CN1769490A - 一种体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平差异的方法 - Google Patents

一种体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平差异的方法 Download PDF

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CN1769490A CN 200510029622 CN200510029622A CN1769490A CN 1769490 A CN1769490 A CN 1769490A CN 200510029622 CN200510029622 CN 200510029622 CN 200510029622 A CN200510029622 A CN 200510029622A CN 1769490 A CN1769490 A CN 1769490A
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Abstract

本发明涉及一种体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平差异的方法。本发明有以下步骤(1)4NQO诱导的大鼠白斑癌变模型的建立及样本收集;(2)样本总RNA提取和芯片杂交;(3)芯片扫描及数据分析。该方法包括(1)体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平增强的方法;(2)体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平降低的方法。本发明所公开一种体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平差异的方法,其优点表现在:通过对口腔白斑癌变全过程的基因表达谱进行动态性跟踪研究,筛选出白斑癌变过程相关靶基因群,可从整体水平快速、全面把握白斑癌变机制;可推动口腔白斑诊治和预后判断等水平的提高。

Description

一种体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平差异的方法
技术领域
本发明关于检测癌变相关基因表达水平差异的方法,特别关于体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平差异的方法。
背景技术
口腔鳞癌占全身恶性肿瘤的4%,由于口腔位于呼吸道与消化道的重要位置,病变结果严重影响患者的生活和生存质量。研究口腔鳞癌的发生发展机制是从根本上防治肿瘤的关键。
口腔白斑是口腔鳞癌的主要来源之一,对于白斑癌变机制研究,国内外学者多应用传统病理、免疫组化、电镜及分子生物学技术对单个或多个基因进行研究。随着基因芯片技术的出现,目前,已有许多学者应用芯片技术对膀胱癌、乳腺癌、口腔癌、食道癌等进行基因表达谱研究,并对新发现具有应用潜能的靶点进行专利保护。
传统的分子生物学检测手段一次实验仅检测一个或几个基因,不能总体把握白斑癌变相关靶基因群的作用。虽然已有学者使用芯片技术对口腔癌、食道癌等进行基因表达谱研究,但由于口腔粘膜白斑癌变过程较长,且其癌变不确定性,难以在临床患者中作动态性跟踪研究。因此,对于口腔白斑癌变过程可疑基因的研究缺乏系统报道。且目前常用的芯片数据处理方法Heirarchical clustering在芯片数据量大、数据复杂情况下,常会造成不准确甚至错误聚类影响结果分析。
发明内容
本发明的目的在于:提供一种体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平差异的方法。
本发明的目的是通过以下技术方法来实现的:使用基因芯片技术结合CPP-SOM数据分析方法对白斑癌变全过程的基因表达谱进行动态性跟踪研究,从而整体水平上把握白斑癌变相关靶基因群。本发明有以下步骤(1)4NQO诱导的大鼠白斑癌变模型的建立及样本收集;(2)样本总RNA提取和芯片杂交;(3)芯片扫描及数据分析。该方法包括(1)体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平增强的方法;(2)体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平降低的方法。口腔白斑癌变过程中,表达持续增强的基因有13条,它具有如SEQID:1、SEQID:2、SEQID:3、SEQID:4、SEQID:5、SEQID:6、SEQID:7、SEQID:8、SEQID:9、SEQID:10、SEQID:11、SEQID:12、SEQID:13所示的核苷酸序列。SEQID:1基因编码的蛋白是趋化因子(C-X-C基序)配基9、SEQID:2基因编码的蛋白是细胞周期因子A2、SEQID:3基因编码的蛋白是类似于细胞周期因子B2、SEQID:4基因编码的蛋白是雌激素受体2、SEQID:5基因编码的蛋白是Janus激酶3、SEQID:6基因编码的蛋白是趋化因子C-X-C配基10、SEQID:7基因编码的蛋白是运载体1,ATP-结合盒,B亚科、SEQID:8基因编码的蛋白是细胞分裂周期2同系物A、SEQID:9基因编码的蛋白是核转录因子KB p105亚单位、SEQID:10基因编码的蛋白是跨膜域4,A亚科,7。
口腔白斑癌变过程中,表达持续降低的基因有10条,它具有如SEQID:14、SEQI D:15、SEQID:16、SEQID:17、SEQID:18、SEQID:19、SEQID:20、SEQID:21、SEQID:22、SEQID:23所示的核苷酸序列。
