CN114196762B - 一种影响猪肉中总嘌呤含量的snp标记 - Google Patents

一种影响猪肉中总嘌呤含量的snp标记 Download PDF

Info

Publication number
CN114196762B
CN114196762B CN202111448987.XA CN202111448987A CN114196762B CN 114196762 B CN114196762 B CN 114196762B CN 202111448987 A CN202111448987 A CN 202111448987A CN 114196762 B CN114196762 B CN 114196762B
Authority
CN
China
Prior art keywords
genotype
chromosome
version
site
international
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202111448987.XA
Other languages
English (en)
Other versions
CN114196762A (zh
Inventor
黄路生
麻骏武
黄聪
郑敏
肖石军
杨斌
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Jiangxi Agricultural University
Original Assignee
Jiangxi Agricultural University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Jiangxi Agricultural University filed Critical Jiangxi Agricultural University
Priority to CN202111448987.XA priority Critical patent/CN114196762B/zh
Publication of CN114196762A publication Critical patent/CN114196762A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN114196762B publication Critical patent/CN114196762B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K67/00—Rearing or breeding animals, not otherwise provided for; New or modified breeds of animals
    • A01K67/027—New or modified breeds of vertebrates
    • A01K67/0275—Genetically modified vertebrates, e.g. transgenic
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/8509—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells for producing genetically modified animals, e.g. transgenic
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K2227/00—Animals characterised by species
    • A01K2227/10—Mammal
    • A01K2227/108—Swine
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K2267/00—Animals characterised by purpose
    • A01K2267/02—Animal zootechnically ameliorated
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Environmental Sciences (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Animal Husbandry (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Biodiversity & Conservation Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供了一种影响猪肉中总嘌呤含量的SNP标记。最为显著的三个SNP标记分别为：位于11.1版本国际猪基因组的1号染色体上的从5’端起的第12522826位点，为C或T；位于11.1版本国际猪基因组的1号染色体上的从5’端起的第242759760位点，为A或G；位于11.1版本国际猪基因组的2号染色体上的从5’端起的第118218417位点，为C或CCAT。

