CN113795586A - T细胞受体及其使用方法 - Google Patents

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Abstract

本公开涉及能够结合酪氨酸酶表位、MAGA‑A1表位、MART1表位、MAGE‑A3表位或SSX2表位的重组T细胞受体和编码所述重组T细胞受体的核酸分子。在一些实施方案中，所述核酸分子还包含第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列或由所述第二核苷酸序列编码的多肽抑制内源性TCR的表达。本公开的其他方面涉及包含所述核酸分子的载体和包含所述重组TCR、所述核酸分子或所述载体的细胞。本公开的其他方面涉及它们的使用方法。在一些实施方案中，所述方法包括治疗有需要的受试者的癌症。

Description

T细胞受体及其使用方法
相关申请的交叉引用
此PCT申请要求2019年3月25日提交的美国临时专利申请第62/823,487号的优先权权益，所述临时专利申请以引用的方式整体并入本文。
经由EFS-WEB以电子方式提交的序列表的引用
以电子方式提交的序列表(名称：4285_008PC01_SeqListing_ST25.txt，大小：69,638字节；以及创建日期：2020年3月23日)的内容以引用的方式整体并入本文。
技术领域
本公开提供特异性结合选自由酪氨酸酶、MAGE-A1、MART1、MAGE-A3和SSX2组成的组的靶人蛋白的重组T细胞受体(“TCR”)及其用途。
背景技术
免疫疗法已成为抗击包括癌症的多种疾病的重要工具。T细胞疗法处于免疫疗法发展的最前沿，并且已证明抗肿瘤T细胞的过继性转移诱导了癌症患者的临床反应。尽管许多T细胞疗法靶向突变的肿瘤抗原，但是绝大多数新抗原并不是共有的并且对于每个患者而言是独特的。
潜在非突变抗原的数量要比突变抗原高多个数量级。阐明来源于共有抗原的T细胞表位可促进有效且安全的过继性T细胞疗法的稳健发展，所述疗法是较大群体的癌症患者容易获得的。然而，非突变抗原的巨大数量和HLA基因的高度多态性可妨碍针对非突变抗原的抗肿瘤T细胞反应的特异性的全面分析。
本公开提供非突变抗原酪氨酸酶、MAGE-A1、MART1、MAGE-A3和SSX2的新颖表位和能够特异性结合所述表位的TCR。这些新颖表位与特定HLA等位基因相关。使用这些肿瘤反应性HLA限制性TCR有助于扩大TCR基因疗法的适用性，尤其在免疫肿瘤学中。
发明内容
本公开的某些方面涉及一种核酸分子，其包含(i)第一核苷酸序列，所述第一核苷酸序列编码特异性结合靶人蛋白的重组T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分；和(ii)第二核苷酸序列，其中第二核苷酸序列或由第二核苷酸序列编码的多肽抑制内源性TCR的表达；其中：(a)靶人蛋白是酪氨酸酶(“抗酪氨酸酶TCR”)，其中抗酪氨酸酶TCR与参考抗酪氨酸酶TCR交叉竞争结合至人酪氨酸酶，其中参考抗酪氨酸酶TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1(“抗MAGE-A1 TCR”)，其中抗MAGE-A1 TCR与参考抗MAGE-A1 TCR交叉竞争结合至人MAGE-A1，其中参考抗MAGE-A1 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1(“抗MART1 TCR”)，其中抗MART1 TCR与参考抗MART1 TCR交叉竞争结合至人MART1，其中参考抗MART1 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3(“抗MAGE-A3 TCR”)，其中抗MAGE-A3 TCR与参考抗MAGE-A3 TCR交叉竞争结合至人MAGE-A3，其中参考抗MAGE-A3 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2(“抗SSX2 TCR”)，其中抗SSX2 TCR与参考抗SSX2 TCR交叉竞争结合至人SSX2，其中参考抗SSX2 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
本公开的某些方面涉及一种核酸分子，其包含(i)第一核苷酸序列，所述第一核苷酸序列编码特异性结合靶人蛋白的重组T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分；和(ii)第二核苷酸序列，其中第二核苷酸序列或由第二核苷酸序列编码的多肽抑制内源性TCR的表达；其中：(a)靶人蛋白是酪氨酸酶(“抗酪氨酸酶TCR”)，其中抗酪氨酸酶TCR与参考抗酪氨酸酶TCR结合人酪氨酸酶的相同表位或重叠表位，其中参考抗酪氨酸酶TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1(“抗MAGE-A1 TCR”)，其中抗MAGE-A1 TCR与参考抗MAGE-A1 TCR结合人MAGE-A1的相同表位或重叠表位，其中参考抗MAGE-A1 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1(“抗MART1 TCR”)，其中抗MART1 TCR与参考抗MART1 TCR结合人MART1的相同表位或重叠表位，其中参考抗MART1 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3(“抗MAGE-A3 TCR”)，其中抗MAGE-A3 TCR与参考抗MAGE-A3 TCR结合人MAGE-A3的相同表位或重叠表位，其中参考抗MAGE-A3 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ IDNO:32中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2(“抗SSX2 TCR”)，其中抗SSX2 TCR与参考抗SSX2 TCR结合人SSX2的相同表位或重叠表位，其中参考抗SSX2 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)抗酪氨酸酶TCR结合至酪氨酸酶的表位，所述表位由如SEQID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成；(b)抗MAGE-A1 TCR结合至MAGE-A1的表位，所述表位由如SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成；(c)抗MART1 TCR结合至MART1的表位，所述表位由如SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成；(d)抗MAGE-A3 TCR结合至MAGE-A3的表位，所述表位由如SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成；或(e)抗SSX2 TCR结合至SSX2的表位，所述表位由如SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成。
在一些实施方案中，表位与HLA I类分子复合。在一些实施方案中，HLA I类分子是HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F或HLA-G等位基因。在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且HLA I类分子是HLA-C*05等位基因；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且HLA I类分子是HLA-B*07等位基因；(c)靶人蛋白是MART1，并且HLA I类分子是HLA-B*18等位基因；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且HLA I类分子是HLA-B*18等位基因；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且HLAI类分子是HLA-A*02等位基因。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且HLA I类分子选自HLA-C*05:01等位基因、HLA-C*05:03等位基因、HLA-C*05:04等位基因、HLA-C*05:05等位基因和HLA-C*05:06等位基因；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且HLA I类分子选自HLA-B*07:02等位基因、HLA-B*07:03等位基因、HLA-B*07:04等位基因、HLA-B*07:05等位基因和HLA-B*07:06等位基因；(c)靶人蛋白是MART1，并且HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且HLA I类分子选自HLA-A*02:01等位基因、HLA-A*02:02等位基因、HLA-A*02:03等位基因、HLA-A*02:04等位基因和HLA-A*02:05等位基因。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且HLA I类分子是HLA-C*05:01等位基因；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且HLA I类分子是HLA-B*07:02等位基因；(c)靶人蛋白是MART1，并且HLA I类分子是HLA-B*18:01等位基因；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且HLA I类分子是HLA-B*18:01等位基因；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且HLA I类分子是HLA-A*02:01等位基因。
在一些实施方案中，特异性结合靶人蛋白的重组TCR或其抗原结合部分包含α链和β链；其中α链包含有包含α链CDR1、α链CDR2和α链CDR3的可变区；其中β链包含有包含β链CDR1、β链CDR2和β链CDR3的可变结构域；并且其中：(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列；(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列；(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列；(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列；或(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:30中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且αβCDR3包含如SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，特异性结合靶人蛋白的重组TCR或其抗原结合部分包含α链和β链，其中α链包含有包含α链CDR1、α链CDR2和α链CDR3的可变区；其中β链包含有包含β链CDR1、β链CDR2和β链CDR3的可变结构域；并且其中：(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链CDR3包含如SEQ IDNO:30中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且αβCDR3包含如SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链CDR3包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链CDR3包含如SEQ ID NO:17所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链CDR3包含如SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链CDR3包含如SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链CDR3包含如SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链CDR1包含如SEQ ID NO:5中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链CDR1包含如SEQ ID NO:15中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链CDR1包含如SEQ ID NO:25中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链CDR1包含如SEQ ID NO:35中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链CDR1包含如SEQ ID NO:45中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链CDR1包含如SEQ ID NO:8中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链CDR1包含如SEQ ID NO:18中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链CDR1包含如SEQ ID NO:28中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链CDR1包含如SEQ ID NO:38中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且β链CDR1包含如SEQ ID NO:48中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链CDR2包含如SEQ ID NO:6中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链CDR2包含如SEQ ID NO:16中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链CDR2包含如SEQ ID NO:26中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链CDR2包含如SEQ ID NO:36中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链CDR2包含如SEQ ID NO:46中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链CDR2包含如SEQ ID NO:9中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链CDR2包含如SEQ ID NO:19中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链CDR2包含如SEQ ID NO:29中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链CDR2包含如SEQ ID NO:39中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且β链CDR2包含如SEQ ID NO:49中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链可变结构域包含在SEQ IDNO:1中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链可变结构域包含在SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链可变结构域包含在SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链可变结构域包含在SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链可变结构域包含在SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链可变结构域包含在SEQ IDNO:2中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链可变结构域包含在SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链可变结构域包含在SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链可变结构域包含在SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且β链可变结构域包含在SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列。在一些实施方案中，α链还包含恒定区，其中恒定区不同于α链的内源性恒定区。
在一些实施方案中，α链还包含恒定区，其中：(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链恒定区包含与在SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链恒定区包含与在SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链恒定区包含与在SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链恒定区包含与在SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链恒定区包含与在SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链恒定区包含相对于在SEQID NO:1中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。在一些实施方案中，β链还包含恒定区，其中恒定区不同于β链的内源性恒定区。
在一些实施方案中，β链还包含恒定区，其中：(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链恒定区包含与在SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链恒定区包含与在SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链恒定区包含与在SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链恒定区包含与在SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且β链恒定区包含与在SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链恒定区包含相对于在SEQID NO:2中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且β链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链包含如SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链包含如SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链包含如SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，第二核苷酸序列是一种或多种减少内源性TCR的表达的siRNA。在一些实施方案中，所述一种或多种siRNA与编码内源性TCR的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补。在一些实施方案中，所述一种或多种siRNA包含一个或多个选自由SEQ IDNO:57-60组成的组的核苷酸序列。在一些实施方案中，第二核苷酸序列编码Cas9。
在一些实施方案中，重组TCR或其抗原结合部分包含α链恒定区、β链恒定区或两者；并且其中α链恒定区、β链恒定区或两者包含相对于内源性TCR的对应氨基酸序列在靶序列内具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个取代的氨基酸序列。
本公开的某些方面涉及一种包含本文所公开的核酸分子的载体。在一些实施方案中，载体是病毒载体、哺乳动物载体或细菌载体。在一些实施方案中，载体是逆转录病毒载体。在一些实施方案中，载体选自由以下组成的组：腺病毒载体、慢病毒、仙台病毒载体、杆状病毒载体、爱泼斯坦巴尔病毒载体、乳多空病毒载体、牛痘病毒载体、单纯性疱疹病毒载体、杂合载体和腺相关病毒(AAV)载体。在一些实施方案中，载体是慢病毒。
本公开的某些方面涉及一种T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分，其包含本文所公开的重组TCR或其抗原结合部分的α链可变结构域和本文所公开的重组TCR或其抗原结合部分的β链可变结构域。
本公开的某些方面涉及一种特异性结合靶人蛋白的重组T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分(“重组TCR”)，其中：(a)靶人蛋白是酪氨酸酶(“抗酪氨酸酶TCR”)，其中抗酪氨酸酶TCR与参考抗酪氨酸酶TCR交叉竞争结合至人酪氨酸酶，其中参考抗酪氨酸酶TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ IDNO:2中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1(“抗MAGE-A1 TCR”)，其中抗MAGE-A1TCR与参考抗MAGE-A1 TCR交叉竞争结合至人MAGE-A1，其中参考抗MAGE-A1 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1(“抗MART1 TCR”)，其中抗MART1 TCR与参考抗MART1 TCR交叉竞争结合至人MART1，其中参考抗MART1 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3(“抗MAGE-A3 TCR”)，其中抗MAGE-A3 TCR与参考抗MAGE-A3 TCR交叉竞争结合至人MAGE-A3，其中参考抗MAGE-A3 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2(“抗SSX2 TCR”)，其中抗SSX2 TCR与参考抗SSX2 TCR交叉竞争结合至人SSX2，其中参考抗SSX2 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
本公开的某些方面涉及特异性结合靶人蛋白的重组T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分(“重组TCR”)，其中：(a)靶人蛋白是酪氨酸酶(“抗酪氨酸酶TCR”)，其中抗酪氨酸酶TCR与参考抗酪氨酸酶TCR结合人酪氨酸酶的相同表位或重叠表位，其中参考抗酪氨酸酶TCR包含α链和β链，其中α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列并且β链包含如SEQID NO:2中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1(“抗MAGE-A1 TCR”)，其中抗MAGE-A1 TCR与参考抗MAGE-A1 TCR结合人MAGE-A1的相同表位或重叠表位，其中参考抗MAGE-A1TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1(“抗MART1 TCR”)，其中抗MART1 TCR与参考抗MART1 TCR结合人MART1的相同表位或重叠表位，其中参考抗MART1 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3(“抗MAGE-A3 TCR”)，其中抗MAGE-A3 TCR与参考抗MAGE-A3TCR结合人MAGE-A3的相同表位或重叠表位，其中参考抗MAGE-A3 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2(“抗SSX2TCR”)，其中抗SSX2TCR与参考抗SSX2 TCR结合人SSX2的相同表位或重叠表位，其中参考抗SSX2 TCR包含α链和β链，并且其中α链包含如SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列，并且β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)抗酪氨酸酶TCR结合至酪氨酸酶的表位，所述表位由如SEQID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成；(b)抗MAGE-A1 TCR结合至MAGE-A1的表位，所述表位由如SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成；(c)抗MART1 TCR结合至MART1的表位，所述表位由如SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成；(d)抗MAGE-A3 TCR结合至MAGE-A3的表位，所述表位由如SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成；或(e)抗SSX2 TCR结合至SSX2的表位，所述表位由如SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成。
在一些实施方案中，表位与HLA I类分子复合。在一些实施方案中，HLA I类分子是HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F或HLA-G等位基因。在一些实施方案中：(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且HLA I类分子是HLA-C*05等位基因；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且HLA I类分子是HLA-B*07等位基因；(c)靶人蛋白是MART1，并且HLA I类分子是HLA-B*18等位基因；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且HLA I类分子是HLA-B*18等位基因；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且HLAI类分子是HLA-A*02等位基因。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且HLA I类分子选自HLA-C*05:01等位基因、HLA-C*05:03等位基因、HLA-C*05:04等位基因、HLA-C*05:05等位基因和HLA-C*05:06等位基因；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且HLA I类分子选自HLA-B*07:02等位基因、HLA-B*07:03等位基因、HLA-B*07:04等位基因、HLA-B*07:05等位基因和HLA-B*07:06等位基因；(c)靶人蛋白是MART1，并且HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且HLA I类分子选自HLA-A*02:01等位基因、HLA-A*02:02等位基因、HLA-A*02:03等位基因、HLA-A*02:04等位基因和HLA-A*02:05等位基因。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且HLA I类分子是HLA-C*05:01等位基因；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且HLAI类分子是HLA-B*07:02等位基因；(c)靶人蛋白是MART1，并且HLA I类分子是HLA-B*18:01等位基因；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且HLA I类分子是HLA-B*18:01等位基因；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且HLA I类分子是HLA-A*02:01等位基因。
