CN114164218A - 小麦面团稳定时间基因、其检测标记及应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种小麦面团稳定时间基因、其检测标记及应用,旨在解决现有技术中与小麦面团稳定时间有关的基因鉴定较少、缺乏有效功能标记的技术问题。本发明分离鉴定了具有如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的稳定时间基因Glu‑D1‑45b,并设计了如SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4所示的特异性引物。以待测小麦的基因组DNA为模板,用所述引物对进行PCR扩增,扩增产物具有460 bp高条带的为Glu‑D1‑45b等位基因型,扩增产物具有415 bp低条带的为Glu‑D1‑45a等位基因型。本发明检测引物可用于鉴定Glu‑ D1‑45b等位基因型小麦,实现早期筛选,对小麦品质性状改良、优质小麦新品种培育起到重要的推动作用。
Description
技术领域
本发明涉及分子生物技术领域,具体涉及一种小麦面团稳定时间基因、其检测标记及应用。
背景技术
小麦因具有其它禾谷类作物均没有的“面筋蛋白”而可以被制作成多种人们喜爱的面包、馒头、面条、糕点等食品。小麦“面筋蛋白”主要由麦谷蛋白和醇溶蛋白组成,两者分别决定面团的粘弹性和延展性,其中麦谷蛋白可分为高分子量麦谷蛋白(High molecularweight glutenin subunits,HMW-GS)和低分子量麦谷蛋白(Low molecular weightglutenin subunits,LMW- GS)。高分子量麦谷蛋白约占成熟种子总蛋白的10%左右,但却在面筋网络中起“骨架”作用,其组成和表达数目均影响面筋强度并最终决定小麦面粉加工品质。
高分子量麦谷蛋白亚基由位于1号同源群的Glu-1位点编码,在A、B、D三个基因组上有Glu-A1、Glu-B1和Glu-D1三个同源基因,每一位点内有两个紧密连锁的基因,分别编码分子量较大的x型和较小的y型亚基,且为共显性遗传。Payne(1987)首先建立了小麦高分子量谷蛋白亚基对面筋品质贡献的评分系统,其中Dx5+Dy10亚基是目前公认的面包小麦优质亚基,在我国小麦品质改良中发挥了重要作用。然而,传统上常采用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)的方法来鉴定HMW-GS,对迁移率接近的亚基不能有效鉴定,且费时耗力。近年来,随着分子生物学的快速发展,一大批调控小麦抽穗、开花、产量、抗病、抗逆相关的重要基因被克隆,且已开发出高效、实用的分子标记,利用分子标记辅助选择实现了程序化早代选择和预测,已切实应用到小麦新品种选育中。
小麦面团稳定时间是评价面筋品质的重要指标,该指标的测定需要经历润麦、磨粉、含水量测定、面团加热糊化和冷却结晶等步骤以模拟面团糊化的过程,涉及的实验仪器多、面粉需求量大、且耗时费力,存在实验重复性差等问题,难以在早代进行选择。因此,育种中迫切需要提供检测稳定时间的有效分子标记进行早代田间选择。目前,已经有部分调控面团稳定时间遗传位点和QTL被相继报道,但大部分标记为连锁标记,实用性不强,且定位精度不高,并未得到充分利用,而与小麦面团稳定时间有关的基因鉴定较少,缺乏有效的功能标记。
公开于该背景技术部分的信息仅仅旨在加深对本发明总体背景技术的理解,而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成本领域技术人员所公知的现有技术。
发明内容
本发明的目的在于提供一种小麦面团稳定时间基因、其检测标记及应用,以解决现有技术中与小麦面团稳定时间有关的基因鉴定较少、缺乏有效的功能标记的技术问题。
为解决上述技术问题,本发明采用如下技术方案:
发明人在前期研究积累的基础上,通过全基因组关联和连锁分析,在高稳定时间材料藁城8901中挖掘到得到Glu-D1基因的优异等位变异;分离鉴定出了一种稳定时间的基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其编码的蛋白质序列如SEQ ID NO.2所示。
设计得到一种能够用于检测所述小麦面团稳定时间基因的引物,包括以下引物对:
上游引物:5’- GGCAGCAACCAGCACAAGT -3’;
下游引物:5’- CCTTGTCCCGATTGTTGCC -3’。
所述小麦面团稳定时间基因或所述引物能够应用于小麦品质性状改良当中。
设计一种Glu-D1基因等位基因型的鉴定方法,包括以下步骤:
(1)以待测小麦品种/系的基因组DNA为模版,以所述引物进行PCR扩增,对所述PCR扩增产物进行电泳、显影、染色,并判读带型;
(2)扩增产物为415 bp的条带为Glu-D1-45a等位基因型,在统计学上其稳定时间低于扩增片段为460 bp的小麦品种/系,典型常见的有普通小麦中国春、偃展4110、矮抗58、周麦18等。
扩增产物为460 bp的条带为Glu-D1-45b等位基因型,在统计学上其稳定时间高于扩增片段为415 bp的小麦品种/系,典型常见的有藁城8901、济麦20、小偃4号、郑麦9023等。
设计一种优质小麦新品种/系选育方法,包括如下步骤:
(1)检测候选小麦育种材料的Glu-D1等位基因型;
(2)选择具有Glu-D1-45b等位基因型的小麦育种材料作为后续育种的父本/母本。
在所述步骤中(2),选择具有Glu-D1-45b等位基因型的藁城8901、济麦20、小偃4号或郑麦9023中至少一种作为后续育种的父本/母本。
与现有技术相比,本发明的主要有益技术效果在于:
1. 本发明研究发现具有Glu-D1-45b基因的小麦品种/系(如藁城8901等)通常比具有Glu-D1-45a基因的小麦品种/系(如中国春等)稳定时间高5 min左右;因此,Glu-D1- 45b等位基因功能的发现将对利用基因工程技术改良和培育优质小麦品种起到十分重要作用,同时也有助于品质性状的遗传和分子生物学的进一步研究。
2. 本发明中的特异性引物可用于直接检测高分子量麦谷蛋白亚基基因Glu-D1等位基因型,方法简便。
3. 本发明可以应用于优质小麦新品种培育和优异种质资源的创制,实现早期筛选,节省时间和资源。
附图说明
图1为鉴定Glu-D1-45b/Glu-D1-45a等位基因型的特异性引物的PCR扩增产物的琼脂糖凝胶电泳图;其中,从左向右,第1泳道为50bp DNA ladder;第2至10泳道分别为小麦品种/系藁城8901、周麦16、邯4589、冀矮小麦1号、冀麦26、豫麦57、原协62、川育10号、邢麦1号。
图2为本发明实施例中黄淮麦区常见小麦品种/系(163个)Glu-D1-45b/Glu-D1- 45a等位基因型对应的平均表型值及差异显著性对比图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例来说明本发明的具体实施方式,但以下实施例只是用来详细说明本发明,并不以任何方式限制本发明的范围。
在以下实施例中所涉及的仪器设备如无特别说明,均为常规仪器设备;下述实施例中的试验方法,如无特别说明,均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料,如无特别说明,均购自常规生化试剂商店。
实施例一:不同小麦品种稳定时间表型测定
发明人于2015-2016年对来自黄淮麦区的163个大面积推广、有代表性的小麦品种进行了稳定时间的表型测定,主要步骤如下:
1)硬度值测定:取大约500g小麦籽粒,采用波通perten单粒谷物特性测定仪SKCS4100测定硬度值,具体操作方法详见用户手册(Perten Instruments North AmericaInc., Springfield, IL)。
2)吸水率测定:采用波通perten DA7200型近红外分析仪测定籽粒吸水率。
3)磨粉:采用肖邦CD1 Auto 全自动实验磨粉机进行磨粉,磨粉前根据吸水率和硬度值进行润麦。
4)稳定时间表型测定:采用肖邦Mixolab混合实验仪进行面团稳定时间等流变学特性指标检测,设定Chopin+程序,主要包括以下步骤:30℃加热8min,然后以每分钟4℃的速率加热至90℃,持续7min,之后以每分钟4℃的速率冷却至50℃,以50℃持续5min,该过程需要大约45min。面粉用量根据吸水率和该程序初始阶段的扭矩共同决定。测定的稳定时间表型见表1、表2。
实施例二:不同小麦品种完熟期籽粒基因组DNA提取
提取上述163份小麦品种完熟期籽粒基因组DNA,具体方法为:
(1)用锤子砸碎后放入1.5mL离心管中,加入1mL样品提取液,摇30分钟,使其充分混匀;所述样品提取液含288mM NaCl,200mM Tris-HCl,25mM EDTA,0.5%SDS。
(2)在4℃、12,000rpm下离心15分钟,移上清至另一2mL离心管中,加入等体积的酚/氯仿(体积比为1:1)。
(3)12,000rpm离心15分钟,移上清至另一2mL离心管中,加入0.5倍上清体积的氯仿/异戊醇(体积比为24:1),充分摇匀。
(4)12,000rpm离心10分钟,移上清至另一新的2mL离心管中,加入1/10上清体积的3M NaAc水溶液(pH=5.2)和0.6倍上清体积的异丙醇,轻轻混匀,沉淀DNA。
(5)12,000rpm离心15分钟,弃上清,加入0.5mL 70%(体积百分含量)乙醇水溶液,静置5min。
(6)12,000离心5min,弃上清,得沉淀。真空干燥后加入100µL TE溶解沉淀,即得为小麦籽粒基因组DNA。
实施例三: Glu-D1-45b/Glu-D1-45a等位基因型鉴定
试验材料为9个小麦品种:藁城8901、周麦16、邯4589、冀矮小麦1号、冀麦26、豫麦57、原协62、川育10号、邢麦1号,每个小麦品种提取一粒种子,利用实施例2中方法提取小麦完熟期籽粒基因组DNA作为模版,利用如下特异性引物进行PCR扩增:
上游引物:5’- GGCAGCAACCAGCACAAGT -3’ (SEQ ID NO.3),
下游引物:5’- CCTTGTCCCGATTGTTGCC -3’ (SEQ ID NO.4)。
PCR反应体系组成:包含1 μl基因组DNA(200 ng/μl)、0.4μl的10 mmol/L dNTP、0.5 μl 的10 pmol上下游引物、2μl 10×Taq Buffer [200mM Tris-HCl(pH 9.0),200mMKCl,100mM(NH4)2SO4,15mM MgCl2]、0.4 μl的Taq DNA聚合酶(2.5 U/μl)、0.6μl的DMSO和14.6 μl的dd H2O。
PCR反应程序:先95℃预变性5min;然后95℃变性30s,60℃退火30s,72℃延伸30s,共35个循环;最后,72℃延伸10min。
PCR扩增结束后,取上述PCR扩增产物各5μL分别进行3%琼脂糖凝胶电泳(采用1×TAE缓冲液;溴化乙锭(EB)染色,80V,1h),电泳结束后用凝胶成像系统(MultiGenius GelDocumentation and Analysis System)扫描成像并用计算机进行分析,扩增结果见图1。
扩增结果分析表明(图2),5个小麦品种(藁城8901、豫麦57、原协62、川育10号、邢麦1号)扩增的条带为高带(460 bp),对应 Glu-D1-45b基因型,由表1可知其稳定时间平均值为8.26 min;4个小麦品种(周麦16、邯4589、冀矮小麦1号、冀麦26)扩增的条带为低带(415 bp),对应 Glu-D1-45a基因型,由表1可知其稳定时间均值为2.63min。
实施例四:163个小麦品种/系Glu-D1-45b/Glu-D1-45a等位基因型检测
利用实施例2中小麦完熟期籽粒基因组DNA的提取方法提取表1中163个小麦品种/系的籽粒基因组DNA。
分别以表1、表2中黄淮麦区(163个)小麦品种/系的籽粒基因组DNA为模板,利用特异性引物对检测Glu-D1-45b/Glu-D1-45a等位基因型,PCR反应体系和PCR反应程序与实施例3相同。
PCR扩增结束后,取上述PCR扩增产物各5μL分别进行3%琼脂糖凝胶电泳(采用1×TAE缓冲液;溴化乙锭(EB)染色,80V,1h),电泳结束后用凝胶成像系统(MultiGenius GelDocumentation and Analysis System)扫描成像并用计算机进行分析,扩增条带类型整理汇总后见表1、表2。
所述163个小麦品种/Glu-D1-45b/Glu-D1-45的等位基因型如表1、表2所示。
表1:黄淮麦区常见小麦品种/系的Glu-D1-45b/Glu-D1-45a等位基因型和稳定时间表型
表2:黄淮麦区常见小麦品种/系的Glu-D1-45b/Glu-D1-45a等位基因型和稳定时间表型(续表1)
163个小麦品种/系籽粒稳定时间的T检验结果表明,Glu-D1-45a等位基因型和Glu-D1-45b等位基因型两组小麦面团稳定时间表型值之间的差异达到极显著水平(见图2),Glu-D1-45b等位基因型小麦籽粒稳定时间比Glu-D1-45a等位基因型小麦籽粒稳定时间平均高3.32min。
上述试验检测结果表明,Glu-D1-45b等位基因型小麦面团稳定时间表型普遍高于Glu-D1-45a等位基因型的小麦面团稳定时间表型,Glu-D1-45b等位基因型可导致小麦籽粒面团稳定时间增加。
上面结合附图和实施例对本发明作了详细的说明,但是,所属技术领域的技术人员能够理解,在不脱离本发明构思的前提下,所作的改变、修饰、替代、组合、简化,均应为等效的替代方式,从而形成多个具体的实施例,均为本发明的常见变化范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 河南农业大学
<120> 小麦面团稳定时间基因、其检测标记及应用
<130> /
<160> 4
<170> PatentIn version 3.2
<210> 1
<211> 2547
<212> DNA
<213> 小麦属小麦(Triticum aestivum L.)
<400> 1
atggctaagc ggttagtcct ctttgtggcg gtagtcgtcg ccctcgtggc tctcaccgtc 60
gctgaaggtg aggcctctga gcaactacag tgtgagcgcg agctccagga gctccaggag 120
cgcgagctca aggcatgcca gcaggtcatg gaccaacagc tccgagacat tagccccgag 180
tgccaccccg tcgtcgtcag cccggtcgcg ggacaatacg agcagcaaat cgtggtgccg 240
cccaagggcg gatctttcta ccccggcgag accacgccac cgcagcaact ccaacaacgt 300
atattttggg gaatacctgc actactaaaa aggtattacc caagtgtaac ttgtccgcag 360
caggtttcat actatccagg ccaagcttct ccgcaacggc caggacaagg tcagcagcca 420
ggacaaggac aacaagggta ctacccaact tctccgcaac agccaggaca atggcaacaa 480
ccggaacaag ggcaaccaag gtactaccca acttctccgc agcagtcagg acaattgcaa 540
caaccagcac aagggcagca accaggacaa gggcaacaag gtcagcagcc aggacaaggg 600
caaccagggt actacccaac ttcttcgcag ctgcagccag gacaattgca acaaccagca 660
caagggcaac aagggcagca accaggacaa gggcaacaag gtcaacagcc aggacaaggg 720
caacaaccag gacaaggaca acaaggtcaa cagccaggac aagggcaaca accaggacaa 780
gggcaacaag gtcagcagct cggacaagga caacaagggt actacccaac ttctctgcaa 840
cagtcgggac aagggcaacc agggtactac ccaacttctc tgcagcagct aggacaaggg 900
caatcagggt actacccaac ttctccgcag caaccaggac aagggcagca gccaggacaa 960
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tactacccaa cttctccgca gcagtcagga caagggcaac cagggtacta cccaacttct 1140
tcgcagcagc caacacaatc gcagcaacca ggacaagggc aacaaggtca gcaggtagga 1200
caagggcaac aagctcagca gccaggacaa gggcagcaac cgggacaagg gcagccaggg 1260
tactacccaa cttctccgca gcagtcagga caagggcaac cagggtacta cctaacttct 1320
ccgcagcagt caggacaagg gcagcagcca ggacaattgc aacaatcagc acaagggcaa 1380
aaaggacagc aaccaggaca aggtcaacag ccagggcaag ggcaacaagg tcagcagcca 1440
ggacaagggc aacaaggtca gcaaccgggg caagggcagc cagggtacta cccaacttct 1500
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ccaggatact acccaacttc tccgttgcag ccaggacaag ggcaaccagg gtacgaccca 1620
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cagcagctag gacaagggca acaaggtcag cagccaggac aagggcaaca agggcagcaa 1860
ccagcacaag ggcaacaagg tcagcagcca ggacaagggc aacaaggtca gcagccagga 1920
caagggcaac aaggtcagca gccaggacaa gggcagcaac cgggacaagg gcagccatgg 1980
tactacccaa cttctccgca ggagtcagga caagggcaac agccaggaca atggcaacaa 2040
ccaggacaag ggcaaccagg gtactaccta acttctccgt tgcagctagg acaagggcaa 2100
caagggtact acccaacttc tctgcaacaa ccaggacaag ggcagcaacc aggacaatgg 2160
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ggcgacgcat tgtcggccag ccagtga 2547
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<212> PRT
<213> 小麦属小麦(Triticum aestivum L.)
<400> 2
Met Ala Lys Arg Leu Val Leu Phe Val Ala Val Val Val Ala Leu Val
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Ala Leu Thr Val Ala Glu Gly Glu Ala Ser Glu Gln Leu Gln Cys Glu
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Arg Glu Leu Gln Glu Leu Gln Glu Arg Glu Leu Lys Ala Cys Gln Gln
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Val Met Asp Gln Gln Leu Arg Asp Ile Ser Pro Glu Cys His Pro Val
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Pro Lys Gly Gly Ser Phe Tyr Pro Gly Glu Thr Thr Pro Pro Gln Gln
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Ala Ser Pro Gln Arg Pro Gly Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln
130 135 140
Gln Gly Tyr Tyr Pro Thr Ser Pro Gln Gln Pro Gly Gln Trp Gln Gln
145 150 155 160
Pro Glu Gln Gly Gln Pro Arg Tyr Tyr Pro Thr Ser Pro Gln Gln Ser
165 170 175
Gly Gln Leu Gln Gln Pro Ala Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln
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Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Pro Gly Tyr Tyr Pro Thr Ser
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Gly Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln Gly
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Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln
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Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Gly Gln Gln Leu Gly Gln Gly Gln Gln
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Gly Tyr Tyr Pro Thr Ser Leu Gln Gln Ser Gly Gln Gly Gln Pro Gly
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Tyr Tyr Pro Thr Ser Leu Gln Gln Leu Gly Gln Gly Gln Ser Gly Tyr
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Tyr Pro Thr Ser Pro Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln
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Leu Gln Gln Pro Ala Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Gly
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Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln
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Gln Pro Gly Gln Gly Gln Pro Gly Tyr Tyr Pro Thr Ser Pro Gln Gln
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385 390 395 400
Gln Gly Gln Gln Ala Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln
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Leu Gln Pro Gly Gln Gly Gln Pro Gly Tyr Asp Pro Thr Ser Pro Gln
530 535 540
Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln Leu Gln Gln Pro Ala Gln
545 550 555 560
Gly Gln Gln Gly Gln Gln Leu Ala Gln Gly Gln Gln Gly Gln Gln Pro
565 570 575
Ala Gln Val Gln Gln Gly Gln Arg Pro Ala Gln Gly Gln Gln Gly Gln
580 585 590
Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Gly Gln Gln Leu Gly Gln Gly Gln Gln
595 600 605
Gly Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Gly Gln Gln Pro Ala Gln Gly
610 615 620
Gln Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Gly Gln Gln Pro Gly
625 630 635 640
Gln Gly Gln Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln
645 650 655
Gly Gln Pro Trp Tyr Tyr Pro Thr Ser Pro Gln Glu Ser Gly Gln Gly
660 665 670
Gln Gln Pro Gly Gln Trp Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Pro Gly Tyr
675 680 685
Tyr Leu Thr Ser Pro Leu Gln Leu Gly Gln Gly Gln Gln Gly Tyr Tyr
690 695 700
Pro Thr Ser Leu Gln Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Pro Gly Gln Trp
705 710 715 720
Gln Gln Ser Gly Gln Gly Gln His Trp Tyr Tyr Pro Thr Ser Pro Gln
725 730 735
Leu Ser Gly Gln Gly Gln Arg Pro Gly Gln Trp Leu Gln Pro Gly Gln
740 745 750
Gly Gln Gln Gly Tyr Tyr Pro Thr Ser Pro Gln Gln Pro Gly Gln Gly
755 760 765
Gln Gln Leu Gly Gln Trp Leu Gln Pro Gly Gln Gly Gln Gln Gly Tyr
770 775 780
Tyr Pro Thr Ser Leu Gln Gln Thr Gly Gln Gly Gln Gln Ser Gly Gln
785 790 795 800
Gly Gln Gln Gly Tyr Tyr Ser Ser Tyr His Val Ser Val Glu His Gln
805 810 815
Ala Ala Ser Leu Lys Val Ala Lys Ala Gln Gln Leu Ala Ala Gln Leu
820 825 830
Pro Ala Met Cys Arg Leu Glu Gly Gly Asp Ala Leu Ser Ala Ser Gln
835 840 845
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工设计
<400> 3
ggcagcaacc agcacaagt 19
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工设计
<400> 4
ccttgtcccg attgttgcc 19
Claims (7)
1.一种小麦面团稳定时间基因,其特征在于,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2.权利要求1所述小麦面团稳定时间基因编码的蛋白质,其特征在于,其氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。
3.一种用于检测权利要求1所述小麦面团稳定时间基因的标记引物,其特征在于,包括以下引物对:
上游引物:5’- GGCAGCAACCAGCACAAGT -3’;
下游引物:5’- CCTTGTCCCGATTGTTGCC -3’。
4.权利要求1所述小麦面团稳定时间基因或权利要求3所述标记引物在小麦品质性状改良中的应用。
5.一种Glu-D1基因等位基因型的鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)以待测小麦品种/系的基因组DNA为模版,用权利要求3所述标记引物进行PCR扩增,对所述PCR扩增产物进行电泳、显影、染色,并判读带型;
(2)扩增产物为415 bp的低带具有Glu-D1-45a等位基因型;扩增产物为460 bp的高带具有Glu-D1-45b等位基因型。
6.一种优质小麦新品种/系选育方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)检测候选小麦育种材料的Glu-D1等位基因型;
(2)选择具有Glu-D1-45b等位基因型的小麦育种材料作为后续育种的父本/母本。
7.根据权利要求6所述的优质小麦新品种/系选育方法,其特征在于,在所述步骤中(2),选择具有Glu-D1-45b等位基因型的藁城8901、济麦20、小偃4号或郑麦9023中至少一种作为后续育种的父本/母本。
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Also Published As
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CN114164218B (zh) | 2023-07-11 |
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