CN115942975A - 白细胞介素-1受体辅助蛋白的特异性结合域和嵌合抗原受体 - Google Patents

白细胞介素-1受体辅助蛋白的特异性结合域和嵌合抗原受体 Download PDF

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Abstract

本文提供的一些实施方案还包括涉及将结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)结合到IL1RAP多肽的方法和材料。例如，提供了与IL1RAP多肽结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)以及用于使用一种或多种此类结合分子治疗患有癌症的哺乳动物(例如人类)的方法和材料。本文提供的方法和组合物的一些实施方案包括特异性结合白细胞介素‑1受体辅助蛋白(IL1RAP)的嵌合抗原受体(CAR)。一些实施方案包括编码此类CAR的核酸和含有此类CAR细胞。一些实施方案包括将此类CAR用于安全有效的癌症(例如表达IL1RAP的癌症，例如尤因肉瘤和急性髓细胞白血病(AML))治疗。

Description

白细胞介素-1受体辅助蛋白的特异性结合域和嵌合抗原受体
相关申请的交叉引用
本申请要求于2020年4月10日提交的标题为“白细胞介素-1受体辅助蛋白的特异性嵌合抗原受体”的第63/008173号美国申请的优先权，其全文通过引用并入本文。
序列表的引用
本申请与电子格式的序列表一起提交。序列表作为名为SCRI282WOSEQLIST的文件提供，创建于*****，大小约为**Kb。序列表电子格式的信息通过引用全部并入本文。
技术领域
本文提供的实施方案涉及将分子(例如抗体、抗体片段、抗体结构域、嵌合抗原受体(CAR)、细胞衔接器(cell engager)或抗体药物偶联物(ADC))与白细胞介素-1受体辅助蛋白(IL1RAP)结合的方法和材料。例如，一些实施方案包括结合IL1RAP多肽的结合域(binder)(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器或ADC)以及用于使用此类结合域治疗癌症的方法和材料。一些实施方案包括设计用于表达一种或多种具有结合IL1RAP多肽能力的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR或细胞衔接器)的细胞(例如宿主细胞)以及用于使用此类细胞治疗癌症的方法和材料。
本文提供的方法和组合物的多个方面包括嵌合抗原受体(CAR)，其特异性结合白细胞介素-1受体辅助蛋白(IL1RAP)。一些替代方案包括编码这些CAR的核酸和含有此类CAR的细胞。一些替代方案还包括将这些CAR用于安全有效的癌症(例如表达IL1RAP的癌症，优选尤因肉瘤和急性髓细胞白血病(AML))治疗。
背景技术
白细胞介素-1(IL-1)家族的细胞因子配体和受体与炎症、自身免疫、免疫调节、细胞增殖和宿主防御有关，并参与炎症、自身免疫力、免疫调节性、退行性和细胞增殖性疾病和疾病的病理学，其细胞因子和受体是此类疾病的致病介质。
IL-1细胞因子家族包括IL-1α、IL-1β、IL-33、IL-36α、IL-35β和IL-36γ。这些细胞因子中的每一种都作为配体，能够结合特定细胞表面表达的特定IL-1家族细胞膜受体。当IL-1家族细胞因子与其同源受体结合时，辅助受体(co-receptor)被招募以形成包含细胞因子、其同源膜受体和辅助受体的三元复合物。由此产生的三元复合物促进细胞内信号转导和一组转录因子(包括NFκB和AP-1，以及丝裂原激活的蛋白激酶)的激活，这些转录因子触发一系列炎症和免疫反应，包括产生多种细胞因子、趋化因子、酶和粘附分子。
白细胞介素-1受体辅助蛋白(IL1RAP)是IL-1家族中几种受体的常见细胞膜辅助受体，包括白细胞介素-1受体1(IL1R1)、ST2和白细胞介导-1受体样蛋白2(IL1RL2)。IL1RAP是IL-1家族细胞因子之一、细胞因子的特异同源受体和IL1RAP-辅助受体形成的三元信号复合物的必要成分。因此，IL1RAP在IL-1家族信号转导途径中起着重要作用，因为需要它来促进由IL-1家族细胞因子IL-1α、IL-1β、IL-33、IL-36α、IL-36β和IL-36γ刺激的特定下游信号通路。因此，仍然需要安全有效的治疗方法来治疗、改善、抑制或预防与IL-1细胞因子配体和受体家族(尤其是IL1RAP)相关的炎症性、自身免疫性、免疫调节性、退行性和细胞增殖性疾病或病症。
发明内容
本文提供的实施方案涉及将分子(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器或ADC)与IL1RAP多肽结合的方法和材料。例如，一些实施方案包括结合IL1RAP多肽的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器或ADC)以及使用一种或多种此类结合域治疗患有癌症的哺乳动物(例如人类)的方法和材料。
本文提供的一些实施方案还包括设计用于表达一种或多种具有结合IL1RAP多肽能力的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR或细胞衔接器)的细胞(例如宿主细胞)以及用于使用此类细胞治疗癌症的方法和材料。
如本文所述，结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种CAR、一个甚至多个细胞衔接器和/或一种或多种ADC)可以设计为具有与IL1RAP多肽结合的能力。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器或ADC)能够结合到包含如SEQ ID NO:54或SEQ ID NO:55所述的人类IL1RAP多肽的氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的多肽(参见，例如图6)。
在某些情况下，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)的三个互补决定区(CDR)的单个集合(例如，SEQ ID NO:42-44；SEQ ID NO:196-198；SEQ ID NO:45-47；SEQ ID NO:203-205；SEQ ID NO:48-50；SEQ ID NO:210-212；SEQ ID NO:51-53；SEQ ID NO:217-219；SEQ ID NO:161-163；SEQ ID NO:169-171；SEQ ID NO:177-179；或SEQ ID NO:185-187)可设计为CAR以创建具有靶向IL1RAP+细胞(如IL1RAP+肿瘤细胞和/或IL1RAP-肿瘤血管)能力的CAR+细胞(例如，CAR+T细胞、CAR+干细胞，如CAR+诱导的多能干细胞或CAR+自然杀伤(NK)细胞)，可被设计为包括Fc区的抗体结构以产生能够靶向IL1RAP+细胞(例如IL1RAP+肿瘤细胞和/或IL1RAP+肿瘤血管系统)并诱导对靶向IL1RAP+细胞具有抗体依赖性细胞介导细胞毒性(antiboy-dependent cell-mediated cytotoxicity，ADCC)的抗体，和/或可被设计为细胞衔接器，例如双特异性T细胞衔接器(例如BiTE)，双特异性杀伤衔接器(如BiKE)，和/或三特异性杀伤衔接器(如TriKE)，以创建能够靶向IL1RAP+细胞(如IL1RAP+肿瘤细胞和/或IL1RAP1+肿瘤血管)、并诱导针对目标IL1RAP+细胞的一种或多种免疫应答(如T细胞免疫应答和/或在不含Fc抗体的情况下使用细胞衔接器的ADCC)的细胞衔接器。值得注意的是，BiKE和TriKE介导的杀伤可以指ADCC，即使它不是由Fc域启动的。
此外，如本文所述，本文提供的结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段和/或一种或多种抗体结构域)可用于创建包括结合域和药物的偶联物。例如，诸如完整抗体-药物偶联物、Fab-药物偶联物和/或抗体结构域-药物偶联物的ADC可设计成包括本文提供的适当结合域以创建偶联物。这种偶联物可用于将药物有效载荷传递给靶细胞，例如癌细胞(例如IL1RAP+癌细胞)或癌血管(例如IL1 RAP+肿瘤血管)。
如本文所述，本文提供的结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)可用于治疗患有癌症的哺乳动物(例如，人)。例如，可给患有癌症(例如IL1RAP+癌症)的哺乳动物(例如人类)施用本文所述的组合物，所述组合物包含一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)，以减少哺乳动物内的癌细胞数量，诱导对哺乳动物体内癌细胞的ADCC，和/或延长哺乳动物的癌症生存期。
如本文所述，细胞(例如，宿主细胞)可设计为表达一种或多种具有结合IL1RAP多肽能力的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR或细胞衔接器)。例如，诸如T细胞(例如CTL)、干细胞(例如诱导多能干细胞)或NK细胞等细胞可以被设计成表达一种或多种具有结合IL1RAP多肽能力的CAR。这些细胞(例如IL1RAP特异性CAR+T细胞或NK细胞)可用于治疗癌症。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)可用于检测IL1RAP多肽的存在或不存在。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)可用于确定从哺乳动物(例如，人类)获得的样本(例如，肿瘤活检生物样本)是否含有IL1RAP+细胞(例如，IL1RAP+癌细胞)。有能力检测IL1RAP多肽(例如IL1RAP+癌细胞)的有无可以让临床医生、卫生专业人员和患者对可能的治疗方案做出更好的决定。例如，在哺乳动物体内检测IL1RAP+癌细胞可以让临床医生、卫生专业人员和患者选择针对IL1RAP+癌细胞的适当抗癌治疗。针对IL1RAP+癌细胞的此类治疗可包括施用抗IL1RAP抗体，例如CAN04(尼达利单抗(nidanilimab))和/或本文所述的一种或多种具有结合IL1RAP多肽的能力的结合域和/或施用设计用于表达本文所述结合域的一种或多种细胞(例如，IL1RAP-特异性CAR+T细胞或NK细胞)。
一些替代方案包括编码嵌合抗原受体(CAR)的核酸，其中CAR包括：配体结合结构域，其特异性结合白细胞介素-1受体辅助蛋白(IL1RAP)；间隔区；跨膜结构域；以及细胞内信号结构域。
在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR的配体结合结构域包含互补决定区(CDR)，该互补决定区包含具有SEQ ID NO:42-53中任何一个的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列。在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR的配体结合结构域包含互补决定区(CDR)，该互补决定区包含具有SEQ ID NO:42-44或51-53中任一个的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列。在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR的配体结合结构域包括互补决定区3(CDR3)，该互补决定区包括具有SEQ ID NO:44或SEQ ID NO:53的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR的配体结合结构域包括：互补决定区1(CDR1)，其包含具有SEQ ID NO:51的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列；互补决定区2(CDR2)，其包含具有SEQ ID NO:52的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列；以及互补性决定区3(CDR3)，其包含具有SEQ ID NO:44或SEQ ID NO:53的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列。在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR的配体结合结构域包含氨基酸序列SEQ IDNO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53。
在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR的配体结合结构域包含与SEQ ID NO:01-04中任一个的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。
在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR间隔区包含CD8间隔区或IgG4铰链区。
在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR跨膜结构域包含CD8跨膜结构域。在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR跨膜结构域包含与SEQ ID NO:13的氨基酸序列至少95％相同的氨基酸序列。在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR跨膜结构域包含氨基酸序列SEQ ID NO:13。
在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR的细胞内信号结构域包括选自CD27、CD28、4-1BB、OX-40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、LFA-1、CD2、CD7、NKG2C和B7-H3的共刺激结构域，以及CD3ζ结构域或其功能部分。在一些替代方案中，由所述核酸编码的CAR的细胞内信号结构域包含4-1BB共刺激结构域。在一些替代方案中，4-1BB共刺激结构域包含与SEQ IDNO:15的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，CD3ζ结构域或其功能部分包含与SEQ ID NO:17的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。在一些替代方案中，CD3ζ结构域或它的功能部分包含氨基酸序列SEQ ID NO:17。
一些替代方案还包括编码可选标记的多核苷酸。在一些替代方案中，选择标记包括选自截短的EGFR多肽(EGFRt)或截短的HER2多肽(HER2t)的细胞表面选择标记。
一些替代方案包括由上述任一替代方案的核酸编码的多肽。
一些替代方案包括包含上述任一替代方案的核酸的载体。
在一些替代方案中，载体包括病毒载体。
在一些替代方案中，病毒载体包括慢病毒载体、逆转录病毒载体、腺病毒载体或腺病毒相关病毒载体。
一些替代方案包括包含上述任一替代方案的核酸的细胞。
在一些替代方案中，该细胞是CD4+T细胞或CD8+T细胞。
在一些替代方案中，该细胞是前体T细胞或造血干细胞。
在一些替代方案中，该细胞是选自幼稚CD8+T细胞、CD8+记忆T细胞、中央记忆CD8+T细胞、调节性CD8+T细胞、IPS衍生的CD8+T细胞、效应记忆CD8+T细胞和大体积(bulk)CD8+T细胞的CD8+细胞毒性T细胞。
在一些替代方案中，该细胞是选自幼稚CD4+T细胞、CD4+记忆T细胞、中央记忆CD4+T细胞、调节性CD4+T细胞、IPS衍生的CD4+T细胞、效应记忆CD4+T细胞和大体积CD4+T细胞的CD4+T辅助细胞。
一些替代方案包括上述任何一种替代方案的细胞，用于治疗、改善或抑制受试者的癌症。
在一些替代方案中，癌症选自乳腺癌、脑癌、结肠癌、肾癌、胰腺癌、卵巢癌、肉瘤和白血病。
在一些替代方案中，癌症包括急性髓细胞白血病(AML)、慢性髓细胞白血病或尤因肉瘤。
一些替代方案包括包含上述替代方案中任一种的细胞的药物组合物和药学上可接受的赋形剂。
一些替代方案包括治疗、改善或抑制受试者癌症的方法，包括对受试者施用上述任一替代方案的细胞。
在一些替代方案中，癌症选自乳腺癌、脑癌、结肠癌、肾癌、胰腺癌、卵巢癌、肉瘤和白血病。
在一些替代方案中，癌症包括急性髓细胞白血病(AML)、慢性髓细胞白血病或尤因肉瘤。
在一些替代方案中，所述受试者是哺乳动物。
在一些替代方案中，所述受试者是人。
一些替代方案包括一种制备细胞群的方法，包括：(a)将上述替代方案中任何一种的核酸引入分离的细胞群；和(b)在存在选自抗CD3、抗CD28和IL-2等细胞因子的试剂的情况下培养细胞群。
在一些替代方案中，所述细胞群包括CD4+T细胞或CD8+T细胞。
在一些替代方案中，所述细胞群包括前体T细胞或造血干细胞。
在一些替代方案中，所述细胞群包括选自幼稚CD8+T细胞、CD8+记忆T细胞、中央记忆CD8+T细胞、调节性CD8+T细胞、IPS衍生的CD8+T细胞、效应记忆CD8+T细胞和大体积CD8+T细胞的CD8+细胞毒性T细胞。
在一些替代方案中，所述细胞群包括选自幼稚CD4+T细胞、CD4+记忆T细胞、中央记忆CD4+T细胞、调节性CD4+T细胞、IPS衍生的CD4+T细胞、效应记忆CD4+T细胞和大体积CD4+T细胞的CD4+T辅助细胞。
附图说明
图1描绘了编码CAR的核酸的示例结构，包括：包括5′LTR和3′LTR的慢病毒载体元件；启动子，例如E1α启动子；以及编码配体结合结构域(结合域)、间隔区(接头)、CD8跨膜结构域、4-1BB域和CD3ζ域的多核苷酸。
图2描绘了链霉亲和素连接的藻红蛋白与表达CAR并与生物素化IL1RAP接触的细胞结合的FACS分析。
图3描绘了表达IL1RAP的尤因肉瘤TC71靶细胞与含有抗IL1RAP-CAR的细胞接触的特异性裂解图。
图4描绘了与以不同比率(E:T)表达IL1RAP的靶标(T)尤因肉瘤肿瘤细胞系共同培养的效应物(E)抗IL1RAP-CAR T细胞的细胞因子生成水平的条形图。上图描绘了共培养细胞表达的TNF-α水平；中间的图描绘了共培养细胞表达的IL-2水平；下图描绘了共培养细胞表达的IFN-γ水平。
图5描绘了以不同比率(E:T)与效应剂(E)抗IL1RAP CAR T细胞共同培养的靶标(T)AML细胞的裂解百分比水平的线形图。上图描述了共培养THP-1细胞的裂解水平；中间的图表绘述了共培养MOLM-14细胞的裂解水平；下图描绘了共同培养的Raji细胞的裂解水平。
图6描绘了人IL1RAP多肽(SEQ ID NO:54)的氨基酸残基1至570。这种人IL1RAP多肽的粗体氨基酸序列(残基21至367)描绘了胞外结构域(SEQ ID NO:55)。
图7A描绘了称为克隆3A7的VH结构域的氨基酸序列，其中划定了替代CDR和框架序列。图7B描绘了称为克隆3A7的VH结构域的的氨基酸序列，其中划定了CDR和框架序列。
图8A描绘了称为克隆4G6的VH结构域的氨基酸序列，其中划定了替代CDR和框架序列。图8B描绘了称为克隆4G6的VH结构域的氨基酸序列，其中划定了CDR和框架序列。
图9A描绘了称为克隆3C5的VH结构域的氨基酸序列，其中划定了替代CDR和框架序列。图9B描绘了称为克隆3C5的VH结构域的氨基酸序列，其中划定了CDR和框架序列。
图10A描绘了称为克隆7D12的VH结构域的氨基酸序列，其中划定了替代CDR和框架序列。图10B描绘了称为克隆7D12的VH结构域的氨基酸序列，其中划定了CDR和框架序列。
图11描绘了scFv、CAR和/或细胞衔接器的示例性接头氨基酸序列。
图12A和图12B描绘了示例性scFv的示例性重链可变结构域(图12A)和示例性轻链可变结构域(图12B)的氨基酸序列。还划定了每个CDR和框架序列。例如图11中所述的接头氨基酸序列等示例性接头氨基酸序列可用于将重链可变结构域和轻链可变结构域连接在一起以形成scFv。
图13A和图13B描绘了示例性scFv的示例性重链可变结构域(图13A)和示例性轻链可变结构域(图13B)的氨基酸序列。还划定了每个CDR和框架序列。例如图11中所述的接头氨基酸序列等示例性接头氨基酸序列可用于将重链可变结构域和轻链可变结构域连接在一起以形成scFv。
图14描绘了可用于设计CAR的示例性铰链的氨基酸序列。
图15描绘了可用于设计CAR的示例性跨膜结构域的氨基酸序列。
图16描绘可用于设计CAR的示例性细胞内信号结构域的氨基酸序列。
图17描绘可用于设计结合T细胞的细胞衔接器的示例性抗原结合结构域的氨基酸序列。
图18描绘可用于设计结合NK细胞的细胞衔接器的示例性抗原结合结构域的氨基酸序列。
图19A是使用本文提供的VH结构域的CDR1、CDR2和CDR3设计的示例性BiTE的示意图。人源化抗CD3单链抗体(例如，美国专利号6750325所示gOKT3-7单链抗体)可以通过接头(例如，(G4S)3接头)连接到VH结构域的C末端。图19B描绘了然后是gOKT3-7 scFv序列的接头序列(SEQ ID NO:74)的氨基酸，所述gOKT3-7 scFv序列可以连接到如图19A所示VH结构域。图19B还描绘了编码该接头和gOKT3-7 scFv的核酸序列。
图20描绘了称为克隆7C1的VH结构域的氨基酸序列。还划定了CDR和框架序列。
图21描绘了称为克隆7H2的VH结构域的氨基酸序列。还划定了CDR和框架序列。
图22描绘了称为克隆6A2的VH结构域的氨基酸序列。还划定了CDR和框架序列。
图23描绘了称为克隆6C1的VH结构域的氨基酸序列。还划定了CDR和框架序列。
图24描绘了编码克隆7C1、7H2、6A2和6C1的核酸序列。
图25包含绘制所示克隆与野生型或IL1RAP敲除细胞的结合强度的条形图。
具体实施方式
本文提供的实施方案涉及与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合(例如，特异性结合)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和ADC)。例如，一些实施方案包括结合(例如特异性结合)到包含SEQ ID NO:54或SEQ ID NO:55中所述氨基酸、基本上由其组成或由其组成的多肽的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和ADC)(参见，例如，图6)。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器或ADC)可以结合IL1RAP多肽。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器或ADC)能够结合到人IL1RAP多肽。
本文中使用的术语“抗体”包括多克隆抗体、单克隆抗体、重组抗体、人源化抗体、人抗体、嵌合抗体、由至少两种抗体、双链抗体、单链可变片段抗体(例如，scFv抗体)形成的多特异性抗体(例如双特异性抗体)，和串联单链可变片段抗体(例如taFv)。双链抗体可以包括两条链，每条链都具有重链可变结构域和轻链可变结构域，其来自相同的抗体或不同的抗体(参见，例如，Hornig and 
Figure BDA0003940984770000091
Schwarz，Methods Mol.Biol.，907:713-27(2012)；以及Brinkmann和Kontermann，MAbs，9(2):182-212(2017))。这两个可变区可以通过多肽接头(例如，长度为5到10个残基的多肽接头或图11所示多肽接头)连接。在某些情况下，重链可变结构域和轻链可变结构域对中的一个或两个都可能存在一个域间二硫键。单链抗体是一种单链多肽抗体，其中重链可变结构域和轻链可变结构域通过多肽接头(例如，长度为8到18个残基的多肽接头或图11所示多肽接头)直接连接或连接。另请参见Chen等人，Adv.DrugDeliv.Rev.65(10)：1357-1369(2013)。scFv可以设计为具有重链可变结构域然后是轻链可变结构域的方向，也可以设计为轻链可变结构域然后是重链可变结构域的方向。在这两种情况下，任选接头都可以位于两个结构域之间。
本文提供的抗体可以包括本文所述的CDR(例如，如表15所述)，并且可以配置为人类抗体、人源化抗体或嵌合抗体。在某些情况下，本文提供的抗体可以包括本文所述的CDR(例如，如表15所述)，并且可以是单克隆抗体。在某些情况下，本文提供的抗体可以包括本文所述的CDR(例如，如表15所述)，并且可以配置为scFv抗体。
本文所用术语“抗原结合片段”是指能够结合抗原的抗体片段(例如，人源化抗体片段、人抗体片段或嵌合抗体片段)。抗原结合片段的示例包括但不限于Fab、Fab'或F(ab')2抗原结合片段。本文提供的抗原结合片段可以包括本文所述的CDR(例如，如表15所述)，并且可以配置为人类抗原结合片段、人源化抗原结合片段或嵌合抗原结合片段。在某些情况下，本文提供的抗原结合片段可以包括本文所述的CDR(例如，如表15所述)，并且可以是单克隆抗原结合片段。在某些情况下，本文提供的抗原结合片段可以包括本文所述的CDR(例如，如表15所述)，并且可以配置为Fab抗体。
本文中使用的术语“抗体结构域”是指抗体的结构域，例如在不存在抗体的一种或多种其他结构域的情况下的重链可变结构域(VH结构域)或轻链可变结构域(VL结构域)。在某些情况下，抗体结构域可以是具有结合抗原能力的单个抗体结构域(例如，VH结构域或VL结构域)。本文提供的抗体结构域可以包括本文所述的CDR(例如，如表15所述)，并且可以是人抗体结构域(例如，人VH结构域)、人源化抗体结构域(如，人源化VH结构域)或嵌合抗体结构域(例如，嵌合VH结构域)。在某些情况下，本文提供的抗体结构域可以包括本文所述的CDR(例如，如表15所述)，并且可以是单克隆抗体结构域。在某些情况下，本文提供的抗体结构域可以包括本文所述的CDR(例如，如表15所述)，并且可以设计为单个VH结构域或单个VL结构域。
本文提供的抗IL1RAP抗体、抗IL1RA抗原结合片段或抗IL1RAM抗体结构域可以是IgA型、IgD型、IgE型、IgG型或IgM型，包括例如但不限于IgG1型、IgG2型、IgG3型、IgG4型、IgM1型和IgM2型的IgG型或IgM型。在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗IL1RAP抗体)可以是scFv抗体。在某些情况下，本文提供的抗原结合片段(例如，抗IL1RAP抗体片段)可以是Fab。在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗IL1RAP抗体)可以是包含VH和VL的完整抗体。在某些情况下，本文提供的抗体结构域(例如，抗IL1RAP抗体结构域)可以是VH结构域。
如本文所述，嵌合抗原受体可指设计为包括抗原结合结构域、任选铰链、跨膜结构域和一种或多种细胞内信号结构域的嵌合多肽。如本文所述，本文提供的CAR的抗原结合结构域可设计为结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)。例如，本文提供的CAR可设计为包括本文所述抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域(例如，CDR的组合)的成分作为抗原结合结构域，前提是该抗原结合结构域具有结合IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)的能力。在一些示例中，本文提供的CAR可设计为包括抗原结合结构域，该抗原结合结构域包括本文提供的抗体结构域(例如VH结构域)的一组三个CDR(例如CDR1、CDR2和CDR3)(例如，SEQ ID NO:42-44；SEQ ID NO:196-198；SEQ ID NO:45-47；SEQ ID NO:203-205；SEQ ID NO:48-50；SEQID NO:210-212；SEQ ID NO:51-53；SEQ ID NO:217-219；SEQ ID NO:161-163；SEQ ID NO:169-171；SEQ ID NO:177-179；或SEQ ID NO:185-187)。在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR的抗原结合结构域可设计为包括本文所述的VH结构域或本文所述scFv抗体。
在某些情况下，本文提供的CAR可以设计为包括铰链。任何合适的铰链均可用于设计本文所述的CAR。可用于制备本文所述CAR的铰链的示例包括但不限于Ig衍生铰链(例如，IgG1衍生铰链、IgG2衍生铰链或IgG4衍生铰链)、包含CD2结构域和CD3结构域的Ig衍生铰、包含CD2结构域但缺少CD3结构域的Ig衍生铰链、包含CD3结构域且缺少CD2结构域的Ig衍生铰链、缺少CD2结构域和CD3结构域Ig衍生铰链、CD8α衍生铰链、CD28衍生铰链和CD3ζ衍生铰链。本文提供的CAR可设计为包括任何适当长度的铰链。例如，本文提供的CAR可设计为包括长度约为3至75(例如，约3至65、约3至约50、约5至约75、约10至约75、约5至约50、约10至约50、约10至约50、约10至约40或约10至30)个氨基酸残基的铰链。在某些情况下，接头序列可用作铰链，以生成本文所述的CAR。例如，图11中所述的任何一个接头序列都可以用作本文所述CAR的铰链。
在某些情况下，本文提供的CAR可设计为包括铰链，该铰链包含图11或图14中所述的氨基酸序列之一、基本上由其组成或由其组成。在某些情况中，本文所提供的CAR可设计为包含铰链，所述铰链包含具有一、二、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个氨基酸缺失、添加、取代或其组合的如图11或图14中所述的氨基酸序列，基本上由其组成，或由其组成。在某些情况下，本文提供的CAR可设计为包括铰链，所述铰链包含具有两个或更少、三个或更少、四个或更少、五个或更少、六个或更少、七个或更少、八个或更少的、九个或更少或十个或更少的氨基酸缺失、添加、取代、或其组合的图11或图14中所示氨基酸序列，基本由其组成，或由其组成。
本文提供的CAR可设计为包括任何适当的跨膜结构域。例如，本文提供的CAR的跨膜结构域可以是但不限于CD3ζ跨膜结构域、CD4跨膜结构域、CD8α跨膜结构域，CD28跨膜结构域和4-1BB跨膜结构域。在某些情况下，本文提供的CAR可设计为包括跨膜结构域，其包含图15中所述的氨基酸序列之一、基本上由其组成或由其组成。在某些情况中，本文提供的CAR可被设计为包括包含具有一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸缺失、添加、取代或其组合的图15所示氨基酸序列，基本由其组成，或由其组成。在某些情况下，本文提供的CAR可设计为包括跨膜结构域，所述跨膜结构域包含具有两个或更少、三个或更少、四个或更少、五个或更少，六个或更少、七个或更少、八个或更少、九个或更少或十个或更少的氨基酸缺失、添加、取代、或其组合的图15中所述的氨基酸序列，基本上由其组成，或由其组成。
本文提供的CAR可设计为包括一种或多种细胞内信号结构域。例如，本文提供的CAR可设计为包括一、二、三个或四个细胞内信号结构域。任何适当的细胞内信号结构域或细胞内信号区的组合可用于制备本文所述的CAR。可用于制备本文所述CAR的细胞内信号结构域的示例包括但不限于CD3ζ细胞内信号区、CD27细胞内信号结构域、CD28细胞内信号区、OX40(CD134)细胞内信号领域、4-1BB(CD137)细胞内信号领域、CD278细胞内信号领域，DAP10细胞内信号结构域和DAP12细胞内信号区。在某些情况下，本文描述的CAR可以设计为具有CD3ζ细胞内信号结构域的第一代CAR。在某些情况下，本文描述的CAR可以设计为第二代CAR，其具有CD28细胞内信号结构域和CD3ζ细胞内信号结构域。在某些情况下，本文所述的CAR可以设计为第三代CAR，其具有(a)CD28细胞内信号结构域，然后是(b)CD27细胞内信号区，OX40细胞内信号结构域，或4-1BB细胞内信号结构域，最后是(c)CD3ζ细胞内信号结构域。在某些情况下，本文提供的CAR可设计为包括至少一个细胞内信号结构域，该细胞内信号结构域包含图16中所述的氨基酸序列之一，基本上由其组成，或由其组成。在某些情况下，本文所提供的CAR可设计为包含至少一个细胞内信号结构域，所述细胞内信号结构域包含具有一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸缺失、添加、取代或其组合(前提是细胞内信号结构域至少具有激活细胞内信号的某些活性)的图16所示氨基酸序列，基本由其，或由其组成。在某些情况下，本文提供的CAR可设计为包括至少一个细胞内信号结构域，该结构域包含具有两个或更少、三个或更少、四个或更少、五个或更少、六个或更少、七个或更少，八个或更少，九个或更少或十个或更少的氨基酸缺失、添加、取代、或其组合(前提是该细胞内信号结构域具有激活细胞内信号的至少一些活性)的图16中所述的氨基酸序列，基本上由其组成或由其组成。