CN116042608A - 一种与猪背膘厚相关的snp标记引物对及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明涉及一种与猪背膘厚性状相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体rs80880668核苷酸位点的分子标记，且具有A/G多态性，所述SNP标记与苏淮猪背膘厚极显著相关(P<0.001)。一种用于检测所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记与苏淮猪背膘厚极显著相关，通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选具有较薄背膘的苏淮猪品系，该品系的建立能够降低苏淮猪的背膘厚度，并且产生更多的社会和经济效益。

Description

一种与猪背膘厚相关的SNP标记引物对及其应用

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与猪背膘厚相关的SNP标记引物对及其应用。

背景技术

背膘厚是具有重要经济价值的数量性状。同时，猪背膘厚与诸多性状(如胴体性状、肉质性状、繁殖性状)存在相关，与瘦肉率之间呈很强的负相关。由于瘦肉率的测定非常繁琐，在猪的生产和选育中，用容易测量的背膘厚作为瘦肉率的评定指标具有重要意义。当前，瘦肉型商业猪种在猪肉消费市场上占有很大的市场份额，但如今人们对猪肉品质的要求也越来越高，现在的商业品种不能完全满足消费者对肉质的需求，部分高端消费者更倾向于购买地方猪肉、含有地方猪血缘的杂交猪肉等优质猪肉作为食材，但这类猪肉往往具有较厚的背膘，难以被广大消费者接受，如何降低地方猪背膘也是育种者关心的主题。

本发明是基于苏淮猪胴体性状研究所获得的技术，苏淮猪是由淮安市淮阴种猪场、南京农业大学、江苏省畜牧总站和淮安市农业委员会等单位于1998年开始培育，2011年3月25日通过国家畜禽遗传资源委员会品种审定的新品种。苏淮猪是在新淮猪基础上再导入大白猪血统，通过横交、多世代选育而成，含新淮猪血统50％，大白猪血统50％。苏淮猪被毛黑色(极少数有白蹄)，头中等大，额宽，耳大，略向前倾，面微凹，背腰平直而长，腹部下垂，后躯发育良好，四肢结实，苏淮猪肉质鲜美可口，深受广大消费者的青睐，但是猪群背膘厚度总体还是偏高，需要进一步选育降低。

背膘厚是一种典型的数量性状，具有中等到高等的遗传力(0.12～0.74)，利用全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)的方法能定位与背膘厚相关的数量性状基因座(Quantitative Trait Locus,QTL)和候选基因，目前已经利用该方法在国内外众多猪种上鉴别到与背膘厚相关的QTL，但是大部分QTL的研究主要集中在西方商业猪种，如杜洛克、长白、大白及其杂交的资源群体中，对于中国培育品种如苏淮猪的研究还很少。因此，以苏淮猪为试验动物，鉴定与猪背膘厚度相关的SNPs标记，利用标记辅助选择技术对猪背膘厚性状进行遗传改良具有重要意义。

发明内容

本发明的目的在于针对传统猪背膘厚选育耗时费力，选育效果慢的问题，提供与猪背膘厚相关的SNP标记开发而成的选育分子标记。

本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物对和检测方法。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记、分子标记、引物的用途。

本发明的目的可通过以下技术方案实现：

一种与猪背膘厚相关的分子标记，所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，其中含有一个与猪背膘厚相关的SNP标记位点，该位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体rs80880668核苷酸位点，在SEQ ID NO：1中所述的SNP标记位点位于第94位，存在A/G多态性。

一种用于检测与猪背膘厚相关的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3；所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体rs80880668核苷酸位点的分子标记，且具有A/G多态性，所述SNP标记与苏淮猪背膘厚极显著相关(P<0.001)。

一种检测所述的与猪背膘厚性状相关的SNP标记的方法，包含PCR扩增国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体rs80880668核苷酸位点的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的A/G多态性。

作为本发明的一种优选，所述的方法包括以下步骤：

(1)取耳组织样品提取总DNA；

(2)用已提取的基因组DNA为模板，使用SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示的引物对进行PCR扩增；

(2)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在SEQ ID NO：1第94位的A/G多态性。

与猪背膘厚相关的SNP标记在筛选薄背膘的苏淮猪群体中的应用，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体rs80880668核苷酸位点的分子标记，且具有A/G多态性，所述SNP标记与苏淮猪背膘厚极显著相关(P<0.001)。

本发明所述的分子标记在筛选较薄背膘的苏淮猪群体中的应用。

本发明所述的引物对在筛选较薄背膘的苏淮猪群体中的应用。

一种筛选薄背膘的苏淮猪群体的方法，包括检测苏淮猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体上rs80880668核苷酸位点的基因型，选育rs80880668核苷酸位点的GG型和/或AG型个体优先作为后备种猪留种。

有益效果

本发明开发了与苏淮猪背膘厚相关的SNP标记，并且提供了检测该标记的引物对和方法，能够通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选具有较薄背膘的苏淮猪品系，该品系的建立能够降低苏淮猪的背膘厚度，并且产生更多的社会和经济效益。

附图说明

图1为苏淮猪第6-7肋骨处背膘厚的全基因组关联分析的曼哈顿图

图2为苏淮猪4号染色体rs80880668位点PCR扩增胶图。

图3为苏淮猪4号染色图s80880668位点分型结果，其中图A为AG型、图B为AA型、图C为GG型。

具体实施方式

以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神和本质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。

实施例1

1试验动物来源

江苏省淮安市淮阴种猪场

2提取苏淮猪基因组DNA

采集418头苏淮猪耳组织样用于个体DNA提取；

参考天根生物科技公司组织DNA提取试剂盒说明书，提取步骤如下：

①先在缓冲液GD和漂洗液PW中分别加入68mL和200mL无水乙醇，充分混匀。

②采集耳组织样约100mg置于2mL EP管内，完全剪碎后加200μL缓冲液GA，振荡至彻底悬浮。

③加入20μL蛋白酶K溶液，混匀后放在56℃金属浴中消化过夜，直至组织样溶解，简短离心以去除管盖内壁的水珠。

④加入200μL缓冲液GB，充分颠倒混匀，放在70℃金属浴10min，溶液应变清亮，简短离心以去除管盖内壁的水珠。

⑤加人200μL无水乙醇，充分振荡混匀15sec，此时可能会出现絮状沉淀，简短离心以去除管盖内壁的水珠。

⑥将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中，吸附柱放入收集管中，随后以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放回收集管中。

⑦向吸附柱CB3中加入500μL缓冲液GD，12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。

⑧向吸附柱CB3中加入600μL漂洗液PW，以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。

⑨重复操作步骤⑧。

⑩将吸附柱CB3放回收集管中，12,000rpm离心2min，倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟，以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。

将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中，向吸附膜的中间部位悬空滴加100μL洗脱缓冲液TE，室温放置2-5min，12,000rpm离心2min，将溶液收集到离心管中，将离心得到的溶液再加入吸附柱CB3中，室温放置2min，12,000rpm离心2min将溶液收集到离心管中。

使用Nanodrop-2000分光光度计检测DNA 的质量与浓度，DNA浓度均稀释至50ng/μL，-20℃下保存备用。

3目的片段PCR扩增与测序

以苏淮猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，反应体系包括DNA模板1μL、SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示的引物各1μL、PCR mix 12.5μL、ddH2O9.5μL；扩增程序如下：

扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，产物片段大小约279bp，电泳结果如图1所示。将剩余的扩增产物进行测序，测序结果用DNAman软件对比验证序列的准确性，使用Chromas软件对rs80880668位点判型。

4统计分析

使用SAS 9.0软件的一般线性模型进行基因型和表型的关联分析，模型如下：

y＝μ+B+G+e

其中y为背膘厚性状表型向量；μ代表群体均值；B代表固定效应(性别、批次、季节作为固定效应，胴体重和日龄作为协变量)；G为个体的SNP标记的固定效应；e为随机残差效应，服从

的正态分布，I为单位阵，

为残差方差。

5结果

表1展示了rs80880668位点不同基因型对苏淮猪第6-7肋骨处背膘厚的影响结果。结果表明，rs80880668位点三种基因型个体的背膘厚之间存在不同程度的显著差异。其中，GG型个体的背膘厚极显著薄于AA型个体(P<0.001)，AG型个体的背膘厚极显著薄于AA型个体(P<0.007)，GG型个体的背膘厚显著薄于AG型个体(P<0.017)。因此，在苏淮猪中继代选育rs80880668位点GG型和AG型个体，有利于降低苏淮猪群体的背膘厚，进而提高苏淮猪的经济效益。

表1猪4号染色体rs80880668位点与苏淮猪背膘厚度关联分析

注：同行数字肩标不同大写字母表示差异极显著(P<0.001)，小写字母表示差异显著(P<0.05)

Claims (10)

1.一种与猪背膘厚相关的SNP标记，其特征在于所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体上rs80880668核苷酸位点，且具有为A/G多态性，所述SNP标记与苏淮猪背膘厚极显著相关，该位点GG型个体的背膘厚极显著薄于AA型个体。

2.一种基于权利要求1所述的SNP开发分子标记的方法，其特征在于以含有权利要求1所述的SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以苏淮猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使权利要求1所述的SNP标记转化为分子标记。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于所述的引物对序列为上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3；所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位点位于第94位，存在A/G多态性。

4.按照权利要求2或3所述的方法得到的分子标记。

5.根据权利要求4所述的分子标记，其特征在于分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位点位于第94位，存在A/G多态性。

6.一种用于检测权利要求1所述的SNP标记的引物对，其特征在于上游引物为：SEQ IDNO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。

7.一种检测权利要求1所述的SNP标记的方法，其特征在于包含PCR扩增苏淮猪基因组中含有权利要求1所述的SNP标记的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的A/G多态性。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于包括以下步骤：

(1)取苏淮猪的耳组织样品并提取总DNA；

(2)用已提取的苏淮猪基因组DNA为模板，使用权利要求6所述的引物进行PCR扩增；

(3)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在SEQ ID NO：1第94位的A/G多态性。

9.权利要求1所述的SNP标记、权利要求4或5所述的分子标记、权利要求6所述的引物在筛选较薄背膘厚的苏淮猪品系中的应用。

10.一种筛选低背膘厚的苏淮猪品系的方法，其特征在于包括检测苏淮猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体上rs80880668核苷酸位点的基因型，该位点GG型个体的背膘厚极显著薄于AA型个体，选育rs80880668核苷酸位点的GG型和/或AG型个体优先作为后备种猪留种。

Images