CN1451049A - 一种基于核酸的树表型预测方法 - Google Patents

一种基于核酸的树表型预测方法 Download PDF

Info

Publication number
CN1451049A
CN1451049A CN01811588A CN01811588A CN1451049A CN 1451049 A CN1451049 A CN 1451049A CN 01811588 A CN01811588 A CN 01811588A CN 01811588 A CN01811588 A CN 01811588A CN 1451049 A CN1451049 A CN 1451049A
Authority
CN
China
Prior art keywords
trees
hybrid
phenotype
nucleic acid
content
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN01811588A
Other languages
English (en)
Inventor
S·泊特
P·A·沃特森
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Pulp and Paper Research Institute of Canada
Original Assignee
Pulp and Paper Research Institute of Canada
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Pulp and Paper Research Institute of Canada filed Critical Pulp and Paper Research Institute of Canada
Publication of CN1451049A publication Critical patent/CN1451049A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
    • A01H1/00—Processes for modifying genotypes ; Plants characterised by associated natural traits
    • A01H1/04—Processes of selection involving genotypic or phenotypic markers; Methods of using phenotypic markers for selection
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
    • A01H7/00—Gymnosperms, e.g. conifers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C12Q1/683—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism involving restriction enzymes, e.g. restriction fragment length polymorphism [RFLP]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/13—Plant traits
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Environmental Sciences (AREA)
  • Developmental Biology & Embryology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Natural Medicines & Medicinal Plants (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及使用DNA探针为已知纸浆和纸生产线预测纤维长度和快速筛选优质树木的方法。该方法包括从杂种云杉活组织来源分离基因组DNA，云杉DNA探针与该基因组DNA杂交和光密度分析评价所得宗教图谱的强度。这可确定杂交群体中两个亲本物种的遗传混合(或渐渗)的确切程度。由于(在该方法中发现的)在所测杂种云杉群体中遗传渐渗程度和纤维长度的线性相关，所以DNA探针杂交图谱的强度可用于直接、准确和可重复地预测该群体中单个杂种云杉内(对于给定树龄)存在的纤维长度。