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:42、SEQID NO:43和SEQ ID NO:44VH的结构域，然后是诸如图11或图14所示铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15所示跨膜结构域(例如，人类CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16所示一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，紧随着人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可设计为包括：包含SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:33和SEQ ID NO:44的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:196、SEQID NO:197和SEQ ID NO:198的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所示铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15中所示跨膜结构域(例如，人类CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:196、SEQ ID NO:197和SEQ ID NO:198的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括VH结构域，该结构域包含SEQ ID NO:01，随后是图11或图14中所述的铰链/接头(例如，人CD8α铰链)，然后是跨膜结构域，例如图15中所示跨膜结构域(例如，人体CD8α跨膜结构域)，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:01的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ IDNO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括VH结构域，该结构域包含SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47，然后是诸如图11或图14所示铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15所示跨膜结构域(例如，人类CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可设计为包括：包含SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ IDNO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:203、SEQID NO:204和SEQ ID NO:205的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15中所示跨膜结构(例如，人类CD8α跨膜结构)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可设计为包括：包含SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:204和SEQ ID NO:205的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ IDNO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:02的VH结构域，然后是诸如图11或图14所示铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是跨膜结构域，如图15所示跨膜结构域(例如，人体CD8α跨膜结构域)，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ IDNO:02的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，最后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:48、SEQID NO:49和SEQ ID NO:50的VH结构域，然后是诸如图11或图14所示铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15所示跨膜结构域(例如，人类CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可设计为包括：包含SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49和SEQ ID NO:50的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:210、SEQID NO:211和SEQ ID NO:212的VH结构域，其后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15中所述跨膜结构域(例如，人类CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可设计为包括VH结构域，该VH结构域包含SEQ ID NO:210、SEQ ID NO:211和SEQ ID NO:212，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:03的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15中所示跨膜结构域(例如，人体CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:03的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQID NO:133，最后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括VH结构域，该结构域包含SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53，然后是诸如图11或图14所示铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15所示跨膜结构域(例如，人类CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:217、SEQID NO:218和SEQ ID NO:219的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15中所示跨膜结构(例如，人类CD8α跨膜结构)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可设计为包括：包含SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:218和SEQ ID NO:219的VH的结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ IDNO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:04的VH结构域，然后是诸如图11或图14所示铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15所示跨膜结构域(例如，人体CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:04的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ IDNO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:161、SEQID NO:162和SEQ ID NO:163的VH结构域，其后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是一种或多种诸如图15所示跨膜结构域(例如人CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是细胞内信号结构域，例如，图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:162和SEQ ID NO:163的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可设计为包括包含SEQ ID NO:160的VH结构域，然后是图11或图14中所述的铰链/接头(例如，人CD8α铰链)，然后是跨膜结构域，例如图15中所述跨膜结构域(例如，人体CD8α跨膜结构域)，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括VH结构域，该VH结构域包含SEQ ID NO:160，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ IDNO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:169、SEQID NO:170和SEQ ID NO:171的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15中所示跨膜结构域(例如，人类CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:170和SEQ ID NO:171的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括VH结构域，该结构域包含SEQ ID NO:168，然后是铰链，如图11或图14所示铰链/接头(例如，人CD8α铰链)，然后是诸如图15所示跨膜结构域(例如，人体CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:168的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:177、SEQID NO:178和SEQ ID NO:179的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15中所示跨膜结构(例如，人类CD8α跨膜结构)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可设计为包括：包含SEQ ID NO:177、SEQ ID NO:178和SEQ ID NO:179的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118、然后是SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可设计为包括：包含SEQ ID NO:176的VH结构域，然后是图11或图14中所述的铰链/接头(例如，人CD8α铰链)，然后是诸如图15中所述跨膜结构域(例如，人体CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ IDNO:176的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ ID NO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:185、SEQID NO:186和SEQ ID NO:187的VH结构域，然后是诸如图11或图14所示铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是诸如图15所示跨膜结构域(例如，人类CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:186和SEQ ID NO:187的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ ID NO:133，然后是SEQ IDNO:132。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的CAR可以设计为包括：包含SEQ ID NO:184的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，人CD8α铰链)的铰链，然后是如图15所示跨膜结构域(例如，人类CD8α跨膜结构域)的跨膜结构域，然后是一种或多种细胞内信号结构域，例如图16中所述的一种或多种细胞内信号结构域(例如，人类4-1BB细胞内信号区，后接人类CD3ζ细胞内信号结构域)。例如，靶向IL1RAP多肽的CAR可设计为包括：包含SEQ ID NO:184的VH结构域，然后是SEQ ID NO:118，然后是SEQ ID NO:126，然后是SEQ IDNO:133，然后是SEQ ID NO:132。
本文中使用的术语“细胞衔接器”是指包括两个或多个抗原结合结构域(例如，两个、三个或四个抗原结合结构域)并且能够将两个细胞连接在一起的多肽。细胞衔接器的示例包括但不限于BiTE、BiKE和TriKE。通常，本文提供的细胞衔接器可设计为包括至少一个能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的抗原结合结构域和至少一个能结合细胞表面表达的抗原(例如，T细胞或NK细胞)的抗原结合结构域。在某些情况下，本文所述的细胞衔接器可以通过细胞衔接器的两个或多个抗原结合结构域将IL1RAP+细胞(例如，IL1RAP+癌细胞)连接到另一细胞(例如T细胞或NK细胞)。
当细胞衔接器包括能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的抗原结合结构域和两个或更多其他抗原结合结构域(例如，两个、三个或四个其他抗原结合结构域)时，这些其他抗原结合结构域中的每一个都可以结合到不同细胞类型表面表达的不同抗原，或可以结合到相同细胞类型表面表示的不同抗原。例如，TriKE可以设计为具有能够结合IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)的第一抗原结合结构域、能够与表达于NK细胞表面的第一抗原(例如，CD16多肽，例如CD16a多肽)结合的第二抗原结合结构域、以及能够与NK细胞表面表达的第二抗原(例如，NKG2A多肽)结合的第三抗原结合结构域。
如本文所述，本文提供的细胞衔接器的至少一个抗原结合结构域可设计成结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)。例如，本文提供的细胞衔接器可设计为包括本文所述抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域(例如，CDR的组合)的成分作为抗原结合结构域，前提是该抗原结合结构域具有结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的能力。在一些示例中，本文提供的细胞衔接器可以设计为包括抗原结合结构域，该抗原结合结构域包括本文提供的抗体结构域(例如VH结构域)的一组三个CDR(例如CDR1、CDR2和CDR3)(例如，SEQ ID NO:42-44；SEQ ID NO:196-198；SEQ ID NO:45-47；SEQ ID NO:203-205；SEQ ID NO:48-50；SEQ IDNO:210-212；SEQ ID NO:51-53；SEQ ID NO:217-219；SEQ ID NO:161-163；SEQ ID NO:169-171；SEQ ID NO:177-179；或SEQ ID NO:185-187)。在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器的抗原结合结构域可设计为包含本文所述的VH结构域。在某些情况下，本文所述CAR的抗原结合结构域具有与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的能力，可以用作靶向IL1RAP+细胞的细胞衔接器的抗原结合结构域。
如本文所述，细胞衔接器可设计为包括至少一个能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的抗原结合结构域和至少一个其他抗原结合结构域。至少一个其他抗原结合结构域能够与细胞表面表达的任何适当抗原结合。例如，当设计诸如BiTE之类的细胞衔接器来连接IL1RAP+细胞和T细胞时，细胞衔接器可以包含能够结合IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)的抗原结合结构域和能够结合T细胞表面表达的多肽的抗原结合结构域。本文提供的细胞衔接器的抗原结合结构域可靶向的表达在T细胞表面的多肽的示例包括但不限于CD3多肽。可用于制备本文提供的细胞衔接器(例如BiTE)的、具有与表达在T细胞表面的多肽结合能力的抗原结合结构域的示例，包括但不限于抗CD3 scFv和抗CD3 VH结构域。美国专利No.6750325中描述了可用作抗原结合结构域的氨基酸序列的其他示例，这些氨基酸序列具有与T细胞表面表达的多肽(例如CD3)结合的能力(例如，参见美国专利No.6750325的序列表)。
在某些情况下，本文提供的细胞衔接器可以设计为包括抗原结合结构域，该抗原结合结构域包含图17中所述的氨基酸序列之一、基本上由其组成、或由其组成。在某些情况中，本文提供细胞衔接器可设计为包括抗原结合结构域，所述抗原结合结构域包含具有一、二、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个氨基酸缺失、添加、取代或其组合(前提是抗原结合结构域具有结合T细胞表面表达的多肽的能力)的图17所示氨基酸序列中的一个、基本上由其组成、或由其组成。在某些情况下，本文提供的细胞衔接器可设计为包括抗原结合结构域，所述抗原结合结构域包含具有两个或更少、三个或更少、四个或更少、五个或更少、六个或更少、七个或更少、八个或更少、九个或更少，或十个或更少的氨基酸缺失、添加、取代、或其组合(前提是抗原结合结构域具有结合T细胞表面表达的多肽的能力)的图17所示氨基酸序列中的一个、基本上由其组成、或由其组成。
当设计细胞衔接器(如BiKE或TriKE)连接IL1RAP+细胞和NK细胞时，细胞衔接器可以包括能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的抗原结合结构域和能够结合NK细胞表面表达的多肽的一种或多种(例如，一、二或三个)抗原结合结构域。本文提供的细胞衔接器的抗原结合结构域可以靶向表达在NK细胞表面的多肽的示例包括但不限于CD16多肽(例如，CD16a多肽)、NKG2A多肽、NKG2D多肽、LKp30多肽、KKp44多肽和NKp46多肽。可用于制备本文提供的细胞衔接器(例如，BiKE或TriKE)的、具有与表达在NK细胞表面的多肽结合能力的抗原结合结构域的示例，包括但不限于抗CD16a scFv、抗NKG2A scFv，抗NKG2D scFv和抗NKp30 scFv(参见，例如，BioLegend目录号325207)、抗NKp44 scFvs、抗NKp46 scFv以及抗CD16a-VH结构域，抗NKG2AVH结构域、抗NKG2D VH结构域，抗NKp30 VH结构域和抗NKp24 VH结构域。McCall等人(Mol.Immunol.，36(7)：433-445(1999))中描述了可以用作抗原结合结构域的氨基酸序列的其他示例，其能够结合在NK细胞表面表达的多肽(例如，CD16、NKG2A、NKG2D或NKp46)；例如，参见抗CD16 scFv序列)；国际专利申请公开No.PCT/US2017/048721(例如，参见抗CD16a结合域的CDR和序列表)；美国专利申请公开No.2011/0052606(参见抗NKG2A抗体(例如Z199)的CDR和序列表)；美国专利申请公开No.2011/0150870(参见抗NKG2D抗体的CDR和序列表)；美国专利申请公开No.2018/0369373(参见抗NKp46抗体的CDR和序列表)；和美国专利申请公开No.2017/0368169(参见抗NKp46抗体的CDR和序列表)。
在某些情况下，本文提供的细胞衔接器可设计为包括抗原结合结构域(例如，scFv或VH)，该抗原结合结构域包含图18中所述的一种或多种氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成。在一些情况下，本文提供的细胞衔接器可设计成包括抗原结合结构域(例如scFv或HV)，该抗原结合结构域包含具有一、二、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个氨基酸缺失、添加、取代或其组合(前提是抗原结合结构域具有结合NK细胞表面表达的多肽的能力)的图18所示氨基酸序列之一、基本上由其组成、或由其组成。在某些情况下，本文提供的细胞衔接器可设计为包括抗原结合结构域(例如，scFv或VH)，该抗原结合结构域包含具有两个或更少、三个或更少、四个或更少，五个或更少，六个或更少、七个或或更少、八个或更少、九个或更少、或十个或更少的氨基酸缺失、添加、替代方案或其组合(前提是抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽)的图18所示氨基酸序列中的一个、基本上由其组成、或由其组成。
在某些情况下，本文提供的细胞衔接器可设计为包括位于每个抗原结合结构域之间的接头。任何合适的接头都可用于设计本文提供的细胞衔接器。可用于制备本文所述细胞衔接器的接头示例包括但不限于图11中所述的接头序列。本文提供的细胞衔接器可设计为包括任何适当长度的接头。例如这里提供的细胞衔接器可以设计为包括约3至约100(例如，约3至约90、约3至约80、约3至约70、约3至约60、约3至约50、约3至约40、约3至约30、约3至约20、约3至约15、约5至约100、约10至约100、约20至约100、约30至约100、约40至约100、约50至约100、约60至约100、约70至约100、约10至约50、约10至约40、约10至约30、约10至约20、或约12至约17)个氨基酸残基的接头。在某些情况下，本文提供的细胞衔接器(例如，BiTE)可以设计为包括GGGGSGGGGSGGGGS(SEQ ID NO:74)的接头。在某些情况下，本文所述CAR的铰链可用作接头，以制备本文所述的细胞衔接器。例如，图14中所述序列中的任何一个都可以用作本文所述细胞衔接器的接头。
在某些情况下，本文提供的细胞衔接器可以设计为包括接头，所述接头包含图11或图14中所示氨基酸序列之一、基本上由其组成、或由其组成。在一些情况下，本文提供的细胞衔接器可以设计成包括接头，所述接头包含具有一个、二个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个氨基酸缺失、添加、取代或其组合的图14中所示氨基酸序列之一、基本上由其组成、或由其组成。在某些情况下，本文提供的细胞衔接器可设计为包括接头，所述接头包含具有两个或更少、三个或更少、四个或更少、五个或更少、六个或更少、七个或更少、八个或更少、九个或更少或十个或更少氨基酸缺失、添加、取代、或其组合的图11或图14中所示氨基酸序列之一，基本上由其组成，或由其组成。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可以设计为包括包含SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43和SEQ ID NO:44的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可以设计为包括包含SEQ ID NO:196、SEQ ID NO:197和SEQ ID NO:198的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可以设计为包括包含SEQ ID NO:01的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43和SEQ ID NO:44的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，所述抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:196、SEQ ID NO:197和SEQ ID NO:198的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如SEQ ID NO:04)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:01的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2AscFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可设计为包括包含SEQID NO:45、SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可以设计为包括包含SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:204和SEQ ID NO:205的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可设计为包括包含SEQID NO:02的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如，BiKE或TriKE)可以设计为包括包含SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:204和SEQ ID NO:205的VH结构域，然后是诸如图11或图14所示铰链/接头的接头(例如，SEQ ID NO:74)，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:02的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2AscFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可设计为包括包含SEQID NO:48、SEQ ID NO:49和SEQ ID NO:50的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可设计为包括包含SEQID NO:210、SEQ ID NO:211和SEQ ID NO:212的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可设计为包括包含SEQID NO:03的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:48SEQ ID NO:49和SEQ ID NO:50的VH结构域、然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如，BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:210、SEQ ID NO:211和SEQ ID NO:212的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:03的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2AscFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可以设计为包括包含SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可以设计为包括包含SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:218和SEQ ID NO:219的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可以设计为包括包含SEQ ID NO:04的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如SEQ ID NO:74)的接头，最后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如，BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:218和SEQ ID NO:219的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:04的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2AscFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可设计为包括包含SEQID NO:161、SEQ ID NO:162和SEQ ID NO:163的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可设计为包括包含SEQID NO:160的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如，BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:162和SEQ ID NO:163的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:160的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如SEQ IDNO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可以设计为包括包含SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:170和SEQ ID NO:171的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可设计为包括包含SEQID NO:168的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域具有结合T细胞表面表达的多肽的能力(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如，BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:170和SEQ ID NO:171的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如，BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:168的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ IDNO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可以设计为包括包含SEQ ID NO:177、SEQ ID NO:178和SEQ ID NO:179的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可设计为包括包含SEQID NO:176的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域具有结合T细胞表面表达的多肽的能力(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如，BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:177、SEQ ID NO:178和SEQ ID NO:179的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:176的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如SEQ IDNO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可以设计为包括包含SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:186和SEQ ID NO:187的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合T细胞表面表达的多肽(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如BiTE)可设计为包括包含SEQID NO:184的VH结构域，随后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是抗原结合结构域，该抗原结合结构域具有结合T细胞表面表达的多肽的能力(例如，抗人CD3单链抗体)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如，BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:186和SEQ ID NO:187的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ ID NO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在某些情况下，靶向IL1RAP多肽的细胞衔接器(例如，BiKE或TriKE)可设计为包括包含SEQ ID NO:184的VH结构域，然后是诸如图11或图14中所述铰链/接头(例如，SEQ IDNO:74)的接头，然后是一种或多种抗原结合结构域，该抗原结合结构域能够结合NK细胞表面表达的多肽(例如，用于BiKE的抗人CD16a scFv或用于TriKE的抗人CD16a-scFv和抗人NKG2A scFv)。
在一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:42所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:42变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:43所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:43变体)的CDR2，以及具有SEQ ID NO:44所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:44变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图7A中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括任何适当的框架区，所述结合域能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)，并且具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:42所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:42变体)的CDR1、具有SEQ IDNO:43所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:43变体)的CDR2、以及具有SEQ ID NO:44所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修改的SEQ ID NO:44变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:56所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:56变体)的框架区1，具有SEQ ID NO:57中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:57变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:58中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:58变体)的框架区3、以及具有SEQ ID NO:59所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:59变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图7A中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图7A所述的框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如，VH结构域)可以设计为包括图7A中所述的三个CDR和图7A所述的框架区，但具有SEQ ID NO:56中所述氨基酸的框架区1被具有SEQ ID NO:60中所述氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:64中所述氨基酸的框架区1、或具有SEQ ID NO:68中所述的氨基酸的框架区1取代。
在某些情况下，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:01中所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:01所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括(a)重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ IDNO:01中所示氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:01所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:42、43和44所示氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有与SEQ ID NO:01所示氨基酸序列至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:42、43和44所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:01所示氨基酸序列或SEQ ID NO:01具有含一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)可以具有与IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)结合的能力，并且可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域具有SEQ ID NO:01具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:42、43和44所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含(i)包含SEQ ID NO:42所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，(ii)包含SEQ ID NO:43所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:44所示氨基序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR3。
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:42所示氨基酸序列组成的CDR1”是指在SEQ IDNO:42中具有零、一或两个氨基酸取代的、正好在SEQ ID NO:42之前有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的、和/或正好在SEQ ID NO:42之后有零、一、二、三、四、或五个氨基酸残基的CDR1，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:43所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:43中具有零个、一个或两个氨基酸取代的、正好在SEQ ID NO:43之前有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:43之后有零、一、二、三、四个或五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:44所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:44中具有零、一或两个氨基酸取代的、正好在SEQ ID NO:44之前有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的、和/或正好在SEQ ID NO:44之后有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