SEQID:14基因编码的蛋白是羧酸酯酶1、SEQID:16基因编码的蛋白是白细胞素2受体γ链、SEQID:17基因编码的蛋白是CD80抗原、SEQID:18基因编码的蛋白是甲状腺激素受体β、SEQID:19基因编码的蛋白是ATP酶,Na+K+转运,α1、SEQID:20基因编码的蛋白是解聚素及金属蛋白酶domain 6、SEQID:21基因编码的蛋白是细胞外蛋白酶抑制剂、SEQID:22基因编码的蛋白是泛激素类似物3。
本发明所公开一种体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平差异的方法,其优点表现在:
1、通过对口腔白斑癌变全过程的基因表达谱进行动态性跟踪研究,筛选出白斑癌变过程相关靶基因群,可从整体水平快速、全面把握白斑癌变机制;
2、可推动口腔白斑诊治和预后判断等水平的提高;
3、以此为基础,设计开发口腔癌前病变诊断、判断预后等用途生物芯片,进一步研究挖掘药物作用靶点,为个体化药物治疗提供依据。
附图说明
图1显示总RNA提取结果
图2显示CPP-SOM动态展示轻度异常增生阶段基因的变化情况,黑色代表基因上调,白色代表基因下调
图3显示CPP-SOM动态展示中度异常增生阶段基因的变化情况,黑色代表基因上调,白色代表基因下调
图4显示CPP-SOM动态展示重度异常增生阶段基因的变化情况,黑色代 表基因上调,白色代表基因下调
图5显示CPP-SOM动态展示原位癌阶段基因的变化情况,黑色代表基因上调,白色代表基因下调
图6显示CPP-SOM动态展示鳞癌阶段基因的变化情况,黑色代表基因上调,白色代表基因下调
具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步描述。
实施例1
1.14NQO诱导的大鼠白斑癌变模型的建立及样本收集
1.1-1动物和材料:Wistar雄性大鼠20只,体重220±10g,鼠龄160天,每4只一笼,室温23±2℃,湿度30-50%,精制颗粒饲料,24小时光暗循环条件下饲养。
4NQO:美国Sigma公司产,用蒸馏水制成0.0002%浓度溶液4℃避光保存备用。
1.1-2分组:35只大鼠按随机数字表分为2组,正常对照组5只,普通自来水喂养;实验组17只,4NQO饮水喂养;分别于9周、13周、16周、20周、24周、32周处死。观察大体变化,留取舌标本。将舌背后1/3病损处自中线剖开,一半置10%中性福尔马林溶液中固定,常规石蜡包埋,4um切片,HE染色后光镜观察。一半置于RNAlater(Qiagen公司)中,-80℃保存。
1.1-3组织病理学检查
诊断标准:根据WHO口腔癌前病变协作中心12项诊断标准(1978)对标本进行分级诊断(包括正常黏膜、轻度异常增生、中度异常增生、重度异常增生、原位癌、鳞癌),所有诊断均采用双盲法证实。
收集正常组织5例,轻度异常增生4例,中度异常增生6例,重度异常增生6例,原位癌(24周)4例,鳞癌(32周)5例。
1.2样本总RNA提取和芯片杂交
1.2-1RNase free(去RNA酶)条件下,使用Trizol法(Trizol试剂一步法的步骤1.冻存组织加入1mltrizol,匀浆器匀浆,室温放置5分钟;2.加0.2ml氯仿,震荡15秒;3.4度12000rpm离心15分钟;4.取上清,加入0.5ml异丙醇,摇匀室温放置10分钟;5.4度12000rpm离心10分钟;6.弃上清,在沉淀中加入1ml 75%乙醇洗涤RNA,4度7500rpm离心5分钟7.自然干燥RNA,溶于甲酰胺或纯水中分装。)提取样本总RNA。样品经分光光度计检测吸光度A值。经琼脂糖凝胶电泳检测28S、18S条带变化.Rneasy试剂盒(Qiagen公司)纯化总RNA。
1.2-2探针的制备和芯片杂交:所用芯片为Amersham商品化芯片-codelink Uniset Rat I Bioarry。
利用CodeLink试剂盒制备探针,合成cDNA双链后体外反转成cRNA标记生物素。用T7引物和SuperScript II逆转录酶与10μg总RNA在42℃孵化1小时合成第一链cDNA。第一链cDNA同E.coliDNA聚合酶I和RNaseH混合,在16℃孵化2小时合成第二链cDNA,形成的双链cDNA使用QIAquickTM PCR纯化试剂盒(Qiagen公司)纯化。用T7RNA聚合酶和biot in-11-UTP体外转录合成生物素标记的cRNA。用RNeasy试剂盒(Qiagen公司)纯化cRNA。使用5×fragmentation buffer(片断化缓冲液)94℃加热20分钟片段化cRNA。片段化后的cRNA与Uniset bioarry放置于CodeLink提供的shaker上,摇床调整转速300rpm,37℃孵化过夜。0.75×TNT buffer 46℃洗涤孵化1小时。然后,使用Cy5-Streptavidin(Cy5-抗生物素蛋白链菌素)室温下避光孵化30分钟。1×TNT洗涤芯片4次(每次5分钟),在0.1×SSC/0.05%TweenTM中冲洗芯片30秒后,2000rpm离心3min甩干。
1.3芯片扫描及数据分析用Array Scanner(Axon公司)扫描芯片。用codelink expressionanalysis software进行图像处理和数据的标准化。然后采用建立在Matlab 5软件包基础之上的CPP-SOM(自组织图结合成分平面展示方法)进行数据的进一步分析和展示。
2.结果
2.1总RNA提取结果
总RNA紫外分光度OD260/OD280:Ratio值介于1.7-2.0之间。总RNA电泳:清晰的28S、18S条带,且28S条带的亮度为18S带的两倍。(见图1示)。
CPP-SOM动态展示不同阶段基因的变化情况,黑色代表基因上调,白色代表基因下调。(见图2、3、4、5、6示)。
2.3差异表达基因分析
口腔白斑癌变过程中,表达持续增强的基因有13条(表1).表达持续降低的基因有10条(表2).
表1部分表达显著增加的基因
  编号   基因名称   SEQ   ACCN   Uigene
1   Chemokine(C-X-C motif)ligand 9(Cxcl9)(趋化因子(C-X-C基序)配基9)   SEQID:1   NM_145672   Rn.7391
2   cyclin A2(细胞周期因子A2)   SEQID:2   NM_053702.   Rn.13094
3   similar to cyclin B2(类似于细胞周期因子B2)   SEQID:3   BE111688   Rn.6743
4   estrogen receptor 2(雌激素受体2)   SEQID:4   NM_012754.1   Rn.37460
5 Janus kinase 3(Janus激酶3)   SEQID:5   NM_012855.1   Rn.11159
6   chemokine(C-X-C motif)ligand 10(趋化因子C-X-C配基10)   SEQID:6   NM_139089.   Rn.10584
7   transporter 1,ATP-binding cassette,sub-family B(MDR/TAP)(运载体1,ATP-结合盒,B亚科)   SEQID:7   NM_032055.   Rn.10763
8   cell division cycle 2 homologA(S.pombe)(细胞分裂周期2同系物A)   SEQID:8   NM_019296.1   Rn.6934
9   nuclear factor kappa B p105subunit(核转录因子KB p105亚单位)   SEQID:9   L26267   Rn.2411
10   membrane-spanning4-domains,subfamily A,member 7(predicted)(跨膜域4,A亚科,7)   SEQID:10   XM_215200.   Rn.44037
11 未知功能基因   SEQID:11   AA945100   Rn.105775
  12   未知功能基因   SEQID:12   AA957992   Rn.9464
  13   未知功能基因   SEQID:13   AI178476   Rn.16546
表2部分表达显著降低的基因
  编号 基因名称 SEQ Accn Unigene
1   carboxylesterase 1(羧酸酯酶1)   SEQID:1   NM_031565.1   Rn.111029
  2   LOC362136   SEQID:2   XM_342436.   Rn.23556
3   interleukin 2 receptor,gamma chain(白细胞素2受体γ链)   SEQID:3   NM_080889   Rn.14508
4   CD80 antigen(CD80抗原)   SEQID:4   U05593   Rn.10138
5   thyroid hormonereceptor beta(甲状腺激素受体β)   SEQID:5   J03819   Rn.88692
6   ATPase,Na+K+transporting,alpha 1(ATP酶,Na+K+转运,α1)   SEQID:6   NM_012504.1   Rn.2992
7   a disintegrin andmetalloproteinase domain6(Adam6)(解聚素及金属蛋白酶domain 6)   SEQID:7   NM_138906   Rn.24189
8   extracellularproteinase inhibitor(细胞外蛋白酶抑制剂)   SEQID:8   NM_133537.1   Rn.10437
9   ubiquitin-like 3(泛激素类似物3)   SEQID:9   NM_001015030   Rn.12128
10   neuropilin   SEQID:10   AF016296   Rn.10815
SEQUENCE LISTING
<110>上海第二医科大学附属第九人民医院
<120>一种体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平差异的方法
<130>/
<160>23
<170>PatentIn version 3.1
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<213>褐家鼠(norway rat)
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<210>5
<211>3778
<212>DNA
<213>褐家鼠(norway rat)
<400>5
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<212>DNA
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<400>6
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<211>2178
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<211>966
<212>DNA
<213>褐家鼠(norway rat)
<400>10
gagcctgagt tctcccagga gcagagtgag caggcgcagg agctacaaca tacaccacag    60
ggctgtgagg acagactctc gtgcctgtga gtgtcggtga gtcaaaccct ggggactgag    120
tccagtgcct cttctagcgt ccttggcatc atgggtcttc ggcttggcac caagatcact    180
gcgtgggact gctttccaaa ggatgtcatt gtccacaaaa gagagaaagc tggacacaca    240
tatgaaaatg gagaggacct gctgattggt gtacctagtg aagccacagt tcttgggact    300
atccagctaa tatgtgccct gatgattgca agctttgggg gaattttggt gtcagcttcc    360
tactccaacc cagaagcttc caccactttg atgtctggat acctgtttac tggatccttc    420
tgttttgcca tggctggaat tctctccatc atctctgaga aaatctcaac caaagccttt    480
gcactgagca gcctggcctc cagtgtagca agctctgttg ttgctatgat cggtctcttc    540
ttcgtcacct attgcctgat agtcctgggg actgcctttc cacactgtaa ctcagaaaag    600
aaattcctgc ccttattgtc ttatttggaa tcccatgatt ggaagaatga agacaagaac    660
tgtcgcctgg cttatgtcag tgctataagt actctgggga tcatgctcct cttcatcgtg    720
ctggaagttt tgctagctgt atacagttct atcttttggt ggaagcaagt ctactccaac    780
aagcctgggg gtgcattttt cttgcctcaa tcacaagatc atccctaact tgtcaaaagc    840
agtttgttgc agtaatggat atgaaataca gaagaagaaa gaagaaatct agtgcttgtg    900
gcagagcaca gctagacttt cctgaaatct caaccttggt agatcctaat aaacatctga    960
agaaaa                                                               966
<210>11
<211>618
<212>DNA
<213>大鼠种(Rattus sp)
<400>11
acacttctat gaagacaaga gcatttatta atttgaaagc atatcatctt taatacaaac    60
atttatagac tgcataacac attgcaatta aacatttctg taaaatagag tttatttatt    120
agtataacct tactgtataa tatagtatta ggcaagaatt gaaagaacgt aatgagagaa    180
cagggttgga tgatgtcaat gttgtcaaat ttgtggattt tacttttcac tatctctctg    240
tttggacttc tacaccaact ttaaaattcc aaatgtgaga cataaatgct tgtgtggaag    300
tatgccatca tcatcatcat tcaagcactg attggtgtta ttttaatgtg gctcagtcac    360
ttattgagat agaaggtggc ccactctgca gatattggag atcattagca tgagcatgcg    420
ggtgtgaaca ggagtgttgc tctctctaat ggggaattgt tcctcagggt acatctgact    480
gcagagtgaa gtctcagata catacctggg ttaagacagt cccatttaat atgtagagag    540
aaatacatct ttataacaca tcttttggat tgcttaaaaa tggaagtgac caacagctaa    600
tctggagtca gaatgagt                                                  618
<210>12
<211>503
<212>DNA
<213>褐家鼠(norway rat)
<400>12
cggccgctgc ggcgggagga gccccccagg aggaggacgg ggatccatgt gtctttcctg    60
gtgactagga tgtcgtcgga ggaggaccgg agcgcggagc agcagcagcc gccgccagca    120
ccccccgagg agcccggagc cccggccccg agccccgcag ccgcagacaa aagacctcgg    180
ggccggcctc gcaaagatgg cgcttcccct ttccagagag ccagaaagaa gcctcgaagt    240
agaggaaaat ctacagtgga agatgaggac agcacggatg gactggagac gacggagaca    300
gaaaatattg tggagacaga agtcaaagaa caatctgtgg aggaggacgc tgagacagaa    360
gtggagagca gcaagcagcc agcctcagct cttcagcggt ctgtgtctga ggactctgca    420
cactccctgg tctctgtcgg tgtagaagcc aaaatcagtg aacagctctg cgccttttgt    480
tactgtgggg agaaaagttc ctt                                            503
<210>13
<211>618
<212>DNA
<213>大鼠种(Rattus sp)
<400>13
caaaattcta aaaagtttat ttgaaatcaa gccacccttc ccttaggctg cacggtagtt    60
cctcaaaggc agacaggtct gcagtgatgg taacaattca gcatgatcca gcttggggtc    120
cacaggaaca ggtgagaaca aaccctgcag gagctttcca ctgaaagcat cctggtataa    180
caggtactta cgtgagttct cattccggca gcttctattc taatgaactt gtaaatgttg    240
gaagtccaat ggcctttaaa ccatagcttt taccataatt gagaggaggt gacaggcagg    300
caggagccgc agaaaccatg atacatccac ttgtgttccc agaccccaga aatggtctta    360
catgacaata gttaagctca cagcaaaatc tgccatcagt gctccagctg tctagcatgt    420
gagaggtgac gtgacatcat atcagagctg agaccacgca gcttgtattt aacatgtggg    480
tgaggaaaga ggtcaaagta gagactataa acctgacgtt ggtgcactga ggcccacact    540
gtcaagtgca ctctcttagc tgtaagcagc agcacaccct ttgccaatgt ccacagcaga    600
gagcagacac agaccggt                                                  618
<210>14
<211>2661
<212>DNA
<213>褐家鼠(norway rat)
<400>14
gccttgactc cagcacggtg acttaataga gctcggctct gccatgaagt ccgttgctct    60
attcctcatg ggcatcatct tcctggatca ctgtggagtt cgaggaaccc tagtgataag    120
gaatcagcga tgctcctgca tcagcaccag ccaaggcaca ttccactaca aatccctcaa    180
agacctcaaa cagtttgccc caagccctaa ctgcaacaaa actgaaatca tcgctacact    240
gaagaacgga gatcaaacct gcctagaccc agattcagca agggtgaaga agctgatgaa    300
agaatgggag aaaaagatca gccaaaagaa aaagcaaaag agggggaaaa accatcaaag    360
gagcaagaaa acccgaaaag ctaaaacacc ccaccatccg gagtcaaaga agactgcata    420
agagaccact ttaccaacaa gcgctctgca tctaaacggc ttttagatca tactaaaacg    480
ccttcccttt aatacacaac tcgttcacta caaaacattg tgcgcgaatt tgaaattata    540
gctaaagcta ggaagtcaag tgtaaaactc aagtagtaag aatttctaga ggcgaaaact    600
gtctttgttc tacgcagcca acaaaatttc atcgagccct tgagcacagc cgtgatatca    660
aatctgggca agtgtcccac acacaacaga tgcctggctt ctaaagccac acatgacaaa    720
caggatccgt gtggtcccct tgtcataggc tggagatctc gctgtccccc aagcctgtag    780
ccttctatca tgtgcctcta tgctctgatc ctggtgtttc ttgcagcatt cacagcaggg    840
ggacacccat cgtcactacc cgtagtggac accctgcaag gcaaagtcct cgggaagtac    900
gtcagcttag aaggattcac acagcctgtg gccgtcttcc tgggagtccc ctttgccaag    960
