CN117897484A - 反义寡核苷酸及其用于治疗神经退行性障碍的用途 - Google Patents

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CN117897484A CN202280045361.0A CN202280045361A CN117897484A CN 117897484 A CN117897484 A CN 117897484A CN 202280045361 A CN202280045361 A CN 202280045361A CN 117897484 A CN117897484 A CN 117897484A
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C·伊斯利-尼尔
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方家范
王渊
P·维姆拉
李静花
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Abstract

披露了在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的新反义寡核苷酸,以及它们在治疗神经退行性疾病如阿尔茨海默病方面的用途。

Description

反义寡核苷酸及其用于治疗神经退行性障碍的用途
本申请要求以下项的优先权权益:2021年4月28日提交的美国临时申请号63/181,023;2022年3月16日提交的美国临时申请号63/320,651;2022年4月25日提交的美国临时申请号63/334,496;将其各自的全文通过引用并入本文。
本文披露了可以在前mRNA剪接过程中诱导外显子跳跃的新型反义寡核苷酸(″ASO″)、包含其的药物组合物及其使用方法。
神经退行性障碍是以中枢神经系统和周围神经系统结构和功能衰退为特征的一组障碍。虽然神经退行性障碍表现出异质性的症状,但它们可以具有相似的特征。一种神经退行性疾病(阿尔茨海默病),是神经退行性障碍,其特征在于淀粉样蛋白β斑块积聚和神经原纤维缠结。其也是痴呆的主要原因。尽管罕见的家族性阿尔茨海默病的一些病例涉及淀粉样蛋白β前体蛋白的常染色体显性突变,但大多数病例是迟发型阿尔茨海默病(LOAD),不遵循孟德尔遗传模式。虽然LOAD的机制尚不完全清楚,但全基因组关联研究已经鉴定出LOAD的遗传风险因素。科学家们已经证明了这些基因影响淀粉样蛋白β斑块的产生、聚集、或清除的能力。一个这样的基因是CD33,也称为Siglec-3。Griciuc等人,Alzheimer’sDisease Risk Gene CD33 Inhibits Microglial Uptake of Amyloid Beta[阿尔茨海默病风险基因CD33抑制淀粉样蛋白β的小胶质细胞摄取],78Neuron[神经元]631(2013)。
CD33在髓源性细胞(包括巨噬细胞如小胶质细胞)中表达,并编码CD33蛋白。小胶质细胞占脑中细胞的大约10%,并且代表免疫防御的第一道防线。小胶质细胞调节脑中的几种重要活动,如稳态、认知和神经发生。Augusto-Oliveira等人,What Do MicrogliaReally Do in Healthy Adult Brain?[小胶质细胞在健康成人脑中真正起什么作用?],8Cells[细胞]1293(2019)。已知小胶质细胞通过在中枢神经系统中释放促炎物质而导致神经变性。Wojtera等人,Microglial cells in neurodegenerative disorders[神经退行性障碍中的小胶质细胞],43 Folia Neuropathology[神经病理学学报]311(2005)。
CD33是一种跨膜受体蛋白,其具有结合配体唾液酸的细胞外受体。细胞内免疫受体基于酪氨酸的抑制基序在其酪氨酸残基磷酸化后募集磷酸酶,从而导致免疫细胞活性(如吞噬作用)的抑制。已发现CD33抑制淀粉样蛋白β蛋白的小胶质细胞摄取,这表明靶向CD33的疗法可能是潜在的LOAD治疗选择。Griciuc等人,Alzheimer’s Disease Risk GeneCD33 Inhibits Microglial Uptake of Amyloid Beta[阿尔茨海默病风险基因CD33抑制淀粉样蛋白β的小胶质细胞摄取],78Neuron[神经元]631(2013)。
CD33基因的启动子区中的两个单核苷酸多态性(SNP)与LOAD相关:rs3826656和rs3865444。rs3865444SNP有两种形式,rs3865444-C和rs3865444-A。第一种形式产生正常长度的CD33蛋白。第二种形式,rs3865444-A,调节CD33前mRNA的剪接,从而导致外显子2和缺乏唾液酸结合结构域的CD33蛋白的跳跃。Malik等人,CD33 Alzheimer’s Risk-AlteringPolymorphism,CD33 Expression,and Exon 2 Splicing[CD33阿尔茨海默病风险改变多态性、CD33表达和外显子2剪接],33J.Neuroscience[神经科学杂志]13320(2013)。
在含有编码(外显子)和非编码(内含子)序列的真核基因中,非编码内含子从前mRNA转录物中切除,并且编码外显子被剪接在一起以形成mRNA。如果内含子留在最终的mRNA转录物中,或者外显子被遗漏,则mRNA阅读框可能在mRNA的翻译过程中被破坏。这可能导致无功能多肽序列或提前终止密码子。可替代剪接使剪接过程更加复杂,在可替代剪接中,相同的前mRNA序列可以剪接成不同的外显子组合,以形成多个mRNA序列。
前mRNA的剪接是一个复杂的过程,其涉及一种称为剪接体的多兆道尔顿的核糖核蛋白复合体。剪接体识别前mRNA中的特定序列,以精确地切除内含子并连接外显子。剪接体使用三个保守的RNA序列在两个酯交换反应中催化内含子切除。这些RNA序列是5′剪接位点、3′剪接位点和分支位点。Will和Luhrmann,Spliceosome Structure and Function[剪接体的结构和功能],3Cold Spring Harb.Perspect.Biol.[冷泉港生物学视角]1(2011)。
剪接从分支位点的2′OH基团经由亲核攻击结合到5′剪接位点开始,从而引起5′外显子在5′剪接位点处的裂解并形成套索。然后5′外显子的3′OH基团在3′剪接位点处攻击3′外显子,从而连接5′和3′外显子并切割内含子套索。Will和Luhrmann,SpliceosomeStructure and Function[剪接体的结构和功能],3Cold Spring Harb.Perspect.Biol.[冷泉港生物学视角]1(2011)。因为剪接过程涉及剪接体识别位点,5′和3′剪接位点以及分支位点,因此这些位点中任一个的突变都可能破坏剪接过程。
ASO是设计用于特异性结合靶核苷酸序列的多核苷酸,从而影响基因表达的一个或多个方面,如转录、剪接、稳定性和/或翻译。ASO可以针对RNA或DNA。针对RNA的ASO可以与靶mRNA序列结合,从而影响mRNA稳定性或核糖体上的翻译。
与前mRNA转录物中的靶序列结合的ASO可以影响剪接过程。在一些情况下,ASO可以用于诱导前mRNA剪接过程中的外显子跳跃。例如,杜氏肌营养不良症(DMD)是由翻译过程中改变肌营养不良蛋白mRNA的阅读框,从而产生提前终止密码子和截短肌营养不良蛋白的突变引起的。ASO可以用于通过在剪接过程中诱导外显子的跳跃来修正阅读框。去除正确碱基对数量的外显子导致较短的mRNA转录物,但阅读框架可能是正确的。因为肌营养不良蛋白RNA由79个外显子组成,因此在剪接过程中跳跃一个或几个外显子仍产生部分功能蛋白。Echigoya等人,Multiple Exon Skipping in the Duchenne Muscular Dystrophy HotSpots:Prospects and Challenges[杜氏肌营养不良症热点中的多外显子跳跃:前景与挑战],8J.Pers.Med.[个性化医学杂志]41(2018)。FDA于2016年批准了一种名为Exondys 51(依特立生(eteplirsen))的外显子跳跃药物用于治疗DMD。Dowling,Eteplirsen therapyfor Duchenne muscular dystrophy:skipping to the front of the line[杜氏肌营养不良症的依特立生疗法:跃居一线],12Nature Rev.Neurology[自然评论神经学]675(2016)。
在其他情况下,ASO可以用于防止或减少前mRNA剪接过程中的外显子跳跃。例如,ASO药物诺西那生钠(nusinersen)()在SMN2基因的剪接过程中减少外显子7的跳跃,以治疗脊髓性肌萎缩症。Son和Yokota,Recent Advances and ClinicalApplications of Exon Inclusion for Spinal Muscular Atrophy[用于脊髓性肌萎缩症的外显子包含的研究进展及临床应用],于Exon Skipping&Inclusion Therapies[外显子跳跃和内含疗法],57-68(2018)中。诱导CD33的外显子2跳跃的rs3865444-A变体提供抗LOAD保护作用。Malik等人,CD33 Alzheimer’s Risk-Altering Polymorphism,CD33Expression,and Exon 2 Splicing[CD33阿尔茨海默病风险改变多态性、CD33表达和外显子2剪接],33J.Neuroscience[神经科学杂志]13320(2013)。然而,仍需要在CD33的前mRNA剪接过程中成功诱导外显子2跳跃的ASO,以及它们在治疗神经退行性疾病方面的用途。
本文披露了ASO、使用这种ASO在前mRNA剪接过程中诱导外显子跳跃的方法、包含这种ASO的药物组合物以及使用这种组合物治疗神经退行性疾病的方法。
在一些实施例中,本文披露了一种长度为16-30,如18-30个核苷酸的反义寡核苷酸,其与SEQ ID NO:1的一部分互补。在一些实施例中,反义寡核苷酸与以下的一部分互补:SEQ ID NO:213;SEQ ID NO:214;SEQ ID NO:215;SEQ ID NO:216;SEQ ID NO:217;SEQ IDNO:218;SEQ ID NO:219;和/或SEQ ID NO:220。在一些实施例中,反义寡核苷酸具有35%或更高的CD33外显子2跳跃效率。在一些实施例中,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。在一些实施例中,根据ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸的外显子2跳跃效率为30%或更高。在一些实施例中,当反义寡核苷酸包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物时,根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,或者当反义寡核苷酸包含甲氧基乙基核糖寡聚物时,根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
在一些实施例中,反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.PMO-002(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:2);
b.PMO-003(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:3);
c.PMO-036(5′-TTGTAACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:36);
d.PMO-037(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCC-3′)(SEQ ID NO:37);
e.PMO-004(5′-ATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCCG-3′)(SEQ ID NO:4);
f.PMO-038(5′-GTACTTCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:38);
g.PMO-039(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:39);
h.PMO-005(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:5);
i.PMO-082(5′-TAGTAGGGTATGGGATGGAAGAAAG-3′)(SEQ ID NO:82);
j.PMO-083(5′-GGGTATGGGATGGAAGAAAGTGCAG-3′)(SEQ ID NO:83);
k.PMO-006(5′-TGGGATGGAAGAAAGTGCAGGGCAC-3′)(SEQ ID NO:6);
l.PMO-096(5′-ACTTGCAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:96);
m.PMO-007(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCATAGCC-3′)(SEQ ID NO:7);
n.PMO-097(5′-AGAAATTTGGATCCATAGCCAGGGC-3′)(SEQ ID NO:97);
o.PMO-008(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:8);
p.MOE-009(5′-CACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:9);
q.MOE-128(5′-GCACAGAGAGCTGGGGAGAT-3′)(SEQ ID NO:128);
r.MOE-010(5′-GAGAGCTGGGGAGATTTGTA-3′)(SEQ ID NO:10);
s.MOE-132(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:132);
t.MOE-135(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:135);
u.MOE-011(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:11);
v.MOE-012(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);
w.MOE-136(5′-AAAGAAGTATGAACCATTAT-3′)(SEQ ID NO:136)
x.MOE-013(5′-ATGCTCAGGGAGCAGTTGTT-3′)(SEQ ID NO:13);
y.MOE-014(5′-GAGTCTCCTCCTGTACTTCT-3′)(SEQ ID NO:14);
z.MOE-015(5′-CGCACAAACCCTCCTGTACC-3′)(SEQ ID NO:15);
aa.MOE-183(5′-AAACCCTCCTGTACCGTCAC-3′)(SEQ ID NO:183);
bb.MOE-184(5′-CTCCTGTACCGTCACTGACT-3′)(SEQ ID NO:184);
cc.MOE-190(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:190);
dd.MOE-196(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGT-3′)(SEQ ID NO:196);或
ee.MOE-197(5′-TGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:197)。
在一些实施例中,反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.PMO-221(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:221);
b.PMO-222(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:222);
c.PMO-223(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGA-3′)(SEQ ID NO:223);
d.PMO-224(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);
e.PMO-225(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:225);
f.PMO-226(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:226);
g.PMO-227(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAGCT-3′)(SEQ ID NO:227);
h.PMO-228(5′-CCTGTGCCTCACCTGTCACATGCAC-3′)(SEQ ID NO:228);
i.PMO-229(5′-GTGCCTCACCTGTCACATGCACAGA-3′)(SEQ ID NO:229);
j.PMO-230(5′-TGCCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:230);
k.PMO-231(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGAGC-3′)(SEQ ID NO:231);
l.PMO-232(5′-CACCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:232);
m.PMO-233(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:233);
n.PMO-234(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGGGG-3′)(SEQ ID NO:234);
o.PMO-235(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:235);
p.PMO-236(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:236);
q.PMO-237(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:237);
r.PMO-238(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:238);
s.PMO-239(5′-TCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:239);
t.PMO-240(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:240);
u.PMO-241(5′-CTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCA-3′)(SEQ ID NO:241);
v.PMO-242(5′-TGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCAT-3′)(SEQ ID NO:242);
w.PMO-243(5′-GTATTTGGTACTTCCTCTCTCCATC-3′)(SEQ ID NO:243);
x.PMO-244(5′-TATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCC-3′)(SEQ ID NO:244);
y.PMO-324(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式(Stereopattern):RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR
z.PMO-424(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
aa.PMO-402(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或
bb.PMO-502(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
在一些实施例中,反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.MOE-245(5′-CTCCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:245);
b.MOE-246(5′-TCCATCCGAAAGAAGTATGA-3′)(SEQ ID NO:246);
c.MOE-247(5′-CCATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:247);
d.MOE-248(5′-CATCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:248);
e.MOE-249(5′-TCCGAAAGAAGTATGAACCA-3′)(SEQ ID NO:249);
f.MOE-250(5′-CCGAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:250);
g.MOE-251(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:251);
h.MOE-252(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
i.MOE-253(5′-TCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:253);
j.MOE-254(5′-CCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:254);
k.MOE-255(5′-TCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:255);
l.MOE-256(5′-GAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:256);
m.MOE-257(5′-ATC-CGAAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:012);
n.MOE-258(5′-ATCC-GAAAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
o.MOE-259(5′-ATCCG-AAAGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
p.MOE-260(5′-ATCCG-AAAGAAGTA-TGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
q.MOE-261(5′-ATCC-GAAAGA-AGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
r.MOE-262(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
s.MOE-263(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
t.MOE-264(5′-ATCC-gAAAGAaGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
u.MOE-265(5′-CCGA-aAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
v.MOE-266(5′-CCGA-aAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
w.MOE-267(5′-CCGA-aAGAAGtATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
x.MOE-268(5′-CCG-AAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
y.MOE-269(5′-CCGA-AAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
z.MOE-270(5′-CCGAA-AGAA-GTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
aa.MOE-271(5′-CCGAA-AGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
bb.MOE-272(5′-CCG-A-AAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
cc.MOE-273(5′-CCG-AA-AGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
dd.MOE-274(5′-CCGAAAGAAGTATG-A-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
ee.MOE-275(5′-mAmTfCfCfGfAfAfAfGfAfAfGfTfAfTfGfAfAmCmC-3′)(SEQ ID NO:012);
ff.MOE-276(5′-fAfTfCfCfGmAmAmAmGmAmAmGmTmAfTfGfAfAfCfC-3′)(SEQ ID NO:012);
gg.MOE-277(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;
hh.MOE-278(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;
ii.MOE-279(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;
jj.MOE-280(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;
kk.MOE-281(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;
ll.MOE-282(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;
mm.MOE-283(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;
nn.MOE-284(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;
oo.MOE-285(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;
pp.MOE-286(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSSS;
qq.MOE-287(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;
rr.MOE-288(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;
ss.MOE-289(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;
tt.MOE-290(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;
uu.MOE-291(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;
vv.MOE-292(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;
ww.MOE-293(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;
xx.MOE-294(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;
yy.MOE-295(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;
zz.MOE-296(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;
aaa.MOE-297(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;
bbb.MOE-298(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;
ccc.MOE-299(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;
ddd.MOE-300(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;
eee.MOE-301(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;
fff.MOE-303(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;
ggg.MOE-304(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;
hhh.MOE-305(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;
iii.MOE-306(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;
jjj.MOE-307(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;
kkk.MOE-308(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;
lll.MOE-309(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;
mmm.MOE-310(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或
nnn.MOE-311(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252)。立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
在一些实施例中,反义寡核苷酸包含经修饰的糖部分。在一些实施例中,经修饰的糖部分包含2′-O-甲氧基乙基核糖(2′-O-MOE)。在一些实施例中,经修饰的糖部分包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物(PMO)。在一些实施例中,反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键合。在一些实施例中,非天然核苷酸间键合是立体纯的。在一些实施例中,非天然核苷酸间键合都是Sp。在一些实施例中,非天然核苷酸间键合都是Rp。在一些实施例中,非天然核苷酸间键合独立地选自Sp和Rp,即每个核苷酸间键合独立地选择为Sp或Rp。在一些实施例中,非天然核苷酸间键合是立体无规的。在一些实施例中,反义寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
本文还提供了一种包含反义寡核苷酸和任选的药学上可接受的载体或赋形剂的组合物。
在一些实施例中,本披露内容提供了一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中核酸分子是与SEQ ID NO:1的一部分互补的反义寡核苷酸,其中寡核苷酸与CD33基因的靶区域杂交,其中寡核苷酸在CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。在一些实施例中,反义寡核苷酸与以下的一部分互补:SEQ ID NO:213;SEQ ID NO:214;SEQ ID NO:215;SEQ ID NO:216;SEQ ID NO:217;SEQ ID NO:218;SEQ ID NO:219;和/或SEQ ID NO:220。在一些实施例中,反义寡核苷酸的外显子2跳跃效率为30%或更高。在一些实施例中,根据ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸的外显子2跳跃效率为30%或更高。在一些实施例中,标准外显子跳跃效率测定在反义寡核苷酸包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物时,是PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,或者在反义寡核苷酸包含甲氧基乙基核糖寡聚物时,是MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定。
在一些实施例中,本披露内容提供了一种诱导上述CD33基因中外显子2跳跃的方法,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.PMO-002(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:2);
b.PMO-003(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:3);
c.PMO-036(5′-TTGTAACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:36);
d.PMO-037(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCC-3′)(SEQ ID NO:37);
e.PMO-004(5′-ATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCCG-3′)(SEQ ID NO:4);
f.PMO-038(5′-GTACTTCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:38);
g.PMO-039(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:39);
h.PMO-005(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:5);
i.PMO-082(5′-TAGTAGGGTATGGGATGGAAGAAAG-3′)(SEQ ID NO:82);
j.PMO-083(5′-GGGTATGGGATGGAAGAAAGTGCAG-3′)(SEQ ID NO:83);
k.PMO-006(5′-TGGGATGGAAGAAAGTGCAGGGCAC-3′)(SEQ ID NO:6);
l.PMO-096(5′-ACTTGCAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:96);
m.PMO-007(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCATAGCC-3′)(SEQ ID NO:7);
n.PMO-097(5′-AGAAATTTGGATCCATAGCCAGGGC-3′)(SEQ ID NO:97);
o.PMO-008(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:8);
p.MOE-009(5′-CACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:9);
q.MOE-128(5′-GCACAGAGAGCTGGGGAGAT-3′)(SEQ ID NO:128);
r.MOE-010(5′-GAGAGCTGGGGAGATTTGTA-3′)(SEQ ID NO:10);
s.MOE-132(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:132);
t.MOE-135(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:135);
u.MOE-011(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:11);
v.MOE-012(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);
w.MOE-136(5′-AAAGAAGTATGAACCATTAT-3′)(SEQ ID NO:136);
x.MOE-013(5′-ATGCTCAGGGAGCAGTTGTT-3′)(SEQ ID NO:13);
y.MOE-014(5′-GAGTCTCCTCCTGTACTTCT-3′)(SEQ ID NO:14);
z.MOE-0 15(5′-CGCACAAACCCTCCTGTACC-3′)(SEQ ID NO:15);
aa.MOE-183(5′-AAACCCTCCTGTACCGTCAC-3′)(SEQ ID NO:183);
bb.MOE-184(5′-CTCCTGTACCGTCACTGACT-3′)(SEQ ID NO:184);
cc.MOE-190(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:190);
dd.MOE-196(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGT-3′)(SEQ ID NO:196);或
ee.MOE-197(5′-TGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:197)。
在一些实施例中,本披露内容提供了一种诱导上述CD33基因中外显子2跳跃的方法,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.PMO-221(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:221);
b.PMO-222(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:222);
c.PMO-223(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGA-3′)(SEQ ID NO:223);
d.PMO-224(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);
e.PMO-225(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:225);
f.PMO-226(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:226);
g.PMO-227(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAGCT-3′)(SEQ ID NO:227);
h.PMO-228(5′-CCTGTGCCTCACCTGTCACATGCAC-3′)(SEQ ID NO:228);
i.PMO-229(5′-GTGCCTCACCTGTCACATGCACAGA-3′)(SEQ ID NO:229);
j.PMO-230(5′-TGCCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:230);
k.PMO-231(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGAGC-3′)(SEQ ID NO:231);
l.PMO-232(5′-CACCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:232);
m.PMO-233(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:233);
n.PMO-234(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGGGG-3′)(SEQ ID NO:234);
o.PMO-235(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:235);
p.PMO-236(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:236);
q.PMO-237(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:237);
r.PMO-238(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:238);
s.PMO-239(5′-TCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:239);
t.PMO-240(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:240);
u.PMO-241(5′-CTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCA-3′)(SEQ ID NO:241);
v.PMO-242(5′-TGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCAT-3′)(SEQ ID NO:242);
w.PMO-243(5′-GTATTTGGTACTTCCTCTCTCCATC-3′)(SEQ ID NO:243);
x.PMO-244(5′-TATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCC-3′)(SEQ ID NO:244);
y.PMO-324(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR
z.PMO-424(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
aa.PMO-402(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或
bb.PMO-502(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
在一些实施例中,本披露内容提供了一种诱导上述CD33基因中外显子2跳跃的方法,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.MOE-245(5′-CTCCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:245);
b.MOE-246(5′-TCCATCCGAAAGAAGTATGA-3′)(SEQ ID NO:246);
c.MOE-247(5′-CCATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:247);
d.MOE-248(5′-CATCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:248);
e.MOE-249(5′-TCCGAAAGAAGTATGAACCA-3′)(SEQ ID NO:249);
f.MOE-250(5′-CCGAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:250);
g.MOE-251(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:251);
h.MOE-252(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
i.MOE-253(5′-TCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:253);
j.MOE-254(5′-CCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:254);
k.MOE-255(5′-TCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:255);
l.MOE-256(5′-GAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:256);
m.MOE-257(5′-ATC-CGAAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:012);
n.MOE-258(5′-ATCC-GAAAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
o.MOE-259(5′-ATCCG-AAAGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
p.MOE-260(5′-ATCCG-AAAGAAGTA-TGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
q.MOE-261(5′-ATCC-GAAAGA-AGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
r.MOE-262(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
s.MOE-263(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
t.MOE-264(5′-ATCC-gAAAGAaGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
u.MOE-265(5′-CCGA-aAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
v.MOE-266(5′-CCGA-aAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
w.MOE-267(5′-CCGA-aAGAAGtATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
x.MOE-268(5′-CCG-AAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
y.MOE-269(5′-CCGA-AAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
z.MOE-270(5′-CCGAA-AGAA-GTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
aa.MOE-271(5′-CCGAA-AGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
bb.MOE-272(5′-CCG-A-AAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
cc.MOE-273(5′-CCG-AA-AGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
dd.MOE-274(5′-CCGAAAGAAGTATG-A-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
ee.MOE-275(5′-mAmTfCfCfGfAfAfAfGfAfAfGfTfAfTfGfAfAmCmC-3′)(SEQ ID NO:012);
ff.MOE-276(5′-fAfTfCfCfGmAmAmAmGmAmAmGmTmAfTfGfAfAfCfC-3′)(SEQ ID NO:012);
gg.MOE-277(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;
hh.MOE-278(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;
ii.MOE-279(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;
jj.MOE-280(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;
kk.MOE-281(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;
ll.MOE-282(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;
mm.MOE-283(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;
nn.MOE-284(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;
oo.MOE-285(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;
pp.MOE-286(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSS;
qq.MOE-287(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;
rr.MOE-288(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;
ss.MOE-289(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;
tt.MOE-290(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;
uu.MOE-291(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;
vv.MOE-292(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;
ww.MOE-293(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;
xx.MOE-294(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;
yy.MOE-295(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;
zz.MOE-296(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;
aaa.MOE-297(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;
bbb.MOE-298(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;
ccc.MOE-299(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;
ddd.MOE-300(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;
eee.MOE-301(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID N O:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;
fff.MOE-303(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;
ggg.MOE-304(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;
hhh.MOE-305(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;
iii.MOE-306(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;
jjj.MOE-307(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;
kkk.MOE-308(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;
lll.MOE-309(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;
mmm.MOE-310(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或
nnn.MOE-311(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252)。立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
在一些实施例中,本披露内容提供了一种诱导上述CD33基因中外显子2跳跃的方法,其中细胞是动物细胞。在一些实施例中,细胞是人细胞。
在一些实施例中,本披露内容提供了一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括施用治疗有效量的长度为16-30个核苷酸的反义寡核苷酸,其中反义寡核苷酸与SEQ ID NO:1的一部分互补,并且其中根据反义寡核苷酸的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
在一些实施例中,本披露内容提供了一种治疗患有上述神经退行性疾病的受试者的方法,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.PMO-002(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:2);
b.PMO-003(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:3);
c.PMO-036(5′-TTGTAACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:36)
d.PMO-037(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCC-3′)(SEQ ID NO:37)
e.PMO-004(5′-ATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCCG-3′)(SEQ ID NO:4);
f.PMO-038(5′-GTACTTCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:38)
g.PMO-039(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:39)
h.PMO-005(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:5);
i.PMO-082(5′-TAGTAGGGTATGGGATGGAAGAAAG-3′)(SEQ ID NO:82)
j.PMO-083(5′-GGGTATGGGATGGAAGAAAGTGCAG-3′)(SEQ ID NO:83)
k.PMO-006(5′-TGGGATGGAAGAAAGTGCAGGGCAC-3′)(SEQ ID NO:6);
l.PMO-096(5′-ACTTGCAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:96);
m.PMO-007(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCATAGCC-3′)(SEQ ID NO:7);
n.PMO-097(5′-AGAAATTTGGATCCATAGCCAGGGC-3′)(SEQ ID NO:97);
o.PMO-008(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:8);
p.MOE-009(5′-CACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:9);
q.MOE-128(5′-GCACAGAGAGCTGGGGAGAT-3′)(SEQ ID NO:128);
r.MOE-010(5′-GAGAGCTGGGGAGATTTGTA-3′)(SEQ ID NO:10);
s.MOE-132(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:132);
t.MOE-135(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:135);
u.MOE-011(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:11);
v.MOE-012(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);
w.MOE-136(5′-AAAGAAGTATGAACCATTAT-3′)(SEQ ID NO:136);
x.MOE-0 13(5′-ATGCTCAGGGAGCAGTTGTT-3′)(SEQ ID NO:13);
y.MOE-0 14(5′-GAGTCTCCTCCTGTACTTCT-3′)(SEQ ID NO:14);
z.MOE-0 15(5′-CGCACAAACCCTCCTGTACC-3′)(SEQ ID NO:15);
aa.MOE-183(5′-AAACCCTCCTGTACCGTCAC-3′)(SEQ ID NO:183);
bb.MOE-184(5′-CTCCTGTACCGTCACTGACT-3′)(SEQ ID NO:184);
cc.MOE-190(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:190);
dd.MOE-196(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGT-3′)(SEQ ID NO:196);或
ee.MOE-197(5′-TGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:197)。
在一些实施例中,本披露内容提供了一种治疗患有上述神经退行性疾病的受试者的方法,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.PMO-221(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:221);
b.PMO-222(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:222);
c.PMO-223(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGA-3′)(SEQ ID NO:223);
d.PMO-224(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);
e.PMO-225(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:225);
f.PMO-226(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:226);
g.PMO-227(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAGCT-3′)(SEQ ID NO:227);
h.PMO-228(5′-CCTGTGCCTCACCTGTCACATGCAC-3′)(SEQ ID NO:228);
i.PMO-229(5′-GTGCCTCACCTGTCACATGCACAGA-3′)(SEQ ID NO:229);
j.PMO-230(5′-TGCCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:230);
k.PMO-231(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGAGC-3′)(SEQ ID NO:231);
l.PMO-232(5′-CACCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:232);
m.PMO-233(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:233);
n.PMO-234(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGGGG-3′)(SEQ ID NO:234);
o.PMO-235(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:235);
p.PMO-236(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:236);
q.PMO-237(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:237);
r.PMO-238(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:238);
s.PMO-239(5′-TCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:239);
t.PMO-240(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:240);
u.PMO-241(5′-CTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCA-3′)(SEQ ID NO:241);
v.PMO-242(5′-TGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCAT-3′)(SEQ ID NO:242);
w.PMO-243(5′-GTATTTGGTACTTCCTCTCTCCATC-3′)(SEQ ID NO:243);
x.PMO-244(5′-TATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCC-3′)(SEQ ID NO:244);
y.PMO-324(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR
z.PMO-424(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
aa.PMO-402(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或
bb.PMO-502(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
在一些实施例中,本披露内容提供了一种治疗患有上述神经退行性疾病的受试者的方法,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.MOE-245(5′-CTCCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:245);
b.MOE-246(5′-TCCATCCGAAAGAAGTATGA-3′)(SEQ ID NO:246);
c.MOE-247(5′-CCATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:247);
d.MOE-248(5′-CATCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:248);
e.MOE-249(5′-TCCGAAAGAAGTATGAACCA-3′)(SEQ ID NO:249);
f.MOE-250(5′-CCGAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:250);
g.MOE-251(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:251);
h.MOE-252(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
i.MOE-253(5′-TCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:253);
j.MOE-254(5′-CCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:254);
k.MOE-255(5′-TCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:255);
l.MOE-256(5′-GAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:256);
m.MOE-257(5′-ATC-CGAAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:012);
n.MOE-258(5′-ATCC-GAAAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
o.MOE-259(5′-ATCCG-AAAGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
p.MOE-260(5′-ATCCG-AAAGAAGTA-TGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
q.MOE-261(5′-ATCC-GAAAGA-AGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
r.MOE-262(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
s.MOE-263(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
t.MOE-264(5′-ATCC-gAAAGAaGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
u.MOE-265(5′-CCGA-aAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
v.MOE-266(5′-CCGA-aAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
w.MOE-267(5′-CCGA-aAGAAGtATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
x.MOE-268(5′-CCG-AAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
y.MOE-269(5′-CCGA-AAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
z.MOE-270(5′-CCGAA-AGAA-GTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
aa.MOE-271(5′-CCGAA-AGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
bb.MOE-272(5′-CCG-A-AAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
cc.MOE-273(5′-CCG-AA-AGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
dd.MOE-274(5′-CCGAAAGAAGTATG-A-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
ee.MOE-275(5′-mAmTfCfCfGfAfAfAfGfAfAfGfTfAfTfGfAfAmCmC-3′)(SEQ ID NO:012);
ff.MOE-276(5′-fAfTfCfCfGmAmAmAmGmAmAmGmTmAfTfGfAfAfCfC-3′)(SEQ ID NO:012);
gg.MOE-277(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;
hh.MOE-278(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;
ii.MOE-279(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;
jj.MOE-280(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;
kk.MOE-281(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;
ll.MOE-282(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;
mm.MOE-283(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;
nn.MOE-284(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;
oo.MOE-285(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;
pp.MOE-286(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSSS;
qq.MOE-287(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;
rr.MOE-288(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;
ss.MOE-289(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;
tt.MOE-290(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;
uu.MOE-291(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;
vv.MOE-292(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;
ww.MOE-293(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;
xx.MOE-294(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;
yy.MOE-295(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;
zz.MOE-296(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;
aaa.MOE-297(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;
bbb.MOE-298(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;
ccc.MOE-299(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;
ddd.MOE-300(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;
eee.MOE-301(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;
fff.MOE-303(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;
ggg.MOE-304(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;
hhh.MOE-305(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;
iii.MOE-306(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;
jjj.MOE-307(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;
kkk.MOE-308(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;
lll.MOE-309(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;
mmm.MOE-310(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或
nnn.MOE-311(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252)。立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
在一些实施例中,本披露内容提供了一种治疗患有上述神经退行性疾病的受试者的方法,其中该神经退行性疾病是阿尔茨海默病。
在一些实施例中,本披露内容提供了上述反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中核酸分子是与SEQ ID NO:1的一部分互补的反义寡核苷酸,该反义寡核苷酸与CD33基因的靶区域杂交,并在CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。在一些实施例中,反义寡核苷酸与以下的一部分互补:SEQ ID NO:213SEQ ID NO:214;SEQ ID NO:215;SEQ ID NO:216;SEQ ID NO:217;SEQ ID NO:218;SEQ ID NO:219;和/或SEQ ID NO:220。在一些实施例中,反义寡核苷酸的外显子2跳跃效率为30%或更高。在一些实施例中,根据ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸的外显子2跳跃效率为30%或更高。在一些实施例中,标准外显子跳跃效率测定在反义寡核苷酸包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物时,是PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,或者在反义寡核苷酸包含甲氧基乙基核糖寡聚物时,是MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定。
在一些实施例中,本披露内容提供了上述反义寡核苷酸,用于在上述诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.PMO-002(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:2);
b.PMO-003(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:3);
c.PMO-036(5′-TTGTAACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:36);
d.PMO-037(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCC-3′)(SEQ ID NO:37);
e.PMO-004(5′-ATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCCG-3′)(SEQ ID NO:4);
f.PMO-038(5′-GTACTTCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:38);
g.PMO-039(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:39);
h.PMO-005(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:5);
i.PMO-082(5′-TAGTAGGGTATGGGATGGAAGAAAG-3′)(SEQ ID NO:82);
j.PMO-083(5′-GGGTATGGGATGGAAGAAAGTGCAG-3′)(SEQ ID NO:83);
k.PMO-006(5′-TGGGATGGAAGAAAGTGCAGGGCAC-3′)(SEQ ID NO:6);
l.PMO-096(5′-ACTTGCAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:96);
m.PMO-007(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCATAGCC-3′)(SEQ ID NO:7);
n.PMO-097(5′-AGAAATTTGGATCCATAGCCAGGGC-3′)(SEQ ID NO:97);
o.PMO-008(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:8);
p.MOE-009(5′-CACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:9);
q.MOE-128(5′-GCACAGAGAGCTGGGGAGAT-3′)(SEQ ID NO:128);
r.MOE-010(5′-GAGAGCTGGGGAGATTTGTA-3′)(SEQ ID NO:10);
s.MOE-132(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:132);
t.MOE-135(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:135);
u.MOE-011(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:11);
v.MOE-012(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);
w.MOE-136(5′-AAAGAAGTATGAACCATTAT-3′)(SEQ ID NO:136);
x.MOE-013(5′-ATGCTCAGGGAGCAGTTGTT-3′)(SEQ ID NO:13);
y.MOE-014(5′-GAGTCTCCTCCTGTACTTCT-3′)(SEQ ID NO:14);
z.MOE-015(5′-CGCACAAACCCTCCTGTACC-3′)(SEQ ID NO:15);
aa.MOE-183(5′-AAACCCTCCTGTACCGTCAC-3′)(SEQ ID NO:183);
bb.MOE-184(5′-CTCCTGTACCGTCACTGACT-3′)(SEQ ID NO:184);
cc.MOE-190(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:190);
dd.MOE-196(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGT-3′)(SEQ ID NO:196);或
ee.MOE-197(5′-TGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:197)。
在一些实施例中,本披露内容提供了上述反义寡核苷酸,用于在上述诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.PMO-221(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:221);
b.PMO-222(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:222);
c.PMO-223(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGA-3′)(SEQ ID NO:223);
d.PMO-224(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);
e.PMO-225(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:225);
f.PMO-226(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:226);
g.PMO-227(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAGCT-3′)(SEQ ID NO:227);
h.PMO-228(5′-CCTGTGCCTCACCTGTCACATGCAC-3′)(SEQ ID NO:228);
i.PMO-229(5′-GTGCCTCACCTGTCACATGCACAGA-3′)(SEQ ID NO:229);
j.PMO-230(5′-TGCCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:230);
k.PMO-231(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGAGC-3′)(SEQ ID NO:231);
l.PMO-232(5′-CACCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:232);
m.PMO-233(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:233);
n.PMO-234(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGGGG-3′)(SEQ ID NO:234);
o.PMO-235(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:235);
p.PMO-236(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:236);
q.PMO-237(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:237);
r.PMO-238(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:238);
s.PMO-239(5′-TCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:239);
t.PMO-240(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:240);
u.PMO-241(5′-CTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCA-3′)(SEQ ID NO:241);
v.PMO-242(5′-TGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCAT-3′)(SEQ ID NO:242);
w.PMO-243(5′-GTATTTGGTACTTCCTCTCTCCATC-3′)(SEQ ID NO:243);
x.PMO-244(5′-TATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCC-3′)(SEQ ID NO:244);
y.PMO-324(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR
z.PMO-424(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
aa.PMO-402(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或
bb.PMO-502(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
在一些实施例中,本披露内容提供了上述反义寡核苷酸,用于在上述诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.MOE-245(5′-CTCCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:245);
b.MOE-246(5′-TCCATCCGAAAGAAGTATGA-3′)(SEQ ID NO:246);
c.MOE-247(5′-CCATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:247);
d.MOE-248(5′-CATCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:248);
e.MOE-249(5′-TCCGAAAGAAGTATGAACCA-3′)(SEQ ID NO:249);
f.MOE-250(5′-CCGAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:250);
g.MOE-251(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:251);
h.MOE-252(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
i.MOE-253(5′-TCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:253);
j.MOE-254(5′-CCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:254);
k.MOE-255(5′-TCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:255);
l.MOE-256(5′-GAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:256);
m.MOE-257(5′-ATC-CGAAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:012);
n.MOE-258(5′-ATCC-GAAAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
o.MOE-259(5′-ATCCG-AAAGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
p.MOE-260(5′-ATCCG-AAAGAAGTA-TGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
q.MOE-261(5′-ATCC-GAAAGA-AGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
r.MOE-262(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
s.MOE-263(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
t.MOE-264(5′-ATCC-gAAAGAaGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
u.MOE-265(5′-CCGA-aAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
v.MOE-266(5′-CCGA-aAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
w.MOE-267(5′-CCGA-aAGAAGtATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
x.MOE-268(5′-CCG-AAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
y.MOE-269(5′-CCGA-AAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
z.MOE-270(5′-CCGAA-AGAA-GTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
aa.MOE-271(5′-CCGAA-AGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
bb.MOE-272(5′-CCG-A-AAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
cc.MOE-273(5′-CCG-AA-AGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
dd.MOE-274(5′-CCGAAAGAAGTATG-A-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
ee.MOE-275(5′-mAmTfCfCfGfAfAfAfGfAfAfGfTfAfTfGfAfAmCmC-3′)(SEQ ID NO:012);
ff.MOE-276( 5′-fAfTfCfCfGmAmAmAmGmAmAmGmTmAfTfGfAfAfCfC-3′)(SEQ IDNO:012);
gg.MOE-277(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;
hh.MOE-278(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;
ii.MOE-279(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;
jj.MOE-280(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;
kk.MOE-281(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;
ll.MOE-282(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;
mm.MOE-283(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;
nn.MOE-284(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;
oo.MOE-285(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;
pp.MOE-286(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSSS;
qq.MOE-287(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;
rr.MOE-288(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;
ss.MOE-289(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;
tt.MOE-290(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;
uu.MOE-291(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;
vv.MOE-292(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;
ww.MOE-293(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;
xx.MOE-294(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;
yy.MOE-295(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;
zz.MOE-296(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;
aaa.MOE-297(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;
bbb.MOE-298(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;
ccc.MOE-299(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;
ddd.MOE-300(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;
eee.MOE-301(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;
fff.MOE-303(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;
ggg.MOE-304(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;
hhh.MOE-305(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;
iii.MOE-306(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;
jjj.MOE-307(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;
kkk.MOE-308(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;
lll.MOE-309(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;
mmm.MOE-310(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或
nnn.MOE-311(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252)。立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
在一些实施例中,细胞是动物细胞。在一些实施例中,动物细胞是人细胞。
在一些实施例中,诱导外显子2跳跃的方法在体外进行。在一些实施例中,诱导外显子2跳跃的方法在体内进行。
在一些实施例中,本披露内容提供了上述反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括施用治疗有效量的长度为16-30个核苷酸的反义寡核苷酸,其中反义寡核苷酸与SEQ ID NO:1的一部分互补,并且其中根据反义寡核苷酸的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
在一些实施例中,本披露内容提供了上述反义寡核苷酸,用于在上述治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.PMO-002(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:2);
b.PMO-003(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:3);
c.PMO-036(5′-TTGTAACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:36);
d.PMO-037(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCC-3′)(SEQ ID NO:37);
e.PMO-004(5′-ATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCCG-3′)(SEQ ID NO:4);
f.PMO-038(5′-GTACTTCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:38);
g.PMO-039(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:39);
h.PMO-005(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:5);
i.PMO-082(5′-TAGTAGGGTATGGGATGGAAGAAAG-3′)(SEQ ID NO:82);
j.PMO-083(5′-GGGTATGGGATGGAAGAAAGTGCAG-3′)(SEQ ID NO:83);
k.PMO-006(5′-TGGGATGGAAGAAAGTGCAGGGCAC-3′)(SEQ ID NO6);
l.PMO-096(5′-ACTTGCAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:96);
m.PMO-007(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCATAGCC-3′)(SEQ ID NO:7);
n.PMO-097(5′-AGAAATTTGGATCCATAGCCAGGGC-3′)(SEQ ID NO:97);
o.PMO-008(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:8);
p.MOE-009(5′-CACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:9);
q.MOE-128(5′-GCACAGAGAGCTGGGGAGAT-3′)(SEQ ID NO:128);
r.MOE-010(5′-GAGAGCTGGGGAGATTTGTA-3′)(SEQ ID NO:10);
s.MOE-132(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:132);
t.MOE-135(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:135);
u.MOE-011(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:11);
v.MOE-012(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);
w.MOE-136(5′-AAAGAAGTATGAACCATTAT-3′)(SEQ ID NO:136);
x.MOE-013(5′-ATGCTCAGGGAGCAGTTGTT-3′)(SEQ ID NO:13);
y.MOE-014(5′-GAGTCTCCTCCTGTACTTCT-3′)(SEQ ID NO:14);
z.MOE-015(5′-CGCACAAACCCTCCTGTACC-3′)(SEQ ID NO:15);
aa.MOE-183(5′-AAACCCTCCTGTACCGTCAC-3′)(SEQ ID NO:183);
bb.MOE-184(5′-CTCCTGTACCGTCACTGACT-3′)(SEQ ID NO:184);
cc.MOE-190(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:190);
dd.MOE-196(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGT-3′)(SEQ ID NO:196);或
ee.MOE-197(5′-TGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:197)。
在一些实施例中,本披露内容提供了上述反义寡核苷酸,用于在上述治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.PMO-221(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:221);
b.PMO-222(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:222);
c.PMO-223(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGA-3′)(SEQ ID NO:223);
d.PMO-224(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);
e.PMO-225(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:225);
f.PMO-226(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:226);
g.PMO-227(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAGCT-3′)(SEQ ID NO:227);
h.PMO-228(5′-CCTGTGCCTCACCTGTCACATGCAC-3′)(SEQ ID NO:228);
i.PMO-229(5′-GTGCCTCACCTGTCACATGCACAGA-3′)(SEQ ID NO:229);
j.PMO-230(5′-TGCCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:230);
k.PMO-231(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGAGC-3′)(SEQ ID NO:231);
l.PMO-232(5′-CACCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:232);
m.PMO-233(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:233);
n.PMO-234(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGGGG-3′)(SEQ ID NO:234);
o.PMO-235(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:235);
p.PMO-236(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:236);
q.PMO-237(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:237);
r.PMO-238(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:238);
s.PMO-239(5′-TCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:239);
t.PMO-240(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:240);
u.PMO-241(5′-CTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCA-3′)(SEQ ID NO:241);
v.PMO-242(5′-TGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCAT-3′)(SEQ ID NO:242);
w.PMO-243(5′-GTATTTGGTACTTCCTCTCTCCATC-3′)(SEQ ID NO:243);
x.PMO-244(5′-TATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCC-3′)(SEQ ID NO:244);
y.PMO-324(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR
z.PMO-424(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
aa.PMO-402(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或
bb.PMO-502(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
在一些实施例中,本披露内容提供了上述反义寡核苷酸,用于在上述治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,其中反义寡核苷酸包含以下的全部或一部分:
a.MOE-245(5′-CTCCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:245);
b.MOE-246(5′-TCCATCCGAAAGAAGTATGA-3′)(SEQ ID NO:246);
c.MOE-247(5′-CCATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:247);
d.MOE-248(5′-CATCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:248);
e.MOE-249(5′-TCCGAAAGAAGTATGAACCA-3′)(SEQ ID NO:249);
f.MOE-250(5′-CCGAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:250);
g.MOE-251(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:251);
h.MOE-252(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
i.MOE-253(5′-TCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:253);
j.MOE-254(5′-CCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:254);
k.MOE-255(5′-TCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:255);
l.MOE-256(5′-GAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:256);
m.MOE-257(5′-ATC-CGAAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:012);
n.MOE-258(5′-ATCC-GAAAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
o.MOE-259(5′-ATCCG-AAAGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
p.MOE-260(5′-ATCCG-AAAGAAGTA-TGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
q.MOE-261(5′-ATCC-GAAAGA-AGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
r.MOE-262(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
s.MOE-263(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
t.MOE-264(5′-ATCC-gAAAGAaGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
u.MOE-265(5′-CCGA-aAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
v.MOE-266(5′-CCGA-aAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
w.MOE-267(5′-CCGA-aAGAAGtATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
x.MOE-268(5′-CCG-AAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
y.MOE-269(5′-CCGA-AAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
z.MOE-270(5′-CCGAA-AGAA-GTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
aa.MOE-271(5′-CCGAA-AGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
bb.MOE-272(5′-CCG-A-AAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
cc.MOE-273(5′-CCG-AA-AGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
dd.MOE-274(5′-CCGAAAGAAGTATG-A-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
ee.MOE-275(5′-mAmTfCfCfGfAfAfAfGfAfAfGfTfAfTfGfAfAmCmC-3′)(SEQ ID NO:012);
ff.MOE-276(5′-fAfTfCfCfGmAmAmAmGmAmAmGmTmAfTfGfAfAfCfC-3′)(SEQ ID NO:012);
gg.MOE-277(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;
hh.MOE-278(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;
ii.MOE-279(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;
jj.MOE-280(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;
kk.MOE-281(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;
ll.MOE-282(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;
mm.MOE-283(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;
nn.MOE-284(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;
oo.MOE-285(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;
pp.MOE-286(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSSS;
qq.MOE-287(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;
rr.MOE-288(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;
ss.MOE-289(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;
tt.MOE-290(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;
uu.MOE-291(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;
vv.MOE-292(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;
ww.MOE-293(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;
xx.MOE-294(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;
yy.MOE-295(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;
zz.MOE-296(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;
aaa.MOE-297(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;
bbb.MOE-298(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;
ccc.MOE-299(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;
ddd.MOE-300(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;
eee.MOE-301(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;
fff.MOE-303(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;
ggg.MOE-304(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;
hhh.MOE-305(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;
iii.MOE-306(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;
jjj.MOE-307(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;
kkk.MOE-308(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;
lll.MOE-309(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;
mmm.MOE-310(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或
nnn.MOE-311(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252)。立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
在一些实施例中,本披露内容提供了一种治疗患有上述神经退行性疾病的受试者的方法,其中该神经退行性疾病是阿尔茨海默病。
附图说明
本申请文件包含彩色附图。本专利申请出版物的副本连同一个或多个彩图将由办公室根据要求提供并支付必要的费用。
图1示出了相对于rs3865444SNP的患者血浆和脑脊液中CD33 mRNA的水平。C=rs3865444-C,A=rs3865444-A。
图2示出了具有rs3865444-A等位基因的患者相比于具有rs201074739插入缺失(indel)移码等位基因的患者的各种认知结果。
图3示出了具有rs3865444-A等位基因的患者相比于具有rs201074739插入缺失等位基因的患者的各种生理结果。
图4示出了相对于rs201074739插入缺失的患者血浆和脑脊液中CD33 mRNA的水平。
图5示出了不同浓度下几种PMO序列的外显子跳跃效率。
图6示出了不同浓度下几种MOE序列的外显子跳跃效率。
图7示出了在两个剂量水平下,小鼠海马体中两种ASO相对于对照(PBS)的倍数变化(增加外显子2跳过的CD33 mRNA的体内能力)。D2-CD33=外显子2跳过的CD33 mRNA,PMO-002=SEQ ID NO:2,MOE-012=SEQ ID NO:12。
图8示出了在两个剂量水平下,小鼠皮质中两种ASO相对于对照(PBS)的倍数变化(增加外显子2跳过的CD33 mRNA的体内能力)。D2-CD33=外显子2跳过的CD33 mRNA,PMO-002=SEQ ID NO:2,MOE-012=SEQ ID NO:12。
图9示出了对于PMO-221、PMO-224、PMO-232、PMO-233、PMO-237、PMO-238、PMO-002和PMO-003,小鼠皮质和海马体中CD33 mRNA的外显子2跳跃百分比。D2-CD33=外显子2跳过的CD33 mRNA。
图10示出了(i)在三个剂量水平下小鼠皮质和海马体中PMO-224相对于对照(PBS)和(ii)在一个剂量水平下小鼠皮质和海马体中PMO-002相对于对照(PBS)的倍数变化(增加外显子2跳过的CD33 mRNA的体内能力)。D2-CD33=外显子2跳过的CD33mRNA。
图11示出了PMO-424的HPLC色谱图和HRMS迹线。
图12示出了PMO-324的HPLC色谱图和HRMS迹线。
图13示出了PMO-324、PMO-424和PMO-224的Tm。
图14示出了PMO-502的HPLC色谱图和HRMS迹线。
图15示出了PMO-402的HPLC色谱图和HRMS迹线。
图16示出了PMO-402、PMO-502和PMO-002的Tm。
图17示出了具有N3′-三苯甲基的PMO-424的色谱图(树脂裂解)。
图18示出了在两个剂量水平下,小鼠皮质和海马体中PMO-324和PMO-424相对于对照(PBS)的倍数变化(增加外显子2跳过的CD33 mRNA的体内能力)。D2-CD33=外显子2跳过的CD33mRNA。
图19示出了在两个剂量水平下,小鼠皮质和海马体中PMO-402和PMO-502相对于对照(PBS)的倍数变化(增加外显子2跳过的CD33 mRNA的体内能力)。D2-CD33=外显子2跳过的CD33mRNA。
图20示出了MOE-012、MOE-277和MOE-278的融化温度。
图21示出了立体纯ASO MOE-288至MOE-292和立体无规ASO MOE-252的HPLC洗脱曲线。
图22示出了100μg剂量的ASO MOE-012和MOE-246至MOE-256的体内活性。
图23示出了100μg剂量的ASO MOE-012和MOE-257至MOE-261的体内活性。
图24示出了30μg剂量的ASO MOE-262至MOE-267和MOE-252的体内活性。
图25示出了30μg剂量的ASO MOE-277和MOE-279至MOE-284的体内活性。
图26示出了30μg和100μg剂量的ASO MOE-252、MOE-288、MOE-291和MOE-292,以及30μg剂量的MOE-289和MOE-290的体内活性。
图27示出了30μg和100μg剂量的ASO MOE-293至MOE-299的体内活性。
图28示出了100μg剂量的ASO MOE-300、MOE-301和MOE-303至MOE-311的体内活性。
图29示出了10μg、30μg、60μg和100μg剂量的MOE-279的体内活性。
图30示出了单次100μg ICV剂量的MOE-277的跳跃效应的持续时间(长达150天)。
图31示出了单次100μg ICV剂量(长达150天)后MOE-277的脑浓度。
定义
术语″寡核苷酸″在本文中用于指包含至少10个DNA或RNA核苷酸的核苷酸序列。
术语″反义寡核苷酸″,缩写为″ASO″,在本文中用于指包含反义序列的核苷酸序列,该反义序列与靶核苷酸序列充分互补以便与靶核苷酸序列形成稳定的双链杂交体。在一些实施例中,靶核苷酸序列是RNA核苷酸序列。除非另有说明,否则本文表示的ASO以5′至3′方向展示。
术语″核碱基″在本文中用于指作为核苷组分的碱基。示例核碱基包括腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶和尿嘧啶。
术语″核苷″在本文中用于指共价连接到糖的核碱基。天然存在和非天然核苷的实例如下所述。
术语″核苷酸″在本文中用于指共价连接到磷酸基团的核苷。天然存在的核苷酸的实例包括腺苷、胸苷、尿苷、胞苷、5-甲基胞苷和鸟苷。以下描述了非天然核苷酸的描述和实例。
在ASO结构中,磷酸基团通常被称为形成ASO的″核苷酸间键″。RNA和DNA的天然存在的核苷酸间键是3′至5′磷酸二酯键。″氨基磷酸酯″基团包含具有三个连接的氧原子和一个连接的氮原子的磷,而″二酰胺磷酸酯″基团包含具有两个连接的氧原子和两个连接的氮原子的磷。″三酰胺磷酸酯″基团(或磷酸三酰胺基团)包括具有一个连接的氧原子和三个连接的氮原子的磷。在本文所述的基于吗啉代的ASO的不带电荷或阳离子核苷酸间键中,一个氮总是悬挂在键链上。二酰胺磷酸酯键中的第二个氮典型地是吗啉环结构中的环氮。
术语″非天然的″在本文中用于指相对于其天然存在的对应物含有人工修饰的分子。在一些实施例中,″非天然的″可以指一个或多个具有至少一个修饰的核苷酸亚单元,该修饰选自(i)经修饰的核苷酸间键,例如除了在天然存在的寡核苷酸中发现的标准磷酸二酯键之外的核苷酸间键,(ii)经修饰的糖部分,例如除了在天然存在的寡核苷酸中发现的核糖或脱氧核糖部分之外的部分,(iii)经修饰的核碱基,例如除了在天然存在的寡核苷酸中发现的那些碱基之外的碱基,或(iv)前述的任何组合。在一些实施例中,ASO选自在核苷酸间键(主链)中没有磷原子的ASO。在一些实施例中,ASO具有二酰胺磷酸酯或硫代磷酸酯修饰的核苷酸间键(主链)。
术语″吗啉代″在本文中用于指含有吗啉基环而不是核糖的核苷酸。
术语″基于吗啉代的ASO″在本文中用于指其至少一个核苷酸含有吗啉基环而不是核糖的ASO。
术语″立体控制的″在本文中用于描述核苷酸和/或寡核苷酸被设计或选择为具有特定立体化学的情况。在一些实施例中,核苷酸或寡核苷酸的核碱基部分,包括任何和所有非天然修饰,是立体控制的。在一些实施例中,核苷酸或寡核苷酸的核苷部分,包括任何和所有非天然修饰,是立体控制的。在一些实施例中,核苷酸或寡核苷酸的核苷酸间键部分,包括任何和所有非天然修饰,是立体控制的。在一些实施例中,核苷酸可以包含这些立体控制部分中的一个或组合。在一些实施例中,寡核苷酸可以包含核苷酸的组合,这些核苷酸包含立体控制的核苷酸的组合。在一些实施例中,寡核苷酸可以包含立体控制的和非立体控制的核苷酸的组合。在一些实施例中,立体控制的核苷酸的比例范围为核苷酸的10%-100%,如15%-100%、20%-100%、30%-100%、40%-100%、50%-100%、50%-90%、50%-95%、60%-100%、60%-90%、60%-95%、70%-100%、70%-90%、70%-95%、80-100%、80%-90%、80%-95%、90-100%、90%-95%、90%-96%、90%-97%、90%-98%、90%-99%、95%-98%、95%-99%、95-100%、50%-90%、或5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%、或至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、或99%。
当应用于核苷酸时,术语″立体纯″在本文中用于描述寡核苷酸中至少90%的核苷酸是立体控制的情况。在一些实施例中,立体纯ASO中立体控制的核苷酸的比例范围为核苷酸的90%-100%、95%-100%、90%-95%、90%-96%、90%-97%、90%-98%、90%-99%、95%-98%、95%-99%、或90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%、或至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、或99%。在一些实施例中,寡核苷酸中的全部或一部分核苷酸是立体控制的,使得它们以相同的方式是立体纯的,即全部或一部分核苷酸是立体控制的,并且它们被设计或选择为具有相同的立体化学。在一些实施例中,寡核苷酸中的全部或一部分核苷酸是立体控制的,使得它们以相同的方式不是立体纯的,即全部或一部分核苷酸是立体控制的,但它们被设计或选择为具有不同的立体化学。当应用于寡核苷酸的核苷酸间键部分时,术语″立体纯″用于描述至少90%的核苷酸间键是立体控制的情况。在一些实施例中,立体纯ASO中立体控制的核苷酸间键的比例范围为核苷酸间键的90%-100%、95%-100%、90%-95%、90%-96%、90%-97%、90%-98%、90%-99%、95%-98%、95%-99%、或90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%、或至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、或99%。在一些实施例中,寡核苷酸中的全部或一部分核苷酸间键是立体控制的,使得它们以相同的方式是立体纯的,即全部或一部分核苷酸间键是立体控制的,并且它们被设计或选择为具有相同的立体化学。在一些实施例中,寡核苷酸中的全部或一部分核苷酸间键是立体控制的,使得它们以相同的方式不是立体纯的,即全部或一部分核苷酸间键是立体控制的,但它们被设计或选择为具有不同的立体化学。在一些实施例中,核苷酸间键是二酰胺磷酸酯键。在一些实施例中,核苷酸间键是硫代磷酸酯键。
