CN114480635A - 低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途 - Google Patents

低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途 Download PDF

Info

Publication number
CN114480635A
CN114480635A CN202111435750.8A CN202111435750A CN114480635A CN 114480635 A CN114480635 A CN 114480635A CN 202111435750 A CN202111435750 A CN 202111435750A CN 114480635 A CN114480635 A CN 114480635A
Authority
CN
China
Prior art keywords
gene
pdgfrl
hypomethylated
methylation
radiation damage
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202111435750.8A
Other languages
English (en)
Inventor
古晓娜
薛向明
张艳娜
苏丽霞
林海鹏
杨彪
杨雪
武钊
茹尚敏
段宇建
刘沛瑶
刘晓明
战景明
李建国
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
China Institute for Radiation Protection
Original Assignee
China Institute for Radiation Protection
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by China Institute for Radiation Protection filed Critical China Institute for Radiation Protection
Priority to CN202111435750.8A priority Critical patent/CN114480635A/zh
Publication of CN114480635A publication Critical patent/CN114480635A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/154—Methylation markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明属于生物检测技术领域，涉及低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途。所述的低甲基化PDGFRL基因是PDGFRL基因的启动子区域的甲基化水平为24.62±5.93％。利用本发明的低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途，能够便捷、准确、低成本的进行早期α辐射损伤的预测。