ccccctctcg gatctctgag gtttgctcca ccacagcctg cagagccctg gagcttcgta    1020
aagaacacca cctcctaccc tcctatgtgc tcccaagacc ccgtggcagg gcaaatagtc    1080
aatgaccttc taactaactg ggaagagaac atttctctcc agttttctga agactgtctc    1140
tacctaaata tttacacgcc tgctgacttg acaaaacgtg atagactgcc ggtgatggtg    1200
tggatccatg gaggtggact agtgttaggt ggggcatcca cctatgatgg actagccctg    1260
tctactcatg aaaatgtggt ggtagtggtc attcaatacc gtctgggtat ttggggattc    1320
ttcagcacag gggatgaaca cagccggggc aactggggtc acttggacca ggtggctgca    1380
ctgcactggg tccaggacaa cattgacaac tttggagggg acccaggctc tgtgaccatc    1440
tttggagagt cagcaggagg tgaaagtgtc tctgttcttg tgttgtctcc cttggccaag    1500
aatctctttc acaaggccat ttccgaaagt ggcgtggccc tcactgcagg cctggtcaag    1560
aagaacacca ggcccttggc tgagaaaatt gctgttgtat ctggttgtaa aagcacaact    1620
tcagcttcca tggttcactg ccttcgccag aagacagagg aagagctctt ggagaccaca    1680
ctaaaattga atcttttttc gctggatttg cacggagact ccaggcagag ctatccgttt    1740
gttcccactg tgcttgatgg agtggtgctg ccaaagatgc ctgaggagat cctggctgag    1800
aaggacttca acactgtgcc ctacatcgtg ggaatcaaca agcaagagtt tggctggatt    1860
ctgccaacaa tgatgaacta tccaccctct gatatgaaat tggacccgat gacagccaca    1920
tcgctcttga agaagtcttc ttttcttctt aaccttcctg aagaagcaat tccagtggcc    1980
gttgagaagt atttaagaca cacagatgac ccagacagaa ataaagacca acttctggaa    2040
ttgattgggg atgtgatctt cggtgtccca tcagtgattg tctcccgtgg acatagagat    2100
gctggagccc gcacatacat gtacgagttt caatatcgcc caagcttctc atcaaaaatg    2160
aaaccaagta cggtggtagg agatcatgga gacgaaatct actctgtctt tggtgctcca    2220
attttaagag gtggtacctc aaaagaggag atcaatctca gcaagatgat gatgaaattc    2280
tgggcaaact ttgctaggaa tgggaatccc aatggacagg gcctgcccca ttggccagag    2340
tatgaccaaa aggaaggtta tcttcagatt ggagccacca ctcaacaagc ccagaagcta    2400
aaagaaaaag aagtggcttt ctggtctgag cttctggcta tgaagccact gcatgcagga    2460
cacactgagc tatgaacggg agctctgcca gcctcatcct cagggcagct cacatggaag    2520
atggttttgg ccaaggcttt gaggagactt cagaactgtg tggtgggagt gggcagaggc    2580
cagggagagg atatttgcac atgtggactc aaactgaaaa ataaattttg ttttataaat    2640
caaaaaaaaa aaaaaaaaaa a                                              2661
<210>15
<211>533
<212>DNA
<213>褐家鼠(norway rat)
<400>15
agttacaact ggcactcagc ctcagagcac cgacaaggca ctggcacaca gacactatgg    60
caaatgaagt acaagttctg tcgtccccgc tgaaagggcg gcatgctcca gcagtgaaag    120
ctggagggat gcgaatttcc aaaaaacaag agatgggcgt tttggaaagg cacacaaaaa    180
aaacaggatt ggagaaaaca agtgccatca caaatgtggc caagatacag atgctggata    240
ctctaacgga cacactggac aagctccacc ataaattccc agcaacagtt cacacagcac    300
atcaaaagcc cacacctgct ctggagaagg ctgcaccact gaagagggcc tacattatcc    360
agcagcctcg aaaatgttag gccaggatag aaaatacagc cgtcgggtca acttccccac    420
gatctgacag ctcaacaaaa atggccaaca cttcctgtag gcctgctgcc tttacttggt    480
aaataaaaac aacttttgta tcttcccttt ccactttaga taataaagtt tcc           533
<210>16
<211>1611
<212>DNA
<213>褐家鼠(norway rat)
<400>16
gaagagcaag cgccatgttg aaaccattat tgccatctag atccttctta ctccttcagc    60
tgcttctgct gagggtaggg tggagctcca aggtcctcat gtccagtggg aatgaagaca    120
ccaaatctga tctcttgctg acttctatgg accttaaaca tctcagtgtt cctactctgc    180
ccctcccaga ggttcaatgc tttgtgttca atgtcgagta tatgaattgc acttggaata    240
gcagttctga gcctcagccg accaacctca ctatgcacta taggtacaag ggatctgata    300
ataatacatt ccaggagtgc agccactatc tgttctcaaa agagattact tctggctgtc    360
agatacaaaa agaagatatc cagctctacc agacatttgt tgtccagctt caggaccccc    420
agaaacccca gaggcgagcc gaacagaagc taaacctaca gaatcttgtg atcccatggg    480
ctccagagaa tctaacactt tataacctga gtgaatctca ggtagaactg aggtggaaaa    540
gcagatacat agaacgctgt ttacaatact tggtgcagta ccggagcaac cgagatcgaa    600
