CN116063511B - 抗原结合蛋白及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及一种抗原结合蛋白,其包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段包含TCRα链可变区的CDR3和/或TCRβ链可变区的CDR3,所述抗原结合域或其片段能够特异性结合包含SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物,本发明还提供了所述抗原结合蛋白的制备方法及其用途。

Description

抗原结合蛋白及其应用
本申请要求2021年9月30日提交的中国专利申请CN202111166876.X的优先权权益,其通过引用整体并入本文以用于所有目的。
技术领域
本发明涉及生物医药领域,具体的涉及一种抗原结合蛋白及其应用。
背景技术
RAS基因家族包含NRAS、HRAS和KRAS三个基因,其编码的是一种小型GTPase膜结合蛋白,在细胞生长调节的信号转导中起主要作用。RAS在细胞信号转导过程中发挥核心作用:在分子水平上可以调控转录、翻译等过程,在细胞水平上可以调节细胞增殖、分化、衰老、凋亡等等。
早在1982年,研究者们在人类膀胱癌细胞中发现了突变的RAS基因,这使RAS成为首个被发现的人类肿瘤基因。其中,KRAS基因对人类癌症影响最大,在激活状态下,KRAS将来自细胞表面受体的上游信号传递给下游途径,以控制正常的细胞功能和增殖。KRAS最常见的激活方式为点突变,是实体肿瘤中最常见的突变之一,位点几乎都集中在2号外显子的第12位密码子上,最常见的类型是G12D,G12V和G12C。
尽管KRAS突变在肿瘤中的重要作用已经得到了广泛共识,但是至今尚无靶向KRAS的药物获批上市。近年,专门针对KRAS G12C突变的新型药物取得了一些进展:靶向KRAS的小分子药物可直接抑制KRAS蛋白活性。KRAS蛋白广泛表达,随意抑制野生型和突变型KRAS蛋白可能会产生不可接受的毒性。直接抑制KRAS活性的另一种方法为干扰KRAS与脂膜外围结合,同样因为不太可能区分突变型蛋白与野生型蛋白,导致潜在的毒性问题。KRAS蛋白可调节众多下游效应分子,主要有RAF/MEK/ERK和PI3K/AKT/mTOR途径。但由于存在大量反馈机制,临床试验显示多种下游分子抑制剂的疗效有限。
大量研究结果提示KRAS突变抗原表位是一个可被TCR高效识别的靶点,KRAS突变抗原特异性TCR是一个值得期待的治疗KRAS突变实体瘤的手段,开发KRAS突变抗原特异性TCR-T产品具有重要的临床意义。
发明内容
本发明的目的在于提供一种抗原结合蛋白,所述抗原结合蛋白能够以高亲和力结合靶抗原肽,具有良好的表达稳定性,能够介导效应细胞对抗原阳性靶细胞的特异性杀伤作用,并且在动物体内实验中表现出了优秀的抑瘤效果。
为了实现上述目的,一方面,本发明所述的抗原结合蛋白可以包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段可以包含TCRα链可变区的CDR3和TCRβ链可变区的CDR3,所述TCRα链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:21所示的氨基酸序列,所述抗原结合域或其片段能够特异性结合可以包含SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白的所述TCRβ链可变区的CDR3可以包含SEQID NO:5所示的氨基酸序列。
另一方面,所述的抗原结合蛋白可以包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段可以包含TCRα链可变区的CDR3和TCRβ链可变区的CDR3,所述TCRβ链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:5所示的氨基酸序列,所述抗原结合域或其片段能够特异性结合包含SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白的所述TCRα链可变区的CDR3可以包含SEQID NO:21所示的氨基酸序列。
另一方面,所述的抗原结合蛋白可以包含TCR的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段可以包含TCRα链可变区的CDR3和TCRβ链可变区的CDR3,所述TCRα链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:21所示的氨基酸序列,且所述TCRβ链可变区的CDR3可以包含SEQID NO:5所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白的所述抗原结合域或其片段能够特异性结合包含SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
在某些实施方式中,所述MHC分子可以包含HLA-A*11型。
在某些实施方式中,所述MHC分子可以包含HLA-A*11:01。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白的所述抗原结合域或其片段可以包含TCRα链可变区的CDR1。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述抗原结合域或其片段中的所述TCRα链可变区的CDR1可以包含SEQ ID NO:19所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白的所述抗原结合域或其片段可以包含TCRα链可变区的CDR2。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述抗原结合域或其片段中的所述TCRα链可变区的CDR2可以包含SEQ ID NO:20所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白的所述抗原结合域或其片段可以包含TCRβ链可变区的CDR1。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述抗原结合域或其片段中的所述TCRβ链可变区的CDR1可以包含SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述抗原结合域或其片段可以包含TCRβ链可变区的CDR2。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述的抗原结合域或其片段中的所述TCRβ链可变区的CDR2可以包含SEQ ID NO:4所示的氨基酸序列。
另一方面,所述的抗原结合蛋白可以包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段可以包含TCRα链可变区的CDR1,CDR2和CDR3,且所述TCRα链可变区的CDR1可以包含SEQ ID NO:19所示的氨基酸序列,所述TCRα链可变区的CDR2可以包含SEQ ID NO:20所示的氨基酸序列,所述TCRα链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:21所示的氨基酸序列。
另一方面,所述的抗原结合蛋白可以包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段可以包含TCRβ链可变区的CDR1,CDR2和CDR3;且所述TCRβ链可变区的CDR1可以包含SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列,所述TCRβ链可变区的CDR2可以包含SEQ ID NO:4所示的氨基酸序列,且所述TCRβ链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:5所示的氨基酸序列。
另一方面,所述的抗原结合蛋白可以包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段可以包含TCRα链可变区的CDR1,CDR2和CDR3,且所述TCRα链可变区的CDR1可以包含SEQ ID NO:19所示的氨基酸序列,所述TCRα链可变区的CDR2可以包含SEQ ID NO:20所示的氨基酸序列,所述TCRα链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:21所示的氨基酸序列;并且所述抗原结合域或其片段可以包含TCRβ链可变区的CDR1,CDR2和CDR3;且所述TCRβ链可变区的CDR1可以包含SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列,所述TCRβ链可变区的CDR2可以包含SEQ ID NO:4所示的氨基酸序列,且所述TCRβ链可变区的CDR3可以包含SEQID NO:5所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的FR1,所述TCRα链可变区的FR1的C端与所述TCRα链可变区的CDR1的N端直接或间接相连。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白的所述TCRα链可变区的FR1可以包含SEQID NO:34所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的FR2,所述TCRα链可变区的FR2位于所述TCRα链可变区的CDR1与所述TCRα链可变区的CDR2之间。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述TCRα链的FR2可以包含SEQ IDNO:35所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的FR3,所述TCRα链可变区的FR3位于所述TCRα链可变区的CDR2与所述TCRα链可变区的CDR3之间。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述TCRα链可变区的FR3可以包含SEQ ID NO:36所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的FR4,所述TCRα链可变区的FR4的N端与所述TCRα链可变区的CDR3的C端直接或间接相连。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述TCRα链可变区的FR4可以包含SEQ ID NO:37所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含TCRα链的可变区。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白的所述TCRα链的可变区可以包含SEQ IDNO:18所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的FR1,所述TCRβ链可变区的FR1的C端与所述TCRβ链可变区的CDR1的N端直接或间接相连。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述TCRβ链可变区的FR1可以包含SEQ ID NO:30所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的FR2,所述TCRβ链可变区的FR2位于所述TCRβ链可变区的CDR1与所述TCRβ链可变区的CDR2之间。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述TCRβ链可变区的FR2可以包含SEQ ID NO:31所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的FR3,所述TCRβ链可变区的FR3位于所述TCRβ链可变区的CDR2与所述TCRβ链可变区的CDR3之间。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述TCRβ链可变区的FR3可以包含SEQ ID NO:32所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的FR4,所述TCRβ链可变区的FR4的N端与所述TCRβ链可变区的CDR3的C端直接或间接相连。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述TCRβ链可变区的FR4可以包含SEQ ID NO:33所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含TCRβ链的可变区。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白的所述TCRβ链的可变区可以包含SEQ IDNO:2所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含TCRα链的可变区和TCRβ链的可变区,所述TCRα链的可变区可以包含SEQ ID NO:18所示的氨基酸序列,且所述TCRβ链的可变区可以包含SEQ ID NO:2所示的氨基酸。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述TCRα链可变区可以包含在第一多肽上,并且所述TCRβ链可变区可以包含在不同的第二多肽上;或所述TCRα链可变区和TCRβ链可变区可以包含在同一多肽上。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以是可溶的和/或膜结合的。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含TCR、嵌合抗原受体(CAR)和/或Fc融合多肽,或其抗原结合片段。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以是TCR或其抗原结合片段,且所述抗原结合蛋白还可以包含TCR恒定区或其片段。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述片段可以包含TCR恒定区的胞外段。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述TCR恒定区可以源自人的TCR恒定区,源自鼠的TCR恒定区。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述TCR恒定区可以包含TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白的所述TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区可以包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸突变,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述源自人的TCRα链恒定区或其变体可以包含SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25中任一项所示的氨基酸序列。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述源自鼠的TCRα链恒定区可以包含SEQ ID NO:28,SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:26中任一项所示的氨基酸序列,或它们的功能性变体。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述源自人的TCRβ链恒定区可以包含SEQ ID NO:7,SEQ ID NO:8,SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10中任一项所示的氨基酸序列,或它们的功能性变体。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述源自鼠的TCRβ链恒定区可以包含SEQ ID NO:11,SEQ ID NO:12,SEQ ID NO:13,SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:15和SEQ IDNO:16中任一项所示的氨基酸序列,或它们的功能性变体。
在某些实施方式中,在所述抗原结合蛋白中,所述TCRα链和TCRβ链可以形成异质二聚体。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含跨膜结构区、胞质区和胞内信号传导区的至少一种。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以包含一个或多个结合其他抗原或表位的抗原结合区。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以是分离的或纯化的。
在某些实施方式中,所述抗原结合蛋白可以具有下述性质中的一种或多种:
1)能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
2)对包含SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
3)具有高度膜稳定性;
4)对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
5)不同分型的HLA都不具有同种异体反应。
另一方面,本发明提供了一种多肽,其可以包含所述的抗原结合蛋白。
另一方面,本发明提供了一种核酸分子,其编码所述的抗原结合蛋白或所述的多肽;
在某些实施方式中,所述核酸分子可以是分离或纯化的。
在某些实施方式中,所述核酸分子可以包含SEQ ID NO:1和/或SEQ ID NO:17所示的核苷酸序列。
另一方面,本发明提供了一种载体,其可以包含所述的核酸分子。
另一方面,本发明提供了一种细胞,其可以包含所述的抗原结合蛋白、所述的多肽、权所述的核酸分子或所述的载体。
在某些实施方式中,所述的细胞可以包含免疫效应细胞。
在某些实施方式中,所述免疫效应细胞可以包含淋巴细胞、单核细胞和干细胞中的至少一种。
在某些实施方式中,所述淋巴细胞可以包含T细胞和/或NK细胞。
在某些实施方式中,所述T细胞可以不表达内源性TCR。
在某些实施方式中,所述的细胞可以包含人细胞。
另一方面,本发明提供了一种偶联物,其可以包含所述的抗原结合蛋白或所述的多肽,及与所述抗原结合蛋白偶联或缀合的活性剂。
在某些实施方式中,所述的偶联物,其中所述活性剂可以选自:可检测标记、免疫刺激分子和治疗剂。
在某些实施方式中,所述可检测标记可以选自下组中的一种或多种:生物素、链霉抗生物素蛋白、酶或其催化活性片段、放射性核素、纳米颗粒、顺磁性金属离子、核酸探针、造影剂、萤光、磷光和化学发光分子。
在某些实施方式中,所述免疫刺激分子可以选自下组中的一种或多种:细胞因子、趋化因子、血小板因子和补体启动剂。
在某些实施方式中,所述治疗剂可以选自下组中的一种或多种:免疫调节剂、放射性化合物、酶、化学治疗剂和毒素。
另一方面,本发明提供了一种药物组合物,其可以包含所述的抗原结合蛋白、所述的多肽、所述的核酸分子、所述的载体、所述的细胞或所述的偶联物,以及任选地药学上可接受的载剂。
在某些实施方式中,所述的药物组合物可以包含第二治疗剂。
在某些实施方式中,所述第二治疗剂可以选自抗体、化疗剂和小分子药物。
另一方面,本发明提供了一种所述的抗原结合蛋白、所述的多肽、所述的核酸分子、所述的载体、所述的细胞、所述的偶联物和/或所述的药物组合物在制备药物中的用途,所述药物用于预防和/或治疗KRAS突变阳性疾病和/或病症。
在某些实施方式中,所述的用途,其中所述KRAS突变使其可以包含G12突变表位,例如,SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位(KRAS G12V)。
在某些实施方式中,所述的用途,其中所述KRAS突变阳性疾病和/或病症可以包括肿瘤。
在某些实施方式中,所述肿瘤可以包括实体瘤和/或血液瘤。
在某些实施方式中,所述的用途,其中所述肿瘤可以包括:结直肠癌、胰腺癌、肺腺癌和子宫内膜癌中的至少一种。
另一方面,本发明提供了一种检测KRAS突变的方法,所述方法可以包括施用所述的抗原结合蛋白或所述的多肽。
另一方面,本发明提供了一种检测KRAS突变的试剂盒,所述试剂盒可以包含所述的抗原结合蛋白或所述的多肽。
本发明通过筛选出KRAS G12V抗原特异性TCR作为一个可能治疗KRAS突变实体瘤的手段,对开发KRAS G12V抗原特异性TCR-T产品具有重要的临床意义。
本领域技术人员能够从下文的详细描述中容易地洞察到本发明的其它方面和优势。下文的详细描述中仅显示和描述了本发明的示例性实施方式。如本领域技术人员将认识到的,本发明的内容使得本领域技术人员能够对所公开的具体实施方式进行改动而不脱离本发明所涉及发明的精神和范围。相应地,本发明的附图和说明书中的描述仅仅是示例性的,而非为限制性的。
附图说明
本发明所涉及的发明的具体特征如所附权利要求书所显示。通过参考下文中详细描述的示例性实施方式和附图能够更好地理解本发明所涉及发明的特点和优势。对附图简要说明如下:
图1显示的是本发明所述的KRAS G12V相关的T细胞免疫表位。
图2显示的是本发明所述的抗原特异性TCR的克隆获取过程。
图3显示的是本发明所述的CRTKVA11和TK34 TCR-T细胞的表型。
图4A和图4B显示的是本发明所述的CRTKVA11 TCR-T细胞对抗原阳性肿瘤细胞的特异性杀伤作用。
图5显示的是本发明所述的CRTKVA11 TCR-T细胞对抗原阳性肿瘤细胞IFN-γ的特异性分泌作用。
图6显示的是本发明所述的CRTKVA11 TCR-T细胞对不同分型HLA表达抗原不具有交叉反应。
图7A和图7B显示的是本发明所述的CRTKVA11 TCR-T细胞在小鼠中的抑瘤效果。
具体实施方式
以下由特定的具体实施例说明本发明的实施方式,熟悉此技术的人士可由本说明书所公开的内容容易地了解本发明的其他优点及效果。
术语定义
除非另有限定,否则本文所使用的全部技术和科学术语的含义与本领域普通技术人员通常所理解的含义相同。例如,本文所使用的术语如Janeway CA Jr,Travers P,Walport M等的《免疫生物学》(Immunobiology),第五版,New York:GarlandScience(2001)和“A multilingual glossary of biotechnological terms:(IUPACRecommendations)”,Leuenberger,H.G.W,Nagel,B.和H.编辑(1995),HelveticaChimica Acta,CH-4010Basel,Switzerland中所述的定义。
应当注意,如本文中及所附权利要求书中使用的,单数形式“一个”、“一种”和“该/所述”包括复数提及物,除非上下文另有明确规定。因此,术语“一个”、“一种”、“一个/种或多个/种”和“至少一个/种”可以互换使用。类似地,术语“包含”、“包括”和“具有”可以互换使用。
在本文中及所附权利要求书中使用术语“包含”时,其不排除其它元素。为了本发明的目的,术语“由...组成”被认为是术语“包含”的优选实施方案。如果在下文中将组定义为包括或包含至少一定数量的实施方案,则还应被理解为公开了优选仅由这些实施方案组成的组。
在本发明中,术语“KRAS突变阳性疾病和/或病症”包含展现突变的KRAS蛋白(特别是功能获得性KRAS突变)的任何疾病和/或病症;尤其包含任何G12X、G13X、Q61X或A146XKRAS突变型,其中X是除在该位置天然存在的氨基酸之外的任何氨基酸。例如,G12V突变意味着甘氨酸在密码子12处被缬氨酸取代。肿瘤中的KRAS突变的实例包含但不限于Q61K、G12V、G12C、G12A、G12D、G12R和A146T。因此,KRAS突变包含Q61K、G12V、G12C、G12A、G12D、G12R和A146T,特别是G12V和G12C。所述疾病和/或病症可以是癌症/肿瘤,所述癌症/肿瘤可能处于早期、中期或晚期阶段。
在本发明中,术语“T细胞受体”或“TCR”指的是响应于抗原的呈递参与T细胞的活化的膜蛋白的复合体。TCR负责识别结合至主要组织相容性复合体分子的抗原。TCR通常由alpha(α)和beta(β)链的异质二聚体组成,但是在一些细胞中,TCR由gamma和delta(γ/δ)链构成。TCR可以以α/β和γ/δ形式存在,其在结构上是相似的,但是具有独特的解剖学位置和功能。每条链由两个结构域——可变结构域(可变区)和恒定结构域(恒定区)——组成。在一些实施方式中,TCR可以在包含TCR的任何细胞上被修饰,包含,例如,辅助性T细胞、细胞毒性T细胞、记忆T细胞、调节性T细胞、自然杀伤T细胞和γδT细胞。
如本文所用的术语“T细胞受体”或“TCR”包括天然TCR以及TCR变体、片段和构建体。因此该术语包括包含TCRα链和TCRβ链的异质二聚体以及多聚体和单链构建体;任选地包含其它结构域和/或部分,只要所述抗原结合蛋白保留其识别抗原靶标(优选以其与HLA-A*11,例如,HLA-A*11:01的复合物)的能力。
在本发明中,术语“异质二聚体”表示包含两条多肽链(例如长度可比的)的分子,在某些实施方式中,所述两条多肽链具有在相应位置具有至少一种不同的氨基酸残基的氨基酸序列,所述相应位置根据Kabat的EU索引确定。例如,所述的异质二聚体可以包含TCRα链和TCRβ链。例如,所述的异质二聚体可以包含TCR。
在本发明中,术语“抗原结合蛋白”是指包含如本文所公开的至少一个TCRα链可变区的CDR3(CDR3α)和/或至少一个TCRβ链可变区的CDR3(CDR3β)。
在本发明中,所述抗原结合蛋白能够结合抗原靶标KRAS G12V的蛋白或多肽。本发明进一步设想包含任选地与本发明列举的其它蛋白质结构域或部分组合的至少一个CDR1α、CDR2α、CDR 1β、CDR2β、α链可变区、β链可变区、α链和/或β链或它们的组合的抗原结合蛋白。
在本发明中,术语“嵌合抗原受体”(CAR)通常是指至少包含特异性地结合抗原或靶标的胞外结构域、跨膜结构域以及胞内T细胞受体-活化信号结构域的重组多肽。CAR的胞外结构域与靶细胞表面上的靶抗原结合导致CAR聚簇并将激活刺激传送给含CAR细胞。CAR具有重定向免疫效应细胞的特异性,并且触发了增殖、细胞因子产生、能够以不依赖主要组织相容性(MHC)的方式介导表达靶抗原的细胞死亡的分子的吞噬作用和/或产生。
在本发明中,术语“可变区”通常是指TCR分子中靠近N端氨基酸序列变化较大的区域,其可以结合特异性抗原。它包含TCRα链和TCRβ链的抗原结合位点。可变区在不同TCR之间是不同的。
在本发明中,术语“恒定区”通常是指相对于TCR的含有抗原结合位点的可变区,具有更保守的氨基酸序列的区域。例如,所述的恒定区可以是人源的。例如,所述的恒定区可以是鼠源的。例如,所述的人源恒定区可以包含人源TRAC序列或其变体。例如,所述的人源恒定区可以包含人源TRBC序列或其变体。例如,所述的鼠源恒定区可以包含鼠源TRAC序列或其变体。例如,所述的鼠源恒定区可以包含鼠源TRBC序列或其变体。
进一步的,如本文所用的术语“恒定区”可以是人恒定区或衍生自另一物种,从而产生“嵌合的”TCR。例如,人α和/或β链可以被它们的鼠对应物取代(“鼠源化”),已经发现所述鼠对应物通过支持TCRα和β链的优先配对来增强人TCR的表面表达以及增强与CD3共受体更稳定的结合。
在本发明中,术语“胞内信号传导域”指分子的胞内部分。胞内信号结构域可以产生促进含TCR细胞(例如TCR-T细胞)的免疫效应子功能的信号。例如在TCR-T细胞中,免疫效应子功能的实例包括溶细胞活性和辅助活性,包括分泌细胞因子。在实施方案中,胞内信号结构域转导效应子功能信号并且指导细胞执行特化功能。尽管可以使用完整的胞内信号结构域,但在许多情况下不需要使用完整链。使用胞内信号结构域的截短部分到这样的程度,从而可以使用这种截短的部分替代完整链,只要它传导效应子功能信号即可。术语“胞内信号结构域”因此意在包括胞内信号结构域的足以传导效应子功能信号的任何截短部分。
在本发明中,术语“表位”通常是指抗原上的位点,通常是抗原结合域或其片段(例如TCR)识别的多肽。术语“抗原结合域”以其最广义是指“抗原结合位点”,即表征与抗原靶标上的特定表位结合/相互作用的分子的结构域。抗原靶标可以包含单个表位,但通常包含至少两个表位,并且根据抗原的大小、构象和类型,抗原靶标可以包括任何数量的表位。术语“表位”通常包括线性表位和构象表位。线性表位为包含在氨基酸一级序列中的连续表位,并且其通常包括至少2个氨基酸或更多个氨基酸。构象表位是由通过靶标抗原、并且特别是靶(多)肽的折叠而并排的非连续氨基酸形成的。
在本发明的上下文中,术语“抗原结合域”特别是指TCRα和/或β链的可变区,特别是TCR的CDR3α和/或CDR3β。
在本发明中,术语“膜稳定性”是指所述TCR在细胞膜上稳定表达的特点。在某些实施方式中,术语“高膜稳定性”是指所述TCR在细胞膜上稳定且大量表达的特点,其可以以TCR在细胞膜上的表达率进行表示。所述表达率可以通过如本发明实施例4所描述的方法进行测定。其中,所述“高膜稳定性”可以指TCR在细胞膜上的表达率≥75%、≥76%、≥77%、≥78%、≥79%、≥80%、≥81%、≥82%、≥83%、≥84%、≥85%、≥86%、≥87%、≥88%、≥89%或≥90%。
在本发明中,术语“特异性杀伤活性”是指表达有效量的效应细胞(例如,TCR-T细胞)接触抗原阳性靶细胞从而杀伤抗原阳性靶细胞,但对靶抗原阴性的细胞不具有或基本不具有杀伤的能力。在一个实施方案中,术语“特异性杀伤活性”是指表达有效量的TCR-T细胞接触并杀伤KRAS G12(例如,KRAS G12V)突变阳性的靶细胞,而对于非KRAS G12(例如,KRAS G12V)突变阳性的细胞不具有或基本不具有杀伤的能力。在一个实施方案中,“特异性杀伤活性”通过本发明实施例5所描述的方法进行测定。
在一个实施方式中,术语“基本不具有”是指对于靶抗原阴性的细胞对于效应细胞的响应值等于或低于背景响应值。在又一个实施方式中,术语“基本不具有”是指TCR表达细胞(效应细胞)在对KRAS G12(例如,KRAS G12V)突变阴性的靶细胞在给定的效靶比下对于具有低于25%、低于24%、低于23%、低于22%、低于21%、低于20%、低于19%、低于18%、低于17%、低于16%、低于15%、低于14%、低于13%、低于12%、低于11%、低于10%、低于9%、低于8%、低于7%、低于6%、低于5%、低于4%、低于3%、低于2%、低于1%、低于0.8%、低于0.5%、低于0.3%的裂解率,其中,所述裂解率可以采用如本发明实施例5所公开的方法进行测定。
如本文所用的术语“分离或纯化的”是指已经从其产生环境的组分中鉴别、分离和/或回收,使得该“分离或纯化的”抗原结合蛋白不含或基本上不含来自其产生环境的、可能干扰其治疗或诊断用途的其它污染物组分。污染物组分可包括酶、激素和其它蛋白质或非蛋白质溶质。因此,可以通过至少一个移除或基本上移除这些污染物组分的纯化步骤制备“分离或纯化的”抗原结合蛋白。
在本申请中,术语“EC50”在本文中使用TCR或其抗原结合部分在体外或体内检验中诱导出最大应答的50%的应答(即,最大应答和基线之间的半程)时的浓度。所述“EC50”可以通过如本发明实施例3所描述的方法进行测定,且在本发明中EC50值可以表示“亲和力”强度。术语“亲和力”或“结合亲和力”是指表达抗原结合蛋白的细胞(特别是表达如本文所述的TCR的T细胞)在体外响应于给定浓度的配体的能力,并且认为其与表达抗原结合蛋白(例如TCR)的细胞的体内效应能力相关。根据定义,具有高结合亲和力的表达抗原结合蛋白(例如TCR)的细胞在体外试验中响应于非常低的抗原剂量,而较低结合亲和力的这类细胞在达到类似于高亲和力的表达抗原结合蛋白(例如TCR)的细胞的免疫响应之前,则需要更高量的抗原。因此,可以将结合亲和力看作是表达抗原结合蛋白(例如TCR)的细胞的活化阈值的定量决定因素。这通过将此类细胞在体外暴露于不同量的同源抗原来测定。具有高结合亲和力的表达抗原结合蛋白(例如TCR)的细胞响应于低抗原剂量。设想表达如本文所述的抗原结合蛋白(例如TCR)的效应细胞以高亲和力结合其抗原靶标(优选由抗原呈递细胞在HLA-A*11上呈递的KRAS G12V表位)。例如,如果TCR表达细胞在与抗原阳性HLA-A*11表达靶细胞共培养时分泌至少约200pg/mL或更多(如200pg/mL或更多、300pg/mL或更多、400pg/mL或更多、500pg/mL或更多、600pg/mL或更多、700pg/mL或更多、1000pg/mL或更多、5,000pg/mL或更多、7,000pg/mL或更多、10,000pg/mL或更多、或20,000pg/mL或更多)干扰素γ(IFN-γ),则通常认为该TCR表达细胞以“高”结合亲和力结合其抗原靶标。
在本发明中,术语“活性剂”意指任何能够发挥预定作用的化合物,例如,抗体或治疗剂、可检测标记物(例如,标记物、示踪剂或成像化合物)。
在本发明中,术语“免疫刺激分子”是指另外刺激本发明中所述的TCR的免疫增强效应,从而增强所涉及的T细胞针对所涉及的细胞毒性活性的任何佐剂。例如,所述免疫刺激分子可以包含下组中的一种或多种:细胞因子、趋化因子、血小板因子和补体启动剂。
在本发明中,术语“偶联物”(或可互换的“多肽偶联物”或“偶联的多肽”)意指由一个或多个本发明的多肽共价连接到一个或多个非多肽部分上形成的异源分子。术语“共价连接”的意思是多肽和非多肽部分直接彼此共价连接,或者通过诸如桥接(bridge),间隔物(spacer),或连接部分等的一个或多个间插部分(intervening moiety)间接彼此共价连接。优选的是,偶联的多肽在有关浓度和条件下是可溶的,即在诸如血液等生理学液体中是可溶的。
在本发明中,术语“治疗剂”通常是指可用于预防、治疗和/或控制疾病或失调,例如,所述疾病或失调包含与KRAS基因有关或以其为特征的疾病或失调。例如,所述疾病或失调包含与KRAS基因的G12V突变或其一个或多个变体有关或以其为特征的疾病或失调。
在本发明中,术语“多肽”、“肽”和“蛋白”在本文中可以互换,是指氨基酸残基的聚合物。这个术语可用于指一个或多个氨基酸残基是其相应的天然氨基酸的人工合成化学模拟物的氨基酸聚合物,也可用于指天然的氨基酸聚合物,那些含修饰残基的氨基酸聚合物以及非天然的氨基酸聚合物。
在本发明中,术语“分离的核酸分子”可以指这样的核酸(如DNA或RNA),其不与衍生出本发明核酸的生物体的天然基因组中与该核酸紧邻的两个编码序列(即一个在5’末端,一个在3’末端)相紧邻。因此,该术语包含例如通过聚合酶链反应(PCR)或限制性内切核酸酶处理而产生的cDNA或基因组DNA片段,而不论该cDNA或基因组DNA片段是被掺入载体,整合至与其所来源的生物体相同或不同物种(包含例如病毒)的基因组中,还是与其它编码序列连接形成编码嵌合多肽的杂合基因,或者是不依赖于任何其它DNA序列。DNA可以是双链或单链,有义或反义。
在本发明中,术语“细胞”或“宿主细胞”通常是指能够或可以向其中引入/转染例如编码异源多肽或构成shRNA的核酸的细胞。所述的细胞可以包含单个细胞的代。由于天然、偶然或有意的突变,后代可以不一定与原始母细胞完全相同(在总DNA互补体的形态上或在基因组上)。宿主细胞包含原核细胞,其用于表达载体/质粒,和真核细胞,其用于表达核酸。例如,真核细胞是哺乳动物细胞。例如,所述的细胞可以包含人细胞。例如,所述的细胞可以包含免疫效应细胞。在某些实施方案中,所述的细胞可以包含T细胞、B细胞、天然杀伤细胞(NK细胞)、巨噬细胞、NKT细胞、单核细胞(例如PBMC)、树突状细胞、粒细胞、淋巴细胞、白细胞、外周血单个核细胞、胚胎干细胞、淋巴祖细胞和/或多能干细胞。在一些实施方式中,所述哺乳动物细胞可以是Jurkat细胞。
在一些实施方式中,T细胞可以为任何类型的T细胞并且可以为任何发育阶段的T细胞,包括但不限于CD4+/CD8+双阳性T细胞、CD4+辅助性T细胞,例如Th1和Th2细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞(例如,细胞毒性T细胞)、肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)、记忆性T细胞(例如,中心记忆性T细胞和效应记忆性T细胞)、初始T细胞等。在一些实施方案中,所述T细胞不表达内源性TCR。
在本发明中,术语“免疫效应细胞”通常是指参与免疫应答,例如,促进免疫效应子应答的细胞。免疫效应细胞的实例包含T细胞,例如,α/β的T细胞和γ/δT细胞、B细胞、自然杀伤(NK)细胞、自然杀伤T(NKT)细胞、肥大细胞和骨髓源性吞噬细胞。
在本发明中,术语“干细胞”通常用于表达本发明的抗原结合蛋白(特别是TCR)的干细胞。例如,干细胞可以是淋巴祖细胞、诱导多能干细胞(iPSC)或造血干细胞(HSC)。在一些实施方案中,干细胞不包括通过破坏人类胚胎获得的胚胎干细胞,和/或不包括用于发育并形成动物个体的全能性干细胞。将基因转移至干细胞通常不会导致在细胞表面表达TCR,因为干细胞表面不表达CD3分子。然而,当干细胞分化为迁移至胸腺的淋巴前体(lymphoidprecursor)时,CD3分子的表达将启动在胸腺细胞的表面表达该引入的TCR分子。在一些实施方案中,干细胞为淋巴祖细胞或诱导多能干细胞(iPSC)。
在本发明中,术语“药物组合物”指用于对受试者,优选对人患者施用的组合物。本发明的药物组合物包含本领域中建立的任意药物剂型,尤其是胶囊剂、微囊剂、扁囊剂、丸剂、片剂、粉剂、弹丸剂、多颗粒制剂(例如小球剂、颗粒剂或晶体剂)、气雾剂、喷雾剂、泡沫剂、溶液剂、分散剂、酊剂、糖浆剂、酏剂、混悬剂、油包水型乳剂(如软膏剂)和水包油型乳剂(如霜剂、洗剂和镇痛剂)。该制剂可以包装在分开的剂量单位中或多剂量容器中。在某些实施方式中,药物组合物可以包含用于非肠道、透皮、内腔内、动脉内、膜内和/或鼻内给药或直接注射入组织的组合物。例如,所述药物组合物通过输注或注射向患者给药。合适组合物的给药由不同方式达成,如静脉内、腹膜内、皮下、肌肉内、局部或皮内给药。本发明的药物组合物可进一步包含药学上可接受的载体。合适的药物载体的例子是现有公知的,包含磷酸盐缓冲盐溶液、水、乳剂(如油/水乳剂)、各类保湿剂、无菌溶液、脂质体等。包含这些载体的组合物可通过公知的常规方法来配制。这些药物组合物可以合适的剂量向受试者给药。剂量方案可由参与的医生和临床因素来确定。如现有医学技术所公知的,对于任一患者的剂量取决于许多因素,包含患者的身材、身体表面积、年龄、给药的特定化合物、性别、给药时间和途径、综合健康情况、以及同时给药的其他药物。非肠道给药的制剂包含无菌含水或非含水溶液、混悬液、和乳剂。非含水溶剂的例子有丙二醇、聚乙二醇、植物油(如橄榄油)、和可注射的有机酯(如油酸乙酯)。含水载体包含水、醇/含水溶液、乳剂或混悬液,包含盐水和缓冲介质。非肠道载体包含氯化钠溶液、Ringer氏葡萄糖、葡萄糖和氯化钠、含乳酸盐的(lactated)Ringer氏、或不挥发性油。静脉内载体包含流体和营养物补充剂、电解液补充剂(如基于Ringer氏葡萄糖的那些)等。也可含有防腐剂和其他添加剂,例如,抗微生物、抗氧化、鳌合剂、惰性气体等。另外,本发明的药物组合物可包含蛋白质载体,像诸如,血清白蛋白或免疫球蛋白,优选是人源的。关注的是,除了(如本发明所述的)人单克隆抗体或其片段,本发明的药物组合物还可包含其他生物活性剂,这取决于药物组合物所需的用途。
在本发明中,术语“载体”通常是指包含编码目的多肽的区段的线性或环状DNA分子,其中所述的多肽编码区段在该DNA分子中与帮助其转录的其它区段可操作地连接。这些其它区段包含启动子和终止序列,并还可以包含一个或多个复制起点、一个或多个选择标记、增强子、多腺苷酸化信号等。表达载体一般来源于质粒或病毒DNA,或可以含有两者的元件。
在本发明中,术语“Fc-融合多肽”指结合结构域与显示所需靶结合和/或蛋白A结合和/或FcRn-结合活性的抗体Fc区的融合物。
在本发明中,术语“MHC复合物”通常又称为主要组织相容性复合体(majorhistocompatibility complex,MHC),是一组编码动物主要组织相容性抗原的基因群的统称。人类的MHC也叫做HLA(human leukocyte antigen,HLA)复合体。由于MHC的多基因特性,依据其编码分子的结构、组织分布与功能差异,可分为MHC I类、MHC II类、MHC III类基因,分别编码MHC I类分子、MHC II类分子、MHC III类分子。术语“MHC-肽复合物”或“肽-MHC复合物”或其变体是指肽抗原和MHC分子的结合或复合物,如,一般通过MHC分子的结合沟或裂中肽的非共价相互作用。在一些实施方式中,MHC-肽复合物呈递或展示在细胞表面上。在一些实施方式中,MHC-肽复合物可被抗原受体,如TCR或其抗原结合部分特异性识别。
在本发明中,术语“治疗”通常包含:(1)防止受治疗者发生不良症状和病理状态,所述受治疗者倾向于发生这些不良症状和病理状态,但是尚未确诊有这些症状和病理状态;(2)抑制不良症状和病理状态,即控制其发展;或(3)改善或缓解不良症状或病理状态,即使上述不良症状或病理状态消退。达到上述任一目的的本发明组合物的量称为“有效量”,并且包含所述组合物的预防性和治疗性应用。
在本发明中,术语“肿瘤”和“癌症”通常是指在正常生长和/或发育中呈现出至少部分失去控制的细胞。例如,常见的肿瘤或癌细胞通常已经失去了接触抑制并可能是入侵性的和/或具有转移的能力。术语“KRAS突变相关的肿瘤”通常是指与正常细胞相比,所述肿瘤细胞的KRAS发生突变。例如,所述KRAS突变相关的肿瘤可以是指肿瘤细胞KRAS G12V发生点突变的肿瘤。
在本发明中,术语“和/或”应理解为意指可选项中的任一项或可选项的两项或多项。
在本发明中,涉及的蛋白、多肽和/或氨基酸序列,还应理解为至少包含以下的范围:与该所述蛋白或多肽具备相同或类似功能的变体或同源物,也即,功能性变体。
在本发明中,术语“功能性变体”是指与亲本多肽具有显著的序列同一性并且保留了亲本多肽的生物活性的多肽。功能变体涵盖,例如,保留了以与亲本多肽类似的程度、以与亲本多肽相同的程度或以比亲本多肽更高的程度特异性结合KRAS G12V抗原的能力的本文所述多肽或蛋白的变体。功能性变体的氨基酸序列与亲本多肽的氨基酸序列可以例如,具有至少约50%、75%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、98.2%、98.4%、98.6%、98.8%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或更高的同一性。
所述功能性变体还可以为,例如在所述蛋白和/或所述多肽(例如,特异性结合KRAS G12V的TCR或其片段)的氨基酸序列中经过取代、缺失或添加一个或多个氨基酸的蛋白或多肽。例如,所述功能性变体可包含已经通过至少1个,例如1-30个、1-20个或1-10个,又例如1个、2个、3个、4个或5个氨基酸取代、缺失和/或插入而具有氨基酸改变的蛋白质或多肽。例如,所述取代可以为保守取代。
在本发明中,所述同一性通常是指两个或多个序列之间的相似性、类似或关联。可以通过以下方式计算“序列同源性百分比”:将两条待比对的序列在比较窗中进行比较,确定两条序列中存在相同核酸碱基(例如,A、T、C、G、I)或相同氨基酸残基(例如,Ala、Pro、Ser、Thr、Gly、Val、Leu、Ile、Phe、Tyr、Trp、Lys、Arg、His、Asp、Glu、Asn、Gln、Cys和Met)的位置的数目以得到匹配位置的数目,将匹配位置的数目除以比较窗中的总位置数(即,窗大小),并且将结果乘以100,以产生序列同源性百分比。为了确定序列同源性百分数而进行的比对,可以按本领域已知的多种方式实现,例如,使用可公开获得的计算机软件如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可以确定用于比对序列的适宜参数,包括为实现正在比较的全长序列范围内或目标序列区域内最大比对所需要的任何算法。所述同源性也可以通过以下的方法测定:FASTA和BLAST。对FASTA算法的描述可以参见W.R.Pearson和D.J.Lipman的“用于生物学序列比较的改进的工具”,美国国家科学院院刊(Proc.Natl.Acad.Sci.),85:2444-2448,1988;和D.J.Lipman和W.R.Pearson的“快速灵敏的蛋白质相似性搜索”,Science,227:1435-1441,1989。对BLAST算法的描述可参见S.Altschul、W.Gish、W.Miller、E.W.Myers和D.Lipman的“一种基本的局部对比(alignment)搜索工具”,分子生物学杂志,215:403-410,1990。
在本发明中,术语“约”通常是指在指定数值以上或以下0.5%-10%的范围内变动,例如在指定数值以上或以下0.5%、1%、1.5%、2%、2.5%、3%、3.5%、4%、4.5%、5%、5.5%、6%、6.5%、7%、7.5%、8%、8.5%、9%、9.5%、或10%的范围内变动。
发明详述
CDR
TCR的CDR又称互补决定区,是可变区的一部分。该区域的氨基酸残基可以与抗原或抗原表位接触。CDR可以通过多种编码系统来确定,如CCG、Kabat、Chothia、IMGT、AbM、North’s、综合考虑Kabat/Chothia等。这些编码系统为本领域内已知,具体可参见,例如,http://www.bioinf.org.uk/abs/index.html#kabatnum。本领域技术人员可以根据TCR的序列和结构,用不同的编码系统确定出CDR区。使用不同的编码系统,CDR区可能存在差别。在本发明中,所述CDR涵盖根据任何CDR划分方式划分得到的CDR序列;也涵盖其变体,所述变体包含所述CDR的氨基酸序列经过取代、缺失和/或添加一个或多个氨基酸。例如1-5个,又例如1个、2个、3个、4个、5个氨基酸取代、缺失和/或插入;也涵盖其同源物,所述同源物可以为与所述CDR的氨基酸序列具有至少约80%(例如,具有至少约80%、约85%、约90%、约91%、约92%、约93%、约94%、约95%、约96%、约97%、约98%、约99%或更高的)序列同源性的氨基酸序列。在本发明中,所述变体和同源物可以包含与本发明所述CDR序列相同或基本相同的亲和力(例如,按照本发明实施例3所述方法进行测定)、膜稳定性(例如,按照本发明实施例4所述方法进行测定)或特异性杀伤力活性(例如,按照本发明实施例5所述方法进行测定),所述“基本相同”是指具有至少约80%(在一些实施方式中,具有至少约80%、约85%、约90%、约91%、约92%、约93%、约94%、约95%、约96%、约97%、约98%、约99%或更高的)的水平。
一方面,本发明所述T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段可以包含TCRα链可变区的CDR3,所述TCRα链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:21(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的CDR3,所述TCRβ链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:5(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列。
在本发明中,所述的抗原结合蛋白可以包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段可以包含TCRβ链可变区的CDR3,所述TCRβ链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:5(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的CDR3,所述TCRα链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:21(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列。
在本发明中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCR的抗原结合域或其片段,其中所述抗原结合域或其片段可以包含TCRα链可变区的CDR3和TCRβ链可变区的CDR3,所述TCRα链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:21(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列,且所述TCRβ链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:5(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的CDR1,所述TCRα链可变区的CDR1可以包含SEQ ID NO:19(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的CDR2,所述TCRα链可变区的CDR2可以包含SEQ ID NO:20(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的CDR1,所述TCRβ链可变区的CDR1可以包含SEQ ID NO:3(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列,
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的CDR2,所述TCRβ链可变区的CDR2可以包含SEQ ID NO:4(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的CDR1,CDR2和CDR3,所述TCRα链可变区的CDR1可以包含SEQ ID NO:19(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列,所述TCRα链可变区的CDR2可以包含SEQ ID NO:20(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列,所述TCRα链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:21(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的CDR1,CDR2和CDR3,所述TCRβ链可变区的CDR1可以包含SEQ ID NO:3(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列,所述TCRβ链可变区的CDR2可以包含SEQ ID NO:4(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列,所述TCRβ链可变区的CDR3可以包含SEQ ID NO:5(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的CDR1,CDR2和CDR3,以及TCRβ链可变区的CDR1,CDR2和CDR3,所述TCRα链可变区的CDR1包含SEQ ID NO:19(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列,所述TCRα链可变区的CDR2包含SEQ ID NO:20(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列,所述TCRα链可变区的CDR3包含SEQ ID NO:21(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列,所述TCRβ链可变区的CDR1包含SEQ ID NO:3(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列,所述TCRβ链可变区的CDR2包含SEQ ID NO:4(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列,且所述TCRβ链可变区的CDR3包含SEQ ID NO:5(包括其变体或同源物)所示的氨基酸序列。
FR
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的FR1,所述TCRα链可变区的FR1的C端与所述TCRα链可变区的CDR1的N端直接或间接相连,且所述TCRα链可变区的FR1可以包含SEQ ID NO:34(包括功能性变体)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的FR2,所述TCRα链可变区的FR2位于所述TCRα链可变区的CDR1与所述TCRα链可变区的CDR2之间,且所述TCRα链可变区的FR2可以包含SEQ ID NO:35(包括功能性变体)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的FR3,所述TCRα链可变区的FR3位于所述TCRα链可变区的CDR2与所述TCRα链可变区的CDR3之间,且所述TCRα链可变区的FR3可以包含SEQ ID NO:36(包括功能性变体)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链可变区的FR4,所述TCRα链可变区的FR4的N端与所述TCRα链可变区的CDR3的C端直接或间接相连,且所述TCRα链的FR4可以包含SEQ ID NO:37(包括功能性变体)所示的氨基酸序列。
在本发明中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的FR1,TCRβ链可变区的FR1的C端与所述TCRβ链可变区的CDR1的N端直接或间接相连,且所述TCRβ链可变区的FR1可以包含SEQ ID NO:30(包括功能性变体)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的FR2,所述TCRβ链可变区的FR2位于所述TCRβ链的CDR1与所述TCRβ链可变区的CDR2之间,且所述TCRβ链可变区的FR2可以包含SEQ ID NO:31(包括功能性变体)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的FR3,所述TCRβ链可变区的FR3位于所述TCRβ链的CDR2与所述TCRβ链的CDR3之间,且所述TCRβ链可变区的FR3包含SEQ ID NO:32(包括功能性变体)所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRβ链可变区的FR4,所述TCRβ链可变区的FR4的N端与所述TCRβ链可变区的CDR3的C端直接或间接相连,且所述TCRβ链可变区的FR4可以包含SEQ ID NO:33(包括功能性变体)所示的氨基酸序列。
可变区
一方面,所述的抗原结合蛋白可以包含可变区中的至少一个CDR。
在一些实施方式中,所述可变区可以包含SEQ ID NO:3(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:4(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:5(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:19(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:20(包括其变体或同源物)和SEQ ID NO:21(包括其变体或同源物)中任一项所示的氨基酸序列。
在本发明中,所述的抗原结合蛋白的CDR可以通过任何形式划分,只要可变区包含SEQ ID NO:3(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:4(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:5(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:19(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:20(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:21(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:2(包括功能性变体)和SEQID NO:18(包括功能性变体)中任一项所示的氨基酸序列,以任何形式划分得到的CDR都可以落入本发明的保护范围内。
在本发明中,所述的抗原结合蛋白的可变区可以包含框架区FR1,FR2,FR3和FR4中的至少一个。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链的可变区,且所述TCRα链的可变区可以包含SEQ ID NO:19(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:20(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:21(包括其变体或同源物)和SEQ ID NO:18(包括功能性变体)中任一项所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRβ链的可变区,且所述TCRβ链的可变区可以包含SEQ ID NO:3(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:4(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:5(包括其变体或同源物)和SEQ ID NO:2(包括功能性变体)中任一项所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链的可变区和TCRβ链的可变区,所述TCRα链的可变区可以包含SEQ ID NO:19(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:20(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:21(包括其变体或同源物)和SEQ ID NO:18(包括功能性变体)中任一项所示的氨基酸序列,且所述TCRβ链的可变区可以包含SEQ ID NO:3(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:4(包括其变体或同源物),SEQ ID NO:5(包括其变体或同源物)和SEQ ID NO:2(包括功能性变体)中任一项所示的氨基酸。
在一些实施方案中,所述抗原结合蛋白是包含α链和β链的TCR。在一些情况下,TCRα链和/或β链可以包含先导序列。在一些实施方式中,TCRα链的先导序列可以具有如SEQ IDNO:41所示的氨基酸序列。TCRβ链的先导序列可以具有如SEQ ID NO:39所示的氨基酸序列。TCRα链的先导序列可以由SEQ ID NO:42所示的核苷酸序列编码。TCRβ链的先导序列可以由SEQ ID NO:40所示的核苷酸序列编码。
在一些实施方式中,在一些实施方案中,所述的抗原结合蛋白中所述TCRα链可变区可以包含在第一多肽上,并且所述TCRβ链可变区可以包含在不同的第二多肽上。在一些实施方案中,或所述TCRα链可变区和TCRβ链可变区可以包含在同一多肽上。
恒定区
在本发明中,所述的抗原结合蛋白可以包含恒定区或其片段。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRα链的恒定区或其片段。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白中所述TCRα链的恒定区的片段可以包含TCR恒定区的胞外段。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白中所述TCRα链的恒定区或其片段可以选自源自人的TCRα链恒定区,源自鼠的TCRα链恒定区,以及它们的功能性变体。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白中所述源自人的TCRα链恒定区包含SEQID NO:25,SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:23中任一项所示的氨基酸序列,以及它们的功能性变体。
在一些实施方式中,所述源自鼠的TCRα链恒定区包含SEQ ID NO:28,SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:26中任一项所示的氨基酸序列,以及它们的功能性变体。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCRβ链的恒定区或其片段。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白中所述TCRβ链的恒定区的片段可以包含TCR恒定区的胞外段。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白中所述TCRβ链的恒定区或其片段选自源自人的TCRβ链恒定区,源自鼠的TCRβ链恒定区,以及它们的功能性变体。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白中所述源自人的TCRβ链恒定区包含SEQID NO:10,SEQ ID NO:9,SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:7中任一项所示的氨基酸序列,或它们的功能性变体。
又在一些实施方式中,所述源自鼠的TCRβ链恒定区包含SEQ ID NO:16,SEQ IDNO:15,SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:13,SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:11中任一项所示的氨基酸序列,或它们的功能性变体。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白中所述的TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸突变,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键。
据报道,在恒定区添加二硫键可促进TCRα和β链的正确配对(Kuball J等Blood.2007Mar 15;109(6):2331-8)。因此,本文还设想在恒定区中添加一个或多个半胱氨酸修饰,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键。
在一些实施方案中,所述半胱氨酸突变在以下的一个或多个位置处:野生型人TCRα链恒定区第48位、野生型鼠TCRα链恒定区第48位、野生型人TCRβ链恒定区第57位、野生型鼠TCRβ链恒定区第57位。
野生型TCR恒定区的序列可以在国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的公开数据库中找到,如TCR分子α链的恒定域序列为“TRAC*01”,TCR分子β链的恒定域序列为“TRBC1*01”或“TRBC2*01”。
为方便描述半胱氨酸突变的位置,本发明中野生型TCR恒定区氨基酸序列的位置按照国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的命名规则进行编号。在一些实施方式中,TCRα链恒定区(TRAC)中的某个氨基酸,IMGT中列出的位置编号为48,则本文中将其描述为TCRα链恒定区(TRAC)第48位氨基酸;TCRβ链恒定区(TRBC)中的某个氨基酸,IMGT中列出的位置编号为57,则本文中将其描述为TCRβ链恒定区(TRBC)第57位氨基酸其他以此类推。本文中,可变区TRAV与TRBV的氨基酸序列的位置编号,按照IMGT中列出的位置编号。如TRAV中的某个氨基酸,IMGT中列出的位置编号为46,则本发明中将其描述为TRAV第46位氨基酸,其他以此类推。本发明中,其他氨基酸的序列位置编号有特殊说明的,则按特殊说明。
在一些实施方案中,TCRα链恒定区还包含LVL突变或LIV突变,使得恒定区(和/或跨膜区)包含氨基酸序列LLVIVLRIL(SEQ ID NO:38)。在一些实施方式中,当TCRα链包含人恒定区时,该人恒定区可以包含LVL突变,使得恒定区(和/或跨膜区)包含氨基酸序列LLVIVLRIL(SEQ ID NO:38)。当TCRα链包含鼠恒定区时,该鼠恒定区可以包含LIV突变,使得恒定区(和/或跨膜区)包含氨基酸序列LLVIVLRIL(SEQ ID NO:38)。
抗原结合蛋白
一方面,本发明提供一种抗原结合蛋白,所述的抗原结合蛋白可以包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合蛋白能够特异性结合包含SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物。在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白中的所述MHC分子可以包含HLA-A*11,例如,HLA-A*11:01。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白中所述TCRα链和TCRβ链可以形成异质二聚体。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含跨膜结构域。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含胞质区。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含胞内信号传导域。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含一个或多个结合其他抗原或表位的抗原结合区。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含所述的可变区和/或所述的恒定区。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以是分离的或纯化的。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以为可溶的和/或膜结合的。
也即,本发明的抗原结合蛋白可以以可溶形式提供,在一些实施方式中,以可溶性TCR的形式提供。可溶性TCR(sTCR)可用作诊断工具和将治疗剂或效应细胞特异性靶向例如表达被可溶性TCR识别的抗原靶标的癌细胞的载体或“衔接子”。可溶性TCR通常为包含TCRα链和/或β链或其可变区或CDR的片段或构建体,并且任选地其通过二硫键稳定或通过合适的接头共价连接。通常,可溶性TCR不包括例如跨膜区。
本发明的抗原结合蛋白还可以以膜结合形式提供,在一些实施方式中以膜结合的TCR的形式提供。通常,膜结合的TCR包括跨膜区,以使其锚定在细胞膜上。
在一些实施方式中,所述的抗原结合蛋白可以包含TCR、嵌合抗原受体(CAR)和/或Fc融合多肽,或其抗原结合片段。
在一些实施方式中,所述的TCR可以具有下述性质中的一种或多种:
1)能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
2)对包含SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
3)具有高度膜稳定性;以及
4)对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
5)不同分型的HLA都不具有同种异体反应。
在某些实施方式中,所述的TCR能以小于或等于1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合。
在一些实施方式中,所述的TCR能以小于或等于约1.49*10^-6M,小于或等于约1.48*10^-6M,小于或等于约1.47*^-6M,小于或等于约1.46*10^-6M,小于或等于约1.45*10^-6M,小于或等于约1.44*10^-6M,小于或等于约1.43*10^-6M,小于或等于约1.42*10^-6M,小于或等于约1.41*10^-6M,小于或等于约1.40*10^-6M,小于或等于约1.39*10^-6M,小于或等于约1.38*10^-6M,小于或等于约1.37*10^-6M,小于或等于约1.36*10^-6M,小于或等于约1.35*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合。其中,所述EC50可以按照本发明实施例3所描述的方法进行测定。
多肽
另一方面,本发明还提供了一种或多种多肽,所述的多肽可以包含所述的抗原结合蛋白。在一些实施方式中,所述多肽可以包含融合蛋白。
核酸分子,载体和细胞
另一方面,本发明还提供了一种或多种核酸分子,可以编码所述的抗原结合蛋白或所述的多肽。在一些实施方式中,所述的核酸分子可以包含任意长度的分离或纯化形式的核苷酸、脱氧核苷酸和/核糖核苷酸。在一些实施方式中包括(i)在体外扩增的,在一些实施方式中通过聚合酶链式反应(PCR)扩增产生的,(ii)通过克隆重组产生的,(iii)纯化的,在一些实施方式中通过酶切和凝胶电泳分级分离,或者(iv)合成的,在一些实施方式中通过化学合成。在一些实施方式中,所述分离的核酸可以是通过重组DNA技术制备的核酸分子。
在一些实施方式中,所述的分离的核酸分子可以包含SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,或与其具有至少约50%、75%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、98.2%、98.4%、98.6%、98.8%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或更高的同一性的核苷酸序列。
在一些实施方式中,所述的分离的核酸分子可以包含SEQ ID NO:17所示的核苷酸序列,或与其具有至少约50%、75%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、98.2%、98.4%、98.6%、98.8%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或更高的同一性的核苷酸序列。
在一些实施方式中,为了使所述核酸分子在载体中复制,所述核酸分子的5’端和3’端还可以包含长末端重复序列。
另一方面,本发明还提供了一种或多种载体,所述的载体可以包含所述的核酸分子。
所述的载体可以转化、转导或转染宿主细胞,使其携带的遗传物质元件在宿主细胞内表达。在一些实施方式中,载体可以包含启动子、转录子、增强子、复制子、选择元件和报告基因。在一些实施方式中,载体可以包含协助进入细胞的成分。在一些实施方式中,所述载体可以包含启动子。在一些实施方式中,所述启动子可以是组成型启动子。
所述载体可以包含,例如,质粒、粘粒、病毒、噬菌体或者在例如遗传工程中通常使用的其他载体。在一些实施方式中,所述载体可为表达载体。在一些实施方式中,所述载体可为病毒载体。可以将病毒载体直接给予至患者(体内)或可以通过间接的形式,在一些实施方式中,在体外使用病毒处理细胞,然后将处理过的细胞给予至患者(离体)。常规的基于病毒的系统可以包含用于基因转移的逆转录病毒载体、慢病毒载体、腺病毒载体、腺相关病毒载体以及单纯疱疹病毒载体。在一些实施方式中,可以用所述逆转录病毒、所述慢病毒和所述腺相关病毒的方法将基因转移整合进宿主基因组中,使插入的基因长期表达。所述的慢病毒载体是能够转导或感染非分裂细胞并典型地产生较高病毒效价的逆转录病毒载体。慢病毒载体可包含长末端重复序列5’LTR和截短的3’LTR、RRE、rev应答元件(cPPT)、中央终止序列(CTS)和/或翻译后调控元件(WPRE)。本发明所述的载体可以被引入细胞。
另一方面,本发明还提供了一种细胞,所述细胞可以包含所述的核酸分子或所述的载体。
在一些实施方式中,所述的细胞可以包含一种或多种所述的核酸分子和/或所述的载体。
所述的细胞可以包含单个细胞的代。由于天然、偶然或有意的突变,后代可以不一定与原始母细胞完全相同(在总DNA互补体的形态上或在基因组上)。
在一些实施方式中,所述的细胞可以包含人细胞。在一些实施方式中,所述的细胞可以包含免疫效应细胞。在某些实施方案中,所述的细胞可以包含T细胞、B细胞、天然杀伤细胞(NK细胞)、巨噬细胞、NKT细胞、单核细胞(例如PBMC)、树突状细胞、粒细胞、淋巴细胞、白细胞、外周血单个核细胞、胚胎干细胞、淋巴祖细胞和/或多能干细胞。
在一些实施方式中,T细胞可以为任何类型的T细胞并且可以为任何发育阶段的T细胞,包括但不限于CD4+/CD8+双阳性T细胞、CD4+辅助性T细胞,例如Th1和Th2细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞(例如,细胞毒性T细胞)、肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)、记忆性T细胞(例如,中心记忆性T细胞和效应记忆性T细胞)、初始T细胞等。在一些实施方案中,所述T细胞不表达内源性TCR。
如本文所用的术语“干细胞”是用于表达本发明的抗原结合蛋白(特别是TCR)的干细胞。在一些实施方式中,干细胞可以是淋巴祖细胞、诱导多能干细胞(iPSC)或造血干细胞(HSC)。在一些实施方案中,干细胞不包括通过破坏人类胚胎获得的胚胎干细胞,和/或不包括用于发育并形成动物个体的全能性干细胞。将基因转移至干细胞通常不会导致在细胞表面表达TCR,因为干细胞表面不表达CD3分子。然而,当干细胞分化为迁移至胸腺的淋巴前体(lymphoid precursor)时,CD3分子的表达将启动在胸腺细胞的表面表达该引入的TCR分子。
在一些实施方案中,干细胞为淋巴祖细胞或诱导多能干细胞(iPSC)。
在一些实施方案中,本发明提供了一种制备本发明的细胞的方法,其包括用本发明的载体转导或转染细胞的步骤。
如本文所用的术语“转染”是有意将核酸分子或多核苷酸(包括载体)引入靶细胞的过程。一个例子是RNA转染,即将RNA(例如体外转录的RNA,ivtRNA)引入宿主细胞的过程。该术语主要用于真核细胞中的非病毒方法。术语“转导”通常用于描述病毒介导的核酸分子或多核苷酸的转移。动物细胞的转染通常涉及在细胞膜中打开瞬时的孔或“洞”,以允许摄取材料。可以使用磷酸钙、通过电穿孔、通过细胞挤压或通过将阳离子脂质与材料混合以产生与细胞膜融合并将它们的运载物沉积入内部的脂质体,进行转染。用于转染真核宿主细胞的示例性技术包括脂质囊泡介导的摄取、热休克介导的摄取、磷酸钙介导的转染(磷酸钙/DNA共沉淀)、显微注射和电穿孔。
在一些实施方案中,所述方法还包括在所述转导或转染之前或之后扩增和/或活化细胞的步骤。
偶联物,药物组合物,试剂盒和使用方法
另一方面,本发明还提供了一种偶联物,所述的偶联物可以包含所述的抗原结合蛋白,及与所述抗原结合蛋白偶联或缀合的活性剂。
在一些实施方式中,所述的偶联物中所述活性剂可以选自:可检测标记、免疫刺激分子和/或治疗剂。
在一些实施方式中,所述可检测标记可以包含下组中的一种或多种:生物素、链霉抗生物素蛋白、酶或其催化活性片段、放射性核素、纳米颗粒、顺磁性金属离子、核酸探针、造影剂、萤光、磷光和化学发光分子。
在一些实施方式中,所述免疫刺激分子可以包含下组中的一种或多种:细胞因子、趋化因子、血小板因子和补体启动剂。
在一些实施方式中,所述治疗剂可以包含下组中的一种或多种:免疫调节剂、放射性化合物、酶、化学治疗剂和毒素。
另一方面,本发明还提供了一种药物组合物,可以包含所述的抗原结合蛋白、所述的多肽、所述的核酸分子、所述的载体、所述的细胞和/或所述的偶联物,以及任选地药学上可接受的载剂。在一些实施方式中,所述的药物组合物还可以包含第二治疗剂。在一些实施方式中,所述的第二治疗剂可以包含抗体、化疗剂和/或小分子药物。
在一些实施方式中,所述的药物组合物可以包含本领域中建立的任意药物剂型,尤其是胶囊剂、微囊剂、扁囊剂、丸剂、片剂、粉剂、弹丸剂、多颗粒制剂(例如小球剂、颗粒剂或晶体剂)、气雾剂、喷雾剂、泡沫剂、溶液剂、分散剂、酊剂、糖浆剂、酏剂、混悬剂、油包水型乳剂(如软膏剂)和水包油型乳剂(如霜剂、洗剂和镇痛剂)。所述制剂可以包装在分开的剂量单位中或多剂量容器中。
在一些实施方式中,所述的药物组合物可以包含用于非肠道、透皮、内腔内、动脉内、膜内和/或鼻内给药或直接注射入组织的组合物。在一些实施方式中,所述药物组合物可以通过输注或注射向患者给药。所述的给药由不同方式达成,如静脉内、腹膜内、皮下、肌肉内、局部或皮内给药。
在一些实施方式中,所述的药物组合物可进一步包含药学上可接受的载体。所述的药物载体的例子是现有公知的,可以包含磷酸盐缓冲盐溶液、水、乳剂(如油/水乳剂)、各类保湿剂、无菌溶液和/或脂质体等。所述的包含这些载体的药物组合物可通过公知的常规方法来配制。例如,所述的非肠道给药的制剂可以包含无菌含水或非含水溶液、混悬液、和乳剂。所述的非含水溶剂可以包含有丙二醇、聚乙二醇、植物油(如橄榄油)和/或可注射的有机酯(如油酸乙酯)。例如,所述的含水载体包含水、醇/含水溶液、乳剂或混悬液,包含盐水和缓冲介质。例如,所述的非肠道载体可以包含氯化钠溶液、Ringer氏葡萄糖、葡萄糖和氯化钠、含乳酸盐的(lactated)Ringer氏和/或不挥发性油。例如,所述的静脉内载体可以包含流体和营养物补充剂、电解液补充剂(如基于Ringer氏葡萄糖的那些)等,也可含有防腐剂和其他添加剂。例如,所述的防腐剂和其他添加剂可以包含抗微生物、抗氧化、鳌合剂和/或惰性气体等。例如,本发明的药物组合物可包含蛋白质载体,像诸如,血清白蛋白或免疫球蛋白,优选是人源的。关注的是,除了(如本发明所述的)人单克隆抗体或其片段,所述的药物组合物还可以包含其他生物活性剂,这取决于药物组合物所需的用途。
在一些实施方式中,所述药物组合物可以合适的剂量方案向受试者给药,所述的剂量方案可由参与的医生和临床因素来确定。如现有医学技术所公知的,对于任一患者的剂量取决于许多因素,包含患者的身材、身体表面积、年龄、给药的特定化合物、性别、给药时间和途径、综合健康情况、以及同时给药的其他药物。
另一方面,本发明还提供了所述抗原结合蛋白、所述多肽、所述核酸分子、所述载体、所述细胞、所述偶联物和/或所述药物组合物在制备药物中的用途,所述药物用于预防和/或治疗疾病和/或病症。
在一些实施方式中,所述的疾病和/或病症可以包含KRAS突变阳性疾病和/或病症。在一些实施方式中,所述的KRAS突变可以使其包含G12突变表位,例如SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位。在一些实施方式中,所述的KRAS突变阳性疾病可以包含肿瘤。在一些实施方式中所述的肿瘤可以包含实体瘤和/或血液瘤。在一些实施方式中,所述肿瘤包含:结直肠癌、胰腺癌、肺腺癌和子宫内膜癌中的至少一种。
另一方面,本发明还提供了一种预防和/或治疗疾病和/或病症的方法,其包括向有需要的受试者施用治疗有效量的本发明所述的抗原结合蛋白、所述的多肽、所述的核酸分子、所述的载体、所述的细胞、所述的偶联物和/或所述的药物组合物。
在一些实施方式中,所述的疾病和/或病症可以包含KRAS突变阳性疾病和/或病症。在一些实施方式中,所述的KRAS突变可以使其包含G12突变表位,例如SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位。在一些实施方式中,所述的KRAS突变阳性疾病可以包含肿瘤。在一些实施方式中所述的肿瘤可以包含实体瘤和/或血液瘤。在一些实施方式中,所述肿瘤包含:结直肠癌、胰腺癌、肺腺癌和子宫内膜癌中的至少一种。
如本文所用的术语“有效量”意指当施用到受试者用于治疗或预防疾病时足以实现这样的治疗或预防的治疗剂的量。“有效量”可根据药物、疾病及其严重度、以及待治疗的受试者的年龄、体重等改变。“治疗有效量”是指用于治疗性治疗的有效量。“预防有效量”是指用于预防性治疗的有效量。
可通过在如细胞培养物或实验动物中的标准程序如ED50(在50%群体中治疗有效的剂量)和LD50(对50%群体致死的剂量)确定治疗功效和毒性。治疗和毒性作用之间的剂量比是治疗指数,并且可以表示为ED50/LD50的比率。优选表现出大治疗指数的药物组合物。在本发明中,所述ED50/LD50比率可以用来表示在实验动物中的有效量推测在人类中的有效量。在一些实施方式中,Freireich等人描述了动物和人的有效量的相互关系(基于每平方米身体表面的毫克数)(Freireich et al.,Cancer Chemother.Rep.50,219(1966))。身体表面积可以从患者的身高和体重近似确定。参见例如Scientific Tables,GeigyPharmaceuticals,Ardsley,N.Y.,537(1970)。
本领域技术人员采用已知技术可确定所施用的抗原结合蛋白或细胞的确切剂量。合适的剂量提供足够量的本发明活性剂,并且优选是治疗有效的,即足以在合理的时间范围内引起受试者或动物的例如治疗性或预防性响应。例如,本发明的抗原结合蛋白如TCR的剂量应在从施用时起约2小时或更久,例如12小时至24小时或更久时间(例如,1个月、2个月、3个月、6个月、12个月、24个月等)的时段内足以结合癌症抗原或检测、治疗或预防癌症。在某些实施方案中,时间段甚至可以更久。如本领域已知,针对治疗目的(如缓解相对于疾病的急性发作),给药途径、时间和频率,给药制剂的时间和频率,年龄,体重,一般健康状况,性别,饮食,疾病状态的严重程度,药物组合,反应敏感性和对治疗的耐受性/响应的调整可能是必要的。
用于确定施用剂量的许多测定为本领域已知的。为了本发明的目的,测定可用于确定待施用于哺乳动物的起始剂量,所述测定包括,将给定剂量的表达本发明抗原结合蛋白(在一些实施方式中TCR)的T细胞施用于一组哺乳动物中的哺乳动物(各自被施用不同剂量的T细胞)后,比较靶细胞裂解或由此类T细胞分泌的IFN-γ所达到的程度。在施用某剂量后,靶细胞裂解或IFN-γ分泌所达到的程度可以通过本领域已知的方法测定。本发明抗原结合蛋白或细胞的剂量也通过可能伴随本发明抗原结合蛋白或细胞的施用的任何不利副作用的存在、性质和程度来确定。通常,主治医师决定施用于每个个体患者的本发明抗原结合蛋白或细胞的剂量,这考虑到多种因素,如年龄、体重、一般健康、饮食、性别、待施用的活性剂、施用途径以及治疗病况的严重程度。在本发明的治疗方法的一些实施方案中,每次输注施用的细胞数目可以例如从约1×106至约1×1012个细胞或更多个细胞之间变化。在某些实施方案中,可以施用少于1x 106个细胞。
应认识到,治疗可能需要单次施用治疗有效剂量或多次施用治疗有效剂量的本发明的活性剂。在一些实施方式中,根据特定组合物的配方、半衰期和清除率,一些组合物可以每3至4天施用、每周施用,或每两周施用一次,或在一个月内施用一次。
术语“受试者”或“个体”或“动物”或“患者”在本文可互换使用,指需要治疗的任何受试者,特别是哺乳动物受试者。一般而言,哺乳动物受试者包括人、非人灵长类动物、狗、猫、豚鼠、兔、大鼠、小鼠、马、牛、乳牛等。所述人可以是高加索人、非洲人、亚洲人、闪族人,或其他种族,或各种种族的杂合体。例如,所述人可以是老年、成年、青少年、儿童或者婴儿。然而,很容易理解,特别设想将本文提供的TCR、核酸、载体、宿主细胞和药物组合物用于治疗人类受试者,特别是那些HLA-A*11阳性受试者,例如HLA-A*11:01。
在本发明治疗方法的一些实施方案中,所述细胞对于所述受试者是自体的或同种异体的。
在一些实施方案中,所述方法包括以下步骤:(i)从所述受试者分离含有细胞的样品;(ii)用本发明的载体转导或转染所述细胞;和(iii)将步骤(ii)中得到的细胞施用于受试者。在一些实施方案中,所述方法还包括在步骤(i)之后和(ii)之前敲除所述细胞中的内源性TCR的步骤。在一些实施方案中,所述方法还包括施用第二治疗剂,优选地,所述第二治疗剂选自抗体、化疗剂和小分子药物。第二治疗剂的优选实例如上文所述。
另一方面,本发明还提供了所述抗原结合蛋白、所述多肽、所述核酸分子、所述载体、所述细胞、所述偶联物和/或所述药物组合物,其用于预防和/或治疗疾病和/或病症。
例如,所述的疾病和/或病症可以包含KRAS突变阳性疾病和/或病症。例如,所述的KRAS突变可以使其包含G12突变表位,例如SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位。例如,所述的KRAS突变阳性疾病可以包含肿瘤。例如所述的肿瘤可以包含实体瘤和/或血液瘤。例如,所述肿瘤包含:结直肠癌、胰腺癌、肺腺癌和子宫内膜癌中的至少一种。
另一方面,本发明还提供了一种检测KRAS突变的方法,所述方法可以包含施用所述的抗原结合蛋白、所述的多肽、所述的核酸分子、所述的载体、所述的细胞和/或所述的药物组合物。
例如,所述方法可包含体外方法,立体方法,非诊断或非治疗目的的方法。所述非诊断或非治疗目的的方法例如可以包括科学研究。
在一些实施方式中,本发明提供了一种检测(例如诊断)受试者中KRAS G12V阳性病症的方法,其中所述方法包括(i)使从受试者获得的样品与本发明的抗原结合蛋白、细胞或偶联物接触;和(ii)检测所述样品中KRAS G12V抗原的存在,其中所述KRAS G12V抗原的存在指示所述KRAS G12V阳性病症。
在一些实施方案中,从受试者获得的样品可以是血液样品、尿液样品、组织样品或细胞样品。在某些实施方案中,所述方法在体外进行。在一些实施方案中,所述方法包括(i)使从所述受试者获得的样品与本发明的偶联物接触,其中该偶联物包含可检测标记;和(ii)通过检测可检测标记来检测所述样品中KRAS G12V抗原的存在。可检测标记的实例包括但不限于生物素、链霉抗生物素蛋白、酶或其催化活性片段、放射性核素、纳米颗粒、顺磁性金属离子、核酸探针、造影剂、和萤光、磷光或化学发光分子;优选酶或其催化活性片段、放射性核素、萤光、磷光或化学发光分子。
另一方面,本发明还提供了一种检测KRAS突变的试剂盒,所述试剂盒可以包含所述的抗原结合蛋白、所述的多肽、所述的核酸分子、所述的载体、所述的细胞和/或所述的药物组合物。
在一些实施方式中,所述的试剂盒还可以包含说明书,所述说明书可以包含用于检测KRAS突变的方法。
另一方面,在本发明中,所述的试剂盒和/或所述的药物组合用于预防、缓解和/或治疗疾病或病症。
在一些实施方式中,所述疾病或病症可包括肿瘤。例如,所述肿瘤可包括与KRAS的表达相关的肿瘤。术语“KRAS的表达相关的肿瘤”通常是指与正常细胞相比,所述肿瘤细胞KRAS的表达改变。例如,所述“与KRAS的表达相关的肿瘤”可以是与正常细胞相比,所述肿瘤细胞表面KRAS的发生点突变的肿瘤。例如,所述“与KRAS的表达相关的肿瘤”可以是与正常细胞相比,所述肿瘤细胞表面KRAS G12V的发生点突变的肿瘤。
在一些实施方式中,所述肿瘤可以包括血液瘤。在一些实施方式中,所述肿瘤可包括淋巴瘤。在一些实施方式中,所述肿瘤可包括白血病。
本发明所述药物组合物及方法可与其他类型的癌症疗法结合使用,诸如化学疗法、手术、放射、基因疗法等。本发明中所描述的药物组合物及方法可用于其他依赖于免疫反应的疾病病状,诸如炎症、免疫疾病及感染性疾病。
本发明可包含以下的实施方案:
1.抗原结合蛋白,其包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段包含TCRα链可变区的CDR3和TCRβ链可变区的CDR3,所述TCRα链可变区的CDR3包含SEQ ID NO:
21所示的氨基酸,所述抗原结合域或其片段能够特异性结合包含SEQ ID NO:29所示的氨基酸的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
2.根据实施方案1所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRβ链可变区的CDR3包含SEQID NO:5所示的氨基酸序列。
3.抗原结合蛋白,其包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段包含TCRα链可变区的CDR3和TCRβ链可变区的CDR3,所述TCRβ链可变区的CDR3包含SEQ ID NO:
5所示的氨基酸,所述抗原结合域或其片段能够特异性结合包含SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
4.根据实施方案3所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRα链可变区的CDR3包含SEQID NO:21所示的氨基酸序列.
5.抗原结合蛋白,其包含TCR的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段包含TCRα链可变区的CDR3和TCRβ链可变区的CDR3,所述TCRα链可变区的CDR3包含SEQ ID NO:21所示的氨基酸序列,且所述TCRβ链可变区的CDR3包含SEQ ID NO:5所示的氨基酸序列。
6.根据实施方案5所述的抗原结合蛋白,其中所述抗原结合域或其片段能够特异性结合包含SEQ ID NO:
29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
7.根据实施方案1-6中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述MHC分子包含HLA-A*11型,例如,
HLA-A*11:01。
8.根据实施方案1-7中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述抗原结合域或其片段包含TCRα链可变区的CDR1。
9.根据实施方案1-8中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRα链可变区的CDR1包含SEQ ID NO:
19所示的氨基酸序列。
10.根据实施方案1-9中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述抗原结合域或其片段包含TCRα链可变区的CDR2,优选地,所述TCRα链可变区的CDR2包含SEQ ID NO:20所示的氨基酸。
11.根据实施方案1-10中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述抗原结合域或其片段包含TCRβ链可变区的CDR1。
12.根据实施方案1-11中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRβ链可变区的CDR1包含SEQ ID NO:
3所示的氨基酸。
13.根据实施方案1-12中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述抗原结合域或其片段包含TCRβ链可变区的CDR2。
14.根据实施方案1-13中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRβ链可变区的CDR2包含SEQ ID NO:
4所示的氨基酸。
15.抗原结合蛋白,其包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段包含TCRα链可变区的CDR1,CDR2和CDR3,且所述TCRα链可变区的CDR1包含SEQID NO:19所示的氨基酸序列,所述TCRα链可变区的CDR2包含SEQ ID NO:20所示的氨基酸序列,所述TCRα链可变区的CDR3包含SEQ ID NO:21所示的氨基酸序列。
16.根据实施方案1-15中所述的抗原结合蛋白,其中所述抗原结合域或其片段包含TCRβ链可变区的CDR1,CDR2和CDR3;且所述TCRβ链可变区的CDR1包含SEQ ID NO:3所示的氨基酸,所述TCRβ链可变区的CDR2包含SEQ ID NO:4所示的氨基酸,且所述TCRβ链可变区的CDR3包含SEQ ID NO:5所示的氨基酸。
17.根据实施方案1-16中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含TCRα链可变区的FR1,所述TCRα链可变区的FR1的C端与所述TCRα链可变区的CDR1的N端直接或间接相连。
18.根据实施方案1-17中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRα链可变区的FR1包含SEQ ID NO:
34所示的氨基酸或其功能性变体。
19.根据实施方案1-18中任一项所述的抗原结合蛋白其包含TCRα链可变区的FR2,所述TCRα链可变区的FR2位于所述TCRα链可变区的CDR1与所述TCRα链可变区的CDR2之间。
20.根据实施方案1-19中任一项所述的抗原结合蛋白,所述TCRα链的FR2包含SEQID NO:35所示的氨基酸或其功能性变体。
21.根据实施方案1-20中任一项所述的抗原结合蛋白其包含TCRα链可变区的FR3,所述TCRα链可变区的FR3位于所述TCRα链可变区的CDR2与所述TCRα链可变区的CDR3之间。
22.根据实施方案1-21中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRα链可变区的FR3包含SEQ ID NO:
36所示的氨基酸或其功能性变体。
23.根据实施方案1-22中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含TCRα链可变区的FR4,所述TCRα链可变区的FR4的N端与所述TCRα链可变区的CDR3的C端直接或间接相连。
24.根据实施方案1-23中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRα链可变区的FR4包含SEQ ID NO:
37所示的氨基酸或其功能性变体。
25.根据实施方案1-24中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含TCRα链的可变区。
26.根据实施方案1-25中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRα链的可变区包含SEQ ID NO:18
所示的氨基酸或其功能性变体。
27.根据实施方案1-26中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含TCRβ链可变区的FR1,所述TCRβ链可变区的FR1的C端与所述TCRβ链可变区的CDR1的N端直接或间接相连。
28.根据实施方案1-27中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含所述TCRβ链可变区的FR1包含SEQ ID NO:
30所示的氨基酸或其功能性变体。
29.根据实施方案1-28中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含TCRβ链可变区的FR2,所述TCRβ链可变区的FR2位于所述TCRβ链可变区的CDR1与所述TCRβ链可变区的CDR2之间。
30.根据实施方案1-29中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含所述TCRβ链可变区的FR2包含SEQ ID NO:
31所示的氨基酸或其功能性变体。
31.根据实施方案1-30中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含TCRβ链可变区的FR3,所述TCRβ链可变区的FR3位于所述TCRβ链可变区的CDR2与所述TCRβ链可变区的CDR3之间。
32.根据实施方案1-31中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含所述TCRβ链可变区的FR3包含SEQ ID NO:
32所示的氨基酸或其功能性变体。
33.根据实施方案1-32中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含TCRβ链可变区的FR4,所述TCRβ链可变区的FR4的N端与所述TCRβ链可变区的CDR3的C端直接或间接相连。
34.根据实施方案1-33中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含所述TCRβ链可变区的FR4包含SEQ ID NO:
33所示的氨基酸或其功能性变体。
35.根据实施方案1-34中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含TCRβ链的可变区。
36.根据实施方案1-35中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRβ链的可变区包含SEQ ID NO:2所示的氨基酸或其功能性变体。
37.根据实施方案1-36中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含TCRα链的可变区和TCRβ链的可变区,所述TCRα链的可变区包含SEQ ID NO:18所示的氨基酸或其功能性变体,且所述TCRβ链的可变区包含SEQ ID NO:2所示的氨基酸或其功能性变体。
38.根据实施方案1-37中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRα链可变区包含在第一多肽上,并且所述TCRβ链可变区包含在不同的第二多肽上;或所述TCRα链可变区和TCRβ链可变区包含在同一多肽上。
39.根据实施方案1-38中任一项所述的抗原结合蛋白,其为可溶的和/或膜结合的。
40.根据实施方案1-39中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含TCR、嵌合抗原受体(CAR)和/或Fc融合多肽,或其抗原结合片段。
41.根据实施方案1-40中任一项所述的抗原结合蛋白,其为TCR或其抗原结合片段,且所述抗原结合蛋白还包含TCR恒定区或其片段。
42.根据实施方案1-41中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述片段包含TCR恒定区的胞外段。
43.根据实施方案1-42中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCR恒定区选自源自人的TCR恒定区,源自鼠的TCR恒定区,以及它们的变体。
44.根据实施方案1-43中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCR恒定区包含TCRα链恒定区和/或
TCRβ链恒定区。
45.根据实施方案1-44中任一项所述的抗原结合蛋白,其中TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸突变,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键。
46.根据实施方案1-45中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述源自人的TCRα链恒定区或其变体包含SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25中任一项所示的氨基酸,或者它们的功能性变体。
47.根据实施方案1-46中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述源自鼠的TCRα链恒定区或其变体包含SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:28中任一项所示的氨基酸,或者它们的功能性变体。
48.根据实施方案1-47中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述源自人的TCRβ链恒定区或其变体包含SEQ ID NO:7,SEQ ID NO:8,SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10中任一项所示的氨基酸,或者它们的功能性变体。
49.根据实施方案1-48中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述源自鼠的TCRβ链恒定区或其变体包含SEQ ID NO:11,SEQ ID NO:12,SEQ ID NO:13,SEQ ID NO:14,SEQ IDNO:15和SEQ ID NO:16中任一项所示的氨基酸,或者它们的功能性变体。
50.根据实施方案1-49中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCRα链和TCRβ链形成异质二聚体。
51.根据实施方案1-50中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含跨膜结构区、胞质区和胞内信号传导区的至少一种。
52.根据实施方案1-51中任一项所述的抗原结合蛋白,其包含一个或多个结合其他抗原或表位的抗原结合区。
53.根据实施方案1-52中任一项所述的抗原结合蛋白,其是分离的或纯化的。
54.根据实施方案1-53中任一项所述的抗原结合蛋白,其具有下述性质中的一种或多种:
1)能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
2)对包含SEQ ID NO:29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
3)具有高度膜稳定性;
4)对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
5)不同分型的HLA都不具有同种异体反应。
55.多肽,其包含实施方案1-54中任一项所述的抗原结合蛋白。
56.核酸分子,其编码实施方案1-54中任一项所述的抗原结合蛋白或实施方案55所述的多肽。
57.根据实施方案56中所述的核酸分子可以是分离或纯化的。
58.根据实施方案56-57中任一项所述的分离的核酸分子包含SEQ ID NO:1和/或SEQ ID NO:17中任一项所示的核苷酸序列,或者它们的功能性变体。
59.载体,其包含实施方案56-58中任一项所述的核酸分子。
60.细胞,其包含实施方案1-54中任一项所述的抗原结合蛋白、实施方案55所述的多肽、实施方案56-58
中任一项所述的核酸分子或实施方案59所述的载体。
61.根据实施方案60所述的细胞,其中所述细胞为免疫效应细胞。
62.根据实施方案60-61所述的细胞,其中所述免疫效应细胞包含淋巴细胞(例如,所述淋巴细胞包含T细胞和/或NK细胞)、单核细胞和干细胞中的至少一种。
63.根据实施方案60-62所述的细胞,其中所述T细胞不表达内源性TCR。
64.根据实施方案60-63中任一项所述的细胞,其包含人细胞。
65.偶联物,其包含实施方案1-54中任一项所述的抗原结合蛋白或实施方案55所述的多肽,及与所述抗原结合蛋白偶联或缀合的活性剂。
66.根据实施方案65所述的偶联物,其中所述活性剂选自:可检测标记、免疫刺激分子和/或治疗剂。
67.根据实施方案65-66中任一项所述的偶联物,其中所述可检测标记选自下组中的一种或多种:生物素、链霉抗生物素蛋白、酶或其催化活性片段、放射性核素、纳米颗粒、顺磁性金属离子、核酸探针、造影剂、萤光、磷光和化学发光分子。
68.根据实施方案65-67中任一项所述的偶联物,其中所述免疫刺激分子选自下组中的一种或多种:细胞因子、趋化因子、血小板因子和补体例如,启动剂。
69.根据实施方案65-68中任一项所述的偶联物,其中所述治疗剂选自下组中的一种或多种:免疫调节剂、放射性化合物、酶、化学治疗剂和毒素。
70.药物组合物,其包含实施方案1-54中任一项所述的抗原结合蛋白、实施方案55所述的多肽、实施方案56-58中任一项所述的核酸分子、实施方案59所述的载体、实施方案60-64中任一项所述的细胞和/或实施方案65-69中任一项所述的偶联物,以及任选地药学上可接受的载剂。
71.根据实施方案70所述的药物组合物,其还包含第二治疗剂。
72.根据实施方案70-71所述的药物组合物,所述第二治疗剂选自抗体、化疗剂和小分子药物。
73.实施方案1-54中任一项所述的抗原结合蛋白、实施方案55所述的多肽、实施方案56-58所述的核酸分子、实施方案59所述的载体、实施方案60-64中任一项所述的细胞、实施方案65-69中任一项所述的偶联物和/或实施方案70-72所述的药物组合物在制备药物中的用途,所述药物用于预防和/或治疗
KRAS突变阳性疾病和/或病症。
74.根据实施方案73所述的用途,其中所述KRAS突变使其包含SEQ ID NO:29所示的氨基酸、其变体和/或同源物序列的表位。
75.根据实施方案73-74所述的用途,其中所述KRAS突变阳性疾病和/或病症包括肿瘤。
76.根据实施方案73-75所述的用途,其中所述肿瘤包括实体瘤和/或血液瘤。
77.根据实施方案73-76中任一项所述的用途,其中所述肿瘤包括:结直肠癌、胰腺癌、肺腺癌和子宫内膜癌中的至少一种。
78.一种检测KRAS突变的方法,所述方法包括施用实施方案1-54中任一项所述的抗原结合蛋白或实施方案55所述的多肽。
79.一种检测KRAS突变的试剂盒,所述试剂盒包含实施方案1-54中任一项所述的抗原结合蛋白或实施方案55所述的多肽。
不欲被任何理论所限,下文中的实施例仅仅是为了阐释本发明的抗原结合蛋白、制备方法和用途等,而不用于限制本发明的范围。
实施例
实施例1KRAS G12突变的T细胞表位规划和发掘
为了增加每一个KRAS突变表位特异性TCR产品的市场空间,根据大样本的HLA基因分型数据,挖掘目标市场人群中分布频率最高的多个HLA基因型别,并在高频率HLA优选的基础上,利用生物信息学分析和实验手段鉴定特定HLA基因型递呈的KRAS突变抗原的T细胞表位。针对KRAS G12位突变能够形成的抗原表位进行了系统的生物信息学和免疫学研究,确认了12种明确的T细胞表位,并制备了可以特异性检测上述抗原表位特异性T细胞的MHC四聚体(Tetramer)和ELISpot检测方法。并在后续针对HLA靶抗原表位进行TCR克隆获取、亲和力优化、非特异排除等药物开发流程(图1)。
实施例2克隆获得特异性识别HLA-A*11:01呈递的KRAS G12V的TCR:CRTKVA11
获得伦理批准和患者知情同意后,对KRAS G12突变阳性结直肠癌患者(A*11:01)的术后肿瘤组织,培养扩增肿瘤中的浸润淋巴细胞(TIL)。待TIL充分扩增后利用流式单细胞分选CD8和Tetramer(HLA-A*11:01,KRAS G12V 8-16,VVGAVGVGK,命名为KV1)染色强阳性细胞,将分选获得的CD8+/tetramer+细胞进行细胞mRNA逆转录扩增以获得TCRα、βV区基因;进一步将获得的TCRα、βV区基因构建至含TCR C区的慢病毒载体中,克隆后的载体可分别表达完整TCRα或β链(图2);将各种候选的TCR配对导入已经建立的T细胞报告细胞株中,通过抗原特异性激活实验确认TCR配对的抗原特异性和亲和力。利用上述克隆和确认策略,我们得到了一个HLA-A*11:01呈递的KRAS G12V 8~16表位特异性TCR:CRTKVA11(图2)。
CRTKVA11的可变区氨基酸序列及其编码序列分别如表1和表2所示,其α链和β链可变区的CDR序列如表3所示。重组TCR的恒定区序列如表4所示。重组TCR的α链和β链氨基酸序列如表5所示。
表1.CRTKVA11的可变区氨基酸序列
表2.CRTKVA11的可变区编码序列
表3.CRTKVA11的α链和β链可变区CDR序列
α链 β链
CDR1 YGATPY(SEQ ID NO:19) SGHVS(SEQ ID NO:3)
CDR2 YFSGDTLV(SEQ ID NO:20) FQNEAQ(SEQ ID NO:4)
CDR3 AVGVPGGYNKLI(SEQ ID NO:21) ASSLDRGNTIY(SEQ ID NO:5)
表4.重组TCR的α链和β链恒定区序列
/>
表5.重组TCR的α链和β链氨基酸序列
/>
/>
将CRTKVA11的α、β链V区融合鼠源C区(SEQ ID NO:28(α链)和SEQ ID NO:12(β链))以β-T2A-α的顺序串联构建至慢病毒载体中以备后续使用。
实施例3CRTKVA11对靶抗原肽具有高亲和力
将CRTKVA11导入携带NFAT-GFP报告基因的Jurkat细胞(Jurkat-NFAT,已敲除内源TCR),与负载不同浓度靶抗原肽(如负载所述靶抗原肽的浓度为1.0*10^-5M,1.0*10^-6M,1.0*10^-7M,1.0*10^-8M,1.0*10^-9M或1.0*10^-10M)的T2细胞共孵育,检测Jurkat细胞报告基因激活水平。CRTKVA11的EC50为1.31*10^-6M。
实施例4CRTKVA11蛋白分子具有高度膜稳定性
利用等量的TK34(文献报道在小鼠体内产生的针对同一个靶点的TCR(TRAV3-3*01/BV4*01,以后命名为TK34,Identification of T-cell Receptors Targeting KRAS-Mutated Human Tumors,Qiong J et al,Cancer Immunology Research))和CRTKVA11慢病毒转导PBMC后扩增培养至D9;利用Anti-TCRβ-APC抗体染色检测TCR-T的表达率;利用humanCD3-FITC、CD4-APC与CD8-PE-Cy7抗体染色,测量CD4/CD8的比例。流式分析的结果显示:相同转导和培养条件下,两种TCR转导后各细胞表达CD4/CD8的比例基本一致(图3)。CRTKVA11的TCR表达率明显优于TK34(图3),提示CRTKVA11的TCR蛋白分子具有更好的膜稳定性,预示CRTKVA11潜在具有更好的抗原反应性和抗肿瘤活性。
实施例5CRTKVA11 TCR-T对抗原阳性肿瘤细胞表现出高效的特异性杀伤活性
使用表达CRTKVA11或者TK34的TCR-T细胞作为效应细胞,用未转导TCR的PBMC平行扩增培养后作为效应细胞的对照;使用负载10^-6M的KRAS G12V 8~16多肽的T2KO-A1101(HLA-A*11:01)细胞和SW480-B2M-A1101-G12V(KRAS G12V阳性、HLA-A*11:01阳性)、Hela-A1101-G12V(KRAS G12V阳性、HLA-A*11:01阳性)、PANC-1-A1101-G12V(KRAS G12V阳性、HLA-A*11:01阳性)作为HLA-抗原肽匹配的阳性靶细胞;使用未负载多肽的T2KO-A1101细胞、HUCCT-1(KRAS G12V阴性、HLA-A*11:01阳性)作为HLA-抗原肽不匹配阴性靶细胞;所有靶细胞均稳定表达Luciferase基因。效应细胞与不同靶细胞按照图示的效靶比(E:T)比值进行孵育16hr,加入Luciferase底物检测存活的靶细胞,根据剩余的靶细胞推算出被杀伤的靶细胞比例。结果显示,可明显观察到,和TK34比较,CRTKVA11对贴壁阳性靶细胞SW480、Hela和PANC-1有明确杀伤能力,并且显示出剂量依赖性,而相对于阴性靶细胞HUCCT-1则没有明显杀伤(图4A);此外,CRTKVA11对悬浮阳性靶细胞T2负载多肽有明确杀伤能力,并且显示出剂量依赖性,相对于未负载多肽T2则没有明显杀伤,可见CRTKVA11具有杀伤HLA-抗原肽匹配靶细胞的能力(图4B)。
实施例6CRTKVA11 TCR-T细胞对抗原阳性的靶细胞显示出特异性反应:IFN-γ分泌实验
使用表达CRTKVA11和TK34的TCR-T细胞作为效应细胞,用未转导TCR的PBMC平行扩增培养后作为效应细胞的对照。贴壁细胞使用SW480-A1101-G12V(过表达KRAS G12V和HLA-A*11:01)和CFPAC-1-A1101-G12V(过表达KRAS G12V和HLA-A*11:01)作为靶抗原阳性的靶细胞,A549(KRAS G12V阴性、HLA-A*11:01阴性)、Siha(KRAS G12V阴性、HLA-A*11:01阴性)、NCI-H2030(KRAS G12V阴性、HLA-A*11:01阳性)、SW480(KRAS G12V阳性、HLA-A*11:01阴性)和LCLC-97TM1(KRAS G12V阳性、HLA-A*11:01阴性)作为靶抗原阴性细胞。悬浮细胞使用负载10^-6M的KRAS G12V 8~16多肽的T2KO-A1101(HLA-A*11:01)细胞、使用未负载多肽的T2KO-A1101细胞以作为阴性靶细胞,负载10^-6M的KRAS G12C、G12D与野生KRAS多肽的T2KO-A1101细胞以检测抗原特异性。CRTKVA11 TCR阳性效应细胞数为1E5,与不同靶细胞按照1:1的效靶比进行孵育24hr,用IFN-γELISA Kits(Thermo,Cat#88-7316-76)检测上清IFN-γ分泌的情况。结果显示,CRTKVA11可被贴壁细胞SW480-A1101-G12V激活,CFPAC-1-A1101-G12V激活能力较弱(图5A),CRTKVA11也可被悬浮的负载KRAS G12V抗原肽(KV1)的T2KO-A1101细胞激活(图5B)。以上结果证实了CRTKVA11为KRAS G12V抗原特异性的TCR。和TK34比较,二者对负载KRAS G12V抗原肽(KV1)的T2KO-A1101细胞反应水平一致,CRTKVA11对KRAS G12V过表达的细胞株SW480反应要强于TK34(图5A),对KRAS G12C抗原肽的反应性低于TK34(图5B)。以上结果说明CRTKVA11的特异性要优于TK34。
实施例7CRTKVA11对于表达不同HLA分型的T2KO-TAP1细胞株不具有非特异性的活化
为检测CRTKVA11是否会产生同种异体反应(Alloreactivity),即与其他不匹配HLA产生抗原非依赖的交叉反应,构建由T2KO-TAP1(敲除HLA同时表达TAP1)分别表达66种不同HLA的细胞株,所选高频HLA-A、HLA-B、HLA-C可覆盖90%以上人群。不同HLA基因转导T2KO-TAP1细胞后经流式细胞仪分选,HLA表达率均高于95%。使用1E5表达CRTKVA11的TCR-T细胞作为效应细胞,与1E5的靶细胞共培养16~24小时,收取上清液进行IFN-γ检测,以负载10^-6M的KRAS G12V 8~16多肽的T2-A1101细胞作为实验的阳性对照。靶细胞都没有明显刺激CRTKVA11分泌IFN-γ的作用(图6),说明CRTKVA11对于不同分型的HLA都不具有同种异体反应,预示CRTKVA11不会产生同种异体反应。
实施例8CRTKVA11的体内抗肿瘤活性
利用胰腺癌细胞系PANC-1(KRAS G12V,A1101)在NPG免疫缺陷鼠(5-6周,雌性)中建立成瘤模型,然后尾静脉回输107的CRTKVA11 TCR-T细胞,回输107PBMC作为阴性对照,等体积的Saline作为空白对照。监测各组小鼠皮下肿瘤的生长情况。并利用萤光素酶活体成像监测TCR-T细胞回输后各组小鼠皮下肿瘤的生长情况,结果如图7A和图7B所示。
由图7A和图7B可以看出,本发明提供的CRTKVA11在动物体内实验中能够表现出优秀的抑瘤效果。

Claims (96)

1. 抗原结合蛋白,其包含T细胞受体(TCR)的抗原结合域或其片段,所述抗原结合域或其片段包含TCR α链可变区的CDR1,CDR2和CDR3,且所述TCR α链可变区的CDR1的氨基酸序列如SEQ ID NO: 19所示,所述TCR α链可变区的CDR2的氨基酸序列如SEQ ID NO: 20所示,所述TCR α链可变区的CDR3的氨基酸序列如SEQ ID NO: 21所示;和
所述抗原结合域或其片段包含TCR β链可变区的CDR1,CDR2和CDR3;且所述TCR β链可变区的CDR1的氨基酸序列如SEQ ID NO: 3所示,所述TCR β链可变区的CDR2的氨基酸序列如SEQ ID NO: 4所示,且所述TCR β链可变区的CDR3的氨基酸序列如SEQ ID NO: 5所示;
其中所述抗原结合域或其片段对突变的KRAS表位具有抗原特异性,所述突变的KRAS表位包含G12V和/或G12C。
2.根据权利要求1所述的抗原结合蛋白,其中,所述抗原结合域或其片段能够特异性结合包含SEQ ID NO: 29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
3.根据权利要求2所述的抗原结合蛋白,其中,所述MHC分子包含HLA-A*11型。
4. 根据权利要求3所述的抗原结合蛋白,其中,所述MHC分子为HLA-A*11:01。
5. 根据权利要求1-4中任意一项所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR α链可变区的FR1,所述TCR α链可变区的FR1的C端与所述TCR α链可变区的CDR1的N端直接或间接相连;和/或
其包含TCR α链可变区的FR2,所述TCR α链可变区的FR2位于所述TCR α链可变区的CDR1与所述TCR α链可变区的CDR2之间;和/或
其包含TCR α链可变区的FR3,所述TCR α链可变区的FR3位于所述TCR α链可变区的CDR2与所述TCR α链可变区的CDR3之间;和/或
其包含TCR α链可变区的FR4,所述TCR α链可变区的FR4的N端与所述TCR α链可变区的CDR3的C端直接或间接相连。
6. 根据权利要求5所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链可变区的FR1包含SEQ IDNO: 34所示的氨基酸序列。
7. 根据权利要求5所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链的FR2包含SEQ ID NO: 35所示的氨基酸序列。
8. 根据权利要求5所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链可变区的FR3包含SEQ IDNO: 36所示的氨基酸序列。
9. 根据权利要求5所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链可变区的FR4包含SEQ IDNO: 37所示的氨基酸序列。
10.根据权利要求4所述的抗原结合蛋白,其中,所述抗原结合蛋白包含TCR α链的可变区。
11.根据权利要求10所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链的可变区包含SEQ IDNO: 18所示的氨基酸序列。
12.根据权利要求1-4和6-11中任一项所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR β链可变区的FR1,所述TCR β链可变区的FR1的C端与所述TCR β链可变区的CDR1的N端直接或间接相连;和/或
其包含TCR β链可变区的FR2,所述TCR β链可变区的FR2位于所述TCR β链可变区的CDR1与所述TCR β链可变区的CDR2之间;和/或
其包含TCR β链可变区的FR3,所述TCR β链可变区的FR3位于所述TCR β链可变区的CDR2与所述TCR β链可变区的CDR3之间;和/或
其包含TCR β链可变区的FR4,所述TCR β链可变区的FR4的N端与所述TCR β链可变区的CDR3的C端直接或间接相连。
13.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR β链可变区的FR1包含SEQ IDNO: 30所示的氨基酸序列。
14.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR β链可变区的FR2包含SEQ IDNO: 31所示的氨基酸序列。
15.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR β链可变区的FR3包含SEQ IDNO: 32所示的氨基酸序列。
16.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR β链可变区的FR4包含SEQ IDNO: 33所示的氨基酸序列。
17.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中;所述抗原结合蛋白包含TCR β链的可变区。
18.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR β链的可变区包含SEQ IDNO: 2所示的氨基酸序列。
19.根据权利要求5所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR β链可变区的FR1,所述TCRβ链可变区的FR1的C端与所述TCR β链可变区的CDR1的N端直接或间接相连;和/或
其包含TCR β链可变区的FR2,所述TCR β链可变区的FR2位于所述TCR β链可变区的CDR1与所述TCR β链可变区的CDR2之间;和/或
其包含TCR β链可变区的FR3,所述TCR β链可变区的FR3位于所述TCR β链可变区的CDR2与所述TCR β链可变区的CDR3之间;和/或
其包含TCR β链可变区的FR4,所述TCR β链可变区的FR4的N端与所述TCR β链可变区的CDR3的C端直接或间接相连。
20.根据权利要求19所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR β链可变区的FR1包含SEQ IDNO: 30所示的氨基酸序列。
21.根据权利要求19所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR β链可变区的FR2包含SEQ IDNO: 31所示的氨基酸序列。
22.根据权利要求19所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR β链可变区的FR3包含SEQ IDNO: 32所示的氨基酸序列。
23.根据权利要求19所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR β链可变区的FR4包含SEQ IDNO: 33所示的氨基酸序列。
24.根据权利要求19所述的抗原结合蛋白,其中;所述抗原结合蛋白包含TCR β链的可变区。
25.根据权利要求19所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR β链的可变区包含SEQ IDNO: 2所示的氨基酸序列。
26.根据权利要求1-4、6-11和13-25中任一项所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR α链的可变区和TCR β链的可变区,所述TCR α链的可变区包含SEQ ID NO: 18所示的氨基酸序列,且所述TCR β链的可变区包含SEQ ID NO: 2所示的氨基酸。
27.根据权利要求5所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR α链的可变区和TCR β链的可变区,所述TCR α链的可变区包含SEQ ID NO: 18所示的氨基酸序列,且所述TCR β链的可变区包含SEQ ID NO: 2所示的氨基酸。
28.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR α链的可变区和TCR β链的可变区,所述TCR α链的可变区包含SEQ ID NO: 18所示的氨基酸序列,且所述TCR β链的可变区包含SEQ ID NO: 2所示的氨基酸。
29.根据权利要求1-4、6-11、13-25和27-28中任一项所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链可变区包含在第一多肽上,并且所述TCR β链可变区包含在不同的第二多肽上;或所述TCR α链可变区和TCR β链可变区包含在同一多肽上。
30.根据权利要求5所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链可变区包含在第一多肽上,并且所述TCR β链可变区包含在不同的第二多肽上;或所述TCR α链可变区和TCR β链可变区包含在同一多肽上。
31.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链可变区包含在第一多肽上,并且所述TCR β链可变区包含在不同的第二多肽上;或所述TCR α链可变区和TCR β链可变区包含在同一多肽上。
32.根据权利要求26所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链可变区包含在第一多肽上,并且所述TCR β链可变区包含在不同的第二多肽上;或所述TCR α链可变区和TCR β链可变区包含在同一多肽上。
33.根据权利要求1-4、6-11、13-25、27-28和30-32中任一项所述的抗原结合蛋白,其中,其为可溶的和/或膜结合的。
34.根据权利要求5所述的抗原结合蛋白,其中,为可溶的和/或膜结合的。
35.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中,其为可溶的和/或膜结合的。
36.根据权利要求26所述的抗原结合蛋白,其中,其为可溶的和/或膜结合的。
37.根据权利要求29所述的抗原结合蛋白,其中,其为可溶的和/或膜结合的。
38.根据权利要求1-4、6-11、13-25、27-28、30-32和34-37中任一项所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR、嵌合抗原受体(CAR)和/或Fc融合多肽,或其抗原结合片段。
39.根据权利要求38所述的抗原结合蛋白,其中,所述的抗原结合蛋白为TCR或其抗原结合片段,且所述抗原结合蛋白还包含TCR恒定区或其片段。
40.根据权利要求39所述的抗原结合蛋白,其中,所述片段包含TCR恒定区的胞外段。
41.根据权利要求39所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR恒定区选自源自人的TCR恒定区,源自鼠的TCR恒定区;和/或,所述TCR恒定区包含TCR α链恒定区和/或TCR β链恒定区。
42.根据权利要求41所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸突变,以在TCR α链和TCR β链之间形成二硫键。
43.根据权利要求39所述的抗原结合蛋白,其中,所述源自人的TCR α链恒定区包含SEQID NO: 23,SEQ ID NO: 24和SEQ ID NO: 25中任一项所示的氨基酸序列或它们的功能性变体;和/或,其中所述源自鼠的TCR α链恒定区或其变体包含SEQ ID NO: 28,SEQ ID NO:27和SEQ ID NO: 26中任一项所示的氨基酸序列,或它们的功能性变体。
44.根据权利要求39所述的抗原结合蛋白,其中,所述源自人的TCR β链恒定区包含SEQID NO: 7,SEQ ID NO: 8,SEQ ID NO: 9和SEQ ID NO: 10中任一项所示的氨基酸序列,或它们的功能性变体;和/或,其中所述源自鼠的TCR β链恒定区包含SEQ ID NO: 11,SEQ IDNO: 12,SEQ ID NO: 13,SEQ ID NO: 14,SEQ ID NO: 15和SEQ ID NO: 16中任一项所示的氨基酸序列,或它们的功能性变体。
45.根据权利要求5所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR、嵌合抗原受体(CAR)和/或Fc融合多肽,或其抗原结合片段。
46.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR、嵌合抗原受体(CAR)和/或Fc融合多肽,或其抗原结合片段。
47.根据权利要求26所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR、嵌合抗原受体(CAR)和/或Fc融合多肽,或其抗原结合片段。
48.根据权利要求29所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR、嵌合抗原受体(CAR)和/或Fc融合多肽,或其抗原结合片段。
49.根据权利要求33所述的抗原结合蛋白,其中,其包含TCR、嵌合抗原受体(CAR)和/或Fc融合多肽,或其抗原结合片段。
50.根据权利要求45-49中任一项所述的抗原结合蛋白,其中,所述的抗原结合蛋白为TCR或其抗原结合片段,且所述抗原结合蛋白还包含TCR恒定区或其片段。
51.根据权利要求50所述的抗原结合蛋白,其中,所述片段包含TCR恒定区的胞外段。
52.根据权利要求50所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR恒定区选自源自人的TCR恒定区,源自鼠的TCR恒定区;和/或,所述TCR恒定区包含TCR α链恒定区和/或TCR β链恒定区。
53.根据权利要求52所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸突变,以在TCR α链和TCR β链之间形成二硫键。
54.根据权利要求52所述的抗原结合蛋白,其中,所述源自人的TCR α链恒定区包含SEQID NO: 23,SEQ ID NO: 24和SEQ ID NO: 25中任一项所示的氨基酸序列或它们的功能性变体;和/或,其中所述源自鼠的TCR α链恒定区或其变体包含SEQ ID NO: 28,SEQ ID NO:27和SEQ ID NO: 26中任一项所示的氨基酸序列,或它们的功能性变体。
55.根据权利要求52所述的抗原结合蛋白,其中,所述源自人的TCR β链恒定区包含SEQID NO: 7,SEQ ID NO: 8,SEQ ID NO: 9和SEQ ID NO: 10中任一项所示的氨基酸序列,或它们的功能性变体;和/或,其中所述源自鼠的TCR β链恒定区包含SEQ ID NO: 11,SEQ IDNO: 12,SEQ ID NO: 13,SEQ ID NO: 14,SEQ ID NO: 15和SEQ ID NO: 16中任一项所示的氨基酸序列,或它们的功能性变体。
56.根据权利要求1-4、6-11、13-25、27-28、30-32、34-37、39-49和51-55中任一项所述的抗原结合蛋白,其中所述TCR α链和TCR β链形成异质二聚体;和/或
所述抗原结合蛋白包含跨膜结构区、胞质区和胞内信号传导区中的至少一种;和/或
所述抗原结合蛋白包含一个或多个结合其他抗原或表位的抗原结合区;和/或
所述抗原结合蛋白是分离的或纯化的。
57.根据权利要求5所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链和TCR β链形成异质二聚体;和/或
所述抗原结合蛋白包含跨膜结构区、胞质区和胞内信号传导区中的至少一种;和/或
所述抗原结合蛋白包含一个或多个结合其他抗原或表位的抗原结合区;和/或
所述抗原结合蛋白是分离的或纯化的。
58.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链和TCR β链形成异质二聚体;和/或
所述抗原结合蛋白包含跨膜结构区、胞质区和胞内信号传导区中的至少一种;和/或
所述抗原结合蛋白包含一个或多个结合其他抗原或表位的抗原结合区;和/或
所述抗原结合蛋白是分离的或纯化的。
59.根据权利要求26所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链和TCR β链形成异质二聚体;和/或
所述抗原结合蛋白包含跨膜结构区、胞质区和胞内信号传导区中的至少一种;和/或
所述抗原结合蛋白包含一个或多个结合其他抗原或表位的抗原结合区;和/或
所述抗原结合蛋白是分离的或纯化的。
60.根据权利要求29所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链和TCR β链形成异质二聚体;和/或
所述抗原结合蛋白包含跨膜结构区、胞质区和胞内信号传导区中的至少一种;和/或
所述抗原结合蛋白包含一个或多个结合其他抗原或表位的抗原结合区;和/或
所述抗原结合蛋白是分离的或纯化的。
61.根据权利要求33所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链和TCR β链形成异质二聚体;和/或
所述抗原结合蛋白包含跨膜结构区、胞质区和胞内信号传导区中的至少一种;和/或
所述抗原结合蛋白包含一个或多个结合其他抗原或表位的抗原结合区;和/或
所述抗原结合蛋白是分离的或纯化的。
62.根据权利要求38所述的抗原结合蛋白,其中,所述TCR α链和TCR β链形成异质二聚体;和/或
所述抗原结合蛋白包含跨膜结构区、胞质区和胞内信号传导区中的至少一种;和/或
所述抗原结合蛋白包含一个或多个结合其他抗原或表位的抗原结合区;和/或
所述抗原结合蛋白是分离的或纯化的。
63.根据权利要求1-4、6-11、13-25、27-28、30-32、34-37、39-49、51-55和57-62中任一项所述的抗原结合蛋白,其具有下述性质中的一种或多种:
能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
对包含SEQ ID NO: 29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
具有高度膜稳定性;
对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
对不同分型的HLA不具有同种异体反应。
64.根据权利要求5所述的抗原结合蛋白,其中,其具有下述性质中的一种或多种:
能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
对包含SEQ ID NO: 29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
具有高度膜稳定性;
对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
对不同分型的HLA不具有同种异体反应。
65.根据权利要求12所述的抗原结合蛋白,其中,其具有下述性质中的一种或多种:
能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
对包含SEQ ID NO: 29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
具有高度膜稳定性;
对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
对不同分型的HLA不具有同种异体反应。
66.根据权利要求26所述的抗原结合蛋白,其中,其具有下述性质中的一种或多种:
能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
对包含SEQ ID NO: 29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
具有高度膜稳定性;
对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
对不同分型的HLA不具有同种异体反应。
67.根据权利要求29所述的抗原结合蛋白,其中,其具有下述性质中的一种或多种:
能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
对包含SEQ ID NO: 29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
具有高度膜稳定性;
对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
对不同分型的HLA不具有同种异体反应。
68.根据权利要求33所述的抗原结合蛋白,其中,其具有下述性质中的一种或多种:
能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
对包含SEQ ID NO: 29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
具有高度膜稳定性;
对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
对不同分型的HLA不具有同种异体反应。
69.根据权利要求38所述的抗原结合蛋白,其中,其具有下述性质中的一种或多种:
能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
对包含SEQ ID NO: 29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
具有高度膜稳定性;
对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
对不同分型的HLA不具有同种异体反应。
70.根据权利要求50所述的抗原结合蛋白,其中,其具有下述性质中的一种或多种:
能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
对包含SEQ ID NO: 29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
具有高度膜稳定性;
对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
对不同分型的HLA不具有同种异体反应。
71.根据权利要求56所述的抗原结合蛋白,其中,其具有下述性质中的一种或多种:
能以小于或等于约1.5*10^-6M的EC50与靶抗原肽结合;
对包含SEQ ID NO: 29所示的氨基酸序列的表位或所述表位与MHC分子的复合物具有抗原特异性;
具有高度膜稳定性;
对抗原阳性肿瘤细胞具有特异性杀伤活性;以及
对不同分型的HLA不具有同种异体反应。
72.多肽,其包含权利要求1-71中任一项所述的抗原结合蛋白。
73.核酸分子,其编码权利要求1-71中任一项所述的抗原结合蛋白或权利要求72所述的多肽。
74.根据权利要求73所述的核酸分子,其中,所述核酸分子是分离或纯化的。
75.根据权利要求73或74所述的核酸分子,其中,所述核酸分子包含SEQ ID NO: 1和/或SEQ ID NO: 17所示的核苷酸序列。
76.载体,其包含权利要求73-75中任一项所述的核酸分子。
77.细胞,其包含权利要求1-71中任一项所述的抗原结合蛋白、权利要求72所述的多肽、权利要求73-75中任一项所述的核酸分子或权利要求76所述的载体。
78.根据权利要求77的细胞,其中,所述细胞为免疫效应细胞。
79.根据权利要求78的细胞,其中,所述免疫效应细胞包含淋巴细胞、单核细胞和干细胞中的至少一种。
80.根据权利要求79的细胞,其中,所述淋巴细胞包含T细胞和/或NK细胞。
81.根据权利要求80的细胞,其中,所述T细胞不表达内源性TCR。
82.根据权利要求77-81中任一项所述的细胞,其中,所述细胞包含人细胞。
83.一种制备权利要求77-82中任一项所述的细胞的方法,其包括用权利要求76的载体转导或转染细胞的步骤。
84.根据权利要求83的方法,其中,述方法还包括在所述转导或转染之前或之后扩增和/或活化细胞的步骤。
85.偶联物,其包含权利要求1-71中任一项所述的抗原结合蛋白或权利要求72所述的多肽,及与所述抗原结合蛋白偶联或缀合的活性剂。
86.根据权利要求85所述的偶联物,其中,所述活性剂选自:可检测标记、免疫刺激分子和治疗剂。
87.根据权利要求86所述的偶联物,其中,所述可检测标记选自下组中的一种或多种:生物素、链霉抗生物素蛋白、酶或其催化活性片段、放射性核素、纳米颗粒、顺磁性金属离子、核酸探针、造影剂、萤光、磷光和化学发光分子;和/或
所述免疫刺激分子选自下组中的一种或多种:细胞因子、趋化因子、血小板因子和补体启动剂;和/或
所述治疗剂选自下组中的一种或多种:免疫调节剂、放射性化合物、酶、化学治疗剂和毒素。
88.药物组合物,其包含权利要求1-71中任一项所述的抗原结合蛋白、权利要求72所述的多肽、权利要求73-75中任一项所述的核酸分子、权利要求76所述的载体、权利要求77-82中任一项所述的细胞、权利要求83或84所述的方法制备的细胞,或权利要求85、86或87所述的偶联物,以及任选地药学上可接受的载剂。
89.根据权利要求88所述的药物组合物,其中,所述药物组合物还包含第二治疗剂。
90.根据权利要求89所述的药物组合物,其中,所述第二治疗剂选自抗体、化疗剂和小分子药物。
91.根据权利要求1-71中任一项所述的抗原结合蛋白、权利要求72所述的多肽、权利要求73-75中任一项所述的核酸分子、权利要求76所述的载体、权利要求77-82中任一项所述的细胞、权利要求83或84所述的方法制备的细胞、权利要求85、86或87所述的偶联物和/或权利要求88-90中任一项所述的药物组合物在制备药物中的用途,所述药物用于预防和/或治疗KRAS突变阳性疾病和/或病症。
92.根据权利要求91所述的用途,其中,所述KRAS突变使其包含SEQ ID NO: 29所示的氨基酸序列的表位。
93.根据权利要求91所述的用途,其中,所述KRAS突变阳性疾病和/或病症包括肿瘤。
94.根据权利要求93所述的用途,其中,所述肿瘤包括实体瘤和/或血液瘤。
95.根据权利要求93所述的用途,其中,所述肿瘤包括:结直肠癌、胰腺癌、肺腺癌和子宫内膜癌中的至少一种。
96.一种检测KRAS突变的试剂盒,所述试剂盒包含权利要求1-71中任一项所述的抗原结合蛋白或权利要求72所述的多肽。
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