Description

一种基于核酸的树表型预测方法
发明背景
a)发明领域
本发明属于分子生物学和树改良、纸浆和纸张性质评价领域，本发明可以更有效地从自然的和种植的树木群中筛选有给定纤维性质的树用于特定纸浆和纸生产线。
B)背景技术
很长时间以来，认为渐渗现象(一种自然形式的遗传杂交)普遍出现在云杉属植物物种北美云杉(Picea sitchensis)、白云杉(P.glauca)和恩格曼氏云杉(P.engelmannii)之间(Daubenmire，R.(1968)Can.J.Bot，46：787-798)。这种杂交发生的区域被称为“渐渗带”，一个例子能在大不列颠哥伦比亚Nass Skeena过渡中找到(图1)。在这个带中出现了两个主要的这种自然杂种群：“interior”杂种(它主要是白云杉和恩格曼氏云杉的混合物)和interior与北美云杉的杂种(Sutton，B.C.S.，等，(1991)Theor.Appl.Genet.82：242-248)，尽管此带的准确范围并不清楚，基因型的继承(representation)(家系)也很难确定(Roche，L.(1996)NewPhytol.68：505-554)。
已知interior和北美云杉被报道有本质上不同的基本纤维特性-interior：纤维细，2.0-3.5mm×25-30μm；北美云杉：纤维粗，3.2-5.6mm×35-45μm(I senberg，I.H.Pulp woods of the unitedstate and canada，vol.I-Softwoods.第3版.Inst.Pap.Chem.Appleton，WI(1981))-可以合理地推想，在渐渗带发现的杂种树可能遗传了这些特性，并不同程度地依靠于物种之间杂交的程度。
为了表征这些区带并测试是否自然遗传杂交对这些树的木材质量产生影响，一种重要的前提条件是，开发以逐株树为基础确定区带内杂交程度的方法。通常，树木的鉴定是以总体形态学性状的视觉检验为基础来做的。然而，这个技术当企图区分关系很相近、但遗传学上显著不同的杂种时，可证明是不准确的。同功酶分析等方法也有一些用途，但是它很费时费力，并缺少能区分有很近关系克隆的精确性(Murphy，R.W.Protein I：Isozyme electrophoresis，In：Hillis，D.M.；Moritz，C.，编.Molecular Systematics.Sunderland，MA，U.S.A.：Sinauer Associates，45-126(1990))。区别杂种树木的好得多的方法是基于DNA多型性(每株树具有的基因结构的微小改变)来区分的方法(Potter，S.(1998)PPR 1356)。
在先的研究已经报道了基于细胞器(叶绿体和线粒体)遗传模式对interior和北美云杉的物种特异性DNA探针的分离(Sutton，b.c.s.等，(1993)Can.J.For.Res.24：278-285)，这可以用于在interior/北美云杉基础上对克隆作指纹分析。但这些探针给不出在渐渗的克隆中杂交程度的信息。基于核酸序列的探针也已经取得了不同的成功——例如，已知红、黑云杉(red and black spruce)核糖体DNA(rDNA)区域显示一些多态区域的种内变异，这已经被用于产生种特异性RAPD标记。这些标记本质上基于其一般适用性(即跨物种时)难以确定的随机序列(Bobola，M.S.等，(1992)Mol.Biol.Evol，9：125-137；Perron，M.等，(1997)Molecular ecology 6：725-734)。
与对红、黑云杉报道的情形相反，本发明描述了一种用于(Nass-Skeena渐渗带中的)interior/北美云杉杂种的核酸探针，它能定量评价在两物种间遗传杂交的程度。这个探针，Eco2.0，基于一段酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)18S rDNA，并以定量方式检测光密度图像分析(densitometric image analysis)确定的种特异性18S外部转录间隔区(external transcribed spacer，ETS)多形性。
提供一种新的方法来鉴定具有优良表型的树木谱系，是有很大需求的。
发明概述
本发明的目的之一是提供鉴定具有优良表型的个体树木的方法。
依照本发明，提供了Eco2.0探针，它的纯化和序列表征，以及它作为在Nass-Skeena带中个体杂种渐渗程度标记的用途。
a)Eco2.0探针被分离并被克隆进大肠杆菌(E.coli)。
b)该探针被纯化并被部分地测序以确定其同一性。
c)通过直接比较从横跨Nass-Skeena渐渗带的地理区域中选择的个体树木样品的Southern印迹带强度型式和纤维性质参数，评价了该探针作为杂种纤维质量的标记的有用性。
依照本发明，提供了鉴定能表达希望的生物学和/或生物化学表型的树木谱系的方法，包含以下步骤：
a)从纯种和/或其杂种的树木中获取核酸样品，如DNA或者RNA；
b)通过将步骤a)的所述核酸样品用至少一种限制酶处理获得限制性片段的限制图谱，其中所述限制酶使纯种和/或其杂种的所述限制图谱之间的差异最大化；
c)通过将步骤b)的处理过的核酸样品与至少一个标记的探针例如但不限于Eco2.0作用，以使所述探针和所述核酸样品间互补杂交，来显现步骤b)的所述限制图谱，其中所述的探针允许检测杂交程度和/或纯种和/或其杂种树木间的所述限制性片段的不同强度；和
d)将步骤c)的所述限制图谱和/或限制性片段强度与所述树木的至少一种选择的生物学和生物化学表型相关联，其中所述表型和与所述表型相关联的遗传座位相联系。
步骤d)可以进一步包括预测所述限制图谱和/或限制性片段强度与所述表型之间关系的标准曲线。
纯种和/或其杂种树木可以是自然或者人工产生的。
步骤a)所述的核酸样品可以从叶、形成层、根、芽、茎、木栓、韧皮部或木质部获得。
所述树木可以是云杉属(Picea)的，或者可以是选自杨属(Populus)、桦木属(Betula)、冷杉属(Abies)、落叶松属(Larix)、红豆杉属(Taxus)、榆属(Ulmus)、李属(Prunus)、栎属(Quercus)、苹果属(Malus)、草莓树属(Arbutus)、柳属(Salix)、悬铃木属(Platanus)、槭属(Acer)、铁杉属(Tsuga)、黄杉属(Pseudotsuga)、松属(Pinus)、梣属(Fraxinus)、桉属(Eucalyptus)、金合欢属(Acacia)、相思子属(Abrus)、柏木属(Cupressus)、水青冈属(Fagus)、刺柏属(Juniperus)、崖柏属(Thuja)和Canya的属的。
步骤c)可以还包括测量所述限制性片段的强度。
所找寻的生物的或生物化学的表型可以例如选自纤维长度，木材密度，纤维崩散性(collapsibitity)，纤维粗度，细胞壁厚度，生长速率，木质素含量，愈创木基木质素含量，丁香基木质素(syringyllignin)含量，碳水化合物含量，牛皮纸浆产率，机械纸浆能量需要，化学制浆的化学药品摄取(chemical uptake for chemical pulping)，提取物含量(extractive content)和提取化合物。
本发明还提供了通过将纯种和/或其杂种树木的核酸样品用至少一种限制酶处理获得的限制性片段图谱用于鉴定能表达希望的生物学和/或生物化学表型的树谱系的用途，其中所述限制酶使纯种和/或其杂种的所述限制性片断图谱之间的差异最大化。
本发明还提供了通过将纯种和/或其杂种树木的核酸样品用至少一种限制酶处理获得的限制性片段图谱，用于鉴定能表达希望的生物学和/或生物化学表型的树谱系，其中所述限制酶使纯种和/或其杂种的所述限制性片断图谱之间的差异最大化。
更进一步，本发明提供了筛选大量各种表型的树的方法，包括以下步骤：
a)表征具有不同程度杂交的至少两株树的木材质量；
b)从所述树建立用于预测限制图谱和表型之间关系的标准曲线；
c)评价大量自然种间杂种(species hybrids)的大量杂交标记的限制图谱；
d)将所述杂种的所述限制图谱和所述标准曲线比较，来推断所述杂种的表型；和
e)根据预测的表型收获所述杂种。
本发明也提供了生产大量具有可预测的、一致的和/或增强的木材或者纤维质量特性的克隆树木的方法，包括以下步骤：
a)表征具有不同程度杂交的至少两株树的木材质量；
b)从所述树建立用于预测限制图谱和表型之间关系的标准曲线；
c)评价大量自然种间杂种(species hybrids)的大量杂交标记的限制图谱；
d)将所述杂种的所述限制图谱和所述标准曲线比较，来推断所述杂种的表型；
e)通过实施异花传粉或者体细胞胚胎发生从所述亲代树木获得大量后代树木；和
f)繁殖在步骤e)获得的所述后代树木的体细胞胚来产生大量克隆的树木，基本上所有所述的克隆树木都有可预测的、一致的和/或增强的木材或者纤维质量特性。
本发明进一步提供了由本发明方法产生的具有增强的木材或者纤维特性的克隆树木的植物群丛(stand)，其中所述树木的基因组包含了如下限制图谱，所述的限制图谱是与所述增强的木材或者纤维特性相联系的相同限制图谱。
根据本发明，Eco2.0探针也可以被用做预测纯种或者其杂种的树样品的纤维质量的标记。
为了本发明的目的，对下列术语进行定义。
术语“座位”是指在染色体上代表特定性状的基因所占据的位置。基因的各种替代形式——也就是在作图中使用的等位基因——都定位在相同的位置。
术语“限制性片段长度多态性(RFLP)”在这里的意思是确定DNA中线性系列位点的限制图谱，这些位点在核酸序列上以实际长度彼此间隔开来。任何序列的DNA都可以获得限制图谱，而无论其中是否鉴定到突变，或者实际上我们是否了解其功能。两个个体的限制图谱的不同可以以与任何其他标记完全一样的方式被用做遗传标记。为了将限制图谱与遗传图谱相关联，我们必须比较野生型和相应的变异体的限制图谱，或表型。
术语“限制性片段”在这里的意思是指在纯化的核酸用限制酶进行消化后产生的核酸片段。限制性片段可以被认为是限制性标记，这并不限于影响表型的那些改变，它们提供了在分子水平鉴定遗传座位的极有效技术的基础。
术语”杂交”或者复性，在这里使用的意思是两条分开的互补链重新形成双螺旋的能力。复性取决于互补的两条链间的特异性碱基配对。反应分两个阶段发生。第一阶段，溶液中的DNA单链随机地相互碰撞；如果它们的序列是互补的，两个链碱基配对形成一个短的双螺旋区。然后碱基配对区域沿分子通过拉链样效应延伸，从而形成长的双螺旋分子。复性描述了通过变性而分开的两个互补序列之间的反应。然而，该技术可以扩展至允许任何两个互补的核酸序列相互退火从而形成双螺旋结构。当涉及两个不同来源的核酸时，例如一个制品由DNA组成而一个制品由RNA组成的情形，该反应通常称为杂交。两个核酸制品杂交的能力是表明它们序列互补性的精确测试。
术语“预测的关系”在这里是指以在i)限制图谱和/或限制性片段强度与特定表型之间；或ii)“随机扩增的多态性DNA”(RAPD)图谱与特定表型之间建立的标准曲线为基础的相关因子。
术语“其杂种”在这里的意思是指由不同品种、变种、种的树经杂种繁殖产生的后代，特别是通过为获得特定遗传或者表型特征而进行树木杂交育种产生的那些。其杂种是通过对两个不同树种杂交育种而得来。
附图说明
图1：大不列颠哥伦比亚云杉物种分布图解图，表明了Nass Skeena过渡渐渗带；
图2：该渐渗带中的采样森林生境(site)图。黑色和灰色的圆圈表明先前研究的采样森林生境。红色圆圈指示本研究的采样森林生境；
图3A：pEco2.0质粒图解图。多克隆位点区被放大以表示限制酶位点的精确顺序。并指明2kb酵母rDNA探针在其中的插入点；
图3B：显示该质粒和探针插入片断的琼脂糖凝胶分析。泳道在文中描述。C：使用M13 F/R引物的PCR产物的琼脂糖凝胶分析。泳道从左到右为分子量标准和使用不同专有缓冲液的PCR产物；
图4：显示2kb酵母rDNA探针的序列。粗体序列表示探针，其末端被确定并发现与GENEBANK Z73326相同；
图5：显示了使用M13r(反向)和f(正向)引物对Eeo2.0质粒进行的序列分析；
图6：B图，探针与interior和北美云杉的杂种的总DNA消化物杂交的Southern条带图谱和光密度分析。泳道在文中说明。*森林生境2的样品装载不足。在文中，所见条带从上至下被称为条带1-5。A和C图显示纯种的典型条带图谱和这些图谱的光密度分析；
图7：显示纤维特性是树龄的函数。选择60-80年的类群用来比较，因为这一范围所有的样品都没有中心木质部(juvenile wood)；