gctggacgga acaaatagtg gatcatgagc ctagattctc cctgcctagt gtggatgaac    660
agaagctgta cacatttcgg gttcggagcc gctttaaccc gatctgtgga agtactcaac    720
agtggagtaa atggagccaa ccaatccact gggggagcca tactgcagag gagaatcctt    780
ccttgtttgc actggaagct gtgcttatcc ctgttggcac catggggttg attattaccc    840
tgatctttgt gtactgttgg ttggaacgaa tgcctcgaat tcccgccatc aagaatctag    900
aggatctggt tactgaatac catgggaact tttcggcctg gagtggtgtg tctaaagggc    960
tgactgagag tctgcagcca gactacagtg aacggttctg ccacgtcagt gagattcccc    1020
cgaaaggagg agccctagga gaggggcctg gaggctctcc ttgcagcctt catagccctt    1080
actggcctcc cccatgttat tctctgaagc ctgaagcctg agcctccaat cccttgatgg    1140
aacctcaaag tcctatagcc ctaagtgatg ctaacctccc cctacacatt ttgccaacct    1200
ggatccaatg cttattgcct cccgctatgg ctaattttca atttcatgtc ccatgtaact    1260
gcttttccat tccatacgcc ctacttgaga atgccccttg ccccctttcc ctgcacaagc    1320
cctcccgtgc ctagtctagt actttttcac tttttttttg agagagtctt accctgtagt    1380
ccggggtggc tgggaactta ctacgtaggc cagattggcc tataactcag aggcgatcat    1440
cccacttctt cttctcaagt gtcggcgttc ttggcaagca ccaccacatc cagcacggcc    1500
ctcttctttt acaggattct ccctcccttt ttctacctac cattcaactg ttgccaaatc    1560
aataagaaat aaagttttta accaataaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa a             1611
<210>17
<211>1030
<212>DNA
<213>褐家鼠(norway rat)
<400>17
tcgagagcat ctgaagccat ggcttacagt tgccagccgc tgcaggaatc accactcctc    60
gggtttccac gtctcaggtt cattcatctc tttgtgctgc tgctggtagg tcttctccag    120
atatcttcag gtattgtcgg ccaagtgtcc aagtcggtga gagaaaaggc attgctgtcc    180
tgtgattaca aattttgttc tgaagagcag tccatacacc gaatctactg gcaaaaacat    240
gacaaaatgg tgctctctgt catctccggg gtaccggaag tgtggcccaa gtacaagaac    300
cggactgtat acgacatcgc taacaactac tcctttagcc tcctgggcct gatcctttca    360
gacaggggca catacacctg tgtcgttcaa aggtacgaag gaggatcgta cgtggtgaaa    420
cacctgacca ccgtggagct gtctgtcaga gctgacttcc ctacccccaa cataactgag    480
tatggaaatc catctgctga cataaagagg attacctgct ttgcttccgg gggtttccca    540
aagcctcgcc tctcttggtt ggaaaatgga agagaattaa atggcatcaa tacaacaatt    600
tcccaggatc ctgaatctga gctgtacacc attagtagcc aactagactt caacgcgacg    660
tacgaccact tcatcgattg tttcattgag tatggagatg ctcacgtgtc acagaacttc    720
acctgggtaa aacccccaga agaccctcct gatgaaaagc aaacagttcc gtttgcctgg    780
gcaggacctg atgcagtcaa agccatcatc atcttcttca tcgccatcac cgtcatcgcc    840
gtcatcgccg ccatcgccat catcatcttc tgcatcactg tcaaattccg acgctgcttc    900
agaagaagaa atgaggcaag cagagaaaca aacaagaacc tctacatagg gcctgtggaa    960
gcagcagctg aacagactgt ttgaaggtag ccatttgcct tcctttagct cttctctgcc    1020
cactcgagca                                                           1030
<210>18
<211>4535
<212>DNA
<213>褐家鼠(norway rat)
<400>18
caccggctgc tcggccgcag ctcgcccgcg cgccgcctcg gggccaccgc caggctccag    60
cgctccggtt caagaggagc cacactgggg agtcccaagg aagcagccag gcagatgggg    120
agcccaggat ccgtggtttc cctctcctta gtctgctgga ggacgcgcgt ggtggtacca    180
agttccacac atgacttaat gaataaggga atgccagagc tgaagaggac ccagcatgac    240
tactaaccta tgactcctaa cagtatgaca gaaaaatgcc ttccagcctg ggacaaacag    300
aagccccatc cagaccgagg ccaggactgg aagctggtag gaatgtccga agcctgcctg    360
cacaggaaga gccatgtgga gaggcgtggt gcattgaaga atgagcaaac atcctcacac    420
ctcatccagg ccacttgggc gagctctata ttccatctgg atccagacga tgtgaacgat    480
cagagcgtct caagcgccca gactttccag accgaagaga agaaatgtaa agggtatatc    540
cccagctatc tagacaagga tgagctctgc gtagtgtgcg gggacaaagc cacggggtac    600
cactatcgct gcatcacctg tgaaggctgc aagggtttct ttagaagaac cattcagaaa    660
agtctccatc catcttactc ctgtaaatat gaagggaagt gcatcataga caaagtcacc    720
cgtaaccagt gccaggaatg tcgctttaag aaatgcatct atgttggcat ggcaacagac    780
