CN114245825A - 与玉米中穗腐病抗性相关联的新颖遗传基因座 - Google Patents
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Abstract
提供了用于鉴定、选择和产生具有增强的穗腐病抗性的玉米植物的组合物和方法。还提供了穗腐病抗性玉米植物和种质。在一些实施例中，提供了鉴定穗腐病抗性玉米植物或种质的方法。这些方法可以包括在所述植物或种质中检测与增强的穗腐病抗性相关联的标记。
Description
技术领域
本披露涉及用于鉴定、选择和产生增强的疾病和/或病原体抗性玉米植物的组合物和方法。
序列表
本申请附有序列表，该序列表定名为81918-WO-Seq_ST25.txt，创建于2020年8月10日，大小为大约192kb。本序列表通过援引以其全文并入本文。本序列表随同此申请经由EFS-Web提交，并且符合37 C.F.R.§1.824(a)(2)-(6)和(b)。
背景技术
玉米穗腐病是威胁全球玉米生产的最具破坏性的真菌病害之一。自1946年在美国首次报道后(Ullstrup 1946)，在南非、墨西哥、巴西、加拿大、德国、印度等许多其他国家已经检测到玉米穗腐病(Logrieco等人2002；Van等人2007)。此后，玉米穗腐病在世界范围内变得日益严重，这归因于易感品种的部署、归档期和贮存后期的高湿度等。在中国，穗腐病首先在河南省报道(Pan等人1987)，然后蔓延到全国所有玉米种植区。据估计，穗腐病通常使产量降低10％-20％，在一些严重感染地区甚至达到50％或更多(REN 1993)。更糟的是，镰刀菌属可产生一系列真菌毒素，如脱氧雪腐镰刀菌烯醇、雪腐镰刀菌烯醇、玉米赤霉烯酮、赭曲毒素、黄曲霉素和伏马菌素。作为致癌物，真菌毒素可能对人类健康是致命的，并且对家畜造成神经管出生缺陷(Rheeder等人1992；Chu等人1994；Missmer等人2006)。
超过十个镰刀菌属可引起玉米穗腐病，且某种真菌具有其自身有利的感染环境。例如，轮状镰刀菌喜欢低降雨、高湿度环境；同时禾谷镰刀菌喜欢高降雨和凉爽环境(Munkvold 2003)。迄今为止，曲霉穗腐病(AER)、镰刀菌穗腐病(FER)和赤霉菌穗腐病(GER)是世界上最严重和流行的穗腐病之一(Mesterházy等人2012；Chen等人2009；Li等人2007)。在田间，穗腐病的发生通常是由混合真菌而不是单一真菌引起的。除了穗腐病，禾谷镰刀菌也是其他疾病的致病病原体，如小粒谷物中的小麦赤霉病(FHB)(Sutton 1982)。随着机械采收的大规模应用，穗腐病已成为关键的抑制因子之一，因为受感染的穗在采收期间不能自动去除，从而导致玉米仁被伏马菌素霉菌毒素污染。
对玉米穗腐病的抗性受多个小效应数量性状基因座(QTL)控制，其表现出加性、显性和加性/显性相互作用遗传效应，其中加性/显性在田间的抗性表现中起关键作用(Boling等人1965；Robertson等人2006；Ding等人2008；Chen等人2012)。在过去的几十年中，已经进行了大量的QTL分析，并且发现抗性QTL散布在所有十个玉米染色体上。在染色体4、5和10上鉴定出3个抗性QTL，以及染色体4上的主要QTL可以解释17.95％的总表型变异(Chen等人2012)。通过使用共享共同易感亲本的两个F2:3群体，已经鉴定出9个和7个抗镰刀菌穗腐病的抗性QTL，完全解释了11％-44％的累积表型变异。其中，在两个群体中始终检测到三个，其中一个在染色体3上，两个在6号染色体上(Pérez等人2001)。使用来自87-1和Zong 3自交系之间杂交的RIL群体，在染色体3、5、8和10上检测到QTL，其中箱3.04中的两个QTL(每个解释13％-22％的表型变异)在所有环境中始终检测到(Ding等人2008)。在镰刀菌穗腐病的15个QTL和伏马菌素B1的17个QTL中，发现它们之间共有8个QTL位于染色体1、2、3、6、7和9上，使得有可能选择具有低疾病严重程度和伏马菌素污染的基因型(Valentina等人2017)。最近，发现生长素调节蛋白基因ZmAuxRP1通过调节根生长和抗病性之间的平衡来增强玉米对茎腐病和穗腐病的抗性(Ye等人2018)。
可以产生高密度分子标记以检测小效应QTL。类似地，高密度标记在全基因组关联研究(GWAS)中对于鉴定许多等位基因是重要的。在267个不同玉米自交系和47,445个SNP的核心小组中，在GWAS中发现3个SNP与穗腐病抗性显著相关，这可解释3％-12％的总基因型变异。其中，2个与负责程序性细胞死亡的基因有关(Zila等人2013)。一年后在2014年，具有1,687个不同自交系和200,978个SNP的同组进行了大规模GWAS分析，在两个群体中均鉴定出7个重要SNP。所有的SNP都位于外显子中，并且相关的基因与多种细胞过程相关(Zila等人2014)。最近，在一组具有43,424个SNP的818个热带自交系中进行了GWAS。共45个SNP与镰刀菌穗腐病显著相关，位于38个候选基因内或附近。箱3.06、4.04、4.08、5.03、5.04和10.03中的6个基因座在先前已报道与镰刀菌穗腐病抗性相关联的区域中，并且箱4.04和9.01中的另两个基因座含有未知功能的基因(Chen等人2016)。
植物需要操纵复杂的防御策略以防御病原体入侵。在镰刀菌接种后，据报道在抗性和易感玉米品系中均发生转录组重编程。差异表达的基因(DEG)可分为十多个类别，大多数被归类为“细胞拯救、防御和毒力”、编码PR蛋白、解毒酶和β葡糖苷酶等(Alessandra等人2010)。通过分析抗性和易感品系苞片中的大规模DEG，在抗性基因型中极大地诱导了与防御反应相关的基因，例如发病机制相关蛋白1(PR-1)、渗透蛋白(PR-5)、RAB GTP结合(RAB)、小泛素样修饰物(SUM)、乙烯反应蛋白(ERF)、S-腺苷甲硫氨酸合酶(SAMS)、脱落应激蛋白(ABA)、MYB家族转录因子(MYB)(Yuan等人2013)。接种后，与次生代谢类别如莽草酸、木质素、类黄酮和萜类化合物相关的基因在抗性品系中高度表达(Lanubile等人2014)。15个脂氧合酶(LOX)途径基因在接种后(dpi)3或7天在抗性品系中被强烈诱导，而在14dpi在易感品系中被减少或延迟。抗性品系限制了真菌生长和伏马菌素积累，并且这可能与茉莉酸生物合成的基因的激活有关(Maschietto等人2015)。此外，接种前后，抗性品系(CO441和CO433)中PR基因的表达水平在组成上高于易感品系(CO354和CO389)(Maschietto等人2016)。有趣的是，还报道了真菌感染确实在易感品系中诱导了相当多的转录组变化，但在抗性品系中没有，特别是在与碳和氨基酸代谢相关的途径中(Campos-Bermudez等人2013)。
抗性种质的收集和评价是抗穗腐病玉米育种的关键。迄今为止，不同的研究机构已经鉴定出数百种抗性玉米品系，例如CO387、CO388、CO441(加拿大农业部)(Duan等人2015)、GE440和NC300(北卡罗来纳州大学)(Clements等人2004)、87-1(中国农业大学)(Ding等人2008)和BT-1(河南农业大学)(Chen等人2002)。这些抗性品系已用于培育抗病杂种，其在过去十年中显著加速(Santiago等人2013)。由于影响小和容易受环境条件影响，因此非常难以对抗性QTL精细作图。
到目前为止，除了ZmAuxRP1外，没有抗性基因被克隆到玉米穗腐病中(Ye等人2018)。然而，对玉米穗腐病的遗传控制是减少穗腐病的有效方法，因此，申请人需要开发尽可能多的抗性QTL的工具，例如通过标记辅助选择将多个抗性基因聚合以提高玉米对穗腐病的抗性。此外，申请人期望植物对穗腐病具有增加的抗性。
发明内容
提供了用于鉴定、选择和产生具有增强的穗腐病抗性的玉米植物的组合物和方法。还提供了穗腐病抗性玉米植物和种质。
在一些实施例中，提供了鉴定穗腐病抗性玉米植物或种质的方法。这些方法可以包括在所述植物或种质中检测与增强的穗腐病抗性相关联的标记。
在一些实施例中，提供了产生穗腐病抗性植物的方法。这些方法可以包括在玉米种质中检测与增强的穗腐病抗性相关联的标记的存在，并从所述玉米种质产生子代植物。
在一些实施例中，提供了选择穗腐病抗性玉米植物或种质的方法。此类方法可包括将第一玉米植物或种质与第二玉米植物或种质杂交，其中第一玉米植物或种质包含与增强的穗腐病抗性相关联的标记，并选择具有该标记的子代植物或种质。
在一些实施例中，提供了将与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因渗入玉米植物或种质中的方法。这样的方法可以包括将包含与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因的第一玉米植物或种质与缺乏所述等位基因的第二玉米植物或种质杂交，并任选地将包含所述等位基因的子代植物与第二植物或种质反复回交以产生包含与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因的穗腐病抗性植物或种质。包含与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因的子代可以通过在其基因组中检测与所述等位基因相关的标记的存在来鉴定。
还提供了通过本发明的方法鉴定、产生或选择的玉米植物和/或种质，以及来源于通过这些方法鉴定、产生或选择的玉米植物或种质的任何子代和/或种子。
还提供了包含一种或多种与增强的穗腐病抗性相关联的标记的非天然存在的玉米种子、植物和/或种质。
与增强的穗腐病抗性相关联的标记可以在一个或多个遗传基因座包含单个等位基因或等位基因组合、基本上由其组成或由其组成。
另外，一些实施例涵盖通过使用本文所述的标记与用于控制病原体(例如镰刀菌属)的商业杀真菌剂的组合来选择、鉴定或产生的玉米植物的组合。
下面更详细地解释本发明的上述和其他目的和方面。
序列表的简要说明
用于检测本披露的区间和等位基因的引物和探针列于表XI、表XII和表XIII中。
附图说明
图1是在GWAS群体中用BLUP估计的疾病严重程度指数(DSI)的分布。
图2A显示了2017年夏季北京玉米穗腐病的分位数-分位数和曼哈顿图(A，B)。
图2B显示了2017年冬季海南玉米穗腐病的分位数-分位数和曼哈顿图(C，D)。
图2C显示了2018年夏季北京玉米穗腐病的分位数-分位数和曼哈顿图(E，F)。
图2D显示了BLUP中玉米穗腐病的分位数-分位数和曼哈顿图(G，H)。
图3显示了接种后早期基因的动态表达模式。抗性品系CIMBL47中的基因被病原体瞬时诱导并在0.5hpi(A-F)和1.5hpi(G-L)时达到其表达峰。
图4显示了参与植物激素信号转导途径的差异表达基因(DEG)。红色和蓝色分别标记CIMBL47中与SY1035相比上调和下调的DEG；而绿色表示混合(向上和向下)调节的DEG。
图5显示了参与苯丙素生物合成的差异表达基因(DEG)。CIMBL47在1.5hpi时仅检测到与SY1035相比上调的DEG(标记为红色)。
图S1显示了GWAS群体在三种环境条件下的疾病严重程度指数(DSI)的分布。
图S2显示了通过GWAS揭示的潜在抗性基因的功能类别。
图S3.A-S3.E显示了抗性CIMBL47(R)和易感SY1035(S)品系之间差异表达基因(DEG)的GO富集。在接种后0(A)、0.5(B)、1.5(C)、3(D)和6(E)小时R与S的富集GO项的散点图。富集GO项在纵坐标中列出；而DEG数量在横坐标中表示。差异颜色用于区分生物过程、细胞组分和分子功能。
图S4.A-S4.E显示了0至6hpi抗性CIMBL47(R)和易感SY1035(S)品系之间差异表达基因(DEG)的KEGG富集。
图S5.A.-S5.E显示了抗性CIMBL47(R)和易感SY1035(S)品系之间差异途径的DEG分布。在接种后0(A)、0.5(B)、1.5(C)、3(D)和6(E)小时，估计R与S的差异途径的DEG百分比。
图S6显示了接种后早期基因的动态表达模式。易感品系SY1035中的基因在1.5hpi时下调至最低点。
图S7显示了接种后早期基因的动态表达模式。与易感品系SY1035相比，基因在抗性品系CIMBL47中高度表达。
图S8显示了接种后早期基因的动态表达模式。与抗性品系CIMBL47相比，基因在易感品系SY1035中高度表达。
图S9.1和S9.2显示了编码与植物激素信号传导途径相关的激素合成的基因的表达水平的变化。
图S10显示了用于RNA-seq分析的玉米半仁。
具体实施方式
本披露提供了用于鉴定、选择和/或产生具有增强的穗腐病抗性的玉米植物的组合物和方法，以及通过本发明的方法鉴定、选择和/或产生的玉米植物。此外，本发明提供了在其基因组内具有与增强的穗腐病抗性相关联的一种或多种标记的玉米植物和/或种质。
定义
尽管认为以下术语可以很好地为本领域的普通技术人员所理解，但是提出以下定义是为了使本披露主题容易理解。
除非下文中另有定义，本文所用的所有技术和科学术语旨在具有与本领域普通技术人员通常所理解的相同的含义。在此采用的技术的参考文献旨在参考本领域中通常理解的技术，包括对本领域的普通技术人员而言很清楚的那些技术的变化或等效技术的替换。
如本文使用的，术语“一种/一个(a/an)”或“该(the)”可以是指一种/一个或多于一种/一个。例如，“一种/一个”标记可以指一种/一个标记或多种/个标记。
如本文使用的，术语“和/或”是指并且涵盖一个或多个相关联的列出项的任何及全部可能组合，连同当以可替代性(“或”)解释时组合的缺少。
如本文使用的，术语“约”当关于可测量的值(如质量、剂量、时间、温度等的量)使用时意指涵盖指定量的20％、10％、5％、1％、0.5％、或甚至0.1％的变化。
术语“基本上由……组成”(以及其语法上的变体)当应用于本发明的多核苷酸序列时，意指由所列举的序列(例如，SEQ ID NO)以及该列举的序列的5’和/或3’端上的全部十个或更少(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10)的另外的核苷酸两者组成的一个多核苷酸序列，这样使得该多核苷酸序列的功能未实质上发生改变。该总共十个或更少的另外的核苷酸包括全部数量的两个端上加在一起的另外的核苷酸。术语“实质上发生改变”，当应用于本发明的多核苷酸时，是指与由所列举的序列组成的多核苷酸序列的表达水平相比，表达多核苷酸序列的能力增加或减少至少约50％或更多。
如本文使用的，术语“等位基因”是指在特定基因座处出现的两个或更多个不同核苷酸或核苷酸序列中的一个。
当标记与性状连锁并且当标记的存在指示了所希望的性状或性状形式是否会和/或会以什么程度发生在包含标记的植物/种质中时，则该标记与该性状“相关联”。类似地，当标记与等位基因连锁并且当标记的存在指示了等位基因是否存在于包含该标记的植物/种质中时，则该标记与该等位基因“相关联”。例如，“与增强的穗腐病抗性相关联的标记”是指其存在或不存在可用于预测植物是否和/或以何种程度表现出穗腐病抗性表型的标记。
如本文使用的，术语“回交”和“回交的”是指一种方法，凭借该方法将子代植物反复与其亲本之一回交。在回交方案中，“供体”亲本是指具有待基因渗入的所希望的基因或基因座的亲本植物。“受体”亲本(使用一次或多次)或“轮回”亲本(使用两次或更多次)是指基因或基因座被基因渗入其中的亲本植物。例如，参见Ragot,M.等人Marker-assistedBackcrossing:A Practical Example[标记辅助回交：实际示例],Techniques etUtilisations des Marqueurs Moleculaires Les Colloques[分子标记技术和应用专题讨论会],第72卷,第45-56页(1995)；以及Openshaw等人,Marker-assisted Selection inBackcross Breeding[回交育种中的标记辅助选择],Proceedings of the Symposium“Analysis of Molecular Marker Data,”[研讨会议程“分子标记数据分析”]第41-43页(1994)。初始杂交产生F1代。术语“BC1”是指第二次使用轮回亲本，“BC2”是指第三次使用轮回亲本，等。
厘摩(“cM”)是重组频率的度量单位。一个cM等于有1％的机会，一个遗传基因座处的标记会由于单代中的交换而与第二基因座处的标记分离。
如本文使用的，关于特定基因座和/或等位基因使用的术语“由……定义并包括其的染色体区间”是指由所述基因座/等位基因限定并涵盖所述基因座/等位基因的染色体区间。
如本文所使用的，术语“杂交(cross)”或“经杂交的(crossed)”是指通过授粉融合配子以产生子代(例如，细胞、种子或植物)。该术语涵盖有性杂交(一个植物由另一个授粉)和自交(自花授粉，例如当花粉和胚珠是来自相同的植物时)两者。术语“使杂交(crossing)”是指通过授粉使配子融合以产生子代的行为。
如本文所用，短语“引入基因组”是指可用于将给定核苷酸序列插入生物体基因组中的任何已知方法。例如，大豆植物的“引入基因组”将涵盖传统的植物育种方法、基因的转基因表达或基因编辑方法(即CRISPR、TALEN等)，其中所述植物在所述引入之前在其基因组中不具有所述核苷酸序列。
如本文使用的，术语“栽培品种”和“品种”是指可以通过结构或遗传特点和/或表现与相同物种内的其他品种区别开的一组相似的植物。
如本文所使用的，术语“期望的等位基因”、“目的等位基因”和“有利等位基因”可互换使用以指与期望的性状相关联的等位基因。在一些实施例中，“期望的等位基因”和/或“目的等位基因”可以与给定性状的或给定性状中的增加或减少相关联，这取决于所期望表型的性质。在一些实施例中，“期望的等位基因”和/或“目的等位基因”可以与形态、颜色等的变化相关联。
如本文使用的，术语“增强的穗腐病抗性”是指与一种或多种对照植物(例如，亲本中的一个或两个、或缺乏与增强的穗腐病抗性相关联的标记的植物)相比，尽管感染了轮状镰刀菌，植物的耐受和/或繁殖能力的改善、增强或增加。增强的穗腐病抗性包括减少指示感染的症状的表达的任何机制(除了全植物免疫或抗性)。
如本文所用，术语“优良”和“优良品系”是指针对所希望的农艺表现的育种和选择而产生的任何品系。优良品系可以是基本上纯合的。众多的优良品系是可获得的并且对于本领域技术人员是已知的。
如本文所用，术语“优良种质”是指衍生自或能够产生优良植物的任何种质。
如本文使用的，术语“外来的”、“外来的品系”和“外来的种质”是指不是优良的任何植物、品系或种质。通常，外来的植物/种质不是衍生自任何已知的优良植物或种质，而是选择的以将一个或多个所希望的遗传元件引入繁育程序(例如，将新颖的等位基因引入繁育程序中)。
“遗传图谱”是对给定物种内的一个或多个染色体上的基因座之间的遗传连锁关系的描述，通常以图表或表格形式描绘。对于每个遗传图谱，基因座之间的距离是通过它们之间的重组频率来测量的。基因座之间的重组可以使用各种标记来检测。遗传图谱是定位群体、所用标记的类型以及不同群体之间每个标记的多态性潜力的产物。一个遗传图谱与另一个遗传图谱的基因座之间的顺序和遗传距离可以不同。
如本文使用的，术语“基因型”是指与可观察到的和/或可检测的和/或所表现的性状(表型)形成对照，在一个或多个遗传基因座处的个体(或个体组)的遗传组成。基因型由个体遗传自其亲本的一个或多个已知基因座的一个或多个等位基因定义。术语基因型可以用来指单一基因座处、多个基因座处的个体的遗传组成，或者更普遍地，术语基因型可以用来指其基因组中所有基因的个体遗传构成。可以例如使用标记来间接表征基因型和/或通过核酸测序来直接表征基因型。
如本文使用的，术语“种质”是指属于或来自个体(例如，植物)、个体群体(例如，植物品系、品种或家族)、或衍生自品系、品种、物种或培养物的克隆的遗传物质。种质可以是生物体或细胞的部分，或可以从该生物或细胞中分离。通常，种质提供了具有特定分子构成的遗传物质，该分子构成提供了对于生物体或细胞培养物的一些或所有遗传品质而言的物理基础。如本文使用的，种质可以是指可以从中生长新植物的种子、细胞(包括原生质体和愈伤组织)、或组织，以及可以培养成全株植物的植物部分(例如，茎、芽、根、叶等)。
“单倍型”是多个遗传基因座处个体的基因型，即等位基因的组合。典型地，定义单倍型的遗传基因座在物理和遗传上是连锁的，即在同一染色体区段上。术语“单倍型”可以指特定基因座(例如单标记基因座)处的多态性，或者是沿着染色体区段的多个基因座处的多态性。
如本文使用的，术语“杂合的”是指如下遗传状态，其中不同的等位基因位于同源染色体上的相应基因座处。
如本文使用的，术语“纯合的”是指如下遗传状态，其中相同的等位基因位于同源染色体上的相应基因座处。
如本文使用的，术语“杂种”是指当至少两个遗传上不相同的亲本杂交时产生的种子和/或植物。
如本文使用的，术语“近交”是指基本上纯合的植物或品种。术语可以是指在整个基因组中基本上纯合的植物或品种，或者相对于特别感兴趣的基因组部分是基本上纯合的植物或植物品种。
如本文使用的，术语“indel”是指在一对核苷酸序列中的插入或缺失，其中第一序列可被称为具有相对于第二序列的插入，或第二序列可被称为具有相对于第一序列的删除。
如本文使用的，术语“基因渗入(introgression)”、“使基因渗入(introgressing)”和“经基因渗入的(introgressed)”是指使一个或多个遗传基因座的所希望的等位基因或所希望的等位基因的组合从一个遗传背景到另一个遗传背景的自然和人工传送。例如，可以通过相同物种的两个亲本之间的有性杂交将指定基因座处的所希望的等位基因传送给至少一个子代，其中这些亲本中的至少一个在其基因组内具有该所希望的等位基因。可替代地，例如，等位基因的传送可以通过两个供体基因组之间的重组而发生，例如在融合的原生质体中，其中至少一个供体原生质体在其基因组中具有所希望的等位基因。所希望的等位基因可以是标记的经选择的等位基因、QTL、转基因等。包括所希望的等位基因的后代可以重复地与具有一个所希望的遗传背景的品系回交，并且对于所希望的等位基因进行选择，其中结果是所希望的等位基因变得在一个所希望的遗传背景中是固定的。例如，与增强的穗腐病抗性相关联的标记可以从供体渗入到不具有穗腐病抗性的轮回亲本中。然后可以将得到的后代重复回交并选择，直到该子代在轮回亲本背景中具有一个或多个穗腐病抗性等位基因。
如本文使用的，术语“连锁”是指一个标记基因座与另一个标记基因座或一些其他基因座(例如，SDS耐受性基因座)的相关联程度。分子标记与表型之间的连锁关系可以作为“概率”或“调整的概率”给出。连锁可以表示为所希望的限值或范围。例如，在一些实施例中，当标记以小于约50、40、30、25、20或15个图距单位(或cM)分开时，则任何标记与任何其他标记(遗传上和物理上)连锁。
在本发明的一些方面中，限定连锁的包括范围(例如，从约10cM和约20cM、从约10cM和约30cM、或从约10cM和约40cM)是有利。标记与第二基因座的连锁越紧密，标记对第二基因座的指示效果越好。因此，“紧密连锁的基因座”(如标记基因座和第二基因座)展示约10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、或2％或更少的基因座间重组频率。在一些实施例中，相关的基因座展示约1％或更少(例如，约0.75％、0.5％、0.25％或更少)的重组频率。定位于相同染色体并且具有使得两个基因座之间的重组以小于约10％(例如，约9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.75％、0.5％、或0.25％或更少)的频率发生的距离的所述两个基因座也可被认为是彼此“邻近的”。因为一个cM是显示1％的重组频率的两个标记之间的距离，因此任何标记与紧密接近(例如，以等于或小于约10cM的距离)的任何其他标记紧密连锁(遗传上和物理上)。在同一染色体上的两个紧密连锁的标记可以相互定位为约9cM、8cM、7cM、6cM、5cM、4cM、3cM、2cM、1cM、0.75cM、0.5cM或0.25cM或更少。
如本文所使用的，术语“连锁不平衡”是指遗传基因座或性状(或两者)的非随机分离。在任一情况下，连锁不平衡意味着相关联的基因座沿着一段染色体在物理上足够接近，以便它们以高于随机(即非随机)的频率一起分离(在共分离的性状的情况下，控制这些性状的基因座彼此足够接近)。显示连锁不平衡的标记被认为是连锁的。连锁的基因座超过50％的时间(例如从约51％至约100％的时间)进行共分离。换句话说，共分离的两个标记具有小于50％(并且根据定义，在相同染色体上分离小于50cM)的重组频率。如本文使用的，连锁可以存在于两个标记之间，或可替代地，标记和表型之间。标记基因座可以与性状(如SDS耐受性)“相关联”(连锁)。例如，分子标记与目的性状的连锁的程度被测量为该分子标记与该表型的共分离的统计概率。
连锁不平衡最常见地用量度r2评估，该量度r2使用以下文献中描述的公式计算：Hill和Robertson,Theor.Appl.Genet.[理论和应用遗传学]38:226(1968)。当r2＝1时，两个标记基因座间存在完全的连锁不平衡，意味着所述标记还未进行重组分离并且具有相同的等位基因频率。r2大于1/3的值指示足够强的连锁不平衡对于定位是有用的。Ardlie等人,Nature Reviews Genetics[遗传学自然评论]3:299(2002)。因此，当成对标记基因座间的r2值大于或等于约0.33、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、或1.0时，等位基因处于连锁不平衡。
如本文使用的，术语“连锁平衡”描述其中两个标记独立地分离的情况，即，在子代中随机分配。显示连锁平衡的标记被认为是不连锁的(无论它们是否位于相同染色体上)。
“基因座”是基因或标记或等位基因所在的染色体上的位置。在一些实施例中，基因座可以涵盖一个或多个核苷酸。
如本文使用的，术语“标记”和“遗传标记”可互换使用，以指已经与表型、性状或性状形式相关联的核苷酸和/或核苷酸序列。在一些实施例中，标记可以与等位基因或目的等位基因相关联，并且可以指示细胞或生物体中等位基因或目的等位基因的存在或不存在。标记可以是但不限于等位基因、基因、单倍型、限制性片段长度多态性(RFLP)、简单序列重复(SSR)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、切割扩增多态性序列(CAPS)(Rafalski和Tingey,Trends in Genetics[遗传学趋势]9:275(1993))、扩增片段长度多态性(AFLP)(Vos等人,Nucleic Acids Res.[核酸研究]23:4407(1995))、单核苷酸多态性(SNP)(Brookes,Gene[基因]234:177(1993))、序列表征扩增区(SCAR)(Paran和Michelmore,Theor.Appl.Genet.[理论和应用遗传学]85:985(1993))、序列标记位点(STS)(Onozaki等人,Euphytica[润色咨询]138:255(2004))、单链构象多态性(SSCP)(Orita等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国国立科学院院报]86:2766(1989))、简单序列间重复(ISSR)(Blair等人,Theor.Appl.Genet.[理论和应用遗传学]98:780(1999))、反转录转座子间扩增多态性(IRAP)、反转录转座子微卫星扩增多态性(REMAP)(Kalendar等人,Theor.Appl.Genet.[理论和应用遗传学]98:704(1999))、染色体区间或RNA切割产物(如Lynx标签)。标记可以存在于基因组核酸或表达的核酸(例如EST)中。术语标记还可以指用作根据本领域熟知的方法用于扩增、杂交和/或检测核酸分子的用作探针或引物(例如引物对)的核酸。
可以通过本领域中公认的方法检测对应于群体成员之间的遗传多态性的标记。这些方法包括，例如核酸序列、杂交方法、扩增方法(例如基于PCR的序列特异性扩增方法)、限制性片段长度多态性检测(RFLP)、同功酶标记检测、通过等位基因特异性杂交(ASH)进行的多核苷酸多态性检测、植物基因组的扩增可变序列检测、自主序列复制检测、简单重复序列检测(SSR)、单核苷酸多态性检测(SNP)、和/或扩增片段长度多态性检测(AFLP)。已知公认的方法也用于检测表达的序列标签(EST)和衍生自EST序列的SSR标记，以及随机扩增多态性DNA(RAPD)。
“标记等位基因”，也描述为“标记基因座的等位基因”，可以指在群体中对标记基因座而言是多态性的该标记基因座处发现的多个多态性核苷酸序列中的一个。
“标记辅助选择”(MAS)是基于标记基因型选择表型的方法。在一些实施例中，标记基因型用于鉴定将被选择用于繁育程序或用于种植的植物。在一些实施例中，标记基因型用于鉴定将不被选择用于繁育程序或用于种植的植物(即，反选植物(counter-selectedplant))，允许它们从繁育/种植群体中去除。
如本文使用的，术语“标记基因座(marker locus和marker loci)”是指在其中可以找到一个或多个特异性标记的生物基因组中的一个或多个特定染色体定位。标记基因座可用于追踪第二连锁基因座(例如编码或有助于表型性状表达的连锁基因座)的存在。例如，标记基因座可以用来监测在基因座(如QTL或单一基因)处的等位基因的分离，这些等位基因遗传地或物理地连锁至该标记基因座上。
如本文使用的，术语“标记探针”和“探针”是指可用于检测标记基因座内一个或多个特定等位基因的存在的核苷酸序列或核酸分子(例如，通过核酸杂交与该标记或标记基因座中的所有或部分互补的核酸探针)。包含约8、10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100或更多个连续核苷酸的标记探针可用于核酸杂交。可替代地，在一些方面，标记探针是指能够区别(即基因分型)存在于标记基因座处的特定等位基因的任何类型的探针。
如本文所使用的，当鉴定连锁基因座时，术语"分子标记"可以用于指如上文所定义的遗传标记，或其用作参照点的编码产物(例如，蛋白质)。分子标记能够源自基因组核苷酸序列或表达的核苷酸序列(例如来自剪接的RNA、cDNA等)。该术语也指与标记序列互补或与位于其侧翼的核苷酸序列，例如，用作能够扩增标记序列的探针和/或引物的核苷酸序列。当核苷酸序列在溶液中特异性杂交时，这些核苷酸序列是“互补的”(例如，根据沃森-克里克(Watson-Crick)碱基配对原则)。当位于indel区域上时，本文所述的标记中的一些也称为杂交标记。这是因为，根据定义，该插入区域是关于不具有该插入的植物的多态性。因此，该标记仅需要指示该indel区域是否存在。可以使用任何合适的标记检测技术来鉴定这种杂交标记，例如，用于本文提供的实例中的SNP技术。
“非天然存在的玉米种类”是自然界中不存在的任何种类的玉米。可以通过本领域已知的任何方法产生“非天然存在的玉米品种”，该方法包括但不限于转化玉米植物或种质、转染玉米植物或种质并将天然存在的玉米品种与非天然存在的玉米品种杂交。在一些实施例中，“非天然存在的玉米品种”可以包含一种或多种异源核苷酸序列。在一些实施例中，“非天然存在的玉米品种”可以包含天然存在的核苷酸序列的一个或多个非天然存在的拷贝(即天然存在于大豆中的基因的外来拷贝)。在一些实施例中，“非天然存在的玉米品种”可以包含两种或更多种天然存在的核苷酸序列的非天然组合(即，在同一玉米中不天然存在的两种或更多种天然存在的基因)。
如本文中所用，术语“后代”植物是指作为一种或多种亲本植物或其后裔的营养或有性繁殖的子代的任何植物。例如，后代植物可以通过亲本植物的克隆或自交或者通过两个亲本植物的杂交而获得，并且包括自交体以及F1或F2或甚至更远的世代。F1是产生自两个亲本的第一代后代(两个亲本的至少一个是第一次用作性状的供体)，而第二代(F2)或后续代(F3、F4等)的后代是产生于F1、F2等的自交的样本。因此，F1可以是(并且在一些实施例中是)从两个纯育亲本(纯育对于性状是纯合的)之间的杂交产生的杂交种，而F2可以是(并且在一些实施例中是)从F1杂交种自花授粉产生的后代。
如本文使用的，术语“表型”、“表型性状”或“性状”是指生物体的一种或多种性状和/或表现。表型是对于裸眼或通过本领域已知的任何其他评价手段(例如，显微术、生物化学分析、或电子机械测定)可以观察的表现。在一些情况中，表型或性状直接由单一基因或遗传基因座控制，即，“单基因性状”。在其他情况下，表型或性状是多个基因的结果。应当指出，如本文使用的，术语“穗腐病抗性表型”考虑了可能影响穗腐病抗性的环境条件，这样使得该效应是真实且是可重复的。
如本文所使用的，术语“植物”可以是指全株植物、其任何部分、或从植物衍生的细胞或组织培养物。因此，术语“植物”可以指以下中的任一项：全株植物、植物组分或器官(例如，根、茎、叶、芽、花、仁、穗等)、植物组织、种子和/或植物细胞。植物细胞是从植物取得的植物细胞，或者是通过培养从取自植物的细胞衍生的植物细胞。因此，术语“玉米植物”可以是指整株玉米植物、玉米植物的一个或多个部分(例如，根、根尖、茎、叶、芽、花、种子、子叶等)、玉米植物细胞、玉米植物原生质体和/或玉米植物愈伤组织。
如本文使用的，术语“多态性”是指基因座处的核苷酸序列中的变异，其中所述变异太常见，而不仅仅是由于自发突变。多态性可以是单核苷酸多态性(SNP)或插入/缺失多态性(本文中也称为“indel”)。另外，该变异可以在转录谱或甲基化模式中。可以通过在两个或更多个种质条目中的一个或多个基因座处进行核苷酸序列比较来确定核苷酸序列的一个或多个多态性位点。
如本文使用的，术语“群体”是指共享共同的遗传衍生(genetic derivation)的植物的遗传上异质的集合。
如本文使用的，术语“子代”和“子代植物”是指由一种或多种亲本植物无性或有性繁殖产生的植物。子代植物可以通过克隆或单一亲本植物自交，或者通过两种亲本植物杂交来获得。
如本文使用的，术语“参比序列”是指用作核苷酸序列比较的基础的确定的核苷酸序列。例如通过对在一个或多个目的基因座处的多个品系进行基因分型、在序列比对程序中比对这些核苷酸序列并且然后可以获得比对的共有序列来获得标记的参比序列。因此，参比序列鉴定基因座处等位基因中的多态性。参比序列可以不是来自任何特定生物体的实际核酸序列的拷贝；然而，对于设计针对一个或多个基因座中的实际多态性的引物和探针是有用的。
如本文所用，术语“亲本系”是指给定植物来源的品系。“亲本系”涵盖多代。
如本文使用的，术语“穗腐病抗性”和“穗腐病抗性”是指尽管感染了镰刀菌属，例如轮状镰刀菌，植物的耐受和/或繁殖能力。当关于种质使用时，这些术语是指尽管感染了镰刀菌属，例如轮状镰刀菌，由该种质产生的植物的耐受和/或繁殖能力。在一些实施例中，感染的抗穗腐病植物可以与未感染的大豆植物一样(或几乎同样)产生。通常，如果植物或种质显示“增强的穗腐病抗性”，则标记为“穗腐病抗性”。
标记的“不利等位基因”是与所述不利植物表型分离的标记等位基因，因此提供了鉴定能从育种程序或种植中去除的植物的益处。
遗传作图
与特定表型相关的遗传基因座，例如穗腐病抗性，可以在生物体的基因组中进行定位。通过鉴定与目的性状共分离的标记或标记簇，育种人员能够通过选择合适的标记(称为标记辅助选择或MAS的方法)来迅速选择所期望的表型。繁育人员也可以使用此类标记来在计算机上模拟设计基因型并实施全基因组选择。
本发明尤其提供了与增强的穗腐病抗性相关联的标记。可以使用这些标记和/或其他连锁标记的检测来鉴定、选择和/或生产抗穗腐病植物和/或从育种程序或种植中消除不抗穗腐病的植物。
与增强的穗腐病抗性相关联的标记
本文鉴定了与增强的穗腐病抗性相关联的标记。本发明的标记可以包含一个或多个遗传基因座处的单个等位基因或等位基因的组合。例如，标记可以包含位于第一染色体区间内的一个或多个标记等位基因和位于第二染色体区间内的一个或多个标记等位基因。
本文关于玉米B73参考基因组(AGPv4)的公开构建中标记基因座的位置描述了本发明的标记。
标记辅助选择
标记可以用于各种植物繁育应用。参见，例如Staub等人，Hortscience[园艺科学]31:729(1996)；Tanksley，Plant Molecular Biology Reporter[植物分子生物学导报]1:3(1983)。主要的目的领域之一是使用标记辅助选择(MAS)增加回交和基因渗入的效率。通常，MAS利用已被鉴定为具有与所希望的性状共分离的显著可能性的遗传标记。推测此类标记位于产生所希望的表型的基因中/附近，并且它们的存在表明该植物将具有所希望的性状。预计具有该标记的植物将所希望的表型转移到它们的子代中。
展示出与影响所希望的表型性状的基因座连锁的标记为在植物群体中选择性状提供了有用工具。在表型难以测定或在植物发育的后期阶段发生的情况下，尤其如此。由于DNA标记测定比田间表型分析更省力并且占用的物理空间更小，可测定更大的群体，增加了发现具有从供体品系移动至受体品系的靶区段的重组体的概率。连锁越紧密，标记越有用，这是因为重组不太可能发生于该标记与造成或引起该性状的基因之间。使用侧翼标记降低发生误报选择的几率。理想情况是基因本身具有标记，使得标记和基因之间的重组不能发生。此类标记称为“完美标记”。
当基因通过MAS渗入时，不仅引入了基因而且引入了侧接区域。Gepts,Crop Sci[作物科学]42:1780(2002)。这称为“连锁累赘”。在供体植物与受体植物极不相关联的情况下，这些侧接区域携带可以编码农艺学上不需要的性状的附加基因。即便与优良大豆品系回交多个周期后，该“连锁累赘”也可以导致产量下降或其他负面农艺学特征。这有时也称为“产量累赘”。侧接区域的大小可以通过附加的回交而减小，虽然这并不总是成功的，因为繁育人员不能控制该区域或重组断点的大小。Young等人,Genetics[遗传学]120:579(1998)。在经典繁育中，通常只是偶然地，选择了有助于减小供体区段大小的重组。Tanksley等人,Biotechnology[生物技术]7:257(1989)。即使在20次回交后，可能找到相当大的仍然与所述基因连锁的供体染色体碎片被选择。然而如果使用标记的话，就可以选取那些在目的基因附近经历了重组的稀有个体。在150株回交植物中，有95％的机会，至少一株植物将经历该基因的1cM(基于单次减数分裂图距)内的杂交。标记允许明确鉴定这些个体。使用300株植物的一次附加回交，在该基因另一侧的1cM单次减数分裂图距内有95％的杂交概率，从而产生在基于单次减数分裂图距的小于2cM的靶基因附近的区段。这用标记可以在两代中实现，而不用标记时则需要平均100代。参见Tanksley等人，同上。当基因的确切定位已知时，围绕该基因的侧接标记可用于在不同的群体大小中对重组进行选择。例如，在更小的群体中，预期重组可以进一步远离该基因，因此需要更远端的侧接标记来检测该重组。
包含密度增强的公开玉米标记的玉米基因组的整合连锁图谱的可用性促进了玉米遗传作图和MAS。
在所有分子标记类型中，SNP是最丰富的，并且具有提供最高遗传图谱分辨率的潜力。Bhattramakki等人,Plant Molec.Biol.[植物分子生物学]48:539(2002)。能以所谓的“超高通量”方式测定SNP，因为它们不需要大量的核酸，并且该测定的自动化是直接的。SNP也有成为相对低成本的系统的益处。这三个因素一起使得将SNP用于MAS中具有高度的吸引力。可利用如下几种方法用于SNP基因分型，包括但不限于：杂交、引物延伸、寡核苷酸连接、核酸酶切割、微测序和编码球(coded sphere)。此类方法已经在各种公开中综述：Gut,Hum.Mutat.[人类突变]17:475(2001)；Shi,Clin.Chem.[临床化学]47:164(2001)；Kwok,Pharmacogenomics[药物基因组学]1:95(2000)；Bhattramakki和Rafalski,Discovery andapplication of single nucleotide polymorphism markers in plants[植物中单核苷酸多态性标记的发现和应用],Plant Genotyping:The DNA Fingerprinting of Plants[植物基因分型：植物的DNA指纹图谱],CABI出版公司,Wallingford(2001)。大范围的可商购的技术利用这些和其他方法询问SNP，包括MasscodeTM(德国凯杰公司(Qiagen)，Germantown，MD)、
(好乐杰公司(Hologic)，麦迪逊，WI)、
(应用生物系统公司(Applied Biosystems)，福斯特市，CA)、
(应用生物系统公司(Applied Biosystems)，福斯特市，CA)和BeadarraysTM(亿明达公司(Illumina)，圣地亚哥，加利福尼亚州)。
可以使用序列内或跨连锁序列的许多SNP等位基因一起来描述任何特定基因型的单倍型。Ching等人,BMC Genet[BMC基因组学].3:19(2002)；Gupta等人,(2001),Rafalski,Plant Sci.[植物科学]162:329(2002b)。单倍型可以比单个SNP更具信息性，并且可以更详细地描述任何特定的基因型。例如，对于特定的穗腐病抗性品系或品种，单个SNP可以是等位基因“T”，但等位基因“T”也可以出现在用于轮回亲本的玉米育种群体中。在这种情况下，连锁SNP的等位基因的组合可以更具信息性。一旦将独特的单倍型分配给供体染色体区域，该单倍型可以用于该群体或其任何亚群中以确定个体是否具有特定的基因。使用本领域普通技术人员已知的自动化高通量标记检测平台使得该方法高效且有效。
本发明的标记可以用于标记辅助选择方案中以鉴定和/或选择具有增强的穗腐病抗性的子代。此类方法可以包括使第一玉米植物或种质与第二玉米植物或种质杂交，或基本上由其组成或由其组成，其中该第一玉米植物或种质包含与增强的穗腐病抗性相关联的标记，并选择拥有该标记的子代植物。第一和第二玉米植物之一或两者可以是非天然存在的玉米种类。在一些实施例中，第二玉米植物或种质是优良品种的第二玉米植物或种质。在一些实施例中，第二玉米植物或种质的基因组与优良的玉米种类的基因组是至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或100％同一性。