图8：纤维的粗度对长度加权纤维长度(length-weighted fibrelength)的作图，表现出很强的正相关；
图9：显示纤维特性、森林生境指数、条带强度数据的散点图矩阵(scatterplot matrix)；
图10：显示在云杉杂种中条带强度和长度加权纤维长度(LWFL)之间关系。条带2和LWFL之间表现出极好的线性关系；
图11：显示从印迹1(图5)获得的条带2的相对强度和长度加权纤维长度之间关系的标准曲线。虚线表示纤维长度预测分析中使用的印迹2上探测到的云杉样品条带2强度值；
图12：用于纤维长度预测实验的第二个杂交分析(印迹2)。条带2被标出。泳道1，pEco2.0质粒插入片断阳性对照；泳道2，Nass-Skeena“黑云杉”样品；泳道3-8，树7-9，6-4，5-8，4-5，2-4；和
图13：纤维长度作为森林生境生产能力的函数显示没有全面相关。特定的生物地理气候区被描绘为突出了可能的区带内相关性。
发明详述
本发明提供了一种新的使用DNA探针为已知纸浆和纸张生产线预测所选表型和快速选择优等树木的方法。该方法包括从云杉活组织中分离树木的基因组DNA，将该基因组DNA与DNA探针杂交，对获得的杂交图谱的强度进行光密度评价。
本发明的一个特定实施方案是测定杂种群体中两个亲本物种的遗传混合(或渐渗)的确切程度。由于——例如在杂种云杉群体中——在遗传渐渗程度和纤维长度之间的线性关系(就本发明而言)，DNA探针杂交图谱的强度可以用于直接、精确并可重复地预测群体中单个北美云杉/interoir云杉杂种(对于给定的树木年龄)的纤维长度。
本发明的一个优选实施方案是使用DNA探针在林业树木改良项目中作为预测工具，因为它是这种应用的第一个成功实践证据。
本发明的一个实施方案是提供一种快速评价各种林木物种的纤维质量的新技术。
尽管本发明有可能适用于所有的林木物种，但本发明的另一个特定实施方案是本发明在杂种云杉上的具体应用。
这里描述的本方法发明的一个实施方案涉及基于DNA的测试——就对于使木材适合于各种紧密材和纸浆及纸张生产用途重要的所有木材质量参数进行测试，该测试使得可以加快对自然种群的评价过程并使得可以及早筛选出用于造林的原种株系。
在本发明的另一个实施方案中，对于测量起来困难和昂贵的性状(木材的质量性状是一个非常好的例子)，基于核酸的测试在选择优等树木种类时降低费用及提高产量方面具有高度增加的能力。材料和方法跨渐渗带采取树木样品并进行森林生境评价
利用Sutton等先前的报道作为指导(Sutton，B.C.S.等，(1993)Can.J.For.Res.24：278-285)，基于期望的云杉物种(纯种北美云杉云杉，北美云杉和interior杂种，interior云杉——图2)和立地品质跨渐渗带自西向东鉴定到七个森林生境位置。通过考察森林生境位置、树的总体形态学并通过球果(cone)的鉴定来确定树种。每个云杉物种的球果和鳞(scales)在大小和形状上不同(Farrar，J.L.Trees in Canadian.Fitzhenry and Whiteside，Ltd.and CanandianForest Service，第95-107页(1997))。杂种的树木外观(轮廓)和球果表现出亲本物种的特征，但是真正物种鉴定和杂交程度很难通过这样的粗放方法确定。就立地品质而言，以物种的平均或者典型的森林生境作为目标。
生态系统，即生物和它们的物理/化学环境的相互作用复合体，被划分为生物地理气候区，生物地理气候区可以进一步分为亚区(Steen，D.A.等，(1997).A field guide to forest site identification andinterpretation of the Cariboo forest region.B.C.Ministry ofForests，Victoria，B.C.Land management handbook No.39)。大不列颠哥伦比亚被分为13个生物地理气候区，这些区是有着大致相似的大气候的大地理区域(Forestry undergraduate society，Uni.Brit.Col.Forestry handbook for British Columbia，第4版.D.W.Friesen and son Ltd.223-231页(1983))。利用用于森林生境鉴定和分析的生物地理气候生态系统分类(BEC)法来确定区域内的立地品质。该方法利用植被、土壤、气候、地形来分类生态系统和评价立地品质(Banner.A.等，(1993)，A field guide to site identificationand interpretation for the Prince Rupert forest region.B.C.Ministry of forests，Victoria，B.C.Land management handbookNo.26)。从估计的土壤湿度和土壤养分季节变化特征(regimes)确定森林生境系列(site series)。然后这通过评价森林生境指数与森林生境生产能力(site productivity)(SIBEC)相关连。森林生境指数——群落地段(stand)生产能力的量度——提供了森林生境之间生产潜力的标准化比较，并且也通过森林生境指数曲线法来确定，这种方法是50年胸高年龄的树高的测量(How to determine site indexin silviculture.Participants work book，B.C.Ministry offorests，Forest renewal B.C.(1998))。
平均地，横跨一系列生物地理气候区从每个森林生境取10棵树作为样品。采样包括采集树叶样品、测量树高和胸高处的直径(DBH)和在胸高处取5mm和10mm的生长核(increment core)样品。纤维特性分析
从10mm的生长核样品确定云杉纤维特性。将来自每个森林生境的至少一个样品依照年龄分类，来监视纤维特性在时间上的变化，并确定每一个被研究物种/杂种的幼龄材(juvenile wood)/成熟材(naturewood)转变点(transition point)。对于所有其他样品，仅检查60-80年年龄类别，因为这被确定处于各个森林生境的成熟材带。使用过氧化氢/乙酸浸解技术(Burkart，L.F.(1966)For.Prod.J.16：52)从样品释放纤维，并将所得木浆使用自动纤维质量分析仪进行分析，依据先前描述的方案(Morrison，D.等，(1998)Paprican PPR1403)来确定长度加权纤维长度(LWFL)和纤维粗度。基因组DNA和Eco2.0探针的分离
