CZ2020154A3 - Deriváty akridinu a antracenu jako sloučeniny interkalující se do DNA a jejich použití - Google Patents
Deriváty akridinu a antracenu jako sloučeniny interkalující se do DNA a jejich použití Download PDFInfo
- Publication number
- CZ2020154A3 CZ2020154A3 CZ2020154A CZ2020154A CZ2020154A3 CZ 2020154 A3 CZ2020154 A3 CZ 2020154A3 CZ 2020154 A CZ2020154 A CZ 2020154A CZ 2020154 A CZ2020154 A CZ 2020154A CZ 2020154 A3 CZ2020154 A3 CZ 2020154A3
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- mixture
- dna
- acridine
- added
- aryl
- Prior art date
Links
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N acridine Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 18
- 150000001454 anthracenes Chemical class 0.000 title claims abstract description 8
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 title description 21
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 title description 7
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims abstract description 23
- 230000008018 melting Effects 0.000 claims abstract description 23
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims abstract description 5
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 13
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 claims description 12
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 12
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 10
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 claims description 7
- -1 4-sulfo-2,3,5,6-tetrafluorophenyl Chemical group 0.000 claims description 5
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims description 5
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 claims description 4
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 claims description 3
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N Sulfuric acid Chemical compound OS(O)(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 claims description 3
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 3
- 235000011149 sulphuric acid Nutrition 0.000 claims description 3
- GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N Nitric acid Chemical compound O[N+]([O-])=O GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 229910017604 nitric acid Inorganic materials 0.000 claims description 2
- 235000011007 phosphoric acid Nutrition 0.000 claims description 2
- FKNQFGJONOIPTF-UHFFFAOYSA-N Sodium cation Chemical compound [Na+] FKNQFGJONOIPTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract description 15
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 abstract description 8
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 abstract description 8
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 abstract description 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 abstract description 4
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 abstract description 3
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 abstract description 2
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract description 2
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract description 2
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 abstract description 2
- 125000005392 carboxamide group Chemical group NC(=O)* 0.000 abstract description 2
- 238000006352 cycloaddition reaction Methods 0.000 abstract description 2
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 abstract description 2
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 abstract description 2
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 abstract description 2
- 125000005577 anthracene group Chemical group 0.000 abstract 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 56
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 36
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 27
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 25
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 20
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 239000000047 product Substances 0.000 description 13
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 13
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 10
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 9
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 8
- PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N isoamylol Chemical compound CC(C)CCO PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 7
- 238000010898 silica gel chromatography Methods 0.000 description 7
- CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N Acetone Chemical compound CC(C)=O CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical group [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 6
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 6
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 6
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 6
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 5
- 239000012043 crude product Substances 0.000 description 5
- 238000000034 method Methods 0.000 description 5
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 5
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 4
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 4
- IDBIFFKSXLYUOT-UHFFFAOYSA-N netropsin Chemical compound C1=C(C(=O)NCCC(N)=N)N(C)C=C1NC(=O)C1=CC(NC(=O)CN=C(N)N)=CN1C IDBIFFKSXLYUOT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 4
- RLOWWWKZYUNIDI-UHFFFAOYSA-N phosphinic chloride Chemical compound ClP=O RLOWWWKZYUNIDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- BWHMMNNQKKPAPP-UHFFFAOYSA-L potassium carbonate Chemical compound [K+].[K+].[O-]C([O-])=O BWHMMNNQKKPAPP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 4
- 238000010992 reflux Methods 0.000 description 4
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 4
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- UPBAOYRENQEPJO-UHFFFAOYSA-N n-[5-[[5-[(3-amino-3-iminopropyl)carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]-4-formamido-1-methylpyrrole-2-carboxamide Chemical compound CN1C=C(NC=O)C=C1C(=O)NC1=CN(C)C(C(=O)NC2=CN(C)C(C(=O)NCCC(N)=N)=C2)=C1 UPBAOYRENQEPJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- XDRYMKDFEDOLFX-UHFFFAOYSA-N pentamidine Chemical compound C1=CC(C(=N)N)=CC=C1OCCCCCOC1=CC=C(C(N)=N)C=C1 XDRYMKDFEDOLFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229960004448 pentamidine Drugs 0.000 description 3
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 3
- 108010042747 stallimycin Proteins 0.000 description 3
- IKCLCGXPQILATA-UHFFFAOYSA-N 2-chlorobenzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1Cl IKCLCGXPQILATA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 4',6-Diamino-2-phenylindol Chemical compound C1=CC(C(=N)N)=CC=C1C1=CC2=CC=C(C(N)=N)C=C2N1 FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 6-carboxyfluorescein Chemical compound C12=CC=C(O)C=C2OC2=CC(O)=CC=C2C11OC(=O)C2=CC=C(C(=O)O)C=C21 BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PAYRUJLWNCNPSJ-UHFFFAOYSA-N Aniline Chemical compound NC1=CC=CC=C1 PAYRUJLWNCNPSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000035143 Bacterial infection Diseases 0.000 description 2
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 2
- AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N Doxorubicin Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(=O)CO)[C@H]1C[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O1 AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N 0.000 description 2
- 108010042309 Netropsin Proteins 0.000 description 2
- 208000030852 Parasitic disease Diseases 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- RWZYAGGXGHYGMB-UHFFFAOYSA-N anthranilic acid Chemical compound NC1=CC=CC=C1C(O)=O RWZYAGGXGHYGMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000000118 anti-neoplastic effect Effects 0.000 description 2
- 229940058303 antinematodal benzimidazole derivative Drugs 0.000 description 2
- 229940034982 antineoplastic agent Drugs 0.000 description 2
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 2
- 239000003443 antiviral agent Substances 0.000 description 2
- 229940121357 antivirals Drugs 0.000 description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 2
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 2
- 208000022362 bacterial infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 150000001556 benzimidazoles Chemical class 0.000 description 2
- HQABUPZFAYXKJW-UHFFFAOYSA-N butan-1-amine Chemical compound CCCCN HQABUPZFAYXKJW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 238000012650 click reaction Methods 0.000 description 2
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 2
- 238000005227 gel permeation chromatography Methods 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- ACUOXWSHHKOKHJ-UHFFFAOYSA-N methyl 9-oxo-10h-acridine-4-carboxylate Chemical compound N1C2=CC=CC=C2C(=O)C2=C1C(C(=O)OC)=CC=C2 ACUOXWSHHKOKHJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 2
- 229910000027 potassium carbonate Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 2
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 2
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 2
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- SWDBQUZCLPBXSD-VOTSOKGWSA-N (e)-3-(2-phenyltriazol-4-yl)prop-2-enoic acid Chemical compound N1=C(/C=C/C(=O)O)C=NN1C1=CC=CC=C1 SWDBQUZCLPBXSD-VOTSOKGWSA-N 0.000 description 1
- IPDOBVFESNNYEE-UHFFFAOYSA-N 1h-indole-7-carboxylic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC2=C1NC=C2 IPDOBVFESNNYEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QRZUPJILJVGUFF-UHFFFAOYSA-N 2,8-dibenzylcyclooctan-1-one Chemical compound C1CCCCC(CC=2C=CC=CC=2)C(=O)C1CC1=CC=CC=C1 QRZUPJILJVGUFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UNENVWMCQSZVBD-UHFFFAOYSA-N COC(C(C1=NC2=CC=CC=C22)=CC=CC1=C2NCCCCCCN=[N+]=[N-])=O Chemical compound COC(C(C1=NC2=CC=CC=C22)=CC=CC1=C2NCCCCCCN=[N+]=[N-])=O UNENVWMCQSZVBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- 101000635799 Homo sapiens Run domain Beclin-1-interacting and cysteine-rich domain-containing protein Proteins 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000003140 Panax quinquefolius Nutrition 0.000 description 1
- 240000005373 Panax quinquefolius Species 0.000 description 1
- 102100030852 Run domain Beclin-1-interacting and cysteine-rich domain-containing protein Human genes 0.000 description 1
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical class O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- QBAVMPFASPWAJA-UHFFFAOYSA-N [N-]=[N+]=NCCCCCCNC1=C(C=CC=C2C(O)=O)C2=NC2=CC=CC=C12 Chemical compound [N-]=[N+]=NCCCCCCNC1=C(C=CC=C2C(O)=O)C2=NC2=CC=CC=C12 QBAVMPFASPWAJA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- INHAJCOAEAZNDG-UHFFFAOYSA-N [N].O=C1NC(N)=NC2=C1NC=N2 Chemical compound [N].O=C1NC(N)=NC2=C1NC=N2 INHAJCOAEAZNDG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930183665 actinomycin Natural products 0.000 description 1
- 239000008186 active pharmaceutical agent Substances 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000129 anionic group Chemical group 0.000 description 1
- 239000012736 aqueous medium Substances 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000852 azido group Chemical group *N=[N+]=[N-] 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 238000005352 clarification Methods 0.000 description 1
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 1
- 229910052802 copper Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010949 copper Substances 0.000 description 1
- OKQSSSVVBOUMNZ-UHFFFAOYSA-N diminazene diaceturate Chemical compound CC(=O)NCC(O)=O.CC(=O)NCC(O)=O.C1=CC(C(=N)N)=CC=C1NN=NC1=CC=C(C(N)=N)C=C1 OKQSSSVVBOUMNZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960004679 doxorubicin Drugs 0.000 description 1
- 229960005501 duocarmycin Drugs 0.000 description 1
- 229930184221 duocarmycin Natural products 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- ZWJINEZUASEZBH-UHFFFAOYSA-N fenamic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1NC1=CC=CC=C1 ZWJINEZUASEZBH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000005842 heteroatom Chemical group 0.000 description 1
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 239000000138 intercalating agent Substances 0.000 description 1
- 230000002687 intercalation Effects 0.000 description 1
- 238000010829 isocratic elution Methods 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- DILRJUIACXKSQE-UHFFFAOYSA-N n',n'-dimethylethane-1,2-diamine Chemical compound CN(C)CCN DILRJUIACXKSQE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- YBVNFKZSMZGRAD-UHFFFAOYSA-N pentamidine isethionate Chemical compound OCCS(O)(=O)=O.OCCS(O)(=O)=O.C1=CC(C(=N)N)=CC=C1OCCCCCOC1=CC=C(C(N)=N)C=C1 YBVNFKZSMZGRAD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- INAAIJLSXJJHOZ-UHFFFAOYSA-N pibenzimol Chemical compound C1CN(C)CCN1C1=CC=C(N=C(N2)C=3C=C4NC(=NC4=CC=3)C=3C=CC(O)=CC=3)C2=C1 INAAIJLSXJJHOZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920000768 polyamine Polymers 0.000 description 1
- 125000003367 polycyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- ZCOSUVZGFDGWFV-UHFFFAOYSA-N pyrrolo[2,3-e]indole Chemical compound C1=CC2=NC=CC2=C2N=CC=C21 ZCOSUVZGFDGWFV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 1
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- YZHUMGUJCQRKBT-UHFFFAOYSA-M sodium chlorate Chemical compound [Na+].[O-]Cl(=O)=O YZHUMGUJCQRKBT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 159000000000 sodium salts Chemical class 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- AVBGNFCMKJOFIN-UHFFFAOYSA-N triethylammonium acetate Chemical compound CC(O)=O.CCN(CC)CC AVBGNFCMKJOFIN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013638 trimer Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D219/00—Heterocyclic compounds containing acridine or hydrogenated acridine ring systems
- C07D219/04—Heterocyclic compounds containing acridine or hydrogenated acridine ring systems with hetero atoms or with carbon atoms having three bonds to hetero atoms with at the most one bond to halogen, e.g. ester or nitrile radicals, directly attached to carbon atoms of the ring system
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K49/00—Preparations for testing in vivo
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D219/00—Heterocyclic compounds containing acridine or hydrogenated acridine ring systems
- C07D219/04—Heterocyclic compounds containing acridine or hydrogenated acridine ring systems with hetero atoms or with carbon atoms having three bonds to hetero atoms with at the most one bond to halogen, e.g. ester or nitrile radicals, directly attached to carbon atoms of the ring system
- C07D219/06—Oxygen atoms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D219/00—Heterocyclic compounds containing acridine or hydrogenated acridine ring systems
- C07D219/04—Heterocyclic compounds containing acridine or hydrogenated acridine ring systems with hetero atoms or with carbon atoms having three bonds to hetero atoms with at the most one bond to halogen, e.g. ester or nitrile radicals, directly attached to carbon atoms of the ring system
- C07D219/08—Nitrogen atoms
- C07D219/10—Nitrogen atoms attached in position 9
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D219/00—Heterocyclic compounds containing acridine or hydrogenated acridine ring systems
- C07D219/04—Heterocyclic compounds containing acridine or hydrogenated acridine ring systems with hetero atoms or with carbon atoms having three bonds to hetero atoms with at the most one bond to halogen, e.g. ester or nitrile radicals, directly attached to carbon atoms of the ring system
- C07D219/08—Nitrogen atoms
- C07D219/10—Nitrogen atoms attached in position 9
- C07D219/12—Amino-alkylamino radicals attached in position 9
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
Abstract
Deriváty akridinu a antracenu nesoucí substituent obsahující uhlíkatý řetězec zakončený azidoskupinou sloužící k azido-alkynové cykloadici, dále výhodně substituované karboxamidovou skupinou k upevnění vazby na dvoušroubovici DNA pomocí vodíkové vazby amidického vodíku přes molekulu vody na fosfátovou skupinu mezi příslušným guanosinem a sousedním nukleosidem. Použití derivátů akridinu a antracenu výhodně zakončených azidoskupinou ke zvýšení pevnosti vazby komplementárních řetězců DNA účastnících se interakce a k ovlivnění teploty tání vznikajícího duplexu.
