CN117280031A - 用于抑制核受体亚家族1组h成员3（nr1h3）表达的组合物和方法 - Google Patents
用于抑制核受体亚家族1组h成员3（nr1h3）表达的组合物和方法 Download PDFInfo
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Abstract
本文提供了抑制NR1H3表达的寡核苷酸。还提供了包含所述寡核苷酸的组合物及其用途，特别是涉及治疗与NR1H3表达相关的疾病、病症和/或状况的用途。
Description
背景技术
肝脏在脂质代谢中起关键作用。正常肝脏脂质代谢的异常与多种肝脏疾病或病症的发展相关，例如非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)及其随后进展为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)和潜在的其他晚期肝脏异常。
NAFLD是最常见的肝脏疾病之一，全球患病率不断增加(Loomba R.,&SanyalA.J.NAT.REV.GASTROENTEROL HEPATOL.(2013)；10(11):686-90)。NAFLD是这样一种肝脏疾病，其特征在于一系列临床和病理严重程度，范围从单纯性脂肪变性到非酒精性脂肪肝(NAFL)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、纤维化、肝硬化、肝细胞癌(HCC)和肝功能衰竭(Bessone F等人,CELL MOL.LIFE SCI.(2019)；76(1):99-128)。NAFLD的特征在于，在没有大量饮酒以及没有肝脏中脂肪积累的其他原因如药物、饥饿和病毒性疾病的情况下，肝脏中存在脂肪(Chalasani,N.等人,HEPATOLOGY(Baltimore,Md.),(2012)；55(6):2005–23)。另外，随着疾病的进展，NASH患者发生肝外并发症，特别是心血管疾病(CVD)的风险也会增加，这是该患者群体中最常见的死亡原因之一(Patil R等人,WORLD J.GASTROINTEST.PATHOPHYSIOL.(2017)；8(2):51–8)。导致NAFLD的肝脏脂质代谢异常也会推动致动脉粥样化血脂异常的进展，其中升高的血浆甘油三酯(TG)、胆固醇和脂蛋白颗粒浸润动脉壁，随后发展成动脉粥样硬化斑块(Loomba R&Sanyal AJ NAT.REV.GASTROENTEROL.HEPATOL.(2013)；10(11):686-90)。因此，开发针对NAFLD的改变疾病的治疗存在重大的医学需求。
发明内容
本公开部分地基于降低肝脏中的NR1H3(核受体亚家族1，组H，成员3)表达的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的发现。具体来说，鉴定了NR1H3 mRNA内的靶序列，并且生成了与这些靶序列结合并抑制NR1H3 mRNA表达的寡核苷酸。如本文所证明的，所述寡核苷酸抑制鼠、猴和/或人肝脏中的NR1H3表达。不受理论的束缚，本文所述的寡核苷酸可用于治疗与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况(例如，非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)或系统性红斑狼疮)。
在一方面，本发明提供了用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。在一方面，本发明提供了用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。
在一些实施方案中，所述RNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中所述反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中所述互补区域选自SEQ ID NO:786、787、1537和813，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与所述反义链互补的互补区域，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在所述反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，所述RNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中所述反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中所述互补区域选自SEQ ID NO:1509、1510、1409和1511，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与所述反义链互补的互补区域，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在所述反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在所述RNAi寡核苷酸的一些实施方案中：(i)所述有义链的长度为15至50或18至36个核苷酸，任选地长度为36个核苷酸；任选地(ii)所述反义链的长度为15至30个核苷酸，任选地长度为22个核苷酸；并且任选地(iii)所述双链体区域的长度为至少19个核苷酸或至少20个核苷酸。
在所述RNAi寡核苷酸的一些实施方案中，所述互补区域的长度为至少19个连续核苷酸，任选地长度为至少20个连续核苷酸，任选地为20个连续核苷酸，并且任选地其中所述互补区域与所述反义链的核苷酸位置2-8或所述反义链的位置2-11处的mRNA靶序列完全互补，核苷酸从5’至3’编号。
在所述RNAi寡核苷酸的一些实施方案中：所述有义链的3’端包含表示为S1-L-S2的茎-环，其中(i)S1与S2互补，任选地其中S1和S2的长度各自为1-10个核苷酸并且具有相同的长度，任选地其中S1和S2的长度各自为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸，进一步任选地其中S1和S2的长度为6个核苷酸；并且(ii)L在S1与S2之间形成长度为3-5个核苷酸的环，任选地其中L为三环或四环，任选地其中该四环包含序列5’-GAAA-3’，任选地其中所述茎-环包含序列5’-GCAGCCGAAAGGCUGC-3’(SEQ ID NO:1121)。在一些实施方案中，所述RNAi寡核苷酸包含带缺口的四环结构或在有义链的3’末端与反义链的5’末端之间包含缺口。
在所述RNAi寡核苷酸的一些实施方案中：所述反义链在3’末端包含长度为一个或多个核苷酸的突出端序列，任选地其中所述突出端包含嘌呤核苷酸，任选地其中所述突出端序列的长度为2个核苷酸，任选地其中所述突出端选自AA、GG、AG和GA，任选地其中所述突出端为GG。
在所述RNAi寡核苷酸的一些实施方案中：(i)所述寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷酸，任选地其中所述经修饰的核苷酸包含2’-修饰，任选地其中：(a)所述2’-修饰是选自2’-氨基乙基、2’-氟代、2’-O-甲基、2’-O-甲氧基乙基和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸的修饰，任选地其中所述修饰选自2’-氟代和2’-O-甲基，任选地其中所述寡核苷酸的所有核苷酸均被修饰，其中所述修饰为2’-氟代和2’-O-甲基；(b)所述有义链的约10-15％、10％、11％、12％、13％、14％或15％的核苷酸包含2’-氟代修饰；(c)所述反义链的约25-35％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％或35％的核苷酸包含2’-氟代修饰；(d)所述寡核苷酸的约25-35％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％或35％的核苷酸包含2’-氟代修饰；(e)所述有义链包含从5’至3’为位置1-36的36个核苷酸，其中位置8-11包含2’-氟代修饰；(f)所述反义链包含从5’至3’为位置1-22的22个核苷酸，并且其中位置2、3、4、5、7、10和14包含2’-氟代修饰；并且/或者(g)其余的核苷酸包含2’-O-甲基修饰，并且/或者(ii)所述寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷酸间键合，任选地其中所述至少一个经修饰的核苷酸间键合是硫代磷酸酯键，任选地其中：(a)所述反义链(i)在位置1与2之间以及位置2与3之间；或(ii)在位置1与2之间、位置2与3之间以及位置3与4之间包含硫代磷酸酯键，其中位置从5’至3’编号为1-4；并且/或者(b)所述反义链的长度为22个核苷酸，并且其中所述反义链在位置20与21之间以及位置21与22之间包含硫代磷酸酯键，其中位置从5’至3’编号为1-22，并且/或者(iii)所述反义链在5’末端包含磷酸化核苷酸，其中所述磷酸化核苷酸选自尿苷和腺苷，任选地其中所述磷酸化核苷酸为尿苷，并且/或者(iv)所述反义链的5’-核苷酸的糖的4’-碳包含磷酸酯类似物，任选地其中所述磷酸酯类似物是氧基甲基膦酸酯、乙烯基膦酸酯或丙二酰基膦酸酯，任选地其中所述磷酸酯类似物是包含5‘-甲氧基膦酸酯-4’-氧基的4’-磷酸酯类似物，并且/或者(v)所述寡核苷酸的至少一个核苷酸与一个或多个靶向配体缀合，任选地其中：(a)每个靶向配体包含碳水化合物、氨基糖、胆固醇、多肽或脂质；(b)所述茎环包含与该茎环的一个或多个核苷酸缀合的一个或多个靶向配体；(c)所述一个或多个靶向配体与所述环的一个或多个核苷酸缀合，任选地其中所述环包含从5’至3’编号为1-4的4个核苷酸，其中位置2、3和4的核苷酸各自包含一个或多个靶向配体，其中所述靶向配体相同或不同；(d)每个靶向配体包含N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)部分，任选地其中该GalNAc部分是单价GalNAc部分、二价GalNAc部分、三价GalNAc部分或四价GalNAc部分；并且/或者(e)所述茎-环的L的至多4个核苷酸各自与单价GalNAc部分缀合。
在所述RNAi寡核苷酸的一些实施方案中，所述靶向配体包含至少一个GalNAc部分并且靶向人类肝脏细胞(例如，人类肝细胞)。
在所述RNAi寡核苷酸的一些实施方案中：(i)所述有义链包含SEQ ID NO:769-856、SEQ ID NO:1519-1552、SEQ ID NO:1409、1509-1511或SEQ ID NO:945-1032中任一者的核苷酸序列，任选地选自SEQ ID NO:786、787、813和1537的核苷酸序列；并且任选地(ii)所述反义链包含SEQ ID NO:857-944或SEQ ID NO:1033-1120中任一者的核苷酸序列，任选地选自SEQ ID NO:874、875、901和929的核苷酸序列。
在所述RNAi寡核苷酸的一些实施方案中：所述有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944。
在所述RNAi寡核苷酸的一些实施方案中：所述有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:945和1033；
(b)分别为SEQ ID NO:946和1034；
(c)分别为SEQ ID NO:947和1035，
(d)分别为SEQ ID NO:948和1036，
(e)分别为SEQ ID NO:949和1037；
(f)分别为SEQ ID NO:950和1038；
(g)分别为SEQ ID NO:951和1039；
(h)分别为SEQ ID NO:952和1040；
(i)分别为SEQ ID NO:953和1041；
(j)分别为SEQ ID NO:954和1042；
(k)分别为SEQ ID NO:955和1043；
(l)分别为SEQ ID NO:956和1044；
(m)分别为SEQ ID NO:957和1045；
(n)分别为SEQ ID NO:958和1046；
(o)分别为SEQ ID NO:959和1047；
(p)分别为SEQ ID NO:960和1048；
(q)分别为SEQ ID NO:961和1049；
(r)分别为SEQ ID NO:962和1050；
(s)分别为SEQ ID NO:963和1051；
(t)分别为SEQ ID NO:964和1052；
(u)分别为SEQ ID NO:965和1053；
(v)分别为SEQ ID NO:966和1054；
(w)分别为SEQ ID NO:967和1055；
(x)分别为SEQ ID NO:968和1056；
(y)分别为SEQ ID NO:969和1057；
(z)分别为SEQ ID NO:970和1058；
(aa)分别为SEQ ID NO:971和1059；
(bb)分别为SEQ ID NO:972和1060；
(cc)分别为SEQ ID NO:973和1061；
(dd)分别为SEQ ID NO:974和1062；
(ee)分别为SEQ ID NO:975和1063；
(ff)分别为SEQ ID NO:976和1064；
(gg)分别为SEQ ID NO:977和1065；
(hh)分别为SEQ ID NO:978和1066；
(ii)分别为SEQ ID NO:979和1067；
(jj)分别为SEQ ID NO:980和1068；
(kk)分别为SEQ ID NO:981和1069；
(ll)分别为SEQ ID NO:982和1070；
(mm)分别为SEQ ID NO:983和1071；
(nn)分别为SEQ ID NO:984和1072；
(oo)分别为SEQ ID NO:985和1073；
(pp)分别为SEQ ID NO:986和1074；
(qq)分别为SEQ ID NO:987和1075；
(rr)分别为SEQ ID NO:988和1076；
(ss)分别为SEQ ID NO:989和1077；
(tt)分别为SEQ ID NO:990和1078；
(uu)分别为SEQ ID NO:991和1079；
(vv)分别为SEQ ID NO:992和1080；
(ww)分别为SEQ ID NO:993和1081；
(xx)分别为SEQ ID NO:994和1082；
(yy)分别为SEQ ID NO:995和1083；
(zz)分别为SEQ ID NO:996和1084；
(aaa)分别为SEQ ID NO:997和1085；
(bbb)分别为SEQ ID NO:998和1086；
(ccc)分别为SEQ ID NO:999和1087；
(ddd)分别为SEQ ID NO:1000和1088；
(eee)分别为SEQ ID NO:1001和1089；
(fff)分别为SEQ ID NO:1002和1090；
(ggg)分别为SEQ ID NO:1003和1091；
(hhh)分别为SEQ ID NO:1004和1092；
(iii)分别为SEQ ID NO:1005和1093；
(jjj)分别为SEQ ID NO:1006和1094；
(kkk)分别为SEQ ID NO:1007和1095；
(lll)分别为SEQ ID NO:1008和1096；
(mmm)分别为SEQ ID NO:1009和1097；
(nnn)分别为SEQ ID NO:1010和1098；
(ooo)分别为SEQ ID NO:1011和1099；
(ppp)分别为SEQ ID NO:1012和1100；
(qqq)分别为SEQ ID NO:1013和1101；
(rrr)分别为SEQ ID NO:1014和1102；
(sss)分别为SEQ ID NO:1015和1103；
(ttt)分别为SEQ ID NO:1016和1104；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1017和1105；
(vvv)分别为SEQ ID NO:1018和1106；
(www)分别为SEQ ID NO:1019和1107；
(xxx)分别为SEQ ID NO:1020和1108；
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(eeee)分别为SEQ ID NO:1027和1115；
(ffff)分别为SEQ ID NO:1028和1116；
(gggg)分别为SEQ ID NO:1029和1117；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:1030和1118；
(iiii)分别为SEQ ID NO:1031和1119；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:1032和1120。
在所述RNAi寡核苷酸的一些实施方案中：
(i)所述有义链包含5′-mCs-mU-mC-mA-mA-mG-mG-fA-fU-fU-fU-mC-mA-mG-mU-mU-mA-mU-mA-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQ ID NO:963)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs]-fUs-fAs-fU-fA-mA-fC-mU-mG-fA-mA-mA-mU-fC-mC-mU-mU-mG-mA-mG s-mGs-mG-3′(SEQ ID NO:1051)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝化学式5
(ii)所述有义链包含5′-mUs-mC-mA-mA-mG-mG-mA-fU-fU-fU-fC-mA-mG-mU-mU-mA-mU-mA-mA-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQ ID NO:964)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs]-fUs-fUs-fA-fU-mA-fA-mC-mU-fG-mA-mA-mA-fU-mC-mC-mU-mU-mG-mAs-mGs-mG-3′(SEQ ID NO:1052)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝化学式5
(iii)所述有义链包含5′-mAs-mG-mC-mA-mG-mC-mG-fU-fC-fC-fA-mC-mU-mC-mA-mG-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQ ID NO:1006)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs]-fGs-fCs-fU-fC-mU-fG-mA-mG-fU-mG-mG-mA-fC-mG-mC-mU-mG-mC-mUs-mGs-mG-3′(SEQ ID NO:1094)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝化学式5
或者
(iv)所述有义链包含5′-mAs-mU-mG-mU-mG-mC-mA-fC-fG-fA-fA-mU-mG-mA-mC-mU-mG-mU-mU-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQ ID NO:1018)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs]-fAs-fAs-fC-fA-mG-fU-mC-mA-fU-mU-mC-mG-fU-mG-mC-mA-mC-mA-mU s-mGs-mG-3′(SEQ ID NO:1106)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝化学式5
任选地其中所述寡核苷酸是切酶底物。
在一方面，本发明提供了包含根据本发明的RNAi寡核苷酸和药学上可接受的载体、递送剂或辅料的药物组合物。
在一方面，本发明提供了包含根据本发明的RNAi寡核苷酸、可选的药学上可接受的载体和包装插页的试剂盒，所述包装插页包括关于向患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者施用，任选地用于治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)或系统性红斑狼疮的说明书。
在一方面，本发明提供了根据本发明的RNAi寡核苷酸或根据本发明的药物组合物在制备药物中的用途，该药物用于治疗与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况，任选地用于治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)或系统性红斑狼疮，任选地与第二组合物或治疗剂联合使用。
附图说明
图1A提供了包含带缺口的四环结构的寡核苷酸的图示。
图1B提供的图描绘了用GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸治疗后，外源表达人NR1H3的小鼠(流体动力学注射模型)肝脏中剩余的人NR1H3 mRNA的百分比(％)。给药后三天，向小鼠流体动力学注射(HDI)人NR1H3 mRNA构建体。18小时后，收集肝脏并测量人和小鼠NR1H3mRNA水平。外显子指示mRNA上该构建体靶向的位置。图1B中测试的构建体是从实施例2中描述的筛选中选择的。白色箭头指示用于非人类灵长类动物(NHP)研究的潜在构建体。
图2提供的图描绘了用基于使用实施例2中描述的算法鉴定的序列设计的GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸治疗后，外源表达人NR1H3的小鼠(流体动力学注射模型)肝脏中剩余的人或小鼠NR1H3mRNA的百分比(％)。向小鼠皮下给予2mg/kg的所示NR1H3-GalNAc构建体。给药后三天，向小鼠流体动力学注射(HDI)人NR1H3 mRNA构建体。18小时后，收集肝脏并测量人和小鼠NR1H3 mRNA水平。外显子指示mRNA上该构建体靶向的位置。基准构建体(NR1H3-769和NR1H3-1469)是从Dicerna先前进行的序列筛选中选择的。
图3提供的图描绘了用GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸治疗后，外源表达人NR1H3的小鼠(HDI模型)肝脏中剩余的人NR1H3 mRNA的百分比(％)。图3中测试的构建体是验证图2中测试的构建体的重复测定。白色箭头指示用于非人灵长类动物研究的潜在构建体。
图4提供的图描绘了用GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸治疗后，外源表达人NR1H3的小鼠(HDI模型)肝脏中剩余的人NR1H3 mRNA的百分比(％)。图1B和图2中测试的构建体在两次试验(实验1和实验2)中使用相同的方法进行验证和重复。白色箭头指示用于非人灵长类动物研究的潜在构建体。
图5提供的示意图描绘了用GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸治疗非人灵长类动物的给药方案和样本采集。每4周按1mg/kg或4mg/kg给药一次，持续四个月(Q4Wx4)。示出了肝脏活检和血液采集的时间。
具体实施方式
肝脏X受体α(LXRα；由NR1H3基因编码)和β(LXRβ；由NR1H2基因编码)是在脂质调节和胆固醇稳态以及炎症中发挥作用的核受体(Venkateswaran,A.等人,PROC.NATL.ACAD.SCI.U.S.A.,(2000)；97:12097–102)。LXRα在诸如肝脏、小肠、肾脏、脾脏、肾上腺和脂肪组织等脂质代谢相关器官中高表达，而LXRβ表达分布广泛。特异性抑制肝细胞中的LXRα以治疗NASH相关血脂异常的假说得到了数项临床和临床前观察的支持。LXRα的激活增加血浆和肝TG以及血浆LDLc，正如在以剂量依赖性方式接受LXR激动剂治疗的人类受试者中所证明的那样(Kirchgessner,T.G.等人,CELL METAB,(2016)；24(2):223-33)。与这一观察结果一致，小鼠肝脏中LXRα的缺失减少了肝脏脂肪并减少了血浆甘油三酯(J.CLIN.INVEST.(2012)；122(5):1688-99)。
另外，在NAFLD和NASH患者的肝脏活检物中，LXRα的肝表达显著上调(Ahn,S.B.等人,DIG.DIS.SCI.(2014)；59:2975–82)。然而，避免巨噬细胞中LXRα的抑制是理想的，因为LXRα激活会增加反向胆固醇转运(RCT)，从而防止动脉粥样硬化(CURR.OPIN.INVESTIG.DRUGS.(2003)；4(9):1053-8)。总而言之，并且不受理论的束缚，特别是在肝细胞中，LXRα的拮抗/抑制(例如，通过靶向NR1H3的RNAi寡核苷酸)减少了从头脂肪生成，同时保留了巨噬细胞和星状细胞中的LXRα功能，以发挥它们分别在预防炎症和纤维化方面的积极作用，因而代表了一种有前途的治疗NAFLD和/或NASH的方法(Higuchi,N.等人,HEPATOL.RES.(2008)；38:1122-29)(Repa,J.J.和Mangelsdorf,D.J.ANNU.REV.CELL DEV.BIOL.(2000)；16:459–81)。这种方法的最佳实现方式可以是通过肝脏中NR1H3表达的特异性和靶向降低，而表达NR1H3的其他器官、组织或细胞则基本不受影响。从这个意义上来讲，本发明可以提供改进的治疗方式，因为其特异性靶向肝脏中的mRNA产生。
根据一些方面，本公开提供了降低肝脏中的NR1H3表达的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)。在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸被设计用于治疗与肝脏中的NR1H3表达相关的疾病，例如非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)或非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。在一些方面，本公开提供了通过降低细胞(例如，肝脏细胞)或器官(例如，肝脏)中的NR1H3表达来治疗与NR1H3表达相关的疾病的方法。
NR1H3表达的寡核苷酸抑制剂
NR1H3靶序列
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)靶向包含NR1H3 mRNA的靶序列。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸靶向NR1H3 mRNA序列内的靶序列。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸对应于NR1H3 mRNA序列内的靶序列。在一些实施方案中，该寡核苷酸或其部分、片段或链(例如，双链(ds)RNAi寡核苷酸的反义链或指导链)与包含NR1H3 mRNA的靶序列结合或退火，从而抑制NR1H3表达。
在一些实施方案中，为了在体内抑制NR1H3表达的目的，所述寡核苷酸靶向NR1H3靶序列。在一些实施方案中，靶向NR1H3靶序列的寡核苷酸抑制NR1H3表达的量或程度与该寡核苷酸的效力相关。在一些实施方案中，靶向NR1H3靶序列的寡核苷酸抑制NR1H3表达的量或程度与用该寡核苷酸治疗的、患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者或患者中治疗益处的量或程度相关。
通过检查编码NR1H3的mRNA的核苷酸序列，包括多个不同物种(例如，人、食蟹猴、小鼠和大鼠；参见，例如，实施例2)的mRNA的核苷酸序列，并且作为体外和体内测试(参见，例如，实施例2-5)的结果，已发现NR1H3 mRNA的某些核苷酸序列比其他序列更易发生基于寡核苷酸的抑制，因此可用作本文寡核苷酸的靶序列。在一些实施方案中，本文所述寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的有义链包含NR1H3靶序列。在一些实施方案中，本文所述寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的有义链的部分或区域包含NR1H3靶序列。在一些实施方案中，NR1H3靶序列包含SEQ ID NO:1-384中任一者的序列，或由SEQ ID NO:1-384中任一者的序列组成。在一些实施方案中，NR1H3靶序列可由SEQ ID NO:92、285和/或354所示的序列之一组成。
NR1H3靶向序列
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)具有与NR1H3 mRNA(例如，在NR1H3 mRNA的靶序列内)互补的互补区域，以用于靶向细胞中的NR1H3 mRNA并抑制和/或降低NR1H3表达的目的。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含NR1H3靶向序列(例如，dsRNA寡核苷酸的反义链或指导链)，该靶向序列具有通过互补(Watson-Crick)碱基配对与NR1H3靶序列结合或退火的互补区域。靶向序列或互补区域通常具有合适的长度和碱基含量，以使得寡核苷酸(或其链)能够与NR1H3 mRNA结合或退火，从而达到抑制和/或降低NR1H3表达的目的。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域的长度为至少约12、至少约13、至少约14、至少约15、至少约16、至少约17、至少约18、至少约19、至少约20、至少约21、至少约22、至少约23、至少约24、至少约25、至少约26、至少约27、至少约28、至少约29或至少约30个核苷酸。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域的长度为约12至约30(例如，12至30、12至22、15至25、17至21、18至27、19至27或15至30)个核苷酸。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域的长度为约12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域的长度为18个核苷酸。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域的长度为19个核苷酸。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域的长度为20个核苷酸。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域的长度为21个核苷酸。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域的长度为22个核苷酸。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域的长度为23个核苷酸。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域的长度为24个核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的序列互补的靶序列或互补区域。在一些实施方案中，寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的序列互补的靶序列或互补区域，并且该靶向序列或互补区域的长度为18个核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的序列互补的靶序列或互补区域，并且该靶向序列或互补区域的长度为19个核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的序列互补的靶序列或互补区域，并且该靶向序列或互补区域的长度为19个核苷酸。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含与NR1H3靶序列完全互补的靶向序列或互补区域(例如，双链寡核苷酸的反义链或指导链)。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域与NR1H3靶序列部分地互补。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与NR1H3靶序列完全互补的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与NR1H3靶序列部分地互补的靶向序列或互补区域。
在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的序列完全互补的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的序列完全互补的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQID NO:1409、1509、1510或1511中所示的序列完全互补的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的序列部分地互补的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的序列部分地互补的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1409、1509、1510或1511中所示的序列部分地互补的靶向序列或互补区域。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含与包含NR1H3mRNA的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中所述连续核苷酸序列的长度为约12至约30个核苷酸(例如，长度为12至30、12至28、12至26、12至24、12至20、12至18、12至16、14至22、16至20、18至20或18至19个核苷酸)。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与包含NR1H3 mRNA的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中所述连续核苷酸序列的长度为10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与包含NR1H3 mRNA的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中所述连续核苷酸序列的长度为19个核苷酸。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与包含NR1H3 mRNA的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中所述连续核苷酸序列的长度为20个核苷酸。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，任选地其中所述连续核苷酸序列的长度为19个核苷酸。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1409、1509、1510或1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中所述连续核苷酸序列的长度为19个核苷酸。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的靶向序列或互补区域与SEQ ID NO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的靶向序列或互补区域与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的连续核苷酸序列互补。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的靶向序列或互补区域与SEQ ID NO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补并且跨越反义链的整个长度。在一些实施方案中，该寡核苷酸的靶向序列或互补区域与SEQ ID NO:1-384的连续核苷酸序列互补并且跨越反义链的整个长度的一部分。在一些实施方案中，该寡核苷酸的靶向序列或互补区域与SEQ ID NO:1125-1511的连续核苷酸序列互补并且跨越反义链的整个长度的一部分。在一些实施方案中，该寡核苷酸的靶向序列或互补区域与SEQ ID NO:1125-1511的连续核苷酸序列互补并且跨越反义链的整个长度的一部分。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含互补区域(例如，在dsRNA的反义链上)，该互补区域与跨越SEQ ID NO:1-384中任一者所示的序列的核苷酸1-19或1-20的连续核苷酸段至少部分(例如，完全)互补。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含互补区域(例如，在dsRNA的反义链上)，该互补区域与跨越SEQ ID NO:1125-1511中任一者所示的序列的核苷酸1-19或1-20的连续核苷酸段至少部分(例如，完全)互补。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含与相应的NR1H3靶序列具有一个或多个碱基对(bp)错配的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，靶向序列或互补区域可以与相应的NR1H3靶序列具有最多约1个、最多约2个、最多约3个、最多约4个、最多约5个等错配，条件是该靶向序列或互补区域在适当杂交条件下与NR1H3 mRNA结合或退火的能力和/或该寡核苷酸抑制NR1H3表达的能力得到维持。或者，靶向序列或互补区域可以与相应的NR1H3靶序列具有不超过1个、不超过2个、不超过3个、不超过4个或不超过5个错配，条件是该靶向序列或互补区域在适当杂交条件下与NR1H3 mRNA结合或退火的能力和/或该寡核苷酸抑制NR1H3表达的能力得到维持。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与相应靶序列具有1个错配的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与相应靶序列具有2个错配的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与相应靶序列具有3个错配的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与相应靶序列具有4个错配的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与相应靶序列具有5个错配的靶向序列或互补区域。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与相应靶序列具有多于一个错配(例如，2、3、4、5个或更多个错配)的靶向序列或互补区域，其中至少2个(例如，全部)错配是连续定位的(例如，连续的2、3、4、5个或更多个错配)，或者其中所述错配散布在整个靶向序列或互补区域中。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与相应靶序列具有多于一个错配(例如，2、3、4、5个或更多个错配)的靶向序列或互补区域，其中至少2个(例如，全部)错配是连续定位的(例如，连续的2、3、4、5个或更多个错配)，或者其中至少一个或多个非错配的碱基对位于所述错配之间，或其组合。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中该靶向序列或互补区域与相应NR1H3靶序列可具有最多约1个、最多约2个、最多约3个、最多约4个、最多约5个等错配。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中该靶向序列或互补区域与相应NR1H3靶序列可具有最多约1个、最多约2个、最多约3个、最多约4个、最多约5个等错配。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中该靶向序列或互补区域与相应NR1H3靶序列可具有不超过1个、不超过2个、不超过3个、不超过4个或不超过5个错配。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中该靶向序列或互补区域与相应NR1H3靶序列可具有不超过1个、不超过2个、不超过3个、不超过4个或不超过5个错配。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1409、1509、1510或1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中该靶向序列或互补区域与相应NR1H3靶序列可具有最多约1个、最多约2个、最多约3个、最多约4个、最多约5个等错配。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1409、1509、1510或1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中该靶向序列或互补区域与相应NR1H3靶序列可具有不超过1个、不超过2个、不超过3个、不超过4个或不超过5个错配。
寡核苷酸的类型
多种寡核苷酸类型和/或结构可用于在本文的方法中靶向NR1H3，包括但不限于RNAi寡核苷酸、反义寡核苷酸(ASO)、miRNA等。本文或别处描述的任何寡核苷酸类型均预期用作框架以并入本文的NR1H3靶向序列，以用于抑制NR1H3表达的目的。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸通过在切酶(Dicer)参与的上游或下游加入RNA干扰(RNAi)途径来抑制NR1H3表达。例如，已经开发出RNAi寡核苷酸，其每条链具有约19-25个核苷酸的大小，并具有至少一个1至5个核苷酸的3’-突出端(参见，例如，第8,372,968号美国专利)。还开发了更长的寡核苷酸，其被切酶加工以生成活性RNAi产物(参见，例如，第8,883,996号美国专利)。进一步的工作产生了延伸的dsRNA，其中至少一条链的至少一端延伸超出双链体靶向区域，包括其中一条链包含热力学稳定四环结构的结构(参见，例如，第8,513,207和8,927,705号美国专利，以及公开号为WO 2010/033225的国际专利申请)。此类结构可包括单链(ss)延伸(在分子的一侧或两侧)以及双链(ds)延伸。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸在切酶参与(例如，切酶切割)的下游加入RNAi途径。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸是切酶底物。在一些实施方案中，在内源切酶加工后，产生能够降低NR1H3表达的长度为19-23个核苷酸的双链核酸。在一些实施方案中，该寡核苷酸在有义链的3’端具有突出端(例如，长度为1、2或3个核苷酸)。在一些实施方案中，该寡核苷酸(例如，siRNA)包含与靶RNA呈反义的21个核苷酸的指导链和互补的过客链，其中这两条链退火以形成19-bp双链体和位于任一或两个3’端的2个核苷酸的突出端。还可用更长的寡核苷酸设计，包括具有23个核苷酸的指导链和21个核苷酸的过客链的寡核苷酸，其中在分子的右侧(过客链的3’端/指导链的5’端)具有平端，且在分子的左侧(过客链的5’端/指导链的3’端)具有两个核苷酸的3’-指导链突出端。在此类分子中，存在21bp双链体区域。参见，例如，第9,012,138、9,012,621和9,193,753号美国专利。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含长度均在约17至36(例如，17至36、20至25或21-23)个核苷酸范围内的有义链和反义链。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含长度为19-30个核苷酸的反义链和长度为19-50个核苷酸的有义链，其中反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含长度均在约19-22个核苷酸范围内的有义链和反义链。在一些实施方案中，有义链和反义链长度相等。在一些实施方案中，寡核苷酸包含有义链和反义链，使得在有义链或反义链上，或者在有义链和反义链两者上存在3’-突出端。在一些实施方案中，对于具有长度均在约21-23个核苷酸范围内的有义链和反义链的寡核苷酸，有义链、反义链或有义链和反义链两者上的3’-突出端的长度为1或2个核苷酸。在一些实施方案中，该寡核苷酸具有22个核苷酸的指导链和20个核苷酸的过客链，其中在分子的右侧(过客链的3’端/指导链的5’端)具有平端，且在分子的左侧(过客链的5’端/指导链的3’端)具有2个核苷酸的3’-指导链突出端。在此类分子中，存在20bp双链体区域。
与本文的组合物和方法一起使用的其他寡核苷酸设计包括：16-聚体siRNA(参见，例如，NUCLEIC ACIDS IN CHEMISTRY AND BIOLOGY,Blackburn(编),Royal Society ofChemistry,2006)、shRNA(例如，具有19bp或更短的茎；参见，例如，Moore等人,METHODSMOL.BIOL.(2010)；629:141-158)、平端siRNA(例如，长度为19bp；参见，例如，Kraynack&Baker RNA(2006)；12:163-176)、不对称siRNA(aiRNA；参见，例如，Sun等人,NAT.BIOTECHNOL.(2008)；26:1379-1382)、不对称较短双链体siRNA(参见，例如，Chang等人,MOL.THER.(2009)；17:725-32)、叉siRNA(参见，例如，Hohjoh FEBS LETT.(2004)；557:193-198)、ss siRNA(Elsner NAT.BIOTECHNOL.(2012)；30:1063)、哑铃形环状siRNA(参见，例如，Abe等人,J.AM.CHEM.SOC.(2007)；129:15108-09)以及小的内部分段干扰RNA(siRNA；参见，例如，Bramsen等人,NUCLEIC ACIDS RES.(2007)；35:5886-97)。可以在一些实施方案中使用以降低或抑制NR1H3表达的寡核苷酸结构的其他非限制性实例是微小RNA(miRNA)、短发夹RNA(shRNA)和短siRNA(参见，例如，Hamilton等人,EMBO J.(2002)；21:4671-79；还参见公开号为2009/0099115的美国专利申请)。
另外，在一些实施方案中，本文中用于降低或抑制NR1H3表达的寡核苷酸是单链的(ss)。此类结构可包括但不限于单链RNAi分子。最近的努力已经证明了单链RNAi分子的活性(参见，例如，Matsui等人,MOL.THER.(2016)；24:946-55)。然而，在一些实施方案中，本文的寡核苷酸是反义寡核苷酸(ASO)。反义寡核苷酸是具有核碱基序列的单链寡核苷酸，当以5’至3’方向书写时，该核碱基序列包含特定核酸的被靶向区段的反向互补序列并且被适当地修饰(例如，作为gapmer)以诱导其靶RNA在细胞中的RNA酶H介导的切割，或者(例如，作为mixmer)抑制靶mRNA在细胞中的翻译。供此处使用的ASO可以以本领域已知的任何合适的方式进行修饰，包括，例如，如第9,567,587号美国专利中所示(包括，例如，长度，核碱基(嘧啶、嘌呤)的糖部分，以及核碱基的杂环部分的改变)。此外，数十年来，ASO已被用于降低特定靶基因的表达(参见，例如，Bennett等人,ANNU.REV.PHARMACOL.(2017)；57:81-105)。
在一些实施方案中，反义寡核苷酸与NR1H3 mRNA共享互补区域。在一些实施方案中，反义寡核苷酸靶向人NR1H3 mRNA(智人(Homo sapiens)NR1H3，mRNA，转录物变体5，NCBI参考序列：NM_001251935.1)。在一些实施方案中，反义寡核苷酸的长度为15-50个核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸的长度为15-25个核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸的长度为22个核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸与SEQ ID NO:1-384中的任一者互补。在一些实施方案中，反义寡核苷酸与SEQ ID NO:1125-1511中的任一者互补。在一些实施方案中，反义寡核苷酸的长度为至少15个连续核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸的长度为至少19个连续核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸的长度为至少20个连续核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸与靶序列有1、2或3个核苷酸不同。
双链寡核苷酸
在一些方面，本公开提供了用于靶向NR1H3 mRNA并抑制NR1H3表达(例如，通过RNAi途径)的双链(ds)RNAi寡核苷酸，其包含有义链(本文中也称为过客链)和反义链(本文中也称为指导链)。在一些实施方案中，有义链和反义链是单独的链，并且不是共价连接的。在一些实施方案中，有义链和反义链共价连接。在一些实施方案中，有义链和反义链形成双链体区域，其中有义链和反义链或其部分以互补方式(例如，通过Watson-Crick碱基配对)彼此结合。
在一些实施方案中，有义链具有第一区域(R1)和第二区域(R2)，其中R2包含第一亚区(S1)、四环(L)或三环(triL)和第二亚区(S2)，其中L或triL位于S1与S2之间，并且其中S1和S2形成第二双链体(D2)。D2可具有不同的长度。在一些实施方案中，D2的长度为约1-6bp。在一些实施方案中，D2的长度为2-6、3-6、4-6、5-6、1-5、2-5、3-5或4-5bp。在一些实施方案中，D2的长度为1、2、3、4、5或6bp。在一些实施方案中，D2的长度为6bp。
在一些实施方案中，有义链的R1和反义链形成第一双链体(D1)。在一些实施方案中，D1的长度为至少约15(例如，至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20或至少21)个核苷酸。在一些实施方案中，D1的长度在约12至30个核苷酸的范围内(例如，长度为12至30、12至27、15至22、18至22、18至25、18至27、18至30或21至30个核苷酸)。在一些实施方案中，D1的长度为至少12个核苷酸(例如，长度为至少12、至少15、至少20、至少25或至少30个核苷酸)。在一些实施方案中，D1的长度为12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。在一些实施方案中，D1的长度为20个核苷酸。在一些实施方案中，包含有义链和反义链的D1不跨越有义链和/或反义链的整个长度。在一些实施方案中，包含有义链和反义链的D1跨越有义链或反义链或两者的整个长度。在某些实施方案中，包含有义链和反义链的D1跨越有义链和反义链两者的整个长度。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含具有SEQ ID NO:1-384中任一者的序列的有义链和包含选自SEQ ID NO:385-768的互补序列的反义链。在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含具有SEQ ID NO:1125-1511中任一者的序列的有义链和包含选自SEQ ID NO:1512-1515的互补序列的反义链。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含具有SEQ IDNO:769-856或1519-1552中任一者的序列的有义链和包含选自SEQ ID NO:857-944的互补序列的反义链，如表3和表4中所排列的。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含有义链和反义链，该有义链和反义链包含选自以下的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含有义链和反义链，该有义链和反义链包含选自以下的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929；以及，
(d)分别为SEQ ID NO:813和901。
在一些实施方案中，有义链包含SEQ ID NO:786的序列并且反义链包含SEQ IDNO:874的序列。
在一些实施方案中，有义链包含SEQ ID NO:787的序列并且反义链包含SEQ IDNO:875的序列。
在一些实施方案中，有义链包含SEQ ID NO:1537的序列并且反义链包含SEQ IDNO:929的序列。
在一些实施方案中，有义链包含SEQ ID NO:813的序列并且反义链包含SEQ IDNO:901的序列。
应当理解，在一些实施方案中，在描述寡核苷酸(例如，dsRNAi寡核苷酸)或其他核酸的结构时可以参考序列表中呈现的序列。在这样的实施方案中，与指定序列相比，实际的寡核苷酸或其他核酸可具有一个或多个替代核苷酸(例如，DNA核苷酸的RNA对应物或RNA核苷酸的DNA对应物)和/或一个或多个经修饰的核苷酸和/或一个或多个经修饰的核苷酸间键合和/或一个或多个其他修饰，而仍然保留与指定序列基本相同或相似的互补性质。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含25个核苷酸的有义链和27个核苷酸的反义链，当受到切酶作用时，其产生并入成熟RISC中的反义链。在一些实施方案中，所述25个核苷酸的有义链包含选自SEQ ID NO:1-384的序列。在一些实施方案中，所述27个核苷酸的反义链包含选自SEQ ID NO:385-768的序列。在一些实施方案中，该寡核苷酸的有义链长于27个核苷酸(例如，28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个核苷酸)。在一些实施方案中，该寡核苷酸的有义链长于25个核苷酸(例如，26、27、28、29或30个核苷酸)。在一些实施方案中，该寡核苷酸的有义链包含选自SEQ ID NO:769-856的核苷酸序列，其中该核苷酸序列长于27个核苷酸(例如，28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个核苷酸)。在一些实施方案中，该寡核苷酸的有义链包含选自SEQ ID NO:1519-1552的核苷酸序列，其中该核苷酸序列长于27个核苷酸(例如，28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个核苷酸)。在一些实施方案中，该寡核苷酸的有义链包含选自SEQ ID NO:769-856的核苷酸序列，其中该核苷酸序列长于25个核苷酸(例如，26、27、28、29或30个核苷酸)。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)具有与另一5’端相比热力学稳定性较差的一个5’端。在一些实施方案中，提供了不对称寡核苷酸，其在有义链的3’端包括平端并在反义链的3’端包括3’-突出端。在一些实施方案中，反义链上的3’-突出端的长度为约1-8个核苷酸(例如，长度为1、2、3、4、5、6、7或8个核苷酸)。在一些实施方案中，该寡核苷酸在反义(指导)链的3’端具有包含两(2)个核苷酸的突出端。然而，其他突出端也是可能的。在一些实施方案中，突出端是包含1至6个核苷酸，任选地1至5、1至4、1至3、1至2、2至6、2至5、2至4、2至3、3至6、3至5、3至4、4至6、4至5、5至6个核苷酸，或1、2、3、4、5或6个核苷酸的长度的3’-突出端。然而，在一些实施方案中，突出端是包含1至6个核苷酸，任选地1至5、1至4、1至3、1至2、2至6、2至5、2至4、2至3、3至6、3至5、3至4、4至6、4至5、5至6个核苷酸，或1、2、3、4、5或6个核苷酸的长度的5’-突出端。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，以及长度为1至6个核苷酸的5’-突出端。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，以及长度为1至6个核苷酸的5’-突出端。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含有义链，该有义链包含选自SEQ ID NO:769-856的核苷酸序列，其中该寡核苷酸包含长度为1至6个核苷酸的5’-突出端。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含有义链，该有义链包含选自SEQ ID NO:1519-1552的核苷酸序列，其中该寡核苷酸包含长度为1至6个核苷酸的5’-突出端。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含反义链，该反义链包含选自SEQ ID NO:857-944的核苷酸序列，其中该寡核苷酸包含长度为1至6个核苷酸的5’-突出端。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含选自SEQ ID NO:769-856的核苷酸序列，该反义链包含选自SEQ ID NO:857-944的核苷酸序列，其中该寡核苷酸包含长度为1至6个核苷酸的5’-突出端。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含选自SEQ ID NO:1519-1552的核苷酸序列，该反义链包含选自SEQ ID NO:857-944的核苷酸序列，其中该寡核苷酸包含长度为1至6个核苷酸的5’-突出端。
在一些实施方案中，反义链3’端上的两(2)个末端核苷酸被修饰。在一些实施方案中，反义链3’端上的两(2)个末端核苷酸与靶mRNA(例如，NR1H3 mRNA)互补。在一些实施方案中，反义链3’端上的两(2)个末端核苷酸不与靶mRNA互补。在一些实施方案中，本文寡核苷酸的反义链3’端上的两(2)个末端核苷酸是不配对的。在一些实施方案中，本文寡核苷酸的反义链3’端上的两(2)个末端核苷酸包含未配对的GG。在一些实施方案中，本文寡核苷酸的反义链3’端上的两(2)个末端核苷酸不与靶mRNA互补。在一些实施方案中，寡核苷酸的每个3’端上的两(2)个末端核苷酸是GG。在一些实施方案中，本文寡核苷酸的每个3’端上的两(2)个末端GG核苷酸之一或两者不与靶mRNA互补。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中本文寡核苷酸的反义链3’端上的两(2)个末端核苷酸包含未配对的GG。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，其中本文寡核苷酸的反义链3’端上的两(2)个末端核苷酸包含未配对的GG。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含反义链，该反义链包含选自SEQ ID NO:857-944的核苷酸序列，其中该寡核苷酸的反义链3’端上的两(2)个末端核苷酸包含未配对的GG。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含选自SEQ ID NO:769-856的核苷酸序列，该反义链包含选自SEQ ID NO:857-944的核苷酸序列，其中该寡核苷酸的反义链3’端上的两(2)个末端核苷酸包含未配对的GG。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含选自SEQ ID NO:1519-1552的核苷酸序列，该反义链包含选自SEQ ID NO:857-944的核苷酸序列，其中该寡核苷酸的反义链3’端上的两(2)个末端核苷酸包含未配对的GG。
在一些实施方案中，在构成本文寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的有义链与反义链之间存在一个或多个(例如，1、2、3、4或5个)错配。如果在有义链与反义链之间存在多于一个错配，则它们可以连续地定位(例如，连续的2个、3个或更多个)，或者散布在整个互补区域中。在一些实施方案中，有义链的3’端包含一个或多个错配。在一些实施方案中，在有义链的3’端处并入两(2)个错配。在一些实施方案中，本文寡核苷酸的有义链3’端处的碱基错配或区段去稳定化改善或增加了该寡核苷酸的效力。在一些实施方案中，本文寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944，
其中在有义链与反义链之间存在一个或多个(例如，1、2、3、4或5个)错配。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含有义链和反义链，该有义链和反义链包含选自以下的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929；以及，
(d)分别为SEQ ID NO:813和901，
其中在有义链与反义链之间存在一个或多个(例如，1、2、3、4或5个)错配。
反义链
在一些实施方案中，本文寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的反义链被称为“指导链”。例如，反义链与RNA诱导的沉默复合物(RISC)接合并与Argonaute蛋白如Ago2结合，或者与一种或多种类似因子接合或结合，并指导靶基因的沉默，该反义链被称为指导链。在一些实施方案中，包含与指导链互补的互补区域的有义链在本文中被称为“过客链”。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含长度为最多约50个核苷酸(例如，长度为最多50个、最多40个、最多35个、最多30个、最多27个、最多25个、最多21个、最多19个、最多17个或最多12个核苷酸)的反义链。在一些实施方案中，寡核苷酸包含长度为至少约12个核苷酸(例如，长度为至少12个、至少15个、至少19个、至少21个、至少22个、至少25个、至少27个、至少30个、至少35个或至少38个核苷酸)的反义链。在一些实施方案中，寡核苷酸包含长度在约12至约40(例如，12至40、12至36、12至32、12至28、15至40、15至36、15至32、15至28、17至22、17至25、19至27、19至30、20至40、22至40、25至40或32至40)个核苷酸范围内的反义链。在一些实施方案中，寡核苷酸包含长度为15至30个核苷酸的反义链。在一些实施方案中，本文公开的任一种寡核苷酸的反义链为12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸的长度。在一些实施方案中，寡核苷酸包含长度为22个核苷酸的反义链。
在一些实施方案中，本文公开的用于靶向NR1H3的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含反义链，该反义链包含如SEQ ID NO:385-768中任一者所示的序列或由如SEQ ID NO:385-768中任一者所示的序列组成。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含反义链，该反义链包含如SEQ ID NO:385-768中任一者所示的序列的至少约12个(例如，至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个、至少20个、至少21个、至少22个或至少23个)连续核苷酸。在一些实施方案中，本文公开的用于靶向NR1H3的寡核苷酸包含反义链，该反义链包含如SEQ ID NO:857-944中任一者所示的序列或由如SEQ IDNO:857-944中任一者所示的序列组成。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含反义链，该反义链包含如SEQ ID NO:857-944中任一者所示的序列的至少约12个(例如，至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个、至少20个、至少21个、至少22个或至少23个)连续核苷酸。在一些实施方案中，本文公开的用于靶向NR1H3的寡核苷酸包含反义链，该反义链包含如SEQ ID NO:874、875、929和901中任一者所示的序列或由如SEQ ID NO:874、875、929和901中任一者所示的序列组成。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含反义链，该反义链包含如SEQ ID NO:874、875、929和901中任一者所示的序列的至少约12个(例如，至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个、至少20个、至少21个、至少22个或至少23个)连续核苷酸。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含反义链，该反义链包含选自SEQ ID NO:1512-1515的核苷酸序列。
有义链
在一些实施方案中，本文公开的用于靶向NR1H3 mRNA并抑制NR1H3表达的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含如SEQ ID NO:1-384中任一者所示的有义链序列。在一些实施方案中，本文公开的用于靶向NR1H3 mRNA并抑制NR1H3表达的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含如SEQ ID NO:1125-1511中任一者所示的有义链序列。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸具有有义链，该有义链由如SEQ ID NO:1-384中任一者所示的序列的至少约12个(例如，至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个、至少20个、至少21个、至少22个或至少23个)连续核苷酸组成。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸具有有义链，该有义链由如SEQ ID NO:1125-1511中任一者所示的序列的至少约12个(例如，至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个、至少20个、至少21个、至少22个或至少23个)连续核苷酸组成。在一些实施方案中，本文公开的用于靶向NR1H3 mRNA并抑制NR1H3表达的寡核苷酸包含如SEQ ID NO:769-856中任一者所示的有义链序列。在一些实施方案中，本文公开的用于靶向NR1H3mRNA并抑制NR1H3表达的寡核苷酸包含如SEQ ID NO:1519-1552中任一者所示的有义链序列。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸具有有义链，该有义链由如SEQ ID NO:769-856中任一者所示的序列的至少约12个(例如，至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个、至少20个、至少21个、至少22个或至少23个)连续核苷酸组成。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸具有有义链，该有义链由如SEQ ID NO:1519-1552中任一者所示的序列的至少约12个(例如，至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个、至少20个、至少21个、至少22个或至少23个)连续核苷酸组成。在一些实施方案中，本文公开的用于靶向NR1H3mRNA并抑制NR1H3表达的寡核苷酸包含如SEQ ID NO:786、787、1537和813中任一者所示的有义链序列。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸具有有义链，该有义链包含如SEQ ID NO:786、787、1537和813中任一者所示的序列的至少约12个(例如，至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个、至少20个、至少21个、至少22个或至少23个)连续核苷酸。在一些实施方案中，本文公开的用于靶向NR1H3 mRNA并抑制NR1H3表达的寡核苷酸包含如SEQ ID NO:1409、1509、1510和1511中任一者所示的有义链序列。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸具有有义链，该有义链包含如SEQ ID NO:1409、1509、1510和1511中任一者所示的序列的至少约12个(例如，至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个、至少20个、至少21个、至少22个或至少23个)连续核苷酸。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含长度为最多约50个核苷酸(例如，长度为最多50个、最多40个、最多36个、最多30个、最多27个、最多25个、最多21个、最多19个、最多17个或最多12个核苷酸)的有义链(或过客链)。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含长度为至少约12个核苷酸(例如，长度为至少12个、至少15个、至少19个、至少21个、至少25个、至少27个、至少30个、至少36个或至少38个核苷酸)的有义链。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含长度在约12至约50(例如，12至50、12至40、12至36、12至32、12至28、15至40、15至36、15至32、15至28、17至21、17至25、19至27、19至30、20至40、22至40、25至40或32至40)个核苷酸范围内的有义链。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含长度为15至50个核苷酸的有义链。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含长度为18至36个核苷酸的有义链。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含长度为12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个核苷酸的有义链。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含长度为36个核苷酸的有义链。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含有义链，在该有义链的3’端包含茎-环结构。在一些实施方案中，该茎-环通过链内碱基配对而形成。在一些实施方案中，有义链在其5’端包含茎-环结构。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为2个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为3个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为4个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为5个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为6个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为7个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为8个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为9个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为10个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为11个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为12个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为13个核苷酸的双链体。在一些实施方案中，该茎-环的茎包含长度为14个核苷酸的双链体。
在一些实施方案中，茎-环提供寡核苷酸免遭降解(例如，酶促降解)的保护，促进或改善向靶细胞、组织或器官(例如，肝脏)的靶向和/或递送，或以上两者。例如，在一些实施方案中，茎-环的环由包含一个或多个修饰的核苷酸组成，所述修饰促进、改善或增加对靶mRNA(例如，NR1H3 mRNA)的靶向，对靶基因表达(例如，NR1H3表达)的抑制，和/或向靶细胞、组织或器官(例如，肝脏)中的递送、摄取和/或渗透，或其组合。在一些实施方案中，茎-环本身或对茎-环的修饰不影响或基本上不影响寡核苷酸固有的基因表达抑制活性，但促进、改善或增加寡核苷酸的稳定性(例如，提供针对降解的保护)和/或其向靶细胞、组织或器官(例如，肝脏)的递送、摄取和/或渗透。在某些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链，该有义链包含(例如，在其3’端)如下所示的茎-环：S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为最多约10个核苷酸(例如，长度为3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸)的连接的核苷酸的单链环。在一些实施方案中，环(L)的长度为3个核苷酸。在一些实施方案中，环(L)的长度为4个核苷酸。在一些实施方案中，环(L)的长度为5个核苷酸。在一些实施方案中，环(L)的长度为6个核苷酸。在一些实施方案中，环(L)的长度为7个核苷酸。在一些实施方案中，环(L)的长度为8个核苷酸。在一些实施方案中，环(L)的长度为9个核苷酸。在一些实施方案中，环(L)的长度为10个核苷酸。
在一些实施方案中，所述四环包含序列5’-GAAA-3’。在一些实施方案中，所述茎-环包含序列5’-GCAGCCGAAAGGCUGC-3’(SEQ ID NO:1121)。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含与SEQ IDNO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，并且该寡核苷酸包含有义链，该有义链包含(例如，在其3’端)如下所示的茎-环：S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为最多约10个核苷酸(例如，长度为3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸)的单链环。在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含与SEQID NO:1125-1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，并且该寡核苷酸包含有义链，该有义链包含(例如，在其3’端)如下所示的茎-环：S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为最多约10个核苷酸(例如，长度为3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸)的单链环。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，并且该寡核苷酸包含有义链，该有义链包含(例如，在其3’端)如下所示的茎-环：S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为4个核苷酸的单链环。
在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，并且该寡核苷酸包含有义链，该有义链包含(例如，在其3’端)如下所示的茎-环：S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为4个核苷酸的单链环。在一些实施方案中，该寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，并且该寡核苷酸包含有义链，该有义链包含(例如，在其3’端)如下所示的茎-环：S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为4个核苷酸的单链环。
在一些实施方案中，具有如本文所述的结构S1-L-S2的茎-环的环(L)是三环。在一些实施方案中，所述寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，以及三环。在一些实施方案中，该三环包含核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸、经修饰的核苷酸、配体(例如，递送配体)及其组合。在一些实施方案中，具有如本文所述的结构S1-L-S2的茎-环的环(L)是三环。在一些实施方案中，所述寡核苷酸包含与SEQ IDNO:1125-1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，以及三环。在一些实施方案中，该三环包含核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸、经修饰的核苷酸、配体(例如，递送配体)及其组合。
在一些实施方案中，具有如上所述的结构S1-L-S2的茎-环的环(L)是四环。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，以及四环。在一些实施方案中，该四环包含核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸、经修饰的核苷酸、配体(例如，递送配体)及其组合。在一些实施方案中，具有如上所述的结构S1-L-S2的茎-环的环(L)是四环。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含与SEQ IDNO:1125-1511中任一者的连续核苷酸序列互补的靶向序列或互补区域，以及四环。在一些实施方案中，该四环包含核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸、经修饰的核苷酸、配体(例如，递送配体)及其组合。
双链体长度
在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为至少12个(例如，至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个、至少20个或至少21个)核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度在12-30个核苷酸的范围内(例如，长度为12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30个核苷酸)。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为12、13、14、15、16、17、18、19、29、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为12个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为13个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为14个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为15个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为16个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为17个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为18个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为19个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为20个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为21个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为22个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为23个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为24个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为25个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为26个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为27个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为28个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为29个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度为30个核苷酸。在一些实施方案中，在有义链与反义链之间形成的双链体不跨越有义链和/或反义链的整个长度。在一些实施方案中，有义链与反义链之间的双链体跨越有义链或反义链的整个长度。在一些实施方案中，有义链与反义链之间的双链体跨越有义链和反义链两者的整个长度。在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944，
其中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度在12-30个核苷酸的范围内(例如，长度为12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30个核苷酸)。
在一些实施方案中，有义链与反义链之间的双链体跨越有义链和反义链两者的整个长度。在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929；以及，
(d)分别为SEQ ID NO:813和901，
其中，在有义链与反义链之间形成的双链体的长度在12-30个核苷酸的范围内(例如，长度为12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30个核苷酸)。
寡核苷酸修饰
在一些实施方案中，本文公开的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含有义链和反义链，其中任一条链或两条链的末端包含平端。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链和反义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有突出端的不对称双链体区域。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，其中任一条链或两条链的末端包含含有一个或多个核苷酸的突出端。在一些实施方案中，构成突出端的所述一个或多个核苷酸是未配对的核苷酸。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，其中有义链的3’末端和反义链的5’末端包含平端。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，其中有义链的5’末端和反义链的3’末端包含平端。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，其中任一条链或两条链的3’末端包含含有一个或多个核苷酸的3’-突出端。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，其中有义链包含含有一个或多个核苷酸的3’-突出端。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，其中反义链包含含有一个或多个核苷酸的3’-突出端。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，其中有义链和反义链均包含含有一个或多个核苷酸的3’-突出端。
在一些实施方案中，3’-突出端的长度为约一(1)至二十(20)个核苷酸(例如，长度为约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或约20个核苷酸)。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为约一(1)至十九(19)、一(1)至十八(18)、一(1)至十七(17)、一(1)至十六(16)、一(1)至十五(15)、一(1)至十四(14)、一(1)至十三(13)、一(1)至十二(12)、一(1)至十一(11)、一(1)至十(10)、一(1)至九(9)、一(1)至八(8)、一(1)至七(7)、一(1)至六(6)、一(1)至五(5)、一(1)至四(4)、一(1)至三(3)或约一(1)至两(2)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为(1)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为两(2)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为三(3)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为四(4)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为五(5)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为六(6)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为七(7)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为八(8)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为九(9)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为十(10)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为十一(11)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为十二(12)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为十三(13)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为十四(14)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为十五(15)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为十六(16)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为十七(17)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为十八(18)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为十九(19)个核苷酸。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为二十(20)个核苷酸。
在一些实施方案中，本文公开的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含有义链和反义链，其中该反义链包含3’-突出端，其中该寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944，并且其中所述反义链包含长度为约一(1)至二十(20)个核苷酸(例如，长度为约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或约20个核苷酸)的3’-突出端，任选地其中该3’-突出端的长度为两(2)个核苷酸。
在一些实施方案中，本文公开的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含有义链和反义链，其中该反义链包含3’-突出端，其中该寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929；以及，
(d)分别为SEQ ID NO:813和901，并且其中所述反义链包含长度为约一(1)至二十(20)个核苷酸(例如，长度为约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或约20个核苷酸)的3’-突出端，任选地其中该3’-突出端的长度为两(2)个核苷酸。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，其中任一条链或两条链的5’末端包含含有一个或多个核苷酸的5’-突出端。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，其中有义链包含含有一个或多个核苷酸的5’-突出端。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，其中反义链包含含有一个或多个核苷酸的5’-突出端。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含有义链和反义链，其中有义链和反义链均包含含有一个或多个核苷酸的5’-突出端。
在一些实施方案中，5’-突出端的长度为约一(1)至二十(20)个核苷酸(例如，长度为约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或约20个核苷酸)。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为约一(1)至十九(19)、一(1)至十八(18)、一(1)至十七(17)、一(1)至十六(16)、一(1)至十五(15)、一(1)至十四(14)、一(1)至十三(13)、一(1)至十二(12)、一(1)至十一(11)、一(1)至十(10)、一(1)至九(9)、一(1)至八(8)、一(1)至七(7)、一(1)至六(6)、一(1)至五(5)、一(1)至四(4)、一(1)至三(3)或约一(1)至两(2)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为(1)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为两(2)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为三(3)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为四(4)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为五(5)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为六(6)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为七(7)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为八(8)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为九(9)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为十(10)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为十一(11)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为十二(12)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为十三(13)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为十四(14)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为十五(15)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为十六(16)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为十七(17)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为十八(18)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为十九(19)个核苷酸。在一些实施方案中，5’-突出端的长度为二十(20)个核苷酸。
在一些实施方案中，本文公开的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含有义链和反义链，其中该反义链包含5’-突出端，其中该寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944，并且其中所述反义链包含长度为约一(1)至二十(20)个核苷酸(例如，长度为约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或约20个核苷酸)的3’-突出端，任选地其中该3’-突出端的长度为两(2)个核苷酸。
在一些实施方案中，本文公开的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含有义链和反义链，其中该反义链包含5’-突出端，其中该寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929；以及，
(d)分别为SEQ ID NO:813和901，并且其中所述反义链包含长度为约一(1)至二十(20)个核苷酸(例如，长度为约1、2、5、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或约20个核苷酸)的5’-突出端，任选地其中该5’-突出端的长度为两(2)个核苷酸。
在一些实施方案中，构成有义链和/或反义链的3’末端或5’末端的一个或多个(例如，2、3、4、5个或更多个)核苷酸被修饰。例如，在一些实施方案中，反义链的3’末端的一个或两个末端核苷酸被修饰。在一些实施方案中，反义链3’末端的最后一个核苷酸被修饰，例如，包含2’修饰，例如2’-O-甲氧基乙基。在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含有义链，该有义链的位置1-7、12-27和31-36处的糖部分被2’OMe修饰。在一些实施方案中，反义链的3’末端的最后一个或两个末端核苷酸与靶标互补。在一些实施方案中，反义链的3’末端的最后一个或两个核苷酸不与靶标互补。
在一些实施方案中，本文公开的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含有义链和反义链，其中有义链的3’末端包含本文所述的茎-环(见图1A)，并且反义链的3’末端包含本文所述的3’-突出端。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含形成本文所述的带缺口的四环结构(见图1A)的有义链和反义链，其中有义链的3’末端包含茎-环，其中该环是本文所述的四环，并且其中反义链的3’末端包含本文所述的3’-突出端(见图1A)。在一些实施方案中，3’-突出端的长度为两(2)个核苷酸。在一些实施方案中，构成3’-突出端的两(2)个核苷酸均包含鸟嘌呤(G)核碱基。通常，构成反义链的3’-突出端的核苷酸之一或两者不与靶标互补。
寡核苷酸修饰
在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含修饰。寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)可以以多种方式进行修饰，以改善或控制特异性、稳定性、递送、生物利用度、核酸酶降解抗性、免疫原性、碱基配对性质、RNA分布和细胞摄取以及与治疗或研究用途相关的其他特征。
在一些实施方案中，该修饰是经修饰的糖。在一些实施方案中，该修饰是5’-末端磷酸酯基团。在一些实施方案中，该修饰是经修饰的核苷酸间键合。在一些实施方案中，该修饰是经修饰的碱基。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸可包含本文所述的任一种修饰或其任何组合。例如，在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含至少一种经修饰的糖、5’-末端磷酸酯基团、至少一种经修饰的核苷酸间键合和至少一种经修饰的碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944，
其中所述寡核苷酸包含至少一种经修饰的糖、5’-末端磷酸酯基团、至少一种经修饰的核苷酸间键合和至少一种经修饰的碱基。
在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含至少一种经修饰的糖、5’-末端磷酸酯基团、至少一种经修饰的核苷酸间键合和至少一种经修饰的碱基。在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929；以及，
(d)分别为SEQ ID NO:813和901，
其中所述寡核苷酸包含至少一种经修饰的糖、5’-末端磷酸酯基团、至少一种经修饰的核苷酸间键合和至少一种经修饰的碱基。
寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)上的修饰数目和这些核苷酸修饰的位置可影响寡核苷酸的性质。例如，可以通过将寡核苷酸与脂质纳米颗粒(LNP)或类似载体缀合或将其包围在脂质纳米颗粒(LNP)或类似载体中来在体内递送所述寡核苷酸。然而，当寡核苷酸不受LNP或类似载体保护时，至少一些核苷酸被修饰可能是有利的。因此，在一些实施方案中，寡核苷酸的所有或基本上所有核苷酸均被修饰。在一些实施方案中，超过一半的核苷酸被修饰。在一些实施方案中，少于一半的核苷酸被修饰。在一些实施方案中，构成寡核苷酸的所有核苷酸的糖部分在2’位置被修饰。所述修饰可以是可逆的或不可逆的。在一些实施方案中，本文公开的寡核苷酸具有足以产生所需特性(例如，针对酶促降解的保护、在体内施用后靶向所需细胞的能力和/或热力学稳定性)的修饰核苷酸数目和类型。
糖修饰
在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含经修饰的糖。在一些实施方案中，经修饰的糖(本文中也称为糖类似物)包括经修饰的脱氧核糖或核糖部分，其中，例如，一个或多个修饰发生在糖的2’、3’、4’和/或5’碳位置处。在一些实施方案中，经修饰的糖还可以包括非天然替代碳结构，例如存在于锁定核酸(“LNA”；参见，例如，Koshkin等人,TETRAHEDON(1998)；54:3607-30)、未锁定的核酸(“UNA”；参见，例如，Snead等人,MOL.THER-NUCL.ACIDS(2013)；2:e103)和桥连核酸(“BNA”；参见，例如，Imanishi&ObikaCHEM.COMMUN.(CAMB)(2002)；21:1653-59)中的那些结构。
在一些实施方案中，糖中的核苷酸修饰包括2’-修饰。在一些实施方案中，2’-修饰可以是2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氟代(2’-F)、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)或2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)。在一些实施方案中，该修饰是2’-F、2’-OMe或2’-MOE。在一些实施方案中，糖中的修饰包括糖环的修饰，其可以包括糖环的一个或多个碳的修饰。例如，核苷酸的糖的修饰可以包括糖的2’-氧与糖的1’-碳或4’-碳连接，或者2’-氧与1’-碳或4’-碳经由亚乙基或亚甲基桥连接。在一些实施方案中，经修饰的核苷酸具有缺少2’-碳至3’-碳的键的无环糖。在一些实施方案中，经修饰的核苷酸具有硫醇基团，例如在糖的4’位置。
在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含至少约1个经修饰的核苷酸(例如，至少1个、至少5个、至少10个、至少15个、至少20个、至少25个、至少30个、至少35个、至少40个、至少45个、至少50个、至少55个、至少60个或更多个)。在一些实施方案中，该寡核苷酸的有义链包含至少约1个经修饰的核苷酸(例如，至少1个、至少5个、至少10个、至少15个、至少20个、至少25个、至少30个、至少35个或更多个)。在一些实施方案中，该寡核苷酸的反义链包含至少约1个经修饰的核苷酸(例如，至少1个、至少5个、至少10个、至少15个、至少20个或更多个)。
在一些实施方案中，所述寡核苷酸的有义链的所有核苷酸均被修饰。在一些实施方案中，该寡核苷酸的反义链的所有核苷酸均被修饰。在一些实施方案中，该寡核苷酸的所有核苷酸(即，有义链和反义链两者)均被修饰。在一些实施方案中，经修饰的核苷酸包含2’-修饰(例如，2’-F或2’-OMe、2’-MOE和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸)。
在一些实施方案中，本公开提供了具有不同修饰模式的寡核苷酸。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含具有如实施例和序列表中阐述的修饰模式的有义链以及具有如实施例和序列表中阐述的修饰模式的反义链。
在一些实施方案中，本文公开的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含具有被2’-F修饰的核苷酸的反义链。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含反义链，该反义链包含被2’-F和2’-OMe修饰的核苷酸。在一些实施方案中，本文公开的寡核苷酸包含具有被2’-F修饰的核苷酸的有义链。在一些实施方案中，本文公开的寡核苷酸包含有义链，该有义链包含被2’-F和2’-OMe修饰的核苷酸。
在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含有义链，该有义链的约10-15％、10％、11％、12％、13％、14％或15％的核苷酸包含2’-氟代修饰。在一些实施方案中，有义链的约11％的核苷酸包含2-氟代修饰。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸包含反义链，该反义链的约25-35％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％或35％的核苷酸包含2’-氟代修饰。在一些实施方案中，反义链的约32％的核苷酸包含2’-氟代修饰。在一些实施方案中，寡核苷酸的约15-25％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％或25％的核苷酸包含2’-氟代修饰。在一些实施方案中，dsRNAi寡核苷酸中约19％的核苷酸包含2’-氟代修饰。
在一些实施方案中，有义链的位置8、9、10或11中的一个或多个被2’-F基团修饰。在一些实施方案中，有义链的位置3、8、9、10、12、13和17中的一个或多个被2’-F基团修饰。在一些实施方案中，反义链的位置2、3、4、5、7、10和14中的一个或多个被2’-F基团修饰。在一些实施方案中，位置2、3、4、5、7、8、10、14、16和19中的一个或多个被2’-F基团修饰。在一些实施方案中，有义链中位置1-7和12-20处的每个核苷酸处的糖部分被2’-OMe修饰。在一些实施方案中，有义链中位置1-7、12-27和31-36处的每个核苷酸处的糖部分被2’-OMe修饰。在一些实施方案中，有义链中位置6、9、11-13、15、17、18和20-22处的每个核苷酸处的糖部分被2’-OMe修饰。
在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944，其中有义链的位置8、9、10或11中的一个或多个被2’-F基团修饰。
在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929，以及；
(d)分别为SEQ ID NO:813和901，其中有义链的位置8、9、10或11中的一个或多个被2’-F基团修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置2、5和14处的每个核苷酸的糖部分被2’-F修饰，并且该反义链的其余每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置1、2、5和14处的每个核苷酸的糖部分被2’-F修饰，并且该反义链的其余每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置2、4、5和14处的每个核苷酸的糖部分被2’-F修饰，并且该反义链的其余每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置1、2、3、5、7和14处的每个核苷酸的糖部分被2’-F修饰，并且该反义链的其余每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置2、3、4、5、7和14处的每个核苷酸的糖部分被2’-F修饰，并且该反义链的其余每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置1、2、3、5、10和14处的每个核苷酸的糖部分被2’-F修饰，并且该反义链的其余每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置2、3、4、5、10和14处的每个核苷酸的糖部分被2’-F修饰，并且该反义链的其余每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置2、3、5、7、10和14处的每个核苷酸的糖部分被2’-F修饰，并且该反义链的其余每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置2、3、4、5、7、10和14处的每个核苷酸的糖部分被2’-F修饰，并且该反义链的其余每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置2、3、4、5、7、8、10、14、16和19处的每个核苷酸的糖部分被2’-F修饰，并且该反义链的其余每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21或位置22处的糖部分被2’-F修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21或位置22处的糖部分被2’-OMe修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链的位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21或位置22处的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含有义链，该有义链的位置8-11处的糖部分被2’-F修饰。在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含有义链，该有义链的位置3、8、9、10、12、13和17处的糖部分被2’-F修饰。在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含有义链，该有义链的位置1-7和12-17或12-20处的糖部分被2’OMe修饰。在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含有义链，该有义链的位置1-7和12-17或12-20处的每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含有义链，该有义链的位置1-2、4-7、11、14-16和18-20处的糖部分被2’OMe修饰。在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含有义链，该有义链的位置1-2、4-7、11、14-16和18-20处的每个核苷酸的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含有义链，该有义链的位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21、位置22、位置23、位置24、位置25、位置26、位置27、位置28、位置29、位置30、位置31、位置32、位置33、位置34、位置35或位置36处的糖部分被2’-F修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含有义链，该有义链的位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21、位置22、位置23、位置24、位置25、位置26、位置27、位置28、位置29、位置30、位置31、位置32、位置33、位置34、位置35或位置36处的糖部分被2’-OMe修饰。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含有义链，该有义链的位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21、位置22、位置23、位置24、位置25、位置26、位置27、位置28、位置29、位置30、位置31、位置32、位置33、位置34、位置35或位置36处的糖部分被选自2’-O-炔丙基、2’-O-丙基氨基、2’-氨基、2’-乙基、2’-氨基乙基(EA)、2’-O-甲基(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)、2’-O-[2-(甲基氨基)-2-氧代乙基](2’-O-NMA)和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2’-FANA)的修饰所修饰。
5’-末端磷酸酯
在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含有义链和反义链，其中该反义链包含5’-末端磷酸酯。在一些实施方案中，RNAi寡核苷酸的5’-末端磷酸酯基团增强与Ago2的相互作用。然而，包含5’-磷酸酯基团的寡核苷酸可能容易经由磷酸酶或其他酶降解，这可能限制它们在体内的表现和/或生物利用度。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包括对这样的降解有抗性的5’磷酸酯类似物。在一些实施方案中，该磷酸酯类似物是氧基甲基膦酸酯、乙烯基膦酸酯或丙二酰基膦酸酯，或其组合。在某些实施方案中，寡核苷酸链的5’末端附接至模拟天然5’-磷酸酯基团的静电性质和空间性质的化学部分(“磷酸酯模拟物”)。在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944，
其中所述寡核苷酸包含5’-末端磷酸酯，任选地5’-末端磷酸酯类似物。
在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929；以及，
(d)分别为SEQ ID NO:813和901，
其中所述寡核苷酸包含5’-末端磷酸酯，任选地5’-末端磷酸酯类似物。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)在糖的4’-碳位置处具有磷酸酯类似物(称为“4’-磷酸酯类似物”)。参见，例如，公开号为WO 2018/045317的国际专利申请。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸在5’-末端核苷酸处包含4’-磷酸酯类似物。在一些实施方案中，磷酸酯类似物是氧基甲基膦酸酯，其中氧基甲基的氧原子结合至糖部分(例如，在其4’-碳处)或其类似物。在其他实施方案中，4’-磷酸酯类似物是硫代甲基膦酸酯或氨基甲基膦酸酯，其中硫代甲基的硫原子或氨基甲基的氮原子结合至糖部分或其类似物的4’-碳。在某些实施方案中，4’-磷酸酯类似物是氧基甲基膦酸酯。在一些实施方案中，氧基甲基膦酸酯由式–O–CH2–PO(OH)2、–O–CH2–PO(OR)2或-O-CH2-PO(OH)(R)表示，其中R独立地选自H、CH3、烷基、CH2CH2CN、CH2OCOC(CH3)3、CH2OCH2CH2Si(CH3)3或保护基。在某些实施方案中，该烷基是CH2CH3。更典型地，R独立地选自H、CH3或-CH2CH3。在一些实施方案中，R’为–CH3。在一些实施方案中，该4’-磷酸酯类似物是5’-甲氧基膦酸酯-4’-氧基。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸包含反义链，该反义链在5’-末端核苷酸处包含4’-磷酸酯类似物，其中5’-末端核苷酸包含以下结构(化学式1)：
5’-甲氧基膦酸酯-4’-氧基-2’-O-甲基尿苷硫代磷酸酯[MePhosphonate-4O-mUs]
经修饰的核苷酸间键合
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含经修饰的核苷酸间键合。在一些实施方案中，磷酸酯修饰或取代产生包含至少约1个(例如，至少1个、至少2个、至少3个或至少5个)经修饰的核苷酸间键合的寡核苷酸。在一些实施方案中，本文公开的任一种寡核苷酸包含约1至约10个(例如，1至10、2至8、4至6、3至10、5至10、1至5、1至3或1至2个)经修饰的核苷酸间键合。在一些实施方案中，本文公开的任一种寡核苷酸包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个经修饰的核苷酸间键合。
经修饰的核苷酸间键合可以是二硫代磷酸酯键、硫代磷酸酯键、磷酸三酯键、硫代烷基膦酸酯键、硫代烷基磷酸三酯键、亚磷酰胺键、膦酸酯键或硼代磷酸酯(boranophosphate)键。在一些实施方案中，本文公开的任一种寡核苷酸的至少一个经修饰的核苷酸间键合是硫代磷酸酯键。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)在有义链的位置1和2、反义链的位置1和2、反义链的位置2和3、反义链的位置3和4、反义链的位置20和21以及反义链的位置21和22中的一个或多个之间具有硫代磷酸酯键。在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸在有义链的位置1和2、反义链的位置1和2、反义链的位置2和3、反义链的位置20和21以及反义链的位置21和22中的每一个之间具有硫代磷酸酯键。在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944，
其中所述寡核苷酸包含经修饰的核苷酸间键合。
在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸在有义链的位置1和2、反义链的位置1和2、反义链的位置2和3、反义链的位置20和21以及反义链的位置21和22中的每一个之间具有硫代磷酸酯键。在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929，以及；
(d)分别为SEQ ID NO:813和901，
其中所述寡核苷酸包含经修饰的核苷酸间键合。
碱基候饰
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含一个或多个经修饰的核碱基。在一些实施方案中，经修饰的核碱基(本文中也称为碱基类似物)在核苷酸糖部分的1’位置处连接。在某些实施方案中，经修饰的核碱基是含氮碱基。在一些实施方案中，经修饰的核碱基不含氮原子。参见，例如，公开号为2008/0274462的美国专利申请。在一些实施方案中，经修饰的核苷酸包含通用碱基。在一些实施方案中，经修饰的核苷酸不含核碱基(无碱基的)。在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944，
其中所述寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核碱基。
在一些实施方案中，经修饰的核苷酸包含通用碱基。在一些实施方案中，经修饰的核苷酸不含核碱基(无碱基的)。在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929；以及，
(d)分别为SEQ ID NO:813和901，
其中所述寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核碱基。
在一些实施方案中，通用碱基是杂环部分，该杂环部分位于经修饰的核苷酸中核苷酸糖部分的1’位置处，或者位于核苷酸糖部分取代中的等同位置处，以致于当存在于双链体中时，其可以放置于超过一种类型的碱基的对面，而基本上不改变双链体的结构。在一些实施方案中，相比于与靶核酸(例如，NR1H3 mRNA)完全互补的参考单链核酸(例如，寡核苷酸)，含有通用碱基的单链核酸与靶核酸形成双链体，该双链体的Tm低于与互补核酸形成的双链体。在一些实施方案中，当与其中通用碱基已被碱基代替以生成单个错配的参考单链核酸相比时，含有通用碱基的单链核酸与靶核酸形成双链体，该双链体的Tm高于与包含该错配碱基的核酸形成的双链体。
通用结合核苷酸的非限制性实例包括但不限于肌苷、1-β-D-呋喃核糖基-5-硝基吲哚和/或1-β-D-呋喃核糖基-3-硝基吡咯(参见公开号为2007/0254362的美国专利申请；Van Aerschot等人,NUCLEIC ACIDS RES.(1995)；,23:4363-4370；Loakes等人,NUCLEICACIDS RES.(1995)；23:2361-66；以及Loakes&Brown NUCLEIC ACIDS RES.(1994)；22:4039-43)。
靶向配体
在一些实施方案中，将本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)靶向一种或多种细胞或细胞类型、组织、器官或解剖区域或区室是理想的。这样的策略可以有助于避免不良影响和/或避免寡核苷酸过度流失到不会从该寡核苷酸或其作用(例如，NR1H3表达的抑制或降低)受益的细胞、组织、器官或解剖区域或区室。因此，在一些实施方案中，本文公开的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)被修饰，以促进向特定细胞或细胞类型、组织、器官或解剖区域或区室的靶向和/或递送(例如，促进寡核苷酸向肝脏的递送)。在一些实施方案中，寡核苷酸包含与一个或多个靶向配体缀合的至少一个核苷酸(例如，1、2、3、4、5、6个或更多个核苷酸)。在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944，
其中所述寡核苷酸包含与至少一个核苷酸缀合的靶向配体。
在一些实施方案中，寡核苷酸包含与一个或多个靶向配体缀合的至少一个核苷酸(例如，1、2、3、4、5、6个或更多个核苷酸)。在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929，以及；
(d)分别为SEQ ID NO:813和901，
其中所述寡核苷酸包含与至少一个核苷酸缀合的靶向配体。
在一些实施方案中，靶向配体包含碳水化合物、氨基糖、胆固醇、肽、多肽、蛋白质或蛋白质的一部分(例如，抗体或抗体片段)或脂质。在某些实施方案中，靶向配体是包含至少一个GalNAc部分的碳水化合物。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的1个或多个(例如，1、2、3、4、5或6个)核苷酸各自与单独的靶向配体(例如，GalNAc部分)缀合。在一些实施方案中，寡核苷酸的2至4个核苷酸各自与单独的靶向配体缀合。在一些实施方案中，靶向配体与有义链或反义链任一端的2至4个核苷酸缀合(例如，靶向配体与有义链或反义链5’或3’末端上的2至4个核苷酸的突出端或延伸部分缀合)，使得靶向配体类似于牙刷的刷毛，而寡核苷酸类似于牙刷。例如，寡核苷酸可在有义链的5’或3’末端包含茎-环，并且该茎的环的1、2、3或4个核苷酸可单独地与靶向配体缀合。在一些实施方案中，本公开提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)在有义链的3’末端包含茎-环，其中该茎-环的环包含三环或四环，并且其中构成该三环或四环的3或4个核苷酸分别单独地与靶向配体缀合。在一些实施方案中，本公开提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)在有义链的3’末端包含茎-环，其中该茎-环的环包含四环，并且其中该四环的3个核苷酸单独地与靶向配体缀合。
GalNAc是脱唾液酸糖蛋白受体(ASGPR)的高亲和力碳水化合物配体，ASGPR主要在肝细胞的表面上表达，并且在结合、内化及随后清除含有末端半乳糖或GalNAc残基的循环糖蛋白(脱唾液酸糖蛋白)方面起主要作用。GalNAc部分与本公开的寡核苷酸的缀合(间接的或直接的)可用来将这些寡核苷酸靶向细胞上表达的ASGPR。在一些实施方案中，本公开的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)与至少一个或多个GalNAc部分缀合，其中所述GalNAc部分将该寡核苷酸靶向人肝脏细胞(例如，人肝细胞)上表达的ASGPR。在一些实施方案中，GalNAc部分将寡核苷酸靶向肝脏。
在一些实施方案中，本公开的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)直接或间接地与单价GalNAc部分缀合。在一些实施方案中，该寡核苷酸直接或间接地与多于一个单价GalNAc缀合(即，与2、3或4个单价GalNAc部分缀合，并且通常与3或4个单价GalNAc部分缀合)。在一些实施方案中，寡核苷酸与一个或多个二价GalNAc、三价GalNAc或四价GalNAc部分缀合。在一些实施方案中，二价、三价或四价GalNAc部分经由分支连接体与寡核苷酸缀合。在一些实施方案中，单价GalNAc部分与第一核苷酸缀合，并且二价、三价或四价GalNAc部分经由分支连接体与第二核苷酸缀合。
在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的一(1)个或多个(例如，1、2、3、4、5或6个)核苷酸各自与GalNAc部分缀合。在一些实施方案中，四环的两(2)至四(4)个核苷酸各自与单独的GalNAc部分缀合。在一些实施方案中，三环的一(1)至三(3)个核苷酸各自与单独的GalNAc部分缀合。在一些实施方案中，靶向配体与有义链或反义链任一端的两(2)至四(4)个核苷酸缀合(例如，配体与有义链或反义链5’或3’末端上的两(2)至四(4)个核苷酸的突出端或延伸部分缀合)，使得GalNAc部分类似于牙刷的刷毛，而寡核苷酸类似于牙刷。在一些实施方案中，GalNAc部分与有义链的核苷酸缀合。例如，三(3)或四(4)个GalNAc部分可以与有义链的四环中的核苷酸缀合，其中每个GalNAc部分与一(1)个核苷酸缀合。
在一些实施方案中，本文所述的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含四环，其中该四环(L)是腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)核苷酸的任意组合。在一些实施方案中，四环(L)包含经由本文所述的任何连接体与该四环的任何一个或多个鸟嘌呤(G)核苷酸附接的单价GalNAc部分，如以下化学式2中所示(X＝杂原子)：
在一些实施方案中，四环(L)具有经由本文所述的任何连接体与该四环的任何一个或多个腺嘌呤核苷酸附接的单价GalNAc，如以下化学式3中所示(X＝杂原子)：
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含与鸟嘌呤(G)核苷酸附接的单价GalNAc部分，称为[ademG-GalNAc]或2’-氨基二乙氧基甲醇-鸟嘌呤-GalNAc，如以下化学式4中所示：
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含与腺嘌呤核苷酸附接的单价GalNAc部分，称为[ademA-GalNAc]或2’-氨基二乙氧基甲醇-腺嘌呤-GalNAc，如以下化学式5所示：
下面针对从5’至3’包含核苷酸序列GAAA的环示出了这类缀合的实例(L＝连接体，X＝杂原子)。例如，这样的环可以存在于本文提供的有义链的位置27-30处。在化学式6中，用来描述与寡核苷酸链连接的连接点。
可以使用适当的方法或化学(例如，点击化学)将靶向配体连接至核苷酸。在一些实施方案中，使用点击连接体将靶向配体与构成本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的核苷酸缀合。在一些实施方案中，使用基于缩醛的连接体将靶向配体与本文所述的任一种寡核苷酸的核苷酸缀合。基于缩醛的连接体例如在公开号为WO2016/100401的国际专利申请中公开。在一些实施方案中，连接体是不稳定的连接体。然而，在其他实施方案中，连接体是稳定的。下面示出了从5’至3’包含核苷酸GAAA的环的实例，其中使用缩醛连接体将GalNAc部分附接至该环的核苷酸。例如，这样的环可以存在于任一有义链的位置27-30处。在化学式7中，是与寡核苷酸链连接的连接点。
/>
如所提到的，可以使用各种适当的方法或化学合成技术(例如，点击化学)将靶向配体连接至核苷酸。在一些实施方案中，使用点击连接体将靶向配体与核苷酸缀合。在一些实施方案中，使用基于缩醛的连接体将靶向配体与本文所述的任一种寡核苷酸的核苷酸缀合。基于缩醛的连接体例如在公开号为WO 2016/100401的国际专利申请中公开。在一些实施方案中，连接体是不稳定的连接体。然而，在其他实施方案中，连接体是稳定的连接体。
在一些实施方案中，在靶向配体(例如，GalNAc部分)与寡核苷酸之间提供双链体延伸(例如，长度最多3、4、5或6bp)。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)不具有与之缀合的GalNAc。
在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944，
其中所述寡核苷酸包含与核苷酸缀合的至少一个GalNAc部分。
在一些实施方案中，寡核苷酸的有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929；以及，
(d)分别为SEQ ID NO:813和901，
其中所述寡核苷酸包含与核苷酸缀合的至少一个GalNAc部分。
用于降低NR1H3表达的示例性寡核苷酸
在一些实施方案中，本公开提供的用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含有义链和反义链，其中构成有义链和反义链的所有核苷酸均被修饰，其中反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中该互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。在一些实施方案中，反义链的5’-末端核苷酸包含5’-甲氧基膦酸酯-4’-氧基-2’-O-甲基尿苷[MePhosphonate-4O-mU]，如本文所述。在一些实施方案中，反义链的5’-末端核苷酸包含硫代磷酸酯键。在一些实施方案中，反义链和有义链包含一个或多个2’-氟代(2’-F)和2’-O-甲基(2’-OMe)修饰的核苷酸和至少一个硫代磷酸酯键。在一些实施方案中，反义链包含四(4)个硫代磷酸酯键，而有义链包含一(1)个硫代磷酸酯键。在一些实施方案中，反义链包含五(5)个硫代磷酸酯键，而有义链包含一(1)个硫代磷酸酯键。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含具有SEQ IDNO:1-384中任一者的序列的有义链和包含选自SEQ ID NO:385-768的互补序列的反义链。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含具有SEQ IDNO:769-856中任一者的序列的有义链和包含选自SEQ ID NO:857-944的互补序列的反义链。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含具有SEQ IDNO:1519-1552中任一者的序列的有义链和包含选自SEQ ID NO:857-944的互补序列的反义链。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含具有SEQ IDNO:945-1032中任一者的序列的有义链和包含选自SEQ ID NO:1033-1120的互补序列的反义链。
在一些实施方案中，本文提供的用于降低NR1H3表达的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)包含：
有义链，其包含在位置8-11处的2’-F修饰的核苷酸，在位置1-7、12-27和31-36处的2’-OMe修饰的核苷酸，在位置28、29和30处的GalNAc缀合的核苷酸；以及在位置1和2之间的硫代磷酸酯键；
反义链，其包含在位置2、3、4、5、7、10和14处的2’-F修饰的核苷酸，在位置1、6、8、9、11-13和15-22处的2’-OMe，在位置1和2、位置2和3、位置3和4、位置20和21及位置21和22之间的硫代磷酸酯键，以及在位置1处的包含4’-磷酸酯类似物的5’-末端核苷酸，任选地其中该5’-末端核苷酸包含5’-甲氧基膦酸酯-4’-氧基-2’-O-甲基尿苷[MePhosphonate-4O-mU]；其中反义链的位置1-20与有义链的位置1-20形成双链体区域，其中有义链的位置21-36形成茎-环，其中位置27-30形成该茎-环的环，任选地其中位置27-30包含四环，其中反义链的位置21和22包含突出端，并且其中有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含：
有义链，其包含在位置8-11处的2’-F修饰的核苷酸，在位置1-7、12-27和31-36处的2’-OMe修饰的核苷酸，在位置28、29和30处的GalNAc缀合的核苷酸；以及在位置1和2之间的硫代磷酸酯键；
反义链，其包含在位置2、3、4、5、7、10和14处的2’-F修饰的核苷酸，在位置1、6、8、9、11-13和15-22处的2’-OMe，在位置1和2、位置2和3、位置3和4、位置20和21及位置21和22之间的硫代磷酸酯键，以及在位置1处的包含4’-磷酸酯类似物的5’-末端核苷酸，任选地其中该5’-末端核苷酸包含5’-甲氧基膦酸酯-4’-氧基-2’-O-甲基尿苷[MePhosphonate-4O-mU]；其中反义链的位置1-20与有义链的位置1-20形成双链体区域，其中有义链的位置21-36形成茎-环，其中位置27-30形成该茎-环的环，任选地其中位置27-30包含四环，其中反义链的位置21和22包含突出端，并且其中有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:786和874；
(b)分别为SEQ ID NO:787和875；
(c)分别为SEQ ID NO:1537和929；以及，
(d)分别为SEQ ID NO:813和901。
在一些实施方案中，本公开提供的用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含如SEQ ID NO:786所示的核苷酸序列，该反义链包含如SEQ ID NO:874所示的核苷酸序列。在一些实施方案中，本公开提供的用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含如SEQ ID NO:787所示的核苷酸序列，该反义链包含如SEQ ID NO:875所示的核苷酸序列。在一些实施方案中，本公开提供的用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含如SEQ ID NO:1537所示的核苷酸序列，该反义链包含如SEQ ID NO:929所示的核苷酸序列。在一些实施方案中，本公开提供的用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含如SEQ ID NO:813所示的核苷酸序列，该反义链包含如SEQ ID NO:901所示的核苷酸序列。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1512所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1513所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1514所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1515所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1512所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域和在3’末端的茎-环，其中该茎-环被表示为S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3至5个核苷酸的环，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1513所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域和在3’末端的茎-环，其中该茎-环被表示为S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3至5个核苷酸的环，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1514所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域和在3’末端的茎-环，其中该茎-环被表示为S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3至5个核苷酸的环，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1515所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域和在3’末端的茎-环，其中该茎-环被表示为S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3至5个核苷酸的环，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1512所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域，其中所述与反义链互补的互补区域如SEQ ID NO:1509所示，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1513所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域，其中所述与反义链互补的互补区域如SEQ ID NO:1510所示，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1514所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域，其中所述与反义链互补的互补区域如SEQ ID NO:1409所示，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1515所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域，其中所述与反义链互补的互补区域如SEQ ID NO:1511所示，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1512所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域和在3’末端的茎-环，其中所述与反义链互补的互补区域如SEQ ID NO:1509所示，其中所述茎-环被表示为S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3至5个核苷酸的环，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1513所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域和在3’末端的茎-环，其中所述与反义链互补的互补区域如SEQ ID NO:1510所示，其中所述茎-环被表示为S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3至5个核苷酸的环，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1514所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域和在3’末端的茎-环，其中所述与反义链互补的互补区域如SEQ ID NO:1409所示，其中所述茎-环被表示为S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3至5个核苷酸的环，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的dsRNAi寡核苷酸包含(i)长度为19-30个核苷酸的反义链，其中该反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含与NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，其中该互补区域如SEQ ID NO:1515所示，以及(ii)长度为19-50个核苷酸的有义链，其包含与反义链互补的互补区域和在3’末端的茎-环，其中所述与反义链互补的互补区域如SEQ ID NO:1511所示，其中所述茎-环被表示为S1-L-S2，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3至5个核苷酸的环，其中所述反义链和有义链是单独的链，它们形成在反义链的3’末端具有1-4个核苷酸的突出端的不对称双链体区域。
在一些实施方案中，本公开提供了用于降低NR1H3表达的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)，其中该寡核苷酸包含根据以下的有义链和反义链：
有义链:
5’-mX-S-mX-mX-mX-mX-mX-mX-fX-fX-fX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mX-mX-mX-mX-mX-mX-3’；
杂交至：
反义链:
5’-[MePhosphonate-4O-mX]-S-fX-S-fX-fX-fX-mX-fX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-S-mX-S-mX-3’；
其中mX＝2’-O-甲基修饰的核苷酸，fX＝2’-氟代修饰的核苷酸，-S-＝硫代磷酸酯键，-＝磷酸二酯键，[MePhosphonate-4O-mX]＝5’-甲氧基膦酸酯-4-氧基修饰的核苷酸，并且ademA-GalNAc＝附接至腺嘌呤核苷酸的GalNAc。
在一些实施方案中，本公开提供了用于降低NR1H3表达的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)，其中该寡核苷酸包含根据以下的有义链和反义链：
有义链:
5’-mX-S-mX-mX-mX-mX-mX-mX-fX-fX-fX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mX-mX-mX-mX-mX-mX-3’；
杂交至：
反义链:
5’-[MePhosphonate-4O-mX]-S-fX-S-fX-S-fX-fX-mX-fX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-S-mX-S-mX-3’；
其中mX＝2’-O-甲基修饰的核苷酸，fX＝2’-氟代修饰的核苷酸，-S-＝硫代磷酸酯键，-＝磷酸二酯键，[MePhosphonate-4O-mX]＝5’-甲氧基膦酸酯-4-氧基修饰的核苷酸，并且ademA-GalNAc＝附接至腺嘌呤核苷酸的GalNAc。
在一些实施方案中，本公开提供了用于降低NR1H3表达的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)，其中该寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:945和1033；
(b)分别为SEQ ID NO:946和1034；
(c)分别为SEQ ID NO:947和1035，
(d)分别为SEQ ID NO:948和1036，
(e)分别为SEQ ID NO:949和1037；
(f)分别为SEQ ID NO:950和1038；
(g)分别为SEQ ID NO:951和1039；
(h)分别为SEQ ID NO:952和1040；
(i)分别为SEQ ID NO:953和1041；
(j)分别为SEQ ID NO:954和1042；
(k)分别为SEQ ID NO:955和1043；
(l)分别为SEQ ID NO:956和1044；
(m)分别为SEQ ID NO:957和1045；
(n)分别为SEQ ID NO:958和1046；
(o)分别为SEQ ID NO:959和1047；
(p)分别为SEQ ID NO:960和1048；
(q)分别为SEQ ID NO:961和1049；
(r)分别为SEQ ID NO:962和1050；
(s)分别为SEQ ID NO:963和1051；
(t)分别为SEQ ID NO:964和1052；
(u)分别为SEQ ID NO:965和1053；
(v)分别为SEQ ID NO:966和1054；
(w)分别为SEQ ID NO:967和1055；
(x)分别为SEQ ID NO:968和1056；
(y)分别为SEQ ID NO:969和1057；
(z)分别为SEQ ID NO:970和1058；
(aa)分别为SEQ ID NO:971和1059；
(bb)分别为SEQ ID NO:972和1060；
(cc)分别为SEQ ID NO:973和1061；
(dd)分别为SEQ ID NO:974和1062；
(ee)分别为SEQ ID NO:975和1063；
(ff)分别为SEQ ID NO:976和1064；
(gg)分别为SEQ ID NO:977和1065；
(hh)分别为SEQ ID NO:978和1066；
(ii)分别为SEQ ID NO:979和1067；
(jj)分别为SEQ ID NO:980和1068；
(kk)分别为SEQ ID NO:981和1069；
(ll)分别为SEQ ID NO:982和1070；
(mm)分别为SEQ ID NO:983和1071；
(nn)分别为SEQ ID NO:984和1072；
(oo)分别为SEQ ID NO:985和1073；
(pp)分别为SEQ ID NO:986和1074；
(qq)分别为SEQ ID NO:987和1075；
(rr)分别为SEQ ID NO:988和1076；
(ss)分别为SEQ ID NO:989和1077；
(tt)分别为SEQ ID NO:990和1078；
(uu)分别为SEQ ID NO:991和1079；
(vv)分别为SEQ ID NO:992和1080；
(ww)分别为SEQ ID NO:993和1081；
(xx)分别为SEQ ID NO:994和1082；
(yy)分别为SEQ ID NO:995和1083；
(zz)分别为SEQ ID NO:996和1084；
(aaa)分别为SEQ ID NO:997和1085；
(bbb)分别为SEQ ID NO:998和1086；
(ccc)分别为SEQ ID NO:999和1087；
(ddd)分别为SEQ ID NO:1000和1088；
(eee)分别为SEQ ID NO:1001和1089；
(fff)分别为SEQ ID NO:1002和1090；
(ggg)分别为SEQ ID NO:1003和1091；
(hhh)分别为SEQ ID NO:1004和1092；
(iii)分别为SEQ ID NO:1005和1093；
(jjj)分别为SEQ ID NO:1006和1094；
(kkk)分别为SEQ ID NO:1007和1095；
(lll)分别为SEQ ID NO:1008和1096；
(mmm)分别为SEQ ID NO:1009和1097；
(nnn)分别为SEQ ID NO:1010和1098；
(ooo)分别为SEQ ID NO:1011和1099；
(ppp)分别为SEQ ID NO:1012和1100；
(qqq)分别为SEQ ID NO:1013和1101；
(rrr)分别为SEQ ID NO:1014和1102；
(sss)分别为SEQ ID NO:1015和1103；
(ttt)分别为SEQ ID NO:1016和1104；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1017和1105；
(vvv)分别为SEQ ID NO:1018和1106；
(www)分别为SEQ ID NO:1019和1107；
(xxx)分别为SEQ ID NO:1020和1108；
(yyy)分别为SEQ ID NO:1021和1109；
(zzz)分别为SEQ ID NO:1022和1110；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:1023和1111；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:1024和1112；
(cccc)分别为SEQ ID NO:1025和1113；
(dddd)分别为SEQ ID NO:1026和1114；
(eeee)分别为SEQ ID NO:1027和1115；
(ffff)分别为SEQ ID NO:1028和1116；
(gggg)分别为SEQ ID NO:1029和1117；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:1030和1118；
(iiii)分别为SEQ ID NO:1031和1119；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:1032和1120。
在一些实施方案中，本公开提供的用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含如SEQ ID NO:963所示的核苷酸序列，该反义链包含如SEQ ID NO:1051所示的核苷酸序列。在一些实施方案中，本公开提供的用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含如SEQ ID NO:964所示的核苷酸序列，该反义链包含如SEQ ID NO:1052所示的核苷酸序列。在一些实施方案中，本公开提供的用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含如SEQ ID NO:1006所示的核苷酸序列，该反义链包含如SEQ ID NO:1094所示的核苷酸序列。在一些实施方案中，本公开提供的用于降低NR1H3表达的靶向NR1H3的寡核苷酸包含有义链和反义链，该有义链包含如SEQ ID NO:1018所示的核苷酸序列，该反义链包含如SEQ IDNO:1106所示的核苷酸序列。
制剂
已经开发了多种用于寡核苷酸用途的制剂(例如，药物制剂)。例如，可以使用使降解最小化、促进递送和/或摄取、或为制剂中的寡核苷酸提供另一种有益性质的制剂将寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)递送至受试者或细胞环境。在一些实施方案中，本文提供了包含降低NR1H3表达的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)的组合物。可以适当地配制这样的组合物，使得当施用于受试者时，无论是施用到靶细胞的直接环境中还是全身施用，都有足够部分的寡核苷酸进入细胞以降低NR1H3表达。如本文所公开的，可以使用任何种类的合适的寡核苷酸制剂来递送寡核苷酸以降低NR1H3。在一些实施方案中，将寡核苷酸配制在缓冲溶液如磷酸盐缓冲盐溶液、脂质体、胶束结构和壳体中。本文所述的任何寡核苷酸不仅可以作为核酸提供，而且还可以以药学上可接受的盐的形式提供。
具有阳离子脂质的寡核苷酸制剂可用来促进寡核苷酸向细胞中的转染。例如，可以使用阳离子脂质，如lipofectin、阳离子甘油衍生物和聚阳离子分子(例如，聚赖氨酸)。合适的脂质包括Oligofectamine、Lipofectamine(Life Technologies)、NC388(RibozymePharmaceuticals,Inc.，Boulder，Colo.)或FuGene6(Roche)，所有这些都可以根据制造商的说明来使用。
因此，在一些实施方案中，制剂包含脂质纳米颗粒。在一些实施方案中，辅料包含脂质体、脂质、脂质复合物、微球、微粒、纳米球或纳米颗粒，或者可以以其他方式配制以供施用至有需要的受试者的细胞、组织、器官或身体(参见，例如，Remington:THE SCIENCEAND PRACTICE OF PHARMACY,第22版,Pharmaceutical Press,2013)。
在一些实施方案中，本文的制剂包含辅料。在一些实施方案中，辅料为组合物赋予活性成分的改善的稳定性、改善的吸收、改善的溶解度和/或治疗增强。在一些实施方案中，辅料是缓冲剂(例如，柠檬酸钠、磷酸钠、tris碱或氢氧化钠)或媒介物(例如，缓冲溶液、凡士林、二甲基亚砜或矿物油)。在一些实施方案中，将寡核苷酸冻干以延长其保质期，然后在使用(例如，施用至受试者)前制成溶液。因此，包含任一种本文所述寡核苷酸的组合物中的辅料可以是冻干保护剂(例如，甘露醇、乳糖、聚乙二醇或聚乙烯吡咯烷酮)或塌陷温度调节剂(例如，葡聚糖、FicollTM或明胶)。
在一些实施方案中，将药物组合物配制为与其预期的给药途径兼容。给药途径可以是有效地将本发明化合物输送至身体中的所需或适当位置的任何途径。给药途径的实例包括肠胃外(例如，静脉内、肌肉内、腹膜内、皮内、皮下)、口服(例如，吸入)、经皮(例如，局部)、经粘膜和直肠给药。
适合注射使用的药物组合物包括无菌水溶液(当水溶性时)或分散体以及用于即时制备无菌注射溶液或分散体的无菌粉末。对于静脉内给药，合适的载体包括生理盐水、抑菌水、Cremophor ELTM(BASF，Parsippany，N.J.)或磷酸盐缓冲盐水(PBS)。载体可以是溶剂或分散介质，其含有例如水、乙醇、多元醇(例如，甘油、丙二醇和液体聚乙二醇等)及其合适的混合物。在许多情况下，优选地在组合物中包含等渗剂，例如糖、多元醇如甘露醇、山梨醇、氯化钠。无菌注射溶液可以如下制备：根据需要将所需量的寡核苷酸与上文列举的成分中的一种或其组合引入所选溶剂中，随后过滤除菌。
在一些实施方案中，组合物可含有至少约0.1％或更多的治疗剂(例如，用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸)，尽管活性成分的百分比可在总组合物的重量或体积的约1％至约80％之间或更多。制备此类药物制剂的本领域技术人员将考虑诸如溶解度、生物利用度、生物半衰期、给药途径、产品保质期以及其他药理学考虑因素等因素，并且因此，多种剂量和治疗方案可能是可取的。
使用方法
降低NR1H3表达
在一些实施方案中，本公开提供了用于使细胞或细胞群体接触或向其递送有效量的本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)以降低NR1H3表达的方法。在一些实施方案中，通过测量细胞中NR1H3mRNA、NR1H3蛋白或NR1H3活性的量或水平的降低来确定NR1H3表达的降低。这些方法包括本文描述的和本领域普通技术人员已知的那些方法。
本文提供的方法可用于任何合适的细胞类型。在一些实施方案中，细胞是表达NR1H3 mRNA的任何细胞(例如，肝细胞)。在一些实施方案中，细胞是从受试者获得的原代细胞。在一些实施方案中，该原代细胞已经历有限次数的传代，使得该细胞基本上保持其天然表型性质。在一些实施方案中，寡核苷酸所递送至的细胞是离体或体外的(即，可以被递送至培养中的细胞或细胞所在的生物体)。
在一些实施方案中，使用本领域已知的核酸递送方法向细胞或细胞群体递送本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)，所述方法包括但不限于注射含有寡核苷酸的溶液，用被寡核苷酸覆盖的颗粒轰击，将细胞或细胞群体暴露于含有寡核苷酸的溶液，或在寡核苷酸的存在下对细胞膜进行电穿孔。可以使用本领域已知的用于将寡核苷酸递送至细胞的其他方法，例如脂质介导的载体转运、化学介导的转运和阳离子脂质体转染如磷酸钙等。
在一些实施方案中，NR1H3表达的降低通过评价与NR1H3表达相关的细胞或细胞群体的一种或多种分子、性质或特性的测定或技术来确定，或者通过评价直接指示细胞或细胞群体中的NR1H3表达的分子(例如，NR1H3 mRNA或NR1H3蛋白)的测定或技术来确定。在一些实施方案中，通过将与寡核苷酸接触的细胞或细胞群体中的NR1H3表达与适当对照(例如，未与该寡核苷酸接触或与对照寡核苷酸接触的适当细胞或细胞群体)进行比较来评价本文提供的寡核苷酸降低NR1H3表达的程度。在一些实施方案中，预先确定对照细胞或细胞群体中NR1H3表达的对照量或水平，使得不需要在每次进行该测定或技术时都测量对照量或水平。预先确定的水平或值可以采取多种形式。在一些实施方案中，预先确定的水平或值可以是单个截断值，如中值或平均值。
在一些实施方案中，使本文所述的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)接触或递送至细胞或细胞群体导致未与该寡核苷酸接触或与对照寡核苷酸接触的细胞或细胞群体中的NR1H3表达降低。在一些实施方案中，NR1H3表达的降低是相对于NR1H3表达的对照量或水平约1％或更低、约5％或更低、约10％或更低、约15％或更低、约20％或更低、约25％或更低、约30％或更低、约35％或更低、约40％或更低、约45％或更低、约50％或更低、约55％或更低、约60％或更低、约70％或更低、约80％或更低或者约90％或更低。在一些实施方案中，NR1H3表达的对照量或水平是尚未与本文的寡核苷酸接触的细胞或细胞群体中NR1H3 mRNA和/或NR1H3蛋白的量或水平。在一些实施方案中，在任何有限的时间段或时间量(例如，分钟、小时、天、周、月)之后评估根据本文的方法将本文的寡核苷酸递送至细胞或细胞群体的效果。例如，在一些实施方案中，在使寡核苷酸接触或递送至细胞或细胞群体后至少约4小时、约8小时、约12小时、约18小时、约24小时；或至少约1天、约2天、约3天、约4天、约5天、约6天、约7天、约8天、约9天、约10天、约11天、约12天、约13天、约14天、约21天、约28天、约35天、约42天、约49天、约56天、约63天、约70天、约77天或约84天或更长时间，在细胞或细胞群体中测定NR1H3表达。在一些实施方案中，在使寡核苷酸接触或递送至细胞或细胞群体后至少约1个月、约2个月、约3个月、约4个月、约5个月或约6个月或更长时间，在细胞或细胞群体中测定NR1H3表达。
在一些实施方案中，本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)以转基因的形式递送，该转基因被工程改造为在细胞中表达该寡核苷酸或构成该寡核苷酸的链(例如，其有义链和反义链)。在一些实施方案中，使用被工程改造为表达本文公开的任何寡核苷酸的转基因来递送本文的寡核苷酸。转基因可以使用病毒载体(例如，腺病毒、逆转录病毒、痘苗病毒、痘病毒、腺相关病毒或单纯疱疹病毒)或非病毒载体(例如，质粒或合成mRNA)来递送。在一些实施方案中，转基因可以直接注射至受试者。
治疗方法
本公开提供了用作药物，特别是供治疗与NR1H3表达相关的疾病、病症和状况的方法中使用的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)。本公开还提供了用于或适合用于治疗将会受益于降低NR1H3表达的受试者(例如，患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的人)的寡核苷酸。在一些方面，本公开提供了用于或适合用于治疗患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者的寡核苷酸。本公开还提供了用于或适合用于制备治疗与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的药物或药物组合物的寡核苷酸。在一些实施方案中，供使用或适合使用的寡核苷酸靶向NR1H3 mRNA并降低NR1H3表达(例如，经由RNAi途径)。在一些实施方案中，供使用或适合使用的寡核苷酸靶向NR1H3 mRNA并降低NR1H3 mRNA、NR1H3蛋白和/或NR1H3活性的量或水平。
另外，在本文方法的一些实施方案中，选择患有或易患与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者来用本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)进行治疗。在一些实施方案中，所述方法包括选择具有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的标志物(例如，生物标志物)或倾向于具有该标志物(例如，但不限于，NR1H3 mRNA、NR1H3蛋白或其组合)的个体。同样地，并且如下文所详述的，本公开提供的方法的一些实施方案包括诸如以下的步骤：测量或获得NR1H3表达的标志物(例如，NR1H3 mRNA)的基线值，然后将这样获得的值与一个或多个其他基线值或在向受试者施用寡核苷酸后获得的值进行比较，以评估治疗的有效性。
本公开还提供了用本文提供的寡核苷酸治疗患有、疑似患有或有风险发展为与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者的方法。在一些方面，本公开提供了使用本文的寡核苷酸治疗或减弱与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的发作或进展的方法。在其他方面，本公开提供了使用本文提供的寡核苷酸在患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者中实现一种或多种治疗益处的方法。在本文方法的一些实施方案中，通过施用治疗有效量的任意一种或多种本文提供的寡核苷酸来治疗受试者。在一些实施方案中，治疗包括降低NR1H3表达。在一些实施方案中，对受试者进行治疗性治疗。在一些实施方案中，对受试者进行预防性治疗。
在本文方法的一些实施方案中，将本文的一种或多种寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)或包含一种或多种寡核苷酸的药物组合物施用至患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者，使得该受试者中的NR1H3表达降低，从而治疗该受试者。在一些实施方案中，受试者中NR1H3 mRNA的量或水平降低。在一些实施方案中，受试者中NR1H3蛋白的量或水平降低。在一些实施方案中，受试者中NR1H3活性的量或水平降低。
在本文方法的一些实施方案中，将本文提供的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)或包含该寡核苷酸的药物组合物施用至患有与NR1H3相关的疾病、病症或状况的受试者，使得与施用一种或多种寡核苷酸或药物组合物之前的NR1H3表达相比，该受试者中的NR1H3表达降低至少约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约99％或超过99％。在一些实施方案中，与未接受所述一种或多种寡核苷酸或药物组合物或接受一种或多种对照寡核苷酸、药物组合物或治疗的受试者(例如，参考或对照受试者)中的NR1H3表达相比，该受试者中的NR1H3表达降低至少约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约99％或超过99％。
在本文方法的一些实施方案中，将本文的一种或多种寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)或包含该一种或多种寡核苷酸的药物组合物施用至患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者，使得与施用该寡核苷酸或药物组合物之前的NR1H3 mRNA的量或水平相比，该受试者中NR1H3 mRNA的量或水平降低至少约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约99％或超过99％。在一些实施方案中，与未接受所述一种或多种寡核苷酸或药物组合物或接受一种或多种对照寡核苷酸、药物组合物或治疗的受试者(例如，参考或对照受试者)中NR1H3 mRNA的量或水平相比，该受试者中NR1H3 mRNA的量或水平降低至少约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约99％或超过99％。
在本文方法的一些实施方案中，将本文的一种或多种寡核苷酸或包含该一种或多种寡核苷酸的药物组合物施用至患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者，使得与施用该寡核苷酸或药物组合物之前的NR1H3蛋白的量或水平相比，该受试者中NR1H3蛋白的量或水平降低至少约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约99％或超过99％。在一些实施方案中，与未接受所述一种或多种寡核苷酸或药物组合物或接受一种或多种对照寡核苷酸或药物组合物或治疗的受试者(例如，参考或对照受试者)中NR1H3蛋白的量或水平相比，该受试者中NR1H3蛋白的量或水平降低至少约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约99％或超过99％。
在本文方法的一些实施方案中，将本文的一种或多种寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)或包含该一种或多种寡核苷酸的药物组合物施用至患有与NR1H3相关的疾病、病症或状况的受试者，使得与施用该寡核苷酸或药物组合物之前的NR1H3活性的量或水平相比，该受试者中NR1H3基因活性/表达的量或水平降低至少约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约99％或超过99％。在一些实施方案中，与未接受所述寡核苷酸或药物组合物或接受对照寡核苷酸、药物组合物或治疗的受试者(例如，参考或对照受试者)中NR1H3活性的量或水平相比，该受试者中NR1H3活性的量或水平降低至少约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约99％或超过99％。
用于测定受试者中或来自受试者的样品中的NR1H3表达、NR1H3 mRNA、NR1H3蛋白、NR1H3活性或与NR1H3表达调节相关或受NR1H3表达调节影响的生物标志物(例如，血浆生物标志物)的量或水平的合适方法是本领域已知的。此外，本文呈现的实施例说明了用于测定NR1H3表达的方法。
在一些实施方案中，在从受试者获得或分离的细胞(例如，肝细胞)、细胞群体或一组细胞(例如，类器官)、器官(例如，肝脏)、血液或其成分(例如，血浆)、组织(例如，肝组织)、样品(例如，肝脏活检样品)或任何其他适当的生物材料中，NR1H3表达、NR1H3 mRNA、NR1H3蛋白、NR1H3活性或与NR1H3表达调节相关或受NR1H3表达调节影响的生物标志物的量或水平或其任何组合降低。在一些实施方案中，在多于一种类型的细胞(例如，肝细胞和一种或多种其他类型的细胞)、多于一组细胞、多于一种器官(例如，肝脏和一种或多种其他器官)、多于一种血液成分(例如，血浆和一种或多种其他血液成分)、多于一种类型的组织(例如，肝脏组织和一种或多种其他类型的组织)或多于一种类型的样品(例如，肝脏活检样品和一种或多种其他类型的活检样品)中，NR1H3表达、NR1H3 mRNA、NR1H3蛋白、NR1H3活性或与NR1H3表达调节相关或受NR1H3表达调节影响的生物标志物的量或水平或其任何组合降低。
由于其高特异性，本文提供的寡核苷酸(例如，dsRNAi寡核苷酸)特异性地靶向细胞和组织或器官(例如，肝脏)的靶基因的mRNA(例如，NR1H3 mRNA)。在预防疾病时，靶基因可以是疾病开始或维持所需的基因，或者已被鉴定为与患上该疾病的较高风险相关的基因。在治疗疾病时，可以使寡核苷酸与表现出或负责介导疾病的细胞、组织或器官(例如，肝脏)接触。例如，同与NR1H3表达相关病症或状况相关的野生型(即，天然)或突变基因的全部或部分基本相同的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)可以接触或引入感兴趣的细胞或组织类型，如肝细胞或其他肝脏细胞。
在一些实施方案中，靶基因可以是来自任何哺乳动物的靶基因，如人靶标。任何靶基因可以按照本文所述的方法进行沉默。
本文所述的方法通常涉及向受试者施用有效量的本文寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)，即产生或生成期望的治疗结果的量。治疗上可接受的量可以是治疗性地治疗疾病或病症的量。针对任一受试者的适当剂量将取决于某些因素，包括受试者的体型、体表面积、年龄、待施用的组合物、组合物中的活性成分、施用时间和途径、一般健康状况以及同时施用的其他药物。
在一些实施方案中，经肠(例如，口服、通过胃饲管、通过十二指肠饲管、经由胃造口术或经直肠)、肠胃外(例如，皮下注射、静脉内注射或输注、动脉内注射或输注、骨内输注、肌肉内注射、脑内注射、脑室内注射、鞘内)、局部(例如，表皮、吸入、通过滴眼剂或通过粘膜)或通过直接注射到靶器官(例如，受试者的肝脏)中向受试者施用本文的任一种组合物(例如，包含本文所述的RNAi寡核苷酸的组合物)。通常，本文的寡核苷酸经静脉内或皮下施用。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)或包含该寡核苷酸的药物组合物单独或联合施用。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸同时、依次(以任何顺序)或间歇地联合施用。例如，两种寡核苷酸可以同时共同施用。或者，可以施用一种寡核苷酸，并在任意时间长度(例如，一小时、一天、一周或一个月)后施用第二寡核苷酸。
在一些实施方案中，本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)或包含该寡核苷酸的药物组合物与一种或多种附加药理学活性物质联合施用。在一些实施方案中，所述附加药理学活性物质选自例如抗糖尿病剂、抗肥胖剂、食欲调节剂、抗高血压剂。
在一些实施方案中，待治疗的受试者是人类或非人灵长类动物或其他哺乳动物受试者。其他示例性受试者包括家养动物，如狗和猫；家畜，如马、牛、猪、绵羊、山羊和鸡；以及诸如小鼠、大鼠、豚鼠和仓鼠等动物。
试剂盒
在一些实施方案中，本公开提供了包含本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)和使用说明书的试剂盒。在一些实施方案中，该试剂盒包含本文的寡核苷酸，以及包含该试剂盒和/或其任何组分的使用说明的包装插页。在一些实施方案中，该试剂盒在合适的容器中包含本文的寡核苷酸、一种或多种对照，以及各种缓冲液、试剂、酶和本领域公知的其他标准成分。在一些实施方案中，该容器包含至少一个小瓶、孔、试管、烧瓶、瓶子、注射器或其他容器装置，所述寡核苷酸放置于其中，并且在一些情况下，适当地等分。在提供附加组分的一些实施方案中，该试剂盒包含放置该组分的附加容器。试剂盒还可包括用于容纳寡核苷酸的装置，以及为了商业销售而严密限制的任何其他试剂。这样的容器可以包括其中保留有所需小瓶的注塑或吹塑的塑料容器。这些容器和/或试剂盒可以包括带有使用说明和/或警告的标签。
在一些实施方案中，试剂盒包含本文的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸)，以及药学上可接受的载体，或包含该寡核苷酸的药物组合物以及用于治疗有需要的受试者中与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况或延迟其进展的说明书。
定义
如本文所用的，术语“反义寡核苷酸”涵盖基于核酸的分子，其具有与全部或部分靶mRNA互补的序列，特别是种子序列，从而能够与mRNA形成双链体。因此，如本文所用的，术语“反义寡核苷酸”可被称为“基于互补核酸的抑制剂”。
如本文所用的，“大约”或“约”当应用于一个或多个感兴趣的值时，是指与规定的参考值类似的值。在某些实施方案中，“约”是指落入规定参考值在任一方向上(大于或小于)的25％、20％、19％、18％、17％、16％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％或更少之内的值范围，除非另有说明或从上下文中可以明显看出(该数字超过可能值的100％的情况除外)。
如本文所用的，“施用”、“给药”及类似用语是指以药理学上有用(例如，治疗受试者的疾病、病症或状况)的方式向受试者提供物质(例如，寡核苷酸)。
如本文所用的，“减弱”、“减轻”及类似用语是指降低或有效阻止。作为非限制性实例，本文中的一种或多种治疗可以降低或有效阻止受试者中非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)或系统性红斑狼疮的发作或进展。这种减弱可以通过以下事实来例证：例如，非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)或系统性红斑狼疮的一个或多个方面(例如，症状，组织特征，以及细胞活性、炎症活性或免疫活性，等等)降低，脂肪性肝病或系统性红斑狼疮的一个或多个方面没有可检测到的进展(恶化)，或者在受试者中没有可检测到的非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)或系统性红斑狼疮的方面(而这些方面本来预期是可检测到的)。
如本文所用的，“互补”是指两个核苷酸之间(例如，在两个相对的核酸上或在单条核酸链的相对区域上)的结构关系，其允许这两个核苷酸彼此形成碱基对。例如，与相对核酸的嘧啶核苷酸互补的一个核酸的嘌呤核苷酸可以通过彼此形成氢键而碱基配对在一起。在一些实施方案中，互补的核苷酸可以以Watson-Crick方式或以允许形成稳定双链体的任何其他方式碱基配对。在一些实施方案中，两个核酸可具有彼此互补的多个核苷酸的区域以形成互补区域，如本文所述。
如本文所用的，“脱氧核糖核苷酸”是指与核糖核苷酸相比，在其戊糖的2’位置处具有氢而不是羟基的核苷酸。经修饰的脱氧核糖核苷酸是具有除2’位置以外的原子的一个或多个修饰或取代的脱氧核糖核苷酸，包括糖、磷酸基团或碱基的修饰或取代，或者它们之中的修饰或取代。
如本文所用的，“双链寡核苷酸”或“ds寡核苷酸”是指基本上呈双链体形式的寡核苷酸。在一些实施方案中，双链寡核苷酸的双链体区域的互补碱基配对在共价分离的核酸链的反向平行核苷酸序列之间形成。在一些实施方案中，双链寡核苷酸的双链体区域的互补碱基配对在共价连接的核酸链的反向平行核苷酸序列之间形成。在一些实施方案中，双链寡核苷酸的双链体区域的互补碱基配对由折叠(例如，通过发夹)的单核酸链形成，以提供碱基配对在一起的互补反向平行核苷酸序列。在一些实施方案中，双链寡核苷酸包含彼此完全形成双链体的两条共价分离的核酸链。然而，在一些实施方案中，双链寡核苷酸包含部分形成双链体的两条共价分离的核酸链(例如，在一端或两端具有突出端)。在一些实施方案中，双链寡核苷酸包含部分互补的反向平行核苷酸序列，因此可以具有一个或多个错配，其可以包括内部错配或末端错配。
如本文所用的，关于核酸(例如，寡核苷酸)的“双链体”是指通过两个反向平行核苷酸序列的互补碱基配对而形成的结构。
如本文所用的，“辅料”是指可包含在组合物中的非治疗剂，例如，用以提供或有助于所需的稠度或稳定效果。
如本文所用的，“肝细胞”是指肝脏实质组织的细胞。这些细胞约占肝脏质量的70-85％，并产生血清白蛋白、FBN和凝血酶原组的凝血因子(因子3和4除外)。肝细胞谱系细胞的标志物包括但不限于运甲状腺素蛋白(Ttr)、谷氨酰胺合成酶(Glul)、肝细胞核因子1a(Hnf1a)和肝细胞核因子4a(Hnf4a)。成熟肝细胞的标志物可包括但不限于细胞色素P450(Cyp3a11)、延胡索酰乙酰乙酸水解酶(Fah)、葡萄糖6-磷酸(G6p)、白蛋白(Alb)和OC2-2F8。参见，例如，Huch等人,NATURE(2013)；494:247-50。
如本文所用的，“肝毒性剂”是指本身对肝脏有毒或可被加工形成对肝脏有毒的代谢物的化学化合物、病毒或其他物质。肝毒性剂可包括但不限于四氯化碳(CCl4)、对乙酰氨基酚(扑热息痛)、氯乙烯、砷、氯仿、非甾体抗炎药(如阿司匹林和保泰松)。
如本文所用的，术语“NR1H3”是指编码蛋白质肝脏X受体α或LXR-α的基因。LXR-α是一种核受体蛋白，由NR1H3(核受体亚家族1，组H，成员3)编码。除非另有说明，否则术语“NR1H3”意指所有同工型。
如本文所用的，“不稳定的连接体”是指可被切割(例如，通过酸性pH)的连接体。“相当稳定的连接体”是指不易被切割的连接体。
如本文所用的，“肝脏炎症”或“肝炎”是指这样的身体状况，其中肝脏变得肿胀、功能障碍和/或疼痛，尤其是由于损伤或感染，如可能由暴露于肝毒性剂而引起。症状可包括黄疸(皮肤或眼睛发黄)、疲劳、虚弱、恶心、呕吐、食欲减退和体重减轻。肝脏炎症如果不治疗，可进展为纤维化、肝硬化、肝功能衰竭或肝癌。
如本文所用的，“肝纤维化”“肝脏纤维化”或“肝脏的纤维化”是指细胞外基质蛋白在肝脏中的过度积累，细胞外基质蛋白可包括由炎症和肝脏细胞死亡产生的胶原蛋白(I、III和IV)、FBN、粗纤维调节素(undulin)、弹性蛋白、层粘连蛋白、透明质酸和蛋白聚糖。肝纤维化如果不治疗，可进展为肝硬化、肝功能衰竭或肝癌。
如本文所用的，“环”是指核酸(例如，寡核苷酸)的未配对区域，其侧翼为该核酸的两个反向平行区域，这两个区域彼此充分互补，使得在适当的杂交条件下(例如，在磷酸盐缓冲液中，在细胞中)，位于未配对区域侧翼的这两个反向平行区域杂交形成双链体(称为“茎”)。
如本文所用的，“代谢综合征”或“代谢性肝病”是指这样的病症，其特征在于一组相关的医学状况和相关的病理学，包括但不限于以下医学状况：腹部肥胖、血压升高、空腹血浆葡萄糖升高、高血清甘油三酯、肝纤维化和低水平的高密度脂蛋白(HDL)水平。如本文所用的，术语代谢综合征或代谢性肝病可涵盖与代谢综合征和代谢性肝病相关的众多直接和间接表现、疾病和病理学，在整个文件中使用状况的扩展列表。
如本文所用的，“经修饰的核苷酸间键合”是指与包含磷酸二酯键的参考核苷酸间键合相比，具有一个或多个化学修饰的核苷酸间键合。在一些实施方案中，经修饰的核苷酸是非天然存在的键合。通常，经修饰的核苷酸间键合赋予其中存在该经修饰的核苷酸间键合的核酸一种或多种期望的性质。例如，经修饰的核苷酸间键合可以改善热稳定性、降解抗性、核酸酶抗性、溶解度、生物利用度、生物活性、降低的免疫原性等。
如本文所用的，“经修饰的核苷酸”是指与选自腺嘌呤核糖核苷酸、鸟嘌呤核糖核苷酸、胞嘧啶核糖核苷酸、尿嘧啶核糖核苷酸、腺嘌呤脱氧核糖核苷酸、鸟嘌呤脱氧核糖核苷酸、胞嘧啶脱氧核糖核苷酸和胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸的相应参考核苷酸相比，具有一个或多个化学修饰的核苷酸。在一些实施方案中，经修饰的核苷酸是非天然存在的核苷酸。在一些实施方案中，经修饰的核苷酸在其糖、核碱基和/或磷酸基团中具有一个或多个化学修饰。在一些实施方案中，经修饰的核苷酸具有与相应的参考核苷酸缀合的一个或多个化学部分。通常，经修饰的核苷酸赋予其中存在该经修饰的核苷酸的核酸一种或多种期望的性质。例如，经修饰的核苷酸可以改善热稳定性、降解抗性、核酸酶抗性、溶解度、生物利用度、生物活性、降低的免疫原性等。
如本文所用的，“带缺口的(nicked)四环结构”是指RNAi寡核苷酸的结构，其特征在于单独的有义(过客)链和反义(指导)链，其中有义链具有与反义链互补的互补区域，并且其中至少一条链，通常是有义链，具有被配置为稳定在该至少一条链内形成的相邻茎区的四环。
如本文所用的，“寡核苷酸”是指短核酸(例如，长度短于约100个核苷酸)。寡核苷酸可以是单链的(ss)或双链的(ds)。寡核苷酸可以具有或不具有双链体区域。作为一组非限制性实例，寡核苷酸可以是但不限于小干扰RNA(siRNA)、微小RNA(miRNA)、短发夹RNA(shRNA)、切酶底物干扰RNA(DsiRNA)、反义寡核苷酸、短siRNA或ss siRNA。在一些实施方案中，双链(dsRNA)是RNAi寡核苷酸。
如本文所用的，“突出端”是指末端非碱基配对核苷酸，其由一个链或区域延伸超出与该一个链或区域形成双链体的互补链的末端而产生。在一些实施方案中，突出端包含从寡核苷酸的5’末端或3’末端处的双链体区域延伸的一个或多个未配对的核苷酸。在某些实施方案中，突出端是寡核苷酸的反义链或有义链上的3’-或5’-突出端。
如本文所用的，“磷酸酯类似物”是指模拟磷酸酯基团的静电性质和/或空间性质的化学部分。在一些实施方案中，磷酸酯类似物位于寡核苷酸的5’末端核苷酸处，而不是通常容易被酶促去除的5’-磷酸酯。在一些实施方案中，5’磷酸酯类似物含有磷酸酶抗性连接。磷酸酯类似物的实例包括但不限于5’膦酸酯，如5’亚甲基膦酸酯(5’-MP)和5’-(E)-乙烯基膦酸酯(5’-VP)。在一些实施方案中，寡核苷酸在5’-末端核苷酸处的糖的4’-碳位置处具有磷酸酯类似物(称为“4’-磷酸酯类似物”)。4’-磷酸酯类似物的实例是氧基甲基膦酸酯，其中氧基甲基的氧原子结合至糖部分(例如，在其4’-碳处)或其类似物。参见，例如，第62/383,207号美国临时专利申请(2016年9月2日提交)和第62/393,401号美国临时专利申请(2016年9月12日提交)。已经针对寡核苷酸的5’端开发了其他修饰(参见，例如，第WO2011/133871号国际专利申请；第8,927,513号美国专利；和Prakash等人,NUCLEIC ACIDS RES.(2015)；43:2993-3011)。
如本文所用的，基因(例如，NR1H3)的“表达降低”是指与适当的参考(例如，参考细胞、细胞群体、样品或受试者)相比，细胞、细胞群体、样品或受试者中RNA转录物(例如，NR1H3 mRNA)或由该基因编码的蛋白质的量或水平降低，和/或该基因的活性的量或水平降低。例如，与未用本文的寡核苷酸处理的细胞相比，使细胞与该寡核苷酸(例如，包含反义链的寡核苷酸，该反义链具有与包含NR1H3 mRNA的核苷酸序列互补的核苷酸序列)接触的行为可以导致NR1H3 mRNA、蛋白质和/或活性的量或水平降低(例如，经由通过RNAi途径对NR1H3 mRNA的降解)。类似地，并且如本文所用的，“降低表达”是指导致基因(例如，NR1H3)的表达降低的行为。
如本文所用的，“NR1H3表达的降低”是指与适当的参考(例如，参考细胞、细胞群体、样品或受试者)相比，细胞、细胞群体、样品或受试者中NR1H3 mRNA、NR1H3蛋白和/或NR1H3活性的量或水平的降低。
如本文所用的，“互补区域”是指核酸(例如，寡核苷酸)的核苷酸序列，其与反向平行核苷酸序列充分互补，以允许这两个核苷酸序列在适当的杂交条件下(例如，在磷酸盐缓冲液中、在细胞中等)杂交。在一些实施方案中，本文的寡核苷酸包含具有与mRNA靶序列互补的互补区域的靶向序列。
如本文所用的，“核糖核苷酸”是指具有核糖作为其戊糖的核苷酸，其在其2’位置处含有羟基。经修饰的核糖核苷酸是具有除2’位置以外的原子的一个或多个修饰或取代的核糖核苷酸，包括核糖、磷酸基团或碱基的修饰或取代，或者它们之中的修饰或取代。
如本文所用的，“RNAi寡核苷酸”是指(a)具有有义(过客)链和反义(指导)链的双链寡核苷酸，其中反义链或反义链的一部分被Argonaute 2(Ago2)核酸内切酶在靶mRNA(例如，NR1H3 mRNA)的切割中使用，或者(b)具有单反义链的单链寡核苷酸，其中该反义链(或该反义链的一部分)被Ago2核酸内切酶在靶mRNA(例如，NR1H3 mRNA)的切割中使用。
如本文所用的，“链”是指通过核苷酸间键合(例如，磷酸二酯键或硫代磷酸酯键)连接在一起的单个、连续的核苷酸序列。在一些实施方案中，链具有两个游离端(例如，5’端和3’端)。
如本文所用的，“受试者”是指任何哺乳动物，包括小鼠、兔和人。在一个实施方案中，受试者是人或NHP。此外，“个体”或“患者”可以与“受试者”互换使用。
如本文所用的，“合成的”是指(例如，使用机器(例如，固态核酸合成仪))人工合成的或另外并非源自通常产生该分子的天然来源(例如，细胞或生物体)的核酸或其他分子。
如本文所用的，“靶向配体”是指这样的分子(例如，碳水化合物、氨基糖、胆固醇、多肽或脂质)：其选择性地结合感兴趣的组织或细胞的同源分子(例如，受体)，并且可与另一种物质缀合以便将该另一种物质靶向感兴趣的组织或细胞。例如，在一些实施方案中，靶向配体可以与寡核苷酸缀合，以便将该寡核苷酸靶向特定感兴趣的组织或细胞。在一些实施方案中，靶向配体选择性地结合细胞表面受体。因此，在一些实施方案中，当靶向配体与寡核苷酸缀合时，通过与细胞表面上表达的受体的选择性结合和细胞对包含该寡核苷酸、靶向配体和受体的复合物的内体内化，促进该寡核苷酸向特定细胞中的递送。在一些实施方案中，靶向配体经由连接体与寡核苷酸缀合，该连接体在细胞内化之后或期间被切割，使得该寡核苷酸在细胞中从靶向配体上释放。在一些实施方案中，靶向配体包含至少一个GalNAc部分并且靶向肝脏和人类肝脏细胞(例如，人类肝细胞)。
如本文所用的，“四环”是指增加通过核苷酸侧翼序列杂交形成的相邻双链体的稳定性的环。稳定性的增加可检测为相邻茎双链体的解链温度(Tm)的增加，该Tm高于由随机选择的核苷酸序列组成的一组相当长度的环平均预期的相邻茎双链体的Tm。例如，四环可以赋予包含长度至少为2个碱基对(bp)的双链体的发夹在10mM Na2HPO4中至少约50℃、至少约55℃、至少约56℃、至少约58℃、至少约60℃、至少约65℃或至少约75℃的Tm。在一些实施方案中，四环可以赋予包含长度至少为2个碱基对(bp)的双链体的发夹在10mM NaH2PO4中至少约50℃、至少约55℃、至少约56℃、至少约58℃、至少约60℃、至少约65℃或至少约75℃的Tm。在一些实施方案中，四环可以通过堆积相互作用稳定相邻茎双链体中的bp。另外，四环中核苷酸之间的相互作用包括但不限于非Watson-Crick碱基配对、堆积相互作用、氢键键合和接触相互作用(Cheong等人,NATURE(1990)；346:680-82；以及Heus&Pardi SCIENCE(1991)；253:191-94)。在一些实施方案中，四环包含3至6个核苷酸或由3至6个核苷酸组成，并且通常为4至5个核苷酸。在某些实施方案中，四环包含3、4、5或6个核苷酸或由3、4、5或6个核苷酸组成，其可以被修饰或可以未被修饰(例如，其可以与靶向部分缀合或可以不与靶向部分缀合)。在一个实施方案中，四环由4个核苷酸组成。任何核苷酸都可以在四环中使用，并且此类核苷酸的标准IUPAC-IUB符号可以如Cornish-Bowden NUCLEIC ACIDS RES.(1985)；13:3021-30所述使用。例如，字母“N”可以用来表示任何碱基可以在该位置，字母“R”可以用来表示A(腺嘌呤)或G(鸟嘌呤)可以在该位置，而“B”可以用来表示C(胞嘧啶)、G(鸟嘌呤)或T(胸腺嘧啶)可以在该位置。四环的实例包括UNCG家族的四环(例如，UUCG)、GNRA家族的四环(例如，GAAA)和CUUG四环(Woese等人,PROC.NATL.ACAD.SCI.USA(1990)；87:8467-71；Antao等人,NUCLEIC ACIDS RES.(1991)；19:5901-05)。DNA四环的实例包括d(GNNA)家族的四环(例如，d(GTTA))、d(GNRA)家族的四环、d(GNAB)家族的四环、d(CNNG)家族的四环和d(TNCG)家族的四环(例如，d(TTCG))。参见，例如，Nakano等人,BIOCHEM.(2002)；41:14281-92；Shinji等人,NIPPON KAGAKKAI KOEN YOKOSHU(2000)；78:731。在一些实施方案中，四环被包含在带缺口的四环结构内。
如本文所用的，“治疗”或“处理”是指向有需要的受试者提供医护的行为，例如，通过向受试者施用治疗剂(例如，本文的寡核苷酸)，以供改善受试者关于现有状况(例如，疾病、病症)的健康和/或福祉，或者预防或降低发生状况的可能性。在一些实施方案中，治疗涉及降低受试者所经历的状况(例如，疾病、病症)的至少一种体征、症状或促成因素的频率或严重性。
实施例
虽然已经参考以下实施例中阐述的具体实施方案描述了本公开，但本领域技术人员应当理解，在不脱离本公开的精神和范围的情况下，可以做出各种改变，并且可以替代等同物。此外，以下实施例以示例的方式提供，而并非旨在以任何方式限制本公开的范围。另外，可以进行修改以使情况、材料、物质的组成、过程、一个或多个过程步骤适应本公开的目的、精神和范围。所有这些修改都旨在处于本公开的范围内。使用了本领域公知的标准技术或下面具体描述的技术。
实施例1：RNAi寡核苷酸的制备
寡核苷酸合成和纯化
在前述实施例中描述的寡核苷酸(RNAi寡核苷酸)使用本文所述的方法来化学合成。一般而言，除了使用已知的亚磷酰胺合成(参见，例如，Hughes和Ellington,COLDSPRING HARB.PERSPECT.BIOL.(2017)；9(1):a023812；Beaucage S.L.,CaruthersM.H.Studies on Nucleotide Chemistry V:Deoxynucleoside Phosphoramidites—A NewClass of Key Intermediates for Deoxypolynucleotide Synthesis,TETRAHEDRONLETT.(1981)；22:1859–62.doi:10.1016/S0040-4039(01)90461-7)之外，还使用针对19-23聚体siRNA描述的固相寡核苷酸合成方法(参见，例如，Scaringe等人,NUCLEIC ACIDS RES.(1990)；18:5433-41和Usman等人,J.AM.CHEM.SOC.(1987)；109:7845-45；另见，第5,804,683、5,831,071、5,998,203、6,008,400、6,111,086、6,117,657、6,353,098、6,362,323、6,437,117和6,469,158号美国专利)合成RNAi寡核苷酸。将具有19聚体核心序列的dsRNAi寡核苷酸格式化为具有25聚体有义链和27聚体反义链的构建体，以允许通过RNAi机器进行加工。19聚体核心序列与NR1H3 mRNA中的区域互补。
按照标准方法(Integrated DNA Technologies；Coralville，IA)合成各条RNA链并进行HPLC纯化。例如，使用固相亚磷酰胺化学法合成RNA寡核苷酸，使用标准技术(Damha&Olgivie,METHODS MOL.BIOL.(1993)；20:81-114；Wincott等人,NUCLEIC ACIDS RES.(1995)；23:2677-84)在NAP-5柱(Amersham Pharmacia Biotech；Piscataway，NJ)上脱保护并脱盐。使用离子交换高效液相色谱法(IE-HPLC)在Amersham Source 15Q柱(1.0cm×25cm；AmershamPharmacia Biotech)上使用15min步进线性梯度纯化寡聚体。梯度从90:10缓冲液A:B到52:48缓冲液A:B变化，其中缓冲液A为100mM Tris pH 8.5，而缓冲液B为100mM Tris pH 8.5，1M NaCl。在260nm处监测样品，并且将对应于全长寡核苷酸种类的峰收集、合并、在NAP-5柱上脱盐并冻干。
在Beckman PACE 5000(Beckman Coulter,Inc.；Fullerton，CA)上通过毛细管电泳(CE)测定每种寡聚体的纯度。CE毛细管的内径为100μm，并含有ssDNA 100R Gel(Beckman-Coulter))。通常，将约0.6nmol的寡核苷酸注入毛细管中，在444V/cm的电场中运行，并根据260nm处的UV吸光度进行检测。变性Tris-硼酸盐-7M-尿素电泳缓冲液购自Beckman-Coulter。获得了寡核糖核苷酸，经CE评估其纯度至少为90％，用于以下描述的实验中。在Voyager DETMBiospectometry Work Station(Applied Biosystems；Foster City，CA)上，按照制造商推荐的方案，通过基质辅助激光解吸电离飞行时间(MALDI-TOF)质谱法验证化合物身份。获得了所有寡聚体的相对分子质量，通常在预期分子质量的0.2％以内。
双链体的制备
将单链RNA寡聚体重悬(例如，以100μM浓度)于由100mM乙酸钾、30mM HEPES组成的双链体缓冲液(pH 7.5)中。将互补的有义链和反义链以等摩尔量混合，以产生例如50μM双链体的最终溶液。将样品在RNA缓冲液(IDT)中加热至100℃持续5’，并在使用前冷却至室温。RNAi寡核苷酸储存于-20℃。单链RNA寡聚体冻干储存或于-80℃储存在无核酸酶水中。
实施例2：靶向NR1H3的双链RNAi寡核苷酸的生成
NR1H3 mRNA靶序列的鉴定
核受体亚家族1组H成员3(NR1H3)是一种调节巨噬细胞功能、脂质稳态和炎症的蛋白质。为了生成NR1H3表达的RNAi寡核苷酸抑制剂，使用基于计算机的算法通过计算确定适合测定RNAi途径对NR1H3表达的抑制的NR1H3 mRNA靶序列。该算法提供RNAi寡核苷酸指导(反义)链序列，每个序列具有与人NR1H3 mRNA的合适的NR1H3靶序列互补的互补区域。通过该算法确定的一些指导链序列还与猴和/或小鼠NR1H3 mRNA的相应NR1H3靶序列互补。包含与具有核苷酸序列相似性的同源NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域的NR1H3 RNAi寡核苷酸预计具有靶向同源NR1H3 mRNA的能力。
如实施例1中所述生成RNAi寡核苷酸(格式化为DsiRNA寡核苷酸)用于体外评价。每个DsiRNA均以相同的修饰模式生成，并且每个都具有独特的指导链，该指导链具有与通过所述算法确定的NR1H3靶序列互补的互补区域。有义和反义DsiRNA的修饰包括以下(X-任何核苷酸；m-2’-O-甲基修饰的核苷酸；r-核糖基修饰的核苷酸)：
有义链：
反义链：
基于细胞的体外试验
使用基于细胞的体外试验测量表1中每种经修饰的DsiRNA减少NR1H3 mRNA的能力。简言之，在多孔细胞培养板的单独孔中用表1中列出的每种DsiRNA以1nM转染表达内源人NR1H3基因的人Huh-7细胞。用经修饰的DsiRNA转染后，将细胞保持24小时，然后使用RT-qPCR测定来确定经转染的细胞中剩余NR1H3 mRNA的量。该测定使用以下引物和探针，相对于HPRT1和SFRS9这两个参考基因的几何平均值进行归一化：正向-1198GTTATAACCGGGAAGACTTTGC(SEQ ID NO:1122)；反向-1326：TGATAGCAATGAGCAAGGCA(SEQID NO:1123)；探针-1253：
ATGGCCCTGGAGAACTCGAAGATG(SEQ ID NO:1124)。测定引物对的剩余RNA百分比，如表1中所示。与模拟转染的细胞相比，导致DsiRNA转染的细胞中剩余的NR1H3 mRNA少于或等于10％的DsiRNA被认为是DsiRNA“命中”。评价表1中列出的DsiRNA抑制NR1H3表达的能力的基于Huh-7细胞的试验鉴定了数种候选DsiRNA。
总而言之，这些结果表明，设计用于靶向人NR1H3 mRNA的DsiRNA抑制细胞中的NR1H3表达，如通过DsiRNA转染的细胞中相对于对照细胞中NR1H3 mRNA的减少量所确定的。这些结果证明，包含DsiRNA的核苷酸序列可用于生成RNAi寡核苷酸以抑制NR1H3表达。此外，这些结果证明，多个NR1H3 mRNA靶序列适合RNAi介导的NR1H3表达的抑制。
表1.体外筛选结果
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实施例3：GalNAc缀合的NR1H3 RNAi寡核甘酸在体外抑制人NR1H3
实施例2中的体外筛选试验验证了靶向NR1H3的DsiRNA敲减NR1H3 mRNA的能力。为了进一步评价NR1H3 RNAi寡核苷酸抑制NR1H3 mRNA表达的能力，使用在实施例2中通过算法确定的序列生成GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸。
具体而言，使用通过算法确定的DsiRNA的子集来生成相应的双链RNAi寡核苷酸，所述双链RNAi寡核苷酸包含带缺口的四环GalNAc缀合结构(本文中称为“GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸”或“GalNAc-NR1H3构建体”)，具有36-聚体过客链和22-聚体指导链(表3)。此外，两个包含过客链和指导链的核苷酸序列具有不同模式的经修饰的核苷酸和硫代磷酸酯键(有义链SEQ ID NO:945-1032；反义链SEQ ID NO:1037和1086)。构成四环的核苷酸中的三个各自缀合至GalNAc部分(CAS#14131-60-3)。每条链的修饰模式如下所示：
有义链:
5’-mX-S-mX-mX-mX-mX-mX-mX-fX-fX-fX-fX[-mX-]16-[ademX-GalNAc]-[ademX-GalNAc]-[ademX-GalNAc]-mX-mX-mX-mX-mX-mX-3’。
杂交至：
反义链:
5’-[MePhosphonate-4O-mX]-S-fX-S-fX-fX-fX-mX-fX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-S-mX-S-mX-3’。
(修饰关键词：表2且[ademX-GalNAc]＝GalNAc缀合的核苷酸)
或者，表示为：
有义链：[mXs][mX][mX][mX][mX][mX][mX][fX][fX][fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][mX][mX][mX][mX][mX][mX]
杂交至：
反义链：[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fX][fX][fX][mX][fX][mX]
[mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mXs][mXs][mX]
其余的包含过客链和指导链的核苷酸序列具有第二不同模式的经修饰的核苷酸和硫代磷酸酯键(有义链SEQ ID NO:945-1032；反义链SEQ ID NO:1033-1036、1038-1085和1087-1120)。构成四环的核苷酸中的三个各自缀合至GalNAc部分(CAS#14131-60-3)。每条链的修饰模式如下所示：
有义链:
5’-mX-S-mX-mX-mX-mX-mX-mX-fX-fX-fX-fX[-mX-]16-[ademX-GalNAc]-[ademX-GalNAc]-[ademX-GalNAc]-mX-mX-mX-mX-mX-mX-3’。
杂交至：
反义链:
5’-[MePhosphonate-4O-mX]-S-fX-S-fX-S-fX-fX-mX-fX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-S-mX-S-mX-3’。
(修饰关键词：表2且[ademX-GalNAc]＝GalNAc缀合的核苷酸)
或者，表示为：
有义链：[mXs][mX][mX][mX][mX][mX][mX][fX][fX][fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][mX][mX][mX][mX][mX][mX]
杂交至：
反义链：[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fXs][fX][fX][mX][fX][mX]
[mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mXs][mXs][mX]
(修饰关键词：表2)。
使用GalNAc-NR1H3构建体评价在表达人NR1H3的细胞中的抑制功效。具体而言，使用实施例2中描述的方法用GalNAc-NR1H3构建体转染Huh-7细胞。结果提供于表3中，证明用数种构建体成功敲减了人NR1H3 mRNA。
表3.GalNAc缀合的人NR1H3 RNAi寡核苷酸
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实施例4：RNAi寡核苷酸对小鼠中NR1H3表达的体内抑制
实施例2和3中的体外筛选试验验证了靶向NR1H3的寡核苷酸敲减靶mRNA的能力。为了确认RNAi寡核苷酸在体内敲减NR1H3的能力，使用了HDI小鼠模型。评价了两组GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸。具体而言，从实施例2中筛选的DsiRNA生成了一组GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸(如表4所示)和来自实施例3的GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸(如表5所示)。在被工程改造为在小鼠肝脏的肝细胞中瞬时表达人NR1H3 mRNA的小鼠中评价了这两组构建体。简言之，以2mg/kg的剂量向6-8周龄雌性CD-1小鼠(n＝4-5)皮下施用在PBS中配制的所示GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸。对照组小鼠(n＝5)仅施用PBS。三天后(72小时)，对小鼠流体动力学注射(HDI)编码在普遍存在的巨细胞病毒(CMV)启动子序列控制下的完全人NR1H3基因的DNA质粒(25μg)。引入DNA质粒后一天，收集HDI小鼠的肝脏样品。如实施例2中所述，对从这些HDI小鼠获得的总RNA进行qRT-PCR分析以确定NR1H3 mRNA水平。测量人和小鼠mRNA两者的mRNA水平。使用DNA质粒上包含的NeoR基因将这些值对转染效率进行归一化。
表4.用于HDI筛选的GalNAc缀合的人NR1H3 RNAi寡核苷酸
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表5.用于HDI筛选的GalNAc缀合的人NR1H3 RNAi寡核苷酸
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图1B和图2中的结果证明，设计用于靶向人NR1H3 mRNA的GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸成功抑制了HDI小鼠中的人NR1H3 mRNA表达，如通过相对于仅用PBS处理的对照HDI小鼠，来自用GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸治疗的HDI小鼠的肝脏样品中人NR1H3 mRNA表达量的减少所确定的。从先前的序列筛选中选择的基准对照(NR1H3-769和NR1H3-1469)用于确认成功的敲减。
进一步使用来自表4和表5的构建体，在如图3和图4中所示的重复试验中验证了在图1B和图2中测试的GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸。这些试验验证了每种GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸的敲减效率，并且选择了四种构建体在非人灵长类动物(NHP)中进一步分析。
实施例5：RNAi寡核苷酸对非人灵长类动物中NR1H3表达的体内抑制
对HDI小鼠研究中鉴定的有效GalNAc-NR1H3构建体测定了其在非人灵长类动物中的靶向效率。具体而言，在非幼稚食蟹猴(Macaca fascicularis)中评价了表6中列出的GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸。
表6.在非人灵长类动物中评价的GalNAc构建体
在该研究中，将猴子分组，使得其平均体重(约5.4kg)在对照组与实验组之间可比。每个队列包含至少两只雌性和至少两只雄性受试者。如图5中概述的那样，在研究第0、28、56和112天，以1或4mg/kg的剂量皮下施用GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸。如表7和图5中概述的那样采集血液样品和肝脏活检物。
表7.用于NHP研究的治疗计划
在每个时间点，对来自肝脏活检样品的总RNA进行qRT-PCR分析，以测量用寡核苷酸治疗的猴子中相对于用相当体积的PBS处理的猴子中的NR1H3 mRNA。为了对数据进行归一化，相对于参考基因PPIB(Rh02802984_m1(Taqman))进行了测量。使用从Integrated DNATechnologies购买的以下SYBR测定材料来评价基因表达：正向-942：GTCTCTGTGCAGGAGATAGTTG(SEQ ID NO:1517)，反向-1399：GGAGGCTCACCAGTTTCATTA(SEQ IDNO:1518)。如表8(第28天)所示，用表6中列出的GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸治疗NHP抑制了肝脏中的NR1H3表达，如相对于用PBS处理的NHP，来自用寡核苷酸治疗的NHP的肝脏样品中NR1H3 mRNA量的减少所确定的。还测量了第56天和第112天的水平(表8)。这些结果证明，用GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸治疗NHP以剂量依赖性方式减少了肝脏中NR1H3 mRNA的量。
表8.在来自寡核苷酸治疗的NHP的肝脏中，用所示NR1H3-GalNAc治疗后剩余的NR1H3 mRNA
为了确认GalNAc缀合的NR1H3是否特异性靶向NR1H3，在肝脏样品中评价了NR1H3和NR1H2两者的表达。对于NR1H3 mRNA(表9)和NR1H2(表10)的敲减(KD)，在第0、28、56和112天测定了用4mg/kg GalNAc缀合的NR1H3治疗的非人灵长类动物的肝脏中的表达。结果证明，所述构建体对NR1H3具有特异性，对NR1H2没有显著的脱靶效应。
表9.在NHP中用所示NR1H3-GalNAc治疗后剩余的NR1H3 mRNA
表10.在NHP中用所示NR1H3-GalNAc治疗后剩余的NR1H2 mRNA
总而言之，这些结果表明，设计用于靶向人NR1H3 mRNA的GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸在体内抑制总NR1H3表达(如通过NR1H3 mRNA量的减少所确定的)。
实施例6
为了确定肝NR1H3敲减对肝脏和血浆甘油三酯以及血浆总胆固醇的影响，向喂食高脂肪、高果糖、高胆固醇(HFFC-NASH)饮食的C57Bl小鼠施用专门设计用于降低小鼠中的NR1H3表达的NR1H3GalNac siRNA探针。该化合物每周一次通过皮下注射以3mg/kg施用，持续4周。相应的媒介物处理组(chow和HFFC-NASH饮食)用PBS处理。
如表11中所见，与媒介物相比，鼠NR1H3特异性GalNac siRNA的肝细胞特异性敲减(KD)导致所治疗动物的肝脏中鼠NR1H3转录物表达显著降低。导致这种肝脏NR1H3 mRNA减少的治疗进而诱导肝脏甘油三酯、血浆甘油三酯和血浆总胆固醇的减少。此外，用鼠NR1H3特异性GalNac siRNA治疗减少了参与肝脏从头脂肪生成的基因(脂肪酸合酶(Fasn)和乙酰辅酶A羧化酶2(Acc2))。总之，在NAFLD小鼠模型中，NR1H3 mRNA的肝细胞特异性敲减导致NASH相关血脂异常的显著改善。
表11.
实施例7：用于在饲喂高胆固醇饮食的肥胖恒河猴中进行敲减的靶向NR1H3的GalNAc缀合的siRNA
将GalNAc缀合的NR1H3寡核苷酸(有义链SEQ ID NO:964，反义链SEQ ID NO:1052)施用于饲喂高胆固醇饮食(0.06％胆固醇)的肥胖恒河猴。饲喂高胆固醇饮食(0.06％胆固醇)超过4年、体重在8-25kg范围内的八只肥胖恒河猴在第0、4和8周以4mg/kg施用所述物质，在第12周终止研究。在动物给药之前进行肝脏活检(第-3周)和肝脏超声扫描(第-1周)。给药前和治疗后每两周测定一次肝酶和血浆脂质，以评估潜在的不良反应。研究结束时，采集肝脏和血浆样品，以测量NR1H3α敲减对脂质和胆固醇代谢、参与这些途径的肝脏基因以及肝脏组织学的影响。
研究结束时，肝脏中的NR1H3a mRNA减少了50％。将mRNA计算为每个样品中相对于18s基因表达的Δ/ΔCt水平。由于NR1H3a在其他肝脏细胞例如枯否细胞中表达，因此预期肝脏匀浆中NR1H3a不会完全敲减。
肝酶的血浆水平和脂质的血浆水平在表12中呈现。在治疗期间，血浆丙氨酸氨基转移酶(ALT)、γ-谷氨酰转移酶(GGT)或总胆红素(TB)水平没有变化，而在治疗8周和10周后观察到天冬氨酸氨基转移酶(AST)小幅增加。在治疗期间，血浆总胆固醇(TC)或低密度脂蛋白胆固醇(LDLC)水平没有变化，而在治疗两周后已观察到高密度脂蛋白胆固醇(HDLC)显著增加。治疗12周后，观察到血浆甘油三酯(TG)显著下降。在表12中，数据代表平均值±平均值的标准误差。基线是从第-4周到第0周(给药前)的测量值的平均值。相对于基线进行统计分析：单向ANOVA。P*<0.05，P**<0.01，P***<0.001。
表12.肥胖恒河猴中响应于NR1H3a KD的肝酶和血浆脂质。
NR1H3α敲减对肝脏甘油三酯和肝脏胆固醇的影响在表13中呈现。没有观察到肝脏甘油三酯或胆固醇的显著变化。然而，通过FibroScanTM测量，观察到肝脏硬度响应于肝脏NR1H3α敲减而降低的趋势(p＝0.055，配对t检验)。在表13中，数据代表通过配对t检验分析的平均值±平均值的标准误差。一只猴子被排除在FibroScanTM分析之外，因为它在第二次扫描期间没有完全镇静。
表13.肥胖恒河猴中的TG和胆固醇水平以及FibroScanTM肝脏硬度
从该研究中可以得出以下结论：在饲喂高胆固醇饮食的肥胖猴子中，肝细胞中NR1H3a的敲减不导致肝脏胆固醇积累。给药后2周观察到血浆HDLC增加，而在第12周观察到血浆TG降低。没有观察到对肝脏TG的影响，但在研究开始时没有猴子具有脂肪变性。然而，观察到肝脏硬度响应于肝脏NR1H3a敲减而降低的趋势。
实施方案列表：
实施方案1.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。
实施方案2.实施方案1的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链的长度为15至50个核苷酸。
实施方案3.实施方案1或2的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链的长度为18至36个核苷酸。
实施方案4.实施方案1至3中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述反义链的长度为15至30个核苷酸。
实施方案5.实施方案1至4中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述反义链的长度为22个核苷酸，并且其中反义链和所述有义链形成长度为至少19个核苷酸、任选地长度为至少20个核苷酸的双链体区域。
实施方案6.实施方案1至5中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述互补区域的长度为至少19个连续核苷酸，任选地长度为至少20个核苷酸。
实施方案7.实施方案1至6中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链的3’端包含表示为S1-L-S2的茎-环，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3-5个核苷酸的环。
实施方案8.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含反义链和长度为15至50个核苷酸的有义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。
实施方案9.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含长度为15至50个核苷酸的有义链和长度为15至30个核苷酸的反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。
实施方案10.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含反义链和长度为15至50个核苷酸的有义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为19个连续核苷酸，任选地长度为20个核苷酸。
实施方案11.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含反义链和长度为18至36个核苷酸的有义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为19个连续核苷酸，任选地长度为20个核苷酸。
实施方案12.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含长度为18至36个核苷酸的有义链和长度为22个核苷酸的反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为19个连续核苷酸，任选地长度为20个核苷酸。
实施方案13.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含长度为18至36个核苷酸的有义链和长度为22个核苷酸的反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述有义链的3’端包含表示为S1-L-S2的茎-环，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3-5个核苷酸的环，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为19个连续核苷酸，任选地长度为20个核苷酸。
实施方案14.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含长度为36个核苷酸的有义链和长度为22个核苷酸的反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述有义链的3’端包含表示为S1-L-S2的茎-环，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3-5个核苷酸的环，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为19个连续核苷酸，任选地长度为20个核苷酸。
实施方案15.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含长度为36个核苷酸的有义链和长度为22个核苷酸的反义链，其中所述有义链和所述反义链形成长度为至少19个核苷酸、任选地长度为20个核苷酸的双链体区域，其中所述有义链的3’端包含表示为S1-L-S2的茎-环，其中S1与S2互补，并且其中L在S1与S2之间形成长度为3-5个核苷酸的环，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为19个连续核苷酸，任选地长度为20个核苷酸。
实施方案16.实施方案7和13-15中任一项的RNAi寡核苷酸，其中L为三环或四环。
实施方案17.实施方案16的RNAi寡核苷酸，其中L为四环。
实施方案18.实施方案17的RNAi寡核苷酸，其中所述四环包含序列5’-GAAA-3’。
实施方案19.实施方案16-18中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述S1和S2的长度为1-10个核苷酸并且具有相同的长度。
实施方案20.实施方案19的RNAi寡核苷酸，其中S1和S2的长度为1个核苷酸、2个核苷酸、3个核苷酸、4个核苷酸、5个核苷酸、6个核苷酸、7个核苷酸、8个核苷酸、9个核苷酸或10个核苷酸。
实施方案21.实施方案20的RNAi寡核苷酸，其中S1和S2的长度为6个核苷酸。
实施方案22.实施方案16至21中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述茎-环包含序列5’-GCAGCCGAAAGGCUGC-3’(SEQ ID NO:1121)。
实施方案23.实施方案1至22中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述反义链包含长度为一个或多个核苷酸的3’-突出端序列。
实施方案24.实施方案23的RNAi寡核苷酸，其中所述3’-突出端序列的长度为2个核苷酸，任选地其中所述3’-突出端序列为GG。
实施方案25.前述实施方案中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷酸。
实施方案26.实施方案25的RNAi寡核苷酸，其中所述经修饰的核苷酸包含2’-修饰。
实施方案27.实施方案26的RNAi寡核苷酸，其中所述2’-修饰是选自2’-氨基乙基、2’-氟代、2’-O-甲基、2’-O-甲氧基乙基和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸的修饰。
实施方案28.实施方案25至27中任一项的RNAi寡核苷酸，其中构成所述寡核苷酸的所有核苷酸均被修饰，任选地其中所述修饰是选自2’-氟代和2’-O-甲基的2’-修饰。
实施方案29.实施方案25-28中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链的约10-15％、10％、11％、12％、13％、14％或15％的核苷酸包含2’-氟代修饰。
实施方案30.实施方案25-29中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述反义链的约25-35％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％或35％的核苷酸包含2’-氟代修饰。
实施方案31.实施方案25-30中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述寡核苷酸的约25-35％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％或35％的核苷酸包含2’-氟代修饰。
实施方案32.实施方案25-31中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链包含从5’至3’为位置1-36的36个核苷酸，其中位置8-11包含2’-氟代修饰。
实施方案33.实施方案25-32中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述反义链包含从5’至3’为位置1-22的22个核苷酸，并且其中位置2、3、4、5、7、10和14包含2’-氟代修饰。
实施方案34.实施方案25-33中任一项的RNAi寡核苷酸，其中其余的核苷酸包含2’-O-甲基修饰。
实施方案35.前述实施方案中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷酸间键合。
实施方案36.实施方案35的RNAi寡核苷酸，其中所述至少一个经修饰的核苷酸间键合是硫代磷酸酯键。
实施方案37.前述实施方案中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述反义链的5’-核苷酸的糖的4’-碳包含磷酸酯类似物。
实施方案38.实施方案37的RNAi寡核苷酸，其中所述磷酸酯类似物是氧基甲基膦酸酯、乙烯基膦酸酯或丙二酰基膦酸酯，任选地其中所述磷酸酯类似物是包含5’-甲氧基膦酸酯-4’-氧基的4’-磷酸酯类似物。
实施方案39.前述实施方案中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述寡核苷酸的至少一个核苷酸与一个或多个靶向配体缀合。
实施方案40.实施方案39的RNAi寡核苷酸，其中每个靶向配体包含碳水化合物、氨基糖、胆固醇、多肽或脂质。
实施方案41.实施方案39的RNAi寡核苷酸，其中每个靶向配体包含N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)部分。
实施方案42.实施方案35的RNAi寡核苷酸，其中所述GalNAc部分是单价GalNAc部分、二价GalNAc部分、三价GalNAc部分或四价GalNAc部分。
实施方案43.实施方案16至38中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述茎-环的L的至多4个核苷酸各自与单价GalNAc部分缀合。
实施方案44.实施方案1至43中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链包含SEQID NO:769-856或1519-1552中任一者的核苷酸序列。
实施方案45.实施方案1至44中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述反义链包含SEQID NO:857-944中任一者的核苷酸序列。
实施方案46.实施方案1至45中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944。
实施方案47.实施方案1至46中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链包含SEQID NO:786所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:874所示的核苷酸序列。
实施方案48.实施方案1至46中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链包含SEQID NO:787所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:875所示的核苷酸序列。
实施方案49.实施方案1至46中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链包含SEQID NO:1537所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:929所示的核苷酸序列。
实施方案50.实施方案1至46中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链包含SEQID NO:813所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:901所示的核苷酸序列。
实施方案51.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中构成所述有义链和反义链的所有核苷酸均被修饰，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。
实施方案52.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中构成所述有义链和反义链的所有核苷酸均被修饰，其中所述反义链的5’-核苷酸的糖的4’-碳包含磷酸酯类似物，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。
实施方案53.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中构成所述有义链和反义链的所有核苷酸均被修饰，其中所述反义链的5’-核苷酸的糖的4’-碳包含磷酸酯类似物，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。
实施方案54.用于降低NR1H3表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中构成所述有义链和所述反义链的所有核苷酸均被修饰，其中所述反义链和所述有义链包含一个或多个2’-氟代和2’-O-甲基修饰的核苷酸和至少一个硫代磷酸酯键，其中所述反义链的5’-核苷酸的糖的4’-碳包含磷酸酯类似物，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。
实施方案55.实施方案1-54中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链包含SEQID NO:945-1032中任一者的核苷酸序列。
实施方案56.实施方案1-55中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述反义链包含SEQID NO:1033-1120中任一者的核苷酸序列。
实施方案57.实施方案1-56中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:945和1033；
(b)分别为SEQ ID NO:946和1034；
(c)分别为SEQ ID NO:947和1035，
(d)分别为SEQ ID NO:948和1036，
(e)分别为SEQ ID NO:949和1037；
(f)分别为SEQ ID NO:950和1038；
(g)分别为SEQ ID NO:951和1039；
(h)分别为SEQ ID NO:952和1040；
(i)分别为SEQ ID NO:953和1041；
(j)分别为SEQ ID NO:954和1042；
(k)分别为SEQ ID NO:955和1043；
(l)分别为SEQ ID NO:956和1044；
(m)分别为SEQ ID NO:957和1045；
(n)分别为SEQ ID NO:958和1046；
(o)分别为SEQ ID NO:959和1047；
(p)分别为SEQ ID NO:960和1048；
(q)分别为SEQ ID NO:961和1049；
(r)分别为SEQ ID NO:962和1050；
(s)分别为SEQ ID NO:963和1051；
(t)分别为SEQ ID NO:964和1052；
(u)分别为SEQ ID NO:965和1053；
(v)分别为SEQ ID NO:966和1054；
(w)分别为SEQ ID NO:967和1055；
(x)分别为SEQ ID NO:968和1056；
(y)分别为SEQ ID NO:969和1057；
(z)分别为SEQ ID NO:970和1058；
(aa)分别为SEQ ID NO:971和1059；
(bb)分别为SEQ ID NO:972和1060；
(cc)分别为SEQ ID NO:973和1061；
(dd)分别为SEQ ID NO:974和1062；
(ee)分别为SEQ ID NO:975和1063；
(ff)分别为SEQ ID NO:976和1064；
(gg)分别为SEQ ID NO:977和1065；
(hh)分别为SEQ ID NO:978和1066；
(ii)分别为SEQ ID NO:979和1067；
(jj)分别为SEQ ID NO:980和1068；
(kk)分别为SEQ ID NO:981和1069；
(ll)分别为SEQ ID NO:982和1070；
(mm)分别为SEQ ID NO:983和1071；
(nn)分别为SEQ ID NO:984和1072；
(oo)分别为SEQ ID NO:985和1073；
(pp)分别为SEQ ID NO:986和1074；
(qq)分别为SEQ ID NO:987和1075；
(rr)分别为SEQ ID NO:988和1076；
(ss)分别为SEQ ID NO:989和1077；
(tt)分别为SEQ ID NO:990和1078；
(uu)分别为SEQ ID NO:991和1079；
(vv)分别为SEQ ID NO:992和1080；
(ww)分别为SEQ ID NO:993和1081；
(xx)分别为SEQ ID NO:994和1082；
(yy)分别为SEQ ID NO:995和1083；
(zz)分别为SEQ ID NO:996和1084；
(aaa)分别为SEQ ID NO:997和1085；
(bbb)分别为SEQ ID NO:998和1086；
(ccc)分别为SEQ ID NO:999和1087；
(ddd)分别为SEQ ID NO:1000和1088；
(eee)分别为SEQ ID NO:1001和1089；
(fff)分别为SEQ ID NO:1002和1090；
(ggg)分别为SEQ ID NO:1003和1091；
(hhh)分别为SEQ ID NO:1004和1092；
(iii)分别为SEQ ID NO:1005和1093；
(jjj)分别为SEQ ID NO:1006和1094；
(kkk)分别为SEQ ID NO:1007和1095；
(lll)分别为SEQ ID NO:1008和1096；
(mmm)分别为SEQ ID NO:1009和1097；
(nnn)分别为SEQ ID NO:1010和1098；
(ooo)分别为SEQ ID NO:1011和1099；
(ppp)分别为SEQ ID NO:1012和1100；
(qqq)分别为SEQ ID NO:1013和1101；
(rrr)分别为SEQ ID NO:1014和1102；
(sss)分别为SEQ ID NO:1015和1103；
(ttt)分别为SEQ ID NO:1016和1104；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1017和1105；
(vvv)分别为SEQ ID NO:1018和1106；
(www)分别为SEQ ID NO:1019和1107；
(xxx)分别为SEQ ID NO:1020和1108；
(yyy)分别为SEQ ID NO:1021和1109；
(zzz)分别为SEQ ID NO:1022和1110；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:1023和1111；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:1024和1112；
(cccc)分别为SEQ ID NO:1025和1113；
(dddd)分别为SEQ ID NO:1026和1114；
(eeee)分别为SEQ ID NO:1027和1115；
(ffff)分别为SEQ ID NO:1028和1116；
(gggg)分别为SEQ ID NO:1029和1117；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:1030和1118；
(iiii)分别为SEQ ID NO:1031和1119；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:1032和1120。
实施方案58.实施方案1-57中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链和反义链分别包含SEQ ID NO:963和1051所示的核苷酸序列。
实施方案59.实施方案1-57中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链和反义链分别包含SEQ ID NO:964和1052所示的核苷酸序列。
实施方案60.实施方案1-57中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链和反义链分别包含SEQ ID NO:1006和1094所示的核苷酸序列。
实施方案61.实施方案1-57中任一项的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链和反义链分别包含SEQ ID NO:1018和1106所示的核苷酸序列。
实施方案62.用于抑制NR1H3的表达的RNAi寡核苷酸，其中所述dsRNA包含有义链和反义链，所述反义链包含与NR1H3 RNA转录物互补的互补区域，其中所述有义链包含5′-mCs-mU-mC-mA-mA-mG-mG-fA-fU-fU-fU-mC-mA-mG-mU-mU-mA-mU-mA-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQID NO:963)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs]-fUs-fAs-fU-fA-mA-fC-mU-mG-fA-mA-mA-mU-fC-mC-mU-mU-mG-mA-mGs-mGs-mG-3′(SEQ IDNO:1051)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝
实施方案63.用于抑制NR1H3的表达的RNAi寡核苷酸，其中所述dsRNA包含有义链和反义链，所述反义链包含与NR1H3 RNA转录物互补的互补区域，其中所述有义链包含5′-mUs-mC-mA-mA-mG-mG-mA-fU-fU-fU-fC-mA-mG-mU-mU-mA-mU-mA-mA-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQID NO:964)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs]-fUs-fUs-fA-fU-mA-fA-mC-mU-fG-mA-mA-mA-fU-mC-mC-mU-mU-mG-mAs-mGs-mG-3′(SEQ IDNO:1052)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝
实施方案64.用于抑制NR1H3的表达的RNAi寡核苷酸，其中所述dsRNA包含有义链和反义链，所述反义链包含与NR1H3 RNA转录物互补的互补区域，其中所述有义链包含5′-mAs-mG-mC-mA-mG-mC-mG-fU-fC-fC-fA-mC-mU-mC-mA-mG-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQID NO:1006)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含5′[MePhosphonate-4O-mUs]-fGs-fCs-fU-fC-mU-fG-mA-mG-fU-mG-mG-mA-fC-mG-mC-mU-mG-mC-mUs-mGs-mG-3′(SEQ IDNO:1094)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝
实施方案65.用于抑制NR1H3的表达的双链RNAi寡核苷酸(dsRNAi)，其中所述dsRNA包含有义链和反义链，所述反义链包含与NR1H3 RNA转录物互补的互补区域，其中所述有义链包含5′-mAs-mU-mG-mU-mG-mC-mA-fC-fG-fA-fA-mU-mG-mA-mC-mU-mG-mU-mU-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQ ID NO:1018)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs]-fAs-fAs-fC-fA-mG-fU-mC-mA-fU-mU-mC-mG-fU-mG-mC-mA-mC-mA-mUs-mGs-mG-3′(SEQ ID NO:1106)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝
实施方案66.用于治疗患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的前述实施方案中任一项的RNAi寡核苷酸或其药物组合物，从而治疗所述受试者。
实施方案67.药物组合物，其包含实施方案1至65中任一项的RNAi寡核苷酸和药学上可接受的载体、递送剂或辅料。
实施方案68.将寡核苷酸递送至受试者的方法，该方法包括向受试者施用实施方案67的药物组合物。
实施方案69.用于降低细胞、细胞群体或受试者中的NR1H3表达的方法，该方法包括以下步骤：
i.使所述细胞或细胞群体与实施方案1至65中任一项的RNAi寡核苷酸或实施方案67的药物组合物接触；或者
ii.向所述受试者施用实施方案1至65中任一项的RNAi寡核苷酸或实施方案67的药物组合物。
实施方案70.实施方案69的方法，其中降低NR1H3表达包括降低NR1H3 mRNA的量或水平，NR1H3蛋白的量或水平，或以上两者。
实施方案71.实施方案69或70的方法，其中所述受试者患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况。
实施方案72.实施方案66或71的方法，其中所述与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况是非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、多发性硬化或系统性红斑狼疮。
实施方案73.实施方案66和69至72中任一项的方法，其中所述RNAi寡核苷酸或药物组合物与第二组合物或治疗剂联合施用。
实施方案74.用于治疗患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的包含有义链和反义链的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1-384中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。
实施方案75.用于治疗患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的包含选自表4或表5中所列行的有义链和反义链的RNAi寡核苷酸或其药物组合物，从而治疗所述受试者。
实施方案76.用于治疗患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的包含有义链和反义链的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；
(i)分别为SEQ ID NO:777和865；
(j)分别为SEQ ID NO:778和866；
(k)分别为SEQ ID NO:779和867；
(l)分别为SEQ ID NO:780和868；
(m)分别为SEQ ID NO:781和869；
(n)分别为SEQ ID NO:782和870；
(o)分别为SEQ ID NO:783和871；
(p)分别为SEQ ID NO:784和872；
(q)分别为SEQ ID NO:785和873；
(r)分别为SEQ ID NO:786和874；
(s)分别为SEQ ID NO:787和875；
(t)分别为SEQ ID NO:788和876；
(u)分别为SEQ ID NO:789和877；
(v)分别为SEQ ID NO:790和878；
(w)分别为SEQ ID NO:791和879；
(x)分别为SEQ ID NO:792和880；
(y)分别为SEQ ID NO:793和881；
(z)分别为SEQ ID NO:794和882；
(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；
(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；
(cc)分别为SEQ ID NO:797和885；
(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；
(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；
(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；
(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；
(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；
(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；
(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；
(kk)分别为SEQ ID NO:805和893；
(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；
(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；
(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；
(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；
(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；
(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；
(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；
(ss)分别为SEQ ID NO:813和901；
(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；
(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；
(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；
(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；
(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；
(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；
(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；
(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；
(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；
(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；
(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；
(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；
(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；
(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；
(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；
(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944。
实施方案77.实施方案76的方法，其中所述有义链包含SEQ ID NO:786所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:874所示的核苷酸序列。
实施方案78.实施方案76的方法，其中所述有义链包含SEQ ID NO:787所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:875所示的核苷酸序列。
实施方案79.实施方案77的方法，其中所述有义链包含SEQ ID NO:1537所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:929所示的核苷酸序列。
实施方案80.实施方案78的方法，其中所述有义链包含SEQ ID NO:813所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:901所示的核苷酸序列。
实施方案81.用于治疗患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用治疗有效量的包含有义链和反义链的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:945和1033；
(b)分别为SEQ ID NO:946和1034；
(c)分别为SEQ ID NO:947和1035，
(d)分别为SEQ ID NO:948和1036，
(e)分别为SEQ ID NO:949和1037；
(f)分别为SEQ ID NO:950和1038；
(g)分别为SEQ ID NO:951和1039；
(h)分别为SEQ ID NO:952和1040；
(i)分别为SEQ ID NO:953和1041；
(j)分别为SEQ ID NO:954和1042；
(k)分别为SEQ ID NO:955和1043；
(l)分别为SEQ ID NO:956和1044；
(m)分别为SEQ ID NO:957和1045；
(n)分别为SEQ ID NO:958和1046；
(o)分别为SEQ ID NO:959和1047；
(p)分别为SEQ ID NO:960和1048；
(q)分别为SEQ ID NO:961和1049；
(r)分别为SEQ ID NO:962和1050；
(s)分别为SEQ ID NO:963和1051；
(t)分别为SEQ ID NO:964和1052；
(u)分别为SEQ ID NO:965和1053；
(v)分别为SEQ ID NO:966和1054；
(w)分别为SEQ ID NO:967和1055；
(x)分别为SEQ ID NO:968和1056；
(y)分别为SEQ ID NO:969和1057；
(z)分别为SEQ ID NO:970和1058；
(aa)分别为SEQ ID NO:971和1059；
(bb)分别为SEQ ID NO:972和1060；
(cc)分别为SEQ ID NO:973和1061；
(dd)分别为SEQ ID NO:974和1062；
(ee)分别为SEQ ID NO:975和1063；
(ff)分别为SEQ ID NO:976和1064；
(gg)分别为SEQ ID NO:977和1065；
(hh)分别为SEQ ID NO:978和1066；
(ii)分别为SEQ ID NO:979和1067；
(jj)分别为SEQ ID NO:980和1068；
(kk)分别为SEQ ID NO:981和1069；
(ll)分别为SEQ ID NO:982和1070；
(mm)分别为SEQ ID NO:983和1071；
(nn)分别为SEQ ID NO:984和1072；
(oo)分别为SEQ ID NO:985和1073；
(pp)分别为SEQ ID NO:986和1074；
(qq)分别为SEQ ID NO:987和1075；
(rr)分别为SEQ ID NO:988和1076；
(ss)分别为SEQ ID NO:989和1077；
(tt)分别为SEQ ID NO:990和1078；
(uu)分别为SEQ ID NO:991和1079；
(vv)分别为SEQ ID NO:992和1080；
(ww)分别为SEQ ID NO:993和1081；
(xx)分别为SEQ ID NO:994和1082；
(yy)分别为SEQ ID NO:995和1083；
(zz)分别为SEQ ID NO:996和1084；
(aaa)分别为SEQ ID NO:997和1085；
(bbb)分别为SEQ ID NO:998和1086；
(ccc)分别为SEQ ID NO:999和1087；
(ddd)分别为SEQ ID NO:1000和1088；
(eee)分别为SEQ ID NO:1001和1089；
(fff)分别为SEQ ID NO:1002和1090；
(ggg)分别为SEQ ID NO:1003和1091；
(hhh)分别为SEQ ID NO:1004和1092；
(iii)分别为SEQ ID NO:1005和1093；
(jjj)分别为SEQ ID NO:1006和1094；
(kkk)分别为SEQ ID NO:1007和1095；
(lll)分别为SEQ ID NO:1008和1096；
(mmm)分别为SEQ ID NO:1009和1097；
(nnn)分别为SEQ ID NO:1010和1098；
(ooo)分别为SEQ ID NO:1011和1099；
(ppp)分别为SEQ ID NO:1012和1100；
(qqq)分别为SEQ ID NO:1013和1101；
(rrr)分别为SEQ ID NO:1014和1102；
(sss)分别为SEQ ID NO:1015和1103；
(ttt)分别为SEQ ID NO:1016和1104；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1017和1105；
(vvv)分别为SEQ ID NO:1018和1106；
(www)分别为SEQ ID NO:1019和1107；
(xxx)分别为SEQ ID NO:1020和1108；
(yyy)分别为SEQ ID NO:1021和1109；
(zzz)分别为SEQ ID NO:1022和1110；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:1023和1111；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:1024和1112；
(cccc)分别为SEQ ID NO:1025和1113；
(dddd)分别为SEQ ID NO:1026和1114；
(eeee)分别为SEQ ID NO:1027和1115；
(ffff)分别为SEQ ID NO:1028和1116；
(gggg)分别为SEQ ID NO:1029和1117；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:1030和1118；
(iiii)分别为SEQ ID NO:1031和1119，以及；
(jjjj)分别为SEQ ID NO:1032和1120。
实施方案82.实施方案81的方法，其中所述有义链包含SEQ ID NO:963所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:1051所示的核苷酸序列。
实施方案83.实施方案81的方法，其中所述有义链包含SEQ ID NO:964所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:1052所示的核苷酸序列。
实施方案84.实施方案81的方法，其中所述有义链包含SEQ ID NO:1006所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:1094所示的核苷酸序列。
实施方案85.实施方案81的方法，其中所述有义链包含SEQ ID NO:1018所示的核苷酸序列，其中所述反义链包含SEQ ID NO:1106所示的核苷酸序列。
实施方案86.实施方案74至85中任一项的方法，其中所述与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况是非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、多发性硬化或系统性红斑狼疮。
实施方案87.实施方案1至65中任一项的RNAi寡核苷酸或实施方案67的药物组合物在制备药物中的用途，所述药物用于治疗与NR1H3表达相关的疾病、病症或病况，任选地用于治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、多发性硬化或系统性红斑狼疮。
实施方案88.实施方案1至65中任一项的RNAi寡核苷酸或实施方案67的药物组合物，其用于或适合用于治疗与NR1H3表达相关的疾病、病症或病况，任选地用于治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、多发性硬化或系统性红斑狼疮。
实施方案89.试剂盒，其包含实施方案1至65中任一项的RNAi寡核苷酸、可选的药学上可接受的载体和包装插页，所述包装插页包括关于向患有与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况的受试者施用的说明书。
实施方案90.实施方案87的用途，实施方案88的供使用或适合使用的RNAi寡核苷酸或药物组合物，或实施方案89的试剂盒，其中所述与NR1H3表达相关的疾病、病症或状况是非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、多发性硬化或系统性红斑狼疮。
实施方案91.用于降低NR1H3表达的双链RNAi寡核苷酸(dsRNAi)，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中
(i)所述有义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含SEQ ID NO:1-384、SEQ IDNO:1125-1511、SEQ ID NO:769-856、SEQ ID NO:1519-1552或SEQ ID NO:945-1032中任一者的核苷酸序列的一部分的至少15、17或19个连续核苷酸，具有0、1、2或3个错配；并且
(ii)所述反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含SEQ ID NO:385-768、SEQ IDNO:857-944、1512-1515或SEQ ID NO:1033-1120中任一者的核苷酸序列的一部分的至少15、17或19个连续核苷酸，具有0、1、2或3个错配。
序列表
本申请含有序列表，该序列表已经以ASCII格式电子提交，并且通过引用整体并入本文。
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Claims (16)
1.用于降低NR1H3表达的双链RNAi寡核苷酸(dsRNAi)，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述有义链和反义链分别包含SEQ ID NO:964和1052中所示的核苷酸序列。
2.用于降低NR1H3表达的双链RNAi寡核苷酸(dsRNAi)，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述有义链和反义链分别包含SEQ ID NO:963和1051中所示的核苷酸序列。
3.用于降低NR1H3表达的双链RNAi寡核苷酸(dsRNAi)，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述有义链和反义链分别包含SEQ ID NO:1006和1094中所示的核苷酸序列。
4.用于降低NR1H3表达的双链RNAi寡核苷酸(dsRNAi)，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述有义链和反义链分别包含SEQ ID NO:1018和1106中所示的核苷酸序列。
5.用于降低NR1H3表达的双链RNAi寡核苷酸(dsRNAi)，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:945和1033；
(b)分别为SEQ ID NO:946和1034；
(c)分别为SEQ ID NO:947和1035，
(d)分别为SEQ ID NO:948和1036，
(e)分别为SEQ ID NO:949和1037；
(f)分别为SEQ ID NO:950和1038；
(g)分别为SEQ ID NO:951和1039；
(h)分别为SEQ ID NO:952和1040；
(i)分别为SEQ ID NO:953和1041；
(j)分别为SEQ ID NO:954和1042；
(k)分别为SEQ ID NO:955和1043；
(l)分别为SEQ ID NO:956和1044；
(m)分别为SEQ ID NO:957和1045；
(n)分别为SEQ ID NO:958和1046；
(o)分别为SEQ ID NO:959和1047；
(p)分别为SEQ ID NO:960和1048；
(q)分别为SEQ ID NO:961和1049；
(r)分别为SEQ ID NO:962和1050；
(s)分别为SEQ ID NO:963和1051；
(t)分别为SEQ ID NO:964和1052；
(u)分别为SEQ ID NO:965和1053；
(v)分别为SEQ ID NO:966和1054；
(w)分别为SEQ ID NO:967和1055；
(x)分别为SEQ ID NO:968和1056；
(y)分别为SEQ ID NO:969和1057；
(z)分别为SEQ ID NO:970和1058；
(aa)分别为SEQ ID NO:971和1059；
(bb)分别为SEQ ID NO:972和1060；
(cc)分别为SEQ ID NO:973和1061；
(dd)分别为SEQ ID NO:974和1062；
(ee)分别为SEQ ID NO:975和1063；
(ff)分别为SEQ ID NO:976和1064；
(gg)分别为SEQ ID NO:977和1065；
(hh)分别为SEQ ID NO:978和1066；
(ii)分别为SEQ ID NO:979和1067；
(jj)分别为SEQ ID NO:980和1068；
(kk)分别为SEQ ID NO:981和1069；
(ll)分别为SEQ ID NO:982和1070；
(mm)分别为SEQ ID NO:983和1071；
(nn)分别为SEQ ID NO:984和1072；
(oo)分别为SEQ ID NO:985和1073；
(pp)分别为SEQ ID NO:986和1074；
(qq)分别为SEQ ID NO:987和1075；
(rr)分别为SEQ ID NO:988和1076；
(ss)分别为SEQ ID NO:989和1077；
(tt)分别为SEQ ID NO:990和1078；
(uu)分别为SEQ ID NO:991和1079；
(vv)分别为SEQ ID NO:992和1080；
(ww)分别为SEQ ID NO:993和1081；
(xx)分别为SEQ ID NO:994和1082；
(yy)分别为SEQ ID NO:995和1083；
(zz)分别为SEQ ID NO:996和1084；
(aaa)分别为SEQ ID NO:997和1085；
(bbb)分别为SEQ ID NO:998和1086；
(ccc)分别为SEQ ID NO:999和1087；
(ddd)分别为SEQ ID NO:1000和1088；
(eee)分别为SEQ ID NO:1001和1089；
(fff)分别为SEQ ID NO:1002和1090；
(ggg)分别为SEQ ID NO:1003和1091；
(hhh)分别为SEQ ID NO:1004和1092；
(iii)分别为SEQ ID NO:1005和1093；
(jjj)分别为SEQ ID NO:1006和1094；
(kkk)分别为SEQ ID NO:1007和1095；
(lll)分别为SEQ ID NO:1008和1096；
(mmm)分别为SEQ ID NO:1009和1097；
(nnn)分别为SEQ ID NO:1010和1098；
(ooo)分别为SEQ ID NO:1011和1099；
(ppp)分别为SEQ ID NO:1012和1100；
(qqq)分别为SEQ ID NO:1013和1101；
(rrr)分别为SEQ ID NO:1014和1102；
(sss)分别为SEQ ID NO:1015和1103；
(ttt)分别为SEQ ID NO:1016和1104；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1017和1105；
(vvv)分别为SEQ ID NO:1018和1106；
(www)分别为SEQ ID NO:1019和1107；
(xxx)分别为SEQ ID NO:1020和1108；
(yyy)分别为SEQ ID NO:1021和1109；
(zzz)分别为SEQ ID NO:1022和1110；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:1023和1111；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:1024和1112；
(cccc)分别为SEQ ID NO:1025和1113；
(dddd)分别为SEQ ID NO:1026和1114；
(eeee)分别为SEQ ID NO:1027和1115；
(ffff)分别为SEQ ID NO:1028和1116；
(gggg)分别为SEQ ID NO:1029和1117；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:1030和1118；
(iiii)分别为SEQ ID NO:1031和1119；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:1032和1120。
6.用于降低NR1H3表达的双链RNAi寡核苷酸(dsRNAi)，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中
(i)所述有义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含SEQ ID NO:1-384或SEQ ID NO:769-856、SEQ ID NO:1519-1552中任一者的核苷酸序列的一部分的至少15、17或19个连续核苷酸，具有0、1、2或3个错配；并且
(ii)所述反义链包含核苷酸序列，该核苷酸序列包含SEQ ID NO:385-768或SEQ IDNO:857-944中任一者的核苷酸序列的一部分的至少15、17或19个连续核苷酸，具有0、1、2或3个错配。
7.根据权利要求6所述的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链和反义链包含选自下组的核苷酸序列：
(a)分别为SEQ ID NO:769和857；
(b)分别为SEQ ID NO:770和858；
(c)分别为SEQ ID NO:771和859；
(d)分别为SEQ ID NO:772和860；
(e)分别为SEQ ID NO:773和861；
(f)分别为SEQ ID NO:774和862；
(g)分别为SEQ ID NO:775和863；
(h)分别为SEQ ID NO:776和864；(i)分别为SEQ ID NO:777和865；(j)分别为SEQ IDNO:778和866；(k)分别为SEQ ID NO:779和867；(l)分别为SEQ ID NO:780和868；(m)分别为SEQ ID NO:781和869；(n)分别为SEQ ID NO:782和870；(o)分别为SEQ ID NO:783和871；(p)分别为SEQ ID NO:784和872；(q)分别为SEQ ID NO:785和873；(r)分别为SEQ ID NO:786和874；(s)分别为SEQ ID NO:787和875；(t)分别为SEQ ID NO:788和876；(u)分别为SEQID NO:789和877；(v)分别为SEQ ID NO:790和878；(w)分别为SEQ ID NO:791和879；(x)分别为SEQ ID NO:792和880；(y)分别为SEQ ID NO:793和881；(z)分别为SEQ ID NO:794和882；(aa)分别为SEQ ID NO:795和883；(bb)分别为SEQ ID NO:796和884；(cc)分别为SEQID NO:797和885；(dd)分别为SEQ ID NO:798和886；(ee)分别为SEQ ID NO:799和887；(ff)分别为SEQ ID NO:800和888；(gg)分别为SEQ ID NO:801和889；(hh)分别为SEQ ID NO:802和890；(ii)分别为SEQ ID NO:803和891；(jj)分别为SEQ ID NO:804和892；(kk)分别为SEQID NO:805和893；(ll)分别为SEQ ID NO:806和894；(mm)分别为SEQ ID NO:807和895；(nn)分别为SEQ ID NO:808和896；(oo)分别为SEQ ID NO:809和897；(pp)分别为SEQ ID NO:810和898；(qq)分别为SEQ ID NO:811和899；(rr)分别为SEQ ID NO:812和900；(ss)分别为SEQID NO:813和901；(tt)分别为SEQ ID NO:814和902；(uu)分别为SEQ ID NO:815和903；(vv)分别为SEQ ID NO:816和904；(ww)分别为SEQ ID NO:817和905；(xx)分别为SEQ ID NO:818和906；(yy)分别为SEQ ID NO:819和907；(zz)分别为SEQ ID NO:820和908；(aaa)分别为SEQ ID NO:821和909；(bbb)分别为SEQ ID NO:822和910；(ccc)分别为SEQ ID NO:823和911；(ddd)分别为SEQ ID NO:824和912；(eee)分别为SEQ ID NO:825和913；(fff)分别为SEQ ID NO:826和914；(ggg)分别为SEQ ID NO:827和915；(hhh)分别为SEQ ID NO:828和916；(iii)分别为SEQ ID NO:829和917；
(jjj)分别为SEQ ID NO:830和918；
(kkk)分别为SEQ ID NO:831和919；
(lll)分别为SEQ ID NO:832和920；
(mmm)分别为SEQ ID NO:833和921；
(nnn)分别为SEQ ID NO:834和922；
(ooo)分别为SEQ ID NO:835和923；
(ppp)分别为SEQ ID NO:836和924；
(qqq)分别为SEQ ID NO:837和925；
(rrr)分别为SEQ ID NO:838和926；
(sss)分别为SEQ ID NO:839和927；
(ttt)分别为SEQ ID NO:840和928；
(uuu)分别为SEQ ID NO:1537和929；
(vvv)分别为SEQ ID NO:842和930；
(www)分别为SEQ ID NO:843和931；
(xxx)分别为SEQ ID NO:844和932；
(yyy)分别为SEQ ID NO:845和933；
(zzz)分别为SEQ ID NO:846和934；
(aaaa)分别为SEQ ID NO:847和935；
(bbbb)分别为SEQ ID NO:848和936；
(cccc)分别为SEQ ID NO:849和937；
(dddd)分别为SEQ ID NO:850和938；
(eeee)分别为SEQ ID NO:851和939；
(ffff)分别为SEQ ID NO:852和940；
(gggg)分别为SEQ ID NO:853和941；
(hhhh)分别为SEQ ID NO:854和942；
(iiii)分别为SEQ ID NO:855和943；以及
(jjjj)分别为SEQ ID NO:856和944。
8.用于降低生长(NR1H3)表达的RNAi寡核苷酸，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中所述反义链包含与SEQ ID NO:1125-1511中任一者的NR1H3 mRNA靶序列互补的互补区域，并且其中所述互补区域的长度为至少15个连续核苷酸。
9.根据权利要求6至8中任一项所述的RNAi寡核苷酸，其中所述有义链的3’端包含表示为S1-L-S2的茎-环，其中
(i)S1与S2互补，任选地其中S1和S2的长度各自为1-10个核苷酸并且具有相同的长度，任选地其中S1和S2的长度各自为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸，进一步任选地其中S1和S2的长度为6个核苷酸；并且
(ii)L在S1与S2之间形成长度为3-5个核苷酸的环，任选地其中L为三环或四环，任选地其中该四环包含序列5’-GAAA-3’，任选地其中所述茎-环包含序列5’-GCAGCCGAAAGGCUGC-3’(SEQ ID NO:1121)。
10.根据权利要求6至9中任一项所述的RNAi寡核苷酸，其中所述寡核苷酸的至少一个核苷酸与一个或多个靶向配体缀合，任选地其中：
(a)每个靶向配体包含碳水化合物、氨基糖、胆固醇、多肽或脂质；
(b)所述茎环包含与该茎环的一个或多个核苷酸缀合的一个或多个靶向配体；
(c)所述一个或多个靶向配体与所述环的一个或多个核苷酸缀合，任选地其中所述环包含从5’至3’编号为1-4的4个核苷酸，其中位置2、3和4的核苷酸各自包含一个或多个靶向配体，其中所述靶向配体相同或不同；
(d)所述靶向配体是肝细胞靶向配体，并且每个靶向配体包含N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)部分，任选地其中该GalNAc部分是单价GalNAc部分、二价GalNAc部分、三价GalNAc部分或四价GalNAc部分；并且/或者
(e)所述靶向配体是肝细胞靶向配体，并且所述茎-环的L的至多4个核苷酸各自与单价GalNAc部分缀合。
11.根据权利要求6至10中任一项所述的RNAi寡核苷酸，其中：
(i)所述寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷酸，任选地其中所述经修饰的核苷酸包含2’-修饰，任选地其中：
(a)所述2’-修饰是选自2’-氨基乙基、2’-氟代、2’-O-甲基、2’-O-甲氧基乙基和2’-脱氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸的修饰，任选地其中所述修饰选自2’-氟代和2’-O-甲基，任选地其中所述寡核苷酸的所有核苷酸均被修饰，其中所述修饰为2’-氟代和2’-O-甲基；
(b)所述有义链的约10-15％、10％、11％、12％、13％、14％或15％的核苷酸包含2’-氟代修饰；
(c)所述反义链的约25-35％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％或35％的核苷酸包含2’-氟代修饰；
(d)所述寡核苷酸的约25-35％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％或35％的核苷酸包含2’-氟代修饰；
(e)所述有义链包含从5’至3’为位置1-36的36个核苷酸，其中位置8-11包含2’-氟代修饰；
(f)所述反义链包含从5’至3’为位置1-22的22个核苷酸，并且其中位置2、3、4、5、7、10和14包含2’-氟代修饰；并且/或者
(g)其余的核苷酸包含2’-O-甲基修饰，并且/或者
(ii)所述寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷酸间键合，任选地其中所述至少一个经修饰的核苷酸间键合是硫代磷酸酯键，任选地其中：
(a)所述反义链(i)在位置1与2之间以及位置2与3之间；或(ii)在位置1与2之间、位置2与3之间以及位置3与4之间包含硫代磷酸酯键，其中位置从5’至3’编号为1-4；并且/或者
(b)所述反义链的长度为22个核苷酸，并且其中所述反义链在位置20与21之间以及位置21与22之间包含硫代磷酸酯键，其中位置从5’至3’编号为1-22，并且/或者
(iii)所述反义链在5’末端包含磷酸化核苷酸，其中所述磷酸化核苷酸选自尿苷和腺苷，任选地其中所述磷酸化核苷酸为尿苷，并且/或者
(iv)所述反义链的5’-核苷酸的糖的4’-碳包含磷酸酯类似物，任选地其中所述磷酸酯类似物是氧基甲基膦酸酯、乙烯基膦酸酯或丙二酰基膦酸酯，任选地其中所述磷酸酯类似物是包含5‘-甲氧基膦酸酯-4’-氧基的4’-磷酸酯类似物，并且/或者
(v)所述反义链在3’末端包含长度为一个或多个核苷酸的突出端序列，任选地其中所述突出端包含嘌呤核苷酸，任选地其中所述突出端序列的长度为2个核苷酸，任选地其中所述突出端选自AA、GG、AG和GA，任选地其中所述突出端为GG。
12.根据权利要求6至9中任一项所述的RNAi寡核苷酸，其中所述寡核苷酸的至少一个核苷酸与一个或多个肝细胞靶向配体缀合。
13.根据权利要求11所述的RNAi寡核苷酸，其中每个肝细胞靶向配体包含N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)部分，任选地其中所述GalNAc部分是单价GalNAc部分、二价GalNAc部分、三价GalNAc部分或四价GalNAc部分。
14.用于降低NR1H3表达的双链RNAi寡核苷酸(dsRNAi)，所述寡核苷酸包含有义链和反义链，其中所述有义链和所述反义链形成双链体区域，其中
(i)所述有义链包含
5′-mCs-mU-mC-mA-mA-mG-mG-fA-fU-fU-fU-mC-mA-mG-mU-mU-mA-mU-mA-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQ ID NO:963)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含
5′-[MePhosphonate-4O-mUs]-fUs-fAs-fU-fA-mA-fC-mU-mG-fA-mA-mA-mU-fC-mC-mU-mU-mG-mA-mGs-mGs-mG-3′(SEQ ID NO:1051)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝
(ii)所述有义链包含
5′-mUs-mC-mA-mA-mG-mG-mA-fU-fU-fU-fC-mA-mG-mU-mU-mA-mU-mA-mA-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQ ID NO:964)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含
5′-[MePhosphonate-4O-mUs]-fUs-fUs-fA-fU-mA-fA-mC-mU-fG-mA-mA-mA-fU-mC-mC-mU-mU-mG-mAs-mGs-mG-3′(SEQ ID NO:1052)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝
(iii)所述有义链包含
5′-mAs-mG-mC-mA-mG-mC-mG-fU-fC-fC-fA-mC-mU-mC-mA-mG-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQ ID NO:1006)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含
5′-[MePhosphonate-4O-mUs]-fGs-fCs-fU-fC-mU-fG-mA-mG-fU-mG-mG-mA-fC-mG-mC-mU-mG-mC-mUs-mGs-mG-3′(SEQ ID NO:1094)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝
或者
(iv)所述有义链包含
5′-mAs-mU-mG-mU-mG-mC-mA-fC-fG-fA-fA-mU-mG-mA-mC-mU-mG-mU-mU-mA-mG-mC-mA-mG-mC-mC-mG-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mG-mG-mC-mU-mG-mC-3’(SEQ ID NO:1018)的序列和所有修饰，并且其中所述反义链包含
5′-[MePhosphonate-4O-mUs]-fAs-fAs-fC-fA-mG-fU-mC-mA-fU-mU-mC-mG-fU-mG-mC-mA-mC-mA-mUs-mGs-mG-3′(SEQ ID NO:1106)的序列和所有修饰，其中mC、mA、mG和mU＝2’-OMe核糖核苷；fA、fC、fG和fU＝2’-F核糖核苷；s＝硫代磷酸酯，并且其中ademA-GalNAc＝
任选地其中所述寡核苷酸是切酶底物。
15.药物组合物，其包含根据权利要求1-13中任一项所述的RNAi寡核苷酸和药学上可接受的载体、递送剂或辅料。
16.根据权利要求1-13中任一项所述的RNAi寡核苷酸，或根据权利要求14所述的药物组合物，其用于治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、多发性硬化或系统性红斑狼疮。
Applications Claiming Priority (5)
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|---|---|---|---|
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Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
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|---|---|---|---|
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2022
- 2022-04-19 CN CN202280029352.2A patent/CN117280031A/zh active Pending
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