Description

一种影响猪肉中总嘌呤含量的SNP标记
本申请为2020年11月04日提交的发明名称为一种影响猪肉中总嘌呤含量的SNP标记，申请号为202011216344.8的分案申请。
技术领域
本发明提供了一种影响猪肉中总嘌呤含量的SNP标记。
背景技术
人们生活水平的提高伴随着饮食结构由植食性向肉食性的改变，但随之而来的，也是痛风等疾病发生率的不断增加。痛风属于代谢性疾病，主要是由于血液中过高浓度的尿酸以晶体的形式析出并沉积在关节等处所导致，而食物中的嘌呤是血液中尿酸的重要来源。当人们摄入如肉类，海鲜等富含嘌呤的食物后，通常情况下，食物中的嘌呤会在人体内代谢成为尿酸并进入血液，然后通过肾脏(少量通过消化道)排出体外。而当人体长期大量地摄入富含嘌呤的食物，导致血液中的尿酸浓度过高而不能及时排出体外时，尿酸盐结晶就会从血液中析出，导致痛风的发生。
肉类是典型的高嘌呤食物，有研究指出，与牛、羊等其它畜肉产品相比，猪肉的总嘌呤含量最高(杨月欣，中国食物成分表2004.2005，北京：北京大学医学出版社)，而猪肉又作为当下中国人均消费量最大的肉类，与人体血液中尿酸浓度的升高有着十分密切的联系。因此，如能将猪肉中的总嘌呤含量降低至一定水平，对人的健康将大有裨益。
有报道称，不同品种猪的猪肉总嘌呤含量间存在较大差异(Min Zheng,etal.Meat Science,2018.)，这种差异为“应用遗传育种的手段以实现猪肉中总嘌呤含量的降低”提供了理论基础。截至目前，尚无猪肉中总嘌呤含量的相关遗传学研究报道。
发明内容
本发明之一提供了一种猪的SNP标记，所述SNP标记包括如下SNP标记中的至少一种：
(I)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.2所示，所述SNP标记位于SEQ IDNo.2上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的1号染色体上的从5’端起的第242759760位点，为A或G；
(II)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.3所示，所述的SNP标记位于SEQID No.3上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的2号染色体上的从5’端起的第118218417位点，为C或CCAT；
(III)含有所述SNP标记的核酸的序列位于11.1版本国际猪基因组的3号染色体上，所述SNP标记位于11.1版本国际猪基因组的3号染色体上的从5’端起的第125720803位点，为C或T；
(IV)含有所述SNP标记的核酸的序列位于11.1版本国际猪基因组的6号染色体上，所述SNP标记位于11.1版本国际猪基因组的6号染色体上的从5’端起的第1309595位点，为C或T；
(V)含有所述SNP标记的核酸的序列位于11.1版本国际猪基因组的8号染色体上，所述SNP标记位于11.1版本国际猪基因组的8号染色体上的从5’端起的第127473136位点，为C或A；
(VI)含有所述SNP标记的核酸的序列位于11.1版本国际猪基因组的10号染色体上，所述SNP标记位于11.1版本国际猪基因组的10号染色体上的从5’端起的第1479247位点，为G或A。
本发明之二提供了如本发明之一所述的SNP标记在确定猪或猪肉中总嘌呤含量高低中的应用。
本发明之三提供了一种猪的遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的如本发明之一所述的SNP标记，并根据所述SNP标记做出相应的选择：
对于(I)，在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第301位点为A/G和G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；优选在所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第301位点为G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/G和A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；
对于(II)，在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点为C/CCAT和CCAT/CCAT基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因CCAT的频率；优选在所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点为CCAT/CCAT基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/CCAT和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因CCAT的频率；
对于(III)，在所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的3号染色体上的从5’端起的第125720803位点为C/T和T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；优选在所述11.1版本国际猪基因组的3号染色体上的从5’端起的第125720803位点为T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/T和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；