在一些实施方案中，特异性结合靶人蛋白的重组TCR或其抗原结合部分包含α链和β链；其中α链包含有包含α链CDR1、α链CDR2和α链CDR3的可变区；其中β链包含有包含β链CDR1、β链CDR2和β链CDR3的可变结构域；并且其中：(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列；(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列；(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列；(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列；或(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:30中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且αβCDR3包含如SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，特异性结合靶人蛋白的重组TCR或其抗原结合部分包含α链和β链，其中α链包含有包含α链CDR1、α链CDR2和α链CDR3的可变区；其中β链包含有包含β链CDR1、β链CDR2和β链CDR3的可变结构域；并且其中：(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链CDR3包含如SEQ IDNO:30中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链CDR3包含如SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且αβCDR3包含如SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链CDR3包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链CDR3包含如SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链CDR3包含如SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链CDR3包含如SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链CDR3包含如SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链CDR1包含如SEQ ID NO:5中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链CDR1包含如SEQ ID NO:15中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链CDR1包含如SEQ ID NO:25中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链CDR1包含如SEQ ID NO:35中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链CDR1包含如SEQ ID NO:45中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链CDR1包含如SEQ ID NO:8中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链CDR1包含如SEQ ID NO:18中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链CDR1包含如SEQ ID NO:28中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链CDR1包含如SEQ ID NO:38中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且β链CDR1包含如SEQ ID NO:48中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链CDR2包含如SEQ ID NO:6中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链CDR2包含如SEQ ID NO:16中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链CDR2包含如SEQ ID NO:26中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链CDR2包含如SEQ ID NO:36中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链CDR2包含如SEQ ID NO:46中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链CDR2包含如SEQ ID NO:9中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链CDR2包含如SEQ ID NO:19中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链CDR2包含如SEQ ID NO:29中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链CDR2包含如SEQ ID NO:39中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且β链CDR2包含如SEQ ID NO:49中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链可变结构域包含存在于SEQID NO:1中所陈述的氨基酸序列中的可变结构域的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链可变结构域包含存在于SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列中的可变结构域的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链可变结构域包含存在于SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列中的可变结构域的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链可变结构域包含存在于SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列中的可变结构域的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链可变结构域包含存在于SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列中的可变结构域的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链可变结构域包含存在于SEQID NO:2中所陈述的氨基酸序列中的可变结构域的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链可变结构域包含存在于SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中的可变结构域的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链可变结构域包含存在于SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中的可变结构域的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链可变结构域包含存在于SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中的可变结构域的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且β链可变结构域包含存在于SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中的可变结构域的氨基酸序列。
在一些实施方案中，α链进一步包含恒定区，其中：(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链恒定区包含与存在于SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列中的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链恒定区包含与存在于SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列中的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链恒定区包含与存在于SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列中的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链恒定区包含与存在于SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列中的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链恒定区包含与存在于SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列中的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，β链进一步包含恒定区，并且其中：(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链恒定区包含与存在于SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列中的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链恒定区包含与存在于SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链恒定区包含与存在于SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链恒定区包含与存在于SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且β链恒定区包含与存在于SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且α链包含如SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，(a)靶人蛋白是酪氨酸酶，并且β链包含如SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列；(b)靶人蛋白是MAGE-A1，并且β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；(c)靶人蛋白是MART1，并且β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；(d)靶人蛋白是MAGE-A3，并且β链包含如SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列；或(e)靶人蛋白是SSX2，并且β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
本公开的某些方面涉及一种包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域的双特异性TCR，其中第一抗原结合结构域包含本文所公开的TCR或其抗原结合部分或本文所公开的重组TCR。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含单链可变片段(“scFv”)。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域特异性结合至在T细胞的表面上表达的蛋白。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域特异性结合至CD3。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域包含scFv。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域通过共价键来连接或结合。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域通过肽键来连接。
本公开的某些方面涉及一种包含本文所公开的核酸分子、本文所公开的载体、本文所公开的TCR、本文所公开的重组TCR或本文所公开的双特异性TCR的细胞。在一些实施方案中，细胞进一步表达CD3。在一些实施方案中，细胞选自由以下组成的组：T细胞、自然杀伤(NK)细胞、自然杀伤T(NKT)细胞或ILC细胞。
本公开的某些方面涉及一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，其包括向受试者施用本文所公开的细胞。在一些实施方案中、癌症选自由以下组成的组：黑素瘤、骨癌、胰脏癌、皮肤癌、头或颈部癌、子宫癌、卵巢癌、直肠癌、肛门区癌、胃癌、睾丸癌、子宫癌、输卵管癌、子宫内膜癌、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、霍奇金氏病、非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBC)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、转化型滤泡性淋巴瘤、脾边缘区淋巴瘤(SMZL)、食道癌、小肠癌、内分泌系统癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、慢性或急性白血病、急性髓系白血病、慢性髓系白血病、急性淋巴母细胞性白血病(ALL)(包括非T细胞ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、儿童时期的实体瘤、淋巴细胞性淋巴瘤、膀胱癌、肾或输尿管癌、肾盂癌、中枢神经系统(CNS)肿瘤、原发性CNS淋巴瘤、肿瘤血管生成、脊柱轴肿瘤、脑干神经胶质瘤、垂体腺瘤、卡波西氏肉瘤、表皮样癌、鳞状细胞癌、T细胞淋巴瘤、环境诱导的癌症包括由石棉诱导的癌症、其他B细胞恶性肿瘤和所述癌症的组合。
在一些实施方案中，癌症是复发或难治性癌症。在一些实施方案中，癌症是局部晚期癌症。在一些实施方案中，癌症是晚期癌症。在一些实施方案中，癌症是转移性癌症。
在一些实施方案中，细胞获自受试者。在一些实施方案中，细胞获自除了受试者以外的供体。在一些实施方案中，在施用细胞的前，受试者经预调节。在一些实施方案中，预调节包括向受试者施用化学疗法、细胞因子、蛋白、小分子或它们的任何组合。在一些实施方案中，预调节包括施用白细胞因子。在一些实施方案中，预调节包括施用IL-2、IL-4、IL-7、IL-9、IL-15、IL-21或它们的任何组合。在一些实施方案中，预调节包括施用选自由以下组成的组的预调节剂：环磷酰胺、氟达拉滨、维生素C、AKT抑制剂、ATRA、雷帕霉素或它们的任何组合。在一些实施方案中，预调节包括施用环磷酰胺、氟达拉滨或两者。
本公开的某些方面涉及一种工程化抗原靶向细胞的方法，其包括用本文所公开的核酸分子或本文所公开的载体转导从需要T细胞疗法的受试者收集的细胞。在一些实施方案中，抗原靶向细胞进一步表达CD3。在一些实施方案中，细胞是T细胞或自然杀伤(NK)细胞。
本公开的某些方面涉及一种与肽复合的HLA I类分子，其中HLA I类分子包含α1结构域、α2结构域、α3结构域和β2m，并且其中肽由选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列组成。在一些实施方案中，HLA I类分子是HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F或HLA-G。在一些实施方案中，(a)肽由SEQ ID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-C；(b)肽由SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-B；(c)肽由SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-B；(d)肽由SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-B；或(e)肽由SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-A。
在一些实施方案中，(a)肽由SEQ ID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLAI类分子是HLA-C*05；(b)肽由SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-B*07；(c)肽由SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-B*18；(d)肽由SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-B*18；或(e)肽由SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-A*02。
在一些实施方案中，(a)肽由SEQ ID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLAI类分子选自HLA-C*05:01等位基因、HLA-C*05:03等位基因、HLA-C*05:04等位基因、HLA-C*05:05等位基因和HLA-C*05:06等位基因；(b)肽由SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子选自HLA-B*07:02等位基因、HLA-B*07:03等位基因、HLA-B*07:04等位基因、HLA-B*07:05等位基因和HLA-B*07:06等位基因；(c)肽由SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；(d)肽由SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；或(e)肽由SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子选自HLA-A*02:01等位基因、HLA-A*02:02等位基因、HLA-A*02:03等位基因、HLA-A*02:04等位基因和HLA-A*02:05等位基因。
在一些实施方案中，(a)肽由SEQ ID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLAI类分子是HLA-C*05:01；(b)肽由SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-B*07:02；(c)肽由SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-B*18:01；(d)肽由SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-B*18:01；或(e)肽由SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成，并且HLA I类分子是HLA-A*02:01。
在一些实施方案中，HLA I类分子是单体。在一些实施方案中，HLA I类分子是二聚体。在一些实施方案中，HLA I类分子是三聚体。在一些实施方案中，HLA I类分子是四聚体。在一些实施方案中，HLA I类分子是五聚体。
本公开的某些方面涉及一种抗原呈递细胞(APC)，其包含本文所公开的HLA I类分子。在一些实施方案中，HLA I类分子在APC的表面上表达。
本公开的某些方面涉及一种富集获自人受试者的靶T细胞群的方法，其包括使T细胞与本文所公开的HLA I类分子或本文所公开的APC接触，其中相对于在接触之前能够结合HLA I类分子的T细胞的数目，在接触之后，经富集的T细胞群包含更高数目的能够结合HLAI类分子的T细胞。
本公开的某些方面涉及一种富集获自人受试者的靶T细胞群的方法，其包括使T细胞在体外与肽接触；其中肽由选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列组成；其中相对于在接触之前能够靶向肿瘤细胞的T细胞的数目，在接触之后，经富集的T细胞群包含更高数目的能够靶向肿瘤细胞的T细胞。在一些实施方案中，获自人受试者的T细胞是肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)。
本公开的某些方面涉及一种治疗有需要的受试者的肿瘤的方法，其包括向受试者施用本文所公开的经富集的T细胞。
本公开的某些方面涉及一种增强患有癌症的受试者的细胞毒性T细胞介导的癌细胞靶向的方法，其包括向受试者施用具有选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列的肽。
本公开的某些方面涉及一种包含具有选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列的肽的癌症疫苗。
本公开的某些方面涉及一种选择能够靶向肿瘤细胞的T细胞的方法，其包括使经分离的T细胞群在体外与肽接触，其中肽由选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列组成。在一些实施方案中，T细胞是肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)。
附图说明
图1A至图1D是黑素瘤TIL的C*05:01/酪氨酸酶460-468多聚体染色的图示。用经酪氨酸酶460-468肽脉冲处理的C*05:01-人工APC将TIL刺激一次。示出在刺激之前(第0天；图1A和图1C)以及在刺激之后14天(第14天；图1B和图1D)的C*05:01/酪氨酸酶460-468(图1A至图1B)或对照C*05:01/HIV rev67-75多聚体(图1C至图1D)染色的数据。示出CD8+T细胞中的多聚体+细胞的百分比。
图2是示出C*05:01/酪氨酸酶460-468多聚体阳性黑素瘤TIL的功能性评估的条形图。C*05:01阳性TIL以HLA-C*05:01限制性肽特异性方式产生IFN-γ。TIL在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。经所指示的肽脉冲处理的C*05:01-人工APC用作刺激细胞。HIVrev67-75肽用作对照。实验一式三份进行，并且误差棒描绘标准偏差(SD)。*P<0.05。
图3A至图3I是用C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR基因转导的Jurkat76/CD8细胞经同源多聚体的阳性染色的图示。用C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR(图3B、图3E和图3H)转导的Jurkat 76/CD8细胞经C*05:01/酪氨酸酶460-468多聚体(图3B)染色。C*05:01/HIV rev67-75多聚体(图3D、图3E和图3F)、C*05:01/未交换多聚体(图3G、图3H和图3I)和C*07:02/MAGE-A1289-297TCR(克隆CL2；图3C、图3F和图3I)以及未用TCR转导的Jurkat 76/CD8(图3A、图3D和图3G)用作对照。示出多聚体+CD8+T细胞的百分比。
图4A至图4D是用C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR基因(图4B和图4D)转导的人原代T细胞经同源多聚体的阳性染色的图示。用C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR转导的原代T细胞经C*05:01/酪氨酸酶460-468(图4B)或C*05:01/HIV rev67-75对照多聚体(图4D)染色。未转导的原代T细胞用作阴性对照(图4A和图4C)。示出多聚体+CD8+T细胞的百分比。
图5是示出用C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR基因转导的人原代T细胞与由靶I类分子呈递的同源肽强烈反应的条形图。用C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR基因转导的原代T细胞或未转导的原代T细胞(x轴)在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。产生HLA-C*05:01转导的T2细胞(T2-C*05:01)。用酪氨酸酶460-468或HIV rev67-75肽(对照)脉冲处理的T2或T2-C05:01细胞用作刺激细胞。一式三份进行实验，并且误差棒描绘SD。***P<0.001。
图6A是示出用C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR基因转导的原代T细胞识别肿瘤细胞的图示。用C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR基因转导的原代T细胞或未转导的原代T细胞在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。如所指示，未转导或用HLA-C*05:01或酪氨酸酶转导的Malme-3M、Me275和MCF7细胞在用100ng/ml IFNγ处理48小时之后用作刺激细胞。一式三份进行实验，并且误差棒描绘SD。*P<0.05，**P<0.01，***P<0.001。
图7A至图7D是内源性或经转导的酪氨酸酶基因的表达的图示。用抗酪氨酸酶mAb(开放曲线)和同型对照(填充曲线)染色之后，经由胞内流式细胞术来分析靶细胞中的内源性或经转导的酪氨酸酶基因的表达。
图8A至图8D是在用经ΔNGFR加标签的全长HLA-C*05:01基因(图8B和图8D)转导的靶细胞中ΔNGFR的表达的图示。在用抗NGFR mAb(开放曲线)和同型对照(填充曲线)染色之后，通过流式细胞术来分析用经ΔNGFR加标签的全长HLA-C*05:01基因转导的靶细胞中的ΔNGFR的表面表达。单独ΔNGFR用作对照(图8A和图8C)。
图9A至图9B是黑素瘤TIL的B*07:02/MAGE-A1289-297多聚体染色的图示。图9A示出TIL经B*07:02/MAGE-A1289-297多聚体的染色。B*07:02/EBV EBNA3A379-387(图9B)多聚体用作阴性对照。示出CD8+T细胞中的多聚体+细胞的百分比。
图10是示出B*07:02/MAGE-A1289-297多聚体阳性黑素瘤TIL的功能性评估的条形图。TIL以B*07:02/MAGE-A1289-297-特异性方式产生IFN-γ。TIL在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。经所指示的肽脉冲处理的B*07:02-人工APC用作刺激细胞。HIV nef128-137肽用作对照。一式三份进行实验，并且误差棒描绘标准偏差(SD)。*P<0.05。