在另一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:196所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:196变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:197所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:197变体)的CDR2，以及具有SEQ ID NO:198所示氨基酸序列(或具有一两个氨基酸修饰的SEQ SEQ ID NO:198变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图7B中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的重链可变结构域可以包括任何适当的框架区，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:196中所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:196的变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:197所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:197变体)的CDR2、和具有SEQ IDNO:198所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修改的SEQ ID NO:198变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:199中所示氨基酸序列(或具有一、两、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:199变体)的框架区1、具有SEQ ID NO:200中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:200变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:201中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:201变体)的框架区3、以及具有SEQ ID NO:202中所示氨基酸序列(或具有一、两、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:202变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图7B中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图7B所述的框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如VH结构域)可设计为包括图7B中所述的三个CDR和图7B所述的框架区，但SEQ ID NO:199中所述氨基酸的框架区1替换为具有SEQ ID NO:206中所述氨基酸的框架区1，具有SEQ ID NO:213中所述氨基酸的框架区1，或具有SEQ ID NO:220中所述的氨基酸的框架区1。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:01所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:196、197和198所示氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:01所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:196、197和198所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:01所示氨基酸序列或SEQ ID NO:01具有一、二、三、四，五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)可以具有与IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)结合的能力，并且可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:01具有一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:196、197和198所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含(i)包含SEQ ID NO:196所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，(ii)包含SEQ ID NO:197所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:198所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR3。如本文所用，“基本由SEQ ID NO:196所示氨基酸序列组成的CDR1”是具有SEQ ID NO:196内的零、一、或两个氨基酸取代的、正好在SEQ ID NO:196之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:196之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:196所示氨基酸序列组成的CDR1的示例包括但不限于表3所示的CDR1。
表3.基本上由SEQ ID NO:196所示氨基酸序列组成的示例CDR1。
序列 SEQ ID NO:
NYYMS 224
NNYMS 225
NNYMH 226
NNYMG 227
NNYME 228
DYYMH 229
DYYMD 230
DYYMG 231
NYYMH 232
EYYMH 233
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:197所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:197内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:197之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:197之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:197所示氨基酸序列组成的CDR2的示例包括但不限于表4所示的那些。
表4.基本上由SEQ ID NO:197所示氨基酸序列组成的示例CDR2。
序列 SEQ ID NO:
IIYPGDSDTRYSPSFQS 234
IIYPGDSDTRYSPSFQA 235
IIYPGDSETRYSPSFQS 236
IIYPGDSETRYSPSFQG 237
IIYPGDTETRYSPSFQG 238
IIYPGDTDTRYSPSFQS 239
IIYPGDTDTRYTPSFQS 240
IIYPGDTDTRYTPSFQG 241
IIYPGDTDTRYTPSFNG 242
IIYPGETDTRYTPSFNG 243
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:198所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:198内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:198之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:198之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:198所示氨基酸序列组成的CDR3示例包括但不限于表5所示的那些。
表5.基本上由SEQ ID NO:198所示氨基酸序列组成的示例CDR3。
Figure BDA0003940984770000341
Figure BDA0003940984770000351
在另一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:45所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:45变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:46所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:46变体)的CDR2、以及具有SEQ ID NO:47所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:47变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图8A中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括任何适当的框架区，所述结合域能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)，并且具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:45所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:45变体)的CDR1、具有SEQ IDNO:46所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:46变体)的CDR2、以及具有SEQ ID NO:47所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:47变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:60中所示氨基酸序列(或具有一、两、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:60变体)的框架区1、具有SEQ ID NO:61中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:61变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:62中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:62变体)的框架区3、以及具有SEQ ID NO:63所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:63变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图8A中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图8A所述的框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如，VH结构域)可以设计为包括图8A中所述的三个CDR和图8A所述的框架区，但具有SEQ ID NO:60中所述氨基酸的框架区1被具有SEQ ID NO:56中所述氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:64中所述氨基酸的框架区1、或具有SEQ ID NO:68中所述氨基酸的框架区1取代。
在某些情况下，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:02中所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:02中所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括(a)重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQID NO:02中所示氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:02所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:45、46和47所示氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:02所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:45、46和47所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:02所示氨基酸序列或具有SEQ ID NO:02中一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)可以具有与IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)结合的能力，并且可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:02具有一、二、三、四、五、六、七、八、九，或10个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:45、46和47所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含(i)包含SEQ ID NO:45所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，
(ii)包含SEQ ID NO:46所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:47所示氨基序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR3。如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:45所示氨基酸序列组成的CDR1”是具有SEQ ID NO:45内零、一、或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:45之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:45之后具有零、一、二三、四、五个氨基酸残基的CDR1，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:46所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:46中具有零个、一个或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:46之前有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或具有正好在SEQ ID NO:46之后有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:47所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:47中具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:47之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:47之后具有零、一、二、三、四、或五个氨基酸残基的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
在另一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:203所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:203变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:204所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:204的变体)的CDR2，以及具有SEQ ID NO:205所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:205变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图8B中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括任何适当的框架区，所述结合域能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)，并且具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:203的氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:204的变体)的CDR1、具有SEQID NO:204所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:204的变体)的CDR2和具有SEQ ID NO:205所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:205的变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:206中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ IDNO:206变体)的框架区1、具有SEQ ID NO:207中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:207变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:208中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:208变体)的框架区3、以及具有SEQ ID NO:209中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:209变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图8B中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图8B所述的框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如VH结构域)可设计为包括图8B中所述的三个CDR和图8B所述的框架区，但具有SEQ ID NO:206中所述氨基酸的框架区1被具有SEQ ID NO:199中所述氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:213中所述氨基酸的框架区1、或具有SEQ ID NO:220中所述的氨基酸的框架区1取代。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:02所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:203、204和205所示氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包括与SEQ IDNO:02中所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ IDNO:203、204和205中所述的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:02所示氨基酸序列或SEQ ID NO:02具有一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)可以具有与IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)结合的能力，并且可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域含有SEQ ID NO:02具有一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:203、204和205所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含(i)包含SEQ ID NO:203所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，(ii)包含SEQ ID NO:204所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:205所示氨基序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR3。如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:203所示氨基酸序列组成的CDR1”是SEQ ID NO:203内具有零、一、或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:203之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:203之后具有零、一、二三、四、五个氨基酸残基的CDR1，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:203所示氨基酸序列组成的CDR1的示例包括但不限于表6所示的那些。
表6.基本上由SEQ ID NO:203所示氨基酸序列组成的示例CDR1。
序列 SEQ ID NO:
NYYMS 254
NNYMS 255
NNYMH 256
NNYMG 257
NNYME 258
DYYMH 259
DYYMD 260
DYYMG 261
NYYMH 262
EYYMH 263
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:204所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:204内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:204之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:204之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:204所示氨基酸序列组成的CDR2的示例包括但不限于表7所示的那些。
表7.基本上由SEQ ID NO:204所示氨基酸序列组成的示例CDR2。
序列 SEQ ID NO:
IIYPGDSDTRYSPSFQS 264
IIYPGDSDTRYSPSFQA 265
IIYPGDSETRYSPSFQS 266
IIYPGDSETRYSPSFQG 267
IIYPGDTETRYSPSFQG 268
IIYPGDTDTRYSPSFQS 269
IIYPGDTDTRYTPSFQS 270
IIYPGDTDTRYTPSFQG 271
IIYPGDTDTRYTPSFNG 272
IIYPGETDTRYTPSFNG 273
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:205所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:205内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:205之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或具有零、一、二、三、四、或五个正好在SEQ ID NO:205之后的氨基酸残基的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:205所示氨基酸序列组成的CDR3的示例包括但不限于表8所示的那些。
表8.基本上由SEQ ID NO:205所示氨基酸序列组成的示例CDR3。
Figure BDA0003940984770000411
Figure BDA0003940984770000421
在另一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:48所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:48变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:49所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:49变体)的CDR2、以及具有SEQ ID NO:50所示氨基酸序列(或具有一个或二个氨基酸修饰物的SEQ ID NO:50变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图9A中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括任何适当的框架区，所述结合域能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)，并且具有具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:48所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:48变体)的CDR1、具有SEQIDNO:49所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:49变体)的CDR2，以及具有SEQ ID NO:50所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:50变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:64中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:64变体)的框架区1、具有SEQ ID NO:65中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:65变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:66中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:66变体)的框架区3、以及具有SEQ ID NO:67中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:67变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图9A中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图9A所述的框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如，VH结构域)可以设计为包括图9A中所述的三个CDR和图9A所述的框架区，但具有SEQ ID NO:64中所述氨基酸的框架区1被具有SEQ ID NO:56中所述氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:60中所述氨基酸的框架区1、或具有SEQ ID NO:68中所述的氨基酸的框架区1取代。
在某些情况下，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ IDNO:03中所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:03中所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括(a)重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQID NO:03中所示氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:03所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:48、49和50所示氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:03所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:48、49和50所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:03所示氨基酸序列或具有SEQ ID NO:03中的一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)可以具有与IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)结合的能力，并且可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:03中的一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:48、49和50所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含(i)包含SEQ ID NO:48所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，
(ii)包含SEQ ID NO:49所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:50所示氨基序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR3。
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:48所示氨基酸序列组成的CDR1”是指在SEQ IDNO:48中具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:48之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基，和/或正好在SEQ ID NO:48之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR1，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:49所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:49中具有零、一或两个氨基酸取代，正好在SEQ ID NO:49之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基，和/或其正好在SEQ ID NO:49之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:50所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:50内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:50之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:50之后具有零、一、二、四、五个氨基酸残基的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
在另一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以含有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:210所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:210变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:211中所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:211的变体)的CDR2、以及具有SEQ ID NO:212中所示氨基酸序列(或具有一个或二个氨基酸修饰物的SEQ ID NO:212变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图9B中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括任何适当的框架区，所述结合域能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)，并且具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:210(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:210变体)所示氨基酸序列的CDR1、具有SEQID NO:211所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:211变体)的CDR2、以及具有SEQ ID NO:212所示氨基酸序列(或具有一两个氨基酸修饰功能的SEQ ID-212变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:213中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多个氨基酸修饰的SEQ ID NO:213变体)的框架区1、具有SEQ ID NO:214所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:214变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:215所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:215变体)的框架区3、以及具有SEQ ID NO:216所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:216变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图9B中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图9B所述的框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如VH结构域)可设计为包括图9B中所述的三个CDR和图9B所述的框架区，但具有SEQ ID NO:213中所述氨基酸的框架区1被具有SEQ ID NO:199中所述氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:206中所述氨基酸的框架区1、或具有SEQ ID NO:220中所述的氨基酸的框架区1取代。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:03所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:210、211和212所示氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:03中所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的同一性，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:210、211和212中所述的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:03所示氨酸序列或SEQ ID NO:03具有一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)可以具有与IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)结合的能力，并且可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有具有SEQ ID NO:03中的一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:210、211和212所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含(i)包含SEQ ID NO:210所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，(ii)包含SEQ ID NO:211所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:212所示氨基序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR3。如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:210所示氨基酸序列组成的CDR1”是SEQ ID NO:210内具有零、一、或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:210之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基，和/或正好在SEQ ID NO:210之后具有零、一、二三、四、五个氨基酸残基的CDR1，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:210所示氨基酸序列组成的CDR1的示例包括但不限于表9所示的那些。