用于鉴定和/或选择穗腐病抗性植物或种质的方法可以包括以下、基本上由以下组成、或由以下组成：检测与增强的穗腐病抗性相关联的标记的存在。标记可以在从植物或种质取得的任何样品中检测到，该植物或种质包括但不限于整个植物或种质、所述植物或种质的一部分(例如来自所述植物或种质的种子切片、叶片冲压片(leaf punch disk)或细胞)或来自所述植物或种质的核苷酸序列。可以使用本领域已知的任何现有或未来的方法(包括但不限于自动化方法：用锋利的刀片去除一部分胚乳、在种子中钻一个小孔并收集所得粉末，用激光切割这些种子并冲压叶圆片)从植物或种质中取得这种样品。玉米植物可以是非天然存在的品种。在一些实施例中，玉米植物或种质的基因组与优良的玉米种类的基因组是至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或100％同一性。
合适的标记可以包含，基本上由或由位于表X中所示的染色体区间内的一个或多个标记等位基因组成(表X、XI、XII和XIII中的所有物理位置对应于B73基因组(AGPv4))。
在一个实施例中，鉴定或选择具有增强的穗腐病抗性的玉米植物的方法包括a)从玉米细胞或植物部分分离核酸；b)在所述细胞或植物部分中检测与增加的穗腐病抗性相关联的标记的存在，其中所述标记位于选自由以下组成的组的至少一个染色体区间内：
(aa)玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653；
(bb)玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974；
(cc)玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938；
(dd)玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758；
(ee)玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515；
(ff)玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786；
(gg)玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297；
(hh)玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841；
(ii)玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700；
(jj)玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283；
(kk)玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645；
(ll)玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565；
(mm)玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429；
(nn)玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067；以及
(oo)玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212；以及
c)基于b)中检测到的标记的存在鉴定或选择所述植物。
在许多实例中，上述区间还包括表XII中列出的至少一个抗性等位基因。例如，玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653将包含在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的至少一个；玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974将包含在对应于物理位置222146924的位置处的C等位基因；玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938将包含在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因；玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758将包含在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的至少一个；玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515将包含在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因；玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786将包含在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因；玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297将包含在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的至少一个；玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841将包含在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因；玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700将包含在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因；玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283将包含在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的至少一个；玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645将包含在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的至少一个；玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565将包含在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的至少一个；玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429将包含在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的至少一个；玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067将包含在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的至少一个；以及玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212将包含在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。
应该清楚的是，在上述区间中可能存在多个抗性等位基因。例如，对应于玉米染色体1物理位置3,225,079至4,188,653的区间将包含在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因；玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758将包含在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的两个或三个或更多个；等。
参考标记和/或区间边界的检测可以通过PCR扩增来确定，例如使用表XI、表XII或表XIII中所列的至少一种探针或引物。
此外，一些人可能更偏好在上述参考区间的子集中进行检测。在一些这样的实例中，在区间(aa)中检测包括在染色体1上在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因或在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因的上游或下游的400K bp内进行检测；在区间(cc)中检测包括在染色体2上在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因的上游或下游的300K bp内进行检测；在区间(dd)中检测包括在染色体3上在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中至少一个的上游或下游的300K bp内进行检测；在区间(ee)中检测包括在染色体4上在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因的上游或下游的300K bp内进行检测；在区间(ff)中检测包括在染色体5上在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因的上游或下游的300K bp内进行检测；在区间(gg)中检测包括在染色体5上在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中至少一个的上游或下游的100K bp内进行检测；在区间(hh)中检测包括在染色体6上在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因的上游或下游的300K bp内进行检测；在区间(ii)中检测包括在染色体7上在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因的上游或下游的400Kbp内进行检测；在区间(jj)中检测包括在染色体8上在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中至少一个的上游或下游的300K bp内进行检测；在区间(kk)中检测包括在染色体8上在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中至少一个的上游或下游的300K bp内进行检测；在区间(ll)中检测包括在染色体8上在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中至少一个的上游或下游的400K bp内进行检测；在区间(mm)中检测包括在染色体9上在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中至少一个的上游或下游的300K bp内进行检测；在区间(nn)中检测包括在染色体9上在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中至少一个的上游或下游的300K bp内进行检测；以及在区间(oo)中检测包括在染色体10上在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因的上游或下游的300K bp内进行检测。另外的区间可以进一步由表XI中鉴定的任何标记来定义。
方法还可以包括另外步骤。例如，本文披露的方法可以进一步包括(a)将在其基因组内包含所述标记的子代玉米植物与其自身或另一玉米植物杂交以，产生在其基因组内包含所述标记的另外的子代玉米植物。可以进行另外的杂交，例如，(b)重复(a)的杂交步骤至少2次，以产生在其基因组内包含标记的其他子代玉米植物。
区间内的示例性标记和测定列于下表XI中：
优选标记和测定列于下表XII中：
(R/S＝抗性/易感)
表XIII列出了可用于鉴定表X的区间位置的探针和引物。
使用本文包含的教导，本领域普通技术人员将能够在表X的区间内定位其他标记等位基因。
用于产生穗腐病抗性植物的方法可以包括以下，基本上由以下组成或由以下组成：在种质中检测与增强的穗腐病抗性相关联的标记，以及从所述种质产生玉米植物。标记可以在从种质取得的任何样品中检测到，该种质包括但不限于所述种质的一部分(例如来自所述种质的种子切片或细胞)或来自所述种质的核苷酸序列。可以使用本领域已知的任何现有或未来的方法(包括但不限于自动化方法：用锋利的刀片去除一部分胚乳、在种子中钻一个小孔并收集所得粉末，用激光切割这些种子并冲压叶圆片)从种质中取得这种样品。种质可以是非天然存在的玉米品种。在一些实施例中，种质的基因组与优良玉米品种的基因组具有至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或100％同一性。然后，从根据本领域熟知的用于育种和从种质产生植物的方法鉴定为具有与增强的穗腐病抗性相关联的标记的种质来产生穗腐病抗性植物。
产生和/或选择穗腐病抗性玉米植物或种质的方法可包括将第一玉米植物或种质与第二玉米植物或种质杂交，其中所述第一大豆植物或种质包含与增强的穗腐病抗性相关联的标记，并选择包含与增强的穗腐病抗性相关联的所述标记的子代植物或种质。第一或第二玉米植物或种质之一或两者可以是非天然存在的大豆品种。在一些实施例中，第二玉米植物或种质是优良玉米品种的第二玉米植物或种质。在一些实施例中，第二玉米植物或种质的基因组与优良的玉米种类的基因组是至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或100％同一性。
在一个实例中，产生具有增强的穗腐病抗性的玉米植物的方法包括以下步骤：a)从玉米细胞或植物部分分离核酸；b)在所述细胞或植物部分中检测与增加的穗腐病抗性相关联的标记的存在，其中所述标记位于选自由以下组成的组的至少一个染色体区间内：(aa)玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653；(bb)玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974；(cc)玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938；(dd)玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758；(ee)玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515；(ff)玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786；(gg)玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297；(hh)玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841；(ii)玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700；(jj)玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283；(kk)玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645；(ll)玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565；(mm)玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429；(nn)玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067；以及(oo)玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212；以及c)将在其基因组内包含所述标记的玉米植物与不包含所述标记的另一玉米植物杂交，以产生在其基因组内包含所述标记的子代玉米植物。
在多个这些实例中，玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653包含在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的至少一个；玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974包含在对应于物理位置222146924的位置处的C等位基因；玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938包含在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因；玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758包含在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的至少一个；玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515包含在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因；玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786包含在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因；玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297包含在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的至少一个；玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841包含在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因；玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700包含在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因；玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283包含在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的至少一个；玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645包含在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的至少一个；玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565包含在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的至少一个；玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429包含在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的至少一个；玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067包含在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的至少一个；以及玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212包含在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。
方法可以进一步包括使用例如PCR检测任何上述等位基因。例如，检测可以包括：在所述玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653中，检测在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974中，检测在对应于物理位置222146924的位置处的C等位基因；在所述玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938中，检测在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因；在所述玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758中，检测在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515中，检测在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因；在所述玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786中，检测在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因；在所述玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297中，检测在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841中，检测在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因；在所述玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700中，检测在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因；在所述玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283中，检测在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645中，检测在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565中，检测在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429中，检测在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067中，检测在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的至少一个；以及在所述玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212中，检测在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。用于检测这些等位基因的示例性探针和引物列于表XII中。
本文还提供了将与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因渗入玉米植物的方法。用于将与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因渗入玉米植物或种质的此类方法可以包括以下，基本上由以下组成或由以下组成：使包含所述等位基因的第一玉米植物或种质(供体)与缺乏所述等位基因的第二玉米植物或种质(轮回亲本)杂交，以及使包含所述等位基因的子代与轮回亲本重复地回交。包含所述等位基因的子代可以通过监测其基因组中与增强的穗腐病抗性相关联的标记的存在来鉴定。标记可以在从子代取得的任何样品中检测到，该子代包括但不限于所述子代的一部分(例如来自所述植物或种质的种子切片、叶片冲压片或细胞)或来自所述子代的核苷酸序列。可以使用本领域已知的任何现有或未来的方法(包括但不限于自动化方法：用锋利的刀片去除一部分胚乳、在种子中钻一个小孔并收集所得粉末，用激光切割这些种子并冲压叶圆片)从子代中取得这种样品。供体或轮回亲本之一或两者可以是非天然存在的玉米品种。在一些实施例中，轮回亲本是优良玉米品种。在一些实施例中，轮回亲本的基因组与优良玉米品种的基因组是至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或100％同一性。
在一些实施例中，用于鉴定包含与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因的子代的标记可包含位于选自由表X中的那些组成的组的染色体区间内的一个或多个标记等位基因，基本上由其组成或由其组成。例如，在物理位置3,225,079和4,188,653之间的染色体1上的至少一个标记；染色体1上的在物理位置221,604,561至222,599,974之间的至少一个标记；染色体2上的在物理位置8,618,657至9,599,938之间的至少一个标记；染色体3上的在物理位置14,511,390至215,165,758之间的至少一个标记；染色体4上的在物理位置242,101,915至243,081,515之间的至少一个标记；染色体5上的在物理位置186,344,944至187,256,786之间的至少一个标记；染色体5上的在物理位置207,001,816至215,694,297之间的至少一个标记；染色体6上的在物理位置85,714,579至86,684,841之间的至少一个标记；染色体7上的在物理位置136,237,488至137,181,700之间的至少一个标记；染色体8上的在物理位置3,624,919至4,585,283之间的至少一个标记；染色体8上的在物理位置9,535,964至10,493,645之间的至少一个标记；染色体8上的在物理位置164,507,475至172,699,565之间的至少一个标记；染色体9上的在物理位置11,507,069至135,985,429之间的至少一个标记；染色体9上的在物理位置151,907,512至152,897,067之间的至少一个标记；染色体10上的在物理位置128,310,945至129,283,212之间的至少一个标记。标记还可以包括上面列出的任何其他标记。
在一些实施例中，标记可以包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：位于至少两个不同染色体区间的标记等位基因。例如，标记可包含位于物理位置8,618,657至9,599,938的染色体2的染色体区间中的一个或多个等位基因，和位于由物理位置3,624,919至4,585,283的染色体8上的至少一个或多个标记等位基因限定并包括它们的染色体区间中的一个或多个等位基因(区间边界包括例如表XIII中列出的等位基因)。在其他实施例中，标记可以包含以下，基本上由以下组成或由以下组成：位于表X的至少三个不同的染色体区间、表X的至少四个不同的染色体区间、表X的至少五个不同的染色体区间、表X的至少六个不同的染色体区间、表X的至少七个不同的染色体区间、表X的至少八个不同的染色体区间、表X的至少九个不同的染色体区间、表X的至少10个不同的染色体区间、表X的至少十一个不同的染色体区间、表X的至少十二个不同的染色体区间、表X的至少十三个不同的染色体区间、表X的至少十四个不同的染色体区间、或表X的所有区间内的标记等位基因。
在一些实施例中，用于鉴定包含与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因的子代的标记可包含，基本上由或由表XI、表XII或表X的任何区间内的一个或多个标记等位基因组成。
穗腐病抗性玉米植物和种质
本发明提供了穗腐病抗性玉米植物和种质。如上所述本发明的方法可用于鉴定、产生和/或选择穗腐病抗性玉米植物和种质。除了上述方法，穗腐病抗性玉米植物或种质可以通过任何方法产生，借这些方法将与增强的穗腐病抗性相关联的标记引入玉米植物或种质中，这些方法包括但不限于转化、原生质体转化或融合、双单倍体技术、胚拯救、和/或通过任何其他核酸转移系统产生。
在一些实施例中，玉米植物或种质包含非天然存在的玉米品种。在一些实施例中，玉米植物或种质与优良玉米品种的基因组是至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或100％同一性。
穗腐病抗性玉米植物或种质可以是优良玉米品种和包含与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因的玉米品种之间杂交的子代。
穗腐病抗性玉米植物或种质可以是渗入的子代，其中轮回亲本是优良玉米品种，并且供体包含与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因。
穗腐病抗性玉米植物或种质可以是第一优良玉米品种(例如，测试品系)之间的杂交的子代，和第二优良玉米品种(例如，轮回亲本)与包含与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因的玉米品种(例如，供体)之间的杂交的子代。
穗腐病抗性植物或种质可以是第一优良玉米品种与基因渗入的子代之间杂交的子代，其中轮回亲本是第二优良玉米品种，并且供体包含与增强的穗腐病抗性相关联的等位基因。
本发明的抗穗腐病玉米植物和种质可包含一种或多种本发明的标记。
在一些实施例中，穗腐病抗性玉米植物或种质在其基因组内可包含与增强的穗腐病抗性相关联的标记，其中所述标记位于表X的染色体区间内。示例性标记包括表XI的那些或表XII的那些。
在一些实施例中，穗腐病抗性玉米植物或种质可在其基因组内包含标记，该标记包含位于至少两个不同染色体区间中的标记等位基因、基本上由其组成或由其组成。
实施例还包括在其亲本谱系中具有基于与增加的穗腐病抗性相关联的标记的存在而选择的植物的玉米植物，其中所述标记位于选自由以下组成的组的至少一个染色体区间内：(aa)玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653；(bb)玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974；(cc)玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938；(dd)玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758；(ee)玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515；(ff)玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786；(gg)玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297；(hh)玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841；(ii)玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700；(jj)玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283；(kk)玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645；(ll)玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565；(mm)玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429；(nn)玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067；以及(oo)玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212。在一些实施例中，所述玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653包含在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的至少一个；所述玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974包含在对应于物理位置222146924的位置处的C等位基因；所述玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938包含在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因；所述玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758包含在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的至少一个；所述玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515包含在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因；所述玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786包含在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因；所述玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297包含在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的至少一个；所述玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841包含在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因；所述玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700包含在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因；所述玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283包含在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的至少一个；所述玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645包含在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的至少一个；所述玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565包含在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的至少一个；所述玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429包含在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的至少一个；所述玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067包含在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的至少一个；以及所述玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212包含在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。在一些实施例中，所述玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653包含在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的所有；所述玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758包含在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的所有；所述玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297包含在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的所有；所述玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283包含在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的所有；所述玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645包含在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的所有；所述玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565包含在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的所有；所述玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429包含在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的所有；所述玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067包含在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的所有；以及所述玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212包含在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。
在一些实施例中，选择包括：在所述玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653中，检测在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974中，检测在对应于物理位置222146924的位置处的C等位基因；在所述玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938中，检测在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因；在所述玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758中，检测在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515中，检测在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因；在所述玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786中，检测在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因；在所述玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297中，检测在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841中，检测在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因；在所述玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700中，检测在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因；在所述玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283中，检测在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645中，检测在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565中，检测在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429中，检测在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的至少一个；在所述玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067中，检测在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的至少一个；以及在所述玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212中，检测在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。在各种实施例中，检测可包括表XI、表XII或表XIII中列出的至少一种探针或引物。