对于(IV)，所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的6号染色体上的从5’端起的第1309595位点为C/T和T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；优选在所述11.1版本国际猪基因组的6号染色体上的从5’端起的第1309595位点为T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/T和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；
对于(V)，所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的8号染色体上的从5’端起的第127473136位点为C/A和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；优选在所述11.1版本国际猪基因组的8号染色体上的从5’端起的第127473136位点为A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/A和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；
对于(VI)，所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的10号染色体上的从5’端起的第1479247位点为G/A和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；优选在所述11.1版本国际猪基因组的10号染色体上的从5’端起的第1479247位点为A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/A和G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率。
在一个具体实施方式中，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的如本发明之一所述的SNP标记，其中所述核酸的序列选自如SED ID No.2和/或SED ID No.3所示的序列。
本发明之四提供了一种确定猪肉质性状优劣的方法，所述方法包括：确定所述猪的如本发明之一所述的SNP标记，并根据所述SNP标记确定所述猪肉质性状：
对于(I)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：G/G基因型、A/G基因型和A/A基因型；
对于(II)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：CCAT/CCAT基因型、C/CCAT基因型和C/C基因型；
对于(III)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述11.1版本国际猪基因组的3号染色体上的从5’端起的第125720803位点的基因型排序依次为：T/T基因型、C/T基因型和C/C基因型；
对于(IV)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述11.1版本国际猪基因组的6号染色体上的从5’端起的第1309595位点的基因型排序依次为：T/T基因型、C/T基因型和C/C基因型；
对于(V)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述11.1版本国际猪基因组的8号染色体上的从5’端起的第127473136位点的基因型排序依次为：A/A基因型、C/A基因型和C/C基因型；
对于(VI)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述11.1版本国际猪基因组的10号染色体上的从5’端起的第1479247位点的基因型排序依次为：A/A基因型、G/A基因型和G/G基因型。
本发明之五提供了一种改善猪肉品质的猪新品系和/或猪新品种建立的方法，其包括如下步骤：对于本发明之一所述SNP标记的基因型为
(I)A/G或A/A的猪，通过定点突变将其中的A/G和A/A突变为G/G基因型；
(II)C/CCAT和C/C的猪，通过定点突变将其中的C/CCAT和C/C突变为CCAT/CCAT基因型；
(III)C/T和C/C的猪，通过定点突变将其中的C/T和C/C突变为T/T基因型；
(IVC/T和C/C的猪，通过定点突变将其中的C/T和C/C突变为T/T基因型；
(V)C/A和C/C的猪，通过定点突变将其中的C/A和C/C突变为A/A基因型；
(VI)G/A和G/G的猪，通过定点突变将其中的G/A和G/G突变为A/A基因型。
在一个具体实施方式中，利用转基因的方法或基因编辑的方法进行突变。
在一个具体实施方式中，选利用CRISPR/Cas9的基因编辑方法进行突变。
本发明的有益效果：
本发明的SNP标记与总嘌呤的含量密切相关，因此可以通过本发明的SNP标记中的至少一个来检测猪的相关指标，或者通过这些SNP标记中的至少一个来进行遗传改良。
附图说明