表9.基本上由SEQ ID NO:210所示氨基酸序列组成的示例CDR1。
序列 SEQ ID NO:
NYYMS 284
NNYMS 285
NNYMH 286
NNYMG 287
NNYME 288
DYYMH 289
DYYMD 290
DYYMG 291
NYYMH 292
EYYMH 293
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:211所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:211中具有零个、一个或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:211之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:211之后具有零、一、二、三、四、或五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:211所示氨基酸序列组成的CDR2的示例包括但不限于表10所示的那些。
表10.基本上由SEQ ID NO:211所示氨基酸序列组成的示例CDR2。
Figure BDA0003940984770000471
Figure BDA0003940984770000481
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:212所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:212内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:212之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:212之后具有零、一、二、二、四、五个氨基酸残基的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:212所示氨基酸序列组成的CDR3示例包括但不限于表11所示的那些。
表11.基本上由SEQ ID NO:212所示氨基酸序列组成的示例CDR3。
序列 SEQ ID NO:
EGEWYDAFDI 304
DGDWYDAFDI 305
EGDWYEAFDI 306
EGDWYDVFDI 307
EGDWYDAFEI 308
EGDWYDAFDL 309
EGEWYDAFEI 310
EGDWYEAFEI 311
DGEWYDAFDI 312
DGEWYEAFDI 313
在另一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:51所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:51变体)的CDR1、具有如SEQ ID NO:52所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:52变体)的CDR2、以及具有SEQ ID NO:53所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:53变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图10A中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括任何适当的框架区，所述结合域能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)，并且具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:51的氨基酸序列(或SEQ ID NO:54的变体，带有一个或两个氨基酸修饰)的CDR1、具有SEQ IDNO:52所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:52变体)的CDR2，以及具有SEQ ID NO:53所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修改的SEQ ID NO:33变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:68中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:68变体)的框架区1、具有SEQ ID NO:69中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:69变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:70中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:70变体)的框架区3、以及具有SEQ ID NO:71所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:71变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图10A中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图10A所述的框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如VH结构域)可设计为包括图10A中所述的三个CDR和图10A所述的框架区，但具有SEQ ID NO:68中所述氨基酸的框架区1被具有SEQ ID NO:56中所述氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:60中所述氨基酸的框架区1、或具有SEQ ID NO:64中所述的氨基酸的框架区1取代。
在某些情况下，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:04中所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:04所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括(a)重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ IDNO:04中所示氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:04所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:51、52和53所示氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:04所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:51、52和53所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，重链可变结构域具有SEQ IDNO:04所示氨基酸序列或具有SEQ ID NO:04中的一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)能够结合IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)，并且可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQID NO:04中的一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:51、52和53所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含(i)包含SEQ ID NO:51所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，(ii)包含SEQ ID NO:52所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:53所示氨基序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR3。
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:51所示氨基酸序列组成的CDR1”是指在SEQ IDNO:51中具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:51之前有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:51之后有零、一、二、三、四、四或五个氨基酸残基的CDR1，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:52所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:52中具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:52之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:52之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:53所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:53中具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:53之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基，、和/或正好在SEQ:53之后具有零、一、二、三、四、或五个氨基酸残基的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。
在另一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:217所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:217变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:218所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:218的变体)的CDR2、和具有SEQ ID NO:219所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:219的变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图10B中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括任何适当的框架区，所述结合域能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)，并且具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:217的氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:217变体)的CDR1，具有SEQ IDNO:218所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:218变体)的CDR2和具有SEQ ID NO:219所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修改的SEQ ID NO:219变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:220所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:220变体)的框架区1、具有SEQ ID NO:221所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:221变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:222所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:222变体)的框架区3、以及具有SEQ ID NO:223所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:223变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图10B中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图10B所述的框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如VH结构域)可设计为包括图10B中所述的三个CDR和图10B所述的框架区，但具有SEQ ID NO:220中所述氨基酸的框架区1被具有SEQ ID NO:199中所述氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:206所述氨基酸的框架区1、或具有SEQ ID NO:213所示氨基酸的框架区1取代。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:04所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:217、218和219中所述的氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:04中所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:217、218和219中所述的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，重链可变结构域具有SEQ ID NO:04所示氨基酸序列或具有SEQ ID NO:04中的一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)能够结合IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)，并且可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQID NO:04中的一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:217、218和219所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含(i)包含SEQ ID NO:217所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，(ii)包含SEQ ID NO:218所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:219所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR3。如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:217所示氨基酸序列组成的CDR1”是SEQ ID NO:217内具有零、一、或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:217之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:217之后具有零、一、二、二、四、五个氨基酸残基的CDR1，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由由SEQ ID NO:217所示氨基酸序列组成的CDR1的示例包括但不限于表12所示的那些。
表12.基本上由SEQ ID NO:217所示氨基酸序列组成的示例CDR1。
Figure BDA0003940984770000531
Figure BDA0003940984770000541
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:218所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:218内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:218之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:221之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:218所示氨基酸序列组成的CDR2的示例包括但不限于表13所示的那些。
表13.基本上由SEQ ID NO:218所示氨基酸序列组成的示例CDR2。
Figure BDA0003940984770000542
Figure BDA0003940984770000551
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:219所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:219内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:219之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或一氨基酸残基正好在SEQ ID NO:219之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQID NO:219所示氨基酸序列组成的CDR3示例包括但不限于表14所示的那些。
表14.基本上由SEQ ID NO:219所示氨基酸序列组成的示例CDR3。
序列 SEQ ID NO:
WSAGKDV 334
WGASKDV 335
WGAGKDL 336
WGTGKDV 337
WGAGKEV 338
WGAGKEL 339
WTAGKEV 340
WGATKDL 341
WGATKEV 342
WGAGKDA 343
在另一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:161所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:161变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:162所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:162变体)的CDR2，以及具有SEQ ID NO:163所示氨基酸序列(或具有一二个氨基酸修饰的SEQ SEQ ID NO:163变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图20中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括任何适当的框架区，所述结合域能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)，并且具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:161的氨基酸序列(或带有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:161变体)的CDR1，具有SEQ IDNO:162所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:162变体)的CDR2，以及具有SEQ ID NO:163所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:163变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:164中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:164变体)的框架区1、具有SEQ ID NO:165中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:165变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:166中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ IDNO:166变体)的框架区3、以及具有SEQ ID NO:167中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:167变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图20中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图20所示框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如，VH结构域)可设计为包括图20中所述的三个CDR和图20所示框架区，但具有SEQ ID NO:164所示氨基酸的框架区1被具有SEQ ID NO:199所示氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:206所述氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:213所示氨基酸的框架区1、或具有SEQ ID NO:220所示氨基酸的框架区1取代。
在某些情况下，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:160中所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:160中所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括(a)重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQID NO:160中所示氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的具有结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)能力的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:160中所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:161、162和163所示氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:160中所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％的同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:161、162和163中所述的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:160所示氨基酸序列或具有SEQ ID NO:160中的一、二、三个、四个的氨基酸，五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)可以具有与IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)结合的能力，并且可以包括的重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:160中的一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:161、162和163所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含：(i)包含SEQ ID NO:161所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，(ii)包含SEQ ID NO:162所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:163所示氨基序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR3。如本文所用，“基本由SEQ ID NO:161所示氨基酸序列组成的CDR1”是具有SEQ ID NO:161内零、一、或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:161之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:161之后具有零、一、二三、四、五个氨基酸残基的CDR1，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:161所示氨基酸序列组成的CDR1的示例包括但不限于表16所示的那些。
表16.基本上由SEQ ID NO:161所示氨基酸序列组成的示例CDR1。
序列 SEQ ID NO:
NYYMS 344
NNYMS 345
NNYMH 346
NNYMG 347
NNYME 348
DYYMH 349
DYYMD 350
DYYMG 351
NYYMH 352
EYYMH 353
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:162所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:162内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:162之前有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:162之后具有零、一、二三、四、五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:162所示氨基酸序列组成的CDR2的示例包括但不限于表17所示的那些。
表17.基本上由SEQ ID NO:162所示氨基酸序列组成的示例CDR2。
序列 SEQ ID NO:
IIYPGDSDTRYSPSFQS 354
IIYPGDSDTRYSPSFQA 355
IIYPGDSETRYSPSFQS 356
IIYPGDSETRYSPSFQG 357
IIYPGDTETRYSPSFQG 358
IIYPGDTDTRYSPSFQS 359
IIYPGDTDTRYTPSFQS 360
IIYPGDTDTRYTPSFQG 361
IIYPGDTDTRYTPSFNG 362
IIYPGETDTRYTPSFNG 363
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:163所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:163中具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:163之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:173之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:163所示氨基酸序列组成的CDR3示例包括但不限于表18所示的那些。
表18.基本上由SEQ ID NO:163所示氨基酸序列组成的示例CDR3。
Figure BDA0003940984770000591
Figure BDA0003940984770000601
在另一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:169所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:169变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:170所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:170变体)的CDR2、和具有SEQ ID NO:171所示氨基酸序列(或具有1个或两种氨基酸修饰的SEQ ID NO:171变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图21中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括任何适当的框架区，所述结合域能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)，并且具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:169所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:169变体)的CDR1、具有SEQID NO:170所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:170变体)的CDR2、和具有SEQ ID NO:171所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修改的SEQ ID NO:171的SEQ ID NO:177变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQID NO:172中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或多个氨基酸修饰的SEQ ID NO:172变体)的框架区1、具有SEQ ID NO:173中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:173变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:174中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:174变体)的框架区3、以及具有SEQ ID NO:175中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:175变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图21中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图21所示框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如，VH结构域)可设计为包括图21中所述的三个CDR和图21所示框架区，但具有SEQ ID NO:172所示氨基酸的框架区1被具有SEQ ID NO:199所示氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:206所述氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:213所示氨基酸的框架区1、或具有SEQ ID NO:220所示氨基酸的框架区1取代。
在某些情况下，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:168中所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:168中所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括(a)重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQID NO:168中所示氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的具有结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的能力的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:168所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:169、170和171所示氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:168中所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的同一性，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:169、170和171中所述的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的具有与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合能力的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:168所示氨基酸序列或SEQ ID NO:168具有一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)可以具有与IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)结合的能力，并且可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:168中的一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:169、170和171所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含(i)包含SEQ ID NO:169所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，(ii)包含SEQ ID NO:170所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:171所示氨基序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR3。如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:169所示氨基酸序列组成的CDR1”是在SEQ ID NO:169内具有零、一、或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:169之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或在SEQ ID NO:169之后具有零、一、二三、四、五个氨基酸残基的CDR1，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:169所示氨基酸序列组成的CDR1的示例包括但不限于表19所示的那些。
表19.基本上由SEQ ID NO:169所示氨基酸序列组成的示例CDR1。
序列 SEQ ID NO:
NYYMS 374
NNYMS 375
NNYMH 376
NNYMG 377
NNYME 378
DYYMH 379
DYYMD 380
DYYMG 381
NYYMH 382
EYYMH 383
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:170所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:170内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:170之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:170之后有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:170所示氨基酸序列组成的CDR2的示例包括但不限于表20所示的那些。
表20.基本上由SEQ ID NO:170所示氨基酸序列组成的示例CDR2。
序列 SEQ ID NO:
IIYPGDYDTRYSPSFQS 384
IIYPGDYDTRYSPSFQA 385
IIYPGDYETRYSPSFQS 386
IIYPGDYETRYSPSFQG 387
IIYPGDTETRYSPSFQG 388
IIYPGDTDTRYSPSFQS 389
IIYPGDTDTRYTPSFQS 390
IIYPGDTDTRYTPSFQG 391
IIYPGDTDTRYTPSFNG 392
IIYPGETDTRYTPSFNG 393
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:171所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:171中具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:171之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:171之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:171所示氨基酸序列组成的CDR3示例包括但不限于表21所示的那些。
表21.基本上由SEQ ID NO:171所示氨基酸序列组成的示例CDR3。
序列 SEQ ID NO:
WSAGMDV 394
WGASMDV 395
WGAGMDL 396
WGTGMDV 397
WGAGMEV 398
WGAGMEL 399
WTAGMEV 400
WGATMDL 401
WGATMEV 402
WGAGMDA 403
在另一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:177所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:177变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:178所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:178变体)的CDR2，以及具有SEQ ID NO:179所示氨基酸序列(或具有一两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:179变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图22中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)，并且具有重链可变结构域的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可包括任何适当的框架区，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:177的氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:177的变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:178所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:178变体)的CDR2、以及具有SEQ IDNO:179所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:179变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:180中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:180变体)的框架区1、具有SEQ ID NO:181中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:181变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:182中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:182变体)的框架区3、以及具有SEQ ID NO:183中所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:183变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图22中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图22所示框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如VH结构域)可设计为包括图22中所述的三个CDR和图22所示框架区，但具有SEQ ID NO:180中所述氨基酸的框架区1被SEQ ID NO:199中所示氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:206所述氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:213所示氨基酸的框架区1、或具有SEQ ID NO:220所示氨基酸的框架区1取代。
在某些情况下，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:176中所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:176中所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括(a)重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQID NO:176中所示氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:176所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:177、178和179所示氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:176所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:177、178和179所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，重链可变结构域具有SEQ ID NO:176所示的氨基酸序列，或具有SEQ ID NO:176中的一、二、三个、四个，五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)可以具有与IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)结合的能力，并且可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:176中的一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:177、178和179所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含(i)包含SEQ ID NO:177所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，(ii)包含SEQ ID NO:178所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:179所示氨基序列基本上由其组成、或由其组成的CDR3。如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:177所示氨基酸序列组成的CDR1”是具有SEQ IDNO:177内的零、一、或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:177之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:177之后具有零、一、二三、四、五个氨基酸残基的CDR1，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:177所示氨基酸序列组成的CDR1的示例包括但不限于表22所示的那些。
表22.基本上由SEQ ID NO:177所示氨基酸序列组成的示例CDR1。
Figure BDA0003940984770000661
Figure BDA0003940984770000671
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:178所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:178中具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:178之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:188之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:178所示氨基酸序列组成的CDR2的示例包括但不限于表23所示的那些。
表23.基本上由SEQ ID NO:178所示氨基酸序列组成的示例CDR2。
Figure BDA0003940984770000672
Figure BDA0003940984770000681
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:179所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:179内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:179之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:179之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:179所示氨基酸序列组成的CDR3示例包括但不限于表24所示的那些。
表24.基本上由SEQ ID NO:179所示氨基酸序列组成的示例CDR3。
序列 SEQ ID NO:
WSAGIDV 424
WGASIDV 425
WGAGIDL 426
WGTGIDV 427
WGAGIEV 428
WGAGIEL 429
WTAGIEV 430
WGATIDL 431
WGATIEV 432
WGAGIDA 433
在另一个实施方案中，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:185所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:185变体)的CDR1、具有SEQ ID NO:186所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:186的变体)的CDR2，以及具有SEQ ID NO:187所示氨基酸序列(或具有一个或二个氨基酸修饰量的SEQ ID NO:1871的变体)的CDR3。具有这些CDR且能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的这种抗体结构域的示例包括但不限于图23中所述的VH结构域。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括任何适当的框架区，所述结合域能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)，并且具有重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:185所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:185变体)的CDR1、具有SEQID NO:186所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:186变体)的CDR2，以及具有SEQ ID NO:187所示氨基酸序列(或具有一个或两个氨基酸修饰的SEQ ID NO:187变体)的CDR3。例如，这种结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:188所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:188变体)的框架区1、具有SEQ ID NO:189所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:189变体)的框架区2、具有SEQ ID NO:190所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:190变体)的框架区3，以及具有SEQ ID NO:191所示氨基酸序列(或具有一、二、三、四、五、六、七、八、九、十个或更多氨基酸修饰的SEQ ID NO:191变体)的框架区4。
在某些情况下，具有图23中所述任何CDR的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以设计为包括图23所示框架区，或可以设计为包含来自另一抗体或抗体片段的一种或多种框架区。例如，抗体结构域(例如，VH结构域)可以设计为包括图23中所述的三个CDR和图23所示框架区，但具有SEQ ID NO:188所示氨基酸的框架区1被具有SEQ ID NO:199所示氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:206所述氨基酸的框架区1、具有SEQ ID NO:213所示氨基酸的框架区1、或具有SEQ ID NO:220所示氨基酸的框架区1取代。
在某些情况下，本文提供的能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:184中所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:184中所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括(a)重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQID NO:184中所示氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:184所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:185、186和187中所述的氨基酸序列。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含与SEQ ID NO:184所示氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ ID NO:185、186和187所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含具有SEQ ID NO:184所示氨基酸序列或具有SEQ ID NO:184中的一、二、三个、四个、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列。例如，本文提供的抗体结构域(例如，VH结构域)可以结合IL1RAP多肽(例如，人类IL1RAP多肽)，并且可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域含有具有SEQ ID NO:184中的一、二、三、四、五、六、七、八、九或十个氨基酸修饰(例如，氨基酸取代、氨基酸缺失和/或氨基酸添加)的氨基酸序列，前提是重链可变结构域包含SEQ IDNO:185、186和187所示氨基酸序列。
在某些情况下，本文提供的能够与IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)结合的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以包括重链可变结构域，所述重链可变结构域包含(i)包含SEQ ID NO:185所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR1，(ii)包含SEQ ID NO:186所示氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR2，以及(iii)包含SEQ ID NO:187所示氨基序列、基本上由其组成、或由其组成的CDR3。如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:185所示氨基酸序列组成的CDR1”是SEQ ID NO:185内具有零、一、或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:185之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基，和/或正好在SEQ ID NO:185之后具有零、一、二三、四、五个氨基酸残基的CDR1，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:185所示氨基酸序列组成的CDR1的示例包括但不限于表25所示的那些。
表25.基本上由SEQ ID NO:185所示氨基酸序列组成的示例CDR1。
序列 SEQ ID NO:
NYYMS 434
NNYMS 435
NNYMH 436
NNYMG 437
NNYME 438
DYYMH 439
DYYMD 440
DYYMG 441
NYYMH 442
EYYMH 443
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:186所示氨基酸序列组成的CDR2”是在SEQ IDNO:186中具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:186之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:186之后具有零、一、二、三、四、或五个氨基酸残基的CDR2，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:186所示氨基酸序列组成的CDR2的示例包括但不限于表26所示的那些。
表26.基本上由SEQ ID NO:186所示氨基酸序列组成的示例CDR2。
序列 SEQ ID NO:
IIYPGDYDTRYGPSFQS 444
IIYPGDYDTRYGPSFQA 445
IIYPGDYETRYGPSFQS 446
IIYPGDYETRYGPSFQG 447
IIYPGDTETRYGPSFQG 448
IIYPGDTDTRYGPSFQS 449
IIYPGDTDTRYTPSFQS 450
IIYPGDTDTRYTPSFQG 451
IIYPGDTDTRYTPSFNG 452
IIYPGETDTRYTPSFNG 453
如本文所用，“基本上由SEQ ID NO:187所示氨基酸序列组成的CDR3”是在SEQ IDNO:187内具有零、一或两个氨基酸取代、正好在SEQ ID NO:187之前具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基、和/或正好在SEQ ID NO:187之后具有零、一、二、三、四或五个氨基酸残基的CDR3，前提是结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)保持其与IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)结合的基本能力。基本上由SEQ ID NO:187所示氨基酸序列组成的CDR3示例包括但不限于表27所示的那些。
表27.基本上由SEQ ID NO:187所示氨基酸序列组成的示例CDR3。
Figure BDA0003940984770000721
Figure BDA0003940984770000731
如本文所示，本文所述的氨基酸序列可以包括氨基酸修饰(例如，氨基酸修饰的连接数)。此类氨基酸修饰可包括但不限于氨基酸取代、氨基酸缺失、氨基酸添加和组合。在某些情况下，可以进行氨基酸修饰以改进与抗原的结合和/或接触和/或改进本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)的功能活性。在某些情况下，连接序列标识(articulated sequence identifier)内的氨基酸取代可以是保守的氨基酸取代。例如，可以通过将一个氨基酸残基被具有类似侧链的另一个氨基酸残基来进行保守氨基酸取代的氨基酸序列具有类似侧链的氨基酸残基家族可以包括具有碱性侧链(例如赖氨酸、精氨酸、组氨酸)、酸性侧链(例如天冬氨酸、谷氨酸)、不带电极性侧链(如甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸)、非极性侧链(例如，丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、蛋氨酸、色氨酸)、β-支链侧链(比如，苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸)和芳香侧链(如，酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和组氨酸)的氨基酸。
在某些情况下，连接序列标识符内的氨基酸取代可以是非保守氨基酸取代。非保守氨基酸取代可以通过用一个氨基酸残基取代另一个具有不同侧链的氨基酸残基来实现。非保守替代的示例包括但不限于(a)用亲水性残基(例如丝氨酸或苏氨酸)取代疏水性残基(例如亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、缬氨酸或丙氨酸)；(b)用半胱氨酸或脯氨酸取代任何其他残基；(c)用具有碱性侧链的残基(例如赖氨酸、精氨酸或组氨酸)取代具有酸性侧链的的残基(例如天冬氨酸或谷氨酸)；以及(d)用具有粗大(bulky)侧链的残基(例如苯丙氨酸)取代甘氨酸或具有小侧链的其他残基。
用于产生氨基酸序列变体(例如，氨基酸序列包括一种或多种相对于连接序列标识的修饰)的方法可以包括编码抗体或其片段的核酸的位点特异性突变或随机突变(例如，通过PCR)。例如，请参见Zoller，Curr.Opin.Biotechnol.3:348-354(1992)。天然存在和非天然存在的氨基酸(例如，人工衍生的氨基酸)均可用于生成本文提供的氨基酸序列变体。
表15进一步描述了具有结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)能力的代表性数量的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)。
表15.代表性数量的结合域。
Figure BDA0003940984770000741
当设计具有重链可变结构域和轻链可变结构域的单链抗体(例如scFv)时，这两个区可以直接连接，也可以使用任何合适的接头序列连接。例如，具有SEQ ID NO:42-44；SEQID NO:196-198；SEQ ID NO:45-47；SEQ ID NO:203-205；SEQ ID NO:48-50；SEQ ID NO:210-212；SEQ ID NO:51-53；SEQ ID NO:217-219；SEQ ID NO:161-163；SEQ ID NO:169-171；SEQ ID NO:177-179；或SEQ ID NO:185-187的CDR的重链可变结构域可以通过接头序列直接连接到轻链可变结构域。可用于连接重链可变结构域和轻链可变结构域以创建scFv的接头序列示例包括但不限于图11或图14中所述的接头。
本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以使用任何合适的方法来制备。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)可以在重组宿主细胞中产生。例如，可以构建编码本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)的核酸，将其引入表达载体，并在合适的宿主细胞中表达。表2和图24包括编码本文所述示例性结合域(例如抗体结构域)的核酸序列的示例。在一些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)可以在原核生物宿主中重组产生，例如大肠杆菌(E.coli)、短杆菌(Bacillus brevis)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)、玉米乳杆菌(Lactobacillus zeae)/干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)或副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)。本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)也可以在真核宿主中重组产生，例如酵母(例如，毕赤酵母(Pichia pastoris)、酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)、多形汉森酵母(Hansenula polymorpha)、波姆裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)、西氏许旺酵母(Schwanniomyces occidentalis)、解耶氏酵母(Yarrowia lipolytica)或乳酸克鲁维酵母(Kluyveromyces lactis))，木霉属(Trichoderma)(例如里氏木霉(T.reesei))和曲霉菌属(Aspergillus)(例如黑曲霉(A.niger)和米曲霉(A.oryzae))的丝状真菌、原生动物例如蜥蜴什曼原虫(Leishmaniatarentolae)、昆虫细胞或哺乳动物细胞(例如哺乳动物细胞系，例如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞、Per.C6细胞、小鼠骨髓瘤NS0细胞、幼仓鼠肾(BHK)细胞或人类胚胎肾细胞系HEK293)。例如，见Frenzel等人的参考文献(Front Immunol.,4:217(2013))。
在某些情况下，本文提供的抗原结合片段或抗体结构域可通过完整抗体的蛋白水解消化来产生。例如，抗原结合片段可以通过用木瓜蛋白酶或胃蛋白酶等酶处理抗体来获得。完整抗体的木瓜蛋白酶消化可用于产生F(ab')2或Fab片段，而完整抗体的胃蛋白酶消化可用来产生F(ab')2或Fab'片段。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以是基本上纯的。本文中所使用的术语“基本上纯的”是指结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)基本上不含其他多肽、脂类、碳水化合物和天然结合的核酸。因此，本文提供的基本上纯的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)是从其自然环境中除去且纯度至少为60％的任何结合域(如抗体、抗原接合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或AD)。本文提供的基本上纯的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)的纯度可以至少约为65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％。
本文提供的一些实施方案还包括结合到两个不同表位的双特异性结合域(例如双特异性抗体、双特异性抗原结合片段和/或双特异性免疫域)，其中至少一个表位是IL1RAP多肽的表位(例如，人IL1RAP多肽)。在某些情况下，本文提供的双特异性结合域可设计为结合到相同IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的两个不同表位。在某些情况下，本文提供的双特异性结合域可以结合到IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)和不同多肽上的表位(例如，CD3多肽)。双特异性结合域可通过化学结合两种不同的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)来产生。双特异性结合域也可以通过融合两个抗体产生细胞(例如杂交瘤)来产生，以形成一个在同一细胞内产生两个不同重链和两个不同轻链的杂交细胞系，从而产生双特异性IgG分子。见Brinkmann和Kontermann,MAbs.,9(2):182-212(2017)。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)可以融合或偶联(例如共价或非共价连接)到另一多肽或其他部分以提供融合蛋白或偶联物。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)可以与聚合物(例如，聚乙二醇(PEG)、用PEG(PEI-PEG)修饰的聚乙烯亚胺(PEI)和/或聚谷氨酸(PGA)(N-(2-羟丙基)甲基丙烯酰胺(HPMA)共聚物)、透明质酸、荧光物质、发光物质、半抗原、酶、金属螯合物、药物、放射性同位素和/或细胞毒性剂。可使用任何适当方法将另一多肽或其他部分偶联(例如，共价或非共价连接)到本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)。例如，另一多肽或其他部分可以使用美国专利No.8021661中所述的方法与本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)结合。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以用可提高其在循环(例如血液、血清或其他组织)中的稳定性和/或滞留诸如至少1.5倍、2倍、5倍、10倍或50倍的部分来修饰。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以连接(例如，共价或非共价连接)到聚合物，例如基本上为非抗原聚合物。可如本文所述使用的基本上为非抗原性聚合物的示例包括但不限于聚烷基氧化物和聚乙烯氧化物。在某些情况下，本文使用的聚合物可以具有任何适当的分子量。例如，可以使用平均分子量为约200道尔顿至约35000道尔顿(例如，约1000道尔顿至15000道尔顿或约2000道尔顿至12500道尔顿)的聚合物。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以附着(例如共价或非共价)到水溶性聚合物。可如本文所述使用的水溶性聚合物的示例包括但不限于亲水性聚乙烯醇、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚氧化亚烷基均聚物、聚乙二醇(PEG)、聚丙烯二醇、聚氧乙基化多元醇，以及其共聚物和/或其嵌段共聚物，前提是保持共聚物或嵌段共聚物的水溶性。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以连接(例如，共价或非共价连接)到一种或多种聚氧乙烯(例如，聚氧乙烯、聚氧丙烯或聚氧乙烯和聚氧丙烯的嵌段共聚物)、聚甲基丙烯酸酯、碳聚合物、支链或非支链多糖，或其组合。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)可以共价连接到聚氧乙烯。
本文提供的一些实施方案还包括ADC。本文中使用的术语“ADC”是指包括(a)抗原结合结构域和(b)直接或间接共价连接到该抗原结合结构域的至少一种药物的偶联物。在某些情况下，本文描述的ADC可以包括(a)能够结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的抗原结合结构域和(b)直接或间接共价连接到该抗原结合结构域的至少一种药物。本文提供的任何合适并且能够结合IL1RAP多肽(例如人类IL1RAP多肽)的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)，可以用作抗原结合结构域以制备本文所述的ADC。例如，表15中列出的任何结合域可用于制备具有结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)能力的ADC。可用于制备本文所述ADC的药物的示例包括但不限于奥瑞他汀(auristatin)(例如，一甲基奥瑞他汀E(MMAE))、美登素(mertansine，DM-1)和吡咯苯并二氮杂卓(pyrrolobenzodiazepine，PBD)二聚体。任何合适的ADC结合域均可用于将一种或多种药物共价连接到抗原结合结构域，该抗原结合结构域具有结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)以形成本文提供的ADC的能力。例如，可切割或不可切割ADC结合域可用于将一种或多种药物共价连接到抗原结合结构域，该抗原结合结构域具有结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)以形成本文提供的ADC的能力。可用于将一种或多种药物共价连接到具有结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)能力的抗原结合结构域以形成本文提供的ADC的ADC结合域的示例，包括但不限于ADC二硫键接头、ADC腙接头、ADC肽接头、ADC硫醚接头和ADC的含PEG的接头。
本文提供的一些实施方案还包括具有核酸序列的核酸分子(例如，分离的核酸分子)，所述核酸序列编码本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)的至少一部分。例如，本文提供的分离的核酸分子可以包括编码图7A、图7B、图8A、图8B、图9A、图9B、图10A、图10B、图20、图21、图22或图23中所述VH结构域的核酸序列。本文提供的核酸(例如，分离的核酸分子)可以是任何适当类型的单链或双链核酸(例如DNA、RNA或DNA/RNA杂交物)。
本文提供的一些实施方案还包括包含本文提供的一种或多种核酸的载体(例如，质粒载体或病毒载体)。质粒载体的示例可设计为包括具有编码本文提供的至少部分结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)的核酸序列的一种或多种核酸，包括但不限于噬菌体。病毒载体的示例可设计为包括具有编码至少部分结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)的核酸序列的一种或多种核酸，包括但不限于逆转录病毒载体、基于细小病毒的载体(例如，基于腺病毒的载体和基于腺相关病毒(AAV)的载体)、慢病毒载体(例如：基于单纯疱疹病毒(HSV)的载体)、痘病毒载体(如，基于痘苗病毒的载体和基于鸡痘病毒的载体)以及混合或嵌合病毒载体。例如，具有带有如其他地方所述(Zheng et al.，Nat.Biotech.，18(2)：176-80(2000)；WO 98/22143；WO 98/46778；和WO 00/17376)AAV组分的腺病毒骨架的病毒载体，或具有带有如在别处描述的那些(Fisher等人，Hum.Gene Ther.,7:2079-2087(1996)AAV组分的腺病毒骨架的病毒载体，可以设计为包括一种或多种具有核酸序列的核酸，该核酸序列编码本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)的至少一部分。
在某些情况下，本文提供的载体(例如，质粒载体或病毒载体)可以包括编码本文提供的scFv或抗体结构域(例如，VH结构域)的核酸序列。在某些情况下，本文提供的载体(例如，质粒载体或病毒载体)可以包括编码本文提供的CAR的核酸序列。在某些情况下，本文提供的载体(例如，质粒载体或病毒载体)可以包括编码本文提供的细胞衔接器的核酸序列。
本文提供的载体(例如，本文提供的质粒载体或病毒载体)可以包括任何适当的启动子和其他调控序列(例如，转录和翻译起始密码子和终止密码子)，这些序列可操作地连接编码本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)的至少一部分的核酸序列。在某些情况下，用于驱动表达的启动子可以是组成型启动子或可调控启动子。可如本文所述使用的可调控启动子的示例包括但不限于诱导型启动子、抑制型启动子和组织特异性启动子。可如本文所述使用的病毒启动子的示例包括但不限于腺病毒启动子、牛痘病毒启动子、CMV启动子(例如，即刻早期CMV启动子)和AAV启动子。
可使用任何适当的方法制备具有编码本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)的至少部分的核酸序列的核酸分子(或载体，例如质粒载体或病毒载体)。例如分子克隆技术可用于制备核酸分子(或载体，例如质粒载体或病毒载体)，所述核酸序列编码本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)的至少一部分，如他处所述(例如，见Sambrook等人，MolecularCloning:A Laboratory Manual,2nd edition,Cold Spring Harbor Laboratory,NY(1989)；和Ausubel等人,Current Protocols in Molecular Biology,Green PublishingAssociates and JohnWiley&Sons,New York,N.Y.(1994))。
本文提供的一些实施方案还包括包括本文提供的核酸的宿主细胞(例如，具有编码本文提供的至少部分结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)的核酸序列的核酸)。可设计为包含本文提供的一种或多种核酸的宿主细胞可以是原核细胞或真核细胞。可设计为包括本文提供的核酸的原核细胞的示例包括但不限于大肠杆菌(例如，Tb-1、TG-1、DH5α、XL Blue MRF(Stratagene)、SA2821或Y1090细胞)、枯草芽孢杆菌、鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)或假单胞菌属(Pseudomonas)(例如，铜绿假单胞菌(P.aerugenosa))细胞。可设计为包括本文提供的核酸的真核细胞的示例包括但不限于昆虫细胞(例如，Sf9或Ea4细胞)、酵母细胞(例如酿酒酵母细胞)和哺乳动物细胞(例如小鼠、大鼠、仓鼠、猴子或人类细胞)。例如，VERO细胞、HeLa细胞、3T3细胞、中国仓鼠卵巢(CHO)细胞、W138 BHK细胞、COS-7细胞和MDCK细胞可设计为包括本文提供的核酸。可使用任何适当方法将本文提供的一种或多种核酸(例如，具有编码本文提供的结合域的至少部分的核酸序列的载体(例如质粒载体或病毒载体))引入宿主细胞。例如，氯化钙介导的转化、转导、偶联、三亲融合、DEAE、右旋糖酐介导的转染、感染、与脂质体的膜融合、DNA包被微弹高速轰击、单细胞直接微注射、电穿孔、或其组合可用于将本文提供的核酸引入宿主细胞(例如，参见Sambrook等人，Molecular Biology:A LaboratoryManual,Cold Spring Harbor Laboratory,NY(1989)；Davis等人，Basic Methods inMolecular Biology(1986)；和Neumann等人，EMBO J.,1:841(1982))。
在某些情况下，诸如T细胞、干细胞(例如诱导的多能干细胞或间充质干细胞)或NK细胞等细胞可被设计为表达编码本文所述CAR的一种或多种核酸。例如，T细胞群体可被设计用于表达编码本文所述CAR(例如，具有结合IL1RAP多肽的能力的CAR)的核酸的病毒载体感染。
在某些情况下，诸如T细胞、干细胞(例如诱导多能干细胞或间充质干细胞)或NK细胞等细胞可被设计为表达编码本文所述的细胞衔接器的一种或多种核酸。例如，T细胞群体可感染病毒载体，该病毒载体旨在表达编码本文所述细胞衔接器(例如，具有结合IL1RAP多肽的能力的细胞衔接器)的核酸。
在某些情况下，可以使用包括(a)将编码多肽的核酸引入宿主细胞的方法来制备本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)；(b)在足以表达该多肽的条件下，在培养基中培养宿主细胞；(c)从细胞或培养基中获取多肽；和(d)纯化多肽(例如，达到至少50％、60％、70％、80％、90％、95％、97％、98％或99％的纯度)。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、细胞衔接器和/或ADC)、本文提供的核酸(例如，编码抗体的核酸、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或本文提供的细胞衔接器)、本文提供的载体(例如，设计用于表达本文提供的抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器的病毒载体)，和/或本文提供的宿主细胞(例如，设计用于表达本文提供的抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器的宿主细胞)可以配制为药物组合物，用于施用给患有癌症的哺乳动物(例如人)以治疗该哺乳动物。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、细胞衔接器和/或ADC)、本文提供的核酸(例如，编码抗体的核酸、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或本文提供的细胞衔接器)、本文提供的载体(例如，设计用于表达本文提供的抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器的病毒载体)，和/或本文提供的宿主细胞(例如，设计用于表达本文提供的抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器的宿主细胞)可以配制为药物组合物，用于施用给哺乳动物(例如人类)以减少哺乳动物内癌细胞数量和/或增加患有癌症的哺乳动物的存活率。例如，本文提供的具有结合IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的能力的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、细胞衔接器和/或ADC)可以配制为药物组合物，用于施用给哺乳动物(例如，人类)。在某些情况下，本文提供的药物组合物可以包括药学上可接受的载体，例如在别处所述(Gervasi等人，Eur.J.Pharmaceutics and Biopharaceutices，131:8-24(2018)的缓冲液、盐、表面活性剂、糖、张力调节剂或其组合)。可用于制备本文提供的药物组合物的药学上可接受的载体的示例包括但不限于水、乳酸、柠檬酸、氯化钠、柠檬酸钠、琥珀酸钠、磷酸钠、表面活性剂(例如，聚山梨酯20、聚山梨酸酯80或泊洛沙姆188)、右旋糖酐40、糖(例如，山梨醇、甘露醇、蔗糖、葡萄糖或海藻糖)或其组合。例如，设计成包含本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR、细胞衔接器和/或ADC)(或本文提供的核酸、载体或宿主细胞)的药物组合物可以配制成包括缓冲液(例如，醋酸盐、柠檬酸盐、组氨酸、琥珀酸盐、磷酸盐或羟甲基氨基甲烷(Tris)缓冲液)、表面活性剂(例如，聚山梨酸酯20、聚山梨酯80或泊洛沙姆188)和糖(例如蔗糖)。可包含在本文提供的药物组合物内的其他成分包括但不限于氨基酸(例如甘氨酸或精氨酸)、抗氧化剂(例如抗坏血酸、蛋氨酸或乙二胺四乙酸(EDTA))、抗癌药物，如恩扎鲁胺(enzalutamide)、伊马替尼(imanitib)、吉非替尼(gefitinib)、厄洛替尼(erlotini)、舒尼替尼(sunitinib)、拉帕替尼(lapatinib)、尼洛替尼(nilotinib)、索拉非尼(sorafenib)、替西罗莫司(temsirolimus)、依维莫司(everolimus)、帕唑帕尼(pazopanib)、克唑替尼(crizotinib)、鲁索替尼(ruxolitinib)、阿昔替尼(axitinib)、博舒替尼(bosutinib)、卡博丁尼(cabozantinib)、普纳替尼(ponatinib)、瑞戈非尼(regorafenib)、伊布替尼(ibrutinib)、曲美替尼(trametinib)、哌立福新(perifosine)、硼替佐米(bortezomib)、卡非佐米(carfilzomib)、巴替马司他(batimastat)、ganetespib、obatoclax、navitoclax、紫杉醇(taxol)、紫杉醇(paclitaxel)或贝伐珠单抗(bevacizumab)，或其组合。例如本文提供的药物组合物可以被配制为包括一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种设计用于表达能够结合IL1RAP多肽的CAR的细胞、一个和多个细胞衔接器、和/或一种或多种ADC)，以及检查点抑制剂，如抗PD-1抗体或PD-1抑制剂(例如西米普利单抗(cemiplimab)、纳武单抗(nivolumab)、帕普利珠单抗(permbrolizumab)、JTX-4014、斯巴达珠单抗(spartalizumab)卡瑞丽珠单抗(camrelizumab)、信迪利单抗(sintilimab)、替雷利珠单抗(tislelizumab)、特瑞普利单抗(toripalimab)、多塔利单抗(dostarlimab)、INCMGA00012、AMP-224、或AMP-514)、PD-L1抗体或PD-L1抑制剂(例如阿维鲁单抗(avelumab)、德瓦鲁单抗(durvalumab)、阿替利珠单抗(atezolizumab)、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、或BMS-986189)，和/或抗CTLA-4抗体(例如，伊匹单抗(ipilimumab))。
在某些情况下，当药物组合物被配制为包括本文提供的一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、设计用于表达具有结合IL1RAP多肽能力的CAR的一种或多种细胞、一种或多种细胞衔接器、和/或一种或多种ADC)时，可以使用任何适当浓度的结合域。例如本文提供的药物组合物可以配制为包括约1mg至约500mg(例如，约1mg至约500mg、约10mg至约500mg、约50mg至约500mg、约100mg至约300mg、约0.5mg至约250mg、约0.5mg至约150mg、约0.5mg至约100mg、约0.5mg至约50mg、约1mg至约300mg、约2mg至约200mg、约10mg至约300mg、约25mg至约300mg、约50mg至约150mg，或约150mg至约300mg)每毫升本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR+细胞群、细胞衔接器和/或ADC)的液体。在另一示例中，本文提供的药物组合物可以配制为固体或半固体，其包括约0.5mg至约500mg(例如，约1mg至约500mg、约10mg至约500mg、约50mg至约500mg、约100mg至约500mg、约0.5mg至约250mg、约0.5mg至约150mg、约0.5mg至约100mg、约0.5mg至约50mg、约1mg至约300mg、约10mg至约300mg、约25mg至约300mg、约50mg至约150mg、或约150mg至约300mg)本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、细胞衔接器和/或ADC)。在某些情况下，含有本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)的药物组合物可以配制为结合域效价在约1×105至约1×1012之间的剂型(例如，约1×105至约1×1010、约1×105至约1×108、约1×106至约1×1012、约1×106至约1×1012、约1×108至约1×1012、约1×109至约1×1012、约1×106至约1×1011，或约1×107至约1×1010)。
在某些情况下，当药物组合物被配制为包括编码本文提供的至少部分结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、CAR和/或细胞衔接器)的一种或多种核酸(例如，载体，例如病毒载体)时，可以使用任何适当浓度的核酸。例如本文提供的药物组合物可以配制为包括约0.5mg至约500mg(例如，约1mg至约500mg、约10mg至约500mg、约50mg至约500mg、约100mg至约500mg、约0.5mg至约250mg、约0.5mg至约150mg、约0.5mg至约100mg、约0.5mg至约50mg、约1mg至约300mg、约2mg至约200mg、约10mg至约300mg、约25mg至约300mg、约50mg至约150mg，或约150mg至约300mg)每毫升本文提供的核酸的液体。在另一示例中，本文提供的药物组合物可以配制为固体或半固体，其包括约0.5mg至约500mg(例如，约1mg至约500mg、约10mg至约500mg、约50mg至约500mg、约100mg至约500mg、约0.5mg至约250mg、约0.5mg至约150mg、约0.5mg至约100mg、约0.5mg至约50mg、约1mg至约300mg，约10mg至约300mg、约25mg至约300mg，约50mg至约150mg，或约150mg至约300mg)本文提供的核酸。
在某些情况下，设计为包括本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、细胞衔接器和/或ADC)的药物组合物可以被配制为包括一种或多种能够在配制时减少结合域聚集的剂剂。可如本文所述使用的此类试剂的示例包括但不限于蛋氨酸、精氨酸、赖氨酸、天冬氨酸、甘氨酸、谷氨酸及其组合。在一些情况下，这些氨基酸中的一种或多种可以以约0.5mM至约145mM的浓度被包括在配制物中(例如，约1mM至约145mM、约10mM至约145mM、约100mM至约145mM、约0.5mM至约125mM、约0.5mM至约100mM、约0.5mM至约75mM，或约10mM至约100mM)。
本文提供的药物组合物可以是任何适当形式。例如，本文提供的药品组合物可以设计为液体、半固体或固体。在某些情况下，本文提供的药物组合物可以是液体溶液(例如，可注射和/或不溶性溶液)、分散液、悬浮液、片剂、药丸、粉末、微乳剂、脂质体或栓剂。在某些情况下，本文提供的药物组合物可以冻干。在某些情况下，本文提供的药物组合物(例如，包含一种或多种结合域(例如，一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)的药物组合剂可与设计用于防止快速释放的载体或包衣配制。例如，本文提供的药物组合物可以配制成其他地方所述的控释制剂或调节释放制剂(美国专利申请公开No.2019/0241667；2019/02522；和2019/0233498)。
本文提供的一些实施方案还包括用于将包含本文提供的一种或多种结合域(例如，一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器、和/或一种或多种ADC)(或本文提供的核酸、载体或宿主细胞(例如，CAR+细胞))的组合物(例如，本文提供的药物组合物)施用给哺乳动物(例如，人类)的方法。例如，可以向患有需要治疗的癌症的哺乳动物(例如，人类)施用包含本文所提供的一种或多种结合域(例如一种或种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)(或本文提供的核酸、载体和/或宿主细胞(例如，CAR+细胞)的组合物(例如，本文提供的药物组合物)。在某些情况下，可以向哺乳动物(例如人类)施用包含本文提供的一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)(或核酸、载体和/或宿主细胞(例如，CAR+细胞))的组合物(例如，本文提供的药物组合物)，以减少哺乳动物体内的癌细胞数量和/或提高患有癌症的哺乳动物的存活率。
可以使用包含本文提供的一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)(或本文提供的核酸、载体或宿主细胞(例如，CAR+细胞))的组合物(例如，本文提供的药物组合物)来治疗任何合适的癌症。例如，可通过向哺乳动物施用本文提供的含有一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)的组合物(例如，药物组合物)来治疗患有癌症的哺乳动物。可如本文所述治疗的癌症的示例包括但不限于尤因肉瘤、急性髓细胞白血病(AML)、肝癌、结直肠癌、脑癌、皮肤癌(例如黑色素瘤)、肺癌、前列腺癌、乳腺癌(例如PR阳性乳腺癌、ER阳性乳腺癌，HER2阳性乳腺癌或三阴性乳腺癌)、卵巢癌、宫颈癌、食管癌、胶质瘤、肾癌、间皮瘤和胰腺癌。在某些情况下，实体癌，如肝癌、结直肠癌、脑癌、皮肤癌(如黑色素瘤)、肺癌、前列腺癌、乳腺癌(如PR阳性乳腺癌、ER阳性乳腺癌，HER2阳性乳腺癌或三阴性乳腺癌)、卵巢癌、宫颈癌、食管癌、胶质瘤、肾癌、间皮瘤、或胰腺癌可以如本文所述进行治疗。在某些情况下，癌症，例如淋巴瘤(例如，B细胞淋巴瘤，例如弥漫性大细胞淋巴瘤(DLBCL))、白血病(例如，慢性淋巴细胞白血病(CLL)和急性淋巴细胞白血病(ALL))或急性髓系白血病，可以如本文所述进行治疗。在某些情况下，患有IL1RAP+癌症(例如IL1RAP+尤因肉瘤、IL1RAP+急性髓细胞白血病、IL1RA+肝癌、IL1RAM+结直肠癌、IL1RAID+脑癌、IL1RAP+皮肤癌(例如IL1RAP+黑色素瘤)、IL1SAP+肺癌、IL1RSAP+前列腺癌、IL1RAP+乳腺癌(如IL1RAP+PR阳性乳腺癌、IL1RAB+ER阳性乳腺癌，IL1RAP+HER2阳性乳腺癌或IL1RAP1+三阴性乳腺癌)、IL1RAM+卵巢癌、IL1RAP+宫颈癌、IL1RAP+食管癌、IL1RAP+胶质瘤、IL1RA+肾癌、ILIRAP+间皮瘤、或IL1RAP+胰腺癌)的哺乳动物(例如人类)可以施用包含本文提供的一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)的组合物(例如，药物组合物)，以治疗该哺乳动物(例如，减少哺乳动物内的癌细胞数量)。
可使用任何适当方法将本文提供的组合物(例如，药物组合物)施用于哺乳动物(例如，人类)。例如本文提供的组合物(例如，含有本文提供的一种或多种结合域例如一种或多种抗体、一种或几种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、多种细胞结合剂和/或一种或多种ADC的药物组合物)可以通过静脉(例如，通过静脉注射或输液)、皮下(例如通过皮下注射)、腹腔内(例如通过腹腔注射)、口服、吸入或肌肉内(例如，通过肌肉注射)施用于哺乳动物(例如，人)。在某些情况下，可针对所治疗的哺乳动物调整组合物(例如，本文提供的药物组合物)的给药途径和/或模式。
在某些情况下，本文提供的含有一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)(或本文提供的核酸、载体或宿主细胞(例如，CAR+细胞))的组合物(例如，本文提供的药物组合物)的有效量可以是减少哺乳动物体内癌症细胞数量、对哺乳动物没有明显毒性的量。在某些情况下，本文提供的含有一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器、和/或一种或多种ADC)(或本文提供的核酸、载体或宿主细胞(例如，CAR+细胞))的组合物(例如，本文提供的药物组合物)的有效量可以是与具有类似癌症且未用该组合物治疗的对照哺乳动物相比，增加患有癌症的哺乳动物的生存时间的量。例如本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段、抗体结构域、细胞衔接器和/或ADC)的有效量可以为约0.001mg/kg至约100mg/kg(例如，约0.001mg/kg至约90mg/kg、约0.001mg/kg至约80mg/kg、约0.001mg/kg至约70mg/kg、约0.001mg/kg至约60mg/kg、约0.001mg/kg至约50mg/kg、约0.001mg/kg至约40mg/kg、约0.001mg/kg至约30mg/kg、约0.005mg/kg至约100mg/kg、约0.01mg/kg至约100mg/kg、约0.05mg/kg至约100mg/kg、约0.1mg/kg至约100mg/kg、约0.5mg/kg至约100mg/kg、约1mg/kg至约100mg/kg、约5mg/kg至约100mg/kg、约0.01mg/kg至约25mg/kg、约0.1mg/kg至约30mg/kg、约0.15mg/kg至约25mg/kg、约0.2mg/kg至约20mg/kg、约0.5mg/kg至约20mg/kg、约1mg/kg至约30mg/kg、约1mg/kg至约25mg/kg、约1mg/kg至约20mg/kg、约2mg/kg至约20mg/kg、约5mg/kg至约30mg/kg、约10mg/kg至约30mg/kg、约15mg/kg至约30mg/kg、约20mg/kg至约30mg/kg、约3mg/kg至约30mg/kg、约0.5mg/kg至约10mg/kg、约1mg/kg至约10mg/kg、约1mg/kg至约5mg/kg、or约1mg/kg至约3mg/kg)。有效量可以保持不变，也可以根据哺乳动物对治疗的反应，调整为浮动范围或可变剂量。各种因素会影响特定应用的实际有效量。例如，治疗患有癌症的哺乳动物时癌症的严重程度、给药途径、哺乳动物的年龄和一般健康状况、赋形剂的使用、与其他治疗或预防性治疗共同使用的可能性，例如使用其他药物(例如检查点抑制剂)，并且治疗医生的判断可能要求增加或减少施用的本文提供的组合物(例如，包含本文提供的一种或多种接头的药物组合物)的实际有效量。
在某些情况下，本文提供的含有一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)(或本文提供的核酸、载体或宿主细胞(例如，CAR+细胞))的组合物(例如，本文提供的药物组合物)的有效给药频率可以是减少患癌症哺乳动物体内癌细胞数量而不会对哺乳动物产生显著毒性的频率。在某些情况下，本文提供的含有一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)(或本文提供的核酸、载体或宿主细胞(例如，CAR+细胞))的组合物(例如，本文提供的药物组合物)的有效给药频率可以是与具有类似癌症且未经该组合物治疗的对照哺乳动物相比，有比患癌症的哺乳动物的存活时间增加的频率。例如本文提供的药物组合物(例如含有一种或多种本文提供的接头的药物组合剂)的有效给药频率可以从每天约两次到每年约一次(例如，从每天约两次到每月约一次，从每天约两次到每周约一次、从每天约一次到每月约一次，或从每天约一次到每周约一次)。在某些情况下，本文提供的药物组合物(例如含有本文提供的一种或多种接头的药物组合剂)的给药频率可以是每天。本文提供的药物组合物(例如含有本文提供的一种或多种结合域的药物组合物)的给药频率可以保持不变，也可以在治疗期间变化。各种因素会影响用于特定应用的实际有效频率。例如，癌症的严重程度、给药途径、哺乳动物的年龄和一般健康状况、赋形剂的使用、与其他治疗或预防性治疗共同使用的可能性，例如使用其他药物(例如，检查点抑制剂)，并且治疗医生的判断可能要求增加或减少本文提供的组合物(例如，包含本文提供的一种或多种接头的药物组合物)的实际有效给药频率。
在某些情况下，本文提供的含有一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)(或本文提供的核酸、载体或宿主细胞(例如，CAR+细胞))的组合物(例如，本文提供的药物组合物)的有效给药时间可以是减少哺乳动物体内癌细胞数量而不会对哺乳动物产生显著毒性的持续时间。在某些情况下，本文提供的含有一种或多种结合域(例如一种或多种抗体、一种或多种抗原结合片段、一种或多种抗体结构域、一种或多种细胞衔接器和/或一种或多种ADC)(或本文提供的核酸、载体或宿主细胞(例如，CAR+细胞))的组合物(例如，本文提供的药物组合物)的有效给药时间可以是与具有类似癌症且未用该组合物治疗的对照哺乳动物相比，具有比患有癌症的哺乳动物的生存时间延长的持续时间。例如，本文提供的药物组合物(例如包含本文提供的一种或多种接头的药物组氨酸)的有效给药持续时间可以从单个给药时间点到几周到几个月(例如，4到12周)不等。多个因素会影响特定应用的实际有效持续时间。例如，癌症的严重程度、给药途径、哺乳动物的年龄和一般健康状况、赋形剂的使用、与其他治疗或预防性治疗共同使用的可能性，例如使用其他药物(例如，检查点抑制剂)，并且治疗医生的判断可能要求增加或减少本文提供的组合物(例如，包含本文提供的一种或多种结合域的药物组合物)的实际有效给药持续时间。
在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)可用于检测体外、原位或体内IL1RAP多肽(例如人IL1RAP多肽)的存在或不存在(例如哺乳动物(例如人)体内成像)。例如，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)可设计为包括标签(例如共价连接的放射性、酶、比色或荧光标签)。标记结合域可用于检测体外生物样品中是否存在IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)。可使用本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)评估的生物样品的示例包括但不限于血清样品、血浆样品、组织样品、活检样品、细胞系样品和组织培养样品。在某些情况下，可如本文所述评估的生物样品可包括哺乳动物身体组织和/或细胞，例如可能表达IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的白细胞、卵巢组织或细胞、前列腺组织或细胞、心脏组织或细胞、胎盘组织或细胞、胰腺组织或细胞、肝脏组织或细胞、脾脏组织或细胞、肺组织或细胞、乳房组织或细胞、头颈部组织或细胞、子宫内膜组织或细胞、结肠组织或细胞、结直肠组织或细胞、宫颈组织或细胞、胃组织或细胞、脐带组织或细胞。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)可以固定在例如支架上，并且可以检测到IL1RAP多肽(例如人IL1RAP多肽)从支架上的生物样品中的保留，和/或反之亦然。在某些情况下，本文提供的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)可用于诸如荧光偏振、显微镜检查、ELISA、离心、色谱和/或细胞分选(例如荧光激活细胞分选)等应用中。
在某些情况下，本文提供的含有标签(例如，共价连接的放射性标签)的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)可用于检测哺乳动物(例如，人类)内IL1RAP多肽(例如，人IL1RAP多肽)的存在或不存在。例如，本文提供的用放射性标签或MRI可检测标签标记(例如共价标记)的结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)可以施用于哺乳动物(例如人类)，并且可以使用检测可检测标签的手段评估该哺乳动物。在某些情况下，可以对哺乳动物进行扫描，以评估本文提供的标记结合域在哺乳动物体内的位置。例如，可以使用核磁共振或其他层析技术对哺乳动物进行成像。
本文提供的可连接(例如共价或非共价连接)到结合域(例如抗体、抗原结合片段和/或抗体结构域)的标签的示例包括但不限于放射性标签(例如131I、111In、123I、99mTc、32P、33P、125I、3H、14C和188Rh)、荧光标签(例如荧光素和罗丹明)、核磁共振活性标签、可由正电子发射断层扫描仪(“PET”)检测的正电子发射同位素、化学发光剂(如荧光素)和酶标记物(如过氧化物酶或磷酸酶)。在某些情况下，可以使用短程辐射发射器，例如通过短程探测器探头检测到的同位素。
本文提供的方法和组合物的一些实施方案包括嵌合抗原受体(CAR)，其特异性结合白细胞介素-1受体辅助蛋白(IL1RAP)。一些实施方案包括编码此类CAR的核酸和含有此类CAR的细胞。一些实施方案包括将此类CAR用于安全有效的癌症治疗，例如表达IL1RAP的癌症，例如尤因肉瘤。
IL1RAP在正常蛋白上的表达受到限制。IL1RAP在包括尤因肉瘤和AML在内的一些癌症的细胞表面表达。因此，IL1RAP是某些癌细胞的治疗靶点。通过筛选方法鉴定了一系列IL1RAP结合部分。IL1RAP结合部分以基于抗体的形式表达和测试。其中一些结合域被发现在CAR环境中发挥作用。CAR修饰的T细胞表达识别并裂解尤因肉瘤细胞系中的癌细胞的部分。因此，生化和功能研究确定了一种新的抗癌试剂，IL1RAP特异性CAR，本文公开为RJ104和RJ107。
本文提供的方法和组合物的一些实施方案包括公开于以下内容的方面：AgerstamH等人，(2015)Proc NatlAcad Sci,USA,112:10786-10791；Awada A等人，(2018)AnnalOncol 29,suppl 8,pg viii418；WardaW等，(2018)Cancer Res,79:663-675；和Haso W等人，(2013)Blood,121:1165-1174，均通过引用将其全部内容明确纳入。
定义
除非另有定义，否则本文中使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。
如本文所用，“一种(a)”或“一种(an)”可指一种或多种。
当提及可测量值时，本文中使用的“约”意指包含±20％或±10％、更优选±5％、更优选±1％、更优选±0.1％的指定值的变化。
如本文所用，从整个说明书来看，“核酸”或“核酸分子”具有其普通和普通的含义，例如，可以指多核苷酸，例如脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸、寡核苷酸、聚合酶链反应(PCR)产生的片段，或任何连接、剪断、核酸内切酶作用或核酸外切酶作用。核酸分子可以由天然核苷酸(如DNA或RNA)的单体或天然核苷酸的类似物(如天然核苷酸的对映体形式)或两者的组合组成。修饰核苷酸可以改变糖基和/或嘧啶或嘌呤碱基。糖基修饰包括，例如，用卤素、烷基、胺或叠氮基取代一种或多种羟基，或糖基可以功能化为醚或酯。此外，整个糖基部分可以取代为空间和电子上类似的结构，例如氮杂糖或碳环糖类似物。碱基部分的修饰示例包括烷基化嘌呤或嘧啶、酰化嘌呤或嘧啶或其他众所周知的杂环替代方案。核酸单体可以通过磷酸二酯键或此类键的类似物连接。磷酸二酯连接的类似物包括硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯、二硒代磷酸酯、硫代磷酸酯、苯胺代磷酸酯或氨基磷酸酯等。术语“核酸分子”还包括所谓的“肽核酸”，其包含附着在聚酰胺主链上的天然存在或修饰的核酸碱。核酸可以是单链或双链。在一些实施方案中，提供了编码融合蛋白的核酸序列。在一些实施方案中，编码IL1RAP特异性嵌合抗原受体的核酸是RNA或DNA。
如本文所用，“编码(coding for)”或“编码(encoding)”当根据说明书阅读时，具有其简单而普通的含义，并且包括例如多核苷酸中核苷酸的特定序列的性质，例如基因、cDNA或mRNA，以用作合成其他大分子(例如定义的氨基酸序列)的模板。因此，如果与该基因相对应的mRNA转录和翻译在细胞或其他生物系统中产生蛋白质，则该基因编码该蛋白质。
如本文所用，当根据说明书阅读时，“嵌合抗原受体”具有其普通意义，并且可以包括但不限于，例如，合成设计的受体，所述受体包含抗体配体结合结构域或其他蛋白序列，所述其他蛋白序列结合到与疾病或病症相关的分子，并且优选地，通过间隔区结构域连接到细胞(如T细胞)或其他受体的一种或多种细胞内信号结构域(如一种或多种共刺激域)。嵌合受体也称为人工细胞受体或T细胞受体、嵌合细胞受体或T细胞受体、嵌合体免疫受体或CAR。这些受体可用于将单克隆抗体或其结合片段的特异性移植到细胞(优选T细胞)上，通过病毒载体(例如逆转录病毒载体或慢病毒载体)促进编码序列的转移。在某些情况下，CAR可以是基因工程T细胞受体，旨在将T细胞导向表达特定细胞表面抗原的靶细胞。T细胞可以从受试者身上移除并进行修饰，以便通过一种称为过继细胞转移的过程，表达对抗原具有特异性的受体。T细胞被重新导入患者体内，在那里它们可以识别并靶向抗原。CAR也是一种工程受体，可以将任意特异性移植到免疫受体细胞上。一些研究人员认为，CAR包括抗体或抗体片段(优选抗体的抗原结合片段)、间隔区、信号结构域和跨膜区。由于修饰本文所述CAR的不同组分或结构域(例如表位结合区(例如抗体片段、scFv或其部分)、间隔区、跨膜结构域和/或信号结构域)的令人惊讶的效果，CAR的组分在本发明中经常以独立元素的形式区分。例如，CAR不同元素的变化可以导致对特定表位或抗原的更强的结合亲和力。
CAR将单克隆抗体或其结合片段或scFv的特异性移植到T细胞上，载体促进其编码序列的转移。为了将CAR用于治疗有需要的受试者，使用了一种称为过继细胞转移的技术，从受试者身上去除T细胞并进行修饰，使其能够表达对抗原特异的CAR。然后可以识别并靶向抗原的T细胞被重新导入患者体内。
如本文所用，当根据说明书阅读时，“抗体”具有其简单和普通的含义，并且包括例如由浆细胞产生的大Y形蛋白质，免疫系统使用其识别和中和诸如细菌和病毒之类的异物。抗体蛋白可包含四条多肽链；两条完全相同的重链和两条完全一样的轻链通过二硫键连接。每条链由称为免疫球蛋白结构域的结构域组成。这些结构域可包含约70、80、90、100、110、120、130、140或150个氨基酸或由这些值中的任意两个定义的介于两者之间范围的任意数量的氨基酸，并根据其大小和功能分类为不同的类别。在一些实施方案中，配体结合结构域包括抗体或其结合片段或scFv、受体配体或其突变体、肽和/或多肽亲和分子或结合配偶体(binding partner)。在一些实施方案中，配体结合结构域是抗体片段，理想情况下是其结合部分。在一些实施方案中，存在于CAR上的抗体片段或其结合部分对B细胞上的配体特异。在一些实施方案中，存在于CAR或TcR上的抗体片段或其结合部分对配体特异。在一些实施方案中，CAR上存在的抗体片段或其结合部分对IL1RAP特异。在一些实施方案中，配体结合结构域是抗体片段或其结合部分，例如单链可变片段(scFv)。在一些实施方案中，存在于CAR上的抗体片段或其结合部分包含来自人源化抗体的一种或多种域或其结合部分。
如本文所用，当根据说明书阅读时，“单链可变片段”或“scFv”具有其简单和普通的含义，并且包括例如免疫球蛋白重链(VH)和轻链(VL)可变区的融合蛋白，与10到25个氨基酸或约25个氨基酸的短连接肽连接。在一些实施方案中，提供了CAR，其中CAR包含特定于IL1RAP的scFv。
配体的结合强度称为结合亲和力，可以通过直接相互作用和溶剂效应来确定。配体可以由“配体结合结构域”结合。例如，配体结合结构域可以指结构中的保守序列，它可以结合蛋白质上的特定配体或特定表位。配体结合结构域或配体结合部分可以包括抗体或其结合片段或scFv、受体配体或其突变体、肽和/或多肽亲和分子或结合伙伴。在没有限制的情况下，配体结合结构域可以是一个特定的蛋白质域或蛋白质上对配体或配体具有特异性的表位。
一些实施方案包括间隔区。在一些实施方案中，肽间隔区是15个氨基酸或更少但不少于1或2个氨基酸。在一些实施方案中，间隔区是多肽链。在一些方面，所述多肽链的长度可以是3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239或240个氨基酸或上述任意两个长度定义的范围内的长度。间隔区可以包括任何20个氨基酸，例如，为了在CAR中创建理想长度的多肽链，所述多肽链包括氨基酸精氨酸、组氨酸、赖氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、丝氨酸、苏氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、甘氨酸、脯氨酸、丙氨酸、缬氨酸、异亮氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸或色氨酸。间隔序列可以是scFv(或配体结合结构域)和CAR跨膜结构域之间的接头。在一些实施方案中，嵌合抗原受体还包括编码间隔区的序列。在一些实施方案中，间隔区包括长度为3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239或240个氨基酸或上述任意两个长度定义的范围内的长度。在一些实施方案中，间隔区位于scFv和CAR的跨膜区之间。在一些实施方案中，间隔区位于CAR的配体结合结构域和CAR的跨膜区之间。
