CN114410824A - 与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用，SNP标记是yfSNP01，位于黄瓜基因组第4号染色体4964651处，yfSNP01处碱基为C的黄瓜为白色果肉品种，yfSNP01处碱基为T的黄瓜为白色果肉品种。一组用于检测权利要求1所述的与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记的dCAPS引物对，引物对包括yfSNP01的正向引物5′‑TCGTCTTTTCCGAATATCGAAAGTCA‑3′和yfSNP01的反向引物5′‑GTTCAATCATGGGATGGACA‑3′。所述的dCAPS引物对在黄瓜果肉颜色分子标记辅助育种中的应用。通过本发明，本发明具有如下有益效果：本发明利用基因组学和群体遗传学筛选到与黄瓜果肉颜色紧密连锁的SNP标记，通过测序和转化为dCAPS标记的方法鉴定黄瓜基因型，且这个SNP标记为共显性标记，可以区分纯合体和杂合体，可以加速黄瓜果肉分子育种进程。
Description
技术领域
本发明涉及一种与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用，属于基因工程及植物分子育种领域。
背景技术
黄瓜（Cucumis sativus L.）是我国广泛栽培的蔬菜作物，由于其清脆爽口，营养丰富，深受大众欢迎。近年来随着人们生活水平的不断提高，消费者越来越注重黄瓜品质，品质研究也成为当前研究的热点。
目前市场上常见的黄瓜果肉多为白色和绿色。戚春章等（1983）在云南发现的西双版纳黄瓜以其特有的橙黄色果肉老瓜成为研究果肉颜色的主要资源，后经沈镝等（2009）研究表明β-胡萝卜素的积累是使其呈现橙黄色的主要原因。β-胡萝卜素是维生素A的合成前体，维生素A具有预防夜盲症，提高抗氧化能力，增强人体免疫能力等功效，而人体自身不能合成β-胡萝卜素，只能从外界获取，因此筛选高β-胡萝卜素的农作物对改进人类膳食营养尤为关键。
随着现代生物技术的快速发展，分子辅助育种可在植株苗期快速选择目标性状植株，大大缩短了育种年限，且随着2009年的黄瓜基因组测序完成，这更为分子标记辅助育种提供了便利。由于黄色果肉黄瓜种质资源少，研究进展缓慢，目前已发现的与黄瓜黄色果肉连锁标记有：Lu等（2015）利用黄色果肉自交系PI200815和白色果肉自交系931构建的F2代群体，检测到与黄色果肉基因yf连锁分子标记yfSSR108和yfIndel129；沈镝（2009）在西双版纳黄瓜中检测到3与β-胡萝卜素含量相关的QTL位点βCC4a、βCC4b、βCC7，贡献率分别为52.8%、22.0%、8.2%，以及两个与果肉颜色相关的QTL位点FCG5、FCG7，贡献率分别为7.5%和6.7%。Bo（2012）利用西双版纳黄瓜系SWCC8和栽培黄瓜系CC3获得的F7代重组自交系，获得与黄色内果皮基因ore连锁的分子标记，如SSR20710、SSR19511、SSR15419、SSR07706、SSR23231、SSR11633、SSR20270。因此，挖掘黄瓜黄色果肉种质资源，寻找与其紧密连锁的分子标记，将为黄瓜的品质育种提供很好的技术支撑。
发明内容
本发明的目的是为了解决现有技术的不足，为了加快黄瓜黄色果肉育种进程，本发明提供与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用。
本发明是通过以下技术方案实现：与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记，其特征在于，SNP标记是yfSNP01，位于黄瓜基因组第4号染色体4964651处，yfSNP01处碱基为C的黄瓜为白色果肉品种，yfSNP01处碱基为T的黄瓜为白色果肉品种。
一组用于检测权利要求1所述的与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记的dCAPS引物对，其特征在于，SNP标记是yfSNP01；所述引物对包括yfSNP01的正向引物5′-TCGTCTTTTCCGAATATCGAAAGTCA -3′（SEQ ID NO.1）和yfSNP01的反向引物5′-GTTCAATCATGGGATGGACA -3′（SEQ ID NO.2）。
所述的dCAPS引物对在黄瓜果肉颜色分子标记辅助育种中的应用；具体方法是：
（1）提取待检测黄瓜基因组DNA；
（2）以待检测黄瓜基因组DNA为模板，利用所述的dCAPS引物对，进行PCR扩增；
（3）使用限制性内切酶Bsphl引物扩增的PCR产物进行酶切；
（4）经酶切后将产物进行电泳检测，根据电泳检测结果确定黄瓜果肉颜色，如果条带与XUE1一致，则为白色果肉单株；如果条带与yf-1一致，则为黄色果肉单株；如果同时具有XUE1和yf-1的条带，则为白色果肉单株。
所述的dCAPS引物对在黄瓜黄色果肉基因克隆中的应用。
所述的dCAPS引物对在黄色果肉黄瓜新品种选育中的应用。
