CN117089554A - Tt3.1-tt3.2调节通路在植物热胁迫耐受中的应用 - Google Patents

Tt3.1-tt3.2调节通路在植物热胁迫耐受中的应用 Download PDF

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Abstract

本发明提供了一种TT3.1‑TT3.2调节通路在植物热胁迫耐受中的应用。所述调节通路中,TT3.1是热胁迫耐受的正向调控因子,过表达TT3.1基因显著提高植物的耐热能力以及提高产量、敲除TT3.1基因显著降低植物的耐热能力以及降低产量;TT3.2是热胁迫耐受的负向调控因子,过表达TT3.2基因显著降低植物的耐热能力以及降低产量,敲除TT3.2基因显著提高植物的耐热能力以及提高产量。本发明的技术方案对于植物性状的遗传改良具有重要意义。

Description

TT3.1-TT3.2调节通路在植物热胁迫耐受中的应用
技术领域
本发明属于植物学和农业领域,更具体地,本发明涉及TT3.1-TT3.2调节通路在植物热胁迫耐受中的应用。
背景技术
随着人口增长与工业化生产的不断推进,全球温室效应也变得愈发严重,由此导致的高温胁迫也成为影响粮食生产的主要因素。水稻(Oryza sativa L.)满足了全球约一半以上人口的粮食需求,然而在它生长的不同阶段,水稻都极易受到高温胁迫的损害,从而导致严重的粮食减产。尽管通过基因编辑的方法能够快速高效地提高作物的胁迫抗性,但就目前而言,市场化转基因作物仍然困难重重,因此通过在胁迫抗性作物中鉴定数量性状位点(QTL)被认为是解决现有状况的最关键和基础的方法。通过对水稻抗高温基因的挖掘及作用机制的研究,对于培育能够适应高温环境的水稻优良品种具有重要意义,同时通过对不同物种间同源基因的基因操作及等位变异挑选,也能为其他农作物的育种提供新的思路和借鉴。
本发明以耐高温的非洲栽培稻CG14(O.glaberrima)作为供体亲本,以产量优异的亚洲栽培稻武运粳稻7号(WYJ,O.sativa)作为轮回亲本构建了一套染色体片段替换系(CSSL),通过对CSSL的抗热表型鉴定、筛选,本发明人从中筛选到了一个抗热株系SG14。本发明人将SG14与WYJ杂交以构建F2定位群体,发现有一个显著影响水稻高温抗性的QTL位点,将其命名为TT3(Thermo-Tolerance 3)。通过图位克隆的方法,结合转基因水稻的抗热鉴定,本发明人在TT3位点中成功克隆出两个拮抗调节水稻高温抗性的QTL基因TT3.1和TT3.2。随后构建选育了携带来自CG14的TT3基因位点的近等基因系NIL-TT3CG14和其对应的对照NIL-TT3WYJ。在NIL-TT3WYJ水稻中,包含的自然位点为TT3.1WYJ和TT3.2WYJ;在NIL-TT3CG14水稻中,包含的自然位点为TT3.1CG14和TT3.2CG14,其中TT3.1CG14和TT3.2CG14为各自的功能增强型变异。进一步通过对TT3.1、TT3.2双敲除转基因构建的表型分析发现TT3.1位于TT3.2的上游发挥功能。通过成苗期的高温鉴定,本发明人发现TT3CG14位点与TT3WYJ位点相比,能够显著提高水稻在实验高温环境下的单株产量和田间高温处理下的小区产量,增产效果分别为1倍和20%。此外TT3.1过量表达水稻和TT3.2敲除水稻在成苗期高温处理下的单株产量增产效果也达到2.5倍以上。在分子机制上研究上,本发明人通过对TT3.1和TT3.2基因作用机理的解析,提出TT3.1-TT3.2模块调节水稻产量和抗逆平衡的分子机制。在正常条件下,TT3.1WYJ和TT3.1CG14主要定位于细胞质膜;TT3.2WYJ和TT3.2CG14叶绿体前体蛋白从细胞质转移到叶绿体中,并最终定位在类囊体膜上,此时对植物的生长发育都不会产生影响。但在受到高温胁迫时,TT3.1由PM定位进入到MVB当中,在非洲稻CG14品种背景下,TT3.1CG14具有更高的E3泛素连接酶活性,通过招募胞质当中的TT3.2前体蛋白进入MVB中,并进一步转移到液泡中被降解。此时只有少量的TT3.2CG14被加工进入到叶绿体中、减小其对叶绿体的伤害,保证叶绿体在高温条件下的基本功能,进而增强水稻抗热性和提高在高温条件下的产量、保持逆境下的稳产性。而在亚洲稻WYJ品种背景下,TT3.1WYJ具有较低的E3泛素连接酶活性,只有少量的TT3.2WYJ前体蛋白被招募到MVB中进而降解,更多的TT3.2蛋白进入到叶绿体中,对类囊体和PSII复合物造成伤害,从而降低水稻的高温抗性和产量。通过TT3.1-TT3.2模块,本发明人将PM和叶绿体的高温响应途径联系起来,提出了新的高温应答机制,同时解决了抗逆与增产不平衡的瓶颈问题。
发明内容
本发明的目的在于提供TT3.1-TT3.2调节通路在植物热胁迫耐受中的应用。
在本发明的第一方面,提供一种提高植物耐热能力或产量的方法,包括:调节植物中TT3.1或TT3.2的表达或活性,或调节TT3.1与TT3.2的相互作用;所述的TT3.1或TT3.2包括它们的同源物。
在一种或多种实施方式中,所述的耐热能力为高温胁迫下的耐热能力。
在一种或多种实施方式中,所述的提高产量包括“在高温下保持/提高产量”或“保护植物高温下产量”。
在一种或多种实施方式中,所述方法包括:上调TT3.1的表达或活性,从而提高植物耐热能力或产量;和/或下调TT3.2的表达或活性,从而提高植物耐热能力或产量。
在一种或多种实施方式中,所述上调TT3.1包括:将TT3.1的编码基因或含有该编码基因的表达构建物或载体引入植物中;对TT3.1进行功能获得性突变,较佳地,在TT3.1功能丧失或降低的植物中进行基因修饰或突变而获得功能性TT3.1;较佳地,将TT3.1的编码基因引入植物中包括基于转基因技术的引入,或基于杂交技术的引入。
在一种或多种实施方式中,所述的基于杂交技术的引入包括:将携带TT3.1基因的植物作为亲本与另一植物亲本进行杂交,在杂交后代中选择携带TT3.1基因的后代,且该后代呈现植物耐热能力或产量的提高。较佳地,该另一植物亲本呈现一或多方面的优良性状,从而选择后代时,优选呈现该亲本的优良性状以及呈现植物耐热能力或产量的提高的后代。
在一种或多种实施方式中,所述下调TT3.2包括:在植物中敲除或沉默TT3.2的编码基因,或抑制TT3.2的活性,或促进TT3.1招募TT3.2前体蛋白进入到多囊泡体(MVB)中使之降解,或促进TT3.1与TT3.2的相互作用、对TT3.2进行泛素化降解;
在一种或多种实施方式中,所述下调TT3.2包括:以CRISPR系统进行基因编辑从而敲除或修饰(下调其转录、表达或活性的修饰)TT3.2的编码基因,以特异性干扰TT3.2的编码基因表达的干扰分子来沉默TT3.2,以同源重组的方法敲除TT3.2编码基因,对TT3.2进行功能丧失性突变(如在含有TT3.2的植物中将TT3.2突变为失活型)。
在一种或多种实施方式中,所述下调TT3.2包括:对TT3.2敲除、从而使得其TT3.2蛋白第5位发生提前终止;或135位碱基缺失导致TT3.2蛋白功能丧失。
在一种或多种实施方式中,所述提高植物产量包括:增加植物种子(籽粒)的结实率,和/或增加粒重。
在本发明的另一方面,提供一种TT3.1或TT3.2或它们的调节剂(包括上调剂或下调剂)的用途,用于提高植物耐热能力或产量;所述的TT3.1或TT3.2包括它们的同源物。
在一种或多种实施方式中,TT3.1或其上调剂、TT3.2或其下调剂提高植物耐热能力或产量。
在一种或多种实施方式中,所述的TT3.1上调剂包括但不限于:外源的TT3.1编码基因或含有该编码基因的表达构建物或载体;对TT3.1进行功能获得性点突变的试剂;或在TT3.1功能丧失或降低的植物中进行基因修饰或突变而获得功能性TT3.1的试剂(如基因编辑试剂,基因重组试剂,定点突变试剂)。
在一种或多种实施方式中,所述的TT3.2下调剂包括:敲除或沉默TT3.2的试剂,抑制TT3.2活性的试剂,促进TT3.1招募TT3.2前体蛋白进入到多囊泡体(MVB)中使之降解的试剂,或促进TT3.1与TT3.2互作、对TT3.2进行泛素化降解的试剂。
在一种或多种实施方式中,所述的TT3.2下调剂包括:针对TT3.2的CRISPR基因编辑试剂、同源重组试剂或定点突变试剂(在含有TT3.2的植物中将TT3.2突变为活性降低或丧失的变体),特异性干扰TT3.2的编码基因表达的干扰分子。
在一种或多种实施方式中,高温胁迫诱导TT3.1和TT3.2向胞内的转移。
在一种或多种实施方式中,TT3.1通过亚细胞定位改变,感知温度信号。
在一种或多种实施方式中,TT3.2蛋白降解过程依赖于TT3.1位点,且通过MVB-液泡降解途径发挥功能。
在一种或多种实施方式中,通过TT3.2蛋白在叶绿体中的降解,有利于维持叶绿体稳定性,保护类囊体免受高温胁迫的伤害。
在一种或多种实施方式中,所述的TT3.1的多肽是:(a)SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示氨基酸序列的多肽;或(b)将SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示氨基酸序列经过一个或多个(如1-20个;较佳地1-10个;更佳地1-5个)氨基酸残基的取代、缺失或添加而形成的,且具有(a)多肽功能的由(a)衍生的多肽;或(c)氨基酸序列与(a)限定的氨基酸序列有80%以上(较佳地85%以上;更佳地90%以上;更佳地95%以上;如98%以上或99%以上)相同性且具有(a)多肽功能的多肽;或(d)在(a)限定的氨基酸序列的多肽的N或C末端添加标签序列或酶切位点序列,或在其N末端添加信号肽序列后形成的多肽。
在一种或多种实施方式中,所述TT3.1的多肽由SEQ ID NO:5(基因组序列)、SEQID NO:9(CG14来源,TT3.1CG14)或SEQ ID NO:8(WYJ来源,TT3.1WYJ)或它们的简并序列编码;较佳地,由SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:6所示的启动子驱动表达。
在一种或多种实施方式中,所述的TT3.2的多肽是:(a’)SEQ ID NO:3或SEQ IDNO:4所示氨基酸序列的多肽;或(b’)将SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4所示氨基酸序列经过一个或多个(如1-20个;较佳地1-10个;更佳地1-5个)氨基酸残基的取代、缺失或添加而形成的,且具有(a’)多肽功能的由(a’)衍生的多肽;或(c’)氨基酸序列与(a’)限定的氨基酸序列有80%以上(较佳地85%以上;更佳地90%以上;更佳地95%以上;如98%以上或99%以上)相同性且具有(a’)多肽功能的多肽;或(d’)在(a’)限定的氨基酸序列的多肽的N或C末端添加标签序列或酶切位点序列,或在其N末端添加信号肽序列后形成的多肽。
在一种或多种实施方式中,所述TT3.2的多肽由SEQ ID NO:10(基因组序列)、SEQID NO:14(CG14来源,TT3.2CG14)或SEQ ID NO:13(WYJ来源,TT3.2WYJ)或它们的简并序列编码;较佳地,由SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:11所示的启动子驱动表达。
在一种或多种实施方式中,所述的植物包括(但不限于):禾谷类作物、豆科植物、十字花科植物、大戟科植物、茄科植物、葫芦科植物、菊科植物,或所述TT3.1、TT3.2来自禾谷类作物;较佳地,所述的禾谷类作物包括禾本科植物;更佳地,包括(但不限于):水稻(Oryza sativa),小米(Setaria italica),小麦(Triticum aestivum),玉米(Zea mays),高粱(Sorghum bicolor),大麦(Hordeum vulgare),黍(Panicum miliaceum),黑麦(Secalecereale),燕麦(Avena sativa L.),二穗短柄草(Brachypodium distachyum)。
在一种或多种实施方式中,所述的植物为如图11A-B所列举的植物。
在一种或多种实施方式中,所述的水稻包括选自下组:籼稻、粳稻。
在一种或多种实施方式中,所述的上调、促进、提高或增强表示显著性的上调、促进、提高或增强,如上调、促进、提高或增强5%、10%、15%、20%、40%、60%、80%、90%或更高。
在一种或多种实施方式中,所述的减少、降低、弱化、减弱、抑制或下调表示显著性的减少、降低、弱化、减弱、抑制或下调,如减少、降低、弱化、减弱、抑制或下调5%、10%、15%、20%、40%、60%、80%、90%或更低。
在本发明的另一方面,提供TT3.1或TT3.2的用途,用于作为鉴定植物耐热能力或产量的生物标记。
在本发明的另一方面,提供一种定向选择或鉴定植物的方法,包括:鉴定测试植物中的TT3.1或TT3.2的表达:若是该测试植物的TT3.1表达高于(显著高于)该类植物的TT3.1平均表达值,或TT3.2表达低于(显著低于)该类植物的TT3.2平均表达值,则其为耐热能力或产量提高的植物;其中,所述的TT3.1或TT3.2包括它们的同源物。
在本发明的另一方面,提供一种筛选提高植物耐热能力或产量的物质方法,包括:(1)将候选物质加入到含有TT3.1或TT3.2的体系中;较佳地,该体系处于高温胁迫环境下;(2)检测所述体系,观测(1)的体系中TT3.1或TT3.2的表达或活性;若所述候选物质上调TT3.1的表达或活性、或下调TT3.2的表达或活性,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质。
在本发明的另一方面,提供一种筛选提高植物耐热能力或产量的物质方法,包括:(1)将候选物质加入到TT3.1和TT3.2(包括其前体蛋白)相互作用的植物细胞体系中;较佳地,该体系处于高温胁迫环境下;(2)检测所述体系,观测(1)的体系中TT3.1和TT3.2的相互作用;若所述候选物质促进TT3.1招募TT3.2前体蛋白进入到多囊泡体(MVB)中使之降解,或促进TT3.1与TT3.2互作、对TT3.2进行泛素化降解,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质。
在一种或多种实施方式中,步骤(2)中,还包括:观测植物细胞体系中叶绿体类囊体的完整性,若完整性增强,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质。
在一种或多种实施方式中,步骤(2)中,还包括:观测植物细胞体系中类囊体复合物的稳定性,若稳定性增强,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质。
在一种或多种实施方式中,步骤(2)中,还包括:观测植物细胞体系中PSII蛋白的稳定性,若稳定性增强,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质。
在一种或多种实施方式中,上述筛选方法中,还包括设置对照组与测试组,以观测候选物质在测试组与对照组中的区别。
在一种或多种实施方式中,所述的候选物质包括(但不限于):针对TT3.1和/或TT3.2,或它们上游或下游蛋白或基因设计的过表达分子、干扰分子、核酸抑制物、结合分子(如抗体或配体)、小分子化合物(如激素)等。
在一种或多种实施方式中,所述的体系选自:细胞体系(细胞培养物体系)、亚细胞体系、溶液体系、植物组织体系、植物器官体系。
在一种或多种实施方式中,所述方法还包括:对获得的潜在物质进行进一步的细胞实验、植物体内实验和/或转基因试验,以从候选物质中进一步确定调节植物高温胁迫下的耐热能力效果优异的物质。
本发明的其它方面由于本文的公开内容,对本领域的技术人员而言是显而易见的。
附图说明
图1.TT3抗热位点转基因验证。
(A)培养12天的NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14水稻苗在正常培养条件下及高温处理(42℃,14h)恢复7天后表型。比例尺,5cm。(B)培养12天的NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14水稻苗在正常培养条件下及高温处理(42℃,14h)恢复7天后存活率统计(n=8个重复,每个重复由24株水稻单株组成)。数据为Mean±s.e.m,使用two-tailed t-test差异显著性检验,***表示P<0.001。(C)TT3位点精细定位在36.6kb的区间中,这一区间含有6个候选基因。TT3.1和TT3.1基因在NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14中的核苷酸差异及氨基酸变异情况依次用箭头表明。(D至G)tt3.1(E),tt3.2(E),OE-TT3.1WYJ(F),和OE-TT3.1CG14(G)转基因水稻在正常培养条件下及高温处理(42℃,14h)恢复7天后的表型。比例尺,5cm。
图2.TT3.1与TT3.2的遗传关系。
(A和B)LOC_Os03g49930敲除构建热处理后表型(A)和存活率统计(B)。比例尺,5cm。(C和D)LOC_Os03g49900(C)和LOC_Os03g49940(D)敲除位点及类型。箭头指示gRNA靶位点,星号指示敲除位置。(E到H)tt3.1(E),tt3.2(F),OE-TT3.1WYJ(G),OE-TT3.1CG14(H)转基因水稻高温处理后存活率统计。(I到K)OE-TT3.1WYJ和OE-TT3.1CG14表达量(I),高温处理后存活率统计(J)及抗热表型鉴定(K)。(L)OE-TT3.2CG14转基因水稻在正常培养条件下及高温处理(42℃,14h)恢复7天后的表型。比例尺,5cm。(M和N)tt3.1 tt3.2双敲除,tt3.1和tt3.2单敲除转基因水稻在正常培养条件下及高温处理(42℃,14h)恢复7天后的表型(M)及存活率(N)统计。比例尺,5cm。(n=3个重复,每个重复由24株水稻单株组成)。(B,E到H)数据为Mean±s.e.m,使用two-tailed t-test差异显著性检验,***表示P<0.001。(I,J和N)数据为Mean±s.e.m,显著性差异通过单因素方差分析(one-way ANOVA)和事后Dunnett’s多重比较检验(P<0.01)来确定。
图3.TT3CG14在高温胁迫下保护水稻产量。
(A)谷粒灌浆成熟阶段NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14田间株型,比例尺5cm。(B)NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14在单株产量,千粒重,结实率,分蘖数和穗粒数比较(n=25株)。数据为Mean±s.e.m,使用two-tailed t-test差异显著性检验,NS,无显著差异,****P<0.0001。(C)NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14从抽穗期至灌浆完成受到高温处理(38/34℃,白天/黑夜)30天后的株型和单株产量比较,比例尺5cm。(D至F)NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14从抽穗期至灌浆完成受到高温处理(38/34℃,白天/黑夜)30天后的结实率(D),千粒重(E),和单株产量(F)比较。数据为Mean±s.e.m,(n=10株)。(G)NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14从灌浆期至灌浆完成受到高温处理(38/34℃,白天/黑夜)20天后的株型、穗型和单株产量比较,比例尺5cm。(H至I)NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14从灌浆期至灌浆完成受到高温处理(38/34℃,白天/黑夜)20天后的结实率(H),千粒重(I),和单株产量(J)比较。数据为Mean±s.e.m,(n=6株)。(K)从上海气象站统计松江区九月初至十月中旬最高温和最低温变化,这一时期为水稻灌浆开始至灌浆结束时间。(L)NIL-TT3WY和NIL-TT3CG14水稻成熟期田间自然生长条件下表型。(M)NIL-TT3WY和NIL-TT3CG14水稻成熟期田间自然生长条件下小区测产数据比较。n=4个小区,每个小区由144个水稻单株组成。数据为Mean±s.e.m,(n=4小区)。(N)田间模拟人工气候室的温度测量,从10:00至18:00每隔2h统计一次,虚线指示38℃温度。(O)NIL-TT3WY和NIL-TT3CG14水稻在田间模拟人工气候室高温处理结束后的表型统计。(P)NIL-TT3WY和NIL-TT3CG14水稻成熟期在模拟人工气候室处理条件下小区测产数据比较。n=4个小区,每个小区由102个水稻单株组成。数据为Mean±s.e.m,(n=4小区)。使用two-tailed t-test差异显著性检验,NS,无显著差异,*P<0.05,**P<0.01,***P<0.001,****P<0.0001。使用two-tailed t-test差异显著性检验,*P<0.05,**P<0.01。
图4.TT3位点转基因构建在高温胁迫下保护水稻产量。
(A到C)OE-TT3.1CG14(A)和tt3.2(B)田间株型及单株产量(C)统计。比例尺5cm。数据为Mean±s.e.m,显著性差异通过单因素方差分析(one-way ANOVA)和事后Dunnett’s多重比较检验(P<0.01)来确定。(D到G)OE-TT3.1CG14和tt3.2田间从抽穗期至灌浆完成受到高温处理(38/34℃,白天/黑夜)30天后的株型(D),结实率(E),千粒重(F)和单株产量(G)比较,比例尺5cm。数据为Mean±s.e.m,显著性差异通过单因素方差分析(one-way ANOVA)和事后Dunnett‘s多重比较检验(P<0.01)来确定。
图5.TT3.1通过感知高温实现由质膜向多囊泡的转移并与TT3.2共定位。
(A)TT3.1定位于细胞质膜,白色框示意放大位置,白色箭头表示TT3.1的点状信号。比例尺20μm。(B)TT3.2定位于叶绿体,白色框示意放大位置。比例尺10μm。(C)TT3.1与TT3.2的共定位情况及受热诱导的的定位模式。白色箭头表示TT3.1的点状信号,黄色箭头表示TT3.2点状信号,蓝色箭头表示TT3.1与TT3.2共定位的点状信号。比例尺20μm。(D)TT3.1受热诱导的的定位模式。白色箭头表示TT3.1的点状信号。比例尺20μm。
图6.TT3.1,TT3.2的亚细胞定位情况。
(A)TT3.1示意图。(B)TT3.1定位于细胞质膜,白色框示意放大位置,白色箭头表示TT3.1的点状信号。比例尺20μm。(C)TT3.1在稳定转化构建中的定位情况。白色箭头表示T多囊泡体。(D和E)TT3.1与早期囊泡marker(E)和晚期囊泡marker(E)的定位情况。白色箭头表示多囊泡体。比例尺20μm。(F)TT3.2示意图。(G)TT3.2定位于叶绿体。比例尺20μm。(H)TT3.2在稳定转化构建中的定位情况。白色箭头表示多囊泡体。比例尺20μm。
图7.TT3.2定位于类囊体,TT3.1定位于细胞质膜和多囊泡。
(A到C)免疫胶体金使用anti-TT3.2抗体(兔抗)检测TT3.2金颗粒(5nm)在正常培养条件下定位于NIL-TT3WYJ(A)和NIL-TT3CG14(B)叶片中的情况以及量化统计(C)。A1和B1为A,B图像中方框的放大图。黑色箭头示意TT3.2金颗粒在类囊体(TM)中的定位情况。比例尺,A和B:400nm;A1和B1:200nm。数据为Mean±s.e.m,(n=12单位,每个单位=1μm2),使用two-tailed t-test差异显著性检验,NS,无显著差异。(D到F)TT3.1金颗粒(10nm)在正常条件(D)和高温处理(42℃,8h)条件下(E)定位于细胞质膜的情况和量化统计(F)。比例尺,200nm。数据为Mean±s.e.m,(n=22片段,每段=1μm)使用two-tailed t-test差异显著性检验,****P<0.0001。(G到I)TT3.1金颗粒(10nm)在正常条件(G)和高温处理(42℃,8h)条件下(H)定位于多囊泡体的情况和量化统计(I)。比例尺,200nm。数据为Mean±s.e.m(n=11个)。
图8.高温诱导TT3.1和TT3.2蛋白分选到MVB中。
(A到C)高温处理(42℃,8h)条件下TT3.2金颗粒在NIL-TT3WYJ(A)和NIL-TT3CG14(B)类囊体(TM)中的定位情况和量化统计(C)。A1和B1为A,B图像中方框的放大图。黑色箭头示意TT3.2金颗粒在类囊体(TM)中的定位情况。比例尺,A和B:400nm;A1和B1:200nm。数据为Mean±s.e.m,(n=20单位,每个单位=1μm2),使用two-tailed t-test差异显著性检验,****P<0.0001。(D到F)高温处理(42℃,8h)条件下TT3.2金颗粒在NIL-TT3WYJ(D)和NIL-TT3CG14(E)多囊泡体中的定位情况和量化统计(F)。黑色箭头示意TT3.2金颗粒。比例尺,200nm。数据为Mean±s.e.m,(n=12个多囊泡体),使用two-tailed t-test差异显著性检验,****P<0.0001。(G到I)免疫胶体金使用anti-TT3.2抗体(兔抗)检测TT3.2金颗粒(5nm);使用anti-GFP抗体(鼠抗)检测TT3.1-GFP金颗粒(10nm)。TT3.1-GFP和TT3.2金颗粒在正常培养条件下(G)和高温处理后(42℃,8h)(H)定位于pUBI::TT3.1CG14-GFP转基因水稻叶片MVB中的情况及量化统计(I)。黑色箭头示意TT3.2金颗粒,红色箭头示意TT3.1-GFP金颗粒。比例尺,200nm。数据为Mean±s.e.m(n=20个多囊泡体),使用two-tailed t-test差异显著性检验,****P<0.0001。
图9.TT3.2被TT3.1泛素化并通过MVB-液泡途径被降解。
(A)TT3.1和TT3.2酵母双杂交互作验证。培养基含有15mM-3-AT。(B)TT3.1的体外泛素化活性检测。(C)双分子荧光互补测定TT3.1与TT3.2的互作情况。(D)TT3.1对TT3.2的体外泛素化情况检测。(E)高温处理条件下,TT3.2在NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14的体内降解情况。统一蛋白上样量用CF1β抗体表示。(F和G)施加CHX,CHX+MG132和CHX+E64d抑制剂之后,TT3.2在NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14高温处理条件下的降解情况。统一蛋白上样量用CF1β抗体表示。
图10.过量表达TT3.1及敲除TT3.2能够保护类囊体免受高温损害。
(A)透射电子显微镜观测NIL-TT3,tt3.1,OE-TT3.1WYJ,OE-TT3.1CG14,和tt3.2水稻材料在正常条件下和42℃高温处理14h之后叶绿体超微结构变化。红色箭头示意被破坏的类囊体。比例尺,400nm。(B和C)Blue Native-PAGE检测NIL-TT3(B),WYJ和转基因(C)水稻在正常条件下和高温处理(42℃,14h)之后类囊体复合物含量变化。(D和E)蛋白免疫印迹测定测定NIL-TT3(D),WYJ和转基因(E)水稻在正常条件下和高温处理(42℃,14h)之后光系统复合物(PSII)中D1和D2含量变化。平均蛋白上样量用anti-CF1β抗体测定。
图11.TT3.1和TT3.2的保守性分析。
(A和B)TT3.1(A)和TT3.2(B)在单子叶植物和双子叶植物单中的保守性分析。白色框示意TT3.1和TT3.2在WYJ和CG14中的变异类型。(C和D)在MEGAX 5.0中用Neighbor-joining法构建的TT3.1(C)和TT3.2(D)的系统进化树。步长使用1000次重复。TT3.1WYJ和TT3.2WYJ用蓝色圈注明;TT3.1CG14和TT3.2CG14用红色圈注明。
具体实施方式
本发明首次研究及揭示了一种新的参与植物耐热性的调节通路:TT3.1-TT3.2调节通路;其中,TT3.1是热胁迫耐受的正向调控因子,过表达TT3.1基因显著提高植物的耐热能力以及提高产量、敲除TT3.1基因显著降低植物的耐热能力以及降低产量;TT3.2是热胁迫耐受的负向调控因子,过表达TT3.2基因显著降低植物的耐热能力以及降低产量,敲除TT3.2基因显著提高植物的耐热能力以及提高产量。本发明的技术方案对于植物性状的遗传改良具有重要意义。
术语
如本发明所用,除非另外说明,所述“耐热能力”是指高温胁迫下的“耐热能力”。
如本文所用,所述的“耐热能力/耐热性”、“热胁迫耐受(性)”与“抗热能力/抗热性”可互换使用。
如本文所用,所述的“调节通路”、“调控通路”、“信号通路”可互换使用。
如本文所用,所述的“植物”为基因组中包含有本发明的TT3.1-TT3.2调节通路或参与该调节通路的基因/蛋白的同源物(同源基因/同源多肽(蛋白))的植物,所述的植物可包括单子叶植物或多子叶植物;如:禾本科植物、十字花科植物、豆科植物等;具体例如小米、小麦、玉米、高粱、大豆等粮食作物,蔬菜瓜果花卉牧草等农作物。优选地所述植物包括禾本科植物。在一些优选方式中,所述的植物为作物,较佳地为禾谷类作物。较佳地,所述禾本科植物如禾本科稻属植物水稻,禾本科小麦属植物如小麦,禾本科玉米属植物如玉米等。例如包括:水稻、高粱、玉米、大麦、小麦、燕麦、黑麦。本领域技术人员应理解,适用于本发明的技术方案的植物不仅限于上述列举的,可通过鉴定其中TT3.1-TT3.2调节通路的存在情况来确定适当的植物。
如本文所用,所述的“同源物”是指来源于水稻以外的物种的、且与本发明的TT3.1或TT3.2具有序列同一性(如同一性60-99%,例如60%以上,65%以上,70%以上,75%以上,80%以上,85%以上,90%以上,95%以上)的基因或蛋白。
如本文所用,所述的“在高温下保持/提高产量”或“高温(胁迫)下保护植物产量”是指植物在高温(高于其常规培养条件的温度)环境下,保持存活、保持正常生长,并具有相对正常、基本正常或提高的产量。在一些方式中,所述“在高温下保持/提高产量”是指特定植物在高温环境下被培育后,其产量与“非高温环境(正常/适宜温度环境)”的产量相比,维持在后者的30%以上、40%以上、50%以上、60%以上等;较佳地维持在后者的70%以上、80%以上、90%以上或100%;更佳地提高至后者的100%以上、105%以上、110%以上、120%以上、130%以上、150%以上、180%以上或200%以上等。在另一些方式中,所述“在高温下保持/提高产量”是指特定植物在高温环境下被培育后,其产量与高温环境下的其它品种的植物(或未经改造的植物)的产量相比,提高至后者的100%以上、105%以上、110%以上、120%以上、130%以上、150%以上、180%以上或200%以上等。
如本文所用,所述的“高温”或“热(环境)”是指显著高于植物生长适宜温度(如对于水稻而言26~30℃、较佳地28~30℃为适宜温度)的温度;例如所述的“高温”或“热(环境)”是指35℃或更高、38℃或更高、40℃或更高、42℃或更高。
如本文所用,所述的“上调”包括:促进、过表达、提高、增强等,其是统计学意义的或显著性的上调、促进、提高或增强,如上调、促进、提高或增强20%、40%、60%、80%、90%或更高。
如本文所用,所述的“下调”包括:弱化、减弱、降低、抑制;表示显著性的下调、减弱、降低、抑制,如下调、减弱、降低、抑制或下调20%、40%、60%、80%、90%或更低。
如本文所用,所述的“耐热能力”是指植物耐受热环境的能力。通常,通过将测试植物与对照植物进行同一温度环境下的比较,来判断测试植物的耐热能力。当测试植物在高的温度下存活率更高、维持存活的时间更长,则通常认为其具有更好的耐热能力。
如本文所用,所述的“耐热能力高”是指某一植物(例如经改造的植物)与同类或同种植物的耐热能力相比,有统计学意义的耐热能力的增强,如存活率提高5%、10%、20%、40%、60%、80%、90%或更高。
如本文所用,所述的“高表达或高活性”,是针对某一目标基因/蛋白,其在某特定植物(例如经改造的植物)中的表达或活性,与同类或同种植物的表达或活性的平均值相比,具有统计学意义的提高,如提高10%、20%、40%、60%、80%、90%或更高。
如本文所用,所述的“低表达或低活性”,是针对某一目标基因/蛋白,其在某特定植物(例如经改造的植物)中的表达或活性,与同类或同种植物的表达或活性的平均值相比,具有统计学意义的降低,如降低10%、20%、40%、60%、80%、90%或更低。
如本文所用,所述的“功能丧失性突变”包括:使得目标蛋白的功能丧失,例如其蛋白链的关键区域发生突变、缺失或插入导致功能丧失。在一些方式中,在目标蛋白编码基因中进行碱基的插入、缺失或突变,使得目标蛋白的翻译提前终止。
如本文所用,所述的“功能获得性突变”包括:使得原本表达受限或不表达的目标蛋白正常表达;在一些方式中,在目标蛋白编码基因中进行碱基的回复(如回复到与野生型相同或简并的序列),使得目标蛋白回复表达。
如本文所用且本领域人员能够理解,选择合适的“对照植物”是实验设计的例行部分,可以包括对应的野生型植物或无目的基因的相应转基因植物。对照植物一般是相同的植物物种或甚至是与待评估植物相同或属于同一类的品种。对照植物也可以是因分离而丢失转基因植物的个体。如本文所用的对照植物不仅指完整植物,也指植物部分,包括种子和种子部分。
TT3.1-TT3.2调节通路
本发明中,所述的“调节通路”是指由蛋白或基因发生相互制约或相互作用而形成的信号系统,其一般会导致一些细胞事件的发生。所述的TT3.1-TT3.2调节通路包括(但不限于):TT3.1基因和/或其编码的蛋白、TT3.2基因和/或其编码的蛋白。
所述的TT3.1的基因全长序列例如如SEQ ID NO:5所示,其编码区序列例如如SEQID NO:9或SEQ ID NO:8所示,其蛋白序列例如如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示。
所述的TT3.2的基因全长序列例如如SEQ ID NO:10所示,其编码区序列例如如SEQID NO:14或SEQ ID NO:13所示,其蛋白序列例如如SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4所示。
当用于作为人工调控的靶标时或人为建立筛选系统时,以上的蛋白或编码基因可以是天然存在的,比如其可被纯化和分离自哺乳动物;也可以是重组制备的,比如可以根据常规的基因重组技术来生产重组的蛋白。此外,任何不影响这些蛋白的生物活性的变化形式都是可用的,如它们的功能未发生改变的衍生物或变异体。
以上所述的调节通路蛋白(TT3.1,TT3.2)的变异形式也被包含在本发明中,它们包括(但并不限于):若干个(通常为1-50个,较佳地1-30个,更佳地1-20个,最佳地1-10个,还更佳如1-8个、1-5个)氨基酸的缺失、插入和/或取代,以及在C末端和/或N末端添加或缺失一个或数个(通常为20个以内,较佳地为10个以内,更佳地为5个以内)氨基酸。任何与所述的多肽同源性高(比如与SEQ ID NO:4所示的多肽序列的同源性为70%或更高;优选地同源性为80%或更高;更优选地同源性为90%或更高,如同源性95%,98%或99%)的、且具有多肽相同功能的蛋白也包括在本发明内。来源于水稻以外其它物种的与所述多肽序列的同源性较高、或在同样或相近的调控通路中发挥同样或相近作用的多肽也包括在本发明中。
以上所述的调节通路基因/蛋白(TT3.1,TT3.2)的同源物也被包含在本发明中。应理解,虽然本发明中优选研究了获自特定物种水稻的相应调节通路基因/蛋白,但是获自其它物种的与所述调节通路基因/蛋白同源(如具有60%以上,如70%,80%,85%、90%、95%、甚至98%序列相同性)的其它多肽或基因也在本发明考虑的范围之内。
编码所述多肽的多核苷酸(基因)可以是来自植物的天然基因,也可以是它们的简并的序列或经密码子优化的序列。
包含所述编码序列的载体,以及用所述的载体或多肽编码序列经基因工程产生的宿主细胞也包括在本发明中。本领域的技术人员熟知的方法能用于构建含合适的表达载体。
宿主细胞通常是植物细胞。转化植物一般可使用农杆菌转化或基因枪转化等方法,例如叶盘法、水稻幼胚转化法等;优选的是农杆菌法。对于转化的植物细胞、组织或器官可以用常规方法再生成植株,从而获得相对于野生型而言性状发生改变的植物。
植物改造
本发明中,所述的“植物”为包含TT3.1-TT3.2(或它们的同源物)调节通路的植物。根据本领域的知识,包含TT3.1-TT3.2(或它们的同源物)调节通路的植物,其内在存在如本发明所主张的作用机制,可以实现如本发明所主张的技术效果。
在本发明的具体实施例中,针对水稻进行了具体的研究,TT3.1是热胁迫耐受的正向调控因子,在水稻品种中过表达TT3.1WYJ和TT3.1CG14基因均显著提高水稻的耐热能力,而过表达TT3.1CG14基因的抗热效果更强;在水稻品种中敲除TT3.1基因显著降低水稻的耐热能力。TT3.2是热胁迫耐受的负向调控因子,在水稻品种中过表达TT3.2CG14基因显著降低水稻的耐热能力,在水稻品种中敲除TT3.2基因显著提高水稻的耐热能力。
水稻TT3.1基因编码一个含有RING domain的E3泛素连接酶,具有E3泛素连接酶活性,在高温胁迫下能够通过多囊泡体/内体(endosome)进入到细胞质当中;水稻TT3.2基因编码一个含有10次跨膜域的叶绿体蛋白,高温条件下对叶绿体造成毒害作用。TT3.2前体蛋白能被位于内体中的TT3.1蛋白泛素化,并转运到多囊泡体或液泡中降解,从而维持水稻的高温抗性。
TT3.1过量表达或TT3.2蛋白减少,能够保护叶绿体类囊体在高温胁迫下的完整性以及类囊体复合物和PSII蛋白的稳定性。
高温胁迫下,TT3.2前体蛋白在TT3WYJ和TT3CG14位点中存在降解速率差异,在TT3CG14位点中由于TT3.1CG14蛋白具有更高的E3泛素连接酶活性,因此TT3.2CG14前体蛋白被更多地清除,导致类囊体中TT3.2CG14蛋白的减少,实现水稻抗热;在TT3WYJ位点中,由于TT3.1WYJ蛋白具有较弱的E3泛素连接酶活性,导致更多的TT3.2WYJ前体蛋白进入到类囊体中,造成伤害,导致水稻热敏感。
TT3.2的蛋白降解过程受到泛素-MVB/液泡途径的调控。
基于本发明人的新发现,本发明提供了一种改良植物的方法,所述方法包括:调控植物体内TT3.1-TT3.2调节通路,进而调控植物耐热能力或高温下产量。
一方面,提供一种增强植物耐热能力或提高或保护(维持)植物高温下产量的方法,包括上调TT3.1的表达或活性。
另一方面,提供一种增强植物耐热能力、提高或保护(维持)植物高温下产量的方法,包括下调TT3.2的表达或活性。
再一方面,提供一种增强植物耐热能力、提高或保护(维持)植物高温下产量的方法,包括促进TT3.1招募TT3.2前体蛋白进入到多囊泡体(MVB)中使之降解,或促进TT3.1与TT3.2的相互作用、对TT3.2进行泛素化降解。
应理解,在得知了所述TT3.1-TT3.2调节通路(可选地,也包括其上下游基因)的功能后,可以采用本领域人员熟知的多种方法来调节所述的TT3.1-TT3.2调节通路。比如可以采用本领域人员熟知的多种方法来提高TT3.1的表达,或降低TT3.2表达或使之缺失表达。
本发明中,将特定基因引入到植物(植物细胞)中包括基于转基因技术的引入,或基于杂交(育种)技术的引入。所述的转基因技术例如是将核酸片段转入植物中,与其本身的基因组进行重组,再人工选育获得插入特定基因的植物,可实现精准引入特定基因。而杂交(育种)技术例如是通过不同基因型的个体之间的交配而取得某些双亲基因重新组合的个体,从中选择特定基因被引入而呈现优良性状(本发明中为提高植物高温胁迫下的耐热性以及提高植物的产量)。
本发明中,所述的TT3.1-TT3.2调节通路蛋白或其编码基因的上调剂包括了促进剂、激动剂、激活剂。所述的“上调”、“促进”包括了蛋白活性的“上调”、“促进”或蛋白表达的“上调”、“促进”,且它们为具有统计学意义的“上调”、“促进”。任何可提高所述调节通路蛋白的活性、提高所述调节通路蛋白的稳定性、上调所述调节通路基因的表达、增加所述调节通路蛋白有效作用时间的物质、增加各个蛋白的磷酸化/激活水平,这些物质均可用于本发明,作为对于上调TT3.1或调节通路有用的物质。它们可以是化合物、化学小分子、生物分子。所述的生物分子可以是核酸水平(包括DNA、RNA)的,也可以是蛋白水平的。
本发明中,所述的TT3.2的下调剂是指任何可降低TT3.2蛋白的活性、降低TT3.2或其编码基因的稳定性、下调它TT3.2蛋白的表达、减少TT3.2蛋白有效作用时间、抑制TT3.2基因的转录和翻译的物质、或降低各个蛋白的磷酸化/激活水平,这些物质均可用于本发明,作为对于下调TT3.2有用的物质。它们可以是化合物、化学小分子、生物分子。所述的生物分子可以是核酸水平(包括DNA、RNA)的,也可以是蛋白水平的。例如,所述的下调剂是:特异性干扰所述TT3.2基因表达的干扰RNA分子或反义核苷酸;或是特异性编辑TT3.2的基因编辑试剂,等等。
作为本发明的另一种实施方式,提供了一种下调植物中TT3.2的表达的方法,包括:(1)将干扰TT3.2基因表达的干扰分子引入植物细胞、组织、器官或种子,获得转化入所述干扰分子的植物细胞、组织、器官或种子;(2)将步骤(1)获得的引入了所述干扰分子的植物细胞、组织、器官或种子再生成植物。较佳地,所述方法还包括:(3)选择出引入了所述载体的植物细胞、组织或器官;和(4)将步骤(3)中的植物细胞、组织或器官再生成植物。
同时,本发明人的研究结果也发现,来自非洲稻的TT3CG14位点具有较强的抗热性。因此,作为本发明的一种应用方式,可以通过分子标记和杂交方法直接导入到优良亚洲稻品种,以提高抗热性。
作为本发明的优选方式,可以利用CRISPR/Cas9等基因编辑技术对TT3.1和TT3.2的启动子区及编码区进行修饰或者从不同水稻品种筛选不同等位基因(挖掘出优异的自然变异位点),以此平衡水稻对环境温度适应性及生长发育需求,培育理想的抗热高产品种;利用CRISPR/Cas9等基因编辑技术对其他作物的TT3.1和TT3.2的启动子区及编码区进行修饰以提高其他作物的抗热性。
分子标记及筛选
在得知了TT3.1-TT3.2调节通路及其通路基因/蛋白的功能以后,可以以其为分子标记物,来进行植物的定向筛选。也可基于该新发现来筛选通过调节这一机制,从而定向调控植物耐热能力或在高温下产量的物质或潜在物质。
因此,本发明提供了一种定向选择或鉴定植物的方法,所述方法包括:鉴定测试植物中的TT3.1-TT3.2调节通路蛋白或通路基因的表达或序列特征或相互作用;若是该测试植物的TT3.1表达高于(显著高于)该类植物的TT3.1平均表达值,或TT3.2表达低于(显著低于)该类植物的TT3.2平均表达值,则该测试植物为具有耐热能力或在高温下保持产量或产量提高的植物:该测试植物的TT3.1表达低于(显著低于)该类植物的TT3.1平均表达值,或TT3.2表达高于(显著高于)该类植物的TT3.2平均表达值;该测试植物的耐热能力低,高温下产量低。
本发明提供了一种筛选提高植物耐热能力或在高温下保持/提高产量的物质(潜在物质)的方法,包括:将候选物质加入到含有TT3.1或TT3.2的体系中;较佳地,该体系处于高温胁迫环境下;检测所述体系中,观测体系中TT3.1或TT3.2的表达或活性;若所述候选物质上调TT3.1的表达或活性、或下调TT3.2的表达或活性,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质。
本发明还提供了一种筛选提高植物耐热能力或在高温下保持/提高产量的物质(潜在物质)的方法,包括:将候选物质加入到TT3.1和TT3.2(包括其前体蛋白)相互作用的植物细胞体系中;较佳地,该体系处于高温胁迫环境下;检测所述体系中,观测(1)的体系中TT3.1和TT3.2的相互作用;若所述候选物质促进TT3.1招募TT3.2前体蛋白进入到多囊泡体(MVB)中使之降解,或促进TT3.1与TT3.2互作、对TT3.2进行泛素化降解,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质。
以蛋白或基因或其上特定的区域作为靶点,来筛选作用于该靶点的物质的方法是本领域人员所熟知的,这些方法均可用于本发明。所述的候选物质可以选自:肽、聚合肽、拟肽、非肽化合物、碳水化合物、脂、抗体或抗体片段、配体、有机小分子、无机小分子和核酸序列等。根据待筛选的物质的种类,本领域人员清楚如何选择适用的筛选方法。
经过大规模的筛选,可以获得一类特异性作用于TT3.1-TT3.2调节通路或其中的通路基因/蛋白,对植物耐热性状、产量性状有调控作用的潜在物质。
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件如J.萨姆布鲁克等编著,分子克隆实验指南,第三版,科学出版社中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。
材料和方法
1、实验材料和定位克隆
为定位克隆与水稻抗热相关的QTL基因,本发明人以相对高温敏感的亚洲栽培稻品种武运粳7号(WYJ,95-22,O.sativa L.ssp.japonica variety)为轮回亲本,以耐高温的非洲栽培稻品种CG14(Oryza glaberrima Steud)为供体亲本,构建了一套染色体片段替换系(CSSL)。通过对不同替换株系进行抗热表型鉴定和基因型连锁分析,本发明人筛选到了一个抗高温的替换系SG14,与95-22相比,SG14在幼苗期受到高温处理后,具有更为显著的存活率。随后将SG14与9522杂交,获得BC4F2定位群体,做进一步的精细定位。为了精细定位TT3位点,本发明人将分离获得的含有纯合替换片段的株系用于抗热表型筛选,含有杂合替换片段的株系用于基因型鉴定。通过使用InDel标记和CAPS标记,对1614个BC4F3和20958个BC4F4单株进行连锁分析,最终将TT3定位标记在36.6kb的区间内。同时,本发明人使用含有36.6kb区间的BC5F2群体构建近等基因系(NIL),NIL-TT3CG14为含有36.6kb CG14替换片段株系,以WYJ为遗传背景;NIL-TT3WYJ为对应的相同遗传背景对照。
Indel-1的5’端寡核苷酸引物序列为:5’-aatcataaaccggattcaca-3’(SEQ ID NO:15),
3’端引物序列为:5’-gcttatcagtgcgtagaatt-3’(SEQ ID NO:16);
Caps-2的5’端寡核苷酸引物序列为:5’-agcagataaaacagtaaggca-3’(SEQ ID NO:17),
3’端引物序列为:5’-cgaaagtttgagaggtaggt-3’(SEQ ID NO:18);
Indel-3的5’端寡核苷酸引物序列为:5’-ttgaagaatctcagggccta-3’(SEQ ID NO:19),
3’端引物序列为:5’-acatatcagcaactttcggt-3’(SEQ ID NO:20)。
2、转基因过表达和CRISPR/Cas9基因编辑
为了进一步确认TT3位点中的候选基因,本发明人首先对LOC_Os03g49900,LOC_Os03g49930和LOC_Os03g49940这三个功能注释基因进行CRISPR/Cas9敲除。在初步排除LOC_Os03g49930的抗热功能后,本发明人分别将LOC_Os03g49900来自WYJ和CG14的CDS构建到pUN1301-FLAG载体中,将LOC_Os03g49940来自CG14的CDS扩增到pUN1301-GFP载体中。随后通过根癌农杆菌EHA105介导的水稻种子诱导愈伤转化法进行遗传转化,通过遗传筛选转基因阳性株系,获得稳定转基因植株并考察表型。
pUN1301-TT3.1-FLAG过量表达载体构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-tgcagcccgggatccATGCAGCggcggcgggcgcagacgtgggcggggg-3’(SEQ ID NO:21);
3’端引物序列为:
5’-tccacccatcaattgAACATCATATACGGGCATGCGTTCTTCAATGGGC-3’(SEQ ID NO:22);
pUN1301-TT3.2-EGFP过表达载体构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-CAGGTCGACTCTAGAGGATCcATGGCCTCCTCGCTGGCGTCC-3’(SEQ ID NO:23);
3’端引物序列为:
5’-ctcgcccttgctcacggtaccCAACGTTTTGTCCTTCCTCTCTAATCGGCTTCCTATATTC-3’(SEQ ID NO:24);
CRISPR/Cas9敲除LOC_Os03g49930载体构建的U3片段5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-ggcaCGGACTCCCGCCTCCCCCAT-3’(SEQ ID NO:25);
CRISPR/Cas9敲除LOC_Os03g49930载体构建的U3片段3’端寡核苷酸引物序列为:
5’-aaacATGGGGGAGGCGGGAGTCCG-3’(SEQ ID NO:26)(形成U3 gRNA靶点)。
CRISPR/Cas9敲除LOC_Os03g49930载体构建的U6a片段5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-gccgATGCAAGGTCGCCGGCATAA-3’(SEQ ID NO:27);
CRISPR/Cas9敲除LOC_Os03g49930载体构建的U6a片段3’端寡核苷酸引物序列为:
5’-aaacTTATGCCGGCGACCTTGCAT-3’(SEQ ID NO:28)。
CRISPR/Cas9敲除TT3.1载体构建的U3片段5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-ggcaCTCCTCGCGCTCAAAGTCGA-3’(SEQ ID NO:29);
CRISPR/Cas9敲除TT3.1载体构建的U3片段3’端寡核苷酸引物序列为:
5’-aaacTCGACTTTGAGCGCGAGGAG-3’(SEQ ID NO:30)。
CRISPR/Cas9敲除TT3.1载体构建的U6a片段5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-gccgACGGCGCTGCAACAATTGAA-3’(SEQ ID NO:31);
CRISPR/Cas9敲除TT3.1载体构建的U6a片段3’端寡核苷酸引物序列为:
5’-aaacTTCAATTGTTGCAGCGCCGT-3’(SEQ ID NO:32)。
CRISPR/Cas9敲除TT3.2载体构建的U3片段5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-ggcaCTCGCTGGCGTCCGCCTCGT-3’(SEQ ID NO:33);
CRISPR/Cas9敲除TT3.2载体构建的U3片段3’端寡核苷酸引物序列为:
5’-aaacACGAGGCGGACGCCAGCGAG-3’(SEQ ID NO:34)。
CRISPR/Cas9敲除TT3.2载体构建的U6a片段5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-gccgAAGACTGCAGGATCCGTCA-3’(SEQ ID NO:35);
CRISPR/Cas9敲除TT3.2载体构建的U6a片段3’端寡核苷酸引物序列为:
5’-aaacTGACGGATCCTGCAGTCTT-3’(SEQ ID NO:36)。
Hyg阳性克隆5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-ACGGTGTCGTCCATCACAGTTTGCC-3’(SEQ ID NO:37);
Hyg阳性克隆3’端寡核苷酸引物序列为:
5’-ttccGGAAGTGCTTGACATTGGGGA-3’(SEQ ID NO:38)。
2、幼苗期高温鉴定
温室水培苗培养及处理:将收获的水稻种子充分晒干,放入42℃的烘箱中约一周充分打破休眠。随后将水稻种子分装到纸袋中,常温下浸种两天,37℃条件下催芽一天,保证所有种子充分露白,萌发一致。随后播种在去除底端的96孔板中,以24粒为一个line,并以不含替换片段的同一群体水稻作为阴性对照,同批次的处理苗中设置两个平行重复。播种后覆上保鲜膜,第三天更换1/2×的Yoshida营养液,揭膜,随后每两天更换一次1×的Yoshida营养液。至12天幼苗达到两叶一心状态后,即进行热处理。处理前快速更换约42℃的温水,而后放入ClimaCell处理箱中,上,下层各为两个平行重复。处理箱的设置条件为:42℃高温,90%湿度,全黑暗环境。根据幼苗生长状况及群体背景,适时调整处理时间。处理结束后,在恢复的第1,3,5天进行打分,并在最后一天进行生存率的统计。
3、亚细胞定位观测
为鉴定TT3.1和TT3.2的亚细胞定位情况,本发明人将TT3.1的全长CDS构建至pCAMBIA1300-GFP载体中;将TT3.2的全长CDS分别构建至pCAMBIA1300-GFP和pGreen II62-SK-mCherry载体中。随后将早期内体marker OsSCAMP1-RFP,晚期内体marker OsARA7-RFP和PM marker OsRac1-mCherry按需求共转至烟草叶片中进行瞬时表达。
对于TT3.1、TT3.2稳定转化构建当中的亚细胞定位,本发明人使用pTT3.1::TT3.1-GFP,pTT3.2::TT3.2-GFP和pUBI::TT3.2-GFP水稻材料,将种子无菌处理后(10%次氯酸钠,10min),播种至1/2MS固体培养基上培养6天,待水稻幼根形成后用4μM的FM4-64染色30min,之后进行镜检。荧光测定使用LSM 880或Leica TSC SP8 STED共聚焦显微镜。
烟草瞬时表达载体pCAMBIA1300-TT3.1-GFP构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-catttggagaggacagggtaccATGCAGCggcggcgggcgc-3’(SEQ ID NO:39);
3’端引物序列为:
5’-gtcgactctagaggatccAACATCATATACGGGCATGCGTTC-3’(SEQ ID NO:40);
烟草瞬时表达载体pCAMBIA1300-TT3.2-GFP构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-catttggagaggacagggtaccATGGCCTCCTCGCTGGCGTCC-3’(SEQ ID NO:41);
3’端引物序列为:
5’-gtcgactctagaggatccCAACGTTTTGTCCTTCCTCTCTAATCGGCTTCCTATATTC-3’(SEQID NO:42)。
烟草瞬时表达载体pGreen II 62-SK-TT3.2-mcherry构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-GTGGATCCCCCGGGCTGCAGATGGCCTCCTCGCTGGCGTCC-3’(SEQ ID NO:43);
3’端引物序列为:
5’-ATAAGCTTGATATCGAATTCCAACGTTTTGTCCTTCCTCTCTAATC-3’(SEQ ID NO:44);
水稻稳定转化载体pTT3.1::TT3.1-EGFP构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-CTATGACCATGATTACGAATTCGAGAGTAAAATCACAGTGCCTATAATAAGGTTTTTG-3’(SEQID NO:45)
3’端引物序列为:
5’-CTCTAGAGGATCCCCGGGTACCGAGAACATCATATACGGGCATGCGTTCTTCAATGGGC-3’(SEQID NO:46)。
4、免疫胶体金
实验使用NIL-TT3和pUBI::TT3.1CG14-GFP水稻材料进行免疫金标记测定。首先分别对常温培养条件下和高温处理(42℃,8h)结束后的水稻进行取样,快速将叶片切成长2mm,宽1mm的长条状并迅速固定,固定液为pH 7.2,0.1M PBS稀释的4%(v/v)戊二醛。固定完成后用PBS冲洗三次,并置于2%(v/v)的四氧化锇中(PBS稀释),室温静置1h。随后用超纯水冲洗三遍,样品经过无水乙醇脱水处理后,放置于LR白色树脂中包埋数天。将包埋好的样品用徕卡Ultracut R切片机和金刚石刀制作成80-100nm厚的超薄薄片,并收集于金网格上,制备好的样品可置于干燥盒中长期保存。标记前先用10%H2O2处理金网格10min,超纯水洗净后,用3%(w/v)BSA(1×PBS稀释)置于室温固定20min,滤纸干燥后,按需求用含有anti-GFP和anti-TT3.2的抗体稀释液4℃过夜孵育,抗体使用1%(w/v)BSA(1×PBS稀释)稀释,稀释比为1:30。孵育完成后,用1×PBST冲洗三次,滤纸干燥,转移至含有anti-rabbitIgG抗体(whole molecule 5-nm colloidal gold)(Sigma,G7277)或含有anti-mouse IgG抗体(whole molecule 10-nm colloidal gold)(Sigma,G7652)的抗体稀释液中,稀释比为1:30,室温孵育1h,1×PBST冲洗三次后滤纸干燥。随后将金网格置于2%(w/v)的水铀酰乙酸中染色2min,再迅速转移至柠檬酸铅中染色2min,最后用超纯水冲洗3遍,滤纸干燥即可保持或镜检。检测使用Hitachi HT7650 TEM透射式电子显微镜,电压为80kV。
水稻稳定转化载体pUN1301-TT3.1-EGFP构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-CAGGTCGACTCTAGAGGATCcATGCAGCggcggcgggcgc-3’(SEQ ID NO:47);
3’端引物序列为:
5’-ctcgcccttgctcacggtaccAACATCATATACGGGCATGCGTTCTTCAATGGGC-3’(SEQ IDNO:48)。
5、酵母双杂交互作验证
酵母双杂交根据Dualsystems Biotech公司的操作步骤完成。将TT3.1WYJ,TT3.1CG14,MTT3.1WYJ和MTT3.1CG14 CDS构建到pBT3-STE载体中;将TT3.2WYJ,TT3.2CG14 CDS构建到pPR3-N载体上。根据需要将构建好的不同质粒共转到NMY51酵母感受态细胞当中,接着涂布在SD/-Trp-Leu二缺培养基上,30℃培养36h,之后挑取单克隆,摇菌,并将菌液浓度调整为1,0.1,0.01,0.001倍,滴板至含有15mM 3-AT的SD/-Trp-Leu-His三缺和SD/-Trp-Leu-His-Ade四缺培养基上30℃培养3至5天。本实验以TT3.1-STE载体和pOst1-Nub作为阳性对照,以TT3.1-STE载体和CK-pPR3-N载体为阴性对照,验证酵母自激活情况。
酵母载体pBT3-TT3.1-STE构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-ATCTATTTTATGTAATGGCCATTACGGCCCAGCggcggcgggcgcagac-3’(SEQ ID NO:49);
3’端引物序列为:
5’-TCGAATTCCTGCAGATGGCCGAGGCGGCCCCAACATCATATACGGGCATGCGTTCTTCAATGGGC-3’(SEQ ID NO:50)。
酵母载体pPR3-TT3.2-N构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-CGACTCTAGGAGCTCGGTACCCGGGATGGCCTCCTCGCTGGCGTCC-3’(SEQ ID NO:51);
3’端引物序列为:
5’-tatcgaattctcgagaggccgaggcggccCTACAACGTTTTGTCCTTCCTCTCTAATCGGC-3’(SEQ ID NO:52);
TT3.1位点突变构建的5’端寡核苷酸引物序列1为:
5’-GCATGGTCTTACTTCCTGCCCGGCGCAGAACATTATGCAAGAC-3’(SEQ ID NO:53);
3’端引物序列为:
5’-GCATAATGTTCTGCGCCGGGCAGGAAGTAAGACC-3’(SEQ ID NO:54);
TT3.1位点突变构建的5’端寡核苷酸引物序列2为:
5’-ATGCAGCggcggcgggcgcagac-3’(SEQ ID NO:55);
3’端引物序列为:
5’-TTAAACATCATATACGGGCATGCGTTCTTCAATGGGC-3’(SEQ ID NO:56)。
6、双分子荧光互补
将鉴定正确的农杆菌单菌落接种到1ml液体LB培养基单中,28℃活化20h,再将小摇菌液按1:100的比例接种至50ml液体LB培养基当中,28℃培养8h,常温下离心收集菌体。用注射缓冲液(10mM/L MgCl2,10mM/L MES(pH 5.6)和150μM AS)洗涤菌体两次,最后用注射缓冲液重悬菌体,至菌液OD600=1.2。28℃水平放置3h,按需求将不同构建菌液以1:1的比例混合,随后挑取大小适中的烟草叶片,用1ml无菌的注射器将菌液慢慢注入叶片组织空隙中。注射结束后,烟草继续在22-24℃条件下培养,36h后将烟草叶片取下,在叶片远轴面均匀涂抹荧光素酶底物,黑暗中放置1min,随后使用analytikjena的VisionWorks系统进行荧光鉴定,每5min曝光1次,曝光10min。根据荧光强弱判定基因互作情况。
双分子荧光互补载体TT3.1-nLUC构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-ggagagaacacgggggacgagctcATGCAGCggcggcgggcgc-3’(SEQ ID NO:57);
3’端引物序列为:
5’-gggacgcgtacgagatctggtcgacAACATCATATACGGGCATGCGTTCTTCAATGGGC-3’(SEQID NO:58);
双分子荧光互补载体TT3.2-cLUC构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-ctcgtacgcgtcccggggcggtaccATGGCCTCCTCGCTGGCGTCC-3’(SEQ ID NO:59);
3’端引物序列为:
5’-GATGATACGAACGAAAGCTctgcagCTACAACGTTTTGTCCTTCCTCTCTAATCGGC-3’(SEQID NO:60)。
7、In Vitro体外泛素化验证
为测定TT3.1的体外E3泛素连接酶活性和TT3.1对TT3.2的体外泛素化情况,本发明人参照Boston Biochem提供的产品说明进行。反应体系如下:10μM纯化的CK-MBP/TT3.1C-MBP/MTT3.1C-MBP(RING domain位点突变后的TT3.1C,标记为MTT3.1C)蛋白5μl,TT3.2-FLAG麦胚表达蛋白:1μl,5μM ubiquitin E1 activating enzyme(Boston Biochem,E-305),25μM E2 conjugating enzyme(Boston Biochem,K980B):2μl,100-500μMubiquitin(Boston Biochem,U-100H):5μl和10×Mg2+-ATP solution(Boston Biochem,B-20):5μl。反应体系置于30℃恒温孵育60min,之后加入SDS并于90℃变性5min,随后进行SDS-PAGE凝胶电泳,分别使用anti-MBP,anti-FLAG,和anti-Ubiquitin抗体测定蛋白情况。
其中MBP融合蛋白表达纯化是将TT3.1和MTT3.1(RING domain位点突变后的TT3.1,标记为MTT3.1)含有RING domain的C端片段分别扩增至pMAL-c5x载体中(NewEngland Biolabs),构建好的载体在Rosetta(DE3)大肠杆菌感受态中表达,随后将单克隆在LB液体培养基中表达至OD600=0.5。随后用0.3mM IPTG过夜低温诱导表达蛋白,并用Amylose Resin(New England Biolabs)亲和纯化蛋白。最终洗脱浓缩蛋白。
麦胚无细胞蛋白表达用麦胚提取物转录/翻译偶联系统(Promega,CoupledWheat Germ Extract Systems),具体实验流程参照产品说明。首先将TT3.2WYJ和TT3.2CG14CDS融合至含有FLAG标签的prSP6线性化载体中,随后转化至大肠杆菌感受体Mach1-T1中扩增表达并提取质粒。蛋白表达反应体系如下,Wheat Germ Extract:25μl,ReactionBuffer:2μl,RNA Polymerase(SP6):1μl,Amino Acid Mixture Minus Methionine,1mM:1μl,[35S]methionine:2–4μl,Ribonuclease Inhibitor(40u/μl):1μl,构建提取好的质粒(0.5μg/μl):2μl,定容至50μl,随后30℃恒温孵育60-120min。所得产物即为含有目标蛋白的粗提物,-70℃冻存使用。/>
TT3.1C-MBP载体pMAL-TT3.1C构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-cgggatcgagggaaggatttcacatatgAGATTGTTGGAGAAGGTTGTTCTAC-3’(SEQ IDNO:61);
3’端引物序列为:
5’-agcttatttaattacctgcagggaattcTTAAACATCATATACGGGCATGCG-3’(SEQ ID NO:62);
麦胚无细胞表达载体prSP6-TT3.2构建的5’端寡核苷酸引物序列为:
5’-TAGGGCCCGGATCCAATGGCCTCCTCGCTGGCGTCC-3’(SEQ ID NO:63);
3’端引物序列为:
5’-TCGTCATCGCTGAATACAGTtcatttcgaacccggcgtaccgcc-3’(SEQ ID NO:64)。
8、类囊体损伤测定
首先进行水稻细胞膜及叶绿体透射电镜观察(TEM),将需要测定的水稻叶片取下,用锋利刀片顺着叶脉将叶片切成长2mm,宽1mm的长条状,并快速引入含有2.5%戊二醛固定液的溶液中,取样完成后置于真空泵中抽真空,抽气2min,放气15min,如此循环,直至叶片完全沉入EP管底,随后更换新的2.5%戊二醛固定液,置于4℃冰箱中保存。随后送至电镜平台制片。观测时使用Hitachi HT7650 TEM透射式电子显微镜观测叶绿体及细胞膜的超微结构,电压为80kV。
接着通过Blue-Native PAGE分离植物类囊体,测定类囊体复合物含量变化。首先测定类囊体叶绿素浓度为1mg/ml,加入Detergent A溶液(4%Digitonin(w/v),25mM Bis-Tris/HCl(pH7.0),375mM Aminocaproic acid,1mM EDTA,0.25mg/ml Pefabloc(现加)10mMNaF(现加)。室温下缓慢震荡20min,18000g 4℃离心20min,吸取上清,加入1/10的CBBbuffer(100mM Bis-Tris/HCl(pH 7.0),0.5M ACA,30%(w/v)sucrose,50mg/ml ServaBlue G)。点至新配制的3.5-12.5%分离胶中,按75V 30min,100V 30min,125V 30min,150V60min,175V30min的方式改变电压,刚电泳时,内槽使用蓝色Cathode buffer(50mMTricine,15mM Bis-Tris/HCl(pH 7.0),0.01%Serva Blue G),电泳至1/3胶块时,更换为无色Cathode buffer。外槽使用Anode buffer(50mM Bis-Tris/HCl(pH 7.0))并保持不变。电泳液需要提前预冷,且电泳全程需在4℃低温下进行。
9、序列信息
TT3.1基因全长序列(SEQ ID NO:5):
>AAAGAAAAGGGCTAGAGTCTAAGAGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGGAACCCTTCGTCCTCGTCGCCTCACTTTTGTCTCCCACTCCTTCGTCGGCGGCTCGGCTCGGCGCAGGCGCAGCGGGGAGAAGACCAAGGAGGAGGGAGAGGCGGACGCGGGAGCGGAAGAGATTAATTTCCAGTGGGGTTTGGGGCGCGGTGAGGAGGTGAGGGATGCAGCggcggcgggcgcagacgtgggcgggggtggggaagacggcgcaggcggcggcggcgcacgcggcgctcttctgcttcacgctcctcctcgcgctcaaAgtcgacggccgcacagcctactcctggtggtaacgctccctgctctaaaccctagctagcaccctcccccgtcctccgccgccacgggcctccgCTTCGATCTGGCTTAGTGGTTCCCGCGAGATTGCGAGTTGGGGGTGGAATTAGTGGCTGGCGTAGTGGTTTTTTTGGGGGGGTTTCCATCGGATGCAGATGCAGGCTGAGGGGGGAATCGGACTAGTCCTTTGCGTGCGGTTGAGAGTCGTCGCCTGCTTGTGGTGGTCTGGTGAACTAATTTTCTCCACCAGAACGATTCAGCTCTTTCGTGTCCTTGTGTTTGGACATTGATGAGTTGATGTAGGCATTTTGCTCACGCAGAGGGTGTGCTTCGGTTAGTCTTTAGCTGATGCTGGGCCACAGTTCCTGGTTCTACTGAAGGCTGCACTTTGAGAGCTCGTTCTTATTTGGTTATGTATTTGTTTGAGTAACCCAGCGCTCTTGTTCCTATAATGATGGTAGCAGATTCAGAAGACATTGTTGACTGCTTTGTCTGTAGCAGTGAAGGTATTAATACCGAATGCTAATTCTGCTATTTCCATCATGCAGGATTATATTCATCCCTCTATGGCTATTTCATGGCATTGTTGCCCGTGGAAGGTTTTCAATGCCAGCCCCTTCGCTTCCTCATGGCCGTCATGTAAGAATTGGTATCAATTTCTCTAGTTAGTATGCACGTGCTTACCCCACATTTTGATCTGATGGGTTTCTATTTGTATGTAGTGGGCTCCTTGCCATTCAATTGTTGCAGCGCCGTTGCTTATTGCGTTTGAGCTGCTGCTTTGCATATATCTCGAAAGTTTGAGAGGTAGGTTCTTAGGTTATCTAGATGAGAGAAGCTTTGGCGACCATAAACGAATTTCCTGGAGGCTCTTATACCCCTTCTCTCTGTTTGTTCTTCCGCAGTTAAAAGTAAGCCGACTGTTGATTTGAAGATTGTATTCCTTCCTCTTCTGGCCTTTGAAGTGATTATTCTTGCTGACAATTTCAGGTAATGAATCTGAACAATTATTTTGCATGCCTTTAATACTGTATCAGTAAATGCACAAACGCACTACCAATTGGCACGATTGTATGTGCCTTACTGTTTTATCTGCTTATGTATTCTGCAAGTCTTAAGTGCTGAATGTAACTAGTTTTTTTTTCCAAGATTGTTTTTCTGACTAAGCAGCTAGCACTTATAAACTGTGCCATGAACTCGTAATATGTCCTAACCTATTTTTGGTTACGTCTGGGATTGTAGTAAGACGACCTGACCTATTGTCAAATATGGTATGCACCTTCAAGAGCAGCTAACGCGTTTTAGATTATAAATTTCTTGCAACCAAAAGAATTCAATTATCTGGTGTTCTGTTGTTCTCAATGGCCGGTTCTTGGTGTCTGTCTTTTTCTCCACTGGAAAGAATACTGAAATTACTCAACTGCCTCTTTGTTTATTTTTGCACACTGCTTAGGCTGTGTTCGCCAGtccacgttcccaaccggaacagtacgcgcggaaaacggagcggtccattagcgcgtaattaattaagtattagctatttttttttcaaaaatagattaatttgattttttaagcaacttttgtatagaaactttttgcaaaaaacacaccgtttaacagtttgaaaagtgtgcgcgtggaaaacgagggagaggggttggaaaaaggggtgccgaacacagccTTAGTCAGGTTCAATGATATCTTTCTGTTGGTTGCAAAATAAATTAATCATGATCATTATACTCATATGGTTTCTGTTGGTTGCAAAATAAATTAATAATTATCATTATACTTGACGACTTGGTATGTAGAGGGTAGCACTAAGTGCTTGTTTATCATTGCTTGTTTGATAGCAGGTTGAATTATCTCAATTACAAATATACTCAAGTCTACTGTTGATATTATTCTTAGTTTTGTTATTCCGTACAACATTTTTTTTGCTACATAATAATAAATGGTGGCATTCTATCCAAAAGTTACAAATGGTGTTTTTAAAAGGTAAATTTCGCAATACTGAACTACCATTTGCAAAACTATCGCAAAAGACACATGTTTATTCACAATTTTGGAGAACTACACTTTTTAGTTGCAAAATGTGCAGCAAAACTACACTCCTATCAGAGAAACAGGTCTGATAGGTTGGGCCCTCTCATCAGTCATCAGTATTTCATCCGGGTTGTTTCTGTTTCTGATGCATGTGTTGGTTAAAAAGAAACAGCCTACACATGCAACACTGACTAGTGGACCTAGCCTGTCAGGCTCATTGGCATTTTCAGTAATTTAGTTTTGTGAAACTTTTCACAACCAAAGGTATTCCTCCGAAATCGTCGCAAAAGTGTGTTTGCGATTGTTTTAGCGATGGCTTTTGTCTGGTTTAATGAAATTGAATCATTGTTAAAATTTAGCTTGTCACACAATCAGTACTGTTGTTGGTATGCAACGCATAAATTGGATGCAATTCATAAAGATATGTGCTGACCAAATCATGAACCTTAATTTGGCCAAAAATATCTAGAGATATTAGTTGTTAATACAATAGTAGCGCTAAAGTTAATTTGGATGTTAACCTTTATTTTTTTTCCTTGCATTGGTTTGACTATTCAGAATGTGTAGAGCTTTAATGCCAGGAGATGAAGAAAGTATGAGCGATGAAGCTATTTGGGAGACACTTCCTGTGAGTATAAGTACTAGTAACTAGTGGTTCTTTTTAAGAAATTATCTCCATTAGCTTCAATTTGAGCTTAACTTTTATTTACTATAAGTAACCATACTTCTACCAAATCATCTTATAAAAATATATTAGAAACTTTTAAATACGATGATAACTAAATTAGAGAGCTGAATATCATGCAACAAAATGCATTATTTTTCAGTCCATTTTTAGTGGAATACTGGATTGGAATAATTTTATTGATAAGAATAAATCAGCTGCAAGGATGAAAGTAGAATCTCATGAACTTGTCAATTGACGATGCTGTATTTTCACATTATGGAGCCTATATGTTGGACTTGTACCAGCTTAATATGGGTTGATGATTTATTAAGTTTAACAAAGCAAAACATATACAGTGAACAAATATTCACTACATAATGAAGTAAATTCTGTTCAAAGTTTAAGAGAATTAAACCTTGATCAGGGCTTGTGTTTATAGAATTATGGTTTGATCATTTCATTCTATCTGATACTCTATTTGTCACAGCAGAATGTACCGATTTACATTGTAATATTTCACACCGATGTAAAGTCTATGAATGAATAACATTGTGTGTGGCTCTTTTATAAGTTATCTATGATATCATATTTCTTATCTTGTGCTGACTGCCGTGTTCTAGAATAGTGTGGACTATACACTGTTCTTTTCATCTTATATGACACGGCTTCTATTTGCTATCAGCACTTTTGGGTTGCAATTTCTATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTGGTAAAGTTTCCTGGATCTCCTTTTTGTTTTTTGACCTTCATTATGGCATGTCCTATTTGTTATGTGTTTTCAAGCACTGTAGACTGTAGAGTTAAAAAGTTTGCTTCCTTGCACATGACTAATATTGTTTGTTTGTCTGCTAAGCCTCTATAGTTGGTAGGATATGGCTTTCTCAAAAGTCGCTTCATTGTTTACTAGAGTGGTTGTCACAATGACATTCTTCTAAGAGTGATTAGGTAGTTGCAAATGAGACAATAGTTACTAAAACAAGATTAGATTGTCAATTAACCATAAAATCTGGAAACATTACATTCAGCAGCTTGGTTTTGAAAGCCAGGCAGTTTTCTACTATTTGGAAATGGCTGGTGATTTCACCTGAACTGGCCGGGTTTCTATTTTTGGCAGTTTAAAGCATAAATTCGTGCAAGTTAAAACTATCTTTAGTATAAGCAATACAATGTTGGATAGAGAGCAAAAAGATATTCCTAGGGTTCCCGTGATGTGAAGACCCACCAGCTGCTTTCCCATTCACATGCATATATGCAACATTTTTCCATGGTTTCTCACTCTAAAGAGTGTAATCTTCCAATTCCCAACACAAAATCGAAGTCAGCTTCTCCACACTGAATCAAACTCCTTAATGCATTTCATGTGGTCGATTTTCTTTGACGATACTTTCAATTTGGTGATCTATTACAGTTCTTTTTTTTTTGGTATACGCAAAAGACTTGTGTAGCATTAAGGAGTTTGAATGTTACATCCCCTGCCTAGCTCCATATAGCTGGGCAACTACCTAATGAGTAGTACAAGATTAATTCTCGTGATACAATTGTGCGACCTATGTGCCAGAGCGATGTTAGACCACAGATTGAGCCATCTTTGCTCCTGCAACGATCCAGAGTCTTGCCTCTGCGGTGATTGCTGCAATCACCGCATCCAGTTCCTACTTTCCCAATTGAAAATCCGGTCCTTCAAGATTACCCAAGCGACCAGGATCCATCAAAGTTCTGAGTTGTTCCAGTTACTAGGGGCTGCTTTGTCTGCCTCCTCCATGAGCTTTTAAGTGCTACTTTTTAAATCAAATCATTTATTAGTTCGATGTGATAAGAACAACATGTTCAGCAAACTATCTTAGATTGTACAATATTCAGGTTTTTATTTCTCTTCGGCCTAATTTTCCTCTACTCTGAAATGTTTTGTGATATTATTATTGCATGACAGGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGGGTGAGACTAGTCTCAATAGCAATTTTCTTTATTAACGAGATCTGTTATAATATAATCCAGCACCTTCTTTTTTGTACAGAATCGCGGAGTGTTTTGCATTTCTTGTTTGTACTAGATGGTTTAATCCCATGATTCATAAATCTCCTAATCCTGGGGAGGCTAGCTCATCATCAGCGGCAATTAGATACCGTGATTGGGAGAGTGGTCTTCTCCTCCCATCACTAGAAGATCATGAACAAGAGAGGCTCTGTGGTCTTCCTGACATAGGAGGTCACGTAATGAAAATACCACTGGTGATTTTCCAAGTTTTGCTTTGTATGCGCTTGGAGGTACGTGTCATTTATATATTTCTATTGGGTTACATATGGTTGATAAACTGGTAGATGCACTTGTAGACAGACATTGGATGGGGATTGGGGAGCTTCCAGGAATTGTTTTTTAATTATGTCATGTAACAGAACACAGTAACACTATTTGGAAAAAATGCAAAACAAGAACTTTGTCCATTTTCTGAGTTCGTCTAGGGGGTCAACGCTTGTTAGTGGCTTTTTATCATGAGCTGGATCAATAATAATCTTGAAAACATCATTTGCTTTTGTTTTTTCAGGGTACGCCTCCTAGTGCTCAGTATATTCCGATATTTGCACTGTTCTCCCCACTGTTTATTTTACAAGGCGCTGGTGTCCTTTTCTCTCTAGCAAGATTGTTGGAGAAGGTTGTTCTACTATTACGAAATGGACCAGTTAGTCCTAATTACCTTACAATCTCATCAAAAGTCCGTGATTGCTTTGCTTTTCTTCATCGTGGTTCAAGGTAATATTTGATAGCTATTATGAGCTACTTCTCTATATGTTTGTTTTCTTGTTGGCTTATCTTACTTTGCATCACACAGGCTTCTTGGTTGGTGGTCTATTGATGAAGGCAGCAAAGAAGAGCAAGCCCGGTTATTCTATACTGAATCTACTGGGTACATGATAGTTGACTTCAGCCTGTTCATATTGTTAATTTAGATCCTATTAAGCTGGTCAAGTTGTTTCATTTCCTCTATGTTTACAGTTCTTTTTGCGCATCCACATCCACTTTCTATACTGATTTCCTGCCTGGTTGCCTTTTGGTTTTAAGGTACAACACATTTTGTGGCTATCCACCTGAGGTAGTCAGGAAAATGCCTAAGAGGGATCTTGCAGAAGAGGTTACATTCTCTCTTTTCATTTTATTATTGTTTACCTTATTAATGTTATGTGCACTCTATTTTATCATAATATAACTATTTTCCTACTTATTATCTTTCAGGTATGGAGGCTCCAAGCAGCTTTGGGAGAGCAATCagaaattaccaaatgtaccaagcaggaatttgaaaggcttcaaaatgtaccatctccttgtgacttgtgaagtttcatcattttacattatataaattggtgcaatacatcctatagacatgattgagtccattaacttgaggacatgccatttaggtcgctcagcttacacaataagatcacatATGTCTGAGTCGTTCATGTTTAAGGAGACTTATGTGATATAGCCTTGAAACTTTTAGCAAACTACAATTTTAGGTACCGAGAAATATTGAATTATCAAGTTTGTGGGTTCAAGTGGGACATCCATACAACTCTAAGAAACTCATTTCATTTTAACCTTTTCTGTTGTTTTATTTAAGAACCTAAGTCACTACAGCTCTATGGCACTAACTGAAACTTCCAGAGAGGCAGAGAGCGCTGATGATGATCTGTTGGTTGTCTGACCGGCTCTTTTTCCTTTGTTGACTAAGTACTTCCTTTTCCATTTCAGGAGAAGGTTCTTTGTAGGATTTGCTACGAGGGGGAGATATGCATGGTCTTACTTCCTTGCCGGCACAGAACATTATGCAAGTATGTTTCCAGTCACTTGTTAAGCCACTTTGGATGCTCTTACATGTTGATTTGGAACTGACAGTTTTGTTGATGGTTCTGTGATAGGACTTGTTCTGATAAGTGCAAGAAATGTCCAATCTGCCGTGTGCCCATTGAAGAACGCATGCCCGTATATGATGTTTAAACTTCGCTAACTCAGATGAACGTTACAAATTTGTACATGTTGGTTGTGCAATGTCGCGCCATGTAGTCTCAATCACAACTTTAAGCTGATTGAGGTTTGCACAAGTTCAGAAAGGTTTACCGAATATGGAGAAAATATAAAGCATATCATGTCTAACCAAAAGCATGAAAAGGTAGTTGATGATCATTTTGCCGGTTACAATTATGTACTGTAAGTATGTCATCGGTGGTTTTAACTTTTTTTTTTGGTGATCGATAGATGCTCCAGTTAGATTGTGTAGCATCTTCTCAAGTTTATGCATTGTCTGAATGTAAATAAGAATATTGTCTTGTTTGAGTGTTGTAGTGCTCTTTGGTTGAGAAGAGTAGAAAAGAAAAATGT
TT3.1WYJ启动子序列(WYJ来源,SEQ ID NO:6):
>AGTAAAATCACAGTGCCTATAATAAGGTTTTTGGATTGTTGAGATTATGGGCATATAAGGATTTAATTTATTCCATAAATAAATCATGACATTACAGATGAAAACTAGCATGAACGCATCATTAGATCTACACATGTAAACTACGCAGAATAACATGAACAGATCAAATATGCGCAACATATTGAACACGTACCGAGGTGACGAAAAGACCGGCTGCTTGGTCGAAACTTTTCGCAGGTGTCTACGAAGGCACGAAACACGCGAGCGAAGAGGAAGGCGAGCCGTCGCGAACGAACAGGGAGCAGTCGCGCGAAGCGCTTCCCAAAAACCTTATTGCCGCCTTCTCCCGGTGCAGGACGTCAAAGGCAGAGGTTCCGGAGACCTGCTCTCCCGATCGCTGGTGCACGCCGGCGAGCGGGATGGAGTAGTCTACGAGCGACGGCGCAGTACAGAGTAGGAGGCAAACCCTAGATTGATTTTCGCATATATTGCGTGAAGACGGCGGGTCGGTTTATATAGAGAAGGGTCGCTTGATCAGGGCGCCCGCAATCCGGACTCCACGCCGTTTGCACGCACCGGATTTTTCGGAACGTTTCCAAAACAAAACGAATCCGAATTTGCAGCAAAACAAAAATGCAAAAGGAGGCTGCATCTGCGCAAGGGTGAGGAGCCAATTTTTCGGACCATTCGACGCGTACGTCGTGCACGCGCGCCGCCTGCCCTGCCCGAATCCGAATTTGCAGCAAAACAAAAATGCAAAAGGAGGCTGCATCTGCGCAAGGGTGAGGAGCCAATTTTTCGGACCATTCGACGCGTACGTCGTGCACGCGCGCCGCCTGCCCTGCCCGTGGTACTAAACTCCACATGCATGCCATCCCATGAGGTGGGCTTTTGTGATTTTCCAAAGAATTAATCTTCGAGTGGGCTAAGGCCCATTCATTAATTCCAACATAGTCATTAGAGTAGAGTGGTACTAAACTCCACATGCATGCCATCCCATGAGGTGGGCTTTTGTGATTTTCCAAAGAATTAATCTTCGAGTGGGCTAAGGCCCATTCATTAATTCCAACATAGTCATTAGAGTAGACATGGGCAGTACAAAACTATATTTATTTTAAAACAGAGGAAAGGAAGTATTTAATAGCCATTGCTTGATTGCCCACTCAAGGTTAATGACCCCGGAAGCACGGCCCCACCCCAATCCTGCGATCCATCCACCCATCCAACCGCTCATCAACCTGGCGTGCGGGCAGGCGCCACCCACCGCCCGTCGTCGCGTACCCGCGGACACCGGCTGCACCCCGGCGCGTGGGTGCGAGAGCGAGAGCGAGACCGCGTCGCGGGTGGGGTGGTCGTCCTCCTCCCTCGCCCCGTGCGGGTGGGTGTGCCGTGCAAGCGACGCCGAAACGGGGAGGGATCCACAAACGCGCACAGCGAGAGAATCCGCGGCAAAAAAAACCCAACAAAACGGCGGCCAACAAAAATATCCGGCTCGTCGGGTTCTCCCCTCCACCCCCCATCCGTATCAGATCCAAATCCAACCCATGAGCAGCCAGCCAGCCAGCATCAGCCTGAGAAACATACAAGTTTTACGAGTAAAATACAGTAAAACGCAACGCACAGAAGGAAGGATAGATACTTAGAATCATATAATCACACTCCATCTCCACCCAAAAGACTAAAGAAAAGGGCTAGAGTCTAAGAGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGGAACCCTTCGTCCTCGTCGCCTCACTTTTGTCTCCCACTCCTTCGTCGGCGGCTCGGCTCGGCGCAGGCGCAGCGGGGAGAAGACCAAGGAGGAGGGAGAGGCGGACGCGGGAGCGGAAGAGATTAATTTCCAGTGGGGTTTGGGGCGCGGTGAGGAGGTGAGGG
TT3.1CG14启动子序列(CG14来源,SEQ ID NO:7):
>CGAATTGGCCCTTACTATAGGGCACGCGTGGTGTACGACACATATGTTTTTAAAGGTATTTTGAATATTTTTCTAAAAAAAACATAGCTGAATAGTATATTGTAAAACAATTGGTAAAATCATGGGTATATTGTAAACAGAGATAATGACAATGGTAAATTATTGAACTGGACAAACTTAATGACTTAGAGTAGATTCTCTGTTACTACTTCTTTCAATAGATGATGTTATTGACTTTTAGGCATATGTTTACAATTTATTTTGTTGTGAGTTTTTTATCACTAAAAAGTATTTTAAGCATAATTTATATCTTATGCATTTACACAAAATTTTTGAACAACACGAATGGTTAAACATGTATTAAAAAGTTAATGGTGTTATCTATTAAAACACTTAGCGAGTACTACCTCCATCCCAAAATAAGTACAACCGTTCGTCTTATTTGAAAAATTTATAATTTATAGTCACATATAAAGTACTATTTATGTTTTATCATCTCAAAACAATAAAAATATTGATCATAAACTTTTTTTAAATAAAACAAATAGTCATTAGACTAGACATGGGCAGTACAAAACTATATTTATTTTAAACAGAGGGAGTATTTAATAGCCATTGCTTGATTGCCCACTCAAGGTTAATGACCCCGGAAGCACGGCCCCACCCCAATCCTGCGATCCATCCACCCATCCAACCGCTCATCAACCTGGCGTGCGGGCAGGCGCCACCCACCGCCCGTCGTCGCGTACCCGCGGACACCGGCTGGTGCGAGAGAGAGAGCGAGACCGCGTCGCGGCTGGGCTGGTCGTCCTCCTCCCTCGCCCCGTGCGGGTGGGTGTGCCGTGCAAGCGACGCCGAAACGGGGACGGATCCACCAACGCGCACAGCGAGCGAATCCGCGGCAAAAAAAACCCAACAAAACGGCTGCCAACAAAAATATCCGGCTCGTCGGCTTCTCCCCTCCACCCCCCATCCGTATCAGATCCAAATCCAACCCATGAGCAGCCAGCCAGCCAGCATCAGCCTGAGAAACATACAAGTTTTACGACTAAAATACAGTAAAACGCAACGCAGAGAAGGAAGGATAGATACTTAGAATCATCTAATCACACTCCATTGTCCAACATTTGACCGTTCGAAAGAAAAGGGCTAGAGTCTAAGAGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGGAACCCTTCGTCCTCGTCGCCTCACTTTTGTCTCCCACTCCTTCGTCGGCGGCTCGGCTCGGCGCAGGCGCAGCGGGGAGAAGACCAAGGAGGAGGGAGAGGCGGACGCGGGAGCGGAAGAGATTAATTTCCAGTGGGGTTTGGGGCGCGGTGAGGAGGTGAGGG
TT3.1WYJ编码区序列,下划线标记的为氨基酸变异位点(WYJ来源,SEQ ID NO:8):
>ATGCAGCggcggcgggcgcagacgtgggcgggggtggggaagacggcgcaggcggcggcggcgcacgcggcgctcttctgcttcacgctcctcctcgcgctcaaagtcgacggccgcacagcctactcctggtgGATTATATTCATCCCTCTATGGCTATTTCATGGCATTGTTGCCCGTGGAAGGTTTTCAATGCCAGCCCCTTCGCTTCCTCATGGCCGTCATTGGGCTCCTTGCCATTCAATTGTTGCAGCGCCGTTGCTTATTGCGTTTGAGCTGCTGCTTTGCATATATCTCGAAAGTTTGAGAGTTAAAAGTAAGCCGACTGTTGATTTGAAGATTGTATTCCTTCCTCTTCTGGCCTTTGAAGTGATTATTCTTGCTGACAATTTCAGAATGTGTAGAGCTTTAATGCCAGGAGATGAAGAAAGTATGAGCGATGAAGCTATTTGGGAGACACTTCCTCACTTTTGGGTTGCAATTTCTATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTGGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGGAATCGCGGAGTGTTTTGCATTTCTTGTTTGTACTAGATGGTTTAATCCCATGATTCATAAATCTCCTAATCCTGGGGAGGCTAGCTCATCATCAGCGGCAATTAGATACCGTGATTGGGAGAGTGGTCTTCTCCTCCCATCACTAGAAGATCATGAACAAGAGAGGCTCTGTGGTCTTCCTGACATAGGAGGTCACGTAATGAAAATACCACTGGTGATTTTCCAAGTTTTGCTTTGTATGCGCTTGGAGGGTACGCCTCCTAGTGCTCAGTATATTCCGATATTTGCACTGTTCTCCCCACTGTTTATTTTACAAGGCGCTGGTGTCCTTTTCTCTCTAGCAAGATTGTTGGAGAAGGTTGTTCTACTATTACGAAATGGACCAGTTAGTCCTAATTACCTTACAATCTCATCAAAAGTCCGTGATTGCTTTGCTTTTCTTCATCGTGGTTCAAGGCTTCTTGGTTGGTGGTCTATTGATGAAGGCAGCAAAGAAGAGCAAGCCCGGTTATTCTATACTGAATCTACTGGGTACAACACATTTTGTGGCTATCCACCTGAGGTAGTCAGGAAAATGCCTAAGAGGGATCTTGCAGAAGAGGTATGGAGGCTCCAAGCAGCTTTGGGAGAGCAATCagaaattaccaaatgtaccaagcaggaatttgaaaggcttcaaaatGAGAAGGTTCTTTGTAGGATTTGCTACGAGGGGGAGATATGCATGGTCTTACTTCCTTGCCGGCACAGAACATTATGCAAGACTTGTTCTGATAAGTGCAAGAAATGTCCAATCTGCCGTGTGCCCATTGAAGAACGCATGCCCGTATATGATGTTTAA
TT3.1CG14编码区序列,下划线标记的为氨基酸变异位点(CG14来源,SEQ ID NO:9):
>ATGCAGCggcggcgggcgcagacgtgggcgggggtggggaagacggcgcaggcggcggcggcgcacgcggcgctcttctgcttcacgctcctcctcgcgctcaaggtcgacggccgcacagcctactcctggtgGATTATATTCATCCCTCTATGGCTATTTCATGGCATTGTTGCCCGTGGAAGGTTTTCAATGCCAGCCCCTTCGCTTCCTCATGGCCGTCATTGGGCTCCTTGCCATTCAATTGTTGCAGCGCCGTTGCTTATTGCGTTTGAGCTGCTGCTTTGCATATATCTCGAAAGTTTGAGAGTTAAAAGTAAGCCTACTGTTGATTTGAAGATTGTATTCCTTCCTCTTCTGGCCTTTGAAGTGATTATTCTTGTTGACAATTTCAGAATGTGTAGAGCTTTAATGCCAGGAGATGAAGAAAGTATGAGCGATGAAGCTATTTGGGAGACACTTCCTCACTTTTGGGTTGCAATTTCTATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTGGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGGAATTGCGGAGTGTTTTGCATTTCTTGTTTGTACTAGATGGTTTAATCCCATGATTCATAAATCTCCTAATCCTGGGGAGGCTAGCTCATCATCAGCGGCAATTAGATACCGTGATTGGGAGAGTGGTCTTCTCCTCCCATCACTAGAAGATCATGAACAAGAGAGGCTCTGTGGTCTTCCTGACATAGGAGGTCACGTAATGAAAATACCACTGGTGATTTTCCAAGTTTTGCTTTGTATGCGCTTGGAGGGTACGCCTCCTAGTGCTCAGTATATTCCGATATTTGCACTGTTCTCCCCACTGTTTATTTTACAAGGCGCTGGTGTCCTTTTCTCTCTAGCAAGATTGTTGGAGAAGGTTGTTCTACTATTACGAAATGGACCAGTTAGTCCTAATTACCTTACAATCTCATCAAAAGTCCGTGATTGCTTTGCTTTTCTTCATCGTGGTTCAAGGCTTCTTGGTTGGTGGTCTATTGATGAAGGCAGCAAAGAAGAGCAAGCCCGGTTATTCTATACTGAATCTACTGGGTACAACACGTTTTGTGGCTATCCACCTGAGGTAGTCAGGAAAATGCCTAAGAGGGATCTTGCAGAAGAGGTATGGAGGCTTCAAGCAGCTTTGGGAGAGCAATCagaaattaccaaatgtaccaagcaggaatttgaaaggcttcaaaatGAGAAGGTTCTTTGTAGGATTTGCTACGAGGGGGAGATATGCATGGTCTTACTTCCTTGCCGGCACAGAACATTATGCAAGACTTGTTCTGATAAGTGCAAGAAATGTCCAATCTGCCGTGTGCCCATTGAAGAACGCATGCCCGTATATGATGTTTAA
TT3.1WYJ的蛋白序列(WYJ来源,SEQ ID NO:2):
>MQRRRAQTWAGVGKTAQAAAAHAALFCFTLLLALKVDGRTAYSWWIIFIPLWLFHGIVARGRFSMPAPSLPHGRHWAPCHSIVAAPLLIAFELLLCIYLESLRVKSKPTVDLKIVFLPLLAFEVIILADNFRMCRALMPGDEESMSDEAIWETLPHFWVAISMVFLIAATTFTLLKLSGDVGALGWWDLFINYGIAECFAFLVCTRWFNPMIHKSPNPGEASSSSAAIRYRDWESGLLLPSLEDHEQERLCGLPDIGGHVMKIPLVIFQVLLCMRLEGTPPSAQYIPIFALFSPLFILQGAGVLFSLARLLEKVVLLLRNGPVSPNYLTISSKVRDCFAFLHRGSRLLGWWSIDEGSKEEQARLFYTESTGYNTFCGYPPEVVRKMPKRDLAEEVWRLQAALGEQSEITKCTKQEFERLQNEKVLCRICYEGEICMVLLPCRHRTLCKTCSDKCKKCPICRVPIEERMPVYDV
TT3.1CG14的蛋白序列(CG14来源,SEQ ID NO:1):
>MQRRRAQTWAGVGKTAQAAAAHAALFCFTLLLALKVDGRTAYSWWIIFIPLWLFHGIVARGRFSMPAPSLPHGRHWAPCHSIVAAPLLIAFELLLCIYLESLRVKSKPTVDLKIVFLPLLAFEVIILVDNFRMCRALMPGDEESMSDEAIWETLPHFWVAISMVFLIAATTFTLLKLSGDVGALGWWDLFINYGIAECFAFLVCTRWFNPMIHKSPNPGEASSSSAAIRYRDWESGLLLPSLEDHEQERLCGLPDIGGHVMKIPLVIFQVLLCMRLEGTPPSAQYIPIFALFSPLFILQGAGVLFSLARLLEKVVLLLRNGPVSPNYLTISSKVRDCFAFLHRGSRLLGWWSIDEGSKEEQARLFYTESTGYNTFCGYPPEVVRKMPKRDLAEEVWRLQAALGEQSEITKCTKQEFERLQNEKVLCRICYEGEICMVLLPCRHRTLCKTCSDKCKKCPICRVPIEERMPVYDV
TT3.2基因全长序列(SEQ ID NO:10):
>AGATTTTCCCGCACGCCGCGCCCCCGGCCCACCACCACCACCCAACCCCACCGCGCGCGCGCTCTCCACAGAAAATAATCTCCGCCGCCGCCGCTGCTGCTGCTGCTGCCTCCGCTTCCGCCTCGCGCCTTCTCCTTCACCACCACCACCCACGAGTTCCACACGGAGGTCAGGAGGTGACTGATTCCTTGGCGGCTTCCTCCTCCCGCGAGCTGTGAAAATTTTGTAACTACTACGTACTGGTCGCTCGTCGGAGCAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGCAGTGGCATGGCCTCCTCGCTGGCGTCCGCCTCGTGGGTGGTGCTGCCGCCGGTGCAGGCTCGGGTTGCTGCGGCGGTGGCGGTGGGGCCGACATGCCGCGTGCTGCTAGCCTACACGCCGCTGCTGTCCGGGTCGGCGCGGCGGCGGGTGGTGGGGCGGCCTCTCGCGCCGCCGCGGTGCTCGGCGCTCGAGGATCCCGGCCCCAGCGACGGCGGGGAGGGGAACGGCAGGGTGGTGGAGGAGGGGGAGGAGGAGGTGGTGAGGAGGAAGGAGCAGCCTCGCCGGCGGCAGCGGCGGCGGCCGGTGTGGAGACGGATCTTGTTCGCCTCCAAGAAGACCCGCAGCATCATCATCCTCAATGCCCTCACTGTCATCTACGGTATGCTATGCACGTTGAATCTTTGATCTCTTCTTGATGCCACTCACTGATGCGAATCCATACAAATTCACGACTACTACTGAACAATTCTCTCCATCTCACCATTTGGGATGATACGCAGCGAGTGATATTCCGGTTCTGAAGGAGGTTGAAGCCCTGACGGATCCTGCAGTCTTCAACATGGTGCGGTTCGTGGTCTCAGCCATTCCCTTCATCCCGTTTGCGATCCGAGCAATCGGAGATCGCCATGTACGGAATTCAGGCTTGGAGCTGGGGCTGTGGGTTAGTTTAGCTTACCTTTGTCAAGCAATAGGATTGATCTCGTCTGATGCTGGCCGAGCATCCTTCCTTACGGCCTTCACGGTATGCTGTTTTCGCTCGCTAATTTGGTTTTCGCTGTAATGATGGATTTGTTTTTGGATTGGAAAAAGAAAATGAATAGATGATCTGATGAGTTTTGTGAGCAGGTGATAGTCGTGCCTCTAATTGATGGCATCTTTGGCGCCACGATCCCCAAGCTGACTTGGTTTGGTGCAATAGTATCACTGCTCGGAATTGGCCTGCTGGAGTGTGGCGGTTCTCCTCCCTGCGTAAGTAGCATCGCAAATTCACAATTTCCACTTTGGTAATTGGCACTGGACATCATATTAAACATTTCTAATTTTTCAATTTTCCACTTGCTGCTGCTATCAATAGTCTTACCCTCAGTGAATCTTCTTGTAGTCACAATGATCAAATGATCAACTTACTTATAGAGTTGTAGGAGACTAAATTTTCTTAAAAAATAAGAGAGCACTTATATTCTGTATGAATTTTGTGATGTGCATACAAATTGTTTATTATTTGACTTGATATGATATGTATTTTTGTTTTCACATGGTCCCCTCTTGTTTTTTCTAAAAGGTTGGAGACGTGCTGAACTTCTTAGCCGCGGTGTTCTTTGGGATCCATATGCTTAGAACAGAGCAAATCTCAAGAAGTACGGATAAGAAGAAGTTTTTAGCTCTCCTTAGCTTTGAGGTTGGCAAGCTGAATCTGTATCTCAGTACCTGCACTACCGCAGCATCCCATATCCATCATACCGTTCTTATCACCTTACTATATGGGAGAATAACTTTACTAATCCTTTGATCAGGTCCTTGTTGTGGCTTTCTCTTCTGTGCTCTGGTTTTTGTTCAAAGATAGCTATGTCGATGTCAATGATACCAGCTTTGAATCATGGACATTTGGTATGTTTTTGGACACGGCAACTTCATTTCCTTGGATACCAGCATTGTACACCGGAGTTTTCTCGACGGTGTTATGCATGTGGGCAGAGGTTTGTCTACCTACTTATTATTATAGCTTAATGGCTTTAAATAAGTGGCTTTATTTTATGAATCCATCTGAATCTATATGCATCTCTTGGTACAGATGGTAGCGATGGGTGACGTTTCAGCAACTGAAACCGCAATTGTTTACGGGCTTGAGCCAGTTTGGGGAGCTGCATTTGCTTGGTTTCTCCTAGGTGAAAGATGGGATAATGCTGCATGGGTTGGTGCCGCTCTTGTATTATGTAAGTGCTGCTTGTTTTGCTTTGCCCTTTACATTTGCACTATAACATTCAGACATGCAATACCTTGATCCAAAATTGGCGTTTGCCTTGTTTGATGTCTAATCTTACAGGCAGATTACATTAACGATTAACCTGAATGTAAATAGTTCATCAATCTCCACGCCAAAAAAAAGAAGTTCATCAATCTAACCAGGTTCATTCTTATCACCCTTCTCGTCAGGTGGCAGCTTAACTGTTCAATTATTTGGGTCAGCTCCTGAAAAATCCAAGAAAGTTAAGACGCGCAGTTGCAATACCTTAGAAACCCCGCTGAAACGACAGGATTACCTCTCGTTGTCTGCTATCCCAGTCGATTCAAGGAAGAATATAGGAAGCCGATTAGAGAGGTAATTCTTGTATCTTGGCTGTTAAATTATGTCACCTCTCTCTCCTCTTCTGCTGTTATAGTCTTTTGTCTTACTTAGCTCATATTACTTACTGTACTCAATTCTTAACGGTAGGAAGGACAAAACGTTGTAGTCCAACGCCAAGGCAAAAAAGGCATCATCTGAAGAAGACAAATAGAGAGAGGAAGACGCTAAAGTTGATGCAGAAAGCTTCCTACTCCCATACGTGCATTTGCCTTTTGGGGCATCGTCTGTAATATAGGAAGATGCCTCATACATATTAAAAATGAGGCATCACTGACTGGGTTTGGGGTTTGGGGACAAGGAGATCAAGGTAGATTAGCGGCACGCTTGTAAATTATGGGGGGTAAACACTGTAGTGTTGGTAGACAAATAGATATGCATGTATACACAATTAGCAGATTATTGTGTACAGACAATCATACCTTTGATGGGACATCTTACTCCCATGAAATCATAGACATGTTGCTATGAAATCGGACATTAGTCCACTTTCAGAGATA
TT3.2WYJ启动子序列(WYJ来源,SEQ ID NO:11):
>CGCCGCCCGTGGTGACGGGATTTAGCGCCCGCACCGTCGGCGGCGGTGTGGGGGAAGGCCCTCCTGCTCCCGCGTTTTCGTCACCGCCGGACTCCCACCTCCCCCACCGGCCTCCTCCCCACCCGTCGGCTGTGCTGCTAGTGAGAGAAAAGAATAGTAGAGAGGAAGAGAGCCAGAGAGGGGAGGGGAAGAAGAGGCTGACATGTGGGACCCACGCTGAGTCAGCTTCCACATCGTACAAAACCGGAGTTAAAAACCACCGAGGGACCTAATATACACTGATTTTGTAAGTTGAAAAATGCATTGTATCTGGTTTTACGATTCGAGGACGATTTTATAACTCGATGACAAGTTGAGAGACCCTCGGTGTACTTTTTTCTAAAGTAGATGCTACGGTGCTACTTTACCGTTGCTATTGTTTTCGTTGCTGGTTGGTGGCTGCTGTTACTGCTGCTGTTGCTTTTTTCTTTTTTTCTCAGATATCTCCAATGATTAATGATTAATCATTAATGGTTTCAGTACGTTTAGGGATCTGACTGTTACGCACCCATACCATTTCTAACATATGATATATTCATGGGTGCATCAGTTGCAGTGAATCTAAATCTGTTTTTCCTTTAGAAAAAAACATTGGTTTGATTTGGTTTGCGGTCTAAATAGGCCTTACTAAATTTTGGCAAGTTTTAGCATGATTAATTTTGATAAGGCAAAGTTGTATTTGGATTGAAGCCAAAATAGCCTAAGTTCACTATTGAAATGGCCTATTTTCTTAGGCATGCTAAAATTTAGCTTCAAACCAAATAGACATTAAACACTATTGAAATTGTTAAATATTGGTAAGCCTAATTAGGTCTCAAACCAAACCAGCCCAGTGTAACATATAGCATGATCGTTTTGAGAGAACACATGCCATTTCCATCCTTAAAATGGTTTATTATCTGACTCATACAACATGTGCTGCCAAGTGTCAACAACGCCTCCACAATTCCACACACATGGAAGACGGGAAAATCCCTCGTGGGGAACAGGTTTGACCGACCTTTCAACCGATCGACGCTACCGCACCGCACGGGCCCCGCCCCCGCCCCCGCGCCTCAGTTTTTCTCTCACCCACGCGACGGCTCGCGACGCAGCCGTTTCCGCTACAAAAACGATGCGAAAACGCTGCAAAAAACCCCAGATTTTCCCGCACGCCGCGCCCCCGGCCCACCACCACCACCCAACCCCACCGCGCGCGCGCTCTCCACAGAAAATAATCTCCGCCGCCGCCGCTGCTGCTGCTGCTGCCTCCGCTTCCGCCTCGCGCCTTCTCCTTCACCACCACCACCCACGAGTTCCACACGGAGGTCAGGAGGTGACTGATTCCTTGGCGGCTTCCTCCTCCCGCGAGCTGTGAAAATTTTGTAACTACTACGTACTGGTCGCTCGTCGGAGCAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGCAGTGGC
TT3.2CG14启动子序列(CG14来源,SEQ ID NO:12):
>CGCCGCCCGTGGTGACGGGATTTAGCGCCCGCACCGTCGGCGGCGGTGTGGGGGAAGGCCCTCCTGCTCCCGCGTTTTCGTCGCCACCGGACTCCCGCCTCCCCCACCGGCCTCCTCCCCACCCGTCGGCTGTGCTGCTAGTGAGAGAAAAGAAGAGTAGAGAGGAAGAGAGCCAGAGAGGAGAGGGGAAGATGAGGCTGACATGCGGGACCCACGCTGAGTCAGCTTCCACATCGTATAAAACCGGAGTTAAAAACCACCGAGGGATCTAATATGCACTGATTTTGTAAGTTGAGGAATGCATTGTATCTGGTTTTACGATTTAAGGACGATTTTATAACTCGATGACAAGTTGAGAGACCCTCGGTGTACTTTTTTCTAAAGTAGATGCTACGGTGCTACTTTACCGTTGCTATTGTTTTCGTTGCTGGTTGGTGGCTGCTGTTACTGCTGCTGTTGCTTTTTTCTTTTTTTCTCAGATATCTCCAATGATTAATGATTAATCATTAATGGTTTCAGTACGTTTAGGGATCTGACTGTTACGCACCCATACCATTTCTAACATATGATATATTCATGGGTGCATCAGTTGCAGTGAATCTAAATCTGTTTTTCCTTTAGAAAAAAACATTGGTTTGATTTGGTTTGCGGTCTAAATAGGCCTTACTAAATTTTGGCAAGTTTTAGCATGATTAATTTTGATAAGGCAAAGTTGTATTTGGATTGAAGCCAAAATAGTCTAAGTTCACTATTGAAATAACCTATTTTATTAGATATGCTAAAATTTAGCTTCAAACCAAATAGACATTAAACACTATTGAAATTGTTAAATATTGGTAAGCCTAATTAGGTCTCAAACCAAACCAGCCCAGTGTAACATATAGTATGATCGTTTTGAGAGAACACATGCCATTTCCATCCTTAAAATGGTTTATTATCTGACTCATACAACATGTGCTGCCAAGTGTCAACAACGCCTCCACAATTCCACACACATGGAAGACGGGAAAATCCCTCGTGGGGAACAGGTTTGACCGACCTTTCAACCGATCGACGCTACCGCACCGCACGGGCCCCGCCCCCGCCCCCGCGCCTCAGTTTTTCTCTCACCCACGCGACGGCTCGCGACGCAGCCGTTTCCGCTACAAAAACGATGCGAAAACGCTGCAAAAAACCCCAGATTTTCCCGCACGCCGCGCCCCCGGCCCACCACCACCACCCAACCCCACCGCGCGCGCGCTCTCCACAGAAAATAATCTCCGCCACCGCCGCTGCTGCTGCTGCTGCCTCCGCTTCCGCCTCGCGCCTTCTCCTTCACCACCACCACCCACGAGTTCCACACGGAGGTCAGGAGGTGACTGATTCCTTGGCGGCTTCCTCCTCCCGCGAGCTGTGAAAATTTTGTAACTACTACGTACTGGTCGCTCGTCGGAGCAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGCAGTGGC
TT3.2WYJ编码区序列,下划线标记的为氨基酸变异位点(WYJ来源,SEQ ID NO:13):
>ATGGCCTCCTCGCTGGCGTCCGCCTCGTGGGTGGTGCTGCCGCCGGTGCAGGCTCGGGTTgctgcggcggtggcggtggggccgacatgccgcgtgctgctagcctacacgccgctgctgtccgggtcggcgcggcggcgggtggtggggcggcctctcgcgccgccgcggtgctcggcgctcgaggatcccggccccagcgacggcggggaggggaacggcagggtggtggaggagggggaggaggaggtggtgaggaggaaggagcagcctcgccggcggcagcggcggcggccggTGTGGAGACGGATCTTGTTCGCCTCCAAGAAGACCCGCAGCATCATCATCCTCAATGCCCTCACTGTCATCTACGCGAGTGATATTCCGGTTCTGAAGGAGGTTGAAGCCCTGACGGATCCTGCAGTCTTCAACATGGTGCGGTTCGTGGTCTCAGCCATTCCCTTCATCCCGTTTGCGATCCGAGCAATCGGAGATCGCCATGTACGGAATTCAGGCTTGGAGCTGGGGCTGTGGGTTAGTTTAGCTTACCTTTGTCAAGCAATAGGATTGATCTCGTCTGATGCTGGCCGAGCATCCTTCCTTACGGCCTTCACGGTGATAGTCGTGCCTCTAATTGATGGCATCTTTGGCGCCACGATCCCCAAGCTGACTTGGTTTGGTGCAATAGTATCACTGCTCGGAATTGGCCTGCTGGAGTGTGGCAGTTCTCCTCCCTGCGTTGGAGACGTGCTGAACTTCTTAGCCGCGGTGTTCTTTGGGATCCATATGCTTAGAACAGAGCAAATCTCAAGAAGTACGGATAAGAAGAAGTTTTTAGCTCTCCTTAGCTTTGAGGTCCTTGTTGTGGCTTTCTCTTCTGTGCTCTGGTTTTTGTTCAAAGATAGCTATGTCGATGTCAATGATACCAGCTTTGAATCATGGACATTTGGTATGTTTTTGGACACGGCAACTTCATTTCCTTGGATACCAGCATTGTACACCGGAGTTTTCTCGACGGTGTTATGCATGTGGGCAGAGATGGTAGCGATGGGTGACGTTTCAGCAACTGAAACCGCAATTGTTTACGGGCTTGAGCCAGTTTGGGGAGCTGCATTTGCTTGGTTTCTCCTAGGTGAAAGATGGGATAATGCTGCATGGGTTGGTGCCGCTCTTGTATTATGTGGCAGCTTAACTGTTCAATTATTTGGGTCAGCTCCTGAAAAATCCAAGAAAGTTAAGACGCGCAGTTGCAATACCTTAGAAACCCCGCTGAAACGACAGGATTACCTCTCGTTGTCTGCTATCCCAGTCGATTCAAGGAAGAATATAGGAAGCCGATTAGAGAGGAAGGACAAAACGTTGTAG
TT3.2CG14编码区序列,下划线标记的为氨基酸变异位点(CG14来源,SEQ ID NO:14):
>ATGGCCTCCTCGCTGGCGTCCGCCTCGTGGGTGGTGCTGCCGCCGGTGCAGGCTCGGGTTgctgcggcggtggcggtggggccgacatgccgcgtgctgctagcctacacgccgctgctgtccgggtcggcgcggcggcgggtggtggggcggcctctcgcgccgccgcggtgctcggcgctcgaggatcccggccccagcgacggcggggaggggaacggcagggtggtggaggagggggaggaggaggtggtgaggaggaaggagcagcctcgccggcggcagcggcggcggccggTGTGGAGACGGATCTTGTTCGCCTCCAAGAAGACCCGCAGCATCATCATCCTCAATGCCCTCACCGTCATCTACGCGAGTGATATTCCGGTTCTGAAGGAGGTTGAAGCCCTGACGGATCCTGCAGTCTTCAACATGGTGCGGTTCGTGGTCTCAGCCATCCCCTTCATCCCGTTTGCGATCCGAGCAATCGGAGATCGCCATGTACGGAATTCAGGCTTGGAGCTGGGGCTGTGGGTTAGTTTAGCTTACCTTTGTCAAGCAATAGGATTGATCTCGTCTGATGCTGGCCGAGCATCCTTCCTTACGGCCTTCACGGTGATAGTCGTGCCTCTAATTGATGGCATCTTTGGCGCCACGATCCCCAAGCTGACTTGGTTTGGTGCAATAGTATCACTGCTCGGAATTGGCCTGCTGGAGTGTGGCGGTTCTCCTCCCTGCGTTGGAGACGTGCTGAACTTCTTAGCCGCGGTGTTCTTTGGGATCCATATGCTTAGAACAGAGCAAATCTCAAGAAGTACGGATAAGAAGAAGTTTTTAGCTCTCCTTAGCTTTGAGGTCCTTGTTGTGGCTTTCTCTTCTGTGCTCTGGTTTTTGTTCAAAGATAGCTATGTCGATGTCAATGATACCAGCTTTGAATCATGGACATTTGGTATGTTTTTGGACACGGCAACTTCATTTCCTTGGATACCAGCATTGTACACCGGAGTTTTCTCGACGGTGTTATGCATGTGGGCAGAGATGGTAGCGATGGGTGACGTTTCAGCAACTGAAACCGCAATTGTTTACGGGCTTGAGCCAGTTTGGGGAGCTGCATTTGCTTGGTTTCTCCTAGGTGAAAGATGGGATAATGCTGCATGGGTTGGTGCCGCTCTTGTATTATGTGGCAGCTTAACTGTTCAATTATTTGGGTCAGCTCCTGAAAAATCCAAGAAAGTTAAGACGCGCAGTTGCAATACCTTAGAAACCCCGCTGAAACGACAGGATTACCTCTCGTTGTCTGCTATCCCAGTCGATTCAAGGAAGAATATAGGAAGCCGATTAGAGAGGAAGGACAAAACGTTGTAG
TT3.2WYJ的蛋白序列(WYJ来源,SEQ ID NO:4):
>MASSLASASWVVLPPVQARVAAAVAVGPTCRVLLAYTPLLSGSARRRVVGRPLAPPRCSALEDPGPSDGGEGNGRVVEEGEEEVVRRKEQPRRRQRRRPVWRRILFASKKTRSIIILNALTVIYASDIPVLKEVEALTDPAVFNMVRFVVSAIPFIPFAIRAIGDRHVRNSGLELGLWVSLAYLCQAIGLISSDAGRASFLTAFTVIVVPLIDGIFGATIPKLTWFGAIVSLLGIGLLECGSSPPCVGDVLNFLAAVFFGIHMLRTEQISRSTDKKKFLALLSFEVLVVAFSSVLWFLFKDSYVDVNDTSFESWTFGMFLDTATSFPWIPALYTGVFSTVLCMWAEMVAMGDVSATETAIVYGLEPVWGAAFAWFLLGERWDNAAWVGAALVLCGSLTVQLFGSAPEKSKKVKTRSCNTLETPLKRQDYLSLSAIPVDSRKNIGSRLERKDKTL
TT3.2CG14的蛋白序列(CG14来源,SEQ ID NO:3):
>MASSLASASWVVLPPVQARVAAAVAVGPTCRVLLAYTPLLSGSARRRVVGRPLAPPRCSALEDPGPSDGGEGNGRVVEEGEEEVVRRKEQPRRRQRRRPVWRRILFASKKTRSIIILNALTVIYASDIPVLKEVEALTDPAVFNMVRFVVSAIPFIPFAIRAIGDRHVRNSGLELGLWVSLAYLCQAIGLISSDAGRASFLTAFTVIVVPLIDGIFGATIPKLTWFGAIVSLLGIGLLECGGSPPCVGDVLNFLAAVFFGIHMLRTEQISRSTDKKKFLALLSFEVLVVAFSSVLWFLFKDSYVDVNDTSFESWTFGMFLDTATSFPWIPALYTGVFSTVLCMWAEMVAMGDVSATETAIVYGLEPVWGAAFAWFLLGERWDNAAWVGAALVLCGSLTVQLFGSAPEKSKKVKTRSCNTLETPLKRQDYLSLSAIPVDSRKNIGSRLERKDKTL
实施例1、通过图位克隆的方法,获得了一个显著提高水稻高温抗性的自然位点TT3CG14,并分离克隆出两个拮抗调节抗热的基因TT3.1和TT3.2
为了挖掘更多水稻优良的种质基因资源,研究水稻高温抗性形成的分子调控机制,本发明人使用稻米品质和产量较为优良、但对高温敏感的亚洲栽培稻粳稻品种武运粳7号(WYJ,O.sativa L.ssp.japonica variety)作为轮回亲本;用抗高温、但稻米品质和产量都较低的非洲栽培稻(Oryza glaberrima Steud)品种CG-14作为供体亲本,构建一套染色体片段替换系CSSLs来进行抗高温染色体片段的筛选。经过优化筛选条件和反复验证,本发明人筛选得到一个明显比轮回亲本更耐高温的替换系SG14。将SG14与轮回亲本WYJ杂交,构建BC4F2定位群体,通过对22572株个体的多代定位以及抗热表型鉴定,本发明人将TT3(Thermo-Tolerance 3)最终定位在36.6kb的范围内。对其中一个功能注释基因LOC_Os03g49900进行CRISPR/Cas9敲除,发现转基因水稻与WYJ相比表现出高温敏感表型,命名为TT3.1,另一个功能注释基因LOC_Os03g49940进行CRISPR/Cas9敲除后表现出高温抵抗表型,命名为TT3.2。当在WYJ背景下分别过量表达来自WYJ和CG14来源的TT3.1时(OE-TT3.1WYJ,OE-TT3.1CG14),水稻表现出高温抵抗表型,而当在WYJ背景下过量表达来自CG14来源的TT3.2时(OE-TT3.1CG14),转基因水稻表现出高温敏感表型,说明TT3.1为TT3位点中的正向调控因子;而TT3.2为TT3位点中的负向调控因子。进一步通过对tt3.1及tt3.2双敲除水稻抗热水平的分析,可以发现tt3.1 tt3.2双敲构建回补了tt3.1高温敏感的表型,而呈现出与tt3.2类似的高温抵抗表型(图1A-G,图2A-N),表明tt3.2位于tt3.1的遗传下游。
综上所述,本发明人通过图位克隆,定位到一个抗热基因位点TT3,并在该位点鉴定克隆两个功能拮抗并具有遗传关系的QTL基因TT3.1和TT3.2。
实施例2、TT3CG14在高温胁迫下保护水稻产量
本发明人对近等基因系的成熟期植株在正常条件下田间的株型(图3A)和农艺性状进行测定,发现部分农艺性状NIL-TT3WYJ与NIL-TT3CG14相比并无显著差异(图3B,单株产量和穗粒数),说明TT3位点并不会影响正常条件下水稻农艺性状。
接着本发明人对近等基因系的成熟期植株在孕穗期和开花期进行长时间的高温处理,直至灌浆完成。从孕穗期开始受到高温处理会导致NIL-TT3WYJ的存活状态及长势受到明显抑制,部分株系已经出现死亡表型;相比之下,NIL-TT3CG14与自然状态下的长势并无明显差异,同时NIL-TT3CG14相较于NIL-TT3WYJ有约1倍的增产效果,并且在结实率和千粒重方面也均要显著高于NIL-TT3WYJ(图3C-F);同样的从开花期开始受到高温处理可以看到NIL-TT3CG14的结实率和粒重均比NIL-TT3WYJ显著提高,同时NIL-TT3CG14相较于NIL-TT3WYJ有更为明显的增产表型,单株产量在高温胁迫下的增产效果也达到约1倍(图3G-J)。
接着本发明人在田间模拟高温环境进行处理,可以看到在单位小区产量上,NIL-TT3CG14相较于NIL-TT3WYJ有约20%的增产效果(图3K-P)。
综上所述,来自非洲稻的自然TT3位点对于高温胁迫下的水稻增产效果明显,具有重要的生产应用价值。
实施例3、TT3位点转基因构建在高温胁迫下保护水稻产量
接着本发明人对TT3.1过量表达水稻(OE-TT3.1CG14)和TT3.2敲除水稻(tt3.2;其TT3.2蛋白第5位发生提前终止;或135位碱基缺失导致功能丧失)在田间的株型及单株产量进行了测定,发现与WYJ相比,两种类型的转基因水稻均不会造成株型或者单株产量的差异(图4A-C),说明对二者的基因操作不会对水稻的生长发育及产量造成负面影响。随后本发明人在孕穗期对两种类型的转基因水稻进行长时间高温处理,可以看到,30天的持续高温处理对于OE-TT3.1CG14和tt3.2的长势及存活率都没有明显影响;而高温处理导致WYJ茎杆和叶片变得枯黄,甚至导致全株死亡。
通过对单株产量观测也可以发现OE-TT3.1CG14和tt3.2在高温处理后的单株产量显著高于WYJ,增产效果达到2.6-3.8倍,除此之外,在结实率和千粒重上也有显著提高(图4D-G),证明通过基因操作TT3.1和TT3.2,能够实现转基因水稻在高温胁迫下的增产效果。
实施例4、TT3.1通过感知高温实现由质膜向多囊泡的转移并与TT3.2共定位
接着本发明人通过烟草系统对TT3.1和TT3.2进行亚细胞定位观测,可以看到TT3.1为细胞质膜(PM)定位蛋白,TT3.2为叶绿体定位蛋白(图5)。有意思的是TT3.1除了具有细胞质膜(PM)定位信号之外,在细胞质中也能测定到荧光信号。通过FM4-64染色和在烟草叶片中共转内体marker(SCAMP1-RFP和ARA7-RFP),本发明人发现TT3.1和TT3.2均具有内体定位信号(图6)。由于TT3.1和TT3.2都具有多囊泡,在烟草中共转TT3.1-GFP和TT3.2-mCherry,根据荧光测定结果可以看到,TT3.1-GFP同时具有质膜定位信号和胞质定位信号,而TT3.2-mCherry信号除了能够和叶绿体自发荧光信号共定位之外,还能和TT3.2-GFP的胞质信号存在共定位(图5),说明TT3.1-GFP与TT3.2-mCherry能够共同定位在多囊泡体中。同时在烟草中通过活细胞成像,本发明人发现TT3.1蛋白在高温处理后,会由PM定位信号逐渐转移至胞质中,同时高温胁迫能够同时诱导TT3.1和TT3.2向胞内的转移(图5),说明TT3.1能通过亚细胞定位改变,感知温度信号。
实施例5、TT3.1招募TT3.2共定位于多囊泡体中
随后本发明人进一步使用免疫胶体金实验对TT3.1和TT3.2的亚细胞定位情况进行验证。本发明人发现在正常条件下,TT3.2金颗粒能够富集在NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14叶绿体的类囊体中(图7);高温处理后,TT3.2金颗粒在NIL-TT3WYJ叶绿体类囊体中仍有较多富集,而在NIL-TT3CG14叶绿体类囊体中的TT3.2金颗粒数量则显著减少(图8)。
除此之外,本发明人发现TT3.2还能够定位在多囊泡体(MVBs)当中。高温胁迫下,在NIL-TT3WYJ中,有少量的TT3.2金颗粒富集在MVB上;而在NIL-TT3CG14中,则有较多的TT3.2金颗粒富集在MVB上(图7),因此本发明人认为叶绿体定位的TT3.2前体蛋白可以被分选MVBs途径中,并参与到液泡降解。在高温处理条件下,TT3.2前体蛋白在NIL-TT3CG14水稻中的分选效率高于NIL-TT3WYJ,导致更多的TT3.2前体蛋白被运输到MVB途径中降解,使得较少的TT3.2前体蛋白在类囊体膜上积累。接着本发明人进一步使用免疫胶体金验证TT3.1和TT3.2在MVB中的共定位情况。在未受到高温处理时,有少量的TT3.1和TT3.2颗粒定位于MVB中。在高温处理之后,有更多的TT3.1和TT3.2金颗粒富集到了MVB当中(图7)。
因此提示,高温诱导下,TT3.1能够招募更多的TT3.2前体蛋白进入到MVB中被降解。
实施例6、TT3.2被TT3.1泛素化并通过MVB-液泡途径被降解
随后本发明人通过酵母双杂交系统(Y2H),体外泛素化和Split-luciferase实验证实TT3.1能与TT3.2发生互作,并对TT3.2进行泛素化,并且TT3.1CG14相较于TT3.1WYJ具有更强的E3泛素连接酶活性,从而实现对TT3.2CG14泛素化降解(图9)。通过测定TT3.2蛋白在NIL-TT3WYJ和NIL-TT3CG14水稻中的蛋白含量,本发明人发现高温处理后的0~8h,TT3.2蛋白在NIL-TT3WYJ中仍有显著富集,而在NIL-TT3CG14中则降低到了十分微弱的水平(图9)。
进一步本发明人通过分别施加CHX,CHX+MG132和CHX+E64d抑制剂,发现E64d能够显著抑制TT3.2蛋白在NIL-TT3CG14中的降解,说明MVB-液泡途径参与到了TT3.2蛋白的降解过程(图9)。
综上,本发明人认为TT3.2的蛋白降解过程依赖于TT3.1位点,并且是通过MVB-液泡降解途径发挥功能。
实施例7、TT3.2的降解有助于保护类囊体免受高温胁迫损害
根据TT3.2在叶绿体中的定位情况以及TT3.2在高温响应中起到负调控的功能,本发明人推测TT3.2的蛋白降解有利于维持植物在高温胁迫下PSII复合物的稳定性和完整性。通过叶绿体TEM(透射电子显微镜),BN-PAGE(蓝绿温和凝胶电泳系统,blue-nativepolyacrylamide gel electrophoresis)和PSII蛋白含量测定,本发明人发现在高温处理后,NIL-TT3WYJ和tt3.1材料中类囊体完整性受到了显著破坏,并且PSII复合物含量和PSII蛋白水平都有显著下调,而在NIL-TT3CG14、OE-TT3.1WYJ、OE-TT3.1CG14和tt3.2材料中,类囊体和PSII系统的完整性都没有受到明显影响(图10),说明通过促进TT3.2蛋白在叶绿体中的降解,有利于维持叶绿体稳定性,保护类囊体免受高温胁迫的伤害。
实施例8、TT3.1和TT3.2在其他作物中具有保守性
为了验证TT3.1和TT3.2在其他物种中的保守性,本发明人分别比对了TT3.1和TT3.2在常见单子叶和双子叶植物中的蛋白序列,并构建了系统进化树。通过序列比对结果可以看到,在TT3.1中,V128和I128在多种植物中都保守,而A128只特异存在于O.sativa.japonica品种中,属于稀有变异;同样的,在TT3.2中,G242在多种植物中都保守,而S242只特异存在于O.sativa.japonica品种中,同样属于稀有变异(图11A,B)。
进一步通过系统进化树分析,可以看到TT3.1在多种作物品种如小米、小麦、玉米、高粱中都高度保守,同源性达到93%以上;而在TT3.2中同源性也达到了77%以上。说明TT3.1和TT3.2在多种作物中都具有较高的保守性,具有潜在的利用价值(图11C,D)。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式,其描述较为具体和详细,但并不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明构思的前提下,还可以做出若干变形和改进,这些都属于本发明的保护范围。因此,本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。同时,在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考,就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。
序列表
<110> 中国科学院分子植物科学卓越创新中心
<120> TT3.1-TT3.2调节通路在植物热胁迫耐受中的应用
<130> 223287
<160> 64
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 473
<212> PRT
<213> Oryza sativa L.
<400> 1
Met Gln Arg Arg Arg Ala Gln Thr Trp Ala Gly Val Gly Lys Thr Ala
1 5 10 15
Gln Ala Ala Ala Ala His Ala Ala Leu Phe Cys Phe Thr Leu Leu Leu
20 25 30
Ala Leu Lys Val Asp Gly Arg Thr Ala Tyr Ser Trp Trp Ile Ile Phe
35 40 45
Ile Pro Leu Trp Leu Phe His Gly Ile Val Ala Arg Gly Arg Phe Ser
50 55 60
Met Pro Ala Pro Ser Leu Pro His Gly Arg His Trp Ala Pro Cys His
65 70 75 80
Ser Ile Val Ala Ala Pro Leu Leu Ile Ala Phe Glu Leu Leu Leu Cys
85 90 95
Ile Tyr Leu Glu Ser Leu Arg Val Lys Ser Lys Pro Thr Val Asp Leu
100 105 110
Lys Ile Val Phe Leu Pro Leu Leu Ala Phe Glu Val Ile Ile Leu Val
115 120 125
Asp Asn Phe Arg Met Cys Arg Ala Leu Met Pro Gly Asp Glu Glu Ser
130 135 140
Met Ser Asp Glu Ala Ile Trp Glu Thr Leu Pro His Phe Trp Val Ala
145 150 155 160
Ile Ser Met Val Phe Leu Ile Ala Ala Thr Thr Phe Thr Leu Leu Lys
165 170 175
Leu Ser Gly Asp Val Gly Ala Leu Gly Trp Trp Asp Leu Phe Ile Asn
180 185 190
Tyr Gly Ile Ala Glu Cys Phe Ala Phe Leu Val Cys Thr Arg Trp Phe
195 200 205
Asn Pro Met Ile His Lys Ser Pro Asn Pro Gly Glu Ala Ser Ser Ser
210 215 220
Ser Ala Ala Ile Arg Tyr Arg Asp Trp Glu Ser Gly Leu Leu Leu Pro
225 230 235 240
Ser Leu Glu Asp His Glu Gln Glu Arg Leu Cys Gly Leu Pro Asp Ile
245 250 255
Gly Gly His Val Met Lys Ile Pro Leu Val Ile Phe Gln Val Leu Leu
260 265 270
Cys Met Arg Leu Glu Gly Thr Pro Pro Ser Ala Gln Tyr Ile Pro Ile
275 280 285
Phe Ala Leu Phe Ser Pro Leu Phe Ile Leu Gln Gly Ala Gly Val Leu
290 295 300
Phe Ser Leu Ala Arg Leu Leu Glu Lys Val Val Leu Leu Leu Arg Asn
305 310 315 320
Gly Pro Val Ser Pro Asn Tyr Leu Thr Ile Ser Ser Lys Val Arg Asp
325 330 335
Cys Phe Ala Phe Leu His Arg Gly Ser Arg Leu Leu Gly Trp Trp Ser
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Ile Asp Glu Gly Ser Lys Glu Glu Gln Ala Arg Leu Phe Tyr Thr Glu
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Ser Thr Gly Tyr Asn Thr Phe Cys Gly Tyr Pro Pro Glu Val Val Arg
370 375 380
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65 70 75 80
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Ser Ala Ala Ile Arg Tyr Arg Asp Trp Glu Ser Gly Leu Leu Leu Pro
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Gly Gly His Val Met Lys Ile Pro Leu Val Ile Phe Gln Val Leu Leu
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Phe Ala Leu Phe Ser Pro Leu Phe Ile Leu Gln Gly Ala Gly Val Leu
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Phe Ser Leu Ala Arg Leu Leu Glu Lys Val Val Leu Leu Leu Arg Asn
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tagtggtttt tttggggggg tttccatcgg atgcagatgc aggctgaggg gggaatcgga 540
ctagtccttt gcgtgcggtt gagagtcgtc gcctgcttgt ggtggtctgg tgaactaatt 600
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ctctagttag tatgcacgtg cttaccccac attttgatct gatgggtttc tatttgtatg 1080
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ctttgcatat atctcgaaag tttgagaggt aggttcttag gttatctaga tgagagaagc 1200
tttggcgacc ataaacgaat ttcctggagg ctcttatacc ccttctctct gtttgttctt 1260
ccgcagttaa aagtaagccg actgttgatt tgaagattgt attccttcct cttctggcct 1320
ttgaagtgat tattcttgct gacaatttca ggtaatgaat ctgaacaatt attttgcatg 1380
cctttaatac tgtatcagta aatgcacaaa cgcactacca attggcacga ttgtatgtgc 1440
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ttaacagttt gaaaagtgtg cgcgtggaaa acgagggaga ggggttggaa aaaggggtgc 2040
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tagcaggttg aattatctca attacaaata tactcaagtc tactgttgat attattctta 2280
gttttgttat tccgtacaac attttttttg ctacataata ataaatggtg gcattctatc 2340
caaaagttac aaatggtgtt tttaaaaggt aaatttcgca atactgaact accatttgca 2400
aaactatcgc aaaagacaca tgtttattca caattttgga gaactacact ttttagttgc 2460
aaaatgtgca gcaaaactac actcctatca gagaaacagg tctgataggt tgggccctct 2520
catcagtcat cagtatttca tccgggttgt ttctgtttct gatgcatgtg ttggttaaaa 2580
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tttcagtaat ttagttttgt gaaacttttc acaaccaaag gtattcctcc gaaatcgtcg 2700
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tctagagata ttagttgtta atacaatagt agcgctaaag ttaatttgga tgttaacctt 2940
tatttttttt ccttgcattg gtttgactat tcagaatgtg tagagcttta atgccaggag 3000
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atttactata agtaaccata cttctaccaa atcatcttat aaaaatatat tagaaacttt 3180
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tcattctatc tgatactcta tttgtcacag cagaatgtac cgatttacat tgtaatattt 3600
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acatttttcc atggtttctc actctaaaga gtgtaatctt ccaattccca acacaaaatc 4440
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ctccttagct ttgaggtcct tgttgtggct ttctcttctg tgctctggtt tttgttcaaa 900
gatagctatg tcgatgtcaa tgataccagc tttgaatcat ggacatttgg tatgtttttg 960
gacacggcaa cttcatttcc ttggatacca gcattgtaca ccggagtttt ctcgacggtg 1020
ttatgcatgt gggcagagat ggtagcgatg ggtgacgttt cagcaactga aaccgcaatt 1080
gtttacgggc ttgagccagt ttggggagct gcatttgctt ggtttctcct aggtgaaaga 1140
tgggataatg ctgcatgggt tggtgccgct cttgtattat gtggcagctt aactgttcaa 1200
ttatttgggt cagctcctga aaaatccaag aaagttaaga cgcgcagttg caatacctta 1260
gaaaccccgc tgaaacgaca ggattacctc tcgttgtctg ctatcccagt cgattcaagg 1320
aagaatatag gaagccgatt agagaggaag gacaaaacgt tgtag 1365
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gcttatcagt gcgtagaatt 20
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agcagataaa acagtaaggc a 21
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cgaaagtttg agaggtaggt 20
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ttgaagaatc tcagggccta 20
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tgcagcccgg gatccatgca gcggcggcgg gcgcagacgt gggcggggg 49
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tccacccatc aattgaacat catatacggg catgcgttct tcaatgggc 49
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caggtcgact ctagaggatc catggcctcc tcgctggcgt cc 42
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ctcgcccttg ctcacggtac ccaacgtttt gtccttcctc tctaatcggc ttcctatatt 60
c 61
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catttggaga ggacagggta ccatggcctc ctcgctggcg tcc 43
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gtggatcccc cgggctgcag atggcctcct cgctggcgtc c 41
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ataagcttga tatcgaattc caacgttttg tccttcctct ctaatc 46
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ctatgaccat gattacgaat tcgagagtaa aatcacagtg cctataataa ggtttttg 58
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caggtcgact ctagaggatc catgcagcgg cggcgggcgc 40
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c 61
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gggacgcgta cgagatctgg tcgacaacat catatacggg catgcgttct tcaatgggc 59
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ctcgtacgcg tcccggggcg gtaccatggc ctcctcgctg gcgtcc 46
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gatgatacga acgaaagctc tgcagctaca acgttttgtc cttcctctct aatcggc 57
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cgggatcgag ggaaggattt cacatatgag attgttggag aaggttgttc tac 53
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agcttattta attacctgca gggaattctt aaacatcata tacgggcatg cg 52
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tagggcccgg atccaatggc ctcctcgctg gcgtcc 36
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tcgtcatcgc tgaatacagt tcatttcgaa cccggcgtac cgcc 44

Claims (16)

1.一种提高植物耐热能力或产量的方法,其特征在于,包括:调节植物中TT3.1或TT3.2的表达或活性,或调节TT3.1与TT3.2的相互作用;所述的TT3.1或TT3.2包括它们的同源物。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述方法包括:
上调TT3.1的表达或活性,从而提高植物耐热能力或产量;和/或
下调TT3.2的表达或活性,从而提高植物耐热能力或产量。
3.如权利要求2所述的方法,其特征在于,所述上调TT3.1包括:将TT3.1的编码基因或含有该编码基因的表达构建物或载体引入植物中;对TT3.1进行功能获得性突变,较佳地,在TT3.1功能丧失或降低的植物中进行基因修饰或突变而获得功能性TT3.1;较佳地,将TT3.1的编码基因引入植物中包括基于转基因技术的引入,或基于杂交技术的引入。
4.如权利要求2所述的方法,其特征在于,所述下调TT3.2包括:在植物中敲除或沉默TT3.2的编码基因,或抑制TT3.2的活性,或促进TT3.1招募TT3.2前体蛋白进入到多囊泡体中使之降解,或促进TT3.1与TT3.2的相互作用、对TT3.2进行泛素化降解;
较佳地,所述下调TT3.2包括:以CRISPR系统进行基因编辑从而敲除或修饰TT3.2的编码基因,以特异性干扰TT3.2的编码基因表达的干扰分子来沉默TT3.2,以同源重组的方法敲除TT3.2编码基因,对TT3.2进行功能丧失性突变。
5.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述提高植物产量包括:增加植物种子的结实率,和/或增加粒重。
6.一种TT3.1或TT3.2或它们的调节剂的用途,用于提高植物耐热能力或产量;所述的TT3.1或TT3.2包括它们的同源物;
较佳地,TT3.1或其上调剂、TT3.2或其下调剂提高植物耐热能力或产量。
7.如权利要求6所述的用途,其特征在于,所述的TT3.1上调剂包括但不限于:外源的TT3.1编码基因或含有该编码基因的表达构建物或载体;对TT3.1进行功能获得性点突变的试剂;或在TT3.1功能丧失或降低的植物中进行基因修饰或突变而获得功能性TT3.1的试剂。
8.如权利要求7所述的用途,其特征在于,所述的TT3.2下调剂包括:敲除或沉默TT3.2的试剂,抑制TT3.2活性的试剂,促进TT3.1招募TT3.2前体蛋白进入到多囊泡体中使之降解的试剂,或促进TT3.1与TT3.2互作、对TT3.2进行泛素化降解的试剂;
较佳地,所述的TT3.2下调剂包括:针对TT3.2的CRISPR基因编辑试剂、同源重组试剂或定点突变试剂,特异性干扰TT3.2的编码基因表达的干扰分子。
9.如权利要求1-8任一所述的方法或用途,其特征在于,所述的TT3.1的多肽是:(a)SEQID NO:1或SEQ ID NO:2所示氨基酸序列的多肽;或(b)将SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示氨基酸序列经过一个或多个氨基酸残基的取代、缺失或添加而形成的,且具有(a)多肽功能的由(a)衍生的多肽;或(c)氨基酸序列与(a)限定的氨基酸序列有80%以上相同性且具有(a)多肽功能的多肽;或(d)在(a)限定的氨基酸序列的多肽的N或C末端添加标签序列或酶切位点序列,或在其N末端添加信号肽序列后形成的多肽;
较佳地,所述TT3.1的多肽由SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:8或它们的简并序列编码;较佳地,由SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:6所示的启动子驱动表达。
10.如权利要求1-8任一所述的方法或用途,其特征在于,所述的TT3.2的多肽是:(a’)SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4所示氨基酸序列的多肽;或(b’)将SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4所示氨基酸序列经过一个或多个氨基酸残基的取代、缺失或添加而形成的,且具有(a’)多肽功能的由(a’)衍生的多肽;或(c’)氨基酸序列与(a’)限定的氨基酸序列有80%以上相同性且具有(a’)多肽功能的多肽;或(d’)在(a’)限定的氨基酸序列的多肽的N或C末端添加标签序列或酶切位点序列,或在其N末端添加信号肽序列后形成的多肽;
较佳地,所述TT3.2的多肽由SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:14或SEQ ID NO:13或它们的简并序列编码;较佳地,由SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:11所示的启动子驱动表达。
11.如权利要求1-8任一所述的方法或用途,其特征在于,所述的植物包括:禾谷类作物、豆科植物、十字花科植物、大戟科植物、茄科植物、葫芦科植物、菊科植物,或所述TT3.1、TT3.2来自禾谷类作物;较佳地,所述的禾谷类作物包括禾本科植物;更佳地,包括:水稻(Oryza sativa),小米(Setaria italica),小麦(Triticum aestivum),玉米(Zea mays),高粱(Sorghum bicolor),大麦(Hordeum vulgare),黍(Panicum miliaceum),黑麦(Secalecereale),燕麦(Avena sativa L.),二穗短柄草(Brachypodium distachyum)。
12.TT3.1或TT3.2的用途,用于作为鉴定植物耐热能力或产量的生物标记。
13.一种定向选择或鉴定植物的方法,其特征在于,包括:鉴定测试植物中的TT3.1或TT3.2的表达:若是该测试植物的TT3.1表达高于该类植物的TT3.1平均表达值,或TT3.2表达低于该类植物的TT3.2平均表达值,则其为耐热能力或产量提高的植物;其中,所述的TT3.1或TT3.2包括它们的同源物。
14.一种筛选提高植物耐热能力或产量的物质方法,其特征在于,包括:
(1)将候选物质加入到含有TT3.1或TT3.2的体系中;较佳地,该体系处于高温胁迫环境下;
(2)检测所述体系,观测(1)的体系中TT3.1或TT3.2的表达或活性;若所述候选物质上调TT3.1的表达或活性、或下调TT3.2的表达或活性,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质。
15.一种筛选提高植物耐热能力或产量的物质方法,其特征在于,包括:
(1)将候选物质加入到TT3.1和TT3.2相互作用的植物细胞体系中;较佳地,该体系处于高温胁迫环境下;
(2)检测所述体系,观测(1)的体系中TT3.1和TT3.2的相互作用;若所述候选物质促进TT3.1招募TT3.2前体蛋白进入到多囊泡体中使之降解,或促进TT3.1与TT3.2互作、对TT3.2进行泛素化降解,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质。
16.如权利要求15所述的方法,其特征在于,步骤(2)中,还包括:
观测植物细胞体系中叶绿体类囊体的完整性,若完整性增强,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质;或
观测植物细胞体系中类囊体复合物的稳定性,若稳定性增强,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质;或
观测植物细胞体系中PSII蛋白的稳定性,若稳定性增强,则表明该候选物质是提高植物耐热能力或产量的物质。
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