图11A至图11I是用B*07:02/MAGE-A1289-297TCR基因转导的Jurkat 76/CD8细胞经同源多聚体的阳性染色的图示。用B*07:02/MAGE-A1289-297TCR(图11B、图11E和图11H)转导的Jurkat76/CD8细胞经B*07:02/MAGE-A1289-297多聚体(图11B)染色。B*07:02/NY-ESO-160-72多聚体(图11D、图11E和图11F)、B*07:02/未交换多聚体(图11G、图11H和图11I)和B*07:02/NY-ESO-160-72TCR(图11C、图11F和图11I)以及未用TCR转导的Jurkat 76/CD8(图11A、图11D和图11G)用作对照。示出多聚体+CD8+细胞的百分比。
图12A至图12D是用B*07:02/MAGE-A1289-297TCR基因(图12B和图12D)转导的人原代T细胞经同源多聚体的阳性染色的图示。用B*07:02/MAGE-A1289-297TCR转导的原代T细胞经B*07:02/MAGE-A1289-297(图12B)或B*07:02/HIV nef128-137对照多聚体(图12D)染色。未转导的原代T细胞用作阴性对照(图12A和图12C)。示出多聚体+CD8+T细胞的百分比。
图13是示出用B*07:02/MAGE-A1289-297TCR基因转导的人原代T细胞与由靶I类分子呈递的同源肽强烈反应的条形图。用B*07:02/MAGE-A1289-297TCR基因转导的原代T细胞或未转导的原代T细胞(x轴)在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。产生HLA-B*07:02转导的T2细胞(T2-B*07:02)。用MAGE-A1289-297或HIV nef128-137肽(对照)脉冲处理的T2或T2-B*07:02细胞用作刺激细胞。一式三份进行实验，并且误差棒描绘SD。**P<0.01。
图14A是示出用B*07:02/MAGE-A1289-297TCR基因转导的原代T细胞识别肿瘤细胞的图示。用B*07:02/MAGE-A1289-297TCR基因转导的原代T细胞或未转导的原代T细胞在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。如所指示(图14B)，未转导或用HLA-B*07:02或MAGE-A1转导的Me275、SL-MEL-37和SK-MEL-21细胞用作刺激细胞。一式三份进行实验，并且误差棒描绘SD。*P<0.05,**P<0.01。
图15A至图15D是衍生自内源性或经转导的全长基因的MAGE-A1的表达的图示。用抗MAGE-A1 mAb(开放曲线)和同型对照(填充曲线)染色之后，经由胞内流式细胞术来分析靶细胞中的衍生自内源性或经转导的全长基因的MAGE-A1的表达。
图16A至图16D是在用经ΔNGFR加标签的全长HLA-B*07:02基因(图16B和图16D)转导的靶细胞中，ΔNGFR的表达的图示。在用抗NGFR mAb(开放曲线)和同型对照(填充曲线)染色之后，通过流式细胞术来分析用经ΔNGFR加标签的全长HLA-B*07:02基因转导的靶细胞中的ΔNGFR的表面表达。单独ΔNGFR用作对照(图16A和图16C)。
图17是示出黑素瘤TIL中的B*18:01/MART1 T细胞的数目的条形图。TIL在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。用覆盖MART1的整个蛋白的重叠肽脉冲处理的B*18:01-人工APC用作刺激细胞。当用经MART1衍生的重叠肽脉冲处理的B*18:01-人工APC刺激时，TIL显示出对于具有共有序列21YTTAEEAAGIGILTV35的两个相邻肽的阳性反应(同参见表5)。一式三份进行实验，并且误差棒描绘SD。*P<0.05，***P<0.001。
图18A至图18C是黑素瘤TIL的B*18:01/MART125-33多聚体染色的图示。图18B示出了TIL经B*18:01/MART125-33多聚体的染色。B*18:01/HIV gag161-170(图18C)和B*18:01/未交换(图18A)多聚体用作阴性对照。示出CD8+T细胞中的多聚体+细胞的百分比。
图19是示出B*18:01/MART125-33多聚体阳性黑素瘤TIL的功能性评估的条形图。TIL以B*18:01/MART125-33特异性方式产生IFN-γ。TIL在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。经所指示的肽脉冲处理的B*18:01-人工APC用作刺激细胞。HIV gag161-170肽用作对照。一式三份进行实验，并且误差棒描绘标准偏差(SD)。***P<0.001。
图20A至图20I是用B*18:01/MART125-33TCR基因转导的Jurkat76/CD8细胞经同源多聚体的阳性染色的图示。用B*18:01/MART125-33TCR(图20B、图20E和图20H)转导的Jurkat76/CD8细胞经B*18:01/MART125-33多聚体(图20B)染色。B*18:01/MAGE-A3167-176多聚体(图20D、图20E和图20F)、B*18:01/MAGE-A3167-176TCR(图20C、图20F和图20I)和B*18:01/未交换多聚体(图20G、图20H和图20I)以及未用TCR转导的Jurkat 76/CD8(图20A、图20D和图20G)用作对照。示出多聚体+CD8+细胞的百分比。
图21A至图21D是用B*18:01/MART125-33TCR基因(图21B和图21D)转导的人原代T细胞经同源多聚体的阳性染色的图示。用B*18:01/MART125-33TCR转导的原代T细胞经B*18:01/MART125-33(图21B)或B*18:01/HIV gag161-170对照多聚体(图21D)染色。未转导的原代T细胞用作阴性对照(图21A和图21C)。示出多聚体+CD8+T细胞的百分比。
图22是示出用B*18:01/MART125-33TCR基因转导的人原代T细胞与由靶I类分子呈递的同源肽强烈反应的条形图。用B*18:01/MART125-33TCR基因转导的原代T细胞或未转导的原代T细胞(x轴)在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。产生HLA-B*18:01转导的T2细胞(T2-B*18:01)。用MART125-33或HIV gag161-170肽(对照)脉冲处理的T2或T2-B*18:01细胞用作刺激细胞。一式三份进行实验，并且误差棒描绘SD。**P<0.01。
图23A是示出用B*18:01/MART125-33TCR基因转导的原代T细胞识别肿瘤细胞的图示。用B*18:01/MART125-33TCR基因转导的原代T细胞或未转导的原代T细胞在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。如所指示(图23B)，未转导或用HLA-B*18:01或MART1转导的Malme-3M、SL-MEL-28和A375细胞用作刺激细胞。一式三份进行实验，并且误差棒描绘SD。*P<0.05，**P<0.01。
图24A至图24E是衍生自内源性或经转导的全长基因的MART1的表达的图示。用抗MART1 mAb(开放曲线)和同型对照(填充曲线)染色之后，靶细胞中的衍生自内源性或经转导基因的MART1的表达是经由胞内流式细胞术来分析。
图25A至图25F是在用经ΔNGFR加标签的全长HLA-B*18:01基因(图25B、图25D和图25F)转导的靶细胞中，ΔNGFR的表达的图示。在用抗NGFR mAb(开放曲线)和同型对照(填充曲线)染色之后，在用经ΔNGFR加标签的全长HLA-B*18:01基因转导的靶细胞中，通过流式细胞术来分析ΔNGFR的表面表达。单独ΔNGFR用作对照(图25A、图25C和图25E)。
图26A至图26C是黑素瘤TIL的B*18:01/MAGE-A3167-176多聚体染色的图示。用经MAGE-A3167-176肽脉冲处理的B*18:01-人工APC刺激TIL一次。示出在刺激之前(第0天；图26A)以及在刺激之后14天(第14天；图26B至图26C)的B*18:01/MAGE-A3167-176(图26A至图26B)或对照B18:01/HIV gag161-170多聚体(图26C)染色的数据。示出CD8+T细胞中的多聚体+细胞的百分比。
图27是示出B*18:01/MAGE-A3167-176多聚体阳性黑素瘤TIL的功能性评估的条形图。B*18:01阳性TIL以HLA-B*18:01限制性的肽特异性方式产生IFN-γ。用经MAGE-A3167-176肽脉冲处理的B*18:01-人工APC刺激的TIL在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。产生HLA-B*18:01转导的T2细胞(T2-B*18:01)。用所指示的肽脉冲处理的T2或T2-B*18:01细胞用作刺激细胞。HIV gag161-170肽用作对照。一式三份进行实验，并且误差棒描绘标准偏差(SD)。**P<0.01，***P<0.001。
图28A至图28I是用B*18:01/MAGE-A3167-176TCR基因转导的Jurkat 76/CD8细胞经同源多聚体的阳性染色的图示。用B*18:01/MAGE-A3167-176TCR(图28B、图28E和图28H)转导的Jurkat76/CD8细胞经B*18:01/MAGE-A3167-176多聚体(图28B)染色。B*18:01/MART125-33多聚体(图28D、图28E和图28F)、B*18:01/未交换多聚体(图28G、图28H和图28I)和B*18:01/MART125-33TCR(图28C、图28F和图28I)以及未用TCR转导的Jurkat 76/CD8(图28A、图28D和图28G)用作对照。示出多聚体+CD8+细胞的百分比。
图29A至图29D是用B*18:01/MAGE-A3167-176TCR基因(图29B和图29D)转导的人原代T细胞经同源多聚体的阳性染色的图示。用B*18:01/MAGE-A3167-176TCR转导的原代T细胞经B*18:01/MAGE-A3167-176(图29B)或B18:01/HIV gag161-170对照多聚体(图29D)染色。未转导的原代T细胞用作阴性对照(图29A和图29C)。示出多聚体+CD8+T细胞的百分比。
图30是示出用B*18:01/MAGE-A3167-176TCR基因转导的人原代T细胞与由靶I类分子呈递的同源肽强烈反应的条形图。用B*18:01/MAGE-A3167-176TCR基因转导的原代T细胞或未转导的原代T细胞(x轴)在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。用MAGE-A3167-176或HIVgag161-170肽(对照)脉冲处理的T2细胞用作刺激细胞。一式三份进行实验，并且误差棒描绘SD。**P<0.01。
图31A是示出用B*18:01/MAGE-A3167-176TCR基因转导的原代T细胞识别肿瘤细胞的图示。用B*18:01/MAGE-A3167-176TCR基因转导的原代T细胞或未转导的原代T细胞在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。如所指示(图31B)，未转导或用HLA-B*07:02和/或MAGE-A1转导的SK-MEL-28和HEK293T细胞用作刺激细胞。一式三份进行实验，并且误差棒描绘SD。*P<0.05，***P<0.001。
图32是衍生自内源性或经转导的全长基因的MAGE-A3的表达的图示。通过用抗MAGE-A3 pAb的蛋白质印迹分析来评价靶细胞中的衍生自内源性或经转导的全长基因的MAGE-A3的表达。β-肌动蛋白表达用作阳性对照。
图33A至图33D是在用经ΔNGFR加标签的全长HLA-B*18:01基因(图33B和图33D)转导的靶细胞中，ΔNGFR的表达的图示。在用抗NGFR mAb(开放曲线)和同型对照(填充曲线)染色之后，在用经ΔNGFR加标签的全长HLA-B*18:01基因转导的靶细胞中，通过流式细胞术来分析ΔNGFR的表面表达。单独ΔNGFR用作对照(图33A和图33C)。
图34A至图34B是黑素瘤TIL的A*02:01/SSX241-49多聚体染色的图示。图34A示出了TIL通过A*02:01/SSX241-49多聚体的染色。A*02:01/HTLV-1tax11-19(图34B)多聚体用作阴性对照。示出CD8+T细胞中的多聚体+细胞的百分比。
图35是示出A*02:01/SSX241-49多聚体阳性黑素瘤TIL的功能性评估的条形图。TIL以A*02:01/SSX241-49特异性方式产生IFN-γ。TIL在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。用所指示的肽脉冲处理的T2细胞用作刺激细胞。HTLV-1tax11-19肽用作对照。一式三份进行实验，并且误差棒描绘标准偏差(SD)。**P<0.01。
图36A至图36I是用A*02:01/SSX241-49TCR基因转导的Jurkat76/CD8细胞经同源多聚体的阳性染色的图示。用A*02:01/SSX241-49TCR(图36B、图36E和图36H)转导的Jurkat 76/CD8细胞经A*02:01/SSX241-49多聚体(图36B)染色。A*02:01/NY-ESO-1157-165多聚体(图36D、图36E和图36F)、A*02:01/未交换多聚体(图36G、图36H和图36I)和A*02:01/NY-ESO-1157- 165TCR(纯是1G4LY；图36C、图36F和图36I)以及未用TCR转导的Jurkat 76/CD8(图36A、图36D和图36G)用作对照。示出多聚体+CD8+细胞的百分比。
图37A至图37D是用A*02:01/SSX241-49TCR基因转导的人原代T细胞经同源多聚体的阳性染色的图示。用A*02:01/SSX241-49TCR(图37B和图37D)转导的原代T细胞经A*02:01/SSX241-49(图37B)或A*02:01/HTLV-1tax11-19对照多聚体(图37D)染色。未转导的原代T细胞用作阴性对照(图37A和图37C)。示出多聚体+CD8+T细胞的百分比。
图38是示出用A*02:01/SSX241-49TCR基因转导的人原代T细胞与由靶I类分子呈递的同源肽强烈反应的条形图。用A*02:01/SSX241-49TCR基因转导的原代T细胞或未转导的原代T细胞(x轴)在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。用SSX241-49或HTLV-1tax11-19肽(对照)脉冲处理的T2细胞用作刺激细胞。一式三份进行实验，并且误差棒描绘SD。**P<0.01。
图39A是示出用A*02:01/SSX241-49TCR基因转导的原代T细胞识别肿瘤细胞的图示。用A*02:01/SSX241-49TCR基因转导的原代T细胞或未转导的原代T细胞在IFN-γELISPOT分析中用作反应细胞。如所指示(图39B)，未转导或用HLA-A*02:01或SSX2转导的SK-MEL-21、SL-MEL-37和SK-MEL-28细胞用作刺激细胞。一式三份进行实验，并且误差棒描绘SD。**P<0.01，***P<0.001。
图40是衍生自内源性或经转导的全长基因的SSX2的表达的图示。通过使用抗SSX2pAb的蛋白质印迹分析来评价靶细胞中的衍生自内源性或经转导的全长基因的SSX2的表达。β-肌动蛋白表达用作阳性对照。
图41A至图41D是衍生自内源性或经转导的全长HLA-A*02:01基因的HLA-A2的表达的图示。用抗HLA-A2 mAb(开放曲线)和同型对照(填充曲线)染色之后，经由流式细胞术来分析靶细胞中的衍生自内源性或经转导的全长HLA-A*02:01的HLA-A2的表达。
具体实施方式
本公开涉及特异性结合至选自由酪氨酸酶、MAGE-A1、MART1、MAGE-A3和SSX2组成的组的靶人蛋白上的表位的TCR或其抗原结合部分、编码其的核酸分子和包含TCR或核酸分子的细胞。本公开的一些方面涉及治疗有需要的受试者的癌症的方法，其包括向受试者施用细胞。本公开的其他方面涉及与包含酪氨酸酶、MAGE-A1、MART1、MAGE-A3或SSX2表位的肽复合的HLA I类分子。
I.术语
为了使本公开可更容易理解，首先定义某些术语。如本申请中所使用，除非如本文另外明确提供，否则以下术语中的每一个都应具有以下所阐明的含义。额外定义在整个申请中阐明。
应注意，术语“一(个/种)(a/an)”实体是指一或多个(种)所述实体；例如，“一个核苷酸序列”应理解为表示一或多个核苷酸序列。因此，术语“一个(种)”、“一个或多个(种)”和“至少一个(种)”在本文中可互换使用。
此外，“和/或”在本文中使用时应视为对两个指定特征或组分中的每一个在存在或不存在另一者的情况下的具体公开。因此，如本文中诸如“A和/或B”的词组中所使用的术语“和/或”意图包括“A和B”、“A或B”、“A”(单独)以和“B”(单独)。同样地，如在诸如“A、B和/或C”的词组中所使用的术语“和/或”意图包括以下方面中的每一个：A、B和C；A、B或C；A或C；A或B；B或C；A和C；A和B；B和C；A(单独)；B(单独)；和C(单独)。
术语“约”在本文中用于表示近似、大致、大约或在...左右。当术语“约”与数值范围结合使用时，其通过将边界扩展至高于或低于所述数值来修饰所述范围。一般而言，术语“约”在本文中用于通过向上或向下(更高或更低)变化10％来将数值修饰为高于或低于规定值。
应理解，当在本文中用语言“包含”描述各方面时，还提供以“由...组成”和/或“基本上由...组成”的术语描述的其他类似方面。
除非另外定义，否则本文所使用的全部技术和科学术语均具有本公开相关领域的普通技术人员通常理解的相同含义。例如，以下出版物为本领域技术人员提供本公开中所使用的许多术语的一般词典：the Concise Dictionary of Biomedicine and MolecularBiology,Juo,Pei-Show,第2版,2002,CRC Press；The Dictionary of Cell andMolecular Biology,第3版,1999,Academic Press；和the Oxford Dictionary OfBiochemistry And Molecular Biology,修订版,2000,Oxford University Press。
单位、前缀和符号均以其国际单位制(Système International de Unites，(SI)公认形式表示。数值范围包括限定所述范围的数值。除非另外指出，否则核苷酸序列自左至右以5'至3'取向书写。氨基酸序列自左至右以氨基至羧基取向书写。本文提供的标题不限制本公开的各个方面，所述方面可通过参考整个说明书得出。因此，即将在下文定义的术语通过参考说明书全文进行更充分地定义。
“施用”是指使用本领域技术人员已知的各种方法和递送系统中的任一种将剂实体引入至受试者体内。本文所公开的制剂的示例性施用途径包括静脉内、肌内、皮下、腹膜内、脊髓或其他胃肠外施用途径，例如通过注射或输注。如本文所用，词组“胃肠外施用”表示除肠内和局部施用外的施用模式，通常通过注射施用，并且包括但不限于静脉内、肌内、动脉内、鞘内、淋巴管内、病灶内、囊内、眶内、心内、皮内、腹膜内、经气管、皮下、表皮下、关节内、囊下、蛛网膜下、脊椎内、硬膜外和胸骨内注射和输注，以及体内电穿孔。在一些实施方案中，制剂是经由非胃肠外途径施用，例如口服施用。其他非胃肠外途径包括局部、表皮或粘膜施用途径，例如鼻内、阴道、直肠、舌下或局部。施用还可例如进行一次、多次和/或在一个或多个长时间段内进行。
如本文所用，术语“T细胞受体”(TCR)是指能够与靶抗原特异性相互作用的异聚细胞表面受体。如本文所用，“TCR”包括但不限于天然存在和非天然存在的TCR；全长TCR及其抗原结合部分；嵌合TCR；TCR融合构筑体；和合成TCR。在人类中，TCR在T细胞的表面上表达，并且它们负责T细胞识别和抗原呈递细胞的靶向。抗原呈递细胞(APC)展示与主要组织相容性复合物(MHC)复合(在本文中也称为与HLA分子，例如，HLA 1类分子复合)的外来蛋白(抗原)的片段。TCR识别并且结合至抗原:HLA复合物并且募集CD3(由T细胞表达)，从而激活TCR。激活的TCR启始下游信号传导和免疫反应，包括破坏EPC。
一般而言，TCR可包含两条链，α链和β链(或不太常见的γ链和δ链)，其通过二硫键相互连接。每个链包含可变结构域(α链可变结构域和β链可变结构域)和恒定区(α链恒定区和β链恒定区)。可变结构域定位于细胞膜的远端，并且可变结构域与抗原相互作用。恒定区定位于细胞膜的近端。TCR可进一步包含跨膜区和短胞质尾。如本文所用，术语“恒定区”涵盖跨膜区和胞质尾(若存在)，以及传统“恒定区”。
可变结构域可进一步再分成称为互补决定区(CDR)的高变区，其穿插有称为构架区(FR)的较保守区。每个α链可变结构域和β链可变结构域包含三个CDR和四个FR：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。每个可变结构域含有与抗原相互作用的结合结构域。虽然每个链上的全部三个CDR参与抗原结合，但CDR3被认为是主要的抗原结合区。CDR1也与抗原相互作用，而CD2被认为主要识别HLA复合物。
在未明确说明时，并且除非上下文另外指示，否则术语“TCR”还包括本文所公开的任何TCR的抗原结合片段或抗原结合部分，并且包括单价和二价片段或部分和单链TCR。术语“TCR”不限于结合至T细胞的表面的天然存在的TCR。如本文所用，术语“TCR”进一步指在除了T细胞以外的细胞(例如，天然表达或经修饰以表达CD3的细胞，如本文所述)的表面上表达的本文所述的TCR，或脱离细胞膜的本文所述的TCR(例如，经分离的TCR或可溶性TCR)。
“抗原结合分子”、“TCR的部分”或“TCR片段”是指少于整体的TCR的任何部分。抗原结合分子可包括抗原性互补决定区(CDR)。
“抗原”是指引起免疫反应或能够由TCR结合的任何分子，例如，肽。如本文所用，“表位”是指引起免疫反应或能够由TCR结合的多肽的一部分。免疫反应可能涉及抗体产生或特定的免疫机能健全的细胞的激活或两者。本领域技术人员将容易理解，任何大分子，包括几乎所有的蛋白质或肽，都可以用作抗原。抗原和/或表位可经内源表达，即由基因组DNA表达，或者可经重组表达。抗原和/或表位可对某些组织诸如癌细胞具有特异性，或者可以广泛表达。另外，较大分子的片段可充当抗原。在一个实施方案中，抗原是肿瘤抗原。表位可在较长多肽中(例如，蛋白中)存在，或表位可作为较长多肽的片段而存在。在一些实施方案中，表位与主要组织相容性复合物(MHC)复合(本文也称为与HLA分子，例如，HLA 1类分子复合)。
如本文所用，“酪氨酸酶”或“TYR”(UniProtKB-P14679)是指在形成色素诸如黑色素和其他多酚化合物中起作用的含铜氧化酶。酪氨酸酶在导致从酪氨酸产生黑色素的反应级联中催化初始和限速步骤。除了将酪氨酸羟基化为DOPA(3,4-二羟基苯丙氨酸)之外，酪氨酸酶还催化DOPA向DOPA-醌的氧化，并且可能催化DHI(5,6-二羟基吲哚)向吲哚-5,6醌的氧化。酪氨酸酶在视网膜、皮肤、心脏、主动脉、口和人体中的各种其他器官中表达。典型酪氨酸酶氨基酸序列(SEQ ID NO:89)在表1中示出。
如本文所用，“黑素瘤相关抗原1”或“MAGE-A1”(UniProtKB-P43355)是指在许多癌症类型中表达的肿瘤抗原，包括黑素瘤、头或颈部鳞状细胞癌、肺癌和乳腺癌。MAGE-A1不在除了睾丸以外的正常组织中表达。MAGE-A1被认为通过与SNW1相互作用和募集组蛋白去乙酰酶HDAC1而参与转录调控。MAGE-A1被认为还抑制notch胞内域(NICD)转录激活(transactivation)并且可能在胚胎发育和肿瘤转化或肿瘤进展的方面中发挥作用。MAGE-A1氨基酸序列(SEQ ID NO:90)在表1中示出。
如本文所用，“MART1”、“MART-1”或“由T细胞识别的黑素瘤抗原1”(UniProtKB-Q16655)是指通过确保GPR143的稳定性而参与黑素体生物发生(melanosome biogenesis)的抗原。MART1在黑素细胞蛋白PMEL的表达、稳定性、运输和加工中起重要作用，所述黑素细胞蛋白PMEL对于形成II级黑素体而言是关键的。MART1在黑素瘤细胞、黑素细胞和视网膜中表达。MART1氨基酸序列(SEQ ID NO:91)在表1中示出。
如本文所用，“MAGE-A3”或“黑素瘤相关抗原3”(UniProtKB-P43357)是指被认为可增强含有RING型锌指的E3泛素-蛋白连接酶的泛素连接酶活性的抗原。MAGE-A3还可用于增强TRIM28的泛素连接酶活性并且通过TRIM28刺激p53/TP53泛素化。MAGE-A3还被认为通过募集和/或稳定化E3:底物复合物处的Ubl-缀合酶(E2)来起作用。MAGE-A3还可在胚胎发育和肿瘤转化或肿瘤进展的方面中发挥作用。MAGE-A3的体外表达促进黑素瘤细胞系中的细胞生存力。MAGE-A3在许多癌症类型中表达，包括黑素瘤、头或颈部鳞状细胞癌、肺癌和乳腺癌。MAGE-A3不在除了睾丸和胎盘以外的正常组织中表达。MAGE-A3氨基酸序列(SEQ ID NO:92)在表1中示出。
如本文所用，“SSX2”或“蛋白SSX2”(UniProtKB-Q16385)是在横纹肌肉瘤和纤维肉瘤细胞系中表达的抗原。SSX2还在睾丸中以高水平表达并在甲状腺中以低水平表达。SSX2的功能尚不清楚，但是推测SSX2可充当转录的调节因子。SSX2氨基酸序列(SEQ ID NO:93)在表1中示出。
表1.靶蛋白氨基酸序列
Figure BDA0003318601970000371
Figure BDA0003318601970000381
如本文所用，术语(HLA)是指人白细胞抗原。HLA基因编码人类的主要组织相容性复合物(MHC)蛋白。MHC蛋白在细胞的表面上表达，并且参与免疫反应的激活。HLA I类基因编码MHC I类分子，所述分子以与自身或非自身蛋白的肽片段(抗原)复合的方式在细胞的表面上表达。表达TCR和CD3的T细胞识别抗原:MHC I类复合物并启始靶向于且破坏展示非自身蛋白的抗原呈递细胞的免疫反应。
如本文所用，(HLA I类分子)或(HLA I类分子)是指编码MHC I类分子的野生型或变体HLA I类基因的蛋白产物。因此，(HLA I类分子)和(MHC I类分子)在本文中可互换使用。
MHC I类分子包含两条蛋白链：α链和β2-微球蛋白(β2m)链。人β2m由B2M基因编码。β2m的氨基酸序列在SEQ ID NO:56中阐明(表2)。MHC I类分子的α链由HLA基因复合物编码。HLA复合物定位在人6号染色体的短臂的6p21.3区内并含有多于220种不同功能的基因。HLA基因是高度变化的，具有超过20,000个HLA等位基因和相关等位基因，包括本领域已知的超过15,000种HLA I类等位基因，其编码数千种HLA蛋白，包括超过10,000种HLA I类蛋白(参见，例如，hla.alleles.org，在2019年2月27日最后一次访问)。在HLA复合物中有至少三种编码MHC I类α链蛋白的基因：HLA-A、HLA-B和HLA-C。另外，HLA-E、HLA-F和HLA-G编码与MHCI类分子相关的蛋白。
表2.人β2m的氨基酸序列
Figure BDA0003318601970000391
术语“自体”是指来源于同一个体的任何材料，之后将所述材料重新引入所述个体中。例如，自体T细胞疗法包括向受试者施用从同一受试者分离而来的T细胞。术语“同种异体”是指来源于一个个体的任何材料，然后将所述材料引入同一物种的另一个个体。例如，同种异体T细胞移植包括向受试者施用获自除了所述受试者以外的供体的T细胞。
“癌症”是指一组涵盖较广的以体内异常细胞的不受控制的生长为特征的各种疾病。不受调控的细胞分裂和生长导致侵入邻近组织的恶性肿瘤的形成，并且还可能通过淋巴系统或血流转移至身体的远端部位。“癌症”或“癌症组织”可包括肿瘤。可通过本发明的方法治疗的癌症的实例包括但不限于免疫系统的癌症，包括淋巴瘤、白血病和其他白细胞恶性肿瘤。在一些实施方案中，本发明的方法可用于减少来源于例如以下的肿瘤的肿瘤大小：骨癌、肾癌、前列腺癌、乳腺癌、结肠癌、肺癌、皮肤或眼内恶性黑素瘤、胰腺癌、皮肤癌、头或颈部癌、皮肤或眼内恶性黑素瘤、子宫癌、卵巢癌、直肠癌、肛门区癌、胃癌、睾丸癌、子宫癌、输卵管癌、子宫内膜癌、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、霍奇金氏病、非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBC)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、转化型滤泡性淋巴瘤、脾边缘区淋巴瘤(SMZL)、食道癌、小肠癌、内分泌系统癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、慢性或急性白血病、急性髓系白血病(AML)、慢性髓系白血病、急性淋巴母细胞性白血病(ALL)(包括非T细胞ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、儿童时期的实体瘤、淋巴细胞性淋巴瘤、膀胱癌、肾或输尿管癌、肾盂癌、中枢神经系统(CNS)肿瘤、原发性CNS淋巴瘤、肿瘤血管生成、脊柱轴肿瘤、脑干神经胶质瘤、垂体腺瘤、卡波西氏肉瘤、表皮样癌、鳞状细胞癌、T细胞淋巴瘤、环境诱导的癌症包括由石棉诱导的癌症、其他B细胞恶性肿瘤和所述癌症的组合。特定的癌症可对化学疗法或放射疗法有反应，或者癌症可以是难治性癌症。难治性癌症是指不受手术干预影响的癌症，并且癌症最初对化学疗法或放射疗法无反应或随着时间的推移癌症变得无反应。
如本文所用，“抗肿瘤作用”是指可表达为肿瘤体积减小、肿瘤细胞数量减少、肿瘤细胞增殖减少、转移瘤数量减少、总体或无进展生存期增加、预期寿命增加或与肿瘤相关的各种生理症状改善的生物学作用。抗肿瘤作用还可指防止肿瘤发生，例如疫苗。
如本文所用，术语“无进展生存期”可缩写为PFS，是指从治疗日期至根据IWG修订的恶性淋巴瘤疗效评价标准(revised IWG Response Criteria for MalignantLymphoma)的疾病进展或任何原因导致的死亡的日期的时间。
如本文所用，“疾病进展”或“进行性疾病”可缩写为PD，是指与特定疾病相关的一个或多个症状的恶化。例如，罹患癌症的受试者的疾病进展可包括一个或多个恶性病灶的数目或大小的增加、肿瘤转移和死亡。
如本文所用，“反应的持续时间”可缩写为DOR，是指受试者的首次客观反应至根据IWG修订的恶性淋巴瘤疗效评价标准的经证实的疾病进展或死亡的日期之间的时段。
术语“总生存期”可缩写为OS，定义为治疗日期至死亡日期的时间。
如本文所用，“细胞因子”是指由一种细胞响应于与特定抗原的接触所释放的非抗体蛋白，其中细胞因子与第二细胞相互作用以介导第二细胞中的反应。细胞因子可由细胞内源性表达或向受试者施用。细胞因子可由免疫细胞，包括巨噬细胞、B细胞、T细胞和肥大细胞释放以传播免疫反应。细胞因子可在受体细胞中诱导各种反应。细胞因子可包括稳态细胞因子、趋化因子、促炎细胞因子、效应子和急性期蛋白。例如，稳态细胞因子(包括白细胞介素(IL)7和IL-15)促进免疫细胞存活和增殖，并且促炎细胞因子可促进炎性反应。稳态细胞因子的实例包括但不限于IL-2、IL-4、IL-5、IL-7、IL-10、IL-12p40、IL-12p70、IL-15和干扰素(IFN)γ。促炎性细胞因子的实例包括但不限于IL-1a、IL-1b、IL-6、IL-13、IL-17a、肿瘤坏死因子(TNF)-α、TNF-β、纤维母细胞生长因子(FGF)2、颗粒性白细胞巨噬细胞群落刺激因子(GM-CSF)、可溶性细胞间黏附分子1(sICAM-1)、可溶性血管黏附分子1(sVCAM-1)、血管内皮生长因子(VEGF)、VEGF-C、VEGF-D和胎盘生长因子(PLGF)。效应子的实例包括但不限于颗粒酶A、颗粒酶B、可溶性Fas配体(sFasL)和穿孔素。急性期蛋白的实例包括但不限于C-反应蛋白(CRP)和血清淀粉样蛋白A(SAA)。
“趋化因子”是介导细胞趋化性或定向运动的一类细胞因子。趋化因子的实例包括但不限于IL-8、IL-16、嗜酸细胞趋化因子、嗜酸细胞趋化因子-3、巨噬细胞源趋化因子(MDC或CCL22)、单核细胞趋化蛋白1(MCP-1或CCL2)、MCP-4、巨噬细胞炎性蛋白1α(MIP-1α、MIP-1a)、MIP-1β(MIP-1b)、γ诱导蛋白10(IP-10)以及胸腺和活化调控趋化因子(TARC或CCL17)。
本发明的分析物和细胞因子的其他实例包括但不限于趋化因子(C-C基序)配体(CCL)1、CCL5、单核细胞特异性趋化因子3(MCP3或CCL7)、单核细胞趋化蛋白2(MCP-2或CCL8)、CCL13、IL-1、IL-3、IL-9、IL-11、IL-12、IL-14、IL-17、IL-20、IL-21、粒细胞群落刺激因子(G-CSF)、白血病抑制因子(LIF)、抑癌蛋白M(OSM)、CD154、淋巴毒素(LT)β、4-1BB配体(4-1BBL)、增殖诱导配体(APRIL)、CD70、CD153、CD178、糖皮质激素诱导TNFR-相关配体(GITRL)、肿瘤坏死因子超家族成员14(TNFSF14)、OX40L、TNF和ApoL相关白细胞表达配体1(TALL-1)或TNF相关细胞凋亡诱导配体(TRAIL)。
药物或治疗剂的“治疗有效量”、“有效剂量”、“有效量”或“治疗有效剂量”是当单独使用或与另一种治疗剂组合使用时，保护受试者免于疾病发作或促进疾病消退的药物的任何量，通过疾病症状的严重程度的减轻、无疾病症状期的频率和持续时间的增加或预防疾病所致的损伤或失能来证明。治疗剂促进疾病消退的能力可使用技术人员已知的多种方法，诸如在临床试验过程中的人受试者中、在预测人体中的功效的动物模型系统中或通过在体外测定中测定剂的活性来评价。
如本文所用，术语“淋巴细胞”包括自然杀伤(NK)细胞、T细胞或B细胞。NK细胞是一类细胞毒性(细胞中毒)淋巴细胞，其代表了固有免疫系统的主要组分。NK细胞排斥肿瘤和病毒感染的细胞。它通过细胞凋亡或程序性细胞死亡的过程起作用。它们被称为“自然杀手”，因为它们不需要激活来杀死细胞。T细胞在细胞介导的免疫(没有抗体参与)中发挥主要作用。T细胞受体(TCR)将T细胞与其他淋巴细胞类型区分。胸腺是免疫系统的专门器官，主要负责T细胞的成熟。有六种类型的T细胞，即：辅助性T细胞(例如，CD4+细胞)、细胞毒性T细胞(也称为TC、细胞毒性T淋巴细胞、CTL、T杀伤细胞、细胞溶解性T细胞、CD8+T细胞或杀伤T细胞)、记忆T细胞((i)干记忆TSCM细胞(如原初细胞)是CD45RO-、CCR7+、CD45RA+、CD62L+(L-选择蛋白)、CD27+、CD28+和IL-7Rα+，但它们还表达大量的CD95、IL-2Rβ、CXCR3和LFA-1，并且显示出许多与记忆细胞不同的功能属性)；(ii)中央记忆TCM细胞表达L-选择蛋白和CCR7，它们分泌IL-2但不分泌IFNγ或IL-4，然而(iii)效应记忆TEM细胞不表达L-选择蛋白或CCR7，但产生效应细胞因子如IFNγ和IL-4)、调节性T细胞(Treg、抑制性T细胞或CD4+CD25+调节性T细胞)、自然杀伤T细胞(NKT)和γδT细胞。另一方面，B细胞在体液免疫(抗体参与)中发挥主要作用。B细胞制造抗体和抗原，并发挥抗原呈递细胞(APC)的作用，并在通过抗原相互作用的激活后变成记忆B细胞。在哺乳动物中，未成熟的B细胞在骨髓中形成，其名称来源于骨髓。
术语“基因工程化”或“工程化”是指修饰细胞的基因组的方法，包括但不限于使编码或非编码区或其一部分缺失或插入编码区或其一部分。在一些实施方案中，经修饰的细胞是淋巴细胞，例如，表达CD3的T细胞或经修饰的细胞，其可获自患者或供体。细胞可经修饰以表达外源性构建体，诸如例如，本文所公开的T细胞受体(TCR)，其掺入细胞的基因组中。在一些实施方案中，细胞经修饰以表达CD3。
“免疫反应”是指免疫系统的细胞(例如，T淋巴细胞、B淋巴细胞、自然杀伤(NK)细胞、巨噬细胞、嗜酸性粒细胞、肥大细胞、树突状细胞和中性粒细胞)以和由这些细胞中的任何一个或肝产生的可溶性大分子(包括Ab、细胞因子和补体)的作用，所述作用导致对于以下各者的选择性靶向、结合、损伤、破坏和/或从脊椎动物体内消除：入侵的病原体、感染病原体的细胞或组织、癌性细胞或其他异常细胞或者在自体免疫或病理性炎症的情况下，正常人细胞或组织。
术语“免疫疗法”是指通过包含诱导、增强、抑制或以其他方式修饰免疫反应的方法来治疗罹患疾病或有感染疾病或遭受疾病复发的风险的受试者。免疫疗法的实例包括但不限于T细胞疗法。T细胞疗法可以包括过继性T细胞疗法、肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)免疫疗法、自体细胞疗法、工程化自体细胞疗法(eACT)和同种异体T细胞移植。
用于本文所述的免疫疗法的细胞可来自本领域已知的任何来源。例如，T细胞可在体外从造血干细胞群分化，或T细胞可获自受试者。T细胞可获自例如外周血单核细胞、骨髓、淋巴结组织、脐带血、胸腺组织、来自感染部位的组织、腹水、胸膜渗出液、脾组织和肿瘤。另外，T细胞可来源于本领域可用的一种或多种T细胞系。还可使用本领域技术人员已知的许多技术，诸如FICOLLTM分离和/或血液分离，从收集自受试者的血液单位获得T细胞。美国专利公布号2013/0287748中公开了分离T细胞用于T细胞疗法的另外的方法，其以引用方式整体并入本文。免疫疗法还可包括向受试者施用经修饰的细胞，其中经修饰的细胞表达CD3和本文所公开的TCR。在一些实施方案中，经修饰的细胞不是T细胞。
如本文所用，“患者”包括罹患癌症(例如，淋巴瘤或白血病)的任何人。术语“受试者”和“患者”在本文中可互换使用。
术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用并且指包含由肽键共价连接的氨基酸残基的化合物。蛋白质或肽必须含有至少两个氨基酸，并且对可包含蛋白质或肽序列的氨基酸的最大数目没有限制。多肽包括包含通过肽键彼此连接的两个或更多个氨基酸的任何肽或蛋白质。如本文所用，所述术语是指短链(其在本领域中还通常称为例如肽、寡肽和寡聚物)以及较长链(其在本领域通常称为蛋白质，蛋白质存在许多类型)。“多肽”包括例如生物活性片段、大致上同源的多肽、寡肽、同二聚体、异二聚体、多肽变体、经修饰的多肽、衍生物、类似物、融合蛋白等。多肽包括天然肽、重组肽、合成肽或它们的组合。
如本文所用，“刺激”是指由刺激性分子与其同源配体结合所诱导的初级反应，其中所述结合介导信号转导事件。“刺激性分子”是T细胞上的分子，例如T细胞受体(TCR)/CD3复合物，其与在抗原呈递细胞上存在的同源刺激性配体特异性结合。“刺激性配体”是当在抗原呈递细胞(例如，aAPC、树突状细胞、B细胞和其类似者)上存在时可与T细胞上的刺激分子特异性结合从而介导T细胞的初级反应的配体，包括但不限于激活、免疫反应的启动、增殖等。刺激性配体包括但不限于负载有肽、抗CD3抗体、超激动剂抗CD28抗体和超激动剂抗CD2抗体的MHC I类分子。
术语“调节”和“预调节”在本文中可互换使用并且指示使需要T细胞疗法的患者准备好合适的状态。如本文所用，调节包括但不限于在T细胞疗法之前，减少内源性淋巴细胞的数目、移除细胞因子汇集部(cytokine sink)、增加一种或多种稳态细胞因子或促炎因子的血清水平、增强调节之后施用的T细胞的效应功能、增强抗原呈递细胞激活和/或可利用性或它们的任何组合。在一个实施方案中，“调节”包含增加一种或多种细胞因子的血清水平，例如白细胞介素7(IL-7)、白细胞介素15(IL-15)、白细胞介素10(IL-10)、白细胞介素5(IL-5)、γ诱导的蛋白10(IP-10)、白细胞介素8(IL-8)、单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)、胎盘生长因子(PLGF)、C-反应蛋白(CRP)、可溶性细胞间黏附分子1(sICAM-1)、可溶性血管黏附分子1(sVCAM-1)或它们的任何组合。在另一个实施方案中，“调节”包括增加IL-7、IL-15、IP-10、MCP-1、PLGF、CRP或它们的任何组合的血清水平。
受试者的“治疗(Treatment)”或“治疗(treating)”是指对于受试者进行的任何类型的干预或过程或向受试者施用活性剂，目的是逆转、减轻、改善、抑制、减缓或预防症状、并发症或病症的发作、进展、发展、严重程度或复发，或与疾病相关的生化指标。在一个实施方案中，“治疗”包括部分缓解。在另一个实施方案中，“治疗”包括完全缓解。
使用替代物(例如“或”)应理解为意指替代物中的一个、两个或它们的任何组合。如本文所用，不定冠词“一个(种)”应理解为指任何所陈述或列举组分中的“一个或多个(种)”。
术语“约”或“基本上包含”是指在由本领域普通技术人员确定的特定值或组合物的可接受误差范围内的值或组合物，其将部分地取决于如何测量或确定所述值或组合物，即测量系统的限制。例如，“约”或“基本上包含”可意指根据本领域中的实践在1个或多于1个标准偏差内。或者，“约”或“基本上包含”可意指至多10％(即，±10％)的范围。例如，约3mg可包括2.7mg与3.3mg之间(对于10％)的任何数。此外，特别是在生物系统或过程的情况下，所述术语可意指高达一个数量级或高达值的5倍。当在本申请和权利要求中提供特定值或组合物时，除非另有说明，否则“约”或“基本上包含”的含义应假定为在所述特定值或组合物的可接受的误差范围内。
除非另外指示，否则如本文所述的任何浓度范围、百分比范围、比率范围或整数范围均应理解为包括在所陈述的范围内的任何整数的值，并且当适当时包括其分数(诸如整数的十分之一和一百分之一)。
本发明的多个方面更详细地描述于以下各小节中。
II.本公开的组合物
本公开涉及特异性结合至选自由酪氨酸酶、MAGE-A1、MART1、MAGE-A3和SSX2组成的组的靶人蛋白上的表位的T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分、编码其的核酸分子和包含TCR或核酸分子的细胞。本公开的一些方面涉及治疗有需要的受试者的癌症的方法，其包括向受试者施用包含本文所述的TCR的细胞。本公开的其他方面涉及TCR所结合的酪氨酸酶、MAGE-A1、MART1、MAGE-A3或SSX2的表位和与包含酪氨酸酶、MAGE-A1、MART1、MAGE-A3或SSX2的表位的肽复合的HLA I类分子。
T细胞受体或TCR是存在于T细胞或T淋巴细胞的表面上的分子，其负责识别作为与主要组织相容性复合物(MHC)分子结合的肽的抗原的片段。TCR与抗原肽之间的结合具有相对较低的亲和力并且是简并的：即，许多TCR识别同一个抗原肽并且许多抗原肽由同一个TCR识别。
TCR由两个不同蛋白链组成(即，其是异二聚体)。在人类中，在95％的T细胞中，TCR由阿尔法(α)链和贝他(β)链组成(分别由TRA和TRB编码)，而在5％的T细胞中，TCR由伽玛和德尔塔(γ/δ)链组成(分别由TRG和TRD编码)。这个比率在个体发育期间和在患病状态(诸如白血病)中变化。它在各物种之间也不同。已在多个物种中定位了4个基因座的同源基因(Orthologue)。每个基因座可产生各种具有恒定区和可变区的多肽。
当TCR与抗原性肽和MHC(肽/MHC)接合时，T淋巴细胞通过信号转导被激活，即，由相关酶、共同受体、特化衔接子分子和激活或释放的转录因子所介导的一系列生化事件。
II.A.核酸分子
本公开的某些方面涉及核酸分子，其包含(i)第一核苷酸序列，所述第一核苷酸序列编码特异性结合选自由酪氨酸酶、MAGE-A1、MART1、MAGE-A3和SSX2组成的组的靶人蛋白的重组TCR或其抗原结合部分；和(ii)第二核苷酸序列，其中第二核苷酸序列或由第二核苷酸序列编码的多肽抑制内源性TCR的表达。在一些实施方案中，第二核苷酸序列是非天然存在的序列。在其他实施方案中，第二核苷酸序列是合成核苷酸序列。在其他实施方案中，第二核苷酸序列包含靶向编码内源性TCR的核苷酸序列的序列。在一些实施方案中，表位特异性TCR与参考TCR交叉竞争结合至靶人蛋白。在一些实施方案中，所述TCR与参考TCR结合靶人蛋白的相同表位或重叠表位。
在一些实施方案中，参考TCR包含α链和β链；其中α链包含互补决定区1(CDR1)、CDR2和CDR3；其中β链包含CDR1、CDR2和CDR3；并且其中参考TCR包含选自在SEQ ID NO:7、17、27、37和47中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3氨基酸序列；和选自在SEQ ID NO:10、20、30、40和50中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3氨基酸序列。在一些实施方案中，α链CDR3包含SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列，并且β链CDR3包含SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，α链CDR3包含SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列，并且β链CDR3包含SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，α链CDR3包含SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列，并且β链CDR3包含SEQ ID NO:30中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，α链CDR3包含SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列，并且β链CDR3包含SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，α链CDR3包含SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列，并且β链CDR3包含SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，参考TCR包含在选自在SEQ ID NO:1、11、21、31和41中所陈述的氨基酸序列的氨基酸序列中存在的α链CDR1、CDR2和CDR3序列，并且参考TCR包含在选自在SEQ ID NO:2、12、22、32和42中所陈述的氨基酸序列的氨基酸序列中存在的β链CDR1、CDR2和CDR3序列。在一些实施方案中，参考TCR包含α链和β链，其中α链包含如SEQ ID NO:1、11、21、31或41中所陈述的氨基酸序列；并且β链包含如SEQ ID NO:2、12、22、32或42中所陈述的氨基酸序列。
表3A.酪氨酸酶α链和β链TCR序列
Figure BDA0003318601970000481
Figure BDA0003318601970000491
表3B.MAGE-A1α链和β链TCR序列
Figure BDA0003318601970000501
Figure BDA0003318601970000511
表3C.MART1α链和β链TCR序列
Figure BDA0003318601970000512
Figure BDA0003318601970000521
Figure BDA0003318601970000531
表3D.MAGE-A3α链和β链TCR序列
Figure BDA0003318601970000532
Figure BDA0003318601970000541
表3E.SSX2α链和β链TCR序列
Figure BDA0003318601970000542
Figure BDA0003318601970000551
Figure BDA0003318601970000561
II.A.1.表位特异性TCR
本公开的某些方面涉及一种表位特异性TCR。在一些实施方案中，表位特异性TCR由本文所述第一核苷酸序列编码。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的表位特异性TCR特异性结合选自由酪氨酸酶、MAGE-A1、MART1、MAGE-A3和SSX2组成的组的靶人蛋白的表位。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的表位特异性TCR包含α链和β链，其中α链包含有包含α链CDR1、α链CDR2和α链CDR3的可变结构域；并且其中β链包含有包含β链CDR1、β链CDR2和β链CDR3的可变结构域。
II.A.1.a.抗酪氨酸酶TCR
在一些实施方案中，表位特异性TCR，例如，由第一核苷酸序列编码的表位特异性TCR特异性结合人酪氨酸酶上的表位(“抗酪氨酸酶TCR”)，并且抗酪氨酸酶TCR包含有包含如SEQ ID NO:7(CLVGDVEGSQGNLIF)中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，抗酪氨酸酶TCR包含有包含如SEQ ID NO:10(CASSHHSGGIYNEQFF)中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含α链CDR1，其中抗酪氨酸酶TCR的α链CDR1包含如SEQ ID NO:5(NIATNDY)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，抗酪氨酸酶TCR，例如，由第一核苷酸序列编码的表位特异性TCR包含β链CDR1，其中抗酪氨酸酶TCR的β链CDR1包含如SEQ ID NO:8(MNHEY)中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含α链CDR2，其中抗酪氨酸酶TCR的α链CDR2包含如SEQ ID NO:6(GYKTK)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含β链CDR2，其中抗酪氨酸酶TCR的β链CDR2包含如SEQ ID NO:9(SVGAGI)中所陈述的氨基酸序列。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含：包含SEQID NO:5中所陈述的氨基酸序列的α链CDR1；包含SEQ ID NO:6中所陈述的氨基酸序列的α链CDR2；包含SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3；包含SEQ ID NO:8中所陈述的氨基酸序列的β链CDR1；包含SEQ ID NO:9中所陈述的氨基酸序列的β链CDR2；以及包含SEQ IDNO:10中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在一些实施方案中，表位特异性TCR例如抗酪氨酸酶TCR的α链和/或β链中的非CDR区经进一步修饰，例如一个氨基酸、两个氨基酸、三个氨基酸、四个氨基酸、五个氨基酸或六个氨基酸的取代或突变，由此α链和/或β链并非天然存在的。在一些实施方案中，取代或突变可以各种方式改善本文所述的TCR，例如结合亲和力、结合特异性、稳定性、黏性或它们的任何组合。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ IDNO:1中所陈述的α链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链可变结构域。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ ID NO:1中所陈述的α链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的α链可变结构域，其中抗酪氨酸酶TCR包含有包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含在SEQ ID NO:1中所陈述的α链氨基酸序列中存在的α链可变结构域。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ IDNO:2中所陈述的β链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链可变结构域。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ ID NO:2中所陈述的β链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的β链可变结构域，其中抗酪氨酸酶TCR包含有包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含在SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列中存在的β链可变结构域。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR还包含α链恒定区、β链恒定区或α链恒定区和β链恒定区两者。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ ID NO:1中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ ID NO:1中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的α链恒定区，其中抗酪氨酸酶TCR包含有包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含存在于SEQ ID NO:1中所陈述的α链氨基酸序列中的α链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR还包含不同于α链的内源性例如天然存在的恒定区的α恒定区。在一些实施方案中，α链恒定区包含相对于SEQ ID NO:1中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区的氨基酸序列，包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ IDNO:2中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ ID NO:2中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的β链恒定区，其中抗酪氨酸酶TCR包含有包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含存在于SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列中存在的β链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR还包含不同于β链的内源性例如天然存在的恒定区的β恒定区。在一些实施方案中，β链恒定区包含相对于SEQ ID NO:2中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区的氨基酸序列，包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ IDNO:1中所陈述的α链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ ID NO:1中所陈述的α链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链，其中抗酪氨酸酶TCR包含有包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含有包含SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列的α链。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ IDNO:2中所陈述的β链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含与SEQ ID NO:2中所陈述的β链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链，其中抗酪氨酸酶TCR包含有包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含有包含SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列的β链。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含α链恒定区、β链恒定区或两者；其中α链恒定区、β链恒定区或两者包含相对于内源性TCR的对应氨基酸序列在靶序列内具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个取代的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR包含α链和β链，其中α链包含恒定区，并且其中β链包含恒定区；其中(i)α链恒定区包含相对于包含SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列的α链恒定区，具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；并且(ii)β链恒定区包含相对于包含SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列的β链恒定区，具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗酪氨酸酶TCR与参考TCR交叉竞争结合至人酪氨酸酶。在一些实施方案中，抗酪氨酸酶TCR与参考TCR结合人酪氨酸酶的相同表位或重叠表位。在一些实施方案中，参考TCR包含α链和β链，并且参考TCR的α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，参考TCR的β链包含如SEQ IDNO:2中所陈述的氨基酸序列。
II.A.1.b.抗MAGE-A1 TCR
在一些实施方案中，表位特异性TCR例如由第一核苷酸序列编码的表位特异性TCR特异性结合人MAGE-A1上的表位(“抗MAGE-A1 TCR”)，并且抗MAGE-A1 TCR包含有包含如SEQID NO:17(CALSESYSGAGSYQLTF)中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，抗MAGE-A1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:20(CASSLASGSNQPQHF)中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含α链CDR1，其中抗MAGE-A1 TCR的α链CDR1包含如SEQ ID NO:15(TRDTTYYL)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含β链CDR1，其中抗MAGE-A1 TCR的β链CDR1包含如SEQ ID NO:18(SEHNR)中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含α链CDR2，其中抗MAGE-A1 TCR的α链CDR2包含如SEQ ID NO:16(RNSFDEQN)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含β链CDR2，其中抗MAGE-A1 TCR的β链CDR2包含如SEQ ID NO:19(FQNEAQ)中所陈述的氨基酸序列。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含：包含SEQID NO:15中所陈述的氨基酸序列的α链CDR1；包含SEQ ID NO:16中所陈述的氨基酸序列的α链CDR2；包含SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3；包含SEQ ID NO:18中所陈述的氨基酸序列的β链CDR1；包含SEQ ID NO:19中所陈述的氨基酸序列的β链CDR2；和包含SEQID NO:20中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在一些实施方案中，表位特异性TCR例如抗MAGE-A1 TCR的α链和/或β链中的非CDR区经进一步修饰，例如一个氨基酸、两个氨基酸、三个氨基酸、四个氨基酸、五个氨基酸或六个氨基酸的取代或突变，由此α链和/或β链并非天然存在的。在一些实施方案中，取代或突变可以各种方式改善本文所述的TCR，例如结合亲和力、结合特异性、稳定性、黏性或它们的任何组合。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1TCR包含与SEQ IDNO:11中所陈述的α链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链可变结构域。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含与SEQ ID NO:11中所陈述的α链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的α链可变结构域，其中抗MAGE-A1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含在SEQ ID NO:11中所陈述的α链氨基酸序列中存在的α链可变结构域。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1TCR包含与SEQ IDNO:12中所陈述的β链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链可变结构域。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含与SEQ ID NO:12中所陈述的β链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的β链可变结构域，其中抗MAGE-A1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含在SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中存在的β链可变结构域。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1TCR还包含α链恒定区、β链恒定区或α链恒定区和β链恒定区两者。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含与SEQ ID NO:11中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1TCR包含与SEQ ID NO:11中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的α链恒定区，其中抗MAGE-A1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1TCR包含在SEQ ID NO:11中所陈述的α链氨基酸序列中存在的α链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR还包含不同于α链的内源性例如天然存在的恒定区的α恒定区。在一些实施方案中，α链恒定区包含相对于SEQ ID NO:11中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区的氨基酸序列，包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1TCR包含与SEQ IDNO:12中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含与SEQ ID NO:12中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的β链恒定区，其中抗MAGE-A1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含在SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中存在的β链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1TCR还包含不同于β链的内源性例如天然存在的恒定区的β恒定区。在一些实施方案中，β链恒定区包含相对于SEQ ID NO:12中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区的氨基酸序列，包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1TCR包含与SEQ IDNO:11中所陈述的α链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含与SEQ ID NO:11中所陈述的α链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链，其中抗MAGE-A1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含有包含SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列的α链。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1TCR包含与SEQ IDNO:12中所陈述的β链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含与SEQ ID NO:12中所陈述的β链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链，其中抗MAGE-A1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含有包含SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列的β链。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含α链恒定区、β链恒定区或两者；并且其中α链恒定区、β链恒定区或两者包含相对于内源性TCR的对应氨基酸序列在靶序列内具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个取代的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A1 TCR包含α链和β链，其中α链包含恒定区，并且其中β链包含恒定区；其中(i)α链恒定区包含相对于包含SEQ IDNO:11中所陈述的氨基酸序列的α链恒定区，具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；并且(ii)β链恒定区包含相对于包含SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列的β链恒定区，具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，抗MAGE-A1 TCR与参考TCR交叉竞争结合至人MAGE-A1。在一些实施方案中，抗MAGE-A1 TCR与参考TCR结合人MAGE-A1的相同表位或重叠表位。在一些实施方案中，参考TCR包含α链和β链，并且参考TCR的α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，参考TCR的β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列。
II.A.1.c.抗MART1 TCR
在一些实施方案中，表位特异性TCR例如由第一核苷酸序列编码的表位特异性TCR特异性结合人MART1上的表位(“抗MART1 TCR”)，并且抗MART1 TCR包含有包含如SEQ IDNO:27(CAVYGGATNKLIF)中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，抗MART1TCR包含有包含如SEQ ID NO:30(CASSPHAGGVDEKLFF)中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1TCR包含α链CDR1，其中抗MART1 TCR的α链CDR1包含如SEQ ID NO:25(TSGFNG)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含β链CDR1，其中抗MART1 TCR的β链CDR1包含如SEQ ID NO:28(KGHSH)中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含α链CDR2，其中抗MART1 TCR的α链CDR2包含如SEQ ID NO:26(NVLDGL)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含β链CDR2，其中抗MART1 TCR的β链CDR2包含如SEQ ID NO:29(LQKENI)中所陈述的氨基酸序列。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含：包含SEQ IDNO:25中所陈述的氨基酸序列的α链CDR1；包含SEQ ID NO:26中所陈述的氨基酸序列的α链CDR2；包含SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3；包含SEQ ID NO:28中所陈述的氨基酸序列的β链CDR1；包含SEQ ID NO:29中所陈述的氨基酸序列的β链CDR2；和包含SEQID NO:30中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在一些实施方案中，表位特异性TCR例如抗MART1 TCR的α链和/或β链中的非CDR区经进一步修饰，例如一个氨基酸、两个氨基酸、三个氨基酸、四个氨基酸、五个氨基酸或六个氨基酸的取代或突变，由此α链和/或β链并非天然存在的。在一些实施方案中，取代或突变可以各种方式改善本文所述的TCR，例如结合亲和力、结合特异性、稳定性、黏性或它们的任何组合。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQ IDNO:21中所陈述的α链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链可变结构域。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQID NO:21中所陈述的α链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的α链可变结构域，其中抗MART1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含存在于SEQ IDNO:21中所陈述的α链氨基酸序列中的α链可变结构域。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQ IDNO:22中所陈述的β链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链可变结构域。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQID NO:22中所陈述的β链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的β链可变结构域，其中抗MART1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:30中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含在SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中存在的β链可变结构域。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR还包含α链恒定区、β链恒定区或α链恒定区和β链恒定区两者。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQ ID NO:21中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQ ID NO:21中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的α链恒定区，其中抗MART1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含在SEQID NO:21中所陈述的α链氨基酸序列中存在的α链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR还包含不同于α链的内源性例如天然存在的恒定区的α恒定区。在一些实施方案中，α链恒定区包含相对于SEQ ID NO:21中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区的氨基酸序列，包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQ IDNO:22中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQ ID NO:22中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的β链恒定区，其中抗MART1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:30中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含在SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中存在的β链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR还包含不同于β链的内源性例如天然存在的恒定区的β恒定区。在一些实施方案中，β链恒定区包含相对于SEQ ID NO:22中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区的氨基酸序列，包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQ IDNO:21中所陈述的α链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQ ID NO:21中所陈述的α链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链，其中抗MART1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含有包含SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列的α链。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQ IDNO:22中所陈述的β链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含与SEQ ID NO:22中所陈述的β链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链，其中抗MART1 TCR包含有包含如SEQ ID NO:30中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含有包含SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列的β链。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含α链恒定区、β链恒定区或两者；并且其中α链恒定区、β链恒定区或两者包含相对于内源性TCR的对应氨基酸序列在靶序列内具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个取代的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR包含α链和β链，其中α链包含恒定区，并且其中β链包含恒定区；其中(i)α链恒定区包含相对于包含SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列的α链恒定区，具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；并且(ii)β链恒定区包含相对于包含SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列的β链恒定区，具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MART1 TCR与参考TCR交叉竞争结合至人MART1。在一些实施方案中，抗MART1 TCR与参考TCR结合人MART1的相同表位或重叠表位。在一些实施方案中，参考TCR包含α链和β链，并且参考TCR的α链包含如SEQ IDNO:21中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，参考TCR的β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列。
II.A.1.d.抗MAGE-A3 TCR
在一些实施方案中，表位特异性TCR例如由第一核苷酸序列编码的表位特异性TCR特异性结合人MAGE-A3上的表位(“抗MAGE-A3 TCR”)，并且抗MAGE-A3 TCR包含有包含如SEQID NO:37(CALEVRSSASKIIF)中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，抗MAGE-A3 TCR包含有包含如SEQ ID NO:40(CSANPRTTLYEQYF)中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含α链CDR1，其中抗MAGE-A3 TCR的α链CDR1包含如SEQ ID NO:35(TRDTTYY)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含β链CDR1，其中抗MAGE-A3 TCR的β链CDR1包含如SEQ ID NO:38(DFQATT)中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含α链CDR2，其中抗MAGE-A3 TCR的α链CDR2包含如SEQ ID NO:36(RNSFDEQN)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含β链CDR2，其中抗MAGE-A3 TCR的β链CDR2包含如SEQ ID NO:39(SNEGSKA)中所陈述的氨基酸序列。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含：包含SEQID NO:35中所陈述的氨基酸序列的α链CDR1；包含SEQ ID NO:36中所陈述的氨基酸序列的α链CDR2；包含SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3；包含SEQ ID NO:38中所陈述的氨基酸序列的β链CDR1；包含SEQ ID NO:39中所陈述的氨基酸序列的β链CDR2；和包含SEQID NO:40中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在一些实施方案中，表位特异性TCR例如抗MAGE-A3 TCR的α链和/或β链中的非CDR区经进一步修饰，例如一个氨基酸、两个氨基酸、三个氨基酸、四个氨基酸、五个氨基酸或六个氨基酸的取代或突变，由此α链和/或β链并非天然存在的。在一些实施方案中，取代或突变可以各种方式改善本文所述的TCR，例如结合亲和力、结合特异性、稳定性、黏性或它们的任何组合。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含与SEQ IDNO:31中所陈述的α链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链可变结构域。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含与SEQ ID NO:31中所陈述的α链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的α链可变结构域，其中抗MAGE-A3 TCR包含有包含如SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含在SEQ ID NO:31中所陈述的α链氨基酸序列中存在的α链可变结构域。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3TCR包含与SEQ IDNO:32中所陈述的β链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链可变结构域。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含与SEQ ID NO:32中所陈述的β链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的β链可变结构域，其中抗MAGE-A3 TCR包含有包含如SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含在SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中存在的β链可变结构域。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3TCR还包含α链恒定区、β链恒定区或α链恒定区和β链恒定区两者。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含与SEQ ID NO:31中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含与SEQ ID NO:31中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的α链恒定区，其中抗MAGE-A3 TCR包含有包含如SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3TCR包含在SEQ ID NO:31中所陈述的α链氨基酸序列中存在的α链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR还包含不同于α链的内源性例如天然存在的恒定区的α恒定区。在一些实施方案中，α链恒定区包含相对于SEQ ID NO:31中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区的氨基酸序列，包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含与SEQ IDNO:32中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含与SEQ ID NO:32中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的β链恒定区，其中抗MAGE-A3 TCR包含有包含如SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含在SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中存在的β链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3TCR还包含不同于β链的内源性例如天然存在的恒定区的β恒定区。在一些实施方案中，β链恒定区包含相对于SEQ ID NO:32中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区的氨基酸序列，包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含与SEQ IDNO:31中所陈述的α链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含与SEQ ID NO:31中所陈述的α链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链，其中抗MAGE-A3 TCR包含有包含如SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含有包含SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列的α链。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含与SEQ IDNO:32中所陈述的β链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含与SEQ ID NO:32中所陈述的β链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链，其中抗MAGE-A3 TCR包含有包含如SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含有包含SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列的β链。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含α链恒定区、β链恒定区或两者；并且其中α链恒定区、β链恒定区或两者包含相对于内源性TCR的对应氨基酸序列在靶序列内具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR包含α链和β链，其中α链包含恒定区，并且其中β链包含恒定区；其中(i)α链恒定区包含相对于包含SEQ IDNO:31中所陈述的氨基酸序列的α链恒定区，具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；并且(ii)β链恒定区包含相对于包含SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列的β链恒定区，具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗MAGE-A3 TCR与参考TCR交叉竞争结合至人MAGE-A3。在一些实施方案中，抗MAGE-A3 TCR与参考TCR结合人MAGE-A3的相同表位或重叠表位。在一些实施方案中，参考TCR包含α链和β链，并且参考TCR的α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，参考TCR的β链包含如SEQ IDNO:32中所陈述的氨基酸序列。
II.A.1.e.抗SSX2 TCR
在一些实施方案中，表位特异性TCR例如由第一核苷酸序列编码的表位特异性TCR特异性结合人SSX2上的表位(“抗SSX2 TCR”)，并且抗SSX2 TCR包含有包含如SEQ ID NO:47(CAVEPMEYGNKLVF)中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，抗SSX2 TCR包含有包含如SEQ ID NO:50(CASSALFSGANVLTF)中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含α链CDR1，其中抗SSX2 TCR的α链CDR1包含如SEQ ID NO:45(DSAIYN)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含β链CDR1，其中抗SSX2 TCR的β链CDR1包含如SEQ ID NO:48(LNHDA)中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含α链CDR2，其中抗SSX2 TCR的α链CDR2包含如SEQ ID NO:46(IQSSQRE)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含β链CDR2，其中抗SSX2 TCR的β链CDR2包含如SEQ ID NO:49(SQIVND)中所陈述的氨基酸序列。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含：包含SEQ IDNO:45中所陈述的氨基酸序列的α链CDR1；包含SEQ ID NO:46中所陈述的氨基酸序列的α链CDR2；包含SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3；包含SEQ ID NO:48中所陈述的氨基酸序列的β链CDR1；包含SEQ ID NO:49中所陈述的氨基酸序列的β链CDR2；以及包含SEQID NO:50中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在一些实施方案中，表位特异性TCR例如抗SSX2 TCR的α链和/或β链中的非CDR区经进一步修饰，例如一个氨基酸、两个氨基酸、三个氨基酸、四个氨基酸、五个氨基酸或六个氨基酸的取代或突变，由此α链和/或β链并非天然存在的。在一些实施方案中，取代或突变可以各种方式改善本文所述的TCR，例如结合亲和力、结合特异性、稳定性、黏性或它们的任何组合。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ ID NO:41中所陈述的α链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链可变结构域。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ IDNO:41中所陈述的α链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的α链可变结构域，其中抗SSX2 TCR包含有包含如SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含在SEQ ID NO:41中所陈述的α链氨基酸序列中存在的α链可变结构域。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ ID NO:42中所陈述的β链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链可变结构域。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ IDNO:42中所陈述的β链氨基酸序列的可变结构域具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的β链可变结构域，其中抗SSX2 TCR包含有包含如SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含在SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中存在的β链可变结构域。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR还包含α链恒定区、β链恒定区或α链恒定区和β链恒定区两者。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ ID NO:41中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ ID NO:41中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的α链恒定区，其中抗SSX2 TCR包含有包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2TCR包含存在于SEQ IDNO:41中所陈述的α链氨基酸序列中的α链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR还包含不同于α链的内源性例如天然存在的恒定区的α恒定区。在一些实施方案中，α链恒定区包含相对于SEQ ID NO:41中所陈述的α链氨基酸序列的恒定区的氨基酸序列，包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ ID NO:42中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ ID NO:42中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的β链恒定区，其中抗SSX2TCR包含有包含如SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含在SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中存在的β链恒定区。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR还包含不同于β链的内源性例如天然存在的恒定区的β恒定区。在一些实施方案中，β链恒定区包含相对于SEQ ID NO:42中所陈述的β链氨基酸序列的恒定区的氨基酸序列，包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ ID NO:41中所陈述的α链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ ID NO:41中所陈述的α链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的α链，其中抗SSX2 TCR包含有包含如SEQID NO:47中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含有包含SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列的α链。
在某些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ ID NO:42中所陈述的β链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含与SEQ ID NO:42中所陈述的β链氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或约100％序列同一性的β链，其中抗SSX2 TCR包含有包含如SEQID NO:50中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含有包含SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列的β链。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含α链恒定区、β链恒定区或两者；并且其中α链恒定区、β链恒定区或两者包含相对于内源性TCR的对应氨基酸序列在靶序列内具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个取代的氨基酸序列。在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR包含α链和β链，其中α链包含恒定区，并且其中β链包含恒定区；其中(i)α链恒定区包含相对于包含SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列的α链恒定区，具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；并且(ii)β链恒定区包含相对于包含SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列的β链恒定区，具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，例如由第一核苷酸序列编码的抗SSX2 TCR与参考TCR交叉竞争结合至人SSX2。在一些实施方案中，抗SSX2 TCR与参考TCR结合人SSX2的相同表位或重叠表位。在一些实施方案中，参考TCR包含α链和β链，并且参考TCR的α链包含如SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，参考TCR的β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
II.A.2第二核苷酸序列
本文公开的核酸分子的第二核苷酸序列可以是任何序列或可编码能够抑制内源性TCR的表达的任何多肽。在一些实施方案中，第二核苷酸序列是一个或多个siRNA。在一些实施方案中，一个或多个siRNA与编码内源性TCR的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补。在某些实施方案中，一个或多个siRNA与编码野生型人TCR的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补。在一些实施方案中，一个或多个siRNA与编码野生型TCR的α链的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补。在一些实施方案中，一个或多个siRNA与编码野生型TCR的β链的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补。在一些实施方案中，一个或多个siRNA包含(i)与编码野生型TCR的α链的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补的一个或多个siRNA和(ii)与编码野生型TCR的β链的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补的一个或多个siRNA。
在一些实施方案中，一个或多个siRNA包含选自由SEQ ID NO:57-60(表4)组成的组的核苷酸序列。在一些实施方案中，核酸分子的第二核苷酸序列编码一个或多个siRNA，其中一个或多个siRNA与编码野生型TCR的α链的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补，并且其中一个或多个siRNA包含SEQ ID NO:57和58中所陈述的核酸序列。
表4.siRNA序列
Figure BDA0003318601970000801
Figure BDA0003318601970000811
在一些实施方案中，核酸分子的第二核苷酸序列编码一个或多个siRNA，其中所述一个或多个siRNA与编码野生型TCR的β链的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补，并且其中所述一个或多个siRNA包含SEQ ID NO:59和60中所陈述的核酸序列。在一些实施方案中，核酸分子的第二核苷酸序列编码一个或多个siRNA，其中所述一个或多个siRNA包含(i)与编码野生型TCR的α链的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补的一个或多个siRNA，其中所述一个或多个siRNA包含SEQ ID NO:57和58中所陈述的核酸序列；和(ii)与编码野生型TCR的β链的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补的一个或多个siRNA，其中所述一个或多个siRNA包含SEQ ID NO:59和60中所陈述的核酸序列。
在一些实施方案中，核酸分子的第二核苷酸序列包含SEQ ID NO:57-60。在一些实施方案中，第二核苷酸序列包含SEQ ID NO:57-60，其中SEQ ID NO:57-60中的一个或多个由不编码siRNA的一个或多个核酸分离。在某些实施方案中，所述一个或多个siRNA选自在美国公布号2010/0273213A1中所公开的siRNA，其以引用的方式整体并入本文。
在一些实施方案中，核酸分子的第二核苷酸序列编码蛋白质，其中所述蛋白质能够抑制内源性例如野生型TCR的表达。在一些实施方案中，第二核苷酸序列编码Cas9。
II.A.3载体
本公开的某些方面涉及包含本文公开的核酸分子的载体。在一些实施方案中，载体是病毒载体。在一些实施方案中，载体是病毒颗粒或病毒。在一些实施方案中，载体是哺乳动物载体。在一些实施方案中，载体是细菌载体。
在某些实施方案中，载体是逆转录病毒载体。在一些实施方案中，载体选自由以下组成的组：腺病毒载体、慢病毒、仙台病毒(Sendai virus)、杆状病毒载体、爱泼斯坦巴尔病毒载体、乳多空病毒载体、牛痘病毒载体、单纯性疱疹病毒载体和腺相关病毒(AAV)载体。在特定实施方案中，载体是AAV载体。在一些实施方案中，载体是慢病毒。在特定实施方案中，载体是AAV载体。在一些实施方案中，载体是仙台病毒。在一些实施方案中，载体是杂合载体。可用于本公开中的杂合载体的实例可在Huang和Kamihira,Biotechnol.Adv.31(2):208-23(2103)中找到，其以引用的方式整体并入本文。
II.B.重组T细胞受体(TCR)
本公开的某些方面涉及特异性结合选自由酪氨酸酶、MAGE-A1、MART1、MAGE-A3和SSX2组成的组的靶人蛋白的重组T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分。在一些实施方案中，抗原特异性TCR由本文公开的核酸分子编码。
表位特异性TCR可选自(i)本文公开的任何表位特异性TCR，例如，以上章节IIA.1.a.至II.A.1.e.中公开的TCR，和(ii)与参考抗体交叉竞争结合至靶人蛋白的任何TCR，其中参考抗体选自本文公开的任何表位特异性TCR，例如，以上章节IIA.1.a.至II.A.1.e.中公开的TCR。
在某些实施方案中，表位特异性TCR是本文公开的抗酪氨酸酶TCR。在某些实施方案中，抗酪氨酸酶TCR包含：包含SEQ ID NO:5中所陈述的氨基酸序列的α链CDR1；包含SEQID NO:6中所陈述的氨基酸序列的α链CDR2；包含SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3；包含SEQ ID NO:8中所陈述的氨基酸序列的β链CDR1；包含SEQ ID NO:9中所陈述的氨基酸序列的β链CDR2；和包含SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在某些实施方案中，表位特异性TCR是本文公开的抗MAGE-A1TCR。在某些实施方案中，抗MAGE-A1 TCR包含：包含SEQ ID NO:15中所陈述的氨基酸序列的α链CDR1；包含SEQ IDNO:16中所陈述的氨基酸序列的α链CDR2；包含SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3；包含SEQ ID NO:18中所陈述的氨基酸序列的β链CDR1；包含SEQ ID NO:19中所陈述的氨基酸序列的β链CDR2；和包含SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在某些实施方案中，表位特异性TCR是本文公开的抗MART1TCR。在某些实施方案中，抗MART1 TCR包含：包含SEQ ID NO:25中所陈述的氨基酸序列的α链CDR1；包含SEQ IDNO:26中所陈述的氨基酸序列的α链CDR2；包含SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3；包含SEQ ID NO:28中所陈述的氨基酸序列的β链CDR1；包含SEQ ID NO:29中所陈述的氨基酸序列的β链CDR2；和包含SEQ ID NO:30中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在某些实施方案中，表位特异性TCR是本文公开的抗MAGE-A3TCR。在某些实施方案中，抗MAGE-A3 TCR包含：包含SEQ ID NO:35中所陈述的氨基酸序列的α链CDR1；包含SEQ IDNO:36中所陈述的氨基酸序列的α链CDR2；包含SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3；包含SEQ ID NO:38中所陈述的氨基酸序列的β链CDR1；包含SEQ ID NO:39中所陈述的氨基酸序列的β链CDR2；和包含SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
在某些实施方案中，表位特异性TCR是本文公开的抗SSX2TCR。在某些实施方案中，抗SSX2 TCR包含：包含SEQ ID NO:45中所陈述的氨基酸序列的α链CDR1；包含SEQ ID NO:46中所陈述的氨基酸序列的α链CDR2；包含SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列的α链CDR3；包含SEQ ID NO:48中所陈述的氨基酸序列的β链CDR1；包含SEQ ID NO:49中所陈述的氨基酸序列的β链CDR2；和包含SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列的β链CDR3。
II.B.3.双特异性T细胞受体(TCR)
本公开的某些方面涉及一种包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域的双特异性TCR，其中第一抗原结合结构域包含本文公开的TCR或其抗原结合部分。在一些实施方案中，双特异性TCR包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，其中第一抗原结合结构域包含本文公开的抗酪氨酸酶TCR或其抗原结合部分。在一些实施方案中，双特异性TCR包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，其中第一抗原结合结构域包含本文公开的抗MAGE-A1TCR或其抗原结合部分。在一些实施方案中，双特异性TCR包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，其中第一抗原结合结构域包含本文公开的抗MART1 TCR或其抗原结合部分。在一些实施方案中，双特异性TCR包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，其中第一抗原结合结构域包含本文公开的抗MAGE-A3 TCR或其抗原结合部分。在一些实施方案中，双特异性TCR包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，其中第一抗原结合结构域包含本文公开的抗SSX2 TCR或其抗原结合部分。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含单链可变片段(“scFv”)。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域特异性结合至在T细胞的表面上表达的蛋白。在T细胞的表面上表达的任何蛋白可由本文公开的双特异性抗体靶向。在某些实施方案中，在T细胞的表面上表达的蛋白不由其他细胞表达。在一些实施方案中，在T细胞的表面上表达的蛋白在一种或多种其他人免疫细胞的表面上表达。在一些实施方案中，在T细胞的表面上表达的蛋白在一种或多种其他人免疫细胞的表面上表达，但是其不在人非免疫细胞的表面上表达。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域特异性结合至在T细胞的表面上表达的蛋白，所述T细胞选自CD3、CD2、CD5、CD6、CD8、CD11a(LFA-1α)、CD43、CD45和CD53。在某些实施方案中，第二抗原结合结构域特异性结合至CD3。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域包含scFv。
在一些实施方案中，第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域通过共价键连接或结合。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域通过肽键连接。
II.C.表位
在一些实施方案中，抗原特异性TCR与参考TCR结合相同表位。在一些实施方案中，抗原特异性TCR特异性结合至人酪氨酸酶(“抗酪氨酸酶TCR”)，其中抗酪氨酸酶TCR结合至酪氨酸酶的表位，所述表位包含SEQ ID NO:51(FQDYIKSYL)中所陈述的氨基酸序列。
在一些实施方案中，抗酪氨酸酶TCR结合至酪氨酸酶的表位，所述表位由如SEQ IDNO:51中所陈述的氨基酸序列组成。在一些实施方案中，表位包含酪氨酸酶(SEQ ID NO:89)的氨基酸残基460-468，例如“酪氨酸酶460-468”。在一些实施方案中，表位由酪氨酸酶(SEQID NO:89)的氨基酸残基460-468组成，例如“酪氨酸酶460-468”。
在一些实施方案中，抗原特异性TCR特异性结合至人MAGE-A1(“抗MAGE-A1 TCR”)，其中抗MAGE-A1 TCR结合至MAGE-A1的表位，所述表位包含SEQ ID NO:52(RVRFFFPSL)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，抗MAGE-A1 TCR结合至MAGE-A1的表位，所述表位由如SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成。在一些实施方案中，表位包含MAGE-A1(SEQID NO:90)的氨基酸残基289-297，例如“MAGE-A1289-297”。在一些实施方案中，表位由MAGE-A1(SEQ ID NO:90)的氨基酸残基289-297组成，例如“MAGE-A1289-297”。
在一些实施方案中，抗原特异性TCR特异性结合至人MART1(“抗MART1 TCR”)，其中抗MART1 TCR结合至MART1的表位，所述表位包含SEQ ID NO:53(EEAAGIGIL)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，抗MART1 TCR结合至MART1的表位，所述表位由如SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成。在一些实施方案中，表位包含MART1(SEQ ID NO:91)的氨基酸残基25-33，例如“MART125-33”。在一些实施方案中，表位由MART1(SEQ ID NO:91)的氨基酸残基25-33组成，例如“MART125-33”。
在一些实施方案中，抗原特异性TCR特异性结合至人MAGE-A3(“抗MAGE-A3 TCR”)，其中抗MAGE-A3 TCR结合至MAGE-A3的表位，所述表位包含SEQ ID NO:54(MEVDPIGHLY)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，抗MAGE-A3 TCR结合至MAGE-A3的表位，所述表位由如SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成。在一些实施方案中，表位包含MAGE-A3(SEQID NO:92)的氨基酸残基167-176，例如“MAGE-A3167-176”。在一些实施方案中，表位由MAGE-A3(SEQ ID NO:92)的氨基酸残基167-176组成，例如“MAGE-A3167-176”。
在一些实施方案中，抗原特异性TCR特异性结合至人SSX2(“抗SSX2 TCR”)，其中抗SSX2 TCR结合至SSX2的表位，所述表位包含SEQ ID NO:55(KASEKIFYV)中所陈述的氨基酸序列。在一些实施方案中，抗SSX2 TCR结合至SSX2的表位，所述表位由如SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成。在一些实施方案中，表位包含SSX2(SEQ ID NO:93)的氨基酸残基41-49，例如“SSX241-49”。在一些实施方案中，表位由SSX2(SEQ ID NO:93)的氨基酸残基41-49组成，例如“SSX241-49”。
II.D.HLA I类分子
本公开的某些方面涉及一种包含HLA I类分子和本文公开的表位的复合物。HLA I类分子可以是本领域已知的任何HLA I类分子。在一些实施方案中，HLA I类分子选自HLA-A、HLA-B和HLA-C等位基因。在一些实施方案中，HLA I类分子选自HLA-E、HLA-F和HLA-G等位基因。在某些实施方案中，HLA I类分子是HLA-A等位基因。在某些实施方案中，HLA I类分子是HLA-B等位基因。在某些实施方案中，HLA I类分子是HLA-C等位基因。
许多HLA-A、HLA-B和HLA-C等位基因是本领域已知的，并且任何已知等位基因均可用于本公开。HLA等位基因的更新列表可在hla.alleles.org/处获得(在2019年2月27日最后一次访问)。
II.D.1.HLA-A等位基因及其复合物
本公开的某些方面涉及一种包含HLA I类分子和表位的复合物，其中HLA I类分子是HLA-A等位基因，并且其中表位是本文公开的SSX2表位。在某些实施方案中，SSX2表位包含SEQ ID NO:55、由其组成或基本上由其组成。
在一些实施方案中，HLA-A等位基因选自HLA-A*01、HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*11、HLA-A*23、HLA-A*24、HLA-A*25、HLA-A*26、HLA-A*29、HLA-A*30、HLA-A*31、HLA-A*32、HLA-A*33、HLA-A*34、HLA-A*36、HLA-A*43、HLA-A*66、HLA-A*68、HLA-A*69、HLA-A*74和HLA-A*80。在某些实施方案中，HLA-A等位基因是HLA-A*02等位基因。
在某些实施方案中，复合物包含HLA-A*02等位基因和本文公开的SSX2表位，例如，包含SEQ ID NO:55、由其组成或基本上由其组成的表位。在某些实施方案中，HLA-A等位基因是HLA-A*02:01等位基因。在特定实施方案中，复合物包含HLA-A*02:01等位基因和SSX2表位，所述表位包含SEQ ID NO:55、由其组成或基本上由其组成。
在某些实施方案中，HLA-A等位基因选自由以下组成的组：HLA-A*02:01:01:01、HLA-A*02:01:01:02L、HLA-A*02:01:01:03、HLA-A*02:01:01:04、HLA-A*02:01:01:05、HLA-A*02:01:01:06、HLA-A*02:01:01:07、HLA-A*02:01:01:08、HLA-A*02:01:01:09、HLA-A*02:01:01:10、HLA-A*02:01:01:11、HLA-A*02:01:01:12、HLA-A*02:01:01:13、HLA-A*02:01:01:14、HLA-A*02:01:01:15、HLA-A*02:01:01:16、HLA-A*02:01:01:17、HLA-A*02:01:01:18、HLA-A*02:01:01:19、HLA-A*02:01:01:20、HLA-A*02:01:01:21、HLA-A*02:01:01:22、HLA-A*02:01:01:23、HLA-A*02:01:01:24、HLA-A*02:01:01:25、HLA-A*02:01:01:26、HLA-A*02:01:01:27、HLA-A*02:01:01:28、HLA-A*02:01:01:29、HLA-A*02:01:01:30、HLA-A*02:01:01:31、HLA-A*02:01:01:32、HLA-A*02:01:01:33、HLA-A*02:01:01:34、HLA-A*02:01:01:35、HLA-A*02:01:01:36、HLA-A*02:01:01:37、HLA-A*02:01:01:38、HLA-A*02:01:01:39、HLA-A*02:01:01:40、HLA-A*02:01:01:41、HLA-A*02:01:01:42、HLA-A*02:01:01:43、HLA-A*02:01:01:44、HLA-A*02:01:01:45、HLA-A*02:01:01:46、HLA-A*02:01:01:47、HLA-A*02:01:01:48、HLA-A*02:01:01:49、HLA-A*02:01:01:50、HLA-A*02:01:01:51、HLA-A*02:01:01:52、HLA-A*02:01:01:53、HLA-A*02:01:01:54、HLA-A*02:01:01:55、HLA-A*02:01:02、HLA-A*02:01:03、HLA-A*02:01:04、HLA-A*02:01:05、HLA-A*02:01:06、HLA-A*02:01:07、HLA-A*02:01:08、HLA-A*02:01:09、HLA-A*02:01:10、HLA-A*02:01:100、HLA-A*02:01:101、HLA-A*02:01:102、HLA-A*02:01:103、HLA-A*02:01:104、HLA-A*02:01:105、HLA-A*02:01:106、HLA-A*02:01:107、HLA-A*02:01:108、HLA-A*02:01:109、HLA-A*02:01:11、HLA-A*02:01:110、HLA-A*02:01:111、HLA-A*02:01:112、HLA-A*02:01:113、HLA-A*02:01:114、HLA-A*02:01:115、HLA-A*02:01:116、HLA-A*02:01:117、HLA-A*02:01:118、HLA-A*02:01:119、HLA-A*02:01:12、HLA-A*02:01:120、HLA-A*02:01:121、HLA-A*02:01:122、HLA-A*02:01:123、HLA-A*02:01:124、HLA-A*02:01:125、HLA-A*02:01:126、HLA-A*02:01:127、HLA-A*02:01:128、HLA-A*02:01:129、HLA-A*02:01:13、HLA-A*02:01:130、HLA-A*02:01:131、HLA-A*02:01:132、HLA-A*02:01:133、HLA-A*02:01:134、HLA-A*02:01:135、HLA-A*02:01:136、HLA-A*02:01:137、HLA-A*02:01:138、HLA-A*02:01:139、HLA-A*02:01:140、HLA-A*02:01:141、HLA-A*02:01:142、HLA-A*02:01:143、HLA-A*02:01:144、HLA-A*02:01:145、HLA-A*02:01:146、HLA-A*02:01:147、HLA-A*02:01:148、HLA-A*02:01:149、HLA-A*02:01:14Q、HLA-A*02:01:15、HLA-A*02:01:150、HLA-A*02:01:151、HLA-A*02:01:152、HLA-A*02:01:153、HLA-A*02:01:154、HLA-A*02:01:155、HLA-A*02:01:156、HLA-A*02:01:157、HLA-A*02:01:158、HLA-A*02:01:159、HLA-A*02:01:160、HLA-A*02:01:161、HLA-A*02:01:17、HLA-A*02:01:18、HLA-A*02:01:19、HLA-A*02:01:21、HLA-A*02:01:22、HLA-A*02:01:23、HLA-A*02:01:24、HLA-A*02:01:25、HLA-A*02:01:26、HLA-A*02:01:27、HLA-A*02:01:28、HLA-A*02:01:29、HLA-A*02:01:30、HLA-A*02:01:31、HLA-A*02:01:32、HLA-A*02:01:33、HLA-A*02:01:34、HLA-A*02:01:35、HLA-A*02:01:36、HLA-A*02:01:37、HLA-A*02:01:38、HLA-A*02:01:39、HLA-A*02:01:40、HLA-A*02:01:41、HLA-A*02:01:42、HLA-A*02:01:43、HLA-A*02:01:44、HLA-A*02:01:45、HLA-A*02:01:46、HLA-A*02:01:47、HLA-A*02:01:48、HLA-A*02:01:49、HLA-A*02:01:50、HLA-A*02:01:51、HLA-A*02:01:52、HLA-A*02:01:53、HLA-A*02:01:54、HLA-A*02:01:55、HLA-A*02:01:56、HLA-A*02:01:57、HLA-A*02:01:58、HLA-A*02:01:59、HLA-A*02:01:60、HLA-A*02:01:61、HLA-A*02:01:62、HLA-A*02:01:63、HLA-A*02:01:64、HLA-A*02:01:65、HLA-A*02:01:66、HLA-A*02:01:67、HLA-A*02:01:68、HLA-A*02:01:69、HLA-A*02:01:70、HLA-A*02:01:71、HLA-A*02:01:72、HLA-A*02:01:73、HLA-A*02:01:74、HLA-A*02:01:75、HLA-A*02:01:76、HLA-A*02:01:77、HLA-A*02:01:78、HLA-A*02:01:79、HLA-A*02:01:80、HLA-A*02:01:81、HLA-A*02:01:83、HLA-A*02:01:84、HLA-A*02:01:85、HLA-A*02:01:86、HLA-A*02:01:87、HLA-A*02:01:88、HLA-A*02:01:89、HLA-A*02:01:90、HLA-A*02:01:91、HLA-A*02:01:92、HLA-A*02:01:93、HLA-A*02:01:94、HLA-A*02:01:95、HLA-A*02:01:96、HLA-A*02:01:97、HLA-A*02:01:98、HLA-A*02:01:99、HLA-A*02:02:01:01、HLA-A*02:02:01:02、HLA-A*02:02:01:03、HLA-A*02:02:01:04、HLA-A*02:02:02、HLA-A*02:02:03、HLA-A*02:02:04、HLA-A*02:03:01、HLA-A*02:03:02、HLA-A*02:03:03、HLA-A*02:03:04、HLA-A*02:03:05、HLA-A*02:03:06、HLA-A*02:03:07、HLA-A*02:03:08、HLA-A*02:04、HLA-A*02:05:01:01、HLA-A*02:05:01:02、HLA-A*02:05:02、HLA-A*02:05:03、HLA-A*02:05:04、HLA-A*02:05:05、HLA-A*02:05:06、HLA-A*02:05:07、HLA-A*02:05:08、HLA-A*02:05:09、HLA-A*02:06:01:01、HLA-A*02:06:01:02、HLA-A*02:06:01:03、HLA-A*02:06:01:04、HLA-A*02:06:01:05、HLA-A*02:06:01:06、HLA-A*02:06:02、HLA-A*02:06:03、HLA-A*02:06:04、HLA-A*02:06:05、HLA-A*02:06:06、HLA-A*02:06:07、HLA-A*02:06:08、HLA-A*02:06:09、HLA-A*02:06:10、HLA-A*02:06:11、HLA-A*02:06:12、HLA-A*02:06:13、HLA-A*02:06:14、HLA-A*02:06:15、HLA-A*02:06:16、HLA-A*02:06:17、HLA-A*02:06:18、HLA-A*02:06:19、HLA-A*02:06:20、HLA-A*02:06:21、HLA-A*02:06:22、HLA-A*02:06:23、HLA-A*02:06:24、HLA-A*02:06:25、HLA-A*02:06:26、HLA-A*02:06:27、HLA-A*02:07:01、HLA-A*02:07:02、HLA-A*02:07:03、HLA-A*02:07:04、HLA-A*02:07:05、HLA-A*02:07:06、HLA-A*02:07:07、HLA-A*02:07:08、HLA-A*02:07:09、HLA-A*02:07:10、HLA-A*02:07:11、HLA-A*02:07:12、HLA-A*02:08、HLA-A*02:09:01:01、HLA-A*02:09:01:02、HLA-A*02:10、HLA-A*02:101:01、HLA-A*02:101:02、HLA-A*02:102、HLA-A*02:103、HLA-A*02:104、HLA-A*02:105、HLA-A*02:106、HLA-A*02:107、HLA-A*02:108、HLA-A*02:109、HLA-A*02:110、HLA-A*02:111、HLA-A*02:112、HLA-A*02:113:01N、HLA-A*02:113:02N、HLA-A*02:114、HLA-A*02:115、HLA-A*02:116、HLA-A*02:117、HLA-A*02:118、HLA-A*02:119、HLA-A*02:11:01:01、HLA-A*02:11:01:02、HLA-A*02:11:02、HLA-A*02:11:03、HLA-A*02:11:04、HLA-A*02:11:05、HLA-A*02:11:06、HLA-A*02:11:07、HLA-A*0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:775N、HLA-A*02:776、HLA-A*02:777、HLA-A*02:778、HLA-A*02:779、HLA-A*02:78、HLA-A*02:780、HLA-A*02:781、HLA-A*02:782、HLA-A*02:783、HLA-A*02:784、HLA-A*02:785、HLA-A*02:786、HLA-A*02:787、HLA-A*02:788N、HLA-A*02:789N、HLA-A*02:790、HLA-A*02:791N、HLA-A*02:792N、HLA-A*02:793N、HLA-A*02:794、HLA-A*02:795、HLA-A*02:796N、HLA-A*02:797N、HLA-A*02:798、HLA-A*02:799、HLA-A*02:79:01、HLA-A*02:79:02、HLA-A*02:80、HLA-A*02:800、HLA-A*02:801、HLA-A*02:802、HLA-A*02:803N、HLA-A*02:804、HLA-A*02:805Q、HLA-A*02:806N、HLA-A*02:807N、HLA-A*02:808、HLA-A*02:809、HLA-A*02:81、HLA-A*02:810、HLA-A*02:811、HLA-A*02:812、HLA-A*02:813、HLA-A*02:814、HLA-A*02:815、HLA-A*02:816、HLA-A*02:817、HLA-A*02:818、HLA-A*02:819、HLA-A*02:820、HLA-A*02:821、HLA-A*02:822、HLA-A*02:823、HLA-A*02:824、HLA-A*02:825、HLA-A*02:82N、HLA-A*02:83N、HLA-A*02:84、HLA-A*02:85、HLA-A*02:86:01、HLA-A*02:86:02、HLA-A*02:87、HLA-A*02:88N、HLA-A*02:89:01、HLA-A*02:89:02、HLA-A*02:90、HLA-A*02:91、HLA-A*02:92、HLA-A*02:93:01、HLA-A*02:93:02、HLA-A*02:94N、HLA-A*02:95、HLA-A*02:96、HLA-A*02:97:01、HLA-A*02:97:02和HLA-A*02:99。
II.D.2.HLA-B等位基因及其复合物
本公开的某些方面涉及一种包含HLA I类分子和表位的复合物，其中HLA I类分子是HLA-B等位基因，并且其中表位是本文公开的MAGE-A1表位。在某些实施方案中，MAGE-A1表位包含SEQ ID NO:52、由其组成或基本上由其组成。
本公开的其他方面涉及一种包含HLA I类分子和表位的复合物，其中HLA I类分子是HLA-B等位基因，并且其中表位是本文公开的MART1表位。在某些实施方案中，MART1表位包含SEQ ID NO:53、由其组成或基本上由其组成。
本公开的其他方面涉及一种包含HLA I类分子和表位的复合物，其中HLA I类分子是HLA-B等位基因，并且其中表位是本文公开的MAGE-A3表位。在某些实施方案中，MAGE-A3表位包含SEQ ID NO:54、由其组成或基本上由其组成。
在一些实施方案中，HLA-B等位基因选自HLA-B*07、HLA-B*08、HLA-B*13、HLA-B*14、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*27、HLA-B*35、HLA-B*37、HLA-B*38、HLA-B*39、HLA-B*40、HLA-B*41、HLA-B*42、HLA-B*44、HLA-B*45、HLA-B*46、HLA-B*47、HLA-B*48、HLA-B*49、HLA-B*50、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*53、HLA-B*54、HLA-B*55、HLA-B*56、HLA-B*57、HLA-B*58、HLA-B*59、HLA-B*67、HLA-B*73、HLA-B*78、HLA-B*79、HLA-B*81、HLA-B*82和HLA-B*83。
II.D.2.a.HLA-B*07等位基因及其复合物
在一些实施方案中，HLA-B等位基因是HLA-B*07等位基因。在某些实施方案中，复合物包含HLA-B*07等位基因和本文公开的MAGE-A1表位，例如，包含SEQ ID NO:52、由其组成或基本上由其组成的表位。在某些实施方案中，HLA-B等位基因是HLA-B*07:02等位基因。在某些实施方案中，HLA-B等位基因是HLA-B*07:03等位基因。在某些实施方案中，HLA-B等位基因是HLA-B*07:04等位基因。在某些实施方案中，HLA-B等位基因是HLA-B*07:05等位基因。在某些实施方案中，HLA-B等位基因是HLA-B*07:06等位基因。在特定实施方案中，复合物包含HLA-B*07:02等位基因和MAGE-A1表位，所述表位包含SEQ ID NO:52、由其组成或基本上由其组成。
在某些实施方案中，HLA-B等位基因选自由以下组成的组：HLA-B*07:02:01:01、HLA-B*07:02:01:02、HLA-B*07:02:01:03、HLA-B*07:02:01:04、HLA-B*07:02:01:05、HLA-B*07:02:01:06、HLA-B*07:02:01:07、HLA-B*07:02:01:08、HLA-B*07:02:01:09、HLA-B*07:02:01:10、HLA-B*07:02:01:11、HLA-B*07:02:01:12、HLA-B*07:02:01:13、HLA-B*07:02:01:14、HLA-B*07:02:02、HLA-B*07:02:03、HLA-B*07:02:04、HLA-B*07:02:05、HLA-B*07:02:06、HLA-B*07:02:07、HLA-B*07:02:08、HLA-B*07:02:09、HLA-B*07:02:10、HLA-B*07:02:11、HLA-B*07:02:12、HLA-B*07:02:13、HLA-B*07:02:14、HLA-B*07:02:15、HLA-B*07:02:16、HLA-B*07:02:17、HLA-B*07:02:18、HLA-B*07:02:19、HLA-B*07:02:20、HLA-B*07:02:21、HLA-B*07:02:22、HLA-B*07:02:23、HLA-B*07:02:24、HLA-B*07:02:25、HLA-B*07:02:26、HLA-B*07:02:27、HLA-B*07:02:28、HLA-B*07:02:29、HLA-B*07:02:30、HLA-B*07:02:31、HLA-B*07:02:32、HLA-B*07:02:33、HLA-B*07:02:34、HLA-B*07:02:35、HLA-B*07:02:36、HLA-B*07:02:37、HLA-B*07:02:38、HLA-B*07:02:39、HLA-B*07:02:40、HLA-B*07:02:41、HLA-B*07:02:42、HLA-B*07:02:43、HLA-B*07:02:44、HLA-B*07:02:45、HLA-B*07:02:46、HLA-B*07:02:47、HLA-B*07:02:48、HLA-B*07:02:49、HLA-B*07:02:50、HLA-B*07:02:51、HLA-B*07:02:52、HLA-B*07:02:53、HLA-B*07:02:54、HLA-B*07:02:55、HLA-B*07:02:56、HLA-B*07:02:57、HLA-B*07:02:58、HLA-B*07:02:59、HLA-B*07:02:60、HLA-B*07:02:61、HLA-B*07:02:62、HLA-B*07:02:63、HLA-B*07:02:64、HLA-B*07:02:65、HLA-B*07:02:66、HLA-B*07:02:67、HLA-B*07:02:68、HLA-B*07:02:69、HLA-B*07:02:70、HLA-B*07:02:71、HLA-B*07:02:72、HLA-B*07:02:73、HLA-B*07:03、HLA-B*07:04:01、HLA-B*07:04:02、HLA-B*07:05:01:01、HLA-B*07:05:01:02、HLA-B*07:05:01:03、HLA-B*07:05:01:04、HLA-B*07:05:02、HLA-B*07:05:03、HLA-B*07:05:04、HLA-B*07:05:05、HLA-B*07:05:06、HLA-B*07:05:07、HLA-B*07:05:08、HLA-B*07:05:09、HLA-B*07:06:01、HLA-B*07:06:02、HLA-B*07:06:03、HLA-B*07:07:01、HLA-B*07:07:02、HLA-B*07:08:01、HLA-B*07:08:02、HLA-B*07:09:01、HLA-B*07:09:02、HLA-B*07:10、HLA-B*07:100、HLA-B*07:101、HLA-B*07:102、HLA-B*07:103、HLA-B*07:104、HLA-B*07:105、HLA-B*07:106、HLA-B*07:107、HLA-B*07:108、HLA-B*07:109、HLA-B*07:11、HLA-B*07:110、HLA-B*07:111、HLA-B*07:112、HLA-B*07:113、HLA-B*07:114、HLA-B*07:115、HLA-B*07:116、HLA-B*07:117、HLA-B*07:118、HLA-B*07:119、HLA-B*07:12、HLA-B*07:120、HLA-B*07:121、HLA-B*07:122、HLA-B*07:123、HLA-B*07:124、HLA-B*07:125、HLA-B*07:126、HLA-B*07:127、HLA-B*07:128、HLA-B*07:129、HLA-B*07:13、HLA-B*07:130、HLA-B*07:131、HLA-B*07:132、HLA-B*07:133、HLA-B*07:134、HLA-B*07:135、HLA-B*07:136:01、HLA-B*07:136:02、HLA-B*07:137、HLA-B*07:138、HLA-B*07:139:01、HLA-B*07:139:02、HLA-B*07:14、HLA-B*07:140、HLA-B*07:141、HLA-B*07:142、HLA-B*07:143、HLA-B*07:144、HLA-B*07:145、HLA-B*07:146、HLA-B*07:147、HLA-B*07:148、HLA-B*07:149、HLA-B*07:15、HLA-B*07:150、HLA-B*07:151:01、HLA-B*07:151:02、HLA-B*07:152、HLA-B*07:153、HLA-B*07:154、HLA-B*07:155、HLA-B*07:156、HLA-B*07:157、HLA-B*07:158、HLA-B*07:159、HLA-B*07:16、HLA-B*07:160、HLA-B*07:161、HLA-B*07:162、HLA-B*07:163、HLA-B*07:164、HLA-B*07:165、HLA-B*07:166、HLA-B*07:167、HLA-B*07:168、HLA-B*07:169、HLA-B*07:17、HLA-B*07:170、HLA-B*07:171、HLA-B*07:172、HLA-B*07:173、HLA-B*07:174、HLA-B*07:175、HLA-B*07:176、HLA-B*07:177、HLA-B*07:178、HLA-B*07:179、HLA-B*07:180、HLA-B*07:181、HLA-B*07:182、HLA-B*07:183、HLA-B*07:184、HLA-B*07:185、HLA-B*07:186、HLA-B*07:187、HLA-B*07:188、HLA-B*07:189、HLA-B*07:18:01、HLA-B*07:18:02、HLA-B*07:19、HLA-B*07:190、HLA-B*07:191、HLA-B*07:192、HLA-B*07:193、HLA-B*07:194、HLA-B*07:195、HLA-B*07:196、HLA-B*07:197、HLA-B*07:198、HLA-B*07:199、HLA-B*07:20、HLA-B*07:200、HLA-B*07:201、HLA-B*07:202、HLA-B*07:203、HLA-B*07:204、HLA-B*07:205、HLA-B*07:206、HLA-B*07:207、HLA-B*07:208、HLA-B*07:209、HLA-B*07:21、HLA-B*07:210、HLA-B*07:211、HLA-B*07:212、HLA-B*07:213、HLA-B*07:214、HLA-B*07:215、HLA-B*07:216、HLA-B*07:217、HLA-B*07:218、HLA-B*07:219、HLA-B*07:220、HLA-B*07:221、HLA-B*07:222、HLA-B*07:223、HLA-B*07:224、HLA-B*07:225、HLA-B*07:226、HLA-B*07:227、HLA-B*07:228:01、HLA-B*07:228:02、HLA-B*07:229、HLA-B*07:22:01、HLA-B*07:22:02、HLA-B*07:23、HLA-B*07:230、HLA-B*07:231、HLA-B*07:232、HLA-B*07:233、HLA-B*07:234、HLA-B*07:235、HLA-B*07:236、HLA-B*07:237、HLA-B*07:238、HLA-B*07:239、HLA-B*07:24、HLA-B*07:240、HLA-B*07:241、HLA-B*07:242、HLA-B*07:243、HLA-B*07:244、HLA-B*07:245、HLA-B*07:246、HLA-B*07:247、HLA-B*07:248、HLA-B*07:249、HLA-B*07:25、HLA-B*07:250、HLA-B*07:251、HLA-B*07:252、HLA-B*07:253、HLA-B*07:254、HLA-B*07:255、HLA-B*07:256、HLA-B*07:257、HLA-B*07:258、HLA-B*07:259、HLA-B*07:26、HLA-B*07:260、HLA-B*07:261、HLA-B*07:262、HLA-B*07:263、HLA-B*07:264、HLA-B*07:265、HLA-B*07:266、HLA-B*07:267、HLA-B*07:268、HLA-B*07:269、HLA-B*07:27、HLA-B*07:270、HLA-B*07:271、HLA-B*07:272、HLA-B*07:273、HLA-B*07:274、HLA-B*07:275、HLA-B*07:276:01、HLA-B*07:276:02、HLA-B*07:277、HLA-B*07:278、HLA-B*07:279、HLA-B*07:28、HLA-B*07:280、HLA-B*07:281、HLA-B*07:282、HLA-B*07:283、HLA-B*07:284、HLA-B*07:285、HLA-B*07:286、HLA-B*07:287、HLA-B*07:288、HLA-B*07:289、HLA-B*07:29、HLA-B*07:290、HLA-B*07:291、HLA-B*07:292、HLA-B*07:293、HLA-B*07:294、HLA-B*07:295、HLA-B*07:296、HLA-B*07:297、HLA-B*07:298、HLA-B*07:299、HLA-B*07:30、HLA-B*07:300、HLA-B*07:301、HLA-B*07:302、HLA-B*07:303:01、HLA-B*07:303:02、HLA-B*07:304、HLA-B*07:305、HLA-B*07:306、HLA-B*07:307、HLA-B*07:308、HLA-B*07:309、HLA-B*07:31、HLA-B*07:310、HLA-B*07:311、HLA-B*07:312、HLA-B*07:313、HLA-B*07:314、HLA-B*07:315、HLA-B*07:316、HLA-B*07:317、HLA-B*07:318、HLA-B*07:319、HLA-B*07:32、HLA-B*07:320、HLA-B*07:321、HLA-B*07:322、HLA-B*07:323、HLA-B*07:324、HLA-B*07:325、HLA-B*07:326、HLA-B*07:327、HLA-B*07:328、HLA-B*07:329、HLA-B*07:330、HLA-B*07:331、HLA-B*07:332、HLA-B*07:333、HLA-B*07:334、HLA-B*07:335、HLA-B*07:336、HLA-B*07:337、HLA-B*07:338、HLA-B*07:339、HLA-B*07:33:01、HLA-B*07:33:02、HLA-B*07:33:03、HLA-B*07:34、HLA-B*07:340、HLA-B*07:341、HLA-B*07:342、HLA-B*07:343、HLA-B*07:344、HLA-B*07:345、HLA-B*07:346、HLA-B*07:347、HLA-B*07:348、HLA-B*07:349、HLA-B*07:35、HLA-B*07:350、HLA-B*07:351、HLA-B*07:352、HLA-B*07:353、HLA-B*07:354、HLA-B*07:355、HLA-B*07:356、HLA-B*07:357、HLA-B*07:358、HLA-B*07:36、HLA-B*07:37:01、HLA-B*07:37:02、HLA-B*07:38、HLA-B*07:39、HLA-B*07:40、HLA-B*07:41、HLA-B*07:42、HLA-B*07:43、HLA-B*07:44、HLA-B*07:45、HLA-B*07:46、HLA-B*07:47、HLA-B*07:48、HLA-B*07:49、HLA-B*07:50、HLA-B*07:51、HLA-B*07:52、HLA-B*07:53、HLA-B*07:54、HLA-B*07:55、HLA-B*07:56:01、HLA-B*07:56:02、HLA-B*07:57、HLA-B*07:58、HLA-B*07:59、HLA-B*07:60、HLA-B*07:61、HLA-B*07:62、HLA-B*07:63、HLA-B*07:64、HLA-B*07:65、HLA-B*07:66、HLA-B*07:67、HLA-B*07:68:01、HLA-B*07:68:02、HLA-B*07:68:03、HLA-B*07:69、HLA-B*07:70、HLA-B*07:71、HLA-B*07:72、HLA-B*07:73、HLA-B*07:74、HLA-B*07:75:01:01、HLA-B*07:75:01:02、HLA-B*07:76、HLA-B*07:77、HLA-B*07:78、HLA-B*07:79、HLA-B*07:80、HLA-B*07:81、HLA-B*07:82、HLA-B*07:83、HLA-B*07:84、HLA-B*07:85:01、HLA-B*07:85:02、HLA-B*07:86、HLA-B*07:87、HLA-B*07:88、HLA-B*07:89、HLA-B*07:90、HLA-B*07:91、HLA-B*07:92、HLA-B*07:93、HLA-B*07:94、HLA-B*07:95、HLA-B*07:96:01、HLA-B*07:96:02、HLA-B*07:97、HLA-B*07:98和HLA-B*07:99。