Description
Deriváty akridinu a antracenu jako sloučeniny interkalující se do DNA a jejich použití
Oblast techniky
Předkládaný vynález náleží do oblasti organické chemie, biochemie a molekulární genetiky. Týká se látek schopných interkalovat se do dvoušroubovice DNA, a zvýšit tak její teplotu tání.
Dosavadní stav techniky
Za účelem stabilizace duplexu dvoušroubovice DNA je v současné době zkoumáno nebo již existuje několik typů chemických modifikací nukleových kyselin.
Patří sem tzv. Locked nucleic acids (LNA, O2'-C4'-methylenenovou skupinou přemostěný cyklus ribosy), resp. Bridged Nucleic Acids (BNA, O2'-C4'-methylenaminoskupinou přemostěný cyklus ribosy).
O dosažení vyšší stability duplexu DNA usilují i další technologie, např. využití organických polyaminů (NOIR R., KOTERA M., PONS B., REMY J.S., BEHR J.P. J. Am. Chem. Soc. 2008, vol. 130, p. 13500-13505; US 8465921).
Velký potenciál má pak využití molekul vázajících se do malého žlábku DNA (MGB, Minor Groove Binders) nebo působících jako interkalátory. Je známo, že molekuly některých sloučenin jsou schopné vsunout se a vázat do malého žlábku dvoušroubovice DNA (minor groove) nebo mezi báze dvoušroubovice DNA (interkalovat se), a v důsledku toho zvyšovat pevnost vazby komplementárních řetězců DNA účastnících se interakce, a tím teplotu tání vznikajícího duplexu.
Rada molekul působících mechanismem vazby do malého žlábku dvoušroubovice DNA je zkoumána, testována a v některých případech i klinicky využívána pro svou schopnost do určité míry sekvenčně specificky blokovat realizaci genetické informace jako terapeutika, především bakteriálních a parazitárních infekcí, ale i jako potenciální antivirotika či antineoplastika (WARTELL R.M., LARSON J.E., WELLS R.D. J. Biol. Chem. 1974, vol. 249, p. 6719-6731; ZIMMER C. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1975, vol. 15, p. 285-318; NGUYEN B., NEIDLE S., WILSON W.D. Acc. Chem. Res. 2009, vol. 42, p. 11-21; ARAFA R.K., ISMAIL M.A., MUNDE M., WILSON W.D., WENZLER T., BRUN R., BOYKIN D.W. Eur. J. Med. Chem. 2008, vol. 43, p. 2901-2908; FU X.B., LIU D.D., LIN Y., et al. Dalton Trans., 2014, vol. 43, p. 8721-8737; WANG M., YU Y., LIANG CH., et al. Int. J. Mol. Sci. 2016, vol. 17, p. 779-795; ALNISS H.Y. J. Med. Chem. 2019, vol. 62, p. 385-402; aj.). Díky vazbě v malém žlábku komplikují transkripci a následně tedy translaci a množení nežádoucích buněk či tkání. Z klinicky významných je možno uvést např. pentamidin.
Velkou oblastí využití MGB i interkalátorů je molekulární biologie a diagnostika. Z MGB patří mezi nej významnější molekuly pro tyto aplikace sloučeniny typu Hoechst (PJURA P.E., GRZESKOWIAK K., DICKERSON R.E. J. Mol. Biol. 1987, vol. 197, p. 257-271). Komerčně v oblasti molekulární biologie jako MGB využívá molekuly nezveřejněné struktury např. společnost Applied Biosystems lne. (nyní Life Technologies Corp.). Jako komponentu pro syntézu oligonukleotidů dodává společnost Glen Research MGB charakteru trimeru pyrroloindolu CDPL (trimer-amid l,2-dihydro-(377)-pyrrolo[3,2-e]indol-7-karboxylové kyseliny). Základní struktura této molekuly, odvozená ze struktury duokarmycinů, je známa již řadu let, její syntéza je poměrně komplikovaná a problematická může být i stabilita (BOGER D.L., COLEMAN R.S., INVERGO B.J. J. Org. Chem. 1987, vol. 52, no. 8, p. 1521-1530). Ani CDPI, však není vhodný pro všechny aplikace (US 5801155, US 6084102, US 7582739, US 20110172289) aje zakázáno používat uvedenou komponentu pro komerční výrobu oligonukleotidů bez další licenční dohody.
-1 CZ 2020 - 154 A3
Strukturně jsou látky působící mechanismem MGB poměrně různorodé, např. heterocyklické oligoamidy netropsin, distamycin a jejich analogy, diamidino- resp. diguanidinosubstituované látky jako pentamidin, berenil, 4',6-diamidino-2-fenylindol (LARSEN T.A., GOODSELL D.S., CASCIO D., GRZESKOWIAK K., DICKERSON R E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, vol. 7, p. 477-491) i méně bazické deriváty benzimidazolu (Hoechst sloučeniny), případně kombinace uvedených struktur (SHENG J., GAN J., HUANG Z. Med. Res. Rev. 2013, vol. 33, no. 5, p. 111 ΟΙ 173). Předpokladem vazby do malého žlábků DNA je vhodné prostorové zakřivení molekuly, schopnost vytvářet van der Waalsovy a vodíkové vazby s exocyklickými skupinami a heterocyklickými dusíky nukleových baží a výhodou je vzhledem k anionickému charakteru nativních řetězců DNA bazicita MGB molekul (KIELKOPF C.L., WHITE S., SZEWCZYK J.W., TURNER J.M., BAIRD E.E., DERVAN P.B., REES D.C. Science 1998, vol. 282, p. 111-115; SQUIRE C.J., BAKER L.J., CLARK G.R., MARTIN R.F., WHITE J. Nucleic Acids Res. 2000, vol. 28, p. 1252-1258; NEIDLE S., MANN J., RAYNERE., BARON A., BOAHEN Y., SIMPSON I.J., SMITH N.J., FOX K.R., HARTLEY J.A., KELLAND L.R. Chern. Commun. 1999, p. 929930). Jednotlivé typy vazeb se uplatňují u molekul MGB v různé míře; van der Waalsovy vazby jsou základem interakce látek typu Hoechst s DNA, naproti tomu vodíkové vazby jsou klíčové u oligoamidů (netropsin, distamycin). Mezi MGB patří jak molekuly s poměrně flexibilní strukturou, jejichž příkladem je pentamidin, tak i poměrně rigidní, např. již zmíněné deriváty benzimidazolu. Několik typů látek působících mechanismem MGB j e patentováno za účelem využití pro stabilizaci duplexů nukleových kyselin, např. distamycin a jeho deriváty (US 5955590, US 6949367). Publikovány byly i duplex stabilizující konjugáty oligonukleotidů s analogy barviva Hoechst 33258 (RAJUR S B., ROBLES J., WIEDERHOLT K., KUIMELIS R.G., MCLAUGHLIN L.W. J. Org. Chem. 1997, vol. 62, p. 523-529) nebo DAPI.
Podobně je i řada molekul působících jako interkalátory zkoumána, testována, a to mnohem častěji než MGB, pro svou schopnost blokovat realizaci genetické informace jako terapeutika bakteriálních a parazitárních infekcí, jako potenciální antivirotika, klinicky jsou však interkalátory využívány především jako antineoplastika (např. GOFTAR M.K., KOR N.M., KOR Z.M. Int. J. Adv. Biol. Biom. Res. 2014, vol. 2(3), p. 811-822). Interkalací mezi báze DNA se komplikuje transkripce a následně i translace a množení buněk. Z klinicky významných interkalátorů možno uvést např. doxorubicin, mithoxanthron, aktinomyciny.
Předpokladem pro interkalační účinek je přítomnost relativně velké planámí části molekuly, nej častěji tri- a vícecyklického útvaru, skládajícího se z sp2 hybridizovaných atomů uhlíku, případně stericky odpovídajících heteroatomů. Interkalační účinek je pak často podpořen přítomností polární části molekuly (sacharidu nebo analogické struktury), která díky hydroxylovým skupinám a aminoskupinám vytváří vodíkové můstky k interkalované DNA a „kotví“ tak interkalátor.
Co se týče použití v molekulární biologii, jez interkalátorů možné zmínit např. ethidium bromid. Interkalátory mají výhodu v silnější stabilizaci duplexu DNA.
Přetrvává potřeba uvést do praktického použití sloučeniny interkalující DNA či vázající se do malého žlábků dvoušroubovice DNA, které by byly flexibilní, ale zároveň snadno připravitelné, s relativně malou molekulou, nízkou molekulovou hmotností a konjugovatelné na oligonukleotidové sondy.
Podstata vynálezu
Předmětem vynálezu jsou deriváty akridinu a antracenu, které odstraňují uvedené nedostatky dosavadního stavu techniky. Vynálezem je použití látek obecného vzorce (I) jako sloučenin pro zvýšení teploty tání dvoušroubovice DNA. Jedná se o bazické molekuly na bázi substituovaného aromatického jádra, výhodně substituovaného karboxamidovou skupinou obsahující uhlíkatý řetězec zakončený bazickou fúnkcí a řetězcem zakončeným azidoskupinou sloužící ke kovalentní
- 2 CZ 2020 - 154 A3 vazbě příkladně na oligonukleotidovou sondu. Modifikace jádra slouží k upevnění vazby na dvoušroubovici DNA pomocí vodíkových vazeb s dusíkem a kyslíkem guaninu, dále pak pomocí vodíkové vazby amidického vodíku přes molekulu vody na fosfátovou skupinu mezi příslušným guanosinem a sousedním nukleosidem. Dále jsou vynálezem látky obecného vzorce (I), které ve své molekule obsahují vždy substituent zakončený azidoskupinou sloužící k azido-alkynové cykloadici (takzvané click reakci) na vhodně modifikovaný řetězec příkladně oligonukleotidu. Jedná se o zpravidla bazické molekuly na bázi aromatického jádra substituovaného uhlíkatými řetězci zakončenými bazickou funkcí.
Vynález se týká použití derivátů akridinu a antracenu obecného vzorce (I):
kde:
A je -N=, nebo -CH=;
substituenty Q1, Q2 a Q3 navázané v kterékoli volné poloze tricyklického jádra jsou nezávisle na sobě vybírány ze skupiny zahrnující: -H, -NH2 a -X-(CH2)n-T, kde:
X je -O-, -S-, -CH2-, -CONH-, -NH- nebo -NR1-, kde R1 je alkyl nebo aryl;
n je celé číslo od 0 do 10;
Tje -N3, -COOH, -CONH2, -CONHR2, -CONR2R3, -COOR2, -NH2,
-NHR2, -NR2R3, -SH, -NCS, -CO-O-L, kde R2 a R3 jsou nezávisle na sobě alkyl nebo aryl aLje A-sukcinimidinyl, 1-pentafluorfenyl, 3-sulfo-A-sukcinimidinyl, l-(4-sulfo2,3,5,6-tetrafluorofenyl) nebo odpovídající sodné soli;
a dále jejich solí vzniklých reakcí s HC1, H2SO4, H3PO4 nebo HN03 ke zvýšení pevnosti vazby komplementárních řetězců DNA účastnících se interakce a k ovlivnění teploty tání vznikajícího duplexu.
Sloučeniny obecného vzorce (I) lze tedy použít dle vynálezu jako látky zvyšující teplotu tání dvoušroubovice DNA. Jejich předností je nízká molekulová hmotnost, bazicita, a tedy možnost tvorby ve vodě velmi dobře rozpustných solí, flexibilita a vysoká stabilizace duplexu DNA. Lze je použít například v kombinaci s vhodnými dvojicemi oligonukleotidů jako systém interní kontroly v analýze teploty tání pro real-time PCR, kde má význam sledovat vliv látek v reakci na teplotu tání (např. u analýz genetických polymorfismů), přičemž sekvence oligonukleotidů se volí tak, aby nebyly komplementární s DNA sekvencemi běžně se vyskytujícími v přírodě. Sloučeniny je dále možné použít v kombinaci s dvojicemi vhodných oligonukleotidů například v metodách srovnání vlivu dalších sloučenin na zvýšení teploty tání duplexu a experimentech zjišťujících závislost vlivu na zvýšení teploty tání duplexu na sekvenci oligonukleotidů.
Vynález se dále týká derivátů akridinu a antracenu obecného vzorce (I):
-3CZ 2020 - 154 A3
kde:
A je -N=, nebo -CH=;
substituent Q1 navázaný v kterékoli volné poloze tricyklického jádra představuje skupinu obecného vzorce (II):
ETch2)„ n3 (Π) kde:
n je celé číslo od 0 do 10;
E je -S-, -O-, -CH2-, -NH- nebo -NR1-, kde R1 je alkyl nebo aryl;
dále substituenty Q2 a Q3 navázané v kterékoli volné poloze tricyklického jádra jsou nezávisle na sobě vybírány ze skupiny zahrnující: -Η, -NH2 a -X-(CH2)n-T, kde:
X je -C0NH-, -O-, -S-, -CH2-, -NH- nebo -NR2-, kde R2 je alkyl nebo aryl, n je celé číslo od 0 do 10,
T je -COOH, -CONH2, -CONHR3, -CONR3R4, -COOR3, -NH2, -NHR3 nebo -NR3R4, kde R3 a R4 jsou nezávisle na sobě alkyl nebo aryl, a dále jejich solí vzniklých reakcí s HC1, H2SO4, H3PO4 nebo HNO3.
Sloučeniny obecného vzorce (I) obsahující ve své molekule azidoskupinu dle vynálezu jsou, mimo použití popsané výše, současně vhodné pro připojení kovalentní vazbou příkladně na oligonukleotidové sondy. Vzniklé struktury je možné následně využít při zjišťování bodových mutací v genech.
Objasnění výkresů
Na obrázku č. 1 je vyobrazen graf zvýšení teploty tání duplexu DNA v závislosti na koncentraci testované sloučeniny (III).
Na obrázku č. 2 je vyobrazen graf zvýšení teploty tání duplexu DNA v závislosti na koncentraci testované sloučeniny (IV).
-4CZ 2020 - 154 A3
Na obrázku č. 3 je vyobrazen graf zvýšení teploty tání duplexu DNA v závislosti na koncentraci oligonukleotidu s navázanou sloučeninou (III).
Příklady uskutečnění vynálezu
Příklad č. 1
Příklad č. 1 demonstruje přípravu a charakterizaci sloučeniny vzorce (III).
(III)
Kbezvodému uhličitanu draselnému (5 g) se přidá kyselina anthranilová (6,8 g) a kyselina 2-chlorbenzoová (7,8 g). Do směsi se přidá isoamylalkohol (70 ml) a katalytické množství práškové mědi. Směs se 24 h míchá při teplotě 140 °C. Poté se ze směsi za sníženého tlaku oddestiluje isoamylalkohol a surový produkt se převede do horké vody (1 1). Směs se míchá a zahřívá do rozpuštění produktu. Následně se do směsi přidává koncentrovaná kyselina chlorovodíková do kyselé reakce. Vzniklá sraženina se odsaje a promyje horkou vodou (0,5 1). Sraženina se rozpustí v 1M NaOH a za míchání a zahřívání se přidá aktivní uhlí (0,5 g). Směs se přefiltruje a k filtrátu se přidá koncentrovaná kyselina chlorovodíková. Sraženina se odsaje, promyje horkou vodou (0,5 1) a vysuší. Vysušená sraženina se rozpustí za horka v 96% ethanolu (11). Za míchání se přidá destilovaná voda do stálého zakalení. Směs se ponechá k vysrážení 20 h. Vzniklá sraženina se odsaje a vysuší. Připraví se 5,14 g jemně žluté, pevné krystalické látky, což odpovídá výtěžku 32 %.
K 2,2‘-iminodibenzoové kyselině (7,78 g, 30,24 mmol) se přidá POCh (90 ml), směs se míchá 1 h při 140 °C pod zpětným chladičem. Poté se do směsi ochlazené na 50 °C pomalu přidává bezvodý MeOH (100 ml) po dobu 2 h. Poté se do směsi přidává POCh do rozpuštění krystalů a směs se míchá 12 h. Přebytečný MeOH se ze směsi oddestiluje a vzniklé krystaly se odsají a rekrystalizují z horkého MeOH. Krystaly se odsají, promyjí ledovým MeOH a vysuší. Získá se 6,11 g hnědožluté krystalické látky, což odpovídá výtěžku 79 %.
K methylesteru kyseliny 9-oxoakridan-4-karboxylové (2,06 g, 8,13 mmol) se přidá SOCh (8 ml) a katalytické množství DMF. Směs se míchá při teplotě 80 °C pod zpětným chladičem. Poté se ze směsi oddestiluje SOCh za sníženého tlaku. Do surového produktu se přidá suchý fenol (7,75 g, 82,35 mmol) a směs se zahřeje na 110 °C po dobu 15 minut. Poté se teplota sníží na 55 °C a do směsi se přidá 6-azidohexyl-l-amin (2,95 g, 20,74 mmol). Směs se míchá při stejné teplotě 24 hodin. Po ukončení reakce se směs převede do chloroformu a vytřepe lx 2M roztokem hydroxidu sodného (85 ml). Organická vrstva se vysuší Na2SO4 a za sníženého tlaku se ze směsi oddestiluje chloroform. Produkt se přečistí sloupcovou chromatografií na silikagelu (ethyl-acetát). Frakce s čistým produktem se odpaří. Získá se 2,42 g hnědooranžové krystalické látky, což odpovídá výtěžku 94 %.
K roztoku methylesteru 9-[(6-azidohexyl)amino]akridin-4-karboxylové kyseliny (2 g, 5,30 mmol) v THF se přidá nasycený roztok NaOH v směsi Me0H/H20 5:1 v nadbytku. Směs se míchá 1 h při laboratorní teplotě. Poté se ze směsi oddestilují organická rozpouštědla za sníženého tlaku. Směs se rozpustí ve vodě (100 ml) a vytřepe 3x chloroformem (80 ml). Organická vrstva se vysuší
-5CZ 2020 - 154 A3
Na2SO4 a směs se zahustí za sníženého tlaku. Poté se směs vytřepe 10% HC1 a organická vrstva se vysuší Na2SO4 a odpaří za sníženého tlaku. Produkt se přečistí sloupcovou chromatografií na silikagelu (chloroform/methanol 4:1). Získá se 1,44 g žlutooranžové krystalické látky, což odpovídá výtěžku 74 %.
K roztoku 9-[(6-azidohexyl)amino]akridin-4-karboxylové kyseliny (150 mg, 0,413 mmol) v bezvodém dichlormethanu se přidá HBTU (313 mg, 0,826 mmol) a triethylamin (89 mg, 0,826 mmol). Směs se míchá za laboratorní teploty 10 minut. Do směsi se přidá butylamin (27 mg, 0,371 mmol) a směs se míchá 2 hodiny za laboratorní teploty. Po ukončení reakce se ze směsi oddestiluje dichlormethan za sníženého tlaku. Produkt se přečistí sloupcovou chromatografií na silikagelu (chloroform/methanol 9:1). Získá se 78 mg žluté olejovité látky, což odpovídá výtěžku 50 %.
IČ (ATR) vmax = 3358, 2932, 2861,2095, 1639, 1617, 1593, 1560, 1532, 1503, 1476, 1435, 1423, 1371, 1357, 1328, 1273, 1254, 1211, 1187, 1149, 1127, 1094, 1027, 956, 918, 848, 822, 763, 746, 736, 680, 657, 630, 617 cm1.
‘HNMR (500 MHz, aceton) δ 12,29 (s, 1H); 8,78 (s, 1H); 8,54 (d, J = 8,7 Hz, 1H); 8,43 (d, J = 8,8 Hz, 1H); 7,98 (s, 1H); 7,76 (t, J = 7,7 Hz, 1H); 7,43 (q, J = 9,1, 8,0 Hz, 2H); 6,91 - 6,79 (m, 1H); 3,97 (t, J = 7,2 Hz, 2H); 3,61 (q, J = 6,3 Hz, 2H); 3,27 (t, J = 6,9 Hz, 2H); 1,89 (p, J = 7,3 Hz, 2H), 1,77 (p, J = 7,0 Hz, 2H); 1,67 - 1,51 (m, 5H); 1,51 - 1,35 (m, 4H); 1,04 (t, J = 7,4 Hz, 3H); 13C NMR (126 MHz, aceton) δ 166,33; 154,38; 135,00; 131,65; 129,68; 128,33; 124,54; 123,68; 122,01; 117,21; 116,30; 114,72; 51,79; 51,32; 39,74; 32,61; 31,63; 30,33; 29,31; 27,03; 21,19; 14,12.
HRMS: m/z 419,2562 [M+H]+
Příklad č. 2
Příklad č. 2 demonstruje přípravu a charakterizaci sloučeniny vzorce (IV).
(IV)
K suspenzi kyseliny 2-chlorbenzoové (20,46 g) a bezvodého uhličitanu draselného (18,05 g) v isoamylalkoholu (120 ml) se za míchání přidá anilin (12 ml). Do směsi se přidá katalytické množství práškové mědi. Směs se 24 h míchá při teplotě 140 °C. Poté se ze směsi za sníženého tlaku oddestiluje isoamylalkohol a surový produkt se rozpustí v 1M NaOH. Roztok se převede do horké vody (1 1). Následně se do směsi přidává 35% HC1 do kyselé reakce. Vzniklá sraženina se odsaje a promyje horkou vodou (0,5 1). Sraženina se rozpustí v 1M NaOH a za míchání a zahřívání se přidá aktivní uhlí (1 g). Směs se přefiltruje a k filtrátu se přidá koncentrovaná kyselina chlorovodíková. Sraženina se odsaje, promyje horkou vodou (0,5 1) a vysuší. Vysušená sraženina se rozpustí za horka v 96% ethanolu (300 ml). Za míchání se přidává destilovaná voda do stálého zakalení. Směs se ponechá k vysrážení 20 h. Vzniklá sraženina se odsaje a vysuší. Produkt se přečistí sloupcovou chromatografií na silikagelu (1. CHCI,. 2. CHC13:MeOH 4:1). Frakce s čistým produktem se odpaří. Získá se 11,96 g čisté nažloutlé krystalické látky, což odpovídá výtěžku 43 0/ /0.
K 2-(fenylamino)benzoové kyselině (1,00 g) se přidá POCh (10 ml), směs se míchá 1 h při 140 °C pod zpětným chladičem. Poté se ze směsi za sníženého tlaku oddestiluje přebytečný POCh. Do surového produktu se přidá suchý fenol (4,42 g) a směs se zahřeje na 110 °C po dobu 15 minut.
-6CZ 2020 - 154 A3
Poté se teplota sníží na 55 °C a do směsi se přidá 6-azidohexyl-l-amin (1,34 g, 9,41 mmol). Směs se míchá při stejné teplotě 24 hodin. Po ukončení reakce se směs převede do chloroformu a vytřepe lx 2M roztokem hydroxidu sodného (50 ml). Organická vrstva se vysuší Na2SO4 a za sníženého tlaku se ze směsi oddestiluje chloroform. Produkt se přečistí sloupcovou chromatografií na silikagelu (ethyl-acetát). Frakce s čistým produktem se odpaří. Získá se 282,3 mg hnědooranžové olej ovité látky, což odpovídá výtěžku 19 %.
IČ (ATR) Vmax = 3188, 3030, 2934, 2859, 2788, 2094, 1635, 1588, 1569, 1535, 1473, 1362, 1340, 1272, 1191, 1170, 1143, 1115, 1091, 1036, 953,869, 748, 733,698, 661,640, 632 cm1.
Ή NMR (500 MHz, CDCh) δ 8,45 (d, J = 8,6 Hz, 2H); 8,07 (d, J = 8,5 Hz, 2H); 7,48 (t, J = 7,7 Hz, 2H); 7,21 (t, J = 7,8 Hz, 2H); 4,06 (t, J = 7,5 Hz, 2H); 3,47 (s, 1H); 3,18 (t, J = 6,8 Hz, 2H); 2,04 (p, 2H); 1,57 - 1,49 (m, 2H); 1,49 - 1,42 (m, 2H); 1,42 - 1,34 (m, 2H); 13C NMR (126 MHz, CDCh) δ 156,62; 140,30; 133,58; 125,22; 122,93; 119,68; 112,49; 51,07; 48,57; 29,80; 28,51; 26,29; 26,18;
HRMS: m/z 320,1880 [M+H]+
Příklad č. 3
Příklad č. 3 demonstruje přípravu a charakterizaci sloučeniny vzorce (V).
(V)
K methylesteru kyseliny 9-oxoakridan-4-karboxylové (0,5 g, 1,97 mmol) se přidá SOC12 (1 ml) a katalytické množství DMF. Směs se míchá při teplotě 80 °C pod zpětným chladičem. Poté se ze směsi oddestiluje SOC12 za sníženého tlaku. Do surového produktu se přidá suchý fenol (1,86 g, 19,74 mmol) a směs se zahřeje na 110 °C po dobu 15 minut. Poté se teplota sníží na 55 °C a do směsi se přidá 2-dimethylaminoethylamin (434 mg, 4,92 mmol). Směs se míchá při stejné teplotě 24 hodin. Po ukončení reakce se směs převede do chloroformu a vytřepe lx 2M roztokem hydroxidu sodného (20 ml). Organická vrstva se vysuší Na2SO4 a odpaří. Produkt se přečistí sloupcovou chromatografií na silikagelu (hexan:ethyl-acetát 7:3). Frakce s čistým produktem se odpaří.
K roztoku methylesteru 9-{[2-(dimethylamino)ethyl]amino}akridin-4-karboxylové kyseliny (63 mg, 0,195 mmol) v THF se přidá nasycený roztok NaOH ve směsi MeOH/H2O 5:1 v nadbytku. Směs se míchá 1 h při laboratorní teplotě. Poté se ze směsi oddestilují organická rozpouštědla za sníženého tlaku. Směs se rozpustí ve vodě a vytřepe 3x chloroformem. Organické vrstvy se spojí a vysuší Na2SO4. Směs se zahustí za sníženého tlaku. Poté se směs vytřepe 10% HC1 a organická vrstva se vysuší Na2SO4 a odpaří za sníženého tlaku. Produkt se přečistí sloupcovou chromatografií na silikagelu.
K roztoku 9-{[2-(dimethylamino)ethyl]amino}akridin-4-karboxylové kyseliny (150 mg, 0,485 mmol) v bezvodém dichlormethanu se přidá HBTU (368 mg, 0,97 mmol) a triethylamin (98 mg, 0,97 mmol). Směs se na 15 minut vloží do ultrazvukové lázně. Poté se do směsi přidá 6azidohexylamin (0,485 mmol) a směs se míchá 2 hodiny za laboratorní teploty. Po ukončení reakce
-7 CZ 2020 - 154 A3 se ze směsi oddestiluje dichlormethan za sníženého tlaku. Produkt se přečistí sloupcovou chromatografií na silikagelu.
HNMR (500 MHz, CDC13) δ 12,51 (s, 1H); 8,87 (d, J = 7,1; 1,4 Hz, 1H); 8,29 (d, J = 8,7; 1,5 Hz, 1H); 8,18 (d, J = 8,8; 0,9 Hz, 1H); 7,93 (d, J = 8,7; 1,3 Hz, 1H); 7,71 (t, J = 8,3; 6,6; 1,3 Hz, 1H); 7,45 - 7,34 (m, 2H); 7,14 (s, 1H); 3,91 (t, J = 5,8 Hz, 2H); 3,68 (q, J = 6,9; 5,3 Hz, 2H); 3,28 (t, J = 7,0 Hz, 2H); 2,82 - 2,76 (m, 2H); 2,69 (q, J = 7,1 Hz, 4H); 1,83 (p, J = 7,0 Hz, 2H); 1,70 - 1,57 (m, 4H); 1,57 - 1,47 (m, 2H); 1,13 (t, J = 7,1 Hz, 6H); 13C NMR (126 MHz, CDC13) δ 166,54; 152,91; 147,87; 147,43; 134,59; 130,57; 128,98; 127,91; 126,81; 123,03; 122,80; 121,51; 116,13; 115,26; 52,18; 51,40; 46,37; 46,07; 39,55; 29,66; 29,50; 28,81; 27,01; 26,54; 11,87.
Příklad č. 4
Příklad č. 4 demonstruje přípravu a charakterizaci oligonukleotidu vzorce (VI) s navázanou DNA interkalující molekulou vzorce (III) metodou click reakce.
(VI)
Oligonukleotid se syntetizuje na syntetizéru DNA/RNA ABI 394, v průběhu syntézy se s využitím standardních komerčních monomerů provede modifikace fosfátem na 3-konci, 6-karboxyfluoresceinem (6-FAM) na 5'-konci a v pozici 7 se inkorporuje deoxythymidin modifikovaný dibenzocyklooktynem.
Syntetizovaný oligonukleotid se ponechá neodštěpený na pevné fázi. 0,01 mmol molekuly vzorce (III) se rozpustí v 0,2 ml methanolu, přidá se 6 mg pevné fáze s navázaným DBCO modifikovaným oligonukleotidem (200 nmol) a třepe se za laboratorní teploty na třepačce přes noc.
Poté se roztok molekuly vzorce (III) v methanolu odpipetuje a pevná fáze se promyje opakovaně methanolem a dichlormethanem, dokud není rozpouštědlo bezbarvé. Pak se pevná fáze vysuší, přidá se 0,5 ml 50mM roztoku K2CO3 v methanolu a třepe se za laboratorní teploty na třepačce 8 hodin.
Methanolický roztok se poté odpipetuje od pevné fáze, k ní se přidá 0,5 ml vody, protřepe se, voda se opět odpipetuje a přidá se k methanolickému roztoku odblokovaného oligonukleotidu. Vznikne tak 1 ml roztoku, který se následně zbaví nízkomolekulámích vedlejších produktů gelovou chromatografií. Roztok surového oligonukleotidu z gelové chromatografie se pak odpaří do sucha, zbytek se rozpustí v definovaném objemu příslušného rozpouštědla a přečistí se na HPLC.
Pro analýzu modifikovaných oligonukleotidových sond se aplikuje chromatografická metoda, která umožňuje také semi-preparativní purifikaci, a to při následujících separačních podmínkách: kolona Luna-PhenylHexyl 150x3,0 mm, 5 pm, izokratická eluce s využitím mobilní fáze ACN:TEAA (83:17, v/v).
Charakterizace připraveného modifikovaného oligonukleotidu:
-8CZ 2020 - 154 A3 spočítaná MW = 5534,36
MS (MALDI-TOF): klastr s hlavním pikem m/z 5536 [M+H]+.
Příklad č. 5
Příklad č. 5 demonstruje metodu stanovení vlivu látek obecného vzorce (I) na zvýšení teploty tání duplexu DNA.
Metoda se provádí ve vodném prostředí za přítomnosti pufru pro Taq polymerasu používaném běžně pro PCR. V roztoku jsou přítomny 2 navzájem komplementární oligonukleotidy. Jeden je značen fluoroforem na 5' -konci (FAM) a druhý zhášečem na 3' -konci (BHQ-1). Stanovení teploty tání duplexu se provádí v přístroji pro real-time PCR, kde dochází k postupnému zvyšování teploty ze stavu, kdy jsou oligonukleotidy vázány v duplexu, až do teploty, kdy jsou oligonukleotidy denaturovány. Denaturace je doprovázena zvýšením fluorescence, neboť vzdálenost mezi zhášečem a fluoroforem jev denaturovaném stavu větší a nedochází ke zhášení fluoroforu zhášečem.
Zvyšování teploty tání probíhá v nárůstu 0,2 °C/ 5 s v předem stanoveném teplotním intervalu (4080 °C), který odpovídá použitému testovacímu systému. Ve stejných intervalech je pak měřena fluorescence v každé z 96 jamek destičky. Výsledkem je záznam, kdy na ose x je teplota a na ose y fluorescence. Derivací změny fluorescence podle teploty získáme graf, kde maximum píku odpovídá teplotě tání duplexu.
Na téže destičce se vyhodnocuje škála koncentrací testované látky v rozsahu 100 μΜ až 20 nM proti kontrole, kterou je vzorek bez obsahu testované látky. Testované látky lze poté mezi sebou porovnávat dle koncentrace, ve které účinně zvyšují teplotu tání.
Příklad č. 6
Příklad č. 6 demonstruje metodu stanovení vlivu látek obecného vzorce (I) vázaných na sekvenci oligonukleotidu na zvýšení teploty tání duplexu DNA.
Pro otestování vlivu navázané modifikace na oligonukleotid se testy provádí obdobně jako v případě testu modifikací volně v roztoku. V reakci jsou přítomny 2 navzájem komplementární oligonukleotidy. Jeden je značen fluoroforem na 5'-konci (FAM) a druhý zhášečem na 3'-konci (BHQ-1). Testovaná modifikace je umístěna ve vybrané pozici fluoroforového oligonukleotidu. Stanovení teploty tání duplexu se provádí v přístroji pro real-time PCR, kde dochází k postupnému zvyšování teploty ze stavu, kdy jsou oligonukleotidy vázány v duplexu, až do teploty, kdy jsou oligonukleotidy denaturovány. Denaturace je doprovázena zvýšením fluorescence, neboť vzdálenost mezi zhášečem a fluoroforem jev denaturovaném stavu větší a nedochází ke zhášení fluoroforu.
Zvyšování teploty tání probíhá v nárůstu 0,2 °C/ 5 s v předem stanoveném teplotním intervalu (4080 °C), který odpovídá použitému testovacímu systému. Ve stejných intervalech je pak měřena fluorescence v každé z 96 jamek destičky. Výsledkem je záznam, kdy na ose x je teplota a na ose y fluorescence. Derivací změny fluorescence podle teploty získáme graf, kde maximum píku odpovídá teplotě tání duplexu.
Na téže destičce se křížově vyhodnocuje koncentrace oligonukleotidu se zhášečem (0,4 resp. 0,2 μΜ v reakci) a s fluoroforem (0,3 resp. 0,15 μΜ). Navzájem jsou porovnávány oligonukleotidy s navázanou modifikací i proti kontrole bez modifikace.
Claims (2)
- PATENTOVÉ NÁROKY1. Použití derivátů akridinu a antracenu obecného vzorce (I):kde:A je -N=, nebo -CH=;substituenty Q1, Q2 a Q3 navázané v kterékoli volné poloze tricyklického jádra jsou nezávisle na sobě vybírány ze skupiny zahrnující: -H, -NH2 a -X-(CH2)n-T, kde:X je -O-, -S-, -CH2-, -C0NH-, -NH- nebo -NR1-, kde R1 je alkyl nebo aryl;n je celé číslo od 0 do 10;Tje -N3, -COOH, -CONH2, -CONHR2, -CONR2R3, -COOR2, -NH2, -NHR2,-NR2R3, -SH, -NCS, -CO-O-L, kde R2 a R3 jsou nezávisle na sobě alkyl nebo aryl a L je A-sukcinimidinyl, 1-pentafluorfenyl, 3-sulfo-A-sukcinimidinyl, l-(4-sulfo-2,3,5,6-tetrafluorofenyl) nebo sodný kation;a dále jejich solí vzniklých reakcí s HC1, H2SO4, H3PO4 nebo HN03 ke zvýšení pevnosti vazby komplementárních řetězců DNA účastnících se interakce a k ovlivnění teploty tání vznikajícího duplexu.
- 2. Deriváty akridinu a antracenu obecného vzorce (I):kde:A je -N=, nebo -CH=;substituent Q1 navázaný v kterékoli volné poloze tricyklického jádra představuje skupinu obecného vzorce (II):-10CZ 2020 - 154 A3 i JV’W i EVCHsúN3 (Π) kde:n je celé číslo od 0 do 10;E je -S-, -Ο-, -CH2-, -NH- nebo -NR1-, kde R1 je alkyl nebo aryl;dále substituenty Q2 a Q3 navázané v kterékoli volné poloze tricyklického jádra jsou nezávisle na sobě vybírány ze skupiny zahrnující: -Η, -NH2 a -X-(CH2)n-T, kde:X je -C0NH-, -O-, -S-, -CH2-, -NH- nebo -NR2-, kde R2 je alkyl nebo aryl;n je celé číslo od 0 do 10;T je -C00H, -CONH2, -CONHR3, -CONR3R4, -COOR3, -NH2, -NHR3 nebo -NR3R4, kde R3 a R4 jsou nezávisle na sobě alkyl nebo aryl;a dále jejich soli vzniklé reakcí s HC1, H2SO4, H3PO4 nebo HNO3.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CZ2020-154A CZ309849B6 (cs) | 2020-03-19 | 2020-03-19 | Použití derivátů akridinu jako sloučenin interkalujících se do DNA |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CZ2020-154A CZ309849B6 (cs) | 2020-03-19 | 2020-03-19 | Použití derivátů akridinu jako sloučenin interkalujících se do DNA |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CZ2020154A3 true CZ2020154A3 (cs) | 2021-09-29 |
| CZ309849B6 CZ309849B6 (cs) | 2023-12-13 |
Family
ID=77851942
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ2020-154A CZ309849B6 (cs) | 2020-03-19 | 2020-03-19 | Použití derivátů akridinu jako sloučenin interkalujících se do DNA |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CZ (1) | CZ309849B6 (cs) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CZ309844B6 (cs) * | 2021-09-03 | 2023-12-06 | Univerzita Karlova | Deriváty akridinu jako sloučeniny interkalující se do DNA a jejich použití |
-
2020
- 2020-03-19 CZ CZ2020-154A patent/CZ309849B6/cs unknown
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CZ309844B6 (cs) * | 2021-09-03 | 2023-12-06 | Univerzita Karlova | Deriváty akridinu jako sloučeniny interkalující se do DNA a jejich použití |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CZ309849B6 (cs) | 2023-12-13 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP5493117B2 (ja) | オリゴヌクレオチド誘導体及びその利用 | |
| US7851606B2 (en) | Negatively charged minor groove binders | |
| Seela et al. | Azide− alkyne “click” conjugation of 8-aza-7-deazaadenine-DNA: Synthesis, duplex stability, and fluorogenic dye labeling | |
| US20080038745A1 (en) | Nucleotide analogs with six-membered rings | |
| JP7012957B2 (ja) | Ｒｎａ配列の簡便検出法 | |
| EP1224332A1 (en) | Hybridization-triggered fluorescent detection of nucleic acids | |
| AU2008201041A1 (en) | Primer, primer set, and nucleic acid amplification method and mutation detection method using the same | |
| EP2891714B1 (en) | Method for analyzing target nucleic acid, kit, and analyzer | |
| JP5975524B2 (ja) | 化合物、核酸、核酸の製造方法および核酸を製造するためのキット | |
| CZ2020154A3 (cs) | Deriváty akridinu a antracenu jako sloučeniny interkalující se do DNA a jejich použití | |
| DE19637042A1 (de) | Heterocyclische Verbindungen und deren Verwendung in der Detektion von Nucleinsäuren | |
| EP2736916B1 (en) | Minor groove binder phosphoramidites and methods of use | |
| WO2010001902A1 (ja) | オリゴヌクレオチドプローブ及びその利用 | |
| JP2021020903A (ja) | クマリン系化合物及び関連する方法 | |
| Wamberg et al. | Intercalating nucleic acids (INAs) containing insertions of 6H-indolo [2, 3-b] quinoxaline | |
| JP2011135824A (ja) | 標的核酸の検出方法 | |
| CN101970443B (zh) | Rna选择性杂交试剂及其应用 | |
| CZ2021407A3 (cs) | Deriváty akridinu jako sloučeniny interkalující se do DNA a jejich použití | |
| JP5920763B2 (ja) | 蛍光標識オリゴヌクレオチド誘導体及びその利用 | |
| JP5724200B2 (ja) | 標的塩基配列の識別方法 | |
| CZ305332B6 (cs) | Použití derivátů pyrazinu a jejich isosterů jako sloučenin vážících se do malého žlábku DNA | |
| Serrano | Development of enforced stacked intercalators that target trinucleotide repeat mismatches in DNA | |
| EP1466919A1 (en) | Nucleotide analogs with six membered rings | |
| Seio et al. | Synthesis and Fluorescence Properties of Nucleosides with Pyrimidopyrimidine‐Type Base Moieties | |
| Yang | Functionalization of RNA-DNA Hybrid Nanostructures by Targeting Abasic Sites with ATMND and Its Derivatives |