杂种和纯种的北美云杉和interior云杉的基因组DNA使用FastPrep仪器(Bio 101 Inc.)根据制造商的标准程序获得。依照Sambrook等(Sambrook，J.等，(1990)Molecular Cloning.ALaboratory Mannual，第2版，Cold Spring Harbor LaboratoryPress)描述的方法分离、纯化含Eco2.0 rDNA探针的质粒(pEco2.0-由C.H.Newton，B.C.Research Inc.，Vancouver惠赠)并克隆进大肠杆菌中。限制酶消化
云杉的基因组DNA样品和pEco2.0都根据Hanish和McClelland的方法(Hani sh，J.等，(1988)Gene Anal.Tech.5：105)分别用合适的限制酶消化(分别是HinD III和Eco R I)。约25ng DNA在KGB缓冲液(1M谷氨酸钾，250mM的Tris-乙酸pH7.5，l00mM乙酸镁，0.5mg/ml的BSA组分5，5mM的β-硫基乙醇)中与1单位限制酶在37℃温育2小时，使用0.5M的EDTA终止反应。根据Sanbrook等(1990)描述的方法在1％的琼脂糖凝胶上分析消化物。聚合酶链式反应
根据标准的RAPD程序使用M13正向和反向引物进行PCR反应。Southern杂交
根据Sutton等(1991)使用ECL检测系统(Amersham)进行Southern印迹和Eco2.0杂交。光密度分析
使用AlphaInnotech AlphaImager 2000整理和分析系统进行放射自显影后的条带定量。使用“1-D multi”菜单，对每个条带的全部区域获取、测量和评价积分光密度(OD)和其占泳道中所有条带的百分比值。DNA测序
由大不列颠哥伦比亚大学的生物技术实验室核酸和蛋白质服务部根据标准的双脱氧核苷酸终止法进行质粒pEco2.0的末端测序。由于pEco2.0是基于pUC18载体构建的，故使用标准的M13正向和反向引物作为测序引物。结果和讨论pEco2.0的纯化和分析
图3A显示了基于pUC18的质粒pEco2.0和探针在多克隆位点(MCS)插入的插入位点的图解。在图3的B部分，提供了纯化的质粒和其消化产物的1％琼脂糖凝胶分析。泳道1为100bp分子量标准(Pharmacia-Amersham)；泳道2为纯化的pEco2.0(上面的带为超螺旋形式的质粒)；泳道3为使用限制酶Eco R I对pEco2.0进行完全消化以释放2kb酵母rDNA探针片段。分析结果表明质粒达到了足够用于制备探针和进行测序反应的纯度。图3C表示使用质粒pEco2.0作为模版和使用M13正向和反向引物进行PCR扩增的实验。图4表示来自GENBANK acc#Z73326的酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)染色体XII粘粒阅读框ORF YLR154c片段。Eco2.0探针的全序列以粗体突出显示。图5显示使用M13正向和反向引物获得的pEco2.0质粒的序列分析结果。北美云杉/interior云杉rDNA多态性的表征
为确证2kb酵母rDNA片段能够用于区分北美云杉和interior云杉物种的观点，按先前所述使用HinD III消化后的总DNA进行的Southern杂交。使用FastPrep仪器标准程序从样品树木的活组织获得基因组DNA样品。图6表示使用纯化的2.0kb rDNA探针和HinD III消化的基因组DNA样品获得的典型Southern杂交，所述基因组DNA样品取自横跨所述区带采样的树。泳道(由左至右)：森林生境1/树木4，2/5*，3/4，4/9，5/2，6/1，7/3(*树2/5不包括在分析中，因为重复的分离没有产生活的DNA)
清楚地，pEco2.0 rDNA探针检测到在北美云杉和interior树种上明显不同的云杉DNA多态区域。Interior样品在与探针进行杂交后产生强度不同的5个条带，而北美云杉样品则只产生3个条带。可诊断北美云杉的条带4和条带5，可以被用于与线粒体和叶绿体特异的DNA标记一起来明确地区分物种。然而，条带1、2和3是两物种共有的，但以不同的相对强度存在(图6)。然后条带2的光密度分析被用于评价跨区带采样的杂种树显示的渐渗程度。
为比较杂种树木的纤维特性，必须通过监视纤维特性随年龄的变化确定幼龄材：成熟材的转变点。这显示在图7中。毫不令人惊讶，幼龄材：成熟材的转变点在一定程度上取决于森林生境/杂交。然而，通过选择60-80年的年龄(图7中灰色区域)，可能直接比较这些样品。观察到的纤维长度的范围为从西部的3.34mm到东部的2.33mm(N.B.—这些纤维长度值是从生长核样品得到的，因此比实际的长木(wholelog)值小。在图8中将本研究检测的所有54株树中获得的这些长度加权纤维长度值(60-80年)对相应的纤维粗度值作图。纤维粗度，即重量与长度的比值，是细胞壁厚度的间接量度，因此是纤维可压度(collaps ibility)的一个重要参数。在一个树种中，可以预期，在长度和粗度之间应当存在正线性相关，也就是，短纤维比较细，而长纤维应当比较粗。图8证明这对于渐渗带群体是正确的，观察到有很强的正相关(Pearson系数0.74，p＝0.000)。
用于通过DNA探针技术进行基因组杂交的特定树木的纤维参数如表1。
                          表1
所采集的云杉杂种的纤维特性、条带强度和森林生境指数值
森林生境  树#  森林生境指数  纤维长度(mm)  纤维粗度(mg/m) 条带强度(U)带1   带2   带3  带4-   带5
  1   4    29   2.37    0.137   3390   843   2233   -   596
  3   4    41   2.90    0.155   3287   826   2492   -   169
