CN117912601A - 分子构象的展示方法及装置、介质 - Google Patents
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Abstract
本公开涉及一种分子构象的展示方法及装置、介质,展示方法包括在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下,进行针对目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对多个配体的筛选结果;基于针对多个配体的筛选结果展示结果界面;在根据配体选择操作从配体列表中确定出不同于第一配体的第二配体的情况下,在三维结构图中增加展示第二配体的默认展示构象、第二配体的默认展示构象与受体之间的相对位置关系、第二配体的默认展示构象与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系。根据本公开实施例的分子构象的展示方法及装置、介质能够使得用户通过简单的操作就能够便捷、直观、迅速地获取到构象筛选的结果。
Description
技术领域
本公开涉及药物研发技术领域,尤其涉及一种分子构象的展示方法及装置、介质。
背景技术
相关技术中,湿实验室药物发现模式需要设计并合成大量分子,并进行临床前研究。这是一个不断试错的过程,也只是一种定性的研究。在这个过程中,会消耗大量的资源进行多次构象筛选,以在分子构象水平上进一步分析各药物待选配体的情况。
因此,如何便捷、直观、迅速地实现展示构象筛选的结果,是亟待解决的技术问题。
发明内容
有鉴于此,本公开提出了一种分子构象的展示方法及装置、介质,使得用户通过简单的操作就能够便捷、直观、迅速地获取到构象筛选的结果。
根据本公开的一方面,提供了一种分子构象的展示方法,包括:在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下,进行针对所述目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对所述多个配体的筛选结果,所述筛选结果包括多个分子构象;基于针对所述多个配体的筛选结果展示结果界面,所述结果界面展示有配体列表和三维结构图,所述配体列表展示有所述多个配体,所述三维结构图展示有受体、第一配体的默认展示构象以及所述受体与所述第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,所述第一配体为所述配体列表中展示的多个配体中突出展示的一个配体;在根据配体选择操作从所述配体列表中确定出不同于所述第一配体的第二配体的情况下,在所述三维结构图中增加展示所述第二配体的默认展示构象、所述第二配体的默认展示构象与所述受体之间的相对位置关系、所述第二配体的默认展示构象与所述第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系。
这样,通过在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下,进行针对目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对多个配体的筛选结果,并基于针对多个配体的筛选结果展示结果界面,从而在根据配体选择操作从配体列表中确定出不同于第一配体的第二配体的情况下,在三维结构图中增加展示第二配体的默认展示构象、第二配体的默认展示构象与受体之间的相对位置关系、第二配体的默认展示构象与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,筛选结果包括多个分子构象,结果界面展示有配体列表和三维结构图,配体列表展示有多个配体,三维结构图展示有受体、第一配体的默认展示构象以及受体与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,第一配体为配体列表中展示的多个配体中突出展示的一个配体,这样,在整个构象筛选的过程中,用户所需进行的操作少且简单,只需通过简单的操作就能够便捷、直观、迅速地获取到构象筛选的结果,方便用户根据结果界面查看配体的构象以及受体与配体的构象之间的相对位置关系,有助于用户根据结果界面所展示的内容检查配体与受体结合的位置情况,快速筛选出更优选的配体的构象,进而筛选出更优选的药物待选配体,大大缩短新药开发流程,并降低新药失败风险。
在一种可能的实现方式中,所述方法还包括:在检测到针对构象筛选控件的触发操作的情况下,展示用于构象筛选的初始界面,所述初始界面中展示有至少一个可选项目;在根据项目选择操作从所述至少一个可选项目中确定出所述目标项目的情况下,展示针对所述目标项目的计算输入提示,所述计算输入提示中展示有多个第一输入框和所述启动控件,不同的第一输入框用于输入不同的计算输入,其中,所述计算输入包括记录描述所述配体的结构文件、筛选所用的筛选数据中的至少一种;根据检测到的针对各所述计算输入框的输入操作,在所述计算输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的计算输入,以在所述启动控件被触发的情况下基于所述计算输入进行所述构象筛选。
这样,通过项目选择操作确定出目标项目,并根据计算输入提示确定出针对目标项目的计算输入,以实现在启动控件被触发的情况下能够基于计算输入进行构象筛选,这个过程中,用户不仅可以从多个可选项目中灵活选择目标项目,还可以在目标项目中选择任意数量的配体以进行后续的构象筛选,并且可以自定义计算输入以确定构象筛选所用的数据,从而能够得到符合用户需求的筛选结果,大大提高了构象筛选的灵活性,在最大程度上满足用户的构象筛选需求。
在一种可能的实现方式中,所述方法还包括:在检测到针对展示于所述结果界面中的输入编辑控件的触发操作的情况下,展示用于针对所述目标项目的可选输入提示,所述可选输入提示中展示有多个第二输入框和所述启动控件,不同的第二输入框用于输入不同的可选输入,所述可选输入包括所述构象筛选所用的通用数据、分子准备数据、分子构象的生成数据、分子对齐数据、网格生成数据、分子对齐打分数据、结果分析数据中的至少一种;根据检测到的针对各所述第二输入框的输入操作,在所述可选输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的可选输入,以在所述启动控件被触发的情况下基于所述计算输入和所述可选输入进行所述构象筛选。
这样,通过触发输入编辑控件来展示可选输入提示,并根据计算输入提示确定出针对目标项目的可选输入,以实现在启动控件被触发的情况下能够基于计算输入和可选输入进行进一步构象筛选,从而满足用户期望进行计算数据微小调整的需求,无需从头开始进行整个构象筛选,在提高构象筛选灵活性的同时有助于节约计算资源。
在一种可能的实现方式中,所述通用数据包括分子对接所用的计算模式,并且/或者,所述分子准备数据包括表示配体名称前缀的数据、表示配体使用方式的数据中的至少一种,并且/或者,所述分子构象的生成数据包括分子构象的创建数量、分子构象的能量阈值、用于表示立体中心信息的数据、分子构象的均方根阈值中的至少一种,并且/或者,所述分子对齐数据包括表示分子构象的对齐方式的数据、表示最大公共子结构的查找方式的数据、查找最大公共子结构的超时时间、表示最大公共子结构中氢原子存在信息的数据、开始查找最大公共子结构的阈值、表示环的完整匹配信息的数据、表示化合价匹配信息的数据、表示环之间的匹配信息的数据、表示原子比较方式的数据、表示化学键比较方式的数据中的至少一种,并且/或者,所述网格生成数据包括网格点之间的距离,并且/或者,所述分子对齐打分数据包括表示氢原子读取信息的数据、分子构象的生成数量、网格点之间的距离、表示受体的柔性信息的数据、表示分子对齐的配置信息的数据中的至少一种,并且/或者,所述结果分析数据包括表示分子标准误差计算情况的数据。
这样,可通过开关、输入框、选择框等形式进行自定义通用数据、分子准备数据、分子构象的生成数据、分子对齐数据、网格生成数据、分子对齐打分数据、结果分析数据中的至少一种,可以方便用户快速设置可选输入。
在一种可能的实现方式中,所述结果界面包括第一区域和第二区域,所述第一区域包括多个子区域,各所述子区域展示有对应的配体和构象浏览控件,所述第二区域展示有所述三维结构图,所述方法还包括:在检测到针对所述构象浏览控件的触发操作的情况下,确定该构象浏览控件对应的第三配体,并基于针对第三配体的筛选结果展示针对该第三配体的分子构象列表,所述分子构象列表展示有第三配体的每个分子构象的描述信息,所述描述信息包括构象名称、构象得分、构象配置中的至少一种。
这样,通过检测到针对构象浏览控件的触发操作并确定该构象浏览控件对应的第三配体、基于针对第三配体的筛选结果展示针对该第三配体的分子构象列表,可以直观地展示用户所选的第三配体的构象筛选结果,方便用户根据结果界面所展示的分子构象列表比较同一配体的各构象与受体结合的位置情况,快速筛选出更优选的配体的构象,进而筛选出更优选的药物待选配体,大大缩短新药开发流程,并降低新药失败风险。
在一种可能的实现方式中,所述方法还包括:在根据构象选择操作从所述分子构象列表中确定出第一分子构象的情况下,在所述三维结构图中展示所述第一分子构象以及所述受体与所述第一分子构象之间的相对位置关系,其中,所述第一分子构象为所述分子构象列表对应的第三配体的其中一个分子构象。
这样,通过检测构象选择操作,将用户在分子构象列表中选择的构象展示在三维结构图中,方便用户直观地查看构象与受体之间的相关位置关系,还能够比较同一配体下的不同构象的位置差异,有助于选择出符合用户实际需求的构象。
在一种可能的实现方式中,各所述子区域还展示有对应配体的构象显示提示,所述构象显示提示包括所述配体的分子构象总数和在所述三维结构图中已展示的分子构象数量,所述方法还包括:在检测到所述三维结构图所展示的同一配体的分子构象数量发生变化的情况下,更新该配体在所述三维结构图中已展示的分子构象数量,并在该配体对应的子区域中突出展示最新的构象显示提示;并且/或者,各所述子区域还展示有对应配体的筛选状态提示,所述筛选状态提示具有不同的第一状态和第二状态,其中,所述筛选状态提示处于第一状态表示该配体已完成所述构象筛选,所述筛选状态提示处于第二状态表示该配体未进行所述构象筛选;并且/或者,所述分子构象列表还展示有针对各分子构象的收藏控件,所述方法还包括:在检测到针对所述收藏控件的触发操作的情况下,将所述收藏控件对应的分子构象作为对应配体的默认展示构象;并且/或者,所述分子构象列表还展示有第一排序控件和第二排序控件,所述方法还包括:在检测到针对所述第一排序控件的触发操作的情况下,以第一顺序展示所述分子构象列表中的各分子构象,其中,所述第一顺序是根据对所述分子构象列表中所有分子构象进行从高到低的排序所确定的分子构象顺序;在检测到针对所述第二排序控件的触发操作的情况下,以第二顺序展示所述分子构象列表中的各分子构象,其中,所述第二顺序是根据对所述分子构象列表中所有分子构象进行从低到高的排序所确定的分子构象顺序;并且/或者,所述方法还包括:在检测到针对所述三维结构图中所述受体或所述分子构象中的位置的调整操作的情况下,以该位置为中心展示所述三维结构图;并且/或者,在检测到针对所述三维结构图的旋转操作的情况下,对所述三维结构图进行旋转;并且/或者,在检测到针对所述三维结构图的缩放操作的情况下,对所述三维结构图的展示尺寸进行放大或缩小。
这样,在三维结构图中显示过多的构象数量的情况下,难以用肉眼确定已展示构象的数量,通过构象显示提示可以帮助用户直观地了解到当前已展示构象的数量;并且/或者,通过设置对应各配体的筛选状态提示,能够直观地区分已完成构象筛选的配体和未完成构象筛选的配体,方便用户在二次构象筛选时选择合适的配体进行筛选,而无需整个目标项目的所有配体都重新筛选,在提高构象筛选灵活性的同时有助于节约计算资源;并且/或者,通过收藏控件的设置,方便用户收藏合适的配体,有助于下次查看结果界面时迅速地获取到历史收藏的构象;并且/或者,这样,通过设置第一排序控件和第二排序控件,能够迅速实现各分子构象的排序,以满足用户的浏览需求,有助于用户筛选出合适的分子构象,操作简单;并且/或者,在面对较大的三维结构图时,可以通过这样的调整操作快速地将所需进一步查看的结构定位至展示区域的中心,进而方便用户继续放大三维结构图以满足查看需求;并且/或者,通过进行针对三维结构图的旋转操作的检测,能够及时响应用户的旋转三维结构图额需求;并且/或者,通过进行针对三维结构图的缩放操作的检测,能够及时响应用户的缩放三维结构图的需求。
根据本公开的另一方面,提供了一种分子构象的展示装置,包括:构象筛选模块,所述构象筛选模块被配置为在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下,进行针对所述目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对所述多个配体的筛选结果,所述筛选结果包括多个分子构象;第一展示模块,所述第一展示模块被配置为基于针对所述多个配体的筛选结果展示结果界面,所述结果界面展示有配体列表和三维结构图,所述配体列表展示有所述多个配体,所述三维结构图展示有受体、第一配体的默认展示构象以及所述受体与所述第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,所述第一配体为所述配体列表中展示的多个配体中突出展示的一个配体;第二展示模块,所述第二展示模块被配置为在根据配体选择操作从所述配体列表中确定出不同于所述第一配体的第二配体的情况下,在所述三维结构图中增加展示所述第二配体的默认展示构象、所述第二配体的默认展示构象与所述受体之间的相对位置关系、所述第二配体的默认展示构象与所述第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系。
这样,通过构象筛选模块在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下,进行针对目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对多个配体的筛选结果,并通过第一展示模块基于针对多个配体的筛选结果展示结果界面,从而通过第二展示模块在根据配体选择操作从配体列表中确定出不同于第一配体的第二配体的情况下,在三维结构图中增加展示第二配体的默认展示构象、第二配体的默认展示构象与受体之间的相对位置关系、第二配体的默认展示构象与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,筛选结果包括多个分子构象,结果界面展示有配体列表和三维结构图,配体列表展示有多个配体,三维结构图展示有受体、第一配体的默认展示构象以及受体与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,第一配体为配体列表中展示的多个配体中突出展示的一个配体,这样,在整个构象筛选的过程中,用户所需进行的操作少且简单,只需通过简单的操作就能够便捷、直观、迅速地获取到构象筛选的结果,方便用户根据结果界面查看配体的构象以及受体与配体的构象之间的相对位置关系,有助于用户根据结果界面所展示的内容检查配体与受体结合的位置情况,快速筛选出更优选的配体的构象,进而筛选出更优选的药物待选配体,大大缩短新药开发流程,并降低新药失败风险。
在一种可能的实现方式中,所述装置还包括第一确定模块,所述第一确定模块被配置为:在检测到针对构象筛选控件的触发操作的情况下,展示用于构象筛选的初始界面,所述初始界面中展示有至少一个可选项目;在根据项目选择操作从所述至少一个可选项目中确定出所述目标项目的情况下,展示针对所述目标项目的计算输入提示,所述计算输入提示中展示有多个第一输入框和所述启动控件,不同的第一输入框用于输入不同的计算输入,其中,所述计算输入包括记录描述所述配体的结构文件、筛选所用的筛选数据中的至少一种;根据检测到的针对各所述计算输入框的输入操作,在所述计算输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的计算输入,以在所述启动控件被触发的情况下基于所述计算输入进行所述构象筛选。
这样,通过项目选择操作确定出目标项目,并根据计算输入提示确定出针对目标项目的计算输入,以实现在启动控件被触发的情况下能够基于计算输入进行构象筛选,这个过程中,用户不仅可以从多个可选项目中灵活选择目标项目,还可以在目标项目中选择任意数量的配体以进行后续的构象筛选,并且可以自定义计算输入以确定构象筛选所用的数据,从而能够得到符合用户需求的筛选结果,大大提高了构象筛选的灵活性,在最大程度上满足用户的构象筛选需求。
在一种可能的实现方式中,所述装置还包括第二确定模块,所述第二确定模块被配置为:在检测到针对展示于所述结果界面中的输入编辑控件的触发操作的情况下,展示用于针对所述目标项目的可选输入提示,所述可选输入提示中展示有多个第二输入框和所述启动控件,不同的第二输入框用于输入不同的可选输入,所述可选输入包括所述构象筛选所用的通用数据、分子准备数据、分子构象的生成数据、分子对齐数据、网格生成数据、分子对齐打分数据、结果分析数据中的至少一种;根据检测到的针对各所述第二输入框的输入操作,在所述可选输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的可选输入,以在所述启动控件被触发的情况下基于所述计算输入和所述可选输入进行所述构象筛选。
这样,通过触发输入编辑控件来展示可选输入提示,并根据计算输入提示确定出针对目标项目的可选输入,以实现在启动控件被触发的情况下能够基于计算输入和可选输入进行进一步构象筛选,从而满足用户期望进行计算数据微小调整的需求,无需从头开始进行整个构象筛选,在提高构象筛选灵活性的同时有助于节约计算资源。
在一种可能的实现方式中,所述通用数据包括分子对接所用的计算模式,并且/或者,所述分子准备数据包括表示配体名称前缀的数据、表示配体使用方式的数据中的至少一种,并且/或者,所述分子构象的生成数据包括分子构象的创建数量、分子构象的能量阈值、用于表示立体中心信息的数据、分子构象的均方根阈值中的至少一种,并且/或者,所述分子对齐数据包括表示分子构象的对齐方式的数据、表示最大公共子结构的查找方式的数据、查找最大公共子结构的超时时间、表示最大公共子结构中氢原子存在信息的数据、开始查找最大公共子结构的阈值、表示环的完整匹配信息的数据、表示化合价匹配信息的数据、表示环之间的匹配信息的数据、表示原子比较方式的数据、表示化学键比较方式的数据中的至少一种,并且/或者,所述网格生成数据包括网格点之间的距离,并且/或者,所述分子对齐打分数据包括表示氢气读取信息的数据、分子构象的生成数量、网格点之间的距离、表示受体的柔性信息的数据、表示分子对齐的配置信息的数据中的至少一种,并且/或者,所述结果分析数据包括表示分子标准误差计算情况的数据。
这样,可通过开关、输入框、选择框等形式进行自定义通用数据、分子准备数据、分子构象的生成数据、分子对齐数据、网格生成数据、分子对齐打分数据、结果分析数据中的至少一种,可以方便用户快速设置可选输入。
在一种可能的实现方式中,所述结果界面包括第一区域和第二区域,所述第一区域包括多个子区域,各所述子区域展示有对应的配体和构象浏览控件,所述第二区域展示有所述三维结构图,所述装置还包括第三展示模块,所述第三展示模块被配置为:在检测到针对所述构象浏览控件的触发操作的情况下,确定该构象浏览控件对应的第三配体,并基于针对第三配体的筛选结果展示针对该第三配体的分子构象列表,所述分子构象列表展示有第三配体的每个分子构象的描述信息,所述描述信息包括构象名称、构象得分、构象配置中的至少一种。
这样,通过检测到针对构象浏览控件的触发操作并确定该构象浏览控件对应的第三配体、基于针对第三配体的筛选结果展示针对该第三配体的分子构象列表,可以直观地展示用户所选的第三配体的构象筛选结果,方便用户根据结果界面所展示的分子构象列表比较同一配体的各构象与受体结合的位置情况,快速筛选出更优选的配体的构象,进而筛选出更优选的药物待选配体,大大缩短新药开发流程,并降低新药失败风险。
在一种可能的实现方式中,所述装置还包括第四展示模块,所述第四展示模块被配置为:在根据构象选择操作从所述分子构象列表中确定出第一分子构象的情况下,在所述三维结构图中展示所述第一分子构象以及所述受体与所述第一分子构象之间的相对位置关系,其中,所述第一分子构象为所述分子构象列表对应的第三配体的其中一个分子构象。
这样,通过检测构象选择操作,将用户在分子构象列表中选择的构象展示在三维结构图中,方便用户直观地查看构象与受体之间的相关位置关系,还能够比较同一配体下的不同构象的位置差异,有助于选择出符合用户实际需求的构象。
在一种可能的实现方式中,各所述子区域还展示有对应配体的构象显示提示,所述构象显示提示包括所述配体的分子构象总数和在所述三维结构图中已展示的分子构象数量,所述装置还包括更新模块,所述更新模块被配置为:在检测到所述三维结构图所展示的同一配体的分子构象数量发生变化的情况下,更新该配体在所述三维结构图中已展示的分子构象数量,并在该配体对应的子区域中突出展示最新的构象显示提示;并且/或者,各所述子区域还展示有对应配体的筛选状态提示,所述筛选状态提示具有不同的第一状态和第二状态,其中,所述筛选状态提示处于第一状态表示该配体已完成所述构象筛选,所述筛选状态提示处于第二状态表示该配体未进行所述构象筛选;并且/或者,所述分子构象列表还展示有针对各分子构象的收藏控件,所述装置还包括第三确定模块,所述第三确定模块被配置为:在检测到针对所述收藏控件的触发操作的情况下,将所述收藏控件对应的分子构象作为对应配体的默认展示构象;并且/或者,所述分子构象列表还展示有第一排序控件和第二排序控件,所述装置还包括排序模块,所述排序模块被配置为:在检测到针对所述第一排序控件的触发操作的情况下,以第一顺序展示所述分子构象列表中的各分子构象,其中,所述第一顺序是根据对所述分子构象列表中所有分子构象进行从高到低的排序所确定的分子构象顺序;在检测到针对所述第二排序控件的触发操作的情况下,以第二顺序展示所述分子构象列表中的各分子构象,其中,所述第二顺序是根据对所述分子构象列表中所有分子构象进行从低到高的排序所确定的分子构象顺序;并且/或者,所述装置还包括调整模块,所述调整模块被配置为:在检测到针对所述三维结构图中所述受体或所述分子构象中的位置的调整操作的情况下,以该位置为中心展示所述三维结构图;并且/或者,在检测到针对所述三维结构图的旋转操作的情况下,对所述三维结构图进行旋转;并且/或者,在检测到针对所述三维结构图的缩放操作的情况下,对所述三维结构图的展示尺寸进行放大或缩小。
这样,在三维结构图中显示过多的构象数量的情况下,难以用肉眼确定已展示构象的数量,通过构象显示提示可以帮助用户直观地了解到当前已展示构象的数量;并且/或者,通过设置对应各配体的筛选状态提示,能够直观地区分已完成构象筛选的配体和未完成构象筛选的配体,方便用户在二次构象筛选时选择合适的配体进行筛选,而无需整个目标项目的所有配体都重新筛选,在提高构象筛选灵活性的同时有助于节约计算资源;并且/或者,通过收藏控件的设置,方便用户收藏合适的配体,有助于下次查看结果界面时迅速地获取到历史收藏的构象;并且/或者,这样,通过设置第一排序控件和第二排序控件,能够迅速实现各分子构象的排序,以满足用户的浏览需求,有助于用户筛选出合适的分子构象,操作简单;并且/或者,在面对较大的三维结构图时,可以通过这样的调整操作快速地将所需进一步查看的结构定位至展示区域的中心,进而方便用户继续放大三维结构图以满足查看需求;并且/或者,通过进行针对三维结构图的旋转操作的检测,能够及时响应用户的旋转三维结构图额需求;并且/或者,通过进行针对三维结构图的缩放操作的检测,能够及时响应用户的缩放三维结构图的需求。
根据本公开的另一方面,提供了一种分子构象的展示装置,包括:处理器;用于存储处理器可执行指令的存储器;其中,所述处理器被配置为在执行所述存储器存储的指令时,实现上述分子构象的展示方法。
根据本公开的另一方面,提供了一种非易失性计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序指令,其中,所述计算机程序指令被处理器执行时实现上述分子构象的展示方法。
根据下面参考附图对示例性实施例的详细说明,本公开的其它特征及方面将变得清楚。
附图说明
包含在说明书中并且构成说明书的一部分的附图与说明书一起示出了本公开的示例性实施例、特征和方面,并且用于解释本公开的原理。
图1示出根据本公开实施例提供的分子构象的展示方法的流程图。
图2至图13示出根据本公开实施例提供的分子构象的展示方法中界面的示意图。
图14示出根据本公开实施例提供的分子构象的展示装置的框图。
图15示出根据本公开实施例提供的用于执行分子构象的展示方法的框图。
具体实施方式
以下将参考附图详细说明本公开的各种示例性实施例、特征和方面。附图中相同的附图标记表示功能相同或相似的元件。尽管在附图中示出了实施例的各种方面,但是除非特别指出,不必按比例绘制附图。在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。另外,为了更好的说明本公开,在下文的具体实施方式中给出了众多的具体细节。本领域技术人员应当理解,没有某些具体细节,本公开同样可以实施。在一些实例中,对于本领域技术人员熟知的方法、手段、元件和电路未作详细描述,以便于凸显本公开的主旨。
为解决上述技术问题,本公开实施例提供一种分子构象的展示方法,通过在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下,进行针对目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对多个配体的筛选结果,并基于针对多个配体的筛选结果展示结果界面,从而在根据配体选择操作从配体列表中确定出不同于第一配体的第二配体的情况下,在三维结构图中增加展示第二配体的默认展示构象、第二配体的默认展示构象与受体之间的相对位置关系、第二配体的默认展示构象与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,筛选结果包括多个分子构象,结果界面展示有配体列表和三维结构图,配体列表展示有多个配体,三维结构图展示有受体、第一配体的默认展示构象以及受体与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,第一配体为配体列表中展示的多个配体中突出展示的一个配体,这样,在整个构象筛选的过程中,用户所需进行的操作少且简单,只需通过简单的操作就能够便捷、直观、迅速地获取到构象筛选的结果,方便用户根据结果界面查看配体的构象以及受体与配体的构象之间的相对位置关系,有助于用户根据结果界面所展示的内容检查配体与受体结合的位置情况,快速筛选出更优选的配体的构象,进而筛选出更优选的药物待选配体,大大缩短新药开发流程,并降低新药失败风险。
图1示出根据本公开实施例提供的分子构象的展示方法的流程图。如图1所示,该分子构象的展示方法可包括下述步骤S101至步骤S103。
步骤S101、在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下,进行针对目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对多个配体的筛选结果。
步骤S102、基于针对多个配体的筛选结果展示结果界面。
步骤S103、在根据配体选择操作从配体列表中确定出不同于第一配体的第二配体的情况下,在三维结构图中增加展示第二配体的默认展示构象、第二配体的默认展示构象与受体之间的相对位置关系、第二配体的默认展示构象与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系。
图2和图3示出根据本公开实施例提供的分子力场展示方法中界面的示意图。筛选结果可包括多个分子构象。结果界面可展示有配体列表和三维结构图。如图2所示,结果界面I1可包括第一区域A1和第二区域A2,在第一区域A1中展示有配体列表,在第二区域A2中展示有三位结构图。配体列表展示有多个配体。如图2所示,第一区域A1可包括多个子区域B1,每个子区域B1展示有一个配体,不同子区域B1所展示的配体不同。三维结构图展示有受体、第一配体的默认展示构象以及受体与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,第一配体为配体列表中展示的多个配体中突出展示的一个配体。如图2所示,配体名称为“ejm_45”的配体在当前配体列表中为突出展示的配体,该配体即为第一配体,在第二区域A2所展示的三维结构图中可展示有受体、第一配体的默认展示构象、受体与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系。一般,第一配体可默认设置为参考配体,也可以根据用户实际需求进行选择其他配体,本公开实施例对此不做限定。在根据配体选择操作从配体列表中确定出第二配体即图3中配体名称为“ejm_47”的配体的情况下,如图3所示,可以在原来展示有受体、第一配体的默认展示构象、受体与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系的三维结构图中增加展示第二配体的默认展示构象、第二配体的默认展示构象与受体之间的相对位置关系、第二配体的默认展示构象与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系。
这样,通过步骤S101能够在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下进行针对目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对多个配体的筛选结果,筛选结果可包括多个分子构象,通过步骤S102能够基于针对多个配体的筛选结果展示结果界面,结果界面可展示有配体列表和三维结构图,配体列表展示有多个配体,三维结构图展示有受体、第一配体的默认展示构象以及受体与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,第一配体为配体列表中展示的多个配体中突出展示的一个配体,通过步骤S103能够在根据配体选择操作从配体列表中确定出不同于第一配体的第二配体的情况下,在三维结构图中增加展示第二配体的默认展示构象、第二配体的默认展示构象与受体之间的相对位置关系、第二配体的默认展示构象与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,从而在整个构象筛选的过程中,用户所需进行的操作少且简单,只需通过简单的操作就能够便捷、直观、迅速地获取到构象筛选的结果,方便用户根据结果界面查看配体的构象以及受体与配体的构象之间的相对位置关系,有助于用户根据结果界面所展示的内容检查配体与受体结合的位置情况,快速筛选出更优选的配体的构象,进而筛选出更优选的药物待选配体,大大缩短新药开发流程,并降低新药失败风险。
图4-图13示出根据本公开实施例提供的分子构象的展示方法中界面的示意图。以下结合图1-图13对本公开实施例提供的分子构象的展示方法进行示意性说明。
在一种可能的实现方式中,在进行构象筛选的过程中,可展示用于构象筛选的首页。首页中可设置有构象筛选控件。在为用户展示首页的过程中,在检测到针对构象筛选控件的触发操作的情况下,可以展示用于构象筛选的初始界面。在初始界面中,可以展示有至少一个可选项目。在为用户展示初始界面的过程中,可以进行项目选择操作的检测。举例来说,项目选择操作可以是针对某一个可选项目的单击操作、双击操作等其他有针对性的选择操作,以基于项目选择操作能够确定出目标项目。这样,在检测到项目选择操作的情况下,可以从至少一个可选项目中确定出目标项目。其中,用于构象筛选的首页、初始界面可根据实际需求灵活设置,本公开实施例对此不做限制。
在一种可能的实现方式中,在根据项目选择操作从至少一个可选项目中确定出目标项目的情况下,可在初始界面中展示目标项目中与受体结合的各配体。举例来说,在初始界面的某一区域中,可展示目标项目中与受体结合的各配体的相关信息,相关信息可以是配体的结构式和名称。这样,方便用户通过选择其中一个或多个配体进行构象筛选,从而避免计算资源的过度使用。针对被选中并完成构象筛选的配体,在后续结果界面的展示过程中,可展示各配体的筛选状态提示,以区分已完成构象筛选的配体和未完成构象筛选的配体,此处先不做展开,详见后文。
在一种可能的实现方式中,在根据项目选择操作从至少一个可选项目中确定出目标项目的情况下,可以展示针对目标项目的计算输入提示。计算输入提示可以展示在初始界面中的某一区域中,也可以弹出对话框的形式展示,本公开实施例对此不做限制,用户可根据实际需求和/或偏好设置展示计算输入提示的位置和形式。在计算输入提示中,可以展示有多个第一输入框和启动控件。不同的第一输入框用于输入不同的计算输入,计算输入可包括但不限于记录描述配体的结构文件、构象筛选所用的筛选数据。启动控件可用于在被触发的情况下启动构象筛选。根据检测到的针对各计算输入框的输入操作,可以在计算输入提示中展示确定出的针对目标项目的计算输入,以在启动控件被触发的情况下可以基于计算输入进行构象筛选。一般,可通过基于计算输入进行的构象筛选实现新建构象筛选任务,新建构象筛选任务中所针对的配体可选择部分或全部。
这样,通过项目选择操作确定出目标项目,并根据计算输入提示确定出针对目标项目的计算输入,以实现在启动控件被触发的情况下能够基于计算输入进行构象筛选,这个过程中,用户不仅可以从多个可选项目中灵活选择目标项目,还可以在目标项目中选择任意数量的配体以进行后续的构象筛选,并且可以自定义计算输入以确定构象筛选所用的数据,从而能够得到符合用户需求的筛选结果,大大提高了构象筛选的灵活性,在最大程度上满足用户的构象筛选需求。
在基于计算输入进行新建的构象筛选任务后,可以基于得到的计算结果展示结果界面。展示的结果界面中可设置有输入编辑控件,例如图4示出的结果界面I1中的输入编辑控件(Editing Parameters)Q1。在一种可能的实现方式中,在检测到针对展示于结果界面中的输入编辑控件的触发操作的情况下,可以展示用于针对目标项目的可选输入提示,例如图4示出的结果界面I1中的可选输入提示(TandemPose)T1。如图4所示,可选输入提示T1可包括展示有多个第二输入框的提示区域T2和启动控件(Submit)Q2。不同的第二输入框可用于输入不同的可选输入,可选输入可包括构象筛选所用的通用数据(common)、分子准备数据(ligands_prepare)、分子构象的生成数据(gen_conformers)、分子对齐数据(mcss_align)、网格生成数据(grid_generation)、分子对齐打分数据(docking)、结果分析数据(analysis)中的至少一种。启动控件可用于在被触发的情况下启动构象筛选。根据检测到的针对各第二输入框的输入操作,在可选输入提示中展示确定出的针对目标项目的可选输入,以在启动控件被触发的情况下基于计算输入和可选输入进行构象筛选。一般,可通过基于计算输入和可选输入进行的构象筛选实现进一步构象筛选任务,在得到基于计算输入得到的筛选结果后,进一步利用可选输入再次进行构象筛选能够满足用户对需求的微小调整,而无需重新从头计算,大大节约了计算资源。
这样,通过触发输入编辑控件来展示可选输入提示,并根据计算输入提示确定出针对目标项目的可选输入,以实现在启动控件被触发的情况下能够基于计算输入和可选输入进行进一步构象筛选,从而满足用户期望进行计算数据微小调整的需求,无需从头开始进行整个构象筛选,在提高构象筛选灵活性的同时有助于节约计算资源。
在一种可能的实现方式中,通用数据(common)可包括分子对接所用的计算模式,例如dockcalc、freedock、remove_receptor_H。可设置独立的具有开启状态或关闭状态的开关控件以便于用户通过控制开关控件的启闭,来设置分子对接所用的计算模式,例如图5中对应dockcalc的开关控件为开启状态,这意味着用户选择开启dockcalc进行分子对接。同理于dockcalc,也可为freedock、remove_receptor_H设置对应的具有开启状态或关闭状态的开关控件,此处不再赘述。这样,通过开关的形式可以方便用户快速设置可选输入中的通用数据。举例来说,如图5所示,对应remove_receptor_H的开关控件Q3处于开启状态,这意味着用户选择在分子对接的时候移除受体(蛋白质)中的氢原子。
在一种可能的实现方式中,分子准备数据(ligands_prepare)可包括表示配体名称前缀的数据(Prefix)、表示配体使用方式的数据(method)中的至少一种。可为表示配体名称前缀的数据(Prefix)设置输入框以方便用户自定义配体名称的前缀。可为表示配体使用方式的数据(method)设置选项框来确定使用何种配体使用方式(例如rdkit、obabel)以进行构象筛选。这样,通过输入框、选项框的形式可以方便用户快速设置可选输入中的分子准备数据。举例来说,如图6所示,可为表示配体使用方式的数据(method)设置输入框,可为表示配体使用方式的数据(method)设置选项(rdkit、obabel)以供用户选择,图6中对应obabel的选项为突出展示,这意味着在配体使用方式为obabel的前提下进行构象筛选。
在一种可能的实现方式中,分子构象的生成数据(gen_conformers)可包括分子构象的创建数量(confnum)、分子构象的能量阈值(confenergymax)、用于表示立体中心信息的数据(nostrictstereo)、分子构象的均方根阈值(rms)中的至少一种。可为分子构象的创建数量(confnum)设置输入框以方便用户自定义构象筛选任务需要创建多少个符合者构象。可为分子构象的能量阈值(confenergymax)设置输入框以方便用户自定义构象的最大能量值。可为表示立体中心信息的数据(nostrictstereo)设置独立的具有开启状态或关闭状态的开关控件,以指示是否要求指定立体中心。可为分子构象的均方根阈值(rms)设置输入框以方便用户自定义生成的构象最小均方根阈值,使得生成的构象需要满足该最小均方根阈值,才能生成构象。这样,通过输入框、开关的形式可以方便用户快速设置可选输入中的分子构象的生成数据。举例来说,如图7所示,可为nostrictstereo该数据设置开关控件Q4,图7中对应nostrictstereo该数据的开关控件Q4处于关闭状态,这意味着在不要求指定立体中心的前提下进行构象筛选。
在一种可能的实现方式中,分子对齐数据(mcss_align)可包括表示分子构象的对齐方式的数据(method)、表示最大公共子结构的查找方式的数据(mcs)、查找最大公共子结构的超时时间(timeout)、表示最大公共子结构中氢原子存在信息的数据(removeHs)、开始查找最大公共子结构的阈值(threshold)、表示环的完整匹配信息的数据(completeRingsOnly)、表示化合价匹配信息的数据(matchValences)、表示环之间的匹配信息的数据(ringMatchesRingOnly)、表示原子比较方式的数据(atomCompare)、表示化学键比较方式的数据(bondCompare)中的至少一种。可为表示分子构象的对齐方式的数据(method)设置选项框来确定使用何种分子构象的对齐方式(例如rdkitmcs、pharmalign、shapealign)。可为表示最大公共子结构的查找方式的数据(mcs)设置选项框来确定使用何种查找最大公共子结构的方式(例如pair-wise、combined)。可为查找最大公共子结构的超时时间(timeout)设置输入框以方便用户自定义查找最大公共子结构的超时时间。可为表示最大公共子结构中氢原子存在信息的数据(removeHs)设置独立的具有开启状态或关闭状态的开关控件,以指示查找最大公共子结构时是否移除氢原子。可为开始查找最大公共子结构的阈值(threshold)设置输入框以方便用户自定义阈值,以成功生成构象。可为表示环的完整匹配信息的数据(completeRingsOnly)设置独立的具有开启状态或关闭状态的开关控件,以指示是否需要完整匹配上的环。可为表示化合价匹配信息的数据(matchValences)设置独立的具有开启状态或关闭状态的开关控件,以指示是否匹配化合价信息。可为表示环之间的匹配信息的数据(ringMatchesRingOnly)设置独立的具有开启状态或关闭状态的开关控件,以指示是否让环相互匹配。可为表示原子比较方式的数据(atomCompare)设置选项框来确定使用何种原子比较方式(例如CompareIsotopes、CompareElements)。可为表示化学键比较方式的数据(bondCompare)设置选项框来确定使用何种化学键比较方式(例如CompareOrder、CompareOrderExact)。这样,通过输入框、开关、选项框的形式可以方便用户快速设置可选输入中的分子对齐数据。举例来说,如图8所示,可为ringMatchesRingOnly该数据设置开关控件Q5,图8中对应ringMatchesRingOnly该数据的开关控件Q5处于开启状态,这意味着在令环相互匹配的前提下进行构象筛选。
在一种可能的实现方式中,网格生成数据(grid_generation)可包括网格点之间的距离(gridspace)、网格的生成方式(site_mapper)中的至少一种。可为网格点之间的距离(gridspace)设置输入框以方便用户自定义网格点之间的距离。可为网格的生成方式(site_mapper)设置选项框来确定何种生成网格的方式(例如RbtSphereSiteMapper、RbtLigandSiteMapper)。这样,通过输入框、选项框的形式可以方便用户快速设置可选输入中的网格生成数据。举例来说,如图9所示,可为gridspace该数据设置输入框以方便用户自定义网格点之间的距离,例如图9中该输入框中为0.3,也就是说,在构象筛选过程中,生成的网格满足网格点之间的距离为0.3。
在一种可能的实现方式中,分子对齐打分数据(docking)包括表示氢原子读取信息的数据(allH)、分子构象的生成数量(numposes)、网格点之间的距离(gridspace)、表示受体的柔性信息的数据(receptor_flex)、表示分子对齐的配置信息的数据(inter)中的至少一种。可为表示氢气读取信息的数据(allH)设置独立的具有开启状态或关闭状态的开关控件,以指示是否读取所有氢气。可为分子构象的生成数量(numposes)设置输入框以方便用户自定义生成的构象数量。可为网格点之间的距离(gridspace)设置输入框以方便用户自定义网格点之间的距离。可为表示受体的柔性信息的数据(receptor_flex)设置选项框来确定选择何数值的受体柔性值,例如图10中对应于receptor_flex的选项框被选择为3.0,这表示分子对接的范围内受体上OH和NH3+基团是柔性的。可为表示分子对齐的配置信息的数据(inter)设置选项框来确定使用何种参数文件(例如RbtInterIdxSF.prm、RbtSolvIdxSF.prm)。举例来说,如图10所示,可为numposes该数据设置输入框以方便用户自定义生成的构象数量,例如图10中该输入框中为20,也就是说,针对各配体进行构象筛选后生成20个构象。
在一种可能的实现方式中,结果分析数据(analysis)包括表示分子标准误差计算情况的数据(rmsd)。可为表示分子标准误差计算情况的数据(rmsd)设置独立的具有开启状态或关闭状态的开关控件,以指示是否计算分子标准误差的值。举例来说,如图11所示,可为rmsd该数据设置开关控件Q6以方便用户自定义是否计算分子标准误差的值,例如图11中该开关控件Q6处于关闭状态,这意味着不计算分子标准误差的值。
在一种可能的实现方式中,可选输入还可包括自定义数据(Manual Poses)。自定义数据可包括记录描述有数据集配体构象(Dataset Ligand Poses)的文件和参考配体(Reference Ligand)的文件。
在结果界面中,除了展示对应的配体之外,如图12所示,第一区域A1的各个子区域B1还展示有构象浏览控件Q7。通过触发构象浏览控件可以浏览对应于该触发构象浏览控件的配体的构象列表(Ligand Poses)。
在一种可能的实现方式中,在为用户展示结果界面的过程中,在检测到针对构象浏览控件的触发操作的情况下,可以确定该构象浏览控件对应的第三配体,并可基于针对第三配体的筛选结果展示针对该第三配体的分子构象列表。举例来说,针对构象浏览控件的触发操作可以是单击操作、双击操作等其他操作。分子构象列表可展示有第三配体的每个分子构象的描述信息,描述信息可包括构象名称(Pose)、构象得分(Score)、构象配置(Source)中的至少一种。无论当前被触发的构象浏览控件是不是当前三维结构图里所展示的配体,都可以展示该构象浏览控件对应的配体的构象列表。换句话说,第三配体可以是第一配体或第二配体,也可以是不同于第一配体和第二配体的其他配体。举例来说,如图12所示,在检测到针对配体名称为“ejm_42”的配体对应的构象浏览控件Q7的触发操作的情况下,可在结果界面I1的第三区域A3中展示配体名称为“ejm_42”的配体的构象列表。
这样,通过检测到针对构象浏览控件的触发操作并确定该构象浏览控件对应的第三配体、基于针对第三配体的筛选结果展示针对该第三配体的分子构象列表,可以直观地展示用户所选的第三配体的构象筛选结果,方便用户根据结果界面所展示的分子构象列表比较同一配体的各构象与受体结合的位置情况,快速筛选出更优选的配体的构象,进而筛选出更优选的药物待选配体,大大缩短新药开发流程,并降低新药失败风险。
在一种可能的实现方式中,在展示分子构象列表的过程中,可以进行构象选择操作的检测。在根据构象选择操作从分子构象列表中确定出第一分子构象的情况下,可以在三维结构图中展示第一分子构象以及受体与第一分子构象之间的相对位置关系。其中,第一分子构象为分子构象列表对应的第三配体的其中一个分子构象。举例来说,如图12所示,在展示针对配体名称为“ejm_42”的配体对应的分子构象列表(即图13中的“Ligand Poses-ejm_42”)的过程中,根据构象选择操作确定出第一分子构象为名称为“pose16”的构象,从而可以在三维结构图中的展示第一分子构象、受体与第一分子构象之间的相对位置关系。在三维结构图已经展示有该配体名称为“ejm_42”的配体的名称为“pose20”的构象即图13中的第二分子构象的情况下,可以在图12示出的三维结构图中直观地看出这两个构象(名称为“pose20”的构象、名称为“pose16”的构象)的位置差异,以便于用户对比,选择更合适的构象。这样,通过检测构象选择操作,将用户在分子构象列表中选择的构象展示在三维结构图中,方便用户直观地查看构象与受体之间的相关位置关系,还能够比较同一配体下的不同构象的位置差异,有助于选择出符合用户实际需求的构象。
在结果界面中,除了展示对应的配体和构象浏览控件之外,如图12所示,第一区域A1的各个子区域B1还展示有构象显示提示Q8。构象显示提示可包括配体的分子构象总数和在三维结构图中已展示的分子构象数量。
在一种可能的实现方式中,在检测到三维结构图所展示的同一配体的分子构象数量发生变化的情况下,可以更新该配体在三维结构图中已展示的分子构象数量,并在该配体对应的子区域中突出展示最新的构象显示提示。举例来说,图13示出的三维结构图展示有第三配体(即配体名称为“ejm_42”的配体)的1个分子构象(第二分子构象即名称为“pose20”的构象),此时,对应于该第三配体的构象显示提示Q8为“1/20”,其中,“1”表示该第三配体在三维结构图中已展示的分子构象数量为1个,“20”表示该第三配体的构象总数为20。在根据构象选择操作从分子构象列表中确定出第一分子构象(即名称为“pose16”的构象)的情况下,可以在三维结构图中展示第一分子构象以及受体与第一分子构象之间的相对位置关系,此时可以检测到三维结构图所展示的第三配体的分子构象数量发生了变化(即从原来的1个变化为现在的2个)。在这种情况下,可以更新第三配体在三维结构图中已展示的分子构象数量并在第三配体对应的子区域中突出展示最新的构象显示提示,即图12示出的该第三配体的构象显示提示Q8为“2/20”,其中,“2”表示该第三配体在三维结构图中已展示的分子构象数量为2个,“20”表示该第三配体的构象总数为20。这样,在三维结构图中显示过多的构象数量的情况下,难以用肉眼确定已展示构象的数量,通过构象显示提示可以帮助用户直观地了解到当前已展示构象的数量。
在一种可能的实现方式中,在结果界面中,除了展示对应的配体、构象浏览控件、构象显示提示之外,如图12所示,第一区域A1的各个子区域B1还展示有对应配体的筛选状态提示Q9。筛选状态提示可具有不同的第一状态和第二状态,其中,筛选状态提示处于第一状态表示该配体已完成构象筛选,筛选状态提示处于第二状态表示该配体未进行构象筛选。举例来说,如图12所示,已完成构象筛选的第三配体对应的筛选状态提示Q9处于第一状态即筛选状态提示Q9为绿色高亮,而未完成构象筛选的配体对应的筛选状态提示则处于第一状态(可以是红色高亮,未图示)。其中,绿色高亮、红色高亮仅为举例说明,本公开实施例对此不做限制,用户可根据实际需求和/或偏好设置状态的表现形式以区分第一状态和第二状态即可。这样,通过设置对应各配体的筛选状态提示,能够直观地区分已完成构象筛选的配体和未完成构象筛选的配体,方便用户在二次构象筛选时选择合适的配体进行筛选,而无需整个目标项目的所有配体都重新筛选,在提高构象筛选灵活性的同时有助于节约计算资源。
如图13所示,在结果界面I1的第三区域A3中所展示分子构象列表里,还可以展示有针对各分子构象的收藏控件Q10(例如图13中的红色五角星)。
在一种可能的实现方式中,在检测到针对收藏控件的触发操作的情况下,可以将收藏控件对应的分子构象作为对应配体的默认展示构象。可以立即刷新结果界面并在刷新后的结果界面中展示该默认展示构象,也可以在下一次展示结果界面时展示该默认展示构象,本公开实施例对此不做限定,用户可根据实际需求和/或偏好设置刷新时间。这样,通过收藏控件的设置,方便用户收藏合适的配体,有助于下次查看结果界面时迅速地获取到历史收藏的构象。
分子构象列表还可展示有第一排序控件和第二排序控件。在一种可能的实现方式中,在检测到针对第一排序控件的触发操作的情况下,可以第一顺序展示分子构象列表中的各分子构象,其中,第一顺序是根据对分子构象列表中所有分子构象进行从高到低的排序所确定的分子构象顺序。在检测到针对第二排序控件的触发操作的情况下,可以第二顺序展示分子构象列表中的各分子构象,其中,第二顺序是根据对分子构象列表中所有分子构象进行从低到高的排序所确定的分子构象顺序。进行排序的依据可以是各分子构象的名称的首字母,也可以是分子构象得分,本公开实施例对此不做限定。这样,通过设置第一排序控件和第二排序控件,能够迅速实现各分子构象的排序,以满足用户的浏览需求,有助于用户筛选出合适的分子构象,操作简单。
在一种可能的实现方式中,在检测到针对三维结构图中受体或分子构象中的位置的调整操作的情况下,可以该位置为中心展示三维结构图。调整操作可以是单击操作、双击操作等具有定位作用的操作,以在检测到针对三维结构图中受体或分子构象中的位置的调整操作的情况下,将该调整操作所指向的位置作为中心展示三维结构图。这样,在面对较大的三维结构图时,可以通过这样的调整操作快速地将所需进一步查看的结构定位至展示区域的中心,进而方便用户继续放大三维结构图以满足查看需求。
在一种可能的实现方式中,在检测到针对三维结构图的旋转操作的情况下,对三维结构图进行旋转。旋转操作可以是点击三维结构图后滑动鼠标等操作,本领域技术人员可以根据实际需求和/或偏好对旋转操作的实现方式进行设置,本公开实施例对此不作限制。这样,通过进行针对三维结构图的旋转操作的检测,能够及时响应用户的旋转三维结构图额需求。
在一种可能的实现方式中,在检测到针对三维结构图的缩放操作的情况下,对三维结构图的展示尺寸进行放大或缩小。缩放操作可以是对鼠标滚轮的滚动操作等操作,本领域技术人员可以根据实际需求和/或偏好对缩放操作的实现方式进行设置,本公开实施例对此不作限制。这样,通过进行针对三维结构图的缩放操作的检测,能够及时响应用户的缩放三维结构图的需求。
图14示出根据本公开实施例提供的分子构象的展示装置的框图。如图14所示,该分子构象的展示装置1400可以包括:构象筛选模块1401,所述构象筛选模块1401被配置为在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下,进行针对所述目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对所述多个配体的筛选结果,所述筛选结果包括多个分子构象;第一展示模块1402,所述第一展示模块1402被配置为基于针对所述多个配体的筛选结果展示结果界面,所述结果界面展示有配体列表和三维结构图,所述配体列表展示有所述多个配体,所述三维结构图展示有受体、第一配体的默认展示构象以及所述受体与所述第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,所述第一配体为所述配体列表中展示的多个配体中突出展示的一个配体;第二展示模块1403,所述第二展示模块1403被配置为在根据配体选择操作从所述配体列表中确定出不同于所述第一配体的第二配体的情况下,在所述三维结构图中增加展示所述第二配体的默认展示构象、所述第二配体的默认展示构象与所述受体之间的相对位置关系、所述第二配体的默认展示构象与所述第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系。
这样,通过构象筛选模块在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下,进行针对目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对多个配体的筛选结果,并通过第一展示模块基于针对多个配体的筛选结果展示结果界面,从而通过第二展示模块在根据配体选择操作从配体列表中确定出不同于第一配体的第二配体的情况下,在三维结构图中增加展示第二配体的默认展示构象、第二配体的默认展示构象与受体之间的相对位置关系、第二配体的默认展示构象与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,筛选结果包括多个分子构象,结果界面展示有配体列表和三维结构图,配体列表展示有多个配体,三维结构图展示有受体、第一配体的默认展示构象以及受体与第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,第一配体为配体列表中展示的多个配体中突出展示的一个配体,这样,在整个构象筛选的过程中,用户所需进行的操作少且简单,只需通过简单的操作就能够便捷、直观、迅速地获取到构象筛选的结果,方便用户根据结果界面查看配体的构象以及受体与配体的构象之间的相对位置关系,有助于用户根据结果界面所展示的内容检查配体与受体结合的位置情况,快速筛选出更优选的配体的构象,进而筛选出更优选的药物待选配体,大大缩短新药开发流程,并降低新药失败风险。
在一种可能的实现方式中,所述装置还包括第一确定模块,所述第一确定模块被配置为:在检测到针对构象筛选控件的触发操作的情况下,展示用于构象筛选的初始界面,所述初始界面中展示有至少一个可选项目;在根据项目选择操作从所述至少一个可选项目中确定出所述目标项目的情况下,展示针对所述目标项目的计算输入提示,所述计算输入提示中展示有多个第一输入框和所述启动控件,不同的第一输入框用于输入不同的计算输入,其中,所述计算输入包括记录描述所述配体的结构文件、筛选所用的筛选数据中的至少一种;根据检测到的针对各所述计算输入框的输入操作,在所述计算输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的计算输入,以在所述启动控件被触发的情况下基于所述计算输入进行所述构象筛选。这样,通过项目选择操作确定出目标项目,并根据计算输入提示确定出针对目标项目的计算输入,以实现在启动控件被触发的情况下能够基于计算输入进行构象筛选,这个过程中,用户不仅可以从多个可选项目中灵活选择目标项目,还可以在目标项目中选择任意数量的配体以进行后续的构象筛选,并且可以自定义计算输入以确定构象筛选所用的数据,从而能够得到符合用户需求的筛选结果,大大提高了构象筛选的灵活性,在最大程度上满足用户的构象筛选需求。
在一种可能的实现方式中,所述装置还包括第二确定模块,所述第二确定模块被配置为:在检测到针对展示于所述结果界面中的输入编辑控件的触发操作的情况下,展示用于针对所述目标项目的可选输入提示,所述可选输入提示中展示有多个第二输入框和所述启动控件,不同的第二输入框用于输入不同的可选输入,所述可选输入包括所述构象筛选所用的通用数据、分子准备数据、分子构象的生成数据、分子对齐数据、网格生成数据、分子对齐打分数据、结果分析数据中的至少一种;根据检测到的针对各所述第二输入框的输入操作,在所述可选输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的可选输入,以在所述启动控件被触发的情况下基于所述计算输入和所述可选输入进行所述构象筛选。这样,通过触发输入编辑控件来展示可选输入提示,并根据计算输入提示确定出针对目标项目的可选输入,以实现在启动控件被触发的情况下能够基于计算输入和可选输入进行进一步构象筛选,从而满足用户期望进行计算数据微小调整的需求,无需从头开始进行整个构象筛选,在提高构象筛选灵活性的同时有助于节约计算资源。
在一种可能的实现方式中,所述通用数据包括分子对接所用的计算模式,并且/或者,所述分子准备数据包括表示配体名称前缀的数据、表示配体使用方式的数据中的至少一种,并且/或者,所述分子构象的生成数据包括分子构象的创建数量、分子构象的能量阈值、用于表示立体中心信息的数据、分子构象的均方根阈值中的至少一种,并且/或者,所述分子对齐数据包括表示分子构象的对齐方式的数据、表示最大公共子结构的查找方式的数据、查找最大公共子结构的超时时间、表示最大公共子结构中氢原子存在信息的数据、开始查找最大公共子结构的阈值、表示环的完整匹配信息的数据、表示化合价匹配信息的数据、表示环之间的匹配信息的数据、表示原子比较方式的数据、表示化学键比较方式的数据中的至少一种,并且/或者,所述网格生成数据包括网格点之间的距离,并且/或者,所述分子对齐打分数据包括表示氢气读取信息的数据、分子构象的生成数量、网格点之间的距离、表示受体的柔性信息的数据、表示分子对齐的配置信息的数据中的至少一种,并且/或者,所述结果分析数据包括表示分子标准误差计算情况的数据。这样,可通过开关、输入框、选择框等形式进行自定义通用数据、分子准备数据、分子构象的生成数据、分子对齐数据、网格生成数据、分子对齐打分数据、结果分析数据中的至少一种,可以方便用户快速设置可选输入。
在一种可能的实现方式中,所述结果界面包括第一区域和第二区域,所述第一区域包括多个子区域,各所述子区域展示有对应的配体和构象浏览控件,所述第二区域展示有所述三维结构图,所述装置还包括第三展示模块,所述第三展示模块被配置为:在检测到针对所述构象浏览控件的触发操作的情况下,确定该构象浏览控件对应的第三配体,并基于针对第三配体的筛选结果展示针对该第三配体的分子构象列表,所述分子构象列表展示有第三配体的每个分子构象的描述信息,所述描述信息包括构象名称、构象得分、构象配置中的至少一种。这样,通过检测到针对构象浏览控件的触发操作并确定该构象浏览控件对应的第三配体、基于针对第三配体的筛选结果展示针对该第三配体的分子构象列表,可以直观地展示用户所选的第三配体的构象筛选结果,方便用户根据结果界面所展示的分子构象列表比较同一配体的各构象与受体结合的位置情况,快速筛选出更优选的配体的构象,进而筛选出更优选的药物待选配体,大大缩短新药开发流程,并降低新药失败风险。
在一种可能的实现方式中,所述装置还包括第四展示模块,所述第四展示模块被配置为:在根据构象选择操作从所述分子构象列表中确定出第一分子构象的情况下,在所述三维结构图中展示所述第一分子构象以及所述受体与所述第一分子构象之间的相对位置关系,其中,所述第一分子构象为所述分子构象列表对应的第三配体的其中一个分子构象。这样,通过检测构象选择操作,将用户在分子构象列表中选择的构象展示在三维结构图中,方便用户直观地查看构象与受体之间的相关位置关系,还能够比较同一配体下的不同构象的位置差异,有助于选择出符合用户实际需求的构象。
在一种可能的实现方式中,各所述子区域还展示有对应配体的构象显示提示,所述构象显示提示包括所述配体的分子构象总数和在所述三维结构图中已展示的分子构象数量,所述装置还包括更新模块,所述更新模块被配置为:在检测到所述三维结构图所展示的同一配体的分子构象数量发生变化的情况下,更新该配体在所述三维结构图中已展示的分子构象数量,并在该配体对应的子区域中突出展示最新的构象显示提示;并且/或者,各所述子区域还展示有对应配体的筛选状态提示,所述筛选状态提示具有不同的第一状态和第二状态,其中,所述筛选状态提示处于第一状态表示该配体已完成所述构象筛选,所述筛选状态提示处于第二状态表示该配体未进行所述构象筛选;并且/或者,所述分子构象列表还展示有针对各分子构象的收藏控件,所述装置还包括第三确定模块,所述第三确定模块被配置为:在检测到针对所述收藏控件的触发操作的情况下,将所述收藏控件对应的分子构象作为对应配体的默认展示构象;并且/或者,所述分子构象列表还展示有第一排序控件和第二排序控件,所述装置还包括排序模块,所述排序模块被配置为:在检测到针对所述第一排序控件的触发操作的情况下,以第一顺序展示所述分子构象列表中的各分子构象,其中,所述第一顺序是根据对所述分子构象列表中所有分子构象进行从高到低的排序所确定的分子构象顺序;在检测到针对所述第二排序控件的触发操作的情况下,以第二顺序展示所述分子构象列表中的各分子构象,其中,所述第二顺序是根据对所述分子构象列表中所有分子构象进行从低到高的排序所确定的分子构象顺序;并且/或者,所述装置还包括调整模块,所述调整模块被配置为:在检测到针对所述三维结构图中所述受体或所述分子构象中的位置的调整操作的情况下,以该位置为中心展示所述三维结构图;并且/或者,在检测到针对所述三维结构图的旋转操作的情况下,对所述三维结构图进行旋转;并且/或者,在检测到针对所述三维结构图的缩放操作的情况下,对所述三维结构图的展示尺寸进行放大或缩小。这样,在三维结构图中显示过多的构象数量的情况下,难以用肉眼确定已展示构象的数量,通过构象显示提示可以帮助用户直观地了解到当前已展示构象的数量;并且/或者,通过设置对应各配体的筛选状态提示,能够直观地区分已完成构象筛选的配体和未完成构象筛选的配体,方便用户在二次构象筛选时选择合适的配体进行筛选,而无需整个目标项目的所有配体都重新筛选,在提高构象筛选灵活性的同时有助于节约计算资源;并且/或者,通过收藏控件的设置,方便用户收藏合适的配体,有助于下次查看结果界面时迅速地获取到历史收藏的构象;并且/或者,这样,通过设置第一排序控件和第二排序控件,能够迅速实现各分子构象的排序,以满足用户的浏览需求,有助于用户筛选出合适的分子构象,操作简单;并且/或者,在面对较大的三维结构图时,可以通过这样的调整操作快速地将所需进一步查看的结构定位至展示区域的中心,进而方便用户继续放大三维结构图以满足查看需求;并且/或者,通过进行针对三维结构图的旋转操作的检测,能够及时响应用户的旋转三维结构图额需求;并且/或者,通过进行针对三维结构图的缩放操作的检测,能够及时响应用户的缩放三维结构图的需求。
在一些实施例中,本公开实施例提供的分子构象的展示装置具有的功能或包含的模块可以用于执行上文方法实施例描述的方法,其具体实现可以参照上文分子构象的展示方法实施例的描述,为了简洁,这里不再赘述。
本公开实施例还提出一种计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序指令,所述计算机程序指令被处理器执行时实现上述分子构象的展示方法。计算机可读存储介质可以是易失性或非易失性计算机可读存储介质。在一些实施例中,本公开实施例提供的计算机可读存储介质具有的功能或包含的模块可以用于执行上文方法实施例描述的方法,其具体实现可以参照上文分子构象的展示方法实施例的描述,为了简洁,这里不再赘述。
本公开实施例还提出一种电子设备,包括:处理器;用于存储处理器可执行指令的存储器;其中,所述处理器被配置为在执行所述存储器存储的指令时,实现上述分子构象的展示方法。在一些实施例中,本公开实施例提供的电子设备具有的功能或包含的模块可以用于执行上文方法实施例描述的方法,其具体实现可以参照上文分子构象的展示方法实施例的描述,为了简洁,这里不再赘述。
本公开实施例还提供了一种计算机程序产品,包括计算机可读代码,或者承载有计算机可读代码的非易失性计算机可读存储介质,当所述计算机可读代码在电子设备的处理器中运行时,所述电子设备中的处理器执行上述分子构象的展示方法。在一些实施例中,本公开实施例提供的计算机程序产品具有的功能或包含的模块可以用于执行上文方法实施例描述的方法,其具体实现可以参照上文分子构象的展示方法实施例的描述,为了简洁,这里不再赘述。
图15示出根据本公开实施例提供的用于执行分子构象的展示方法的框图。例如,装置1900可以被提供为一服务器或终端设备。参照图15,装置1900包括处理组件1922,其进一步包括一个或多个处理器,以及由存储器1932所代表的存储器资源,用于存储可由处理组件1922的执行的指令,例如应用程序。存储器1932中存储的应用程序可以包括一个或一个以上的每一个对应于一组指令的模块。此外,处理组件1922被配置为执行指令,以执行上述方法。
装置1900还可以包括一个电源组件1926被配置为执行装置1900的电源管理,一个有线或无线网络接口1950被配置为将装置1900连接到网络,和一个输入输出接口1958(I/O接口)。装置1900可以操作基于存储在存储器1932的操作系统,例如Windows ServerTM,MacOS XTM,UnixTM,LinuxTM,FreeBSDTM或类似。
在示例性实施例中,还提供了一种非易失性计算机可读存储介质,例如包括计算机程序指令的存储器1932,上述计算机程序指令可由装置1900的处理组件1922执行以完成上述方法。
本公开可以是系统、方法和/或计算机程序产品。计算机程序产品可以包括计算机可读存储介质,其上载有用于使处理器实现本公开的各个方面的计算机可读程序指令。
计算机可读存储介质可以是可以保持和存储由指令执行设备使用的指令的有形设备。计算机可读存储介质例如可以是――但不限于――电存储设备、磁存储设备、光存储设备、电磁存储设备、半导体存储设备或者上述的任意合适的组合。计算机可读存储介质的更具体的例子(非穷举的列表)包括:便携式计算机盘、硬盘、随机存取存储器(RAM)、只读存储器(ROM)、可擦式可编程只读存储器(EPROM或闪存)、静态随机存取存储器(SRAM)、便携式压缩盘只读存储器(CD-ROM)、数字多功能盘(DVD)、记忆棒、软盘、机械编码设备、例如其上存储有指令的打孔卡或凹槽内凸起结构、以及上述的任意合适的组合。这里所使用的计算机可读存储介质不被解释为瞬时信号本身,诸如无线电波或者其他自由传播的电磁波、通过波导或其他传输媒介传播的电磁波(例如,通过光纤电缆的光脉冲)、或者通过电线传输的电信号。
这里所描述的计算机可读程序指令可以从计算机可读存储介质下载到各个计算/处理设备,或者通过网络、例如因特网、局域网、广域网和/或无线网下载到外部计算机或外部存储设备。网络可以包括铜传输电缆、光纤传输、无线传输、路由器、防火墙、交换机、网关计算机和/或边缘服务器。每个计算/处理设备中的网络适配卡或者网络接口从网络接收计算机可读程序指令,并转发该计算机可读程序指令,以供存储在各个计算/处理设备中的计算机可读存储介质中。
用于执行本公开操作的计算机程序指令可以是汇编指令、指令集架构(ISA)指令、机器指令、机器相关指令、微代码、固件指令、状态设置数据、或者以一种或多种编程语言的任意组合编写的源代码或目标代码,所述编程语言包括面向对象的编程语言—诸如Smalltalk、C++等,以及常规的过程式编程语言—诸如“C”语言或类似的编程语言。计算机可读程序指令可以完全地在用户计算机上执行、部分地在用户计算机上执行、作为一个独立的软件包执行、部分在用户计算机上部分在远程计算机上执行、或者完全在远程计算机或服务器上执行。在涉及远程计算机的情形中,远程计算机可以通过任意种类的网络—包括局域网(LAN)或广域网(WAN)—连接到用户计算机,或者,可以连接到外部计算机(例如利用因特网服务提供商来通过因特网连接)。在一些实施例中,通过利用计算机可读程序指令的状态信息来个性化定制电子电路,例如可编程逻辑电路、现场可编程门阵列(FPGA)或可编程逻辑阵列(PLA),该电子电路可以执行计算机可读程序指令,从而实现本公开的各个方面。
这里参照根据本公开实施例的方法、装置(系统)和计算机程序产品的流程图和/或框图描述了本公开的各个方面。应当理解,流程图和/或框图的每个方框以及流程图和/或框图中各方框的组合,都可以由计算机可读程序指令实现。
这些计算机可读程序指令可以提供给通用计算机、专用计算机或其它可编程数据处理装置的处理器,从而生产出一种机器,使得这些指令在通过计算机或其它可编程数据处理装置的处理器执行时,产生了实现流程图和/或框图中的一个或多个方框中规定的功能/动作的装置。也可以把这些计算机可读程序指令存储在计算机可读存储介质中,这些指令使得计算机、可编程数据处理装置和/或其他设备以特定方式工作,从而,存储有指令的计算机可读介质则包括一个制造品,其包括实现流程图和/或框图中的一个或多个方框中规定的功能/动作的各个方面的指令。
也可以把计算机可读程序指令加载到计算机、其它可编程数据处理装置、或其它设备上,使得在计算机、其它可编程数据处理装置或其它设备上执行一系列操作步骤,以产生计算机实现的过程,从而使得在计算机、其它可编程数据处理装置、或其它设备上执行的指令实现流程图和/或框图中的一个或多个方框中规定的功能/动作。
附图中的流程图和框图显示了根据本公开的多个实施例的系统、方法和计算机程序产品的可能实现的体系架构、功能和操作。在这点上,流程图或框图中的每个方框可以代表一个模块、程序段或指令的一部分,所述模块、程序段或指令的一部分包含一个或多个用于实现规定的逻辑功能的可执行指令。在有些作为替换的实现中,方框中所标注的功能也可以以不同于附图中所标注的顺序发生。例如,两个连续的方框实际上可以基本并行地执行,它们有时也可以按相反的顺序执行,这依所涉及的功能而定。也要注意的是,框图和/或流程图中的每个方框、以及框图和/或流程图中的方框的组合,可以用执行规定的功能或动作的专用的基于硬件的系统来实现,或者可以用专用硬件与计算机指令的组合来实现。
以上已经描述了本公开的各实施例,上述说明是示例性的,并非穷尽性的,并且也不限于所披露的各实施例。在不偏离所说明的各实施例的范围和精神的情况下,对于本技术领域的普通技术人员来说许多修改和变更都是显而易见的。本文中所用术语的选择,旨在最好地解释各实施例的原理、实际应用或对市场中的技术改进,或者使本技术领域的其它普通技术人员能理解本文披露的各实施例。
Claims (10)
1.一种分子构象的展示方法,其特征在于,包括:
在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下,进行针对所述目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对所述多个配体的筛选结果,所述筛选结果包括多个分子构象;
基于针对所述多个配体的筛选结果展示结果界面,所述结果界面展示有配体列表和三维结构图,所述配体列表展示有所述多个配体,所述三维结构图展示有受体、第一配体的默认展示构象以及所述受体与所述第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,所述第一配体为所述配体列表中展示的多个配体中突出展示的一个配体;
在根据配体选择操作从所述配体列表中确定出不同于所述第一配体的第二配体的情况下,在所述三维结构图中增加展示所述第二配体的默认展示构象、所述第二配体的默认展示构象与所述受体之间的相对位置关系、所述第二配体的默认展示构象与所述第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述方法还包括:
在检测到针对构象筛选控件的触发操作的情况下,展示用于构象筛选的初始界面,所述初始界面中展示有至少一个可选项目;
在根据项目选择操作从所述至少一个可选项目中确定出所述目标项目的情况下,展示针对所述目标项目的计算输入提示,所述计算输入提示中展示有多个第一输入框和所述启动控件,不同的第一输入框用于输入不同的计算输入,其中,所述计算输入包括记录描述所述配体的结构文件、筛选所用的筛选数据中的至少一种;
根据检测到的针对各所述计算输入框的输入操作,在所述计算输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的计算输入,以在所述启动控件被触发的情况下基于所述计算输入进行所述构象筛选。
3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述方法还包括:
在检测到针对展示于所述结果界面中的输入编辑控件的触发操作的情况下,展示用于针对所述目标项目的可选输入提示,所述可选输入提示中展示有多个第二输入框和所述启动控件,不同的第二输入框用于输入不同的可选输入,所述可选输入包括所述构象筛选所用的通用数据、分子准备数据、分子构象的生成数据、分子对齐数据、网格生成数据、分子对齐打分数据、结果分析数据中的至少一种;
根据检测到的针对各所述第二输入框的输入操作,在所述可选输入提示中展示确定出的针对所述目标项目的可选输入,以在所述启动控件被触发的情况下基于所述计算输入和所述可选输入进行所述构象筛选。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述通用数据包括分子对接所用的计算模式,并且/或者,所述分子准备数据包括表示配体名称前缀的数据、表示配体使用方式的数据中的至少一种,并且/或者,所述分子构象的生成数据包括分子构象的创建数量、分子构象的能量阈值、用于表示立体中心信息的数据、分子构象的均方根阈值中的至少一种,并且/或者,所述分子对齐数据包括表示分子构象的对齐方式的数据、表示最大公共子结构的查找方式的数据、查找最大公共子结构的超时时间、表示最大公共子结构中氢原子存在信息的数据、开始查找最大公共子结构的阈值、表示环的完整匹配信息的数据、表示化合价匹配信息的数据、表示环之间的匹配信息的数据、表示原子比较方式的数据、表示化学键比较方式的数据中的至少一种,并且/或者,所述网格生成数据包括网格点之间的距离,并且/或者,所述分子对齐打分数据包括表示氢原子读取信息的数据、分子构象的生成数量、网格点之间的距离、表示受体的柔性信息的数据、表示分子对齐的配置信息的数据中的至少一种,并且/或者,所述结果分析数据包括表示分子标准误差计算情况的数据。
5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述结果界面包括第一区域和第二区域,所述第一区域包括多个子区域,各所述子区域展示有对应的配体和构象浏览控件,所述第二区域展示有所述三维结构图,所述方法还包括:
在检测到针对所述构象浏览控件的触发操作的情况下,确定该构象浏览控件对应的第三配体,并基于针对第三配体的筛选结果展示针对该第三配体的分子构象列表,所述分子构象列表展示有第三配体的每个分子构象的描述信息,所述描述信息包括构象名称、构象得分、构象配置中的至少一种。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,所述方法还包括:
在根据构象选择操作从所述分子构象列表中确定出第一分子构象的情况下,在所述三维结构图中展示所述第一分子构象以及所述受体与所述第一分子构象之间的相对位置关系,其中,所述第一分子构象为所述分子构象列表对应的第三配体的其中一个分子构象。
7.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,各所述子区域还展示有对应配体的构象显示提示,所述构象显示提示包括所述配体的分子构象总数和在所述三维结构图中已展示的分子构象数量,所述方法还包括:在检测到所述三维结构图所展示的同一配体的分子构象数量发生变化的情况下,更新该配体在所述三维结构图中已展示的分子构象数量,并在该配体对应的子区域中突出展示最新的构象显示提示;
并且/或者,
各所述子区域还展示有对应配体的筛选状态提示,所述筛选状态提示具有不同的第一状态和第二状态,其中,所述筛选状态提示处于第一状态表示该配体已完成所述构象筛选,所述筛选状态提示处于第二状态表示该配体未进行所述构象筛选;
并且/或者,
所述分子构象列表还展示有针对各分子构象的收藏控件,所述方法还包括:在检测到针对所述收藏控件的触发操作的情况下,将所述收藏控件对应的分子构象作为对应配体的默认展示构象;
并且/或者,
所述分子构象列表还展示有第一排序控件和第二排序控件,所述方法还包括:在检测到针对所述第一排序控件的触发操作的情况下,以第一顺序展示所述分子构象列表中的各分子构象,其中,所述第一顺序是根据对所述分子构象列表中所有分子构象进行从高到低的排序所确定的分子构象顺序;在检测到针对所述第二排序控件的触发操作的情况下,以第二顺序展示所述分子构象列表中的各分子构象,其中,所述第二顺序是根据对所述分子构象列表中所有分子构象进行从低到高的排序所确定的分子构象顺序;
并且/或者,
所述方法还包括:在检测到针对所述三维结构图中所述受体或所述分子构象中的位置的调整操作的情况下,以该位置为中心展示所述三维结构图;并且/或者,在检测到针对所述三维结构图的旋转操作的情况下,对所述三维结构图进行旋转;并且/或者,在检测到针对所述三维结构图的缩放操作的情况下,对所述三维结构图的展示尺寸进行放大或缩小。
8.一种分子构象的展示装置,其特征在于,包括:
构象筛选模块,所述构象筛选模块被配置为在检测到针对目标项目的启动控件的触发操作的情况下,进行针对所述目标项目的多个配体的构象筛选,得到针对所述多个配体的筛选结果,所述筛选结果包括多个分子构象;
第一展示模块,所述第一展示模块被配置为基于针对所述多个配体的筛选结果展示结果界面,所述结果界面展示有配体列表和三维结构图,所述配体列表展示有所述多个配体,所述三维结构图展示有受体、第一配体的默认展示构象以及所述受体与所述第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系,其中,所述第一配体为所述配体列表中展示的多个配体中突出展示的一个配体;
第二展示模块,所述第二展示模块被配置为在根据配体选择操作从所述配体列表中确定出不同于所述第一配体的第二配体的情况下,在所述三维结构图中增加展示所述第二配体的默认展示构象、所述第二配体的默认展示构象与所述受体之间的相对位置关系、所述第二配体的默认展示构象与所述第一配体的默认展示构象之间的相对位置关系。
9.一种分子构象的展示装置,其特征在于,包括:
处理器;
用于存储处理器可执行指令的存储器;
其中,所述处理器被配置为在执行所述存储器存储的指令时,实现权利要求1至7中任意一项所述的方法。
10.一种非易失性计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序指令,其特征在于,所述计算机程序指令被处理器执行时实现权利要求1至7中任意一项所述的方法。
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