CN116978451A - 分子对接预测方法及装置 - Google Patents

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CN116978451A CN202310952754.6A CN202310952754A CN116978451A CN 116978451 A CN116978451 A CN 116978451A CN 202310952754 A CN202310952754 A CN 202310952754A CN 116978451 A CN116978451 A CN 116978451A
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丁文远
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Suzhou Tengmai Pharmaceutical Technology Co ltd
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Abstract

本公开涉及一种分子对接预测方法及装置。该方法包括：在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，进行针对目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果；根据分子对接结果展示对接结果界面，对接结果界面中展示有受体与各待选配体对接形成的三维结构。整个预测计算过程中，用户所需进行的操作少且简单，使得用户通过简单的操作就可以便捷、直观、快速地的进行待选配体与蛋白质的分子对接预测。

Description

分子对接预测方法及装置
技术领域
本公开涉及药物研发技术领域，尤其涉及一种分子对接预测方法及装置。
背景技术
相关技术中，湿实验室药物发现模式需要设计并合成大量分子，并进行临床前研究。这是一个不断试错的过程，也只是一种定性的研究；因此会消耗大量的资源，并且效率低下，而且无法对分子动力学做出根本上的阐释。在分子水平上深入研究蛋白质与药物待选配体的结合机理，有助于快速筛选出有效的药物候选分子，大大缩短新药开发流程，降低新药失败风险。因此，研究蛋白质与药物待选配体的相互作用研究非常必要。如何便捷、直观、迅速地实现对待选配体与蛋白质的分子对接进行预测分析，是亟待解决的技术问题。
发明内容
有鉴于此，本公开提出了一种分子对接预测方法及装置，使得用户通过简单的操作就可以便捷、直观、快速地的进行待选配体与蛋白质的分子对接预测。
根据本公开的一方面，提供了一种分子对接预测方法，所述方法包括：
在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果；
根据所述分子对接结果展示对接结果界面，所述对接结果界面中展示有所述受体与各所述待选配体对接形成的三维结构。
在一种可能的实现方式中，所述方法还包括：
在检测到针对分子对接控件的触发操作的情况下，展示用于分子对接预测的初始界面，所述初始界面中展示有至少一个可选项目；
在根据选择操作从所述至少一个可选项目中确定出目标项目的情况下，展示针对所述目标项目的实验信息输入提示，所述实验信息输入提示中展示有多个信息输入框和所述启动控件，不同的信息输入框用于进行不同实验信息的输入；
根据检测到的针对各所述信息输入框的输入操作，在所述实验信息输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的目标实验信息。
在一种可能的实现方式中，所述实验信息包括以下至少一种：预测名称、受体名称、记录所述受体的结构的受体文件、记录参考配体的参考配体文件；并且/或者
所述初始界面中还展示有所述目标项目中各待选配体的结构式和名称。
在一种可能的实现方式中，在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果，包括：
在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，展示计算参数输入提示，所述计算参数输入提示中展示有多个参数输入框，不同所述参数输入框用于进行不同计算参数的输入；
根据检测到的针对各所述参数输入框的输入操作，在所述计算参数输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的目标计算参数；
在检测到计算开始控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果。
在一种可能的实现方式中，所述计算参数包括口袋边界参数和计算任务参数，所述口袋边界参数包括所述口袋的中心位置坐标、所述口袋的尺寸，所述计算任务参数包括穷举次数和配体姿态个数。
在一种可能的实现方式中，所述方法还包括：
根据检测到的针对所述三维结构的旋转操作，对所述三维结构进行旋转；并且/或者
根据检测到的针对所述三维结构的缩放操作，对所述三维结构的显示尺寸进行放大或缩小。
在一种可能的实现方式中，所述对接结果界面中还展示有待选配体和参考配体的结构式和名称，以及姿势控件、可见控制控件、下载控件和相互作用展示控制控件；所述方法还包括以下至少一种操作：
在检测到针对所述姿势控件的触发操作的情况下，展示对应于被触发的姿势控件的待选配体或参考配体的姿势选择提示，所述姿势选择提示中展示有配体的可选姿势、以及对应于各所述可选姿势的姿势选择控件；根据检测到的针对姿势选择控件的操作从所述可选姿势中确定出目标姿势，并在所述三维结构中按照所述目标姿势展示对应于被触发的姿势控件的待选配体或参考配体；
在检测到针对所述可见控制控件的触发操作的情况下，在所述三维结构中展示对应于被触发的可见控制控件的第一配体、或停止所述三维结构中所述第一配体的展示；
在检测到针对所述下载控件的触发操作的情况下，展示下载提示框，所述下载提示框中展示有对应于被触发的下载控件的第二配体的名称、存储地址和下载确定控件；在检测到针对所述下载确定控件的触发操作的情况下，下载所述第二配体的相关信息；
在检测到针对所述相互作用展示控制控件的情况下，在所述三维结构中展示对应于被触发的相互作用展示控制控件的第三配体的相互作用力、或停止所述三维结构中所述第三配体的相互作用力的展示。
在一种可能的实现方式中，所述对接结果展示界面中还展示有预测浏览控件，所述方法还包括：
在检测到针对所述预测浏览控件的触发操作的情况下，在所述对接结果界面中展示预测信息提示，所述预测信息提示中展示有预测示意图，所述预测示意图用于指示针对所述目标项目对应的预测次数、每次预测所执行的运算步骤。
在一种可能的实现方式中，所述对接结果展示界面中还展示有参数编辑控件，所述方法还包括：
在检测到所述参数编辑控件的触发操作的情况下，展示所述计算参数输入提示。
在一种可能的实现方式中，所述方法还包括：
在展示所述计算参数输入提示的过程中，在所述三维结构中展示口袋。
根据本公开的另一方面，提供了一种分子对接预测装置，所述装置包括：
预测模块，用于在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果；
结构展示模块，用于根据所述分子对接结果展示对接结果界面，所述对接结果界面中展示有所述受体与各所述待选配体对接形成的三维结构。
在一种可能的实现方式中，所述装置还包括：
初始界面展示模块，用于在检测到针对分子对接控件的触发操作的情况下，展示用于分子对接预测的初始界面，所述初始界面中展示有至少一个可选项目；
实验信息输入提示展示模块，用于在根据选择操作从所述至少一个可选项目中确定出目标项目的情况下，展示针对所述目标项目的实验信息输入提示，所述实验信息输入提示中展示有多个信息输入框和所述启动控件，不同的信息输入框用于进行不同实验信息的输入；
实验信息确定模块，用于根据检测到的针对各所述信息输入框的输入操作，在所述实验信息输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的目标实验信息。
在一种可能的实现方式中，所述实验信息包括以下至少一种：预测名称、受体名称、记录所述受体的结构的受体文件、记录参考配体的参考配体文件；并且/或者
所述初始界面中还展示有所述目标项目中各待选配体的结构式和名称。
在一种可能的实现方式中，预测模块61，包括：
计算参数输入提示展示子模块，用于在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，展示计算参数输入提示，所述计算参数输入提示中展示有多个参数输入框，不同所述参数输入框用于进行不同计算参数的输入；
计算参数确定子模块，用于根据检测到的针对各所述参数输入框的输入操作，在所述计算参数输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的目标计算参数；
预测子模块，用于在检测到计算开始控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果。
在一种可能的实现方式中，所述计算参数包括口袋边界参数和计算任务参数，所述口袋边界参数包括所述口袋的中心位置坐标、所述口袋的尺寸，所述计算任务参数包括穷举次数和配体姿态个数。
在一种可能的实现方式中，所述装置还包括：
结构旋转模块，用于根据检测到的针对所述三维结构的旋转操作，对所述三维结构进行旋转；并且/或者
结构缩放模块，用于根据检测到的针对所述三维结构的缩放操作，对所述三维结构的显示尺寸进行放大或缩小。
在一种可能的实现方式中，所述对接结果界面中还展示有待选配体和参考配体的结构式和名称，以及姿势控件、可见控制控件、下载控件和相互作用展示控制控件；所述装置还包括以下至少一种模块：
姿势确定模块，用于在检测到针对所述姿势控件的触发操作的情况下，展示对应于被触发的姿势控件的待选配体或参考配体的姿势选择提示，所述姿势选择提示中展示有配体的可选姿势、以及对应于各所述可选姿势的姿势选择控件；根据检测到的针对姿势选择控件的操作从所述可选姿势中确定出目标姿势，并在所述三维结构中按照所述目标姿势展示对应于被触发的姿势控件的待选配体或参考配体；
配体展示模块，用于在检测到针对所述可见控制控件的触发操作的情况下，在所述三维结构中展示对应于被触发的可见控制控件的第一配体、或停止所述三维结构中所述第一配体的展示；
下载模块，用于在检测到针对所述下载控件的触发操作的情况下，展示下载提示框，所述下载提示框中展示有对应于被触发的下载控件的第二配体的名称、存储地址和下载确定控件；在检测到针对所述下载确定控件的触发操作的情况下，下载所述第二配体的相关信息；
作用力展示模块，用于在检测到针对所述相互作用展示控制控件的情况下，在所述三维结构中展示对应于被触发的相互作用展示控制控件的第三配体的相互作用力、或停止所述三维结构中所述第三配体的相互作用力的展示。
在一种可能的实现方式中，所述对接结果展示界面中还展示有预测浏览控件，所述装置还包括：
预测信息提示模块，用于在检测到针对所述预测浏览控件的触发操作的情况下，在所述对接结果界面中展示预测信息提示，所述预测信息提示中展示有预测示意图，所述预测示意图用于指示针对所述目标项目对应的预测次数、每次预测所进行的运算步骤。
在一种可能的实现方式中，所述对接结果展示界面中还展示有参数编辑控件，所述装置还包括：
输入提示模块，用于在检测到所述参数编辑控件的触发操作的情况下，展示所述计算参数输入提示。
在一种可能的实现方式中，所述装置还包括：
口袋展示模块，用于在展示所述计算参数输入提示的过程中，在所述三维结构中展示口袋。
根据本公开的另一方面，提供了一种分子对接预测装置，包括：处理器；用于存储处理器可执行指令的存储器；其中，所述处理器被配置为在执行所述存储器存储的指令时，实现上述方法。
根据本公开的另一方面，提供了一种非易失性计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序指令，其中，所述计算机程序指令被处理器执行时实现上述方法。
根据本公开的另一方面，提供了一种计算机程序产品，包括计算机可读代码，或者承载有计算机可读代码的非易失性计算机可读存储介质，当所述计算机可读代码在电子设备的处理器中预测时，所述电子设备中的处理器执行上述方法。
本公开提供一种分子对接预测方法及装置，在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果；根据所述分子对接结果展示对接结果界面，所述对接结果界面中展示有所述受体与各所述待选配体对接形成的三维结构。整个预测计算过程中，用户所需进行的操作少且简单，使得用户通过简单的操作就可以便捷、直观、快速地的进行待选配体与蛋白质的分子对接预测。这样，用户可以基于分子对接结果从待选配体中筛选出符合药用需要的配体。
根据下面参考附图对示例性实施例的详细说明，本公开的其它特征及方面将变得清楚。
附图说明
包含在说明书中并且构成说明书的一部分的附图与说明书一起示出了本公开的示例性实施例、特征和方面，并且用于解释本公开的原理。
图1示出根据本公开一实施例的分子对接预测方法的流程图。
图2-图9示出根据本公开一实施例的分子对接预测方法中界面的示意图。
图10示出根据本公开一实施例的分子对接预测装置的框图。
图11是根据一示例性实施例示出的一种用于分子对接预测的装置1900的框图。
具体实施方式
以下将参考附图详细说明本公开的各种示例性实施例、特征和方面。附图中相同的附图标记表示功能相同或相似的元件。尽管在附图中示出了实施例的各种方面，但是除非特别指出，不必按比例绘制附图。
在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。
另外，为了更好的说明本公开，在下文的具体实施方式中给出了众多的具体细节。本领域技术人员应当理解，没有某些具体细节，本公开同样可以实施。在一些实例中，对于本领域技术人员熟知的方法、手段、元件和电路未作详细描述，以便于凸显本公开的主旨。
为解决上述技术问题，本公开提供一种分子对接预测方法及装置，在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果；根据所述分子对接结果展示对接结果界面，所述对接结果界面中展示有所述受体与各所述待选配体对接形成的三维结构。整个预测计算过程中，用户所需进行的操作少且简单，使得用户通过简单的操作就可以便捷、直观、快速地的进行待选配体与蛋白质的分子对接预测。这样，用户可以基于分子对接结果从待选配体中筛选出符合药用需要的配体。
图1示出根据本公开一实施例的分子对接预测方法的流程图。图2-图9示出根据本公开一实施例的分子对接预测方法中界面的示意图。如图1所示，该方法包括步骤S101和步骤S102。以下结合图1-图9对本公开实施例提供的分子对接(dock)预测方法进行示意性说明。
如图2所示，在为用户展示首页T0的过程中，若将检测到针对分子对接控件Q0的触发操作的情况下，为用户展示用于分子对接预测的初始界面T1。其中，分子对接控件Q0中还可以展示有文字、符号、图案等构成的控件提示，以使得用户可以基于控件提示确定控件Q0的实际功能。在一些实施例中，初始界面T1中展示有预先创建的至少一个可选项目及其相关描述信息，其中，如图2所示，可以在初始界面T1的第一区域S1中显示可选项目的相关描述信息，相关描述信息可以包括可选项目的数据集名称(dataset)、可选项目的数据集中待选配体的数量(size)、更新时间(updated)、预测次数(runs)等等与可选项目相关的信息。其中，预测次数可以是针对目标项目所执行的预测计算的次数。每一次预测可以为针对目标项目所进行的分子对接预测。例如图2中所示的可选项目中第三个可选项目的数据集名称分别为“11111”。
如图2、图3所示，在初始界面T1中为用户展示可选项目的过程中，进行用户操作检测。在检测到用户发出针对某一个可选项目的选择操作(例如针对某一个可选项目的点击、双击等操作)的情况下，基于选择操作从展示的可选项目中确定出目标项目。在一些实施例中，可以突出显示目标项目，以使得用户可以从可选项目中确定其选择的目标项目。例如，如图3所示，第二个可选项目的相关描述信息已经通过加粗的方式突出显示，则第二个可选项目即为用户选择的目标项目。其中，突出显示目标项目的方式包括相关描述信息文字加粗、高亮等等，本公开对此不作限制。
如图3所示，在根据选择操作确定出目标项目的情况下，展示针对所述目标项目的实验信息(experimental context)输入提示S3，所述实验信息输入提示S3中展示有多个信息输入框和所述启动控件(submit)Q1，不同的信息输入框用于进行不同实验信息的输入。在一种可能的实现方式中，所述实验信息可以包括以下至少一种：预测名称(run name)、受体名称(receptor name)、记录所述受体(受体可以为蛋白质等分子)的结构的受体文件(receptor)、记录参考配体的参考配体文件(reference ligand)。其中，预测名称是执行这一次的预测计算的标识。参考配体与受体的对接位置，可以作为待选配体与受体结合的位置。在一些实施例中，如图3所示，在各信息输入框中还展示有输入提示，以使得用户可以基于输入提示进行不同实验信息的输入。例如，图3中展示的“input the job name”就可以提醒用户如何输入预测名称。在一些实施例中，如图3所示，在所述实验信息输入提示S3中还可以展示有关于所述目标项目的信息，以使得用户可以基于这些信息确定目标项目情况。例如，图3中展示的关于所述目标项目smiles-sort-debug_141的信息“Dataset：smiles-sort-debug_141,3Project Ligands,0Protomers/Tautomers”，用户基于这些信息就可以确定目标项目smiles-sort-debug_141有3个待选配体，原聚体/互变异构体的数量为0。
在一些实施例中，如图2、图3所示，初始界面T1中还可以设置有待选配体展示区域S2。在待选配体展示区域S2中可以展示有可选项目中被用户选中的目标项目中的各待选配体的相关信息，各待选配体的相关信息可以包括待选配体的结构式和名称。
如图3所示，在本实施例中，为用户展示实验信息输入提示S3后，进一步进行用户的输入操作检测，并根据检测到的针对各所述信息输入框的输入操作，在所述实验信息输入提示S3中展示确定出的针对所述目标项目的目标实验信息。
如图1、图3所示，在步骤S101中，在检测到针对目标项目的启动控件Q1的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果。
在本实施例中，在检测到针对目标项目的启动控件Q1的触发操作，确定开始进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测之后，可以直接展示对接结果界面T2，并根据预测计算的进度实时调整对接结果界面T2中三维结构的变化。
在一种可能的实现方式中，如图5所示，步骤S101可以包括：在检测到针对目标项目的启动控件Q1的触发操作的情况下，展示计算参数输入提示S0，所述计算参数输入提示S0中展示有多个参数输入框，不同所述参数输入框用于进行不同计算参数的输入；根据检测到的针对各所述参数输入框的输入操作，在所述计算参数输入提示S0中展示确定出的针对所述目标项目的目标计算参数；在检测到计算开始控件(submit)Q7的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果。
其中，可以在对接结果界面T2中展示计算参数输入提示S0，也可以在初始界面T1中展示计算参数输入提示S0，本公开对此不作限制。
在该实现方式中，所述计算参数可以包括针对口袋(也可以称为盒子等)的口袋边界参数(donking box)和计算任务参数(computation)，所述口袋边界参数可以包括所述口袋的中心位置坐标(box center)、所述口袋的尺寸(box size)，所述计算任务参数可以包括穷举次数(Exhaustiveness)和配体姿态个数(number of poses)。其中，口袋用于限定对接位置，如口袋为一立方体结构，口袋的中心位置坐标为口袋相对于参考配体的相对位置坐标，口袋的位置是参考配体相对于受体的初始位置确定的。配体姿态个数可以是指在分子对接预测计算中每个待选配体所使用的姿态的个数。
在分子对接中，穷举次数Exhaustiveness用于控制搜索空间的大小，它指定了搜索算法在查找最佳配对的分子构象时应该尝试多少个不同的取向和构象。穷举次数Exhaustiveness越大，搜索空间就越大，搜索的时间和计算成本就越高，但也能找到更准确的结果。相反，如果穷举次数Exhaustiveness较小，则搜索空间较小，搜索的时间和计算成本也较小，但可能会错过最佳匹配。其中，穷举次数Exhaustiveness控制了搜索算法中所使用的采样点数量，这些采样点用于评估不同的配对分子构象。在本公开的分子对接预测中，穷举次数Exhaustiveness的默认值可以为8，这意味着搜索算法将尝试8个不同的采样点来评估每个配对分子构象。如果将穷举次数Exhaustiveness设置为更高的值，例如20或30，搜索算法将使用更多的采样点来评估每个配对分子构象，从而增加搜索空间，进而提高结果的准确性。
在该实现方式中，在展示计算参数输入提示S0的同时，还可以在界面(对接结果界面T2或初始界面T1)中展示包含口袋M、参考配体和受体在内的三维的联合结构，并根据用户当前输入的口袋边界参数实时调整口袋M与参考配体、受体的相对位置。在一些实施例中，还可以根据检测到的针对图5所示的联合结构缩放操作、旋转操作的情况下，对联合结构进行旋转、尺寸放大、尺寸缩小等处理后展示。其中，缩放操作可以是对鼠标滚轮的滚动操作。旋转操作可以是点击联合结构后滑动鼠标等等，本领域技术人员可以根据实际需要对缩放操作和旋转操作的实现方式进行设置，本公开对此不作限制。
在该实现方式中，在确定出目标实验信息和目标计算参数之后可以创建用于进行分子对接预测的计算任务，并将计算任务输入到超级计算机集群进行任务计算，以提高预测计算的速度和效率。
如图1、图5所示，在步骤S102中，根据所述分子对接结果展示对接结果界面T2，所述对接结果界面T2中展示有所述受体与各所述待选配体对接形成的三维结构。
在一种可能的实现方式中，该方法还可以包括：根据检测到的针对所述三维结构的旋转操作，对所述三维结构进行旋转；并且/或者，根据检测到的针对所述三维结构的缩放操作，对所述三维结构的显示尺寸进行放大或缩小。其中，旋转操作和缩放操作的实现方式如上所述，此处不予赘述。例如，图6所示根据检测到的旋转操作和缩放操作对三维结构进行显示调整后，调整后的三维结构相比于调整前显示尺寸变小、主视图发生变化(也即三维结构发生旋转)。
在一种可能的实现方式中，如图5所示，所述对接结果界面T2中还展示有配体展示区域S4，该区域S4中展示有待选配体和参考配体的结构式和名称(如ejm_45)，以及姿势控件K1、可见控制控件K2、下载控件K3和相互作用展示控制控件K4。
在本实施例中，如图7所示，该方法还可以包括：在检测到针对所述姿势控件K1的触发操作的情况下，展示对应于被触发的姿势控件K1的待选配体或参考配体的姿势选择提示S6，所述姿势选择提示S6中展示有配体的可选姿势、以及对应于各所述可选姿势的姿势选择控件；根据检测到的针对姿势选择控件的操作从可选姿势中确定出目标姿势，并在所述三维结构中展示按照所述目标姿势展示对应于被触发的姿势控件的待选配体或参考配体。例如，如图7所示，当前三维结构中展示的配体是参考配体，该参考配体的姿势为reference1。在一些实施例中，如图7所示，姿势选择提示S6中还可以展示有可选姿势的姿势信息，该姿势信息包括姿势名称(pose)、得分分数(score)、均方根差(root mean squareerror，RMSE)以及姿势来源(source)。其中，姿势来源包括对接预测(TandemDock)和原始姿势(reference)。使得用户可以基于姿势信息选择目标姿势。在一些实施例中，可以通过姿势选择控件区分可选姿势和目标姿势，例如，如图7所示，可选姿势reference1为目标姿势，所以其姿势选择控件为蓝色填充且内部打钩状态；可选姿势pose1、pose2均不是目标姿势，所以其姿势选择控件为空白状态。
在本实施例中，如图7所示，该方法还可以包括：在检测到针对所述可见控制控件K2的触发操作的情况下，在所述三维结构中展示对应于被触发的可见控制控件K2的第一配体、或停止所述三维结构中所述第一配体的展示，所述第一配体为所述待选配体或所述参考配体。其中，可见控制控件K2还可以用于区分配体当前在三维结构中是否展示。例如，图7中参考配体的可见控制控件K2处于展示状态，则在三维结构中展示有参考配体。图7中出参考配体之外的待选配体的可见控制控件K2处于不展示状态，则在三维结构中并未展示各待选配体。
在本实施例中，在检测到针对所述下载控件K3的触发操作的情况下，展示下载提示框，所述下载提示框中展示有对应于被触发的下载控件K3的第二配体的名称、存储地址和下载确定控件；在检测到针对所述下载确定控件的触发操作的情况下，下载所述第二配体的相关信息。
在本实施例中，如图8所示，在检测到针对所述相互作用展示控制控件K4的情况下，在所述三维结构中展示对应于被触发的相互作用展示控制控件的第三配体的相互作用力、或停止所述三维结构中所述第三配体的相互作用力的展示。
在一种可能的实现方式中，如图7所示，所述对接结果展示界面T2中还展示有预测浏览控件Q3，所述方法还可以包括：在检测到针对所述预测浏览控件Q3的触发操作的情况下，在所述对接结果界面T2中展示预测信息提示S7，所述预测信息提示S7中展示有预测示意图，所述预测示意图用于指示针对所述目标项目的所执行的预测run的预测次数、每次预测所执行的运算步骤。其中，图7的预测示意图中蓝色圆点表示一个预测步骤，左边的蓝色圆点对应的预测步骤预测在前、右边的蓝色圆点对应的预测步骤的预测在后，蓝色圆点之间的线表示预测步骤之间的前后顺序关系。这样，用户可以根据预测示意图了解预测的执行情况。
在一些实施例中，如图7所示，预测信息提示S7中还可以展示有预测信息，该预测信息可以包括目标项目的数据集名称、预测名称、受体名称、受体文件等与预测相关的信息，本公开对此不作限制。这样，用户可以基于预测信息了解预测的情况。
在一种可能的实现方式中，如图4所示，所述对接结果展示界面T2中还展示有参数编辑控件Q2，所述方法还可以包括：在检测到所述参数编辑控件Q2的触发操作的情况下，展示所述计算参数输入提示S0。而后根据检测到的输入操作确定出最新的计算参数，而后在计算开始控件Q7的触发操作的情况下，基于最新的计算参数进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到新的分子对接结果。并进一步根据信息的分子对接结果调整对接结果展示界面T2的三维结构。
在一种可能的实现方式中，如图5所示，对接结果展示界面T2中还可以展示有作用力展示控制提示S5。该作用力展示控制提示S5中设置有多个第一控件，各第一控件用于进行三维结构中不同作用力是否展示的触发控制。该方法还可以包括：在检测到针对第一控件的触发操作的情况下，根据所述三维结构中当前针对所述第一控件的作用力的展示状态，在所述三维结构中展示所述第一控件对应的作用力、或在停止所述三维结构中第一控件对应的作用力的展示。其中，各第一控件还可以展示当前其对应的作用力在三维结构中的展示状态(也即展示或未展示)。其中，可以展示在三维结构中的作用力包括：疏水相互作用(hydrophobic interation)、氢键(hydrogen bond)、水桥(water bridge)、π堆叠(π-stacking)、π-阳离子交互作用(π-cation interation)、卤键(halogen bond)、盐桥(saltbridge)、金属络合作用(metal complexation)等等，本公开对此不作限制。
在一种可能的实现方式中，如图5、图9所示，对接结果展示界面T2中还可以展示绘图控件(plots)Q5。该方法还可以包括：在检测到针对绘图控件Q5的触发操作的情况下，在对接结果展示界面T2展示绘图提示S8。在绘图提示S8中展示有增加控件Add Plot，在检测到针对“增加控件Add Plot”到触发操作的情况下，在绘图提示S8中继续为用户展示绘图创建提示(create new plot)，该提示中展示有新建绘图所需设置的参数设置输入框，不同参数设置输入框用于进行不同绘制参数的设置，绘制参数可以包括绘图名称(title)、绘制类型(type)、x轴坐标、y轴坐标、曲线类型(regression)。其中，绘制类型可以包括散点图(scatter)、折线图(line)和雷达图(radar)。曲线类型包括不限制(none)、线性曲线(linear)、二次曲线(quadratic)、指数曲线(exponential)等等。x轴坐标、y轴坐标可以是与分子对接预测计算相关的信息参数，本公开对此不作限制。
在一种可能的实现方式中，如图5所示，对接结果展示界面T2中还可以展示设置控件Q6。在检测到针对设置控件Q6的触发操作的情况下，在对接结果展示界面T2中展示针对三维结构的展示设置提示，该展示设置提示中设置有用于改变三维结构的控件，以根据检测到的针对这些控件的操作调整三维结构的展示方式。对三维结构的展示方式的调整包括：是否展示受体(Receptor Ribbon)、是否展示配体水凝胶(Receptor Ribbon)、是否展示水(water)、是否展示接触残留物标签(Contact Residue Label)、袋装残留物(PocketResidues)的展示方式(包括全部展示、关联关系展示(Contacts)、不展示)、配体的结构体展示方式(包括棒状展示(Licorice)、球棍展示(Ball+Stick))。
在一种可能的实现方式中，如图5所示，对接结果展示界面T2中还可以展示日志控件Q4。在检测到针对日志控件Q4的触发操作的情况下，为用户展示日志信息。其中，日志信息可以包括：预测计算的执行状态(包括完成或未完成等)、任务ID、SLURM ID(高性能计算群集执行程序标识)、任务的创建时间(Creation Timestamp)、任务的完成时间(Completion Timestamp)、任务的总预测时长(Total Elapsed Time(h))、任务的工作文件夹(Working Folder)。
在本实施例中，本公开中各控件中均可以展示有包括文字、符号、图案等构成的控件提示，控件提示用于提醒用户该控件的功能用途、使用方法、快捷键等等。本领域技术人员可以根据实际需要对不同控件的控件提示进行设置，本公开对此不作限制。
在本实施例中，各控件的触发操作可以是针对控件的点击、双击、长按等操作，本公开对此不作限制。
图10示出根据本公开一实施例的分子对接预测装置的框图。如图10所示，该装置包括：预测模块61和结构展示模块62。
预测模块61，用于在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果。
结构展示模块62，用于根据所述分子对接结果展示对接结果界面，所述对接结果界面中展示有所述受体与各所述待选配体对接形成的三维结构。
在一种可能的实现方式中，所述装置还包括：
初始界面展示模块，用于在检测到针对分子对接控件的触发操作的情况下，展示用于分子对接预测的初始界面，所述初始界面中展示有至少一个可选项目；
实验信息输入提示展示模块，用于在根据选择操作从所述至少一个可选项目中确定出目标项目的情况下，展示针对所述目标项目的实验信息输入提示，所述实验信息输入提示中展示有多个信息输入框和所述启动控件，不同的信息输入框用于进行不同实验信息的输入；
实验信息确定模块，用于根据检测到的针对各所述信息输入框的输入操作，在所述实验信息输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的目标实验信息。
在一种可能的实现方式中，所述实验信息包括以下至少一种：预测名称、受体名称、记录所述受体的结构的受体文件、记录参考配体的参考配体文件；并且/或者
所述初始界面中还展示有所述目标项目中各待选配体的结构式和名称。
在一种可能的实现方式中，预测模块61，包括：
计算参数输入提示展示子模块，用于在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，展示计算参数输入提示，所述计算参数输入提示中展示有多个参数输入框，不同所述参数输入框用于进行不同计算参数的输入；
计算参数确定子模块，用于根据检测到的针对各所述参数输入框的输入操作，在所述计算参数输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的目标计算参数；
预测子模块，用于在检测到计算开始控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果。
在一种可能的实现方式中，所述计算参数包括口袋边界参数和计算任务参数，所述口袋边界参数包括所述口袋的中心位置坐标、所述口袋的尺寸，所述计算任务参数包括穷举次数和配体姿态个数。
在一种可能的实现方式中，所述装置还包括：
结构旋转模块，用于根据检测到的针对所述三维结构的旋转操作，对所述三维结构进行旋转；并且/或者
结构缩放模块，用于根据检测到的针对所述三维结构的缩放操作，对所述三维结构的显示尺寸进行放大或缩小。
在一种可能的实现方式中，所述对接结果界面中还展示有待选配体和参考配体的结构式和名称，以及姿势控件、可见控制控件、下载控件和相互作用展示控制控件；所述装置还包括以下至少一种模块：
姿势确定模块，用于在检测到针对所述姿势控件的触发操作的情况下，展示对应于被触发的姿势控件的待选配体或参考配体的姿势选择提示，所述姿势选择提示中展示有配体的可选姿势、以及对应于各所述可选姿势的姿势选择控件；根据检测到的针对姿势选择控件的操作从所述可选姿势中确定出目标姿势，并在所述三维结构中按照所述目标姿势展示对应于被触发的姿势控件的待选配体或参考配体；
配体展示模块，用于在检测到针对所述可见控制控件的触发操作的情况下，在所述三维结构中展示对应于被触发的可见控制控件的第一配体、或停止所述三维结构中所述第一配体的展示；
下载模块，用于在检测到针对所述下载控件的触发操作的情况下，展示下载提示框，所述下载提示框中展示有对应于被触发的下载控件的第二配体的名称、存储地址和下载确定控件；在检测到针对所述下载确定控件的触发操作的情况下，下载所述第二配体的相关信息；
作用力展示模块，用于在检测到针对所述相互作用展示控制控件的情况下，在所述三维结构中展示对应于被触发的相互作用展示控制控件的第三配体的相互作用力、或停止所述三维结构中所述第三配体的相互作用力的展示。
在一种可能的实现方式中，所述对接结果展示界面中还展示有预测浏览控件，所述装置还包括：
预测信息提示模块，用于在检测到针对所述预测浏览控件的触发操作的情况下，在所述对接结果界面中展示预测信息提示，所述预测信息提示中展示有预测示意图，所述预测示意图用于指示针对所述目标项目对应的预测次数、每次预测所进行的运算步骤。
在一种可能的实现方式中，所述对接结果展示界面中还展示有参数编辑控件，所述装置还包括：
输入提示模块，用于在检测到所述参数编辑控件的触发操作的情况下，展示所述计算参数输入提示。
在一种可能的实现方式中，所述装置还包括：
口袋展示模块，用于在展示所述计算参数输入提示的过程中，在所述三维结构中展示口袋。
在一些实施例中，本公开实施例提供的装置具有的功能或包含的模块可以用于执行上文方法实施例描述的方法，其具体实现可以参照上文方法实施例的描述，为了简洁，这里不再赘述
需要说明的是，尽管以上述实施例作为示例介绍了分子对接预测方法及装置如上，但本领域技术人员能够理解，本公开应不限于此。事实上，用户完全可根据个人喜好和/或实际应用场景灵活设定各模块、步骤，只要符合本公开的技术方案即可。
本公开实施例还提出一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序指令，所述计算机程序指令被处理器执行时实现上述方法。计算机可读存储介质可以是易失性或非易失性计算机可读存储介质。
本公开实施例还提出一种电子设备，包括：处理器；用于存储处理器可执行指令的存储器；其中，所述处理器被配置为在执行所述存储器存储的指令时，实现上述方法。
本公开实施例还提供了一种计算机程序产品，包括计算机可读代码，或者承载有计算机可读代码的非易失性计算机可读存储介质，当所述计算机可读代码在电子设备的处理器中运行时，所述电子设备中的处理器执行上述方法。
图11是根据一示例性实施例示出的一种用于分子对接预测的装置1900的框图。例如，装置1900可以被提供为一服务器或终端设备。参照图11，装置1900包括处理组件1922，其进一步包括一个或多个处理器，以及由存储器1932所代表的存储器资源，用于存储可由处理组件1922的执行的指令，例如应用程序。存储器1932中存储的应用程序可以包括一个或一个以上的每一个对应于一组指令的模块。此外，处理组件1922被配置为执行指令，以执行上述方法。
装置1900还可以包括一个电源组件1926被配置为执行装置1900的电源管理，一个有线或无线网络接口1950被配置为将装置1900连接到网络，和一个输入输出接口1958(I/O接口)。装置1900可以操作基于存储在存储器1932的操作系统，例如Windows ServerTM，MacOS XTM，UnixTM,LinuxTM，FreeBSDTM或类似。
在示例性实施例中，还提供了一种非易失性计算机可读存储介质，例如包括计算机程序指令的存储器1932，上述计算机程序指令可由装置1900的处理组件1922执行以完成上述方法。
本公开可以是系统、方法和/或计算机程序产品。计算机程序产品可以包括计算机可读存储介质，其上载有用于使处理器实现本公开的各个方面的计算机可读程序指令。
计算机可读存储介质可以是可以保持和存储由指令执行设备使用的指令的有形设备。计算机可读存储介质例如可以是――但不限于――电存储设备、磁存储设备、光存储设备、电磁存储设备、半导体存储设备或者上述的任意合适的组合。计算机可读存储介质的更具体的例子(非穷举的列表)包括：便携式计算机盘、硬盘、随机存取存储器(RAM)、只读存储器(ROM)、可擦式可编程只读存储器(EPROM或闪存)、静态随机存取存储器(SRAM)、便携式压缩盘只读存储器(CD-ROM)、数字多功能盘(DVD)、记忆棒、软盘、机械编码设备、例如其上存储有指令的打孔卡或凹槽内凸起结构、以及上述的任意合适的组合。这里所使用的计算机可读存储介质不被解释为瞬时信号本身，诸如无线电波或者其他自由传播的电磁波、通过波导或其他传输媒介传播的电磁波(例如，通过光纤电缆的光脉冲)、或者通过电线传输的电信号。
这里所描述的计算机可读程序指令可以从计算机可读存储介质下载到各个计算/处理设备，或者通过网络、例如因特网、局域网、广域网和/或无线网下载到外部计算机或外部存储设备。网络可以包括铜传输电缆、光纤传输、无线传输、路由器、防火墙、交换机、网关计算机和/或边缘服务器。每个计算/处理设备中的网络适配卡或者网络接口从网络接收计算机可读程序指令，并转发该计算机可读程序指令，以供存储在各个计算/处理设备中的计算机可读存储介质中。
用于执行本公开操作的计算机程序指令可以是汇编指令、指令集架构(ISA)指令、机器指令、机器相关指令、微代码、固件指令、状态设置数据、或者以一种或多种编程语言的任意组合编写的源代码或目标代码，所述编程语言包括面向对象的编程语言—诸如Smalltalk、C++等，以及常规的过程式编程语言—诸如“C”语言或类似的编程语言。计算机可读程序指令可以完全地在用户计算机上执行、部分地在用户计算机上执行、作为一个独立的软件包执行、部分在用户计算机上部分在远程计算机上执行、或者完全在远程计算机或服务器上执行。在涉及远程计算机的情形中，远程计算机可以通过任意种类的网络—包括局域网(LAN)或广域网(WAN)—连接到用户计算机，或者，可以连接到外部计算机(例如利用因特网服务提供商来通过因特网连接)。在一些实施例中，通过利用计算机可读程序指令的状态信息来个性化定制电子电路，例如可编程逻辑电路、现场可编程门阵列(FPGA)或可编程逻辑阵列(PLA)，该电子电路可以执行计算机可读程序指令，从而实现本公开的各个方面。
这里参照根据本公开实施例的方法、装置(系统)和计算机程序产品的流程图和/或框图描述了本公开的各个方面。应当理解，流程图和/或框图的每个方框以及流程图和/或框图中各方框的组合，都可以由计算机可读程序指令实现。
这些计算机可读程序指令可以提供给通用计算机、专用计算机或其它可编程数据处理装置的处理器，从而生产出一种机器，使得这些指令在通过计算机或其它可编程数据处理装置的处理器执行时，产生了实现流程图和/或框图中的一个或多个方框中规定的功能/动作的装置。也可以把这些计算机可读程序指令存储在计算机可读存储介质中，这些指令使得计算机、可编程数据处理装置和/或其他设备以特定方式工作，从而，存储有指令的计算机可读介质则包括一个制造品，其包括实现流程图和/或框图中的一个或多个方框中规定的功能/动作的各个方面的指令。
也可以把计算机可读程序指令加载到计算机、其它可编程数据处理装置、或其它设备上，使得在计算机、其它可编程数据处理装置或其它设备上执行一系列操作步骤，以产生计算机实现的过程，从而使得在计算机、其它可编程数据处理装置、或其它设备上执行的指令实现流程图和/或框图中的一个或多个方框中规定的功能/动作。
附图中的流程图和框图显示了根据本公开的多个实施例的系统、方法和计算机程序产品的可能实现的体系架构、功能和操作。在这点上，流程图或框图中的每个方框可以代表一个模块、程序段或指令的一部分，所述模块、程序段或指令的一部分包含一个或多个用于实现规定的逻辑功能的可执行指令。在有些作为替换的实现中，方框中所标注的功能也可以以不同于附图中所标注的顺序发生。例如，两个连续的方框实际上可以基本并行地执行，它们有时也可以按相反的顺序执行，这依所涉及的功能而定。也要注意的是，框图和/或流程图中的每个方框、以及框图和/或流程图中的方框的组合，可以用执行规定的功能或动作的专用的基于硬件的系统来实现，或者可以用专用硬件与计算机指令的组合来实现。
以上已经描述了本公开的各实施例，上述说明是示例性的，并非穷尽性的，并且也不限于所披露的各实施例。在不偏离所说明的各实施例的范围和精神的情况下，对于本技术领域的普通技术人员来说许多修改和变更都是显而易见的。本文中所用术语的选择，旨在最好地解释各实施例的原理、实际应用或对市场中的技术改进，或者使本技术领域的其它普通技术人员能理解本文披露的各实施例。

Claims (13)

1.一种分子对接预测方法，其特征在于，所述方法包括：
在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果；
根据所述分子对接结果展示对接结果界面，所述对接结果界面中展示有所述受体与各所述待选配体对接形成的三维结构。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：
在检测到针对分子对接控件的触发操作的情况下，展示用于分子对接预测的初始界面，所述初始界面中展示有至少一个可选项目；
在根据选择操作从所述至少一个可选项目中确定出目标项目的情况下，展示针对所述目标项目的实验信息输入提示，所述实验信息输入提示中展示有多个信息输入框和所述启动控件，不同的信息输入框用于进行不同实验信息的输入；
根据检测到的针对各所述信息输入框的输入操作，在所述实验信息输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的目标实验信息。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述实验信息包括以下至少一种：预测名称、受体名称、记录所述受体的结构的受体文件、记录参考配体的参考配体文件；并且/或者
所述初始界面中还展示有所述目标项目中各待选配体的结构式和名称。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果，包括：
在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，展示计算参数输入提示，所述计算参数输入提示中展示有多个参数输入框，不同所述参数输入框用于进行不同计算参数的输入；
根据检测到的针对各所述参数输入框的输入操作，在所述计算参数输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的目标计算参数；
在检测到计算开始控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述计算参数包括口袋边界参数和计算任务参数，所述口袋边界参数包括所述口袋的中心位置坐标、所述口袋的尺寸，所述计算任务参数包括穷举次数和配体姿态个数。
6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：
根据检测到的针对所述三维结构的旋转操作，对所述三维结构进行旋转；并且/或者
根据检测到的针对所述三维结构的缩放操作，对所述三维结构的显示尺寸进行放大或缩小。
7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述对接结果界面中还展示有待选配体和参考配体的结构式和名称，以及姿势控件、可见控制控件、下载控件和相互作用展示控制控件；所述方法还包括以下至少一种操作：
在检测到针对所述姿势控件的触发操作的情况下，展示对应于被触发的姿势控件的待选配体或参考配体的姿势选择提示，所述姿势选择提示中展示有配体的可选姿势、以及对应于各所述可选姿势的姿势选择控件；根据检测到的针对姿势选择控件的操作从所述可选姿势中确定出目标姿势，并在所述三维结构中按照所述目标姿势展示对应于被触发的姿势控件的待选配体或参考配体；
在检测到针对所述可见控制控件的触发操作的情况下，在所述三维结构中展示对应于被触发的可见控制控件的第一配体、或停止所述三维结构中所述第一配体的展示；
在检测到针对所述下载控件的触发操作的情况下，展示下载提示框，所述下载提示框中展示有对应于被触发的下载控件的第二配体的名称、存储地址和下载确定控件；在检测到针对所述下载确定控件的触发操作的情况下，下载所述第二配体的相关信息；
在检测到针对所述相互作用展示控制控件的情况下，在所述三维结构中展示对应于被触发的相互作用展示控制控件的第三配体的相互作用力、或停止所述三维结构中所述第三配体的相互作用力的展示。
8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述对接结果展示界面中还展示有预测浏览控件，所述方法还包括：
在检测到针对所述预测浏览控件的触发操作的情况下，在所述对接结果界面中展示预测信息提示，所述预测信息提示中展示有预测示意图，所述预测示意图用于指示针对所述目标项目对应的预测次数、每次预测所执行的运算步骤。
9.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述对接结果展示界面中还展示有参数编辑控件，所述方法还包括：
在检测到所述参数编辑控件的触发操作的情况下，展示所述计算参数输入提示。
10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：
在展示所述计算参数输入提示的过程中，在所述三维结构中展示口袋。
11.一种分子对接预测装置，其特征在于，所述装置包括：
预测模块，用于在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下，进行针对所述目标项目中各待选配体与受体的分子对接预测，得到分子对接结果；
结构展示模块，用于根据所述分子对接结果展示对接结果界面，所述对接结果界面中展示有所述受体与各所述待选配体对接形成的三维结构。
12.一种分子对接预测装置，其特征在于，包括：
处理器；
用于存储处理器可执行指令的存储器；
其中，所述处理器被配置为在执行所述存储器存储的指令时，实现权利要求1至10中任意一项所述的方法。
13.一种非易失性计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序指令，其特征在于，所述计算机程序指令被处理器执行时实现权利要求1至10中任意一项所述的方法。
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Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN117672388A (zh) * 2023-12-08 2024-03-08 苏州腾迈医药科技有限公司 分子试验的运行管理方法及装置、介质
CN117690499A (zh) * 2023-12-08 2024-03-12 苏州腾迈医药科技有限公司 分子试验预测处理方法及装置
CN117789859A (zh) * 2023-12-28 2024-03-29 苏州腾迈医药科技有限公司 分子力场展示方法及装置、介质
CN117912601A (zh) * 2024-01-26 2024-04-19 苏州腾迈医药科技有限公司 分子构象的展示方法及装置、介质
CN117935984A (zh) * 2024-01-26 2024-04-26 苏州腾迈医药科技有限公司 分子运动的展示方法及装置、介质
CN117954002A (zh) * 2024-01-05 2024-04-30 苏州腾迈医药科技有限公司 分子对关系的展示方法及装置、介质
CN117954002B (zh) * 2024-01-05 2024-10-22 苏州腾迈医药科技有限公司 分子对关系的展示方法及装置、介质

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20190050538A1 (en) * 2017-08-08 2019-02-14 International Business Machines Corporation Prediction and generation of hypotheses on relevant drug targets and mechanisms for adverse drug reactions
WO2023033951A1 (en) * 2021-08-31 2023-03-09 Microsoft Technology Licensing, Llc Binding analysis of protein molecule and ligand molecule

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20190050538A1 (en) * 2017-08-08 2019-02-14 International Business Machines Corporation Prediction and generation of hypotheses on relevant drug targets and mechanisms for adverse drug reactions
WO2023033951A1 (en) * 2021-08-31 2023-03-09 Microsoft Technology Licensing, Llc Binding analysis of protein molecule and ligand molecule

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
小赵同学871: "Autodock vina 安装流程+分子对接试用流程（亲测有效）", 《HTTPS://BLOG.CSDN.NET/WEIXIN_70379932/ARTICLE/DETAILS/129366229》, 9 March 2023 (2023-03-09), pages 1 - 12 *
殷赋科技: "【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽-小分子对接（DOCK 6.9）", 《HTTPS://MP.WEIXIN.QQ.COM/S?__BIZ=MZI5MDIYNDG1MG==&MID=2247486734&IDX=1&SN=39E348F053233A8FC60D16480C6913C0&CHKSM=EC2262B5DB55EBA31049D11015885EE6C4E2CC975360A6653F4601509F6AB9947849CED854B4&SCENE=27》, 3 August 2020 (2020-08-03), pages 1 - 6 *
罗子清，杨健: "手把手教你用AutoDock作分子对接，实操演示", 《HTTPS://MP.WEIXIN.QQ.COM/S?__BIZ=MJM5NDC3MZY2MA==&MID=2652065300&IDX=4&SN=2D2AFC2A71CF8CDFBB8C8B334A9B7510&CHKSM=BD6541E78A12C8F11363E0D2997FC6AA2011A701204EC4843927CD0303E5985CCAD0908AC0D0&SCENE=27》, 20 October 2021 (2021-10-20), pages 1 - 27 *

Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN117672388A (zh) * 2023-12-08 2024-03-08 苏州腾迈医药科技有限公司 分子试验的运行管理方法及装置、介质
CN117690499A (zh) * 2023-12-08 2024-03-12 苏州腾迈医药科技有限公司 分子试验预测处理方法及装置
CN117789859A (zh) * 2023-12-28 2024-03-29 苏州腾迈医药科技有限公司 分子力场展示方法及装置、介质
CN117954002A (zh) * 2024-01-05 2024-04-30 苏州腾迈医药科技有限公司 分子对关系的展示方法及装置、介质
CN117954002B (zh) * 2024-01-05 2024-10-22 苏州腾迈医药科技有限公司 分子对关系的展示方法及装置、介质
CN117912601A (zh) * 2024-01-26 2024-04-19 苏州腾迈医药科技有限公司 分子构象的展示方法及装置、介质
CN117935984A (zh) * 2024-01-26 2024-04-26 苏州腾迈医药科技有限公司 分子运动的展示方法及装置、介质

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