  4   9   16.5   2.81    1.191   1361   2275   2509   715   1146
  5   2   20.5   nd*    nd*   -   -   -   -   -
  6   1   15.2   2.55    0.140   430   3531   2324   940   2294
  7   3   15.3   2.33    0.135   -   4237   2218   1022   2549
*因为树太年幼(55年)而不适用于分析
这些数据然后与从Southern杂交获得的条带的条带强度相比较，所得图全部显示在图9中(表2表示图9的Pearson相关矩阵)。图10显示了一个这样的纤维长度和条带强度的相关性的图。可以看出，在所有情形中，所选树的(从DNA探测)估计的遗传渐渗水平和测量的纤维特性之间存在线性关系(示例性的相关系数：纤维长度与条带2强度(不包括森林生境1异常值)为-0.876；纤维粗度与条带3强度为0.843)。表2包括森林生境1异常值点(不包括森林生境1)的图9的Pearson相关矩阵
森林生境   长度   粗度  条带1  条带2  条带3  条带4  条带5
森林生境 1.000
长度 0.308  1.000
粗度 -0.009  0.859  1.000
条带1 0.881  -0.015  -0.228  1.000
条带2 -0.874  -0.398(-0.876)  -0.134  -0.999  1.000
条带3 0.320  0.985  0.843  -0.101  -0.333  1.000
条带4 -0.946  -0.977  -0.984  -1.000  0.985  -0.994  1.000
条带5 -0.863  -0.558  -0.328  -0.937  0.973  -0.510  0.996  1.000
从图6显示的第一个印迹获得的数据被用于形成跨渐渗带的相对条带强度(积分的光密度占泳道中总信号的相对百分比)与长度加权纤维长度的相关性标准曲线，图11。然后使用七个森林生境中六个的不同样品进行第二个印迹实验，获得了相对百分比条带强度(图12)。选择条带2的强度——因为在第二个印迹上条带2是最清楚的条带并且在第一印迹上与纤维长度表现出很好的正相关——并将从每一个云杉样品获得的强度值内插至标准曲线上以预测相应树的长度加权纤维长度值。然后将预测的纤维长度值与获自对样品树木核(cores)的FQA分析的实际纤维长度值比较，比较结果在表3中给出。除一个异常，即森林生境4树5外，可以清楚地看出，基于DNA的预测分析在这特定性状上有可重复的准确性。表3使用DNA探针条带强度预测杂种云杉纤维长度
   树编号   积分的0.D.，％(条带2) 预测的纤维长度mm(印迹)   实际纤维长度mm(FQA)     差异mm
    2-4       25      2.96      2.94     +0.02
    4-5       40      2.85      3.16     -0.31
    5-8       44      2.81      2.80     +0.01
    6-4       62      2.67      2.64     +0.03
    7-9       100      2.38      2.47     -0.09
使用印迹1的条带2强度数据产生线性回归。然后用该线性回归内插印迹2条带2强度数据，得到注明的相应预测纤维长度。实际纤维长度是如文中所述从浸解的核心测定的。
现在必须进行进一步研究检验这种现象是Nass-Skeena带内特定杂种特有的，还是可以普遍适用于任何杂种，而只要构成该杂种的两个纯种之间感兴趣的性状存在显著的差异。然而，值得注意的是，在第二个印迹上(图12)，泳道2含有形态学上鉴定为从N ass-Skeena内森林生境上获得的黑云杉样品的树的基因组DNA。这个DNA在用Eco2.0探针检测时得到的条带图与来自B.C.的interior云杉样品的条带图一致，这表示该探针可能也能区分其他云杉种的杂种。
先前对interior B.C.物种如亚高山冷杉上的研究表明在65-85年的年龄类别中以森林生境指数测量的立地品质和纤维特性之间存在统计学上显著的正相关(Watson，P.A.，等，(Oct.1999)Paprican PPR1454)。在这个研究中，生物地理气候亚区，因而也是立地品质的变异是显著的，显示在表4中。
                                     表4
                                 立地品质数据
森林生境# 生物地理气候区 云杉物种* 立地品质估计 sibec森林生境指数 测量的森林生境指数
 1  CWHvm1 北美云杉 好 28  29
 2  ICHmcl  Ss x Sw 好 24  24.8
 3  CWHws1  Ss x Sw 好 32  41
 4  ICHmc2  Ss x Sw 好 21  16.5
 5  ICHmc2  Ss x Sw 中等 21  20.5
 6  SBSmc2  Sw x Se 中等 18  15.2
 7  SBSmc2  Sw x Se 中等 18  15.3
*根据野外指南的云杉物种
纤维长度(60-80年)被作为森林生境指数的函数绘于图13。显然，横跨生物地理气候区森林生境生产能力和纤维长度之间不相关，这表明这些杂种间的遗传差异掩盖了任何显著的大环境影响。
这个研究获得的结果，证实了基于核DNA的探针作为标记系统来检测一些有商业价值的森林物种间遗传杂交程度的有用性。然而更重要的是，它们还提示，这样的探针也可以以评价和预测的方式用作物种内与工业相关的木材质量参数的标记。如果发现在许多物种间可以普遍适用，DNA标记系统如这里描述的DNA标记可能成为快速评价自然种群和在种植计划实施前筛选欲采伐树木、体细胞胚等的木材质量潜力的一个有很有价值的工具。
尽管本发明是联系具体实施方案一起描述的，但应该理解，本发明能被进一步修改，而且本申请旨在包括一般地遵循本发明原理的本发明任何变化、用途、或调整，并包括不同于本公开而属于本发明所属领域已知或常规实践内，可具有上文所述基本特征及落在以下权利要求书的范围内的那些内容。