图1显示了嵌合F6群体GWAS分析的曼哈顿图(Manhattan Plot)。其中，X轴为SNP位点在染色体上的位置，Y轴为SNP位点对应的-log10(P值)，两个水平横线对应筛选显著性SNP位点的阈值，其中虚线表示-log10(1×10-6)，实线表示-log10(5×10-8)。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步说明，但本发明实施例仅为示例性的说明，该实施方式无论在任何情况下均不构成对本发明的限定。
本发明中使用的嵌合家系F6群体是由杜洛克，大白，长白，皮特兰4种西方商业品种猪和二花脸，莱芜，巴马香，藏猪4种中国地方品种猪经过多个世代杂交产生的后代。
实施例1
1.猪的全基因组重测序数据的获得、质控及判型
从F6群体中随机选取421头个体，分别采集每个个体一小块耳组织样，并以标准酚氯仿方法提取得到其每个个体的基因组DNA，将所提取的基因组DNA溶解于TE缓冲液中。用Nanodrop-ND1000分光光度计检测所提取的基因组DNA质量，当A260/280比值在1.8-2.0，A260/230比值在1.7-1.9左右时达到质量标准。
将符合标准的DNA样品的浓度稀释至50ng/μl，利用Illumina公司的HiSeq X Ten测序仪平台对每份DNA样品进行低深度重测序(平均测序深度约为7.8X)，所得的全部双端读长(read)使用BWA软件映射至11.1版本的国际猪基因组，然后依次使用SAMTools，Platypus以及Beagle等软件得到每个个体的基因型数据。使用Plink1.9对获得的基因型数据进行质量控制，剔除次等位基因频率(minor allele frequency，MAF)<0.03，家系孟德尔错误率高于0.1的个体，最后得到了29441528个SNP。
2.HPLC定量测定猪肉中的总嘌呤含量
鸟嘌呤碱基、腺嘌呤碱基和次黄嘌呤碱基共同组成总嘌呤。由于三种嘌呤碱基在人体的内均会代谢成为尿酸，因此本发明对影响总嘌呤含量的遗传学相关位点进行了挖掘。
F6群体中421头猪的猪背最长肌提取液的详细制备方法见文章《潘洪志,荣胜忠,邹立娜,王朝旭,杨月欣.中国常见动物性食品中嘌呤的含量[J].营养学报,2012,34(01):74-78.》，使用0.2g的猪肉提取得到10mL的提取液。
利用高效液相色谱(以下简称“HPLC”)检测每个个体(n＝421)的猪背最长肌提取液中三种嘌呤碱基的含量(单位：mg/100g)，鸟嘌呤、腺嘌呤、次黄嘌呤和总嘌呤含量的描述性统计结果均由R语言中pastecs函数包的stat.desc()函数计算得出，见表1。
表1：F6群体四种表型的描述性统计结果
3.全基因组关联分析(GWAS)分析
利用GEMMA(Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm，版本号0.98.1)软件中的混合线性模型，利用二代重测序技术所得的两个群体的SNP标记信息和421个个体的总嘌呤含量数据进行GWAS分析，表达式如下：y＝Wα+xβ+u+∈；u～MVNn(0,λτ-1K),∈～MVNn(0,τ-1In)。其中y表示所有个体的表型值向量，W表示协变量矩阵，α表示包含截距的相应的系数向量，x表示SNP的基因型向量，β表示SNP的影响效应，u表示随机效应向量，∈表示误差向量，λ代表两种方差的比例，τ-1表示残差的方差，K表示亲缘矩阵，In表示单位矩阵，MVNn表示多元正态分布。
F6群体的GWAS分析结果见图1。由图1可知，多条的染色体上都存在显著影响总嘌呤含量的位点(注：-log10(P值)大于或等于6的位点，即曼哈顿图中处于虚线以上部分的位点，下同)，其中显著性SNP位点的数量为202，主要分布于1、6两条染色体上(占比87.6％)，其它染色体如2、3、13、14、15上也有少量分布。F6群体的18个代表性SNP位点(指同一染色体上相距较远的或不同染色体上“-log10(P值)”最大的位点)的基本遗传学参数信息见表2。其中代表性SNP位点的名称信息可由ensembl(www.ensembl.org)网站给出，如rs325098830，若网站无该位点的SNP名称信息，则以“染色体_位置”的形式表示该位点的SNP名称；各代表性位点的其他一些重要的遗传学参数信息均可由GEMMA软件的GWAS分析结果给出，包括位点所在的染色体及位置信息，等位基因，效应大小及P值等。
遗传力(heritability)是数量遗传学中最重要的一个基本遗传参数，也称遗传传递力，可划分为广义遗传力、狭义遗传力和实现遗传力。在育种过程中的遗传力一般指狭义遗传力(h2)，它是指数量性状育种值方差占表型方差的比例，是剔除了显性效应和上位效应后的加性效应部分，在世代传递过程中是可以稳定遗传的。由于本发明采用了加性效应模型对总嘌呤进行了GWAS分析，因此SNP位点能解释的表型变异(phenotypic varianceexplained,PVE)大小即为h2的大小。F6群体中SNP位点解释的表型变异(PVE)信息见表3，其中N表示相关位点的个数，h2表示相关位点遗传力的大小。由表3中信息可以得出，显著性SNP位点和代表性SNP位点解释的表型变异皆约为0.227，表明代表性SNP位点能很好地解释F6群体中总嘌呤的表型变异。
表2：F6群体18个代表性SNP位点的基本遗传学参数信息
表3：群体相关位点PVE的信息
虽然本发明已经参照具体实施方式进行了描述，但是本领域的技术人员应该理解在没有脱离本发明的真正的精神和范围的情况下，可以进行的各种改变。此外，可以对本发明的主体、精神和范围进行多种改变以适应特定的情形、材料、材料组合物和方法。所有的这些改变均包括在本发明的权利要求的范围内。
序列表
<110> 江西农业大学
<120> 一种影响猪肉中总嘌呤含量的SNP标记
<130> LHA2160706-D1
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 601
<212> DNA
<213> 猪(Sus Scrofa)
<400> 1
ttataagtga tatcatatgg tatttgtctt tgtctttctg acttacttca ctcagtatga 60
gagtctctag ttccatccat gttgttgcaa atggcattat tttgttcttt tttatggctg 120
agtagtattc cattgtgtat atataccaca tcttcctaat ccaatcatct gttgatggac 180
atttgggttg tttccatgtc ttggctattg taaatagtgc tgcaatgaac atgcgggtgc 240
atgtgtcttt tttaaggaaa cttttgttga cttcttcaat tcctctcctt ctccaacccc 300
tgacttgcca acttgacact gaaactgctt tgccaaggtc tctagtaacg ttttctttct 360
cttttatcct ggaagtatgg gatggtttgg gctcgccttt cccctcagct ctccctcacc 420
cccaggacaa cctctctcct gatattctta ttttcctttg ctgttctgct tagcctcctt 480
gagtgtcctt tcctgatgct tctgtgtaaa cacattggtc tttcttccga ttcttacttc 540
gaccttttga cactctacac atctgggaga tcttacccaa actcaagact tccaccctct 600
g 601
<210> 2
<211> 601
<212> DNA
<213> 猪(Sus Scrofa)
<400> 2
tcccatggtc aaatttaact attttttttt agtggttaac ccatttgtgt catatttaag 60
aacatgttta atttactaac atggctcata aaatactgtc ctgtattgtt ctctaaaagc 120
tatagaatgt taccatttgc atttgtctct agtcttcttg gaactttggt gtatgggaca 180
aattaatttt tttcctatag ataaccagct gtgtcctatt gcctattttt ggaagagtca 240
tcctttccta ttattgattt gcagtgcagg ctcagttaca catcagattt ccatctaact 300
gtgggtctat atttcctagt agcattttaa aaagagaaac attatcatcc acattgaatt 360
tctcatttat tgagaattag tttggtctgg aactctgctg aaagcttttc tatgcattgt 420
tttagttgac ccttaagtaa tcctgttaag tttggcagat attgttcatt ttgtccccat 480
tttactcatg aagaaactga atcatctaca tgaattacat aaattaaata atcatctttt 540
cctactaagg agtggagatt ggcaatgaac tctatattaa agatatattt attttgcaag 600
g 601
<210> 3
<211> 601
<212> DNA
<213> 猪(Sus Scrofa)
<400> 3
atatactatt gaatgctata cagctgtact atccattatt ggacacacgg aaaggtgtcc 60
aagatagact gtaagcaaag caaggttcag aaaaatgtgt ataatgtgta atctcttgtt 120
taaatgaaga gaagaggaat aagaatatat gctaatactt gatcttattt gcccagagaa 180
actttgcaag gagatgtagg aagctaattg agaaccaagt ccatctactg cctcactcta 240
cctggaccct aaaatattgt agacaatatt tcacgtctat gctaatgtga ctttgctttt 300
ctgtctccaa gaccatttca ttcctcttct gggacagcta tgcccaagca aatgtcttgt 360
tttttcatta taggaacttc cccaaagacc tatgaactat tcattgggaa acatgaaacc 420
tagaatgttg tgtggagatt cttatccagt tccaatcaag tcactgcatt gaaagacaag 480
ccttaaacaa gcttccaatt ctcaatacat ttcaatctta cactacaaag ttttctgatg 540
cagtatcctc ttttatggca gtgaacagta cactcacaac caacaagttg tgttggtgaa 600
t 601

Claims (6)

1.一种与猪或猪肉中总嘌呤含量相关的SNP标记，所述SNP标记包括如下SNP标记中的至少一种：
（II）所述SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID No. 3所示，其中所述SEQ ID No. 3上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的2号染色体上的从5’端起的第118218417位点，为C或CCAT；
（III）所述SNP标记的核苷酸序列位于11.1版本国际猪基因组的3号染色体上，所述SNP标记包含11.1版本国际猪基因组的3号染色体上的从5’端起的第125720803位点，为C或T；
（IV）所述SNP标记的核苷酸序列位于11.1版本国际猪基因组的6号染色体上，所述SNP标记包含11.1版本国际猪基因组的6号染色体上的从5’端起的第1309595位点，为C或T；
（V）所述SNP标记的核苷酸序列位于11.1版本国际猪基因组的8号染色体上，所述SNP标记包含11.1版本国际猪基因组的8号染色体上的从5’端起的第127473136位点，为C或A。
2.SNP标记在确定猪或猪肉中总嘌呤含量高低中的应用，其中，所述SNP标记包括如下SNP标记中的至少一种：
（I）所述SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID No. 2所示，其中所述SEQ ID No. 2上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的1号染色体上的从5’端起的第242759760位点，为A或G；
（II）所述SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID No. 3所示，其中所述SEQ ID No. 3上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的2号染色体上的从5’端起的第118218417位点，为C或CCAT；
（III）所述SNP标记的核苷酸序列位于11.1版本国际猪基因组的3号染色体上，所述SNP标记包含11.1版本国际猪基因组的3号染色体上的从5’端起的第125720803位点，为C或T；
（IV）所述SNP标记的核苷酸序列位于11.1版本国际猪基因组的6号染色体上，所述SNP标记包含11.1版本国际猪基因组的6号染色体上的从5’端起的第1309595位点，为C或T；
（V）所述SNP标记的核苷酸序列位于11.1版本国际猪基因组的8号染色体上，所述SNP标记包含11.1版本国际猪基因组的8号染色体上的从5’端起的第127473136位点，为C或A；
（VI）所述SNP标记的核苷酸序列位于11.1版本国际猪基因组的10号染色体上，所述SNP标记包含11.1版本国际猪基因组的10号染色体上的从5’端起的第1479247位点，为G或A。
3.一种猪的遗传改良的方法，所述遗传改良为总嘌呤含量的遗传改良，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的SNP标记，并根据所述SNP标记做出相应的选择：
对于（I），在所述种猪核心群中选择在SEQ ID No. 2上的从5’端起的第301位点为A/G和G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；
对于（II），在所述种猪核心群中选择在SEQ ID No. 3上的从5’端起的第301位点为C/CCAT和CCAT/CCAT基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因CCAT的频率；
对于（III），在所述种猪核心群中选择在11.1版本国际猪基因组的3号染色体上的从5’端起的第125720803位点为C/T和T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；
对于（IV），所述种猪核心群中选择在11.1版本国际猪基因组的6号染色体上的从5’端起的第1309595位点为C/T和T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；
对于（V），所述种猪核心群中选择在11.1版本国际猪基因组的8号染色体上的从5’端起的第127473136位点为C/A和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；
对于（VI），所述种猪核心群中选择在11.1版本国际猪基因组的10号染色体上的从5’端起的第1479247位点为G/A和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，对于（I），在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No. 2上的从5’端起的第301位点为G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/G和A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；
对于（II），在所述种猪核心群中选择所述SEQ ID No. 3上的从5’端起的第301位点为CCAT/CCAT基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/CCAT和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因CCAT的频率；
对于（III），在所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的3号染色体上的从5’端起的第125720803位点为T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/T和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；
对于（IV），所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的6号染色体上的从5’端起的第1309595位点为T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/T和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；
对于（V），所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的8号染色体上的从5’端起的第127473136位点为A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/A和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；
对于（VI），所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的10号染色体上的从5’端起的第1479247位点为A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/A和G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率。
5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的SNP标记，其中所述核酸的序列选自如SED ID No. 2和/或SED ID No. 3所示的序列。
6.一种确定猪肉质性状优劣的方法，所述肉质性状为总嘌呤含量的肉质性状，所述方法包括：确定所述猪的SNP标记，并根据所述SNP标记确定所述猪肉质性状：
对于（I），所述猪肉质性状从优到劣，以SEQ ID No. 2上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：G/G基因型、A/G基因型和A/A基因型；
对于（II），所述猪肉质性状从优到劣，以SEQ ID No. 3上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：CCAT/CCAT基因型、C/CCAT基因型和C/C基因型；
对于（III），所述猪肉质性状从优到劣，以11.1版本国际猪基因组的3号染色体上的从5’端起的第125720803位点的基因型排序依次为：T/T基因型、C/T基因型和C/C基因型；
对于（IV），所述猪肉质性状从优到劣，以11.1版本国际猪基因组的6号染色体上的从5’端起的第1309595位点的基因型排序依次为：T/T基因型、C/T基因型和C/C基因型；
对于（V），所述猪肉质性状从优到劣，以11.1版本国际猪基因组的8号染色体上的从5’端起的第127473136位点的基因型排序依次为：A/A基因型、C/A基因型和C/C基因型；
对于（VI），所述猪肉质性状从优到劣，以11.1版本国际猪基因组的10号染色体上的从5’端起的第1479247位点的基因型排序依次为：A/A基因型、G/A基因型和G/G基因型。
CN202111448987.XA 2020-11-04 2020-11-04 一种影响猪肉中总嘌呤含量的snp标记 Active CN114196762B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202111448987.XA CN114196762B (zh) 2020-11-04 2020-11-04 一种影响猪肉中总嘌呤含量的snp标记

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011216344.8A CN112266966B (zh) 2020-11-04 2020-11-04 一种影响猪肉中总嘌呤含量的snp标记
CN202111448987.XA CN114196762B (zh) 2020-11-04 2020-11-04 一种影响猪肉中总嘌呤含量的snp标记

Related Parent Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202011216344.8A Division CN112266966B (zh) 2020-11-04 2020-11-04 一种影响猪肉中总嘌呤含量的snp标记

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN114196762A CN114196762A (zh) 2022-03-18
CN114196762B true CN114196762B (zh) 2023-09-26

Family

ID=74344785

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202111448987.XA Active CN114196762B (zh) 2020-11-04 2020-11-04 一种影响猪肉中总嘌呤含量的snp标记
CN202011216344.8A Active CN112266966B (zh) 2020-11-04 2020-11-04 一种影响猪肉中总嘌呤含量的snp标记

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202011216344.8A Active CN112266966B (zh) 2020-11-04 2020-11-04 一种影响猪肉中总嘌呤含量的snp标记

Country Status (1)

Country Link
CN (2) CN114196762B (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN115341036B (zh) * 2022-06-28 2024-08-16 江西农业大学 一种影响猪一号肉重在胴体重中占比的snp

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103911373A (zh) * 2014-03-18 2014-07-09 江西农业大学 影响猪肉脂肪酸组分的主效snp标记及其在种猪肉质性状遗传改良中的应用
CN111705145A (zh) * 2020-07-30 2020-09-25 江西农业大学 一种影响猪个体中鸟嘌呤含量的snp标记

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103911373A (zh) * 2014-03-18 2014-07-09 江西农业大学 影响猪肉脂肪酸组分的主效snp标记及其在种猪肉质性状遗传改良中的应用
CN111705145A (zh) * 2020-07-30 2020-09-25 江西农业大学 一种影响猪个体中鸟嘌呤含量的snp标记

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
佚名."ss5609431527".《EVA》.2019,第1页. *
佚名."ss1766066173".《EVA》.2015,第1页. *
郑敏."猪肉嘌呤含量表型变异及其遗传基础研究".《中国硕士电子期刊》.2018,(第3期),第1-57页. *
黄聪."猪肉中嘌呤含量的大样本测定及其遗传机制解析".《中国博士电子期刊》.2023,(第2期),第1-150页. *

Also Published As

Publication number Publication date
CN114196762A (zh) 2022-03-18
CN112266966B (zh) 2022-02-15
CN112266966A (zh) 2021-01-26

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Taylor et al. Candidate gene analysis of GH1 for effects on growth and carcass composition of cattle
CN113699250B (zh) 与肉鸡饲料转化效率性状相关的分子标记及其应用
US20090126033A1 (en) Method of selective breeding based on ob genotype
CN112002371B (zh) 一种白羽肉鸡剩余采食量的基因组选择方法
Lyu et al. Identification of growth-associated genes by genome-wide association study and their potential application in the breeding of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei)
CN114196762B (zh) 一种影响猪肉中总嘌呤含量的snp标记
KR100804310B1 (ko) 소 근내지방도 관련 ｆａｂｐ4 유전자를 이용한 ｄｎａ마커
CN111705145B (zh) 一种影响猪个体中鸟嘌呤含量的snp标记
CN111199773A (zh) 一种精细定位性状关联基因组纯合片段的评估方法
CN115261486A (zh) 一种华西牛全基因组选择育种芯片及其应用
AU2011205160A1 (en) Method for improving efficiencies in livestock production
CN113678767B (zh) 一种对虾抗病性状的选育方法
CN117625813B (zh) 影响长白猪背膘厚的snp分子标记的应用
CN114794010B (zh) 基于分子标记的瘦肉型番鸭品系选育方法
CN117487936B (zh) 影响长白猪眼肌面积的snp分子标记及其应用
Aramburu González et al. Genomic Signatures After Five Generations of Intensive Selective Breeding: Runs of Homozygosity and Genetic Diversity in Representative Domestic and Wild Populations of Turbot (Scophthalmus maximus)
Morán et al. The Atlantic salmon genome
CN118685540A (zh) 影响体重的猪6号染色体上的snp标记
CN118685539A (zh) 影响骨骼长度的猪2号染色体上的snp标记
CN118441057A (zh) 一种与猪背膘厚相关的snp标记及其应用
CN115323065A (zh) 一种影响猪骨骼肌肌纤维总数目的snp分子标记及其应用
CN118853903A (zh) 影响脊椎数的猪1号染色体上的snp标记
CN117625809A (zh) 一种分子标记在仔猪均匀度性状关联分析中的应用
CN118910271A (zh) 影响猪日增重的猪13号染色体上的分子标记
CN118813816A (zh) 影响猪剩余采食量的猪11号染色体上的snp标记

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant