CN115485561A - 预测对pd-1轴抑制剂的反应 - Google Patents

Abstract

本发明涉及一种通过确定肿瘤组织样品中干细胞维持相关基因的丰度来预测对PD‑1轴抑制剂如抗PD‑L1抗体的反应的方法。由ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1的增强表达来表征的干细胞维持相关基因的所述丰度预测对PD‑L1阻断治疗的临床反应。

Description

预测对PD-1轴抑制剂的反应

技术领域

本发明涉及用于预测癌症患者对PD-1轴抑制剂如抗PD-L1抗体或抗PD1抗体的反应的生物标志物。本文提供了一种通过确定与维持肿瘤组织样品中的干细胞有关的基因转录物的存在来鉴定对PD-1轴抑制剂反应的癌症患者的方法。

背景技术

PD-1是1992年发现的免疫球蛋白超家族成员，作为在经历细胞死亡的T细胞杂交瘤中上调的基因(Ishida et al.,1992,EMBO J,11:3887-95)。PD-1主要在活化的T细胞、B细胞和髓样细胞上发现。1999年Pdcd1-/-小鼠的自身免疫倾向表型揭示了PD-1的重要负调节功能(Nishimura et al.,1999,Immunity,11:141-51)。1999年，PD-1的第一个配体PD-L1(B7-H1)被鉴定(Dong et atl.,1999,Nat Med,5:1365-9)，随后PD-L2(B7-DC)在2001年被鉴定(Latchman et al.,2001,Nat Immunol,2:261-8)。另一种共刺激分子CD80(B7-1)也与PD-L1特异性相互作用(Butte et al.,2007,Immunity,27:111-22)。PD-1包含两个基于免疫受体酪氨酸的基序，这些基序在受体接合时被磷酸化并募集含有Src同源性2结构域的酪氨酸磷酸酶2。PD-1：PD-L1通路通过减少IL-2的产生来抑制T细胞增殖，并限制进入细胞周期的T细胞数量及其随后的分裂率。在几种人类肿瘤类型中描述了PD-L1表达的上调，其操纵PD-L1与T细胞上的PD-1相互作用并抑制效应子功能。这些发现使得PD-1阻断在治疗实体瘤中的成功临床应用(Sharma et al.,2015,Cell,161:205-14)。然而，到目前为止只有一小部分患者(<30％)从此类治疗中受益，机制尚不清楚(Zou et al.,2016,Sci TranslMed,8:328rv4)。

因此，需要确定哪些患者可能受益于使用PD-1轴抑制剂如抑制PD-L1与PD-1结合的抗PD-L1抗体的治疗的方法。

自我更新和从细胞来源分化的潜力被称为干性(Miranda et al.,2019,PNAS 116(18),9020-9029)。肿瘤发生过程中基因表达的失调通常会导致干细胞样表型的获得和与分化有关的特性的丧失。干细胞相关表型的采集与肿瘤细胞转移潜力的增加相关(Friedmann-Morvinski and Verma,2014,EMBO Reports 15(3),244-53；Ge et al.,2017；Shibueand Weinberg,2017；Visvader and Lindeman,2012；Bradneret al.,2017；Young,2011)。最近的证据表明，干细胞和癌症干细胞也具有免疫调节特性，并且肿瘤的干细胞样表型与肿瘤浸润淋巴细胞的存在有关。因此，免疫压力已被证明可选择或诱导具有干细胞样表型的肿瘤。

最近的研究提供了证据，干细胞样表型可以通过各种癌症类型中的基本基因表达程序来描述(Malta et al.,2018,Cell 173(2),338-354)。在此之前的工作的基础上，我们从干细胞维持基因本体术语列表中提取了一组核心基因，其基线表达与接受阿特珠单抗治疗的患者的总存活呈负相关。使用来自黑素瘤和HNSCC患者的公共单细胞RNA测序数据，干细胞相关基因的核心集与分化抗原和与抗原呈递有关的基因呈负相关。抗原呈递和分化抗原的丧失先前与免疫逃逸有关(McGranahan et al.,2017,Cell 171(6),1259-1271)。

发明内容

本文提供的证据表明，对接受抗PD-L1抗体阿特珠单抗治疗的患有肾细胞癌患者的基线肿瘤活检的分析表明，与具有较低表达的患者相比，与干细胞样表型相关的基因的表达较低的患者具有显著的存活优势。因此，数据支持以下观点，即干细胞样表型与能够实现免疫逃逸或免疫抑制的途径相关。肿瘤中干细胞样特征的缺失预示着反应于PD-1轴抑制剂如PD-L1阻断治疗的治疗有更好的临床结果。

本发明涉及鉴定对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应的患有癌症的患者的体外方法，该方法包括确定从患有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中的干细胞维持相关基因的丰度。

干细胞维持相关基因的丰度通过检测选自包含ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1的组的一种或多种基因的表达水平来表征。在一个特定方面，干细胞维持相关基因的丰度通过检测选自由ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1组成的组的一种或多种基因的表达水平来表征。

本发明的基因特性和检测基因特性内的基因表达的方法允许鉴定和确定那些可以或可能对PD-1轴抑制剂治疗有反应的患有癌症、肿瘤或赘生物的个体。

在一个方面，该方法因此进一步包括将一种或多种基因的表达水平与参考水平进行比较的步骤，其中提高的表达水平指示对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法的反应。在一个特定方面，提高的表达水平指示患有癌症、肿瘤或赘生物的个体不太可能对用PD-1轴抑制剂的治疗有反应。

在一个方面，表达水平在样品中通过蛋白质表达来检测。在另一个方面，表达水平在样品中通过mRNA表达来检测。

在进一步方面，表达水平使用选自由以下项组成的组的方法来检测：FACS、蛋白质印迹、ELISA、免疫沉淀、免疫组织化学、免疫荧光、放射免疫测定、免疫检测方法、质谱、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微阵列分析、nanostring、SAGE、MassARRAY技术和FISH及其组合。

在另一个方面，提供了一种鉴定对如前文所述的包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应的患有癌症的患者的体外方法，其中癌症选自由以下项组成的组：非小细胞肺癌、小细胞肺癌、肾细胞癌、结直肠癌、卵巢癌、乳腺癌、胰腺癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样真菌病、默克尔细胞癌和其他恶性血液病。在一个特定方面，癌症为局部晚期或转移性的非小细胞肺癌或膀胱尿路上皮癌。在一个特定方面，癌症是局部晚期或转移性的非小细胞肺癌。

在一个方面，提供了鉴定对如前文所述的包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应的患有癌症的患者的体外方法，其中该疗法包含有效量的PD-1轴抑制剂作为单一疗法。

在一个进一步方面，提供了鉴定对如前文所述的包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应的患有癌症的患者的体外方法，其中该疗法包含有效量的PD-1轴抑制剂和有效量的第二药剂，该第二药剂选自由以下项组成的组：细胞毒性剂、化疗剂、生长抑制剂、放射治疗剂和抗血管生成剂及其组合。

在一个方面，PD-1轴抑制剂为PD-1结合拮抗剂。在一个进一步的方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在一个方面，PD-1结合拮抗剂为抗PD-1抗体。在另一个方面，PD-1轴抑制剂为PD-L1结合拮抗剂。在一个进一步的方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在一个方面，PD-L1结合拮抗剂为抗PD-L1抗体。在一个进一步的方面，抗PD-L1抗体为选自由Fab、Fab'-SH、Fv、scFv和(Fab')₂组成的组的抗体片段。在进一步方面，抗PD-L1抗体选自由阿特珠单抗、阿维单抗、德瓦鲁单抗和MDX-1105组成的组。在一个特定方面，抗PD-L1抗体为阿特珠单抗。

在另一个方面，提供了一种鉴定对如前文所述的包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应的患有癌症的患者的体外方法，其中肿瘤组织样品为在含有PD-1轴抑制剂的疗法之前从患者获得的样品。

在进一步方面，本发明提供了一种包含PD-1轴抑制剂的药物组合物，该药物组合物用于治疗患有癌症的患者，其中按照根据前文所述的方法确定患者对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应。

在一些方面，本发明涉及一种确定患有癌症的患者是否更适合通过包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法进行治疗的方法，该方法包括确定从患有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中的干细胞维持相关基因的丰度。

在一些方面，本发明涉及一种在患有癌症的患者中改善包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法的治疗效果的方法，该方法包括确定从患有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中的干细胞维持相关基因的丰度。

在一些方面，本发明涉及一种治疗患有癌症的患者的方法，其包括以下步骤：确定从患有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中的干细胞维持相关基因的丰度，预测患者是否对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应，并向患者施用包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法。

在一些方面，本发明涉及治疗患有局部晚期或转移性的非小细胞肺癌的患者的方法，其包括以下步骤：确定从患有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中的干细胞维持相关基因的丰度，预测患者是否对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应，并向患者施用包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法。

在一些方面，本发明涉及一种治疗患有膀胱尿路上皮癌的患者的方法，其包括以下步骤：确定从患有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中的干细胞维持相关基因的丰度，预测患者是否对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应，并向患者施用包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法。

在下文的详细描述中进一步描述了这些和其他方面。

附图说明

图1A和图1B显示了患有局部晚期或转移性的非小细胞肺癌(OAK)的患者中的Kaplan-Meier存活曲线。总存活(％)曲线如图1A所示，而图1B显示了无进展存活(％)。与干细胞维持相关癌细胞的丰度相关的基因的表达与PD-1轴抑制剂阿特珠单抗的存活优势呈反相关。

图2显示了干细胞维持相关癌细胞基因彼此之间的相关性。

图3A和图3B显示了患有局部晚期或转移性的非小细胞肺癌(BIRCH)的患者中的Kaplan-Meier存活曲线。与干细胞维持相关癌细胞的丰度相关的基因的表达与PD-1轴抑制剂阿特珠单抗的存活优势呈反相关。总存活(％)曲线如图3A所示，而图3B显示了无进展存活(％)。

图4显示了干细胞维持相关癌细胞基因彼此之间的相关性

图5A和图5B显示了患有局部晚期或转移性的膀胱尿路上皮癌(IMvigor211)的患者中的Kaplan-Meier存活曲线。总存活(％)曲线如图5A所示，而图5B显示了无进展存活(％)。与干细胞维持相关癌细胞的丰度相关的基因的表达与PD-1轴抑制剂阿特珠单抗的存活优势呈反相关。

图6显示了干细胞维持相关癌细胞基因彼此之间的相关性。

具体实施方式

定义

术语“PD-1轴抑制剂”为抑制PD-1轴结合配偶体与其一个或多个结合配偶体的相互作用的分子，以消除由PD-1信号传导轴上的信号传导引起的T细胞功能障碍，其结果是恢复或增强T细胞功能，例如增殖、细胞因子产生、靶细胞杀伤。如本文所用，PD-1轴抑制剂包括PD-1结合拮抗剂和PD-L1结合拮抗剂。

术语“PD-1结合拮抗剂”为减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-1与其一种或多种结合配偶体如PD-L1、PD-L2相互作用产生的信号传导的分子。在一些方面，PD-1结合拮抗剂为抑制PD-1与其结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和/或PD-L2的结合。例如，PD-1结合拮抗剂包括抗PD-1抗体及其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽以及其它减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-1与PD-L1和/或PD-L2相互作用产生的信号传导的分子。在一个方面，PD-1结合拮抗剂可减少由或通过T淋巴细胞上表达的细胞表面蛋白介导的通过PD-1的信号传导所介导的负共刺激信号，从而使功能障碍的T细胞功能障碍较少，例如提高效应子对抗原识别的响应。在一些方面，PD-1结合拮抗剂为抗PD-1抗体。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂为纳武单抗(MDX-1106)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂为派姆单抗(Merck 3745)。在一个进一步的具体方面，PD-1结合拮抗剂为西米普利单抗(REGN-2810)。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂为斯巴达珠单抗(PDR001)。在一个进一步的具体方面，PD-1结合拮抗剂为卡瑞利珠单抗(SHR1210)。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂为信迪利单抗(IBI308)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是如WO 2017/055443 A1中所述的PD1-0103或其人源化版本。

术语“PD-L1结合拮抗剂”为指减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-Ll与其一个或多个结合配偶体如PD-1、B7-1相互作用产生的信号传导的分子。在一些方面，PD-L1结合拮抗剂为抑制PD-L1与其结合配偶体的结合的分子。在具体方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1至PD-1和/或B7-1的结合。在一些方面，PD-L1结合拮抗剂包括抗PD-L1抗体，其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽和其他减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-L1与其一个或多个结合配偶体(诸如PD-1和B7-1)相互作用产生的信号转导的分子。在一个方面，PD-Ll结合拮抗剂可减少由或通过T淋巴细胞上表达的细胞表面蛋白介导的通过PD-Ll的信号传导所介导的负共刺激信号，从而使功能障碍的T细胞功能障碍较少(例如，提高效应子对抗原识别的响应)。在一些方面，PD-L1结合拮抗剂为抗PD-Ll抗体。在一个具体方面，抗PD-L1抗体为阿特珠单抗。在另一个具体方面，抗PD-L1抗体为阿维单抗。在再一个具体方面，抗PD-L1抗体为德瓦鲁单抗。在又一个具体方面，抗PD-L1抗体为MDX-1105。

本文的术语“抗体”以最广泛的含义使用，并且涵盖各种抗体结构，其包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)和抗体片段，只要它们表现出期望的抗原结合活性即可。

术语“抗PD-L1抗体”和“结合PD-L1的抗体”是指这样的抗体，其能够以足够的亲和力结合PD-L1，使得所述抗体可用作靶向PD-L1的诊断和/或治疗剂。在一个实施例中，例如通过放射免疫测定(RIA)所测量的，抗PD-L1抗体与不相关的非PD-L1蛋白的结合程度小于该抗体与PD-L1的结合程度的约10％。在某些实施例中，抗PD-L1抗体与PD-L1的表位结合，该表位在来自不同物种的PD-L1中是保守的。

“阻断性”抗体或“拮抗剂”抗体是抑制或降低其所结合的抗原的生物学活性的抗体。优选的阻断性抗体或拮抗剂抗体基本上或完全抑制抗原的生物活性。

“抗体片段”是指除了完整抗体以外的分子，其包含完整抗体的一部分，该部分结合完整抗体所结合的抗原。抗体片段的实例包括但不限于Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')₂；双体抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；以及由抗体片段形成的多特异性抗体。

与参考抗体“结合至相同表位的抗体”是指在竞争测定中阻断参考抗体与其抗原的结合达50％或更高的抗体，反之，参考抗体在竞争测定中阻断该抗体与其抗原的结合达50％或更高。

术语“嵌合”抗体是指这样的抗体，在所述抗体中重链和/或轻链的一部分来源于特定来源或物种，而重链和/或轻链的其余部分来源于不同的来源或物种。

术语“全长抗体”、“完整抗体”及“全抗体”在本文中可互换地用于指代具有基本上类似于天然抗体结构的结构或具有含有如本文所定义的Fc区的重链的抗体。

如本文所用的术语“单克隆抗体”是指从基本上同质的抗体群体获得的抗体，即，除了可能的变异抗体(例如，含有天然存在的突变或在单克隆抗体制剂的生产过程中产生，此类变体通常以少量形式呈递)之外，包含该群体的各个抗体是相同的和/或结合相同的表位。与通常包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，单克隆抗体制剂中的每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。因此，修饰语“单克隆”表示抗体的特征是从基本上同质的抗体群体获得的，并且不应解释为需要通过任何特定方法产生抗体。例如，按照根据本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术制备，包括但不限于杂交瘤方法、重组DNA方法、噬菌体展示方法，以及利用含有全部或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，在本文中描述了用于制备单克隆抗体的此类方法和其他示例性方法。

“人抗体”是这样的抗体，该抗体具有的氨基酸序列对应于由人或人细胞产生的抗体的氨基酸序列，或来源于利用人抗体全套库或其他人抗体编码序列的非人源的抗体的氨基酸序列。人抗体的该定义特别地排除了包含非人抗原结合残基的人源化抗体。

“人源化”抗体是指这样的嵌合抗体，其包含来自非人CDR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基。在某些方面，人源化抗体将基本上包含所有的至少一个、通常两个可变结构域，其中所有或基本上所有CDR(例如HVR)对应于非人抗体的CDR，并且所有或基本上所有的框架区(FR)对应于人抗体的FR。人源化抗体任选地可以包含来源于人抗体的抗体恒定区的至少一部分。“人源化形式”的抗体，例如，非人抗体，是指已经进行过人源化的抗体。

术语“检测”包括任何检测手段，包括直接检测和间接检测。

如本文所用，术语“特异性检测表达水平的试剂”是指用于检测一种或多种基因(例如，包括但不限于本发明的癌症标志物)的表达的试剂。合适的试剂的示例包括但不限于，能够与目标基因特异性杂交的核酸探针、适体、能够特异性扩增目标基因的PCR引物，以及能够特异性结合由目标基因表达的蛋白质的抗体。

如本发明使用的“生物标志物”是指一种可在样品中检测到的指示物，例如预测性的、诊断性的和/或预后性的。生物标志物可以用作以某些特征、分子特征、病理特征、组织学特征和/或临床特征为特征的疾病或疾患(例如，癌症)的特定亚型的指示剂。在一些方面，生物标志物为基因。生物标志物包括但不限于多核苷酸(例如，DNA和/或RNA)、多核苷酸拷贝数改变(例如，DNA拷贝数)、多肽、多肽和多核苷酸修饰(例如，翻译后修饰)、碳水化合物和/或基于糖脂的分子标记物。

术语“生物标志物特性”、“特性”、“生物标志物表达特性”或“表达特性”在本文中可互换使用，并且是指其表达为指标(例如预测性、诊断性的和/或预后性指标)的一种生物标志物或其组合。生物标志物特性可以用作以某些特征、分子特征、病理特征、组织学特征和/或临床特征为特征的疾病或疾患(例如，癌症)的特定亚型的指示剂。在一些方面，生物标记物特性是“基因特性”。术语“基因特征”与“基因表达特征”可互换使用并且是指其表达为指标(例如，预测性、诊断性和/或预后性指标)的多核苷酸中的一种或组合。在一些实施例中，生物标记物特征是“蛋白质特征”。术语“蛋白质特征”与“蛋白质表达特征”可互换使用并且是指其表达为指标(例如，预测性、诊断性和/或预后性指标)的多肽中的一种或组合。

与对个体来说临床效益得到提高相关联的生物标志物的“量”或“水平”是在生物样品可检测的水平。这些可以通过本领域技术人员已知并且在本文中公开的方法来测量。所评估的生物标志物的表达水平或数量可用于确定对治疗的响应。

一般而言，术语“表达的水平”或“表达水平”可互换使用，并且通常是指生物样品中生物标记物的量。“表达”通常是指通过其将信息(例如，基因编码的和/或表观遗传的)转换为细胞中存在并在细胞中运行的结构的过程。因此，如本文所用，“表达”可以指转录成多核苷酸、翻译成多肽，或者甚至是多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸、翻译的多肽或多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)的片段也应视为已表达，无论它们源自通过选择性剪接或降解的转录本生成的转录本，还是源自多肽的翻译后加工(例如，通过蛋白水解)。“表达的基因”包括转录为多核苷酸如mRNA，然后翻译为多肽的那些，以及还有转录为RNA但不翻译成多肽的(例如，转运RNA和核糖体RNA)那些。基因表达可以在该过程的许多阶段进行调节。“上调”或“激活”是指提高基因表达产物(例如RNA或蛋白质)的产生的调节，而“下调”或“抑制”是指减少产生的调节。参与上调或下调的分子(例如转录因子)通常分别称为“激活剂”和“阻遏剂”。

本文的术语“参考水平”是指预定值。如本领域技术人员将理解的，参考水平是预先确定的并被设置为满足在例如特异性和/或敏感性方面的要求。这些要求可以变化，例如从监管机构到监管机构。例如，可能必须分别将测定灵敏度或特异性设置为某些限制，例如80％、90％或95％。这些要求也可以根据阳性或阴性预测值来定义。尽管如此，基于本发明中给出的教导，总是有可能达到满足这些要求的参考水平。在一个实施例中，参考水平在健康个体中确定。在一个实施例中，参考值已经在患者所属的疾病实体中预先确定。在某些实施例中，参考水平可以例如设置为所调查研究疾病实体中的值的总体分布的25％到75％之间的任何百分比。在其他方面，参考水平可以例如设置为中位数、三分位数或四分位数，从所研究疾病实体中的值的总体分布确定。在一方面，参考水平被设置为从所研究疾病实体中的值的总体分布确定的中值。

在某些方面，术语“提高”、“提高的”或“高于”是指高于参考水平的水平。

如本文所用的“扩增”通常是指产生所需序列的多个拷贝的过程。“多拷贝”意指至少两个拷贝。“拷贝”不一定意指与模板序列具有完美的序列互补性或同一性。例如，拷贝可包括核苷酸类似物，例如脱氧肌苷、有意的序列改变(例如通过包含与模板可杂交但不互补的序列的引物所引入的序列改变)和/或扩增过程中发生的序列错误。

术语“多重PCR”是指使用一种以上引物组对从单一来源(例如，个体)获得的核酸进行的单一PCR反应，目的是在单一反应中扩增两个或更多个DNA序列。

杂交反应的“严格性”很容易由本领域普通技术人员确定，并且通常取决于探针长度、洗涤温度和盐浓度的经验计算。一般而言，较长的探针需要较高的温度以进行适当的退火，而较短的探针需要较低的温度。当互补链存在于低于其解链温度的环境中时，杂交通常取决于变性DNA重新退火的能力。探针和可杂交序列之间所需的同源性程度越高，可以使用的相对温度就越高。因此，较高的相对温度倾向于使反应条件更严格，而较低的温度则不那么严格。有关杂交反应严格性的更多细节和解释，请参见Ausubel等人，Current Protocolsin Molecular Biology，Wiley Interscience Publishers，(1995)。

如本文所定义的“严格条件”或“高度严格条件”可以由以下条件鉴定：(1)在50℃下，采用低离子强度和高温洗涤，例如0.015M氯化钠/0.0015M柠檬酸钠/0.1％十二烷基硫酸钠；(2)在42℃下，在杂交过程中采用变性剂，诸如甲酰胺，例如50％(v/v)甲酰胺和0.1％牛血清白蛋白/0.1％ Ficoll/0.1％聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸钠缓冲液，pH 6.5和750mM氯化钠，75mM柠檬酸钠；或(3)在42℃下，在采用50％甲酰胺、5 x SSC(0.75M NaCl、0.075M柠檬酸钠)、50mM磷酸钠(pH 6.8)、0.1％焦磷酸钠、5 x登哈特溶液、超声处理的鲑鱼精子DNA(50μg/ml)、0.1％SDS和10％硫酸葡聚糖的溶液中过夜杂交，在42℃下在0.2 x SSC(氯化钠/柠檬酸钠)中洗涤10分钟，然后是10分钟含EDTA的0.1 x SSC在55℃下进行高度严格洗涤。

“中等严格条件”可以如Sambrook et al.,Molecular Cloning:A LaboratoryManual,New York:Cold Spring Harbor Press,1989中描述的鉴定并包括使用与上述要求相比不太严格的洗涤溶液和杂交条件(例如温度、离子强度和％SDS)。中等严格条件的示例是在37℃的溶液中孵育过夜，该溶液包含：20％甲酰胺、5 x SSC(150mM NaCl、15mM柠檬酸三钠)、50mM磷酸钠(pH 7.6)、5 x登哈特溶液、10％硫酸葡聚糖和20mg/ml变性剪切鲑鱼精子DNA，然后在约37-50℃的1 x SSC中洗涤过滤器。本领域技术人员将认识到如何根据需要调节温度、离子强度等以适应诸如探针长度等因素。

如本文所用，“聚合酶链式反应”或“PCR”技术通常是指如1987年7月28日授权的美国专利号4,683,195中所述扩增微量的特定核酸，RNA和/或DNA片段的程序。通常，需要从目的区域的末端或以外的区域获得序列信息，以便可以设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上与待扩增模板的相反链相同或相似。两条引物的5'末端核苷酸可能与扩增材料的末端一致。PCR可用于从总基因组DNA扩增特定的RNA序列和特定的DNA序列，以及从总细胞RNA、噬菌体或质粒序列转录的cDNA，等等。通常参见Mullis等人，Cold Spring HarborSymp.Quant。Biol.,51:263(1987)；Erlich编辑，PCR Technology(Stockton Press,NY,1989)。如本文所用，PCR被认为是用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一种，但不是唯一的示例，包括使用已知的核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶扩增或产生特定的核酸片段，或扩增或产生与特定核酸互补的特定核酸片段。

“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”是指PCR的一种形式，其中在PCR反应的每个步骤中测量PCR产物的量。在包括Cronin等人，Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)；和Ma等人，Cancer Cell 5:607-616(2004)的各种出版物中已经描述了该技术。

术语“微阵列”是指可杂交的阵列元件，优选多核苷酸探针，在基板上的有序排列。

术语“多核苷酸”以单数或复数形式使用时，通常指任何多核糖核苷酸或多脱氧核糖核苷酸，其可以是未修饰的RNA或DNA或经修饰的RNA或DNA。因此，例如，本文所定义的多核苷酸包括但不限于：单链和双链DNA；包含单链和双链区域的DNA；单链和双链RNA；包含单链和双链区域的RNA；以及包含DNA和RNA(其可以是单链的，或更通常为双链的，或包含单链和双链区域)的杂交分子。另外，本文所用的术语“多核苷酸”是指包含RNA或DNA或RNA和DNA两者的三链区域。此类区域中的链可来自相同的分子或来自不同的分子。区域可包含分子中的一个或多个的全部，但通常仅包含分子的一部分的一个区域。具有三螺旋区的分子之一通常为寡核苷酸。术语“多核苷酸”具体地包括cDNA。该术语包括含有一个或多个经修饰的碱基的DNA(包括cDNA)和RNA。因此，具有因稳定性或其他原因而修饰的主链的DNA或RNA是本文所述的“多核苷酸”。此外，如本文所定义的术语“多核苷酸”中包括含不常见碱基(诸如肌苷)或经修饰的碱基如氚化碱基的DNA或RNA。一般而言，术语“多核苷酸”涵盖未修饰的多核苷酸的所有经化学、酶和/或代谢修饰的形式，以及病毒和细胞(包括简单细胞和复杂细胞)所特有的DNA和RNA的化学形式。

术语“寡核苷酸”是指相对短的多核苷酸，包括但不限于单链脱氧核糖核苷酸、单链或双链核糖核苷酸、RNA:DNA杂交体和双链DNA。寡核苷酸，诸如单链DNA探针寡核苷酸，通常通过化学方法合成，例如使用可商购的自动寡核苷酸合成仪。然而，寡核苷酸可以通过多种其他方法来制备，包括体外重组DNA介导技术以及通过DNA在细胞和生物体中的表达。

本文使用的术语“诊断”是指对分子或病理状态、疾病或病症(例如，癌症)的鉴定或分类。例如，“诊断”可以指特定类型的癌症的鉴定。“诊断”还可以是指癌症的特定亚型的分类，例如，通过组织病理学标准或分子特征(例如，以生物标记物中的一种或组合表达为特征的亚型(例如，特定基因或由所述基因编码的蛋白质))。

如本文所用，术语“样品”是指获自或衍生自目的受试者和/或个体的组合物，其包含例如待基于物理、生化、化学和/或生理特征进行表征和/或鉴定的细胞和/或其他分子实体。例如，短语“疾病样品”及其变型是指从目的受试者获得的任何样品，其预期或已知包含待表征的细胞和/或分子实体。样品包括但不限于，原代或培养的细胞或细胞系、细胞上清液、细胞裂解液、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、卵泡液、精液、羊水、乳汁、全血、血液来源的细胞、尿液、脑脊液、唾液、痰、眼泪、汗液、粘液、肿瘤溶解产物和组织培养基、组织提取物诸如均质化的组织、肿瘤组织、细胞提取物及其组合。

“组织样品”或“细胞样品”是指从受试者或个体的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是来自新鲜的、冷冻的和/或保存的器官、组织样品、活组织检查和/或吸出物的实体组织；血液或任何血液成分，例如血浆；体液，例如脑脊髓液、羊水、腹膜液或间质液；受试者妊娠或发育中任何时候的细胞。组织样品也可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地，组织或细胞样品获自疾病组织/器官。组织样品可以包含在自然环境天然不与组织混合的化合物，例如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素等。

如本文所用，“参考样品”、“参考细胞”、“参考组织”、“对照样品”、“对照细胞”或“对照组织”是指用于比较目的的样品、细胞、组织、标准品或水平。在一个实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自同一受试者或个体身体的健康和/或未患病的部位(例如，组织或细胞)。例如，邻近患病细胞或组织的健康和/或未患病的细胞或组织(例如，邻近肿瘤的细胞或组织)。在另一实施例中，参考样品获自相同受试者或个体的身体的未经处理的组织和/或细胞。在又一个实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自不是该受试者或个体的个体身体的健康和/或未患病的部分(例如，组织或细胞)。在再一实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自不是所述受试者或个体的个体的身体部分的未经处理的组织和/或细胞。

为了本文的目的，组织样品的“切片”是指组织样品的单个部分或一片，例如，从组织样品切下的组织或细胞的薄片。应当理解，可以获取组织样品的多个切片并进行分析，前提是应当理解，可以在形态学和分子水平上对组织样品的同一切片进行分析，或者可以针对多肽和多核苷酸进行分析。

“关联”或“相关”是指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，在执行第二方案时可以使用第一分析或方案的结果，和/或可以在执行第二方案时使用第一分析或方案的结果。关于多肽分析或方案的方面，可以使用多肽表达分析或方案的结果来确定是否应进行具体的治疗方案。关于多核苷酸分析或方案的方面，可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来确定是否应进行具体的治疗方案。

如本文所用，术语“风险比”(“HR”)是指对一组中的风险率或危险率与第二组中的风险率或危险率的比率的估计。术语“风险比”(“HR”)是对解释变量关于事件(例如疾病复发或死亡)的风险或危险的影响的存活分析。在另一个方面，“风险比”是相对风险的估计，其是相对于治疗的事件或疾病发展的风险，并且在一些方面是目标基因的表达水平。用于确定风险比的统计方法在本领域中是众所周知的。在比例风险回归模型中，HR是两组预测风险的比率(例如，接受两种不同治疗的患者)。

可以使用指示对个体有益的任何终点来评估“个体反应”或“反应”，包括但不限于(1)在一定程度上抑制疾病进展(例如，癌症进展)，包括减缓和完全阻滞；(2)减小肿瘤大小；(3)抑制(即，减少、减缓或完全停止)癌细胞浸润到邻近的周围器官和/或组织中；(4)抑制(即，减少、减慢或完全停止)转移；(5)在某种程度上减轻与该疾病或疾患(例如，癌症)有关的一种或多种症状；(6)增加或延长存活，包括总存活和无进展存活；和/或(7)在治疗后的给定时间点降低死亡率。

患者对药物和治疗的“有效反应”或患者的“反应性”和类似措词是指赋予处于患疾病或病症诸如癌症的风险下或患有该疾病或病症的患者的临床或治疗有益效果。在一个实施例中，这种益处包括以下一个或多个：延长存活(包括总存活和无进展存活)；导致客观应答(包括完全应答或部分应答)；或改善癌症的体征或症状。在一个实施例中，生物标志物的存在用于鉴定相对于不存在生物标志物的患者更可能对药物治疗产生反应的患者。在另一个实施例中，相对于不存在生物标志物的患者，使用生物标志物的存在来确定将会具有提高的从药物治疗中受益的可能性的患者。

“存活”是指患者仍然存活，且包括总存活以及无进展存活。

“总存活”是指患者从诊断或治疗时起持续限定的时间段，诸如1年、5年等，患者仍然存活。

“无进展存活”是指患者仍然存活，癌症没有进展或恶化。

“延长存活”是指相对于未治疗的患者(即，相对于未用药物治疗的患者)，或相对于不以指定水平表达生物标志物的患者和/或相对于使用批注的抗肿瘤剂治疗的患者，增加了治疗患者的总存活或无进展存活。客观应答是指可测量的应答，包括完全应答(CR)或部分应答(PR)。

通过“完全反应”或“CR”是指所有癌症迹象对治疗反应而消失。这并不总意味着癌症已经治愈。

部分反应或“PR”是指反应于治疗的一个或多个肿瘤或病灶的大小的减少或体内癌症程度的减少。

药剂的“有效量”是指能够以必需的剂量在必需的时段内有效地实现期望的治疗或预防结果的量。

“治疗有效量”是指用于治疗或预防哺乳动物的疾病或疾患的治疗剂的量。在癌症的情况下，治疗剂的治疗有效量可以减少癌细胞数；减小原发性肿瘤尺寸；抑制(即，在一定程度上减缓和优选地停止)癌细胞浸润周围器官；抑制(即，在一定程度上减缓和优选地停止)肿瘤转移；在一定程度上抑制肿瘤生长；和/或在一定程度上缓解疾患相关的一种或多种症状。在某种程度上，药物可阻止生长和/或杀死既存癌细胞，它可以抑制细胞生长和/或具有细胞毒性。对于癌症疗法，例如，可以通过评估存活时间、疾病进展时间(TTP)、反应率(RR)、反应持续时间和/或生活质量来测量体内功效。

术语“癌症”和“癌性”是指或描述哺乳动物中通常以细胞生长不受控制为特征的生理状况。该定义包括良性和恶性癌症。“早期癌症”或“早期肿瘤”意指非浸润性或转移性或分类为0、I，或II期癌症的癌症。癌症的示例包括但不限于癌、淋巴瘤、母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)、神经内分泌肿瘤(包括类癌肿瘤、胃泌素瘤和胰岛细胞癌)、间皮瘤、神经鞘瘤(包括听神经瘤)、脑膜瘤、腺癌、黑色素瘤和白血病或淋巴样恶性肿瘤。此类癌症的更具体示例包括鳞状细胞癌(例如，上皮鳞状细胞癌)；肺癌，包括小细胞肺癌(SCLC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、肺腺癌和肺鳞癌；腹膜癌；肝细胞癌；胃癌，包括胃肠道癌；胰腺癌；胶质母细胞瘤；宫颈癌；卵巢癌；肝癌(livercancer)；膀胱癌；肝癌(hepatoma)；乳腺癌(包括转移性的乳腺癌)；结肠癌；直肠癌；结肠直肠癌；子宫内膜或子宫癌；唾液腺癌；肾脏或肾癌(kidney or renal cancer)；前列腺癌；外阴癌；甲状腺癌；肝癌(hepatic carcinoma)；肛门癌；阴茎癌；默克尔细胞癌；蕈样真菌病；睾丸癌；食管癌；胆道肿瘤以及头颈部癌和血液系统恶性肿瘤。在一些方面，癌症是局部晚期或转移性的非小细胞肺癌(NSCLC)或膀胱尿路上皮癌(UBC)。在一个具体方面，癌症是局部晚期或转移性的非小细胞肺癌。在另一个具体方面，癌症为局部晚期或转移性的膀胱尿路上皮癌。在又一个方面，癌症是三阴性转移性乳腺癌，包括组织学上确认为患有局部复发或转移性的疾病(其中局部复发性疾病不宜进行根治性切除术)的任何三阴性(ER-、PR-、HER2-)乳房腺癌。

术语“药物制剂”是指处于允许包含在其中的活性成分的生物活性有效的形式，并且不含对于将被施用制剂的受试者具有不可接受的毒性的另外组分的制剂。

“药用载体”是指药物制剂中除活性成分之外的对受试者无毒的成分。药用载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂.

如本文所用，“治疗(treatment)”(及其语法变型，诸如“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)是指试图改变所治疗个体的自然进程的临床干预，并且可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发、减轻症状、削弱疾病的任何直接或间接病理学后果、预防转移、降低疾病进展的速率、改善或减轻疾病状态，以及缓解或改善预后。在一些实施例中，抗体用于延迟疾病的发展或减缓疾病的进展。

术语“抗癌疗法”是指可用于治疗癌症的疗法。抗癌治疗剂的示例包括但不限于，例如化疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、放疗中使用的药剂、抗血管生成剂、凋亡剂、抗微管蛋白剂和其他治疗癌症的药剂、抗CD20抗体、血小板衍生生长因子抑制剂(例如，Gleevec^TM(甲磺酸伊马替尼))、COX-2抑制剂(例如，塞来昔布)、干扰素、细胞因子、与以下靶标PDGFR-β、BlyS、APRIL、一种或多种BCMA受体、TRAIL/Apo2和其他生物活性和有机化学制剂等的一个或多个结合的拮抗剂(例如，中和性抗体)。其组合也包括在本发明中。

如本文所用，术语“细胞毒性剂”是指抑制或阻止细胞功能和/或导致细胞破坏的物质。该术语旨在包括放射性同位素(例如、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32和Lu的放射性同位素)；化学治疗剂，例如，甲氨蝶呤、阿德里亚霉素、长春花生物碱(长春新碱、长春碱、依托泊苷)、多柔比星、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、柔红霉素或其他嵌入剂；酶及其片段，诸如核酸酶；抗生素；和毒素，诸如细菌、真菌、植物或动物来源的小分子毒素或酶活性毒素，包括其片段和/或变体，以及以下公开的各种抗肿瘤或抗癌剂。其他细胞毒剂描述如下。杀肿瘤剂引起肿瘤细胞的破坏。

如本文所用，术语“化学治疗剂”是指可用于治疗癌症的化合物。化学治疗剂的示例包括烷基化剂，例如噻替帕和环磷酰胺

烷基磺酸盐，例如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮丙啶，例如苯并多巴、卡巴醌、美多巴(meturedopa)和脲多巴(uredopa)；乙亚胺和甲基蜜胺包括六甲蜜胺、三亚乙基蜜胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三甲基蜜胺；产乙酸素(特别是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氢大麻酚(屈大麻酚，

)；β-拉帕酮；拉帕醇；秋水仙素；桦木酸；喜树碱(包括合成类似物拓扑替康

CPT-11(伊立替康，

)、乙酰喜树碱、莨菪亭和9-氨基喜树碱)；bryostatin；callystatin；CC-1065(包括其adozelesin、carzelesin和bizelesin合成类似物)；鬼臼毒素；鬼臼酸；替尼泊苷；隐藻霉素(尤其是隐藻霉素1和隐藻霉素8)；多拉司汀；杜卡霉素(包括合成类似物KW-2189和CB1-TM1)；eleutherobin；pancratistatin；sarcodictyin；spongistatin；氮芥例如苯丁酸氮芥、氯苯那嗪、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、盐酸氧二氯甲基二乙胺、美法仑、新霉素、苯芥胆甾醇、泼尼莫司汀、曲磷胺、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，例如卡莫司汀、氯唑霉素、福莫司汀、洛莫斯汀、尼莫斯汀和雷莫司汀；抗生素，诸如烯二炔类抗生素(例如加利车霉素，特别是加利车霉素γ1I和加利车霉素ωIl(参见，例如，Nicolaou等人，Angew.Chem Intl.以英语进行编辑，33:183-186(1994))；CDP323、口服α-4整联蛋白质抑制剂；达尼霉素，包括达尼霉素A；埃斯波霉素；以及新制癌菌素发色团和相关的色蛋白质烯二炔抗生素发色团)、阿克拉霉素、放线菌素、蒽霉素、重氮丝氨酸、博来霉素、放线菌素C、carabicin、洋红霉素、嗜癌霉素、色霉素、放线菌素D、柔红霉素、地托比星、6-重氮基-5-氧代-L-正亮氨酸、阿霉素(包括

吗啉代-阿霉素、氰基吗啉代-阿霉素、2-吡咯烷-阿霉素、阿霉素HCl脂质体注射剂

脂质体阿霉素TLC D-99

聚乙二醇化脂质体阿霉素

和脱氧阿霉素)、表柔比星、埃索比星、伊达比星、marcellomycin、丝裂霉素如丝裂霉素C、霉酚酸、诺拉霉素、橄榄霉素、培洛霉素、porfiromycin、嘌呤霉素、quelamycin、罗多比星、链黑霉素、链脲霉素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢物，例如甲氨蝶呤、吉西他滨

替加氟

卡培他滨

埃博霉素和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，例如二甲叶酸、甲氨蝶呤、蝶罗呤、三甲蝶呤；嘌呤类似物，例如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硝咪硫鸟嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫呋、阿糖胞苷、双脱氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨、氟尿苷；雄激素，例如钙雌酮、丙酸去氧孕甾烷酮、表甾醇、mepitiostane、睾丸内酯；抗肾上腺素，例如氨基谷氨酰胺、米托坦、曲洛司坦；叶酸补充剂，例如叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰丙酸；eniluracil；安吖啶；阿莫司汀；比生群；依达曲沙；defofamine；地美可辛；地吖醌；elfomithine；依利醋铵；埃博霉素；依托格鲁；硝酸镓；羟基脲；lentinan；lonidainine；美登木素生物碱，例如美登素和安托霉素；米托胍腙；米托蒽醌；mopidanmol；二胺硝吖啶；喷司他丁；phenamet；吡柔比星；洛索蒽醌；2-乙基肼；丙卡巴嗪；

多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,OR)；雷佐生；根霉菌素；西索菲兰；盐酸锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三嗪酮；2,2’,2’-三氯三乙胺；单端孢霉毒素(特别是T-2毒素、verracurin A、杆孢菌素A和胍基啶)；尿烷；长春地辛

达卡巴嗪；甘露司汀；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；gacytosine；阿糖苷(“Ara-C”)；噻替派；紫杉烷类，例如紫杉醇

白蛋白改造紫杉醇纳米颗粒制剂(ABRAXANETM)和多西紫杉醇

苯丁酸氮芥；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲氨蝶呤；铂试剂，例如顺铂、奥沙利铂(例如

)和卡铂；防止微管蛋白质聚合形成微管的长春花，包括长春碱

长春新碱

长春地辛

和长春瑞滨

依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；亚叶酸；米托蒽醌；依达曲塞；道诺霉素；氨基蝶呤；伊班膦酸；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄醇，例如视黄酸，包括贝沙罗汀

双膦酸盐，诸如氯膦酸盐(例如

或

)、依替膦酸盐

NE-58095、唑来膦酸/唑来膦酸盐

阿仑膦酸盐

帕米膦酸盐

替洛膦酸盐

或利塞膦酸盐

曲沙他滨(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸，特别是那些抑制与异常细胞增殖有关的信号传导途径中的基因的表达的寡核苷酸，例如PKC-α、Raf、H-Ras和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗，例如

疫苗和基因治疗疫苗，例如

疫苗、

疫苗和

疫苗；拓扑异构酶1抑制剂(例如

)；rmRH(例如

)；BAY439006(索拉非尼；Bayer)；SU-11248(舒尼替尼，

Pfizer)；哌立福新、COX-2抑制剂(例如塞来昔布或依托昔布)、蛋白质体抑制剂(例如PS341)；硼替佐米

CCI-779；替吡法尼(R11577)；奥拉非尼、ABT510；Bcl-2抑制剂，例如奥利默森钠

匹克生琼；EGFR抑制剂(请参阅下面的定义)；酪氨酸激酶抑制剂(请参阅下面的定义)；丝氨酸-苏氨酸激酶抑制剂，例如雷帕霉素(西罗莫司，

)；法呢基转移酶抑制剂，例如lonafarnib(SCH 6636,SARASARTM)；以及以上任何一种的药用盐、酸或衍生物；以及上述两种或更多种的组合，例如CHOP，其是环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼松龙的联合疗法的缩写；FOLFOX，其是奥沙利铂(ELOXATINTM)联合5-FU和亚叶酸的治疗方案的缩写。

如本文所定义，化学治疗剂包括“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”，其作用在于调节、减少、阻断或抑制可促进癌症生长的激素的作用。它们本身可能是激素，包括但不限于：具有混合激动剂/拮抗剂特性的抗雌激素，包括他莫昔芬

4-羟基他莫昔芬、托瑞米芬

伊多昔芬、屈洛昔芬、雷洛昔芬

曲沃昔芬、雷洛昔芬和选择性雌激素受体调节剂(SERM)例如SERM3；没有激动剂特性的纯抗雌激素，例如氟维司群

和EM800(此类药物可能会阻断雌激素受体(ER)的二聚作用，抑制DNA结合，增加ER转换和/或抑制ER水平)；芳香酶抑制剂，包括甾体芳香酶抑制剂，例如福尔马汀和依西美坦

以及非甾体芳香酶抑制剂，例如阿那曲唑

来曲唑

和氨基戊二酰亚胺，以及其他芳香酶抑制剂包括伏洛唑

醋酸甲地孕酮

法得唑和4(5)-咪唑；促黄体激素释放激素激动剂，包括亮丙瑞林(

和

)、戈舍瑞林、布舍瑞林和曲普瑞林；性类固醇，包括孕激素，例如乙酸孕甾酮和乙酸甲羟孕酮；雌激素，例如己烯雌酚和普力马林；以及雄激素/类视黄醇，例如氟甲睾酮；所有的反式视黄酸和芬维A胺；奥那斯酮；抗孕酮；雌激素受体下调剂(ERD)；抗雄激素，如氟他胺、尼鲁米特和比卡鲁胺；以及以上任何一种的药用盐、酸或衍生物；以及以上两种或多种的组合。

当在本文中使用时，“生长抑制剂”是指抑制细胞(例如，其生长取决于在体外或体内表达的PD-L1的细胞)的生长的化合物或组合物。生长抑制剂的实例包括阻断细胞周期进程(在S期以外的地方)的试剂，例如诱导G1停滞和M期停滞的试剂。经典的M期阻滞剂包括长春花(长春新碱和长春碱)、紫杉烷类和拓扑异构酶II抑制剂(例如阿霉素、表柔比星、柔红霉素、依托泊苷和博来霉素)。那些阻滞G1的试剂也溢出到S期阻滞中，例如DNA烷基化剂，诸如他莫昔芬、泼尼松、达卡巴嗪、氮芥、顺铂、甲氨蝶呤、5-氟尿嘧啶和ara-C。进一步的信息可见于Mendelsohn和Israel编辑的《癌症的分子基础》(The Molecular Basis of Cancer)中Murakami等人所著的第1章，标题为“细胞周期调节，癌基因和抗肿瘤药”(WB Saunders:Philadelphia,1995)，尤其是第13页。紫杉烷类(紫杉醇和多西他赛)都是抗癌药，均来源于紫杉。多西他赛(

Rhone-Poulenc Rorer)源自欧洲紫杉，是紫杉醇的半合成类似物(

Bristol-Myers Squibb)。紫杉醇和多西他赛促进微管蛋白二聚体的微管组装，并通过防止解聚作用稳定微管，从而抑制细胞的有丝分裂。

“放射疗法”是指使用定向γ射线或β射线以诱导对细胞的足够损害，从而限制细胞正常发挥功能或完全破坏细胞的能力。将理解的是，在本领域中将有许多已知方法可以确定治疗的剂量和持续时间。典型治疗为一次施用，典型剂量范围为每天10到200单位(Gray)。

“个体”或“受试者”是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于驯养的动物(例如牛、绵羊、猫、犬和马)、灵长类动物(例如人和非人灵长类动物，诸如猴)、兔以及啮齿类动物(例如小鼠和大鼠)。在某些实施例中，该个体或受试者为人。

本文所用的术语“同时”是指两种或更多种治疗剂的施用，其中至少部分施用在时间上重叠。因此，同时施用包括当中止一种或多种药剂的施用后继续一种或多种其他药剂施用的给药方案。

“减少或抑制”是指引起整体降低20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的能力。减少或抑制可以指被治疗的疾患的症状、转移瘤的存在或大小、或原发性肿瘤的大小。

应当理解，单数形式“一(a/an)”及“该/所述”包括复数个所指物。

干细胞维持相关基因

在本发明中，发现干细胞维持相关基因的丰度可以预测对PD-1轴抑制剂的反应。可以通过检测与干细胞表型相关的基因的表达水平来确定干细胞维持相关基因的丰度。这些标志物包括ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1。这些标记可以被视为累积的干细胞维持相关基因评分。四个或更多个标志物的表达水平可以通过将任何合适的现有技术数学方法的状态组合以获得干细胞维持相关基因评分。在一个方面，干细胞维持相关基因评分可以基于由ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1组成的基因的表达水平来获得。

在一个方面，本发明的生物标志物用于预测患有肾细胞癌的患者对PD-1轴抑制剂(诸如如抗PD-L1抗体阿特珠单抗)的反应。在另一个实施方案中，本发明的生物标志物用于预测患有非小细胞肺癌(NSCLC)的患者对PD-1轴抑制剂(诸如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)的反应。根据本发明的方面，本发明的预测值在PD-L1阳性的患者中更高。因此，在一个方面，本发明的生物标志物用于预测PD-L1阳性患者，更具体地，PD-L1阳性的患有NSCLC的患者对PD-1轴抑制剂(诸如抗PD-L1抗体阿特珠单抗)的反应。在另一个方面，本发明的生物标志物用于预测患有癌症的患者对PD-1轴抑制剂(诸如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)的反应。

因此，本发明涉及一种鉴定对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应的患有癌症的患者的体外方法，该方法包括确定从患有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中的干细胞维持相关基因的丰度，其中该干细胞维持相关基因的丰度通过检测一种或多种基因的表达水平来表征，该一种或多种基因选自包含ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1的组。在一个方面，检测选自由ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1组成的组的一种或多种基因的表达水平。在一个方面，检测选自由ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1组成的组的全部基因的表达水平。在一些方面，该方法包括将一种或多种基因的表达水平与参考水平进行比较的步骤，其中提高的表达水平指示对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法的反应。在一方面，提高的表达水平指示对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法的反应降低。

用于本发明的示例性PD-1轴抑制剂

举例来说，PD-1轴抑制剂包括PD-1结合拮抗剂和PD-L1结合拮抗剂。“PD-1”的别名包括CD279和SLEB2。“PD-L1”的替代名称包括B7-H1、B7-4、CD274和B7-H。在一些方面，PD-1和PD-L1为人PD-1和PD-L1。

在一些方面，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其配体结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-1配体结合配偶体为PD-L1和/或PDL2。在另一个方面，PDL1结合拮抗剂为抑制PD-L1与其结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-L1结合配偶体是PD-1和/或B7-1。拮抗剂可以是抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白或寡肽。

在一些方面，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)。在一些方面，抗PD-1抗体选自由以下项组成的组：纳武单抗、派姆单抗、西米普利单抗、匹利珠单抗、斯巴达珠单抗、卡瑞利珠单抗和信迪利单抗。在一些方面，抗PD-1抗体选自由纳武单抗和派姆单抗组成的组。在一些方面，PD-1结合拮抗剂为免疫粘附素(例如，包含与恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。

在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂为纳武单抗(BMS-936558 or MDX-1106)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂为派姆单抗(MK03745)。在一个进一步的具体方面，PD-1结合拮抗剂为西米普利单抗(REGN-2810)。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂为斯巴达珠单抗(PDR001)。在一个进一步的具体方面，PD-1结合拮抗剂为卡瑞利珠单抗(SHR1210)。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂为信迪利单抗(IBI308)。在一个进一步的具体方面，PD-1结合拮抗剂为匹利珠单抗(CT-011)。在一个进一步的具体方面，PD-1拮抗剂为BGB-108或BGB-A317。在一个进一步的具体方面，PD-1拮抗剂为TSR-042(ANB011)。在一个进一步的具体方面，PD-1拮抗剂为PF-06801591(萨善利单抗)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是如WO2017/055443 A1中所述的PD1-0103或其人源化版本。

纳武单抗，也称为MDX-1106-04、MDX-1106、ONO-4538、BMS-936558和

为WO2006/121168中所述的抗PD-1抗体。派姆单抗，也称为MK-3475、Merck 3475、lambrolizumab、

和SCH-900475，是WO2009/114335中所述的抗PD-1抗体。在一些方面，PD-1结合拮抗剂为AMP-224。AMP-224也称为B7-DCIg，为WO2010/027827和WO2011/066342中所述的PD-L2-Fc融合可溶性受体。

在一些方面，PD-L1结合拮抗剂为抗PD-L1抗体。在一些方面，PD-1轴结合拮抗剂为抗PD-L1抗体。在一些方面，抗PD-L1抗体能够抑制PD-L1与PD-1之间和/或PD-L1与B7-1之间的结合。在一些实施例中，抗PD-L1抗体是单克隆抗体。在一些方面，抗PD-L1抗体是选自由Fab、Fab'-SH、Fv、scFv和(Fab')₂片段组成的组的抗体片段。在一些方面，抗PDL1抗体是人源化抗体。在一些方面，抗PDL1抗体是人抗体。

在一些方面，抗PDL1结合拮抗剂选自由阿特珠单抗、阿维单抗、德瓦鲁单抗和MDX-1105组成的组。MDX-1105，也称为BMS-936559，是WO2007/005874中所述的抗PDL1抗体。阿特珠单抗为WO 2010/077634A1中所述的抗PDL1抗体德瓦鲁单抗(MEDI4736)为WO2011/066389和US2013/034559中所述的抗PDL1抗体。阿维单抗(PF-06834635)为WO 2013/079174中所述的抗PDL1抗体。

可用于本发明方法的抗PD-L1抗体的示例及其制备方法在PCT专利申请WO 2010/077634 A1和美国专利号8,217,149中描述，每一个如同阐述其全部内容一样通过引用并入本文。

在一个具体方面中，抗PD-L1抗体为阿特珠单抗(CAS登记号：1422185-06-5)。阿特珠单抗(Genentech)，也称为MPDL3280A，是抗PD-L1抗体。

阿特珠单抗包含：

(a)分别地，GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:1)、AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:2)和RHWPGGFDY(SEQ ID NO:3)的HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3序列，以及(b)分别地，RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:4)、SASFLYS(SEQ ID NO:5)和QQYLYHPAT(SEQ ID NO:6)的HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3序列。

阿特珠单抗包含重链和轻链序列，其中：

(a)重链可变区序列包含以下氨基酸序列：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:7)和

(b)轻链可变区序列包含以下氨基酸序列：DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:8)。

阿特珠单抗包含重链和轻链序列，其中：

(a)重链包含以下氨基酸序列：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(SEQ ID NO:9)和

(b)轻链包含以下氨基酸序列：DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO:10)。

抗体或其抗原结合片段可以使用本领域已知的方法来制备；例如，通过包括以下步骤的方法制备：在适用于产生前述抗PD-L1抗体、抗PD-1抗体或抗PD-L2抗体或片段的条件下，培养适用于表达的形式的含有编码此类抗体或其抗原结合片段中任一种的核酸的宿主细胞，并回收抗体或片段。

在本文的任何实施例中，分离的抗PDL1抗体可以结合人PDL1，例如UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中所示的人PDL1，或其变体。

在再一个方面，提供了一种组合物，其包含如本文提供的抗PD-L1、抗PD-1或抗PD-L2抗体或其抗原结合片段以及至少一种药用载体。在一个方面，提供了包含抗PD-L1、抗PD-1或抗PD-L2抗体或其抗原结合片段的药物组合物，该药物组合物用于治疗患有癌症的患者，其中按照根据本文所述的方法，确定患者对包含有效量的抗PD-L1、抗PD-1或抗PD-L2抗体或其抗原结合片段的疗法有反应。在一些方面，施用于个体的抗PD-L1、抗PD-1或抗PD-L2抗体或其抗原结合片段是包含一种或多种药用载体的组合物。

在一些方面，本文所述的抗PD-L1抗体处于制剂中，该制剂包含约60mg/mL量的抗体、约20mM浓度的乙酸组氨酸、约120mM浓度的蔗糖和0.04％(w/v)浓度的聚山梨酸酯(例如聚山梨酸酯20)，且制剂的pH为约5.8。在一些方面，本文所述的抗PD-L1抗体处于制剂中，该制剂包含约125mg/mL量的抗体、约20mM浓度的乙酸组氨酸、约240mM浓度的蔗糖和0.02％(w/v)浓度的聚山梨酸酯(例如聚山梨酸酯20)，且制剂的pH为约5.5。

用于本发明的测定

在一些方面，生物标志物在样品中使用选自由以下项组成的组的方法来检测：FACS、Western印迹、ELISA、免疫沉淀、免疫组织化学、免疫荧光、放射免疫测定、免疫检测方法、质谱、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微阵列分析、nanostring、SAGE、MassARRAY技术和FISH及其组合。在一些实施方案中，生物标志物在样品中通过蛋白质表达来检测。在一些实施例中，蛋白表达通过免疫组织化学(IHC)确定。

在一些方面，生物标志物在样品中通过mRNA表达来检测。在一些实施方案中，使用以下项来确定mRNA表达：qPCR、rtPCR、RNA-seq、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、nanostring、SAGE、MassARRAY技术或FISH。

在一些方面，样品为肿瘤组织样品。在一些实施方案中，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞或其任何组合。

在一些方面，样品是在用PD-L1轴抑制剂治疗之前获得的。在一些实施例中，组织样品是福尔马林固定并且石蜡包埋的标本、新鲜的或冷冻的。

样品中各种生物标志物的存在和/或表达水平/量可以通过多种方法进行分析，其中许多方法是本领域已知的并且是技术人员所理解的，包括但不限于免疫组织化学(“IHC”)、蛋白质印迹分析、免疫沉淀、分子结合测定、ELISA、ELIFA、荧光激活细胞分选(“FACS”)、MassARRAY、蛋白质组学、基于血液的定量测定(例如血清ELISA)、生化酶活性测定、原位杂交、DNA印迹分析、RNA印迹分析、全基因组测序、聚合酶链反应(“PCR”)(包括定量实时PCR(“qRT-PCR”)和其他扩增类型检测方法，例如分支DNA、SISBA、TMA等)、RNA-Seq、FISH、微阵列分析、基因表达谱分析和/或基因表达的系列分析(“SAGE”)，以及可以通过蛋白质、基因和/或组织分析执行的多种测定中的任何一种。用于评价基因和基因产物的状态的典型方案可见于例如Ausubel等人编辑，1995，《分子生物学最新方案》(CurrentProtocols In Molecular Biology)，第2单元(RNA印迹法)、第4单元(DNA印迹法)、第15单元(免疫印迹法)和第18单元(PCR分析)。也可以使用多重免疫测定，诸如可从Rules BasedMedicine或Meso Scale Discovery(“MSD”)获得的那些。

在一个方面，样品为临床样品。在另一实施例中，样品用于诊断测定。在一些方面，样品获自原发性或转移性的肿瘤。组织活检通常用于获得代表性的肿瘤组织块。

在某些方面，参考样品、参考组织、对照样品、或对照组织是来自相同受试者或个体的单个样品或组合的多个样品，其是在与获得测试样品不同的一个或多个时间点获得的。在某些方面，参考样品、参考组织、对照样品或对照组织是来自不是该受试者或个体的一个或多个健康个体的组合的多个样品。在某些方面，参考样品、参考组织、对照样品或对照组织是组合的多个样品，其来自不是所述受试者或个体的一个或多个患有疾病或病症(例如癌症)的个体。

在一些方面，样品为肿瘤组织样品(例如，活检组织)。在一些方面，组织样品为肺组织。在一些方面，组织样品为肾组织。在一些方面，组织样品为皮肤组织。在一些方面，组织样品为胰腺组织。在一些方面，组织样品为胃组织。在一些实施例中，组织样品是膀胱组织。在一些方面，组织样品为食道组织。在一些方面，组织样品为间皮组织。在一些方面，组织样品为乳腺组织。在一些方面，组织样品为甲状腺组织。在一些方面，组织样品为结直肠组织。在一些方面，组织样品是头颈组织。在一些方面，组织样品为骨肉瘤组织。在一些方面，组织样品为前列腺组织。在一些方面，组织样品为卵巢组织、HCC(肝)、血液细胞、淋巴结、骨骼/骨髓。

治疗方法

提供了用于治疗个体癌症的方法，该方法包括：确定来自个体的肿瘤组织样品中干细胞维持相关基因的丰度，并向个体施用有效量的PD-1轴抑制剂。

在一些方面，与干细胞维持相关的生物标志物的提高的表达指示：当用PD-L1轴抑制剂治疗个体时，个体更有可能具有提高的临床益处。在一些方面，提高的临床益处包括以下一项或多项的相对增加：总存活(OS)、无进展存活(PFS)、完全反应(CR)、部分反应(PR)及其组合。

本文所述的PD-1轴抑制剂可以在治疗中单独使用或与其他药剂组合使用。例如，本文所述的PD-1轴抑制剂可以与至少一种附加治疗剂共同施用。在某些方面，所述附加治疗剂为化疗剂。

上述此类联合疗法涵盖联合施用(其中两种或更多种治疗剂被包含在同一组合物或分开的制剂中)，以及分开施用，在分开施用的情况下，拮抗剂的施用可以在施用附加治疗剂和/或佐剂之前、同时和/或之后发生。本文所述的PD-1轴抑制剂也可以与放射疗法组合使用。

本文所述的PD-1轴抑制剂(例如，抗体、结合多肽和/或小分子)(和任何附加治疗剂)可以通过任何合适的方式施用，包括肠胃外、肺内和鼻内，并且如果需要的话用于局部治疗、病灶内施用。肠胃外输注包括肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。给药可以通过任何合适的途径进行，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射，部分取决于施用是短暂的还是长期的。本文考虑了各种给药时间安排，包括但不限于在各个时间点处的单次或多次施用、推注施用，以及脉冲输注。

本文所述的PD-1轴抑制剂(例如，抗体、结合多肽和/或小分子)可以按照与良好医学实践一致的方式配制、给药和施用。在这种情况下需要考虑的因素包括所治疗的特定疾患、所治疗的特定哺乳动物、个体患者的临床病症、疾患的原因、药剂的递送部位、施用方法、施用的时间安排，以及执业医师已知的其他因素。PD-1轴抑制剂不是必须的，而是任选地与一种或多种目前用于预防或治疗所讨论的疾患的制剂共同配制。此类其他药剂的有效量取决于所用制剂中存在的PD-1轴抑制剂的量、疾患或治疗的类型，以及上面讨论的其他因素。这些通常以与本文所述相同的剂量和施用途径使用，或以本文所述剂量的约1％至99％使用，或以任何剂量且通过经验/临床上确定为合适的任何途径使用。

为了预防或治疗疾病，本文所述的PD-1轴抑制剂的适当剂量(当单独使用或与一种或多种其他附加的治疗剂组合使用时)将取决于待治疗疾病的类型、严重程度和病程，其中是否以预防或治疗目的施用该PD-1轴抑制剂、既往治疗、患者的临床病史和对PD-1轴抑制剂的反应以及主治医师的判断力。PD-1轴抑制剂适当地一次或在一系列治疗中施用于患者。取决于上述因素，一种典型的日剂量的范围可以为约1μg/kg至100mg/kg或更多。对于数天或更长时间的重复施用，取决于病症，治疗通常会持续直至发生期望的疾病症状抑制。此类剂量可以间歇施用，例如每周或每三周施用(例如，使得患者接受约两次至约二十次，或例如约六次剂量的PD-1轴抑制剂)。可以施用初始较高的负荷剂量，之后施用一次或多次较低剂量。示例性给药方案包括施用。然而，其他剂量方案可能有用。这种疗法的进展易于通过常规的技术和测定法来监测。

在一些方面，PD-1轴抑制剂(例如，抗PD-L1抗体)以约0.3-30mg/kg的剂量施用。在一些实施方案中，PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体)以约0.3mg/kg、0.5mg/kg、1mg/kg、2mg/kg、4mg/kg、8mg/kg、15mg/kg、20mg/kg或30mg/kg中的任一者的剂量施用。在一些实施方案中，PD-1轴抑制剂(例如，抗PD-L1抗体)以21天周期约2mg/kg、4mg/kg、8mg/kg、15mg/kg或30mg/kg中的任一者的剂量施用。应当理解，任何上述制剂或治疗方法都可以使用免疫缀合物代替或补充PD-1轴抑制剂来进行。

如本文所述的PD-1轴抑制剂的药物制剂通过将此类具有所需纯度的缀合物与一种或多种任选的药用载体混合(Remington's Pharmaceutical Sciences第16版，Osol,A.Ed.(1980))，制成冻干制剂或水溶液的形式。在一些实施方案中，PD-1轴抑制剂为结合小分子、抗体、结合多肽和/或多核苷酸。药用载体在所用的剂量和浓度下对受治疗者一般无毒，并且包括但不限于：缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和蛋氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵；氯化六甲双铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；对羟基苯甲酸烷基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨糖醇；成盐抗衡离子，诸如钠；金属络合物(例如锌蛋白络合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如聚乙二醇(PEG)。本文的示例性药学上可接受的运载体进一步包括间质药物分散剂，诸如可溶中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白，诸如rHuPH20(

Baxter International,Inc.)。某些示例性sHASEGP和使用方法(包括rHuPH20)描述于美国专利公布号2005/0260186和2006/0104968中。在一个实施方案中，将sHASEGP与一种或多种另外的糖胺聚糖酶(诸如软骨素酶)组合。

示例性的冻干制剂描述于美国专利号6,267,958中。水性抗体制剂包括在美国专利号6,171,586和WO2006/044908中描述的那些，后一者中的制剂包含组氨酸-乙酸盐缓冲剂。

本文的制剂还可含有多于一种对于所治疗的特定适应症是必需的活性成分，优选是具有不会彼此不利地影响的互补活性的活性成分。此类活性成分适当地以对预期目的有效的量组合存在。

活性成分可以包埋在例如通过凝聚技术或通过界面聚合而制备的微胶囊(例如分别为羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)中；包埋在胶体药物递送系统(例如，脂质体、白蛋白微球、微乳液、纳米粒子和纳米胶囊)中；或包埋在粗乳液中。此类技术公开于Remington's Pharmaceutical Sciences第16版，Osol,A.编辑(1980)中。

可以制备缓释制备物。缓释制备物的合适实例包括含有PD-L1轴结合拮抗剂的固态疏水聚合物的半透性基质，这些基质是例如膜或微胶囊等成型制品的形式。

用于体内施用的制剂通常是无菌的。例如，无菌可以通过无菌过滤膜过滤而容易地实现。

诊断试剂盒、测定和制品

本文提供了包含一种或多种试剂的诊断试剂盒，用于确定来自患有疾病或病症的个体的样品中生物标志物的存在。

本文还提供了用于鉴定患有疾病或病症的个体以接受PD-L1轴抑制剂的测定，该方法包括：确定来自个体的肿瘤组织样品中干细胞维持相关基因的丰度，并基于干细胞维持相关基因的丰度推荐PD-1轴抑制剂。

本文还提供了制品，其包含包装在一起的药用载体中的PD-1轴抑制剂(例如抗PD-L1抗体)和包装插页，该包装插页指示：基于干细胞维持相关基因的丰度或与干细胞维持相关基因发育相关的生物标志物的表达水平，该PD-L1轴抑制剂(例如抗PD-L1抗体)用于治疗患有疾病或病症的患者。治疗方法包括本文公开的任何治疗方法。还提供了一种用于制造制品的方法，其包括在包装中组合包含PD-1轴抑制剂(例如，抗PD-L1抗体)的药物组合物和包装插页，该包装插页表明：基于干细胞维持相关基因的丰度或与干细胞发育相关的生物标志物的表达水平，该药物组合物用于治疗患有疾病或病症的患者。

制品包括容器和在该容器上或与该容器相关的标签或包装插页。合适的容器包括，例如，瓶子、小瓶、注射器等。容器可以由诸如玻璃或塑料等多种材料形成。容器容纳或含有包含该癌症药物作为活性剂的组合物，并且可具有无菌进入口(例如，该容器可以是静脉内溶液袋或具有可由皮下注射针刺穿的塞子的小瓶)。

制品可以进一步包括第二容器，该第二容器包括药用稀释缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液和葡萄糖溶液。制品可以进一步包括从商业和用户角度所需的其他物质，包括其他缓冲剂、稀释剂、过滤器、针头和注射器。

本发明的制品还包括信息，例如以包装插页的形式，指示基于本文生物标志物的表达水平，该组合物用于治疗癌症。插页或标签可以采用任何形式诸如纸，或在电子介质诸如磁记录介质(例如软盘)或CD-ROM上。标签或插页还可以包括试剂盒或制品中有关药物组合物和剂型的其他信息。

通过参考以下非限制性附图和示例进一步描述本发明。

示例

实例1

干性相关基因转录本预测用阿特珠单抗治疗的局部晚期或转移性的非小细胞肺癌患者的临床益处

我们假设干细胞维持相关癌细胞丰度低的患者可能会对PD-L1阻断产生反应，从而对接受治疗的患者产生有益效果。我们分析了在III期临床试验(NCT02008227，OAK)中739名接受阿特珠单抗(MPDL3280A，n＝358)和多西他赛(n＝381)的患有非小细胞肺癌的患者(https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02008227)。该研究由提供研究药物的罗氏集团成员基因泰克公司赞助。该方案及其修正案得到了相关机构审查委员会或伦理委员会的批准，所有参与者都提供了书面知情同意书。本研究是根据赫尔辛基宣言和国际会议良好临床实践协调指南进行的。

将基线的肿瘤样品存档并用于通过RNA测序(RNA-Seq)进行的基因表达谱分析。总共选择了144个来源于基因本体的人类干细胞相关基因并进行进一步处理，从而产生了由ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1组成的4个基因列表，这些基因与干细胞维持相关癌症细胞的丰度相关。整个队列中每个选定基因的log2 CPM表达值在中等表达水平上分为高表达基因(+)和低/无表达基因(-)。使用内部R脚本，针对Kaplan-Meier存活曲线绘制两个定义的亚组。图2显示了单基因表达模式与患者存活率的相关性。

表1总结了用于干细胞维持相关癌细胞特性的每个单个基因的中位存活以及HR。

表1：单基因与PD-1轴抑制剂阿特珠单抗的存活优势相关

由于与干细胞维持相关癌细胞相关的几个基因与存活优势相关，我们通过定义反映这些标记基因的累积表达的累积癌症干细胞基因评分来研究参与干细胞维持相关癌细胞的多个基因的影响。每个基因的表达首先通过z评分标准化：

其中μ和μ是在整个队列或选定的亚组中估计的。在标准化步骤之后，这些标准化的z评分值在每个患者内的基因之间进行平均。OAK队列针对患者的性别、年龄、组织学以及PD-L1状态进行了校正。基于此类分析，我们观察到接受阿特珠单抗治疗且癌症干细胞评分较低的患者显示了优越的总存活优势，中等总存活约为492天，而高表达组的中等总存活约为257天(HR＝0.67，且p＝0.005)(图1A)。作为比较，对于癌症干细胞评分较低的患者，多西紫杉醇亚组的中位总存活为334天(高亚组为282天)，导致HR为0.76且p＝0.05。因此，干细胞评分低组显示了对阿特珠单抗的预测作用(HR＝0.72，且p＝0.019)。此外，我们还发现了无进展存活的优势。接受阿特珠单抗治疗且癌症干细胞评分较低的患者显示了中位无进展存活为约86天，高组为约51天，导致HR为0.69且p＝0.001(图1B)。

实例2

干性相关基因转录本预测用阿特珠单抗治疗的阳性局部晚期或转移性的非小细胞肺癌患者的临床益处

我们假设干细胞维持相关癌细胞丰度低的患者可能会对PD-L1阻断产生反应，从而对接受治疗的患者产生有益效果。我们分析了在II期临床试验(NCT02031458,BIRCH)中597名接受阿特珠单抗的患有非小细胞肺癌的患者(https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02031458)。该研究由提供研究药物的罗氏集团成员基因泰克公司赞助。该方案及其修正案得到了相关机构审查委员会或伦理委员会的批准，所有参与者都提供了书面知情同意书。本研究是根据赫尔辛基宣言和国际会议良好临床实践协调指南进行的。

将基线的肿瘤样品存档并用于通过RNA测序(RNA-Seq)进行的基因表达谱分析。。总共选择了144个来源于基因本体的人类干细胞相关基因并进行进一步处理，从而产生了由ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1组成的4个基因列表，这些基因与干细胞维持相关癌症细胞的丰度相关。整个队列中每个选定基因的log2 CPM表达值在中等表达水平上分为高表达基因(+)和低/无表达基因(-)。使用内部R脚本，针对Kaplan-Meier存活曲线绘制两个定义的亚组。图4显示了单基因表达模式与患者存活的相关性。表2总结了用于干细胞维持相关癌细胞特性的每个单个基因的中位存活以及HR。

表2：单基因与PD-1轴抑制剂阿特珠单抗的存活优势相关

由于与干细胞维持相关癌细胞相关的几个基因与存活优势相关，我们通过定义反映这些标记基因的累积表达的累积癌症干细胞基因评分来研究参与干细胞维持相关癌细胞的多个基因的影响。每个基因的表达首先通过z评分标准化：

其中μ和μ是在整个队列或选定的亚组中估计的。在标准化步骤之后，这些标准化的z评分值在每个患者内的基因之间进行平均。BIRCH队列针对患者的性别、年龄以及吸烟状况进行了校正。基于此类分析，我们观察到接受阿特珠单抗治疗且癌症干细胞评分较低的患者显示了优越的存活优势，中等总存活约为583天，而高表达组的中等总存活约为437天，导致HR＝0.77且p＝0.01(图3A)。此外，我们还发现了无进展存活的优势。接受阿特珠单抗治疗且癌症干细胞评分较低的患者显示了中位无进展存活为约127天，高组为约89天，导致HR为0.74且p＝0.0007(图3B)。

实例3

干性相关基因转录本预测用阿特珠单抗治疗的局部晚期或转移性的膀胱尿路上皮癌患者的临床益处。

我们假设干细胞维持相关癌细胞丰度低的患者可能会对PD-L1阻断产生反应，从而对接受治疗的患者产生有益效果。我们分析了在III期临床试验(NCT02302807,IMvigor211)中750名接受阿特珠单抗(n＝369)、紫杉醇(n＝123)、长春氟宁(n＝194)或多西他赛(n＝41)的患有局部晚期或转移性的膀胱尿路上皮癌的患者(https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02302807)。该研究由提供研究药物的罗氏集团成员基因泰克公司赞助。该方案及其修正案得到了相关机构审查委员会或伦理委员会的批准，所有参与者都提供了书面知情同意书。本研究是根据赫尔辛基宣言和国际会议良好临床实践协调指南进行的。

将基线的肿瘤样品存档并用于通过RNA测序(RNA-Seq)进行的基因表达谱分析。总共选择了144个来源于基因本体的人类干细胞相关基因并进行进一步处理，从而产生了由ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1组成的4个基因列表，这些基因与干细胞维持相关癌症细胞的丰度相关。整个队列中每个选定基因的log2 CPM表达值在中等表达水平上分为高表达基因(+)和低/无表达基因(-)。使用内部R脚本，针对Kaplan-Meier存活曲线绘制两个定义的亚组。图6显示了单基因表达模式与患者存活率的相关性。表3总结了用于干细胞维持相关癌细胞特性的每个单个基因的中位存活以及HR。

表3：单基因与PD-1轴抑制剂阿特珠单抗的存活优势相关

SoC*是使用长春氟宁或紫杉醇或多西他赛的标准护理治疗。

由于与干细胞维持相关癌细胞相关的几个基因与存活优势相关，我们通过定义反映这些标记基因的累积表达的累积癌症干细胞基因评分来研究参与干细胞维持相关癌细胞的多个基因的影响。每个基因的表达首先通过z评分标准化：

其中μ和μ是在整个队列或选定的亚组中估计的。在标准化步骤之后，这些标准化的z评分值在每个患者内的基因之间进行平均。IMvigor211队列针对患者的性别、年龄和吸烟状况进行了校正。基于此类分析，我们观察到接受阿特珠单抗治疗且癌症干细胞评分较低的患者显示了优越的总存活优势，中等总存活约为357天，而高表达组的中等总存活约为211天(HR＝0.64，且p＝0.0004)(图5A)。相比之下，癌症干细胞评分低的患者，标准治疗组(组合长春氟宁、紫杉醇或多西他赛)亚组显示了中位总存活约为256天(高亚组约为225天)。因此，干细胞评分低组显示了对阿特珠单抗的预测效应(HR＝0.70，且p＝0.004)。此外，我们还发现了无进展存活的优势。接受阿特珠单抗治疗且癌症干细胞评分较低的患者显示了中位无进展存活为约66天，高组为约63天，导致HR为0.69且p＝0.001(图5B)。

***

序列表

<110> 豪夫迈·罗氏有限公司

<120> 预测对 PD-1 轴抑制剂的反应

<130> P35943-WO

<150> EP20172842.5

<151> 2020-05-05

<160> 10

<170> PatentIn 版本 3.5

<210> 1

<211> 10

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> HVR-H1

<400> 1

Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His

1 5 10

<210> 2

<211> 18

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> HVR-H2

<400> 2

Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val

1 5 10 15

Lys Gly

<210> 3

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> HVR-H3

<400> 3

Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr

1 5

<210> 4

<211> 11

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> HVR-L1

<400> 4

Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala Val Ala

1 5 10

<210> 5

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> HVR-L2

<400> 5

Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser

1 5

<210> 6

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> HVR-L3

<400> 6

Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala Thr

1 5

<210> 7

<211> 118

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> VH

<400> 7

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser

20 25 30

Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr

100 105 110

Leu Val Thr Val Ser Ser

115

<210> 8

<211> 108

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> VL

<400> 8

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala

20 25 30

Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg

100 105

<210> 9

<211> 447

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 重链

<400> 9

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser

20 25 30

Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr

100 105 110

Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro

115 120 125

Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly

130 135 140

Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn

145 150 155 160

Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln

165 170 175

Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser

180 185 190

Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser

195 200 205

Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr

210 215 220

His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser

225 230 235 240

Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg

245 250 255

Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro

260 265 270

Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala

275 280 285

Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val

290 295 300

Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr

305 310 315 320

Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr

325 330 335

Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu

340 345 350

Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys

355 360 365

Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser

370 375 380

Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp

385 390 395 400

Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser

405 410 415

Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala

420 425 430

Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly

435 440 445

<210> 10

<211> 214

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 轻链

<400> 10

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala

20 25 30

Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala

100 105 110

Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly

115 120 125

Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala

130 135 140

Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln

145 150 155 160

Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser

165 170 175

Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr

180 185 190

Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser

195 200 205

Phe Asn Arg Gly Glu Cys

210

Claims (21)

1.一种鉴定对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应的患有癌症的患者的体外方法，所述方法包括确定从患有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中的干细胞维持相关基因的丰度。

2.根据权利要求1所述的方法，其中干细胞维持相关基因的所述丰度通过检测一种或多种基因的表达水平来表征，所述一种或多种基因选自包含ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1的组。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中干细胞维持相关基因的所述丰度通过检测一种或多种基因的表达水平来表征，所述一种或多种基因选自由ASPM、CNOT3、LRP5和PBX1组成的组。

4.根据权利要求2或权利要求3所述的方法，其中所述方法进一步包括将所述一种或多种基因的所述表达水平与参考水平进行比较的步骤，其中提高的表达水平指示对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应。

5.根据权利要求2至4中任一项所述的方法，其中所述表达水平在所述样品中通过蛋白质表达来检测。

6.根据权利要求2至4中任一项所述的方法，其中所述表达水平在所述样品中通过mRNA表达来检测。

7.根据权利要求2至6中任一项所述的方法，其中所述表达水平使用选自由以下项组成的组的方法来检测：FACS、蛋白质印迹、ELISA、免疫沉淀、免疫组织化学、免疫荧光、放射免疫测定、免疫检测方法、质谱、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微阵列分析、nanostring、SAGE、MassARRAY技术和FISH及其组合。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述癌症选自由以下项组成的组：非小细胞肺癌、小细胞肺癌、肾细胞癌、结直肠癌、卵巢癌、乳腺癌、胰腺癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤、头颈部癌、甲状腺癌、肉瘤、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈样真菌病、默克尔细胞癌和其他恶性血液病。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述癌症为局部晚期或转移性的非小细胞肺癌或膀胱尿路上皮癌。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述疗法包含有效量的PD-1轴抑制剂作为单一疗法。

11.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述疗法包含有效量的PD-1轴抑制剂和有效量的第二药剂，所述第二药剂选自由以下项组成的组：细胞毒性剂、化疗剂、生长抑制剂、放射治疗剂和抗血管生成剂及其组合。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述PD-1轴抑制剂为PD-1结合拮抗剂。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。

14.根据权利要求12或13所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂为抗PD-1抗体。

15.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述PD-1轴抑制剂为PD-L1结合拮抗剂。

16.根据权利要求15所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。

17.根据权利要求15或16所述的方法，其中PD-L1结合拮抗剂为抗PD-L1抗体。

18.根据权利要求17所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体为选自由Fab、Fab'-SH、Fv、scFv和(Fab')2组成的组的抗体片段。

19.根据权利要求17或18所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体选自由阿特珠单抗、阿维单抗、德瓦鲁单抗和MDX-1105组成的组。

20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法，其中所述肿瘤组织样品为在含有PD-1轴抑制剂的所述疗法之前从所述患者获得的样品。

21.一种药物组合物，其包含PD-1轴抑制剂，用于治疗患有癌症的患者，其中按照根据权利要求1至20中任一项所述的方法确定所述患者对包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法有反应。

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