CN114341164A - 用于多瘤病毒的免疫疗法 - Google Patents

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R·肯纳
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Abstract

本文提供在癌症或多瘤病毒感染的治疗中有用的与多瘤病毒表位相关的方法和组合物。

Description

用于多瘤病毒的免疫疗法
相关申请
本申请要求于2019年7月24日提交的美国临时专利申请序列号62/878,105(其通过引用被整体并入)的优先权的权益。
背景
多瘤病毒是普遍存在的病毒，其感染许多各种不同的哺乳动物物种。目前，已经鉴别了超过12种不同的人类多瘤病毒物种(包含BK多瘤病毒(BKV/人类多瘤病毒1)、约翰坎宁安(John Cunningham)多瘤病毒(JCV/人类多瘤病毒2)、以及默克尔细胞多瘤病毒(MCV/人类多瘤病毒5))。
大多数这样的多瘤病毒在人类中通常是无症状的。然而，通常在儿童期和/或免疫系统受损的宿主中获得那些与疾病相关的人类多瘤病毒。例如，最初的JCV感染可以经由扁桃体或胃肠道发生，并且在胃肠道中以及可能在淋巴器官、神经元组织和肾脏中潜伏，病毒在胃肠道中以及可能在淋巴器官、神经元组织和肾脏中继续繁殖并且脱落病毒颗粒。随后，在无免疫能力、免疫抑制或免疫缺陷的情况下，JCV和BKV两者都可能重新激活并且发展为严重的器官疾病。
特别值得注意的是JC病毒，JC病毒可以穿过血脑屏障进入中枢神经系统(CNS)，JC病毒在中枢神经系统(CNS)中是嗜神经组织的，从而感染神经胶质细胞(例如，少突胶质细胞和星形胶质细胞)和脑膜细胞。一旦在脑中(例如，在免疫系统受损的受试者中)重新激活，JCV感染与白质脱髓鞘和几种病理综合征(如，JCV颗粒细胞层神经元病(JCV GCN)、JCV脑病(JCV CPN/JCVE)、JCV脑膜炎(JCVM)、以及尤其是进行性多灶性白质脑病(PML)(一种具有高死亡率的中枢神经系统的脱髓鞘疾病))相关。几乎仅在患有严重免疫缺陷的患者(如患有获得性免疫缺陷综合征(AIDS)的患者以及接受免疫抑制疗法(例如，类固醇、细胞抑制剂和抗增殖剂、治疗性抗体、钙调磷酸酶抑制剂、抗排斥药物等)的患者(如器官移植、患有霍奇金淋巴瘤、多发性硬化、银屑病和其他自身免疫疾病的患者)中观察到PML。目前尚无有效抑制或治愈病毒感染的药物；治疗主要依赖于逆转或缓解患者的免疫缺陷以减缓或停止疾病进展。不幸的是，这样的策略需要暂停或停止免疫抑制患者中的疗法，从而造成使这些患者易患其两种病况之一的窘境。因此，需要新的疗法来治疗和预防多瘤病毒感染和/或多瘤病毒相关性疾病。
概述
本文提供与多瘤病毒表位(例如，表1、表2、表3、表4、表5和/或表6中列出的表位)相关的组合物和方法，多瘤病毒表位通过T淋巴细胞(例如，细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和/或辅助性T淋巴细胞)被识别，并且在多瘤病毒感染(例如，JCV感染)和/或癌症(例如，多瘤病毒相关性癌症(如JCV相关性癌症))的预防和/或治疗中是有用的。在一些实施方案中，组合物和方法涉及JCV表位(例如，表1、表2和表3中列出的表位)。在一些实施方案中，组合物和方法涉及并入病毒株内和/或遍及相关病毒株发现的序列变异的杂合表位(例如，表4中列出的表位)。
在某些方面，本文提供肽(例如，分离的多肽和/或重组多肽)，肽(例如，分离的多肽和/或重组多肽)包括来自一个或更多个JCV抗原的一个或更多个表位(例如，来自LTA病毒抗原、STA病毒抗原或VP1病毒抗原的表位(如表1、表2和表3中列出的表位))和/或一个或更多个杂合表位(例如，表4中列出的表位)。在一些实施方案中，多肽包括多个这样的表位。在一些实施方案中，多肽还包括多个表位中的至少两个之间的间插氨基酸序列。在一些实施方案中，肽能够在施用至受试者(例如，哺乳动物受试者(如人受试者))时引发免疫应答。
在一些实施方案中，表位被选择，以提供人类群体的广泛覆盖。在一些实施方案中，表位对HLA-Al、HLA-A2、HLA-A3、HLA-A11、HLA-A23、HLA-A24、HLA-A26、HLA-A29、HLA-A30、HLA-B7、HLA-B8、HLA-B27、HLA-B35、HLA-B38、HLA-B40、HLA-B41、HLA-B44、HLA-B51、HLA-B56、HLA-B57或HLA-B58具有HLA I类限制。在一些实施方案中，表位对HLA-DP、HLA-DM、HLA-DOA、HLA-DOB、HLA-DQ、或HLA-DR具有HLA II类限制。在一些实施方案中，表位对HLA-DRB或HLA-DQB具有HLA II类限制。在一些实施方案中，肽包括SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:21中所示的表位氨基酸序列，基本上由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:21中所示的表位氨基酸序列组成，或者由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:21中所示的表位氨基酸序列组成。在一些实施方案中，本文提供包括本文提供的肽的药物组合物。
在某些方面，本文提供编码本文公开的肽的核酸(例如，分离的核酸)。在一些实施方案中，本文提供包括这样的核酸的表达构建体。在一些实施方案中，本文提供包括这样的表达构建体的宿主细胞。在某些方面，本文提供产生分离的肽的方法，方法包括在本文提供的宿主细胞中表达分离的肽以及至少部分纯化分离的肽。在一些实施方案中，本文提供包括本文提供的核酸的药物组合物。
在某些方面，本文提供T淋巴细胞(例如，分离的T淋巴细胞、CD4+T淋巴细胞、CD8+T淋巴细胞)，T淋巴细胞(例如，分离的T淋巴细胞、CD4+T淋巴细胞、CD8+T淋巴细胞)包括与HLA(例如，I类HLA、II类HLA)上呈递的本文所描述的表位特异性结合的T细胞受体(TCR)。在某些实施方案中，本文提供扩增用于过继性免疫疗法的BK病毒特异性T淋巴细胞的方法，方法包含：(i)接触从受试者分离的一个或更多个细胞，其中一个或更多个细胞包括T淋巴细胞，其中抗原呈递细胞呈递本文提供的表位；以及(ii)在使得BK病毒特异性T淋巴细胞从所述一个或更多个细胞扩增的条件下培养一个或更多个细胞。在具体实施方案中，培养一个或更多个细胞的操作在存在IL-2和/或IL-21的情况下进行。在一些实施方案中，在存在至少1ng/ml、2ng/ml、3ng/ml、4ng/ml、5ng/ml、6ng/ml、7ng/ml、8ng/ml、9ng/ml、10ng/ml、11ng/ml、12ng/ml、13ng/ml、14ng/ml、15ng/ml、16ng/ml、17ng/ml、18ng/ml、19ng/ml、20ng/ml、21ng/ml、22ng/ml、23ng/ml、24ng/ml、25ng/ml、26ng/ml、27ng/ml、28ng/ml、29ng/ml或30ng/ml的IL-2和/或IL-21的情况下培养细胞，在一些实施方案中，在不超过30ng/ml、35ng/ml、40ng/ml、45ng/ml、50ng/ml、60ng/ml、70ng/ml、80ng/ml、90ng/ml或100ng/ml的IL-2和/或IL-21中培养细胞。在一些实施方案中，在10-50ng/ml、20-40ng/ml、25-35ng/ml或约30ng/ml的IL-2和/或IL-21中培养细胞。在一些实施方案中，在30ng/ml的IL-2和/或IL-21中培养细胞。在某些实施方案中，相比于在不存在IL-2和/或IL-21的情况下的扩增，在存在IL-2和/或IL-21的情况下的扩增造成扩增的T淋巴细胞群体中多瘤病毒特异性CD8T细胞的绝对数量与多瘤病毒特异性CD4 T细胞的绝对数量的比值的增加。
在某些实施方案中，本文提供在受试者中治疗或预防多瘤病毒感染(例如，JCV感染)和/或治疗多瘤病毒相关性癌症(例如，JCV相关性癌症)和/或诱导T淋巴细胞免疫应答的方法，方法包括向受试者施用本文提供的肽、核酸、T细胞或药物组合物。在一些实施方案中，受试者是哺乳动物。在一些实施方案中，受试者是人。在一些实施方案中，受试者是免疫系统受损的。
在某些方面，本文提供在受试者中检测JC病毒感染的方法，方法包括通过使从受试者分离的T淋巴细胞与本文提供的分离的肽接触来检测JCV特异性T淋巴细胞的存在。在一些实施方案中，方法还包括根据本文所描述的方法在受试者中治疗JC病毒感染。在一些实施方案中，受试者是哺乳动物。在一些实施方案中，受试者是人。在一些实施方案中，受试者是免疫系统受损的。
在某些方面，本文提供在受试者中治疗癌症的方法(例如，多瘤病毒相关性癌症(如JCV相关性癌症))。在一些实施方案中，方法包括向受试者施用包括细胞毒性T细胞(CTL)的药物组合物，细胞毒性T细胞(CTL)包括识别表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)的T细胞受体(TCR)。在一些实施方案中，受试者表达限制一个或更多个表位的人类白细胞抗原(HLA)。在一些实施方案中，CTL对于受试者是自体的。在一些实施方案中，CTL对于受试者不是自体的。在一些实施方案中，从CTL文库或CTL库获得CTL。在一些实施方案中，方法包括向受试者施用疫苗组合物，疫苗组合物包括表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)。在一些实施方案中，方法包括向受试者施用包括抗原呈递细胞(APC)的药物组合物，抗原呈递细胞(APC)呈递表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)。在一些实施方案中，受试者表达限制一个或更多个表位的人类白细胞抗原(HLA)。
在某些方面，本文提供在受试者中治疗多瘤病毒感染(例如，JCV感染)的方法。在一些实施方案中，受试者是免疫系统受损的。在一些实施方案中，方法包括向受试者施用包括CTL的药物组合物，CTL包括识别表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)的TCR。在一些实施方案中，受试者表达限制一个或更多个表位的HLA。在一些实施方案中，CTL对于受试者是自体的。在一些实施方案中，CTL对于受试者不是自体的。在一些实施方案中，从CTL文库或CTL库获得CTL。在一些实施方案中，方法包括向受试者施用疫苗组合物，疫苗组合物包括表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)。在一些实施方案中，方法包括向受试者施用包括抗原呈递细胞(APC)的药物组合物，抗原呈递细胞(APC)呈递表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)。在一些实施方案中，受试者表达限制一个或更多个表位的人类白细胞抗原(HLA)。
在一些方面，本文提供包括T细胞受体(TCR)的CTL的群体，所述T细胞受体(TCR)识别表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)。
在一些方面，本文提供APC的群体，所述APC的群体呈递表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)。在一些实施方案中，APC包括B细胞、抗原呈递T细胞、树突状细胞、和/或人工抗原呈递细胞(如，aK562细胞)。在一些方面，抗原呈递细胞(例如，aK562细胞)表达CD80、CD83、41BB-L、和/或CD86。在一些实施方案中，本文提供在受试者中治疗或预防癌症(例如，多瘤病毒相关性癌症(如JCV相关性癌症))和/或多瘤病毒(例如，JCV)感染的方法，方法包括向受试者施用本文所描述的APC。
在一些方面，本文提供多肽，多肽包括表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)。在某些方面，本文提供编码多肽的核酸分子(例如，DNA分子或RNA分子)，多肽包括表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)。在一些实施方案中，核酸分子是运载体(例如，腺病毒运载体)。在一些实施方案中，本文提供包括本文所描述的多肽和/或核酸分子的疫苗组合物。
在一些实施方案中，本文提供生成多瘤病毒特异性CTL(例如，JCV特异性CTL)、激活多瘤病毒特异性CTL(例如，JCV特异性CTL)、和/或诱导多瘤病毒特异性CTL(例如，JCV特异性CTL)的增殖的方法，方法包括使CTL与呈递表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)的APC接触。在一些实施方案中，CTL在体外与APC接触。在一些实施方案中，APC包括B细胞、抗原呈递T细胞、树突状细胞、和/或人工抗原呈递细胞(如，aK562细胞)。在一些方面，抗原呈递细胞(例如，aK562细胞)表达CD80、CD83、41BB-L、和/或CD86。在一些实施方案中，CTL在存在一种或更多种细胞因子的情况下与APC接触。
在一些实施方案中，本文提供生成呈递本文提供的表位的APC的方法，方法包括使APC与包括表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)的多肽和/或编码包括表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的一个或更多个(例如，至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个或更多个)的多肽的核酸接触。在一些实施方案中，APC表达限制一个或更多个表位的HLA。
在一些实施方案中，一个或更多个表位包括由两种或更多种多瘤病毒共有的表位。在一些实施方案中，共有的表位包括至少两种多瘤病毒之间的序列同源性区，并且序列同源性区是遍及表位序列全长的至少3个、4个、5个、6个或7个氨基酸。在一些实施方案中，两种多瘤病毒是BKV和JCV。在一些实施方案中，至少三个氨基酸是LLL。
在其他方面，本文提供鉴别适合于本文提供的治疗方法(例如，本文提供的CTL、APC、或疫苗组合物的施用)的受试者的方法，方法包括从受试者分离样品(例如，血液样品或肿瘤样品)，以及检测本文提供的表位或编码本文提供的表位的核酸的存在。在某些实施方案中，如果受试者表达限制本文所描述的表位中的一个或更多个的HLA，则受试者被鉴别为适合于本文提供的治疗方法。在一些实施方案中，使用治疗方法治疗被鉴别为适合于本文提供的治疗方法的受试者。
附图的简要说明
图1示出对JCV抗原的T细胞应答。简言之，用JCV重叠肽库(OPP)刺激来自17个健康受试者的PBMC，并且使T细胞在存在IL-2的情况下扩增达14天。在使用流式细胞仪用各自的肽库刺激后的第14天，针对IFN-γ的表达对细胞进行测定。图表中体现了在用各自的BKVOPP刺激后全部17个供者的编制数据；(A)示出BKV特异性CD8+T细胞的应答，并且(B)示出CD4+T细胞的应答。
图2描绘了证明使用二维肽矩阵鉴别T细胞决定簇的代表性数据。通过鉴别特异性T细胞决定簇来进一步表征使用OPP在体外扩增的JCV特异性T细胞。单独的重叠肽用于制备亚库(24个库；LTA1-LTA24)，并且如图片A的条形图中所示通过细胞内细胞因子染色(ICS)IFN-γ测定测量每个库的T细胞应答。使用子库的应答叠加在二维矩阵上，从而显示出库中常见的单独的肽。图片B的FAC图证明了用于IFN-γICS测定中时每个单独的肽(P29、P30和P32)的T细胞应答，从而证实了负责引发JCV特异性T细胞应答的肽。
图3示出从JCV-LT抗原定位的表位的HLA II类限制分析的代表性数据。具体地，示出作为HLA DRB1*10:01的VDLHAFLSQAVFSNR(LT29)肽、FLSQAVFSNRTVASF(LT30)肽和TVASFAVYTTKEKAQ(LT32)肽的HLA II类限制。简言之，选择一组与供者的HLA类型的一单个等位基因匹配的淋巴母细胞(LCL)，并且用各自的肽负载达1小时。然后，将经负载的LCL用作IFN-γICS测定中的刺激细胞。当由MHC呈递时，肽在JCV特异性T细胞中引发IFN-γ应答。
图4证明了BKV表位与JCV表位之间的T细胞交叉反应性。ICS FACS图示出用BKV表位(SSGTQQWRGLARYFK)或JCV表位(RSGSQQWRGLSRYFK)扩增的T细胞中IFN-γ的表达。使用BKV肽和JCV肽刺激这些已接触抗原的T细胞，从而表明用这些表位之一扩增的T细胞识别BKV肽序列和JCV肽序列两者。
图5图示说明来自健康受试者的JCV特异性T细胞扩增。评估了表达IFN-γ的CD4+T细胞的频率，并且图表中示出每个单独受试者的应答。
图6示出使用合并的肽扩增的JCV特异性T细胞的多功能性。代表性FAC点图示出在用JCV肽库再刺激后，CD4+T细胞中单独的效应分子的表达(a)。图片(b)和图片(c)中示出表达多种细胞因子的JCV特异性T细胞的多功能性。
图7示出体外生长的JCV特异性T细胞的转录因子和效应子特性。
详细说明
概述
本文提供与多瘤病毒表位(例如，表1、表2、表3和/或表4中列出的表位)相关的组合物和方法，多瘤病毒表位通过T淋巴细胞(例如，细胞毒性(CD8+)T淋巴细胞(CTL)和/或辅助性(CD4+)T淋巴细胞)被识别，并且在多瘤病毒感染(例如，JCV感染)和/或癌症(例如，多瘤病毒相关性癌症(如JCV相关性癌症))的预防和/或治疗中是有用的。在一些实施方案中，本文提供的组合物和方法涉及JCV表位(例如，表1、表2和表3中列出的表位)。在一些实施方案中，组合物和方法涉及杂合表位，杂合表位包括在BKV表位和JCV表位(例如，表4中列出的表位)内或遍及BKV表位和JCV表位(例如，表4中列出的表位)发现的变异。
定义
为了方便起见，此处收集了说明书、实施例和所附权利要求中采用的某些术语。
本文中使用冠词“一(a)”和“一(an)”指所述冠词的一个或多于一个(即，至少一个)语法对象。举例来说，“一要素”意指一个要素或多于一个要素。
如本文所使用的，术语“施用”意指向受试者提供药剂或药物组合物，并且包含(但不限于)由医疗技术人员施用和自我施用。这样的药剂可以含有例如本文所描述的肽、本文提供的抗原呈递细胞和/或本文提供的CTL。
术语“氨基酸”旨在包括包含氨基官能性和酸官能性两者并且能够被包含在天然存在的氨基酸的聚合物中的全部分子(无论是天然的还是合成的)。示例性氨基酸包含天然存在的氨基酸；其类似物、衍生物和同源物；具有变体侧链的氨基酸类似物；以及前述中任何一种的全部立体异构体。
术语“结合”或“相互作用”指由于例如生理条件下的静电相互作用、疏水相互作用、离子相互作用和/或氢键相互作用而在两个分子之间(例如，TCR与肽/HLA之间)的缔合(其可以是稳定的缔合)。当表位存在于适当的HLA上时，TCR“识别”其能够结合的T细胞表位。
术语“生物样品”、“组织样品”或简单地“样品”各自指从受试者的组织获得的细胞的集合。组织样品的来源可以是如来自新鲜、冷冻和/或保存的器官、组织样品、活组织检查、或抽出物的实体组织；血液或任何血液成分、血清、血液；体液，如脑脊液、羊膜水、腹膜液或间质液、尿液、唾液、粪便、泪液；或来自受试者的妊娠或发育的任何时间的细胞。
如本文所使用的，术语“癌症”包含(但不限于)实体肿瘤和血液传播肿瘤。术语癌症包含皮肤、组织、器官、骨骼、软骨、血液和血管的疾病。术语“癌症”还包含原发性癌症和转移性癌症。
如本文所使用的，术语“同源”指相同序列链的两个区之间或两个不同序列链的区之间的序列相似性(例如，核酸或氨基酸序列)。术语“同源”也可以用于指相同序列链的两个区之间或两个不同序列链的区之间的序列相似性。例如，当两个区中的氨基酸残基位置被相同的氨基酸残基占据时，则所述区在该位置处是同源的。如果每个区的至少一个核苷酸残基位置被相同的残基占据，则第一区和第二区是同源的。两个区之间的同源性依据两个区的被相同的核苷酸残基或氨基酸残基占据的核苷酸残基位置或氨基酸残基位置的比例来表示。例如，具有核苷酸序列5’-ATTGCC-3’的区和具有核苷酸序列5’-TATGGC-3’的区共有50％的同源性。优选地，第一区包括第一部分，并且第二区包括第二部分，借此所述部分中的每个的至少约50％、并且优选地至少约75％、至少约90％、或至少约95％的核苷酸残基位置被相同的核苷酸残基占据。更优选地，所述部分中的每个的全部核苷酸残基位置被相同的核苷酸残基占据。
术语“分离的”指已经从其天然状态移除或以另外的方式经受人类操纵的材料。分离的材料可以基本上或本质上不含在其天然状态中通常伴随其的组分，或者可以被操纵以便与在其天然状态中通常伴随其的组分一起处于人工状态。
术语“肽”指由肽键或者经修饰的肽键连接在一起的两个或更多个氨基酸。本文中使用的术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”可以可互换地使用。在某些实施方案中，由重组DNA或重组RNA制备肽，肽是合成来源的，或者其一些组合，其(1)与通常在自然界中发现的肽无关，(2)从其通常存在的细胞中分离，(3)从相同的细胞来源中分离出而不含其他肽，(4)由来自不同物种的细胞表达，或(5)在自然界中不存在。
术语“表位”意为能够与抗体或TCR特异性结合的肽决定簇。表位通常由分子的化学活性表面基团(如氨基酸或糖侧链)组成。某些表位可以由抗体能够结合的特定氨基酸序列限定。
如本文所使用的，短语“药学上可接受的”指在合理的医学判断范围内适合于与人类和动物的组织接触，而没有过度毒性、刺激、过敏反应或其他问题或并发症，与合理的利益/风险比相称的那些药剂、化合物、材料、组合物和/或剂型。
如本文所使用的，短语“药学上可接受的载体”意为药学上可接受的材料、组合物或运载体(vehicle)(如液体或固体填充剂、稀释剂、赋形剂、或溶剂包封材料)，其涉及将药剂从器官、或身体的一部分携带或转运至另一器官、或身体的一部分。每种载体在与制剂的其他成分相容并且对患者无害的意义上必须是“可接受的”。可以用作药学上可接受的载体的材料的一些实例包含：(1)糖(如乳糖、葡萄糖和蔗糖)；(2)淀粉(如玉米淀粉和马铃薯淀粉)；(3)纤维素及其衍生物(如羧甲基纤维素钠、乙基纤维素和乙酸纤维素)；(4)粉状黄芪胶；(5)麦芽；(6)明胶；(7)滑石；(8)赋形剂(如可可脂和栓剂蜡)；(9)油类(如花生油、棉籽油、红花子油、麻油、橄榄油、玉米油和大豆油)；(10)二醇类(如丙二醇)；(11)多元醇(如甘油、山梨糖醇、甘露糖醇和聚乙二醇)；(12)酯类(如油酸乙酯和十二烷酸乙酯)；(13)琼脂；(14)缓冲剂(如氢氧化镁和氢氧化铝)；(15)藻酸；(16)无热原水；(17)等渗盐水；(18)林格溶液；(19)乙醇；(20)pH缓冲溶液；(21)聚酯、聚碳酸酯和/或聚酸酐；以及(22)药物制剂中采用的其他无毒相容物质。
术语“多核苷酸”和“核酸”被可互换地使用。它们指任何长度的核苷酸的聚合体形式，脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸或其类似物。多核苷酸可以具有任何三维结构，并且可以执行任何功能。以下是多核苷酸的非限制性实例：基因或基因片段的编码区或非编码区、由连锁分析确定的基因座(loci)(基因座(locus))、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、核糖酶、cDNA、重组多核苷酸、支化多核苷酸、质粒、运载体、任何序列的分离的DNA、任何序列的分离的RNA、核酸探针和引物。多核苷酸可以包括经修饰的核苷酸，如甲基化的核苷酸和核苷酸类似物。如果存在的话，对核苷酸结构的修饰可以在聚合物的组装之前或之后被赋予。多核苷酸可以被进一步修饰，如通过与标记组件偶联。在本文提供的全部核酸序列中，U核苷酸与T核苷酸是可互换的。
如本文所使用的，“预防”病况的治疗剂指化合物，当在紊乱或病况的发作之前被施用至统计样品时，相对于未经处理的对照样品，所述化合物降低经处理的样品中的紊乱或病况的发生，或相对于未经处理的对照样品，所述化合物延迟紊乱或病况的一种或更多种症状的发作或降低紊乱或病况的一种或更多种症状的严重性。
