CN115537460A - Pd风险位点检测试剂盒及其使用方法、风险评分方法 - Google Patents
Pd风险位点检测试剂盒及其使用方法、风险评分方法 Download PDFInfo
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Abstract
本申请公开了一种PD风险位点检测试剂盒及其使用方法、风险评分方法。该检测试剂盒包括:SNP所在片段的52对引物组、dNTP、DNA聚合酶、PCR扩增缓冲液和Sequenom MassARRAY基因分型常规组件与试剂。实现的检测位点为针对亚裔PD人群开发的PD风险相关位点,可准确反映亚裔人群的PD遗传特征,可用于评估正常人患PD的风险,辅助PD的临床诊断,实现早期诊断早期治疗;可准确、快捷、经济的检测大量样本的数十个特定位点的基因型信息,相较已有的高通量二代测序数据具有成本低廉的优点,相较较为传统的Sanger测序法、KASP技术、Taqman技术方法,具有通量高、检测迅速的优势;构建了多基因风险评分模型,能够从遗传学角度全面评估检测人的患病风险。
Description
技术领域
本申请涉及检测试剂领域,具体而言,涉及一种PD风险位点检测试剂盒及其使用方法、风险评分方法。
背景技术
遗传因素是PD发生发展的重要因素,至今国内外已鉴定了多个PD致病基因(如Parkin、PINK1、PLA2G6、DAGLB等)及易感基因(如GBA、NUS1、GCH1 等),这些基因的发现为理解PD的发病机制提供了重要的线索。
全基因组关联研究(Genome-wide association study,GWAS)作为探索疾病遗传易感因素的重要方法,至今已发现了超过90个PD风险位点,但GWAS 研究目前多基于欧洲血统人群,由于PD风险位点人群异质性的存在,直接套用研究结果用于亚裔人群PD的遗传风险评估,可能导致预测效果不良,从而影响个体的临床决策与疾病预防;亚裔人群可能存在特异的风险位点,已有的方法无法囊括该类位点。
针对相关技术中无法囊括亚裔人群可能存在特异的风险位点,也不能用于亚裔人群PD的遗传风险评估造成的影响临床诊断、治疗的问题,目前尚未提出有效的解决方案。
发明内容
本申请的主要目的在于提供一种PD风险位点检测试剂盒及其使用方法、风险评分方法,以解决无法囊括亚裔人群可能存在特异的风险位点,也不能用于亚裔人群PD的遗传风险评估造成的影响临床诊断、治疗的问题。
为了实现上述目的,根据本申请的一个方面,提供了一种PD风险位点检测试剂盒。
根据本申请的PD风险位点检测试剂盒包括:SNP所在片段的52对引物组、dNTP、DNA聚合酶、PCR扩增缓冲液和Sequenom MassARRAY基因分型常规组件与试剂。
进一步的,SNP所在片段的52对引物组包括:用于扩增52个SNP位点基因片段的PCR引物对,以及特异性检测这52个位点基因型的52条对应Sequenom MassARRAY单碱基延伸引物;其中,所述PCR引物对包括:PCR正向引物和PCR反向引物。
进一步的,52个所述SNP位点为rs356182、rs34778348、rs11557080、 rs34594498、rs10513789、rs33949390、rs421016、rs4698412、rs2251086、 rs61204179、rs11158026、rs997368、rs12456492、rs2248244、rs10847864、 rs34311866、rs10748818、rs6825004、rs7938782、rs1474055、rs1867598、 rs4140646、rs10756907、rs12528068、rs4653767、rs199351、rs1941685、 rs34025766、rs55818311、rs6500328、rs11150601、rs2904880、rs75859381、 rs11578699、rs2042477、rs11610045、rs620513、rs10797576、rs12147950、rs1450522、rs2269906、rs3104783、rs12951632、rs6808178、rs62333164、 rs7134559、rs3802920、rs6658353、rs61169879、rs10221156、rs11683001和 rs9638616。
为了实现上述目的,根据本申请的另一方面,提供了一种试剂盒的使用方法。
根据本申请的试剂盒的使用方法包括:检测DNA样品是否满足预设标准,检测为满足标准的DNA样本将用于后续检测;采用Sequenom MassARRAY对52个目标SNP位点进行基因分型检测。
进一步的,检测DNA样品是否满足预设标准,检测为满足标准的DNA样本将用于后续检测包括:
琼脂糖凝胶电泳分析DNA降解程度以及是否有污染,OD值在1.8~2.0之间则为满足标准,将满足标准的DNA样本将用于后续检测。
进一步的,检测DNA样品是否满足预设标准,检测为满足标准的DNA样本将用于后续检测包括:
Qubit对DNA浓度进行精准定量,DNA总量大于40ng则为满足标准,将满足标准的DNA样本将用于后续检测。
进一步的,采用Sequenom MassARRAY对52个目标SNP位点进行基因分型检测包括:
用各引物扩增目的片段按指定体积比混合并进行PCR反应;
将PCR产物用SAP处理,去除体系中游离的dNTP;
用对应的单碱基延伸引物进行单碱基延伸;
将Clean Resin树脂平铺到树脂板中,加水到延伸产物的对应孔内,将干燥后的树脂倒入延伸产物板中,封膜、旋转;
采用MassARRAY点样仪将树脂纯化后的延伸产物移至384孔SpectroCHIP芯片上;
将点样后的SpectroCHIP使用MALDI-TOF分析,检测结果使用TYPER软件分型并输出结果。
为了实现上述目的,根据本申请的另一方面,提供了一种基于PD风险位点的风险评分方法。
根据本申请的基于PD风险位点的风险评分方法包括:利用52个SNP位点的效应值构建多基因风险模型并计算各检测样本的多基因风险评分;多基因风险评分计算公式为:
本申请的有益效果如下:
本申请的PD风险位点检测试剂盒的检测位点为针对亚裔PD人群开发的PD 风险相关位点,可准确反应亚裔人群的PD遗传特征,可用于评估正常人患PD 的风险,辅助PD的临床诊断,实现早期诊断早期治疗。
本申请的试剂盒的使用方法可准确、快捷、经济的检测大量样本的数百个特定位点的基因型信息,相较已有的高通量的二代测序数据具有成本低廉的优点,相较较为传统的Sanger测序法、KASP技术、massarray技术、Taqman技术方法,具有通量高、检测迅速的优势。
本申请的基于PD风险位点的风险评分方法构建了多基因风险评分模型,能够全面评估检测人的患病风险。
具体实施方式
为了使本技术领域的人员更好地理解本申请方案,下面对本申请实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅仅是本申请一部分的实施例,而不是全部的实施例。基于本申请中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都应当属于本申请保护的范围。
需要说明的是,本申请的说明书和权利要求书中的术语“第一”、“第二”等是用于区别类似的对象,而不必用于描述特定的顺序或先后次序。应该理解这样使用的数据在适当情况下可以互换,以便这里描述的本申请的实施例。此外,术语“包括”和“具有”以及他们的任何变形,意图在于覆盖不排他的包含,例如,包含了一系列步骤或单元的过程、方法、系统、产品或设备不必限于清楚地列出的那些步骤或单元,而是可包括没有清楚地列出的或对于这些过程、方法、产品或设备固有的其它步骤或单元。
需要说明的是,在不冲突的情况下,本申请中的实施例及实施例中的特征可以相互组合。下面将结合实施例来详细说明本申请。
本申请涉及一种PD风险位点检测试剂盒,该试剂盒包括:SNP所在片段的52 对引物组、dNTP、DNA聚合酶、PCR扩增缓冲液和Sequenom MassARRAY基因分型常规组件与试剂。
具体的,在前期的研究中,我们利用中国PD人群和健康对照进行了GWAS研究,发现了8个位点达到全基因组显著,其中1个为新发现位点,7个为既往报道相关位点;此外对70余个其他人群GWAS已报道PD相关位点进行验证研究,发现 44个位点在中国人群也发挥重要作用。
本实施例中,优选的,SNP所在片段的52对引物组包括:用于扩增52个SNP 位点基因片段的PCR引物对,以及特异性检测这52个位点基因型的52条对应Sequenom MassARRAY单碱基延伸引物;其中,所述PCR引物对包括:PCR正向引物和PCR反向引物。
优选的,52个所述SNP位点为rs356182、rs34778348、rs11557080、rs34594498、rs10513789、rs33949390、rs421016、rs4698412、rs2251086、rs61204179、 rs11158026、rs997368、rs12456492、rs2248244、rs10847864、rs34311866、 rs10748818、rs6825004、rs7938782、rs1474055、rs1867598、rs4140646、 rs10756907、rs12528068、rs4653767、rs199351、rs1941685、rs34025766、 rs55818311、rs6500328、rs11150601、rs2904880、rs75859381、rs11578699、 rs2042477、rs11610045、rs620513、rs10797576、rs12147950、rs1450522、rs2269906、rs3104783、rs12951632、rs6808178、rs62333164、rs7134559、rs3802920、rs6658353、rs61169879、rs10221156、rs11683001和rs9638616。
PCR正向引物、PCR反向引物和单碱基延伸引物的对应关系具体如下表1所示:
由上可知,本申请的PD风险位点检测试剂盒的检测位点为针对亚裔PD人群开发的PD风险相关位点,可准确反应亚裔人群的PD遗传特征,可用于评估正常人患PD的风险,辅助PD的临床诊断,实现早期诊断早期治疗。
本申请还涉及一种试剂盒的使用方法,包括:
步骤S1:检测DNA样品是否满足预设标准,检测为满足标准的DNA样本将用于后续检测;
优选的,检测DNA样品是否满足预设标准,检测为满足标准的DNA样本将用于后续检测包括:琼脂糖凝胶电泳分析DNA降解程度以及是否有污染,OD值在 1.8~2.0之间则为满足标准,将满足标准的DNA样本将用于后续检测。
可选的,检测DNA样品是否满足预设标准,检测为满足标准的DNA样本将用于后续检测包括:Qubit对DNA浓度进行精准定量,DNA总量大于40ng则为满足标准,将满足标准的DNA样本将用于后续检测。
具体的,测定方法用于测定来源于人的基因组DNA,临床取材来源广泛,如外周血、组织细胞等均可,通过提取和纯化制备基因组DNA;DNA样品的检测主要包括2种方法:1)琼脂糖凝胶电泳分析DNA降解程度以及是否有RNA或蛋白等污染。2)Qubit对DNA浓度进行精准定量。一般OD值在1.8~2.0之间,DNA总量大于40ng,满足标准的DNA样本将用于后续检测。
步骤S2:采用Sequenom MassARRAY对52个目标SNP位点进行基因分型检测。
优选的,采用Sequenom MassARRAY对52个目标SNP位点进行基因分型检测包括:
步骤S21:用各引物扩增目的片段按指定体积比混合并进行PCR反应;
用表1的各引物扩增目的片段,每个反应体积为5ul,包括10xPCR缓冲液0.5ul,MgCl2(25mM)0.4ul,dNTP混合液(25mM)0.1ul,Taq酶(5U/ul)0.1ul,无酶水1.9ul,PCR上游和下游引物0.5ul,DNA模板1ul;PCR反应条件:94℃4min、 94℃20s、56℃30s、72℃1min共45个循环,72℃5min,4℃保持。
步骤S22:将PCR产物用SAP处理,去除体系中游离的dNTP;
PCR完成后将PCR产物用虾碱性磷酸酶(SAP)处理,去除体系中游离的dNTP,反应体系为2ul,包括1.53ul无酶水,0.17ulSAP缓冲液,0.3ulSAP;反应条件:37℃40min、85℃5min、4℃保持。
步骤S23:用对应的单碱基延伸引物进行单碱基延伸;
用表1对应的单碱基延伸引物进行单碱基延伸,将2ul单碱基延伸反应液加入上述每个反应体系中,按照以下的PCR反应条件进行反应:94℃30s、94℃ 5s、52℃5s、80℃5s、52℃5s四次、94℃5s三十九次、72℃3min、4℃保持。
步骤S24:将Clean Resin树脂平铺到树脂板中,加水到延伸产物的对应孔内,将干燥后的树脂倒入延伸产物板中,封膜、旋转;
将Clean Resin树脂平铺到6mg的树脂板中,加16ul水到延伸产物的对应孔内,将干燥后的树脂倒入延伸产物板中,封膜,低速垂直旋转30min,使树脂与反应物充分接触,离心使树脂沉入孔底。
步骤S25:采用MassARRAY点样仪将树脂纯化后的延伸产物移至384孔SpectroCHIP芯片上;
启动MassARRAY点样仪,将树脂纯化后的延伸产物移至384孔SpectroCHIP(Sequenom)芯片上。
步骤S26:将点样后的SpectroCHIP使用MALDI-TOF分析,检测结果使用TYPER 软件分型并输出结果。
点样后的SpectroCHIP使用基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱 (MALDI-TOF)分析,检测结果使用TYPER软件(Sequenom)分型并输出结果。
由上可知,本申请的试剂盒的使用方法可准确、快捷、经济的检测大量样本的数百个特定位点的基因型信息,相较已有的高通量的二代测序数据具有成本低廉的优点,相较较为传统的Sanger测序法、KASP技术、massarray技术、Taqman技术方法,具有通量高、检测迅速的优势。
本申请还涉及一种基于PD风险位点的风险评分方法,包括:
步骤S101:利用52个SNP位点的效应值构建多基因风险模型并计算各检测样本的多基因风险评分;多基因风险评分计算公式为:
基于中国10181例PD患者与11932例正常对照中进行了全基因组关联研究和验证研究得到的52个PD相关SNP位点,利用研究中各位点的效应值构建多基因风险模型并计算各检测样本的多基因风险评分。SNP位点对应效应值如下表2 所示:
将上述的基于PD风险位点的风险评分方法配置计算机的可读存储介质中,计算机的处理器可以通过该方法执行相应的程序,结合上表和公式通过计算出多基因风险分数,用于评估检测人的患病风险。
由上可知,本申请的基于PD风险位点的风险评分方法构建了多基因风险评分模型,能够全面评估检测人的患病风险。
以上所述仅为本申请的优选实施例而已,并不用于限制本申请,对于本领域的技术人员来说,本申请可以有各种更改和变化。凡在本申请的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本申请的保护范围之内。
序列表
<110> 中南大学湘雅医院
<120> PD风险位点检测试剂盒及其使用方法、风险评分方法
<160> 156
<170> SIPOSequenceListing 1.0
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
ggcagttttc caggcatctg 20
<210> 34
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
acgttggatg tccaggtgct tctggctttc 30
<210> 35
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
acgttggatg gaaagtgaac ctcccttgac 30
<210> 36
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
ccccagacag gtgccttccc c 21
<210> 37
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
acgttggatg ccaagaagca atacaggaac 30
<210> 38
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
acgttggatg tgaagcctgc cacttctttc 30
<210> 39
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
aacttaacag gaaaagtgaa a 21
<210> 40
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
acgttggatg cacaaaataa ctgagtgga 29
<210> 41
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
acgttggatg gggaccccac ataattctg 29
<210> 42
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
aatggctaag catttatcca ga 22
<210> 43
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
acgttggatg aggagaatcg cttgaacctg 30
<210> 44
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
acgttggatg gtttcactct tgttgcccag 30
<210> 45
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 45
ggggcctggg agttagaggt tg 22
<210> 46
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 46
acgttggatg tcccacccag gtaaaaatcc 30
<210> 47
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
acgttggatg ccctctcatt ggaagtatgg 30
<210> 48
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
tagatgtact tctaatcttt acc 23
<210> 49
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
acgttggatg gctggttgcc agtcagaaga 30
<210> 50
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
acgttggatg tttagcacga ccacaacagc 30
<210> 51
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
ggtggccagt cagaagaacg acc 23
<210> 52
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 52
acgttggatg ttaaatttct gaagcccagg 30
<210> 53
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 53
acgttggatg cagactgtat tttcctcatg c 31
<210> 54
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 54
aacccgaagc ccaggtattc tgat 24
<210> 55
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 55
acgttggatg ggagcttcca gtacattggg 30
<210> 56
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 56
acgttggatg gcatccatta tgacagtgac 30
<210> 57
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 57
gttacagtac attgggaaga aaga 24
<210> 58
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 58
acgttggatg agctgattgc caactcactg 30
<210> 59
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 59
acgttggatg agagctggta cgcgatgtc 29
<210> 60
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 60
atgacaactc actggccacc gcaag 25
<210> 61
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 61
acgttggatg gcgatttggg cagtttcttc 30
<210> 62
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 62
acgttggatg ccagtccatt ccctgtattg 30
<210> 63
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 63
agtacgaaac agtgtagtca cacta 25
<210> 64
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 64
acgttggatg cagctcacaa actgaatgaa 30
<210> 65
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 65
acgttggatg ccccttaaga tgccaaaatt g 31
<210> 66
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 66
ctcacaaact gaatgaaatt aaaaat 26
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<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 67
acgttggatg gtgacacaaa attcaaaagg 30
<210> 68
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 68
acgttggatg tatggaactg agtggtggag 30
<210> 69
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 69
caaaaggtaa aaaagaatat acagag 26
<210> 70
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 70
acgttggatg tgaggatgac agcagatttc 30
<210> 71
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 71
acgttggatg actgagtttt ctttcagtg 29
<210> 72
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 72
cgcagatttc ttactgtaaa aaattca 27
<210> 73
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 73
acgttggatg cctgagatgc taagagatcc 30
<210> 74
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 74
acgttggatg catgtgggaa ccacattctg 30
<210> 75
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 75
ggaaaacagc tcctgtgatg ggaaaag 27
<210> 76
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 76
acgttggatg cagaaagggg aaaatgatgg 30
<210> 77
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 77
acgttggatg tcaccctgtt tgtaatctgg 30
<210> 78
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 78
atggtttttc aattttgtta tgttgata 28
<210> 79
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 79
acgttggatg gcctctctcc actcgcctc 29
<210> 80
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 80
acgttggatg ctttgcagga ggaaatgggc 30
<210> 81
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 81
actcgcctcc atcac 15
<210> 82
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 82
acgttggatg agggagggca gggagtcag 29
<210> 83
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 83
acgttggatg accagtaagt gctgcttccc 30
<210> 84
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 84
gcacccgagg actcc 15
<210> 85
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 85
acgttggatg ctggaattac aggtgtgagc 30
<210> 86
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 86
acgttggatg aggcagaact ataagtgagc 30
<210> 87
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 87
acccagagct aggtg 15
<210> 88
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 88
acgttggatg gaccaagtga tgttttact 29
<210> 89
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 89
acgttggatg gaggccatag ctgtttttca 30
<210> 90
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 90
aataggccct ctgaga 16
<210> 91
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 91
acgttggatg catttacttc tccatttccc 30
<210> 92
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 92
acgttggatg agagatgctt gttgctgcac 30
<210> 93
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 93
ctccatttcc ccactga 17
<210> 94
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 94
acgttggatg gctttcaatt cttggttggg 30
<210> 95
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 95
acgttggatg ttctgcatgc cctgttttag 30
<210> 96
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 96
cggttgggga ttgagtg 17
<210> 97
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 97
acgttggatg cgttcttctg gaacatagtc 30
<210> 98
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 98
acgttggatg ccctccactt acaatcaagc 30
<210> 99
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 99
atacatcccc caaagaaa 18
<210> 100
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 100
acgttggatg ccttacagca aatagctgcc 30
<210> 101
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 101
acgttggatg actcaagtct ggcttgcttc 30
<210> 102
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 102
ttgcagcttg gcacagta 18
<210> 103
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 103
acgttggatg cagcagacac tgtgttttcc 30
<210> 104
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 104
acgttggatg tctggctcct taggccaatc 30
<210> 105
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 105
gcaagcttgg tctaagaga 19
<210> 106
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 106
acgttggatg tgtctggcgt gtttctcaac 30
<210> 107
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 107
acgttggatg gcccaagtaa agctcaacag 30
<210> 108
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 108
gtttctcaac aactccatta 20
<210> 109
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 109
acgttggatg gaggctcatt ctgctcaatc 30
<210> 110
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 110
acgttggatg actaactcca tccccatctc 30
<210> 111
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 111
cgcgcaatcc acttggctgg 20
<210> 112
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 112
acgttggatg gcagtctcta ccttccaaag 30
<210> 113
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 113
acgttggatg ttgtgtgctc acacatctgc 30
<210> 114
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 114
acacagcacc ccatcctgcc c 21
<210> 115
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 115
acgttggatg gtccaaaaca ccctaagggc 30
<210> 116
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 116
acgttggatg ctgtgacatg tagttctttg g 31
<210> 117
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 117
accctaaggg cattatttcg c 21
<210> 118
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 118
acgttggatg tccacttgct atgtgagctg 30
<210> 119
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 119
acgttggatg gggaacacac taacatccag 30
<210> 120
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 120
gtggtcactt gtattaaatg t 21
<210> 121
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 121
acgttggatg ggattttccc tttttgtctc 30
<210> 122
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 122
acgttggatg ctttcccagc taagtgagag 30
<210> 123
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 123
ccctttttgt ctctttaatt ac 22
<210> 124
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 124
acgttggatg cctgcactcc atcctgagta 30
<210> 125
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 125
acgttggatg caggaaattc tggtggtttt 30
<210> 126
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 126
gcaatccatc ctgagtaaca gag 23
<210> 127
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 127
acgttggatg taaaaaacac atttccctg 29
<210> 128
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 128
acgttggatg gatggaaatg tgctttcctg 30
<210> 129
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 129
ccccccattt ccctgaaatg tagc 24
<210> 130
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 130
acgttggatg tcacaacacc actcccaatc 30
<210> 131
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 131
acgttggatg tgctctctgt acaagggaag 30
<210> 132
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 132
tccctttact gacacttttg gttt 24
<210> 133
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 133
acgttggatg gtcaacttga ttgcaagcta 30
<210> 134
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 134
acgttggatg atcattcgga aacctgactc 30
<210> 135
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 135
aacttgattg caagctataa aaag 24
<210> 136
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 136
acgttggatg tactttactg cctcttaggg 30
<210> 137
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 137
acgttggatg aacacccttg agctctggac 30
<210> 138
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 138
tttcctgcct cttaggggaa ccgca 25
<210> 139
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 139
acgttggatg gcctgattgc cttctagacc 30
<210> 140
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 140
acgttggatg acagtcattt tccctacctg 30
<210> 141
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 141
atagacctta aatgttgatc taaata 26
<210> 142
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 142
acgttggatg gaatgcctgt ttcatttac 29
<210> 143
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 143
acgttggatg agccctgttt tcaagggttc 30
<210> 144
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 144
gggatgtaat ctatattaca gaaaag 26
<210> 145
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 145
acgttggatg aaaccacacc gagggctg 28
<210> 146
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 146
acgttggatg tcttcctggc cagcatcttc 30
<210> 147
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 147
cccccgtgca gcagcgccgt ggtccac 27
<210> 148
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 148
acgttggatg tccccaaacc tgtggcaaac 30
<210> 149
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 149
acgttggatg gctacatact gtatgattcc 30
<210> 150
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 150
ttcaagtttt gtttttttta gaatgtc 27
<210> 151
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 151
acgttggatg cttgccctgt ggaaaatagc 30
<210> 152
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 152
acgttggatg tatccagtct caggtatttc 30
<210> 153
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 153
ccatgtgtgt attaatccat tttcatac 28
<210> 154
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 154
acgttggatg tgtgagaacc aagtattcag 30
<210> 155
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 155
acgttggatg aggttgttca agcttgtagg 30
<210> 156
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 156
taaccaagta ttcagaataa atagtga 27
Claims (8)
1.一种PD风险位点检测试剂盒,其特征在于,包括:SNP所在片段的52对引物组、dNTP、DNA聚合酶、PCR扩增缓冲液和Sequenom MassARRAY基因分型常规组件与试剂。
2.根据权利要求1所述的PD风险位点检测试剂盒,其特征在于,SNP所在片段的52对引物组包括:用于扩增52个SNP位点基因片段的PCR引物对,以及特异性检测这52个位点基因型的52条对应Sequenom MassARRAY单碱基延伸引物;其中,所述PCR引物对包括:PCR正向引物和PCR反向引物。
3.根据权利要求2所述的PD风险位点检测试剂盒,其特征在于,52个所述SNP位点为rs356182、rs34778348、rs11557080、rs34594498、rs10513789、rs33949390、rs421016、rs4698412、rs2251086、rs61204179、rs11158026、rs997368、rs12456492、rs2248244、rs10847864、rs34311866、rs10748818、rs6825004、rs7938782、rs1474055、rs1867598、rs4140646、rs10756907、rs12528068、rs4653767、rs199351、rs1941685、rs34025766、rs55818311、rs6500328、rs11150601、rs2904880、rs75859381、rs11578699、rs2042477、rs11610045、rs620513、rs10797576、rs12147950、rs1450522、rs2269906、rs3104783、rs12951632、rs6808178、rs62333164、rs7134559、rs3802920、rs6658353、rs61169879、rs10221156、rs11683001和rs9638616。
4.一种试剂盒的使用方法,其特征在于,包括:
检测DNA样品是否满足预设标准,检测为满足标准的DNA样本将用于后续检测;
采用Sequenom MassARRAY对52个目标SNP位点进行基因分型检测。
5.根据权利要求4所述的试剂盒的使用方法,其特征在于,检测DNA样品是否满足预设标准,检测为满足标准的DNA样本将用于后续检测包括:
琼脂糖凝胶电泳分析DNA降解程度以及是否有污染,OD值在1.8~2.0之间则为满足标准,将满足标准的DNA样本将用于后续检测。
6.根据权利要求4所述的试剂盒的使用方法,其特征在于,检测DNA样品是否满足预设标准,检测为满足标准的DNA样本将用于后续检测包括:
Qubit对DNA浓度进行精准定量,DNA总量大于40ng则为满足标准,将满足标准的DNA样本将用于后续检测。
7.根据权利要求4所述的试剂盒的使用方法,其特征在于,采用Sequenom MassARRAY对52个目标SNP位点进行基因分型检测包括:
用各引物扩增目的片段按指定体积比混合并进行PCR反应;
将PCR产物用SAP处理,去除体系中游离的dNTP;
用对应的单碱基延伸引物进行单碱基延伸;
将Clean Resin树脂平铺到树脂板中,加水到延伸产物的对应孔内,将干燥后的树脂倒入延伸产物板中,封膜、旋转;
采用MassARRAY点样仪将树脂纯化后的延伸产物移至384孔SpectroCHIP芯片上;
将点样后的SpectroCHIP使用MALDI-TOF分析,检测结果使用TYPER软件分型并输出结果。
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CN202210765719.9A CN115537460A (zh) | 2022-06-30 | 2022-06-30 | Pd风险位点检测试剂盒及其使用方法、风险评分方法 |
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Citations (4)
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---|---|---|---|---|
US20110130337A1 (en) * | 2009-11-30 | 2011-06-02 | 23Andme, Inc. | Polymorphisms associated with parkinson's disease |
CN105861708A (zh) * | 2016-05-19 | 2016-08-17 | 厦门人瑞生物医药科技有限公司 | Lrrk2基因2385多态性检测试剂盒 |
WO2021007457A1 (en) * | 2019-07-09 | 2021-01-14 | Urfer Buchwalder Anne | Use of snca-mediated genes for diagnosis and treatment of parkinson's disease |
CN112941166A (zh) * | 2021-03-16 | 2021-06-11 | 江苏贝格尔生物医药有限公司 | 一种检测lrrk2基因419多态性的引物和探针及试剂盒 |
-
2022
- 2022-06-30 CN CN202210765719.9A patent/CN115537460A/zh active Pending
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