CN115948587A - 一种基于特异探针及snp位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法 - Google Patents
一种基于特异探针及snp位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法 Download PDFInfo
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Abstract
本发明公开了一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法。本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法。本发明的鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的方法包括如下步骤：S1)、提取待测样品的基因组DNA(双链DNA)；S2)、对基因组DNA进行测序，得到测序结果；S3)、将测序结果与鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针进行序列比对，根据序列比对结果确定或辅助确定待测样品是否为牛布鲁氏杆菌或是否含有牛布鲁氏杆菌。本方法可以快速简便高效地鉴定出该样品是否含有牛布鲁氏杆菌。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法。
背景技术
布鲁氏杆菌(Brucella)是一种兼性胞内寄生的革兰氏阴性细菌，能够引起人兽共患的慢性传染性疾病-布鲁氏杆菌病(Brucellosis，简称布病)。布病会引起牛、猪、羊等家畜的流产，引起人类的高热病，损害人、畜的生殖系统和关节，对畜牧业的发展以、人类健康和公共卫生产生了较大的危害，是世界上分布最广的人畜共患病。人类感染布病主要是接触了患布病的家畜或者食用了各种被病菌污染的食品或动物产品。布鲁氏杆菌病在《中华人民共和国传染病防治法》规定为乙类传染病，布鲁氏杆菌具有高度的感染性，被认为是潜在的生物武器。
根据布鲁氏杆菌的生化特性、对自然宿主的选择性和致病性，将布鲁氏杆菌属主要分为6个种，分别为羊种(Brucella melitensis)、牛种(Brucella abortus)、猪种(Brucella suis)、沙林鼠种(Brucella neotomae)、犬种(Brucella canis)和绵羊附睾种(Brucella ovis)。传统的布鲁氏杆菌分种方法是依据表型技术及其初始分离宿主进行区分，存在工作量大、速度慢等缺点；分子生物学方法则是利用其遗传标志进行鉴别区分，具有简单和快速的特点，目前单对引物尚无法区分不同种属的布鲁氏杆菌，需要采用多重PCR进行不同种属类型的鉴定。
随着测序技术的发展，越来越多的布鲁氏杆菌获得了全基因组序列。从比较基因组学的角度出发，在全基因组范围内对不同种属的布鲁氏杆菌进行结构差异及相似成度分析，筛选特异性片段，为种属鉴别提供特异性序列，从而更好地区分不同种属的布鲁氏杆菌。
发明内容
本发明所要解决的主要问题是如何鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌。
为了解决上述问题，本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的方法。
本发明提供的鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的方法，所述方法包括如下步骤：
S1)、提取待测样品的基因组DNA(双链DNA)；
S2)、对所述基因组DNA进行测序，得到测序结果；
S3)、将所述测序结果与鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针进行序列比对，根据序列比对结果确定或辅助确定待测样品是否为牛布鲁氏杆菌或是否含有牛布鲁氏杆菌；
如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中含有所述特异性探针中任一种探针，该待测样品为牛布鲁氏杆菌或含有牛布鲁氏杆菌；如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中不含有所述特异性探针，该待测样品为非牛布鲁氏杆菌或不含有牛布鲁氏杆菌；
所述特异性探针包含名称为探针1至探针28的28种单链DNA至少一种：
探针1含有SNP(单核苷酸多态性)位点1，所述SNP位点1为序列1的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针2含有SNP(单核苷酸多态性)位点2，所述SNP位点2为序列2的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针3含有SNP(单核苷酸多态性)位点3，所述SNP位点3为序列3的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针4含有SNP(单核苷酸多态性)位点4，所述SNP位点4为序列4的第100位核苷酸且该核苷酸为A；
探针5含有SNP(单核苷酸多态性)位点5，所述SNP位点5为序列5的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针6含有SNP(单核苷酸多态性)位点6，所述SNP位点6为序列6的第92位核苷酸且该核苷酸为C；
探针7含有SNP(单核苷酸多态性)位点7，所述SNP位点7为序列7的第63位核苷酸且该核苷酸为C；
探针8含有SNP(单核苷酸多态性)位点8，所述SNP位点8为序列8的第100位核苷酸且该核苷酸为C；
探针9含有SNP(单核苷酸多态性)位点9，所述SNP位点9为序列9的第68位核苷酸且该核苷酸为A；
探针10含有SNP(单核苷酸多态性)位点10，所述SNP位点10为序列10的第79位核苷酸且该核苷酸为A；
探针11含有SNP(单核苷酸多态性)位点11，所述SNP位点11为序列11的第74位核苷酸且该核苷酸为C；
探针12含有SNP(单核苷酸多态性)位点12，所述SNP位点12为序列12的第87位核苷酸且该核苷酸为T；
探针13含有SNP(单核苷酸多态性)位点13，所述SNP位点13为序列13的第63位核苷酸且该核苷酸为G，所述SNP位点14为序列13的第64位核苷酸且该核苷酸为C；
探针14含有SNP(单核苷酸多态性)位点15，所述SNP位点15为序列14的第100位核苷酸且该核苷酸为G；
探针15含有SNP(单核苷酸多态性)位点16，所述SNP位点16为序列15的第69位核苷酸且该核苷酸为A；
探针16含有SNP(单核苷酸多态性)位点17，所述SNP位点17为序列16的第20位核苷酸且该核苷酸为C；所述SNP位点18为序列16的第151位核苷酸且该核苷酸为G；
探针17含有SNP(单核苷酸多态性)位点19，所述SNP位点19为序列17的第81位核苷酸且该核苷酸为T；
探针18含有SNP(单核苷酸多态性)位点20，所述SNP位点20为序列18的第90位核苷酸且该核苷酸为A；
探针19含有SNP(单核苷酸多态性)位点21，所述SNP位点21为序列19的第99位核苷酸且该核苷酸为A；
探针20含有SNP(单核苷酸多态性)位点22，所述SNP位点22为序列20的第92位核苷酸且该核苷酸为T；
探针21含有SNP(单核苷酸多态性)位点23，所述SNP位点23为序列21的第71位核苷酸且该核苷酸为A；
探针22含有SNP(单核苷酸多态性)位点24，所述SNP位点24为序列22的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针23含有SNP(单核苷酸多态性)位点25，所述SNP位点25为序列23的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针24含有SNP(单核苷酸多态性)位点26，所述SNP位点26为序列24的第58位核苷酸且该核苷酸为T；
探针25含有SNP(单核苷酸多态性)位点27，所述SNP位点27为序列25的第100位核苷酸且该核苷酸为A，所述SNP位点28为序列25的第136位核苷酸且该核苷酸为T；
探针26含有SNP(单核苷酸多态性)位点29，所述SNP位点29为序列26的第78位核苷酸且该核苷酸为T；
探针27含有SNP(单核苷酸多态性)位点30，所述SNP位点30为序列27的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针28含有SNP(单核苷酸多态性)位点31，所述SNP位点31为序列28的第69位核苷酸且该核苷酸为T。
上述方法中，所述探针1的核苷酸序列为序列1且所述SNP位点1的核苷酸为T；
所述探针2的核苷酸序列为序列2且所述SNP位点2的核苷酸为T；
所述探针3的核苷酸序列为序列3且所述SNP位点3的核苷酸为T；
所述探针4的核苷酸序列为序列4且所述SNP位点4的核苷酸为A；
所述探针5的核苷酸序列为序列5且所述SNP位点5的核苷酸为T；
所述探针6的核苷酸序列为序列6且所述SNP位点6的核苷酸为C；
所述探针7的核苷酸序列为序列7且所述SNP位点7的核苷酸为C；
所述探针8的核苷酸序列为序列8且所述SNP位点8的核苷酸为C；
所述探针9的核苷酸序列为序列9且所述SNP位点9的核苷酸为A；
所述探针10的核苷酸序列为序列10且所述SNP位点10的核苷酸为A；
所述探针11的核苷酸序列为序列11且所述SNP位点11的核苷酸为C；
所述探针12的核苷酸序列为序列12且所述SNP位点12的核苷酸为T；
所述探针13的核苷酸序列为序列13且所述SNP位点13的核苷酸为G，且所述SNP位点14的核苷酸为C；
所述探针14的核苷酸序列为序列14且所述SNP位点15的核苷酸为G；
所述探针15的核苷酸序列为序列15且所述SNP位点16的核苷酸为A；
所述探针16的核苷酸序列为序列16且所述SNP位点17的核苷酸为C；且所述SNP位点18的核苷酸为G；
所述探针17的核苷酸序列为序列17且所述SNP位点19的核苷酸为T；
所述探针18的核苷酸序列为序列18且所述SNP位点20的核苷酸为A；
所述探针19的核苷酸序列为序列19且所述SNP位点21的核苷酸为A；
所述探针20的核苷酸序列为序列20且所述SNP位点22的核苷酸为T；
所述探针21的核苷酸序列为序列21且所述SNP位点23的核苷酸为A；
所述探针22的核苷酸序列为序列22且所述SNP位点24的核苷酸为T；
所述探针23的核苷酸序列为序列23且所述SNP位点25的核苷酸为T；
所述探针24的核苷酸序列为序列24且所述SNP位点26的核苷酸为T；
所述探针25的核苷酸序列为序列25且所述SNP位点27的核苷酸为A，且所述SNP位点28的核苷酸为T；
所述探针26的核苷酸序列为序列26且所述SNP位点29的核苷酸为T；
所述探针27的核苷酸序列为序列27且所述SNP位点30的核苷酸为T；
所述探针28的核苷酸序列为序列28且所述SNP位点31的核苷酸为T。
所述待测样品可为来自非有生命的人体或动物体的样品，如环境样品(如空气)、食品(如冷冻食品或新鲜食品)。
本发明还提供了鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的装置，所述装置包括：
1)序列比对模块：将待测样品的基因组DNA与鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针进行序列比对，输出序列比对结果，所述特异性探针包含名称为探针1至探针28的28种单链DNA至少一种：
探针1含有SNP(单核苷酸多态性)位点1，所述SNP位点1为序列1的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针2含有SNP(单核苷酸多态性)位点2，所述SNP位点2为序列2的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针3含有SNP(单核苷酸多态性)位点3，所述SNP位点3为序列3的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针4含有SNP(单核苷酸多态性)位点4，所述SNP位点4为序列4的第100位核苷酸且该核苷酸为A；
探针5含有SNP(单核苷酸多态性)位点5，所述SNP位点5为序列5的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针6含有SNP(单核苷酸多态性)位点6，所述SNP位点6为序列6的第92位核苷酸且该核苷酸为C；
探针7含有SNP(单核苷酸多态性)位点7，所述SNP位点7为序列7的第63位核苷酸且该核苷酸为C；
探针8含有SNP(单核苷酸多态性)位点8，所述SNP位点8为序列8的第100位核苷酸且该核苷酸为C；
探针9含有SNP(单核苷酸多态性)位点9，所述SNP位点9为序列9的第68位核苷酸且该核苷酸为A；
探针10含有SNP(单核苷酸多态性)位点10，所述SNP位点10为序列10的第79位核苷酸且该核苷酸为A；
探针11含有SNP(单核苷酸多态性)位点11，所述SNP位点11为序列11的第74位核苷酸且该核苷酸为C；
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探针25含有SNP(单核苷酸多态性)位点27，所述SNP位点27为序列25的第100位核苷酸且该核苷酸为A，所述SNP位点28为序列25的第136位核苷酸且该核苷酸为T；
探针26含有SNP(单核苷酸多态性)位点29，所述SNP位点29为序列26的第78位核苷酸且该核苷酸为T；
探针27含有SNP(单核苷酸多态性)位点30，所述SNP位点30为序列27的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针28含有SNP(单核苷酸多态性)位点31，所述SNP位点31为序列28的第69位核苷酸且该核苷酸为T。
2)鉴定模块：根据所述序列比对结果确定或辅助确定待测样品是否为牛布鲁氏杆菌或是否含有牛布鲁氏杆菌；如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中含有所述特异性探针中任一种探针，该待测样品为牛布鲁氏杆菌或含有牛布鲁氏杆菌；如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中不含有所述特异性探针，该待测样品为非牛布鲁氏杆菌或不含有牛布鲁氏杆菌。
上述装置中，所述探针1的核苷酸序列为序列1且所述SNP位点1的核苷酸为T，
所述探针2的核苷酸序列为序列2且所述SNP位点2的核苷酸为T；
所述探针3的核苷酸序列为序列3且所述SNP位点3的核苷酸为T；
所述探针4的核苷酸序列为序列4且所述SNP位点4的核苷酸为A；
所述探针5的核苷酸序列为序列5且所述SNP位点5的核苷酸为T；
所述探针6的核苷酸序列为序列6且所述SNP位点6的核苷酸为C；
所述探针7的核苷酸序列为序列7且所述SNP位点7的核苷酸为C；
所述探针8的核苷酸序列为序列8且所述SNP位点8的核苷酸为C；
所述探针9的核苷酸序列为序列9且所述SNP位点9的核苷酸为A；
所述探针10的核苷酸序列为序列10且所述SNP位点10的核苷酸为A；
所述探针11的核苷酸序列为序列11且所述SNP位点11的核苷酸为C；
所述探针12的核苷酸序列为序列12且所述SNP位点12的核苷酸为T；
所述探针13的核苷酸序列为序列13且所述SNP位点13的核苷酸为G，且所述SNP位点14的核苷酸为C；
所述探针14的核苷酸序列为序列14且所述SNP位点15的核苷酸为G；
所述探针15的核苷酸序列为序列15且所述SNP位点16的核苷酸为A；
所述探针16的核苷酸序列为序列16且所述SNP位点17的核苷酸为C；且所述SNP位点18的核苷酸为G；
所述探针17的核苷酸序列为序列17且所述SNP位点19的核苷酸为T；
所述探针18的核苷酸序列为序列18且所述SNP位点20的核苷酸为A；
所述探针19的核苷酸序列为序列19且所述SNP位点21的核苷酸为A；
所述探针20的核苷酸序列为序列20且所述SNP位点22的核苷酸为T；
所述探针21的核苷酸序列为序列21且所述SNP位点23的核苷酸为A；
所述探针22的核苷酸序列为序列22且所述SNP位点24的核苷酸为T；
所述探针23的核苷酸序列为序列23且所述SNP位点25的核苷酸为T；
所述探针24的核苷酸序列为序列24且所述SNP位点26的核苷酸为T；
所述探针25的核苷酸序列为序列25且所述SNP位点27的核苷酸为A，且所述SNP位点28的核苷酸为T；
所述探针26的核苷酸序列为序列26且所述SNP位点29的核苷酸为T；
所述探针27的核苷酸序列为序列27且所述SNP位点30的核苷酸为T；
所述探针28的核苷酸序列为序列28且所述SNP位点31的核苷酸为T。
本发明还提供了存储有计算机程序的计算机可读存储介质，所述计算机程序使计算机执行如前文所述的方法的步骤。
前文所述装置在鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌中的应用或在制备鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌产品中的应用也属于本发明要求保护的范围。
前文所述计算机可读存储介质在鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌中的应用或在制备鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌产品中的应用也属于本发明要求保护的范围。
本发明还提供了鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针，所述特异性探针包含名称为探针1至探针28的28种单链DNA至少一种，所述探针1含有SNP(单核苷酸多态性)位点1，所述SNP位点1为序列1的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针2含有SNP(单核苷酸多态性)位点2，所述SNP位点2为序列2的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针3含有SNP(单核苷酸多态性)位点3，所述SNP位点3为序列3的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针4含有SNP(单核苷酸多态性)位点4，所述SNP位点4为序列4的第100位核苷酸且该核苷酸为A；
所述探针5含有SNP(单核苷酸多态性)位点5，所述SNP位点5为序列5的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针6含有SNP(单核苷酸多态性)位点6，所述SNP位点6为序列6的第92位核苷酸且该核苷酸为C；
所述探针7含有SNP(单核苷酸多态性)位点7，所述SNP位点7为序列7的第63位核苷酸且该核苷酸为C；
所述探针8含有SNP(单核苷酸多态性)位点8，所述SNP位点8为序列8的第100位核苷酸且该核苷酸为C；
所述探针9含有SNP(单核苷酸多态性)位点9，所述SNP位点9为序列9的第68位核苷酸且该核苷酸为A；
所述探针10含有SNP(单核苷酸多态性)位点10，所述SNP位点10为序列10的第79位核苷酸且该核苷酸为A；
所述探针11含有SNP(单核苷酸多态性)位点11，所述SNP位点11为序列11的第74位核苷酸且该核苷酸为C；
所述探针12含有SNP(单核苷酸多态性)位点12，所述SNP位点12为序列12的第87位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针13含有SNP(单核苷酸多态性)位点13，所述SNP位点13为序列13的第63位核苷酸且该核苷酸为G，所述SNP位点14为序列13的第64位核苷酸且该核苷酸为C；
所述探针14含有SNP(单核苷酸多态性)位点15，所述SNP位点15为序列14的第100位核苷酸且该核苷酸为G；
所述探针15含有SNP(单核苷酸多态性)位点16，所述SNP位点16为序列15的第69位核苷酸且该核苷酸为A；
所述探针16含有SNP(单核苷酸多态性)位点17，所述SNP位点17为序列16的第20位核苷酸且该核苷酸为C；所述SNP位点18为序列16的第151位核苷酸且该核苷酸为G；
所述探针17含有SNP(单核苷酸多态性)位点19，所述SNP位点19为序列17的第81位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针18含有SNP(单核苷酸多态性)位点20，所述SNP位点20为序列18的第90位核苷酸且该核苷酸为A；
所述探针19含有SNP(单核苷酸多态性)位点21，所述SNP位点21为序列19的第99位核苷酸且该核苷酸为A；
所述探针20含有SNP(单核苷酸多态性)位点22，所述SNP位点22为序列20的第92位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针21含有SNP(单核苷酸多态性)位点23，所述SNP位点23为序列21的第71位核苷酸且该核苷酸为A；
所述探针22含有SNP(单核苷酸多态性)位点24，所述SNP位点24为序列22的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针23含有SNP(单核苷酸多态性)位点25，所述SNP位点25为序列23的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针24含有SNP(单核苷酸多态性)位点26，所述SNP位点26为序列24的第58位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针25含有SNP(单核苷酸多态性)位点27，所述SNP位点27为序列25的第100位核苷酸且该核苷酸为A，所述SNP位点28为序列25的第136位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针26含有SNP(单核苷酸多态性)位点29，所述SNP位点29为序列26的第78位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针27含有SNP(单核苷酸多态性)位点30，所述SNP位点30为序列27的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
所述探针28含有SNP(单核苷酸多态性)位点31，所述SNP位点31为序列28的第69位核苷酸且该核苷酸为T。
所述探针1的核苷酸序列为序列1且所述SNP位点1的核苷酸为T；
所述探针2的核苷酸序列为序列2且所述SNP位点2的核苷酸为T；
所述探针3的核苷酸序列为序列3且所述SNP位点3的核苷酸为T；
所述探针4的核苷酸序列为序列4且所述SNP位点4的核苷酸为A；
所述探针5的核苷酸序列为序列5且所述SNP位点5的核苷酸为T；
所述探针6的核苷酸序列为序列6且所述SNP位点6的核苷酸为C；
所述探针7的核苷酸序列为序列7且所述SNP位点7的核苷酸为C；
所述探针8的核苷酸序列为序列8且所述SNP位点8的核苷酸为C；
所述探针9的核苷酸序列为序列9且所述SNP位点9的核苷酸为A；
所述探针10的核苷酸序列为序列10且所述SNP位点10的核苷酸为A；
所述探针11的核苷酸序列为序列11且所述SNP位点11的核苷酸为C；
所述探针12的核苷酸序列为序列12且所述SNP位点12的核苷酸为T；
所述探针13的核苷酸序列为序列13且所述SNP位点13的核苷酸为G，且所述SNP位点14的核苷酸为C；
所述探针14的核苷酸序列为序列14且所述SNP位点15的核苷酸为G；
所述探针15的核苷酸序列为序列15且所述SNP位点16的核苷酸为A；
所述探针16的核苷酸序列为序列16且所述SNP位点17的核苷酸为C；且所述SNP位点18的核苷酸为G；
所述探针17的核苷酸序列为序列17且所述SNP位点19的核苷酸为T；
所述探针18的核苷酸序列为序列18且所述SNP位点20的核苷酸为A；
所述探针19的核苷酸序列为序列19且所述SNP位点21的核苷酸为A；
所述探针20的核苷酸序列为序列20且所述SNP位点22的核苷酸为T；
所述探针21的核苷酸序列为序列21且所述SNP位点23的核苷酸为A；
所述探针22的核苷酸序列为序列22且所述SNP位点24的核苷酸为T；
所述探针23的核苷酸序列为序列23且所述SNP位点25的核苷酸为T；
所述探针24的核苷酸序列为序列24且所述SNP位点26的核苷酸为T；
所述探针25的核苷酸序列为序列25且所述SNP位点27的核苷酸为A，且所述SNP位点28的核苷酸为T；
所述探针26的核苷酸序列为序列26且所述SNP位点29的核苷酸为T；
所述探针27的核苷酸序列为序列27且所述SNP位点30的核苷酸为T；
所述探针28的核苷酸序列为序列28且所述SNP位点31的核苷酸为T。
本发明还提供了前文所述探针在如下任一中的应用：
(1)鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌；
(2)筛选或选育牛布鲁氏杆菌；
(3)制备鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的产品；
(4)制备筛选或选育牛布鲁氏杆菌的产品。
本发明经过对NCBI数据库中牛布鲁氏杆菌和非牛布鲁氏杆菌菌株的全基因组序列进行深入的研究，借助本地Blast，编写Python程序，进行大量的筛选比对，确定了牛布鲁氏杆菌基因组序列中保守的DNA区域，筛选出特异探针序列，对于未知样品的测序结果(包括二代或三代)进行检测，由于采用多达28条特异探针，只要有任何一条探针检测出来，就可以判定为牛布鲁氏杆菌，检测出来的探针越多，可信度越高，从而保证了即使测序质量差及覆盖度不高的基因组序列，也可以用这些电子探针进行查询，快速简便高效地鉴定出该样品是否为牛布鲁氏杆菌。
附图说明
图1为特异性标签截取思路。
图2为Babortus_Probe001探针在NCBI库中Blast测试结果。其中A、与特异序列完全一致的菌株示例，B、与特异序列不一致的菌株示例。
图3为Babortus_Probe001在单个菌株中Blast具体结果示例。其中A、与特异序列完全一致的基因组具体序列示例，B、与特异序列不一致基因组具体序列示例。
图4为特异探针实用性和特异性应用示例。
图5为特异探针借助文献中菌株数据的应用示例。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本发明的限制。
下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
以下实施例中的定量实验，如无特别说明，均设置三次重复实验。
本文所描述的牛布鲁氏杆菌基因组序列是Babortus_001.fna染色体序列(GCA_000054005.1，GenBank:NC_007618.1，NC_007624.1)，所述的核酸序列位置也是以(GCA_000054005.1，GenBank:NC_007618.1，NC_007624.1)为标准计算的。
实施例1、牛布鲁氏杆菌电子探针的获取
牛布鲁氏杆菌电子探针的制备方案具体步骤如下：
1.从NCBI基因组数据库下载布鲁氏杆菌种因组序列，共12个种800株菌(表1)，并对这些序列进行编号。
表1布鲁氏杆菌种及菌种数目信息
2.为了保证结果的可靠性，用CheckM软件以及全基因组SNP分析和全基因组核心基因聚类分析对下载的基因组序列质量进行分析。剔除分类明显错误的菌株，剩余参与分析的菌株共8个菌种789株菌(表2)。
表2筛选剩余的参与分析的菌株信息
3.以Babortus_001.fna的染色体序列(GCA_000054005.1，(NC_007618.1，NC_007624.1))为参考序列，按照window＝100bp，step＝1bp截取序列标签，共获得3278208个100bp长的序列标签，结果如图1所示。
4.采用本地blast(blast-2.7.1+)，以牛布鲁氏杆菌以外的其它布鲁氏杆菌(533株菌)的基因组序列为被查询序列(subject)建立数据库，以3278208个序列标签为查询序列(query)。使用Python编写程序剔除所有查询到的序列(Identical＝100％，alignmentlength＝100bp)。这一步共在其它布鲁氏杆菌(533株菌)的基因组序列中查到3006001个序列标签，剔除这些标签后剩余272207个序列标签。
5.查找所有牛布鲁氏杆菌(256株菌)菌株中全部都存在的序列标签
使用Python编写程序，使用“步骤4”中获得的272207个序列标签，对所有牛布鲁氏杆菌(256株菌)菌株的基因组序列进行查询，在任何一株菌的基因组中不存在的序列标签都将被剔除，结果我们获得了25960个在所有256株牛布鲁氏杆菌基因组中都存在的序列标签。
6.根据片段之间的重叠对25960个序列标签进行融合，获得488个特异基因组片段，这些片段长度在100bp-321bp之间。
7.利用这488个片段对所有布鲁氏杆菌基因组进行本地blast查询，根据blast的结果中的“subject start”和“subject end”的信息，截取每个片段在每个基因组中的信息。这488个片段中每一个片段在所有菌株基因组中匹配的片段构建成一个fasta格式文件，一共产生488个fasta格式文件。
8.采用megaX软件对步骤7获得的488个fasta格式文件进行比对，寻找能够区分牛布鲁氏菌(Brucella abortus)的特异SNP位点：候选位点在所有牛布鲁氏杆菌(B.abortus)中都是相同的碱基，而在所有的Non-B.abortus菌株中都是与B.abortus不相同的另一个碱基。
9.共有385个序列中含有1个(或1个以上)SNP位点，为了便于使用，选取所有含有2个或两个以上SNP位点的序列，对于只含有1个SNP位点的序列，其所含有的SNP位点距序列两端都大于50bp的序列，共获得28条电子探针(表3)。
表3特异电子探针序列及SNP位点(带下划线的碱基)
实施例2、28条电子探针的特异性验证
为了测试这28条电子探针在更大的数据库中的特异性，将这28个电子探针进行在线blast查询(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)。结果显示：查询到QueryCoverage＝100％并且percent identity＝100％的序列全部为B.abortus基因组序列，表明这28个序列具有非常好的特异性。
以Babortus_Probe01为例测试结果如图2，其中图2中A表示与特异序列完全一致的基因组序列，图2中B表示与特异序列不一致基因组序列。结果显示这个电子探针均只能在B.abortus中达到Query Cover和Per.Ident(Percentage of Identity)值均为100％。具体展示如图3中A，序列完全一致；在No-B.abortus菌株中均不能查到，具体展示如图3中B，不能满足Query Cover和Per.Ident值均为100％，序列不完全一致。
测试菌株基因组获取：从网站(https://www.bv-brc.org/view/Taxonomy/234#view_tab＝genomes)下载布鲁氏菌基因组1240株，其中758株菌与前述使用的800株菌重叠，新增加的基因组为482株菌。对这482株菌同样采用CheckM检测测序质量，用全基因组SNP分析，剔除分类明显错误的菌株(8株)，剩余474株菌，再剔除只分类到属的菌株(10株)，最终剩余可用菌株464株菌，信息如下表4：
表4参与实例测试的布鲁氏杆菌菌株信息
用28个鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针对表4中的464株菌和从网络(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)下载的Bacillus、Acinetobacter、Yersinia等菌属(种)细菌10271株(表5)进行鉴定分析。
表5参与实例检验的其它菌株汇总
将上述所有菌株作为待测菌株，将待测菌株的基因组测序结果分别与鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针进行序列比对，根据序列比对结果确定菌株是否为牛布鲁氏杆菌：
如果序列比对结果表明待测菌株的基因组DNA序列中含有所述28种特异性探针中任一种探针，该待测菌株为牛布鲁氏杆菌或含有牛布鲁氏杆菌；如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中不含有所述28种特异性探针中任一种探针，该待测样品为非牛布鲁氏杆菌或不含有牛布鲁氏杆菌。
28种特异性探针包含名称为探针1至探针28的28种单链DNA至少一种：
探针1含有SNP(单核苷酸多态性)位点1，所述SNP位点1为序列1的第100位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列1的y表示t或c。
探针2含有SNP(单核苷酸多态性)位点2，所述SNP位点2为序列2的第100位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列2的y表示t或c。
探针3含有SNP(单核苷酸多态性)位点3，所述SNP位点3为序列3的第100位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列3的y表示t或c。
探针4含有SNP(单核苷酸多态性)位点4，所述SNP位点4为序列4的第100位核苷酸且该核苷酸为A；其中序列表中序列4的r表示a或g。
探针5含有SNP(单核苷酸多态性)位点5，所述SNP位点5为序列5的第100位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列5的w表示t或a。
探针6含有SNP(单核苷酸多态性)位点6，所述SNP位点6为序列6的第92位核苷酸且该核苷酸为C；其中序列表中序列6的y表示c或t。
探针7含有SNP(单核苷酸多态性)位点7，所述SNP位点7为序列7的第63位核苷酸且该核苷酸为C；其中序列表中序列7的s表示c或g。
探针8含有SNP(单核苷酸多态性)位点8，所述SNP位点8为序列8的第100位核苷酸且该核苷酸为C；其中序列表中序列8的y表示c或t。
探针9含有SNP(单核苷酸多态性)位点9，所述SNP位点9为序列9的第68位核苷酸且该核苷酸为A；其中序列表中序列9的r表示a或g。
探针10含有SNP(单核苷酸多态性)位点10，所述SNP位点10为序列10的第79位核苷酸且该核苷酸为A；其中序列表中序列10的m表示a或c。
探针11含有SNP(单核苷酸多态性)位点11，所述SNP位点11为序列11的第74位核苷酸且该核苷酸为C；其中序列表中序列11的y表示c或t。
探针12含有SNP(单核苷酸多态性)位点12，所述SNP位点12为序列12的第87位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列12的y表示c或t。
探针13含有SNP(单核苷酸多态性)位点13，所述SNP位点13为序列13的第63位核苷酸且该核苷酸为G，所述SNP位点14为序列13的第64位核苷酸且该核苷酸为C；其中序列表中序列13的r表示g或a，m表示c或a。
探针14含有SNP(单核苷酸多态性)位点15，所述SNP位点15为序列14的第100位核苷酸且该核苷酸为G；其中序列表中序列14的r表示g或a。
探针15含有SNP(单核苷酸多态性)位点16，所述SNP位点16为序列15的第69位核苷酸且该核苷酸为A；其中序列表中序列15的r表示g或a。
探针16含有SNP(单核苷酸多态性)位点17，所述SNP位点17为序列16的第20位核苷酸且该核苷酸为C；所述SNP位点18为序列16的第151位核苷酸且该核苷酸为G；其中序列表中序列16的r表示g或a，y表示c或t。
探针17含有SNP(单核苷酸多态性)位点19，所述SNP位点19为序列17的第81位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列17的y表示c或t。
探针18含有SNP(单核苷酸多态性)位点20，所述SNP位点20为序列18的第90位核苷酸且该核苷酸为A；其中序列表中序列18的r表示g或a。
探针19含有SNP(单核苷酸多态性)位点21，所述SNP位点21为序列19的第99位核苷酸且该核苷酸为A；其中序列表中序列19的w表示t或a。
探针20含有SNP(单核苷酸多态性)位点22，所述SNP位点22为序列20的第92位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列20的y表示c或t。
探针21含有SNP(单核苷酸多态性)位点23，所述SNP位点23为序列21的第71位核苷酸且该核苷酸为A；其中序列表中序列21的m表示c或a。
探针22含有SNP(单核苷酸多态性)位点24，所述SNP位点24为序列22的第100位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列22的y表示c或t。
探针23含有SNP(单核苷酸多态性)位点25，所述SNP位点25为序列23的第100位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列23的y表示c或t。
探针24含有SNP(单核苷酸多态性)位点26，所述SNP位点26为序列24的第58位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列24的y表示c或t。
探针25含有SNP(单核苷酸多态性)位点27，所述SNP位点27为序列25的第100位核苷酸且该核苷酸为A，所述SNP位点28为序列25的第136位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列25的y表示c或t，m表示a或c。
探针26含有SNP(单核苷酸多态性)位点29，所述SNP位点29为序列26的第78位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列26的y表示c或t。
探针27含有SNP(单核苷酸多态性)位点30，所述SNP位点30为序列27的第100位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列27的y表示c或t。
探针28含有SNP(单核苷酸多态性)位点31，所述SNP位点31为序列28的第69位核苷酸且该核苷酸为T；其中序列表中序列28的y表示c或t。
结果表明：223株Brucella abortus全部含有上述28种特异性探针，其他种菌株的基因组DNA序列中均不含有所述28种特异性探针中任一种探针(图4)。这一应用实例再次证明了这些探针的特异性和实用性。
实施例3、28条电子探针在鉴定牛布鲁氏杆菌的应用
从文献[Pathogens,2021,10(6),759；DOI:10.3390/pathogens10060759]中查阅到，作者从埃及9个地区的感染牛、水牛、绵羊和山羊的淋巴结、乳汁和胎儿皱胃内容物中分离出29种布鲁氏菌属。分离物通过好几种方法进行了鉴定，如微生物学方法和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、多重PCR。最后，再次运用Illumina
对29个布鲁氏菌分离株进行测序通过进化树聚类方式确认，得到了8种B.abortus和21种B.melitensis。
通过网站获得29种布鲁氏菌属(网址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample？LinkName＝bioproject_biosample_all&from_uid＝650270)，具体的菌株信息见表6。将这些SRA文件进行简单序列拼接后，运用上述的28个电子探针进行比对，结果表明：8株Brucella abortus全部含有实施例2中上述28种特异性探针(如图5中的上半部分黑色方块显示)，其他21株Brucella melitensis的基因组DNA中均不含有实施例2中所述28种特异性探针中任一种探针(如图5中下半部分灰色方块显示)。采用本发明的28条探针鉴定的牛布鲁氏杆菌菌株与文献中的结果完全一致，快捷准确。这一应用实例也再次证明了这些探针的特异性和实用性。
表6文献中的菌株信息表及采用本发明28条探针鉴定结果
| SRA编号 | BioSample编号 | 文献中编号 | 文献的鉴定结果 | 采用本发明探针鉴定结果 |
| SRR12368029 | SAMN15701920 | 18RB17233 | Brucella abortus | Brucella abortus |
| SRR12368032 | SAMN15701943 | 18RB17259 | Brucella abortus | Brucella abortus |
| SRR12368034 | SAMN15701941 | 18RB17257 | Brucella abortus | Brucella abortus |
| SRR12368035 | SAMN15701940 | 18RB17256 | Brucella abortus | Brucella abortus |
| SRR12368036 | SAMN15701939 | 18RB17255 | Brucella abortus | Brucella abortus |
| SRR12368047 | SAMN15701929 | 18RB17245 | Brucella abortus | Brucella abortus |
| SRR12368049 | SAMN15701927 | 18RB17243 | Brucella abortus | Brucella abortus |
| SRR12368050 | SAMN15701926 | 18RB17242 | Brucella abortus | Brucella abortus |
| SRR12368024 | SAMN15701925 | 18RB17241 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368025 | SAMN15701924 | 18RB17240 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368026 | SAMN15701923 | 18RB17238 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368027 | SAMN15701922 | 18RB17236 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368028 | SAMN15701921 | 18RB17235 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368030 | SAMN15701919 | 18RB17230 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368031 | SAMN15701944 | 18RB17260 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368033 | SAMN15701942 | 18RB17258 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368037 | SAMN15701938 | 18RB17254 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368038 | SAMN15701937 | 18RB17253 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368039 | SAMN15701936 | 18RB17252 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368040 | SAMN15701918 | 18RB17229 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368041 | SAMN15701935 | 18RB17251 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368042 | SAMN15701934 | 18RB17250 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368043 | SAMN15701933 | 18RB17249 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368044 | SAMN15701932 | 18RB17248 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368045 | SAMN15701931 | 18RB17247 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368046 | SAMN15701930 | 18RB17246 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368048 | SAMN15701928 | 18RB17244 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368051 | SAMN15701917 | 18RB17228 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
| SRR12368052 | SAMN15701916 | 18RB17227 | Brucella melitensis | non-Brucella abortus |
28条电子探针鉴定牛布鲁氏杆菌的具体步骤如下：
1.收集待测菌，提取其基因组，细菌全基因组提取按照Bacterial Genomic DNAExtraction kit试剂盒(Promega公司，货号A1120)步骤进行；
2.基因组样本使用Nanopore/Illumina平台进行基因组测序；
3.用生物信息学软件将测序结果与探针序列进行比对和分析：
将所述测序结果与鉴定牛布鲁氏杆菌的实施例2中所述28种特异性探针进行序列比对，根据序列比对结果确定或辅助确定待测菌是否为牛布鲁氏杆菌：如果序列比对结果表明待测菌的基因组DNA序列中含有实施例2中所述28种特异性探针中任一种探针，该待测菌为牛布鲁氏杆菌；如果序列比对结果表明待测菌的基因组DNA序列中不含有实施例2中所述28种特异性探针中任一种探针的，该待测菌为非牛布鲁氏杆菌。多条电子探针能够避免由于测序质量较差，或人工修饰细菌导致错误鉴定，检测出的探针越多，则结果越可靠。
以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说，在不脱离本发明的宗旨和范围，以及无需进行不必要的实验情况下，可在等同参数、浓度和条件下，在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例，应该理解为，可以对本发明作进一步的改进。总之，按本发明的原理，本申请欲包括任何变更、用途或对本发明的改进，包括脱离了本申请中已公开范围，而用本领域已知的常规技术进行的改变。按以下附带的权利要求的范围，可以进行一些基本特征的应用。
Claims (10)
1.鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的方法，其特征在于：所述方法包括如下步骤：
S1)、提取待测样品的基因组DNA；
S2)、对所述基因组DNA进行测序，得到测序结果；
S3)、将所述测序结果与鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针进行序列比对，根据序列比对结果确定或辅助确定待测样品是否为牛布鲁氏杆菌或是否含有牛布鲁氏杆菌；
如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中含有所述特异性探针中任一种探针，该待测样品为牛布鲁氏杆菌或含有牛布鲁氏杆菌；如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中不含有所述特异性探针，该待测样品为非牛布鲁氏杆菌或不含有牛布鲁氏杆菌；
所述特异性探针包含名称为探针1至探针28的28种单链DNA至少一种：
探针1含有SNP(单核苷酸多态性)位点1，所述SNP位点1为序列1的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针2含有SNP(单核苷酸多态性)位点2，所述SNP位点2为序列2的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针3含有SNP(单核苷酸多态性)位点3，所述SNP位点3为序列3的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针4含有SNP(单核苷酸多态性)位点4，所述SNP位点4为序列4的第100位核苷酸且该核苷酸为A；
探针5含有SNP(单核苷酸多态性)位点5，所述SNP位点5为序列5的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针6含有SNP(单核苷酸多态性)位点6，所述SNP位点6为序列6的第92位核苷酸且该核苷酸为C；
探针7含有SNP(单核苷酸多态性)位点7，所述SNP位点7为序列7的第63位核苷酸且该核苷酸为C；
探针8含有SNP(单核苷酸多态性)位点8，所述SNP位点8为序列8的第100位核苷酸且该核苷酸为C；
探针9含有SNP(单核苷酸多态性)位点9，所述SNP位点9为序列9的第68位核苷酸且该核苷酸为A；
探针10含有SNP(单核苷酸多态性)位点10，所述SNP位点10为序列10的第79位核苷酸且该核苷酸为A；
探针11含有SNP(单核苷酸多态性)位点11，所述SNP位点11为序列11的第74位核苷酸且该核苷酸为C；
探针12含有SNP(单核苷酸多态性)位点12，所述SNP位点12为序列12的第87位核苷酸且该核苷酸为T；
探针13含有SNP(单核苷酸多态性)位点13，所述SNP位点13为序列13的第63位核苷酸且该核苷酸为G，所述SNP位点14为序列13的第64位核苷酸且该核苷酸为C；
探针14含有SNP(单核苷酸多态性)位点15，所述SNP位点15为序列14的第100位核苷酸且该核苷酸为G；
探针15含有SNP(单核苷酸多态性)位点16，所述SNP位点16为序列15的第69位核苷酸且该核苷酸为A；
探针16含有SNP(单核苷酸多态性)位点17，所述SNP位点17为序列16的第20位核苷酸且该核苷酸为C；所述SNP位点18为序列16的第151位核苷酸且该核苷酸为G；
探针17含有SNP(单核苷酸多态性)位点19，所述SNP位点19为序列17的第81位核苷酸且该核苷酸为T；
探针18含有SNP(单核苷酸多态性)位点20，所述SNP位点20为序列18的第90位核苷酸且该核苷酸为A；
探针19含有SNP(单核苷酸多态性)位点21，所述SNP位点21为序列19的第99位核苷酸且该核苷酸为A；
探针20含有SNP(单核苷酸多态性)位点22，所述SNP位点22为序列20的第92位核苷酸且该核苷酸为T；
探针21含有SNP(单核苷酸多态性)位点23，所述SNP位点23为序列21的第71位核苷酸且该核苷酸为A；
探针22含有SNP(单核苷酸多态性)位点24，所述SNP位点24为序列22的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针23含有SNP(单核苷酸多态性)位点25，所述SNP位点25为序列23的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针24含有SNP(单核苷酸多态性)位点26，所述SNP位点26为序列24的第58位核苷酸且该核苷酸为T；
探针25含有SNP(单核苷酸多态性)位点27，所述SNP位点27为序列25的第100位核苷酸且该核苷酸为A，所述SNP位点28为序列25的第136位核苷酸且该核苷酸为T；
探针26含有SNP(单核苷酸多态性)位点29，所述SNP位点29为序列26的第78位核苷酸且该核苷酸为T；
探针27含有SNP(单核苷酸多态性)位点30，所述SNP位点30为序列27的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针28含有SNP(单核苷酸多态性)位点31，所述SNP位点31为序列28的第69位核苷酸且该核苷酸为T。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：
所述探针1的核苷酸序列为序列1且所述SNP位点1的核苷酸为T；
所述探针2的核苷酸序列为序列2且所述SNP位点2的核苷酸为T；
所述探针3的核苷酸序列为序列3且所述SNP位点3的核苷酸为T；
所述探针4的核苷酸序列为序列4且所述SNP位点4的核苷酸为A；
所述探针5的核苷酸序列为序列5且所述SNP位点5的核苷酸为T；
所述探针6的核苷酸序列为序列6且所述SNP位点6的核苷酸为C；
所述探针7的核苷酸序列为序列7且所述SNP位点7的核苷酸为C；
所述探针8的核苷酸序列为序列8且所述SNP位点8的核苷酸为C；
所述探针9的核苷酸序列为序列9且所述SNP位点9的核苷酸为A；
所述探针10的核苷酸序列为序列10且所述SNP位点10的核苷酸为A；
所述探针11的核苷酸序列为序列11且所述SNP位点11的核苷酸为C；
所述探针12的核苷酸序列为序列12且所述SNP位点12的核苷酸为T；
所述探针13的核苷酸序列为序列13且所述SNP位点13的核苷酸为G，且所述SNP位点14的核苷酸为C；
所述探针14的核苷酸序列为序列14且所述SNP位点15的核苷酸为G；
所述探针15的核苷酸序列为序列15且所述SNP位点16的核苷酸为A；
所述探针16的核苷酸序列为序列16且所述SNP位点17的核苷酸为C；且所述SNP位点18的核苷酸为G；
所述探针17的核苷酸序列为序列17且所述SNP位点19的核苷酸为T；
所述探针18的核苷酸序列为序列18且所述SNP位点20的核苷酸为A；
所述探针19的核苷酸序列为序列19且所述SNP位点21的核苷酸为A；
所述探针20的核苷酸序列为序列20且所述SNP位点22的核苷酸为T；
所述探针21的核苷酸序列为序列21且所述SNP位点23的核苷酸为A；
所述探针22的核苷酸序列为序列22且所述SNP位点24的核苷酸为T；
所述探针23的核苷酸序列为序列23且所述SNP位点25的核苷酸为T；
所述探针24的核苷酸序列为序列24且所述SNP位点26的核苷酸为T；
所述探针25的核苷酸序列为序列25且所述SNP位点27的核苷酸为A，且所述SNP位点28的核苷酸为T；
所述探针26的核苷酸序列为序列26且所述SNP位点29的核苷酸为T；
所述探针27的核苷酸序列为序列27且所述SNP位点30的核苷酸为T；
所述探针28的核苷酸序列为序列28且所述SNP位点31的核苷酸为T。
3.鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的装置，所述装置包括：
1)序列比对模块：将待测样品的基因组DNA与鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针进行序列比对，输出序列比对结果，所述特异性探针包含名称为探针1至探针28的28种单链DNA至少一种：
探针1含有SNP(单核苷酸多态性)位点1，所述SNP位点1为序列1的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针2含有SNP(单核苷酸多态性)位点2，所述SNP位点2为序列2的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针3含有SNP(单核苷酸多态性)位点3，所述SNP位点3为序列3的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针4含有SNP(单核苷酸多态性)位点4，所述SNP位点4为序列4的第100位核苷酸且该核苷酸为A；
探针5含有SNP(单核苷酸多态性)位点5，所述SNP位点5为序列5的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针6含有SNP(单核苷酸多态性)位点6，所述SNP位点6为序列6的第92位核苷酸且该核苷酸为C；
探针7含有SNP(单核苷酸多态性)位点7，所述SNP位点7为序列7的第63位核苷酸且该核苷酸为C；
探针8含有SNP(单核苷酸多态性)位点8，所述SNP位点8为序列8的第100位核苷酸且该核苷酸为C；
探针9含有SNP(单核苷酸多态性)位点9，所述SNP位点9为序列9的第68位核苷酸且该核苷酸为A；
探针10含有SNP(单核苷酸多态性)位点10，所述SNP位点10为序列10的第79位核苷酸且该核苷酸为A；
探针11含有SNP(单核苷酸多态性)位点11，所述SNP位点11为序列11的第74位核苷酸且该核苷酸为C；
探针12含有SNP(单核苷酸多态性)位点12，所述SNP位点12为序列12的第87位核苷酸且该核苷酸为T；
探针13含有SNP(单核苷酸多态性)位点13，所述SNP位点13为序列13的第63位核苷酸且该核苷酸为G，所述SNP位点14为序列13的第64位核苷酸且该核苷酸为C；
探针14含有SNP(单核苷酸多态性)位点15，所述SNP位点15为序列14的第100位核苷酸且该核苷酸为G；
探针15含有SNP(单核苷酸多态性)位点16，所述SNP位点16为序列15的第69位核苷酸且该核苷酸为A；
探针16含有SNP(单核苷酸多态性)位点17，所述SNP位点17为序列16的第20位核苷酸且该核苷酸为C；所述SNP位点18为序列16的第151位核苷酸且该核苷酸为G；
探针17含有SNP(单核苷酸多态性)位点19，所述SNP位点19为序列17的第81位核苷酸且该核苷酸为T；
探针18含有SNP(单核苷酸多态性)位点20，所述SNP位点20为序列18的第90位核苷酸且该核苷酸为A；
探针19含有SNP(单核苷酸多态性)位点21，所述SNP位点21为序列19的第99位核苷酸且该核苷酸为A；
探针20含有SNP(单核苷酸多态性)位点22，所述SNP位点22为序列20的第92位核苷酸且该核苷酸为T；
探针21含有SNP(单核苷酸多态性)位点23，所述SNP位点23为序列21的第71位核苷酸且该核苷酸为A；
探针22含有SNP(单核苷酸多态性)位点24，所述SNP位点24为序列22的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针23含有SNP(单核苷酸多态性)位点25，所述SNP位点25为序列23的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针24含有SNP(单核苷酸多态性)位点26，所述SNP位点26为序列24的第58位核苷酸且该核苷酸为T；
探针25含有SNP(单核苷酸多态性)位点27，所述SNP位点27为序列25的第100位核苷酸且该核苷酸为A，所述SNP位点28为序列25的第136位核苷酸且该核苷酸为T；
探针26含有SNP(单核苷酸多态性)位点29，所述SNP位点29为序列26的第78位核苷酸且该核苷酸为T；
探针27含有SNP(单核苷酸多态性)位点30，所述SNP位点30为序列27的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针28含有SNP(单核苷酸多态性)位点31，所述SNP位点31为序列28的第69位核苷酸且该核苷酸为T；
2)鉴定模块：根据所述序列比对结果确定或辅助确定待测样品是否为牛布鲁氏杆菌或是否含有牛布鲁氏杆菌；如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中含有所述特异性探针中任一种探针，该待测样品为牛布鲁氏杆菌或含有牛布鲁氏杆菌；如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中不含有所述特异性探针，该待测样品为非牛布鲁氏杆菌或不含有牛布鲁氏杆菌。
4.根据权利要求3所述的装置，其特征在于：所述探针1的核苷酸序列为序列1且所述SNP位点1的核苷酸为T，
所述探针2的核苷酸序列为序列2且所述SNP位点2的核苷酸为T；
所述探针3的核苷酸序列为序列3且所述SNP位点3的核苷酸为T；
所述探针4的核苷酸序列为序列4且所述SNP位点4的核苷酸为A；
所述探针5的核苷酸序列为序列5且所述SNP位点5的核苷酸为T；
所述探针6的核苷酸序列为序列6且所述SNP位点6的核苷酸为C；
所述探针7的核苷酸序列为序列7且所述SNP位点7的核苷酸为C；
所述探针8的核苷酸序列为序列8且所述SNP位点8的核苷酸为C；
所述探针9的核苷酸序列为序列9且所述SNP位点9的核苷酸为A；
所述探针10的核苷酸序列为序列10且所述SNP位点10的核苷酸为A；
所述探针11的核苷酸序列为序列11且所述SNP位点11的核苷酸为C；
所述探针12的核苷酸序列为序列12且所述SNP位点12的核苷酸为T；
所述探针13的核苷酸序列为序列13且所述SNP位点13的核苷酸为G，且所述SNP位点14的核苷酸为C；
所述探针14的核苷酸序列为序列14且所述SNP位点15的核苷酸为G；
所述探针15的核苷酸序列为序列15且所述SNP位点16的核苷酸为A；
所述探针16的核苷酸序列为序列16且所述SNP位点17的核苷酸为C；且所述SNP位点18的核苷酸为G；
所述探针17的核苷酸序列为序列17且所述SNP位点19的核苷酸为T；
所述探针18的核苷酸序列为序列18且所述SNP位点20的核苷酸为A；
所述探针19的核苷酸序列为序列19且所述SNP位点21的核苷酸为A；
所述探针20的核苷酸序列为序列20且所述SNP位点22的核苷酸为T；
所述探针21的核苷酸序列为序列21且所述SNP位点23的核苷酸为A；
所述探针22的核苷酸序列为序列22且所述SNP位点24的核苷酸为T；
所述探针23的核苷酸序列为序列23且所述SNP位点25的核苷酸为T；
所述探针24的核苷酸序列为序列24且所述SNP位点26的核苷酸为T；
所述探针25的核苷酸序列为序列25且所述SNP位点27的核苷酸为A，且所述SNP位点28的核苷酸为T；
所述探针26的核苷酸序列为序列26且所述SNP位点29的核苷酸为T；
所述探针27的核苷酸序列为序列27且所述SNP位点30的核苷酸为T；
所述探针28的核苷酸序列为序列28且所述SNP位点31的核苷酸为T。
5.存储有计算机程序的计算机可读存储介质，其特征在于：所述计算机程序使计算机执行如权利要求1或2所述的方法的步骤。
6.权利要求3或4所述的装置在鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌中的应用或在制备鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌产品中的应用。
7.权利要求5所述的计算机可读存储介质在鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌中的应用或在制备鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌产品中的应用。
8.鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针，其特征在于：所述特异性探针包含名称为探针1至探针28的28种单链DNA至少一种，
探针1含有SNP(单核苷酸多态性)位点1，所述SNP位点1为序列1的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针2含有SNP(单核苷酸多态性)位点2，所述SNP位点2为序列2的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针3含有SNP(单核苷酸多态性)位点3，所述SNP位点3为序列3的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针4含有SNP(单核苷酸多态性)位点4，所述SNP位点4为序列4的第100位核苷酸且该核苷酸为A；
探针5含有SNP(单核苷酸多态性)位点5，所述SNP位点5为序列5的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针6含有SNP(单核苷酸多态性)位点6，所述SNP位点6为序列6的第92位核苷酸且该核苷酸为C；
探针7含有SNP(单核苷酸多态性)位点7，所述SNP位点7为序列7的第63位核苷酸且该核苷酸为C；
探针8含有SNP(单核苷酸多态性)位点8，所述SNP位点8为序列8的第100位核苷酸且该核苷酸为C；
探针9含有SNP(单核苷酸多态性)位点9，所述SNP位点9为序列9的第68位核苷酸且该核苷酸为A；
探针10含有SNP(单核苷酸多态性)位点10，所述SNP位点10为序列10的第79位核苷酸且该核苷酸为A；
探针11含有SNP(单核苷酸多态性)位点11，所述SNP位点11为序列11的第74位核苷酸且该核苷酸为C；
探针12含有SNP(单核苷酸多态性)位点12，所述SNP位点12为序列12的第87位核苷酸且该核苷酸为T；
探针13含有SNP(单核苷酸多态性)位点13，所述SNP位点13为序列13的第63位核苷酸且该核苷酸为G，所述SNP位点14为序列13的第64位核苷酸且该核苷酸为C；
探针14含有SNP(单核苷酸多态性)位点15，所述SNP位点15为序列14的第100位核苷酸且该核苷酸为G；
探针15含有SNP(单核苷酸多态性)位点16，所述SNP位点16为序列15的第69位核苷酸且该核苷酸为A；
探针16含有SNP(单核苷酸多态性)位点17，所述SNP位点17为序列16的第20位核苷酸且该核苷酸为C；所述SNP位点18为序列16的第151位核苷酸且该核苷酸为G；
探针17含有SNP(单核苷酸多态性)位点19，所述SNP位点19为序列17的第81位核苷酸且该核苷酸为T；
探针18含有SNP(单核苷酸多态性)位点20，所述SNP位点20为序列18的第90位核苷酸且该核苷酸为A；
探针19含有SNP(单核苷酸多态性)位点21，所述SNP位点21为序列19的第99位核苷酸且该核苷酸为A；
探针20含有SNP(单核苷酸多态性)位点22，所述SNP位点22为序列20的第92位核苷酸且该核苷酸为T；
探针21含有SNP(单核苷酸多态性)位点23，所述SNP位点23为序列21的第71位核苷酸且该核苷酸为A；
探针22含有SNP(单核苷酸多态性)位点24，所述SNP位点24为序列22的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针23含有SNP(单核苷酸多态性)位点25，所述SNP位点25为序列23的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针24含有SNP(单核苷酸多态性)位点26，所述SNP位点26为序列24的第58位核苷酸且该核苷酸为T；
探针25含有SNP(单核苷酸多态性)位点27，所述SNP位点27为序列25的第100位核苷酸且该核苷酸为A，所述SNP位点28为序列25的第136位核苷酸且该核苷酸为T；
探针26含有SNP(单核苷酸多态性)位点29，所述SNP位点29为序列26的第78位核苷酸且该核苷酸为T；
探针27含有SNP(单核苷酸多态性)位点30，所述SNP位点30为序列27的第100位核苷酸且该核苷酸为T；
探针28含有SNP(单核苷酸多态性)位点31，所述SNP位点31为序列28的第69位核苷酸且该核苷酸为T。
9.根据权利要求8所述的特异性探针，其特征在于：
所述探针1的核苷酸序列为序列1且所述SNP位点1的核苷酸为T，
所述探针2的核苷酸序列为序列2且所述SNP位点2的核苷酸为T；
所述探针3的核苷酸序列为序列3且所述SNP位点3的核苷酸为T；
所述探针4的核苷酸序列为序列4且所述SNP位点4的核苷酸为A；
所述探针5的核苷酸序列为序列5且所述SNP位点5的核苷酸为T；
所述探针6的核苷酸序列为序列6且所述SNP位点6的核苷酸为C；
所述探针7的核苷酸序列为序列7且所述SNP位点7的核苷酸为C；
所述探针8的核苷酸序列为序列8且所述SNP位点8的核苷酸为C；
所述探针9的核苷酸序列为序列9且所述SNP位点9的核苷酸为A；
所述探针10的核苷酸序列为序列10且所述SNP位点10的核苷酸为A；
所述探针11的核苷酸序列为序列11且所述SNP位点11的核苷酸为C；
所述探针12的核苷酸序列为序列12且所述SNP位点12的核苷酸为T；
所述探针13的核苷酸序列为序列13且所述SNP位点13的核苷酸为G，且所述SNP位点14的核苷酸为C；
所述探针14的核苷酸序列为序列14且所述SNP位点15的核苷酸为G；
所述探针15的核苷酸序列为序列15且所述SNP位点16的核苷酸为A；
所述探针16的核苷酸序列为序列16且所述SNP位点17的核苷酸为C；且所述SNP位点18的核苷酸为G；
所述探针17的核苷酸序列为序列17且所述SNP位点19的核苷酸为T；
所述探针18的核苷酸序列为序列18且所述SNP位点20的核苷酸为A；
所述探针19的核苷酸序列为序列19且所述SNP位点21的核苷酸为A；
所述探针20的核苷酸序列为序列20且所述SNP位点22的核苷酸为T；
所述探针21的核苷酸序列为序列21且所述SNP位点23的核苷酸为A；
所述探针22的核苷酸序列为序列22且所述SNP位点24的核苷酸为T；
所述探针23的核苷酸序列为序列23且所述SNP位点25的核苷酸为T；
所述探针24的核苷酸序列为序列24且所述SNP位点26的核苷酸为T；
所述探针25的核苷酸序列为序列25且所述SNP位点27的核苷酸为A，且所述SNP位点28的核苷酸为T；
所述探针26的核苷酸序列为序列26且所述SNP位点29的核苷酸为T；
所述探针27的核苷酸序列为序列27且所述SNP位点30的核苷酸为T；
所述探针28的核苷酸序列为序列28且所述SNP位点31的核苷酸为T。
10.权利要求8或9所述的特异性探针在如下任一中的应用：
(1)鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌；
(2)筛选或选育牛布鲁氏杆菌；
(3)制备鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的产品；
(4)制备筛选或选育牛布鲁氏杆菌的产品。
Priority Applications (1)
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|---|---|---|---|
| CN202310060853.3A CN115948587A (zh) | 2023-01-19 | 2023-01-19 | 一种基于特异探针及snp位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法 |
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| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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