CN114867343A - 用于控制植物生长的组合物和方法 - Google Patents

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Abstract

一种含有编码蛋白的核酸序列的植物，所述蛋白赋予对包括一种或更多种HPPD抑制剂的除草剂的抗性，其中所述核酸序列编码修饰的和/或外源的HPPD酶。

Description

用于控制植物生长的组合物和方法
发明领域
本发明涉及已被遗传修饰以表达真菌来源的HPPD或其变体的植物、植物细胞、组织和种子和/或涉及其中内源的HPPD已被编辑(例如通过CRISPR/Cas技术、TALLEN、锌指等)以包含真菌来源的基序和/或突变的植物，从而提供具有赋予对HPPD抑制剂的抗性或耐受性的HPPD的植物。
发明背景
自农业起源以来，杂草一直是作物产量损失的主要生物原因。杂草与作物争夺空间、养分、水和光照，并且据估计在世界范围内杂草的潜在损害平均为34％的作物产量损失[Oerke,E-C.,2006]。
除草剂是最常用和最有效的杂草控制工具。由于除草剂施加的强烈选择压力，除草剂抗性不断增强，并且据国际抗除草剂杂草调查(The International Survey ofHerbicide Resistant Weeds，weedscience.org)，截至2016年，当时鉴定有超过470种杂草生物类型对一种或更多种除草剂具有除草剂抗性。杂草与生产性作物或牧草竞争，最终将生产性土地转化为无法使用的灌丛(scrub)。此外，杂草可能有毒、口味不佳、产生毛刺、刺或以其他方式通过污染收成或干扰牲畜而干扰所需植物的使用和管理。
4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPPD)抑制剂(HPPD抑制剂)是一类通过阻断HPPD来抑制植物生长的除草剂，HPPD是催化对羟基苯丙酮酸(HPP)转化为尿黑酸酯(homogentisate，HGA)的酶，尿黑酸酯是植物酪氨酸降解途径中α-生育酚和质体醌的关键前体。阻止酪氨酸的分解对经处理的植物造成三种主要影响：酪氨酸过量，这阻碍生长；由于缺乏生育酚(维生素E)引起的氧化损害；以及由于缺乏类胡萝卜素引起的叶绿素破坏。植物由于叶绿素的完全丧失而变白，这导致这类化合物被归类为“漂白除草剂”。
通过抑制HPPD起作用的除草剂是熟知的，并且包括异噁唑类(isoxazoles)、双酮腈类(diketonitriles)、三酮类和吡唑特类(pyrazolinates)(Hawkes“Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase(HPPD)--The Herbicide Target.”出自ModernCrop Protection Compounds.Kramer和Schirmer编著.Weinheim,Germany:Wiley-VCH,2007.Ch.4.2,pp.211-220)。
HPPD抑制剂于1980年首次上市，尽管其作用机制直到1990年代晚期才被了解。HPPD抑制剂最初主要用于日本的水稻生产，但自1990年代晚期以来它们在欧洲和北美被用于玉米、大豆和谷物，并且自2000年代以来，随着杂草对草甘膦和其他除草剂产生抗性，HPPD抑制剂变得更加重要。
特别地，环磺酮、硝磺草酮和异噁唑草酮对多于65种的草和阔叶杂草提供了强有力的残留控制，并在所有类型的玉米中具有卓越的作物安全性。它对最顽固的阔叶杂草包括抗草甘膦、抗PPO、抗ALS和抗麦草畏(dicamba)的杂草也有效。
HPPD抑制剂只能在作物对该除草剂具有抗性/耐受性的情况下用于作物。因此，对易受HPPD抑制的植物诸如但不限于阔叶植物的处理受到限制。实现为至少一些合意的HPPD抑制剂除草剂提供商业水平的耐受性的抗性一直是特别困难的。因此，需要用于赋予多种作物和作物品种对HPPD除草剂耐受性的新的方法和组合物。
发明概述
本发明提供了已被遗传修饰具有真菌来源的HPPD或其变体的植物、植物细胞、组织和种子和/或提供了其中内源的HPPD已被编辑(例如通过CRISPR/Cas技术、TALLEN、锌指等)以包含真菌来源的基序和/或突变的植物，从而提供具有赋予对除草剂的抗性或耐受性的HPPD的植物。
提供了用于赋予植物羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPPD)除草剂抗性或耐受性的组合物和方法。组合物包括HPPD多肽的核苷酸序列和氨基酸序列。在某些实施方案中，本发明的多肽是真菌HPPD或HPPD衍生物，当它们在植物中表达时，赋予对抑制HPPD的除草剂的抗性或耐受性。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD包含以下中列出的氨基酸序列中的一个或更多个：SEQ ID NO:9(EAVYNKAVAEGA)、SEQ ID NO:10(VAEGAIAVQGP)、SEQ ID NO:11(FHRFWSVDD)、SEQ ID NO:12(DDSQICTEFS)、SEQ ID NO:13(VEFINVPTTYY)、SEQ ID NO:14(TYYDTMRQRLKT)、SEQ ID NO:15(QRLNILID)、SEQ ID NO:16(IDYDEAGY)、SEQ ID NO:17(EIIQRNNF)、SEQ ID NO:18(NNFEGFG)、SEQ ID NO:19(AVICTYGDT)、SEQ ID NO:20(DTTHTLINR)、SEQ ID NO:21(EMVSACA)、SEQ ID NO:22(CAFYEQC)、SEQ ID NO:23(GFGAGNF)、SEQ ID NO:24(TPDNFA)、SEQ ID NO:25(DDVFAAAVQNGA)、SEQ ID NO:26(VQNGAVAVSQP)、SEQ ID NO:27(FHRFRSVDD)、SEQ ID NO:28(DDKDICTDYS)、SEQ ID NO:29(VEFIKVPPTYY)、SEQ ID NO:30(TYYDNMWMRLKK)、SEQ ID NO:31(KKLDILID)、SEQ ID NO:32(IDFDEGGY)、SEQ ID NO:33(NNFSGFG)、SEQ ID NO:34(ATIRTYGDT)、SEQ ID NO:35(DTTHTLIQR)、SEQ ID NO:36(CAYYEKV)、SEQ ID NO:37(QSDNLP)或其任何组合。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD包含以下中列出的氨基酸序列中的一个或更多个：SEQ ID NO:9(EAVYNKAVAEGA)、SEQ ID NO:10(VAEGAIAVQGP)、SEQ ID NO:11(FHRFWSVDD)、SEQ ID NO:12(DDSQICTEFS)、SEQ ID NO:13(VEFINVPTTYY)、SEQ ID NO:14(TYYDTMRQRLKT)、SEQ ID NO:15(QRLNILID)、SEQ ID NO:16(IDYDEAGY)、SEQ ID NO:17(EIIQRNNF)、SEQ ID NO:18(NNFEGFG)、SEQ ID NO:19(AVICTYGDT)、SEQ ID NO:20(DTTHTLINR)、SEQ ID NO:21(EMVSACA)、SEQ ID NO:22(CAFYEQC)、SEQ ID NO:23(GFGAGNF)、SEQ ID NO:24(TPDNFA)或其任何组合。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD包含以下中列出的氨基酸序列中的一个或更多个：SEQ ID NO:25(DDVFAAAVQNGA)、SEQ ID NO:26(VQNGAVAVSQP)、SEQ ID NO:27(FHRFRSVDD)、SEQ ID NO:28(DDKDICTDYS)、SEQ ID NO:29(VEFIKVPPTYY)、SEQ ID NO:30(TYYDNMWMRLKK)、SEQ ID NO:31(KKLDILID)、SEQ ID NO:32(IDFDEGGY)、SEQ ID NO:33(NNFSGFG)、SEQ ID NO:34(ATIRTYGDT)、SEQ ID NO:35(DTTHTLIQR)、SEQ ID NO:36(CAYYEKV)、SEQ ID NO:37(QSDNLP)或其任何组合。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD包含SEQ ID NO:9-24中列出的所有氨基酸序列和/或SEQ ID NO:25-37中列出的所有氨基酸序列。
根据一些实施方案，在SEQ ID NO:9-37中列出的氨基酸序列构成基序。如本文使用的，术语“基序”是指能够形成二级结构元件的氨基酸序列，所述二级结构元件具有特定的功能意义或者限定独立折叠结构域的一部分，诸如，例如环结构。根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD包含一个或更多个基序，或被遗传修饰以表达一个或更多个基序，或被遗传编辑以表达一个或更多个基序。根据一些实施方案，一个或更多个基序包含以下或由以下组成：SEQ ID NO:9-37或9-24中的任一个或更多个中列出的氨基酸序列。每种可能性是单独的实施方案。根据一些实施方案，HPPD SEQ ID NO:9-24形成9种基序。
根据一些实施方案，基序1-9源自SEQ ID NO:1。
根据一些实施方案，基序1包含SEQ ID NO:9和10或其修饰形式。根据一些实施方案，基序1具有SEQ ID NO:38(EAVYNKAVAEGAIAVQGP)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序2包含SEQ ID NO:11和12或其修饰形式。根据一些实施方案，基序2具有SEQ ID NO:39(FHRFWSVDDSQICTEFS)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序3包含SEQ ID NO:13和14或其修饰形式。根据一些实施方案，基序3具有SEQ ID NO:40(VEFINVPTTYYDTMRQRLKT)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序4包含SEQ ID NO:15和16或其修饰形式。根据一些实施方案，基序4具有SEQ ID NO:41(QRLNILIDYDEAGY)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序5包含SEQ ID NO:17和18或其修饰形式。根据一些实施方案，基序5具有SEQ ID NO:42(EIIQRNNFEGFG)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序6包含SEQ ID NO:19和20或其修饰形式。根据一些实施方案，基序6具有SEQ ID NO:43(AVICTYGDTTHTLINR)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序7包含SEQ ID NO:21和22或其修饰形式。根据一些实施方案，基序7具有SEQ ID NO:44(EMVSACAFYEQC)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序8包含SEQ ID NO:23或其修饰形式。根据一些实施方案，基序8具有SEQ ID NO:45(GFGAGNF)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序9包含SEQ ID NO:24或其修饰形式。根据一些实施方案，基序9具有SEQ ID NO:46(TPDNFA)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD包含SEQ ID NO:38-46中列出的氨基酸序列中的至少一个、至少两个、至少三个、至少四个或更多个。根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD包含SEQ ID NO:38-46中列出的所有氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序1-9源自SEQ ID NO:3。
根据一些实施方案，基序1包含SEQ ID NO:25和26或其修饰形式。根据一些实施方案，基序1具有SEQ ID NO:47(DDVFAAAVQNGAVAVSQP)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序2包含SEQ ID NO:27和28或其修饰形式。根据一些实施方案，基序2具有SEQ ID NO:48(FHRFRSVDDKDICTDYS)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序3包含SEQ ID NO:29和30或其修饰形式。根据一些实施方案，基序3具有SEQ ID NO:49(VEFIKVPPTYYDNMWMRLKK)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序4包含SEQ ID NO:31和32或其修饰形式。根据一些实施方案，基序4具有SEQ ID NO:50(KKLDILIDFDEGGY)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序5包含SEQ ID NO:33或其修饰形式。根据一些实施方案，基序5具有SEQ ID NO:51(EIIQRNNFSGFG)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序6包含SEQ ID NO:34和35或其修饰形式。根据一些实施方案，基序6具有SEQ ID NO:52(ATIRTYGDTTHTLIQR)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序7包含SEQ ID NO:36或其修饰形式。根据一些实施方案，基序7具有SEQ ID NO:53(EMEKVCAYYEKV)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，基序9包含SEQ ID NO:37或其修饰形式。根据一些实施方案，基序9具有SEQ ID NO:54(QSDNLP)中列出的氨基酸序列。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD至少包含真菌来源的基序1。根据一些实施方案，真菌来源的基序1可以包含SEQ ID NO:9、10、25、26、38、47、119-128或159-168中列出的SEQ ID NO中的任一个。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD至少包含真菌来源的基序2。根据一些实施方案，真菌来源的基序2可以包含SEQ ID NO:11、12、27、28、39、48、129-134或169-174中列出的SEQ ID No中的任一个。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD至少包含真菌来源的基序3。根据一些实施方案，真菌来源的基序3可以包含SEQ ID NO:13、14、29、30、40、49、135-142或175-182中列出的SEQ ID No中的任一个。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD至少包含真菌来源的基序4。根据一些实施方案，真菌来源的基序4可以包含SEQ ID NO:15、16、31、32、41、50、143、144、156或183-185中列出的SEQ ID No中的任一个。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD至少包含真菌来源的基序5。根据一些实施方案，真菌来源的基序5可以包含SEQ ID NO:17、18、33、42、51、145-151、186-191或196中列出的SEQ ID No中的任一个。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD至少包含真菌来源的基序6。根据一些实施方案，真菌来源的基序6可以包含SEQ ID NO:19、20、34、35、43、52、152、157、192或197中列出的SEQ ID No中的任一个。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD至少包含真菌来源的基序7。根据一些实施方案，真菌来源的基序7可以包含SEQ ID No 21、22、36、44、53、153、154、193或194中列出的SEQ ID No中的任一个。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD至少包含真菌来源的基序8。根据一些实施方案，真菌来源的基序8可以包含SEQ ID No 23、45、158或198中列出的SEQ ID No中的任一个。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD至少包含真菌来源的基序9。根据一些实施方案，真菌来源的基序9可以包含SEQ ID No 24、37、46、54、155或195中列出的SEQ ID No中的任一个。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，术语“真菌来源的基序”是指来自真菌的基序和/或至少部分地修饰以模拟真菌的等效基序的内源的基序。
根据一些实施方案，植物是双子叶植物，并且其中所述双子叶植物已被遗传修饰以表达由具有SEQ ID NO:119-158中列出的氨基酸序列中的任一种的氨基酸序列编码的HPPD酶。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，植物是双子叶植物，并且其中所述双子叶植物已被遗传修饰以表达由具有SEQ ID NO:159-198中列出的氨基酸序列中的任一种的氨基酸序列编码的HPPD酶。每种可能性是单独的实施方案。
根据一些实施方案，HPPD酶包含9个螺旋，其中本文公开的修饰的HPPD酶的螺旋7被改变。不受任何理论的约束，改变的螺旋7导致修饰的活性位点，并从而降低对HPPD抑制剂的亲和力。
在特定实施方案中，在植物中表达的HPPD包含SEQ ID NO:1、3或5-8中列出的氨基酸序列或显示出HPPD酶活性的与SEQ ID NO:1、3或5-8具有至少约99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％序列同一性的多肽。根据一些实施方案，编码HPPD的核苷酸序列包含SEQ ID NO:2、4中列出的核苷酸序列或其编码具有SEQ ID NO:1、3或5-8中列出的氨基酸序列的HPPD的部分或同源物。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD包含与提及的序列ID NO中列出的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少98％序列同源性的序列。每种可能性是单独的实施方案。作为非限制性实例，在植物中表达的HPPD可以包含与SEQ ID NO:9-54中列出的氨基酸序列中的任一种具有至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少98％同源性的氨基酸序列。
根据一些实施方案，本文公开的HPPD当在植物中表达时，赋予对抑制HPPD(诸如至少两种不同的HPPD、至少三种HPPD、或至少四种HPPD)的各种除草剂的抗性。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是非天然存在的修饰的HPPD蛋白。根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是合成蛋白。根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是HPPD突变体。根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是通过基因编辑(例如使用CRISPR-CAS技术)修饰的HPPD蛋白。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对SEQ ID NO:118中列出的大豆(G.max)内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ IDNO:55(EAAFSASVAKGA)中列出的氨基酸序列，其中第一个F被任何其他氨基酸替换，特别是被Y替换；和/或其中第一个S被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换；和/或其中第三个A被任何其他氨基酸替换，特别是被K替换；和/或其中第二个S被任何其他氨基酸替换，特别是被A替换；和/或其中第一个K被任何其他氨基酸替换，特别是被E替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:56(VAKGAEPASPP)中列出的氨基酸序列，其中第一个K被任何其他氨基酸替换，特别是被E替换；和/或其中第一个E被任何其他氨基酸替换，特别是被I替换；和/或其中第一个P被任何其他氨基酸替换，特别是被A替换；和/或其中第一个S被任何其他氨基酸替换，特别是被Q替换；和/或其中第二个P被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:57(FHEFAEFTA)中列出的氨基酸序列，其中第一个A被任何其他氨基酸替换，特别是被W或R替换；和/或其中第一个T被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换；和/或其中第二个A被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:58(TAEDVGTSES)中列出的氨基酸序列，其中第一个T被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换；和/或其中第一个A被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换；和/或其中第一个E被任何其他氨基酸替换，特别是被F或Y替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:59(FEFMPSPPPTYY)中列出的氨基酸序列，其中第一个M被任何其他氨基酸替换，特别是被I替换；和/或其中第一个P被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换；和/或其中第一个S被任何其他氨基酸替换，特别是被V替换；和/或其中第三个P被任何其他氨基酸替换，特别是G或T；和/或其中第四个P被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:60(TYYANLHNRA)中列出的氨基酸序列，其中第一个A被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换；和/或其中第一个H被任何其他氨基酸替换，特别是被R替换；和/或其中第二个N被任何其他氨基酸替换，特别是被L替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:61(EELGILVD)中列出的氨基酸序列，其中第一个G被任何其他氨基酸替换，特别是被N或D替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:62(VDRDDQGT)中列出的氨基酸序列，其中第一个R被任何其他氨基酸替换，特别是被Y或F替换；和/或其中第一个Q被任何其他氨基酸替换，特别是被A或G替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:63(EIIQRIGCM)中列出的氨基酸序列，其中第三个I被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换；和/或其中第一个G被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换；和/或其中第一个C被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换；和/或其中第一个M被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:64(CMVEDEEGK)中列出的氨基酸序列，其中第一个C被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换；和/或其中除第一个C以外的所有氨基酸被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:65(GKVYQKGA)中列出的氨基酸序列，其中所有氨基酸被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:66(YQKGACGGFG)中列出的氨基酸序列，其中前六个氨基酸被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除；和/或其中第二个G被任何其他氨基酸替换，特别是被E或S替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:67(AEVRLYGDV)中列出的氨基酸序列，其中第一个E被任何其他氨基酸替换，特别是被T或V替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:86(DVVLRYVSY)中列出的氨基酸序列，其中第一个Y被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:69(ELAPAVR)中列出的氨基酸序列，其中第一个P被任何其他氨基酸替换，特别是被S或K替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:70(VRYLKGF)中列出的氨基酸序列，其中第一个Y被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:71(GFGKGNF)中列出的氨基酸序列，其中第一个K被任何其他氨基酸替换，特别是被A替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是对大豆内源的HPPD蛋白(Gm_HPPD)的修饰形式，其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:72(FVRTNP)中列出的氨基酸序列，其中第一个R被任何其他氨基酸替换，特别是被A、D或Q替换。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:73((E,R)XAF(S,T)(A,I,T)SVX(K,N,H)GA——其中X可以是任何氨基酸)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:73中列出的氨基酸序列，其中第四位处的F被任何其他氨基酸替换，特别是被Y替换，如SEQ ID NO:119((E,R)XAY(S,T)(A,I,T)SVX(K,N,H)GA)中列出的；和/或其中第五位处的氨基酸(S,T)被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换，如SEQ ID NO:120((E,R)XAFN(A,I,T)SVX(K,N,H)GA)中列出的；和/或其中第六位处的氨基酸(A,I,T)被任何其他氨基酸替换，特别是被K替换，如SEQ ID NO:121((E,R)XAF(S,T)KSVX(K,N,H)GA)中列出的；和/或其中第七位处的氨基酸S被任何其他氨基酸替换，特别是被A替换，如SEQ IDNO:122((E,R)XAF(S,T)(A,I,T)AVX(K,N,H)GA)中列出的；和/或其中第十位处的氨基酸(K,N,H)被任何其他氨基酸替换，特别是被E替换，如SEQ ID NO:123((E,R)XAF(S,T)(A,I,T)SVXEGA)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:74(VX(K,N,H)GAEP(A,S)S(P,E)P)——其中X可以是任何氨基酸)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:74中列出的氨基酸序列，其中第三位处的氨基酸(K,N,H)被任何其他氨基酸替换，特别是被E替换，如SEQ ID NO:124(VXEGAEP(A,S)S(P,E)P)中列出的；和/或其中第六位处的氨基酸E被任何其他氨基酸替换，特别是被I替换，如SEQ ID NO:125(VX(K,N,H)GAIP(A,S)S(P,E)P)中列出的；和/或其中第七位处的氨基酸P被任何其他氨基酸替换，特别是被A替换，如SEQ ID NO:126(VX(K,N,H)GAEA(A,S)S(P,E)P)中列出的；和/或其中第九位处的氨基酸S被任何其他氨基酸替换，特别是被Q替换，如SEQ ID NO:127(VX(K,N,H)GAEP(A,S)Q(P,E)P)中列出的；和/或其中第十位处的氨基酸(P,E)被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，如SEQ ID NO:128(VX(K,N,H)GAEP(A,S)SGP)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中基序HPPD蛋白具有SEQ ID NO:75(FH(E,Q)FAEFT(A,T))中列出的共有序列，并且其中所述内源的修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:75中列出的氨基酸序列，其中第五位处的氨基酸A被任何其他氨基酸替换，特别是被W或R替换，如SEQ ID NO:129(FH(E,Q)F(W,R)EFT(A,T))中列出的；和/或其中第八位处的氨基酸T被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换，如SEQ ID NO:130(FH(E,Q)FAEFD(A,T))中列出的；和/或其中第十位处的氨基酸(A,T)被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换，如SEQ ID NO:131(FH(E,Q)FAEFTD)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中基序HPPD蛋白具有SEQ ID NO:76(T(A,T)(E,D)DVGT(A,S)ES)中列出的共有序列，并且其中所述内源的修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:76中列出的氨基酸序列，其中第一位处的氨基酸T被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换，如SEQ ID NO:132(D(A,T)(E,D)DVGT(A,S)ES)中列出的；和/或其中第二位处的氨基酸(A,T)被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换，如SEQ ID NO:133(TD(E,D)DVGT(A,S)ES)中列出的；和/或其中第九位处的氨基酸E被任何其他氨基酸替换，特别是被F或Y替换，如SEQ ID NO:134(T(A,T)(E,D)DVGT(A,S)(F,Y)S)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:77(F(E,D)FMPSPP(P,V)TYY)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:77中列出的氨基酸序列，其中第四位处的氨基酸M被任何其他氨基酸替换，特别是被I替换，如SEQ ID NO:135(F(E,D)FIPSPP(P,V)TYY)中列出的；和/或其中第五位处的氨基酸P被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换，如SEQ ID NO:136(F(E,D)FMNSPP(P,V)TYY)中列出的；和/或其中第六位处的氨基酸S被任何其他氨基酸替换，特别是被V替换，如SEQ ID NO:137(F(E,D)FMPVPP(P,V)TYY)中列出的；和/或其中第八位处的氨基酸P被任何其他氨基酸替换，特别是被G或T替换，如SEQ ID NO:138(F(E,D)FMPSP(G,T)(P,V)TYY)中列出的；和/或其中第九位处的氨基酸(P,V)被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除，如SEQ ID NO:139(F(E,D)FMPSPPGTYY)和SEQ ID NO:140(F(E,D)FMPSPPTYY)中分别列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:78(TYYX(N,K)L(H,K,R)X(A,G)L——其中X可以是任何氨基酸)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:78中列出的氨基酸序列，其中第四位处的氨基酸被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换，如SEQ ID NO:141(TYYD(N,K)L(H,K,R)X(A,G)L)中列出的；和/或其中第八位处的氨基酸被任何其他氨基酸替换，特别是被L替换，如SEQ ID NO:142(TYYX(N,K)L(H,K,R)L(A,G)L)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:79(VD(R,K)DDQGT)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:79中列出的氨基酸序列，其中第三位处的氨基酸(R,K)被任何其他氨基酸替换，特别是被F或Y替换，如SEQ ID NO:143(VD(F,Y)DDQGT)中列出的；和/或其中第六位处的氨基酸Q被任何其他氨基酸替换，特别是用A或G替换，如SEQ ID NO:144(VD(R,K)DD(A,G)GT)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:80(EIIQR(I,V)GCM)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:80中列出的氨基酸序列，其中第六位处的氨基酸氨基酸(I,V)被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换，如SEQ ID NO:145(EIIQRNGCM)中列出的；和/或其中第七位处的氨基酸G被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换，如SEQ ID NO:146(EIIQR(I,V)NCM)中列出的；和/或其中第八位处的氨基酸C被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换，如SEQ ID NO:147(EIIQR(I,V)GFM)中列出的；和/或其中第九位处的氨基酸M被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除，如SEQ ID NO:148(EIIQR(I,V)GCG)和SEQ ID NO:149(EIIQR(I,V)GC)中分别列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:81(CMX(E,K,Q)(D,N)(E,A)EG(K,E)——其中X可以是任何氨基酸)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:81中列出的氨基酸序列，其中第一位处的氨基酸C被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换，如SEQ ID NO:150(FMX(E,K,Q)(D,N)(E,A)EG(K,E))中列出的；和/或除第一位处的氨基酸C以外的所有氨基酸被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:82(G(K,E)XYQ(K,S)G(G,A)——其中X可以是任何氨基酸)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQID NO:82中列出的氨基酸序列，所有氨基酸被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:83(YQ(K,S)G(G,A)CGGFG)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:83中列出的氨基酸序列，其中前六个氨基酸被任何其他氨基酸替换，特别是用G替换，或被去除；和/或其中第七位处的氨基酸G被任何其他氨基酸替换，特别是被E或S替换，如SEQ ID NO:151(YQ(K,S)G(G,A)C(E,S)GFG)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:84((A,S)EV(R,H,K)LYGDV)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:84中列出的氨基酸序列，其中第二位处的氨基酸E被任何其他氨基酸替换，特别是被T或V替换，如SEQ ID NO:152((A,S)(T,V)V(R,H,K)LYGDV)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:85((E,Q)L(A,G,S)P(A,V)(V,L,I)X——其中X可以是任何氨基酸)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:85中列出的氨基酸序列，其中第四位处的氨基酸P被任何其他氨基酸替换，特别是被S或K替换，如SEQ ID NO:153((E,Q)L(A,G,S)(S,K)(A,V)(V,L,I)X)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:86((V,L,I)XY(L,V,I)(K,A)XF——其中X可以是任何氨基酸)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:86中列出的氨基酸序列，其中第三位处的氨基酸Y被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换，如SEQ ID NO:154((V,L,I)XF(L,V,I)(K,A)XF)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:87(F(V,I)RXNP——其中X可以是任何氨基酸)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:87中列出的氨基酸序列，其中第三位处的氨基酸R被任何其他氨基酸替换，特别是被A、D或Q替换，如SEQ ID NO:155(F(V,I)(A,D,Q)XNP)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:199(EELGILVD)中列出的共有序列，其中第一个G被任何其他氨基酸替换，特别是被N或D替换，如SEQ ID NO:156(EEL(N,D)ILVD)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:200(DVVLRYVS)中列出的共有序列，其中第一个Y被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换，如SEQ ID NO:751(DVVLRFVS)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是双子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:201(GFGKGNF)中列出的共有序列，其中第一个K被任何其他氨基酸替换，特别是被A替换，如SEQ ID NO:158(GFGAGNF)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:88((E,A)(D,E)AFR(A,V)SVA(A,G)GA)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:88中列出的氨基酸序列，其中第四位处的氨基酸F被任何其他氨基酸替换，特别是被Y替换，如SEQ IDNO:159((E,A)(D,E)AYR(A,V)SVA(A,G)GA)中列出的；和/或其中第五位处的氨基酸R被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换，如SEQ ID NO:160((E,A)(D,E)AFN(A,V)SVA(A,G)GA)中列出的；和/或其中第六位处的氨基酸(A,V)被任何其他氨基酸替换，特别是被K替换，如SEQID NO:161((E,A)(D,E)AFRKSVA(A,G)GA)中列出的；和/或其中第七位处的氨基酸S被任何其他氨基酸替换，特别是被A替换，如SEQ ID NO:162((E,A)(D,E)AFR(A,V)SVA(A,G)GA)中列出的；和/或其中第十位处的氨基酸(A,G)被任何其他氨基酸替换，特别是被E替换，如SEQID NO:163((E,A)(D,E)AFR(A,V)SVAEGA)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:89(VA(A,G)GARPAF(Q,A)P)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:89中列出的氨基酸序列，其中第三位处的氨基酸(A,G)被任何其他氨基酸替换，特别是被E替换，如SEQ ID NO:164(VAEGARPAF(Q,A)P)中列出的；和/或其中第六位处的氨基酸R被任何其他氨基酸替换，特别是被I替换，如SEQ ID NO:165(VA(A,G)GAIPAF(Q,A)P)中列出的；和/或其中第七位处的氨基酸P被任何其他氨基酸替换，特别是被A替换，如SEQ ID NO:166(VA(A,G)GARAAF(Q,A)P)中列出的；和/或其中第九位处的氨基酸F被任何其他氨基酸替换，特别是被Q替换，如SEQ ID NO:167(VA(A,G)GARPAQ(Q,A)P)中列出的；和/或其中第十位处的氨基酸(Q,A)被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，如SEQ ID NO:168(VA(A,G)GARPAFGP)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:90(FHEFAEFT(A,T))中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:90中列出的氨基酸序列，其中第五位处的氨基酸A被任何其他氨基酸替换，特别是被W或R替换，如SEQ ID NO:169(FHEF(W,R)EFT(A,T))中列出的；和/或其中第八位处的氨基酸T被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换，如SEQ ID NO:170(FHEFAEFD(A,T))中列出的；和/或其中第十位处的氨基酸(A,T)被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换，如SEQ ID NO:171(FHEFAEFTD)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:91(T(A,T)EDVGT(A,T)ES)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:91中列出的氨基酸序列，其中第一位处的氨基酸T被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换，如SEQ ID NO:172(D(A,T)EDVGT(A,T)ES)中列出的；和/或其中第二位处的氨基酸(A,T)被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换，如SEQ ID NO:173(TDEDVGT(A,T)ES)中列出的；和/或其中第九位处的氨基酸E被任何其他氨基酸替换，特别是被F或Y替换，如SEQ ID NO:174(T(A,T)EDVGT(A,T)(F,Y)S)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:92(FEF(L,M)APP(P,T,Q)(S,P,A)(D,N,K)YYW)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:92中列出的氨基酸序列，其中第四位处的氨基酸(L,M)被任何其他氨基酸替换，特别是被I替换，如SEQ ID NO:175(FEFIAPP(P,T,Q)(S,P,A)(D,N,K)YYW)中列出的；和/或其中第五位处的氨基酸A被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换，如SEQ ID NO:176(FEF(L,M)NPP(P,T,Q)(S,P,A)(D,N,K)YYW)中列出的；和/或其中第六位处的氨基酸P被任何其他氨基酸替换，特别是被V替换，如SEQ ID NO:177(FEF(L,M)AVP(P,T,Q)(S,P,A)(D,N,K)YYW)中列出的；和/或其中第八位处的氨基酸(P,T,Q)被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，如SEQ ID NO:178(FEF(L,M)APPG(S,P,A)(D,N,K)YYW)中列出的；和/或其中第九位处的氨基酸(S,P,A)被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除，如SEQ ID NO:179(FEF(L,M)APP(P,T,Q)G(D,N,K)YYW)和SEQ ID NO:180(FEF(L,M)APP(P,T,Q)(D,N,K)YYW)中分别列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:93((D,N,K)YY(D,E)GVRRGV)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:93中列出的氨基酸序列，其中第四位处的氨基酸(D,E)被任何其他氨基酸替换，特别是被D替换，如SEQ ID NO:181((D,N,K)YYDGVRRGV)中列出的；和/或其中第八位处的氨基酸R被任何其他氨基酸替换，特别是被L替换，如SEQ ID NO:182((D,N,K)YY(D,E)GVRLGV)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:94(QELGVLVD)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:94中列出的氨基酸序列，其中第一个G被任何其他氨基酸替换，特别是被N或D替换，如SEQ ID NO:183(QEL(N,D)VLVD)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:95(VDRDDQGV)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:95中列出的氨基酸序列，其中第一个R被任何其他氨基酸替换，特别是被Y或F替换，如SEQ ID NO:184(VD(Y,F)DDQGV)中列出的；和/或其中第一个Q被任何其他氨基酸替换，特别是被A或G替换，如SEQ ID NO:185(VDRDD(A,G)GV)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:96(EMIQRIGCM)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:96中列出的氨基酸序列，其中第六位处的氨基酸I被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换，如SEQ ID NO:186(EMIQRNGCM)中列出的；和/或其中第七位处的氨基酸G被任何其他氨基酸替换，特别是被N替换，如SEQ IDNO:187(EMIQRINCM)中列出的；和/或其中第八位处的氨基酸C被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换，如SEQ ID NO:188(EMIQRIGFM)中列出的；和/或其中第九位处的氨基酸M被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除，如SEQ ID NO:189(EMIQRIGCG)和SEQ ID NO:190(EMIQRIGC)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:97(CMEKDE(K,S,V)GQ)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:97中列出的氨基酸序列，其中第一位处的氨基酸C被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换，如SEQ ID NO:191(FMEKDE(K,S,V)GQ)列出的；和/或其中除第一位处的氨基酸C以外的所有氨基酸被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:98(GQEYQKGA)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:98中列出的氨基酸序列，其中所有氨基酸被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:99(AEVELYGDV)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:99中列出的氨基酸序列，其中第二位处的氨基酸E被任何其他氨基酸替换，特别是被T或V替换，如SEQ ID NO:192(A(T,V)VELYGDV)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:100(E(L,M)AP(A,V)(A,I)(A,D))中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:100中列出的氨基酸序列，其中第四位处的氨基酸P被任何其他氨基酸替换，特别是被S或K替换，如SEQ IDNO:193(E(L,M)A(S,K)(A,V)(A,I)(A,D))中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:101((A,I)(A,D)Y(F,I,M)(A,S,K)GF)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:101中列出的氨基酸序列，其中第三位处的氨基酸Y被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换，如SEQ IDNO:194((A,I)(A,D)F(F,I,M)(A,S,K)GF)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:102((F,V)VR(F,A,V)NP)中列出的共有序列，并且其中所述修饰形式具有HPPD酶促活性并包含SEQ ID NO:102中列出的氨基酸序列，其中第三位处的氨基酸R被任何其他氨基酸替换，特别是被A、D或Q替换，如SEQ ID NO:195((F,V)V(A,D,Q)(F,A,V)NP)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:202(YQKGACGGFG)中列出的共有序列，其中前六个氨基酸被任何其他氨基酸替换，特别是被G替换，或被去除；和/或其中第二个G被任何其他氨基酸替换，特别是被E或S替换，如SEQ ID NO:196(YQKGAC(E,S)GFG)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:203(DVVLRYVSY)中列出的共有序列，其中第一个Y被任何其他氨基酸替换，特别是被F替换，如SEQ ID NO:197(DVVLRFVSY)中列出的。
根据一些实施方案，HPPD蛋白可以是单子叶植物的内源的HPPD蛋白的修饰形式，其中所述内源的HPPD蛋白的基序具有SEQ ID NO:204(GFGKGNF)中列出的共有序列，其中第一个K被任何其他氨基酸替换，特别是被A替换，如SEQ ID NO:198(GFGAGNF)中列出的。
根据一些实施方案，本发明的多肽是源自真菌的催化活性HPPD，所述催化活性HPPD赋予对抑制HPPD的某些类别的除草剂的有效水平的抗性和/或耐受性。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自木霉属(Trichoderma)的种的真菌。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自木霉属的种的真菌。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自物种棘孢木霉(T.asperellum)、哈茨木霉(T.harzianum)、绿色木霉(T.viride)、钩状木霉(T.hamatum)或其任何组合的真菌。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自物种哈茨木霉的真菌。根据一些实施方案，HPPD源自US 63/018,027中公开的木霉属Ti-123。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自篮状菌属物种(Talaromyces spp.)的种的真菌。
根据本发明的示例性HPPD多肽对应于SEQ ID NO:1、3、5-8中列出的氨基酸序列及其变体和片段。包含编码这些特定HPPD多肽的多核苷酸序列的核酸分子在SEQ ID NO:2、4中列出，尽管其他核酸序列也可以被设想。组合物还包括表达盒，所述表达盒包含可操作地连接至编码本发明HPPD多肽的核苷酸序列(单独或与编码赋予合意的性状的多肽的一种或更多种另外的核酸分子组合)的启动子。还提供了包含本发明表达盒的转化的植物、植物细胞和种子。
本发明的组合物可用于涉及赋予植物对除草剂的抗性或耐受性(特别是对抑制HPPD的某些类别的除草剂的抗性或耐受性)的方法。在特定实施方案中，所述方法包括向植物中引入至少一个表达盒，所述表达盒包含可操作地连接至编码本发明的HPPD多肽的核苷酸序列的启动子。结果，HPPD多肽在植物中表达，并且由于HPPD是基于其对HPPD抑制性除草剂较不敏感而选择的，这导致植物对HPPD抑制性除草剂表现出明显改进的抗性或耐受性。
本发明的方法还包括选择性地控制作物田中的杂草。在一种实施方案中，这样的方法包括在含有表达本发明的HPPD多肽的植物的田中，在出苗前或出苗后在上方(over-the-top)应用杂草控制量的HPPD除草剂。在其他实施方案中，还提供了用于测定、表征、鉴定和选择本发明的HPPD的方法。
附图简述
现在将参考下面的说明性图，结合某些实例和实施方案描述本发明，以便使本发明可以被更充分地理解。
图1示出当在递增浓度的HPPD抑制剂中生长时，从用a)源自木霉属物种的HPPDcDNA(如本文所公开的)、b)源自拟南芥(Arabidopsis thaliana)的HPPD cDNA和c)空载体转化的大肠杆菌(E.coli)BL21(DE3)的HPPD-活性筛选获得的说明性图像。
图2示出当在Basta(草铵膦)上生长并用0.1％或0.05％的环磺酮处理时，与对照(未转化)相比，被转化以表达本文公开的木霉属物种-HPPD基因的拟南芥(Arabidopsis)T1植物的说明性图像。
图3A和图3B示出当在Basta上生长并用环磺酮x1、环磺酮x0.2和硝磺草酮x1(图3A)以及环磺酮x1、苯唑草酮x0.2、苯唑草酮x1，异噁唑草酮x1(图3B)处理时，与对照(野生型(wt)未转化)相比，被转化以表达本文公开的木霉属物种-HPPD基因的拟南芥T2植物的说明性图像。
图4示出12个不同的HPPD序列的比对。二级结构元件的位置在比对的顶部示出。基序1-9由虚线框加框。基序数由三角形和相应的数字指示。结构元件由序列上方的框/箭头指示：H指示α-螺旋，A-D指示β-折叠。为大豆HPPD设计的突变由大豆序列上的实线框加框。
图5A示出拟南芥(A.thaliana)的HPPD中的基序3、5和8之间分子相互作用的3D模型。
图5B示出基于图5A的3D结构建立的，SEQ ID NO:1中列出的HPPD的预测的3D结构。
图6A示出拟南芥的HPPD中的基序2、4和9之间分子相互作用的3D模型。
图6B示出SEQ ID NO:1中列出的HPPD的一部分的预测的3D结构。
图7A示出基序5对拟南芥的HPPD的环和螺旋9(H9)的影响。
图7B示出基序5对基于SEQ ID NO:1建立的HPPD的环和螺旋9(H9)的影响。
图7C示出图7A和图7B的叠加。
图8示意性地说明本文公开的真菌HPPD的截短的HPPD(氨基酸1-22缺失(Δ22)或氨基酸1-38缺失(Δ38))的N-末端序列的嵌合构建体，任选地与植物来源的N-末端叶绿体转运肽(cTP)序列融合。
图9示出在不存在或存在递增浓度的环磺酮(Laudis)HPPD抑制剂的情况下，从用图8中示出的嵌合体木霉属物种来源的HPPD转化的大肠杆菌BL21(DE3)的HPPD-活性筛选获得的说明性图像。棕色晕指示HPPD活性。
图10示出从用拟南芥HPPD cDNA(登录号AF047834)转化的大肠杆菌BL21(DE3)的HPPD-活性筛选获得的说明性图像。棕色晕指示HPPD活性。
图11示出在不存在或存在递增浓度的环磺酮(Laudis)HPPD抑制剂的情况下，从用源自大豆的HPPD cDNA(GmHPPD＝wt(登录号:ABQ96868)，在SEQ ID NO:118中列出)衍生的突变HPPD转化的大肠杆菌BL21(DE3)的HPPD-活性筛选获得的说明性图像；GmHPPD.1＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序1取代为SEQ ID NO:1的基序1——即为了包含氨基酸序列SEQ ID NO:9-10或38；GmHPPD.2＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序6.2(SEQ ID NO:68)的第一个Y取代为SEQ ID NO:1的基序6.2(SEQ ID NO:20)——即为了包含突变Tyr185Phe以包含SEQ ID NO:157；GmHPPD.4＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序2.1(SEQ ID NO:57)取代为SEQ ID NO:1的基序2.1(SEQ ID NO:11)——即为了包含突变Ala254Trp以包含SEQ ID NO:129。棕色晕指示HPPD活性。
图12示出与wt和EGFP相比，具有大豆HPPD(GmHPPD)突变基因的亚麻荠属(Camelina)植物的T1代转化种子。HPPD源自大豆(GmHPPD＝wt(登录号:ABQ96868)，在SEQID NO:118中列出)；GmHPPD.1＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序1取代为SEQID NO:1的基序1——即为了包含氨基酸序列SEQ ID NO:9-10或38；GmHPPD.3＝GmHPPD(SEQID NO:118)被突变以将它的基序7.2(SEQ ID NO:70)的第一个Y取代为SEQ ID NO:1的基序7.2(SEQ ID NO:22)——即为了包含突变Tyr243Phe以包含SEQ ID NO:154；GmHPPD.4＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序2.1(SEQ ID NO:57)取代为SEQ ID NO:1的基序2.1(SEQ ID NO:11)——即为了包含突变Ala254Trp以包含SEQ ID NO:129；GmHPPD.5＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序3.1取代为SEQ ID NO:1的基序3.1——即为了包含338-MPSPPP-343到INVPG的替换突变以包含氨基酸序列SEQ ID NO:29。
详细描述
本发明提供了涉及赋予植物羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPPD)除草剂抗性和/或耐受性的组合物和方法。
组合物包含具有真菌来源的HPPD酶促活性的HPPD多肽及其变体和片段的氨基酸序列。还提供了编码本发明的真菌来源的HPPD多肽的核酸。还提供了用于赋予植物对除草剂的抗性和/或耐受性(特别是对抑制HPPD的某些类别的除草剂的抗性和/或耐受性)的方法。还提供了用于选择性地控制作物田中的杂草以及用于测定、表征、鉴定和选择提供除草剂耐受性的本发明的突变体HPPD的方法。
在本发明的上下文中，术语“羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPPD)”、“4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(4-HPPD)”和“对羟基苯基丙酮酸双加氧酶(p-HPPD)”是同义的。
“HPPD除草剂”是为漂白剂的除草剂，并且其主要作用位点是HPPD。许多是熟知的并在别处描述，例如(Hawkes“Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase(HPPD)-TheHerbicide Target.”出自Modern Crop Protection Compounds.Kramer和Schirmer编著)。如本文使用的，术语“HPPD除草剂”是指直接或间接起作用以抑制HPPD的除草剂，其中除草剂是漂白剂，并且其中对HPPD抑制是除草剂对植物作用模式的至少一部分。
如本文使用的，当用所述除草剂处理时，与经受类似处理的非耐受植物表现出的剂量/响应曲线相比，对除草剂实质“耐受”的植物表现出向右移动的剂量/响应曲线。耐受性植物通常将需要至少两倍于非耐受性植物的除草剂才能产生特定的除草效果。当经受农业界通常采用来杀死田间杂草的浓度和比率的除草剂时，对除草剂具有实质“抗性”的植物表现出较少(如果有的话)的坏死、裂解、褪绿或其他损伤(lesion)，或者至少没有显著影响产量的损伤。
如本文使用的，术语“赋予”是指向植物提供特征或性状，诸如除草剂耐受性或抗性。
术语“多肽”、“肽”和“蛋白”在本文中可互换使用，以指氨基酸残基的聚合物。这些术语适用于其中一个或更多个氨基酸残基是相应的天然存在的氨基酸的人工化学类似物的氨基酸聚合物，以及适用于天然存在的氨基酸聚合物。本发明的多肽可以从本文公开的核酸产生，也可以通过使用标准分子生物学技术产生。例如，本发明的截短的蛋白可以通过在适当的宿主细胞中表达本发明的重组核酸来产生，或者可选地通过组合离体程序诸如蛋白酶消化和纯化来产生。
如本文使用的，“核酸”包括对单链或双链形式的脱氧核糖核苷酸聚合物或核糖核苷酸聚合物的提及，并且除非另有限制，否则涵盖具有天然核苷酸的基本性质的已知的类似物(例如，肽核酸)，即它们以类似于天然存在的核苷酸的方式与单链核酸杂交。
本发明还涵盖所公开的核苷酸序列和由其编码的蛋白的片段和变体。如本文使用的，“片段”意指核苷酸序列的一部分或氨基酸序列的一部分以及由它们编码的蛋白。核苷酸序列的片段可以编码保留真菌来源的HPPD蛋白的生物活性并因此具有HPPD酶促活性的蛋白片段。编码本发明的真菌来源的HPPD蛋白的生物活性部分的核苷酸序列的片段将编码至少15个、25个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、110个、120个、150个、180个、200个、250个、300个、350个连续的氨基酸，或多达本发明的全长真菌来源的HPPD多肽中存在的氨基酸的总数。如本文使用的，提及指定多核苷酸的“全长序列”意指具有真菌来源的HPPD序列的完整核酸序列。如本文使用的，术语“天然序列”是指内源序列，即在非工程化植物中发现的非工程化序列。
如本文使用的，术语“编码(encoding)”或“编码(encoded)”当用于指定的核酸的上下文中时意指，核酸包含指导核苷酸序列翻译成指定的蛋白必需的信息。蛋白藉以编码的信息是通过密码子的使用来指定的。编码蛋白的核酸可以在核酸的翻译区域内包含非翻译序列(例如，内含子)，或者可以缺少这样的插入的非翻译序列(例如，如在cDNA中)。
“变体”意指基本上相似的序列。对于多核苷酸，变体包含在参考多核苷酸内的一个或更多个内部位点处的一个或更多个核苷酸的缺失和/或添加、和/或在真菌来源的HPPD多核苷酸中的一个或更多个位点处的一个或更多个核苷酸的取代。本领域技术人员将认识到，本发明的核酸的变体将被构建成使得开放阅读框被保持。对于多核苷酸，保守变体包括那些由于遗传密码的简并性而编码本发明真菌来源的HPPD多肽的氨基酸序列的序列。诸如这些的天然存在的等位基因变体可以通过使用熟知的分子生物学技术来鉴定，例如，用如以下概述的聚合酶链式反应(PCR)和杂交技术。变体多核苷酸还包括合成来源的多核苷酸，诸如，例如通过使用定点诱变产生但仍编码本发明的真菌来源的HPPD蛋白的多核苷酸。通常，本发明的特定多核苷酸的变体将与该特定多核苷酸具有至少约70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多的序列同一性，如通过本文别处描述的序列比对程序和参数确定的。
本发明的特定多核苷酸(即，参考多核苷酸)的变体也可以通过比较由变体多核苷酸编码的多肽和由参考多核苷酸编码的多肽之间的序列同一性百分比来评估。因此，例如，公开了编码与SEQ ID NO:1、3、5-8的多肽具有特定序列同一性百分比的多肽的多核苷酸。任何两个多肽之间的序列同一性百分比可以使用本文别处描述的序列比对程序和参数来计算。在通过比较本发明的任何特定的多核苷酸对编码的两个多肽所共有的序列同一性百分比来评估本发明的多核苷酸对时，在本文描述的完整HPPD序列中，两个编码的多肽之间的序列同一性百分比为至少约70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更的多序列同一性。根据一些实施方案，多肽可以确切地具有SEQID NO:1、3和5-8中任一种中列出的序列。
如本文使用的“变体”蛋白是指通过在真菌来源的HPPD蛋白中的一个或更多个内部位点处一个或更多个氨基酸的缺失或添加和/或在真菌来源的HPPD蛋白中的一个或更多个位点处一个或更多个氨基酸的取代从参考蛋白衍生的蛋白。本发明所涵盖的变体蛋白具有生物活性，即它们继续具有真菌来源的HPPD蛋白的期望的生物活性，即如本文描述的HPPD酶促活性和/或除草剂耐受性。这样的变体可以由例如遗传多态性或人为操作产生。生物活性变体将与本发明的真菌来源的HPPD蛋白具有至少约70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多的序列同一性，如通过本文别处描述的序列比对程序和参数确定的。本发明的蛋白的生物活性变体可以与该蛋白相差少至1-15个氨基酸残基，少至1-10个，诸如6-10个，少至5个，少至4个、3个、2个或甚至1个氨基酸残基。
冠词“一(a)”和“一(an)”在本文中用于指一个或多于一个(即，至少一个)该冠词的语法对象。例如，“核酸(a nucleic acid)”意指一个或更多个核酸。在整个说明书中，词语“包含(comprising)”或变化形式诸如“包含(comprises)”将被理解为意味着包括所述要素。
本文定义或以其他方式表征了各种另外的术语。
HPPD序列
具体地，本发明提供了具有HPPD酶促活性并赋予植物对抑制HPPD的某些类别的除草剂的抗性和/或耐受性的HPPD多肽及其变体和片段。还提供了编码本发明的天然和突变HPPD多肽的核酸。
HPPD多肽和编码HPPD多肽的核酸序列源自真菌，并且可以相对于其所源自的序列在一个或更多个位置处包含核酸和任选地氨基酸变化，并且对一种或更多种HPPD抑制剂除草剂表现出增强的耐受性。对HPPD除草剂表现出增强的耐受性的HPPD酶可以通过相对于植物的天然酶表现出增强的耐受性来做到这一点。
编码真菌来源的HPPD的DNA序列用于提供本发明的HPPD植物、作物、植物细胞和种子，与类似地表达未突变的起始酶的类似植物相比，提供对一种或更多种HPPD除草剂的增强的耐受性或抗性。根据一些实施方案，编码真菌来源的HPPD的核酸可以从真菌提取和分离。根据一些实施方案，编码真菌来源的HPPD的核酸可以合成产生。
根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自木霉属的种的真菌。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自物种木霉属的真菌。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自物种棘孢木霉、哈茨木霉、绿色木霉、钩状木霉或其任何组合的真菌。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自物种哈茨木霉的真菌。根据一些实施方案，HPPD源自US 63/018,027中公开的木霉属Ti-123。
根据一些实施方案，HPPD蛋白具有SEQ ID NO:1中列出的氨基酸序列，即：
Figure BDA0003622138110000301
根据一些实施方案，HPPD蛋白由SEQ ID NO:2中列出的核酸序列编码，即：
Figure BDA0003622138110000302
根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自篮状菌属的种的真菌。
根据一些实施方案，HPPD蛋白具有SEQ ID NO:3中列出的氨基酸序列，即：
Figure BDA0003622138110000311
根据一些实施方案，HPPD蛋白由SEQ ID NO:4中列出的核酸编码，即：
Figure BDA0003622138110000321
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是在N’末端缺少10-50个氨基酸(例如缺少前22个或前38个氨基酸)的部分的HPPD。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-22(Δ22)的SEQ ID NO:1。根据一些实施方案，部分的Δ22-HPPD包含以下中列出的氨基酸序列：SEQ ID NO:5(DNFAIQPPADFTGYDHVTWWVGNAKQAAAYYTTLFGFETTAYRGLETGSRYFASYVVCNNGVRFVFTSPLRSEAHLPEDETISDSERKLLKEIHAHLERHGDAVKDVAFEVDNVEAVYNKAVAEGAIAVQGPTATKDDHGSVTTAVICTYGDTTHTLINRRGYTGPFLPGFRAGKERTSSVEMPNVPLARIDHCVGNQSWNEMVSACAFYEQCLSFHRFWSVDDSQICTEFSALNSIVMASPNNLVKMPINEPAPGKKKSQIEEYVIFNSGPGVQHIALLTPDIITSVSALRARGVEFINVPTTYYDTMRQRLKTEKRNWQLKEDLDTIQRLNILIDYDEAGYLLQLFTKPLMDRPTVFIEIIQRNNFEGFGAGNFKSLFEAIEREQAERGNL)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-38(Δ38)的SEQ ID NO:1。根据一些实施方案，部分的Δ38-HPPD包含以下中列出的氨基酸序列：SEQ ID NO:6(VTWWVGNAKQAAAYYTTLFGFETTAYRGLETGSRYFASYVVCNNGVRFVFTSPLRSEAHLPEDETISDSERKLLKEIHAHLERHGDAVKDVAFEVDNVEAVYNKAVAEGAIAVQGPTATKDDHGSVTTAVICTYGDTTHTLINRRGYTGPFLPGFRAGKERTSSVEMPNVPLARIDHCVGNQSWNEMVSACAFYEQCLSFHRFWSVDDSQICTEFSALNSIVMASPNNLVKMPINEPAPGKKKSQIEEYVIFNSGPGVQHIALLTPDIITSVSALRARGVEFINVPTTYYDTMRQRLKTEKRNWQLKEDLDTIQRLNILIDYDEAGYLLQLFTKPLMDRPTVFIEIIQRNNFEGFGAGNFKSLFEAIEREQAERGNL)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-22(Δ22)的SEQ ID NO:3。根据一些实施方案，部分的Δ22-HPPD包含以下中列出的氨基酸序列：SEQ ID NO:7(PTTQSALSSYRGYDHVHWYVGNAKQAATFYITRMGFSRVAYRGLETGSRSVCSHVVRNGGITFVLTSPLRSPYNTEKLERLLPSAEEREYLKEIHEHLARHGDAVKDVAFEVDSVDDVFAAAVQNGAVAVSQPKTVEDENGQVRVATIRTYGDTTHTLIQRRGVEKPYSGVFLPGYRDETTSGSSDPITAFLPKVDLRRIDHCVGNQDWDEMEKVCAYYEKVLGFHRFRSVDDKDICTDYSALKSIVMSSPNDIVKMPINEPAHGKKQSQIEEYVDFYDGAGVQHIALLTDDIISAITNLKARGVEFIKVPPTYYDNMWMRLKKAGMMPKEAWEDIKKLDILIDFDEGGYLLQLFTKHLMDRPTVFIEIIQRNNFSGFGAGNFKSLFEAIEREQALRGNLI)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-30(Δ30)的SEQ ID NO:3。根据一些实施方案，部分的Δ30-HPPD包含以下中列出的氨基酸序列：SEQ ID NO:8(VHWYVGNAKQAATFYITRMGFSRVAYRGLETGSRSVCSHVVRNGGITFVLTSPLRSPYNTEKLERLLPSAEEREYLKEIHEHLARHGDAVKDVAFEVDSVDDVFAAAVQNGAVAVSQPKTVEDENGQVRVATIRTYGDTTHTLIQRRGVEKPYSGVFLPGYRDETTSGSSDPITAFLPKVDLRRIDHCVGNQDWDEMEKVCAYYEKVLGFHRFRSVDDKDICTDYSALKSIVMSSPNDIVKMPINEPAHGKKQSQIEEYVDFYDGAGVQHIALLTDDIISAITNLKARGVEFIKVPPTYYDNMWMRLKKAGMMPKEAWEDIKKLDILIDFDEGGYLLQLFTKHLMDRPTVFIEIIQRNNFSGFGAGNFKSLFEAIEREQALRGNLI)。
根据一些实施方案，编码木霉属来源的HPPD的核酸序列可以与编码对表达它的植物内源的HPPD酶的核酸序列具有少于80％、少于70％、少于60％或少于50％的相似性。
根据一些实施方案，真菌来源的HPPD的核酸序列和氨基酸序列与表达它的天然植物的HPPD核酸序列和氨基酸序列具有少于50％、少于40％或少于30％的序列同一性。根据一些实施方案，由真菌来源的HPPD基因编码的HPPD酶在植物中表现出酶促活性。
在一些实施方案中，多肽包含一个或更多个氨基酸取代、添加或缺失。在一些实施方案中，多肽包含对应于氨基酸的保守变异的一个或更多个取代。
因此，本发明提供了包含编码真菌来源的HPPD多肽的多核苷酸序列的核酸分子及其变体和片段，所述真菌来源的HPPD多肽具有HPPD酶促活性并赋予植物对抑制HPPD的某些类别的除草剂的抗性或耐受性。总的来说，本发明包括编码本文描述的HPPD多肽的任何多核苷酸序列，以及编码相对于本文描述的HPPD多肽具有一个或更多个保守氨基酸取代的HPPD多肽的任何多核苷酸序列。提供功能相似的氨基酸的保守取代表是本领域熟知的。以下五组各自含有互相为保守取代的氨基酸：非极性，脂肪族：甘氨酸(G)、丙氨酸(A)、缬氨酸(V)、亮氨酸(L)、异亮氨酸(I)、甲硫氨酸(M)；非极性，芳香族：苯丙氨酸(F)、酪氨酸(Y)、色氨酸(W)；极性，不带电荷：半胱氨酸(C)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、脯氨酸(P)、天冬酰胺(N)、谷氨酰胺(Q)；碱性：精氨酸(R)、赖氨酸(K)、组氨酸(H)；酸性：天冬氨酸(D)、谷氨酸(E)。
在一种实施方案中，本发明提供了多核苷酸序列，所述多核苷酸序列编码与SEQID NO:1、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:8具有至少约70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多序列同一性的氨基酸序列，其中HPPD氨基酸序列源自真菌，其中多肽具有HPPD酶促活性，并且其中多肽含有如讨论的一个或更多个取代、添加或缺失。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自木霉属的种的真菌。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自物种木霉属的真菌。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自物种棘孢木霉、哈茨木霉、绿色木霉、钩状木霉、US 63/018,027中公开的木霉属Ti-123或其任何组合的真菌。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自篮状菌属的种的真菌。根据一些实施方案，HPPD和编码HPPD的序列源自物种钩状木霉的真菌。
基因叠加(Gene Stacking)
在某些实施方案中，本发明的编码真菌来源的HPPD多肽或其保留HPPD酶促活性的变体的多核苷酸(例如，编码选自由SEQ ID NO:1、3、5-8组成的组的氨基酸序列的多核苷酸序列)可以与感兴趣的多核苷酸序列的任何组合叠加，以便创建具有期望的性状的植物。如本文使用的性状是指源自特定序列或序列组的表型。例如，编码真菌来源的HPPD多肽或其保留HPPD酶促活性的变体的多核苷酸可以与任何其他编码赋予合意性状的多肽的多核苷酸叠加，所述合意性状包括但不限于对疾病、昆虫和除草剂的抗性、对热和干旱的耐受性、缩短的作物成熟时间、改进的工业加工诸如将淀粉或生物质转化为可发酵的糖、以及改进的农学品质诸如高油含量和高蛋白含量。
在本发明的特定实施方案中，可以将多核苷酸叠加(或者，可选地，可以将表达盒叠加在单个多核苷酸上)以便在植物中表达多于一种类型的HPPD多肽。这在例如一种HPPD特别适于提供对一类HPPD除草剂的抗性，而其他HPPD提供对不同类的HPPD除草剂的更好耐受性时特别有利。在一种多肽表达内在的除草剂抗性但有些不稳定时，叠加HPPD多肽也是有利的。该除草剂抗性HPPD然后可以与例如类似但温度不稳定性较低的HPPD在混合表达中通过形成混合酶二聚体而稳定化。
可以与本发明的编码真菌来源的HPPD多肽或其保留HPPD酶促活性的变体的多核苷酸叠加的示例性多核苷酸包括编码赋予对害虫/病原体(诸如病毒、线虫、昆虫或真菌等)的抗性的多肽的多核苷酸。可以与本发明的多核苷酸叠加的示例性多核苷酸包括编码以下的多核苷酸：具有杀害虫和/或杀昆虫活性的多肽，诸如其他苏云金芽孢杆菌(Bacillusthuringiensis)毒性蛋白、凝集素、pentin等；抗病或抗除草剂的期望性状(例如，伏马菌素解毒基因)；无毒性和抗病基因；编码赋予对某些类别的生长素和乙酰辅酶A羧化酶除草剂的抗性的芳氧基链烷酸酯双加氧酶(aryloxyalkanoate dioxygenase)的基因或提供对2,4D的抗性的tfdA基因；编码赋予对麦草畏的抗性的麦草畏单加氧酶的基因；编码赋予对尿黑酸酯茄尼基转移酶(HST)抑制性除草剂的抗性的HST的基因；编码对含腈除草剂的抗性的腈水解酶(例如bxnA溴苯腈腈水解酶)的基因；导致除草剂抗性的乙酰乳酸合酶(ALS)突变体，诸如S4和/或Hra突变；草甘膦抗性(例如5-烯醇-丙酮酰-莽草酸-3-磷酸合酶(EPSPS)基因，或草甘膦N-乙酰转移酶(GAT)基因)；草铵膦抗性(例如，膦丝菌素乙酰转移酶基因PAT和BAR)；赋予对尤其是HPPD除草剂的除草剂抗性或耐受性的细胞色素P450或其变体；和用于加工或加工产品的合意的性状，诸如高油；改性油(例如，脂肪酸去饱和酶基因)；改性淀粉(例如，ADPG焦磷酸化酶(AGPase)、淀粉合酶(SS)、淀粉分支酶(SBE)和淀粉去分支酶(SDBE))；以及聚合物或生物塑料；β-酮硫解酶、聚羟基丁酸合酶和乙酰乙酰辅酶A还原酶。
根据一些实施方案，合意的性状是对草甘膦的抗性或耐受性。在另一实施方案中，合意的性状是对草铵膦、HST抑制剂除草剂、生长素除草剂或PSII除草剂或其任何组合的抗性或耐受性。
这些叠加的组合可以通过任何方法(包括但不限于，通过任何常规或顶交(TopCross)方法将植物杂交，或者遗传转化)来创建。如果序列通过对植物进行遗传转化来叠加，则感兴趣的多核苷酸序列可以在任何时间并以任何顺序组合。例如，包含一个或更多个期望的性状的转基因植物可以用作靶来通过随后的转化/基因编辑引入另外的性状。性状可以在共转化方案中与由任何转化盒组合提供的感兴趣的多核苷酸同时引入。例如，如果两个序列将被引入，则这两个序列可以被包含在单独的转化盒中(反式)，或者包含在同一转化盒中(顺式)。序列的表达可以由相同的启动子或不同的启动子驱动。在某些情况下，可能期望引入将抑制感兴趣的多核苷酸表达的转化盒。这可以与其他抑制盒或过表达盒的任何组合进行组合以在植物中产生期望的性状组合。还认识到，可以使用位点特异性重组系统将多核苷酸序列叠加在期望的基因组位置处。
根据一些实施方案，本文公开的修饰的HPPD蛋白可以与信号肽翻译融合。根据一些实施方案，本文公开的修饰的HPPD蛋白可以与叶绿体靶向肽(CTP)翻译融合。根据一些实施方案，信号肽(CTP)可以与本文公开的修饰的HPPD蛋白的N-末端融合或替换本文公开的修饰的HPPD蛋白的N-末端(即与SEQ ID NO:1、3或5-8中列出的氨基酸序列中的任一个融合)。根据一些实施方案，信号肽可以与SEQ ID NO:103(即：MPPTPTTAAATGAGAAAVTPEHAAFRLV)中列出的CTP共有序列具有至少85％、至少90％或至少95％的序列相似性。根据一些实施方案，CTP包含SEQ ID NO:103。根据一些实施方案，CTP由SEQ ID NO:103组成。根据一些实施方案，信号肽可以与SEQ ID NO:104(即：MGHQNAAVSENQNHDDGAASSP)中列出的CTP共有序列具有至少85％、至少90％或至少95％的序列相似性。根据一些实施方案，CTP包含SEQ ID NO:104。根据一些实施方案，CTP由SEQ IDNO:104组成。根据一些实施方案，信号肽可以与拟南芥的CTP共有序列(氨基酸1-38)(如SEQID NO:105(即：MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPGFKLVGFSKFVRKNPKSDKFKVKRF HH))中列出的具有至少85％、至少90％或至少95％的序列相似性。根据一些实施方案，CTP包含SEQ ID NO:105。根据一些实施方案，CTP由SEQ ID NO:105组成。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-22(Δ22)并包含拟南芥的氨基酸1-22的SEQ ID NO:1，如以下中列出的：SEQ ID NO:106(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPDNFAIQPPADFTGYDHVTWWVGNAKQAAAYYTTLFGFETTAYRGLETGSRYFASYVVCNNGVRFVFTSPLRSEAHLPEDETISDSERKLLKEIHAHLERHGDAVKDVAFEVDNVEAVYNKAVAEGAIAVQGPTATKDDHGSVTTAVICTYGDTTHTLINRRGYTGPFLPGFRAGKERTSSVEMPNVPLARIDHCVGNQSWNEMVSACAFYEQCLSFHRFWSVDDSQICTEFSALNSIVMASPNNLVKMPINEPAPGKKKSQIEEYVIFNSGPGVQHIALLTPDIITSVSALRARGVEFINVPTTYYDTMRQRLKTEKRNWQLKEDLDTIQRLNILIDYDEAGYLLQLFTKPLMDRPTVFIEIIQRNNFEGFGAGNFKSLFEAIEREQAERGNL)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-22(Δ22)并包含拟南芥的氨基酸1-49的SEQ ID NO:1，如以下中列出的：SEQ ID NO:107(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPGFKLVGFSKFVRKNPKSDKFKVKRFHHDNFAIQPPADFTGYDHVTWWVGNAKQAAAYYTTLFGFETTAYRGLETGSRYFASYVVCNNGVRFVFTSPLRSEAHLPEDETISDSERKLLKEIHAHLERHGDAVKDVAFEVDNVEAVYNKAVAEGAIAVQGPTATKDDHGSVTTAVICTYGDTTHTLINRRGYTGPFLPGFRAGKERTSSVEMPNVPLARIDHCVGNQSWNEMVSACAFYEQCLSFHRFWSVDDSQICTEFSALNSIVMASPNNLVKMPINEPAPGKKKSQIEEYVIFNSGPGVQHIALLTPDIITSVSALRARGVEFINVPTTYYDTMRQRLKTEKRNWQLKEDLDTIQRLNILIDYDEAGYLLQLFTKPLMDRPTVFIEIIQRNNFEGFGAGNFKSLFEAIEREQAERGNL)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-38(Δ38)并包含拟南芥的氨基酸1-22的SEQ ID NO:1，如以下中列出的：SEQ ID NO:108(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPVTWWVGNAKQAAAYYTTLFGFETTAYRGLETGSRYFASYVVCNNGVRFVFTSPLRSEAHLPEDETISDSERKLLKEIHAHLERHGDAVKDVAFEVDNVEAVYNKAVAEGAIAVQGPTATKDDHGSVTTAVICTYGDTTHTLINRRGYTGPFLPGFRAGKERTSSVEMPNVPLARIDHCVGNQSWNEMVSACAFYEQCLSFHRFWSVDDSQICTEFSALNSIVMASPNNLVKMPINEPAPGKKKSQIEEYVIFNSGPGVQHIALLTPDIITSVSALRARGVEFINVPTTYYDTMRQRLKTEKRNWQLKEDLDTIQRLNILIDYDEAGYLLQLFTKPLMDRPTVFIEIIQRNNFEGFGAGNFKSLFEAIEREQAERGNL)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-38(Δ38)并包含拟南芥的氨基酸1-49的SEQ ID NO:1，如以下中列出的：SEQ ID NO:109(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPGFKLVGFSKFVRKNPKSDKFKVKRFHHVTWWVGNAKQAAAYYTTLFGFETTAYRGLETGSRYFASYVVCNNGVRFVFTSPLRSEAHLPEDETISDSERKLLKEIHAHLERHGDAVKDVAFEVDNVEAVYNKAVAEGAIAVQGPTATKDDHGSVTTAVICTYGDTTHTLINRRGYTGPFLPGFRAGKERTSSVEMPNVPLARIDHCVGNQSWNEMVSACAFYEQCLSFHRFWSVDDSQICTEFSALNSIVMASPNNLVKMPINEPAPGKKKSQIEEYVIFNSGPGVQHIALLTPDIITSVSALRARGVEFINVPTTYYDTMRQRLKTEKRNWQLKEDLDTIQRLNILIDYDEAGYLLQLFTKPLMDRPTVFIEIIQRNNFEGFGAGNFKSLFEAIEREQAERGNL)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-22(Δ22)并包含拟南芥的氨基酸1-22的SEQ ID NO:3，如以下中列出的：SEQ ID NO:110(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPPTTQSALSSYRGYDHVHWYVGNAKQAATFYITRMGFSRVAYRGLETGSRSVCSHVVRNGGITFVLTSPLRSPYNTEKLERLLPSAEEREYLKEIHEHLARHGDAVKDVAFEVDSVDDVFAAAVQNGAVAVSQPKTVEDENGQVRVATIRTYGDTTHTLIQRRGVEKPYSGVFLPGYRDETTSGSSDPITAFLPKVDLRRIDHCVGNQDWDEMEKVCAYYEKVLGFHRFRSVDDKDICTDYSALKSIVMSSPNDIVKMPINEPAHGKKQSQIEEYVDFYDGAGVQHIALLTDDIISAITNLKARGVEFIKVPPTYYDNMWMRLKKAGMMPKEAWEDIKKLDILIDFDEGGYLLQLFTKHLMDRPTVFIEIIQRNNFSGFGAGNFKSLFEAIEREQALRGNLI)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-22(Δ22)并包含拟南芥的氨基酸1-49的SEQ ID NO:3，如以下中列出的：SEQ ID NO:111(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPGFKLVGFSKFVRKNPKSDKFKVKRFHHPTTQSALSSYRGYDHVHWYVGNAKQAATFYITRMGFSRVAYRGLETGSRSVCSHVVRNGGITFVLTSPLRSPYNTEKLERLLPSAEEREYLKEIHEHLARHGDAVKDVAFEVDSVDDVFAAAVQNGAVAVSQPKTVEDENGQVRVATIRTYGDTTHTLIQRRGVEKPYSGVFLPGYRDETTSGSSDPITAFLPKVDLRRIDHCVGNQDWDEMEKVCAYYEKVLGFHRFRSVDDKDICTDYSALKSIVMSSPNDIVKMPINEPAHGKKQSQIEEYVDFYDGAGVQHIALLTDDIISAITNLKARGVEFIKVPPTYYDNMWMRLKKAGMMPKEAWEDIKKLDILIDFDEGGYLLQLFTKHLMDRPTVFIEIIQRNNFSGFGAGNFKSLFEAIEREQALRGNLI)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-30(Δ30)并包含拟南芥的氨基酸1-22的SEQ ID NO:3，如以下中列出的：SEQ ID NO:112(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPVHWYVGNAKQAATFYITRMGFSRVAYRGLETGSRSVCSHVVRNGGITFVLTSPLRSPYNTEKLERLLPSAEEREYLKEIHEHLARHGDAVKDVAFEVDSVDDVFAAAVQNGAVAVSQPKTVEDENGQVRVATIRTYGDTTHTLIQRRGVEKPYSGVFLPGYRDETTSGSSDPITAFLPKVDLRRIDHCVGNQDWDEMEKVCAYYEKVLGFHRFRSVDDKDICTDYSALKSIVMSSPNDIVKMPINEPAHGKKQSQIEEYVDFYDGAGVQHIALLTDDIISAITNLKARGVEFIKVPPTYYDNMWMRLKKAGMMPKEAWEDIKKLDILIDFDEGGYLLQLFTKHLMDRPTVFIEIIQRNNFSGFGAGNFKSLFEAIEREQALRGNLI)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是部分的HPPD，例如缺少氨基酸1-30(Δ30)并包含拟南芥的氨基酸1-49的SEQ ID NO:3，如以下中列出的：SEQ ID NO:113(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPGFKLVGFSKFVRKNPKSDKFKVKRFHHVHWYVGNAKQAATFYITRMGFSRVAYRGLETGSRSVCSHVVRNGGITFVLTSPLRSPYNTEKLERLLPSAEEREYLKEIHEHLARHGDAVKDVAFEVDSVDDVFAAAVQNGAVAVSQPKTVEDENGQVRVATIRTYGDTTHTLIQRRGVEKPYSGVFLPGYRDETTSGSSDPITAFLPKVDLRRIDHCVGNQDWDEMEKVCAYYEKVLGFHRFRSVDDKDICTDYSALKSIVMSSPNDIVKMPINEPAHGKKQSQIEEYVDFYDGAGVQHIALLTDDIISAITNLKARGVEFIKVPPTYYDNMWMRLKKAGMMPKEAWEDIKKLDILIDFDEGGYLLQLFTKHLMDRPTVFIEIIQRNNFSGFGAGNFKSLFEAIEREQALRGNLI)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是wt HPPD，例如向其添加了拟南芥的氨基酸1-22的SEQ ID NO:1，如以下中列出的：SEQ ID NO:114
(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPMSPSAISNSPEQRPANNNGTTPDNFAIQPPADFTGYDHVTWWVGNAKQAAAYYTTLFGFETTAYRGLETGSRYFASYVVCNNGVRFVFTSPLRSEAHLPEDETISDSERKLLKEIHAHLERHGDAVKDVAFEVDNVEAVYNKAVAEGAIAVQGPTATKDDHGSVTTAVICTYGDTTHTLINRRGYTGPFLPGFRAGKERTSSVEMPNVPLARIDHCVGNQSWNEMVSACAFYEQCLSFHRFWSVDDSQICTEFSALNSIVMASPNNLVKMPINEPAPGKKKSQIEEYVIFNSGPGVQHIALLTPDIITSVSALRARGVEFINVPTTYYDTMRQRLKTEKRNWQLKEDLDTIQRLNILIDYDEAGYLLQLFTKPLMDRPTVFIEIIQRNNFEGFGAGNFKSLFEAIEREQAERGNL)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是wt HPPD，例如向其添加了拟南芥的氨基酸1-49的SEQ ID NO:1，如以下中列出的：SEQ ID NO:115
(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPGFKLVGFSKFVRKNPKSDKFKVKRFHHMSPSAISNSPEQRPANNNGTTPDNFAIQPPADFTGYDHVTWWVGNAKQAAAYYTTLFGFETTAYRGLETGSRYFASYVVCNNGVRFVFTSPLRSEAHLPEDETISDSERKLLKEIHAHLERHGDAVKDVAFEVDNVEAVYNKAVAEGAIAVQGPTATKDDHGSVTTAVICTYGDTTHTLINRRGYTGPFLPGFRAGKERTSSVEMPNVPLARIDHCVGNQSWNEMVSACAFYEQCLSFHRFWSVDDSQICTEFSALNSIVMASPNNLVKMPINEPAPGKKKSQIEEYVIFNSGPGVQHIALLTPDIITSVSALRARGVEFINVPTTYYDTMRQRLKTEKRNWQLKEDLDTIQRLNILIDYDEAGYLLQLFTKPLMDRPTVFIEIIQRNNFEGFGAGNFKSLFEAIEREQAERGNL)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是wt HPPD，例如向其添加了拟南芥的氨基酸1-22的SEQ ID NO:3，如以下中列出的：SEQ ID NO:116
(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPMAPSAISDLQSDNLPTTQSALSSYRGYDHVHWYVGNAKQAATFYITRMGFSRVAYRGLETGSRSVCSHVVRNGGITFVLTSPLRSPYNTEKLERLLPSAEEREYLKEIHEHLARHGDAVKDVAFEVDSVDDVFAAAVQNGAVAVSQPKTVEDENGQVRVATIRTYGDTTHTLIQRRGVEKPYSGVFLPGYRDETTSGSSDPITAFLPKVDLRRIDHCVGNQDWDEMEKVCAYYEKVLGFHRFRSVDDKDICTDYSALKSIVMSSPNDIVKMPINEPAHGKKQSQIEEYVDFYDGAGVQHIALLTDDIISAITNLKARGVEFIKVPPTYYDNMWMRLKKAGMMPKEAWEDIKKLDILIDFDEGGYLLQLFTKHLMDRPTVFIEIIQRNNFSGFGAGNFKSLFEAIEREQALRGNLI)。
根据一些实施方案，在植物中表达的HPPD是wt HPPD，例如向其添加了拟南芥的氨基酸1-49的SEQ ID NO:3，如以下中列出的：SEQ ID NO:117
(MGHQNAAVSENQNHDDGAASSPGFKLVGFSKFVRKNPKSDKFKVKRFHHMAPSAISDLQSDNLPTTQSALSSYRGYDHVHWYVGNAKQAATFYITRMGFSRVAYRGLETGSRSVCSHVVRNGGITFVLTSPLRSPYNTEKLERLLPSAEEREYLKEIHEHLARHGDAVKDVAFEVDSVDDVFAAAVQNGAVAVSQPKTVEDENGQVRVATIRTYGDTTHTLIQRRGVEKPYSGVFLPGYRDETTSGSSDPITAFLPKVDLRRIDHCVGNQDWDEMEKVCAYYEKVLGFHRFRSVDDKDICTDYSALKSIVMSSPNDIVKMPINEPAHGKKQSQIEEYVDFYDGAGVQHIALLTDDIISAITNLKARGVEFIKVPPTYYDNMWMRLKKAGMMPKEAWEDIKKLDILIDFDEGGYLLQLFTKHLMDRPTVFIEIIQRNNFSGFGAGNFKSLFEAIEREQALRGNLI)。
植物表达盒
本发明的组合物可以另外含有用于转化感兴趣的植物和在感兴趣的植物中表达的核酸序列。核酸序列可以存在于DNA构建体或表达盒中。如本文使用的术语“表达盒”意指能够在适当的宿主细胞中指导特定核苷酸序列表达的核酸分子，包含可操作地连接至感兴趣的核苷酸序列(即，编码本文公开的真菌来源的HPPD多肽或其保留HPPD酶促活性的变体的多核苷酸，单独或与编码赋予合意的性状的多肽的一个或更多个另外的核酸分子组合，可操作地连接至终止信号)的启动子。它通常还包含正确翻译核苷酸序列所需的序列。包含感兴趣的核苷酸序列的表达盒可以是嵌合的，这意味着它的至少一个组成部分相对于它的至少一个其他组成部分是异源的。表达盒也可以是天然存在的，但已经以可用于异源表达的重组形式获得。然而，通常表达盒相对于宿主是异源的，即，表达盒的特定DNA序列不天然存在在宿主细胞中，而必须通过转化事件引入到宿主细胞或宿主细胞的祖先中。表达盒中核苷酸序列的表达可以受组成型启动子或诱导型启动子的控制，只有当宿主细胞暴露于一些特定的外部刺激时，诱导型启动子才启动转录。此外，启动子也可以是对特定的组织或器官或发育阶段特异性的。
本发明涵盖用能够表达感兴趣的多核苷酸(即，编码真菌来源的HPPD多肽或其保留HPPD酶促活性的变体的多核苷酸，单独或与编码赋予合意的性状的多肽的一个或更多个另外的核酸分子组合)的表达盒转化植物。表达盒将以5’-3’转录方向包含转录和翻译起始区(即，启动子)和多核苷酸开放阅读框。表达盒可以任选地包含在植物中起作用的转录和翻译终止区(即，终止区)。在一些实施方案中，表达盒包含选择标志物基因以允许选择稳定转化体。本发明的表达构建体还可以包含前导序列和/或允许感兴趣的多核苷酸的诱导型表达的序列。
表达构建体的调控序列可操作地连接至感兴趣的多核苷酸。“可操作地连接”意指启动子和第二序列之间的功能连接，其中启动子序列启动和介导对应于第二序列的DNA序列的转录。通常，可操作地连接意指被连接的核苷酸序列是连续的。
在本发明的实践中可以使用任何能够在感兴趣植物中驱动表达的启动子。启动子对植物宿主可以是天然或类似或外来或异源的。术语“异源的”和“外源的”在本文中用于提及核酸序列(例如DNA或RNA序列)或基因时，是指来源自特定宿主细胞以外的来源的序列，或者如果来自相同的来源，则是从其原始形式修饰而来的序列。因此，宿主细胞中的异源基因包括对特定宿主细胞是内源的但已通过例如使用DNA改组而修饰的基因。这些术语还包括天然存在的DNA序列的非天然存在的多于一个拷贝。因此，这些术语是指对细胞是外来或异源的DNA区段，或与细胞同源但在宿主细胞核酸中一般不存在该元件的位置处的DNA区段。外源DNA区段被表达以产生外源多肽。
“同源”核酸(例如，DNA)序列是与其被引入的宿主细胞天然相关的核酸(例如，DNA或RNA)序列。
待被包含在内的启动子的选择取决于若干因素，包括但不限于效率、可选择性、可诱导性、期望的表达水平和细胞优先或组织优先表达。对于本领域技术人员，通过适当地选择启动子和其他调控区域以及相对于序列定位启动子和其他调控区域来调节该序列的表达是常规的事情。用于表达转基因的启动子可以是包含诸如以下元件的强植物启动子、病毒启动子或嵌合启动子：来自任何基因的TATA盒(或合成的，基于对植物基因TATA盒的分析)，任选地融合到植物启动子的TATA盒的5’区域(其指导组织和时间上合适的基因表达)，任选地融合到1个或更多个增强子(诸如35S增强子、FMV增强子、CMP增强子、RUBISCO小亚基增强子、质体蓝素增强子)。
示例性的组成型启动子包括，例如，Rsyn7启动子的核心启动子和其他组成型启动子、核心的CaMV 35S启动子、水稻肌动蛋白、泛素、pEMU、MAS、ALS启动子等。
适当的植物启动子或嵌合启动子可用于以下应用：诸如转基因在某些组织中表达，同时在其他组织(诸如种子或生殖组织)中的表达最小化。示例性的细胞类型优先或组织优先的启动子优先在靶组织中驱动表达，但也可以在其他细胞类型或组织中导致一些表达。
在本发明的其他实施方案中，可能需要诱导型启动子。诱导型启动子响应于外部刺激(诸如化学剂或环境刺激)而驱动转录。例如，诱导型启动子可以响应于激素(诸如赤霉酸或乙烯)或响应于光照或干旱而赋予转录。
各种转录终止子可用于在表达盒中使用。它们负责终止转基因和正确的mRNA多腺苷酸化之外的转录。终止区可以是对转录起始区天然的，可以是对可操作地连接的感兴趣的DNA序列天然的，可以是对植物宿主天然的，或者可以源自另一来源(即，对启动子、感兴趣的DNA序列、植物宿主或其任何组合外源或异源的)。适当的转录终止子是那些已知在植物中起作用的终止子，并且包括CAMV 35S终止子、tml终止子、胭脂碱合酶终止子、章鱼碱合酶终止子和豌豆rbcs E9终止子。这些可以用于单子叶植物和双子叶植物二者。此外，可以使用基因的天然转录终止子。
通常，表达盒将包含用于选择转化的细胞的选择标志物基因。选择标志物基因用于选择转化的细胞或组织。
已发现许多序列从转录单元内增强基因表达，并且这些序列可与本发明的基因一起使用，以增加它们在植物中的表达。
多种内含子序列已被证明能增强表达，特别是在单子叶植物细胞中。例如，已经发现，在被引入到玉米细胞中之后，玉米Adhl基因的内含子在其同源启动子的条件下显著增强野生型基因的表达。发现内含子1在与氯霉素乙酰转移酶基因的融合构建体中是特别有效和增强表达的。在相同的实验体系中，来自玉米bronze 1基因的内含子在增强表达方面具有类似的作用。内含子序列已被常规地掺入植物转化载体中，通常在非翻译的前导序列内。
本发明还涉及包含以上描述的一种或更多种表达盒的核酸构建体。构建体可以是载体，诸如植物转化载体。在一种实施方案中，载体是包含多核苷酸的植物转化载体，所述多核苷酸包含SEQ ID NO:2、4中列出的序列或编码SEQ ID NO:1、3和/或5-8中列出的氨基酸序列的任何其他多核苷酸。
植物
如本文使用的，术语“植物部分”或“植物组织”包括植物细胞、植物原生质体、可从其再生植物的植物细胞组织培养物、植物愈伤组织、植物团块(plant clump)以及在植物或植物部分(诸如胚、花粉、胚珠、种子、叶、花、枝、果、仁、穗、穗轴、壳、茎、根、根尖、花药等)中完整的植物细胞。上述术语还包括植物产品，诸如谷物、水果和坚果。
本文公开的植物被遗传修饰以表达植物(或一般多于一种植物)中不天然表达的HPPD酶，诸如以便在植物中表达本文公开的真菌来源的HPPD多肽或其保留HPPD酶促活性的变体。
如本文使用的，术语“遗传修饰的”可指被转化以稳定表达非天然存在的HPPD酶的转基因植物，以及使用基因编辑技术(诸如但不限于CRISPR/Cas、TALLEN和锌指技术)进行遗传修饰以表达非天然存在的HPPD酶(突变或取代)的植物。根据一些实施方案，遗传修饰的植物是转基因植物。根据一些实施方案，遗传修饰的植物具有通过基因编辑修饰的HPPD酶。根据一些实施方案，HPPD酶可以是外源引入的HPPD酶，诸如但不限于源自本文公开的木霉属物种或篮状菌属物种的HPPD酶。根据一些实施方案，HPPD酶可以是植物内源的HPPD，其被遗传修饰以包含真菌来源的基序和/或突变，使植物对HPPD抑制剂具有抗性。
所选择的植物类型取决于多种因素，包括例如收获的植物材料的下游用途、植物物种对转化的适应性以及植物将生长、被收获和/或加工的条件。技术人员将进一步认识到，用于选择用于本发明的适当植物品种的另外的因素包括高产潜力、良好的茎强度、对特定疾病的抗性、耐旱性、和足以允许以最小损失储存和运输到市场的快速干燥和谷物品质。
根据本发明的植物包括为了产生人类或动物寻求用于口服或用于工业、制药或商业过程中的利用的植物材料的目的而栽培的任何植物。本发明可应用于多种植物中的任一种，包括但不限于玉米、小麦、水稻、大麦、大豆、豇豆、鹰嘴豆、棉花、高粱、燕麦、一般豆类、芸薹(rape)/油菜(canola)、苜蓿、亚麻、向日葵、红花、粟(millet)、黑麦、甘蔗、甜菜、可可、茶、芸薹属(Brassica)、棉花、咖啡、甘薯、亚麻、花生、三叶草；蔬菜诸如莴苣、番茄、葫芦、木薯、马铃薯、胡萝卜、萝卜、豌豆、小扁豆、甘蓝、花椰菜(cauliflower)、青花菜(broccoli)、抱子甘蓝、辣椒(pepper)和菠萝；树果诸如柑橘、苹果、梨、桃、杏、核桃、鳄梨、香蕉、棕榈、桉、杨、松和椰子；和花类诸如兰花、矮牵牛、康乃馨和玫瑰。可用于本发明实践的其他植物包括多年生草，诸如柳枝稷、牧场草(prairie grasses)、印第安草(indiangrass)、大须芒草(big bluestem grass)等。认识到可以使用植物的混合物。
此外，术语“作物”还应理解为包括由于传统育种或遗传工程方法而使其对除草剂或各类除草剂(诸如，例如ALS抑制剂，例如氟嘧磺隆(primisulfuron)、氟磺隆(prosulfuron)和三氟啶磺隆(trifloxysulfuron)、EPSPS(5-烯醇-丙酮酰-莽草酸-3-磷酸合酶)抑制剂、GS(谷氨酰胺合成酶)抑制剂)具有耐受性的作物。通过遗传工程方法使作物对除草剂或各类除草剂具有耐受性的作物的实例包括抗草甘膦和草铵膦的作物品种。在HPPD除草剂用于杂草控制的情况下，根据本发明的方法特别适用于保护作物。
植物转化
在将除草剂抗性或耐受性的HPPD多核苷酸(单独或与编码赋予合意的性状的多肽的一种或更多种另外的核酸分子组合)克隆到表达系统中后，将该表达系统转化到植物细胞中。本发明的表达盒可以以许多本领域公认的方式引入到植物细胞中。在多核苷酸(例如，感兴趣的核苷酸构建体)的上下文中，术语“引入”意指以使多核苷酸进入植物细胞内部的方式将多核苷酸呈给植物。当要引入多于一个多核苷酸时，这些多核苷酸可以作为单个核苷酸构建体的一部分组装，也可以作为分别的核苷酸构建体组装，并且可以位于相同或不同的转化载体上。因此，这些多核苷酸可以在单个转化事件中，在分别的转化事件中，或者例如在植物中，作为育种方案的一部分引入到感兴趣的宿主细胞中。本发明的方法不依赖于用于将一个或更多个多核苷酸引入到植物中的特定方法，只要多核苷酸进入植物的至少一个细胞的内部。用于将多核苷酸引入到植物中的方法是本领域已知的，包括但不限于瞬时转化方法、稳定转化方法和病毒介导的方法。
在多核苷酸的上下文中，“瞬时转化”意指多核苷酸被引入到植物中，而不整合到植物的基因组中。“稳定转化”或“稳定地转化”意指引入到植物中的多核苷酸，例如本文描述的核苷酸构建体，整合到植物的基因组中，并且能够由其后代遗传，更具体地，由多于一个连续代的后代遗传。
可用于植物转化的各种转化载体是植物转化领域的普通技术人员已知的，并且与本发明相关的基因可与任何这样的载体一起使用。载体的选择将取决于优选的转化技术和用于转化的靶物种。对于某些靶物种，不同的抗生素或除草剂选择标志物可以是优选的。根据一些实施方案，本发明的HPPD基因与作为选择剂的HPPD除草剂的使用组合，HPPD基因本身用作选择标志物。
用于植物再生的方法也是本领域中熟知的。例如，Ti质粒载体已被用于外来DNA的递送，以及直接DNA摄取、脂质体、电穿孔、显微注射和显微弹射(microprojectile)。此外，来自农杆菌属(Agrobacterium)的细菌可以用于转化植物细胞。下文描述了用于转化双子叶植物和单子叶植物二者的代表性技术，以及代表性质体转化技术。
用基因转化植物细胞的另一种方法包括向植物组织和细胞推进惰性或生物活性颗粒。通常，该程序包括在有效穿透细胞外表面的条件下向细胞推进惰性或生物活性颗粒，并在细胞的内部提供掺入。当利用惰性颗粒时，可以通过用含有期望的基因的载体包覆颗粒来将载体引入到细胞中。可选地，靶细胞可以被载体包围，使得载体通过颗粒的摄取携带到细胞中。生物活性颗粒(例如，干酵母细胞、干细菌或噬菌体，各自含有寻求引入的DNA)也可以被推进到植物细胞组织中。
大多数单子叶植物物种的转化现在也已成为常规。优选的技术包括使用PEG或电穿孔技术将基因直接转移到原生质体中，以及粒子轰击到愈伤组织中。可以用单个DNA物类或多于一个DNA物类进行转化(即，共转化)，并且这两种技术都适用于本发明。共转化可以具有以下优点：避免完整载体构建，并产生具有感兴趣基因和选择标志物的非连锁的基因座的转基因植物，使得能够在后续代中去除选择标志物(如果认为这是合意的)。然而，使用共转化的缺点是单独的DNA物类整合到基因组中的频率小于100％。
经由用本发明中感兴趣的核酸序列转化获得的植物可以是各种植物物种中的任一种，包括单子叶植物和双子叶植物的物种；然而，本发明方法中使用的植物优选地选自本文中别处列出的农学上重要的靶作物的列表。本发明的基因的表达与对生产和品质重要的其他特征组合可以通过育种掺入植物品系中。
工程化到以上描述的种子和植物中的遗传特性可以通过有性生殖或营养生长传递，并因此可以在子代植物中保持和繁殖。通常，保持和繁殖利用被开发以适应特定目的(诸如耕作、播种或收获)的已知的农业方法。
根据本发明的植物和种子的有益遗传特性的用途可以进一步用于植物育种。根据期望的特性，采取不同的育种措施。相关技术在本领域是熟知的，并且包括但不限于杂交、近交、回交、多系育种、品种混合(variety blend)、种间杂交、非整倍体技术等。因此，根据本发明的种子和植物可以用于改良的植物品系的育种，例如，所述改良的植物品系由于其修饰的遗传特性而提高常规方法(诸如除草剂或杀虫剂处理)的有效性或允许人们不需要所述方法。
除草剂抗性
本发明提供了已用编码真菌来源的HPPD或其变体的核酸分子遗传修饰的植物、植物细胞、组织和种子和/或其中内源的HPPD已被编辑(例如通过CRISPR/Cas技术、TALLEN、锌指等)以包含真菌来源的基序和/或突变的植物，从而提供具有赋予对除草剂的抗性或耐受性的HPPD，任选地与一种或更多种另外的编码赋予合意的性状的多肽的核酸分子组合的植物。
在一种实施方案中，本发明的植物表现出对每公顷约5至约2,000克(g/ha)的量的除草剂的应用的抗性或耐受性，所述量包括例如，约5g/ha、约10g/ha、约15g/ha、约20g/ha、约25g/ha、约30g/ha、约35g/ha、约40g/ha、约45g/ha、约50g/ha、约55g/ha、约60g/ha、约65g/ha、约70g/ha、约75g/ha、约80g/ha、约85g/ha、约90g/ha、约95g/ha、约100g/ha、约110g/ha、约120g/ha、约130g/ha、约140g/ha、约150g/ha、约160g/ha、约170g/ha、约180g/ha、约190g/ha、约200g/ha、约210g/ha、约220g/ha、约230g/ha、约240g/ha、约250g/ha、约260g/ha、约270g/ha、约280g/ha、约290g/ha、约300g/ha、约310g/ha、约320g/ha、约330g/ha、约340g/ha、约350g/ha、约360g/ha、约370g/ha、约380g/ha、约390g/ha、约400g/ha、约410g/ha、约420g/ha、约430g/ha、约440g/ha、约450g/ha、约460g/ha、约470g/ha、约480g/ha、约490g/ha、约500g/ha、约510g/ha、约520g/ha、约530g/ha、约540g/ha、约550g/ha、约560g/ha、约570g/ha、约580g/ha、约590g/ha、约600g/ha、约610g/ha、约620g/ha、约630g/ha、约640g/ha、约650g/ha、约660g/ha、约670g/ha、约680g/ha、约690g/ha、约700g/ha、约710g/ha、约720g/ha、约730g/ha、约740g/ha、约750g/ha、约760g/ha、约770g/ha、约780g/ha、约790g/ha、约800g/ha、约810g/ha、约820g/ha、约830g/ha、约840g/ha、约850g/ha、约860g/ha、约870g/ha、约880g/ha、约890g/ha、约900g/ha、约910g/ha、约920g/ha、约930g/ha、约940g/ha、约950g/ha、约960g/ha、约970g/ha、约980g/ha、约990g/ha、约1,000g/ha、约1,010g/ha、约1,020g/ha、约1,030g/ha、约1,040g/ha、约1,050g/ha、约1,060g/ha、约1,070g/ha、约1,080g/ha、约1,090g/ha、约1,100g/ha、约1,110g/ha、约1,120g/ha、约1,130g/ha、约1,140g/ha、约1,150g/ha、约1,160g/ha、约1,170g/ha、约1,180g/ha、约1,190g/ha、约1,200g/ha、约1,210g/ha、约1,220g/ha、约1,230g/ha、约1,240g/ha、约1,250g/ha、约1,260g/ha、约1,270g/ha、约1,280g/ha、约1,290g/ha、约1,300g/ha、约1,310g/ha、约1,320g/ha、约1,330g/ha、约1,340g/ha、约1,350g/ha、约1,360g/ha、约1,370g/ha、约1,380g/ha、约1,390g/ha、约1,400g/ha、约1,410g/ha、约1,420g/ha、约1,430g/ha、约1,440g/ha、约1,450g/ha、约1,460g/ha、约1,470g/ha、约1,480g/ha、约1,490g/ha、约1,500g/ha、约1,510g/ha、约1,520g/ha、约1,530g/ha、约1,540g/ha、约1,550g/ha、约1,560g/ha、约1,570g/ha、约1,580g/ha、约1,590g/ha、约1,600g/ha、约1,610g/ha、约1,620g/ha、约1,630g/ha、约1,640g/ha、约1,650g/ha、约1,660g/ha、约1,670g/ha、约1,680g/ha、约1,690g/ha、约1,700g/ha、约1,710g/ha、约1,720g/ha、约1,730g/ha、约1,740g/ha、约1,750g/ha、约1,760g/ha、约1,770g/ha、约1,780g/ha、约1,790g/ha、约1,800g/ha、约1,810g/ha、约1,820g/ha、约1,830g/ha、约1,840g/ha、约1,850g/ha、约1,860g/ha、约1,870g/ha、约1,880g/ha、约1,890g/ha、约1,900g/ha、约1,910g/ha、约1,920g/ha、约1,930g/ha、约1,940g/ha、约1,950g/ha、约1,960g/ha、约1,970g/ha、约1,980g/ha、约1,990g/ha或约2,000g/ha。
本发明的方法对于保护作物免受HPPD抑制剂除草剂的除草伤害特别有用。例如，HPPD抑制性除草剂适宜选自由以下组成的组：氟吡草酮(CAS RN 352010-68-5)、双环磺草酮(CAS RN 156963-66-5)、吡草酮(CAS RN82692-44-2)、缩酮环磺草酮(ketospiradox，CASRN 192708-91-1)或其游离酸(CAS RN 187270-87-7)、异噁氯草酮(CAS RN 141112-06-3)、异噁唑草酮(CAS RN 141112-29-0)、硝磺草酮(CAS RN 104206-82-8)、磺酰草吡唑(CAS RN365400-11-9)、吡唑特(CAS RN 58011-68-0)、苄草唑(CAS RN71561-11-0)、磺草酮(CAS RN99105-77-8)、呋喃磺草酮(CAS RN473278-76-1)、环磺酮(CAS RN 335104-84-2)和苯唑草酮(CAS RN210631-68-8)；在适用的情况下，包括其农业化学上可接受的盐。
使用方法
本发明还提供了在包括作物植物和杂草的发生地处选择性地控制杂草的方法，其中所述植物是通过以上描述的本发明的任何方法获得的，其中所述方法包括向所述发生地应用杂草控制量的一种或更多种除草剂。本文描述的任何植物可以在本发明的这些方法中使用。术语“发生地(locus)”可以包括土壤、种子和幼苗，以及已建立的植被。除草剂可以在作物或杂草出苗前或出苗后适当应用。
术语“杂草控制量”意指在功能上包括能够影响特定杂草的生长或发育的除草剂的量。因此，该量可以小到仅足以简单地延缓或抑制特定杂草的生长或发育，或者该量可以大到足以不可逆转地破坏特定杂草。
因此，本发明提供了在发生地控制杂草的方法，所述方法包括向所述发生地应用杂草控制量的一种或更多种除草剂，其中所述发生地包括已用编码本文公开的真菌来源的HPPD多肽或其变体的核酸分子转化的植物，所述HPPD多肽或其变体赋予对HPPD除草剂的抗性或耐受性，单独或与编码赋予合意的性状的多肽的一种或更多种另外的核酸分子组合。
在一种实施方案中，本发明提供了可用于控制作物田中不想要的植物物种的植物和方法，其中作物植物通过转化以表达编码本文公开的真菌来源的HPPD多肽的基因而对HPPD化学品具有抗性，并且其中HPPD除草剂作为上方(over-the-top)应用以能够杀死或削弱不想要的植物物种(杂草物种，或者例如，所需作物植物的田中的遗留(carry-over)或“劣种(rogue)”或“自生(volunteer)”作物植物)生长的量应用。所述应用可以在作物植物或不想要的物种出苗前或出苗后进行，并且可以与其他除草剂的应用组合，对于所述其他除草剂，作物是天然耐受的，或者经由表达一个或更多个其他除草剂抗性转基因而具有抗性。
在另一种实施方案中，本发明还涉及保护作物植物免受除草剂损害的方法。在作物植物栽培中，尤其是在商业规模上，正确的轮作对产量稳定性(实现长期高品质高产)和农业经营的经济成功至关重要。使用除草剂可能对随后作物中的作物植物造成农学上无法接受的植物毒性损害(“遗留”损害)。因此，本发明的除草剂抗性或耐受性的植物也可用于在先前应用的除草剂有任何短期遗留的发生地中的种植(例如，通过在应用除草剂后的一年中种植本发明的植物，以降低除草剂的土壤残留造成损害的风险)。
实施例
现在参考以下实施例来描述本发明。提供这些实施例仅为了说明的目的，并且本发明不限于这些实施例，而是涵盖因为本文提供的教导而明显的所有变化。
分离
从含有氯霉素(50μg/ml)和青霉素-链霉素(每ml 100单位青霉素和100μg链霉素)的x0.25 YENB琼脂板分离推定的真菌。
基因注释
通过对几个基因，包括18S内部转录间隔区1(ITS1)、翻译延长因子1-α(tef1)、内切壳多糖酶42(ech42)和RNA聚合酶II(rpb2)进行测序，显示第一个分离的真菌属于木霉属物种，随后对该真菌进行全基因组测序。通过同源搜索(BLASTx)检测分离的真菌的4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPPD)基因并进行克隆。
通过对几个基因进行测序，显示另一个真菌属于篮状菌属物种。通过同源搜索(BLASTx)检测分离的真菌的4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPPD)基因并进行克隆。
细菌HPPD-活性测定
通过PCR扩增所鉴定的hppd cDNA的编码序列并克隆到pET16表达载体中。用该表达载体转化大肠杆菌BL21(DE3)并使用比色方法监测HPPD活性，所述比色方法基本如Rocaboy-Faquet E.等人(DOI:10.1007/S00253-014-5793-5)中解释的，有两处小修改，即：1)将转化的细菌接种在基于琼脂的培养基而不是液体培养基上；2)在25℃进行4天的筛选。
制备含有所示浓度的浓度梯度的HPPD抑制剂的筛选培养基，并将转化的细菌接种到筛选琼脂板上。HPPD活性通过HPPD介导的对羟基苯基丙酮酸(HPP)转化为尿黑酸酯(HGA)(尿黑酸酯随后被氧化为黑色素样色素)而产生的棕色晕来检测。比较转化的细菌的环磺酮抗性与用空pET16载体或用拟南芥hppd cDNA(登录号AF047834)转化的pET16载体转化的大肠杆菌BL21(DE3)接种的板的细菌的环磺酮抗性。
如在图1中观察到的，用源自新的木霉属真菌(TP)的HPPD转化大肠杆菌BL21(DE3)导致在板上检测出HPPD活性(棕色晕)，所述板含有多达250μg/ml的环磺酮、250μg/ml的硝磺草酮、25μg/ml的异噁唑草酮、25μg/ml的苯唑草酮和1250μg/ml的苄草唑，而用拟南芥HPPD(AtHPPD)转化的大肠杆菌BL21(DE3)显示出差的HPPD活性(如果有的话)。在空的载体对照板
Figure BDA0003622138110000531
中未检测到活性。
对用真菌HPPD转化的植物的植物中(in-planta)筛选
将hppd编码区克隆到pPA35H二元载体中，在CaMV35S组成型启动子和HSP终止子的控制下，并按浸花法使用农杆菌转化拟南芥植物，基本如WO 2018/178975中描述的。T1代转化种子按制造商说明书在Basta选择(Bayer)上萌发。萌发后3-4天，用0.1％和0.05％的环磺酮(Laudis(Bayer))处理植物。在萌发后一周检测HPPD抗性植物。
如从图2观察到的，用本文公开的木霉属物种-HPPD基因转化拟南芥T1植物使得能够在存在环磺酮除草剂的情况下生长，而在对照中未观察到植物生长。这表明转化植物以表达本文公开的木霉属物种-HPPD基因使得植物能够在存在除草剂环磺酮的情况下生长，除草剂环磺酮对植物特别是阔叶植物的杂草控制非常有效。
如从图3观察到的，具有本文公开的木霉属物种-HPPD基因的拟南芥植物的T2代转化种子使得能够在存在环磺酮(x1＝2500μg/ml和x0.2＝500μg/ml)、硝磺草酮(x1＝50μg/ml)、苯唑草酮(x1＝150μg/ml和x0.2＝30μg/ml)和异噁唑草酮(x1＝50μg/ml)除草剂的情况下生长，而在对照(wt植物)中没有观察到植物生长或观察到严重的生长抑制和叶片漂白。这表明转化植物以表达本文公开的木霉属物种-HPPD基因使得植物能够在存在除草剂环磺酮、硝磺草酮、苯唑草酮和异噁唑草酮的情况下生长，这些除草剂对植物特别是阔叶植物的杂草控制非常有效。该结果强调了被转化以表达本文公开的木霉属物种-HPPD基因的植物对不同HPPD抑制剂的有益耐受性。
结构
使用MODELLER(Webb B,Sali A.Curr Protoc Protein Sci.2016年11月1日；86:2.9.1-2.9.37)经由hhpred服务器(Zimmermann L等人.J Mol Biol.2018年7月20日.S0022-2836(17)30587-9)使用PDB条目1T47、1SP8和1FTZ为最适模板(分别为48.1％、31.7％和33.8％seq ID)对SEQ ID NO:1进行结构预测。
用ExPASy Swiss-PdbViewer(Guex,N.和Peitsch,M.C.Electrophoresis1997 18,2714-2723)迭代魔术拟合(iterative magic fit)(RMS＝
Figure BDA0003622138110000541
)将预测的结构对拟南芥的HPPD结构(PDB:5YWG)进行拟合。
对SEQ ID NO:1与SEQ ID NO:3和植物HPPD序列(拟南芥(At_HPPD)、欧洲油菜(Brassica napus)-油菜(Bn_HPPD)、玉米(Zea mays)-玉米(Zm_HPPD)、马铃薯(Solanumtuberosum)-马铃薯(St_HPPD)、大豆(Glycine max)-大豆(Gm_HPPD)、紫花苜蓿(Medicagosativa)-苜蓿(Ms_HPPD)、陆地棉(Gossypium hirsutum)-棉花(Gh_HPPD)、甜菜(Betavulgaris)-甜菜(Bv_HPPD)、水稻(Oryza sativa)-水稻(Os_HPPD)和燕麦(Avena sativa)-燕麦(As_HPPD))的多序列比对经由T-coffee服务器用expresso模式(Notredame,Higgins,Heringa,JMB,302(205-217)2000)进行。通过SEQ ID NO:1模型对拟南芥HPPD结构(PDB:5YWG)的结构拟合验证了该比对，如图4中示出的(基于拟南芥的HPPD(PDB:5YWG)的结构元件，二级结构元件的位置在该比对的顶部示出)。SEQ ID NO:1和/或3的基序1-9(在SEQ IDNO:38-46和SEQ ID NO:47-54中列出)由编号三角形指示的虚线框指示(At_HPPD、Zm_HPPD、Gm_HPPD、St_HPPD、Bn_HPPD、Ms_HPPD、Gh_HPPD、Bv_HPPD、Os_HPPD和AsHPPD的基序未指示，但对应于指示的SEQ ID NO:1的基序)。
基于3D模型，在SEQ ID NO:1上识别出9个结构基序：
о基序1：Glu137-Pro154(在SEQ ID NO:38中列出)，位于螺旋-3(H3)和折叠-B2(B2)上。
о基序2：Phe238-Ser254(在SEQ ID NO:39中列出)，位于折叠-B3(B3)和折叠-B3(B3)与折叠-C3(C3)之间的环上。
о基序3：Val318-Tyr337(在SEQ ID NO:40中列出)，位于螺旋-6(H6)与螺旋-7(H7)之间的短螺旋上，包括螺旋-7(H7)。
о基序4：Gln352-Tyr365(在SEQ ID NO:41中列出)，位于螺旋8(H8)与折叠C4(C4)之间，包括折叠B4(B4)。
о基序5：Glu383-Gly394(在SEQ ID NO:42中列出)，位于折叠-D4(D4)上并包括折叠-D4(D4)与螺旋-9(H9)之间的环。
о基序6：Ala167-Arg182(在SEQ ID NO:43中列出)，位于折叠-C2(C2)和折叠-C3(C3)上。
о基序7：Glu224-Cys235(在SEQ ID NO:44中列出)，位于螺旋7(H7)上。
о基序8：Gly392-Phe398(在SEQ ID NO:45中列出)，位于折叠-D4(D4)与螺旋-9(H9)之间的环上和螺旋-9(H9)上。
о基序9：Thr21-Ala26(在SEQ ID NO:46中列出)，位于N-末端处的非结构化区域上。
基于3D模型，在SEQ ID NO:3上识别出9个结构基序：
о基序1：Glu130-Pro147(在SEQ ID NO:47中列出)，位于螺旋-3(H3)和折叠-B2(B2)上。
о基序2：Phe239-Ser255(在SEQ ID NO:48中列出)，位于折叠-B3(B3)和折叠-B3(B3)与折叠-C3(C3)之间的环上。
о基序3：Val319-Lys338(在SEQ ID NO:49中列出)，位于螺旋-6(H6)与螺旋-7(H7)之间的短螺旋上，包括螺旋-7(H7)。
о基序4：Lys351-Tyr364(在SEQ ID NO:50中列出)，位于螺旋8(H8)与折叠C4(C4)之间，包括折叠B4(B4)。
о基序5：Glu382-Gly393(在SEQ ID NO:51中列出)，位于折叠-D4(D4)上并包括折叠-D4(D4)与螺旋-9(H9)之间的环。
о基序6：Ala161-Arg176(在SEQ ID NO:52中列出)，位于折叠-C2(C2)和折叠-C3(C3)上。
о基序7：Glu226-Val237(在SEQ ID NO:53中列出)，位于螺旋7(H7)上。
о基序8：Gly392-Phe398(在SEQ ID NO:45中列出)，位于折叠-D4(D4)与螺旋-9(H9)之间的环上和螺旋-9(H9)上。
о基序9：Gln10-Pro15(在SEQ ID NO:54中列出)，位于N-末端处的非结构化区域上。
拟南芥的HPPD的3D模型和基于SEQ ID NO:1建立的HPPD的3D模型可以分别在图5A和图5B中观察到。
拟南芥HPPD的活性位点金属离子(球)(图5A)通过三个氢键连接到螺旋7(H7)(最初是蓝绿色)，构成氢键链。氢键链的残基最初显示为橙色。结合的抑制剂(最初是粉色)通过与Phe424的π堆积相互作用被稳定化。螺旋7的空间位置受Tyr342和多于一个脯氨酸残基(最初是黄色的)的氢键影响。
如在图4中观察到的，形成SEQ ID NO:1的螺旋7的基序3(SEQ ID NO:40)具有较少的脯氨酸残基，导致具有低刚性的较长的螺旋，如在图5B中观察到的，影响SEQ ID NO:1的预测结构中Tyr327与Asn397的弱的相互作用，从而使得与抑制剂的相互作用去稳定化。
如从图6A和图6B进一步观察到的，这些图分别示出了由拟南芥的基序2和3和基于SEQ ID NO:1建立的基序2和3形成的结构元件的空间相互作用的3D模型。
如从图6A观察到的，在拟南芥的HPPD中，Asp372、Asp373和Gln374(图3中At_HPPD的基序4)与N-末端环的Arg34和At_HPPD的基序2的Ala251形成氢键。通过Phe253和Phe32的π堆积相互作用进一步稳定了N-末端环的位置。
如从图6B观察到的，在预测的SEQ ID NO:1结构中，基序2(SEQ ID NO:39)的Trp242替换了Ala251，并形成阻止基序间的氢键的空间干扰。也没有检测到通过π堆积的稳定化。
如从图7A和图7B进一步观察到的，这些图分别示出了基序5中的差异对拟南芥的HPPD的环和螺旋9(H9)和基于SEQ ID NO:1建立的那些(SEQ ID NO:24)的影响。如从图7A观察到的，At_HPPD的基序5形成了由Cys401和Cys416形成的S-S键紧固的长环。在图7B中示出的HPPD的预测结构中，不形成这样的S-S键。而是形成短环(橙色)，并且短环通过氢键与基序4(SEQ ID NO:41)(灰色的二级结构元件)的Asp359和Gln368结合。图7C示出了图7A和图7B的叠加。
cTP嵌合HPPD的产生
将分离的木霉属真菌的HPPD基因(SEQ ID NO:1)的N-末端序列与几个植物N-末端叶绿体转运肽(cTP)序列比对。几个嵌合构建体被设计为在SEQ ID NO:1的N-末端区域处具有不同的缺失(氨基酸1-22(Δ22)(SEQ ID NO:5)或氨基酸1-38(Δ38)(SEQ ID NO:6)的缺失)。将拟南芥的HPPD N-末端肽(氨基酸1-22(SEQ ID NO:104)或氨基酸1-49(SEQ ID NO:105)，包含拟南芥的cTP)添加到SEQ ID NO:1酶以及如图8中所示的SEQ ID NO:1的N-末端截短的形式(即SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6)。
cTP嵌合HPPD的HPPD-活性筛选
通过PCR扩增图8中列出的cTP嵌合HPPD的cDNA序列并克隆到pET16表达载体中。用该表达载体转化大肠杆菌BL21(DE3)并使用比色方法监测HPPD活性，所述比色方法基本如Rocaboy-Faquet E.等人(DOI:10.1007/S00253-014-5793-5)中解释的，有两处小修改，即：1)将转化的细菌接种在基于琼脂的培养基而不是液体培养基上；2)在25℃进行4天的筛选。
制备含有所示浓度的活性成分环磺酮的浓度梯度的Laudis除草剂的筛选培养基，并将转化的细菌接种到筛选琼脂板上。HPPD活性通过HPPD介导的对羟基苯基丙酮酸(HPP)转化为尿黑酸酯(HGA)(尿黑酸酯随后被氧化为黑色素样色素)而产生的棕色晕来检测。比较转化的细菌的环磺酮抗性(图9)与用拟南芥hppd cDNA(登录号AF047834)转化的大肠杆菌BL21(DE3)接种的板的细菌的环磺酮抗性(图10)。
构建体SEQ ID NO:6(源自木霉属真菌、氨基酸1-38被截短(Δ38)的HPPD)、构建体SEQ ID NO:114(源自木霉属真菌并添加拟南芥的氨基酸1-22的HPPD)和构建体SEQ ID NO:108(源自木霉属真菌、氨基酸1-38被截短(Δ38)并添加拟南芥的氨基酸1-22的HPPD)失去了它们的HPPD酶促活性(结果未示出)。
如从图9观察到的，SEQ ID NO:109(源自木霉属真菌、氨基酸1-38被截短(Δ38)并添加拟南芥的氨基酸1-49的HPPD)和SEQ ID NO:115(源自木霉属真菌并添加拟南芥的氨基酸1-49的HPPD)分别在环磺酮浓度高于2μM和5μM时被抑制，与拟南芥的内源AtHPPD类似——参见图10。
然而，令人惊讶的是，SEQ ID NO:5(源自木霉属真菌、氨基酸1-22被截短(Δ22)的HPPD)和SEQ ID NO:106(源自木霉属真菌的HPPD，其中真菌HPPD的氨基酸1-22(Δ22)被拟南芥的氨基酸1-22取代)的酶活性在高达20μM的浓度被保持。这表明真菌HPPD的氨基酸1-22(Δ22)对其酶促活性具有很小的重要性(如果有的话)，并且可以用植物cTP取代来赋予向叶绿体的运输。
大豆HPPD突变体的HPPD-活性筛选
通过PCR扩增以下列出的大豆HPPD(SEQ ID NO:118)和大豆HPPD突变体的cDNA序列并克隆到pET16表达载体中。用该表达载体转化大肠杆菌BL21(DE3)并使用比色方法监测HPPD活性，所述比色方法基本如Rocaboy-Faquet E.等人(DOI:10.1007/S00253-014-5793-5)中解释的，有两处小修改，即：1)将转化的细菌接种在基于琼脂的培养基而不是液体培养基上；2)在不存在或存在递增浓度的环磺酮(Laudis)HPPD抑制剂的情况下，在25℃进行4天的筛选。棕色晕指示HPPD活性。
·GmHPPD–SEQ ID NO:118
(MPIPCNEIQAQAQAQAQPGFKLVGFKNFVRTNPKSDRFQVNRFHHIEFWCTDATNASRRFSWGLGMPIVAKSDLSTGNQIHASYLLRSGDLSFLFSAPYSPSLSAGSSAASSASIPSFDAATCLAFAAKHGFGVRAIALEVADAEAAFSASVAKGAEPASPPVLVDDRTGFAEVRLYGDVVLRYVSYKDAAPQAPHADPSRWFLPGFEAAASSSSFPELDYGIRRLDHAVGNVPELAPAVRYLKGFSGFHEFAEFTAEDVGTSESGLNSVVLANNSETVLLPLNEPVYGTKRKSQIETYLEHNEGAGVQHLALVTHDIFTTLREMRKRSFLGGFEFMPSPPPTYYANLHNRAADVLTVDQIKQCEELGILVDRDDQGTLLQIFTKPVGDRPTIFIXIIQRIGCMVEDEEGKVYQKGACGGFGKGNFSELFKSIEEYEKTLEAKRTA)，天然大豆HPPD(登录号:ABQ96868)
·GmHPPD.1＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序1取代为SEQ ID NO:1的基序1——即为了包含氨基酸序列SEQ ID NO:9-10或38；
·GmHPPD.2＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序6.2(SEQ ID NO:68)的第一个Y取代为SEQ ID NO:1的基序6.2(SEQ ID NO:20)——即为了包含突变Tyr185Phe以包含SEQ ID NO:157；
·GmHPPD.4＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序2.1(SEQ ID NO:57)取代为SEQ ID NO:1的基序2.1(SEQ ID NO:11)——即为了包含突变Ala254Trp以包含SEQID NO:129。
如从图11观察到的，环磺酮在浓度超过1μM已对天然大豆HPPD(GmHPPD)活性产生影响，并且在5μM的抑制剂浓度仅检测到很小的酶促活性，并且在10μM环磺酮基本没有酶促活性。然而，GMHPPD.1和GMHPPD.2在5μM环磺酮显示出显著的活性，并且在10μM环磺酮仍观察到一些活性。
这些结果表明即使在高浓度的环磺酮，基序1或基序6.2的第一个Tyr被木霉属HPPD的基序1和基序6.2的第一个Trp取代的大豆HPPD仍保持活性。
大豆HPPD突变体的植物中筛选
将具有大豆HPPD(GmHPPD)突变基因的亚麻荠属植物的T1代转化种子与wt进行比较。播种后3天用0.075％的Laudis(环磺酮)处理植物。EGFP转化的植物用作对照。处理后19天拍摄图像。对以下进行了测试：
·GmHPPD–SEQ ID NO:118，天然大豆HPPD(登录号:ABQ96868)
·GmHPPD.1＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序1取代为SEQ ID NO:1的基序1——即为了包含SEQ ID NO:9-10或38中列出的氨基酸序列；
·GmHPPD.2＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序6.2(SEQ ID NO:68)的第一个Y取代为SEQ ID NO:1的基序6.2(SEQ ID NO:20)——即为了包含突变Tyr185Phe以包含SEQ ID NO:157；
·GmHPPD.3＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序7.2(SEQ ID NO:70)的第一个Y取代为SEQ ID NO:1的基序7.2(SEQ ID NO:22)——即为了包含突变Tyr243Phe；
·GmHPPD.4＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序2.1(SEQ ID NO:57)取代为SEQ ID NO:1的基序2.1(SEQ ID NO:11)——即为了包含突变Ala254Trp以包含SEQID NO:129；
·GmHPPD.5＝GmHPPD(SEQ ID NO:118)被突变以将它的基序3.1取代为SEQ IDNO:1的基序3.1——即为了包含338-MPSPPP-343到INVPG的替换突变。
如从图12观察到的，对照(EGFP)、WT GmHPPD和GmHPPD.5植物被高度损害，伴随可识别的除草剂漂白作用。
然而，对于GMHPPD.1和GMHPPD.4种子，产生了许多耐受性植物，明确表明这些HPPD突变体具有除草剂抗性。GmHPPD.3突变体虽然只产生了一株植物，但其从处理中恢复明显。
虽然已经说明和描述了本发明的某些实施方案，但应清楚的是，本发明不限于本文描述的实施方案。不偏离如所附权利要求书描述的本发明的精神和范围的许多修改、改变、变化、替代和等同物对于本领域技术人员将是明显的。
序列表
<110> 植物ARC生物技术有限公司
<120> 用于控制植物生长的组合物和方法
<130> PAB/003 PCT
<150> 62/896,312
<151> 2019-09-05
<160> 204
<170> PatentIn version 3.5
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<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
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<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
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<223> 截短的篮状菌属物种(Talaromyces spp.)
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Phe His Arg Phe Arg Ser Val Asp Asp Lys Asp Ile Cys Thr Asp Tyr
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Ser Ala Leu Lys Ser Ile Val Met Ser Ser Pro Asn Asp Ile Val Lys
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Met Pro Ile Asn Glu Pro Ala His Gly Lys Lys Gln Ser Gln Ile Glu
260 265 270
Glu Tyr Val Asp Phe Tyr Asp Gly Ala Gly Val Gln His Ile Ala Leu
275 280 285
Leu Thr Asp Asp Ile Ile Ser Ala Ile Thr Asn Leu Lys Ala Arg Gly
290 295 300
Val Glu Phe Ile Lys Val Pro Pro Thr Tyr Tyr Asp Asn Met Trp Met
305 310 315 320
Arg Leu Lys Lys Ala Gly Met Met Pro Lys Glu Ala Trp Glu Asp Ile
325 330 335
Lys Lys Leu Asp Ile Leu Ile Asp Phe Asp Glu Gly Gly Tyr Leu Leu
340 345 350
Gln Leu Phe Thr Lys His Leu Met Asp Arg Pro Thr Val Phe Ile Glu
355 360 365
Ile Ile Gln Arg Asn Asn Phe Ser Gly Phe Gly Ala Gly Asn Phe Lys
370 375 380
Ser Leu Phe Glu Ala Ile Glu Arg Glu Gln Ala Leu Arg Gly Asn Leu
385 390 395 400
Ile
<210> 8
<211> 386
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 截短的篮状菌属物种(Talaromyces spp.)
<400> 8
Val His Trp Tyr Val Gly Asn Ala Lys Gln Ala Ala Thr Phe Tyr Ile
1 5 10 15
Thr Arg Met Gly Phe Ser Arg Val Ala Tyr Arg Gly Leu Glu Thr Gly
20 25 30
Ser Arg Ser Val Cys Ser His Val Val Arg Asn Gly Gly Ile Thr Phe
35 40 45
Val Leu Thr Ser Pro Leu Arg Ser Pro Tyr Asn Thr Glu Lys Leu Glu
50 55 60
Arg Leu Leu Pro Ser Ala Glu Glu Arg Glu Tyr Leu Lys Glu Ile His
65 70 75 80
Glu His Leu Ala Arg His Gly Asp Ala Val Lys Asp Val Ala Phe Glu
85 90 95
Val Asp Ser Val Asp Asp Val Phe Ala Ala Ala Val Gln Asn Gly Ala
100 105 110
Val Ala Val Ser Gln Pro Lys Thr Val Glu Asp Glu Asn Gly Gln Val
115 120 125
Arg Val Ala Thr Ile Arg Thr Tyr Gly Asp Thr Thr His Thr Leu Ile
130 135 140
Gln Arg Arg Gly Val Glu Lys Pro Tyr Ser Gly Val Phe Leu Pro Gly
145 150 155 160
Tyr Arg Asp Glu Thr Thr Ser Gly Ser Ser Asp Pro Ile Thr Ala Phe
165 170 175
Leu Pro Lys Val Asp Leu Arg Arg Ile Asp His Cys Val Gly Asn Gln
180 185 190
Asp Trp Asp Glu Met Glu Lys Val Cys Ala Tyr Tyr Glu Lys Val Leu
195 200 205
Gly Phe His Arg Phe Arg Ser Val Asp Asp Lys Asp Ile Cys Thr Asp
210 215 220
Tyr Ser Ala Leu Lys Ser Ile Val Met Ser Ser Pro Asn Asp Ile Val
225 230 235 240
Lys Met Pro Ile Asn Glu Pro Ala His Gly Lys Lys Gln Ser Gln Ile
245 250 255
Glu Glu Tyr Val Asp Phe Tyr Asp Gly Ala Gly Val Gln His Ile Ala
260 265 270
Leu Leu Thr Asp Asp Ile Ile Ser Ala Ile Thr Asn Leu Lys Ala Arg
275 280 285
Gly Val Glu Phe Ile Lys Val Pro Pro Thr Tyr Tyr Asp Asn Met Trp
290 295 300
Met Arg Leu Lys Lys Ala Gly Met Met Pro Lys Glu Ala Trp Glu Asp
305 310 315 320
Ile Lys Lys Leu Asp Ile Leu Ile Asp Phe Asp Glu Gly Gly Tyr Leu
325 330 335
Leu Gln Leu Phe Thr Lys His Leu Met Asp Arg Pro Thr Val Phe Ile
340 345 350
Glu Ile Ile Gln Arg Asn Asn Phe Ser Gly Phe Gly Ala Gly Asn Phe
355 360 365
Lys Ser Leu Phe Glu Ala Ile Glu Arg Glu Gln Ala Leu Arg Gly Asn
370 375 380
Leu Ile
385
<210> 9
<211> 12
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 9
Glu Ala Val Tyr Asn Lys Ala Val Ala Glu Gly Ala
1 5 10
<210> 10
<211> 11
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 10
Val Ala Glu Gly Ala Ile Ala Val Gln Gly Pro
1 5 10
<210> 11
<211> 9
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 11
Phe His Arg Phe Trp Ser Val Asp Asp
1 5
<210> 12
<211> 10
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 12
Asp Asp Ser Gln Ile Cys Thr Glu Phe Ser
1 5 10
<210> 13
<211> 11
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 13
Val Glu Phe Ile Asn Val Pro Thr Thr Tyr Tyr
1 5 10
<210> 14
<211> 12
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 14
Thr Tyr Tyr Asp Thr Met Arg Gln Arg Leu Lys Thr
1 5 10
<210> 15
<211> 8
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 15
Gln Arg Leu Asn Ile Leu Ile Asp
1 5
<210> 16
<211> 8
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 16
Ile Asp Tyr Asp Glu Ala Gly Tyr
1 5
<210> 17
<211> 8
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 17
Glu Ile Ile Gln Arg Asn Asn Phe
1 5
<210> 18
<211> 7
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 18
Asn Asn Phe Glu Gly Phe Gly
1 5
<210> 19
<211> 9
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 19
Ala Val Ile Cys Thr Tyr Gly Asp Thr
1 5
<210> 20
<211> 9
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 20
Asp Thr Thr His Thr Leu Ile Asn Arg
1 5
<210> 21
<211> 7
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 21
Glu Met Val Ser Ala Cys Ala
1 5
<210> 22
<211> 7
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 22
Cys Ala Phe Tyr Glu Gln Cys
1 5
<210> 23
<211> 7
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 23
Gly Phe Gly Ala Gly Asn Phe
1 5
<210> 24
<211> 6
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 24
Thr Pro Asp Asn Phe Ala
1 5
<210> 25
<211> 12
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 25
Asp Asp Val Phe Ala Ala Ala Val Gln Asn Gly Ala
1 5 10
<210> 26
<211> 11
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 26
Val Gln Asn Gly Ala Val Ala Val Ser Gln Pro
1 5 10
<210> 27
<211> 9
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 27
Phe His Arg Phe Arg Ser Val Asp Asp
1 5
<210> 28
<211> 10
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 28
Asp Asp Lys Asp Ile Cys Thr Asp Tyr Ser
1 5 10
<210> 29
<211> 11
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 29
Val Glu Phe Ile Lys Val Pro Pro Thr Tyr Tyr
1 5 10
<210> 30
<211> 12
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 30
Thr Tyr Tyr Asp Asn Met Trp Met Arg Leu Lys Lys
1 5 10
<210> 31
<211> 8
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 31
Lys Lys Leu Asp Ile Leu Ile Asp
1 5
<210> 32
<211> 8
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 32
Ile Asp Phe Asp Glu Gly Gly Tyr
1 5
<210> 33
<211> 7
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 33
Asn Asn Phe Ser Gly Phe Gly
1 5
<210> 34
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 34
Ala Thr Ile Arg Thr Tyr Gly Asp Thr
1 5
<210> 35
<211> 9
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 35
Asp Thr Thr His Thr Leu Ile Gln Arg
1 5
<210> 36
<211> 7
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 36
Cys Ala Tyr Tyr Glu Lys Val
1 5
<210> 37
<211> 6
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 37
Gln Ser Asp Asn Leu Pro
1 5
<210> 38
<211> 18
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 38
Glu Ala Val Tyr Asn Lys Ala Val Ala Glu Gly Ala Ile Ala Val Gln
1 5 10 15
Gly Pro
<210> 39
<211> 17
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 39
Phe His Arg Phe Trp Ser Val Asp Asp Ser Gln Ile Cys Thr Glu Phe
1 5 10 15
Ser
<210> 40
<211> 20
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 40
Val Glu Phe Ile Asn Val Pro Thr Thr Tyr Tyr Asp Thr Met Arg Gln
1 5 10 15
Arg Leu Lys Thr
20
<210> 41
<211> 14
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 41
Gln Arg Leu Asn Ile Leu Ile Asp Tyr Asp Glu Ala Gly Tyr
1 5 10
<210> 42
<211> 12
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 42
Glu Ile Ile Gln Arg Asn Asn Phe Glu Gly Phe Gly
1 5 10
<210> 43
<211> 16
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 43
Ala Val Ile Cys Thr Tyr Gly Asp Thr Thr His Thr Leu Ile Asn Arg
1 5 10 15
<210> 44
<211> 12
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 44
Glu Met Val Ser Ala Cys Ala Phe Tyr Glu Gln Cys
1 5 10
<210> 45
<211> 7
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 45
Gly Phe Gly Ala Gly Asn Phe
1 5
<210> 46
<211> 6
<212> PRT
<213> 哈茨木霉(Trichoderma harzianum)
<400> 46
Thr Pro Asp Asn Phe Ala
1 5
<210> 47
<211> 18
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 47
Asp Asp Val Phe Ala Ala Ala Val Gln Asn Gly Ala Val Ala Val Ser
1 5 10 15
Gln Pro
<210> 48
<211> 17
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 48
Phe His Arg Phe Arg Ser Val Asp Asp Lys Asp Ile Cys Thr Asp Tyr
1 5 10 15
Ser
<210> 49
<211> 20
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 49
Val Glu Phe Ile Lys Val Pro Pro Thr Tyr Tyr Asp Asn Met Trp Met
1 5 10 15
Arg Leu Lys Lys
20
<210> 50
<211> 14
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 50
Lys Lys Leu Asp Ile Leu Ile Asp Phe Asp Glu Gly Gly Tyr
1 5 10
<210> 51
<211> 12
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 51
Glu Ile Ile Gln Arg Asn Asn Phe Ser Gly Phe Gly
1 5 10
<210> 52
<211> 16
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 52
Ala Thr Ile Arg Thr Tyr Gly Asp Thr Thr His Thr Leu Ile Gln Arg
1 5 10 15
<210> 53
<211> 12
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 53
Glu Met Glu Lys Val Cys Ala Tyr Tyr Glu Lys Val
1 5 10
<210> 54
<211> 6
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 篮状菌属物种(Talaromyces spp)
<400> 54
Gln Ser Asp Asn Leu Pro
1 5
<210> 55
<211> 12
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 55
Glu Ala Ala Phe Ser Ala Ser Val Ala Lys Gly Ala
1 5 10
<210> 56
<211> 11
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 56
Val Ala Lys Gly Ala Glu Pro Ala Ser Pro Pro
1 5 10
<210> 57
<211> 9
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 57
Phe His Glu Phe Ala Glu Phe Thr Ala
1 5
<210> 58
<211> 10
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 58
Thr Ala Glu Asp Val Gly Thr Ser Glu Ser
1 5 10
<210> 59
<211> 12
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 59
Phe Glu Phe Met Pro Ser Pro Pro Pro Thr Tyr Tyr
1 5 10
<210> 60
<211> 10
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 60
Thr Tyr Tyr Ala Asn Leu His Asn Arg Ala
1 5 10
<210> 61
<211> 8
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 61
Glu Glu Leu Gly Ile Leu Val Asp
1 5
<210> 62
<211> 8
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 62
Val Asp Arg Asp Asp Gln Gly Thr
1 5
<210> 63
<211> 9
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 63
Glu Ile Ile Gln Arg Ile Gly Cys Met
1 5
<210> 64
<211> 9
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 64
Cys Met Val Glu Asp Glu Glu Gly Lys
1 5
<210> 65
<211> 8
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 65
Gly Lys Val Tyr Gln Lys Gly Ala
1 5
<210> 66
<211> 10
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 66
Tyr Gln Lys Gly Ala Cys Gly Gly Phe Gly
1 5 10
<210> 67
<211> 9
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 67
Ala Glu Val Arg Leu Tyr Gly Asp Val
1 5
<210> 68
<211> 9
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 68
Asp Val Val Leu Arg Tyr Val Ser Tyr
1 5
<210> 69
<211> 7
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 69
Glu Leu Ala Pro Ala Val Arg
1 5
<210> 70
<211> 7
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 70
Val Arg Tyr Leu Lys Gly Phe
1 5
<210> 71
<211> 7
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 71
Gly Phe Gly Lys Gly Asn Phe
1 5
<210> 72
<211> 6
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400> 72
Phe Val Arg Thr Asn Pro
1 5
<210> 73
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> X
<222> (1)..(1)
<223> X= E或R
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<220>
<221> X
<222> (2)..(2)
<223> X= 任何氨基酸
<220>
<221> X
<222> (5)..(5)
<223> X= S或T
<220>
<221> X
<222> (6)..(6)
<223> X= A、I或T
<220>
<221> X
<222> (9)..(9)
<223> X= 任何氨基酸
<220>
<221> X
<222> (10)..(10)
<223> X= K、N或H
<400> 73
Xaa Xaa Ala Phe Xaa Xaa Ser Val Xaa Xaa Gly Ala
1 5 10
<210> 74
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = K、N或H
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = P或E
<400> 74
Val Xaa Xaa Gly Ala Glu Pro Xaa Ser Xaa Pro
1 5 10
<210> 75
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = E或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = A或T
<400> 75
Phe His Xaa Phe Ala Glu Phe Thr Xaa
1 5
<210> 76
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = A或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = E或D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或S
<400> 76
Thr Xaa Xaa Asp Val Gly Thr Xaa Glu Ser
1 5 10
<210> 77
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = E或D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = P或V
<400> 77
Phe Xaa Phe Met Pro Ser Pro Pro Xaa Thr Tyr Tyr
1 5 10
<210> 78
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = N或K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> X = H、K或R
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = A或G
<400> 78
Thr Tyr Tyr Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Leu
1 5 10
<210> 79
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = R或K
<400> 79
Val Asp Xaa Asp Asp Gln Gly Thr
1 5
<210> 80
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = I或V
<400> 80
Glu Ile Ile Gln Arg Xaa Gly Cys Met
1 5
<210> 81
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = E、K或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = D或N
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = E或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = K或E
<400> 81
Cys Met Xaa Xaa Xaa Xaa Glu Gly Xaa
1 5
<210> 82
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = K或E
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = K或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = G或A
<400> 82
Gly Xaa Xaa Tyr Gln Xaa Gly Xaa
1 5
<210> 83
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = K或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = G或A
<400> 83
Tyr Gln Xaa Gly Xaa Cys Gly Gly Phe Gly
1 5 10
<210> 84
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = A或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = R、H或K
<400> 84
Xaa Glu Val Xaa Leu Tyr Gly Asp Val
1 5
<210> 85
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = E或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = A、G或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = A或V
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = V、L或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> X = 任何氨基酸
<400> 85
Xaa Leu Xaa Pro Xaa Xaa Xaa
1 5
<210> 86
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = V、L或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = L、V或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = K或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = 任何氨基酸
<400> 86
Xaa Xaa Tyr Xaa Xaa Xaa Phe
1 5
<210> 87
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = V或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = 任何氨基酸
<400> 87
Phe Xaa Arg Xaa Asn Pro
1 5
<210> 88
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = E或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = D或E
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A或V
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = A或G
<400> 88
Xaa Xaa Ala Phe Arg Xaa Ser Val Ala Xaa Gly Ala
1 5 10
<210> 89
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = A或G
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = Q或A
<400> 89
Val Ala Xaa Gly Ala Arg Pro Ala Phe Xaa Pro
1 5 10
<210> 90
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = A或T
<400> 90
Phe His Glu Phe Ala Glu Phe Thr Xaa
1 5
<210> 91
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = A或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或T
<400> 91
Thr Xaa Glu Asp Val Gly Thr Xaa Glu Ser
1 5 10
<210> 92
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = L或M
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = P、T或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = S、P或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = D、N或K
<400> 92
Phe Glu Phe Xaa Ala Pro Pro Xaa Xaa Xaa Tyr Tyr Trp
1 5 10
<210> 93
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = D、N或K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = D或E
<400> 93
Xaa Tyr Tyr Xaa Gly Val Arg Arg Gly Val
1 5 10
<210> 94
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<400> 94
Gln Glu Leu Gly Val Leu Val Asp
1 5
<210> 95
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<400> 95
Val Asp Arg Asp Asp Gln Gly Val
1 5
<210> 96
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<400> 96
Glu Met Ile Gln Arg Ile Gly Cys Met
1 5
<210> 97
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> X = K、S或V
<400> 97
Cys Met Glu Lys Asp Glu Xaa Gly Gln
1 5
<210> 98
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<400> 98
Gly Gln Glu Tyr Gln Lys Gly Ala
1 5
<210> 99
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> AEVELYGDV
<400> 99
Ala Glu Val Glu Leu Tyr Gly Asp Val
1 5
<210> 100
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = L或M
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = A或V
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> X = A或D
<400> 100
Glu Xaa Ala Pro Xaa Xaa Xaa
1 5
<210> 101
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = A或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = A或D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = F、I或M
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = A、S或K
<400> 101
Xaa Xaa Tyr Xaa Xaa Gly Phe
1 5
<210> 102
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = F或V
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = F、A或V
<400> 102
Xaa Val Arg Xaa Asn Pro
1 5
<210> 103
<211> 28
<212> PRT
<213> 拟南芥(Arabidopsis thaliana)
<400> 103
Met Pro Pro Thr Pro Thr Thr Ala Ala Ala Thr Gly Ala Gly Ala Ala
1 5 10 15
Ala Val Thr Pro Glu His Ala Ala Phe Arg Leu Val
20 25
<210> 104
<211> 22
<212> PRT
<213> 拟南芥(Arabidopsis thaliana)
<400> 104
Met Gly His Gln Asn Ala Ala Val Ser Glu Asn Gln Asn His Asp Asp
1 5 10 15
Gly Ala Ala Ser Ser Pro
20
<210> 105
<211> 49
<212> PRT
<213> 拟南芥(Arabidopsis thaliana)
<400> 105
Met Gly His Gln Asn Ala Ala Val Ser Glu Asn Gln Asn His Asp Asp
1 5 10 15
Gly Ala Ala Ser Ser Pro Gly Phe Lys Leu Val Gly Phe Ser Lys Phe
20 25 30
Val Arg Lys Asn Pro Lys Ser Asp Lys Phe Lys Val Lys Arg Phe His
35 40 45
His
<210> 106
<211> 415
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 木霉属(Trichoderma) HPPD，其中氨基酸1-22被拟南芥(Arabidopsisthaliana)的氨基酸1-22取代
<400> 106
Met Gly His Gln Asn Ala Ala Val Ser Glu Asn Gln Asn His Asp Asp
1 5 10 15
Gly Ala Ala Ser Ser Pro Asp Asn Phe Ala Ile Gln Pro Pro Ala Asp
20 25 30
Phe Thr Gly Tyr Asp His Val Thr Trp Trp Val Gly Asn Ala Lys Gln
35 40 45
Ala Ala Ala Tyr Tyr Thr Thr Leu Phe Gly Phe Glu Thr Thr Ala Tyr
50 55 60
Arg Gly Leu Glu Thr Gly Ser Arg Tyr Phe Ala Ser Tyr Val Val Cys
65 70 75 80
Asn Asn Gly Val Arg Phe Val Phe Thr Ser Pro Leu Arg Ser Glu Ala
85 90 95
His Leu Pro Glu Asp Glu Thr Ile Ser Asp Ser Glu Arg Lys Leu Leu
100 105 110
Lys Glu Ile His Ala His Leu Glu Arg His Gly Asp Ala Val Lys Asp
115 120 125
Val Ala Phe Glu Val Asp Asn Val Glu Ala Val Tyr Asn Lys Ala Val
130 135 140
Ala Glu Gly Ala Ile Ala Val Gln Gly Pro Thr Ala Thr Lys Asp Asp
145 150 155 160
His Gly Ser Val Thr Thr Ala Val Ile Cys Thr Tyr Gly Asp Thr Thr
165 170 175
His Thr Leu Ile Asn Arg Arg Gly Tyr Thr Gly Pro Phe Leu Pro Gly
180 185 190
Phe Arg Ala Gly Lys Glu Arg Thr Ser Ser Val Glu Met Pro Asn Val
195 200 205
Pro Leu Ala Arg Ile Asp His Cys Val Gly Asn Gln Ser Trp Asn Glu
210 215 220
Met Val Ser Ala Cys Ala Phe Tyr Glu Gln Cys Leu Ser Phe His Arg
225 230 235 240
Phe Trp Ser Val Asp Asp Ser Gln Ile Cys Thr Glu Phe Ser Ala Leu
245 250 255
Asn Ser Ile Val Met Ala Ser Pro Asn Asn Leu Val Lys Met Pro Ile
260 265 270
Asn Glu Pro Ala Pro Gly Lys Lys Lys Ser Gln Ile Glu Glu Tyr Val
275 280 285
Ile Phe Asn Ser Gly Pro Gly Val Gln His Ile Ala Leu Leu Thr Pro
290 295 300
Asp Ile Ile Thr Ser Val Ser Ala Leu Arg Ala Arg Gly Val Glu Phe
305 310 315 320
Ile Asn Val Pro Thr Thr Tyr Tyr Asp Thr Met Arg Gln Arg Leu Lys
325 330 335
Thr Glu Lys Arg Asn Trp Gln Leu Lys Glu Asp Leu Asp Thr Ile Gln
340 345 350
Arg Leu Asn Ile Leu Ile Asp Tyr Asp Glu Ala Gly Tyr Leu Leu Gln
355 360 365
Leu Phe Thr Lys Pro Leu Met Asp Arg Pro Thr Val Phe Ile Glu Ile
370 375 380
Ile Gln Arg Asn Asn Phe Glu Gly Phe Gly Ala Gly Asn Phe Lys Ser
385 390 395 400
Leu Phe Glu Ala Ile Glu Arg Glu Gln Ala Glu Arg Gly Asn Leu
405 410 415
<210> 107
<211> 442
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 木霉属(Trichoderma) HPPD，其中氨基酸1-22被拟南芥(Arabidopsisthaliana)的氨基酸1-49取代
<400> 107
Met Gly His Gln Asn Ala Ala Val Ser Glu Asn Gln Asn His Asp Asp
1 5 10 15
Gly Ala Ala Ser Ser Pro Gly Phe Lys Leu Val Gly Phe Ser Lys Phe
20 25 30
Val Arg Lys Asn Pro Lys Ser Asp Lys Phe Lys Val Lys Arg Phe His
35 40 45
His Asp Asn Phe Ala Ile Gln Pro Pro Ala Asp Phe Thr Gly Tyr Asp
50 55 60
His Val Thr Trp Trp Val Gly Asn Ala Lys Gln Ala Ala Ala Tyr Tyr
65 70 75 80
Thr Thr Leu Phe Gly Phe Glu Thr Thr Ala Tyr Arg Gly Leu Glu Thr
85 90 95
Gly Ser Arg Tyr Phe Ala Ser Tyr Val Val Cys Asn Asn Gly Val Arg
100 105 110
Phe Val Phe Thr Ser Pro Leu Arg Ser Glu Ala His Leu Pro Glu Asp
115 120 125
Glu Thr Ile Ser Asp Ser Glu Arg Lys Leu Leu Lys Glu Ile His Ala
130 135 140
His Leu Glu Arg His Gly Asp Ala Val Lys Asp Val Ala Phe Glu Val
145 150 155 160
Asp Asn Val Glu Ala Val Tyr Asn Lys Ala Val Ala Glu Gly Ala Ile
165 170 175
Ala Val Gln Gly Pro Thr Ala Thr Lys Asp Asp His Gly Ser Val Thr
180 185 190
Thr Ala Val Ile Cys Thr Tyr Gly Asp Thr Thr His Thr Leu Ile Asn
195 200 205
Arg Arg Gly Tyr Thr Gly Pro Phe Leu Pro Gly Phe Arg Ala Gly Lys
210 215 220
Glu Arg Thr Ser Ser Val Glu Met Pro Asn Val Pro Leu Ala Arg Ile
225 230 235 240
Asp His Cys Val Gly Asn Gln Ser Trp Asn Glu Met Val Ser Ala Cys
245 250 255
Ala Phe Tyr Glu Gln Cys Leu Ser Phe His Arg Phe Trp Ser Val Asp
260 265 270
Asp Ser Gln Ile Cys Thr Glu Phe Ser Ala Leu Asn Ser Ile Val Met
275 280 285
Ala Ser Pro Asn Asn Leu Val Lys Met Pro Ile Asn Glu Pro Ala Pro
290 295 300
Gly Lys Lys Lys Ser Gln Ile Glu Glu Tyr Val Ile Phe Asn Ser Gly
305 310 315 320
Pro Gly Val Gln His Ile Ala Leu Leu Thr Pro Asp Ile Ile Thr Ser
325 330 335
Val Ser Ala Leu Arg Ala Arg Gly Val Glu Phe Ile Asn Val Pro Thr
340 345 350
Thr Tyr Tyr Asp Thr Met Arg Gln Arg Leu Lys Thr Glu Lys Arg Asn
355 360 365
Trp Gln Leu Lys Glu Asp Leu Asp Thr Ile Gln Arg Leu Asn Ile Leu
370 375 380
Ile Asp Tyr Asp Glu Ala Gly Tyr Leu Leu Gln Leu Phe Thr Lys Pro
385 390 395 400
Leu Met Asp Arg Pro Thr Val Phe Ile Glu Ile Ile Gln Arg Asn Asn
405 410 415
Phe Glu Gly Phe Gly Ala Gly Asn Phe Lys Ser Leu Phe Glu Ala Ile
420 425 430
Glu Arg Glu Gln Ala Glu Arg Gly Asn Leu
435 440
<210> 108
<211> 399
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 木霉属(Trichoderma) HPPD，其中氨基酸1-38被拟南芥(Arabidopsisthaliana)的氨基酸1-22取代
<400> 108
Met Gly His Gln Asn Ala Ala Val Ser Glu Asn Gln Asn His Asp Asp
1 5 10 15
Gly Ala Ala Ser Ser Pro Val Thr Trp Trp Val Gly Asn Ala Lys Gln
20 25 30
Ala Ala Ala Tyr Tyr Thr Thr Leu Phe Gly Phe Glu Thr Thr Ala Tyr
35 40 45
Arg Gly Leu Glu Thr Gly Ser Arg Tyr Phe Ala Ser Tyr Val Val Cys
50 55 60
Asn Asn Gly Val Arg Phe Val Phe Thr Ser Pro Leu Arg Ser Glu Ala
65 70 75 80
His Leu Pro Glu Asp Glu Thr Ile Ser Asp Ser Glu Arg Lys Leu Leu
85 90 95
Lys Glu Ile His Ala His Leu Glu Arg His Gly Asp Ala Val Lys Asp
100 105 110
Val Ala Phe Glu Val Asp Asn Val Glu Ala Val Tyr Asn Lys Ala Val
115 120 125
Ala Glu Gly Ala Ile Ala Val Gln Gly Pro Thr Ala Thr Lys Asp Asp
130 135 140
His Gly Ser Val Thr Thr Ala Val Ile Cys Thr Tyr Gly Asp Thr Thr
145 150 155 160
His Thr Leu Ile Asn Arg Arg Gly Tyr Thr Gly Pro Phe Leu Pro Gly
165 170 175
Phe Arg Ala Gly Lys Glu Arg Thr Ser Ser Val Glu Met Pro Asn Val
180 185 190
Pro Leu Ala Arg Ile Asp His Cys Val Gly Asn Gln Ser Trp Asn Glu
195 200 205
Met Val Ser Ala Cys Ala Phe Tyr Glu Gln Cys Leu Ser Phe His Arg
210 215 220
Phe Trp Ser Val Asp Asp Ser Gln Ile Cys Thr Glu Phe Ser Ala Leu
225 230 235 240
Asn Ser Ile Val Met Ala Ser Pro Asn Asn Leu Val Lys Met Pro Ile
245 250 255
Asn Glu Pro Ala Pro Gly Lys Lys Lys Ser Gln Ile Glu Glu Tyr Val
260 265 270
Ile Phe Asn Ser Gly Pro Gly Val Gln His Ile Ala Leu Leu Thr Pro
275 280 285
Asp Ile Ile Thr Ser Val Ser Ala Leu Arg Ala Arg Gly Val Glu Phe
290 295 300
Ile Asn Val Pro Thr Thr Tyr Tyr Asp Thr Met Arg Gln Arg Leu Lys
305 310 315 320
Thr Glu Lys Arg Asn Trp Gln Leu Lys Glu Asp Leu Asp Thr Ile Gln
325 330 335
Arg Leu Asn Ile Leu Ile Asp Tyr Asp Glu Ala Gly Tyr Leu Leu Gln
340 345 350
Leu Phe Thr Lys Pro Leu Met Asp Arg Pro Thr Val Phe Ile Glu Ile
355 360 365
Ile Gln Arg Asn Asn Phe Glu Gly Phe Gly Ala Gly Asn Phe Lys Ser
370 375 380
Leu Phe Glu Ala Ile Glu Arg Glu Gln Ala Glu Arg Gly Asn Leu
385 390 395
<210> 109
<211> 426
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 木霉属(Trichoderma) HPPD，其中氨基酸1-38被拟南芥(Arabidopsisthaliana)的氨基酸1-49取代
<400> 109
Met Gly His Gln Asn Ala Ala Val Ser Glu Asn Gln Asn His Asp Asp
1 5 10 15
Gly Ala Ala Ser Ser Pro Gly Phe Lys Leu Val Gly Phe Ser Lys Phe
20 25 30
Val Arg Lys Asn Pro Lys Ser Asp Lys Phe Lys Val Lys Arg Phe His
35 40 45
His Val Thr Trp Trp Val Gly Asn Ala Lys Gln Ala Ala Ala Tyr Tyr
50 55 60
Thr Thr Leu Phe Gly Phe Glu Thr Thr Ala Tyr Arg Gly Leu Glu Thr
65 70 75 80
Gly Ser Arg Tyr Phe Ala Ser Tyr Val Val Cys Asn Asn Gly Val Arg
85 90 95
Phe Val Phe Thr Ser Pro Leu Arg Ser Glu Ala His Leu Pro Glu Asp
100 105 110
Glu Thr Ile Ser Asp Ser Glu Arg Lys Leu Leu Lys Glu Ile His Ala
115 120 125
His Leu Glu Arg His Gly Asp Ala Val Lys Asp Val Ala Phe Glu Val
130 135 140
Asp Asn Val Glu Ala Val Tyr Asn Lys Ala Val Ala Glu Gly Ala Ile
145 150 155 160
Ala Val Gln Gly Pro Thr Ala Thr Lys Asp Asp His Gly Ser Val Thr
165 170 175
Thr Ala Val Ile Cys Thr Tyr Gly Asp Thr Thr His Thr Leu Ile Asn
180 185 190
Arg Arg Gly Tyr Thr Gly Pro Phe Leu Pro Gly Phe Arg Ala Gly Lys
195 200 205
Glu Arg Thr Ser Ser Val Glu Met Pro Asn Val Pro Leu Ala Arg Ile
210 215 220
Asp His Cys Val Gly Asn Gln Ser Trp Asn Glu Met Val Ser Ala Cys
225 230 235 240
Ala Phe Tyr Glu Gln Cys Leu Ser Phe His Arg Phe Trp Ser Val Asp
245 250 255
Asp Ser Gln Ile Cys Thr Glu Phe Ser Ala Leu Asn Ser Ile Val Met
260 265 270
Ala Ser Pro Asn Asn Leu Val Lys Met Pro Ile Asn Glu Pro Ala Pro
275 280 285
Gly Lys Lys Lys Ser Gln Ile Glu Glu Tyr Val Ile Phe Asn Ser Gly
290 295 300
Pro Gly Val Gln His Ile Ala Leu Leu Thr Pro Asp Ile Ile Thr Ser
305 310 315 320
Val Ser Ala Leu Arg Ala Arg Gly Val Glu Phe Ile Asn Val Pro Thr
325 330 335
Thr Tyr Tyr Asp Thr Met Arg Gln Arg Leu Lys Thr Glu Lys Arg Asn
340 345 350
Trp Gln Leu Lys Glu Asp Leu Asp Thr Ile Gln Arg Leu Asn Ile Leu
355 360 365
Ile Asp Tyr Asp Glu Ala Gly Tyr Leu Leu Gln Leu Phe Thr Lys Pro
370 375 380
Leu Met Asp Arg Pro Thr Val Phe Ile Glu Ile Ile Gln Arg Asn Asn
385 390 395 400
Phe Glu Gly Phe Gly Ala Gly Asn Phe Lys Ser Leu Phe Glu Ala Ile
405 410 415
Glu Arg Glu Gln Ala Glu Arg Gly Asn Leu
420 425
<210> 110
<211> 423
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 篮状菌属(Talaromyces) HPPD，其中氨基酸1-22被拟南芥(Arabidopsisthaliana)的氨基酸1-22取代
<400> 110
Met Gly His Gln Asn Ala Ala Val Ser Glu Asn Gln Asn His Asp Asp
1 5 10 15
Gly Ala Ala Ser Ser Pro Pro Thr Thr Gln Ser Ala Leu Ser Ser Tyr
20 25 30
Arg Gly Tyr Asp His Val His Trp Tyr Val Gly Asn Ala Lys Gln Ala
35 40 45
Ala Thr Phe Tyr Ile Thr Arg Met Gly Phe Ser Arg Val Ala Tyr Arg
50 55 60
Gly Leu Glu Thr Gly Ser Arg Ser Val Cys Ser His Val Val Arg Asn
65 70 75 80
Gly Gly Ile Thr Phe Val Leu Thr Ser Pro Leu Arg Ser Pro Tyr Asn
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Leu Lys Glu Ile His Glu His Leu Ala Arg His Gly Asp Ala Val Lys
115 120 125
Asp Val Ala Phe Glu Val Asp Ser Val Asp Asp Val Phe Ala Ala Ala
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Tyr Glu Lys Val Leu Gly Phe His Arg Phe Arg Ser Val Asp Asp Lys
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Asp Ile Cys Thr Asp Tyr Ser Ala Leu Lys Ser Ile Val Met Ser Ser
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Pro Asn Asp Ile Val Lys Met Pro Ile Asn Glu Pro Ala His Gly Lys
275 280 285
Lys Gln Ser Gln Ile Glu Glu Tyr Val Asp Phe Tyr Asp Gly Ala Gly
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325 330 335
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Glu Ala Trp Glu Asp Ile Lys Lys Leu Asp Ile Leu Ile Asp Phe Asp
355 360 365
Glu Gly Gly Tyr Leu Leu Gln Leu Phe Thr Lys His Leu Met Asp Arg
370 375 380
Pro Thr Val Phe Ile Glu Ile Ile Gln Arg Asn Asn Phe Ser Gly Phe
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Gly Ala Gly Asn Phe Lys Ser Leu Phe Glu Ala Ile Glu Arg Glu Gln
405 410 415
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420
<210> 111
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 篮状菌属(Talaromyces) HPPD，其中氨基酸1-22被拟南芥(Arabidopsisthaliana)的氨基酸1-49取代
<400> 111
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Gly Ala Ala Ser Ser Pro Gly Phe Lys Leu Val Gly Phe Ser Lys Phe
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65 70 75 80
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Lys Ser Leu Phe Glu Ala Ile Glu Arg Glu Gln Ala Leu Arg Gly Asn
435 440 445
Leu Ile
450
<210> 112
<211> 408
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 篮状菌属(Talaromyces) HPPD，其中氨基酸1-30被拟南芥(Arabidopsisthaliana)的氨基酸1-22取代
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Gln Ala Leu Arg Gly Asn Leu Ile
405
<210> 113
<211> 435
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 篮状菌属(Talaromyces) HPPD，其中氨基酸1-30被拟南芥(Arabidopsisthaliana)的氨基酸1-49取代
<400> 113
Met Gly His Gln Asn Ala Ala Val Ser Glu Asn Gln Asn His Asp Asp
1 5 10 15
Gly Ala Ala Ser Ser Pro Gly Phe Lys Leu Val Gly Phe Ser Lys Phe
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His Glu His Leu Ala Arg His Gly Asp Ala Val Lys Asp Val Ala Phe
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Glu Val Asp Ser Val Asp Asp Val Phe Ala Ala Ala Val Gln Asn Gly
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245 250 255
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Asp Tyr Ser Ala Leu Lys Ser Ile Val Met Ser Ser Pro Asn Asp Ile
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Val Lys Met Pro Ile Asn Glu Pro Ala His Gly Lys Lys Gln Ser Gln
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405 410 415
Phe Lys Ser Leu Phe Glu Ala Ile Glu Arg Glu Gln Ala Leu Arg Gly
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Asn Leu Ile
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 在木霉属(Trichoderma) HPPD的N'处 + 拟南芥(Arabidopsis thaliana)的氨基酸1-22
<400> 114
Met Gly His Gln Asn Ala Ala Val Ser Glu Asn Gln Asn His Asp Asp
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Gly Ala Ala Ser Ser Pro Met Ser Pro Ser Ala Ile Ser Asn Ser Pro
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Val Gly Asn Ala Lys Gln Ala Ala Ala Tyr Tyr Thr Thr Leu Phe Gly
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Ser Glu Arg Lys Leu Leu Lys Glu Ile His Ala His Leu Glu Arg His
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Gly Asp Ala Val Lys Asp Val Ala Phe Glu Val Asp Asn Val Glu Ala
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Val Tyr Asn Lys Ala Val Ala Glu Gly Ala Ile Ala Val Gln Gly Pro
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Thr Tyr Gly Asp Thr Thr His Thr Leu Ile Asn Arg Arg Gly Tyr Thr
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Cys Leu Ser Phe His Arg Phe Trp Ser Val Asp Asp Ser Gln Ile Cys
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405 410 415
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Glu Arg Gly Asn Leu
435
<210> 115
<211> 464
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 在木霉属(Trichoderma) HPPD的N'处 + 拟南芥(Arabidopsis thaliana)的氨基酸1-49
<400> 115
Met Gly His Gln Asn Ala Ala Val Ser Glu Asn Gln Asn His Asp Asp
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Gly Ala Ala Ser Ser Pro Gly Phe Lys Leu Val Gly Phe Ser Lys Phe
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Leu Lys Glu Ile His Ala His Leu Glu Arg His Gly Asp Ala Val Lys
165 170 175
Asp Val Ala Phe Glu Val Asp Asn Val Glu Ala Val Tyr Asn Lys Ala
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195 200 205
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<211> 437
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<220>
<223> 在篮状菌属(Talaromyces) HPPD的N'处 + 拟南芥(Arabidopsis thaliana)的氨基酸1-22
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<211> 464
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 在篮状菌属(Talaromyces) HPPD的N'处 + 拟南芥(Arabidopsis thaliana)的氨基酸1-49
<400> 117
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165 170 175
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195 200 205
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260 265 270
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275 280 285
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290 295 300
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<210> 118
<211> 446
<212> PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (396)..(396)
<223> X = 任何氨基酸
<400> 118
Met Pro Ile Pro Cys Asn Glu Ile Gln Ala Gln Ala Gln Ala Gln Ala
1 5 10 15
Gln Pro Gly Phe Lys Leu Val Gly Phe Lys Asn Phe Val Arg Thr Asn
20 25 30
Pro Lys Ser Asp Arg Phe Gln Val Asn Arg Phe His His Ile Glu Phe
35 40 45
Trp Cys Thr Asp Ala Thr Asn Ala Ser Arg Arg Phe Ser Trp Gly Leu
50 55 60
Gly Met Pro Ile Val Ala Lys Ser Asp Leu Ser Thr Gly Asn Gln Ile
65 70 75 80
His Ala Ser Tyr Leu Leu Arg Ser Gly Asp Leu Ser Phe Leu Phe Ser
85 90 95
Ala Pro Tyr Ser Pro Ser Leu Ser Ala Gly Ser Ser Ala Ala Ser Ser
100 105 110
Ala Ser Ile Pro Ser Phe Asp Ala Ala Thr Cys Leu Ala Phe Ala Ala
115 120 125
Lys His Gly Phe Gly Val Arg Ala Ile Ala Leu Glu Val Ala Asp Ala
130 135 140
Glu Ala Ala Phe Ser Ala Ser Val Ala Lys Gly Ala Glu Pro Ala Ser
145 150 155 160
Pro Pro Val Leu Val Asp Asp Arg Thr Gly Phe Ala Glu Val Arg Leu
165 170 175
Tyr Gly Asp Val Val Leu Arg Tyr Val Ser Tyr Lys Asp Ala Ala Pro
180 185 190
Gln Ala Pro His Ala Asp Pro Ser Arg Trp Phe Leu Pro Gly Phe Glu
195 200 205
Ala Ala Ala Ser Ser Ser Ser Phe Pro Glu Leu Asp Tyr Gly Ile Arg
210 215 220
Arg Leu Asp His Ala Val Gly Asn Val Pro Glu Leu Ala Pro Ala Val
225 230 235 240
Arg Tyr Leu Lys Gly Phe Ser Gly Phe His Glu Phe Ala Glu Phe Thr
245 250 255
Ala Glu Asp Val Gly Thr Ser Glu Ser Gly Leu Asn Ser Val Val Leu
260 265 270
Ala Asn Asn Ser Glu Thr Val Leu Leu Pro Leu Asn Glu Pro Val Tyr
275 280 285
Gly Thr Lys Arg Lys Ser Gln Ile Glu Thr Tyr Leu Glu His Asn Glu
290 295 300
Gly Ala Gly Val Gln His Leu Ala Leu Val Thr His Asp Ile Phe Thr
305 310 315 320
Thr Leu Arg Glu Met Arg Lys Arg Ser Phe Leu Gly Gly Phe Glu Phe
325 330 335
Met Pro Ser Pro Pro Pro Thr Tyr Tyr Ala Asn Leu His Asn Arg Ala
340 345 350
Ala Asp Val Leu Thr Val Asp Gln Ile Lys Gln Cys Glu Glu Leu Gly
355 360 365
Ile Leu Val Asp Arg Asp Asp Gln Gly Thr Leu Leu Gln Ile Phe Thr
370 375 380
Lys Pro Val Gly Asp Arg Pro Thr Ile Phe Ile Xaa Ile Ile Gln Arg
385 390 395 400
Ile Gly Cys Met Val Glu Asp Glu Glu Gly Lys Val Tyr Gln Lys Gly
405 410 415
Ala Cys Gly Gly Phe Gly Lys Gly Asn Phe Ser Glu Leu Phe Lys Ser
420 425 430
Ile Glu Glu Tyr Glu Lys Thr Leu Glu Ala Lys Arg Thr Ala
435 440 445
<210> 119
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X= E或R
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X= 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X= S或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X= A、I或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X= 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X= K、N或H
<400> 119
Xaa Xaa Ala Tyr Xaa Xaa Ser Val Xaa Xaa Gly Ala
1 5 10
<210> 120
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = E或R
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A、I或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = K、N或H
<400> 120
Xaa Xaa Ala Phe Asn Xaa Ser Val Xaa Xaa Gly Ala
1 5 10
<210> 121
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X= E或R
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X= 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X= S或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X= 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X= K、N、H
<400> 121
Xaa Xaa Ala Phe Xaa Lys Ser Val Xaa Xaa Gly Ala
1 5 10
<210> 122
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = E或R
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = S或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A、I或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = K、N或H
<400> 122
Xaa Xaa Ala Phe Xaa Xaa Ala Val Xaa Xaa Gly Ala
1 5 10
<210> 123
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = E或R
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = S或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A、I或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = 任何氨基酸
<400> 123
Xaa Xaa Ala Phe Xaa Xaa Ser Val Xaa Glu Gly Ala
1 5 10
<210> 124
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = P或E
<400> 124
Val Xaa Glu Gly Ala Glu Pro Xaa Ser Xaa Pro
1 5 10
<210> 125
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = K、N或H
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = P或E
<400> 125
Val Xaa Xaa Gly Ala Ile Pro Xaa Ser Xaa Pro
1 5 10
<210> 126
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = K、N或H
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = P或E
<400> 126
Val Xaa Xaa Gly Ala Glu Ala Xaa Ser Xaa Pro
1 5 10
<210> 127
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = K、N或H
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = P或E
<400> 127
Val Xaa Xaa Gly Ala Glu Pro Xaa Gln Xaa Pro
1 5 10
<210> 128
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = K、N或H
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或S
<400> 128
Val Xaa Xaa Gly Ala Glu Pro Xaa Ser Gly Pro
1 5 10
<210> 129
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = E或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = W或R
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = A或T
<400> 129
Phe His Xaa Phe Xaa Glu Phe Thr Xaa
1 5
<210> 130
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = E或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = A或T
<400> 130
Phe His Xaa Phe Ala Glu Phe Asp Xaa
1 5
<210> 131
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = E或Q
<400> 131
Phe His Xaa Phe Ala Glu Phe Thr Asp
1 5
<210> 132
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> DXXDVGTXES
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = A或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = E或D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或S
<400> 132
Asp Xaa Xaa Asp Val Gly Thr Xaa Glu Ser
1 5 10
<210> 133
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = E或D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或S
<400> 133
Thr Asp Xaa Asp Val Gly Thr Xaa Glu Ser
1 5 10
<210> 134
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = A或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = E或D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = F或Y
<400> 134
Thr Xaa Xaa Asp Val Gly Thr Xaa Xaa Ser
1 5 10
<210> 135
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = E或D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = P或V
<400> 135
Phe Xaa Phe Ile Pro Ser Pro Pro Xaa Thr Tyr Tyr
1 5 10
<210> 136
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = E或D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = P或V
<400> 136
Phe Xaa Phe Met Asn Ser Pro Pro Xaa Thr Tyr Tyr
1 5 10
<210> 137
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = E或D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = P或V
<400> 137
Phe Xaa Phe Met Pro Val Pro Pro Xaa Thr Tyr Tyr
1 5 10
<210> 138
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = E或D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = G或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = P或V
<400> 138
Phe Xaa Phe Met Pro Ser Pro Xaa Xaa Thr Tyr Tyr
1 5 10
<210> 139
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = E或D
<400> 139
Phe Xaa Phe Met Pro Ser Pro Pro Gly Thr Tyr Tyr
1 5 10
<210> 140
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = E或D
<400> 140
Phe Xaa Phe Met Pro Ser Pro Pro Thr Tyr Tyr
1 5 10
<210> 141
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = N或K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> X = H、K或R
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = A或G
<400> 141
Thr Tyr Tyr Asp Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Leu
1 5 10
<210> 142
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = N或K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> X = H、K或R
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = A或G
<400> 142
Thr Tyr Tyr Xaa Xaa Leu Xaa Leu Xaa Leu
1 5 10
<210> 143
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = F或Y
<400> 143
Val Asp Xaa Asp Asp Gln Gly Thr
1 5
<210> 144
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = R或K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A或G
<400> 144
Val Asp Xaa Asp Asp Xaa Gly Thr
1 5
<210> 145
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<400> 145
Glu Ile Ile Gln Arg Asn Gly Cys Met
1 5
<210> 146
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = I或V
<400> 146
Glu Ile Ile Gln Arg Xaa Asn Cys Met
1 5
<210> 147
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = I或V
<400> 147
Glu Ile Ile Gln Arg Xaa Gly Phe Met
1 5
<210> 148
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = I或V
<400> 148
Glu Ile Ile Gln Arg Xaa Gly Cys Gly
1 5
<210> 149
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = I或V
<400> 149
Glu Ile Ile Gln Arg Xaa Gly Cys
1 5
<210> 150
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = E、K或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = X = D或N
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = E或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = K或E
<400> 150
Phe Met Xaa Xaa Xaa Xaa Glu Gly Xaa
1 5
<210> 151
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = K或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = G或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> X = E或S
<400> 151
Tyr Gln Xaa Gly Xaa Cys Xaa Gly Phe Gly
1 5 10
<210> 152
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = A或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = T或V
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = R、H或K
<400> 152
Xaa Xaa Val Xaa Leu Tyr Gly Asp Val
1 5
<210> 153
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = E或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = A、G或S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = S或K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = A或V
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = V、L或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> X = 任何氨基酸
<400> 153
Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
1 5
<210> 154
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = V、L或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = 任何氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = L、V或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = K或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = 任何氨基酸
<400> 154
Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Phe
1 5
<210> 155
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = V或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = A、D或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = 任何氨基酸
<400> 155
Phe Xaa Xaa Xaa Asn Pro
1 5
<210> 156
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X= N或D
<400> 156
Glu Glu Leu Xaa Ile Leu Val Asp
1 5
<210> 157
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<400> 157
Asp Val Val Leu Arg Phe Val Ser
1 5
<210> 158
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD修饰的共有序列
<400> 158
Gly Phe Gly Ala Gly Asn Phe
1 5
<210> 159
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = E或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = D或E
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A或V
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = G或A
<400> 159
Xaa Xaa Ala Tyr Arg Xaa Ser Val Ala Xaa Gly Ala
1 5 10
<210> 160
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = E或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = D或E
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A或V
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = G或A
<400> 160
Xaa Xaa Ala Phe Asn Xaa Ser Val Ala Xaa Gly Ala
1 5 10
<210> 161
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = E或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = D或E
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = G或A
<400> 161
Xaa Xaa Ala Phe Arg Lys Ser Val Ala Xaa Gly Ala
1 5 10
<210> 162
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = E或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = D或E
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A或V
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = G或A
<400> 162
Xaa Xaa Ala Phe Arg Xaa Ser Val Ala Xaa Gly Ala
1 5 10
<210> 163
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = A或E
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = D或E
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A或V
<400> 163
Xaa Xaa Ala Phe Arg Xaa Ser Val Ala Glu Gly Ala
1 5 10
<210> 164
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X= Q或A
<400> 164
Val Ala Glu Gly Ala Arg Pro Ala Phe Xaa Pro
1 5 10
<210> 165
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X= A或G
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X= Q或A
<400> 165
Val Ala Xaa Gly Ala Ile Pro Ala Phe Xaa Pro
1 5 10
<210> 166
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = A或G
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = Q或A
<400> 166
Val Ala Xaa Gly Ala Arg Ala Ala Phe Xaa Pro
1 5 10
<210> 167
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = A或G
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = Q或A
<400> 167
Val Ala Xaa Gly Ala Arg Pro Ala Gln Xaa Pro
1 5 10
<210> 168
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = A或G
<400> 168
Val Ala Xaa Gly Ala Arg Pro Ala Phe Gly Pro
1 5 10
<210> 169
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X= W或R
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X= A或T
<400> 169
Phe His Glu Phe Xaa Glu Phe Thr Xaa
1 5
<210> 170
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = A或T
<400> 170
Phe His Glu Phe Ala Glu Phe Asp Xaa
1 5
<210> 171
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<400> 171
Phe His Glu Phe Ala Glu Phe Thr Asp
1 5
<210> 172
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X= A或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X= A或T
<400> 172
Asp Xaa Glu Asp Val Gly Thr Xaa Glu Ser
1 5 10
<210> 173
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或T
<400> 173
Thr Asp Glu Asp Val Gly Thr Xaa Glu Ser
1 5 10
<210> 174
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = A或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = A或T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = F或Y
<400> 174
Thr Xaa Glu Asp Val Gly Thr Xaa Xaa Ser
1 5 10
<210> 175
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = P、T或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = S、P或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = D、N或K
<400> 175
Phe Glu Phe Ile Ala Pro Pro Xaa Xaa Xaa Tyr Tyr Trp
1 5 10
<210> 176
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = L或M
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = P、T或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = S、P或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = D、N或K
<400> 176
Phe Glu Phe Xaa Asn Pro Pro Xaa Xaa Xaa Tyr Tyr Trp
1 5 10
<210> 177
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = L或M
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = P、T或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = S、P或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = D、N或K
<400> 177
Phe Glu Phe Xaa Ala Val Pro Xaa Xaa Xaa Tyr Tyr Trp
1 5 10
<210> 178
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = L或M
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = S、P或A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = D、N或K
<400> 178
Phe Glu Phe Xaa Ala Pro Pro Gly Xaa Xaa Tyr Tyr Trp
1 5 10
<210> 179
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = L或M
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = P、T或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> X = D、N或K
<400> 179
Phe Glu Phe Xaa Ala Pro Pro Xaa Gly Xaa Tyr Tyr Trp
1 5 10
<210> 180
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = L或M
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> X = P、T或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> X = D、N或K
<400> 180
Phe Glu Phe Xaa Ala Pro Pro Xaa Tyr Tyr Trp
1 5 10
<210> 181
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = D、N或K
<400> 181
Xaa Tyr Tyr Asp Gly Val Arg Arg Gly Val
1 5 10
<210> 182
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = D、N或K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = D或E
<400> 182
Xaa Tyr Tyr Xaa Gly Val Arg Leu Gly Val
1 5 10
<210> 183
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = N或D
<400> 183
Gln Glu Leu Xaa Val Leu Val Asp
1 5
<210> 184
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = Y或F
<400> 184
Val Asp Xaa Asp Asp Gln Gly Val
1 5
<210> 185
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A或G
<400> 185
Val Asp Arg Asp Asp Xaa Gly Val
1 5
<210> 186
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<400> 186
Glu Met Ile Gln Arg Asn Gly Cys Met
1 5
<210> 187
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<400> 187
Glu Met Ile Gln Arg Ile Asn Cys Met
1 5
<210> 188
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<400> 188
Glu Met Ile Gln Arg Ile Gly Phe Met
1 5
<210> 189
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<400> 189
Glu Met Ile Gln Arg Ile Gly Cys Gly
1 5
<210> 190
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<400> 190
Glu Met Ile Gln Arg Ile Gly Cys
1 5
<210> 191
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> X = K、S或V
<400> 191
Phe Met Glu Lys Asp Glu Xaa Gly Gln
1 5
<210> 192
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = T或V
<400> 192
Ala Xaa Val Glu Leu Tyr Gly Asp Val
1 5
<210> 193
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = L或M
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = S或K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = A或V
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> X = A或D
<400> 193
Glu Xaa Ala Xaa Xaa Xaa Xaa
1 5
<210> 194
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = A或I
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> X = A或D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = F、I或M
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> X = A、S或K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> X = A、S或K
<400> 194
Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Gly Phe
1 5
<210> 195
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> X = F或V
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> X = A、D或Q
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> X = F、A或V
<400> 195
Xaa Val Xaa Xaa Asn Pro
1 5
<210> 196
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> X = E或S
<400> 196
Tyr Gln Lys Gly Ala Cys Xaa Gly Phe Gly
1 5 10
<210> 197
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<400> 197
Asp Val Val Leu Arg Phe Val Ser Tyr
1 5
<210> 198
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD修饰的共有序列
<400> 198
Gly Phe Gly Ala Gly Asn Phe
1 5
<210> 199
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<400> 199
Glu Glu Leu Gly Ile Leu Val Asp
1 5
<210> 200
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<400> 200
Asp Val Val Leu Arg Tyr Val Ser
1 5
<210> 201
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 双子叶植物HPPD共有序列
<400> 201
Gly Phe Gly Lys Gly Asn Phe
1 5
<210> 202
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<400> 202
Tyr Gln Lys Gly Ala Cys Gly Gly Phe Gly
1 5 10
<210> 203
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<400> 203
Asp Val Val Leu Arg Tyr Val Ser Tyr
1 5
<210> 204
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 单子叶植物HPPD共有序列
<400> 204
Gly Phe Gly Lys Gly Asn Phe
1 5

Claims (20)

1.一种植物，所述植物被遗传修饰以表达修饰的和/或外源的HPPD酶，所述修饰的和/或外源的HPPD酶赋予对一种或更多种HPPD抑制剂的抗性，并且其中所述修饰的和/或外源的HPPD酶包含SEQ ID NO:9-54和SEQ ID NO:119-198中列出的氨基酸序列中的至少一个。
2.根据权利要求1所述的植物，其中所述修饰的和/或外源的HPPD酶包含SEQ ID NO:9-24或38-46中列出的氨基酸序列中的至少一个。
3.根据权利要求1所述的植物，其中所述修饰的和/或外源的HPPD酶包含与SEQ ID NO:1、3或5-8中列出的氨基酸序列具有至少80％序列同源性的氨基酸序列。
4.根据权利要求3所述的植物，其中所述修饰的和/或外源的HPPD酶包含与SEQ ID NO:1中列出的氨基酸序列具有至少80％序列同源性的氨基酸序列。
5.根据权利要求1所述的植物，其中所述植物是双子叶植物，其中所述内源的HPPD酶已被遗传修饰，并且其中所述遗传修饰的HPPD酶包含SEQ ID NO:119-158中的一个或更多个中列出的氨基酸序列。
6.根据权利要求1所述的植物，其中所述植物是单子叶植物，其中所述内源的HPPD酶已被遗传修饰，并且其中所述遗传修饰的HPPD酶包含SEQ ID NO:159-198中的一个或更多个中列出的氨基酸序列。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的植物，其中所述修饰的和/或外源的HPPD酶还包含植物叶绿体转运肽。
8.根据权利要求1所述的植物，其中所述修饰的和/或外源的HPPD酶包含SEQ ID NO:38中列出的氨基酸序列。
9.根据权利要求1所述的植物，其中所述修饰的和/或外源的HPPD酶包含SEQ ID NO:43中列出的氨基酸序列。
10.根据权利要求1-7中任一项所述的植物，其中所述修饰的和/或外源的HPPD酶源自木霉属(Trichoderma)或篮状菌属(Talaromyces)的种的真菌或者由于遗传密码的简并性而不同于源自木霉属或篮状菌属的种的真菌的核酸序列。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的植物，其中所述植物选自由以下组成的组：玉米、小麦、水稻、大麦、大豆、豇豆、鹰嘴豆、棉花、高粱、豆类、芸薹/油菜、苜蓿、亚麻、向日葵、红花、粟、黑麦、甘蔗、甜菜、可可、茶、芸薹属、棉花、咖啡、甘薯、亚麻、花生、三叶草；莴苣、番茄、葫芦、木薯、马铃薯、胡萝卜、萝卜、豌豆、小扁豆、甘蓝、花椰菜、青花菜、抱子甘蓝、辣椒、菠萝、柑橘、苹果、梨、桃、杏、核桃、鳄梨、香蕉、棕榈、桉、杨、松、椰子、兰花、矮牵牛、康乃馨、玫瑰、柳枝稷、牧场草、印第安草、大须芒草及其任何组合。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的植物，其中所述至少一种HPPD抑制剂选自由以下组成的组：氟吡草酮、双环磺草酮、吡草酮、缩酮环磺草酮或其游离酸、异噁氯草酮、异噁唑草酮、硝磺草酮、磺酰草吡唑、吡唑特、苄草唑、磺草酮、呋喃磺草酮、环磺酮、苯唑草酮及其农业化学上可接受的盐。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的植物，其中所述植物是阔叶植物。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的植物，其中所述植物选自由以下组成的组：玉米、小麦、水稻、大麦、大豆、豇豆、鹰嘴豆、棉花、高粱、豆类、芸薹/油菜、苜蓿、亚麻、向日葵、红花、粟、黑麦、甘蔗、甜菜、可可、茶、芸薹属、棉花、咖啡、甘薯、亚麻、花生、三叶草；莴苣、番茄、葫芦、木薯、马铃薯、胡萝卜、萝卜、豌豆、小扁豆、甘蓝、花椰菜、青花菜、抱子甘蓝、辣椒、菠萝、柑橘、苹果、梨、桃、杏、核桃、鳄梨、香蕉、棕榈、桉、杨、松、椰子、兰花、矮牵牛、康乃馨、玫瑰、柳枝稷、牧场草、印第安草、大须芒草及其任何组合。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的植物的种子。
16.源自权利要求1-14中任一项所述的植物的产品。
17.一种植物细胞，所述植物细胞被稳定转化以表达修饰的和/或外源的HPPD酶，所述修饰的和/或外源的HPPD酶赋予对一种或更多种HPPD抑制剂的抗性，并且其中所述修饰的和/或外源的HPPD酶包含SEQ ID NO:9-54和SEQ ID NO:119-198中列出的氨基酸序列中的至少一个。
18.一种在包含作物植物和杂草的发生地处控制杂草的方法，其中所述作物植物包括根据权利要求1-17中任一项所述的转基因植物，所述方法包括向所述发生地应用杂草控制量的一种或更多种HPPD抑制剂。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述一种或更多种HPPD抑制剂选自由以下组成的组：氟吡草酮、双环磺草酮、吡草酮、缩酮环磺草酮或其游离酸、异噁氯草酮、异噁唑草酮、硝磺草酮、磺酰草吡唑、吡唑特、苄草唑、磺草酮、呋喃磺草酮、环磺酮、苯唑草酮及其农业化学上可接受的盐。
20.一种用于赋予植物对一种或更多种HPPD抑制剂的抗性或耐受性的方法，所述方法包括对所述植物进行遗传修饰以表达修饰的HPPD酶，其中所述修饰的和/或外源的HPPD酶包含SEQ ID NO:9-54和SEQ ID NO:119-198中列出的氨基酸序列中的至少一个。
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