CN114207117A - 用于调节巨噬细胞活性的方法 - Google Patents

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Abstract

本公开的方面包括用于调节巨噬细胞活性的方法。根据某些实施方案的方法包括以足以调节巨噬细胞活性的方式使巨噬细胞与甘露糖受体(CD206)结合剂接触。还提供了将巨噬细胞的表型从M2表型转化为M1表型的方法。描述了用于抑制表达CD206的细胞的生长的方法以及用于治疗受试者的肿瘤性病症(例如，癌症)或与慢性炎症相关的病症的方法。还提供了适用于本方法的免疫调节肽。

Description

用于调节巨噬细胞活性的方法
相关申请的交叉引用
根据35 U.S.C.§119(e)，本申请要求2020年1月28日提交的序列号为62/966,961的美国临时专利申请和2019年4月12日提交的序列号为62/833,352的美国临时专利申请的申请日的优先权；这些申请的公开内容通过引用并入本文。
说明
癌症仍然是全球首要死亡原因之一，全世界估计每年有1270万例病例影响着两性。预计到2030年，这一数字将增加到2100万。
免疫疗法的最新进展已经改变了许多癌症患者的护理。检查点抑制剂单克隆抗体(CIMA)疗法或嵌合抗原受体(CAR)T细胞疗法形式的免疫治疗方法已成为一线或二线治疗选项，并为一些患者提供了在标准的全身治疗中通常无法观察到的持续、持久的治疗响应。迄今为止，这些积极的发现仅限于少数免疫学“热”癌症。这与大多数实体器官癌症被归类为免疫学“冷”癌症形成鲜明对比，其中患者指望经由T细胞激活进行免疫治疗则大多落空。这些肿瘤创造了一种免疫环境，它通过大量免疫逃避信号排除了细胞毒性T细胞或诱导T细胞表型耗尽，所述免疫逃避信号通常涉及先天性免疫细胞，诸如肿瘤相关巨噬细胞(TAM)或未成熟的髓源性抑制细胞(MDSC)。
巨噬细胞是主要的先天性免疫细胞群之一，并在包括癌症在内的许多人类疾病中发挥关键作用，其中肿瘤相关巨噬细胞(TAM)是癌症生物学的主要驱动力。肿瘤细胞吸引骨髓细胞并对之重编程以支持肿瘤生长和转移扩散。虽然二分法M1与M2分类忽略了采集巨噬细胞中的个体发育和组织特异性信号和应激反应，但一般而言，在肿瘤发生早期阶段中的TAM更常见于M1样、分泌促炎I型细胞因子并抑制免疫逃避，而在肿瘤进展和进一步演化的肿瘤阶段期间M2肿瘤相关巨噬细胞通常成为优势表型。M2样TAM可以经由II型促癌因子的分泌直接控制肿瘤生长，或经由促进血管生成、培养对细胞毒性的化学疗法具有抗性的癌症干细胞或产生免疫逃避肿瘤微环境来间接控制肿瘤生长。
发明内容
本公开的方面包括用于调节巨噬细胞活性的方法。根据某些实施方案的方法包括以足以调节巨噬细胞活性的方式使巨噬细胞与甘露糖受体(CD206)结合剂接触。还提供了用于将巨噬细胞的表型从M2表型转化为M1表型的方法。描述了用于抑制表达CD206的细胞的生长的方法以及用于治疗受试者的肿瘤性(neoplastic)病症(例如，癌症)或与慢性炎症相关的病症的方法。如本文所用，“抑制表达CD206的细胞的生长包括杀伤该细胞或重编程该细胞。在一些实施方案中，方法包括杀伤表达CD206的细胞。在其他实施方案中，方法包括重编程表达CD206的细胞。还提供了适用于本方法的免疫调节肽。本公开的方面还包括用于与CD206的活性调节结构域(domain)结合的活性剂。还提供了确定化合物是否与CD206的活性调节结构域结合的方法。
在某些实施方案中，方法包括调节巨噬细胞活性。根据某些实施方案的方法包括使巨噬细胞与CD206结合剂接触以调节巨噬细胞的活性。在这些实施方案中，CD206结合剂结合到选自以下的位点：CD206的纤连蛋白II结构域、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域4(CRD4)和CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。在一些情况下，CD206结合剂以至少-650kcal/mol的结合能结合至CD206。在某些情况下，被调节的巨噬细胞活性是巨噬细胞极化。在其他情况下，巨噬细胞活力(viability)降低。根据某些实施方案的巨噬细胞是具有M2表型的巨噬细胞。在其他实施方案中，巨噬细胞是肿瘤相关巨噬细胞。在一些实施方案中，CD206结合剂抑制巨噬细胞活性。在其他实施方案中，CD206结合剂诱导巨噬细胞凋亡。在其他实施方案中，CD206结合剂刺激吞噬作用。可以在体内或体外来接触巨噬细胞。
在其他实施方案中，方法包括抑制表达CD206的细胞的生长。根据某些实施方案的方法包括使表达CD206的靶细胞与CD206结合剂接触以抑制细胞的生长。在一些情况下，表达CD206的靶细胞是癌细胞。例如，癌细胞可以是胰腺癌细胞、前列腺癌细胞、结肠癌细胞、皮肤癌细胞或乳腺癌细胞。
在某些实施方案中，方法包括治疗受试者的肿瘤性病症。根据某些实施方案的方法包括将治疗有效量的CD206结合剂给予被诊断为患有肿瘤性病症的受试者以治疗受试者的肿瘤性病症。在这些实施方案中，肿瘤性病症可以是实体瘤癌症。例如，肿瘤性病症可以是选自胰腺癌、前列腺癌、结肠癌、乳腺癌和皮肤癌的癌症。在一些情况下，方法还包括对受试者施用有效量的化疗剂、抗体试剂或细胞治疗。例如，化疗剂、抗体试剂或细胞疗法可以选自类固醇、蒽环类、甲状腺激素替代药物、胸苷酸靶向药物、抗体、检查点抑制剂药物、嵌合抗原受体/T细胞疗法以及其他细胞疗法。在一些实施方案中，化疗剂是减少癌细胞增殖的非肽化合物。例如，化疗剂可以是选自以下的化合物：烷化剂、金属络合物、亚硝基脲、抗代谢物、抗肿瘤抗生素、植物(长春花)生物碱、激素调节剂和类固醇激素。在一些情况下，抗体试剂是化学治疗性的抗体试剂。例如，抗体试剂可以是针对肿瘤相关抗原产生的抗体，所述肿瘤相关抗原选自CD20、CD30、CD33、CD52、CD47、EpCAM、CEA、gpA33、粘蛋白、TAG-72、CAIX、PSMA、叶酸-结合蛋白、神经节苷脂(例如GD2、GD3、GM2等)、Le y、VEGF、VEGFR、整合素α-V-β-3、整合素α-5-β-1、EGFR、ERBB2、ERBB3、MET、IGF1R、EPHA3、TRAILR1、TRAILR2、RANKL、FAP和肌腱蛋白(Tenascin)。在某些实施方案中，方法包括施用检查点抑制剂。例如，检查点抑制剂可以是靶向PD1、PD-L1、CTLA4、TIM3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4和TGFRβ中的一个或更多个的抑制性化合物。
在其他的实施方案中，方法包括治疗受试者的与慢性炎症相关的病症。根据某些实施方案的方法包括向受试者施用治疗有效量的CD206结合剂以治疗受试者的与慢性炎症相关的病症。在一些实施方案中，与慢性炎症相关的病症选自硬皮病或多发性硬化症、肠易激性疾病、溃疡性结肠炎、结肠炎、克罗恩病、特发性肺纤维化、哮喘、角膜炎、关节炎、骨关节炎、类风湿性关节炎、自身免疫性疾病、猫或人类免疫缺陷病毒(FIV或HIV)感染、癌症、与年龄相关的炎症和/或干细胞功能障碍、移植物抗宿主病(GVHD)、瘢痕瘤、肥胖症、糖尿病、糖尿病创伤、其他慢性创伤、动脉粥样硬化、帕金森病、阿尔茨海默病、黄斑变性、痛风、胃溃疡、胃炎、粘膜炎、弓形体病和慢性病毒或微生物感染。
在其他实施方案中，方法包括将巨噬细胞的表型从M2表型转化为M1表型。根据某些实施方案的方法包括以足以将巨噬细胞的表型转化为M1表型的方式使具有M2表型的巨噬细胞与CD206结合剂接触。在一些情况下，接触CD206结合剂诱导了巨噬细胞的CD206受体的构象变化，其足以将巨噬细胞的表型转化为M1表型。在一些情况下，转化巨噬细胞的表型包括诱导巨噬细胞的CD86表达。在其他情况下，转化巨噬细胞的表型包括减少巨噬细胞的CD206表达。在其他情况下，转化巨噬细胞的表型包括减少巨噬细胞的CD163表达。在其他情况下，转化巨噬细胞的表型包括将巨噬细胞转化为表现出M1细胞因子和标志物上调的表型。例如，所述M1细胞因子和标志物选自：IL-1β、IL-12、TNFα和一氧化氮合成酶。在其他情况下，转化巨噬细胞的表型包括将巨噬细胞转化为表现出信号调节蛋白α(SIRPα)的表达降低的表型。
在某些实施方案中，提供了与CD206的活性调节结构域结合的活性剂。在这些实施方案中，活性剂结合到CD206的活性调节结构域，所述结构域选自CD206的纤连蛋白II结构域、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域4(CRD4)和CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。在某些情况下，活性剂结合到CD206的CRD5结构域。在一些情况下，活性剂结合到CD206的纤连蛋白II结构域。在其他一些情况下，活性剂结合到CD206的CRD3结构域。
在某些实施方案中，所述方法包括确定活性剂是否结合到CD206的活性调节结构域。在这些实施方案中，所述方法包括：使包含CD206的巨噬细胞与化合物接触，并确定该化合物是否与CD206的活性调节结构域结合。在一些情况下，所述方法包括确定与化合物结合的CD20的活性调节结构域。在这些方法的某些情况下，巨噬细胞是在CD206的活性调节结构域中包含一个或更多个突变的巨噬细胞。在某些实施方案中，CD206的活性调节结构域选自CD206的纤连蛋白II结构域、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域4(CRD4)和CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。在某些情况下，CD206的活性调节结构域是CRD5结构域。在某些情况下，CD206的活性调节结构域是纤连蛋白II结构域。在某些其他情况下，CD206的活性调节结构域是CRD3结构域。
根据本公开的某些实施方案的CD206结合剂是免疫调节肽。在一些情况下，免疫调节肽的长度为5至18个氨基酸残基并且包括在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域(striapathic region)。在这些情况下，条带性亲疏区域可以包括3个或更多个疏水性模块；和2个或更多个亲水性模块，每个都包含至少一个阳离子残基。在一些实施方案中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]-[X2aX2b]-[J3a]-[X3a]；和
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]-[X1bX1a]-[J1bJ1a]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。在某些情况下，J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自为苯丙氨酸；以及X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸和精氨酸。在某些实施方案中，免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：KFRKAFKRFF(RP182)；FFRKFAKRFK(RP183)；FFKKFFKKFK(RP185)；FFKKFFKKFK(RP186)；和FFKKFFKKFK(RP233)；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，所述免疫调节肽包括：a)肽序列，选自：RWKFGGFKWR(RP832C)；FKWRGGRWKF(RP837C)；FWKRGGRKWF(RP837A)；FWKRFV(RP837N)；FVRKWR(RP837C1)；FAOOFAOOFO(RP850)；FWKRFVRKWR(RP837)；FWKKFVKKWK(RP841)；WWHHWWHHWH(RP847)；WWRHWWHRWR(RP848)；WWKHWWHKWK(RP849)；GDRGIKGHRGF(RP842)；LYKKIIKKLL(RP846)；FYPDFFKKFF(RP844)；FFRKSKEKIG(RP853)；FFRHFATHLD(RP845)；和EKLSAFRNFF(RP843)；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
根据本公开的某些实施方案的CD206结合剂还包括免疫调节肽，其包括由下式中之一定义的序列：
[X1a]-[J2a]-[X2a]-[J2a]-[X3a]-[J3a]
[J3a]-[X3a]-[J2a]-[X2a]-[J1a]-[X1a]
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]；
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2a]-[X2a]；
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]；
[J1aJ1b]-[X1a]-[J2aJ2b]-[X2a]；和
[X1a]-[J1aJ1b]-[X2a]-[J2aJ2b]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；和
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。在某些实施方案中，免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：AFKRFF(182-FN6)；FFKKFF(185-FN6)；FWKRFV(837-FN6)；WVRRVV(WLUB-F1-N6)；IFKKIE(CEC-F1-N6)FLRNLV(LL37F-3-N6)；FLHSAK(MAG-F1-N6)；FFHHIF(PISC-F-N6)；FFKKAA(PLEU-F-N6)；ALKKVF(PSEU-F-N6)；LYKKII(CXCL4-F-N6)；LFRRAF(IL24-FN6)；FLKRLL(IL7-FN6)；FFRRFA(ABCP-FN6)；FFRHFA(E1P-FN6)；AIRRIP(gP120-FN6)；AFHRFF(GP2B-FN6)；FFNRFA(MCPH-FN6)；AFKRFF(SPRA-FN6)；AFKRFF(TPRO-FN6)；IVRRAD(COL18-FN6)；FWRWFK(HX5/CPAP)；KFWRWF(HX6/YJPA)；WFRFWK(HX7/CLPB)KWFRFW(HX8/ATG1)；AFHHFF(HEX16F/STPK)；FFRNFA(HEXF13/SIF1)；AFHRFF(HEX9F/THIF)；FFRQFA(HEXF1/ATPB)；AFNRFF(HEX2F/AATF)；WIQRMM(CXCL13-FN6)；WVQRVV(CXCL8-FN6)；AFRNFF(HEX3F/FBNA)；和TLRRFM(HEX18/HSHK)；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，所述免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：DVRMRL(MCMV-FN6)；和RRAELG(TONB-FN6)或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在一些其他实施方案中，所述免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：FWRWFA(HX1/MMPL)；AFWRWF(HX2/ABCT)；WFRFWA(HX3/GTRF)；AWFRFW(HX4/AXES)；VAVRIW(HX9/IDRF/AMIA)；FFRFFA(HEXF2/AMT1)；和AFFRFF(HEX13F/TGME)；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，所述免疫调节肽包括：选自以下的序列：FFKKFF；WWKKFF；FWKKWF；FFKKWW；WWKKWW；YYKKYY；IIKKYY；YIKKIY；YYKKII；IIKKII；MMKKMM；LLKKMM；MLKKLM；MMKKLL；LLKKLL；VVKKVV；AAKKVV；VAKKAV；VVKKAA；AAKKAA；GGKKGG；TTKKGG；GTKKTG；GGKKTT；TTKKTT；SSKKSS；CCKKSS；SCKKCS；SSKKCC；和CCKKCC；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在某些其他情况下，免疫调节肽包括：选自以下的序列：FKFKFK；WKWKWK；YKYKYK:IKIKIK；MKMKMK；LKLKLK；VKVKVK；AKAKAK；GKGKGK；TKTKTK；SKSKSK；CKCKCK；KFKFKF；KWKWKW；KYKYKY；KIKIKI；KMKMKM；KLKLKL；KVKVKV；KAKAKA；KGKGKG；KTKTKT；KSKSKS；和KCKCKC；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
根据本公开的某些实施方案的CD206结合剂还包括免疫调节肽，其包括由下式中之一定义的序列：
[J1a]-[X2a]-[J2a]-[X3a]-[J3a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2a]-[X3a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2aJ2b]；
[J1aJ1b]-[X1a]-[J2a]-[X2a]；
[X1a]-[J1aJ1b]-[X2a]-[J2a]；
[J1a]-[X1a]-[J2aJ2b]-[X2a]；和
[J1aJ1b]-[X2a]-[J2aJ2b]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。在某些实施方案中，所述免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：AFKRF；FFKKF；FWKRF；WVRRV；IFKKI；FLRNL；FLHSA；FFHHI；FFKKA；ALKKV；LYKKI；LFRRA；FLKRL；FFRRF；FFRHF；AIRRI；AFHRF；FFNRF；IVRRA；FWRWF；KFWRW；WFRFW；KWFRF；AFHHF；FFRNF；FFRQF；AFNRF；WIQRM；WVQRV；AFRNF；TLRRF；FKRFF；FKKFF；WKRFV；VRRVV；FKKIE；LRNLV；LHSAK；FHHIF；FKKAA；LKKVF；YKKII；FRRAF；LKRLL；FRRFA；FRHFA；IRRIP；FHRFF；FNRFA；VRRAD；WRWFK；FRFWK；FHHFF；FRNFA；FRQFA；FNRFF；IQRMM；VQRVV；FRNFF；LRRFM；DVRMR；VRMRL；RRAEL；RAELG；和RWKFG；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，所述免疫调节肽包括：a)肽序列，选自：AFWRW；AWFRF；VAVRI；FFRFF；AFFRF；WRWFA；FRFWA；AVRIW；和FRFFA；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，所述免疫调节肽包括：a)肽序列，选自：FFKKF；WWKKF；FWKKW；FFKKW；WWKKW；YYKKY；IIKKY；YIKKI；YYKKI；IIKKI；MMKKM；LLKKM；MLKKL；MMKKL；LLKKL；VVKKV；AAKKV；VAKKA；VVKKA；AAKKA；GGKKG；TTKKG；GTKKT；GGKKT；TTKKT；SSKKS；CCKKS；SCKKC；SSKKC；和CCKKC；FKKFF；WKKFF；WKKWF；FKKWW；WKKWW；YKKYY；IKKYY；IKKIY；YKKII；IKKII；MKKMM；LKKMM；LKKLM；MKKLL；LKKLL；VKKVV；AKKVV；AKKAV；VKKAA；AKKAA；GKKGG；TKKGG；TKKTG；GKKTT；TKKTT；SKKSS；CKKSS；CKKCS；SKKCC；和CKKCC；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在某些其他情况下，免疫调节肽包括：选自以下的序列：a)肽序列，选自：FKFKF；WKWKW；YKYKY:IKIKI；MKMKM；LKLKL；VKVKV；AKAKA；GKGKG；TKTKT；SKSKS；CKCKC；KFKFK；KWKWK；KYKYK；KIKIK；KMKMK；KLKLK；KVKVK；KAKAK；KGKGK；KTKTK；KSKSK；和KCKCK；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
根据本公开的某些实施方案的CD206结合剂还包括免疫调节肽，其包括由下式中之一定义的序列：
[J1a]-[X1a]-[J2a]-[X2a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2a]
[X1aX2a]-[J2aJ2b]；和
[J1aJ1b]-[X1aX2a]；
其中：
J1a、J1b、J2a和J2b各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a和X2b各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。在某些实施方案中，所述免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：AFKR；FFKK；FWKR；WVRR；IFKK；FLRN；FLHS；FFHH；ALKK；LYKK；LFRR；FLKR；FFRR；FFRH；AIRR；AFHR；FFNR；IVRR；FWRW；KFWR；WFRF；KWFR；AFHH；FFRN；FFRQ；AFNR；WIQR；WVQR；AFRN；TLRR；KRFF；KKFF；KRFV；RRVV；KKIE；RNLV；HSAK；HHIF；KKAA；KKVF；KKII；RRAF；KRLL；RRFA；RHFA；RRIP；HRFF；NRFA；RRAD；RWFK；RFWK；HHFF；RNFA；RQFA；NRFF；QRMM；QRVV；RNFF；RRFM；VRMR；RMRL；RAEL；AELG；和WKFG；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，所述免疫调节肽包括：a)肽序列，选自：FWRW；AFWR；WFRF；AWFR；VAVR；FFRF；AFFR；RWFA；WRWF；RFWA；FRFW；VRIW；RFFA；和FRFF；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，所述免疫调节肽包括：a)肽序列，选自：FFKK；WWKK；FWKK；YYKK；IIKK；YIKK；MMKK；LLKK；MLKK；VVKK；AAKK；VAKK；GGKK；TTKK；GTKK；SSKK；CCKK；SCKK；KKFF；KKWF；KKWW；KKYY；KKIY；KKII；KKMM；KKLM；KKLL；KKVV；KKAV；KKAA；KKGG；KKTG；KKTT；KKSS；KKCS；和KKCC；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在某些其他情况下，所述免疫调节肽包括：选自以下的序列：a)肽序列，选自：FKFK；WKWK；YKYK:IKIK；MKMK；LKLK；VKVK；AKAK；GKGK；TKTK；SKSK；CKCK；KFKF；KWKW；KYKY；KIKI；KMKM；KLKL；KVKV；KAKA；KGKG；KTKT；KSKS；和KCKC；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
根据本公开的某些实施方案的CD206结合剂还包括小分子活性剂。在某些情况下，小分子活性剂由式(I)描述：
Figure BDA0003380313180000081
其中：
R1-R4各自独立地选自氢、烷基和取代烷基；
X1选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、芳烷基、取代芳烷基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基；
X2选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、氨基、取代氨基、杂芳基、取代杂芳基、杂环、取代杂芳基；
X3选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、萘基、取代萘基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、芳基杂环、取代的芳基杂环；以及
n是1到10之间的整数，
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
根据本公开的某些实施方案的CD206结合剂还包括由式(II)描述的小分子活性剂：
Figure BDA0003380313180000091
其中：
R7a、R7b、R8、R9和R10各自独立地选自氢、烷基和取代烷基；以及
X4选自烷基、芳基、芳烷基、杂环和杂芳基、酰基，其中X4可选地进一步被选自以下的一个或更多个基团取代：烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、氨基、取代氨基、羧酸酰胺(carboxamide)、取代的羧酸酰胺、杂环、取代杂环，和式(II)的第二化合物
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
根据本公开的某些实施方案的CD206结合剂还包括由式(III)描述的小分子活性剂：
Figure BDA0003380313180000092
其中：
R13选自氢、烷基和取代烷基；
X5选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、氨基、取代氨基、杂芳基、取代杂芳基、杂环、取代杂芳基；
X6选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、芳烷基、取代芳烷基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基；
X7选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、萘基、取代萘基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、芳基杂环、取代的芳基杂环；以及
p是1到10之间的整数，
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
根据本公开的某些实施方案的CD206结合剂还包括特异性结合成员。在某些情况下，特异性结合对是抗体或其结合性片段。在某些情况下，所述特异性结合成员靶向选自NFGDLVSIQSESEKK、NDAQSAYFIGLLISL、SKEKETMDNARAF和EDENCVTMYSNSGFWN之中的CD206序列。
附图说明
图1显示了使用Molly字体进行的生物物理同源性筛选，其识别了在代表性HDP、外表面毒力因子和胶原蛋白上的10mer结构基序的保守性。A.Molly字体启发式的表示用于生物物理同源性比较的氨基酸的化学性质。圆圈的大小表示水中的成比例的氨基酸的空间体积，每个氨基酸的疏水性/亲水性用色标表示，其中最疏水的氨基酸是最强烈的青色，疏水性较低的氨基酸为按比例降低浓度的青色。最亲水的氨基酸具有最深的洋红色，较低强度的洋红色梯度等级表示亲水性较低的氨基酸。用于记录生物物理关系并进一步表征氨基酸的化学特性的助记符号包括描述其可电离质子和电荷的解离常数的厚度(thickness)，带电氨基酸在其符号中包含“+”或“-”记号。数值以kcal/mol为单位表示了将氨基酸侧链从脂质双层内部移动到外部水性环境所需的能量。
图2显示了使用Molly字体进行的生物物理同源性筛选，其识别了在代表性HDP、外表面毒力因子和胶原蛋白上的10mer结构基序的保守性。Molly字体显示了在代表性HDP、外表面毒力因子和胶原蛋白上的具有疏水和亲水面的两亲表面拓扑结构的二级α-螺旋结构的10mer结构基序的保守性。“DHDP”表示设计的宿主防御肽。
图3显示了RP-182和RP-426的二级α-螺旋结构、螺旋疏水轮投影和Molly字体排列(底部)。
图4显示了
Figure BDA0003380313180000101
的单个10mer同源序列配体-凝集素受体组合的相对结合亲和力(BE；以kcal/mol为单位)，将MRC1/CD206鉴定为靠前的结合靶标。
图5显示了利用
Figure BDA0003380313180000102
的与前十C型凝集素受体的相对结合能。
图6显示了生物物理10mer同源基序和C型凝集素受体的对接活动。A.利用
Figure BDA0003380313180000103
的靠前10mer肽基序配体-C型凝集素受体组合的相对结合能，以kcal/mol为单位。底部显示的10mer肽序列的来源；顶部注释的与单个凝集素受体的预测亲和力。B.在所有测试的肽-配体受体组合中，甘露糖受体CD206对10mer生物物理肽序列显示出最高的亲和力。显示了前三种肽配体-受体组合的累积分数，每个受体通过23种肽配体-受体组合进行检查。具有最高亲和力(最低-BE；以kcal/mol为单位)的受体被定为三分，次高的两分，再次之则一分。该图显示了每个受体在所有肽上的总分。CD206FL，全长CD206；CRD，糖类识别结构域。
图7A显示了全长MRC1/CD206模型。人类MRC1/CD206的已知功能结构域。CRD，糖类识别结构域1–8。
图7B显示了全长MRC1/CD206模型。SAXS图谱显示为全长MRC1/CD206蛋白浓度的函数，其中I(q)是散射强度，q(以
Figure BDA0003380313180000111
为单位)是散射向量。从SAXS数据中提取的结构参数列在底部；Rg Guinier：从SAXS数据的Guinier图外推到0浓度产生的回转半径；其他的Rg和Dmax(颗粒的最大尺寸)由GNOM(https://www.embl-hamburg.de/biosaxs/manuals/gnom.html)产生。MW1和MW2是使用Porod体积(Vporod)和相关体积(Vc)从SAXS数据中估算的分子量。对于Vc计算，使用
Figure BDA0003380313180000112
结果表明MRC1/CD206在溶液中形成二聚体。
图7C显示了全长MRC1/CD206模型。C.测试了由I-TASSER创建的5个排名最前的人类MRC1/CD206模型，以与实验SAXS数据进行最佳拟合。模型和实验曲线之间的差异(χ2)在下表中。拟合中，分别基于模型1-5作为单体，使用MRC1/CD206二聚体模型。
图7D显示了全长MRC1/CD206模型。C.测试了由I-TASSER创建的5个排名最前的人类MRC1/CD206模型，以与实验SAXS数据进行最佳拟合。模型和实验曲线之间的差异(χ2)在下表中。拟合中，分别基于模型1-5作为单体，使用MRC1/CD206二聚体模型。
图8A显示了RP-182诱导的MRC1/CD206的CRD4和CRD5中的构象弯曲模型。RP-182的疏水平面与CRD5(青色)结合。
图8B显示了RP-182诱导的MRC1/CD206的CRD4和CRD5中的另一种构象弯曲模型。RP-182的疏水平面与CRD5(青色)结合。
图9A显示了与媒介物(蓝色方块)和RP-182(红色方块)一起温育的全长CD206蛋白的负染色电子显微镜显微照片，以及相应的2D类别(入口)，左侧的开放“伸长”和“闭合”构象的示意图。
图9B显示了与媒介物(蓝色方块)和RP-182(红色方块)一起温育的全长CD206蛋白的另一负染色电子显微镜显微照片，以及相应的2D类别(入口)，左侧的开放“伸长”和“闭合”构象的示意图。
图10显示了RP-182结合到MRC1/CD206。A.提高RP-182浓度与诱导CD206受体闭合构象的剂量-响应关系。在RP-182浓度(以μM为单位)提高时，在CD206全长蛋白质的负染色EM显微照片上的100个被检查的CD206颗粒的闭合构象百分比。
图11显示了MRC1/CD206的闭合vs开放构象的比率(低，CD206:肽的比率1:40，高，1:500)。
图12A显示了RP-182结合到MRC1/CD206。通过10mer同源基序诱导CD206受体的闭合构象。在底部示出了与10mer生物物理同源肽RP-185、RP-832C、AVP1、LL37F，以及与对照肽RP-426，2D类别一起温育的全长CD206的代表性显微照片。
图12B显示了RP-182结合到MRC1/CD206的附加视图。通过10mer同源基序诱导CD206受体的闭合构象。在底部示出了与10mer生物物理同源肽RP-185、RP-832C、AVP1、LL37F，以及与对照肽RP-426，2D类别一起温育的全长CD206的代表性显微照片。
图12C显示了RP-182结合到MRC1/CD206的额外视图。通过10mer同源基序诱导CD206受体的闭合构象。在底部示出了与10mer生物物理同源肽RP-185、RP-832C、AVP1、LL37F，以及与对照肽RP-426，2D类别一起温育的全长CD206的代表性显微照片。
图13显示了在RP-182浓度增大时的人(左)和鼠(右)MRC1/CD206的微量热泳动(MST)变化。KD模型响应曲线拟合了三个独立实验的MST数据；对照肽RP-426显示在底部。误差条代表平均值的标准偏差。
图14A显示了人外周血单核细胞来源的巨噬细胞的极化方案。
图14B显示了人巨噬细胞的细胞热位移分析(CETSA)。
图14C显示了鼠骨髓来源的巨噬细胞(BMDM)极化方案。
图14D显示了鼠巨噬细胞的细胞热位移分析(CETSA)。
图15A显示了具有含双吖丙啶(diazirine)的苯丙氨酸和生物素的RP-182类似物的简要合成方案。双吖丙啶基D-苯丙氨酸衍生物和含Fmoc-双吖丙啶的苯丙氨酸的合成(对映异构体使用手性柱(Chiralpac IB 4.6x250mm，100％EOH；1ml/min)来拆分)。Fmoc固相肽合成，并与生物素化接头缀合。
图15B显示了经微量热泳动(MST)分析测试了RP-182衍生物与重组MRC1/CD206的体外结合，所述RP-182衍生物经由PEG(NCGC-00510433和-35)或烃(NCGC-00510432和-34)接头而结合双吖丙啶基团和生物素。测量的KD常数显示在右侧。所有进一步的下拉实验使用NCGC-00510434。
图16显示了RP-182的结合区相对于MRC1/CD206的映射，经由交联然后进行下拉和蛋白质组学分析，将糖类识别结构域5(CRD5；CTLD5)内的片段NFGDLVSIQSESEKK鉴定为RP-182对于CD206的结合区。A.来自全长rMRC1/CD206的肽片段(以矩形突出显示)在胰蛋白酶消化后用生物素化的双吖丙啶RP-182类似物NCGC-00510434拉下。B.在与RP-182类似物交联、消化和下拉后识别的MRC1/CD206肽片段，通过质谱法利用上清液中减少的MRC1/CD206片段进行测量。通过两种方法鉴定了糖类识别结构域5(CRD5；CTLD5)片段NFGDLVSIQSESEKK(以红色突出显示)。C.通过生物素缀合RP-182团块的MRC1/CD206 CRD5肽NFGDLVSIQSESEKK的MS/MS谱。A幅，LC/MS/MS色谱显示CRD5肽的保留时间，B幅，MS1全扫描显示肽的三电荷离子m/z＝560.9519(单同位素)，C幅，MS2片段扫描显示单同位素光谱m/z：560.95319Da(+0.34mmu/+0.61ppm)，RT：27.01分钟。通过纳米HPLC-MS/MS分析获得光谱。
图17显示了经媒介物vs RP-182处理的M2巨噬细胞的RNASeq分析的火山图。
图18显示了RP-182在M1和M2极化BMDM中诱导的基因表达变化。经媒介物vs RP-182处理的M1和M2巨噬细胞的RNASeq分析的火山图，处理时间显示在顶部。显示了通过EdgeR分析鉴定的差异表达基因，错误发现率(FDR)q<0.05，-1<Log2[FC]>1(FC，变化倍数)。右侧显示了已鉴定DEG的总结。
图19显示了经媒介物vs RP-182处理的M2 BMDM的DEG的
Figure BDA0003380313180000131
GO功能富集和网络分析。
图20显示了在经RP-182处理的M2 BMDM的富集基因集中最常见基因的GO细胞过程(GO Cell Process)的Pathway
Figure BDA0003380313180000132
图。
图21A显示了M2巨噬细胞中经RP-182诱导的CD206相互作用组(interactome)的蛋白质网络和相关细胞过程。
图21B显示了经RP182 vs媒介物处理的M2 BMDM。
图21C显示了RP182处理的vs未处理的巨噬细胞的RNA-Seq。
图21D显示了RP182处理的M2蛋白质下拉。
图21E显示了RP182/MS M2巨噬细胞蛋白质下拉。
图22显示了M1和M2极化BMDM的电子显微镜图像(1,000×；变焦2,400×)。
图23显示了细胞核用DAPI，用抗Rab5、Rab7、LAMP-1和CD206抗体染色的极化成M2的BMDM的免疫荧光图像。诱导荧光的量化在底部。对于所有图，除非另有说明，否则显示的数据代表三个独立实验并相对于相应的媒介物处理进行了归一化。
图24显示了RP-182激活了源自健康志愿者的外周血单核细胞(PBMC)的M2而非M1极化的人巨噬细胞中的吞噬作用和吞噬溶酶体形成。用抗Rab5、Rab7、LAMP-1和CD206抗体染色的源自健康供体的CD14阳性PBMC并极化为M1和M2群体的人类巨噬细胞的免疫荧光。40×的代表性图像。M1(蓝色条)和M2(红色条)BMDM中RP-182诱导的Rab5、Rab7、LAMP-1和CD206表达水平的量化显示在左侧。将荧光(明亮的物体)相对于细胞核数(DAPI)归一化，并且将经媒介物处理的信号设置为1。测量了在≥5个独立视野中的至少100个细胞。巨噬细胞用20μM RP-182处理2小时。
图25A显示了RAB5a和RAB7 RP-182激活了源自健康志愿者的外周血单核细胞(PBMC)的M2而非M1极化的人巨噬细胞中的吞噬作用和吞噬溶酶体形成。用抗Rab5、Rab7、LAMP-1和CD206抗体染色的源自健康供体的CD14阳性PBMC并极化为M1和M2群体的人类巨噬细胞的免疫荧光。40×的代表性图像。M1(蓝色条)和M2(红色条)BMDM中RP-182诱导的Rab5、Rab7、LAMP-1和CD206表达水平的量化显示在左侧。将荧光(明亮的物体)相对于细胞核数(DAPI)归一化，并且将经媒介物处理的信号设置为1。测量了在≥5个独立视野中的至少100个细胞。巨噬细胞用20μM RP-182处理2小时。
图25B显示了MAP1和CD206 RP-182激活了源自健康志愿者的外周血单核细胞(PBMC)的M2而非M1极化的人巨噬细胞中的吞噬作用和吞噬溶酶体形成。用抗Rab5、Rab7、LAMP-1和CD206抗体染色的源自健康供体的CD14阳性PBMC并极化为M1和M2群体的人类巨噬细胞的免疫荧光。40×的代表性图像。M1(蓝色条)和M2(红色条)BMDM中RP-182诱导的Rab5、Rab7、LAMP-1和CD206表达水平的量化显示在左侧。将荧光(明亮的物体)相对于细胞核数(DAPI)归一化，并且将经媒介物处理的信号设置为1。测量了在≥5个独立视野中的至少100个细胞。巨噬细胞用20μM RP-182处理2小时。
图26显示了RP-182激活了与来自PANC1细胞的条件培养基共培养的BMDM中的吞噬作用、自噬和细胞凋亡。40×的代表性图像位于顶部。在底部显示了细胞经RP-182诱导的Rab7、LC-3、LAMP-1和切割的半胱天冬酶8(caspase 8)的表达水平(红色条)的量化。将荧光(明亮的物体)相对于细胞核数(DAPI)归一化，并且将经媒介物处理的信号设置为1。测量了在≥5个独立视野中的至少100个细胞。巨噬细胞用20μM RP-182处理2小时。
图27A显示了RP-182而非对照肽RP-426诱导了M2极化的BMDM中的吞噬作用。A.在用媒介物、20μM的RP-182或RP-426处理的M2极化巨噬细胞中的根据免疫细胞化学的Rab7水平。将荧光(明亮的物体)相对于细胞核数(DAPI)归一化，并将经媒介物处理的设置为1。测量了在≥5个独立视野中的至少100个细胞。
图27B显示了在RP-182处理的而不是RP-426处理的M2巨噬细胞中诱导了吞噬体。电子显微镜图像(左侧显示1,000×放大的代表性图像；右侧变焦2,400×)，显示具有内部膜结构的吞噬体。
图28显示了用抗NF-kB/p65染色的M2 BMDM的免疫荧光图像。
图29显示了RP-182降低IkappaB激酶(IKK)复合物的巨噬细胞活化和炎症负调节因子IKKα亚基的细胞质表达，并激活了M2极化BMDM中的自噬和半胱天冬酶8。A.用媒介物和RP-182处理2小时后的M2 BMDM中IKKα的免疫荧光染色。
图30显示了随着时间推移M1和M2巨噬细胞中吞噬作用、自噬和细胞凋亡的激活的量化。
图31显示了通过LC3和切割的半胱天冬酶8的免疫荧光染色测量的RP-182对M2巨噬细胞中自噬和细胞凋亡的激活。媒介物和RP-182处理的M2巨噬细胞在24小时时的代表性免疫荧光图像。
图32显示了RP-182激活人M2巨噬细胞中的自噬和细胞凋亡。通过用RP-182处理24小时后的人M2巨噬细胞的免疫细胞化学染色来测量LC3和切割的半胱天冬酶8水平。将测量的荧光(明亮物体)相对于细胞核数(DAPI)归一化，并将变化倍数相对于媒介物对照作图。误差条是n≥2个独立实验的标准偏差，测量了5个独立视野中的≥50个细胞。
图33显示了在24小时处理后切割的半胱天冬酶3和半胱天冬酶7水平的量化。
图34显示了相对于媒介物处理，在用RP-182处理48小时后人和鼠的M1(蓝色曲线)和M2(红色曲线)巨噬细胞的细胞活力。
图35显示RP-182而非RP-426在M2极化巨噬细胞中诱导细胞死亡。A.用媒介物或RP-182处理并在48小时后使用双钙黄绿素AM(绿色)-乙锭同源二聚体(红色)染色的M2BMDM的代表性图像。图2K中显示的剂量响应曲线的活力被计算为活细胞(阳性钙黄绿素AM和阴性红色染色)和死细胞(没有绿色，阳性红色染色)的比率。
图36显示了对照肽RP-426在人(左)和鼠(右)M2极化巨噬细胞中的剂量响应曲线。将活细胞的比率相对于经媒介物处理的对照进行归一化，误差条代表一式三份的两个独立实验的标准偏差。
图37显示RP-182不抑制多能祖细胞、癌细胞、成纤维细胞或内皮细胞或树突细胞的细胞生长。RP-182在人胰腺癌细胞PANC1、鼠KPC、人成纤维细胞、内皮细胞和DC2.4树突细胞中的剂量响应曲线。48小时后使用双钙黄绿素AM(绿色)-乙锭同源二聚体(红色)对细胞进行染色，并与作为阳性对照的M2 BMDM中的RP-182测试平行地进行实验。显示了进行的N＝2的独立实验的代表性曲线。
图38显示了在指定时间点用媒介物或RP-182处理后的M2 BMDM的CD86和CD206阳性CD11B+F4/80+Gr-1-巨噬细胞级分的流式细胞术图。
图39A显示了用于确定CD86+和CD206-阳性CD11b+F4/80+Gr-1-巨噬细胞级分的门控策略。A.代表性流式细胞术图描绘了用于确定在用媒介物、RP-182处理24小时(中部)和48小时(底部)后的CD86和CD206-阳性巨噬细胞的门控策略。活细胞用黑色圈出。
图39B显示了在用RP-182或媒介物处理24小时后用CD206染色的M2 BMDM的代表性免疫细胞术图像(左)和M2 BMDM中总的抗CD206免疫荧光信号强度的量化(右)。
图40A显示了通过流式细胞术的M2 BMDMs的IL-1β、IL-12p40和TNF-α阳性CD11b+F4/80+Gr-1-细胞以及CD86+CD206-、CD86+CD206+双阳性以及CD86-CD206+亚群的级分的量化。
图40B显示了M2 BMDM的IL-1β、IL-12p40和TNF-α阳性CD11b+F4/80+Gr-1-细胞以及CD86+CD206-、CD86+CD206+双阳性以及CD86-CD206+亚群的流式细胞术图。
图40C显示了IL-1β、IL-12p40和TNF-α的流式细胞术图。
图41显示了在用媒介物(黑条)和RP-182(红条)处理2小时后通过荧光激活细胞分选(FACS)分离的CD11b+F4/80+Gr-1-CD206+M2 BMDM中的M1和M2基因表达谱。在对于内部管家基因进行归一化后qRT-PCR的相对转录水平，将经媒介物处理的信号设置为1。每组N≥3，一式三份，误差条表示SEM。
图42显示了经媒介物处理的CD86-CD206+M2 BMDM以及经RP-182处理的CD86+CD206-和CD86+CD206+亚群中的免疫检查点和M1细胞因子阳性巨噬细胞群。具有阳性细胞级分百分比的单变量直方图，显示了N＝3个独立实验的量化。
图43显示了所采用的门控策略的代表性流式细胞术图，包括确定经媒介物处理的CD86-CD206+(顶行)和经RP-182处理的(底部)CD86+CD206+(双阳性)和CD86+CD206-阳性M2BMDM中的SIRPα检查点阳性以及TNFα阳性巨噬细胞级分的单变量直方图(具有阳性细胞级分的百分比)。在底部显示了一式三份进行的N＝3个独立实验的量化。1：用媒介物处理的CD86-CD206+级分；2：用RP-182处理的CD86+CD206+双阳性级分；3：用RP-182处理的CD86+CD206-阳性细胞级分。
图44显示了其中具有被吞噬的大肠杆菌覆盖的乳胶珠的CD11b+F4/80+Gr-1-细胞级分的流式细胞术分析和量化，N＝3个独立实验的量化。
图45显示了在指定时间点的用RP-182处理的CD86+CD206-、CD206+CD86+和CD86-CD206+M2 BMDM的膜联蛋白V阳性(顶部)和切割的半胱天冬酶3阳性细胞级分(底部)的量化。
图46显示了与NF-kB抑制剂JSH-23和QNZ(EVP4593)和自噬抑制剂巴弗洛霉素(BF)和氯喹(CQ)共温育的经媒介物和RP-182处理的CD86+(顶部)和CD206+(底部)CD11b+F4/80+Gr-1-BMDM-M2细胞的量化。MEK抑制剂AZD6244(司美替尼；AZD)显示为阴性对照)。
图47显示了使用全局RNASeq数据(左)和来源于BMDM的M1 M2标志物集(右)对样品之间的基因表达矩阵的Pearson相关性分析。值范围在0到1之间，在样品之间的高值表示两个样品集之间的高相关度。
图48A显示了RP-182的生物活性是CD206依赖性的并且引起Rac1/CDC42信号传导的激活。A.M2 BMDM中的与重组CD206结合的RP-182剂量-响应曲线(MST分析；红色曲线)，诱导CD206闭合构象(电子显微镜；绿色曲线)，诱导吞噬作用(抗Rab7；紫色)和M2细胞活力(蓝色)。
图48B显示了从B6.129P2-Mrc1tm1Mnz/J(CD206-/-)和野生型C57BL/6小鼠(CD206+/+)分离的BMDM在极化为M1和M2后的M1和M2基因表达谱。在极化为M1和M2后，CD206-/-和野生型C57BL/6小鼠(CD206+/+)分离的BMDM的M1和M2基因表达谱相似。在CD206-/-和CD206+/+BMDM的M1种群(蓝色)和M2种群(红色)中通过M1标志物CD86、iNOS、IL-1β和IL-27以及M2标志物CD206、Fizz1和YM1的qRT-PCR测量的相对基因表达水平。有关相对表达水平的量化，请参阅材料和方法。显示了每组n≥3的平均值±SEM。
图49显示了用抗Rab7、LC3和切割的半胱天冬酶8染色的极化为M2的源自野生型和CD206-/-小鼠的BMDMs的免疫荧光图像，三个独立实验的量化在底部。
图50显示了源自CD206wt(红色曲线)和CD206-/-(棕色曲线)小鼠的M2 BMDM的细胞活力。D.从CD206-/-小鼠分离的CD11b+F4/80+Gr-1-M2-BMDMs中CD86+和CD206+级分的流式细胞术图(顶部)和M1标志物阳性细胞的量化。显示了一式三份的N＝3个独立实验的阳性细胞平均百分比。
图51显示了M2巨噬细胞中RP-182诱导的CD206结合配偶体的表征。从与珠粒缀合的生物素化的RP-182(vs仅珠粒)一起温育的M2 BMDM中拉下的CD206的蛋白质组学分析。PSM，即肽谱匹配(peptide-spectrum match)。应用的截止标准包括RP-182与对照的比率≥5，MS鉴定的肽覆盖超过蛋白质序列的10％，并且FDR<0.01，产生了119种蛋白质(单独附上)。
图52A显示了用生物素化肽(左)或用抗GRB2抗体(右)免疫沉淀的裂解物的免疫印迹。蛋白质使用抗GRB2和抗CD206抗体可视化。在底部显示了预加载的对照超氧化物歧化酶1(SOD1)
图52B显示了针对Rac1/CDC42的活性GTP结合形式而免疫沉淀并用抗CDC42或抗Rac1抗体可视化(左)的M2 BMDM之中的裂解物的免疫印迹分析。利用抗磷酸Pak1和抗磷酸AKT的M2裂解物的免疫印迹在右侧。对带强度的量化总结了N＝3个独立实验。
图53显示了RP-182诱导IQGAP1与CD206的结合以及IQGAP1向M2极化巨噬细胞的细胞膜的募集。A.用链霉亲和素磁珠沉淀用生物素化RP-182、生物素化对照肽RP-426或媒介物对照处理10分钟的M2 BMDM中的裂解物，并且蛋白质用抗IQGAP1抗体可视化。预加载的对照超氧化物歧化酶1(SOD1)的水平显示在底部。B.通过RP-182的IQGAP1的膜募集。针对IQGAP1的M2 BMDM免疫荧光染色，施用RP-182后的时间点显示在底部。
图54A显示了用RP-182处理和用指明的抑制剂预温育的M2 BMDM的抗IQGAP1染色后的免疫荧光图像。
图54B显示了用RP-182处理和用ZCL278(左)、NSC23766(中)和阴性对照司美替尼(右)预温育的M2 BMDM的Rab7免疫荧光水平的量化。除非另有说明，否则所显示的数据代表两个独立实验并相对于相应的媒介物处理予以归一化。
图55A显示了在用氯喹(CQ)和巴弗洛霉素(BF)预温育的M2巨噬细胞中LC3和切割的半胱天冬酶8的表达。N＝2，一式三份。
图55B显示了在存在NF-kB抑制剂JSH23和QNZ的情况下M2 BMDM中吞噬作用(Rab7)和切割的半胱天冬酶8水平的量化。N＝2，一式三份。K.M2巨噬细胞中RP-182功能的示意图。
图56显示了在用RP-182处理的M2巨噬细胞中诱导切割的半胱天冬酶8的表达不依赖于自噬的诱导。用20μM RP-182处理2小时并用自噬抑制剂氯喹(CQ)和巴弗洛霉素(BF)预温育的M2 BMDM中LC3和切割的半胱天冬酶8免疫荧光水平的代表性图像。
图57显示了对RP-182诱导的TNF信号传导的阻断消除了M2极化巨噬细胞中细胞凋亡的自分泌激活。A.草图描绘了所采用的对RP-182诱导的TNF信号传导的干扰。
图58显示了在CD206高和CD206低PDAC中CD206的免疫组织化学染色(10x，右侧40x入口)。
图59显示了用抗切割的半胱天冬酶3和抗切割的半胱天冬酶8抗体染色的M2BMDM的免疫荧光图像。针对用RP-182处理的M2 BMDM，在加入中和性的抗TNFα抗体时缺乏半胱天冬酶8以及缺乏或(利用抗TNFα抗体)降低半胱天冬酶3活化，小分子介导的TNF受体阻断(TNFR1)，或阻断半胱天冬酶8对半胱天冬酶3的激活(左侧图幅)。顶部显示了单独使用抗TNFα抗体、TNFR1抑制剂R-7050和半胱天冬酶8抑制剂的对照。添加条件培养基时M2 BMDM的切割半胱天冬酶8和半胱天冬酶3染色(右侧图幅)。将来自用RP-182或重组TNFα处理的M2BMDM的条件培养基添加到M2 BMDM中，可强烈激活半胱天冬酶8和半胱天冬酶3，通过向条件培养基中添加中和性TNFα则降低了这种作用(底部)。TNFα，重组TNFα配体；α-TNF，抗TNFα抗体；CM，条件培养基；TNFR1i，TNF受体抑制剂R-7050。
图60显示了人胰腺癌中的CD206表达。A.与匹配的未受累的正常腺体组织相比，CD206在三个临床胰腺癌样品集中的两个中过度表达。来自基因组GSE15471、GSE16515和GSE28735的MRC1/CD206基因表达水平。B.80例胰腺腺癌的组织微阵列(TMA)，顶部显示原始核心的x10放大倍率的代表性图像，瀑布图表示每个病例从最高(左)到最低(右)排列的总细胞中CD206阳性细胞的百分比。底部显示了CD206高(左)和CD206低(右)病例在x40放大倍数下的代表性图像。
图61显示了通过CD206表达来分层的125名患有PDAC的患者的总体存活率的Kaplan-Meier图。时序检验，双尾。
图62显示了具有通过CD8高vs CD8低来分层的CD206高TAM的患者的Kaplan-Meier分析。
图63A显示了来自TCGA癌症数据集的临床样本中CD8A、INFG表达、8和6基因CD8 T细胞活化特征(底部)和M2标志物表达水平的相关性。使用所有样本的中位数将所有癌症的样品分为CD206高和CD86低。
图63B显示了来自TCGA癌症数据集的临床样本中CD8A、INFG表达、8和6基因CD8 T细胞活化特征(底部)和M2标志物表达水平的相关性。使用所有样本的中位数将所有癌症的样品分为CD206高和CD86低。胰腺癌TCGA数据集中巨噬细胞亚型与CD8+T细胞功能的相关性。
图64显示了在CD206-/-B6.129P2-Mrc1tm1Mnz/J小鼠(红色曲线)和C57B/L野生型小鼠(黑色曲线)中同种异体移植的KPC肿瘤的Kaplan-Meier分析。Log-rank，双尾。
图65显示了KPC野生型(KPC)和CD206-/-B6.129P2-Mrc1tm1Mnz/J小鼠(KPC CD206KO-/-)中产生的KPC肿瘤的免疫组织化学染色，量化在右侧(每组N≥4)。
图66显示了在C57B/L6野生型和CD206-/-小鼠(每组N≥5)中生长的KPC肿瘤中TAM亚群的流式细胞术的量化。
图67A显示了KP16小鼠的Kaplan Meier分析。时序检验(log-rank test)，双尾。B.最佳客观响应的瀑布图。
图67B显示了KPC小鼠的存活率和抗肿瘤活性。
图68显示了来自用媒介物或RP-182处理的KP16小鼠的肿瘤的免疫组织化学染色的图像，量化描述了N＝4/组的基于计算机的组织分析的阳性细胞平均百分比。箭头表示CD206-阳性细胞或CD8+T细胞的膜染色。
图69显示了E-钙粘蛋白(E-cadherin)和波形蛋白(vimentin)的免疫组织化学染色，每组N≥4的量化在右侧。
图70显示了在M2极化巨噬细胞共培养条件下的KPC癌细胞中，用RP-182处理降低了对EMT标志物波形蛋白和SNAIL的表达的诱导。在无细胞(蓝色条)、经媒介物处理的M2BMDM(黑色)和经20μM RP-182预处理2小时的M2 BMDM共培养条件下的E钙粘蛋白、波形蛋白和SNAIL2阳性癌细胞级分的流式细胞术分析。针对活的CD11b-CK19-9+细胞来门控阳性细胞的百分比；显示了一式三份进行的两个独立实验中的结果。
图71显示了被处理7天的KP16肿瘤中CD206阳性M2巨噬细胞、MDSC、树突、CD8和CD4阳性细胞级分占总细胞的百分比。CD4+T细胞的FoxP3阳性Treg级分显示在右侧。在底部显示代表性流式细胞术图。
图72显示了用于鉴定胰腺肿瘤消化物中的肿瘤浸润性CD8+T细胞(顶部)和CD206高M2样TAM级分的门控策略。代表性的流式细胞术图描绘了在用媒介物和RP-182处理1周后的KP16动物中测定肿瘤浸润CD8a T细胞和CD206阳性TAM的门控策略。关于图6G中所示的最终百分比相对于总的活细胞进行归一化。
图73显示了RP-182与吉西他滨的组合减少了原位(authochtonous)KPC肿瘤中的CD206高单核细胞MDSC。通过用媒介物以及RP-182与吉西他滨组合处理7天的KPC小鼠的肿瘤消化物的流式细胞术进行的MDSC细胞级分的量化，显示了每一被检查的单个肿瘤的细胞百分比。通过CD11b+Gr-1+Ly6C高Ly6G-细胞测定的单核细胞MDSC，M-MDSC；通过CD11b+Gr-1+Ly6C低Ly6G+细胞测定的多形核(PMN)MDSC。
图74显示了从KP16和KPC肿瘤分离的TAM在加入到共培养的来自荷瘤小鼠的癌细胞和脾CD8+T细胞后的INFγ阳性T细胞。
图75显示了从KPC和KP16肿瘤(每组N≥3，一式三份)分离的TAM的M1和M2基因表达水平的qRT-PCR分析的量化。在右侧显示了CD11b+F4/80+/Gr-1-TAM的CD206-和CD86-阳性巨噬细胞百分比的量化、表达M1细胞因子和免疫检查点的TAM的细胞级分的分析。
图76显示了KPC小鼠中RP-182诱导的M1样CD86+TAM群具有增多的M1细胞因子和减少的PD-1和SIRPα-阳性细胞级分。用媒介物(顶部)和RP-182(底部)处理7天的KPC的流式细胞术分析，显示了CD11b+F4/80+Gr-1-TAM的PD-1、SIRPα和TNFα的阳性细胞百分比(每组N≥5)。
图77显示了KPC小鼠中RP-182诱导的M1样CD86+TAM群具有增多的M1细胞因子阳性细胞级分。在RP-182诱导的双阳性CD86+CD206+和CD86+CD206-TAM中，M1细胞因子IL-1β、IL-12、TNFα和M1标志物iNOS染色阳性的细胞级分增多，但在CD86-CD206+TAM群中则不然。用媒介物和RP-182处理7天的KPC的流式细胞术分析，显示了CD86+CD206-、CD86+CD206+和CD86-CD206+巨噬细胞群的阳性细胞级分的百分比(每组N≥5)。
图78显示了用来确定经媒介物和RP-182处理的小鼠的KPC肿瘤中切割的半胱天冬酶3、Rab7和LAMP1阳性CD11b+F4/80+Gr-1-TAM的级分的流式细胞术图(包括所采用的门控策略)。在底部显示了每组N≥7只小鼠的阳性TAM级分百分比的量化。
图79显示了通过流式细胞术对经媒介物(顶部)和RP-182(底部)处理7天的KPC小鼠的肿瘤消化物的CD11b-CK19+癌细胞中的细胞凋亡、吞噬作用和吞噬溶酶体形成的分析。用于测定经媒介物处理和RP-182处理的小鼠的切割半胱天冬酶3、Rab7和LAMP1阳性CD11b-CK19+细胞级分的流式细胞术图(包括所采用的门控策略)。在底部显示量化，柱形图表示每组N≥7只动物的级分百分比平均值。
图80显示了在对经媒介物(浅蓝色)vs RP-182处理(深蓝色)的肿瘤的CD11b+细胞的肿瘤单细胞测序并滤除KRT19+、CD11c+、Ly6G+细胞(N＝4/组)之后的T分布随机近邻嵌入(T-distributed Stochastic Neighbor Embedding)(t-SNE)图，颜色条表示log10[分子/细胞]。在体外M2 BMDM中鉴定的RP-182诱导的DEG的表达水平增高(“离体基因M2特征”)投射到来自经RP-182处理的肿瘤的CD11b+KRT19-CD11c-Ly6G-簇上(右)，颜色条表示log10[离体基因表达变化的总和]。
图81显示了用RP-182(顶部)和媒介物(底部)处理的用抗CD206(红色)和抗LC3(绿色)共染色的KP16肿瘤的免疫荧光图像，基于计算机量化共染色细胞(占细胞总数，N＝4/组)。
图82显示了到KPC同种异体移植物(allograft)中的M2 BMDMs的瘤内细胞转移后的肿瘤生长(N＝5)。
图83显示了从肿瘤和脾脏分离的KP16(左)和KPC癌细胞(右)与CD8+T细胞的共培养后EliSpots(所添加的总CD8+T细胞的分泌INFγ的CD8+T细胞)的量化。
图84显示了用抗-CD8中和抗体、抗-IgG2同种型对照和指示的组合处理的KP16小鼠的Kaplan-Meier分析。
图85显示了KP16肿瘤中表达PD-L1的CD45-CK19+癌细胞(左)和CD45+CD3e+CD8+T细胞的PD-1表达(右)的流式细胞术分析的量化。
图86显示了用媒介物(灰色条)、抗PD-L1注射剂(紫色)、RP-182(红色)以及抗PD-L1与RP-182组合进行处理的KP16肿瘤的最佳客观反应(BOR)。N≥7只动物/组。
图87显示了CT-26同种异体移植物的肿瘤生长，研究终点处的肿瘤重量显示在右侧。鼠B16黑色素瘤的肿瘤生长。
图88A显示了用RP-182、RP-426和媒介物对照处理的具有CD206高(#133R、#328R)和CD206低(#295R、#057R)表达水平的胰腺癌患者来源的异种移植模型。N≥7/组。H.RP-182给药可挽救患有化学诱导的肺纤维化的小鼠。显示了总体重的量化和Kaplan-Meier生存分析。N＝6/组，误差条表示标准偏差。
图88B显示了博莱霉素安装后的肺部炎症浸润。H&E染色的图像，切离肺的测量重量的量化在右侧。N＝4/组。
图88C显示了Masson三色染色的图像，100mm2表面积(以μm2为单位)的被检肺表面量化在右侧。
图89显示了经RP-182处理的小鼠中CD206阳性肺泡细胞浸润的减少。用DAPI和抗CD206(绿色)染色的经媒介物或RP-182处理的未滴注和滴注博莱霉素的小鼠的免疫荧光肺视野图像。右侧显示CD206阳性细胞数的量化，N＝4/组。
图90显示了用生物素化RP-182处理并用抗CD206(绿色)、链霉亲和素(红色)和DAPI(蓝色)共染色的KPC肿瘤的免疫荧光图像。随机组织切片线性扫描的激光强度分布图(A1)，测量了各距离(以μm为单位；x轴)上的强度(荧光强度，y轴)。产生了黄色/紫色发射的表达CD206的细胞(绿色)和bio-RP-182(红色通道)(B1)的共定位。
图91显示了在对BALB/c小鼠中包括皮下生长的CT-26肿瘤的指示器官成像后的RP-182的组织分布，所述器官在通过腹膜内注射施用20mg/kg的Alexa-488标记的肽RP-182后10分钟被切除。手动设置的目标区域中的荧光通过Living Image量化，发射光子强度的色标如右图所示。
图92显示了用媒介物(黑色曲线)或RP-182(红色)处理的KPC野生型(左)和KPCCD206 KO-/-同种异体移植物(右)的Kaplan-Meier分析。与羧基荧光素琥珀酰亚胺酯(CFSE)标记的癌细胞(绿色)一起温育的M2 BMDM的相差图像。入口(100倍)显示了代表性的巨噬细胞，其带有绿色标记的被吞噬癌细胞以及诱导的细胞质液泡和囊泡。
图93显示了在每天施用递增浓度的RP-182 14天后的毒性测量。每天施用RP-18214天后的体重(左)，以及用RP-182和媒介物按30mg/kg处理小鼠的红细胞和白细胞计数(RBC，WBC)(右)。C.用指定日剂量的RP-182处理14天的小鼠的个体器官重量(以克为单位)，n≥7/组。
图94A显示了与羧基荧光素琥珀酰亚胺酯(CFSE)-标记的癌细胞(绿色)一起温育的M2 BMDM的相差图像。入口(100倍)显示了代表性的巨噬细胞，其带有绿色标记的被吞噬癌细胞和诱导的细胞质液泡和囊泡。
图94B显示了M2 BMDM总数中的CFSE阳性巨噬细胞量的量化(％，吞噬指数)。
图95显示了在加入CFSE标记的KPC癌细胞并用媒介物或RP-182处理后CFSE阳性CD11b+F4/80+Gr-1-CD86+(顶部)和CD206+BMDM的流式细胞术图。
图96显示了KPC异种移植物的肿瘤生长(N≥7/组)。
图97显示了RP-182限制在缺乏T细胞的nu/J小鼠中生长的MDA-MB231乳腺癌和C4-2前列腺癌异种移植物的肿瘤生长。A.左侧显示经媒介物(红色)、RP-182(紫色)、吉西他滨(绿色)及其组合(棕色)处理的nu/J小鼠中生长的MDA-MB231肿瘤(N≥7/组)，右侧显示处理42天后RP-182处理对MDA-MB231小鼠的淋巴结转移的影响。分析显示了引流盆中每一被检查的淋巴结总数中的与癌症牵连的淋巴结的分数。右侧显示受累淋巴结中转移性癌症的代表性H&E染色，绿色箭头突出显示具有异常核分裂象(mitotic figure)的癌细胞。B.在缺乏T细胞的nu/J小鼠中生长的C4-2前列腺癌异种移植物的肿瘤生长。
图98显示了用媒介物和RP-182处理的KP16肿瘤的透射电子显微检查。带有细胞内囊泡的TAM用箭头表示，癌细胞的缠绕和部分或完全的癌细胞吞噬事件以红色突出显示。
具体实施方式
本公开的方面包括用于调节巨噬细胞活性的方法。根据某些实施方案的方法包括以足以调节巨噬细胞活性的方式使巨噬细胞与甘露糖受体(CD206)结合剂相接触。还提供了将巨噬细胞的表型从M2表型转化为M1表型的方法。描述了用于抑制表达CD206的细胞生长的方法以及用于治疗受试者的肿瘤性病症(例如，癌症)或与慢性炎症相关的病症的方法。还提供了适用于题述方法的免疫调节肽。本公开的方面还包括用于与CD206的活性调节结构域结合的活性剂。还提供了用于确定化合物是否与CD206的活性调节结构域结合的方法。
在更详细地描述本发明之前，应当理解，本发明不限于所描述的特定实施方案，其当然可以变化。还应当理解，本文使用的术语仅用于描述特定实施方案的目的，并不旨在限制，因为本发明的范围将仅由所附权利要求书来限定。
若提供值范围，应理解，除非上下文另有明确规定，到下限单位的十分之一内的每个中间值、在所述范围的上限和下限之间的每个中间值与所述范围内的任何其他规定值或中间值被包括在本发明内。除了规定范围内的任意被具体排除的限值，这些较小范围的上限和下限可以独立地被包括在所述较小范围内并且也被包括在本发明内。在所述范围包括一个或两个所述限值的情况下，未包含那些被包括的限值中之一或两者的范围也包括在本发明中。
本文中给出了某些范围，数值前有术语“约”。术语“约”在本文中用于为它后面的确切数字以及与该术语后面的数字接近或近似的数字提供文字支持。在确定数字是否接近或近似于具体列举的数字时，接近的或近似的未被列举数字可以是如下这样的数字，其在其出现的上下文中提供所述具体列举的数字的实质等同物。
除非另外定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的相同的含义。尽管与本文所述的那些相似或等效的任何方法和材料也可用于本发明的实践或测试，但现在描述代表性的说明性方法和材料。
本说明书中引用的所有出版物和专利均通过引用并入本文，就好像每个单独的出版物或专利都被明确地和单独地指示为通过引用并入并且通过引用并入本文以与引用的出版物相关联地公开和描述本文中的方法和/或材料。任何出版物的引用都是由于其在申请日之前公开，而不应被解释为承认本发明无权凭借在先发明而先于此类出版物。此外，所提供的出版日期可能与实际出版日期不同，可能需要独立确认。
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在阅读本公开内容时对于本领域技术人员将显而易见的是，本文描述和说明的各个实施方案中的每一个都具有分离型组成部分和特征，这些组成部分和特征可以在不脱离本发明的范围或精神的情况下容易地与任意其他几个实施方案中的特征分离或组合。任意所述方法可以按照所叙述的事件的顺序或以逻辑上可能的任意其他顺序来实现。
尽管为了文法流畅性已经或将要对设备和方法进行描述并带有功能解释，但应明确理解的是所述权利要求，除非根据35 U.S.C.§112制定，不应被解释为必须以任何方式受限于构建“手段”或“步骤”限定，而应根据等效的司法原则被赋予由所述权利要求所提供的限定的含义和等同物的全部范围，并且在所述权利要求明确根据35 U.S.C.§112制定的情况下应根据35 U.S.C.§112被赋予全部的法定等同物。
调节巨噬细胞活性的方法
如下所述，连同示例更详细地描述了用于调节巨噬细胞活性和用于将巨噬细胞的表型从M2表型转化为M1表型的方法，抑制表达CD206的细胞的生长的方法，用于治疗肿瘤性病症或与慢性炎症相关的病症的方法以及联合治疗方法。
在一些实施方案中，方法包括调节巨噬细胞活性：所述方法包括使巨噬细胞与CD206结合剂(例如，如本文所述)接触以调节巨噬细胞的活性。
在某些情况下，CD206结合剂结合到选自以下的位点：CD206的纤连蛋白II结构域、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域4(CRD4)和CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。在某些情况下，所述位点是CD206的纤连蛋白II结构域。在某些情况下，所述位点是CD206的C型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)。在某些其他情况下，所述位点是CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。
在某些实施方案中，CD206结合剂以至少-650kcal/mol，例如至少-700kcal/mol，并且在某些实施方案中至少-750、-800、-900、-1000、-1100、-1200、-1250、-1300、-1350、-1400、-1425、-1450、-1475、-1500、-1525、-1550、-1575、-1600kcal/mol或更大的结合能结合到CD206。所述结合能可以使用本领域众所周知的方法(例如，使用ClusProTM算法)，例如在计算机中、体外或体内进行测定。
在所述调节巨噬细胞活性的方法的某些实施方案中，被调节的巨噬细胞活性是巨噬细胞极化。在所述方法的某些实施方案中，巨噬细胞的活力降低。在所述调节巨噬细胞活性的某些实施方案中，巨噬细胞是M2巨噬细胞或肿瘤相关巨噬细胞(TAM)。在所述调节巨噬细胞活性的方法的某些实施方案中，CD206结合剂(例如，如本文所述)抑制巨噬细胞活性。在所述方法的某些实施方案中，CD206结合剂诱导巨噬细胞凋亡。在所述方法的某些实施方案中，CD206结合剂刺激吞噬作用。
在所述调节巨噬细胞活性的方法的某些实施方案中，巨噬细胞是离体的。在某些其他实施方案中，巨噬细胞在体内。在其他实施方案中，方法包括将巨噬细胞的表型从M2表型转化为M1表型。根据某些实施方案的方法包括以足以将巨噬细胞的表型转化为M1表型的方式使具有M2表型的巨噬细胞与CD206结合剂接触。在一些情况下，接触CD206结合剂诱导了巨噬细胞的CD206受体的构象变化，其足以将巨噬细胞的表型转化为M1表型。在一些情况下，转化巨噬细胞的表型包括诱导巨噬细胞的CD86表达。在其他情况下，转化巨噬细胞的表型包括减少巨噬细胞的CD206表达。在其他情况下，转化巨噬细胞的表型包括将巨噬细胞转化为表现出M1细胞因子和标志物上调的表型。例如，M1细胞因子和标志物可以选自IL-1β、IL-12、TNFα和一氧化氮合成酶。在其他情况下，转化巨噬细胞的表型包括将巨噬细胞转化为表现出信号调节蛋白α(SIRPα)表达降低的表型。
在所述将巨噬细胞的表型从M2表型转化为M1表型的方法的某些实施方案中，CD206结合剂结合到选自以下的位点：CD206的纤连蛋白II结构域、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)、CD206的C型凝集素糖类识别结构域4(CRD4)和CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。在某些情况下，所述位点是CD206的纤连蛋白II结构域。在某些情况下，所述位点是CD206的C型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)。在某些其他情况下，所述位点是CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。
在所述将巨噬细胞的表型从M2表型转化为M1表型的方法的某些实施方案中，在体外使巨噬细胞与CD206结合剂接触。在某些其他实施方案中，巨噬细胞在体内与CD206结合剂接触。
在一些实施方案中，方法包括抑制表达CD206的细胞的生长：所述方法包括使靶向的表达CD206的细胞与CD-206结合剂(例如，如本文所述)接触以抑制细胞的生长。在某些情况下，细胞是癌细胞。癌细胞包括但不限于胰腺癌细胞、前列腺癌细胞、结肠癌细胞、皮肤癌细胞或乳腺癌细胞。在某些情况下，癌症是实体瘤癌症。实体瘤癌症包括但不限于胰腺、前列腺、结肠、乳腺或皮肤的肿瘤。在所述抑制表达CD206的细胞的生长的方法的某些实施方案中，接触表达CD206的靶细胞包括向有需要的受试者施用治疗有效量的CD206结合剂(例如，如本文所述)，以治疗受试者的癌症。在一些实施方案中，方法包括治疗受试者的与慢性炎症相关的病症。根据某些实施方案的方法包括向受试者施用治疗有效量的CD206结合剂以治疗受试者的与慢性炎症相关的病症。在一些实施方案中，与慢性炎症相关的病症选自硬皮病或多发性硬化症、肠易激性疾病、溃疡性结肠炎、结肠炎、克罗恩病、特发性肺纤维化、哮喘、角膜炎、关节炎、骨关节炎、类风湿性关节炎、自身免疫性疾病、猫或人类免疫缺陷病毒(FIV或HIV)感染、癌症、与年龄相关的炎症和/或干细胞功能障碍、移植物抗宿主病(GVHD)、瘢痕瘤、肥胖症、糖尿病、糖尿病创伤、其他慢性创伤、动脉粥样硬化、帕金森病、阿尔茨海默病、黄斑变性、痛风、胃溃疡、胃炎、粘膜炎、弓形体病、眼部炎症(如角膜炎)、皮肤病(如特应性皮炎或银屑病)、炎症诸如鼻窦炎或中耳炎、寄生虫感染(例如疟疾)和慢性病毒或微生物感染。
在治疗慢性炎症的方法的某些实施方案中，CD206结合剂(例如，如本文所述)与已知可有效治疗该病症的另一种药物联合施用。在某些情况下，该病症是癌症。在一些情况下，癌症包括但不限于胰腺癌、前列腺癌、结肠癌、乳腺癌或皮肤癌。在某些情况下，所述方法还包括向受试者施用有效量的化疗剂、抗体试剂或细胞疗法。在某些情况下，化疗剂、抗体试剂或细胞疗法选自类固醇、蒽环类、甲状腺激素替代药物、胸苷酸靶向药物、抗体、检查点抑制剂药物、嵌合抗原受体/T细胞疗法和其他细胞疗法。
在所述治疗慢性炎症的方法的一些实施方案中，与慢性炎症相关的病症是纤维化。在某些情况下，与慢性炎症相关的病症是硬皮病。
在一些实施方案中，方法包括治疗受试者的肿瘤性病症，如癌症(例如，实体瘤癌症)。本公开的方法可以用于靶向和治疗多种癌症，包括例如原发性癌症、继发性癌症、再生长癌症、复发性癌症和难治性癌症等。例如，在一些情况下，本公开的方法可以用作在受试者中鉴定的原发性癌症的初始治疗。在一些情况下，本公开的方法可以在以下受试者中用作非主要(例如，次要或后期)治疗，例如，在患有在先治疗无效的癌症的受试者中，在患有在先治疗后再生长的癌症的受试者中，在对在先治疗具有混合反应的受试者中(例如，对受试者中的至少一种肿瘤的阳性反应和对该受试者中至少第二种肿瘤的阴性或中性反应)，等等。
在一些情况下，本公开内容的方法可以用于靶向、治疗或清除受试者在在先癌症治疗后遗留的微小残留疾病(MRD)。无论是否确定或已确定在先治疗对于MRD无效，都可以使用本方法进行MRD的靶向、治疗和/或清除。在一些情况下，在确定在先治疗或一种或更多种可用治疗选项对于MRD无效之后，本公开的方法可以用于靶向、治疗和/或清除受试者的MRD。
与常见突变基因相关的目标癌症包括例如ABI1、ABL1、ABL2、ACKR3、ACSL3、ACSL6、AFF1、AFF3、AFF4、AKAP9、AKT1、AKT2、ALDH2、ALK、AMER1、APC、ARHGAP26、ARHGEF12、ARID1A、ARID2、ARNT、ASPSCR1、ASXL1、ATF1、ATIC、ATM、ATP1A1、ATP2B3、ATRX、AXIN1、BAP1、BCL10、BCL11A、BCL11B、BCL2、BCL3、BCL6、BCL7A、BCL9、BCOR、BCR、BIRC3、BLM、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRD3、BRD4、BRIP1、BTG1、BUB1B、C15orf65、C2orf44、CACNA1D、CALR、CAMTA1、CANT1、CARD11、CARS、CASC5、CASP8、CBFA2T3、CBFB、CBL、CBLB、CBLC、CCDC6、CCNB1IP1、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CD274、CD74、CD79A、CD79B、CDC73、CDH1、CDH11、CDK12、CDK4、CDK6、CDKN2A、CDKN2C、CDX2、CEBPA、CEP89、CHCHD7、CHEK2、CHIC2、CHN1、CIC、CIITA、CLIP1、CLP1、CLTC、CLTCL1、CNBP、CNOT3、CNTRL、COL1A1、COL2A1、COX6C、CREB1、CREB3L1、CREB3L2、CREBBP、CRLF2、CRTC1、CRTC3、CSF3R、CTNNB1、CUX1、CYLD、DAXX、DCTN1、DDB2、DDIT3、DDX10、DDX5、DDX6、DEK、DICER1、DNM2、DNMT3A、EBF1、ECT2L、EGFR、EIF3E、EIF4A2、ELF4、ELK4、ELL、ELN、EML4、EP300、EPS15、ERBB2、ERC1、ERCC2、ERCC3、ERCC4、ERCC5、ERG、ETV1、ETV4、ETV5、ETV6、EWSR1、EXT1、EXT2、EZH2、EZR、FAM46C、FANCA、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FAS、FBXO11、FBXW7、FCGR2B、FCRL4、FEV、FGFR1、FGFR1OP、FGFR2、FGFR3、FH、FHIT、FIP1L1、FLCN、FLI1、FLT3、FNBP1、FOXA1、FOXL2、FOXO1、FOXO3、FOXO4、FOXP1、FSTL3、FUBP1、FUS、GAS7、GATA1、GATA2、GATA3、GMPS、GNA11、GNAQ、GNAS、GOLGA5、GOPC、GPC3、GPHN、H3F3A、H3F3B、HERPUD1、HEY1、HIP1、HIST1H4I、HLA-A、HLF、HMGA1、HMGA2、HNF1A、HNRNPA2B1、HOOK3、HOXA11、HOXA13、HOXA9、HOXC11、HOXC13、HOXD11、HOXD13、HRAS、HSP90AA1、HSP90AB1、IDH1、IDH2、IKZF1、IL2、IL21R、IL6ST、IL7R、IRF4、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、JAZF1、JUN、KAT6A、KAT6B、KCNJ5、KDM5A、KDM5C、KDM6A、KDR、KDSR、KIAA1549、KIAA1598、KIF5B、KIT、KLF4、KLF6、KLK2、KMT2A、KMT2C、KMT2D、KRAS、KTN1、LASP1、LCK、LCP1、LHFP、LIFR、LMNA、LMO1、LMO2、LPP、LRIG3、LSM14A、LYL1、MAF、MAFB、MALT1、MAML2、MAP2K1、MAP2K2、MAP2K4、MAX、MDM2、MDM4、MECOM、MED12、MEN1、MET、MITF、MKL1、MLF1、MLH1、MLLT1、MLLT10、MLLT11、MLLT3、MLLT4、MLLT6、MN1、MNX1、MPL、MSH2、MSH6、MSI2、MSN、MTCP1、MUC1、MUTYH、MYB、MYC、MYCL、MYCN、MYD88、MYH11、MYH9、MYO5A、NAB2、NACA、NBN、NCKIPSD、NCOA1、NCOA2、NCOA4、NDRG1、NF1、NF2、NFATC2、NFE2L2、NFIB、NFKB2、NIN、NKX2-1、NONO、NOTCH1、NOTCH2、NPM1、NR4A3、NRAS、NRG1、NSD1、NT5C2、NTRK1、NTRK3、NUMA1、NUP214、NUP98、NUTM1、NUTM2A、NUTM2B、OLIG2、OMD、P2RY8、PAFAH1B2、PALB2、PATZ1、PAX3、PAX5、PAX7、PAX8、PBRM1、PBX1、PCM1、PCSK7、PDCD1LG2、PDE4DIP、PDGFB、PDGFRA、PDGFRB、PER1、PHF6、PHOX2B、PICALM、PIK3CA、PIK3R1、PIM1、PLAG1、PLCG1、PML、PMS1、PMS2、POT1、POU2AF1、POU5F1、PPARG、PPFIBP1、PPP2R1A、PRCC、PRDM1、PRDM16、PRF1、PRKAR1A、PRRX1、PSIP1、PTCH1、PTEN、PTPN11、PTPRB、PTPRC、PTPRK、PWWP2A、RABEP1、RAC1、RAD21、RAD51B、RAF1、RALGDS、RANBP17、RAP1GDS1、RARA、RB1、RBM15、RECQL4、REL、RET、RHOH、RMI2、RNF213、RNF43、ROS1、RPL10、RPL22、RPL5、RPN1、RSPO2、RSPO3、RUNX1、RUNX1T1、SBDS、SDC4、SDHAF2、SDHB、SDHC、SDHD、SEPT5、SEPT6、SEPT9、SET、SETBP1、SETD2、SF3B1、SFPQ、SH2B3、SH3GL1、SLC34A2、SLC45A3、SMAD4、SMARCA4、SMARCB1、SMARCE1、SMO、SOCS1、SOX2、SPECC1、SRGAP3、SRSF2、SRSF3、SS18、SS18L1、SSX1、SSX2、SSX2B、SSX4、SSX4B、STAG2、STAT3、STAT5B、STAT6、STIL、STK11、SUFU、SUZ12、SYK、TAF15、TAL1、TAL2、TBL1XR1、TCEA1、TCF12、TCF3、TCF7L2、TCL1A、TERT、TET1、TET2、TFE3、TFEB、TFG、TFPT、TFRC、THRAP3、TLX1、TLX3、TMPRSS2、TNFAIP3、TNFRSF14、TNFRSF17、TOP1、TP53、TPM3、TPM4、TPR、TRAF7、TRIM24、TRIM27、TRIM33、TRIP11、TRRAP、TSC1、TSC2、TSHR、TTL、U2AF1、UBR5、USP6、VHL、VTI1A、WAS、WHSC1、WHSC1L1、WIF1、WRN、WT1、WWTR1、XPA、XPC、XPO1、YWHAE、ZBTB16、ZCCHC8、ZMYM2、ZNF331、ZNF384、ZNF521和ZRSR2。
根据本公开的实施方案的治疗的目标癌症包括但不限于，例如，急性淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓样白血病(AML)、肾上腺皮质癌、AIDS相关癌症(例如，卡波西肉瘤、淋巴瘤等)、肛门癌、阑尾癌、星形细胞瘤、非典型畸胎瘤样/横纹肌样瘤、基底细胞癌、胆管癌(肝外)、膀胱癌、骨癌(如尤文肉瘤、骨肉瘤和恶性纤维组织细胞瘤等)、脑干胶质瘤、脑肿瘤(如星形细胞瘤、中枢神经系统胚胎肿瘤、中枢神经系统生殖细胞肿瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤等)、乳腺癌(如女性乳腺癌、男性乳腺癌、儿童期乳腺癌等)、支气管肿瘤、伯基特淋巴瘤(Burkitt Lymphoma)、类癌瘤(例如，儿童、胃肠道等)、不明原发癌、心脏(心)肿瘤、中枢神经系统(例如，非典型畸胎瘤样/横纹肌瘤、胚胎肿瘤、生殖细胞肿瘤、淋巴瘤等)、宫颈癌、儿童癌症、脊索瘤、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、慢性髓性白血病(CML)、慢性骨髓增生性肿瘤、结肠癌、结直肠癌、颅咽管瘤、皮肤T细胞淋巴瘤、导管(例如胆管、肝外等)、导管原位癌(DCIS)、胚胎肿瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食道癌、嗅神经母细胞瘤(Esthesioneuroblastoma)、尤文肉瘤、颅外生殖细胞肿瘤、性腺外生殖细胞肿瘤、肝外胆管癌、眼癌(例如，眼内黑色素瘤、视网膜母细胞瘤等)、骨纤维组织细胞瘤(例如恶性、骨肉瘤等)、胆囊癌、胃部(胃)癌、胃肠道类癌瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、生殖细胞肿瘤(例如颅外、性腺外、卵巢、睾丸等)、妊娠滋养细胞疾病、神经胶质瘤、毛细胞白血病、头颈癌、心脏癌、肝细胞(肝)癌、组织细胞增生症(例如朗格汉斯细胞等)、霍奇金淋巴瘤、下咽癌、眼内黑色素瘤、胰岛细胞肿瘤(例如，胰腺神经内分泌肿瘤等)、卡波西肉瘤、肾癌(例如，肾细胞、肾母细胞瘤、儿童肾肿瘤等)、朗格汉斯细胞组织细胞增生症、喉癌、白血病(例如，急性淋巴细胞性(ALL)、急性髓样(AML)、慢性淋巴细胞(CLL)、慢性髓性(CML)、毛细胞白血病等)、唇癌和口腔癌、肝癌(原发性)、小叶原位癌(LCIS)、肺癌(例如，非小细胞、小细胞肺癌等)、淋巴瘤(例如，AIDS相关、伯基特(Burkitt)、皮肤T细胞、霍奇金、非霍奇金、原发性中枢神经系统(CNS)淋巴瘤等)、巨球蛋白血症(例如，
Figure BDA0003380313180000301
等)、男性乳腺癌、骨恶性纤维组织细胞瘤和骨肉瘤、黑色素瘤、Merkel细胞癌、间皮瘤、转移性鳞状颈癌伴隐匿性原发性、涉NUT基因的中线癌(Midline Tract Carcinoma)、口腔癌、多发性内分泌肿瘤综合征、多发性骨髓瘤/浆细胞肿瘤、蕈样真菌病、骨髓增生异常综合征、骨髓增生异常/骨髓增殖性肿瘤、髓性白血病(例如慢性(CML)等)、髓样白血病(例如急性(AML)等)、骨髓增殖性肿瘤(例如慢性等)、鼻腔和副鼻窦癌，鼻咽癌、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、口部癌、口腔癌(如唇等)、口咽癌、骨肉瘤和骨恶性纤维组织细胞瘤、卵巢癌(如上皮、生殖细胞肿瘤、低度恶性潜在肿瘤等)、胰腺癌、胰腺神经内分泌肿瘤(胰岛细胞肿瘤)、乳头状瘤病、副神经节瘤、副鼻窦和鼻腔癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、咽癌、嗜铬细胞瘤、垂体肿瘤、胸膜肺母细胞瘤、原发性中枢神经系统(CNS)淋巴瘤、前列腺癌、直肠癌、肾细胞(肾)癌、肾盂和输尿管癌、移行细胞癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、唾液腺癌、肉瘤(例如尤文、卡波西、骨肉瘤、横纹肌肉瘤、软组织、子宫肉瘤等)、Sézary综合征、皮肤癌(例如，儿童、黑色素瘤、Merkel细胞癌、非黑色素瘤等)、小细胞肺癌、小肠癌、软组织肉瘤、鳞状细胞癌、鳞状颈癌(例如，隐匿性原发性、转移性的等)、胃(胃部)癌、T细胞淋巴瘤、睾丸癌、喉癌、胸腺瘤和胸腺癌、甲状腺癌、肾盂和输尿管移行细胞癌、输尿管和肾盂癌、尿道癌、子宫癌(例如子宫内膜癌等)、子宫肉瘤、阴道癌、外阴癌、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、维尔姆斯肿瘤等等。
在一些情况下，本文所述的治疗方法可以在先前经历过一种或更多种常规治疗的受试者中进行。例如，就肿瘤而言，在一些情况下，本文所述的方法可以在常规癌症疗法之后进行，常规癌症治疗包括但不限于例如常规化疗、常规放疗、常规免疫治疗、手术等。在一些情况下，当受试者对常规治疗没有反应或常规治疗无效时，可以使用本文所述的方法。
就癌症整体而言，所述治疗的预期效果可以导致癌症状态的细胞数量的减少、肿瘤尺寸的减小、癌症总体增殖的减少、肿瘤的总体生长速率的减小等。例如，在某些情况下，有效的治疗是这样一种治疗，当以一个或更多个剂量施用到有需要的个体时，使个体中癌细胞的数量和/或个体中的肿瘤质量与未进行治疗的癌细胞的数量和/或肿瘤质量相比降低至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约75％或超过75％。
在一些实施方案中，有效治疗是这样的治疗，当以一个或更多个剂量单独施用(例如，以单一治疗)或与一种或更多种其它治疗剂联合(例如，联合治疗)施用时是有效的，与未治疗的情况下的肿瘤生长速率、癌细胞数量或肿瘤质量相比，使肿瘤生长速率、癌细胞数量和肿瘤质量中的一项或更多项降低至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％或更多。
在一些情况下，治疗可以涉及免疫细胞对细胞因子的表达和/或分泌的调节(包括诱导)。其表达/分泌可以被调节的细胞因子的非限制性实例包括但不限于例如白介素和相关的(例如IL-1样、IL-1α、IL-1β、IL-1RA、IL-18、IL-2、IL-4、IL-7、IL-9、IL-13、IL-15、IL-3、IL-5、GM-CSF、IL-6-样、IL-6、IL-11、G-CSF、IL-12、LIF、OSM、IL-10-样、IL-10、IL-20、IL-14、IL-16、IL-17等)、干扰素(例如，IFN-α、IFN-β、IFN-γ等)、TNF家族(例如CD154、LT-β、TNF-α、TNF-β、4-1BBL、APRIL、CD70、CD153、CD178、GITRL、LIGHT、OX40L、TALL-1、TRAIL、TWEAK、TRANCE等)、TGF-β家族(例如，TGF-β1、TGF-β2、TGF-β3等)等。提高的量可以变化并且范围可以为10％或更大的提高，包括但不限于例如10％或更大、25％或更大、50％或更大、75％或更大、100％或更大，150％或更大、200％或更大、250％或更大、300％或更大、350％或更大、400％或更大等。
化疗剂和联合治疗
易于理解，在一些情况下，本文描述的通过向受试者施用治疗有效量的CD206结合剂来治疗的方法可以与一种或更多种常规治疗进行组合。例如，就肿瘤而言，在某些情况下，本文所述的方法可以与常规癌症治疗组合，包括但不限于例如常规化疗、常规放疗、常规免疫治疗、手术等。
结合任意的本发明方法，CD206结合剂(例如，如本文所述)(或包含此类化合物的药物组合物)可以与设计用于减轻或预防炎症、治疗或预防慢性炎症或治疗癌症的其他药物联合施用。在一些实施方案中，与慢性炎症相关的病症是纤维化。在某些情况下，与慢性炎症相关的病症是硬皮病。例如，CD206结合剂可以与用于治疗慢性炎症或纤维化的常规药剂或治疗进行组合，常规药剂或治疗包括但不限于例如吡非尼酮、尼达尼布、非甾体抗炎药(NSAD)、甾体药、标准硬皮病治疗。在每种情况下，CD206结合剂可以在施用其他药物之前、同时或之后予以施用。
在一些情况下，本文所述的方法可以在常规治疗之前或之后采用。例如，本文所述的方法可以用作辅助治疗，例如在受试者从常规治疗中看到改善之后，或者可以在受试者对常规治疗没有反应时使用。在一些情况下，本文所述的方法可以在在附加治疗之前采用，例如，为给受试者准备附加治疗，例如本文所述的常规治疗。
标准的癌症治疗包括手术(例如，手术切除癌组织)、放射治疗、骨髓移植、化学治疗、抗体治疗、生物反应调节剂治疗和上述的某些组合。
放射治疗包括但不限于从外部施加的源例如射束或通过植入小放射源输送的X射线或伽马射线。
用于癌症治疗的合适抗体包括但不限于裸抗体，例如曲妥珠单抗(Herceptin)、贝伐单抗(AvastinTM)、西妥昔单抗(ErbituxTM)、帕尼单抗(VectibixTM)、伊匹单抗(YervoyTM)、利妥昔单抗(Rituxan)、阿仑单抗(LemtradaTM)、奥法木单抗(ArzerraTM)、奥戈伏单抗(OvaRexTM)、兰博利珠单抗(Lambrolizumab)(MK-3475)、帕妥珠单抗(PerjetaTM)、雷珠单抗(LucentisTM)等，以及缀合抗体，例如，吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumab ozogamicin)(MylortargTM)、本妥昔单抗(Brentuximab vedotin)(AdcetrisTM)、90Y-标记的替依莫单抗(ibritumomab tiuxetan)(ZevalinTM)、131I-标记的托西莫单抗(tositumoma)(BexxarTM)等。用于癌症治疗的合适抗体包括但不限于抗肿瘤相关抗原的抗体。此类抗原包括但不限于CD20、CD30、CD33、CD52、EpCAM、CEA、gpA33、粘蛋白、TAG-72、CAIX、PSMA、叶酸结合蛋白、神经节苷脂(例如，GD2、GD3、GM2等)、Le y、VEGF、VEGFR、整合素α-V-β-3、整合素α-5-β-1、EGFR、ERBB2、ERBB3、MET、IGF1R、EPHA3、TRAILR1、TRAILR2、RANKL、FAP、肌腱蛋白等等。
常规的癌症治疗还包括针对癌症的靶向治疗，包括但不限于例如靶向HER2(ERBB2/neu)的曲妥珠单抗-美坦新缀合物(Ado-trastuzumab emtansine)(Kadcyla)(批准用于乳腺癌)；靶向EGFR(HER1/ERBB1)、HER2(ERBB2/neu)的阿法替尼(Gilotrif)(批准用于非小细胞肺癌)；靶向阿地白介素(Proleukin)(批准用于肾细胞癌、黑色素瘤)；靶向ALK的艾乐替尼(Alecensa)(批准用于非小细胞肺癌)；靶向CD52的阿仑单抗(Campath)(批准用于B细胞慢性淋巴细胞白血病)；靶向PD-L1的阿特珠单抗(Tecentriq)(批准用于尿路上皮癌、非小细胞肺癌)；靶向PD-L1的阿维鲁单抗(Avelumab)(Bavencio)(批准用于Merkel细胞癌)；靶向KIT、PDGFRβ、VEGFR1/2/3的阿西替尼(Inlyta)(批准用于肾细胞癌)；靶向BAFF的贝利单抗(Belimumab)(Benlysta)(批准用于红斑狼疮)；靶向HDAC的贝利司他(Beleodaq)(批准用于外周T细胞淋巴瘤)；靶向VEGF配体的贝伐珠单抗(Avastin)(批准用于宫颈癌、结直肠癌、输卵管癌、胶质母细胞瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、腹膜癌、肾细胞癌)；靶向CD19/CD3的博纳吐单抗(Blinatumomab)(Blincyto)(批准用于急性淋巴性白血病(前体B细胞))；靶向蛋白酶体的硼替佐米(Velcade)(批准用于多发性骨髓瘤、套细胞淋巴瘤)；靶向ABL的博舒替尼(Bosutinib)(Bosulif)(批准用于慢性髓性白血病)；靶向CD30的本妥昔单抗(Adcetris)(批准用于霍奇金淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤)；靶向ALK的布加替尼(Alunbrig)(批准用于非小细胞肺癌(ALK+))；靶向FLT3、KIT、MET、RET、VEGFR2的卡博替尼(Cabometyx、Cometriq)(批准用于甲状腺髓样癌、肾细胞癌)；靶向蛋白酶体的卡非佐米(Kyprolis)(批准用于多发性骨髓瘤)；靶向ALK的色瑞替尼(Zykadia)(批准用于非小细胞肺癌)；靶向EGFR的西妥昔单抗(Erbitux)(HER1/ERBB1)(批准用于结直肠癌、头颈部鳞状细胞癌)；靶向MEK的考比替尼(Cobimetinib)(Cotellic)(批准用于黑色素瘤)；靶向ALK、MET、ROS1的克唑替尼(Xalkori)(批准用于非小细胞肺癌)；靶向BRAF的达拉非尼(Dabrafenib)(Tafinlar)(批准用于黑色素瘤、非小细胞肺癌)；靶向CD38的达雷木单抗(Daratumumab)(Darzalex)(批准用于多发性骨髓瘤)；靶向ABL的达沙替尼(Sprycel)(批准用于慢性髓性白血病、急性淋巴性白血病)；靶向RANKL的地诺单抗(Xgeva)(批准用于骨巨细胞瘤)；靶向B4GALNT1(GD2)的地努妥昔单抗(Dinutuximab)(Unituxin)(批准用于小儿神经母细胞瘤)；靶向PD-L1的德瓦鲁单抗(Durvalumab)(Imfinzi)(批准用于尿路上皮癌)；靶向SLAMF7的埃妥珠单抗(Elotuzumab)(Empliciti)(CS1/CD319/CRACC)(批准用于多发性骨髓瘤)；靶向IDH2的恩西地平(Enasidenib)(Idhifa)(批准用于急性髓样白血病)；靶向EGFR的厄洛替尼(Tarceva)(HER1/ERBB1)(批准用于非小细胞肺癌、胰腺癌)；靶向mTOR的依维莫司(Afinitor)(批准用于胰腺、胃肠道或肺源性神经内分泌肿瘤、肾细胞癌、不可切除的室管膜下巨细胞星形细胞瘤、乳腺癌)；靶向EGFR(HER1/ERBB1)的吉非替尼(Iressa)(批准用于非小细胞肺癌)；靶向CD20的替依莫单抗(Zevalin)(批准用于非霍奇金淋巴瘤)；靶向BTK的依鲁替尼(Imbruvica)(批准用于套细胞淋巴瘤、慢性淋巴细胞白血病、华氏巨球蛋白血症)；靶向PI3Kδ的艾代拉利司(Idelalisib)(Zydelig)(批准用于慢性淋巴细胞白血病、滤泡性B细胞非霍奇金淋巴瘤、小淋巴细胞淋巴瘤)；靶向KIT、PDGFR、ABL的伊马替尼(Gleevec)(批准用于胃肠道间质瘤(KIT+)、隆突性皮肤纤维肉瘤、多发性血液系统恶性肿瘤)；靶向CTLA-4的伊匹单抗(Ipilimumab)(Yervoy)(批准用于黑色素瘤)；靶向蛋白酶体的伊沙佐米(Ixazomib)(Ninlaro)(批准用于多发性骨髓瘤)；靶向HER2(ERBB2/neu)、EGFR(HER1/ERBB1)的拉帕替尼(Tykerb)(批准用于乳腺癌(HER2+))；靶向VEGFR2的乐伐替尼(Lenvatinib)(Lenvima)(批准用于肾细胞癌、甲状腺癌)；靶向FLT3的米哚妥林(Midostaurin)(Rydapt)(批准用于急性髓样白血病(FLT3+))；靶向EGFR(HER1/ERBB1)的耐昔妥珠单抗(Portrazza)(批准用于鳞状非小细胞肺癌)；靶向HER2(ERBB2/neu)的奈拉替尼(Nerlynx)(批准用于乳腺癌)；靶向ABL的尼洛替尼(Nilotinib)(Tasigna)(批准用于慢性髓性白血病)；靶向PARP的尼拉帕尼(Niraparib)(Zejula)(批准用于卵巢癌、输卵管癌、腹膜癌)；靶向PD-1的尼鲁单抗(Nivolumab)(Opdivo)(批准用于结直肠癌症、头颈部鳞状细胞癌、霍奇金淋巴瘤、黑色素瘤、非小细胞肺癌、肾细胞癌、尿路上皮癌)；靶向CD20的奥比妥珠单抗(Obinutuzumab)(Gazyva)(批准用于慢性淋巴细胞白血病、滤泡性淋巴瘤)；靶向CD20的奥法木单抗(Arzerra，HuMax-CD20)(批准用于慢性淋巴细胞白血病)；靶向PARP的奥拉帕尼(Olaparib)(Lynparza)(批准用于卵巢癌)；靶向PDGFRα的奥拉单抗(Olaratumab)(Lartruvo)(批准用于软组织肉瘤)；靶向EGFR的奥西替尼(Osimertinib)(Tagrisso)(批准用于非小细胞肺癌)；靶向CDK4、CDK6的帕博西尼(Palbociclib)(Ibrance)(批准用于乳腺癌)；靶向EGFR(HER1/ERBB1)的帕尼单抗(Panitumumab)(Vectibix)(批准用于结直肠癌)；靶向HDAC的帕比司他(Panobinostat)(Farydak)(批准用于多发性骨髓瘤)；靶向VEGFR、PDGFR、KIT的帕唑帕尼(Votrient)(批准用于肾细胞癌)；靶向PD-1的派姆单抗(Keytruda)(批准用于经典霍奇金淋巴瘤、黑色素瘤、非小细胞肺癌(PD-L1+)、头颈部鳞状细胞癌、实体瘤(MSI-H))；靶向HER2(ERBB2/neu)的帕妥珠单抗(Perjeta)(批准用于乳腺癌(HER2+))；靶向ABL、FGFR1-3、FLT3、VEGFR2的普纳替尼(Ponatinib)(Iclusig)(批准用于慢性髓性白血病、急性淋巴细胞性白血病)；靶向VEGFR2的雷莫芦单抗(Ramucirumab)(Cyramza)(批准用于结肠直肠癌、胃癌或胃食管结合部(GEJ)腺癌、非小细胞肺癌)；靶向KIT、PDGFRβ、RAF、RET、VEGFR1/2/3的瑞戈非尼(Regorafenib)(Stivarga)(批准用于结直肠癌、胃肠道间质瘤、肝细胞癌)；靶向CDK4、CDK6的瑞博西林(Ribociclib)(Kisqali)(批准用于乳腺癌(HR+、HER2-))；靶向CD20的利妥昔单抗(Rituxan，Mabthera)(批准用于非霍奇金淋巴瘤、慢性淋巴细胞白血病、类风湿性关节炎、肉芽肿伴多血管炎)；靶向CD20的利妥昔单抗/人透明质酸酶(Rituxan Hycela)(批准用于慢性淋巴细胞白血病、弥漫性大B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤)；靶向HDAC的罗米地辛(Romidepsin)(Istodax)(批准用于皮肤T细胞淋巴瘤、外周T细胞淋巴瘤)；靶向PARP的芦卡帕尼(Rucaparib)(Rubraca)(批准用于卵巢癌)；靶向JAK1/2的鲁索替尼(Ruxolitinib(Jakafi)(批准用于骨髓纤维化)；靶向IL-6的司妥昔单抗(Siltuximab)(Sylvant)(批准用于多中心卡斯尔曼病)；靶向Sipuleucel-T(Provenge)(批准用于前列腺癌)；靶向Smoothened的索尼德吉(Sonidegib)(Odomzo)(批准用于基底细胞癌)；靶向VEGFR、PDGFR、KIT、RAF的索拉非尼(Nexavar)(批准用于肝细胞癌、肾细胞癌、甲状腺癌)；靶向mTOR的替西罗莫司(Temsirolimus)(Torisel)(批准用于肾细胞癌)；靶向CD20的托西莫单抗(Tositumomab)(Bexxar)(批准用于非霍奇金淋巴瘤)；靶向MEK的曲美替尼(Trametinib)(Mekinist)(批准用于黑色素瘤、非小细胞肺癌)；靶向HER2(ERBB2/neu)的曲妥珠单抗(Herceptin)(批准用于乳腺癌(HER2+)、胃癌(HER2+))；靶向EGFR(HER1/ERBB1)、RET、VEGFR2的凡德他尼(Vandetanib)(Caprelsa)(批准用于甲状腺髓样癌)；靶向BRAF的维莫非尼(Vemurafenib)(Zelboraf)(批准用于黑色素瘤)；靶向BCL2的维奈托克(Venetoclax)(Venclexta)(批准用于慢性淋巴细胞白血病)；靶向PTCH、Smoothened的维莫德吉(Vismodegib)(Eridge)(批准用于基底细胞癌)；靶向HDAC的伏立诺他(Vorinostat)(Zolinza)(批准用于皮肤T细胞淋巴瘤)；靶向PIGF、VEGFA/B的阿柏西普(Ziv-aflibercept)(Zaltrap)(批准用于结肠直肠癌)；等等。
适用于与本公开的方法结合使用的生物反应调节剂包括但不限于(1)酪氨酸激酶(RTK)活性抑制剂；(2)丝氨酸/苏氨酸激酶活性抑制剂；(3)肿瘤相关抗原拮抗剂，如与肿瘤抗原特异性结合的抗体；(4)凋亡受体激动剂；(5)白细胞介素-2；(6)干扰素-α。(7)干扰素-γ；(8)集落刺激因子；(9)血管生成抑制剂；和(10)肿瘤坏死因子拮抗剂。
化疗剂是减少癌细胞增殖的非肽(即，非蛋白质)化合物，并且包括细胞毒剂和细胞抑制剂。化疗剂的非限制性实例包括烷化剂、亚硝基脲、抗代谢物、抗肿瘤抗生素、植物(长春花)生物碱和类固醇激素。
用于减少细胞增殖的药剂是本领域已知的并且被广泛使用。此类试剂包括烷化剂，如氮芥、亚硝基脲、乙烯亚胺衍生物、烷基磺酸盐和三氮烯，包括但不限于甲氯乙胺、环磷酰胺(CytoxanTM)、美法仑(L-肌溶素)、卡莫司汀(BCNU)、洛莫司汀(CCNU)、司莫司汀(甲基-CCNU)、链脲佐菌素、氯脲霉素(chlorozotocin)、尿嘧啶芥、氯甲胺、异环磷酰胺、苯丁酸氮芥、哌布罗曼、三亚乙基三聚氰胺、三亚乙基硫代磷胺、白消安、达卡巴嗪和替莫唑胺。
抗代谢药包括叶酸类似物、嘧啶类似物、嘌呤类似物和腺苷脱氨酶抑制剂，包括但不限于阿糖胞苷(CYTOSAR-U)、阿糖胞苷、氟尿嘧啶(5-FU)、氟尿苷(FudR)、6-硫鸟嘌呤、6-巯基嘌呤(6-MP)、喷司他丁、5-氟尿嘧啶(5-FU)、甲氨蝶呤、10-炔丙基-5,8-二氮杂叶酸(PDDF、CB3717)、5,8-二氮杂四氢叶酸(DDATHF)、甲酰四氢叶酸、磷酸氟达拉滨、喷司他汀和吉西他滨。
合适的天然产物及其衍生物(例如，长春花生物碱、抗肿瘤抗生素、酶、淋巴因子和表鬼臼毒素)包括但不限于Ara-C、紫杉醇
Figure BDA0003380313180000351
多西他赛
Figure BDA0003380313180000352
脱氧考福霉素(deoxycoformycin)，丝裂霉素-C，L-天冬酰胺酶，咪唑硫嘌呤；布奎那(brequinar)；生物碱，例如长春新碱、长春碱、长春瑞滨、长春地辛等；鬼臼毒素，例如依托泊苷、替尼泊苷等；抗生素，例如蒽环类、盐酸柔红霉素(柔毛霉素、红比霉素、正定霉素)、伊达比星、多柔比星、表柔比星和吗啉衍生物等；吩噁嗪酮(phenoxizone)双环肽，例如更生霉素；碱性糖肽，例如博来霉素；蒽醌苷，例如普卡霉素(光神霉素)；蒽二酮，例如米托蒽醌；氮丙啶吡咯吲哚二酮(azirinopyrrolo indolediones)，例如丝裂霉素；大环免疫抑制剂，例如环孢素、FK-506(他克莫司、prograf)、雷帕霉素等；之类的。
其他抗增殖细胞毒剂是诺维本(navelbene)、CPT-11、阿那曲唑、来曲唑、卡培他滨、瑞洛沙芬、环磷酰胺、异环磷酰胺(ifosamide)和屈洛沙芬(droloxafine)。
具有抗增殖活性的微管作用剂也适用，并且包括但不限于别秋水仙碱(allocolchicine)(NSC 406042)、软海绵素B(NSC 609395)、秋水仙碱(NSC 757)、秋水仙碱衍生物(例如NSC 33410)、dolstatin 10(NSC 376128)、美登素(NSC 153858)、根霉菌素(rhizoxin)(NSC 332598)、紫杉醇
Figure BDA0003380313180000361
衍生物、多西他赛
Figure BDA0003380313180000362
硫代秋水仙碱(NSC 361792)、三苯甲基半胱氨酸(trityl cysterin)、硫酸长春碱、硫酸长春新碱、天然和合成的埃博霉素包括但不限于埃博霉素A、埃博霉素B、圆皮海绵内酯(discodermolide)；雌莫司汀、诺考达唑等。
适合使用的激素调节剂和类固醇(包括合成类似物)包括但不限于肾上腺皮质类固醇，例如泼尼松、地塞米松等；雌激素和孕激素，例如己酸羟孕酮、醋酸甲羟孕酮、醋酸甲地孕酮、雌二醇、克罗米芬、他莫昔芬等等；和肾上腺皮质抑制剂，例如氨鲁米特；17α-炔雌醇；己烯雌酚、睾酮、氟甲睾酮、屈他雄酮丙酸酯(dromostanolone propionate)、睾内酯、甲基强的松龙、甲基睾酮、强的松龙、曲安西龙、氯烯雌醚、羟孕酮、氨鲁米特(aminoglutethimide)、雌莫司汀、醋酸甲羟孕酮、亮丙瑞林、氟他胺(Drogenil)、托瑞米芬(Fareston)和诺雷得(Zoladex)。雌激素刺激增殖和分化，因此与雌激素受体结合的化合物用于阻断这种活性。皮质类固醇可以抑制T细胞增殖。
其他化疗剂包括金属络合物，例如顺铂(cis-DDP)、卡铂等；尿素，例如羟基脲；和肼，例如N-甲基肼；表鬼臼毒素(epidophyllotoxin)；拓扑异构酶抑制剂；丙卡巴肼；米托蒽醌；甲酰四氢叶酸；替加氟(tegafur)等。其他感兴趣的抗增殖剂包括免疫抑制剂，例如霉酚酸、沙利度胺、去氧精胍菌素(desoxyspergualin)、氮杂孢菌素(azasporine)、来氟米特(leflunomide)、咪唑立宾、氮杂螺烷(SKF 105685)；
Figure BDA0003380313180000363
(ZD 1839、4-(3-氯-4-氟苯基氨基)-7-甲氧基-6-(3-(4-吗啉基)丙氧基)喹唑啉)等等。
“紫杉烷”包括紫杉醇，以及任何活性紫杉烷衍生物或前药。“紫杉醇”(在本文中应理解为包括类似物、制剂和衍生物，诸如例如多西紫杉醇、TAXOLTM、TAXOTERETM(多西紫杉醇的制剂)、紫杉醇的10-脱乙酰类似物和紫杉醇的3’N-去苯甲酰基-3’N-叔丁氧基羰基类似物)可以使用本领域技术人员已知的技术容易地制备(也参见WO94/07882、WO 94/07881、WO94/07880、WO 94/07876、WO 93/23555，WO 93/10076；美国专利号5,294,637；5,283,253；5,279,949；5,274,137；5,202,448；5,200,534；5,229,559和EP 590,267)，或从如下各种商业来源获得，包括例如Sigma化学公司，密苏里州圣路易斯(来自短叶红豆杉(Taxusbrevifolia的T7402)；或来自云南红豆杉(Taxus yannanensis)的T-1912)。
紫杉醇应被理解为不仅是指紫杉醇的常见化学可得形式，而且是指类似物和衍生物(例如，TaxotereTM多西紫杉醇，如上所述)和紫杉醇缀合物(例如紫杉醇-PEG、紫杉醇-葡聚糖或紫杉醇-木糖)。
术语“紫杉烷”还包括多种已知的衍生物，包括亲水性衍生物和疏水性衍生物。紫杉烷衍生物包括但不限于在申请号WO 99/18113的国际专利申请中描述的半乳糖和甘露糖衍生物；WO 99/14209中描述的哌嗪和其他衍生物；WO 99/09021、WO 98/22451和美国专利5,869,680中描述的紫杉烷衍生物；WO 98/28288中描述的6-硫代衍生物；美国专利5,821,263中描述的次磺酰胺衍生物；以及美国专利5,415,869中描述的紫杉醇衍生物。它还包括紫杉醇的前药，包括但不限于WO 98/58927；WO 98/13059；和美国专利5,824,701中描述的那些。
在一些情况下，治疗受试者的癌症的方法可以进一步包括施用增强治疗活性的药剂。此类增强治疗活性的药剂种类众多，并且可以包括但不限于例如抑制抑制剂分子的药剂。可以靶向的合适的抑制性分子包括但不限于例如PD1、PD-L1、CTLA4、TIM3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4和TGFRβ。
对抑制性分子的抑制可以通过任何适合的方法实现，包括但不限于，例如施用抑制性分子的直接抑制剂(例如，结合抑制性分子的抗体、抑制性分子的小分子拮抗剂等)，施用抑制抑制性分子表达的药剂(例如，抑制性核酸，例如，dsRNA，例如，靶向编码抑制性分子的核酸的siRNA或shRNA)，以及施用抑制性信号传导的间接抑制剂等。在一些情况下，可以施用的药剂可以是结合到抑制性分子的抗体或抗体片段。例如，药剂可以是抗体或抗体片段，其结合到PD1、PD-L1、PD-L2或CTLA4(例如，易普利姆玛(也称为MDX-010和MDX-101，并且作为Yervoy(Bristol-Myers Squibb)进行销售)、Tremelimumab(Pfizer，以前称为ticilimumab，CP-675,206))、TIM3或LAG3等。
在一些实施方案中，方法包括向受试者施用免疫检查点抑制剂如抗CTLA4或抗PD-1和抗PD-1L的药剂。免疫系统依赖多个检查点来避免免疫系统针对健康细胞的过度活化，而肿瘤细胞通常会利用这些检查点来逃避免疫系统的检测。CTLA-4在某些癌症中异常上调并存在于T细胞表面，而PD-1在某些肿瘤中也上调并被发现抑制T细胞功能，它们是已被研究作为癌症治疗靶点的检查点(Pardoll、D.M.2012年Nat Rev Cancer12(4):252-264；Sharma等2011年Nat Rev Cancer 11(11):805-812)。
在一些情况下，本公开的方法可以在没有任何附加的常规治疗的情况下使用，包括例如其中本文所述的方法是用于治疗受试者的唯一方法的情况。例如，就肿瘤而言，在一些情况下，本文所述的方法可以是用于治疗受试者的癌症的唯一方法。
确定何时指示了联合治疗(例如，涉及施用一种或更多种改善本文所述治疗的一种或更多种副作用的药剂或涉及施用一种或更多种增强本文所述治疗的药剂)并且此类联合治疗的给药细节在相关医学从业者的技能范围内。在某些情况下，联合治疗的剂量方案和治疗方案可以通过临床试验来确定。
在一些情况下，在某些背景下，可以通过以下诊断程序中的一种或更多种来评估受试者：3D CT血管造影术、血管造影术、肛门镜检查、自体荧光支气管镜检查/荧光支气管镜检查、钡剂吞咽或灌肠、活检、骨髓抽吸和活检、骨扫描、支气管镜检查、CA-125测试、乳房X光检查的CAD、CTC测试、胸部X光检查、结肠镜检查、全血细胞计数测试、计算机断层扫描、CT引导活检、DEXA扫描、数字乳房断层扫描、心电图、支气管内超声、内窥镜超声、ERCP、流式细胞术、全场数字乳房X光检查、基因检测、带模拟的大孔径CT扫描仪/RT、腰椎穿刺、磁共振成像、乳房X光检查、Miraluma乳房成像、MRI引导下乳腺活检、多-探测器CT扫描仪、多重门控采集(MUGA)扫描、导航支气管镜检查、核医学成像、Oncotype DX检测、巴氏试验、盆腔检查、PET扫描、PET-CT扫描、射频消融、前哨淋巴结活检、螺旋CT、肿瘤标志物检测、肿瘤分子图谱分析、超声、视频胶囊内窥镜、X射线等。
可以出于多种原因执行诊断程序，包括但不限于例如用于在人具有任何疾病症状之前筛查癌症或癌前病症；帮助诊断癌症；提供有关癌症分期的信息；提供有关肿瘤恶性程度的信息；提供有关原发肿瘤大小和/或范围的信息；提供有关肿瘤是否已转移的信息；计划治疗；监测患者在治疗期间的总体健康状况；检查治疗的潜在副作用；确定癌症是否对治疗有反应；查明癌症是否复发等等。
活性剂
用于与CD206的活性调节结构域结合的活性剂，在本文中也称为CD206结合剂，可以包括任意适合的化合物。根据本文公开的某些实施方案，活性剂可以是免疫调节肽、小分子活性剂或特异性结合成员。
免疫调节肽
在本公开的某些实施方案中，CD206结合剂是免疫调节肽。术语“免疫调节的”和“免疫调节性的”在本文中可互换使用。在一些情况下，本文所述的免疫调节肽可以称为抗炎肽，反之亦然。在某些情况下，免疫调节肽(例如，如本文所述)是抗炎肽，例如，所述肽具有至少一种抗炎特性。
Jaynes等人在WO2016/061133中描述了可以应用于本公开内容的肽或适合与本公开内容的肽一起使用的感兴趣的免疫调节多肽的某些方面，其公开内容通过引用整体并入本文。
术语“肽”和“多肽”在本文中的使用意义相同，是指由氨基酸残基构建的聚合物。如本文所用，术语“氨基酸残基”是指任何天然存在的氨基酸、非天然存在的氨基酸或氨基酸模拟物(例如拟肽单体)。氨基酸残基可以是L-或D-形式。
本公开包括具有条带性亲疏区域的免疫调节肽，所述条带性亲疏区域占多肽长度的至少25％和至少一种免疫调节特性。术语“条带性亲疏区域”是指由交替的疏水性和亲水性模块的序列组成的肽序列的区域或部分。“疏水性模块”是由1至5(例如1至3或1至2)个疏水性氨基酸残基(例如1、2、3、4或5个疏水性氨基酸残基)组成的肽序列。“亲水性模块”是由1至5(例如1至3或1至2)个亲水性氨基酸残基，例如1、2、3、4或5个亲水性氨基酸残基组成的肽序列。
因此，条带性亲疏区域可以由式(X1-5Y1-5)n或(J1-5J1-5)n表示，其中每个X表示亲水性氨基酸残基，每个J表示疏水性氨基酸残基，并且每个n是1到10之间的整数，如2到10、2到8、3到8、4到8或5到10之间。如下文进一步详细描述的，本公开的方面包括具有条带性亲疏区域的免疫调节肽，所述条带性亲疏区域具有特定的阳离子电荷度数。本公开的免疫调节肽可以包括具有阳离子表面的条带性亲疏区域。在某些实施方案中，条带性亲疏区域具有阳离子电荷(即，电荷>0，例如+1、+2、+3、+4、+5、+6或更多)。在某些实施方案中，免疫调节肽包括尾区(例如，疏水性尾序列)。在某些实施方案中，免疫调节肽包括两个或多个条带性亲疏区域。在这样的实施方案中，肽的两个两亲性区域是二聚体的形式，其中两个两亲性区域可以具有相同或不同的氨基酸序列(即，同二聚体或异二聚体)。在某些实施方案中，两个(或多个)条带性亲疏区域经由接头或连接区域连接。根据需要，接头可以是连续的(或顺序连接的)氨基酸序列或非氨基酸结构域。
疏水性氨基酸残基的特征在于侧链基团主要具有非极性的化学或物理特性，例如在肽可用的环境中，例如生理条件。这种疏水性氨基酸残基可以是天然存在的或非天然存在的。疏水性氨基酸残基可以是天然存在的氨基酸的模拟物，其特征在于侧链基团主要具有非极性的化学或物理特性。相反，亲水性氨基酸残基的特征在于，例如，在肽可用的环境中，例如生理条件，其侧链基团主要是极性的(例如，带电或中性的亲水性)。这种亲水性氨基酸残基可以是天然存在的或非天然存在的。亲水性氨基酸残基可以是天然存在的氨基酸的模拟物，其特征在于侧链基团主要是亲水性的(带电或中性的极性)。亲水性和疏水性氨基酸残基的实例显示在下表1中。合适的非天然存在的氨基酸残基和氨基酸模拟物是本领域已知的。参见，例如，Liang等人(2013)，“An Index for Characterization of Naturaland Non-Natural Amino Acids for Peptidomimetics(肽模拟物的天然和非天然氨基酸表征索引)”，PLoS ONE 8(7):e67844。
虽然大多数氨基酸残基可以被认为是疏水的或亲水的，少数几个，取决于它们的环境，可以表现为疏水或亲水性的。例如，由于其相对弱的非极性特性，甘氨酸、脯氨酸、丝氨酸和/或半胱氨酸有时可以充当亲水性氨基酸残基。相反，由于其庞大、略带疏水性的侧链，组氨酸和精氨酸有时可以充当疏水性氨基酸残基。
表1：疏水性和亲水性的氨基酸残基
亲水性残基(X) 疏水性残基(J)
精氨酸 色氨酸
组氨酸 苯丙氨酸
赖氨酸 酪氨酸
天冬氨酸 异亮氨酸
谷氨酸 亮氨酸
天冬酰胺 缬氨酸
谷氨酰胺 甲硫氨酸
吡咯赖氨酸 半胱氨酸
鸟氨酸 苏氨酸
丝氨酸
丙氨酸
脯氨酸
甘氨酸
硒代半胱氨酸
N-甲酰甲硫氨酸
正亮氨酸
正缬氨酸
在一些情况下，免疫调节肽的长度为5至18个氨基酸残基并且包括在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域。在这些情况下，条带性亲疏区域可以包括3个或更多个疏水性模块；和2个或更多个亲水性模块，每个都包含至少一个阳离子残基。在一些实施方案中，免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]-[X2aX2b]-[J3a]-[J3a]；和
[X3a]-[Y3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]-[X1bX1a]-[J1bJ1a]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。在某些情况下，J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自为苯丙氨酸；以及X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸和精氨酸。
在某些实施方案中，免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：KFRKAFKRFF(RP182)；FFRKFAKRFK(RP183)；FFKKFFKKFK(RP185)；FFKKFFKKFK(RP186)；和FFKKFFKKFK(RP233)；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在某些实施方案中，免疫调节肽包括氨基酸序列KFRKAFKRFF(RP182)。在某些情况下，免疫调节肽包括氨基酸序列FFRKFAKRFK(RP183)。在某些情况下，免疫调节肽包括氨基酸序列FFKKFFKKFK(RP185)。
在其他实施方案中，免疫调节肽包括：a)肽序列，选自：RWKFGGFKWR(RP832C)；FKWRGGRWKF(RP837C)；FWKRGGRKWF(RP837A)；FWKRFV(RP837N)；FVRKWR(RP837C1)；FAOOFAOOFO(RP850)；FWKRFVRKWR(RP837)；FWKKFVKKWK(RP841)；WWHHWWHHWH(RP847)；WWRHWWHRWR(RP848)；WWKHWWHKWK(RP849)；GDRGIKGHRGF(RP842)；LYKKIIKKLL(RP846)；FYPDFFKKFF(RP844)；FFRKSKEKIG(RP853)；FFRHFATHLD(RP845)；和EKLSAFRNFF(RP843)；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在某些实施方案中，免疫调节肽包括选自以下的氨基酸序列：RWKFGGFKWR(RP832C)、FKWRGGRWKF(RP837C)和FWKRGGRKWF(RP837A)。在某些情况下，免疫调节肽包括选自FWKRFV(RP837N)和FVRKWR(RP837C1)的氨基酸序列。在某些情况下，免疫调节肽包括选自FAOOFAOOFO(RP850)、FWKRFVRKWR(RP837)和FWKKFVKKWK(RP841)的氨基酸序列。在某些情况下，免疫调节肽包括选自WWHHWWHHWH、WWRHWWHRWR和WWKHWWHKWK(RP847-849)的氨基酸序列。
在某些实施方案中，免疫调节肽包括氨基酸序列LYKKIIKKLL(RP846)。在某些情况下，免疫调节肽包括氨基酸序列FYPDFFKKFF(RP844)。在某些情况下，免疫调节肽包括氨基酸序列FFRKSKEKIG(RP853)。在某些情况下，免疫调节肽包括氨基酸序列FFRHFATHLD(RP845)。在某些情况下，免疫调节肽包括氨基酸序列FFRKSKEKIG(RP853)。
在一些实施方案中，免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[X1a]-[J2a]-[X2a]-[J2a]-[X3a]-[J3a]
[J3a]-[X3a]-[J2a]-[X2a]-[J1a]-[X1a]
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]；
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2a]-[X2a]；
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]；
[J1aJ1b]-[X1a]-[J2aJ2b]-[X2a]；和
[X1a]-[J1aJ1b]-[X2a]-[J2aJ2b]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。在某些实施方案中，免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：AFKRFF(182-FN6)；FFKKFF(185-FN6)；FWKRFV(837-FN6)；WVRRVV(WLUB-F1-N6)；IFKKIE(CEC-F1-N6)FLRNLV(LL37F-3-N6)；FLHSAK(MAG-F1-N6)；FFHHIF(PISC-F-N6)；FFKKAA(PLEU-F-N6)；ALKKVF(PSEU-F-N6)；LYKKII(CXCL4-F-N6)；LFRRAF(IL24-FN6)；FLKRLL(IL7-FN6)；FFRRFA(ABCP-FN6)；FFRHFA(E1P-FN6)；AIRRIP(gP120-FN6)；AFHRFF(GP2B-FN6)；FFNRFA(MCPH-FN6)；AFKRFF(SPRA-FN6)；AFKRFF(TPRO-FN6)；IVRRAD(COL18-FN6)；FWRWFK(HX5/CPAP)；KFWRWF(HX6/YJPA)；WFRFWK(HX7/CLPB)KWFRFW(HX8/ATG1)；AFHHFF(HEX16F/STPK)；FFRNFA(HEXF13/SIF1)；AFHRFF(HEX9F/THIF)；FFRQFA(HEXF1/ATPB)；AFNRFF(HEX2F/AATF)；WIQRMM(CXCL13-FN6)；WVQRVV(CXCL8-FN6)；AFRNFF(HEX3F/FBNA)；和TLRRFM(HEX18/HSHK)；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：DVRMRL(MCMV-FN6)；和RRAELG(TONB-FN6)或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在一些其他实施方案中，免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：FWRWFA(HX1/MMPL)；AFWRWF(HX2/ABCT)；WFRFWA(HX3/GTRF)；AWFRFW(HX4/AXES)；VAVRIW(HX9/IDRF/AMIA)；FFRFFA(HEXF2/AMT1)；和AFFRFF(HEX13F/TGME)；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，免疫调节肽包括：选自以下的序列：FFKKFF；WWKKFF；FWKKWF；FFKKWW；WWKKWW；YYKKYY；IIKKYY；YIKKIY；YYKKII；IIKKII；MMKKMM；LLKKMM；MLKKLM；MMKKLL；LLKKLL；VVKKVV；AAKKVV；VAKKAV；VVKKAA；AAKKAA；GGKKGG；TTKKGG；GTKKTG；GGKKTT；TTKKTT；SSKKSS；CCKKSS；SCKKCS；SSKKCC；和CCKKCC；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在某些其他情况下，免疫调节肽包括：选自以下的序列：FKFKFK；WKWKWK；YKYKYK:IKIKIK；MKMKMK；LKLKLK；VKVKVK；AKAKAK；GKGKGK；TKTKTK；SKSKSK；CKCKCK；KFKFKF；KWKWKW；KYKYKY；KIKIKI；KMKMKM；KLKLKL；KVKVKV；KAKAKA；KGKGKG；KTKTKT；KSKSKS；和KCKCKC；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
在某些实施方案中，免疫调节肽包含如表2A至表2C中所述的肽序列。
表2A至表2C：包括6或10个氨基酸的示例性免疫调节肽序列。
表2A
Figure BDA0003380313180000431
Figure BDA0003380313180000441
Figure BDA0003380313180000451
Figure BDA0003380313180000461
Figure BDA0003380313180000471
Figure BDA0003380313180000481
Figure BDA0003380313180000491
表2B
Figure BDA0003380313180000492
Figure BDA0003380313180000501
Figure BDA0003380313180000511
表2C
Figure BDA0003380313180000512
Figure BDA0003380313180000521
在一些实施方案中，免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1a]-[X2a]-[J2a]-[X3a]-[J3a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2a]-[X3a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2aJ2b]；
[J1aJ1b]-[X1a]-[J2a]-[X2a]；
[X1a]-[J1aJ1b]-[X2a]-[J2a]；
[J1a]-[X1a]-[J2aJ2b]-[X2a]；和
[J1aJ1b]-[X2a]-[J2aJ2b]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。在某些实施方案中，免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：AFKRF；FFKKF；FWKRF；WVRRV；IFKKI；FLRNL；FLHSA；FFHHI；FFKKA；ALKKV；LYKKI；LFRRA；FLKRL；FFRRF；FFRHF；AIRRI；AFHRF；FFNRF；IVRRA；FWRWF；KFWRW；WFRFW；KWFRF；AFHHF；FFRNF；FFRQF；AFNRF；WIQRM；WVQRV；AFRNF；TLRRF；FKRFF；FKKFF；WKRFV；VRRVV；FKKIE；LRNLV；LHSAK；FHHIF；FKKAA；LKKVF；YKKII；FRRAF；LKRLL；FRRFA；FRHFA；IRRIP；FHRFF；FNRFA；VRRAD；WRWFK；FRFWK；FHHFF；FRNFA；FRQFA；FNRFF；IQRMM；VQRVV；FRNFF；LRRFM；DVRMR；VRMRL；RRAEL；RAELG；和RWKFG；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，免疫调节肽包括：a)肽序列，选自：AFWRW；AWFRF；VAVRI；FFRFF；AFFRF；WRWFA；FRFWA；AVRIW；和FRFFA；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，免疫调节肽包括：a)肽序列，选自：FFKKF；WWKKF；FWKKW；FFKKW；WWKKW；YYKKY；IIKKY；YIKKI；YYKKI；IIKKI；MMKKM；LLKKM；MLKKL；MMKKL；LLKKL；VVKKV；AAKKV；VAKKA；VVKKA；AAKKA；GGKKG；TTKKG；GTKKT；GGKKT；TTKKT；SSKKS；CCKKS；SCKKC；SSKKC；和CCKKC；FKKFF；WKKFF；WKKWF；FKKWW；WKKWW；YKKYY；IKKYY；IKKIY；YKKII；IKKII；MKKMM；LKKMM；LKKLM；MKKLL；LKKLL；VKKVV；AKKVV；AKKAV；VKKAA；AKKAA；GKKGG；TKKGG；TKKTG；GKKTT；TKKTT；SKKSS；CKKSS；CKKCS；SKKCC；和CKKCC；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在某些其他情况下，免疫调节肽包括：选自以下的序列：a)肽序列，选自：FKFKF；WKWKW；YKYKY:IKIKI；MKMKM；LKLKL；VKVKV；AKAKA；GKGKG；TKTKT；SKSKS；CKCKC；KFKFK；KWKWK；KYKYK；KIKIK；KMKMK；KLKLK；KVKVK；KAKAK；KGKGK；KTKTK；KSKSK；和KCKCK；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
在某些实施方案中，免疫调节肽包括如表2中所述的肽序列，其在N-末端被截短了1个氨基酸。在一些其他情况下，免疫调节肽包括如表2中所述的肽序列，其在C-末端被截短了1个氨基酸。
在一些实施方案中，免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1a]-[X1a]-[J2a]-[X2a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2a]
[X1aX2a]-[J2aJ2b]；和
[J1aJ1b]-[X1aX2a]；
其中：
J1a、J1b、J2a和J2b各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a和X2b各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。在某些实施方案中，免疫调节肽包括：a)选自以下的序列：AFKR；FFKK；FWKR；WVRR；IFKK；FLRN；FLHS；FFHH；ALKK；LYKK；LFRR；FLKR；FFRR；FFRH；AIRR；AFHR；FFNR；IVRR；FWRW；KFWR；WFRF；KWFR；AFHH；FFRN；FFRQ；AFNR；WIQR；WVQR；AFRN；TLRR；KRFF；KKFF；KRFV；RRVV；KKIE；RNLV；HSAK；HHIF；KKAA；KKVF；KKII；RRAF；KRLL；RRFA；RHFA；RRIP；HRFF；NRFA；RRAD；RWFK；RFWK；HHFF；RNFA；RQFA；NRFF；QRMM；QRVV；RNFF；RRFM；VRMR；RMRL；RAEL；AELG；和WKFG；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，免疫调节肽包括：a)肽序列，选自：FWRW；AFWR；WFRF；AWFR；VAVR；FFRF；AFFR；RWFA；WRWF；RFWA；FRFW；VRIW；RFFA；和FRFF；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在其他实施方案中，免疫调节肽包括：a)肽序列，选自：FFKK；WWKK；FWKK；YYKK；IIKK；YIKK；MMKK；LLKK；MLKK；VVKK；AAKK；VAKK；GGKK；TTKK；GTKK；SSKK；CCKK；SCKK；KKFF；KKWF；KKWW；KKYY；KKIY；KKII；KKMM；KKLM；KKLL；KKVV；KKAV；KKAA；KKGG；KKTG；KKTT；KKSS；KKCS；和KKCC；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。在某些其他情况下，免疫调节肽包括：选自以下的序列：a)肽序列，选自：FKFK；WKWK；YKYK:IKIK；MKMK；LKLK；VKVK；AKAK；GKGK；TKTK；SKSK；CKCK；KFKF；KWKW；KYKY；KIKI；KMKM；KLKL；KVKV；KAKA；KGKG；KTKT；KSKS；和KCKC；或b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
在某些实施方案中，免疫调节肽包括如表2中所述的肽序列，在N-末端被截短2个氨基酸。在一些其他的情况下，免疫调节肽包括如表2中所述的肽序列，在C末端被截短2个氨基酸。
本文所述的示例性免疫调节肽序列仅是示例，并不是本文提供的唯一免疫调节多肽。事实上，所公开的肽的序列的片段和变体也在本公开的范围内。
本公开提供了满足上述结构式中的一个或更多个的免疫调节多肽，有时称为“RP肽”。本公开还提供了与本文公开的任何示例性RP肽或其变体或其片段具有最小同源性程度的免疫调节多肽。因此，本公开的肽或多肽是满足本文描述的分子式中之一或与本文公开的任意示例性RP肽具有最小同源性程度的免疫调节肽。
]本发明的“片段”包括本文所公开的肽的至少4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个连续氨基酸残基(或最多比题述肽中的氨基酸残基数少1个)并保留题述肽的至少一种免疫调节特性。因此，本发明的片段包括相对于本文公开的亲本免疫调节肽从N-末端和/或C-末端缺失一个、两个、三个、四个或更多个氨基酸的肽。
本发明的“变体”是与本文公开的多肽基本相似并保留题述多肽的至少一种免疫调节特性的多肽。变体可以包括在本文公开的题述多肽的N-末端或C-末端处缺失(即，截短)一个或更多个氨基酸残基；在本文公开的题述多肽中的一个或更多个内部位点处缺失和/或添加一个或更多个氨基酸残基；和/或在本文公开的题述多肽中的一个或更多个位置处替换一个或更多个氨基酸残基(例如，一个、两个、三个或甚至更多个)。对于长度为12个氨基酸残基或更短的题述多肽，变体多肽可以包括三个或更少(例如，三个、两个、一个或无)缺失的氨基酸残基，无论是位于内部，还是位于N末端和/或在C末端。
因此，本发明进一步提供了这样的免疫调节多肽，其相对于本文公开的任意一种免疫调节多肽(例如，表2)至少50％相同(即至少50％序列同一性)(例如至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或更多)，并且仍然保留至少一种免疫调节特性。序列同一性基于相同或相似长度的两个肽序列或其片段的比较。
因此，在某些实施方案中，本公开内容提供了这样的多肽，其包括相对于本文公开的任意一种多肽具有1至10个氨基酸差异(例如，10个或更少、9个或更少、8个或更少、7个或更少、6个或更少、5个或更少、4个或更少、3个或更少、2个或更少、或1个氨基酸差异)的氨基酸序列，并且仍然保留至少一种免疫调节特性。如本文所用，“氨基酸差异”包括：氨基酸替代、氨基酸插入、末端氨基酸添加、氨基酸缺失、末端氨基酸截短或它们的任意组合。
在一些实施方案中，本文公开的任意肽可以在N-末端短缺1或2个氨基酸。在一些实施方案中，本文公开的任意肽可以在C-末端短缺1或2个氨基酸。在一些情况下，表2中公开的任意肽可以在N-末端短缺1或2个氨基酸。在一些其他情况下，表2中公开的任意肽可以在C-末端短缺1或2个氨基酸。
在一些实施方案中，本文公开的肽可以包括氨基酸残基的缺失、添加和/或替代，如本文所讨论的。替代的氨基酸残基可以与被取代的氨基酸残基无关(例如，在疏水性/亲水性、大小、电荷、极性等方面无关)，或者替代的氨基酸残基可以构成相似的、保守的或高度保守的氨基酸替代。如本文所用，“相似的”、“保守性”和“高度保守性”氨基酸替代的定义如下表3所示。确定氨基酸残基替代是相似的、保守的还是高度保守的完全基于氨基酸残基的侧链而不是肽骨架，其可以被修饰以增加肽稳定性，如下所述。
表3：氨基酸替代的分类
Figure BDA0003380313180000551
Figure BDA0003380313180000561
题述肽或多肽的“长度”是构成所述肽或多肽的首尾连接的氨基酸残基的数目，不包括所述肽或多肽可以包含的任意非肽接头和/或修饰。在一些实施方案中，肽长度为5至30个氨基酸残基(例如，5至25、10至20或5至18、5至12或5至10、或6至30、6至25、6至20、6至18、6至12、6至10或7至12、或7至10个氨基酸残基)，并且包括在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域(例如，如本文描述)。在一些实施方案中，肽的长度为4至12个氨基酸残基(例如，4、5、6、7、8、9或10个氨基酸残基)，并且包括在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域。在某些情况下，肽的条带性亲疏区域的长度为5至18个氨基酸残基(例如，6至18、6至14、6至12、7至12、或5、6、7、8、9、10、11或12个氨基酸长度)，其中所述肽可选地被进一步修饰(例如，如本文所述)。条带性亲疏区域可以包括：2或更多(例如3或更多或4或更多)个疏水性模块；和一个或更多(例如，2或更多、3或更多、或4或更多)个亲水性模块(例如，每个包含至少一个阳离子残基)。在一些情况下，肽的条带性亲疏区域的长度为4至10个氨基酸残基，例如4至6个。在一些情况下，肽的条带性亲疏区域具有2至3个氨基酸残基的长度。
疏水性模块可以由任何适合的残基组成。在某些情况下，疏水性模块包括选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸的氨基酸残基。条带性亲疏区域可以总共包含1、2或更多个阳离子氨基酸残基，例如3或更多个、4或更多个、5或更多个、6或更多个，或者甚至更多个。免疫调节肽可以包含由任意适合的残基组成的2、3或更多个亲水性模块。在一些情况下，亲水性模块包括选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺的氨基酸残基。
在本文所述的分子式中，J(N)用于指代特定的疏水性模块，其中N表示在线性分子式中的位置。类似地，X(N)用于指代特定的亲水性模块，其中N表示在线性分子式中的位置。
在本文所述的分子式中，J(nx)用于指代特定的疏水性氨基酸残基，其中n表示残基位于哪个模块中，并且x表示其在模块中的位置。类似地，X(nx)用于指代特定的亲水性氨基酸残基，其中n表示残基位于哪个模块中，并且x表示其在模块中的位置。
小分子
在本公开的某些实施方案中，CD206结合剂是小分子。感兴趣的小分子包括但不限于具有大于50且小于约2,500道尔顿(Da)(诸如大于50且小于约1000Da，或大于50且小于约500Da)的分子量(MW)的小的有机或无机化合物。“小分子”包括许多生物和化学种类，包括合成、半合成或天然存在的无机或有机分子，包括合成、重组或天然存在的核酸。感兴趣的小分子可以包含与蛋白质的结构上的相互作用所必需的官能团，特别是氢键，并且可以包括至少一个胺、羰基、羟基或羧基基团，并且可以包括至少两个化学官能团。小分子可以包括被一个或更多个上述官能团取代的环状碳或杂环结构和/或芳族或多芳族结构。还在生物分子中找到小分子，所述生物分子包括糖类、脂肪酸、类固醇、嘌呤、嘧啶、衍生物、结构类似物或它们的组合。
一些感兴趣的分子可以包括包含一个或更多个羧酸酰胺官能团的骨架。在一些情况下，感兴趣的小分子包括包含一个或更多个尿素官能团的主链。在一些情况下，感兴趣的小分子包含一个或更多个羧酸酰胺官能团和一个或更多个尿素官能团。在某些情况下，感兴趣的小分子包括一个或更多个可选地被取代的芳基基团。在某些情况下，感兴趣的小分子包括一个或更多个可选地被取代的萘基基团。在某些情况下，感兴趣的小分子包括一个或更多个可选地被取代的杂环基团。在某些情况下，感兴趣的小分子包括一个或更多个可选地被取代的咔唑基团。
在一些实施方案中，小分子活性剂由式(I)描述：
Figure BDA0003380313180000571
其中：
R1-R4各自独立地选自氢、烷基和取代烷基；
X1选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、芳烷基、取代芳烷基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基；
X2选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、氨基、取代氨基、杂芳基、取代杂芳基、杂环、取代杂环；
X3选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、萘基、取代萘基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、芳基杂环、取代的芳基杂环；以及
n是1到10之间的整数，
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在式(I)的化合物的某些实施方案中，X1是烷基或取代烷基。在某些情况下，X1是芳基或取代芳基。在某些情况下，X1选自杂环、取代杂环、杂芳基和取代杂芳基。在某些情况下，X1是可选地被取代的咔唑。在某些情况下，X1是可选地被取代的萘基。在某些情况下，X1是酚。在某些情况下，X1是苯基。在某些情况下，X1是芳烷基或被取代的芳烷基。在某些情况下，X1是包括一个或更多个芳基的芳烷基。在某些情况下，所述芳烷基包括包含一个或更多个可选地被取代的苯基的C1-C10烷基链。在某些情况下，X1是包括至少两个可选地被取代的苯基的C1-C10烷基链。在某些情况下，所述烷基链以至少两个可选地被取代的苯基作为端部。在某些情况下，所述苯基未被取代。在某些情况下，所述苯基基团被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。在某些情况下，X1是被两个可选地被取代的苯基取代的C1-C6烷基链。在某些情况下，所述烷基链以两个可选地被取代的苯基作为端部。
在式(I)的化合物的某些实施方案中，X2是烷基或取代烷基。在某些情况下，X2是C1-C6烷基。在某些情况下，X2是甲基。在某些情况下，X2是被一个或更多个基团取代的C1-C6烷基基团。在某些情况下，所述烷基基团被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。在某些情况下，所述烷基基团被胍基基团取代。在某些情况下，X2是芳基或取代芳基。在某些情况下，X2选自杂环、取代杂环、杂芳基和取代杂芳基。在某些情况下，X2是可选地被取代的咔唑。在某些情况下，X2是可选地被取代的萘基。在某些情况下，X2是酚。在某些情况下，X2是苯基。在某些情况下，X2是氨基或取代氨基。在某些情况下，X2是被一个或更多个芳基基团取代的氨基基团。在某些情况下，氨基基团被一个或更多个可选地被取代的苯基基团取代。在某些情况下，X2是被一个或更多个酚基基团取代的氨基基团。
在式(I)的化合物的某些实施方案中，X3是烷基或取代烷基。在某些情况下，X3是芳基或取代芳基。在某些情况下，X3选自杂环、取代杂环、杂芳基和取代杂芳基。在某些情况下，X3是芳基杂环或取代的芳基杂环。在某些情况下，X3是可选地被取代的咔唑。在某些情况下，X3是可选地被取代的萘基。在某些情况下，X3是酚。在某些情况下，X3是苯基。在某些情况下，X3基团被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。在某些情况下，X3是被一个或两个羟基基团取代的咔唑。在某些情况下，X3是未取代的咔唑。在某些情况下，X3是被一个或两个羟基基团取代的萘基。在某些情况下，X3是未取代的萘基。
在式(I)的化合物的某些实施方案中，n是小于10的整数，诸如9或更小、8或更小、7或更小、6或更小、5或更小、4或更小、3或更小，或者甚至更小的整数。在一些情况下，n是1到6之间的整数，诸如1-3或1-2。在某些情况下，n为1。
在一些实施方案中，式(I)的化合物由式(Ia)描述：
Figure BDA0003380313180000591
其中：
R1-R4各自独立地选自氢和烷基；
R5-R6各自独立地选自芳基和取代芳基；
X2选自烷基、取代烷基和NR2aR2b，其中R2a和R2b独立地选自氢、芳基和取代芳基；
X3选自芳基、取代芳基、萘基、取代萘基、咔唑和取代咔唑；
n是1到6之间的整数；以及
m是1到6之间的整数。
在式(I)或(Ia)的某些实施方案中，R1-R4各自为氢。在某些情况下，R1-R4中的至少一个是烷基。在某些情况下，R1是烷基并且R1-R3中的每一个均为氢。在某些情况下，R2是烷基并且R1、R3和R4中的每一个均为氢。在某些情况下，R3是烷基，并且R1、R2和R4中的每一个均为氢。在某些情况下，R4是烷基，并且R1-R3中的每一个均为氢。在某些情况下，R1-R2是烷基，R3-R4是氢。在某些情况下，R1和R3是烷基，R2和R4是氢。在某些情况下，R2-R3是烷基，R1和R4是氢。在某些情况下，R3-R4是烷基，R1-R2是氢。在某些情况下，R1是氢并且R1-R3中的每一个均为烷基。在某些情况下，R2是氢并且R1、R3和R4中的每一个均为烷基。在某些情况下，R3是氢，并且R1、R2和R4中的每一个均为烷基。在某些情况下，R4是氢，并且R1-R3中的每一个均为烷基。在某些情况下，R1-R4每个均为烷基。在某些情况下，其中R1-R4中的至少一个是烷基，所述烷基是C1-C6烷基(例如，甲基、乙基、丙基、丁基、戊基或己基)。在某些情况下，其中R1-R4中的至少一个是烷基，所述烷基是甲基。在某些情况下，当R4是烷基时，该化合物是对映体纯的，并且R4所连接的碳是R-构型的。在某些情况下，当R4是烷基时，该化合物是对映体纯的，并且R4所连接的碳是S-构型的。在某些情况下，当R4是烷基时，该化合物是外消旋混合物。
在式(Ia)的某些实施方案中，R5和R6中的每一个均为芳基。在某些情况下，R5和R6中的每一个均为苯基。在某些情况下，R5或Re中的至少一个是取代的芳基。在某些情况下，R5或R6中的至少一个是芳基，所述芳基被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代的杂芳基、腈和硝基。在某些情况下，R5和R6二者均为取代的芳基。在某些情况下，R5和R6二者均为取代的苯基。在某些情况下，R5和R6二者均为酚。
在式(Ia)的化合物的某些实施方案中，m是小于6的整数，诸如5或更小、4或更小、3或更小，或者甚至更小的整数。在一些情况下，n是1到4之间的整数，诸如1-3或1-2。在某些情况下，n为1。
在式(Ia)的某些实施方案中，X2是烷基或取代烷基。在某些情况下，X2是C1-C6烷基。在某些情况下，X2是甲基。在某些情况下，X2是被一个或多个基团取代的C1-C6烷基基团。在某些情况下，所述烷基基团被一个或多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。在某些情况下，所述烷基基团被胍基基团取代。在某些情况下，X2是NR2aR2b，其中R2a和R2b独立地选自氢、芳基和取代芳基。在某些情况下，R2a和R2b二者均为氢。在某些情况下，R2a和R2b二者均为芳基或取代芳基。在某些情况下，R2a是可选地被取代的芳基基团并且R2b是H。在某些情况下，所述芳基基团被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。在某些情况下，R2a是苯基，R2b是H。在某些情况下，R2a是酚，R2b是H。
在式(Ia)的化合物的某些实施方案中，X3是芳基或取代芳基。在某些情况下，X3是可选地被取代的咔唑。在某些情况下，X3是可选地被取代的萘基。在某些情况下，X3是酚。在某些情况下，X3是苯基。在某些情况下，X3基团被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。在某些情况下，X3是被一个或两个羟基基团取代的咔唑。在某些情况下，X3是未取代的咔唑。在某些情况下，X3是被一个或两个羟基取代的萘基。在某些情况下，X3是未取代的萘基。
在式(Ia)的化合物的某些实施方案中，n是小于6的整数，诸如5或更小、4或更小、3或更小，或者甚至更小的整数。在一些情况下，n是1到4的整数，诸如1-3或1-2。在某些情况下，n为1。
在某些实施方案中，小分子活性剂是选自以下的化合物：
Figure BDA0003380313180000611
Figure BDA0003380313180000621
在某些其他实施方案中，小分子活性剂由式(II)描述：
Figure BDA0003380313180000622
其中：
R7a、R7b、R8、R9和R10各自独立地选自氢、烷基和取代烷基；和
X4选自烷基、芳基、芳烷基、杂环和杂芳基、酰基，其中X4可选地进一步被一个或更多个选自以下的基团取代：烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、氨基、取代氨基、羧酸酰胺、取代羧酸酰胺、杂环、取代杂环和第二个式(II)化合物
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在式(II)化合物的某些实施方案中，X4是可选地被取代的烷基。在某些情况下，X4是可选地被取代的芳基。在某些情况下，X4选自杂环和杂芳基，其中任一者可选地被取代。在某些情况下，X4是可选地被取代的芳烷基。在某些情况下，X4是可选地被取代的酰基。在某些情况下，X4是包括一个或更多个芳基基团的芳烷基或烷基。在某些情况下，X4是包括C1-C20烷基链的芳烷基，所述C1-C20烷基链包括一个或更多个可选地被取代的苯基基团。在某些情况下，X4是包括至少两个可选地被取代的苯基基团的C1-C20烷基链。在某些情况下，X4是在中心点与N原子附接并在烷基链的每一端处以至少两个可选地被取代的苯基基团为端部的烷基链。在某些情况下，所述苯基基团未被取代。在某些情况下，所述苯基基团被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。在某些情况下，X4是被两个可选地被取代的羧酸酰胺基团取代的C1-C20烷基链。在某些情况下，所述烷基链在中心点与N原子附接并在烷基链的每一端处以两个可选地被取代的羧酸酰胺基团为端部。在某些情况下，所述羧酸酰胺基团被芳基基团取代。在某些情况下，X4是被两个可选地被取代的酰基基团取代的C1-C20烷基链。在某些情况下，所述烷基链在中心点与N原子附接并在烷基链的每一端处以两个可选地被取代的酰基基团为端部。在某些情况下，该酰基基团被芳基基团取代。在某些情况下，X4是被至少一个另外的式(II)化合物取代的C1-C20烷基链。在一些情况下，C1-20烷基链进一步被可选地被取代的芳基基团取代。在某些情况下，X4是可选地被取代的酰基基团。在一些情况下，所述酰基基团被包括至少一个另外的式(II)化合物的取代基取代。在一些情况下，所述酰基基团被包括杂环基团的取代基取代。
在式(II)化合物的某些实施方案中，X4包含螯合基团。在某些情况下，螯合基团是螯合剂中能够通过至少两个杂原子与金属(例如铁)配位的杂环化合物。在某些情况下，螯合基团可以选自1,4,7,10-四氮杂环十二烷-1,4,7,10-四乙酸(DOTA)、三亚乙基四胺(TETA)、1,4,7-三氮杂环壬烷-1,4,7-三乙酸(NOTA)、1,4,7-三氮杂环壬烷-1,4-二乙酸(NODA)、(叔丁基)2NODA、NETA、C-NETA、L-NETA、S-NETA、NODA-MPAA和NODA-MPAEM中的任意一个。在某些情况下，X4包括由1,4,7,10-四氮杂环十二烷-1,4,7,10-四乙酸(也称为DOTA或轮环藤宁四乙酸(tetraxetan))衍生的螯合剂，并且可以经由悬垂的(pending)乙酸基团中之一的适配而附接到式(II)的化合物。在某些情况下，X4包括衍生自DOTA的螯合剂，并经由悬垂的乙酸基团的适配而附接到1、2、3或4个式(II)的化合物。
在某些实施方案中，式(II)化合物由式(IIa)描述：
Figure BDA0003380313180000631
其中：
R7a、R7b、R8、R9、R10和R10a各自独立地选自氢和烷基；
R11和R12各自独立地选自芳基、取代芳基、杂芳基、取代杂芳基、萘基、取代萘基、咔唑和取代咔唑；
n1和m1各自独立地为1至10之间的整数；
n2和m2各自独立地为0或1；以及
n3和m3各自独立地为0或1。
在式(II)或式(IIa)的化合物的某些实施方案中，R7a、R7b、R8、R9、R10和R10a各自为氢。在某些情况下，R7a、R7b、R8、R9、R10和R10a中的至少一个是烷基。在某些情况下，R10是烷基并且R7a、R7b、R8、R9和R10a中的每一个均为氢。在某些情况下，R9是烷基并且R7a、R7b、R8、R10和R10a中的每一个均为氢。在某些情况下，R7a是烷基，并且R9、R7b、R8、R10和R10a中的每一个均为氢。在某些情况下，R8中的至少一个是烷基，并且R7a、R7b、R9、R10和R10a中的每一个均为氢。在某些情况下，R10a中的至少一个是烷基，并且R7a、R7b、R9、R10和R8中的每一个均为氢。在某些情况下，其中R7a、R7b、R8、R9、R10和R10a中的至少一个是烷基，所述烷基是甲基。在某些情况下，当R10a是烷基时，该化合物是对映体纯的，并且R10a所附接的碳是R-构型的。在某些情况下，当R10a是烷基时，该化合物是对映体纯的，并且R10a所连接的碳是S-构型的。在某些情况下，当R10a是烷基时，该化合物是外消旋混合物。
在式(IIa)化合物的某些实施方案中，n1和m1各自独立地为1至8之间的整数，诸如1-7、1-6或1-5。在一些情况下，n1和m1各自为10或更小，诸如9、8、7、6、5、4或更小。在一些情况下，n1和m1中的每一个均为4-8，如5-7，如5-6。在某些情况下，n1和m1二者均为5。在式(IIa)的某些情况下，n2和m2各自为0。在某些情况下，n2和m2中的至少一个是1。在某些情况下，n2和m2中的每一个是1。在式(IIa)的某些情况下，n3和m3各自为0。在某些情况下，n3和m3中的至少一个是1。在某些情况下，n3和m3中的每一个是1。在某些情况下，n1和m1中的每一个均为1至10之间的整数，n2和m2中的每一个均为0；并且n3和m3中的每一个均为0。在某些情况下，n1和m1中的每一个均为1至10之间的整数，n2和m2中的每一个均为1；并且n3和m3中的每一个均为0。在某些情况下，n1和m1中的每一个均为1至10的整数，n2和m2中的每一个均为0；并且n3和m3中的每一个均为1。在某些情况下，n1和m1中的每一个均为1至10的整数，n2和m2中的每一个均为1；并且n3和m3中的每一个均为1。
在式(IIa)的化合物的某些实施方案中，R11和R12各自独立地选自芳基或取代芳基。在某些情况下，R11和R12各自独立地选自杂芳基和取代杂芳基。在某些情况下，R11和R12中的至少一个是可选地被取代的咔唑。在某些情况下，R11和R12中的至少一个是可选地被取代的萘基。在某些情况下，R11和R12中的至少一个是酚。在一些情况下，R11和R12中的至少一个是苯基。在一些情况下，R11和R12中的每一个均为苯基。在某些情况下，R11和R12各自独立地被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。在某些情况下，R11和R12中的至少一个是被一个或两个羟基基团取代的咔唑。在某些情况下，R11和R12中的至少一个是未取代的咔唑。在某些情况下，R11和R12中的至少一个是被一个或两个羟基基团取代的萘基。在某些情况下，R11和R12中的至少一个是未取代的萘基。
在某些实施方案中，小分子活性剂是选自以下的化合物：
Figure BDA0003380313180000651
在某些实施方案中，小分子活性剂是选自以下的化合物：
Figure BDA0003380313180000661
在某些其他实施方案中，小分子活性剂由式(III)描述：
Figure BDA0003380313180000662
在式(III)的化合物的某些实施方案中，R13是氢。在其他情况下，R13是烷基或取代烷基，如C1-C6烷基。在某些情况下，R13是甲基。
在式(III)的化合物的某些实施方案中，X5是烷基或取代烷基。在某些情况下，X5是芳基或取代芳基。在某些情况下，X5选自杂环、取代杂环、杂芳基和取代杂芳基。在某些情况下，X5是可选地被取代的咔唑。在某些情况下，X5是可选地被取代的萘基。在某些情况下，X5是酚。在某些情况下，X5是苯基。在某些情况下，X5是氨基或取代氨基。在某些情况下，X5是被一个或更多个芳基基团取代的氨基基团。在某些情况下，氨基基团被一个或更多个可选地被取代的苯基基团取代。在某些情况下，X5是被一个或更多个酚基基团取代的氨基基团。在某些情况下，X5基团被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。
在式(III)的化合物的某些实施方案中，X6是烷基或取代烷基。在某些情况下，X6是C1-C6烷基。在某些情况下，X6是甲基。在某些情况下，X6是被一个或更多个基团取代的C1-C6烷基。在某些情况下，所述烷基基团被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。在某些情况下，所述烷基基团被胍基基团取代。在某些情况下，X6是芳基或取代芳基。在某些情况下，X6选自杂环、取代杂环、杂芳基和取代杂芳基。在某些情况下，X6是可选地被取代的咔唑。在某些情况下，X6是可选地被取代的萘基。在某些情况下，X6是酚。在某些情况下，X6是苯基。在某些情况下，X6是芳烷基或取代芳烷基。在某些情况下，X6是包括一个或更多个芳基基团的芳烷基。在某些情况下，所述芳烷基包括包含一个或更多个可选地被取代的苯基基团的C1-C10烷基链。在某些情况下，X6是包括至少一个可选地被取代的苯基基团的C1-C10烷基链。在某些情况下，所述烷基链以至少一个可选地被取代的苯基基团作为端部。在某些情况下，所述苯基基团未被取代。在某些情况下，所述苯基基团被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。
在式(I)的化合物的某些实施方案中，X7是烷基或取代烷基。在某些情况下，X7是芳基或取代芳基。在某些情况下，X7选自杂环、取代杂环、杂芳基和取代杂芳基。在某些情况下，X7是芳基杂环或取代的芳基杂环。在某些情况下，X7是可选地被取代的咔唑。在某些情况下，X7是可选地被取代的萘基。在某些情况下，X7是酚。在某些情况下，X7是苯基。在某些情况下，X7基团被一个或更多个选自以下的基团取代：羟基、氨基、羧酸酰胺、胍、酰基、卤素、烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、腈和硝基。在某些情况下，X7是被一个或两个羟基基团取代的咔唑。在某些情况下，X7是未取代的咔唑。在某些情况下，X7是被一个或两个羟基基团取代的萘基。在某些情况下，X7是未取代的萘基。
在式(III)的化合物的某些实施方案中，p是小于10的整数，诸如9或更小、8或更小、7或更小、6或更小、5或更小、4或更小、3或更小，或者甚至更小的整数。在一些情况下，p是1至6的整数，如1-3或1-2。在某些情况下，p为1。
在某些实施方案中，小分子活性剂是以下化合物：
Figure BDA0003380313180000671
应当理解，本文公开的任意化合物可以以盐的形式存在。在一些情况下，化合物的盐形式是药学上可接受的盐。应当理解，本文公开的任意化合物可以前药形式存在。
本公开的方面包括小分子活性剂(例如，如本文所述)、其盐(例如，药学上可接受的盐)和/或其溶剂化物、水合物和/或前药形式。此外，应理解，在具有一个或更多个手性中心的本文所述的任意化合物中，如果没有明确指出独立的立体化学组成，则每个中心可以独立地为R-构型或S-构型或它们的混合物。应理解，盐、溶剂化物、水合物、前药和立体异构体的所有排列组合均意在被包括在本公开内容中。
在一些实施方案中，题述小分子活性剂或其前药形式以药学上可接受的盐的形式提供。含有胺或含氮杂芳基的化合物在性质上可以呈碱性，因此可以与任意数量的无机和有机酸反应以形成药学上可接受的酸加成盐。通常用于形成此类盐的酸包括无机酸诸如盐酸、氢溴酸、氢碘酸、硫酸和磷酸，以及有机酸，如对甲苯磺酸、甲磺酸、草酸、对溴苯磺酸、碳酸、琥珀酸、柠檬酸、苯甲酸和乙酸，以及相关的无机和有机酸。这样的药学上可接受的盐因此包括硫酸盐、焦硫酸盐、硫酸氢盐、亚硫酸盐、亚硫酸氢盐、磷酸盐、磷酸一氢盐、磷酸二氢盐、偏磷酸盐、焦磷酸盐、氯化物、溴化物、碘化物、醋酸盐、丙酸盐、癸酸盐、辛酸盐、丙烯酸盐、甲酸盐、异丁酸盐、癸酸盐(caprate)、庚酸盐、丙炔酸盐(propiolate)、草酸盐、丙二酸盐、琥珀酸盐、辛二酸盐、癸二酸盐、富马酸盐、马来酸盐、丁炔-1,4-二酸盐、己炔-1,6-二酸盐、苯甲酸盐、氯苯甲酸盐、甲基苯甲酸盐、二硝基苯甲酸盐、羟基苯甲酸盐、甲氧基苯甲酸盐、邻苯二甲酸盐、对苯二甲酸盐、磺酸盐、二甲苯磺酸盐、苯乙酸盐、苯丙酸盐、苯丁酸盐、柠檬酸盐、乳酸盐、β-羟基丁酸盐、乙醇酸盐、马来酸盐、酒石酸盐、甲磺酸盐、丙磺酸盐、萘-1-磺酸盐、萘-2-磺酸盐、扁桃酸盐、马尿酸盐、葡萄糖酸盐、乳糖酸盐等之类的盐。在某些具体实施方案中，药学上可接受的酸加成盐包括利用无机酸如盐酸和氢溴酸形成的盐，以及利用有机酸如富马酸和马来酸形成的盐。
在一些实施方案中，题述化合物以前药形式提供。“前药”是指活性剂的衍生物，其需要在体内转化以释放活性剂。在某些实施方案中，转化是酶促转化。前药在转化为活性剂之前，通常(尽管不一定)在药理学上呈惰性。“前药部分(promoiety)”是指一种形式的保护基团，当被用于掩蔽活性剂中的官能团时，将活性剂转化为前药。在一些情况下，前药部分将经由在体内通过酶促或非酶促方式切割的键附接至药物。可以例如根据Rautio等人描述的策略和方法来制备题述化合物的任意适合的前药形式。(“Prodrugs:design andclinical applications(前药：设计和临床应用)”，Nature Reviews Drug Discovery(自然药物研发评论)7，255-270(2008年2月))。在一些情况下，前药部分附接至题述化合物的羟基基团。在某些情况下，前药部分是酰基或取代酰基基团。在某些情况下，前药部分是烷基或取代烷基基团，例如，当附接至题述化合物的羟基官能团时形成酯官能团。
在一些实施方案中，题述小分子活性剂、其前药、立体异构体或盐以溶剂化物(例如，水合物)的形式提供。如本文所用，术语“溶剂化物”是指由一个或更多个溶质(例如其前药或药学上可接受的盐)分子以及一个或更多个溶剂分子形成的复合物或聚集体。这种溶剂化物通常是具有基本固定的溶质与溶剂摩尔比的结晶固体。代表性的溶剂包括例如水、甲醇、乙醇、异丙醇和乙酸等。当溶剂是水时，形成的溶剂化物是水合物。
在一些实施方案中，小分子活性剂通过口服给药提供并吸收到血流中。在一些实施方案中，题述化合物的口服生物利用度为30％或更高。可以使用任何方便的方法对题述化合物或其制剂进行修改，以增加肠腔吸收或其生物利用度。
在一些实施方案中，题述化合物是代谢稳定的(例如，在化合物的半衰期期间在体内保持基本完好)。在某些实施方案中，化合物的半衰期(例如，体内半衰期)为5分钟以上，诸如10分钟以上、12分钟以上、15分钟以上、20分钟以上、30分钟以上、60分钟以上、2小时以上、6小时以上、12小时以上、24小时以上，或者甚至更多的时间。
特异性结合成员
在本公开的某些实施方案中，CD206结合剂是特异性结合成员。术语“特异性结合成员”是指对彼此具有结合特异性的一对分子中的一个成员。该分子对中的一个成员可以具有空腔或在其表面上的区域，所述区域或空腔特异性地结合到该分子对中的另一个成员的表面上的区域或空腔中。因此，该对的成员具有彼此特异性结合从而产生结合复合物的特性。在一些实施方案中，结合复合物中特异性结合成员之间的亲和力表征为Kd(解离常数)为10-6M或更小，诸如10-7M或更小，包括10-8M或更小，例如，10-9M或更小、10-10M或更小、10-11M或更小、10-12M或更小、10-13M或更小、10-14M或更小，包括10-15M或更小。在一些实施方案中，特异性结合成员以高亲和力特异性结合。以高亲合力是指结合成员以这样的表观亲和力特异性地结合，所述表观亲和力表征为表观Kd为10x10-9M或更小，诸如1x10-9M或更小、3x10-10M或更小、1x10-10M或更小、3x10-11M或更小、1x10-11M或更小、3x10-12M或更小或1x10- 12M或更小。
在一些实施方案中，特异性结合成员是蛋白质的(例如，由氨基酸残基组成)。在某些情况下，蛋白质特异性结合成员是抗体。在某些实施方案中，蛋白质特异性结合成员是抗体片段，例如特异性地与CD206的活性调节结构域结合的抗体的结合片段。如本文所用，术语“抗体”和“抗体分子”可互换使用，并且是指由一种或更多种基本上由所有或部分的已识别的免疫球蛋白基因来编码的多肽组成的蛋白质。已识别的免疫球蛋白基因，例如在人类中，包括kappa(k)、lambda(I)和重链基因Ioci，它们共同包含各种各样的可变区基因，和恒定区基因mu(u)、delta(d)、gamma(g)、sigma(e)和alpha(a)，它们分别编码IgM、IgD、IgG、IgE和IgA同种型。免疫球蛋白轻链或重链可变区由被三个高可变区(也称为“互补决定区”或“CDR”)间断的“框架”区(FR)组成。框架区和CDR的范围已被精确定义(参见“Sequencesof Proteins of Immunological Interest(免疫相关蛋白序列)”E.Kabat等人，美国卫生和人类服务部，(1991年))。本文讨论的所有抗体氨基酸序列的编号均遵循Kabat体系。在一个物种内不同轻链或重链的框架区的序列相对保守。抗体的框架区，即组成轻链和重链的组合框架区，用于定位和对准CDR。CDR主要负责结合到抗原的表位。
术语抗体意在包括全长抗体并且可以指来自任意有机体的天然抗体，工程抗体，或重组产生的抗体，其用于实验、治疗或如本文进一步定义的其他目的。感兴趣的抗体片段包括但不限于Fab，Fab'，F(ab')2，Fv，scFv，或抗体的其他抗原结合子序列，它们可以是通过对完整抗体的修饰产生的，也可以是使用重组DNA技术从头合成的那些。抗体可以是单克隆抗体或多克隆抗体，并且可以对细胞具有其他特异性活性(例如，拮抗剂、激动剂、中和性抗体、抑制性抗体或刺激性抗体)。应理解，抗体可以具有对抗原结合或其他抗体功能基本上没有影响的附加的保守氨基酸替代。
在某些实施方案中，特异性结合成员是抗体。在某些实施方案中，特异性结合成员是Fab片段、F(ab')2片段、scFv、双抗体或三抗体。在一些情况下，特异性结合成员是鼠抗体或其结合片段。在某些情况下，特异性结合成员是重组抗体或其结合片段。
在某些实施方案中，特异性结合成员是靶向CD206的序列的抗体或其结合片段。在某些情况下，特异性结合成员靶向CD206序列，其选自：NFGDLVSIQSESEKK，NDAQSAYFIGLLISL，SKEKETMDNARAF，和EDENCVTMYSNSGFWN。在一些情况下，抗体或其片段靶向CD206的NFGDLVSIQSESEKK序列。在一些情况下，抗体或其结合片段靶向CD206的NDAAQSAYFIGLLISL序列。在一些情况下，抗体或其结合片段靶向CD206的SKEKETMDNARAF序列。在一些情况下，抗体或其结合片段靶向CD206的EDENCVTMYSNSGFWN序列。
与本公开相关的能够与CD206的活性调节结构域结合的抗体可以包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、双特异性抗体、Fab抗体片段、F(ab)2抗体片段、Fv抗体片段(例如，VH或VL)、单链Fv抗体片段和dsFv抗体片段。此外，抗体分子可以是全人抗体、人源化抗体或嵌合抗体。可以结合本公开使用的抗体可以包括与任意免疫球蛋白恒定区连接的任意抗体可变区(成熟的或未加工的)。本公开涵盖抗体或免疫球蛋白分子的氨基酸序列中的较小变异，条件是氨基酸序列中的变异保持了该序列的75％或更多，例如80％或更多、90％或更多、95％或更多，或99％或更多。
“抗体片段”包括完整抗体的一部分，例如完整抗体的抗原结合区或可变区。抗体片段的实例包括Fab、Fab’、F(ab’)2和Fv片段；双体(diabodies)；线性抗体(Zapata等人，Protein Eng。8(10)：1057-1062(1995))；单链抗体分子；以及由抗体片段形成的多特异性抗体。抗体的木瓜蛋白酶消化产生两个相同的抗原结合片段，称为“Fab”片段，每个片段都有单一抗原结合位点，以及残留的“Fc”片段，该名称反映了容易结晶的能力。胃蛋白酶处理产生的F(ab’)2片段具有两个抗原结合位点，并且仍然能够交联抗原。
“Fv”是包含完整的抗原识别和结合位点的最小抗体片段。该区域由一个重链可变结构域和一个轻链可变结构域非共价紧密结合的二聚体组成。正是在这种构型中，每个可变结构域的三个CDRS相互作用从而定义了VH-VL二聚体的表面上的抗原结合位点。总的来说，六个CDR为该抗体赋予了抗原结合特异性。然而，尽管亲和力低于整个结合位点，但即使是单个可变结构域(或仅包含对抗原特异性的三个CDR的Fv的一半)也具有识别和结合抗原的能力。
“Fab”片段还包含轻链的恒定结构域和重链的第一恒定结构域(CH1)。Fab片段与Fab’片段的不同之处在于在重链CH1结构域的羧基末端添加了几个残基，包括来自抗体铰链区的一个或更多个半胱氨酸。Fab’-SH是本文对其中恒定结构域的半胱氨酸残基带有游离的硫醇基团的Fab’的名称。F(ab’)2抗体片段最初被产生为Fab’片段对，所述片段之间具有铰链半胱氨酸。抗体片段的其他化学缀合也是已知的。
来自任意脊椎动物物种的抗体(免疫球蛋白)的“轻链”可以根据其恒定结构域的氨基酸序列被归为两种明显不同的类型(称为κ和λ)中之一。根据其重链的恒定结构域的氨基酸序列，免疫球蛋白可以被归为不同的类别。免疫球蛋白有五个主要类别：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，其中一些可以进一步被分为亚类(同种型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA和IgA2。
“单链Fv”或“sFv”抗体片段包括抗体的VH和VL结构域，其中这些结构域存在于单个多肽链中。在一些实施方案中，Fv多肽进一步包括VH和VL结构域之间的多肽接头，其使得sFv能够形成用于抗原结合的所需结构。有关sFv的评述，请参阅Pluckthun于ThePharmacology of Monoclonal Antibodies(单克隆抗体药理学)，第113卷，Rosenburg和Moore编辑，Springer-Verlag，纽约，第269-315页(1994年)(Pluckthun in ThePharmacology of Monoclonal Antibodies,vol.113,Rosenburg and Moore eds.,Springer-Verlag,New York,pp.269-315(1994))。
因此可以与本公开内容结合使用的抗体可以包括单克隆抗体、多克隆抗体、双特异性抗体、Fab抗体片段、F(ab)2抗体片段、Fv抗体片段(例如VH或VL)、单链Fv抗体片段和dsFv抗体片段。此外，抗体分子可以是全人抗体、人源化抗体或嵌合抗体。在一些实施方案中，抗体分子是单克隆、全人抗体。
可以与本公开结合使用的抗体可以包括与任意免疫球蛋白恒定区连接的任意抗体可变区，所述可变区是成熟的或未加工的。如果轻链可变区与恒定区连接，则它可以是κ链恒定区。如果重链可变区与恒定区连接，则它可以是人γ1、γ2、γ3或γ4恒定区，更优选γ1、γ2或γ4恒定区，甚至更优选γ1或γ4恒定区。
本发明包括抗体或免疫球蛋白分子的氨基酸序列中的较小变异，条件是氨基酸序列中的变异保持了该序列的至少75％，例如至少80％、90％、95％、或99％。特别地，涵盖了保守性氨基酸置换(例如，如本文所述)。通过分析多肽衍生物的特异性活性，可以很容易地确定氨基酸改变是否会产生功能性肽。本领域普通技术人员可以容易地制备抗体或免疫球蛋白分子的片段(或类似物)。优选的片段或类似物的氨基和羧基末端存在于功能结构域的边界附近。可以通过将核苷酸和/或氨基酸序列数据与公共或专有序列数据库进行比较来鉴定结构上的和功能上的结构域。优选地，计算机化的比较方法用于鉴定存在于已知结构和/或功能的其他蛋白质中的序列基序或预测的蛋白质构象结构域。已知鉴定折叠成已知三维结构的蛋白质序列的方法。可以使用序列基序和结构构象来定义根据本发明的结构上的和功能上的结构域。
在本公开中可以使用的抗体的非限制性实例包括阿德木单抗(Adecatumumab)、阿伐苏单抗(Ascrinvacumab)、西妥木单抗(Cixutumumab)、可那木单抗(Conatumumab)、达雷妥尤单抗(Daratumumab)、曲齐妥单抗(Drozitumab)、杜利他单抗(Duligotumab)、德瓦鲁单抗(Durvalumab)、度斯妥单抗(Dusigitumab)、恩弗妥单抗(Enfortumab)、依诺苏单抗(Enoticumab)、芬妥木单抗(Figitumumab)、加尼妥单抗(Ganitumab)、格巴妥木单抗(Glembatumumab)、英妥木单抗(Intetumumab)、伊匹单抗(Ipilimumab)、伊妥木单抗(Iratumumab)、艾芦库单抗(Icrucumab)、来沙木单抗(Lexatumumab)、卢卡木单抗(Lucatumumab)、马帕木单抗(Mapatumumab)、那呐妥单抗(Narnatumab)、耐昔妥珠单抗(Necitumumab)、奈伐苏单抗(Nesvacumab)、奥法木单抗(Ofatumumab)、奥拉单抗(Olaratumab)、帕尼单抗(Panitumumab)、帕曲妥单抗(Patritumab)、普林木单抗(Pritumumab)、雷曲妥单抗(Radretumab)、雷莫芦单抗(Ramucirumab)、利妥木单抗(Rilotumumab)、罗妥木单抗(Robatumumab)、瑟瑞妥单抗(Seribantumab)、他瑞妥单抗(Tarextumab)、替妥木单抗(Teprotumumab)、托维妥单抗(Tovetumab)、Vanticumumab、维森库单抗(Vesencumab)、伏妥莫单抗(Votumumab)、扎鲁木单抗(Zalutumumab)、法兰妥单抗(Flanvotumab)、阿妥莫单抗(Altumomab)、阿那妥莫单抗(Anatumomab)、阿西莫单抗(Arcitumomab)、贝妥莫单抗(Bectumomab)、博纳吐单抗(Blinatumomab)、地莫单抗(Detumomab)、替依莫单抗(Ibritumomab)、明瑞莫单抗(Minretumomab)、米妥莫单抗(Mitumomab)、Moxetumomab、那普妥莫单抗(Naptumomab)、诺非单抗(Nofetumomab)、Pemtumomab、平妥单抗(Pintumomab)、雷妥莫单抗(Racotumomab)、沙妥莫单抗(Satumomab)、索利托单抗(Solitomab)、他利妥莫单抗(Taplitumomab)、替妥莫单抗(Tenatumomab)、托西莫单抗(Tositumomab)、曲美木单抗(Tremelimumab)、阿巴伏单抗(Abagovomab)、伊戈伏单抗(Igovomab)、奥戈伏单抗(Oregovomab)、卡罗单抗(Capromab)、依决洛单抗(Edrecolomab)、Nacolomab、阿麦妥单抗(Amatuximab)、巴维昔单抗(Bavituximab)、本妥昔单抗(Brentuximab)、西妥昔单抗(Cetuximab)、地洛妥单抗(Derlotuximab)、迪妥昔单抗(Dinutuximab)、恩妥昔单抗(Ensituximab)、伏妥昔单抗(Futuximab)、吉妥昔单抗(Girentuximab)、Indatuximab、艾萨妥昔单抗(Isatuximab)、Margetuximab、利妥昔单抗(Rituximab)、司妥昔单抗(Siltuximab)、乌妥昔单抗(Ublituximab)、依美昔单抗(Ecromeximab)、阿比妥珠单抗(Abituzumab)、阿仑单抗(Alemtuzumab)、贝伐珠单抗(Bevacizumab)、比伐珠单抗(Bivatuzumab)、布隆妥珠单抗(Brontictuzumab)、Cantuzumab、Cantuzumab、西他妥珠单抗(Citatuzumab)、克利妥珠单抗(Clivatuzumab)、达西组单抗(Dacetuzumab)、登赛珠单抗(Demcizumab)、达洛妥珠单抗(Dalotuzumab)、地宁妥珠单抗(Denintuzumab)、埃罗妥珠单抗(Elotuzumab)、艾玛妥珠单抗(Emactuzumab)、艾米妥珠单抗(Emibetuzumab)、依诺妥珠单抗(Enoblituzumab)、伊瑞西珠单抗(Etaracizumab)、法妥组单抗(Farletuzumab)、非拉妥珠单抗(Ficlatuzumab)、吉妥珠单抗(Gemtuzumab)、英加妥珠单抗(Imgatuzumab)、Inotuzumab、拉贝珠单抗(Labetuzumab)、利法妥珠单抗(Lifastuzumab)、林妥珠单抗(Lintuzumab)、Lorvotuzumab、鲁妥珠单抗(Lumretuzumab)、马妥珠单抗(Matuzumab)、Milatuzumab、尼妥珠单抗(Nimotuzumab)、奥滨尤妥珠单抗(Obinutuzumab)、奥卡妥珠单抗(Ocaratuzumab)、奥乐妥珠单抗(Otlertuzumab)、奥那妥珠单抗(Onartuzumab)、奥珀妥珠单抗(Oportuzumab)、帕萨妥珠单抗(Parsatuzumab)、帕妥珠单抗(Pertuzumab)、匹那妥珠单抗(Pinatuzumab)、泊洛妥珠单抗(Polatuzumab)、西罗珠单抗(Sibrotuzumab)、Simtuzumab、Tacatuzumab、替加珠单抗(Tigatuzumab)、曲妥珠单抗(Trastuzumab)、Tucotuzumab、万多妥珠单抗(Vandortuzumab)、Vanucizumab、维妥珠单抗(Veltuzumab)、沃瑟妥珠单抗(Vorsetuzumab)、索非妥珠单抗(Sofituzumab)、卡妥索单抗(Catumaxomab)、厄马索单抗(Ertumaxomab)、迪妥昔珠单抗(Depatuxizumab)、昂妥昔珠单抗(Ontuxizumab)、布隆妥维单抗(Blontuvetmab)、坦妥维单抗(Tamtuvetmab)或它们的抗原结合性变体。如本文所用，术语“变体”是指这样的抗体，其结合到特定的同源抗原(cognate antigen)但具有比亲本抗体更少或更多的氨基酸，相对于亲本抗体具有一个或更多个氨基酸替代，是亲本抗体的单链变体(例如scFv变体)，或它们的任意组合。
在某些实施方案中，特异性结合成员是适配体、核酸(例如，DNA、RNA或核酸类似物)。
在某些实施方案中，特异性结合成员是适配体或核酸(例如，DNA、RNA或核酸类似物)，其靶向CD206的序列。在某些情况下，特异性结合成员靶向CD206的序列，该序列选自：NFGDLVSIQSESEKK，NDAQSAYFIGLLISL，SKEKETMDNARAF和EDENCVTMYSNSGFWN。在某些情况下，适配体或核酸(例如，DNA、RNA或核酸类似物)靶向CD206的NFGDLVSIQSESEKK序列。在一些情况下，适配体或核酸(例如，DNA、RNA或核酸类似物)靶向CD206的NDAQSAYFIGLLISL序列。在一些情况下，适配体或核酸(例如，DNA、RNA或核酸类似物)靶向CD206的SKEKETMDNARAF序列。在一些情况下，适配体或核酸(例如，DNA、RNA或核酸类似物)靶向CD206的EDENCVTMYSNSGFWN序列。
缀合化合物
在本公开内容的某些实施方案中，CD206结合剂与一种或更多种其他活性剂化合物(如上述用于联合治疗的一种或更多种活性剂)缀合。在一些情况下，CD206结合剂可以与两种或多种其他活性剂化合物(例如3种或更多种并且包括5种或更多种)缀合。CD206结合剂可以例如通过氢键或离子相互作用与一种或更多种活性剂缀合。在其他实施方案中，CD206结合剂以一个或更多个共价键与一种或更多种活性剂缀合。CD206结合剂可直接结合至活性剂或者可以通过一个或更多个接头结合至活性剂，其中在某些情况下，CD206结合剂和活性剂通过连接性的化学成分(linking chemistry)而结合，所述连接性的化学成分包括但不限于不限于，马来酰亚胺/硫醇、琥珀酰亚胺酯(NHS酯)/胺、叠氮化物化学成分、羧基/EDC(1-乙基-3-[3-二甲基氨基丙基]碳二亚胺盐酸盐)/胺、胺/磺基-SMCC(磺基琥珀酰亚胺基4-[N-马来酰亚胺甲基]环己烷-1-羧酸酯)/硫醇，以及胺/BMPH(N-[β-马来酰亚胺丙酸]酰肼·TFA)/硫醇。
筛选方法
本公开的方面还包括分析法，其被配置用于鉴定可用于本发明的方法中的药剂，例如，如上文所述。本公开的方面包括用于鉴定候选药剂的与CD206的活性调节结构域结合的能力的方法。在一些情况下，所述方法包括：使包含CD206的巨噬细胞与化合物接触；并确定该化合物是否与CD206的活性调节结构域结合。在一些情况下，所述方法进一步包括确定与化合物结合的CD206的活性调节结构域。以评估或确定的方式意味着至少预测给定的测试化合物将具有期望的结合，因此可能需要在附加的分析(例如动物模型和/或临床分析)中进一步测试该化合物。
在某些情况下，巨噬细胞是在CD206的活性调节结构域中包含一个或更多个突变的巨噬细胞。在某些情况下，CD206的活性调节结构域选自CD206的纤连蛋白II结构域、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域4(CRD4)以及CD206的C-型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。在某些情况下，化合物与CD206的CRD5活性调节结构域结合。在某些情况下，化合物与CD206的纤连蛋白II活性调节结构域结合。在某些情况下，化合物与CD206的CRD3活性调节结构域结合。
候选化合物可以是：免疫调节肽、小分子或如本文所述的特异性结合成员(例如，抗体)。在一些情况下，所述确定步骤包括检测细胞参数，其中与未接触候选化合物的细胞相比，细胞中参数的变化表明候选化合物特异性地与CD206的活性调节结构域结合。
化合物筛选可以利用体外模型、遗传改变的细胞、微生物或纯化的CD206蛋白来进行。人们可以识别与先导试剂竞争、调节或模拟其作用的配体。筛选鉴定与CD206基序的特定结构域结合的化合物。可以为此目的使用多种分析法，包括标记的体外结合分析、电泳迁移率变动分析、用于蛋白质结合的免疫分析等。CD206的3维结构的知识和本文提供的实验数据也可以得出对与CD206活性调节结构域特异性地结合的化合物的合理设计。
如本文所用，术语“化合物”描述具有与CD206的活性调节结构域结合的能力的任意分子，例如免疫调节肽、小分子、特异性结合成员(例如，抗体或其片段)。通常，以不同的药剂浓度平行运行多个分析混合物以获得对各种浓度的不同响应。通常，这些浓度中之一用作阴性对照，即在零浓度或低于检测水平的浓度。
候选化合物包括许多化学类别，诸如寡核苷酸、抗体、肽、多肽和有机分子，例如分子量大于50且小于约2,500道尔顿的小的有机化合物。候选试剂包含与蛋白质在结构上相互作用所必需的官能团，特别是氢键，并且通常包括至少一个胺、羰基、羟基或羧基基团，优选至少两个化学官能团。候选的小分子化合物通常包含被一个或更多个上述官能团取代的环状碳或杂环结构和/或芳族或多芳族结构。候选化合物也可见于生物分子之中，包括肽、糖类、脂肪酸、类固醇、嘌呤、嘧啶、衍生物、结构类似物或它们的组合。
候选化合物获得自多种来源，包括合成或天然化合物库。例如，有多种方法可用于随机和定向合成各种有机化合物和生物分子，包括随机化的寡核苷酸和寡肽的表达。或者，细菌、真菌、植物和动物提取物形式的天然化合物文库是可用的或容易产生的。此外，天然或合成产生的文库和化合物很容易通过常规化学、物理和生物化学手段进行修饰，并可以用于产生组合文库。可以对已知的药剂进行定向或随机的化学修饰，诸如酰化、烷基化、酯化、酰胺化等，以产生结构类似物。在某些实施方案中感兴趣的是通过血脑屏障的化合物。
在筛选分析是结合分析的情况下，可以使一种或更多种所述分子结合到信号产生系统的成员(例如，标记)，其中标记可以直接或间接地提供可检测的信号。各种标记包括但不限于：放射性同位素、荧光剂、化学发光剂、酶、特异性结合分子、颗粒，例如磁性颗粒等。特异性结合分子包括配对，诸如生物素和链霉亲和素、地高辛和抗地高辛等。对于特异性结合成员，根据已知程序，通常用提供用于检测的分子来标记互补成员。
筛选分析中可以包括多种其他试剂。这些包括如盐、中性蛋白质(例如白蛋白)、去污剂等的试剂，例如用于促进最佳蛋白质-蛋白质结合和/或减少非特异性的或背景相互作用。可以使用提高分析效率的试剂，诸如蛋白酶抑制剂、核酸酶抑制剂、抗微生物剂等。以提供必需的结合的任意顺序来添加组分的混合物。温育在任意合适的温度下进行，通常在4至40℃之间。针对最佳活性来选择温育时段，但也可以优化温育时段以利于快速高通量筛选。在某些情况下，在1至48小时之间已足够。
在一些实施方案中，在约1至约1000微摩尔化合物浓度，诸如约10至约500微摩尔或约10至约100微摩尔的浓度下执行筛选步骤。在一些情况下，评定每种化合物的剂量响应曲线。在某些情况下，评定化合物在单一浓度下的结合。
组合物
在实施方案中，根据本公开内容用于治疗受试者的组合物可以根据本领域已知的和文献中普遍记载的任意常规方法予以配制。因此，活性成分(例如，如本文所述的CD206结合剂)可以可选地与其他活性物质、与一种或更多种适合于组合物的特定用途的常规药学上可接受的载体、稀释剂和/或赋形剂等一起掺入，以生产适用于或可以被制成适用于给药的常规制剂。它们可以配制成液体、半固体或固体、液体溶液、分散体、混悬液等，这取决于预期的给药方式和治疗应用。在一些实施方案中，本发明的组合物被制备成可注射或可输注的溶液的形式。
在某些实施方案中，CD206结合剂组合物可以包括载体蛋白，如血清白蛋白(例如，HSA、BSA等)。血清白蛋白可以是经纯化的或重组产生的。通过使药物组合物中的CD206结合剂与血清白蛋白混合，CD206结合剂可以被有效地“加载”到血清白蛋白上，从而使更大量的CD206结合剂成功地。
在本发明治疗方法的某些实施方案中，经由多种途径中的任意一种予以施用，所述途径包括静脉内(IV)、肌内(IM)、动脉内、髓内、鞘内、皮下(SQ)、心室内、经皮、皮间(interdermal)、皮内、瘤内、气管内滴注、支气管滴注和/或吸入；作为鼻喷雾剂和/或气雾剂，和/或通过门静脉导管。在某些实施方案中，可以使用静脉注射或输注。可以使用任意合适的给药部位。例如，本发明的组合物可以在需要作用的部位局部和直接给药，或者可以与将有助于靶向身体的适当位置的实体连接或以其他方式(例如，缀合)相关联。
在某些实施方案中，本发明的组合物中可以使用任意生理相容的载体、赋形剂、稀释剂、缓冲剂或稳定剂。合适的载体、赋形剂、稀释剂、缓冲剂和稳定剂的实例包括水、盐水、磷酸盐缓冲盐水、葡萄糖、甘油、乙醇等中的一种或更多种，以及它们的组合。在一些情况下，可以包括等渗剂，例如糖、多元醇(例如甘露醇、山梨糖醇)或氯化钠。在某些实施方案中，本发明的组合物可以被这样配制，从而在通过采用本领域公知的方案向对象给药之后提供活性成分(肽A、肽B或它们的变体和/或附加的药物)的快速、持续或延迟释放。如上所述，在某些实施方案中，组合物为适合注射的形式并且合适的载体可以以任意合适的浓度存在，但示例性浓度在1％至20％或者5％至10％之间。
治疗组合物通常必须在制造和储存条件下是无菌且稳定的。实现这种无菌性和稳定性的适当方式在本领域中是众所周知的并且有记载。
药物组合物通常以单位剂型配制以为了易于给药和剂量均匀。然而，应当理解，本发明组合物的每日(或其他)总用量将由主治医师决定在合理的医学判断范围内。对于任意特定对象的具体治疗有效剂量水平将取决于多种因素，包括所用组合物的活性；给药后组合物的半衰期；对象的年龄、体重、一般健康状况、性别和饮食；给药时间、给药途径以及肽A的排泄率和(如果使用)所使用的附加治疗剂；治疗的持续时间；与所使用的特定化合物组合使用或偶合使用的药物；以及医学领域众所周知的类似因素。此外，有效剂量可以从来源于体外和/或体内动物模型的剂量响应曲线中推断出来。
因此，CD206结合剂和其他活性成分(如果包括的话)的合适剂量将因患者而异。在一些实施方案中，取决于所涉及的治疗的性质，所述剂量构成治疗有效量或预防有效量。CD206结合剂在个体中引发所需反应的能力也是一个因素。示例性的日剂量是：0.1至250mg/kg，或0.1至200或100mg/kg，或0.5至100mg/kg，或1至50或1至10mg/kg的活性成分。这可以作为单个单位剂量或作为多个单位剂量每天例如皮下、腹膜内或静脉内给药超过一次来进行。然而，需要注意的是，适当的剂量可能因患者而异，并且对于任意特定的受试者，应根据患者的个体需要随时间来调整具体剂量方案。因此，本文中阐述的剂量范围被视为示例性的并且不旨在限制要求保护的组合物或方法的范围或实践。
试剂盒
一方面，本公开进一步提供CD206结合剂、或以CD206结合剂配制的组合物的试剂盒。试剂盒可以包括一种或更多种其他要素，包括但不限于使用说明；其他治疗剂(用于联合治疗)；用于制备可施用组合物的其他试剂例如稀释剂、装置或其他材料；药学上可接受的载体；以及用于施用至受试者的装置或其他材料。使用说明可以包括治疗应用的说明，包括建议的剂量和/或给药方式，例如在人类受试者中，如本文所述。在一些实施方案中，所述试剂盒用于如本文所述的方法和用途，例如，治疗、诊断或成像方法，或用于体外测定或方法。在一些实施方案中，此类试剂盒中的肽或变体可以是缀合物，例如可以缀合至可检测部分(detectable moiety)。
示例
示例1：生物物理同源性筛选
天然宿主防御肽(HDP)以10至40个氨基酸的短α-螺旋或β-折叠形式存在，并且经常具有二分两亲电荷分布，其中氨基酸簇具有沿着具有疏水性残基的氨基酸的相对平面排列的极性电荷。使用Molly font对431α-螺旋抗菌肽(AMP)和HDP数据库(http://aps.unmc.edu/AP/main.php)进行筛选，假设自然产生的HDP中的系统发育保守结构域具有重要的先天免疫功能，并且这样选择的结构/功能范式域可以被分离并优化而用于设计新的治疗方法。
代替使用一级氨基酸比对的同源性比较，Molly字体(Molly HydrophobicityWheel(Molly疏水轮))评估三个关键的生物物理特征：疏水性、氨基酸的静电荷和氨基酸空间体积，以通过其独特的保守生物物理性质来检测结构同源性(图1A)。在筛选出的431种已鉴定的肽中，发现129种肽或30％具有保留的10氨基酸结构域，与具有两亲表面拓扑结构的二级α-螺旋结构的结构决定因素一致(表4)。在人类胶原蛋白和各种微生物毒力因子中也鉴定出生物物理学上相似的序列，这可能指示了参与保守的、共有的先天免疫功能的肽结构(图2和表4)。
表4
A
Figure BDA0003380313180000791
B
HDP 序列 毒力 序列
CEC-F1 IFKKIERVGQ AVP1-F EKLSAFRNFF
CEC-F2 LFKKIEKVGQ CTPR-F AVRRLAQRLA
LL37-F1 FFRKSKEKIG MPCP-F KEFLAFKRFF
LL37-F2 IGKEFKRIVQ TPRO-F IENAAFKRFF
PLEU-F FFKKAAHVGK PTTM-F GFRELFRQLD
PSEU-F ALKKVFQGIH gp120-F AIRRIPRRIR
MAG-F1 FLHSAKKFGK FLAB-F MVFRDVGNRN
CATH-F LKKALPVAKK 胶原蛋白 序列
MAG-F2 HSAKKFGKAF COLI-F DRGIKGHRGF
LL37-F3 RIKDFLRNLV COLIV-F LRGQKGDRGF
LL37-F4 RIVQRIKDFL COLV-F EAGEKGDQGL
DHDP 序列 COLVI-F VLDAIRRLRL
RP-182 KFRKAFKRFF COLVII-F HVVQRGEHSL
RP-426 KARKAAKRAF COLXVIII-F IVRRADRAAV
表5
Figure BDA0003380313180000801
针对原始保守的10mer序列的最大两亲性来优化合成的设计RP-182，通过增大疏水性(疏水矩向量<μ>)和正电荷密度，如Molly字体(图3)所示。RP-426被设为对照，以测试疏水性对活性的影响。
接下来，为了鉴定RP-182的推定结合配偶体的可能先导物并检查RP-182和原始的10mer同源序列是否具有共同的先天防御调节功能，我们对人C型凝集素受体进行了计算机对接(in silico docking)研究，所述受体是HDP的靶受体和高等生物先天免疫过程的主要调节剂。动物凝集素数据库(http://www.imperial.ac.uk/research/animallectins/ctld/mammals/humanvmousedata.html)包含86个含有膜相关的人类C型凝集素样结构域(CTLD)的蛋白质，其中有24种可用的晶体结构。使用
Figure BDA0003380313180000802
探查所述晶体结构与RP-182和来自23个代表性HDP、毒力因子和体内胶原序列的生物物理相似的10mer肽片段的结合(图4)。图5显示了对RP-182具有最高预测结合亲和力的十种含CTLD的蛋白质，图6显示了其他10mer同源基序的最优受体/配体组合的结合亲和力，将甘露糖受体1(MRC1/CD206)确定为具有最高的电子(in silico)亲和力的靶标。MRC1/CD206是第6组C型凝集素受体家族的成员，并且在配体结合时或在周围环境中的pH值降低时，会经历从开放、“伸展”到闭合状态的构象变化(图7A)。
接下来，创建了源自I-TASSER的全长人类CD206的计算机模型，我们将其与小角X射线散射(SAXS)数据比对(图7B-D)。通过SAXS数据估算的分子量显示CD206在溶液中形成二聚体(图7B)。基于作为单体的模型1的CD206二聚体实现了与SAXS实验数据的最佳拟合(最小χ2)(图7C-D)。因此，选择模型1并用于重复对接研究，该研究证实全长CD206是RP-182以及具有生物物理同源性的10mer肽序列中除了两个之外的全部肽序列的最优结合配偶体(图4)。根据模型1，
Figure BDA0003380313180000811
预测RP-182会嵌入CRD5的空腔中，并经由CRD4内的三个等距间隔的脯氨酸(P722、P733和P744)接合。P760充当支点，使CRD4“手柄”弯曲并卷入受体，诱导受体的闭合、“球状”状态(图8A-B)。
为了证实上述结合研究，与RP-182和对照一起温育，通过电子显微镜观察来确定开放与封闭CD206颗粒的第一比率。在与RP-182温育时，CD206的开放、“伸展”构象转变为闭合、“球状”构象(图9A-B)。诱导CD206闭合构象的RP-182的半数最大有效浓度(EC50)测量为约11μM，(图10)。来自肽LL37F1或AVP1的10mer同源基序，预测与CD206的结合较差，与肽RP-832C和RP-182相比，具有较低的闭合与开放构象的比率，预测它们以更高的亲和力(分别为-1,146和-877kcal/mol)结合(图11和12A-C)。
接下来，使用微量热泳动(MST)，测量RP-182与人CD206的结合并确定KD为约8μM。RP-426对CD206的结合亲和力低约十倍(KD＝85μM)(图13)。RP-182与鼠CD206结合的KD为约19μM。通过细胞热位移分析(CETSA)在极化为表达CD206的M2表型的骨髓来源的巨噬细胞上证实了RP-182(而不是对照肽RP-426)与人和鼠巨噬细胞中的内源性CD206的结合(图14A-D)。CETSA通过在基于细胞的环境中靶蛋白的热稳定性转变来评估配体的靶标接合。与媒介物对照相比，与RP-182而非RP-426温育的人和鼠M2极化巨噬细胞显示出CD206的热稳定性发生变化(>4度)，表明RP-182和CD206受体在自然环境中的相互作用(图14A-D)。
为了进一步绘制RP-182的结合区域，对与RP-182衍生物NCGC-00510434交联的重组CD206进行质谱研究。NCGC-00510434，其显示出与野生型RP-182相似的、KD与重组CD206的结合，包含双吖丙啶取代的苯丙氨酸和C-末端连接的生物素(图15A-B)。用NCGC-00510434下拉的经胰蛋白酶消化的CD206的片段分析，鉴定了CRD5序列NFGDLVSIQSESEKK，其被与以下进行比对：与NCGC-00510434共价交联然后进行肽片段的消化、下拉和测序的CD206的肽分析，以及先前由计算机研究预测的使用CD206 SAXS结构作为RP-182的结合区的CRD5基序的肽分析(图16)。
总之，RP-182是来源于保守同源序列的合成HDP，该序列在涉及先天免疫过程的多种肽和蛋白质调节剂中发现。它选择性地诱导甘露糖受体MRC1/CD206从开放状态到闭合状态的构象转换，这不同于与较低pH值相关的CRD3的构象变化或胶原蛋白与纤连蛋白II结构域的结合。
示例2：RP-182对细胞功能的影响
发现RP-182在人和鼠M2巨噬细胞中诱导吞噬、自噬和细胞凋亡的程序。
为了研究RP-182结合和所诱导的CD206构象变化对细胞功能的影响，首先通过全局RNASeq分析考查RP-182的作用。经媒介物和RP-182处理的M2 BMDM之间的基因表达变化的火山印迹分析显示差异化表达的基因(DEG)偏向于上调。排前八的DEG中的七个是经典促炎M1表型的细胞因子或调节剂，在处理2小时后表现出≥10至100倍的增高的表达水平(图17)。极化为M1和M2表型的鼠骨髓来源的巨噬细胞(BMDM)的髓样祖细胞中的RP-182处理后的转录组变化选择性地发生在M2极化的巨噬细胞中，用RP-182处理2小时后在M1巨噬细胞中无差异表达的基因、6小时后6个DEG、以及24小时后8个(图18)。
Figure BDA0003380313180000821
GO功能富集和网络分析鉴定了在RP-182处理的M2 BMDM中上调炎症和巨噬细胞活化的途径，包括C型凝集素受体、NF-kB、TNF或Toll样受体(TLR)信号传导(图19)。
在基因集富集分析(GSEA)后通过Leading Edge分析鉴定的最常展现的基因被输入Pathway
Figure BDA0003380313180000822
其鉴定胞吞作用、吞噬作用、自噬和细胞凋亡的过程是M2巨噬细胞中受RP-182影响最多的生物学通路(图20)。与仅珠粒的对照相比，在用RP-182处理10分钟后下拉的CD206复合物中的结合配偶体的蛋白质组学分析显示与类似细胞过程有关的蛋白质富集(图21A、图4和图21B-E)。
为了证实上述分析的结果，通过电子显微镜评估BMDM并且其被极化为M1和M2。RP-182在M2-而非M1-极化的BMDM中诱导吞噬体(图22)。M2选择性诱导吞噬作用通过早期和晚期内体标志物(endosomal marker)Rab5a和Rab7以及溶酶体相关膜蛋白1(LAMP-1)的上调得到证实(图23)。经RP-182处理，在细胞质中越来越多地检测到CD206并且其诱导与CD206共染色的Rab7阳性吞噬体，结果与已知的甘露糖受体内化作用一致(图24)。在用RP-182处理时在M2表型中选择性诱导吞噬体同样在从健康志愿者分离的M2极化CD14+外周单核细胞中(图25A-B)以及在与来自癌细胞的条件培养基共培养后极化为“离体TAM样”表型的BMDM中(图26)被观察到。对照肽RP-426不诱导吞噬作用(图27A-B)。RP-182激活NF-kB信号传导(图28和图29)。
接下来，将处理时间延长至24小时，并在几个时间点测量对自噬和细胞凋亡的诱导。RP-182依次诱导M2巨噬细胞中的吞噬作用、自噬和细胞凋亡，而对M1细胞则无影响(图30和图31和图32)。RP-182还诱导切割的半胱天冬酶3和半胱天冬酶7，它们是活化的半胱天冬酶8的已知的下游底物(图33)。在使用双染色细胞活力测定法、暴露于增高浓度的RP-18248小时的情况下，RP-182导致M2-而非M1-极化的巨噬细胞的减少，对于人M2和鼠M2计算的效力(IC50)分别为1.1和3.4μM(图34和图35)。对照肽RP-426不显示任何活性(图36)，并且RP-182不影响间充质干细胞、鼠和人癌细胞、成纤维细胞或内皮细胞和D2.4树突细胞的生长(图37)。
示例3：RP-182对M2巨噬细胞的影响
发现RP-182将M2巨噬细胞朝向M1样表型进行重编程。观察到用最高浓度的RP-182处理48小时后的活细胞分数大于CD206阴性细胞的初始分数(人M2巨噬细胞中最大反应后31％的活细胞vs 6.8％的CD206阴性细胞；M2 BMDM中17.2％活细胞vs 12.7％CD206阴性细胞)使我们考察了可能的RP-182第二种作用机制。据推测，被RP-182重编程到M1样表型的M2巨噬细胞可能会失去CD206表达并且不受RP-182的细胞杀伤功能影响。
使用M1标志物CD86和M2标志物CD206对活细胞进行门控的CD11b+F4/80+Gr-1-巨噬细胞的流式细胞术实验表明，经RP-182处理，在30分钟内快速诱导CD86的表达，同时CD86+CD206+双阳性巨噬细胞分数增加(87.8％vs 10.3％在媒介物处理的对照中)(图38和图39A-B)。24小时处理后，CD86表达之后是CD206表达的丢失，这导致10.6％的CD86+M1样级分不表达M2标志物CD206(图38)。用RP-182处理的M2 BMDM中CD86表达的增加伴随着M1细胞因子和标志物的上调，包括由M1巨噬细胞表达的IL-1β、IL-12、TNFα和诱导型一氧化氮合酶(iNOS)(图40A-C)。
在通过荧光激活细胞分选(FACS)分离的经RP-182处理的M2 BMDM中也观察到M1的诱导和M2标志物的丢失(图41)。M1细胞因子表达的增加是选择性地针对CD86+巨噬细胞而对于CD206+CD86-细胞则未观察到(图40A-C)。与媒介物处理的CD86-CD206+M2细胞相比，经诱导的M1样CD86+CD206-和双阳性CD206+CD86+巨噬细胞群显示针对PD-1(8.52％和18.6％vs 66.2％)和抑制性调节膜糖蛋白信号调节蛋白α(SIRPα)(2.81％和7.84％vs 16.9％)免疫检查点染色阳性的细胞数量减少(图42和图43)。由RP-182诱导的朝向M1的表型转变伴随着M1功能的升高，因为参与细菌吞噬作用(通常与M1表型相关的功能)的巨噬细胞的分数，在用RP-处理后从20.4％增加到81.3％。与媒介物对照相比，针对M1细胞因子TNFα和IL-12染色阳性的巨噬细胞分数增大(分别为19.4％和16.0％vs 4.97％，以及17.1％和12.7％vs5.74％)。
由RP-182诱导的朝向M1的表型转变伴随着增强的细菌吞噬作用，该功能更常与M1表型相关(图44)。值得注意的是，用RP-182处理后的重编程的M1样CD86+CD206-细胞巨噬细胞的凋亡率显著低于CD206+CD86-阳性和CD206+CD86+双阳性细胞，这可能表明(1)CD206阴性细胞逃避RP-182的直接细胞杀伤，并且(2)RP-182将M2巨噬细胞重编程到M1样表型(图45)。对RP-182诱导的NF-kB信号传导和先前显示由RP-182诱导的自噬这两者的药理学阻断抑制了RP-182的朝向M1表型的重编程作用(图46)。
为了考查由RP-182诱导的基因表达变化是否支持将M2 BMDM重编程到M1样表型，从RNASeq数据来分析基因表达矩阵。对从用RP-182处理的M1、M2和M2 BMDM中分离的RNA的全局RNASeq数据获得的基因表达矩阵的Pearson相关性分析表明，三个数据集之间具有高的相似度。使用先前描述的用于表征BMDM中巨噬细胞表型的M1 M2标志物集，在RP-182处理后，M2巨噬细胞显示出与未经处理的M1细胞相比更大的相似性(图47)。总之，除了在M2巨噬细胞中诱导吞噬作用、自噬和细胞凋亡外，合成的HDP RP-182还诱导朝向M1样表型的转变。
示例4：RP-182的作用机制
研究了RP-182的作用机制，表明该作用依赖于CD206并启动Rac1/Cdc42活化和IQGAP1募集。
当叠加RP-182处理的药效学读数时，RP-182的接近的EC50和IC50活性表明由共同的CD20靶标介导的共同作用机制(图48A)。为了表明RP-182的M2选择性作用确实依赖于MRC1/CD206，从B6.129P2-Mrc1tm1Mnz/J小鼠中分离出BMDM，它们缺乏CD206(24)。首先证实，除了CD206以外，在极化成M1和M2群体时，在CD206wt和CD206-/-BMDM之间M1和M2标志物的表达谱并无差异(图48B)。与来自野生型小鼠的M2极化巨噬细胞相反，从B6.129P2-Mrc1tm1Mnz/J小鼠分离的M2极化巨噬细胞未能显示出吞噬作用、自噬或细胞凋亡的诱导(图49)，对RP-182没有反应(图50)，并且显示在用RP-182处理时未诱导M1细胞因子(图50)。
为了更好地理解由RP-182诱导的下游MRC1/CD206信号传导机制，由用媒介物或生物素化RP-182处理的M2极化BMDM来再次讨论MRC1/CD206复合物的蛋白质组学分析(图50；图51))。先前的研究将生长因子受体结合蛋白2(GRB2)鉴定为甘露糖CD206受体的细胞内信号传导衔接分子，分枝杆菌对CD206受体的活化通过GRB2募集以及Rac1/CDC42/Pak1信号级联的活化诱导了吞噬作用，其调节因子GRB2在从RP-182处理的BMDM中下拉的CD206中高度富集。M2巨噬细胞中的共免疫沉淀和免疫印迹研究表明RP-182与CD206的结合募集GRB2并活化Rac1/CDC42/Pak1信号传导(图52A-B)。作为对照，我们测试了经RP-182处理的M2巨噬细胞中的磷酸化AKT水平，没有发现该途径的活化。含IQ基序的GTP酶活化蛋白1和2(IQGAP1和2)(它们在从RP-182处理的细胞中下拉的CD206复合物中与对照相比富集了9倍和76倍)之前已被证明是小GTP酶Rac1/CDC42在使GTP-结合稳定的细胞骨架动力学方面、Rac1/CDC42的活性状态的效应子，并参与胞吞作用/吞噬作用。在M2 BMDM中，RP-182在10分钟内增加了IQGAP1与CD206复合物的结合并诱导了膜募集(图53)。Rac1/CDC42信号传导的阻断消除了RP-182诱导的IQGAP1膜转位和吞噬作用的诱导(图54A-B)。用自噬抑制剂处理阻止了RP-182诱导的LC3表达的诱导，但不影响半胱天冬酶8的诱导，这表明半胱天冬酶8的活化(在NF-kB抑制剂存在时不会发生)不是自噬溶酶体级联反应的一部分，而是通过由Rac1/CDC42-Pak1信号传导活化介导的NF-kB活化来驱动的(图55A-B和图56)。事实上，细胞凋亡的诱导是通过RP-182诱导的自分泌TNFα信号传导介导的，该信号传导由NF-kB活化触发。TNFα信号传导的阻断消除了对半胱天冬酶8和半胱天冬酶3活化的诱导，而来自经RP-182处理的M2BMDM的条件培养基激活了细胞凋亡，这在抗TNFα抗体存在时未观察到(图57)。
这些数据表明，RP-182与CD206的结合募集了GRB2和Rac1/CDC42效应子IQGAP1并活化了促进吞噬作用和自噬的Rac1/CDC42/Pak1信号传导，并协同刺激了与通过自分泌TNFα信号传导诱导细胞凋亡相关的NF-kB信号传导(图55A-B)。
示例5：CD206表达状态与瘤内免疫的关联
评定了CD206表达状态与瘤内免疫的关联，并且发现CD206高表达状态与人和鼠胰腺癌中降低的瘤内免疫相关。
CD206表达状态作为M2巨噬细胞群的代表在临床胰腺癌切除样本中差异很大(图58和图59)。与具有基因集GSE28735的匹配未受累正常胰腺相比，CD206在临床胰腺癌样本的三个可用独立基因表达集中的两个中过度表达，显示出肿瘤中的CD206表达更高的趋势(基因集GSE15471、GSE16515和GSE28735；图60)。
在CD206高的临床病例中胰腺癌患者的总生存率(OS)更糟糕(HR 1.87，95％置信区间(CI)1.165至2.813；时序检验；p＝0.003)(图61)。按CD8转录水平来测量的浸润性CD8+T细胞使具有高M2样群体的临床病例的结局进一步分离(HR 6.09，95％CI，1.338至10.16；时序检验；p＝0.0006)(图62)。
为了考查CD206高病例中的不良疾病结局是否得到人胰腺癌或各种实体器官癌中的免疫亚群相关性(immune subpopulation correlations)支持，在TCGA泛癌和胰腺癌数据集中研究了肿瘤内巨噬细胞亚群和肿瘤内CD8+T细胞功能代表物的相关性。在选择了具有高M2级分和低丰度M1样巨噬细胞的肿瘤后，存在与CD8转录物以及CD8+T细胞功能的测量值(包括两种先前描述的T细胞活化反应特征的低表达)的负相关(图63A-B)。为了进一步研究CD206与临床结果的关联，我们在CD206缺陷型B6.129P2-Mrc1tm1Mnz/J小鼠中引发了鼠胰腺癌。
KPC CD206-/-vs CD206野生型同种异体移植物的存活期存在明显差异，其中CD206缺陷型肿瘤显示延长的总存活期(KPC CD206-/-vs CD206野生型的中位OS，32天vs25天；p＝0.0278；图64)。CD206-/-小鼠中的KPC肿瘤显示没有CD206表达，并且与人类癌症样本中CD206高和CD8T细胞功能的负相关性一致，相比于在CD206健全型(CD206-proficient)C57B/L6野生型小鼠中产生的KPC肿瘤，显示出肿瘤内CD8+T细胞数量显著增加(图65)。总之，CD206阳性M2样TAM与肿瘤内T细胞功能呈负相关。与CD206野生型小鼠中产生的肿瘤相比，同种异体移植到CD206缺陷型B6.129P2-Mrc1tm1Mnz/J小鼠中的胰腺癌减缓了癌症进展，并具有免疫原性特征，包括在人类CD206低肿瘤中观察到的肿瘤内CD8+T细胞的增加。与在野生型小鼠中生长的KPC肿瘤相比，CD206-/-小鼠中的KPC肿瘤吸引了相同数量的TAM，值得注意的是，CD206-/-小鼠的TAM群体中出现了显著朝向M1样表型的转变(图66)。
示例6：RP-182对肿瘤和肿瘤微环境的影响
研究了RP-182对肿瘤的影响，发现RP-182介导抗肿瘤活性并重编程肿瘤微环境。在原位基因工程化Ras(autochthonous genetically engineered Ras)驱动的KP16和KPC胰腺癌模型中测试RP-182。Kaplan-Meier分析和肿瘤生长测量显示RP-182单一治疗的生存期的延长和抗肿瘤活性，与吉西他滨在生存期和肿瘤抑制方面产生相似的收益(中位总生存期(OS)在经媒介物vs RP-182治疗的KPC动物中为20.5天vs 32天；p＝0.0125，并且在KP16动物中27天vs 31.5天；p＝0.0241)(图67A-B)。与单药治疗相比，RP-182和吉西他滨联合治疗的动物在两种模型中都实现了生存期极大延长，联合组(combination cohort)的结果则得到改善(分别地，吉西他滨vs联合组在KP16小鼠中为34天vs 44天；p＝0.0006并且在KPC中为24.5天vs 42.6天；p＝0.0002)(图67A-B)。在研究终点采集的肿瘤组织显示减少的基质(stromal)CD206阳性巨噬细胞和减少的核Ki67表达(图68)。RP-182诱导E-钙粘蛋白表达并降低上皮-间充质转化(EMT)标志物波形蛋白的表达(图69)。
在体外，当巨噬细胞用RP-182预处理时，与媒介物对照相比，在与M2 BMDM共培养后诱导的鼠胰腺癌细胞中EMT标志物波形蛋白和SNAIL的表达降低(图70)。对来自单独用RP-182治疗和RP-182与吉西他滨联合治疗7天的KP16小鼠的肿瘤消化物的流式细胞术研究证实，在以RP-182治疗和RP-182与吉西他滨联合治疗的小鼠中M2样TAM级分降低(分别地，10.3％vs 4.61％，p＝0.001和10.3vs 3.91％，p＝0.0003)(图71)。RP-182还降低了免疫抑制性CD4阳性调节T细胞(Treg)，并与吉西他滨联合来降低了髓源性抑制细胞(MDSC)(8.75vs 4.99％，p＝0.015)。单独或与吉西他滨联合，RP_182使瘤内CD8+T细胞增多(分别为1.74vs 3.40％，p＝0.032和1.74vs 4.99％，p＝0.020)(图71和图72)。MDSC群体的减少几乎只发生在CD206高单核细胞MDSC亚群中，而CD206低多形核MDSC没有显示出任何变化(图73)。
接下来，从经治疗的鼠KPC和KP16胰腺肿瘤中分离出等量的TAM，并评价它们对T细胞功能的影响。虽然从经媒介物处理的动物中分离的TAM不会诱导干扰素γ(INFγ)释放的增加，但从经RP-182治疗或RP-182与吉西他滨联合治疗的动物中分离的TAM显示出激活T细胞功能(图74)，表明该TAM群向抗肿瘤、促炎性M1样表型的转变。实际上，从RP-182治疗动物的肿瘤中分离出的TAM的基因表达分析和该TAM群的流式细胞术分析证实了在RP-182给药的动物中从M2级分降低转变为M1级分增高(图75和图76)。在RP-182诱导的双阳性CD86+CD206+和CD86+CD206-M1样细胞中观察到针对M1细胞因子IL-1β、IL-12β、TNFα和M1标志物iNOS染色阳性的巨噬细胞级分增高，但在CD86-CD206+M2样TAM未观察到(图77)，该发现与体外M2BMDM上观察到的RP-182重编程效应一致。
与RP-182的体外作用机制一致，在经RP-182vs媒介物处理的肿瘤中，切割的半胱天冬酶3、Rab7和LAMP-1阳性TAM级分明显更高(分别为10.9vs 72.1％，2.7vs19.8％，3.9vs9.2％)(图78)。由于CD11b-CK19-9+癌细胞仅表现出很小的变化或没有变化(图79)，所以诱导细胞凋亡和吞噬作用针对CD11b+F4/80+Gr-1-巨噬细胞来说是选择性的。此外，当将先前从经RP-182处理vs未处理的M2 BMDM获得的差异表达基因(DEG)集应用于来自KPC肿瘤消化物的单细胞的全转录组分析时，在由经处理组形成的TAM细胞簇中存在显著的在体外通过RP-182而改变的基因的富集(图80)。用标志物LC3和CD206对RP-182处理的肿瘤进行的双重染色表明，RP-182诱导了CD206阳性TAM中自噬体的形成，其表型模拟了体外的人和鼠M2样巨噬细胞中被诱导的LC3表达(图81)。在经RP-182预处理的M2 BMDM的瘤内体内转移时，RP-182诱导的M2巨噬细胞变化与肿瘤生长限制作用有关(图82)。
示例7：RP-182与免疫检查点抑制的协同作用以及对抗肿瘤免疫原性和疾病结局 的影响
通过在与KPC和KP16癌细胞共培养时经由干扰素γ(INFγ)释放测量抗原识别和T细胞活化来考查RP-182对瘤内T细胞功能的影响(EliSpot分析)。与从用媒介物对照处理的动物分离的T细胞相比，用RP-182治疗的动物和RP-182与吉西他滨联合治疗的动物的肿瘤内T细胞在与癌细胞共培养时显示出显著更强的活化，这表明RP-182治疗后肿瘤抗原识别的改善(图83)。T细胞功能改善对于从肿瘤中分离的T细胞来说是选择性的，而且在从脾脏中分离的T细胞中则无法观察到。
为了将上述提高的肿瘤细胞识别与观察到的体内抗肿瘤活性联系起来，在耗尽CD8+T细胞的小鼠中利用RP-182和吉西他滨治疗重复进行功效研究。与用同型对照(isotype control)处理的小鼠相比时，没有CD8+T细胞并用RP-182和吉西他滨治疗的小鼠显示存活期延长减少，表明CD8+T细胞参与RP-182的作用机制(图84)。在用RP-182治疗后，鼠胰腺癌在CK19阳性癌细胞上显示出增加的PD-L1表达(图85)。为了测试这些升高的检查点表达水平是否可以被开发用于联合治疗，以及经由RP-182的抗TAM治疗是否可能在未知对单药抗PD-1/PD-L1治疗有反应的胰腺癌中与PD-L1免疫检查点抑制协同作用，将RP-182与抗PD-L1治疗进行联合。与单药治疗相比，该组合的抗肿瘤活性增强(p＝0.0215)(图86)。
接下来，考查了上述抗肿瘤活性是否扩展到其他的癌症模型，包括源自患者的异种移植模型。RP-182减少了CT-26结肠肿瘤和鼠B16黑色素瘤的生长，显示出与标准抗CTLA4检查点治疗相同的功效(图87)。使用来自NCI的患者来源的模型库(PDMR；https://pdmr.cancer.gov/)的先前已基因分型的人胰腺癌组织，生成了具有CD206高和CD206低表达水平的患者来源的异种移植物(PDX)，并用媒介物、对照肽RP-426或RP-182进行处理。虽然与媒介物和RP-426对照相比，RP-182在CD206高的PDX模型中减少了肿瘤生长，但在CD206低的模型中没有影响。
考虑到CD206阳性、选择性活化的巨噬细胞参与其他疾病过程，接下来在博莱霉素肺纤维化模型中测试了RP-182。用RP-182治疗导致动物体重增加并提高总存活率和减少肺纤维化(图88A-C)。相关肺组织研究显示出通过CD206的表达水平测量的M2样巨噬细胞减少(图89)。这些发现表明RP-182调节若干种鼠类和人类癌症模型中的巨噬细胞活性，并且可能包括由CD206阳性巨噬细胞驱动的非癌性疾病模型，总体上表明具有广泛的适用性。CD206表达状态可能有助于未来选择最有可能产生响应的肿瘤。
示例8：RP-182对M1样巨噬细胞吞噬癌细胞的影响
为了证实RP-182在全身给药后能够有效地接合胰腺肿瘤中的CD206阳性靶细胞，KPC小鼠被给药20mg/kg的带有生物素的RP-182。采集、包埋肿瘤并用抗CD206抗体探针和AlexaFluor-链霉亲和素共染色以检测肿瘤内RP-182(NCGC-00510434；图15B)。多色共聚焦显微镜测量在切片线性距离(以μm为单位)上的染色强度，显示出RP-182与CD206阳性细胞在胰腺KPC肿瘤的微环境中显著的共定位，表明RP-182与其靶标结合(图90)。器官中AlexaFluor480-RP-182的光子异种定量(Photon xenogene quantification)显示出与其他器官相比在肿瘤和肾脏中的明显富集(图91)。高达每天30mg/kg剂量的RP-182的连续给药14天毒性研究未显示给药动物的全血血液学变化或全身或选择性器官重量的任何变化。
与其对其靶标CD206和表达CD206的M2巨噬细胞的选择性一致，用RP-182治疗介导了同种异体移植KPC肿瘤的C57BL/6野生型小鼠的存活率增加，但在RP-182靶标受体缺乏的带有KPC肿瘤的CD206缺陷型B6.129P2-Mrc1tm1Mnz/J小鼠中则不然(图92)。与图67B所示的原位KPC肿瘤相比，RP-182对总生存率的影响较小，可能是由于自发性KPC肿瘤和由同种异体移植细胞生成的KPC肿瘤之间的差异。在初步毒性实验中，RP-182未在给药动物的全血中产生可辨别的血液学变化或全身或选择性器官重量的任何变化(图93)。
从经RP-182治疗的鼠胰腺肿瘤中分离的巨噬细胞上参与先天免疫细胞的“不吃我”信号传导的SIRPα受体的丧失(图75)，促使我们探索RP-182的不依赖T细胞的先天机制，如癌细胞吞噬作用是否可能有助于RP-182的抗肿瘤活性。因此，在用RP-182处理的M2 BMDM中，测量了用绿色荧光染料羧基荧光素琥珀酰亚胺酯(CFSE)标记的几种不同人和鼠癌细胞系的吞噬作用，然后RP-182使几种鼠和人癌细胞系的癌细胞的吞噬作用(通过吞噬的CSFE阳性细胞测量；在用RP-182处理2小时后的吞噬指数)提高了28.2％至46.6％(图94A-B)。在CD86阳性M1群体的基线处仅观察到癌细胞吞噬作用，并且在暴露于RP-182后增加(图95)。虽然M1巨噬细胞的癌细胞吞噬作用的提高与重编程的CD86阳性M1细胞的分数接近，但不能排除抑制性M2信号的减少放松了对M1功能的抑制是所观察到的RP-182的癌细胞吞噬作用增强的原因之一。
为了显示作为RP-182的先天作用机制的诱导癌细胞吞噬作用与RP-182的抗肿瘤活性有关，在缺乏成熟的T淋巴细胞并且无法启动细胞介导的抗肿瘤免疫反应但保留B细胞、自然杀伤(NK)和骨髓细胞功能的纯合nu/J小鼠中建立了KPC、MDA-MB231乳腺和C4-2前列腺肿瘤。RP-182单一治疗减少了这些肿瘤模型中的肿瘤生长，并且提高了标准吉西他滨模型的抗肿瘤活性并减少了MDA-MB231模型中的转移性传播(图96；图97)。对经RP-182治疗的肿瘤的H&E检查揭示了巨噬细胞活化和癌细胞吞噬作用的特征。用RP-182治疗后，TAM失去了它们气球状的嗜酸性细胞质，显示苏木精摄取增加，大量细胞内含物为核物质或细胞碎片。通过电子显微镜观察检查组织切片，显示了与媒介物处理的肿瘤相比，TAM中的多个完整内含物为癌细胞，对癌细胞的部分吞噬，或者活化的巨噬细胞对于癌细胞的缠紧(图98)。
因此，RP-182通过CD206增强了目前尚未知对免疫检查点阻断有响应的肿瘤中的适应性和先天免疫细胞功能。
讨论
成功识别并浸润受影响组织的肿瘤相关巨噬细胞被定位为能够启动全面的抗肿瘤免疫反应。不幸的是，许多肿瘤能够改变这些细胞的行为并诱使它们支持血管形成、肿瘤生长、侵袭和转移。
RP-182选择性地杀伤这些有问题的巨噬细胞，启动细胞凋亡过程，然后使它们从肿瘤部位除尽。对RP-182在M2巨噬细胞和其他免疫细胞中的生物学作用的评价表明，该肽还改变了这些巨噬细胞的功能，将它们从免疫抑制状态转变为能够介导免疫抗肿瘤活性的促炎、吞噬型表型。响应RP-182的巨噬细胞中吞噬作用、自噬和NF-kB信号传导的活化迅速导致M1标志物的上调，然后是M2标志物的下调。这些表型变化伴随着吞噬功能的提高，特别是它们的整体的免疫抑制特性的降低。将失去MRC1/CD206表达并逃避细胞凋亡的细胞重编程为M1表型，以及在长期暴露于RP-182后的携带MRC1/CD206的巨噬细胞中诱导细胞死亡，这两者都强力地将TAM群体转变为M1表型，这恢复了肿瘤微环境中的免疫监视。在组织损伤部位，甘露糖受体MRC1/CD206在细胞表面表达并且与其通过识别它们的表面(含甘露糖的糖蛋白(MGP))吞噬病原微生物的主要功能以及其清除功能(尤其是胶原蛋白)密切相关。
RP-182通过甘露糖受体MRC1/CD206激活M2样巨噬细胞中的吞噬作用和自噬，这将这些细胞恢复为具有升高的M1细胞因子产物和吞噬癌细胞能力的抗肿瘤M1样表型。此外，RP-182经由涉及TNFα信号传导的自分泌正前馈循环(autocrine positive feedforwardloop)导致诱导细胞凋亡，经由切割的半胱天冬酶8导致促进该群体的消耗，并进一步将平衡转向促炎、抗肿瘤M1表型。在以CD206阳性肺泡巨噬细胞外渗为特征的肺纤维化模型中测试了RP-182。在该炎症模型中观察到的与RP-182的治疗优势相关的胶原蛋白沉积减少和纤维化减少似乎与已知的活化M2巨噬细胞的抗纤维化活性一致。
在动力学上，RP-182在CD206阳性M2样巨噬细胞中诱导吞噬作用和自噬，随后是诱导细胞凋亡、减少TAM群体中的M2样巨噬细胞和提高CD8细胞毒性T细胞的浸润和功能。在RP-182治疗的肿瘤中，改变的TAM表型也与较少的EMT样癌症表型相关。值得注意的是，从M2样细胞转化的增多的M1群体通过体外和体内二者均增强的癌细胞吞噬作用来改善先天抗肿瘤免疫。来自人类CD206高vs CD206低的PDX模型和CD206-/-敲除的同种异体移植物的研究结果表明，CD206水平可能被用作该方法的未来的生物标志物。
总之，本文呈现的结果表明，除了一级氨基酸序列比对之外的生物物理相似性可以检测先前未知的HDP与先天免疫系统调节剂之间的同源性，并且这些基序可以被用于设计有效的治疗方法。RP-182是一种10mer的合成HDP，其源自对于涉及先天免疫过程的HDP和介质(mediator)的生物物理同源性筛选。RP-182使甘露糖受体MRC1/CD206构象转变重编程了肿瘤基质中的M2样TAM，并改善了肿瘤内的先天性和适应性抗肿瘤免疫和肿瘤控制。
材料和方法
肽、细胞系和化学来源
肽由加利福利亚州圣迭戈的多肽实验室(Poly Peptide Laboratories)合成。肽包括RP-182，KFRKAFKRFF；RP-832C，RWKFGGFKWR；RP-185，FFKKFFKKFK；AVP，EKLSAFRNFF；LL37F1，FFRKSKEKIG；和RP-426KARKAAKRAF。PANC-1(CRL-1469)、HPAF-II(CRL-1997)和LNCaP细胞(CRL-1740)购自美国典型培养物保藏中心(ATCC，弗吉尼亚州的马纳萨斯)、原代鼠KP16和KPC胰腺癌细胞系来自新鲜的肿瘤组织，并提供了原发患者来源的低传代黑色素瘤品系2183。根据AACR实践，使用Illumina MiSeq测序通过SNP基因分型对细胞进行鉴定，并确认细胞不含支原体。间充质干细胞、人成纤维细胞和内皮细胞购自Cellular DynamicsInternational Inc.，并且DC2.4小鼠树突细胞购自Millipore Sigma。细胞根据供应商的说明维持或维持在含有10％(v/v)FBS的RPMI 1640培养基中，并在37℃在5.0％的CO2气氛中温育。小分子抑制剂购自Selleckchem Inc.(得克萨斯州休斯顿)，并包括核因子活化B细胞“κ轻链增强子”(NF-kB)抑制剂JSH-23(目录号S7351)、QNZ(EVP4593)(目录号S4902)，丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)抑制剂司美替尼(AZD6244)(目录号S1008)，Ras相关C3肉毒杆菌毒素底物1(Rac1)GTP酶抑制剂NSC 23766(目录号S8031)以及细胞分裂控制蛋白42同源物(CDC42)抑制剂ZCL278(目录号S7293)。
肽类似物的合成
含双吖丙啶的生物素化RP-182类似物(NCGC-00510434)和生物素化RP-426由RSSynthesis LLC(肯塔基州路易斯维尔)商业化地合成并纯化至>95％的纯度。包含Fmoc-双吖丙啶的苯丙氨酸类似物如图15A-B所示制备。对映异构体的分离在手性柱(Chiralpac IB4.6x 250mm，100％EOH；1ml/min)上拆分。生物素被引入到与聚乙二醇(PEG)或烃聚醚接头偶接的赖氨酸残基的侧链上(见图15A-B)。
重组人和小鼠MRC1/CD206
重组人CD206购自R&D Systems(目录号2534-MR/CF)。重组小鼠CD206由蛋白质表达实验室(Protein Expression Laboratory)(FNLCR，马里兰州弗雷德里克)生产。简而言之，编码23-1387序列的小鼠CD206(NM_008625.2)cDNA片段进行了优化用于人类密码子用途，并被生成在具有N端蜜蜂蜂毒肽信号肽和C端6xHis标签的pDEST运载体中。蛋白质在Expi293E细胞中瞬时表达并从上清液中纯化，转染后72小时收集，利用镍亲和层析。CD206以20 mM HEPES、pH 7.2、300 mM NaCl、250 mM咪唑洗脱，并透析到PBS(pH 7.4)中。对于电子显微镜实验，小鼠CD206通过尺寸排阻色谱法进一步纯化，并以pH 7.4的PBS洗脱。
生物物理同源性筛选
为了筛选除一级氨基酸结构以外的系统发育保守同源性，使用了设计启发式Molly字体(图1)。Molly字体标志的氨基酸的化学特性包括由圆圈大小编码的氨基酸体积(在H2O中测量以立方埃(回转半径)为单位)和被转换为色标的氨基酸的疏水性/亲水性。疏水性最强的氨基酸以最强烈的青色描绘，而疏水性较低的氨基酸则呈浓度适当较低的青色(图1)。亲水性最强的氨基酸具有最深的洋红色，而逐步降级的较不强烈的洋红色用于亲水性较低的氨基酸。该方案的含义是，在特定信号之内，即，在性质非常相似的疏水性或亲水性氨基酸之间，更可能发生交换(产生人们从进化上相距遥远的生物体中的功能相似的蛋白质中所观察到的变异性)，遵从对每个特定蛋白质规定的特定结构限制以使其保持其功能。作为助记符而被包含的代表字形表征氨基酸的其他化学特性，包括并入其字形中的氨基酸电荷(“+”或“-”符号)，以及由字形的厚度编码的可电离质子的解离常数。数值是将氨基酸侧链从脂质双层内部移动到外部水性环境所需的能量，单位为kcal/mol(32)。
计算机对接(in silico docking)
来自已鉴定的生物物理同源序列的α-螺旋与推定的靶受体的蛋白质-蛋白质相互作用通过利用
Figure BDA0003380313180000921
服务器(波士顿大学，马萨诸塞州)的计算机对接进行评估，其以下述三个计算步骤执行直接对接：(1)通过对数十亿个构象进行采样来进行刚体对接，(2)基于均方根偏差(RMSD)对生成的1,000个最低能量结构分类归并，以找到最大的簇(cluster)，其将代表最可能的复合物模型，以及(3)使用能量最小化对选定结构进行细化。与每个能量参数集对接会产生由最低能量对接结构的高度密集的簇的中心定义的十个模型。考虑这些低能量结构的最大簇的中心，而不是简单地考虑低能量结构，是
Figure BDA0003380313180000922
独有的，并且隐含地解释了在自然假设下将簇群相对于簇概率排列的一些熵效应。通过对结合了簇概率和结合能的标绘的结合系数进行排序来对结构进行比较。
MRC1/CD206建模
人MRC1/CD206的蛋白质序列(1,456aa)获自UniProt(UniProt ID P22897-1 NCBIID:NP_002429.1)，并包括两个N端结构域(蓖麻毒素B型凝集素和纤连蛋白型-II型)后接八个C型凝集素结构域(编号为1到8)、跨膜结构域(TM)和细胞质结构域。迭代线程优化(Iterative Threading and ASSEmbly Refinement)软件I-TASSER(https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/)用于生成CD206的3D模型。I-TASSER采用分层方法，其使用多线程方法识别来自RCSB-PDB(http://www.rcsb.org)的3D模板。通过迭代模板片段组装模拟来最终构建全长模型。
为了帮助建模，我们从UniProt(www.uniprot.org)中提取了参与二硫键的半胱氨酸残基位置，并在I-TASSER建模期间提供该列表作为距离限制。I-TASSER鉴定的最优线程RCSB-PDB模板ID为5ao5、3jav、5ao6和4igl。模型的归一化B因子值在零附近波动，表明模型的局部精度是可接受的。模型置信度由C-评分衡量，模型的C-评分范围在-5和2之间，其中较高的值表示较高的置信度。前4名模型的C-评分如下：-0.35、-1.93、-2.89和-2.97。分析了前4名模型，并基于小角X射线散射模型(SAXS)与I-TASSER预测的二级结构置信度和C-评分的比较，将排名最优的I-TASSER模型确定为CD206的可行结构折叠。
小角度X射线散射(SAXS)数据收集和分析
以伊利诺伊州莱蒙特的阿贡国家实验室的先进光子源(APS)(the AdvancedPhoton Source(APS),Argonne National Laboratory,Lemont,IL)的12ID-B光束线收集SAXS数据。光子能量为13.3-KeV，并且样品到探测器的距离为2m，以实现0.005<q<0.90
Figure BDA0003380313180000931
的q范围，其中q＝(4π/λ)sinθ，并且2θ是散射角。对含有50mM羟乙基哌嗪乙硫磺酸(Hepes)、100mM NaCl、1mM DTT的缓冲液中的CD206进行浓度系列测量以将数据外推至无限稀释以去除由于粒子间相互作用(浓度效应)引起的散射的贡献。使用流动池记录样品溶液及其匹配缓冲液的30个2D图像帧，曝光时间为0.75-1秒，以使辐射损伤最小化并产生最佳信噪比。二维图像被简化为一维散射轮廓，并在光束线处使用Matlab软件包予以平均。
使用由12-ID-B光束线开发的MatLab脚本进行缓冲液背景扣除和强度外推至无限稀释。由吉尼尔图在qRg<1.3的范围内生成回转半径(Rg)。为了进行比较，还使用程序GNOM(https://www.embl-hamburg.de/biosaxs/manuals/gnom.html)在实数和倒数空间中计算了Rg。对距离分布函数P(r)和最大维数(Dmax)也使用GNOM计算。基于Porod体积、Vporod和相关体积Vc使用两种方法估算分子量。基于源自iTASSER的CD206单体的计算机模型，使用程序CORAL计算CD206二聚体与SAXS实验数据的拟合。
电子显微术
通过负染色电子显微术分析经纯化的重组小鼠CD206全长蛋白以及与肽RP-182、RP-185、RP-832C、AVP1、LL37F1和RP-426的复合物。将含有约0.01mg/mL样品的3μL等分试样涂布到碳涂覆的200目Cu网格上20秒(该网格已在30mA下辉光放电30秒)，然后用0.7％(w/v)甲酸铀酰负染色40秒。未结合的CD206以及与RP-182、RP-426和RP-832C的复合物的数据是使用在200kV运行的FEI T20电子显微镜收集的，电子剂量为约
Figure BDA0003380313180000941
放大倍数为100,000x，这导致样本平面处的像素大小为
Figure BDA0003380313180000942
使用Eagle 2kx2k CCD相机(http://FEI.com)利用1500nm的标称散焦(nominal defocus)和SerialEM软件(54)获取图像。与RP-185、AVP1和LL37F1的复合物的数据是使用FEI Talos电子显微镜收集的，在200KV运行，电子剂量为约
Figure BDA0003380313180000943
放大倍数为73,000倍，这导致在样本平面处的像素大小为
Figure BDA0003380313180000944
使用Ceta 4kx4k CCD相机(http://FEI.com)利用1200nm的标称散焦和EPU软件获取图像。对于电子显微镜数据处理，从显微照片中选择颗粒，提取，并使用RELION 2.1.0获得无参考的2D类平均值。微量热泳动和细胞热位移分析。
RP-182和RP-426肽与经纯化的重组MRC1/CD206的结合通过使用非标记(label-free)方法的微量热泳动(MST)进行评价。具体而言，在PBS中制备所述肽的两倍系列稀释液，并与相同体积的在PBS中的250nM的重组人和小鼠CD206一起温育。在室温(RT)温育5分钟后，使用Monolith NT在标准毛细管中进行测量。Labelfree仪器(NanotemperTechnologies)，具有40％LED激发功率、40％IR激光功率，以及激光开启和关闭时间分别为30秒和5秒。KD值是通过使用MOAffinity分析软件(Nanotemper Technologies)拟合热像仪的T-Jump信号来计算的。
按照略加修改的Jafari等人的方案，使用细胞热位移分析(CETSA)评估所述肽在巨噬细胞中的靶标接合。简而言之，使用细胞解离缓冲液(Gibco BRL)在室温下5分钟制备M2极化巨噬细胞悬浮液，然后是在DMEM(Gibco，目录号#11965118)中的一个洗涤步骤。将6x105的细胞的等分试样与100μM的RP-182、100μM的RP-426或等体积的PBS在37℃一起温育45分钟。处理后，通过以300xg离心5分钟收集细胞并将其重新悬浮在600μL的DMEM中。将细胞悬液的50μL等分试样在37至64℃的温度范围内以3℃的步长加热3分钟，在室温冷却3分钟，然后通过三个冻融循环支持，在含有NP-40(1％(v/v)最终浓度)的10μL DMEM和Halt蛋白酶抑制剂混合物(ThermoFisher，目录号78430)中裂解细胞。样品在4℃以20,000xg离心20分钟，随后使用12-230kDa Peggy Sue分离模块(ProteinSimple，目录号，SM-S001)和Peggy Sue仪器(Protein Simple)通过蛋白免疫印迹分析上清液，使用以下设置：250伏电泳45分钟；封闭，23分钟；一抗，30分钟；二抗，30分钟。CD206水平的定量分析是利用1:70浓度的抗CD206抗体与1:300稀释的抗SOD1抗体(作为用于归一化的内部对照)复用以及Compass软件(ProteinSimple，加利福尼亚州圣何塞)进行的。
MRC1/CD206片段的LC-MS/MS分析
为了鉴定MRC1/CD206与RP-182的结合结构域，我们使用了两种不同的方法。首先，将5μg胰蛋白酶(Thermo Scientific，目录号90057)消化的重组人CD206片段与固定到磁珠(Thermo Scientific，Cat#65001)的生物素化RP-182(NCGC-00510434)或单独的珠粒一起在室温温育4小时。在含有0.05％的吐温-20PBS-T)的PBS中洗涤珠粒3次后，珠粒上的样品被洗脱，使用C18-ziptip(Millipore，ZTC18S960)脱盐，并通过LC-MS/MS进行分析。其次，将具有双吖丙啶和生物素的RP-182类似物(NCGC-00510434)通过光标记交联到全长重组CD206，然后用胰蛋白酶消化。具体来说，将50μg的MRC1/CD206蛋白与100μM的NCGC-00510434或PBS一起温育，在室温下温育5分钟，在冰上进行光标记30分钟，并用胰蛋白酶消化。样品与链霉亲和素磁珠在室温下温育4小时。收集珠粒并用PBS-T洗涤3次。珠粒上的样品如上所述进行处理并通过LC-MS/MS进行分析。
使用Thermo Scientific Q-Exactive混合四极杆-轨道阱质谱仪和ThermoDionex UltiMate 3000RSLCnano系统进行样品的LC-MS/MS分析。将来自每个样品的肽混合物加载到肽捕集匣筒(trap cartridge)上，使用0.1％(v/v)甲酸溶液中的乙腈(3-36％)线性梯度洗脱到反相PicoFrit柱(New Objective，马萨诸塞州沃本)，使用Nanospray Flex离子源ES071(Thermo Scientific)在以下设置条件下离子化并喷入质谱仪：喷雾电压1.8kV，毛细管温度250℃。对于肽鉴定和蛋白质组装，使用Thermo Proteome Discoverer1.4.1平台(Thermo Scientific，德国不莱梅)分析数据。通过Proteome Discoverer 1.4.1平台基于SEQUEST算法针对CD206序列进行数据库搜索。将半胱氨酸的脲基甲基化设置为固定修饰，并且将氧化和脱酰胺Q/N-脱酰胺(+0.98402Da)设置为动态修饰。最小肽长度被指定为五个氨基酸，最大假肽发现率为0.01。前体和片段质量容差分别设置为15ppm和0.05Da。
通过LC-MS/MS对CD206复合物进行蛋白质组学分析
为了鉴定参与由RP-182通过CD206诱导的下游信号传导的蛋白质，将每次处理的5x106的M2细胞重悬至3mL RPMI培养基中，并与100μM生物素化RP-182或PBS在37℃温育30分钟。将细胞成团(pelleted)并用500μL的Pierce IP裂解缓冲液(Thermo Scientific，目录号87787)与蛋白酶和磷酸酶抑制剂(Thermo Scientific，目录号78440)在4℃裂解15分钟，然后在4℃以15,000xg离心15分钟。将上清液转移到新管中，并与20μL链霉亲和素磁珠(Thermo Scientific，目录号65001)一起在4℃温育30分钟。收集珠粒并用PBS-T洗涤四次。通过SDS-PAGE对珠粒上的样品进行分离，用DTT还原，用碘乙酰胺烷基化并用MS级胰蛋白酶消化。消化的肽混合物使用C18 Zip-Tip进行浓缩并脱盐，在20μL 0.1％甲酸中重构，并如上所述通过LC-MS/MS进行分析。
基于SEQUEST算法，使用Proteome Discoverer 1.4软件(Thermo Scientific，加里福利亚州圣何塞)针对小鼠蛋白质序列数据库筛选原始数据文件。半胱氨酸的脲基甲基化(+57.021Da)是固定修饰，并且将氧化/+15.995Da(M)、脱酰胺/+0.984Da(N,Q)、甲基/+14.016Da(K,R)、乙酰/+42.011Da(K)、磷酸化/+79.966Da(S,T,Y)、二甲基/+28.031Da(K,R)设置为动态修饰。最小肽长度被指定为五个氨基酸。前体质量容差被设置为15ppm，而片段质量容差被设置为0.05Da。最大假肽发现率被指定为FDR<0.01。
鼠和人巨噬细胞
鼠单核细胞前体细胞是通过从6-8周龄健康C57B/L小鼠的股骨中冲洗出骨髓获得的。实验是根据美国国立卫生研究院机构动物关怀及利用委员会(ACUC)批准的方案和政策(ACUC协议SB-210-3)以及NIH对实验动物的人文关怀和利用政策(https：//olaw.nih.gov/home.htm)进行的。在37℃和5％CO2下温育1周后，如图14A所示在使用相应细胞因子的情况下骨髓祖细胞被极化为M1和M2巨噬细胞。人类巨噬细胞是使用人经典单核细胞分离试剂盒(目录号130-117-337MACS Miltenyi Biotec，加利福尼亚州圣迭戈)从来自NIH输血医学系(DTM)的消除了身份信息的健康的人供体获取(根据机构审查委员会(IRB)批准的NIH方案99-C-0168)的外周血单个核细胞(PBMC)中获得的，并去除了CD14阳性细胞，并通过利用细胞因子而极化为M1和M2巨噬细胞，如图21B-E(57)所示。重组小鼠M-CSF(目录号PMC2044)和IFN-γ重组人蛋白(目录号PHC4033)购自ThermoFisher Scientific，重组小鼠INFγ(目录号485-MI-100)、小鼠IL-4(目录号404-ML-050)、重组人IL-4蛋白(目录号204-IL-050)、重组人IL-13蛋白(目录号213-ILB-025)和重组人IL-6蛋白(目录号206-IL)-050)来自R&DSystems(明尼苏达州明尼阿波利斯)。人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(hGM-CSF)(目录号8922SC)、人巨噬细胞集落刺激因子(hM-CSF)(目录号8929SC)购自Cell Signaling以及来自大肠杆菌O111:B4的脂多糖(目录号L3012-5MG)购自Sigma Aldrich。
RNA测序(RNASeq)实验和数据分析
从用20μM的RP-182或媒介物处理2小时的M1和M2极化巨噬细胞采集总RNA，并在Illumina NextSeq500测序仪上进行全局RNASeq分析。使用Trimmomatic ver 0.32工具修剪读段以去除衔接子序列以及小于25个碱基对(bp)的读段。使用STAR aligner将修剪后的读段映射到小鼠基因组mm10。创建转录组bam和基因组bam以用于RSEM定量(从带有或不带有参考基因组的RNASeq数据进行准确的转录本定量)。
EdgeR(数字基因表达数据的经验分析；v3.30.09)分析以基于负二项式模型和计数数据的R进行。在edgeR分析中，手动排除了低计数转录本，只有每百万至少有1个计数的基因被用于进一步分析。使用修剪平均M值(TMM)方法计算归一化因子，并按照Cox-Reidcommon离散度方法估算每个基因的离散度参数。GLM(广义线性M)似然比检验是基于拟合负二项式GLM与Cox-Reid离散度估算，以便将已知的变异源考虑在内。检测到显著的DEG，错误发现率(FDR)的临界值<0.05并且log2变化倍数(fold change)>1。
功能GO富集和网络分析：将RP-182处理后的M2巨噬细胞中差异表达的基因组特征(p<0.05；q≤0.05)导入Cytoscape(v.3.7.1)以评估基因本体功能富集并可视化GO term相互作用网络。导入后，使用setsApp(v.2.2.0)插件通过上调或下调来对特征进行分离。分离后，使用ClueGO插件(v.2.5.4)完成功能分析和网络构建。使用双侧(富集/耗尽)超几何测试和Bonferroni逐步减小(step down)来确定KEGG通路(v.27.02.2019)富集。分析阈值包括：p≤0.05的富集显著性、至少5％的基因包含(gene inclusion)和≥0.4的kappa分数阈值。ClueGO使用kappa分数来确定GO term相互作用和分组的可能性。
对于Pathway
Figure BDA0003380313180000971
分析，计算了经RP-182vs媒介物处理的M2 BMDM的差异表达基因组。DESeq2分析(1.22.2版；在R中)产生了p≤0.05的1,224个差异表达基因(DEG)以及经FDR调整后的q≤0.05的382个DEG，并被用于小鼠基因组信息学(http://www.informatics.jax.org/)的基因本体分析。排前25的基因集富集分析
DEGs产生了富集p值和富集得分，它们都被纳入了排名规定。使用Leading Edge分析来鉴定富集基因集中最常见的基因，即使排名规定发生了变化它们仍保持一致，其被输入Pathway
Figure BDA0003380313180000972
finder(https://www.pathwaystudio.com/)。
单细胞RNA测序
采集来自经治疗的和未经治疗的KPC小鼠的正常胰腺和胰腺肿瘤，并根据公司规程使用小鼠肿瘤解离试剂盒(#130-096-730、MACS Miltenyi Biotec，加利福尼亚州圣迭戈)和Gentle Macs搅拌器(Miltenyi Biotec，加利福尼亚州圣迭戈)制备单细胞悬液。利用10X Genomics Chromium Controller使用9,000–12,000个细胞来生成单细胞条形码编码的cDNA文库。单细胞5’文库和凝胶珠试剂盒(10X Genomics，目录号1000006)用于生成基因表达文库。按照制造商的说明生成文库，然后使用V2化学(V2 chemistry)在IlluminaNextSeq500的多次运行中对其进行测序。基因表达文库的测序运行被设置为26次循环+8次循环+57次循环非对称运行。
单细胞转录组
对于单细胞基因表达文库，针对每个数据集使用10X Genomics Cellranger工具包(v2.2.0)进行拆解(de-multiplexing)，与mm10转录组比对，基因条形码矩阵生成。使用CellRanger Aggregate功能对文库批次进行归一化，以将所有处理过和未处理过的肿瘤样本数据集整合(aggregate)在一起，并将生成的基因条形码矩阵输入Seurat(v2.3.4)。样本集中的每个样本都在Seurat(v2.3.4)中进行了预处理，方法是去除在少于3个细胞中检测到的基因并去除检测到的基因少于100个的细胞。然后使用全局缩放的归一化方法LogNormalize进一步处理样本，该方法将每个细胞的基因表达测量值按表达总数进行归一化，将此数字乘以比例因子(默认为10,000)，并对结果进行对数转换。在将mp.factor参数设置为2的情况下，通过使用URD中的calcPCA功能，针对每个样本集来估算要用于分析的主成分的数量。由该算法确认的重要主成分的总量被作为在Seurat中要使用的主成分的估算数量。使用最重要的成分通过主成分分析随后进行分类归并t-SNE可视化在Seurat中进行降维。通过差异表达的典型标记基因来表示主要簇，并且对这些进行附加轮次的簇细化(cluster refinement)。对于CD11b+和Krt19、CD11c和Ly6G阴性细胞，使用标记基因ITGAM来识别CD11b+细胞，去除共表达Krt19基因(细胞角蛋白-19)、ITGAX(CD11c)和LY6G的细胞。使用针对CD11b+和Krt19、ITGAX和LY6G阴性细胞的过滤基因条形码矩阵进行分类归并细化并分析。使用EdgeR程序进行差异表达分析。对来自经RP-182处理的M2 BMDM(调整后的p值<0.05)的差异表达基因进行排序，并应用变化倍数界限(-1<Log(FC)>1)。与来自bulkRNASeq数据集的对应基因相比，由EdgeR报告的所有高于变化倍数p值阈值的基因都被提交给GSEA程序，并且使用FindMarkers功能来确认区分出特定亚群的标记基因。通过经Bonferroni调整的p值来排名的最优标记物被显示在log(10)变化倍数色标上，所有细胞进行归一化。
免疫共沉淀实验
将M2巨噬细胞重悬在RPMI培养基中并在37℃用100μM肽或PBS处理10分钟。将细胞成团并用含有蛋白酶和磷酸酶抑制剂(Thermo Scientific，目录号78440)的500μL PierceIP裂解缓冲液(Thermo Scientific，目录号87787)裂解。为了经由生物素化的RP-182或RP-426下拉CD206相关蛋白，将50μL链霉亲和素珠(Thermo Scientific，目录号65001)加入到澄清的细胞裂解物中，并在室温下轻轻混合温育30分钟。在用含有0.05％吐温-20的PBS洗涤珠粒四次后收集来自珠粒的上清液，在含有0.1％SDS的PBS中温育并在95℃煮沸5分钟。为了验证GRB2相互作用蛋白，使用Pierce Classic IP试剂盒(Thermo Scientific，目录号26146)将25μg抗GRB2抗体固定在琼脂糖树脂上，并按照制造商的方案进行免疫共沉淀。具体而言，将裂解物与固定化抗体在4℃轻轻旋转温育过夜。用含有0.25％Triton X100的PBS洗涤柱3次，并使用提供的洗脱缓冲液(Thermo Scientific，目录号21027)洗脱。使用指定的抗体通过蛋白免疫印迹使样品可视化。依照制造商的说明使用RhoA/Rac1/Cdc42组合活化测定试剂盒(Abcam，马萨诸塞州剑桥)测量RhoGTPases Rac1和CDC42(GTP-Rac1和GTP-CDC42)的活化形式。
免疫荧光分析
使用Zeiss LSM 880共聚焦显微镜进行免疫细胞化学分析。将50,000个髓样祖细胞接种到8孔腔载玻片上，极化为M1和M2巨噬细胞。细胞在37℃用20μM RP-182处理2小时，然后用4％多聚甲醛固定15分钟，用0.3％Triton透化5分钟，用PBS中的3％BSA封闭1小时。封闭后，将细胞与相应的一抗(表6A-D)一起在室温下温育1小时。在室温下用二抗染色1小时，然后洗涤并添加含DAPI的封固剂(H-1200Vectashield，加利福利尼亚州Burlingame)。以63倍放大率拍摄图像，并使用ImagePro软件(Media Cybernetics，马里兰州Rockville)分析包含约200个细胞的每个处理组的三个独立图像。将自动计数的明亮物体的数量(特定蛋白质的二抗的荧光)相对于被DAPI染色的细胞核的数量进行归一化。为了进行相对比较，将经媒介物处理的细胞的荧光比设置为1。
细胞活力测定
使用Live/Dead活力细胞毒性试剂盒(the Live/Dead Viability CytotoxicityKit)(#L3224，ThermoFisher Scientific，纽约格兰德岛)来测定细胞活力方面的剂量响应曲线。将巨噬细胞接种到玻璃底96孔板上并使其极化为M1和M2。细胞用范围在0.01μM至100μM之间的不同浓度的RP-182和对照肽RP-426处理48小时。药物处理后，加入100μL的2μM钙黄绿素-AM与4μM溴乙啡锭二聚体(ethidium homodimer)的混合物并温育1小时。以在免疫荧光分析中说明的类似方式拍摄图像。在三个技术性重复中从3个不同的随机区域手动计数了200个细胞，并使用GraphPad Prism 7.0版计算了活细胞的百分比。
动物模型
转基因小鼠群落是在马里兰州贝塞斯达的国家癌症研究所(NCI)建立的，并且所有动物实验均根据美国国立卫生研究院的机构动物关怀及利用委员会(ACUC)批准的方案和政策进行。所有动物研究均遵循ACUC批准的方案SB-210和SB-211进行。具有Pdx-1-cre、LSL-KrasG12D/+、Trp53R172H/+和Ink4a(p16)/Arf(p19)flox/flox单独基因的小鼠来自NCI小鼠库，弗雷德里克国家癌症研究实验室。https://frederick.cancer.gov/science/technology/mouserepository)并杂交以创造具有Pdx-1-cre；LSL-KrasG12D/+；Ink4a(p16)/Arf(p19)flox/flox(KP16)或者Pdx-1-cre；LSL-Kras G12D/+；LSL-Trp53R172H/+(KPC)(49、60)的三重基因型的动物。B6.129P2-Mrc1tm1Mnz/J小鼠获自美国杰克逊实验室(JAX股票代码#007620)(61)。使用由Transnetyx,Inc.(田纳西州Cordova)执行的PCR方法对基因型进行验证。
用于异种移植的人胰腺癌组织获自NCI患者来源的模型库(PDMR；https://pdmr.cancer.gov/)起始并皮下植入NOD-scid IL2Rgammanull(NSG)免疫缺陷小鼠中(F0代)。肿瘤达到2cm后，将肿瘤移出，切成等份，再进行另一代(F1代)再生。在F2小鼠中进行治疗实验。
同基因型鼠癌症模型包括鼠CT-26结肠癌和B16黑色素瘤模型。皮下植入约1x106的CT-26细胞/100μL培养基到6至8周龄的BALB/c小鼠。当肿瘤达到～50mm3体积时，小鼠开始如下所述的治疗。在二维卡尺测量期间，肿瘤体积(mm3)计算为(L×W2)/2，其中L＝长度(mm)并且W＝宽度(mm)，每周记录两次总体重。最后一次注射后两小时，处死小鼠，切除肿瘤，称重并固定在福尔马林中。类似地，将0.5x106的鼠B16黑色素瘤细胞皮下注射到BALB/c动物的侧腹，当肿瘤体积达到～50-100mm3时开始治疗。将0.5x106的人乳腺MDA-MB23、前列腺C4-2或KPC细胞皮下注射到纯合雌性无胸腺(nu/J)裸鼠的侧腹。KPC肿瘤在肿瘤达到250mm3后治疗3周，在肿瘤达到100mm3体积后C4-2肿瘤治疗4周并且MDA-MB231肿瘤治疗6周，此时取出引流淋巴结盆进行H&E染色测定局部转移指数(引流盆中被切除和检查的淋巴结总数中被癌症累及的淋巴结数)。
动物成像
具有KP16和KPC基因型的小鼠从生龄六周开始每周用超声成像。使用40mHz换能器和Vevo700超声机(Visualsonics，加拿大多伦多)进行超声成像。小鼠用异氟醚(Baxter，Deerfield，IL)麻醉，剃毛，并腹膜内注射1.5ml生理盐水(eBioscience，加利福尼亚州圣何塞)。记录B模式图像以获得肿瘤测量值。
治疗方案
KP16和KPC小鼠在采集用于流式细胞术的肿瘤、下拉免疫细胞或免疫分析之前治疗7天，或直到预定的研究终点。所有的动物治疗均在超声确认胰腺肿瘤测量≥4-5mm并将个体动物随机分配到治疗组后开始。从治疗的第一天直到死亡测量动物存活率。允许对照组和治疗组中的动物在连续治疗给药下进展直至达到研究终点(确定为20％的体重减轻、可识别的发病迹象、普遍缺乏反射、姿势异常、行走能力丧失、呼吸困难、无法喝水或进食)，为了避免动物痛苦，根据ACUC动物关怀指南对动物实施安乐死。对于KP16和KPC小鼠的实验，生理盐水作为媒介物，20mg/kg RP-182(PolyPeptide Group、加利福尼亚州圣迭戈)、50mg/kg吉西他滨(Fresenius Kabi，伊利诺伊州苏黎世湖)或RP-182与吉西他滨组合进行腹膜内注射(IP)，给药终体积为200μL。RP-182每隔一天注射一次，吉西他滨每周注射2次。抗PD-L1(Biolegend，目录号124329)通过腹膜内注射以150μg每只小鼠每周给药3次。每周两次用100μg抗CTLA-4抗体(Bioxcell；9D9)对小鼠进行IP注射。为了除尽CD8，在第1天和第5天给予每只小鼠两剂100μg抗mCD8(Bioxcell，目录号BE0061)。以相同的时间表以等效剂量给予大鼠同种型对照IgG1(Bioxell，目录号BE0090)。患有CT-26、MDA-MB231、C4-2和B16肿瘤的小鼠每天通过IP注射接受10mg/kg的RP-182用于肿瘤生长研究，吉西他滨剂量不变，递送至C4-2模型的多西他赛剂量为多西他赛每天给药2.5mg/kg，持续7天，然后停药。对于瘤内注射，在第2、5、7和9天将50,000个用媒介物或20μM RP-182预处理2小时的BMDM注射到生长在C57B/L野生型小鼠中的≥500mm3的KPC肿瘤中。注射前，将在T75烧瓶上生长和极化的M2 BMDM洗涤2次，提升并计数，并重悬在HBSS中，使注射体积小于50μL。
博莱霉素肺纤维化模型
为了便于气管内博来霉素的安装，将动物短时间麻醉。通过22口径塑料套管将无菌等渗盐水(总体积50μL)中的0.5mg/kg(1-4U/mg)博来霉素单剂量气管内给药至总共n＝12只BALB/c小鼠，并且向对照组小鼠(N＝6只小鼠)给予相同体积的无菌盐水。注射博莱霉素的小鼠在第1天被随机分配以经由每日IP注射接受20mg/kg RP或媒介物对照。小鼠每天进行体重测量，从治疗的第一天直到死亡测量动物的存活率。允许对照组和RP-182治疗组中的动物在连续治疗条件下进展，直到它们达到研究终点(确定为体重减轻20％、可识别的发病迹象、普遍缺乏反射、异常姿势、丧失行走能力、呼吸困难、无法饮水或进食、根据兽医的研究确定为垂死且存活率低)，其中，为了避免动物痛苦，根据ACUC动物关怀指南对动物实施安乐死。仅“温暖”的尸检标本(肺)被用于组织分析。肺称重之后进行福尔马林固定和石蜡包埋，并用H&E、马森三色和抗CD206染色。使用ImageJ来量化媒介物与RP-182治疗组之间的纤维化水平。
流式细胞术分析
在用RP-182、吉西他滨、其组合或媒介物处理7天后进行多色流式细胞术分析。动物安乐死后，采集胰腺肿瘤，用PBS洗涤，并用手术刀切碎。肿瘤是
使用小鼠肿瘤解离试剂盒(#130-096-730，MACS Miltenyi Biotec，加利福尼亚州圣迭戈)和Gentle Macs搅拌器(Miltenyi Biotec，加利福尼亚州圣迭戈)按照公司方案进行消化的。使肿瘤溶解产物通过70μm过滤器，在PBS中洗涤，染色用于流式细胞术分析。进行流式细胞术的BMDM在染色前用RP-182和对照肽在37℃处理2或24小时。细胞用Live/Dead可固定蓝色死细胞染色试剂盒(ThermoFisher Scientific)以及如表6A-D中所列的与荧光团缀合的抗体(流式细胞术抗体)染色。用FACS缓冲液洗涤已染色的细胞，之后通过BDLSRFortessa SORP I流式细胞仪(BD Bioscience)采集样品。使用FlowJo软件(TreeStar，俄勒冈州阿什兰)分析流式细胞术数据。
组织学
采集的肿瘤使用标准方案和4％多聚甲醛来制备以用于组织学分析。除了H&E染色外，还使用表6A-D中列出的抗体(用于组织染色的抗体)通过免疫细胞化学和免疫组织化学探查肿瘤。市售的胰腺癌组织微阵列(TMA)，具有80个单芯每例(70个来自腺癌胰腺，10个正常胰腺)，购自马里兰州Derwood的US Biomax,Inc.(目录号PA801)，用于抗CD206染色。使用Aperio ScanScope XT(Aperio，美国加利福尼亚州Vista)以40倍放大率进行全玻片扫描来获取明场图像(免疫染色)，并使用ImageScope分析对其进行分析。使用Aperio膜算法(membrane algorithm)进行定量分析。对于免疫荧光分析，如下使载玻片脱石蜡：5分钟二甲苯浸渍两次，5分钟100％乙醇两次，5分钟95％乙醇，5分钟80％乙醇，5分钟70％乙醇，5分钟在水中再水化。在60℃温育60分钟后进行抗原修复，载玻片用H2O2过氧化物酶封闭，在含FBS或NGS的PBS封闭溶液中洗涤30分钟两次，然后与一抗一起在4℃温育过夜。Alexa 488抗小鼠或Alexa 594抗兔二抗在27℃温育30分钟。在DAPI复染1分钟后，用甘油封固剂盖住载玻片。利用Zeiss AxioScan成像来收集并分析图像。
TCGA基因表达数据分析
来自TCGA项目的基因组数据可从国家癌症研究所的基因组数据共享(https://gdc.cancer.gov/)获得。来自所有肿瘤(N＝9,452)和胰腺癌(N＝125)的RNA-seq实验的基因水平基因表达数据被包括在分析中，并与个体基因表达水平和免疫特征评分进行相关联，如先前所示(62，63)。
肿瘤相关巨噬细胞和骨髓来源巨噬细胞(BMDM)的分离和qRT-PCR
使用EasySepTM小鼠PE阳性选择试剂盒(目录号18554、StemCell)、EasySepTM小鼠定制富集试剂盒(目录号19709、StemCell)和CD11b(克隆M1/70，BD Biosciences)、Gr1(克隆RB6-8C5，Biolegend)抗体从来源于KP16和KPC肿瘤的肿瘤消化物中分离出TAM。在肿瘤采集和消化之后，首先去除Gr-1阳性细胞，之后通过磁性细胞分离来分离CD11b阳性巨噬细胞。使用RNeasy Mini Kit(参考：#74104，Qiagen)提取来自TAM分离物和骨髓来源巨噬细胞(BMDM)的总RNA。使用荧光激活细胞分选(FACS)FACS分选仪和用于RT-PCR的来自相同细胞的裂解物，针对CD11b+GR1-F4/80+CD206+群体对骨髓来源的巨噬细胞进行分选。用于RT-PCR的Superscript III First-Strand(参考:#18080-051、Invitrogen)合成系统用于生成cDNA。在第一链cDNA合成之后，加入单独引物的反应混合物(IL1b-Mm00434228_m1，TNFα-Mm00443258_m1，IL12-Mm01288989_m1，CD40-Mm00441891_m1，CLEC4e-Mm01183703_m1，CD86-Mm00444540，IL10-Mm01288386_m1，IL27-Mm00461162，PDL1-Mm00452054_m1，SIRPa-Mm00455928，Chil3-Mm00657889_m1，MRC1-Mm01339362_m1，actb-Mm02619580_g1；gapdh-Mm99999915_g1；TaqMan Assays,ThermoFisher Scientific)并进行qRT-PCR反应，然后在BioRad CFX96周期计中读取。利用‘相对基因表达＝2-(ΔCt)’计算靶基因表达，其中ΔCt是标准化为参考/管家基因(Ctreference)的靶基因(Cttarget)的循环数。单独的qRT-PCR反应运行三个平行实验，由GraphPad Prism生成图表。
ELISpot分析
在平底96孔PVDF膜微量滴定板(目录号MAIPSWU10，EMD Millipore)中，以20小时共培养分析评估T细胞对癌细胞的反应性。使用EasySepTM小鼠CD8a阳性选择试剂盒II(目录号18953，StemCell)从全部消化的肿瘤或脾脏的单细胞悬液中分离CD8a+T细胞。将1x105的KP16癌细胞与4x104的分离的CD8a+T细胞共培养，阳性对照包括CD8a+T细胞和PMA/离子霉素，而阴性对照仅含有CD8a+T细胞。根据制造商的说明(目录号3321-2A，Mabtech)执行如“ImmunoSpots”的固定化细胞因子的可视化，在ImmunoSpot S6通用分析仪(C.T.L.)中读取并量化ELISpot。将下拉后的4x104的CD8+T细胞添加到1x105的KP16癌细胞中，然后分析Elispot。在三重共培养实验中，将在Gr-1阴性选择后通过CD11b下拉从荷瘤动物的肿瘤和脾脏中分离的4x104的TAM添加到从荷瘤小鼠的脾脏中分离的1x105的KP16癌细胞和4x104的CD8+T细胞中。在如上所述共培养20小时后评估T细胞对癌细胞的反应性。
吞噬作用分析
通过共聚焦显微术和流式细胞术分析BMDM和TAM吞噬癌细胞的能力。癌细胞系包括KPC、PANC1、HPAF-II(胰腺癌)、原代黑色素瘤组织培养系2183和LNCaP(前列腺癌)，根据制造商的说明用CFSE(5-(和-6)-羧基二乙酸荧光素琥珀酰亚胺酯)染料(#C1157，ThermoFisher Scientific，纽约格兰德岛)在37℃和5％CO2下标记1小时。将CFSE标记的癌细胞添加到经RP-182或媒介物(2小时)预处理的BMDM上并温育6小时，然后进行两次洗涤以去除多余的癌细胞。使用Zeiss LSM 880共聚焦显微镜以63倍率使用绿色和相差通道来拍摄图像。对于流式细胞术，将CFSE标记的癌细胞与经RP-182和媒介物预处理的巨噬细胞(2小时)一起温育在T75烧瓶上培养4小时。洗涤过量的CFSE标记的细胞，从T75烧瓶中收获巨噬细胞并在BD LSRFortessa SORP I流式细胞仪(BD Bioscience)上进行分析。对于包含珠粒的吞噬作用功能分析，使用pHrodoTM Red E.coli BioParticlesTM吞噬试剂盒(#A10025，ThermoFisher Scientific，纽约格兰德岛)。用于流式和免疫荧光分析的巨噬细胞极化、处理以及分析以与先前实验中解释的类似方式来进行。
统计分析
使用SPSS软件版本16(IBM，纽约Armonk)对数据进行统计分析。使用最佳客观反应(BOR)、在研究治疗开始时记录的最佳反应与任意后续测量值比较、或绝对测量值(以mm3为单位)来比较所有四组之间的肿瘤体积。使用GraphPad Prism中的学生t检验来比较连续数据，包括肿瘤体积、基因表达水平或免疫细胞群百分比。使用时序检验来比较Kaplan-Meier曲线。除非另有说明，否则误差条表示平均值(SEM)的标准误差。计算出的p值由数字和星号给出，*表示p<0.05、**p<0.01以及***p<0.001。
尽管有所附权利要求，本公开内容还由以下条款定义：
1.一种调节巨噬细胞活性的方法，该方法包括：
使巨噬细胞与CD206结合剂接触以调节巨噬细胞的活性。
2.根据条款1所述的方法，其中，CD206结合剂结合到选自以下的位点：CD206的纤连蛋白II结构域，CD206的C-型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)，CD206的C-型凝集素糖类识别结构域4(CRD4)，以及CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。
3.根据条款1所述的方法，其中，CD206结合剂以至少-650kcal/mol的结合能与CD206结合。
4.根据条款1所述的方法，其中，所调节的巨噬细胞活性是巨噬细胞极化。
5.根据条款1所述的方法，其中，巨噬细胞的活力降低。
6.根据条款1所述的方法，其中，巨噬细胞是M2巨噬细胞或肿瘤相关巨噬细胞(TAM)。
7.根据条款1所述的方法，其中，CD206结合剂抑制巨噬细胞活性。
8.根据条款1所述的方法，其中，CD206结合剂诱导巨噬细胞的凋亡。
9.根据条款1所述的方法，其中，CD206结合剂刺激吞噬作用。
10.根据条款1-9中任一项所述的方法，其中，巨噬细胞是体外的。
11.根据条款1-9中任一项所述的方法，其中，巨噬细胞是体内的。
12.根据条款1-11中任一项所述的方法，其中，CD206结合剂是免疫调节肽。
13.根据条款12所述的方法，其中，所述免疫调节肽的长度为5至18个氨基酸残基，所述肽包含：在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域。
14.根据条款13所述的方法，其中，所述条带性亲疏区域包括：
3个或更多个疏水性模块；和
2个或更多个亲水模块，每个都包含至少一个阳离子残基；
其中所述免疫调节肽特异性地结合CD206。
15.根据条款12-14中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]-[X2aX2b]-[J3a]-[X3a]；和
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]-[X1bX1a]-[J1bJ1a]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
16.根据条款15所述的方法，其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自为苯丙氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸和精氨酸。
17.根据条款12-16中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括
a)选自以下的序列：
KFRKAFKRFF(RP182)；
FFRKFAKRFK(RP183)；
FFKKFFKKFK(RP185)；
FFKKFFKKFK(RP186)；和
FFKKFFKKFK(RP233)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
18.根据条款17所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列KFRKAFKRFF(RP182)
19.根据条款17所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFRKFAKRFK(RP183)。
20.根据条款17所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFKKFFKKFK(RP185)。
21.根据条款12-16中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
RWKFGGFKWR(RP832C)；
FKWRGGRWKF(RP837C)；
FWKRGGRKWF(RP837A)；
FWKRFV(RP837N)；
FVRKWR(RP837C1)；
FAOOFAOOFO(RP850)；
FWKRFVRKWR(RP837)；
FWKKFVKKWK(RP841)；
WWHHWWHHWH(RP847)；
WWRHWWHRWR(RP848)；
WWKHWWHKWK(RP849)；
GDRGIKGHRGF(RP842)；
LYKKIIKKLL(RP846)；
FYPDFFKKFF(RP844)；
FFRKSKEKIG(RP853)；
FFRHFATHLD(RP845)和
EKLSAFRNFF(RP843)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
22.根据条款21所述的方法，其中，b)中定义的一个或两个氨基酸替代由所述序列的阳离子氨基酸的高度保守性替代组成。
23.根据条款21所述的方法，包括选自以下的肽序列：RWKFGGFKWR(RP832C)、FKWRGGRWKF(RP837C)和FWKRGGRKWF(RP837A)。
24.根据条款21所述的方法，包括选自FWKRFV(RP837N)和FVRKWR(RP837C1)的肽序列。
25.根据条款21所述的方法，包括选自FAOOFAOOFO(RP850)、FWKRFVRKWR(RP837)和FWKKFVKKWK(RP841)的肽序列。
26.根据条款21所述的方法，包括选自WWHHWWHHWH、WWRHWWHRWR和WWKHWWHKWK(RP847-849)的肽序列。
27.根据条款21所述的方法，包括肽序列GDRGIKGHRGF(RP842)。
28.根据条款21所述的方法，包括肽序列LYKKIIKKLL(RP846)。
29.根据条款21所述的方法，包括肽序列FYPDFFKKFF(RP844)。
30.根据条款21所述的方法，包括肽序列FFRKSKEKIG(RP853)。
31.根据条款21所述的方法，包括肽序列FFRHFATHLD(RP845)。
32.根据条款21所述的方法，包括肽序列EKLSAFRNFF(RP843)。
33.一种抑制表达CD206的细胞生长的方法，该方法包括使表达CD206的靶细胞与CD206结合剂接触以抑制该细胞的生长。
34.根据条款33所述的方法，其中，所述表达CD206的靶细胞是癌细胞。
35.根据条款34所述的方法，其中，所述癌细胞是胰腺癌细胞、前列腺癌细胞、结肠癌细胞、皮肤癌细胞或乳腺癌细胞。
36.根据条款33-35中任一项所述的方法，其中，与表达CD206的靶细胞接触包括向有需要的受试者施用治疗有效量的CD206结合剂以治疗受试者的癌症。
37.根据条款36所述的方法，其中，所述癌症是实体瘤癌症。
38.根据条款37所述的方法，其中，所述癌症是胆管癌、胰腺癌、前列腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌或皮肤癌。
39.根据条款36-38中任一项所述的方法，其中，CD206结合剂是免疫调节肽。
40.根据条款39所述的方法，其中，所述免疫调节肽的长度为5至18个氨基酸残基，所述肽包含：在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域。
41.根据条款40所述的方法，其中，所述条带性亲疏区域包括：
3个或更多个疏水性模块；和
2个或更多个亲水性模块，每个都包含至少一个阳离子残基；
其中所述免疫调节肽特异性地结合CD206。
42.根据条款39-41中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]-[X2aX2b]-[J3a]-[X3a]；和
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]-[X1bX1a]-[J1bJ1a]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
43.根据条款42所述的方法，其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自为苯丙氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸和精氨酸。
44.根据条款39-43中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括
a)选自以下的序列：
KFRKAFKRFF(RP182)；
FFRKFAKRFK(RP183)；
FFKKFFKKFK(RP185)；
FFKKFFKKFK(RP186)；和
FFKKFFKKFK(RP233)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
45.根据条款44所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列KFRKAFKRFF(RP182)
46.根据条款44所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFRKFAKRFK(RP183)。
47.根据条款44所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFKKFFKKFK(RP185)。
48.根据条款39-43中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
RWKFGGFKWR(RP832C)；
FKWRGGRWKF(RP837C)；
FWKRGGRKWF(RP837A)；
FWKRFV(RP837N)；
FVRKWR(RP837C1)；
FAOOFAOOFO(RP850)；
FWKRFVRKWR(RP837)；
FWKKFVKKWK(RP841)；
WWHWWHHWH(RP847)；
WWRHWWHRWR(RP848)；
WWKHWWHKWK(RP849)；
GDRGIKGHRGF(RP842)；
LYKKIIKKLL(RP846)；
FYPDFFKKFF(RP844)；
FFRKSKEKIG(RP853)；
FFRHFATHLD(RP845)；和
EKLSAFRNFF(RP843)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
49.根据条款48所述的方法，其中，b)中定义的一个或两个氨基酸替代由所述序列的阳离子氨基酸的高度保守性替代组成。
50.根据条款48所述的方法，包括选自以下的肽序列：RWKFGGFKWR(RP832C)、FKWRGGRWKF(RP837C)和FWKRGGRKWF(RP837A)。
51.根据条款48所述的方法，包括选自FWKRFV(RP837N)和FVRKWR(RP837C1)的肽序列。
52.根据条款48所述的方法，包括选自FAOOFAOOFO(RP850)、FWKRFVRKWR(RP837)和FWKKFVKKWK(RP841)的肽序列。
53.根据条款48所述的方法，包括选自WWHHWWHHWH、WWRHWWHRWR和WWKHWWHKWK(RP847-849)的肽序列。
54.根据条款48所述的方法，包括肽序列GDRGIKGHRGF(RP842)。
55.根据条款48所述的方法，包括肽序列LYKKIIKKLL(RP846)。
56.根据条款48所述的方法，包括肽序列FYPDFFKKFF(RP844)。
57.根据条款48所述的方法，包括肽序列FFRKSKEKIG(RP853)。
58.根据条款48所述的方法，包括肽序列FFRHFATHLD(RP845)。
59.根据条款48所述的方法，包括肽序列EKLSAFRNFF(RP843)。
60.一种治疗受试者的与慢性炎症相关的病症的方法，该方法包括：
对受试者施用治疗有效量的CD206结合剂以治疗受试者的与慢性炎症相关的病症。
61.根据条款60所述的方法，其中，与慢性炎症相关的病症选自硬皮病或多发性硬化症、肠易激性疾病、溃疡性结肠炎、结肠炎、克罗恩病、特发性肺纤维化、哮喘、角膜炎、关节炎、骨关节炎、类风湿性关节炎、自身免疫性疾病、猫科动物或人类免疫缺陷病毒(FIV或HIV)感染、癌症、与年龄相关的炎症和/或干细胞功能障碍、移植物抗宿主病(GVHD)、瘢痕瘤、肥胖症、糖尿病、糖尿病创伤，其他慢性创伤、动脉粥样硬化、帕金森病、阿尔茨海默病、黄斑变性、痛风、胃溃疡、胃炎、粘膜炎、弓形体病和慢性病毒或微生物感染。
62.根据条款60-61中任一项所述的方法，其中，CD206结合剂与已知可有效治疗所述病症的其他药物联合施用。
63.根据条款62所述的方法，其中，所述病症是癌症。
64.根据条款63所述的方法，其中，所述癌症是胰腺癌、前列腺癌、结肠癌、乳腺癌或皮肤癌。
65.根据条款64所述的方法，进一步包括向受试者施用有效量的化疗剂、抗体试剂或细胞治疗。
66.根据条款65所述的方法，其中，所述化疗剂、抗体试剂或细胞治疗选自：类固醇、蒽环类、甲状腺激素替代药物、胸苷酸靶向药物、抗体、检查点抑制剂药物、嵌合抗原受体/T细胞治疗，以及其他细胞治疗。
67.根据条款60所述的方法，其中，与慢性炎症相关的病症是纤维化或硬皮病。
68.根据条款60-67中任一项所述的方法，其中，CD206结合剂是免疫调节肽。
69.根据条款68所述的方法，其中，所述免疫调节肽的长度为5至18个氨基酸残基，所述肽包含：在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域。
70.根据条款69所述的方法，其中所述条带性亲疏区域包括：
3个或更多个疏水性模块；和
2个或更多个亲水性模块，每个都包含至少一个阳离子残基；
其中，所述免疫调节肽特异性地结合CD206。
71.根据条款68-70中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]-[X2aX2b]-[J3a]-[X3a]；和
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]-[X1bX1a]-[J1bJ1a]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
72.根据条款71所述的方法，其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自为苯丙氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸和精氨酸。
73.根据条款68-72中任一项所述的方法，其中所述免疫调节肽包括
a)选自以下的序列：
KFRKAFKRFF(RP182)；
FFRKFAKRFK(RP183)；
FFKKFFKKFK(RP185)；
FFKKFFKKFK(RP186)；和
FFKKFFKKFK(RP233)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
74.根据条款73所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列KFRKAFKRFF(RP182)
75.根据条款73所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFRKFAKRFK(RP183)。
76.根据条款73所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFKKFFKKFK(RP185)。
77.根据条款68-72中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
RWKFGGFKWR(RP832C)；
FKWRGGRWKF(RP837C)；
FWKRGGRKWF(RP837A)；
FWKRFV(RP837N)；
FVRKWR(RP837C1)；
FAOOFAOOFO(RP850)；
FWKRFVRKWR(RP837)；
FWKKFVKKWK(RP841)；
WWHHWWHHWH(RP847)；
WWRHWWHRWR(RP848)；
WWKHWWHKWK(RP849)；
GDRGIKGHRGF(RP842)；
LYKKIIKKLL(RP846)；
FYPDFFKKFF(RP844)；
FFRKSKEKIG(RP853)；
FFRHFATHLD(RP845)；和
EKLSAFRNFF(RP843)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
78.根据条款77所述的方法，其中，b)中定义的一个或两个氨基酸替代由所述序列的阳离子氨基酸的高度保守性替代组成。
79.根据条款77所述的方法，包括选自以下的肽序列：RWKFGGFKWR(RP832C)、FKWRGGRWKF(RP837C)和FWKRGGRKWF(RP837A)。
80.根据条款77所述的方法，包括选自FWKRFV(RP837N)和FVRKWR(RP837C1)的肽序列。
81.根据条款77所述的方法，包括选自FAOOFAOOFO(RP850)、FWKRFVRKWR(RP837)和FWKKFVKKWK(RP841)的肽序列。
82.根据条款77所述的方法，包括选自WWHHWWHHWH、WWRHWWHRWR和WWKHWWHKWK(RP847-849)的肽序列。
83.根据条款77所述的方法，包括肽序列GDRGIKGHRGF(RP842)。
84.根据条款77所述的方法，包括肽序列LYKKIIKKLL(RP846)。
85.根据条款77所述的方法，包括肽序列FYPDFFKKFF(RP844)。
86.根据条款77所述的方法，包括肽序列FFRKSKEKIG(RP853)。
87.根据条款77所述的方法，包括肽序列FFRHFATHLD(RP845)。
88.根据条款77所述的方法，包括肽序列EKLSAFRNFF(RP843)。
89.一种将巨噬细胞表型从M2表型转化为M1表型的方法，该方法包括以足以将巨噬细胞表型转化为M1表型的方式使具有M2表型的巨噬细胞与CD206结合剂接触。
90.根据条款89所述的方法，其中，接触CD206结合剂诱导巨噬细胞的CD206受体的构象变化，足以将巨噬细胞的表型转化为M1表型。
91.根据条款89-90所述的方法，其中，转化巨噬细胞的表型包括诱导巨噬细胞的CD86的表达。
92.根据条款89-91中任一项所述的方法，其中，转化巨噬细胞的表型包括减少巨噬细胞的CD206或CD163的表达。
93.根据条款89-92中任一项所述的方法，其中，转化巨噬细胞的表型包括将巨噬细胞转化为表现出M1细胞因子和标志物上调的表型。
94.根据条款93所述的方法，其中，M1细胞因子和标志物选自IL-1β、IL-12、TNFα和一氧化氮合成酶。
95.根据条款89-94中任一项所述的方法，其中，转化巨噬细胞的表型包括将巨噬细胞转化为表现出信号调节蛋白α(SIRPα)表达降低的表型
96.根据条款89-95中任一项所述的方法，其中，CD206结合剂结合到选自以下的位点：CD206的纤连蛋白II结构域、CD206的C型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)、CD206的C型凝集素糖类识别结构域4(CRD4)和CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。
97.根据条款89-96任一项所述的方法，其中，使巨噬细胞在体内与CD206结合剂接触。
98.根据条款89-97中任一项所述的方法，其中，在体外使巨噬细胞与CD206结合剂接触。
99.根据条款89-98中任一项所述的方法，其中，CD206结合剂是免疫调节肽。
100.根据条款99所述的方法，其中，所述免疫调节肽的长度为5至18个氨基酸残基，所述肽包含：在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域。
101.根据条款100所述的方法，其中，所述条带性亲疏区域包括：
3个或更多个疏水性模块；和
2个或更多个亲水性模块，每个都包含至少一个阳离子残基；
其中所述免疫调节肽特异性地结合CD206。
102.根据条款99-101中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]-[X2aX2b]-[J3a]-[X3a]；和
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]-[X1bX1a]-[J1bJ1a]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
103.根据条款102所述的方法，其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自为苯丙氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸和精氨酸。
104.根据条款99-103中任一项所述的方法，其中所述免疫调节肽包括
a)选自以下的序列：
KFRKAFKRFF(RP182)；
FFRKFAKRFK(RP183)；
FFKKFFKKFK(RP185)；
FFKKFFKKFK(RP186)；和
FFKKFFKKFK(RP233)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
105.根据条款104所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列KFRKAFKRFF(RP182)
106.根据条款104所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFRKFAKRFK(RP183)。
107.根据条款104所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFKKFFKKFK(RP185)。
108.根据条款99-103中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
RWKFGGFKWR(RP832C)；
FKWRGGRWKF(RP837C)；
FWKRGGRKWF(RP837A)；
FWKRFV(RP837N)；
FVRKWR(RP837C1)；
FAOOFAOOFO(RP850)；
FWKRFVRKWR(RP837)；
FWKKFVKKWK(RP841)；
WWHHWWHHWH(RP847)；
WWRHWWHRWR(RP848)；
WWKHWWHKWK(RP849)；
GDRGIKGHRGF(RP842)；
LYKKIIKKLL(RP846)；
FYPDFFKKFF(RP844)；
FFRKSKEKIG(RP853)；
FFRHFATHLD(RP845)；和
EKLSAFRNFF(RP843)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
109.根据条款108所述的方法，其中b)中定义的一个或两个氨基酸替代由所述序列的阳离子氨基酸的高度保守性替代组成。
110.根据条款108所述的方法，包括选自以下的肽序列：RWKFGGFKWR(RP832C)、FKWRGGRWKF(RP837C)和FWKRGGRKWF(RP837A)。
111.根据条款108所述的方法，包括选自FWKRFV(RP837N)和FVRKWR(RP837C1)的肽序列。
112.根据条款108所述的方法，包括选自FAOOFAOOFO(RP850)、FWKRFVRKWR(RP837)和FWKKFVKKWK(RP841)的肽序列。
113.根据条款108所述的方法，包括选自WWHHWWHHWH、WWRHWWHRWR和WWKHWWHKWK(RP847-849)的肽序列。
114.根据条款108所述的方法，包括肽序列GDRGIKGHRGF(RP842)。
115.根据条款108所述的方法，包括肽序列LYKKIIKKLL(RP846)。
116.根据条款108所述的方法，包括肽序列FYPDFFKKFF(RP844)。
117.根据条款108所述的方法，包括肽序列FFRKSKEKIG(RP853)。
118.根据条款108所述的方法，包括肽序列FFRHFATHLD(RP845)。
119.根据条款108所述的方法，包括肽序列EKLSAFRNFF(RP843)。
120.一种治疗受试者的肿瘤性病症的方法，该方法包括向被诊断为患有肿瘤性病症的受试者施用治疗有效量的CD206结合剂以治疗受试者的肿瘤性病症。
121.根据条款120所述的方法，其中，所述肿瘤性病症是实体瘤癌症。
122.根据条款120-121中任一项所述的方法，其中，所述肿瘤性病症是选自胰腺癌、前列腺癌、结肠癌、乳腺癌和皮肤癌的癌症。
123.根据条款120-122中任一项所述的方法，进一步包括向受试者施用有效量的化疗剂、抗体试剂或细胞治疗。
124.根据条款123所述的方法，其中，所述化疗剂、抗体试剂或细胞治疗选自：类固醇、蒽环类、甲状腺激素替代药物、胸苷酸靶向药物、抗体、检查点抑制剂药物、嵌合抗原受体/T细胞治疗，以及其他细胞治疗。
125.根据条款124所述的方法，其中，所述化疗剂是减少癌细胞增殖的非肽化合物。
126.根据条款124-125中任一项所述的方法，其中，所述化疗剂是选自以下的化合物：烷化剂、金属络合物、亚硝基脲、抗代谢物、抗肿瘤抗生素、植物(长春花)生物碱、激素调节剂、类固醇激素。
127.根据条款126所述的方法，其中，所述抗体试剂是化学治疗性抗体试剂。
128.根据条款127所述的方法，其中，所述抗体试剂是针对肿瘤相关抗原产生的抗体，所述抗原选自：CD20、CD30、CD33、CD52、EpCAM、CEA、gpA33、黏蛋白、TAG-72、CAIX、PSMA、叶酸结合蛋白、神经节苷脂(例如，GD2、GD3、GM2等)、Le y、VEGF、VEGFR、整合素α-V-β-3、整合素α-5-β-1、EGFR、ERBB2、ERBB3、MET、IGF1R、EPHA3、TRAILR1、TRAILR2、RANKL、FAP和肌腱蛋白。
129.根据124所述的方法，其中，所述免疫检查点抑制剂是靶向PD1、PD-L1、CTLA4、TIM3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4和TGFRβ中的一种或更多种的抑制性化合物。
130.根据条款120-129中任一项所述的方法，其中，CD206结合剂是免疫调节肽。
131.根据条款130所述的方法，其中，所述免疫调节肽的长度为5至18个氨基酸残基，所述肽包含：在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域。
132.根据条款131所述的方法，其中，所述条带性亲疏区域包括：
3个或更多个疏水性模块；和
2个或更多个亲水性模块，每个都包含至少一个阳离子残基；
其中所述免疫调节肽特异性地结合CD206。
133.根据条款130-132中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]-[X2aX2b]-[J3a]-[X3a]；和
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]-[X1bX1a]-[J1bJ1a]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
134.根据条款133所述的方法，其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自为苯丙氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸和精氨酸。
135.根据条款130-134中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括
a)选自以下的序列：
KFRKAFKRFF(RP182)；
FFRKFAKRFK(RP183)；
FFKKFFKKFK(RP185)；
FFKKFFKKFK(RP186)；和
FFKKFFKKFK(RP233)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
136.根据条款135所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列KFRKAFKRFF(RP182)
137.根据条款135所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFRKFAKRFK(RP183)。
138.根据条款135所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFKKFFKKFK(RP185)。
139.根据条款130-134中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
RWKFGGFKWR(RP832C)；
FKWRGGRWKF(RP837C)；
FWKRGGRKWF(RP837A)；
FWKRFV(RP837N)；
FVRKWR(RP837C1)；
FAOOFAOOFO(RP850)；
FWKRFVRKWR(RP837)；
FWKKFVKKWK(RP841)；
WWHHWWHHWH(RP847)；
WWRHWWHRWR(RP848)；
WWKHWWHKWK(RP849)；
GDRGIKGHRGF(RP842)；
LYKKIIKKLL(RP846)；
FYPDFFKKFF(RP844)；
FFRKSKEKIG(RP853)；
FFRHFATHLD(RP845)；和
EKLSAFRNFF(RP843)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
140.根据条款139所述的方法，其中，b)中定义的一个或两个氨基酸替代由所述序列的阳离子氨基酸的高度保守性替代组成。
141.根据条款139所述的方法，包括选自以下的肽序列：RWKFGGFKWR(RP832C)、FKWRGGRWKF(RP837C)和FWKRGGRKWF(RP837A)。
142.根据条款139所述的方法，包括选自FWKRFV(RP837N)和FVRKWR(RP837C1)的肽序列。
143.根据条款139所述的方法，包括选自FAOOFAOOFO(RP850)、FWKRFVRKWR(RP837)和FWKKFVKKWK(RP841)的肽序列。
144.根据条款139所述的方法，包括选自WWHHWWHHWH、WWRHWWHRWR和WWKHWWHKWK(RP847-849)的肽序列。
145.根据条款139所述的方法，包括肽序列GDRGIKGHRGF(RP842)。
146.根据条款139所述的方法，包括肽序列LYKKIIKKLL(RP846)。
147.根据条款139所述的方法，包括肽序列FYPDFFKKFF(RP844)。
148.根据条款139所述的方法，包括肽序列FFRKSKEKIG(RP853)。
149.根据条款139所述的方法，包括肽序列FFRHFATHLD(RP845)。
150.根据条款139所述的方法，包括肽序列EKLSAFRNFF(RP843)。
151.一种联合治疗方法，该方法包括向有需要的受试者施用：
CD206结合剂；和
化疗剂、抗体试剂、免疫检查点抑制剂药物或细胞治疗中的一种或更多种。
152.根据条款151所述的方法，其中，所述化疗剂是减少癌细胞增殖的非肽化合物。
153.根据条款151所述的方法，其中，所述化疗剂是选自以下的化合物：烷化剂、金属络合物、亚硝基脲、抗代谢物、抗肿瘤抗生素、植物(长春花)生物碱、激素调节剂、类固醇激素。
154.根据条款151所述的方法，其中，所述抗体试剂是化学治疗性抗体试剂。
155.根据条款154所述的方法，其中，所述抗体试剂是针对肿瘤相关抗原产生的抗体，所述抗原选自：CD20、CD30、CD33、CD52、EpCAM、CEA、gpA33、黏蛋白、TAG-72、CAIX、PSMA、叶酸结合蛋白、神经节苷脂(例如，GD2、GD3、GM2等)、Le y、VEGF、VEGFR、整合素α-V-β-3、整合素α-5-β-1、EGFR、ERBB2、ERBB3、MET、IGF1R、EPHA3、TRAILR1、TRAILR2、RANKL、FAP和肌腱蛋白。
156.根据条款151所述的方法，其中，所述免疫检查点抑制剂是靶向PD1、PD-L1、CTLA4、TIM3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4和TGFRβ中的一种或更多种的抑制性化合物。
157.根据条款151-156中任一项所述的方法，其中，CD206结合剂是免疫调节肽。
158.根据条款157所述的方法，其中，所述免疫调节肽的长度为5至18个氨基酸残基，所述肽包含：在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域。
159.根据条款158所述的方法，其中，所述条带性亲疏区域包括：
3个或更多个疏水性模块；和
2个或更多个亲水性模块，每个都包含至少一个阳离子残基；
其中所述免疫调节肽特异性地结合CD206。
160.根据条款157-159中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]-[X2aX2b]-[J3a]-[X3a]；和
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]-[X1bX1a]-[J1bJ1a]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
161.根据条款160所述的方法，其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自为苯丙氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸和精氨酸。
162.根据条款157-161中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括
a)选自以下的序列：
KFRKAFKRFF(RP182)；
FFRKFAKRFK(RP183)；
FFKKFFKKFK(RP185)；
FFKKFFKKFK(RP186)；和
FFKKFFKKFK(RP233)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
163.根据条款162所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列KFRKAFKRFF(RP182)
164.根据条款162所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFRKFAKRFK(RP183)。
165.根据条款162所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFKKFFKKFK(RP185)。
166.根据条款157-161中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
RWKFGGFKWR(RP832C)；
FKWRGGRWKF(RP837C)；
FWKRGGRKWF(RP837A)；
FWKRFV(RP837N)；
FVRKWR(RP837C1)；
FAOOFAOOFO(RP850)；
FWKRFVRKWR(RP837)；
FWKKFVKKWK(RP841)；
WWHHWWHHWH(RP847)；
WWRHWWHRWR(RP848)；
WWKHWWHKWK(RP849)；
GDRGIKGHRGF(RP842)；
LYKKIIKKLL(RP846)；
FYPDFFKKFF(RP844)；
FFRKSKEKIG(RP853)；
FFRHFATHLD(RP845)；和
EKLSAFRNFF(RP843)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
167.根据条款166所述的方法，其中，b)中定义的一个或两个氨基酸替代由所述序列的阳离子氨基酸的高度保守性替代组成。
168.根据条款166所述的方法，包括选自以下的肽序列：RWKFGGFKWR(RP832C)、FKWRGGRWKF(RP837C)和FWKRGGRKWF(RP837A)。
169.根据条款166所述的方法，包括选自FWKRFV(RP837N)和FVRKWR(RP837C1)的肽序列。
170.根据条款166所述的方法，包括选自FAOOFAOOFO(RP850)、FWKRFVRKWR(RP837)和FWKKFVKKWK(RP841)的肽序列。
171.根据条款166所述的方法，包括选自WWHHWWHHWH、WWRHWWHRWR和WWKHWWHKWK(RP847-849)的肽序列。
172.根据条款166所述的方法，包括肽序列GDRGIKGHRGF(RP842)或LYKKIIKKLL(RP846)。
173.根据条款166所述的方法，包括肽序列FYPDFFKKFF(RP844)。
174.根据条款166所述的方法，包括肽序列FFRKSKEKIG(RP853)。
175.根据条款166所述的方法，包括肽序列FFRHFATHLD(RP845)。
176.根据条款166所述的方法，包括肽序列EKLSAFRNFF(RP843)。
177.一种与CD206的活性调节结构域结合的活性剂。
178.根据条款177所述的活性剂，其中，所述活性剂结合到CD206的活性调节结构域，所述活性调节结构域选自CD206的纤连蛋白II结构域、CD206的C型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)、CD206的C型凝集素的糖类识别结构域4(CRD4)以及CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。
179.根据条款178所述的活性剂，其中，所述活性剂结合到CD206的CRD5结构域。
180.根据条款178所述的活性剂，其中，所述活性剂结合到CD206的纤连蛋白II结构域。
181.根据条款178所述的活性剂，其中，所述活性剂结合到CD206的CRD3结构域。
182.根据条款177至181中任一项所述的活性剂，其中，所述活性剂是免疫调节肽。
183.根据条款182所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽的长度为5至18个氨基酸残基，所述肽包含：在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域。
184.根据条款183所述的活性剂，其中，所述条带性亲疏区域包括：
3个或更多个疏水性模块；和
2个或更多个亲水性模块，每个都包含至少一个阳离子残基；
其中所述免疫调节肽结合到CD206的所述活性调节结构域。
185.根据条款182-184中任一项所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]-[X2aX2b]-[J3a]-[X3a]；和
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]-[X1bX1a]-[J1bJ1a]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸；和
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
186.根据条款182或183所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包含由下式中之一定义的序列：
[X1a]-[J2a]-[X2a]-[J2a]-[X3a]-[J3a]
[J3a]-[X3a]-[J2a]-[X2a]-[J1a]-[X1a]
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]；
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2a]-[X2a]；
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]；
[J1aJ1b]-[X1a]-[J2aJ2b]-[X2a]；和
[X1a]-[J1aJ1b]-[X2a]-[J2aJ2b]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸电影、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
187.根据条款185或186所述的活性剂，其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自为苯丙氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸和精氨酸。
188.根据条款185所述的活性剂，其中所述免疫调节肽包括
a)选自以下的序列：
KFRKAFKRFF(RP182)；
FFRKFAKRFK(RP183)；
FFKKFFKKFK(RP185)；
FFKKFFKKFK(RP186)；和
FFKKFFKKFK(RP233)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
189.根据条款188所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列KFRKAFKRFF(RP182)
190.根据条款188所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFRKFAKRFK(RP183)。
191.根据条款189所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFKKFFKKFK(RP185)。
192.根据条款183所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
RWKFGGFKWR(RP832C)；
FKWRGGRWKF(RP837C)；
FWKRGGRKWF(RP837A)；
FWKRFV(RP837N)；
FVRKWR(RP837C1)；
FAOOFAOOFO(RP850)；
FWKRFVRKWR(RP837)；
FWKKFVKKWK(RP841)；
WWHHWWHHWH(RP847)；
WWRHWWHRWR(RP848)；
WWKHWWHKWK(RP849)；
GDRGIKGHRGF(RP842)；
LYKKIIKKLL(RP846)；
FYPDFFKKFF(RP844)；
FFRKSKEKIG(RP853)；
FFRHFATHLD(RP845)；和
EKLSAFRNFF(RP843)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
193.根据条款192所述的活性剂，其中b)中定义的一个或两个氨基酸替代由所述序列的阳离子氨基酸的高度保守性替代组成。
194.根据条款192所述的活性剂，包括选自以下的肽序列：RWKFGGFKWR(RP832C)、FKWRGGRWKF(RP837C)和FWKRGGRKWF(RP837A)。
195.根据条款192所述的活性剂，包括选自FWKRFV(RP837N)和FVRKWR(RP837C1)的肽序列。
196.根据条款192所述的活性剂，包括选自FAOOFAOOFO(RP850)、FWKRFVRKWR(RP837)和FWKKFVKKWK(RP841)的肽序列。
197.根据条款192所述的活性剂，包括选自WWHHWWHHWH、WWRHWWHRWR和WWKHWWHKWK(RP847-849)的肽序列。
198.根据条款183所述的活性剂，包括选自以下的肽序列：MVFRDVGNRN、LFWKRFVEFF、AIRRIPRRIR、LAERAFHRFF、DVRMRLRSEV、FFNRFANERH、GFRELFRQLD、SQLPAFKRFF、RRAELGFKWR、MFEREVKNAM、REVKNAMRRW、IENAAFKRFF、FYPDFFKKFF、和KKIRVRSLA
199.根据条款192所述的活性剂，包括肽序列GDRGIKGHRGF(RP842)。
200.根据条款192所述的活性剂，包括肽序列LYKKIIKKLL(RP846)。
201.根据条款192所述的活性剂，包括肽序列FYPDFFKKFF(RP844)。
202.根据条款192所述的活性剂，包括肽序列FFRKSKEKIG(RP853)。
203.根据条款192所述的活性剂，包括肽序列FFRHFATHLD(RP845)。
204.根据条款192所述的活性剂，包括肽序列EKLSAFRNFF(RP843)。
205.根据条款186所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
AFKRFF(182-FN6)；
FFKKFF(185-FN6)；
FWKRFV(837-FN6)；
WVRRVV(WLUB-F1-N6)；
IFKKIE(CEC-F1-N6)
FLRNLV(LL37F-3-N6)；
FLHSAK(MAG-F1-N6)；
FFHHIF(PISC-F-N6)；
FFKKAA(PLEU-F-N6)；
ALKKVF(PSEU-F-N6)；
LYKKII(CXCL4-F-N6)；
LFRRAF(IL24-FN6)；
FLKRLL(IL7-FN6)；
FFRRFA(ABCP-FN6)；
FFRHFA(E1P-FN6)；
AIRRIP(gP120-FN6)；
AFHRFF(GP2B-FN6)；
FFNRFA(MCPH-FN6)；
AFKRFF(SPRA-FN6)；
AFKRFF(TPRO-FN6)；
IVRRAD(COL18-FN6)；
FWRWFK(HX5/CPAP)；
KFWRWF(HX6/YJPA)；
WFRFWK(HX7/CLPB)
KWFRFW(HX8/ATG1)；
AFHHFF(HEX16F/STPK)；
FFRNFA(HEXF13/SIF1)；
AFHRFF(HEX9F/THIF)；
FFRQFA(HEXF1/ATPB)；
AFNRFF(HEX2F/AATF)；
WIQRMM(CXCL13-FN6)；
WVQRVV(CXCL8-FN6)；
AFRNFF(HEX3F/FBNA)；和
TLRRFM(HEX18/HSHK)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
206.根据条款186所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
DVRMRL(MCMV-FN6)；和
RRAELG(TONB-FN6)或
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
207.根据条款182所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FWRWFA(HX1/MMPL)；
AFWRWF(HX2/ABCT)；
WFRFWA(HX3/GTRF)；
AWFRFW(HX4/AXES)；
VAVRIW(HX9/IDRF/AMIA)；
FFRFFA(HEXF2/AMT1)；和
AFFRFF(HEX13F/TGME)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
208.根据条款186所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FFKKFF；WWKKFF；FWKKWF；FFKKWW；WWKKWW；YYKKYY；IIKKYY；YIKKIY；YYKKII；IIKKII；MMKKMM；LLKKMM；MLKKLM；MMKKLL；LLKKLL；VVKKVV；AAKKVV；VAKKAV；VVKKAA；AAKKAA；GGKKGG；TTKKGG；GTKKTG；GGKKTT；TTKKTT；SSKKSS；CCKKSS；SCKKCS；SSKKCC；和CCKKCC；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
209.根据条款186所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FKFKFK；WKWKWK；YKYKYK:IKIKIK；MKMKMK；LKLKLK；VKVKVK；AKAKAK；GKGKGK；TKTKTK；SKSKSK；CKCKCK；KFKFKF；KWKWKW；KYKYKY；KIKIKI；KMKMKM；KLKLKL；KVKVKV；KAKAKA；KGKGKG；KTKTKT；KSKSKS；和KCKCKC；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
210.根据条款182所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括来自表1的肽。
211.根据条款210所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括在N-末端被截短1或2个氨基酸的表1的肽。
212.根据条款210所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括在C-末端被截短1或2个氨基酸的表1的肽。
213.根据条款182或183所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1a]-[X2a]-[J2a]-[X3a]-[J3a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2a]-[X3a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2aJ2b]；
[J1aJ1b]-[X1a]-[J2a]-[X2a]；
[X1a]-[J1aJ1b]-[X2a]-[J2a]；
[J1a]-[X1a]-[J2aJ2b]-[X2a]；和
[J1aJ1b]-[X2a]-[J2aJ2b]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
214.根据条款213所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
AFKRF；FFKKF；FWKRF；WVRRV；IFKKI；FLRNL；FLHSA；FFHHI；FFKKA；ALKKV；LYKKI；LFRRA；FLKRL；FFRRF；FFRHF；AIRRI；AFHRF；FFNRF；IVRRA；FWRWF；KFWRW；WFRFW；KWFRF；AFHHF；FFRNF；FFRQF；AFNRF；WIQRM；WVQRV；AFRNF；TLRRF；FKRFF；FKKFF；WKRFV；VRRVV；FKKIE；LRNLV；LHSAK；FHHIF；FKKAA；LKKVF；YKKII；FRRAF；LKRLL；FRRFA；FRHFA；IRRIP；FHRFF；FNRFA；VRRAD；WRWFK；FRFWK；FHHFF；FRNFA；FRQFA；FNRFF；IQRMM；VQRVV；FRNFF；LRRFM；DVRMR；VRMRL；RRAEL；RAELG和RWKFG；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
215.根据条款182所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)
i)选自以下的肽序列：
AFWRW；AWFRF；VAVRI；FFRFF；AFFRF；WRWFA；FRFWA；AVRIW；和FRFFA；或者
ii)相对于i)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列；或者
b)
i)选自以下的肽序列：
FFKKF；WWKKF；FWKKW；FFKKW；WWKKW；YYKKY；IIKKY；YIKKI；YYKKI；IIKKI；MMKKM；LLKKM；MLKKL；MMKKL；LLKKL；VVKKV；AAKKV；VAKKA；VVKKA；AAKKA；GGKKG；TTKKG；GTKKT；GGKKT；TTKKT；SSKKS；CCKKS；SCKKC；SSKKC；和CCKKC；FKKFF；WKKFF；WKKWF；FKKWW；WKKWW；YKKYY；IKKYY；IKKIY；YKKII；IKKII；MKKMM；LKKMM；LKKLM；MKKLL；LKKLL；VKKVV；AKKVV；AKKAV；VKKAA；AKKAA；GKKGG；TKKGG；TKKTG；GKKTT；TKKTT；SKKSS；CKKSS；CKKCS；SKKCC；和CKKCC；或者
ii)相对于i)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
216.根据条款213所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FKFKF；WKWKW；YKYKY:IKIKI；MKMKM；LKLKL；VKVKV；AKAKA；GKGKG；TKTKT；SKSKS；CKCKC；KFKFK；KWKWK；KYKYK；KIKIK；KMKMK；KLKLK；KVKVK；KAKAK；KGKGK；KTKTK；KSKSK；和KCKCK；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
217.根据条款182或183所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1a]-[X1a]-[J2a]-[X2a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2a]
[X1aX2a]-[J2aJ2b]；和
[J1aJ1b]-[X1aX2a]；
其中：
J1a、J1b、J2a和J2b各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a和X2b各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
218.根据条款217所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
AFKR；FFKK；FWKR；WVRR；IFKK；FLRN；FLHS；FFHH；ALKK；LYKK；LFRR；FLKR；FFRR；FFRH；AIRR；AFHR；FFNR；IVRR；FWRW；KFWR；WFRF；KWFR；AFHH；FFRN；FFRQ；AFNR；WIQR；WVQR；AFRN；TLRR；KRFF；KKFF；KRFV；RRVV；KKIE；RNLV；HSAK；HHIF；KKAA；KKVF；KKII；RRAF；KRLL；RRFA；RHFA；RRIP；HRFF；NRFA；RRAD；RWFK；RFWK；HHFF；RNFA；RQFA；NRFF；QRMM；QRVV；RNFF；RRFM；VRMR；RMRL；RAEL；AELG；和WKFG；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
219.根据条款182所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FWRW；AFWR；WFRF；AWFR；VAVR；FFRF；AFFR；RWFA；WRWF；RFWA；FRFW；VRIW；RFFA；和FRFF；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
220.根据条款217所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FFKK；WWKK；FWKK；YYKK；IIKK；YIKK；MMKK；LLKK；MLKK；VVKK；AAKK；VAKK；GGKK；TTKK；GTKK；SSKK；CCKK；SCKK；KKFF；KKWF；KKWW；KKYY；KKIY；KKII；KKMM；KKLM；KKLL；KKVV；KKAV；KKAA；KKGG；KKTG；KKTT；KKSS；KKCS；和KKCC；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
221.根据第217条所述的活性剂，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FKFK；WKWK；YKYK:IKIK；MKMK；LKLK；VKVK；AKAK；GKGK；TKTK；SKSK；CKCK；KFKF；KWKW；KYKY；KIKI；KMKM；KLKL；KVKV；KAKA；KGKG；KTKT；KSKS；和KCKC；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
222.根据条款205至221中任一项所述的活性剂，其中b)中定义的一个或两个氨基酸替代由所述序列的阳离子氨基酸的高度保守性替代组成。
223.根据条款177至181中任一项所述的活性剂，其中，所述活性剂是小分子活性剂。
224.根据条款223所述的活性剂，其中，所述小分子活性剂由式(I)描述：
Figure BDA0003380313180001321
其中：
R1-R4各自独立地选自氢、烷基和取代烷基；
X1选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、芳烷基、取代芳烷基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基；
X2选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、氨基、取代氨基、杂芳基、取代杂芳基、杂环、取代杂环；
X3选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、萘基、取代萘基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、芳基杂环、取代芳基杂环；以及
n是1到10之间的整数，
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
225.根据条款224所述的活性剂，其中，所述小分子活性剂由式(Ia)描述：
Figure BDA0003380313180001331
其中：
R1-R4各自独立地选自氢和烷基；
R5-R6各自独立地选自芳基和取代芳基；
X2选自烷基和NR2aR2b，其中R2a和R2b独立地选自氢、芳基和取代芳基；
X3选自芳基、取代芳基、萘基、取代萘基、咔唑和取代咔唑；
n是1到6之间的整数；以及
m是1到6之间的整数。
226.根据条款225所述的活性剂，其中，所述小分子活性剂是选自以下的化合物：
Figure BDA0003380313180001341
227.根据条款223所述的活性剂，其中，所述小分子活性剂由式(II)描述：
Figure BDA0003380313180001351
其中：
R7a、R7b、R8、R9和R10各自独立地选和自氢、烷基和取代烷基；以及
X4选自烷基、芳基、芳烷基、杂环和杂芳基、酰基，其中X4可选地进一步被一个或更多个选自以下的基团取代：烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、氨基、取代氨基、羧酸酰胺、取代羧酸酰胺、杂环、取代杂环和式(II)的第二化合物
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
228.根据条款227所述的活性剂，其中，所述小分子活性剂由式(IIa)描述：
Figure BDA0003380313180001352
其中：
R7a、R7b、R8、R9、R10和R10a各自独立地选自氢和烷基；
R11和R12各自独立地选自芳基、取代芳基、杂芳基、取代杂芳基、萘基、取代萘基、咔唑和取代咔唑；
n1和m1各自独立地为1至10之间的整数；
n2和m2各自独立地为0或1；以及
n3和m3各自独立地为0或1。
229.根据条款228所述的活性剂，其中，所述小分子活性剂是选自以下的化合物：
Figure BDA0003380313180001361
230.根据条款227所述的活性剂，其中，所述小分子活性剂是选自以下的化合物：
Figure BDA0003380313180001362
231.根据条款223所述的活性剂，其中，所述小分子活性剂由式(III)描述：
Figure BDA0003380313180001363
其中：
R13选自氢、烷基和取代烷基；
X5选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、氨基、取代氨基、杂芳基、取代杂芳基、杂环、取代杂环；
X6选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、芳烷基、取代芳烷基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基；
X7选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、萘基、取代萘基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、芳基杂环、取代芳基杂环；以及
p是1到10之间的整数，
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
232.根据条款231所述的活性剂，其中，所述小分子活性剂是：
Figure BDA0003380313180001371
233.根据条款177所述的活性剂，其中，所述活性剂是特异性结合成员。
234.根据条款233所述的活性剂，其中，所述特异性结合成员是抗体或其结合片段。
235.根据条款233或234所述的活性剂，其中，所述特异性结合成员靶向选自以下的CD206的序列：NFGDLVSIQSESEKK、NDAQSAYFIGLLISL、SKEKETMDNARAF、和EDENCVTMYSNSGFWN。
236.根据条款235所述的活性剂，其中，所述特异性结合成员靶向CD206的NFGDLVSIQSESEKK序列。
237.根据条款235所述的活性剂，其中，所述特异性结合成员靶向CD206的NDAAQSAYFIGLLISL序列。
238.根据条款235所述的活性剂，其中，所述特异性结合成员靶向CD206的SKEKETMDNARAF序列。
239.根据条款235所述的活性剂，其中，所述特异性结合成员靶向CD206的EDENCVTMYSNSGFWN序列。
240.一种方法，包括：
使包含CD206的巨噬细胞与化合物接触；以及
确定所述化合物是否与CD206的活性调节结构域结合。
241.根据条款240所述的方法，进一步包括确定与所述化合物结合的CD206的活性调节结构域。
242.根据条款240或241所述的方法，其中，巨噬细胞是在CD206的活性调节结构域中包含一个或更多个突变的巨噬细胞。
243.根据条款240-242中任一项所述的方法，其中，CD206的活性调节结构域选自：CD206的纤连蛋白II结构域、CD206的C型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)、CD206的C型凝集素糖类识别结构域4(CRD4)和CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。
244.根据条款243所述的方法，其中，CD206的活性调节结构域是CRD5结构域。
245.根据条款243所述的方法，其中，CD206的活性调节结构域是纤连蛋白II结构域。
246.根据条款243所述的方法，其中，CD206的活性调节结构域是CRD3结构域。
247.根据条款243至246中任一项所述的方法，其中，所述化合物是免疫调节肽。
248.根据条款247所述的方法，其中，所述免疫调节肽的长度为5至18个氨基酸残基，所述肽包含：在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域。
249.根据条款248所述的方法，其中，所述条带性亲疏区域包括：
3个或更多个疏水性模块；和
2个或更多个亲水性模块，每个都包含至少一个阳离子残基；
其中所述免疫调节肽结合到CD206的活性调节结构域。
250.根据条款247至249中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[Y1aY1b]-[X1aX1b]-[Y2aY2b]-[X2aX2b]-[Y3a]-[X3a]；和
[X3a]-[Y3a]-[X2bX2a]-[Y2bY2a]-[X1bX1a]-[Y1bY1a]；
其中：
Y1a、Y1b、Y2a、Y2b和Y3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
251.根据条款247或248所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[X1a]-[Y2a]-[X2a]-[Y2a]-[X3a]-[Y3a]
[Y3a]-[X3a]-[Y2a]-[X2a]-[Y1a]-[X1a]
[Y1aY1b]-[X1aX1b]-[Y2aY2b]；
[Y1aY1b]-[X1aX1b]-[Y2a]-[X2a]；
[X3a]-[Y3a]-[X2bX2a]-[Y2bY2a]；
[Y1aY1b]-[X1a]-[Y2aY2b]-[X2a]；和
[X1a]-[Y1aY1b]-[X2a]-[Y2aY2b]；
其中：
Y1a、Y1b、Y2a、Y2b和Y3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
252.根据条款250或251所述的方法，其中：
Y1a、Y1b、Y2a、Y2b和Y3a各自为苯丙氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸和精氨酸。
253.根据条款250所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括
a)选自以下的序列：
KFRKAFKRFF(RP182)；
FFRKFAKRFK(RP183)；
FFKKFFKKFK(RP185)；
FFKKFFKKFK(RP186)；和
FFKKFFKKFK(RP233)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
254.根据条款253所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列KFRKAFKRFF(RP182)
255.根据条款253所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFRKFAKRFK(RP183)。
256.根据条款253所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括氨基酸序列FFKKFFKKFK(RP185)。
257.根据条款248所述的方法，其中所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
RWKFGGFKWR(RP832C)；
FKWRGGRWKF(RP837C)；
FWKRGGRKWF(RP837A)；
FWKRFV(RP837N)；
FVRKWR(RP837C1)；
FAOOFAOOFO(RP850)；
FWKRFVRKWR(RP837)；
FWKKFVKKWK(RP841)；
WWHHWWHHWH(RP847)；
WWRHWWHRWR(RP848)；
WWKHWWHKWK(RP849)；
GDRGIKGHRGF(RP842)；
LYKKIIKKLL(RP846)；
FYPDFFKKFF(RP844)；
FFRKSKEKIG(RP853)；
FFRHFATHLD(RP845)；和
EKLSAFRNFF(RP843)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
258.根据条款257所述的方法，其中b)中定义的一个或两个氨基酸替代由所述序列的阳离子氨基酸的高度保守性替代组成。
259.根据条款257所述的方法，包括选自以下的肽序列：RWKFGGFKWR(RP832C)、FKWRGGRWKF(RP837C)和FWKRGGRKWF(RP837A)。
260.根据条款257所述的方法，包括选自FWKRFV(RP837N)和FVRKWR(RP837C1)的肽序列。
261.根据条款257所述的方法，包括选自FAOOFAOOFO(RP850)、FWKRFVRKWR(RP837)和FWKKFVKKWK(RP841)的肽序列。
262.根据条款257所述的方法，包括选自WWHHWWHHWH、WWRHWWHRWR和WWKHWWHKWK(RP847-849)的肽序列。
263.根据条款248所述的方法，包括选自以下的肽序列：MVFRDVGNRN、LFWKRFVEFF、AIRRIPRRIR、LAERAFHRFF、DVRMRLRSEV、FFNRFANERH、GFRELFRQLD、SQLPAFKRFF、RRAELGFKWR、MFEREVKNAM、REVKNAMRRW、IENAAFKRFF、FYPDFFKKFF、和KKIRVRSLA
264.根据条款257所述的方法，包括肽序列GDRGIKGHRGF(RP842)。
265.根据条款257所述的方法，包括肽序列LYKKIIKKLL(RP846)。
266.根据条款257所述的方法，包括肽序列FYPDFFKKFF(RP844)。
267.根据条款257所述的方法，包括肽序列FFRKSKEKIG(RP853)。
268.根据条款257所述的方法，包括肽序列FFRHFATHLD(RP845)。
269.根据条款257所述的方法，包括肽序列EKLSAFRNFF(RP843)。
270.根据条款251所述的方法，其中所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
AFKRFF(182-FN6)；
FFKKFF(185-FN6)；
FWKRFV(837-FN6)；
WVRRVV(WLUB-F1-N6)；
IFKKIE(CEC-F1-N6)
FLRNLV(LL37F-3-N6)；
FLHSAK(MAG-F1-N6)；
FFHHIF(PISC-F-N6)；
FFKKAA(PLEU-F-N6)；
ALKKVF(PSEU-F-N6)；
LYKKII(CXCL4-F-N6)；
LFRRAF(IL24-FN6)；
FLKRLL(IL7-FN6)；
FFRRFA(ABCP-FN6)；
FFRHFA(E1P-FN6)；
AIRRIP(gP120-FN6)；
AFHRFF(GP2B-FN6)；
FFNRFA(MCPH-FN6)；
AFKRFF(SPRA-FN6)；
AFKRFF(TPRO-FN6)；
IVRRAD(COL18-FN6)；
FWRWFK(HX5/CPAP)；
KFWRWF(HX6/YJPA)；
WFRFWK(HX7/CLPB)
KWFRFW(HX8/ATG1)；
AFHHFF(HEX16F/STPK)；
FFRNFA(HEXF13/SIF1)；
AFHRFF(HEX9F/THIF)；
FFRQFA(HEXF1/ATPB)；
AFNRFF(HEX2F/AATF)；
WIQRMM(CXCL13-FN6)；
WVQRVV(CXCL8-FN6)；
AFRNFF(HEX3F/FBNA)；和
TLRRFM(HEX18/HSHK)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
271.根据条款251所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
DVRMRL(MCMV-FN6)；和
RRAELG(TONB-FN6)或
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
272.根据条款247所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FWRWFA(HX1/MMPL)；
AFWRWF(HX2/ABCT)；
WFRFWA(HX3/GTRF)；
AWFRFW(HX4/AXES)；
VAVRIW(HX9/IDRF/AMIA)；
FFRFFA(HEXF2/AMT1)；和
AFFRFF(HEX13F/TGME)；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
273.根据条款251所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FFKKFF；WWKKFF；FWKKWF；FFKKWW；WWKKWW；YYKKYY；IIKKYY；YIKKIY；YYKKII；IIKKII；MMKKMM；LLKKMM；MLKKLM；MMKKLL；LLKKLL；VVKKVV；AAKKVV；VAKKAV；VVKKAA；AAKKAA；GGKKGG；TTKKGG；GTKKTG；GGKKTT；TTKKTT；SSKKSS；CCKKSS；SCKKCS；SSKKCC；和CCKKCC；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
274.根据条款251所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FKFKFK；WKWKWK；YKYKYK:IKIKIK；MKMKMK；LKLKLK；VKVKVK；AKAKAK；GKGKGK；TKTKTK；SKSKSK；CKCKCK；KFKFKF；KWKWKW；KYKYKY；KIKIKI；KMKMKM；KLKLKL；KVKVKV；KAKAKA；KGKGKG；KTKTKT；KSKSKS；和KCKCKC；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
275.根据条款247所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括来自表1的肽。
276.根据条款275所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括在N-末端被截短1或2个氨基酸的表1的肽。
277.根据条款275所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括在C-末端被截短1或2个氨基酸的表1的肽。
278.根据条款247或248所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1a]-[X2a]-[J2a]-[X3a]-[J3a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2a]-[X3a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2aJ2b]；
[J1aJ1b]-[X1a]-[J2a]-[X2a]；
[X1a]-[J1aJ1b]-[X2a]-[J2a]；
[J1a]-[X1a]-[J2aJ2b]-[X2a]；和
[J1aJ1b]-[X2a]-[J2aJ2b]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
279.根据条款278所述的方法，其中所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
AFKRF；FFKKF；FWKRF；WVRRV；IFKKI；FLRNL；FLHSA；FFHHI；FFKKA；ALKKV；LYKKI；LFRRA；FLKRL；FFRRF；FFRHF；AIRRI；AFHRF；FFNRF；IVRRA；FWRWF；KFWRW；WFRFW；KWFRF；AFHHF；FFRNF；FFRQF；AFNRF；WIQRM；WVQRV；AFRNF；TLRRF；FKRFF；FKKFF；WKRFV；VRRVV；FKKIE；LRNLV；LHSAK；FHHIF；FKKAA；LKKVF；YKKII；FRRAF；LKRLL；FRRFA；FRHFA；IRRIP；FHRFF；FNRFA；VRRAD；WRWFK；FRFWK；FHHFF；FRNFA；FRQFA；FNRFF；IQRMM；VQRVV；FRNFF；LRRFM；DVRMR；VRMRL；RRAEL；RAELG；和RWKFG；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
280.根据条款247所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
AFWRW；AWFRF；VAVRI；FFRFF；AFFRF；WRWFA；FRFWA；AVRIW；和FRFFA；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
281.根据条款278所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FFKKF；WWKKF；FWKKW；FFKKW；WWKKW；YYKKY；IIKKY；YIKKI；YYKKI；IIKKI；MMKKM；LLKKM；MLKKL；MMKKL；LLKKL；VVKKV；AAKKV；VAKKA；VVKKA；AAKKA；GGKKG；TTKKG；GTKKT；GGKKT；TTKKT；SSKKS；CCKKS；SCKKC；SSKKC；和CCKKC；FKKFF；WKKFF；WKKWF；FKKWW；WKKWW；YKKYY；IKKYY；IKKIY；YKKII；IKKII；MKKMM；LKKMM；LKKLM；MKKLL；LKKLL；VKKVV；AKKVV；AKKAV；VKKAA；AKKAA；GKKGG；TKKGG；TKKTG；GKKTT；TKKTT；SKKSS；CKKSS；CKKCS；SKKCC；和CKKCC；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
282.根据条款278所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FKFKF；WKWKW；YKYKY:IKIKI；MKMKM；LKLKL；VKVKV；AKAKA；GKGKG；TKTKT；SKSKS；CKCKC；KFKFK；KWKWK；KYKYK；KIKIK；KMKMK；KLKLK；KVKVK；KAKAK；KGKGK；KTKTK；KSKSK；和KCKCK；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
283.根据条款247或248所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括由下式中之一定义的序列：
[J1a]-[X1a]-[J2a]-[X2a]
[X1a]-[J1a]-[X2a]-[J2a]
[X1aX2a]-[J2aJ2b]；和
[J1aJ1b]-[X1aX2a]；
其中：
J1a、J1b、J2a和J2b各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、脯氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a和X2b各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
284.根据条款283所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
AFKR；FFKK；FWKR；WVRR；IFKK；FLRN；FLHS；FFHH；ALKK；LYKK；LFRR；FLKR；FFRR；FFRH；AIRR；AFHR；FFNR；IVRR；FWRW；KFWR；WFRF；KWFR；AFHH；FFRN；FFRQ；AFNR；WIQR；WVQR；AFRN；TLRR；KRFF；KKFF；KRFV；RRVV；KKIE；RNLV；HSAK；HHIF；KKAA；KKVF；KKII；RRAF；KRLL；RRFA；RHFA；RRIP；HRFF；NRFA；RRAD；RWFK；RFWK；HHFF；RNFA；RQFA；NRFF；QRMM；QRVV；RNFF；RRFM；VRMR；RMRL；RAEL；AELG；和WKFG；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
285.根据条款247所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FWRW；AFWR；WFRF；AWFR；VAVR；FFRF；AFFR；RWFA；WRWF；RFWA；FRFW；VRIW；RFFA；和FRFF；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
286.根据条款283所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FFKK；WWKK；FWKK；YYKK；IIKK；YIKK；MMKK；LLKK；MLKK；VVKK；AAKK；VAKK；GGKK；TTKK；GTKK；SSKK；CCKK；SCKK；KKFF；KKWF；KKWW；KKYY；KKIY；KKII；KKMM；KKLM；KKLL；KKVV；KKAV；KKAA；KKGG；KKTG；KKTT；KKSS；KKCS；和KKCC；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
287.根据条款283所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括：
a)选自以下的肽序列：
FKFK；WKWK；YKYK:IKIK；MKMK；LKLK；VKVK；AKAK；GKGK；TKTK；SKSK；CKCK；KFKF；KWKW；KYKY；KIKI；KMKM；KLKL；KVKV；KAKA；KGKG；KTKT；KSKS；和KCKC；或者
b)相对于a)中定义的序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
288.根据条款270至287中任一项所述的方法，其中，b)中定义的一个或两个氨基酸替代由所述序列的阳离子氨基酸的高度保守性替代组成。
289.根据条款243至246中任一项所述的方法，其中，所述化合物是小分子活性剂。
290.根据条款289所述的方法，其中，所述小分子活性剂由式(I)描述：
Figure BDA0003380313180001471
其中：
R1-R4各自独立地选自氢、烷基和取代烷基；
X1选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、芳烷基、取代芳烷基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基；
X2选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、氨基、取代氨基、杂芳基、取代杂芳基、杂环、取代杂芳基；
X3选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、萘基、取代萘基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、芳基杂环、取代芳基杂环；以及
n是1到10之间的整数，
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
291.根据条款290所述的方法，其中所述小分子活性剂由式(Ia)描述：
Figure BDA0003380313180001481
其中：
R1-R4各自独立地选自氢和烷基；
R5-R6各自独立地选自芳基和取代芳基；
X2选自烷基和NR2aR2b，其中R2a和R2b独立地选自氢、芳基和取代芳基；
X3选自芳基、取代芳基、萘基、取代萘基、咔唑和取代咔唑；
n是1到6之间的整数；以及
m是1到6之间的整数；
其中在一些情况下，所述小分子活性剂是选自以下的化合物：
Figure BDA0003380313180001482
Figure BDA0003380313180001491
292.根据条款289所述的方法，其中，所述小分子活性剂由式(II)描述：
Figure BDA0003380313180001492
其中：
R7a、R7b、R8、R9和R10各自独立地选自氢、烷基和取代烷基；以及
X4选自烷基、芳基、芳烷基、杂环和杂芳基、酰基，其中X4可选地进一步被一个或更多个选自以下的基团取代：烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、氨基、取代氨基、羧酸酰胺、取代羧酸酰胺、杂环、取代杂环和式(II)的第二化合物
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
293.根据条款292所述的方法，其中，所述小分子活性剂由式(IIa)描述：
Figure BDA0003380313180001501
其中：
R7a、R7b、R8、R9、R10和R10a各自独立地选自氢和烷基；
R11和R12各自独立地选自芳基、取代芳基、杂芳基、取代杂芳基、萘基、取代萘基、咔唑和取代咔唑；
n1和m1各自独立地为1至10之间的整数；
n2和m2各自独立地为0或1；以及
n3和m3各自独立地为0或1。
294.根据条款293所述的方法，其中，所述小分子活性剂是选自以下的化合物：
Figure BDA0003380313180001502
295.根据条款292所述的方法，其中，所述小分子活性剂是选自以下的化合物：
Figure BDA0003380313180001511
296.根据条款289所述的方法，其中，所述小分子活性剂由式(III)描述：
Figure BDA0003380313180001512
其中：
R13选自氢、烷基和取代烷基；
X5选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、氨基、取代氨基、杂芳基、取代杂芳基、杂环、取代杂芳基；
X6选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、芳烷基、取代芳烷基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基；
X7选自烷基、取代烷基、芳基、取代芳基、萘基、取代萘基、杂环、取代杂环、杂芳基、取代杂芳基、芳基杂环、取代芳基杂环；以及
p是1到10之间的整数，
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
297.根据条款296所述的方法，其中，所述小分子活性剂是：
Figure BDA0003380313180001521
298.根据条款243至246中任一项所述的方法，其中，所述化合物是特异性结合成员。
299.根据条款298中任一项所述的方法，其中，所述特异性结合成员是抗体或其结合片段。
300.根据条款298或299所述的方法，其中，所述特异性结合成员靶向选自以下的CD206序列：NFGDLVSIQSESEKK、NDAQSAYFIGLLISL、SKEKETMDNARAF、和EDENCVTMYSNSGFWN。
301.根据条款300所述的方法，其中，所述特异性结合成员靶向CD206的NFGDLVSIQSESEKK序列。
302.根据条款300所述的抗体，其中，所述特异性结合成员靶向CD206的NDAAQSAYFIGLLISL序列。
303.根据条款300所述的抗体，其中，所述特异性结合成员靶向CD206的SKEKETMDNARAF序列。
304.根据条款300所述的抗体，其中，所述特异性结合成员靶向CD206的EDENCVTMYSNSGFWN序列。
尽管为了清楚理解的目的，已经通过说明和示例的方式对上述发明进行了一些详细的描述，但根据本发明的教导，本领域的普通技术人员很容易明白在不脱离所附权利要求的精神或范围的情况下，可以对其进行某些改变和修改。
因此，前述仅说明了本发明的原理。应当理解，本领域技术人员将能够设计出各种布置，其尽管本文没有明确描述或示出，但体现了本发明的原理并且被包括在其精神和范围内。此外，本文中引用的所有示例和条件语言主要旨在帮助读者理解发明人为促进本领域所贡献的本发明的原理和构思，并且应被解释为不限于这些具体引用的示例和条件。此外，本文叙述本发明的原理、方面和实施方案及其具体示例的所有陈述旨在涵盖其结构和功能等同物。此外，此类等同物旨在包括当前已知的等同物和未来开发的等同物，即，无论结构如何，包括所研发的执行相同功能的任何元件。此外，本文所公开的任何内容均不旨在被投入给公众，无论权利要求中是否明确叙述了此类公开。
因此，本发明的范围不旨在限于本文所示和描述的示例性实施方案。相反，本发明的范围和精神由所附权利要求体现。在权利要求中，35 U.S.C.§112(f)或35 U.S.C.§112(6)被明确定义为仅当在权利要求中的限定的开头使用了确切的短语“手段为”或确切的短语“步骤为”时才被援引用于这些权利要求中的限定；如果在权利要求的限定中未使用此类确切短语，则不会援引35 U.S.C.§112(f)或35 U.S.C.§112(6)。

Claims (15)

1.一种调节巨噬细胞活性的方法，所述方法包括：
使巨噬细胞与CD206结合剂相接触以调节所述巨噬细胞的活性。
2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述CD206结合剂结合到选自以下的位点：CD206的纤连蛋白II结构域、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域3(CRD3)、CD206的C-型凝集素糖类识别结构域4(CRD4)以及CD206的C型凝集素糖类识别结构域5(CRD5)。
3.根据权利要求1所述的方法，其中，CD206结合剂以至少-650kcal/mol的结合能结合至CD206。
4.根据权利要求1所述的方法，其中，被调节的所述巨噬细胞活性是巨噬细胞极化。
5.根据权利要求1所述的方法，其中，所述巨噬细胞的活力降低。
6.根据权利要求1所述的方法，其中，所述巨噬细胞是M2巨噬细胞或肿瘤相关巨噬细胞(TAM)。
7.根据权利要求1所述的方法，其中，所述CD206结合剂抑制巨噬细胞活性、诱导巨噬细胞凋亡和刺激吞噬作用中的至少一种。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述巨噬细胞是体外的。
9.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述巨噬细胞是体内的。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中，所述CD206结合剂是免疫调节肽。
11.根据权利要求10所述的方法，其中，所述免疫调节肽的长度为5至18个氨基酸残基，所述肽包含：在生理条件下采用两亲构象的亲水性和疏水性模块交替的条带性亲疏区域。
12.根据权利要求11所述的方法，其中，所述条带性亲疏区域包括：
3个或更多个疏水性模块；和
2个或更多个亲水性模块，每个亲水性模块均包含至少一个阳离子残基；
其中所述免疫调节肽特异性地结合CD206。
13.根据权利要求10-12中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包含由下式中之一定义的序列：
[J1aJ1b]-[X1aX1b]-[J2aJ2b]-[X2aX2b]-[J3a]-[X3a]；和
[X3a]-[J3a]-[X2bX2a]-[J2bJ2a]-[X1bX1a]-[J1bJ1a]；
其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自独立地选自苯丙氨酸、色氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。
14.根据权利要求13所述的方法，其中：
J1a、J1b、J2a、J2b和J3a各自为苯丙氨酸；以及
X1a、X1b、X2a、X2b和X3a各自独立地选自赖氨酸和精氨酸。
15.根据权利要求10-14中任一项所述的方法，其中，所述免疫调节肽包括
a)选自以下的序列：
KFRKAFKRFF(RP182)；
FFRKFAKRFK(RP183)；
FFKKFFKKFK(RP185)；
FFKKFFKKFK(RP186)；和
FFKKFFKKFK(RP233)；或者
b)相对于a)中定义的所述序列具有一个或两个氨基酸替代的序列。
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