CN117363724A - 用于诊断胃癌的甲基化生物标记物及其用途 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了用于诊断胃癌的甲基化生物标记物及其用途。本发明提供了用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，其中，所述的甲基化生物标记物包括表1中提供的编号1～编号1315的差异甲基化区域中的任一项或其任意组合。本发明提供的甲基化生物标记物可以用于诊断胃癌，具有良好的敏感性、特异性及准确度。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术和医学诊断领域，用于诊断胃癌的甲基化生物标记物及其用途。
背景技术
胃癌(Gastric cancer,GC)是一种恶性肿瘤，也是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一。根据2020年全球癌症统计数据资料显示，胃癌的发病率和死亡率分别居第五位和第三位，男性发病率是女性的两倍。绝大多数胃癌属于腺癌，早期无明显症状，或出现上腹不适、嗳气等非特异性症状，常与胃炎、胃溃疡等胃慢性疾病症状相似，易被忽略。实施早期胃癌筛查能将患者5年生存率提升至90％以上。因此，对胃癌进行筛查、对发现的早期胃癌及时治疗是降低胃癌死亡率、延长患者生存时间的重要手段。由于我国人口基数大，医疗资源分布不均衡，现有的医疗条件尚不能支持胃镜普查，寻求高通量的、操作便捷的方案有助于筛查的普及，也适合我国国情。
DNA甲基化发生在肿瘤的早期阶段，且具有组织特异性，是追踪早期肿瘤信号的最佳选择之一。通过寻找胃癌特异性的甲基化标志物，检测其甲基化程度可以有效区分癌/非癌，再联合其他筛查方法提高筛查的准确率。然而，迄今为止关于胃癌的甲基化分析报道十分有限。
本发明的目的是开发一种新的DNA甲基化标志物及其检测方法，在早期，例如通过血液样本鉴别胃癌，辅助临床准确诊断和指导治疗。
发明内容
发明要解决的问题
为解决现有技术中存在的上述问题，本发明提供了一种用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，利用DNA甲基化生物标记物来进行早期的胃癌检测，实现胃癌针对多种样本，通过单个或多个甲基化标记物组合的高通量检测及精准预测的目的。
用于解决问题的方案
在本发明的第一方面中，提供了一种用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，其中，所述的甲基化生物标记物包括表1中提供的编号1～编号1315的差异甲基化区域中的任一项或其任意组合。
在一些实施方案中，所述的甲基化生物标记物包括以下差异甲基化区域中的任一项或其任意组合：
chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189、 chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、chr4:81951942-81952056、 chr8:79428666-79428762、chr5:158532472-158532473、 chr7:87230229-87230335、chr1:158150846-158150936、 chr1:158150828-158150894、chr7:87230172-87230270、 chr2:154335397-154335527、chr1:158150752-158150871、 chr4:166300043-166300144、chr2:154335350-154335456、 chr1:158150876-158150984、chr4:166299977-166300109、 chr4:166299973-166300082、chr4:81952454-81952579、 chr1:158150939-158151031、chr4:166300082-166300175、 chr2:154335293-154335397、chr19:51228353-51228475、 chr9:126771464-126771564、chr5:473846-473847、chr8:79428616-79428692、 chr5:475142-475226、chr8:41504206-41504314、chr3:152553708-152553836、 chr8:41504221-41504308、chr2:176994551-176994643、 chr4:81952210-81952336、chr20:2781338-2781445、chr7:87229811-87229900、 chr15:96895541-96895542、chr22:25961213-25961295、chr2:200329042-200329150、chr4:81952232-81952340、 chr3:152553244-152553359、chr5:473985-473986、chr10:18429766-18429879、 chr7:87229748-87229859、chr16:82661455-82661564、 chr3:152553289-152553393、chr4:81952181-81952305、chr5:474149-474234、chr22:25961295-25961383、chr5:473894-473895、chr5:473990-473991、 chr10:18429634-18429760、chr20:2781419-2781509、chr20:13201050-13201169、 chr20:2781520-2781648、chr2:177053350-177053442、 chr12:22487210-22487314、chr5:474034-474035、chr5:474049-474050、 chr12:22487135-22487230、chr12:22487138-22487231、 chr8:97506229-97506347、chr8:97506259-97506379、chr5:473977-473978、chr10:85955301-85955393、chr2:73147611-73147736、chr5:32714466-32714594、 chr11:117685585-117685703、chr20:13201015-13201114、 chr13:46961526-46961641、chr2:176994614-176994699、 chr5:32714408-32714525、chr5:474153-474276、chr5:474051-474052、 chr10:94822432-94822536、chr2:73147683-73147770、chr5:474089-474090、chr9:23822125-23822240、chr4:81952302-81952396、chr10:94822431-94822559、 chr5:474063-474064、chr5:474213-474214、chr2:176972012-176972141、 chr5:473948-473949、chr5:112073570-112073671、chr5:474111-474112、 chr5:112073352-112073434、chr3:138665243-138665321、chr5:474215-474216、 chr5:474110-474111、chr5:473899-473900、chr13:46961411-46961529、 chr10:94822487-94822575、chr9:23822006-23822117、chr5:474145-474146、 chr11:15094948-15095072、chr5:473942-473943、chr7:27196357-27196434、 chr11:15094952-15095069、chr5:473934-473935、chr5:474176-474177、 chr4:111544375-111544473、chr10:31607502-31607600、 chr2:73147740-73147852、chr5:474164-474165、chr10:90343288-90343407、 chr16:82661236-82661338、chr2:176972174-176972271、 chr10:31607440-31607441、chr5:474235-474321、chr5:474246-474247、chr4:155253994-155254080、chr5:474250-474251、chr4:48987977-48988095、 chr5:473839-473840、chr5:474127-474128、chr15:48010835-48010923、chr5:474254-474255、chr5:474252-474253、chr18:42259542-42259653、 chr5:474259-474260、chr18:42259507-42259584、chr18:42259559-42259560、 chr10:31607716-31607717、chr10:31607684-31607685和 chr10:31607698-31607699。
在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域至少包括： chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189和 chr8:79428643-79428762中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr7:87229870-87229992和 chr4:81951942-81952056中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr8:79428666-79428762和 chr5:158532472-158532473中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr7:87230229-87230335、 chr1:158150846-158150936和chr1:158150828-158150894中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr7:87230172-87230270、 chr2:154335397-154335527、chr1:158150752-158150871、 chr4:166300043-166300144、chr2:154335350-154335456、 chr1:158150876-158150984、chr4:166299977-166300109、 chr4:166299973-166300082、chr4:81952454-81952579和 chr1:158150939-158151031中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr4:166300082-166300175、 chr2:154335293-154335397、chr19:51228353-51228475、 chr9:126771464-126771564、chr5:473846-473847、chr8:79428616-79428692、 chr5:475142-475226、chr8:41504206-41504314、chr3:152553708-152553836、 chr8:41504221-41504308、chr2:176994551-176994643、 chr4:81952210-81952336、chr20:2781338-2781445、chr7:87229811-87229900、chr15:96895541-96895542、chr22:25961213-25961295、 chr2:200329042-200329150、chr4:81952232-81952340、 chr3:152553244-152553359、chr5:473985-473986、chr10:18429766-18429879、 chr7:87229748-87229859、chr16:82661455-82661564、 chr3:152553289-152553393、chr4:81952181-81952305、chr5:474149-474234、chr22:25961295-25961383、chr5:473894-473895、chr5:473990-473991和 chr10:18429634-18429760中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr20:2781419-2781509、 chr20:13201050-13201169、chr20:2781520-2781648、 chr2:177053350-177053442、chr12:22487210-22487314、chr5:474034-474035、 chr5:474049-474050、chr12:22487135-22487230、chr12:22487138-22487231、 chr8:97506229-97506347、chr8:97506259-97506379、chr5:473977-473978、 chr10:85955301-85955393、chr2:73147611-73147736、chr5:32714466-32714594、 chr11:117685585-117685703、chr20:13201015-13201114、chr13:46961526-46961641、chr2:176994614-176994699、 chr5:32714408-32714525、chr5:474153-474276、chr5:474051-474052、 chr10:94822432-94822536、chr2:73147683-73147770、chr5:474089-474090、 chr9:23822125-23822240、chr4:81952302-81952396、chr10:94822431-94822559、 chr5:474063-474064、chr5:474213-474214、chr2:176972012-176972141、 chr5:473948-473949、chr5:112073570-112073671、chr5:474111-474112、 chr5:112073352-112073434、chr3:138665243-138665321、chr5:474215-474216、chr5:474110-474111、chr5:473899-473900、chr13:46961411-46961529、 chr10:94822487-94822575、chr9:23822006-23822117、chr5:474145-474146、 chr11:15094948-15095072、chr5:473942-473943、chr7:27196357-27196434、 chr11:15094952-15095069、chr5:473934-473935、chr5:474176-474177和 chr4:111544375-111544473中的至少一种；
进一步地，所述的差异甲基化区域包括：chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189、chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、 chr4:81951942-81952056、chr8:79428666-79428762、 chr5:158532472-158532473、chr7:87230229-87230335、 chr1:158150846-158150936、chr1:158150828-158150894、 chr7:87230172-87230270、chr2:154335397-154335527、 chr1:158150752-158150871、chr4:166300043-166300144、 chr2:154335350-154335456、chr1:158150876-158150984、 chr4:166299977-166300109、chr4:166299973-166300082、 chr4:81952454-81952579、chr1:158150939-158151031、 chr4:166300082-166300175、chr2:154335293-154335397、chr19:51228353-51228475、chr9:126771464-126771564、chr5:473846-473847、 chr8:79428616-79428692、chr5:475142-475226、chr8:41504206-41504314、 chr3:152553708-152553836、chr8:41504221-41504308、 chr2:176994551-176994643、chr4:81952210-81952336、chr20:2781338-2781445、 chr7:87229811-87229900、chr15:96895541-96895542、 chr22:25961213-25961295、chr2:200329042-200329150、 chr4:81952232-81952340、chr3:152553244-152553359、chr5:473985-473986、 chr10:18429766-18429879、chr7:87229748-87229859、 chr16:82661455-82661564、chr3:152553289-152553393、 chr4:81952181-81952305、chr5:474149-474234、chr22:25961295-25961383、chr5:473894-473895、chr5:473990-473991、chr10:18429634-18429760、 chr20:2781419-2781509、chr20:13201050-13201169、chr20:2781520-2781648、 chr2:177053350-177053442、chr12:22487210-22487314、chr5:474034-474035、 chr5:474049-474050、chr12:22487135-22487230、chr12:22487138-22487231、 chr8:97506229-97506347、chr8:97506259-97506379、chr5:473977-473978、 chr10:85955301-85955393、chr2:73147611-73147736、chr5:32714466-32714594、 chr11:117685585-117685703、chr20:13201015-13201114、chr13:46961526-46961641、chr2:176994614-176994699、 chr5:32714408-32714525、chr5:474153-474276、chr5:474051-474052、 chr10:94822432-94822536、chr2:73147683-73147770、chr5:474089-474090、 chr9:23822125-23822240、chr4:81952302-81952396、chr10:94822431-94822559、 chr5:474063-474064、chr5:474213-474214、chr2:176972012-176972141、 chr5:473948-473949、chr5:112073570-112073671、chr5:474111-474112、 chr5:112073352-112073434、chr3:138665243-138665321、chr5:474215-474216、chr5:474110-474111、chr5:473899-473900、chr13:46961411-46961529、 chr10:94822487-94822575、chr9:23822006-23822117、chr5:474145-474146、 chr11:15094948-15095072、chr5:473942-473943、chr7:27196357-27196434、 chr11:15094952-15095069、chr5:473934-473935、chr5:474176-474177、 chr4:111544375-111544473、chr10:31607502-31607600、 chr2:73147740-73147852、chr5:474164-474165、chr10:90343288-90343407、 chr16:82661236-82661338、chr2:176972174-176972271、 chr10:31607440-31607441、chr5:474235-474321、chr5:474246-474247、 chr4:155253994-155254080、chr5:474250-474251、chr4:48987977-48988095、 chr5:473839-473840、chr5:474127-474128、chr15:48010835-48010923、 chr5:474254-474255、chr5:474252-474253、chr18:42259542-42259653、 chr5:474259-474260、chr18:42259507-42259584、chr18:42259559-42259560、 chr10:31607716-31607717、chr10:31607684-31607685和 chr10:31607698-31607699。
在另一些实施方案中，所述的甲基化生物标记物包括以下的差异甲基化区域中的任一项或其任意组合：
chr10:11220099-11220195、chr8:97157323-97157411、 chr5:158532411-158532524、chr17:46673963-46674085、 chr8:99962608-99962690、chr6:133561660-133561777、 chr2:158300375-158300486、chr4:13524668-13524790、chr2:176993005-176993125、chr15:96895488-96895582、 chr2:177029417-177029542、chr5:134376437-134376563、 chr8:22562392-22562476、chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、 chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026、 chr2:177030024-177030138、chr7:27253041-27253164、 chr4:144620969-144621093、chr7:27197574-27197659、 chr17:66596161-66596269、chr15:96887527-96887616、 chr5:112073352-112073434、chr6:133562758-133562876、 chr11:125037245-125037331、chr4:13526664-13526744、 chr8:72756454-72756552、chr7:87230172-87230267、 chr2:107502448-107502537、chr4:13532566-13532660、 chr9:91605730-91605817、chr8:99986820-99986928、chr16:11327091-11327204、 chr5:112073466-112073557、chr6:99280534-99280643、 chr10:85955209-85955302、chr11:46382989-46383076、 chr7:139333353-139333459、chr5:32714408-32714525、 chr12:115124959-115125066、chr6:5994950-5995048、chr8:99961208-99961337、 chr5:10565481-10565569、chr3:128211088-128211182、 chr10:121276092-121276212、chr8:10588846-10588971、chr8:687433-687513、 chr5:140871303-140871422、chr13:36049330-36049419、 chr16:72821517-72821645、chr17:29249695-29249773、 chr7:116963262-116963354、chr19:36909486-36909606、 chr3:179168761-179168844、chr8:72755877-72755999、chr7:1094830-1094913、 chr10:7452752-7452842、chr7:150038595-150038715、chr2:7571254-7571365、chr7:96651473-96651564、chr2:176972077-176972174、 chr5:172673058-172673162、chr2:213401682-213401784、 chr8:144105751-144105852、chr10:110225863-110225977、chr12:115109504-115109616、chr6:42738969-42739068、chr13:46960845-46960969、chr9:126771377-126771460、 chr13:88325299-88325385、chr2:89065168-89065266、chr6:40996088-40996182、 