如本文所使用的，“特异性结合”指抗体与预定抗原结合的能力或肽与其预定结合配偶体结合的能力。通常，抗体或肽以对应于约10-7M或更小的KD的亲和力与其预定抗原或预定结合配偶体特异性结合，并且以比其对于与非特异性和不相关的抗原/结合配偶体(例如，BSA、酪蛋白)结合的亲和力小至少10倍、小至少100倍、或小至少1000倍的亲和力(如由KD表示的)与预定抗原/结合配偶体结合。
如本文所使用的，术语“受试者”意为被选择用于治疗或疗法的人或非人动物。
如本文所使用的，短语“治疗有效量”和“有效量”意为当向受试者施用时在受试者中引发足够的治疗响应以便以适用于任何医学治疗的合理利益/风险比在受试者中提供有益结果的药剂的量。
在受试者中“治疗”疾病或“治疗”患有疾病的受试者指使受试者经受药物治疗(例如，施用药物)，使得疾病的至少一种症状被减轻或防止恶化。
术语“运载体(vector)”指工具(means)，通过所述工具，核酸可以在生物体、细胞或细胞组分之间繁殖和/或转移。运载体包含质粒、病毒、噬菌体、前病毒、噬菌粒、转位子和人工染色体等，其可能能够或可能不能够自主复制或整合到宿主细胞的染色体中。
表位
在某些实施方案中，本文提供方法和组合物，方法和组合物与当在HLA上呈递时被免疫效应细胞(例如，细胞毒性T细胞/CTL)识别的多瘤病毒表位(如JCV表位)相关。在某些实施方案中，本文所描述的表位在多瘤病毒感染(例如，JCV病毒感染)和/或癌症(例如，表达本文提供的表位的JCV相关性癌症)的预防和/或治疗中、和/或对于在多瘤病毒感染(例如，JCV病毒感染)和/或癌症(例如，表达本文提供的表位的多瘤病毒相关性癌症)的预防和/或治疗中有用的药物药剂及其组合物(例如，致敏的免疫效应细胞和/或APC)的生成是有用的。在某些实施方案中，表位是表1、表2和/或表3中列出的JCV表位。在一些实施方案中，表位是杂合表位，杂合表位包括来自BKV表位和同源的JCV表位两者的氨基酸、和/或在不同BKV菌株或JCV菌株内发现的氨基酸变体。表4中列出示例性杂合表位。在一些实施方案中，本文所描述的组合物和方法还涉及来自附加病毒(如EBV、CMV、或ADV)的表位。在一些实施方案中，表位是HLA I类限制性T细胞表位。在其他实施方案中，表位是HLA II类限制性T细胞表位。
表1：示例性JCV HLA限制性T细胞表位
Figure BDA0003523407900000111
表2：JCV表位肽序列和同源BKV表位肽序列的列表
JCV表位肽序列 SEQ ID NO.: 同源BKV表位肽序列 SEQ ID NO.:
IDQFMVVFEDVKGTG 1 IDQYMVVFEDVKGTG 22
VDLHAFLSQAVFSNR 2 SDLHQFLSQAVFSNR 23
FLSQAVFSNRTVASF 3 FLSQAVFSNRTLACF 24
TVASFAVYTTKEKAQ 4 TLACFAVYTTKEKAQ 25
ERLNFELGVGIDQFM 5 ERLTFELGVAIDQYM 26
TCGNILMWEAVTLKT 6 TCGNLLMWEAVTVKT 27
RYWLFKGPIDSGKTT 7 RYWLFKGPIDSGKTT 28
MTREEMLVERFNFLL 8 MTREEMLTERFNHIL 29
EQYMAGVAWIHCLLP 9 EQYMAGVAWLHCLLP 30
RKAYLKKCKELHPDK 10 RKAYLRKCKEFHPDK 31
GGHNILFFLTPHRHR 11 AGHNIIFFLTPHRHR 32
RSGSQQWRGLSRYFK 12 SSGTQQWRGLARYFK 33
DPDMMRYVDKYGQLQ 13 DPDMIRYIDRQGQLQ 34
MDKVLNREESMELMD 14 MDKVLNREESMELMD 35
SITEVECFLTPEMGD 15 AITEVECFLNPEMGD 36
SKNQKSICQQAVDTV 16 SKNQKSICQQAVDTV 37
SICQQAVDTVAAKQR 17 SICQQAVDTVLAKKR 38
RNRKFLRSSPLVWID 18 LNRKFLRKEPLVWID 39
LRSSPLVWIDCYCFD 19 LRKEPLVWIDCYCID 40
KMKRMNFLYKKMEQG 20 KMKRMNTLYKKMEQD 41
NFLYKKMEQGVKVAH 21 NTLYKKMEQDVKVAH 42
表3：来自与BKV表位序列同源的JCV的示例性表位序列
Figure BDA0003523407900000131
Figure BDA0003523407900000141
*将来自BKV表位的变体的氨基酸残基加粗并且加以下划线。
**未限定
表4：来自JCV/BKV杂合表位序列的示例性表位序列
Figure BDA0003523407900000151
Figure BDA0003523407900000161
**未限定
在一些实施方案中，本文提供包括来自表1、表2、表3和/或表4的表位中的一个或更多个的肽(例如，多肽)。在一些实施方案中，本文公开的肽是全长病毒蛋白(例如，全长BKV蛋白和/或全长JCV蛋白)。在一些实施方案中，肽不是全长病毒蛋白(例如，不是全长BKV蛋白和/或全长JCV蛋白)。在一些实施方案中，本文公开的肽包括具有序列同源性的BKV表位和JCV表位(例如，表2、表3和表4中列出的表位)。在一些实施方案中，本文公开的肽包括病毒蛋白的小于100个、90个、80个、70个、60个、50个、40个、30个、25个、20个、15个或10个邻接的氨基酸。在一些实施方案中，本文公开的肽包括表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的两个或更多个。例如，在一些实施方案中，本文公开的肽包括通过多肽连接体连接的表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的两个或更多个。在一些实施方案中，本文提供的肽包括至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个或27个表位(例如，表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个或27个)。在优选实施方案中，本文公开的肽包括表1中所示的JCV表位(即，SEQ ID No:1-21中所示的JCV表位中的任何一种、或其任何组合)。例如，肽可以包括由SEQ ID No:1-21中所示的氨基酸序列编码的表位中的至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个或全部21个。
在某些方面，本文提供多肽(例如，分离的多肽和/或重组多肽)，多肽(例如，分离的多肽和/或重组多肽)包括来自BKV抗原或JCV抗原的多个表位(例如，来自大T抗原(LTA)、小T抗原(STA)、或主要衣壳蛋白VP1病毒抗原的表位(如表1、表2、表3或表4中列出的那些表位，优选表1中所示的表位))。更优选地，本文公开的多肽包括SEQ ID No:1-21中所示的JCV表位中的任何一个、或其组合。在一些这样的实施方案中，多肽还包括在多个表位中的至少两个之间的间插氨基酸序列。在一些实施方案中，间插氨基酸或氨基酸序列是蛋白酶体释放氨基酸或氨基酸序列。蛋白酶体释放氨基酸或氨基酸序列的非限制性实例是或者包括AD、K或R。在一些实施方案中，间插氨基酸或氨基酸序列是TAP识别基序。通常，TAP识别基序可以符合下式：(R/N:I/Q:W/Y)n，其中n是≥1的任何整数。TAP识别基序的非限制性实例包含RIW、RQW、NIW和NQY。在一些实施方案中，本文提供的表位通过蛋白酶体释放氨基酸序列、以及可选的在每个表位的羧基末端处的TAP识别基序连接或接合。在一些这样的实施方案中，多肽包括由SEQ ID No:1-21中所示的氨基酸序列编码的表位中的每个，或者基本上由由SEQ ID No:1-21中所示的氨基酸序列编码的表位中的每个组成。
在一些实施方案中，本文提供的多肽还包括来自至少一种附加的病毒(例如，EB病毒(EBV)、巨细胞病毒(CMV)、和/或腺病毒(ADV))的表位。在一些实施方案中，肽包括来自两种或更多种病毒的表位。在一些实施方案中，肽包括来自三种或更多种病毒的表位。在一些实施方案中，肽包括来自四种或更多种病毒的表位。在一些实施方案中，肽包括来自五种或更多种病毒的表位。例如，在一些实施方案中，肽包括来自JCV、BKV、EBV、CMV和/或ADV中的至少两种、三种、四种或五种的序列。
在一些实施方案中，本文提供包括本文所描述的表位中的两个或更多个的多表位多肽(即，包括多个T细胞表位的氨基酸残基的单链，多个T细胞表位在自然界中不连接)。在一些实施方案中，多肽中的T细胞表位经由氨基酸连接体连接。在一些实施方案中，多肽中的T细胞表位直接连接，而无需插入氨基酸。多表位多肽、生成多表位多肽的方法、以及编码多表位多肽的运载体的实例可以在Dasari et al.,Molecular Therapy-Methods&Clinical Development(2016)3,16058(其通过引用特此整体并入)中找到。
在某些方面，本文提供免疫原性肽的库，免疫原性肽的库包括能够诱导肽特异性T细胞增殖的HLA I类和II类限制性多瘤病毒肽表位(例如，表1、表2、表3、表4、表5和/或表6中列出的表位)。在一些实施方案中，免疫原性肽的库包括至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个或27个表位(例如，表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个或27个)、或其组合。在优选实施方案中，肽库包括表1中所示的至少一个JCV表位(即，SEQ ID No:1-21中所示的JCV表位中的任何一个、或其任何组合)。例如，免疫原性肽的库可以包括由SEQ ID No:1-21中所示的氨基酸序列编码的表位中的至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个或全部21个。最优选地，这样的肽库包括SEQ IDNo:1-21中所示的JCV肽表位氨基酸序列中的每种。免疫原性肽及其库能够诱导肽特异性T细胞(例如，肽特异性细胞毒性T细胞和/或CD4+T细胞)的增殖。
在一些实施方案中，本文提供的组合物和方法包括或涉及表1、表2和/或表3中列出的表位的天然存在的变体。例如，在一些实施方案中，本文提供包括表1、表2和/或表3中列出的表位的两个或更多个(例如，至少3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个)天然存在的变体的多表位多肽。
在一些实施方案中，除一个或更多个(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个或更多个)保守序列修饰之外，本文提供的表位的序列具有本文公开的序列。如本文所使用的，术语“保守序列修饰”旨在指不显著地影响或改变TCR与含有HLA上呈递的氨基酸序列的肽之间的相互作用的氨基酸修饰。这样的保守修饰包含氨基酸置换、添加(例如，向肽的N末端或C末端添加氨基酸)和缺失(例如，从肽的N末端或C末端缺失氨基酸)。保守氨基酸置换是其中氨基酸残基被具有相似侧链的氨基酸残基替代的氨基酸置换。本领域中已经定义了具有相似侧链的氨基酸残基家族。这些家族包含具有碱性侧链的氨基酸(例如，赖氨酸、精氨酸、组氨酸)、具有酸性侧链的氨基酸(例如，天门冬氨酸、谷氨酸)、具有不带电荷的极性侧链的氨基酸(例如，甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、色氨酸)、具有非极性侧链的氨基酸(例如，丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸)、具有β-支化侧链的氨基酸(例如，苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸)和具有芳香族侧链的氨基酸(例如，酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、组氨酸)。因此，本文所描述的肽的一个或更多个氨基酸残基可以被来自相同侧链家族的其他氨基酸残基替代，并且可以使用本领域已知的方法测试改变的肽的TCR结合(例如，抗原性)的保留。可以通过本领域已知的标准技术(如定点诱变和PCR介导的诱变)将修饰引入抗体。
在一些实施方案中，本文所描述的肽(例如，多肽)是免疫原性的，并且能够在向受试者(例如，哺乳动物受试者，如人类受试者)施用时引发免疫应答。在另外的实施方案中，本文所描述的肽(例如，多肽)能够在免疫细胞(例如，受试者的免疫细胞和/或来自供者的免疫细胞(如包括同种异体PBMC的那些免疫细胞))对肽的内源性加工和/或呈递或外源性加工和/或呈递后引发免疫应答。
在一些方面，本文提供呈递本文所描述的肽中的一种或更多种(例如，包括表1、表2、表3和/或表4中列出的至少一个表位的肽)的细胞。在一些实施方案中，细胞是哺乳动物细胞。在一些实施方案中，细胞是抗原呈递细胞(APC)(例如，抗原呈递T细胞、树突状细胞、B细胞、巨噬细胞或人工抗原呈递细胞(如aK562细胞))。可以通过本领域已知的标准技术产生本文中所描述的呈递肽的细胞。例如，细胞可以被施以脉冲以促进肽摄取。在一些实施方案中，用编码本文提供的肽的核酸转染细胞。在一些方面，本文提供产生抗原呈递细胞(APC)的方法，方法包括用本文所描述的肽对细胞施以脉冲。可以在WO2013088114(其特此被整体并入本文)中找到产生抗原呈递细胞的示例性实例。
本文提供的肽可以使用标准蛋白质纯化技术通过适当的纯化方案从细胞来源或组织来源分离，可以通过重组DNA技术产生，和/或可以使用标准肽合成技术以化学方法合成。可以通过编码本发明的一种或多种肽的核苷酸的表达，在原核宿主细胞或真核宿主细胞中产生本文所描述的肽。可替代地，可以通过化学方法合成这样的肽。用于在重组宿主中表达异源肽的方法、肽的化学合成的方法和体外翻译的方法是本领域公知的，并且被进一步在Maniatis et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual(1989),2nd Ed.,ColdSpring Harbor,N.Y.；Berger and Kimmel,Methods in Enzymology,Volume 152,Guideto Molecular Cloning Techniques(1987),Academic Press,Inc.,San Diego,Calif.；Merrifield,J.(1969)J.Am.Chem.Soc.91:501；Chaiken I.M.(1981)CRCCrit.Rev.Biochem.11:255；Kaiser et al.(1989)Science 243:187；Merrifield,B.(1986)Science 232:342；Kent,S.B.H.(1988)Annu.Rev.Biochem.57:957；以及Offord,R.E.(1980)Semisynthetic Proteins,Wiley Publishing(其通过引用被并入本文)中描述。
核酸分子
本文提供编码本文所描述的表位和肽的核酸分子。核酸可以存在于例如全细胞中、细胞裂解物中、或部分纯化的或基本上纯的形式中。可以使用标准分子生物学技术和本文提供的序列信息分离本文所描述的核酸分子。例如，可以通过标准合成技术(即，使用自动DNA合成仪)来制备对应于表1、表2、表3或表4中列出的表位中的一个或更多个的核苷酸序列的寡核苷酸。
在一些实施方案中，本文提供含有本文所描述的核酸分子的运载体(例如，病毒运载体，如基于腺病毒的表达运载体)。病毒运载体可以含有附加的DNA区段可以连接至病毒基因组中。某些运载体能够在其被引入的宿主细胞中自主复制(例如，具有细菌复制起点的细菌运载体、游离型哺乳动物运载体)。其他运载体(例如，非游离型哺乳动物运载体)在被引入到宿主细胞时可以被整合到宿主细胞基因组中，并且从而与宿主基因组一起被复制。此外，某些运载体能够指导基因的表达。这样的运载体在本文中被称为“重组表达运载体”(或简单地“表达运载体”)。在一些实施方案中，本文提供被可操作地连接至表达运载体中的一个或更多个调控序列(例如，启动子)的核酸。在一些实施方案中，细胞转录本文提供的核酸，并且从而表达本文所描述的抗体、抗体的抗原结合片段或肽。核酸分子可以被整合到细胞的基因组中，或其可以在染色体外。
在一些实施方案中，本文提供的核酸运载体或重组腺病毒编码表1、表2、表3和/或表4中列出的一个或更多个表位。例如，核酸运载体或重组腺病毒可以由来自相同表的一个或更多个表位(例如，来自表1的一个或更多个表位、来自表2的一个或更多个表位、来自表3的一个或更多个表位、或来自表4的一个或更多个表位)组成。或者，核酸运载体或重组腺病毒可以由来自相同表(例如，表1)的一个或更多个表位、以及来自不同表(例如，表2)的一个或更多个表位组成。在一些实施方案中，除了表1、表2、表3和/或表4中列出的表位之外，本文提供的核酸运载体或重组腺病毒编码不超过20个、19个、18个、17个、16个、15个、14个、13个、12个、11个、10个、9个、8个、7个、6个、5个、4个、3个、2个或1个氨基酸。
在一些实施方案中，核酸运载体包括已经经历密码子优化的核酸序列。在这样的实施方案中，通过改变用于装配编码序列的每个核酸中的密码子来构建编码序列。通常，鉴别优化用于产生肽的密码子使用的核苷酸序列的方法包括至少下列步骤(a)至(e)。在步骤(a)中，提供编码多肽的部分的寡聚物，多肽在所述部分中含有经编码的氨基酸的密码子的简并形式，其中寡聚物延伸以提供具有重叠序列的旁侧编码序列。在步骤(b)中，寡聚物被处理，以实现肽的编码序列的装配。重新装配的肽被包含在表达系统中，表达系统与控制序列可操作地连接以实现其表达。在步骤(c)中，表达系统被转染到相容性宿主细胞的培养物中。在步骤(d)中，测试从经转化的宿主细胞获得的菌落的多肽的产生水平。在步骤(e)中，从表达系统获得至少一个具有最高的或令人满意的多肽产生的菌落。确定编码蛋白质的表达系统部分的序列。美国专利公布号US2010/035768(其通过引用被整体并入)中提供密码子优化的进一步描述。
抗原呈递细胞
在一些方面，本文提供APC，所述APC呈递(例如，在HLA上)一个或更多个本文提供的T细胞表位(例如，一个或更多个表1、表2、表3和/或表4中列出的T细胞表位)。在一些实施方案中，HLA是I类HLA。在一些实施方案中，HLA是II类HLA。在一些实施方案中，I类HLA具有α链多肽，α链多肽是HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F、HLA-g、HLA-K或HLA-L。在一些实施方案中，II类HLA具有α链多肽，α链多肽是HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA、HLA-DQA或HLA-DRA。在一些实施方案中，II类MHLA具有β链多肽，β链多肽是HLA-DMB、HLA-DOB、HLA-DPB、HLA-DQB或HLA-DRB。在一些实施方案中，APC呈递至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个或38个T细胞表位(例如，表1、表2、表3和/或表4中列出的T细胞表位中的至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个或39个)。
在一些实施方案中，APC是B细胞、抗原呈递T细胞、树突状细胞、或人工抗原呈递细胞(例如，aK562细胞)。可以通过从患者样品中取出PBMC并且将其粘附至塑料来制备用于过程的树突状细胞。通常，单核细胞群体粘着，并且全部其他细胞可以被清洗掉。然后用IL-4和GM-CSF分化粘附的群体，以产生单核细胞来源的树突状细胞。这些细胞可以通过添加IL-1β、IL-6、PGE-1和TNF-α(其上调树突状细胞的表面上的重要的共刺激分子)来成熟化，并且然后与本文所描述的重组腺病毒接触。
在一些实施方案中，APC是人工抗原呈递细胞(如aK562细胞)。在一些实施方案中，人工抗原呈递细胞被工程化以表达CD80、CD83、41BB-L和/或CD86。美国专利公布号2003/0147869(其特此通过引用被并入)中描述示例性人工抗原呈递细胞(包含aK562细胞)。
在某些方面，本文提供生成呈递本文所描述的T细胞表位中的两个或更多个的APC的方法，方法包括使APC与编码本文所描述的T细胞表位的核酸运载体和/或重组腺病毒接触和/或与由本文所描述的核酸运载体和/或重组腺病毒产生的多表位接触。在一些实施方案中，APC被照射。
T细胞
在某些方面，本文提供T细胞和T细胞的群体(例如，CD4 T细胞和/或CD8 T细胞)，T细胞和T细胞的群体(例如，CD4 T细胞和/或CD8 T细胞)表达识别HLA上呈递的本文所描述的肽(例如，表1、表2、表3和/或表4中列出的表位)的TCR(例如，αβTCR或γδTCR)。在一些实施方案中，T细胞是CD8 T细胞(CTL)，CD8 T细胞(CTL)表达识别I类HLA上呈递的本文所描述的肽的TCR。在一些实施方案中，T细胞是CD4 T细胞(辅助性T细胞)，CD4 T细胞(辅助性T细胞)识别II类HLA上呈递的本文所描述的肽。最优选地，本公开涉及多功能T细胞(即，能够诱导多种免疫效应子功能，并且与例如仅产生单一免疫效应子(例如，单一生物标志物，如细胞因子或CD107a)的细胞相比，提供针对表位(例如，表1、表2、表3和/或表4中列出的表位)的更有效的免疫应答的那些T细胞)的刺激和扩增。在慢性感染或疾病状态(例如，癌症)期间，多功能程度较低、单功能、或者甚至“耗竭”的T细胞可以主导免疫应答，从而对病毒相关性并发症的治疗或预防产生负面影响。可以通过确定转录因子(如T-bet和Eomes)和/或细胞毒性效应分子(如穿孔素和颗粒酶B)的表达模式(例如，通过ICS测定的表达谱)来进一步评估这样的T细胞的功能能力和活性。在一些实施方案中，针对本文公开的T细胞确定T-bet、Eomes、穿孔素和颗粒酶B中每种的表达。这样的表达水平可以作为相对测量(如比率)来确定和评估。在优选实施方案中，确定T-bet/Eomes和/或颗粒酶B/穿孔素的表达谱。在优选实施方案中，本文公开的T细胞(例如，JCV特异性T细胞)展现出T-bet的高表达和Eomes的低表达(即，T-bet高/Eomes低)；类似地，本文公开的T细胞可以展现出颗粒酶B的高表达和穿孔素的低表达(即，颗粒酶高/穿孔素低)。在一些这样的实施方案中，展现出T-bet高/Eomes低和/或颗粒酶高/穿孔素低表达谱的T细胞(例如，JCV特异性T细胞)被鉴别为具有功能能力和活性的。可以选择这样的T细胞用于扩增和/或在过继性T细胞免疫疗法中使用。最优选地，本文公开的T细胞(例如，JCV特异性T细胞)是多功能的(即，产生两种或更多种本文所描述的细胞因子)，并且展现出T-bet高/Eomes低和/或颗粒酶高/穿孔素低表达谱。
在一些方面，本文提供生成T细胞(例如，CTL)、激活T细胞(例如，CTL)和/或诱导T细胞(例如，CTL)的增殖的方法，T细胞(例如，CTL)识别本文所描述的表位中的一个或更多个。在一些实施方案中，将包括CTL的样品(即，PBMC样品)在培养基中与本文提供的APC(例如，呈递包括I类HLA复合物上的本文所描述的BKV和/或JCV表位的肽的APC)孵育。在一些实施方案中，将含有T细胞的样品与本文提供的APC孵育2次或更多次。在一些实施方案中，在存在至少一种细胞因子的情况下将T细胞与APC孵育。在一些实施方案中，细胞因子是IL-4、IL-7和/或IL-15。例如，美国专利公布号2015/0017723(其特此通过引用被并入)中提供用于使用APC诱导T细胞增殖的示例性方法。
在一些方面，本文提供CTL的群体，CTL的群体共同包括识别一个或更多个T细胞表位(例如，表1、表2、表3和/或表4中列出的T细胞表位中的一个或更多个)的T细胞受体。在一些实施方案中，CTL识别来自表1、表2、表3和/或表4的两个或更多个T细胞表位。在一些实施方案中，CTL的群体共同包括识别来自JCV、BKV、EBV、CMV、ADV的任何组合和/或来自其他病毒的T细胞表位的T细胞受体。在一些实施方案中，CTL的群体共同包括T细胞受体，T细胞受体识别至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个或38个T细胞表位(例如，来自表1的至少1、2、3、4、5、6或7个T细胞表位和/或表1、表2、表3和/或表4中列出的表位中的至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个或30个)。
在一些方面，本文提供在受试者中预防或治疗多瘤病毒感染(例如，JCV感染)或癌症(例如，多瘤病毒相关性癌症，如JVC相关性癌症)的方法，方法包括向受试者施用组合物(例如，治疗组合物)，组合物包括本文所描述的核酸运载体、由本文所描述的核酸运载体产生的肽、本文提供的CTL和/或APC(例如，包括本文所描述的核酸运载体)和药学上可接受的载体。在一些实施方案中，CTL和/或APC对于受试不是自体的(即，CTL和/或APC对于受试是同种异体的)。在一些实施方案中，T细胞和/或APC对于受试是自体的。在一些实施方案中，在T细胞和/或APC被施用至受试者之前，其被储存在细胞库中。
药物组合物
在一些方面，本文提供组合物(例如，药物组合物(如疫苗组合物))，以及使用这样的药物组合物治疗癌症(例如，多瘤病毒相关性癌症，如JVC相关性癌症)或多瘤病毒感染(例如，JCV感染、CMV感染、EBV感染、或ADV感染)的方法，组合物含有与药学上可接受的载体一起配制的本文所描述的肽(例如，包括来自表1的表位)、核酸、核酸运载体、重组腺病毒、抗体、CTL或APC。在一些实施方案中，组合物包含本文提供的多种(例如，两种或更多种)药剂的组合。
在一些实施方案中，药物组合物还包括佐剂。如本文所使用的，术语“佐剂”大体上指影响患者或受试者中的免疫应答或生理应答的剂。例如，佐剂可以随时间增加抗原的存在或对于感兴趣的区(像肿瘤)，帮助吸收抗原呈递细胞抗原，激活巨噬细胞和淋巴细胞，并且支持细胞因子的产生。通过改变免疫应答，佐剂可以容许较小剂量的免疫相互作用剂以增加特定剂量的免疫相互作用剂的有效性或安全性。例如，佐剂可以防止T细胞耗尽，并且因此增加特定免疫相互作用剂的有效性或安全性。佐剂的实例包含(但不限于)免疫调节蛋白、佐剂65、α-GalCer、磷酸铝、氢氧化铝、磷酸钙、β-葡聚糖肽、CpG寡脱氧核苷酸、非CpG寡脱氧核苷酸、GPI-0100、脂质A及其经修饰的型式(例如，单磷酸化的脂质A)、脂多糖、利波夫(Lipovant)、Montanide、N-乙酰基-胞壁酰-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺、Pam3CSK4、quil A、TLR9激动剂、ODN1a、阳离子抗菌肽(CAMP)(如KLK)、IC31和海藻糖二霉菌酸酯。
制备这些制剂或组合物的方法包含使本文所描述的剂与载体和可选地一种或更多种助剂缔合。通常，通过将本文所描述的剂与液体载体或精细粉碎的固体载体或两者均匀地且密切地缔合，并且然后使产品成型(如果必要的话)而制备制剂。
适合于非肠道施用的本发明的药物组合物包括一种或更多种本文所描述的药剂与一种或更多种药学上可接受的无菌等渗水性溶液或非水性溶液、分散液、混悬液或乳剂、或无菌粉剂(所述无菌粉剂可以在使用之前重构成无菌可注射溶液或分散液)的组合，其可以含有糖类、醇类、抗氧化剂、缓冲剂、抑菌剂、使得制剂与预期受者的血液等渗的溶质、或助悬剂或增稠剂。可以在本发明的药物组合物中采用的适合的水性载体和非水性载体的实例包含水、乙醇、多元醇(如甘油、丙二醇、聚乙二醇等)及其适合的混合物、植物油(如橄榄油)和可注射的有机酯(如油酸乙酯)。例如，通过使用包衣材料(如卵磷脂)、通过保持就分散体而言所需要的颗粒尺寸，以及通过使用表面活性剂，可以保持适当的流动性。
不考虑选择的施用途径，通过本领域技术人员已知的常规方法将本发明的药剂(其可以在适合的水合形式中使用)和/或本发明的药物组合物配制成药学上可接受的剂型。
治疗方法
JCV序列和/或蛋白质表达可以在几种恶性肿瘤中观察到，并且经常在患有PML和不患有PML的免疫系统受损的(例如，免疫缺陷的、无免疫能力的和/或免疫抑制的)患者中报告。因此，在某些方面，本文提供治疗和/或预防癌症(例如，多瘤病毒相关性癌症，如JVC相关性癌症)或多瘤病毒感染(例如，JCV感染)的方法。在一些实施方案中，方法包括向受试者施用药物组合物，药物组合物包括本文所描述的CTL、APC、多肽和/或核酸分子。
在一些实施方案中，被治疗的受试者是免疫系统受损的。例如，在一些实施方案中，受试者患有T细胞缺陷。在一些实施方案中，受试者患有白血病、淋巴瘤(例如，霍奇金淋巴瘤)或多发性骨髓瘤。在一些实施方案中，受试者患有多发性硬化、银屑病和/或其他自身免疫疾病。在一些实施方案中，受试者感染有HIV和/或患有AIDS。在一些实施方案中，受试者已经经历组织、器官和/或骨髓移植。在一些实施方案中，受试者正在接受免疫抑制疗法(如类固醇、细胞抑制剂和抗增殖剂、治疗性抗体、钙调磷酸酶抑制剂、抗排斥药物等、或其组合)。在一些实施方案中，受试者已经经历和/或正在经历化学疗法。在一些实施方案中，受试者已经经历和/或正在经历放射疗法。
在优选实施方案中，受试者正在患有中枢神经系统中的JCV感染(例如，JCV感染的重新激活或者新重新激活的病毒的接种)。在一些这样的实施方案中，JCV感染与少突胶质细胞的破坏和/或白质脱髓鞘相关。在进一步的实施方案中，受试者正在患有JCV颗粒细胞层神经元病(JCV GCN)、JCV脑病(JCV CPN/JCVE)、JCV脑膜炎(JCVM)和/或进行性多灶性白质脑病(PML)(优选地患有PML)。在一些这样的实施方案中，病原体(例如，JCV)在受试者的脑脊液中是可检测的。
在一些实施方案中，受试者患有癌症。在一些实施方案中，本文描述的方法可以被用于治疗任何癌性肿瘤或癌前期肿瘤。在一些实施方案中，癌症表达本文提供的多瘤病毒表位(例如，表1、表2、表3和/或表4中列出的BKV表位/JCV表位)中的一个或更多个。在一些实施方案中，癌症是JCV相关性癌。在一些实施方案中，癌症包含实体肿瘤。优选地，癌症是胃肠道恶性肿瘤(如结肠癌、胃癌、胃肠道肿瘤等)。最优选地，癌症是CNS恶性肿瘤(如神经胶质瘤及其全部亚型(例如，室管膜瘤、星形细胞瘤、脑干神经胶质瘤、少突神经胶质瘤、视神经神经胶质瘤、混合神经胶质瘤等)、髓母细胞瘤、原始神经外胚层肿瘤和神经母细胞瘤)。出于示例而非限制的目的，可以通过本文提供的方法和组合物治疗的癌症包含来自膀胱、血液、骨骼、骨髓、脑、乳腺、结肠、食管、胃肠、牙龈、头部、肾脏、肝脏、肺、鼻咽、颈部、卵巢、前列腺、皮肤、胃、睾丸、舌或子宫的癌症细胞。此外，癌症可以具体地是以下组织学类型，但不限于这些：恶性新生物；癌；未分化的癌；巨型梭形细胞癌；小细胞癌；乳头状癌；鳞状细胞癌；淋巴上皮癌；基底细胞癌；毛母质癌；移形细胞癌；乳头状移形细胞癌；腺癌；恶性胃泌素瘤；胆管癌；肝细胞癌；肝细胞癌合并胆管癌；小梁状腺癌；腺样囊性癌；腺瘤性息肉内腺癌；腺癌，家族性结肠息肉病；实体癌；恶性类癌瘤；细支气管肺泡腺癌；乳头状腺癌；嫌色细胞癌；嗜酸细胞癌；嗜酸性腺癌；嗜碱细胞癌；透明细胞腺癌；颗粒细胞型癌；滤泡性腺癌；乳头状和滤泡性腺癌；非包裹性硬化型癌(nonencapsulating sclerosingcarcinoma)；肾上腺皮质癌；子宫内膜样癌；皮肤附属器癌；大汗腺腺癌；皮脂腺癌；盯聍腺腺癌；粘液表皮样癌；囊腺癌；乳头状囊腺癌；乳头状浆液性囊腺癌；粘液性囊腺癌；粘液性腺癌；印戒细胞癌；浸润性导管癌；髓样癌；小叶癌；炎性癌；乳腺派杰氏病；腺泡细胞癌；腺鳞状癌；腺癌伴鳞状上皮化生；恶性胸腺瘤；恶性卵巢间质肿瘤；恶性泡膜细胞瘤；恶性粒层细胞肿瘤；以及恶性成神经细胞瘤(malignant roblastoma)；塞托利细胞癌；恶性莱迪希细胞肿瘤；恶性脂质细胞肿瘤；恶性副神经节瘤；恶性乳腺外副神经节瘤；嗜铬细胞瘤；血管球肉瘤；恶性黑素瘤；无黑素性黑素瘤；浅表扩张性黑素瘤；巨大色素痣内恶性黑素瘤；上皮样细胞黑素瘤；恶性蓝痣；肉瘤；纤维肉瘤；恶性皮肤纤维瘤；粘液肉瘤；脂肉瘤；平滑肌肉瘤；横纹肌肉瘤；胚胎性横纹肌肉瘤；腺泡性横纹肌肉瘤；间质肉瘤；恶性混合瘤；苗勒混合肿瘤(mullerian mixed tumor)；肾母细胞瘤；肝胚细胞瘤；癌肉瘤；恶性间充质瘤；恶性卵巢纤维上皮瘤；恶性叶状肿瘤；滑膜肉瘤；恶性间皮瘤；无性细胞瘤；胚胎性癌；恶性畸胎瘤；恶性甲状腺肿样卵巢瘤；绒毛膜癌；恶性中肾瘤；血管肉瘤；恶性血管内皮细胞瘤；卡波西肉瘤；恶性血管外皮细胞瘤；淋巴管肉瘤；骨肉瘤；皮质旁骨肉瘤；软骨肉瘤；恶性成软骨细胞瘤；间充质型软骨肉瘤；骨巨细胞瘤；尤因肉瘤；恶性牙源性肿瘤；成釉细胞牙肉瘤；恶性成釉细胞瘤；成釉细胞纤维肉瘤；恶性松果体瘤；脊索瘤；恶性神经胶质瘤；室管膜瘤；星形细胞瘤；原浆性星形细胞瘤；纤维性星形细胞瘤；成星形细胞瘤；成胶质细胞瘤；多形性成胶质细胞瘤；松果体母细胞瘤；神经胶质肉瘤；少突神经胶质瘤；成少突神经胶质细胞瘤；原始神经外胚层；小脑肉瘤；成神经节细胞瘤；成神经细胞瘤；成视网膜细胞瘤；嗅神经源性肿瘤；恶性脑脊膜瘤；神经纤维肉瘤；恶性神经鞘瘤；恶性颗粒细胞肿瘤；恶性淋巴瘤；霍奇金病；霍奇金淋巴瘤；类肉芽肿；小淋巴细胞恶性淋巴瘤；弥散性大细胞恶性淋巴瘤；滤泡性恶性淋巴瘤；蕈样肉芽肿病；其他规定的非霍奇金淋巴瘤；恶性组织细胞增多症；多发性骨髓瘤；肥大细胞肉瘤；免疫增生性小肠疾病；白血病；淋巴细胞白血病；血浆细胞白血病；红白血病；淋巴肉瘤细胞白血病；髓细胞白血病；嗜碱细胞白血病；嗜酸细胞白血病；单核细胞白血病；肥大细胞白血病；巨核细胞白血病；髓系肉瘤；以及毛细胞白血病。
在一些实施方案中，受试者还被施用抑制多瘤病毒复制的抗病毒药物。例如，在一些实施方案中，受试者被施用更昔洛韦(ganciclovir)、缬更昔洛韦(valganciclovir)、膦甲酸(foscarnet)、西多福韦(cidofovir)、阿昔洛韦(acyclovir)、福米韦生(formivirsen)、马立巴韦(maribavir)、BAY 38-4766或GW275175X。
在一些实施方案中，受试者还被施用免疫检查点抑制剂。免疫检查点抑制概括地指抑制癌症细胞可以产生的检查点以预防或下调免疫应答。免疫检查点蛋白的实例包含(但不限于)CTLA4、PD-1、PD-L1、PD-L2、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、KIR、LAG3、TIM-3或VISTA。免疫检查点抑制剂可以是与免疫检查点蛋白结合并且抑制免疫检查点蛋白的抗体或所述抗体的抗原结合片段。免疫检查点抑制剂的实例包含(但不限于)阿特珠单抗(atezolizumab)、阿维鲁单抗(avelumab)、卡瑞利珠单抗(camrelizumab)、西米普利单抗(cemiplimab)、西利单抗(cetrelimab)、德瓦鲁单抗(MEDI-4736)(durvalumab(MEDI-4736))、杰诺单抗(genolimzumab)、伊匹单抗(ipilimumab)、纳武单抗(nivolumab)、派姆单抗(pembrolizumab)、皮地利珠单抗(pidilizumab)、信迪利单抗(sintilimab)、斯巴达珠单抗(spartalizumab)、替雷利珠单抗(tislelizumab)、特瑞普利单抗(Toripalimab)、AMP-224、AMP-514、AK-104、ASP-8374、AUR-012、BCD-135、BGB-A333、BMS-936559、CBT-502、MCLA-145、KN-046、MGD-019、MK-4830、MSB-0020718C、RG-7446、SL-279252、STI-A1010、STI-A1110、TSR-042、XmAb20717和XmAb23104。
在一些实施方案中，预防性地施用本文提供的组合物，以预防癌症和/或多瘤病毒感染(例如，JCV感染)。在一些实施方案中，可以在在受试者中检测癌症细胞或者多瘤病毒感染的细胞之前或之后施用组合物。因此，在一些这样的实施方案中，在施用免疫抑制疗法(例如，类固醇、细胞抑制剂和抗增殖剂、治疗性抗体、钙调磷酸酶抑制剂、抗排斥药物等、或其组合)之前或之后施用本文提供的组合物。在一些这样的实施方案中，在化学疗法之前或之后施用组合物。同样地，在一些实施方案中，在放射疗法之前或之后施用组合物。在一些实施方案中，在施用包括本文所描述的肽、核酸、CTL、和/或APC的组合物之后，诱导促炎应答。促炎免疫应答包括产生促炎细胞因子和/或趋化因子(例如，干扰素γ(IFN-γ)和/或白细胞介素2(IL-2))。
联合疗法包含顺序、同时和单独、和/或共同施用活性化合物，以这样的方式，当施用随后的治疗时，施用的第一药剂的治疗效果尚未完全消失。在一些实施方案中，第二药剂可以与第一药剂共同配制或配制在单独的药物组合物中。
在一些方面，本文提供鉴别适合于本文提供的疗法(例如，在受试者中治疗多瘤病毒感染(如JCV感染)和/或癌症的方法，方法包括向受试者施用本文提供的药物组合物)的受试者的方法。在一些实施方案中，方法包括从受试者中分离样品(例如，血液样品、组织样品、肿瘤样品)并且检测样品中表1、表2或表3中列出的表位的存在。在一些实施方案中，使用ELISA测定、免疫印迹测定、FACS测定、荧光显微术测定、埃德曼降解法测定和/或质谱测定(例如，蛋白质测序)检测表位。在一些这样的实施方案中，例如，通过检测编码JCV表位的核酸来检测JCV表位的存在。在一些实施方案中，使用核酸探针、核酸扩增测定和/或测序测定检测编码JCV表位的核酸。值得注意的是，JC病毒基因组由被高度可变的非编码控制区(NCCR)隔开的两个保守编码区组成，所述高度可变的非编码控制区(NCCR)具有复制所需的序列(ORI，病毒复制的起点)和转录所需的序列(几个启动子和顺式-调节元件)两者；包含ORI的高度保守区随后是区段a、区段b、区段c、区段d、区段e和区段f。在PML患者的CNS中发现的JC病毒经常被发现具有重排的NCCR(例如，b区段和d区段的缺乏以及a-c-e序列的重复)。NCCR序列的差异可以有助于病毒在CNS中的适应性，并且因此有助于PML的发展。因此，本文提供鉴别适合于本文提供的疗法的受试者的方法，方法包括从受试者中分离样品(例如，血液样品、尿液样品、组织样品、脑脊液样品、肿瘤样品)以及检测PML相关性JCV序列重排的存在(例如，使用核酸扩增技术，如嵌套PCR等)。这样的序列和检测方法在本领域中(如在L’Honner et al.,PLoS ONE,13(6),2018(其通过引用整体并入)中)是已知的。
在一些实施方案中，方法包括受试者的HLA分型。在一些实施方案中，如果受试者表达限制本文提供的表位的HLA，则受试者被鉴别为适合于用本文提供的方法的治疗。在一些实施方案中，本文提供的方法还包括使用本文提供的治疗方法来治疗被鉴别的受试者(例如，通过向受试者施用本文提供的药物组合物)。在一些实施方案中，受试者被施用本文所描述的包括CTL的组合物，其中CTL包括识别本文提供的表位的TCR，所述表位受到由受试者表达的HLA的HLA限制。在一些实施方案中，受试者被施用包括多肽的组合物，多肽包括本文提供的表位，表位受到由受试者表达的HLA的HLA限制。在一些实施方案中，受试者被施用包括呈递多肽的APC的组合物，多肽包括本文提供的表位，表位受到由受试者表达的HLA的HLA限制。在一些实施方案中，受试者被施用包括编码多肽的核酸的组合物，多肽包括本文提供的表位，表位受到由受试者表达的HLA的HLA限制。
实施例
实施例1：针对LTA JCV抗原、VP1 JCV抗原和STA JCV抗原的CD8+T细胞应答和CD4+T 细胞应答
将来自17个健康志愿者的PBMC与JVC重叠肽库(OPP)孵育，并且在存在IL-2的情况下培养14天。大T抗原(LTA)、小T抗原(STA)和病毒蛋白1(VP1)中每种的肽矩阵以及每个矩阵的肽库的组成如下排列。
大T抗原矩阵
LTA库 LTA 15 LTA 16 LTA 17 LTA 18 LTA 19 LTA 20 LTA 21 LTA 22 LTA 23 LTA 24
LTA 1 P1 P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8 P9 P10
LTA 2 P11 P12 P13 P14 P15 P16 P17 P18 P19 P20
LTA 3 P21 P22 P23 P24 P25 P26 P27 P28 P29 P30
LTA 4 P31 P32 P33 P34 P35 P36 P37 P38 P39 P40
LTA 5 P41 P42 P43 P44 P45 P46 P47 P48 P49 P50
LTA 6 P51 P52 P53 P54 P55 P56 P57 P58 P59 P60
LTA 7 P61 P62 P63 P64 P65 P66 P67 P68 P69 P70
LTA 8 P71 P72 P73 P74 P75 P76 P77 P78 P79 P80
LTA 9 P81 P82 P83 P84 P85 P86 P87 P88 P89 P90
LTA 10 P91 P92 P93 P94 P95 P96 P97 P98 P99 P100
LTA 11 P101 P102 P103 P104 P105 P106 P107 P108 P109 P110
LTA 12 P111 P112 P113 P114 P115 P116 P117 P118 P119 P120
LTA 13 P121 P122 P123 P124 P125 P126 P127 P128 P129 P130
LTA 14 P131 P132 P133 P134 P135 P136 P137
小T抗原
VP1库 VP 10 VP 11 VP 12 VP 13 VP 14 VP 15 VP 16 VP 17
VP 1 V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8
VP 2 V9 V10 V11 V12 V13 V14 V15 V16
VP 3 V17 V18 V19 V20 V21 V22 V23 V24
VP 4 V25 V26 V27 V28 V29 V30 V31 V32
VP 5 V33 V34 V35 V36 V37 V38 V39 V40
VP 6 V41 V42 V43 V44 V45 V46 V47 V48
VP 7 V49 V50 V51 V52 V53 V54 V55 V56
VP 8 V57 V58 V59 V60 V61 V62 V63 V64
VP 9 V65 V66 V67 V68 V69 V70 V71
病毒蛋白1
STA库 STA 7 STA 8 STA 9 STA 10 STA 11 STA 12
STA 1 S1 S2 S3 S4 S5 S6
STA 2 S7 S8 S9 S10 S11 S12
STA 3 S13 S14 S15 S16 S17 S18
STA 4 S19 S20 S21 S22 S23 S24
STA 5 S25 S26 S27 S28 S29 S30
STA 6 S31 S32 S33
在第14天，使用细胞内细胞因子(ICS)测定评估这些T细胞培养物的JVC特异性。值得注意的是，用JVC肽体外培养T细胞14天造成病毒特异性T细胞的扩增。这些初步分析清楚地表明，T细胞应答针对LTA、VP1和STA(参见图1)。
实施例2：JCV表位HLA限制
为了精确地定位HLAI类限制性T细胞应答和HLA II类限制性T细胞应答，来源于LTA蛋白、STA蛋白和VP1蛋白的单独的重叠肽(15个氨基酸长，10个氨基酸重叠)，以进行T细胞表位定位。二维肽矩阵用于将全部单独的肽分布到小的重叠肽库中。例如，在大T抗原的情况下，矩阵被排列成使得库(LTA1至LTA24)中的每个肽在纵坐标上出现一次。通过细胞内细胞因子染色(ICS)IFN-γ测定测量每个库的T细胞应答(参见图2A)，并且数据如下覆盖在二维矩阵上。
肽库LTA1-LTA24 T细胞应答矩阵
LTA15 LTA16 LTA17 LTA18 LTA19 LTA20 LTA21 LTA22 LTA23 LTA24
LTA1 P1 P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8 P9 P10
LTA2 P11 P12 P13 P14 P15 P16 P17 P18 P19 P20
LTA3 P21 P22 P23 P24 P25 P26 P27 P28 P29 P30
LTA4 P31 P32 P33 P34 P35 P36 P37 P38 P39 P40
LTA5 P41 P42 P43 P44 P45 P46 P47 P48 P49 P50
LTA6 P51 P52 P53 P54 P55 P56 P57 P58 P59 P60
LTA7 P61 P62 P63 P64 P65 P66 P67 P68 P69 P70
LTA8 P71 P72 P73 P74 P75 P76 P77 P78 P79 P80
LTA9 P81 P82 P83 P84 P85 P86 P87 P88 P89 P90
LTA10 P91 P92 P93 P94 P95 P96 P97 P98 P99 P100
LTA11 P101 P102 P103 P104 P105 P106 P107 P108 P109 P110
LTA12 P111 P112 P113 P114 P115 P116 P117 P118 P119 P120
LTA13 P121 P122 P123 P124 P125 P126 P127 P128 P129 P130
LTA14 P131 P132 P133 P134 P135 P136
因此，鉴别了引发T细胞应答的库中常见的单独的肽(即，行LTA4与列LTA16的交叉处的肽32(P32)以及行LTA3与列LTA23和列LTA24的交叉处的肽P29和肽P30)。荧光激活细胞分选(FACS)证实，单独的肽P29、肽P30和肽P32引发JCV特异性T细胞应答(参见图2B)。
进一步针对T细胞扩增和ICS分析对这些单独的肽进行评估，以鉴别潜在的JCV抗原。所得到的肽为JCV提供高百分比的HLA等位基因覆盖(参见图3和表5)。
表5：HLA限制定位和等位基因覆盖
Figure BDA0003523407900000291
实施例3：JCV特异性T细胞扩增和表征
在用合并的JCV表位刺激后，JCV特异性T细胞在体外扩增。具体地，用合成的JCV肽(表1)刺激来自健康志愿者的PBMC达1小时，并且然后在存在不同细胞因子组合(包含IL-2(10ng/ml)、IL7(10ng/ml)、IL12(10ng/ml)和/或IL15(10ng/ml))的情况下培养12-14天。使用标准细胞内细胞因子测定评估经扩增的T细胞的JCV特异性(表6)。
表6：对JCV肽的CD4+T细胞应答
Figure BDA0003523407900000301
实施例4：JCV表位与BKV表位之间的T细胞交叉反应性
肽特异性T细胞在用JCV表位或BKV表位刺激后在体外扩增，并且然后用用相应的同源肽表位(参见表2)再刺激，以便观察JCV表位与BKV表位之间的交叉反应响应。具体地，将来自健康志愿者的PBMC与合成的JCV肽表位RSGSQQWRGLSRYFK或者与合成的BKV肽表位SSGTQQWRGLARYFK培养。在初步扩增后，用JCV表位RSGSQQWRGLSRYFK或BKV表位SSGTQQWRGLARYFK再刺激(恢复)每个样品(其中用相同表位恢复的样品充当内部对照)。使用标准细胞内细胞因子测定评估经扩增的T细胞的反应性(参见图4)。用任一同源表位扩增的T细胞识别BKV肽序列和JCV肽序列两者。
实施例5：分析健康个体和移植受者中JCV特异性T细胞的功能特征和表型特征
近年来，T框转录因子(T-bet)和脱中胚蛋白(Eomesodermin)(Eomes)已经被证明在确定感染期间CD8+T细胞的命运中起重要作用。高水平的T-bet与抗原特异性细胞中的细胞毒性T细胞分化以及穿孔素和颗粒酶B的上调相关。高水平的脱中胚蛋白与长期记忆形成相关。已经在各种研究中看出，其合作表达对于感染控制是关键性的。在小鼠研究中，还已经表明任一转录因子的缺失造成无法控制感染。因此，研究这些转录因子的表达是关键性的，其能够帮助理解在急性病毒感染和慢性病毒感染两者的过程中T细胞和T细胞分化的表型特征。尚未理解JCV特异性T细胞中T-bet和脱中胚蛋白的表达模式，并且这样的T细胞上的这些转录因子的分析可以使得对JCV特异性T细胞的分化的更深入的理解成为可能。对于T细胞的功能特征的详细研究还能够导致对于JCV相关性疾病有效的免疫疗法的开发。一组初步的实验研究调节其分化的T细胞上的转录因子。使用ICS在JCV特异性T细胞和CMV特异性T细胞上测定T-bet、脱中胚蛋白、穿孔素和颗粒酶B的表达。初步分析示出JCV特异性T细胞中中等至低水平的T-bet表达，而在CMV特异性T细胞内看到高水平的T-bet。相比于CMV特异性T细胞，在JCV特异性T细胞内发现非常低的脱中胚蛋白表达。同样地，还在JCV特异性T细胞中看到低水平的穿孔素和颗粒酶B。这表明，相对于CMV特异性T细胞，JCV特异性T细胞在效应子功能方面功能低。因此，驱动JCV特异性CTL的效应子功能是有助于开发有效过继性T细胞免疫疗法的研究的关注点。
实施例6：利用建议的肽库的T细胞扩增的可行性：
随机选择来自15个健康供者的PBMC，而不考虑其HLA类型，并且JCV特异性T细胞在用包括本文公开的肽(即，包括SEQ ID NO.1-21中所示的氨基酸序列的肽)的肽库刺激后扩增。使T细胞扩增17天，并且使用细胞内细胞因子染色测定评估JCV应答。来自15个供者中的13个供者的T细胞具有JCV特异性T细胞应答，其通过在用肽库重新刺激后IFN-γ的产生被证明(参见图5)。
实施例7：JCV特异性T细胞产物的功能表征：
为了确定使用肽库扩增的JCV特异性T细胞的多功能性，通过细胞内染色针对T细胞的IL-2、TNF、IFN-γ和CD107的表达对T细胞进行分析(参见图6a)。JCV特异性T细胞(连同其他细胞因子)显示出较高的TNF表达。
针对不同细胞因子组合的表达模式的布尔分析揭示了，JCV特异性T细胞产物是多功能的，并且产生两种或更多种细胞因子(参见图6，b和c)。为了进一步表征JCV特异性T细胞产物，转录因子(T-bet和Eomes)和效应分子(穿孔素和颗粒酶B)的表达。大比例的细胞具有T-bet高/Eomes低和颗粒酶高/穿孔素低特性，这揭示了JCV特异性T细胞具有功能活性并且能够针对JCV感染的细胞显示出细胞毒性作用。这样的T细胞可以在体外扩增并且用于治疗JCV相关性疾病(参见图7)。

Claims (153)

1.一种肽，所述肽包括表1-表4中列出的一个或更多个表位。
2.如权利要求1所述的肽，其中所述一个或更多个表位包括表1中列出的JC病毒(JCV)表位。
3.如权利要求1或2所述的肽，其中所述一个或更多个表位包括SEQ ID NO:1-21中所示的JCV表位。
4.如权利要求1所述的肽，其中所述一个或更多个表位包括表2和/或表3中列出的JC病毒(JCV)表位。
5.如权利要求1所述的肽，其中所述一个或更多个表位包括根据表4的杂合表位。
6.如权利要求1至5中任一项所述的肽，其中所述肽包括表1-表4中列出的多个表位。
7.如权利要求6所述的肽，其中所述多个表位包括表1中列出的多个JCV表位。
8.如权利要求7所述的肽，其中所述多个表位包括SEQ ID NO:1-21中所示的多个JCV表位。
9.如权利要求5所述的肽，其中多个表位包括表2和/或表3中列出的多个JCV表位。
10.如权利要求6所述的肽，其中所述多个表位包括表1中列出的JVC表位和表2和/或表3中列出的JCV表位。
11.如权利要求6至10中任一项所述的肽，所述肽还包括在所述多个表位中的至少两个之间的间插氨基酸序列。
12.如权利要求1至11中任一项所述的肽，其中所述肽能够在施用至受试者时引发免疫应答。
13.如权利要求1至12中任一项所述的肽，其中所述表位被选择以提供人类群体的广泛覆盖。
14.如权利要求13所述的肽，其中所述表位对HLA-DP、HLA-DM、HLA-DOA、HLA-DOB、HLA-DQ或HLA-DR具有HLA II类限制。
15.如权利要求14所述的肽，其中所述表位对HLA-DRB或HLA-DQB具有HLA II类限制。
16.如权利要求1至15中任一项所述的肽，所述肽包括SEQ ID NO:1-21中所示的表位氨基酸序列中的每种。
17.如权利要求1至16中任一项所述的肽，所述肽基本上由SEQ ID NO:1-21中所示的表位氨基酸序列组成。
18.如权利要求1至17中任一项所述的肽，其中所述肽由SEQ ID NO:1-21中所示的表位氨基酸序列组成。
19.如权利要求1至18中任一项所述的肽，其中所述肽还包括来自默克尔细胞病毒(MCV)的一个或更多个表位。
20.如权利要求1至19中任一项所述的肽，所述肽还包括来自非多瘤病毒的一个或更多个表位。
21.如权利要求20所述的肽，其中所述来自非多瘤病毒的一个或更多个表位包括来自腺病毒(ADV)、EB病毒(EBV)或巨细胞病毒(CMV)的一个或更多个表位。
22.一种编码前述权利要求中任一项所述的肽的分离的核酸。
23.一种包括权利要求22所述的分离的核酸的表达构建体。
24.一种包括权利要求23所述的表达构建体的宿主细胞。
25.一种产生肽的方法，所述方法包括在权利要求24所述的宿主细胞中表达所述肽以及至少部分地纯化所述肽。
26.一种药物组合物，所述药物组合物包括权利要求1至21中任一项所述的肽和药学上可接受的载体。
27.一种药物组合物，所述药物组合物包括权利要求22所述的分离的核酸。
28.一种疫苗组合物，所述疫苗组合物包括权利要求1至21中任一项所述的肽和药学上可接受的载体。
29.如权利要求28所述的疫苗组合物，所述疫苗组合物还包括佐剂。
30.一种在受试者中治疗或预防多瘤病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用权利要求26或27所述的药物组合物或者权利要求28或29所述的疫苗组合物。
31.如权利要求29所述的方法，其中所述多瘤病毒感染是JC病毒(JCV)感染。
32.如权利要求30或31所述的方法，其中所述受试者患有JCV颗粒细胞层神经元病(JCVGCN)、JCV脑病(JCVE)、JCV脑膜炎(JCVM)、和/或进行性多灶性白质脑病(PML)。
33.一种在受试者中治疗或预防多瘤病毒相关性癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用权利要求26或27所述的药物组合物或者权利要求28或29所述的疫苗组合物。
34.如权利要求33所述的方法，其中所述多瘤病毒相关性癌症是JCV相关性癌症。
35.如权利要求33或34所述的方法，其中所述多瘤病毒相关性癌症是诸如结肠癌、胃癌和/或胃肠道肿瘤的胃肠道恶性肿瘤。
36.如权利要求33或34所述的方法，其中所述多瘤病毒相关性癌症是诸如神经胶质瘤、髓母细胞瘤、原始神经外胚层肿瘤和/或神经母细胞瘤的中枢神经系统(CNS)恶性肿瘤。
37.一种在受试者中诱导T细胞免疫应答的方法，所述方法包括向所述受试者施用权利要求26或27所述的药物组合物或者权利要求28或29所述的疫苗组合物。
38.一种包括能够诱导肽特异性T细胞的增殖的HLA I类和/或II类限制性JCV肽表位的免疫原性肽的库，其中肽库包括SEQ ID NO.1-21中所示的表位氨基酸序列中的至少一种、或其组合。
39.如权利要求38所述的免疫原性肽的库，所述免疫原性肽的库还包括表1中所示的JCV肽表位氨基酸序列中的至少一种、或其组合。
40.如权利要求38或39所述的免疫原性肽的库，所述免疫原性肽的库包括SEQ ID NO:1-21中所示的JCV肽表位氨基酸序列中的每种。
41.如权利要求38至40中任一项所述的免疫原性肽的库，其中所述表位对HLA-DP、HLA-DM、HLA-DOA、HLA-DOB、HLA-DQ或HLA-DR具有HLA II类限制。
42.如权利要求41所述的免疫原性肽的库，其中所述表位对HLA-DRB或HLA-DQB的具有HLA II类限制。
43.如权利要求38至42中任一项所述的免疫原性肽的库，其中所述表位中的每个受到选自DRB1*01:01、DRB1*03:01、DRB1*04:01、DRB1*10:01、DRB1*11:01、DRB1*13:01、DRB1*14:04、DRB1*15:01、DRB1*16:01、DQB1*02:02或DQB1*05:03的HLA特异性中任何一种的限制。
44.如权利要求38至43中任一项所述的免疫原性肽的库，其中所述肽特异性T细胞展现出多功能免疫效应子特性。
45.如权利要求38至44中任一项所述的免疫原性肽的库，其中所述免疫原性肽能够诱导肽特异性细胞毒性T细胞(CTL)的增殖。
46.如权利要求45所述的免疫原性肽的库，其中所述肽特异性细胞毒性T细胞(CTL)展现出多功能免疫效应子特性。
47.一种扩增用于过继性免疫疗法的JC病毒特异性T细胞的方法，所述方法包括：
(i)使从受试者分离的一个或更多个细胞与权利要求1至21中任一项所述的肽或者权利要求38至46中任一项所述的免疫原性肽的库接触；以及
(ii)在使得JC病毒特异性T细胞从所述一个或更多个细胞扩增的条件下培养所述一个或更多个细胞。
48.如权利要求47所述的方法，其中所述肽或所述免疫原性肽的库基本上由SEQ IDNO:1-21中所示的JCV肽表位氨基酸序列中的每种组成。
49.如权利要求47或46所述的方法，其中从所述受试者分离的所述一个或更多个细胞包括来自健康供者的外周血单核细胞(PBMC)。
50.如权利要求47或46所述的方法，其中从所述受试者分离的所述一个或更多个细胞包括来自免疫系统受损供者的PBMC。
51.如权利要求50所述的方法，其中所述供者正在经历免疫抑制疗法。
52.如权利要求50或51中任一项所述的方法，其中所述供者是器官移植受者。
53.如权利要求50至52中任一项所述的方法，其中所述供者是接受抗病毒疗法的供者。
54.如权利要求47至53中任一项所述的方法，其中所述JC病毒特异性T细胞展现出多功能免疫效应子特性。
55.如权利要求47至54中任一项所述的方法，所述方法还包括向患有JCV感染的受试者施用所述JC病毒特异性T细胞。
56.一种在受试者中治疗或预防JCV感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用权利要求47至54中任一项所述的JC病毒特异性T细胞。
57.通过权利要求47至54中任一项所述的方法制备的CTL。
58.一种在受试者中治疗或预防JCV感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用权利要求57所述的CTL。
59.如权利要求58所述的方法，其中暴露于免疫原性肽或免疫原性肽的库诱导JCV肽特异性T细胞的刺激和增殖。
60.如权利要求58所述的方法，其中向所述受试者施用的所述CTL是自体的。
61.如权利要求58所述的方法，其中向所述受试者施用的所述CTL不是自体的。
62.如权利要求56至61中任一项所述的方法，其中所述感染是复发性JCV感染。
63.如权利要求56至62中任一项所述的方法，其中所述JCV感染是耐药的。
64.如权利要求56至63中任一项所述的方法，其中所述受试者是器官移植的受者。
65.如权利要求56至64中任一项所述的方法，其中所述受试者患有JCV颗粒细胞层神经元病(JCV GCN)、JCV脑病(JCVE)、JCV脑膜炎(JCVM)、和/或进行性多灶性白质脑病(PML)。
66.一种在受试者中治疗或预防多瘤病毒相关性癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用权利要求45至54中任一项所述的扩增的JC病毒特异性T淋巴细胞。
67.如权利要求66所述的方法，其中所述多瘤病毒相关性癌症是JCV相关性癌症。
68.一种在受试者中检测JC病毒感染的方法，所述方法包括通过使从所述受试者分离的T淋巴细胞与权利要求1至21中任一项所述的肽接触来检测JCV特异性T淋巴细胞的存在。
69.如权利要求68所述的方法，所述方法还包括检测从所述受试者分离的脑脊液的样品中的JCV特异性DNA。
70.如权利要求69所述的方法，其中所述JCV特异性DNA包括非编码控制区(NCCR)的序列b和d的缺失以及序列a-c-e的重复。
71.如权利要求68至70中任一项所述的方法，所述方法还包括向所述受试者施用过继性免疫疗法组合物，所述过继性免疫疗法组合物包括JC病毒特异性T细胞，所述JC病毒特异性T细胞靶向SEQ ID NO:1-21中所示的表位氨基酸序列中的任何一种、或其组合。
72.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
73.如权利要求72所述的方法，其中所述受试者是人。
74.如权利要求72或73所述的方法，其中所述受试者是免疫系统受损的。
75.一种在受试者中治疗或预防癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用包括细胞毒性T细胞(CTL)的药物组合物，所述细胞毒性T细胞(CTL)包括识别表1-表4中列出的一个或更多个表位的T细胞受体(TCR)。
76.如权利要求75所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括表1中列出的JC病毒(JCV)表位。
77.如权利要求75所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括SEQ ID No:1-21中所示的JC病毒(JCV)表位。
78.如权利要求75或76所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括表2和/或表3中列出的JC病毒(JCV)表位。
79.如权利要求76至78中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括根据表4的杂合表位。
80.如权利要求76至79中任一项所述的方法，其中所述癌症是多瘤病毒相关性癌症。
81.如权利要求80所述的方法，其中所述多瘤病毒是JC病毒(JCV)。
82.如权利要求80或81所述的方法，其中所述多瘤病毒相关性癌症是诸如结肠癌、胃癌和/或胃肠道肿瘤的胃肠道恶性肿瘤。
83.如权利要求80或81所述的方法，其中所述多瘤病毒相关性癌症是诸如神经胶质瘤、髓母细胞瘤、原始神经外胚层肿瘤和/或神经母细胞瘤的中枢神经系统(CNS)恶性肿瘤。
84.一种在受试者中治疗或预防多瘤病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用包括细胞毒性T细胞(CTL)的药物组合物，所述细胞毒性T细胞(CTL)包括识别表1-表4中列出的一个或更多个表位的T细胞受体(TCR)。
85.如权利要求84所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括表1中列出的JC病毒(JCV)表位。
86.如权利要求85所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括SEQ ID No:1-21中所示的JC病毒(JCV)表位。
87.如权利要求84至86中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括表2和/或表3中列出的JC病毒(JCV)表位。
88.如权利要求84至87中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括根据表4的杂合表位。
89.如权利要求84至88中任一项所述的方法，其中所述多瘤病毒是JC病毒(JCV)。
90.如权利要求75至89中任一项所述的方法，其中所述TCR中的至少一个识别来自JCV的VP1表位。
91.如权利要求75至90中任一项所述的方法，其中所述TCR中的至少一个识别来自JCV的LTA表位。
92.如权利要求75至91中任一项所述的方法，其中所述TCR中的至少一个识别来自JCV的STA表位。
93.如权利要求75至92中任一项所述的方法，其中所述CTL共同包括识别SEQ ID NO:1-21中所示的表位中的至少两个的TCR。
94.如权利要求93所述的方法，其中所述CTL共同包括识别SEQ ID NO:1-21中所示的表位中的至少五个的TCR。
95.如权利要求94所述的方法，其中所述CTL共同包括识别SEQ ID NO:1-21中所示的表位中的至少十个的TCR。
96.如权利要求95所述的方法，其中所述CTL共同包括识别SEQ ID NO:1-21中所示的表位中的每个的TCR。
97.如权利要求75至96中任一项所述的方法，其中所述TCR共同识别来自至少两种不同病毒的表位。
98.如权利要求97所述的方法，其中所述TCR共同识别来自至少三种不同病毒的表位。
99.如权利要求98所述的方法，其中所述TCR共同识别来自至少四种不同病毒的表位。
100.如权利要求99所述的方法，其中所述TCR共同识别来自至少五种不同病毒的表位。
101.如权利要求75至100中任一项所述的方法，其中所述TCR共同识别来自非多瘤病毒的一个或更多个表位。
102.如权利要求101所述的方法，其中所述来自非多瘤病毒的一个或更多个表位包括来自腺病毒(ADV)、EB病毒(EBV)或巨细胞病毒(CMV)的一个或更多个表位。
103.如权利要求75至102中任一项所述的方法，其中所述受试者表达人类白细胞抗原(HLA)，所述一个或更多个表位受限于所述人类白细胞抗原(HLA)。
104.如权利要求75至103中任一项所述的方法，其中所述CTL对于所述受试者是自体的。
105.如权利要求75至103中任一项所述的方法，其中所述CTL对于所述受试者不是自体的。
106.如权利要求105所述的方法，其中所述CTL从CTL文库或CTL库获得。
107.如权利要求75至106中任一项所述的方法，其中所述受试者是免疫系统受损的。
108.如权利要求75至107中任一项所述的方法，其中所述CTL展现出多功能免疫效应子特性。
109.一种诱导多瘤病毒特异性细胞毒性T细胞(CTL)的增殖的方法，所述方法包括使CTL与呈递包括表1-表4中列出的表位中的任何一个的一种或更多种多瘤病毒肽的抗原呈递细胞(APC)接触。
110.如权利要求109所述的方法，其中一个或更多个肽包括表1中列出的JC病毒(JCV)表位。
111.如权利要求110所述的方法，其中所述一个或更多个肽包括选自SEQ ID No:1-21中的任何一种的JC病毒(JCV)表位。
112.如权利要求109至111中任一项所述的方法，其中一个或更多个肽包括表2和/或表3中列出的JC病毒(JCV)表位。
113.如权利要求109至112中任一项所述的方法，其中一个或更多个肽包括根据表4的杂合表位。
114.如权利要求109至113中任一项所述的方法，其中CTL在体外与所述APC接触。
115.如权利要求109至114中任一项所述的方法，其中一个或更多个肽包括来自非多瘤病毒的一个或更多个表位。
116.如权利要求115所述的方法，其中来自非多瘤病毒的一个或更多个肽包括来自腺病毒(ADV)、EB病毒(EBV)或巨细胞病毒(CMV)的一个或更多个表位。
117.如权利要求109至116中任一项所述的方法，其中所述CTL在存在一种或更多种细胞因子的情况下被所述APC接触。
118.如权利要求109至117中任一项所述的方法，其中所述APC包括B细胞。
119.如权利要求109至118中任一项所述的方法，其中所述APC包括抗原呈递T细胞。
120.如权利要求109至119中任一项所述的方法，其中所述APC包括树突状细胞。
121.如权利要求109至120中任一项所述的方法，其中所述APC包括aK562细胞。
122.如权利要求109至121中任一项所述的方法，其中所述CTL来自外周血单核细胞(PBMC)的样品。
123.如权利要求109至122中任一项所述的方法，其中所述多瘤病毒特异性细胞毒性T细胞存储在CTL文库或CTL库中。
124.如权利要求109至123中任一项所述的方法，其中所述多瘤病毒特异性细胞毒性T细胞展现出多功能免疫效应子特性。
125.一种在受试者中治疗或预防癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用包括表1-表4中列出的一个或更多个表位的疫苗组合物。
126.如权利要求125所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括表1中列出的JC病毒(JCV)表位。
127.如权利要求126所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括SEQ ID NO:1-21中所示的JC病毒(JCV)表位。
128.如权利要求125或权利要求127中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括表2和/或表3中列出的JC病毒(JCV)表位。
129.如权利要求125至128中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括根据表4的杂合表位。
130.如权利要求125至129中任一项所述的方法，其中所述癌症是多瘤病毒相关性癌症。
131.如权利要求130所述的方法，其中所述多瘤病毒相关性癌症是诸如结肠癌、胃癌和/或胃肠道肿瘤的胃肠道恶性肿瘤。
132.如权利要求130所述的方法，其中所述多瘤病毒相关性癌症是诸如神经胶质瘤、髓母细胞瘤、原始神经外胚层肿瘤和/或神经母细胞瘤的中枢神经系统(CNS)恶性肿瘤。
133.如权利要求130至132中任一项所述的方法，其中所述多瘤病毒是JC病毒(JCV)。
134.一种在受试者中治疗或预防多瘤病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用包括表1-表4中列出的一个或更多个表位的疫苗组合物。
135.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括表1中列出的JC病毒(JCV)表位。
136.如权利要求135所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括SEQ ID NO:1-21中所示的JC病毒(JCV)表位。
137.如权利要求134至136中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括表2和/或表3中列出的JC病毒(JCV)表位。
138.如权利要求134至137中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括根据表4的杂合表位。
139.如权利要求134至138中任一项所述的方法其中所述多瘤病毒是JC病毒(JCV)。
140.如权利要求125至139中任一项所述的方法，其中所述疫苗组合物还包括来自非多瘤病毒的一个或更多个表位。
141.如权利要求140所述的方法，其中所述来自非多瘤病毒的一个或更多个表位包括来自腺病毒(ADV)、EB病毒(EBV)或巨细胞病毒(CMV)的一个或更多个表位。
142.如权利要求125至141中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括SEQID NO:1-21中所示的表位中的至少两个。
143.如权利要求142所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括SEQ ID NO:1-21中所示的表位中的至少五个。
144.如权利要求143所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括SEQ ID NO:1-21中所示的表位中的至少十个。
145.如权利要求144所述的方法，其中所述一个或更多个表位包括SEQ ID NO:1-21中所示的表位中的至少每个。
146.如权利要求125至145中任一项所述的方法，其中所述受试者表达人类白细胞抗原(HLA)，所述一个或更多个表位受限于所述人类白细胞抗原(HLA)。
147.如权利要求125至146中任一项所述的方法，其中所述疫苗组合物还包括佐剂。
148.如权利要求125至147中任一项所述的方法，其中所述受试者是免疫缺陷的、无免疫能力的或免疫系统受损的。
149.如权利要求75至148中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。
150.如权利要求47所述的方法，其中所述细胞在存在IL-2的情况下被培养。
151.如权利要求150所述的方法，其中所述IL-2以约120IU/ml的浓度存在。
152.如权利要求109至123中任一项所述的方法，所述方法还包括在存在IL-2的情况下培养所述CTL。
153.如权利要求152所述的方法，其中所述IL-2以约120IU/ml的浓度存在。
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