Description

低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的 用途
技术领域
本发明属于生物检测技术领域，涉及低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途。
背景技术
α粒子的辐射致癌效应是辐射生物效应研究领域的关注重点。ICRP第31号出版物综述了大量的动物实验结果，认为包括钚在内的α放射性核素的生物效应主要表现为淋巴细胞减少、呼吸功能不全、肺和淋巴结纤维化、细胞变性、肺癌和骨肉瘤等，由于血液受照，淋巴细胞水平降低，会影响动物的免疫能力，进而使肿瘤发生的易感性增高。
在α辐射致癌损伤的分子机制中，除导致基因结构的改变外，还可通过产生表观遗传改变，可导致某些关键基因的表达变化，影响生物学功能，如促使癌基因激活、抑癌基因失活、干扰细胞周期调控等。
DNA甲基化是表观遗传修饰的主要形式。PDGFRL(platelet derived growthfactor receptor like，血小板衍生生长因子受体，GenBank登陆号：NC_000008:17576433..17643144)的蛋白结构与血小板来源的生长因子受体β的配体结合域具有显著的序列相似性，称为PDGFR“样”蛋白。目前研究结果认为PDGFRL基因作为一种癌基因，参与细胞增殖、发育、血管生成等过程，可能与某些肿瘤的发生发展有关。促癌基因的低甲基化在肿瘤的早期诊断中具有重要的临床意义。
发明内容
本发明的目的是提供低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途，以能够便捷、准确、低成本的进行早期α辐射损伤的预测。
为实现此目的，在基础的实施方案中，本发明提供低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途(即低甲基化PDGFRL基因作为分子标志物用于制备α辐射损伤诊断的试剂盒的用途)，所述的低甲基化PDGFRL基因是PDGFRL基因的启动子区域的甲基化水平为24.62±5.93％(对应对照组甲基化水平29.33±7.14％，P＜0.05)。
我国放射作业人员逐年增加，受照途径包括外照射和内照射。α内照射对人体产生持续内照射，但是其健康损伤效应不明确，特异的健康监护指标缺失。DNA甲基化是一种最重要的表观遗传修饰形式。研究证明，DNA甲基化改变是癌症发生早期的重要生物学基础。目前临床上已将DNA甲基化用于癌症早期诊断和预后的指标。在电离辐射致癌的早期分子生物学改变中，DNA甲基化及其调控机制是目前电离辐射生物效应研究的热点。
在一种优选的实施方案中，本发明提供低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途，其中PDGFRL基因的甲基化位点包括启动子区域的cg25912517的CG位点。
在一种优选的实施方案中，本发明提供低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途，其中所述的辐射损伤为局部或全身的组织器官不良反应(如恶心、呕吐、食欲减退、白细胞下降和/或皮肤发红变痒等)。
本发明的有益效果在于，利用本发明的低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途，能够便捷、准确、低成本的进行早期α辐射损伤的预测。
具体实施方式
通过如下的实施例对本发明的实施作进一步说明，但本发明的实施方式并不局限于如下的实施例。
实施例1：
1、利用基因芯片对α受照人员外周血DNA甲基化检测、分析，初步筛选显著差异甲基化基因
1)样本的采集
选取受照人员(钚内照射剂量范围为24.0mSv-2254.0mSv)和对照人员的血液样本。
2)外周血基因组DNA提取
提取样本的基因组DNA。采用Illumina公司血液基因组DNA提取试剂盒，按照产品说明书进行样本全血基因组DNA提取。用分光光度计检测提取DNA浓度，同时评估A260/A280比值在1.8-2.0之间，质量满足实验要求，可进行后续实验。
3)亚硫酸盐转化
用亚硫酸盐试剂(NaHSO3，生工生物工程(上海)股份有限公司)溶解样本DNA，加入亚硫酸盐反应成分(NaHSO3，生工生物工程(上海)股份有限公司)，在PCR仪中启动循环、扩增(条件见表1)，PCR完成亚硫酸盐作用下的DNA转化。
表1 PCR反应条件
序号 程序 温度 时间
1 变性 95℃ 5min
2 复性 60℃ 25min
3 变性 95℃ 5min
4 复性 60℃ 85min
5 变性 95℃ 5min
6 复性 60℃ 175min
7 保持 20℃ ——
4)DNA甲基化芯片检测
采用Illumina850K甲基化芯片(简称850K芯片，Zymo CA，Illumina公司)测定全基因组DNA甲基化水平。
5)甲基化芯片筛选差异甲基化位点
①Δβ值：即为对照组与受照组各CpG位点的甲基化值β相减的结果，即实验组与对照组在每个位点的甲基化的差异程度。
②差异分值(Diff Score值)：比较每个基因位点在受照组与对照组之间的表达差异，差异分值取正值表示受照组较对照组甲基化程度升高，取负值则表示降低。
③差异甲基化基因位点的筛选标准：
实验组样本差异分值>|13|且Δβ值>|0.10|，(Δβ值的计算，即为实验组与对照组在每个位点的甲基化的差异程度)。
利用生物信息分析，筛选出PDGFRL基因启动子区域低甲基化位点，见表2。
表2初步筛选出PDGFRL基因启动子区域低甲基化位点
Figure BDA0003381512240000041
2、利用焦磷酸测序技术对实验验证位点进行人群验证
1)样本的采集照射及染色体畸变分析
采集30名左右受照人员(钚内照射剂量范围为24.0mSv-2254.0mSv)和15名左右对照组人员外周血。
2)外周血基因组DNA提取
提取样本的基因组DNA。采用Illumina公司血液基因组DNA提取试剂盒，按照产品说明书进行全血基因组DNA提取。用分光光度计检测提取DNA浓度，同时评估A260/A280比值在1.8-2.0之间，质量满足实验要求，可进行后续实验。
3)焦磷酸测序检测PDGFRL基因甲基化程度
①引物设计
表3 PDGFRL基因引物设计
Figure BDA0003381512240000051
②PCR扩增反应
表4 PCR反应体系
模板DNA 浓度 体积
引物F 10μM 2μL
引物R 10mΜ 2μL
dNTP(混合) 10μM 2μL
Taq缓冲液(含MgCl<sub>2</sub>) 10× 5μL
Taq酶 5U/μL 0.5μL
ddH<sub>2</sub>O - 50μL
表5 PCR反应条件
序号 程序 温度 时间
1 预变性 95℃ 5min
2 变性 94℃ 30sec
3 退火 55℃ 30sec
4 延伸 72℃ 50sec
5 循环2-4 35循环
6 修复延伸 72℃ 8min
③焦磷酸测序
a)PCR产物和水混合制成38.5μl反应体系。
b)在96孔PCR反应板中加入反应结合珠2μL，结合缓冲液38μl，PCR产物40μl，室温下充分混勾10min。
c)开启真空泵吸取结合珠及PCR产物混悬液，依次浸入70％(v/v)乙醇，0.2MNaOH和冲洗缓冲液中各5s。
d)关闭真空泵后将探头上结合珠及PCR产物置入40μl退火缓冲液(含测序引物1.5μl)，85℃变性2min，冷却至室温，使引物与模板退火杂交。
e)根据Pyrose quencing软件序列设计信息所计算出剂量，在试剂舱中依次加入底物混合物、酶混合物及四种dNTP。
f)将试剂舱及96孔反应板放入Pyrosequencing检测仪(QIAGEN公司)进行反应，PyroQ-CpG软件自动分析每个位点甲基化水平。而且每个样品的每个引物都有一个测序峰图，测序峰图中的每个百分比对应的位点即为甲基化位点。
4)统计分析
采用SPSS 22.0统计软件对差异甲基化基因的甲基化程度数据进行统计分析，根据是否符合正态分布，两组间的比较用t检验(正态)或Mann-Whitney检验(非正态)，两组间的相关性分析采用Spearman法。采用逐步多元线性回归方程分析甲基化水平的影响因素。统计学检验为双侧，检验水准α＝0.05。结果见表6。
表6两组间启动子区域甲基化水平比较结果
Figure BDA0003381512240000061
注：*P＜0.05
采用逐步多元线性回归方程分析剂量与差异甲基化水平的相关性。结果表明：α受照剂量与PDGFRL基因甲基化水平具有线性相关性，偏回归系数为-4.831(P＝0.021)，有α受照剂量史，受照组PDGFRL基因的甲基化水平平均降低4.831％。结果详见表7。
表7 PDGFRL基因甲基化水平多元线性回归分析
指标 β(95％CI) 标准误(Se) t P
常量 28.295(19.319～37.271) 4.451 6.357 0.000
受照剂量 -4.831(-8.891～-0.77) 2.013 -2.399 0.021
因此，筛选低甲基化的PDGFRL基因启动子区域作为预测早期辐射损伤的分子标志物。
显然，本领域的技术人员可以对本发明进行各种改动和变型而不脱离本发明的精神和范围。这样，倘若对本发明的这些修改和变型属于本发明权利要求及其同等技术的范围之内，则本发明也意图包含这些改动和变型在内。上述实施例或实施方式只是对本发明的举例说明，本发明也可以以其它的特定方式或其它的特定形式实施，而不偏离本发明的要旨或本质特征。因此，描述的实施方式从任何方面来看均应视为说明性而非限定性的。本发明的范围应由附加的权利要求说明，任何与权利要求的意图和范围等效的变化也应包含在本发明的范围内。

Claims (3)

1.低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途，其特征在于：所述的低甲基化PDGFRL基因是PDGFRL基因的启动子区域的甲基化水平为24.62±5.93％。
2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于：PDGFRL基因的甲基化位点包括启动子区域的cg25912517的CG位点。
3.根据权利要求1所述的用途，其特征在于：所述的辐射损伤为局部或全身的组织器官不良反应。
CN202111435750.8A 2021-11-29 2021-11-29 低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途 Pending CN114480635A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202111435750.8A CN114480635A (zh) 2021-11-29 2021-11-29 低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202111435750.8A CN114480635A (zh) 2021-11-29 2021-11-29 低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN114480635A true CN114480635A (zh) 2022-05-13

Family

ID=81492014

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202111435750.8A Pending CN114480635A (zh) 2021-11-29 2021-11-29 低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN114480635A (zh)

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101831490A (zh) * 2009-03-12 2010-09-15 上海市第八人民医院 一种利用pax1和cdh1基因甲基化检测宫颈癌的方法和试剂盒
US20100286058A1 (en) * 2007-03-09 2010-11-11 Isabella Tai Assessing Chemotherapy Resistance of Colorectal Tumors by Determining Sparc Hypermethylation
CN111172272A (zh) * 2020-01-17 2020-05-19 中国辐射防护研究院 Trip12基因用作辐射损伤易感性判断的分子标志物的用途
CN112410424A (zh) * 2020-11-04 2021-02-26 上海交通大学医学院附属瑞金医院 一种nk/t细胞淋巴瘤相关基因的检测试剂盒及建库方法

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20100286058A1 (en) * 2007-03-09 2010-11-11 Isabella Tai Assessing Chemotherapy Resistance of Colorectal Tumors by Determining Sparc Hypermethylation
CN101831490A (zh) * 2009-03-12 2010-09-15 上海市第八人民医院 一种利用pax1和cdh1基因甲基化检测宫颈癌的方法和试剂盒
CN111172272A (zh) * 2020-01-17 2020-05-19 中国辐射防护研究院 Trip12基因用作辐射损伤易感性判断的分子标志物的用途
CN112410424A (zh) * 2020-11-04 2021-02-26 上海交通大学医学院附属瑞金医院 一种nk/t细胞淋巴瘤相关基因的检测试剂盒及建库方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
吴伟忠,孙惠川: "肿瘤细胞Ⅰ型干扰素信号通路及功能相关基因研究" *
金昌丹;石松生;陈春美;: "脑胶质瘤增敏放疗的分子生物学研究进展" *

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN106795562B (zh) Dna混合物中的组织甲基化模式分析
Beheshti et al. Chromosomal localization of DNA amplifications in neuroblastoma tumors using cDNA microarray comparative genomic hybridization
Ambrosone et al. Genome-wide methylation patterns provide insight into differences in breast tumor biology between American women of African and European ancestry
US20190136330A1 (en) Method for screening cancer
CN109022579B (zh) 染色体1p/19q杂合性缺失的检测方法、试剂盒及引物组
KR20150082228A (ko) 혈장으로부터 태아 또는 종양 메틸롬의 비침습적 결정
EP3249051B1 (en) Use of methylation sites in y chromosome as prostate cancer diagnosis marker
EP2121988B1 (en) Prostate cancer survival and recurrence
CN105431738B (zh) 胃癌的预后预测模型的建立方法
JP2014519319A (ja) エピジェネティックドメインの安定性の全般的な損失を通して癌を検出する方法およびその組成物
WO2014165753A1 (en) Methods and compositions for diagnosis of glioblastoma or a subtype thereof
CN105154542A (zh) 一组用于肺癌分子分型的基因及其应用
Cappetta et al. Discovery of novel DNA methylation biomarkers for non‐invasive sporadic breast cancer detection in the Latino population
CN111534588A (zh) 基于荧光定量pcr检测急性淋巴细胞白血病中基因突变的试剂盒及方法
EP3464640A1 (en) Methods of mast cell tumor prognosis and uses thereof
WO2017046714A1 (en) Methylation signature in squamous cell carcinoma of head and neck (hnscc) and applications thereof
US20210079479A1 (en) Compostions and methods for diagnosing lung cancers using gene expression profiles
CN114480635A (zh) 低甲基化PDGFRL基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途
WO2017119510A1 (ja) 乳がんの診断のための検査方法、遺伝子マーカー、および検査薬
CN114438188A (zh) 高甲基化CDK2AP1基因作为α辐射损伤预测的分子标志物的用途
WO2010064016A2 (en) Methods for determining a prognosis in multiple myeloma
Mano Stratification of acute myeloid leukemia based on gene expression profiles
CN115772566B (zh) 用于辅助检测肺癌体细胞erbb2基因突变的甲基化生物标记物及其应用
US20180312927A1 (en) Hypomethylation of TET2 target genes for identifying a curable subgroup of acute myeloid leukemia
CN115772565B (zh) 用于辅助检测肺癌体细胞egfr基因突变的甲基化位点及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination