具体实施方式
现结合实施例、附图对本发明作进一步描述:
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明,仅用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。本领域的普通技术人员可以理解为:在不脱离本发明的原理和宗旨的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型,本发明的范围由权利要求及其等同物限定。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件或按照厂商所建议的条件实施检测。
本发明所用数据具有相关领域普通技术人员通常理解的含义。然而,为了更好地理解本发明,对一些定义和相关术语的解释如下:
“生物标志物”,指可以标记系统、器官、组织、细胞及亚细胞结构或功能的改变或可能发生改变的生化指标,可用于疾病诊断、判断疾病分期或评价新药新疗法在目标人群中的安全性和有效性。
在本发明优选地实施方式中,上述基因的序列如SEQ ID NO.1-3所示
表一.miRNA序列
实施例1
生存相关遗传模型预测与比较
构建ROC曲线来分析上述mRNA生物标志物区分胃肠癌病人和健康对照的诊断能力。
图2A为风险指数生存图表,横轴代表时间(单位:天),垂直轴代表存活率,平曲线代表高存活率或生存期较长,陡峭曲线代表低存活率或较短存活率如图所示,由上述基因区分出的高低风险组表现出明显差异。
图2B为生存一年、三年和五年的ROC曲线图。横轴为假阳性率FP,纵轴为真阳性率TP,左上角图例对应不同生存期ROC曲线的AUC值。如图所示,AUC在一年、三年和五年对应值分别为0.601、0.635、0.635。上述基因在胃肠癌中后期有较强的诊断能力。
图2C分别为甲状腺癌和乳腺癌的ROC模型曲线,结果显示,上述基因仅在胃肠癌肿瘤诊断中起作用,能作为胃肠癌诊断的生物标志物。
实施例2
生存相关(Cox)曲线分析
构建Cox曲线来比较上述基因与胃肠癌病人的生存相关性。3个RNA的Cox生存分析分别如图3所示,分析所得P值均小于0.05满足差异性检验。这些结果表明,上述基因与胃肠癌病人的生存率显著相关。
实施例3
免疫细胞浸润分析
从TCGA数据库中获取胃肠癌患者免疫细胞数据样本,利用CIBERSORT工具建立免疫细胞浸润模型,如图3A所示,颜色越深的基因,表示与免疫细胞的相关系数越大。这些结果表明上述基因与胃肠道癌症的预测或治疗具有强关联性。
序列表
<110> 西北工业大学
<120> 一组消化道泛癌诊疗用mRNA靶点
<130> 2021
<141> 2022-04-22
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 4769
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
ctcgtgcgtc acgacgccgc cagctgatcg gagcctggag ccggtgtgtg ctgggtgccg 60
agaagagaca gcgccgccgg ccgtggggag cggacgcagt gatttgctcc ccctcgtgca 120
gcaaccccca cacccagcac caggtgggtg tgagctggcg acccggtcac gcagcgggga 180
gccgcggtaa cgggatggag ggtgaaagtg gggtccgggc ggccacaccc agcccttccg 240
ggaggagaag gggcggcggg ggcaggggcg cctcggggag aggggcctgg actggccggg 300
ttagtgtgtc aggagctacg aggaaagagt ctgggacggg agtcgtggcg gaagggctgg 360
cggagtggcg gggggcgggg ggagagccga ggggccggag ggccgggggc ggctcacccg 420
gcggcccccg gtctgaggat acaggggccg gccatctagc ctggggaggg tctggacccc 480
ccgagcgggc ggcgaggagg tgctttgcct ctgccggcgt tcactgggtc agggccagtt 540
cagcgccctg gcagggaagg ggtcgctggg cgggccggcc cctcctctcg ttctctccag 600
gggatgttat gtaagggggg aggggagagg agtagggggc ggcggtgccg gggccttatg 660
caacccaaag gttagggttt caccgtggtt gggcgggggg aagagggcaa gaggagggcc 720
tggaaactct aacccccgct ccccagacta actggccgtc ttgggccgag agaaggtcac 780
ctctgcacct ccccccagcc tgtccgattg tgaggcccct agcccaggcc tggccctgac 840
tgcctgggaa gccggctggc tgggtggggc gcctgggtta gtcatcactg ggctgcctct 900
ctccccacct ctcggccaac tcttggcccc tccccatggc ctccggcgag gctgtcaccc 960
ccacctccct ccggccctgg ttccagcctc caactccttt ggcctgtcat cctggctgtc 1020
agattgggct aggagctgtc agagtgccag agggttgatg gagcagctgg tcagagggtc 1080
agtgccctgg gcccaccccg ccctgcagcc aagggcacct gcttggcaca gactctcagc 1140
agctgctgag tcctctgggt tgaacagagc tatctcagac agaggaaggt cggacggagt 1200
tggactggtc acccagggga aggaagatac acaaagttca tgcctcccaa gagggtttcg 1260
gaatttgaac cgcaccccgt atcccccaat ctttcttacc ctctgagtat agaaattcca 1320
aggcaagacc gccttggccc ctcagcctgg cgtgggccat gcccttggac tgagtgtcag 1380
cacggacccg ccctccccag ctcacatccc ccgagcctgc cacgccccca gccccctccc 1440
tgggccatgc tgcagggccc ggcttttcct gctgattcat gcgttggaac tgtgggggcg 1500
gggcttggaa cttggaacaa agttcagaca tggaggggcc ggcagacagc ctggaattca 1560
taccagatgt acccggaatg cgcaagcgga atgcctggca tctgagagtc ctggggaagc 1620
tgcccagcca ccctgcccat acctccctcc cctccagcct gtggtcccct gcccgcccct 1680
cacagccccg gccaccctgc cgatacctcc ctcctctcca gcctgtggtc ccctgtccgc 1740
ccctcacagc cccgggggcc tctgctgacc ttctttcaaa cgctaggcct cctcccttcc 1800
tcactcttcc ccaatccagg cccccagaac tctccttcca gctgaactcc ctgggaacaa 1860
gtcagttggg ctgatcactg aactcacatt tctggacctg aggtaccaca cttctagtac 1920
ctgcgtgctg gtggggtgtg tccagggtcc cgggccccac cctgtctgaa tgctgaggag 1980
gctgggcccc caggggccgc tagggcaggg gagggtgaga gcaggactgg gtttctctag 2040
actccagttc tggaaagaag agcaagggaa gtctgtttac agccacctct tgctgctcag 2100
cgaggttaac agcttccgcg ggcccagatc agagctgcag ccctgcatta gaatctcaga 2160
ggtctactgg ggcaggaccc tgatggccag cgagtgggtc agcgttgcag caacatgccc 2220
tgctcagatc tttcccattt tccctccctt tcccttagga gcctgttcct ctcacgccct 2280
cacctggctg agccgcagta gttcttcagt ggcaagcttt atgtcctgac ccagctaaag 2340
ctgccagttg aagaactgtt gccctctgcc cctggcttcg aggaggagga ggagctgctt 2400
tccccatcat ctggaaggtg acagaaatgg gctgggaagg tccgaacagc agggtggatg 2460
atacgttttg ggcaagttgg agagcctttg cccagattgg cccagcaagg agcggtttta 2520
gattagagac actggctgga ttgaggagta gaaggctcaa acaacccaag gttagttggt 2580
ctttgtgtga cagtgggaag aagtggagag aacactctgt ctccccgact tccttcttga 2640
ccctccttcc gtatctttca ttcttcccca ctggcctttc cagatgaggt ccaaaagtaa 2700
gctcactctt cagggaaaag tgatactaaa cccaggcgtg aggagtcatc cttctgctct 2760
tacttttccc tgcatttcct taggctggcc cagactctag attcctgggc acttacctgt 2820
atctgagacc cttagacctc ctgtctcagt ttctccacct gtgagatggg cagtcacaca 2880
gatgagtgtg catgagggaa tcagaagccc atctgggttg actcagaacc cgggctctcc 2940
ccctgctgtg ggtggaaaca aaacaccttt tcacagaagc tgttgtccct cccccatccc 3000
tgataccatc acccagaagc tgggtgggga atgggaagct ggaggagggg gttagagtta 3060
gaccaatgcg aggagctagt aagagctcgc ctctccgtga cttcccccca tgcaagggtg 3120
gcccaaggct tcccctgata tccaaagcag gacagcagcc ccttggtggg attctaactg 3180
ctgctactct gtttctttcc tcactttgct ttccaaggtg gtatgtgatc cccagctcag 3240
gcctgtgcag acaggaaatt ctcccctgca gcaagtaggg gaggtgggtt gtgggatgtg 3300
acctccttcc agatatcagg cagtgagtgt aaacctgcca cctccagccc tgatccattc 3360
tcacctagcg gctacaggaa gctgtgtctg ttcgatttgg tgggaggaga tgtgcaggga 3420
gctgtatctt gtcctccgct tgtgaaaaac tcaaggatgt ggagaagagt agaccgtgga 3480
accctgctct tctgcagcca agctgagggg caggatgcgt gtgggacagt ggtagagaag 3540
caggggatag actcataggc tgcaacaaag gtgactctgt ccctggacac tgcctccgta 3600
ctttctcctt gcttcactgg ccacagcatc tccctccagc cctcgctatg tgcctctgcc 3660
atcttcaccc atcatggagc agaggtgagg agaggcagcc tgggaatatg gagaccagtg 3720
aaggaccagg cctggagagc acagggtcct acctgggcat ccagcagagg agcccctaaa 3780
ggccaggagc accccaagag gagggagggc agccagcctc cattgacggc gagcctccag 3840
ccctctccta ctttgatcac catttctctc caggctttct gcctccgaga tgtggcacca 3900
tagtgcggtg ccctgtggct tcaccgccct acttccacct ccgcccagcc tgtaatgttt 3960
atataagcag cctcaaggac caagaaccat ctgcgaaagg acacacacag gaaattcata 4020
aaagaaatct gaatggataa aaccatgaaa aaaagtatgc ttcattagta attaaagaaa 4080
ggcaaataga gctggaagca tttttccctt agcaaaccat aacagaaaaa aataagaccc 4140
aatattggca aagagactac tgaaaaaaca ttcccataca ttgcgtgtgg gagtatacat 4200
cggtgcaggc ttcctggatg acagttgggt gatatgtgtc atgtggccta aaagcctcca 4260
tgtcatttga cctacgaatt ctatctttgg gaatttatcc taagaaaata cttaaggatt 4320
tagttagtga taagatgttc atcccagcat tgcaatggag aaaaatggga agcaatggtt 4380
tggttgggaa tttattcctt ttctgctgta acgaaagttt gcaatagggg attgcttaag 4440
taaattattg tatctccatc cagatggtgg agtaccgcgc agacattaaa agtcatgtaa 4500
aagaacatct gactgaaaga aaaatgctcc ttgaatatta aaaggttgta aaaatagtgc 4560
atgttatgtg atttcaattt tgttttttaa aatatgggtg tatgcttgta tacgtagagc 4620
agataaaaaa gacggaaggc atactaaaaa atgttgagtg gttatctttg tatggtggaa 4680
caaagtcact gtaattttca tctttggttt ttctgtaatt tccaaatttt ccacattttg 4740
tatttcatat aatataattt aagagatca 4769
<210> 2
<211> 84
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 2
actggtcggt gatttaggta gtttcctgtt gttgggatcc acctttctct cgacagcacg 60
acactgcctt cattacttca gttg 84
<210> 3
<211> 97
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 3
tagggtgacc agccattatg gtttgcctgg gactgaggaa tttgctggga tatgtcagtt 60
ccaggccaac caggctggtt ggtctccctg aagcaac 97