CZ20022366A3 - Proteiny farnesylpyrofosfátsyntázy, nukleové kyseliny a jejich promotorové úseky - Google Patents
Proteiny farnesylpyrofosfátsyntázy, nukleové kyseliny a jejich promotorové úseky Download PDFInfo
- Publication number
- CZ20022366A3 CZ20022366A3 CZ20022366A CZ20022366A CZ20022366A3 CZ 20022366 A3 CZ20022366 A3 CZ 20022366A3 CZ 20022366 A CZ20022366 A CZ 20022366A CZ 20022366 A CZ20022366 A CZ 20022366A CZ 20022366 A3 CZ20022366 A3 CZ 20022366A3
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- seq
- sequence
- nucleic acid
- nucleotide sequence
- gene
- Prior art date
Links
- 101710125754 Farnesyl pyrophosphate synthase Proteins 0.000 title claims abstract description 49
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims description 57
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims description 54
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims description 54
- 102100035111 Farnesyl pyrophosphate synthase Human genes 0.000 title claims description 31
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 title abstract description 6
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 62
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 55
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 55
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 24
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 12
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 11
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 8
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 8
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 7
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 7
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 6
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 abstract description 13
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 abstract description 11
- 229930000044 secondary metabolite Natural products 0.000 abstract description 11
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 abstract description 9
- 210000004907 gland Anatomy 0.000 abstract description 7
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 abstract description 7
- 230000009466 transformation Effects 0.000 abstract description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 38
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 35
- 244000025221 Humulus lupulus Species 0.000 description 31
- 238000000034 method Methods 0.000 description 31
- 235000008694 Humulus lupulus Nutrition 0.000 description 30
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 26
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 20
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 19
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 17
- 241000218228 Humulus Species 0.000 description 15
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 15
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 14
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 14
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 14
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 11
- 229930186179 lupulin Natural products 0.000 description 10
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 9
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 9
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 8
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 8
- VWFJDQUYCIWHTN-UHFFFAOYSA-N Farnesyl pyrophosphate Natural products CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCOP(O)(=O)OP(O)(O)=O VWFJDQUYCIWHTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- VWFJDQUYCIWHTN-YFVJMOTDSA-N 2-trans,6-trans-farnesyl diphosphate Chemical compound CC(C)=CCC\C(C)=C\CC\C(C)=C\CO[P@](O)(=O)OP(O)(O)=O VWFJDQUYCIWHTN-YFVJMOTDSA-N 0.000 description 7
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 7
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 6
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J diphosphate(4-) Chemical compound [O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 6
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 6
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 5
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 5
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 5
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 5
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 5
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 5
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 5
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 235000013405 beer Nutrition 0.000 description 4
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 4
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 4
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 4
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 4
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 4
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 3
- 239000003205 fragrance Substances 0.000 description 3
- 238000010230 functional analysis Methods 0.000 description 3
- 108010050848 glycylleucine Proteins 0.000 description 3
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 3
- 239000000049 pigment Substances 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 3
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 3
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 3
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 3
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 3
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000219194 Arabidopsis Species 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 2
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GVVPGTZRZFNKDS-YFHOEESVSA-N Geranyl diphosphate Natural products CC(C)=CCC\C(C)=C/COP(O)(=O)OP(O)(O)=O GVVPGTZRZFNKDS-YFHOEESVSA-N 0.000 description 2
- YKGCBLWILMDSAV-GOSISDBHSA-N Isoxanthohumol Natural products O(C)c1c2C(=O)C[C@H](c3ccc(O)cc3)Oc2c(C/C=C(\C)/C)c(O)c1 YKGCBLWILMDSAV-GOSISDBHSA-N 0.000 description 2
- 241000219745 Lupinus Species 0.000 description 2
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 2
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 2
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 2
- IHPVFYLOGNNZLA-UHFFFAOYSA-N Phytoalexin Natural products COC1=CC=CC=C1C1OC(C=C2C(OCO2)=C2OC)=C2C(=O)C1 IHPVFYLOGNNZLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 2
- 235000016383 Zea mays subsp huehuetenangensis Nutrition 0.000 description 2
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 2
- 125000000837 carbohydrate group Chemical group 0.000 description 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 2
- FUSADYLVRMROPL-UHFFFAOYSA-N demethylxanthohumol Natural products CC(C)=CCC1=C(O)C=C(O)C(C(=O)C=CC=2C=CC(O)=CC=2)=C1O FUSADYLVRMROPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- -1 fluorescent labels Proteins 0.000 description 2
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 2
- GVVPGTZRZFNKDS-JXMROGBWSA-N geranyl diphosphate Chemical compound CC(C)=CCC\C(C)=C\CO[P@](O)(=O)OP(O)(O)=O GVVPGTZRZFNKDS-JXMROGBWSA-N 0.000 description 2
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 2
- 238000007852 inverse PCR Methods 0.000 description 2
- PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N isoamylol Chemical compound CC(C)CCO PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NUHSROFQTUXZQQ-UHFFFAOYSA-N isopentenyl diphosphate Chemical compound CC(=C)CCO[P@](O)(=O)OP(O)(O)=O NUHSROFQTUXZQQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- KWGKDLIKAYFUFQ-UHFFFAOYSA-M lithium chloride Chemical compound [Li+].[Cl-] KWGKDLIKAYFUFQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 235000009973 maize Nutrition 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 2
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 2
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 2
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 2
- 239000000280 phytoalexin Substances 0.000 description 2
- 150000001857 phytoalexin derivatives Chemical class 0.000 description 2
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 2
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 2
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 238000001308 synthesis method Methods 0.000 description 2
- 150000003505 terpenes Chemical class 0.000 description 2
- 238000004809 thin layer chromatography Methods 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 239000000341 volatile oil Substances 0.000 description 2
- UVBDKJHYMQEAQV-UHFFFAOYSA-N xanthohumol Natural products OC1=C(CC=C(C)C)C(OC)=CC(OC)=C1C(=O)C=CC1=CC=C(O)C=C1 UVBDKJHYMQEAQV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ORXQGKIUCDPEAJ-YRNVUSSQSA-N xanthohumol Chemical compound COC1=CC(O)=C(CC=C(C)C)C(O)=C1C(=O)\C=C\C1=CC=C(O)C=C1 ORXQGKIUCDPEAJ-YRNVUSSQSA-N 0.000 description 2
- 235000008209 xanthohumol Nutrition 0.000 description 2
- CRDAMVZIKSXKFV-FBXUGWQNSA-N (2-cis,6-cis)-farnesol Chemical compound CC(C)=CCC\C(C)=C/CC\C(C)=C/CO CRDAMVZIKSXKFV-FBXUGWQNSA-N 0.000 description 1
- 239000000260 (2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-ol Substances 0.000 description 1
- ALEWCKXBHSDCCT-YFVJMOTDSA-N (2E,6E)-farnesyl monophosphate Chemical compound CC(C)=CCC\C(C)=C\CC\C(C)=C\COP(O)(O)=O ALEWCKXBHSDCCT-YFVJMOTDSA-N 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DTBDAFLSBDGPEA-UHFFFAOYSA-N 3-Methylquinoline Natural products C1=CC=CC2=CC(C)=CN=C21 DTBDAFLSBDGPEA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CXISPYVYMQWFLE-VKHMYHEASA-N Ala-Gly Chemical compound C[C@H]([NH3+])C(=O)NCC([O-])=O CXISPYVYMQWFLE-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- CCDFBRZVTDDJNM-GUBZILKMSA-N Ala-Leu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O CCDFBRZVTDDJNM-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N Ala-Leu-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- CNQAFFMNJIQYGX-DRZSPHRISA-N Ala-Phe-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C)CC1=CC=CC=C1 CNQAFFMNJIQYGX-DRZSPHRISA-N 0.000 description 1
- ARHJJAAWNWOACN-FXQIFTODSA-N Ala-Ser-Val Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O ARHJJAAWNWOACN-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- XWGJDUSDTRPQRK-ZLUOBGJFSA-N Asn-Ala-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O XWGJDUSDTRPQRK-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- GXMSVVBIAMWMKO-BQBZGAKWSA-N Asn-Arg-Gly Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)NCC(O)=O)CCCN=C(N)N GXMSVVBIAMWMKO-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- FFMIYIMKQIMDPK-BQBZGAKWSA-N Asn-His Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CN=CN1 FFMIYIMKQIMDPK-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- NCXTYSVDWLAQGZ-ZKWXMUAHSA-N Asn-Ser-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O NCXTYSVDWLAQGZ-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- CBHVAFXKOYAHOY-NHCYSSNCSA-N Asn-Val-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O CBHVAFXKOYAHOY-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- UJGRZQYSNYTCAX-SRVKXCTJSA-N Asp-Leu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O UJGRZQYSNYTCAX-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- KNDCWFXCFKSEBM-AVGNSLFASA-N Asp-Tyr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O KNDCWFXCFKSEBM-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- GGBQDSHTXKQSLP-NHCYSSNCSA-N Asp-Val-Lys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N GGBQDSHTXKQSLP-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M Bromide Chemical compound [Br-] CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 235000002566 Capsicum Nutrition 0.000 description 1
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 1
- 241000701489 Cauliflower mosaic virus Species 0.000 description 1
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K Citrate Chemical compound [O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 206010010356 Congenital anomaly Diseases 0.000 description 1
- NOCCABSVTRONIN-CIUDSAMLSA-N Cys-Ala-Leu Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N NOCCABSVTRONIN-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- HEPLXMBVMCXTBP-QWRGUYRKSA-N Cys-Phe-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(O)=O HEPLXMBVMCXTBP-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- YCKRFDGAMUMZLT-UHFFFAOYSA-N Fluorine atom Chemical compound [F] YCKRFDGAMUMZLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000208152 Geranium Species 0.000 description 1
- ZOXBSICWUDAOHX-GUBZILKMSA-N Glu-Asn-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O ZOXBSICWUDAOHX-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- CGOHAEBMDSEKFB-FXQIFTODSA-N Glu-Glu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CGOHAEBMDSEKFB-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- BUZMZDDKFCSKOT-CIUDSAMLSA-N Glu-Glu-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O BUZMZDDKFCSKOT-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- LGYZYFFDELZWRS-DCAQKATOSA-N Glu-Glu-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O LGYZYFFDELZWRS-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- WTMZXOPHTIVFCP-QEWYBTABSA-N Glu-Ile-Phe Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 WTMZXOPHTIVFCP-QEWYBTABSA-N 0.000 description 1
- IOUQWHIEQYQVFD-JYJNAYRXSA-N Glu-Leu-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O IOUQWHIEQYQVFD-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- UESJMAMHDLEHGM-NHCYSSNCSA-N Gly-Ile-Leu Chemical compound NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O UESJMAMHDLEHGM-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- OLIFSFOFKGKIRH-WUJLRWPWSA-N Gly-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN OLIFSFOFKGKIRH-WUJLRWPWSA-N 0.000 description 1
- 244000043261 Hevea brasiliensis Species 0.000 description 1
- CSTNMMIHMYJGFR-IHRRRGAJSA-N His-His-Arg Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1NC=NC=1)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O)C1=CN=CN1 CSTNMMIHMYJGFR-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- JUIOPCXACJLRJK-AVGNSLFASA-N His-Lys-Glu Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N JUIOPCXACJLRJK-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- ZFDKSLBEWYCOCS-BZSNNMDCSA-N His-Phe-Lys Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC=1NC=NC=1)C1=CC=CC=C1 ZFDKSLBEWYCOCS-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- CYHYBSGMHMHKOA-CIQUZCHMSA-N Ile-Ala-Thr Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)O)N CYHYBSGMHMHKOA-CIQUZCHMSA-N 0.000 description 1
- KTGFOCFYOZQVRJ-ZKWXMUAHSA-N Ile-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O KTGFOCFYOZQVRJ-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- DFFTXLCCDFYRKD-MBLNEYKQSA-N Ile-Gly-Thr Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)O)N DFFTXLCCDFYRKD-MBLNEYKQSA-N 0.000 description 1
- TVYWVSJGSHQWMT-AJNGGQMLSA-N Ile-Leu-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N TVYWVSJGSHQWMT-AJNGGQMLSA-N 0.000 description 1
- XLXPYSDGMXTTNQ-UHFFFAOYSA-N Ile-Phe-Leu Natural products CCC(C)C(N)C(=O)NC(C(=O)NC(CC(C)C)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XLXPYSDGMXTTNQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SVZFKLBRCYCIIY-CYDGBPFRSA-N Ile-Pro-Arg Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O SVZFKLBRCYCIIY-CYDGBPFRSA-N 0.000 description 1
- ZUWSVOYKBCHLRR-MGHWNKPDSA-N Ile-Tyr-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N ZUWSVOYKBCHLRR-MGHWNKPDSA-N 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- UCOCBWDBHCUPQP-DCAQKATOSA-N Leu-Arg-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UCOCBWDBHCUPQP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- VCSBGUACOYUIGD-CIUDSAMLSA-N Leu-Asn-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O VCSBGUACOYUIGD-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- NEEOBPIXKWSBRF-IUCAKERBSA-N Leu-Glu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O NEEOBPIXKWSBRF-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- DBSLVQBXKVKDKJ-BJDJZHNGSA-N Leu-Ile-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O DBSLVQBXKVKDKJ-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- LIINDKYIGYTDLG-PPCPHDFISA-N Leu-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O LIINDKYIGYTDLG-PPCPHDFISA-N 0.000 description 1
- OTXBNHIUIHNGAO-UWVGGRQHSA-N Leu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN OTXBNHIUIHNGAO-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- AIRUUHAOKGVJAD-JYJNAYRXSA-N Leu-Phe-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O AIRUUHAOKGVJAD-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- SVBJIZVVYJYGLA-DCAQKATOSA-N Leu-Ser-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O SVBJIZVVYJYGLA-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- ILDSIMPXNFWKLH-KATARQTJSA-N Leu-Thr-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O ILDSIMPXNFWKLH-KATARQTJSA-N 0.000 description 1
- 101001090725 Leuconostoc gelidum Bacteriocin leucocin-A Proteins 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 240000006240 Linum usitatissimum Species 0.000 description 1
- 235000004431 Linum usitatissimum Nutrition 0.000 description 1
- WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N Lithium Chemical compound [Li] WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KCXUCYYZNZFGLL-SRVKXCTJSA-N Lys-Ala-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O KCXUCYYZNZFGLL-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- IWWMPCPLFXFBAF-SRVKXCTJSA-N Lys-Asp-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O IWWMPCPLFXFBAF-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- DCRWPTBMWMGADO-AVGNSLFASA-N Lys-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O DCRWPTBMWMGADO-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- ISHNZELVUVPCHY-ZETCQYMHSA-N Lys-Gly-Gly Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)NCC(O)=O ISHNZELVUVPCHY-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- CENKQZWVYMLRAX-ULQDDVLXSA-N Lys-Phe-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O CENKQZWVYMLRAX-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- YRNRVKTYDSLKMD-KKUMJFAQSA-N Lys-Ser-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O YRNRVKTYDSLKMD-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- SQRLLZAQNOQCEG-KKUMJFAQSA-N Lys-Tyr-Ser Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 SQRLLZAQNOQCEG-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- VKCPHIOZDWUFSW-ONGXEEELSA-N Lys-Val-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN VKCPHIOZDWUFSW-ONGXEEELSA-N 0.000 description 1
- NYTDJEZBAAFLLG-IHRRRGAJSA-N Lys-Val-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O NYTDJEZBAAFLLG-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- 239000007993 MOPS buffer Substances 0.000 description 1
- 241001446467 Mama Species 0.000 description 1
- UROWNMBTQGGTHB-DCAQKATOSA-N Met-Leu-Asp Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O UROWNMBTQGGTHB-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- LXCSZPUQKMTXNW-BQBZGAKWSA-N Met-Ser-Gly Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(O)=O LXCSZPUQKMTXNW-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- 101100293261 Mus musculus Naa15 gene Proteins 0.000 description 1
- SITLTJHOQZFJGG-UHFFFAOYSA-N N-L-alpha-glutamyl-L-valine Natural products CC(C)C(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCC(O)=O SITLTJHOQZFJGG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XMBSYZWANAQXEV-UHFFFAOYSA-N N-alpha-L-glutamyl-L-phenylalanine Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XMBSYZWANAQXEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150082943 NAT1 gene Proteins 0.000 description 1
- 108091092724 Noncoding DNA Proteins 0.000 description 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 1
- MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N Oxalic acid Chemical compound OC(=O)C(O)=O MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 239000006002 Pepper Substances 0.000 description 1
- LJUUGSWZPQOJKD-JYJNAYRXSA-N Phe-Arg-Val Chemical compound CC(C)[C@H](NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@@H](N)Cc1ccccc1)C(O)=O LJUUGSWZPQOJKD-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- KIAWKQJTSGRCSA-AVGNSLFASA-N Phe-Asn-Glu Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N KIAWKQJTSGRCSA-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- CJAHQEZWDZNSJO-KKUMJFAQSA-N Phe-Lys-Cys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 CJAHQEZWDZNSJO-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- ZJPGOXWRFNKIQL-JYJNAYRXSA-N Phe-Pro-Pro Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 ZJPGOXWRFNKIQL-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- RAGOJJCBGXARPO-XVSYOHENSA-N Phe-Thr-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@H](O)C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 RAGOJJCBGXARPO-XVSYOHENSA-N 0.000 description 1
- ZYNBEWGJFXTBDU-ACRUOGEOSA-N Phe-Tyr-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)NC(=O)[C@H](CC2=CC=CC=C2)N ZYNBEWGJFXTBDU-ACRUOGEOSA-N 0.000 description 1
- IEHDJWSAXBGJIP-RYUDHWBXSA-N Phe-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C([O-])=O)NC(=O)[C@@H]([NH3+])CC1=CC=CC=C1 IEHDJWSAXBGJIP-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- 235000016761 Piper aduncum Nutrition 0.000 description 1
- 235000017804 Piper guineense Nutrition 0.000 description 1
- 244000203593 Piper nigrum Species 0.000 description 1
- 235000008184 Piper nigrum Nutrition 0.000 description 1
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 1
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 108020004518 RNA Probes Proteins 0.000 description 1
- 239000003391 RNA probe Substances 0.000 description 1
- 239000013614 RNA sample Substances 0.000 description 1
- 230000006819 RNA synthesis Effects 0.000 description 1
- RZEQTVHJZCIUBT-WDSKDSINSA-N Ser-Arg Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCNC(N)=N RZEQTVHJZCIUBT-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- LALNXSXEYFUUDD-GUBZILKMSA-N Ser-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O LALNXSXEYFUUDD-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- UPLYXVPQLJVWMM-KKUMJFAQSA-N Ser-Phe-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O UPLYXVPQLJVWMM-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- FVFUOQIYDPAIJR-XIRDDKMYSA-N Ser-Trp-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)NC(=O)[C@H](CO)N FVFUOQIYDPAIJR-XIRDDKMYSA-N 0.000 description 1
- VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M Sodium acetate Chemical compound [Na+].CC([O-])=O VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- NHUHCSRWZMLRLA-UHFFFAOYSA-N Sulfisoxazole Chemical compound CC1=NOC(NS(=O)(=O)C=2C=CC(N)=CC=2)=C1C NHUHCSRWZMLRLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DWYAUVCQDTZIJI-VZFHVOOUSA-N Thr-Ala-Ser Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O DWYAUVCQDTZIJI-VZFHVOOUSA-N 0.000 description 1
- XYEXCEPTALHNEV-RCWTZXSCSA-N Thr-Arg-Arg Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O XYEXCEPTALHNEV-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- UDQBCBUXAQIZAK-GLLZPBPUSA-N Thr-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O UDQBCBUXAQIZAK-GLLZPBPUSA-N 0.000 description 1
- RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N Titanium Chemical compound [Ti] RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 1
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- SINRIKQYQJRGDQ-MEYUZBJRSA-N Tyr-Lys-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 SINRIKQYQJRGDQ-MEYUZBJRSA-N 0.000 description 1
- AGDDLOQMXUQPDY-BZSNNMDCSA-N Tyr-Tyr-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O AGDDLOQMXUQPDY-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- UPJONISHZRADBH-XPUUQOCRSA-N Val-Glu Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O UPJONISHZRADBH-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- FOADDSDHGRFUOC-DZKIICNBSA-N Val-Glu-Phe Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)N FOADDSDHGRFUOC-DZKIICNBSA-N 0.000 description 1
- UKEVLVBHRKWECS-LSJOCFKGSA-N Val-Ile-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N UKEVLVBHRKWECS-LSJOCFKGSA-N 0.000 description 1
- AEMPCGRFEZTWIF-IHRRRGAJSA-N Val-Leu-Lys Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O AEMPCGRFEZTWIF-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- LJSZPMSUYKKKCP-UBHSHLNASA-N Val-Phe-Ala Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 LJSZPMSUYKKKCP-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- IECQJCJNPJVUSB-IHRRRGAJSA-N Val-Tyr-Ser Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O IECQJCJNPJVUSB-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- AOILQMZPNLUXCM-AVGNSLFASA-N Val-Val-Lys Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN AOILQMZPNLUXCM-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 108010086434 alanyl-seryl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010047495 alanylglycine Proteins 0.000 description 1
- 229930013930 alkaloid Natural products 0.000 description 1
- KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N alpha-L-glutamyl-L-glutamic acid Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 1
- 108010040443 aspartyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010068265 aspartyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 235000019658 bitter taste Nutrition 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 230000024245 cell differentiation Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 1
- RLGQACBPNDBWTB-UHFFFAOYSA-N cetyltrimethylammonium ion Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C RLGQACBPNDBWTB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 229920003211 cis-1,4-polyisoprene Polymers 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 1
- 230000007123 defense Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 1
- 229930002886 farnesol Natural products 0.000 description 1
- 229940043259 farnesol Drugs 0.000 description 1
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 1
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 1
- 239000000796 flavoring agent Substances 0.000 description 1
- 235000019634 flavors Nutrition 0.000 description 1
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 1
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 1
- 108010089804 glycyl-threonine Proteins 0.000 description 1
- 108010020688 glycylhistidine Proteins 0.000 description 1
- 108010015792 glycyllysine Proteins 0.000 description 1
- 108010037850 glycylvaline Proteins 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical class [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BCGWQEUPMDMJNV-UHFFFAOYSA-N imipramine Chemical compound C1CC2=CC=CC=C2N(CCCN(C)C)C2=CC=CC=C21 BCGWQEUPMDMJNV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 108010078274 isoleucylvaline Proteins 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 108010034529 leucyl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 229910052744 lithium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 description 1
- 206010025135 lupus erythematosus Diseases 0.000 description 1
- 108010009298 lysylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002075 main ingredient Substances 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- WSFSSNUMVMOOMR-NJFSPNSNSA-N methanone Chemical compound O=[14CH2] WSFSSNUMVMOOMR-NJFSPNSNSA-N 0.000 description 1
- KXKVLQRXCPHEJC-UHFFFAOYSA-N methyl acetate Chemical compound COC(C)=O KXKVLQRXCPHEJC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 108010058731 nopaline synthase Proteins 0.000 description 1
- 230000006911 nucleation Effects 0.000 description 1
- 238000010899 nucleation Methods 0.000 description 1
- 238000007826 nucleic acid assay Methods 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 1
- 108010084572 phenylalanyl-valine Proteins 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229930195732 phytohormone Natural products 0.000 description 1
- 229930000223 plant secondary metabolite Natural products 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 239000001397 quillaja saponaria molina bark Substances 0.000 description 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 1
- 230000037425 regulation of transcription Effects 0.000 description 1
- 229930182490 saponin Natural products 0.000 description 1
- 150000007949 saponins Chemical class 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 230000024053 secondary metabolic process Effects 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 239000001632 sodium acetate Substances 0.000 description 1
- 235000017281 sodium acetate Nutrition 0.000 description 1
- CRDAMVZIKSXKFV-UHFFFAOYSA-N trans-Farnesol Natural products CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCO CRDAMVZIKSXKFV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000011426 transformation method Methods 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010051110 tyrosyl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 108010003137 tyrosyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- 108010073969 valyllysine Proteins 0.000 description 1
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/1085—Transferases (2.) transferring alkyl or aryl groups other than methyl groups (2.5)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/82—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
- C12N15/8216—Methods for controlling, regulating or enhancing expression of transgenes in plant cells
- C12N15/8222—Developmentally regulated expression systems, tissue, organ specific, temporal or spatial regulation
- C12N15/8223—Vegetative tissue-specific promoters
- C12N15/8225—Leaf-specific, e.g. including petioles, stomata
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/82—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
- C12N15/8216—Methods for controlling, regulating or enhancing expression of transgenes in plant cells
- C12N15/8222—Developmentally regulated expression systems, tissue, organ specific, temporal or spatial regulation
- C12N15/823—Reproductive tissue-specific promoters
- C12N15/8233—Female-specific, e.g. pistil, ovule
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/82—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
- C12N15/8241—Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology
- C12N15/8242—Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology with non-agronomic quality (output) traits, e.g. for industrial processing; Value added, non-agronomic traits
- C12N15/8243—Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology with non-agronomic quality (output) traits, e.g. for industrial processing; Value added, non-agronomic traits involving biosynthetic or metabolic pathways, i.e. metabolic engineering, e.g. nicotine, caffeine
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Pregnancy & Childbirth (AREA)
- Reproductive Health (AREA)
- Nutrition Science (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Breeding Of Plants And Reproduction By Means Of Culturing (AREA)
Description
Proteiny farnesylpyrotosfátsyntázy, nukleové kyseliny promotorové úseky iesicn • · · ♦<
Plast tec h nikv rrect.Kiaaanv wna±t
L V 5.0.
nu pvrofosfátsvntázu chmelu a jejich promotorových úseků josavadní stav techniky
Rostliny produkuji a nízkomolekulárni organické terpenoidy, alkaloidy, feno; mělo za to, že tyto slouč primární funkce udržení ž ό omo c n é funkce
| akumu | lují ve | svých | tělech mn |
| 310' | cčeninv, | jako | jsou na' |
| - | - | ||
| T-t 3 i sz | |||
| Lické | látky a | saponin | y. ťuvoane |
| v z | v z | ||
| ;eniny | nej sou | přímo | zodpovědně |
| * | |||
| i v o t a | organizj | mu, a | že maj i |
n o —τι v oyiy proto t ky s e ku n da r n i n c ibolismu, sekundární metabolity.
Avšak v nedávné době se začalo přicházet na to, ze tye: sekundární metabolity účinkují jako látky zodpovědné např. z: buněčnou diferenciaci a za obranu proti exoaenním faktorům.
příchuti, ieciv nipmennu.
:emeae±stvi /to pritanuu pozornost v mnona coorecn.
jeiiKc i sou acr.Línuc-l ir, -7 σι ;t nne n Drum-,'s ονθΓρ vedou k je mnohé enzyme :reCTié ibolitv cenné vzhleder ti f zkoumai i se orocs a nedávno t '7 O i i '/ V “ 33 _ k> Z, J.. K d 2 f f ± O AC í i í L. Tt _· í i L· '! J- 33. Tt “iuéíoaaecn, καν množsi • · · · • · · · aráz, jsou velmi malá, náklady jsou vysoké. Je proto potřebné vyvíjet metody in vitro syntézy metodách genových manipulací nebo buněčných :terá lze izoloval
I CO T G ρ, C.
Farnesyltvrcfosfátsvntáza (FPP synt;
enzym, Kvery metaooiisrnu ! τη Ί utcrnia iaťu ;e účastni synteticte Kas.kacy seKunaarnihc ístlin. Farnesylpyrofosfátsyntáza je enzyn konkrétně se účastnici v metabolizmu isotrencidů, které tvoří o celou řadu látek v rostlině jako jsou pigmenty, vonné látky, oroti škůdcům přidaní iynonormony, tytoaiexiny, a otranne sioucemny (Plant Biochemistry & Molecular Biology, HansWalter Heldt, Oxford University Press, 360-376, 1997). Bylo ukázáno, že farnesyl- pyrofosfátsyntáza katalyzuje přeměňující ísopentenyl-pyrofosfát po dímethyallylpyrofsofátu na geranylpyrofcsfát, a také katalyzuje reakci přeměňující tento geranylpyrofosfát ρν přidání isopentenylpyrofosfátu na farnesylpyrcfosfát.
Chmel je hlavní surovinou, která pivu poskytuje osvěžující hořkou chuť a vůni. Začíná se pomalu chápat, že sekundární metabolity jsou vylučovány ve velkých množstvích na lázkách obsaženýcn v chmel nvp =; i tyto sexunaarni metaoorxry z velte míry κ nořte cnuti a vůni piva. Navíc oyio v posiedmcn letecn utazano, ze sekundami metabolity v chmelu mají i farmakclogické účinky (např. Ample, Biosci. Biotech. Biochem., 61 (1), 158, 1997). Za těchto okolností se provádí řada šlechtitelských zlepšení chmelu mrazem na nenanonov aKumulované v inoulincvíi on n ro -r ~ • · ta ···4 přitom genetické znaky užitečné pro hodnoceny. Z těchto důvodu postupy včetně křížení je
Současná situace je taková, zcela nepředvídatelná, dokud jen velmi málo studií a fermentaci v podstatě nebyly dosavadní šlechtění klasickými závislé na zkušenosti a intuici, že pivovarská kvalita chmele ke nenarostou chmelové šištice.
Je tudíž potřeba izolovat gen farnesylpyrofosfátsyntázy z chmelu a metodami molekulární genetiky (genového inženýrství) regulovat sekundární metaboiity v chmelu, a také na základě genových manipulací zavést metody in vitro syntézy.
Šlechtitelské inženýrství, jako molekulární selekce, postupy užívající metod genového jsou např. techniky transformace a se stáván.
praktickými možnostmi pro mnohé rostliny. Pomocí těchto metod je možné provádět mnohem šílenější a účinnější šlechtění ve srovnán;
s Klasickými postupy spoléhajícími na zkušenost a intuici. Konkrétné napr.
metoda, kdy exogenní gen vnesen do čili požadovaný znak je v ni expnmovan, rostlinné buňky. Aby byl exogenní gen transformace je rostlinné buňky a přímo přenesen do exprimován, mohou být užit následující postup: požadovaný strukturní gen a terminátor funkční v rostlinné buňce se spojí s promotorem funkčním v rostlinné buňce, který je schopen řídit expresi strukturního genu v rostlinné buňce, a tyto spojené genetické elementy se vnesou do rostlinné buňky. K promotorům, které jsou často užívány pro experimenty, patři 35S CAMV promotor nebo promotor genu pro nopalinsyntázu, což jsou promotory umožňující expresi ve velké škále rostlin bez ohledu na typ pletiva (v Res, 15 (1987) 1543-1558 ).
promotory užity oro exoresi
Sanders P. R. et \ . BvSsk křiv?
Nudě:
tnsuí ve sou vyse uveaene všech dativech, • · · · • · · • · · · · · • 99 · · některé transgeny mohou nepříznivé narušit rusí.
p J- L. a dovol;
r; W ’ vynoaGí .ovát tkáňově soe exorimovat exoqenni cen oecj-iiCKe promorory, v požadovaném <
roastata wnaiezu i η 11 τί τη promotorů v lupulinovýcn žlázkách Cihmelu, a oai
Problém, který výše uvedeném stavu tecnniky, zeno cílem je určeni genů enzymy, které se účastní sekundárního metabolizmu v chmelu, a nukleotidové sekvence (tj. sekvence bází} tkáňově specifických ríÁ í transformovat rostliny chmelu mezodami genového inženýrství nakonec také in vitro svntéza sekundárních metabolitů chmelu.
Pri výzkumu cecnro orazex farnesylpyrofosfátsyntázy a jejich k realizaci předkládaného farnesylpyrofosfátsyntázy byly naiezn puvo< romotory, kb vynalezu:
silně e;
jenv usovany v lupulinovýcn žlázkách chmelu a enzym se podílí n sekundárních metabolitů.
ficky iKiaaanv posKytui popsané v následujících bodech aminokyselinovou sekvenci uvedenou zde
u. ríuteih odvodit dej ze SEKVENCE IE. o fs rna cwl rzv -f w Έ 1 z
ΤΊ TT] j _l'^± c eoo Substitucí
IVOVOU Sci i a cí π á nebo nebe e snunooyst ό η o ό c i vntatovou • · • · · ·
Předkládaný vynález dále poskytuje nukleové kyseliny popsané v následujících bodech 3 až 10:
3. Nukleová kyselina kódující protein mající aminokyselinovou sekvenci uvedenou zde v seznamu sekvencí jako SEKVENCE ID. Č. 1.
4. Nukleová kyselina mající nuklectidovou si mající nukleotidovou sekvenci uvedenou zde v seznamu sekvencí jako SEKVENCE ID. Č. 3.
5. Nukleová kyselina obsahující část nukleotídové SEKVENCE ID. Č. 3.
6. Nukleová kyselina, která hybridizuje s nukleovou kyselinou mající nukleotidovou SEKVENCI ID. Č. 3 nebo s nukleovou kyselinou k ní komplementární za stringentních podmínek, přičemž nukleová kyselina kóduje protein mající aktivitu farnesyipyrofosfátsyntázy.
7. Nukleová kyselina mající nukleotidovou sekvenci uvedenou zde v seznamu sekvencí jako SEKVENCE ID. Č. 2.
8. Nukleová kyselina obsahující část nukleotídové SEKVENCE ID. Č. 2.
9. Nukleová kyselina mající nukleotidovou sekvenci od báze č. 1 do báze č. 1886 v nukleotídové sekvenci uvedené zde jako SEKVENCE ID. Č. 2.
10. Nukleová kyselina, která hybridizuje s nukleovou kyselinou popsanou v bodě 7 nebo 8 nebo s nukleovou kyselinou k ní komplementární za stringentních podmínek, přičemž nunleová kyselina má promocorovcu aknivitu.
oransformaci cnmelu menodamí genových manipulací a naks umožní • · rODIS ODraZKL
Obr. i je diagram ukazující fragmenty nukleové kyseliny získané z izolačního procesu genu farnesylpyrofosfátsyntázy podle vynálezu.
soněma u<?
uor. z ;
pro realizaci vynaiez;
princip ni riK
Obr. 3 je schéma ukazující princip kazetové prostředkované PCR použité pro realizaci vynálezu.
Obr. 4 představuje vyvolaný obrázek - chromatogram z chromatografie na tenue vrstvě pouzí;
stanoveni přítomnosti aktivity iarnesylpyrofosiátsyntázy podle vynálezu.
Obr. 5 je fotografie Northern analýzy, která potvrzuje expresi genu farnesylpyrofosfátsyntázy podle vynálezu.
Výhodná provedení vynálezu
Výhodná provedení předkládaného vynálezu budou dále popsána podrobněji, v případě potřeby s odkazem na výše popsané obrázky.
Termín nuklecvá kyselina se v předkládaném popisu týká DNA, RNA, nebo polynukleotidu, který může býz derivátem, aktivní DNA nebo RNA. Výhodné jsou DNA. a/nebo RNA, K formám nukleových kyselin patří např. genomová DNA, cDNA a mRNA.
Termín hybridizují za stríngenrních podmíněn znamená v předkládaném popisu, že dva fragmenty nukleové kyseliny vzájemně hybridizují v podmínkách, které byly popsány v Sambrook et al. , Expression of Cicned Genes in S. coli h Laborancrý Manual (1989) Cele Spring iiuu .
9.47-9.62, 11.45Karbor Laboratory Press, New York, USA, 11.61.
Konkrétně strinaentní hybridizace se provádí např.
promývaní ve :,o x ssc pří podmínky znamenají, v 6,0 x SSC při 45 °C, °C. Prc vyber stnngencs p r omývá n1 muže solí od přibližně 2,0 x SSC při 50 °C, tj . nízká až po přibližně 0,1 x SSC při 50 °C, t j. vysoká stringence. Teplota při promývacím kroku může být od přibližně teploty místnosti (přibližně 22 °C), t j. nízká stringence, až po teplotu přibližně 65 °C, tj. podmínky vysoké stringence.
(přísnosti) podmínek pro koncentrace stringence, cv zvoiena
Termín promotor se v předkládaném popisu týká nukleotidové sekvence přítomné v DNA, která je signální sekvencí řídící iniciaci a terminaci syntézy RNA (transkripci
Termín tyká funkce nebo reguluje frekvenci transkripce.
promotorové aktivita v předkládaném popisu se iniciace, terminace a regulace transkripce výše popsaným promotorem.
Farnesylpyrofosfátsyntéza popsána jako první.
chmelu podle vynálezu bude
Protein podle předkládaného vynálezu je farnesylpyrofosfátsyntáza z chmelu, která má aminokyselinovou sekvenci obsahující 342 aminokyselinových zbytků, která je zde v seznamu sekvencí uvedena jako SEKVENCE ID. Č. 1.
Protein podle vynálezu je aminokyselinovou sekvenci, kterou taxe protein, Který ma lze odvodit deleci nebo substitucí jedné nebo více SEKVENCE ID. C. 1, nebo adi ammoKysenn z amincKyseimove jedné nebo více aminokyselin pokud k aminokyselinové SEKVENCI IB. C. farnesylpyrofosfátsyntázovou aktivitu.
upraveno proteiny, připoj eny pále, jeiiKoz sacnariaove reoezce moncu pyo nevázány na elou řadu proteinů, připojeni sacharidových řetězců může být přeměnou jedné nebo více aminokyselin. Takže u kterých jsou k aminokyselinové SEKVENCI IB. Č. 1 sacharidové řeoězce, spadají také do· rozsahu předkládaného vynálezu, pokud projevují farnesylpyrofosfátsyntázovou aktivitu, jak byla popsána výše.
A dále, nukleové kyseliny mající nukleotídové sekvence kódující proteiny jsou také předmětem předkládaného· vynálezu. Konkrétně, jelikož existuje množství nukleotidových sekvencí (kodonůj kódujících jednu aminokyselinu, existuje také velký počet aminokyselin sekvencí kódujících aminokyselinovou sekvenci uvedenou zde v seznamu sekvencí jako SEKVENCE ID.
C.l. Všechny tyto nukleové vynález.
my zanrnuoe sdkláde venret irmín kóduje protein znamená,
O -7 Λ za, když ! I !\j Li
Kompiemenrarnicn retezcu posuvtuze ozé sekvence přímo kódující meten nukleotidovou sekvenci kódující protein. Takže předkládaný vynález také zahrnuje nukieot;
aminokyselinovou SEKVENCI IE’. C. 1 a nukleotídové sekvence komplementární k těmto nukleotidovým sekvencím.
care puPe popsán gen pro nesyipyroíosíatsyntazu podlí vnaJ ezu
Nukleov předkládaného vynálí ] ] > 1 o/ml- 7 UO Wi A '/VGr, j seznamu sexA • · • · · ·
-q η ruKieova
Nukleová kyselina podle vynálezu je ta kyselina, která je částí nukleotidové sekvence jako SEKVENCE ID. Č. 3.
A déle, nukleová kyselina podle vynálezu je také nukleová kyselina, která za stringenuních podmínek hybridizuje s nukleotidovou sekvencí 1029 bází ze SEKVENCE ID. C. 3, a kóouje protein mající farnesylpyrofosíátsyntázovou artivizu, přičemž její nukleotidová sekvence není nijak zvi nna, poxud spinuie tyto poaminuy.
A dále, vynález zahrnuje nukleové kyseliny mající nukleotidovou sekvenci komplementární k výše zmíněné sekvenci hybridizující za stringentních podmínek.
Konkrétně se jedná o další nukleové kyseliny, mající deiece, substituce, inzerce nebo adice několika nukleotidů vzhledem k nukleotidové SEKVENCI ID. Č. 3 a kódující protein s farnesylpyrofosfátsyntázovou aktivitou. Termíny deiece, substituce, inzerce a adice v předkládaném popisu zahrnují nejen krátké deiece, substizuce, inzerce a adice velikosti 1 až 10 bází, ale také dlouhé deiece, substituce, inzerce a adice velikosti 3 ~ '0 V d
Vř
Termín farnesylpyrcfosfátsyi v předkládaném popisu týká aktivity, Která umožňuj reakce, kdy je syntetizován farnesylpyrofosfát katary; působením farnesylpyrofosfátsyntázy. V takovém případě sloučenina, které slouží jako farnesylpyrofosfátsyntázy, nijak zvláště omezena, sloučenina, ze které nakonec může být farnesvlpyrofosfát. Jako konkrétu' není
UP5 ςνι
Ceranyipyrotostát v/ažovánv za crekurzc • · • · • · · ··· ·· M«l mvrc humuieny, caryc-pnyieny žarneseny. Takže detekci nukieotidové SEKVENCE ID. C. 3 by bylo možné užít tuto nukleovou kyselinu jako geneticky markér pro znaky související s regulací metabolických systémů pro složky esenciálních olejů a složky esenciálních olejů samotné. Detekce nukleové kyseliny nevyžaduje nutně celou SEKVENCI ID. Č. 3, např. jen část této sekvence může být simplifikována PCR (polymerázovou řetězovou reakcí) a detekce pak může být provedena některou z technik analýzy genů, např. sekvencováním nukieotidové sekvence (stanovení pořadí bází) nebo RFLP (délkový polymorfismus restrikčních fragmentů). Takže nukleová kyselina podle vynálezu zahrnuje také nukleové kyseliny obsahující část nukieotidové SEKVENCE ID. Č. 3.
Dále bude popsán farnesylpyrofosfátsyntázy podl
Nukleová kyselina podle vyn mající nukieotidovou sekvenci, sekvencí uvedena jako SEKVENCE L romotorcvv ezu je nuKieova která je zde
C. 2. Nukleové poaie vynalezu te také cast nukleotioove sekvence obsahujíc
4699 bází, uvedené jako SEKVENCI může být sekvence zahrnující baze iNunieova Kyselina magici uvedenou jako SEKVENCE ID. Č. 2 íarnesylpyrofosfátsynoázy a nukiectidová sekvence kódujíc nukieotidovou počáteční metmonin farnesyipy \rrn r r\ sraz synů ao genomove lna. larze oáze _ az ibtíó nuKieotidcve SEKVENCE ID. C. 2 v seznamu sekvencí představuji 5’-nekódující úsek, ve kterém je obsažen promotorovy úsek farnesylpyrofosfátsyntázy. Je obtížné definovat nepochybné • · · · nuuieove Kyseliny poemě vynaiezu zanrnuji seKvence oosanujici Libovolnou část úseku od báze 1 do 1886, pokud vykazují promotorovou aktivitu.
Nukleová kyselina podle vynálezu je také kyselina, která hybridizuje s nukleovou kyselinou SEKVENCI ID. Č. 2 nebo s nukleovou kyselinou mající
HUKieOVa mající sekvenci _ a z 18 87 ze SEKVENCE i. která ma promotorovou autuvmu, přičemž její nukleotidové sekvence není nijak zvláště omezena. K nukieovým kyselinám podle vynálezu dále patří nukleové kyseliny mající nukleetidevou sekvencí komplementární k nukleové kyselině, která hybridizuje za stringentních podmínek a má promotorovou aktivitu. Konkrétně se jedná o další nukleové kyseliny, mající delece, substituce, inzerce nebo adice několika nukleotidů vzhledem k nukleotidové představovanou úsekem baz stringentních podmínek,
SEKVENCI ID. Č. 2 a ma substituce, m zanrnuji neien kratme aeiece, promotorovou autivitu. Terminy a adice v předkládaném popisu substituce, velikosti iu oazi, ai . ké dlouhé dt adice velikosti 10 až 100 bází
Dále je popsán výhodný způsob izolace nukleové kyselin} podle vynálezu a analýzy funkce genových produktů.
Nukleová kyselina podle vynálezu může být
| postupem | zahrnujícím : |
| v dalších | krocích (6) |
| uyse i ma | kóduje prot |
| akcivitu | nebo zda má n |
:olovana )řípadně ky senná romc ovou aVivKu, • · · · » · · · · · η enc promete izolace genu pro farnesylpyrofosfátsyntázu C ΓΐΓΠΘ _L U (I) Příprava genomové DNA z chmelu
Příprava genomové DNA z chmelu se provádí j .působů známých v oboru: např. postupem podle Wagner, lTU j Proč. Nat1. Acad. Sci.
ί 4, 2097.00 (z) izoiace genu oromotoru pr:
Ur ;sylpyrofosfátsyntézu i eno
Fragmenty částí genu farnesylpyrofosfátsyntázy mohou být izolovány pomoci PCR primerů, které jsou navrženy na základě genu farnesylpyrofosfátsyntázy z jiných znaiosti rostlin, senvenc a kukuřice, íworu znamyen zpusoou, jaro je napr. ligací zprostředkovaná PCR.
nverzn:
-Ck neno naze nova inverzní mm j která slouží jako vzor· produkt po štěpení je zacynien, jsou použity primery scnemaricKy znázorněná na cor.
je naštěoena restrikčnímd
Lmz vzninne ;emolát nro A v opačných směrech ne: umožňuje amoiifikovat ampiifiracz \77P a př - 7QV3 '1
Ύ pro ocvvKie eou.
upszream přilehlé ke specifické nukleotidové sekvenci. Jako konkrétní přiklad inverzní PCR lze zmínit způsob podlí neoo oowns oream use?: v a i . taenornics znázorněno ne obr, metoda o/4-ooi i ia a a i i .
2IR[
Tir-, í ? Tmamě se?:věnci ίαια jun ijdK je s oněma 1a c ?:v
Kazety zprostředkovaná PCR je ú neznámé nukleotidové sekvence př. meoodcu popsanou v ροοοο?:ο1ο vitro Clonincr Kit firmv Tatara • · • 99 9 9 · lepena restritcnim enzymem, (adaptory) se známou * »0 • · » * · « • · · · • · *
9 ♦ · neznámý úsek, je nejdříve
| Adap t o r ov á n u k i e o vé | kyseiir |
| nukleotidovou sekvencí | maj ící |
| které může být snadno | n r i ri r qvron X J- -u r-· x. dv ... - i |
| ligací k naštěpené nul | LÍeové ky: |
| nukleotidové sekvence | obklopen |
| v PCR a ampiifikovaný | prooukt |
| Opakováním inverzní | PCR, |
| zprostředkované PCR, | je možné |
| farnesylpyrofosfátsvntá | .zy a jeti |
vnodné restrikční mí do, prc primer, jsou připojeny .ině. Pak je neznámý úsek známými úseky ampiifitovan : pak případně sekvencován. případně ligací kazety zolovat z chmelu celí/ pen (3) Sekvencování
Izolované geny mohou být sekvencovány metodami v oboru známými: např. postupem popsaným v protokolu u soupravy A3I
PRISM Dye Primer Cycle PE BioSystems, lne. popsaným; postupem se (eouencinq Reaďy Reaction
Nukleotidové sekvence stáno· vyhledávání na '< noriror v oataoazi znamýcn senvenci, napr. na internet irmy homologíe 6 h 11 o:
//www.nebi.ním.nih.gov/BLASi, mozne přítomnost ci nepřítomnost nomoiogie se známými geny zisuanymi z jiných druhů rostlin a případně také míru homologíe. To dovolí také stanovit, zda jsou získané geny nové.
(4) Příprava celkové RNA z frakcí
Po té, co byly připraveny c celkové RNA provedena jedním ze z postupem podle Charig, S. et e Reocri 11, 113-116 í 1993) .
;let i v volené frakce, byla přípravy tůsobů v oboru známých, např.
ogy bvt izorovárn :oiace cDNA pro farnesyloyrt i
» · Μ * » · » A 9 9
9 9
Lat s vn i_azu cDNA pro farnesylpyrofosfátsyntázu muže metodami v oboru známými: konkrétně lze např. připravit primery na základě znalosti nukleotidové sekvence genomové DNA pro farnesylpyrofosfátsyntázu izolované v kroku (2) a cDNA syntetizovaná z celkové mRNA j cDNA pomoci RT-PCR. Konkrétně lze provést podle protokolu k soupravě ;m cd firmy Roche Diagnostice lne, užita ρ
ΓΓιΘ l. CÓU
Lan vn
Latu .uoe R (6) Funkční analýza proteinu kódovaného izolovaným genem pro farnesylpyrofosfátsyntázu
Protein kódovaný genem farnesylpyrofosfátsyntázy izolovaným v kroku (5) může být exprimován v buňkách E. coli po vrozeni vektoru a cDNA pro farnesylpyrofosfátsyntázu vnesení expresního vekcoru do buněk mra
SC
OaX rarnesyj uxpression systém ιοα f;
q v r> n i co.
puriíiuí v a -i nn kódovaného cent
| /ntázi | popsaným výše | může | být např. |
| popsa | ným v protokolu k | soupravě | 0 r Δ ci trm r c q o |
| (od | xlZniy ^ιλόΤιλ iiid. | i . Zda | je protein |
| li a | ρ u r i f i k ova n ý, jak | bylo po? | isáno výše, |
ί e tozne potvrdit υηκοηζ 3 aw tarnesyipyrozostatsyntaza, metodami v oboru známými, např. postupem podle S' al. (Arch. Biochem. Biophys. 321, 493-500, (1995)).
(7) Analýza Northern hybridizaci (dále zkráceně Norther:
- - /, Η \ α i ί αiγία ;
zoiovany gen rarnesyipyrorosránsyntazy muže byr :cTiča pro Northern analýzu ke zjišrení tone, ve avntázy e?:orámován .
• · 4 · > !* · · « » ► · · » · · » · · « « ► » · · ♦ · » · · » » »4 «44 · ♦ ···· kterých pletivech farnesylpyrofosfátsyntáza působí. Northerr analýza může týt např. provedena postupem popsáními v protokol; The DIG System User’s Guide for Filter Hybridization str, 53-55 (1995) od firmy Boeringer Manheixn.
Dále je popsáno vynodne proveaeni, ?;tere te reanzovanc pomocí nukleové kyseliny podle vynálezu.
1) Sondy pro použití při hyorí :ac;
Použitím isti něco nukleotidové sekvence podle vynálezu jako hybridizační sondy mozne přinejmenším detekovat expresi genu pro farnesylpyrofostátsyntázu v chmelu Užitím části nebo cele nukleoridové sekvence podle vynález;
jako hybridizační sonav :moumani qenov?
exprei v pletivech chmelu je možné identifikovat distribuci genové expn ivuy užije cast ce±a nukieotiaova sexvence počne vynálezu jako hybridizační sonda, samotný způsob hybridizac není nipax zviaste omezen, _e jako příklady hyb;
Ol 7=t Cl postupů lze zmínit Northern hybridizaci, Southern hybridizaci, kolonií, tečkovou hybridizaci, nyoriaizac hybridizac užívající DNA čipy a mikročipy.
in šitu (F±SH), in šitu hybridizac
O U-Cil _L i (ISHŠ, metoay
Když je nukleotidová sekvence podle vynálezu užívána jako hybridizační sonda, pak nutná délka nukleotidové sekvence je a výhodně se užívá úsek 20 nebo více po sobě uenu. Výhodněji se užívají úsekv alespoň 20 baží, jdoucích baží o b s a h u jící v i c e
ΠΘ j VynOO-ně j - USGky XhUScn ;e sexvení
0 CC a tt _ ~ o ► 9 · t · · » · · · · » · ·· ··9 «··
Metody s oligonukleotidovými sondami jsou v oboru dobře známy, a vhodné hybridizačni podmínky pro konkrétní délku sondy a konkrétní polynukleotid mohou být odborníkem snadno stanoveny. Odborníkům jsou známy postupy pro dosaženi optimální bybridízace sond různých délek, viz např. Sambrook et al·., Molecular Cioninc Cold Spring Barbor (1989;.
orátory Manuai, znd EO., snadnu vynoctne jsou sonoy značeny, aoy moniy oy’ detekovány. Deuekovatelné značky mohou být libovolného druhu, detekovatelné buďto prostým okem nebo pomocí přístrojového vyoavení. Detekovatelné značky, které se obvykle užívají, jsou např. radioaktivní značky jako je J3P, 14C, i23I, JH a 35S. nukleotidy mohou být inkorporovány do nukiecvých kyselin metodou zlomové (nick) translace nebo chemickými či enzymatickými prostředky apod. Eiotinem značené sondy jsou pak detekovány po hybridizaci takovými prostředky jako jsou avioin/streptavidin, fluorescenční značky, enzymy, a komplexy koloidního zlata. Nukleové kyseliny mohou byt značeny ντ-,ο monou oyt užity numieove (crosslinked) na značený jednořetězcový navazamm na proteiny. mternaLivn kyseliny, které byly nav radioaktivně nebo fluor híslonový vazebný protein.
Γι V 7 PS Ί Γ ΡΏ ’ (2) Primery pro použití v PCR pomoci vzor:
Je tane rnozne aetexovat gen moiiv části sekvence podle vynait řetězové reakci). Tak např. ze : izolovat RNA a genová exprese pak cnesvloyrofo ι, o κ n (poiymerazov se můž ~ antinativně st ocucci ni'—rok. lasovo řooru aoci mamy.
: syntézy primeru namanéhO' Λ~ί=· hVr
Když je nukieová kyselina podle vynálezu užívána jako PCR primer, je nutné, aby její délka byla 10 až 60 baží, výhodně se užívá nukieová kyselina obsahující IQ až 60 po sobě následujících baží (výhodněji 15 až 30 baží) z nukleové kyseliny podle vynálezu. Obecně obsah GC v sekvenci primerů je výhodně 4 0 až 60
A dá) výhodné, když nejsou mezi primery žádné rozdíly v hodnotě Tm. Je také výhodné, aby se navzájem nespojovaly párováním baží 3'-konce primerů a sekvence primerů nevytvářely žádné sekundární struktury.
(3) Screening nukleových kyselin
Je možné detekovat distribuci exprese genu pro farnesylpyrofosfátsyntázu v chmelu užitím části nebo celé nukleotidové sekvence podle vynálezu. Tak např. část nebo celá nukleotidová sekvence podle vynálezu může být užita jako PCR hybridizační sonda nebo distribuce genové exprese.
primer pro j d detekci
DNA čipy, mikročipy apod. mohou být také užity pro detekci distribuce genové exprese. Konkrétně části nebo celá nukleotidová sekvence podle vynálezu mohou být přímo naneseny na čip nebo mikročip. RNA izolovaná z buněk se pak označí pomocí fluorescenční nebo podobné značky a hybridizuje se na čip nebo mikročip, což umožňuje analyzovat, ve kterých buňkách je gen významně exprimován. DNA aplikovaná na čip nebo mikročip může být DNA připravená v PCR pomocí části nebo celé nukleotidové sekvence podle vynálezu.
(4) DNA klonování
Gen, který je exprimován, může být klonován, alespoň v případě chmelu, užitím části nebo celé nukleotidové sekvence celá nukleotidová sekvence jako sonda při Northern kolonií, nebo jako primer ásti nukleotidové sekvence podle vynálezu. Tak např. část nebo podle vynálezu může byt užita hybridizaci nebo při hybrídizací v PCR, pro klonování celé nebo č podle vynálezu.
V dalších provedeních vynálezu kromě již výše popsaných je možné získat další informace o farnesyipyrofosfátsyntéze z chmelu nebo provádět transformaci chmelu či produkovat sekundární metabolity chmelu.
Konkrétně, výše zmiňovaný enzym farnesylpyrofosfátsyntáza se účastní metabolizmu isoprenoidů, z nichž je odvozena celá řada látek významných pro rostliny (jako jsou pigmenty, vonné látky, fytonormony, fytoalexiny a obranné látky proti škůdcům). Tudíž užitím genu farnesylpyrofosfátsyntázy popsaného výše je možné řídit merabolizmus rostlinných systémů směrem k pigmentům, vonným látkám, fytohormonům, fytoalexinům a obranným látkám proti škůdcům, a také detekovat geny zodpovědné za tyto znaky.
Je také možné produkovat rostlinné sekundární metabolity syntézou in vitro užitím farnesylpyrofosfátsyntázy získané prostřednictvím genových manipulací s využitím genu pro farnesylpyrofosfátsyntázy podle vynálezu.
Také existuje možnost, že farnesyipyrofosfátsyntáze se podílí na metabolických systémech chmelové pryskyřice, resp. jejích složek, a xantohumolu (Brauwelt. 36, 1998), což je lánka, která má protirakovinný účinek. Pomocí nukleových kyselin podle vynálezu bude také systémy syntézy chmelové pryskyřice možné využít tyto nukleové kyseliny znaky spojené s chmelovou pryskyřicí možné řídit metabolické a xantohumolu, a také je ako genetické markéry pro xant ohumo1em.
V důsledku toho bude možné provádět šlechtění chmelu, které dosud záviselo na zkušenosti a intuici, genovými manipulacemi. Například se užije metoda transformace rostlin, ke vnesení genu farneslypyrofosfátsyntázy podle vynálezu do rostlin chmelu. Tak např. bude možné řídit složení sekundárních metabolitů v lupulinovýcn žiázkách. A také bude možné zlepšovat a udržovat kvalitu potravin obsahujících chmel (pivo a pivo s nízkým obsahem sladu) a taktéž zlepšovat a udržovat kvalitu léčiv založených na sekundárních metabolitech chmelu.
K nukleové kyselině obsahující promotorový úsek genu farnesylpyrofosřátsyntázy podle vynálezu se může připojit downstream (ve směru transkripce) vhodný gen, který má být vnesen do rostlin chmelu, s terminátorem funkčním v rostlině, a takto vnést do rostlin chmelu. Tento gen pak bude specificky exprimován v lupuiinových žiázkách.
Předkládaný vynález bude dále podrobněji popsán ve formě příkladů, které jsou pouze ilustrativní, a nijak neomezují rozsah vynálezu.
Příklady provedení vynálezu
Příklad 1
Příprava genomové DNA z chmelu
Příprava genomové DNA chmelu bylí iroveaena následujícím postupem. Listy chmelu byly zmrazený a pak rozdrceny v kapalném dusíku, pak resuspendovány ve 2% roztoku
CTAB
Z. -5 tyltrimethylbromid amonný, ΐ Ά > I 1 I ' -» , V—* I _L ia i r i d, μ;
mM EDTA, 1,4 M Naí >euhanol) ,
°C po dobu 30 minut. Po extrakci suspenze směsí chíoroform/isoamylalkonol (24:1) opakované dvakrát, DNA a RNA byly precipitovány přidáním 3/4 objemu isopropanolu Precipitovaná DNA a RNA byly rozpuštěny v TE pufru s vysokým obsahem solí (1M chlorid sodný, 10 mM Tris, pH 8,0, 1 mM EDTA.) a pak se inkubovaly s Rnázou při 60 °C, aby se rozložila RNA. Pak byl přidán 2x objem isopropanolu, což vedlo k precipitaci DNA. Precipitovnaá DNA byla opláchnuta 70% ethanolem a pak rozpuštěna. Tím byly připraveny vzorky genomové DNA.
Příklad 2
Izolace genu farnesylpyrofosfátsyntázy a jeho promotoru
Na základě souhlasných (kanonických) sekvencí z dosud známých sekvencí farnesylpyrofosfátsyntázy z Arabidopsis, kukuřice, Guayvie, Hevea, lupiny, a papriky, byly syntetizovány oligonukleotidové primerv Primer 1 (SEKVENCE ID. Č. 4) a Primer 2 (SEKVENCE ID. Č. 5). Tyto primery pak byly užity společně s chmelovou genomovou DNA. jako templátem pro PCR, čímž byl připraven fragment 1 podle obr. 1.
V PCR amplifikaci vzniklý fragment byl sekvencován a na základě získané nukleotidové sekvence byly připraveny primery Primer 3 (SEKVENCE ID. Č. 6), Primer 4 (SEKVENCE ID. Č. 7), Primer 5 (SEKVENCE ID. Č. 8) a Primer 6 (SEKVENCE ID. Č. 9), které jsou ukázány v tabulce 1. Pak byla provedena inverzní PCR pro získání fragmentů 2 a 3 podle obr. 1.
Tabulka 1
Primer SEKVENCE Nukleotidové sekvence
ID. Č.
| i | 4 | 5 ’ -GGYTGGTGYATTGAATGG-3' |
| 9 | 5 | 5' -TAAAAYGARTARTARGCHGTYTT - 3' |
| 3 | 6 | 5' -CCTTTGGTACTCTAAACCAGCAGGC- 3' |
| 4 | 7 | 5' -TTACAAAGTGTTAAAAGGGTATCCC-3' |
| 5 | 8 | 5' -AGGTGGAATTCCAAACAGCCTCGGG- 3' |
| 6 | 9 | 5 ’ -TTTGATCACCA.CAA.TTGAAGGA.GA.G-3' |
| 7 J | 10 | 5 ’ -GACATTGTAATCCAGCA.TCTGC- 3' |
| 8 | 11 | 5' -CACAGAGAAATTGAA.CTTGGTC-3' |
| 9 | 12 | 5' -CAC7TCCTTTGACCTGTTTG-3' J |
| 10 | 13 | 5 ' -AAGCTCGTGGAGTAACCCTC-3' |
| 11 | 14 | 5' -GCGTGTTTGCGGATTACGAG-3' |
| á. | 15 | 5' -TGAGAAGGATTTTGGCAGCC-3' |
| 13 | 16 | 5'-GAATTCTTATGATTAACCAAAAAC-3' |
| 14 | 17 | 5' -CGGGATCCATGAGTGGTTTAAGGTCA-AAAT-3' |
| 15 | 18 | 5' -CGGGATCCTTACTTCTGCCTCTTGTAGATC-3' | |
Genomová DNA chmelu byla pak naštěpena restrikčními enzymy BglII nebo HindlII. Souprava pro ligaci DNA DNA Ligation Kit Ver. 1 (Takaza Shuzo Co. Ltd.) byla užita k provedení self-ligace podle protokolu ze soupravy. Po dokončení self-ligace byla část reakčního roztoku užita jako templát pro PCR s primery 3 a 5. A pak byla část dokončené PCR reakce užit jako templát pro další PCR s primery 4 a 6 podle obr. 1. Takto byly připraveny fragmenty 2 a 3 podle obr. 1.
Podobně také oiigonukleotidové primery Primer 7 (SEKVENCE ID. Č. 10), Primer 8 (SEKVENCE ID. Č. 11) a Primer 9 (SEKVENCE ID. C. 12) byly zkonstruovány na základě nukleotidové sekvence fragmentu 2 podle obr. i. Chmelová genomová DNA naštěpená enzymem EcoRI byla nejdříve self-ligována, a pak použita jako templát pro PCR provedenou s výše uvedenými primery 7 a 9. Takto bvl získán fraoment 4 podle obr. 1 a byl sekvencován.
« * • » • · . izoiován pomoci soupravy .t íTanara Snuzo Co. Ltd.} prostředkované PCR podle
Fragment 5 na obr. 1 byl Takara LA PCR in vitro Cionincj K;
u;
im licje ke protokolu v soupravě. Konkrétně chmelová genomové nejarive nastepena enzymem ucot-m adaptor ze soupravy. Pak byla r oy± κ n;
vy/enen nav;
rcca-m na rOR, Ku6 DVÍ
S Π 0Ά Π a V 2? Z F' Ti zrajme ritu —' Λ
PCR b\<
(SEKVENCE ID. C. 13 na základě nukleotídové sekl primer Cl z uvedené soupravy, roztok užit jako templát pro další PCR, a sice s Primerer (SEKVENCE ID. Č. 14}, nukleotídové sekvence fragmentu 3, z uvedené soupravy. Takto byl zísi sekvencován.
a Kazetovým primerem Cz n fragment 5 a pak byl
Ά nakonec byla provedena PCR s chmelovou genomovou η c \ jako templátem a Frimerem 12 (SEKVENCE ID 13 (SEKVENCE ID. Č. 16), jejich základě nukleotídové sekvence fragme obr. i, v uvedeném pořadí. Takt' který obsahoval gen pro farnesyipyrolosrátsyn jeho promotor. Všechny výše zmíněné PCR byly provedeny pomocí soupravy Expand High-Fidelity PCR System (Boeringer Manheím AG) podle příslušného protokolu výrobce.
u. it) a bnmerem sekvence byly navrženy na 4 a fragmentu 5 podle tří praven fragment n/n v i lil LÍZ
Příklad 3
« · · k · « « • · · subklonovány do vektoru pUC. Zaručení konců fragmentu 6 ;
klonování byly provedeny přesně podle protokolů ze soupravy.
Sekvencování fragmentu bylo provedeno pomocí soupravy AB; PR1SM Dye Terminátor Cycle Sequencin ueaciv ueaction a;
nC 10 /OS rmy PE Biosystem Inc.) postupem podle protokol;
ze soupravy. Nuxieotidova sesazence v seznamu sekvencí jako SEKVENCE ID i-t-n igment;
Příklad 4
Příprava pletiv a celkové RNA
Byly připraveny vzorky listů, stonků, a frakcí p) .v oez lupulinu ílupul
U Í-S lupulinem (lupuliní+)
Lována celková PITA.
označena oyia izoiovana v podstatě obsahuje frakci získanou v podstatě nejsou přítomny luoulinové žlázk^ tupuiini -j listenů šištic, koe Naproti Vn _ uou1inových
S Θ S13 V3 ískaných mozna nenvs jme frskce j , Bit ή V V-r· otce pletiv byly zmr;
7CT lV pak rozdrceny v kapalném dusíku pak resuspendovány cetyltrimethylamonný, 0, ve z % !VÍ τ is, ρΗ 9,5, 20 mM EDTA, 1,4 M inkubovány v 65 °C po dobu 10 Po extrakci suspenze směsí chloroform/isoamylalkohoi ) opakované dvakrát, byla přidána 1/3 objemu 10M chloridu
NaCl, 5% B-merkaptcethanoí minut í z 4 · z lithného a extrakt byl ponechán v klidu ρ centrifug;
'Ω; 1 ti rozpuštěn ve vodě. Když oýt ZiSKaHa n 3 s x p on p
7* Ί Z Ρ P ’ 7 r c 1 > r~\ τ 7 £
K.NA pro í luU o n rs Ar oc or.
·· *· °C, aby se rozložila pouze DNA. Pak byla k roztoku dále přidána 1/3 objemu 10 M chloridu lithného, roztok byl ponechán stát v klidu přes noc a byl centrifugován při 15,000 ot./min. (rpm) po 10 minut. Po opláchnutí byl precipitát opláchnut ještě 70% ethanolem a pak byl rozpuštěn ve vodě, čímž byl připraven vzorek celkové RNA.
Příklad 5
Izolace a sekvencování cDNA kódující tarnesylpyrofosfátsyntázu
Experiment byl založen na předpokladu, že oba konce kódujícího úseku pro farnesylpyrofosfátsyntázu jsou takové, jak jsou uvedeny v SEKVENCE ID. Č. 2 na základě sekvencování z příkladu 3 a známých informacích o nukleotidové sekvenci genu tarnesylpyrofosfátsyntázy iných rostlin :e tměna
Arabidopsis). Byly připraveny primery takové, že k amplifikované sekvenci přidávají rozpoznávací místo pro BamHI, a ty byly použity s celkovou RNA získanou v příkladu 4 jako templátem, čímž byla metodou RT-PCR získána cDNA farnesylpyrofosfátsyntázy. Konkrétně byly jako primery užity Primer 14 (SEKVENCE ID. Č. 17) a Primer 15 (SEKVENCE ID. Č. 18) a PCR byla provedena pomocí systému Titan One Tube RT-PCR System (od firmy Roche Diagnostics lne.) protokolu výrobce, farnesylpyrofosfátsyntázy
Takto ziSKana postupem podle cDNA genu tyla subklonována do vektoru PCR2.1 (Invitrogen lne.), čímž byl přípraven pFPPSlOlR. Subklonovaná cDNA farnesylpyrofosfátsyntázy pak byla sekvencována užitím soupravy ABI PRISM Dye Terminátor Cycle Sequencing Ready
Reaction Kit (PE Biosystems přístroje ABI 3 s e kve n c ova c í h o posterem podle ', i- r' T r*. z
CC l p I?
Nuxie<
.dova ms .ckéh; lne.
seKvence
9 ΐ r n e s v i P v r o f o s f á t s y n t á ζ υ d;
takto získané cDNA pro νχ^γ v seznamu sekvencí svedena jako SEKVENCE ID. C. 3 Odpovídající aminokyselinová sekvence proteinu kódovanéh jako SEKVENCE ID. Č l U M1 se 660. Baze li v SEKVENC de jako SEKVENCE genomové DNA, ačkoliv nukleotidové sekvence oyia neKonkrát opasované potvr;
, I (t £2 TO,' jme chybu způsobenou chybnou inkorporaci báze při RT-aCR, kter?
neovlivnila v příkladu a m i n o k y s e 1 ί n u izol funkční analýzu proteinu, která 6, neboť cDNA sekvence kóduj?
e popsana identickou
Příklad 6
Funkční analýza proteinu kódovaného izolovaným genem pro famesylpyrofosfátsyntázu
Aby bylo možné stanovit, zda protein kódovaný izolovaným genem farnesylpyrofosfátsyntázy projevuje farnesylpyrofosfátynfázovou byla neτarive cuNA pyrofosfátsyntázy izolovaná v příkladu 5 štěpena
LTiSSyi' res rrikčnín enzymem BamHI a tak byla získán fragment DNA,
Tat nv vrozen;
amm místa o o mu vnesen αο· ouner a. c yipvrofosfátsyntézu exprimován který byl součástí klonovací 'ystem od firmy QIAGEN lne.; .
byl rt \r .<11 i I I k
- i J__i_ x L i byi pum i roven.
noře ί Γ Ci £2. ’ ; _L i [' \J V cí i r r r, mi z r ; i • · 0
0 0 0 provedeny postupy podle protokoru soupravy soupravy QiAexpress Expression System od firrny QIAGEN lne.
Dále byl následován postup popsaný v Sylvie A. et a± · ochem. Biophys. 321, 493-500 (1995)!, acy cyro exprimovaný produkt projevuje aktivitu. Konkrétně ke 100 ui sku (50 mM Tris-HCl, 2 mM ., 1 mM chlorid hořečnatý, 100 μΜ dimethyiaiiylbvlv přidány 2 ui (28 ugy pumixovaneno expresního produktu genu farnesylpyrofosiátsyntázy a 2,ó μΐ -^C-isopentenylpyrofosfátu, a reakce byla ponechána alkalické fosfatáze (Wako Pure zjištěno, zda získaný f a r n e s y 1 p y r o f o s f á t s y n t á z o v o u enzymového reakčního roz Q ί. ti X O t” Π j? i h O J
Tjyrofesfát) (0,
JO pOl;
při 30 °C Chemical po 30 minut.
Industries, y ίο prraano koncentrovaného reakčního pufru (jak byl přiložen). Pak byl k reakci přidán 1 μΐ (10 byla ponechána probíhat ve 37 iikancKe fosfazázy. xesxce í & š ř α pokračovala dále při pak přidán 1 μΐ fari ořeš noc. K reakčnímu (4, nexanu, a τ Τ'y promicnam centnrugaci pr; přidáno 100 μΐ hexanu k u ? í w tmo1) jakožto no s( a hexanová vrstva :pm) po 1 minutu.
x laj.“
1ována z bvio zuuuU ot./nin.
y/lé vodné vrstvě a po smicnání a -Tinvá vrstva, která byla smíchána iexanový extrakt byl koncentrován az na ί μι. Pak se ke koncentrátu promíchalo, a naneslo se na (HPTLC-aluminium desky se íixageiem 60 F254, předem poražené, dosrupné od firmy Merck KGaA. a vyvolány pak ve vyvíječím roztoku (benzene ’ ' ntritugaci byi a iisxdiia :i nexanovou í prjoubiavaním dusixem přidalo 10 μΐ merhanolu tenkovrstvou chromátogra
Vi η arnesc postři man
Λαιΐ ratogr • · ·· · · · · · • · · · · · • · · · · · · · • · · · • · · ··· ··« • · · · · ·
C po 7 dní. Získané výsledky (chromatogram) jsou ukázány na oór.
Jak ukazuje obr. 4, signály reaKcnicn proauktu oyiy detekovány v pozicích farnesolu a geraniolu. Konkrétně byio potvrzeno, že protein kódovaný farnesvlpyrofosfátsvntázy projevuj e izolovaným gč farněsyIpyrofos:
svntazovou aktivitu.
Příklad 7
Northern hybridizace
Northern hybridizace (čes Northern blot) byla provedena, pletivech chmelu je izolovaný exprimován, a také aby se stanovil
Piazmid pFPPSlOiR připravený v příkladu naštěpen resrrikčním enzymem Kpnl, aby vznikl též Northernový přenos, / se zjistilo, ve kterých i farnesylpyrofosfátsyntázy míra této exprese.
byl nejdříve iinearizovaná forma. Značící souprava DIG RNA Labeling Kit (SP6/T7) (Roche Diagnostics lne.) byla použita pro přípravu RNA sondy pro gen farnesylpyrofosfátsyntázy s využitím této linearizované formy jako templ ;lý postup byl proveden podle protok noupravv.
Celková RNA pro listy, stonek, frakci lupuiin(-) iupuiin(d, ktere Pyly připraveny v příkladu (kaz byly rozděleny elektroforézou na denaturačním dá po 15 ul(,
6,7% iormaidehyd, 20 mM MOPS, 5 mM octan sodný, prc nM EDTA., eei πřnnrpnnn j_ ρ ]ζτ- r*p £ 027^ Z CU spáván v destilované vodě tříkrár po 40 minut a po té, sno pvia odstraněn formaldehyd, RNA, aa nylonovou membránu užioím • · přenosového pufru sodný, pH 7,0). přenesena, a výše při 63 °C přes následující: 5 x formamid a 2’
20x SSC (Of 2 citrát Nylonová membrána, ne zmíněná sondy, byly už noc. Složení hybridi n uioxovac lne.!. Po hybridizaci byl uži k dvojímu promytí při 68 užit detergent (0,1% SDS c? rh η η w x kterou í“ V ΤΊ r ,7
- «_ v · · · 1 ·
M chlorid byla RNA o iiybridizaci mifrn bvl o ,1¾ N-iauroyisa: činidlo (od firmy Roche minut; 0,lx53C) k dvojímu :UU, ZXOOa; o další promytí bvl zrny t1 ?l b;
minut. Po promytí byly detekovány RNA fragmenty, ke
a. ueten
H«T kterým nybridizovala sond podle protokolu ze soupravy Filter Hybridization (Roche výsledky jsou ukázány na obr. 5.
oyia proveoen; DIG System User's Diagnostic inc.) postupem Guide for ςΜηρ . pro li;
exprimován ve vsecn byla v pořadí frakce vidět, ze v každé frakci pletiv, i lupulin(-) a frakci lupulin(+), se vyskytuje signál v pozici 1,1 kp, což je přibližně velikost nukleové kyseliny uvedené v seznamu sekvencí jako SEKVENCE ID. Č. 2, která kóduje gen farnesylpyrofosfátsyntázy. To potvrzuje, že gen farnesylpyrofosfátsyntázy je v chmelu řrakcích pletiv, .avšak intenzita signálu Lupulin(e) > frakce lupulin(-) > stonek i podíl mRNA odpovíuající genu farnesylpyrofosfátsyntázy v pletivu je nejvyzšší v lupulinovýcn listenech, a nakonec v listech, e cen farnesylpyrofosfátsyntázy je zuazxacn, pa κ ve Jinými slovy to potvrdilo, nej silněj i exprimován v rromoror vénu íarnesvu
T.rh-f“ rh rprrr cr umvsiova vvuz 11 e i n c výše, podle předkládaného vynálezu možné ident;
qen ps _n osr;
ynnazy.
z V Ti A i A 7 z, LiOct s uieiií sekundárních metaoontu cnmeiu, nukleotidové sekvence genových promotorů, kte v lupulinovýcn žlázkách tkáňově specifickým způsobem. To ----z-----isformaci chmelu metodami cenových man;'
Uazí in vitro syntézu sekundárních metabolitů chmel;
• « • · · · ·· ·· · · · • · · · · ·· · ···· · ···· ·
9 9 · » ··· ··« ·· ··· 999 99 99 99
Seznam sekvencí <140>
<141>
<1SO> JP2000-30S054 <151> 2000-10-06 <160> 1S <170> Patěntln Ver. 2. 1 <21O> 1 <211> 342 <212> PRT <213> Humulus lupulus L.
<400> 1
Met Ser Gly Leu Arg Ser Lys Phe Met Clu Val Tyr Ser lle Leu Lys
3 10 15 ·
Ser Glu Leu Leu Asn Asp Pro Ala Phe Glu Phe Thr Asp Asp. Ser Arg • · • *
J 1
Gin Tr? Val Glu Ara Met Leu Asp Tyr Asn Val Pro Gly Gly Lys Leu 35 40 45
Asn Arg Gly Leu Ser Val Ile As? Ser Tyr Gin Leu Leu Lys Gly Gly 50 55 60
Lys Glu Leu Thr Glu Glu Glu ile Phe Leu Thr Ser Ala Leu Gly Tr?
70 75 80
Cys Ile Giu Tr? Leu Gin Ala Tyr Phe Leu Val Leu Asp Asp Ile Met
20 25
As? Asn Ser Val Thr Arg Arg Gly Gin Pro Cys Tr? Phe Arg Val Pro 100 105 110
Lys Val Gly Leu ile Ala Ala Asn As? Gly Ile Leu Leu A.rg Asn His 115 - - - -120 · 125
Ile Pro Arg Ile Leu Lys Lys His Phe Lys C-Iy Lys Ser Tyr Tyr Val 130 135 140
Asp Leu Leu Asp Leu Phe Asn Glu Val Glu Phe C-ln Thr Ala Ser Gly
145 150 155 160
Gin Met Ile As? Leu Ile Thr Thr Tle Glu Gly Glu Lys Asp Leu Ser
170 175
163 • t ·♦ • · • · • · • · • · ·
Lys Tyr Ser Ile Pro Leu His His Arg Ile Val Gin Tyr Lys Thr Ala 180 185 190
Tyr Tyr Ser Phe Tyr Leu Pro Val Ala.Cys Ala Leu Val het Ala Gly 195 200 205 ,
Glu Asn Leu Asp Asn fíis Yal Asp Val Lys Asn Val Leu Ile Glu het 210 215 220
Gly Thr Tvr Phe Gin Val Gin Asp As? Tyr Leu Asp Cys Phe Gly His
225 230 235 240
Pro As? Val Ile Gly Lys Ile Gly Thr As? Ile Glu As? Phe Lys Cys
245 250 255
Ser Trp Leu Val Val Lys Ala Leu Glu Ile Ala Thr 'Glu Glu Gin Lys 250 -255 270
Lys Het Leu Phe Glu His Tyr .Gly Lys Gly As? Glu. Ala Ser Val Lys 275 2S0 285
Lys Val Lys Glu Leu Tyr Lys Ala Leu As? Leu Glu Gly Val Phe Ala 230 295 300
Asp Tyr Glu Asn Ala Ser Tyr Gin Lys Leu Ile Lys Ser Ile Giu Ala 305 310 315 320
His Pro Lys Glu Glu Val Gin Ala Val Leu Lys Ser Phe Leu Ala Lys
325
330
335 « »4 • · 4 · • 44
4 4 4
4· • · 4 4 4 ·* · • *«í 4· • 4 4 4 ·
4 · 4 « 4 4 ·
444 «4 4*4«
Ile Tyr Lys Arg Gin Lys
340 <210> 2 <211> 4699 <212> DNA <213> Huaalus lupulus L.
<400> 2 tgagaaggat tatgtttaca tcctcactcí acatttctat aattaacatt aaaaataaaa aatgtaaaac ctaaaatcza tattcaattt attcttttac aaaggaaaaa ctiaatagta tctattcaac třacacataa t ^aazatrat aactcatuLa .
aacaattatt ;
: tttggcagcc . tttattgtgt ttgattttgt catatattat ttagtctatt cattcatata attatataat ataatatatt tttttctttg ataacatgaa ttacaacaat aatattagtt cactaaattt atcattactc tttgttttca atttaacaat a '.c. l í-cúííí tcttaaattt gacáaaattt tgatíggtta tatatatata 60 atgctigcca aacaacatat gatgatatat tacttttttg 120 tttttattat tctaaacttt gtaattttcc attcaagctt 180 aatattattt ttgtcatatt aattatatca aaatacaaaa 240 ttacaaaatc tactaaaatt aatttccatt ttgatattaá 300 aaattgacca aaagctaatg tatggttaat tttgataaat 360 tactaagttt tciia.aatta acataaagtc taatatttag 420 tcttáiataa aagcaataaa aaaaagtggt cttgtatgat 480 títaattttt ctatgtcata catattataa caataataag 540 tttťttccat ttgagtttag atgagtctac tttgctctít 600 aacatgagtt tttttttttt catttaagtt ttttttgctc 660 aatatatata attttaaaaa aataťtíttt tttaaattaa 720 cattttagta gtcaatctca tacaaataca aacattataa 780 taátaatata fcaataaaata aagaagagtt tttttcxtaa o40 cacattataa caaíaaataa tgagaggttc ttacatatga 900 atttgtctat catgctcttt aaataaaaaa taacaacaat 960 tstattstaí aggacaattc tctttatacc ctaccgaata 1020 grctacagta ccaaaaatxa gg ~+·- ^-Haaaaaa tattgttttc tacgcacata aaaaaaaaat 1080 ·· · ·* » φ
I 1 φ «ί ·· ·· « 9 « · · 9 9 • » · * * • 9 · · * ·
Τ · · · *· »* · * <· · taatcacggg tgtaacaaca tgtttgaatt tagttttcgt tactgtaaac tattcagaat 1140 tttatgaaaa tttgcagatg cíctaaatáa cťacaatata tacggtcata aaaaaaatcg 1200 cgccgaaaac tgttcacaag tcaagaacac tgagagtctc atcggtaaag cttaaattgt 1260 agccctataa aagaattatc ctataaatat atattgtatt tatacattt.t tagactctgt 1320 gttttgacaa attatítttt ggacčctata ttttgtaaaa tagttcaaat aagcccttaa 1380 tcctgatttt gatgaacaaa aaattaagta taacaagaca gttcttatgt agaatgatta 1440' tatttttgtt ctgagttgtt agtttgatga attatttgtt atttttgttc aaaaaacttt 1500 gatcaaaatc gagtttaggg gtctatttga actattttag aaaacacaag gtctaaaaaa 1560 taatttatca aaacacaggt ccaaacaagt aatgagacaa aatacágaat tttaaaaaat 1620 ataaacccat atatatatat atatttaaaa aaíggcaaaí ttgtaattat atgataaatg 1680 aagccctaat gttgatgaít taaacaatgc atgaítggtc aaaacaagtg gcctccaaag 1740 ctctataaag agagcacttc tacactgact ctctctctct atctgtctct atatatatat 1800 atttatatat agattttcag taícacagac cagaacaagt acaacccatt agtcccacct 1860 ctgttgagct cttgttcagc caaaaaatga gtggtttaag gtcaaaattc atggaggttt 1920 actccatttt gaaatcagag cttctcaacg atcctgcttt cgagttcacc gatgattctc 1980 gccaatgggt cgaacgggta ttcccatctc tctaactctc ttcttttttc actgacattg 2040 ctttcgtttt ctccatttta tggaatttgg gttctgattt gtgtagttct caccagaítc 2100 gttttggtct tttcaattca aactattttt ttatatgtaa aagtggaaac tagaacatat 2160 ttccttaaaa gatctggact- tttagctgaa aattttggtg ggttataatt atíttcttta 2220 aattagttat attatgctca gattttatct gatcttgttc attgaagaat cctcttcacc 2280 atgtttaaat actgtgttat tattatcgta ttctctcttt agttttttca ttaagattct 2340 ctattgtact gacttgtacc ttattaaaaa aacctgattg agígtcatta tacttatttt 2400 ctttcaatta ctgagactat gctcagattt tatatgatct tgttčattga agagtcatgc 2460 ttagaccaag ttcaatttct ctgtgtagtt ctttctttaa gattctttat tgtacttagt 2520 tgagccttat aaaaagacct gattgagtgt cattttttac tttgcagatg ctggattaca 2580 atgtcccagg aggíítggaa tgcaačtctt ttttcacttc ctttgacctg tttgtgttga 2640 gaatgattgt aatgaactgt gacatíttac cttctttaac aaattcatat tgattttttc 2700 tggttggtag gtaagcttaa tcgtgggttg tcagttattg atagttacca attacttaaa 2769 ggaggaaagg aactaactga agaagaaatt tttctaactt ctgctcttgg ttggtgtatt 2220 • · • · * · • · ·
F · · · • · · • · · · · titiaUcat taattgggat accctíttaa 2S80 caagcatatt ttttggttct tgatgaiatc 2940 ccctgctggt ttagagtacc aaaggtgtga 3000' gttttctatg gagtgaatat ccíaacatgt 3060 ttgattgctg caaacgatgg eattctactt 3120 cattícaagg ggaagagcta ctatgtggat 3ISO gtttgatgga tagttgagta gagcaaaagg 3240 aacagggttt gttaatctac aggtggaaU 3300 gatcaccaca attgaaggag agaaagatcí 2360 attgatatgt gtgattacta caagactttc 3420 ggtgttgtct tgcagřtcacc atcgcattgt 3480 cciiccggta agagagaacc gttgatttat 3540 tttcatcttt gtctttgata gttctgcítg 2600 tcaactgcgc ttatgíatcg ttctctgaca 3660 tgatggctgg tgaaaatctt gataaccatg 3720 gaacctattt ccaagtacag gtgattgcag 37S0 tatagttgca aatgtattga ccaaatcttt 3340 attttactgt atttttattg acaaaaaaac 3300 gattgttttg gccacccaga tgiaatíggc 3960 caagtttgta atgcactatc ctcattcaac 4020 cttttggatt atcagattgg tacagatatt 4080 aaagcactcg aaatagctac cgaggaacaa 4140 catcctttca atttttacat gaaaatgtct 4200 atctgaattc tgtgttttcc aggagcatta 4250 agígaaágag ttatacaagg cccttgatct 4320 tctatgtttt taaagctcgt ggagtaaccc 4380 ggcg-gtttg cggattacga gaatgctagt 4440 catccgaaag aagaagííca ggcagtgctc 4500 cagaagiaag gttgaaaatg gagatttgga 4560 gaaigggtat gcagctitca ttttggtact cactttgtaa cattcaatic tatgtagctt atggataact ctgttacacg tcgcggtcaa ctttacatcc tttcatgggg tttttctctt gtaagtgttc tgcgtttatcacaggttgga cgaaaccata ttccgagaat tcttaagaag cttcttgatt tgtttaatga ggtgtgattt gtttcttttt ctitgtcatc ttagtcaígt ccaaacagcc tcgggacaaa tgattgattt ttcaaaatac tcaattccac tgtaagtgaa actcaaatat tcgatgtgcc taaagattgt tcagtacaag actgcttact actcattcta gcattcatga agcatgttgc cttgatíggt ttttgataat ctttttcatg taagaatcta ctaattatga tcaggttgct ígtgcattgg Ugatgtgaa gaacgitctt attgaaatgg acatatcctc atttgtatat tcttgagaaa tggccactga ícctgataat cttgctgaac castgacata ttatgtagga tgaetaíttg aaggtatgtt ataaagccac actcttítgí tgggaaííti títcagttU catígaígcc gaagacttca agtgctcttg gttggttgtg aagaagatgc taíttgtaag caaíaaagtt cgagggaacg ttggttactt ttgcttacac tggtaaggga gatgaagcat ctgtcaaaaa tgaggttcat tctctctgtí tctctttcga tcttctaact tcgatííitg ggatttgtag taccaaaagc ttaiaaaatc gatcgaagct aaatctttct iggctaagat ctacaagagg
ctaaagagat aagggtcatí >»5 —3 ·οα -oo aacaatcaac tttgígtggg cattagcatí tctttcactc ttttíaaíaa 4520 títagtgatt gtttttggít aatcataaga attcttagtt catcttatgc 46S0 atattttaa 4639 <210> 3 <211> 2029 <212> DNA <213> Humulus lupulus L.
<400> 3 atgagtggtt taaggtcaaa attcatggag aacgatcctg ciťtcgagtt caccgatgat tacaatgtcc caggaggtaa gcttaatcgt cttaaaggag gaaaggaact aactgaagaa. tgtattgaat ggcttcaagc atattttttg acacgtcgcg gicaaccctg ctggtttaga gatggcattc tacttcgaaa ccatattccg agctactatg tggatcttct tgaíttgttt caaatgattg atttgatcac cacaattgaa ccacttcacc atcgcattgt ícagtacaag gcíígtgcat tggtgatggu tggtgaaaat cttaitgaaa tgggaaccta títccaagta ccagaígtaa ttggcaagat tggtacagat gtgaaagcac tcgaaatagc taccgaggaa aagggagatg aagcatctgt caaaaaagtg ggcgtgtttg cggattacga gaatgctagt catccgaaag aagaagttca ggcagtgctc gtttactcca ttítgaaatc agagctíctc 60 tctcgccaat gggtcgaacg gatgciggat 129 gggiťgtcag ttattgatag ttacčaatta ISO gaaatttttc taacttctgc tcttggttgg 240 gttcttgatg atatcatgga taactctgtt 300 gtaccaaagg ttggattgat tgctgcaaac 360 agaattctía agaagcattt caaggggaag 420 aaigaggtgg aattccaaac agcctcggga 4S0 ggagagaaag atctttcáaa atactcaatt 540 acrgcttact actcattcta ccttccggtt 600 cttgataacc atgttgatgt gaagaacgtc 650 caggatgact atttggatíg títtggccac 720 attgaagact tcaagtgctc ttggttggtt 730 caaaagaaga tgctatttga gcattatggt S40 aaagagttat acaaggccct tgatcttgag 900 taccaaaagc ttataaaatc gatcgaagct 960 aaatcťttci iggctaagat ctacaagagg 1020
102í
<2i0> 4 <211> 18 <212> DNA <213> Umělá sekvence <220>
<223> Popis umělé sekvence:
Syntetický oligonukleotid oligo nucleotide <400> 4 ggytggtgya ttgaatgg 18 <210> 5 <211> 23 <212> LNA <213> Umělá sekvence <220>
<223> Popis umělé sekvence:
Syntetický oligonukleotid <400> 3 taaaaygart artargchgt ytt 2 to <210> β
<211> 25 <212> DNA <213> Umělá sekvence <220>
<223> Popis umělé sekvence:
Syntetický oligonukleotid <400> 6 ccttíggtac tctaaaccag caggg 2:
<210> 7 <211> 25 <212> DNA <213> Umělá sekvence <22 0>
<223> Popis umělé sekvence:
Syntetický oligonukleotid <400> 7 ttacaaagtg ttaaaagggt aíccc 25 <210> 8 <211> 25 <2J2> DNA <213> Umělá sekvence ·· ··
<220>
<223> Popis umělé sekvence:
Syntetický oligonukleotid <400> 8 aggtggaatt ccaaacagcc tcggg <210> S <211> 25 <212> DNA <213> Umělá sekvence <220>
<223> Popis umělé sekvence:
Syntetický oligonukleotid <400> 9 * tttgatcacc acaattgaag gagag <21O> 10 <211> 22 <212> DNA <213> Umělá sekvence <220>
• · · <220>
<223> Popis umělé sekvence:
Syntetický oligonukleotid <400> 10 gacattgtaa tccagcatct gc <210> 11 <21’> 22 <212> DNA <213> Artificial .Séquence <220>
<223> Dsscription cf Artificial Seguencs: synthetic oligo nucleotíde <400> 11 cacagagaaa ttgaacutgg tc 22 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <212> Artificial Sequence <220>
<223> Dsscription of Artificial Segusncs: synthetic oligo nucleotids <400> 12 • · • · cacttccttt gacctgtttg 20 <210 13 <211> 20 <212> DNA <213> Umělá sekvence <220>
<223> Popis umělé sekvence:
Syntetický oligonukleotid <400> 13 aagctcgtgg ágtaaccctc 20 <210 14 <211> 20 <212> DNA* <213> Umělá sekvence <220>
<223> Popis umělé sekvence:
Syntetický oligonukleotid <400 14 gcgtgtttgc ggattacgag <21Ο> 15 <211> 20 <212> LNA <213> Umělá sekvence <220>
<223> Popis umělé sekvence:
Syntetický oligorwJpleotid <400> 15 tgagaaggat tttggcagcc <21O> 16 <211> 24 <212> DNA <213> Umělá s^jcvence <220>
<223> Popis sekvence:
Syntetický oligonukleotid <400> 16 gaattcťtat gattaaccaa aaac <210> 17 <211> 30 <212> DNA <213> Umělá sekvence <220>
<223> Popis umělé sekvence:
Syntetický oligó^vpcleotid <400> 17 cgggatccat gagtggttta aggtcaaaat <210> 18 <211> 30 <212> DNA <213> Umělá sekvence <220>
<223> Popis umělé sqkvpnce:
Syntetický oligonukleotid <400> 18 cgggatcctt acttctgcct ctigtagatc
Claims (5)
1. Protein, který má aminokyselinovou sekvenci uvedenou v seznamu sekvencí jako SEKVENCE ID. C. 1.
-i- p rvy
2. Protein, odvoditelnou delecí amnoKysej. lnovou seuvenci jedné nebo více aminokyselin ze sekvence uvedené v seznamu sekvencí jako SEKVENCE ID. Č. ±, nebo adicí jedné nebo více aminokyselin k sekvenci uvedené jako SEKVENCE ID. Č. 1, přičemž protein projevuje farnesylpyrofostátsyntázovou aktivitu.
3. Nukleová kyselina, aminokyselinovou sekvenci SEKVENCE ID. Č. 1.
uveoenou
Který ma s e z n amu s e kve n c 1 j a ko nuneova Kysenna, ma nukleotidovou sekvenc uvedenou v seznamu sekvencí jako SEKVENCE ID. Č. 3.
5. Nukleová kyselina, která obsahuje část nukleotídové sekvence uvedené v seznamu sekvencí jako SEKVENCE ID. Č. 3.
Nukleov;
Kyselina,
Kyselinou poaie nároku 4 nor. r, nukleovou nukleová farnesvlpv
Kyselinou za si kyselina k o f os f á t s vn t á z ovou hybridizuje s nukle·; nebo k ní komplement; .leh podmínek, oři·;
proten • ·
7. Nukleové kyselina, uvedenou v seznamu sekvencí nukieotioovcu sek
SEKVENCE •7- o -r z ' ci X V S 3 X _L i i d. f ÁjtLi eíie v seznsrnu sexvenc uCSSfiujS C3SZ iilLM jako SEKVENCE ID. Č < i ΡΩΠ CVVP ;eKvenc
Nuxieova od báze c
Kvseiins,
Ί Η o Η X τ m
-1_ '-A. '•w' <_<. Í-. ·_»
CCS3iii!3 LÍHX330C ZCtQVk
1886 v nukleotídové sekvenc uveaene v seznamu seuvenc;
Nukleová kyselina, která hybridizuje s nukleovci kyselinou pooie komplementární sekvencí
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2000308054 | 2000-10-06 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CZ20022366A3 true CZ20022366A3 (cs) | 2003-04-16 |
Family
ID=18788445
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ20022366A CZ20022366A3 (cs) | 2000-10-06 | 2001-10-05 | Proteiny farnesylpyrofosfátsyntázy, nukleové kyseliny a jejich promotorové úseky |
Country Status (6)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US6933374B2 (cs) |
| EP (1) | EP1327686A4 (cs) |
| JP (1) | JPWO2002031164A1 (cs) |
| CN (1) | CN100372939C (cs) |
| CZ (1) | CZ20022366A3 (cs) |
| WO (1) | WO2002031164A1 (cs) |
Families Citing this family (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US9289267B2 (en) * | 2005-06-14 | 2016-03-22 | Siemens Medical Solutions Usa, Inc. | Method and apparatus for minimally invasive surgery using endoscopes |
| WO2009114939A1 (en) | 2008-03-17 | 2009-09-24 | National Research Council Of Canada | Aromatic prenyltransferase from hop |
| CN102876689B (zh) * | 2012-07-11 | 2014-06-18 | 浙江大学 | 茶树fps基因及其应用 |
| CN103243065B (zh) * | 2013-05-30 | 2014-12-03 | 武汉大学 | 一种生产法尼烯的菌株及其应用 |
| CN110658292B (zh) * | 2018-06-29 | 2021-03-26 | 华中科技大学 | 一种基于异戊烯化反应检测香叶酯焦磷酸含量的方法 |
Family Cites Families (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5443978A (en) * | 1993-03-11 | 1995-08-22 | Agridyne Technologies, Inc. | Chrysanthemyl diphosphate synthase, corresponding genes and use in pyrethrin synthesis |
| CA2736981A1 (en) * | 1998-04-14 | 1999-10-21 | Kyowa Hakko Bio Co., Ltd. | Process for producing isoprenoid compounds by microorganisms |
| TWI250210B (en) * | 1998-05-06 | 2006-03-01 | Dsm Ip Assets Bv | An isolated DNA sequence coding for an enzyme involved in the mevalonate pathway or the pathway from isopentenyl pyrophosphate to farnesyl pyrophosphate |
| EP0955363A3 (en) * | 1998-05-06 | 2004-01-28 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Dna sequences encoding enzymes involved in production of isoprenoids |
| AR021636A1 (es) * | 1998-12-17 | 2002-07-31 | Rubicon Forests Holdings Ltd | Materiales y metodos para la modificacion del contenido, la composicion y el metabolismo de los isoprenoides |
| EP1033405A3 (en) | 1999-02-25 | 2001-08-01 | Ceres Incorporated | Sequence-determined DNA fragments and corresponding polypeptides encoded thereby |
| EP1063297B1 (en) * | 1999-06-22 | 2008-12-17 | Korea Kumho Petrochemical Co. Ltd. | Farnesyl pyrophosphate synthase (FPS) derived from seedlings of sunflower (Helianthus annus) |
| AU2009801A (en) | 1999-12-16 | 2001-06-25 | Basf Plant Science Gmbh | Moss genes from physcomitrella patens encoding proteins involved in the synthesis of tocopherols carotenoids and aromatic amino acids |
-
2001
- 2001-10-05 WO PCT/JP2001/008816 patent/WO2002031164A1/ja active Application Filing
- 2001-10-05 CZ CZ20022366A patent/CZ20022366A3/cs unknown
- 2001-10-05 CN CNB018035388A patent/CN100372939C/zh not_active Expired - Fee Related
- 2001-10-05 EP EP01974723A patent/EP1327686A4/en not_active Ceased
- 2001-10-05 US US10/148,188 patent/US6933374B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2001-10-05 JP JP2002534531A patent/JPWO2002031164A1/ja active Pending
-
2004
- 2004-10-06 US US10/958,382 patent/US7091019B2/en not_active Expired - Fee Related
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| US7091019B2 (en) | 2006-08-15 |
| CN100372939C (zh) | 2008-03-05 |
| EP1327686A1 (en) | 2003-07-16 |
| CN1394233A (zh) | 2003-01-29 |
| US6933374B2 (en) | 2005-08-23 |
| EP1327686A4 (en) | 2005-01-19 |
| US20030148489A1 (en) | 2003-08-07 |
| US20050076405A1 (en) | 2005-04-07 |
| WO2002031164A1 (fr) | 2002-04-18 |
| JPWO2002031164A1 (ja) | 2004-02-19 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Koes et al. | The chalcone synthase multigene family of Petunia hybrida (V30): differential, light-regulated expression during flower development and UV light induction | |
| Hatfield et al. | The ubiquitin‐activating enzyme (E1) gene family in Arabidopsis thaliana | |
| Lalusin et al. | A new MADS-box gene (IbMADS10) from sweet potato (Ipomoea batatas (L.) Lam) is involved in the accumulation of anthocyanin | |
| Meldgaard | Expression of chalcone synthase, dihydroflavonol reductase, and flavanone-3-hydroxylase in mutants of barley deficient in anthocyanin and proanthocyanidin biosynthesis | |
| Song | Induction of a salicylic acid glucosyltransferase, AtSGT1, is an early disease response in Arabidopsis thaliana | |
| US6100450A (en) | Seed specific promoters based on arabidopsis genes | |
| Song et al. | Identification of a cotton fiber-specific acyl carrier protein cDNA by differential display | |
| Liew et al. | The isolation, molecular characterization and expression of dihydroflavonol 4-reductase cDNA in the orchid, Bromheadia finlaysoniana | |
| Taliercio et al. | Isolation, characterization and expression analyses of two cell wall invertase genes in maize | |
| BR112014013367B1 (pt) | Polinucleotídeo, cassete de expressão, vetor, célula hospedeira, polipeptídeo e uso do mesmo | |
| WO2007046148A1 (ja) | 新規芳香族アシル基転移酵素遺伝子 | |
| Zhu et al. | A phosphofructokinase B-type carbohydrate kinase family protein, PFKB1, is essential for chloroplast development at early seedling stage in rice | |
| CN114107240B (zh) | 苦荞来源的大黄素糖基转移酶及其编码基因和应用 | |
| WO2018130828A1 (en) | Methods of increasing seed yield | |
| Lim et al. | Petal-specific activity of the promoter of an anthocyanidin synthase gene of tobacco (Nicotiana tabacum L.) | |
| BRPI0617411A2 (pt) | molÉcula de Ácido nuclÉico, isolada de coffea spp e vetor | |
| CZ20022366A3 (cs) | Proteiny farnesylpyrofosfátsyntázy, nukleové kyseliny a jejich promotorové úseky | |
| CA2177953A1 (en) | Plant arabinogalactan protein (agp) genes | |
| Breton et al. | PCR-generated cDNA library of transition-stage maize embryos: cloning and expression of calmodulin genes during early embryogenesis | |
| US6265633B1 (en) | Isolated and purified nucleic acids comprising a gene and a regulatory region for the gene expression of the same | |
| Mano et al. | A leaf-peroxisomal protein, hydroxypyruvate reductase, is produced by light-regulated alternative splicing | |
| US20140182017A1 (en) | Molecular markers of plant embryogenesis | |
| JP4998809B2 (ja) | 植物の鉄欠乏耐性を向上させるポリペプチドおよびその利用 | |
| Ben-Nissan et al. | Developmental and hormonal regulation of a triosephosphate isomerase gene in petunia corollas | |
| EP1071782A2 (en) | Seed-coat promoters, genes and gene products |