(Rp,Sp)和磷酸酯(PO)核苷酸间键的立体化学如下所示:
Rp、Sp和PO核苷酸间键的立体化学还如下所示:S=Sp,R=Rp,O=磷酸盐。
例如,MOE-298的核苷酸间键的立体化学可以使用任一下列插图来示出:
或者
(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS。
当应用于核苷酸时,术语″立体无规″在本文中用于描述寡核苷酸中的核苷酸不是立体控制的情况。当应用于核苷酸间键时,术语″立体无规″在本文中用于描述寡核苷酸中的核苷酸间键不是立体控制的情况。在一些实施例中,核苷酸间键是二酰胺磷酸酯键。在一些实施例中,核苷酸间键是硫代磷酸酯键。
术语″互补的″在本文中用于描述至少两个核苷酸序列的相应位置被可以彼此氢键结合的核苷酸占据的情况。
术语″杂交″在本文中用于描述两个互补核苷酸序列的结合,从而形成一个双链分子。当两个序列中足够数量的相应核苷酸可以彼此氢键结合时,即它们充分互补时,它们可以形成稳定的杂交体。在本领域中应当理解,ASO与靶序列杂交不需要100%的互补性。
术语″足够的互补性″在本文中用于表示足以允许ASO与其靶序列结合并形成稳定杂交体的互补性水平。在一些实施例中,ASO与靶序列的互补性为至少99%、或98%、或97%、或96%、或95%、或94%、或93%、或92%、或91%、或90%、或89%、或88%、或87%、或86%、或85%、或84%、或83%、或82%、或81%、或80%、或79%、或78%、或77%、或76%、或75%、或74%、或73%、或72%、或71%、或70%。
术语″序列相似性″在本文中用于表示两个ASO的相似性。序列相似性表示为两个ASO之间共有的核苷酸的百分比。应当理解,相同的序列具有100%的序列相似性。
术语″靶区域″和″靶序列″在本文中可互换使用,用于指ASO在生理条件下将与其杂交的核苷酸序列。ASO和靶区域不必100%互补,只要有足够的互补性使ASO与靶序列杂交并形成稳定的杂交体。ASO可以与靶序列的全部或一部分杂交。
如本文所用的术语″治疗(treat、treating或treatment)″是指改善疾病或障碍(即,减缓或阻止或减少疾病或其至少一种临床症状的发展)。这些术语还指减轻或改善至少一个物理参数,包括患者可能无法辨别的那些参数。这些术语还指调节疾病或障碍,或者是物理的(例如,通过可辨别症状的稳定),或者是生理的(例如,通过物理参数的稳定),或二者。
术语″预防(prevent、preventing或prevention)″在本文中用于指抑制或延迟疾病或障碍的发作。
术语″治疗有效量″在本文中用于指有效预防或治疗障碍或疾病的治疗剂或组合物的量。在一些实施例中,这包括有效预防或治疗神经退行性疾病的治疗剂或组合物的量。
术语″药学上可接受的″在本文中用于指在药学上有用且不是生物学上或其他方面不期望的分子实体或组合物。
术语″载体″在本文中用于指与化合物一起施用的稀释剂、佐剂、赋形剂或媒介物。
如本文所用的术语″赋形剂″是指药物组合物中除了活性成分之外的任何成分。
如本文所用,使用以下公式计算寡核苷酸的″跳跃效率″:
并且以0至100的标度表示,其中100表示CD33外显子2的100%跳跃。取决于反义寡核苷酸的类型,如本文所用的寡核苷酸的″跳跃效率″是使用三种标准外显子跳跃效率测定中的一种通过实验确定的。对于包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物的反义寡核苷酸,使用以下定义的PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定;对于包含甲氧基乙基核糖寡聚物的反义寡核苷酸,使用以下定义的MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定;并且对于不包含二酰胺磷酸酯吗啉代或甲氧基乙基核糖寡聚物的反义寡核苷酸,使用下述非PMO和非MOE的标准外显子跳跃效率测定。
PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定包括使用U-188MG细胞,这些细胞使用供应商方案中建议的适当培养基(含有10%胎牛血清的杜尔贝科氏改良伊格尔氏培养基)培养和维持。该测定以96孔板的形式进行,每孔接种约20,000个细胞,并使用Endo-Porter方案用浓度为0.5μM的PMO ASO处理。在分离总RNA之前,将细胞在细胞培养箱中于37℃下孵育48小时。按照供应商方案分离总RNA并将其转化为cDNA,然后使用Taqman基因表达测定来定量外显子2跳过的CD33(正向引物:CGCTGCTGCTACTGCTG(SEQ ID NO:207);反向引物:TTCTAGAGTGCCAGGGATGA(SEQ ID NO:208);和探针:TGTGGGCAGACTTGACCCACAG(SEQ ID NO:209))和未跳过的CD33(正向引物:GGATGGAGAGAGGAAGTA(SEQ ID NO:210);反向引物∶GTGCCAGGGATGAGGATTT(SEQ ID NO:211);和探针:TGCATGTGACAGACTTGACCCACA(SEQ ID NO:212))mRNA转录物。将人类管家基因如HPRT1(测定ID:Hs02800695ml;赛默飞世尔科技公司(ThermoFisher Scientific))或GAPDH1(Hs99999905_m1;赛默飞世尔科技公司)表达用于归一化靶转录物表达。
MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定包括使用U-188MG细胞,这些细胞使用供应商方案中建议的适当培养基(含有10%胎牛血清的杜尔贝科氏改良伊格尔氏培养基)培养和维持。该测定以96孔板的形式进行,每孔接种约20,000个细胞,并使用Lipofectamine方案用浓度为10nM的MOE ASO处理。在分离总RNA之前,将细胞在细胞培养箱中于37℃下孵育48小时。按照供应商方案分离总RNA并将其转化为cDNA,然后使用Taqman基因表达测定来定量外显子2跳过的CD33(正向引物:CGCTGCTGCTACTGCTG(SEQ ID NO:207);反向引物:TTCTAGAGTGCCAGGGATGA(SEQ ID NO:208);和探针:TGTGGGCAGACTTGACCCACAG(SEQ ID NO:209))和未跳过的CD33(正向引物:GGATGGAGAGAGGAAGTA(SEQ ID NO:210);反向引物:GTGCCAGGGATGAGGATTT(SEQ ID NO:211);和探针:TGCATGTGACAGACTTGACCCACA(SEQ ID NO:212))mRNA转录物。将人类管家基因如HPRT1(测定ID:Hs02800695_m1;赛默飞世尔科技公司)或GAPDH1(Hs99999905_m1;赛默飞世尔科技公司)表达用于归一化靶转录物表达。
对于既不是PMO也不是MOE的ASO,非PMO和非MOE的标准外显子跳跃效率测定包括使用U-188MG细胞,这些细胞使用供应商方案中建议的适当培养基(含有10%胎牛血清的杜尔贝科氏改良伊格尔氏培养基)培养和维持。该测定以96孔板的形式进行,每孔接种约20,000个细胞,并使用Lipofectamine方案用浓度为10nM的ASO处理。在分离总RNA之前,将细胞在细胞培养箱中于37℃下孵育48小时。按照供应商方案分离总RNA并将其转化为cDNA,然后使用Taqman基因表达测定来定量外显子2跳过的CD33(正向引物:CGCTGCTGCTACTGCTG(SEQID NO:207);反向引物:TTCTAGAGTGCCAGGGATGA(SEQ ID NO:208);和探针:TGTGGGCAGACTTGACCCACAG(SEQ ID NO:209))和未跳过的CD33(正向引物:GGATGGAGAGAGGAAGTA(SEQ ID NO:210);反向引物:GTGCCAGGGATGAGGATTT(SEQ ID NO:211);和探针:TGCATGTGACAGACTTGACCCACA(SEQ ID NO:212))mRNA转录物。将人类管家基因如HPRT1(测定ID:Hs02800695_m1;赛默飞世尔科技公司)或GAPDH1(Hs99999905_m1;赛默飞世尔科技公司)表达用于归一化靶转录物表达。
作为Lipofectamine方案的替代方案,自由摄取(无转染试剂)可以用于标准外显子跳跃效率测定。
在一些实施例中,反义寡核苷酸具有25%至99%,如25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%的CD33外显子2跳跃效率。在一些实施例中,反义寡核苷酸具有50%至99%的CD33外显子2跳跃效率。在一些实施例中,反义寡核苷酸具有至少30%的CD33外显子2跳跃效率。
除非另有定义,否则所有其他科学和技术术语具有与本领域普通技术人员通常理解的相同的含义。文献中解释了此类科学和技术术语,例如:J.Sambrook,E.F.Fritsch和TManiatis,Molecular Cloning:A Laboratory Manual[分子克隆:实验室手册],第二版,书1-3,冷泉港实验室出版社(Cold Spring Harbor Laboratory Press)(1989);Martin,Remington′s Pharmaceutical Sciences[雷明顿药物科学],第18版,马克出版公司(MackPublishing Co)(1990);Glover,DNA Cloning:A Practical Approach[DNA克隆:实用方法],第I和II卷,MRL出版社有限公司(1985);和Ausubel,F人,Current Protocols inMolecular Biology[分子生物学现代方法],格林出版协会/威利跨学科(GreenePublishing Associates/Wiley Intersciences)(2002)。
本文披露了新型ASO。在一些实施例中,ASO针对CD33前mRNA中的靶序列。在一些实施例中,ASO针对CD33前mRNA中的16至30个核苷酸的靶序列的全部或一部分,在SEQ ID NO:1(5′-GGGCAGGTGA GTGGCTGTGG GGAGAGGGGT TGTCGGGCTG GGCCGAGCTG ACCCTCGTTTCCCCACAGGG GCCCTGGCTA TGGATCCAAA TTTCTGGCTG CAAGTGCAGG AGTCAGTGAC GGTACAGGAGGGTTTGTGCG TCCTCGTGCC CTGCACTTTC TTCCATCCCA TACCCTACTA CGACAAGAAC TCCCCAGTTCATGGTTACTG GTTCCGGGAA GGAGCCATTA TATCCAGGGA CTCTCCAGTG GCCACAAACA AGCTAGATCAAGAAGTACAG GAGGAGACTC AGGGCAGATT CCGCCTCCTT GGGGATCCCA GTAGGAACAA CTGCTCCCTGAGCATCGTAG ACGCCAGGAG GAGGGATAAT GGTTCATACT TCTTTCGGAT GGAGAGAGGA AGTACCAAATACAGTTACAA ATCTCCCCAG CTCTCTGTGC ATGTGACAGG TGAGGCACAG GCTTCAGAAG TGGCCGCAAGGGAAGTTCAT GGGTACTGCA GGGCAGGGCT GGGATGGGAC CCTGGTACTG-3′)中示出。SEQ ID NO:1包括CD33基因的外显子2和邻接内含子部分。当CD33 mRNA包括rs3865444-ASNP时,这种16至30个核苷酸的靶序列参与了也发生的外显子2跳跃。当发生这种外显子2跳跃时,含有该SNP的前mRNA被剪接,使得外显子2不包括在最终转录物中。
在一些实施例中,ASO长度为16-30个核苷酸。在一些实施例中,核苷酸长度为20-30个核苷酸。在一些实施例中,ASO长度为25-30个核苷酸。在一些实施例中,ASO长度为21-30个核苷酸。在一些实施例中,ASO长度为21-25个核苷酸。在一些实施例中,ASO长度为18-21个核苷酸。在一些实施例中,ASO长度为18-25个核苷酸。在一些实施例中,ASO长度为16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。
在一些实施例中,反义寡核苷酸包含16-30,如18-30个核苷酸。在一些实施例中,反义寡核苷酸由16-30,如18-30个核苷酸组成。
本文还披露了与CD33前mRNA中10至16个核苷酸的靶序列(在包括CD33基因的外显子2和邻接内含子部分的SEQ ID NO:1中示出)的全部或一部分互补的新型ASO。在一些实施例中,ASO长度为10-14个核苷酸。在一些实施例中,ASO长度为10、11、12、13、14、15或16个核苷酸。
在一些实施例中,ASO针对16至30个nt的靶序列,与靶序列充分互补以形成稳定的杂交体,并且长度为16-30个核苷酸。在一些实施例中,这些ASO与25个nt的靶序列的全部或一部分充分互补。
在一些实施例中,ASO具有表3或4中披露的特定序列之一。在一些实施例中,ASO可以与表3或4中披露的ASO之一共有序列相似性。在一些实施例中,ASO与表3或4中披露的ASO之一共有至少99%、或98%、或97%、或96%、或95%、或94%、或93%、或92%、或91%、或90%、或89%、或88%、或87%、或86%、或85%、或84%、或83%、或82%、或81%、或80%、或79%、或78%、或77%、或76%、或75%、或74%、或73%、或72%、或71%、或70%的序列相似性。
在一些实施例中,ASO的至少一些核碱基将具有胸腺嘧啶而不是尿嘧啶,或者将具有尿嘧啶而不是胸腺嘧啶。在一些实施例中,ASO的至少一些核苷将具有被核糖替代的脱氧核糖,或者将具有被脱氧核糖替代的核糖。
在一些实施例中,ASO包含至少一个化学修饰的核苷酸。在一些实施例中,核苷酸的该至少一个化学修饰选自至少一个核碱基的化学修饰、至少一个糖部分的化学修饰、至少一个磷酸盐的化学修饰、以及这些修饰的任何组合。在一些实施例中,该至少一个化学修饰提高了核苷酸抵抗核酸酶降解的能力。
在本披露内容中有用的化学修饰的非限制性实例包括ASO的磷酸酯主链的化学修饰和化学修饰的(即,非天然的)一个或多个核苷间键。在一些实施例中,ASO选自具有化学修饰的磷酸酯主链的ASO。在一些实施例中,ASO选自在主链中没有磷原子的ASO。在一些实施例中,ASO具有二酰胺磷酸酯或硫代磷酸酯修饰的主链。在一些实施例中,经修饰的主链是立体控制的。
在本披露内容中有用的化学修饰的另外的非限制性实例包括ASO中至少一个糖部分的化学修饰。在一些实施例中,ASO包含至少一个化学修饰的糖部分。在一些实施例中,化学修饰的糖部分选自在ASO中糖部分上的至少一个位置中被取代的糖部分。在一些实施例中,ASO选自在糖上的至少一个位置(选自2′、3′和5′位置)中被取代的ASO。在一些实施例中,ASO糖部分上的至少一个取代基选自羟基;氟;以及取代或未取代的、直链或支链的C1-C10烷基,取代或未取代的、直链或支链的C2-C10烯基,取代或未取代的、直链或支链的C2-C10炔基,取代或未取代的、直链或支链的C7-C17烷芳基,取代或未取代的、直链或支链的C3-C10烯丙基,以及取代或未取代的、直链或支链的C7-C17芳烷基,每个基团可以任选地进一步包含至少一个杂原子。在一些实施例中,糖部分包含至少一个选自甲氧基、氨基丙氧基、甲氧基乙氧基、二甲基氨基乙氧基和二甲基氨基乙氧基乙氧基的取代基。在一些实施例中,糖部分选自吡喃糖、吡喃糖衍生物、脱氧吡喃糖、脱氧吡喃糖衍生物、核糖、核糖衍生物、脱氧核糖和脱氧核糖衍生物。在一些实施例中,经取代的糖部分选自甲氧基乙基取代的糖部分,包括2′-O-甲氧基乙基。在一些实施例中,糖部分是立体控制的。
在一些实施例中,糖部分以产生双环糖部分的方式被修饰。在一些实施例中,双环糖部分由4′和2′呋喃糖环原子之间的桥修饰形成。在一些实施例中,桥修饰包含至少一个在4′和2′呋喃糖环原子之间形成桥的基团。在一些实施例中,给定ASO中的至少一个核苷酸具有桥修饰。
在一些实施例中,糖部分包含少于5个环原子,如4个环原子。在一些实施例中,糖部分包含多于5个环原子,如6个环原子。在一些实施例中,糖部分被修饰成包括吗啉代。基于吗啉代的ASO是指包含支持核碱基的吗啉代亚单元并且含有吗啉基环而不是核糖的ASO。这种基于吗啉代的ASO的核苷酸间键的非限制性实例包括例如,将一个吗啉代亚单元的吗啉基环氮连接到相邻吗啉代亚单元的4′环外碳的氨基磷酸酯或二酰胺磷酸酯核苷酸间键。每个吗啉代亚单元包含嘌呤或嘧啶核碱基,它们可以通过碱基特异性氢键与寡核苷酸中的核碱基结合。在一些实施例中,基于吗啉代的ASO可以包括至少一个进一步的修饰。
在一些实施例中,ASO中至少一个核苷酸单位的糖部分和核碱基与糖部分之间的核苷间键二者都被非天然基团替代。在一些实施例中,核碱基单位被保持用于与适当的核酸靶化合物杂交。在一些实施例中,ASO选自肽核酸(PNA)。在一些实施例中,PNA中至少一个寡核苷酸的糖主链被含酰胺的主链(例如,氨乙基甘氨酸主链)替代。在一些实施例中,核碱基被保留并直接或间接结合到主链酰胺部分的氮杂氮原子。
在一些实施例中,ASO可以进一步包含至少一个核碱基(通常称为″碱基″)修饰或取代,例如,5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶以及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤,包括2-氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。某些核碱基对于增加本披露内容的寡聚化合物的结合亲和力特别有用。例如,5-甲基胞嘧啶取代已被证明将核酸双链体的稳定性提高了0.6℃-1.2℃。在一些实施例中,经修饰的核碱基是立体控制的。
没有必要对给定ASO中的所有位置进行统一修饰,事实上,多于一个的前述修饰可以被结合到ASO内的单个核苷中。ASO可以含有至少一个区域,其中ASO被修饰以赋予它们增加的对核酸酶降解的抗性、增加的细胞摄取,和/或用于增加对靶核酸的结合亲和力的另外的区域。
由于糖部分、核碱基和核苷酸间键的潜在三维变化,一些核苷酸可能共有相同的分子式,但具有不同的空间排列,即一些核苷酸可能是立体异构体。在一些实施例中,给定ASO内核苷酸的立体化学不受控制,以便使ASO立体无规。在一些实施例中,给定ASO内的核苷酸是立体控制的。在一些实施例中,给定ASO内的核苷酸是立体控制的,以便使ASO立体纯。在一些实施例中,给定的ASO是立体控制和立体无规核苷酸的组合。
在一些ASO中,对糖部分、核碱基、核苷酸间键和/或立体控制的核苷酸的一些修饰可能被安排在产生ASO的特定基序的区域中。在一些实施例中,ASO包括至少两个区域。在一些实施例中,ASO包括三个区域:一个区域靠近ASO的5′末端,一个区域靠近ASO的3′末端,以及两个其他区域之间的间隙区域。这种类型的排列被称为间隔基序。每个基序的长度可以等于ASO内其他基序的长度,或者每个基序的长度可以独立于ASO内其他基序的长度。在一些实施例中,ASO中的一个或多个糖部分被修饰,使得ASO的一个区域中糖部分的块不同于ASO的不同区域中糖部分的块。在一些实施例中,ASO包含以间隔基序排列的经修饰的糖部分。在一些实施例中,ASO中的一个或多个核碱基被修饰,使得ASO的一个区域中核碱基的块不同于ASO的不同区域中核碱基的块。在一些实施例中,ASO包含以间隔基序排列的经修饰的核碱基。在一些实施例中,ASO中的一个或多个核苷酸间键被修饰,使得ASO的一个区域中核苷酸间键的块不同于ASO的不同区域中核苷酸间键的块。在一些实施例中,给定的ASO包含以间隔基序排列的经修饰的核苷酸间键。在一些实施例中,ASO中的一个或多个立体控制的核苷酸被修饰,使得ASO的一个区域中立体控制的核苷酸的块不同于ASO的不同区域中立体控制的核苷酸的块。在一些实施例中,ASO包含以间隔基序排列的立体控制的核苷酸。在一些实施例中,ASO具有多于一个的基序。在一些实施例中,ASO具有多于一个的相互独立的基序。
制造反义寡核苷酸
根据本披露内容使用的反义分子可以通过熟知的固相合成技术来制备。用于这种合成的设备可从几个来源获得,包括例如应用生物系统公司(Applied Biosystems)(加利福尼亚州的福斯特城(Foster City,Calif.))。一种在经修饰的固体支持物上合成寡核苷酸的方法描述于美国专利号4,458,066中。
另外或可替代地,可以采用本领域已知的用于这种合成的任何其他方法。熟知的是,使用类似的技术来制备寡核苷酸,如硫代磷酸酯和烷基化衍生物。在一个这样的自动化实例中,二乙基-亚磷酰胺被用作起始材料,并且可以如Beaucage等人,TetrahedronLetters[四面体快报],22:1859-1862(1981)所述进行合成。
在一些实施例中,ASO以某种方式合成,使得ASO的所有核苷酸都是立体纯的。
在一些实施例中,ASO是体外合成的,并且不包括生物来源的反义组合物。在一些实施例中,ASO还可以与其他分子、分子结构或化合物的混合物(例如脂质体、脂质、用于辅助摄取、分布和/或吸收的受体靶向分子)混合、包封、缀合或以其他方式缔合。关于合成根据一些实施例的某些ASO的进一步信息包括在以下实例中。
在前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃的方法
在一些实施例中,ASO用于在CD33前mRNA的加工过程中诱导外显子2跳跃。在一些实施例中,本文披露的至少一种ASO用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33前mRNA中的外显子2跳跃。在一些实施例中,将至少一种ASO引入细胞,其中该至少一种ASO包含SEQ ID NO:1的全部或一部分,其中ASO与CD33基因的靶区域杂交,并且其中ASO在CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。在一些实施例中,被施用以在前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃的ASO包含SEQ ID NO:2-15、36-39、82、83、96、97、128、132、135、136、183、184、190、196或197之一。
在一些实施例中,该至少一种ASO作为所谓的″裸″ASO单独施用。在一些实施例中,该至少一种裸ASO是体外合成的。在一些实施例中,将至少一种裸ASO引入细胞中,以直接与CD33基因的靶区域杂交,从而在前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
将″裸″ASO或编码ASO的表达载体引入细胞的某些方法是本领域熟知的。在一些实施例中,ASO或编码ASO的表达载体可以通过使用已知转染剂进行转染而被引入。在一些实施例中,使用赋形剂或转染剂有助于将ASO或编码如本文所定义的ASO的表达载体递送至细胞和/或细胞内。在一些实施例中,赋形剂或转染剂能够形成复合物、纳米颗粒、胶束、囊泡和/或脂质体,其通过细胞膜递送复合或截留在囊泡或脂质体中的每种ASO或编码如本文所定义的每种ASO的表达载体。这些赋形剂中的许多是本领域已知的。适合的赋形剂或转染剂包括LipofectAMINETM 2000(英杰公司(Invitrogen))、Endo-Porter肽、聚乙烯亚胺(PEI;ExGen500(MBI Fermentas公司))或其衍生物,或类似的阳离子聚合物,包括聚丙烯亚胺或聚乙烯亚胺共聚物(PEC)和衍生物、合成的两亲物(SAINT-18)、LipofectinTM、DOTAP和/或病毒衣壳蛋白,它们能够自组装成可以将如本文所定义的每种ASO递送至细胞的颗粒。此类赋形剂已被证明能有效地将寡核苷酸(如ASO)递送至多种经培养的细胞。就整体细胞存活而言,它们的高转染潜力与预期的低至中等毒性相结合。结构修饰的简易性可以用于允许进一步修饰和分析其进一步的(体内)核酸转移特征和毒性。
在一些实施例中,ASO以表达载体的形式施用,其中表达载体编码包含ASO序列的RNA转录物。当置于有助于经编码ASO表达的条件下时,表达载体可以表达经编码的ASO,其可以与CD33基因的靶区域杂交,以在前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。表达载体可以是病毒或非病毒载体。在一些实施例中,提供了一种基于质粒的表达载体,其包含驱动ASO表达或转录以重定向剪接的表达盒或转录盒。
在一些实施例中,可以通过质粒衍生的ASO表达或由基于巨细胞病毒、腺病毒或腺相关病毒的载体提供的病毒表达,为细胞提供ASO以重定向剪接。在一些实施例中,表达可以由RNA聚合酶II启动子(Pol II)(如U7 RNA启动子)或RNA聚合酶III(Pol III)启动子(如U6 RNA启动子)驱动。在一些实施例中,递送媒介物是表达载体。在一些实施例中,质粒和人工染色体可用于靶向同源重组,并且整合到人类细胞基因组中可用于递送ASO以重定向剪接。
治疗方法
本文披露了治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,这些方法包括施用至少一种本文披露的ASO。在一些实施例中,这些方法包括施用治疗有效量的至少一种本文披露的ASO。在一些实施例中,这些方法包括施用治疗有效量的至少一种ASO,该ASO与SEQ ID NO:1的全部或一部分杂交。在一些实施例中,这些方法包括施用治疗有效量的至少一种ASO,该ASO包含SEQ ID NO:2-10之一。在一些实施例中,神经退行性疾病的特征在于CD33基因的突变。在一些实施例中,神经退行性疾病的特征在于异常的小胶质细胞表型。在一些实施例中,神经退行性疾病是阿尔茨海默病、微纤维痛或多发性硬化症。
在一些实施例中,施用至患有神经退行性疾病的受试者的ASO可以在药物组合物中施用。在一些实施例中,在药物组合物中施用的ASO的量可以取决于被治疗的受试者、受试者的体重、施用方式和处方医生的判断。例如,在一些实施例中,给药方案可以包括以约1μg至约1000mg的感知剂量每日或半日施用药物组合物。在一些实施例中,可以采用药物组合物剂量的间歇施用,如按月或按年。根据标准给药方案,在一些实施例中,医生将容易地确定最佳剂量,并且将能够容易地修改施用以实现这样的剂量。
本文披露的化合物或组合物的治疗有效量可以通过化合物的治疗效果来测量。然而,在一些实施例中,剂量可以根据患者的要求、所治疗病症的严重程度和所使用的化合物而变化。在一些实施例中,所披露化合物的治疗有效量足以建立最大血浆浓度。在一些实施例中,例如根据动物测试所确定的初步剂量,以及用于人类施用的剂量比例是根据本领域接受的实践进行的。
在一些实施例中,毒性和治疗功效可以通过细胞培养物或实验动物中的标准制药程序来确定,例如,用于确定LD50(对50%的群体致死的剂量)和ED50(对50%的群体治疗有效的剂量)。毒性和治疗效果之间的剂量比是治疗指数,并且它可以表示为LD50/ED50的比率。在一些实施例中,表现出大治疗指数的组合物是期望的。
在一些实施例中,从细胞培养测定或动物研究中获得的数据可以用于配制用于人类的剂量范围。在一些实施例中,使用本领域已知的转化因子,可以将在一种动物模型中实现的治疗有效剂量转化用于另一种动物,包括人类(参见例如,Freireich等人,CancerChemother.Reports[癌症化疗报告]50(4):219-244(1966))。
本文的ASO可以在药物组合物中施用,该药物组合物包含治疗有效量的ASO以及药学上可接受的赋形剂、稀释剂、防腐剂、增溶剂、乳化剂、佐剂和/或载体。在一些实施例中,此类组合物包括各种缓冲液含量(例如,Tris-HCl、乙酸盐、磷酸盐)、pH和离子强度的稀释剂,以及添加剂,如洗涤剂和增溶剂(例如,吐温80、聚山梨醇酯80)、抗氧化剂(例如,抗坏血酸、焦亚硫酸钠)、防腐剂(例如,硫柳汞(Thimersol)、苯甲醇)和散装物质(例如,乳糖、甘露醇)。在一些实施例中,该材料可以被掺入聚合化合物(如聚乳酸、聚乙醇酸等)的颗粒制剂中或脂质体中。在一些实施例中,也可以使用透明质酸。此类组合物可以影响本发明ASO和衍生物的物理状态、稳定性、体内释放速率和/或体内清除速率。在一些实施例中,组合物可以以液体形式,或者可以以干燥粉末,如冻干形式制备。
施用
在一些实施例中,可以根据制药工业中熟知的技术制备用于施用的包含ASO和药学上可接受的载体或赋形剂的药物组合物。在一些实施例中,此类技术包括将ASO与载体和/或一种或多种赋形剂结合成单位剂型的缔合物。
在一些实施例中,适于口服施用的组合物可以以离散的单位存在,如胶囊、扁囊剂、锭剂或片剂,每种均含有预定量的本披露内容化合物,作为粉末或颗粒;作为在水性或非水性液体中的溶液或悬浮液;或者作为水包油或油包水乳液。在一些实施例中,此类配制品可以通过任何适合的方法制备,该方法包括以下步骤:将作为活性化合物的本披露内容的至少一个实施例与至少一种载体或赋形剂(其可以构成一种或多种辅助成分)结合。在一些实施例中,该至少一种载体在与配制品的其他成分相容的意义上是可接受的,并且对接受者无害。在一些实施例中,载体可以是固体或液体,或二者,并且可以与作为活性化合物的至少一种本文所述的化合物一起配制成单位剂量配制品(例如,片剂),该配制品可以含有按重量计约0.05%至约95%的至少一种活性化合物。在一些实施例中,还可以存在其他药理学活性物质,包括其他化合物。在一些实施例中,本披露内容的配制品可以通过任何熟知的药学技术来制备,主要包括混合各组分。
对于固体组合物,在一些实施例中,常规的无毒固体载体包括,例如,药物级的甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、滑石、纤维素、葡萄糖、蔗糖、碳酸镁等。在一些实施例中,液体药理学施用组合物可以例如通过以下来制备:例如将至少一种如本文所述的本披露内容的活性化合物和任选的药用佐剂溶解或分散在赋形剂(例如像水、盐水、含水葡萄糖、甘油、乙醇等)中,从而形成溶液或悬浮液。一般而言,在一些实施例中,适合的配制品可以通过以下来制备:将至少一种本披露内容的活性化合物与液体或细分的固体载体或二者均匀且密切地混合,然后,如果期望,将产品成型。例如,在一些实施例中,片剂可以通过压制或模制本披露内容的至少一个实施例的粉末或颗粒来制备,其可以任选地与一种或多种辅助成分组合。在一些实施例中,压制片剂可以通过在适合的机器中压制呈自由流动形式(如粉末或颗粒)的本披露内容的至少一个实施例来制备,其可以任选地与粘合剂、润滑剂、惰性稀释剂和/或一种或多种表面活性剂/分散剂混合。在一些实施例中,模制片剂可以通过在适合的机器中模制来制备,其中本披露内容的至少一个实施例的粉末形式用惰性液体稀释剂润湿。
在一些实施例中,适于口腔(舌下)施用的配制品包括锭剂和软锭剂,这些锭剂在调味基质(例如,蔗糖和阿拉伯胶或黄蓍胶)中包含本披露内容的至少一个实施例,并且这些软锭剂在惰性基质(如明胶和甘油或蔗糖和阿拉伯胶)中包含至少一种化合物。
在一些实施例中,适于胃肠外施用的配制品包含本披露内容的至少一个实施例的无菌水性制剂,其与预期接受者的血液大致等渗。在一些实施例中,这些制剂是静脉内施用的,尽管施用还可以通过皮下、肌内、腹膜内、脑室内或皮内注射进行。在一些实施例中,这些制剂经由渗透泵施用。在一些实施例中,此类制剂可以通过将本文所述的至少一个实施例与水混合并使所得溶液无菌并与血液等渗来方便地制备。在一些实施例中,根据本披露内容的可注射组合物可以含有约0.1至约5%w/w的活性化合物。
在一些实施例中,适于直肠施用的配制品以单位剂量栓剂的形式存在。在一些实施例中,这些可以通过以下来制备:将至少一个如本文所述的实施例与一种或多种常规固体载体(例如,可可脂)混合,然后将所得混合物成型。
在一些实施例中,适于皮肤局部应用的配制品可以采取软膏、乳膏、洗剂、糊剂、凝胶、喷雾剂、气雾剂或油的形式。在一些实施例中,可以使用的载体和赋形剂包括凡士林、羊毛脂、聚乙二醇、醇及其两种或更多种的组合。在一些实施例中,ASO通常以组合物的约0.1%至约15%w/w(例如,约0.5%至约2%)的浓度存在。
实例
以下实例用于更全面地描述本发明。它们是为了说明的目的,并不意味着以任何方式限制本发明。
缩写
ASO:反义寡核苷酸
DNA:脱氧核糖核酸
cDNA:互补脱氧核糖核酸
RNA:核糖核酸
mRNA:信使核糖核酸
PMO:二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物
MOE:甲氧基乙基
LOAD:迟发型阿尔茨海默病
SNP:单核苷酸多态性
PNA:肽核酸
DOTAP:1,2二油酰3三甲基铵丙烷
PEI:聚乙烯亚胺
PEC:聚乙烯亚胺共聚物
HRMS:高分辨率质谱
MW:分子量
SP:立体纯的
UPLC:超高效液相色谱法
MS:质谱法
MTBE:甲基叔丁基醚
DCM:二氯甲烷
TFA:三氟乙酸
RT:室温
H:小时
Min:分钟
EtOAc:乙酸乙酯
HPRT1:次黄嘌呤磷酸核糖转移酶1
GAPDH1:甘油醛3磷酸脱氢酶1
NTC:非靶对照
WP:孔板
Bz-苯甲酰
CE-2-氰乙基
Trt-三苯甲基
iPr-异丙基
Sar-肌氨酸
ESI-TOF-MS-电喷雾电离-飞行时间质谱
实例1:减少或干扰全长CD33
据报道,SNP rs3865444与单核细胞表面上CD33的外显子2跳跃增加和全长CD33水平降低相关。当使用Somascan技术测量时,发现该等位基因与人脑脊液(CSF)和血浆中全长CD33的水平降低相关(图1)。在阿尔茨海默病神经成像倡议(ADNI)的一项研究中,发现该等位基因与脑室容积减少和中颞叶(midtemporal)容积增加相关,这二者都与阿尔茨海默病的保护一致(图2)。此外,在纵向分析中,该等位基因与阿尔茨海默病评估量表(ADAS)11、简易精神状态检查(MMSE)、雷伊听觉语言学习测试(RAVLT)即刻、试验制作测试-B(TRABSCOR)、功能活动问卷(FAQ)、18F-氟脱氧葡萄糖正电子发射断层扫描(FDG PET)、脑室容积、梭状回和中颞叶容积的斜率改善相关(图3),表明对该疾病有保护作用。
另一方面,rs201074739是CD33基因外显子3中4个碱基对的缺失。这导致开放阅读框中的移码和提前翻译终止。当使用SomaScan技术测量时,插入缺失与人CSF和血浆中全长CD33的水平降低相关(图4)。然而,到目前为止,这种插入缺失与该疾病风险的降低不相关。此外,它与脑室容积增加和更差的功能活动问卷(FAQ)得分相关,表明有害影响(图2)。
因此,成功诱导CD33的外显子2跳跃可能具有治疗益处。
实例2:通用ASO公式
设计PMO寡核苷酸用于筛选。下表1和表3中列出的经设计的寡核苷酸由基因工具有限责任公司(GeneTools LLC)(www.gene-tools.com)制备。表1列出了排名靠前的PMO寡核苷酸及其去卷积MS数据。表3包括表1中排名靠前的PMO寡核苷酸,以及其他PMO寡核苷酸。下表1和表3中列出的所有PMO寡核苷酸在5′末端处都含有二酰胺磷酸酯连接的肌氨酸接头(Sar)。下表1和表3中的所有PMO寡核苷酸都是用未修饰的胞嘧啶PMO核苷酸合成的。下表1和表3中列出的所有PMO寡核苷酸都具有立体无规核苷酸间键,因此被称为立体无规PMO寡核苷酸。下表1和表3中列出的PMO寡核苷酸的通式是:
表1
设计MOE寡核苷酸用于筛选。下表2和4中列出的经设计的寡核苷酸由综合基因技术公司(Integrated DNA Technologies)(www.idtdna.com)或基因设计公司(GeneDesign)(味之素生物制药公司(Ajinomoto Bio Pharma),https://ajibio-pharma.com/)制备。表2列出了排名靠前的MOE序列及其去卷积MS数据。下表2和4中列出的所有MOE寡核苷酸在5′末端处都含有羟基。除非有说明,否则下表2和4中列出的所有MOE寡核苷酸都含有带有硫代磷酸酯主链的2′-O-MOE修饰的核糖核苷酸。下表2和4中列出的所有MOE寡核苷酸都是用5-甲基胞嘧啶2′-O-MOE核糖核苷酸合成的。下表2和4中列出的所有MOE寡核苷酸都具有立体无规核苷酸间键,因此被称为立体无规MOE寡核苷酸。描绘为游离形式的在表2和4中列出的MOE寡核苷酸的通式是:
表2
实例3:PMO-302(立体纯核苷酸间键(Sp))的合成
具有未官能化5′-OH的立体纯PMO-302寡核苷酸(CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG(SEQ ID NO:2))的合成。
用于合成PMO-302的单体如下:(在WO 2017024264A2中报道):
具有5′-OH和立体纯核苷酸间键的PMO-302的合成:
2-聚体合成:
除非另有说明,否则所有液体成分都是经由适当大小的注射器添加的。所有反应都在N2气氛下进行。过滤和后处理是在露天进行的。在玻璃烧结漏斗上进行过滤。
装有胺((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(130mg)的烧瓶配备有搅拌棒和橡胶隔片。用氮气交换气氛并喷雾。5分钟后,在室温下经由注射器添加1,3-二甲基-2-咪唑啉酮(2.2mL),随后是1,2,2,6,6-五甲基哌啶(164μL),并且使混合物形成溶液。一次性添加固体((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(219mg),并用橡胶隔片密封烧瓶。继续搅拌3小时,并通过UPLC MS监测反应。完成后,在搅拌的同时,在1分钟内添加MTBE(11.7mL)。在接近添加结束时形成了沉淀物。添加正庚烷(10mL)。使油状混合物沉降10分钟。当重油沉降时,通过倾析将混浊的上清液转移到30mL小瓶中并离心。这在底部形成了另外的油状残留物。通过倾析除去溶剂,并通过溶解在1mL DCM中合并两种油状残留物,并且通过快速色谱法用在DCM中的0-5%MeOH进行纯化。在真空下干燥含有所期望产物的级分,以获得为白色泡沫的((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基一2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(270mg)。MS(ESI)m/z:[M+H]+针对C60H58N9O10P的计算值:1096.40;实测值:1096.53。
2-聚体的去保护:
向装有((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(350mg)的烧瓶中添加DCM(3.5mL)。在室温下经由注射器添加乙醇(186μL)。在室温下,在30秒内滴加TFA(160μL)。搅拌30分钟,并通过UPLC-MS进行监测。完成后,用注射器在1分钟内添加MTBE(14mL)。将悬浮液搅拌10分钟,然后超声处理。用烧结过滤漏斗过滤,并用10mL(2x 5mL)MTBE冲洗。将固体干燥,转移到新的烧瓶中,然后通过添加DCM(3.5mL)进行溶解。经由注射器添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(292μL)。室温下10分钟后,在1分钟内添加MTBE(15.8mL)。形成了白色固体。10分钟后,将浆液超声、过滤并用MTBE(例如2x 10mL)冲洗。在气流下干燥20分钟,并在真空下干燥1小时,以获得((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(243mg)。MS(ESI)m/z:[M+H]+针对C41H44N9O10p的计算值:854.29;实测值:854.65。
3-聚体合成:
在氮气下,向装有((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(215mg)的烧瓶中添加1,3-二甲基-2-咪唑啉酮(2mL)和1,2,2,6,6-五甲基哌啶(138μL)。2分钟后,添加((2S,6R)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基-(R)-二甲基磷酰胺氯化物(169mg),并将反应在室温下搅拌3小时。完成后,添加乙酸乙酯(2.6mL),然后添加MTBE(14mL)。过滤所得的白色沉淀物,用MTBE(2x 5mL)冲洗,并在真空下干燥,以获得((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(二甲氨基)(((2S,6R)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲氧基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(350mg)。MS(ESI)m/z:[M+H]+针对C72H77N13O15P2的计算值:1426.51;实测值:1427.74。
3-聚体的去保护:
向烧瓶中添加((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(二甲氨基)(((2S,6R)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲氧基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(350mg)和DCM(4.2mL)。添加乙醇(143μL),然后在室温下缓慢添加TFA(95μL)。将反应混合物在室温下搅拌2小时。完成后,添加MTBE(15mL)。过滤固体并用MTBE(10mL)冲洗。将固体干燥,然后转移到烧瓶中,并通过添加DCM(2.7mL)溶解。在室温下添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(224μL),并将反应混合物在室温下搅拌10分钟。添加MTBE(15mL),并且将所得浆液搅拌10分钟并进行超声处理。过滤,并用MTBE(10mL)冲洗。获得为游离碱的三聚体(297mg)。MS(ESI)m/z:[M+H]+针对C53H63N13O15P2的计算值:1184.40;实测值:1185。
4-聚体合成:
向烧瓶中添加((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(二甲氨基)(((2S,6R)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(292mg),并用氮气吹扫烧瓶。添加1,3-二甲基-2-咪唑啉酮(2.9mL),然后添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(135μL)。一次性添加((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(207mg),并将反应在室温下搅拌至少1小时,通过HPLC-MS监测反应完成。装入乙酸乙酯(2.9mL),随后是MTBE(14mL)。将浆液搅拌15分钟并过滤,用2x 5mL MTBE洗涤。将所得固体在真空下干燥1O分钟,然后收集到新的烧瓶中,在真空下干燥,以得到430mg 4-聚体。MS(ESI)m/z:[M+H]+针对C90H99N18O20P3的计算值:1846.65;实测值:1847。
4-聚体的去保护:
向烧瓶中添加((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基一2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(430mg)。
添加DCM(4.3mL)和乙醇(272μL)。在溶液形成后,添加TFA(135μL)。当通过HPLC分析认为反应完成时,将反应混合物搅拌2.5小时。在1分钟内添加乙酸乙酯(3.0mL)和MTBE(10.8mL)。在添加MTBE过程中形成了固体沉淀物。在MTBE添加完成后,将固体搅拌10分钟并超声处理三次。过滤并用2x 5mL MTBE冲洗。将固体干燥,然后溶解在DCM(4.3mL)中,并用1,2,2,6,6-五甲基哌啶(319μL)处理。5分钟后,通过在1分钟内添加乙酸乙酯(3.0mL)和MTBE(10.8mL),沉淀出所期望产物。过滤固体,用MTBE冲洗并在真空下干燥过夜,以得到((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(330mg)。MS(ESI)m/z:[M+H]+针对C71H85N18O20P3的计算值:1603.54;实测值:1605。
5-聚体合成:
向装有((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(330mg)的烧瓶中添加1,3-二甲基-2-咪唑啉酮(3.3mL)和1,2,2,6,6-五甲基哌啶(113μL)。在残留物完全溶解后,在室温下添加((2S,6R)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(178mg)。将反应混合物在室温下搅拌5小时,然后添加乙酸乙酯(6.6mL)和MTBE(13.2mL)。将白色沉淀物过滤并干燥。将固体溶解在2mL DCM中,并通过自动化硅胶色谱在25g柱上用在DCM中的0-20%MeOH纯化。得到345mg所期望产物5-聚体。MS(ESI)m/z:针对C109H121N25O24P4的计算值:[(M+2H)/2]+1145.4;实测值:1145.6。
5-聚体的去保护:
向烧瓶中添加((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(328mg)。添加DCM(3.1mL),然后添加乙醇(167μL)。在室温下添加TFA(66.2μL)并在室温下搅拌3小时。添加另外的3滴(大约15μL)TFA。通过HPLC-MS监测反应,并在完成(起始材料峰消失)后,添加乙酸乙酯(11.8mL),随后搅拌5分钟。过滤并用EtOAc(2mL)和MTBE(5mL)冲洗。在母液中形成了另外的固体,其也通过第二次过滤收获。将合并的固体置于反应烧瓶中。添加DCM(2.3mL)和1,2,2,6,6-五甲基哌啶(209μL)。搅拌15分钟,然后添加EtOAc(2.6mL)和MTBE(10.5mL)。过滤所得固体,并用2x 3mL MTBE冲洗,然后在真空下干燥,收集以得到280mg去保护的5-聚体。MS(ESI)m/z:针对C90H107N25O24P4的计算值:[(M+2H)/2]+1023.8;实测值:1024.12。
6-聚体合成:
向装有((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(265mg)的烧瓶中添加1,3-二甲基-2-咪唑啉酮(2.7mL)。添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(71.0μL)。在室温下,添加为固体的((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(108mg)。在室温下3小时后,如通过HPLC分析判断完成后,分别在2-3分钟内添加EtOAc(5.3mL)和MTBE(10.6mL)。过滤并用2x 3mL MTBE冲洗。在用气流干燥2-3分钟后,固体变成粘性物质。将固体转移到装有10mL DCM的同一烧瓶中,并在真空下浓缩。分离((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(354mg)。MS(ESI)m/z:针对C127H143N30O29P5的计算值:[M+2H/2]+1354.97;实测值:1354.73。
6-聚体的去保护:
向装有来自前一步骤的干燥蒸发固体(6-聚体)的烧瓶中添加DCM(3.2mL)和乙醇(155μL)。在固体完全溶解后,添加TFA(71.7μL)。将混合物搅拌2小时,并且根据HPLC分析,反应未完成。添加另外的50μL TFA并继续搅拌另外的6小时。添加EtOAc(2.9mL),然后添加MTBE(11mL)。过滤所得固体,并用4:1MTBE/EtOAc(12mL)冲洗。分离((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(295mg)。MS(ESI)m/z:针对C108H129N30O29P5的计算值:[(M+2H)/2]+1233.92;实测值:1233.68。
7-聚体的合成:
在室温下,向装有((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(295mg)的烧瓶中添加1,3-二甲基-2-咪唑啉酮(2.9mL),然后添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(65.6μL)。在室温下,添加((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物作为固体(100mg)。将反应在室温下搅拌3小时。在通过HPLC分析完成后,分别在2-3分钟内添加EtOAc(5.9mL)和MTBE(11.8mL)。过滤固体并用2x5mL MTBE冲洗。在用气流干燥2-3分钟后,将固体转移到烧瓶中,并在真空下干燥1小时,以得到7-聚体(430mg)。MS(ESI)m/z:针对C145H165N35O34P6的计算值:[(M+2H)/2]+1564.85;实测值:1564.77。
7-聚体的去保护:
向装有((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(374mg)的烧瓶中添加DCM(3.0mL)和乙醇(140μL)。在室温下,在30秒内滴加TFA(138μL)。30分钟后,添加EtOAc(7.5mL)并添加MTBE(7.5mL)。过滤并用2x3 mL MTBE冲洗。将固体在过滤漏斗中在气流下干燥,然后转移到烧瓶中。溶解在DCM(3.9mL)和EtOH(140μL)中,并添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(109μL)。10分钟后,用添加的EtOAc(7.5mL)和MTBE(7.5mL)处理溶液。过滤所得固体并用2x 3mL MTBE冲洗。将固体在漏斗中干燥,然后转移到烧瓶中,在真空下干燥,以获得总((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((S)-(((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)甲氧基)(二甲氨基)磷酰基)吗啉-2-基)苯甲酸甲酯(345mg)。MS(ESI)m/z:针对C126H151N35O34P6的计算值:[(M+2H)/2]+1443.48;实测值:1444。
从8-聚体至25-聚体,通用程序用于偶联、去保护和游离碱化:
用于偶联的通用程序A:向装有干燥PMO寡核苷酸(游离碱PMO寡核苷酸)(1重量,1当量)的烧瓶中添加1,3-二甲基-2-咪唑啉酮(与游离碱PMO寡核苷酸相比为6-10体积),然后添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(3-5当量)。搅拌并超声混合物,直到所有固体溶解。在N2气氛下一次性添加活化的单聚体(R)-二甲基磷酰胺氯化物(1.3-2.5当量)作为固体。将反应混合物搅拌最少3小时(在15-25聚体的阶段为18-24小时),并通过UPLC MS监测完成情况(通过UV为>99.5%目标或未检测到起始材料质量)。如果没有达到目标转化标准,则可以添加另外的(R)-二甲基磷酰胺氯化物。完成后,向反应混合物中装入EtOAc(10-40体积)和MTBE(与游离碱PMO寡核苷酸相比为10-40体积),以形成白色沉淀物。将固体在烧结漏斗上过滤,用EtOAc/MTBE 1∶1冲洗,在真空下干燥并收集,以提供″三苯甲基保护的PMO寡核苷酸″用于下一步。总收率90-100%。
三苯甲基去保护和游离碱化的通用程序B:
如下制备三苯甲基解封溶液:向烧瓶中依次添加DCM(8mL)、2,2,2-三氟乙醇(2mL)、4-氰基吡啶(100mg)、乙醇(100μL)和三氟乙酸(105mg)。混合该溶液,直到所有组分溶解,然后原样用于去保护。
步骤1-三苯甲基去保护:向装有″三苯甲基保护的PMO寡核苷酸″(1重量,1当量)的烧瓶中添加三苯甲基解封溶液(与三苯甲基保护的PMO寡核苷酸质量相比为8体积)。将反应混合物搅拌5-30分钟,并通过UPLC MS监测。完成(>99.5%目标)后,添加EtOAc(10-40体积)和MTBE(10-40体积)以形成白色沉淀物。将固体在烧结漏斗上过滤,用EtOAc/MTBE 1∶1冲洗,在真空下干燥并收集,以提供″TFA盐PMO寡核苷酸″用于下一步。
步骤2-游离碱化:向装有″TFA盐PMO寡核苷酸″(1重量,1当量)的烧瓶中添加DCM(与TFA盐PMO寡核苷酸质量相比为7-10体积)和EtOH(0.3-0.5体积)。用1,2,2,6,6-五甲基哌啶(5当量)处理该溶液。将反应混合物搅拌5-10分钟,然后用EtOAc(10-40体积)和MTBE(10-40体积)处理,以形成白色沉淀物。用EtOAc/MTBE 1:1冲洗固体,在真空下干燥并收集用于下一步。
偶联到8-聚体:
使用通用程序A:7-聚体(340mg)与((2S,6R)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(86mg)的反应得到8-聚体(403mg)。MS(ESI)m/z:针对C157H184N39O39P7的计算值:[M+2H/2]+1730.09;实测值:1730。
8-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的8-聚体(380mg)的反应得到游离碱8-聚体(353mg)。MS(ESI)m/z:针对C138H170N39O39P7的计算值:[M+2H/2]+1608.53;实测值:1609。
偶联到9-聚体:
使用通用程序A:8-聚体(370mg)与((2S,6R)-6-(6-(2-氰基乙氧基)-2-异丁酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(105mg)的反应得到9-聚体(453mg)。
9-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的9-聚体(453mg)的反应得到游离碱9-聚体(411mg)。
偶联到10-聚体:
使用通用程序A:9-聚体(405mg)与((2S,6R)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(80mg)的反应得到10-聚体(469mg)。MS(ESI)m/z:针对C188H230N51O49P9的计算值:[M+3H/3]+1422.8;实测值:1423.3。
10-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的10-聚体(450mg)的反应得到游离碱10-聚体(435mg)。
偶联到11-聚体:
使用通用程序A:10-聚体(435mg)与((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(98mg)的反应得到11-聚体(512mg)。
11-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的11-聚体(500mg)的反应得到游离碱11-聚体(481mg)。
偶联到12-聚体:
使用通用程序A:11-聚体(481mg)与((2S,6R)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(102mg)的反应得到12-聚体(525mg)。
12-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的12-聚体(525mg)的反应得到游离碱12-聚体(490mg)。
偶联到13-聚体:
使用通用程序A:12-聚体(484mg)与((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(86mg)的反应得到13-聚体(550mg)。
13-聚体的去保护:
/>
使用通用程序B:三苯甲基保护的13-聚体(550mg)的反应得到游离碱13-聚体(550mg)。
偶联到14-聚体:
使用通用程序A:13-聚体(550mg)与((2S,6R)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(94mg)的反应得到14-聚体(621mg)。
14-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的14-聚体(621mg)的反应得到游离碱14-聚体(596mg)。
偶联到15-聚体:
使用通用程序A:14-聚体(596mg)与((2S,6R)-6-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(84mg)的反应得到15-聚体(655mg)。MS(ESI)m/z:针对C274H337N79O72P14的计算值:[M+4H/4]+1581.28;实测值:1582。
15-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的15-聚体(650mg)的反应得到游离碱15-聚体(613mg)。MS(ESI)m/z:针对C255H323N79O72P14的计算值:[M+4H/4]+1520.76;实测值:1521。
偶联到16-聚体:
使用通用程序A:15-聚体(613mg)与((2S,6R)-6-(6-(2-氰基乙氧基)-2-异丁酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(103mg)的反应得到16-聚体(680mg)。
16-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的16-聚体(680mg)的反应得到游离碱16-聚体(623mg)。
偶联到17-聚体:
使用通用程序A:16-聚体(623mg)与((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(93mg)的反应得到17-聚体(690mg)。
17-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的17-聚体(690mg)的反应得到游离碱17-聚体(670mg)。
偶联到18-聚体:
使用通用程序A:17-聚体(673mg)与((2S,6R)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(98mg)的反应得到18-聚体(740mg)。
18-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的18-聚体(739mg)的反应得到游离碱18-聚体(675mg)。
偶联到19-聚体:
使用通用程序A:18-聚体(675mg)与((2S,6R)-6-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(127mg)的反应得到19-聚体(735mg)。
19-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的19-聚体(735mg)的反应得到游离碱19-聚体(732mg)。
偶联到20-聚体:
/>
使用通用程序A:19-聚体(732mg)与((2S,6R)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(135mg)的反应得到20-聚体(790mg)。MS(ESI)m/z:针对C367H452N111O95P19的计算值:[M+5H/5]+1706;实测值:1707。
20-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的20-聚体(790mg)的反应得到游离碱20-聚体(743mg)。MS(ESI)m/z:针对C348H438N111O95P19的计算值:[M+5H/5]+1657.6;实测值:1658。
偶联到21-聚体:
使用通用程序A:20-聚体(743mg)与((2S,6R)-6-(6-(2-氰基乙氧基)-2-异丁酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(129mg)的反应得到21-聚体(795mg)。
21-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的21-聚体(800mg)的反应得到游离碱21-聚体(756mg)。
偶联到22-聚体:
使用通用程序A:21-聚体(753mg)与((2S,6R)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(137mg)的反应得到22-聚体(806mg)。
22-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的22-聚体(806mg)的反应得到游离碱22-聚体(785mg)。
偶联到23-聚体:
使用通用程序A:22-聚体(780mg)与((2S,6R)-6-(2-异丁酰胺基-6-氧代-1,6-二氢-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(161mg)的反应得到23-聚体(837mg)。
23-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的23-聚体(837mg)的反应得到游离碱23-聚体(830mg)。
偶联到24-聚体:
使用通用程序A:23-聚体(830mg)与((2S,6R)-6-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(177mg)的反应得到24-聚体(800mg)。
24-聚体的去保护:
使用通用程序B:三苯甲基保护的24-聚体(800mg)的反应得到游离碱24-聚体(793mg)。
偶联到25-聚体:
使用通用程序A:24-聚体(793mg)与((2S,6R)-6-(2-异丁酰胺基-6-氧代-1,6-二氢-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基(R)-二甲基磷酰胺氯化物(150mg)的反应得到25-聚体(818mg)。MS(ESI)m/z:针对C456H571N147O118P24的计算值:[M+7H/7]+1535.53;实测值:1535.56。
25-聚体的碱基去保护:
在氮气气氛下,向装有25-聚体(710mg)的100mL烧瓶中添加甲醇(19.5mL)和28%含水氢氧化铵(19.5mL)。将反应混合物在50℃下搅拌2天,从而得到澄清溶液。然后在35℃下,将溶液在真空下蒸发至体积为约20mL。将轻微浑浊的混合物通过塑料烧结漏斗过滤,并用约5-10mL水冲洗,以将总体积调整为25mL。使用以下条件,将所得溶液用于通过反相HPLC进行的纯化。蒸发所期望的峰级分,以得到总量148mg的去保护的带有三苯甲基(Trityl-on)的25-聚体,为白色固体。MS(ESI)m/z:针对C308H464N144O96P24的计算值:[M+1H]+8462.97;实测值:8463.00(反卷积HRMS谱)。
三苯甲基保护的PMO的纯化条件:
25-聚体的三苯甲基去保护:
向装有三苯甲基保护的25-聚体(3.7mg)的小瓶中添加0.1M磷酸(250μL)。当认为反应完成(UPLC MS的两次连续检查显示起始材料峰转化为较早的洗脱峰)时,将小瓶在室温下搅拌4小时。添加0.1M氢氧化铵(250μL),并通过0.2μM的注射器过滤器过滤。用0.4mL水冲洗过滤器,并收集到小瓶中。使用下表中的方法通过反相HPLC纯化样品。将所期望的级分合并,并在真空下蒸发,然后冻干,以得到所期望产物1.2mg的25-聚体PMO(PMO-302)。MS(ESI)m/z:针对C289H450N144O96P24的计算值:[M+1H]+8220.86;实测值:8220.87(反卷积HRMS谱)。
完全去保护的PMO的纯化条件:
实例4:CD33外显子2靶向寡核苷酸的剪接调节特性的评估:
不同的技术可以用于使用各种人、小鼠和非人灵长类细胞系评估CD33靶向寡核苷酸的活性/特性。
体外测定方法:
将U-188MG(人胶质母细胞瘤细胞系)和人iCell小胶质细胞用于筛选CD33外显子2跳跃的ASO(CD33寡核苷酸)。U-118MG细胞系购自美国标准生物品收藏中心(ATCC)。iCell小胶质细胞购自Fujifilm(Cellular Dynamics(细胞动力公司))。两种细胞模型均使用供应商方案中建议的适当培养基进行培养和维持。以96WP格式进行筛选,每孔接种约20,000个细胞,并使用Endo-Porter或Lipofectamine试剂用特定浓度的经修饰ASO处理。在分离总RNA之前,将细胞在细胞培养箱中于37℃下进一步孵育48小时。在生物复制品中进行了各种实验。按照供应商的方案分离总RNA并将其转化为cDNA,然后使用Taqman基因表达测定来定量外显子2跳过和未跳过的CD33 mRNA转录物。将人类管家基因如HPRT1或GAPDH1表达用于归一化靶转录物表达。
PMO-ASO序列的评估
在体外测试PMO ASO在U-118MG胶质母细胞瘤细胞中诱导CD33基因转录物中外显子2跳跃的功效。PMO ASO被设计成在25个核苷酸部分中覆盖CD33外显子2及其周围的内含子(SEQ ID NO:1),这些核苷酸部分每次向下移动SEQ ID NO:15′至3′五个核苷酸。使用两种浓度(0.5μM和0.167μM)测试寡核苷酸,并使用Endo-Porter试剂递送。在处理后48小时收获细胞并分离RNA。按照供应商的方案将总RNA转化为cDNA,并使用Taqman基因表达测定来定量外显子2跳过和未跳过的CD33 mRNA转录物。将人类管家基因HPRT1表达用作每个实验的负载对照。将每种寡核苷酸在每种浓度下测试两次。
使用以下公式计算寡核苷酸的跳跃效率。
跳跃效率以0至100的标度表示,其中100表示CD33外显子2跳跃的100%跳跃。每个实验使用阴性对照寡核苷酸,NTC(非靶向对照),其不靶向CD33。
结果示于表3中。
表3
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MOE-ASO序列的评估
在体外测试MOE ASO在U-118MG胶质母细胞瘤细胞中诱导CD33基因转录物中外显子2跳跃的功效。MOE ASO被设计成在20个核苷酸部分中覆盖CD33外显子2及其周围的内含子(SEQ ID NO:1),这些核苷酸部分每次向下移动SEQ ID NO:15′至3′五个核苷酸。使用不同浓度(10nM和3.3nM)测试寡核苷酸,并使用Lipofectamine方案递送。在处理后48小时收获细胞并分离RNA。按照供应商的方案将总RNA转化为eDNA,并使用Taqman基因表达测定来定量外显子2跳过和未跳过的CD33 mRNA转录物。将人类管家基因HPRT1表达用作每个实验的负载对照。将每种寡核苷酸在每种浓度下测试两次。
使用以下公式计算寡核苷酸的跳跃效率。
跳跃效率以0至100的标度表示,其中100表示CD33外显子2跳跃的100%跳跃。每个实验使用阴性对照寡核苷酸,NTC(非靶向对照),其不靶向CD33。结果报告于下表4中。
表4
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使用ASO鉴定具有增加的外显子2跳跃活性的CD33区域
PMO和MOE ASO被设计成在20-25个核苷酸部分中覆盖CD33外显子2及其周围的内含子(SEQ ID NO:1),这些核苷酸部分每次向下移动SEQ ID NO:15′至3′五个核苷酸。表3和表4中分别生成了这些PMO和MOE ASO的外显子2跳跃活性。鉴定出表现出增加的外显子2跳跃活性的区域,其中与SEQ ID NO:1的一部分互补的两个或更多个连续PMO或MOE ASO显示出增加的外显子2跳跃活性。这些区域是:
a.区域1:(SEQ ID NO:213)(5′-TCTCCCCAGCTCTCTGTGCATGTGACAGGTGAGGCACA-3′)(参见例如,PMO-002和PMO-003)
b.区域2:(SEQ ID NO:214)(5′-TAATGGTTCATACTTCTTTCGGATGGAGAGAGGAAGTACCAAATACAGTTACAAATCT-3′)(参见例如,PMO-036、PMO-037、PMO-004、PMO-038、PMO-039和PMO-005)
c.区域3:(SEQ ID NO:215)(5′-CCTCGTGCCCTGCACTTTCTTCCATCCCATACCCTACTACGAC-3′)(参见例如,PMO-082、PMO-083和PMO-006)
d.区域4:(SEQ ID NO:216)(5′-AGGGGCCCTGGCTATGGATCCAAATTTCTGGCTGCAAGTGCAG-3′)(参见例如,PMO-096、PMO-007和PMO-097)
e.区域5:(SEQ ID NO:217)(5′-ACAGTTACAAATCTCCCCAGCTCTCTGTGCATGTGACAGGTGAGG-3′)(参见例如,MOE-009、MOE-128和MOE-010)
f.区域6:(SEQ ID NO:218)(5′-GGTTCATACTTCTTTCGGATGGAGAGAGGAAGTACCAAAT-3′)(参见例如,MOE-135、MOE-0 11和MOE-012)
g.区域7:(SEQ ID NO:219)(5′-GCAGGAGTCAGTGACGGTACAGGAGGGTTTGTGCG-3′)(参见例如,MOE-015、MOE-183和MOE-184)
h.区域8:(SEQ ID NO:220)(5′-GGCCGAGCTGACCCTCGTTTCCCCACAGGGGCCC-3′)(参见例如,MOE-196和MOE-197)。
多个浓度下PMO-ASO序列的评估
在体外测试寡核苷酸在U-118 MG胶质母细胞瘤细胞中诱导CD33基因转录物中外显子2跳跃的功效。使用不同浓度(0.156、0.313、0.625、1.25、2.5、5.0、10.0和20.0μM)测试寡核苷酸,并使用Endo-Porter方案递送。在处理后48小时收获细胞并分离RNA。
使用以下公式计算寡核苷酸的跳跃效率。
跳跃效率以0至100的标度表示,其中100表示CD33外显子2跳跃的100%跳跃。每个实验使用阴性对照寡核苷酸,NTC(非靶向对照),其不靶向CD33。跳跃效率(%CD33-D2转录水平(归一化))在图5中示出。
多个浓度下MOE-ASO序列的评估
在体外测试寡核苷酸在U-118 MG胶质母细胞瘤细胞中诱导CD33基因转录物中外显子2跳跃的功效。使用不同浓度(0.082、0.205、0.512、1.28、3.2、8.0、20.0和50.0nM)测试寡核苷酸,并使用Lipofectamine方案递送。在处理后48小时收获细胞并分离RNA。
使用以下公式计算寡核苷酸的跳跃效率。
跳跃效率以0至100的标度表示,其中100表示CD33外显子2跳跃的100%跳跃。每个实验使用阴性对照寡核苷酸,NTC(非靶向对照),其不靶向CD33。跳跃效率(%CD33-D2转录水平(归一化))在图6中示出。
实例5:PMO-002(SEQ ID NO:2)和MOE-012(SEQ ID NO:12)的体内活性评估
不同的技术可以用于使用各种人、小鼠和非人灵长类细胞系评估CD33靶向寡核苷酸的活性/特性。
体内测定方法:
将人源化CD33小鼠模型用于研究CD33外显子2跳跃ASO。将CRISPR/Cas9介导的基因编辑用于用人类基因组CD33(包括信号肽)替代鼠CD33。保留了鼠3′和5′非翻译区。对于体内实验,使用C57BL/6背景的人CD33小鼠品系的混合性别组群,小鼠在给药时为12-24周龄。
在第1天,以3μL推注将PMO-002(SEQ ID NO:2)和MOE-012(SEQ ID NO:12)经由侧脑室内注射以30μg或100μg施用至右侧脑室内。注射后1周对小鼠进行尸检。在尸检时,在阿佛丁麻醉下用PBS经心脏灌注小鼠。从颅骨中快速取出脑,并从注射的半球中解剖出皮质和海马体用于外显子跳跃评估。对于RNA分离,向冷冻组织中添加9倍体积的Trizol并匀浆3分钟。将500μL Trizol溶胞产物转移到1 mL深孔板中。向每个样品中添加100μL氯仿,剧烈摇动,并以4000xg离心5分钟。将上清液(250μL)转移到来自SV96总RNA提取试剂盒(普洛麦格公司)的结合板上,并按照相同的方案提取RNA。按照SV96方案(普洛麦格公司)分离总RNA并将其转化为cDNA,然后使用Taqman基因表达测定来定量外显子2跳过的CD33 mRNA转录物。将小鼠管家基因如HPRT1或GAPDH1表达用于归一化靶转录物表达。鼠海马体中外显子2跳过的CD33mRNA的倍数变化在图7中展示(n=4,图中显示了技术复制)。鼠皮质中外显子2跳过的CD33 mRNA的倍数变化在图8中展示(n=4,图中显示了技术复制)。在海马体和皮质二者中,相对于PBS对照,两种剂量的每种ASO均在体内均加了外显子2跳过的CD33 mRNA的量。
实例6:另外的示例性PMO-ASO
设计PMO寡核苷酸用于筛选。经设计的寡核苷酸由基因工具有限责任公司(网址:www.gene-tools.com)通过固相方法制备。下表5列出了合成的PMO寡核苷酸及其去卷积MS数据。这些PMO寡核苷酸与SEQ ID NO:1的一部分互补,显示外显子2跳跃活性增加。特别地,PMO-221至PMO 240、PMO-324、PMO-424、PMO-402和PMO-502与区域1互补;并且PMO-241至PMO-244与区域2互补。下表5中列出的所有PMO寡核苷酸在5′末端处都含有二酰胺磷酸酯连接的肌氨酸(Sar)接头。下表5中列出的所有PMO寡核苷酸都是用未修饰的胞嘧啶PMO核苷酸合成的。下表5中列出的所有PMO寡核苷酸都具有立体无规核苷酸间键,因此被称为立体无规PMO寡核苷酸。PMO-224的结构如下:
表5
实例7PMO-002、PMO-003、PMO-224、PM0-232、PMO-233、PMO-237和PMO-238的体内 活性评估
为了检查表1和表5中五种PMO序列的体内效应,除了注射体积为2.5μL之外,以与实例5相同的方式,用施用30μg剂量的ICV在hCD33小鼠中进行研究。7天后评估跳跃效果。表示为外显子2CD33跳跃%的数据在图9中示出。
以30μg、100μg和300μg的剂量和10μL的注射体积,在一项单独的体内研究中评估PMO-224的跳跃效应。PMO-002也以100μg的剂量评估。表示为相对于PBS对照的倍数变化的数据在图10中示出。
实例8:具有立体纯核苷酸间键和5′-肌氨酸接头的PMO寡核苷酸的合成
表6.立体纯PMO寡核苷酸
立体纯PMO寡核苷酸的溶液相合成:
表6中5′-肌氨酸封端的立体纯寡核苷酸的溶液相合成使用与实例3中描述的那些方法类似的方法进行(使用通用程序A和B),除了步骤1,该步骤从将肌氨酸苄基酯偶联到立体纯胞嘧啶二甲基磷酰胺氯化物开始。简而言之,合成包括去保护/游离碱化/偶联的重复步骤,如这里针对所有Sp核苷酸间键所描绘:
由溶液相合成PMO-424和PMO-502的通用方案。
简而言之,合成包括去保护/游离碱化/偶联的重复步骤,如这里针对所有Rp核苷酸间键所描绘:
由溶液相合成PMO-324和PMO-402的通用方案。
在每个单独步骤结束时,通过添加非极性溶剂(如MTBE和/或EtOAc)来实现寡核苷酸的沉淀。在长达六聚体的延伸步骤中,使用DCM/MeOH作为洗脱剂,通过硅胶色谱进行3′-N-三苯甲基保护的寡核苷酸的纯化。
达到所期望的寡核苷酸长度(对于PMO-324、PMO-424为21-聚体,并且对于PMO-402和PMO-502为25-聚体)后,使3′-N-三苯甲基保护的序列经受如下的碱基去保护。
用于溶液相合成的碱基去保护:
将来自最终偶联步骤的3′-N-三苯甲基保护的PMO寡核苷酸残留物(1重量)溶解在MeOH(8体积)中,然后添加在MeOH(20体积)中的7N NH3。将反应混合物加热至50℃-55℃持续至少48小时。过滤溶液以除去任何固体,并用在MeOH中的1∶1MeOH/7NNH3冲洗。在溶剂蒸发后,通过使用如表7中概述的反相梯度的制备型规模色谱纯化,得到3′-N-三苯甲基保护的PMO。
表7.立体纯3′-N-三苯甲基保护的PMO寡核苷酸的分析和纯化条件
最终三苯甲基去保护:向来自HPLC纯化的碱基去保护的PMO寡核苷酸中添加0.1N磷酸(至少20当量),并通过HPLC监测反应。通过两次连续的HPLC运行评估三苯甲基去保护完成后,通过添加氢氧化铵(至少40当量)将反应混合物碱化。过滤溶液,并在表8中的条件下通过HPLC纯化最终的PMO寡核苷酸。
表8.完全去保护的立体纯PMO寡核苷酸的分析和纯化条件
实例9:立体纯PMO寡核苷酸的分析数据
PMO寡核苷酸的融化温度(Tm):
Tm测量设备:岛津UV-2700紫外-可见分光光度计
通过使用无核酸酶的水将约0.6-0.8mg固体溶解至约3.2ug/mL制备ASO样品。将反向互补RNA(从IDT技术公司(IDT Technologies Inc)获得)溶解在不含核酸酶的水中至400μM。使用不含核酸酶的水将每种储备溶液的10μL等分试样稀释至1mL,以通过紫外-可见分光光度计测定其浓度。制备测试样品(500μL),其在缓冲液(100mM NaCl,10mM磷酸钠,pH7.0,含0.1mM EDTA)中含有4.0μM PMO和4.0μM反向互补RNA。将测试样品在1mL试管中培养,并以0.5℃/分钟从15℃加热至105℃。在260nm处监测由于链融化引起的紫外(UV)吸光度增加。在实验之前,通过以5℃/分钟从25℃加热至95℃将样品熔化并重新退火,并冷却至起始温度以确保完全退火。将Shimadzu Tm分析软件用于使用导数函数计算Tm(曲线拐点:50%融化)。
立体纯PMO寡核苷酸的分析数据。
PMO-424:
P31NMR(D2O,162MHz)δ21.5,18.7,18.6,18.5,18.4,18.3,18.3,18.1,18.0,17.9。
ESI-TOF-MS计算值:针对C246H390N119O84P21为7009.02;
实测值:7008.51。
Tm=80.1℃(立体无规的Tm=75.0℃)。参见图13。
HPLC和HRMS数据参见图11。
PMO-324:
ESI-TOF-MS计算值:针对C246H390N119O84P21为7009.02;
实测值:7008.50。
Tm=66.5℃(立体无规的Tm=75.0℃)。参见图13。
HPLC和HRMS数据参见图12。
PMO-502:
ESI-TOF-MS计算值:针对C294H462N147O98P25为8398.20
实测值:8397.98。
Tm=87.8℃(立体无规的Tm=79.3℃)。参见图16。
HPLC和HRMS数据参见图14。
PMO-402:
ESI-TOF-MS计算值:针对C294H462N147O98P25为8398.20
实测值:8397.99。
Tm=69.0℃(立体无规的Tm=79.3℃)。参见图16。
HPLC和HRMS数据参见图15。
实例10:使用肽合成仪固相合成立体纯PMO
Sar-Wang树脂上Fmoc的去保护:
用DMF(8mL)处理Fmoc-SAR-Wang树脂(购自Aapptec公司,RWG103,批次编号9953380,0.65mmol/g,110-200目)(1g,650mmol),使树脂溶胀2小时并排出DMF。用在DMF(6mL)中的20%哌啶处理该树脂,摇动3分钟,除去溶剂,并在N2气体下干燥1分钟(重复相同的顺序4次)。最后,将树脂用DMF(5mL x 5次)洗涤,用CH2Cl2(5mL x 5次)洗涤,并使用N2气体在真空下干燥过夜,以得到0.8g树脂。
树脂负载的计算:向收集的哌啶溶液中添加在DMF中的20%哌啶,以使最终体积为40mL。现在,用DMF将0.1mL溶液稀释100倍,并测量每克Fmoc基团在301nm处的紫外吸光度。树脂的负载量>700μmol/g。
UV测量的条件
溶剂:DMF中的20%哌啶
波长:301nm
ε=7800
固相合成PMO的通用程序:
(a)具有全部-Sp核苷酸间键的PMO的合成流程
(b)具有全部-Rp核苷酸间键的PMO的合成流程
将Fmoc去保护树脂(1.10g,负载:0.650mmol/g)转移到肽合成仪反应容器中,用CH2Cl2(20mL x 5次)洗涤,用乙腈(20mL x 5次)洗涤,并干燥。将立体纯胞嘧啶二甲基磷酰胺氯化物(1当量)添加到烧瓶中作为固体。然后,将1,2,2,6,6-五甲基哌啶(PMP,10.0当量)和无水1,3-二甲基-2-咪唑啉酮(DMI,5.0mL)添加到容器中,并在室温下摇动20小时。反应等分试样的LCMS显示溶液中没有单体(表明所有单体都负载在树脂上了)。然后,执行表9中的步骤5-9。
表9:固相PMO合成的步骤
脱三苯甲基溶液的制备:
向4-氰基吡啶(10.1g;1.055当量)在二氯甲烷(790mL)中的溶液中添加三氟乙酸(10.5g;1.0当量),随后添加2,2,2-三氟乙醇(198mL)和乙醇(10mL),并将溶液搅拌3小时。
在树脂上负载第一个单体后,开始合成循环(如表9所示)。该合成具有一系列重复的步骤,包括去保护/中和/偶联/封端。在每个循环中添加所期望的单体(单体的纯度在使用前通过HPLC-质谱表征),以获得标题核苷酸序列。
在每个合成循环中,在偶联反应(步骤4,表9)后,使少量树脂经受裂解条件(0.1mL7N NH3/MeOH,在55℃下,4小时),并记录偶联效率的RP HPLC-质谱(RP HPLC-质谱显示甲酯和酰胺的两个峰,比率为约2:1。为了甲酯完全转化为酰胺,将裂解反应在55℃下搅拌过夜)。裂解方案对于PMO-324和PMO-424从2-聚体重复至21-聚体,对于PMO-402和PMO-502重复至25-聚体。使用表10中的条件记录RP HPLC-质谱。
表10.PMO合成中反应监测的分析条件。
例如,图17示出了三苯甲基保护的21-聚体(全部-Sp-Sar-CCTCACCTGTCACATGCACAG-Tr)从树脂上裂解后的UV色谱图。
从树脂上裂解和碱基去保护:
在完成所期望的寡核苷酸长度后,将合成的负载PMO的树脂干燥,转移到离心瓶中,并装入7N NH3/MeOH(约0.5mL/1μmol)。将混合物在50℃-55℃下搅拌60小时。将反应冷却至室温,过滤固体,并用甲醇洗涤。将所得滤液在减压下浓缩至近似最终体积为约20mL,然后通过0.4微米膜滤器过滤任何固体。将滤液浓缩至干燥并称重。用60mL含水50mMEt3NHOAc(使用的细胞培养水)/MeCN(1/1)与Et3N(0.1%)的溶剂混合物溶解所获得的粗残留物。通过如表11所示的反相HPLC条件纯化滤液。
表11.立体纯3′-N-三苯甲基保护的PMO的分析和纯化条件。
最终去三苯甲基化:
向含有回收的3′-N-Tr-PMO(1当量)的烧瓶中添加新鲜制备的0.1M含水磷酸(20当量),并将混合物在室温下搅拌2小时(10分钟内形成了白色混浊溶液)。通过两次连续的LCMS运行检查反应完成情况(显示起始材料峰转化为较早的洗脱峰。HPLC样品仅在水中制备)。通过添加28%氢氧化铵(40当量)使反应碱化,搅拌30分钟,通过膜过滤器(0.45μm)过滤固体,并用水洗涤。通过反相HPLC纯化所得滤液(表12)。
表12.完全去保护的立体纯PMO的分析和纯化条件
分析每个级分(在HPLC上),并使用Genevac干燥含有级分的产物。将最终产物溶解在无内毒素的水中,通过Amicon 3K过滤器过滤溶液,以除去任何无机盐杂质。将所获得的水性溶液冷冻干燥,以得到为白色棉状固体的标题化合物。
通过固相合成制备的立体纯PMO的分析数据:
PMO-424:
P31NMR(D2O,162MHz)δ21.5,18.7,18.6,18.5,18.4,18.3,18.3,18.1,18.0,17.9。
LRMS:针对C246H390N119O84P21(m/z=7009.02)的[M+5H]5+离子的计算值m/z:1402.80;实测值:1402.62
PMO-324:
LRMS:针对C246H390N119O84P21(m/z=7009.02)的[M+5H]5+离子的计算值m/z:1402.80;实测值:1403.4
PMO-402:
LRMS:针对C294H462N147O98P25(m/z=8396.92)的[M+6H]6+离子的计算值m/z:1400.66;实测值:1401.2
实例11:PMO-402、PMO-502、PMO-324和PMO-424的体内活性评估
为了检查实例8中制备的PMO-402、PMO-502、PMO-324和PMO-424的体内效应,在hCD33小鼠中进行了由ICV施用的100μg和300μg剂量的研究。除了施用体积为10μL之外,以与实例5相同的方式进行研究。7天后评估跳跃效果。表示为相对于PBS对照的倍数变化的数据在图18和19中示出。
实例12:另外的示例性MOE-ASO
设计硫代磷酸酯寡核苷酸用于筛选。下表13中列出的所有寡核苷酸都含有带有硫代磷酸酯主链的核糖核苷酸,除非另有说明(例如,实线(-)=磷酸二酯(PO)键)。下表13中列出的所有寡核苷酸都是用5-甲基胞嘧啶核糖核苷酸合成的。下表13中列出的所有寡核苷酸都具有立体无规硫代磷酸酯核苷酸间键,因此被称为立体无规寡核苷酸。表13中列出的所有寡核苷酸都与区域6互补:(SEQ ID NO:218)。
表13.靶向CD33的ASO
X(A、T、C、G)=2′-MOE核糖核苷酸,C=5-甲基胞嘧啶,小写字母=LNA(锁定核酸),(-)=PO键,fX=2′-氟核糖核苷酸,mX=2′-OMe核糖核苷酸
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下表14中列出的所有寡核苷酸都含有2′-O-MOE修饰的核糖核苷酸和5′末端处的羟基。表14中的寡核苷酸含有立体纯硫代磷酸酯核苷酸间键,因此被称为立体纯MOE寡核苷酸。表14中列出的所有寡核苷酸都与区域6互补:(SEQ ID NO:218)。
表14.靶向CD33的立体纯ASO
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实例13:立体纯2′-MOE硫代磷酸酯寡核苷酸的制备
受保护的2′-O-MOE-3′-OH单体
(1)2,2-二乙氧基-1-甲基吡咯烷:将NMP(100mL,1039.008mmol)和硫酸二甲酯(99mL,1039.008mmol)的混合物搅拌并加热至80℃(沙浴)过夜,然后使其冷却至室温。在冷却后,用乙醚(2X 100mL)洗涤均匀液体,并在真空中除去残留溶剂。将所获得的残留物溶解在CH2Cl2(400mL)中,用无水MgSO4干燥,过滤,用CH2Cl2(100mL)洗涤并在减压下浓缩,以得到为棕色粘性液体(在-20℃下储存时固化)的5-甲氧基-1-甲基-3,4-二氢-2H-吡咯-1-鎓;1HNMR(400MHz,CDCl3)δ4.35-4.40(m,3H),3.98-4.05(m,2H),3.69-3.73(m,3H),3.31-3.38(m,2H),3.19-3.22(m,3H),2.37-2.48(m,2H)。
在N2气氛下,在50℃至55℃下,在1小时内通过插管或滴液漏斗将粗产物(上面获得的)添加到乙醇钠溶液(370g,1142.909mmol,在乙醇中的21%乙醇钠)中。在相同温度下搅拌3小时后,将反应冷却至室温。过滤沉淀的白色固体,用乙醇(50mL)洗涤,并浓缩滤液(保持水浴温度约30℃)。在室内真空下于55℃-65℃下分馏粗残留物,得到为浅黄色或无色液体的2,2-二乙氧基-1-甲基吡咯烷(115g,66%收率)。将纯产物储存在-20℃下;1H NMR(400MHz,CDCl3)δ3.44-3.60(m,4H),2.83-2.91(m,3H),2.33-2.40(m,4H),1.90-1.98(m,2H),1.72-1.87(m,2H),1.15-1.22(m,6H)。
通用程序1:2′-O-MOE G、A和mC的pya(N-甲基吡咯烷)保护
(2-1)9-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-(2-甲氧基乙氧基)四氢呋喃-2-基)-2-(1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-1,9-二氢-6H-嘌呤-6-酮:
将2-氨基-9-((2R,3R,4R,5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)四氢呋喃-2-基)-1,9-二氢-6H-嘌呤-6-酮(13.8g,40.431mmol)在真空下用无水吡啶(100mL)逐出两次。在室温下,向浓缩的残留物中添加无水吡啶(114mL,1418.073mmol),随后缓慢添加2,2-二乙氧基-1-甲基吡咯烷(14.01g,80.862mmol)。将反应物在室温下搅拌过夜,从白色混浊溶液变为棕色澄清溶液。添加水(0.1mL/6mmol),并将混合物在真空下浓缩,然后用吡啶和MeCN逐出3次。在室温下,向所得残留物中添加吡啶(105mL,1298.197mmol)和1-[氯-(4-甲氧基苯基)-苯基甲基]-4-甲氧基苯(15.62g,46.108mmol)。在室温下搅拌过夜后,用饱和NaHCO3(150mL)和EtOAc(300mL X 2)处理反应混合物,并将残留物通过硅胶柱色谱(100g星状二氧化硅,EtOAc/Hept 30%至100%,然后EtOAc/MeOH 0%至30%)纯化,以得到为泡沫状固体的2-1,收率为77%;1H NMR(400MHz,CDCl3)δ9.28-9.36(m,1H),7.67-7.72(m,1H),7.32-7.39(m,2H),7.16-7.28(m,6H),7.08-7.16(m,1H),6.69-6.78(m,4H),5.92-5.96(m,1H),4.29-4.37(m,2H),4.11-4.17(m,1H),3.74-3.82(m,1H),3.68-3.73(m,7H),3.55-3.63(m,1H),3.45-3.52(m,1H),3.34-3.41(m,3H),3.25-3.33(m,5H),3.01-3.09(m,2H),2.92-2.96(m,3H),1.90-2.00(m,2H);MS(ESI,m/z)针对[C39H44N5O8+H+]的计算值725.33实测值725.4。
(2-2)(2R,3R,4R,5R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(2-甲氧基乙氧基)-5-(6-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-9H-嘌呤-9-基)四氢呋喃-3-醇:
根据通用程序1制备,泡沫状固体,89%收率;1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ 8.36(d,J=8.0Hz,2H),7.40-7.31(m,2H),7.29-7.16(m,7H),6.87-6.77(m,4H),6.07(d,J=4.8Hz,1H),5.18(d,J=6.0Hz,1H),4.69(t,J=5.2Hz,1H),4.44(q,J=5.2Hz,1H),4.11-4.05(m,1H),3.76-3.71(m,7H),3.62(dt,J=11.2,4.8Hz,1H),3.49(t,J=7.2Hz,2H),3.42(t,J=4.8Hz,2H),3.23(d,J=4.8Hz,2H),3.14(s,3H),3.04(s,3H),2.85(t,J=8.0Hz,2H),2.02-1.93(m,2H);MS(ESI,m/z)针对[C39H44N6O7+H+]的计算值709.33实测值709.20。
(2-3)1-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-(2-甲氧基乙氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-4-(1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)嘧啶-2(1H)-酮:
根据通用程序1制备,87%收率;泡沫状固体;1H NMR(400MHz,CDCl3)δ7.77-7.81(m,1H),7.46-7.51(m,2H),7.34-7.41(m,4H),7.27-7.33(m,2H),7.20-7.27(m,1H),6.82-6.88(m,4H),5.99-6.04(m,1H),4.34-4.43(m,1H),4.25-4.33(m,1H),4.08-4.15(m,1H),3.99-4.05(m,1H),3.90-3.99(m,1H),3.74-3.83(m,6H),3.54-3.64(m,3H),3.42-3.50(m,3H),3.42(s,3H),3.29-3.34(m,1H),3.07-3.29(m,2H),3.03-3.07(m,3H),2.00-2.11(m,2H),1.53-1.58(m,3H);MS(ESl,m/z)针对[C39H44N6O8+H+]的计算值699.33实测值699.25。
T的新戊酰甲基(POM)保护:
(2-4)(3-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-(2-甲氧基乙氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-2,6-二氧代-3,6-二氢嘧啶-1(2H)-基)新戊酸甲酯:
步骤1:在室温下,向在吡啶(99mL,1228.96mmol)中的1-((2R,3R,4R,5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(14.2g,44.893mmol)中添加1-[氯-(4-甲氧基苯基)-苯基甲基]-4-甲氧基苯(18.25g,53.871mmol)。如通过UPLC-MS监测完成后,向混合物中添加饱和NaHCO3(80mL),用EtOAc(200mL X 2)萃取,并通过硅胶柱色谱(100g,星状二氧化硅,EtOAc/Hept 10%至100%)纯化,以得到1-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-(2-甲氧基乙氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(25g,40.408mmol),收率为90%。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ 11.37(s,1H),7.49(s,1H),7.39(d,J=7.6Hz,2H),7.35-7.21(m,8H),6.90(d,J=8.8Hz,4H),5.85(d,J=4.8Hz,1H),5.12(d,J=6.0Hz,1H),4.23(q,J=5.2Hz,1H),4.09(t,J=4.8Hz,1H),4.02-3.95(m,1H),3.79-3.67(m,8H),3.48(t,J=4.7Hz,2H),3.26-3.20(m,5H),1.40(s,3H)。
步骤2:在室温下,向Na2CO3(242mL,121.225mmol)的水性溶液中添加在DCM(250mL,3885.69mmol)中的1-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-(2-甲氧基乙氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(25g,40.408mmol)、四丁基硫酸氢铵(5.49g,16.163mmol)和新戊酸氯甲酯(7.30g,48.49mmol)。将反应混合物在室温下搅拌16h。通过UPLC-质谱分析,一些起始材料仍未反应,因此,在室温下添加700mg新戊酸氯甲酯。在室温下再搅拌2天后,将混合物用饱和NaHCO3(50mL)处理,并用EtOAc(100mL X 3)萃取,并且通过柱色谱(100g snap,EtOAc/Hept 10%至60%)纯化,以得到(3-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-(2-甲氧基乙氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-2,6-二氧代-3,6-二氢嘧啶-1(2H)-基)新戊酸甲酯(23g,31.4mmol,78%收率)以及回收的起始材料(3.25g)。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ 7.62(s,1H),7.40(d,J=7.6Hz,2H),7.36-7.20(m,7H),6.90(d,J=8.8Hz,4H),5.89(d,J=4.8Hz,1H),5.84-5.73(m,2H),5.17(d,J=6.0Hz,1H),4.26(q,J=5.6Hz,1H),4.12(t,J=4.8Hz,1H),4.02-3.98(m,1H),3.78-3.70(m,8H),3.51-3.40(m,2H),3.28-3.20(m,5H),1.44(s,3H),1.10(s,9H);MS(ESI,m/z)针对[C40H48N2O11+Na+]的计算值755.32实测值755.1。
2′-O-MOE-3′-PSI活化单体
通用程序21:PSI活化:
(3-1)(3-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((2R,3aS,6R,7aS)-3a-甲基-6-(丙-1-烯-2-基)-2-硫代六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-2,6-二氧代-3,6-二氢嘧啶-1(2H)-基)新戊酸甲酯:
将(2S,3aS,6R,7aS)-3a-甲基-2-((全氟苯基)硫代)-6-(丙-1-烯-2-基)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷2-硫化物(3.70g,8.29mmol)((-)-PSI试剂)和(3-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-(2-甲氧基乙氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-2,6-二氧代-3,6-二氢嘧啶-1(2H)-基)新戊酸甲酯(4.50g,6.141mmol)溶解在THF(20.47mL,6.141mmol)和乙腈(20.47mL,6.141mmol)中,并将溶液在冰浴中冷却。向混合物中添加DBU(1.203mL,7.983mmol),并将其在0℃下搅拌直到反应完成(0.5~2小时),如通过UPLC-MS监测。将反应混合物通过EtOAc稀释,用饱和NaH2PO4(含水)溶液,然后是饱和NaHCO3(含水)洗涤,用Na2SO4干燥,并通过硅胶色谱(50g Star,Hept:EtOAc梯度至70%)纯化,以得到为白色固体的3-1(5.3g,88%收率)。
1H NMR(400MHz,CD3CN)δppm 7.46-7.54(3H,m),7.33-7.39(6H,m),7.26-7.32(1H,m),6.91(4H,d,J=8.75Hz),5.97(1H,d,J=6.38Hz),5.86-5.93(2H,m),5.45-5.52(1H,m),5.02(1H,s),4.93(1H,s),4.45-4.54(2H,m),4.26(1H,d,J=2.88Hz),3.77-3.84(8H,m),3.47-3.62(2H,m),3.42(1H,dd,J=11.01,2.88Hz),3.29-3.33(1H,m),3.28(3H,s),2.64(1H,br s),2.25-2.32(1H,m),2.12-2.14(3H,m),2.07(1H,br dd,J=13.70,4.44Hz),1.99-1.99(1H,m),1.81-1.95(2H,m),1.80(3H,s),1.69(3H,s),1.44(3H,s),1.18(9H,s);31P NMR(162MHz,CD3CN)δppm 101.69;MS(ESI,m/z)针对[C50H63N2O12PS2+Na+]的计算值1001.35实测值1001.4。
(3-2)(2R,3aS,6R,7aS)-2-(((2R,3R,4R,5R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(2-甲氧基乙氧基)-5-(6-(((E)-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-9H-嘌呤-9-基)四氢呋喃-3-基)氧基)-3a-甲基-6-(丙-1-烯-2-基)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷2-硫化物:
根据通用程序2用(-)-PSI试剂制备,78%收率;泡沫状固体;1H NMR(400MHz,CDCl3)δ8.40-8.46(m,1H),8.00-8.03(m,1H),7.36-7.41(m,2H),7.24-7.30(m,4H),7.17-7.22(m,2H),7.08-7.16(m,1H),6.69-6.78(m,4H),6.05(d,J=7.5Hz,1H),5.45-5.59(m,1H),5.04(dd,J=7.5,4.7Hz,1H),4.95(s,1H),4.78-4.93(m,1H),4.50(dt,J=12.6,3.3Hz,1H),4.27-4.33(m,1H),3.59-3.79(m,10H),3.31-3.46(m,5H),3.10-3.15(m,3H),3.06-3.10(m,3H),2.83-2.97(m,2H),2.47-2.54(m,1H),2.16-2.24(m,1H),2.03-2.13(m,1H),1.94-2.03(m,2H),1.74-1.94(m,4H),1.66-1.69(m,3H),1.60-1.65(m,3H);13C NMR(101MHz,CDCl3)δ166.9,160.9,158.6,158.5,152.8,151.6,144.8,144.5,140.1,135.6,135.6,130.2,130.1,128.2,128.0,126.9,126.6,113.3,112.2,86.8,85.4,85.4,83.6,83.5,80.1,80.0,77.3,76.9,72.3,70.6,68.0,65.7,63.0,58.9,55.2,51.6,38.9,33.7,33.7,32.0,30.1,27.8,27.6,25.6,23.5,22.7,21.8,19.7;31P NMR(162MHz,CDCl3)δ101.34;MS(ESI,m/z)针对[C49H59N6O8PS2+H+]的计算值955.36实测值956.3。
(3-3)1-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((2R,3aS,6R,7aS)-3a-甲基-6-(丙-1-烯-2-基)-2-硫代六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-4-((1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)嘧啶-2(1H)-酮:
根据通用程序2用(-)-PSI试剂制备,泡沫状固体,70%收率;1H NMR(400MHz,CD3CN)δppm 7.59(1H,s),7.50(2H,d,J=7.38Hz),7.32-7.41(6H,m),7.25-7.31(1H,m),6.90(4H,d,J=8.63Hz),5.99(1H,d,J=5.00Hz),5.44(1H,dt,J=12.98,5.02Hz),5.02(1H,s),4.93(1H,s),4.47(1H,dt,J=12.73,3.20Hz),4.34(1H,t,J=5.07Hz),4.22-4.28(1H,m),3.86-3.94(1H,m),3.79(6H,s),3.44-3.61(4H,m),3.33-3.41(3H,m),3.30(3H,s),3.05-3.09(1H,m),3.04(3H,s),2.76(1H,s),2.64(1H,br s),2.20-2.30(2H,m),2.01-2.09(3H,m),1.99-1.99(2H,m),1.81-1.92(1H,m),1.80(3H,s),1.68(3H,s),1.55(3H,s);31PNMR(162MHz,CD3CN)δppm 101.51;MS(ESI,m/z)针对[C49H61N4O9PS2+H+]的计算值945.36实测值945.4。
(3-4)9-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((2R,3aS,6R,7aS)-3a-甲基-6-(丙-1-烯-2-基)-2-硫代六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-2-((-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-1,9-二氢-6H-嘌呤-6-酮:
根据通用程序2用(-)-PSI试剂制备,泡沫状固体,80%收率;1H NMR(400MHz,CD3CN)δppm 9.18(1H,br s),7.74(1H,s),7.43(2H,d,J=7.38Hz),7.22-7.33(7H,m),6.85(4H,dd,J=9.01,2.63Hz),5.89(1H,d,J=5.50Hz),5.48(1H,dt,J=13.54,4.80Hz),4.98(1H,s),4.92(1H,s),4.85(1H,t,J=5.38Hz),4.50(1H,dt,J=12.69,3.22Hz),4.23(1H,q,J=4.09Hz),3.79(6H,s),3.67-3.77(2H,m),3.43-3.51(4H,m),3.32(2H,qd,J=10.94,4.06Hz),3.21(3H,s),3.03(3H,s),2.99-3.02(1H,m),2.63(1H,br s),2.27(1H,br d,J=13.13Hz),2.12-2.15(1H,m),2.01-2.06(1H,m),1.99-1.99(4H,m),1.79-1.93(2H,m),1.77(3H,s),1.68(3H,s);31P NMR(162MHz,CD3CN)δppm 101.36;MS(ESI,m/z)针对[C49H59N6O9PS2+H+]的计算值971.35实测值971.4。
(3-5)9-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((2S,3aR,6S,7aR)-3a-甲基-6-(丙-1-烯-2-基)-2-硫代六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-2-((1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-1,9-二氢-6H-嘌呤-6-酮:
根据通用程序2用(+)-PSI试剂制备,白色泡沫状固体;1H NMR(400MHz,CD3CN,296K)δ(ppm)=9.56(br s,1H),7.74(s,1H),7.44(d,J=7.5Hz,2H),7.34-7.28(m,6H),7.28-7.21(m,1H),6.86(dd,J=2.4,8.9Hz,4H),5.89(d,J=6.4Hz,1H),5.44-5.36(m,1H),4.99(s,1H),4.89(s,1H),4.78(t,J=5.8Hz,1H),4.45(td,J=3.0,12.7Hz,1H),4.27(q,J=3.9Hz,1H),3.78(s,6H),3.75-3.70(m,1H),3.67-3.57(m,1H),3.47-3.40(m,2H),3.39-3.32(m,4H),3.12(s,3H),3.09-2.92(m,5H),2.63(br s,1H),2.30-2.15(m,2H),2.04(brdd,J=4.0,12.9Hz,1H),2.00-1.90(m,4H),1.82(br s,1H),1.79-1.75(m,3H),1.68(s,3H);13C NMR(101MHz,CD3CN,298K)δ(ppm)=170.8,160.1,159.3,158.3,152.1,147.2,146.2,137.9,136.9,136.9,131.5,131.4,129.4,129.3,128.3,114.5,112.4,87.9,87.6,87.3,83.5,83.4,81.8,78.2,78.1,73.1,72.3,66.4,64.4,59.4,56.3,52.4,40.2,34.9,34.8,32.5,32.4,28.7,28.6,24.2,23.2,22.3,20.8;31P NMR(162MHz,CD3CN)δ101.9;MS(ESI,m/z)针对[C49H59N6O9PS2+H+]的计算值971.35实测值971.1。
(3-6)1-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((2S,3aR,6S,7aR)-3a-甲基-6-(丙-1-烯-2-基)-2-硫代六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-4-(((E)-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)嘧啶-2(1H)-酮:根据通用程序2用(+)-PSI试剂制备,白色泡沫状固体;1H NMR(400MHz,CD3CN,296K)δ(ppm)=7.57(s,1H),7.50(d,J=7.5Hz,2H),7.40-7.31(m,6H),7.31-7.23(m,1H),6.90(d,J=8.9Hz,4H),6.05(d,J=5.8Hz,1H),5.49-5.40(m,1H),4.99(s,1H),4.88(s,1H),4.43(td,J=3.1,12.6Hz,1H),4.34(t,J=5.4Hz,1H),4.26(br d,J=3.4Hz,1H),3.85-3.72(m,8H),3.54-3.45(m,4H),3.38(d,J=2.8Hz,2H),3.26(s,3H),3.11-3.05(m,2H),3.03(s,4H),2.62(br s,1H),2.22(br d,J=12.3Hz,1H),2.13-2.01(m,3H),2.01-1.92(m,2H),1.92-1.79(m,2H),1.76(s,3H),1.68(s,3H),1.56(s,3H);13C NMR(10 1MHz,CD3CN,298K)δ(ppm)=172.6,170.0,160.2,147.2,146.1,138.4,137.0,136.8,131.5,131.5,129.5,129.4,128.4,114.6,112.5,88.7,88.2,87.8,82.9,82.9,82.3,82.2,77.7,77.6,73.3,71.8,66.7,63.9,59.5,56.3,52.5,40.2,34.9,34.8,32.4,31.8,28.7,28.6,24.2,23.2,22.3,20.8;31P NMR(162MHz,CD3CN)δ101.8;MS(ESI,m/z)针对[C49H61N4O9PS2+H+]的计算值945.36实测值946.5。
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(3-7)(2S,3aR,6S,7aR)-2-(((2R,3R,4R,5R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(2-甲氧基乙氧基)-5-(6-(((E)-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-9H-嘌呤-9-基)四氢呋喃-3-基)氧基)-3a-甲基-6-(丙-1-烯-2-基)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷2-硫化物:
根据通用程序2用(+)-PSI试剂制备,白色泡沫状固体;1H NMR(400MHz,CD3CN,296K)δ(ppm)=8.35(s,1H),8.06(s,1H),7.47(d,J=7.4Hz,2H),7.34(dd,J=1.6,8.8Hz,4H),7.30(s,2H),7.26-7.19(m,1H),6.85(d,J=8.9Hz,4H),6.0 1(d,J=6.6Hz,1H),5.60-5.53(m,1H),5.10(t,J=5.7Hz,1H),4.99(s,1H),4.91(s,1H),4.49(td,J=3.0,12.6Hz,1H),4.41-4.32(m,1H),3.78(s,6H),3.77-3.71(m,1H),3.67(br t,J=6.4Hz,2H),3.65-3.57(m,1H),3.52(t,J=7.1Hz,2H),3.45(br d,J=4.5Hz,1H),3.40-3.34(m,3H),3.09(s,3H),3.07(s,3H),2.93(t,J=7.9Hz,2H),2.64(br s,1H),2.27(br d,J=13.4Hz,1H),2.18-2.06(m,1H),2.06-2.01(m,2H),2.00-1.86(m,1H),1.78(s,3H),1.70(s,3H);13C NMR(101MHz,CD3CN,297K)δ(ppm)=168.5,162.1,160.1,153.5,152.6,147.2,146.3,142.2,137.0,131.5,131.5,129.4,129.2,129.2,128.3,128.0,114.5,112.5,87.8,87.7,87.6,83.9,83.8,80.8,80.8,78.4,78.4,72.9,72.1,68.7,66.6,64.2,59.3,56.3,52.5,40.2,34.9,34.8,32.4,31.3,28.7,28.6,26.6,24.2,23.2,22.3,20.8;31P NMR(162MHz,CD3CN)δ101.7;MS(ESI,m/z)针对[C49H59N6O8PS2+H+]的计算值955.36实测值956.6。
(3-8)(3-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((2S,3aR,6S,7aR)-3a-甲基-6-(丙-1-烯-2-基)-2-硫代六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-2,6-二氧代-3,6-二氢嘧啶-1(2H)-基)新戊酸甲酯:
根据通用程序2用(+)-PSI试剂制备,泡沫状固体;1H NMR(400MHz,CD3CN)δppm7.53(1H,s),7.48(2H,d,J=7.63Hz),7.33-7.39(6H,m),7.26-7.32(1H,m),6.92(4H,d,J=8.76Hz),6.01(1H,d,J=6.88Hz),5.86-5.92(2H,m),5.45(1H,ddd,J=11.60,4.78,2.75Hz),5.01(1H,s),4.90(1H,s),4.44-4.49(2H,m),4.29(1H,br d,J=2.63Hz),3.80(6H,s),3.76-3.79(1H,m),3.32-3.54(4H,m),3.23(3H,s),2.60-2.66(1H,m),2.24(2H,brd,J=12.76Hz),2.07(1H,br dd,J=13.01,3.75Hz),1.99-2.01(2H,m),1.80一1.92(2H,m),1.78(3H,s),1.68(3H,s),1.46(3H,s),1.18(9H,s);31P NMR(162MHz,CD3CN)δppm102.18;MS(ESI,m/z)针对[C50H63N2O12PS2+Na+]的计算值1001.35实测值1001.1。
通用程序3:来自PS-PSI单体的PO-PSI单体
(4-1)N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((2S,3aR,6S,7aR)-3a-甲基-2-氧化-6-(丙-1-烯-2-基)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-6-氧代-6,9-二氢-1H-嘌呤-2-基)异丁酰胺:
在冰浴中,向在MeCN(15.00mL,15体积)中的N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((2S,3aR,6S,7aR)-3a-甲基-6-(丙-1-烯-2-基)-2-硫代六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-6-氧代-6,9-二氢-1H-嘌呤-2-基)异丁酰胺(1g,1.042mmol)中添加SeO2(1.0当量,0.116g,1.042mmol)。在0℃下添加另外的SeO2(0.116g,1.042mmol),直到反应在0℃下完成。总共使用3当量的SeO2。如通过UPLC-MS监测完成后,将混合物通过硅藻土和干燥SiO2(EtOAc/THF)过滤。将滤液用饱和NaHCO3(10mL)洗涤,用Na2SO4干燥,过滤(干燥SiO2)并浓缩。将残留物通过硅胶柱色谱(50g,Hept/EtOAc,20至100,然后是EtOAc/THF 0%至100%)纯化,以得到4-1(0.55g,56%收率)。MS(ESI,m/z)针对[C48H58N5O11PS-H+]的计算值942.36实测值942.53。
(4-2)N-(1-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((2R,3aS,6R,7aS)-3a-甲基-2-氧化-6-(丙-1-烯-2-基)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基)苯甲酰胺:
根据通用程序3制备,白色泡沫状固体;59%收率;31P NMR(162MHz,乙腈-d3)δ40.36;MS(ESI,m/z)针对[C51H58N3O11PS+H+]的计算值952.35实测值952.35。
(4-3)1-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((2R,3aS,6R,7aS)-3a-甲基-2-氧化-6-(丙-1-烯-2-基)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮:
根据通用程序3制备,白色泡沫状固体;46%收率;31P NMR(162MHz,乙腈-d3)δ40.42;MS(ESI,m/z)针对[C44H53N2O11PS+Na+]的计算值871.30实测值871.28。
来自环己基环氧化物的PO-PSI试剂:
(5)外消旋-2-((4-溴苯基)硫代)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷2-硫化物:
用磷酸二丁酯(16.2mL,87.2mmol)和二氯乙酸(10.8mL,131mmol)处理三乙胺双(4-溴苯基)硫代磷酸酯(50.0 g,87.2mmol)和氧化环己烯(13.2mL,131mmol)在氯仿(175mL)中的溶液。在室温下搅拌15小时后,将混合物在真空中浓缩。将残留物用水(125mL)和正庚烷(125mL)稀释,用冰浴冷却,并在0℃下搅拌2小时。过滤所得沉淀物,随后用水(100mL)和正庚烷(125mL)洗涤。将滤饼溶解在CH2Cl2(200mL)中,并除去水层。将有机层在真空中浓缩至约50mL并用正庚烷(75mL)处理。将混合物在室温下搅拌20分钟,并在真空中浓缩至约50mL。过滤所得沉淀物,用正庚烷(20mL)洗涤,并用N2吹扫干燥2小时,以得到标题化合物(30.1g,91%)。
1H NMR(400MHz,CDCl3,296K)(非对映异构体的1:2混合物)δ(ppm)=7.58-7.51(m,8H),7.47-7.41(m,4H),4.04(dt,J=3.9,10.7Hz,1H),3.65-3.56(m,4H),2.27-2.12(m,6H),1.89(m,3H),1.81(m,3H),1.75-1.58(m,3H),1.49-1.25(m,8H),1.23-1.16(m,1H),1.07-0.86(m,1H);31P NMR(162MHz,CDCl3,296K)δ(ppm)=107.01(s,1P),103.23(s,2P);MS(ESI)m/z:[M+H]+针对C12H15BrOPS3的计算值380.91;实测值380.84。
(6)外消旋-2-((4-溴苯基)硫代)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷2-氧化物:
用SeO2(2.91g,26.2mmol)处理(3aR,7aR)-2-((4-溴苯基)硫代)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷2-硫化物(10.0g,26.2mmol)在CH2Cl2(170mL)中的溶液,并在室温下搅拌2小时。添加另外的SeO2(2.91g,26.2mmol)并在室温下继续搅拌另外19小时。将反应混合物通过干燥的硅胶垫过滤,并用CH2Cl2冲洗。将滤液用10%NaH2PO4(70.0mL)洗涤,用MgSO4干燥并在真空中浓缩。将残留物用正庚烷(46mL)处理,并将所得浆液在室温下搅拌20分钟。过滤沉淀物,用正庚烷(20mL)洗涤,并用N2吹扫干燥,以得到标题化合物(6.18g,64.5%)。
1H NMR(400MHz,CDCl3,296K)(两种非对映异构体的1:2混合物)δ(ppm)=7.58-7.48(m,12H),4.10(dt,J=4.1,10.8Hz,1H),3.60(dt,J=3.6,10.8Hz,2H),3.37(dt,J=3.9,10.8Hz,2H),2.43-2.36(m,1H),2.25-2.07(m,5H),1.98-1.83(m,4H),1.83-1.73(m,3H),1.63-1.48(m,3H),1.46-1.23(m,8H),1.11-0.99(m,1H);31P NMR(162MHz,CDCl3,297K)δ(ppm)=62.54(s,1P),56.98(s,2P);MS(ESI)m/z:[M+H]+针对C12H15BrO2PS2的计算值364.94;实测值364.97。
通用程序4:PO-PSI单体
(7-1)1-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((3aR,7aR)-2-氧化六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-4-(((E)-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)嘧啶-2(1H)-酮:
将1-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-(2-甲氧基乙氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-4-(((E)-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)嘧啶-2(1H)-酮(4.30g,6.15mmol)和(3aR,7aR)-2-((4-溴苯基)硫代)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷2-氧化物(3.15g,8.62mmol)与乙腈(43mL)共沸三次。将残留物溶解在乙腈(43mL)中,冷却至0℃,并用DBU(1.6mL,8.3mmol)处理。将混合物在0℃下搅拌2小时,用饱和NaH2PO4(40mL)猝灭,并用乙酸乙酯(50mL)稀释。分离有机层,并用乙酸乙酯(50mL)将水层萃取两次。合并有机层,用饱和NaHCO3(20mL)洗涤,用MgSO4干燥,并在真空中浓缩。将残留物通过硅胶柱色谱(在正庚烷中的乙酸乙酯=17%至100%,然后是在乙酸乙酯中的THF=0%至100%)纯化,以得到为泡沫固体的标题化合物(3.07g,57.1%)。
MS(ESI)m/z:[M+H]+针对C45H56N4O10PS的计算值875.3;实测值875.1。
(7-2)(3aR,7aR)-2-(((2R,3R,4R,5R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(2-甲氧基乙氧基)-5-(6-(((E)-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-9H-嘌呤-9-基)四氢呋喃-3-基)氧基)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷2-氧化物:
将(2R,3R,4R,5R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(2-甲氧基乙氧基)-5-(6-(((E)-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-9H-嘌呤-9-基)四氢呋喃-3-醇(2.70g,3.81mmol)和(3aR,7aR)-2-((4-溴苯基)硫代)六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷2-氧化物(1.95g,5.33mmol)与乙腈(25.4mL)在旋转蒸发器中共沸三次。将残留物溶解在乙腈(25.4mL)中,冷却至0℃,并用DBU(0.78mL,5.1mmol)处理。将混合物在0℃下搅拌2小时,用饱和NaH2PO4(30mL)猝灭,并用乙酸乙酯(30mL)稀释。分离有机层,并用乙酸乙酯(30mL)将水层萃取两次。合并有机层,用饱和NaHCO3(20mL)洗涤,用MgSO4干燥,并在真空中浓缩。将残留物通过柱色谱(在正庚烷中的乙酸乙酯=17%至100%,然后是在乙酸乙酯中的THF=0%至100%)纯化,以得到为泡沫状固体的标题化合物(2.10g,62.3%)。
MS(ESI)m/z:[M+H]+针对C45H54N6O9PS的计算值884.33实测值884.45。
(7-3)9-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-(2-甲氧基乙氧基)-4-(((3aR,7aR)-2-氧化六氢苯并[d][1,3,2]氧杂硫磷-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-2-((1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-1,9-二氢-6H-嘌呤-6-酮:
根据通用程序4制备,白色泡沫状固体;80%收率;MS(ESI,m/z)针对[C45H53N6O10PS+H+]的计算值901.33实测值901.1。
通用程序5:单体琥珀酸酯的合成
在室温下,向受保护的核苷(1.0当量)和琥珀酸酐(1.5当量)中添加DCM(8体积)和Et3N(3.0当量)。将混合物在室温下搅拌过夜。向混合物中添加磷酸盐缓冲液(pH 7,6体积)并用DCM(8体积)萃取3次。然后将有机层浓缩并通过柱色谱(庚烷/EtOAc,10%至100%)纯化。
(5-甲基-C-MOE琥珀酸酯):
(8)4-(((2R,3R,4R,5R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(2-甲氧基乙氧基)-5-(5-甲基-4-(((E)-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)四氢呋喃-3-基)氧基)-4-氧代丁酸:
在室温下,向在DCM(40.0mL,621.71mmol)中的1-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-(2-甲氧基乙氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-4-(((E)-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)嘧啶-2(1H)-酮(5g,7.155mmol)和琥珀酸酐(1.074g,10.732mmol)中添加Et3N(2.99mL,21.465mmol)。将混合物在室温下搅拌过夜。向混合物中添加磷酸盐缓冲液(pH 7,30mL)并用DCM(50mL X 3)萃取。然后浓缩有机层并通过柱色谱(Hept/EtOAc,10至100%)纯化,以得到4-(((2R,3R,4R,5R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(2-甲氧基乙氧基)-5-(5-甲基-4-(((E)-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)四氢呋喃-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(4.92g,6.16mmol,86%收率)。
1H NMR(400MHz,CD3CN)δppm 7.59(1H,s),7.47(2H,d,J=7.50Hz),7.31-7.39(6H,m),7.24-7.31(1H,m),6.91(4H,d,J=8.63Hz),6.04(1H,d,J=5.25Hz),5.35(1H,t,J=5.13Hz),4.35(1H,t,J=5.32Hz),4.14-4.25(1H,m),3.79(6H,s),3.74-3.78(1H,m),3.66(1H,dt,J=11.44,4.28Hz),3.44-3.52(4H,m),3.33-3.40(2H,m),3.26(3H,s),3.05-3.11(2H,m),3.04(3H,s),2.50-2.65(4H,m),2.00-2.08(2H,m),1.99(1H,s),1.61(3H,s);MS(ESI,m/z)针对[C43H50N4O11+H+]的计算值799.35;实测值799.9。
通用程序6:立体控制的PS MOE ASO的固相合成
用于自动化固相合成立体控制的PS-寡核苷酸的通用程序是从Knouse等人,″Unlocking P(V):Reagents for chiral phosphorothioate synthesis[解锁P(V):用于手性硫代磷酸酯合成的试剂],″Science[科学]2018,361(6408),1234-1238;和Huang等人,″AP(V)platform for oligonucleotide synthesis[寡核苷酸合成的P(V)平台],″Science[科学]2021,373(6560),1265-1270中报道的程序修改而来。
自动化固相寡核苷酸合成:
第1部分.负载到树脂上:1聚体的制备
将TentaGel S-NH2(AC354610050,ACROS Organics公司,负载0.2至0.3mmol/g)(4g,约1mmol)置于50mL固相反应烧瓶中,并用DMF(10mL X 3)、DCM(10mL X 3)和DMF(10mLX 3)洗涤。在室温下,向树脂中添加在DMF(5.00mL)中的N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基甘氨酸(3.11g,10.00mmol)和在DMF(5mL)中的((3H-[1,2,3]三唑并[4,5-b]吡啶-3-基)氧基)三(吡咯烷-1-基)磷代六氟磷酸酯(V)(5.21g,10.00mmol),随后添加N-4-甲基吗啉(2199mL,20.00mmol)。以400rpm将其摇动。24小时后,排出液体,并且用DMF(10mL X 3)、DCM(10mL X 3)和DMF(10mL X 3)冲洗树脂。在室温下向树脂中添加预混的吡啶(4.85mL,60.00mmol)和Ac2O(0.944mL,10.00mmol)。3分钟后,排出溶液,并且在室温下添加预混的吡啶(4.85mL,60.00mmol)和Ac2O(0.944mL,10.00mmol)。3分钟后,排出液体,并且用DMF(10mLX 3)、DCM(10mL X 3)和DMF(10mL X 3)洗涤树脂。
然后,用30mL在DMF中的20%哌啶处理树脂,并在3分钟后收集溶液。将该过程重复5次,并且用DMF(10mL X 3)、DCM(10mL X 3)和DMF(10mL X 3)洗涤树脂。向收集的溶液中添加20%哌啶在DMF中的溶液,以在容量瓶中制成300mL。用在DMF中的20%哌啶将该溶液的等分试样稀释10倍,并测量哌啶-富烯加合物的紫外吸光度(λ=301nm,ε=7800M-1cm-1,A=2.41),以得到230μmol/g的估计负载量。
用DMF(10mL X 3)、DCM(10mL X 3)和DMF(10mL X 3)洗涤树脂。向树脂中添加在DMF(5mL)中的4-(((2R,3R,4R,5R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(2-甲氧基乙氧基)-5-(5-甲基-4-(((E)-1-甲基吡咯烷-2-亚基)氨基)-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)四氢呋喃-3-基)氧基)-4-氧代丁酸(1.5当量,1.198g,1.5mmol),随后添加在DMF(5mL)中的((3H-[1,2,3]三唑并[4,5-b]吡啶-3-基)氧基)三(吡咯烷-1-基)磷代六氟磷酸酯(V)(1.7当量,0.886g,1.7mmol)和N-4-甲基吗啉(2当量,0.258g,2mmol)。将混合物在室温下摇动3天,并且用DMF(10mL X 3)、DCM(10mL X 3)和DMF(10mL X 3)洗涤。
用DMF(10mL X 3)、DCM(10mL X 3)洗涤树脂。将其用在DCM(20mL)中的3%二氯乙酸(DCA)处理2分钟,随后用DCM(20mL)洗涤以除去DMTr基团。重复该过程(>5次),直到观察不到颜色。然后用DCM(10mL X 3)、DMF(10mL X 3)和MeCN(10mL X 3)洗涤树脂。
用在DCM中的3%DCA稀释经合并的去保护溶液。测量DMTr阳离子的紫外吸光度(λ=410nm,ε=30,400M-1cm-1)以量化负载量(0.2mmol/g)。
第2部分.K&A H-8-SE寡聚物合成仪的自动化合或
将制备的负载5′-O-DMTr-核苷酸的TentaGel-SAR(20μmol,200μmol/g)装入空的6mL注射器柱(Biocomma Limited公司,目录号RSSC-6)中,并用MeCN洗涤。使用立体纯PSI单体和PO-PSI单体,按照表15所示的循环,在K&A H-8-SE寡聚物合成仪上合成立体纯寡核苷酸。如在以下方案中所示:使用从(-)-PSI试剂制备的Rp-PSI单体获得Sp硫代磷酸酯键;使用从(+)-PSI合成的Sp-PSI单体获得Rp硫代磷酸酯键,并且使用PO-PSI单体获得PO核苷酸间键1
Sp、Rp硫代磷酸酯和PO(磷酸二酯)核苷酸间键合成中的单体。
表15.MOE PS寡核苷酸的自动化固相合成方案
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*碱性洗涤溶液:MeCN/2,6-二甲基吡啶/DBU=20/2/1(v/v/v)
**偶联:将在MeCN(2mL,0.1M)中的单体(0.2mmol)和基础溶液[2,6-二甲基吡啶1.1mL(1M)、DBU 0.5mL(0.3M)、MeCN 10mL](0.9mL)(>10当量DBU和>40当量2,6-二甲基吡啶)转移到柱中。将其摇动16小时,将其沥干并洗涤,并且在从少量树脂(28%NH4OH/EtOH/NH4OAc(9/2/1,v/v/w),65℃,4小时)裂解后,通过RP HPLC-质谱分析转化率。实现了>95%的转化率,而在没有2,6-二甲基吡啶或反应时间较短的情况下观察到较低的转化率:无2,6-二甲基吡啶,DBU(15当量):约50%的转化率或单体(10当量),2,6-二甲基吡啶(50当量),DBU(15当量),8小时:约80%的转化率。
分析HPLC方法1-RP HPLC-质谱:柱:Acquity UPLC BEH C181.7μm 2.1x 50mm(零件号:186002350);溶剂:缓冲液A(在水中的10mM碳酸氢铵),缓冲液B(100mM碳酸氢铵/MeOH/MeCN=10/10/80);温度:60℃;流速:0.8mL/min;梯度:5~99%B梯度(6分钟)。
第3部分.从树脂上裂解和去保护:
在完成最后一个循环(带有DMTr(DMTr-On))后,将裂解溶液(28%NH4OH/NH4OAc/EtOH(10/1/1,约1mL/1μmol))中的树脂在65℃下在密闭瓶中加热2天。将其冷却至室温,过滤,然后浓缩。除去失败的序列,并通过下面的C18柱方案将DMTr基团去保护。通过离子配对反相(IR-RP)HPLC浓缩和纯化收集的级分。
C18柱方案:
将Sep-Pak柱[沃特世公司(Waters),Sep-Pak Vac 35cc(10g)C18柱]用MeOH(2CV)、MeCN(2CV),随后是2N Et3NHOAc(2倍柱体积(CV))平衡。将在0.1N Et3NHOAc中的粗样品负载在柱上。用2N NaCl/MeCN(5/1,v/v)和在水(150mL)中的3%TFA洗涤柱以洗脱截短的序列,然后用水(50mL)洗涤。用含有0.5%28%NH4OH的50mL乙腈-水(1∶1,v/v)洗脱粗的不带DMTr(DMTr-off)的PS-寡核苷酸。在真空下干燥含有粗的不带DMTr的寡核苷酸的溶液。通过Nanodrop(RNA-40)测量重量,并进行31P NMR。通过RP-HPLC、IEX-HPLC和UPLC/MS对其进行分析。
分析HPLC方法2-离子配对RP HPLC-质谱:柱:XBridge Premier BEH C18(2.5μm,150x 2.1mm);温度:60℃;流速:1mL/分钟;检测波长:260nm;溶剂:缓冲液A:100 mM HFIP/8.6mM Et3N(H2O),缓冲液B:100%MeOH;梯度:5%至30%B梯度(15分钟)。
分析HPLC方法3-离子配对RP HPLC-质谱:柱:XBridge Premier BEH C18(2.5μm,150x 2.1mm);温度:60℃,流速:0.5mL/分钟;检测波长:260nm;溶剂:缓冲液A:100mMn-C6H13NH3OAc(H2O/MeCN 9/1)缓冲液B:100mM C6H13NH3OAc(H2O/MeCN 1/1);梯度:80%至100%B梯度(15分钟)。
分析HPLC方法4-离子配对RP HPLC-质谱:柱:XBridge Premier BEH C18(2.5μm,150x 2.1mm);温度:60℃,流速:0.5mL/分钟。检测波长:260nm;溶剂:缓冲液A:在水中的10mM正己胺/50mM HFIP,缓冲液B:MeCN;梯度:23%~28%缓冲液B梯度(15分钟)。
第4部分.HPLC纯化和脱盐:
使用无菌水(WFI,来自巴克斯特公司(Baxter),VWR目录68000-955),通过以下方法,由离子配对RP HPLC纯化SepPak处理后的粗材料。
制备型HPLC方法1:柱:XBridge Prep C18 OBD Prep(10μm,19x 250mm);流速:30mL/分钟。检测波长:260nm;溶剂:缓冲液A:在水中的8.6mM TEA/100mM HFIP,缓冲液B:MeOH;梯度:10%~37%缓冲液B梯度(30分钟)。
制备型HPLC方法2:柱:Xbridge BEH C18(10μm,10x 250mm);流速:14mL/分钟。检测波长:260nm;溶剂:缓冲液A:100mM C6H13NH3OAc(H2O/MeCN 9/1),缓冲液B:100mMC6H13NH3OAc(H2O/MeCN 1/1);梯度:50%至75%梯度(26分钟)
制备型HPLC方法3:柱:XBridge C18 OBD Prep( 5μm,19x 250mm);流速:30mL/分钟;检测波长:260nm;溶剂:缓冲液A:在水中的10mM HA/50mM HFIP,缓冲液B:MeCN;梯度:23%~28%缓冲液B梯度(30分钟)。
浓缩含有所期望化合物的级分,并用在EtOH/水(1/4)中的0.2N NaCl溶解。通过使用3000MW截留的膜过滤(3K离心膜管,Amicon Ultra-15,Ultracel-3K(3400rpm,45分钟)(目录UFC900396,来自西格玛奥德里奇公司(Sigma-Aldrich))或Macrosep设备(目录MAP003C38),来自颇尔公司(PALL),3400rpm,40分钟,15mL WFI X 3)将所得溶液脱盐。过滤(0.2微米无菌注射器过滤器)最终脱盐的溶液。在Nanodrop紫外-可见分光光度计上在260nm处测量经稀释溶液的吸光度,以得到收率(7%~15%收率),并且通过动力学显色LAL方法(查尔斯河公司(Charles River),nexgen-PTS)证实内毒素水平低于0.06EU/mg。
第5部分.使用反向互补RNA和NMR的Tm测量
Tm测量设备:岛津UV-2700紫外-可见分光光度计
方案1:使用去离子水制备浓度为400μM的ASO样品。使用超纯蒸馏水将IDT的反向互补RNA(rcRNA)溶解至400μM。使用超纯蒸馏水将每种储备溶液的10μL等分试样稀释至1mL,并通过紫外-可见分光光度计测量它们的实际浓度。制备测试样品(500μL),其在缓冲液(100mM NaCl,10mM磷酸钠,pH 7.0,含0.1mM EDTA)中含有4.0μM ASO和4.0μM rcRNA。将测试样品在1mL试管中培养,并以0.5℃/分钟从15℃加热至105℃。在260nm处监测由于链融化引起的紫外(UV)吸光度增加。在实验之前,通过以5℃/分钟从25℃加热至95℃将样品熔化并重新退火,并冷却至起始温度以确保完全退火。将Shimadzu Tm分析软件用于使用导数函数计算Tm(曲线拐点:50%融化)。
方案2:使用PBS制备浓度为200μM的ASO样品,然后遵循与方案1相同的程序,调整量。
在储备磷酸盐缓冲液(100mM,pD=7.4)中进行31P NMR(162MHz)3,该缓冲液在对DMTr进行C18纯化和去保护后,在10mL D2O中用135.5mg K2DPO4和31.2mg KD2PO4制备。参见Evstigneev等人,″Hexamer oligonucleotide topology and assembly under solutionphase NMR and theoretical modeling scrutiny[溶液相NMR和理论建模检查下的六聚体寡核苷酸拓扑和组装],″Biopolymers[生物高分子]2010,93(12),1023-1038。
示例性化合物
除非特别说明,否则所有核苷酸都是2′-MOE,并且″C″代表5′-甲基胞嘧啶。
A.化合物MOE-277:20聚体,全部Sp
/>
通过制备型HPLC方法1纯化:C260H372N83O133P19S19Mw=7985.47,理论值为m/z1995.36,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1995.05处检测到。通过方案1,Tm=57.8℃(立体无规的Tm=66.5℃)。MOE-277的Tm在图20中示出。
B.化合物MOE-278:20聚体,全部Rp
/>
通过制备型HPLC方法2纯化:C260H372N83O133P19S19Mw=7985.47,理论值为m/z1995.36,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1995.492处检测到。通过方案1,Tm=71.5℃(立体无规的Tm=66.5℃)。MOE-278的Tm在图20中示出。
C.化合物MOE-279:20聚体,4Rp
通过制备型HPLC方法1纯化:C260H372N83O133P19S19Mw=7985.47,理论值为m/z1995.36,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1995.25处检测到。通过方案1,Tm=61.4℃(立体无规的Tm=66.5℃)。
D.化合物MOE-280:20聚体,5Rp
通过制备型HPLC方法1纯化:C260H372N83O133P19S19 Mw=7985.47,理论值为m/z1995.36,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1994.88处检测到。通过方案1,Tm=62.7℃(立体无规的Tm=66.5℃)。
E.化合物MOE-281:20聚体,7Rp
通过制备型HPLC方法1纯化:C260H372N83O133P19S19Mw=7985.47,理论值为m/z1995.36,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1995.06处检测到。通过方案1,Tm=62.3℃(立体无规的Tm=66.5℃)。
F.化合物MOE-282:20聚体,7Rp
通过制备型HPLC方法1纯化:C260H372N83O133P19S19Mw=7985.47,理论值为m/z1995.36,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1994.81处检测到。通过方案1,Tm=63.5℃(立体无规的Tm=66.5℃)。
G.化合物MOE-283:20聚体,9Rp
通过制备型HPLC方法1纯化:C260H372N83O133P19S19Mw=7985.47,理论值为m/z1995.36,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1995.43处检测到。通过方案1,Tm=64.8℃(立体无规的Tm=66.5℃)。
H.化合物MOE-284:20聚体,10Rp
通过制备型HPLC方法1纯化:C260H372N83O133P19S19Mw=7985.47,理论值为m/z1995.36,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1994.96处检测到。通过方案1,Tm=66.2℃(立体无规的Tm=66.5℃)。
I.化合物MOE-285:20聚体,9Rp
通过制备型HPLC方法1纯化:C260H372N83O133P19S19Mw=7985.47,理论值为m/z1995.36,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1995.50处检测到。通过方案1,Tm=63.4℃(立体无规的Tm=66.5℃)。
J.化合物MOE-286:20聚体,13Rp
通过制备型HPLC方法2纯化:C260H372N83O133P19S19Mw=7985.47,理论值为m/z1995.36,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1994.55处检测到。
K.化合物MOE-287:20聚体,3Rp
通过制备型HPLC方法2纯化:C260H372N83O133P19S19Mw=7985.47,理论值为m/z1995.36,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1995.08处检测到。通过方案1,Tm=59.7℃(立体无规的Tm=66.5℃)。
图20示出了MOE-012、MOE-277和MOE-278的Tm。图21示出了MOE-277至MOE-287的Tm。
L.化合物MOE-288:18聚体,全部Sp
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O119P17S17Mw=7186.34,理论值为m/z1795.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1795.45处检测到。通过方案2,Tm=58.4℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)ppm 56.09,55.82,55.78,55.56,55.52,55.32,55.21,55.15,55.06
M.化合物MOE-289:18聚体,全部Rp
/>
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O119P17S17Mw=7186.34,理论值为m/z1795.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1795.38处检测到。通过方案2,Tm=70.4℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 56.09,55.82,55.78,55.56,55.52,55.32,55.21,55.15,55.06
N.化合物MOE-290:18聚体,11Rp
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O119P17S17Mw=7186.34,理论值为m/z1795.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1795.57处检测到。通过方案2,Tm=66.6℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 58.53,58.22,58.08,57.82,57.60,57.40,57.12,55.67,55.54,55.30,55.12
O.化合物MOE-291:18聚体,8Rp
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O119P17S17 Mw=7186.34,理论值为m/z1795.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1795.31处检测到。通过方案2,Tm=62.5℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 57.07,56.83,56.71,56.54,56.31,55.16,54.81,54.33,54.24,54.12,54.23
P.化合物MOE-292:18聚体,8Rp
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O119P17S17Mw=7186.34,理论值为m/z1795.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1794.95处检测到。通过方案2,Tm=62.6℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 60.01,59.40,59.36,58.87,58.50,58.14,57.67,57.37,57.15,56.66,56.48,55.83,55.55,55.26
图22示出了MOE-288至MOE-292的TM。图23示出了通过分析HPLC方法4得到的重叠HPLC色谱图(MOE-252和MOE-288至MOE-292)的实例。
Q.化合物MOE-293:18聚体,4Rp
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O119P17S17 Mw=7186.34,理论值为m/z1795.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1795.95处检测到。通过方案2,Tm=59.5℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 56.79,56.19,55.09,54.93,54.85,54.67,54.53
R.化合物MOE-294:18聚体,6Rp
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O119P17S17 Mw=7186.34,理论值为m/z1795.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1795.54处检测到。通过方案2,Tm=59.7℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 57.84,57.43,57.17,56.92,56.80,55.98,55.86,55.62,55.58,55.46,55.27,55.11,55.06,55.00
S.化合物MOE-295:18聚体,4Rp
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O119P17S17Mw=7186.34,理论值为m/z1795.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1795.82处检测到。通过方案2,Tm=60.6℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 57.71,57.25,57.06,56.11,55.79,55.68,55.48,55.35,55.21,55.11
T.化合物MOE-296:18聚体,2Rp/2PO
/>
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O121P17S15Mw=7154.38,理论值为m/z1787.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1787.56处检测到;通过方案2,Tm=61.3℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 58.26,58.20,57.84,57.65,57.49,57.40,57.16,56.97,0.33
U.化合物MOE-297:18聚体,4Rp/2PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O121P17S15Mw=7154.38,理论值为m/z1787.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1787.35处检测到;通过方案2,Tm=62.7℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 57.24,57.04,56.42,56.36,55.83,55.69,55.56,55.36,55.17,55.07,54.64,-1.03,-1.13
V.化合物MOE-298:18聚体,2Rp/2PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O121P17S15Mw=7154.38,理论值为m/z1787.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1787.40处检测到;通过方案2,Tm=61.6℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 57.20,57.08,56.77,56.55,56.17,56.10,-0.72
W.化合物MOE-299:20聚体,2Rp/2PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C260H372N83O135P19S17Mw=7950.51,理论值为m/z1986.62,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1987.01处检测到;通过方案1,Tm=61.5℃(立体无规的Tm=69.6℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 57.48,57.22,56.14,55.90,55.65,55.77,55.38,55.30,55.25,55.21,55.06,54.94,-0.95,-0.99
图24示出了MOE-252和MOE-293至MOE-298的TM。图25示出了MOE-029和MOE-299的TM。
X.化合物MOE-300:18聚体,6Rp/2PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O121P17S15Mw=7154.38,理论值为m/z1787.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1787.49处检测到;通过方案2,Tm=63.2℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 58.39,58.07,57.85,57.69,56.36,56.06,55.78,55.70,55.57,55.38,55.33,55.29,-0.97
Y.化合物MOE-301:18聚体,5Rp/2PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O121P17S15Mw=7154.38,理论值为m/z1787.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1787.66处检测到;通过方案2,Tm=62.2℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 58.57,58.02,57.81,57.65,56.31,56.02,55.73,55.64,55.52,55.33,55.27,55.25,55.11,-1.00
Z.化合物MOE-303:18聚体,3PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O122P17S14Mw=7137.40,理论值为m/z1783.25,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1782.76处检测到;通过方案2,Tm=59.5℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 56.36,56.11,55.93,55.84,55.69,55.64,55.53,55.38,-0.88,-0.97
AA.化合物MOE-304:18聚体,5PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O124P17S12Mw=7106.45,理论值为m/z1775.61,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1775.83处检测到;通过方案2,Tm=61.6℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz,溶剂)δppm 56.29,55.75,55.71,55.65,55.53,55.42,-0.62,-0.79,-0.89,-0.98
BB.化合物MOE-305:18聚体,4PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O123P17S13Mw=7122.43,理论值为m/z1779.50,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1779.42处检测到;通过方案2,Tm=61.4℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 55.54,55.49,55.72,55.26,55.14,55.11,54.98,-1.02,-1.06,-1.14,-1.47
CC.化合物MOE-306:18聚体,3PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O122P17S14 Mw=7137.40,理论值为m/z1783.25,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1783.54处检测到;通过方案2,Tm=60.3℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 56.18,55.88,55.53,55.37,55.30,55.64,55.16,55.07,-0.84,-0.90,-0.95
DD.化合物MOE-307:18聚体,2PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O121P17S15 Mw=7154.38,理论值为m/z1787.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1788.19处检测到;通过方案2,Tm=59.0℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 56.03,55.84,55.70,55.56,55.45,55.27,55.24,55.11,54.95,-1.10,-1.20
EE.化合物MOE-308:20聚体,2PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C260H372N83O135P19S17Mw=7950.51,理论值为m/z1986.62,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1986.92处检测到;通过方案1,Tm=58.5℃(立体无规的Tm=69.6℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 55.91,55.76,55.52,55.20,55.10,54.99,54.89,-0.99,-1.05,-1.09
FF.化合物MOE-309:20聚体,4PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C260H372N83O137P19S15Mw=7919.50,理论值为m/z1978.87,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1978.66处检测到;通过方案1,Tm=62.8℃(立体无规的Tm=69.6℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 55.83,55.65,55.50,55.41,55.19,55.02,55.11,54.77,-1.04,-1.11,-1.15,-1.55
GG.化合物MOE-310:18聚体,5R/2PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O121P17S15Mw=7154.38,理论值为m/z1787.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z 1787.64处检测到;通过方案2,Tm=63.4℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 58.22,57.54,56.08,55.88,55.41,55.26,55.17,55.10,55.04,54.95,-1.02
HH.化合物MOE-311:18聚体,4R/2PO
通过制备型HPLC方法3纯化:C234H335N76O121P17S15Mw=7154.38,理论值为m/z1787.59,因为使用最丰富天然同位素的[M-4H]4-离子,通过低分辨率质谱在m/z1787.34处检测到;通过方案2,Tm=61.0℃(立体无规的Tm=65.9℃)。
31P NMR(162MHz)δppm 58.21,57.66,56.05,55.89,55.57,55.48,55.38,55.28,55.26,55.05,54.96,-1.03,-1.25
实例14:用于评估硫代磷酸酯(PS)寡核苷酸在小鼠BMDM中的跳跃效率的体外测 定。
使用适当的培养基(含有10%胎牛血清的杜尔贝科氏改良伊格尔氏培养基)加重组鼠CSF培养和维持新鲜分离的小鼠BMDM细胞。该测定以96孔板的形式进行,每孔接种约30,000个细胞,并用浓度为1μM、3μM和10μM的ASO处理,不添加lipofectamine。在分离总RNA之前,将细胞在细胞培养箱中于37℃下孵育48小时。按照供应商方案分离总RNA并将其转化为cDNA,然后使用Taqman基因表达测定来定量外显子2:跳过的CD33(正向引物:CGCTGCTGCTACTGCTG(SEQ ID NO:207);反向引物:TTCTAGAGTGCCAGGGATGA(SEQ ID NO:208);和探针:TGTGGGCAGACTTGACCCACAG(SEQ ID NO:209))和未跳过的CD33(正向引物:GGATGGAGAGAGGAAGTA(SEQ ID NO:210);反向引物:GTGCCAGGGATGAGGATTT(SEQ ID NO:211);和探针:TGCATGTGACAGACTTGACCCACA(SEQ ID NO:212))mRNA转录物。将小鼠管家基因HPRT1(测定ID:Hs02800695_m1;赛默飞世尔科技公司)表达用于归一化靶转录物表达。使用非靶向(NTC)MOE序列CCTTCCCTGAAGGTTCCTCC(SEQ ID NO:257)(Mullick等人(2011)J.Lipid Res.[脂质研究杂志]52,885)。表13和14中列出的选择ASO的体外跳跃数据在表16、17、18、19、20和21中示出。
表16.小鼠BMDM中选择ASO的体外CD33外显子2跳跃%数据。非靶向对照ASO(NTC)的跳跃显示为单个实验的对照。
表17.小鼠BMDM中选择ASO的体外CD33外显子2跳跃%数据。非靶向对照ASO(NTC)的跳跃显示为单个实验的对照。
表18.小鼠BMDM中选择ASO的体外CD33外显子2跳跃%数据。非靶向对照ASO(NTC)的跳跃显示为单个实验的对照。
表19.小鼠BMDM中选择ASO的体外CD33外显子2跳跃%数据。非靶向对照ASO(NTC)的跳跃显示为单个实验的对照。
表20.小鼠BMDM中选择ASO的体外CD33外显子2跳跃%数据。空白PBS的跳跃显示为单个实验的对照。
表21.小鼠BMDM中选择ASO的体外CD33外显子2跳跃%数据。非靶向对照ASO(NTC)的跳跃显示为单个实验的对照。
在体外测试选择的ASO序列在U-118MG胶质母细胞瘤细胞中诱导CD33基因转录物中外显子2跳跃的功效。实验细节与实例4中使用的相同(CD33外显子2靶向寡核苷酸的剪接调节特性的评估/体外测定方法/MOE-ASO序列的评估)。在本实验中,在3.33nM、10nM和30nM浓度下评估MOE-ASO。数据在表22中示出。
表22.非靶向对照ASO(NTC)和水的U118-MG细胞中选择ASO的体外D2跳跃%数据显示为对照。
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实例15:体内测定方法.
将人源化CD33小鼠模型用于研究CD33外显子2跳跃ASO。将CRISPR/Cas9介导的基因编辑用于用人类基因组CD33(包括信号肽)替代鼠CD33。保留了鼠3′和5′非翻译区。对于体内实验,使用C57BL/6背景的人CD33小鼠品系的混合性别组群,小鼠在给药时为12-24周龄。
在第1天,以10μL推注将ASO经由侧脑室内注射以适当剂量施用至右侧脑室内。除非另有说明,否则在注射后14天对小鼠进行尸检。在尸检时,在阿佛丁麻醉下用PBS经心脏灌注小鼠。从颅骨中快速取出脑,并从注射的半球中解剖出皮质和海马体用于外显子跳跃评估。对于RNA分离,向冷冻组织中添加9倍体积的Trizol并匀浆3分钟。将500μL Trizol溶胞产物转移到1mL深孔板中。向每个样品中添加100μL氯仿,剧烈摇动,并以4000xg离心5分钟。将上清液(250μL)转移到来自SV96总RNA提取试剂盒(普洛麦格公司)的结合板上,并按照相同的方案提取RNA。按照SV96方案(普洛麦格公司)分离总RNA并将其转化为eDNA,然后使用Taqman基因表达测定来定量外显子2跳过的CD33 mRNA转录物。将小鼠管家基因HPRT1表达用于归一化靶转录物表达。数据可以表示为与PBS处理组相比,外显子2跳过的CD33mRNA的倍数变化。可替代地,数据可以表示为相对于PBS对照,体内外显子2跳过的CD33mRNA的量(%)。表13和14中列出的选择序列的体内跳跃数据在图22-28中示出。MOE-279的体内剂量反应在图29中示出。100μg的单ICV剂量后MOE-277的作用持续时间在图30中示出。
实例16:用于测定脑组织中的ASO浓度的杂交ELISA。
使用基于杂交的免疫测定方法(HELISA)对小鼠皮质和海马体中的ASO浓度进行定量。将具有与MOE-277互补序列的两种单链DNA寡核苷酸设计为检测探针:TCTTTCGGAT/3′-Bio(TCTTTCGGAT(SEQ ID NO:258));和捕获探针:5′-DigN/GGTTCATACT(GGTTCATACT(SEQID NO:259))(爱荷华州科尔维尔的综合基因技术公司(Integrated DNA Technologies,Coralville,IA))。
将组织溶解在TRIzol,1:10(马萨诸塞州沃尔瑟姆的赛默飞世尔科技公司(ThermoFisher Scientific,Waltham,MA))中,并在杂交缓冲液(1:100,在TE缓冲液中的1M NaCl和0.1%Tween20)中稀释。将MOE-277掺入稀释的组织匀浆中,以制备标准曲线和质量控制(QC)样品。将35μL稀释的样品、标准品和QC转移到96孔PCR板上。将35ul检测探针溶液(100nM,在杂交缓冲液中)添加到含有标准品和样品的PCR板中。样品和检测探针在以下条件下在热循环仪上杂交:95℃持续10分钟,37℃持续60分钟,最后保持在4℃下。
在室温下,将MSD金96孔链霉亲和素SECTOR板(马里兰州罗克维尔的Meso ScaleDiagnostics有限公司(Meso Scale Diagnostics,LLC.,Rockville,MD))用在TBS阻断剂(马萨诸塞州沃尔瑟姆的赛默飞世尔科技公司)中的150μL酪蛋白阻断1.5小时。在洗涤后,将25μL捕获探针(200nM,在杂交缓冲液中)添加到MSD板中,并在37℃,300rpm下孵育1小时。在洗涤步骤后,一式两份地将25μL样品、标准品和QC转移到MSD板上,并在摇动平台(300rpm)上于37℃下孵育1小时。然后将板洗涤3次,并在TBS封闭缓冲液和0.05%Tween20中与50μL在酪蛋白中的1μg/mL钌标记的抗地高辛抗体一起孵育1小时。
在最后一次洗涤后,添加150μL 2X MSD读取缓冲液T(马里兰州罗克维尔的MesoScale Diagnostics有限公司),并在MSD Sector S 600仪器(马里兰州罗克维尔的MesoScale Diagnostics有限公司)上读取该板。使用Discovery Workbench 4.012.1(马里兰州罗克维尔的Meso Scale Diagnostics有限公司)中的4参数logistic(4PL)模型(加权因子=1/Y2),经由对校准曲线进行插值,根据信号强度进行非线性回归分析,以计算参考化合物的浓度。MOE-277持续期间的PK数据分析在图31中示出。
本领域的普通技术人员将理解,本披露内容可以以本文未具体描述的方式进行修改。本披露内容的范围不受本文描述的具体实施例的限制,这些实施例仅用于说明的目的。本披露内容包括任何修改和变化,包括所有功能等同的产品、组合物和方法。
本文引用的所有出版物的全部披露内容通过引用特此并入。不承认任何这样的出版物构成现有技术或者是本领域普通技术人员的公知常识的一部分。
权利要求书(按照条约第19条的修改)
1.一种长度为16-30个核苷酸的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸与SEQ ID NO:1的一部分互补,并且其中根据反义寡核苷酸的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
2.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-30个核苷酸。
3.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-30个核苷酸。
4.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-25个核苷酸。
5.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-21个核苷酸。
6.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-25个核苷酸。
7.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25-30个核苷酸。
8.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21个核苷酸。
9.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25个核苷酸。
10.如权利要求1-9中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸与以下的一部分互补:
a.SEQ ID NO:213;
b.SEQ ID NO:214;
c.SEQ ID NO:215;
d.SEQ ID NO:217;
e.SEQ ID NO:218;
f.SEQ ID NO:219;和/或
g.SEQ ID NO:220。
11.如权利要求1-10中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然糖部分、非天然核苷酸间键,或者非天然糖部分和非天然核苷酸间键。
12.如权利要求11所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的糖部分。
13.如权利要求12所述的反义寡核苷酸,其中该经修饰的糖部分包含2′-O-甲氧基乙基核糖(2′-O-MOE)。
14.如权利要求13所述的反义寡核苷酸,其中根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
15.如权利要求10-14中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
16.如权利要求15所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
17.如权利要求16所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
18.如权利要求16所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
19.如权利要求16所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
20.如权利要求15所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
21.如权利要求12所述的反义寡核苷酸,其中这些经修饰的糖部分包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物(PMO)。
22.如权利要求21所述的反义寡核苷酸,其中根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
23.如权利要求21或22所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
24.如权利要求23所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
25.如权利要求24所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
26.如权利要求24所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
27.如权利要求24所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
28.如权利要求23所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
29.如权利要求1-28中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
30.一种组合物,其包含如权利要求1-29中任一项所述的反义寡核苷酸和任选的药学上可接受的载体或赋形剂。
31.一种反义寡核苷酸,其包含以下的全部或一部分:
a.PMO-002(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:2);
b.PMO-003(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:3);
c.PMO-036(5′-TTGTAACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:36);
d.PMO-037(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCC-3′)(SEQ ID NO:37);
e.PMO-004(5′-ATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCCG-3′)(SEQ ID NO:4);
f.PMO-038(5′-GTACTTCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:38);
g.PMO-039(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:39);
h.PMO-005(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:5);
i.PMO-082(5′-TAGTAGGGTATGGGATGGAAGAAAG-3′)(SEQ ID NO:82);
j.PMO-083(5′-GGGTATGGGATGGAAGAAAGTGCAG-3′)(SEQ ID NO:83);
k.PMO-006(5′-TGGGATGGAAGAAAGTGCAGGGCAC-3′)(SEQ ID NO:6);
l.MOE-009(5′-CACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:9);
m.MOE-128(5′-GCACAGAGAGCTGGGGAGAT-3′)(SEQ ID NO:128);
n.MOE-010(5′-GAGAGCTGGGGAGATTTGTA-3′)(SEQ ID NO:10);
o.MOE-132(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:132);
p.MOE-135(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:135);
q.MOE-011(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:11);
r.MOE-012(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);
s.MOE-136(5′-AAAGAAGTATGAACCATTAT-3′)(SEQ ID NO:136);
t.MOE-013(5′-ATGCTCAGGGAGCAGTTGTT-3′)(SEQ ID NO:13);
u.MOE-014(5′-GAGTCTCCTCCTGTACTTCT-3′)(SEQ ID NO:14);
v.MOE-015(5′-CGCACAAACCCTCCTGTACC-3′)(SEQ ID NO:15);
w.MOE-183(5′-AAACCCTCCTGTACCGTCAC-3′)(SEQ ID NO:183);
x.MOE-184(5′-CTCCTGTACCGTCACTGACT-3′)(SEQ ID NO:184);
y.MOE-190(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:190);
z.MOE-196(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGT-3′)(SEQ ID NO:196);或
aa.MOE-197(5′-TGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:197)。
32.一种反义寡核苷酸,其包含以下的全部或一部分:
a.PMO-221(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:221);
b.PMO-222(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:222);
c.PMO-223(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGA-3′)(SEQ ID NO:223);
d.PMO-224(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);
e.PMO-225(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:225);
f.PMO-226(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:226);
g.PMO-227(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAGCT-3′)(SEQ ID NO:227);
h.PMO-228(5′-CCTGTGCCTCACCTGTCACATGCAC-3′)(SEQ ID NO:228);
i.PMO-229(5′-GTGCCTCACCTGTCACATGCACAGA-3′)(SEQ ID NO:229);
j.PMO-230(5′-TGCCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:230);
k.PMO-231(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGAGC-3′)(SEQ ID NO:231);
l.PMO-232(5′-CACCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:232);
m.PMO-233(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:233);
n.PMO-234(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGGGG-3′)(SEQ ID NO:234);
o.PMO-235(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:235);
p.PMO-236(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:236);
q.PMO-237(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:237);
r.PMO-238(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:238);
s.PMO-239(5′-TCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:239);
t.PMO-240(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:240);
u.PMO-241(5′-CTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCA-3′)(SEQ ID NO:241);
v.PMO-242(5′-TGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCAT-3′)(SEQ ID NO:242);
w.PMO-243(5′-GTATTTGGTACTTCCTCTCTCCATC-3′)(SEQ ID NO:243);
x.PMO-244(5′-TATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCC-3′)(SEQ ID NO:244);
y.PMO-324(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR
z.PMO-424(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
aa.PMO-402(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或
bb.PMO-502(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
33.一种反义寡核苷酸,其包含以下的全部或一部分:
a.MOE-245(5′-CTCCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:245);
b.MOE-246(5′-TCCATCCGAAAGAAGTATGA-3′)(SEQ ID NO:246);
c.MOE-247(5′-CCATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:247);
d.MOE-248(5′-CATCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:248);
e.MOE-249(5′-TCCGAAAGAAGTATGAACCA-3′)(SEQ ID NO:249);
f.MOE-250(5′-CCGAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:250);
g.MOE-251(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:251);
h.MOE-252(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
i.MOE-253(5′-TCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:253);
j.MOE-254(5′-CCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:254);
k.MOE-255(5′-TCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:255);
l.MOE-256(5′-GAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:256);
m.MOE-257(5′-ATC-CGAAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:012);
n.MOE-258(5′-ATCC-GAAAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
o.MOE-259(5′-ATCCG-AAAGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
p.MOE-260(5′-ATCCG-AAAGAAGTA-TGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
q.MOE-261(5′-ATCC-GAAAGA-AGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
r.MOE-262(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
s.MOE-263(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
t.MOE-264(5′-ATCC-gAAAGAaGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
u.MOE-265(5′-CCGA-aAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
v.MOE-266(5′-CCGA-aAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
w.MOE-267(5′-CCGA-aAGAAGtATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
x.MOE-268(5′-CCG-AAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
y.MOE-269(5′-CCGA-AAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
z.MOE-270(5′-CCGAA-AGAA-GTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
aa.MOE-271(5′-CCGAA-AGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
bb.MOE-272(5′-CCG-A-AAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
cc.MOE-273(5′-CCG-AA-AGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
dd.MOE-274(5′-CCGAAAGAAGTATG-A-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
ee.MOE-275(5′-mAmTfCfCfGfAfAfAfGfAfAfGfTfAfTfGfAfAmCmC-3′)(SEQ ID NO:012);
ff.MOE-276(5′-fAfTfCfCfGmAmAmAmGmAmAmGmTmAfTfGfAfAfCfC-3′)(SEQ ID NO:012);
gg.MOE-277(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;
hh.MOE-278(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;
ii.MOE-279(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;
jj.MOE-280(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;
kk.MOE-281(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;
ll.MOE-282(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;
mm.MOE-283(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;
nn.MOE-284(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;
oo.MOE-285(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;
pp.MOE-286(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSSS;
qq.MOE-287(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;
rr.MOE-288(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;
ss.MOE-289(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;
tt.MOE-290(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;
uu.MOE-291(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;
vv.MOE-292(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;
ww.MOE-293(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;
xx.MOE-294(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;
yy.MOE-295(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;
zz.MOE-296(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;
aaa.MOE-297(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;
bbb.MOE-298(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;
ccc.MOE-299(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;
ddd.MOE-300(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;
eee.MOE-301(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;
fff.MOE-303(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;
ggg.MOE-304(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;
hhh.MOE-305(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;
iii.MOE-306(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;
jjj.MOE-307(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;
kkk.MOE-308(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;
lll.MOE-309(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;
mmm.MOE-310(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或
nnn.MOE-311(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
34.一种反义寡核苷酸,其选自由以下组成的组:
a.PMO-002(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:2);
b.PMO-003(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:3);
c.PMO-036(5′-TTGTAACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:36);
d.PMO-037(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCC-3′)(SEQ ID NO:37);
e.PMO-004(5′-ATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCCG-3′)(SEQ ID NO:4);
f.PMO-038(5′-GTACTTCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:38);
g.PMO-039(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:39);
h.PMO-005(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:5);
i.PMO-082(5′-TAGTAGGGTATGGGATGGAAGAAAG-3′)(SEQ ID NO:82);
j.PMO-083(5′-GGGTATGGGATGGAAGAAAGTGCAG-3′)(SEQ ID NO:83);
k.PMO-006(5′-TGGGATGGAAGAAAGTGCAGGGCAC-3′)(SEQ ID NO:6);
l.MOE-009(5′-CACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:9);
m.MOE-128(5′-GCACAGAGAGCTGGGGAGAT-3′)(SEQ ID NO:128);
n.MOE-010(5′-GAGAGCTGGGGAGATTTGTA-3′)(SEQ ID NO:10);
o.MOE-132(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:132);
p.MOE-135(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:135);
q.MOE-011(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:11);
r.MOE-012(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);
s.MOE-136(5′-AAAGAAGTATGAACCATTAT-3′)(SEQ ID NO:136);
t.MOE-013(5′-ATGCTCAGGGAGCAGTTGTT-3′)(SEQ ID NO:13);
u.MOE-014(5′-GAGTCTCCTCCTGTACTTCT-3′)(SEQ ID NO:14);
v.MOE-015(5′-CGCACAAACCCTCCTGTACC-3′)(SEQ ID NO:15);
w.MOE-183(5′-AAACCCTCCTGTACCGTCAC-3′)(SEQ ID NO:183);
x.MOE-184(5′-CTCCTGTACCGTCACTGACT-3′)(SEQ ID NO:184);
y.MOE-190(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:190);
z.MOE-196(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGT-3′)(SEQ ID NO:196);或
aa.MOE-197(5′-TGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:197)。
35.一种反义寡核苷酸,其选自由以下组成的组:
a.PMO-221(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:221);
b.PMO-222(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:222);
c.PMO-223(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGA-3′)(SEQ ID NO:223);
d.PMO-224(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);
e.PMO-225(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:225);
f.PMO-226(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:226);
g.PMO-227(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAGCT-3′)(SEQ ID NO:227);
h.PMO-228(5′-CCTGTGCCTCACCTGTCACATGCAC-3′)(SEQ ID NO:228);
i.PMO-229(5′-GTGCCTCACCTGTCACATGCACAGA-3′)(SEQ ID NO:229);
j.PMO-230(5′-TGCCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:230);
k.PMO-231(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGAGC-3′)(SEQ ID NO:231);
l.PMO-232(5′-CACCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:232);
m.PMO-233(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:233);
n.PMO-234(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGGGG-3′)(SEQ ID NO:234);
o.PMO-235(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:235);
p.PMO-236(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:236);
q.PMO-237(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:237);
r.PMO-238(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:238);
s.PMO-239(5′-TCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:239);
t.PMO-240(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:240);
u.PMO-241(5′-CTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCA-3′)(SEQ ID NO:241);
v.PMO-242(5′-TGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCAT-3′)(SEQ ID NO:242);
w.PMO-243(5′-GTATTTGGTACTTCCTCTCTCCATC-3′)(SEQ ID NO:243);
x.PMO-244(5′-TATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCC-3′)(SEQ ID NO:244);
y.PMO-324(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;
z.PMO-424(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS;
aa.PMO-402(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或
bb.PMO-502(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
36.一种反义寡核苷酸,其选自由以下组成的组:
a.MOE-245(5′-CTCCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:245);
b.MOE-246(5′-TCCATCCGAAAGAAGTATGA-3′)(SEQ ID NO:246);
c.MOE-247(5′-CCATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:247);
d.MOE-248(5′-CATCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:248);
e.MOE-249(5′-TCCGAAAGAAGTATGAACCA-3′)(SEQ ID NO:249);
f.MOE-250(5′-CCGAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:250);
g.MOE-251(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:251);
h.MOE-252(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
i.MOE-253(5′-TCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:253);
j.MOE-254(5′-CCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:254);
k.MOE-255(5′-TCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:255);
l.MOE-256(5′-GAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:256);
m.MOE-257(5′-ATC-CGAAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:012);
n.MOE-258(5′-ATCC-GAAAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
o.MOE-259(5′-ATCCG-AAAGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
p.MOE-260(5′-ATCCG-AAAGAAGTA-TGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
q.MOE-261(5′-ATCC-GAAAGA-AGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
r.MOE-262(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
s.MOE-263(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
t.MOE-264(5′-ATCC-gAAAGAaGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
u.MOE-265(5′-CCGA-aAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
v.MOE-266(5′-CCGA-aAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
w.MOE-267(5′-CCGA-aAGAAGtATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
x.MOE-268(5′-CCG-AAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
y.MOE-269(5′-CCGA-AAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
z.MOE-270(5′-CCGAA-AGAA-GTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
aa.MOE-271(5′-CCGAA-AGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
bb.MOE-272(5′-CCG-A-AAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
cc.MOE-273(5′-CCG-AA-AGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
dd.MOE-274(5′-CCGAAAGAAGTATG-A-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
ee.MOE-275(5′-mAmTfCfCfGfAfAfAfGfAfAfGfTfAfTfGfAfAmCmC-3′)(SEQ ID NO:012);
ff.MOE-276(5′-fAfTfCfCfGmAmAmAmGmAmAmGmTmAfTfGfAfAfCfC-3′)(SEQ ID NO:012);
gg.MOE-277(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;
hh.MOE-278(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;
ii.MOE-279(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;
jj.MOE-280(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;
kk.MOE-281(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;
ll.MOE-282(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;
mm.MOE-283(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;
nn.MOE-284(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;
oo.MOE-285(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;
pp.MOE-286(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSSS;
qq.MOE-287(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;
rr.MOE-288(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;
ss.MOE-289(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;
tt.MOE-290(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;
uu.MOE-291(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;
vv.MOE-292(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;
ww.MOE-293(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;
xx.MOE-294(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;
yy.MOE-295(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;
zz.MOE-296(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;
aaa.MOE-297(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;
bbb.MOE-298(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;
ccc.MOE-299(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;
ddd.MOE-300(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;
eee.MOE-301(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;
fff.MOE-303(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;
ggg.MOE-304(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;
hhh.MOE-305(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;
iii.MOE-306(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;
jjj.MOE-307(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;
kkk.MOE-308(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;
lll.MOE-309(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;
mmm.MOE-310(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或
nnn.MOE-311(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
37.如权利要求31或34所述的反义寡核苷酸,其中当该反义寡核苷酸包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物时,根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,或者当该反义寡核苷酸包含甲氧基乙基核糖寡聚物时,根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
38.一种组合物,其包含如权利要求31-37中任一项所述的反义寡核苷酸和任选的药学上可接受的载体或赋形剂。
39.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是与SEQ ID NO:1的一部分互补、与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃的反义寡核苷酸,并且其中根据ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸的外显子2跳跃效率为30%或更高。
40.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-30个核苷酸。
41.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21-30个核苷酸。
42.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21-25个核苷酸。
43.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-21个核苷酸。
44.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-25个核苷酸。
45.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为25-30个核苷酸。
46.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21个核苷酸。
47.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为25个核苷酸。
48.如权利要求39-47中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸与以下的一部分互补:
a.SEQ ID NO:213;
b.SEQ ID NO:214;
c.SEQ ID NO:215;
d.SEQ ID NO:217;
e.SEQ ID NO:218;
f.SEQ ID NO:219;和/或
g.SEQ ID NO:220。
49.如权利要求39-48中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然糖部分、非天然核苷酸间键,或者非天然糖部分和非天然核苷酸间键。
50.如权利要求49所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的糖部分。
51.如权利要求50所述的方法,其中该经修饰的糖部分包含2′-O-甲氧基乙基核糖(2′-O-MOE)。
52.如权利要求51所述的方法,其中根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
53.如权利要求49-52中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
54.如权利要求53所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
55.如权利要求54所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
56.如权利要求54所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
57.如权利要求54所述的方法,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
58.如权利要求53所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
59.如权利要求50所述的方法,其中这些经修饰的糖部分包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物(PMO)。
60.如权利要求59所述的方法,其中根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
61.根据权利要求59或60所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
62.如权利要求61所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
63.如权利要求62所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
64.如权利要求62所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
65.如权利要求62所述的方法,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
66.如权利要求61所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
67.如权利要求39-66中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
68.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:PMO-002(SEQID NO:2);PMO-003(SEQ ID NO:3);PMO-036(SEQ ID NO:36);PMO-037(SEQ ID NO:37);PMO-004(SEQ ID NO:4);PMO-038(SEQ ID NO:38);PMO-039(SEQ ID NO:39);PMO-005(SEQID NO:5);PMO-082(SEQ ID NO:82);PMO-083(SEQ ID NO:83);PMO-006(SEQ ID NO:6);PMO-096(SEQ ID NO:96);PMO-007(SEQ ID NO:7);PMO-097(SEQ ID NO:97);PMO-008(SEQID NO:8);MOE-009(SEQ ID NO:9);MOE-128(SEQ ID NO:128);MOE-010(SEQ ID NO:10);MOE-132(SEQ ID NO:132);MOE-135(SEQ ID NO:135);MOE-011(SEQ ID NO:11);MOE-012(SEQ ID NO:12);MOE-136(SEQ ID NO:136);MOE-013(SEQ ID NO:13);MOE-014(SEQ IDNO:14);MOE-015(SEQ ID NO:15);MOE-183(SEQ ID NO:183);MOE-184(SEQ ID NO:184);MOE-190(SEQ ID NO:190);MOE-196(SEQ ID NO:196);或MOE-197(SEQ ID NO:197)。
69.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:PMO-221(SEQID NO:221);PMO-222(SEQ ID NO:222);PMO-223(SEQ ID NO:223);PMO-224(SEQ ID NO:224);PMO-225(SEQ ID NO:225);PMO-226(SEQ ID NO:226);PMO-227(SEQ ID NO:227);PMO-228(SEQ ID NO:228);PMO-229(SEQ ID NO:229);PMO-230(SEQ ID NO:230);PMO-231(SEQ ID NO:231);PMO-232(SEQ ID NO:232);PMO-233(SEQ ID NO:233);PMO-234(SEQ IDNO:234);PMO-235(SEQ ID NO:235);PMO-236(SEQ ID NO:236);PMO-237(SEQ ID NO:237);PMO-238(SEQ ID NO:238);PMO-239(SEQ ID NO:239);PMO-240(SEQ ID NO:240);PMO-241(SEQ ID NO:241);PMO-242(SEQ ID NO:242);PMO-243(SEQ ID NO:243);PMO-244(SEQ IDNO:244);PMO-324(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;PMO-424(SEQ IDNO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS;PMO-402(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或PMO-502(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
70.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:MOE-245(SEQID NO:245);MOE-246(SEQ ID NO:246);MOE-247(SEQ ID NO:247);MOE-248(SEQ ID NO:248);MOE-249(SEQ ID NO:249);MOE-250(SEQ ID NO:250);MOE-251(SEQ ID NO:251);MOE-252(SEQ ID NO:252);MOE-253(SEQ ID NO:253);MOE-254(SEQ ID NO:254);MOE-255(SEQ ID NO:255);MOE-256(SEQ ID NO:256);MOE-257(SEQ ID NO:012);MOE-258(SEQ IDNO:012);MOE-259(SEQ ID NO:012);MOE-260(SEQ ID NO:012);MOE-261(SEQ ID NO:012);MOE-262(SEQ ID NO:012);MOE-263(SEQ ID NO:012);MOE-264(SEQ ID NO:012);MOE-265(SEQ ID NO:252);MOE-266(SEQ ID NO:252);MOE-267(SEQ ID NO:252);MOE-268(SEQ IDNO:252);MOE-269(SEQ ID NO:252);MOE-270(SEQ ID NO:252);MOE-271(SEQ ID NO:252);MOE-272(SEQ ID NO:252);MOE-273(SEQ ID NO:252);MOE-274(SEQ ID NO:252);MOE-275(SEQ ID NO:012);MOE-276(SEQ ID NO:012);MOE-277(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-278(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-279(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-280(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;MOE-281(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-282(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;MOE-283(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;MOE-284(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;MOE-285(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;MOE-286(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSS;MOE-287(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;MOE-288(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-289(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-290(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;MOE-291(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;MOE-292(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;MOE-293(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;MOE-294(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-295(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-296(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;MOE-297(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;MOE-298(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-299(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-300(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;MOE-301(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;MOE-303(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-304(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-305(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;MOE-306(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;MOE-307(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;MOE-308(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;MOE-309(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;MOE-310(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或MOE-311(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
71.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:PMO-002(SEQ IDNO:2);PMO-003(SEQ ID NO:3);PMO-036(SEQ ID NO:36);PMO-037(SEQ ID NO:37);PMO-004(SEQ ID NO:4);PMO-038(SEQ ID NO:38);PMO-039(SEQ ID NO:39);PMO-005(SEQ IDNO:5);PMO-082(SEQ ID NO:82);PMO-083(SEQ ID NO:83);PMO-006(SEQ ID NO:6);PMO-096(SEQ ID NO:96);PMO-007(SEQ ID NO:7);PMO-097(SEQ ID NO:97);PMO-008(SEQ IDNO:8);MOE-009(SEQ ID NO:9);MOE-128(SEQ ID NO:128);MOE-010(SEQ ID NO:10);MOE-132(SEQ ID NO:132);MOE-135(SEQ ID NO:135);MOE-011(SEQ ID NO:11);MOE-012(SEQID NO:12);MOE-136(SEQ ID NO:136);MOE-013(SEQ ID NO:13);MOE-014(SEQ ID NO:14);MOE-015(SEQ ID NO:15);MOE-183(SEQ ID NO:183);MOE-184(SEQ ID NO:184);MOE-190(SEQ ID NO:190);MOE-196(SEQ ID NO:196);或MOE-197(SEQ ID NO:197)。
72.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:PMO-221(SEQ IDNO:221);PMO-222(SEQ ID NO:222);PMO-223(SEQ ID NO:223);PMO-224(SEQ ID NO:224);PMO-225(SEQ ID NO:225);PMO-226(SEQ ID NO:226);PMO-227(SEQ ID NO:227);PMO-228(SEQ ID NO:228);PMO-229(SEQ ID NO:229);PMO-230(SEQ ID NO:230);PMO-231(SEQ IDNO:231);PMO-232(SEQ ID NO:232);PMO-233(SEQ ID NO:233);PMO-234(SEQ ID NO:234);PMO-235(SEQ ID NO:235);PMO-236(SEQ ID NO:236);PMO-237(SEQ ID NO:237);PMO-238(SEQ ID NO:238);PMO-239(SEQ ID NO:239);PMO-240(SEQ ID NO:240);PMO-241(SEQ IDNO:241);PMO-242(SEQ ID NO:242);PMO-243(SEQ ID NO:243);PMO-244(SEQ ID NO:244);PMO-324(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;PMO-424(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS;PMO-402(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或PMO-502(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
73.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:MOE-245(SEQ IDNO:245);MOE-246(SEQ ID NO:246);MOE-247(SEQ ID NO:247);MOE-248(SEQ ID NO:248);MOE-249(SEQ ID NO:249);MOE-250(SEQ ID NO:250);MOE-251(SEQ ID NO:251);MOE-252(SEQ ID NO:252);MOE-253(SEQ ID NO:253);MOE-254(SEQ ID NO:254);MOE-255(SEQ IDNO:255);MOE-256(SEQ ID NO:256);MOE-257(SEQ ID NO:012);MOE-258(SEQ ID NO:012);MOE-259(SEQ ID NO:012);MOE-260(SEQ ID NO:012);MOE-261(SEQ ID NO:012);MOE-262(SEQ ID NO:012);MOE-263(SEQ ID NO:012);MOE-264(SEQ ID NO:012);MOE-265(SEQ IDNO:252);MOE-266(SEQ ID NO:252);MOE-267(SEQ ID NO:252);MOE-268(SEQ ID NO:252);MOE-269(SEQ ID NO:252);MOE-270(SEQ ID NO:252);MOE-271(SEQ ID NO:252);MOE-272(SEQ ID NO:252);MOE-273(SEQ ID NO:252);MOE-274(SEQ ID NO:252);MOE-275(SEQ IDNO:012);MOE-276(SEQ ID NO:012);MOE-277(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-278(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-279(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-280(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;MOE-281(SEQ ID NO:O 12);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-282(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;MOE-283(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;MOE-284(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;MOE-285(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;MOE-286(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSS;MOE-287(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;MOE-288(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-289(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-290(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;MOE-291(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;MOE-292(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;MOE-293(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;MOE-294(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-295(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-296(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;MOE-297(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;MOE-298(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-299(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-300(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;MOE-301(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;MOE-303(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-304(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-305(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;MOE-306(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;MOE-307(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;MOE-308(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;MOE-309(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;MOE-310(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或MOE-311(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
74.根据权利要求68或71所述的方法,其中当该反义寡核苷酸包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物时,根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,或者当该反义寡核苷酸包含甲氧基乙基核糖寡聚物时,根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
75.如权利要求39-74中任一项所述的方法,其中该细胞是动物细胞。
76.如权利要求75所述的方法,其中该细胞是人细胞。
77.如权利要求36-76中任一项所述的方法,其中该方法在体外进行。
78.如权利要求36-76中任一项所述的方法,其中该方法在体内进行。
79.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求1所述的反义寡核苷酸。
80.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-30个核苷酸。
81.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21-30个核苷酸。
82.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21-25个核苷酸。
83.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-21个核苷酸。
84.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-25个核苷酸。
85.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为25-30个核苷酸。
86.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21个核苷酸。
87.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为25个核苷酸。
88.如权利要求79-87中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸与以下的一部分互补:
a.SEQ ID NO:213;
b.SEQ ID NO:214;
c.SEQ ID NO:215;
d.SEQ ID NO:217;
e.SEQ ID NO:218;
f.SEQ ID NO:219;和/或
g.SEQ ID NO:220。
89.如权利要求79-88中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然糖部分、非天然核苷酸间键,或者非天然糖部分和非天然核苷酸间键。
90.如权利要求89所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的糖部分。
91.如权利要求90所述的方法,其中该经修饰的糖部分包含2′-O-甲氧基乙基核糖(2′-O-MOE)。
92.如权利要求91所述的方法,其中根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
93.如权利要求89-92中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
94.如权利要求93所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
95.如权利要求94所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
96.如权利要求94所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
97.如权利要求94所述的方法,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
98.如权利要求93所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
99.如权利要求90所述的方法,其中这些经修饰的糖部分包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物(PMO)。
100.如权利要求99所述的方法,其中根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
101.根据权利要求99或100所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
102.如权利要求101所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
103.如权利要求102所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
104.如权利要求102所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
105.如权利要求102所述的方法,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
106.如权利要求101所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
107.如权利要求79-106中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
108.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:PMO-002(SEQ ID NO:2);PMO-003(SEQ ID NO:3);PMO-036(SEQ ID NO:36);PMO-037(SEQID NO:37);PMO-004(SEQ ID NO:4);PMO-038(SEQ ID NO:38);PMO-039(SEQ ID NO:39);PMO-005(SEQ ID NO:5);PMO-082(SEQ ID NO:82);PMO-083(SEQ ID NO:83);PMO-006(SEQID NO:6);PMO-096(SEQ ID NO:96);PMO-007(SEQ ID NO:7);PMO-097(SEQ ID NO:97);PMO-008(SEQ ID NO:8);MOE-009(SEQ ID NO:9);MOE-128(SEQ ID NO:128);MOE-010(SEQID NO:10);MOE-132(SEQ ID NO:132);MOE-135(SEQ ID NO:135);MOE-011(SEQ ID NO:11);MOE-012(SEQ ID NO:12);MOE-136(SEQ ID NO:136);MOE-013(SEQ ID NO:13);MOE-014(SEQ ID NO:14);MOE-015(SEQ ID NO:15);MOE-183(SEQ ID NO:183);MOE-184(SEQ IDNO:184);MOE-190(SEQ ID NO:190);MOE-196(SEQ ID NO:196);或MOE-197(SEQ ID NO:197)。
109.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:PMO-221(SEQ ID NO:221);PMO-222(SEQ ID NO:222);PMO-223(SEQ ID NO:223);PMO-224(SEQ ID NO:224);PMO-225(SEQ ID NO:225);PMO-226(SEQ ID NO:226);PMO-227(SEQ IDNO:227);PMO-228(SEQ ID NO:228);PMO-229(SEQ ID NO:229);PMO-230(SEQ ID NO:230);PMO-231(SEQ ID NO:231);PMO-232(SEQ ID NO:232);PMO-233(SEQ ID NO:233);PMO-234(SEQ ID NO:234);PMO-235(SEQ ID NO:235);PMO-236(SEQ ID NO:236);PMO-237(SEQ IDNO:237);PMO-238(SEQ ID NO:238);PMO-239(SEQ ID NO:239);PMO-240(SEQ ID NO:240);PMO-241(SEQ ID NO:241);PMO-242(SEQ ID NO:242);PMO-243(SEQ ID NO:243);PMO-244(SEQ ID NO:244);PMO-324(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;PMO-424(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS;PMO-402(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或PMO-502(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
110.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:MOE-245(SEQ ID NO:245);MOE-246(SEQ ID NO:246);MOE-247(SEQ ID NO:247);MOE-248(SEQ ID NO:248);MOE-249(SEQ ID NO:249);MOE-250(SEQ ID NO:250);MOE-251(SEQ IDNO:251);MOE-252(SEQ ID NO:252);MOE-253(SEQ ID NO:253);MOE-254(SEQ ID NO:254);MOE-255(SEQ ID NO:255);MOE-256(SEQ ID NO:256);MOE-257(SEQ ID NO:012);MOE-258(SEQ ID NO:012);MOE-259(SEQ ID NO:012);MOE-260(SEQ ID NO:012);MOE-261(SEQ IDNO:012);MOE-262(SEQ ID NO:012);MOE-263(SEQ ID NO:012);MOE-264(SEQ ID NO:012);MOE-265(SEQ ID NO:252);MOE-266(SEQ ID NO:252);MOE-267(SEQ ID NO:252);MOE-268(SEQ ID NO:252);MOE-269(SEQ ID NO:252);MOE-270(SEQ ID NO:252);MOE-271(SEQ IDNO:252);MOE-272(SEQ ID NO:252);MOE-273(SEQ ID NO:252);MOE-274(SEQ ID NO:252);MOE-275(SEQ ID NO:012);MOE-276(SEQ ID NO:012);MOE-277(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-278(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-279(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-280(SEQ ID NO:012);立体模式;SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;MOE-281(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-282(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;MOE-283(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;MOE-284(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;MOE-285(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;MOE-286(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSS;MOE-287(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;MOE-288(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-289(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-290(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;MOE-291(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;MOE-292(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;MOE-293(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;MOE-294(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-295(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-296(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;MOE-297(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;MOE-298(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-299(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-300(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;MOE-301(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;MOE-303(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-304(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-305(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;MOE-306(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;MOE-307(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;MOE-308(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;MOE-309(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;MOE-310(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或MOE-311(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
111.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:PMO-002(SEQ ID NO:2);PMO-003(SEQ ID NO:3);PMO-036(SEQ ID NO:36);PMO-037(SEQ ID NO:37);PMO-004(SEQ ID NO:4);PMO-038(SEQ ID NO:38);PMO-039(SEQ ID NO:39);PMO-005(SEQ ID NO:5);PMO-082(SEQ ID NO:82);PMO-083(SEQ ID NO:83);PMO-006(SEQ ID NO:6);PMO-096(SEQ ID NO:96);PMO-007(SEQ ID NO:7);PMO-097(SEQ ID NO:97);PMO-008(SEQ ID NO:8);MOE-009(SEQ ID NO:9);MOE-128(SEQ ID NO:128);MOE-010(SEQ ID NO:10);MOE-132(SEQ ID NO:132);MOE-135(SEQ ID NO:135);MOE-011(SEQ ID NO:11);MOE-012(SEQ ID NO:12);MOE-136(SEQ ID NO:136);MOE-013(SEQ ID NO:13);MOE-014(SEQ IDNO:14);MOE-015(SEQ ID NO:15);MOE-183(SEQ ID NO:183);MOE-184(SEQ ID NO:184);MOE-190(SEQ ID NO:190);MOE-196(SEQ ID NO:196);或MOE-197(SEQ ID NO:197)。
112.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:PMO-221(SEQ ID NO:221);PMO-222(SEQ ID NO:222);PMO-223(SEQ ID NO:223);PMO-224(SEQ IDNO:224);PMO-225(SEQ ID NO:225);PMO-226(SEQ ID NO:226);PMO-227(SEQ ID NO:227);PMO-228(SEQ ID NO:228);PMO-229(SEQ ID NO:229);PMO-230(SEQ ID NO:230);PMO-231(SEQ ID NO:231);PMO-232(SEQ ID NO:232);PMO-233(SEQ ID NO:233);PMO-234(SEQ IDNO:234);PMO-235(SEQ ID NO:235);PMO-236(SEQ ID NO:236);PMO-237(SEQ ID NO:237);PMO-238(SEQ ID NO:238);PMO-239(SEQ ID NO:239);PMO-240(SEQ ID NO:240);PMO-241(SEQ ID NO:241);PMO-242(SEQ ID NO:242);PMO-243(SEQ ID NO:243);PMO-244(SEQ IDNO:244);PMO-324(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;PMO-424(SEQ IDNO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS;PMO-402(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或PMO-502(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
113.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:MOE-245(SEQ ID NO:245);MOE-246(SEQ ID NO:246);MOE-247(SEQ ID NO:247);MOE-248(SEQ IDNO:248);MOE-249(SEQ ID NO:249);MOE-250(SEQ ID NO:250);MOE-251(SEQ ID NO:251);MOE-252(SEQ ID NO:252);MOE-253(SEQ ID NO:253);MOE-254(SEQ ID NO:254);MOE-255(SEQ ID NO:255);MOE-256(SEQ ID NO:256);MOE-257(SEQ ID NO:012);MOE-258(SEQ IDNO:012);MOE-259(SEQ ID NO:012);MOE-260(SEQ ID NO:012);MOE-261(SEQ ID NO:012);MOE-262(SEQ ID NO:012);MOE-263(SEQ ID NO:012);MOE-264(SEQ ID NO:012);MOE-265(SEQ ID NO:252);MOE-266(SEQ ID NO:252);MOE-267(SEQ ID NO:252);MOE-268(SEQ IDNO:252);MOE-269(SEQ ID NO:252);MOE-270(SEQ ID NO:252);MOE-271(SEQ ID NO:252);MOE-272(SEQ ID NO:252);MOE-273(SEQ ID NO:252);MOE-274(SEQ ID NO:252);MOE-275(SEQ ID NO:012);MOE-276(SEQ ID NO:012);MOE-277(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-278(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-279(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-280(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;MOE-281(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-282(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;MOE-283(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;MOE-284(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;MOE-285(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;MOE-286(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSS;MOE-287(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;MOE-288(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-289(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-290(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;MOE-291(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;MOE-292(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;MOE-293(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;MOE-294(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-295(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-296(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;MOE-297(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;MOE-298(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-299(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-300(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;MOE-301(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;MOE-303(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-304(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-305(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;MOE-306(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;MOE-307(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;MOE-308(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;MOE-309(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;MOE-310(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或MOE-311(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
114.如权利要求79-113中任一项所述的方法,其中该神经退行性疾病是阿尔茨海默病。
115.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求1所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
116.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-30个核苷酸。
117.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-30个核苷酸。
118.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-25个核苷酸。
119.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-21个核苷酸。
120.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-25个核苷酸。
121.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25-30个核苷酸。
122.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21个核苷酸。
123.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25个核苷酸。
124.如权利要求115-123中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸与以下的一部分互补:
a.SEQ ID NO:213;
b.SEQ ID NO:214;
c.SEQ ID NO:215;
d.SEQ ID NO:217;
e.SEQ ID NO:218;
f.SEQ ID NO:219;和/或
g.SEQ ID NO:220。
125.如权利要求115-124中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然糖部分、非天然核苷酸间键,或者非天然糖部分和非天然核苷酸间键。
126.如权利要求125所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的糖部分。
127.如权利要求126所述的反义寡核苷酸,其中该经修饰的糖部分包含2′-O-甲氧基乙基核糖(2′-O-MOE)。
128.如权利要求127所述的反义寡核苷酸,其中根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
129.如权利要求124-128中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
130.如权利要求129所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
131.如权利要求130所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
132.如权利要求130所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
133.如权利要求130所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
134.如权利要求129所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
135.如权利要求126所述的反义寡核苷酸,其中这些经修饰的糖部分包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物(PMO)。
136.如权利要求135所述的反义寡核苷酸,其中根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
137.如权利要求135或136所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
138.如权利要求137所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
139.如权利要求138所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
140.如权利要求138所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
141.如权利要求138所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
142.如权利要求137所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
143.如权利要求115-142中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
144.如权利要求31所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求31所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
145.如权利要求32所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求32所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
146.如权利要求33所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求33所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
147.如权利要求34所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求34所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
148.如权利要求35所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求35所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
149.如权利要求36所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求36所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
150.如权利要求144或147所述的反义寡核苷酸,其中当该反义寡核苷酸包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物时,根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,或者当该反义寡核苷酸包含甲氧基乙基核糖寡聚物时,根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
151.如权利要求115-150中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该细胞是动物细胞。
152.如权利要求151所述的反义寡核苷酸,其中该动物细胞是人细胞。
153.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求1所述的反义寡核苷酸。
154.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-30个核苷酸。
155.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-30个核苷酸。
156.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-25个核苷酸。
157.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-21个核苷酸。
158.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-25个核苷酸。
159.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25-30个核苷酸。
160.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21个核苷酸。
161.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25个核苷酸。
162.如权利要求153-161中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸与以下的一部分互补:
a.SEQ ID NO:213;
b.SEQ ID NO:214;
c.SEQ ID NO:215;
d.SEQ ID NO:217;
e.SEQ ID NO:218;
f.SEQ ID NO:219;和/或
g.SEQ ID NO:220。
163.如权利要求153-162中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然糖部分、非天然核苷酸间键,或者非天然糖部分和非天然核苷酸间键。
164.如权利要求163所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的糖部分。
165.如权利要求164所述的反义寡核苷酸,其中该经修饰的糖部分包含2′-O-甲氧基乙基核糖(2′-O-MOE)。
166.如权利要求165所述的反义寡核苷酸,其中根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
167.如权利要求162-166中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
168.如权利要求167所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
169.如权利要求168所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
170.如权利要求168所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
171.如权利要求168所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
172.如权利要求167所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
173.如权利要求164所述的反义寡核苷酸,其中这些经修饰的糖部分包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物(PMO)。
174.如权利要求173所述的反义寡核苷酸,其中根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
175.如权利要求173或174所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
176.如权利要求175所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
177.如权利要求176所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
178.如权利要求176所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
179.如权利要求176所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
180.如权利要求175所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
181.如权利要求153-179中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
182.如权利要求31所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求31所述的反义寡核苷酸。
183.如权利要求32所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求32所述的反义寡核苷酸。
184.如权利要求33所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求33所述的反义寡核苷酸。
185.如权利要求34所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求34所述的反义寡核苷酸。
186.如权利要求35所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求35所述的反义寡核苷酸。
187.如权利要求36所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求36所述的反义寡核苷酸。
188.如权利要求153-187中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该神经退行性疾病是阿尔茨海默病。

Claims (188)

1.一种长度为16-30个核苷酸的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸与SEQ ID NO:1的一部分互补,并且其中根据反义寡核苷酸的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
2.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-30个核苷酸。
3.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-30个核苷酸。
4.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-25个核苷酸。
5.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-21个核苷酸。
6.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-25个核苷酸。
7.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25-30个核苷酸。
8.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21个核苷酸。
9.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25个核苷酸。
10.如权利要求1-9中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸与以下的一部分互补:
a.SEQ ID NO:213;
b.SEQ ID NO:214;
c.SEQ ID NO:215;
d.SEQ ID NO:217;
e.SEQ 1D NO:218;
f.SEQ ID NO:219;和/或
g.SEQ ID NO:220。
11.如权利要求1-10中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然糖部分、非天然核苷酸间键,或者非天然糖部分和非天然核苷酸间键。
12.如权利要求11所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的糖部分。
13.如权利要求12所述的反义寡核苷酸,其中该经修饰的糖部分包含2′-O-甲氧基乙基核糖(2′-O-MOE)。
14.如权利要求13所述的反义寡核苷酸,其中根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
15.如权利要求10-14中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
16.如权利要求15所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
17.如权利要求16所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
18.如权利要求16所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
19.如权利要求16所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
20.如权利要求15所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
21.如权利要求12所述的反义寡核苷酸,其中这些经修饰的糖部分包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物(PMO)。
22.如权利要求21所述的反义寡核苷酸,其中根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
23.如权利要求21或22所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
24.如权利要求23所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
25.如权利要求24所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
26.如权利要求24所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
27.如权利要求24所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
28.如权利要求23所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
29.如权利要求1-28中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
30.一种组合物,其包含如权利要求1-29中任一项所述的反义寡核苷酸和任选的药学上可接受的载体或赋形剂。
31.一种反义寡核苷酸,其包含以下的全部或一部分:
a.PMO-002(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:2);
b.PMO-003(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:3);
c.PMO-036(5′-TTGTAACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:36);
d.PMO-037(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCC-3′)(SEQ ID NO:37);
e.PMO-004(5′-ATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCCG-3′)(SEQ ID NO:4);
f.PMO-038(5′-GTACTTCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:38);
g.PMO-039(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:39);
h.PMO-005(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:5);
i.PMO-082(5′-TAGTAGGGTATGGGATGGAAGAAAG-3′)(SEQ ID NO:82);
j.PMO-083(5′-GGGTATGGGATGGAAGAAAGTGCAG-3′)(SEQ ID NO:83);
k.PMO-006(5′-TGGGATGGAAGAAAGTGCAGGGCAC-3′)(SEQ ID NO:6);
l.MOE-009(5′-CACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:9);
m.MOE-128(5′-GCACAGAGAGCTGGGGAGAT-3′)(SEQ ID NO:128);
n.MOE-010(5′-GAGAGCTGGGGAGATTTGTA-3′)(SEQ ID NO:10);
o.MOE-132(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:132);
p.MOE-135(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:135);
q.MOE-011(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:11);
r.MOE-012(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);
s.MOE-136(5′-AAAGAAGTATGAACCATTAT-3′)(SEQ ID NO:136);
t.MOE-013(5′-ATGCTCAGGGAGCAGTTGTT-3′)(SEQ ID NO:13);
u.MOE-014(5′-GAGTCTCCTCCTGTACTTCT-3′)(SEQ ID NO:14);
v.MOE-015(5′-CGCACAAACCCTCCTGTACC-3′)(SEQ ID NO:15);
w.MOE-183(5′-AAACCCTCCTGTACCGTCAC-3′)(SEQ ID NO:183);
x.MOE-184(5′-CTCCTGTACCGTCACTGACT-3′)(SEQ ID NO:184);
y.MOE-190(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:190);
z.MOE-196(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGT-3′)(SEQ ID NO:196);或
aa.MOE-197(5′-TGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:197)。
32.一种反义寡核苷酸,其包含以下的全部或一部分:
a.PMO-221(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:221);
b.PMO-222(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:222);
c.PMO-223(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGA-3′)(SEQ ID NO:223);
d.PMO-224(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);
e.PMO-225(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:225);
f.PMO-226(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:226);
g.PMO-227(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAGCT-3′)(SEQ ID NO:227);
h.PMO-228(5′-CCTGTGCCTCACCTGTCACATGCAC-3′)(SEQ ID NO:228);
i.PMO-229(5′-GTGCCTCACCTGTCACATGCACAGA-3′)(SEQ ID NO:229);
j.PMO-230(5′-TGCCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:230);
k.PMO-231(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGAGC-3′)(SEQ ID NO:231);
l.PMO-232(5′-CACCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:232);
m.PMO-233(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:233);
n.PMO-234(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGGGG-3′)(SEQ ID NO:234);
o.PMO-235(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:235);
p.PMO-236(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:236);
q.PMO-237(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:237);
r.PMO-238(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:238);
s.PMO-239(5′-TCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:239);
t.PMO-240(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:240);
u.PMO-241(5′-CTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCA-3′)(SEQ ID NO:241);
v.PMO-242(5′-TGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCAT-3′)(SEQ ID NO:242);
w.PMO-243(5′-GTATTTGGTACTTCCTCTCTCCATC-3′)(SEQ ID NO:243);
x.PMO-244(5′-TATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCC-3′)(SEQ ID NO:244);
y.PMO-324(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR
z.PMO-424(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
aa.PMO-402(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或
bb.PMO-502(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
33.一种反义寡核苷酸,其包含以下的全部或一部分:
a.MOE-245(5′-CTCCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:245);
b.MOE-246(5′-TCCATCCGAAAGAAGTATGA-3′)(SEQ ID NO:246);
c.MOE-247(5′-CCATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:247);
d.MOE-248(5′-CATCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:248);
e.MOE-249(5′-TCCGAAAGAAGTATGAACCA-3′)(SEQ ID NO:249);
f.MOE-250(5′-CCGAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:250);
g.MOE-251(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:251);
h.MOE-252(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
i.MOE-253(5′-TCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:253);
j.MOE-254(5′-CCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:254);
k.MOE-255(5′-TCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:255);
l.MOE-256(5′-GAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:256);
m.MOE-257(5′-ATC-CGAAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:012);
n.MOE-258(5′-ATCC-GAAAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
o.MOE-259(5′-ATCCG-AAAGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
p.MOE-260(5′-ATCCG-AAAGAAGTA-TGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
q.MOE-261(5′-ATCC-GAAAGA-AGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
r.MOE-262(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
s.MOE-263(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
t.MOE-264(5′-ATCC-gAAAGAaGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
u.MOE-265(5′-CCGA-aAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
v.MOE-266(5′-CCGA-aAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
w.MOE-267(5′-CCGA-aAGAAGtATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
x.MOE-268(5′-CCG-AAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
y.MOE-269(5′-CCGA-AAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
z.MOE-270(5′-CCGAA-AGAA-GTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
aa.MOE-271(5′-CCGAA-AGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
bb.MOE-272(5′-CCG-A-AAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
cc.MOE-273(5′-CCG-AA-AGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
dd.MOE-274(5′-CCGAAAGAAGTATG-A-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
ee.MOE-275(5′-mAmTfCfCfGfAfAfAfGfAfAfGfTfA TfGfAfAmCmC-3′)(SEQ ID NO:012);
ff.MOE-276(5′-fAfTfCfCfGmAmAmAmGmAmAmGmTmAfTfGfAfAfCfC-3′)(SEQ ID NO:012);
gg.MOE-277(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;
hh.MOE-278(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;
ii.MOE-279(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;
jj.MOE-280(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;
kk.MOE-281(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;
ll.MOE-282(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;
mm.MOE-283(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;
nn.MOE-284(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;
oo.MOE-285(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;
pp.MOE-286(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSSS;
qq.MOE-287(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;
rr.MOE-288(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;
ss.MOE-289(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;
tt.MOE-290(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;
uu.MOE-291(5′-CCGAAAGAAGIATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;
vv.MOE-292(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;
ww.MOE-293(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;
xx.MOE-294(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;
yy.MOE-295(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;
zz.MOE-296(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;
aaa.MOE-297(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;
bbb.MOE-298(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;
ccc.MOE-299(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;
ddd.MOE-300(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;
eee.MOE-301(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;
fff.MOE-303(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;
ggg.MOE-304(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;
hhh.MOE-305(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;
iii.MOE-306(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;
jjj.MOE-307(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;
kkk.MOE-308(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;
lll.MOE-309(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;
mmm.MOE-310(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或
nnn.MOE-311(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
34.一种反义寡核苷酸,其选自由以下组成的组:
a.PMO-002(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:2);
b.PMO-003(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:3);
c.PMO-036(5′-TTGTAACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:36);
d.PMO-037(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCC-3′)(SEQ ID NO:37);
e.PMO-004(5′-ATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCCG-3′)(SEQ ID NO:4);
f.PMO-038(5′-GTACTTCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:38);
g.PMO-039(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:39);
h.PMO-005(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:5);
i.PMO-082(5′-TAGTAGGGTATGGGATGGAAGAAAG-3′)(SEQ ID NO:82);
j.PMO-083(5′-GGGTATGGGATGGAAGAAAGTGCAG-3′)(SEQ ID NO:83);
k.PMO-006(5′-TGGGATGGAAGAAAGTGCAGGGCAC-3′)(SEQ ID NO:6);
l.MOE-009(5′-CACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:9);
m.MOE-128(5′-GCACAGAGAGCTGGGGAGAT-3′)(SEQ ID NO:128);
n.MOE-010(5′-GAGAGCTGGGGAGATTTGTA-3′)(SEQ ID NO:10);
o.MOE-132(5′-ACTGTATTTGGTACTTCCTC-3′)(SEQ ID NO:132);
p.MOE-135(5′-TCCTCTCTCCATCCGAAAGA-3′)(SEQ ID NO:135);
q.MOE-011(5′-TCTCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:11);
r.MOE-012(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);
s.MOE-136(5′-AAAGAAGTATGAACCATTAT-3′)(SEQ ID NO:136);
t.MOE-013(5′-ATGCTCAGGGAGCAGTTGTT-3′)(SEQ ID NO:13);
u.MOE-014(5′-GAGTCTCCTCCTGTACTTCT-3′)(SEQ ID NO:14);
v.MOE-015(5′-CGCACAAACCCTCCTGTACC-3′)(SEQ ID NO:15);
w.MOE-183(5′-AAACCCTCCTGTACCGTCAC-3′)(SEQ ID NO:183);
x.MOE-184(5′-CTCCTGTACCGTCACTGACT-3′)(SEQ ID NO:184);
y.MOE-190(5′-CAGCCAGAAATTTGGATCCA-3′)(SEQ ID NO:190);
z.MOE-196(5′-CCCTGTGGGGAAACGAGGGT-3′)(SEQ ID NO:196);或
aa.MOE-197(5′-TGGGGAAACGAGGGTCAGCT-3′)(SEQ ID NO:197)。
35.一种反义寡核苷酸,其选自由以下组成的组:
a.PMO-221(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:221);
b.PMO-222(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:222);
c.PMO-223(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGA-3′)(SEQ ID NO:223);
d.PMO-224(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);
e.PMO-225(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:225);
f.PMO-226(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:226);
g.PMO-227(5′-TCACCTGTCACATGCACAGAGAGCT-3′)(SEQ ID NO:227);
h.PMO-228(5′-CCTGTGCCTCACCTGTCACATGCAC-3′)(SEQ ID NO:228);
i.PMO-229(5′-GTGCCTCACCTGTCACATGCACAGA-3′)(SEQ ID NO:229);
j.PMO-230(5′-TGCCTCACCTGTCACATGCACAGAG-3′)(SEQ ID NO:230);
k.PMO-231(5′-CTCACCTGTCACATGCACAGAGAGC-3′)(SEQ ID NO:231);
l.PMO-232(5′-CACCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:232);
m.PMO-233(5′-ACCTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:233);
n.PMO-234(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGGGG-3′)(SEQ ID NO:234);
o.PMO-235(5′-CCTGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:235);
p.PMO-236(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:236);
q.PMO-237(5′-CTGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:237);
r.PMO-238(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTGG-3′)(SEQ ID NO:238);
s.PMO-239(5′-TCACATGCACAGAGAGCTGGG-3′)(SEQ ID NO:239);
t.PMO-240(5′-TGTCACATGCACAGAGAGCTG-3′)(SEQ ID NO:240);
u.PMO-241(5′-CTGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCA-3′)(SEQ ID NO:241);
v.PMO-242(5′-TGTATTTGGTACTTCCTCTCTCCAT-3′)(SEQ ID NO:242);
w.PMO-243(5′-GTATTTGGTACTTCCTCTCTCCATC-3′)(SEQ ID NO:243);
x.PMO-244(5′-TATTTGGTACTTCCTCTCTCCATCC-3′)(SEQ ID NO:244);
y.PMO-324(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;
z.PMO-424(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAG-3′)(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS;
aa.PMO-402(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或
bb.PMO-502(5′-CCTCACCTGTCACATGCACAGAGAG-3′)(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
36.一种反义寡核苷酸,其选自由以下组成的组:
a.MOE-245(5′-CTCCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:245);
b.MOE-246(5′-TCCATCCGAAAGAAGTATGA-3′)(SEQ ID NO:246);
c.MOE-247(5′-CCATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:247);
d.MOE-248(5′-CATCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:248);
e.MOE-249(5′-TCCGAAAGAAGTATGAACCA-3′)(SEQ ID NO:249);
f.MOE-250(5′-CCGAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:250);
g.MOE-251(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAA-3′)(SEQ ID NO:251);
h.MOE-252(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
i.MOE-253(5′-TCCGAAAGAAGTATGAAC-3′)(SEQ ID NO:253);
j.MOE-254(5′-CCATCCGAAAGAAGTATG-3′)(SEQ ID NO:254);
k.MOE-255(5′-TCCATCCGAAAGAAGTAT-3′)(SEQ ID NO:255);
l.MOE-256(5′-GAAAGAAGTATGAACCAT-3′)(SEQ ID NO:256);
m.MOE-257(5′-ATC-CGAAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:012);
n.MOE-258(5′-ATCC-GAAAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
o.MOE-259(5′-ATCCG-AAAGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
p.MOE-260(5′-ATCCG-AAAGAAGTA-TGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);
q.MOE-261(5′-ATCC-GAAAGA-AGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:012);
r.MOE-262(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
s.MOE-263(5′-ATCC-gAAAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
t.MOE-264(5′-ATCC-gAAAGAaGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:012);
u.MOE-265(5′-CCGA-aAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
v.MOE-266(5′-CCGA-aAGAAGTATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
w.MOE-267(5′-CCGA-aAGAAGtATG-aACC-3′)(SEQ ID NO:252);
x.MOE-268(5′-CCG-AAAGAAGTATGA-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
y.MOE-269(5′-CCGA-AAGAAGTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
z.MOE-270(5′-CCGAA-AGAA-GTATG-AACC-3′)(SEQ ID NO:252);
aa.MOE-271(5′-CCGAA-AGAAGTAT-GAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
bb.MOE-272(5′-CCG-A-AAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
cc.MOE-273(5′-CCG-AA-AGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);
dd.MOE-274(5′-CCGAAAGAAGTATG-A-ACC-3′)(SEQ ID NO:252);
ee.MOE-275(5′-mAmTfCfCfGfAfAfAfGfAfAfGfTfAfTfGfAfAmCmC-3′)(SEQ ID NO:012);
ff.MOE-276(5′-fAfTfCfCfGmAmAmAmGmAmAmGmTmAfTfGfAfAfCfC-3′)(SEQ ID NO:012);
gg.MOE-277(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;
hh.MOE-278(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;
ii.MOE-279(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;
jj.MOE-280(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;
kk.MOE-281(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;
ll.MOE-282(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;
mm.MOE-283(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;
nn.MOE-284(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;
oo.MOE-285(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;
pp.MOE-286(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSSS;
qq.MOE-287(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;
rr.MOE-288(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;
ss.MOE-289(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;
tt.MOE-290(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;
uu.MOE-291(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;
vv.MOE-292(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;
ww.MOE-293(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;
xx.MOE-294(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;
yy.MOE-295(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;
zz.MOE-296(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;
aaa.MOE-297(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;
bbb.MOE-298(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;
ccc.MOE-299(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;
ddd.MOE-300(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;
eee.MOE-301(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;
fff.MOE-303(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;
ggg.MOE-304(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;
hhh.MOE-305(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;
iii.MOE-306(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;
jjj.MOE-307(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;
kkk.MOE-308(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;
lll.MOE-309(5′-ATCCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;
mmm.MOE-310(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或
nnn.MOE-311(5′-CCGAAAGAAGTATGAACC-3′)(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
37.如权利要求31或34所述的反义寡核苷酸,其中当该反义寡核苷酸包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物时,根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,或者当该反义寡核苷酸包含甲氧基乙基核糖寡聚物时,根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
38.一种组合物,其包含如权利要求31-37中任一项所述的反义寡核苷酸和任选的药学上可接受的载体或赋形剂。
39.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是与SEQ ID NO:1的一部分互补、与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃的反义寡核苷酸,并且其中根据ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸的外显子2跳跃效率为30%或更高。
40.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-30个核苷酸。
41.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21-30个核苷酸。
42.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21-25个核苷酸。
43.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-21个核苷酸。
44.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-25个核苷酸。
45.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为25-30个核苷酸。
46.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21个核苷酸。
47.如权利要求39所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为25个核苷酸。
48.如权利要求39-47中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸与以下的一部分互补:
a.SEQ ID NO:213;
b.SEQ ID NO:214;
c.SEQ ID NO:215;
d.SEQ ID NO:217;
e.SEQ ID NO:218;
f.SEQ ID NO:219;和/或
g.SEQ ID NO:220。
49.如权利要求39-48中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然糖部分、非天然核苷酸间键,或者非天然糖部分和非天然核苷酸间键。
50.如权利要求49所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的糖部分。
51.如权利要求50所述的方法,其中该经修饰的糖部分包含2′-O-甲氧基乙基核糖(2′-O-MOE)。
52.如权利要求51所述的方法,其中根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
53.如权利要求49-52中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
54.如权利要求53所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
55.如权利要求54所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
56.如权利要求54所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
57.如权利要求54所述的方法,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
58.如权利要求53所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
59.如权利要求50所述的方法,其中这些经修饰的糖部分包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物(PMO)。
60.如权利要求59所述的方法,其中根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
61.根据权利要求59或60所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
62.如权利要求61所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
63.如权利要求62所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
64.如权利要求62所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
65.如权利要求62所述的方法,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
66.如权利要求61所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
67.如权利要求39-66中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
68.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:PMO-002(SEQID NO:2);PMO-003(SEQ ID NO:3);PMO-036(SEQ ID NO:36);PMO-037(SEQ ID NO:37);PMO-004(SEQ ID NO:4);PMO-038(SEQ ID NO:38);PMO-039(SEQ ID NO:39);PMO-005(SEQID NO:5);PMO-082(SEQ ID NO:82);PMO-083(SEQ ID NO:83);PMO-006(SEQ ID NO:6);PMO-096(SEQ ID NO:96);PMO-007(SEQ ID NO:7);PMO-097(SEQ ID NO:97);PMO-008(SEQID NO:8);MOE-009(SEQ ID NO:9);MOE-128(SEQ ID NO:128);MOE-010(SEQ ID NO:10);MOE-132(SEQ ID NO:132);MOE-135(SEQ ID NO:135);MOE-011(SEQ ID NO:11);MOE-012(SEQ ID NO:12);MOE-136(SEQ ID NO:136);MOE-013(SEQ ID NO:13);MOE-014(SEQ IDNO:14);MOE-015(SEQ ID NO:15);MOE-183(SEQ ID NO:183);MOE-184(SEQ ID NO:184);MOE-190(SEQ ID NO:190);MOE-196(SEQ ID NO:196);或MOE-197(SEQ ID NO:197)。
69.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:PMO-221(SEQID NO:221);PMO-222(SEQ ID NO:222);PMO-223(SEQ ID NO:223);PMO-224(SEQ ID NO:224);PMO-225(SEQ ID NO:225);PMO-226(SEQ ID NO:226);PMO-227(SEQ ID NO:227);PMO-228(SEQ ID NO:228);PMO-229(SEQ ID NO:229);PMO-230(SEQ ID NO:230);PMO-231(SEQ ID NO:231);PMO-232(SEQ ID NO:232);PMO-233(SEQ ID NO:233);PMO-234(SEQ IDNO:234);PMO-235(SEQ ID NO:235);PMO-236(SEQ ID NO:236);PMO-237(SEQ ID NO:237);PMO-238(SEQ ID NO:238);PMO-239(SEQ ID NO:239);PMO-240(SEQ ID NO:240);PMO-241(SEQ ID NO:241);PMO-242(SEQ ID NO:242);PMO-243(SEQ ID NO:243);PMO-244(SEQ IDNO:244);PMO-324(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;PMO-424(SEQ IDNO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS;PMO-402(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或PMO-502(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
70.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:MOE-245(SEQID NO:245);MOE-246(SEQ ID NO:246);MOE-247(SEQ ID NO:247);MOE-248(SEQ ID NO:248);MOE-249(SEQ ID NO:249);MOE-250(SEQ ID NO:250);MOE-251(SEQ ID NO:251);MOE-252(SEQ ID NO:252);MOE-253(SEQ ID NO:253);MOE-254(SEQ ID NO:254);MOE-255(SEQ ID NO:255);MOE-256(SEQ ID NO:256);MOE-257(SEQ ID NO:012);MOE-258(SEQ IDNO:012);MOE-259(SEQ ID NO:012);MOE-260(SEQ ID NO:012);MOE-261(SEQ ID NO:012);MOE-262(SEQ ID NO:012);MOE-263(SEQ ID NO:012);MOE-264(SEQ ID NO:012);MOE-265(SEQ ID NO:252);MOE-266(SEQ ID NO:252);MOE-267(SEQ ID NO:252);MOE-268(SEQ IDNO:252);MOE-269(SEQ ID NO:252);MOE-270(SEQ ID NO:252);MOE-271(SEQ ID NO:252);MOE-272(SEQ ID NO:252);MOE-273(SEQ ID NO:252);MOE-274(SEQ ID NO:252);MOE-275(SEQ ID NO:012);MOE-276(SEQ ID NO:012);MOE-277(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-278(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-279(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-280(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;MOE-281(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-282(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;MOE-283(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;MOE-284(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;MOE-285(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;MOE-286(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSS;MOE-287(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;MOE-288(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-289(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-290(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;MOE-291(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;MOE-292(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;MOE-293(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;MOE-294(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-295(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-296(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;MOE-297(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;MOE-298(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-299(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-300(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;MOE-301(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;MOE-303(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-304(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-305(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;MOE-306(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;MOE-307(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;MOE-308(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;MOE-309(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;MOE-310(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或MOE-311(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
71.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:PMO-002(SEQ IDNO:2);PMO-003(SEQ ID NO:3);PMO-036(SEQ ID NO:36);PMO-037(SEQ ID NO:37);PMO-004(SEQ ID NO:4);PMO-038(SEQ ID NO:38);PMO-039(SEQ ID NO:39);PMO-005(SEQ IDNO:5);PMO-082(SEQ ID NO:82);PMO-083(SEQ ID NO:83);PMO-006(SEQ ID NO:6);PMO-096(SEQ ID NO:96);PMO-007(SEQ ID NO:7);PMO-097(SEQ ID NO:97);PMO-008(SEQ IDNO:8);MOE-009(SEQ ID NO:9);MOE-128(SEQ ID NO:128);MOE-010(SEQ ID NO:10);MOE-132(SEQ ID NO:132);MOE-135(SEQ ID NO:135);MOE-011(SEQ ID NO:11);MOE-012(SEQID NO:12);MOE-136(SEQ ID NO:136);MOE-013(SEQ ID NO:13);MOE-014(SEQ ID NO:14);MOE-015(SEQ ID NO:15);MOE-183(SEQ ID NO:183);MOE-184(SEQ ID NO:184);MOE-190(SEQ ID NO:190);MOE-196(SEQ ID NO:196);或MOE-197(SEQ ID NO:197)。
72.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:PMO-221(SEQ IDNO:221);PMO-222(SEQ ID NO:222);PMO-223(SEQ ID NO:223);PMO-224(SEQ ID NO:224);PMO-225(SEQ ID NO:225);PMO-226(SEQ ID NO:226);PMO-227(SEQ ID NO:227);PMO-228(SEQ ID NO:228);PMO-229(SEQ ID NO:229);PMO-230(SEQ ID NO:230);PMO-231(SEQ IDNO:231);PMO-232(SEQ ID NO:232);PMO-233(SEQ ID NO:233);PMO-234(SEQ ID NO:234);PMO-235(SEQ ID NO:235);PMO-236(SEQ ID NO:236);PMO-237(SEQ ID NO:237);PMO-238(SEQ ID NO:238);PMO-239(SEQ ID NO:239);PMO-240(SEQ ID NO:240);PMO-241(SEQ IDNO:241);PMO-242(SEQ ID NO:242);PMO-243(SEQ ID NO:243);PMO-244(SEQ ID NO:244);PMO-324(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;PMO-424(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS;PMO-402(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或PMO-502(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
73.一种在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法,该方法包括将核酸分子引入细胞,其中该核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:MOE-245(SEQ IDNO:245);MOE-246(SEQ ID NO:246);MOE-247(SEQ ID NO:247);MOE-248(SEQ ID NO:248);MOE-249(SEQ ID NO:249);MOE-250(SEQ ID NO:250);MOE-251(SEQ ID NO:251);MOE-252(SEQ ID NO:252);MOE-253(SEQ ID NO:253);MOE-254(SEQ ID NO:254);MOE-255(SEQ IDNO:255);MOE-256(SEQ ID NO:256);MOE-257(SEQ ID NO:012);MOE-258(SEQ ID NO:012);MOE-259(SEQ ID NO:012);MOE-260(SEQ ID NO:012);MOE-261(SEQ ID NO:012);MOE-262(SEQ ID NO:012);MOE-263(SEQ ID NO:012);MOE-264(SEQ ID NO:012);MOE-265(SEQ IDNO:252);MOE-266(SEQ ID NO:252);MOE-267(SEQ ID NO:252);MOE-268(SEQ ID NO:252);MOE-269(SEQ ID NO:252);MOE-270(SEQ ID NO:252);MOE-271(SEQ ID NO:252);MOE-272(SEQ ID NO:252);MOE-273(SEQ ID NO:252);MOE-274(SEQ ID NO:252);MOE-275(SEQ IDNO:012);MOE-276(SEQ ID NO:012);MOE-277(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-278(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-279(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-280(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;MOE-281(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-282(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;MOE-283(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;MOE-284(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;MOE-285(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;MOE-286(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSS;MOE-287(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;MOE-288(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-289(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-290(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;MOE-291(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;MOE-292(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;MOE-293(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;MOE-294(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-295(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-296(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;MOE-297(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;MOE-298(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-299(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-300(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;MOE-301(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;MOE-303(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-304(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-305(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;MOE-306(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;MOE-307(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;MOE-308(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;MOE-309(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;MOE-310(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或MOE-311(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
74.根据权利要求68或71所述的方法,其中当该反义寡核苷酸包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物时,根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,或者当该反义寡核苷酸包含甲氧基乙基核糖寡聚物时,根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
75.如权利要求39-74中任一项所述的方法,其中该细胞是动物细胞。
76.如权利要求75所述的方法,其中该细胞是人细胞。
77.如权利要求36-76中任一项所述的方法,其中该方法在体外进行。
78.如权利要求36-76中任一项所述的方法,其中该方法在体内进行。
79.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求1所述的反义寡核苷酸。
80.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-30个核苷酸。
81.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21-30个核苷酸。
82.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21-25个核苷酸。
83.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-21个核苷酸。
84.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为18-25个核苷酸。
85.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为25-30个核苷酸。
86.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为21个核苷酸。
87.如权利要求79所述的方法,其中该反义寡核苷酸的长度为25个核苷酸。
88.如权利要求79-87中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸与以下的一部分互补:
a.SEQ ID NO:213;
b.SEQ ID NO:214;
c.SEQ ID NO:215;
d.SEQ ID NO:217;
e.SEQ ID NO:218;
f.SEQ ID NO:219;和/或
g.SEQ ID NO:220。
89.如权利要求79-88中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然糖部分、非天然核苷酸间键,或者非天然糖部分和非天然核苷酸间键。
90.如权利要求89所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的糖部分。
91.如权利要求90所述的方法,其中该经修饰的糖部分包含2′-O-甲氧基乙基核糖(2′-O-MOE)。
92.如权利要求91所述的方法,其中根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
93.如权利要求89-92中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
94.如权利要求93所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
95.如权利要求94所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
96.如权利要求94所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
97.如权利要求94所述的方法,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
98.如权利要求93所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
99.如权利要求890所述的方法,其中这些经修饰的糖部分包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物(PMO)。
100.如权利要求999所述的方法,其中根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
101.根据权利要求99或9100所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
102.如权利要求9101所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
103.如权利要求102所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
104.如权利要求102所述的方法,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
105.如权利要求102所述的方法,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
106.如权利要求101所述的方法,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
107.如权利要求79-106中任一项所述的方法,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
108.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:PMO-002(SEQ ID NO:2);PMO-003(SEQ ID NO:3);PMO-036(SEQ ID NO:36);PMO-037(SEQID NO:37);PMO-004(SEQ ID NO:4);PMO-038(SEQ ID NO:38);PMO-039(SEQ ID NO:39);PMO-005(SEQ ID NO:5);PMO-082(SEQ ID NO:82);PMO-083(SEQ ID NO:83);PMO-006(SEQID NO:6);PMO-096(SEQ ID NO:96);PMO-007(SEQ ID NO:7);PMO-097(SEQ ID NO:97);PMO-008(SEQ ID NO:8);MOE-009(SEQ ID NO:9);MOE-128(SEQ ID NO:128);MOE-010(SEQID NO:10);MOE-132(SEQ ID NO:132);MOE-135(SEQ ID NO:135);MOE-011(SEQ ID NO:11);MOE-012(SEQ ID NO:12);MOE-136(SEQ ID NO:136);MOE-013(SEQ ID NO:13);MOE-014(SEQ ID NO:14);MOE-015(SEQ ID NO:15);MOE-183(SEQ ID NO:183);MOE-184(SEQ IDNO:184);MOE-190(SEQ ID NO:190);MOE-196(SEQ ID NO:196);或MOE-197(SEQ ID NO:197)。
109.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:PMO-221(SEQ ID NO:221);PMO-222(SEQ ID NO:222);PMO-223(SEQ ID NO:223);PMO-224(SEQ ID NO:224);PMO-225(SEQ ID NO:225);PMO-226(SEQ ID NO:226);PMO-227(SEQ IDNO:227);PMO-228(SEQ ID NO:228);PMO-229(SEQ ID NO:229);PMO-230(SEQ ID NO:230);PMO-231(SEQ ID NO:231);PMO-232(SEQ ID NO:232);PMO-233(SEQ ID NO:233);PMO-234(SEQ ID NO:234);PMO-235(SEQ ID NO:235);PMO-236(SEQ ID NO:236);PMO-237(SEQ IDNO:237);PMO-238(SEQ ID NO:238);PMO-239(SEQ ID NO:239);PMO-240(SEQ ID NO:240);PMO-241(SEQ ID NO:241);PMO-242(SEQ ID NO:242);PMO-243(SEQ ID NO:243);PMO-244(SEQ ID NO:244);PMO-324(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;PMO-424(SEQ ID NO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS;PMO-402(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或PMO-502(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
110.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是包含以下的全部或一部分的反义寡核苷酸:MOE-245(SEQ ID NO:245);MOE-246(SEQ ID NO:246);MOE-247(SEQ ID NO:247);MOE-248(SEQ ID NO:248);MOE-249(SEQ ID NO:249);MOE-250(SEQ ID NO:250);MOE-251(SEQ IDNO:251);MOE-252(SEQ ID NO:252);MOE-253(SEQ ID NO:253);MOE-254(SEQ ID NO:254);MOE-255(SEQ ID NO:255);MOE-256(SEQ ID NO:256);MOE-257(SEQ ID NO:012);MOE-258(SEQ ID NO:012);MOE-259(SEQ ID NO:012);MOE-260(SEQ ID NO:012);MOE-261(SEQ IDNO:012);MOE-262(SEQ ID NO:012);MOE-263(SEQ ID NO:012);MOE-264(SEQ ID NO:012);MOE-265(SEQ ID NO:252);MOE-266(SEQ ID NO:252);MOE-267(SEQ ID NO:252);MOE-268(SEQ ID NO:252);MOE-269(SEQ ID NO:252);MOE-270(SEQ ID NO:252);MOE-271(SEQ IDNO:252);MOE-272(SEQ ID NO:252);MOE-273(SEQ ID NO:252);MOE-274(SEQ ID NO:252);MOE-275(SEQ ID NO:012);MOE-276(SEQ ID NO:012);MOE-277(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-278(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-279(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-280(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;MOE-281(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-282(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;MOE-283(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;MOE-284(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;MOE-285(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRSSSSS;MOE-286(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSS;MOE-287(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;MOE-288(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-289(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-290(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;MOE-291(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;MOE-292(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;MOE-293(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;MOE-294(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-295(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-296(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;MOE-297(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;MOE-298(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-299(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-300(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRORRROSSSSSSSSS;MOE-301(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;MOE-303(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-304(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-305(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;MOE-306(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;MOE-307(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;MOE-308(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;MOE-309(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;MOE-310(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或MOE-311(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
111.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:PMO-002(SEQ ID NO:2);PMO-003(SEQ ID NO:3);PMO-036(SEQ ID NO:36);PMO-037(SEQ ID NO:37);PMO-004(SEQ ID NO:4);PMO-038(SEQ ID NO:38);PMO-039(SEQ ID NO:39);PMO-005(SEQ ID NO:5);PMO-082(SEQ ID NO:82);PMO-083(SEQ ID NO:83);PMO-006(SEQ ID NO:6);PMO-096(SEQ ID NO:96);PMO-007(SEQ ID NO:7);PMO-097(SEQ ID NO:97);PMO-008(SEQ ID NO:8);MOE-009(SEQ ID NO:9);MOE-128(SEQ ID NO:128);MOE-010(SEQ ID NO:10);MOE-132(SEQ ID NO:132);MOE-135(SEQ ID NO:135);MOE-011(SEQ ID NO:11);MOE-012(SEQ ID NO:12);MOE-136(SEQ ID NO:136);MOE-013(SEQ ID NO:13);MOE-014(SEQ IDNO:14);MOE-015(SEQ ID NO:15);MOE-183(SEQ ID NO:183);MOE-184(SEQ ID NO:184);MOE-190(SEQ ID NO:190);MOE-196(SEQ ID NO:196);或MOE-197(SEQ ID NO:197)。
112.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:PMO-221(SEQ ID NO:221);PMO-222(SEQ ID NO:222);PMO-223(SEQ ID NO:223);PMO-224(SEQ IDNO:224);PMO-225(SEQ ID NO:225);PMO-226(SEQ ID NO:226);PMO-227(SEQ ID NO:227);PMO-228(SEQ ID NO:228);PMO-229(SEQ ID NO:229);PMO-230(SEQ ID NO:230);PMO-231(SEQ ID NO:231);PMO-232(SEQ ID NO:232);PMO-233(SEQ ID NO:233);PMO-234(SEQ IDNO:234);PMO-235(SEQ ID NO:235);PMO-236(SEQ ID NO:236);PMO-237(SEQ ID NO:237);PMO-238(SEQ ID NO:238);PMO-239(SEQ ID NO:239);PMO-240(SEQ ID NO:240);PMO-241(SEQ ID NO:241);PMO-242(SEQ ID NO:242);PMO-243(SEQ ID NO:243);PMO-244(SEQ IDNO:244);PMO-324(SEQ ID NO:224);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;PMO-424(SEQ IDNO:224);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS;PMO-402(SEQ ID NO:002);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR;或PMO-502(SEQ ID NO:002);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS。
113.一种治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的反义寡核苷酸,其中核酸分子是选自由以下组成的组的反义寡核苷酸:MOE-245(SEQ ID NO:245);MOE-246(SEQ ID NO:246);MOE-247(SEQ ID NO:247);MOE-248(SEQ IDNO:248);MOE-249(SEQ ID NO:249);MOE-250(SEQ ID NO:250);MOE-251(SEQ ID NO:251);MOE-252(SEQ ID NO:252);MOE-253(SEQ ID NO:253);MOE-254(SEQ ID NO:254);MOE-255(SEQ ID NO:255);MOE-256(SEQ ID NO:256);MOE-257(SEQ ID NO:012);MOE-258(SEQ IDNO:012);MOE-259(SEQ ID NO:012);MOE-260(SEQ ID NO:012);MOE-261(SEQ ID NO:012);MOE-262(SEQ ID NO:012);MOE-263(SEQ ID NO:012);MOE-264(SEQ ID NO:012);MOE-265(SEQ ID NO:252);MOE-266(SEQ ID NO:252);MOE-267(SEQ ID NO:252);MOE-268(SEQ IDNO:252);MOE-269(SEQ ID NO:252);MOE-270(SEQ ID NO:252);MOE-271(SEQ ID NO:252);MOE-272(SEQ ID NO:252);MOE-273(SEQ ID NO:252);MOE-274(SEQ ID NO:252);MOE-275(SEQ ID NO:012);MOE-276(SEQ ID NO:012);MOE-277(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-278(SEQ ID NO:012);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-279(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-280(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSSRSSRSSRSSRSSS;MOE-281(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-282(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSSRRRRRRRSSSSSS;MOE-283(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRSRRSRRSRSSS;MOE-284(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRSRRRSRRRSRRSSS;MOE-285(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSSSRRRRRRRRRSSSSS;MOE-286(SEQ ID NO:012);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRRRSS;MOE-287(SEQ ID NO:012);立体模式:SSRSSSSSSSSRSRSSSSS;MOE-288(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSSSSSSSSS;MOE-289(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRRRRRRRRRR;MOE-290(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRRRRRRRRRRRSSS;MOE-291(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRRRRRSSSSSSSSS;MOE-292(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSSSSSSSRRRRRRRR;MOE-293(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSSRSSSRSSRSSS;MOE-294(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSRSRSRSRSRSRSSS;MOE-295(SEQ ID NO:252);立体模式:SRSSSRSSSRSSSRSSS;MOE-296(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSSRSSSRSSOSSS;MOE-297(SEQ ID NO:252);立体模式:SSSOSRSRSRSSSOSSS;MOE-298(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-299(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSRSSSRSSSOSSS;MOE-300(SEQ ID NO:252);立体模式:RRORRROSSSSSSSSS;MOE-301(SEQ ID NO:252);立体模式:SRRORRROSSSSSSSSS;MOE-303(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-304(SEQ ID NO:252);立体模式:OOOOOSSSSSSSSSSSS;MOE-305(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSOSSOSSSOSSS;MOE-306(SEQ ID NO:252);立体模式:SOSSSSOSSSSSSOSSS;MOE-307(SEQ ID NO:252);立体模式:SSOSSSSSSSSSSOSSS;MOE-308(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSSSSSSSSOSSS;MOE-309(SEQ ID NO:12);立体模式:SSSOSSSSOSSOSSSOSSS;MOE-310(SEQ ID NO:252);立体模式:SSORRRRRSSSSSOSSS;或MOE-311(SEQ ID NO:252);立体模式:RRRRROSSSSSSSOSSS。
114.如权利要求79-113中任一项所述的方法,其中该神经退行性疾病是阿尔茨海默病。
115.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求1所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
116.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-30个核苷酸。
117.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-30个核苷酸。
118.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-25个核苷酸。
119.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-21个核苷酸。
120.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-25个核苷酸。
121.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25-30个核苷酸。
122.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21个核苷酸。
123.如权利要求115所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25个核苷酸。
124.如权利要求115-123中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸与以下的一部分互补:
a.SEQ ID NO:213;
b.SEQ ID NO:214;
c.SEQ ID NO:215;
d.SEQ ID NO:217;
e.SEQ ID NO:218;
f.SEQ ID NO:219;和/或
g.SEQ ID NO:220。
125.如权利要求115-124中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然糖部分、非天然核苷酸间键,或者非天然糖部分和非天然核苷酸间键。
126.如权利要求125所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的糖部分。
127.如权利要求126所述的反义寡核苷酸,其中该经修饰的糖部分包含2′-O-甲氧基乙基核糖(2′-O-MOE)。
128.如权利要求127所述的反义寡核苷酸,其中根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
129.如权利要求124-128中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
130.如权利要求129所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
131.如权利要求1230所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
132.如权利要求1230所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
133.如权利要求1230所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
134.如权利要求129所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
135.如权利要求126所述的反义寡核苷酸,其中这些经修饰的糖部分包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物(PMO)。
136.如权利要求135所述的反义寡核苷酸,其中根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
137.如权利要求135或136所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
138.如权利要求137所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
139.如权利要求138所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
140.如权利要求138所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
141.如权利要求138所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
142.如权利要求137所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
143.如权利要求115-142中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
144.如权利要求31所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求31所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
145.如权利要求32所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求32所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
146.如权利要求33所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求33所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
147.如权利要求34所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求34所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
148.如权利要求35所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求35所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
149.如权利要求36所述的反义寡核苷酸,用于在前mRNA剪接过程中诱导CD33基因中外显子2跳跃的方法中使用,该方法包括将如权利要求36所述的反义寡核苷酸引入细胞,
其中该反义寡核苷酸与该CD33基因的靶区域杂交,并在该CD33基因的前mRNA剪接过程中诱导外显子2跳跃。
150.如权利要求144或147所述的反义寡核苷酸,其中当该反义寡核苷酸包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物时,根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,或者当该反义寡核苷酸包含甲氧基乙基核糖寡聚物时,根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
151.如权利要求115-150中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该细胞是动物细胞。
152.如权利要求151所述的反义寡核苷酸,其中该动物细胞是人细胞。
153.如权利要求1所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求1所述的反义寡核苷酸。
154.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-30个核苷酸。
155.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-30个核苷酸。
156.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21-25个核苷酸。
157.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-21个核苷酸。
158.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为18-25个核苷酸。
159.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25-30个核苷酸。
160.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为21个核苷酸。
161.如权利要求153所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸的长度为25个核苷酸。
162.如权利要求153-161中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸与以下的一部分互补:
a.SEQ ID NO:213;
b.SEQ ID NO:214;
c.SEQ ID NO:215;
d.SEQ ID NO:217;
e.SEQ ID NO:218;
f.SEQ ID NO:219;和/或
g.SEQ ID NO:220。
163.如权利要求153-162中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然糖部分、非天然核苷酸间键,或者非天然糖部分和非天然核苷酸间键。
164.如权利要求163所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的糖部分。
165.如权利要求164所述的反义寡核苷酸,其中该经修饰的糖部分包含2′-O-甲氧基乙基核糖(2′-O-MOE)。
166.如权利要求165所述的反义寡核苷酸,其中根据MOE ASO的标准外显子跳跃效率测定,反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
167.如权利要求162-166中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
168.如权利要求167所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
169.如权利要求168所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
170.如权利要求168所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
171.如权利要求168所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
172.如权利要求167所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
173.如权利要求164所述的反义寡核苷酸,其中这些经修饰的糖部分包含二酰胺磷酸酯吗啉代寡聚物(PMO)。
174.如权利要求173所述的反义寡核苷酸,其中根据PMO ASO的标准外显子跳跃效率测定,该反义寡核苷酸具有30%或更高的CD33外显子2跳跃效率。
175.如权利要求173或174所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含非天然的核苷酸间键。
176.如权利要求175所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体纯的。
177.如权利要求176所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Sp。
178.如权利要求176所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键都是Rp。
179.如权利要求176所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键独立地选自Sp和Rp。
180.如权利要求175所述的反义寡核苷酸,其中该非天然核苷酸间键是立体无规的。
181.如权利要求153-179中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该反义寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
182.如权利要求31所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求31所述的反义寡核苷酸。
183.如权利要求32所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求32所述的反义寡核苷酸。
184.如权利要求33所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求33所述的反义寡核苷酸。
185.如权利要求34所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求34所述的反义寡核苷酸。
186.如权利要求35所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求35所述的反义寡核苷酸。
187.如权利要求36所述的反义寡核苷酸,用于在治疗患有神经退行性疾病的受试者的方法中使用,该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求36所述的反义寡核苷酸。
188.如权利要求153-187中任一项所述的反义寡核苷酸,其中该神经退行性疾病是阿尔茨海默病。
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