Claims (28)

1、鉴定能表达希望的生物学和/或生物化学表型的树木谱系的方法，包含以下步骤：
a)从纯种和/或其杂种的树木中获得核酸样品；
b)通过将步骤a)的所述核酸样品用至少一种限制酶处理获得限制性片段的限制图谱，其中所述限制酶使纯种和/或其杂种的所述限制图谱之间的差异最大化；
c)通过将步骤b)的处理过的核酸样品与至少一个标记的探针作用，使所述探针和所述核酸样品间互补杂交，来显现步骤b)的所述限制图谱，其中所述探针允许检测杂交程度和/或纯种和/或其杂种树木间的所述限制性片段的不同强度；和
d)将步骤c)的所述限制图谱和/或限制性片段强度与所述树木的至少一种选择的生物学和生物化学表型相关联，其中所述表型和与所述表型相关联的遗传座位相联系。
2、根据权利要求1的方法，其中步骤d)的所述相关联进一步包括预测所述限制图谱和/或限制性片段强度与所述表型之间关系的标准曲线。
3、根据权利要求1的方法，其中所述核酸样品选自DNA和RNA。
4、根据权利要求1的方法，其中所述纯种和/或其杂种的树木是自然或人工产生的。
5、根据权利要求1的方法，其中步骤a)的所述核酸样品获自叶、形成层、根、芽、茎、木栓、韧皮部或木质部。
6、根据权利要求1的方法，其中所述树木属于云杉属(Picea)。
7、根据权利要求1的方法，其中所述树木属于杨属(Populus)、桦木属(Betula)、冷杉属(Abies)、落叶松属(Larix)、红豆杉属(Taxus)、榆属(Ulmus)、李属(Prunus)、栎属(Quercus)、苹果属(Malus)、草莓树属(Arbutus)、柳属(Salix)、悬铃木属(Platanus)、槭属(Acer)、铁杉属(Tsuga)、黄杉属(Pseudotsuga)、松属(Pinus)、梣属(Fraxinus)、桉属(Eucalyptus)、金合欢属(Acacia)、相思子属(Abrus)、柏木属(Cupressus)、水青冈属(Fagus)、刺柏属(Jun iperus)、崖柏属(Thuja)或Canya。
8、根据权利要求1的方法，其中所述步骤c)进一步包括对所述限制性片段强度的测量。
9、根据权利要求1的方法，其中所述生物的或生物化学的表型选自纤维长度、木材密度、纤维崩散性、纤维粗度、细胞壁厚度、生长速率、木质素含量、愈创木基木质素含量、丁香基木质素含量、碳水化合物含量、牛皮纸浆产率、机械纸浆能量需要、化学制浆的化学药品摄取、提取物含量和提取化合物。
10、根据权利要求1的方法，其中所述的探针是Eco2.0。
11、通过将来自纯种和/或其杂种的树木的核酸样品用至少一种限制酶处理获得的限制性片段图谱在鉴定能表达期望的生物学或者生物化学表型的树木谱系中的用途，其中所述限制酶使纯种和/或其杂种的所述限制片段图谱之间的差异最大化。
12、根据权利要求11的用途，其中所述核酸样品选自DNA和RNA。
13、根据权利要求11的用途，其中所述纯种和/或其杂种的树木是自然或人工产生的。
14、根据权利要求11的用途，其中步骤a)的所述核酸样品获自叶、形成层、根、芽、茎、木栓、韧皮部或木质部。
15、根据权利要求11的用途，其中所述树木属于云杉属(Picea)。
16、根据权利要求11的用途，其中所述树木属于杨属(Populus)、桦木属(Betula)、冷杉属(Abies)、落叶松属(Larix)、红豆杉属(Taxus)、榆属(Ulmus)、李属(Prunus)、栎属(Quercus)、苹果属(Malus)、草莓树属(Arbutus)、柳属(Salix)、悬铃木属(Platanus)、槭属(Acer)、铁杉属(Tsuga)、黄杉属(Pseudotsuga)、松属(Pinus)、梣属(Fraxinus)、桉属(Eucalyptus)、金合欢属(Acacia)、相思子属(Abrus)、柏木属(Cupressus)、水青冈属(Fagus)、刺柏属(Juniperus)、崖柏属(Thuja)或Canya。
17、根据权利要求11的用途，其中所述生物的或生物化学的表型选自纤维长度、木材密度、纤维崩散性、纤维粗度、细胞壁厚度、生长速率、木质素含量、愈创木基木质素含量、丁香基木质素含量、碳水化合物含量、牛皮纸浆产率、机械纸浆能量需要、化学制浆的化学药品摄取、提取物含量和提取化合物。
18、Eco2.0探针作为标记来预测纯种和/或其杂种的树木样品的木材或纤维质量的用途。
19、根据权利要求18的用途，其中所述的纯种和/或其杂种树木是自然或人工产生的。
20、根据权利要求18的用途，其中所述树木属于云杉属(Picea)。
21、根据权利要求18的用途，其中所述树木属于杨属(Populus)、桦木属(Betula)、冷杉属(Abies)、落叶松属(Larix)、红豆杉属(Taxus)、榆属(Ulmus)、李属(Prunus)、栎属(Quercus)、苹果属(Malus)、草莓树属(Arbutus)、柳属(Salix)、悬铃木属(Platanus)、槭属(Acer)、铁杉属(Tsuga)、黄杉属(Pseudotsuga)、松属(Pinus)、梣属(Fraxinus)、桉属(Eucalyptus)、金合欢属(Acacia)、相思子属(Abrus)、柏木属(Cupressus)、水青冈属(Fagus)、刺柏属(Juniperus)、崖柏属(Thuja)或Canya。
22、根据权利要求18的用途，其中所述生物的或生物化学的表型选自纤维长度、木材密度、纤维崩散性、纤维粗度、细胞壁厚度、生长速率、木质素含量、愈创木基木质素含量、丁香基木质素含量、碳水化合物含量、牛皮纸浆产率、机械纸浆能量需要、化学制浆的化学药品摄取、提取物含量和提取化合物。
23、筛选各种表型的大量树木的方法，包括以下步骤：
a)表征具有不同杂交程度的至少两株树的木材质量；
b)从所述树建立用于预测限制图谱和表型之间关系的标准曲线；
c)评价大量自然种间杂种的大量杂交标记的限制图谱；
d)将所述杂种的所述限制图谱和所述标准曲线比较，来推断所述杂种的表型；和
e)根据预测的表型收获所述杂种。
24、生产大量具有可预测的、一致的和/或增强的木材或者纤维质量特性的克隆树木的方法，包括以下步骤：
a)表征具有不同杂交程度的至少两株树的木材质量；
b)从所述树建立用于预测限制图谱和表型之间关系的标准曲线；
c)评价大量自然种间杂种的大量杂交标记的限制图谱；
d)将所述杂种的所述限制图谱和所述标准曲线比较，来推断所述杂种的表型；
e)通过实施异花传粉或者体细胞胚胎发生从所述亲代树木获得大量后代树木；和
f)繁殖在步骤e)获得的所述后代树木的体细胞胚来产生大量克隆的树木，基本上所有所述的克隆树木都有可预测的、一致的和/或增强的木材或者纤维质量特性。
25、根据权利要求23的方法，其中所述亲代树木是自然或人工产生的。
26、根据权利要求23的方法，其中所述亲代树木属于云杉属(Picea)。
27、根据权利要求23的方法，其中所述树木属于杨属(Populus)、桦木属(Betula)、冷杉属(Abies)、落叶松属(Larix)、红豆杉属(Taxus)、榆属(Ulmus)、李属(Prunus)、栎属(Quercus)、苹果属(Malus)、草莓树属(Arbutus)、柳属(Salix)、悬铃木属(Platanus)、槭属(Acer)、铁杉属(Tsuga)、黄杉属(Pseudotsuga)、松属(Pinus)、梣属(Fraxinus)、桉属(Eucalyptus)、金合欢属(Acacia)、相思子属(Abrus)、柏木属(Cupressus)、水青冈属(Fagus)、刺柏属(Juniperus)、崖柏属(Thuja)或Canya。
28、通过权利要求23、24、25、26或27的方法产生的具有增强的木材或纤维特性的克隆树木的植物群丛，所述树木的基因组包含限制图谱，所述限制图谱是与所述增强的木材或纤维特性相关的相同限制图谱。
CN01811588A 2000-06-23 2001-06-21 一种基于核酸的树表型预测方法 Pending CN1451049A (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US21358500P 2000-06-23 2000-06-23
US60/213,585 2000-06-23