chr11:61544753-61544867、chr14:103512083-103512178、chr15:48010835-48010923、chr8:143532012-143532108、 chr10:28030376-28030474、chr5:92907914-92908009、chr7:27196280-27196357、 chr14:99697597-99697701、chr19:37957782-37957881、 chr16:11348779-11348867、chr10:94822406-94822486、 chr16:82661135-82661236、chr7:37487564-37487687、chr8:67344481-67344582、 chr8:13424254-13424371、chr19:36909674-36909751、chr4:74486190-74486275、 chr14:102247660-102247746、chr2:131797752-131797834、 chr8:79428608-79428697、chr2:193060312-193060424、 chr4:134070170-134070268、chr4:74486161-74486239、 chr19:51228325-51228428、chr19:37407275-37407386、 chr8:70984562-70984656、chr3:50378273-50378354、 chr4:154713805-154713923、chr2:73147607-73147684、chr10:7452785-7452907、 chr1:158150846-158150936、chr8:132052467-132052572、 chr3:138665165-138665243、chr4:154710033-154710130、chr5:475142-475226、 chr4:81952255-81952369、chr8:132054560-132054681、 chr6:73331132-73331242、chr8:41504204-41504318、chr8:54164382-54164463、 chr10:16562164-16562282、chr8:60032504-60032608、 chr11:107799859-107799937、chr2:154335350-154335456、 chr16:68771017-68771091、chr8:97506229-97506355、 chr6:117586965-117587072、chr12:22487545-22487638、 chr19:51228359-51228435、chr8:132053718-132053827、 chr3:142682404-142682503、chr10:134901632-134901734、 chr19:37288499-37288624、chr17:75369503-75369631、chr8:9764106-9764215、 chr13:47468096-47468221、chr7:50344120-50344207、chr7:93519920-93520045、chr7:37487917-37487991、chr7:87229748-87229837、chr3:38080883-38080970、 chr3:152553580-152553708、chr8:41166808-41166905、 chr8:26722887-26723016、chr12:95942293-95942403、chr7:50343859-50343987、 chr12:133464250-133464353、chr2:200328934-200329042、 chr20:2781338-2781445、chr8:106330655-106330756、 chr8:132052702-132052859、chr2:175201980-175202106、 chr1:4715257-4715345、chr22:25961207-25961295、chr16:31488314-31488398、 chr4:81952121-81952229、chr10:131265485-131265559、 chr13:46961257-46961370、chr22:24551833-24551960和 chr3:142839732-142839851。
在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域至少包括： chr22:24551833-24551960、chr3:142839732-142839851和 chr10:11220099-11220195中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr8:97157323-97157411和 chr5:158532411-158532524中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr17:46673963-46674085和 chr8:99962608-99962690中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr6:133561660-133561777、 chr2:158300375-158300486和chr4:13524668-13524790中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr2:176993005-176993125、 chr15:96895488-96895582、chr2:177029417-177029542、 chr5:134376437-134376563、chr8:22562392-22562476、 chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、 chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026和 chr2:177030024-177030138中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr7:27253041-27253164、 chr4:144620969-144621093、chr7:27197574-27197659、chr17:66596161-66596269、chr15:96887527-96887616、 chr5:112073352-112073434、chr6:133562758-133562876、chr11:125037245-125037331、chr4:13526664-13526744、 chr8:72756454-72756552、chr7:87230172-87230267、 chr2:107502448-107502537、chr4:13532566-13532660、 chr9:91605730-91605817、chr8:99986820-99986928、chr16:11327091-11327204、 chr5:112073466-112073557、chr6:99280534-99280643、 chr10:85955209-85955302、chr11:46382989-46383076、 chr7:139333353-139333459、chr5:32714408-32714525、 chr12:115124959-115125066、chr6:5994950-5995048、chr8:99961208-99961337、 chr5:10565481-10565569、chr3:128211088-128211182、 chr10:121276092-121276212、chr8:10588846-10588971和chr8:687433-687513 中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr5:140871303-140871422、 chr13:36049330-36049419、chr16:72821517-72821645、 chr17:29249695-29249773、chr7:116963262-116963354、 chr19:36909486-36909606、chr3:179168761-179168844、 chr8:72755877-72755999、chr7:1094830-1094913、chr10:7452752-7452842、 chr7:150038595-150038715、chr2:7571254-7571365、chr7:96651473-96651564、 chr2:176972077-176972174、chr5:172673058-172673162、 chr2:213401682-213401784、chr8:144105751-144105852、 chr10:110225863-110225977、chr12:115109504-115109616、 chr6:42738969-42739068、chr13:46960845-46960969、 chr9:126771377-126771460、chr13:88325299-88325385、 chr2:89065168-89065266、chr6:40996088-40996182、chr11:61544753-61544867、 chr14:103512083-103512178、chr15:48010835-48010923、 chr8:143532012-143532108、chr10:28030376-28030474、chr5:92907914-92908009、chr7:27196280-27196357、chr14:99697597-99697701、 chr19:37957782-37957881、chr16:11348779-11348867、 chr10:94822406-94822486、chr16:82661135-82661236、 chr7:37487564-37487687、chr8:67344481-67344582、chr8:13424254-13424371、 chr19:36909674-36909751、chr4:74486190-74486275、 chr14:102247660-102247746、chr2:131797752-131797834、 chr8:79428608-79428697、chr2:193060312-193060424、 chr4:134070170-134070268、chr4:74486161-74486239、 chr19:51228325-51228428和chr19:37407275-37407386中的至少一种；
进一步地，所述的差异甲基化区域包括：chr10:11220099-11220195、 chr8:97157323-97157411、chr5:158532411-158532524、 chr17:46673963-46674085、chr8:99962608-99962690、 chr6:133561660-133561777、chr2:158300375-158300486、 chr4:13524668-13524790、chr2:176993005-176993125、 chr15:96895488-96895582、chr2:177029417-177029542、 chr5:134376437-134376563、chr8:22562392-22562476、 chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、 chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026、 chr2:177030024-177030138、chr7:27253041-27253164、 chr4:144620969-144621093、chr7:27197574-27197659、 chr17:66596161-66596269、chr15:96887527-96887616、 chr5:112073352-112073434、chr6:133562758-133562876、 chr11:125037245-125037331、chr4:13526664-13526744、 chr8:72756454-72756552、chr7:87230172-87230267、 chr2:107502448-107502537、chr4:13532566-13532660、 chr9:91605730-91605817、chr8:99986820-99986928、chr16:11327091-11327204、 chr5:112073466-112073557、chr6:99280534-99280643、chr10:85955209-85955302、chr11:46382989-46383076、 chr7:139333353-139333459、chr5:32714408-32714525、 chr12:115124959-115125066、chr6:5994950-5995048、chr8:99961208-99961337、 chr5:10565481-10565569、chr3:128211088-128211182、 chr10:121276092-121276212、chr8:10588846-10588971、chr8:687433-687513、 chr5:140871303-140871422、chr13:36049330-36049419、 chr16:72821517-72821645、chr17:29249695-29249773、 chr7:116963262-116963354、chr19:36909486-36909606、 chr3:179168761-179168844、chr8:72755877-72755999、chr7:1094830-1094913、 chr10:7452752-7452842、chr7:150038595-150038715、chr2:7571254-7571365、 chr7:96651473-96651564、chr2:176972077-176972174、 chr5:172673058-172673162、chr2:213401682-213401784、 chr8:144105751-144105852、chr10:110225863-110225977、 chr12:115109504-115109616、chr6:42738969-42739068、 chr13:46960845-46960969、chr9:126771377-126771460、 chr13:88325299-88325385、chr2:89065168-89065266、chr6:40996088-40996182、 chr11:61544753-61544867、chr14:103512083-103512178、 chr15:48010835-48010923、chr8:143532012-143532108、 chr10:28030376-28030474、chr5:92907914-92908009、chr7:27196280-27196357、 chr14:99697597-99697701、chr19:37957782-37957881、 chr16:11348779-11348867、chr10:94822406-94822486、 chr16:82661135-82661236、chr7:37487564-37487687、chr8:67344481-67344582、 chr8:13424254-13424371、chr19:36909674-36909751、chr4:74486190-74486275、 chr14:102247660-102247746、chr2:131797752-131797834、 chr8:79428608-79428697、chr2:193060312-193060424、 chr4:134070170-134070268、chr4:74486161-74486239、 chr19:51228325-51228428、chr19:37407275-37407386、chr8:70984562-70984656、chr3:50378273-50378354、 chr4:154713805-154713923、chr2:73147607-73147684、chr10:7452785-7452907、 chr1:158150846-158150936、chr8:132052467-132052572、 chr3:138665165-138665243、chr4:154710033-154710130、chr5:475142-475226、 chr4:81952255-81952369、chr8:132054560-132054681、 chr6:73331132-73331242、chr8:41504204-41504318、chr8:54164382-54164463、 chr10:16562164-16562282、chr8:60032504-60032608、 chr11:107799859-107799937、chr2:154335350-154335456、 chr16:68771017-68771091、chr8:97506229-97506355、 chr6:117586965-117587072、chr12:22487545-22487638、 chr19:51228359-51228435、chr8:132053718-132053827、 chr3:142682404-142682503、chr10:134901632-134901734、 chr19:37288499-37288624、chr17:75369503-75369631、chr8:9764106-9764215、 chr13:47468096-47468221、chr7:50344120-50344207、chr7:93519920-93520045、 chr7:37487917-37487991、chr7:87229748-87229837、chr3:38080883-38080970、 chr3:152553580-152553708、chr8:41166808-41166905、 chr8:26722887-26723016、chr12:95942293-95942403、chr7:50343859-50343987、 chr12:133464250-133464353、chr2:200328934-200329042、 chr20:2781338-2781445、chr8:106330655-106330756、 chr8:132052702-132052859、chr2:175201980-175202106、 chr1:4715257-4715345、chr22:25961207-25961295、chr16:31488314-31488398、 chr4:81952121-81952229、chr10:131265485-131265559、 chr13:46961257-46961370、chr22:24551833-24551960和 chr3:142839732-142839851。
在一些实施方案中，所述的胃癌为存在于受试者中的胃癌；任选地，所述的受试者为哺乳动物；优选地，所述的哺乳动物为人。
在一些实施方案中，所述胃癌选自I期、II期、III期或IV期的胃癌。
在一些实施方案中，所述胃癌选自低分化、中低分化、中分化、中高分化或高分化的胃癌。
在一些实施方案中，所述胃癌选自Lauren分型中弥漫型、混合型或肠型的胃癌。
在一些实施方案中，待测样本中所述甲基化生物标记物的甲基化水平，与来自健康受试者或患有胃良性肿瘤受试者的样本中所述甲基化生物标记物的甲基化水平存在差异，则指示所述待测样本对应的受试者存在胃癌。
在本发明的第二方面中，提供了下述(i)～(ii)中任一用途：
(i)本发明第一方面中所述的甲基化生物标记物在制备用于诊断胃癌的试剂或试剂盒中的用途；
(ii)确定本发明第一方面中所述的甲基化生物标记物的甲基化水平的试剂在制备用于诊断胃癌的试剂或试剂盒中的用途。
在本发明的第三方面中，提供了一种用于诊断胃癌的试剂盒，其中，所述的试剂盒包含用于检测待测样本中本发明第一方面中所述的甲基化生物标记物的甲基化水平的试剂。
在一些实施方案中，所述的试剂为选自以下的检测甲基化水平的方法中所使用的试剂：荧光定量PCR、甲基化特异性PCR、数字PCR、DNA甲基化芯片、靶向DNA甲基化测序、全基因组甲基化测序、DNA甲基化质谱中的一种或多种。
在一些实施方案中，所述的待测样本选自组织、全血、血浆、唾液、血清、尿液、尿液脱落细胞、尿沉渣、尿液上清中的一种或多种；优选地，所述的待测样本为组织、全血、血浆或血清。
在一些实施方案中，所述的待测样本来自受试者；任选地，所述的受试者是哺乳动物；优选地，所述的哺乳动物是人。
在本发明的第四方面中，提供了一种用于诊断胃癌的系统，其中，所述系统包括检测装置、计算装置和输出装置；
所述检测装置包括进样器和检测器，所述进样器用于采集来自受试者的样本，所述检测器用于检测所述样本中本发明第一方面中所述的甲基化生物标记物的甲基化水平；
所述计算装置包括存储器和处理器，所述存储器中存储有计算机程序，所述处理器被配置为执行所述存储器中存储的计算机程序，以实现如下判别：
所述样本中本发明第一方面中所述的甲基化生物标记物的甲基化水平不同于来自健康受试者和/或患有胃良性肿瘤的受试者的样本中测定的所述甲基化生物标记物的甲基化水平，则判别所述样本对应的受试者的存在胃癌。
发明的效果
本发明提供的甲基化生物标记物可以用于诊断胃癌，具有良好的敏感性、特异性及准确度。
附图说明
图1：1315个标记物在23对胃癌与癌旁样本中的热图。
具体实施方式
以下，针对本发明的内容进行详细说明。以下所记载的技术特征的说明基于本发明的代表性的实施方案、具体例子而进行，但本发明不限定于这些实施方案、具体例子。需要说明的是：
本说明书中，使用“数值A～数值B”表示的数值范围是指包含端点数值 A、B的范围。
本说明书中，使用“基本上”或“实质上”表示与理论模型或理论数据的标准偏差在5％、优选为3％、更优选为1％范围以内。
本说明书中，使用“可以”表示的含义包括了进行某种处理以及不进行某种处理两方面的含义。
本说明书中，“任选的”或“任选地”是指接下来描述的事件或情况可发生或可不发生，并且该描述包括该事件发生的情况和该事件不发生的情况。
本说明书中，所提及的“一些具体/优选的实施方案”、“另一些具体/优选的实施方案”、“实施方案”等是指所描述的与该实施方案有关的特定要素 (例如，特征、结构、性质和/或特性)包括在此处所述的至少一种实施方案中，并且可存在于其它实施方案中或者可不存在于其它实施方案中。另外，应理解，所述要素可以任何合适的方式组合在各种实施方案中。
本发明的术语“包括”和“具有”以及它们任何变形，意图在于覆盖不排他的包含。例如包含了一系列步骤的过程、方法、装置、产品或设备没有限定于已列出的步骤或模块，而是可选地还包括没有列出的步骤，或可选地还包括对于这些过程、方法、产品或设备固有的其它步骤。
在本发明中提及的“多个”是指两个或两个以上。“和/或”，描述关联对象的关联关系，表示可以存在三种关系，例如，A和/或B，可以表示：单独存在A，同时存在A和B，单独存在B这三种情况。字符“/”一般表示前后关联对象是一种“或”的关系。
本说明书中，术语“癌症”(也称为癌)通常指任何类型的恶性新生物，即与未受影响的(健康)野生型对照细胞相比显示或具有发生癌特征倾向的靶细胞的任何形态学和/或生理学改变(基于遗传重编程(genetic re-programming))。这种改变的例子可涉及细胞大小和形状(变大或变小)、细胞增殖(细胞数增加)、细胞分化(生理学状态变化)、凋亡(程序性细胞死亡)或细胞存活。
本说明书中，术语“胃癌”以最广泛的含义使用，并且是指在胃中开始的所有癌症。其包括在胃中开始的以下亚型：腺癌、淋巴瘤、胃肠道间质瘤 (gastrointestinal stromaltumor，GIST)、类癌瘤和鳞状细胞癌、小细胞癌和平滑肌肉瘤。其还包括以下阶段(如由括号中对应的TNM分类所限定)：0期(Tis， N0，M0)、IA期(T1，N0，M0)、IB期(T1，N1，M0；或T2，N0，M0)、IIA 期(T1，N2，M0；T2，N1，M0；或T2，N0，M0)、IIB期(T1，N3，M0； T2，N2，M0；T3，N1，M0；或T4a，N0，M0)、IIIA期(T1，N2，M0；T2， N1，M0；或T2，N0，M0)、IIIB期(T3，N3，M0；T4a，N2，M0；或T4b， N0或N1，M0)、IIIC期(T4a，N3，M0；或T4b，N2或N3，M0)和IV期(任意其他T，N和M)。
本说明书中，TNM(Tumor Node Metastasis)是肿瘤学中对肿瘤的一种分期形式，其中T(Tumor)指肿瘤原发灶的情况，随着肿瘤体积的增加和邻近组织受累范围的增加，依次用T1～T4来表示；N(Node)指区域淋巴结 (regional lymph node)受累情况。淋巴结未受累时，用N0表示。随着淋巴结受累程度和范围的增加，依次用N1～N3表示；M(Metastasis)指远处转移 (通常是血道转移)，没有远处转移者用M0表示，有远处转移者用M1表示。在此基础上，用TNM三个指标的组合划出特定的分期。常用分期符号如下：
通常，TNM分期中T，N，M确定后就可以得出相应的总的分期/阶段，即I期，II期，III期，IV期等。
胃癌的阶段在它的定义内包括但不严格限于如下所述的下列阶段：
I期：在I期中，在胃壁粘膜(最内层)的内层中已经形成癌症。I期根据癌症已经扩散的位置被分成IA期和IB期。
IA期：癌症可能已经扩散到胃壁的粘膜下层(紧挨着粘膜的组织层)中。
IB期：癌症可能已经扩散到胃壁的粘膜下层(紧挨着粘膜的组织层)并且在接近肿瘤的1个或2个淋巴结中被发现；或已经扩散到胃壁的肌肉层。
II期：II期胃癌根据癌症已经扩散的位置被分成IIA期和IIB期。