间隔区也可以针对所需长度进行定制、选择或优化，以改进或调节scFv结构域与靶细胞的结合，从而提高细胞毒性效力。在一些实施方案中，scFv结构域或配体结合结构域与跨膜之间的连接物或间隔区的长度可以是25到55个氨基酸(例如，至少、等于25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54或55个氨基酸，或在由上述长度中的任意两个定义的范围内的长度)。
在一些实施方案中，间隔区包括CD8铰链。在一些实施方案中，间隔区包括人类抗体的铰链区。在一些实施方案中，间隔区包括IgG4铰链。在一些实施方案中，IgG4铰链区是改进的IgG5铰链。如本文所述的“改进的IgG4铰链”可指具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性或在由上述任何两个百分比定义的范围内的序列同一性的铰链区，带有间隔区(例如表2中列出的短间隔区)所示铰链区氨基酸序列。在一些实施方案中，CAR包括S间隔区、M间隔区或L间隔区。表2中列出了示例序列。
如本文所用，当根据说明书阅读时，“去免疫间隔区”具有其普通的含义，并且包括，例如，从患者诱导很少或没有免疫反应或减少或减少免疫反应的间隔区。在一些实施方案中，CAR包括间隔区，其中该间隔区不会诱导受试者(例如人类)的免疫反应。间隔区不得在受试者(例如人类)中诱导免疫反应或诱导免疫反应降低、减弱或变低，以防止或降低免疫系统攻击嵌合抗原受体的能力，这一点很重要。
在一些实施方案中，跨膜结构域是疏水性跨膜蛋白的区，该跨膜蛋白可驻留在细胞的双层中以锚定嵌入生物膜的蛋白质。在没有限制的情况下，跨膜结构域的拓扑可以是跨膜α-螺旋。在一些实施方案中，CAR包括跨膜结构域。在一些实施方案中，跨膜结构域包含CD8跨膜序列或其片段或长度为10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27或28个氨基酸，或在由上述任意两个长度定义的范围内的长度的CD28跨膜序列或其片段。在一些实施方案中，CD8跨膜序列或其片段或CD28跨膜序列或其片段包含28个氨基酸长度。
在一些实施方案中，信号结构域(例如初级信号结构域或共刺激结构域)包括蛋白质或受体蛋白质的细胞内或细胞质结构域，该蛋白质或受体蛋白与细胞内部的成分相互作用，并且能够或配置成中继或参与中继信号。在某些方面，这种相互作用可以通过细胞内结构域通过特定的蛋白-蛋白质或蛋白配体与效应分子或效应蛋白的相互作用进行通信，而效应分子或蛋白又可以沿着信号链将信号发送到目的地。在一些实施方案中，信号结构域包括一种或多种共刺激域。在一些实施方案中，一种或多种共刺激结构域包括向T细胞提供信号的信号部分，该信号除了由例如TCR/CD3复合体的CD3ζ链提供的主信号外，还增强诸如T细胞效应物响应的响应，例如免疫应答、激活、增殖、分化、细胞因子分泌、细胞裂解活性、穿孔素或颗粒酶活性或其任何组合。在一些实施方案中，细胞内信号结构域或共刺激结构域可包括CD27、CD28、4-1BB、OX40、CD30、CD40、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原-1(LFA-l)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C或B7-H3的全部或部分，或特异性结合CD83或其任何组合的配体。
如本文所用，当根据说明书阅读时，“核糖体跳跃序列”具有其简单和普通的含义，并且包括，例如，在翻译过程中，迫使核糖体“跳过”核糖体跳跃序列并翻译核糖体跳跃序列之后的区而不形成肽键。例如，一些病毒具有核糖体跳跃序列，可以在单个核酸上顺序翻译几个蛋白质，而不需要通过肽键连接蛋白质。如本文所述，这是“接头”序列。在本文提供的核酸的一些实施方案中，核酸包含嵌合抗原受体序列和标记蛋白序列之间的核糖体跳跃序列，从而使蛋白质共同表达且不通过肽键连接。在一些实施方案中，核糖体跳跃序列是P2A、T2A、E2A或F2A序列。
如本文所用，当根据说明书阅读时，“标记序列”具有其普通意义，并且包括例如用于选择或跟踪具有感兴趣蛋白质的蛋白质或细胞的蛋白质。在本文所述的实施方案中，所提供的融合蛋白可包含可在实验的标记序列，例如流式细胞术。在一些实施方案中，标记是截短的EGFR多肽(EGFRt)或截短的HER2多肽(HER2t)。
如本文所用，用于分泌的“信号序列”也可称为“信号肽”。信号肽可用于分泌效率，在某些系统中，它被信号识别粒子识别，信号识别粒子阻止翻译并将信号序列导向SRP受体进行分泌。在本文提供的CAR的一些实施方案中，CAR还包括信号序列。在一些实施方案中，编码CAR的核酸包括编码信号序列的序列。在一些实施方案中，信号序列用于在蛋白质翻译后将蛋白质靶向细胞膜。
如本文所用，当根据说明书阅读时，“载体”或“构建物”具有其普通意义，并且包括例如用于将异源核酸引入具有调节元件的细胞以提供异源核酸在细胞中的表达的核酸。载体包括但不限于质粒、微环、酵母、病毒基因组、慢病毒载体、泡沫病毒载体、逆转录病毒载体或γ逆转录病毒载体。载体可以是DNA或RNA，例如mRNA。
如本文所用，“T细胞”或“T淋巴细胞”可以来自任何哺乳动物，优选灵长类动物，包括猴子或人类，伴侣动物，例如狗、猫或马，或家畜，例如绵羊、山羊或牛。在一些实施方案中，T细胞与接受受试者同系(来自相同物种但不同供体)；在一些实施方案中，T细胞是自体的(供体和接受者相同)；在一些实施方案中，T细胞是同基因的(供体和接受者不同，但是同卵双胞胎)。
如本文所用，“T细胞前体”是指能够迁移到胸腺并成为不表达T细胞受体的T细胞前体内的淋巴前体细胞。所有T细胞都来源于骨髓中的造血干细胞。来自造血干细胞的造血祖细胞(淋巴样祖细胞)填充胸腺，并通过细胞分裂扩大，产生大量未成熟胸腺细胞。最早的胸腺细胞既不表达CD4也不表达CD8，因此被归类为双阴性(CD4-CD8-)细胞。随着它们的发育，它们变成双阳性胸腺细胞(CD4+CD8+)，最后成熟为单阳性(CD4+CD8-或CD4-CD8+)胸腺细胞，然后从胸腺释放到周围组织。
如本文所用，“造血干细胞”或“HSC”是可产生髓样细胞的前体细胞，例如巨噬细胞、单核细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、嗜碱性粒细胞、嗜酸性粒细胞、红细胞、巨核细胞/血小板、树突状细胞和/或淋巴系(例如，T细胞、B细胞或NK细胞)。HSC是一个异质群体，其中存在三类干细胞，其区别在于血液中淋巴子代与骨髓子代的比率(L/M)。
如本文所用，“CD4+表达的T细胞”或“CD4+T细胞”通篇同义使用，也称为T辅助细胞，其在免疫系统和适应性免疫系统中发挥重要作用。CD4+T细胞还通过释放T细胞因子帮助其他免疫细胞的活动。这些细胞有助于、抑制或调节免疫反应。它们在B细胞抗体类别转换、细胞毒性T细胞的激活和生长以及巨噬细胞等吞噬细胞的最大杀菌活性中至关重要。表达CD4+的T细胞具有产生某些细胞因子的能力，但CD4+T细胞产生的细胞因子数量并没有达到促进、改善、促进或诱导植入适应性的浓度。如本文所述，“CD4+T细胞”是在适应性免疫系统中发挥作用的成熟T辅助细胞。
如本文所用，“CD8+表达的T细胞”或“CD8+T细胞”通篇同义使用，也称为TC、细胞毒性T淋巴细胞、CTL、T杀伤细胞、细胞裂解T细胞或杀伤T细胞。如本文所述，CD8+T细胞是能够杀死癌细胞、病毒感染细胞或受损细胞的T淋巴细胞。CD8+T细胞表达能够识别特定抗原的T细胞受体(TCR)。CD8+T细胞在表面表达CD8。表达CD8+的T细胞有能力产生一些细胞因子，但CD8+T细胞产生的细胞因子数量并没有达到促进、改善、促进或诱导植入适应性的浓度。“CD8 T细胞”或“杀伤T细胞”是能够杀死癌细胞、感染病毒的细胞或受损细胞的T淋巴细胞。
成熟T细胞表达表面蛋白CD4，称为CD4+T细胞。CD4+T细胞通常被视为在免疫系统中具有预定义的辅助T细胞作用。例如，当抗原提呈细胞表达MHC II类抗原时，CD4+细胞将通过细胞间(如CD40和CD40L)相互作用和细胞因子的组合来帮助这些细胞。然而，也有少数例外；例如，调节性T细胞、自然杀伤细胞和细胞毒性T细胞亚群表达CD4。所有后表达CD4+的T细胞群都不被视为T辅助细胞。
如本文所用，“中央记忆”T细胞(或“TCM”)是指在其表面表达CD62L或CCR-7和CD45RO的抗原经历的CTL，并且与原始细胞相比不表达或降低CD45RA的表达。在一些实施方案中，中央记忆细胞对CD62L、CCR7、CD28、CD127、CD45RO和/或CD95的表达呈阳性，并且与原始细胞相比，CD54RA的表达降低。
如本文所用，“效应记忆”T细胞(或“TEM”)是指与中央记忆细胞相比，其表面不表达CD62L或降低CD62L表达，并且与原始细胞相比，不表达或降低CD45RA表达的抗原体验型T细胞。在一些实施方案中，与原始细胞或中央记忆细胞相比，效应记忆细胞对CD62L和/或CCR7的表达为阴性，并且具有CD28和/或CD45RA的可变表达。
如本文所用，与中央或效应记忆细胞相比，“幼稚”T细胞是指表达CD62L和/或CD45RA和/或不表达CD45RO的非抗原经验T淋巴细胞。在一些实施方案中，幼稚CD8+T淋巴细胞的特征在于幼稚T细胞的表型标记(包括CD62L、CCR7、CD28、CD127或CD45RA)的表达。
如本文所用，“效应”“TE”T细胞是指与中央记忆或幼稚T细胞相比，不表达CD62L、CCR7、CD28或其表达降低且颗粒酶B或穿孔素或两者均阳性的抗原经历的细胞毒性T淋巴细胞。
如本文所用，当根据规范阅读时，“细胞因子”具有其普通意义，并且包括例如在细胞信号传递中重要的小蛋白(5-25kDa)。细胞因子由细胞释放，并影响其他细胞的行为，有时也影响释放细胞(如T细胞)本身。细胞因子可包括，例如，趋化因子、干扰素、白细胞介素、淋巴因子或肿瘤坏死因子或其任何组合。细胞因子可由多种细胞产生，其中包括免疫细胞，如巨噬细胞、B淋巴细胞、T淋巴细胞、肥大细胞，以及内皮细胞、成纤维细胞或各种基质细胞。
细胞因子可以通过受体发挥作用，在免疫系统中很重要，因为细胞因子可以调节体液免疫反应和细胞免疫反应之间的平衡，并且可以调节特定细胞群的成熟、生长和反应性。一些细胞因子以复杂的方式增强或抑制其他细胞因子的作用。在没有限制的情况下，细胞因子可以包括，例如，促酰化蛋白、脂肪因子、白化病素、CCL1、CCL11、CCL12、CCL13、CCL14、CCL15、CCL16、CCL17、CCL18、CCL19、CCL2、CCL20、CCL21、CCL22、CCL23、CCL24、CCL25、CCL26、CCL27、CCL28、CCL3、CCL5、CCL6、CCL7、CCL8、CCL9、趋化因子、集落刺激因子、CX3CL1、CX3CR1、CXCL1、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL14、CXCL15、CXCL16、CXCL17、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL7、CXCL9、促红细胞生成素、Gc-MAF、粒细胞集落刺激因子、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因素、肝细胞生长因子、IL 10细胞因子家族、IL 17细胞因子家族，IL1A、IL1B、炎性小体、interferome、干扰素、干扰扰素β1a、干扰素β1b、干扰素γ、Ⅰ型干扰素、Ⅱ型干扰素，III型干扰素、白细胞介素、白细胞介素1家族、白细胞介素1受体拮抗剂、白细胞介素10、白细胞介素12、白细胞介素12β亚基、白细胞介素13、白细胞介素15、白细胞介素16、白细胞介素2、白细胞介素23、白细胞介素23α亚基、白细胞介素34、白细胞介素35、白细胞介素6、白细胞介素7、白细胞介素8、白细胞介素36、白血病抑制因子、白细胞促进因子、淋巴因子、淋巴毒素、淋巴毒素α、淋巴毒素β、巨噬细胞集落刺激因子、巨噬细胞炎症蛋白、巨噬细胞激活因子、单核因子、肌细胞因子(Myokine)、肌连素(Myonectin)、烟酰胺磷酸核糖基转移酶、癌抑素M、蛋白素、血小板因子4、促炎细胞因子、促促红细胞生成素、RANKL、基质细胞衍生因子1、Talimogene laherparepvec、肿瘤坏死因子α、肿瘤坏死因素、XCL1、XCL2、GM-CSF或XCR1或其任何组合。在制备转基因T细胞的方法的一些实施方案中，将CD8+表达T细胞和/或CD4+表达T细胞的转导群体与至少一种细胞因子接触，以生成CD8+T细胞和/或CD4+T细胞的转导、细胞因子刺激群体。在一些实施方案中，所使用的至少一种细胞因子包括GM-CSF、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-2或IL-21或其任何组合。在一些实施方案中，与细胞因子接触的时间段为至少一天，例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天，或在由上述任一时间点定义的时间范围内的任何时间。
如本文所用，“白细胞介素”或IL是免疫系统主要依赖的细胞因子。本文中可利用的白细胞介素的示例，例如包括IL-1、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8/CXCL8、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12、IL-13、IL-14、IL-15、IL-16、IL-17、IL-18、IL-19、IL-20、IL-21、IL-22、IL-23、IL-24、IL-25、IL26、IL-27、IL-28、IL-29、IL-30、IL-31、IL-32、IL-33、IL-34、IL-35或IL-36或其任何组合。用白细胞介素接触T细胞可以促进、支持、诱导或改善细胞的植入适应性。例如，IL-1可以在T细胞的成熟和增殖中发挥作用。例如，IL-2可以刺激T细胞反应的生长和分化。例如，IL-3可以促进髓系祖细胞的分化和增殖。例如，IL-4可以促进增殖和分化。例如，IL-7可以促进淋巴祖细胞的分化和增殖，参与B、T和NK细胞的生存、发育和体内平衡。例如，IL-15可以诱导自然杀伤细胞的产生。例如，IL-21共同刺激CD8+T细胞的活化和增殖，增强NK细胞毒性，增强CD40驱动的B细胞增殖、分化和同型转换，并促进Th17细胞的分化。
如本文所用，“繁殖细胞”或繁殖指允许细胞增殖、扩张、生长和繁殖的步骤。例如，CD8+T细胞和CD4+T细胞的培养物通常可以在适合T淋巴细胞生长和增殖的条件下培养。在制备具有嵌合抗原受体的转基因T细胞的方法的一些实施方案中，表达CD4+的T细胞繁殖至少1天，并且可以繁殖20天，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天，或在由上述任何两个时段定义的范围内的时段。在制备具有嵌合抗原受体的转基因T细胞的方法的一些实施方案中，表达CD8+的T细胞繁殖至少1天，并且可以繁殖20天，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天，或在由上述任何两个时段定义的范围内的时段。
在另一替代方案中，扩张方法或繁殖可进一步包括向培养基中添加抗CD3和/或抗CD28抗体(例如，浓度至少为0.5ng/ml)。在另一替代方案中，具有嵌合抗原受体方法的转基因T细胞的制备方法可进一步包括向培养基中添加IL-2、IL-15或IL-21或其任何组合(例如，其中IL-2的浓度至少为10单位/mL)。在另一替代方案中，具有嵌合抗原受体方法的转基因T细胞的制备方法可进一步包括向培养基中添加IL-7、IL-15或IL21或其任何组合(例如，其中IL-2的浓度至少为10单位/mL)。分离T淋巴细胞后，细胞毒性T淋巴细胞和辅助性T淋巴细胞在扩增前或扩增后均可分为幼稚T细胞亚群、记忆T细胞亚群和效应T细胞亚群。
如本文所用，“转基因免疫细胞”或“基因工程细胞”是通过一种称为基因工程的过程制备的，该过程可以包括但不限于操纵细胞自身的基因组或将新核酸插入细胞。在一些实施方案中，这些细胞可以是巨噬细胞，也可以称为基因工程巨噬细胞(GEM)。这些技术可用于改变细胞的遗传组成，包括将编码相关基因的载体插入细胞，以及使用RNAi系统、巨核酸酶、锌指核酸酶、转录激活物样效应核酸酶(TALEN)或CRISPR进行基因组编辑。在不受限制的情况下，编码目标基因的载体可以是病毒载体、DNA或mRNA。在本文所述的一些实施方案中，提供了转基因免疫细胞。在一些实施方案中，转基因免疫细胞是使用基因组编辑蛋白质或系统制成的，例如，巨核酸酶、锌指核酸酶、转录激活物样效应核酸酶(TALEN)、CRISPR/VP64-Cas9系统或CRISPR/Cas9系统。
一些实施方案包括多肽序列或其保守变体，例如多肽序列中的保守取代。在一些实施方案中，“保守氨基酸取代”是指取代功能等效氨基酸的氨基酸取代。保守的氨基酸变化导致生成肽的氨基酸序列发生无义改变。例如，一种或多种极性相似的氨基酸充当功能等效物，导致肽的氨基酸序列发生无义变化。即使残基属于不同的基团(例如，用较小的异亮氨酸取代苯丙氨酸)，电荷中性的取代以及用较小的残基取代残基的取代也可以被视为“保守取代”。本领域已经定义了具有类似侧链的氨基酸残基家族。表1显示了几个保守氨基酸取代家族。
表1
Figure BDA0003940984770000981
Figure BDA0003940984770000991
某些核酸
在一些实施方案中，本文提供的方法和组合物包括编码CAR的核酸，该CAR能够或配置为特异性结合IL1RAP。在一些实施方案中，由所述核酸编码的CAR包括：特异性结合IL1RAP的配体结合结构域、间隔区、跨膜结构域和细胞内信号结构域。
在一些实施方案中，核酸包含编码配体结合结构域的第一多核苷酸。在一些实施方案中，由所述核酸编码的配体结合结构域衍生自结合部分多肽，所述结合部分多肽衍生自抗体或抗体片段(例如Fab结构域、VH结构域和/或VL结构域)表达文库。在一些实施方案中，由所述核酸编码的配体结合结构域包含衍生自结合部分多肽的互补决定区(CDR)，例如特异性结合到IL1RAP的结合部分多肽。在一些实施方案中，结合部分多肽选自3A7、4G6或3C5。在一些实施方案中，配体结合结构域可以包括衍生自结合部分多肽的重链CDR1、重链CDR2、重链CDR3、轻链CDR1、轻链CDR2和/或轻链CDR2，所述结合部分多肽特异性结合到IL1RAP。在一些实施方案中，由所述核酸编码的配体结合结构域包含CDR域，该CDR域包含具有SEQ ID NO:42-53中任何一个或多个的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列。在一些实施方案中，由所述核酸编码的配体结合结构域包含CDR或由其组成，该CDR包含具有SEQ IDNO:42-44或51-53中任何一个或多个的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列。在一些实施方案中，由所述核酸编码的配体结合结构域包含CDR3或由其组成，所述CDR3包含具有SEQ IDNO:44或SEQ ID NO:53的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列。在一些实施方案中，由所述核苷酸编码的配体结合结构域包含以下，或由以下组成：CDR1，其包含具有SEQ ID NO:51的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列；CDR2，其包含具有SEQ ID NO:52的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列，或由它们组成；和/或包含CDR3，其包含具有SEQ ID NO:44或SEQ IDNO:53的0-4个保守氨基酸取代或全部三个保守氨基酸取代的氨基酸序列，或由它们组成。在一些实施方案中，由所述核酸编码的配体结合结构域包含与SEQ ID NO:42-53中任一个的氨基酸序列具有至少或等于90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，由所述核酸编码的配体结合结构域可以包括可变重链(VH)结构域和/或可变轻链(VL)结构域，其中VH和/或VL结构域源自结合部分多肽，该多肽特异性地结合到IL1RAP。在一些实施方案中，由所述核酸编码的配体结合结构域包含衍生自结合部分多肽的单链可变片段(scFv)，所述多肽特异性结合到IL1RAP。在一些实施方案中，由所述核酸编码的配体结合结构域包含衍生自结合部分多肽(其特异性结合到IL1RAP)的优化序列(例如抗体的CDR序列、VH结构域和/或VL结构域)的单链可变片段(scFv)。在一些实施方案中，由所述核酸编码的配体结合结构域包含与SEQ ID NO:01-04中任一个的氨基酸序列具有至少或等于90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，核酸包含编码间隔区的第二多核苷酸。在一些实施方案中，由所述核酸编码的间隔区包含CD8间隔区结构域或IgG4铰链区。在一些实施方案中，由所述核酸编码的间隔区包括短(S)、中(M)或长(L)间隔区。间隔区示例如表2所示。
在一些实施方案中，核酸包含编码跨膜结构域的第三多核苷酸。在一些实施方案中，由所述核酸编码的跨膜结构域包含CD8跨膜结构域。在一些实施方案中，由所述核酸编码的跨膜结构域包含与SEQ ID NO:13的氨基酸序列具有至少或等于90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，核酸包含编码细胞内信号结构域的第四多核苷酸。在一些实施方案中，由所述核酸编码的细胞内信号结构域包含共刺激结构域，例如CD27、CD28、4-1BB、OX-40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、LFA-1、CD2、CD7、NKG2C或B7-H3。在一些实施方案中，由所述核酸编码的细胞内信号结构域包括协同刺激结构域与CD3ζ结构域或其功能部分组合。在一些实施方案中，由所述核酸编码的细胞内信号结构域包含4-1BB共刺激结构域。在一些实施方案中，由所述核酸编码的4-1BB共刺激结构域包含与SEQ ID NO:15的氨基酸序列具有至少或等于90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，由所述核酸编码的CD3ζ结构域或其功能部分包含与SEQID NO:17的氨基酸序列具有至少或等于90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，核酸包含编码可选标记的第五多核苷酸。在一些实施方案中，由所述核酸编码的可选标记包括细胞表面可选标记。在一些实施方案中，由所述核酸编码的可选标记包含截短的EGFR多肽(EGFRt)或截短的HER2多肽(HER2t)。
本文提供的方法和组合物的一些实施方案包括包含本文提供的任何一种核酸的载体。在一些实施方案中，载体是病毒载体。在一些实施方案中，该载体是慢病毒载体、泡沫病毒载体、逆转录病毒载体、腺病毒载体或腺病毒相关病毒载体。在一些实施方案中，载体是转座子、整合酶载体系统或mRNA载体
IL1RAP特异性的CAR
本文提供的方法和组合物的一些实施方案包括IL1RAP特异性的CAR。在一些此类实施方案中，CAR由本文提供的核酸编码。CAR可以由本文任一实施方案的核酸或本文任一实施方案的载体编码。表2列出了可并入本文所述产品或方法中使用的任何一种或多种CAR中的多肽结构域的示例。
表2
Figure BDA0003940984770001011
Figure BDA0003940984770001021
Figure BDA0003940984770001031
Figure BDA0003940984770001041
Figure BDA0003940984770001051
Figure BDA0003940984770001061
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Figure BDA0003940984770001151
Figure BDA0003940984770001161
用于CART细胞表达和治疗的某些细胞
本文提供的方法和组合物的一些实施方案包括包含如本文任一或多个实施方案中所述的CAR的细胞。在一些实施方案中，该细胞来自与需要CAR T细胞治疗的受试者相关或无关的供体。在一些实施方案中，细胞来自需要治疗的受试者。
在一些实施方案中，细胞是CD4+T细胞或CD8+T细胞。在一些实施方案中，该细胞是前体T细胞或造血干细胞。在一些实施方案中，该细胞是CD8+细胞毒性T细胞，选自幼稚CD8+T细胞、CD8+记忆T细胞、中央记忆CD8+T细胞、调节性CD8+T细胞、IPS衍生的CD8+T细胞、效应记忆CD8+T细胞和大体积CD8+T细胞。在一些实施方案中，该细胞是CD4+T辅助细胞，该细胞选自幼稚CD4+T细胞、CD4+记忆T细胞、中央记忆CD4+T细胞、调节性CD4+T细胞、IPS衍生的CD4+-T细胞、效应记忆CD4+T细胞和大体积CD4+T细胞。
供体细胞的某些制备方法
本文提供的方法和组合物的一些实施方案包括制备包含IL1RAP特异CAR的细胞群体(例如用于输注的细胞群体)的方法。一些实施方案包括获得受试者的细胞，或获得与该受试者匹配相容以进行细胞治疗的另一受试者的细胞。一些实施方案还包括将本文提供的包含IL1RAP特异性CAR的任何一种载体引入细胞。一些实施方案还包括将细胞扩展和将细胞分离。一些实施方案包括在存在试剂(其选自抗CD3、抗CD28或细胞因子(例如IL-2))的情况下培养细胞。
某些治疗方法
本文提供的方法和组合物的一些实施方案包括治疗方法，例如治疗、抑制或改善受试者癌症的方法。在一些实施方案中，癌症包含表达IL1RAP的癌细胞。在一些实施方案中，癌症选自乳腺癌、脑癌、结肠癌、肾癌、胰腺癌、卵巢癌、肉瘤和白血病。在一些实施方案中，所述癌症包括急性髓细胞白血病(AML)、慢性髓细胞性白血病(CML)和尤因肉瘤。在一些实施方案中，受试者是哺乳动物。在一些实施方案中，受试者是人类。
实施例
实施例1-CAR的构建
IL1RAP结合部分衍生自编码不同形式的人类免疫球蛋白衍生序列的噬菌体或酵母展示文库，包括Fab和VH结构域。对文库进行重组IL1RAP的筛选。将确定的候选基因克隆到免疫球蛋白表达载体中，并测定表达结合部分的结合活性。鉴定的结合部分包括：3A7、4G6和3C5。另一个IL1RAP结合部分7D12衍生自3A7富集文库的第二文库亲和力优化筛选。当表达为重组免疫球蛋白时，所有四个结合部分都与重组IL1RAP结合。3A7和4G6以野生型和IL1RAP敲除细胞进行测试，它们显示了与野生型细胞的结合(图25)。
构建了编码CAR的核酸：RJ104 CAR含有3A7结合部分；RJ105 CAR含有4G6结合部分；RJ106 CAR含有3C5结合部分；RJ107 CAR含有7D12结合部分。编码CAR的核酸被克隆到慢病毒载体中。图1描绘了编码CAR的核酸的示例结构，包括：慢病毒载体元件，包括5′LTR和3′LTR；启动子，例如E1α启动子；以及编码配体结合结构域(结合域)、间隔区(接头)、CD8跨膜结构域、4-1BB域和CD3ζ结构域。表2列出了用于构建CAR的序列。
实施例2-CAR的细胞表面表达
对编码CAR的慢病毒载体进行滴定并用于转导人类T细胞。通过将细胞与重组生物素化的IL1RAP接触，从接触细胞中洗涤未结合的生物素化IL1RAP，并通过用链亲和素连接的藻红蛋白(SA-PE)培养细胞来检测结合的生物素化IL1RAM，从而确定CAR的细胞表面表达。从细胞中洗涤未结合的SA-PE，并用流式细胞仪分析细胞。图2描述了结果，显示仅暴露于SA-PE的细胞没有结合(x轴)；包含RJ105 CAR或RJ106 CAR的细胞基本上没有以CAR形式结合；然而，含有RJ104 CAR或RJ017 CAR的细胞强烈结合目标抗原IL1RAP。
实施例3-CAR对尤因肉瘤细胞的体外活性
人T细胞在IL-2存在下被激活，然后用编码RJ104 CAR(pRJ104)、RJ105 CAR(pRJ105)、RJ106 CAR(p RJ106)或RJ107 CAR(PRJ107)的慢病毒载体转导。对照细胞包括活化细胞(活化T细胞)。表达靶抗原IL1RAP和荧光素酶标记物的尤因肉瘤株(靶细胞)TC71与T细胞(效应细胞)以不同的效应靶比(E:T比)共同培养。测定靶细胞的特异性裂解。
如图3所示，含有RJ104 CAR或RJ107 CAR的T细胞以较低的E:T比率容易裂解目标TC71细胞。相反，含有RJ105 CAR或RJ106 CAR的T细胞在较低的E:T比率下不容易裂解靶TC71细胞。因此，RJ104 CAR和RJ107 CAR的序列对肿瘤细胞的特异性裂解有效。
实施例4—CAR对尤因肉瘤细胞的体外活性
将IL1RAP特异性CAR-T细胞(RJ104、RJ105、RJ106和RJ107)、对照CAR-T淋巴细胞(UTD，未转导)和CD19特异性CAR-T细胞(PS102)与表达IL1RAP细胞的尤因肉瘤瘤细胞系(包括CHLA10、A673、TC32和TC71)；K562阴性对照细胞；或EBV(+)ve Burkitt淋巴瘤细胞系的Raji细胞过夜培养。将TC71细胞转导以过度表达CD19。使用无细胞培养上清液通过ELISA测定培养细胞的细胞因子产生。如图4所示，含有RJ104和RJ107 CAR并与尤因肉瘤细胞系一起培养的CAR T细胞产生较高水平的TNFα、IL-2和干扰素γ。TC71细胞与含有CD19特异性CAR的CAR T细胞共同培养时，细胞因子产生水平最高，这与TC71细胞中CD19的过度表达一致。
实施例5-CAR对AML细胞的体外活性
研究了CAR体外抗急性髓细胞白血病(AML)细胞的活性。以不同比例将IL1RAP特异性效应细胞CAR-T与靶AML细胞共同培养，并测量细胞裂解水平。AML靶细胞系包括THP-1或MOLM-14细胞。以CD19+的Raji细胞作为对照。如图5所示，IL1RAP特异性细胞系RJ104和RJ107对AML细胞系具有相对较高的细胞毒性活性，而RJ105和RJ106具有相对较低的细胞毒性。PS102 CAR-T效应物对CD19抗原具有特异性，不会与THP-1或MOLM-14AML细胞株发生反应，但能识别CD19阳性细胞株Raji。因此，RJ104和RJ107显示了对AML的高度特异性杀伤。
本文中使用的术语“包含(comprising)”与“包括(including)”、“包含(containing)”或“特征为(characterizedby)”同义，并且是包容性或开放性的，不排除附加的、未引用的元素或方法步骤。
上述描述公开了本发明的几种方法和材料。本发明容易受到方法和材料的修改，以及制备方法和设备的更改。对于本领域技术人员来说，考虑到本发明或本发明的实践，这些修改将变得显而易见。因此，本发明并不限于本文所公开的具体实施方案，而是涵盖本发明真正范围和精神范围内的所有修改和实施方案。
本文引用的所有参考文献，包括但不限于已发表和未发表的申请、专利和文献参考文献，均通过引用全部并入本文中，特此成为本规范的一部分。如果引用的出版物和专利或专利申请与本说明书中包含的披露相矛盾，则本说明书旨在取代和/或优先于任何此类相矛盾的材料。

Claims (166)

1.一种编码嵌合抗原受体(CAR)的核酸，其中CAR包括：
配体结合结构域，其特异性结合白细胞介素-1受体辅助蛋白(IL1RAP)；
间隔区；
跨膜结构域；和
细胞内信号结构域。
2.根据权利要求1所述的核酸，其中所述配体结合结构域包含互补决定区(CDR)，所述互补决定区包含具有SEQ ID NO:42-53任一个中的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列。
3.根据权利要求1或2所述的核酸，其中所述配体结合结构域包含互补决定区(CDR)，所述互补决定区包含具有SEQ ID NO:42-44和51-53任一个中的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的核酸，其中所述配体结合结构域包含互补决定区3(CDR3)，所述互补决定区包括具有SEQ ID NO:44或SEQ ID NO:53中的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的核酸，其中所述配体结合结构域包括：
互补决定区1(CDR1)，其包含具有SEQ ID NO:51中的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列；
互补决定区2(CDR2)，其包含具有SEQ ID NO:52中的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列；以及
互补决定区3(CDR3)，其包含具有SEQ ID NO:44或SEQ ID NO:53中的0-4个保守氨基酸取代的氨基酸序列。
6.根据权利要求5所述的核酸，其中配体结合结构域包含氨基酸序列SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52及SEQ ID NO:53。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的核酸，其中所述配体结合结构域包含与SEQ IDNO:01-04中任一个氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。
8.根据权利要求7所述的核酸，其中配体结合结构域包含SEQ ID NO:01或SEQ ID NO:04的氨基酸序列。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的核酸，其中所述间隔区包含CD8间隔区结构域或IgG4铰链区。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的核酸，其中所述跨膜结构域包含CD8跨膜结构域。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的核酸，其中所述跨膜结构域包含与SEQ ID NO:13的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的核酸，其中所述跨膜结构域包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的核酸，其中所述细胞内信号结构域包括选自CD27、CD28、4-1BB、OX-40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、LFA-1、CD2、CD7、NKG2C和B7-H3，以及CD3ζ结构域或其功能部分的共刺激结构域。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的核酸，其中所述细胞内信号结构域包含4-1BB共刺激结构域。
15.根据权利要求14所述的核酸，其中4-1BB共刺激结构域包含与SEQ ID NO:15的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。
16.根据权利要求14或15所述的核酸，其中4-1BB共刺激结构域包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列。
17.根据权利要求13-16中任一项所述的核酸，其中CD3ζ结构域或其功能部分包含与SEQ ID NO:17的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。
18.根据权利要求17所述的核酸，其中CD3ζ结构域或其功能部分包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的核酸，其进一步包含编码可选标记的多核苷酸。
20.根据权利要求19所述的核酸，其中所述可选标记包括选自截短的EGFR多肽(EGFRt)或截短的HER2多肽(HER2t)的细胞表面可选标记。
21.一种由权利要求1-20中任一项所述的核酸编码的多肽。
22.一种包含权利要求1-20中任一项所述核酸的载体。
23.根据权利要求22所述的载体，其中所述载体包含病毒载体。
24.根据权利要求23所述的载体，其中所述病毒载体包括慢病毒载体、逆转录病毒载体、腺病毒载体或腺相关病毒载体。
25.一种包含权利要求1-20中任一项所述核酸的细胞。
26.根据权利要求25所述的细胞，其中所述细胞为CD4+T细胞或CD8+T细胞。
27.根据权利要求25所述的细胞，其中所述细胞为前体T细胞或造血干细胞。
28.根据权利要求25所述的细胞，其中所述细胞是CD8+细胞毒性T细胞，所述CD8+细胞毒性T细胞选自幼稚CD8+T细胞、CD8+记忆T细胞、中央记忆CD8+T细胞、调节性CD8+T细胞、IPS衍生的CD8+T细胞、效应记忆CD8+T细胞和大体积CD8+T细胞。
29.根据权利要求25所述的细胞，其中所述细胞是CD4+T辅助细胞，所述CD4+T辅助细胞选自幼稚CD4+T细胞、CD4+记忆T细胞、中央记忆CD4+T细胞、调节性CD4+T细胞、IPS衍生的CD4+T细胞、效应记忆CD4+T细胞和大体积CD4+T/细胞。
30.根据权利要求25-29中任一项所述的细胞，其用于治疗、改善或抑制受试者的癌症。
31.根据权利要求30所述的细胞，其中所述癌症选自乳腺癌、脑癌、结肠癌、肾癌、胰腺癌、卵巢癌、肉瘤和白血病。
32.根据权利要求30或31所述的细胞，其中所述癌症包括急性髓细胞白血病(AML)、慢性粒细胞白血病(CML)或尤因肉瘤。
33.一种药物组合物，其包含根据权利要求25-29中任一项所述的细胞及药学上可接受的赋形剂。
34.一种治疗、改善或抑制受试者癌症的方法，包括向受试者施用权利要求25-29中任一项所述的细胞。
35.根据权利要求34所述的方法，其中所述癌症选自乳腺癌、脑癌、结肠癌、肾癌、胰腺癌、卵巢癌、肉瘤和白血病。
36.根据权利要求34或35所述的方法，其中所述癌症包括急性髓细胞白血病(AML)、慢性粒细胞白血病(CML)或尤因肉瘤。
37.根据权利要求34-36中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
38.根据权利要求34-36中任一项所述的方法，其中所述受试者是人类。
39.一种制备细胞群的方法，包括：
(a)将权利要求1-20中任一项所述的核酸引入分离的细胞群；和
(b)在存在选自抗CD3、抗CD28和IL-2的细胞因子的试剂的情况下培养细胞群。
40.根据权利要求39所述的方法，其中所述细胞群包括CD4+T细胞或CD8+T细胞。
41.根据权利要求39所述的方法，其中所述细胞群包括前体T细胞或造血干细胞。
42.根据权利要求39所述的方法，其中所述细胞群包括CD8+细胞毒性T细胞，所述CD8+细胞毒性T细胞选自幼稚CD8+T细胞、CD8+记忆T细胞、中央记忆CD8+T细胞、调节性CD8+T细胞、IPS衍生的CD8+T细胞、效应记忆CD8+T细胞和大体积CD8+T细胞。
43.根据权利要求39所述的方法，其中所述细胞群包括CD4+T辅助细胞，所述CD4+T辅助细胞选自幼稚CD4+T细胞、CD4+记忆T细胞，中央记忆CD4+T细胞、调节性CD4+T细胞、IPS衍生的CD4+C-细胞、效应记忆CD4+T细胞和大体积CD4+T细胞。
44.一种抗体，包括：
(i)包含SEQ ID NO:196(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:196)、SEQ ID NO:197(或具有一、二、或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:197)、和SEQ ID NO:198(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:198)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(ii)包含SEQ ID NO:203(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:203)、SEQ ID NO:204(或具有一、二个或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:204)、和SEQ ID NO:205(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:205)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(iii)包含SEQ ID NO:210(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:210)、SEQ ID NO:211(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:211)、和SEQ ID NO:212(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:212)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(iv)包含SEQ ID NO:217(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:217)、SEQ ID NO:218(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:218)、和SEQ ID NO:219(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:219)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(v)包含SEQ ID NO:161(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:161)、SEQ ID NO:162(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:162)、和SEQ ID NO:163(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:163)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(vi)包含SEQ ID NO:169(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:169)、SEQ ID NO:170(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:170)、和SEQ ID NO:171(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:171)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(vii)包含SEQ ID NO:177(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:177)、SEQ ID NO:178(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:178)、和SEQ ID NO:179(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:179)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；或
(viii)包含SEQ ID NO:185(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ IDNO:185)、SEQ ID NO:186(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:186)、和SEQ ID NO:187(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:187)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区。
45.根据权利要求44所述的抗体，其中所述抗体包含结合SEQ IDNO:54或SEQ ID NO:55的能力。
46.根据权利要求44-45中任一项所述的抗体，其中所述抗体包含所述(i)的所述重链可变结构域或区。
47.根据权利要求46所述的抗体，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ ID NO:01所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
48.根据权利要求44-45中任一项所述的抗体，其中所述抗体包含所述(ii)的所述重链可变结构域或区。
49.根据权利要求48所述的抗体，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ ID NO:02所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
50.根据权利要求44-45中任一项所述的抗体，其中所述抗体包含所述(iii)的所述重链可变结构域或区。
51.根据权利要求50所述的抗体，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ ID NO:03所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
52.根据权利要求44-45中任一项所述的抗体，其中所述抗体包含所述(iv)的所述重链可变结构域或区。
53.根据权利要求52所述的抗体，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ ID NO:04所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
54.根据权利要求44-45中任一项所述的抗体，其中所述抗体包含所述(v)的所述重链可变结构域或区。
55.根据权利要求54所述的抗体，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ ID NO:160所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
56.根据权利要求44-45中任一项所述的抗体，其中所述抗体包含所述(vi)的所述重链可变结构域或区。
57.根据权利要求56所述的抗体，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ ID NO:168所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
58.根据权利要求44-45中任一项所述的抗体，其中所述抗体包含所述(vii)的所述重链可变结构域或区。
59.根据权利要求58所述的抗体，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ ID NO:176所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
60.根据权利要求44-45中任一项所述的抗体，其中所述抗体包含所述(viii)的所述重链可变结构域或区。
61.根据权利要求60所述的抗体，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ ID NO:184所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
62.根据权利要求44-61中任一项所述的抗体，其中所述抗体是单克隆抗体。
63.根据权利要求44-62中任一项所述的抗体，其中所述抗体是单链抗体。
64.一种抗原结合片段，包括：
(i)包含SEQ ID NO:196(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:196)、SEQ ID NO:197(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:197)、和SEQ ID NO:198(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:198)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(ii)包含SEQ ID NO:203(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:203)、SEQ ID NO:204(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:204)、和SEQ ID NO:205(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:205)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(iii)包含SEQ ID NO:210(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:310)、SEQ ID NO:211(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:211)、和SEQ ID NO:212(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:212)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(iv)包含SEQ ID NO:217(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:217)、SEQ ID NO:218(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:218)、和SEQ ID NO:219(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:219)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(v)包含SEQ ID NO:161(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:161)、SEQ ID NO:162(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:162)、和SEQ ID NO:163(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:163)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(vi)包含SEQ ID NO:169(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:169)、SEQ ID NO:170(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:170)、和SEQ ID NO:171(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:171)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(vii)包含SEQ ID NO:177(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:177)、SEQ ID NO:178(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:178)、和SEQ ID NO:179(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:179)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；或
(viii)包含SEQ ID NO:185(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ IDNO:185)、SEQ ID NO:186(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:186)、和SEQ ID NO:187(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:187)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区。
65.根据权利要求64所述的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段包括结合SEQ IDNO:54或SEQ ID NO:55的能力。
66.根据权利要求64-65中任一项所述的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段包含所述(i)的所述重链可变结构域或区。
67.根据权利要求66所述的抗原结合片段，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQID NO:01所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
68.根据权利要求64-65中任一项所述的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段包含所述(ii)的所述重链可变结构域或区。
69.根据权利要求68所述的抗原结合片段，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQID NO:02所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
70.根据权利要求64-65中任一项所述的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段包含所述(iii)的所述重链可变结构域或区。
71.根据权利要求70所述的抗原结合片段，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQID NO:03所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
72.根据权利要求64-65中任一项所述的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段包含所述(iv)的所述重链可变结构域或区。
73.根据权利要求72所述的抗原结合片段，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQID NO:04所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
74.根据权利要求64-65中任一项所述的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段包含所述(v)的所述重链可变结构域或区。
75.根据权利要求74所述的抗原结合片段，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQID NO:160所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
76.根据权利要求64-65中任一项所述的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段包含所述(vi)的所述重链可变结构域或区。
77.根据权利要求76所述的抗原结合片段，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQID NO:168所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
78.根据权利要求64-65中任一项所述的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段包含所述(vii)的所述重链可变结构域或区。
79.根据权利要求78所述的抗原结合片段，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQID NO:176所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
80.根据权利要求64-65中任一项所述的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段包含所述(viii)的所述重链可变结构域或区。
81.根据权利要求80所述的抗原结合片段，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQID NO:184所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
82.根据权利要求64-81中任一项所述的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段是单克隆的。
83.根据权利要求64-82中任一项所述的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段是Fab。
84.一种抗体结构域，包括：
(i)包含SEQ ID NO:196(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:196)、SEQ ID NO:197(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:197)、和SEQ ID NO:198(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:198)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(ii)包含SEQ ID NO:203(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:203)、SEQ ID NO:204(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:204)、和SEQ ID NO:205(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:205)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(iii)包含SEQ ID NO:210(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:210)、SEQ ID NO:211(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:211)、和SEQ ID NO:212(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:212)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(iv)包含SEQ ID NO:217(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:217)、SEQ ID NO:218(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:218)、和SEQ ID NO:219(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:219)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(v)包含SEQ ID NO:161(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:161)、SEQ ID NO:162(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:162)，和SEQ ID NO:163(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:163)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(vi)包含SEQ ID NO:169(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:169)、SEQ ID NO:170(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:170)、和SEQ ID NO:171(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:171)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；
(vii)包含SEQ ID NO:177(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:177)、SEQ ID NO:178(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:178)、和SEQ ID NO:179(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:179)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区；或
(viii)包含SEQ ID NO:185(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ IDNO:185)、SEQ ID NO:186(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:186)、和SEQ ID NO:187(或具有一、二或三个氨基酸添加、缺失或取代的SEQ ID NO:187)所示氨基酸序列的重链可变结构域或区。
85.根据权利要求84所述的抗体结构域，其中所述抗体结构域包含结合SEQ ID NO:54或SEQ ID NO:55的能力。
86.根据权利要求84-85中任一项所述的抗体结构域，其中所述抗体结构域包含所述(i)的所述重链可变结构域或区。
87.根据权利要求86所述的抗体结构域，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ IDNO:01所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
88.根据权利要求84-85中任一项所述的抗体结构域，其中所述抗体结构域包含所述(ii)的所述重链可变结构域或区。
89.根据权利要求88所述的抗体结构域，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ IDNO:02所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
90.根据权利要求84-85中任一项所述的抗体结构域，其中所述抗体结构域包含所述(iii)的所述重链可变结构域或区。
91.根据权利要求90所述的抗体结构域，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ IDNO:03所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
92.根据权利要求84-85中任一项所述的抗体结构域，其中所述抗体结构域包含所述(iv)的所述重链可变结构域或区。
93.根据权利要求92所述的抗体结构域，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ IDNO:04所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
94.根据权利要求84-85中任一项所述的抗体结构域，其中所述抗体结构域包含所述(v)的所述重链可变结构域或区。
95.根据权利要求94所述的抗体结构域，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ IDNO:160所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
96.根据权利要求84-85中任一项所述的抗体结构域，其中所述抗体结构域包含所述(vi)的所述重链可变结构域或区。
97.根据权利要求96所述的抗体结构域，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ IDNO:168所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
98.根据权利要求84-85中任一项所述的抗体结构域，其中所述抗体结构域包含所述(vii)的所述重链可变结构域或区。
99.根据权利要求98所述的抗体结构域，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQ IDNO:176所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
100.根据权利要求84-85中任一项所述的抗体结构域，其中所述抗体结构域包含所述(viii)的所述重链可变结构域或区。
101.根据权利要求100所述的抗体结构域，其中所述重链可变结构域或区包含与SEQID NO:184所示氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列。
102.根据权利要求84-101中任一项所述的抗体结构域，其中所述抗体结构域是单克隆的。
103.根据权利要求84-102中任一项所述的抗体结构域，其中所述抗体结构域是VH结构域。
104.一种嵌合抗原受体，包括抗原结合结构域、铰链、跨膜结构域和一种或多种信号结构域，其中所述抗原结合结构域包括根据权利要求44-103中任一项所述的抗体、抗原结合片段或抗体结构域。
105.根据权利要求104所述的嵌合抗原受体，其中所述抗原结合结构域包括能够结合IL1RAP多肽的VH结构域。
106.根据权利要求104-105中任一项所述的嵌合抗原受体，其中所述铰链包含图11或图14中所述的氨基酸序列。
107.根据权利要求104-106中任一项所述的嵌合抗原受体，其中所述跨膜结构域包含图15中所述的跨膜结构域。
108.根据权利要求104-107中任一项所述的嵌合抗原受体，其中所述嵌合抗原接收器包含图16中所述的一种或多种信号结构域。
109.一种包含根据权利要求104-108中任一项所述的嵌合抗原受体的细胞。
110.根据权利要求109所述的细胞，其中所述细胞是T细胞、干细胞或NK细胞。
111.一种细胞衔接器，包括第一抗原结合结构域、接头和第二抗原结合结构域，其中所述第一抗原结合结构域包含根据权利要求44-103中任一项所述的抗体、抗原结合片段或抗体结构域。
112.根据权利要求111所述的细胞衔接器，其中所述第一抗原结合结构域包括能够结合IL1RAP多肽的VH结构域。
113.根据权利要求111-112中任一项所述的细胞衔接器，其中所述接头包含图11或图14中所示的氨基酸序列。
114.根据权利要求111-113中任一项所述的细胞衔接器，其中所述第二抗原结合结构域与T细胞表面表达的多肽结合。
115.根据权利要求114所述的细胞衔接器，其中所述T细胞表面表达的多肽是CD3多肽。
116.根据权利要求114所述的细胞衔接器，其中所述第二抗原结合结构域是图17中所述的抗原结合结构域。
117.根据权利要求111-113中任一项所述的细胞衔接器，其中所述第二抗原结合结构域与NK细胞表面表达的多肽结合。
118.根据权利要求117所述的细胞衔接器，其中所述NK细胞表面表达的多肽是CD16a、NKG2A、NKG2D、NKp30、NKp44或NKp46多肽。
119.根据权利要求117所述的细胞衔接器，其中所述第二抗原结合结构域是图18中所述的抗原结合结构域。
120.根据权利要求111-119中任一项所述的细胞衔接器，其中所述细胞衔接器包含第三抗原结合结构域。
121.根据权利要求120所述的细胞衔接器，其中所述第三抗原结合结构域与NK细胞表面表达的多肽结合。
122.根据权利要求121所述的细胞衔接器，其中所述NK细胞表面表达的多肽是CD16a、NKG2A、NKG1D、NKp30、NKp44或NKp46多肽。
123.根据权利要求121所述的细胞衔接器，其中所述第三抗原结合结构域是图18中所示抗原结合结构域。
124.一种核酸，其包含编码至少部分所述抗体、所述抗原结合片段或权利要求44-103中任一项所述抗体结构域的核酸序列。
125.根据权利要求124所述的核酸，其中所述核酸序列编码权利要求84所述(i)-(viii)中任何一项的所述抗体结构域。
126.根据权利要求124-125中任一项所述的核酸，其中所述核酸是病毒载体。
127.根据权利要求124-125中任一项所述的核酸，其中所述核酸是噬菌体。
128.一种核酸，其包含编码权利要求104-108中任一项所述嵌合抗原受体的核酸序列或权利要求111-123中任一项所述细胞衔接器的核酸序列。
129.根据权利要求128所述的核酸，其中所述核酸是病毒载体。
130.根据权利要求128所述的核酸，其中所述核酸是噬菌体。
131.一种包含根据权利要求124-130中任一项所述核酸的宿主细胞。
132.一种表达权利要求104-108中任一项嵌合抗原受体或权利要求111-123中任一项所述细胞衔接器的宿主细胞。
133.根据权利要求131-132中任一项所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞是T细胞、干细胞或NK细胞。
134.一种抗体药物偶联物(ADC)，其包含共价连接到药物的抗原结合结构域，其中所述抗原结合结构域包含根据权利要求44-103中任一项所述的抗体、抗原结合片段或抗体结构域。
135.根据权利要求134所述的ADC，其中所述抗原结合结构域包含能够结合IL1RAP多肽的VH结构域。
136.根据权利要求134-135中任一项所述的ADC，其中所述药物选自奥瑞他汀、美登素或吡咯苯并二氮杂卓(PBD)二聚体。
137.一种组合物，其包含根据权利要求44-103中任一项所述的抗体、抗原结合片段或抗体结构域。
138.根据权利要求137所述的组合物，其中所述组合物包含根据权利要求44-63中任一项所述的抗体。
139.根据权利要求137所述的组合物，其中所述组合物包含根据权利要求64-83中任一项所述的所述抗原结合片段。
140.根据权利要求137所述的组合物，其中所述组合物包含根据权利要求84-103中任一项所述抗体结构域。
141.一种组合物，其包含权利要求111-123中任一项所述的细胞衔接器。
142.一种组合物，其包含权利要求109-110和131-133中任一项所述的细胞。
143.一种组合物，其包含根据权利要求134-136中任一项所述的ADC。
144.根据权利要求137-143中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含检查点抑制剂。
145.根据权利要求144所述的组合物，其中所述检查点抑制剂选自西米普利单抗、纳武单抗、帕普利珠单抗、JTX-4014、斯巴达珠单抗、卡瑞丽珠单抗、信迪利单抗、替雷利珠单抗、特瑞普利单抗、多塔利单抗、INCMGA00012、AMP-224、AMP-514、阿维鲁单抗、德瓦鲁单抗、阿替利珠单抗、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、BMS-986189和伊匹单抗。
146.一种治疗患有癌症的哺乳动物的方法，其中所述方法包括向所述哺乳动物施用权利要求137-145中任一项的组合物。
147.根据权利要求146所述的方法，其中所述哺乳动物是人类。
148.根据权利要求146-147中任一项所述的方法，其中所述癌症是IL1RAP+癌症。
149.根据权利要求148所述的方法，其中所述IL1RAP+癌症选自IL1RAP+尤因肉瘤和IL1RAP+AML。
150.根据权利要求146-149中任一项所述的方法，其中，在所述施用步骤之后，所述哺乳动物体内的癌细胞数量减少。
151.一种治疗患有癌症的哺乳动物的方法，其中所述方法包括：
(a)向所述哺乳动物施用根据权利要求137-143中任一项所述的所述组合物，及
(b)向所述哺乳类动物施用包含检查点抑制剂的组合物。
152.根据权利要求151所述的方法，其中所述哺乳动物是人类。
153.根据权利要求151-152中任一项所述的方法，其中所述癌症是IL1RAP+癌症。
154.根据权利要求153所述的方法，其中所述IL1RAP+癌症选自IL1RAP+尤因肉瘤和IL1RAP+AML。
155.根据权利要求151-154中任一项所述的方法，其中所述检查点抑制剂选自西米普利单抗、纳武单抗、帕普利珠单抗、JTX-4014、斯巴达珠单抗、卡瑞丽珠单抗、信迪利单抗、替雷利珠单抗、特瑞普利单抗、多塔利单抗、INCMGA00012、AMP-224、AMP-514、阿维鲁单抗、德瓦鲁单抗、阿替利珠单抗、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、BMS-986189和伊匹单抗。
156.根据权利要求151-155中任一项所述的方法，其中，在所述施用步骤(a)和(b)之后，所述哺乳动物体内的癌细胞数量减少。
157.一种将结合分子与IL1RAP多肽结合的方法，其中所述方法包括将所述IL1RAP多肽与根据权利要求44-103中任一项所述的抗体、抗原结合片段或抗体结构域接触。
158.根据权利要求157所述的方法，其中所述接触是在体外进行的。
159.根据权利要求157所述的方法，其中所述接触是在体内进行的。
160.根据权利要求159所述的方法，其中所述接触是通过向所述哺乳动物施用所述抗体、所述抗原结合片段或所述抗体结构域在哺乳动物体内进行的。
161.根据权利要求160所述的方法，其中所述哺乳动物是人类。
162.一种将结合分子与IL1RAP多肽结合的方法，其中所述方法包括将所述IL1RAP多肽与权利要求104-108中任一项所述的嵌合抗原受体、权利要求111-123中任一项所述的细胞衔接器或权利要求134-136中任一项所述的ADC接触。
163.根据权利要求162所述的方法，其中所述接触是在体外进行的。
164.根据权利要求162所述的方法，其中所述接触是在体内进行的。
165.根据权利要求164所述的方法，其中所述接触是通过向所述哺乳动物施用所述嵌合抗原受体、所述细胞衔接器或所述ADC在哺乳动物体内进行的。
166.根据权利要求165所述的方法，其中所述哺乳动物是人类。
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