穗腐病抗性种子
本发明提供了穗腐病抗性玉米种子。如上所述本发明的方法可用于鉴定、产生和/或选择穗腐病抗性玉米种子。除了上述方法，穗腐病抗性种子可以通过任何方法产生，借这些方法将与增强的穗腐病抗性相关联的标记引入玉米种子中，这些方法包括但不限于转化、原生质体转化或融合、双单倍体技术、胶原蛋白拯救、和/或通过任何其他核酸转移系统产生。
在一些实施例中，穗腐病抗性玉米种子包含非天然存在的玉米品种。在一些实施例中，玉米种子与优良玉米品种的基因组是至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或100％同一性。
穗腐病抗性玉米种子可以由通过本发明的方法鉴定、产生或选择的穗腐病抗性玉米植物产生。在一些实施例中，穗腐病抗性玉米种子由本发明的穗腐病抗性玉米植物产生。
本发明的穗腐病抗性种子可以包含一种或多种本发明的标记。例如，穗腐病抗性种子可包含表XI、表XII中的任何标记或表X的区间内的至少一个标记。
在一些实施例中，穗腐病抗性种子或种质可在其基因组内包含标记，该标记包含位于至少两个不同染色体区间中的标记等位基因、基本上由其组成或由其组成。
实例
通过GWAS检测镰刀菌穗腐病潜在抗性基因
在北京(2017年和2018年)和海南(2017年)种植了一组508个玉米品系，以研究它们对镰刀菌穗腐病的抗性。在北京的长日照条件下，大部分热带品系开花时间严重延迟，然后将其取出进行进一步分析。从三个田间试验中，我们选择了同一组309个品系来进行GWAS分析。过滤的GWAS群体显示出北京镰刀菌穗腐病的疾病严重程度指数(DSI)呈正态分布，而海南则呈抗性左偏分布(图S1)。这与穗腐病可能受环境条件影响的事实一致。然后，我们对来自三个田间试验的数据进行最佳线性无偏预测(BLUP)以获得穗腐病严重程度的联合分布(图1)。根据它们的谱系，整个GWAS群体可以分为塘四平头(TSPT)、硬茎(SS)、非硬茎(NSS)和混合杂种优势组(Mixed)，并且在它们中的任何两个之间没有检测到DSI的显著差异(表1)。在GWAS群体中，抗性自交系是CIMBL4、CML225、DAN599、CML304和CIMBL47；而易感自交系是RY737、CIMBL55、Ye478、GEMS45和GEMS39。
表1.GWAS群体中4个杂种优势组的平均DSI
我们使用混合线性模型进行GWAS。因此，发现数十个SNP与穗腐病抗性显著相关，这些SNP包括北京(2017)的6个、海南(2017)的20个、北京(2018)的7个和BLUP数据中的1个，如分位数-分位数和曼哈顿图所示(图2)。在比较从三种不同环境中检测到的SNP后，我们发现箱3.04、5.05/09、8.01/02和8.06/08四个染色体区域富含显著的SNP，它们中的每一个可以解释总表型变异的7.73-11.22％。在箱8.01中发现具有最高显著性(P＝1.65X10-7)的SNPchr8.S_4128809，该SNP可占总表型变异的11.22％。
根据B73基因组(AGPv4)，鉴定了覆盖或位于重要SNP附近的基因，这揭示了北京(2017)的4个、海南(2017)的40个、北京(2018)的24个和BLUP数据中的2个(表S1)。这些基因根据它们的功能被分为不同的类别，并且它们中的大多数与防御应答信号传导途径、结合活性、植物生长和发育、与分解代谢相关的酶、转运活性和药物代谢有关(图S2)。
表S1.在三个田间试验下通过GWAS鉴定的重要SNP及其相应基因的列表
抗性CIMBL47和易感SY1035品系转录组的比较
在三个田间试验中测试的309个品系中，CIMBL47(DSI＝7.5％)和SY1035(DSI＝83.4％)分别被证明是最具抗性和最易感的品系。据推测，在GWAS群体中，CIMBL47的抗性等位基因数量最多，而SY1035的抗性等位基因数量最少。为了鉴定可能涉及对穗腐病的抗性的那些基因，我们使用两个品系对15天大的仁进行RNA-seq，以揭示在接种后(hpi)0、0.5、1.5、3和6小时转录组的重编程。总共获得了1,020,525,460个清晰读数，平均76.6％的读数被映射到B73参考基因组(AGPv4)(表S2)。差异表达基因(DEG)的鉴定标准为q≤0.05和log2倍数变化≥1c。出人意料的是，许多DEG早在0hpi就出现(病原体攻击5分钟后)(表2)。抗性品系CIMBL47总共显示645个DEG，其中近三分之二上调。相反，易感品系SY1035仅显示364个DEG，上调和下调的DEG数目彼此接近。抗性CIMBL47和易感SY1035品系确实在基础转录组中表现出很大差异，因为在RC与SC中观察到，当用水对照处理时出现了数千个DEG。在用病原体攻击时，CIMBL47与SY1035相比显示出甚至更多的上调DEG和更少的下调DEG(R与S)。与SY1035相比，CIMBL47似乎对病原体侵袭的反应非常强烈。我们假定CIMBL47可能具有许多抗性相关基因，它们被引发以对病原体感染产生快速反应。对于接种后的其他取样时间，CIMBL47在0.5hpi时仍具有比下调DEG更多的上调DEG，然而，该趋势此后不继续(表2)。易感品系SY1035的下调DEG远多于抗性品系CIMBL47，在1.5hpi时达到峰值。
表S2.RNA-Seq数据的清晰读段及其映射百分比
表2.接种后不同时间点上调和下调DEG数量
R和RC：抗性品系CIMBL47用病原体攻击(R)并用水处理(RC)；
S和SC：易感品系SY1035用病原体攻击(S)并用水处理(SC)。
基因本体(GO)分析揭示DEG在几种功能类别中显著富集，包括催化活性、结合活性、代谢过程、细胞过程、生物调节、对刺激的反应、发育过程等(图S3)。KEGG分析表明，富集DEG的途径与胁迫和病原体防御密切相关，如植物激素信号转导、苯丙素生物合成、通过细胞色素P450的药物代谢、铂类药物抗性和淀粉/蔗糖代谢(图S4；在接种后0(A)、0.5(B)、1.5(C)、3(D)和6(E)小时R与S的富集途径项的散点图。纵轴表示途径项，横轴表示富集因子。点的大小指示相应途径中DEG的数量，并且点的颜色对应于不同的Q值范围。KEGG：基因和基因组的京都百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)。)在病原体感染后的6小时内，植物激素信号转导被排序为富集DEG的最高途径，随后是苯丙素生物合成(图S5)。在3hpi和6hpi时，其他途径，如谷胱甘肽代谢、通过细胞色素P450的药物代谢、以及乙醛酸和二羧酸代谢，也表现为富集DEG的主要途径。
GWAS和转录组数据的整合
我们评价了在GWAS中检测到的候选基因，并且在病原体接种后显示出差异表达水平。在GWAS中检测到的70个基因中，从转录组数据中发现59个在15天大的仁中表达，其中22个在病原体接种后显示差异表达，因此更可能参与玉米对镰刀菌穗腐病的抗性。关于DEG动态变化的更多细节，我们计算了0、0.5、1.5、3和6hpi时上调和下调DEG的比率。同时，我们估计了病原体接种后相同时间点的全基因组上调和下调DEG的比率。显然，在对病原体入侵的非常早期的反应中，覆盖或位于重要SNP附近的基因显示出比全基因组基因高得多的DEG比率。(表3)。
表3.接种后不同时间点上调和下调DEG的比率
R和RC：抗性品系CIMBL47用病原体攻击(R)并用水处理(RC)；
S和SC：易感品系SY1035用病原体攻击(S)并用水处理(SC)。
A：从RNA-seq数据估计的全基因组DEG的比率；B：通过GWAS检测的70个潜在抗性基因的DEG的比率。
在22个DEG中，发现12个在接种后不久在抗性品系CIMBL47中被高度诱导，但在易感品系SY1035中不被诱导，并且在0.5hpi(6个基因)或1.5hpi(6个基因)时达到它们的最高表达水平(图3)。有趣的是，其中5个位于箱3.04/05，这是一个聚集了许多抗性基因的热点区域。这5个基因编码2种热休克蛋白、1种PR样受体激酶、1种DUF 789家族蛋白和1种调节蛋白NPR5。其他7个基因散布于箱1.01、5.08、5.09、9.05/07和10.04，其中编码过氧化物酶体膜蛋白同源物(箱1.01)、肌醇-3-磷酸合酶同工酶(箱9.07)和内切葡聚糖酶7(箱10.04)的3个基因据报道与疾病抗性相关(表4)。
22个DEG中的5个表现出不同的表达谱，其中易感品系SY1035的等位基因被病原体下调，在1.5hpi时达到最低点，然后在6hpi时上调到高表达水平(图S6)。迄今为止，已知其中两个编码生长素组分相关蛋白和含五肽重复序列的蛋白的基因参与生物或非生物胁迫(表S3)。
表S3.易感品系SY1035中在1.5hpi时被病原体降低至最低的基因列表。
与易感品系SY1035相比，22个DEG中的3个在抗性品系CIMBL47中高度表达，并且也可以通过病原体接种诱导(图S7)。第一个基因GRMZM2G050325编码参与苯丙氨酸合成的吩嗪生物合成PhzC/PhzF蛋白，其余两个基因GRMZM2G0505384和GRMZM2G148998编码具有未知功能的蛋白(表S4)。
表S4.与易感品系SY1035相比，在抗性品系CIMBL47中接种后具有高表达的基因列表。
接种后22个DEG中的最后两个在易感品系而不是抗性品系中显示出较高的表达(图S8)。箱2.02中的第一个基因在0.5-1.5hpi期间在易感品系SY1035中被高度诱导，其编码可能参与防御反应信号传导途径的过氧化物酶体(S)-2-羟基酸氧化酶GLO1。与抗性CIMBL47相比，箱8.08中的第二个基因在0.5hpi时和此后在易感SY1035中高度表达，这与碳水化合物结合活性有关(表S5)。
表S5.与抗性品系CIMBL47相比，在易感品系SY1035中接种后具有高表达的基因列表。
总之，22个基因通过调节它们的基因表达水平显示对病原体攻击的立即反应。我们假设这些基因可形成对抗镰刀菌穗腐病的第一层防御，并且这些基因的等位基因差异可导致不同玉米品系之间的差异抗性。
植物激素信号转导和苯丙素生物合成的分析
转录组重编程的分析清楚地表明植物激素信号转导和苯丙素生物合成是对镰刀菌穗腐病的防御中最重要的途径之一。因此，我们研究了参与这两种途径的那些基因的表达水平。通常，参与这两种途径的大部分基因在病原体攻击时显示出差异表达(图4，5)。
参与植物生长(生长素、细胞分裂素、赤霉素和油菜素内酯)或成熟(乙烯)激素的信号转导途径中的基因大多被下调，例如生长素中的AUX1基因、细胞分裂素中的B-ARR、油菜素内酯中的BRI和乙烯中的EIN2/3基因等。相比之下，与应激反应激素(如脱落酸和茉莉酸)相关的基因上调，例如脱落酸中的SnRK2和PYL基因。有趣的是，在水杨酸(一种对生物营养性病原体的关键防御激素)的信号转导中起作用的NPR1编码基因显示出复杂的表达模式，在0至3hpi期间上调，此后下调(图S9)。这些发现表明，植物将通过调节各种激素信号转导途径来改变对穗腐病的早期防御中的生长和防御平衡。
在GWAS中检测到的70个基因中，发现一些参与激素信号转导途径，例如GRMZM2G039867、GRMZM2G004528、GRMZM2G074267和GRMZM2G116557。分别编码NPR1调节蛋白和肌醇-3-磷酸合酶的前两个基因GRMZM2G039867和GRMZM2G004528在病原体攻击后非常早的时间在抗性品系CIMBL47中被高度诱导。编码参与生长素信号传导途径的生长素外排载体组分和生长素反应因子的最后两个基因GRMZM2G074267和GRMZM2G116557在易感品系SY1035中在1.5hpi时下调至最低点(图3)。
苯丙素被认为是许多发育和防御相关基因中的核心串扰物质，其作为植物中多种防御化合物(包括植物抗毒素和木质素)的前体(Alessandra等人2017)。苯丙素的生物合成在早期病原体攻击下明显得到极大促进。以1.5hpi为例，与易感品系SY1035相比，抗性品系CIMBL47中几乎所有防御代谢物生物合成的关键基因都被高度诱导(图5)。有趣的是，在GWAS中检测到的一些潜在抗性基因也参与苯丙素生物合成。例如，与易感品系SY1035相比，在病原体接种后，在抗性品系CIMBL47中编码用于吩嗪生物合成的PhzC/PhzF蛋白的基因GRMZM2G050325被高度诱导。
材料与方法
植物材料
在中国农业大学对一组508个不同自交系(CAM508)进行全基因组关联分析。对2016年北京、2016-2017年海南和2018年北京所有CAM508品系评估它们对玉米穗腐病的抗性。我们采用了完全随机的地块设计，对三种环境条件各重复三次。每个RIL在4.0-m行种植17个仁，两个相邻植物之间的距离为0.25m，行距为0.50m。对于RNA-seq，我们从GWAS群体中选择了抗性最强的品系CIMBL47和最易感品系SY1035。
田间人工接种和表型分析
灭菌的玉米仁用作轮状镰刀菌的底物。将玉米仁煮沸直至谷物轻微破裂，然后放入1L罐中(1/3-1/2填充)。将仁在121℃高压灭菌20分钟。冷却至室温后，用一片直径约1厘米的轮状镰刀菌在无菌台中接种仁，然后在28℃恒温培养箱中培养约2周。接种前一天，用无菌水将轮状镰刀菌孢子从谷物中洗下，用血细胞计数器将浓度调节至5×106个孢子ml-1。就在田间接种之前，向轮状镰刀菌孢子中加入2μL/mL Tween-80表面活性剂并充分混合。每株植物在开花后约15天用钉刺法在其仁上进行人工接种，其中每次将1ml孢子注射到仁中，每穗注射两次。注射后，用防水胶带密封打孔点，以防孢子悬浮液不泄漏。在开花后约45天的成熟期，评价每株植物的疾病症状。根据表现出视觉症状的感染仁面积的百分比，将每穗的疾病严重程度定义为5个等级：0＝0-1％、0.25＝2％-10％、0.5＝11％-25％、0.75＝26％-50％和1＝50％-100％，然后转化为疾病严重程度指数(DSI)(Grau等人1982)。
DSI(％)＝Σ(等级×所述等级中的植物数目)×100/(5×植物总数)。
全基因组关联研究
使用混合线性模型(MLM)进行GWAS，其考虑了群体结构和亲属关系系数的影响。GWAS中使用的高质量SNP与Li描述的相同(Li等人2013)。共选择约560,000个多态性SNP，根据次要等位基因频率(MAF)≥0.05进行过滤。使用软件TASSEL 5.2.43进行分析。使用错误发现率(FDR)≤0.05鉴定显著关联，并通过模型的Q-Q图确定阈值P值，使用maizeGDB基因组浏览器从GWAS检索重要SNP的上游和下游50kb的位于100kb间隔中的候选抗性基因。
RNA-seq和差异表达基因(DEG)的检测
抗性CIMBL47和易感SY1035品系都在田间种植，开花后15天的穗在田间收集。在中间切开仁，将一半在无菌水中浸泡，将另一半在5×106孢子ml-1孢子悬浮液中浸泡5分钟。此后，将所有半仁转移到PDA培养基中并在28℃的培养箱中培养。在培养后0、0.5、1.5、3和6小时的时间点将仁样品收集在无菌台中(图S10)，并立即在液氮中冷冻并储存在-80℃直至RNA提取。在Invitrogen制造商的指导下进行总RNA提取方案。Zhong(Zhong等人2018)描述了RNA-seq的程序。根据制造商的建议(Illumina)，将来自每个样品的100ng Poly(A)RNA片段化用于RNA-seq文库构建，并在Illumina Hiseq3000上进行测序。在RNA-seq实验中对每个样品进行三次生物重复。将清晰读数用于基因表达的映射、计算和标准化。将读数与掩蔽的玉米基因组数据库EnsembleZea_mays.AGPv3.26(http://plants.ensembl.org/Zea_mays/Info/Index)比对。基因表达的计算和标准化基于使用Cufflinks版本2.1.1的FPKM(片段/千碱基外显子模型/百万映射读数)。差异表达基因(DEG)使用错误发现率(FDR)(1×10-10)定义，如使用Benjamini和Hochberg程序确定。用于筛选DEG的参数是与对照转录组中的表达水平相比，表达水平的倍数变化(FC)(FC≥2或FC≤0.5，P值≤0.05，FDR≤0.05)。使用获得的DEG进行GO富集和KEGG富集(KEGG富集途径图)。根据GO和KEGG富集，绘制了差异基因的直方图分布以及KEGG散点图和KEGG富集途径图。
GWAS和转录组数据的整合
基于RNA-seq数据，我们计算了接种后每个时间点的全基因组上调和下调DEG的比率。同时，我们计算对应于GWAS中重要SNP的100-kb间隔内上调和下调DEG的比率。然后，我们比较了抗性CIMBL47和易感SY1035品系之间以及病原体接种和水处理对照之间在GWAS中检测到的全基因组基因和潜在抗性基因的DEG比率。对于在GWAS中检测到的潜在抗性基因的那些DEG，我们根据它们独特的表达模式将它们分成几组。
结果
在GWAS分析中，我们发现总共70个基因覆盖或定位在与穗腐病抗性显著相关的SNP附近。如所预期的，许多候选抗性基因位于在先前连锁作图研究中已经检测到疾病抗性QTL的区域中。例如，我们发现箱3.04含有大量候选基因，其编码细胞色素P450家族(GRMZM2G169152)、PR5样受体激酶(GRMZM2G467671)、叶锈病10抗性基因座受体样激酶(GRMZM2G013790)、两种热休克蛋白(GRMZM2G437100和GRMZM2G422240)等。箱3.04已被认为是玉米中许多抗病性QTL的热点，如镰刀菌穗腐病(Ding等人2008；Pérez等人2001)、镰刀菌茎腐病(Pe′等人1993)、甘蔗花叶病毒(Xi等人2008；Wang等人2003)、黑穗病(Chen 2006；Liu等人2016)、北方玉米叶枯病(Ma等人2014；WANG等人2010)等。除箱3.04外，还检测到携带重要SNP的其他染色体区域以覆盖先前鉴定的抗性QTL。在箱5.05中，对镰刀菌穗腐病的抗性QTL可以解释13％的总表型变异(Robertson等人2006)。在箱7.03中，发现QTL赋予对镰刀菌穗腐病和伏马菌素B1的抗性(Maschietto等人2017)。箱9.07还覆盖了在其他GWAS研究中检测到的重要SNP(Zila等人2013；Ju等人2017)并且在作图研究中具有抗性QTL(Maschietto等人2017,Aida等人2016)。我们在箱9.07中检测到一些编码酶活性蛋白的基因，包括两种U盒超家族蛋白，它们可能参与PCD进程(图S7)。
鉴于抗性相关基因可能很早就在对穗腐病的防御中起作用，我们进行了改进的RNA-seq分析，试图揭示所有潜在的候选基因。我们从GWAS群体中选择了极端抗性(CIMBL47)和易感(SY1035)品系。对最易受镰刀菌穗腐病影响的15天大的仁取样进行病原体接种。将每个仁在中间切成两半，一半用无菌水处理，另一半用孢子悬浮液处理5分钟，然后转移到PDA培养基中在28℃培养。该方法能使病原体以最大的暴露量与胚胎/胚乳直接接触，确保抗性相关基因能够对病原体入侵被均匀、快速地诱导。此外，我们很早就在0、0.5、1.5、3和6hpi对仁采样。正如所预期的，GWAS中候选抗性基因的数目显示CIMBL47和SY1035之间以及对照和病原体接种之间的差异基因表达水平，甚至早在0hpi(病原体接种5分钟后立即取样)就如此，并且早在0.5或1.5hpi时就达到表达峰值(图3)。这与在病原体接种后3小时显示其最高表达水平的穗腐病抗性基因ZmAuxRP1是一致的(Ye等人2018)。
与易感品系SY1035相比，抗性品系CIMBL47在接种后早期表现出更多的上调基因，在0.5hpi或1.5hpi时达到峰值(表2；图3)。大多数DEG在植物激素信号转导途径、苯丙素生物合成、谷胱甘肽代谢、通过细胞色素P450的药物代谢以及乙醛酸和二羧酸代谢中富集。有趣的是，植物激素信号转导在所有采样点被排序为富集DEG的最高途径，其中与生长激素相关的基因在抗性品系CIMBL47中与易感品系SY1035相比大部分下调或具有下降趋势，如EIN3、AUX相关基因；而与防御激素如脱落酸和茉莉酸相关的基因上调，包括SnRK2基因。据报道，植物生长激素生长素通过负调节SA信号传导途径并促进扩展蛋白和伸展蛋白的产生而使植物更易受到病原体攻击(Catalá等人,2000；Wang等人,2007)。
这些发现强烈暗示生长和防御之间的平衡在玉米对镰刀菌穗腐病的抗性中起关键作用。巧合的是，穗腐病抗性基因ZmAuxRP1也参与生长防御权衡(Ye等人2018)。苯丙素生物合成被归类为富集DEG的第二途径，并且生物合成途径中的几乎所有基因在病原体攻击后上调。这表明次级防御代谢物也在早期穗腐病抗性中起重要作用。我们注意到细胞色素P450基因家族也富含DEG。P450基因家族通过调节脂质代谢和影响茉莉酸(JA)的合成和活性参与植物抗病性。此外，作为多功能氧化酶，细胞色素P450通过操纵次级代谢物的生物合成在对病原体入侵的防御应答中起关键作用，所述次级代谢物包括苯丙素类、黄酮类、生物碱类、蒽醌类、糖苷类、植物激素等(Narusaka等人2004；Takemoto等人1999；Hemm等人2003；Koo等人2011)。因此，本研究表明玉米对镰刀菌穗腐病的抗性可能依赖于多种防御途径。
整合GWAS和转录组数据揭示了GWAS中在病原体接种后差异表达的许多候选基因，例如细胞色素P450家族基因(GRMZM2G169152)、PR5样受体激酶基因(GRMZM2G467671)、叶锈病基因座受体样激酶基因(GRMZM2G013790)、热休克蛋白基因(GRMZM2G437100和GRMZM2G422240)、植物激素信号转导基因(GRMZM2G039867、GRMZM5G004528、GRMZM2G074267和GRMZM2G116557)等。在抗性CIMBL47品系中，与细胞色素P450、苯丙素和植物激素信号转导途径相关的候选基因，例如GRMZM2G169152、GRMZM2G467671、GRMZM2G039867和GRMZM2G050325被病原体入侵高度诱导。尽管我们目前不确定这些基因在穗腐病抗性中所起的确切作用，但仍相信它们可用于鉴定、选择和/或产生对穗腐病抗性增加的植物。
总之，在用轮状镰刀菌攻击时，植物激素的变化表明植物将进行生长防御权衡以优化其面对病原体攻击的适应性。苯丙素生物合成的爆发是通过促进防御化合物的生物合成来加强其强化。细胞色素P450基因家族的诱导可引起一系列防御代谢物的变化，包括苯丙素类、黄酮类、生物碱类、蒽醌类、糖苷类、植物激素等。在这些非常早期的变化之后，其他植物免疫反应，如谷胱甘肽代谢以及乙醛酸和二羧酸代谢，被依次激活以共同对抗攻击轮状镰刀菌入侵。
序列表
<110> CHINA AGRICULTURAL UNIVERSITY
SYNGENTA
<120> 与玉米中穗腐病抗性相关联的新颖遗传基因座
<130> 81918-WO-REG-ORG-P-2
<150> PCT/CN2019/100801
<151> 2019-08-15
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<170> PatentIn version 3.5
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 78
ctccaggagt tcaagg 16
<210> 79
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 79
cctttggtgc aatctatgat caggt 25
<210> 80
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 80
cgaaacgtag ccaacgtaaa caac 24
<210> 81
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 81
cgcggaaatc cgagtag 17
<210> 82
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 82
cggaaatccg agcag 15
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 83
gggtggactc actccgaatg 20
<210> 84
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 84
gagcccctct ctcctcgtt 19
<210> 85
<211> 11
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 85
ctgcgccgcg t 11
<210> 86
<211> 12
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 86
ctgcgccgca tg 12
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 87
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<210> 88
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 88
tgcgacggtg atagacgatg 20
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 89
ccctataccc cactac 16
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 90
cctatacccc acaac 15
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 91
tccaccctgt acaatggttc c 21
<210> 92
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 92
gcgtacacca gtatttgtca gttc 24
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 93
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<210> 94
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 94
tccttgtcag catcatc 17
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<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 95
cgccattaat tcatgcttgt ctctg 25
<210> 96
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 96
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<210> 97
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 97
cagccaaaat cgaacca 17
<210> 98
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 98
cagccaaaac cgaacc 16
<210> 99
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 99
gagcgagccg cctga 15
<210> 100
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 100
ccgtggcaac tggtcctg 18
<210> 101
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 101
ccctgcgaac gcc 13
<210> 102
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 102
ccctgccaac gcc 13
<210> 103
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 103
tggaggccaa gtcgaacg 18
<210> 104
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 104
ggctcgggtc cagca 15
<210> 105
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 105
ctgcttgtga tagaaataaa 20
<210> 106
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 106
cttgtgatag aaacaaagat g 21
<210> 107
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 107
atgaagggaa gaccgcat 18
<210> 108
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 108
tgggacatat tagaccatc 19
<210> 109
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 109
ctttctctag ccgtacta 18
<210> 110
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 110
ctttctctag ccctacta 18
<210> 111
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 111
agctttgctt cctgggtgct t 21
<210> 112
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 112
tcggcatcac ctgtatcaga 20
<210> 113
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 113
catgaaagtt aatcctcaa 19
<210> 114
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 114
ttcatgaaag ttaatcatca 20
<210> 115
<211> 28
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 115
cagctttttg gtcgtttttc tttgattg 28
<210> 116
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 116
ggtgagcttg tgttatgttc tca 23
<210> 117
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 117
cgctagaccg tgatggt 17
<210> 118
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 118
cgctagaccc tgatggt 17
<210> 119
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 119
tgcaaccagt gaatgtcctt g 21
<210> 120
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 120
gtcgtttgga gctagtagtt gac 23
<210> 121
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 121
atggctgctg cttcatac 18
<210> 122
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 122
atggctgctg cgtcata 17
<210> 123
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 123
gttggacctt ctctctgtaa gtca 24
<210> 124
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 124
tgcttgcctc gctgtgat 18
<210> 125
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 125
attttattat tcgtccgtct a 21
<210> 126
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 126
tattattcgc ccgtcta 17
<210> 127
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 127
tccaaggtta cctgaaccct aa 22
<210> 128
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 128
gagcatggac attacatggc ataa 24
<210> 129
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 129
aattgatcac gcacta 16
<210> 130
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 130
aattgatcac acactatc 18
<210> 131
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 131
aggcaagctc gatggttcac 20
<210> 132
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 132
ccatgtggtc gtgggttcaa g 21
<210> 133
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 133
cgcaaagggc gtgtg 15
<210> 134
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 134
acgcaaagag cgtgtgg 17
<210> 135
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 135
acccgcggca accgtaaa 18
<210> 136
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 136
cgtcgtcgtc ggagaca 17
<210> 137
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 137
tctttcaaga ttaatgaag 19
<210> 138
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 138
ctttcaagat taaagaagg 19
<210> 139
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 139
gcagtgggtt gacatcaaca atg 23
<210> 140
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 140
gtttagcaag ctgaaagggt ga 22
<210> 141
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 141
caggtattcg tgtgcatc 18
<210> 142
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 142
caggtattcg cgtgcat 17
<210> 143
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 143
agggcactca ggcacatgat 20
<210> 144
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 144
ccaccactcg cactaggaaa 20
<210> 145
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 145
aggttagtcg ttcgaattgg a 21
<210> 146
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 146
aaggttagtc gttcaaattg g 21
<210> 147
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 147
gtttggtttg tggctaaatg tgc 23
<210> 148
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 148
aggtgagtgt gacgtgcata g 21
<210> 149
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 149
catgctgcgg tcgc 14
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<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 150
atgcggcggt cgc 13
<210> 151
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 151
acatgtagat gatgcggtcg tg 22
<210> 152
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 152
accagctccc gtttctgc 18
<210> 153
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 153
ccccgccttc gaa 13
<210> 154
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 154
tgccccacct tcg 13
<210> 155
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 155
gggccatcag cgttcgtc 18
<210> 156
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 156
agatggcgtg ctcggtgttc 20
<210> 157
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 157
ccatccaatg tatcaattg 19
<210> 158
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 158
catccaatgt atcaactga 19
<210> 159
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 159
gaacttgata tgtagctaaa gac 23
<210> 160
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 160
tcatgttgaa gttgaattgg t 21
<210> 161
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 161
cgagaggatg acactataa 19
<210> 162
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 162
agaggatgac actacaagt 19
<210> 163
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 163
gctatcgccc accaataaag tg 22
<210> 164
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 164
atgtgtcctc aacccttaga tga 23
<210> 165
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 165
tcaactggac taaataa 17
<210> 166
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 166
aagtcaactg gacaaa 16
<210> 167
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 167