本发明方法先进科学，通过本发明，本发明具有如下有益效果：本发明利用基因组学和群体遗传学筛选到与黄瓜果肉颜色紧密连锁的SNP标记，通过测序和转化为dCAPS标记的方法鉴定黄瓜基因型，且这个SNP标记为共显性标记，可以区分纯合体和杂合体，可以加速黄瓜果肉分子育种进程。
与文献《黄瓜黄色果肉yf连锁的Indel标记及其应用》（申请号：201410043738.6；公开号：CN103740711A）中在7号染色体上的Indel标记相比，本发明获得的SNP标记在黄瓜第4号染色体上，位置不同，且分子标记类型不同。本发明所使用的材料是自然黄色果肉突变体yf-1，不同于前人所研究的西双版纳系黄瓜，更利于挖掘黄瓜果肉种质资源。
附图说明
图1为 yfSNP01标记遗传连锁图：
图2 为yfSNP01在亲本及F1、F2群体间的聚丙烯酰胺凝胶电泳多态性检测（P1：白色果肉亲本XUE1，P2：黄色果肉亲本yf-1，F1：XUE1×yf-1，F2：F1自交后代，y和w分别表示F2植株的黄肉和白肉表型）。
具体实施方式
下面结合实施例和附图对本发明做进一步说明。
实施例一
一、遗传群体构建和表型统计；
XUE1（父本）是成熟果果肉为白色的欧洲水果型黄瓜品系，yf-1（母本）为本实验室前期在欧洲水果型黄瓜品系BY育种过程中发现的自然突变体，其成熟果果肉为黄色，经连续自交6代后，表型稳定遗传。本实施案例利用两个亲本配置杂交组合F1，F1自交产生F2代分离群体。对亲本、F1、F2的果实果肉颜色采用目测法统计表型。根据表型调查，yf-1为黄色，XUE1果肉为白色，F1均为白色，在221株F2代分离群体中，167株为白色果肉表型，54株为黄色果肉表型，经卡方检验符合3：1孟德尔分离定律（卡方值为0.0136），表明黄瓜黄色果肉为单基因控制，且黄色对白色为隐性。
二、双亲基因组重测序及SNP分子标记的开发；
1、双亲全基因组重测序；
使用Highseq2500测序仪对双亲（XUE1和yf-1）进行基因组DNA重测序，以黄瓜参考基因组GY14 V2为参考。
2、黄瓜基因组DNA提取；
采用CTAB法提取亲本、F1及F2代分离群体的生长点嫩叶的总DNA。采取黄瓜生长点的一片嫩叶放入2 ml离心管中，在液氮中研磨成粉末，加入750 μL CTAB裂解液，混匀后在65℃水浴1h，期间上下颠倒使其充分混匀。向上述匀浆液中加入750 μl氯仿，混匀后室温静置10 min，12000 rpm离心5 min。吸取400 μl上清液至新的1.5 ml离心管，加入等体积的异丙醇，混合均匀后在-20℃放置1h。取出后，12000 rmp离心5 min。弃上清液，加入750 μl的75%乙醇，再次12000 rpm离心5 min，弃上清，室温下干燥直至乙醇完全挥发，加入100 μl双蒸水混合均匀后，置于-20℃备用。
3、SNP分子标记开发及鉴定；
在F2分离群体中随机挑选黄肉植株和白肉植株各25株，构建黄肉池和白肉池。基于Ren等(2009)和Cavagnaro等(2010)发表的黄瓜SSR标记，采用实验室前期合成的平均分布于黄瓜7条染色体上的221对SSR分子标记在黄肉池和白肉池中进行PCR扩增，其反应体系为：基因组DNA 200 ng，引物1 μl 2 uM，0.2 μl 2.5 mM dNTPs，1.0 μl 10×PCR Buffer，0.5 U rTaq酶，总反应体系为10 μl。反应程序为：95℃预变性3 min，94℃变性45 s，68-58℃退火1min，72℃延伸1 min，循环6次；94℃变性30 s，58-50℃退火1 min，72℃延伸1 min，循环8次；94℃变性30 s，50℃退火30 s，72℃延伸1 min，循环20次；72℃延伸7 min，4℃保存。使用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测，最终将黄色果肉基因初步定位在4号染色体SSR14026 (Chr4_2358116)附近。随后根据亲本重测序结果与黄瓜基因组参考信息，使用dCAPS Finder 2.0（http://helix.wustl.edu/dcaps/ dcaps.htm）和 Primer Premier5.0 在Chr4_2358116附近设计30对dCAPS引物。在双亲（XUE1和yf-1）及F1中进行PCR扩增，经限制性内切酶酶切及聚丙烯酰胺凝胶电泳检测后，30对SNPs标记中有17对在亲本和F1之间存在多态性。随后采用这17对SNP标记在扩大后的1000株F2代群体进行连锁分析，最终将黄色果肉基因定位在SNP4908722与SNP4972281之间，物理距离63.56 kb（图1）。在此区间内继续开发了7对dCAPS引物，仅发现一个SNP标记在亲本间具有多态性，并将该标记命名为yfSNP01。利用该标记有助于在黄瓜苗期鉴定黄瓜表型，加快黄瓜果肉颜色的遗传育种进程。
实施例二
（1）选取72株yf-1×XUE已知果肉颜色表型的F2单株，其中24株为黄色果肉表型，48株为白色果肉表型；
（2）分别提取上述72株单株及亲本基因组DNA，使用yfSNP01所衍生的dCAPS标记进行PCR扩增，然后用Bsphl限制性内切酶对扩增产物进行酶切；
（3）聚丙烯酰胺凝胶电泳结果表明：黄色果肉株与yf-1酶切结果一致，白色果肉株与XUE1酶切一致，或同时有yf-1和XUE的酶切结果（图2），上述SNP标记可以将黄肉株、白肉株的纯合株和杂合株区分开。
本发明所述的实例是对本发明的说明而不能限制本发明，在与本发明相当的含义和范围内的任何改变和调整，都应认为是在本发明的范围内。
序列表
<110> 扬州大学
<120> 与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
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<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gttcaatcat gggatggaca 20
Claims (6)
1.与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记，其特征在于，SNP标记是yfSNP01，位于黄瓜基因组第4号染色体4964651处，yfSNP01处碱基为C的黄瓜为白色果肉品种，yfSNP01处碱基为T的黄瓜为白色果肉品种。
2. 一组用于检测权利要求1所述的与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记的dCAPS引物对，其特征在于，所述引物对包括yfSNP01的正向引物5′-TCGTCTTTTCCGAATATCGAAAGTCA -3′和yfSNP01的反向引物5′- GTTCAATCATGGGATGGACA -3′。
3.权利要求2所述的dCAPS引物对在黄瓜果肉颜色分子标记辅助育种中的应用。
4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，具体方法是：
（1）提取待检测黄瓜基因组DNA；
（2）以待检测黄瓜基因组DNA为模板，利用权利要求2所述的引物对，进行PCR扩增；
（3）使用限制性内切酶Bsphl引物扩增的PCR产物进行酶切；
（4）经酶切后将产物进行电泳检测，根据电泳检测结果确定黄瓜果肉颜色，如果条带与XUE1一致，则为白色果肉单株；如果条带与yf-1一致，则为黄色果肉单株；如果同时具有XUE1和yf-1的条带，则为白色果肉单株。
5.权利要求2所述的dCAPS引物对在黄瓜黄色果肉基因克隆中的应用。
6.权利要求2所述的dCAPS引物对在黄色果肉黄瓜新品种选育中的应用。
Priority Applications (1)
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Cited By (1)
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|---|---|---|---|---|
| CN116287377A (zh) * | 2023-01-31 | 2023-06-23 | 广东省农业科学院蔬菜研究所 | 一种与冬瓜果肉颜色基因紧密连锁的InDel分子标记及其应用 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN109762921A (zh) * | 2019-01-28 | 2019-05-17 | 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 | 用于检测黄瓜果肉颜色的snp标记及其应用 |
| CN114381543A (zh) * | 2021-12-28 | 2022-04-22 | 上海交通大学 | 一种检测黄瓜CsPsy1基因SNP位点的分子标记及其应用 |
-
2022
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Patent Citations (2)
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| CN114381543A (zh) * | 2021-12-28 | 2022-04-22 | 上海交通大学 | 一种检测黄瓜CsPsy1基因SNP位点的分子标记及其应用 |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| 胡丽芳等: "黄瓜重要性状相关分子标记研究进展", 《中国农学通报》 * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN116287377A (zh) * | 2023-01-31 | 2023-06-23 | 广东省农业科学院蔬菜研究所 | 一种与冬瓜果肉颜色基因紧密连锁的InDel分子标记及其应用 |
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