CZ20024148A3 - Nové sloučeniny - Google Patents

Description

Nové sloučeniny

Oblast techniky

Tento vynález se týká nově identifikovaných polypeptidů a polynukleotidů kódujících tyto polypeptidy, jejich využití v diagnostice a při identifikaci sloučenin, které mohou být agonisty či antagonisty potenciálně použitelnými v terapii, a způsobů přípravy těchto polypeptidů a polynukleotidů. Polynukleotidy a polypeptidy podle tohoto vynálezu se též týkají proteinů se signálními sekvencemi, které umožňují jejich sekreci mimo buňky nebo v membráně (dále často společně popisovaných jako vylučované proteiny nebo vylučované polypeptidy).

Dosavadní stav techniky

Objevování léků v současné době zaznamenává zásadní revoluci, neboť zahrnuje funkční genomiku, to jest biologii založenou na vysokovýkonných genomech či genech. Tento způsob jako prostředek pro identifikaci genů a genových produktů jako cílů terapie rychle vytlačuje dřívější způsoby založené na pozičním klonování. Bylo by možno identifikovat fenotyp, který je biologickou funkcí či genetickou chorobou, a to by mohlo pomoci při vyhledávání odpovědného genu na základě jeho polohy v genetické mapě.

Funkční genomika se značně opírá o vysokovýkonné technologie sekvenování deoxyribonukleových kyselin a nyní jsou k dispozici různé prostředky bioinformatiky pro identifikaci genových sekvencí, které mohou být zajímavé, na základě řady databází molekulární biologie. Existuje stále potřeba identifikace a charakterizace dalších genů a pólypeptidů/proteinů, které s nimi souvisejí, jako cílů pro objevy léků.

Proteiny a polypeptidy, které se přirozenou cestou vylučují do krve, lymfy a dalších tělesných tekutin nebo se vylučují do buněčné membrány, jsou předmětem primárního zájmu ve farmaceutickém výzkumu a vývoji. Důvodem tohoto zájmu je relativně snadné cílení proteinové terapie na místo jejich působení (tělesné tekutiny nebo buněčná membrána). Přirozená cesta sekrece proteinů do extracelulárního prostoru je u eukaryotních organismů endoplasmatické retikulum a u prokaryotních organismů vnitřní membrána [Palade, Science, 189, 347 (1975), Milstein, Brownlee, Harrison a Mathews, 239. 117 (1972), Blobel a Dobberstein, J. Cell. Biol., 67. 835 (1875)]. Na druhé straně není známa žádná přirozená cesta pro export proteinu z vnitřního prostředí buněk do cytosolu (kromě pinocytosy, mechanismu proniknutí hadího jedu do buněk). Proto je cílení proteinové terapie do buněk mimořádně obtížné.

Vylučované proteiny a proteiny související s membránou zahrnují, avšak bez omezení, veškeré peptidové hormony a jejich receptory (včetně, avšak bez omezení, insulinu, růstových hormonů, chemokinů, cytokinů, neuropeptidů, integrinů, kallikreinů, laminů, melaninů, natriuretických hormonů, neuropsinů, neurotropinů, hormonů štítné žlázy, pleiotropinů, prostaglandinů, sekretograninů, selektinů, tromboglobulinů, thymosinů), genové produkty karcinomu prsu a tlustého střeva, leptin, protein genu obezity a jeho receptory, serumalbumin, superoxid dismutasu, spliceosomové proteiny, 7TM (transmembránové) proteiny, též nazývané receptory připojené na G-protein, imunoglobuliny, několik skupin serin proteinas (včetně, avšak bez omezení, proteinů kaskády koagulace krve, trávicích enzymů), deoxyribonukleasu I, atd.

Terapie založená na vylučovaných proteinech či proteinech souvisejících s membránou schválená FDA (Agentura pro potraviny a léky USA) nebo zahraničními agenturami zahrnuje, avšak bez omezení, insulin, glukagon, růstový hormon, chorionový gonadotropin, hormon stimulující folikuly, luteinizační hormon, kalcitonin, adrenokortikotropní hormon (ACTH), vasopresin, interleukiny, interferony, imunoglobuliny, laktoferin (různé výrobky uváděné na trh různými společnostmi), plasminogenový aktivátor tkáňového typu (Alteplasa od Genentech), hyaulorindasu (Wydasa od Wyeth-Ayerst), dornasu alfa (Pulmozym od Genentech), Chymodiaktin (chymopapain od Knolla), alglucerasu (Ceredasa od Genzyme), streptokinasu (Kabikinasa od Pharmacia) (Streptasa od Astra), atd. To ukazuje, že vylučované proteiny a proteiny související s membránou představují dobře vyzkoušené a zavedené terapeutické cíle. Zřejmě existuje potřeba identifikace a charakterizace dalších vylučovaných proteinů a proteinů souvisejících s membránou, které mohou hrát roli při prevenci, zlepšování a nápravě dysfunkce či onemocnění včetně, avšak bez omezení, diabetů, karcinomu prsu, prostaty, kolonu a dalších maligních tumorů, hypertenze a hypotenze, obezity, bulimie, anorexie, růstových abnormalit, astmatu, manické deprese, demence, deliria, mentální retardace, Huntingtonovy choroby, Touretteova syndromu, schizofrenie, růstových, mentálních či sexuálních vývojových poruch a dysfunkcí systému kaskády koagulace krve včetně stavů, které vedou k mrtvici. Proteiny podle tohoto vynálezu zahrnující signální sekvence jsou též použitelné pro další vysvětlení mechanismu proteinového transportu, který v současné době není zcela objasněný, takže mohou být použitelné jako výzkumné prostředky.

Podstata vynálezu

Tento vynález se týká konkrétních polypeptidů a polynukleotidů genů vyjmenovaných v tabulce I včetně rekombinantních materiálů a způsobů jejich tvorby. Tyto polypeptidy a polynukleotidy jsou předmětem zájmu při způsobech léčení určitých onemocnění včetně, avšak bez omezení, onemocnění vyjmenovaných v tabulkách III a V, dále nazývaných jako onemocnění v rámci tohoto vynálezu. V jednom svém dalším aspektu se tento vynález týká způsobů identifikace agonistů a antagonistů (například inhibitorů) s využitím látek poskytovaných tímto vynálezem a způsobů léčení stavů souvisejících s narušením rovnováhy polypeptidů a/nebo polynukleotidů v genech vyjmenovaných v tabulce I identifikovanými sloučeninami. V jednom svém dalším aspektu se tento vynález týká diagnostických stanovení pro určení chorob souvisejících s nesprávnou aktivitou či hladinami genů vyjmenovaných v tabulce I. Další aspekt tohoto vynálezu se týká polynukleotidů zahrnujícího kteroukoliv z nukleotidových sekvencí vyjmenovaných v Sequence Listing (Seznam sekvencí) a polypeptidu zahrnujícího polypeptid kódovaný touto nukleotidovou sekvencí. V dalším aspektu se tento vynález týká polypeptidu zahrnujícího kteroukoliv z polypeptidových sekvencí vyjmenovanou v Seznamu sekvencí a rekombinantních materiálů a způsobů jejich tvorby. Další aspekt tohoto vynálezu se týká způsobů použití těchto polypeptidů a polynukleotidů. Tato použití zahrnují léčení chorob, abnormalit a poruch (dále jednoduše popisovaných jako choroby) způsobovaných abnormální expresí, tvorbou, funkcí či metabolismem genů podle tohoto vynálezu a tyto choroby jsou snadno zřejmé tomu, kdo má zkušenost v oboru, z homologie s ostatními proteiny popisovanými pro každou příslušnou sekvenci. V dalším aspektu se tento vyná·· ·♦ ···· • · · · · ·

lez týká způsobů identifikace agonistů a antagonistů s použitím látek poskytovaných tímto vynálezem a léčení stavů souvisejících s narušenou rovnováhou těmito identifikovanými sloučeninami. Ještě další aspekt tohoto vynálezu se týká diagnostických stanovení pro detekci chorob souvisejících s nesprávnou aktivitou či nesprávnými hladinami vylučovaných proteinů podle tohoto vynálezu.

Následuje podrobný popis vynálezu.

Ve svém prvním aspektu se tento vynález týká polypeptidů genů vyjmenovaných v tabulce I. Tyto polypeptidy zahrnuj i :

(a) izolovaný polypeptid kódovaný polynukleotidem o sekvenci vyjmenované v Seznamu sekvencí, kde vzhledem k polynukleotidům či polypeptidům v Seznamu sekvencí se též užívá odkaz na Seznam sekvencí v tomto Seznamu sekvencí, (b) izolovaný polypeptid zahrnující polypeptidovou sekvenci vykazující alespoň 95%, 96%, 97%, 98% nebo 99% identitu s některou polypeptidovou sekvencí obsaženou v Seznamu sekvencí, (c) izolovaný polypeptid zahrnující některou polypeptidovou sekvenci přítomnou v Seznamu sekvencí, (d) některý izolovaný polypeptid vykazující alespoň 95%,

96%, 97%, 98% nebo 99% identitu s některou polypeptidovou sekvencí přítomnou v Seznamu sekvencí, (e) některou z polypeptidových sekvencí přítomných v Seznamu sekvencí a (f) izolovaný polypeptid mající nebo obsahující polypeptidovou sekvenci vykazující index identity 0,95, 0,96, 0,97,

0,98 nebo 0,99 ve srovnání s některou polypeptidovou sekvencí přítomnou v Seznamu sekvencí, (g) fragmenty a varianty těchto polypeptidů vyjmenovaných v bodech (a) až (f).

Polypeptidy podle tohoto vynálezu se považují za členy souboru skupin genů vyjmenovaných v tabulce II. Jsou proto předmětem terapeutického a diagnostického zájmu z důvodů popsaných v tabulkách III a V. Biologické vlastnosti polypeptidů a polynukleotidů genů vyjmenovaných v tabulce I se dále popisují jako biologická aktivita polypeptidů a polynukleotidů genů vyjmenovaných v tabulce I. Přednostně vykazuje polypeptid podle tohoto vynálezu alespoň jednu biologickou aktivitu genů popsaných v tabulce I.

Polypeptidy podle tohoto vynálezu též zahrnují varianty výše popsaných polypeptidů včetně všech allelických forem a spojovaných variant. Tyto polypeptidy se liší od referenčních polypeptidů vloženími, delecemi a substitucemi, které mohou být konzervativní či nekonzervativní, nebo jakoukoliv jejich kombinací. Zvláště preferované varianty jsou ty, ve kterých je několik aminokyselin, například od 50 do 30, od 30 do 20, od 20 do 10, od 10 do 5, od 5 do 3, od 3 do 2, od 2 do 1 nebo 1 aminokyselina vložených, substituovaných či vypuštěných v jakékoliv kombinaci.

Preferované fragmenty polypeptidů podle tohoto vynálezu zahrnují izolovaný polypeptid obsahující aminokyselinové sekvence mající alespoň 30, 50 nebo 100 souvisejících

aminokyselin z aminokyselinové sekvence vyjmenované v Seznamu sekvencí nebo izolovaný polypeptid zahrnující aminokyselinovou sekvenci mající alespoň 30, 50 nebo 100 souvisejících aminokyselin zkrácených či s deleci oproti aminokyselinové sekvenci vyjmenované v seznamu sekvencí. Preferované fragmenty jsou biologicky aktivní fragmenty, které zprostředkovávají biologickou aktivitu polypeptidů a polynukleotidů genů vyjmenovaných v tabulce I včetně těch, které mají podobnou aktivitu nebo zlepšenou aktivitu nebo sníženou nežádoucí aktivitu. Také se preferují ty fragmenty, které jsou antigenní či imunogenní u> některého živočicha, zejména u člověka.

Fragmenty a pólypeptidy podle tohoto vynálezu lze použít pro přípravu odpovídajícího polypeptidu plné délky peptidovou syntézou, takže tyto varianty lze použít jako meziprodukty pro přípravu polypeptidů plné délky podle tohoto vynálezu. Polypeptid podle tohoto vynálezu může být ve formě zralého proteinu nebo může být součástí většího proteinu, který je prekurzorem hybridního proteinu. Často je výhodné zahrnovat přídavnou aminokyselinovou sekvenci obsahující sekreční či zaváděcí sekvence, prosekvence, sekvence napomáhající purifikaci, například vícečetné histidinové zbytky, například vícečetné histidinové zbytky nebo přídavnou sekvenci pro zajištění stability v průběhu rekombinantní tvorby.

Pólypeptidy podle tohoto vynálezu lze připravit jakýmkoliv vhodným způsobem, například izolací z přirozených zdrojů, z hostitelských buněk zahrnujících expresní systémy obdržené způsoby genetického inženýrství (viz níže) nebo chemickou syntézou s použitím například automatizovaných syntetizátorů peptidů nebo kombinací těchto způsobů. Pro4« «4*4 44 »·' • · · <

- 8 • · 4 4 4 4

44 44 středky pro přípravu těchto polypeptidů jsou v oboru dobře vysvětlené.

V dalším aspektu se tento vynález týká polynukleotidů genů vyjmenovaných v tabulce I. Tyto polynukleotidy zahrnují:

(a) izolovaný polynukleotid obsahující polynukleotidovou sekvenci mající alespoň 95%, 96%, 97%, 98% nebo 99% identitu s některou polynukleotidovou sekvencí vyjmenovanou v Seznamu sekvencí, <

(b) izolovaný polynukleotid zahrnující některý polynukleotid vyjmenovaný v Seznamu sekvencí, (c) izolovaný polynukleotid mající alespoň 95%, 96%, 97%,

98% nebo 99% identitu s některým polynukleotidem vyjmenovaným v Seznamu sekvencí, (d) izolovaný polynukleotid vyjmenovaný v Seznamu sekvencí, (e) izolovaný polynukleotid obsahující polynukleotidovou sekvenci kódující polypeptidovou sekvenci mající alespoň 95%, 96%, 97%, 98% nebo 99% identitu s některou polypeptidovou sekvencí vyjmenovanou v Seznamu sekvencí, (f) izolovaný polynukleotid obsahující některou polynukleotidovou sekvenci kódující některý polynukleotid vyjmenovaný v Seznamu sekvencí,

7, ý (g) izolovaný polynukleotid mající polynukleotidovou sekvenS ci kódující polypeptidovou sekvenci vykazující alespoň 95%, ř 96%, 97%, 98% nebo 99% identitu s některou polypeptidovou f

•v *··« e · · • ·

• ·» • · β • ♦ · · • · ·· ·· sekvencí vyjmenovanou v Seznamu sekvencí, (h) izolovaný polynukleotid kódující některý polypeptid vyjmenovaný v Seznamu sekvencí, (i) izolovaný polynukleotid mající nebo obsahující polynukleotidovou sekvenci s Indexem identity 0,95, 0,96, 0,97, 0,98 nebo 0,99 ve srovnání s některou polynukleotidovou sekvencí vyjmenovanou v Seznamu sekvencí, (j) izolovaný polynukleotid mající nebo obsahující polynukleotidovou sekvenci kódující polypeptidovou sekvenci mající Index identity 0,05, 0,96, 0,97, 0,98 nebo 0,99 ve srovnání s některou polypeptidovou sekvencí vyjmenovanou v Seznamu sekvencí a polynukleotidy, které jsou fragmenty a variantami výše popsaných polynukleotidů nebo které jsou komplementární k výše popsaným polynukleotidům v průběhu celé délky.

Preferované fragmenty polynukleotidů podle tohoto vynálezu zahrnují izolovaný polynukleotid obsahující nukleotidovou sekvenci mající alespoň 15, 30, 50 nebo 100 souvisejících nukleotidů ze sekvence vyjmenované v Seznamu sekvencí nebo izolovaný polynukleotid obsahující sekvenci mající alespoň 30, 50 nebo 100 souvisejících nukleotidů zkrácených či s delecí oproti některé sekvenci vyjmenované v Seznamu sekvencí.

* Preferované varianty polynukleotidů podle tohoto vynálezu zahrnují spojované varianty, allelické varianty a polymorf ismy včetně polynukleotidů majících jeden či více

V jednotlivých nukleotidových polymorfismů (SNP).

Polynukleotidy podle tohoto vynálezu též zahrnují polynukleotidy kódující polypeptidové varianty zahrnující aminokyselinovou sekvenci vyjmenovanou v Seznamu sekvencí, ve které je několik, například od 50 do 30, od 30 do 20, od 20 do 10, od 10 do 5, od 5 do 3, od 3 do 2, od 2 do 1 nebo 1 aminokyselinový zbytek substituovaný, s delecí nebo přidaný v jakékoliv kombinaci.

V dalším aspektu tento vynález poskytuje polynukleotidy, které představují RNA transkripty sekvencí deoxyribonukleové kyseliny podle tohoto vynálezu. V souladu s tím se poskytuje polynukleotid ribonukleové kyseliny, který (a) obsahuje RNA transkript sekvence deoxyribonukleové kyseliny kódující některý polypeptid vyjmenovaný v Seznamu sekvencí, (b) je RNA transkript sekvence deoxyribonukleové kyseliny kódující polypeptid vyjmenovaný v Seznamu sekvencí, (c) zahrnuje RNA transkript sekvence deoxyribonukleové kyseliny vyjmenovaný v Seznamu sekvencí nebo

(d) je RNA transkript sekvence deoxyribonukleové kyseliny vyjmenované v Seznamu sekvencí, a RNA polynukleotidy, které jsou komplementární k těmto případům .

Polynukleotidové sekvence vyjmenované v Seznamu sekvencí vykazují homologii s polynukleotidovými sekvencemi vyjmenovanými v tabulce II. Polynukleotidová sekvence vyjmenovaná v Seznamu sekvencí je sekvence cDNA kódující polypep11 tid vyjmenovaný v Seznamu sekvencí. Polynukleotidová sekvence kódující polypeptid vyjmenovaný v Seznamu sekvencí může být identická s polypeptidovou kódující sekvencí vyjmenovanou v Seznamu sekvencí nebo může být jiná, než je sekvence vyjmenovaná v Seznamu sekvencí, která následkem redundance (degenerace) genetického kódu, též kóduje polypeptid vyjmenovaný v Seznamu sekvencí. Polypeptid sekvence vyjmenované v Seznamu sekvencí týkajících se jiných proteinů skupin genů popsaných v tabulce II mající homoiogii a/nebo strukturní podobnost s polypeptidy vyjmenovanými v tabulce II. Preferované polypeptidy a polynukleotidy podle tohoto vynálezu mají podle předpokladu mimo jiné podobné biologické funkce/vlastnosti, jako mají jejich homologní polypeptidy a polynukleotidy. Dále máji preferované polypeptidy a polynukleotidy podle tohoto vynálezu alespoň jednu aktivitu genů vyjmenovaných v tabulce I.

Polynukleotidy podle tohoto vynálezu lze obdržet standardním klonováním a screeningem z knihovny cDNA odvozených od mRNA ze tkání vyjmenovaných v tabulce IV [viz například Sambrook a kol., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2. vydání, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y. (1989)] . Polynukleotidy podle tohoto vynálezu lze též obdržet z přirozených zdrojů, jako jsou genomové knihovny DNA, nebo je lze připravit dobře známými a komerčně dostupnými způsoby.

Pokud se polynukleotidy podle tohoto vynálezu použijí pro rekombinantní přípravu polypeptidů podle tohoto vynálezu, může polynukleotid obsahovat kódovací sekvenci pro zralý polypeptid sám o sobě nebo kódovací sekvenci pro zralý polyi peptid ve čtecím rámci s ostatními kódovacími sekvencemi, jako jsou ty, které kódují vedoucí či sekreční sekvenci, pre-, pro- nebo prepro-proteinovou sekvenci nebo další části hybridního peptidů. Například lze kódovat sekvenci markérů, které umožňují purifikaci hybridního polypeptidu. V určitých preferovaných ztělesněních tohoto aspektu tohoto vynálezu je markerová sekvence hexa-histidinový peptid, jak se poskytuje v pQE vektoru (Qiagen, lne.) a popisuje v Gentz a kol.,

Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 86, 821-824 (1989) nebo značka HA. Polynukleotid může též obsahovat nekódovací sekvence 5' a 3’, jako jsou přepsané, nepřeložené sekvence, spojovací a polyadenylační signály, ribosomová vazebná místa a sekvence stabilizující mRNA.

Polynukleotidy, které jsou identické nebo mají dostatečnou identitu s polynukleotidovou sekvencí vyjmenovanou v Seznamu sekvencí lze použít jako hybridizační sondy pro cDNA a genomové DNA nebo jako primery pro amplifikační reakci nukleových kyselin (například PCR). Tyto sondy a primery lze použít pro izolaci cDNA plné délky a kódujících polypeptidů genomových klonů podle tohoto vynálezu a pro izolaci cDNA a genomových klonů či jiných genů (včetně genů kódujících paralogy z humánních zdrojů či orthology a paralogy z jiných druhů) majících vysokou sekvenční podobnost se sekvencemi vyjmenovanými v Seznamu sekvencí, obvykle alespoň 95% identitu. Preferované sondy a primery budou obecně zahrnovat alespoň 15 nukleotidů, přednostně alespoň 30 nukleotidů a mohou mít alespoň 50, pokud nemají alespoň 100 nukleotidů. Zvláště preferované sondy budou mít mezi 30 a 50 nukleotidy. Zvláště preferované primery budou mít mezi 20 a 25 nukleotidy.

Polynukleotid kódující polypeptid podle tohoto vynálezu, včetně homologů od ostatních druhů, lze obdržet způsobem zahrnujícím kroky screeningu knihovny za přísných podmínek hybridizace se značenou sondou mající polynukleotidovou sekvenci vyjmenovanou v Seznamu sekvencí nebo její fragment, přednostně alespoň 15 nukleotidů, a izolací cDNA plné délky a klonů genomu o sekvenci vyjmenované v Seznamu sekvencí. Tyto hybridizační způsoby jsou dobře známy tom, kdo má zkušenost v oboru. Preferované přísné hybridizační podmínky zahrnují inkubaci přes noc při teplotě 42 °C v roztoku obsahujícím 50 % formamidu, 5xSSC (150 mM chloridu sodného, 15 mM trinatrium-citrátu), 50 mM fosforečnanu sodného (pH 7,6),

5x Denhardtův roztok, 10 % dextran-sulfátu a 20 mikrogram/ml denaturované DNA spermatu lososa upraveného za podmínek smyku s následným promytim filtrů 0,1 x SSC při teplotě zhruba 65 °C. Tento vynález tedy též zahrnuje izolované polynukleotidy, přednostně s nukleotidovou sekvencí alespoň 100, obdržené screeningem knihovny za přísných podmínek hybridizace s označenou sondou mající sekvenci vyjmenovanou v Seznamu sekvencí nebo její fragment, přednostně o alespoň 15 nukleotidech.

Ten, kdo má zkušenost v oboru, si uvědomí, že v mnoha případech bude izolovaná sekvence cDNA neúplná v tom smyslu, že oblast kódující polypeptid se nerozprostírá až ke konci 5' . To je následkem reverzní transkriptasy, enzymu s inherentně nízkou procesivitou (měřítko schopnosti enzymu zůstat připojený k podkladu v průběhu polymerizační reakce), který není schopen dokončit kopii DNA šablony mRNA v průběhu syntézy cDNA prvního vlákna.

Je k dispozici několik způsobů a jsou dobře známy tomu, kdo má zkušenost v oboru, pro obdržení cDNA plné délky nebo prodloužení krátkých cDNA, například způsoby založené na rychlé amplifikaci konců cDNA (RACE) [viz například FrohX man a kol., Proč. Nat. Acad. Sci. USA, 85, 8998-9002 (1988)]. Nedávné modifikace způsobu, jehož příkladem je

technologie Marathon (obchodní značka) od Clontech Laboratories lne., například významně zjednodušily vyhledávání delších cDNA. Ve způsobu Marathon (obchodní značka) se cDNA připravují z mRNA extrahované ze zvolené tkáně a adaptorové sekvence připojené ke každému konci. Poté se provede amplifikace ngkleové kyseliny (PCR) pro amplifikaci chybějícího konce 5' cDNA s použitím kombinace genově specifických a adaptorově specifických oligonukleotidových primerů. Poté se reakce PCR opakuje s použitím uhnízděných primerů, to jest primerů určených pro anelaci v rámci amplifikovaného produktu (obvykle adaptorově specifický primer, který aneluje další 3' v adaptorově sekvenci a genově specifický primer, který aneluje další 5' ve známé genové sekvenci). Produkty této reakce lze analyzovat sekvenováním DNA a tvořit cDNA plné délky buď připojením produktu přímo k existují cDNA s obdržením úplné sekvence nebo provedením oddělené PCR plné délky s použitím nové sekvenční informace pro konstrukci primeru 5'.

Rekombinantní polypeptidy podle tohoto vynálezu lze připravit způsoby dobře známými v oboru z hostitelských buněk obsahujících expresní systémy zpracovaných způsoby genetického inženýrství. V souladu s tím se jeden z dalších aspektů tohoto vynálezu týká expresních systémů obsahujících polynukleotid nebo polynukleotidy podle tohoto vynálezu, hostitelských buněk vyvinutých způsoby genetického inženýrství těmito expresními systémy a tvorby polypeptidů podle tohoto vynálezu rekombinantními způsoby. Lze též použít bez, buněčné translační systémy pro získání těchto proteinů ' -fy $ s použitím RNA odvozených od konstruktů DNA podle tohoto vyf nálezu.

ά Pro rekombinantní přípravu mohou být hostitelské buň-

ky zpracovány způsobem genetického inženýrství pro inkorporaci expresních systémů nebo jejich částí pro polynukleotidy podle tohoto vynálezu. Polynukleotidy lze zavádět do hostitelských buněk způsoby popsanými v mnoha standardních laboratorních příručkách, jako je Davis a kol., Basic Methods in Molecular Biology (1986) a Sambrook a kol. (tamtéž). Preferované způsoby zavádění polynukleotidů do hostitelských buněk zahrnují například kalcium-fosfátovou transfekci, transfekci zprostředkovanou DEAE-dextraném, transvekci, mikroinjekci, kationtovou transfekci zprostředkovanou lipidem, elektroporaci, transdukci, scrape loading,. balistické zavedení nebo infekci.

Reprezentativní příklady příslušných hostitelů zahrnují bakteriální buňky, jako jsou buňky streptokoků, stafylokoků, E. coli, Streptomyces a Bacillus subtilis, fungální buňky, jako jsou kvasinky a buňky Aspergillus, buňky hmyzu, jako jsou buňky Drosophila S2 a Spodoptera Sf9, živočišné buňky, jako jsou CHO, COS, HeLa, C127, 3T3, BHK, HEK 293 a buňky Bowesova melanomu a rostlinné buňky.

Lze použít značnou šíři expresních Systémů, například chromosomální, episomální systémy a systémy odvozené od virů, například vektory odvozené od bakteriálních plasmidů, od bakteriofága, od transposonů, od kvasinkových episomů, od vložených elementů, od kvasinkových chromosomálních elementů, od virů, jako jsou bakuloviry, papovaviry, jako je SV40, vakciniaviry, adenoviry, viry planých neštovic, viry pseudorabies a retroviry a vektory odvozené od jejich kombinací stejně tak jako ty, které se odvozují od plasmidových a bakteriofágovych genetických elementů, jako jsou kosmidy a fagemidy. Expresní systémy mohou obsahovat kontrolní oblasti, které regulují i zahajují expresi. Obecně lze po-

užít kterýkoliv systém či vektor, který je schopný udržovat, šířit či exprimovat některý polynukleotid pro obdržení určitého polypeptidu u hostitele. Příslušná polynukleotidové sekvence se může vložit do expresního systému kterýmkoliv z širokého sortimentu dobře známých a rutinních způsobů, jako jsou například způsoby vyjmenované v Sambrook a kol. (tamtéž). Příslušné sekreční signály lze inkorporovat do požadovaného polypeptidu pro umožnění sekrece přeloženého proteinu do lumina endoplasmatického retikula, periplasmatického prostoru či extracelulárního prostředí. Tyto signály mohou být pro polypeptid endogenní nebo to mohou být heterologhí signály.

Pokud se má polypeptid podle tohoto vynálezu exprimovat pro použití ve screeningových esejích, obecně se preferuje, aby se polypeptid tvořil na povrchu buňky. V tomto případě lze buňky sbírat před použitím ve screeningové eseji. Pokud se polypeptid vylučuje do média, může se získávat médium pro obdržení a purifikaci polypeptidu. Pokud se tvoří uvnitř buněk, je třeba buňky nejprve podrobit cytolýze před získáním polypeptidu.

Pólypeptidy podle tohoto vynálezu lze získávat a purifikovat z rekombinantních buněčných kultur dobře známými způsoby včetně srážení síranem amonným či ethanolem, kyselé extrakce, chromatografie na měniči aniontů či kationtů, chromatografie na fosfocelulóze, hydrofobní interakční chromatografie, afinitní chromatografie, chromatografie na hydroxyapatitu a lektinové chromatografie. Přednostněji se pro purifikaci používá vysokovýkonná kapalinová chromatografie. Dobře známé způsoby rozvinutí proteinů lze použít pro regeneraci aktivní konformace, pokud se polypeptid denaturuje v průběhu intracelulární syntézy, izolace a/nebo purifi·· ··· · ··· ·· ·· ·· ·· ·· kace .

Polynukleotidy podle tohoto vynálezu lze použít jako diagnostické reakční prostředky při detekci mutací asociovaného genu. Detekce mutované formy genu se charakterizuje polynukleotidy vyjmenovanými v Seznamu sekvencí v cDNA nebo genomové sekvenci a souvisí s dysfunkcí. Poskytne diagnostický prostředek, který může přispět k diagnóze choroby či definovat ji nebo k určení citlivosti na chorobu vyplývající z nedostatečné exprese, nadměrné exprese či pozměněné prostorové či časové exprese genu. Jednotlivci nesoucí mutaci genu se mohou detekovat na úrovni DNA řadou způsobů dobře známých v oboru.

Nukleové kyseliny pro diagnostiku lze obdržet z buněk subjektu, jako je tomu z krve, moči, slin, materiálu z tkáňové biopsie či autopsie. Lze použít genomovou DNA přímo pro detekci nebo se může amplifikovat enzymaticky s použitím PCR, přednostně RT-PCR nebo jinými amplifikačními způsoby před analýzou. Podobným způsobem lze též použít RNA nebo cDNA. Deleci či inserci lze detekovat změnou velikosti amplifikovaného produktu ve srovnání s normálním genotypem. Bodové mutace lze identifikovat hybridizací amplifikované DNA na značené nukleotidové sekvence genů vyjmenované v tabulce I. Dokonale vzájemně přizpůsobené sekvence lze rozlišit od nesprávně spřažených duplexů RNasovou digescí nebo na základě rozdílů v teplotách tání. Rozdíl sekvencí DNA lze též detekovat střídáním elektroforetické pohyblivosti fragmentů DNA v gelech s nebo bez denaturačních prostředků nebo přímým sekvenováním DNA [viz například Mayers a kol., Science, 230. 230-1242 (1985)]. Sekvenční změny na konkrétních místech lze též objevit nukleasovými protekčnímií esejemi, jako je RNAsová nebo Sl protekce nebo chemickým štěpením

[viz Cotton a kol., Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 85,

4397-4401 (1985)] .

Uspořádání oligonukleotidových sond zahrnujících polynukleotidové sekvence či jejich fragmenty lze pro geny vyjmenované v tabulce I připravit pro provádění účinného skreeningu například genetických mutací. Tato uspořádání jsou přednostně uspořádání či mřížky o vysoké hustotě. Způsoby těchto uspořádání jsou dobře známé a mají obecnou použitelnost a lze je užít pro řešení řady otázek v molekulární genetice včetně genové exprese, genetického spojování a genetické variability, viz například M. Chee a kol., Science, 274. 610-613 (1996) a další odkazy, které se v této práci citují.

Detekci abnormálně snížených či zvýšených hladin polypeptidové či mRNA exprese lze též použít pro diagnosu či stanovení citlivosti objektu na onemocnění podle tohoto vynálezu. Sníženou či zvýšenou expresi lze měřit na úrovni RNA s použitím způsobů dobře známých v oboru pro kvantitativní hodnocení polynukleotidů, jako je například amplifikace nukleových kyselin, například PCR, RT-PCR, RNAsová protekce, Northernovo blotování a další hybridizačni způsoby. Způsoby eseji, které lze použít pro stanovení hladin bílkoviny, jako je polypeptid podle tohoto vynálezu, ve vzorku odvozeném od hostitele jsou dobře známé tomu, kdo má zkušenost v oboru. Tyto způsoby eseji zahrnují radioimunoeseje, kompetitivní vazebné eseje, Westernovo blotování a eseje ELISA.

Proto se další aspekt tohoto vynálezu týká diagnostické soupravy zahrnující (a) polynukleotid podle tohoto vynálezu, přednostně nukleo19 tidovou sekvenci vyjmenovanou v Seznamu sekvencí nebo fragment či RNA transkript této sekvence, (b) nukleotidovou sekvenci komplementární k sekvenci podle (a) , (c) polypeptid podle tohoto vynálezu, přednostně polypeptid vyjmenovaný v Seznamu sekvencí nebo jeho fragment nebo (d) protilátku proti polypeptidu podle tohoto vynálezu, přednostně proti polypeptidu vyjmenovanému v Seznamu sekven cí.

Je třeba si uvědomit, že jakákoliv taková souprava (a), (b), (c) nebo (d) může zahrnovat určitou podstatnou složku. Tato souprava bude použitelná při diagnóze choroby či citlivosti na chorobu, zejména pro onemocnění v rámci to hoto vynálezu kromě jiných chorob.

Polynukleotidové sekvence podle tohoto vynálezu jsou použitelné pro chromosomové lokalizační studie. Sekvence vyjmenované v Seznamu sekvencí jsou zvláště cílené na dané místo jednotlivého lidského chromosomu a mohou s tímto místem hybridizovat. Mapování příslušných sekvencí do chromoso mů podle tohoto vynálezu je důležitým prvním krokem při korelaci těchto sekvencí s onemocněním souvisejícím s genem. Když se sekvence zmapuje do přesného chromosomálního místa, lze korelovat fyzikální polohu sekvence na chromosomu s úda ji genetické mapy. Tyto údaje jsou například v V. McKusick, Mendelian Inheritance in Man (lze obdržet on-line prostřednictvím Johns Hopkins University Welch Medical Library). Vztah mezi geny a chorobami mapovanými do stejné chromosomální oblasti se potom identifikuje analýzou spojování (spo léčná dědičná příslušnost fyzikálně přiléhajících genů). Přesné chromosomové lokalizace genomové sekvence (genový fragment atd.) lze stanovit s použitím Radiation Hybrid (RH) Mapping [M. Walter, D. Spillett, P. Thomas, J. Weissenbach a P. Goodfellow, A method for constructing radiation hybrid maps of whole genomes, Nátuře Genetics, 7, 22-28 (1994)] . Řada panelů RH je k dispozici od Research Genetics (Huntsville, AL, USA) například panel RH GeneBridge4 [Hum. Mol. Genet., 5, 339-346 (1996), A radiation hybrid map of the human genome, G. Gyapay, K. Schmitt, C. Fizames, H. Jones, N. Vega-Czarny, D. Spillett, D. Muselet, J. F. PruďHomme , C. Dib, C. Auffray, J. Morissette, J. Weissenbach, Ρ. N. Goodfellow] . Pro stanovení chromosomální lokalizace genu s použitím tohoto panelu se provádějí 93 PCR s použitím primerů navržených pro daný gen na DNA RH. Každá z těchto DNA obsahuje náhodné humánní genomové fragmenty udržované na bázi křečka (humánní/křeččí hybridní buněčné linie). Tyto PCR vedou k 93 skóre indikujícím přítomnost či nepřítomnost produktu PCR daného genu. Tato skóre se srovnávají se skóre vytvořenými s použitím produktů PCR z genomových sekvencí známé lokalizace. Toto srovnání se provádí na http://www.genome.wi.mit.edu/.

Polynukleotidové sekvence podle tohoto vynálezu jsou rovněž platnými nástroji pro tkáňově expresní studie. Tyto studie umožňují stanovení typů exprese polynukleotidů podle tohoto vynálezu, které mohou poskytnout indikaci ohledně ex presních typů kódovaných polypeptidů ve tkáních detekcí mRNA, které je kódují. Tyto používané způsoby jsou dobře známé v oboru a zahrnují hybridizační způsoby in šitu pro klony uspořádané na mřížce, jako jsou cDNA microarray hybri dizace [Schena a kol, Science, 270. 467-470 (1995) a Shalon a kol., Genome Res., 6, 639-645 (1996)] a nucleotidové

amplifikační způsoby, jako je PCR. Jeden preferovaný způsob používá technologii TAQMAN (Obchodní značka) od Perkin Elmer. Výsledky z těchto studií mohou poskytnout indikaci normální funkce polypeptidu v organismu. Navíc mohou komparativní studie normálního expresního typu mRNA s typem mRNA kódovaným alternativní formou stejného genu (například majícím pozměnění polypeptidového kódovacího potenciálu či regulační mutaci) poskytnout platný pohled na úlohu polypeptidů podle tohoto vynálezu nebo na nepřiměřenou expresi při chorobě. Taková nepřiměřená exprese může být svou povahou časová, prostorová či prostě kvantitativní.

Další aspekt tohoto vynálezu se týká protilátek. Polypeptidy podle tohoto vynálezu nebo jejich fragmenty nebo buňky, které je exprimuji, jsou použitelné jako imunogeny pro tvorbu protilátek, které jsou imunospecifické vůči polypeptidům podle tohoto vynálezu. Pojem imunospecifické znamená, že tyto protilátky mají podstatně vyšší afinitu pro polypeptidy podle tohoto vynálezu ve srovnání s jejich afinitou k jiným příbuzným polypeptidům používaným v oboru dříve .

Protilátky tvořené proti polypeptidům podle tohoto vynálezu lze obdržet podáním polypeptidů nebo fragmentů nesoucích epitop nebo buněk zvířeti, přednostně jinému živočichu než člověku, s použitím rutinních způsobů. Pro přípravu monoklonálních protilátek lze použít jakýkoliv způsob poskytující protilátky tvořené kontinuálním pěstováním buněčné linie. Příklady zahrnují způsob hybridomu [G. Kohler a C. Milstein, Nátuře, 256. 495-497 (1975)], způsob triomu, způsob B-buněk lidského hybridomu [Kozbor a kol., Immunology Today, 4, 72 (1983) a způsob EBV-hybridomu (Cole a kol., Monoclonal Antibodies and Cancer^Therapy, 77-96, Alan R. Liss, φφ φφφφ φφ φφφφ

lne., 1985).

Způsoby tvorby jednořetězcových protilátek, jako jsou ty, které popisuje US patent č. 4 946 778, lze rovněž upravit pro získání jednořetězcových protilátek proti polypeptidům podle tohoto vynálezu. Lze též použít transgenní myší či jiné organismy včetně jiných savců pro exprimování humanizovaných protilátek.

Výše popsané protilátky lze použít pro izolaci či identifikaci klonů exprimujících polypeptid nebo purifikaci polypeptidů afinitní chromatografií. Protilátky proti polypeptidům podle tohoto vynálezu lze též použít mimo jiné pro léčení onemocnění chorob'podle tohoto vynálezu.

Polypeptidy a polynukleotidy podle tohoto vynálezu lze též použít jako vakcíny. V souladu s tím se další aspekt tohoto vynálezu týká způsobů indukce imunologické odpovědi u savce, který zahrnuje naočkování savce polypeptidem podle tohoto vynálezu adekvátním pro tvorbu protilátky a/nebo T buněčné imunitní odpovědi, včetně například T buněk produkujících cytokin nebo cytotoxických T buněk, pro ochranu tohoto živočicha proti onemocnění, které je u tohoto jednotlivce již rozvinuto či nikoliv. Imunologická odpověď u savce se též může indukovat způsobem zahrnujícím dodání polypeptidu podle tohoto vynálezu prostřednictvím exprese zaměřené na vektor polynukleotidu a kódováním pro polypeptid in vivo pro vyvolání takové imunologické odpovědi vedoucí ke tvorbě protilátky pro ochranu tohoto zvířete proti chorobám podle tohoto vynálezu. Jedním způsobem podání vektoru je jeho urychlení k žádaným buňkám, jako je zachycení v potahu na částici nebo jinak. Takový vektor nukleových kyselin může zahrnovat DNA, RNA, modifikovanou nukleoyou kyselinu nebo DNA/RNA hyb·· ···· »<··» rid. Pro použití vakcíny se normálně poskytuje polypeptid nebo vektor nukleové kyseliny jako očkovací prostředek.

Prostředek může dále obsahovat vhodný nosič. Jelikož se polypeptid může degradovat v žaludku, podává se přednostně pa,, renterálně (například subkutánně, intramuskulárně, intravenózně nebo intradermálně). Přípravky vhodné pro parenterální . podávání zahrnují vodné a nevodné sterilní injekční roztoky, které mohou obsahovat antioxidanty, pufry, bakteriostatické prostředky a rozpuštěné složky, které zajišťují, aby byl prostředek isotonický vzhledem ke krvi příjemce, a vodné a nevodné sterilní suspenze, které mohou obsahovat suspenzační prostředky á zahušéovací prostředky. Přípravky mohou být v jednotkové dávkové formě nebo v nádobkách s více dávkami, například zatavené ampule a lahvičky, a mohou být ukládány v lyofilizovaném stavu, který vyžaduje přidání sterilního kapalného nosiče bezprostředně před použitím. Očkovací prostředek může též zahrnovat adjuvantní systémy pro zvyšování imunogenity přípravku, jako jsou systémy olej ve vodě a další systémy známé v oboru. Dávkování bude záviset na specifické aktivitě očkovací látky a snadno se stanoví rutinními experimenty.

Polypeptidy podle tohoto vynálezu mají jednu či více biologických funkcí, které jsou relevantní při jednom či více chorobných stavech, zejména při chorobách uvažovaných _k v rámci tohoto vynálezu vyjmenovaných výše. Proto je vhodné identifikovat sloučeniny stimulující či inhibující funkci či » hladinu polypeptidu. V souladu s tím poskytuje ve svém dalším aspektu tento vynález způsob screeningu sloučenin pro identifikaci takových sloučenin, které stimulují či inhibují funkci či hladinu polypeptidu. Tyto způsoby identifikují agonisty či antagonisty, které lze použít pro terapeutické a profylaktické účely pro choroby uvažované v tomto vynále·· ···· • ·· • fr · · • · fr • · · • · · • •fr ·* • · · • · fr • · · • · · · ·· ·· • fr fr··• · · • · · • · · · • · · · ·· ·« zu, jako se popisují výše. Sloučeniny lze identifikovat z řady zdrojů, například buněk, bezbuněčných přípravků, chemických knihoven, sbírek chemických sloučenin a směsí přirozených produktů. Agonisté a antagonisté takto identifikovaní mohou být přirozené či modifikované substráty, ligandy, receptory, enzymy atd. polypeptidu, jejich strukturní či funkční mimetika [viz Coligan a kol., Current Protocols in Immunology, 1(2), kapitola 5 (1991)] nebo malé molekuly. Tyto malé molekuly mají přednostně molekulovou hmotnost menší než 2000 daltonů, přednostněji mezi 300 a 1000 daltonů a nejpřednostněji mezi 400 a 700 daltonů. Preferuje se, aby to byly organické molekuly.

Způsob screeningu může jednoduše měřit vazbu uvažované sloučeniny na polypeptid nebo na buňky či membrány nesoucí tento polypeptid nebo na jeho spojený protein s použitím značky přímo či nepřímo připojené k uvažované sloučenině. Alternativně může způsob screeningu zahrnovat měření či detekci (kvalitativně či kvantitativně) kompetitivní vazby uvažované sloučeniny s polypeptidem proti značenému kompetitoru (například agonistovi či antagonistovi). Dále mohou tyto způsoby screeningu testovat, zda uvažovaná sloučenina poskytuje signál generovaný aktivací či inhibici polypeptidu s použitím detekčních systémů příslušných pro buňky nesoucí polypeptid. Inhibitory aktivace se podrobně stanoví za přítomnosti známého agonisty a pozoruje se účinek agonisty na aktivaci při přítomnosti uvažované sloučeniny. Dále mohou způsoby screeningu jednoduše zahrnovat kroky míšení uvažované sloučeniny s roztokem obsahujícím polypeptid podle tohoto vynálezu s obdržením směsi, měření aktivity genů vyjmenovaných v tabulce I ve směsi a srovnání aktivity směsi genů vyjmenovaných v tabulce I s kontrolní směsí, která neobsahuje uvažovanou sloučeninu.

• · · ·

Polypeptidy podle tohoto vynálezu lze použít v konvenčních nízkokapacitních screeningových způsobech i při vysokokapacitních způsobech provedení screeningu (HTS). Tyto způsoby provedení zahrnují nejen dobře zavedené použití 96-jamkových, nedávno též 384-jamkových mikrotitračních misek, avšak též nové způsoby, jako je způsob nanowell popsaný Schullekem a kol., Anal. Biochem., 246. 20-29 (1997).

Spojené proteiny, jako jsou ty, které se připraví z části Fc a polypeptidu genů popsaných v tabulce I, jak se zde popisují, jsou též použitelné pro vysokokapacitní screeningové eseje při identifikaci agonistů polypeptidu podle tohoto vynálezu [viz D. Bennett a kol., J. Mol. Recognition, 8., 52-58 (1995) a K. Johanson a kol., J. Biol. Chem., 270 (16), 9459-9471 (1995)].

Polynukleotidy, polypeptidy a protilátky proti polypeptidu podle tohoto vynálezu lze též použít pro konfiguraci screeningových způsobů detekce účinku přidávaných sloučenin na tvorbu mRNA a polypeptidu v buňkách. Například lze sestavit esej ELISA pro měření hladin polypeptidů vylučovaných nebo připojených k buňkám s použitím monoklonálních a polyklonálních protilátek standardními způsoby známými v oboru. Tento způsob lze použít pro objevení prostředků, které mohou inhibovat či zvyšovat tvorbu polypeptidu (též nazývaných agonisté či antagonisté) z vhodným způsobem manipulovaných buněk či tkání.

Polypeptid podle tohoto vynálezu lze použít pro identifikaci receptorů navázaných na membránu či rozpustných receptorů, pokud se vyskytují, standardními receptorovými vazebnými způsoby známými v oboru. Ty zahrnují, avšak bez ome- 26 zení, eseje vazby a příčné vazby ligandu, při které se polypeptid značí radionuklidem (například ^12ΞΙ), chemicky modifikovaný (například biotinylovaný) nebo připojený k peptidové sekvenci vhodné pro detekci či purifikaci a inkubovány se zdrojem receptorů (buňky, buněčné membrány, buněčné supernatanty, tkáňové extrakty, tělesné tekutiny). Další způsoby zahrnují biofyzikální způsoby, jako je povrchová plasmonová resonance a spektroskopie. Tyto screeningové způsoby lze též použít pro identifikaci agonistů a antagonistů polypeptidů konkurujících s vazbou polypeptidu na jeho receptory, pokud se vyskytují. Standardní způsoby pro provedení těchto eseji jsou v oboru dobře známy.

Příklady antagonistů polypeptidů podle tohoto vynálezu zahrnují protilátky nebo v některých případech oligonukleotidy či proteiny, které se těsně vztahují k ligandům, substrátům, receptorům, enzymům atd., polypeptidu, například fragmentu ligandů, substrátů, receptorů, enzymů atd. nebo k malé molekule, které se vážou na polypeptid podle tohoto vynálezu, avšak bez vyvolání odpovědi, takže se zabraňuje aktivitě polypeptidu.

Screeningové způsoby mohou též zahrnovat použití transgenní technologie a genů popsaných v tabulce I. Obor konstrukce transgenních živočichů je dobře zavedený. Například geny vyjmenované v tabulce I lze zavádět mikroinjekcí do samčího projádra oplodněných oocytů, retrovirálním přenosem do pre- nebo post-implantačních embryí nebo injekce geneticky modifikovaných (například elektroporací) embryonálních kmenových buněk do hostitelských blastocyst. Zvláště použitelnými transgenními živočichy jsou tak zvaní knock-in živočichové, u kterých se živočišný gen nahradí lidským ekvivalentem v rámci genomu daného živočicha. Knock-in

transgenní živočichové jsou použitelní v průběhu objevování léků, pro cílenou validaci, kdy sloučenina je specifická pro lidský cíl. Další použitelní transgenní živočichové jsou tak zvaní knock-out živočichové, ve kterých je exprese živočišného ortologu polypeptidu podle tohoto vynálezu a sekvence kódovaná endogenní DNA v buňce částečně či úplně anulovaná. Vyřazení genu může být cílené na specifické buňky či tkáně, může nastávat pouze v určitých buňkách či tkáních jako následek omezení technologie nebo se může vyskytovat ve všech nebo v podstatě ve všech buňkách živočicha. Technologie transgenních živočichů rovněž nabízí celkový živočišný expresně-klonovací systém, ve kterém se zavedené geny exprimují s obdržením velkých množství polypeptidů podle tohoto vynálezu.

Screeningové soupravy pro použití ve výše popsaných způsobech tvoří další aspekt tohoto vynálezu. Tyto screeningové soupravy zahrnuj i:

(a) polypeptid podle tohoto vynálezu, <b) rekombinantní buňku exprimující polypeptid podle tohoto vynálezu, (c) buněčnou membránu exprimující polypeptid podle tohoto vynálezu nebo (d) protilátku proti polypeptidu podle tohoto vynálezu, kde tímto polypeptidem je v preferovaných případech takový polypeptid, který je vyjmenovaný v Seznamu sekvencí.

Je třeba si uvědomit, že ve kterékoliv takové soupra-

- 28 ve může (a), (b), (c) nebo (d) představovat podstatnou složku.

Vysvětlivky

Poskytují se další definice pro usnadnění pochopení určitých pojmů, které se výše často užívají.

Pojem protilátky, jak se zde používá, zahrnuje polyklonální a monoklonální protilátky, chimérické, jednořetězcové a humanizoavané protilátky, stejně tak jako fragmenty Fab včetně produktů Fab nebo jiné imunoglobulinové expresní knihovny.

Pojem izolovaný znamená pozměněný rukou člověka oproti přirozenému stavu, to jest, pokud se vyskytuje v přírodě, byl změněn či odstraněn ze svého původního prostředí nebo změněn i odstraněn. Například polynukleotid či polypeptid, který se přirozeně vyskytuje v živém organismu, není izolovaný, avšak tentýž polynukleotid či polypeptid oddělený od koexistujících materiálů ve svém přirozeném stavu je izolovaný ve smyslu použití tohoto pojmu. Dále polynukleotid či polypeptid, který se zavádí do organismu transformací, genetickou manipulací nebo kteroukoliv jinou rekombinantní metodou, je izolovaný dokonce i když je dosud přítomný v uvažovaném organismu, který může být živý nebo neživý.

Pojem vylučovaná proteinová aktivita nebo vylučovaná polypeptidová aktivita nebo biologická aktivita vylučovaného proteinu nebo vylučovaného polypeptidu se týká metabolické či fyziologické funkce tohoto vylučovaného proteinu včetně podobných aktivit či zlepšených aktivit nebo aktivit

se sníženými nežádoucími vedlejšími účinky. Také se zahrnují antigenní a imunogenní aktivity tohoto vylučovaného proteinu.

Pojem vylučovaný proteinový gen se týká polynukleotidu obsahujícího kteroukoliv z připojených nukleotidových sekvencí nebo jejich allelických variant a/nebo jejich komplementů.

Pojem polynukleotid se obecně týká jakéhokoliv polyribonukleotidu (RNA) nebo polydeoxyribunukleotidu (DNA), který může být nemodifikovanou či modifikovanou RNA nebo DNA. Polynukleotidy zahrnují bez omezení jednovláknové a dvouvláknové DNA, DNA, která je směsí jednovláknových a dvouvláknových oblastí, jednovláknovou a dvouvláknovou RNA a RNA, která je směsí jednovláknových a dvouvláknových oblastí, hybridní molekuly obsahující DNA a RNA, které mohou být jednovláknové nebo obvykleji dvouvláknové nebo směsí jednovláknových a dvouvláknových oblastí. Navíc se polynukleotid týká trojvláknových oblastí obsahujících RNA nebo DNA nebo obě, RNA i DNA. Pojem polynukleotid též zahrnuje DNA nebo RNA obsahující jednu či více modifikovaných bází a DNA nebo RNA s hlavními řetězci modifikovanými pro stabilitu nebo z jiných důvodů. Modifikované báze zahrnují například tritylováné báze a neobvyklé báze, jako je inosin. Lze připravit řadu modifikací DNA a RNA. Proto polynukleotid zahrnuje chemicky, enzymaticky či metabolicky modifikované formy polynukleotidů, jak se obvykle nacházejí v přírodě, stejně tak jako chemické formy DNA a RNA charakteristické pro viry a buňky. Polynukleotid též zahrnuje relativně krátké polynukleotidy, často nazývané oligonukleotidy.

Pojem polypeptid se týká jakéhokoliv polypeptidu

0 0 0 0 obsahujícího dvě či více aminokyselin navzájem spojených peptidovými vazbami nebo modifikovanými peptidovými vazbami, to jest peptidové isostery. Polypeptid se týká krátkých řetězců, obvykle nazývaných peptidy, oligopeptidy či oligomery a dlouhých řetězců obvykle nazývaných proteiny. Polypeptidy mohou obsahovat aminokyseliny jiné než je 20 aminokyselin kódovaných geny. Polypeptidy zahrnují aminokyselinové sekvence modifikované buď přirozeně, například posttranslačním zpracováním, nebo způsoby chemické modifikace dobře známými v oboru. Tyto modifikace jsou dobře popsané v základních textech a podrobněji popsané v monografiích, stejně jako v rozsáhlé výzkumné literatuře. Modifikace mohou nastávat kdekoliv v polypeptidu včetně základního řetězce, aminokyselinových postranních řetězců a aminových či karboxylových konců. Lze si uvědomit, že stejný typ modifikace může nastávat do stejných či různých stupňů na různých místech daného polypeptidu. Daný polypeptid může též obsahovat řadu typů modifikací. Polypeptidy mohou být rozvětvené následkem ubikvinace nebo mohou být cyklické s rozvětvením či bez rozvětvení. Cyklické, rozvětvené a rozvětvené cyklické polypeptidy mohou být výsledkem posttranslačních přirozených procesů nebo se mohou obdržet syntetickými způsoby. Modifikace zahrnují acetylaci, acylaci, ADP-ribosylaci, amidaci, biotinylaci, kovalentní připojení flavinu, kovalentní připojení hemového zbytku, kovalentní připojení nukleotidu nebo nukleotidového derivátu, kovalentní připojení lipidu nebo lipidového derivátu, kovalentní připojení fosfotidylinositolu, příčné spojování, cyklizaci, tvorbu disulfických vazeb, demethylaci, tvorbu kovalentních příčných vazeb, tvorbu cystinu, tvorbu pyroglutamátu, formylaci, gama karboxylaci, glykosylaci, tvorbu zakotvení GPI, hydroxylaci, jodaci, methylaci, myristoylaci, oxidaci, proteolytické zpracování, fosforylaci, prenylaci, racemizaci, selenoylaci, sulfataci, • ··· · ··· přidání aminokyselin k proteinům zprostředkované transfer-RNA, jako je arginylace a ubikvitinace [viz například Proteins - Structure nd Molecular Properties, 2. vydání, T. E. Creighton, W. H. Freeman and Company, New York, 1993, F. Wold, Post-translation Protein Modifications, Perspectives and Prospects, 1-12, Post-translational Covalent Modification of Proteins, B. C. Johnson, red. Academie Press, New York, 1983, Seifter a kol., Analysis for protein modifications and nonprotein cofactors, Meth. Enzymol., 182.

626-646, 1990 a Rattan a kol., Protein Synthesis: Post-translational Modifications and Aging, Ann. NY Acad. Sci, 663. 48-62 (1992)] .

Fragment polypeptidové sekvence se týká polypeptidové sekvence, která je kratší než referenční sekvence, avšak zachovává v podstatě stejnou biologickou funkci či aktivitu jako referenční polypeptid. Fragment polynukleotidové sekvence se týká polynukleotidové sekvence, která je kratší než referenční sekvence vyjmenovaná v Seznamu sekvencí .

Varianta se týká polynukleotidu či polypeptidu, který se liší od referenčního polynukleotidu či polypeptidu, avšak zachovává jejich zásadní vlastnosti. Obvyklá varianta polynukleotidu se liší v nukleotidové sekvenci od referenčního polynukleotidu. Změny nukleotidové sekvence varianty mohou ale nemusí pozměňovat aminokyselinovou sekvenci polypeptidu kódovanou referenčním polynukleotidem. Nukleotidové změny mohou vést k aminokyselinovým substitucím, adicím, delecím, spojením a zkrácením v polypeptidu kódovaném referenční sekvencí, jak se diskutuje níže. Obvyklá varianta polypeptidu se liší aminokyselinovou sekvencí od referenčního polypeptidu. Obecně jsou změny omezené takovým způsobem, aby • ·

- 32 byly sekvence referenčního polypeptidu a varianty celkově těsně podobné a v mnoha oblastech identické. Varianta a referenční polypeptid se mohou lišit ve své aminokyselinové sekvenci o jednu či více substitucí, vložení, delecí v jakékoliv kombinaci. Substituované či vložené aminokyselinové zbytky mohou ale nemusí být kódované genetickým kódem. Obvyklé konzervativní substituce zahrnují Gly, Ala, Val,

Ile, Leu, Asp, Glu, Asn, Gin, Ser, Thr, Lys, Arg a Phe a Tyr. Varianta polynukleotidů nebo polypeptidu může být přirozená jako allela nebo může být variantou, která se v přírodě nevyskytuje. Nepřirozené varianty polynukleotidů a polypeptidů lze připravit způsoby mutageneze či přímé syntézy. Jako varianty se též zahrnují polypeptidy s jednou či více post-translačními miodifikacemi, například glykosylací, fosforylací, methylací, ADP ribosylací a podobně. Ztělesnění zahrnují methylací N-terminální aminokyseliny, fosforylace serinů a threoninů a modifikace C-terminálních glycinů.

Pojem allela se týká dvou či více alternativních forem genu vyskytujících se v daném místě genomu.

Pojem polymorfismus se týká variace sekrece nukleotidu {a kódované polypeptidové sekvence, pokud je to relevantní) v dané poloze v genomu v rámci populace.

Pojem jednonukleotidový polymorfismus (SNP) se týká výskytu nukleotidové variability v jedné poloze nukleotidu v genomu v rámci populace. SNP může nastávat v rámci genu nebo v rámci intergenních oblastí genomu. SNP lze stanovovat s použitím allela-specifické amplifikace (ASA). Pro tento způsob se vyžadují alespoň 3 primery. Společný primer se používá jako převrácený komplement k stanovovanému polymorfismu. Tento společný primer může mít mezi 50 a 150 bps

I ····· ···· · ·· ···· ···· ·· ·· ·· ·· · · z polymerfní báze. Zbývající dva (nebo více) primery jsou navzájem identické kromě toho, že poslední 3 báze se mění tak, aby se přizpůsobily jedné či dvěma (nebo více) allelám, které tvoří polymorfismus. Poté se provádějí dvě (nebo více) reakce PCR na vzorku DNA, z nichž každá využívá společný primer a jeden z allela-specifických primerů.

Pojem spojovací varianta, jak se zde používá, se týká molekul cDNA obdržených z molekul RNA počátečně transkribovaných z téže genomové sekvence DNA, které se však podrobily alternativnímu spojování ŘNA. Alternativní spojování RNA nastává, když se primární RNA transkript podrobuje spojování, obecně pro odstranění intronů, což vede k produkci více než jedné molekuly mRNA, z nichž každá může kódovat různé aminokyselinové sekvence. Pojem spojovací varianta se též týká proteinů kódovaných výše popsanými molekulami cDNA.

Pojem identita odráží vztah mezi dvěma či více polypeptidovými sekvencemi nebo dvěma či více polynukleotidovými sekvencemi stanovený srovnáním těchto sekvencí. Obecně se identita týká přesné korespondence nukleotidu s nukleotidem nebo aminokyseliny s aminokyselinou dvou polynukleotidových či dvou polypeptidových sekvencí podél celé délky srovnávaných sekvencí. Pojem % identity - pro sekvence, které přesně neodpovídají, lze stanovit % identity. Obecně se obě srovnávané sekvence přiřadí pro obdržení maximální korelace mezi sekvencemi. To může zahrnovat vložení mezer buď v jedné či ve druhé sekvenci pro zvýšení stupně přiřazení.

% identity lze stanovovat v průběhu celé délky každé ze srovnávaných sekvencí (tak zvané globální seřazení), což je zvláště vhodné pro sekvence stejné nebo velice podobné délky nebo podél kratších definovaných délek (tak zvané místní seřazení) , což je vhodnější pro sekvence stejných délek.

Podobnost je dalším sofistikovanějším měřítkem vztahu mezi dvěma polypeptidovými sekvencemi. Obecně podobnost znamená srovnání mezi aminokyselinami dvou polypeptidových řetězců zbytek po zbytku, přičemž se berou v úvahu nejen přesné souhlasy mezi páry zbytků ve srovnávaných sekvencích (jako při identitě) avšak též, pokud zde není přesný souhlas, zda na evoluční bázi je jeden zbytek pravděpodobným substituentem za další. Tato pravděpodobnost má připojené skóre, ze kterého lze potom stanovit % podobnosti.

Způsoby srovnávání totožnosti a podobnosti dvou či více sekvencí jsou v oboru dobře známy. Proto lze například použít programy Wisconsin Sequence Analysis Package, verze 9.1 [J. Devereux a kol., Nucleic Acids Res., 12, 387-395 (1984) od Genetics Computer Group, Madison, Wisconsin, USA], například programy BESTFIT a GAP pro stanovení % identity mezi dvěma nukleotidy a % identity a % podobnosti mezi dvěma polypeptidovými sekvencemi. BESTFIT užívá algoritmus místní homologie Smithe a Watermana [J. Mol. Biol., 147. 195-197 (1981), Advances in Applied Mathematics, 2, 482-489 (1981)] a nachází nej lepší jednotlivou oblast podobnosti mezi dvěma sekvencemi. BESTFIT je vhodnější pro srovnání dvou polynukleotidových nebo dvou polypeptidových sekvencí, které mají různou délku, neboť, program předpokládá, že kratší sekvence představuje část delší sekvence. Při srovnání přiřazuje GAP dvě sekvence s nalezením maximálníé podobnosti podle algoritmu Neddlemana a Wunsche [J. Mol. Biol., 48. 443-453 (1970)]. GAP je vhodnější pro srovnání sekvencí, které mají zhruba stejnou délku a seřazení se očekává podle celé délky. Přednostně jsou parametry hmotnost mezery a hmotnost délky používané v každém programu 50 a 3 pro nukleotidové sekvence, 12 a 4 pro polypeptidové sekvence. Přednostně se určí

Φ * * ·* «φφφ «« ·»· * φφφφ φφ · φφ φ φ φ φ φ φ φφφφ φ φφφ φφ φφ φφ φφ φφ % identit a podobností, pokud se dvě srovnávané sekvence optimálně přiřadí.

Další programy pro stanovení identity a podobnosti mezi sekvencemi se rovněž popisují v oboru, například skupina programů BLAST [S. F. Altschul, J. Mol. Biol., 215. 403-410 (1990), S. F. Altschul a kol., Nucleic Acids Res.,

25. 389-3402 (1997) od National.Center for Biotechnology Information (NCBI)., Bethesda, Maryland, USA, dosažitelné na domácí stránce NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov] a FASTA [W. R. Pearson, Methods in Enzymology, 183. 63-99 (1990), W. R. Pearson a D. J. Lipman, Proč. Nat. Acad. Sci. USA, 85. 2444-2448 (1988) dosažitelné jako část Wisconsin Sequence Analysis Package].

Přednostně se při srovnání polypeptidových sekvencí používá aminokyselinová substituční matrice BLOSUM62 [S. Henikoff a J. G. Henikoff, Proč. Nat. Acad. Sci. USA, 89. 10915-10919 (1992)] včetně případů, ve kterých se nukleotidové sekvence před srovnáním nejprve překládají na aminokyselinové sekvence.

Program BESTFIT se přednostně používá pro určení procenta identity vyšetřované polynukleotidové nebo polypeptidové sekvence vzhledem k referenční polynukleotidové nebo polypeptidové sekvenci, kde vyšetřovaná a referenční sekvence jsou optimálně nastaveny vedle sebe a parametry programu jsou nastaveny na standardní hodnotu, jak se popisuje výše.

Index identity je měřítkem příbuznosti sekvencí, které semůže použít pro srovnání uvažované sekvence (polynukleotidové či polypeptidové) a referenční sekvence. Například uvažovaná sekvence mající například Index identity ,5» *· ····

4949

44

9 9 · · · · · 4

9· 49 4 4 4 9

4 4 4 4 4 9 4 4 9 9 ··· · 0 · · 0 0·· ··· 94 «0 ·· ·· »«

- 36 0,95 oproti referenční polynukleotidové sekvenci je identická s referenční sekvencí kromě toho, že uvažovaná polynukleotidová sekvence může v průměru zahrnovat až 5 rozdílů na každých 100 nukleotidů referenční sekvence. Tyto rozdíly se volí ze skupiny zahrnující alespoň jednu nukleotidovou deleci, substituci, včetně přechodu a transverse či inserce. Tyto rozdíly mohou nastávat v koncových polohách 5' nebo 3’ referenční polynukleotidové sekvence nebo kdekoliv mezi těmito koncovými polohami rozptýlené buď jednotlivě mezi nukleotidy v referenční sekvenci nebo v jedné či více spojitých skupinách v rámci referenční sekvence. Jinými slovy pro obdržení polynukleotidové sekvence mající index identity 0,95 ve srovnání s referenční sekvencí lze 5 v každém ze 100 nukleotidů v referenční sekvenci vypustit, substituovat či vložit nebo provést jakoukoliv kombinaci těchto případů, jak se popisuje výše. Totéž platí s příslušnou obměnou pro ostatní hodnoty indexu identity například 0,96, 0,97, 0,98 a 0,99.

Podobně pro polypeptid je uvažovaná polypeptidová sekvence mající například Index identity 0,95 ve srovnání s referenční polypeptidovou sekvencí identická s referenční sekvencí kromě toho, že polypeptidová sekvence může zahrnovat v průměru až 5 rozdílů na každých 100 aminokyselin referenční sekvence. Tyto rozdíly se volí ze skupiny obsahující alespoň jednu deleci, substituci, včetně konzervativních i nekonzervativních substitucí, nebo vložení aminokyseliny. Tyto rozdíly mohou nastávat v koncových aminových či karboxylových polohách sekvence referenčního polypeptidu nebo kdekoliv mezi těmito polohami rozptýleně buď jednotlivě mezi aminokyselinami v referenční sekvenci nebo v jedné či více spojitých skupinách v rámci referenční sekvence. Jinými slovy pro obdržení polypeptidové sekvence o Indexu identity

0,95 ve srovnání se sekvencí referenčního polypeptidu může být v průměru až 5 aminokyselin na 100 aminokyselin v referenční sekvenci vypuštěno, substituováno či vloženo, nebo může být provedena jakákoliv kombinace těchto případů, jak se popisuje výše. Totéž platí s příslušnými obměnami pro jakékoliv hodnoty Indexu identity, například 0,96, 0,97, 0,98 a 0,99.

Vztah mezi počtem nukleotidových či aminokyselinových rozdílů a Indexem identity se může vyjádřit následující rovnicí:

n s x - (x . I) , a a a ve které n_& je počet rozdílů nukleotidů či aminokyselin, x^ je celkový počet nukleotidů či aminokyselin v sekvenci vyjmenované v Seznamu sekvencí,

I je Index identity, je symbol násobení a jakýkoliv součin x_a a I, který není celým číslem, se zaokrouhluje dolů na nejbližší celé číslo před jeho odečtením od x .

a

Homolog je generický pojem používaný v oboru pro indikaci polynukleotidové či polypeptidové sekvence s vysokým stupněm sekvenční příbuznosti s referenční sekvencí. Tato příbuznost se může vyjádřit kvantitativně stanovením stupně identity a/nebo podobnosti mezi dvěma sekvencemi, jak se definuje výše. Do rámce tohoto generického pojmu patří pojmy ortolog a paralog. Ortolog se týká polynukleotidu či polypeptidu, který je funkčním ekvivalentem polynukleotidu či polypeptidu v jiném druhu. Paralog se týká polynukleotidu či polypeptidu, který je funkčně podobný v rámci stejného druhu.

Hybridní protein se týká proteinu kódovaného dvěma často nepříbuznými spojenými geny či jejich fragmenty.

V jednom příkladu EP-A-0 464 533-A popisuje hybridní proteiny zahrnující různé části konstantní oblasti imunoglobulinových molekul spolu s jiným lidským proteinem či jeho částí.

V mnoha případech je výhodné použití imunoglobulinové Fc oblasti jako části hybridního proteinu pro použití v terapii a diagnostice vedoucí například ke zlepšeným farmakokinetickým vlastnostem [viz například EP-A 0232 262]. Na druhé straně pro některá použití by bylo výhodné mít možnost vypustit část Fc po exprimování hybridního proteinu, detekci a purifikaci.

Veškeré publikace a odkazy včetně, avšak bez omezení, patentů a patentových přihlášek citovaných v této specifikaci se zde zahrnují formou odkazu jako celek tak, jako kdyby každá jednotlivá publikace či odkaz byly specificky a individuálně zahrnuty formou odkazů zde v plném znění. Jakákoliv patentová přihláška, vůči které tato přihláška nárokuje prioritu, se rovněž zahrnuje zde formou odkazu v plném znění způsobem popsaným výše pro publikace a odkazy.

·· · · · ··

Tabulka I

Název genu Identifi- Čísla ident. Čísla ident.

kace genu sekvence sekvence odGSK nukleové povídáj ícího

		kyseliny		proteinu
sbg237163LIPASE	237163	č.id.sekv.:	1	č. id.sekv.:	23
sbg251170CEAa	251170	č.id.sekv.:	2	č.id.sekv.:	24
		č.id.sekv.:	3	č.id.sekv.:	25
sbg389686WNT15a	389686	č.id.sekv.:	4	č.id.sekv.:	26
		č.id.sekv.:	5	č.id.sekv.:	27
sbg236015LIPASE	236015	č.id.sekv.:	6	č.id.sekv.:	28
		č.id.sekv.:	7	č.id.sekv.:	29
sbg417005LAMI-	417005	č.id.sekv.:	8	č.id.sekv.:	30
IN-ALPHA		č.id.sekv.:	9	č.id.sekv.:	31
sbg425649KINA-	425649	č.id.sekv.:	10	č.id.sekv.:	32
SEa
Sbg419582PROTO-	419582	č.id.sekv.:	11	č.id.sekv.:	33
CADHERIN		č.id.sekv.:	12	č.id.sekv.:	34
sbg453915TECTO-	453915	č.id.sekv.:	13	č.id.sekv.:	35
RINa
SBh385630.anti-	385630	č.id.sekv.:	14	č.id.sekv.:	36
inflam		č.id.sekv.:	15	č.id.sekv.:	37
sbg471005nAChR	471005	č.id.sekv.:	16	č.id.sekv.:	38

sbg442445PROa	442445	č.id.sekv.:	17	č.id.sekv.: 39
sbg456548CytoRa	456548	č.id.sekv.: č.id.sekv.:	18 19	č.id.sekv.: 40 č.id.sekv.: 41
sbg456548CytoRa	456548b	č.id.sekv.:	20	Č. id.sekv.: 42
sbg442358PROa	442358	č. id.sekv.: č.id.sekv.:	21 22	č.id.sekv.: 43 č.id.sekv.: 44

Tabulka II

Název genu	Skupina genů	Nejbližší polynu- Nejbližší póly-	Lokalizace buněk (podle homolo gie)
kleotid podle homologie	peptid podle homologie
sbg237l63	Pankrea-	GB:AC011328	Myší protein	Vylučo-
LIPASE	tická	Přímé podání (6.	příbuzný myší	váné
	lipasa	října 1999) Ge-	pankreatické
		nom Therapeutics	lipase 1, gi:
		Corporation, 100	9256628
		Beaver Street,	S.G. Remington,
		Waltham, MA	P.H. Lima a J.D.
		02453, USA	Nelson, Invest. Ophthalmol. Vis. Sci., 40, 1081- -1090 (1999)
sbg2511700C	Karcino-	GB:AC020914	Předpokládaný	Vylučo-
EAa	embryo-	Přímé podání	myší protein,	váné

	nální	(12. ledna 2000)	gi:12842545
		antigen	Production Se-	P. Carninci, Y.
			quencing Facili-	Shibata, N.
			ty, DOE Joint	Hayatsu, Y. Su-
			Genome Institute,	gahara, K. Shi-
			2800 Mitchell	bata, M. Itoh,
*			Drive, Walnut	Η. Konno, Y. Oka-
			Creek, CA 94598,	zaki, M. Muramat-
			USA	a Y. Hayashizaki, Genome Res., 10(10), 1617-1630 (2000)
	sbg3 89686	WNT15	GB:AC015855	Kuřecí protein
	WNT15'a		Přímé podání (17.	WNT14, gi :3915306
			listopadu 1999)	I. Bergstein, L.M.
			Whitehead Insti-	Eisenberg, J. Bha-
			tute/MIT Center	lerao, N, A. Jen-
			for Genome Rese-	kins, N. G. Copeland
			arch, 320 Charles	Μ. P. Osborne, A. M.
			Street,Cambridge,	Bowcock, A. M. Brown
			MA 02141, USA.	Genomics, 46, 450- -458 (1997)
v	sbg236015	Lysoso-	GB:AL358532	Krysí lingvální
	LIPASE	mální ky-	Přímé podání (15.	lipasa, gi:126307
		selá li-	prosince 2000)	A. J. Docherty, M.
		pasa	Sanger Center,	W. Bodmer, S. An-
			Hinxton, Cambrid-	gal, R. Verger, C.
			geshire, CB 10	Rivieře, P. A. Lo-
			ISA, UK	we, A. Lyons, J. S.

Vylučo váné

Vylučované

Emtage a T. J. Harris, Nucleic Acids

Res., 13(6), 189142

	-1903 (1985)
sbg417005L	Laminin	GB:AL354836	Lidský laminin	Vylučo-
LAMININ	alpha	Přímé podání (2.	alfa 5, gi:12274842	vaně
ALPHA		května 2000)	Podání (14. února
		Sanger Centre,	2001), Sanger Cen-
		Hinxton, Cambrid-	tre, Hinxton, Cam-
		geshire, CB 10	bridgeshire, CB10
		ISA, UK	ISA, UK
sbg425649	Kasein	GB:AL356107	Lidská kasein ki-	Cytoso-
KINASEa	kinasa I-	Podání (16.	nasa I-alfa	lově
	-alfa	května 2000),	,gi:2134872
		Sanger Centre,	K. J. Fish, A.
		Hinxton, Cam-	Cegielska, Μ. E.
		bridgehire, CB10	Getman, G. M. Lan-
		ISA, UK	des a D. M. Vir- shup, J. Biol. Chem., 270(25), 14875-14883 (1995)
sbg419582P	Protoka-	GB:AL355593	Lidský protokadhe-	Vylučo-
ROTOCAD-	dherin	Přímé podání (17.	rin 68	vaně
HERIN		května 2000),	gi :11433373
		Sanger Centre,	Podání (16. lišto-
		Hinxton, Cambrid-	pádu 2000) Natio-
		geshire, CB10,	nal Center for
		ISA, UK	Biotechnology Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
sbg453915	Tektorin	SC:AL157786	Myší tektorin beta	Vylučo-

TECTORINa	beta	Podání (4. května gi:7363457 2001) Sanger Cen- P. K. Legan, A. Rau,	váné
tre, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 ISA, UK	J. N. Keen a G. P. Richardson, J. Biol. Chem., 272 (13), 8791-8801 (1997)
SBh385630	Lipasa	GB:AC015525	Králičí lakrimální	Vylučo
antiinflam		Podání (16. lis-	lipasa	váné
		topadu 1999)	gi:13560884
		Whi.tehead Insti-	Podání (20. února
		tute/MIT Center	2001), Ophthalmo-
		for Genome Re-	logy, Regions Hos-
		search, 320	pital, 640 Jackson
		Charles Street,	Street, St. Paul,
		Cambridge, MA 02141, USA	MN 55101, USA
sbg47100	Nikotino-	GB:AC060812	Lidský cholinergní	Vázané
5nAChR	vý acetyl-	Přímé podání	receptor, nikoti-	na mem
	cholinový	(20. dubna 2000)	nový alfa polypep-	brány
	receptor	Whitehead Insti-	tid 10, gi:11138123
		tute/MIT Center	L. R. Lustig, H.
		for Genome Rese-	Peng, H. Hiel, T.
		arch, 320 Char-	Yamamoto a P. A.
		les Street,	Fuchs, Genomics,
		Cambridge,	73 (3) , 272-283
		MA 02141, USA	(2001)
sbg44244	Leucinem	GB-.AC060234	RIKEN cDNA myší	Cytoso
5PROa	bohatý	Podání (20.	4930442L21 gen	lové
	protein	dubna 2000) Ge-	P. Carninci, Y.
	s opak.	nome Therapeu-	Shibata, N. Hay-
	motivem	tics Corporati-	atsu, Y. Sugahara,

	on, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02453, USA	K. Shibata, M. Itoh, H. Konno, Y. Okazaki, M. Muramatsu a Y. Hayashizaki, Genome Res., 10 (10), 1617-1630 (2000)
sbg45654	Cytokino-	GB:AL158138	Lidský receptor	Vázané
8CytoRa	vý recep-	Podání {20. led-	IL-20,	na
		na 2001), Sanger	gi:765769	membrá
		Centre, Hinxton,	Μ. H. Xie, S.	ny
		Cambridgeshire,	Aggarwal, W. H. Ho,
	*	CB10 ISA, UK	J. Foster, Z. Zhang, J. Stinson, W.I Wood, A. D. Goddard a A. L. Gurney, J. Biol.. Chem., 275(40), 31335-31339 (2000)
sbg44235	Leucinem	GB:AL139099	Lidský EXMAD-9	Vázané
8PR0a	bohatý	Podání {23.	geneseqp:AAB2 7231	na
	protein	května 2000),	Podání INCYTE GE-	membrá
	s opak.	Genoscope -	NOMICS INC	ny
	motivem	Centre National	Datum podání a
		de Sequencage:	publikace:
		BP 191 91006	W0200068380-A2,
		EVRY cedex -	16. listopadu 2000

Francie • ·· ·· ··*· • · · · 9 9 9

99 9

Tabulka III

Název genu sbg237i63

LIPASE

Použití

Souvisej ící onemocnění sbg251170C

EAa

Jedním ztělesněním tohoto vynálezu je použití sbg237163 LIPASY jako náhradních enzymů pro pacienty s chronickou pankreatitidou. Blízkým homologem sbg237163 LIPASY je pankreatická lipasa. Pankreatická lipasa hydrolyzuje triacylglycerol s dlouhým řetězcem na volné mastné kyseliny a monoacylglyceroly v luminu střeva [Μ. E. Lowe, J. L. Rosenblum a A. W. Straus, J. Biol. Chem.. 264. 20042-20048 (1980)]. Pankreatická steatorrhea a pankreatický diabetes j sou hlavními příznaky pacientů v určitém stavu chronické pankreatitidy.

V tomto stádiu je stav výživy značně porušen a následuje hypoglykémie a labilní infekce. Náhradní terapie pankreatickým enzymem je zásadní způsob léčby pankreatické steatorrhey (T. Nakamura, T. Takeuchi a Y. Tando, Pancreas, 16, 329-336 (1998) .

Karcinom, infekce, autoimunitní porucha, hernopoetická porucha, poruchy hojení ran, záněty

Jedním ztělesněním tohoto vynálezu je použití sbg251170CEAa jako molekul na buněčném povrchu zprostředkovávajících buněčně specifické interakce v normálních a neoplastických buňkách. Blízkým homoKarcinom, autoimunitní poruchy, poruchy hojení ran, he-

• 99 9 9 9 9	··♦· 9 9 9	99 9999 9 9 9
9 9 9	9 9 9 ·	• 9 9 9
• 9 9 99	99 99	99 99

logem sbg251170CEAa je molekula buněčné adheze 6 související s karcinoembryonálním antigenem. Molekula buněčné adheze 6 související s karcinoembryonálním antigenem se nárokuje jako látka působící jako molekula buněčného povrchu zprostředkovávající buněčně specifické interakce v normálních a neoplastických buňkách [1. T. Barnett, S. J. Goebel, M. A. Nothdurft, J. J. Elting, Carcinoemryonic antigen family: characterization of cDNAs coding for NCA and CEA and suggestion of nonrandom sequence variation in their conserved loop-domains. Genomics, 3.(1), 59-66 (1988), 2. J. Inazawa, T.

Abe, K. Inoue, S. Misawa, S. Oikawa, H. Nakazato, M. C. Yoshida. Regional assignnment of nonspecific cross-reacting antigen (NCA) of the CEA gene family to chromosome 19 at band ql3.2. Cytogenet Cell Genet, 52(1-2), 28-31 (1989)].

mopoetické poruchy a infekce sbg389686

WNT15a

Jením ztělesněním tohoto vynálezu je použití sbg389686WNT15a při regulaci růstu a diferenciace buněk. Blízké homology sbg389686WNT15a jsou Wnt proteiny. Wnt proteiny se účastní kritických vývojových procesů u obratlovců i bezobratlých a jsou součástí regulace buněčného růstu a diferenciace v určitých tkáních dospělých savců [I. Bergstein, L. M. Eisenberg, J. Bhalerao, N. A. Jenkins, N. G. Copeland, Μ. P.

Karcinom, infekce, autoimunitní porucha, hemopoetická porucha, poruchy hojení ran a zánět • *4

4* · · • · * 4

4 »44 • · · ·

444 44

4444 • 4 4 4 « *· 4 4 · • 4 4 4 4 · • 4 4 4 4 4 4 •4 <4 4 «φ

Osborne, Α. Μ. Bowcock, Α. Μ. Brown, Genomics, 46, 450-458 (1997)]. Skupina genů Wnt obsahuje alespoň 15 strukturně příbuzných genů kódujících vylučované extracelulární signální faktory. Signalizace Wnt se účastní řady vývojových procesů u savců včetně buněčné proliferace, diferenciace a epitheliálně mesenchymálních interakcí, kterými Wnt přispívají k vývoji tkání a orgánů, jako jsou končetiny, mozek, reprodukční systém a ledviny. Výsledky studií tumorové exprese a experimenty na transgénních zvířatech ukazují, že nesprávná aktivace cesty signálů Wnt je hlavním rysem neoplasie u lidí a že onkogenní aktivace této cesty může nastávat v mnoha hladinách. Nesprávná exprese Wnt ligandu a Wnt vazebných proteinů se nachází v řadě lidských tumorů [M. J. Smalley, T. C. Dále, Cancer Metastasis Rev., 18, 215-230 (1999)].

sbg236015

LIPASE

Jedním ztělesněním tohoto vynálezu je použití sbg236015LIPASY pro léčení nedostatku lipasy. Blízkým homologem sbg236015LIPASY je lysosomální kyselá lipasa. Lisosomální kyselá lipasa katalýzu je deacylaci triacylglycerylových a cholesterylových esterů lipidů jádra endocytosovaných lipoproteinů s nízkou hustotou. Tato aktivita je nedostatečná u pacientů s Wolmanovou chorobou a onemocněním ukládání cholesterylového esteRakovina, infekce, autoimunitní porucha, hemopoetická porucha, poruchy hojení ran, zánět, Wolmanova choroba a choroba s ukládáním cholesterylo vého esteru sbg417005

LAMININ

ALPHA ru, které jsou způsobeny nedostatkem aktivity lysosomální kyselé lipasy, což vede k masivní akumulaci cholesterylových esterů a triglyceridů [R. A. Anderson, G. N. Sando, Biol. Chem., 266. 22479-22484 (1991)] .

Jedním ztělesněním tohoto vynálezu je použití sbg417005LAMININU-ALPHA pro podporu myogenese v kosterním svalstvu, vyrůstání neuritů z centrálních a periferních neuronů a přechodů z mesenchymu k epithelu v ledvině. Blízkým homologem sbg417005LAMININ-ALPHA je laminin. Lamininy, trimery složené z alfa, beta a gama řetězce jsou složkami všech bazálních lamin (BL) v celém těle. U savců hraj i alespoň tři základní úlohy. Především jsou hlavními strukturními elementy BL s vytvářením jedné nebo dvou samostatně se tvořících sítí, ke kterým se připojují další glykoproteiny a proteoglykany BL. Za druhé interagují se složkami buněčného povrchu, jako je dystroglykan s připojením buněk k extracelulární matrici. Za třetí slouží jako signální molekuly interagující s buněčnými receptory, jako jsou integriny, pro přenesení důležité informace do vnitřku buňky. Řetězce alfa jsou ligandy pro řadu buněčných lamininových receptorů. [J. H. Miner, B. L. Patton, S. I. Lentz, D. J. Gilbert, W. D. Snider, N. A. Jenkins, N.

Karcinom, infekce, autoimunitní porucha, hemopoetická porucha, poruchy hojení ran, zá nět, vrozená svalová dystrofie a epi dermolysis bullosa v místě styku tkání • · .· ·· ···· ·· · · 4 sbg425649

KINASEa sbg419582

PROTOCADHERIN

G. Copeland, J. R. Sanes, J. Cell. Biol.,

137, 685-701 (1997)].

Jedním ztělesněním tohoto vynálezu je použití sbg425649KINASEa při replikaci DNA a reparaci, při transportu membránou, při neuroprotektivních cytostatických, kardioaktivních, imunomodulačních, svalových, hojivých, gastrointestinálních, nefrotropických, antiinfekčních, gynekologických a antibakteriálních aktivitách a může se použít v genové •terapii. Blízkými homology sbg425649KINASEa je savčí kasein kinasa I (CKI) a protein související s rakovinou lidské prostaty. CKI patří ke skupině protein kinas serin/threonin, která se účastní různých buněčných procesů včetně replikace a reparace DNA, transportu membránou, cirkadiánních rytmů a Wnt signalizace. Proteiny související s lidským karcinomem prostaty mají neuroprotektivní, cytostatické, kardioaktivní, imunomodulační, svalové, hojivé, gastrointestinální, nefrotropní, antiinfekční, gynekologické a antibakteriální účinky a mohou se použít v genové terapii.

Jedno ztělesnění tohoto vynálezu spočívá v použití sbg419582PROTOCADHERINu ve funkčních systémech nerovového systému a může působit na tvorbu nervové sítě. Blízkým homologem sbg4l9582PROTOCADKarcinom, poruchy hojení ran, autoimunitní poruchy, hernopoetické poruchy a infekce

Karcinom, infekce, aute imunitní porucha, hernopoetická po• · • · · · • · · ·

- 50 HERINu je protokadherin. Exprese protokadherinu se reguluje vývojově v soustavy funkčních systémů nervové soustavy a může působit při tvorbě nervové sítě segregací mozkových jader a zprostředkováním axonových spojů. [S. Hirano, Q. Yan, S. T. Suzuki, J. Neuroscí., 19 . 995-1005 (1999)]. Členové nadskupiny kadherinu se dělí do dvou skupin: klasického kadherinového typu a protokadherinového typu. Současné kadheriny se odvozuj i od protokadherinu [S. T. Suzuki, J. Cell. Sci., 109. 2600-2611 (1996)].

ruchá, poruch] hojení ran, zánět, Parkinsonova choroba, Huntingtonova choroba a mnohočetná skleróza sbg453915

TECTORINa

Jedním ztělesněním tohoto vynálezu je použití sbg453915TECTORINUa, vylučovaného proteinu, při celulární adhezi. Blízkým homologem sbg453915TECTORINUa je myší tektorin beta. Beta tektorin je protein 36 074 Da, který obsahuje 4 N glykosylační místa konsensu a jednoduchou pellucidovou doménu. Je podobný složkám systému adheze mezi spermatem a vajíčkem a jako takový má podobnou funkční úlohu [Ρ. K. Legan, A. Rau, J. N. Keen, G. P. Richardson, The mouše tectorins. Modular matrix proteins of the inner ear homologous to components of the sperm-egg adhesion systém. J. Biol. Chem., 272 (13). 8791-8801 (1997)].

gInfekce, karcinom, poruchy hojení ran, hemopoetické poruchy a autoimunitní poruchy .

SBh385630 antiinflam

Jedním ztělesněním tohoto vynálezu je použití SBh385630.antiinflam v genové terapii a rovněž se uvádí,- že vykazuje cytokinovou a buněčně proliferační/diferenciační aktivitu, imunostimulační (například vakciny) nebo imunosupresivní aktivitu, hemopoetickou regulační aktivitu, tkáňově růstovou aktivitu, akt ivinovou/inhibinovou akt ivitu, chemotaktickou/chemokinetickou aktivitu, hemostatickou a trombolytickou aktivitu, aktivitu receptor/ligand, protizánětlivou aktivitu, aktivitu potlačení invaze kadherin/tumor a tumorově inhibiční aktivitu. Lipasy jsou též použitelné pro genovou terapii (WO9957132-A1, M. J. Agostino, podáno GENETICS INST. INC.). Blízké homology SBh385630.antiinflam zahrnují lipasy.

sbg417005n

AChR

Hemopoetické poruchy, poruchy hojení ran, virové a bakteriální infekce, karcinom a autoimunitní onemocnění

Jedno ztělesnění tohoto vynálezu je použití sbg471005nAChR při působení na fyziologické a behaviorální procesy v mozku. Blízkým homologem sbg471005nAChR je neuronový nikotinový acetylcholinový receptor. Neuronové nikotinové acetylcholinové receptory jsou skupinou iontových kanálů, které jsou široce rozšířené v lidském mozku. Existuje řada podtypů a každý vykazuje svůj individuální farmakologický a funkční profil· Zprostředkovávaj i účinek

Karcinom, infekce, autoimunitní poruchy, hemopoetické poruchy, poruchy hojení ran, zánět, Alzheimerova choroba, Parkinsonova choroba a schizofrenie ··» ·· ·· ·· 99 9

- 52 nikotinu a účastní se v řadě fyziologických a behaviorálních procesů. Navíc se mohou účastnit řady biologických stavů jako je Alzheimerova choroba, Parkinsonova choroba a schizofrenie [D. Paterson, A. Nordberg, Prog. Neurobiol., 61. 75-111 (2000)] .

sbg442445P

ROa

Jedním ztělesněním tohoto vynálezu je použití sbg442445PR0a, který se může účastnit interakce protein-protein a převodu signálu v imunitním systému. sbg442445PR0a se exprimuje převážně v plicích a slezině/lymfě. Kóduje protein bohatý leucinem s opakujícím se motivem, který se může účastnit interakce protein-protein a převodu signálu v imunitních systémech.

Zánět, autoimunitní poruchy, astma, alergie a poruchy související s sbg442445PROa bg565548CytoRa

Tento gen byl klonován. Sybrmanovy údaje ukazují jeho vysoké hladiny exprese v placentě a mírné hladiny ve slezině a lymfě. Blízkým homologen sbg565548CytoRa je další cytokinový receptor třídy II, ZCYT0R7. Jedním ztělesněním tohoto vynálezu je použití bg565548CytoRa, decoy receptoru, při identifikaci jiných ligandů, při podpoře antimikrobiální aktivace těchto buněk a/nebo poteciaci účinnosti přirozeného ligandu. Růstové faktory podporují progresi nádoru. Decoy receptor by mohl interferovat s tímto

Chronický a akutní zánět, alergie, arthritida (včetně revmatické arthritidy), septikémie, autoimunitní onemocnění (například zánětlivá střevní cho- 53 i

• toto • to to to · « to procesem. Proliferace přežívání a diferenciace se může převádět z aktivovaných cytokinových receptorů [Cell. Signál., 10(9), 619-628 (1998)]. Blokování těchto dějů by mohlo mít zásadní důležitost při pozměňování různých chorob. Decoy receptor by mohl případně interferovat s vazbou těchto nebo jiných předpokládaných ligandů s prevencí sestupných účinků [Blood., 94.(6), 1943-1951 (1999)]. GM-CSF má též antiapoptickou aktivitu. Decoy receptor by mohl být schopen blokovat antiapoptické působení GM-CSF tam, kde je to vhodné [Mol. Biol. Cell., 10(11),3959-3970 (1999)]. Úlohy při blokování aktivity decoy receptoru lze předpokládat. GM-CSF podporuje antimikrobiální funkce zralých neutrofilů. Inhibice aktivity interferujícího decoy receptoru by mohla podporovat antimikrobiální aktivaci těchto buněk. Dále se rhGM-CSF používá v široké míře pro boj s akutní myeloidní leukémií [Haematologica, 82 (2) , 239-245 (1991)] . Inhibice decoy receptoru by mohla posilovat účinnost přirozeného ligandů.

sbg442358

PROa roba, psoriasa), odmítnutí transplantátu, choroba z působení štěpu proti hostiteli, infekce, mrtvice, ischémie, akutní respirační onemocnění, astma, restenóza, poranění mozku,

AIDS, choroby kostí, rakovina, ateroskleróza,

Alzhe imerova choroba, hemopoetická porucha a porucha hojen ran

Jedním ztělesněním tohoto vynálezu je použití sbg442358PROa při prevenci a léčení rakoviny, poruch buněčné proliferace, kardiovaskulárních, reprodukčních,

Rakovina, autoimunitní poruchy, hemopoetické

poruchy, poruchy hojení ran a infekce

imunitních, svalově kosterních, vývojových a gastrointestinálních poruch a zánětu. Blízkými homology sbg442358PROa jsou lidský protein B27231 a protein LRR47 drosofily, který též obsahuje opakované motivy bohaté leucinem (LRR). LRR se nachází v řadě extracelulárních membránových a cytoplasmatických problémů a uvažuje se, že zprostředkovává specifické interakce protein-protein a funkce při buněčné adhezi [M. Ntwasa, S. G. Buchanan a N. J. Gay, Biochim. Biophys. Acta, 1218 (2) . 181-186 (1994)].

Tabulka IV

Kvantitativní, tkáňově-specifická exprese mRNA detekovaná způsobem SybrMan

Kvantitativní, tkáňově-specifické typy exprese mRNA genů se měří s použitím SYBR-Green Quantitative PCR [Applied Biosystems, Foster City, CA, viz T. D. Schmittgen a kol., Analytical Biochemistry.285. 194-204 (2000)] a lidskými cDNA připravenými z různých lidských tkání. Genově-specifické PCR primery se navrhují s použitím první sekvence nukleových kyselin vyjmenované pro každý gen v Seznamu sekvencí. Výsledky se prezentují jako počet kopií každého specifické detekované mRNA genu v 1 ng mRNA z každé tkáně. Pro každou tkáňovou RNA se provede dvojice měření mRNA.

Název genu sbg237163LIPASE

Název genu	(kopií údajů	Tkáňově-specifická exprese mRNA
na ng mRNA, průměr ± na tkáň)	rozmezí	pro dva body
	Mozek	Srdce Plíce Játra	Ledví-	Koster-	Střevo
			ny	ní sval
sbg23716	5	8 7-6	5	5	4
3LIPASE	±0	+ 2 ±2 ±1	±1	±2	±6

Název genu sbg237163LIPASE pokračování

Název genu	Tkáňově-specifická exprese mRNA
(kopií na ng mRNA, průměr + údajů na tkáň)	rozmezí, pro dva body Varle
Slezina/lymfa	Placenta
sbg23716	3	1	47
3LIPASE	+ 2	+ 1	+1

Název genu sbg251170CEAa

Název		Tkáňově-specifi cká	exprese	mRNA
genu	(kopií	na ng mRNA, průměr ±	rozmezí	pro dva body
	údajů	na tkáň)
	Mozek	Srdce Plíce Játra	Ledví-	Koster-	Střevo
			ny	ní sval
sbg25117	3	19 30 -5	3	5	21
OCEAa	±1	±1 ±5 ±3	±1	±5	±2

Název	genu sbg25H70CEAa pokračování
Název	Tkáňově-specifická	exprese mRNA
genu	(kopií na ng mRNA, průměr ± údajů na tkáň)	rozmezí pro dva body
	Slezina/lymfa Placenta	Varle

sbg23716 33 22 14

LI PASE ±4 +3 ±0

Tabulka IV (pokračování)'

V každé tabulce pro první podsoubor genu se provede měření dvojic identifikace genu (GOI) mRNA z různých lidských tkání (sloupce 2 a 3) . Průměrné kopie mRNA GOI z dvou měření se získají z každé tkáňové RNA (sloupec 4). Průměrný počet 18S rRNA z každé tkáňové RNA se měří (sloupec 5) a užije pro normalizaci. Pro obdržení každé tkáně se stejným množstvím 50 ng 18S rRNA se vypočítá normalizační faktor (sloupec 6) dělením 50 ng množstvím 18S rRNA měřeným pro každou tkáň (sloupec 5) . Kopie mRNA na 50 ng celkové RNA se obdrží násobením každého normalizačního faktoru GOI a průměrných kopií mRNA (sloupec 7).

Změny konformace ukázané v každém genu druhé dílčí tabulky se počítají pouze pro nemocné tkáně mající normální protějšek. Pro sloupec změn konformace pro všechny vzorky, které nemají protějšky, jsou volná místa. Navíc se výpočty změn konformace uvádějí jako změny konformace v nemocném vzorku ve srovnání s normálním vzorkem. V souladu s tím nejsou žádné výpočty změn konformace u žádného z normálních vzorků.

• · · · · · ·· ···«

- 57 1?

<

Ιί»

Pro spřažené páry rakoviny u pacientů (kolon, plíce a prs) se každý tumor srovnává se svým specifickým normálním protějškem. Pokud neexistují spřažené páry normální/nemocný pro pacienty, srovnává se každý nemocný vzorek zpět s průměrem všech normálních vzorků téhož typu tkáně. Například nelze mít normální mozek od téhož pacienta, od kterého pochází mozek z Alheimerovou chorobou. Při změně konformace se používají tři normální vzorky mozku a 4 vzorky Alzheimerova mozku. Tyto normální vzorky se průměrují a každý z Alzheimerových vzorků se srovnává s tímto průměrem.

Zkratky

ALZ Alzheimerova choroba

CT CLONTECH (1020 East Meadow Circle Palo Alto, CA

94303-4230, USA)

KC vzorek připravený řešitelem GSK

COPD chronická obstrukční plicní choroba endo endotheliální

VEGF vasulární endotheliální růstový faktor bFGF základní fibroblastový růstový faktor

BM kostní dřeň osteo osteoblast

OA osteoarthriťida

RA revmatická arhritida

PBL lymfocyty v periferní krvi

PBMNC mononukleární buňky v periferní krvi

HIV virus lidské imunitní nedostatečnosti

HSV virus Herpes simplex

HPV virus lidského papilomu

Název genu sbg389686WNT15a

Silná exprese v mozku a dendritických buňkách. Exprese

- 58 v mozku může pocházet od gliálních buněk. Exprese v synoviu RA a OA spolu s dendritickými buňkami ukazuje na úlohu tohoto proteinu při těchto onemocněních. Sestupná regulace při ischemickém a rozšířeném srdci ukazuje, že náhrada proteinu může sloužit při terapii.

Vzorek	Střed-	Střed-	Průměr	18S	50 ng/	deteko-
sbg389686WNT15a	ní ko-	ní ko-	kopií	rRNA	/18S	vaných
	pie GOI	pie GOI	GOI	(ng)	rRNA	kopií
	(vzorek	(vzorek			(ng)	mRNA/
	1)	2)				50 ng celkové
						RNA

Subkutánní adi-

pocyty Zenbio	0,00	0,00	0,00	3,06	16,34	0,00
Subkutánní adip.
tkáň Zenbio	0,00	1,71	0,86	0,96	52,36	44,76
Nadledvina
Clontech	2,29	4,18	3,24	0,61	81, 97	265,16
Celkový mozek
Clontech	698,52	625,01	661,77	7,24	6,91	4570,20
Fetální mozek
Clontech	4,14	6,78	5,46	0,48	103,95	567,57
Mozeček Clon-
tech	2,02	3,63	2,83	2,17	23,04	65,09
Děložní hrdlo	3,16	10,14	6,65	2,42	20,66	137,40
Kolon	2,48	3,44	2,96	2,71	18,45	54,61
Endometrium	2,69	5,20	3,95	0,73	68,21	269,10
Jícen	10,67	3,24	6,96	1,37	36,50	253,83
Srdce Clontech	9,26	6,07	7,67	1,32	37,88	290,34
Hypothalamus	7,10	5,16	6,13	0,32	155,28	951,86
Ileum	2,04	10,37	6,21	2,58	19,38	120,25
Jejunum	36,78	27,16	31,97	6,60	7,58	242,20
Ledvina	16,46	16,55	16,51	2,12	23,58	389,27
Játra	14,07	3,34	8,71	1,50	33,33	290,17

♦ • · ·	• · •	•	ff ff .·	ffffffff •	ff	• · •	ffffffff •
• ff	•	• ·	ff	•	• ·	•	·
• ff	ff	•	•	• ·	•	•	• ·
ff ff »	«·		ff ·	. ff ff		• ·	• ·

Fetální játra

Clontech	4,60	8,89	6,75	10,40	4,81	32,43
Plíce	3,11	10,49	6,80	2,57	19,46	132,30
Mléčná žláza
Clontech	3,28	10,61	6,95	13,00	3,85	26,71
Myometriům	1,79	13,84	7,82	2,34	21,37	166,99
Omentum	1,96	2,65	2,31	3,94	12,69	29,25
Vaječník	4,50	1,71	3,11	4,34	11,52	35,77
Pankreas	3,40	2,41	2,91	0,81	61,80	179,54
Hlava pankreasu	2,22	4,63	3,43	1,57	31,85	109,08
G. parotis	5,48	2,07	3 r 78	5,48	9,12	34,44
Placenta Clon-
tech	15,15	12,80	13,98	5,26	9,51	132,84
Prostata	3,39	7,44	5,42	3,00	16,67	90,25
Rektum	2,98	3,94	3,46	1,23	40,65	140,65
Slinná žláza
Clontech	3,24	1,61	2,43	7,31	6,84	16,59
Kosterní sval
Clontech	2,01	1,55	1,78	1,26	39,68	70,63
Kůže	2,69	3,45	3,07	1,27	41,32	126,86
Tenké střevo
Clontech	5,39	1,67	3,53	0,98	51,07	180,29
Slezina	3,96	2,52	3,24	4,92	10,16	32,93
Žaludek	1,08	5,33	3,21	2,73	18,32	58,70
Varlata Clontech	3,27	2,88	3,08	0,57	87,87	270,21
Thymus Clontech	5,43	4,42	4,93	9,89	5,06	24,90
Štítná žláza	2,32	3,01	2,67	2,77	18,05	48,10
Trachea Clontech	1,64	4,25	2,95	9,71	5,15	15,16
Močový měchýř	3,63	6,81	5,22	5,47	9,14	47,71
Děloha	31,55	11, 10	21,33	5,34	9,36	199,67

Vzorek sbg389686WNT15a	Reg. č. (identifikátor GSK)	Průměr kopií GOI	Detekované kopie mRNA/50 ng celkové RNA	Vzorek	Změna konformace v nemocné populaci
normální kolon				normální
GW98-167	21941	36,16	72,32	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-166	21940	71,5	143,00	kolonu	1,977323009
normální kolon				normální
GW98-178	22080	2,09	4,18	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-177	22060	9,84	19,68	kolonu	4,708133971
normální kolon				normální
GW98-561	23514	13,09	26,18	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-560	23513	15,11	30,22	kolonu	1,154316272
normální kolon				normální
GW98-894	24691	8,62	17,24	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-893	24690	5,76	11,52	kolonu	-1,496527778
normální plíce				normální
GW98-3	20742	140,19	280,38	plíce
tumor plic				tumor
GW98-2	20741	1,67	3,34	plic	-83,94610778
normální plíce				normální
GW97-179	20677	60,54	121,08	plíce
tumor plic				tumor
GW98-178	20676	135,62	271,24	plic	2,240171787
normální plíce				normální
GW97-165	21922	257,96	515,92	plíce

·· «· ·<·· ·· ····

tumor plic tumor

GW98-164	21921	61,69	123,38	plic -4,181552926
normální plíce				normální
GW98-282	22584	49,39	98,60	plíce
tumor plic				tumor
GW98-281	22583	12,39	24,78	plic -3,979015335
normální prs				normální
GW00-392	28750	71,94	71,94	prs
tumor prsu				tumor
GW00-391 .	28746	41,4	82,80	prsu 1,150959133
normální prs				normální
GW00-413	28798	19,37	19,37	prs
tumor prsu				tumor
GW00-412	28797	1,13	2,26	prsu -8,57079646
normální prs				normální
GW00-235:238	27592-	95 8,19	8,19	prs
tumor prsu				tumor
GW00-231:234	27588-	91 38,27	38,27	prsu 4,672771673
normální prs				normální
GW98-621	23656	77,26	154,52	prs
tumor prsu				tumor
GW98-620	23655	37,5?	75,14	prsu -2,056428001
normální mozek				normální
BB99-542	25507	597,17	1194,34	mozek
normální mozek				normální
BB99-406	25509	104,34	208,68	mozek
normální mozek				normální
BB99-904	25546	282,15	564,30	mozek
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-874	25502	84,264	168,52	dium 5 ALZ -3,891367988
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-887	25503	247,01	494,02	dium 5 ALZ -1,327422641
mozek stádium				mozek stá-

5 ALZ BB99-862 mozek stádium	25504	173,02
5 ALZ BB99-927	25542	253,73
CT plíce KC	normální	146,22
plíce 26 KC	normální	150,46
plíce 27 KC	normální	0
plíce 24 KC	COPD	4,76
plíce 28 KC	COPD	10,06
plíce 23 KC	COPD	2,75
plíce 25 KC	COPD	1,93
astmatické
plíce ODO3112 astmatické	29321	20,88
plíce ODO3433 astmatické	29323	133,29
plíce ODO3397 astmatické	29322	322,77
plíce ODO4928 buňky endothe-	29325	43,52
lu KC buňky endothe-	kontrola	1,89
lu VEGF KC buňky endothe-		0
lu bFGF KC		1,17
srdce Clontech ischemické	normální	153,9
srdce (T-l) srdce (T-14) ne-	29417	137,74
obstrukční DCM srdce (T-3399)	29422	87,79
DCM	29426	43,68
adenoid GW99-269	26162	17,62
mandle GW98-280	22582	52,34

f

346,04 dium 5 ALZ -1,895079567 mozek stá507,46 dium 5 ALZ -1,292266057

292,44 CT plíce

150,46	plíce	26
0,00	plíce	27
4,76	plíce	24	-23,36292017
10,06	plíce	28	-11,05442346
2,75	plíce	23	-40,43909091
1,93	plíce	25

astmatické

20,88 plíce -5,326029693 astmatické

266.58 plíce 2,397140481 astmatické

645,54 plíce 5,804824315 astmatické

87,044 plíce -1,277659697 buňky en1,89 dothelu buňky endo0,00 thelu VEGF -1,89 buňky endo1,17 thelu bFGF -1,615384615

307,80 srdce

275,48 srdce T-l -1,117322492

175.58 srdce T-14 -1,753047044 srdce

87,36 T-3399

35,24 adenoid

104,68 mandle

-3,523351648

- oj -
T buňky
PC00314	28453	8,45	16,90	T buňky
PBMNC KC		1,99	1,99	PBMNC
monocyty KC		4,74	9,48	monocyty
B buňky PC00665	28455	7,65	15,30	B buňky
dendritické				dendritické
buňky 28441		194,97	389,94	buňky
neutrofily	28440	2,13	2,13	neutrofily
eosinofily	28446	7,25	14,50	eosinofily
BM nestim. KC		0	0,00	BM nestim.
BM stim. KC		0	0,00	BM stim. 0
osteo dif. KC		1,48	1,48	osteo dif.
osteo nedif. KC		7,41	7,41	osteo nedif. 5,006756757
chondrocyty		26,64	66,60	chondrocyty
OA synovium				OA
IP12/01	29461	151,36	302,72	synovium
OA synovium				OA
NP10/01	29462	476,3	476,30	synovium
OA synovium				OA
NP57/00	28464	165,01	330,02	synovium
RA synovium				RA
NP03/01	28466	84,02	168,04.	synovium
RA synovium				RA
NP71/00	28467	184,75	369,50	synovium
RA synovium				RA
NP45/00	28475	223,35	446,60	synovium
OA kost				OA kost
(biobanka)	29217	72,31	72,31	(biobanka)
OA kost
(vzorek 1)	J. Emory	10,46	20,92	OA kost
OA kost
(vzorek 2)	J. Emory	111,79	223,58	OA kost
chrupavka				chrupavka

Λ

• · · ·

	- 64 -	• ·· * · · · • « .· · • ·· · ·	M ··«· ·« ···· • · · · · · • · · · · · · o· ·· ·· ··
(celková)	normální	215,54	431,08	(celková)
chrupavka				chrupavka
(celková)	OA	81,85	163,70	(celková) -2,633353696
PBL bez				PBL bez
infekce	28441	2,31	4,62	infekce
PBL HIV				PBL HIV
IIIB	28442	2,28	4,56	IIIB -1,013157895
MRC5 bez				MRC5 bez
infekce				infekce
(100 %)	29158	2,37	4,74	(100 %)
MRC5 HSV				MRC5 HSV
kmen F	29178	37,5	75,00	kmen F 15,82278481
buňky W12	29179	0,93	1,86	buňky W12
keratinocyty	29180	1,33	2,66	keratinocyty

Název genu sbg389686WNT15a

Chorobné tkáně Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální

	tumor	kolonu	1,98
	tumor	kolonu	4,71
*	tumor	kolonu	1,15
	tumor	kolonu	-1,50
	tumor	plic	-83,95
	tumor	plic	2,'24
	tumor	plic	-4,18
	tumor	plic	-3,98
	tumor	prsu	1,15
	tumor	prsu	-8,57
	tumor	prsu	4,67
		x#-í' ··?“« . J.í-1

Α· «···

tumor prsu	-2,06
mozek stádium 5 ALZ	-3,89
mozek stádium 5 ALZ	-1,33
mozek stádium 5 ALZ	-1,90
mozek stádium 5 ALZ	-1,29
plíce 24	-23,36
plíce 28	-11,05
plíce 23	-40,44
astmatické plíce	-5,33
astmatické plíce	2,40
astmatické plíce	5,80
astmatické plíce	-1,28
endotheliální VEGF	-1,89
endotheliální bFGF	-1,62
srdce T-l	-1,12
srdce T-14	-1,75
srdce T-3399	-3,52
BM stim.	0,00
osteocyty nedif.	5,01
chrupavka (celková)	-2,63
PBL HIV IIIB	-1,01
MRC5 HSV kmen F	15,82

Název genu sbg236015LIPASE

Silně exprimovaný v neutrofilech a eosinofilech, což ukazuj na funkci v imunitním systému. Další expresi lze pozorovat v RA a OA synoviu a v kostních vzorcích 1/3 OA. To ukazuje na účast 236015 v RA a OA. Vysoká exprese v kůži spolu s ex presí v neutrofilech a eosinofilech ukazuje na možné ovlivnění imunitní patologie kůže, to jest eosinofilie, psoriázy a exzému. Exprese v eosinofilech též ukazuje na ovlivnění

·· ····

·· ···« alergických reakcí. Exprese v neutrofilech ukazuje na úlohu antiinfekčních faktorů.

	Vzorek sbg236015LIPASE	Střední kopie GOI (vzorek 1)	Střední kopie GOI (vzorek 2)	Průměr kopií GOI	18S rRNA (ng)	50 ng/ /18S rRNA (ng)	deteko- vaných kopií mRNA/ 50 ng celkové RNA
	Subkutánní adi- pocyty Zenbio	0,00	11,45	5,73	3,06	16,34	93,55
	Subkutánní adip. tkáň Zenbio	0,00	1,33	0,67	0,96	52,36	34,82
	Nadledvina Clontech	0,52	5,04	2,78	0,61	81,97	227,87
	Celkový mozek Clontech	15,73	14,55	15, 14	7,24	6,91	104,56
	Fetální mozek Clontech	1,02	0,94	0,98	0,48	103,95	101,87
	Mozeček Clontech	0,38	0,39	0,39	2,17	23,04	8,87
	Děložní hrdlo	16,33	20,03	18,18	2,42	20,66	375,62
»	Kolon	32,41	50,89	41,65	2,71	18,45	768,45
	Endometrium	0,40	0,42	0,41	0,73	68,21	27,97
t	Jícen	5,45	22,47	13,96	1,37	36,50	509,49
íp	Srdce Clontech	0,92	0,00	0,46	1,32	37,88	17,42
	Hypothalamus	0,50	1,59	1,05	0,32	155,28	162,27
!·	Ileum	41,95	1, 51	21,73	2,58	19,38	421,12
	Jejunum	7,59	15,40	11,50	6,60	7,58	87,08
	Ledvina	5,32	6,82	6,07	2,12	23,58	143,16
	Játra	12,64	19,46	16,05	1,50	33,33	535,00
	Fetální játra Clontech	10,02	5,90	7,96	10,40	4,81	38,27

«·· ·· .·» «··· » · · · » · • * · » · · « · · · · · · • · · « · · · · • · ·· ·· · fr

Plíce	22,86	24,78	23,82	2,57	19,46	463,43
Mléčná žláza
Clontech	1,53	20,56	11, 05	13,00	3,85	42,48
Myometriům	16,05	1,34	8,70	2,34	21,37	185,79
Omentum	8,33	9,88	9,11	3,94	12,69	115,55
Vaječník	8,22	14,40	11,31	4,34	11,52	130,30
Pankreas	0,00	1,58	0,79	0,81	61,80	48,83
Hlava pankreasu	0,00	1,98	0,99	1,57	31,85	31,53
G. parotis	5,30	11,45	8,38	5,48	9,12	76,41
Placenta Clon-
tech	11,93	1,22	6,58	5,26	9,51	62,50
Prostata	0,00	0,00	0,00	3,00	16,67	0,00
Rektum	6,96	1,27	4,12	1,23	40,65	167,28
Sliňná žláza
Clontech	0,34	0,53	0,44	7,31	6,84	2,98
Kosterní sval
Clontech	176,88	0,41	88,65	1,26	39,68	3517,66
Kůže	95,17	147,16	121,17	1,27	41,32	5006,82
Tenké střevo
Clontech	0,35	1,31	0,83	0,98	. 51,07	42,39
Slezina	105,73	80,76	93,25	4,92	10,16	947,61
Žaludek	0,56	3,73	2,15	2,73	18,32	39,29
Varlata Clontech	0,79	0,78	0,79	0,57	87,87	68,98
Thymus Clontech	22,00	22,48	22,24	9,89	5,06	112,44
Štítná žláza	0,65	0,48	0,57	2,77	18,05	10,20
Trachea Clontech	1,20	0,00	0,60	9,71	5,15	3,09
Močový měchýř	5,59	8,67	7,13	5,47	9,14	65,17
Děloha	19,26	27,10	23,18	5,34	9,36	217,04

Vzorek	Reg. č.	Průměr	Deteko- Vzorek	Změna
sbg236015LIPASE	(identi-	kopií	vaně ko-	konforma-
	fikátor	GOI	pie	ce v ne-
	GSK)		mRNA/50	mocné po-

·· ···· ·· ·»·· • · · · · ·

	ng celkové RNA	pulaci
normální kolon				normální
GW98-167	21941	58,7	117,40	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-166	21940	300,92	601,84	kolonu	5,126405451
normální kolon				normální
GW98-178	22080	8,78	17,56	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-177	22060	23,74	47,48	kolonu	2,703872437
normální kolon				normální
GW98-561	23514	27,1	54,20	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-560	23513	39,16	78,32	kolonu	1,44501845
normální kolon				normální
GW98-894	24691	10,15	20,30	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-893	24690	144,58	289,16	kolonu	14,24433498
normální plíce				normální
GW98-3	20742	165,8	331,60	plíce
tumor plic				tumor
GW98-2	20741	80,9	161,80	plic	-2,049443758
normální plíce				normální
GW97-179	20677	37,81	75,62	plíce
tumor plic				tumor
GW97-178	20676	109,72	219,44	plic	2,90187781
normální plíce				normální
GW98-165	21922	150,06	300,12	plíce
tumor plic				tumor
GW98-164	21921	169,73	339,46	plic	1,131080901
normální plíce				normální
GW98-282	22584	489,42	978,84	plíce
tumor plic				tumor

GW98-281	22583	188,22	376,44	plic -2,600255021
normální prs				normální
GW00-392	28750	44,86	44,86	prs
tumor prsu				tumor
GW00-391	28746	46,35	92,70	prsu 2,06642889
normální prs				normální
GW00-413	28798	16,35	16,35	prs
tumor prsu				tumor
GW00-412	28797	55,98	111,96	prsu 6,847706422
normální prs				normální
GW00-235:238	27592-95	3,84	3,84	prs
tumor prsu				tumor
GW00-231:234	27588-91	35,8	35,80	prsu 9,322916667
normální prs				normální
GW98-621	23656	12,14	24,28	prs
tumor prsu				tumor
GWOO-98-620	23655	44,85	89,70	prsu 3,694398682
normální mozek				normální
BB99-542	25507	26,03	52,06	mozek
normální mozek				normální
BB99-406	25509	14,78	29,56	mozek
normální mozek				normální
BB99-904	25546	3,39	6,78	mozek
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-874	25502	35,71	71,42	dium 5 ALZ 2,423755656
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-887	25503	9,11	18,22	dium 5 A -1,617270399
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-862	25504	8,18	16,36	dium 5 A -1,801140994
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-927	25542	46,37	92,74	dium 5 A 3,147285068
CT plíce KC	normální	80,77	161,54	CT plíce
plíce 26 KC	normální	233,65	233,65	plíce 26

• ·

plíce 27 KC	normální	75,27	75,27	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	68,64	68,64	plíce 24 -1,876821096
plíce 28 KC	COPD	94,1	94,10	plíce 28 -1,369022317
plíce 23 KC	COPD	88,48	88,48	plíce 23 -1,455978752
plíce 25 KC	normální	44,84	44, 84	plíce 25
astmatické				astmatické
plíce ODO3112	29321	111,42	111,42	plíce -1,156210734
astmatické				astmatické
plíce ODO3433	29323	566,59	1133,00	plíce 8,794476771
astmatické				astmatické
plíce ODO3397	29322	262,77.	525,54	plíce 4,079487677
astmatické				astmatické
plíce ODO4928	29325	367,52	735,04	plíce 5,70572482
buňky endothe-				buňky en-
lu KC	kontrola	3,23	3,23	dothelu
buňky endothe-				buňky endo-
lu VEGF KC		3,41	3,41	thelu VEGF 1,055727554
buňky endothe-				buňky endo-
lu bFGF KC		0	0,00	thelu bFGF -3,23
srdce Clontech	normální	0	0,00	srdce
ischemické
srdce (T-l)	29417	35,96	71,92	srdce T-l 71,92
srdce (T-14) ne-
obstrukční DCM	29422	18,72	37,44	srdce T-14 37,44
srdce (T-3399)				srdce
DCM	29426	37,97	75,94	T-3399 75,94
adenoid GW99-269	26162	14,17	28,34	adenoid
mandle GW98-280	22582	51,21	102,42	mandle
T buňky
PC00314	28453	111,1	222,20	T buňky
PBMNC KC		162,01	162,01	PBMNC
monocyty KC		90,49	180,98	monocyty
B buňky PC00665	28455	109,71	219,42	B buňky

dendritické	dendritické
buňky 28441		2,44	4,88	buňky
neutrofily	28440	1110,91	1110,91	neutrofily
eosinofily	28446	835,72	1671,44	eosinofily
BM nestim. KC		181,05	181,05	BM nestim.
BM stim. KC		93,96	93,96	BM stim.	-1,92688378
osteo dif. KC		0	0,00	osteo dif.
osteo nedif. KC		0,72	0,72	osteo nedif.	0,72
chondrocyty		2,03	5,08	chondrocyty
OA synovium				OA
IP12/01	'29462	27,82	27,82	synovium
OA synovium				OA
NP10/01	29461	84,94	169,88	synovium
OA synovium				OA
NP57/00	28464	46,58	93,16	synovium
RA synovium				RA
NP03/01	28466	248,24	496,48	synovium
RA synovium				RA
NP71/00	28467	148,32	296,64	synovium
RA synovium				RA
NP45/00	28475	260,28	520,56	synovium
OA kost				OA kost
(biobanka)	29217	10,27	10,27	(biobanka)
OA kost
(vzorek 1)	J. Emory	17,32	34,64 '	OA kost
OA kost
(vzorek 2)	J. Emory	657,01	1314,02	OA kost
chrupavka				chrupavka
(celková)	normální	59,17	118,34	(celková)
chrupavka				chrupavka
(celková)	OA	23,33	46,660	(celková)	-2,53621946
PBL bez				PBL bez
infekce	28441	23,51	47,02	infekce

PBL HIV				PBL HIV
IIIB	28442	5,86	11,72	IIIB -4,011945392
MRC5 bez				MRC5 bez
infekce				infekce
(100 %)	29158	3,79	7,58	(100 %)
MRC5 HSV				MRC5 HSV
kmen F	29178	80,19	160,38	kmen F 21,15831135
buňky W12	29179	95,42	190,84	buňky W12
keratinocyty	29180	16,18	32,36	keratinocyty

Název genu sbg236015LIPASE

Chorobné tkáně

Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální

tumor	kolonu	5,13
tumor	kolonu	2,70
tumor	kolonu	1,45
tumor	kolonu	14,24
tumor	plic	-2,05
tumor	plic	2,90
tumor	plic	1,13
tumor	plic	-2,60
tumor	prsu	2,07
tumor	prsu	6,85
tumor	prsu	9,32
tumor	prsu	3,69
mozek	stádium 5 ALZ	2,42
mozek	stádium 5 ALZ	-1,62
mozek	stádium 5 ALZ	-1,80
mozek	stádium 5 ALZ	3,15

plíce 24	-1,88
plíce 28	-1,37
plíce 23	-1,46
astmatické plíce	-1,16
astmatické plíce	8,79
astmatické plíce	4,08
astmatické plíce	5,71
endotheliální VEGF	1,06
endotheliální bFGF	-3,23
srdce T-l	71,92
srdce T-14	37,44
srdce T-3399	75,94
BM stim.	-1,93
osteocyty nedif.	0,72
chrupavka (celková)	-2,54
PBL HIV IIIB	-4,01
MRC5 HSV kmen F	21,16

Název genu sbgl7005LAMININ

Exprese v adenoidních buňkách, buňkách mandlí a B-buňkách s prokázanou expresí ve vzorcích RA/OA a astmatických plicích (1/4) ukazuje na účast při těchto chorobách. Silná exprese mozku s nadměrnou expresí při Alzheimerově chorobě ukazuje na úlohu AD. Sestupná regulace v buňkách infikovaných HSV ukazuje na možný hostitelský buněčný faktor. Exprese v kolonu a v normálních/tumorových párech plic bez prokázané exprese v normálních tkáních ukazuje na imunitní buněčné infiltráty.

Vzorek sbg417005

LAMININ

Střední kopie GOI

Střední kopie GOI

Průměr 18S 50 ng/ deteko kopií rRNA /18S váných GOI (ng) rRNA kopií ·· ···* (ng) mRNA/ ng celkové RNA

(vzorek

1) (vzorek

2)

Subkutánní adipocyty Zenbio Subkutánní adip. tkáň Zenbio Nadledvina Clontech Celkový mozek Clontech Fetální mozek Clontech Mozeček Clontech

Děložní hrdlo Kolon

Endometriům Jícen

Srdce Clontech

Hypothalamus

Ileum

Jejunum

Ledvina

Játra

Fetální játra

Clontech

Plíce

Mléčná žláza

Clontech

Myometrium

60,2785303	73,59679955	66,94	3,06	16,34	1093,75
3,032572965	1,985862153	2,51	0,96	52,36	131,37
0,965703497	0,965703497	0,97	0,61	81,97	79,16
4131,557992	6997,879078	5564,72	7,24	6,91	8430,38
0,965703497	3,268211325	2,12	0,48	103,95	220,06
3,301057867	17,3966665	10,35	2,17	23,04	238,45
5,920484049	7,517891571	6,72	2,42	20,66	138,83
35,48962684	22,53180605	29,01	2,71	18,45	535,25
11,59757492	0,965703497	6,28	0,73	68,21	428,49
7,098528857	3,523216475	5,31	1,37	36,50	193,83
0,965703497	5,368977287	3,17	1,32	37,88	119,98
0,965703497	0,965703497	0,97	0,32	155,28	149,95
30,81006847	14,15032296	22,48	2,58	19,38	435,66
44,08994058	30,29386314	37,19	6,60	7,58	281,76
,9,424973981	15,68529125	12,56	2,12	23,58	296,11
3,742288161	0,965703497	2,35	1,50	33,33	78,47
94,45949484	93,8962252	94,18	10,40	4,81	452,78
13,84782444	19,95367566	16,90	2,57	19,46	328,81
107,7956161	95,02632495	101,41	13,00	3,85	390,04
12,50117866	14,93742804	13,72	2,34	21,37	293,15

• · · ·

	« · · ··· ·· - 75 -	• · · · ·· · ·	• · · · • · · 9
Omentum	13,998213	22,03816357	18,02	3,94	12,69	228,66
Vaj ečník	0,965703497	0,965703497	0,97	4,34	11,52	11,13
Pankreas	2,254750425	0,965703497	1,61	0,81	61,80	99,52
Hlava pankreasu	0,965703497	0,965703497	0,97	1,57	31,85	30,75
G. parotis	25,8930892	14,85668173	20,37	5,48	9,12	185,90
Placenta Clon-
těch	83,84029668	95,02632495	89,43	5,26	9,51	850,13
Prostata	8,047386733	15,18245262	11,61	3,00	16,67	193,58
Rektum	10,53572882	20,06385011	15,30	1,23	40,65	621,94
Slinná žláza
Clontech	62,43024331	57,19623352	59,81	7,31	6,84	409,12
Kosterní sval
Clontech	1,376746214	0,965703497	1,17	1,26	39,68	46,48
Kůže	0,965703497	0,965703497	0,97	1,21	41,32	39,91
Tenké střevo
Clontech	0,965703497	0,965703497	0,97	0,98	51,07	49,32
Slezina	0,965703497	5,740147492	3,35	4,92	10,16	34,07
Žaludek	0,965703497	0,965703497	0,97	2,73	18,32	17,69
Varlata Clon-
těch	0,965703497	0,965703497	0,97	0,57	87,87	84,86
Thymus Clontech	258,7386545	207,7169358	233,23	9,89	5,06	1179,11
Štítná žláza	12,56849785	19,09489343	15,83	2,77	18,05	285,77
Trachea Clon-
těch	24,35330878	31,87047641	28,11	9,71	5,15	144,76
Močový měchýř	51,81831091	57,53035871	54,67	5,47	9,14	499,77
Děloha	13,12099559	14,61718971	13,87	5,34	9,36	129,86

Vzorek	Reg. č.	Průměr	Deteko- Vzorek	Změna
Sbg417005LAMININ	(identi-	kopií GOI	vaně ko-	konforma-
	fikátor		pie	ce v ne-
	GSK)		mRNA/50	mocné po-
			ng celkové RNA	pulaci

normální kolon	normální
GW98-167	21941	15446,92728	30893,85	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-166	21940	23910,90415	47821,81	kolonu 1,547939193
normální kolon				normální
GW98-178	22080	14621,97321	29243,95	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-177	22060	2058,30396	4116,61	kolonu -7,10389403
normální kolon				normální
GW98-561	23514	5590,900474	11181,80	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-560	23513	12318,10362	24636,21	kolonu 2,203241442
normální kolon				normální
GW98-894	24691	4478,692403	8957,38	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-893	24690	7546,100944	15092,20	kolonu 1,684889308
normální plíce				normální
GW98-3	20742	23910,90415	47821,81	plíce
tumor plic				tumor
GW98-2	20741	35021,23317	70042,47	plic 1,464655328
normální plíce				normální
GW97-179	20677	23341,61421	46683,23	plíce
tumor plic				tumor
GW98-178	20676	24103,90252	48207,81	plic 1,032657909
normální plíce				normální
GW97-165	21922	18374,41273	36748,83	plíce
tumor plic				tumor
GW98-164	21921	34735,19726	69470,39	plic 1,890411289
normální plíce				normální
GW97-282	22584	3002,298467	6004,60	plíce
tumor plic				tumor
GW98-281	22583	3519,560955	7039,12	plic 1,172288829
normální prs				normální

GW00-392	28750	5978,671937	5978,67	prs
tumor prsu				tumor
GW00-391	28746	5674,721186	11349,44	prsu 1,898321649
normální prs				normální
GW00-413	28798	1523,643258	1523,64	prs
tumor prsu				tumor
GW00-412	28797	956,0902914	1912,18	prsu 1,255005444
normální prs				normální
GW00-235:238	27592-95	760,6128764	760,61	prs
tumor prsu				tumor
GW00-231-234	27588-91	4192,50003	4192,50	prsu 5,51200244
normální prs				normální
GW98-621	23656	5674,721186	11349,44	prs
tumor prsu				tumor
GW00-98-620	23655	8017,202071	16034,40	prsu 1,412792243
normální mozek				normální
BB99-542	25507	791,7818289	1583,56	mozek
normální mozek				normální
BB99-406	25509	524,990001	1049,98	mozek
normální mozek				normální
BB99-904	25546	396,8655236	793,73	mozek
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-874	25502	3203,498645	6407,00	dium 5 ALZ 5,60824372
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-887	25503	3925,505917	7851,01	dium 5 ALZ 6,87223450
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-862	25504	1502,651942	3005,30	dium 5 ALZ 2,63063583
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-927	25542	1555,711325	3111,42	dium 5 ALZ 2,7235248?
CT plíce KC	normální	3730,249874	7460,50	CT plíce
plíce 26 KC	normální	286,3143862	286,31	plíce 26
plíce 27 KC	normální	72,30560941	72,31	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	28,47771374	28,48	plíce 24 -69,258773«

i }».

• ·

plíce 28 KC	COPD	66,98006875	66,98	plíce 28 -29,44654382
plíce 23 KC	COPD	57,53035871	57,53	plíce 23 -34,28331708
plíce 25 KC	COPD	70,20637402	70,21	plíce 25
astmatické				astmatické
plíce ODO3112	29321	2304,915385	2304,92	plíce 1,168624722
astmatické				astmatické
plíce ODO3433	29323	3112,377018	6224,75	plíce 3,156038395
astmatické				astmatické
plíce ODO3397	29322	21892,2071	43784,41	plíce 22,19931768
astmatické				astmatické
plíce ODO4928	29325	5268,438364	10536,88	plíce 5,34234563
buňky endothe-				buňky en-
lu KC	kontrola	396,8655236	396,87	dothelu
buňky endothe-			V	buňky endo-
lu VEGF KC		157,1987188	157,20	thelu VEG -2,524610421
buňky endothe-				buňky endo-
lu bFGF KC		518,1542863	518,15	thelu bFGF 1,305616778
srdce Clontech	normální	1865,302957	3730,61	srdce
ischemické
srdce (T-l)	29417	3757,505456	7515,01	srdce T-l 2,014421005
srdce (T-14) ne-
obstrukční DCM	29422	1633,333543	3266,67	srdce T-14 -1,14202207.'
srdce (T-3399)				srdce
DCM	29426	2938,226492	5876,45	T-3399 1,575200683
adenoid GW99-269	26162	1238,725105	2477,45	adenoid
mandle GW98-280	22582	2288,625236	4577,25	mandle
T buňky
PC00314	28453	61,34444995	122,69	T buňky
PBMNC KC		5,341492957	5,34	PBMNC
monocyty KC		3,576686692	7,15	monocyty
B buňky PC00665	28455	716,2601536	1432,52	B buňky
deňdritické				deňdritické
buňky 28441		32,23243314	64,46	buňky

neutrofily	28440	32,9693996	32,97	neutrofily
eosinofily	28446	1,444144312	2,89	eosinofily
BM nestim. KC		5,951115795	5,95	BM nestim.
BM stim. KC		11,72233235	11,72	BM Stim. 1,969770503
osteo dif. KC		10,20495465	10,20	osteo dif.
osteo nedif. KC		8,526098078	8,53	ost. nedif.-1,196907959
chondrocyty		14621,97321	36554,93	chondrocyty
OA synovium				OA
IP12/01	29462	5549,480142	5549,48	synovium
OA synovium				OA
NP10/01	29461	3545,197127	7090,39	synovium
OA synovium				OA
NP57/00	28464	4223,325454	8446,65	synovium
RA synovium				RA
NP03/01	28466	1221,845309	2443,69	synovium
RA synovium				RA
NP71/00	28467	4892,67872	9785,36	synovium
RA synovium				RA
NP45/00	28475	1080,396739	2160,79	synovium
OA kost				OA kost
(biobanka)	29217	995,7612933	995,76	(biobanka)
OA kost
(vzorek 1)	J. Emory	982,3483914	1964,70	OA kost
OA kost
(vzorek 2)	J. Emory	472,8535333	945,71	OA kost
chrupavka				chrupavka
(celková)	normální	1213,496434	2426,99	(celková)
chrupavka				chrupavka
(celková)	OA	697,4302173	1394,86	(celková) -1,73995391
PBL bez				PBL bez
infekce	28441	161,1142664	322,23	infekce
PBL HIV				PBL HIV
IIIB	28442	191,5686557	383,14	IIIB 1,189023542

MRC5 bez				MRC5 bez
infekce				infekce
(100 %)	29158	5934,220593	11868,44	(100 %)
MRC5 HSV				MRC5 HSV
kmen F	29178	50,63206269	101,26	kmen F -117
buňky W12	29179	13843,2955	27686,59	buňky W12
keratinocyty	29180	11849,9156	23699,83	keratinocyty

Název genu sbg417005LAMININ

Chorobné tkáně Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální

tumor	kolonu	1,55
tumor	kolonu	-7,10
tumor	kolonu	2,20
tumor	kolonu	1,68
tumor	plic	1,46
tumor	plic	1,03
tumor	plic	1,89
tumor	plic	1,17
tumor	prsu	1,90
tumor	prsu	1,26
tumor	prsu	5,51
tumor	prsu	1,41
mozek	stádium 5 ALZ	5,61
mozek	stádium 5 ALZ	6,87
mozek	stádium 5 ALZ	2,63
mozek	stádium 5 ALZ	2,72
plíce	24	-69,26
plíce	28	-29,45
plíce	23	-34,28

astmatické plíce	1,17
astmatické plíce	3,16
astmatické plíce	22,20
astmatické plíce	5,34
endotheliální VEGF	-2,52
endotheliální bFGF	1,31
srdce T-l	2,01
srdce T-14	-1,14
srdce T-3399	1,58
BM stim.	1,97
osteocyty nedif.	-1,20
chrupavka (celková)	-1,74
PBL HIV IIIB '	1,19
MRC5 HSV kmen F	-117,20

Název genu sbg425649KINASEa

Silně exprimovaný v neutrofilech a eosinofilech, což ukazuje na funkci v imunitním systému, jako je ovlivnění alergických reakcí a protiinfekční působení. Nižší exprese v T buňkách. Exprese ve 2/3 kostních vzorků OA ukazuje na úlohu v OA. Silně exprimovaný v rektu a kosterním svalu, neznámá funkce.

» Ϊ»	Vzorek sbg425649KINASEa	Průměr kopií GOI (vzorek 1)	Průměr kopií GOI (vzorek 2)	Průměr kopií GOI	18S rRNA (ng)	50 ng/ /18S rRNA (ng)	deteko- vaných kopií mRNA/ 50 ng celkové RNA
	Podkožní adi- pocyty Zenbio	0,00	0,03	0,02	3,06	16,34	0,25
	Podkožní adipó- zní tkáň Zenbio	0,00	0,00	0,00	0,96	52,36	0,00

Nadledvina ·· ·· ···· • · · · · • · · · ·

Clontěch	0,23	0,00	0,12	0,61	81,97	9,43
Celkový mozek
Clontech	163,64	47,63	105,64	7,24	6,91	729,52
Fetální mozek
Clontech	0,47	0,00	0,24	0,48	103,95	24,43
Mozeček Clon-
tech	0,00	0,00	0,00	2,17	23,04	0,00
Děložní hrdlo	5,54	0,00	2,77	2,42	20,66	57,23
Kolon	0,70	0,00	0,35	2,71	18,45	6,46
Endometriům	0,33	0,06	0,20	0,73	68,21	13,30
Jícen	0,35	0,47	0,41	1/37	36,50	14,96
Srdce Clontech	0,00	0,00	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	0,00	0,00	0,00	0,32	155,28	0,00
Ileum	0,00	4,49	2,25	2,58	19,38	43,51
Jejunum	0,29	0,73	0,51	6,60	7,58	3,86
Ledvina	0,00	0,00	0,00	2,12	23,58	0,00
Játra	10,48	5,64	8,06	1,50	33,33	268,67
Fetální játra
Clontech	8,56	0,00	4,28	10,40	4,81	20,58
Plíce	0,00	0,00	0,00	2,57	19,46	0,00
Mléčná žláza
Clontech	0,00	0,00	00,00	13,00	3,85	0,00
Myometriům	8,61	5,00	6,81	2,34	21,37	145,41
Omentum	0,23	10,99	5,61	3,94	12,69	71,19
Vaj ečník	4,48	4,62	4,55	4,34	11,52	52,42
Pankreas	0,27	0,00	0,14	0,81	61,80	8,34
Hlava pankreasu	0,11	0,04	0,08	1,57	31,85	2,39
G. parotis	0,69	4,51	2,60	5,48	9,12	23,72
Placenta Clon-
tech	10,58	0,14	5,36	5,26	9,51	50,95
Prostata	9,74	6,18	7,96	3,00	16,67	132,67
Rektum	225,51	76,99	151,25	1,23	40,65	6148,37

Slinná žláza

	- 83 -	• ·· ·· · · • · · • · · • · · 9 9	·» 9999 •9 9 9 9 9 • 9 9 9 99 99	♦ · 9999 9 9 9 9 9 9 • 9 9 9 99 99
Clontech	60,93	67,22	64,08	7,31	6,84	438,27
Kosterní sval
Clontech	749,28	29,78	389,53	1,26	39,68	15457,54
Kůže	0,00	4,46	2,23	1,27	41,32	92,15
Tenké střevo
Clontech	0,73	0,00	0,37	0,98	51,07	18,64
Slezina	4,10	8,60	6,35	4,92	10,16	64,53
Žaludek	4,24	19,28	11,76	2,73	18,32	215,38
Varlata Clontech	10,11	6,34	8,23	0,57	87,87	722,76
Thymus Clontech	2,79	5,35	4,07	9,89	5,06	20,58
Štítná žláza	0,00	0,06	0,03	2,77	18,05	0,54
Trachea Clontech	5,24	14,14	9,69	9,71	5,15	49,90
Močový měchýř	0,09	0,00	0,05	5,47	9,14	0,41
Děloha	27,26	7,61	17,44	5,34	9,36	163,25

Vzorek sbg236015LIPASEa	Reg. č. (identifikátor GSK)	Průměr kopií GOI	Detekované kopie mRNA/50 ng celkové RNA	Vzorek	Změna konforma- ce v nemocné populaci
normální kolon				normální
GW98-167	21941	11,11	22,22	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-166	21940	7,3	14,60	kolonu	-1,521917808
normální kolon				normální
GW98-178	22080	0	0,00	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-177	22060	2,57	5,14	kolonu	5,14
normální kolon				normální
GW98-561	23514	0	0,00	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-560	23513	0	0,00	kolonu	0
normální kolon				normální

• φφ	φφ φφφφ	φφ φ
φ φ φ	• * φ	φ φ
• φ ·	φ φ φ φ	φ φ φ
♦ Φ φφ	φφ φφ	ΦΦ 1

GW98-894	24691	2,71	5,42	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-893	24690	8,51	17,02	kolonu
normální plíce				normální
GW98-3	20742	1,78	3,56	plíce
tumor plic				tumor
GW98-2	20741	0	0,00	plic
normální plíce				normální
GW97-179	20677	3,18	6,36	plíce
tumor plic				tumor
GW98-178	20676	2,64	5,28	plic
normální plíce				normální
GW97-165	21922	6,46	12,92	plíce
tumor plic				tumor
GW98-164	21921	19,99	39,98	plic
normální plíce				normální
GW97-282	22584	31,56	63,12	plíce
tumor plic				tumor
GW98-281	22583	7,47	14,94	plic
normální prs				normální
GW00-392	28750	5,68	5,68	prs
tumor prsu				tumor
GW00-391	28746	2,87	5,74	prsu
normální prs				normální
GWOO-413	28798	1,66	1,66	prs
tumor prsu				tumor
GW00-412	28797	1,99	3,98	prsu
normální prs				normální
GW00-235:238	27592-95	0	0,00	prs
tumor prsu				tumor
GW00-231:234	27588-91	2,19	2,19	prsu
normální prs				normální
GW98-621	23656	4,72	9,44	prs

3,140221402

-3,56

-1,204545455

3,094427245

-4,224899598

1,01056338

2,397590361

2,19

tumor prsu	tumor
GWOO-98-620	23655	0	0,00	prsu	-9,44
normální mozek				normální
BB99-542	25507	28,9	57,80	mozek
normální mozek				normální
BB99-406	25509	24,84	49,68	mozek
normální mozek				normální
BB99-904	25546	6,92	13,84	mozek
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-874	25502	23,65	47,30	dium 5 ALZ	1,169634026
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-887	25503	28,68	57,36	dium 5 A	1,418397626
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-862	25504	18,18	36,36	dium 5 A	-1,112211221
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-927	25542	14,18	28,36	dium 5 A	-1,425952045
CT plíce KC	normální	29,45	58,90	CT plíce
plíce 26 KC	normální	2,47	2,47	plíce 26
plíce 27 KC	normální	0	0,00	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	0	0,00	plíce 24	-15,3425
plíce 28 KC	COPD	0,3	0,30	plíce 28	-51,14166667
plíce 23 KC	CÓPD	0	0,00	plíce 23	-15,3425
plíce 25 KC	COPD	0	0,00	plíce 25
astmatické				astmatické
plíce ODO3112	29321	3,24	3,24	plíce	-4,735339506
astmatické				astmatické
plíce ODO3433	29323	88,32	176,64	plíce	11,51311716
astmatické				astmatické
plíce ODO3397	29322	55,65	111,30	plíce	7,254358807
astmatické				astmatické
plíce ODO4928	29325	50,64	101,28	plíce	6,601270979
buňky endothe-				buňky en-
lu KC	kontrola	0	0,00	dothelu

	• • · · • · • · • · • · · - 86 -	• · ·· ···· • ·. · · • · · · • · · · · • · · · · • · · · · ·	• · · · · · • · · • · · • · · · • · · · • · · ·
buňky endothe-				buňky endo-
lu VEGF KC		0	0,00	thelu VEGF
buňky endothe-				buňky endo-
lu bFGF KC		0	0,00	thelu bFGF
srdce Clontech	normální	15,26	30,52	srdce
ischemické
srdce (T-l)	29417	0	0,00	srdce T-l
srdce (T-14) ne-
obstrukční DCM	29422	3,69	7,38	srdce T-14
srdce (T-3399)				srdce
DCM	29426	0	0,00	T-3399
adenoid GW99-269	26162	0	0,00	adenoid
mandle GW98-280	22582	3,65	7,30	mandle
T buňky
PC00314	28453	167,51	335,02	T buňky
PBMNC KC		2,5	2,50	PBMNC
monocyty KC		2,37	4,74	monocyty
B buňky PC00665	28455	0	0,00	B buňky
dendritické				dendritické
buňky 28441		0	0,00	buňky
neutrofily	28440	1576,76	1576,76	neutrofily
eosinofily	28446	755,1	1510,20	eosinofily
BM nestim. KC		14,87	14,87	BM nestim.
BM stim. KC		45,45	45,45	BM stim.
osteo dif. KC		0	0,00	osteo dif.
osteo nedif. KC		0	0,00	ost. nedif.
chondrocyty		7,48	18,70	chondrocyty
OA synovium				OA
IP12/01	29462	17,79	17,79	synovium
OA synovium				OA
NP10/01	29461	14,09	28,18	synovium
OA synovium				OA
NP57/00	28464	11, 97	23,94	synovium

o o

30,52

4,135501355

30,52 ,056489576

O

	• · · · · ··· ·· ·· - 87 -	• · · · · · ·· ·· ··
RA synovium				RA
NP03/01	28466	6,84	13,68	synovium
RA synovium				RA
NP71/00	28467	22,88	45,76	synovium
RA synovium				RA
NP45/00	28475	1, 64	3,28	synovium
OA kost				OA kost
(biobanka)	29217	370,22	370,22	(biobanka)
OA kost
(vzorek 1)	J. Emory	3,21	6,42	OA kost
OA kost
(vzorek 2)	J. Emory	311,65	623,30	OA kost
chrupavka				chrupavka
(celková)	normální	32,23	64,46	(celková)
chrupavka				chrupavka
(celková)	OA	2,87	5,74	(celková) -11,2299651
PBL bez				PBL bez
infekce	28441	4,18	8,36	infekce
PBL HIV				PBL HIV
IIIB	28442	0	0,00	IIIB -8,36
MRC5 bez				MRC5 bez
infekce				infekce
(100 %)	29158	4,4	8,80	(100 %)
MRC5 HSV				MRC5 HSV
kmen F	29178	11,46	22,92	kmen F 2,604545455
buňky W12	29179	0	0,00	buňky W12
keratinocyty	29180	0	0,00	kerat inocyty

Název genu sbg425649KINASEa

Chorobné tkáně Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální tumor kolonu

-1,52 i* «

- 88 ··

tumor	kolonu	5,14
tumor	kolonu	0,00
tumor	kolonu	3,14
tumor	plic	-3,56
tumor	plic	-1,20
tumor	plic	3,09
tumor	plic	-4,22
tumor	prsu	1,01
tumor	prsu	2,40
tumor	prsu	2,19
tumor	prsu	-9,44
mozek	stádium 5 ALZ	1,17
mozek	stádium 5 ALZ	1,42
mozek	stádium 5 ALZ	-1,11
mozek	stádium 5 ALZ	-1,43
plíce	24	-15,34
plíce	28	-51,14
plíce	23	-15,34

astmatické plíce	-4,74
astmatické plíce	11,51
astmatické plíce	7,25
astmatické plíce	6,60
endotheliální VEGF	0,00
endotheliální bFGF	0,00
srdce T-l	-30,52
srdce T-14	-4,14
srdce T-3399	-30,52
BM stim.	3,06
osteocyty nedif.	0,00
chrupavka (celková)	-11,23
PBL HIV IIIB	-8,36
MRC5 HSV kmen F	2,60

- 89 !*

Název genu sbg419582PROTOCADHERIN

Mozkově specifická exprese. Žádná korelace s Alzheimerovou chorobou. Nízká exprese v synoviu RA a OA, avšak bez prokázané exprese v imunitních buňkách. Mírná vzestupná regulace při srdečním onemocnění. Nadměrná exprese v tumorech plic (1/4) a mléčné žláze (1/4).

Vzorek	Průměr	Průměr	Průměr	18S	50 ng/	deteko
sbg419582PROTO-	kopií	kopií	kopií	rRNA	/18S	váných
CADHERIN	GOI	GOI	GOI	(ng)	rRNA	kopií
	(vzorek	(vzorek			(ng)	mRNA/
	1)	2)				50 ng

celkové

RNA

Podkožní adi-

pocyty Zenbio	18,18	23,43	20,81	3,06	16,34	339,95
Podkožní adipó-
zní tkáň Zenbio	0,11	0,33	0,22	0,96	52,36	11,52
Nadledvina
Clontech	1,8	1,06	1,43	0,61	81,97	117,21
Celkový mozek
Clontech	10913,92	10314,42	10614,17	7,24	6,91	73302,28
Fetální mozek
Clontech	0,31	4,68	2,50	0,48	103,95	259,36
Mozeček Clon-
tech	0,1	4,58	2,34	2,17	23,04	53,92
Děložní hrdlo	0,22	1, 22	0,72	2,42	20,66	14,88
Kolon	0,31	13,73	7,02	2,71	18,45	129,52
Endometrium	0,1	0,58	0,34	0,73	68,21	23,19
Jícen	2,21	1, 96	2,09	1,37	36,50	76,09
Srdce Clontech	0,32	0	0,16	1,32	37,88	6,06
Hypothalamus	0,15	1,2	0,68	0,32	155,28	104,81
Ileum	2,77	1,03	1,90	2,58	19,38	36,82
Jejunum	0,26	1, 18	0,72	6,60	7,58	5,45

«··· • · · · · · • · · ·*· ··

Ledvina	1,99	0,28	1,14	2,12	23,58	26,77
Játra	7,59	12,42	10,01	1,50	33,33	333,50
Fetální játra
Clontech	18,75	11,04	14,90	10,40	4, 81	71,61
Plíce	7,19	0,71	3,95	2,57	19,46	76,85
Mléčná žláza
Clontech	88,14	97,88	93,01	13,00	3,85	357,73
Myometriům	0,51	4,8	2,66	2,34	21,37	56,73
Omentum	7,52	2,19	4,86	3,94	12,69	61,61
Vaječník	13,46	4., 84	9,15	4,34	11., 52	105,41
Pankreas	0,49	1,02	0,76	0,81	61,80	46,66
Hlava pankreasu	0,29	0,15	0,22	1,57	31,85	7,01
G. parotis	6,09	6,19	6,14	5,48	9,12	56,02
Placenta Clon-
tech	10,67	2,35	6,51	5,26	9,51	61,88
Prostata	2,02	3,59	2,81	3,00	16,67	46,75
Rektum	0,54	7,25	3,90	1,23	40,65	158,33
Slinná žláza
Clontech	20,51	13,73	17,12	7,31	6,84	117,10
Kosterní sval
Clontech	1,06	0,79	0,93	1,26	39,68	36,71
Kůže	13,09	0,6	6,85	1,21	41,32	282,85
Tenké střevo
Clontech	0,11	2,47	1,29	0,98	51,07	65,88
Slezina	1,05	11	6,03	4,92	10,16	61,23
Žaludek	0,95	1,3	1,13	2,73	18,32	20,60
Varlata Clontech	2,82	3,19	3,01	0,57	87,87	264,06
Thymus Clontech	117,82	118,81	118,32	9,89	5,06	598,15
Štítná žláza	2,34	2,29	2,32	2,77	18,05	41,79
Trachea Clontech	8,72	9,37	9,05	9,71	5,15	46,58
Močový měchýř	14,23	16,82	15,53	5,47	9,14	141,91
Děloha	1,49	27,26	14,38	5,34	9,36	134,60

1»· ··♦· ····

Vzorek sbg419582PROTO- CADHERIN	Reg. č. (identifikátor GSK)	Průměr kopií GOI	Detekované kopie mRNA/50 ng celkové RNA	Vzorek	Změna konformace v nemocné populaci
normální kolon				normální
GW98-167	21941	464,48	928,96	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-166	21940	84,22	168,44	kolonu	-5,515079554
normální kolon				normální
GW98-178	22080	32,8	65,60	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-177	22060	44,71	89,42	kolonu	1,363109756
normální kolon				normální
GW98-561	23514	135,5	271,00	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-560	23513	78,51	157,02	kolonu	-1,72589479
normální kolon				normální
GW98-894	24691	454,16	908,32	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-893	24690	51,37	102,74	kolonu	-8,840957757
normální plíce		1		normální
GW98-3	20742	60,35	120,70	plíce
tumor plic				tumor
GW98-2	20741	101,98	203,96	plic	1,689809445
normální plíce				normální
GW97-179	20677	264	528,00	plíce
tumor plic				tumor
GW97-178	20676	78,49	156,98	plic	-3,363485794
normální plíce				normální
GW97-165	21922	88,19	176,38	plíce
tumor plic				tumor

*· ···· ·· ·*·· • · • · · • · • ·» ·· ·· ► · © ► · · · ·» ·«

GW98-164	21921	7554,58	15109,16	plic 85,66254677
normální plíce					normální
GW98-282	22584		344,2	688,40	plíce
tumor plic					tumor
GW98-281	22583		45,51	91,02	plic -7,563172929
normální prs					normální
GW00-392	28750		132,43	132,43	prs
tumor prsu					tumor
GW00-391	28746		98,14	196,28	prsu 1,482141509
normální prs					normální
GW00-413	28798		154,37	154,37	prs
tumor prsu					tumor
GWOO-412	28797		1289,09	2578,18	prsu 16,70130207
normální prs					normální
GW00-235:238	27592-	95	18,63	18,63	prs
tumor.prsu					tumor
GW00-231.-234	27588-	91	133,52	133,52	prsu 7,166935051
normální prs					normální
GW98-621	23 656		1334,91	2669,82	prs
tumor prsu					tumor
GW00-98-620	23655		212,39	424,78	prsu, -6,285182918
normální mozek					normální
BB99-542	25507		6816,47	13632,94	mozek
normální mozek					normální
BB99-406	25509		1984,48	3968,96	mozek
normální mozek					normální
BB99-904	25546		2805,82	5611,64	mozek
mozek stádium					mozek stá-
5 ALZ BB99-874	25502		467,59	935,18	dium 5 ALZ -8,274178946
mozek stádium					mozek stá-
5 ALZ BB99-887	25503		3104,22	6208,44	dium 5 A -1,24634315
ΐ mozek stádium					mozek stá-
5 ALZ ΒΒ99-862^	25504		1889,81	3779,62	dium 5 A -2,047255191

mozek stádium	mozek stá-
5 ALZ BB99-927	25542	2902,29	5804,58	dium 5 A	-1,333058837
CT plíce KC	normální	103,32	206,64	CT plíce
plíce 26 KC	normální	1,13	1,13	plíce 26
plíce 27 KC	normální	1,51	1,51	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	1,47	1,47	plíce 24	-35,82312925
plíce 28 KC	COPD	0	0,00	plíce 28	-52,66
plíce 23 KC	COPD	1,91	1,91	plíce 23	-27,57068063
plíce 25 KC	COPD	1,36	1,36	plíce 25
astmatické				astmatické
plíce ODO3112	2 9321	2,68	2,68	plíce	-19,64925373
astmatické				astmatické
plíce ODO3433	29323	3,25	6,50	plíce	-8,101538462
astmatické				astmatické
plíce ODO3397	29322	26,23	52,46	plíce	-1,003812429
astmatické				astmatické
plíce ODO4928	29325	7,15	14,30	plíce	-3,682517483
buňky endothe-				buňky en-
lu KC	kontrola	15,9	15,90	dothelu
buňky endothe-				buňky endo-
lu VEGF KC		8,26	8,26	thelu VEGF	-1,924939467
buňky endothe-				buňky endo-
lu bFGF KC		2,01	2,01	thelu bFGF	-7,910447761
srdce Clontech	normální	7,9	15,80	srdce
ischemické
srdce (T-l)	29417	67,47	134,94	srdce T-l	8,540506329
srdce (T-14) ne-
obstrukční DCM	29422	106,83	213,66	srdce T-14	13,52278481
srdce (T-3399)				srdce
DCM	29426	425,28	850,56	T-3399	53,83291139
adenoid GW99-269	26162	15,98	31,96	adenoid
mandle GW98-280	22582	17,95	35,90	mandle
T buňky
y á

PC00314	28453	3,18	6,36	T buňky
PBMNC KC		0	0,00	PBMNC
monocyty KC		0,81	1,62	monocyty
B buňky PC00665	28455	2,74	5,48	B buňky
dendritické				dendritické
buňky 28441		0	0,00	buňky
neutrofily	28440	0	0,00	neutrofily
eosinofily	28446	0	0,00	eosinofily
BM nestim. KC		0	0,00	BM nestim.
BM stim. KC		0	0,00	BM stim.
osteo dif. KC		2,34	2,34	osteo dif.
osteo nedif. KC		0	0,00	ost· nedif.
chondrocyty		145,14	362,85	chondrocyty
OA synovium				OA
IP12/01	29462	320,78	320,78	synovium
OA synovium				OA
NP10/01	29461	396,85	793,70	synovium
OA synovium				OA
NP57/00	28464	329,87	659,74	synovium
RA synovium				RA
NP03/01	28466	103,85	207,70	synovium
RA synovium				RA
NP71/00	28467	617,72	1235,44	synovium
RA synovium				RA
NP45/00	28475	63,13	126,26	synovium
OA kost				OA kost
(biobanka)	29217	3,19	3,19	(biobanka)
OA kost
(vzorek 1)	J. Emory	126,87	253,74	OA kost
OA kost
(vzorek 2)	J. Emory	44,76	89,52	OA kost
chrupavka				chrupavka
(celková)	normální	502,66	1005,32	(celková)

-2,431127878 • · · « · · · • .·

chrupavka				chrupavka
(celková)	OA	206,76	413,52	(celková)
PBL bez				PBL bez
infekce	28441	0	0,00	infekce
PBL HIV				PBL HIV
IIIB	28442	0	0,00	IIIB	0
MRC5 bez				MRC5 bez
infekce				infekce
(100 %)	29158	0	0	(100 %)
MRC5 HSV				MRC5 HSV
kmen F	29178	17,73	35,46	kmen F	3)
buňky W12	29179	0,62	1,24	buňky W12
keratinocyty	29180	22,63	45,26	keratinocyty

35,46

Název genu sbg419582PROTOCADHERIN

Chorobné tkáně

Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální

tumor	kolonu	-5,52
tumor	kolonu	1,36
tumor	kolonu	-1,73
tumor	kolonu	-8,84
tumor	plic	1,69
tumor	plic	-3,36
tumor	plic	85,66
tumor	plic	-7,56
tumor	prsu	1,48
tumor	prsu	16,70
tumor	prsu	7,17
tumor	prsu	-6,29
mozek	stádium 5 ALZ	-8,27

mozek stádium 5 ALZ	-1,25
mozek stádium 5 ALZ	-2,05
mozek stádium 5 ALZ	-1,33
plíce 24	-35,82
plíce 28	-52,66
plíce 23	-27,57
astmatické plíce	-19,65
astmatické plíce	-8,10
astmatické plíce	-1,00
astmatické plíce	-3,68
endotheliální VEGF	-1,92
endotheliální bFGF	-7,91
srdce T-l	8,54
srdce T-14	13,52
srdce T-3399	53,83
BM stim.	0,00
osteocyty nedif.	-2,34
chrupavka (celková)	-2,43
PBL HIV IIIB	0,00
MRC5 HSV kmen F	35,46

Název genu sbg453915TECT0RINa

Celkově velmi nízká exprese. Exprese v ženských reprodukčních tkáních ukazuje, že protein může být vylučován těmito typy tkání.

Vzorek	Průměr	Průměr	Průměr	18S	50 ng/	deteko
sbg453915TECTO-	kopií	kopií	kopií	rRNA	/18S	váných
RINa	GOI	GOI	GOI	(ng)	rRNA	kopií
	(vzorek	(vzorek			(ng)	mRNA/
	1)	2)				50 ng

celkové

RNA

Podkožní adi-

pocyty Zenbio	2,70	5,41	4,06	3,06	16,34	66,26
Podkožní adipó-
zní tkáň Zenbio	0,00	0,00	0,00	0,96	52,36	0,00
Nadledvina
Clontěch	3,75	5,67	4,71	0,61	81,97	386,07
Celkový mozek
Clontech	22,57	27,88	25,23	7,24	6,91	174,21
Fetální mozek
Clontech	2,42	1,80	2,11	0,48	103,95	219,36
Mozeček Clon-
tech	0,00	1,93	0,97	2,17	23,04	22,24
DŠložní hrdlo	2,90	2,10	2,50	2,42	20,66	51,65
Kolon	11,19	2,68	6,94	2,71	18,45	127,95
Endometriům	4,79	19,31	12,05	0,73	68,21	821,96
Jícen	2,06	2,93	2,50	1,37	36,50	91,06
Srdce Clontech	5,42	7,31	6,37	1,32	37,88	241,10
Hypothalamus	0,00	3,70	1,85	0,32	155,28	287,27
Ileum	3,72	18,75	11,24	2,58	19,38	217,73
Jejunum	28,49	49,80	39,15	6,60	7,58	296,55
Ledvina	2,12	4,37	3,25	2,12	23,58	76,53
Játra	15,74	39,80	27,77	1,50	33,33	925,67
Fetální játra
Clontech	27,96	26,14	27,05	10,40	4, 81	130,05
Plíce	0,00	2,37	1,19	2,57	19,46	23,05
Mléčná žláza
Clontech	19,68	19,22	19,45	13,00	3,85	74,81
Myometriům	3,40	1,71	2,56	2,34	21,37	54,59
Omentum	14,33	138,99	76,66	3,94	12,69	972,84
Vaječník	46,55	37,80	42,18	4,34	11,52	485,89
Pankreas	4,26	2,19	3,23	0,81	61,80	199,32
Hlava pankreasu	1,93	1,52	1,73	1,57	31,85	54,94
G. parotis	4,04	5,93	4,99	5,48	9,12	45,48

tί» í«

Placenta Clon-

těch	3,69	15,48	9,59	5,26	9,51	91,11
Prostata	7,94	28,75	18,35	3,00	16,67	305,75
Rektum	11,09	3,41	7,25	1,23	40,65	294,72
Slinná žláza
Clontech	0,00	1,45	0,73	7,31	6,84	4,96
Kosterní sval
Clontech	4,76	0,00	2,38	1,26	39,68	94,44
Kůže	0,00	1,39	0,70	1,21	41,32	28,72
Tenké střevo
Clontech	2,20	1,41	1,81	0,98	51,07	92,19
Slezina	7,15	8,12	7,64	4,92	10,16	77,59
Žaludek	1,98	0,00	0,99	2,73	18,32	18,13
Varlata Clontech	6,83	2,61	4,72	0,57	87,87	414,76
Thymus Clontech	0,00	0,00	0,00	9,89	5,06	0,00
Štítná žláza	2,38	1,88	2,13	2,77	18,05	38,45
Trachea Clontech	í, 71	9,25	5,48	9,71	5,15	28,22
Močový měchýř	3,72	8,22	5,97	5,47	9,14	54,57
Děloha	74,31	73,54	73,93	5,34	9,36	692,18

Vzorek	Reg. č.	Průměr	Deteko- Vzorek	Změna
sbg453915TECTO-	(identi-	kopií	váné ko-	konforma-
RINa	fikátor GSK)	GOI	pie mRNA/50 ng celkové RNA	ce v nemocné populaci

normální kolon GW98-167 tumor kolonu GW98-166 normální kolon GW98-178

21941 131,15

21940 85,76

22080 1,82

262,30	normální kolon
171,52	tumor kolonu
3,64	normální kolon

-1,529267724

tumor kolonu	tumor
GW98-177	22060	10,14	20,28	kolonu	5,571428571
normální kolon				normální
GW98-561	23514	14,25	28,50	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-560	23513	9,89	19,78	kolonu	-1,440849343
normální kolon				normální
GW98-894	24691	32,05	64,10	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-893	24690	53,06	106,12	kolonu	1,655538222
normální plíce				normální
GW98-3	20742	6,9	13,80	plíce
tumor plic				tumor
GW98-2	20741	0,81	1,62	plic	-8,518518519
normální plíce				normální
GW97-179	20677	1,19	2,38	plíce
tumor plic				tumor
GW98-178	20676	0	0,00	plic	-2,38
normální plíce				normální
GW97-165	21922	0,91	1,82	plíce
tumor plic				tumor
GW98-164	21921	5,99	11,98	plic	6,582417582
normální plíce				normální
GW97-282	22584	5,93	11,86	plíce
tumor plic				tumor
GW98-281	22583	1,54	3,08	plic	-3,850649351
normální prs				normální
GW00-392	28750	6,88	6,88	prs
tumor prsu				tumor
GW00-391	28746	4,24	8,48	prsu	1,23255814
normální prs				normální
GW00-413	28798	0	0,00	prs
tumor prsu				tumor

ί:

100

GW00-412	28797	13,96	27,92	prsu 27,92
normální prs				normální
GW00-235:238	27592-	95 14,42	14,42	prs
tumor prsu				tumor
GW00-231:234	27588-	91 0	0,00	prsu -14,42
normální prs				normální
GW98-621	23656	5,81	11,62	prs
tumor prsu				tumor
GW00-98-620	23655	0	0,00	prsu -11,62
normální mozek				normální
BB99-542	25507	20,59	41,18	mozek
normální mozek				normální
BB99-406	25509	15,98	31,96	mozek
normální mozek				normální
BB99-904	25546	2,38	4,76	mozek
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-874	25502	25,45	50,90	dium 5 ALZ 1,960205392
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-887	25503	35,78	71,56	dium 5 A 2,755840822
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-862	25504	13,83	27,66	dium 5 A 1,06521181
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-927	25542	21,67	43,34	dium 5 A 1,669062901
CT plíce KC	normální 6,52	13,04	CT plíce
plíce 26 KC	normální 2,1	2,10	plíce 26
plíce 27, KC	normální 0,84	0,84	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	1,25	1,25	plíce 24 -3,432
plíce 28 KC	COPD	0	0,00	plíce 28 -4,29
plíce 23 KC	COPD	1,16	1,16	plíce 23 -3,698275862
plíce 25 KC	COPD	1,18	1,18	plíce 25
astmatické				astmatické
plíce ODO3112	29321	4,9	4,90	plíce 1,142191142
astmatické				astmatické

·· ·· ···· ·9 999· • 9 9 9 9 · · · • · 9 9 9 9··

9···9 9 9 9 · 9

- 101 -

plíce ODO3433	29323	0,83	1,66	’ plíce -2,584337349
astmatické				astmatické
plíce ODO3397	29322	2,46	4,92	plíce 1,146853147
astmatické				astmatické
plíce ODO4928	29325	6	12,00	plíce 2,797202797
buňky endothe-				buňky en-
lu KC	kontrola	2,52	2,52	dothelu
buňky endothe-				buňky endo-
lu VEGF KC		1,28	1,28	thelu VEGF -1,96875
buňky endothe-				buňky endo-
lu bFGF KC		0	0,00	thelu bFGF -2,52
srdce Clontech	normální	0	0,00	srdce
ischemické
srdce (T-l)	29417	3,58	7,16	srdce T-l 7,16
srdce (T-14) ne-
obstrukční DCM	29422	0	0,00	srdce T-14 0
srdce (T-3399)				srdce
DCM	29426	0	0,00	T-3399 0
adenoid GW99-269	26162	2,29	4,58	adenoid
mandle GW98-280	22582	1,85	3,70	mandle
T buňky
PC00314	28453	4,29	8,58	T buňky
PBMNC KC		0	0,00	PBMNC
monocyty KC		3,39	6,78	monocyty
B buňky PC00665	28455	6,04	12,08	B buňky
dendritické				dendritické
buňky 28441		0,83	1,66	buňky
neutrofily	28440	34, 69	34,69	neutrofily
eosinofily	28446	2,86	5,72	eosinofily
BM nestim. KC		0	0,00	BM nestim.
BM stim. KC		12,8	12,80	BM stim. 12,8
osteo dif. KC		0	0,00	osteo dif.
osteo nedif. KC		0	0,00	ost. nedif. 0

102

chondrocyty	4,78	11,95	chondrocyty
OA synovium				OA
IP12/01	29462	18,31	18,31	synovium
OA synovium				OA
NP10/01	29461	0	0,00	synovium
OA synovium				OA
NP57/00	28464	11,46	22,92	synovium
RA synovium				RA
NP03/01	28466	0,87	1,74	synovium
RA synovium				RA
NP71/00	28467	26,95	53,90	synovium
RA synovium				RA
NP45/00	28475	18,91	37,82	synovium
OA kost				OA kost
(biobanka)	29217	0	0,00	(biobanka)
OA kost
(vzorek 1)	J. Emory	8,66	17,32	OA kost
OA kost
(vzorek 2)	J. Emory	7,8	15,60	OA kost
chrupavka				chrupavka
(celková)	normální	16,93	33,86	(celková)
chrupavka				chrupavka
(celková)	OA	6,39	12,78	(celková)
PBL bez				PBL bez
infekce	28441	0	0,00	infekce
PBL HIV				PBL HIV
IIIB	28442	1,15	2,30	IIIB
MRC5 bez				MRC5 bez
infekce				infekce
(100 %)	29158	0	0,00	(100 %)
MRC5 HSV				MRC5 HSV
kmen F	29178	70,84	141,68	kmen F
buňky W12	29179	5,59	11,18	buňky W12

-2,649452269

2,3

141,68 ·· ·· · · ··

103 keratinocyty 29180 0 0,00 keratinocyty

Název genu sbg453915TECTORINa

Chorobné tkáně Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální

tumor	kolonu	-1,53
tumor	kolonu	5,57
tumor	kolonu	-1,44
tumor	kolonu	1,66
tumor	plic	-8,52
tumor	plic	-2,38
tumor	plic	6,58
tumor	plic	-3,85
tumor	prsu	1,23
tumor	prsu	27,92
tumor	prsu	-14,42
tumor	prsu	-11,62
mozek	stádium 5 ALZ	1,96
mozek	stádium 5 ALZ	2,76
mozek	stádium 5 ALZ	1,07
mozek	stádium 5 ALZ	1,67
plíce	24	-3,43
plíce	28	-4,29
plíce	23	-3,70
astmatické plíce	1,14
astmatické plíce	-2,58
astmatické plíce	1,15
astmatické plíce	2,80
endotheliální VEGF	-1,97
endotheliální bFGF	-2,52
srdce	T-l	7,16

- 104 -

srdce T-14	0,00
srdce T-3399	0,00
BM stim.	12,80
osteocyty nedif.	0,00
chrupavka (celková)	-2,65
PBL HIV IIIB	2,30
MRC5 HSV kmen F	141,68

Název genu SBh385630.antiinflam

Určitá exprese v adenoidu, mandlích a T-buňkách ukazující na úlohu imunitního systému. Exprese v GI tkáních ukazuje na úlohu v trávicím systému a možnou úlohu v chorobách trávicího systému, jako je IBD. Nadměrná exprese v tumorech plic (1/4) a kolonu (1/4) ukazující na úlohu při rakovině plic a kolonu. Zvýšená exprese ve vzorcích ischemického a rozšířeného srdce ukazující na úlohu v kardiovaskulárních chorobách konzistentních s kardiální hypertrofii. Exprese v celkovém mozku, která však není lokalizovaná na hypothalamus, mozeček či kůru.

Vzorek	Průměr	Průměr	Průměr	18S	50 ng/	deteko
SBh385630.anti-	kopií	kopií	kopií	rRNA	/18S	váných
inf lam	GOI	GOI	GOI	(ng)	rRNA	kopií
	(vzorek	(vzorek			(ng)	mRNA/
	1)	2)				50 ng

celkové

RNA

Podkožní adi-

pocyty Zenbio	0,00	6,41	3,21	3,06	16,34	52,37
Podkožní adipó-
zní tkáň Zenbio	0,00	0,00	0,00	0,96	52,36	0,00
Nadledvina
Clontech	8,40	0,00	4,20	0,61	81,97	344,26

- 105 -

• ·	00 ·· • ·	0	0000 0	00 0	0 0 0 0
• 0	0 0 0	0	0	0 0	0
• ·	• 0	0	0 0	0	• 0
• 0	00 00		0 0	0 0	0 0

Celkový mozek

Clontech	817,17	466,76	641,97	7,24	6,91	4433,46
Fetální mozek
Clontech	3,80	0,00	1, 90	0,48	103,95	197,51
Mozeček Clon-
tech	6,66	0,00	3,33	2,17	23,04	76,73
Děložní hrdlo	11,99	12,30	12,15	2,42	20,66	250,93
Kolon	55,51	211,32	133,42	2,71	18,45	2461,53
Endometriům	0,00	0,001	0,005	0,73	68,21	0,00
Jícen	11,75	30,29	21,02	1,37	36,50	761,15
Srdce Clontech	0,00	0,00	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	0,00	0,00	0,00	0,32	155,28	0,00
Ileum	40,37	42,85	41,61	2,58	19,38	806,40
Jejunum	200,19	263,82	232,01	6,60	7,58	1757,61
Ledvina	18,38	34,53	26,46	2,12	23,58	623,94
Játra	11,00	17,20	14,10	1,50	33,33	470,00
Fetální játra
Clontech	150,74	123,93	137,34	10,40	4,81	660,26
Plíce	82,73	77,24	79,99	2,57	19,46	1556,13
Mléčná žláza
Clontech	161,37	155,19	158,28	13,00	3,85	608,77
Myometriům	5,79	9,38	7,59	2,34	21, 37	162,07
Omentum	36,14	46,809	41,47	3,94	12,69	526,27
Vaj ečník	59,25 .	44,29	51,77	4,34	11,52	596,43
Pankreas	6,29	6,70	6,50	0,81	61,80	401,42
Hlava pankreasu	0,00	26,25	13,13	1,57	31,85	417,99
G. parotis	8,77	52,96	30,87	5,48	9,12	281,61
Placenta Clon-
tech	4,11	0,008	2,06	5,26	9,51	19,53
Prostata	100,91	49,99	75,45	3,00	16,67	1257,50
Rektum	180,24	305,61	242,93	1,23	40,65	9875,00
Slinná žláza
Clontech	49,36	70,01	59,69	7,31	6,84	408,24

<* .ji· φφφφ φφφ φ ♦ · φ φ · · φ ·

- 106 φ · φ φ φ φ φφφφ « φ φφ φφ φφ φφ

Kosterní sval

Clontech	0,00	0,00	0,00	1,26	39,68	0,00
Kůže	18,00	3,22	10,61	1,21	41,32	438,43
Tenké střevo
Clontech	3,90	2,55	3,23	0,98	51,07	164,71
Slezina	9,67	5,60	7,64	4,92	10,16	77,59
Žaludek	32,34	83,60	57,97	2,73	18,32	1061,72
Varlata Clontech	3,53	0,00	1,77	0,57	87,87	155,10
Thymus Clontech	73,66	60,02	66,84	9,89	5,06	337,92
Štítná žláza	15,87	12,31	14,09	2,77	18,05	254,33
Trachea Clontech	98,68	187,11	142,90	9,71	5,15	735,81
Močový měchýř	118,92	101,91	110,42	5,47	9,14	1009,28
Děloha	9,031	24,21	16,62	5,34	9,36	155,62

Vzorek SBh385630.antiinflam	Reg. č. (identifikátor GSK)	Průměr - kopií GOI	Detekované kopie mRNA/50 ng celkové RNA	Vzorek	Změna konformace v nemocné populaci
normální kolon				normální
GW98-167	21941	6479,77	12959,54	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-166	21940	7824,02	15648,04	kolonu	1,207453351
normální kolon				normální
GW98-178	22080	343,81	687,62	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-177	22060	3011,93	6023,86	kolonu	8,760449085
normální kolon				normální
GW98-561	23514	5457,38	10914,76	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-560	23513	4017,14	8034,28	kolonu	-1,358523726
normální kolon				normální

• ·* *« *··· *· ···· • · · β «· « β « β β · « β « β

107

GW98-894	24691	14903,68	29807,36	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-893	24690	4814,19	9628,38	kolonu	-3,095781429
normální plíce				normální
GW98-3	20742	3731,84	7463,68	plíce
tumor plic				tumor
GW98-2	20741	719,6	1439,20	plic	-5,185992218
normální plíce				normální
GW97-179	20677	1090,56	2181,12	plíce
tumor plic				tumor
GW98-178	20676	6187,22	12374,44	plic	5,673433832
normální plíce				normální
GW97-165	21922	8416,82	16833,64	plíce
tumor plic				tumor
GW98-164	21921	4405,14	8810,28	plic	-1,910681613
normální plíce				normální
GW97-282	22584	2033,26	4066,52	plíce
tumor plic				tumor
GW98-281	22583	1785,69	3571,38	plic	-1,138641086
normální prs				normální
GW00-392	28750	1583,49	1583,49	prs
tumor prsu				tumor
GW00-391	28746	1334,89	2669,78	prsu	1,686010016
normální prs				normální
GWOO-413	28798	1225,92	1225,92	prs
tumor prsu				tumor
GWOO-412	28797	1213,71	2427,42	prsu	1,980080266
normální prs				normální
GW00-235:238	27592-95	862,26	862,26	prs
tumor prsu				tumor
GW00-231:234	27588-91	1766,08	1766,08	prsu	2,048198919
normální prs				normální
GW98-621	23656	1420,57	2841,14	prs

108

	·* ·»		«0	»»te
• ·	• · ·	•	•	• ·
• ·	• · # ·	•	• ·	• ·
• ·	* · 4	• ·	•	• · ·
• ·	·* ·«	·.·	·<»	··

tumor prsu	tumor
GW00-98-620	23655	760,05	1520,10	prsu	1,869048089
normální mozek				normální
BB99-542	25507	679,48	1358,96	mozek
normální mozek				normální
BB99-406	25509	423,69	847,38	mozek
normální mozek				normální
BB99-904	25546	401,34	802,68	mozek
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-874	25502	264,51	529,02	dium 5 ALZ	-1,895971167
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-887	25503	648,88	1297,76	dium 5 A	1,293869765
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-862	25504	234,97	469,94	dium 5 A	-2,134329205
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-927	25542	404,55	809,10	dium 5 A	-1,239657232
CT plíce KC	normální	. 6620,85	13241,70	CT plíce
plíce 26 KC	normální	. 320,43	320,43	plíce 26
plíce 27 KC	normální	' 164,59	164,59	plíce 27
plíce 24 KC	COPD .....	141,57	141,57	plíce 24	-25,25392032
plíce 28 KC	COPD	323,8	323,80	plíce 28	-11,04137585
plíce 23 KC	COPD	363,35	363,35	plíce 23	-9,839541764
plíce 25 KC	COPD	574,07	574,07	plíce 25
astmatické				astmatické
plíce ODO3112	29321	6073,99	6073,99	plíce	1,698924325
astmatické				astmatické
plíce ODO3433	29323	4568,41	9136,82	plíce	2,555612662
astmatické				astmatické
plíce 0D03397	29322	17389,11	34778,22	plíce	9,727636026
astmatické				astmatické
plíce ODO4928	29325	4719,27	9438,54	plíce	2,640005203
buňky endothe-				buňky en-

lu KC kontrola 0 dothelu

0,00 ·· ····

- 109

r · · • · · • · · • ·· · ·· ·· fc· ·«*·· • · ··

buňky endothe-	buňky endo-
lu VEGF KC		0	0,00	thelu VEGF	0
buňky endothe-				buňky endo-
lu bFGF KC		0	0,00	thelu bFGF	0
srdce Clontech	normální	0	0,00	srdce
ischemické
srdce (T-l)	29417	599,01	1198,02	srdce T-l	56,3508937
srdce (T-14) ne-
obstrukční DCM	29422	666,41	1332,82	srdce T-14	62,6914932
srdce (T-3399)				srdce
DCM	29426	142,85	285,70	T-3399	13,43838194
adenoid GW99-269	26162	1138	2276,00	adenoid
mandle GW98-280	22582	561,57	1123,14	mandle
T buňky
PC00314	28453	736,27	1472,54	T buňky
PBMNC KC		0	0,00	PBMNC
monocyty KC		30,38	60,76	monocyty
B buňky PC00665	28455	204,15	408,30	B buňky
dendritické				dendritické
buňky 28441		57,66	115,32	buňky
neutrofily	28440	13,3	13,30	neutrofily
eosinofily	28446	5,71	11,42	eosinofily
BM nestim. KC		0	0,00	BM nestim.
BM stim. KC		50,38	50,38	BM stim.	50,38
osteo dif. KC		8,62	8,62	osteo dif.
osteo nedif. KC		0	0,00	ost. nedif.	-8,62
chondrocyty		14,98	37,45	chondrocyty
OA synovium				OA
IP12/01	29462	134,63	134,63	synovium
OA synovium				OA
NP10/01	29461	73,89	147,78	synovium
OA synovium				OA
NP57/00	28464	106,98	213,96	synovium

110

RA synovium RA

NP03/01	28466	26,59	53,18	synovium
RA synovium				RA
NP71/00	28467	60,88	121,76	synovium
RA synovium				RA
NP45/00	28475	60,81	121,62	synovium
OA kost				OA kost
(biobanka)	29217	98,18	98,18	(biobanka)
OA kost
(vzorek 1)	J. Emory	78,3	156,60	OA kost
OA kost
(vzorek 2)	J. Emory	107,7	215,40	OA kost
chrupavka				chrupavka
(celková)	normální	72,21	144,42	(celková)
chrupavka				chrupavka
(celková)	OA	48,61	97,22	(celková) -1,485496811
PBL bez				PBL bez
infekce	28441	30,22	60,44	infekce
PBL HIV				PBL HIV
IIIB	28442	21,89	43,78	IIIB -1,380539059
MRC5 bez				MRC5 bez
infekce				infekce
(100 %)	29158	10,74	21,48	(100 %)
MRC5 HSV				MRC5 HSV
kmen F	29178	171,23	342,46	kmen F 15,94320298
buňky W12	29179	1143,85	2287,70	buňky W12
keratinocyty	29180	388,06	776,12	keratinocyty

Název genu SBh385630.antiinflam

Chorobné tkáně Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální • · · ·

- 111 -

tumor	kolonu	1,213
tumor	kolonu		8,76
tumor	kolonu		-1,36
tumor	kolonu		-3,10
tumor	plic		-5,19
tumor	plic		5,67
tumor	plic		-1,91
tumor	plic		-1,14
tumor	prsu		1, 69
tumor	prsu		1,98
tumor	prsu		2,05
tumor	prsu .		-1,87
mozek	stádium	5 ALZ	-1,90
mozek	stádium	5 ALZ	1,29
mozek	stádium	5 ALZ	-2,13
mozek	stádium	5 ALZ	-1,24
plíce	24		-25,25
plíce	28		-11,04
plíce	23		-9,84
astmatické plíce	1, 70
astmatické plíce	2,56
astmatické plíce	9,73
astmatické plíce	2,64
endotheliální	VEGF	0,00
endotheliální	bFGF	0,00
srdce	T-l		56,35
srdce	T-14		62,69
srdce	T-3399		13,44
BM stim.		50,38
osteocyty nedif.	-8,62
chrupavka (celková)	-1,49
PBL HIV IIIB		-1,38
MRC5 HSV kmen	F	15,94

112

Název genu sbg471005nAChR

Exprimuje se v imunitních buňkách s prokázanou expresí v OA a RA synoviu, což ukazuje na úlohu při této chorobě. Vysoká

exprese v celkovém mozku, avšak nikoliv v kůře, mozečku či
hypothalamu ukazující na	lokalizovanou mozkovou	expresi.
Vzorek	Průměr	Průměr	Průměr	18S	50 ng/	deteko-
sbg471005nAChR kopií	kopií	kopií	rRNA	/18S	váných
	GOI	GOI	GOI	(ng)	rRNA	kopií
	{vzorek	(vzorek			(ng)	mRNA/
	1)	2)				50 ng
						celkové
						RNA

Podkožní adi-

pocyty Zenbio	32,42	2,90	17,66	3,06	16,34	288,56
Podkožní adipó-
zní tkáň Zenbio	0,00	0,00	0,00	0,96	52,36	0,00
Nadledvina
Clontech	0,00	0,00	0,00	0,61	81,97	0,00
Celkový mozek
Clontech	1606,00	1058,07	1332,04	7,24	6,91	9199,14
Fetální mozek
Clontech	0,00	6,34	3,17	0,48	103,95	329,52
Mozeček Clon-
tech	10,65	0,00	5,33	2,17	23,04	122,70
Děložní hrdlo	0,00	0,00	0,00	2,42	20,66	0,00
Kolon	0,00	0,00	0,00	2,71	18,45	0,00
Endometrium	0,00	0,00	0,00	0,73	68,21	0,00
Jícen	0,00	2,52	1,26	1,37	36,50	45,99
Srdce Clontech	4,05	0,00	2,03	1, 32	37,88	76,70
Hypothalamus	2,24	0,00	1,12	0,32	155,28	173,91
Ileum	0,00	0,00	0,00	2,58	19,38	0,00
Jejunum	20,32	41,44	30,88	6,60	7,58	233,94

• · · ·

AAA· • · · · · ·

	- 113 -	• · · · *	A A A A	A A A A
Ledvina	14,56	0,00	7,28	2,12	23,58	171,70
Játra	3,55	10,72	7,14	1,50	33,33	237,83
Fetální játra
Clontech	127,95	116,81	122,38	10,40	4,81	588,37
Plíce	12,79	0,00	6,40	2,57	19,46	124,42
Mléčná žláza
Clontech	30,53	24,12	27,33	13,00	3,85	105,10
Myometriům	0,00	7,10	3,55	2,34	21,37	75,85
Omentum	8,15	0,00	4,08	3,94	12,69	51,71
Vaječník	18,27	7,02	12,65	4,34	11, 52	145,68
Pankreas	0,00	0,00	0,00	0,81	61, 80	0,00
Hlava pankreasu	0,00	0,00	0,00	1,57	31,85	0,00
G. parotis	0,00	0,00	0,00	5,48	9,12	0,00
Placenta Clon-
tech	9,17	0,00	4,59	5,26	9,51	43,58
Prostata	0,00	1,35	0,68	3,00	16,67	11,25
Rektum	0,00	0,00	0,00	1,23	40,65	0,00
Slinná žláza
Clontech	0,00	11, 84	5,92	7,31	6,84	40,49
Kosterní sval
Clontech	6,09	7,36	6,73	1,26	39,68	266,87
Kůže	0,00	0,00	0,00	1,21	41,32	0,00
Tenké střevo
Clontech	0,00	0,00	0,00	0,98	51, 07	0,00
Slezina	5,20	7,36	6,28	4,92	10,16	63,82
Žaludek	12,85	6,38	9,62	2,73	18,32	176,10
Varlata Clontech	0,00	2,25	1,13	0,57	87,87	98,86
Thymus Clontech	177,85	168,23	173,04	9,89	5,06	874,82
Štítná žláza	6,44	0,00	3,22	2,77	18,05	58,12
Trachea Clontech	5,07	0,00	2,54	9,71	5,15	13,05
Močový měchýř	0,00	0,00	0,00	5,47	9,14	0, 00
Děloha	29,20	10,39	19,80	5,34	9,36	185,35

	- 114	9 · · • · ;* · • * · 9 • · · • 99 · ·	9· 999· · 9 9 9 · • · 9 9 • · · · · 9 9 * 9 9 ·· 9 9 9	• · 9 9 9 • 9 i ·, 9 9 9 9 9 9
Vzorek sbg4711005nAChR	Reg. č. (identifikátor GSK)	Průměr kopií GOI	Detekované kopie mRNA/50 ng celkové RNA	Vzorek	Změna konformace v nemocné populaci
normální kolon				normální
GW98-167	21941	1530,09	3060,18	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-166	21940	617,15	1234,30	kolonu	-2,479283805
normální kolon				normální
GW98-178	22080	406,03	812,06	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-177	22060	1231,53	2463,06	kolonu	3,033101002
normální kolon				normální
GW98-561	23514	844,37	1688,74	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-560	23513	633,99	1267,98	kolonu	-1,331834887
normální kolon				normální
GW98-894	24691	1130,51	2261,02	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-893	24690	721,29	1442,58	kolonu	-1,567344619
normální plíce				normální
GW98-3	20742	2433,65	4867,30	plíce
tumor plic				tumor
GW98-2	20741	334,04	668,08	plic	-7,28550473
normální plíce				normální
GW97-179	20677	823,51	1647,02	plíce
tumor plic				tumor
GW98-178	20676	1492	2984,00	plic	1,811756991
normální plíce				normální
GW97-165	21922	829,65	1659,30	plíce
tumor plic				tumor

GW98-164	21921
normální plíce GW97-282	22584
tumor plic GW98-281	22583
normální prs GW00-392	28750
tumor prsu GW00-391	28746
normální prs GW00-413	28798
tumor prsu
GW00-412	28797
normální prs
GW00-235:238	27592-95
tumor prsu GW00-231:234	27588-91
normální prs GW98-621	23656
tumor prsu GW00-98-620	23655
normální mozek BB99-542	25507
normální mozek BB99-406	25509
normální mozek BB99-904	25546
mozek stádium 5 ALZ BB99-874	25502
mozek stádium 5 ALZ BB99-887	25503
mozek stádium 5 ALZ BB99-862	25504

····

	• ·	• ·	• · · ·	• a
	•	• ·	< s * · • 4 * · · ·	* ·
	v	• ·	• ·
115	• ·	• · ·	.· Λ · · · ·	• ·
,31	1190	,62	plic normální	-1,393643648
,69	715,	38	plíce tumor
,76	513,	52	plic normální	-1,393090824
,44	357,	44	prs tumor
,98	561,	96	prsu normální	1,572179946
,18	286,	18	prs
			tumor
,5	391,	00	prsu normální	1,366272975
,68	161,	68	prs tumor
,83	217,	83	prsu normální	1,347290945
, 53	1063	, 06	prs tumor
,17	1112	,34	prsu normální	1,046356744
,72	287,	44	mozek normální
,17	1138	,34	mozek normální
,85	213,	70	mozek mozek stá
,37	572,	74	dium 5 ALZ 1,048027423 mozek stá-
,74	1493	,48	dium 5 A mozek stá	2,732842121
,97	765,	94	dium 5 A	1,401554151

«« «« ···· ·· ····

116

mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-927	25542	367,49	734,98	dium 5 A	1,344902042
CT plíce KC	normální	175,41	350,82	CT plíce
plíce 26 KC	normální	20,66	20,66	plíce 26
plíce 27 KC	normální	13,06	13,06	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	15,89	15,89	plíce 24	-6,182662052
plíce 28 KC	COPD	7,34	7,34	plíce 28	-13,38453678
plíce 23 KC	COPD	22,3	22,30	plíce 23	-4,405493274
plíce 25 KC	COPD	8,43	8,43	plíce 25
astmatické				astmatické
plíce ODO3112	29321	264,47	264,47	plíce	2,692012113
astmatické				astmatické
plíce ODO3433	29323	442,3	884,60	plíce	9,004249688
astmatické				astmatické
plíce ODO3397	29322	670,04	1340,08	plíce	13,64053236
astmatické				astmatické
plíce ODO4928	29325	414,13	828,26	plíce	8,430770797
buňky endothe-				buňky en-
lu KC	kontrola	66,94	66,94	dothelu
buňky endothe-				buňky endo-
lu VEGF KC		18,49	18,49	thelu VEGF	-3,620335316
buňky endothe-				buňky endo-
lu bFGF KC		15,93	15,93	thelu bFGF	-4,202134338
srdce Clontech	normální	180,76	361,52	srdce
ischemické
srdce (T-l)	29417	161,9	323,80	srdce T-l	-1,116491662

srdce (T-14) ne-

obstrukční DCM	29422	141,03	282,06	srdce T-14	-1,281713111
srdce (T-3399)				srdce
DCM	29426	321,32	642,64	T-3399	1,777605665
adenoid GW99-269	26162	193,61	387,22	adenoid
mandle GW98-280	22582	625,4	1250,80	mandle

T buňky

- 117

(ř*

PC00314	28453	140,44	280,88	T buňky
PBMNC KC		0	0,00	PBMNC
monocyty KC		0	0,00	monocyty
B buňky PC00665	28455	476,72	953,44	B buňky
dendritické				dendritické
buňky 28441		205,79	411,58	buňky
neutrofily	28440	1366,99	1366,99	neutrofily
eosinofily	28446	316,57	633,14	eosinofily
BM nestim. KC		29,41	29,41	BM nestim.
BM stim. KC		46,03	46,03	BM stim.
osteo dif. KC		17,47	17,47	osteo dif.
osteo nedif. KC		1,87	1,87	ost. nedif.
chondrocyty		735,88	1839,70	chondrocyty
OA synovium				OA
IP12/01	29462	686,8	686,80	synovium
OA synovium				OA
NP10/01	29461	4887,16	9774,32	synovium
OA synovium				OA
NP57/00	28464	721,49	1442,98	synovium
RA synovium				RA
NP03/01	28466	383,33	766,66	synovium
RA synovium				RA
NP71/00	28467	780,94	1561,88	synovium
RA synovium				RA
NP45/00	28475	543,02	1087,24	synovium
OA kost				OA kost
(biobanka)	29217	780,12	780,12	(biobanka)
OA kost
(vzorek 1)	J. Emory	361,65	723,30	OA kost
OA kost
(vzorek 2)	J. Emory	197,57	395,14	OA kost
chrupavka				chrupavka
(celková)	normální	220,7	441,40	(celková)

1,565113907

-9,342245989

I» ·· · ·

	- 118	•« e · ·· e β • * β 9 * 9 ······ · · · · *
• · 9 9 9	•9 99 99 99
chrupavka				chrupavka
(celková)	OA	75,52	151,04	(celková) -2,	922404661
PBL bez				PBL bez
infekce	28441	1745,81	3491,62	infekce
PBL HIV				PBL HIV
IIIB	28442	832,4	1664,80	IIIB -2,	097321
MRC5 bez				MRC5 bez
infekce				infekce
(100 %)	29158	147,92	295,84	(100 %)
MRC5 HSV				MRC5 HSV
kmen F	29178	146	292,00	kmen F -1,	013150685
buňky W12	29179	304,27	608,54	buňky W12
keratinocyty	29180	139,44	278,88	keratinocyty

Název genu sbg471005nAChR

Chorobné tkáně Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální

	tumor kolonu	-2,48
	tumor kolonu	3,03
	tumor kolonu	-1,33
4	tumor kolonu	-1,57
	tumor plic	-7,29
	tumor plic	1,81
e	tumor plic	-1,39
	tumor plic	-1,39
9	tumor prsu	1,57
	tumor prsu	1,37
	tumor prsu	1,35
	tumor prsu	1,05
	mozek stádium 5 ALZ	1,05
	mozek stádium 5 ALZ	2,73

«β β • ·'

- 119 -

mozek stádium 5 ALZ	1,40
mozek stádium 5 ALZ	1,34
plíce 24	-6,18
plíce 28	-13,38
plíce 23	-4,41
astmatické plíce	2,69
astmatické plíce	9,00
astmatické plíce	13,64
astmatické plíce	8,43
endotheliální VEGF	-3,62
endotheliální bFGF	-4,20
srdce T-l	......... -1,12
srdce T-14	-1,28
srdce T-3399	1,78
BM stim.	1,57
osteocyty nedif.	-9,34
chrupavka (celková)	-2,92
PBL HIV IIIB	-2,10
MRC5 HSV kmen F	-1,01

Název genu sbg442445PR0a

Silná exprese v B-buňkách s expresí v dalších imunitních buněčných typech ukazuje na funkci v imunitním systému. Potvrzená exprese ve vzorcích RA a OA ukazuje na úlohu při onemocnění. Vzrůst 2x v buňkách infikovaných HIV ukazuje možnost markéru při infekci HIV. Exprese v celkovém mozku avšak nikoliv v kůře a mozečku ukazuje na lokalizovanou expresi v mozku.

Vzorek sbg442445PROa

Průměr	Průměr	Průměr	18S	50 ng/	deteko
kopií	kopií	kopií	rRNA	/18S	váných
GOI	GOI	GOI	(ng)	rRNA	kopií
(vzorek	(vzorek			(ng)	mRNA/

- 120

l) 2) 50 ng celkové

RNA

Podkožní adi-

pocyty Zenbio Podkožní adipó-	1,13	3,82	2,48	3,06	16,34	40,44
zní tkáň Zenbio	0, 63	0	0,32	0, 96	52,36	16,49
Nadledvina
Clontech	0,64	0,74	0,69	0,61	81,97	56,56
Celkový mozek
Clontech	368,87	396,51	382,69	7,24	6,91	2642,89
Fetální mozek
Clontech	1,57	2,5	2,04	0,48	103,95	211,54
Mozeček Clon-
tech	1,63	0	0,82	2,17	23,04	18,78
Děložní hrdlo	4,57	5,6	5,09	2,42	20,66	105,06
Kolon	18,13	7,38	12,76	2,71	18,45	235,33
Endometrium	4,23	0	2,12	0,73	68,21	144,27
Jícen	6, 85	12,66	9,76	1,37	36,50	356,02
Srdce Clontech	12,83	1,44	7,14	1,32	37,88	270,27
Hypothalamus	0,58	7,26	3,92	0,32	155,28	608,70
Ileum	22,89	6,34	14,62	2,58	19,38	283,24
Jejunum	6,67	36,71	21, 69	6,60	7,58	164,32
Ledvina	2,82	6,28	4,55	2,12	23,58	107,31
Játra	11,21	1,24	6,23	1,50	33,33	207,50
Fetální játra
Clontech	118	135,81	126,91	10,40	4,81	610,12
Plíce	13,95	37,87	25,91	2,57	19,46	504,09
Mléčná žláza
Clontech	15,77	11,19	13,48	13,00	3,85	51,85
Myometrium	16,26	49,21	32,74	2,34	21,37	699,47
Omentum	16,64	25,59	21,12	3,94	12,69	267,96
Vaječník	4,98	7,48	6,23	4,34	11,52	71,77

• to to ·

Pankreas Hlava pankreasu G. parotis Placenta Clontech

Prostata Rektum Slinná žláza Clontech Kosterní sval Clontech.

Kůže

Tenké střevo Clontech Slezina Žaludek

Varlata Clontech Thymus Clontech Štítná žláza Trachea Clontech Močový měchýř Děloha

Vzorek sbg442445PROa normální kolon GW98-167 tumor kolonu · · · · β * · to · » · to · to · · · to · · · · · ·

- to to ···· ··»·

	- 121	« · · toto	• to «·	to· toto
1,23	0	0,62	0,81	61,80	38,01
3,57	0	1,79	1, 57	31,85	56,85
0,59	0	0,30	5,48	9,12	2,69
2,67	2,75	2,71	5,26	9,51	25,76
9,23	7,92	8,58	3,00	16,67	142,92
2,62	4,28	3,45	1,23	40,65	140,24
1,02	14,59	7,81	7,31	6,84	53,39
0	0,98	0,49	1,26	39,68	19,44
2,72	0	1,36	1,21	41,32	56,20
0,99	1	1,00	0,98	51,07	50,82
31,29	42,16	36,73	4,92	10,16	373,22
15,74		7,87	2,73	18,32	144,14
4,63	2,77	3,70	0,57	87,87	325,13
503,91	615,6	559,76	9,89	5,06	2829,90
0,75	10,38	5,57	2,77	18,05	100,45
65,95	52,98	59,47	9,71	5,15	306,20
9,1	3,76	6,43	5,47	9,14	58,78
13,88	4,35	9,12	5,34	9,36	85,35

Reg. č.	Průměr	Deteko- Vzorek	Změna
(identi-	kopií	váné ko-	konforma-
fikátor	GOI	pie	ce v ne-
GSK)		mRNA/50 ng celkové RNA	mocné populaci

normální

21941 392,89 785,78 kolon tumor ···· * · * '« « • · · · · · · · « · · · · · ··« « •to

122

GW98-166	21940	466,75	933,50	kolonu	1,18799155
normální kolon				normální
GW98-178	22080	113,54	227,08	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-177	22060	43,88	87,76	kolonu	-2,587511395
normální kolon				normální
GW98-561	23514	335,16	670,32	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-560	23513	173,85	347,70	kolonu	-1,927868852
normální kolon				normální
GW98-894	24691	288,76	577,52	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-893	24690	164,44	328,88	kolonu	-1,756020433
normální plíce				normální
GW98-3	20742	2119,16	4238,32	plíce
tumor plic				tumor
GW98-2	20741	33,63	67,26	plic	-63,01397562
normální plíce				normální
GW97-179	20677	1213,42	2426,84	plíce
tumor plic				tumor
GW98-178	20676	2011,79	4023,58	plic	1,657950256
normální plíce				normální
GW97-165	21922	2088,93	4177,86	plíce
tumor plic				tumor
GW98-164	21921	862,54	1725,08	plic	-2,421835509
normální plíce				normální
GW97-282	22584	499,54	999,08	plíce
tumor plic				tumor
GW98-281	22583	946,36	1892,72	plic	1,894462906
normální prs				normální
GW00-392	28750	208,96	208,96	prs
tumor prsu				tumor
GW00-391	28746	259,34	518,68	prsu	2,48219755

123

normální prs	normální
GWOO-413	28798	65,02	65,02	prs
tumor prsu				tumor
GW00-412	28797	493,02	986,04	prsu	15,16517994
normální prs				normální
GW00-235:238	27592-95	24,18	24,18	prs
tumor prsu				tumor
GW00-231-.234	27588-91	126,63	126,63	prsu	5,236972705
normální prs				normální
GW98-621	23656	536,09	1072,18	prs
tumor prsu				tumor
GW00-98-620	23655	203,7	407,40	prsu	-2,631762396
normální mozek				normální
BB99-542	25507	88,47	176,94	mozek
normální mozek				normální
BB99-406	25509	147,87	295,74	mozek
normální mozek				normální
BB99-904	25546	35,13	70,26	mozek
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-874	25502	75,02	150,04	dium 5 ALZ -1,206211677
mozek stádium				mozek stá
5 ALZ BB99-887	25503	189	378,00	dium 5 A	2,088628578
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-862	25504	131,38	262,76	dium 5 A	1,451873135
mozek stádium				mozek stá
5 ALZ BB99-927	25542	36,77	73,54	dium 5 A	-2,46097362
CT plíce KC	normální	1441,16	2882,32	CT plíce
plíce 26 KC	normální	69,7	69,70	plíce 26
plíce 27 KC	normální	59,95	59,95	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	5,33	5,33	plíce 24	-142,0727017
plíce 28 KC	COPD	30,24	30,24	plíce 28	-25,04125331
plíce 23 KC	COPD	52,96	52,96	plíce 23	-14,29847998
plíce 25 KC	COPD	17,02	17,02	plíce 25

•ί

« ·	• · ·	•	« · ·	•	•
					•

124

astmatické	astmatické
plíce ODO3112	29321	309,94	309,94	plíce	-2,44320675
astmatické				astmatické
plíce ODO3433	29323	532,32	1064,64	plíce	1,405933991
astmatické				astmatické
plíce ODO3397	29322	1159,05	2318,10	plíce	3,061218426
astmatické				astmatické
plíce ODO4928	29325	873,73	1747,46	plíce	2,307647103
buňky endothe-				buňky en-
lu KC	kontrola	0	0,00	dothelu
buňky endothe-				buňky endo-
lu VEGF KC		0,93	0, 93	thelu VEGF	0,93
buňky endothe-				buňky endo-
lu bFGF KC		5,16	5,16	thelu bFGF	5,16
srdce Clontech	normální	43,01	86,02	srdce
ischemické
srdce (T-l)	29417	81,55	163,10	srdce T-l	1,896070681
srdce (T-14) ne-
obstrukční DCM	29422	51,64	103,28	srdce T-14	1,200651011
srdce (T-3399)				srdce
DCM	29426	90,27	180,54	T-3399	2,098814229
adenoid GW99-269	26162	982,05	1964,10	adenoid
mandle GW98-280	22582	3981,71	7963,42	mandle
T buňky
PC00314	28453	265,95	531,90	T buňky
PBMNC KC		40,89	40,89	PBMNC
monocyty KC		62,92	125,84	monocyty
B buňky PC00665	28455	9045,58	18091,16	B buňky
dendritické				dendritické
buňky 28441		267,47	534,94	buňky
neutrofily	28440	1212,1	1212,10	neutrofily
eosinofily	28446	1563,76	3127,52	eosinofily
BM nestim. KC		56,55	56,55	BM nestim.

	- 125	99 9 # « '♦ · 999 9 9	9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 99 99 99 99
BM stim. KC		27,4	27,40	BM stim. -2,063868613
osteo dif. KC		0	0,00	osteo dif.
osteo nedif. KC		0	0,00	ost. nedif. 0
chondrocyty		0,92	2,30	chondrocyty
OA synovium				OA
IP12/01	29462	524,44	524,44	synovium
OA synovium				OA
NP10/01	29461	191,8	383,60	synovium
OA synovium				OA
NP57/00	28464	461,09	922,18	synovium
RA synovium				RA
NP03/01	28466	484,63	969,26	synovium
RA, synovium				RA
NP71/00	28467	698,08	1396,16	synovium
RA synovium				RA
NP45/00	28475	1034,78	2069,56	synovium
OA kost				OA kost
(biobanka)	29217	547,68	547,68	(biobanka)
OA kost
(vzorek 1)	J. Emory	286,6	573,20	OA kost
OA kost
(vzorek 2)	J. Emory	604,86	1209,72	OA kost
chrupavka				chrupavka
(celková)	normální	224,68	449,36	(celková)
chrupavka				chrupavka
(celková)	OA	113,79	227,56	(celková) -1,974687994
PBL bez				PBL bez
infekce	28441	966,68	1933,36	infekce
PBL HIV				PBL HIV
IIIB	28442	1353,87	2707,74	IIIB 1,400535855
MRC5 bez				MRC5 bez
infekce				infekce
(10Q %)	29158	1,28	2,56	(100 %)

126

4 ·· 4 4 * 4 • β ·	49 ··4· 4 4 1 4 4 4	·· 9 · « ·	*··· • •
«· · 44	• · ··	• ·	44

te	MRC5 HSV	MRC5 HSV kmen F 26,6171875 buňky W12 keratinocyty
kmen F buňky W12 keratinocyty	29178 29179 29180	34,07 3,55 5,64	68,14 7,10 11,28
♦	Název genu sbg442445PROa
	Chorobné tkáně			Změna konformace v
				nemocné	populaci ve
				vztahu :	k normální
	tumor kolonu			1,19	---.......- - - - ..............
	tumor kolonu			-2,59
	tumor kolonu			-1,93
	tumor kolonu			-1,76
	tumor plic			-63,01
	tumor plic			1,66
	tumor plic			-2,42
	tumor plic			1,89
	tumor prsu			2,48
	tumor prsu			15,17
	tumor prsu			5,24
4	tumor prsu			-2,63
	mozek stádium 5	ALZ		-1,21
•	mozek stádium 5	ALZ		2,09
te	mozek stádium 5	ALZ		1,45
	mozek stádium 5	ALZ		-2,46
te	plíce 24			-142,07
	plíce 28			-25,04
	plíce 23			-14,30
	astmatické plíce			-2,44
	astmatické plíce			1,41
	astmatické plíce			3,06

.Λ • ·· ·· ···· ·· ···· ···· · · · · · · • · » · 9 9 9 9 9 9 9

127

astmatické plíce	2,31
	endotheliální VEGF	0,93
	endotheliální bFGF	5,16
	srdce T-l	1,90
♦	srdce T-14	1,20
	srdce T-3399	2,10
*	BM stim.	-2,06
	osteocyty nedif.	0,00
	chrupavka (celková)	-1,97
	PBL HIV IIIB	1,40
	MRC5 HSV kmen F	26,62

Název genu sbg456548CytoRa

Silně exprimovaný v nosních/krčních mandlích a dendritických buňkách. Nadměrně exprimovaný ve stimulované kostní dřeni. Celkově tyto údaje ukazují na úlohu v imunitní funci. Exprese v gastrointestinálním traktu ukazuje na možnou úlohu při

onemocněních gastrointestinálního systému, jako je IBD, Chronova choroba atd.
	Vzorek	Průměr	Průměr	Průměr	18S	50 ng/	deteko-
. 9	sbg456548CytoRa	kopií	kopií	kopií	rRNA	/18S	váných
		GOI	GOI	GOI	(ng)	rRNA	kopií
		(vzorek	(vzorek			(ng)	mRNA/
9		1)	2)				50 ng
							celkové
							RNA
	Podkožní adi-
	pocyty Zenbio	0,00	5,06	2,53	3,06	16,34	41, 34
	Podkožní adipó-
	zní tkáň Zenbio	0,00	0,00	0,00	0,96	52,36	0,00
	Nadledvina
	Clontech	0,00	0,00	0,00	0,61	81, 97	0,00

• ffff ffff ff··· ·· ··*!· ffffffff ffff · · · ff • « ff ··· ffffff ·· »·· · · · · · ·

	- 128 -	ff · · ··	• ff ··	ff· ffff
Celkový mozek
Clontech	0,00	0,00	0,00	7,24	6,91	0,00
Fetální mozek
Clontech	0,00	0,00	0,00	0,48	103,95	0,00
Mozeček Clon-
těch	0,00	0,00	0,00	2,17	23,04	0,00
Děložní hrdlo	0,00	7,86	3,93	2,42	20,66	81,20
Kolon	9,12	37,61	23,37	2,71	18,45	431,09
Endometrium	0,00	0,00	0,00	0,73	68,21	0,00
Jícen	0,00	0,00	0,00	1,37	36,50	0,00
Srdce Clontech	0,00	0,00	0,00	1,32	37,88	0,00
Hypothalamus	0,00	0,00	0,00	0,32	155,28	0,00
Ileum	neprov.	39,63	39,63	2,58	19,38	768,02
Jejunum	9,16	33,67	21,42	6,60	7,58	162,23
Ledvina	0,00	0,00	0,00	2,12	23,58	0,00
Játra	0,00	13,75	6,88	1,50	33,33	229,17
Fetální játra
Clontech	0,00	0,00	0,00	10,40	4,81	0,00
Plíce	0,00	0,00	0,00	2,57	19,46	0,00
Mléčná žláza
Clontech	136,73	106,34	121,54	13,00	3,85	467,44
Myometriům	27,33	17,56	22,45	2,34	21,37	479,59
Omentum	0,00	12,61	6,31	3,94	12,69	80,01
Vaječník	16,46	17,90	17,18	4,34	11,52	197,93
Pankreas	0,00	0,00	0,00	0,81	61,80	0,00
Hlava pankreasu	0,00	0,00	0,00	1,57	31,85	0,00
Gland parotis	21,25	23,72	22,49	5,48	9,12	205,16
Placenta Clon-
těch	101,11	73,40	87,26	5,26	9,51	829,42
Prostata	8,55	0,00	4,28	3,00	16,67	71,25
Rektum	0,00	0,00	0,00	1,23	40,65	0,00
Slinná žláza
Clontech	0,00	0,00	0,00	7,31	6,84	0,00

♦ · fcfcfcfc • ·· • fc ««fc·.

• β · e ·· · · · · «··«·· ··« · · ··· ···· ····

		- 129 -	«·· fcfc	• fc	•fc ·· fcfc
Kosterní sval
Clontech	0,00	0,00	0,00	1,26	39,68	0,00
Kůže	0,00	0,00	0,00	1,21	41,32	0,00
Tenké střevo
Clontech	0,00	0,00	0,00	0,98	51,07	0,00
Slezina	31,60	14,66	23,13	4,92	10,16	235,06
Žaludek	0,00	7,01	3,51	2,73	18,32	64,19
Varlata Clontech	0,00	0,00	0,00	0,57	87,87	0,00
Thymus Clontech	51,70	103,21	77,46	9,89	5,06	391,58
Štítná žláza	0,00	0,00	0,00	2,77	18,05	0,00
Trachea Clontech	0,00	0,00	0,00	9,71	5,15	0,00
Močový měchýř	0,00	7,29	3,65	5,47	9,14	33,32
Děloha	5,98	21, 02	13,50	5,34	9,36	126,40

Vzorek sbg456548CytoRa	Reg. č. (identifikátor GSK)	Průměr kopi i GOI	Detekované kopie mRNA/50 ng celkové RNA	Vzorek	Změna konformace v nemocné populaci
normální kolon				normální
GW98-167	21941	54,19	108,38	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-166	21940	242,87	485,74	kolonu	4,481823215
normální kolon				normální
GW98-178	22080	24,61	49,22	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-177	22060	17,37	34,74	kolonu	-1,416810593
normální kolon				normální
GW98-561	23514	120,13	240,26	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-560	23513	43,05	86,10	kolonu	-2,79047619

·· ···· ·· ·*·* • ·· »·«··* · * · · • · · e · · ··· ······ · · · · · • · ·.· ·· * · ·· · ··· ·« ·· Κ· ·Α ·«

- 130 -
normální kolon				normální
GW98-894	24691	81,35	162,70	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-893	24690	16,94	33,88	kolonu	-4,802243211
normální plíce				normální
GW98-3	20742	12,83	25,66	plíce
tumor plic				tumor
GW98-2	20741	94,41	188,82	plic	7,358534684
normální plíce				normální
GW97-179	20677	519,7	1039,40	plíce
tumor plic				tumor
GW98-178	20676	46,83	93,66	plic	-11,09758702
normální plíce				normální
GW97-165	21922	7,95	15,90	plíce
tumor plic				tumor
GW98-164	21921	237,54	475,08	plic	29,87924528
normální plíce				normální
GW97-282	22584	251,04	502,08	plíce
tumor plic				tumor
GW98-281	22583	28,16	56,32	plic	-8,914772727
normální prs				normální
GW00-392	28750	138,99	138,99	prs
tumor prsu				tumor
GW00-391	28746	147,66	295,32	prsu	2,124754177
normální prs				normální
GW00-413	28798	30,39	30,39	prs
tumor prsu				tumor
GW00-412	28797	37,64	75,28	prsu	2,477130635
normální prs				normální
GW00-235:238	27592-95	218,09	218,09	prs
tumor prsu				tumor
GW00-231:234	27588-91	14,68	14,68	prsu	-14,85626703
normální prs				normální

• · · ·

131

GW98-621	23656	1888,3	3776,60	prs
tumor prsu				tumor
GW00-98-620	23655	877,2	1754,40	prsu	2,152644779
normální mozek				normální
BB99-542	25507	0	0,00	mozek
normální mozek				normální
BB99-406	25509	0	0,00	mozek
normální mozek				normální
BB99-904	25546	0	0,00	mozek
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-874	25502	0	0,00	dium 5 ALZ	0
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-887	25503	7,32	14,64	dium 5 A	14,64
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-862	25504	0	0,00	dium 5 A	0
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-927	25542	0	0,00	dium 5 A	0
CT plíce KC	normální	10,31	20,62	CT plíce
plíce 26 KC	normální	49,79	49,79	plíce 26
plíce 27 KC	normální	4,11	4,11	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	0,67	0,67	plíce. 24	-38,10074627
plíce 28 KC	COPD	19,24	19,24	plíce 28	-1,326793139
plíce 23 KC	COPD	3,15	3,15	plíce 23	-8,103968254
plíce 25 KC	COPD	27,59	27,59	plíce 25
astmatické				astmatické
plíce ODO3112	29321	2,95	2,95	plíce	-8,653389831
astmatické				astmatické
plíce ODO3433	29323	9,86	19,72	plíce	-1,294497972
astmatické				astmatické
plíce ODO3397	29322	24,39	48,78	plíce	1,910880423
astmatické				astmatické
plíce ODO4928	29325	53,84	107,68	plíce	4,218196063
buňky endothe-				buňky en-

132

lu KC	kontrola	0	0,00	dothelu
buňky endothe-				buňky endo-
lu VEGF KC		14,65	14,65	thelu VEGF	14,65
buňky endothe-				buňky endo-
lu bFGF KC		0	0,00	thelu bFGF	0
srdce Clontech	normální	0	0,00	srdce
ischemické
srdce (T-l)	29417	21,18	42,36	srdce T-l	42,36
srdce (T-14) ne-
obstrukční DCM	29422	93,27	54,80	srdce T-14	54,8
srdce (T-3399)				srdce
DCM	29426	93,27	186,54	T-3399	186,54
adenoid GW99-269	' 26162	579,69	1159,38	adenoid
mandle GW98-280	22582	3780,08	7560,16	mandle
T buňky
PC00314	28453	5,86	11,72	T buňky
PBMNC KC		0	0,00	PBMNC
monocyty KC		0	0,00	monocyty
B buňky PC00665	28455	19,6	39,20	B buňky
dendritické				dendritické
buňky 28441		580,67	1161,34	buňky
neutrofily	28440	19,76	19,76	neutrofily
eosinofily	28446	15,12	30,24	eosinofily
BM nestim. KC		0	0	BM nestim.
BM stim. KC		296,72	296,72	BM stim.	296,72
osteo dif. KC		0	0,00	osteo dif.
osteo nedif. KC		0	0,00	ost. nedif.	0
chondrocyty		15,31	38,28	chondrocyty
OA synovium				OA
IP12/01	29462	39,57	39,57	synovium
OA synovium				OA
NP10/01	29461	0	0,00	synovium
OA synovium				OA

(,* <·

133

NP57/00	28464	70,08	140,16	synovium
RA synovium				RA
NP03/01	28466	23,73	47,46	synovium
RA synovium				RA
NP71/00	28467	24,13	48,26	synovium
RA synovium				RA
NP45/00	28475	51,88	103,76	synovium
ÓA kost				OA kost
(biobanka)	29217	0	0,00	(biobanka)
OA kost
(vzorek 1)	J. Emory	0	0,00	OA kost
OA kost
(vzorek 2)	J. Emory	5,45	10,90	OA kost
chrupavka				chrupavka
(celková)	normální	0	0,00	(celková)
chrupavka				chrupavka
(celková)	OA	0	0,00	(celková)	0
PBL bez				PBL bez
infekce	28441	76, 67	153,34	infekce
PBL HIV				PBL HIV
IIIB	28442	13,77	.27,54	IIIB
MRC5 bez				MRC5 bez
infekce				infekce
(100 %)	29158	0	0,00	(100 %)
MRC5 HSV				MRC5 HSV
kmen F	29178	0	0,00	kmen F	0
buňky W12	29179	0	0,00	buňky W12
keratinocyty	29180	0	0,00	keratinocyty

Název genu sbg456548CytoRa

Chorobné tkáně

Změna konformace v nemocné populaci ve

- 134 vztahu k normální

tumor	kolonu	4,48
tumor	kolonu	-1,42
tumor	kolonu	-2,79
tumor	kolonu	-4,80
tumor	plic	7,36
tumor	plic	-11,10
tumor	plic	29,88
tumor	plic	-8,91
tumor	prsu	2,12
tumor	prsu	2,48
tumor	prsu'	-14,86
tumor	prsu	-2,15
mozek	stádium 5 ALZ	0,00
mozek	stádium 5 ALZ	14,64
mozek	stádium 5 ALZ	0,00
mozek	stádium 5 ALZ	0,00
plíce	24	-38,10
plíce	28	-1,33
plíce	23	-8,10
astmatické plíce	-8,65
astmatické plíce	-1,29
astmatické plíce	1,91
astmatické plíce	4,22
endotheliální VEGF	14,65
endotheliální bFGF	0,00
srdce	T-l	42,36
srdce	T-14	54,80
srdce	T-3399	186,54
BM stim.	296,72
osteocyty nedif.	0,00
chrupavka (celková)	0,00
PBL HIV IIIB	-5,57

135

MRC5 HSV kmen F 0,00

Název genu sbg442358PROa

Exprese v řadě imunitních buněčných typů stejně tak jako ve stimulované kostní dřeni a thymu silně ukazuje na funkci v imunitním systému. Nadměrná exprese v tumorech mléčné žlázy (1/4). Exprese v RA a OA s potvrzenou expresí v imunitních buňkách ukazuje na úlohu při těchto chorobách. Nadměrná exprese při onemocnění srdce ukazuje na úlohu v chorobách CV. Sestupná regulace v HSV infikovaných buňkách umožňuje na možnost faktoru hostitelské buňky.

Vzorek	Průměr	Průměr	Průměr	18S	50 ng/	deteko-
sbg442358PROa	kopií	kopií	kopií	rRNA	/18S	vaných
	GOI	GOI	GOI	(ng)	rRNA	kopií
	(vzorek	(vzorek			(ng)	mRNA/
	1)	2)				50 ng celkové
						RNA

Podkožní adi-

pocyty Zenbio Podkožní adipó-	1,86	1,71	1,79	3,06	16,34	29,17
zní tkáň Zenbio	0,71	0,73	0,72	0,96	52,36	37,70
Nadledvina
Clontech	3,45	1,89	2,67	0,61	81,97	218,85
Celkový mozek
Clontec	406,27	496,60	451,44	7,24	6,91	3117,65
Fetální mozek
Clontech	3,82	1,68	2,75	0,48	103,95	285,86
Mozeček Clon-
tech	5,84	30,51	18,18	2,17	23,04	418,78
Děložní hrdlo	2,50	0,48	1,49	2,42	20,66	30,79
Kolon	18,45	18,77	18,61	2,71	18,45	343,36

·· · ·

- 136 -

Endometriům	4,93	0,30	2,62	0,73	68,21	178,38
Jícen	8,97	6,99	7,98	1,37	36,50	291,24
Srdce Clontech	5,26	16,53	10,90	1,32	37,88	412,69
Hypothalamus	2,10	2,41	2,26	0,32	155,28	350,16
Ileum	18,94	12,62	15,78	2,58	19,38	305,81
Jejunum	65,51	95,24	80,38	6,60	7,58	608,90
Ledvina	2,60	3,81	3,21	2,12	23,58	75,59
Játra	7,19	7,05	7,12	1,50	33,33	237,33
Fetální játra
Clontech	1252,22	1363,06	1307,64	10,40	4,81	6286,73
Plíce	27,57	6,97	17,27	2,57	19,46	335,99
Mléčná žláza .
Clontech	79,83	72,99	76,41	13,00	3,85	293,88
Myometriům	2,46	10,62	6,54	2,34	21,37	139,74
Omentum	10,40	3,27	6,84	3,94	12,69	86,74
Vaječník	17,71	31,15	24,43	4,34	11,52	281,45
Pankreas	3,33	1,74	2,54	0,81	61,8.0	156,67
Hlava pankreasu	3,82	6,17	5,00	1,57	31,85	159,08
Gland-parotis	22,77	22,54	22,66	5,48	9,12	206,71
Placenta Clon-
těch	14,71	53,83	34,27	5,26	9,51	325,76
Prostata	16,71	19,39	18,05	3,00	16,67	300,83
Rektum	6,71	3,49	5,10	1,23	40,65	207,32
Slinná žláza
Clontech	55,38	9,30	32,34	7,31	6,84	221,20
Kosterní sval
Clontech	3,79	4,16	3,98	1,26	39,68	157,74
Kůže	4,51	14,47	9,49	1,21	41,32	392,15
Tenké střevo
Clontech	8,12	7,87	8,00	0,98	51,07	408,32
Slezina	14,88	17,12	16, 00	4,92	10,16	162,60
Žaludek	21,85	11,68	16,77	2,73	18,32	307,05
Varlata Clontech	22,77	11,54	17,16	0,57	87,87	1507,47

137

Thymus Clontech	1990,82	1374,71	1682,77	9,89	5,06	8507,41
Štítná žláza	16,85	2,86	9,86	2,77	18,05	177,89
Trachea Clontech	29,69	82,85	56,27	9,71	5,15	289,75
Močový měchýř	2,32	13,42	7,87	5,47	9,14	71,94
Děloha	8,86	11,18	10,02	5,34	9,36	93,82

Vzorek sbg442358PROa	Reg. č. (identifikátor GSK)	Průměr kopií GOI	Detekované kopie mRNA/50 ng celkové RNA	Vzorek	Změna konformace v nemocné populaci
normální kolon				normální
GW98-167	21941	1232,32	2464,64	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-166	21940	2940,17	5880,34	kolonu	2,385881914
normální kolon				normální
GW98-178	22080	221,26	442,52	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-177	22060	709,52	1419,04	kolonu	3,20672512
normální kolon				normální
GW98-561	23514	985,52	1971,04	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-560	23513	829,67	1659,34	kolonu	-1,18784577
normální kolon				normální
GW98-894	24691	2738,17	5476,34	kolon
tumor kolonu				tumor
GW98-893	24690	3022,06	6044,12	kolonu	1,103678734
normální plíce				normální
GW98-3	20742	536,82	1073,64	plíce
tumor plic				tumor
GW98-2	20741	594,2	1188,40	plic	1,106888715
normální plíce				normální

• · · · · · ·

138

GW97-179	20677	4382,61	8765,22	plíce
tumor plic				tumor
GW98-178	20676	359,07	718,14	plic	-12,20544741
normální plíce				normální
GW97-165	21922	622,06	1244,12	plíce
tumor plic				tumor
GW98-164	21921	1299,85	2599,70	plic	2,089589429
normální plíce				normální
GW97-282	22584	1782,09	3564,18	plíce
tumor plic				tumor
GW98-281	22583	470,51	941,02	plic	-3,787570934
normální prs				normální
GW00-392	28750	429	429,00	prs
tumor prsu				tumor
GW00-391	28746	417,99	835,98	prsu	1,948671329
normální prs				normální
GWOO-413	28798	16,03	16,03	prs
tumor prsu				tumor
GW00-412	28797	1048,11	2096,22	prsu	130,768559
normální prs				normální
GW00-235:238	27592-95	2,17	2,17	prs
tumor prsu				tumor
GW00-231:234	27588-91	69,91	69,91	prsu	32,21658986
normální prs				normální
GW98-621	23656	1037,08	2074,16	prs
tumor prsu				tumor
GW00-98-620	23655	1010,59	2021,18	prsu	-1,026212411
normální mozek				normální
BB99-542	25507	299,28	598,56	mozek
normální mozek				normální
BB99-406	25509	250,85	501,70	mozek
normální mozek				normální
BB99-904	25546	97,7	195,40	mozek

139

mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-874	25502	125	250,00	dium 5 ALZ	-1,727546667
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-887	25503	850,01	1700,02	dium 5 A	3,936264143
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-862	25504	347,91	695,82	dium 5 A	1,611117114
mozek stádium				mozek stá-
5 ALZ BB99-927	25542	147,11	294,22	dium 5 A	-1,467903836
CT plíce KC	normální	130,37	260,74	CT plíce
plíce 26 KC	normální	159,19	159,19	plíce 26
plíce 27 KC	normální	0,49	0,49	plíce 27
plíce 24 KC	COPD	2,37	2,37	plíce 24	-47,89873418
plíce 28 KC	COPD	45,72	45,72	plíce 28	-2,482939633
plíce 23 KC	COPD	20,36	20,36	plíce 23	-5,575638507
plíce 25 KC	COPD	33,66	33,66	plíce 25
astmatické				astmatické
plíce ODO3112	29321	65,46	65,46	plíce	-1,734188818
astmatické				astmatické
plíce ODO3433	29323	532,42	1064,84	plíce	9,380197322
astmatické				astmatické
plíce ODO3397	29322	2865,67	5731,34	plíce	50,48749119
astmatické				astmatické
plíce ODO4928	29325	494,27	988,54	plíce	8,708069063
buňky endothe-				buňky en-
lu KC	kontrola	62,77	62,77	dothelu
buňky endothe-				buňky endo-
lu VEGF KC		22,41	22,41	thelu VEGF	-2,800981705
buňky endothe-				buňky endo-
lu bFGF KC		33,16	33,16	thelu bFGF	-1,892943305
srdce Clontech	normální	74,18	148,36	srdce
ischemické
srdce (T-l)	29417	270,07	540,14	srdce T-l	3,640738744

srdce (T-14) ne·· ···· * ·· ·

	- 140	···«·· · · · · ··· ··· · · · ······ · · · · ·
• · · • · · · ·	• · · · · · · · ·· ·· ·· ··
...... ... ... . .		... . ... .. . ...	- ------------—	- - ·- ..... ........ . . ..
obstrukční DCM	29422	680,12	1360,24	srdce T-14 9,168509032
srdce (T-3399)				srdce
DCM	29426	414	828,00	T-3399 5,581019143
adenoid GW99-269	26162	781,46	1562,92	adenoid
mandle GW98-280	22582	2279,13	4558,26	mandle
T buňky
PC00314	28453	1129,27	2258,54	T buňky
PBMNC KC		27,98	27,98	PBMNC
monocyty KC		3,55	7,10	monocyty
B buňky PC00665	28455	872,58	1745,16	B buňky
dendritické				dendritické
buňky 28441		1055,22	2110,44	buňky
neutrofily	28440	740,39	740,39	neutrofily
eosinofily	28446	1081,83	2163,66	eosinofily
BM nestim. KC		50,91	50,91	BM nestim.
BM stim. KC		391,11	391,11	BM stim. 7,682380672
osteo dif. KC		161,31	161,31	osteo dif.
osteo nedif. KC		40,01	40,01	ost. nedif.-4,031742064
chondrocyty		2250,59	5626,48	chondrocyty
OA synovium				OA
IP12/01	29462	229,19	229,19	synovium
OA synovium				OA
NP10/01	29461	152,3	304,60	synovium
OA synovium				OA
NP57/00	28464	413,06	826,12	synovium
RA synovium				RA
NP03/01	28466	611,02	1222,04	synovium
RA synovium				RA
NP71/00	28467	385,94	771,88	synovium
RA synovium				RA
NP45/00	28475	1701,68	3403,36	synovium
OA kost				OA kost
(biobanka)	29217	225,69	225,69	(biobanka)

•9 9999

	- 141	• • 9 9 9 9 9 99 9 999 999 999 ·· 999 9 · * · · ·
• · » ·· · · ·	9 99 9 9 99 9 99 99 99 99
- ------ ~-----— — - -	------------------	- —.....		- ......... -	. --------- - --— -
OA kost
(vzorek 1)	J. Emory	306,	63	613,26	OA kost
OA kost
(vzorek 2)	J. Emory	1811	,32	3622,64	OA kost
chrupavka					chrupavka
(celková)	normální	384,	44	768,88	(celková)
chrupavka					chrupavka
(celková)	OA	174,	53	349,06	(celková) -2,202715865
PBL bez					PBL bez
infekce	28441	9016	,82	18033,64	infekce
PBL HIV					PBL HIV
IIIB	28442	4331	,76	8663,52	IIIB -2,081560382
MRC5 bez					MRC5 bez
infekce					infekce
(100 %)	29158	2232	,48	4464,96	(100 %)
MRC5 HSV					MRC5 HSV
kmen F	29178	419,	67	839,34	kmen F -5,319608264
buňky W12	29179	3336	,07	6672,14	buňky W12
keratinocyty	29180	5568	,91	11137,82	keratinocyty

Název genu sbg442358PR0a

Chorobné tkáně Změna konformace v nemocné populaci ve vztahu k normální

é	tumor kolonu	2,39
	tumor kolonu	3,21
	tumor kolonu	-1,19
	tumor kolonu	1,10
	tumor plic	1,11
	tumor plic	-12,21
	tumor plic	2,09
	tumor plic	-3,79

A ijt

Tabulka V

- 142 -

tumor prsu	1,95
tumor prsu	130,77
tumor prsu	32,22
tumor prsu	-1,03
mozek stádium 5 ALZ	-1,73
mozek stádium 5 ALZ	3,94
mozek stádium 5 ALZ	1,61
mozek stádium 5 ALZ	-1,47
plíce 24	-47,90
plíce 28	-2,48
plíce 23	-5,58
astmatické plíce ...	. - - -1,73
astmatickéjóplíce	9,38
astmatické plíce	50,49
astmatické plíce	8,71
endotheliální VEGF	-2,80
endotheliální bFGF	-1,89
srdce T-l	3,64
srdce T-14	9,17
srdce T-3399	5,58
BM stim.	7,68
osteocyty nedif.	-4,03
chrupavka (celková)	-2,20
PBL HIV IIIB	-2,08
MRC5 HSV kmen F	-5,32

frfr *·«· fr • fr ···· • fr frfr

Další choroby na základě exprese mRNA v jednotlivých tkáních

Tkáňová Další choroby exprese

• tet		«···	4444
·» ♦ «	·. »	4 4 1	4
			•
• · ·	• · ♦	9 4 4 «	4
··· ··	} ··	«· «te	4 4

te

143

Mozek Neurologické a psychiatrické choroby včetně

Alzheimerovy choroby, parasupranukleární obrny, Huntingtonovy choroby, myotonické dystrofie, anorexie, deprese, schizofrénie, bolesti hlavy, amnézií, úzkostných poruch, poruch spánku, mnohočetné sklerózy

Srdce Kardiovaskulární choroby včetně městnavého srdečního selhání, rozšířené kardiomyopathie, srdečních arytmií, Hodgsonovy choroby, infarktu myokardu, srdečních arytmií

Plíce Dýchací choroby včetně astmatu, chronického obstrukčního plicního onemocnění, cystické fibrózy, akutní bronchitidy, syndromu respirační tísně dospělých

Játra Dyslipidémie, hypercholesterolémie, hypertriglyceridémie, cirhóza, hepatická encefalopatie, tuková hepatocirhóza, virová a nevirová hepatitida, diabetes mellitus typu II, zhoršená tolerance glukózy te

Kosterní sval

Eulenburgova choroba, hypoglykémie, obezita, tendinitida, periodická ochrnutí, maligní hypertermie, paramyotonia congenita, myotonia congenita

Ledvina Renální onemocnění včetně akutního a chronického renálního selhání, akutní tubulární nekróza, cystinurie, Fankoniho syndrom, glomerulonefritida, renální buněčný karcinom, renovaskulární hypertenze • · ·

- 144

Střevo Gastrointestinální onemocnění včetně myotonia congenita, ileus, intestinální obstrukce, tropické poruchy vstřebávání, pseudomembranózní enterokolitida

Slezina/ Lymfangiektasie, hypersplenismus, angiomy, /lymfa ankylosní spondylitida, Hodgkinova choroba, makroglobulinemie, maligní lymfomy, revmatická arthritida

Placenta Choriokarcinom, hydatidiformní mola, placenta previa

Varlata Testikulární karcinom, mužské reprodukční choroby včetně nízké hladiny testosteronu a mužské infertility

Pankreas Diabetická ketoacidóza, diabetes typu 1 a 2, obezita, zhoršená tolerance glukózy

Claims (7)

1. PATENTOVÉ NÁROKY

   1. Izolovaný polypeptid zvolený ze souboru zahrnujícího následující případy v

   (a) izolovaný polypeptid kódovaný polynukleotidem o sekvenci vyjmenované v tabulce I, (b) izolovaný polypeptid o polypeptidové sekvenci vyjmenované v tabulce I a (c) polypeptidová sekvence genu vyjmenovaného v tabulce I.
2. 2. Izolovaný polynukleotid zvolený ze souboru zahrnujícího následující případy (a) izolovaný polynukleotid o polynukleotidové sekvenci vyjmenované v tabulce I, (b) izolovaný polynukleotid genu vyjmenovaného v tabulce I, (c) izolovaný polynukleotid o polynukleotidové sekvenci kódující polypeptid vyjmenovaný v tabulce I, (d) izolovaný polynukleotid kódující polypeptid vyjmenovaný v tabulce I, (e) polynukleotid, který je RNA-ekvivalentní polynukleotidu (a) až (d) nebo polynukleotidové sekvence komplementární tomuto izolovanému polynukleotidu.

   T' 'i

   - 146 ····
3. 3. Expresní vektor, který obsahuje polynukleotid schopný tvorby polypeptidu podle nároku 1, jestliže se tento expresní vektor nachází v kompatibilní hostitelské buňce.
4. 4. Způsob přípravy rekombinantní hostitelské buňky, vyznačující se tím, že zahrnuje krok zavedení expresního vektoru obsahujícího polynukleotid schopný tvorby polypeptidu podle nároku 1 do buňky, jako je hostitelská buňka, která za příslušných podmínek pěstování buněk poskytuje tento polypeptid.
5. 5. Rekombinantní hostitelská buňka získaná způsobem nároku 4.
6. 6. Membrána rekombinantní hostitelské buňky podle nároku 5, která exprimuje tento polypeptid.
7. 7. Způsob přípravy polypeptidu, vyznačuj ící se t i m, že zahrnuje pěstování hostitelské buňky podle nároku 5 za podmínek dostatečných pro tvorbu tohoto polypeptidu a získávání tohoto polypeptidu z kultury.