tccaagcagc tatcagatcc a 21
<210> 168
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 168
gctcttgcct tctgttcttc ac 22
<210> 169
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 169
aacaggacta ctcagattat a 21
<210> 170
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 170
caggactact cagacta 17
<210> 171
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 171
gagggcattc ttgtcttcct catac 25
<210> 172
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 172
gcttcgggcc tgtttgttta c 21
<210> 173
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 173
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<210> 174
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 174
cccgaggcga cgtc 14
<210> 175
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 175
cgccttggcg gcctt 15
<210> 176
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 176
ccgcgtcaag tgtttcatca 20
<210> 177
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 177
agcatggaaa tcttgtcttc 20
<210> 178
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 178
tagcatggaa atcctgtctt 20
<210> 179
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 179
tccacccaaa agatatcatc cga 23
<210> 180
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 180
ccacctggga atgcaaggaa t 21
<210> 181
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 181
caaagcatgt accattaat 19
<210> 182
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 182
aaagcatgta ccatcaat 18
<210> 183
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 183
acgtatcccg gccgtctac 19
<210> 184
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 184
gcggtgaagg aagatcatgg tt 22
<210> 185
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 185
tccaggaagg gccaaag 17
<210> 186
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 186
ccaggaaggc ccaaagat 18
<210> 187
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 187
gcagacgtga tcctgaagca 20
<210> 188
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 188
tcaggcacgg gctgaac 17
<210> 189
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 189
ccccggttgt cacat 15
<210> 190
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 190
cccggttatc acatgc 16
<210> 191
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 191
ggcaaagagg gattgctaca ctt 23
<210> 192
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 192
catccacaac acaaacactg acatc 25
<210> 193
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 193
tcttcgtaga gaaagtatgt 20
<210> 194
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 194
cgtagagaaa gataccgtat 20
<210> 195
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 195
tgttcaggta acacgag 17
<210> 196
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 196
cactcaatac tccaaacagt 20
<210> 197
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 197
tccaatttct ggttcacat 19
<210> 198
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 198
ccaatttctg gctcaca 17
<210> 199
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 199
cctccaggcc aaagatgcaa t 21
<210> 200
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 200
cccgctctat ccgttacact tct 23
<210> 201
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 201
taactaatag caatgc 16
<210> 202
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 202
taataactaa tagcaatac 19
<210> 203
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 203
atgaaccata tatcctagga a 21
<210> 204
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 204
gaggtgctcc aatcttc 17
<210> 205
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 205
cagtaggttg ggcaac 16
<210> 206
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 206
ccagtaggtt gcgc 14
<210> 207
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 207
tgttagtcca ggccttctga atc 23
<210> 208
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 208
acagcagagg ttaaagtagc atagc 25
<210> 209
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 209
tggctttgga tcgggt 16
<210> 210
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 210
ttggctttgg atcgagtt 18
<210> 211
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 211
ttgacgtatc gggtcggatt 20
<210> 212
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 212
cgggctaagt acaagccatg at 22
<210> 213
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 213
tccgacggct agaga 15
<210> 214
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 214
caatatccga cagctaga 18
<210> 215
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 215
cagactacca tgaagagagt tgtga 25
<210> 216
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 216
ggtagttgat ttcttgtccg ctgat 25
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 217
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 218
cgtttaggaa tatctggg 18
<210> 219
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 219
ggcgagaatg actgc 15
<210> 220
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 220
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<210> 221
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 221
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<210> 222
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 222
cgagagtgta ttatgggag 19
<210> 223
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 223
tcctggcaac cgagacc 17
<210> 224
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 224
acaggccagc aggcagatag 20
<210> 225
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 225
tgttggtctg cgaggt 16
<210> 226
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 226
tgtgttggtc tacgaggt 18
<210> 227
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 227
cgtcaggtgc ttcaccga 18
<210> 228
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 228
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<210> 229
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 229
tcacattcca ttggttgg 18
<210> 230
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 230
cacattccat cggttgg 17
<210> 231
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 231
ggtggaggcg cataggtt 18
<210> 232
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 232
acggcaggag aggaaggaa 19
<210> 233
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 233
atactatcct ctccggga 18
<210> 234
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 234
tatcccctcc ggga 14
<210> 235
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 235
tgatttggat ttgggaattg gga 23
<210> 236
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 236
aaacgagcag gtgtttagcc a 21
<210> 237
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 237
aatgacaccc ccttcc 16
<210> 238
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 238
atgacacccc ctccc 15
<210> 239
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 239
ccaaccattt cttgctgcca 20
<210> 240
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 240
ttgagagctc cgcgaaatga g 21
<210> 241
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 241
tcaccaagta ctcccta 17
<210> 242
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 242
caccaagtac tcccca 16
<210> 243
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 243
agcaaaggtg cggatgccat t 21
<210> 244
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 244
gcttccaaat cgctaccttg tttc 24
<210> 245
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 245
ctcgtatgcc gttttgtt 18
<210> 246
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 246
tcgtatgcca ttttgttc 18
<210> 247
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 247
tccatcatca aaccctaaac accag 25
<210> 248
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 248
gaatgccaac catcagaagt caac 24
<210> 249
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 249
ccatgtatgt tgataatttc taaa 24
<210> 250
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 250
accatgtatg ttgataactt cta 23
<210> 251
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 251
gcagtatggc ctatgtttgt tgc 23
<210> 252
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 252
ccggtaccct ggtgtcgtt 19
<210> 253
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 253
ttgaaggaga gaggacaga 19
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 254
tttgaaggag agaggacaaa 20
<210> 255
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 255
aggagcacct catttggtta gaaa 24
<210> 256
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 256
ccgagcgaag tcgagaacc 19
<210> 257
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 257
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<210> 258
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 258
tgaggaacga ccgattct 18
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<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 259
gctagtcaac acacacccac aag 23
<210> 260
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 260
ggagccaggc tcatcacata c 21
<210> 261
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 261
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<210> 262
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 262
agtcggagca gggc 14
<210> 263
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 263
aactcggttg ttgtcagtct tacc 24
<210> 264
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 264
ctgaccgacc tgacaggaaa 20
<210> 265
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 265
cggattctct ctgaatgatg 20
<210> 266
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 266
acggattctc tccgaatga 19
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 267
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<210> 268
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 268
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 269
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<210> 270
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 270
cagtgctttc acctcg 16
<210> 271
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 271
gccaagatga caagatccaa caac 24
<210> 272
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 272
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<210> 273
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 273
cacattgacg ttgatgac 18
<210> 274
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 274
cattgacgtt gaggaca 17
<210> 275
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 275
gttgacaatg gaaggaga 18
<210> 276
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 276
ccggatatgt atatgatgct g 21
<210> 277
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 277
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<210> 278
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 278
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 279
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<210> 280
<211> 24
<212> DNA
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<400> 280
acggttaatt ggtaggcacg gtaa 24
<210> 281
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 281
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<211> 17
<212> DNA
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<400> 282
ttcgacattg tacgctt 17
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<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 283
tttatgtcag aaagcttgag gca 23
<210> 284
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 284
tgtcggctaa tcatctcaag ga 22
<210> 285
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 285
ttcactaacg atgtaatt 18
<210> 286
<211> 16
<212> DNA
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<400> 286
tcactaacga tggaat 16
<210> 287
<211> 19
<212> DNA
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<400> 287
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<210> 288
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 288
cctcttccca tgagaact 18
<210> 289
<211> 19
<212> DNA
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<400> 289
tttatgctag tcaaacttt 19
<210> 290
<211> 19
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<400> 290
tttatgctag tcaaacatt 19
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 291
tcagttaagt atcgtctaga ttt 23
<210> 292
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 292
accgcgatac atcattgg 18
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<212> DNA
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<400> 293
ttgagaacct tcagtac 17
<210> 294
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 294
ttgagaacca tcagtac 17
<210> 295
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 295
cgttgtcagc attggtggac 20
<210> 296
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 296
gatcgtcgca cggatgtcta 20
<210> 297
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 297
caaaccatcg aatctgtaac 20
<210> 298
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 298
accatcgaat ccgtaacaa 19
<210> 299
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 299
ttgccagagt tgattccacc taa 23
<210> 300
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 300
ctgcgacatt gcctctaacc a 21
<210> 301
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 301
atcggactct cggct 15
<210> 302
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 302
aatcggactc tcagc 15
<210> 303
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 303
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<210> 304
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 304
cctgagctgg ctactgatga 20
<210> 305
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 305
atagcattag attctgagca tt 22
<210> 306
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 306
agcattagat tctgagcata 20
<210> 307
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 307
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<210> 308
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 308
tgctttgtgt tcgtatgcat gaata 25
<210> 309
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 309
ctgctgctgt ttgca 15
<210> 310
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 310
tgctgctgct atttgc 16
<210> 311
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 311
ccaagacaaa ctctccctgt atgc 24
<210> 312
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 312
ggctcggaag gtctcaaaga ag 22
<210> 313
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 313
tggttgtagt attgcaa 17
<210> 314
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 314
ttggttgtag tattgaaaa 19
<210> 315
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 315
ggtttgctct tgctgatcga tatgt 25
<210> 316
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 316
gctcagctac tccctctgtt c 21
<210> 317
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 317
cgaggtggtg acgatgt 17
<210> 318
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 318
cgaggtggtc acgatgt 17
<210> 319
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 319
cgggtcaagt tctgctgtga 20
<210> 320
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 320
atcatacggc ggaagtagtt ca 22
<210> 321
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 321
aaacatgaat actcgatctg c 21
<210> 322
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 322
caaacatgaa tacccgatct 20
<210> 323
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 323
tggcttgagc cattacctga t 21
<210> 324
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 324
gaaactgcaa gaggcatgaa ac 22
<210> 325
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 325
tgatgcgatt tcgttgaat 19
<210> 326
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 326
cgtgatgcga tttagttgaa 20
<210> 327
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 327
cggattacaa ctctctgttg cc 22
<210> 328
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 328
cacactcaag gtgacttaga ccaa 24
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 329
cagttgtttg tatagaca 18
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 330
atacagttgt ttgtataaac 20
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 331
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 332
gtgagacaag gctacatac 19
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<211> 11
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 334
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 335
cgtcgcggtc ctctctgat 19
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 336
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 337
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 338
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 339
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 340
gcacgattat gcatgattag 20
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 342
tcaaagctag gtttaggc 18
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 343
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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agatctgatt ggtatagggc a 21
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 346
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 347
aaggcagagg tgcttcggt 19
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 348
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 349
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 350
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 351
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<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 352
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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aggcggcgac caact 15
<210> 354
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 354
aggcggccac caact 15
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 355
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 356
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 357
agcggagcaa tgactactt 19
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 358
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 359
ggtgcacacc ggactgt 17
<210> 360
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 360
caactgcgcg tcctctgtc 19
<210> 361
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 361
ccagtttctt ctgtgagtg 19
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 362
cagtttcttc cgtgagtg 18
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<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 363
tgcatctgag ttcctgattg ttg 23
<210> 364
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 364
ccgcagcacg acatcctt 18
<210> 365
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 365
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<210> 366
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 366
ccatatatag gttagttcat cgat 24
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<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 367
gcggtgagta caagttaatc caa 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 368
gccgtcactt gacttgattc ttc 23
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<211> 12
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 370
acccagcccc cg 12
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 371
tgatctggct cacgtgggta g 21
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 372
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 373
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 374
ccacatgcac agtactata 19
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 375
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<210> 376
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 376
tgggcacata ggccagtag 19
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 377
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 378
aaatgcaaac aggaacatg 19
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 379
gttgctgaaa tgctaatgg 19
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 380
gtgtcgtcgt cttctc 16
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<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 381
ccaccaccgg aatt 14
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<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 382
caccaccgca attg 14
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 383
gagttcatca agtagctcgt 20
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 384
tgcacatcag cattctc 17
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 385
cggttaccat tgttgtgta 19
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 386
tcggttacca ttattgtgta 20
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<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 387
ccttgtttga aacctccttg tgttg 25
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 388
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 389
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 390
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 391
gaactgattc atctgggtaa 20
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 392
ctcctgctgt ggtcac 16
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 393
caagtgaaat ggtatataat ac 22
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 394
aagtgaaatg gtatataaca c 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 395
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<212> DNA
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<400> 396
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<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 397
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<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 398
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 399
cgccctagtg ctgggaatc 19
<210> 400
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 400
ggaccgacac gatccaataa ag 22
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 401
cgggcggagt acgtg 15
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<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 402
cgggcggact acgt 14
<210> 403
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 403
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<210> 404
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 404
tggtcgcact tccttcttc 19
<210> 405
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 405
cgacagcgga ggag 14
<210> 406
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 406
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<210> 407
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 407
ctcgtgcttg ctttacg 17
<210> 408
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 408
cgcaagaggt tgatagg 17
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 409
accagctact gcagc 15
<210> 410
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 410
ccagcgactg cagc 14
<210> 411
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 411
gtccctgccc gttttgtct 19
<210> 412
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 412
acacctctcc gtcgtatcaa g 21
<210> 413
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 413
tcattgtaat ccatattacg t 21
<210> 414
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 414
cattgtaatc catactacgt 20
<210> 415
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 415
gccaacagtt cactcccagt a 21
<210> 416
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 416
acttgttacc tttccttgct agaca 25
<210> 417
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 417
ttactggtac ttagatatat g 21
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 418
tactggtact tagatagatg 20
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 419
agatacatga agtaacatgc t 21
<210> 420
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 420
ggtactcaag aacaattaac c 21
<210> 421
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 421
tcaaagaatc tccggtca 18
<210> 422
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 422
caaagaatcc ccggtca 17
<210> 423
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 423
ggactgtgcg tagtatgagc 20
<210> 424
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 424
gtcacgtcta tcctccagtt ca 22
<210> 425
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 425
accccgacac tgct 14
<210> 426
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 426
caccccaaca ctgc 14
<210> 427
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 427
gtcgacgacg gtgaagc 17
<210> 428
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 428
cacgctcgag gtgatcca 18
<210> 429
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 429
aagttatctt ccattgtagt g 21
<210> 430
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 430
agttatcttc cattgcag 18
<210> 431
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 431
catgtttatt ttgagagcca 20
<210> 432
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 432
gaaacgtgtt gctgaag 17
<210> 433
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 433
cgacagcctt cgat 14
<210> 434
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 434
cgacagcctt caat 14
<210> 435
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 435
ctagccgaac tgtccta 17
<210> 436
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 436
cacaccaacg gatcaag 17
<210> 437
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 437
cggtgacgaa tactgat 17
<210> 438
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 438
cggtgacgaa tactgac 17
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 439
gaaacatccc aacaacatc 19
<210> 440
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 440
agccttgcta gtgctg 16
<210> 441
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 441
catcagaggg aatataattt 20
<210> 442
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 442
catcagaggg aatagaatt 19
<210> 443
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 443
agctatattt tagagaccgt gtt 23
<210> 444
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 444
gcacgatgac gatga 15
<210> 445
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 445
cggtaacatg tagaatgca 19
<210> 446
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 446
cggtaacatg tagaacgc 18
<210> 447
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 447
tgaatgctct cagatgccac at 22
<210> 448
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 448
agcagcttca agaaacaaag ga 22
<210> 449
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 449
actgcgcgtt gcaa 14
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 450
ctactgcgca ttgcaa 16
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 451
ggccgccaag gtgct 15
<210> 452
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 452
gcctggtcga tcctgatgac 20
<210> 453
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 453
catgggccgt gacct 15
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<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 454
atgggccgcg acct 14
<210> 455
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 455
cctttaacag gttgtactca tgcc 24
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 456
tcgagtcagc acggttcg 18
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 457
caacctcacg aacct 15
<210> 458
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 458
cggcaacctc acaaa 15
<210> 459
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 459
caacctgagc ttcaacagcc t 21
<210> 460
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 460
ggcggttgct ggaca 15
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 461
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 462
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 464
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<210> 465
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 465
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 466
ccacacaccg agaaag 16
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 467
agcacacgtt ctcttccaaa 20
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 468
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 469
ctgaagctgc ctcaa 15
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 470
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 471
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 472
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 474
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 475
gcgcgtacct gattcaca 18
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 476
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<211> 14
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<213> 玉蜀黍;
<400> 478
cgccacgtcc gatg 14
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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tgggcagcct caccgt 16
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 480
cggagctgga aaggatgga 19
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 481
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 482
caatagtgaa tattgtaatt t 21
<210> 483
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 483
agcagaaaaa cattgggact gtac 24
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 484
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<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 485
ctcaccgtgg accg 14
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 486
cctcacagtg gaccg 15
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 487
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 488
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 490
cctaaacaga tgtactata 19
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 494
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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cctaaagaaa ggtgtagcct 20
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 498
ttcctaaaga aaggtatagc ct 22
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 499
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 500
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 501
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 502
aaatacgtct aagagataaa a 21
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 503
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 504
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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ctgggagtca atttcattg 19
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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ctgggagtca attccattg 19
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 507
tggccggtaa acaaacaaag tc 22
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 508
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<212> DNA
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<400> 509
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<211> 15
<212> DNA
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<400> 510
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
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<400> 516
tttgatagtt tcatgataga tac 23
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 518
cgcgtatctc aattcca 17
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 519
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 520
gcgcccatct ccagcaa 17
<210> 521
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 521
tacaacaaag gtcaataagt aa 22
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 522
caacaaaggt caacaagtaa 20
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<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 523
gcaagtggag agaagaacta agga 24
<210> 524
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 524
cctgggcata tcagtggtgt t 21
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 525
ttcagcagta cttgacgt 18
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 526
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 527
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 528
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 530
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 532
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 533
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 534
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<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 535
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 537
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 538
agccggttcc ggtact 16
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 540
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 542
agatccgatc gctgttagt 19
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 543
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 544
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 545
cagccatagt gtgtggaa 18
<210> 546
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 546
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 547
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<212> DNA
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<400> 548
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<212> DNA
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<400> 550
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<400> 551
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 552
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 553
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 554
taaaggtttg ttttatttat c 21
<210> 555
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 555
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 556
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<210> 557
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 557
cagccatctt gctgata 17
<210> 558
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 558
cagccatcgt gctgat 16
<210> 559
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 559
cgtgtcgttg aaatatgcat ggtt 24
<210> 560
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 560
tcacggtcct ccatcatcta ac 22
<210> 561
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 561
ctaaaagtga ctaactaaag t 21
<210> 562
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 562
ctaaaagtga ctaactaaaa tt 22
<210> 563
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 563
gtcactctct taaactctag tc 22
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 564
gctatcgcat tgtactagta g 21
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 565
tcataagctg tctccaaa 18
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<211> 19
<212> DNA
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<400> 566
ttcataagct gactccaaa 19
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<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 567
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<210> 568
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 568
tccaaggctc agctcgaaa 19
<210> 569
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 569
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<210> 570
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 570
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<210> 571
<211> 26
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 571
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<211> 26
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<213> 玉蜀黍;
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<400> 574
tggtggcagt tcagg 15
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 575
ccttgaggct tggtttagat tggt 24
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<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 576
ctcacccaca tctttcgcac tatt 24
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 577
ttaaacgctt tgttga 16
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 578
aaacgctttg ctgat 15
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 579
tggaactctt cagtcttg 18
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 580
gaacggtgtt ctaggg 16
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 581
tgatgtccat attgaagc 18
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<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
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<400> 584
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<211> 22
<212> DNA
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<400> 606
attctctatt atagaaagaa ac 22
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<212> DNA
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<400> 607
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 608
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<212> DNA
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<400> 609
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 610
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<211> 19
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 619
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 633
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<400> 638
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<400> 640
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<400> 642
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<212> DNA
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<400> 643
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<212> DNA
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<400> 647
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<400> 648
caccgacacc gacgaaga 18
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 649
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<210> 650
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 650
ttcacaaatc aacaaagcc 19
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<212> DNA
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<211> 22
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<400> 652
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<211> 22
<212> DNA
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<400> 654
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<400> 657
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<400> 658
ccattactta ctgaaacac 19
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<212> DNA
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<212> DNA
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tggtgaacat tggttgcttg tg 22
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<212> DNA
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tcaaaataat gatatgagga aa 22
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<400> 679
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<211> 18
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<400> 682
ttggttgctc tgcatata 18
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 683
gcctttgcga aggttttagc ag 22
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<400> 684
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<212> DNA
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<400> 687
caccggtgcc aaggatatag ag 22
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<212> DNA
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<400> 688
aggccgtcta acgaagtgtg 20
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<400> 690
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<400> 692
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ctgcagatcc ccag 14
<210> 834
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 834
tgcagacccc cag 13
<210> 835
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 835
ctgctccgac gactg 15
<210> 836
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 836
ctgagctgct caaggt 16
<210> 837
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 837
aaacgttacc tgataaatct 20
<210> 838
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 838
aacgttacct gataaacct 19
<210> 839
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 839
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 840
ttctggcccg tgttgct 17
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 841
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<210> 842
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 842
tcattctggt gcacat 16
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 843
tctaggtttc ggctagtggt ta 22
<210> 844
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 844
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 845
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<210> 846
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 846
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 847
tctcctaaac ccattgcaaa cagt 24
<210> 848
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 848
tcaagacttg cacttgctca gt 22
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 849
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<210> 850
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 850
caagaaccga gagtttactt 20
<210> 851
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 851
aggttgcatt gatgttggtt gt 22
<210> 852
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 852
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<210> 853
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 853
tgggcctctg gtc 13
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<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 854
ctgggcctct gatc 14
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 855
acaggactgt atctggtg 18
<210> 856
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 856
tgcagggtag ttagcat 17
<210> 857
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 857
ttagtctctt ggatgcataa 20
<210> 858
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 858
agtctcttgg acgcataa 18
<210> 859
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 859
gaagctagta ttgtccacct cctt 24
<210> 860
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 860
tcgagagagt tagatgagac agtga 25
<210> 861
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 861
ataaatcccc atcggg 16
<210> 862
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 862
ataaatcccc aacggg 16
<210> 863
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 863
ggatccccac gaacgcttg 19
<210> 864
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 864
gcacggacac tcagctagtt a 21
<210> 865
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 865
cggctacggc gag 13
<210> 866
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 866
agcggctacg acga 14
<210> 867
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 867
aggcacgagt caactaggga 20
<210> 868
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 868
cagcccatct gcatcctcat c 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 869
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<210> 870
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 870
tgtttgaaag caaatgacc 19
<210> 871
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 871
gtgtccgctt gaccctatat cttc 24
<210> 872
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 872
gcagcagcct ttccgttcag 20
<210> 873
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 873
cttcggcagg cacg 14
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 874
acgcttcgac aggca 15
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 875
acacggccac acggacac 18
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 876
tcgcgctccc gacaag 16
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 877
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<211> 17
<212> DNA
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<400> 878
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<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 879
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<212> DNA
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<400> 880
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 881
acggtgtgtc cgtct 15
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 882
acggtgtgtc cgtca 15
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 883
gctctgccac tctgttgcat 20
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 884
ccacggtgtg gagtgtgag 19
<210> 885
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 885
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<210> 886
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 886
cacctcaatc gatatgaa 18
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 887
ctcactacgc ggcag 15
<210> 888
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 888
tcatgactgg atacgtatg 19
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 889
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<211> 16
<212> DNA
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<400> 890
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 891
gccagtacca ggtacaccat 20
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<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 892
cctaagtcat taccttgcag ggata 25
<210> 893
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 893
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<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 894
tacttagtat gtttttatca tga 23
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<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 895
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 896
ccggaatgct actgaacaac ac 22
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 897
tgtcacacgg ctatc 15
<210> 898
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 898
caaatgtcac acagcta 17
<210> 899
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 899
gaactgatac gctactctt 19
<210> 900
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 900
accatattgg ataaaactct tg 22
<210> 901
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 901
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 902
tcatgctatg cgcggt 16
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 903
atcgtcgccg ccgtgt 16
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<211> 21
<212> DNA
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<400> 904
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 905
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 906
agtgtggcga tctccc 16
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 907
cgacactgct ctgctgaatc 20
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<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 908
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 909
atttattaat aggctacgtt 20
<210> 910
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 910
tgtatttatt aataggctac a 21
<210> 911
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 911
agcaacagac gcctcacttc 20
<210> 912
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 912
tccaagcaca ggagacaact aag 23
<210> 913
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 913
tgagaacagt catgcctt 18
<210> 914
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 914
agaacagtca cgcctttg 18
<210> 915
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 915
tgttgaaata cgatgcgcta tgg 23
<210> 916
<211> 23
<212> DNA
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<400> 916
gccaatgttg acaaccaaac agc 23
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<211> 17
<212> DNA
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<400> 917
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 918
aggtgtagtc gtcctgt 17
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<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 919
ctcaatcgat gttaaataag tatc 24
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 920
gagattggcg tagtcaa 17
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 921
ctatggccgg tatgtcat 18
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 922
tggccggtat gccat 15
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 923
tgcaggattt gttcaatcta t 21
<210> 924
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 924
gacgacgact tcatca 16
<210> 925
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 925
ttctcactcc ttactt 16
<210> 926
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 926
ctcactcctt acctt 15
<210> 927
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 927
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<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 928
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 929
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 930
ctagctcccg tgggat 16
<210> 931
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 931
cgagctgtgg gtcgtga 17
<210> 932
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 932
gaaggcaacc gtctcggtat 20
<210> 933
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 933
acttccgcct gct 13
<210> 934
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 934
acttccgcct gcc 13
<210> 935
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 935
ccttcgccgc gttacactg 19
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 936
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<210> 937
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 937
tggcccgaca tcagg 15
<210> 938
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 938
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<210> 939
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 939
cggactgctc gactggaa 18
<210> 940
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 940
gtcgagggtg agccaatact c 21
<210> 941
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 941
tttggcaaaa cggtttata 19
<210> 942
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 942
tttggcaaaa cggcttata 19
<210> 943
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 943
ggtgcagcca cttctttaga tg 22
<210> 944
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 944
cctagccacg tacaggagag at 22
<210> 945
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 945
cagtgaccca tttctttt 18
<210> 946
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 946
agtgacccat ttctttctt 19
<210> 947
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 947
aaggacgaag tagcagctgg aaag 24
<210> 948
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 948
agggctactt tgggaacctc aaatc 25
<210> 949
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 949
tacaactcag cgagcta 17
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 950
atgtacaact caccgagc 18
<210> 951
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 951
agtgggcagt gcacatatga tg 22
<210> 952
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 952
caactccaac cgccaataat gc 22
<210> 953
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 953
ccttttggat tacttcac 18
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 954
ttttggatca cttcaca 17
<210> 955
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 955
gccgcagtaa agtacacgaa 20
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<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 956
atgggcctaa agaacaaatg cacaa 25
<210> 957
<211> 17
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<213> 玉蜀黍;
<400> 957
actttggcta tgctttg 17
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<213> 玉蜀黍;
<400> 958
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 959
acaatgaacg actcctgtca gaat 24
<210> 960
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 960
ggctctaggg accatgaaca 20
<210> 961
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 961
ttaaattgtc gagcttgt 18
<210> 962
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 962
aaattgtcga gcctgt 16
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<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 963
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<210> 964
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 964
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<210> 965
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 965
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 966
ctgagagact gcatga 16
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 967
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 968
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 969
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 970
ctgggcattc gatttt 16
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 971
acaactgtat cttactgcta 20
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 972
ccgaagttct cggttt 16
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 973
agcagtcagt tgtccaac 18
<210> 974
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 974
agcagtcagt agtccaac 18
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<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 975
ggatgaagtt atcaagcctg tga 23
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<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 976
tttgcaagag attctgtgaa ctgt 24
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 977
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 978
tccgttcctt aaatgctac 19
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 979
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 980
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 981
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 982
accgagccag acatta 16
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 983
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 984
cgcaggcatg tctatgacaa c 21
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 985
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 986
tagagttctg gttttgtata 20
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 987
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
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<400> 989
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 990
aaggaacaag gccttacg 18
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<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 991
cacctgaaat cgttccaccc aatt 24
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 992
ttggcggaat cactagctgt tc 22
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 993
ccacaattga aggaaatgga 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 994
tgccacaatt gaaagaaatg 20
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<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 995
gggatttata gagggttcga gacg 24
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 996
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<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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cggactccgc tctc 14
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 999
ggtttggaag gagcccgttc t 21
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1000
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1001
accctaccct accct 15
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1002
caccctacac taccc 15
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1003
gatcttggca ggaccaacac 20
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1004
gcgaagcgat aagcacacat c 21
<210> 1005
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1005
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<210> 1006
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1006
ttagtgggta tggatacc 18
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1007
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1008
cacgggtagc aggta 15
<210> 1009
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1009
tattgagaat taatgtctaa gc 22
<210> 1010
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1010
tgagaattaa tggctaagc 19
<210> 1011
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1011
gtgtctgaga cagcagatcg a 21
<210> 1012
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1012
ggaggcttag atcgtcatat tgc 23
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1013
tgggtggtct gctac 15
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<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1014
tggtccgcta cca 13
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1015
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1016
acttggtcgg acgtaag 17
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1017
aaattctggt atttatatat c 21
<210> 1018
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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ttctggtatt tagatatc 18
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1019
tgtacaatta tgccattcgg gttt 24
<210> 1020
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1020
ccgagacaat tcgagtgacc ta 22
<210> 1021
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1021
cttgcttatg gattatcata 20
<210> 1022
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1022
cacttgctta tggattataa 20
<210> 1023
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1023
gaaaacttga aagggtagtg 20
<210> 1024
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1024
acaaacagtc cagcttattt g 21
<210> 1025
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1025
taggagggca tgggca 16
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1026
agggcacggg caact 15
<210> 1027
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1027
tgtagcgggt atcttaccga ca 22
<210> 1028
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1028
tcacttcttt ctctgcacaa atcc 24
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<211> 13
<212> DNA
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<400> 1029
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<211> 13
<212> DNA
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<400> 1030
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<212> DNA
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<400> 1031
ttccagatat cgagagga 18
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1032
acttgcgaag gtagacag 18
<210> 1033
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1033
tctcggccct ccg 13
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<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1034
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1035
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1036
gctgttgtta cagtgggaat ttacc 25
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1037
taaattatta gtatctacta t 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1038
ttttaaatta ttagtatata c 21
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<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1039
tgcgacgttt attgaaacac agtta 25
<210> 1040
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1040
ccgcacggct tatgtacac 19
<210> 1041
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1041
ttgtgaattg accggtat 18
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1042
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1043
acccttgatg tttctcatac gatgc 25
<210> 1044
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1044
cgcggatatt cagcgtctac 20
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<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1045
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<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1046
cgatcccacc cgc 13
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1047
aaaacagccg agtatcc 17
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1048
gggtggtttt gttcgt 16
<210> 1049
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1049
tgtttccaga ctagtc 16
<210> 1050
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1050
ttccagacta gcctt 15
<210> 1051
<211> 28
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1051
acaagggatt ctaatttttc caatgaaa 28
<210> 1052
<211> 26
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1052
cgctaatcat atataggcga ctcttc 26
<210> 1053
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1053
tgtggtccaa attttgtat 19
<210> 1054
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1054
tggtccaaat tttgcat 17
<210> 1055
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1055
acacgtcatg cttacctacg a 21
<210> 1056
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1056
gcttcactcg caagacagtt g 21
<210> 1057
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1057
cggttgccat tatcat 16
<210> 1058
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1058
cggttgccat tacc 14
<210> 1059
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1059
ggtggtcccc ctgacc 16
<210> 1060
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1060
gtggtcgacg tcgttcaatt tc 22
<210> 1061
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1061
cggccagttc acctt 15
<210> 1062
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1062
ccggccaatt cacc 14
<210> 1063
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1063
ggttcgccga atgcca 16
<210> 1064
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1064
gcatggattc cgcactgaa 19
<210> 1065
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1065
cagaggacag aaagtatagg 20
<210> 1066
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1066
cagaggacag aaagtacag 19
<210> 1067
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1067
ccctggaggc tggagcag 18
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1068
atctgttggc gcccctaaac c 21
<210> 1069
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1069
actagttgtg tgcgaatt 18
<210> 1070
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1070
actagttgtg tgccaat 17
<210> 1071
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1071
ctactggttc ggtgtttc 18
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1072
acctttgagg gaattatttc a 21
<210> 1073
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1073
atgtactaca gacatttgaa 20
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1074
tgtactacag acatttcaa 19
<210> 1075
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1075
ggtgctacta caggtttgga ct 22
<210> 1076
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1076
actagcctag ctgcttccaa ct 22
<210> 1077
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1077
ctttctatta tacttgcatg 20
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1078
ttctattata cttgcacg 18
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<213> 玉蜀黍;
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ccctgcgtat gggctctg 18
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1080
gcgtgaacta cacggtgaaa g 21
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<213> 玉蜀黍;
<400> 1081
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1082
acgtcggggc cacg 14
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1083
gcacgcgccg tgaact 16
<210> 1084
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1084
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1085
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1086
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1087
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1088
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1089
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1090
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<212> DNA
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<212> DNA
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gtgggaagga agccgacttt 20
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1094
ccataatctc ctaacctaag 20
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1095
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 1104
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1105
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1106
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<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1107
aaccatccat tcaacacacc aaag 24
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1108
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1110
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<210> 1111
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1111
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1112
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1113
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1114
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1115
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1116
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1117
cgggtacagg tggc 14
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1118
cgggtacaga tggcg 15
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1119
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1120
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1121
cgacgccgct gct 13
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1123
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1124
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1125
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1126
ctgatactgc tactcatac 19
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1127
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1128
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1129
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1130
accttttgat gagctcc 17
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<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1131
aaacttgaat tggtggagc 19
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1132
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1134
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1135
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1136
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1137
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<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1138
tggtgaacct cgtgttat 18
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1139
gcgcacttga ttggcattct 20
<210> 1140
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1140
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<210> 1141
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1141
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<210> 1142
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1142
acaaggttca ccactaacac 20
<210> 1143
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1143
agagtgcgaa gagcaacaca 20
<210> 1144
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1144
tagctgcctt ggggctataa 20
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1145
tgccccccag gcggggt 17
<210> 1146
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1146
tgctccccag gcggggt 17
<210> 1147
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1147
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<210> 1148
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1148
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<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1149
ctcaagcctg ctggta 16
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1150
tcaagcctga tggtaca 17
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<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1151
gtgggttgta agtgggtgtt ta 22
<210> 1152
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1152
ttctccttct ttctgagtat agcct 25
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<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1153
tccaaaaact tgttgttctc cca 23
<210> 1154
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1154
tccaaaaaat tgttgttctc cca 23
<210> 1155
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1155
tcgtcttctc gtatgcatgg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1156
tgcgacaaaa ttgacgaaga 20
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1157
aatgggagaa caacaagttt t 21
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1158
tgggagaaca acacgtttt 19
<210> 1159
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1159
cagtgcatcc acggtggtc 19
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<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1160
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1161
attcgtaaca ccagcct 17
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1162
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1163
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<210> 1164
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1164
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<210> 1165
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1165
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<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1166
ttgattaatt catctgacca 20
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1167
tgagatggtt gtgttatgac tcca 24
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1168
tccgacaccc agaatcaaat gg 22
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<212> DNA
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1170
cccgacagct gtccttc 17
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1171
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<211> 20
<212> DNA
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<400> 1172
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<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1173
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<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1174
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1175
gtggtgcaag cgtggtc 17
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<211> 24
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<213> 玉蜀黍;
<400> 1176
gtgcaaaggt tgcttggaat tgag 24
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<211> 21
<212> DNA
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<400> 1177
ttcaaggttt ttttgcaaat a 21
<210> 1178
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1178
ttcaaggttc ttttgcaaat a 21
<210> 1179
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1179
gtgcaaaggt tgcttggaat 20
<210> 1180
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1180
ccaaaggaaa ggcatttgaa 20
<210> 1181
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1181
catttacctt tgattatttg c 21
<210> 1182
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1182
ttacctttga ctatttgca 19
<210> 1183
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1183
ccaaaggaaa ggcatttgaa acagg 25
<210> 1184
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1184
gaccacgctt gcaccacat 19
<210> 1185
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1185
tcagggcgag atgaaacg 18
<210> 1186
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1186
atcagggcga gacgaaac 18
<210> 1187
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1187
gggtagcttt gttcccaagg att 23
<210> 1188
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1188
tggagaggtg gacaggtagt ag 22
<210> 1189
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1189
cgactggatc agcgaag 17
<210> 1190
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1190
cacgactgga ttagcgaa 18
<210> 1191
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1191
gcgcacaagc cgtctac 17
<210> 1192
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1192
gacgcccttg ctgtatgtat g 21
<210> 1193
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1193
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<210> 1194
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1194
ctcttggagt ggcttga 17
<210> 1195
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1195
tgagtgtact tcgtttggct aatg 24
<210> 1196
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1196
aggatcatga cacagaaatt cgaga 25
<210> 1197
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1197
tcttggagtt gcttgac 17
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<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1198
ctcttggagg tgcttga 17
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<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1199
tgagtgtact tcgtttggct aatg 24
<210> 1200
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1200
aggatcatga cacagaaatt cgaga 25
<210> 1201
<211> 27
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1201
acttctagag aaaaaaaaaa aaataga 27
<210> 1202
<211> 27
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1202
acttctagag aaaaaataaa aaataga 27
<210> 1203
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1203
acctcctttt ggtccgtttt 20
<210> 1204
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1204
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 1326
aacgctcgct tacc 14
<210> 1327
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1327
caagcagagg aagggacatt cat 23
<210> 1328
<211> 27
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1328
gggtagctgt ccgaatttaa tagaaga 27
<210> 1329
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1329
tttatttgaa tggctata 18
<210> 1330
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1330
tttatttgaa tgactatata 20
<210> 1331
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1331
agggcagtca gcacaagtta gaag 24
<210> 1332
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1332
atgtggccgg tgaagtgt 18
<210> 1333
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1333
ctgccgtcat cgtcg 15
<210> 1334
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1334
ccgtcaccgt cgc 13
<210> 1335
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1335
ccggtcgtca ccgtcatc 18
<210> 1336
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1336
tggactctcc gactcctcta ag 22
<210> 1337
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1337
ctaaggtccg tcaaagc 17
<210> 1338
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1338
aactaaggtc catcaaagc 19
<210> 1339
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1339
cgaggcccac taaatataga ctcag 25
<210> 1340
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1340
aggtattggt tctcgaaggc ttat 24
<210> 1341
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1341
taaatgagac aacgatagat ata 23
<210> 1342
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1342
tgagacaacg acagatataa 20
<210> 1343
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1343
accatagctc ttgctcacga 20
<210> 1344
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1344
ccacttgtta tgaggcaggt ca 22
<210> 1345
<211> 12
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1345
cggcagacgc gc 12
<210> 1346
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1346
cggcagacgc acc 13
<210> 1347
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1347
cgggttcggc gagacg 16
<210> 1348
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1348
tggcctcacg gttctgaa 18
<210> 1349
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1349
agagttcttt gggtctc 17
<210> 1350
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1350
agagttcttt gagtctcttt 20
<210> 1351
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1351
tgtcagtatt gttccatgca cagtt 25
<210> 1352
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1352
tgatgccact accacgattg tc 22
<210> 1353
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1353
agaggtaccg tccgtttc 18
<210> 1354
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1354
caagaggtac catccgtt 18
<210> 1355
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1355
gacgcgactt cgtcaccat 19
<210> 1356
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1356
gcgggtcgaa gctgaatc 18
<210> 1357
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1357
cgaataacag aatagttgag aac 23
<210> 1358
<211> 23
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1358
cgaataacag aatacttgag aac 23
<210> 1359
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1359
gggcaactga atatacaacc ttga 24
<210> 1360
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1360
gacacctttg ggcatattgg a 21
<210> 1361
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1361
tgcgttaagg tttatttct 19
<210> 1362
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1362
tgcgttaagg tttagttc 18
<210> 1363
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1363
tcacgatttt gaagtagtcg agtca 25
<210> 1364
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1364
tgcagcccaa aacagcaa 18
<210> 1365
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1365
cacagccctg ccttg 15
<210> 1366
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1366
acagccccgc cttg 14
<210> 1367
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1367
atagacggcc tccggtcac 19
<210> 1368
<211> 24
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1368
tgctacggca caataaatga atga 24
<210> 1369
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1369
aatcccttaa tgtgtcttc 19
<210> 1370
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1370
aatcccttaa tgcgtctt 18
<210> 1371
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1371
ttgcatcgcc aataccca 18
<210> 1372
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1372
tttgtgaaca ttactccttt gtgtc 25
<210> 1373
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1373
cattgtttat tacagttcct 20
<210> 1374
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1374
cattgtttat taaagttcct a 21
<210> 1375
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1375
agccgagcaa gggtaatggt 20
<210> 1376
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1376
ggaagtaaag gaccctctga aatgt 25
<210> 1377
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1377
aatccgtgtc ttctctgt 18
<210> 1378
<211> 19
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1378
aaatccgtgt attctctgt 19
<210> 1379
<211> 15
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1379
cggcgcccgt ggttt 15
<210> 1380
<211> 25
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1380
gagagataga gggagtcagg gagat 25
<210> 1381
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1381
cgtctgcagc tgac 14
<210> 1382
<211> 13
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1382
cgtctgcagc cga 13
<210> 1383
<211> 20
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1383
acactcgaca aggcgtcgtc 20
<210> 1384
<211> 22
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1384
ctcgagactc acaagctatc ac 22
<210> 1385
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1385
acagtccggt gcac 14
<210> 1386
<211> 14
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1386
cggacagtcc gctg 14
<210> 1387
<211> 16
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1387
cgagagcagc aagttc 16
<210> 1388
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1388
gaagagatgg ccttgttc 18
<210> 1389
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1389
ccaaaaggta ctgtccgt 18
<210> 1390
<211> 17
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1390
caaaaggtac cgtccgt 17
<210> 1391
<211> 18
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1391
acgcgacttc accaccgt 18
<210> 1392
<211> 21
<212> DNA
<213> 玉蜀黍;
<400> 1392
ttggtggatc gaagctgaat c 21
Claims (18)
1.一种鉴定或选择具有增强的穗腐病抗性的玉米植物的方法，所述方法包括以下步骤：
a)从玉米细胞或植物部分分离核酸；
b)在所述细胞或植物部分中检测与增加的穗腐病抗性相关联的标记的存在，其中所述标记位于选自由以下组成的组的至少一个染色体区间内：
(aa)玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653；
(bb)玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974；
(cc)玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938；
(dd)玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758；
(ee)玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515；
(ff)玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786；
(gg)玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297；
(hh)玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841；
(ii)玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700；
(jj)玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283；
(kk)玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645；
(ll)玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565；
(mm)玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429；
(nn)玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067；以及
(oo)玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212；以及
c)基于b)中检测到的标记的存在鉴定或选择所述植物。
2.根据权利要求1所述的方法，其中：
所述玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653包含在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974包含在对应于物理位置222146924的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938包含在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758包含在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515包含在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因；
所述玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786包含在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297包含在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841包含在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700包含在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283包含在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645包含在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565包含在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429包含在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067包含在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的至少一个；以及
所述玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212包含在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。
3.根据权利要求2所述的方法，其中：
所述玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653包含在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的所有；
所述玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758包含在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的所有；
所述玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297包含在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的所有；
所述玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283包含在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的所有；
所述玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645包含在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的所有；
所述玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565包含在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的所有；
所述玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429包含在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的所有；
所述玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067包含在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的所有；以及
所述玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212包含在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。
4.根据以上权利要求中任一项所述的方法，其中检测通过PCR扩增进行。
5.根据以上权利要求中任一项所述的方法，其中检测包括：
在所述玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653中，检测在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974中，检测在对应于物理位置222146924的位置处的C等位基因；
在所述玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938中，检测在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因；
在所述玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758中，检测在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515中，检测在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因；
在所述玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786中，检测在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因；
在所述玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297中，检测在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841中，检测在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因；
在所述玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700中，检测在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因；
在所述玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283中，检测在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645中，检测在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565中，检测在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429中，检测在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067中，检测在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的至少一个；以及
在所述玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212中，检测在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。
6.根据权利要求4所述的方法，其中PCR包括表XI、表XII或表XIII中列出的至少一种探针或引物。
7.根据权利要求5所述的方法，其中PCR包括表XII中列出的至少一种探针或引物。
8.根据以上权利要求中任一项所述的方法，其中
在区间(aa)中检测包括在染色体1上在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因或在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因的上游或下游的400K bp内进行检测；
在区间(cc)中检测包括在染色体2上在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因的上游或下游的300K bp内进行检测；
在区间(dd)中检测包括在染色体3上在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中至少一个的上游或下游的300K bp内进行检测；
在区间(ee)中检测包括在染色体4上在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因的上游或下游的300K bp内进行检测；
在区间(ff)中检测包括在染色体5上在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因的上游或下游的300K bp内进行检测；
在区间(gg)中检测包括在染色体5上在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中至少一个的上游或下游的100K bp内进行检测；
在区间(hh)中检测包括在染色体6上在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因的上游或下游的300K bp内进行检测；
在区间(ii)中检测包括在染色体7上在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因的上游或下游的400K bp内进行检测；
在区间(jj)中检测包括在染色体8上在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中至少一个的上游或下游的300K bp内进行检测；
在区间(kk)中检测包括在染色体8上在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中至少一个的上游或下游的300K bp内进行检测；
在区间(ll)中检测包括在染色体8上在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中至少一个的上游或下游的400Kbp内进行检测；
在区间(mm)中检测包括在染色体9上在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中至少一个的上游或下游的300K bp内进行检测；
在区间(nn)中检测包括在染色体9上在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中至少一个的上游或下游的300Kbp内进行检测；以及
在区间(oo)中检测包括在染色体10上在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因的上游或下游的300K bp内进行检测。
9.根据以上权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括：
(a)将在其基因组内包含所述标记的子代玉米植物与其自身或另一玉米植物杂交，以产生在其基因组内包含所述标记的另外的子代玉米植物。
10.根据权利要求8所述的方法，其进一步包括(b)重复(a)的杂交步骤至少2次以产生在其基因组内包含所述标记的其他子代玉米植物。
11.一种通过根据权利要求9或权利要求10所述的方法产生的玉米植物。
12.一种产生具有增强的穗腐病抗性的玉米植物的方法，所述方法包括以下步骤：
a)从玉米细胞或植物部分分离核酸；
b)在所述细胞或植物部分中检测与增加的穗腐病抗性相关联的标记的存在，其中所述标记位于选自由以下组成的组的至少一个染色体区间内：
(aa)玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653；
(bb)玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974；
(cc)玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938；
(dd)玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758；
(ee)玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515；
(ff)玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786；
(gg)玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297；
(hh)玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841；
(ii)玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700；
(jj)玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283；
(kk)玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645；
(ll)玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565；
(mm)玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429；
(nn)玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067；以及
(oo)玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212；以及
c)将在其基因组内包含所述标记的玉米植物与不包含所述标记的另一玉米植物杂交，以产生在其基因组内包含所述标记的子代玉米植物。
13.根据权利要求12所述的方法，其中：
所述玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653包含在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974包含在对应于物理位置222146924的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938包含在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758包含在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515包含在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因；
所述玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786包含在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297包含在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841包含在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700包含在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283包含在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645包含在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565包含在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429包含在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067包含在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的至少一个；以及
所述玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212包含在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。
14.一种在其亲本谱系中具有基于与增加的穗腐病抗性相关联的标记的存在而选择的植物的玉米植物，其中所述标记位于选自由以下组成的组的至少一个染色体区间内：
(aa)玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653；
(bb)玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974；
(cc)玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938；
(dd)玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758；
(ee)玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515；
(ff)玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786；
(gg)玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297；
(hh)玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841；
(ii)玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700；
(jj)玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283；
(kk)玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645；
(ll)玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565；
(mm)玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429；
(nn)玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067；以及
(oo)玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212。
15.根据权利要求14所述的植物，其中：
所述玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653包含在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974包含在对应于物理位置222146924的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938包含在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758包含在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515包含在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因；
所述玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786包含在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297包含在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841包含在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700包含在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因；
所述玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283包含在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645包含在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565包含在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429包含在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的至少一个；
所述玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067包含在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的至少一个；以及
所述玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212包含在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。
16.根据权利要求14或15所述的植物，其中：
所述玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653包含在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的所有；
所述玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758包含在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的所有；
所述玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297包含在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的所有；
所述玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283包含在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的所有；
所述玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645包含在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的所有；
所述玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565包含在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的所有；
所述玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429包含在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的所有；
所述玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067包含在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的所有；以及
所述玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212包含在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。
17.根据以上权利要求中任一项所述的植物，其中选择包括：
在所述玉米染色体1的对应物理位置3,225,079至4,188,653中，检测在对应于物理位置3702462的位置处的A等位基因和在对应于物理位置3702464的位置处的C等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体1的对应物理位置221,604,561至222,599,974中，检测在对应于物理位置222146924的位置处的C等位基因；
在所述玉米染色体2的对应物理位置8,618,657至9,599,938中，检测在对应于物理位置9122256的位置处的C等位基因；
在所述玉米染色体3的对应物理位置14,511,390至215,165,758中，检测在对应于物理位置19344196的位置处的C等位基因、在对应于物理位置19344197的位置处的T等位基因、在对应于物理位置19826372的位置处的A等位基因、在对应于物理位置151251885的位置处的G等位基因、在对应于物理位置199952894的位置处的C等位基因、在对应于物理位置214794069的位置处的T等位基因、和在对应于物理位置214794170的位置处的A等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体4的对应物理位置242,101,915至243,081,515中，检测在对应于物理位置242643396的位置处的A等位基因；
在所述玉米染色体5的对应物理位置186,344,944至187,256,786中，检测在对应于物理位置186795332的位置处的C等位基因；
在所述玉米染色体5的对应物理位置207,001,816至215,694,297中，检测在对应于物理位置207505420的位置处的A等位基因、在对应于物理位置207505421的位置处的C等位基因、在对应于物理位置212254755的位置处的A等位基因、在对应于物理位置215392749的位置处的A等位基因、和在对应于物理位置215500881的位置处的C等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体6的对应物理位置85,714,579至86,684,841中，检测在对应于物理位置86282196的位置处的C等位基因；
在所述玉米染色体7的对应物理位置136,237,488至137,181,700中，检测在对应于物理位置136725791的位置处的C等位基因；
在所述玉米染色体8的对应物理位置3,624,919至4,585,283中，检测在对应于物理位置4128809的位置处的G等位基因和在对应于物理位置4128860的位置处的A等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体8的对应物理位置9,535,964至10,493,645中，检测在对应于物理位置10122708的位置处的A等位基因、在对应于物理位置10122766的位置处的T等位基因和在对应于物理位置10122892的位置处的T等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体8的对应物理位置164,507,475至172,699,565中，检测在对应于物理位置164990912的位置处的A等位基因和在对应于物理位置172218916的位置处的C等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体9的对应物理位置11,507,069至135,985,429中，检测在对应于物理位置11929493的位置处的C等位基因、在对应于物理位置135483968的位置处的T等位基因和在对应于物理位置135483999的位置处的G等位基因中的至少一个；
在所述玉米染色体9的对应物理位置151,907,512至152,897,067中，检测在对应于物理位置152415102的位置处的C等位基因和在对应于物理位置152415196的位置处的T等位基因中的至少一个；以及
在所述玉米染色体10的对应物理位置128,310,945至129,283,212中，检测在对应于物理位置128812208的位置处的A等位基因。
18.根据权利要求17所述的方法，其中检测包括表XI、表XII或表XIII中列出的至少一种探针或引物。
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