CN114989273A - 基因PlMYB1R及其在防治荔枝霜疫霉病中的应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了基因PlMYB1R及其在防治荔枝霜疫霉病中的应用,属于农作物病害绿色防控技术领域。本发明应用基于聚乙二醇介导的原生质体转化技术与CRISPR/Cas9敲除策略,通过构建PlMYB1R敲除载体并通过PEG介导的原生质体转化,利用同源重组的方法将基因PlMYB1R从荔枝霜疫霉中敲除,获得敲除突变体。该突变体与野生型相比,生长速率减慢,致病力明显减弱,卵孢子产量显著增多,参与多种胁迫反应。本发明证实PlMYB1R是荔枝霜疫霉生长发育、侵染致病所必须的。我们的研究有助于深入阐明荔枝霜疫霉的致病分子机制,为开发有效杀菌剂提供了靶标基因。

Description

基因PlMYB1R及其在防治荔枝霜疫霉病中的应用
技术领域
本发明属于农作物病害绿色防控技术领域,具体涉及基因PlMYB1R及其在防治荔枝霜疫霉病中的应用。
背景技术
荔枝霜疫霉(Peronophythora litchii Chen ex Ko et al.)侵染引起的病害为荔枝霜疫病,其寄主植物是荔枝。该病原菌属于鞭毛菌亚门,卵菌纲(Oomycetes),霜霉目(Peronosporales),霜疫霉科(Peronophthoraceae)。由荔枝霜疫霉引起的荔枝霜疫病在荔枝上危害最为严重,且尚未发现有效的抗病荔枝种植品种。目前对荔枝霜疫霉的防治仍然是以农药防治为主,其抗药性风险大并且污染环境,因此研究荔枝霜疫霉的致病机制有非常重要的意义。
研究表明,荔枝霜疫霉成功侵染荔枝主要依赖于一系列致病因子。因此,充分挖掘荔枝致病相关基因并开展功能研究,对有效控制荔枝霜疫霉的危害和选育抗病品种具有重要意义。
MYB蛋白家族存在于所有的真核生物中,其是一类数量繁多,功能多样的转录调节因子,它参与调控生物体的生长发育,生物或非生物诱发的胁迫反应等。
发明内容
针对现有技术中存在的缺陷或不足,本发明的首要目的在于提供一种荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R。
本发明的另一目的在于提供上述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R相关的生物材料。
本发明的另一目的在于提供上述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R或生物材料的应用。
为了实现上述发明目的,本发明采用以下技术方案:
本发明公开了荔枝霜疫霉一个此前未知的蛋白PlMYB1R及其编码基因PlMYB1R。基因PlMYB1R的全长如SEQ ID NO.1所示,其CDS序列如SEQ ID NO.2所示,共编码476个氨基酸,如SEQ ID NO.3所示。本发明利用CRISPR/Cas9基因编辑技术构建pBSSK::PlMYB1R和PYF2.3G-ribo-sgRNA1::PlMYB1R和PYF2.3G-ribo-sgRNA2::PlMYB1R敲除载体并通过PEG介导的原生质体转化技术敲除PlMYB1R基因。最终获得敲除突变体T7、T38、T73(按照转化子验证顺序编号命名),三个突变体在荔枝霜疫霉生长发育过程中存在明显缺陷。致病性测定结果表明,基因PlMYB1R的敲除突变体T7、T38、T73对荔枝嫩叶(品种:桂味)的致病力显著降低。上述试验证明。荔枝霜疫霉PlMYB1R基因为荔枝霜疫霉的致病相关基因。此外,PlMYB1R基因在荔枝霜疫霉中存在两个转录本,我们分别将两个转录本在荔枝霜疫霉中过表达,一共得到三个过表达转化子OE2、OE8和OE10,经致病力测定后发现PlMYB1R基因过表达转化子不影响其致病力。
一种荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R,其氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示,或者是如SEQ ID NO.3通过一个或多个氨基酸替换、插入、缺失而获得的仍具有相同或相似功能的类似序列所示。
上述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R相关的生物材料,为下述生物材料中的任意一种或多种组合:
1)编码所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的核酸分子;
2)含有1)中所述核酸分子的表达盒;
3)含有1)中所述核酸分子的重组载体,或含有2)中所述表达盒的重组载体;
4)含有1)中所述核酸分子的重组微生物,或含有2)中所述表达盒的重组微生物,或含有3)所述重组载体的重组微生物;
5)抑制或阻断所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因表达的核酸序列;
6)利用5)中所述核酸序列制备得到的抑制或阻断所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因表达的基因敲除载体;
7)利用6)中所述基因敲除载体制备得到的所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因缺陷型荔枝霜疫霉。
进一步地,1)中所述核酸分子为所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因序列,如SEQ ID NO:1所示,或者是所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的CDS序列,如SEQID NO:2所示,或者是如SEQ ID NO.1通过碱基插入、缺失、或替换而获得的仍具有相同或相似功能的类似序列所示。
进一步地,5)中所述核酸序列为PlMYB1R基因的反义RNA、siRNA、shRNA或sgRNA。
更进一步地,所述sgRNA如下任意一种序列所示:
sgRNA1:5'-CAACTACCTGATGAGTCCGTGAGGACGAAACGAGTAAGCTCGTCGTAGTTGCCCTAATGGATAG-3';
sgRNA2:5'-CTCGTTGCTGATGAGTCCGTGAGGACGAAACGAGTAAGCTCGTCCAACGACAGCAGAATGGATG-3'。
上述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R或生物材料的应用,为下述应用中的任意一种或多种组合:
ⅰ)在调控荔枝霜疫霉致病力中的应用;
ⅱ)在调控荔枝霜疫霉致病相关基因表达水平中的应用;
ⅲ)在调控荔枝霜疫霉生长中的应用;
ⅳ)在调控荔枝霜疫霉卵孢子形成中的应用;
ⅴ)在调控荔枝霜疫霉在胁迫环境下的耐受性中的应用;
ⅵ)在防治荔枝霜疫病中的应用;
ⅶ)作为靶点在设计和筛选抗荔枝霜疫霉药物中的应用。
进一步地,ⅴ)中所述的胁迫环境包括但不限于细胞壁胁迫、高渗胁迫。
更进一步地,所述的细胞壁胁迫为至少25μg·mL-1十二烷基硫酸钠(SDS)、至少350μg·mL-1刚果红(CR)或至少100μg·mL-1荧光增白剂(CFW)诱导的细胞壁胁迫。
更进一步地,所述的高渗胁迫为至少0.05mol·L-1NaCl,至少0.1mol·L-1CaCl2或至少0.2mol·L-1山梨醇(Sorbitol)诱导的高渗透压胁迫。
一种防治由荔枝霜疫霉导致的荔枝霜疫病的方法,通过抑制或阻断所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因表达实现。
一种抗荔枝霜疫霉药物筛选模型,所述的药物筛选模型为所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因缺陷型荔枝霜疫霉。
上述抗荔枝霜疫霉药物筛选模型的构建方法,包括如下步骤:
(1)根据PlMYB1R基因序列利用sgRNA网站设计sgRNA,将sgRNA与pYF2.3G-Ribo-sgRNA载体进行连接,得到PlMYB1R基因敲除质粒pYF2.3G-Ribo-sgRNA::PlMYB1R;
或者,根据PlMYB1R基因序列上游、下游各约1kb的序列设计左、右同源臂扩增引物,以荔枝霜疫霉基因组DNA为模板扩增左右同源臂,与pBSSK载体进行连接,得到PlMYB1R基因敲除质粒pBSSK::PlMYB1R;
(2)将PlMYB1R基因敲除质粒pYF2.3G-Ribo-sgRNA::PlMYB1R或pBSSK::PlMYB1R导入荔枝霜疫霉野生型菌株的原生质体内,经筛选、验证,获得PlMYB1R基因敲除突变体,即为所述的荔枝霜疫霉药物筛选模型。
进一步地,步骤(1)中所述的sgRNA如下任意一种序列所示:
sgRNA1:5'-CAACTACCTGATGAGTCCGTGAGGACGAAACGAGTAAGCTCGTCGTAGTTGCCCTAATGGATAG-3';
sgRNA2:5'-CTCGTTGCTGATGAGTCCGTGAGGACGAAACGAGTAAGCTCGTCCAACGACAGCAGAATGGATG-3'。
进一步地,步骤(1)中所述的左、右同源臂扩增引物分别如下所示:
左同源臂扩增引物:
PlMYB1R-Left-F:5'-TAGAACTAGTGGATCCCCCGTGCTCAATATCTTCGTGCGTG-3';
PlMYB1R-Left-R:5'-TTAGTCTCAGAAAATTCAGCCCCCAATATAAGCAAGAC-3';
右同源臂扩增引物:
PlMYB1R-Right-F:5'-AGAAAATTCAGCCCCCAATATAAGCAAGACATCAGTCAG-3';
PlMYB1R-Right-R:5'-ATGCGTCCGAGCGAGGTAGGGCTGCAGGAATTCGATA-3'。
本发明相对于现有技术具有如下的优点及效果:
本发明通过试验证明,将基因PlMYB1R的上下游序列分别扩增出来,与载体pBSSK(南京农业大学植物保护学院卵菌与真菌分子生物学实验室惠赠)相连,同源重组后通过聚乙二醇(Polyethylene glycol,PEG)介导的原生质体转化技术与CRISPR/Cas9敲除策略,所获得的突变体与野生型相比,生长速率减慢,卵孢子产量显著增多,在多种胁迫环境下敏感性不同,致病性试验表明,基因PlMYB1R的缺失显著降低了荔枝霜疫霉的致病力。本发明证实基因PlMYB1R是荔枝霜疫霉生长发育、卵孢子的形成和致病性所必需的。我们的研究有助于深入阐明荔枝霜疫霉的致病分子机制,为发现新型药物作用靶标和设计新型高效、低毒安全的杀菌剂提供理论依据。
附图说明
图1是荔枝霜疫霉PlMYB1R基因同源重组的构建示意图;
图2是荔枝霜疫霉PlMYB1R基因敲除转化子的PCR扩增结果图;其中,泳道WT:荔枝霜疫霉野生型;泳道CK:经PEG转化但未敲除转化子;泳道T7、T38、T73分别表示基因PlMYB1R的三个已敲除转化子;
图3是野生型WT、未敲除转化子CK、敲除突变体T7、T38、T73在CA培养基上的生长速率及菌落形态图;其中,a是菌落形态图,b是生长速率统计结果;
图4是基因PlMYB1R敲除突变体T7、T38、T73的致病力分析结果;其中,a是侵染病斑图,b是侵染病斑直径统计结果;
图5是基因PlMYB1R敲除突变体T7、T38、T73对细胞壁胁迫的耐受性结果;其中,a是菌落形态图,b是抑制率统计结果;
图6是基因PlMYB1R敲除突变体T7、T38、T73对渗透压胁迫的耐受性结果;其中,a是菌落形态图,b是抑制率统计结果;
图7是基因PlMYB1R敲除突变体T7、T38、T73的卵孢子产量分析结果;其中,a是卵孢子形态图,b是卵孢子产量统计结果。
具体实施方式
下面结合实施例及附图对本发明作进一步详细的描述,但本发明的实施方式不限于此。
下面实施方案中若未注明具体试验条件,则通常按照常规试验条件或按照试剂公司所建议的试验条件。所使用的的材料、试剂等,若无特殊说明,均为从商业途径得到的试剂和材料。
实施例1:PlMYB1R基因敲除载体的构建
试验材料
供试菌株、植物与载体:
供试菌株为荔枝霜疫霉野生型菌株(Peronophythora litchii,Wild Type,简称WT)为常规的疫霉菌,可通过商业途径或自然界分离获得,大肠杆菌(Eschrichia coli)菌株DH5α,可通过商业途径得到;供试接种植物材料是荔枝(桂味)嫩叶(采自华南农业大学园艺实习果园);卵菌敲除及转化载体pYF2-PsNLS-hSpCas9、pYF2.3G-Ribo-sgRNA(已在文献“Yufeng,Fang,Linkai,et al.Efficient Genome Editing in theOomycetePhytophthora sojaeUsing CRISPR/Cas9[J].Current Protocols inMicrobiology,2017”中公开)、pBSSK(已在文献“A CRISPR/Cas9-mediated in situcomplementation method for Phytophthora sojae mutants[J].Molecular PlantPathology,2021,22(3)”中公开,以上载体均由南京农业大学植物保护学院卵菌与真菌分子生物学实验室惠赠)。
主要供试培养基:
胡萝卜榨汁培养基(Carrot agar,CA)(1L):胡萝卜300g榨汁,纱布过滤,121℃,20min灭菌。固体培养基加入1.5%(W/V)琼脂粉。
LB培养基(1L):5g酵母提取物(Yeast extract),10g胰蛋白胨(Tryptone),10g氯化钠(NaCl),121℃,20min灭菌。固体培养基加入1.5%(W/V)琼脂粉。
营养豌豆培养基(Nutrition Pea Broth,NPB)(1L):新鲜豌豆120g加水煮20min后过滤。滤液中加入5g山梨醇(D-Sorbitol),5g甘露醇(D-Mannitol),5g葡萄糖,3g硝酸钾(KNO3),2g碳酸钙(CaCO3),2g酵母提取物,1g磷酸氢二钾(K2HPO4),1g磷酸二氢钾(KH2PO4),0.5g硫酸镁(MgSO4),0.1g氯化钙(CaCl2),2mL维生素混合液(Vitamin stock)和2ml痕量元素(Trace elements),加ddH2O定容至1L,121℃,灭菌20min。固体培养基则另加入1.5%(W/V)Difco Bacto Agar。
豌豆甘露醇培养基(Pea/0.5mol·L-1Manitol,PM)(1L):新鲜豌豆120g,加水煮20min后过滤。滤液中加入91g D-Mannitol,2g CaCO3和1.32g CaCl2,加ddH2O定容至1L,121℃,灭菌20min。固体培养基则另加入1.5%(W/V)Difco Bacto Agar。
皮氏培养基(1L):0.5g磷酸二氢钾,0.25g七水硫酸镁(MgSO4·7H2O),1g L-天冬酰胺(L-asparagine),1mg维生素B1(Vitamin B1),0.5g酵母提取物,10mgβ-谷甾醇(β-sitosterol)和5g葡萄糖,加入ddH2O定容至1L,121℃,20min灭菌。固体培养基加入1.5%琼脂粉。
CRISPR/Cas9技术相关载体的构建:
(1)pYF2.3G-Ribo-sgRNA::PlMYB1R的构建
根据设计sgRNA网站(http://grna.ctegd.uga.edu/),选择PlMYB1R基因上的靶向RNA(sgRNA),交由生工生物合成后,参照表1配制sgRNA退火体系,金属浴37℃,30min。
sgRNA序列如下:
PlMYB1R-sgRNA1-F:5'-CTAGCAACTACCTGATGAGTCCGTGAGGACGAAACGAGTAAGCTCGTCGTAGTTGCCCTAATGGATAG-3'
PlMYB1R-sgRNA1-R:5'-GTTGATGGACTACTCAGGCACTCCTGCTTTGCTCATTCGAGCAGCATCAACGGGATTACCTATCCAAA-3'
PlMYB1R-sgRNA2-F:5'-CTAGCTCGTTGCTGATGAGTCCGTGAGGACGAAACGAGTAAGCTCGTCCAACGACAGCAGAATGGATG-3'
PlMYB1R-sgRNA2-R:5'-GAGCAACGACTACTCAGGCACTCCTGCTTTGCTCATTCGAGCAGGTTGCTGTCGTCTTACCTACCAAA-3'。
表1 sgRNA双链合成体系(30μL)(Takara)
Figure BDA0003720377030000061
反应条件为37℃,30min,随后在上述体系内加入4μL 0.5mol·L-1NaCl,混匀后于沸水浴煮沸2min,置于室温冷却3~4h,DNA片段退火形成双链。
PlMYB1R基因上的靶向RNA(sgRNA)退火形成双链,与酶切后pYF2.3G-Ribo-sgRNA载体(酶切体系见表2)用T4-DNA连接酶连接,连接体系如表3,反应条件为16℃,4h,置于冰上冷却,随后进行大肠杆菌转化。
表2 pYF2.3G-Ribo-sgRNA载体双酶切体系(50μL)(NEB)
Figure BDA0003720377030000071
表3 pYF2.3G-Ribo-sgRNA载体与双链sgRNA连接反应体系(10μL)(NEB)
Figure BDA0003720377030000072
(2)pBSSK::PlMYB1R载体的构建
根据PlMYB1R基因上游、下游各约1kb的序列设计左右同源臂和扩增引物(PlMYB1R-Left-F、PlMYB1R-Left-R,PlMYB1R-Right-F、PlMYB1R-Right-R)。
PlMYB1R-Left-F:5'-TAGAACTAGTGGATCCCCCGTGCTCAATATCTTCGTGCGTG-3'
PlMYB1R-Left-R:5'-TTAGTCTCAGAAAATTCAGCCCC CAATATAAGCAAGAC-3'
PlMYB1R-Right-F:5'-AGAAAATTCAGCCCC CAATATAAGCAAGACATCAGTCAG-3'
PlMYB1R-Right-R:5'-ATGCGTCCGAGCGAGGTAGGGCTGCAGGAATTCGATA-3'。
用高保真酶Phanta Max Super-Fidelity DNA Polymerase(南京诺唯赞)进行PCR扩增,以荔枝霜疫霉基因组DNA为模板扩增左右同源臂,具体PCR扩增体系如下表4:
表4 Phanta Max高保真酶PCR扩增体系(50μL)
Figure BDA0003720377030000073
扩增程序为:预变性95℃,3min,变性95℃,15s,退火56~72℃,15s,延伸72℃,30s/kb,进行34个循环,最后再延伸5min。目的条带经电泳检测后使用OMEGA公司的琼脂糖凝胶纯化回收试剂盒进行回收,具体步骤参考试剂盒的说明书。产物检测浓度后用定向无缝克隆试剂盒ClonExpress One Step Cloning Kit(南京诺唯赞)与线性化的pBSSK载体(酶切体系见表5)连接,连接体系如表6。
表5 pBSSK酶切反应体系(10μL)
Figure BDA0003720377030000081
表6 pBSSK::PlMYB1R载体连接反应体系(10μL)
Figure BDA0003720377030000082
将构建好的pYF2.3G-Ribo-sgRNA1::PlMYB1R、pYF2.3G-Ribo-sgRNA2::PlMYB1R、pBSSK::PlMYB1R、进行大肠杆菌转化。
(3)大肠杆菌转化及验证
100μL分装的大肠杆菌感受态细胞DH5α冰上冻融,加入连接产物10μL,指尖轻拍混匀,冰上静置30min。42℃水浴热击90s,随后迅速置于冰上2min。650μL LB液体培养基加入管内,37℃,180rpm培养1h。将上述菌液4000rpm离心4min,吸取上清,剩余100μLLB培养基悬浮菌体,涂布于含终浓度100μg·mL-1Amp的LB固体筛选平板上,37℃培养12~16h。
以大肠杆菌单菌落为模板,pYF2.3G-Ribo-sgRNA载体的验证引物为M13F,RPL41_Pseq_F;pBSSK载体验证引物为M13F,M13R;其中M13F及M13R为通用引物,引物RPL41_Pseq_F的序列如下:RPL41_Pseq_F:5'-CAAGCCTCACTTTCTGCTGACTG-3'。
用Green Taq Mix(南京诺唯赞)进行菌落PCR验证,体系如下表7:
表7菌落PCR反应体系(20μL)
Figure BDA0003720377030000091
PCR扩增程序为:预变性94℃,5min,变性94℃,30s,退火60℃,30s,延伸72℃,30s/kb,进行34个循环,再延伸7min。扩增产物经凝胶电泳检测,分别选2个扩增条带符合目的片段大小的菌落,用含100μg·mL-1Amp的LB液体培养基摇菌送测序。
(4)质粒DNA的大量提取
选择含有目的质粒的大肠杆菌单菌落进行摇菌,单菌落加入至含100μg·mL-1Amp的LB液体培养基,37℃,180rpm,培养12h,加入至200mL含Amp的LB液体培养基中37℃,180rpm,培养14h。
使用TIANGEN公司的无内毒素质粒大量提取试剂盒(EndoFree Maxi PlasmidKit)提取PEG介导转化所需的4种质粒(pYF2-NLS-hSpCas9、pYF2.3G-Ribo-sgRNA1::PlMYB1R、pYF2.3G-Ribo-sgRNA2::PlMYB1R、pBSSK::PlMYB1R)
实施例2:荔枝霜疫霉原生质体的制备及PEG介导的转化
酶解液的制备:称取0.15g溶壁酶(Lysing Enzymes,SIGMA)和0.06g纤维素酶(Cellulase,SIGMA)于灭菌烧杯中,超净台内加入10mL 0.8mol·L-1Mannitol,8mL灭菌ddH2O,800μL 0.5mol·L-1KCl,800μL 0.5mol·L-1MES-KOH和400μL 0.5mol·L-1CaCl2,充分溶解后转移至50mL离心管,待用;
W5 solution的制备:称取7.8g Glucose,4.6g CaCl2,2.25g NaCl,0.093g KCl,加入ddH2O定容至250mL,待用;
MMg solution的制备:称取甘露醇18.22g、MgCl2·6H2O 0.76g、MES Buffer 2mL,加水定容至250mL,待用;
荔枝霜疫霉野生型菌株WT在营养豌豆固体平板培养基(NPB固体培养基)上活化。取菌丝块放入锥形瓶中,加入50mL NPB液体培养基进行培养,共培养三瓶,于25℃黑暗培养3d,每隔12h摇晃一次。纱布过滤,收集菌丝,用镊子轻轻挤压后加入到含酶解液的50mL离心管中,轻轻混匀后,25℃,40rpm,酶解40~45min。待菌丝酶解后,迅速用包有三层Miracloth滤布的50mL烧杯过滤菌丝,并将滤液转移至50mL圆底离心管中,4℃,1500rpm离心3min。弃上清,加入10mL W5 solution重悬浮原生质体,再加入25mL W5 solution,上下颠倒轻轻混匀,4℃,1500rpm离心4min。弃上清,加入7mL W5 solution重悬浮原生质体,置于冰上放置30min。随后4℃,1500rpm离心4min,弃上清,加入6mL的MMg solution重悬浮原生质体,温室放置10min。取6支灭菌50mL离心管置于冰上,向每个离心管中加入4种质粒:pYF2-NLS-hSpCas9、pYF2.3G-Ribo-sgRNA1::PlMYB1R、pYF2.3G-Ribo-sgRNA2::PlMYB1R、pBSSK::PlMYB1R,各30μg,得到含原生质体的MMg solution。
向每个50mL离心管中加入1mL含原生质体的MMg solution,轻轻摇晃混匀,置于冰上10min。沿管壁向每个离心管加入580μL 40%聚乙二醇(PEG)溶液,连续加入3次。此过程中缓慢旋转离心管,使PEG与原生质体混匀,冰上放置20min。豌豆甘露醇培养液(PM)中1000:1加入100mg·mL-1氨苄青霉素制备得到Amp PM。在离心管中加入2mL Amp PM,轻轻上下颠倒,冰上放置2min;继续在离心管中加入8mL Amp PM,并轻轻上下颠倒,冰上放置2min;最后各个离心管中依次加入10mL Amp PM,并轻轻上下颠倒,倾斜放置。25℃下黑暗培养14~16h,使原生质体再生。过夜培养后,显微镜下观察原生质体再生情况,随后2000rpm离心5min。各离心管弃上清至剩余5mL液体培养基,悬浮沉淀后加入30mL含30μg·mL-1遗传霉素G418的豌豆甘露醇固体培养基,颠倒混匀后倒入2个9cm灭菌培养皿中,25℃黑暗培养2~3d。挑取单菌落对其进行编号命名,用于鉴定。
实施例3:验证和测定
(1)PlMYB1R基因敲除转化子的验证分析
将荔枝霜疫霉野生型WT与转化子用CTAB法进行基因组DNA提取,以基因组DNA为模板,设计基因组中PlMYB1R左右同源臂片段外的引物PlMYB1RBY-F、PlMYB1RBY-R分别进行常规PCR扩增。通过凝胶电泳检测条带大小,验证PlMYB1R是否成功敲除并送测序检测。
PlMYB1RBY-F:5'-AGCTCCAGCGCGAGAGAGAAC-3'
PlMYB1RBY-R:5'-GGACCCACGACAGCTTTCTTAGC-3'。
测序结果证明,PEG转化敲除成功,并获得3个PlMYB1R基因敲除转化子,依照转化子验证顺序从T1起进行编号,3个敲除成功的突变体分别命名为T7、T38、T73。
(2)敲除突变体生长速率的测定
荔枝霜疫霉野生型WT菌株、在含G418抗生素培养基生长但敲除不成功的转化子CK、以及PlMYB1R基因敲除成功的突变体T7、T38、T73在无抗生素的CA平板转代2次,打孔取菌龄一致的9mm直径的WT,CK和T7、T38、T73菌丝块,接种在15mL等量胡萝卜培养基平板(直径=9cm)中央。设3个重复,25℃黑暗培养5d,测量菌落直径大小并计算生长速率并拍照。实验独立重复三次,用SPSS软件中的Duncan’s multiple range test进行菌株间的差异显著性分析。
生长速率(mm/d)=第5天菌落直径/5天。
(3)敲除突变体致病力测定
荔枝(品种为桂味)嫩叶经ddH2O浸泡后置于湿润滤纸上,取测定步骤(2)中转代培养得到的菌龄一致的9mm直径的WT,CK和T7、T38、T73菌丝块接种,将菌丝生长面覆盖于叶片背面。每个菌株重复接种6片叶龄相近嫩叶,于25℃保湿放置,48h后拍照并测量病斑直径。使用SPSS软件中的Duncan’s multiple range test进行差异显著性分析。
(4)敲除突变体对细胞壁胁迫的耐受性测定
取测定步骤(2)中转代培养得到的菌龄一致的9mm直径的WT,CK和T7、T38、T73菌丝块接种于定量的皮式培养基中央,作为空白对照。实验组使用分别添加了细胞壁胁迫物质25μg·mL-1十二烷基硫酸钠(SDS),350μg·mL-1刚果红(CR),100μg·mL-1荧光增白剂(CFW)的皮式培养基,也用相同的方法接种各敲除突变体菌株的菌丝块。在25℃下黑暗培养7天,测量对照组和实验组的菌落直径并拍照,计算WT、CK、T7、T38、T73在各胁迫因子下的生长抑制率,统计PlMYB1R基因敲除突变体的抑制率较WT和CK是否具有显著差异。
(5)敲除突变体对高渗压力的耐受性测定
本试验通过在皮式固体培养基中添加0.05mol·L-1NaCl,0.1mol·L-1CaCl2,0.2mol·L-1山梨醇(Sorbitol)三种常用的渗透剂,并分别接种测定步骤(2)中转代培养得到的菌龄一致的9mm直径的WT,CK和T7、T38、T73菌丝块。在25℃下黑暗培养7天,测量菌落生长直径和拍照,计算WT,CK,PlMYB1R基因敲除突变体在各胁迫因子下的生长抑制率。
(6)敲除突变体卵孢子产量测定
在经过两次转代培养的WT、CK、T7、T38、T73的菌落边缘用灭菌打孔器取下大小一致的菌碟(d=9mm)并转接于表面覆盖一层Hybond N+膜的胡萝卜培养基上,25℃条件下暗培养10天后,揭下滤膜,于接种点附近随机用打孔器打5个菌碟,置于5mL ddH2O中匀浆,吸取1μL于载玻片上统计各个菌株卵孢子数量。
实施例4:结果与分析
(1)荔枝霜疫霉PlMYB1R基因重组片段的构建
应用PCR技术分别克隆获得了PlMYB1R基因同源臂Left、同源臂Right片段,多片段连接至线性化pBSSK载体,成功得到了pBSSK::PlMYB1R载体;双链合成获得了sgRNA,连接至线性化pYF2.3G-Ribo-sgRNA载体,成功得到了pYF2.3G-Ribo-sgRNA1::PlMYB1R和pYF2.3G-Ribo-sgRNA2::PlMYB1R载体,敲除示意图如图1。
(2)荔枝霜疫霉基因PlMYB1R敲除突变体的筛选
设计基因PlMYB1R左右臂外引物:PlMYB1RBY-F/R,提取荔枝霜疫霉野生型(WT)、未敲除转化子(CK)与PlMYB1R基因敲除突变体的DNA,以野生型为对照进行PCR扩增,扩增方法和体系参考实施例1,结果表明,WT与CK扩出约4500bp的片段,T7、T38、T73三个转化子均能扩增出约3000bp的片段,进一步说明T7、T38、T73为基因PlMYB1R的敲除转突变体(图2),测序结果证实确已敲除。T7、T38、T73的测序结果如下:
CTACAATTGGTCTCTCCCTGGTGTTATACTTCTTCACGGTACATTACTAGCTTCCACCCCCACTCACTGCTCCTATTTCTTCGTACGAGACAATTCGGCAGCACATGTGACACAAACACTCTTTCATTGTTACCACACGTGCATGCACTACGTTAGTCTCAGAAAATTCAGCCCCCAATATAAGCAAGACATCAGTCAGAAATTCGTGAGTTTCTTCTGCACTCAAGTGGAACGTACAG。
(3)基因PlMYB1R敲除突变体生长速率的分析
与荔枝霜疫霉野生型WT和未敲除转化子CK相比,敲除突变体T7、T38、T73在CA培养基中生长明显减慢,菌丝颜色与野生型相比无显著差异(图3)。
(4)基因PlMYB1R敲除突变体致病力分析
与荔枝霜疫霉野生型WT和未敲除转化子CK相比,敲除突变体T7、T38、T73接种菌饼的病斑直径明显减小。证明基因PlMYB1R的缺失导致荔枝霜疫霉的致病力显著降低(图4)。
(5)基因PlMYB1R敲除突变体对细胞壁胁迫的耐受性分析
将敲除突变体T7、T38、T73分别接种至添加25μg·mL-1十二烷基硫酸钠(SDS),350μg·mL-1刚果红(CR),100μg·mL-1荧光增白剂(CFW)的皮式培养基,对其菌落直径进行统计并计算抑制率(图5)。结果表明,与野生型WT相比,在含SDS胁迫条件下,突变体的耐受性降低,而在CR和CFW的胁迫条件下突变体的耐受性显著升高,说明PlMYB1R参与了荔枝霜疫霉对部分胁迫物质引起的细胞壁胁迫的响应。
(6)基因PlMYB1R敲除突变体对高渗压力的耐受性分析
将敲除突变体T7、T38、T73分别接种至添加0.05mol·L-1NaCl,0.1mol·L-1CaCl2,0.2mol·L-1山梨醇(Sorbitol)的皮氏培养基,对其菌落直径进行统计并计算抑制率(图6)。结果表明,与野生型WT相比,在三种物质的胁迫下突变体的耐受性显著降低,说明PlMYB1R参与了荔枝霜疫霉对部分胁迫物质引起的渗透胁迫的响应。
(7)基因PlMYB1R敲除突变体对卵孢子产量的影响
相同处理条件下制备野生型与敲除突变体T7、T38、T73的卵孢子悬浮液,与WT和CK为对照,敲除突变体T7、T38、T73的卵孢子显著升高,证明敲除基因PlMYB1R会影响荔枝霜疫霉卵孢子的产量(图7)。
实验结果证明,本发明提供的基因可以用于植物病害防治,特别是由荔枝霜疫霉导致的荔枝霜疫病。另外,本发明提供的基因可以作为用于植物病害防治的药物靶标。本领域技术人员可以根据本说明书的指导与启示,开发用于防治植物病害、特别是荔枝霜疫病的药物。
上述实例为本发明较佳的实施方式,但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制,其他的任何未背离本发明的精神实质与原理下所做的改变、修饰、替代、组合、简化,均应为等效的替代方案,都包含在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 华南农业大学
<120> 基因PlMYB1R及其在防治荔枝霜疫霉病中的应用
<160> 15
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 1428
<212> DNA
<213> 荔枝霜疫霉(Peronophythora litchii)
<220>
<223> PlMYB1R的基因序列
<400> 1
atggaagcag caggacccaa ctcaggactc acaacggagc atctcaagtc tcacctgcag 60
aaataccgcc tcaactacga gcgctcgcgg atggaatttc tcgagtacta tgatcgtagc 120
gctaagcgca accgcaagcg acgccgtcag gctcaacagc gagcaagtgg ggcagcaagt 180
gagaccaaca cgatgtttgt gttccctatc agcaactcta aacgccgaaa aggacgcggc 240
agcgacagtg acagcgacga tagcgactcg gacacagggg atagcaataa caacgacagc 300
agaatggatg tggactctaa aggccaggca acaccacagg gacgacgtgg ttctcctgca 360
gcagccactg aggctcatga gcgtaatttg aactactcgc aactgatgca gagtgcacag 420
caacagtcac tcctcaacgg aagcagtcat gcccaccagc atcctcaggt cacgaatgat 480
cgtatgatac ctgtagtacc agcaccagta tctacgggcg tgatccctat agcacctcat 540
cacttgccac cggcatacgc agctcacgcg cagcggaaac agacttcaga acacgaccgt 600
gatttagcag cagcggcagc ggctgtggca gcataccgct atccattagg gcaactacct 660
gtttccggtg gagttcctgg gatgccagag cttagtgatc cccaatggag cattctgaac 720
tcgctcatgt cacctcagct tgcgggtatg gctggacccg taggtgaagg tggactgttt 780
ccgcaagttg cagcgacgag cgaagcaatg gctcgcggtg gcagcagtgc ggacggattt 840
atgcttcatg aggaaccgac agatttgcaa atgcagatgc acctcgctat gcaagctcag 900
atgaatcttc atcgtcagat gctcacgcgc aaggtggaag ttgcacaaca tctcgctcgc 960
cacaacagta tggggaacat taataccagc aatagcaggg gaaatcccca agctccacaa 1020
aggacctatg gtgagtcgtg gggcagtaca caacagcttc aacagcaaca gtatcgacat 1080
caacaacacc aacaacacca acagctgcag caacaggagc actaccaaca gcaggtaaac 1140
atgctgtctc ggccatcatt gtcgacgcca ggctcaacca caccggcagc agtgactcct 1200
acaaatgtac caacaggaac tgtagaggct accccagcaa ccggtgaagc tatggtagtt 1260
tcaacatcag caactgacaa tggacctgtt gctgcggaca gcagcgcaac tggaatggta 1320
acggaggcga agagtgacga tgacgggata gatctatacc gttgggaccg tattgatctg 1380
aatgtggagc tggatgacga cgatctcttc ggcttcctga agtcgtga 1428
<210> 2
<211> 1428
<212> DNA
<213> 荔枝霜疫霉(Peronophythora litchii)
<220>
<223> PlMYB1R的CDS序列
<400> 2
atggaagcag caggacccaa ctcaggactc acaacggagc atctcaagtc tcacctgcag 60
aaataccgcc tcaactacga gcgctcgcgg atggaatttc tcgagtacta tgatcgtagc 120
gctaagcgca accgcaagcg acgccgtcag gctcaacagc gagcaagtgg ggcagcaagt 180
gagaccaaca cgatgtttgt gttccctatc agcaactcta aacgccgaaa aggacgcggc 240
agcgacagtg acagcgacga tagcgactcg gacacagggg atagcaataa caacgacagc 300
agaatggatg tggactctaa aggccaggca acaccacagg gacgacgtgg ttctcctgca 360
gcagccactg aggctcatga gcgtaatttg aactactcgc aactgatgca gagtgcacag 420
caacagtcac tcctcaacgg aagcagtcat gcccaccagc atcctcaggt cacgaatgat 480
cgtatgatac ctgtagtacc agcaccagta tctacgggcg tgatccctat agcacctcat 540
cacttgccac cggcatacgc agctcacgcg cagcggaaac agacttcaga acacgaccgt 600
gatttagcag cagcggcagc ggctgtggca gcataccgct atccattagg gcaactacct 660
gtttccggtg gagttcctgg gatgccagag cttagtgatc cccaatggag cattctgaac 720
tcgctcatgt cacctcagct tgcgggtatg gctggacccg taggtgaagg tggactgttt 780
ccgcaagttg cagcgacgag cgaagcaatg gctcgcggtg gcagcagtgc ggacggattt 840
atgcttcatg aggaaccgac agatttgcaa atgcagatgc acctcgctat gcaagctcag 900
atgaatcttc atcgtcagat gctcacgcgc aaggtggaag ttgcacaaca tctcgctcgc 960
cacaacagta tggggaacat taataccagc aatagcaggg gaaatcccca agctccacaa 1020
aggacctatg gtgagtcgtg gggcagtaca caacagcttc aacagcaaca gtatcgacat 1080
caacaacacc aacaacacca acagctgcag caacaggagc actaccaaca gcaggtaaac 1140
atgctgtctc ggccatcatt gtcgacgcca ggctcaacca caccggcagc agtgactcct 1200
acaaatgtac caacaggaac tgtagaggct accccagcaa ccggtgaagc tatggtagtt 1260
tcaacatcag caactgacaa tggacctgtt gctgcggaca gcagcgcaac tggaatggta 1320
acggaggcga agagtgacga tgacgggata gatctatacc gttgggaccg tattgatctg 1380
aatgtggagc tggatgacga cgatctcttc ggcttcctga agtcgtga 1428
<210> 3
<211> 475
<212> PRT
<213> 荔枝霜疫霉(Peronophythora litchii)
<220>
<223> PlMYB1R的氨基酸序列
<400> 3
Met Glu Ala Ala Gly Pro Asn Ser Gly Leu Thr Thr Glu His Leu Lys
1 5 10 15
Ser His Leu Gln Lys Tyr Arg Leu Asn Tyr Glu Arg Ser Arg Met Glu
20 25 30
Phe Leu Glu Tyr Tyr Asp Arg Ser Ala Lys Arg Asn Arg Lys Arg Arg
35 40 45
Arg Gln Ala Gln Gln Arg Ala Ser Gly Ala Ala Ser Glu Thr Asn Thr
50 55 60
Met Phe Val Phe Pro Ile Ser Asn Ser Lys Arg Arg Lys Gly Arg Gly
65 70 75 80
Ser Asp Ser Asp Ser Asp Asp Ser Asp Ser Asp Thr Gly Asp Ser Asn
85 90 95
Asn Asn Asp Ser Arg Met Asp Val Asp Ser Lys Gly Gln Ala Thr Pro
100 105 110
Gln Gly Arg Arg Gly Ser Pro Ala Ala Ala Thr Glu Ala His Glu Arg
115 120 125
Asn Leu Asn Tyr Ser Gln Leu Met Gln Ser Ala Gln Gln Gln Ser Leu
130 135 140
Leu Asn Gly Ser Ser His Ala His Gln His Pro Gln Val Thr Asn Asp
145 150 155 160
Arg Met Ile Pro Val Val Pro Ala Pro Val Ser Thr Gly Val Ile Pro
165 170 175
Ile Ala Pro His His Leu Pro Pro Ala Tyr Ala Ala His Ala Gln Arg
180 185 190
Lys Gln Thr Ser Glu His Asp Arg Asp Leu Ala Ala Ala Ala Ala Ala
195 200 205
Val Ala Ala Tyr Arg Tyr Pro Leu Gly Gln Leu Pro Val Ser Gly Gly
210 215 220
Val Pro Gly Met Pro Glu Leu Ser Asp Pro Gln Trp Ser Ile Leu Asn
225 230 235 240
Ser Leu Met Ser Pro Gln Leu Ala Gly Met Ala Gly Pro Val Gly Glu
245 250 255
Gly Gly Leu Phe Pro Gln Val Ala Ala Thr Ser Glu Ala Met Ala Arg
260 265 270
Gly Gly Ser Ser Ala Asp Gly Phe Met Leu His Glu Glu Pro Thr Asp
275 280 285
Leu Gln Met Gln Met His Leu Ala Met Gln Ala Gln Met Asn Leu His
290 295 300
Arg Gln Met Leu Thr Arg Lys Val Glu Val Ala Gln His Leu Ala Arg
305 310 315 320
His Asn Ser Met Gly Asn Ile Asn Thr Ser Asn Ser Arg Gly Asn Pro
325 330 335
Gln Ala Pro Gln Arg Thr Tyr Gly Glu Ser Trp Gly Ser Thr Gln Gln
340 345 350
Leu Gln Gln Gln Gln Tyr Arg His Gln Gln His Gln Gln His Gln Gln
355 360 365
Leu Gln Gln Gln Glu His Tyr Gln Gln Gln Val Asn Met Leu Ser Arg
370 375 380
Pro Ser Leu Ser Thr Pro Gly Ser Thr Thr Pro Ala Ala Val Thr Pro
385 390 395 400
Thr Asn Val Pro Thr Gly Thr Val Glu Ala Thr Pro Ala Thr Gly Glu
405 410 415
Ala Met Val Val Ser Thr Ser Ala Thr Asp Asn Gly Pro Val Ala Ala
420 425 430
Asp Ser Ser Ala Thr Gly Met Val Thr Glu Ala Lys Ser Asp Asp Asp
435 440 445
Gly Ile Asp Leu Tyr Arg Trp Asp Arg Ile Asp Leu Asn Val Glu Leu
450 455 460
Asp Asp Asp Asp Leu Phe Gly Phe Leu Lys Ser
465 470 475
<210> 4
<211> 68
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> PlMYB1R-sgRNA1-F
<400> 4
ctagcaacta cctgatgagt ccgtgaggac gaaacgagta agctcgtcgt agttgcccta 60
atggatag 68
<210> 5
<211> 68
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> PlMYB1R-sgRNA1-R
<400> 5
gttgatggac tactcaggca ctcctgcttt gctcattcga gcagcatcaa cgggattacc 60
tatccaaa 68
<210> 6
<211> 68
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> PlMYB1R-sgRNA2-F
<400> 6
ctagctcgtt gctgatgagt ccgtgaggac gaaacgagta agctcgtcca acgacagcag 60
aatggatg 68
<210> 7
<211> 68
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> PlMYB1R-sgRNA2-R
<400> 7
gagcaacgac tactcaggca ctcctgcttt gctcattcga gcaggttgct gtcgtcttac 60
ctaccaaa 68
<210> 8
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> PlMYB1R-Left-F
<400> 8
tagaactagt ggatcccccg tgctcaatat cttcgtgcgt g 41
<210> 9
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> PlMYB1R-Left-R
<400> 9
ttagtctcag aaaattcagc ccccaatata agcaagac 38
<210> 10
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> PlMYB1R-Right-F
<400> 10
agaaaattca gcccccaata taagcaagac atcagtcag 39
<210> 11
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> PlMYB1R-Right-R
<400> 11
atgcgtccga gcgaggtagg gctgcaggaa ttcgata 37
<210> 12
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> RPL41_Pseq_F
<400> 12
caagcctcac tttctgctga ctg 23
<210> 13
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> PlMYB1RBY-F
<400> 13
agctccagcg cgagagagaa c 21
<210> 14
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> PlMYB1RBY-R
<400> 14
ggacccacga cagctttctt agc 23
<210> 15
<211> 239
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> T7、T38、T73的测序结果
<400> 15
ctacaattgg tctctccctg gtgttatact tcttcacggt acattactag cttccacccc 60
cactcactgc tcctatttct tcgtacgaga caattcggca gcacatgtga cacaaacact 120
ctttcattgt taccacacgt gcatgcacta cgttagtctc agaaaattca gcccccaata 180
taagcaagac atcagtcaga aattcgtgag tttcttctgc actcaagtgg aacgtacag 239

Claims (10)

1.一种荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R,其特征在于:其氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示,或者是如SEQ ID NO.3通过一个或多个氨基酸替换、插入、缺失而获得的仍具有相同或相似功能的类似序列所示。
2.权利要求1中所述的荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R相关的生物材料,其特征在于:为下述生物材料中的任意一种或多种组合:
1)编码所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的核酸分子;
2)含有1)中所述核酸分子的表达盒;
3)含有1)中所述核酸分子的重组载体,或含有2)中所述表达盒的重组载体;
4)含有1)中所述核酸分子的重组微生物,或含有2)中所述表达盒的重组微生物,或含有3)所述重组载体的重组微生物;
5)抑制或阻断所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因表达的核酸序列;
6)利用5)中所述核酸序列制备得到的抑制或阻断所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因表达的基因敲除载体;
7)利用6)中所述基因敲除载体制备得到的所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因缺陷型荔枝霜疫霉。
3.根据权利要求2所述的生物材料,其特征在于:
1)中所述核酸分子为所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因序列,如SEQ IDNO:1所示,或者是所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的CDS序列,如SEQ ID NO:2所示,或者是如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO:2通过碱基插入、缺失、或替换而获得的仍具有相同或相似功能的类似序列所示;
5)中所述核酸序列为PlMYB1R基因的反义RNA、siRNA、shRNA或sgRNA。
4.权利要求1中所述的荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R或权利要求2-3任一项中所述的生物材料的应用,其特征在于:为下述应用中的任意一种或多种组合:
ⅰ)在调控荔枝霜疫霉致病力中的应用;
ⅱ)在调控荔枝霜疫霉致病相关基因表达水平中的应用;
ⅲ)在调控荔枝霜疫霉生长中的应用;
ⅳ)在调控荔枝霜疫霉卵孢子形成中的应用;
ⅴ)在调控荔枝霜疫霉在胁迫环境下的耐受性中的应用;
ⅵ)在防治荔枝霜疫病中的应用;
ⅶ)作为靶点在设计和筛选抗荔枝霜疫霉药物中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于:
ⅴ)中所述的胁迫环境包括细胞壁胁迫、高渗胁迫。
6.根据权利要求5所述的应用,其特征在于:
所述的细胞壁胁迫为至少25μg·mL-1十二烷基硫酸钠、至少350μg·mL-1刚果红或至少100μg·mL-1荧光增白剂诱导的细胞壁胁迫;
所述的高渗胁迫为至少0.05mol·L-1NaCl,至少0.1mol·L-1CaCl2或至少0.2mol·L-1山梨醇诱导的高渗透压胁迫。
7.一种防治由荔枝霜疫霉导致的荔枝霜疫病的方法,其特征在于:通过抑制或阻断权利要求1中所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因表达实现。
8.一种抗荔枝霜疫霉药物筛选模型,其特征在于:所述的药物筛选模型为权利要求1中所述荔枝霜疫霉致病相关蛋白PlMYB1R的基因缺陷型荔枝霜疫霉。
9.权利要求8中所述的抗荔枝霜疫霉药物筛选模型的构建方法,其特征在于:包括如下步骤:
(1)根据PlMYB1R基因序列利用sgRNA网站设计sgRNA,将sgRNA与pYF2.3G-Rib o-sgRNA载体进行连接,得到PlMYB1R基因敲除质粒pYF2.3G-Ribo-sgRNA::PlMYB1R;
或者,根据PlMYB1R基因序列上游、下游各约1kb的序列设计左、右同源臂扩增引物,以荔枝霜疫霉基因组DNA为模板扩增左右同源臂,与pBSSK载体进行连接,得到PlMYB1R基因敲除质粒pBSSK::PlMYB1R;
(2)将PlMYB1R基因敲除质粒pYF2.3G-Ribo-sgRNA::PlMYB1R或pBSSK::PlMYB1R导入荔枝霜疫霉野生型菌株的原生质体内,经筛选、验证,获得PlMYB1R基因敲除的突变体,即为所述的荔枝霜疫霉药物筛选模型。
10.根据权利要求9所述的构建方法,其特征在于:
步骤(1)中所述的sgRNA如下任意一种序列所示:
sgRNA1:5'-CAACTACCTGATGAGTCCGTGAGGACGAAACGAGTAAGCTCGTCGTAGTTGCCCTAATGGATAG-3';
sgRNA2:5'-CTCGTTGCTGATGAGTCCGTGAGGACGAAACGAGTAAGCTCGTCCAACGACAGCAGAATGGATG-3';
步骤(1)中所述的左、右同源臂扩增引物分别如下所示:
左同源臂扩增引物:
PlMYB1R-Left-F:5'-TAGAACTAGTGGATCCCCCGTGCTCAATATCTTCGTGCGTG-3';
PlMYB1R-Left-R:5'-TTAGTCTCAGAAAATTCAGCCCCCAATATAAGCAAGAC-3';
右同源臂扩增引物:
PlMYB1R-Right-F:5'-AGAAAATTCAGCCCCCAATATAAGCAAGACATCAGTCAG-3';
PlMYB1R-Right-R:5'-ATGCGTCCGAGCGAGGTAGGGCTGCAGGAATTCGATA-3'。
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