or using genetic engineering methods. The use of genetic engineering methods is particularly suitable for preparing the substantially pure polypeptides of the invention.
..
Předmětem vynálezu je dále způsob výroby proteinu HSP72, imunologicky příbuzných polypeptidů a jejich fragmentů, sestáváj ící (1) z kultivace jednobuněčného hostitelského organismu transformovaného vektorem, který obsahuje sekvenci DNA kódující zmíněný polypeptid nebo fragment a jednu nebo více sekvencí řídících expresi, které jsou operativně spojeny se sekvencí DNA, a (2) ze získání v podstatě čistého polypeptidu nebo fragmentu.The invention further provides a method of producing a HSP72 protein, immunologically related polypeptides and fragments thereof, comprising (1) culturing a unicellular host organism transformed with a vector comprising a DNA sequence encoding said polypeptide or fragment and one or more expression control sequences operably linked with a DNA sequence, and (2) obtaining a substantially pure polypeptide or fragment.
Jak je v oboru známo, za účelem dosáhnout vysoké exprese genu transfikovaného do hostitele musí být gen operativně spojen s transkripčními a translačními sekvencemi, jež řídí expresi, které jsou funkční ve zvoleném expresním hostiteli. Sekvence řídící expresi a gen, který je předmětem zájmu, budou s výhodou začleněny do expresního vektoru, který dále obsahuje bakteriální selekční markér a počátek replikace. V případě, že hostitelem exprese je eukaryontní buňka, expresní vektor by měl dále obsahovat markér exprese, kterého je možné použít v eukaryontním expresním hostiteli.As is known in the art, in order to achieve high expression of a gene transfected into a host, the gene must be operably linked to transcriptional and translational sequences that direct expression that are functional in the selected expression host. The expression control sequences and gene of interest will preferably be incorporated into an expression vector further comprising a bacterial selection marker and an origin of replication. Where the expression host is a eukaryotic cell, the expression vector should further comprise an expression marker that can be used in a eukaryotic expression host.
Sekvence DNA kódující polypeptidy podle vynálezu mohou nebo nemusí kódovat signální sekvenci. Jestliže expresní hostitel je eukaryont, obecně se preferuje, aby byla signální sekvence kódována tak, že se v eukaryontním hostiteli -vylučuje maturovaný protein.DNA sequences encoding polypeptides of the invention may or may not encode a signal sequence. If the expression host is a eukaryotic, it is generally preferred that the signal sequence be encoded such that the mature protein is secreted in the eukaryotic host.
Na exprimovaných polypeptidech podle vynálezu může nebo nemusí být přítomen N-koncový methionin. V případě, že koncový methionin není štěpen expresním hostitelem, může být, je-li to nutné, odstraněn chemicky standardním způsobem.N-terminal methionine may or may not be present on the expressed polypeptides of the invention. If the terminal methionine is not cleaved by the expression host, it can, if necessary, be removed chemically by a standard method.
K expresi sekvencí DNA podle vynálezu se používají rozličné kombinace expresivního hostitele/vektoru. Expresní vektory použitelné v eukaryontních hostitelích zahrnují například vektory obsahující sekvence řídící expresi z viru SV40, bovinního papilomaviru, adenoviru, adeno-asociovaného viru, cytomegaloviru a retrovirů. Expresivní vektory použitelné v bakteriálních hostitelích zahrnují bakteriální plazmidy, jako jsou plazmidy z bakterií E.coli, mezi něž patří pBluescript, pGEX2T, vektory pUC, col El, pCRl, pBR322, pMB9 a jejich deriváty, plazmidy vhodné pro široké rozmezí hostitelů, jako jsou RP4, fágová DNA, například řada derivátů fágu lambda (Xgt 10 a λ-gtii, NM989) a jiné fágové DNA, jako je M13 a vlákno fágové jednořetězcová DNA. Expresivní vektory, které se používají v buňkách kvasinek, zahrnují plazmid o velikosti 2μ a jeho deriváty. Vektorem, který je použitelný ve hmyzích buňkách, je vektor pVL941.Various expression host / vector combinations are used to express the DNA sequences of the invention. Expression vectors useful in eukaryotic hosts include, for example, vectors comprising expression control sequences from SV40 virus, bovine papillomavirus, adenovirus, adeno-associated virus, cytomegalovirus, and retroviruses. Expression vectors useful in bacterial hosts include bacterial plasmids such as E. coli plasmids including pBluescript, pGEX2T, pUC, col E1, pCR1, pBR322, pMB9 and derivatives thereof, plasmids suitable for a wide range of hosts, such as RP4, phage DNAs, such as many derivatives of phage lambda (λ gt-10 and gtii, NM989), and other phage DNA such as M13 phage, and single-stranded DNA strand. Expression vectors used in yeast cells include a 2μ plasmid and its derivatives. The vector which is useful in insect cells is the vector pVL941.
Pro expresi sekvencí DNA podle vynálezu se může v těchto vektorech použit libovolná z řady sekvencí řídících expresi. Mezi použitelné sekvence řídící expresi patří sekvence spojené se strukturálními geny předchozích expresivních vektorů. Příklady sekvencí, které řídí expresi, zahrnují například časný a pozdní promotor SV40 nebo adenovirů, lac systém, trp systém, TAC a TRC systém, promotory T3 a T7, což je hlavní operátor a promotor oblastí fágu λ, řídící oblasti fd obalového proteinu, promotor 3-fosfoglycerátové kinázy nebo jiných glykolytických enzymů, promotory kyselé fosfatázy, například Pho5, promotory kvasinkového alfamatového systému a další konstitutivní a indukovatelné promotorové sekvence, které jsou známy, že řídí expresi genů prokaryontních a eukaryontních buněk nebo jejich virů a různé jejich kombinace. T7 promotor RNA polymerázy φ10 je zvláště použitelný při expresi HSP72 v E.coli (Příklad 3).Any of a number of expression control sequences can be used in the vectors to express the DNA sequences of the invention. Useful expression control sequences include those linked to the structural genes of previous expression vectors. Examples of expression control sequences include, for example, the early and late promoters of SV40 or adenoviruses, the lac system, the trp system, the TAC and TRC system, the T3 and T7 promoters, the major operator and promoter of phage λ regions, fd envelope protein control regions, 3-phosphoglycerate kinases or other glycolytic enzymes, acid phosphatase promoters such as Pho5, the yeast alpha system promoters, and other constitutive and inducible promoter sequences that are known to direct the expression of prokaryotic and eukaryotic cell genes or viruses and various combinations thereof. The T7 RNA polymerase φ10 promoter is particularly useful in the expression of HSP72 in E. coli (Example 3).
Vynález dále popisuje hostitelské buňky transformované uvedenými vektory. Pro expresi sekvencí DNA podle vynálezu se používá široká škála jednobuněčných hostitelských buněk. Mezi tyto hostitele patří dobře známí eukaryontní a prokaryontníThe invention further provides host cells transformed with said vectors. A wide variety of unicellular host cells are used to express the DNA sequences of the invention. These hosts include the well-known eukaryotic and prokaryotic hosts
hostitelé, jako jsou kmeny E.coli,hosts such as E.coli strains,
Pseudomonas, Bacillus,Pseudomonas Bacillus
Streptomyces, houby, kvasinky, hmyzí buňky, jako jsouStreptomyces, fungi, yeast, insect cells such as
Spodoptera frugiperda (SF9), zvířecí buňky, jako jsou CHO a myší buňky, buňky africké zelené opice, jako jsou COS 1, COSSpodoptera frugiperda (SF9), animal cells such as CHO and mouse cells, African green monkey cells such as COS 1, COS
7, BSC 1, BSC 40 a BMT 10, lidské buňky a rostlinné buňky v tkáňových kulturách. Preferované hostitelské organizmy zahrnují bakterie, jako jsou E.coli a B.subtilis, a buňky savců v tkáňových kulturách.7, BSC 1, BSC 40 and BMT 10, human cells and plant cells in tissue cultures. Preferred host organisms include bacteria such as E. coli and B. subtilis, and mammalian cells in tissue cultures.
Samozřejmě se rozumí, že ne všechny vektory a sekvence řídící expresi fungují stejně dobře při expresi sekvencí DNA podle vynálezu. Ani všichni hostitelé nebudou fungovat stejně dobře se stejným expresivním systémem. Avšak odborník je schopen si vybrat mezi těmito vektory, sekvencemi řídícími expresi a hostiteli bez nutnosti dalších experimentů, aniž překročí rozsah tohoto vynálezu. Například při výběru vektoru se musí zvažovat volba hostitele, protože vektor se musí v tomto hostiteli replikovat. Dále se musí také zvažovat počet kopií vektoru, schopnost řídit počet kopií a expresi libovolných jiných proteinů, které jsou kódovány vektorem, jako jsou antibiotikové markéry. Při výběru sekvence řídící expresi by se měly také zvažovat různé faktory. Mezi zmíněné faktory patří relativní pevnost sekvence, její kontrolovatelnost a její kompatibilita se sekvencemi DNA podle vynálezu, zvláště co se týče potencionálních sekundárních struktur. Při výběru jednobuněčných hostitelů by se měla zvažovat jejich kompatibilita s vybraným vektorem, toxicita produktu, který kóduje sekvence DNA podle vynálezu, jejich charakteristiky sekrece, jejich schopnost správně zabalit protein, jejich požadavky na fermentaci a kultivaci a jednoduchost izolace produktů, které kódují sekvence podle vynálezu. Podle těchto parametrů odborník může vybrat různé kombinace vektoru/sekvence řídící expresi/hostitele, které • to • · · · · · ·· ···· budou při fermentaci nebo při kultivaci zvířat ve velkém měřítku exprimovat sekvence DNA podle vynálezu.Of course, it is to be understood that not all vectors and expression control sequences function equally well in expressing the DNA sequences of the invention. Not all hosts will work equally well with the same expression system. However, one skilled in the art is able to choose between these vectors, expression control sequences, and hosts without the need for further experiments without going beyond the scope of the invention. For example, when selecting a vector, the choice of host must be considered because the vector must replicate in that host. Furthermore, the number of copies of the vector, the ability to control the number of copies, and the expression of any other proteins encoded by the vector, such as antibiotic markers, must also be considered. Various factors should also be considered when selecting an expression control sequence. These factors include the relative strength of the sequence, its controllability, and its compatibility with the DNA sequences of the invention, particularly with respect to potential secondary structures. In selecting unicellular hosts, consideration should be given to their compatibility with the selected vector, the toxicity of the product encoding the DNA sequences of the invention, their secretion characteristics, their ability to properly pack the protein, their fermentation and culture requirements and their ease of isolation. . According to these parameters, one of ordinary skill in the art can select different combinations of vector / expression control sequences / hosts that will express the DNA sequences of the invention when fermented or cultured on a large scale.
Polypeptidy kódované sekvencemi DNA podle vynálezu se mohou izolovat z fermentačních nebo buněčných kultur. Čistí se libovolnými běžnými způsoby, mezi něž patří kapalná chromatografie s normální nebo obrácenou fází, HPLC, FPLC a podobně; afinitní chromatografie (s anorganickými ligandy nebo s monoklonálními protilátkami); vylučovací chromatografie na základě velikosti; imobilizovaná metalchelátová chromatografie; gelová elektroforéza a podobně. Odborník může vybrat nejvhodnější izolační a čistící metodu, aniž překročí rozsah vynálezu.The polypeptides encoded by the DNA sequences of the invention can be isolated from fermentation or cell cultures. Purified by any conventional means including normal or reverse phase liquid chromatography, HPLC, FPLC and the like; affinity chromatography (with inorganic ligands or monoclonal antibodies); size exclusion chromatography; immobilized metal chelate chromatography; gel electrophoresis and the like. One of ordinary skill in the art can select the most suitable isolation and purification method without departing from the scope of the invention.
Navíc polypeptidy podle vynálezu se mohou tvořit libovolnou z několika chemických metod. Například se mohou připravovat použitím syntézy na pevné fázi, kterou původně popsal R.B.Merrifield, Solid Phase Peptide Synthesis. I. The Synthesis Of A Tetrapeptide, J.Am.Chem.Soc., 83, pp. 2149-54 (1963) nebo se mohou připravovat syntézou v roztoku. Shrnutí způsobů syntézy peptidů se může najít v publikacích E.Gross a H.J.Meinhofer, 4 The Peptides: Analysis, Synthesis, Biology; Modern Techniques Of Peptide And Amino Acid Analysis, John Wiley and Sons, (1981) and M.Bodanszky, Principles Of Peptide Synthesis, Springer-Verlag (1984).In addition, the polypeptides of the invention can be generated by any of several chemical methods. For example, they can be prepared using the solid phase synthesis originally described by R. B. Merifield, Solid Phase Peptide Synthesis. I. The Synthesis Of A Tetrapeptide, J. Am. 2149-54 (1963) or may be prepared by solution synthesis. A summary of methods for peptide synthesis can be found in E.Gross and H.J.Meinhofer, 4 The Peptides: Analysis, Synthesis, Biology; Modern Techniques of Peptide and Amino Acid Analysis, John Wiley and Sons, (1981) and M. Bodanszky, Principles of Peptide Synthesis, Springer-Verlag (1984).
Preferované kompozice a metody podle vynálezu obsahují polypeptidy, které vykazují zvýšenou imunogenitu. Takové polypeptidy mohou vzniknout v případě, že přirozené formy polypeptidů nebo jejich fragmentů jsou modifikovány nebo se podrobí manipulaci za účelem zvýšit imunogenní charakter v zamýšleném recipientu. Preferované polypeptidy jsou fragmenty, které jsou specifické pro bakterie druhuPreferred compositions and methods of the invention comprise polypeptides that exhibit enhanced immunogenicity. Such polypeptides may arise when the natural forms of the polypeptides or fragments thereof are modified or subjected to manipulation in order to enhance the immunogenic character in the intended recipient. Preferred polypeptides are fragments that are specific to the bacteria of the species
Streptococcus, jde o fragmenty vybrané z oblasti C-konce nativních polypeptidů. Odborníkům je známá a dostupná řada technik, které se mohou použít bez nutnosti dalších • . .Streptococcus, are fragments selected from the C-terminal region of native polypeptides. A variety of techniques are known to those skilled in the art and can be used without the need for additional techniques. .
• · * ·· · · · ···· · « · · . · . ««· ·· ···· ···· ·· ·» experimentů za účelem zvýšit imunogenitu polypeptidů. Například polypeptidy se mohou modifikovat reakcí s dinitrofenolovými skupinami nebo kyselinou arsanilovou nebo denaturací teplem a/nebo SDS. Zvláště v případě, že polypeptidy jsou malé polypeptidy, které se syntetizují chemicky, může se požadovat jejich navázání na imunogenní nosič. Takové navázání nesmí samozřejmě interferovat se správnou funkcí buď polypeptidu nebo nosiče. Některé obecné úvahy strategie navázání jsou uvedeny v publikaci Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, ed. E. Harlow and D. Lané (1988) . Odborník dobře zná použitelné imunogenní nosiče. Mezi takové nosiče patří hemocyanin kuželnatky (KLH; keyhole limpet hemocyanin); albuminy, jako jsou albumin bovinního séra (BSA) a ovalbumin, PPD (čištěný proteinový derivát tuberkulinu), červené krvinky; toxoid tetanu; toxoid cholery; zrna agarozy, aktivní uhlí nebo bentonit.• · * ·· · · · ···· «« · ·. ·. Experiments to increase the immunogenicity of polypeptides. For example, the polypeptides may be modified by reaction with dinitrophenol groups or arsanilic acid or by denaturation by heat and / or SDS. Especially when the polypeptides are small polypeptides that are synthesized chemically, it may be required to bind them to an immunogenic carrier. Such binding, of course, must not interfere with the proper functioning of either the polypeptide or the carrier. Some general considerations of binding strategy are given in Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, ed. E. Harlow and D. Lane (1988). Those skilled in the art are well aware of useful immunogenic carriers. Such carriers include keyhole limpet hemocyanin (KLH); albumins such as bovine serum albumin (BSA) and ovalbumin, PPD (purified tuberculin protein derivative), red blood cells; tetanus toxoid; cholera toxoid; agarose grains, activated carbon or bentonite.
Také způsob změny stavu lipidace modifikací aminokyselinové sekvence polypeptidů podle vynálezu se může použít za účelem zvýšení imunogenity polypeptidů a ovlivnění jejich biochemických vlastností. Například polypeptidy a jejich fragmenty se mohou exprimovat s nebo bez signálních sekvencí, které řídí adici lipidových skupin.Also, a method of altering the lipidation state by modifying the amino acid sequence of the polypeptides of the invention can be used to increase the immunogenicity of the polypeptides and affect their biochemical properties. For example, polypeptides and fragments thereof can be expressed with or without signal sequences that direct the addition of lipid moieties.
V souladu s vynálezem se deriváty polypeptidů mohou připravovat různými způsoby. Mezi tyto metody patří in vitro manipulace DNA kódující přirozené polypeptidy a následující exprese modifikované DNA, chemická syntéza odvozených sekvencí DNA nebo chemická nebo biologická manipulace exprimovaných aminokyselinových sekvencí.In accordance with the invention, the polypeptide derivatives can be prepared in various ways. These methods include in vitro manipulation of DNA encoding natural polypeptides and subsequent expression of the modified DNA, chemical synthesis of derived DNA sequences, or chemical or biological manipulation of the expressed amino acid sequences.
Například deriváty se mohou produkovat náhradou jedné nebo více aminokyselin za odlišnou přirozenou aminokyselinu, aminokyselinový derivát nebo umělou aminokyselinu. Preferuje se konzervativní substituce, například 3-methylhistidin β · ··· · • · · · · e · ·· · · 9 9 9 9For example, derivatives can be produced by replacing one or more amino acids with a different natural amino acid, amino acid derivative, or artificial amino acid. Preference is given to conservative substitutions, for example 3-methylhistidine 9 9 9 9
9999 99 9999 99 99 může nahrazovat histidin, 4-hydroxyprolin může nahrazovat prolin, 5-hydroxylysin může nahradit lysin a podobně.9999 99 9999 99 99 can replace histidine, 4-hydroxyproline can replace proline, 5-hydroxylysine can replace lysine and the like.
Substituce aminokyseliny, která je méně konzervativní, může vést ke vzniku požadovaných derivátů, například změnami náboje, změnami konformace a jiných biologických vlastností. Takové substituce například zahrnují substituci hydrofilního zbytku za hydrofóbní zbytek, substituce cysteinu nebo prolinu za jiný zbytek, substituce zbytku, který má malý postranní řetězec za zbytek, který má velký postranní řetězec, nebo substituce zbytku, který má pozitivní náboj, za zbytek s negativním nábojem. V případě, že 'výsledek substituce se nemůže s jistotou předpovědět, požadované charakteristiky derivátů se mohou snadno zjistit testem podle zde doložené metody.Substitution of an amino acid that is less conservative can lead to the formation of desired derivatives, for example, by charge changes, conformational changes, and other biological properties. For example, such substitutions include substituting a hydrophilic residue for a hydrophobic residue, substituting a cysteine or proline for another residue, substituting a residue having a small side chain for a residue having a large side chain, or substituting a residue having a positive charge for a negative charge residue . If the outcome of the substitution cannot be predicted with certainty, the desired characteristics of the derivatives can be readily ascertained by the assay according to the method exemplified herein.
Polypeptidy se mohou také připravovat s cílem zvýšit jejich stabilitu nebo získat molekuly, které jsou přístupnější čištění nebo izolaci. Jedna taková metoda je exprese polypeptidů, jako fúzních proteinů, které obsahují jiné sekvence bakterií S. pneumoniae nebo sekvence, které nepocházejí z bakterií S. pneumoniae. Je výhodné, když se fúzní proteiny, obsahující polypeptidy podle vynálezu, produkují na úrovni DNA, což například probíhá konstrukcí molekuly nukleové kyseliny kódující fúzi, transformací hostitelských buněk touto molekulou, indukcí exprese fúzního proteinu v buňkách a izolací fúzního proteinu z buněčné kultury. V jiném případě fúzní proteiny mohou vznikat známými metodami po expresi genu. Například fúzní protein podle vynálezu je protein Fucl/HSP72(C169), který se popisuje v příkladu 3.Polypeptides may also be prepared to enhance their stability or to provide molecules that are more amenable to purification or isolation. One such method is to express polypeptides, such as fusion proteins, that contain other sequences of S. pneumoniae or non-S. pneumoniae sequences. It is preferred that fusion proteins comprising the polypeptides of the invention are produced at the DNA level, for example by constructing a nucleic acid molecule encoding a fusion, transforming the host cells therewith, inducing expression of the fusion protein in the cells, and isolating the fusion protein from the cell culture. Alternatively, fusion proteins may be generated by known methods after gene expression. For example, the fusion protein of the invention is the Fucl / HSP72 (C169) protein described in Example 3.
Polypeptidy podle vynálezu mohou být také částí větších multimerních molekul, které se mohou produkovat rekombinantně nebo se mohou syntetizovat chemicky. Takové multimery mohou také zahrnovat polypeptidy fúzované nebo kondenzované se skupinami • · jinými než jsou aminokyseliny, které zahrnují například lipidy nebo sacharidy.The polypeptides of the invention may also be part of larger multimeric molecules that can be produced recombinantly or synthesized chemically. Such multimers may also include polypeptides fused or fused to groups other than amino acids, including, for example, lipids or carbohydrates.
Polypeptidy podle vynálezu jsou zvláště vhodné pro tvorbu protilátek a pro dosažení ochranné odezvy proti onemocnění. Vynález dále popisuje protilátky nebo jejich fragmenty, které jsou imunologicky reaktivní s HSP72. Vznik protilátek podle vynálezu je vyvolán buď imunizací s HSP72 nebo imunologicky příbuzném' polypeptidem nebo jsou určeny svou reaktivitou s HSP72 nebo imunologicky příbuzným polypeptidem. Rozumí se, že protilátky podle vynálezu nezahrnují ty protilátky, které normálně vznikají ve zvířatech na základě infekce přirozeně se vyskytujících bakterií S.pneumoniae a které se ze zvířat neodstraňují ani nedochází k jejich změně.The polypeptides of the invention are particularly useful for generating antibodies and for providing a protective response against disease. The invention further provides antibodies or fragments thereof that are immunologically reactive with HSP72. The generation of antibodies of the invention is either elicited by immunization with HSP72 or an immunologically related polypeptide or determined by their reactivity with HSP72 or an immunologically related polypeptide. It is understood that the antibodies of the invention do not include those antibodies that are normally produced in animals by infection of naturally occurring S. pneumoniae bacteria and which are not removed or altered from the animals.
Protilátkami podle vynálezu mohou být intaktní molekuly imunoglobulinu nebo jeho fragmenty, které obsahují vazebné místo intaktního antigenu. Mezi tyto protilátky lze zahrnout fragmenty, které jsou v oboru známy jako F(v), Fab, Fab a F(ab)z2. Protilátky se mohou připravovat způsoby genového inženýrství nebo se mohou produkovat synteticky. Protilátka nebo její fragment může pocházet ze zvířete, přesněji ze savce ještě přesněji z myši, krysy, opice nebo člověka. Může to být přírodní protilátka nebo fragment nebo v případě nutnosti, to může být rekombinantní protilátka nebo fragment. Protilátka nebo fragmenty protilátek mohou být polyklonální, upředňostňuji protilátky monoklonální. Protilátky mohou být specifické pro řadu epitopů, ale upředňostňuje se specifita pro jeden epitop. Specificky preferované jsou protilátky FlPn3.1, F2-Pn3.2, F2Pn3.3 a F2-Pn3.4, které se popisují v Příkladu 2 (uvedeno dále). Odborník může použít polypeptidy podle vynálezu k produkci jiných monoklonálních protilátek, které se testují, zda jsou schopny poskytnout ochranu proti bakteriím S.pneumoniae, S.pyogenes, S.agalactiae nebo proti infekcím, které způsobí jiné bakterie, jež jsou příbuzné streptokokům, v případě, že se tyto polypeptidy použijí pro imunizaci zvířat, s kterými nebyl zatím podniknut žádný experiment. Jestliže se najdou monoklonální protilátky, které poskytují uvedenou ochranu, může se zjistit ten epitop, jež protilátky rozeznávají. Odborníci dobře znají způsob produkce polyklonálních a monoklonálních protilátek. Tyto metody jsou například popsány v publikaci Antibodies, A Laboratory Manual, citace uvedeni shora, a D.E.Yelton, et al., Ann. Rev. of Biochem., 50, pp. 657-80 (1981). Určení imunoreaktivity s polypeptidem podle vynálezu se může provést libovolnou metodou, která je v oboru dobře známa. Sem se zahrnují i imunoblotační test a ELISA.The antibodies of the invention may be intact immunoglobulin molecules or fragments thereof that contain an intact antigen binding site. Such antibodies may include fragments known in the art as F (v), Fab, Fab and F (ab) of 2. The antibodies may be produced by genetic engineering methods or may be produced synthetically. The antibody or fragment thereof may be derived from an animal, more particularly a mammal, more particularly from a mouse, rat, monkey or human. It may be a natural antibody or fragment or, if necessary, it may be a recombinant antibody or fragment. The antibody or antibody fragments may be polyclonal, preferably monoclonal antibodies. Antibodies may be specific for a number of epitopes, but specificity for a single epitope is preferred. Particularly preferred are the FlPn3.1, F2-Pn3.2, F2Pn3.3 and F2-Pn3.4 antibodies described in Example 2 (below). One of ordinary skill in the art can use the polypeptides of the invention to produce other monoclonal antibodies that are tested to be capable of providing protection against S. pneumoniae, S.pyogenes, S.agalactiae, or infections caused by other streptococcal related bacteria that these polypeptides are used to immunize animals that have not been experimented with. If monoclonal antibodies are found which provide said protection, the epitope recognized by the antibodies may be detected. Those skilled in the art are well aware of the method of producing polyclonal and monoclonal antibodies. Such methods are described, for example, in Antibodies, A Laboratory Manual, supra, and DEYelton, et al., Ann. Roar. of Biochem., p. 657-80 (1981). Determination of immunoreactivity with a polypeptide of the invention can be performed by any method well known in the art. This includes immunoblotting assay and ELISA.
Protilátka podle vynálezu může také být hybrid molekuly, který se tvoří ze sekvencí imunoglobinu z různých živočišných druhů (například myš nebo člověk) nebo z částí sekvencí imunoglobulinového lehkého nebo těžkého řetězce ze stejného živočišného druhu.The antibody of the invention may also be a hybrid molecule that is formed from immunoglobulin sequences from different animal species (e.g., mouse or human) or from portions of immunoglobulin light or heavy chain sequences from the same species.
Může to být molekula, která má více vazebných specifit, jako je bifunkční protilátka připravená libovolnou z řady metod, které jsou známy odborníkům a zahrnují: produkci hybridních hybridomů; záměnu disulfidu; chemické zesítění; adici peptidových linkerů mezi monoklonální protilátky; zavedení dvou sad imunoglobulinových těžkých a lehkých řetězců do určité buněčné linie; a tak dále.It may be a molecule that has multiple binding specificities, such as a bifunctional antibody prepared by any of a variety of methods known to those skilled in the art, and including: producing hybrid hybridomas; disulfide replacement; chemical crosslinking; addition of peptide linkers between monoclonal antibodies; introducing two sets of immunoglobulin heavy and light chains into a particular cell line; and so on.
Protilátky podle vynálezu mohou také být lidské monoklonální protilátky, například ty protilátky, které produkují imortalizované lidské buňky, myši SCID-hu nebo jiná zvířata, je ž jsou schopná produkovat Ú-idské*'protilátky, nebo se produkují expresí klonovaných lidských imunoglobulinových genů.The antibodies of the invention may also be human monoclonal antibodies, for example, those that produce immortalized human cells, SCID-hu mice or other animals that are capable of producing human antibodies, or are produced by expressing cloned human immunoglobulin genes.
Lze shrnout, že pro odborníka, který je obeznámen s tímto vynálezem, je dostupná řada metod, které se mohouIn summary, a number of methods are available to one skilled in the art who is familiar with the invention
použit za účelem změnit biologické vlastnosti protilátek podle vynálezu. Zmíněné metody zahrnují ty, které jsou schopny zvýšit nebo snížit stabilitu nebo poločas rozpadu, imunogenitu, toxicitu, afinitu nebo výtěžek molekul danné protilátky nebo změnit tuto molekulu jiným způsobem, který ji učiní dostupnější pro další použití.used to alter the biological properties of the antibodies of the invention. Said methods include those capable of increasing or decreasing the stability or half-life, immunogenicity, toxicity, affinity or yield of a given antibody molecule, or altering the molecule in another way that makes it more available for further use.
Polypeptidy, sekvence DNA a protilátky podle vynálezu jsou použitelné při tvorbě profylaktických, terapeutických a diagnostických kompozic, které jsou vhodné pro prevenci, léčbu a diagnostiku onemocnění.The polypeptides, DNA sequences, and antibodies of the invention are useful in making prophylactic, therapeutic, and diagnostic compositions that are useful in preventing, treating, and diagnosing diseases.
V případě, že polypeptidy a protilátky podle vynálezu se použijí jako imunogeny a vakcíny, je možné použít standardní imunologické metody.When the polypeptides and antibodies of the invention are used as immunogens and vaccines, standard immunological methods can be used.
Zvláště pak libovolnému vhodnému hostiteli se může aplikovat farmaceuticky účinné množství polypeptidu za účelem vzniku monoklonálních nebo polyvalentních protilátek nebo za účelem indukce vzniku ochranné imunologické odezvy proti onemocnění. Upředňostňuje se selekce polypeptidů ze skupiny, která zahrnuje HSP72 (SEQ ID č.:5), HSP70 (SEQ ID č.:20 a SEQ ID č. : 22) a jejich fragmenty.In particular, any suitable host may be administered a pharmaceutically effective amount of the polypeptide to produce monoclonal or polyvalent antibodies or to induce a protective immunological response against the disease. Preferably, the polypeptides are selected from the group consisting of HSP72 (SEQ ID NO: 5), HSP70 (SEQ ID NO: 20 and SEQ ID NO: 22) and fragments thereof.
Termín farmaceuticky účinné množství polypeptidu nebo protilátky je množství, které v případě, že se podá pacientovi, vyvolá imunní odezvu, jež je účinná při prevenci nebo ztlumení sily infekce způsobené streptokoky nebo jim příbuznými bakteriemi.The term "pharmaceutically effective amount of polypeptide or antibody" is an amount that, when administered to a patient, elicits an immune response that is effective in preventing or attenuating the severity of infection caused by streptococci or related bacteria.
Aplikace polypeptidů nebo protilátek podle vynálezu se může uskutečnit libovolným způsobem, který se popisuje v Příkladu 10 (uvedeno dále) nebo jinými standardnímy postupy. Tyto způsoby se uvádějí v publikace Antibidies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, ed. E. Harlow and D. Lané (1988). V případě použití polypeptidů se upředňostňuje jejich aplikace v přítomnosti farmaceuticky přijatelného adjuvans, jako je úplné nebo neúplné Freundovo adjuvans, RIBI • · · 9 · · · · ···· · • - · · · · · ··· • · · · W · ·· · ·,· · · · · · (muramylové dipeptidy) nebo ISCOM (imunostimulující komplexy). Kompozice bude jako adjuvans s výhodou zahrnovat emulzi voda-olej nebo hydroxid hlinitý a bude se aplikovat do svalu. Během léčení se bude pacientovi vakcínová kompozice aplikovat pouze jednou nebo opakovaně. Nejúčinější způsob aplikace a režim dávek závisí na úrovni imunogenity, na druhu kompozice a/nebo adjuvans, která se používá k léčbě, na síle a průběhu očekávané infekce, předchozí terapie, pacientově celkové zdravotní situaci a imunizační odpovědi a rozhodnutí lékaře. Například u imunokompetentního pacienta, čím je polypeptid imunogeWhější, tím je potřeba nižší dávka a počet imunizací. Podobně, jestliže polypeptid se aplikuje s adjuvans, dávka nezbytná pro léčbu bude nižší a čas bude kratší.Administration of the polypeptides or antibodies of the invention can be accomplished by any of the methods described in Example 10 (below) or by other standard procedures. These methods are disclosed in Antibidies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, ed. E. Harlow and D. Lane (1988). In case of using the polypeptides find their preferred application in the presence of a pharmaceutically acceptable adjuvant, such as complete or incomplete Freund's adjuvant, RIBI • 9 · · · · · · · • ···· - · · · · · ··· · · · • W (muramyl dipeptides) or ISCOM (immunostimulating complexes). The composition will preferably include as an adjuvant a water-oil emulsion or aluminum hydroxide and will be applied to the muscle. During treatment, the patient will receive the vaccine composition only once or repeatedly. The most effective route of administration and dosage regimen depend on the level of immunogenicity, the type of composition and / or adjuvant used to treat, the severity and course of the expected infection, prior therapy, the patient's overall health and immunization responses and physician's decision. For example, in an immunocompetent patient, the more immunogenic the polypeptide, the lower the dose and number of immunizations required. Similarly, when the polypeptide is administered with an adjuvant, the dose necessary for treatment will be lower and the time will be shorter.
Obecně dávka se skládá z počáteční injekce, která zahrnuje okolo 0,01 až lOmg adjuvans a 0,1 až 1,0 mg antigenů HSP72 pro jednoho pacienta. Pak bude následovat jedna nebo možná více injekcí. Preferuje se, aby se další injekce aplikovaly po přibližně jednom a šesti měsících od první inj ekce.Generally, the dose consists of an initial injection that comprises about 0.01 to 10 mg of adjuvant and 0.1 to 1.0 mg of HSP72 antigens per patient. This will be followed by one or more injections. It is preferred that further injections be given approximately one and six months after the first injection.
Pro přípravu farmaceuticky přijatelné soli se použije libovolný polypeptid podle vynálezu. Odborník dobře zná vhodné sole a zásady, které jsou schopny tvořit sole s polypeptidy podle vynálezu. Mezi ně patří organické a anorganické kyseliny a zásady.Any polypeptide of the invention is used to prepare the pharmaceutically acceptable salt. Those skilled in the art are well aware of suitable salts and bases which are capable of forming salts with the polypeptides of the invention. These include organic and inorganic acids and bases.
Odborníkovi je známo, že za účelem testování schopností polypeptidů a protilátek podle vynálezu, poskytnutí ochrany proti onemocnění, které působí bakterie S.pneumoniae nebo příbuzné bakterie, nebo ztlumení síly takové infekce, je možné použít řadu zvířecích modelů. Může se použít jakékoli zvíře, které je náchylné k infekci bakteriemi S.pneumoniae nebo jim příbuznými bakteriemi. Preferovaným zvířecím modelem, který je vhodný pro aktivní testování imunoochrany, • · ····, • · · · jsou Balb/c myši popsané v Příkladu 5 dále v textu. Preferovaným zvířecím modelem pro pasivní testování jsou přísně kombinované imunodeficientní myši popsané v Příkladu 5. Aplikací určitého polypeptidů nebo protilátky na uvedené zvířecí modely pak může odborník stanovit bez nutnosti experimentů, zda polypeptid nebo protilátku je možné použít v metodách nebo v kompozicích, které se zde nárokují.One skilled in the art will appreciate that a variety of animal models can be used to test the ability of the polypeptides and antibodies of the invention, to provide protection against, or attenuate the severity of, S. pneumoniae or related bacteria. Any animal susceptible to infection by S. pneumoniae or related bacteria may be used. A preferred animal model suitable for active immunoprotection testing is Balb / c mice described in Example 5 below. The preferred animal model for passive testing is the strictly combined immunodeficient mice described in Example 5. By applying a particular polypeptide or antibody to said animal models, one of skill in the art can determine without experimentation whether the polypeptide or antibody can be used in the methods or compositions claimed herein. .
Další provedení vynálezu popisuje způsob, který zahrnuje kroky léčby pacienta vakcínou, zahrnující farmaceuticky přijatelné množství libovolného polypeptidů podle vynálezu, způsobem postačujícím k prevenci nebo ztlumení síly infekce způsobené streptokoky nebo jim příbuznými bakteriemi na určitou dobu. HSP70/72 nebo jejich fragmenty jsou preferovanými peptidy pro použití v takových metodách.Another embodiment of the invention provides a method comprising the steps of treating a patient with a vaccine, comprising a pharmaceutically acceptable amount of any of the polypeptides of the invention, in a manner sufficient to prevent or attenuate the severity of infection caused by streptococci or related bacteria for a period. HSP70 / 72 or fragments thereof are preferred peptides for use in such methods.
Polypeptidy, sekvence DNA a protilátky podle vynálezu mohou také tvořit základ diagnostických metod a souprav vhodných pro detekci patogenních organismů. Je možných několik diagnostických metod. Vynález například umožňuje způsob detekce bakterií Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae nebo příbuzných bakterií v biologickém vzorku, zahrnující tyto kroky:The polypeptides, DNA sequences, and antibodies of the invention may also form the basis of diagnostic methods and kits useful for detecting pathogenic organisms. Several diagnostic methods are possible. For example, the invention provides a method for detecting Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae or related bacteria in a biological sample, comprising the steps of:
(a) izolace biologického vzorku z pacienta;(a) isolating the biological sample from the patient;
(b) inkubace protilátky podle vynálezu nebo jejího fragmentu s biologickým vzorkem za vzniku směsi; a (c) detekce specificky vázané protilátky nebo fragmentu ve směsi, což detekuje přítomnost bakterií Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae nebo příbuzných bakterií. Při této metodě se s výhodou používají monoklonální protilátky Fl-Pn3.1, F2-Pn3.2, F2-Pn3.3 a F2-Pn3.4.(b) incubating the antibody of the invention or fragment thereof with the biological sample to form a mixture; and (c) detecting the specifically bound antibody or fragment in the mixture, which detects the presence of Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae or related bacteria. Monoclonal antibodies F1-Pn3.1, F2-Pn3.2, F2-Pn3.3 and F2-Pn3.4 are preferably used in this method.
V jiném případě vynález popisuje způsob detekce protilátek specifických pro bakterie Streptococcus • · · · ♦ · pneumoniae nebo příbuzná bakterie v biologickém vzorku. Tento způsob zahrnuje tyto kroky:Alternatively, the invention provides a method of detecting antibodies specific for Streptococcus bacteria or pneumoniae or related bacteria in a biological sample. This method includes the following steps:
(a) izolace biologického vzorku z pacienta;(a) isolating the biological sample from the patient;
(b) inkubace polypeptidu podle vynálezu nebo jeho fragmentu s biologickým vzorkem za vzniku směsi; a (c) detekce specificky vázaného polypeptidu ve směsi, což ukazuje na přítomnost protilátek, které jsou specifické pro bakterie Streptococcus pneumoniae nebo příbuzné bakterie. HSP72 (SEQ ID č.:5), jeho fragment C-169 (zbytky 439 až 607 SEQ ID č.: 5), jeho fragment C-151 (zbytky 457 až 607 SEQ ID č.: 5) a fragmenty peptidů GFDAERDAAQAALDD (zbytky 527 až 541 SEQ ID č.:5) a AEGAQATGNAGDDW (zbytky 586 až 600 SEQ ID č.(b) incubating the polypeptide of the invention or fragment thereof with a biological sample to form a mixture; and (c) detecting specifically bound polypeptide in the composition, indicating the presence of antibodies that are specific for Streptococcus pneumoniae or related bacteria. HSP72 (SEQ ID NO: 5), its C-169 fragment (residues 439 to 607 of SEQ ID NO: 5), its C-151 fragment (residues 457 to 607 of SEQ ID NO: 5), and GFDAERDAAQAALDD peptide fragments ( residues 527 to 541 of SEQ ID NO: 5) and AEGAQATGNAGDDW (residues 586 to 600 of SEQ ID NO: 5).
5) je polypeptid a fragmenty, které se s výhodou používají ve shora uvedené metodě detekce protilátek.5) is a polypeptide and fragments that are preferably used in the above method of detecting antibodies.
Odborník ví, že tyto diagnostické testy mohou mít několik forem, které zahrnují ELISA-test (enzyme-linked immunosorbent assay), radioimunotest nebo test latexové aglutinace.One of skill in the art will recognize that these diagnostic assays may take several forms, including an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), a radioimmunoassay, or a latex agglutination assay.
Diagnostická činidla mohou být součástí souprav, jež dále obsahují instrukce na použití soupravy a jiná vhodná činidla. Tyto soupravy se mohou použít pro detekci navázání polypeptidů nebo protilátek. Polypeptidy nebo protilátky se například mohou označit látkou, která umožňuje detekci polypeptidu v případě navázání na protilátku nebo detekci protilátky, když se naváže na bakterie S.pneumoniae nebo příbuzné bakterie. Pro takovou detekci se používá fluorescenční značící činidlo, jako je izokyanát fluoresceinu (FIC), isothiokyanát fluoresceinu (FITC) a podobně, dále enzym, jako je peroxidáza křenu (HRP), oxidáza glukózy nebo podobně, radioaktivní element, jako je 125I nebo 51Cr, které produkují emisi gamma záření, nebo radioaktivní element, který emituje positrony, jež produkují gamma záření při ♦ .· · setkání s elektrony, které se nacházejí v testovacím roztoku, jako jsou X1C, 150 nebo 13N. Navázání se také může detekovat jinými metodami, například prostřednictvím komplexů avidinbiotin. Navázání detekčního činidla je v oboru dobře známo. Molekuly monoklonální protilátky produkované hybridomem se mohou například metabolicky značit inkorporací aminokyselin, které obsahují radioizotopy, do kultivačního média nebo je možno s detekčním činidlem konjugovat nebo kondenzovat polypeptidy prostřednictvím aktivovaných funkčních skupin.The diagnostic reagents may be included in kits, further comprising instructions for using the kit and other suitable reagents. These kits can be used to detect binding of polypeptides or antibodies. For example, polypeptides or antibodies may be labeled with a substance that allows the detection of the polypeptide in the case of binding to the antibody or the detection of the antibody when it binds to S.pneumoniae or related bacteria. For such detection, a fluorescent labeling agent such as fluorescein isocyanate (FIC), fluorescein isothiocyanate (FITC) and the like, as well as an enzyme such as horseradish peroxidase (HRP), glucose oxidase or the like, a radioactive element such as 125 I or 51 Cr that emit gamma radiation, or a radioactive element that emits positrons that produce gamma radiation at · · · encountering electrons that are found in a test solution, such as X1 C, 15 0 or 13 N. can detect by other methods, for example through avidinbiotin complexes. Binding of the detection reagent is well known in the art. For example, the monoclonal antibody molecules produced by the hybridoma can be metabolically labeled by incorporating amino acids containing radioisotopes into the culture medium, or by conjugating or condensing the polypeptides through activated functional groups to the detection reagent.
Sekvence DNA podle vynálezu se mohou použít pro přípravu sond DNA, které se používají pro detekci bakterií Streptococcus pneumoniae nebo příbuzných bakterií v biologickém vzorku. Způsob detekce podle vynálezu založený na použití sond zahrnuje tyto kroky:The DNA sequences of the invention can be used to prepare DNA probes that are used to detect Streptococcus pneumoniae or related bacteria in a biological sample. The probe-based detection method of the invention comprises the following steps:
(a) izolaci biologického vzorku z pacienta;(a) isolating the biological sample from the patient;
(b) inkubaci sondy DNA, která má sekvenci DNA podle vynálezu, s biologickým vzorkem za vzniku směsi; a (c) detekci ve směsi specificky navázané sondy DNA, což ukazuje na přítomnost bakterií Streptococcus pneumoniae nebo příbuzných bakterií.(b) incubating the DNA probe having the DNA sequence of the invention with a biological sample to form a mixture; and (c) detecting specifically bound DNA probes in the mixture, indicating the presence of Streptococcus pneumoniae or related bacteria.
Sondy DNA podle vynálezu se mohou také použít při detekci nukleových kyselin přítomných v biologickém vzorku, například za použití polymerázové reakce jako diagnostické metody bakterií Streptococcus pneumoniae nebo příbuzných bakteriálních infekcí. Sondy se mohou syntetizovat za použití běžných postupů a mohou se imobilizovat na pevné fázi nebo se mohou značit detekovatelnými značkami. Pro tuto aplikaci se s výhodou jako sonda používá oligomer, jehož sekvence je komplementární k nejméně přibližně 6 sousedícím nukleotidům HSP72 (SEQ ID č.:4, nukleotidy 682 až 2502).The DNA probes of the invention can also be used to detect nucleic acids present in a biological sample, for example using a polymerase reaction as a diagnostic method for Streptococcus pneumoniae or related bacterial infections. The probes may be synthesized using conventional techniques and may be immobilized on a solid phase or labeled with detectable labels. For this application, an oligomer whose sequence is complementary to at least about 6 contiguous HSP72 nucleotides (SEQ ID NO: 4, nucleotides 682 to 2502) is preferably used as a probe.
Polypeptidy podle vynálezu se mohou také použít při čištění protilátek určených proti epitopům, které jsou • · přítomny na proteinu, například při použití imunoafinitního čištění protilátek na antigenní koloně.The polypeptides of the invention may also be used in the purification of antibodies directed against epitopes that are present on a protein, for example, using immunoaffinity purification of antibodies on an antigen column.
Protilátky nebo fragmenty protilátky podle vynálezu se mohou použít při přípravě v podstatě čistých proteinů podle vynálezu, například při použití imunoafinitního čištění protilátek na antigenní koloně.Antibodies or antibody fragments of the invention can be used in the preparation of substantially pure proteins of the invention, for example using immunoaffinity purification of antibodies on an antigen column.
Přehled obrázků na výkreseOverview of the drawings
Obrázek č. 1 zobrazuje fluorogram, který ukazuje účinek teplotního šoku na syntézu proteinu bakterií S. pneumoniae. Buněčné extrakty v části A pochází z kmene 64 S. pneumoniae typFigure 1 shows a fluorogram showing the effect of heat shock on protein synthesis of S. pneumoniae bacteria. The cell extracts in Part A originate from strain S. pneumoniae type 64
6. Buněčné extrakty v části B pochází z kmene 53 S. pneumoniae typ 4. Buněčné extrakty v dráhách označených lichými čísly se inkubovaly při teplotě 37 °C. Buněčné extrakty v dráhách označených sudými čísly se inkubovaly při teplotě 45 °C po dobu 5 minut. Buněčné extrakty se pak značily [35S]methioninem po dobu 10 minut (dráha 1, 2 a 7, 8), 30 minut (dráhy 3, 4 a 9, 10) nebo 60 minut (dráhy 5,6). Markéry molekulových hmotností v kilodaltonech se nacházejí na levé straně. Polohy HSP80, HSP72 a HSP62 jsou označeny šipkami na pravé straně každého panelu.6. The cell extracts in Part B originate from S. pneumoniae type 4 strain 53. The cell extracts in the odd numbered lanes were incubated at 37 ° C. The cell extracts in the even-numbered lanes were incubated at 45 ° C for 5 minutes. Cell extracts were then labeled with [ 35 S] methionine for 10 minutes (lanes 1, 2 and 7, 8), 30 minutes (lanes 3, 4 and 9, 10) or 60 minutes (lanes 5.6). The molecular weight markers in kilodaltons are on the left. The positions of HSP80, HSP72 and HSP62 are indicated by arrows on the right side of each panel.
Na obrázku č. 2 je grafické znázornění porovnání elektroforetických profilů proteinů značených [35S]methioninem bakterií S. pneumoniae v při (----) nebo bez (____) vystavení teplotnímu šoku. Denzitometrický záznam se určil měřením relativní optické hustoty (osa Y) versus mobilita pásů značeného proteinu (osa X) . Je zde ukázán denzitometrický záznam SDS PAGE dráhy 1 a 2 obrázku č. 1.Figure 2 is a graphical representation of a comparison of electrophoretic profiles of [ 35 S] methionine-labeled S. pneumoniae proteins with (----) or without (____) heat shock exposure. Densitometric recording was determined by measuring the relative optical density (Y-axis) versus mobility of labeled protein bands (X-axis). Densitometric recording of SDS PAGE of lanes 1 and 2 of Figure 1 is shown.
Na obrázku č. 3 je znázorněn fluorogram, který ukazuje proteinové antigeny bakterií S. pneumoniae imunoprecipitované sérem z myší, které se imunizovaly proteinovým extraktem S.Figure 3 is a fluorogram showing protein antigens of S. pneumoniae bacteria immunoprecipitated with serum from mice immunized with protein extract S.
pneumoniae, který je rozpustný v detergentu. Proteiny značené • ·pneumoniae, which is soluble in the detergent. Proteins labeled •
[35S]methioninem z bakterií S. pneumoniae kultivovaných při teplotě 37°C se inkubovaly při teplotě 37°C (dráhy 3, 5, 7 a 9) nebo se vystavily teplotnímu šoku při teplotě 45°C (dráhy[ 35 S] methionine from S. pneumoniae cultured at 37 ° C was incubated at 37 ° C (lanes 3, 5, 7 and 9) or exposed to heat shock at 45 ° C (lanes
4, 6, 8 a 10). Proteiny se dále imunoprecipitovaly se séry z myši 1 (dráha 3 až 6) nebo myši 2 (dráha 7 až 10) a pak se analyzovaly pomocí SDS PAGE a fluorografii. Séra se testovala po první (dráha 3, 4 a 7, 8) a po druhé (dráha 5, 6 a 9, 10) imunizaci. Buněčné lyzáty značené [35S]methioninem z bakterií4, 6, 8 and 10). Proteins were further immunoprecipitated with sera from mouse 1 (lanes 3-6) or mouse 2 (lanes 7-10) and then analyzed by SDS PAGE and fluorography. Sera were tested after the first (lanes 3, 4 and 7, 8) and after the second (lanes 5, 6 and 9, 10) immunizations. Cell lysates labeled with [35 S] methionine from bacteria
5. pneumoniae, které se nevystavily nebo vystavily teplotnímu šoku jsou v dráze 1 a 2. Poloha HSP je označena šipkami na levé straně fluorogramu.5. pneumoniae that have not been exposed or exposed to thermal shock are in lanes 1 and 2. The position of HSP is indicated by arrows on the left side of the fluorogram.
Obrázek č. 4 zobrazuje fluorogram, který ukazuje proteinové antigeny S.pneumoniae imunoprecipitované séry z myší, které se imunizovaly teplem usmrcenými bakteriemi S. pneumoniae. Proteiny značené [35S]methioninem z bakterií S. pneumoniae kultivovaných při teplotě 37°C se inkubovaly při teplotě 37°C (dráhy 3, 5 a 7) nebo se vystavily teplotnímu šoku při teplotě 45°C (dráhy 4, 6 a 8). Tyto proteiny se dále imunoprecipitovaly se séry z myši 1 (dráha 3, 4) nebo myši 2 (dráha 5, 7) nebo myši 3 (dráha 7, 8) a pak se analyzovaly pomocí SDS PAGE a fluorografii. Séra se testovaly pouze po druhé imunizaci. Buněčné lyzáty značené [35S]methioninem z bakterií S. pneumoniae, které se nevystavily nebo vystavily teplotnímu šoku jsou v dráze 1 a 2. Poloha HSP je označena šipkami na levé straně fluorogramu.Figure 4 shows a fluorogram showing protein antigens of S. pneumoniae immunoprecipitated sera from mice immunized with heat-killed S. pneumoniae bacteria. [ 35S ] Methionine-labeled proteins from S. pneumoniae cultured at 37 ° C were incubated at 37 ° C (lanes 3, 5 and 7) or exposed to heat shock at 45 ° C (lanes 4, 6 and 8). ). These proteins were further immunoprecipitated with sera from mouse 1 (lane 3, 4) or mouse 2 (lane 5, 7) or mouse 3 (lane 7, 8) and then analyzed by SDS PAGE and fluorography. Sera were tested only after the second immunization. Cell lysates labeled with [ 35 S] methionine from S. pneumoniae bacteria that did not expose or were exposed to heat shock are in lanes 1 and 2. The position of HSP is indicated by arrows on the left side of the fluorogram.
Obrázek č. 5 zobrazuje fotografii, která ukazuje antigeny S.pneumoniae detekované westernovým přenosem. Celé buněčné extrakty se testovaly se séry z 15 myší (dráha 1 ažFigure 5 shows a photograph showing S. pneumoniae antigens detected by western blotting. Whole cell extracts were tested with sera from 15 mice (lane 1 to 10)
15), které se imunizovaly teplem usmrcenými bakteriemi15) that were immunized with heat-killed bacteria
S.pneumoniae. Dráha 16 ukazuje protein HSP72, který se detekoval MAb Fl-Pn3.1. Na panelu A se testovala séra po druhé imunizaci. Na panelu B je zobrazena reaktivita 4 sér z testovaných sér po první imunizaci. Polohy odpovídající pruhům proteinů o velikosti 53,5kDa a 47kDa jsou označeny na levé straně čárou. Poloha HSP72 je označena šipkami na pravé straně každého panelu.S.pneumoniae. Lane 16 shows the HSP72 protein that was detected by MAb Fl-Pn3.1. Panel A was tested for sera after the second immunization. Panel B shows the reactivity of 4 sera from the tested sera after the first immunization. The positions corresponding to the 53.5 kDa and 47 kDa protein bands are indicated by a line on the left. The position of the HSP72 is indicated by the arrows on the right side of each panel.
Obrázek č. 6 ukazuje fluogram znázorňující specifitu MAb Fl-Pn3.1 k HSP72. Proteiny značené [35S]methioninem z bakterií S. pneumoniae, které nebyly (dráha 1, 3 a 5) nebo byly (dráhaFigure 6 shows a fluorogram showing the specificity of MAb Fl-Pn3.1 to HSP72. [ 35S ] Methionine-labeled proteins from S. pneumoniae that were not (lanes 1, 3 and 5) or were (lanes 1)
2, 4 a 6) vystaveny teplotnímu šoku, se imunoprecipitovaly s MAb IgG2a, které se použily jako kontrola (dráha 3,4), nebo s2, 4 and 6) exposed to heat shock, immunoprecipitated with MAb IgG2a, which was used as a control (lane 3,4), or
Fl-Pn3.1 (dráha 5, 6) a pak fluorografii. Buněčné lyzáty bakterii S. pneumoniae, které teplotnímu šoku jsou v dráze 1 označena šipkami na levé straně se analyzovaly SDS PAGE a značené [35S]methioninem z se nevystavily a vystavily a 2. Poloha všech tři HSP je fluorogramu.Fl-Pn3.1 (lane 5, 6) and then fluorography. Cell lysates of S. pneumoniae which were shock-marked in lane 1 by the arrows on the left side were analyzed by SDS PAGE and labeled with [ 35 S] methionine z were not exposed and exposed, and 2. The position of all three HSPs is fluorogram.
Obrázek č. 7 panel A znázorňuje imunoblot, který ukazuje reakci buněčných extraktů z bakterii S. pneumoniae značených [35S]methioninem, jenž byly a nebyly vystaveny teplotnímu šoku, s MAb Fl-Pn3.1. Dráha 1 obsahuje buněčné lyzáty po teplotním šoku (45°C) . Dráha 2 obsahuje buněčné lyzáty, které nebyly vystaveny teplotnímu šoku (37°C) . Panel B zobrazuje fluogram imunoblotu ukázaného na panelu A.Figure 7 panel A shows an immunoblot showing the reaction of [ 35 S] methionine-labeled cell extracts of S. pneumoniae with and without heat shock with MAb Fl-Pn3.1. Lane 1 contains cell lysates after heat shock (45 ° C). Lane 2 contains cell lysates that were not exposed to thermal shock (37 ° C). Panel B shows the immunoblot fluorogram shown in Panel A.
Obrázek č. 8 znázorňuje westernův přenos, který ukazuje subcelulární lokalizaci HSP72 z S. pneumoniae. Vzorek obsahující 15μg proteinu membránové frakce (dráha 1) a cytoplazmatické frakce (dráha 2) z S. pneumoniae se podrobily elektroforéze na SDS PAGE, přenesly se na nitrocelulózovou membránu a testovaly se MAb Fl-Pn3.1.Figure 8 depicts a Western blot showing subcellular localization of HSP72 from S. pneumoniae. A sample containing 15µg of membrane fraction protein (lane 1) and cytoplasmic fraction (lane 2) from S. pneumoniae was electrophoresed on SDS PAGE, transferred to a nitrocellulose membrane and tested for MAb Fl-Pn3.1.
Obrázek č. 9 je fotografie imunoblotu znázorňující reaktivitu rekombinantnich fúznich proteinů obsahujících oblast C-169 HSP72 S. pneumoniae s MAb Fl-Pn3.1. Dráha 1 obsahuje celobuněčné extrakty z kmene 64 S. pneumoniae, který se testoval HSP72 specifickými MAb Fl-Pn3.1.Figure 9 is a photograph of an immunoblot showing the reactivity of recombinant fusion proteins comprising the S. pneumoniae HSP72 C-169 region with MAb Fl-Pn3.1. Lane 1 contains whole cell extracts from strain S. pneumoniae, which was tested with HSP72 specific MAb Fl-Pn3.1.
·· ···· • · ··· ···· · · ·
Dráhy 2 a 3 obsahují fágové lyzáty z E.coli, které se infikovaly ÁJBD17 kultivovaným v přítomnosti (+) nebo v nepřítomnosti (-) IPTG. Lyzáty se testovaly HSP72 specifickými MAb Fl-Pn3.1. Dráhy 4 a 5 obsahují fágové lyzáty z E.coli infikované ÁJBD17 kultivovaným v přítomnosti (+) nebo v nepřítomnosti (-) IPTG. Tyto lyzáty se testovaly SP72 specifickými MAb Fl-Pn3.1. Markéry molekulové hmotnosti jsou znázorněny na levé straně. Polohy reaktivních proteinů o velikosti 74kDa a 160 kDa jsou označena na levé respektive na pravé straně.Lanes 2 and 3 contain phage lysates from E. coli that have been infected with AβB17 cultured in the presence (+) or in the absence of (-) IPTG. Lysates were tested with HSP72 specific MAb Fl-Pn3.1. Lanes 4 and 5 contain phage lysates from E. coli infected with JBD17 cultured in the presence (+) or in the absence of (-) IPTG. These lysates were tested with SP72 specific MAb Fl-Pn3.1. Molecular weight markers are shown on the left. The 74kDa and 160 kDa reactive protein positions are indicated on the left and right, respectively.
Obrázek č. 10 znázorňuje schéma restrikční mapy HSP72 (DnaK), loky Fuc a inzerty rekombinantních klonů. Vztah mezi jednotlivými fragmenty DNA se zobrazuje s ohledem na každý z nich. Obrázek č. 10A a 10C ilustruje restrikční mapu HSP72 (DnaK) a ícgúy Fuc. Obrázek č. 10B ukazuje inzertyý-ůzných fágů a plazmidů popsaných v příkladu 3. Zkratky H(HindlII); E(EcoRV); P(Pstl); a X(XhoI) označuji polohy míst, které rozeznávají restrikční endonukleázy. Na obrázku jsou označeny fragmenty DNA na lokusu HSP72/DnaK () ; lokus Fuc {///}; a fragmenty, které se používaly jako sondy při analýze Southernovým přenosem (i|) .Figure 10 depicts a HSP72 restriction map (DnaK), Fuc loci, and recombinant clone inserts. The relationship between individual DNA fragments is shown with respect to each. Figures 10A and 10C illustrate a restriction map of HSP72 (DnaK) and Fuc γg. Figure 10B shows inserts of various phages and plasmids described in Example 3. Abbreviations H (HindIII); E (EcoRV); P (PstI); and X (XhoI) indicate the positions of sites that recognize restriction endonucleases. DNA fragments at the HSP72 / DnaK locus () are indicated in the figure; locus Fuc {///}; and fragments that were used as probes in Southern blot analysis (i).
Obrázek č. 11 zobrazuje SDS-PAGE a analýzu westernovým přenosem rekombinantního proteinu o velikosti 74 kDa. Celobuněčné extrakty z buněk E.coli transformované plazmidy pJBD179 (dráha 1), pJBDf51 (dráha 2 a 3) a pJBDf62 (dráha 4 a 5) a kultivované v přítomnosti (+) a v nepřítomnosti (-) IPTG se analyzovaly na elektroforéze na 10% polyakrylamidovém gelu. Proteiny se pak zviditelnily barvením Coomassieovou modří (A) nebo westernovým přenosem (B) za použití MAb FlPn3.1, které jsou specifické k HSP. Markéry molekulové hmotnosti (velikost se uvádí v kilodaltonech) jsou uvedeny na levé straně. Šipky na levé straně každého panelu označují proteinový markér o velikosti 74kDa.Figure 11 shows SDS-PAGE and western blot analysis of a 74 kDa recombinant protein. Whole cell extracts from E. coli cells transformed with plasmids pJBD179 (lane 1), pJBDf51 (lanes 2 and 3) and pJBDf62 (lanes 4 and 5) and cultured in the presence (+) and in the absence of (-) IPTG were analyzed by 10 % polyacrylamide gel. Proteins were then visualized by Coomassie blue staining (A) or western blotting (B) using HSP-specific MAb FlPn3.1. Molecular weight markers (in kilodaltons) are shown on the left. The arrows on the left side of each panel indicate a 74kDa protein marker.
• · ♦ ·· · · · ···· · • · · ·'·· ··· ♦ · ···· ·· ···· ·· ··· ♦ · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · · ·
Obrázek č. 12 znázorňuje detekci přirozených nebo rekombinantních antigenů HSP72 analýzou westernovým přenosem. Celobuněčné lyzáty z buněk E.coli transformované plazmidy pJBDk51 (dráha 1 a 3) a pJBD291 (dráha 2) a buněčné lyzáty z bakterii S.pneumoniae kmene 64 (dráha 4) se analyzovaly elektroforézou na 10% polyakrylamidovém gelu a a přenesly se elektrotransferem na nitrocelulózovou membránu. Imunoblot se testoval MAb Fl-Pn3.1, které jsou specifické k HSP72.Figure 12 shows the detection of natural or recombinant HSP72 antigens by Western blot analysis. Whole cell lysates from E. coli cells transformed with plasmids pJBDk51 (lane 1 and 3) and pJBD291 (lane 2) and cell lysates from S. pneumoniae strain 64 (lane 4) were analyzed by electrophoresis on a 10% polyacrylamide gel and transferred to nitro electrotransferose. membrane. Immunoblot was tested with MAb Fl-Pn3.1 that are specific to HSP72.
Obrázek č. 13A až 13D srovnává předpovídanou aminokyselinovou sekvenci otevřeného čtecího rámce (HSP72 SPNEU) HSP72 z bakterií S.pneumoniae s těmi, které byli dříve uvedeny pro následující HSP70/DnaK proteiny: ECOLI, Escherichia coli; BORBU, Borrelia burgdorferi; BRUOV, Brucella ovis; CHLPN, Chlamydia pneumonia; BACME, Bacillus megatorium; BACSU, Bacillus subtilis; STAAU, Staphylococcus aureus; LACLA, Lactococcus lactis; a MYCTU, Mycobacterium tuberculosis. Jsou označeny pouze chybné aminokyseliny. Stejné aminokyseliny jsou v rámečku a konzervativní aminokyseliny jsou stínovány.Figure 13A to 13D compares the predicted amino acid sequence of the open reading frame (HSP72 SPNEU) of HSP72 from S. pneumoniae with those previously reported for the following HSP70 / DnaK proteins: ECOLI, Escherichia coli; Borrelia burgdorferi; BRUOV, Brucella ovis; CHLPN, Chlamydia pneumonia; BACME, Bacillus megatorium; Bacillus subtilis; STAAU, Staphylococcus aureus; LACLA, Lactococcus lactis; and MYCTU, Mycobacterium tuberculosis. Only incorrect amino acids are indicated. The same amino acids are boxed and conserved amino acids are shaded.
Na obrázku č. 14 je fotografie SDS-PAGE, která ukazuje rekombinantní HSP72 čištěný afinitní chromatografií. Frakce supernatantu z lyzátu z bakterií E.coli (pJBDk51) (dráha 2) a 20gg imunoafinitně čištěného HSP72rec (dráha 3) se podrobily analýze elektroforézou na 10% polyakrylamidovém gelu. Proteiny se pak vizualizovaly barvením Comassieovou modří. Dráha 1 ukazuje migraci markérů molekulové hmotnosti (106kDa, 80kDa, 49,5kDa, 32,5kDa, 27,5kDa a 18,5kDa).Figure 14 is a photograph of SDS-PAGE showing recombinant HSP72 purified by affinity chromatography. Fractions of E.coli lysate supernatant (pJBDk51) (lane 2) and 20gg of immunoaffinity purified HSP72 rec (lane 3) were subjected to electrophoresis analysis on a 10% polyacrylamide gel. Proteins were then visualized by Comassie blue staining. Lane 1 shows the migration of molecular weight markers (106kDa, 80kDa, 49.5kDa, 32.5kDa, 27.5kDa and 18.5kDa).
Na obrázku č. 15 je zobrazena fotografie SDS-PAGE, která zobrazuje rekombinantní fragment C-169 z S.pneumoniae čištěný solubilizací inkluzních tělísek. Různá množství čištěného proteinu C-169 (dráha 1, 5μg; dráha 2, 2,5gg; a dráha 3, lgg) a celobuněčný lyzát z buněk E.coli transformovaných plazmidy ·♦ ····Figure 15 is a photograph of SDS-PAGE showing a recombinant fragment of C-169 from S. pneumoniae purified by solubilization of inclusion bodies. Different amounts of purified C-169 protein (lane 1.5µg; lane 2, 2.5gg; and lane 3, lgg) and whole cell lysate from plasmid transformed E.coli cells · ♦ ····
Μ ···# • · ··· · pDELTAl (dráha 4) a pJBDÁl (dráha 5) se analyzoval elektroforézou na 10% polyakrylamidovém gelu. Proteiny se pak vyzualizovaly barvením Coomassieovou modří.PDELTAl (lane 4) and pJBDAL (lane 5) were analyzed by 10% polyacrylamide gel electrophoresis. Proteins were then visualized by Coomassie blue staining.
Obrázek č. 16 je grafické znázornění křivky přežití myší Balb/c, které jsou chráněny před infekcí bakteriemi S.pneumoniae imunizací s HSP72rec. Data jsou uvedena jako procento (%) myší, které přežily údobí 14 dnů, z celkového počtu 10-ti myší, jenž tvořily experimentální skupinu.Figure 16 is a graphical representation of the survival curve of Balb / c mice that are protected from S. pneumoniae infection by immunization with HSP72 rec . Data are reported as a percentage (%) of mice that survived for 14 days out of the total of 10 mice that constituted the experimental group.
Obrázek č. 17 je grafické znázornění křivky přežití myší Balb/c, které jsou chráněny před infekcí bakteriemi S.pneumoniae imunizací s C-169rec. Data jsou uvedena jako procento (%) myší, které přežily údobí 14 dnů, z celkového počtu 10-ti myší, jenž tvořily experimentální skupinu.Figure 17 is a graphical representation of the survival curve of Balb / c mice that are protected from S. pneumoniae infection by immunization with C-169 rec . Data are reported as a percentage (%) of mice that survived for 14 days out of the total of 10 mice that constituted the experimental group.
Obrázek č. 18 je mapa plazmidu pURV3 obsahující C-151recř kódující oblast 151 aminokyselin na C-konci HSP72 bakterií S.pneumoniae; AmpiR, oblast kódující rezistenci na ampicilin; ColEl ori, počáteční místo replikace; cI857, gen represoru citlivého na teplotu bakteriofága λ cI857; λ PL, promotor transkripce bakteriofága λ; TI, terminátor transkripce TI. Směr transkripce je označen šipkami. BglII a BamHI jsou místa, která rozeznávají restrikční enzymy, užívaná pro inzerci kódující oblasti pro C-151rec HSP72 bakterií S .pneumoniae.FIG. 18 is a map of plasmid containing pURV3 C151 re c of the coding region of 151 amino acids at the C-terminus of the S. pneumoniae HSP72; Ampi R , ampicillin resistance coding region; ColEl ori, an origin of replication; cI857, bacteriophage temperature-sensitive repressor gene λ cI857; λ PL, bacteriophage λ transcription promoter; TI, T1 transcription terminator. The direction of transcription is indicated by arrows. BglII and BamHI are restriction enzyme recognition sites used for insertion of the coding region for C-151 rec HSP72 of S. pneumoniae.
Obrázek č. 19 ukazuje rozložení anti-S.pneumoniae titrů v séru z myší Balb/c imunizovaných HSP72rec. Séra se získala po první, druhé a třetí injekci, které obsahují Ιμς (O) nebo 5μg (·) HSP72rec a hodnotily se jednotlivě testem ELISA pro anti-S.pneumoniae protilátky. Titry se definovaly jako nejvyšší ředění, kde hodnoty získané při A410 byly o 0,1 vyšší než je pozadí. Jednoduchá čára označuje střední reciprokou hodnotu titrů protilátek pro každou skupinu myší, * * · · · · φ φ φ φ φ φ . φ • · · φφφ φφφ φφ φφφφ φφ Φ··· φφ φφ zatímco přerušovaná čára označuje střední hodnotu titrů protilátek preimunních sér.Figure 19 shows the distribution of anti-S. pneumoniae titers in serum from Balb / c mice immunized with HSP72 rec . Sera were obtained after the first, second, and third injections containing Ιμς (0) or 5μg (·) HSP72 rec and evaluated individually by an ELISA for anti-S.pneumoniae antibodies. The titers were defined as the highest dilution where the values obtained at A410 were 0.1 higher than the background. A single line indicates the mean reciprocal of the antibody titers for each group of mice, * * · · · · φ φ φ φ φ φ. While the dashed line indicates the mean antibody titer of the pre-immune sera.
Obrázek č. 20 zobrazuje rozložení anti-S.pneumoniae titrů v séru z myší Balb/c imunizovaných C-169rec. Séra se získala po první, druhé a třetí injekci, které obsahují Ιμς (O) nebo 5μς (·) C-169rec a hodnotily se jednotlivě testem ELISA pro anti-S.pneumoniae protilátky. Titry se definovaly jako nejvyšší ředění, kde hodnoty získané při A410 byly o 0,1 vyšší než je pozadí. Jednoduchá čára označuje střední reciprokou hodnotu titrů protilátek pro každou skupinu myší, zatímco přerušovaná čára označuje střední hodnotu titrů protilátek preimunních sér.Figure 20 shows the distribution of anti-S. pneumoniae titers in serum from Balb / c mice immunized with C-169 rec . Sera were obtained after the first, second, and third injections containing Ιμς (O) or 5μς (·) C-169 rec and evaluated individually by an ELISA for anti-S.pneumoniae antibodies. The titers were defined as the highest dilution where the values obtained at A410 were 0.1 higher than the background. The single line indicates the mean reciprocal antibody titer value for each group of mice, while the dashed line indicates the mean antibody titer of preimmune sera.
Obrázek č. 21 ukazuje rozložení anti-S.pneumoniae titrů v séru z myší Balb/c imunizovaných C-151rec. Séra se získala po první, druhé a třetí injekci, které obsahují 0,5μς C-151rec a hodnotily se jednotlivě testem ELISA pro anti-S.pneumoniae protilátky. Titry se definovaly jako nejvyšší ředění, kde hodnoty získané při A410 byly o 0,1 vyšší než je pozadí. Jednoduchá čára označuje střední reciprokou hodnotu titrů protilátek pro každou skupinu myší, zatímco přerušovaná čára označuje střední hodnotu titrů protilátek preimunních sér.Figure 21 shows the distribution of anti-S. pneumoniae titers in serum from Balb / c mice immunized with C-151 rec . Sera were obtained after the first, second, and third injections, which contained 0.5μς C-151 rec and were evaluated individually by an ELISA for anti-S. pneumoniae antibodies. The titers were defined as the highest dilution where the values obtained at A410 were 0.1 higher than the background. The single line indicates the mean reciprocal antibody titer value for each group of mice, while the dashed line indicates the mean antibody titer of preimmune sera.
Obrázek č. 22 zobrazuje odpověď protilátek opic cynomolgus, které se imunizovaly antigeny rekombinantního HSP72. Skupiny po dvouch opicích se imunizovaly 1. den, 22. den a 77. den buď proteinem HSP72rec nebo C-169rec. Sera se získávala pravidelnými odběry během imunizace a v každém séru se hodnotila analýzou westernovým přenosem přítomnost protilátek specifických k pneumokokovému HSP72. Titry se definovaly jako nejvyšší ředění, při kterém se objevil pruh HSP72.Figure 22 shows the response of cynomolgus monkeys antibodies immunized with recombinant HSP72 antigens. Two monkey groups were immunized on day 1, day 22 and day 77 with either HSP72 rec or C-169 rec protein. Sera were obtained by periodic sampling during immunization and the presence of antibodies specific for pneumococcal HSP72 in each serum was assessed by Western blot analysis. Titers were defined as the highest dilution at which the HSP72 band appeared.
Obrázek č. 23 ukazuje navázání hyperimunního séra na peptidy při testu ELISA v pevné fázi. Testovala se reaktivita králičích, myších a opičích sér získaných ze zvířat, která se ···· imunizovala buď proteinem HSP72rec nebo C-169rec, s peptidy. Hodnoty optické hustoty se získaly se séry testovanými při ředěni 1:100 mimo hodnot odpovídající reaktivitě králičích sér s peptidem MAP2 a myších sér s peptidy MA.P2 a MAP4, které se získaly při ředění sér 1:1 000.Figure 23 shows the binding of hyperimmune serum to peptides in solid phase ELISA. The reactivity of rabbit, mouse and monkey sera derived from animals was tested and immunized with either HSP72 rec or C-169 rec protein with peptides. Optical density values were obtained with sera tested at a 1: 100 dilution beyond values corresponding to the reactivity of rabbit sera with MAP2 peptide and mouse sera with peptides MA.P2 and MAP4, which were obtained at a 1: 1000 dilution of sera.
Obrázek č. 24 ukazuje konsensus sekvence vytvořené z DNA sekvencí otevřeného čtecího rámce hsp70/dnak bakteriíFigure 24 shows consensus sequences generated from the hsp70 / dnak open reading frame DNA sequences
Streptococcus pneumoniae (spn-orf), Streptococcus pyogenes (sga-orf) a Streptococcus agalactiae (sgb-orf) a označuje substituce a inzerce nukleotidů, které jsou specifické pro každý druh.Streptococcus pneumoniae (spn-orf), Streptococcus pyogenes (sga-orf) and Streptococcus agalactiae (sgb-orf) and denotes nucleotide substitutions and insertions that are species-specific.
Obrázek č. 25 znázorňuje konsensus sekvence vytvořené z proteinových sekvencí Hsp70 bakterií Streptococcus pneumoniae (spn-prot), Streptococcus pyogenes (sga-prot) a Streptococcus agalactiae (sgb-proí) a označuje substituce a inzerce aminokyselin specifických pro každá druh.Figure 25 shows the consensus sequence generated from the Hsp70 protein sequences of Streptococcus pneumoniae (spn-prot), Streptococcus pyogenes (sga-prot) and Streptococcus agalactiae (sgb-pro) and denotes species-specific amino acid substitutions and insertions.
Obrázek č. 26 zobrazuje fluorogram, který ukazuje účinek teplotního šoku na syntézu proteinu bakterií S. agalactiae . Dále ukazuje antigen proteinu bakterií S. agalactiae , který se imunoprecipitoval s MAb F2-Pn3.4. Buněčné lyzáty s proteiny značenými [35S]methioninem z bakterií S. agalactiae kultivovaných při teplotě 37°C, inkubované při teplotě 37°C (dráhy označené lichými čísly) nebo vystavené teplotnímu šoku při teplotě 43°C (dráhy označené sudými čísly) se analyzovaly SDS-PAGE a fluorografií. Dráhy 3 a 4 ukazují imunosraženiny získané použitím MAb F2-Pn3.4.Figure 26 shows a fluorogram showing the effect of heat shock on protein synthesis of S. agalactiae bacteria. It further shows an antigen of a protein of S. agalactiae that has been immunoprecipitated with MAb F2-Pn3.4. Cell lysates with proteins labeled with [35 S] methionine from S. agalactiae grown at 37 ° C, incubated at 37 ° C (lanes labeled with odd numbers) or exposed to heat shock at 43 ° C (lanes labeled with even numbers) are analyzed by SDS-PAGE and fluorography. Lanes 3 and 4 show immunoprecipitates obtained using MAb F2-Pn3.4.
Příklady provedeni vynálezuDETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION
Příklad 1 popisuje identifikací HSP72, imunoreaktivní/?,?Example 1 describes the identification of HSP72, immunoreactive,?
proteinu teplotního šoku podle vynálezu. Příklad 2 popisuje izolaci monoklonálních protilátek proti epitopům proteinua heat shock protein according to the invention. Example 2 describes the isolation of monoclonal antibodies against protein epitopes
HSP72. Příklad 3 popisuje přípravu rekombinantního HSP72 a • · jeho fragmentů podle vynálezu. Přiklad 4 popisuje antigenní specifitu a imunoreaktivitu monoklonálnich protilátek určených proti HSP72 a identifikaci imunologicky příbuzných proteinů podle vynálezu. Příklad 5 popisuje postup získaání v podstatě čistého HSP72 a použiti HSP72 nebo protilátek proti HSP72 na ochranu proti experimentální infekci způsobené bakteriemi S.pneumoniae. Příklad 6 popisuje přípravu rekombinantúho fragmentu C-151 proteinu HSP72 podle vynálezu. Příklad 7 popisuje humorálni imunní odezvu, která následuje po imunizaci rekombinantním HSP72 nebo fragmenty HSP72 podle vynálezu. Příklad 8 popisuje polohu lineárních epitopů Bbuňky na proteinu HSP72. Přiklad 9 popisuje geny hsp70 a proteiny HSP70 z bakterií S.agalactiae a S. pyogenes. Příklad 10 popisuje použití antigenu HSP72 v lidské vakcíně.HSP72. Example 3 describes the preparation of recombinant HSP72 and fragments thereof according to the invention. Example 4 describes the antigen specificity and immunoreactivity of monoclonal antibodies directed against HSP72 and the identification of immunologically related proteins of the invention. Example 5 describes a procedure for obtaining substantially pure HSP72 and using HSP72 or anti-HSP72 antibodies to protect against experimental infection caused by S. pneumoniae. Example 6 describes the preparation of a recombinant fragment of C-151 of the HSP72 protein of the invention. Example 7 describes a humoral immune response following immunization with recombinant HSP72 or HSP72 fragments of the invention. Example 8 describes the position of linear cell epitopes on HSP72 protein. Example 9 describes hsp70 genes and HSP70 proteins from S.agalactiae and S. pyogenes. Example 10 describes the use of HSP72 antigen in a human vaccine.
Příklad 1: Identifikace imunoreaktivních proteinů bakteriíExample 1: Identification of immunoreactive proteins of bacteria
S.pneumoniae.S.pneumoniae.
A. PostupA. Procedure
Pokud není uvedeno jinak následující postupy se použily ve zde uvedených příkladech.Unless otherwise indicated, the following procedures were used in the examples herein.
1. Bakterie1. Bacteria
Kmeny bakterií S.pneumoniae poskytla instituce Laboratoire de la Santé Publique du Québec, Sainte-Annejde Bellevue. Kmeny bakterií S.pneumoniae zahrnují typ 4 kmen 53 a typ 6 kmen 64. Jestli není specifikováno jinak, použily se bakterie S.pneumoniae typ 6 kmen 64. Bakteriální kmeny se kultivovaly přes noc při teplotě 37°C v atmosféře 5 % CO2 na plotnách s čokoládovým agarem.S.pneumoniae strains were provided by the Laboratoire de la Santé, Publique du Québec, Sainte-Annejde Bellevue. S.pneumoniae strains include Type 4 strain 53 and Type 6 strain 64. Unless otherwise specified, S.pneumoniae type 6 strain 64 was used. The bacterial strains were cultured overnight at 37 ° C in an atmosphere of 5% CO 2 for chocolate agar plates.
2. Příprava antigenu2. Preparation of antigen
• · · · ·'·• · · · · · ·
Za účelem imunizace a imunotestů se připravily různé antigeny bakterií S. pneumoniae. Antigeny celých buněk usmrcených teplem se získaly inkubací bakteriálních suspenzí ve vodní lázni předehřáté na teplotu 56 °C po dobu 20 minut. Proteiny rozpustné v detergentu se izolovaly z bakterií S. pneumoniae následujícím způsobem. Bakterie usmrcené teplem se suspendovaly v lOmM pufru Hepes (4-(2-hydroxyethyl)-1piperazinsulfonová kyselina) (Boehringer Mannheim GmbH, Německo) při pH 7,4 a sonifikovaly se 20 000 Kz/vteřinu, čtyřikrát po dobu 30 vteřin. Intaktní buňky a velký odpad se odstranil centrifugací při 1 700 ot./min. po dobu 20 minut. Shromážděný supernatant se centrifugoval při 100 000 g po dobu 60 minut. Pelet se resuspendoval v lml pufru Hepes a přidal se lml 2 % N-lauroylsarkosinu (Sigma Chemical Co., St. Louis, Mo). Směs se inkubovala po dobu 30 minut při teplotě místnosti a frakce rozpustná v detergentu se izolovala centrifugací při 100 000 g po dobu 60 minut.Various antigens of S. pneumoniae were prepared for immunization and immunoassays. Heat-killed whole cell antigens were obtained by incubating the bacterial suspensions in a water bath preheated to 56 ° C for 20 minutes. Detergent-soluble proteins were isolated from S. pneumoniae as follows. The heat-killed bacteria were suspended in 10 mM Hepes (4- (2-hydroxyethyl) -1-piperazinesulfonic acid) buffer (Boehringer Mannheim GmbH, Germany) at pH 7.4 and sonicated at 20,000 Kz / second, four times for 30 seconds. Intact cells and large debris were removed by centrifugation at 1700 rpm. for 20 minutes. The collected supernatant was centrifuged at 100,000g for 60 minutes. The pellet was resuspended in 1 ml Hepes buffer and 1 ml 2% N-lauroylsarcosine (Sigma Chemical Co., St. Louis, Mo) was added. The mixture was incubated for 30 minutes at room temperature and the detergent soluble fraction was collected by centrifugation at 100,000g for 60 minutes.
3. Aplikace teplotního šoku3. Application of thermal shock
Bakterie S. pneumoniae (typ 4, kmen 53 a typ 6, kmen 64) se resuspendovaly v Eagleově minimálním esenciálním médiu bez methioninu (ICN Biomedicals lne., Costa Mesa, CA) doplněném 1 % BIO-X® (Quelab Laboratories, Montreal, kanada), inkubovaly se po dobu 15 minut při teplotě 37 °C a pak se rozdělily do dvou frakcí o stejném objemu. Vzorky se inkubovaly buď při teplotě 37 °C nebo 45 °C a pak se značily 100 gCi/ml [35S]methioninu (ICN) po dobu 10, 30 nebo 60 minut při teplotě 37 °C. Bakterie se shromáždily a připravily se buněčné extrakty za použití Tris-HCl lyzačního pufru, jak se popisuje shora, nebo pufru na SDS-PAGE.S. pneumoniae bacteria (type 4, strain 53 and type 6, strain 64) were resuspended in Eagle's minimal methionine-free essential medium (ICN Biomedicals Inc, Costa Mesa, CA) supplemented with 1% BIO-X® (Quelab Laboratories, Montreal, Canada), incubated for 15 minutes at 37 ° C and then divided into two equal volume fractions. The samples were incubated at either 37 ° C or 45 ° C and then labeled with 100 gCi / ml [ 35 S] methionine (ICN) for 10, 30 or 60 minutes at 37 ° C. Bacteria were collected and cell extracts were prepared using Tris-HCl lysis buffer as described above or SDS-PAGE buffer.
• ·• ·
4. Imunizace myší4. Immunization of mice
Samice Balb/c myší (Charles River Laboratories, StConsíant, Québec, kanada) se imunizovaly antigeny bakteriíFemale Balb / c mice (Charles River Laboratories, StConsian, Quebec, Canada) were immunized with bacteria antigens
5. pneumoniae. Imunní séra proti bakteriím S.pneumoniae typ 6 kmen 64 se získaly z myší imunizovaných ve dvou „týdenních intervalech aplikací podkožních injekcí, které obsahují 107 teplem usmrcených bakterií nebo 2(^g pneumokokových proteinů absorbovaných na adjuvans, kterým je hydroxid hlinitý (Alhydrogel®; Cedarlane Laboratories Ltd., Horný, Ontario, Vanada). Vzorky krve se odebíraly před imunizací a sedmý den po první a druhé imunizaci.5. pneumoniae. Immune sera against S. pneumoniae type 6 strain 64 were obtained from mice immunized at two weekly intervals with subcutaneous injections containing 10 7 heat-killed bacteria or 2 µg of pneumococcal proteins absorbed on an aluminum hydroxide adjuvant (Alhydrogel®). (Cedarlane Laboratories Ltd., Upper, Ontario, Vanada) Blood samples were collected before immunization and on the seventh day after the first and second immunizations.
5. SDS-PAGE a imunotest5. SDS-PAGE and immunoassay
Inkubací bakteriálních suspenzí v Tris-HCL lyzačním pufru (50mM Tris, 150mM NaCl, 0,1 % dodecylsulfát sodný, 0,5% deoxycholát sodný, 2 % Triton® X-100, 100μg/ml fenylmethylsulfonylfluoridu a 2μg/ml aprotininu) při ρΗδ,Ο po dobu 30 minut na ledu se připravily buněčné extrakty pro SDSPAGE, westernův přenos a radioimunoprecipitační test. Lyžované buňky se vyčeřily centrifugací a supernatanty se rozdělily na alikvoty a ty se zmrazily na teplotu -70°C.Incubation of bacterial suspensions in Tris-HCL lysis buffer (50 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.1% sodium dodecyl sulfate, 0.5% sodium deoxycholate, 2% Triton® X-100, 100μg / ml phenylmethylsulfonylfluoride and 2μg / ml aprotinin) at ρΗδ 30 for 30 minutes on ice, cell extracts were prepared for SDSPAGE, western blotting and radioimmunoprecipitation assay. The lysed cells were clarified by centrifugation and the supernatants were aliquoted and frozen at -70 ° C.
SDS-PAGE proběhla na 10 % polyakrylamidovém gelu podle metody Laemmli (Natufe, 227, pp. 680-685 (1970)), za použití systému Mini Protean® (Bio-Rad Laboratories Ltd., Mississauga, kanada). Vzorky se denaturovaly povařením po dobu 5 minut ve vzorkovém pufru, který obsahuje 2 % 2merfcaptoe tanoln. Proteiny se rozlišily barvením polyakrylamidového gelu s PhastGel Blue® (Pharmacia Biotech lne., Baie s'Urfé, Kanada). Radioaktivně značené pro dukty se vizualizovaly fluorografii. Fluorogramy se snímaly za použití laserových densitometrů.SDS-PAGE was run on a 10% polyacrylamide gel according to the Laemmli method (Natufe, 227, pp. 680-685 (1970)) using a Mini Protean® system (Bio-Rad Laboratories Ltd., Mississauga, Canada). The samples were denatured by boiling for 5 minutes in a sample buffer containing 2% 2merfcaptoe tanoln. Proteins were resolved by staining a polyacrylamide gel with PhastGel Blue® (Pharmacia Biotech Inc, Baie s'Urfé, Canada). Radiolabeled for ducts were visualized by fluorography. Fluorograms were recorded using laser densitometers.
Τϊ—ΓΤΤϊ — ΓΤ
Postup imunoblotu se provedl podle metody popsané Towbin et al. (Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 76, pp. 4350-4354 (1979)). Detekce antigenů reaktivních s protilátkami se uskutečnila metodou imunotestu s nepřímou protilátkou za použiti anti-myšich imunoglobulinů značených peroxidázou a substrátu barveného o-dianisidinem.The immunoblot procedure was performed according to the method described by Towbin et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 76, pp. 4350-4354 (1979)). Detection of antibody-reactive antigens was performed by indirect antibody immunoassay using peroxidase labeled anti-mouse immunoglobulins and o-dianisidine-stained substrate.
Radioimunoprecipitačni testy se uskutečnily podle způsobu, který popisuje J.A.Wiley et al. (J.Virol., 66, pp. 5744-5751 (1992)). K radioaktivně značeným vzorkům, které obsahuji stejné množství [35S]methioninu, se přidaly supernatanty kultury séra nebo hybridomu. Směsi se nechaly inkubovat po dobu 90 minut při teplotě 4°C za konstantního míchání. Imunní komplexy se pak srážely po dobu 1 hod. při teplotě 4°C proteinovou A sefarozou (Pharmacia), která byla ošetřena bovinnim sérovým albuminem. Zrna se shromáždila v peletu a třikrát se promyla fyziologickým roztokem pufrovaným Tris při pH8,0. Komplexy antigenů se pak povařením ve vzorkovém pufru. Antigeny se elektroforézou na SDS-PAGE. Gel se zafixoval disociovaly analyzovaly a použitímRadioimmunoprecipitation assays were performed according to the method described by JAWiley et al. (J. Virol., 66, pp. 5744-5751 (1992)). Serum or hybridoma culture supernatants were added to radiolabeled samples containing the same amount of [ 35 S] methionine. The mixtures were allowed to incubate for 90 minutes at 4 ° C with constant stirring. The immune complexes were then precipitated for 1 hour at 4 ° C with protein A sepharose (Pharmacia), which was treated with bovine serum albumin. The grains were collected in a pellet and washed three times with Tris-buffered saline at pH 8.0. The antigen complexes are then boiled in sample buffer. Antigens were electrophoresed on SDS-PAGE. The gel was fixed dissociated and analyzed using
Amplify® (Amersham Canada Limited, Oakville, Ontario, Kanada) připravil pro fluorografii, gel se pak film X-paprsky.Amplify® (Amersham Canada Limited, Oakville, Ontario, Canada) was prepared for fluorography, and the gel was then film X-rays.
se se sušil a exponovalwas dried and exposed
B. Charakterizace odezvy na teplotní šok u bakteriíB. Characterization of temperature shock response in bacteria
S.pneumoniaeS.pneumoniae
Testováním paternu syntézy proteinu před a po skoku z teploty 37°C na teplotu 45°C se studovala odezva na teplotní šok u bakterií S.pneumoniae. Obrázek č. 1 ukazuje výsledky situace, kdy bakterie S.pneumoniae typ 6 kmen 64 (panel A) a typ 4 kmen 53 (panel B) se kultivovaly při teplotě 37°C. Dále následovala inkubace při teplotě 37°C (dráha 1,3,5,7 a 9) nebo při teplotě 45°C (dráha 2,4,6,8, a 10) po dobu 5 minut a pak se bakterie značily [35S]methioninem po dobu 10 minut p · · ·· · · · · · • · · · · · · · ···· ·.By testing the protein synthesis pattern before and after jumping from 37 ° C to 45 ° C, the response to heat shock was studied in S. pneumoniae. Figure 1 shows the results of a situation where S. pneumoniae type 6 strain 64 (panel A) and type 4 strain 53 (panel B) were cultured at 37 ° C. This was followed by incubation at 37 ° C (lanes 1,3,5,7 and 9) or at 45 ° C (lanes 2,4,6,8, and 10) for 5 minutes and then the bacteria were labeled [ 35]. With] methionine for 10 minutes at 50 ° C.
• · · · · · ··· ·· ···· ·· ···· · · *· (dráha 1,2 a 7,8), 30 minut (dráha 3,4, a 9,10) nebo 60 minut (dráha 5,6).• (lanes 1,2 and 7,8), 30 minutes (lanes 3,4, and 9,10), or 60 minutes (lane 5.6).
Fluorogram odvozený z SDS-PAGE ukazuje, že zvýšením teploty se zvýšila i syntéza nejméně tří proteinů (obrázek č. 1) . Velikost nejnápadnějšího indukovaného proteinu je okolo 72 kDa (HSP72), zatímco další dva proteiny byly přibližně 80kDa (HSP80) a 62kDa (HSP62) velké. Zvýšení syntézy proteinu bylo zřejmé už po 10 minutách značení (obrázek č.l, dráha 1,2 a 7,8) a stalo se podstatnějším, když doba značení se prodloužila na 30 minut (obrázek č.l, dráhy 3,4 a 9,10) a 60minut (obrázek č.l, dráhy 5,6). Účinek zvýšené teploty na profil syntézy proteinu u dvou rozdílných kmenů bakterií S.pneumoniae byl podobný. Syntetizovaly se proteiny HSP podobné molekulové hmotnosti (srovnání se nachází na panelu A (typ 6 kmen 64) a panelu B (typ 4 kmen 53) na obrázku č. 1)).A fluorogram derived from SDS-PAGE shows that the temperature increase also increased the synthesis of at least three proteins (Figure 1). The size of the most striking induced protein is about 72 kDa (HSP72), while the other two proteins were approximately 80kDa (HSP80) and 62kDa (HSP62) large. The increase in protein synthesis was already apparent after 10 minutes of labeling (Figure 1, lanes 1,2 and 7,8) and became more significant when the labeling time was extended to 30 minutes (Figure 1, lanes 3,4 and 9). , 10) and 60 minutes (Figure 1, lanes 5.6). The effect of the elevated temperature on the protein synthesis profile of two different strains of S. pneumoniae was similar. HSP proteins of similar molecular weight were synthesized (compared to panel A (type 6 strain 64) and panel B (type 4 strain 53) in Figure 1)).
Analýza denzitometrického záznamu při zkoumání profilů syntézy proteinu umožnila odhad relativního množství proteinů. S ohledem na bakterie S.pneumoniae typ 6 kmen 64, které byly vystaveny teplotnímu šoku, se po 10 minutách značení připravilo 2,9% a 6,8% značených proteinů HSP80 a HSP62. Při teplotě 37°C to bylo méně jak 0,1% (obrázek č.2). Při obou teplotách 37°C a 45 °C se detekovaly značené proteiny, které mají zjevnou molekulovou váhu 72kDa, což je zřejmé z obrázku č. 2. Radioimunoprecipitační analýza však ukázala, že HSP72 se nedetekoval při teplotě 37°C (shora uvedeno, obrázek č. 3,4 a 6), což naznačuje, že pík 9, který se nachází na obrázku č. 2 odpovídá obsahu(ům) proteinu, jež migruje dohromady s HSP72. Jestliže předpokládáme, že značení zmíněného materiálu proběhlo stejným způsobem, výsledky naznačují, že množství HSP72 reprezentuje 8,7% celkového značeného proteinu po teplotním šoku. Srovnání densitometrického záznamu ukazuje, že buněčné proteiny odpovídající pikům 4,10,13,17,19 a 21 se syntetizovaly skoroDensitometric analysis analysis of protein synthesis profiles allowed estimation of the relative amount of proteins. With respect to S. pneumoniae type 6 strain 64 exposed to heat shock, 2.9% and 6.8% of the labeled HSP80 and HSP62 proteins were prepared after 10 minutes of labeling. At 37 ° C it was less than 0.1% (Figure 2). Labeled proteins having an apparent molecular weight of 72 kDa were detected at both 37 ° C and 45 ° C, as shown in Figure 2. However, radioimmunoprecipitation analysis showed that HSP72 was not detected at 37 ° C (see above, Figure 3). Nos. 3,4 and 6), suggesting that peak 9 in Figure 2 corresponds to the protein content (s) that migrates together with HSP72. Assuming that the labeling of said material proceeded in the same manner, the results indicate that the amount of HSP72 represents 8.7% of the total labeled protein after heat shock. Comparison of the densitometric pattern shows that cellular proteins corresponding to peaks 4, 10, 13, 17, 19 and 21 were synthesized almost
4 · · 4 · · 4 · · • · 4 · 4 · · 4,4444 · • 44 444 4 4 ·4 · 4 · 4 · 4 · 4 · 4,4444 · 44 444 4 4 ·
444444 4····· · » *· stejnou rychlostí bez ohledu na teplotní šok (obrázek č. 2). Avšak syntéza několika proteinů (píky 1,2,3,15,20,22,24 a 26) ukazuje, že jde o odezvu na teplotní šok (obrázek č. 2).444444 4 ····· »» * * at the same speed regardless of the thermal shock (Figure 2). However, the synthesis of several proteins (peaks 1,2,3,15,20,22,24 and 26) shows that this is a response to thermal shock (Figure 2).
C. Imunní odezvy na proteiny HSP bakterií S.pneumoniaeC. Immune responses to S.pneumoniae HSP proteins
Za účelem hodnocení protilátkové odpovědi na pneumokokové HSP se myší séra nejprve testovala radioimunoprecipitací. Repertoár značených proteinů, které rozeznávají séra myší, jež se imunizovaly antigenem S.pneumoniae, je na obrázku č. 3 a 4. Obrázek č. 3 se týká izolace proteinu, který je rozpustný v detergentu. Obrázek č. 4 se týká izolace teplem usmrcených bakterií. Ačkoli řada pruhů se detekovala většinou antisér, HSP72 byl hlavní produkt srážení. Detekcí pouhých proteinů mezi produkty teplotního šoku (obrázek č. 3, dráha 4,6,8 a 10; obrázek č.4, dráha 4,6 a 8) se ukázala specifita protilátek proti HSP72. Je zajímavé, že všechny imunizované myši shodně rozeznaly HSP72. Protilátky reaktivní s HSP72 nebyly specifické pro kmen, který se používal během imunizace, protože se pozorovala silná reaktivita s heterologními HSP72 bakterií S.pneumoniae. Musí se poznamenat s ohledem na HSP72, že navíc jedno sérum precipitovalo s ko-migrujícím produktem značeným při teplotě 37°C a 45°C (obrázek č. 4, dráha 4) . Tento 72kDa velký produkt pravděpodobně odpovídá obsahu píku 9 na obrázku č. 2 a nebyl detekován imunobloty. HSP62 je další imunní cíl, který se srážel s některými, ale ne se všemi, imunními séry (obrázek č.3, dráha 6; obrázek č.4, dráha 4 a 6) . Žádné z testovaných sér nereagovalo s HSP80. Žádný protein se nesrážel v případě, že se testovala reaktivita protilátek preimunního séra z myší užívaných v této studii se značenými produkty.To evaluate the antibody response to pneumococcal HSP, mouse sera were first tested by radioimmunoprecipitation. A repertoire of labeled proteins that recognize the sera of mice immunized with S. pneumoniae antigen is shown in Figures 3 and 4. Figure 3 relates to the isolation of a detergent soluble protein. Figure 4 relates to the isolation of heat-killed bacteria. Although a number of bands were detected mostly by antisera, HSP72 was a major clot product. Detection of only proteins between heat shock products (Figure 3, lanes 4,6,8 and 10; Figure 4, lanes 4,6 and 8) showed the specificity of antibodies against HSP72. Interestingly, all immunized mice consistently recognized HSP72. HSP72-reactive antibodies were not specific to the strain used during immunization because of strong reactivity with heterologous HSP72 of S. pneumoniae. It must be noted with respect to HSP72 that, in addition, one serum precipitated with the co-migrating product labeled at 37 ° C and 45 ° C (Figure 4, lane 4). This 72 kDa large product probably corresponds to the content of peak 9 in Figure 2 and no immunoblots were detected. HSP62 is another immune target that collided with some, but not all, immune sera (Figure 3, lane 6; Figure 4, lanes 4 and 6). None of the sera tested reacted with HSP80. No protein precipitated when the reactivity of pre-immune serum antibodies from mice used in this labeled product study was tested.
Jak ukazuje obrázek č. 3 a 5, protilátky proti HSP72 se mohou detekovat po jedné imunizaci s buď proteiny rozpustnými • · « · « · · · v detergentu nebo s celobuněčnými extrakty bakterii S.pneumoniae. Navíc se po druhé imunizaci pozorovalo znatelné zvýšeni protilátkové odezvy na HSP72 (obrázek č. 3, srovnej dráhu 4 a6 a dráhu 8 a 10).As shown in Figures 3 and 5, anti-HSP72 antibodies can be detected after a single immunization with either detergent soluble proteins or whole cell extracts of S. pneumoniae. In addition, a marked increase in antibody response to HSP72 was observed after the second immunization (Figure 3, compare lanes 4 and 6 and lanes 8 and 10).
Imunoblotové paterny 15 myši, které se imunizovaly teplem usmrcenými bakteriemi S.pneumoniae, byly překvapivě konzistentní s výsledky dříve popsané radioimunoprecipitace. Ačkoli se vyskytla různá protilátková odezva na řadu proteinů, HSP72 byl hlavni imunoreaktivni antigen, který dal po první imunizaci vzniknout 8 (53%) pozitivním sérům (obrázek č. 5) . Protilátky proti HSP72 se detekovaly ve 13 imunních sérech z celkového počtu 15 sér, které se testovaly po druhé imunizaci (87%). V 5 (33%) a v 7 (47%) sérech se detekovaly dva další prominentní antygeny, které mají zjevnou molekulovou hmotnost 53,5 a 47kDa (obrázek č. 5). Použitím rekombinantnich antigenů HSP72 v imunoblotovém testu se určilo, že reaktivní pruh o velikosti 72kDa je pneumokokový HSP72 (Příklad 3, uvedeno dále v textu). Preimunní séra neuspěla při detekci libovolného pneumokokového proteinu.Surprisingly, immunoblot patches of 15 mice immunized with heat-killed S. pneumoniae bacteria were surprisingly consistent with the results of the previously described radioimmunoprecipitation. Although there were different antibody responses to a number of proteins, HSP72 was the major immunoreactive antigen that produced 8 (53%) positive sera after the first immunization (Figure 5). Anti-HSP72 antibodies were detected in 13 immune sera out of a total of 15 sera tested after the second immunization (87%). Two other prominent antygens having an apparent molecular weight of 53.5 and 47 kDa were detected in 5 (33%) and 7 (47%) sera (Figure 5). Using recombinant HSP72 antigens in the immunoblot assay, it was determined that the reactive band of 72kDa was pneumococcal HSP72 (Example 3, below). Pre-immune sera failed to detect any pneumococcal protein.
Příklad 2: Izolace monoklonálnich protilátek proti epitopůmExample 2: Isolation of monoclonal antibodies against epitopes
HSP72HSP72
A. PostupyA. Procedures
1. Imunizace myši a fúze1. Mouse immunization and fusion
Samičky Balb/c myši (Charles River Laboratories) se imunizovaly antigeny bakterií S.pneumoniae. Jedna sada myši (fúzní experiment 1) se imunizovala peritonálni injekcí, která obsahuje antigen z 107 celých bakterii usmrcených formaldehydem kmene MTL suspendovaných ve Freundově celém adjuvans. Injekce obsahující stejný antigen se opakovaly ve dvou týdenich intervalech a pak se aplikovaly injekce obsahující sonikát teplem usmrcených bakterií ve Freundově • · • · •· «··» « 9 « · · · « · ···· · · · · neúplném adjuvans. Druhá skupina myší (fúzní experiment 2) se imunizovala třikrát ve tří, týdenním intervalu se 75μς pneumokokových antigenů, které jsou rozpustné v detergentu a extrahovaly se z kmene 64 (typ 6) a jsou obsaženy v 25μg adjuvans Quil A (Cedarlane Laboratories Ltd., Hornby, Ontario, Kanada). Tři dny před fúzí se všem myším aplikovala intraperitonálně injekce s antigenem suspendovaným v samotném PBS. Fúzi buněk sleziny s nesekretujícimi SP2/0 buňkami myelomu se produkovaly hybridomy podle popisu J.Hamel et al. (J.Med. Microbiol., 23, pp. 163-170 (1987)). Specifický hybridom se klonoval následnými limitujícími ředěními, nechal se pomnožit a zamrazil se v kapalném dusíku. Testem ELISA se určila třída, podtřida a typ lehkého řetězce MAbs podle popisu D.Martin et al, (Eur.J.Immunol., 18, pp. 601-606 (1988)) za použití činidel získaných z Southern Biotechnology Associates lne. (Birmingham, AL).Female Balb / c mice (Charles River Laboratories) were immunized with S. pneumoniae antigens. One set of mice (fusion experiment 1) was immunized by peritonal injection containing antigen from 10 7 whole MTL killed formaldehyde strain MTL suspended in Freund's entire adjuvant. Injections containing the same antigen were repeated at two week intervals and then injections containing the sonicate of heat-killed bacteria in Freund's incomplete adjuvant were used. . The second group of mice (fusion experiment 2) was immunized three times at three weekly intervals with 75μς of detergent-soluble pneumococcal antigens extracted from strain 64 (type 6) and contained in 25μg of Quil A adjuvant (Cedarlane Laboratories Ltd., Hornby, Ontario, Canada). Three days prior to fusion, all mice were injected intraperitoneally with antigen suspended in PBS alone. Fusion of spleen cells with non-secreting SP2 / 0 myeloma cells produced hybridomas as described by J. Chamel et al. (J. Med. Microbiol., 23, pp. 163-170 (1987)). The specific hybridoma was cloned by subsequent limiting dilutions, allowed to multiply and frozen in liquid nitrogen. The MAbs class, subclass and type of light chain were determined by ELISA as described by D. Martin et al. (Eur. J. Immunol., 18, pp. 601-606 (1988)) using reagents obtained from Southern Biotechnology Associates Inc. (Birmingham, AL).
2. Subbuněčná frakcionace2. Subcellular fractionation
Pneumokok*j se separovaly do subbuněčných frakci na základě způsobu, který popisuje Pearce et al.(Mol.Microbiol., 9, pp. 1037-1050 (1993)). Bakterie S.pneumoniae kmen 64 (typPneumococci were separated into subcellular fractions according to the method of Pearce et al. (Mol. Microbiol., 9, pp. 1037-1050 (1993)). S. pneumoniae strain 64 (typ
6) se kultivovaly v půdě Todd Hewitt, která je doplněna 0,5 % (hmotnost/objemem) kvasinkovým extraktem po dobu 6 hodin při teplotě 37°C a izolovaly se centrifugací. Buněčné pelety se resupendovaly v 25mM Tris-HCl pH8, 0, ImM EDTA, ImM fenylmethylsulfonylfluorid (PMSF) a sonikovaly se po dobu 4 minut s 15 vteřinovými rázy. Buněčný odpad se odstranil centrifugací. Bakteriální membrány a cytoplazmatický obsah se oddělil centrifugací při 98 OOOg po dobu 4 hodin. Cytoplazmatická frakce (supernatant) a membránové frakce (pelet) se upravily tak, aby obsahovaly koncentraci proteinu do lmg/ml a podrobily se analýze SDS-PAGE a imunoblotu.6) were cultured in Todd Hewitt broth supplemented with 0.5% (w / v) yeast extract for 6 hours at 37 ° C and collected by centrifugation. Cell pellets were resuspended in 25 mM Tris-HCl pH8.0, 1 mM EDTA, 1 mM phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF) and sonicated for 4 minutes with 15 second shocks. Cell debris was removed by centrifugation. Bacterial membranes and cytoplasmic content were separated by centrifugation at 98,000g for 4 hours. The cytoplasmic fraction (supernatant) and membrane fraction (pellet) were adjusted to contain a protein concentration of up to 1mg / ml and subjected to SDS-PAGE and immunoblot analysis.
• ······ · ♦ · · · * « · · · · ···· • · , · · · · · · · · · · ♦ « · '« ··· ··· • · · · · · ·· · ·· · 1 ·· · ·· · * * * * * *,,,,,,,,,,,,,,,,,, * *, * * * * · · ·· · 1 ·· · ·
B. Identifikace a charakterizace MAbs proti HSP72 bakteriiB. Identification and characterization of MAbs against HSP72 bacteria
S.pneumoniaeS.pneumoniae
Supernatanty kultury hybridomů se testovaly enzymovým imunotestem za použití celých buněk bakterií S.pneumoniae kmen 65 (typ 4) postupem, který popisuje D.Martin et al. (citace uvedena shora). Pozitivní hybridomy se pak znovu testovaly imunoblotací za účelem určení hybridomů, které vylučují MAbs reaktivní s HSP72. Z celkového počtu 26 hybridomů, které vykazují v imunoblotu anti-reaktivitu s S.pneumoniae, čtyři rozeznávají epitopy přítomné v pruhu s proteinem o molekulové hmotnosti 72kDa. Čtyři hybridomy se označily Fl-Pn3.1 (pochází z fúzního experimentu 1) a F2Pn3.2, F2-Pn3.3 a F2-Pn3.4 (pochází z fúzního experimentu 2). Izotypová analýza ukázala, že hybridom Fl-Pn3.1 (pochází z fúzního experimentu 1) vylučuje imunoglobiny IgG_2ak< zatímco všechny hybridomy F2-Pn3.2, F2-Pn3.3 a F2-Pn3.4 (pochází z fúzního experimentu 2) vylučovaly IgGik. Chybějící radioimunoprecipitační aktivita proti proteinům bakterií S .pneumoniae značených [35S]methioninem jasně ukazuje specifitu MAbs na HSP72. Uvedené proteiny se získaly z kultur inkubovaných při teplotě 37°C a imunoprecipitace proteinu o velikosti 72kDa s lyzáty získanými aplikací teplotního šoku inkubací při teplotě 45°C. Obrázek č. 6 (dráha 5 a 6) ukazuje výsledky získané s MAb F2-Pn3.2, F2-Pn3.3 a F2-Pn3.4.Hybridoma culture supernatants were tested by enzyme immunoassay using whole cells of S. pneumoniae strain 65 (type 4) as described by D. Martin et al. (cited above). Positive hybridomas were then re-tested by immunoblotting to determine hybridomas that secrete MAbs reactive with HSP72. Of the 26 hybridomas that show anti-reactivity with S. pneumoniae in the immunoblot, four recognize the epitopes present in the 72 kDa protein band. The four hybridomas were designated Fl-Pn3.1 (derived from fusion experiment 1) and F2Pn3.2, F2-Pn3.3 and F2-Pn3.4 (derived from fusion experiment 2). Isotype analysis revealed that hybridoma Fl-Pn3.1 (from fusion experiment 1) secreted immunoglobulins IgG_ 2a to <while all hybridomas F2-Pn3.2, F2-Pn3.3 and F2-Pn3.4 (from fusion experiment 2 ) secreted IgG ik . The lack of radioimmunoprecipitation activity against [ 35 S] methionine-labeled S. pneumoniae proteins clearly demonstrates the specificity of MAbs for HSP72. Said proteins were obtained from cultures incubated at 37 ° C and immunoprecipitation of 72kDa protein with lysates obtained by application of heat shock by incubation at 45 ° C. Figure 6 (lanes 5 and 6) shows the results obtained with MAb F2-Pn3.2, F2-Pn3.3 and F2-Pn3.4.
Lyzáty z buněk bakterií S.pneumoniae, které nebyly respektive byly vystaveny teplotnímu šoku, byly značeny [35S]methioninem a byly testovaný MAb, se elektoforezovaly na SDS-PAGE gelech a pak se podrobily analýze westernovým přenosem. Výsledné imunobloty ukazují na přítomnost antigenů HSP72 v obouch vzorcích. Panel A na obrázku č. 7 ukazuje výsledky získané MAb Fl-Pn3.1. Stejné výsledky se získaly u MAbs F2-Pn3.2, F2-Pn3.3 a F2-Pn3.4. Vzhledem ke stresovým podmínkám teplotního šoku se podstatně nezvýšila reaktivita • · « ·· · • >Lysates from S. pneumoniae cells that were not exposed to heat shock, respectively, were labeled with [ 35 S] methionine and tested with MAbs, electrophoresed on SDS-PAGE gels and then subjected to Western blot analysis. The resulting immunoblots indicate the presence of HSP72 antigens in both samples. Panel A in Figure 7 shows the results obtained with MAb Fl-Pn3.1. The same results were obtained for MAbs F2-Pn3.2, F2-Pn3.3 and F2-Pn3.4. Due to stress shock conditions, reactivity did not increase significantly
anti-HSP72 monoklonálních protilátek. Fluorograf imunoblotů však jasně ukazuje odezvu na teplotní šok (obrázek č.7, panel B). Tyto experimenty ukazují, že zvýšení rychlosti syntézy HSP72 bakterií S.pneumoniae je odezva na teplotní šok, ale že absolutní množství HSP72 se po teplotním šoku nezvyšuje.anti-HSP72 monoclonal antibodies. However, the immunoblot fluorograph clearly shows the response to thermal shock (Figure 7, panel B). These experiments show that increasing the rate of synthesis of HSP72 by S. pneumoniae is a response to thermal shock, but that the absolute amount of HSP72 does not increase after thermal shock.
C. Buněčná lokalizace HSP72C. Cellular localization of HSP72
Za účelem zjistit lokalizaci HSP72 v buňkách se lyzáty buněk bakterií S.pneumoniae rozdělily na frakce diferenciální centrifugací. Vzniká rozpustná frakce a částicová frakce obohacené membránovými proteiny, uvedeno shora. Vzorek obsahující 15μς proteinu membránové frakce (dráha 1) a cytoplazmové frakce (dráha 2) bakterií S.pneumoniae se elektroforetizoval na SDS-PAGE, přenesl se na nitrocelulozu a testoval se s MAb Fl-Pn3,l. Na základě výsledků analýzy westernovým přenosem se zjistilo, že HSP72 se nachází v obou frakcích. Většina proteinu je spojena s frakcí cytoplazmy (obrázek č. 8).In order to determine the localization of HSP72 in the cells, S. pneumoniae cell lysates were separated into fractions by differential centrifugation. The soluble fraction and the particle fraction enriched in the membrane proteins mentioned above are formed. A sample containing 15μς of the membrane fraction protein (lane 1) and cytoplasmic fraction (lane 2) of S.pneumoniae was electrophoretized on SDS-PAGE, transferred to nitrocellulose and tested with MAb Fl-Pn3,1. Western blot analysis revealed HSP72 to be found in both fractions. Most of the protein is associated with the cytoplasm fraction (Figure 8).
Příklad 3: Molekulové klonování, sekvenování a exprese genů kódující antigeny HSP72.Example 3: Molecular cloning, sequencing and expression of genes encoding HSP72 antigens.
A. PostupyA. Procedures
1. Kmeny a plazmidy1. Strains and plasmids
Kmeny a plazmidy používané v této studii se uvádí v tabulce č. 1.The strains and plasmids used in this study are shown in Table 1.
Tabulka č. 1: BAKTERIÁLNÍ KMENY, FÁGY A PLAZMIDYTable 1: BACTERIAL STRAPS, PHASES AND PLASMIDES
• ·· ·• ·· ·
«· • · · · » • · · · · · « · • · · · • · β ·«· · · · · · · · · · · · · · · · · · ·
teplotě 37°C. Je-li to nezbytné přidá se do média ampicilin, aby jeho koncentrace byla 50gg/ml. Plazmidy se izolovaly za použiti soupravy Magic/Wizard® Mini Preps (Promega, Fisher Scientific, Ottawa, kanada).temperature 37 ° C. If necessary, ampicillin is added to the medium to a concentration of 50g / ml. Plasmids were isolated using the Magic / Wizard® Mini Preps kit (Promega, Fisher Scientific, Ottawa, Canada).
2. Obecné způsoby rekombinace DNA2. General methods of DNA recombination
Od firem Boehringer Manhcim Canada, Laval, Quebec nebo Pharmacia Biotech, Uppsala, se získaly restrikčni endonukleázy, T4 DNA ligáza a standardy molekulové váhy DNA. Štěpeni restriktázami a ligace se uskutečnila podle způsobu, který popisuje J.Sambrook et al. v publikaci (Molecular cloning. A laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory . · · ♦ · ·· • · • ·Restriction endonucleases, T4 DNA ligase and DNA molecular weight standards were obtained from Boehringer Manhcim Canada, Laval, Quebec or Pharmacia Biotech, Uppsala. Restriction digestions and ligation were performed according to the method of J. Samrorook et al. in the publication (Molecular Cloning. A laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory.)
Press, N.Y. (1989)) . Elektroforéza na agarozovém gelu fragmentů DNA se uskutečnila následujícím způsobem, který popisuje J.Sambrook et al. (uvedeno shora) za použití TAE pufru (0,04M Tris-acetát; 0,002M EDTA) od firmy Boehringer Man '.nheim. Fragmenty DNA se izolovaly z agarozového gelu za použiti DNA izolační soupravy Prep-A-Gene® (Bio-Rad Laboratories Ltd., Mississauga, Ontario). Transformace se provedla na zařízeni Gene Pulser® (Bio-Rad) podle protokolu, který poskytl výrobce.Press, N.Y. (1989)). Agarose gel electrophoresis of the DNA fragments was performed as described by J. Samrorook et al. (above) using TAE buffer (0.04M Tris-acetate; 0.002M EDTA) from Boehringer Mannheim. DNA fragments were isolated from an agarose gel using the Prep-A-Gene® DNA Isolation Kit (Bio-Rad Laboratories Ltd., Mississauga, Ontario). Transformation was performed on a Gene Pulser® (Bio-Rad) according to the protocol provided by the manufacturer.
3. Konstrukce a screening genomové knihovny3. Construction and screening of genomic library
K vytvořeni genomové knihovny DNA bakterii S.pneumoniae se použil bakteriofágový expresivní vektor Xgtll (Xgtll klůnovací systém, Amersham). Tato knihovna se vytvořila způsobem, který doporučuje výrobce. Chromozomálni DNA bakterií S.pneumoniae typu 6 kmene 64 se připravila způsobem, který popisuje J.C.Paton et al. (Infect. Immun., 54, pp. 5055 (1986)). Chromozomálni DNA bakterií S.pneumoniae se částečně trávila restriktázou EcoRI a fragmenty 4 až 7 kb se frakcionaovaly a izolovaly z agarozového gelu. Fragmenty se ligovaly do ramen fága Xgtll, zabalily se a výsledná směs fága se použila k infekci E.coli Y1090. Imunotestování plaků exprimujících antigeny rekombinantního HSP72 se uskutečnilo za použití HSP72-specifických monoklonálních protilátek FlPn3.1, uvedeno shora. Plakové klony exprimující peptidy, které jsou rozeznávány MAb Fl-Pn3.1, se izolovaly a čistily. Připravily se kapalné lyzáty a DNA se izolovala z fágového absorbentu Promega LambdaSorb podle popisu výrobce. Po té následoval běžná izolace DNA.The bacteriophage Xgt11 expression vector (XgtII wedge system, Amersham) was used to generate the genome library of S. pneumoniae bacteria. This library was created in the way recommended by the manufacturer. Chromosomal DNA of S. pneumoniae type 6 strain 64 was prepared as described by J. C. P. et al. (Infect. Immun., 54, pp. 5055 (1986)). The chromosomal DNA of S. pneumoniae was partially digested with EcoRI and the 4-7 kb fragments were fractionated and isolated from an agarose gel. The fragments were ligated into the arms of phage Xgt11, packaged, and the resulting phage mixture used to infect E.coli Y1090. Immunotesting of plaques expressing antigens of recombinant HSP72 was performed using the HSP72-specific monoclonal antibodies FlPn3.1, supra. Plaque clones expressing peptides that are recognized by MAb F1-Pn3.1 were isolated and purified. Liquid lysates were prepared and DNA was isolated from Promega LambdaSorb phage absorbent as described by the manufacturer. This was followed by normal DNA isolation.
4. Analýza Southernovým přenosem4. Southern blot analysis
K southernové analýze uvedených vzorků se použilo neradioaktivní značení DNA soupravou DIG Labelling and • · » » * * · » 9 9 999 9 * ··· 9 9 9 9 9'9 ···» ·· ···· ·· · ·Non-radioactive DNA labeling with the DIG labeling kit was used for southern analysis of these samples and 9 9 999 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 ·
Detection kit, která se získala od firmy Boehringer Manheim. Fragmenty DNA vybrané jako sondy (uvedeno dále v textu) se izolovaly elektroforezou na agarozovém gelu a pak se značily digoxigeninem (DIG)-11-dUTP. Chromozomální DNA pneumokoků se .štěpila restriktázou HindlII a vzniklé fragmenty se oddělily elektroforézou na 0,8 % SDS-PAGE gelu a přenesly se na pozitivně nabité nylonové membrány (Boehringer Mannheim) jak popisuje J.Sambrook et al. (uvedeno shora). Membrána se pak blotovala s DNA probami, které jsou značené DIG, podle protokolu výrobce.Detection kit, obtained from Boehringer Manheim. The DNA fragments selected as probes (below) were isolated by agarose gel electrophoresis and then labeled with digoxigenin (DIG) -11-dUTP. Chromosomal DNA of pneumococci was digested with HindIII and fragments separated by electrophoresis on a 0.8% SDS-PAGE gel and transferred to positively charged nylon membranes (Boehringer Mannheim) as described by J. Samrook et al. (see above). The membrane was then blotted with DIG-labeled DNA probes according to the manufacturer's protocol.
5. Sekvenování DNA a analýza sekvence5. DNA sequencing and sequence analysis
V tomto příkladu se sekvenované fragmenty DNA nejdříve klonovaly do plazmidu pDELTAl (GIBCO BRL Life Technologies, Burlington, Ontario). Na obouch řetězcích se vytvořily hnízdové delece in vivo delecí zprostředkovanou transpozicí transpozonu Tn 100 (Deletion Factory Systém, GOBCO BRL) , přičemž se postupovalo podle instrukcí, které poskytl výrobce. Velikost těchto delecí se určila elektroforezou na agarozovém gelu a sekvenováním terminační metodou dideoxynukleotidového řetězce (F.Sanger et al., Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 74, pp. 5463-5467 (1977)) se určily příslušné deleční deriváty. Za účelem sekvenování rozdílů delečních templátů se syntetizovaly oligonukleotidy na oligonukleotidovém syntetizátoru 392 (ABI, Applied Biosystems lne., Foster City, CA). Sekvenační reakce se uskutečnila PCR (DNA Thermal Cycler 480®, Perkin Elmer) za použití soupravy Taq DyeDeoxy Terminátor Cycle Sequencing kit (ABI) a elektroforeza DNA se provedla na automatizovaném sekvenátoru 373A (ABI) .In this example, sequenced DNA fragments were first cloned into plasmid pDELTA1 (GIBCO BRL Life Technologies, Burlington, Ontario). Nesting deletions were created on both chains in vivo by transposition transposition Tn 100 (Deletion Factory System, GOBCO BRL), following the instructions provided by the manufacturer. The size of these deletions was determined by agarose gel electrophoresis, and the appropriate deletion derivatives were determined by sequencing by the dideoxynucleotide strand termination method (F.anger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 74, pp. 5463-5467 (1977)). Oligonucleotides were synthesized on oligonucleotide synthesizer 392 (ABI, Applied Biosystems Inc., Foster City, CA) to sequenced the deletion template differences. The sequencing reaction was performed by PCR (DNA Thermal Cycler 480 ®, Perkin Elmer) using a Taq DyeDeoxy Terminator Cycle Sequencing kit (ABI) and DNA electrophoresis was performed on an automated sequencer 373A (ABI).
• · ·.· · · • · • 9 99 9 • · • ·• 9 99 9 • • • ·
6. Exprese klonovaného genu v systému E.coli T7 RNA pol/promotor6. Expression of the cloned gene in the E.coli T7 RNA pol / promoter system
Vysoké exprese klonovaného genu se v tomto případě dosáhlo použitím bakteriofágového T7 RNA polymeráza/promotor systému v E.coli. Fragment DNA specifikující rekombinantní protein se ligoval ve správné orientaci, která zaručuje expresi genu, do plazmidu pT7-5 nebo pT7-6 (S.Tábor and C.C.Richardson, Proč.High expression of the cloned gene in this case was achieved using the bacteriophage T7 RNA polymerase / promoter system in E.coli. A DNA fragment specifying the recombinant protein was ligated in the correct orientation that guarantees gene expression to plasmid pT7-5 or pT7-6 (S.Tábor and C.C. Richardson, Proc.
Nati. Acad. Sci. USA, 82, pp.1074-1078 (1985)). Exprese uvedeného genu se řídila promotorem Φ10 specifickým pro T7 RNA polymerázu. Výsledný plazmid se vnesl do kmene BL21(DE3) E.coli (F.W.Studier, and B.A.Moffatt, J.Mol.Biol., 189, pp. 113-130 (1986)), který nese na svém chromozómu strukturální gen T7 RNA polymerázy. Tento gen řídí indukovatelný promotor lacUV5. Při indukci IPTG T7 RNA polymeráza indukovaná v transformantech BL21(DE3) specificky přepisuje gen za řízení T7 promotoru Φ10. Nadměrně exprimované rekombinantní proteiny se vizualizovaly buď westernovým přenosem nebo barvením Coomassieovou modří.Nati. Acad. Sci. USA, 82, pp. 1074-1078 (1985)). Expression of said gene was driven by a Φ10 promoter specific for T7 RNA polymerase. The resulting plasmid was introduced into BL21 (DE3) E. coli strain (FW Studier and BAMoffatt, J. Mol.Biol., 189, pp. 113-130 (1986)), which carries the structural gene of T7 RNA polymerase on its chromosome. . This gene directs the inducible lacUV5 promoter. Upon induction of IPTG, T7 RNA polymerase induced in BL21 (DE3) transforms specifically transcribes the gene under the control of the T7 promoter Φ10. Overexpressed recombinant proteins were visualized by either Western blotting or Coomassie blue staining.
7. Analýza N-terminální aminokyselinové sekvence HSP727. Analysis of the N-terminal amino acid sequence of HSP72
Pneumokokový HSP72 se izoloval imunoprecipitací za použití MAb Fl-Pn3.1 (uvedeno shora) a jako antigen se použily vzorky extraktů buněčné stěny bakterií S.pneumoniae kmen 64, které se připravily jak popisuje L.S.Daniels et al. (Microb. Pathogen.,Pneumococcal HSP72 was isolated by immunoprecipitation using MAb Fl-Pn3.1 (supra) and samples of S. pneumoniae strain 64 cell wall extracts prepared as described by L. S. Daniels et al. (Microb. Pathogen.,
1. Pp. 519-531 (1986)). Imunní sraženiny se oddělily pomocí1. Pp. 519-531 (1986)). Immune precipitates were separated by
SDS-PAGE a pak se přenesly na polyvinylidendifluoridovou membránu (PVDF) způsobem podle P.Matsudaira (J. Biol. Chem.,SDS-PAGE and then transferred to polyvinylidene difluoride membrane (PVDF) according to the method of P. Matsudair (J. Biol. Chem.,
262, pp. 10035-10038 (1987)). PVDF membrána se obarvila262, s. 10035-10038 (1987)). The PVDF membrane was stained
Coomassieovou modří, pruh odpovídající HSP72 se vyřízl a pak se analyzoval na automatizovaném proteinovém sekvenátoru (ABI) podle standardních postupů.By Coomassie Blue, the band corresponding to HSP72 was excised and then analyzed on an automated protein sequencer (ABI) according to standard procedures.
B. Konstrukce plazmidů obsahujících genové fragmenty HSP72B. Construction of plasmids containing HSP72 gene fragments
S.pneumoniae odpovídající C-169.S. pneumoniae corresponding to C-169.
Genomová knihovna DNA Xgtll bakterií S.pneumoniae se testovala MAb Fl-Pn3.1 specifickými pro HSP72. Izolovalo se 17 imunoreaktivních klonů izolovaných a čištěných z celkového počtu 1 500 testovaných fágů. Za účelem potvrdit specifitu proteinů exprimovaných rekombinantními fágy se uskutečnila analýza westernovým přenosem rekombinantních fágových lyzátů. Mezi 17 pozitivními klony, které rozeznaly MAb Fl-Pn3.1 se určily dvě skupiny klonů a jejich reprezentanti se za účelem další charakterizace označili. jako ÁJBD7 a ÁJBD17. Jak ukazuje obrázek č. 9 celobuněčné extrakty z bakterií S.pneumoniae kmen 64 (dráha 1) a fágové lyzáty z E.coli infikované ÁJBD17 (dráhy 2 a 3) nebo XJBD7 (dráhy 4 a 5) kultivované v přítomnosti (+) nebo bez (-) IPTG se podrobily elektroforéze na 10 % polyakrylovém gelu a přenesly se elektropřenosem na nitrocelulozu. Imunoblot se testoval MAb Fl-Pn3.1 specifickými pro HSP72. Klón ÁJBD17 obsahuje dva vnesené EcoRI-EcoRI fragmenty o velikostech 2,4kb a 2,3kb (obrázek č. 10) a exprimoval chimérického rekombinantní protein, jehož zdánlivá molekulová hmotnost na SDS-PAGE gelu je 74kDa. (obrázek č.9, dráha 2 a 3) . Zjistilo se, že klůn ÁJBD7 obsahuje vložený EcoRI fragment o velikosti 2,3kb a produkuje jasný fúzní protein, který se skládá z LacZ a 74kDa velkého chimérického proteinu produkovaného klonem %JBD17. Fúzní protein měl zdánlivou molekulovou hmotnost 160kDa, což se odhadlo z SDS-PAGE (obrázek č. 9, dráha 5) . Exprese chimérického rekombinantního proteinu kódovaného fágem ÁJBD17 je nezávislá na indukci pomocí IPTG (obrázek č. 9, dráhy 2 aThe genomic library of S.pneumoniae Xgt11 DNA was tested with HSP72 specific MAb Fl-Pn3.1. 17 immunoreactive clones isolated and purified from a total of 1,500 phage tested were isolated. In order to confirm the specificity of the proteins expressed by the recombinant phages, Western blot analysis of the recombinant phage lysates was performed. Two groups of clones were identified among the 17 positive clones that recognized MAb F1-Pn3.1 and were labeled for further characterization. as AJBD7 and AJBD17. As shown in Figure 9, whole cell extracts of S. pneumoniae strain 64 (lane 1) and phage lysates from E. coli infected AJBD17 (lanes 2 and 3) or XJBD7 (lanes 4 and 5) cultured in the presence (+) or without (-) IPTGs were subjected to electrophoresis on a 10% polyacrylic gel and transferred by electrotransfer to nitrocellulose. The immunoblot was tested with HSP72 specific MAb Fl-Pn3.1. Clone AJBD17 contains two introduced EcoRI-EcoRI fragments of 2.4kb and 2.3kb (Figure 10) and expressed a chimeric recombinant protein whose apparent molecular weight on the SDS-PAGE gel was 74kDa. (Figure 9, lanes 2 and 3). AJBD7 was found to contain an inserted 2.3 kb EcoRI fragment and produce a clear fusion protein consisting of the LacZ and 74kDa large chimeric protein produced by clone% JBD17. The fusion protein had an apparent molecular weight of 160 kDa, as estimated from SDS-PAGE (Figure 9, lane 5). The expression of the chimeric recombinant protein encoded by the phage AJBD17 is independent of IPTG induction (Figure 9, lane 2 and
3), zatímco exprese rekombinantního fúzního proteinu3), while expressing the recombinant fusion protein
• · kódovaného fágem XJBD7 je závislá na indukci lac promotoru (obrázek č. 9, dráha 4 a 5).• encoded by phage XJBD7 is dependent on induction of the lac promoter (Figure 9, lanes 4 and 5).
Za účelem subklonovat gen HSP72 se izolovala pneumokoková DNA vnesená do klonu XJBD17, čistila se a ligovala se do plazmidu pWSK29 s nízkým počtem kopií (R.F.Wang and S.R.Kushner, Gene, 100, pp. 195-199 (1991)) za vzniku plazmidu pJBD171. Inzert z plazmidu pJBD171 se charakterizoval restrikčním mapováním (obrázek č. 10B). Za účelem definovat hranice genu, který kóduje antigen reaktivní s MAb Fl-Pn3.1 se provedla řada subklonování a imunoblotování. Zjistilo se, že oblast odpovídající za expresi chimérického proteinu o velikosti 74kDa se nachází na 3,2kb velkém EcoRI-EcoRV fragmentu, který zahrnuje intaktní 2,4kb velký EcoRI-EcoRV fragment a 0,8kb velkou EcoRI-EcoRV část 2,3kb velkého EcoRI-EcoRI fragmentu. Plazmid, který nese 3,2kb velký EcoRI-EcoRV inzert se označil jako pJBD179.To subclone the HSP72 gene, pneumococcal DNA introduced into clone XJBD17 was isolated, purified, and ligated into low copy number pWSK29 (RFWang and SRKushner, Gene, 100, pp. 195-199 (1991)) to produce plasmid pJBD171. . The insert from plasmid pJBD171 was characterized by restriction mapping (Figure 10B). A number of subcloning and immunoblotting were performed to define the boundaries of the gene that encodes antigen reactive with MAb Fl-Pn3.1. The region responsible for the expression of the 74kDa chimeric protein was found to be located on a 3.2 kb EcoRI-EcoRV fragment that includes an intact 2.4 kb EcoRI-EcoRV fragment and a 0.8 kb EcoRI-EcoRV portion of the 2.3 kb EcoRI -EcoRI fragment. The plasmid carrying the 3.2 kb EcoRI-EcoRV insert was designated as pJBD179.
C. Exprese a analýza DNA sekvence chimérického genu kódujícího C-169C. Expression and analysis of the DNA sequence of the chimeric gene encoding C-169
Za účelem zjištění směru transkripce genu kódujícího 74kDa velký chimérický protein na 3,2kb velkém EcoRI-EcoRV fragmentu a zvýšení výtěžku 74kDa velkého chimérického proteinu určeného pro imunologickou se rozhodlo, že 74kDa velký chimérický protein se bude exprimovat v systému E.coli T7 RNA a T7 promotor. 3,2kb velký EcoRI-EcoRV fragment, který se získal z pJBD179, se ligoval do plazmidů pT7-5 a pT7-6, ve kterých multi-klonovací místa se umístila v opačné orientaci s ohledem na T7 promotor Φ10 specifickým pro T7 RNA polymerázu. Bakterie kmene E.coli JM109 se transformovaly ligační směsí a určili se pozitivní transformanti reaktivní s MAb Fl-Pn3.1 pomocí metody colony lifting, kterou popisuje J.Sambrook et al. (citace uvedena shora). Výsledné rekombinantní plazmidy získané z plazmidů pT7-5 a pT7-6 seIn order to determine the direction of transcription of the gene encoding the 74kDa large chimeric protein on the 3.2 kb EcoRI-EcoRV fragment and to increase the yield of the 74kDa large chimeric protein intended for immunological, it was decided that the 74kDa large chimeric protein would be expressed in the E.coli T7 RNA and T7 system. promoter. The 3.2 kb EcoRI-EcoRV fragment obtained from pJBD179 was ligated into plasmids pT7-5 and pT7-6, in which multi-cloning sites were placed in the opposite orientation with respect to the T7 promoter Φ10 specific for T7 RNA polymerase. E.coli JM109 strains were transformed with the ligation mixture and MAb Fl-Pn3.1 reactive positive transformants were determined using the colony lifting method described by J. Samrook et al. (cited above). The resulting recombinant plasmids obtained from plasmids pT7-5 and pT7-6 were
označily pJBDf51 respektive pJBDf62. Restrikčním mapováním se podařilo v těchto rekombinantních plazmidech určit jejich orientaci a přítomnost intaktního 3,2kb velkého EcoRI-EcoRV inzertu. Za účelem dosažení nadměrné exprese 74kDa velkého chimérického proteinu se plazmidy pJBDf51 a pJBDf62 odděleně zavedly do E.coli BL21(DE3). Transformanti se indukovali pomocí IPTG(lmM) po dobu 3hodin při teplotě 37°C. Buňky se shromáždily, promyly, resuspendovaly v 1 % SDS a povařily se po dobu 10 minut. Lyzáty se pak analyzovaly SDS-PAGE a imunoblotem. Jak se očekávalo, oba transformanti produkovali chimérický protein, který se snadno detekoval westernovým přenosem monoklonálníml protilátkami Fl-Pn3.1 (obrázek č. 11). Při podmínkách indukce pomocí IPTG pouze transformanti BL21(DE3) (pJBDf51) nadměrně exprimovalí chimérický protein o velikosti 74kDa (obrázek č. 11A a 11B, dráha 2), což indikuje, že směr transkripce genu kódujícího 3,2kb velký EcoRI-EcoRV fragment je od konce EcoRI na EcoRV konec (obrázek č. 10A).designated pJBDf51 and pJBDf62, respectively. By restriction mapping, the orientation and presence of the intact 3.2 kb EcoRI-EcoRV insert was determined in these recombinant plasmids. To achieve overexpression of the 74kDa large chimeric protein, plasmids pJBDf51 and pJBDf62 were separately introduced into E. coli BL21 (DE3). Transformants were induced by IPTG (1mM) for 3 hours at 37 ° C. Cells were collected, washed, resuspended in 1% SDS and boiled for 10 minutes. Lysates were then analyzed by SDS-PAGE and immunoblot. As expected, both transformants produced a chimeric protein that was readily detected by western blotting with monoclonal antibodies Fl-Pn3.1 (Figure 11). Under IPTG induction conditions, only BL21 (DE3) (pJBDf51) transformants overexpressed a 74kDa chimeric protein (Figure 11A and 11B, lane 2), indicating that the transcription direction of the gene encoding the 3.2 kb EcoRI-EcoRV fragment is from the EcoRI end to the EcoRV end (Figure 10A).
Za účelem zvýšit výtěžek plazmidu pJBDÁl se 3,2kb velký EcoRI-EcorV fragment klonoval do plazmidu pDELTAl. Provedla se řada přesahujících delecí a DNA se použily jako templáty pro sekvenaci. Sekvence DNA celého 3,2kb velkého inzertu EcoRI-EcoRV je uvedená v SEQ ID č.:l. Nalezly se dva otevřené čtecí rámce (ORF) a jejich orientace je znázorněna na obrázku č.10 (ORF27 a FucI-HSP72 (C—169) ) . Před těmito dvěma ORF se našla putativní místa vhodná pro navázání na ribozóm (SEQ ID č.:l, nukleotidy 18-21 a 760-763). Určily se ne příliš zřejmé promotorové sekvence -10 a -35. ORF27 postrádá nukleotidy 30 až 755 (SEQ ID č.:l) a kóduje protein s 242 aminokyselinami, jehož molekulová hmotnost se vypočítala na hodnotu 27 066 daltonů. Dedukovaná aminokyselinová sekvence tohoto proteinu je uvedená v SEQ ID č.:2. Tento gen se označil orf27 a porovnal se s dalšími známýni sekvencemi. Nenašel se žáadný a· ·· 7 a * · homologní gen nebo protein. Velký ORF (nukleotidy 771-2912, SEQ ID č.:l) specifikuje protein, který se skládá ze 714 aminokyselin a jehož předpovězená molekulová hmotnost je 79 238 daltonů. Dedukovaná aminokyselinová sekvence tohoto proteinu je uvedená v SEQ ID č.:3. Za účelem určit vztah ORF k dalším aminokyselinovým sekvencím se tento ORF porovnal s dalšími známými sekvencemi. Tato analýza odhalila vysoký stupeň podobnosti kódovaného proteinu a sekvence izomerázy fukozy bakterií E.coli (Fučí) a několika členů rodinu genů HSP70, které jsou také známy jako geny DnaK. Získání SEQ ID č.:3 a sekvencí proteinů Fučí E.coli a HSP70 (Dnak) ukazuje, že oblast N-konce odpovídající aminokyselinám 1 až 545 (SEQ ID č.: 3) chimérického proteinu o velikosti 74 kDa je vysoce homologní s Fučí E.coli, zatímco oblast C-konce odpovídající aminokyselinám 546 až 714 (SEQ ID č. : 3) je podobná jako proteiny HSP70 (DnaK). Je pozoruhodné, že na spojení těchto dvou oblastí genu, který kóduje 74kDa velký protein leží restrikční místo EcoRI (SEQ ID č.: 1, mezi nukleotidy 2404 až 2405) . Jiná restrikční místa leží mezi nukleotidy 971 a 972 (Pstl), nukleotidy 1916 a 1917 (Pstl), nukleotidy 1978 a 1979 (Xhol) a nukleotidy 3164 a 3165 (EcoRV). Vycházejíc z těchto dat se zjistilo, že protein o velikosti 74kDa byl chimérický a byl kódován dvěma kusy chromozomální DNA bakterií S.pneumoniae, což jsou 2,4kb velký EcoRI-EcoRV velký fragment získaný z homologního genu Fučí a 2,3kb velký EcoRI-EcoRI fragment získaný z genu HSP72.In order to increase the yield of plasmid pJBDAL, the 3.2 kb EcoRI-EcorV fragment was cloned into plasmid pDELTA1. A number of overlapping deletions were performed and the DNAs were used as templates for sequencing. The DNA sequence of the entire 3.2 kb EcoRI-EcoRV large insert is shown in SEQ ID NO: 1. Two open reading frames (ORFs) were found and their orientation is shown in Figure 10 (ORF27 and FucI-HSP72 (C-169)). Putative sites suitable for binding to the ribosome (SEQ ID NO: 1, nucleotides 18-21 and 760-763) were found before these two ORFs. Not very obvious promoter sequences -10 and -35 were determined. ORF27 lacks nucleotides 30 to 755 (SEQ ID NO: 1) and encodes a protein of 242 amino acids whose molecular weight was calculated to be 27,066 daltons. The deduced amino acid sequence of this protein is set forth in SEQ ID NO: 2. This gene was designated orf27 and compared to other known sequences. There was no žáadný and 7 ·· · A * · homologous gene or protein. The large ORF (nucleotides 771-2912, SEQ ID NO: 1) specifies a protein that is composed of 714 amino acids and whose predicted molecular weight is 79,238 daltons. The deduced amino acid sequence of this protein is set forth in SEQ ID NO: 3. To determine the relationship of the ORF to other amino acid sequences, the ORF was compared to other known sequences. This analysis revealed a high degree of similarity between the encoded protein and the fucose isomerase sequence of E. coli (Fuci) and several members of the HSP70 gene family, also known as the DnaK genes. Obtaining SEQ ID NO: 3 and the sequences of the Fuci E.coli and HSP70 (Dnak) proteins shows that the N-terminal region corresponding to amino acids 1 to 545 (SEQ ID NO: 3) of the 74 kDa chimeric protein is highly homologous to Fuci E. coli, whereas the C-terminal region corresponding to amino acids 546 to 714 (SEQ ID NO: 3) is similar to HSP70 (DnaK) proteins. It is noteworthy that the EcoRI restriction site (SEQ ID NO: 1, between nucleotides 2404 to 2405) lies between the two regions of the gene encoding the 74 kDa large protein. Other restriction sites lie between nucleotides 971 and 972 (PstI), nucleotides 1916 and 1917 (PstI), nucleotides 1978 and 1979 (Xhol), and nucleotides 3164 and 3165 (EcoRV). Based on these data, it was found that the 74kDa protein was chimeric and was encoded by two pieces of S.pneumoniae chromosomal DNA, a 2.4 kb EcoRI-EcoRV large fragment derived from the homologous Fuci gene and a 2.3 kb EcoRI-EcoRI fragment obtained from the HSP72 gene.
D. Analýza Southernovým přenosemD. Southern blot analysis
Southernův přenos se uskutečnil za účelem potvrdit, žeSouthern transmission was performed to confirm that
74kDa velký protein je chimérický protein a pokusit se klonovat celý pneumokokový gen HSP72. Chromozomální DNA bakterií S.pneumoniae se zcela štěpila restriktázou HindlII, separovala se na 0,8 % agarózovém gelu a přenesla se na Z ·♦· ·· 9 9 9 9 ·· ♦·· · · 9 9 9 9 9 9 9 9 9The 74kDa large protein is a chimeric protein and attempts to clone the entire pneumococcal HSP72 gene. The chromosomal DNA of S. pneumoniae was completely digested with HindIII, separated on a 0.8% agarose gel, and transferred to Z 9 · 9 · 9 · 9 · 9 · 9 · 9 · 9 · 9 · 9 · 9
9999 99 9999 99 ·♦ pozitivně nabité nylonové membrány (Boehringer Manheim). Membrány se pak testovaly buď s 0,8kb velkou EcoRI-EcoRV sondou získanou z 2,3kb velkého fragmentu EcoRI-EcoRI nebo lkb velkou Pstl-Pstl sondou získanou z 2,4kb velkého EcoRIEcoRV fragmentu. Obě sondy se před tím značily digoxigeninemdUTP. Tyto dvě sondy hybridizovaly se dvěmi individuálními HindlII fragmenty různé velikosti (obrázek č. 10B a 10C) . Sonda EcoRI-EcoRV o velikosti 0,8kb rozeznala 3,2kb velký HindlII fragment a lkb velká Pstl-Pstl sonda reagovala s 4kb velkým HindlII fragmentem. Tento výsledek dále ukázal, že gen odpovědný za expresi 74kDa velkého chimérického proteinu vznikl fúzí dvou kusů EcoRI fragmentů. Jeden pochází z fragmentu, který obsahuje část 5'-konce homologu proteinu Fučí bakterií S.pneumoniae, druhý vznikl ze segmentu, který nese C-169 fragment genu pneumokokového HSP72. Skutečnost, že 0,8kb EcoRI-EcoRV sonda hybridizovala s jedním 3,2kb velkým fragmentem naznačuje, že v bakteriích S.pneumoniae existuje pouze jedna kopie genu HSP72.9999 99 9999 99 · ♦ positively charged nylon membrane (Boehringer Manheim). The membranes were then tested with either a 0.8 kb EcoRI-EcoRV probe obtained from a 2.3 kb EcoRI-EcoRI fragment or a 1 kb PstI-PstI probe obtained from a 2.4 kb EcoRIEcoRV fragment. Both probes were previously labeled with digoxigenin dUTP. The two probes hybridized to two individual HindIII fragments of different sizes (Figures 10B and 10C). The 0.8 kb EcoRI-EcoRV probe recognized the 3.2 kb HindIII fragment and the 1 kb PstI-PstI probe reacted with the 4 kb HindIII fragment. This result further showed that the gene responsible for the expression of the 74kDa large chimeric protein resulted from the fusion of two pieces of EcoRI fragments. One originates from a fragment that contains part of the 5'-terminus of the S. pneumoniae fucus protein homolog, the other from a segment carrying the C-169 fragment of the pneumococcal HSP72 gene. The fact that the 0.8 kb EcoRI-EcoRV probe hybridized to one 3.2 kb fragment indicates that there is only one copy of the HSP72 gene in S. pneumoniae.
E. Produkce rekombinantního HSP72E. Production of recombinant HSP72
Částečná pneumokoková genomová knihovna se vytvotřila ligací HindlII fragmentů z chromozomální DNA, jejichž velikosti jsou v rozmezí od 2,8 do 3,7kb, do plazmidů pWSK29, který se štěpil restriktázou HindlII. Ligační směsí se transformovaly bakterie E.coli kmene JM 109 a transformanti se testovali' hybridizací s 0,8kb velkou EcoRI-EcoRV sondou. Jeden reprezentativní plazmid ze čtyř pozitivně hybridizujících klonů se nazval pJBD291. Restrikční analýza inzertu a westernův přenos buněčného lyzátu transformantů se použil za účelem potvrdit, že plazmid pJBD291 skutečně nese 3,2kb velký HindlII fragment, který obsahuje gen HSP72 a který exprimuje rekombinantní protein HSP72 (obrázek č. 109). Protein HSP72 exprimovaný transformanty (pJBD291) migroval na • · • ·A partial pneumococcal genomic library was generated by ligating HindIII fragments from chromosomal DNAs ranging in size from 2.8 to 3.7 kb into plasmids pWSK29 that had been digested with HindIII. E. coli JM 109 strains were transformed with the ligation mixture and transformants were tested by hybridization with a 0.8 kb EcoRI-EcoRV probe. One representative plasmid from four positively hybridizing clones was named pJBD291. Restriction analysis of the insert and western blot transfer of the cell lysate of transformants was used to confirm that plasmid pJBD291 indeed carries a 3.2 kb HindIII fragment that contains the HSP72 gene and that expresses the recombinant HSP72 protein (Figure 109). Transformer-expressed HSP72 protein (pJBD291) migrated to
SDS-PAGE gelu do stejné polohy jako přirozený protein HSP72 (obrázek č. 12) . Za účelem sekvenace celého genu HSP72 a nadměrné exprese celého proteinu HSP72 se z plazmidu pJBD291 izoloval 3,2kb velký HindlII fragment a subklonoval se do plazmidů pDELTAl a pT7-5 za vzniku plazmidů pJBDÁ4 a pJBDk51.SDS-PAGE of the gel at the same position as the native HSP72 protein (Figure 12). For sequencing of the entire HSP72 gene and overexpression of the entire HSP72 protein, a 3.2 kb HindIII fragment was isolated from plasmid pJBD291 and subcloned into plasmids pDELTA1 and pT7-5 to generate plasmids pJBDα4 and pJBDk51.
Sekvenoval se celý 3,2kb velký HindlII fragment DNA, který nese plazmid pJBDÁ4, a 2,3kb velký EcoRI-EcoRI fragment DNA obsažený na plazmidu pJBD177. Nukleotidové sekvence obsahovala 4 320 párů baží a ukázala dva otevřené čtecí rámce (SEQ ID č.:4). První otevřený čtecí rámec (ORF) začínající nukleotidem 682 a končící nukleotidem 2502 (SEQ ID č.:4) se určil jako pneumokokový gen HSP72. Druhý otevřený čtecí rámec (ORF) začínající nukleotidem 3 256 a končící nukleotidem 4 320 (SEQ ID č.:4) se nachází 764 párů baží po směru transkripce strukturálního genu HSP72 a určil se jako část 5'-konce pneumokokového genu DnaJ. Putativní ribozómové vazebné místo (AGGA) se nachází 9 párů baží proti směru transkripce od startovacího kodonu strukturálního genu HSP72, zatímco typické ribozomové vazebné místo (AGGA) se nachází 66 párů baží proti směru transkripce startovacího kodonu strukturálního genu DnaJ. V poloze před těmito dvěma geny nebyla určena žádná typická 5'regulační oblast. Restrikční místa se nachází mezi nukleotidy 1 a 2 (HindlII), nukleotidy 1318 a 1319 (EcoRI), nukleotidy 1994 a 1995 (EcoRI) , nukleotidy 3343 a 3344 (HindlII) a nukleotidy 4315 a 4316 (EcpRI) . Organizace genu HSP72 (DnaK) a DnaJ v bakteriích S. pneumoniae je podobná organizaci genů v bakteriích E. coli (Saito, H. a Uchida, Mol. Gen. Genet. 164, 1-8 (1978)) stejně jako u několika jiných gram-pozitivních bakterií (Wetzstein, M. et al., J.Bacteriol. 174, 3300-3310 (1992)). Avšak intragenní oblast bakterií S. pneumoniae je podstatně větší a proti směru transkripce strukturálního genu HSP72 (DnaK) se nenašel žádný ORF pro gen grpE.The entire 3.2 kb HindIII DNA fragment carrying plasmid pJBDA4 and the 2.3 kb EcoRI-EcoRI DNA fragment contained on plasmid pJBD177 were sequenced. The nucleotide sequence contained 4,320 base pairs and showed two open reading frames (SEQ ID NO: 4). The first open reading frame (ORF) beginning at nucleotide 682 and ending at nucleotide 2502 (SEQ ID NO: 4) was determined to be the pneumococcal HSP72 gene. The second open reading frame (ORF) beginning at nucleotide 3,256 and ending at nucleotide 4,320 (SEQ ID NO: 4) is located 764 base pairs downstream of the structural HSP72 gene and was determined to be part of the 5'-end of the pneumococcal DnaJ gene. The putative ribosome binding site (AGGA) is 9 base pairs upstream of the start codon of the structural HSP72 gene, while a typical ribosome binding site (AGGA) is 66 base pairs upstream of the start codon of the structural DnaJ gene. At the position upstream of these two genes, no typical region of regulation was determined. The restriction sites are located between nucleotides 1 and 2 (HindIII), nucleotides 1318 and 1319 (EcoRI), nucleotides 1994 and 1995 (EcoRI), nucleotides 3343 and 3344 (HindIII), and nucleotides 4315 and 4316 (EcpRI). The organization of the HSP72 (DnaK) and DnaJ genes in S. pneumoniae is similar to that of E. coli (Saito, H. and Uchida, Mol. Gen. Genet. 164, 1-8 (1978)) as well as several other genes. gram-positive bacteria (Wetzstein, M. et al., J. Bacteriol. 174, 3300-3310 (1992)). However, the intragenic region of S. pneumoniae is significantly larger and no ORF for the grpE gene was found upstream of the structural HSP72 gene (DnaK).
Předpovídaný protein HSP72 má 607 aminokyselin a spočítaná molekulová hmotnost má hodnotu 64 755 daltonů, což se porovnalo s molekulovou hmotností 72kDa odhadnutou z SDSPAGE. Předpovězený protein HSP72 je kyselý a jeho izoelektrický bod (pí) je 4,35. Automatizovaná Edmanova degradace izolavaného přírodního proteinu HSP72 extrahovaného z bakterií S.pneumoniae kmen 64 odhalila sekvenci 19 aminokyselin N-konce proteinu SKIIGIDLGTTN-AVAVLE. Methionin N-konce nebyl určen, což pravděpodobně způsobila in šitu úprava, která se objevuje u mnoha proteinů. V poloze 13 se určil zbytek, který není aminokyselina. Sekvence 19 aminokyselin N-konce, která se získala z přirozeného proteinu HSP72, se celá shoduje se sekvencí 19 aminokyselin N-konce odvozené z nukleotidové sekvence rekombinantního genu HSP72 bakterií S.pneumoniae (SEQ ID č. : 5), čímž se potvrdilo klonování. Tato sekvence N-konce ukazuje úplnou shodu s proteinem DnaK z bakterií Lactococcus lactis a 68,4 % shodu s proteinem DnaK z bakterií Escherichia coli. Podobně, srovnání předpovězené sekvence aminokyselin HSP72 (SEQ ID č.: 5) s těmi z ostatních bakteriálních proteinů HSP70 (DnaK) také odhalilo vysokou homologii (obrázek č. 13A až 13D). Například protein HSP72 vykazuje 54 % shodu s proteinem DnaK bakterií E.coli. Nej vyšší shody se dosáhlo při srovnání z grampozitivními bakteriemi Lactococcus lactis, které vykazují 85 % shodu s HSP72. Podobně jako další proteiny HSP70 grampozitivnich bakterií proteiny HSP72 nemají protažení 24 aminokyselin blízko N-konce, které se nachází u proteinů z gram-negativních bakterií (obrázek č. 13A až 13D).The predicted HSP72 protein has 607 amino acids and the calculated molecular weight is 64,755 daltons, compared to the 72kDa molecular weight estimated from SDSPAGE. The predicted HSP72 protein is acidic and has an isoelectric point (pI) of 4.35. Automated Edman degradation of the isolated natural HSP72 protein extracted from S. pneumoniae strain 64 revealed the 19 amino acid sequence of the N-terminus of the SKIIGIDLGTTN-AVAVLE protein. N-terminal methionine has not been determined, which is likely due to the in situ treatment that occurs with many proteins. At position 13, a non-amino acid residue was determined. The 19 amino acid sequence of the N-terminus, which was obtained from the native HSP72 protein, is entirely identical to the 19 amino acid sequence of the N-terminus derived from the nucleotide sequence of the recombinant HSP72 gene of S. pneumoniae (SEQ ID NO: 5), thereby confirming cloning. This N-terminal sequence shows complete identity to the DnaK protein from Lactococcus lactis and 68.4% identity to the DnaK protein from Escherichia coli. Similarly, alignment of the predicted amino acid sequence of HSP72 (SEQ ID NO: 5) with those of other bacterial HSP70 proteins (DnaK) also revealed high homology (Figure 13A to 13D). For example, the HSP72 protein shows 54% identity to the E.coli DnaK protein. The highest match was achieved when compared to Gram-positive Lactococcus lactis, which showed 85% match with HSP72. Like other HSP70 proteins of Gram positive bacteria, HSP72 proteins do not have a 24 amino acid extension near the N-terminus found in proteins from gram-negative bacteria (Figure 13A to 13D).
Ačkoli HSP72 je homologní s proteiny HSP70 (DnaK) z jiných organizmů, má některé unikátní rysy. Sekvenční divergence proteinů HSP72 (DnaK) je většinou lokalizována ve dvou oblastech (zbytky 244 až 330 a 510 až 607, SEQ ID č.:5).Although HSP72 is homologous to HSP70 (DnaK) proteins from other organisms, it has some unique features. The sequence divergence of HSP72 proteins (DnaK) is mostly located in two regions (residues 244-330 and 510-607, SEQ ID NO: 5).
Přesněji peptidové sekvence GFDAERDAAQAALDD (zbytky 527 ažMore specifically, the peptide sequence GFDAERDAAQAALDD (residues 527 to 527)
541, SEQ ID č.: 5) a AEGAQATGNAGDDW (zbytky 586 až 600, SEQ ID č.: 5) se nacházejí pouze u proteinů HSP72. Skutečnost, že oblast C-konce HSP72 je vysoce variabilní naznačuje, že tato oblast nese antigenní determinanty, které jsou specifické pro bakterie S.pneumoniae. V souladu s touto hypotézou monoklonální protilátky určené proti fragmentu C-169 proteinu HSP72 (uvedeno dále v textu) nejsou reaktivní s bakteriemi541, SEQ ID NO: 5) and AEGAQATGNAGDDW (residues 586 to 600, SEQ ID NO: 5) are found only for HSP72 proteins. The fact that the C-terminal region of HSP72 is highly variable suggests that this region carries antigenic determinants that are specific for S. pneumoniae. Consistent with this hypothesis, monoclonal antibodies directed against the C-169 fragment of the HSP72 protein (below) are not reactive with bacteria
E. coli a S.aureus, o nichž se ví, že exprimují proteiny DnaK, jež jsou podobné proteinu HSP72.E. coli and S. aureus, which are known to express DnaK proteins, which are similar to the HSP72 protein.
Zkrácený protein DnaJ bakterií S.pneumoniae (SEQ ID č.:6) má 352 aminokyselin, které ukazují vysoký stupeň podobnosti s odpovídajícími oblastmi proteinu DnaJ bakterií L.lactis (72 % shoda) a proteinu DnaJ bakterií E.coli (51 % shoda). Předpovězený zkrácený protein DnaJ obsahuje vysoký obsah glycinu (15%) . Mezi aminokyselinami 148 a 212 DnaJ proteinu bakterií S.pneumoniae (SEQ ID č.:6) se určily čtyři repetice bohaté na Gly-, Cys-. V každé repetici je obsažen motiv Cys-X-X-Cys-X-Gly-X-Gly, který charakterizuje proteiny DnaJ (P.A.Silver and J.C.Way, Cell, 74, pp. 5-6 (1993)).The truncated DnaJ protein of S. pneumoniae (SEQ ID NO: 6) has 352 amino acids, which show a high degree of similarity with the corresponding regions of the L.lactis DnaJ protein (72% identity) and the E.coli DnaJ protein (51% identity) . The predicted truncated DnaJ protein contains a high glycine content (15%). Four Gly-, Cys- rich repeats were determined between amino acids 148 and 212 of the D.p.J protein of S. pneumoniae (SEQ ID NO: 6). Each repeat contains a Cys-X-X-Cys-X-Gly-X-Gly motif that characterizes the DnaJ proteins (P. A. Silver and J. C. Hay, Cell, 74, pp. 5-6 (1993)).
Blízko N-konce se našly čtyři opakované sekvence GGFGG (zbytky 75 až 79, 81 až 85 a 90 až 94).Four repeated GGFGG sequences (residues 75-79, 81-85, and 90-94) were found near the N-terminus.
F. Reaktivita monoklonálnich protilátek proti rekombinantním antigenůmF. Reactivity of monoclonal antibodies against recombinant antigens
Testovala se reaktivita čtyř monoklonálnich protilátek (Fl-Pn3.1, F2-Pn3.2, F2-Pn3.3 a F2-Pn3.4, uvedeno shora) specifických pro HSP72 proti proteinům exprimovaných bakteriemi E.coli, které jsou infikovány nebo transformovány rekombinantními fágy a plazmidy, jež obsahují sekvence HSP72. Čtyři jednotlivé monoklonální protilátky reagovaly s fúzním proteinem lacZ-HSP72, který exprimoval klon XJBD7. Epitopy rozeznávané uvedenými monoklonálními protilátkami se nacházejí ve zbytcích 169 C-konce. Překvapivě pouze tři ze ·· ···♦ ·· · ·· • ·· ·· *· čtyř monoklonálních protilátek rozeznaly proteiny kódované pneumokokovými inzerty v plazmidech λύΒΏ17 a pJBDál. Tyto výsledky naznačují, že ačkoli fragmenty C-169, které se syntetizují v bakteriích E.coli infikovaných XJBD7 a XJBD17 mají stejnou primární strukturu, liší se v konformaci. Chybějící reaktivita monoklonálních protilátek F2-Pn3.2 s některými rekombinantními proteiny naznačuje možnost, že tyto určité monoklonální protilátky rozeznávají více komplexních epitopů. Komplexní epitopy F2-Pn3.2 jsou stále rozeznatelné westernovými imunobloty. Celý protein HSP72rec exprimující se v bakteriích E.coli, které obsahují rekombinantní plazmid pJBDA4, je reaktivní se všemi čtyřmi monoklonálními protilátkami.The reactivity of four monoclonal antibodies (Fl-Pn3.1, F2-Pn3.2, F2-Pn3.3, and F2-Pn3.4, mentioned above) specific for HSP72 against proteins expressed by E.coli that are infected or transformed were tested recombinant phages and plasmids containing the HSP72 sequences. Four individual monoclonal antibodies reacted with the lacZ-HSP72 fusion protein that expressed clone XJBD7. Epitopes recognized by said monoclonal antibodies are found at residues 169 of the C-terminus. Surprisingly, only three of the four monoclonal antibodies recognized the proteins encoded by pneumococcal inserts in plasmids λύΒΏ17 and pJBDal. These results suggest that although the C-169 fragments that are synthesized in X.coli infected XJBD7 and XJBD17 E. coli bacteria have the same primary structure, they differ in conformation. The lack of reactivity of F2-Pn3.2 monoclonal antibodies with some recombinant proteins suggests the possibility that these certain monoclonal antibodies recognize more complex epitopes. Complex epitopes of F2-Pn3.2 are still recognizable by western immunoblots. The entire HSP72 rec protein expressed in E. coli bacteria containing the recombinant plasmid pJBDA4 is reactive with all four monoclonal antibodies.
Příklad 4: Antigenní specifita a reaktivita HSP72 a monoklonálních protilátekExample 4: Antigenic Specificity and Reactivity of HSP72 and Monoclonal Antibodies
Reaktivita monoklonálních protilátek Fl-Pn3.1, F2-Pn3.2, F2-Pn3.3 a F2-Pn3.4 s bakteriálními kmeny, které zahrnují 20 kmenů bakterií S.pneumoniae, jež reprezentují 16 kapsulárních sérotypů (tytpy 1,2,3,4,5,6,8,9,10,11,12,14,15,19,20 a 22) a 17 bakteriálních kmenů, které nejsou pneumokoky a jsou uvedeny v tabulce č. 2, se testovala za použití bodov^Ů^ enzymového imunotestu popsaného D.Martinem et al. (citace uvedena shora) a imunoblotováním. Bakterie, které se použily v dot enzymovém imunotestu, se kultivovaly přes noc na plotnách s čokoládovým agarem a pak se suspendovaly v PBS, pH7,4. Na nitrocelulózový papír se aplikovalo 5 μΐ suspenze, která obsahuje přibližně 109 jednotek tvořících kolonie/ml (CFU/ml). Membrána se blokovala PBS, který obsahuje 3 % bovinní sérový albumin a pak se inkubovala s monoklonálními protilátkami a sekundárními protilátkami značenými peroxydázou. Aby se mohla provést analýza westernovým přenosem, připravil se celobuněčný extrakt povařením ·· bakteriální suspenze obsažené ve vzorkovém pufru po dobu 5 minut.Reactivity of the monoclonal antibodies Fl-Pn3.1, F2-Pn3.2, F2-Pn3.3 and F2-Pn3.4 with bacterial strains comprising 20 strains of S.pneumoniae, which represent 16 capsular serotypes (types 1,2, 3,4,5,6,8,9,10,11,12,14,15,19,20 and 22) and 17 non-pneumococcal bacterial strains listed in Table 2 were tested using points. The enzyme immunoassay described by D. Martin et al. (supra) and immunoblotting. The bacteria used in the dot enzyme immunoassay were cultured overnight on chocolate agar plates and then suspended in PBS, pH 7.4. A 5 μΐ suspension containing approximately 10 9 colony forming units / ml (CFU / ml) was applied to nitrocellulose paper. The membrane was blocked with PBS containing 3% bovine serum albumin and then incubated with monoclonal antibodies and secondary peroxidase-labeled antibodies. For Western blot analysis, whole cell extract was prepared by boiling the bacterial suspension contained in the sample buffer for 5 minutes.
Tabulka č. 2: SEZNAM IZOLÁTU, KTERÉ NEPATŘÍ MEZI PNEUMOKOKY,Table 2: LIST OF INSULATES NOT COVERED BETWEEN TIRES
A TESTOVALY SE BODOVÝM ENZYMOVÝM IMUNOTESTEMAND TESTED BY POINT ENZYME IMMUNOTEST
Při bodovém enzymovém imunotestu každá monoklonální protilátka reagovala s každým kmenem bakterií S.pneumoniae, ale se žádným izolátem, který není pneumokok. Tyto výsledky se neočekávaly, protože srovnávací studie ukázaly, že protein HSP72 je velmi podobný jako jiné známé bakteriální proteiny HSP70 (DnaK), například ty získané z bakterií E.coli a S.aureus.In the dot enzyme immunoassay, each monoclonal antibody reacted with each S. pneumoniae strain, but with no isolate that is not pneumococcus. These results were not expected because comparative studies showed that the HSP72 protein is very similar to other known bacterial HSP70 proteins (DnaK), for example those obtained from E. coli and S.aureus.
Na imunoblotech se pak dále zkoumala imunoreaktivita monoklonálních protilátek. Tabulka č.3 ukazuje, že každá monoklonální protilátka vykazuje nějakou reaktivitu. Ačkoli procento shody aminokyselinové sekvence bakterii E.coli a aminokyselinové sekvence proteinu HSP72 (SEQ ID č.: 5) jeImmunoblots were then further screened for immunoreactivity of monoclonal antibodies. Table 3 shows that each monoclonal antibody shows some reactivity. Although the percent identity of the E.coli amino acid sequence and the HSP72 amino acid sequence (SEQ ID NO: 5) is the same
54%, čtyři monoklonální protilátky specifické pro HSP72 nerozeznaly protein HSP70 (DnaK) bakterii E.coli. Podobně • · • · · · monoklonální protilátky specifické pro protein HSP72 nereagují s proteinem HSP70 (DnaK) C. trachomatis, který vykazuje 56 % shodu aminokyselin s aminokyselinovou sekvencí proteinu HSP72. Vysoká homologie aminokyselinové sekvence se pozorovala mezi proteiny HSP72 a HSP70 (DnaK), které pochází z gram-pozitivních bakteriálních druhů. Opět žádná monoklonální protilátka specifická pro protein HSP72 nereagovala s gram-pozitivními druhy bakterií S.aureaus nebo Bacillus, které vykazují 74 % a 76 % homologii aminokyselinové sekvence, respektive s HSP72. Na základě těchto dat je jasné, že ačkoli proteiny HSP70 (DnaK) mohou být strukturálně příbuzné s HSP7254%, four HSP72-specific monoclonal antibodies did not recognize the HSP70 (DnaK) protein of E. coli. Similarly, HSP72-specific monoclonal antibodies do not react with C. trachomatis HSP70 (DnaK) protein, which shows a 56% amino acid identity with the amino acid sequence of the HSP72 protein. High amino acid sequence homology was observed between HSP72 and HSP70 (DnaK) proteins, which are derived from gram-positive bacterial species. Again, no monoclonal antibody specific for the HSP72 protein reacted with gram-positive S. aureaus or Bacillus species that exhibit 74% and 76% amino acid sequence homology, respectively, with HSP72, respectively. Based on these data, it is clear that although HSP70 (DnaK) proteins may be structurally related to HSP72
K izolátům, protilátkou imunologicky odlišné, j ednou patří , j sou které reagují nejméně s a nejsou pneumokoky, faecalis, S.mutans a S.sanguis. bakterie patří k rodu Streptococcus nebo rodu monoklonálníIsolates immunologically different from the antibody include one that reacts least with and are not pneumococci, faecalis, S. mutans and S. sanguis. the bacteria belong to the genus Streptococcus or the monoclonal genus
S.pyogenes,S.pyogenes,
EnterococcusEnterococcus
Všechny tytoAll these
Enterococcus, který je příbuzný rodu Streptococcus. V bakteriích roduEnterococcus, which is related to the genus Streptococcus. In bacteria of the genus
Streptococcus a Enterococcus se nenašel ani protein HSP70 ani strukturní gen. Tato pozorování indikují, že hypervariabilní sekvence aminokyselin nebo zbytků v proteinech HSP70 (DnaK) se podílejí na imunogenitě. Je zajímavé, že imunoblotovací analýza ukázala, že neexistuje podstatný rozdíl v molekulové hmotnosti proteinů HSP70 (DnaK) u izolátů S.pneumoniae a u imunoreaktivních izolátů, které nejsou pneumokoky.Streptococcus and Enterococcus found neither the HSP70 protein nor the structural gene. These observations indicate that the hypervariable amino acid or residue sequences in the HSP70 (DnaK) proteins are involved in immunogenicity. Interestingly, immunoblot analysis showed that there was no significant difference in the molecular weight of the HSP70 proteins (DnaK) in the S. pneumoniae isolates and in the non-pneumococcal immunoreactive isolates.
Tabulka č. 3: REAKTIVITA MONOKLONÁLNÍCH PROTILÁTEK S IZOLÁTY, KTERÉ NEJSOU PNEUMOKOKY, TESTOVANÁ WESTERNOVÝM IMUNOBLOTOVÁNÍMTable 3: REACTIVITY OF MONOCLONAL ANTIBODIES WITH NO INSULATES TESTED BY WESTERN IMMUNOBLOTATION
+/- označuje slabý signál ve srovnání s reaktivitou pozorovanou u antigenů bakterií S.pneumoniae b v případě C.trachomatis se testovaly čištěné elementární látky+/- indicates a weak signal compared to the reactivity observed with S. pneumoniae b antigens for C.trachomatis purified elemental substances were tested
Příklad 5: Izolace HSP72 a jeho použití jako imunogenu za účelem ochrany proti letální infekci bakteriemiExample 5: Isolation of HSP72 and its use as an immunogen to protect against lethal bacterial infection
S.pneumoniaeS.pneumoniae
ΙΛΙΛ
A. PostupyA. Procedures
1.Příprava a izolace rekombinantního proteinu HSP72 a C-1691. Preparation and isolation of recombinant protein HSP72 and C-169
Vysoké hladiny exprese genu HSP72 se dosáhlo použitím systému bakteriofágové T7 RNA polymerázy/T7 promotor v bakteriích E.coli. Obě orientace HindlII fragmentu o velikosti 3,2kb se klonovaly před T7 promotor Φ10 do plazmidů pT7-5. Výsledný plazmid pJBDk51 se pak vnesl do kmene BL21(DE3) bakterií E.coli. Nadměrná exprese rekombinantního proteinu HSP72 (HSP72rec) se indukovala kultivací v půdě, která je doplněná antibiotiky, po dobu tří hodin po přidání IPTG v množství, aby konečná koncentrace byla lmM. E.coli exprimující vysoké koncentrace HSP72rec se centrifugací korcentrovaly a lyžovaly se mírnou sonikací v lyzačním pufru 50mM Tris-HCl (pH8,0), lmM EDTA a lOOmM NaCl, který obsahuje 0,2mg/ml lysozymu. Buněčný lyzát se centrifugoval při 12 OOOg po dobu 15 minut a shromáždily se supernatanty. Protein HSP72rec se izoloval na základě imunoafinity za použití monoklonálních protilátek Fl-Pn3.1, které jsou imobilizovány na zrnech sefarózy 4B (Pharmacia). Čistota eluátu se určila na SDS-PAGE.High levels of HSP72 gene expression were achieved using the bacteriophage T7 RNA polymerase / T7 promoter system in E. coli. Both orientations of the 3.2 kb HindIII fragment were cloned upstream of the Φ10 T7 promoter into plasmids pT7-5. The resulting plasmid pJBDk51 was then introduced into the BL21 (DE3) strain of E. coli. Overexpression of the recombinant HSP72 protein (HSP72 rec ) was induced by culturing in antibiotic-supplemented soil for three hours after the addition of IPTG in an amount to a final concentration of 1mM. E. coli expressing high levels of HSP72 rec centrifugation ko r centered and lysed by mild sonication in lysis buffer 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), mM EDTA, and NaCl Loom, which contains 0.2mg / ml lysozyme. The cell lysate was centrifuged at 12,000g for 15 minutes and supernatants were collected. HSP72 rec protein was isolated by immunoaffinity using monoclonal antibodies Fl-Pn3.1 which are immobilized on grains of Sepharose 4B (Pharmacia). The purity of the eluate was determined by SDS-PAGE.
Rekombinantní protein C-169 (C-169rec) se exprimoval v bakteriích E.coli kmen JM109, které jsou transformované plazmidem pJBDÁl, ve formě nerozpustných inkluzních tělísek. Protein inkluzních tělísek se získal z peletu bakteriálních buněk rozrušených sonikací způsobem, jež se popisuje v předchozím textu. Pelety se promyly lyzačním pufrem, který obsahuje lmg/ml deoxycholátu, za účelem odstranit kontaminující materiál a uvedený protein se pak rozpustil v 6M močovině. Roztok proteinu se centrifugoval při 100 OOOg a vyčeřený supernatant se dialyzoval proti fyziologickému roztoku, který je pufrovaný fosforečnanem. Po izolaci se Bio63 «» 99 »» *-* • · · · · · · ··· • · · 9 9 · · ·-····Recombinant protein C-169 (C-169 rec ) was expressed in E. coli strain JM109, which is transformed with plasmid pJBDAL1, in the form of insoluble inclusion bodies. The inclusion body protein was obtained from a pellet of bacterial cells disrupted by sonication as described above. The pellets were washed with lysis buffer containing 1mg / ml deoxycholate to remove contaminating material and the protein was then dissolved in 6M urea. The protein solution was centrifuged at 100,000g and the clarified supernatant was dialyzed against phosphate buffered saline. After isolation with Bio63 «» 99 »* - * 9 9 · · 9 9 · · - ···
9.99 ··· ·· ·· ·♦·· ·· ···· ·· ··9.99 ··· ·· ·· ···························
Rad proteinovým testem (Bio-Rad Laboratories, Mississauga, Ontario, Kanada) stanovil obsah proteinu.Rad protein assay (Bio-Rad Laboratories, Mississauga, Ontario, Canada) determined the protein content.
2. Aktivní imunoprotektivní studie2. Active immunoprotective studies
Dvě skupiny po 10 samičkách myší Balb/c (Charles River Laboratories) se třikrát imunizovaly podkožně ve dvoutýdenních intervalech s objemem 0,1 ml čištěných antigenů HSP72rec nebo C169rec absorbovaných na alhydrogelovém adjuvans. Testovaly se dvě dávky antigenu, přibližně 1 a 5 gg. Třetí skupina deseti kontrolních myší se imunizovala stejným způsobem se samotným alhydrogelovým adjuVans. Před každou imunizací a pět až sedm dní po třetí injekci se z očnicové dutiny odebíraly vzorky krve. U myší se pak vyvolala reakce přibližně s 106 jednotek tvořících kolonie bakterií S. pneumoniae typ 3 kmen WU2. Vzorky inokula takto upravených bakterií S. pneumoniae se nanesly na plotny s čokoládovým agarem za účelem určit jednotky tvořící kolonie a ověřit dávku vhodnou pro vyvolání reakce. Úmrtí se zaznamenávalo v prvních 3 až 4 dnech po infekci v šestihodinových intervalech a pak ve 24hodinových intervalech v období 14 dnú. Čtrnáctý nebo patnáctý den se myši, které přežily, usmrtily a v krevních vzorcích se testovala přítomnost organismů S. pneumoniae. Protilátkové odezvy na antigeny rekombinantního proteinu HSP72 se popisují v příkladu 7.Two groups of 10 female Balb / c mice (Charles River Laboratories) were immunized three times subcutaneously at two-week intervals with a volume of 0.1 ml of purified HSP72 rec or C169 rec antigens absorbed on alhydrogel adjuvant. Two doses of antigen, approximately 1 and 5 gg, were tested. A third group of ten control mice were immunized in the same manner with the alhydrogel adjuvant alone. Blood samples were taken from the orbital cavity before each immunization and five to seven days after the third injection. Mice were then reacted with approximately 10 6 colony forming units of S. pneumoniae type 3 strain WU2. Inoculum samples of the so treated S. pneumoniae bacteria were plated on chocolate agar plates to determine colony-forming units and to verify the dose appropriate to elicit the reaction. Deaths were recorded in the first 3-4 days after infection at 6-hour intervals and then at 24-hour intervals for 14 days. On the fourteenth or fifteenth day, surviving mice were sacrificed and S. pneumoniae organisms were tested for blood samples. Antibody responses to HSP72 recombinant protein antigens are described in Example 7.
3. Pasivní imunoprotektivní studie3. Passive immunoprotective studies
Jeden králík NZW (Charles River Laboratories) se podkožně imunizoval na několika místech přibližně 50 gg čištěného proteinu C-169rec, který je absorbovaný na alhydrogelovém adjuvans. Aplikace injekcí se opakovala třikrát ve dvou týdenních intervalech se stejným antigenem. Po 7 a 14 dnech po poslední imunizaci se odebraly vzorkyOne NZW rabbit (Charles River Laboratories) was immunized subcutaneously at several sites with approximately 50 gg of purified C-169 rec protein, which is absorbed on an alhydrogel adjuvant. Injections were repeated three times at two weekly intervals with the same antigen. Samples were taken 7 and 14 days after the last immunization
krve. Vzorky séra se spojily a izolovaly se protilátky precipitací za použití 40 % saturovaného síranu amonného.blood. Serum samples were pooled and antibodies were isolated by precipitation using 40% saturated ammonium sulfate.
Přísně kombinovaným imunodeficientním myším SCID se intraperitonálně aplikovala injekce s 0,25ml izolovaných králičích protilátek. Jednu hodinu po této injekci se myši inokulovaly s 5 000 nebo 880 jednotkami tvořícími kolonie bakterií S.pneumoniae typ 3 kmen WU2. Kontrolní myši SCID se inokulovaly sterilním pufrem nebo protilátkami, které se izolovaly z neimunních králičích sér. Vzorky inokula bakterií S.pneumoniae, které se použily pro vyvolání odezvy, se nanesly na plotny s čokoládovým agarem za účelem určit jednotky tvořící kolonie a potvrdit dávku pro vyvolání odezvy. Důvodem proč byly vybrány myši SCID je jejich vysoká náchylnost k infekci bakteriemi S.pneumoniae. Vzorky krve (20μ1) získané 24 hodin po inokulaci myší se nanesly na čokoládový agar a testovala se přítomnost organizmů S.pneumoniae. Hladina detekce byla 50 jednotek tvořících kolonie/ml. Úmrtí se zaznamenávalo ve 24 hodinových intervalech po dobu 5 dnů.Strictly combined immunodeficient SCID mice were injected intraperitoneally with 0.25 ml of isolated rabbit antibodies. One hour after this injection, mice were inoculated with 5,000 or 880 colony forming units of S. pneumoniae type 3 strain WU2. Control SCID mice were inoculated with sterile buffer or antibodies that were isolated from non-immune rabbit sera. Samples of S. pneumoniae inoculum used to elicit a response were plated on chocolate agar plates to determine colony-forming units and confirm the dose to elicit a response. The reason SCID mice were selected is because of their high susceptibility to S. pneumoniae infection. Blood samples (20μ1) obtained 24 hours after inoculation of mice were plated on chocolate agar and tested for the presence of S.pneumoniae organisms. The detection level was 50 colony forming units / ml. Deaths were recorded at 24 hour intervals for 5 days.
B. VýsledkyB. Results
Schopnost klonovaných inzertů DNA bakterií S.pneumoniae, které kódují celý nebo část proteinu HSP72 (C-169), exprimovat rekombinantní proteiny v bakteriích E.coli umožňují získat proteiny, které jsou použitelné pro zkoumání potenciálu vakcinace proteinem HSP72. Proteiny HSP72rec a C169rec se získaly v relativně čisté formě. Na SDS polyakrylových gelech (obrázek č. 14 a 15) barvených Coomassieovou modří se nezjistily žádné kontaminanty.The ability of cloned S.pneumoniae DNA inserts that encode all or part of the HSP72 (C-169) protein to express recombinant proteins in E. coli makes it possible to obtain proteins that are useful for investigating the vaccination potential of the HSP72 protein. The HSP72 rec and C169 rec proteins were obtained in relatively pure form. No contaminants were detected on SDS polyacrylic gels (Figs. 14 and 15) stained with Coomassie Blue.
Za účelem zhodnotit potenciál vakcinace HSP72 se nejdříve testovala schopnost proteinu HSP72rec vyvolat ochrannou imunní odezvu. Skupiny deseti myší se imunizovaly proteinem HSP72rec v plné délce (dávka je 1 μg nebo 5 μg) a • · inokulovaly se s 4,2 miliony jednotek tvořících kolonie bakterií S.pneumoniae typ 3 kmen WU2. 80% myší, které se imunizovaly lgg proteinu HSP72rec, přežily inokulaci stejně tak bylo u 50% myší imunizovaných 5μg proteinu HSP72rec. Žádná z myší poprvé použitá v experimentu, které se imunizovaly pouze se samotným alhydrogelovým adjuvans bez antigenu, nepřežila inokulaci (obrázek č. 16) . V žádném z krevních vzorků odebraném 14. nebo 15. den z myší, které přežily inokulaci, se nezjistila přítomnost organizmů S.pneumoniae. Pozorování, že protein HSP72rec vyvolává ochranu proti pneumokokům typu 3 kmen WU2 ukazuje, že protein HSP72 odvozený z DNA izolované z kmene typu 6 obsahuje epitopy schopné vyvolat ochranu proti heterolognímu kmenu s odlišným kapsulárním typem.In order to assess the potential of HSP72 vaccination, the ability of HSP72 rec protein to elicit a protective immune response was first tested. Groups of ten mice were immunized with full-length HSP72 rec protein (dose 1 µg or 5 µg) and inoculated with 4.2 million colony forming units of S. pneumoniae type 3 strain WU2. 80% of mice immunized with IgG HSP72 rec survived the inoculation well was 50% of the mice immunized with 5μg HSP72 rec. None of the mice first used in the experiment that were immunized with only antigen-free alhydrogel adjuvant alone survived the inoculation (Figure 16). None of the blood samples taken on day 14 or day 15 from mice that survived inoculation were found to be S.pneumoniae. The observation that the HSP72 rec protein induces protection against type 3 pneumococci WU2 strain shows that the HSP72 protein derived from DNA isolated from the type 6 strain contains epitopes capable of inducing protection against a heterologous strain with a different capsular type.
Dále se testovala imunní odezva na protein HSP72 za použití fragmentů rekombinantního proteinu exprimovaného v bakteriích E.coli, které se transformovaly chimérickým genem fucI-HSP72. Myši imunizované čištěným C-169rec vykazovaly ochranu proti fatální inokulaci pneumokoky. To ukazuje, že některé, ne-li všechny, epitopy vyvolávající ochranu se nacházejí v oblasti C-konce molekuly proteinu HSP72, který obsahuje posledních 169 zbytků. Skupiny deseti myší se imunizovaly s C-169 (dávka je 1 μg nebo 5 μg) a inokulovaly se 6 miliony jednotek tvořících kolonie bakterií S.pneumoniae typ 3 kmen WU2. 60% myší imunizovaných 1 μg C-169rec přežilo inokulaci stejně jako 70% myší imunizovaných 5 μg C-169rec (obrázek č. 17). O proti tomu, všechny myši poprvé použité v experimentu zemřely dva dny po inokulaci. Oblast C-konce HSP72 bakterií S.pneumoniae, která zahrnuje oblast maxima divergence mezi proteiny DnaK, je cíl ochranné imunní odezvy.Further, the immune response to the HSP72 protein was tested using fragments of the recombinant protein expressed in E. coli bacteria that were transformed with the chimeric fucI-HSP72 gene. Mice immunized with purified C-169 rec showed protection against fatal pneumococcal inoculation. This shows that some, if not all, protection-inducing epitopes are located in the C-terminal region of the HSP72 protein molecule, which contains the last 169 residues. Groups of ten mice were immunized with C-169 (dose 1 µg or 5 µg) and inoculated with 6 million colony forming units of S. pneumoniae type 3 strain WU2. 60% of mice immunized with 1 µg C-169 rec survived inoculation as well as 70% of mice immunized with 5 µg C-169 rec (Figure 17). In contrast, all mice first used in the experiment died two days after inoculation. The C-terminal region of S.pneumoniae HSP72, which includes a region of maximum divergence between DnaK proteins, is the target of a protective immune response.
Jak se uvádí v tabulce č. 4 uvedené dále v textu, dva nezávislé experimenty naznačují, že myši SCID, do kterých se • · · · pasivně přenesly králičí anti-C-169 protilátky, vykazují ochranu proti fatální infekci bakteriemi S.pneumoniae kmene WU2. Naproti tomu žádná z 15 kontrolních myší nepřežila. Kontrolním myším se aplikovaly protilátky z neimunního králičího séra nebo samotný sterilní pufr. Všechny myši z kontrolních skupin měly 24 hodin po inokulaci pozitivní hernokulturu, zatímco u imunizovaných myší se organizmy S.pneumoniae stanovily pouze u dvou z celkového počtu deseti myší.As shown in Table 4 below, two independent experiments indicate that SCID mice into which rabbit anti-C-169 antibodies have been passively transferred show protection against fatal infection with S. pneumoniae strain WU2. . In contrast, none of the 15 control mice survived. Control mice received anti-immune rabbit serum antibodies or sterile buffer alone. All mice from the control groups had a positive hernoculture 24 hours after inoculation, whereas in immunized mice S. pneumoniae organisms were determined in only two out of a total of ten mice.
Tabulka Č. 4: PASIVNÍ IMUNIZAČNÍ STUDIE VYKAZUJÍCÍ OCHRANUTable 4: PASSIVE PROTECTION IMMUNIZATION STUDIES
SCID MYŠÍ PROTI EXPERIMENTÁLNÍ INFEKCISCID MOUSE AGAINST EXPERIMENTAL INFECTION
S.PNEUMONIAE POMOCÍ ANTI-C-169 KRÁLIČÍCHS.PNEUMONIAE USING ANTI-C-169 RABBITS
PROTILÁTEKANTIBODY
V experimentu 1 a 2 (tabulka č. 4) se myši inokulovaly 5 000 a 880 jednotkami tvořícíirí kolonie bakterií S. pneumoniae typ 3 kmen WU2. Výsledky v tabulce č. 4 se uvádějí jako počet myší, které přežily inokulaci nebo které vykazují přítomnost bakterií S.pneumoniae, ku celkovému počtu myší ve skupině.In Experiment 1 and 2 (Table 4), mice were inoculated with 5,000 and 880 colony forming units of S. pneumoniae type 3 strain WU2. The results in Table 4 are reported as the number of mice that survived inoculation or that showed the presence of S. pneumoniae bacteria per total number of mice per group.
Demonstrace anti-HSP72 specifity protilátky vyvolané imunizací s rekombinantním proteinem HSP72 nebo C-169 vychází ___________— ---- * · · · ··- · ·Demonstration of the anti-HSP72 specificity of the antibody induced by immunization with recombinant HSP72 or C-169 protein is based on ___________— ---- * · · · ···
........ II 4 f y^gg^ , .·-- y » w· g• · · ·· · ···· «••4········· ··· · · · ··· a· ···· ·· ···· ·· ·· z analýzy westernovým přenosem, kde se jako antigenů používají buněčné lyzáty bakterii S.pneumoniae. Všechna testovaná králičí a myší antiséra detekovala jeden pruh odpovídající proteinu HSP72. Tyto serologické výsledky naznačují ochranu, která vzniká po imunizaci rekombinantními proteiny a je způsobená produkcí protilátek reaktivních s proteinem HSP72 bakterií S.pneumoniae......... II 4 fy ^ gg ^,. · Y · w · g · · · · · ··· «•• 4 ············ And Western blot analysis, where cell lysates of S.pneumoniae are used as antigens. All rabbit and mouse antisera tested detected a single band corresponding to the HSP72 protein. These serological results indicate the protection that results from immunization with recombinant proteins and is caused by the production of antibodies reactive to the HSP72 protein of S. pneumoniae.
Příklad 6: Teplem indukovaný expresivní systém vhodný pro vysokou produkci C-151 terminální oblasti proteinu HSP72Example 6: Heat-induced expression system suitable for high production of the C-151 terminal region of the HSP72 protein
A. Konstrukce plazmidu pURV3, který obsahuje C-151 terminální oblast kódující HSP72 bakterií S.pneumoniae.A. Construction of plasmid pURV3, which contains the C-151 terminal region encoding S.pneumoniae HSP72.
Oblast DNA kódující 151 aminokyselin karboxylového konce proteinu HSP72 bakterií S.pneumoniae se začlenila do translačního vektoru p629 po směru transkripce promotoru λ PL (H.J.George et al., Bio/Technology 5, pp. 600-6003 (1987)).A DNA region encoding the carboxyl-terminal 151 amino acids of the H.p72 protein of S. pneumoniae was inserted into the translation vector p629 downstream of the λ PL promoter (H. J. George et al., Bio / Technology 5, pp. 600-6003 (1987)).
Tento vektor obsahuje kazetu bakteriofágového λ cI857 represorového genu citlivého na teplotu, z kterého se odstranil funkční promotor PR. Inaktivace represoru cI857 zvýšením teploty z rozmezí 30 až 37°C na 37 až 42°C vede k indukci genu řízeného λ PL. Indukce exprese genu v buňkách E.coii teplotním skokem je výhodné použít při fermentaci ve velkém měřítku, protože v moderních fermentorech lze teplotního skoku jednoduše dosáhnout. Rozumí se, že zatímco pro tento experiment se zvolily bakterie E.coii, jiné hostitelské organizmy, jako jsou kvasinky, spadají do rozsahu tohoto vynálezu.This vector contains a cassette of the temperature sensitive bacteriophage λ c187 repressor gene from which the functional P R promoter has been removed. Inactivation of the cI857 repressor by increasing the temperature from 30 to 37 ° C to 37 to 42 ° C leads to induction of the λ PL-driven gene. Induction of gene expression in E.coii cells by thermal leap is advantageous to use in large-scale fermentation, since in modern fermenters a thermal leap can be easily achieved. It is understood that while E. coli bacteria have been selected for this experiment, other host organisms, such as yeast, are within the scope of this invention.
Fragment s 477 nukleotidy, který zahrnuje v genu HSP72 bakterií S.pneumoniae oblast 457 baží mezi 2050 až 2506 (SEQThe 477 nucleotide fragment, which in the S.pneumoniae HSP72 gene, region 457 ranges between 2050 and 2506 (SEQ.
ID č.: 4), se amplifikoval polymerázovou řetězovou reakcí * 9 *-• · · · ---*-*—— (PCR). Jako templát sloužila genomová DNA bakterií S. pneumoniae typ 6 kmen 64 a použily se oligonukleotidové primery OCRR26 (5'-GGCAGATCTATGAAGGCCAAAGACCTTGGAAC) - a OCRR27 (5'CGCGGATCCTTACTTTTCCGTAAACTCTCCGT). Chromozomální DNA se připravila z 90ml kultury exponenciálně rostoucích buněk bakterií S. pneumoniae v půdě obsahující vývar srdce podle metody Jayarao et al. (J.Clin.Microbiol., 29, pp. 2774-2778 (1991)). Za použití DNA termálního cykleru (Perkin Elmer, San Jose, CA) se provedly amplifikační reakce DNA. Startovací kodón ATG v primeru OCR26 se nachází v rámci proti směru transkripce právě před kódující oblastí pro oblast N-konce C-151. Primery OCRR26 a OCRR27 obsahují místa, která rozeznávají restrikční endonukleázy BglII (AGATCT), resp. BamHI (GGATCC), což se využívá pro klonování produktu PCR do zmíněných defosforylovaných míst vektoru p629. Produkt PCR se izoloval z agarozových gelů způsobem, který se zakládá na zmrazení ve fenolu (S.A.Benson, Biotechniques 2, pp. 67-68 (1984)), a dále se štěpil restrikčnímy enzymy BglII a BamHI. BglII-BamHI fragment, který obsahuje 471 párů baží, se pak ligoval do defosforylovaných restrikčních míst vektoru p629, které rozeznávají restriktázy BglII a BamHI. Částečná mapa výsledného plazmidu pURV3 je na obrázku č. 18. Tento plazmid se vnesl způsobem podle Simanis (Hanahan,D. In D.M.Glover (ed.), DNA Cloning, pp. 109-135, (1985)) do bakterií E. coli kmene XLI Blue MRF(Δ(mcrA)183 Δ(mcrCB-hsdSMR-mrr)173 endAl supE44 thi-1 recAl gyrA96 relAl lac [F' proAB lacFzAMlS TnlO (Tetr)] c) , který se získal od firmy Stratagene, La Jolla, CA. Transformanti rostoucí při teplotě 37°C se testovali imunoblotem jednotlivých kolonií (J.Sambrook et al. (citace uvedena shora)) za použití monoklonálních protilátek Fl-Pn3.1 reaktivních s proteinem C-169rec. Z vybraných transformantů se izoloval plazmid DNA a inzert DNA se sekvenoval PCR za použití soupravy Taq Dye Deoxy Terminátor Cycle Sequencing kit od Applied Biosystems τID No: 4), was amplified by polymerase chain reaction * 9 * - (PCR). Genomic DNA of S. pneumoniae type 6 strain 64 served as template and the oligonucleotide primers OCRR26 (5'-GGCAGATCTATGAAGGCCAAAGACCTTGGAAC) - and OCRR27 (5'CGCGGATCCTTACTTTTCCGTAAACTCTCCGT) were used. Chromosomal DNA was prepared from a 90 ml culture of exponentially growing S. pneumoniae cells in broth containing heart broth according to the method of Jayarao et al. (J. Clin Microbiol., 29, pp. 2774-2778 (1991)). DNA amplification reactions were performed using a DNA thermal cycler (Perkin Elmer, San Jose, CA). The ATG start codon in primer OCR26 is located upstream of the coding region for the N-terminus of C-151. Primers OCRR26 and OCRR27 contain sites that recognize BglII restriction endonucleases (AGATCT), respectively. BamHI (GGATCC), which is used to clone the PCR product into said dephosphorylated sites of vector p629. The PCR product was isolated from agarose gels in a phenol-freeze method (SABenson, Biotechniques 2, pp. 67-68 (1984)), and further digested with the restriction enzymes BglII and BamHI. The BglII-BamHI fragment, which contains 471 bp, was then ligated to dephosphorylated restriction sites of vector p629, which recognize BglII and BamHI restriction sites. A partial map of the resulting plasmid pURV3 is shown in Figure 18. This plasmid was introduced into the E. coli strain by the method of Simanis (Hanahan, D. In DMGlover (ed.), DNA Cloning, pp. 109-135, (1985)). XLI Blue MRF (Δ (mcrA) 183 Δ (mcrCB-hsdSMR-mrr) 173 endAl supE44 thi-1 recAl gyrA96 relAl lac [F 'proAB lacFzAMlS Tn10 (Tet r )] c ), which was obtained from Stratagene, La Jolla , CA. Transformants growing at 37 ° C were tested by single colony immunoblotting (J. Samroro et al. (Supra)) using C-169 rec -reactive monoclonal antibodies Fl-Pn3.1. DNA plasmid was isolated from selected transformants and the DNA insert was sequenced by PCR using the Taq Dye Deoxy Terminator Cycle Sequencing kit from Applied Biosystems τ
• · · ·• · · ·
lne. (ΑΒΙ) a elektroforéza DNA se uskutečnila na automatizovaném sekvenátoru DNA 373A (ABI). Nukleotidové sekvence inzertu zcela odpovídá nukleotidové sekvenci C-151 kódující oblasti genu HSP72. (SEQ ID č. 25 a korespondující aminokyselinová sekvence v SEQ ID č. 26) . Plazmid se vnesl elektroforeticky do bakterií E.coli kmene W3110 (ATCC 27325) za účelem produkce C-151rec·lne. (ΑΒΙ) and DNA electrophoresis was performed on an automated DNA sequencer 373A (ABI). The nucleotide sequence of the insert fully corresponds to the nucleotide sequence of the C-151 coding region of the HSP72 gene. (SEQ ID No. 25 and the corresponding amino acid sequence in SEQ ID No. 26). The plasmid was electrophoretically introduced into E. coli strain W3110 (ATCC 27325) to produce C-151 rec .
B. Exprese C-151rec a příprava antigenuB. C-151 rec expression and antigen preparation
Rekombinantní C-151rec s methioninovým zbytkem na jeho Nkonci se syntetizoval v bakteriích E.coli kmene W3110, které nesou plazmid pURV3. Buňky bakterii E.coli se kultivují v LB půdě obsahující ampicilin o koncentraci ΙΟΟμς při teplotě 37°C až do okamžiku, kdy A600 dosáhne hodnoty 0,6. Buňky se pak kultivují při teplotě 40°C po dobu 18 hodin za účelem indukovat produkci proteinu C-151rec. Příprava semi-čištěného proteinu C-151rec proběhla následujícími způsoby. Bakteriální buňky se shromáždily centrifugací a výsledný pelet se promyl a resuspendoval se ve fyziologickém roztoku pufrovaném fosforečnanem. Přidal se lysozym a buňky se inkubovaly po dobu 15 minut na ledu. Pak se buňky otevřely pulzní sonikací. Buněčný lyzát se vyčeřil centrifugací a supernatanty se shromáždily a provedla se separace za použití ultrafiltračního zařízení Amicon (míchané buňky serie 8 000, Amicon Canada Ltd. Oakville, Ontario). Shromáždil se ultrafiltrát, který nezadržela membrána YM30, analyzoval se na SDS-PAGE a obarvil se Coomassieovou modří R-250. Koncentrace proteinů se odhadly srovnáním intenzity barvy proteinu C-151rec a intenzity barvy inhibitoru sojového trypsinu o známé koncentraci.Recombinant C-151 rec with a methionine residue at its N-terminus was synthesized in E. coli bacteria W3110 carrying plasmid pURV3. E.coli cells are cultured in LB broth containing icμς ampicillin at 37 ° C until A 600 reaches 0.6. The cells are then cultured at 40 ° C for 18 hours to induce C-151 rec protein production. The preparation of semi-purified C-151 rec protein was carried out by the following methods. Bacterial cells were collected by centrifugation and the resulting pellet was washed and resuspended in phosphate buffered saline. Lysozyme was added and the cells were incubated for 15 minutes on ice. The cells were then opened by pulse sonication. The cell lysate was clarified by centrifugation, and the supernatants were collected and separated using an Amicon ultrafiltration apparatus (8,000 Series Shake Cells, Amicon Canada Ltd. Oakville, Ontario). The ultrafiltrate that did not retain the YM30 membrane was collected, analyzed for SDS-PAGE, and stained with Coomassie Blue R-250. Protein concentrations were estimated by comparing the color intensity of the C-151 rec protein and the color intensity of the soybean trypsin inhibitor at a known concentration.
—99——e·----·γ · · · · · · * i 4 τ¥ 4 ΙΙ Τ· · 4 4· • « · · · ····· • · 9 9 9 · 9 9 99 9 99-99 - e γ · ---- · · · · · · · τ 4 * i ¥ 4 ΙΙ Τ · · · 4 4 • "····· · · · • · · 9 9 9 9 9 99 9 99
9 9 9 9 9 9 999 9 9 9 9 99
9999 99 9999 ····9999 99 9999 ····
ΊΟΊΟ
C. Reaktivita monoklonálních protilátek proti C-151rec C. Reactivity of monoclonal antibodies against C-151 rec
Reaktivita 10 monoklonálních protilátek s C-151rec vybraných z hlediska jejich reaktivity s proteinem HSP72 bakterií S.pneumoniae se testovala westernovým přenosem za použití ultrafiltrátů YM30 připraveným shora popsaným způsobem. Monoklonální protilátky zahrnují sérii šesti monoklonálních protilátek vytvořených proti proteinu HSP72rec (F3-Pn3.5 až F3-Pn3.10) a monoklonálních protilátek Fl-Pn3.1, F2-Pn3.2, F2-Pn3.3, F2-Pn3.4. Tři monoklonální protilátky FlPn3.1, F2-Pn3.3 a F2-Pn3.4, které jsou reaktivní s C-169rec, také rozeznávají fragment C-151rec. Všechny další monoklonální protilátky jsou reaktivní pouze s HSP72rec, což ukazuje, že mohou být určeny proti epitopům přítomný v oblasti N-konce proteinu HSP72.The reactivity of the 10 monoclonal antibodies with C-151 rec selected for their reactivity with the S.pneumoniae HSP72 protein was tested by Western blotting using YM30 ultrafiltrates prepared as described above. Monoclonal antibodies include a series of six monoclonal antibodies raised against the HSP72 rec protein (F3-Pn3.5 to F3-Pn3.10) and monoclonal antibodies F1-Pn3.1, F2-Pn3.2, F2-Pn3.3, F2-Pn3. 4. The three monoclonal antibodies FlPn3.1, F2-Pn3.3 and F2-Pn3.4, which are reactive with C-169 rec , also recognize the C-151 rec fragment. All other monoclonal antibodies are reactive only with HSP72 rec , indicating that they can be directed against epitopes present in the N-terminal region of the HSP72 protein.
Příklad 7: Protilátková odezva Balb/c myší a opic Maca_caFascicularis (cynomolgus) na rekombinantní antigeny HSP72.Example 7: Antibody response of Balb / c mice and Maca_caFascicularis monkeys (cynomolgus) to recombinant HSP72 antigens.
A. PostupyA. Procedures
1. Imunizace zvířat1. Immunization of animals
Skupiny deseti samiček myší Balb/c se imunizovaly podkožně buď HSP72rec nebo C-169rec, jak se popisuje v Příkladu 5. Za účelem získat protilátkovou odezvu na C-151rec se skupina šesti myší třikrát imunizovala v intervalu dvou týdnů s 0,5μg C-151rec absorbovaném na alhydrogelovém adjuvans aplikací intraperitonální injekce. Čtyři až sedm dní po třetí imunizaci se testovala přítomnost protilátek reaktivních s bakteriemi S.pneumoniae v sérech získaných z krevních vzorků odebraných před každou imunizací, testem ELISA za použití destiček potažených buně čnými extrakty buněk bakterií S.pneumoniae.Groups of ten female Balb / c mice were immunized subcutaneously with either HSP72 rec or C-169 rec as described in Example 5. In order to obtain an antibody response to C-151 rec , a group of six mice was immunized three times at 2 week intervals with 0.5 µg. C-151 rec absorbed on the alhydrogel adjuvant by intraperitoneal injection. Four to seven days after the third immunization, the presence of S.pneumoniae-reactive antibodies in sera obtained from blood samples taken before each immunization was tested by ELISA using plates coated with cell extracts of S.pneumoniae cells.
• · ττ4 ·· · · · · ♦ · ♦ ··· · ·····« · ♦ · ·· ···· ·· ···· ·· ··• · ττ 4 ·· · ♦ · · ··· · ····· «· ♦ · · ··············
Samice opic cynomolgus se intramuskulárně imunizovaly v den 1, 22 a 77 s 0,5ml, které obsahují 15(^g čištěných antigenů HSP72rec nebo C-169rec absorbovaných na alhydrogelovém adjuvans. Vzorky krve se odebíraly pravidelně před a po každé imunizaci a testovala se přítomnost protilátek reaktivních s antigenem proteinu HSP72 bakterií S.pneumoniae pomocí analýzy westernovým přenosem.Female cynomolgus monkeys were immunized intramuscularly on day 1, 22 and 77 with 0.5 ml containing 15 µg of purified HSP72 rec or C-169 rec antigen absorbed on alhydrogel adjuvant. Blood samples were collected regularly before and after each immunization and tested The presence of antibodies reactive to the antigen of the HSP72 protein of S. pneumoniae by Western blot analysis.
Specifita vzniklých protilátek proti proteinu HSP72 bakterií S.pneumoniae se potvrdila analýzou westernovým přenosem za použití buněčných extraktů bakterií S.pneumoniae a izolovaných rekombinantních antigenů.The specificity of the generated antibodies against the HSP72 protein of S. pneumoniae was confirmed by Western blot analysis using S. pneumoniae cell extracts and isolated recombinant antigens.
B. VýsledkyB. Results
Výsledky popsané v Příkladu 5 jasně ukazují ochranou povahu protilátky, která vznikla následující imunizací s rekombinantními antigeny HSP72. Během imunizace se monitoroval výskyt sérové protilátkové odezvy u myší (obrázek č. 19, 20 a 21) au opic (obrázek č. 22). Oba živočišné druhy vykazují silnou odezvu na celý a zkrácený rekombinantní protein HSP72, které se použily jako imunogeny. Po třetí injekci průměrný titr protilátek byl 1:64 000. Detailní analýza jednotlivých sér ukazuje, že každé zvíře odpovědělo na imunizaci vývojem protilátek reaktivních s proteinem HSP72 bakterií S.pneumoniae.The results described in Example 5 clearly demonstrate the protective nature of the antibody resulting from immunization with recombinant HSP72 antigens. During immunization, the occurrence of serum antibody responses was monitored in mice (Figure 19, 20 and 21) and monkeys (Figure 22). Both species show a strong response to the whole and truncated recombinant HSP72 protein used as immunogens. After the third injection, the average antibody titer was 1:64,000. Detailed analysis of the individual sera shows that each animal responded to immunization by developing antibodies reactive to the S.pneumoniae HSP72 protein.
U myší imunizovaných s C-169rec, dvě testované dávky 1 a 5gg byly podobně účinné, indukovaly podobné titry protilátek (obrázek č. 20) . Silná odezva se pozorovala po aplikaci druhé injekce s C-169rec. Ke zvýšení titru protilátek však nedošlo po aplikaci třetí injekce. Na rozdíl od tohoto pozorování imunní odezva na protein HSP72rec nebyla závislá na dávce. Zvýšení titru specifických protilátek se pozorovalo po aplikaci druhé a třetí injekce, která obsahovala buď protein HSP72rec nebo C-151rec (obrázek č. 19 a 21) .In mice immunized with C-169 rec , the two doses tested 1 and 5gg were similarly effective, inducing similar antibody titers (Figure 20). A strong response was observed after a second injection with C-169 rec . However, there was no increase in antibody titer after the third injection. In contrast, the immune response to HSP72 rec protein was not dose-dependent. An increase in the specific antibody titer was observed after the second and third injections containing either HSP72 rec or C-151 rec protein (Figure 19 and 21).
---- · »* *»- **** .**.1**1 —β φ Φ Φ φ φ φ Φ Φ φ φW • · · « · · 9 ' · · · 9 9 9---- · »* *» - ****. **. 1 ** 1 - β φ Φ Φ φ φ φ Φ φ φW · · · · · · · 9 '· · 9 9 9
9 9 9 9 9 9 9 9 / Ζ <····· ··.···· 9 9 9 99 9 9 9 9 9 9 9 / Ζ <····· ··. ···· 9 9 9 9
Studie imunní odezvy u opic jasně ukazuje, že imunogenita rekombinantních antigenů HSP72 není omezena pouze na hlodavce, jako jsou králík nebo myš. Humorální odezva následující po aplikaci druhé injekce s libovolným antigenem se charakterizuje silným vzrůstem titrů protilátky specifické pro protein HSP72, který může přetrvávat několik týdnů, aniž dojde k jejich detekovatelnému snížení (obrázek č. 22). Navíc se v sérech každé opice, po aplikaci jedné injekce s rekombinantními antigeny, detekovaly specifické sérové protilátky.The immune response study in monkeys clearly shows that the immunogenicity of recombinant HSP72 antigens is not limited to rodents such as rabbit or mouse. The humoral response following the second injection with any antigen is characterized by a strong increase in antibody titers specific for the HSP72 protein, which may persist for several weeks without any detectable decrease (Figure 22). In addition, specific serum antibodies were detected in the sera of each monkey after a single injection of recombinant antigens.
Příklad 8: Mapování epitopu B-buňky stresového proteinu HSP72.Example 8: BSP cell epitope mapping of the stress protein HSP72.
Příklad 3 ukazuje, že podstatná variabilita primární sekvence proteinů HSP70 se hlavně nachází ve dvou oblastech odpovídajících aminokyselinovým zbytkům 244 až 330 a 510 až 607 proteinu HSP72 bakterií S.pneumoniae. Tyto variabilní oblasti mohou obsahovat epitopy B-buňky, které odpovídají za antigenní heterogenitu, o níž se píše v Příkladu 4. Za účelem zjistit tuto možnost se testovala reaktivita polyklonálních a monoklonálních protilátek proteinu HSP72 bakterií S. pneumoniae proti 14 peptidům vybraným tak, aby pokryly většinu těchto oblastí.Example 3 shows that the substantial variability in the primary sequence of HSP70 proteins is mainly found in two regions corresponding to amino acids residues 244 to 330 and 510 to 607 of the S.pneumoniae HSP72 protein. These variable regions may contain B cell epitopes that are responsible for the antigenic heterogeneity described in Example 4. To investigate this possibility, the reactivity of the polyclonal and monoclonal antibodies of the HSP72 protein of S. pneumoniae to 14 peptides selected to cover most of these areas.
A. PostupyA. Procedures
Syntetizovalo se 14 peptidů obsahujících 14 až 30 aminokyselinových zbytků. Sekvence peptidů a jejich umístění v proteinu se uvádí v tabulce č. 5. Za použití automatizovaného peptidového syntetizátoru v instituci Biochem Immunosystem lne. (Montreal, Kanada) se syntetizovaly peptidy CS870, CS873,14 peptides containing 14 to 30 amino acid residues were synthesized. The sequences of the peptides and their placement in the protein are shown in Table 5. Using an automated peptide synthesizer at Biochem Immunosystem Inc. (Montreal, Canada) synthesized peptides CS870, CS873,
CS874, CS875, CS876, CS877, CS878, CS879, CS880 a CS882.CS874, CS875, CS876, CS877, CS878, CS879, CS880 and CS882.
Peptidy MAP1, MAP2, MAP3 a MAP4 se syntetizovaly na rozvětveném lysinovém řetězci jako peptidy s mnohočetnou antigenitou (MAP; Multiple Antigenic Peptides) v instituci ·· · · • · ···· ·· ···· • ·MAP1, MAP2, MAP3, and MAP4 peptides were synthesized on the branched lysine chain as Multiple Antigenic Peptides (MAP) peptides in an institution.
Service de Séquence de Peptides de 1'Est du Québec, Centre de recherche du CHUL (Sainte-Foy, Kanada). Peptidy se čistily vysokotlakou kapalnou chromatografií s obrácenými fázemi. Peptidy se rozpustily v destilované vodě, výjimkou jsou peptidy CS874 a CS876, které se rozpustily v malém objemu buď 6M guanidin-HCl nebo dimethylsulfoxidu a pak se upravila jejich koncentrace přidáním destilované vody na výslednou hodnotu 1 mg/ml.Séquence de Peptides de 1'Est du Québec, CHUL Center (Sainte-Foy, Canada). The peptides were purified by reverse phase high pressure liquid chromatography. The peptides were dissolved in distilled water, except for the peptides CS874 and CS876, which were dissolved in a small volume of either 6M guanidine-HCl or dimethylsulfoxide and then adjusted to a concentration of 1 mg / ml by adding distilled water.
Test ELISA peptidu proběhla tak, že mikrotitrační destičky Immunolon 4 (Dynatech Laboratories, Inc., Chantilly, VA) se potáhly syntetickými peptidy v koncentraci 50gg/ml podle postupu, který popisuje J.Hamel et al. (citace uvedená shora). Za účelem potvrdit reaktivitu monoklonálních protilátek s peptidy se stanovila schopnost peptidů ve fluidní fázi inhibovat navázání monoklonálních protilátek na pevný protein HSP72. Za účelem provedení inhibičního testu se povlékly mikrotitrační destičky extrakty buněčných stěn bakterií S. pneumoniae. Supernatanty kultury hybridomu obsahující monoklonální protilátky specifické pro protein HSP72 se kultivovaly přes noc při teplotě 4°C s několika koncentracemi peptidu. Kontrolní supernatant a supernatant s peptidem se testoval testem ELISA, jak se popisuje ve shora uvedeném textu.The peptide ELISA was performed by immunolon 4 microtiter plates (Dynatech Laboratories, Inc., Chantilly, VA) coated with synthetic peptides at a concentration of 50 g / ml according to the procedure described by J. Chamel et al. (citation above). In order to confirm the reactivity of the monoclonal antibodies with the peptides, the ability of the peptides in the fluid phase to inhibit binding of the monoclonal antibodies to the solid HSP72 protein was determined. In order to perform the inhibition test, microtiter plates were coated with S. pneumoniae cell wall extracts. Hybridoma culture supernatants containing HSP72-specific monoclonal antibodies were cultured overnight at 4 ° C with several peptide concentrations. Control supernatant and peptide supernatant were tested by ELISA as described above.
Imunní séra pocházela ze zvířat třikrát imunizovaných s rekombinantními antigeny proteinu HSP72. Jeden králík se imunizoval 37,5 μ9 čištěného proteinu HSP72rec podle imunizačního protokolu, který se popisuje v příkladu 5. Spojila se myší séra ze tří myší Balb/c imunizovaných proteinem HSP72rec z příkladu 5 a dále se spojila séra skupin po dvou opicích imunizovaných buď proteinem HSP72rec nebo C-169rec.Immune sera came from animals immunized three times with recombinant HSP72 antigens. One rabbit was immunized with 37.5 μ9 of purified HSP72 rec protein according to the immunization protocol described in Example 5. Mouse sera from three Balb / c mice immunized with HSP72 rec protein of Example 5 were pooled and sera from groups of two monkeys immunized either HSP72 rec or C-169 rec .
·· · · φφ φφφφ • φ·· · · φφ φφφφ • φ
Tabulka č. 5: SEKVENCE A POLOHA SYNTETICKÝCH PEPTIDŮTable 5: SEQUENCE AND POSITION OF SYNTHETIC PEPTIDES
ODPOVÍDAJÍCÍM AMINOKYSELINVÝM ZBYTKŮM PROTEINURESPONSIBLE AMINO ACID RESIDUES OF PROTEIN
HSP72 S.PNEUMONIAEHSP72 S.PNEUMONIAE
B. Identifikace a lokalizace lineárních epitopů B-buňky Výsledky na obrázku č. 23 ukazuji, že většina imunologické reaktivity se pozorovala u peptidů lokalizovaných v oblasti aminokyselinových zbytků 457 a? 607, které odpovídají fragmentu C-151 proteinu HSP72. Králičí, myší a opičí sérové protilátky pocházející ze zvířat, které se imunizovaly buď rekombinantním HSP72rec nebo C-169rec, jsou • · · ··· · · · · ♦ · ·· *··· ·· ···· ·· ·· reaktivní jak s peptidem MAP2 tak i s peptidem MAP4. Je zajímavé, že v sekvenci peptidů ΜΆΡ2 a ΜΆΡ4 chybí hypervariabilní oblast C-konce obsahující sekvence GFDAERDAAQAALDD (zbytky 527 až 541) a AEGAQATGNAGDDW (zbytky 586 až 600), které se nacházejí pouze v proteinu HSP72 bakterií S.pneumoniae, což je založeno na porovnání sekvencí proteinu HSP70, jenž jsou dostupné v datové bance. Naše data ukazují, že obě peptidové sekvence obsahují lineární epitopy B-buňky. Navíc samotný peptid MAP4 byl také rozeznán monoklonálními protilátkami Fl-Pn3.1. Tato reaktivita se potvrdila inhibičním testem ve fluidní fázi, kde 10μς/ιη1 proteinu MAP4 způsobilo úplnou inhibici vazby monoklonálních protilátek Fl-Pn3.1 s proteinem HSP72. Také polyklonální antiséra, pocházející ze zvířat imunizovaných celým rekombinantním proteinem HSP72, rozeznaly epitopy B-buňky, které se nacházejí na peptidech CS875, MAP1 a MAP3. Všechna tato data dohromady ukazují, že hypervariabilní terminální fragment C-151 proteinu HSP72 stimuluje odezvy B-buňky a možná tvoří imunodominantní oblast proteinu HSP72. Chybějící reaktivita monoklonálních protilátek F2-Pn3.3 a F2-Pn3.4 se syntetickými peptidy naznačuje, že reagují s konformačními determinanty, které se nacházejí v oblasti C-konce proteinu HSP72. Příklad 5 naznačuje, že ochranné epitopy se nachází v oblasti C-151. Skutečnost, že myši imunizované čištěným C169rec jsou chráněny před fatální infekci virulentním kmenem bakterií S.pneumoniae, naznačuje, že fragmenty C-konce C-169 a C-151 bakterií proteinu HSP72 S.pneumoniae nebo dokonce i jeho menší fragmenty jsou velmi dobře použitelné pro vývoj budoucí vakcíny.B. Identification and Localization of Linear B-Cell Epitopes The results in Figure 23 show that most immunological reactivity was observed with peptides located in the region of amino acid residues 457 and? 607, which correspond to the C-151 fragment of the HSP72 protein. Rabbit, mouse and simian serum antibodies derived from animals that have been immunized with either recombinant HSP72 rec or C-169 rec are: · Reactive with both MAP2 and MAP4. Interestingly, the sequences of peptides ΜΆΡ2 and ΜΆΡ4 lack the C-terminal hypervariable region containing the sequences GFDAERDAAQAALDD (residues 527-541) and AEGAQATGNAGDDW (residues 586-600), which are found only in the HSP72 protein of S. pneumoniae, which is based on comparison of the HSP70 protein sequences available in the data bank. Our data show that both peptide sequences contain linear B-cell epitopes. In addition, MAP4 peptide itself was also recognized by monoclonal antibodies Fl-Pn3.1. This reactivity was confirmed by the fluid phase inhibition assay, where 10μς / γη1 of the MAP4 protein caused complete inhibition of the binding of the monoclonal antibodies Fl-Pn3.1 to the HSP72 protein. Also polyclonal antisera, derived from animals immunized with whole recombinant HSP72 protein, recognized B cell epitopes found on CS875, MAP1 and MAP3 peptides. Taken together, these data indicate that the hypervariable terminal fragment of the HSP72 C-151 protein stimulates B cell responses and possibly forms the immunodominant region of the HSP72 protein. The lack of reactivity of the F2-Pn3.3 and F2-Pn3.4 monoclonal antibodies with synthetic peptides suggests that they react with conformational determinants found in the C-terminus of the HSP72 protein. Example 5 indicates that the protective epitopes are located in the C-151 region. The fact that mice immunized with purified C169 rec are protected from fatal infection by a virulent strain of S. pneumoniae suggests that the C-terminal fragments of C-169 and C-151 of the S. pneumoniae HSP72 protein, or even smaller fragments thereof, are very useful for the development of a future vaccine.
Variabilní oblast obsažená v oblasti aminokyselinových zbytků 244 až 330 také tvoří antigenní doménu. Lineární epitopy, které se nacházejí na překrývajících se peptidechThe variable region comprised within amino acid residues 244 to 330 also forms the antigenic domain. Linear epitopes found on overlapping peptides
CS877 (aminokyseliny 257 až 271) a CS878 (aminokyseliny 268 • · · φ · · · · ···· ·.CS877 (amino acids 257-271) and CS878 (amino acids 268).
φφφ · φ · · φ φ φφ φφφφ φφ φφφφ φφ φφ až 281), peptidech CS880 (aminokyseliny 286 až 299) a peptidech CS882 (aminokyseliny 315 až 333), se identifikovaly hyperimunnimi séry.The peptides CS880 (amino acids 286 to 299) and CS882 peptides (amino acids 315 to 333) were identified by hyperimmune sera.
Příklad 9: HSP70 (DnaK) pocházející z bakterií Streptococcus pyogenes a Streptococcus agalactiae: Molekulární klonování a sekvenování genů hsp70; analýza nukleotidové a proteinové sekvence; antigenní vztah k S.pneumoniae; zvýšená syntéza proteinu HSP70 bakterií Streptococcus agalactiae jako odezva na teplotu.Example 9: HSP70 (DnaK) derived from Streptococcus pyogenes and Streptococcus agalactiae: Molecular cloning and sequencing of hsp70 genes; nucleotide and protein sequence analysis; an antigenic relationship to S. pneumoniae; increased synthesis of HSP70 protein by Streptococcus agalactiae in response to temperature.
A. PostupyA. Procedures
1. Bakteriální kmeny a plazmidové vektory1. Bacterial strains and plasmid vectors
Kmeny bakterií Streptococcus pyogenes (Streptococcus skupiny A) a Streptococcus agalactiae (Streptococcus skupiny Β), které se používájí v této studii, se získaly z Laboratoire de la Santé Publique du Québec (LSPQ), SainteAnne de Bellevue, Québec, i4anada. S. agalactiae typ II kmen V8 odpovídá ATCC kmen 12973. S. pyogenes kmen Bruno odpovídá ATCC kmen 19615. E.coli kmen XLI Blue MRF'se získal od firmy Stratagene.The strains of Streptococcus pyogenes (Streptococcus group A) and Streptococcus agalactiae (Streptococcus group Β) used in this study were obtained from the Laboratoire de la Santé Publique du Quebec (LSPQ), SainteAnne de Bellevue, Quebec, Canada. S. agalactiae type II strain V8 corresponds to ATCC strain 12973. S. pyogenes strain Bruno corresponds to ATCC strain 19615. E.coli strain XLI Blue MRF 'was obtained from Stratagene.
Streptokokové kmeny se kultivovaly při teplotě 37°C v inkubátoru s atmosférou 5 % CO2. Bakterie streptokoků se nanesly na plotny s tryptovaným sojovým agarem, který obsahuje 5 % ovčí krev (Les Laboratoires Quélab, Montréal, kanada) . Kapalné kultury se připravily v půdě se srdcovým vývarem (Difco Laboratories, Detroit, MI) bez agitace. Kmen bakterií E.coli se kultivoval při teplotě 37°C v L půdě za agitace při 250 ot./min. nebo na L agaru.Streptococcal strains were cultured at 37 ° C in a 5% CO 2 incubator. Streptococcal bacteria were plated on tryptated soybean agar plates containing 5% sheep blood (Les Laboratoires Quélab, Montreal, Canada). Liquid cultures were prepared in heart broth (Difco Laboratories, Detroit, MI) without agitation. The E. coli strain was cultured at 37 ° C in L broth with agitation at 250 rpm. or on L agar.
Od firmy StratagenK se získal obecný klónovací fágemid pBluescript KS(-).The general cloning phage phage pBluescript KS (-) was obtained from StratagenK.
• · · · • ·• · · · ·
2. Způsoby rekombinace DNA2. Methods of DNA recombination
Restrikční enzymy, T4 DNA ligáza a telecí intestinálni fosfatáza se používaly podle doporučení výrobce (Pharmacia (canada) lne., Baie ď Urfe, Kanada; and New England Biolabs Ltd., Mississauga, kanada). Příprava plazmidů centrifugací v gradientech CsCl-etidium bromid, elektroforéza fragmentů DNA na agarózovém gelu, Sothernova hybridizace, hybridizace DNA kolonii se provedly podle publikace autora J.Sambrook et al. (citace uvedena shora). Chromozomálni DNA streptokoků se připravila za použití postupu podle B.M. Jayarao et al. (J.Clin. Microbiol., 29, pp. 2774-2778 (1991)), která se upravila pro bakteriální kultury o objemu 90 ml. Rychlá izolace plazmidů se provedla podle způsobu publikovaného vRestriction enzymes, T4 DNA ligase, and calf intestinal phosphatase were used according to the manufacturer's recommendations (Pharmacia (canada) Inc, Baie d'Orfe, Canada; and New England Biolabs Ltd., Mississauga, Canada). Preparation of plasmids by CsCl-etidium bromide gradient centrifugation, agarose gel electrophoresis of DNA fragments, Sothern hybridization, DNA colony hybridization were performed according to J. Samrorook et al. (cited above). Chromosomal DNA of streptococci was prepared using the procedure of B.M. Jayarao et al. (J. Clin. Microbiol., 29, pp. 2774-2778 (1991)), which was adapted for 90 ml bacterial cultures. Rapid plasmid isolation was carried out according to the method disclosed in U.S. Pat
D.Ish-Horowicz et al. (Nucl.Acids Res. 9, pp. 2989-2998 (1981)). Plazmidy používané při sekvenování DNA se čistily za použití soupravy od firmy Qiagen lne. (Chatsworth, CA). Fragmenty DNA se čistily z agarózového gelu způsobem založeným na zmrazení ve fenolu (S.A.Benson, Biotechniques 2, pp. 67-68 (1984)). Sondy DNA se značily 32P-dCTP nebo digoxigeninem (DIG)-11-dUTP za použití soupravy pro značení pomocí náhodných primerů (random primer labeling) od firmy Boehringer Manheim (Laval, anada). Transformace plazmidů se provedla způsobem podle Simanis (Hanahan,D. In D.M.Glover (ed.), DNA Cloning, pp. 109-135, (1985)). Sekvenování genomové DNA začleněných do plazmidů se provedlo za použití syntetických oligonukleotidů. Sekvenační reakce proběhla jako polymerázová řetězová reakce (PCR) za použití soupravy Taq Dye Deoxy Terminátor Cycle sequencing kit (ABI) a elektroforéza se uskutečnila na automatizovaném sekvenátoru DNA 373A (ABI). Sestavení sekvence DNA se uskutečnilo za použití programu Sequencher 3.0 od firmy Gene Codes Corporation (Ann Arbor, MI) . Analýza sekvencí DNA a z nich předpovězených polypeptidů proběhla na základě programu Gene • · • · · · ' • · · ·D.Ish-Horowicz et al. (Nucl. Acids Res. 9, pp. 2989-2998 (1981)). Plasmids used in DNA sequencing were purified using a kit from Qiagen Inc. (Chatsworth, CA). DNA fragments were purified from agarose gel in a phenol freeze-based method (SABenson, Biotechniques 2, pp. 67-68 (1984)). DNA probes were labeled with 32 P-dCTP or digoxigenin (DIG) -11-dUTP using a random primer labeling kit from Boehringer Manheim (Laval, anada). Transformation of plasmids was performed according to the method of Simanis (Hanahan, D. In DMGlover (ed.), DNA Cloning, pp. 109-135, (1985)). Sequencing of genomic DNAs incorporated into plasmids was performed using synthetic oligonucleotides. The sequencing reaction was performed as a polymerase chain reaction (PCR) using a Taq Dye Deoxy Terminator Cycle sequencing kit (ABI) and electrophoresis was performed on an automated DNA sequencer 373A (ABI). DNA sequence assembly was performed using the Sequencher 3.0 program from Gene Codes Corporation (Ann Arbor, MI). The DNA sequences and their predicted polypeptides were analyzed on the basis of the Gene program.
Work verze 2.45 od firmy Intelligenetics, lne. (MountainWork version 2.45 from Intelligenetics, Inc. (Mountain
View, CA). Amplifikačni reakce DNA se uskutečnily na zařízeníView, CA). DNA amplification reactions were performed on the device
DNA Thermal Cycler 480, Perkin Elmer. Oligonukleotidy seDNA Thermal Cycler 480, Perkin Elmer. Oligonucleotides are
se zcela štěpily různými restrikčními enzymy, které rozeznávají palindromické hexanukleotidové sekvence. Vzniklé fragmenty se analyzovaly Southernovou hybridizací za použití sond, které představují značené DNA amplifikáty pomocí PCR a které odpovídají oblasti 782 párů baží, jež začíná bází 332 po směru transkripce od ATG iniciačního kodonu genu HSP72 bakterií S.pneumoniae (SEQ ID č.4). Tato oblast DNA se vybrala z důvodu, že je mezi geny hsp70 gram-pozitivních charakterizovaných bakterií dobře konzervativní. Genomová DNA bakterií S.pneumoniae se amplifikovala PCR za použití oligonukleotidů OCRR2 (5'-AAGCTGTTATCACAGTTCCGG) a OCRR3 (5'GATACCAAGTGACAATGGCG). Hybridizující genomové restrikční fragmenty, jejichž velikost je dostatečná, aby mohly kódovat 70kDa velký polypeptid (>l,8kb), se částečně čistily z agarózového gelu extrakcí genomových fragmentů, které odpovídají velikostí. Southernovou hybridizací za použití značené 782bp velké DNA sondy z bakterií S.pneumoniae se potvrdilo, že mezi izolovanými genomovými restrikčními fragmenty je přítomen gen hsp70.were completely digested with various restriction enzymes that recognize palindromic hexanucleotide sequences. The resulting fragments were analyzed by Southern blotting using probes representing the labeled DNA amplifications by PCR and corresponding to a 782 base pair region that begins with base 332 downstream of the ATG initiation codon of the H.p72 gene of S. pneumoniae (SEQ ID No. 4). This DNA region was chosen because it is well conserved among the hsp70 gram-positive characterized bacteria. S.pneumoniae genomic DNA was amplified by PCR using oligonucleotides OCRR2 (5'-AAGCTGTTATCACAGTTCCGG) and OCRR3 (5'GATACCAAGTGACAATGGCG). Hybridizing genomic restriction fragments of sufficient size to encode a 70 kDa large polypeptide (> 1.8 kb) were partially purified from the agarose gel by extracting genomic fragments corresponding to the size. Southern blotting using a labeled 782bp large DNA probe from S. pneumoniae confirmed that the hsp70 gene was present among the isolated genomic restriction fragments.
Izolované restrikční fragmenty genomové DNA se klonovaly do defosforylovaných kompatibilních restrikčních míst vektoru pBluescript KS(-) a vnesly se do bakterií E.coli kmene XLIIsolated genomic DNA restriction fragments were cloned into dephosphorylated compatible restriction sites of the pBluescript KS (-) vector and introduced into E. coli strain XLI
Blue MRF'. Kolonie se testovaly DNA hybridizací za použití značené DNA sondy bakterií S.pneumoniae o velikosti 782bp. Z • · · • · ····.·· ··· · · • · · ··· ··· »· ···· ·· ···· ·· ·· důvodu odhadnutí velikosti inzertů a potvrzení přítomnosti genu hsp70 Southernovou hybridizací za použití sondy značené DNA bakterií S.pneumoniae o velikosti 782pb se extrahované plazmidy štěpily různými rčstri kčními enzymy. Plazmid pURV5 obsahuje 4,2kb velký HindlII inzert genomové DNA bakterií S.agalactiae. Plazmid pURV4 obsahuje 3,5kb velký HindlII fragment genomové DNA bakterií S.pyogenes.Blue MRF '. Colonies were tested by DNA hybridization using a 782 bp S.pneumoniae labeled DNA probe. For reasons of estimating the size of the inserts and confirming the presence of the inserts. hsp70 gene by Southern hybridization using a 782 bp S.pneumoniae DNA probe, the extracted plasmids were digested with various restriction enzymes. Plasmid pURV5 contains a 4.2 kb HindIII insert of S. genalactiae genomic DNA. Plasmid pURV4 contains a 3.5 kb HindIII fragment of S. pyogenes genomic DNA.
4. Teplotní šok a značení proteinu4. Thermal shock and protein labeling
Stresová odezva bakterií S.agalactiae na teplotní šok se testovala pulzním značením s [35S]methioninem, jak se popisuje v Příkladu 1. Bakterie S.agalactiae se kultivují přes noc v médiu SMAM (médium pro methioninový test doplněné methioninem o koncentraci lmg/ml, 1% (o/o) Isovitalex a lmg/ml chloridu o i ing) . Bakterie po centrifugaci vytvořily pelet a pak se resuspendovaly v SMAM médiu bez methioninu. Bakterie se inkubovaly při teplotě 37°C po dobu 1 hodiny a pak se rozdělily do frakcí o stejném objemu. Vzorky se inkubovaly buď při teplotě 37°C nebo 43°C po dobu 10 minut a pak se značily 100gCi/ml [35S]methioninu po dobu 30 minut při teplotě 37°C. Bakterie se promyly PBS a buněčné extrakty se připravily aplikací mutanolysinu a lysozymu, jak se popisuje v publikaci M.Jayarao et al. (citace uvedena shora), pak následuje sonikace.The heat shock stress response of S.agalactiae was tested by pulse staining with [ 35 S] methionine as described in Example 1. S.agalactiae was cultured overnight in SMAM medium (methionine supplemented with 1 mg / ml methionine) , 1% (w / w) of Isovitalex and 1mg / ml of chloride). The bacteria pelleted after centrifugation and then resuspended in SMAM medium without methionine. The bacteria were incubated at 37 ° C for 1 hour and then separated into fractions of equal volume. The samples were incubated at either 37 ° C or 43 ° C for 10 minutes and then labeled with 100gCi / ml of [ 35 S] methionine for 30 minutes at 37 ° C. The bacteria were washed with PBS and cell extracts were prepared by application of mutanolysin and lysozyme as described by M. Jayarao et al. (cited above), followed by sonication.
5. Imunologická charakterizace5. Immunological characterization
V sérii šesti monoklonálních protilátek vzniklých proti proteinu HSP72rec (F3-Pn3.5 až F3-Pn3.10) a u monoklonálních protilátek Fl-Pn3.1, F2-Pn3.2, F2-Pn3.3, F2-Pn3.4 se testovala jejich reaktivita s antigeny HSP70 z bakterií S.pyogenes a S.agalactiae analýzou westernovým přenosem. Buněčné lyzáty z bakterií S .pyogenes a S.agalactiae se získaly aplikaci mutanolysinu a lysozymu (M. Jayarao et al., • * · φ · • Φ φ ·· φ φ φ φ φ φ φ φ ,φ φ φ · · φφφ · · φφφ φφφ φφφ •Φ φφφφ φφ φφφφ φ* φφ citace uvedena shora), sonikaci a povařenim ve vzorkovém pufru pro SDS-PAGE. Buněčné lyzáty z bakterii E.coli transformované buď plazmidy pURV4 nebo pURV6 produkující antigeny zkráceného proteinu HSP70 bakterií S.pyogenes se testovaly po povaření ve vzorkovém pufru pro SDS-PAGE.In a series of six monoclonal antibodies raised against HSP72 rec protein (F3-Pn3.5 to F3-Pn3.10) and monoclonal antibodies F1-Pn3.1, F2-Pn3.2, F2-Pn3.3, F2-Pn3.4 tested their reactivity with HSP70 antigens from S.pyogenes and S.agalactiae by Western blot analysis. Cellular lysates from S. pyogenes and S. agalactiae were obtained by application of mutanolysin and lysozyme (M. Jayarao et al., M. Jayarao et al., M. Jayarao et al., M. ara · · φ φ φ φ φ φ φ φ φ φ) (Cited above), sonication and boiling in sample buffer for SDS-PAGE. Cell lysates from E. coli transformed with either plasmids pURV4 or pURV6 producing S.pyogenes truncated HSP70 antigen antigens were tested after boiling in SDS-PAGE sample buffer.
B. DNA analýza sekvence genů hsp70/dnak bakteriíB. DNA analysis of hsp70 / dnak gene sequences
Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae a Streptococcus pneumoniae.Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae and Streptococcus pneumoniae.
Sekvenovala se oblast 2 438 baží ve 4,2kb velkém HindlII inzertu plazmidu pURV5. Tato sekvence obsahuje otevřený čtecí rámec (ORF) o 1830 nukleotidech, který kóduje polypeptid obsahující 609 aminokyselin s molekulovou hmotností 64907 (SEQ ID č. 7). Startovací kodon ORF ATG začíná v poloze 248 a terminační kodon TAA končí v poloze 2077. Startovacímu kodonu ATG předchází sekvence GAGG, která začíná v poloze 237 a která je komplementární s 16SrRNA a u bakterií E.coli slouží jako vazebné místo pro ribozom (G.D.Stormo et al., Nucleic Acids Res. 10, pp. 2971-2996 (1982)). ORF a polypeptid HSP70 bakterií S. agalactiae jsou identické z 85% a 95% s ORF a polypeptidem bakterií S. pneumoniae.The 2338 base region in the 4.2 kb HindIII insert of plasmid pURV5 was sequenced. This sequence contains an 1830 nucleotide open reading frame (ORF) that encodes a 609 amino acid polypeptide with a molecular weight of 64907 (SEQ ID No. 7). The ATG start codon starts at position 248 and the TAA termination codon ends at position 2077. The ATG start codon is preceded by a GAGG sequence starting at position 237 that is complementary to 16SrRNA and serves as a ribosome binding site for E.coli (GDStormo et al. al., Nucleic Acids Res. 10, pp. 2971-2996 (1982)). The ORF and the HSP70 polypeptide of S. agalactiae are 85% and 95% identical to the ORF and polypeptide of S. pneumoniae.
Dřívější porovnání sekvence s proteinem HSP72 bakterií S. pneumoniae ukazuje, že 3,5kb velký HindlII inzert v plazmidu pURV4 nemá kódující oblast 3'-konce hsp70 bakterií S.pyogenes. Pokus o klonování 3kb velkého Sáli genomového fragmentu, který obsahuje celou kódovací oblast hsp70 bakterií S.pyogenes, vede ke vzniku plazmidu pURV6, který obsahuje 3,lkb velký inzert bez 5'-konce kódující oblasti genu. Seřazení sekvence oblastí genu hsp70 přítomných v plazmidech pURV4 a pURV6 dalo oblast 2183 nukleotidů obsahující ORF 1824 baží kódující polypeptid o 608 aminokyselinách s molekulovou vahou 64847 (SEQ ID č. 20). Startovací kodon ATG začíná v poloze 204 a terminační kodon • '» • · · · · • · · · • · · ·· ····Early sequence comparison with S. pneumoniae HSP72 protein shows that the 3.5 kb HindIII insert in plasmid pURV4 does not have the coding region of the 3'-end of the hsp70 of S.pyogenes. An attempt to clone the 3 kb large SalI genomic fragment, which contains the entire coding region of S. pyogenes hsp70, results in the plasmid pURV6, which contains the 3.1 kb large insert without the 5 'end of the coding region of the gene. Sequence alignment of the hsp70 gene regions present in the plasmids pURV4 and pURV6 gave a 2183 nucleotide region containing the ORF 1824, coding for a 608 amino acid polypeptide with a molecular weight of 64847 (SEQ ID No. 20). The ATG start codon starts at position 204, and the stop codon terminates in position 204.
TAA dosahuje do pozice 2030. Podobně jako u hsp70 bakterii S.agalactiae startovacímu kodonu ATG předchází putativni sekvence GAGG vazebného místa pro ribozom, která začíná v poloze 193 (G.D.Stormo, citace uvedena shora). ORF a dedukovaný polypeptid hsp70 bakterií S.pyogenes jsou z 85 a 94% identické s ORF a polypeptidem HSP72 bakterií S. pneumoniae. ORF plazmidu pURV4 nemá 125 párů baží kódující 41 aminokyselin karboxylového konce proteinu HSP70 bakterií S .pyogenes; ORF kóduje 567 aminokyselin N-konce zmíněného HSP70 (N-567rec) . ORF plazmidu pURV6 chybí 114 párů baží kódující 38 aminokyselin na N-konci HSP70 bakterií S. pyogenes; ORF kóduje 570 aminokyselin C-konce HSP70 (C57 0rec) .TAA reaches position 2030. As with hsp70 S.agalactiae, the ATG start codon precedes the putative sequence of the GAGG ribosome binding site starting at position 193 (GDStormo, supra). The ORF and deduced hsp70 polypeptide of S.pyogenes are 85% and 94% identical to the ORF and HSP72 polypeptide of S. pneumoniae. The ORF of plasmid pURV4 does not have 125 base pairs encoding the 41 amino acids of the carboxyl terminus of the HSP70 protein of S. pyogenes; The ORF encodes 567 amino acids of the N-terminus of said HSP70 (N-567 rec ). ORF of plasmid pURV6 is missing 114 base pairs encoding 38 amino acids at the N-terminus of HSP70 of S. pyogenes; The ORF encodes 570 amino acids of the C-terminus of HSP70 (C57 rec ).
Celkové srovnání DNA otevřených čtecích rámců (obrázek č. 24) a aminokyselinových sekvencí (obrázek č. 25) HSP70/DnaK bakterií S.pyogenes, S. pneumoniae a S.agalactiae dá procento identity, což je 82% respektive 93%.An overall comparison of the DNA of the open reading frames (Figure 24) and the amino acid sequences (Figure 25) of the HSP70 / DnaK of S. pyogenes, S. pneumoniae and S.agalactiae gives a percent identity, which is 82% and 93%, respectively.
C. Zvýšená syntéza HSP70 bakteriemi S.agalactiae jako odezva na zvýšenou teplotuC. Increased synthesis of HSP70 by S. agalactiae in response to elevated temperature
Elektroforetická analýza buněčných extraktů kontrolních bakterií S.agalactiae a bakterií S.agalactiae vystavených teplotnímu šoku provedená na dvoudimenzionálním SDSpolyakrylamidovém gelu, přičemž bakterie byly pulzně značené [35S]methioninem, ukázala, že syntéza 70kDA velkého proteinu se podstatně zvýšila po teplotním stresu (obrázek č. 26, dráha 1 a 2). Radioimunoprecipitační analýza ukázala, že teplem indukovatelný 70kDa velký protein se jednoduše detekuje při teplotě 43°C za použití monoklonálních protilátek F2-Pn3.4. Tato skutečnost ukazuje, že protein patří do rodiny proteinů 70 teplotního šoku (hsp70/DnaK) (obrázek č. 26, dráha 3 a 4).Electrophoretic analysis of temperature-shocked cell extracts of control S.agalactiae and S.agalactiae bacteria on a two-dimensional SDSpolyacrylamide gel, pulsed with [ 35 S] methionine, showed that the synthesis of 70kDA large protein increased substantially after temperature stress 26, lanes 1 and 2). Radioimmunoprecipitation analysis showed that the heat inducible 70 kDa large protein was simply detected at 43 ° C using the F2-Pn3.4 monoclonal antibodies. This shows that the protein belongs to the heat shock protein family 70 (hsp70 / DnaK) (Figure 26, lanes 3 and 4).
-·· · · · · · · · · • · · ·· · · · ···· · oo ··· ··· ···* οχ. ·· ···· ·· ···· ·· ··- ·· · · · · · · · · · · · · ··· · oo ··· ··· ··· * οχ. ·· ···· ·· ···· ·· ··
D. Antigenní příbuznost proteinů HSP70 u bakterií S.D. Antigenic affinity of HSP70 proteins in S. bacteria
pneumoniae, S. pyogenes a S. agalactiaepneumoniae, S. pyogenes and S. agalactiae
V této studii se použila řada monoklonálních protilátek za účelem zjistit antigenní příbuznost HSP70 proteinů bakterií S. pyogenes, S. agalactiae a S. pneumoniae. Osm z deseti monoklonálních protilátek reagovalo se všemi třemi druhy Streptococcus, což ukazuje, že epitopy pro některé B-buňky jsou mezi S. pneumoniae, S. pyogenes a S. agalactiae rozsáhle rozděleny. Monoklonální protilátka Fl-Pn3.1, která je zaměřena proti epitopu, jenž se nachází mezi aminokyselinovými zbytky 584 a 607 HSP72 získaného z bakterií S. pneumoniae, nereagovala s antigeny HSP70 ani z S. pyogenes ani z S.agalactiaea. Srovnání této oblasti mezi třemi druhy bakterií Streptococcus ukázalo rozdíly u 5 až 8 aminokyselin, které se nachází mezi aminokyselinami 589 a 596. Monoklonální protilátka F2-Pn3.3, která je také zaměřena proti epitopům přítomným v oblasti C151, byla reaktivní s bakteriemi S. agalactiae, ale ne s bakteriemi S. pyogenes. Tato data jasně ukazují, že proteiny HSP70 pocházející z bakterií druhů Streptococcus jsou strukturálně a imunologicky příbuzné. Existuje zde však imunologická rozdílnost.A number of monoclonal antibodies were used in this study to determine the antigenicity of the HSP70 proteins of S. pyogenes, S. agalactiae and S. pneumoniae. Eight out of ten monoclonal antibodies reacted with all three Streptococcus species, indicating that epitopes for some B cells are extensively distributed between S. pneumoniae, S. pyogenes and S. agalactiae. The monoclonal antibody Fl-Pn3.1, which is directed against an epitope located between amino acid residues 584 and 607 of HSP72 derived from S. pneumoniae, did not react with HSP70 antigens from either S. pyogenes or S.agalactiaea. Comparison of this region between the three Streptococcus species revealed differences in 5-8 amino acids found between amino acids 589 and 596. Monoclonal antibody F2-Pn3.3, which is also directed against epitopes present in the C151 region, was reactive with S. bacteria. agalactiae, but not with S. pyogenes. These data clearly show that HSP70 proteins derived from Streptococcus species are structurally and immunologically related. However, there is an immunological difference.
Analýza reaktivity monoklonálních protilátek F3-Pn3.5, F3Pn3.6, F3-Pn3.7 a F3-Pn3.10 s antigeny zkráceného rekombinantního proteinu HSP70 bakterií S. pyogenes umožnila identifikaci antigenní oblasti blízko N-konce proteinu HSP72 bakterií S. pneumoniae. Tyto monoklonální protilátky reagovaly s konstrukty, které exprimují 567 aminokyselinových zbytků Nkonce, ale nereagují s konstrukty exprimujícími fragment C-570. Tato data lokalizují epitopy rozeznatelné monoklonálními protilátkami F3-Pn3.5, F3-Pn3.6, F3-Pn3.7 a F3-Pn3.10 mezi zbytky 1 a38 proteinu HSP72.The analysis of the reactivity of the F3-Pn3.5, F3Pn3.6, F3-Pn3.7 and F3-Pn3.10 monoclonal antibodies with the truncated recombinant HSP70 protein of S. pyogenes allowed the identification of the antigenic region near the N-terminus of the S. pneumoniae HSP72 protein. These monoclonal antibodies reacted with constructs that express 567 amino acid residues of N-terminus but do not react with constructs expressing the C-570 fragment. These data localize epitopes recognizable by the monoclonal antibodies F3-Pn3.5, F3-Pn3.6, F3-Pn3.7 and F3-Pn3.10 between residues 1 and 38 of the HSP72 protein.
Příklad 10: Použití HSP70/HSP72 jako lidské vakcíny • ·Example 10: Use of HSP70 / HSP72 as a human vaccine
Za účelem vytvořit vakcínu pro použití na lidech je možno příslušné antigeny HSP72 vybrat ze zde popsaných polypeptidů. Odborník by například mohl navrhnout vakcínu s polypeptidem HSP70/HSP72 nebo jeho fragmentem, který obsahuje imunogenní epitop. Pro přípravu v podstatě čistých rekombinantích antigenů je zvláště vhodné použití způsobů molekulární biologie.In order to make a vaccine for use in humans, the respective HSP72 antigens may be selected from the polypeptides described herein. For example, one of ordinary skill in the art could design a vaccine with an HSP70 / HSP72 polypeptide or fragment thereof that contains an immunogenic epitope. The use of molecular biology methods is particularly suitable for the preparation of substantially pure recombinant antigens.
Vakcínová kompozice se může vyskytovat v různých formách. Jsou to například pevné, semi-pevné a kapalné dávkové formy, jako jsou prášek, kapalné roztoky nebo suspenze a liposomy. Na základě našeho přesvědčení, že antigeny HSP70/HSP72 podle vynálezu mohou po aplikaci vyvolat u lidí ochrannou imunitní odezvu, kompozice podle vynálezu budou podobné těm, které se používají při imunizaci lidí jinými proteiny a polypeptidy, například toxiny tetanu a difterie. Kompozice podle vynálezu proto s výhodou obsahují farmaceuticky přijatelné adjuvans, jako je neúplné Freundovo adjuvans, hydroxid hlinitý, muramylpeptid, emulze vody v oleji, liposomy, ISCOM nebo CTB nebo netoxickou B subjednotku cholerového toxinu. Nejvýhodnější je kompozice, která obsahuje jako adjuvans emulzi voda v oleji nebo hydroxid hlinitý.The vaccine composition may be in various forms. They are, for example, solid, semi-solid and liquid dosage forms such as powder, liquid solutions or suspensions, and liposomes. Based on our belief that the HSP70 / HSP72 antigens of the invention may elicit a protective immune response in humans upon administration, the compositions of the invention will be similar to those used in immunizing humans with other proteins and polypeptides, such as tetanus toxins and diphtheria. The compositions of the invention therefore preferably comprise pharmaceutically acceptable adjuvants, such as incomplete Freund's adjuvant, aluminum hydroxide, muramyl peptide, water-in-oil emulsions, liposomes, ISCOM or CTB, or the non-toxic B subunit of cholera toxin. Most preferred is a composition comprising as an adjuvant a water-in-oil emulsion or aluminum hydroxide.
Kompozice se aplikuje pacientovi libovolnou farmaceuticky přijatelnou formou, což znamená intramuskulárně, intradermálně, podkožně nebo povrchově. Upřednostňuje se intramuskulární aplikace vakcíny.The composition is administered to the patient in any pharmaceutically acceptable form, that is, intramuscularly, intradermally, subcutaneously or topically. Intramuscular administration of the vaccine is preferred.
Obecně lze říci, že dávka na jednoho pacienta zahrnuje počáteční injekci, kde je 0,01 až 10 mg adjuvans a 0,1 až 1 mg antigenu HSP72. Po této injekci může následovat jedna nebo více posilovačích injekcí. Tyto injekce se výhodně aplikují okolo jednoho až šesti měsíců po počáteční injekci.In general, the dose per patient includes an initial injection where 0.01 to 10 mg of adjuvant and 0.1 to 1 mg of HSP72 antigen. This injection may be followed by one or more booster injections. These injections are preferably administered about one to six months after the initial injection.
Důležitá úvaha vztahující se k vývoji pneumokokové vakcíny je otázka mukózní imunity. Ideální mukózní vakcína se může bez nebezpečí aplikovat orálně nebo intranasálně v jedné nebo více • · · dávkách. Tyto vakcíny vyvolávají příslušném povrchu současně se systémovou imunitou. Kompozice mukózní vakcíny mohou zahrnovat adjuvans, inertní částicové • · · · · · • · · · · · · • · · · • · · · ·· ·· ochranné protilátky na nosiče nebo rekombinantní živé vektory.An important consideration regarding the development of a pneumococcal vaccine is the issue of mucosal immunity. An ideal mucosal vaccine can be administered orally or intranasally in single or multiple doses without risk. These vaccines elicit a corresponding surface along with systemic immunity. Mucosal vaccine compositions may include adjuvant, inert particulate protective antibodies to carriers or recombinant live vectors.
Anti-HSP72 protilátky podle vynálezu pasivní imunoterapii a imunoprofylaxi bakteriemi S.pyogenes,Anti-HSP72 antibodies of the invention by passive immunotherapy and immunoprophylaxis by S. pyogenes,
S.agalactiae a jsou použitelné při lidí infikovaných S .pneumoniae nebo příbuznými bakteriemi.S. aalactiae and are useful in humans infected with S. pneumoniae or related bacteria.
Forma dávek a režim takové pasivní imunizace je podobný případům jiné pasivní imunoterapie.The dosage form and regimen of such passive immunization are similar to other passive immunotherapy.
Příkladem protilátky podle vynálezu je hybridom produkuj ící monoklonální protilátka Fl-Pn3.1, která byla uložena v instituci Američan Type Culture Collection v Rockville,An example of an antibody of the invention is a hybridoma producing the monoclonal antibody Fl-Pn3.1 that has been deposited with the American Type Culture Collection in Rockville,
Maryland, USAMaryland, USA
21. července 1995 a je identifikována jako linie buněk myšího hybridomu, Fl-Pn3.1 a je uložena pod přírůstkovým číslemJuly 21, 1995 and is identified as a mouse hybridoma cell line, Fl-Pn3.1, and is deposited under accession number
HB 11960.HB 11960.
• · • ·• · • ·
Seznam sekvencíSequence list
Informace o sekvenci SEQ ID č. 1:Sequence Information SEQ ID No. 1:
(i) charakteristiky sekvence:(i) sequence characteristics:
(A) délka: 3167 párů baží (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: dvouřetězcová (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (genomová) (iii) hypotetická: není (iv) anti-sense: není (vi) původní zdroj: Streptococcus pneumoniae (ix) rys:(A) length: 3167 pairs (b) type: nucleic acid (C) number of strands: double-stranded (D) topology: linear (ii) molecule type: DNA (genomic) (iii) hypothetical: not (iv) anti-sense : not (vi) original source: Streptococcus pneumoniae (ix) feature:
(A) jméno/klíč: CDS (B) poloha: 30..755 (ix) rys:(A) name / key: CDS (B) position: 30..755 (ix) feature:
(A) jméno/klíč: CDS (B) poloha: 771..2912 (C) další informace: /produkt=Fuc/HSP72 (C-169) (xi) znázornění sekvence: SEQ ID č.:l(A) name / key: CDS (B) position: 771..2912 (C) additional information: / product = Fuc / HSP72 (C-169) (xi) sequence representation: SEQ ID NO: 1
515 520 525 530(+420) 515 520 525 530
GAA GGA GCA GAA GGC GCA CAA CCAGCA GCA GCA GCA GCA GCA CAA CCA
Glu Gly Al· Glu Gly Ala Gin Ala «95Glu Gly Al · Glu Gly Ala
ACA GGA AAC GCA GGC GAT GAC GTCACA GGA AAC GCA
Thr Gly Asn Ala Gly Asp Asp Val 700 705Thr Gly Asn Ala & Gly Asp Asp Val 700 705
GTA GAC GGA GAG ΤΓΤ ACG GAA AAG TAAGATGAGT GTMT3GATG AAGAGTATCT Val Asp Gly Glu Phe Thr Glu LysGTA GAC GGA GAG Asp ACG GAA AAG TAAGATGAGT GTMT3GATG AAGAGTATCT Val Asp
710 aaaaaataca cgaaaagttt ataatgattt aaaagatttt attgataata ttccaataga agctgagcat gatagttctg tcaaaaatga ATTGTTGTCT GCATTTGTAT CGGCGATGGT710 aaaaaataca cgaaaagttt ataatgattt aaaagatttt attgataata ttccaataga agctgagcat gatagttctg tcaaaaatga ATTGTTGTCT GCATTTGTAT CGGCGATGGT
TTGTAATCAA GCTGATAACT ATAGAACATC ATATTTAGCT AGATATAGAG AAATTATATT TGAAGCGGTA AGGAATTTTO TTACCTCAGT ATCAGCTATG ATATCTTGTAATCAA GCTGATAACT ATAGAACATC ATATTTAGCT AGATATAGAG AAATTATATT TGAAGCGGTA
28882888
29422942
30023002
30623062
31223122
31673167
Informace o sekvenci SEQ Π) č. 2 /i/ charakteristika sekvence:Sequence information SEQ (Π) # 2 (i) / sequence characteristics:
/A/ délka:24-2 aminokyselin /B/ typ: aminokyselina /0/ topologie: lineární /ii/ typ molekuly: protein /xi/ znázornění sekvence SEQ Π) č. 2/ A / length: 24-2 amino acids / B / type: amino acid / 0 / topology: linear / ii / molecule type: protein (xi) sequence illustration SEQ Π) No. 2
225 230 235+420 225 230 235
Lys Lys • ·Lys Lys • ·
Informace o sekvenci SEQ ID č. 5 /i/ charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 5 (i) / sequence characteristics:
/A/ délka: 714 aminokyselin /B/ typ: aminokyselina /0/ topologie: lineární /ii/ typ molekuly: protein /xi/ znázornění sekvence SEQ ID č. 3(A) length: 714 amino acids / B / type: amino acid / 0 / topology: linear / ii / molecule type: protein (xi) sequence SEQ ID No. 3
Phe Asp Trp Asn Gly Ile Arg Lys Pro Phe Val Phe Ala Thr Glu AsnPhe Asp Trp Asn
325 330 33S • · • ·325 330 33S
705 710705 710
Informace o sekvenci SEQ ID č. 4 /i/ charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 4 / i / Sequence Characterization:
/A/ délka: 4520 párů baží /B/ typ: nukleová kyselina /0/ počet řetězců: dvouřetezcová /D/ topologie: lineární /ii/ typ molekuly: DNA /genomová/ /iii/ hypotetická: není /iv/ anti-sense: není /vi/ původní zdroj:/ A / length: 4520 pairs of bases / B / type: nucleic acid / 0 / number of strings: double-stranded / D / topology: linear / ii / type of molecule: DNA / genomic / / iii / hypothetical: not / iv / anti-sense : not / vi / original source:
/A/ organizmus: Streptococcus pneumoniae /ix/ I*VS · /Á/jméno/klíč: ODS /B/ poloha: 682..2502 /0/ další informace: produkt= protein 72 teplotního šoku /ix/ rys:/ A / organism: Streptococcus pneumoniae / ix / I * VS · / A / name / key: ODS / B / position: 682..2502 / 0 / additional information: product = heat shock protein 72 / ix / feature:
/A/ jméno/klič: ODS /B/ poloha: 5265-.^520 /0/ další informace: produkt= NH2-terminační část/ A / name / key: ODS / B / position: 5265 -. ^ 520/0 / more information: product = NH2-termination part
DNA J /ix/ rys:DNA J / ix / feature:
/A/ jméno/klíč: mat pentid /B/ poloha: 682..2502 /xi/ znázornění sekvence SEO ID č. 4/ A / name / key: mat pentid / B / position: 682..2502 / xi / SEO ID # 4 sequence representation
711711
AACTAACAAG GAGAAAAACA C ATC TCT ΑΑλ ATT ATC GCT ATT GAC TTA GGT Met Ser Lys Ile Ile Gly II. Asp Leu Gly 15 10AACTAACAAG GAGAAAAACA C ATC TCT ΑΑλ ATT ATC GCT Asp Leu Gly
270 275 280270 275 280
S90 595 600S90 595 600
TTC PheTTC Phe
43204320
.........ΓΤΤ......... ΓΤΤ
Informace ο sekvenci SEQ ID č. 5 /i/ charakteristika sekvence:Information ο of SEQ ID No. 5 (i) / sequence characteristics:
/A/ délka: 60? aminokyselin /B/ typ: aminokyselina /0/ topologie: lineární /ii/ typ molekuly: protein /xi/ znázornění sekvence SEQ ID č.5/ A / length: 60? amino acid (B) type: amino acid (0) topology: linear (ii) molecule type: protein (xi) sequence SEQ ID NO: 5
595 600 605595 600 605
φφ dl * φ φφφ dl * φ φ
ΦΦ___Ορ · · ' φ φ φ φφ φφ φφφ· φφ φ φφφφ φ φφ φφφ φ · φ φ · • r φφΦΦ ___ Ορ · · 'φ φ φ φφ φ φφφφ · ·φφ φφφφφφφφ φφ φφφ rφφ
• 4 • · · 4 4 · · · ····• 4 • · 4 4 · · ····
4 · ··· · · • 4 4··Φ ·· ·>· · ·4 4 4 4 4 4
100100 ALIGN!
Informace ο sekvenci SEQ ID č. 7 (i) charakteristika sekvence:SEQ ID No. 7 (i) sequence information:
(A) délka: 15 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptíd (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 7(A) length: 15 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) representation of SEQ ID No. 7
Thr Ser Thr Gin Ile Ser Leu Pro Phe Ile Thr Ala Gly Glu Ala 15 10 1SThr Ser Thr Gin Ile Ser Leu Phe Ile Thr Ala Gly Glu Ala 15 10 1S
Informace o sekvenci SEQ ID č. 8 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 8 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 15 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptíd (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 8(A) length: 15 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) sequence illustration SEQ ID NO 8
Thr Ala Gly Glu Ala Gly Pro Leu His Leu Glu Met Thr Leu Thr 15 10 15Thr Ala Gly Glu Ala Gly For Leu His Leu Glu Met Thr Leu Thr 15 10 15
Informace o sekvenci SEQ ID č. 9 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 9 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 14 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 9(A) length: 14 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) representation of SEQ ID NO 9
Met Thr Leu Thr Arg Ala Lys Phe Asp Asp Leu Thr Arg Asp 1 5 ioMet Thr Leu Thr Ala Arg Lys Phe Asp Asp Leu Thr Asp Arg Asp 1 5 io
Informace o sekvenci SEQ ID č. 10 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 10 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 15 aminokyselin(A) length: 15 amino acids
I uI u
101 (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 10101 (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) representation of SEQ ID No. 10
Asp Asp Leu Thr Arg Asp Leu Val Glu Arg Thr Lys Val Pro Val 15 10 15Asp Asp Leu Thr Asp Asp Leu Thr Lys Val Pro Val 15 10 15
Informace o sekvenci SEQ ID č. 11 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 11 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 14 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 11(A) length: 14 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) representation of SEQ ID NO 11
Thr Lys Val Pro Val Arg Gin Ala Leu Ser Asp Ala Gly LeuThr Lys Val Pro Gin Ala Leu Ser Asp Ala Gly Leu
Informace o sekvenci SEQ ID č. 12 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 12 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 15 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid (xi) znázorněni sekvence SEQ ID č. 12(A) length: 15 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) sequence shown in SEQ ID No. 12
Lys Ala Lys Asp Leu Gly Thr Gin Lys Glu Gin Thr Ile Val Ile 1 5 10 Lys Ala Lys Asp Leu Gly Thr Gin Lys Glu Gin Thr Ile Val Ile 1 5 10
Informace o sekvenci SEQ ID č. 13 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 13 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 14 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid ·· ····(A) length: 14 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide ·· ····
102 (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 13102 (xi) depicting the sequence of SEQ ID No. 13
Leu Thr Asp Glu Ile Asp Are Met Met Lys Asp Ala Glu Ala 15Leu Thr Asp Glu Ile
Informace o sekvenci SEQ ID č. 14 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 14 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 24 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 14(A) length: 24 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) representation of SEQ ID NO 14
Lys Asp Ala Glu Ala Asn Ala Glu Ser Asp Lys Lys Arg Lys Glu Glu 15 1° 15 Lys Asp Ala Glu Ala Asn Ala Glu Ser Lys Asp Lys Arg Lys Glu 15 1 ° 15
Val Asp Leu Arg Asn Glu Val AspVal Asp Leu Arg Asn Glu
Informace o sekvenci SEQ ID č. 15 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 15 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 15 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 15(A) length: 15 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) sequence depiction of SEQ ID No. 15
Asn Glu Val Asp Gin Ala Ile Phe Ala Thr Glu Lys Thr Ile Lys 15 10 15Asn Glu Val Asp Gin Ala Ile Phr Ala Thr Glu Lys Thr Ile Lys 15 10 15
Informace o sekvenci SEQ ID č. 16 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 16 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 28 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 16(A) length: 28 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) representation of SEQ ID No. 16
Phe Asp Ala Glu ArgPhe Asp Ala Glu Arg
Glu Lys Thr II. W* Glu Thr Glu Gly Lys Gly i 5Glu Lys Thr II. W * Glu Thr Glu Lys Gly i 5
103103
AspAsp
Ala Ala Gin Ala Ala LeuAla Ala Gin Ala Ala Leu
Asp Asp Leu Lys LysAsp Asp Leu Lys Lys
Informace o sekvenci SEQ ID č. 17 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 17 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 30 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 17(A) length: 30 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) sequence depiction of SEQ ID No. 17
Lys Ala Gin Glu 1Lys Ala Gin Glu
Asp Asn Asn Leu AspAsp Asn Asn Leu Asp
Asp Het Lys Ala LysAsp Het Lys
Leu GluLeu Glu
Ala Leu Asn GluAla Leu Asn Glu
Lys Ala Gin Gly LeuLys Ala Gin Gly Leu
Ala Val Lys Leu TyrAla Val Lys Leu Tyr
Informace o sekvenci SEQ ID č. 18 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 18 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 25 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid (xi) znázorněni sekvence SEQ ID č. 18(A) length: 25 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) sequence shown in SEQ ID No. 18
Gin Glu Gly Ala Glu Gly Ala Gin Ala Thr Gly Asn Ala Gly Asp Asp 10 15Gin Glu Gly Ala Glu Gly Gin Ala Thr Gly Asn Gly Asp Asp 10 15
Val Val Asp Gly Glu Phe Thr Glu Lys 20 25Val Val Glu Glu Glu Lys 20 25
Informace o sekvenci SEQ ID č. 19 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 19 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 2183 párů baží (B) typ: nukleová kyselina(A) length: 2183 base pairs (B) type: nucleic acid
104 (C) počet řetězců: dvouřetězcová (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (genomová) (iii) hypotetická: není (iv) anti-sense: není (vi) původní zdroj: Streptococcus pyogenes (ix) rys:104 (C) number of chains: double-stranded (D) topology: linear (ii) molecule type: DNA (genomic) (iii) hypothetical: not (iv) anti-sense: not (vi) original source: Streptococcus pyogenes (ix) feature :
(A) jméno/klíč: CDS (B) poloha: 204..2030 (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 19(A) name / key: CDS (B) position: 204..2030 (xi) representation of SEQ ID No. 19
CAGCGATGGT AGTTGTTIAT AACTAAGGTA AATGAGTTTT CGTTTTTGTC CGTAATGACA60CAGCGATGGT AGTTGTTIAT AACTAAGGTA AATGAGTTTT CGTTTTTGTC CGTAATGACA60
GTAAACTAGA TAGCAAGTTA GAAGCTATTT CGCTTGCTGA TTAAACTATA GTGATTGCTT120GTAAACTAGA TAGCAAGTTA GAAGCTATTT CGCTTGCTGA TTAAACTATA GTGATTGCTT120
AGAATTGGAA GTAAAATAAT TCGAGTGCTT ACTAAGATAA ATTGAAATAA AAAGTAATAA180AGAATTGGAA GTAAAATAAT TCGAGTGCTT ACTAAGATAA ATTGAAATAA AAAGTAATAA180
AGTATAAAAT AAGAGGTATT AAC ATG TCT AAA ATT ATT GGT ATT GAC TTA230AGTATAAAAT AAGAGGTATT AAC ATG TCT AAA ATT ATT GGT
Met Ser Lys Ile Ile Gly Ile Asp LeuMet Ser Lys Ile Gle Ile Asp Leu
445 4S0 4SS i445 4S0 4SS
106106
GAT GGC GAA TTT ACA GAA AAG TAATGATTTA GTTATCTAGT AACATTAATA 2057GAT GGC GAA TTT ACA GAA AAG TAATGATTTA GTTATCTAGT AACATTAATA 2057
Asp Gly Glu Phe Thr Glu LysAsp Gly Glu Phe Thr Glu Lys
605605
TCCGAATTCA GAGGTTCTAC CAAACCTCTG TTTTTGGCTA AATAAAATGT AAAAATGCTG 2117TCCGAATTCA GAGGTTCTAC CAAACCTCTG TTTTTGGCTA AATAAAATGT AAAAATGCTG 2117
ACGTCAAAAT ATTTTAAGAA AGGAATACAA GTICGATTAT TCGAACACAG GCTAAAGCGTACGTCAAAAT ATTTTAAGAA AGGAATACAA GTICGATTAT TCGAACACAG GCTAAAGCGT
GTAAAGGTAAAG
21772177
21832183
Informace o sekvenci SEQ ID č. 20 /i/ charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 20 / i / Sequence Characterization:
/A/ délka: 608 aminokyselin /B/ typ: aminokyselina /0/ topologie: lineární /ii/ typ molekuly: protein /xi/ znázornění sekvence SEQ ID č. 20 i(A) length: 608 amino acids / B / type: amino acid / 0 / topology: linear / ii / molecule type: protein (xi) sequence SEQ ID No. 20 i
ΊογΊογ
355 360 365355 360 365
IAND
108108
Informace o sekvenci SEQ ID c. 21 /i/ charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 21 (i) / Sequence Characterization:
/A/ délka: 24-38 párů baží /3/ typ: nukleová kyselina /0/ počet řetězců: dvouřetězcová /0/ typologie: lineární /ii/ typ molekuly: DNA /genomová/ /íii/ hypotetická: není /iv/ anti-sense: není /vi/ původní zdroj /A/ organizmus: Streptococcus agalactiae /ix/ rys:/ A / length: 24-38 pairs of bases / 3 / type: nucleic acid / 0 / number of strings: double stranded / 0 / typology: linear / ii / type of molecule: DNA / genomic / / ii / hypothetical: not / iv / anti -sense: not / vi / original source / A / organism: Streptococcus agalactiae / ix / feature:
/A/ jméno/klíč: ODS /3/ poloha: 24-8..2077/ A / name / key: ODS / 3 / position: 24-8..2077
109 /xi/ znázornění sekvence SEQ ID č. 21109 (xi) of SEQ ID No. 21
CTTTCAAAAGCTTTCAAAAG
GGATATAAATGGATATAAAT
TGCACGAGCGTGCACGAGCG
TCTGCTAAGATCTGCTAAGA
CCAGCGATGGCCAGCGATGG
TAGTTGTCTATAGTTGTCTA
TAACTAAGGTTAACTAAGGT
AAATGAGTTTAAATGAGTTT
TCGTTTTTGTTCGTTTTTGT
CCGTAATGACCCGTAATGAC
AGTAAACTAGAGTAAACTAG
ATAGCAAGTTATAGCAAGTT
120120
AGAAGCTATTAGAAGCTATT
CAGCTTGCTG ATTXAACTATCAGCTTGCTG ATTXAACTAT
AGTGATTGCTAGTGATTGCT
TAGAATTGGATAGAATTGGA
AGTAAAATAAAGTAAAATAA
180180
AAGTATTATAAAGTATTATA
TACTAAGATA AATTGAAATATACTAAGATA AATTGAAATA
AAAAGTAATAAAAAGTAATA
AAATAAGAGGAAATAAGAGG
240240
TTCGAGTGCTTTCGAGTGCT
110110
111111
ACT GAG AAA TAATTATTAA TATTGTTCAG ATTCATTTGA ATATAAGCAT 2114ACT GAG AAA TAATTATTAA TATTGTTCAG ATTCATTTGA ATATAAGCAT 2114
Thr Glu LysThr Glu Lys
610610
Informace o sekvenci SEQ IB č. 22 /i/ charakteristika sekvence:Sequence Information of SEQ IB No. 22 (i) / Sequence Characterization:
,/A/ délka: 60Q aminokyselin /3/ typ: aminokyselina /0/ topologie: lineární /ii/ typ molekuly: protein /xi/ znázornění sekvence SEQ ID č. 22, (A) length: 60Q amino acids / 3 / type: amino acid / 0 / topology: linear (ii) type of molecule: protein (xi) representation of SEQ ID No. 22
112112
Pro Asp Glu Val Val Ala Met Gly Ala Ala Ile Gin Gly Gly Val IlePro Glu Gly Val Val Ala Met Gly Ala Ala Ile Gin Gly Val Val
340 345 350340 345 350
113113
LysLys
Informace o sekvenci SEQ ID č. 23 /i/ charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 23 (i) / sequence characteristics:
/A/ délka: 19 aminokyselin /B/ typ: aminokyselina /0/ topologie: lineární /ii/ typ molekuly: peptid. /xi/ znázornění sekvence SEQ ID č. 23(A) length: 19 amino acids / B / type: amino acid / 0 / topology: linear / ii / molecule type: peptide. (xi) the sequence of SEQ ID No. 23
Arg Ile Pro Ala Val Val Glu Ala Val Lys Ala Glu Thr Gly Lys GluArg Ile Pro Ala Val Val Glu Ala Val Val Glu Ala Glu Val Glu
10 1510 15
Pro Asn Lys ’μ' ···· *··* ···· ·· ··For Asn Lys ’μ '···· * ·· * ·······
114114
Informace o sekvenci SEQ ID č. 24 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 24 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 15 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 24(A) length: 15 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) representation of SEQ ID NO 24
Gin Thr Ile Val Ile Gin Ser Asn Ser Gly Leu Ihr Asp Glu GluGin Thr Ile Val Gle Gin Ser Asn Ser Gly Leu
10 1510 15
Informace o sekvenci SEQ ID č. 25 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 25 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 460 párů baží (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: dvouřetězcová (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (genomová) (iii) hypotetická: není (iv) anti-sense: není (vi) původní zdroj: Streptococcus pneumoniae (ix) rys:(A) length: 460 bp (B) type: nucleic acid (C) number of strands: double-stranded (D) topology: linear (ii) molecule type: DNA (genomic) (iii) hypothetical: not (iv) anti-sense : not (vi) original source: Streptococcus pneumoniae (ix) feature:
(A) jméno/klíč: CDS (B) poloha: 1..456 (D) další informace: produkt= fragment od 151 zbytku C-konce (C-151) HSP72 (xi) znázorněni sekvence SEQ ID č. 25(A) name / key: CDS (B) position: 1..456 (D) additional information: product = fragment from 151 of the C-terminal residue (C-151) of HSP72 (xi) of SEQ ID No. 25
115115
Informace o sekvenci SEQ ID č. 26 (i) charakteristika sekvence:Sequence Information SEQ ID No. 26 (i) sequence characteristics:
(A) délka: 152 aminokyselin (B) typ: aminokyselina (C) topologie: lineární (ii) typ molekuly: peptid (xi) znázornění sekvence SEQ ID č. 26(A) length: 152 amino acids (B) type: amino acid (C) topology: linear (ii) molecule type: peptide (xi) sequence depiction of SEQ ID No. 26
116116
145 150145 150
7V7V
PATEPATE
Claims (84)
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US08/472,534 US5919620A (en) | 1995-06-07 | 1995-06-07 | Heat shock protein HSP72 of Streptococcus pneumoniae |
US180595P | 1995-08-04 | 1995-08-04 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CZ394297A3 true CZ394297A3 (en) | 1998-04-15 |
Family
ID=26669494
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CZ973942A CZ394297A3 (en) | 1995-06-07 | 1996-05-17 | Thermal shock streptococcus proteins of the hsp70 group |
Country Status (18)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP0832238A1 (en) |
JP (1) | JPH11507214A (en) |
KR (1) | KR19990022742A (en) |
CN (1) | CN1192241A (en) |
AP (1) | AP9701163A0 (en) |
AR (1) | AR003124A1 (en) |
AU (1) | AU700080B2 (en) |
BR (1) | BR9609399A (en) |
CA (1) | CA2224015A1 (en) |
CZ (1) | CZ394297A3 (en) |
EA (1) | EA199800046A1 (en) |
HU (1) | HUP0600442A3 (en) |
IL (1) | IL118329A0 (en) |
NO (1) | NO975752L (en) |
PL (1) | PL323781A1 (en) |
SK (1) | SK168497A3 (en) |
TR (1) | TR199701537T1 (en) |
WO (1) | WO1996040928A1 (en) |
Families Citing this family (30)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6245335B1 (en) | 1996-05-01 | 2001-06-12 | The Rockefeller University | Choline binding proteins for anti-pneumococcal vaccines |
ATE323721T1 (en) * | 1996-05-01 | 2006-05-15 | Univ Rockefeller | CHOLINE-BINDING PROTEIN USED AS AN PNEUMOCOCCAL VACCINE |
EP1042480A1 (en) * | 1997-12-31 | 2000-10-11 | Stressgen Biotechnologies Corporation | Streptococcal heat shock proteins of the hsp60 family |
US6497880B1 (en) | 1998-12-08 | 2002-12-24 | Stressgen Biotechnologies Corporation | Heat shock genes and proteins from Neisseria meningitidis, Candida glabrata and Aspergillus fumigatus |
TR200200633T2 (en) * | 1998-12-23 | 2002-06-21 | Shire Biochem Inc. | New streptococcus antigens |
US7128918B1 (en) | 1998-12-23 | 2006-10-31 | Id Biomedical Corporation | Streptococcus antigens |
WO2000056360A2 (en) | 1999-03-19 | 2000-09-28 | Smithkline Beecham Biologicals S.A. | Vaccine against antigens from bacteriae |
US7015309B1 (en) | 1999-06-23 | 2006-03-21 | The Wistar Institute Of Anatomy And Biology | Pyrrhocoricin-derived peptides, and methods of use thereof |
GB9918319D0 (en) | 1999-08-03 | 1999-10-06 | Smithkline Beecham Biolog | Vaccine composition |
AU2005204321B2 (en) * | 1999-08-19 | 2008-07-10 | Immunobiology Limited | Vaccines from Infectious Agents |
GB9919734D0 (en) * | 1999-08-19 | 1999-10-20 | Colaco Camilo | Vaccines from infectious agents |
AU2795801A (en) * | 2000-01-21 | 2001-07-31 | Creighton University | Biocidal molecules, macromolecular targets and methods of production and use |
US6833134B2 (en) | 2000-06-12 | 2004-12-21 | University Of Saskacthewan | Immunization of dairy cattle with GapC protein against Streptococcus infection |
DK1294771T3 (en) | 2000-06-12 | 2008-12-15 | Univ Saskatchewan | Streptococcus chimeric GapC protein and its use for vaccination and diagnosis |
US6866855B2 (en) | 2000-06-12 | 2005-03-15 | University Of Saskatchewan | Immunization of dairy cattle with GapC protein against Streptococcus infection |
GB0021757D0 (en) * | 2000-09-04 | 2000-10-18 | Colaco Camilo | Vaccine against microbial pathogens |
GB0022742D0 (en) | 2000-09-15 | 2000-11-01 | Smithkline Beecham Biolog | Vaccine |
EP1961427A3 (en) | 2002-08-02 | 2009-11-04 | GlaxoSmithKline Biologicals S.A. | Neisserial vaccine compositions comprising a combination of antigens |
US7927858B2 (en) | 2002-11-01 | 2011-04-19 | Glaxosmithkline Biologicals, S.A. | Drying process |
DK1601770T3 (en) * | 2003-03-04 | 2009-11-02 | Intercell Ag | ANTIGENES OF THE STREPTOCOCCUS PYOGENES |
EP2311989A1 (en) * | 2003-04-15 | 2011-04-20 | Intercell AG | S. pneumoniae antigens |
ES2346314T3 (en) | 2003-10-02 | 2010-10-14 | Glaxosmithkline Biolog Sa | ANTIGENS OF B. PERTUSSIS AND USE OF THE SAME IN VACCINATION. |
GB0505996D0 (en) | 2005-03-23 | 2005-04-27 | Glaxosmithkline Biolog Sa | Fermentation process |
TWI457133B (en) | 2005-12-13 | 2014-10-21 | Glaxosmithkline Biolog Sa | Novel composition |
EA015561B1 (en) | 2006-01-17 | 2011-08-30 | Арне Форсгрен | A NOVEL SURFACE EXPOSED HAEMOPHILUS INFLUENZAE PROTEIN (PROTEIN E; pE) |
CN102869378A (en) | 2010-03-10 | 2013-01-09 | 葛兰素史密丝克莱恩生物有限公司 | Immunogenic composition |
GB201015132D0 (en) | 2010-09-10 | 2010-10-27 | Univ Bristol | Vaccine composition |
CN103146734B (en) * | 2013-03-12 | 2014-10-01 | 中国人民解放军军事医学科学院军事兽医研究所 | Anti-burn and scald infection multiple organ failure Pseudomonas aeruginosa toxin vaccine |
CN104001164A (en) * | 2014-04-23 | 2014-08-27 | 杭州师范大学 | Aeromonas hydrophila heat shock protein subunit vaccine and preparation method thereof |
CN114805567B (en) * | 2022-06-27 | 2022-09-16 | 和元生物技术(上海)股份有限公司 | Monoclonal antibody, method and application of marker protein HSPA1A for recognizing exosomes |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
ZA921025B (en) * | 1991-02-15 | 1992-11-25 | Uab Research Foundation | Structural gene of pneumococcal protein |
IT1262896B (en) * | 1992-03-06 | 1996-07-22 | CONJUGATE COMPOUNDS FORMED FROM HEAT SHOCK PROTEIN (HSP) AND OLIGO-POLY-SACCHARIDES, THEIR USE FOR THE PRODUCTION OF VACCINES. |
-
1996
- 1996-05-17 CN CN96195891A patent/CN1192241A/en active Pending
- 1996-05-17 EP EP96914821A patent/EP0832238A1/en not_active Withdrawn
- 1996-05-17 AU AU56828/96A patent/AU700080B2/en not_active Ceased
- 1996-05-17 JP JP9500026A patent/JPH11507214A/en active Pending
- 1996-05-17 PL PL96323781A patent/PL323781A1/en unknown
- 1996-05-17 BR BR9609399-4A patent/BR9609399A/en not_active Application Discontinuation
- 1996-05-17 SK SK1684-97A patent/SK168497A3/en unknown
- 1996-05-17 KR KR1019970709184A patent/KR19990022742A/en not_active Application Discontinuation
- 1996-05-17 WO PCT/CA1996/000322 patent/WO1996040928A1/en not_active Application Discontinuation
- 1996-05-17 HU HU0600442A patent/HUP0600442A3/en unknown
- 1996-05-17 CZ CZ973942A patent/CZ394297A3/en unknown
- 1996-05-17 AP APAP/P/1997/001163A patent/AP9701163A0/en unknown
- 1996-05-17 EA EA199800046A patent/EA199800046A1/en unknown
- 1996-05-17 CA CA002224015A patent/CA2224015A1/en not_active Abandoned
- 1996-05-17 TR TR97/01537T patent/TR199701537T1/en unknown
- 1996-05-20 AR ARP960102631A patent/AR003124A1/en unknown
- 1996-05-20 IL IL11832996A patent/IL118329A0/en unknown
-
1997
- 1997-12-05 NO NO975752A patent/NO975752L/en unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
NO975752L (en) | 1998-02-06 |
CA2224015A1 (en) | 1996-12-19 |
IL118329A0 (en) | 1996-09-12 |
AU700080B2 (en) | 1998-12-17 |
HUP0600442A3 (en) | 2007-03-28 |
BR9609399A (en) | 2001-08-28 |
HUP0600442A2 (en) | 2006-08-28 |
AU5682896A (en) | 1996-12-30 |
AP9701163A0 (en) | 1998-01-31 |
JPH11507214A (en) | 1999-06-29 |
KR19990022742A (en) | 1999-03-25 |
CN1192241A (en) | 1998-09-02 |
SK168497A3 (en) | 1998-07-08 |
EP0832238A1 (en) | 1998-04-01 |
TR199701537T1 (en) | 1998-03-21 |
NO975752D0 (en) | 1997-12-05 |
EA199800046A1 (en) | 1998-06-25 |
WO1996040928A1 (en) | 1996-12-19 |
PL323781A1 (en) | 1998-04-27 |
AR003124A1 (en) | 1998-07-08 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CZ394297A3 (en) | Thermal shock streptococcus proteins of the hsp70 group | |
US6344552B1 (en) | Compositions and methods comprising DNA sequences encoding B. burgdorferi polypeptides | |
Verbon et al. | The 14,000-molecular-weight antigen of Mycobacterium tuberculosis is related to the alpha-crystallin family of low-molecular-weight heat shock proteins | |
US6613331B1 (en) | Vaccine against Lyme disease | |
US5601831A (en) | Vaccines for nontypable Haemophilus influenzae | |
US20070020286A1 (en) | Recombinant constructs of Borrelia burgdorferi | |
CA2014033C (en) | Compositions and treatments for pneumonia in animals | |
US5807685A (en) | OspE, OspF, and S1 polypeptides in Borrelia burgdorferi | |
Isaacs et al. | Molecular cloning and DNA sequence analysis of the 37-kilodalton endoflagellar sheath protein gene of Treponema pallidum | |
KR0170752B1 (en) | Vaccines and diagnostic assays for haemophilus influenzae | |
US5919620A (en) | Heat shock protein HSP72 of Streptococcus pneumoniae | |
JP4446647B2 (en) | Babesiacanis vaccine | |
KR100216390B1 (en) | Haemophilus outer membrane protein | |
EP1535928B1 (en) | Vaccine compositions comprising Omp85 proteins of Neisseria gonorrhoeae and Neisseria meningitidis | |
MXPA97009557A (en) | Members of streptococal thermal shock proteins of the hs family | |
US6716591B1 (en) | B. burgdorferi polypeptides | |
WO1999052939A1 (en) | Peptides | |
JP2000502249A (en) | Transferrin binding protein of Pasteurella haemolytica and vaccine containing the same | |
EP0534526A1 (en) | Treponema hyodysenteriae vaccine |