ctggtgctgg atgacagcaa gaggctagcc aagaggaagc tgatagaaga gaaccgtgag    840
aagaggcggc gggaagagct acagaaatcc attgggcata agccagagcc cacggatgag    900
gaatgggagc tcatcaagac agtcaccgag gcccacgtgg ccaccaatgc ccagggcagc    960
cactggaagc agaagcggaa atttctgcct gaagacattg gacaagcacc cattgtgaac    1020
gccccggaag gtggcaaggt tgatctggaa gccttcagcc attttacaaa aatcatcaca    1080
ccagcaatca ccagagtggt ggatttcgcc aaaaagttgc ccatgttttg tgagctgccc    1140
tgtgaagacc agatcatcct cctcaaaggc tgctgcatgg agatcatgtc cctccgagct    1200
gctgtgcgct atgacccaga cagcgagact ctaaccttga atggggaaat ggcagtgaca    1260
cggggccagc tgaaaaacgg aggtcttggg gtggtgtcag atgcgatctt tgacctgggc    1320
atgtctctgt cgtctttcaa cctggatgac acggaggttg ccctgcttca agccgtcctg    1380
ctgatgtctt cagatcgccc agggctagct tgtgttgaga gaattgagaa ataccaagac    1440
agtttcctgt tggcctttga acactatatc aattaccgga agcaccatgt gacacacttt    1500
tggcccaaac tcctgatgaa ggtgacggac ctgcggatga ttggagcgtg ccacgccagc    1560
cgcttcctgc acatgaaggt ggagtgcccc accgagctct tcccgcctct cttcttggaa    1620
gtctttgagg actgaacgga ctggacaggt tcttgtcatt cctgcagcac gactgggtgt    1680
cgctgcattc cacctgtagc tctttctgtt gtcgtttctt cgtttctttg tgtcaagtga    1740
gctcatcagt gggtcagcgg gtcatcagtg gcatagactt ggatgaagtg gtcctttgaa    1800
tgtgggtctt tgtaaccatt gcgtttcgtt ctccagtcct tagtgtgacg gctttgaggg    1860
gttcacagca gtgcaggccg agtgggggcg atcatctcac cagcaccacg tcgtcaccag    1920
ctcccatctg tccctgggca gactcaagca agccaaatgg cattacagaa gactaaagaa    1980
gccttaaaac cgagacgaca gtcatcttga tccaatgcga tccagttctg ttgtttgtaa    2040
ggtgaagctg gcagagctca ggccacctca ggttgggcgt ggcttttggc gcgtgagggg    2100
aggagccgtt ccagcttcag gaactcacag ctactcagga gcttaccgct tccagcaccc    2160
ttactctcca agcaggctga cttggaatgt gcaggatacc cacaccataa caaatcgacg    2220
ttactttcca tggccttctg taaccttgtg atttacttca agttgcgcaa gagtagaact    2280
tggagacttg actggtttga ggccacaagg aaagtctcct tttcaggatg cccatagagc    2340
ttggaaatca tccatgttac agcatagttt ccaaaaatgg tgttacctca agcaggaagg    2400
cacctttgca gcttagatag attcacaagc cattcccaca gagctcaaac ctgtttacag    2460
agtgccgtcc ctcttccgat ggcctatgaa ccagccctct ccccagcctg tggctgttga    2520
gctggtgatg tttccctgta cattgaatct tccaatcaga gagagacgtg ttgaaactcc    2580
agtcttgttt tggaaaaatc cctggaaaag atcaatgcag gaacaatcag attcaaagga    2640
aaagaactac tcatgctgta ggctgtccaa ttagggagaa tgctccccgt ggatcggcaa    2700
ggcgctttac ccattcacaa atgtctccca gtcccatccc gtctctgctc ccaaacccac    2760
ctcctcagat tctgagacac taaatagctt ctcttctctt ctcttctctt ctcttctctt    2820
ctcttctctt ctcttctctt ctcttccctt ctcttctctc tctcaacact aactcttctg    2880
tagcttatac actattacct tggcaaatag tcctcataaa atataggaga ccatgcatag    2940
gaaacaccat tacgctgccc catccccagt gaccgtgtag agtagatgtc tctaagcaac    3000
cagtagtgac aacttaccca aaaatgggca gactgtaccc atgcaactga atgtacgact    3060
cttcactgat gtcacagatg tgaactactt cttgtctgcc tttcactgcc ttagcctgga    3120
aatgctggga aaaacaagcc atatcagtga gaattaccta aaagcaaagg aagtcactgt    3180
gaaaagcaag ggaactcact tcttcccacc gggctcggta gagcatcttt ggcctcacag    3240
caagtcaggg tgcctgcggc ctgggtcatt taggacctta tcagtgttag ttttcttacc    3300
tcctagtaaa tgagttgatc tccagaaacc cctcttccct tctctagtgt ttgacttttc    3360
agactaagga gggggcgtct ttgaaagatt ccttttctat tcaaacttct agcttcggaa    3420
acggaatgca tgtgggtgct catggagtga gaatgaggat ttgattcaga ggaaggcaga    3480
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<210>19
<211>3636
<212>DNA
<213>褐家鼠(norway rat)
<400>19
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<213>褐家鼠(norway rat)
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<212>DNA
<213>褐家鼠(norway rat)
<400>21
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<211>2722
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<213>褐家鼠(norway rat)
<400>22
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<210>23
<211>3471
<212>DNA
<213>褐家鼠(norway rat)
<400>23
ggcacgagga ccggctgagg attttatggt tcttaagcgg acttaagagc gttgtttcgg    60
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agcaagcgca aggctaagtc ttttgaaggc aacaacaact atgacacacc tgagctccgg    1800
gcctttacac ctctctccac aagattcatc aggatctacc ccgagagagc cacacatagt    1860
gggctcggac tgaggatgga gctactgggc tgtgaagtag aagtgcctac agctggaccc    1920
acgacaccga atgggaaccc cgtggacgag tgtgacgatg accaggccaa ctgccacagt    1980
ggcacaggtg atgacttcca gctcacagga ggcaccactg tcctggccac agagaagcca    2040
accattatag acagcaccat ccaatcagag ttcccgacat acggttttaa ctgcgagttt    2100
ggctggggct ctcacaagac attctgccac tgggaacatg acagccacgc gcagctcagg    2160
tggagggtgc tgaccagcaa gacggggccc attcaggacc acacaggaga tggcaacttc    2220
atctattccc aagctgatga aaatcagaaa ggcaaagtag cccgcctggt gagccctgtg    2280
gtctattccc agagttctgc ccactgcatg accttctggt atcacatgtc cggctctcat    2340
gtgggtacac tgagggtcaa actgcactac cagaagccag aggaatatga tcaactggtc    2400
tggatggtgg tcgggcacca aggagaccac tggaaggaag ggcgtgtctt gctgcacaaa    2460
tctctgaaac tgtatcaggt tatttttgaa ggtgaaatcg gaaaaggaaa cctcggtggg    2520
attgctgtgg atgatatcag tattaacaac cacattcctc aggaggactg tgcaaaacca    2580
acagacctag ataaaaagaa cacagaaatt aaaatagatg aaacagggag caccccagga    2640
tatgaagaag ggaaaggcga caagaacatc tccaggaagc caggcaatgt gcttaagacc    2700
ctggacccca tcctgatcac catcatagcc atgagtgccc tgggggtgct cctgggtgca    2760
gtctgtggag ttgtgctgta ctgtgcctgt tggcacaatg ggatgtcgga aaggaaccta    2820
tctgccctgg agaactataa ctttgaactt gtggatggtg taaagttgaa aaaagataaa    2880
ctgaacccac agagtaatta ctcagaggcg tgaaggcacg gagctggagg gaacaaggga    2940
ggagcgcggc aggagaacag tggaggcgca gggactctgt tactctgctt tcactgtaag    3000
ctgggaaggg cggggactct gttactccgc tttcactgta agctcggaag ggcatccgcg    3060
atgccatgcc aggcttttct caggagcttc aatgagcatc acctacagac acaagcaggt    3120
gactgcggta acaacaggaa tcatgtacag cctgctttct tctcttggtt tcgtttgggt    3180
aatcagaagc cagttgagac caagtgtgac tgacttcatg gttcatccta cttggccccc    3240
tttttcctct ctttctcctt accctgtggt ggattcttct cggaaactgc aaaatccaag    3300
atgctggcac taggcgttgt tcagtgggct ctttcgatgg acatgtgacc tatagcccag    3360
tgcctagagc atattagcat aaccacattt caggggacac caatgtccgc ttttgcatcg    3420
ctacgtgcag cgagcacagg aaaaagaaaa aaaaaaaaaa aaaaactcga g             3471

Claims (7)

1、一种体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平差异的方法,其特征在于它包括以下步骤:
(1)4NQ0诱导的大鼠白斑癌变模型的建立及样本收集
(2)样本总RNA提取和芯片杂交
(3)芯片扫描及数据分析。
2、根据权利要求1所述的方法,其特征在于:体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平增强。
3、根据权利要求1所述的方法,其特征在于:体外检测口腔白斑癌变相关基因表达水平降低。
4、根据权利要求2所述的方法,其特征在于:相关基因它具有如SEQID:1、SEQID:2、SEQID:3、SEQID:4、SEQID:5、SEQID:6、SEQID:7、SEQID:8、SEQID:9、SEQID:10、SEQID:11、SEQID:12、SEQID:13所示的核苷酸序列。
5、根据权利要求4所述的方法,其特征在于:SEQID:1基因编码的蛋白是趋化因子(C-X-C基序)配基9、SEQID:2基因编码的蛋白是细胞周期因子A2、SEQID:3基因编码的蛋白是类似于细胞周期因子B2、SEQI D:4基因编码的蛋白是雌激素受体2、SEQID:5基因编码的蛋白是Janus激酶3、SEQID:6基因编码的蛋白是趋化因子C-X-C配基10、SEQID:7基因编码的蛋白是运载体1,ATP-结合盒,B亚科、SEQID:8基因编码的蛋白是细胞分裂周期2同系物A、SEQID:9基因编码的蛋白是核转录因子KB p105亚单位、SEQID:10基因编码的蛋白是跨膜域4,A亚科,7。
6、根据权利要求3所述的方法,其特征在于:相关基因它具有如SEQID:14、SEQID:15、SEQID:16、SEQID:17、SEQID:18、SEQID:19、SEQID:20、SEQID:21、SEQID:22、SEQID:23所示的核苷酸序列。
7、根据权利要求6所述的方法,其特征在于:SEQID:14基因编码的蛋白是羧酸酯酶1、SEQID:16基因编码的蛋白是白细胞素2受体γ链、SEQID:17基因编码的蛋白是CD80抗原、SEQID:18基因编码的蛋白是甲状腺激素受体β、SEQID:19基因编码的蛋白是ATP酶,Na+K+转运,α1、SEQID:20基因编码的蛋白是解聚素及金属蛋白酶domain 6、SEQID:21基因编码的蛋白是细胞外蛋白酶抑制剂、SEQID:22基因编码的蛋白是泛激素类似物3。
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