IIA期：癌症已经扩散到胃壁的浆膜下层(紧挨着浆膜的组织层)；或已经扩散到胃壁的肌肉层并且在接近肿瘤的1个或2个淋巴结中被发现；或可能已经扩散到胃壁的粘膜下层(紧挨着粘膜的组织层)并且在接近肿瘤的3个至6个淋巴结中被发现。
IIB期：癌症已经扩散到胃壁的浆膜(最外层)；或已经扩散到胃壁的浆膜下层(紧挨着浆膜的组织层)并且在接近肿瘤的1个或2个淋巴结中被发现；或已经扩散到胃壁的肌肉层并且在接近肿瘤的3个至6个淋巴结中被发现；或可能已经扩散到胃壁的粘膜下层(紧挨着粘膜的组织层)并且在接近肿瘤的7个或更多个淋巴结中被发现。
III期：III期胃癌根据癌症已经扩散的位置被分成IIIA期、IIIB期、以及IIIC 期。
IIIA期：癌症已经扩散到胃壁的浆膜层(最外层)并且在接近肿瘤的1个或 2个淋巴结中被发现；或已经扩散到胃壁的浆膜下层(紧挨着浆膜的组织层) 并且在接近肿瘤的3个至6个淋巴结中被发现；或已经扩散到胃壁的肌肉层并且在接近肿瘤的7个或更多个淋巴结中被发现。
IIIB期：癌症已经扩散到邻近器官，如脾、横结肠、肝脏、横隔膜、胰腺、肾脏、肾上腺、或小肠，并且可以在接近肿瘤的1个或2个淋巴结中被发现；或已经扩散到胃壁的浆膜(最外层)并且在接近肿瘤的3个至6个淋巴结中被发现；或扩散到胃壁的浆膜下层(紧挨着浆膜的组织层)并且在接近肿瘤的7 个或更多个淋巴结中被发现。
IIIC期：癌症已经扩散到邻近器官，如脾、横结肠、肝脏、横隔膜、胰腺、肾脏、肾上腺、或小肠，并且可以在接近肿瘤的3个或更多个淋巴结中被发现；或已经扩散到胃壁的浆膜(最外层)并且在接近肿瘤的7个或更多个淋巴结中被发现。
IV期：在IV期中，癌症已经扩散到身体的远处部位。
本说明书中，术语“样本”是指可能包含需要进行分析的靶分子的任何物质，包括生物样本。如本文所用，“样本”或“生物样本”是指从活的或病毒性 (或朊病毒的)来源或其他大分子和生物分子来源获得的任何样本，并且包括可以从之获得核酸、蛋白质和/或其他大分子的受试者的任何细胞类型或组织。样本或生物样本可以是直接从生物来源获得的样本或者是被处理的样本。样本或生物样本包括，但不限于，体液(例如全血、血浆、血清、脑脊髓液、滑液、尿液、汗液、精液、粪便、痰、眼泪、粘液、羊水等)、渗出液、骨髓样本、腹水、骨盆冲洗液、胸膜液、脊髓液、淋巴液、眼液、鼻、喉或生殖器拭子的提取物、消化组织的细胞悬浮液、或粪类物质的提取物、以及来自人、动物(例如非人哺乳动物)和植物的组织和器官样本，以及由此衍生出的加工样本。
本说明书中，术语“受试者”可以是哺乳动物或所述哺乳动物的细胞、组织、器官或一部分。在本发明中，哺乳动物是指任何种类的哺乳动物，优选人(包括人、人受试者或人患者)。受试者和哺乳动物包括，但不限于，农场动物、运动动物、宠物、灵长类动物、马、狗、猫和啮齿类动物如小鼠和大鼠。
本说明书中，诊断包括受试者疾病状态或病症的检测或鉴定、确定受试者将患给定疾病或病症的可能性、确定患有疾病或病症的受试者将对治疗有反应的可能性、确定患有疾病或病症的受试者的预后(或其可能的进展或消退)以及确定治疗对患有疾病或病症的受试者的效果。
本说明书中，“DNA甲基化”或“甲基化”是指生物体内在DNA甲基转移酶的催化下，以S-腺苷甲硫氨酸(SAM)为甲基供体，将甲基转移到特定的碱基上的过程。在哺乳动物体内，主要是胞嘧啶残基C5位的甲基化。在人类基因组上，大量的DNA甲基化发生在CpG双核苷酸中的胞嘧啶上，C是胞嘧啶， G是鸟嘌呤，p是磷酸基团。DNA甲基化也可以发生在CHG和CHH等核苷酸序列的胞嘧啶中，其中H是腺嘌呤、胞嘧啶或胸腺嘧啶。DNA甲基化还可以发生在非胞嘧啶上，例如N6-甲基腺嘌呤。此外，DNA甲基化还可以是5-羟甲基胞嘧啶等形式。在大部分情况下，DNA甲基化为对侧DNA链或DNA碱基附近其它的CpG位点上的甲基化修饰所诱导产生。
在本说明书中，“DNA甲基化位点”、“甲基化位点”是指可能发生DNA甲基化修饰的单个或多个碱基位置。例如CpG位点、CHG位点或CHH位点。在一些情况下，DNA甲基化位点等同于CpG位点。
本说明书中，“甲基化核苷酸”或“甲基化核苷酸碱基”是指在核苷酸碱基上存在甲基部分，其中甲基部分不存在于公认的典型核苷酸碱基中。例如，胞嘧啶在其嘧啶环上不包含甲基部分，但是5-甲基胞嘧啶在其嘧啶环的5位包含甲基部分。因此，胞嘧啶不是甲基化核苷酸，5-甲基胞嘧啶是甲基化核苷酸。在另一个实例中，胸腺嘧啶在其嘧啶环的5位含有甲基部分。
本说明书中，核酸分子的“甲基化水平”、“甲基化状态”、“甲基化谱”和“甲基化状况”是指在核酸分子中存在或不存在一个或多个甲基化核苷酸碱基。例如，包含甲基化胞嘧啶的核酸分子被视为甲基化的(例如，核酸分子的甲基化状态为甲基化的)。不含任何甲基化核苷酸的核酸分子被视为未甲基化的。
本说明书中，甲基化状态可任选地由“甲基化值”表示或指示(例如，表示甲基化频率、分数、比例、百分比等)。甲基化值可以例如在用甲基化依赖性限制酶限制性消化之后定量存在的完整核酸的量，或者通过比较亚硫酸氢盐反应后的扩增谱，或者通过比较亚硫酸氢盐处理和未处理的核酸的序列来产生。因此，诸如甲基化值的值代表甲基化状态，因此可用作基因座的多个拷贝中甲基化状态的定量指标。
如本文所用，“甲基化频率”或“甲基化百分比(％)”是指分子或基因座为甲基化的实例数相对于分子或基因座为未甲基化的实例数。例如，在一些实施方案中，甲基化百分比是指甲基化胞嘧啶的百分比，以β值表示，即β＝携带甲基化胞嘧啶数量/(携带甲基化胞嘧啶数量+未携带甲基化胞嘧啶的数量)。
因此，甲基化状态描述核酸(例如，基因组序列)的甲基化的状态。此外，甲基化状态是指核酸片段在特定的基因组基因座处与甲基化相关的特性。此类特性包括但不限于：此DNA序列内的任何胞嘧啶(C)残基是否为甲基化的，甲基化C残基的位置，遍及核酸的任何特定区的甲基化C的频率或百分比，以及因例如等位基因来源中的差异而导致的甲基化中的等位基因差异。术语“甲基化状态”、“甲基化谱”和“甲基化状况”还指遍及生物样品中核酸的任何特定区的甲基化C或未甲基化C的相对、绝对浓度或模式。例如，如果使核酸序列内的胞嘧啶(C)残基甲基化，则其可称为“高甲基化”或具有“增加的甲基化”，而如果DNA序列内的胞嘧啶(C)残基未甲基化，则其可称为“低甲基化”或具有“降低的甲基化”。同样，如果核酸序列内的胞嘧啶(C)残基与另一个核酸序列(例如，来自不同的区或来自不同的个体等)相比甲基化，则该序列被视为与另一个核酸序列相比高甲基化或具有增加的甲基化。或者，如果DNA序列内的胞嘧啶(C)残基与另一个核酸序列(例如，来自不同的区或来自不同的个体等)相比未甲基化，则该序列被视为与另一个核酸序列相比低甲基化或具有降低的甲基化。另外，如本文所用的术语“甲基化模式”是指在核酸的某个区上甲基化和未甲基化核苷酸的集体位点。两个核苷酸可具有相同的或相似的甲基化频率或甲基化百分比，但当甲基化和未甲基化核苷酸的数量在整个区中相同或相似但甲基化和未甲基化核苷酸的位置不同时具有不同的甲基化模式。当序列在甲基化的程度(例如，一个相对于另一个具有增加或降低的甲基化)、频率或模式不同时，将所述序列称为“差异甲基化的”或称为具有“甲基化差异”或具有“不同的甲基化状态”。术语“差异甲基化”是指在癌症阳性样品中的核酸甲基化水平或模式与在癌症阴性样品中的核酸甲基化水平或模式相比的差异。其还可以指在手术后癌症复发的患者与未复发的患者之间的水平或模式的差异。差异甲基化以及DNA甲基化的特定水平或模式是诊断和预测性生物标记物，例如，一旦定义正确的截止值或预测特性后。
如本文所用，术语“差异甲基化区域”(Differentially Methylated Region,DMR)是指包含一个或多个差异甲基化位点的DNA区域。在选定的感兴趣的条件下，例如癌症状态，包括更多数量或频率的甲基化位点的DMR可以被称为高甲基化DMR。在选定的感兴趣的条件下，例如癌症状态，包括较少数量或频率的甲基化位点的DMR可以被称为低甲基化DMR。作为胃癌甲基化生物标志物的DMR可称为胃癌DMR。在一些情况下，DMR可以是单个核苷酸，该单个核苷酸是甲基化位点。
本说明书中，术语“测序”、“高通量测序”或“下一代测序”包括使用这样的方法进行序列确定：所述方法以本质上平行的方式确定许多(通常数千至数十亿)个核酸序列，即在这种方法中，制备DNA模板并不是用于每次测序一个，而是以批量过程进行，并且在这种方法中许多序列优选地被并行读取，或者使用本身可以并行化的超高通量串行过程读取。此类方法包括但不限于焦磷酸测序(例如，如454Life Sciences,Inc.,Branford,CT所商业化的)；通过连接进行测序(例如，如SOLiDTM技术，Life Technologies,Inc.,Carlsbad, CA所商业化的)；使用修饰的核苷酸通过合成进行测序(例如，如Illumina,Inc., San Diego,CA所商业化的TruSeqTM和HiSeqTM技术，Helicos Biosciences Corporation,Cambridge,MA所商业化的HeliScopeTM；和Pacific Biosciences of California,Inc.,Menlo Park,CA所商业化的PacBio RS)，通过离子检测技术进行测序(例如，Ion TorrentTM技术,LifeTechnologies,Carlsbad,CA)；DNA 纳米球测序(Complete Genomics,Inc.,MountainView,CA)；基于纳米孔的测序技术(例如，由Oxford Nanopore Technologies,LTD,Oxford,UK所开发的) 等高度并行的测序方法。
本说明书中，术语“亚硫酸氢盐试剂”是指在一些实施方案中包含亚硫酸氢盐(bisulfite)、亚硫酸氢盐(disulfite)、亚硫酸氢盐(hydrogen sulfite)或其组合的试剂，经过亚硫酸氢盐试剂处理的DNA，其未经过甲基化的胞嘧啶核苷酸将转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶及其他碱基维持不变，因此可以区分例如CpG二核苷酸序列中的甲基化和未甲基化胞苷。
本说明书中，术语“细胞外DNA”或其同义词“cfDNA(circulating free DNA)”、“循环DNA”和“游离循环DNA”是指未包含在作为样品或从中得到样品的相应体液中的完整细胞内而是在体液样品中自由循环的DNA。细胞外 DNA通常是片段化的基因组DNA。
如本文所用的术语“AUC”是“曲线下面积”的缩写。具体地，其指接收者操作特征(ROC)曲线下面积。ROC曲线是对于诊断测试的不同可能的块割点而言真阳性比率相对于假阳性比率的曲线图。其表明根据所选的切割点在灵敏性与特异性之间的折衷(灵敏性的任何增加将伴随特异性的下降)。ROC 曲线下面积(AUC)是诊断测试的准确度的度量(面积越大越好；最佳为1；随机测试将具有面积为0.5的处于对角线上的ROC曲线；参见： J.P.Egan.(1975)Signal Detection Theory and ROC Analysis，Academic Press， NewYork)。
以下对于本发明的技术方案进行具体说明。
<甲基化生物标记物>
本发明的一些方面，提供了一种用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，其中，所述的甲基化生物标记物包括表1中提供的编号1～编号1315的差异甲基化区域中的任一项或其任意组合。
在本发明的一些实施方案中，所述的甲基化生物标记物包括以下的差异甲基化区域中的任一项或其任意组合：
chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189、 chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、chr4:81951942-81952056、 chr8:79428666-79428762、chr5:158532472-158532473、 chr7:87230229-87230335、chr1:158150846-158150936、 chr1:158150828-158150894、chr7:87230172-87230270、 chr2:154335397-154335527、chr1:158150752-158150871、 chr4:166300043-166300144、chr2:154335350-154335456、 chr1:158150876-158150984、chr4:166299977-166300109、 chr4:166299973-166300082、chr4:81952454-81952579、 chr1:158150939-158151031、chr4:166300082-166300175、 chr2:154335293-154335397、chr19:51228353-51228475、 chr9:126771464-126771564、chr5:473846-473847、chr8:79428616-79428692、 chr5:475142-475226、chr8:41504206-41504314、chr3:152553708-152553836、 chr8:41504221-41504308、chr2:176994551-176994643、chr4:81952210-81952336、chr20:2781338-2781445、chr7:87229811-87229900、 chr15:96895541-96895542、chr22:25961213-25961295、 chr2:200329042-200329150、chr4:81952232-81952340、 chr3:152553244-152553359、chr5:473985-473986、chr10:18429766-18429879、 chr7:87229748-87229859、chr16:82661455-82661564、 chr3:152553289-152553393、chr4:81952181-81952305、chr5:474149-474234、chr22:25961295-25961383、chr5:473894-473895、chr5:473990-473991、 chr10:18429634-18429760、chr20:2781419-2781509、chr20:13201050-13201169、 chr20:2781520-2781648、chr2:177053350-177053442、 chr12:22487210-22487314、chr5:474034-474035、chr5:474049-474050、 chr12:22487135-22487230、chr12:22487138-22487231、 chr8:97506229-97506347、chr8:97506259-97506379、chr5:473977-473978、chr10:85955301-85955393、chr2:73147611-73147736、chr5:32714466-32714594、 chr11:117685585-117685703、chr20:13201015-13201114、 chr13:46961526-46961641、chr2:176994614-176994699、 chr5:32714408-32714525、chr5:474153-474276、chr5:474051-474052、 chr10:94822432-94822536、chr2:73147683-73147770、chr5:474089-474090、chr9:23822125-23822240、chr4:81952302-81952396、chr10:94822431-94822559、 chr5:474063-474064、chr5:474213-474214、chr2:176972012-176972141、 chr5:473948-473949、chr5:112073570-112073671、chr5:474111-474112、chr5:112073352-112073434、chr3:138665243-138665321、chr5:474215-474216、 chr5:474110-474111、chr5:473899-473900、chr13:46961411-46961529、 chr10:94822487-94822575、chr9:23822006-23822117、chr5:474145-474146、 chr11:15094948-15095072、chr5:473942-473943、chr7:27196357-27196434、 chr11:15094952-15095069、chr5:473934-473935、chr5:474176-474177、 chr4:111544375-111544473、chr10:31607502-31607600、 chr2:73147740-73147852、chr5:474164-474165、chr10:90343288-90343407、chr16:82661236-82661338、chr2:176972174-176972271、 chr10:31607440-31607441、chr5:474235-474321、chr5:474246-474247、 chr4:155253994-155254080、chr5:474250-474251、chr4:48987977-48988095、 chr5:473839-473840、chr5:474127-474128、chr15:48010835-48010923、chr5:474254-474255、chr5:474252-474253、chr18:42259542-42259653、 chr5:474259-474260、chr18:42259507-42259584、chr18:42259559-42259560、 chr10:31607716-31607717、chr10:31607684-31607685和 chr10:31607698-31607699。
在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域至少包括： chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189和 chr8:79428643-79428762中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189、chr8:79428643-79428762。
进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括： chr7:87229870-87229992和chr4:81951942-81952056中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr9:126771377-126771459、 chr7:87230188-87230189、chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、 chr4:81951942-81952056。
更进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括： chr8:79428666-79428762和chr5:158532472-158532473中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr9:126771377-126771459、 chr7:87230188-87230189、chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、 chr4:81951942-81952056、chr8:79428666-79428762、 chr5:158532472-158532473。
再进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括： chr7:87230229-87230335、chr1:158150846-158150936和 chr1:158150828-158150894中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189、 chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、chr4:81951942-81952056、 chr8:79428666-79428762、chr5:158532472-158532473、 chr7:87230229-87230335、chr1:158150846-158150936、 chr1:158150828-158150894。
尤其进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括：chr7:87230172-87230270、chr2:154335397-154335527、 chr1:158150752-158150871、chr4:166300043-166300144、 chr2:154335350-154335456、chr1:158150876-158150984、 chr4:166299977-166300109、chr4:166299973-166300082、 chr4:81952454-81952579和chr1:158150939-158151031中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr9:126771377-126771459、 chr7:87230188-87230189、chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、 chr4:81951942-81952056、chr8:79428666-79428762、 chr5:158532472-158532473、chr7:87230229-87230335、 chr1:158150846-158150936、chr1:158150828-158150894、 chr7:87230172-87230270、chr2:154335397-154335527、 chr1:158150752-158150871、chr4:166300043-166300144、 chr2:154335350-154335456、chr1:158150876-158150984、 chr4:166299977-166300109、chr4:166299973-166300082、 chr4:81952454-81952579、chr1:158150939-158151031。
尤其更进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括：chr4:166300082-166300175、chr2:154335293-154335397、 chr19:51228353-51228475、chr9:126771464-126771564、chr5:473846-473847、 chr8:79428616-79428692、chr5:475142-475226、chr8:41504206-41504314、 chr3:152553708-152553836、chr8:41504221-41504308、 chr2:176994551-176994643、chr4:81952210-81952336、chr20:2781338-2781445、chr7:87229811-87229900、chr15:96895541-96895542、 chr22:25961213-25961295、chr2:200329042-200329150、 chr4:81952232-81952340、chr3:152553244-152553359、chr5:473985-473986、 chr10:18429766-18429879、chr7:87229748-87229859、chr16:82661455-82661564、chr3:152553289-152553393、 chr4:81952181-81952305、chr5:474149-474234、chr22:25961295-25961383、 chr5:473894-473895、chr5:473990-473991和chr10:18429634-18429760中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr9:126771377-126771459、 chr7:87230188-87230189、chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、 chr4:81951942-81952056、chr8:79428666-79428762、 chr5:158532472-158532473、chr7:87230229-87230335、 chr1:158150846-158150936、chr1:158150828-158150894、 chr7:87230172-87230270、chr2:154335397-154335527、 chr1:158150752-158150871、chr4:166300043-166300144、 chr2:154335350-154335456、chr1:158150876-158150984、 chr4:166299977-166300109、chr4:166299973-166300082、 chr4:81952454-81952579、chr1:158150939-158151031、 chr4:166300082-166300175、chr2:154335293-154335397、 chr19:51228353-51228475、chr9:126771464-126771564、chr5:473846-473847、 chr8:79428616-79428692、chr5:475142-475226、chr8:41504206-41504314、 chr3:152553708-152553836、chr8:41504221-41504308、 chr2:176994551-176994643、chr4:81952210-81952336、chr20:2781338-2781445、 chr7:87229811-87229900、chr15:96895541-96895542、 chr22:25961213-25961295、chr2:200329042-200329150、 chr4:81952232-81952340、chr3:152553244-152553359、chr5:473985-473986、 chr10:18429766-18429879、chr7:87229748-87229859、 chr16:82661455-82661564、chr3:152553289-152553393、chr4:81952181-81952305、chr5:474149-474234、chr22:25961295-25961383、 chr5:473894-473895、chr5:473990-473991、chr10:18429634-18429760。
尤其再进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括：chr20:2781419-2781509、chr20:13201050-13201169、chr20:2781520-2781648、chr2:177053350-177053442、 chr12:22487210-22487314、chr5:474034-474035、chr5:474049-474050、 chr12:22487135-22487230、chr12:22487138-22487231、 chr8:97506229-97506347、chr8:97506259-97506379、chr5:473977-473978、 chr10:85955301-85955393、chr2:73147611-73147736、chr5:32714466-32714594、 chr11:117685585-117685703、chr20:13201015-13201114、 chr13:46961526-46961641、chr2:176994614-176994699、chr5:32714408-32714525、chr5:474153-474276、chr5:474051-474052、 chr10:94822432-94822536、chr2:73147683-73147770、chr5:474089-474090、 chr9:23822125-23822240、chr4:81952302-81952396、chr10:94822431-94822559、 chr5:474063-474064、chr5:474213-474214、chr2:176972012-176972141、 chr5:473948-473949、chr5:112073570-112073671、chr5:474111-474112、 chr5:112073352-112073434、chr3:138665243-138665321、chr5:474215-474216、 chr5:474110-474111、chr5:473899-473900、chr13:46961411-46961529、 chr10:94822487-94822575、chr9:23822006-23822117、chr5:474145-474146、 chr11:15094948-15095072、chr5:473942-473943、chr7:27196357-27196434、 chr11:15094952-15095069、chr5:473934-473935、chr5:474176-474177和chr4:111544375-111544473中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189、 chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、chr4:81951942-81952056、 chr8:79428666-79428762、chr5:158532472-158532473、 chr7:87230229-87230335、chr1:158150846-158150936、 chr1:158150828-158150894、chr7:87230172-87230270、chr2:154335397-154335527、chr1:158150752-158150871、 chr4:166300043-166300144、chr2:154335350-154335456、 chr1:158150876-158150984、chr4:166299977-166300109、 chr4:166299973-166300082、chr4:81952454-81952579、 chr1:158150939-158151031、chr4:166300082-166300175、 chr2:154335293-154335397、chr19:51228353-51228475、 chr9:126771464-126771564、chr5:473846-473847、chr8:79428616-79428692、 chr5:475142-475226、chr8:41504206-41504314、chr3:152553708-152553836、 chr8:41504221-41504308、chr2:176994551-176994643、 chr4:81952210-81952336、chr20:2781338-2781445、chr7:87229811-87229900、 chr15:96895541-96895542、chr22:25961213-25961295、 chr2:200329042-200329150、chr4:81952232-81952340、 chr3:152553244-152553359、chr5:473985-473986、chr10:18429766-18429879、 chr7:87229748-87229859、chr16:82661455-82661564、 chr3:152553289-152553393、chr4:81952181-81952305、chr5:474149-474234、chr22:25961295-25961383、chr5:473894-473895、chr5:473990-473991、 chr10:18429634-18429760、chr20:2781419-2781509、chr20:13201050-13201169、 chr20:2781520-2781648、chr2:177053350-177053442、 chr12:22487210-22487314、chr5:474034-474035、chr5:474049-474050、 chr12:22487135-22487230、chr12:22487138-22487231、 chr8:97506229-97506347、chr8:97506259-97506379、chr5:473977-473978、chr10:85955301-85955393、chr2:73147611-73147736、chr5:32714466-32714594、 chr11:117685585-117685703、chr20:13201015-13201114、 chr13:46961526-46961641、chr2:176994614-176994699、 chr5:32714408-32714525、chr5:474153-474276、chr5:474051-474052、 chr10:94822432-94822536、chr2:73147683-73147770、chr5:474089-474090、chr9:23822125-23822240、chr4:81952302-81952396、chr10:94822431-94822559、chr5:474063-474064、chr5:474213-474214、chr2:176972012-176972141、 chr5:473948-473949、chr5:112073570-112073671、chr5:474111-474112、 chr5:112073352-112073434、chr3:138665243-138665321、chr5:474215-474216、 chr5:474110-474111、chr5:473899-473900、chr13:46961411-46961529、 chr10:94822487-94822575、chr9:23822006-23822117、chr5:474145-474146、 chr11:15094948-15095072、chr5:473942-473943、chr7:27196357-27196434、 chr11:15094952-15095069、chr5:473934-473935、chr5:474176-474177、 chr4:111544375-111544473。
在一些尤其具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域包括： chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189、 chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、chr4:81951942-81952056、chr8:79428666-79428762、chr5:158532472-158532473、 chr7:87230229-87230335、chr1:158150846-158150936、 chr1:158150828-158150894、chr7:87230172-87230270、 chr2:154335397-154335527、chr1:158150752-158150871、 chr4:166300043-166300144、chr2:154335350-154335456、 chr1:158150876-158150984、chr4:166299977-166300109、 chr4:166299973-166300082、chr4:81952454-81952579、 chr1:158150939-158151031、chr4:166300082-166300175、 chr2:154335293-154335397、chr19:51228353-51228475、 chr9:126771464-126771564、chr5:473846-473847、chr8:79428616-79428692、 chr5:475142-475226、chr8:41504206-41504314、chr3:152553708-152553836、 chr8:41504221-41504308、chr2:176994551-176994643、chr4:81952210-81952336、chr20:2781338-2781445、chr7:87229811-87229900、 chr15:96895541-96895542、chr22:25961213-25961295、 chr2:200329042-200329150、chr4:81952232-81952340、 chr3:152553244-152553359、chr5:473985-473986、chr10:18429766-18429879、chr7:87229748-87229859、chr16:82661455-82661564、 chr3:152553289-152553393、chr4:81952181-81952305、chr5:474149-474234、 chr22:25961295-25961383、chr5:473894-473895、chr5:473990-473991、 chr10:18429634-18429760、chr20:2781419-2781509、chr20:13201050-13201169、 chr20:2781520-2781648、chr2:177053350-177053442、 chr12:22487210-22487314、chr5:474034-474035、chr5:474049-474050、 chr12:22487135-22487230、chr12:22487138-22487231、 chr8:97506229-97506347、chr8:97506259-97506379、chr5:473977-473978、 chr10:85955301-85955393、chr2:73147611-73147736、chr5:32714466-32714594、 chr11:117685585-117685703、chr20:13201015-13201114、 chr13:46961526-46961641、chr2:176994614-176994699、 chr5:32714408-32714525、chr5:474153-474276、chr5:474051-474052、chr10:94822432-94822536、chr2:73147683-73147770、chr5:474089-474090、 chr9:23822125-23822240、chr4:81952302-81952396、chr10:94822431-94822559、 chr5:474063-474064、chr5:474213-474214、chr2:176972012-176972141、 chr5:473948-473949、chr5:112073570-112073671、chr5:474111-474112、 chr5:112073352-112073434、chr3:138665243-138665321、chr5:474215-474216、 chr5:474110-474111、chr5:473899-473900、chr13:46961411-46961529、 chr10:94822487-94822575、chr9:23822006-23822117、chr5:474145-474146、 chr11:15094948-15095072、chr5:473942-473943、chr7:27196357-27196434、 chr11:15094952-15095069、chr5:473934-473935、chr5:474176-474177、 chr4:111544375-111544473、chr10:31607502-31607600、 chr2:73147740-73147852、chr5:474164-474165、chr10:90343288-90343407、 chr16:82661236-82661338、chr2:176972174-176972271、 chr10:31607440-31607441、chr5:474235-474321、chr5:474246-474247、 chr4:155253994-155254080、chr5:474250-474251、chr4:48987977-48988095、 chr5:473839-473840、chr5:474127-474128、chr15:48010835-48010923、chr5:474254-474255、chr5:474252-474253、chr18:42259542-42259653、 chr5:474259-474260、chr18:42259507-42259584、chr18:42259559-42259560、 chr10:31607716-31607717、chr10:31607684-31607685和 chr10:31607698-31607699。
在本发明的另一些实施方案中，所述的甲基化生物标记物包括以下的差异甲基化区域中的任一项或其任意组合：
chr10:11220099-11220195、chr8:97157323-97157411、 chr5:158532411-158532524、chr17:46673963-46674085、 chr8:99962608-99962690、chr6:133561660-133561777、 chr2:158300375-158300486、chr4:13524668-13524790、 chr2:176993005-176993125、chr15:96895488-96895582、 chr2:177029417-177029542、chr5:134376437-134376563、 chr8:22562392-22562476、chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、 chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026、 chr2:177030024-177030138、chr7:27253041-27253164、 chr4:144620969-144621093、chr7:27197574-27197659、 chr17:66596161-66596269、chr15:96887527-96887616、 chr5:112073352-112073434、chr6:133562758-133562876、 chr11:125037245-125037331、chr4:13526664-13526744、 chr8:72756454-72756552、chr7:87230172-87230267、 chr2:107502448-107502537、chr4:13532566-13532660、 chr9:91605730-91605817、chr8:99986820-99986928、chr16:11327091-11327204、 chr5:112073466-112073557、chr6:99280534-99280643、 chr10:85955209-85955302、chr11:46382989-46383076、 chr7:139333353-139333459、chr5:32714408-32714525、 chr12:115124959-115125066、chr6:5994950-5995048、chr8:99961208-99961337、 chr5:10565481-10565569、chr3:128211088-128211182、chr10:121276092-121276212、chr8:10588846-10588971、chr8:687433-687513、 chr5:140871303-140871422、chr13:36049330-36049419、 chr16:72821517-72821645、chr17:29249695-29249773、 chr7:116963262-116963354、chr19:36909486-36909606、 chr3:179168761-179168844、chr8:72755877-72755999、chr7:1094830-1094913、 chr10:7452752-7452842、chr7:150038595-150038715、chr2:7571254-7571365、chr7:96651473-96651564、chr2:176972077-176972174、 chr5:172673058-172673162、chr2:213401682-213401784、 chr8:144105751-144105852、chr10:110225863-110225977、chr12:115109504-115109616、chr6:42738969-42739068、 chr13:46960845-46960969、chr9:126771377-126771460、 chr13:88325299-88325385、chr2:89065168-89065266、chr6:40996088-40996182、 chr11:61544753-61544867、chr14:103512083-103512178、chr15:48010835-48010923、chr8:143532012-143532108、 chr10:28030376-28030474、chr5:92907914-92908009、chr7:27196280-27196357、 chr14:99697597-99697701、chr19:37957782-37957881、 chr16:11348779-11348867、chr10:94822406-94822486、 chr16:82661135-82661236、chr7:37487564-37487687、chr8:67344481-67344582、 chr8:13424254-13424371、chr19:36909674-36909751、chr4:74486190-74486275、 chr14:102247660-102247746、chr2:131797752-131797834、 chr8:79428608-79428697、chr2:193060312-193060424、 chr4:134070170-134070268、chr4:74486161-74486239、 chr19:51228325-51228428、chr19:37407275-37407386、 chr8:70984562-70984656、chr3:50378273-50378354、 chr4:154713805-154713923、chr2:73147607-73147684、chr10:7452785-7452907、 chr1:158150846-158150936、chr8:132052467-132052572、 chr3:138665165-138665243、chr4:154710033-154710130、chr5:475142-475226、chr4:81952255-81952369、chr8:132054560-132054681、 chr6:73331132-73331242、chr8:41504204-41504318、chr8:54164382-54164463、 chr10:16562164-16562282、chr8:60032504-60032608、 chr11:107799859-107799937、chr2:154335350-154335456、 chr16:68771017-68771091、chr8:97506229-97506355、 chr6:117586965-117587072、chr12:22487545-22487638、 chr19:51228359-51228435、chr8:132053718-132053827、 chr3:142682404-142682503、chr10:134901632-134901734、 chr19:37288499-37288624、chr17:75369503-75369631、chr8:9764106-9764215、 chr13:47468096-47468221、chr7:50344120-50344207、chr7:93519920-93520045、 chr7:37487917-37487991、chr7:87229748-87229837、chr3:38080883-38080970、 chr3:152553580-152553708、chr8:41166808-41166905、 chr8:26722887-26723016、chr12:95942293-95942403、chr7:50343859-50343987、 chr12:133464250-133464353、chr2:200328934-200329042、 chr20:2781338-2781445、chr8:106330655-106330756、 chr8:132052702-132052859、chr2:175201980-175202106、 chr1:4715257-4715345、chr22:25961207-25961295、chr16:31488314-31488398、 chr4:81952121-81952229、chr10:131265485-131265559、 chr13:46961257-46961370、chr22:24551833-24551960和 chr3:142839732-142839851。
在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域至少包括： chr22:24551833-24551960、chr3:142839732-142839851和 chr10:11220099-11220195中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr22:24551833-24551960、chr3:142839732-142839851、 chr10:11220099-11220195。
进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括： chr8:97157323-97157411和chr5:158532411-158532524中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr22:24551833-24551960、 hr3:142839732-142839851、chr10:11220099-11220195、 chr8:97157323-97157411、chr5:158532411-158532524。
更进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括： chr17:46673963-46674085和chr8:99962608-99962690中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr22:24551833-24551960、 chr3:142839732-142839851、chr10:11220099-11220195、 chr8:97157323-97157411、chr5:158532411-158532524、 chr17:46673963-46674085、chr8:99962608-99962690。
再进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括： chr6:133561660-133561777、chr2:158300375-158300486和 chr4:13524668-13524790中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr22:24551833-24551960、chr3:142839732-142839851、 chr10:11220099-11220195、chr8:97157323-97157411、 chr5:158532411-158532524、chr17:46673963-46674085、 chr8:99962608-99962690、chr6:133561660-133561777、 chr2:158300375-158300486、chr4:13524668-13524790。
尤其进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括：chr2:176993005-176993125、chr15:96895488-96895582、 chr2:177029417-177029542、chr5:134376437-134376563、 chr8:22562392-22562476、chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、 chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026和 chr2:177030024-177030138中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr22:24551833-24551960、chr3:142839732-142839851、 chr10:11220099-11220195、chr8:97157323-97157411、 chr5:158532411-158532524、chr17:46673963-46674085、 chr8:99962608-99962690、chr6:133561660-133561777、chr2:158300375-158300486、chr4:13524668-13524790、 chr2:176993005-176993125、chr15:96895488-96895582、 chr2:177029417-177029542、chr5:134376437-134376563、 chr8:22562392-22562476、chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、 chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026、 chr2:177030024-177030138。
尤其更进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括：chr7:27253041-27253164、chr4:144620969-144621093、 chr7:27197574-27197659、chr17:66596161-66596269、 chr15:96887527-96887616、chr5:112073352-112073434、chr6:133562758-133562876、chr11:125037245-125037331、 chr4:13526664-13526744、chr8:72756454-72756552、chr7:87230172-87230267、 chr2:107502448-107502537、chr4:13532566-13532660、 chr9:91605730-91605817、chr8:99986820-99986928、chr16:11327091-11327204、 chr5:112073466-112073557、chr6:99280534-99280643、 chr10:85955209-85955302、chr11:46382989-46383076、 chr7:139333353-139333459、chr5:32714408-32714525、 chr12:115124959-115125066、chr6:5994950-5995048、chr8:99961208-99961337、 chr5:10565481-10565569、chr3:128211088-128211182、 chr10:121276092-121276212、chr8:10588846-10588971和chr8:687433-687513 中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括 chr22:24551833-24551960、chr3:142839732-142839851、 chr10:11220099-11220195、chr8:97157323-97157411、 chr5:158532411-158532524、chr17:46673963-46674085、 chr8:99962608-99962690、chr6:133561660-133561777、 chr2:158300375-158300486、chr4:13524668-13524790、 chr2:176993005-176993125、chr15:96895488-96895582、chr2:177029417-177029542、chr5:134376437-134376563、 chr8:22562392-22562476、chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、 chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026、 chr2:177030024-177030138、chr7:27253041-27253164、 chr4:144620969-144621093、chr7:27197574-27197659、 chr17:66596161-66596269、chr15:96887527-96887616、 chr5:112073352-112073434、chr6:133562758-133562876、 chr11:125037245-125037331、chr4:13526664-13526744、 chr8:72756454-72756552、chr7:87230172-87230267、 chr2:107502448-107502537、chr4:13532566-13532660、 chr9:91605730-91605817、chr8:99986820-99986928、chr16:11327091-11327204、 chr5:112073466-112073557、chr6:99280534-99280643、 chr10:85955209-85955302、chr11:46382989-46383076、 chr7:139333353-139333459、chr5:32714408-32714525、 chr12:115124959-115125066、chr6:5994950-5995048、chr8:99961208-99961337、 chr5:10565481-10565569、chr3:128211088-128211182、 chr10:121276092-121276212、chr8:10588846-10588971、chr8:687433-687513。
尤其再进一步地，在一些具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域还包括：chr5:140871303-140871422、chr13:36049330-36049419、 chr16:72821517-72821645、chr17:29249695-29249773、 chr7:116963262-116963354、chr19:36909486-36909606、chr3:179168761-179168844、chr8:72755877-72755999、chr7:1094830-1094913、 chr10:7452752-7452842、chr7:150038595-150038715、chr2:7571254-7571365、 chr7:96651473-96651564、chr2:176972077-176972174、 chr5:172673058-172673162、chr2:213401682-213401784、 chr8:144105751-144105852、chr10:110225863-110225977、 chr12:115109504-115109616、chr6:42738969-42739068、chr13:46960845-46960969、chr9:126771377-126771460、 chr13:88325299-88325385、chr2:89065168-89065266、chr6:40996088-40996182、 chr11:61544753-61544867、chr14:103512083-103512178、 chr15:48010835-48010923、chr8:143532012-143532108、 chr10:28030376-28030474、chr5:92907914-92908009、chr7:27196280-27196357、 chr14:99697597-99697701、chr19:37957782-37957881、 chr16:11348779-11348867、chr10:94822406-94822486、 chr16:82661135-82661236、chr7:37487564-37487687、chr8:67344481-67344582、 chr8:13424254-13424371、chr19:36909674-36909751、chr4:74486190-74486275、 chr14:102247660-102247746、chr2:131797752-131797834、 chr8:79428608-79428697、chr2:193060312-193060424、 chr4:134070170-134070268、chr4:74486161-74486239、 chr19:51228325-51228428和chr19:37407275-37407386中的至少一种；示例性地，所述的差异甲基化区域包括chr22:24551833-24551960、chr3:142839732-142839851、chr10:11220099-11220195、 chr8:97157323-97157411、chr5:158532411-158532524、 chr17:46673963-46674085、chr8:99962608-99962690、 chr6:133561660-133561777、chr2:158300375-158300486、 chr4:13524668-13524790、chr2:176993005-176993125、 chr15:96895488-96895582、chr2:177029417-177029542、 chr5:134376437-134376563、chr8:22562392-22562476、 chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、 chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026、 chr2:177030024-177030138、chr7:27253041-27253164、 chr4:144620969-144621093、chr7:27197574-27197659、 chr17:66596161-66596269、chr15:96887527-96887616、 chr5:112073352-112073434、chr6:133562758-133562876、chr11:125037245-125037331、chr4:13526664-13526744、 chr8:72756454-72756552、chr7:87230172-87230267、 chr2:107502448-107502537、chr4:13532566-13532660、 chr9:91605730-91605817、chr8:99986820-99986928、chr16:11327091-11327204、 chr5:112073466-112073557、chr6:99280534-99280643、 chr10:85955209-85955302、chr11:46382989-46383076、 chr7:139333353-139333459、chr5:32714408-32714525、 chr12:115124959-115125066、chr6:5994950-5995048、chr8:99961208-99961337、 chr5:10565481-10565569、chr3:128211088-128211182、 chr10:121276092-121276212、chr8:10588846-10588971、chr8:687433-687513、 chr5:140871303-140871422、chr13:36049330-36049419、 chr16:72821517-72821645、chr17:29249695-29249773、 chr7:116963262-116963354、chr19:36909486-36909606、 chr3:179168761-179168844、chr8:72755877-72755999、chr7:1094830-1094913、 chr10:7452752-7452842、chr7:150038595-150038715、chr2:7571254-7571365、 chr7:96651473-96651564、chr2:176972077-176972174、 chr5:172673058-172673162、chr2:213401682-213401784、 chr8:144105751-144105852、chr10:110225863-110225977、 chr12:115109504-115109616、chr6:42738969-42739068、 chr13:46960845-46960969、chr9:126771377-126771460、chr13:88325299-88325385、chr2:89065168-89065266、chr6:40996088-40996182、 chr11:61544753-61544867、chr14:103512083-103512178、 chr15:48010835-48010923、chr8:143532012-143532108、 chr10:28030376-28030474、chr5:92907914-92908009、chr7:27196280-27196357、 chr14:99697597-99697701、chr19:37957782-37957881、 chr16:11348779-11348867、chr10:94822406-94822486、 chr16:82661135-82661236、chr7:37487564-37487687、chr8:67344481-67344582、chr8:13424254-13424371、chr19:36909674-36909751、chr4:74486190-74486275、 chr14:102247660-102247746、chr2:131797752-131797834、 chr8:79428608-79428697、chr2:193060312-193060424、 chr4:134070170-134070268、chr4:74486161-74486239、 chr19:51228325-51228428、chr19:37407275-37407386。
在一些尤其具体的实施方案中，所述的差异甲基化区域包括： chr10:11220099-11220195、chr8:97157323-97157411、 chr5:158532411-158532524、chr17:46673963-46674085、 chr8:99962608-99962690、chr6:133561660-133561777、 chr2:158300375-158300486、chr4:13524668-13524790、 chr2:176993005-176993125、chr15:96895488-96895582、 chr2:177029417-177029542、chr5:134376437-134376563、 chr8:22562392-22562476、chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、 chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026、 chr2:177030024-177030138、chr7:27253041-27253164、 chr4:144620969-144621093、chr7:27197574-27197659、 chr17:66596161-66596269、chr15:96887527-96887616、 chr5:112073352-112073434、chr6:133562758-133562876、 chr11:125037245-125037331、chr4:13526664-13526744、 chr8:72756454-72756552、chr7:87230172-87230267、 chr2:107502448-107502537、chr4:13532566-13532660、 chr9:91605730-91605817、chr8:99986820-99986928、chr16:11327091-11327204、 chr5:112073466-112073557、chr6:99280534-99280643、 chr10:85955209-85955302、chr11:46382989-46383076、 chr7:139333353-139333459、chr5:32714408-32714525、 chr12:115124959-115125066、chr6:5994950-5995048、chr8:99961208-99961337、 chr5:10565481-10565569、chr3:128211088-128211182、chr10:121276092-121276212、chr8:10588846-10588971、chr8:687433-687513、 chr5:140871303-140871422、chr13:36049330-36049419、 chr16:72821517-72821645、chr17:29249695-29249773、 chr7:116963262-116963354、chr19:36909486-36909606、 chr3:179168761-179168844、chr8:72755877-72755999、chr7:1094830-1094913、 chr10:7452752-7452842、chr7:150038595-150038715、chr2:7571254-7571365、 chr7:96651473-96651564、chr2:176972077-176972174、 chr5:172673058-172673162、chr2:213401682-213401784、 chr8:144105751-144105852、chr10:110225863-110225977、 chr12:115109504-115109616、chr6:42738969-42739068、 chr13:46960845-46960969、chr9:126771377-126771460、chr13:88325299-88325385、chr2:89065168-89065266、chr6:40996088-40996182、 chr11:61544753-61544867、chr14:103512083-103512178、 chr15:48010835-48010923、chr8:143532012-143532108、 chr10:28030376-28030474、chr5:92907914-92908009、chr7:27196280-27196357、 chr14:99697597-99697701、chr19:37957782-37957881、 chr16:11348779-11348867、chr10:94822406-94822486、 chr16:82661135-82661236、chr7:37487564-37487687、chr8:67344481-67344582、 chr8:13424254-13424371、chr19:36909674-36909751、chr4:74486190-74486275、 chr14:102247660-102247746、chr2:131797752-131797834、 chr8:79428608-79428697、chr2:193060312-193060424、 chr4:134070170-134070268、chr4:74486161-74486239、 chr19:51228325-51228428、chr19:37407275-37407386、 chr8:70984562-70984656、chr3:50378273-50378354、 chr4:154713805-154713923、chr2:73147607-73147684、chr10:7452785-7452907、 chr1:158150846-158150936、chr8:132052467-132052572、 chr3:138665165-138665243、chr4:154710033-154710130、chr5:475142-475226、chr4:81952255-81952369、chr8:132054560-132054681、 chr6:73331132-73331242、chr8:41504204-41504318、chr8:54164382-54164463、 chr10:16562164-16562282、chr8:60032504-60032608、 chr11:107799859-107799937、chr2:154335350-154335456、 chr16:68771017-68771091、chr8:97506229-97506355、 chr6:117586965-117587072、chr12:22487545-22487638、 chr19:51228359-51228435、chr8:132053718-132053827、 chr3:142682404-142682503、chr10:134901632-134901734、 chr19:37288499-37288624、chr17:75369503-75369631、chr8:9764106-9764215、 chr13:47468096-47468221、chr7:50344120-50344207、chr7:93519920-93520045、 chr7:37487917-37487991、chr7:87229748-87229837、chr3:38080883-38080970、 chr3:152553580-152553708、chr8:41166808-41166905、 chr8:26722887-26723016、chr12:95942293-95942403、chr7:50343859-50343987、 chr12:133464250-133464353、chr2:200328934-200329042、 chr20:2781338-2781445、chr8:106330655-106330756、 chr8:132052702-132052859、chr2:175201980-175202106、 chr1:4715257-4715345、chr22:25961207-25961295、chr16:31488314-31488398、 chr4:81952121-81952229、chr10:131265485-131265559、 chr13:46961257-46961370、chr22:24551833-24551960和 chr3:142839732-142839851。
本领域技术人员理解，所述的甲基化生物标记物也可以包括上述各差异甲基化区域的全长序列的至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少 75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％的连续片段。在一些实施方案中，该连续片段包含原始差异甲基化区域中部分或全部的(差异)甲基化位点。对于上述描述的甲基化生物标记物的实施方案，同样适用于来自差异甲基化区域的连续片段。在一些实施方案中，一种差异甲基化区域与另一种差异甲基化区域的连续片段也可以组合使用，以构成上述描述的甲基化生物标记物的实施方案。
在本发明的一些实施方案中，所述胃癌为来自受试者的胃癌，所述的受试者是哺乳动物；优选地，所述的哺乳动物是人。
在本发明中，对于胃癌的类型、分期没有限制。在本发明的一些具体实施方案中，所述胃癌选自腺癌、淋巴瘤、胃肠道间质瘤、类癌瘤、鳞状细胞癌、小细胞癌或平滑肌肉瘤。在本发明的一些具体实施方案中，所述胃癌选自I期、II期、III期或IV期的胃癌。在另一具体实施方案中，所述胃癌可以是 TNM分期中任意分期的胃癌。在本发明的一些具体实施方案中，所述胃癌伴有淋巴结转移，或者不伴有淋巴结转移。在本发明的一些具体实施方案中，所述胃癌可以为低分化、中低分化、中分化、中高分化或高分化的胃癌。在本发明的一些具体实施方案中，所述胃癌可以是Lauren分型中弥漫型、混合型或肠型的胃癌。
在本发明的一些实施方案中，待测样本中所述甲基化生物标记物的甲基化水平，与来自健康受试者或患有胃良性肿瘤受试者的样本中所述甲基化生物标记物的甲基化水平存在差异，则指示所述待测样本对应的受试者存在胃癌。本领域技术人员已知用于检测样本中基因组DNA或游离DNA甲基化水平的方法，例如但不限于荧光定量PCR(qPCR)、甲基化特异性PCR(MSP)、数字PCR(ddPCR)、DNA甲基化芯片、靶向DNA甲基化测序、全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)、DNA甲基化质谱 (MassArray)中的一种或多种。
<甲基化生物标记物的用途>
在本发明的一些方面中，提供了上述的甲基化生物标记物在制备用于诊断胃癌的试剂或试剂盒中的用途。
在本发明的另一些方面中，提供了确定上述的甲基化生物标记物的甲基化水平的试剂在制备用于诊断胃癌的试剂或试剂盒中的用途。
<诊断胃癌的试剂盒>
在本发明的一些方面中，提供了用于诊断胃癌的试剂盒，其中，所述的试剂盒包含用于检测待测样本中上述的甲基化生物标记物的甲基化水平的试剂。
在本发明的一些具体的实施方案中，所述的试剂为选自以下的检测甲基化水平的方法中所使用的试剂：荧光定量PCR(qPCR)、甲基化特异性PCR (MSP)、数字PCR(ddPCR)、DNA甲基化芯片、靶向DNA甲基化测序、全基因组甲基化测序(Whole Genome BisulfiteSequencing,WGBS)、DNA甲基化质谱(MassArray)中的一种或多种。
在本发明的一些具体的实施方案中，所述的待测样本选自组织、全血、血浆、唾液、血清、尿液、尿液脱落细胞、尿沉渣、尿液上清中的一种或多种。在本发明的一些优选实施方案中，所述的待测样本为组织、全血、血浆或血清。
在本发明的一些具体实施方案中，所述的待测样本来自受试者，所述的受试者是哺乳动物；优选地，所述的哺乳动物是人。
<诊断胃癌系统>
本发明的一些方面提供了一种用于诊断胃癌的系统，其中，所述系统包括检测装置、计算装置和输出装置；
所述检测装置包括进样器和检测器，所述进样器用于采集来自受试者的样本，所述检测器用于检测所述样本中上述的甲基化生物标记物的甲基化水平；
所述计算装置包括存储器和处理器，所述存储器中存储有计算机程序，所述处理器被配置为执行所述存储器中存储的计算机程序，以实现如下判别：
所述样本中如上述的甲基化生物标记物的甲基化水平不同于来自健康受试者和/或患有胃良性肿瘤的受试者的样本中测定的甲基化生物标记物的甲基化水平，则判别所述样本对应的受试者的存在胃癌。
在一些具体的实施方案中，所述输出装置用于输出所述检测装置的检测结果和/或所述计算装置的判别结果，所述输出装置包括显示器、打印机和音频输出装置中的至少一种；所述计算装置包括电脑主机、中央处理器和网络服务器中的至少一种。
<诊断胃癌方法>
在本发明的一些方面，提供了一种结直肠癌淋巴结转移诊断方法，其包括以下步骤：
获得受试者的样本；
提取所述样本的基因组DNA和/或游离DNA；
检测所述DNA中上述的甲基化生物标记物的甲基化水平；
判别受试者是否存在胃癌。
以下通过实施例与测试例进一步说明本发明，但不作为对本发明的限制。以下提供了本发明实施方案中所使用的具体材料及其来源。但是，应当理解的是，这些仅仅是示例性的，并不意图限制本发明，与如下试剂和仪器的类型、型号、品质、性质或功能相同或相似的材料均可以用于实施本发明。下述实施例与测试例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例与测试例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例
一、样本来源
样本需符合以下要求：
1)无远处转移或无家族史；
2)未进行新辅助治疗；
3)淋巴瘤、多发肿瘤、残端癌和上皮内瘤变的病例排除；
4)至少由三个胃肠病理学专家评估肿瘤的分期和淋巴结转移状态等情况。23对癌与癌旁，共46例样本，均为新鲜冰冻组织样本，样本临床信息如下：
其中，侵润深度中，M表示黏膜内癌；SM表示黏膜下癌。淋巴结转移中，LN+表示发生淋巴结转移；LN-表示未发生淋巴结转移。
此外，还涉及150例血液样本，其中胃癌样本75例样本，非胃癌样本75 例，样本临床信息如下：
二、实验、数据分析及标记物筛选
将上述样本，对新鲜冰冻组织或血液样本进行建库，流程和步骤如下：
1、组织DNA或血液游离DNA(cfDNA)提取及甲基化建库
1.1、组织DNA或血液游离DNA(cfDNA)的提取
上述胃癌的新鲜冰冻组织样本DNA的提取步骤按照QIAGEN公司的 DNeasy Blood&Tissue Kit操作说明进行；
上述胃癌的血液样本DNA的提取步骤按照LIFE公司cfDNA提取试剂盒的说明书执行操作。
1.2、转化
将提取的组织DNA(50ng)或血液cfDNA(10-20ng)进行亚硫酸氢盐转化，使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，得到亚硫酸氢盐转化后的DNA，转化具体操作按照Zymo Research 的EZ DNA Methylation-Lightning Kit说明书进行。
1.3、末端修复
将上述转化后的17μL样本加入以下试剂进行反应(按照Zymo Research 公司的试剂盒进行操作，所用试剂均来自Zymo Research公司)：
置于PCR仪中按照以下程序进行反应：
| 37℃ | 30min |
| 95℃ | 5min |
| 热盖 | 105℃ |
当PCR反应第二步(95℃)达到5min时，立即将样本从PCR仪中取出，直接插入冰中，放置2min以上再进行下一步操作。
1.4、连接I
配制如下反应液(按照Zymo Research公司的试剂盒进行操作，所用试剂均来自Zymo Research公司)：
| 组分 | 单个用量(μL) |
| 上一步反应产物 | 20 |
| H2O | 4 |
| MLB1缓冲液 | 8 |
| MLR1试剂 | 2 |
| MLR5试剂 | 2 |
| MLE1酶 | 2 |
| MLE5酶 | 2 |
| 反应混合体积 | 40 |
置于PCR仪中按照以下程序进行反应：
| 37℃ | 30min |
| 95℃ | 5min |
| 10℃ | 保持(Hold) |
| 热盖 | 105℃ |
1.5、扩增I
配制如下反应液(按照Zymo Research公司的试剂盒进行操作，所用试剂均来自Zymo Research公司)：
| 组分 | 单个用量(μL) |
| 上一步反应产物 | 40 |
| H2O | 35 |
| MAB2缓冲液 | 20 |
| MAR1试剂 | 2 |
| MAR2试剂 | 2 |
| MAE3酶 | 1 |
| 反应混合体积 | 40 |
置于PCR仪中按照以下程序进行反应：
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1.6、纯化I：
加入166μL 1:6倍稀释的Beckman Agencourt AMPure Beads(需提前于室温平衡半小时)的对扩增I反应后的产物进行纯化，用21μL EB进行洗脱，纯化具体步骤如下：
取上一步反应产物并进行离心，每个样本加入166μL 1:6倍稀释的 Agencourt AMPure Beads，用移液器吹打混匀。室温孵育5min。离心，置于磁力架上静置5min。吸去上清。加入200μL 80％EtOH，静置30s，吸走乙醇，重复一次后，离心，将PCR管置于磁力架上，吸走剩余乙醇，开盖干燥磁珠 2-3min，注意不要过干。加入21μL EB进行洗脱，用移液器充分吹打混匀，室温静置3min。离心，将PCR管置于磁力架上，静置3min。吸取20μL上清于新的PCR管中。
1.7、连接II
配制如下反应液：
| 组分 | 体积(μL) |
| 上一步反应体积 | 20 |
| H2O | 4 |
| MSB1缓冲液 | 8 |
| MSR1试剂 | 2 |
| MSR5试剂 | 2 |
| MSE1酶 | 2 |
| MSE5酶 | 2 |
| 总体积 | 40 |
置于PCR仪中按照以下程序进行反应
| 温度 | 时间 | 循环数 |
| 37℃ | 30min | 1 |
| 95℃ | 5min | 1 |
| 10℃ | 保持(Hold) | 1 |
1.8、Indexing PCR(扩增产物文库构建):
配制如下反应液(KAPA HiFi Hot Start Ready Mix试剂盒进行，试剂来自该试剂盒)：
| 组分 | 体积(μL) |
| 上一步反应体积 | 40 |
| H2O | 6 |
| 2×KAPA HiFi Hot Start Ready Mix | 8 |
| I5接头引物 | 2 |
| I7接头引物 | 2 |
| 总体积 | 100 |
置于PCR仪中按照以下程序进行反应
1.9、纯化II
加入Agencourt AM Pure Beads(需提前于室温平衡半小时)对Indexing PCR反应后的产物进行纯化，用41μL EB进行洗脱，纯化具体步骤如下：
取上一步反应产物并进行离心，每个样本加入71μL未稀释的Agencourt AM PureBeads，用移液器吹打混匀。室温孵育5min。离心，置于磁力架上静置5min。吸去上清。加入200μL 80％EtOH，静置30s，吸走乙醇，重复步骤一次后，离心，将PCR管置于磁力架上，吸走剩余乙醇。开盖干燥磁珠2-3min，注意不要过干。加入41μL EB进行洗脱，用移液器充分吹打混匀，室温静置 3min。离心，将PCR管置于磁力架上，静置3min。吸取20μL上清于新的PCR 管中。Qubit定量：取1μL用Qubit dsDNA HS Assay Kit对文库进行定量。
2、通过对已建库后的样本进行寡核苷酸探针捕获富集，得到特定区域的上机终文库。杂交捕获试剂盒为IDT公司的xGen Lockdown Reagents，具体按照说明书进行操作。
3、采用Illumina公司的测序仪对杂交捕获后的样本进行测序，得到测序结果。
4、下机数据的分析
对测序仪的下机原始数据，进行常规的生物信息学分析处理，先通过 fastp过滤低质量(QC低，长度短、太多N等)的读长(reads)，然后去除reads 双端的adapter、共有序列、PolyA/T，得到理想的插入片段序列(target区间)，使用bismark将这些reads比对hg19对应的位置后，根据UMI对reads进行去重，得到每份样本被探针捕获得到的真实reads数据(bam file)，对bam文件进行统计和分析，得到甲基化数据，用于后续的数据再分析。
5、对原始测序数据进行了相关清理及处理分析，并基于对reads读数来确定每一个位点甲基化胞嘧啶的百分比(β值)；利用DSS软件(R package， Version 2.38.0)进行差异分析，获得差异性甲基化区域(连续两个及两个以上的差异甲基化位点构成一个差异甲基化区域)，并计算差异甲基化区域值，其由该差异甲基化区域里的多个甲基化位点的β值求平均值获得。根据差异甲基化区域值，将这些差异甲基化区域按照p值(p-value)<0.05，错误发现率(false discovery rate,FDR)<0.05,|diff|>0.1进行筛选，其中，diff表示，胃癌受试者差异甲基化区域值的平均值(平均甲基化水平)与癌旁受试该差异甲基化区域值的平均值(平均甲基化水平)的差值，|diff|表示该差值的绝对值，对两组样本进行比较分析，筛选到1315个标记物，这1315个标记物在23 对胃癌与癌旁的热图(heatmap)如图1所示，可以看出这些标记物在胃癌与癌旁之间存在显著性的甲基化水平上的差异。
通过对这1315个标记物的基因注释信息，以及在23对胃癌与癌旁中，每个标记物的AUC如下表1所示，其中单标记物AUC大于0.6的有1119个，大于 0.7有907，大于0.8有349个，大于0.9有38个，显示这些标记物均具有良好的区分胃癌的癌与非癌的能力。
根据2009年2月human genome assembly GRCh37/hg19(参见例如 Rosenbloom等(2012)“ENCODE whole-genome data in the UCSC Genome Browser：update 2012”Nucleic Acids Research 40：D912-D917)对碱基编号。此外，下表中，类型为基因间(intergenic)的基因一般不具有基因名称，因此“基因”一栏为空白。
表1：
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上表中，intronic为内含子、intergenic为基因间序列、exonic为外显子、upstream为上游片段、downstream为下游片段，UTR5编码序列的上游调控区。
6、用23对胃癌与癌旁，一共46个样本，按照diff从大到小以及FDR<0.001 选择了124个标记物建模，将这46个样本按照7:3的比例切分100次，利用随机森林(RandomForest)建模，每一次切分里利用随机森林在训练(train)集合里面建模，用该模型在试验(test)集合里面计算每个样本的风险得分，风险得分对比标准诊断得到该甲基化区域组合的判别灵敏度(SE)、特异性 (SP)、AUC、准确率(ACC)、阴性预测值(Negative predictivevalue,NPV) 以及阳性预测值(Positive predictive value,PPV)等，124个标记物如下表2：
表2：
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这124个标记物在100次切分里面，不同组合的灵敏度(SE)、特异性(SP)、准确率(ACC)、AUC、阴性预测值(NPV)以及阳性预测值(PPV)等如下表3，显示不同的组合均具有良好的区分性能；显示在不同的生物标记物组合的情况下，AUC均在0.80以上，说明这些生物标记物的组合均具有良好的区分胃癌和非胃癌的能力。
表3：
3maker组：chr9:126771377-126771459；chr7:87230188-87230189； chr8:79428643-79428762。
5marker组：chr9:126771377-126771459；chr7:87230188-87230189； chr8:79428643-79428762；chr7:87229870-87229992；chr4:81951942-81952056。
7marker组：chr9:126771377-126771459；chr7:87230188-87230189； chr8:79428643-79428762；chr7:87229870-87229992；chr4:81951942-81952056； chr8:79428666-79428762；chr5:158532472-158532473。
10marker组：chr9:126771377-126771459；chr7:87230188-87230189； chr8:79428643-79428762；chr7:87229870-87229992；chr4:81951942-81952056； chr8:79428666-79428762；chr5:158532472-158532473； chr7:87230229-87230335；chr1:158150846-158150936； chr1:158150828-158150894。
20marker组：chr9:126771377-126771459；chr7:87230188-87230189；chr8:79428643-79428762；chr7:87229870-87229992；chr4:81951942-81952056； chr8:79428666-79428762；chr5:158532472-158532473； chr7:87230229-87230335；chr1:158150846-158150936； chr1:158150828-158150894；chr7:87230172-87230270； chr2:154335397-154335527；chr1:158150752-158150871； chr4:166300043-166300144；chr2:154335350-154335456； chr1:158150876-158150984；chr4:166299977-166300109； chr4:166299973-166300082；chr4:81952454-81952579； chr1:158150939-158151031。
50marker组：chr9:126771377-126771459；chr7:87230188-87230189； chr8:79428643-79428762；chr7:87229870-87229992；chr4:81951942-81952056； chr8:79428666-79428762；chr5:158532472-158532473； chr7:87230229-87230335；chr1:158150846-158150936； chr1:158150828-158150894；chr7:87230172-87230270； chr2:154335397-154335527；chr1:158150752-158150871； chr4:166300043-166300144；chr2:154335350-154335456； chr1:158150876-158150984；chr4:166299977-166300109； chr4:166299973-166300082；chr4:81952454-81952579； chr1:158150939-158151031；chr4:166300082-166300175； chr2:154335293-154335397；chr19:51228353-51228475； chr9:126771464-126771564；chr5:473846-473847；chr8:79428616-79428692； chr5:475142-475226；chr8:41504206-41504314；chr3:152553708-152553836； chr8:41504221-41504308；chr2:176994551-176994643； chr4:81952210-81952336；chr20:2781338-2781445；chr7:87229811-87229900； chr15:96895541-96895542；chr22:25961213-25961295； chr2:200329042-200329150；chr4:81952232-81952340； chr3:152553244-152553359；chr5:473985-473986；chr10:18429766-18429879；chr7:87229748-87229859；chr16:82661455-82661564； chr3:152553289-152553393；chr4:81952181-81952305；chr5:474149-474234； chr22:25961295-25961383；chr5:473894-473895；chr5:473990-473991； chr10:18429634-18429760。
100marker组：chr9:126771377-126771459；chr7:87230188-87230189； chr8:79428643-79428762；chr7:87229870-87229992；chr4:81951942-81952056； chr8:79428666-79428762；chr5:158532472-158532473； chr7:87230229-87230335；chr1:158150846-158150936； chr1:158150828-158150894；chr7:87230172-87230270； chr2:154335397-154335527；chr1:158150752-158150871； chr4:166300043-166300144；chr2:154335350-154335456； chr1:158150876-158150984；chr4:166299977-166300109； chr4:166299973-166300082；chr4:81952454-81952579； chr1:158150939-158151031；chr4:166300082-166300175； chr2:154335293-154335397；chr19:51228353-51228475； chr9:126771464-126771564；chr5:473846-473847；chr8:79428616-79428692； chr5:475142-475226；chr8:41504206-41504314；chr3:152553708-152553836； chr8:41504221-41504308；chr2:176994551-176994643； chr4:81952210-81952336；chr20:2781338-2781445；chr7:87229811-87229900； chr15:96895541-96895542；chr22:25961213-25961295； chr2:200329042-200329150；chr4:81952232-81952340； chr3:152553244-152553359；chr5:473985-473986；chr10:18429766-18429879； chr7:87229748-87229859；chr16:82661455-82661564； chr3:152553289-152553393；chr4:81952181-81952305；chr5:474149-474234； chr22:25961295-25961383；chr5:473894-473895；chr5:473990-473991； chr10:18429634-18429760；chr20:2781419-2781509；chr20:13201050-13201169； chr20:2781520-2781648；chr2:177053350-177053442；chr12:22487210-22487314；chr5:474034-474035；chr5:474049-474050； chr12:22487135-22487230；chr12:22487138-22487231； chr8:97506229-97506347；chr8:97506259-97506379；chr5:473977-473978； chr10:85955301-85955393；chr2:73147611-73147736；chr5:32714466-32714594； chr11:117685585-117685703；chr20:13201015-13201114； chr13:46961526-46961641；chr2:176994614-176994699； chr5:32714408-32714525；chr5:474153-474276；chr5:474051-474052； chr10:94822432-94822536；chr2:73147683-73147770；chr5:474089-474090； chr9:23822125-23822240；chr4:81952302-81952396；chr10:94822431-94822559； chr5:474063-474064；chr5:474213-474214；chr2:176972012-176972141；chr5:473948-473949；chr5:112073570-112073671；chr5:474111-474112； chr5:112073352-112073434；chr3:138665243-138665321；chr5:474215-474216； chr5:474110-474111；chr5:473899-473900；chr13:46961411-46961529； chr10:94822487-94822575；chr9:23822006-23822117；chr5:474145-474146； chr11:15094948-15095072；chr5:473942-473943；chr7:27196357-27196434； chr11:15094952-15095069；chr5:473934-473935；chr5:474176-474177； chr4:111544375-111544473。
124marker组：表2中全部标记物。
7、利用150例血浆样本，其中恶性肿瘤(胃癌)样本75例(I期11例，II 期17例，III期33例，IV期14例)，胃部良性肿瘤50例，正常样本25例，从1315 个标记物里面选择diff大于0.2或者在正常样本里面β小于0.1的标记物，选择 153个标记物，标记物如下表4所示。将这150例样本按照7:3的比例切分100 次，利用随机森林(Random Forest)建模，每一次切分里利用随机森林 (Random Forest)在train集合里面建模，用该模型在test集合里面计算每个样本的风险得分，风险得分对比标准诊断得到该甲基化区域组合的判别灵敏度、特异性、AUC、NPV以及PPV等。
表4：
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这153个标记物在100次切分里面，不同组合的灵敏度、特异性、准确率、 AUC、NPV以及PPV等如下表5，显示不同的组合均具有良好的区分性能；显示在不同的生物标记物组合的情况下，AUC均在0.68以上，说明这些生物标记物的组合均具有良好的在血液里面区分胃癌肠癌和非胃癌的能力。
表5：
3maker组：chr22:24551833-24551960；chr3:142839732-142839851； chr10:11220099-11220195。
5maker组：chr22:24551833-24551960；chr3:142839732-142839851； chr10:11220099-11220195；chr8:97157323-97157411； chr5:158532411-158532524。
7marker组：chr22:24551833-24551960；chr3:142839732-142839851； chr10:11220099-11220195；chr8:97157323-97157411； chr5:158532411-158532524；chr17:46673963-46674085； chr8:99962608-99962690。
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100marker组：chr22:24551833-24551960；chr3:142839732-142839851； chr10:11220099-11220195；chr8:97157323-97157411； chr5:158532411-158532524；chr17:46673963-46674085； chr8:99962608-99962690；chr6:133561660-133561777； chr2:158300375-158300486；chr4:13524668-13524790； chr2:176993005-176993125；chr15:96895488-96895582； chr2:177029417-177029542；chr5:134376437-134376563； chr8:22562392-22562476；chr10:90343169-90343288；chr1:34629529-34629634； chr3:186079213-186079340；chr8:24770918-24771026； chr2:177030024-177030138；chr7:27253041-27253164； chr4:144620969-144621093；chr7:27197574-27197659； chr17:66596161-66596269；chr15:96887527-96887616； chr5:112073352-112073434；chr6:133562758-133562876； chr11:125037245-125037331；chr4:13526664-13526744； chr8:72756454-72756552；chr7:87230172-87230267； chr2:107502448-107502537；chr4:13532566-13532660； chr9:91605730-91605817；chr8:99986820-99986928；chr16:11327091-11327204； chr5:112073466-112073557；chr6:99280534-99280643； chr10:85955209-85955302；chr11:46382989-46383076；chr7:139333353-139333459；chr5:32714408-32714525； chr12:115124959-115125066；chr6:5994950-5995048；chr8:99961208-99961337； chr5:10565481-10565569；chr3:128211088-128211182； chr10:121276092-121276212；chr8:10588846-10588971；chr8:687433-687513； chr5:140871303-140871422；chr13:36049330-36049419； chr16:72821517-72821645；chr17:29249695-29249773； chr7:116963262-116963354；chr19:36909486-36909606； chr3:179168761-179168844；chr8:72755877-72755999；chr7:1094830-1094913； chr10:7452752-7452842；chr7:150038595-150038715；chr2:7571254-7571365； chr7:96651473-96651564；chr2:176972077-176972174； chr5:172673058-172673162；chr2:213401682-213401784； chr8:144105751-144105852；chr10:110225863-110225977； chr12:115109504-115109616；chr6:42738969-42739068； chr13:46960845-46960969；chr9:126771377-126771460； chr13:88325299-88325385；chr2:89065168-89065266；chr6:40996088-40996182； chr11:61544753-61544867；chr14:103512083-103512178； chr15:48010835-48010923；chr8:143532012-143532108； chr10:28030376-28030474；chr5:92907914-92908009；chr7:27196280-27196357； chr14:99697597-99697701；chr19:37957782-37957881； chr16:11348779-11348867；chr10:94822406-94822486； chr16:82661135-82661236；chr7:37487564-37487687；chr8:67344481-67344582； chr8:13424254-13424371；chr19:36909674-36909751；chr4:74486190-74486275； chr14:102247660-102247746；chr2:131797752-131797834； chr8:79428608-79428697；chr2:193060312-193060424； chr4:134070170-134070268；chr4:74486161-74486239； chr19:51228325-51228428；chr19:37407275-37407386。
153marker组：表4中全部标记物。
以上所述实施例的各技术特征可以进行任意的组合，为使描述简洁，未对上述实施例中的各个技术特征所有可能的组合都进行描述，然而，只要这些技术特征的组合不存在矛盾，都应当认为是本说明书记载的范围。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围，因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
Claims (14)
1.一种用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，其中，所述的甲基化生物标记物包括表1中提供的编号1～编号1315的差异甲基化区域中的任一项或其任意组合。
2.根据权利要求1所述的用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，其中，所述的甲基化生物标记物包括以下差异甲基化区域中的任一项或其任意组合：
chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189、chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、chr4:81951942-81952056、chr8:79428666-79428762、chr5:158532472-158532473、chr7:87230229-87230335、chr1:158150846-158150936、chr1:158150828-158150894、chr7:87230172-87230270、chr2:154335397-154335527、chr1:158150752-158150871、chr4:166300043-166300144、chr2:154335350-154335456、chr1:158150876-158150984、chr4:166299977-166300109、chr4:166299973-166300082、chr4:81952454-81952579、chr1:158150939-158151031、chr4:166300082-166300175、chr2:154335293-154335397、chr19:51228353-51228475、chr9:126771464-126771564、chr5:473846-473847、chr8:79428616-79428692、chr5:475142-475226、chr8:41504206-41504314、chr3:152553708-152553836、chr8:41504221-41504308、chr2:176994551-176994643、chr4:81952210-81952336、chr20:2781338-2781445、chr7:87229811-87229900、chr15:96895541-96895542、chr22:25961213-25961295、chr2:200329042-200329150、chr4:81952232-81952340、chr3:152553244-152553359、chr5:473985-473986、chr10:18429766-18429879、chr7:87229748-87229859、chr16:82661455-82661564、chr3:152553289-152553393、chr4:81952181-81952305、chr5:474149-474234、chr22:25961295-25961383、chr5:473894-473895、chr5:473990-473991、chr10:18429634-18429760、chr20:2781419-2781509、chr20:13201050-13201169、chr20:2781520-2781648、chr2:177053350-177053442、chr12:22487210-22487314、chr5:474034-474035、chr5:474049-474050、chr12:22487135-22487230、chr12:22487138-22487231、chr8:97506229-97506347、chr8:97506259-97506379、chr5:473977-473978、chr10:85955301-85955393、chr2:73147611-73147736、chr5:32714466-32714594、chr11:117685585-117685703、chr20:13201015-13201114、chr13:46961526-46961641、chr2:176994614-176994699、chr5:32714408-32714525、chr5:474153-474276、chr5:474051-474052、chr10:94822432-94822536、chr2:73147683-73147770、chr5:474089-474090、chr9:23822125-23822240、chr4:81952302-81952396、chr10:94822431-94822559、chr5:474063-474064、chr5:474213-474214、chr2:176972012-176972141、chr5:473948-473949、chr5:112073570-112073671、chr5:474111-474112、chr5:112073352-112073434、chr3:138665243-138665321、chr5:474215-474216、chr5:474110-474111、chr5:473899-473900、chr13:46961411-46961529、chr10:94822487-94822575、chr9:23822006-23822117、chr5:474145-474146、chr11:15094948-15095072、chr5:473942-473943、chr7:27196357-27196434、chr11:15094952-15095069、chr5:473934-473935、chr5:474176-474177、chr4:111544375-111544473、chr10:31607502-31607600、chr2:73147740-73147852、chr5:474164-474165、chr10:90343288-90343407、chr16:82661236-82661338、chr2:176972174-176972271、chr10:31607440-31607441、chr5:474235-474321、chr5:474246-474247、chr4:155253994-155254080、chr5:474250-474251、chr4:48987977-48988095、chr5:473839-473840、chr5:474127-474128、chr15:48010835-48010923、chr5:474254-474255、chr5:474252-474253、chr18:42259542-42259653、chr5:474259-474260、chr18:42259507-42259584、chr18:42259559-42259560、chr10:31607716-31607717、chr10:31607684-31607685和chr10:31607698-31607699。
3.根据权利要求1或2所述的用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，其中，所述的差异甲基化区域至少包括：chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189和chr8:79428643-79428762中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr7:87229870-87229992和chr4:81951942-81952056中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr8:79428666-79428762和chr5:158532472-158532473中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr7:87230229-87230335、chr1:158150846-158150936和chr1:158150828-158150894中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr7:87230172-87230270、chr2:154335397-154335527、chr1:158150752-158150871、chr4:166300043-166300144、chr2:154335350-154335456、chr1:158150876-158150984、chr4:166299977-166300109、chr4:166299973-166300082、chr4:81952454-81952579和chr1:158150939-158151031中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr4:166300082-166300175、chr2:154335293-154335397、chr19:51228353-51228475、chr9:126771464-126771564、chr5:473846-473847、chr8:79428616-79428692、chr5:475142-475226、chr8:41504206-41504314、chr3:152553708-152553836、chr8:41504221-41504308、chr2:176994551-176994643、chr4:81952210-81952336、chr20:2781338-2781445、chr7:87229811-87229900、chr15:96895541-96895542、chr22:25961213-25961295、chr2:200329042-200329150、chr4:81952232-81952340、chr3:152553244-152553359、chr5:473985-473986、chr10:18429766-18429879、chr7:87229748-87229859、chr16:82661455-82661564、chr3:152553289-152553393、chr4:81952181-81952305、chr5:474149-474234、chr22:25961295-25961383、chr5:473894-473895、chr5:473990-473991和chr10:18429634-18429760中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr20:2781419-2781509、chr20:13201050-13201169、chr20:2781520-2781648、chr2:177053350-177053442、chr12:22487210-22487314、chr5:474034-474035、chr5:474049-474050、chr12:22487135-22487230、chr12:22487138-22487231、chr8:97506229-97506347、chr8:97506259-97506379、chr5:473977-473978、chr10:85955301-85955393、chr2:73147611-73147736、chr5:32714466-32714594、chr11:117685585-117685703、chr20:13201015-13201114、chr13:46961526-46961641、chr2:176994614-176994699、chr5:32714408-32714525、chr5:474153-474276、chr5:474051-474052、chr10:94822432-94822536、chr2:73147683-73147770、chr5:474089-474090、chr9:23822125-23822240、chr4:81952302-81952396、chr10:94822431-94822559、chr5:474063-474064、chr5:474213-474214、chr2:176972012-176972141、chr5:473948-473949、chr5:112073570-112073671、chr5:474111-474112、chr5:112073352-112073434、chr3:138665243-138665321、chr5:474215-474216、chr5:474110-474111、chr5:473899-473900、chr13:46961411-46961529、chr10:94822487-94822575、chr9:23822006-23822117、chr5:474145-474146、chr11:15094948-15095072、chr5:473942-473943、chr7:27196357-27196434、chr11:15094952-15095069、chr5:473934-473935、chr5:474176-474177和chr4:111544375-111544473中的至少一种；
进一步地，所述的差异甲基化区域包括：chr9:126771377-126771459、chr7:87230188-87230189、chr8:79428643-79428762、chr7:87229870-87229992、chr4:81951942-81952056、chr8:79428666-79428762、chr5:158532472-158532473、chr7:87230229-87230335、chr1:158150846-158150936、chr1:158150828-158150894、chr7:87230172-87230270、chr2:154335397-154335527、chr1:158150752-158150871、chr4:166300043-166300144、chr2:154335350-154335456、chr1:158150876-158150984、chr4:166299977-166300109、chr4:166299973-166300082、chr4:81952454-81952579、chr1:158150939-158151031、chr4:166300082-166300175、chr2:154335293-154335397、chr19:51228353-51228475、chr9:126771464-126771564、chr5:473846-473847、chr8:79428616-79428692、chr5:475142-475226、chr8:41504206-41504314、chr3:152553708-152553836、chr8:41504221-41504308、chr2:176994551-176994643、chr4:81952210-81952336、chr20:2781338-2781445、chr7:87229811-87229900、chr15:96895541-96895542、chr22:25961213-25961295、chr2:200329042-200329150、chr4:81952232-81952340、chr3:152553244-152553359、chr5:473985-473986、chr10:18429766-18429879、chr7:87229748-87229859、chr16:82661455-82661564、chr3:152553289-152553393、chr4:81952181-81952305、chr5:474149-474234、chr22:25961295-25961383、chr5:473894-473895、chr5:473990-473991、chr10:18429634-18429760、chr20:2781419-2781509、chr20:13201050-13201169、chr20:2781520-2781648、chr2:177053350-177053442、chr12:22487210-22487314、chr5:474034-474035、chr5:474049-474050、chr12:22487135-22487230、chr12:22487138-22487231、chr8:97506229-97506347、chr8:97506259-97506379、chr5:473977-473978、chr10:85955301-85955393、chr2:73147611-73147736、chr5:32714466-32714594、chr11:117685585-117685703、chr20:13201015-13201114、chr13:46961526-46961641、chr2:176994614-176994699、chr5:32714408-32714525、chr5:474153-474276、chr5:474051-474052、chr10:94822432-94822536、chr2:73147683-73147770、chr5:474089-474090、chr9:23822125-23822240、chr4:81952302-81952396、chr10:94822431-94822559、chr5:474063-474064、chr5:474213-474214、chr2:176972012-176972141、chr5:473948-473949、chr5:112073570-112073671、chr5:474111-474112、chr5:112073352-112073434、chr3:138665243-138665321、chr5:474215-474216、chr5:474110-474111、chr5:473899-473900、chr13:46961411-46961529、chr10:94822487-94822575、chr9:23822006-23822117、chr5:474145-474146、chr11:15094948-15095072、chr5:473942-473943、chr7:27196357-27196434、chr11:15094952-15095069、chr5:473934-473935、chr5:474176-474177、chr4:111544375-111544473、chr10:31607502-31607600、chr2:73147740-73147852、chr5:474164-474165、chr10:90343288-90343407、chr16:82661236-82661338、chr2:176972174-176972271、chr10:31607440-31607441、chr5:474235-474321、chr5:474246-474247、chr4:155253994-155254080、chr5:474250-474251、chr4:48987977-48988095、chr5:473839-473840、chr5:474127-474128、chr15:48010835-48010923、chr5:474254-474255、chr5:474252-474253、chr18:42259542-42259653、chr5:474259-474260、chr18:42259507-42259584、chr18:42259559-42259560、chr10:31607716-31607717、chr10:31607684-31607685和chr10:31607698-31607699。
4.根据权利要求1～3中任一项所述的用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，其中，所述的甲基化生物标记物包括以下的差异甲基化区域中的任一项或其任意组合：
chr10:11220099-11220195、chr8:97157323-97157411、chr5:158532411-158532524、chr17:46673963-46674085、chr8:99962608-99962690、chr6:133561660-133561777、chr2:158300375-158300486、chr4:13524668-13524790、chr2:176993005-176993125、chr15:96895488-96895582、chr2:177029417-177029542、chr5:134376437-134376563、chr8:22562392-22562476、chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026、chr2:177030024-177030138、chr7:27253041-27253164、chr4:144620969-144621093、chr7:27197574-27197659、chr17:66596161-66596269、chr15:96887527-96887616、chr5:112073352-112073434、chr6:133562758-133562876、chr11:125037245-125037331、chr4:13526664-13526744、chr8:72756454-72756552、chr7:87230172-87230267、chr2:107502448-107502537、chr4:13532566-13532660、chr9:91605730-91605817、chr8:99986820-99986928、chr16:11327091-11327204、chr5:112073466-112073557、chr6:99280534-99280643、chr10:85955209-85955302、chr11:46382989-46383076、chr7:139333353-139333459、chr5:32714408-32714525、chr12:115124959-115125066、chr6:5994950-5995048、chr8:99961208-99961337、chr5:10565481-10565569、chr3:128211088-128211182、chr10:121276092-121276212、chr8:10588846-10588971、chr8:687433-687513、chr5:140871303-140871422、chr13:36049330-36049419、chr16:72821517-72821645、chr17:29249695-29249773、chr7:116963262-116963354、chr19:36909486-36909606、chr3:179168761-179168844、chr8:72755877-72755999、chr7:1094830-1094913、chr10:7452752-7452842、chr7:150038595-150038715、chr2:7571254-7571365、chr7:96651473-96651564、chr2:176972077-176972174、chr5:172673058-172673162、chr2:213401682-213401784、chr8:144105751-144105852、chr10:110225863-110225977、chr12:115109504-115109616、chr6:42738969-42739068、chr13:46960845-46960969、chr9:126771377-126771460、chr13:88325299-88325385、chr2:89065168-89065266、chr6:40996088-40996182、chr11:61544753-61544867、chr14:103512083-103512178、chr15:48010835-48010923、chr8:143532012-143532108、chr10:28030376-28030474、chr5:92907914-92908009、chr7:27196280-27196357、chr14:99697597-99697701、chr19:37957782-37957881、chr16:11348779-11348867、chr10:94822406-94822486、chr16:82661135-82661236、chr7:37487564-37487687、chr8:67344481-67344582、chr8:13424254-13424371、chr19:36909674-36909751、chr4:74486190-74486275、chr14:102247660-102247746、chr2:131797752-131797834、chr8:79428608-79428697、chr2:193060312-193060424、chr4:134070170-134070268、chr4:74486161-74486239、chr19:51228325-51228428、chr19:37407275-37407386、chr8:70984562-70984656、chr3:50378273-50378354、chr4:154713805-154713923、chr2:73147607-73147684、chr10:7452785-7452907、chr1:158150846-158150936、chr8:132052467-132052572、chr3:138665165-138665243、chr4:154710033-154710130、chr5:475142-475226、chr4:81952255-81952369、chr8:132054560-132054681、chr6:73331132-73331242、chr8:41504204-41504318、chr8:54164382-54164463、chr10:16562164-16562282、chr8:60032504-60032608、chr11:107799859-107799937、chr2:154335350-154335456、chr16:68771017-68771091、chr8:97506229-97506355、chr6:117586965-117587072、chr12:22487545-22487638、chr19:51228359-51228435、chr8:132053718-132053827、chr3:142682404-142682503、chr10:134901632-134901734、chr19:37288499-37288624、chr17:75369503-75369631、chr8:9764106-9764215、chr13:47468096-47468221、chr7:50344120-50344207、chr7:93519920-93520045、chr7:37487917-37487991、chr7:87229748-87229837、chr3:38080883-38080970、chr3:152553580-152553708、chr8:41166808-41166905、chr8:26722887-26723016、chr12:95942293-95942403、chr7:50343859-50343987、chr12:133464250-133464353、chr2:200328934-200329042、chr20:2781338-2781445、chr8:106330655-106330756、chr8:132052702-132052859、chr2:175201980-175202106、chr1:4715257-4715345、chr22:25961207-25961295、chr16:31488314-31488398、chr4:81952121-81952229、chr10:131265485-131265559、chr13:46961257-46961370、chr22:24551833-24551960和chr3:142839732-142839851。
5.根据权利要求1～4中任一项所述的用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，其中，所述的差异甲基化区域至少包括：chr22:24551833-24551960、chr3:142839732-142839851和chr10:11220099-11220195中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr8:97157323-97157411和chr5:158532411-158532524中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr17:46673963-46674085和chr8:99962608-99962690中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr6:133561660-133561777、chr2:158300375-158300486和chr4:13524668-13524790中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr2:176993005-176993125、chr15:96895488-96895582、chr2:177029417-177029542、chr5:134376437-134376563、chr8:22562392-22562476、chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026和chr2:177030024-177030138中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr7:27253041-27253164、chr4:144620969-144621093、chr7:27197574-27197659、chr17:66596161-66596269、chr15:96887527-96887616、chr5:112073352-112073434、chr6:133562758-133562876、chr11:125037245-125037331、chr4:13526664-13526744、chr8:72756454-72756552、chr7:87230172-87230267、chr2:107502448-107502537、chr4:13532566-13532660、chr9:91605730-91605817、chr8:99986820-99986928、chr16:11327091-11327204、chr5:112073466-112073557、chr6:99280534-99280643、chr10:85955209-85955302、chr11:46382989-46383076、chr7:139333353-139333459、chr5:32714408-32714525、chr12:115124959-115125066、chr6:5994950-5995048、chr8:99961208-99961337、chr5:10565481-10565569、chr3:128211088-128211182、chr10:121276092-121276212、chr8:10588846-10588971和chr8:687433-687513中的至少一种；
任选地，所述的差异甲基化区域还包括：chr5:140871303-140871422、chr13:36049330-36049419、chr16:72821517-72821645、chr17:29249695-29249773、chr7:116963262-116963354、chr19:36909486-36909606、chr3:179168761-179168844、chr8:72755877-72755999、chr7:1094830-1094913、chr10:7452752-7452842、chr7:150038595-150038715、chr2:7571254-7571365、chr7:96651473-96651564、chr2:176972077-176972174、chr5:172673058-172673162、chr2:213401682-213401784、chr8:144105751-144105852、chr10:110225863-110225977、chr12:115109504-115109616、chr6:42738969-42739068、chr13:46960845-46960969、chr9:126771377-126771460、chr13:88325299-88325385、chr2:89065168-89065266、chr6:40996088-40996182、chr11:61544753-61544867、chr14:103512083-103512178、chr15:48010835-48010923、chr8:143532012-143532108、chr10:28030376-28030474、chr5:92907914-92908009、chr7:27196280-27196357、chr14:99697597-99697701、chr19:37957782-37957881、chr16:11348779-11348867、chr10:94822406-94822486、chr16:82661135-82661236、chr7:37487564-37487687、chr8:67344481-67344582、chr8:13424254-13424371、chr19:36909674-36909751、chr4:74486190-74486275、chr14:102247660-102247746、chr2:131797752-131797834、chr8:79428608-79428697、chr2:193060312-193060424、chr4:134070170-134070268、chr4:74486161-74486239、chr19:51228325-51228428和chr19:37407275-37407386中的至少一种；
进一步地，所述的差异甲基化区域包括：chr10:11220099-11220195、chr8:97157323-97157411、chr5:158532411-158532524、chr17:46673963-46674085、chr8:99962608-99962690、chr6:133561660-133561777、chr2:158300375-158300486、chr4:13524668-13524790、chr2:176993005-176993125、chr15:96895488-96895582、chr2:177029417-177029542、chr5:134376437-134376563、chr8:22562392-22562476、chr10:90343169-90343288、chr1:34629529-34629634、chr3:186079213-186079340、chr8:24770918-24771026、chr2:177030024-177030138、chr7:27253041-27253164、chr4:144620969-144621093、chr7:27197574-27197659、chr17:66596161-66596269、chr15:96887527-96887616、chr5:112073352-112073434、chr6:133562758-133562876、chr11:125037245-125037331、chr4:13526664-13526744、chr8:72756454-72756552、chr7:87230172-87230267、chr2:107502448-107502537、chr4:13532566-13532660、chr9:91605730-91605817、chr8:99986820-99986928、chr16:11327091-11327204、chr5:112073466-112073557、chr6:99280534-99280643、chr10:85955209-85955302、chr11:46382989-46383076、chr7:139333353-139333459、chr5:32714408-32714525、chr12:115124959-115125066、chr6:5994950-5995048、chr8:99961208-99961337、chr5:10565481-10565569、chr3:128211088-128211182、chr10:121276092-121276212、chr8:10588846-10588971、chr8:687433-687513、chr5:140871303-140871422、chr13:36049330-36049419、chr16:72821517-72821645、chr17:29249695-29249773、chr7:116963262-116963354、chr19:36909486-36909606、chr3:179168761-179168844、chr8:72755877-72755999、chr7:1094830-1094913、chr10:7452752-7452842、chr7:150038595-150038715、chr2:7571254-7571365、chr7:96651473-96651564、chr2:176972077-176972174、chr5:172673058-172673162、chr2:213401682-213401784、chr8:144105751-144105852、chr10:110225863-110225977、chr12:115109504-115109616、chr6:42738969-42739068、chr13:46960845-46960969、chr9:126771377-126771460、chr13:88325299-88325385、chr2:89065168-89065266、chr6:40996088-40996182、chr11:61544753-61544867、chr14:103512083-103512178、chr15:48010835-48010923、chr8:143532012-143532108、chr10:28030376-28030474、chr5:92907914-92908009、chr7:27196280-27196357、chr14:99697597-99697701、chr19:37957782-37957881、chr16:11348779-11348867、chr10:94822406-94822486、chr16:82661135-82661236、chr7:37487564-37487687、chr8:67344481-67344582、chr8:13424254-13424371、chr19:36909674-36909751、chr4:74486190-74486275、chr14:102247660-102247746、chr2:131797752-131797834、chr8:79428608-79428697、chr2:193060312-193060424、chr4:134070170-134070268、chr4:74486161-74486239、chr19:51228325-51228428、chr19:37407275-37407386、chr8:70984562-70984656、chr3:50378273-50378354、chr4:154713805-154713923、chr2:73147607-73147684、chr10:7452785-7452907、chr1:158150846-158150936、chr8:132052467-132052572、chr3:138665165-138665243、chr4:154710033-154710130、chr5:475142-475226、chr4:81952255-81952369、chr8:132054560-132054681、chr6:73331132-73331242、chr8:41504204-41504318、chr8:54164382-54164463、chr10:16562164-16562282、chr8:60032504-60032608、chr11:107799859-107799937、chr2:154335350-154335456、chr16:68771017-68771091、chr8:97506229-97506355、chr6:117586965-117587072、chr12:22487545-22487638、chr19:51228359-51228435、chr8:132053718-132053827、chr3:142682404-142682503、chr10:134901632-134901734、chr19:37288499-37288624、chr17:75369503-75369631、chr8:9764106-9764215、chr13:47468096-47468221、chr7:50344120-50344207、chr7:93519920-93520045、chr7:37487917-37487991、chr7:87229748-87229837、chr3:38080883-38080970、chr3:152553580-152553708、chr8:41166808-41166905、chr8:26722887-26723016、chr12:95942293-95942403、chr7:50343859-50343987、chr12:133464250-133464353、chr2:200328934-200329042、chr20:2781338-2781445、chr8:106330655-106330756、chr8:132052702-132052859、chr2:175201980-175202106、chr1:4715257-4715345、chr22:25961207-25961295、chr16:31488314-31488398、chr4:81952121-81952229、chr10:131265485-131265559、chr13:46961257-46961370、chr22:24551833-24551960和chr3:142839732-142839851。
6.根据权利要求1～5中任一项所述的用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，其中，所述的胃癌为存在于受试者中的胃癌；
任选地，所述的受试者为哺乳动物；
优选地，所述的哺乳动物为人。
7.根据权利要求1～6中任一项所述的用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，其中，所述胃癌选自I期、II期、III期或IV期的胃癌；和/或，
所述胃癌选自低分化、中低分化、中分化、中高分化或高分化的胃癌；和/或，
所述胃癌选自Lauren分型中弥漫型、混合型或肠型的胃癌。
8.根据权利要求1～7中任一项所述的用于诊断胃癌的甲基化生物标记物，其中，待测样本中所述甲基化生物标记物的甲基化水平，与来自健康受试者或患有胃良性肿瘤受试者的样本中所述甲基化生物标记物的甲基化水平存在差异，则指示所述待测样本对应的受试者存在胃癌。
9.下述(i)～(ii)中任一用途：
(i)权利要求1～8中任一项所述的甲基化生物标记物在制备用于诊断胃癌的试剂或试剂盒中的用途；
(ii)确定权利要求1～8中任一项所述的甲基化生物标记物的甲基化水平的试剂在制备用于诊断胃癌的试剂或试剂盒中的用途。
10.一种用于诊断胃癌的试剂盒，其中，所述的试剂盒包含用于检测待测样本中权利要求1～8中任一项所述的甲基化生物标记物的甲基化水平的试剂。
11.根据权利要求10所述的用于诊断胃癌的试剂盒，其中，所述的试剂为选自以下的检测甲基化水平的方法中所使用的试剂：荧光定量PCR、甲基化特异性PCR、数字PCR、DNA甲基化芯片、靶向DNA甲基化测序、全基因组甲基化测序、DNA甲基化质谱中的一种或多种。
12.根据权利要求10或11所述的用于诊断胃癌的试剂盒，其中，所述的待测样本选自组织、全血、血浆、唾液、血清、尿液、尿液脱落细胞、尿沉渣、尿液上清中的一种或多种；
优选地，所述的待测样本为组织、全血、血浆或血清。
13.根据权利要求10～12中任一项所述的用于诊断胃癌的试剂盒，其中，所述的待测样本来自受试者；
任选地，所述的受试者是哺乳动物；
优选地，所述的哺乳动物是人。
14.一种用于诊断胃癌的系统，其中，所述系统包括检测装置、计算装置和输出装置；
所述检测装置包括进样器和检测器，所述进样器用于采集来自受试者的样本，所述检测器用于检测所述样本中权利要求1～8中任一项所述的甲基化生物标记物的甲基化水平；
所述计算装置包括存储器和处理器，所述存储器中存储有计算机程序，所述处理器被配置为执行所述存储器中存储的计算机程序，以实现如下判别：
所述样本中权利要求1～8中任一项所述的甲基化生物标记物的甲基化水平不同于来自健康受试者和/或患有胃良性肿瘤的受试者的样本中测定的所述甲基化生物标记物的甲基化水平，则判别所述样本对应的受试者的存在胃癌。
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