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN1451049A true CN1451049A (zh) 2003-10-22

Family

ID=22795673

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN01811588A Pending CN1451049A (zh) 2000-06-23 2001-06-21 一种基于核酸的树表型预测方法

Country Status (5)

Country Link
EP (1) EP1326999A2 (zh)
CN (1) CN1451049A (zh)
AU (1) AU2001270387A1 (zh)
CA (1) CA2412852A1 (zh)
WO (1) WO2002004663A2 (zh)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102676649A (zh) * 2012-02-29 2012-09-19 西北大学 白皮松父系鉴定方法
CN103026361A (zh) * 2010-06-03 2013-04-03 先正达参股股份有限公司 用于预测未观察到的表型（pup）的方法和组合物
CN103279636A (zh) * 2013-04-10 2013-09-04 北京林业大学 一种树木年龄的测算技术
CN109727640A (zh) * 2019-01-22 2019-05-07 袁隆平农业高科技股份有限公司 基于自动机器学习技术的全基因组预测方法及装置

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105274103B (zh) * 2015-11-22 2018-05-25 保琦蓓 一种鉴别汉麻、苎麻、亚麻原麻纤维种类的pcr引物组以及pcr鉴别方法
CN106811513B (zh) * 2015-12-01 2020-12-01 中华人民共和国上海出入境检验检疫局 桉树成分实时荧光pcr检测方法及其试剂盒
CN108467900B (zh) * 2017-02-23 2020-03-10 北京林业大学 一种联合利用lncRNA及其靶基因筛选杨树生长性状的方法、试剂盒及应用
CN114486416A (zh) * 2021-12-24 2022-05-13 华东师范大学 一种基于植物经济型谱的腐木分解速率的检测方法

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU1682595A (en) * 1994-01-21 1995-08-08 North Carolina State University Methods for within family selection in woody perennials using genetic markers

Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103026361A (zh) * 2010-06-03 2013-04-03 先正达参股股份有限公司 用于预测未观察到的表型（pup）的方法和组合物
CN103026361B (zh) * 2010-06-03 2016-09-14 先正达参股股份有限公司 用于预测未观察到的表型（pup）的方法和组合物
CN102676649A (zh) * 2012-02-29 2012-09-19 西北大学 白皮松父系鉴定方法
CN102676649B (zh) * 2012-02-29 2014-06-04 西北大学 白皮松父系鉴定方法
CN103279636A (zh) * 2013-04-10 2013-09-04 北京林业大学 一种树木年龄的测算技术
CN103279636B (zh) * 2013-04-10 2016-03-02 北京林业大学 一种确定树木年龄的方法
CN109727640A (zh) * 2019-01-22 2019-05-07 袁隆平农业高科技股份有限公司 基于自动机器学习技术的全基因组预测方法及装置

Also Published As

Publication number Publication date
WO2002004663A3 (en) 2003-05-01
CA2412852A1 (en) 2002-01-17
WO2002004663A2 (en) 2002-01-17
AU2001270387A1 (en) 2002-01-21
EP1326999A2 (en) 2003-07-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Teh et al. Genome-wide association study identifies three key loci for high mesocarp oil content in perennial crop oil palm
Robbins et al. Mapping and linkage disequilibrium analysis with a genome-wide collection of SNPs that detect polymorphism in cultivated tomato
Chen et al. Genetic diversity, population structure, and linkage disequilibrium of a core collection of Ziziphus jujuba assessed with genome-wide SNPs developed by genotyping-by-sequencing and SSR markers
Kordrostami et al. Molecular markers in plants: concepts and applications
Perez‐Jiménez et al. Analysis of genetic diversity of southern Spain fig tree (Ficus carica L.) and reference materials as a tool for breeding and conservation
Hvarleva et al. Genotyping of Bulgarian Vitis vinifera L. cultivars by microsatellite analysis
CN110724758B (zh) 一种基于snp标记鉴定京农科728玉米杂交种纯度的方法
Carimi et al. Intra-varietal genetic diversity of the grapevine (Vitis vinifera L.) cultivar ‘Nero d’Avola’as revealed by microsatellite markers
US20210285063A1 (en) Genome-wide maize snp array and use thereof
Villano et al. Use of SSR and retrotransposon-based markers to interpret the population structure of native grapevines from southern Italy
CN110872633A (zh) 一种基于snp标记鉴定京科968玉米杂交种纯度的方法
CN110777216B (zh) 一种基于snp标记鉴定京科糯2000玉米杂交种纯度的方法
CN1451049A (zh) 一种基于核酸的树表型预测方法
CN104293774A (zh) 杨树CesAs基因内与木材品质性状显著关联的功能SSR标记、其应用及试剂盒
WO2014129885A1 (en) Method for identification of molecular markers linked to height increment
Vetriventhan et al. Population structure and linkage disequilibrium of ICRISAT foxtail millet (Setaria italica (L.) P. Beauv.) core collection
Boban et al. DNA fingerprinting: An overview on genetic diversity studies in the botanical taxa of Indian Bamboo
Vieira et al. Diversity and genetic structure of Astronium concinnum Schott ex Spreng. in conservation units
Xin-Hua et al. Assessment of the genetic relationship and diversity of mango and its relatives by cpISSR marker
Jakše et al. Application of microsatellite markers in grapevine and olives
Alam et al. Genetic diversity analysis of rice (Oryza sativa L.) landraces through RAPD markers
Millar et al. A rapid PCR-based diagnostic test for the identification of subspecies of Acacia saligna
CN111607659A (zh) 与苎麻原麻半纤维素含量关联的snp分子标记及其应用
US20030134311A1 (en) Nucleic acid-based method for tree phennotype prediction
CN110257551A (zh) 一套用于构建桃dna指纹图谱的ssr引物、应用及构建方法

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C02 Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001)
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication