CN117616280A - 预测癌症复发 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及通过使用特异性结合至血清形式的人TK1的抗体或其片段测定来自被诊断患有血液癌症的患者的身体样品中血清胸苷激酶1(STK1)物质的水平来预测癌症复发或预测患者存活。将所测定的STK1物质的水平与基于所述患者的年龄选择的阈值进行比较。然后基于所述比较来预测癌症复发。

Description

预测癌症复发
技术领域
本发明总体上涉及胸苷激酶1(TK1)的测量，并且具体地涉及基于所测量的血清TK1水平预测癌症复发。
背景技术
胸苷激酶1(TK1)(EC 2.7.1.21)，也称为2'-脱氧胸苷激酶或ATP-胸苷5'-磷酸转移酶，是一种参与脱氧核糖核酸(DNA)前体合成的酶。TK1使胸苷磷酸化以并入DNA中。TK1的表达是活跃细胞增殖的标志，在细胞周期的G0/G1期过程中细胞内浓度较低并且在S/G2期过程中细胞内浓度升高。
TK1的一种形式在患有恶性肿瘤的人类和动物的血清和血浆中以较高水平存在。因此，血清TK1活性测量已用于多种不同恶性疾病的监测和预后目的，但迄今为止主要用于白血病和淋巴瘤。
此外，TK1是唯一可在血液中测定的增殖标志物，并且如果可作为常规实验室测试获得，则它可能提供巨大的临床益处。
几十年来，一直使用放射性底物125I-dUrd(theTK-REA,DiaSorinInc.)测量血清TK1活性，但这种放射性酶测定的用途有限，并且优先用于恶性血液恶性肿瘤。自2000年以来，非放射测量TK1活性测定(TK/>测定，DiaSorin Inc.)已经可用。这是一种灵敏且稳健的检测定并且为人类和狗提供了具有临床价值的信息，特别是用于监测疗法和预测复发。
在过去15年中，针对人TK1的抗体已经可用，并且能够测定血液学以及实体瘤疾病(诸如乳腺癌和几种其他形式的实体瘤和血液肿瘤)中的TK1蛋白水平(与TK1活性形成对比)。
一种类型的TK1蛋白测定依赖于基于针对TK1的C末端部分产生的抗TK1抗体的斑点印迹程序。选择这种策略进行抗体生产的主要原因是C末端区域参与TK1的细胞周期调控。它含有用于在有丝分裂期间起始TK1降解的识别序列，并且假设这是可能产生针对其的抗体的暴露区域。尽管斑点印迹测定已在许多研究中成功使用，但主要限制是它不是临床实验室实践中的常规方法。
AroCell TK 210 ELISA是一种用于测定人血液中的TK1的定量免疫测定试剂盒。ELISA格式简单而稳健，无需特殊仪器即可执行，并且可容易地并入标准实验室过程中。AroCell TK 210 ELISA不仅是快速且简单地监测来自血液样品的TK1的方式，而且使用临床化学中的标准设备提供值得信赖的可重复结果。
发明内容
本发明的总体目标是准确地预测患者的癌症存活和/或癌症复发。
这一目的和其他目的由如本文公开的实施方案来满足。
本发明的一个方面涉及一种用于预测癌症复发的方法。所述方法包括使用特异性结合至血清形式的人TK1的抗体或其片段测定来自被诊断患有血液癌症的患者的身体样品中血清胸苷激酶1(STK1)物质的水平；所述方法还包括将所测定的STK1物质的水平与基于所述患者的年龄选择的阈值进行比较。所述方法还包括基于所述比较来预测所述患者的癌症复发。
本发明基于所测量的STK1水平与年龄依赖性阈值之间的比较来预测癌症复发。如本文提供的实验数据表明，当使用针对不同年龄的患者组的年龄相关参考或阈值范围时，使用STK1作为血液癌症的生物标志物时的准确性将显著提高。
附图说明
可通过参考以下结合附图的描述来最佳地理解实施方案以及它们的其他目的和优点，在附图中：
图1治疗前血清中的TK1浓度与(1a)Ann Arbor分期和(1b)经年龄调整的国际预后指数相关。
图2治疗前血清中的TK1浓度与(2a)疾病复发的时间和(2b)存活时间相关。
图3治疗前所获得的血清中具有高TK1浓度与低TK1浓度的患者之间(3a)总体存活期、(3b)无疾病存活期和(3c)疾病特异性存活期的差异。二分法的截断值设置为健康个体的上限，即0.45μg/L。
图4分别对治疗前二分TK1(正常值上限0.45μg/L的截断值)和aa IPI得分(4a、4b)以及IPI得分(4c、4d)的多变量分析。
图5U-CAN研究项目中采集的血液样品中测量的TK1浓度。U CAN项目启动时，治疗期间(第三个化疗周期后)的血液样品并未包括在内，但最近已添加至U-CAN方案中。
图6活体患者和患病患者治疗之前和之后血清TK1浓度的比较。
图7经年龄调整的国际预后指数(7a)(aaIPI)0-1和(7b)aaIPI2-3个体的血清中的TK1浓度。所分析的血液样品是在U-CAN研究项目中获得的，所述项目规定治疗开始前、治疗中期(即3个化疗周期后)和治疗结束后的血液样品。
图8治疗期间的血液样品不是在启动时获得的，而是最近添加至方案中(第三个化疗周期后的样品)。因此，治疗期间具有可用TK1值的患者数量有限，这反映在治疗之前/治疗期间的可用TK1比率中。
图9是在截断值为(A)0.25μg/L、(B)0.35μg/L、(C)0.45μg/L、(D)0.75μg/L、(E)1.05μg/L和(F)2.5μg/L的情况下，与弥漫性大B细胞淋巴瘤患者在诊断时和治疗前的TK1血清浓度相关的疾病复发概率与复发时间(天)相关的卡普兰-迈耶(Kaplan-Meier)图。
图10是在截断值为0.45μg/L的情况下，与弥漫性大B细胞淋巴瘤患者在诊断时和治疗前的TK1血清浓度相关的疾病复发概率与复发时间(天)相关的卡普兰-迈耶图。(A)所有患者，(B)年龄>66岁，和(C)年龄<67岁。
具体实施方式
本发明总体上涉及胸苷激酶1(TK1)的测量，并且具体地涉及基于所测量的血清TK1(STK1)水平预测癌症复发。
本发明基于所测量的STK1水平与年龄依赖性阈值之间的比较来预测癌症复发。如本文提供的实验数据表明，较高浓度的STK1与弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)(作为血液癌症的一个实例)的更晚期相关，并且治疗前升高的STK1水平与整个患者群组的较短无疾病存活期和疾病特异性存活期相关。然而，当根据诊断时患者的年龄将患者群组分组时，出现了不同的情况。对于老年患者，所测定的STK1水平与癌症复发风险之间不存在比例相关性。与此形成鲜明对比的是，STK1水平在健康受试者的平均水平以上的相对低的增加与癌症复发的风险增加相关。此外，STK1水平略高于限定阈值的老年患者与STK1水平远高于限定阈值的另一名老年患者相比，癌症复发的风险没有显著差异。然而，年轻DLBCL患者的情况有所不同，与老年DLBCL患者相比，年轻DLBCL患者的相对较高STK1水平与癌症复发的风险增加相关。
因此，当使用针对不同年龄的患者组的年龄相关参考或阈值范围时，使用STK1作为血液癌症的生物标志物时的准确性将显著提高。
本发明的一个方面涉及一种用于预测癌症复发的方法。所述方法包括使用特异性结合至血清形式的人TK1的抗体或其片段测定来自被诊断患有血液癌症的患者的身体样品中血清胸苷激酶1(STK1)物质的水平；所述方法还包括将所测定的STK1物质的水平与基于所述患者的年龄选择的阈值进行比较。所述方法还包括基于所述比较来预测所述患者的癌症复发。
人中的TK1蛋白以多种形式存在，取决于某些分子的存在，例如三磷酸腺苷(ATP)的存在或不存在；取决于蛋白质的浓度，即高或低浓度；取决于蛋白质的类型，即天然或重组TK1；并且取决于蛋白质的位点，即在血清中或细胞质中。
一般来说，胞质和重组人TK1在ATP存在下或在高浓度下以四聚体形式出现，并且在ATP不存在下或在低浓度下以二聚体形式出现。胞质和重组人TK1的四聚体形式具有高TK1活性，而二聚体形式具有较低TK1活性。胞质TK1，也称为细胞TK1，是存在于细胞内部的TK1并且可从此类细胞分离。
与此形成鲜明对比的是，人STK1可呈高分子量复合物的形式，诸如具有TK1活性的低聚物或包含此类低聚物，以及具有非常低或甚至缺乏TK1活性的二聚体和四聚体形式。低聚似乎与血液中发生的二硫键交联的形成有关。STK1存在于患者的血液中，并且因此可在血液样品、血浆样品或血清样品等中进行测定。
如本文所用的STK1物质是指呈其各种形式的STK1，诸如包含STK1的二聚体、四聚体、低聚物和复合物。STK1物质是存在于患者血液、血浆或血清中的STK1物质。然后，STK1物质可包含呈上述形式的STK1，诸如包含STK1的二聚体、四聚体、低聚物和复合物。STK1物质还包括具有至少一个TK1蛋白质单元和其他分子和/或大分子的复合物。
在本领域中，已提出各种基因表达阵列来测定癌细胞样品和活检物(包括淋巴结活检样品)中的TK1信使核糖核酸(mRNA)转录物。如上所述，TK1在受试者中以多种形式存在，包括胞质TK1和血清TK1。测定此类活检样品中的TK1 mRNA转录物的基因表达阵列主要测定癌细胞中存在的胞质TK1的TK1 mRNA转录物。因此，此类基因表达阵列不能用于测定受试者中STK1物质的水平。
在一个实施方案中，测定STK1物质的水平包括使身体样品与抗体或其片段接触。此实施方案还包括测量与STK1物质结合的抗体或其片段的量。
使身体样品与抗体或其片段接触可通过将抗体或其片段添加至身体样品中并将身体样品与抗体或其片段一起孵育来实现。由此，抗体或其片段与STK1物质结合，从而在抗体或其片段与STK1物质之间形成复合物。在这样的实施方案中，测量与STKl物质结合的抗体或其片段的量可包括测量或定量抗体或其片段与STKl物质之间的复合物，从而测量或定量与STK1物质结合的抗体或其片段的量。
在一个实施方案中，所述方法还包括将所测量的与STK1物质结合的抗体或其片段的量与STK1物质的水平相关联。这可使用所测量的与参考TK1物质结合的抗体或其片段的量与参考TK1物质的浓度之间的预定义的相关性来进行。生成这种预定义的相关性时可使用的典型参考TK1物质是重组人TK1。
因此，可通过将抗体或其片段添加至包含不同浓度的参考TK1物质、优选重组人TK1的不同样品中来生成预定义的相关性。然后测量不同样品中与参考TKl物质、优选重组人TKl结合的抗体或其片段的量，从而获得参考TKl物质(优选重组人TKl)的浓度与所测量的结合至所述参考TK1物质(优选重组人TK1)的抗体或其片段的量之间的标准曲线、函数或关系。
然后可使用这种预定义的相关性，诸如标准曲线、函数或关系来将所测量的与身体样品中的STK1物质结合的抗体或其片段的量映射或转换为身体样品中STK1物质的浓度。
关于测定来自被诊断患有血液癌症的患者的身体样品中STK1物质的水平，使用相同类型的抗体或其片段来产生预定义的相关性通常是优选的。因此，在优选的实施方案中，抗体或其片段不仅能够特异性结合至血清形式的人TK1，而且能够特异性结合至参照TK1物质，优选重组人TK1。
在一个实施方案中，在将身体样品与抗体或其片段孵育之前或期间对身体样品进行加工。这种样品加工可用于稳定身体样品中选定的STK1形式和/或将较大的STK1复合物或低聚物分解成较小的复合物或多聚体。
因此，在一个实施方案中，在将抗体或其片段添加至身体样品之前或与其相关，优选在将抗体或其片段添加至身体样品之前，将样品稀释液或预处理缓冲液添加至身体样品。
在一个实施方案中，样品稀释缓冲液包含ATP，优选地浓度在0.5mM至50mM，诸如0.5mM至20mM或1.5mM至50mM的区间内选择。如本文先前所述，ATP使TK1的四聚体形式稳定，所述四聚体形式具有高酶促TK1活性。
在另一个实施方案中，样品稀释缓冲液包含还原剂。然后还原剂可破坏较大STK1复合物和低聚物中的二硫键交联，以获得较小的STK1形式，诸如四聚体。根据实施方案可使用能够破坏二硫键的各种还原剂，包括但不限于二硫赤藓糖醇(DTE)、二硫苏糖醇(DTT)、二硫代丁胺(DTBA)、三(2-羧乙基)膦)(TCEP)以及其组合。还原剂的量通常在0.1mM至10mM的区间内选择。
在一个实施方案中，样品稀释缓冲液可包含ATP和还原剂两者。
在一个实施方案中，使用与血清形式的人TKl特异性结合的抗体或其片段，测定与诊断患者患有血液癌症有关或至少在开始血液癌症的治疗之前取自患者的身体样品中STK1物质的水平。因此，在优选的实施方案中，优选地在诊断时或至少在患者被诊断患有血液学癌症或至少疑似患有血液学癌症的时间点后不久采集身体样品。
在一个实施方案中，所述方法包括基于所测定的STK1物质的水平与所选择的阈值之间的比较来估计患者的风险比(HR)。在这样的实施方案中，预测患者的癌症复发包括基于所估计的HR来预测患者的癌症复发。
在一个实施方案中，预测癌症复发包括如果所测定的身体样品中STK1物质的水平超过所选择的阈值，则预测患者的癌症复发的高风险，否则预测患者的癌症复发的低风险。
在实施方案中，所述方法还包括基于患者的年龄来选择阈值。
在特定实施方案中，所述方法包括如果患者的年龄等于或高于限定年龄，则选择第一阈值，并且如果患者的年龄低于限定年龄，则选择第二不同的阈值。
因此，在此特定实施方案中，采用两个不同的年龄优化阈值，并且待使用的特定年龄优化阈值取决于患者的年龄是等于或高于限定年龄还是低于限定年龄。
在一个实施方案中，第二不同的阈值高于第一阈值。因此，在一个实施方案中，与老年患者相比，对于年轻患者使用更高的阈值。
作为说明性的、但目前优选的实施方案，限定年龄是67岁。这意味着，如果患者为67岁或以上，则在与所测定的STK1物质的水平的比较中使用第一阈值，而如果患者小于67岁，则在所述比较中使用第二、优选更高的阈值。
如表5所示，对于67岁或以上的患者，选择0.35μg/L至0.60μg/L范围内的阈值(并且特别是0.45μg/L)能够区分具有高复发风险比并且因此具有高癌症复发风险的患者与具有低复发风险比的患者。事实上，使用较高的阈值实际上降低了区分高风险比与低风险比的p值。这与表6形成鲜明对比，表6显示了小于67岁的患者的相应复发风险比。对于此类年轻患者，较高的阈值(至少高达1.05μg/L)与区分高风险比与低风险比的较低p值相关。因此，对于老年患者组(年龄≥67岁)，当预测癌症复发时，最佳阈值在0.35μg/L至0.60μg/L的范围内，并且特别是0.45μg/L，而对于年轻患者组(年龄<67岁)，最佳阈值高于0.75μg/L但低于2.5μg/L，诸如约1μg/L。
如本文提供的实验数据表明，即使老年患者的STK1水平的大约两倍增加也与风险比的大幅增加相关。此外，对于老年患者来说，在较高STK1水平下，风险比仅适度进一步增加。这意味着在这个老年患者组中，较高的STK1水平与较高年龄患者的较高癌症复发风险并不成比例相关。这一发现对STK1测量方法、并且特别是STK1测量方法的灵敏度和稳健性提出了要求，以便能够检测生物样品中相对较低的STK1水平并将如此低的STK1水平与健康受试者中的相应STK1水平区分开来。
抗体或其片段特异性结合至STK1物质，并且特别是特异性结合至血清形式的TK1蛋白。
可基于亲和力和/或亲合力来确定抗体或其片段的特异性。由抗原与抗体或其片段的解离的平衡常数(Kd)表示的亲和力是抗原决定簇与抗体或其片段上的抗原结合位点之间的结合强度的量度。Kd值越小，抗原决定簇与抗体或其片段之间的结合强度越强。可替代地，亲和力也可表述为亲和常数(Ka)，其为1/Kd。如技术人员将清楚的，亲和力可根据目标特定抗原以本身已知的方式确定。
亲合力是抗体或其片段与相关抗原之间的结合强度的量度。亲合力与抗原决定簇与抗体或其片段上的其抗原结合位点之间的亲和力以及存在于抗体或其片段上的相关结合位点的数目两者有关。
通常，抗体将以10-5至10-12摩尔/升(M)或更低，并且优选10-7至10-12M或更低且更优选10-8至10-12M的解离常数(Kd)，即以105至1012M-1或更大，并且优选107至1012M-1或更大且更优选108至1012M-1的缔合常数(Ka)结合至它们的抗原。
一般而言，大于10-4M的任何Kd值(或小于04M-1的任何Ka值)通常被认为指示非特异性结合。优选地，抗体或其片段将以小于500nM，优选小于200nM，更优选小于10nM，诸如小于5nM或甚至更低，诸如1nM或更低的亲和力结合至STK1物质。
抗体或其片段与抗原或抗原决定簇的特异性结合可以本身已知的任何适合的方式确定，所述方式包括例如，斯卡查德分析和/或竞争结合测定，诸如放射免疫测定(RIA)、酶免疫测定(EIA)和夹心竞争测定，以及本领域中本身已知的它们的不同变型。
在一个实施方案中，抗体是单克隆抗体，即单克隆抗TK1抗体。在一个实施方案中，抗体是多克隆抗体，即多克隆抗TK1抗体。
在一个实施方案中，抗体或其片段对由来自TK1、优选人TK1的C末端区域的氨基酸序列组成的表位或肽具有特异性。
肽优选地选自TK1的一部分，范围从氨基酸位置200至TK1的末端，即人中的氨基酸位置234(SEQ ID NO:28)。在一个特定实施方案中，肽选自TKl蛋白的从氨基酸位置205(优选210)至氨基酸位置230(优选225)范围内的一部分。
肽优选地是N-聚体，其中N是8至20范围内的整数，优选10至15范围内的整数。肽优选地由TK1蛋白C末端区域中的N个连续氨基酸组成。
在一个实施方案中，肽由以下氨基酸序列GEAVAARKLF(SEQ ID NO:1)组成。在另一个实施方案中，肽由以下氨基酸序列NCPVPGKPGE(SEQ ID NO:2)组成。在另一实施方案中，肽由以下氨基酸序列PVPGKPGEAV(SEQ ID NO:3)组成。在另一个实施方案中，肽由以下氨基酸序列NCPVPGKPGEAV(SEQ ID NO:4)组成。
对由GEAVAARKLF(SEQ ID NO:1)组成的表位具有特异性的单克隆抗体具有：具有氨基酸序列DYEMH(SEQ ID NO:5)的可变重(VH)结构域互补决定区1(CDR1)、具有氨基酸序列AIHPGYGGTA YNQKFKG(SEQ ID NO:6)的VH结构域CDR2、具有氨基酸序列FITKFDY(SEQ IDNO:7)的VH结构域CDR3、具有氨基酸序列KSSQSLLDSDGKTFLN(SEQ ID NO:8)的可变轻(VL)结构域CDR1、具有氨基酸序列LVSKLDS(SEQ ID NO:9)的VL结构域CDR2和具有氨基酸序列WQGTHFPWT(SEQ ID NO:10)的VL结构域CDR3。
对表位NCPVPGKPGE(SEQ ID NO:2)、PVPGKPGEAV(SEQ ID NO:3)和NCPVPGKPGEAV(SEQ ID NO:4)具有特异性的单克隆抗体具有：具有氨基酸序列DYEMH(SEQ ID NO:5)的VH结构域CDR1、具有氨基酸序列AILPGSGGTAYNQKFKG(SEQ ID NO:11)的VH结构域CDR2、具有氨基酸序列LITTFDY(SEQ ID NO:12)的VH结构域CDR3、具有氨基酸序列KSSQSLLDSDGKTYLN(SEQ ID NO:13)的VL结构域CDR1、具有氨基酸序列LVSKLDS(SEQ ID NO:9)的VL结构域CDR2和具有氨基酸序列WQGTHFPWT(SEQ ID NO:10)的VL结构域CDR3。
在另一个实施方案中，抗体或其片段对人TK1的构象依赖性表位具有特异性。对这种构象依赖性表位具有特异性的单克隆抗体具有：具有氨基酸序列SGYSWH(SEQ ID NO:14)的VH结构域CDR1、具有氨基酸序列YIHYSGSTTYNPSLKG(SEQ ID NO:15)的VH结构域CDR2、具有氨基酸序列WGTGHWYFDV(SEQ ID NO:16)的VH结构域CDR3、具有氨基酸序列RSSTGAVTTTNYAN(SEQ ID NO:17)的VL结构域CDR1、具有氨基酸序列GTNNRVP(SEQ ID NO:18)的VL结构域CDR2和具有氨基酸序列ALWYSNHWV(SEQ ID NO:19)的VL结构域CDR3。
可根据实施方案使用的单克隆抗TK1抗体的上述三个提出的实例进一步公开于WO2015/094106中，其关于单克隆抗TK1抗体的教义以引用的方式并入本文。
因此，在一个实施方案中，单克隆抗体或其片段选自由以下组成的组：对人TKl的GEAVAARKLF(SEQ ID NO:1)具有特异性的单克隆抗体或其片段、对人TKl的NCPVPGKPGE(SEQID NO:2)、PVPGKPGEAV(SEQ ID NO:3)和NCPVPGKPGEAV(SEQ ID NO:4)中的至少一者具有特异性的单克隆抗体或其片段以及对人TK1的构象依赖性表位具有特异性的单克隆抗体或其片段。
在另一个实施方案中，抗体或其片段对由KPGEAVAARKLFAPQ(SEQ ID NO:20)组成的表位或肽具有特异性。可将至少一种额外的氨基酸(诸如半胱氨酸残基)添加至肽的N末端或C末端，优选N末端，以用作与其他分子、诸如载体蛋白的偶联。
对此表位具有特异性的抗体进一步公开于WO 95/29192中，其关于抗TK1抗体的教义以引用的方式并入本文。
在另一实施方案中，抗体或其片段对由来自TK1的活性位点的氨基酸序列组成的表位或肽具有特异性。肽优选地选自人TK1中从氨基酸位置150至氨基酸位置190范围内的一部分TK1。在一个特定实施方案中，肽选自TKl的从氨基酸位置155(优选160且更优选161)至氨基酸位置185(优选183)范围内的一部分。
肽优选地是M-聚体，其中M是10至40范围内的整数，优选20至30且更优选23或24范围内的整数。肽优选地由TK1蛋白的活性位点中的M个连续氨基酸组成。
可将至少一种额外的氨基酸(诸如半胱氨酸残基)添加至肽的N末端或C末端，优选N末端，以用作与其他分子、诸如载体蛋白的偶联。
在一个实施方案中，由来自TK1的活性位点的氨基酸序列组成的肽具有对应于人TK1中的氨基酸位置161至183的氨基酸序列，即具有AYTKRLGTEKEVEVIGGADKYHS(SEQ IDNO:21)的氨基酸序列。
对此表位具有特异性的抗体进一步公开于WO 2008/142664中，其关于抗TK1抗体的教义以引用的方式并入本文。
在另一实施方案中，抗体或其片段是如WO 2019/201901中公开的单克隆抗体或其片段，其关于单克隆抗TK1抗体的教义以引用的方式并入本文。
例如，单克隆抗体可以是mAb 6C6、mAb 4H4或mAb 23C11。
mAb 6C6VH结构域(SEQ ID NO:22)：
METGLRWLLLVAVLKGVQCQEQLEESGGDLVKPEGSLTLTCTASRFSFSSSYWICWVRQAPGKGLEWIACIYAGDSGSSYYASWAKGRFTVSKTSSTTVTLQTTSLTAADTATYFCARASVGAAYDYFALWGPGTLVTVSSGQPKAPSVFPLAPCCGDTPSSTVTLGCLVKGYLPEPVTVTWNSG
mAb 6C6VL结构域(SEQ ID NO:23)：
MDTRAPTQLLGLLLLWLPGARCALVMTQTPASVEAAMGGTVTIKCQASEDVSSHLAWYQQRPGQPPKLLIYGASDLASGVPSRFTGSGSGTQFTLAISDLECADAATYYCQGYYYISDSPYVFGGGTEVVVKGDPVAPTVLIFPPAADQVATGTVTIVCVANKYFPDVTVTWEVDGTTQTTGIENSKTPQNSADCTYNLSSTLTLTSTQYNSHKEYTCKVTQGTTSVVQSFNRGDC
mAb 4H4VH结构域(SEQ ID NO:24):
METGLRWLLLVAVLKGVQCQSLEESGGGLVQPEGSLTLTCTASGFSFSSGYDMCWVRQTPGKGLEWIACISVDSDGVTYYASWAKGRFTISKTSSTTVTLQMTSLTAADTATYFCARGYESSSGVYIPYFTLWGPGTLVTVSSGQPKAPSVFPLAPCCGDTPSSTVTLGCLVKGYLPEPVTVTWNSG
mAb 4H4 VL结构域(SEQ ID NO:25):
MDMRAPTQLLGLLLLWLPGARCADIVLTQTPASVEAAVGGTVTIKCQASQSIYSYLAWYQHKPGQPPKLLIYKASTLASGVPSRFKGSGSGTEYTLTISDLECADAATYYCQHYYYSSTSGGGVFGGGTEVVVKGDPVAPTVLIFPPAADQVATGTVTIVCVANKYFPDVTVTWEVDGTTQTTGIENSKTPQNSADCTYNLSSTLTLTSTQYNSHKEYTCKVTQGTTSVVQSFNRGDC
mAb 23C11 VH结构域(SEQ ID NO:26):
METGLRWLLLVAVLKGVQCQSLEESGGRLVTPGTPLTLTCTASGFSLSNYYMSWVRQAPGKGLEWIGIIYGDDNTYCANWTKGRFTISKTSTTVDLTITSPTTEDTATYFCARGPDYIAAKMDIWGPGTLVTVSLGQPKAPSVFPLAPCCGDTPSSTVTLGCLVKGYLPEPVTVTWNSG
mAv 23C11 VL结构域(SEQ ID NO:27):
MDTRAPTQLLGLLLLWLPGARCDVVMTQTPASVEAAVGGTVTIKCQASQSISGYLSWYQQKPGQRPKLLIYRASTLESGVPSRFKGSGSGTEFTLTISDLECADAATYYCQCTYGSSTFSSYGNAFGGGTEVVVKGDPVAPTVLIFPPAADQVATGTVTIVCVANKYFPDVTVTWEVDGTTQTTGIENSKTPQNSADCTYNLSSTLTLTSTQYNSHKEYTCKVTQGTTSVVQSFNRGDC
在一个实施方案中，使用试剂盒测定身体样品中的STK1物质的水平。试剂盒优选地包含第一抗体或其第一片段和第二抗体或其第二片段。第一抗体和第二抗体可选自单克隆和多克隆抗TK1抗体的上述说明性实例。
在一个特定实施方案中，试剂盒包含对选自由以下组成的组的表位具有特异性的第一单克隆抗体或其第一片段：i)人TKl的GEAVAARKLF(SEQ ID NO:1)，ii)人TKl的NCPVPGKPGE(SEQ ID NO:2)、PVPGKPGEAV(SEQ ID NO:3)和NCPVPGKPGEAV(SEQ ID NO:4)中的至少一者，以及iii)人TK1的构象依赖性表位。试剂盒还包含对选自由以下组成的组的表位具有特异性的第二单克隆抗体或其第二片段：i)人TK l的GEAVAARKLF(SEQ ID NO:1)，ii)人TKl的NCPVPGKPGE(SEQ ID NO:2)、PVPGKPGEAV(SEQ ID NO:3)和NCPVPGKPGEAV(SEQID NO:4)中的至少一者，以及iii)人TK1的构象依赖性表位。
在一个实施方案中，第一抗体或其第一片段是固定至载体或旨在固定至载体的所谓的捕获抗体，并且第二抗体或其第二片段是所谓的检测抗体。在另一个实施方案中，第二抗体或其第二片段是固定至载体或旨在固定至载体的捕获抗体，而第一抗体或其第一片段用作检测抗体。
在一个实施方案中，第一抗体和第二抗体或第一片段和第二片段对STK1物质中的不同表位具有特异性。
在另一个实施方案中，第一抗体和第二抗体或第一片段和第二片段对STK1物质中的相同表位具有特异性。这是可能的，因为相同的表位可以多个拷贝存在于多个TK1蛋白质单元的高分子量复合物中。因此，STK1物质可以是多个(即至少两个)TK1蛋白质单元的多价复合物。事实上，相同类型的抗体或其片段可用作第一和第二抗体或第一和第二片段。
在一个实施方案中，第一和第二抗体和第二片段中的一者对由来自TK1的活性位点的氨基酸序列组成的肽具有特异性，而第一和第二抗体或第一和第二片段中的另一者对由来自TK1的C末端区域的氨基酸序列组成的肽具有特异性。
在另一个实施方案中，第一和第二抗体或第一和第二片段中的一者对由来自TKl的C端区域的第一氨基酸序列组成的肽具有特异性，并且第一和第二抗体或第一和第二片段中的另一者对由来自TK l的C末端区域的第一氨基酸序列或来自TK1的C末端区域的第二不同的氨基酸序列组成的肽具有特异性。
在另一实施方案中，第一和第二抗体或第一和第二片段中的一者对由来自TKl的C末端区域的第一氨基酸序列组成的肽具有特异性，并且第一和第二抗体或第一和第二片段中的另一者对人TK1的构象依赖性表位具有特异性。
在另一个实施方案中，第一和第二抗体或第一和第二片段中的一者对由来自TKl的活性位点的氨基酸序列组成的肽具有特异性，并且第一和第二抗体或第一和第二片段中的另一者对人TK1的构象依赖性表位具有特异性。
如本文所用的抗体的片段可选自由以下组成的组：单链抗体、Fv片段、scFv片段、Fab片段、F(ab’)2片段、Fab'片段、Fd片段、单结构域抗体(sdAb)、scFv-Fc片段、di-scFv片段和CDR区。
在一个实施方案中，试剂盒是夹心测定试剂盒。在特定实施方案中，试剂盒是酶联免疫吸附测定(ELISA)试剂盒并且优选地是夹心ELISA。
在下文的论述中，假设第一抗体或第一片段是捕获抗体，而第二抗体或第二片段充当检测抗体。然而，实施方案不限于此，而是可切换捕获抗体和检测抗体。
夹心ELISA可用于通过制备载体(诸如固体载体)的表面来检测身体样品中的STK1物质，第一抗体或第一片段作为所谓的捕获抗体结合至所述表面。在优选的实施方案中，已知量的第一抗体或第一片段结合至载体的表面。表面上的任何非特异性结合位点任选地但优选地被封闭。然后将身体样品施加至表面，使得其中存在的任何STK1物质将由固定的第一抗体或第一片段捕获。未结合的物质优选地通过一个或多个洗涤步骤除去。然后添加第二抗体或第二片段(通常表示为检测抗体)，并使其与由第一抗体或第一片段捕获的任何STK1物质结合。
然后通过直接或间接检测方法测定结合的第二抗体或第二片段的量。例如，标记或酶可直接连接至第二抗体或第二片段，或通过连接(诸如生物素-链霉亲和素或生物素-亲和素连接)间接连接至第二抗体或第二片段。可替代地，有可能使用经标记或连接至酶并特异性结合至第二抗体或第二片段的第二抗体或第二片段。
因此，在一个实施方案中，第二抗体或第二片段具有共价连接的生物素。可替代地，第二抗体或第二片段具有共价连接的链霉亲和素或亲和素。
试剂盒优选地还包含辣根过氧化物酶(HRP)标记的链霉亲和素或HRP标记的亲和素。可替代地，试剂盒还包含HRP标记的生物素。试剂盒还包含HRP底物，诸如3,3',5,5'-四甲基联苯胺(TMB)底物、3,3'-二氨基联苯胺(DAB)底物或2,2'-连氮基-双(3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸)(ABTS)底物。在这种情况下，可通过分光光度法测定样品中STK1物质的水平，所述方法检测HRP将显色底物转化为可检测的有色产物。
在一个实施方案中，试剂盒还包含作为载体的微量滴定板(MCP)，第一抗体或第一片段固定至所述载体或旨在固定至所述载体。
在一个实施方案中，第一抗体或第一片段和第二抗体或第二片段中的一者对由GEAVAARKLF(SEQ ID NO:1)组成的表位具有特异性，并且具有：具有氨基酸序列DYEMH(SEQID NO:5)的VH结构域CDR1、具有氨基酸序列AIHPGYGGTAYNQKFKG(SEQ ID NO:6)的VH结构域CDR2、具有氨基酸序列FITKFDY(SEQ ID NO:7)的VH结构域CDR3、具有氨基酸序列KSSQSLLDSDGKTFLN(SEQ ID NO:8)的VL结构域CDR1、具有氨基酸序列LVSKLDS(SEQ ID NO:9)的VL结构域CDR2和具有氨基酸序列WQGTHFPWT(SEQ ID NO:10)的VL结构域CDR3。
在特定实施方案中，第一抗体或第一片段和第二抗体或第二片段中的另一者对表位NCPVPGKPGE(SEQ ID NO:2)、PVPGKPGEAV(SEQ ID NO:3)和NCPVPGKPGEAV(SEQ ID NO:4)具有特异性并且具有：具有氨基酸序列DYEMH(SEQ ID NO:5)的VH结构域CDR1、具有氨基酸序列AILPGSGGTAYNQKFKG(SEQ ID NO:11)的VH结构域CDR2、具有氨基酸序列LITTFDY(SEQID NO:12)的VH结构域CDR3、具有氨基酸序列KSSQSLLDSDGKTYLN(SEQ ID NO:13)的VL结构域CDR1、具有氨基酸序列LVSKLDS(SEQ ID NO:9)的VL结构域CDR2和具有氨基酸序列WQGTHFPWT(SEQ ID NO:10)的VL结构域CDR3。
试剂盒不一定必须是ELISA试剂盒。在另一个实施方案中，试剂盒使用亲和色谱，其中第一抗体结合至固定相，诸如结合至柱中的凝胶基质或珠。例如，凝胶基质或珠可由琼脂糖，诸如制成。
在这种情况下，身体样品中存在的TK1物质将通过与固定的第一抗体或第一片段结合而被截留在柱中。洗涤后，可使用第二抗体或第二片段洗脱并检测结合的STK1物质。例如，洗脱的STK1物质的量可使用蛋白质印迹和第二抗体或第二片段来测定，以用于使用直接或间接检测方法进行TK1检测。
可替代地，载体可以是磁珠，诸如磁珠。
在另一实施方案中，试剂盒是化学发光免疫测定(CLIA)试剂盒。CLIA是一种免疫测定技术，其中标记是发光分子。CLIA方法可以是使用发光团标记物的直接方法，或者是使用酶标记物的间接方法。任一种方法都可以是竞争性的或非竞争性的。在直接CLIA方法中，所使用的发光团标记物通常是吖啶鎓酯和钌酯，而间接方法中使用的酶标记物通常是碱性磷酸酶(以金刚烷基1,2-二氧杂环丁烷芳基磷酸(AMPPD)作为底物)和HRP(以鲁米诺或其衍生物为底物)。
试剂盒不一定必须包括两种抗体或片段，而是可以仅包括一种类型的抗体或片段。
此外，试剂盒不一定必须包含所谓的捕获抗体或片段。与此形成鲜明对比的是，多种(即至少两种)不同的抗体或片段可用于测定STK1物质的水平，而无需固定至少一种抗体或片段。
在一个实施方案中，方法还包括基于所预测的癌症复发风险来为患者选择抗癌治疗。因此，基于所测定的身体样品中STK1物质的水平并且由此基于根据所测定的身体样品中STK1物质的水平与所选择的阈值之间的比较估计的患者的预测的癌症复发风险来为血液癌症患者选择最佳或至少适合的抗癌治疗。这意味着与STK1物质的水平低于阈值并且因此预测的癌症复发风险较低的患者相比，可选择所测定的STK1物质的水平高于所选择的阈值并且因此预测的癌症复发风险高的患者进行更积极的抗癌治疗。可选择的抗癌治疗的实例包括一种或多种对症治疗，例如输血、化学疗法、放射疗法、免疫疗法和骨髓移植。
例如，可选择所测定的STK1物质的水平超过先前提及的所选择的阈值的患者进行第一抗癌治疗，而选择所测定的STK1物质的水平低于所选择的阈值的其他患者进行第二不同的抗癌治疗。
在一个实施方案中，方法包括基于患者的预测的癌症复发风险来为患者选择患者监测时间表。因此，基于所测定的身体样品中STK1物质的水平与所选择的阈值之间的比较并且由此基于根据所测定的身体样品中STK1物质的水平估计的患者的预测的癌症复发风险来为患者选择最佳或至少适合的患者监测时间表或方案。这意味着与STK1物质的水平低于所选择的阈值并且因此预测的癌症复发风险较低的患者(其相反可遵循不那么频繁的监测和随访(第二监测时间表)相比，可选择所测定的STK1物质的水平高于所选择的阈值并且因此预测的癌症复发风险高的患者进行更频繁的监测和随访(第一监测时间表)。
实施例
通过免疫测定法测量治疗前、治疗期间和治疗后146名患有弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)并用R-CHOP治疗的患者(64名女性，82名男性)的胸苷激酶1(TK1)的血清水平。与健康个体的TK1浓度相比，血清中的TK1浓度在患有淋巴瘤的患者中显著升高(p<0.00001)。较高的浓度与更晚期和高国际预后指数(IPI)相关(p<0.00001)。治疗前升高的TK1与较短的存活期相关(p<0.001)。总体而言，TK1浓度在治疗期间增加了约十倍，然后下降。所述变化在1期和2期患者中最为显著。总之，通过免疫测定测量的TK1可与DLBCL特征和结果相关，并对治疗评估具有重要的参考价值。
材料和方法
研究设计和设置
2010年至2016年间146名被诊断患有DLBCL的患者的血清和临床数据获自乌普萨拉-于默奥综合癌症联盟(U-CAN)。U-CAN项目的核心是建立数据、血液和组织样品的纵向采集，以及癌症患者的知情同意以用于未来研究。在U-CAN的框架内，将在癌症诊断和后续治疗过程中的若干预先定义的时间点获得血液样品用于生物库。对于患有DLBCL的患者，这些时间点被定义为：诊断时(或至少在治疗开始前)、治疗中期(即3个治疗周期后)、治疗结束后3个月和1年以及复发时。治疗期间的血液样品并未在U-CAN启动时引入，而是最近添加至方案中。本研究中纳入的所有患者均用标准化疗方案R-CHOP(利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松)或等效方案治疗以达到治愈目的，并以14或21天的间隔施用。
基线数据经由U-CAN获得并且包括诊断时的年龄；性别；Ann Arbor分期；B症状(发热>>38℃、盗汗、过去6个月体重减轻>10％)；体积较大的病变(定义为横径>7.5cm的肿瘤)；根据东部肿瘤协作组(ECOG-PS)的行为状态；国际预后指数(IPI)得分；经年龄调整的IP I(aa IPI)；治疗类型；治疗结果，其根据国际反应标准定义(Cheson等人,Revised ResponseCriteria for Malignant Lymphoma.J Clin Oncol.2007；25:579-586)。
通过AroCellAB,Uppsala,Sweden提供的免疫测定(AroCell TK 210 ELISA)测量血清中的TK1。根据制造商的说明书进行测定。如通过测量重复样品所判断，测定的不精确度小于10％标准偏差(CV)。定量下限(即当CV％超过重复样品的20％时)为0.20μg/L(Kumar等人,AroCell TK 210 ELISA for determination of TK1 protein:age-relatedreference ranges and comparison with other TK1 assays.BioTechniques.2020；btn-2019-0148.41)。
未感染和表面健康的人作为对照。包括57名男性(中值年龄42岁，四分位数(IQ)范围29.7-52.2岁)和88名女性(中值年龄45.5岁，IQ范围34.5-57.5岁)。
统计数据
无疾病存活期(DFS)从诊断日期开始计算，直到记录的复发或最后一次随访。从未达到完全缓解的患者被视为DFS为零天。疾病特异性存活期(DSS)从诊断日期开始计算，直到因剩余淋巴瘤死亡或最后一次随访的日期。总体存活期(OS)从诊断日期开始计算，直到死亡或最后一次随访。
除非另外指示，否则在整个实施例中使用非参数统计数据。曼-惠特尼U检验用于两组的比较，并且Kruskal-Wallis方差分析用于多于两组的比较。Wilcoxon检验用于比较配对样品。p值在文本中或图上指示，并且p<0.05被认为是显著的。变量之间的相关性通过斯皮尔曼等级计算。DFS、DSS和OS的估计值通过卡普兰-迈耶统计数据和相关的对数秩检验计算。Cox比例风险检验用于多变量时间依赖性分析。统计程序Medcalc(MedCalc统计软件版本19.2.6(MedCalc Software Ltd,Ostend,Belgium；https://www.medcalc.org；2020)和统计程序R版本3.4.3(R Foundation for Statistical Computing；https://www.R-project.org/)用于所有分析。
伦理学
这项研究得到了瑞典乌普萨拉的当地伦理委员会的批准(Dnr2014/233)。所述研究还得到了U-CAN研究选择委员会的批准。因此，先前已在U-CAN项目中获得了书面知情同意书。
结果
患者和治疗
患者特征总结于表1中。有44名患者在随访期间死亡，而31名患者死于剩余淋巴瘤。
表1–146名DLBCL患者的患者基线特征
/>
1双侧t检验，2χ2、3χ2蒙特卡罗模拟
DLBCL：弥漫性大B细胞淋巴瘤；TK1：胸苷激酶1；n：数量；ECOG：东部肿瘤协作组；NA：不可获得；IPI：国际预后指数；aaIPI：经年龄调整的IPI；GC：生发中心
血清中的TK1与疾病之间的关系
与健康个体中的浓度相比，治疗前血清中的TK1浓度在淋巴瘤患者中显著升高，中值0.44μg/L(IQ范围0.22至1.06μg/L)对比中值0.22μg/L(IQ范围0.18至0.29μg/L)，p<0.00001。图1a描绘TK1浓度与疾病分期之间的关系，其中更晚期疾病的TK1浓度增加。最高浓度出现在4期患者中(p<0.00001)。在图1b中，还显示与国际预后指数(IPI)的密切关系，p<0.00001。
TK1与结果的关系
疾病复发时间(图2a)和死亡时间(图2b)两者均与治疗前血清中TK1浓度的血清浓度显著相关(分别rs＝-0.30和rs＝-0.29，对于两者的相关性p<0.001))，其中具有最高浓度的患者的时间最短。通过将治疗前的TK1浓度根据健康个体的上限(即0.45μg/L)二分，如通过卡普兰-迈耶和相关对数秩检验估计的OS、DFS和DSS(图3a至3c)对于具有正常浓度的患者是最有利的(分别p＝0.03、p＝0.0006和p＝0.0009)。在多变量分析中，二分TK1也被发现与aa IPI和IPI一起对于DFS和DSS来说是显著预后因子(分别p<0.01和p<0.025)(图4a-4d)。表2中显示，具有B症状的患者在血清中具有显著更高的TK1浓度(p<0.0001)。
表2–中值TK1水平(μg/L)以及Q1和Q3范围。应用曼-惠特尼U检验。
TK1与治疗相关
在一小部分患者(40/146，27％)中，在3个治疗周期后的积极治疗期间测量了TK1浓度。总体而言，治疗期间浓度增加了约十倍(p<0.00001)(图5)，随后下降至初始值以下(表3)。与没有复发或死亡的患者相比，疾病复发(n＝18)或死于淋巴瘤(n＝12)的患者在治疗后具有显著更高的TK1浓度(分别p＝0.002和p＝0.0001)(图6)。与aa IP I相关的治疗期间TK1浓度的变化描述于表3和图7a和7b中。与第三治疗周期后的测量值相比，诊断时的测量值之间TK1浓度的相对变化在1期和2期是3832％相比之下在3期和4期是302％(p＝0.0008)。图8中还说明与分期相关的相对变化。
表3-曼-惠特尼U检验用于治疗前与分别治疗期间和治疗后之间的统计比较
aaIPI：经年龄调整室温国际预后指数
根据方案，血液样品将在1诊断时(或至少在治疗开始前)、2在3个化疗周期后(无论治疗周期是14天还是21天的长度)以及3在治疗结束后3个月和1年获得血液样品。对这些血液样品中的TK1进行了分析。
下表4总结DLBCL患者中复发的风险比，并且对于所有患者使用从0.25μg/L至2.5μg/L范围内的不同截断值计算了p值。
表4-如根据诊断时和治疗前TK1结果的卡普兰-迈耶统计数据所判断，弥漫性大B细胞淋巴瘤的复发风险比(n＝137)
表5和表6列出>66岁的DLBCL患者(表5)或<67岁的DLBCL患者(表6)的相应复发风险比，并且对于所有患者使用从0.25μg/L至0.25μg/L范围内的不同截断值计算了p值。
表5-如根据诊断时和治疗前TK1结果的卡普兰-迈耶统计数据所判断，弥漫性大B细胞淋巴瘤的复发风险比，年龄>66岁(n＝67)
表6-如根据诊断时和治疗前TK1结果的卡普兰-迈耶统计数据所判断，弥漫性大B细胞淋巴瘤的复发风险比，年龄<67岁(n＝68)
图9示出在截断值为(图9a)0.25μg/L、(图9b)0.35μg/L、(图9c)0.45μg/L、(图9d)0.75μg/L、(图9e)1.05μg/L和(图9f)2.5μg/L的情况下，与弥漫性大B细胞淋巴瘤患者在诊断时和治疗前的TK1血清浓度相关的疾病复发概率与复发时间(天)相关的卡普兰-迈耶图。
图10示出在截断值为0.45μg/L的情况下，与弥漫性大B细胞淋巴瘤患者在诊断时和治疗前的TK1血清浓度相关的疾病复发概率与复发时间相关的卡普兰-迈耶图。图10a示出所有患者的结果，图10b示出年龄>66岁的患者的结果，并且图10c示出年龄<67岁的患者的结果。
论述
此研究验证了TK1测量在淋巴瘤患者中的有用性，其与疾病严重程度和结果密切相关，如在卡普兰-迈耶曲线和相关的对数秩检验以及多变量分析中所观察到。
此研究中的发现是治疗期间血清TK1增加。这种增加在遭受疾病复发或死亡的患者中显著更高，但在淋巴瘤较低分期的患者中也稍微更明显一些。相比之下，当比较aa IPI0-1和aa IPI 2-3时，没有观察到明显的差异。
我们在此研究中观察到，大部分经治疗的DLBCL患者具有增加的血清TK1，并且疾病明显完全缓解。在此研究中，我们没有观察到TK1低反应组中的负性事件的任何差异，但我们将其与具有可用TK样品的患者中总体较低的事件数(复发和/或死亡)联系起来。
来自表5和表6的这些结果表明，即使老年患者的STK1水平的大约两倍增加也与风险比的大幅增加相关。此外，对于老年患者来说，在较高STK1水平下，风险比仅适度进一步增加。这意味着在这个患者组中，较高的STK1水平与较高年龄患者的较高癌症复发风险并不成比例相关。
上述实施方案将被理解为本发明的一些说明性实施例。本领域技术人员将理解，可对实施方案做出各种修改、组合和改变而不背离本发明的范围。具体地，在技术上可能的情况下，不同实施方案中的不同部分解决方案可组合在其他配置中。
序列表
<110> 阿洛赛尔公司(AROCELL AB)
<120> 预测癌症复发
<130> HSJ115180P.WOP
<150> US 63/213,791
<151> 2021-06-23
<160> 28
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 10
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 1
Gly Glu Ala Val Ala Ala Arg Lys Leu Phe
1 5 10
<210> 2
<211> 10
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 2
Asn Cys Pro Val Pro Gly Lys Pro Gly Glu
1 5 10
<210> 3
<211> 10
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 3
Pro Val Pro Gly Lys Pro Gly Glu Ala Val
1 5 10
<210> 4
<211> 12
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 4
Asn Cys Pro Val Pro Gly Lys Pro Gly Glu Ala Val
1 5 10
<210> 5
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VH CDR1
<400> 5
Asp Tyr Glu Met His
1 5
<210> 6
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VH CDR2
<400> 6
Ala Ile His Pro Gly Tyr Gly Gly Thr Ala Tyr Asn Gln Lys Phe Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 7
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VH CDR3
<400> 7
Phe Ile Thr Lys Phe Asp Tyr
1 5
<210> 8
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VL CDR1
<400> 8
Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Asp Ser Asp Gly Lys Thr Phe Leu Asn
1 5 10 15
<210> 9
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VL CDR2
<400> 9
Leu Val Ser Lys Leu Asp Ser
1 5
<210> 10
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VL CDR3
<400> 10
Trp Gln Gly Thr His Phe Pro Trp Thr
1 5
<210> 11
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VH CDR2
<400> 11
Ala Ile Leu Pro Gly Ser Gly Gly Thr Ala Tyr Asn Gln Lys Phe Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 12
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VH CDR3
<400> 12
Leu Ile Thr Thr Phe Asp Tyr
1 5
<210> 13
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VL CDR1
<400> 13
Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Asp Ser Asp Gly Lys Thr Tyr Leu Asn
1 5 10 15
<210> 14
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VH CDR1
<400> 14
Ser Gly Tyr Ser Trp His
1 5
<210> 15
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VH CDR2
<400> 15
Tyr Ile His Tyr Ser Gly Ser Thr Thr Tyr Asn Pro Ser Leu Lys Gly
1 5 10 15
<210> 16
<211> 10
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VH CDR3
<400> 16
Trp Gly Thr Gly His Trp Tyr Phe Asp Val
1 5 10
<210> 17
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VL CDR1
<400> 17
Arg Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Thr Thr Asn Tyr Ala Asn
1 5 10
<210> 18
<211> 7
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
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<400> 18
Gly Thr Asn Asn Arg Val Pro
1 5
<210> 19
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VL CDR3
<400> 19
Ala Leu Trp Tyr Ser Asn His Trp Val
1 5
<210> 20
<211> 15
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 20
Lys Pro Gly Glu Ala Val Ala Ala Arg Lys Leu Phe Ala Pro Gln
1 5 10 15
<210> 21
<211> 23
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 21
Ala Tyr Thr Lys Arg Leu Gly Thr Glu Lys Glu Val Glu Val Ile Gly
1 5 10 15
Gly Ala Asp Lys Tyr His Ser
20
<210> 22
<211> 185
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VH
<400> 22
Met Glu Thr Gly Leu Arg Trp Leu Leu Leu Val Ala Val Leu Lys Gly
1 5 10 15
Val Gln Cys Gln Glu Gln Leu Glu Glu Ser Gly Gly Asp Leu Val Lys
20 25 30
Pro Glu Gly Ser Leu Thr Leu Thr Cys Thr Ala Ser Arg Phe Ser Phe
35 40 45
Ser Ser Ser Tyr Trp Ile Cys Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly
50 55 60
Leu Glu Trp Ile Ala Cys Ile Tyr Ala Gly Asp Ser Gly Ser Ser Tyr
65 70 75 80
Tyr Ala Ser Trp Ala Lys Gly Arg Phe Thr Val Ser Lys Thr Ser Ser
85 90 95
Thr Thr Val Thr Leu Gln Thr Thr Ser Leu Thr Ala Ala Asp Thr Ala
100 105 110
Thr Tyr Phe Cys Ala Arg Ala Ser Val Gly Ala Ala Tyr Asp Tyr Phe
115 120 125
Ala Leu Trp Gly Pro Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gln Pro
130 135 140
Lys Ala Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Cys Gly Asp Thr Pro
145 150 155 160
Ser Ser Thr Val Thr Leu Gly Cys Leu Val Lys Gly Tyr Leu Pro Glu
165 170 175
Pro Val Thr Val Thr Trp Asn Ser Gly
180 185
<210> 23
<211> 236
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VL
<400> 23
Met Asp Thr Arg Ala Pro Thr Gln Leu Leu Gly Leu Leu Leu Leu Trp
1 5 10 15
Leu Pro Gly Ala Arg Cys Ala Leu Val Met Thr Gln Thr Pro Ala Ser
20 25 30
Val Glu Ala Ala Met Gly Gly Thr Val Thr Ile Lys Cys Gln Ala Ser
35 40 45
Glu Asp Val Ser Ser His Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Gln
50 55 60
Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Ala Ser Asp Leu Ala Ser Gly Val
65 70 75 80
Pro Ser Arg Phe Thr Gly Ser Gly Ser Gly Thr Gln Phe Thr Leu Ala
85 90 95
Ile Ser Asp Leu Glu Cys Ala Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gly
100 105 110
Tyr Tyr Tyr Ile Ser Asp Ser Pro Tyr Val Phe Gly Gly Gly Thr Glu
115 120 125
Val Val Val Lys Gly Asp Pro Val Ala Pro Thr Val Leu Ile Phe Pro
130 135 140
Pro Ala Ala Asp Gln Val Ala Thr Gly Thr Val Thr Ile Val Cys Val
145 150 155 160
Ala Asn Lys Tyr Phe Pro Asp Val Thr Val Thr Trp Glu Val Asp Gly
165 170 175
Thr Thr Gln Thr Thr Gly Ile Glu Asn Ser Lys Thr Pro Gln Asn Ser
180 185 190
Ala Asp Cys Thr Tyr Asn Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Thr Ser Thr
195 200 205
Gln Tyr Asn Ser His Lys Glu Tyr Thr Cys Lys Val Thr Gln Gly Thr
210 215 220
Thr Ser Val Val Gln Ser Phe Asn Arg Gly Asp Cys
225 230 235
<210> 24
<211> 187
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VH
<400> 24
Met Glu Thr Gly Leu Arg Trp Leu Leu Leu Val Ala Val Leu Lys Gly
1 5 10 15
Val Gln Cys Gln Ser Leu Glu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro
20 25 30
Glu Gly Ser Leu Thr Leu Thr Cys Thr Ala Ser Gly Phe Ser Phe Ser
35 40 45
Ser Gly Tyr Asp Met Cys Trp Val Arg Gln Thr Pro Gly Lys Gly Leu
50 55 60
Glu Trp Ile Ala Cys Ile Ser Val Asp Ser Asp Gly Val Thr Tyr Tyr
65 70 75 80
Ala Ser Trp Ala Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Lys Thr Ser Ser Thr
85 90 95
Thr Val Thr Leu Gln Met Thr Ser Leu Thr Ala Ala Asp Thr Ala Thr
100 105 110
Tyr Phe Cys Ala Arg Gly Tyr Glu Ser Ser Ser Gly Val Tyr Ile Pro
115 120 125
Tyr Phe Thr Leu Trp Gly Pro Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly
130 135 140
Gln Pro Lys Ala Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Cys Gly Asp
145 150 155 160
Thr Pro Ser Ser Thr Val Thr Leu Gly Cys Leu Val Lys Gly Tyr Leu
165 170 175
Pro Glu Pro Val Thr Val Thr Trp Asn Ser Gly
180 185
<210> 25
<211> 238
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VL
<400> 25
Met Asp Met Arg Ala Pro Thr Gln Leu Leu Gly Leu Leu Leu Leu Trp
1 5 10 15
Leu Pro Gly Ala Arg Cys Ala Asp Ile Val Leu Thr Gln Thr Pro Ala
20 25 30
Ser Val Glu Ala Ala Val Gly Gly Thr Val Thr Ile Lys Cys Gln Ala
35 40 45
Ser Gln Ser Ile Tyr Ser Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln His Lys Pro Gly
50 55 60
Gln Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Lys Ala Ser Thr Leu Ala Ser Gly
65 70 75 80
Val Pro Ser Arg Phe Lys Gly Ser Gly Ser Gly Thr Glu Tyr Thr Leu
85 90 95
Thr Ile Ser Asp Leu Glu Cys Ala Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln
100 105 110
His Tyr Tyr Tyr Ser Ser Thr Ser Gly Gly Gly Val Phe Gly Gly Gly
115 120 125
Thr Glu Val Val Val Lys Gly Asp Pro Val Ala Pro Thr Val Leu Ile
130 135 140
Phe Pro Pro Ala Ala Asp Gln Val Ala Thr Gly Thr Val Thr Ile Val
145 150 155 160
Cys Val Ala Asn Lys Tyr Phe Pro Asp Val Thr Val Thr Trp Glu Val
165 170 175
Asp Gly Thr Thr Gln Thr Thr Gly Ile Glu Asn Ser Lys Thr Pro Gln
180 185 190
Asn Ser Ala Asp Cys Thr Tyr Asn Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Thr
195 200 205
Ser Thr Gln Tyr Asn Ser His Lys Glu Tyr Thr Cys Lys Val Thr Gln
210 215 220
Gly Thr Thr Ser Val Val Gln Ser Phe Asn Arg Gly Asp Cys
225 230 235
<210> 26
<211> 179
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VH
<400> 26
Met Glu Thr Gly Leu Arg Trp Leu Leu Leu Val Ala Val Leu Lys Gly
1 5 10 15
Val Gln Cys Gln Ser Leu Glu Glu Ser Gly Gly Arg Leu Val Thr Pro
20 25 30
Gly Thr Pro Leu Thr Leu Thr Cys Thr Ala Ser Gly Phe Ser Leu Ser
35 40 45
Asn Tyr Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu
50 55 60
Trp Ile Gly Ile Ile Tyr Gly Asp Asp Asn Thr Tyr Cys Ala Asn Trp
65 70 75 80
Thr Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Lys Thr Ser Thr Thr Val Asp Leu
85 90 95
Thr Ile Thr Ser Pro Thr Thr Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Phe Cys Ala
100 105 110
Arg Gly Pro Asp Tyr Ile Ala Ala Lys Met Asp Ile Trp Gly Pro Gly
115 120 125
Thr Leu Val Thr Val Ser Leu Gly Gln Pro Lys Ala Pro Ser Val Phe
130 135 140
Pro Leu Ala Pro Cys Cys Gly Asp Thr Pro Ser Ser Thr Val Thr Leu
145 150 155 160
Gly Cys Leu Val Lys Gly Tyr Leu Pro Glu Pro Val Thr Val Thr Trp
165 170 175
Asn Ser Gly
<210> 27
<211> 239
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> mAb VL
<400> 27
Met Asp Thr Arg Ala Pro Thr Gln Leu Leu Gly Leu Leu Leu Leu Trp
1 5 10 15
Leu Pro Gly Ala Arg Cys Asp Val Val Met Thr Gln Thr Pro Ala Ser
20 25 30
Val Glu Ala Ala Val Gly Gly Thr Val Thr Ile Lys Cys Gln Ala Ser
35 40 45
Gln Ser Ile Ser Gly Tyr Leu Ser Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln
50 55 60
Arg Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Arg Ala Ser Thr Leu Glu Ser Gly Val
65 70 75 80
Pro Ser Arg Phe Lys Gly Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr
85 90 95
Ile Ser Asp Leu Glu Cys Ala Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Cys
100 105 110
Thr Tyr Gly Ser Ser Thr Phe Ser Ser Tyr Gly Asn Ala Phe Gly Gly
115 120 125
Gly Thr Glu Val Val Val Lys Gly Asp Pro Val Ala Pro Thr Val Leu
130 135 140
Ile Phe Pro Pro Ala Ala Asp Gln Val Ala Thr Gly Thr Val Thr Ile
145 150 155 160
Val Cys Val Ala Asn Lys Tyr Phe Pro Asp Val Thr Val Thr Trp Glu
165 170 175
Val Asp Gly Thr Thr Gln Thr Thr Gly Ile Glu Asn Ser Lys Thr Pro
180 185 190
Gln Asn Ser Ala Asp Cys Thr Tyr Asn Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu
195 200 205
Thr Ser Thr Gln Tyr Asn Ser His Lys Glu Tyr Thr Cys Lys Val Thr
210 215 220
Gln Gly Thr Thr Ser Val Val Gln Ser Phe Asn Arg Gly Asp Cys
225 230 235
<210> 28
<211> 234
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 28
Met Ser Cys Ile Asn Leu Pro Thr Val Leu Pro Gly Ser Pro Ser Lys
1 5 10 15
Thr Arg Gly Gln Ile Gln Val Ile Leu Gly Pro Met Phe Ser Gly Lys
20 25 30
Ser Thr Glu Leu Met Arg Arg Val Arg Arg Phe Gln Ile Ala Gln Tyr
35 40 45
Lys Cys Leu Val Ile Lys Tyr Ala Lys Asp Thr Arg Tyr Ser Ser Ser
50 55 60
Phe Cys Thr His Asp Arg Asn Thr Met Glu Ala Leu Pro Ala Cys Leu
65 70 75 80
Leu Arg Asp Val Ala Gln Glu Ala Leu Gly Val Ala Val Ile Gly Ile
85 90 95
Asp Glu Gly Gln Phe Phe Pro Asp Ile Val Glu Phe Cys Glu Ala Met
100 105 110
Ala Asn Ala Gly Lys Thr Val Ile Val Ala Ala Leu Asp Gly Thr Phe
115 120 125
Gln Arg Lys Pro Phe Gly Ala Ile Leu Asn Leu Val Pro Leu Ala Glu
130 135 140
Ser Val Val Lys Leu Thr Ala Val Cys Met Glu Cys Phe Arg Glu Ala
145 150 155 160
Ala Tyr Thr Lys Arg Leu Gly Thr Glu Lys Glu Val Glu Val Ile Gly
165 170 175
Gly Ala Asp Lys Tyr His Ser Val Cys Arg Leu Cys Tyr Phe Lys Lys
180 185 190
Ala Ser Gly Gln Pro Ala Gly Pro Asp Asn Lys Glu Asn Cys Pro Val
195 200 205
Pro Gly Lys Pro Gly Glu Ala Val Ala Ala Arg Lys Leu Phe Ala Pro
210 215 220
Gln Gln Ile Leu Gln Cys Ser Pro Ala Asn
225 230

Claims (23)

1.一种用于预测癌症复发的方法，所述方法包括：
使用特异性结合至血清形式的人TK1的抗体或其片段测定来自被诊断患有血液癌症的患者的身体样品中血清胸苷激酶1(STK1)物质的水平；
将所测定的STK1物质的水平与基于所述患者的年龄选择的阈值进行比较；以及
基于所述比较来预测所述患者的癌症复发。
2.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括基于所述比较来估计所述患者的风险比(HR)，其中预测癌症复发包括基于所估计的HR来预测所述患者的癌症复发。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中预测癌症复发包括如果所测定的所述身体样品中STK1物质的水平超过所选择的阈值，则预测所述患者的癌症复发的高风险，否则预测所述患者的癌症复发的低风险。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，所述方法还包括基于所述患者的年龄来选择所述阈值。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，所述方法还包括：
如果所述患者的年龄等于或高于限定年龄，则选择第一阈值；以及
如果所述患者的年龄低于所述限定年龄，则选择第二不同的阈值。
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述第二不同的阈值高于所述第一阈值。
7.根据权利要求5或6所述的方法，其中所述限定年龄是67岁。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述血液癌症选自由以下组成的组：淋巴瘤、白血病和多发性骨髓瘤，优选地所述血液癌症是淋巴瘤，并且更优选地所述血液癌症是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中测定STK1物质的水平包括使用与所述血清形式的人TK1特异性结合的所述抗体或其片段来测定血清样品或血浆样品中STK1物质的水平。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中测定所述身体样品中STKl物质的水平包括：
使所述身体样品与所述抗体或其片段接触；以及
测量与所述STK1物质结合的所述抗体或其片段的量。
11.根据权利要求10所述的方法，所述方法还包括将所测量的与所述STK1物质结合的所述抗体或其片段的量与STK1物质的水平相关联。
12.根据权利要求11所述的方法，其中使所测量的抗体或片段的量相关联包括使用所测量的与重组人TK1结合的所述抗体或其片段的量与重组人TK1的浓度之间的预定义的相关性将所测量的所述抗体或其片段的量与STK1物质的水平相关联。
13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中测定STKl物质的水平包括使用与所述血清形式的人TKl特异性结合的所述抗体或其片段，测定与诊断所述患者患有血液癌症有关或在开始所述血液癌症的治疗之前取自所述患者的所述身体样品中STK1物质的水平。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述抗体或其片段是与所述血清形式的人TK1特异性结合的单克隆抗体或其片段。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述单克隆抗体或其片段选自由以下组成的组：
对人TKl的GEAVAARKLF(SEQ ID NO:1)具有特异性的单克隆抗体或其片段；
对人TKl的NCPVPGKPGE(SEQ ID NO:2)、PVPGKPGEAV(SEQ ID NO:3)和NCPVPGKPGEAV(SEQ ID NO:4)中的至少一者具有特异性的单克隆抗体或其片段；和
对人TK1的构象依赖性表位具有特异性的单克隆抗体或其片段。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述单克隆抗体或其片段具有
具有氨基酸序列SEQ ID NO:5的可变重(VH)结构域互补决定区1(CDR1)；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:6的VH结构域CDR2；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:7的VH结构域CDR3；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:8的可变轻(VL)结构域CDR1；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:9的VL结构域CDR2；和
具有氨基酸序列SEQ ID NO:10的VL结构域CDR3。
17.根据权利要求15所述的方法，其中所述单克隆抗体或其片段具有
具有氨基酸序列SEQ ID NO:5的可变重(VH)结构域互补决定区1(CDR1)；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:11的VH结构域CDR2；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:12的VH结构域CDR3；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:13的可变轻(VL)结构域CDR1；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:9的VL结构域CDR2；和
具有氨基酸序列SEQ ID NO:10的VL结构域CDR3。
18.根据权利要求15所述的方法，其中所述单克隆抗体或其片段具有
具有氨基酸序列SEQ ID NO:14的可变重(VH)结构域互补决定区1(CDR1)；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:15的VH结构域CDR2；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:16的VH结构域CDR3；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:17的可变轻(VL)结构域CDR1；
具有氨基酸序列SEQ ID NO:18的VL结构域CDR2；和
具有氨基酸序列SEQ ID NO:19的VL结构域CDR3。
19.根据权利要求15至18中任一项所述的方法，其中测定STKl物质的水平包括使用用于测定身体样品中STKl物质的水平的试剂盒来测定所述身体样品中STKl物质的水平，所述试剂盒包含：
对选自由以下组成的组的表位具有特异性的第一单克隆抗体或其第一片段：
人TK1的GEAVAARKLF(SEQ ID NO:1)；
人TKl的NCPVPGKPGE(SEQ ID NO:2)、PVPGKPGEAV(SEQ ID NO:3)和NCPVPGKPGEAV(SEQID NO:4)中的至少一者；和
人TK1的构象依赖性表位；以及
对选自由以下组成的组的表位具有特异性的第二单克隆抗体或其第二片段：
人TK1的GEAVAARKLF(SEQ ID NO:1)；
人TKl的NCPVPGKPGE(SEQ ID NO:2)、PVPGKPGEAV(SEQ ID NO:3)和NCPVPGKPGEAV(SEQID NO:4)中的至少一者；和
人TK1的构象依赖性表位。
20.根据权利要求19所述的方法，其中所述第一单克隆抗体或其第一片段和所述第二单克隆抗体或其第二片段中的一者被固定至固体载体或旨在被固定至所述固体载体。
21.根据权利要求19或20所述的方法，其中所述试剂盒是酶联免疫吸附测定(ELISA)试剂盒。
22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，所述方法还包括基于所预测的所述患者的癌症复发来为所述患者选择抗癌治疗。
23.根据权利要求1至22中任一项所述的方法，所述方法还包括基于所预测的所述患者的癌症复发来为所述患者选择患者监测时间表。
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