II.D.2.b.HLA-B*18等位基因及其复合物
在一些实施方案中，HLA-B等位基因是HLA-B*18等位基因。在某些实施方案中，复合物包含HLA-B*18等位基因和本文公开的MART1表位，例如，包含SEQ ID NO:53、由其组成或基本上由其组成的表位。在某些实施方案中，HLA-B等位基因是HLA-B*18:01等位基因。在特定实施方案中，复合物包含HLA-B*18:01等位基因和MART1表位，所述表位包含SEQ IDNO:53、由其组成或基本上由其组成。
在一些实施方案中，HLA-B等位基因是HLA-B*18等位基因。在某些实施方案中，复合物包含HLA-B*18等位基因和本文公开的MAGE-A3表位，例如，包含SEQ ID NO:54、由其组成或基本上由其组成的表位。在某些实施方案中，HLA-B等位基因是HLA-B*18:01等位基因。在特定实施方案中，复合物包含HLA-B*18:01等位基因和MAGE-A3表位，所述表位包含SEQID NO:54、由其组成或基本上由其组成。
在某些实施方案中，HLA-B等位基因选自由以下组成的组：HLA-B*18:01:01:01、HLA-B*18:01:01:02、HLA-B*18:01:01:03、HLA-B*18:01:01:04、HLA-B*18:01:01:05、HLA-B*18:01:01:06、HLA-B*18:01:01:07、HLA-B*18:01:01:08、HLA-B*18:01:01:09、HLA-B*18:01:01:10、HLA-B*18:01:01:11、HLA-B*18:01:01:12、HLA-B*18:01:01:13、HLA-B*18:01:01:14、HLA-B*18:01:01:15、HLA-B*18:01:01:16、HLA-B*18:01:01:17、HLA-B*18:01:01:18、HLA-B*18:01:01:19、HLA-B*18:01:02、HLA-B*18:01:03、HLA-B*18:01:04、HLA-B*18:01:05、HLA-B*18:01:06、HLA-B*18:01:07、HLA-B*18:01:08、HLA-B*18:01:09、HLA-B*18:01:10、HLA-B*18:01:11、HLA-B*18:01:12、HLA-B*18:01:13、HLA-B*18:01:14、HLA-B*18:01:15、HLA-B*18:01:16、HLA-B*18:01:17、HLA-B*18:01:18、HLA-B*18:01:19、HLA-B*18:01:20、HLA-B*18:01:21、HLA-B*18:01:22、HLA-B*18:01:23、HLA-B*18:01:24、HLA-B*18:01:25、HLA-B*18:01:26、HLA-B*18:01:27、HLA-B*18:01:28、HLA-B*18:01:29、HLA-B*18:01:30、HLA-B*18:01:31和HLA-B*18:01:32。
在某些实施方案中，HLA-B等位基因选自由以下组成的组：HLA-B*18:02、HLA-B*18:03:01、HLA-B*18:03:02、HLA-B*18:04:01、HLA-B*18:04:02、HLA-B*18:05:01:01、HLA-B*18:05:01:02、HLA-B*18:06、HLA-B*18:07:01、HLA-B*18:07:02、HLA-B*18:08、HLA-B*18:09、HLA-B*18:10、HLA-B*18:100、HLA-B*18:101、HLA-B*18:102、HLA-B*18:103、HLA-B*18:104、HLA-B*18:105、HLA-B*18:106、HLA-B*18:107、HLA-B*18:108、HLA-B*18:109、HLA-B*18:11、HLA-B*18:110、HLA-B*18:111、HLA-B*18:112、HLA-B*18:113、HLA-B*18:114、HLA-B*18:115、HLA-B*18:116、HLA-B*18:117、HLA-B*18:118、HLA-B*18:119、HLA-B*18:120、HLA-B*18:121、HLA-B*18:122、HLA-B*18:123、HLA-B*18:124、HLA-B*18:125、HLA-B*18:126、HLA-B*18:127、HLA-B*18:128、HLA-B*18:129、HLA-B*18:12:01、HLA-B*18:12:02、HLA-B*18:13、HLA-B*18:130、HLA-B*18:131:01:01、HLA-B*18:131:01:02、HLA-B*18:132、HLA-B*18:133、HLA-B*18:134、HLA-B*18:135、HLA-B*18:136、HLA-B*18:137、HLA-B*18:138N、HLA-B*18:139、HLA-B*18:14、HLA-B*18:140、HLA-B*18:141、HLA-B*18:142、HLA-B*18:143、HLA-B*18:144、HLA-B*18:145、HLA-B*18:146、HLA-B*18:147、HLA-B*18:148、HLA-B*18:149、HLA-B*18:15、HLA-B*18:150、HLA-B*18:151、HLA-B*18:152、HLA-B*18:153、HLA-B*18:154N、HLA-B*18:155、HLA-B*18:156:01:01、HLA-B*18:156:01:02、HLA-B*18:157:01:01、HLA-B*18:157:01:02、HLA-B*18:158、HLA-B*18:159、HLA-B*18:160、HLA-B*18:161、HLA-B*18:17N、HLA-B*18:18:01:01、HLA-B*18:18:01:02、HLA-B*18:19、HLA-B*18:20、HLA-B*18:21、HLA-B*18:22、HLA-B*18:23N、HLA-B*18:24、HLA-B*18:25、HLA-B*18:26、HLA-B*18:27、HLA-B*18:28、HLA-B*18:29、HLA-B*18:30、HLA-B*18:31、HLA-B*18:32、HLA-B*18:33、HLA-B*18:34、HLA-B*18:35、HLA-B*18:36、HLA-B*18:37:01、HLA-B*18:37:02、HLA-B*18:38、HLA-B*18:39、HLA-B*18:40、HLA-B*18:41、HLA-B*18:42、HLA-B*18:43、HLA-B*18:44:01、HLA-B*18:44:02、HLA-B*18:45、HLA-B*18:46、HLA-B*18:47、HLA-B*18:48、HLA-B*18:49、HLA-B*18:50、HLA-B*18:51、HLA-B*18:52、HLA-B*18:53、HLA-B*18:54、HLA-B*18:55、HLA-B*18:56、HLA-B*18:57:01、HLA-B*18:57:02、HLA-B*18:58、HLA-B*18:59、HLA-B*18:60、HLA-B*18:61、HLA-B*18:62、HLA-B*18:63、HLA-B*18:64、HLA-B*18:65、HLA-B*18:66、HLA-B*18:67、HLA-B*18:68、HLA-B*18:69、HLA-B*18:70、HLA-B*18:71、HLA-B*18:72:01、HLA-B*18:72:02、HLA-B*18:72:03、HLA-B*18:73、HLA-B*18:74N、HLA-B*18:75、HLA-B*18:76、HLA-B*18:77、HLA-B*18:78、HLA-B*18:79、HLA-B*18:80、HLA-B*18:81、HLA-B*18:82、HLA-B*18:83、HLA-B*18:84、HLA-B*18:85、HLA-B*18:86、HLA-B*18:87、HLA-B*18:88、HLA-B*18:89、HLA-B*18:90、HLA-B*18:91、HLA-B*18:92、HLA-B*18:93、HLA-B*18:94N、HLA-B*18:95、HLA-B*18:96、HLA-B*18:97、HLA-B*18:98和HLA-B*18:99。
II.D.3.HLA-C等位基因及其复合物
本公开的某些方面涉及一种包含HLA I类分子和表位的复合物，其中HLA I类分子是HLA-C等位基因，并且其中表位是本文公开的酪氨酸酶表位。在某些实施方案中，酪氨酸酶表位包含SEQ ID NO:51、由其组成或基本上由其组成。
在一些实施方案中，HLA-C等位基因选自HLA-C*05:01等位基因、HLA-C*05:03等位基因、HLA-C*05:04等位基因、HLA-C*05:05等位基因和HLA-C*05:06等位基因。在某些实施方案中，HLA-C等位基因是HLA-C*05:01等位基因。在某些实施方案中，HLA-C等位基因是HLA-C*05:03等位基因。在某些实施方案中，HLA-C等位基因是HLA-C*05:04等位基因。在某些实施方案中，HLA-C等位基因是HLA-C*05:05等位基因。在某些实施方案中，HLA-C等位基因是HLA-C*05:06等位基因。
在某些实施方案中，复合物包含HLA-C*05等位基因和本文公开的酪氨酸酶表位，例如，包含SEQ ID NO:51、由其组成或基本上由其组成的表位。在某些实施方案中，HLA-C等位基因是HLA-C*05:01等位基因。在特定实施方案中，复合物包含HLA-C*05:01等位基因和酪氨酸酶表位，所述表位包含SEQ ID NO:51、由其组成或基本上由其组成。
在某些实施方案中，HLA-C等位基因选自由以下组成的组：HLA-C*05:01:01:01、HLA-C*05:01:01:02、HLA-C*05:01:01:03、HLA-C*05:01:01:04、HLA-C*05:01:01:05、HLA-C*05:01:01:06、HLA-C*05:01:01:07、HLA-C*05:01:01:08、HLA-C*05:01:01:09、HLA-C*05:01:01:10、HLA-C*05:01:01:11、HLA-C*05:01:01:12、HLA-C*05:01:01:13、HLA-C*05:01:01:14、HLA-C*05:01:01:15、HLA-C*05:01:01:16、HLA-C*05:01:02、HLA-C*05:01:03、HLA-C*05:01:04、HLA-C*05:01:05、HLA-C*05:01:06、HLA-C*05:01:07、HLA-C*05:01:08、HLA-C*05:01:09、HLA-C*05:01:10、HLA-C*05:01:11、HLA-C*05:01:12、HLA-C*05:01:13、HLA-C*05:01:14、HLA-C*05:01:15、HLA-C*05:01:16、HLA-C*05:01:17、HLA-C*05:01:18、HLA-C*05:01:19、HLA-C*05:01:20、HLA-C*05:01:21、HLA-C*05:01:22、HLA-C*05:01:23、HLA-C*05:01:24、HLA-C*05:01:25、HLA-C*05:01:26、HLA-C*05:01:27、HLA-C*05:01:28、HLA-C*05:01:29、HLA-C*05:01:30、HLA-C*05:01:31、HLA-C*05:01:32、HLA-C*05:01:33、HLA-C*05:01:34、HLA-C*05:01:35、HLA-C*05:01:36、HLA-C*05:01:37、HLA-C*05:01:38、HLA-C*05:01:39、HLA-C*05:01:40、HLA-C*05:01:41、HLA-C*05:01:42、HLA-C*05:01:43、HLA-C*05:01:44、HLA-C*05:01:45、HLA-C*05:03、HLA-C*05:04:01、HLA-C*05:04:02、HLA-C*05:05:01、HLA-C*05:05:02、HLA-C*05:06、HLA-C*05:07N、HLA-C*05:08、HLA-C*05:09:01、HLA-C*05:09:02、HLA-C*05:09:03、HLA-C*05:10、HLA-C*05:100、HLA-C*05:101、HLA-C*05:102、HLA-C*05:103:01、HLA-C*05:103:02、HLA-C*05:104、HLA-C*05:105、HLA-C*05:106:01、HLA-C*05:106:02、HLA-C*05:107、HLA-C*05:108、HLA-C*05:109、HLA-C*05:11、HLA-C*05:110、HLA-C*05:111、HLA-C*05:112、HLA-C*05:113N、HLA-C*05:114、HLA-C*05:115、HLA-C*05:116、HLA-C*05:117、HLA-C*05:118、HLA-C*05:119、HLA-C*05:12、HLA-C*05:120、HLA-C*05:121、HLA-C*05:122、HLA-C*05:123、HLA-C*05:124、HLA-C*05:125、HLA-C*05:126、HLA-C*05:127、HLA-C*05:128N、HLA-C*05:129、HLA-C*05:13、HLA-C*05:130、HLA-C*05:131、HLA-C*05:132、HLA-C*05:133、HLA-C*05:134、HLA-C*05:135、HLA-C*05:136、HLA-C*05:137、HLA-C*05:138、HLA-C*05:139、HLA-C*05:14、HLA-C*05:140、HLA-C*05:141、HLA-C*05:142、HLA-C*05:143、HLA-C*05:144、HLA-C*05:145、HLA-C*05:146、HLA-C*05:147、HLA-C*05:148、HLA-C*05:149、HLA-C*05:15、HLA-C*05:150、HLA-C*05:151、HLA-C*05:152、HLA-C*05:153N、HLA-C*05:154N、HLA-C*05:155、HLA-C*05:156、HLA-C*05:157、HLA-C*05:158、HLA-C*05:159、HLA-C*05:16、HLA-C*05:160、HLA-C*05:161、HLA-C*05:162、HLA-C*05:163、HLA-C*05:164、HLA-C*05:165、HLA-C*05:166、HLA-C*05:167、HLA-C*05:168、HLA-C*05:169N、HLA-C*05:17、HLA-C*05:170、HLA-C*05:171:01:01、HLA-C*05:171:01:02、HLA-C*05:172、HLA-C*05:173、HLA-C*05:174、HLA-C*05:175N、HLA-C*05:176、HLA-C*05:177、HLA-C*05:178、HLA-C*05:179、HLA-C*05:180N、HLA-C*05:181、HLA-C*05:182、HLA-C*05:183、HLA-C*05:184、HLA-C*05:185、HLA-C*05:186、HLA-C*05:187、HLA-C*05:188、HLA-C*05:189、HLA-C*05:18:01、HLA-C*05:18:02、HLA-C*05:18:03、HLA-C*05:18:04、HLA-C*05:18:05、HLA-C*05:19、HLA-C*05:190、HLA-C*05:191、HLA-C*05:192、HLA-C*05:193、HLA-C*05:194、HLA-C*05:195、HLA-C*05:196、HLA-C*05:197、HLA-C*05:198、HLA-C*05:199、HLA-C*05:20、HLA-C*05:200、HLA-C*05:201、HLA-C*05:202Q、HLA-C*05:203、HLA-C*05:21、HLA-C*05:22:01、HLA-C*05:22:02、HLA-C*05:23、HLA-C*05:24、HLA-C*05:25、HLA-C*05:26、HLA-C*05:27、HLA-C*05:28、HLA-C*05:29:01、HLA-C*05:29:02、HLA-C*05:30、HLA-C*05:31、HLA-C*05:32、HLA-C*05:33、HLA-C*05:34、HLA-C*05:35、HLA-C*05:36、HLA-C*05:37、HLA-C*05:38、HLA-C*05:39、HLA-C*05:40、HLA-C*05:41、HLA-C*05:42、HLA-C*05:43、HLA-C*05:44:01、HLA-C*05:44:02、HLA-C*05:45、HLA-C*05:46、HLA-C*05:47、HLA-C*05:48N、HLA-C*05:49、HLA-C*05:50、HLA-C*05:51Q、HLA-C*05:52、HLA-C*05:53、HLA-C*05:54、HLA-C*05:55、HLA-C*05:56、HLA-C*05:57、HLA-C*05:58:01、HLA-C*05:58:02、HLA-C*05:58:03、HLA-C*05:58:04、HLA-C*05:59、HLA-C*05:60、HLA-C*05:61、HLA-C*05:62、HLA-C*05:63、HLA-C*05:64:01、HLA-C*05:64:02、HLA-C*05:65、HLA-C*05:66、HLA-C*05:67、HLA-C*05:68、HLA-C*05:69、HLA-C*05:70、HLA-C*05:71、HLA-C*05:72、HLA-C*05:73、HLA-C*05:74、HLA-C*05:75、HLA-C*05:76、HLA-C*05:77、HLA-C*05:78:01、HLA-C*05:78:02、HLA-C*05:79、HLA-C*05:80、HLA-C*05:81、HLA-C*05:82、HLA-C*05:83、HLA-C*05:84、HLA-C*05:85、HLA-C*05:86、HLA-C*05:87、HLA-C*05:88、HLA-C*05:89、HLA-C*05:90、HLA-C*05:91N、HLA-C*05:92N、HLA-C*05:93、HLA-C*05:94、HLA-C*05:95、HLA-C*05:96、HLA-C*05:97、HLA-C*05:98和HLA-C*05:99N。
II.E.表达TCR的细胞
本公开的某些方面涉及包含本文公开的核酸分子、本文公开的载体、本文公开的重组TCR、本文公开的双特异性TCR或它们的任何组合的细胞。任何细胞均可用于本公开。
在某些实施方案中，细胞表达CD3。CD3表达可以是天然存在的，例如，CD3从由细胞内源性地表达的核酸序列表达。例如，T细胞和自然杀伤(NK)细胞天然地表达CD3。因此，在一些实施方案中，细胞是T细胞或自然杀伤细胞。在某些实施方案中，细胞是选自自然杀伤T(NKT)细胞和先天性淋巴样细胞(ILC)的T细胞。
在一些实施方案中，T细胞从人受试者分离而来。在一些实施方案中，人受试者是最终将接受T细胞疗法的同一受试者。在其他实施方案中，受试者是供体受试者，其中供体受试者不是将接受T细胞疗法的同一受试者。
在一些实施方案中，细胞是不天然地表达CD3的细胞，其中细胞经修饰以表达CD3。在一些实施方案中，细胞包含编码CD3的转基因，其中转基因由细胞表达。在一些实施方案中，细胞包含编码激活细胞表达内源性CD3的蛋白的转基因。在一些实施方案中，细胞包含编码抑制细胞中的CD3表达抑制剂的蛋白或siRNA的转基因。在一些实施方案中，将转基因掺入到细胞的基因组中。在一些实施方案中，未将转基因掺入到细胞的基因组中。
在一些实施方案中，经修饰以表达CD3的细胞是从人受试者分离而来的。在一些实施方案中，人受试者是最终将接受细胞疗法的同一受试者。在其他实施方案中，受试者是供体受试者，其中供体受试者不是将接受细胞疗法的同一受试者。
II.F.疫苗
本公开的某些方面是一种癌症疫苗，其包含有包含如SEQ ID NO:13中所陈述的氨基酸序列的肽。在一些实施方案中，癌症疫苗包含由在SEQ ID NO:13中所陈述的氨基酸序列组成的肽。在一些实施方案中，疫苗还包含一种或多种赋形剂。在一些实施方案中，疫苗还包含一种或多种额外肽。在一些实施方案中，所述一种或多种额外肽包含一种或多种额外表位。
III.本公开的方法
本公开的某些方面涉及治疗有需要的受试者的癌症的方法。本公开的其他方面涉及工程化抗原靶向细胞的方法。本公开的其他方面涉及富集获自人受试者的靶T细胞群的方法。
III.A.治疗癌症的方法
本公开的某些方面涉及治疗有需要的受试者的癌症的方法，其包括向受试者施用本文公开的核酸分子、本文公开的重组TCR、本文公开的双特异性TCR、本文公开的表位或本文公开的HLA I类分子或包含上述任一者的载体或细胞。
在一些实施方案中，癌症选自黑素瘤、骨癌、肾癌、前列腺癌、乳腺癌、结肠癌、肺癌、皮肤或眼内恶性黑素瘤、胰腺癌、皮肤癌、头或颈部癌、子宫癌、卵巢癌、直肠癌、肛门区癌、胃癌、睾丸癌、子宫癌、输卵管癌、子宫内膜癌、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、霍奇金氏病、非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBC)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、转化型滤泡性淋巴瘤、脾边缘区淋巴瘤(SMZL)、食道癌、小肠癌、内分泌系统癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、慢性或急性白血病、急性髓系白血病(AML)、慢性髓系白血病、急性淋巴母细胞性白血病(ALL)(包括非T细胞ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、儿童时期的实体瘤、淋巴细胞性淋巴瘤、膀胱癌、肾或输尿管癌、肾盂癌、中枢神经系统(CNS)肿瘤、原发性CNS淋巴瘤、肿瘤血管生成、脊柱轴肿瘤、脑干神经胶质瘤、垂体腺瘤、卡波西氏肉瘤、表皮样癌、鳞状细胞癌、T细胞淋巴瘤、环境诱导的癌症包括由石棉诱导的癌症、其他B细胞恶性肿瘤和所述癌症的组合。在一些实施方案中，癌症是黑素瘤。
在一些实施方案中，癌症是复发性癌症。在一些实施方案中，癌症是难治性癌症。在一些实施方案中，癌症是晚期癌症。在一些实施方案中，癌症是转移性癌症。
在一些实施方案中，本文公开的方法治疗受试者的癌症。在一些实施方案中，本文公开的方法减少癌症的一个或多个症状的严重程度。在一些实施方案中，本文公开的方法减少来源于癌症的肿瘤的大小或数目。在一些实施方案中，相对于未提供本文公开的方法的受试者，本文公开的方法增加受试者的总生存期。在一些实施方案中，相对于未提供本文公开的方法的受试者，本文公开的方法增加受试者的无进展生存期。在一些实施方案中，本文公开的方法在受试者中产生部分反应。在一些实施方案中，本文公开的方法在受试者中产生完全反应。
在一些实施方案中，本文公开的方法包含治疗有需要的受试者的癌症，其包含向受试者施用本文所述的细胞，其中细胞包含本文公开的核酸分子、本文公开的载体、本文公开的重组TCR和/或本文公开的双特异性抗体。在一些实施方案中，细胞是T细胞。在一些实施方案中，细胞是经修饰以表达CD3的细胞。
在一些实施方案中，细胞例如T细胞获自受试者。在一些实施方案中，细胞例如T细胞获自除了受试者以外的供体。
在一些实施方案中，在施用细胞之前，受试者经预调节。预调节可包含促进T细胞功能和/或存活的任何物质。在一些实施方案中，预调节包含向受试者施用化学疗法、细胞因子、蛋白质、小分子或它们的任何组合。在一些实施方案中，预调节包含施用白细胞介素。在一些实施方案中，预调节包含施用IL-2、IL-4、IL-7、IL-9、IL-15、IL-21或它们的任何组合。在一些实施方案中，预调节包含施用环磷酰胺、氟达拉滨或两者。在一些实施方案中，预调节包含施用维生素C、AKT抑制剂、ATRA(维甲酸(vesanoid)、维A酸(tretinoin))、雷帕霉素或它们的任何组合。
III.B.工程化抗原靶向细胞的方法
本公开的某些方面涉及工程化抗原靶向细胞的方法。在一些实施方案中，抗原选自由以下组成的组：酪氨酸酶抗原、MAGE-A1抗原、MART1抗原、MAGE-A3抗原、SSX抗原和它们的任何组合。在一些实施方案中，所述方法包含用本文公开的核酸分子或本文公开的载体转导细胞。细胞可以是本文所述的任何细胞。在一些实施方案中，细胞是本文所述的T细胞。在一些实施方案中，细胞是如本文所述的经修饰以表达CD3的细胞。在一些实施方案中，细胞例如T细胞获自需要T细胞疗法的受试者。在一些实施方案中，细胞获自除了需要T细胞疗法的受试者以外的供体。在一些实施方案中，细胞是T细胞或自然杀伤细胞。
III.C.富集靶T细胞群的方法
本公开的某些方面涉及富集获自人受试者的靶T细胞群的方法。在一些实施方案中，所述方法包括使T细胞与本文公开的HLA I类分子接触。在一些实施方案中，所述方法包括使T细胞与本文公开的APC接触。在一些实施方案中，相对于在接触之前能够结合HLA I类分子的T细胞的数目，在接触之后，经富集的T细胞群包含较高数目的能够结合HLA I类分子的T细胞。
在一些实施方案中，所述方法包括使T细胞在体外与肽接触，其中所述肽包含选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述方法包括使T细胞在体外与肽接触，其中所述肽由选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列组成。在一些实施方案中，相对于在接触之前能够结合HLA I类分子的T细胞的数目，在接触之后，经富集的T细胞群包含较高数目的能够结合HLA I类分子的T细胞。
本公开的一些方面涉及一种选择能够靶向肿瘤细胞的T细胞的方法。在一些实施方案中，所述方法包括使经分离的T细胞群在体外与肽接触，其中肽由选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列组成。在一些实施方案中，T细胞获自人受试者。
获自人受试者的T细胞可以是本文公开的任何T细胞。在一些实施方案中，获自人受试者的T细胞是肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)。
在一些实施方案中，所述方法还包括向人受试者施用经富集的T细胞。在一些实施方案中，如本文所述，受试者在接受T细胞之前经预调节。
本文所述的所有各个方面、实施方案和可选方案可在任何和所有变型中进行组合。
本说明书中提及的所有公布、专利和专利申请均以引用的方式并入本文，达到如同具体和单独地指示将每个单独的公布、专利或专利申请以引用的方式并入的相同程度。
已总体上描述了本公开，可通过参考本文提供的实例来获得进一步理解。这些实例仅出于说明目的，且并非意图具有限制性。
实施例
实施例1–方法
细胞样品
外周血样品获自健康供体。经由密度梯度离心(Ficoll-Paque PLUS；GEHealthcare)获得单核细胞。K562是具有缺陷HLA表达的红白血病细胞系。T2是HLA-A*02:01+T细胞白血病/B-LCL杂交细胞系。Jurkat 76是缺乏TCR和CD8表达的T细胞白血病细胞系。K562、T2和Jurkat 76细胞系在补充有10％FBS和50μg/ml庆大霉素(Invitrogen)的RPMI1640中培养。从转移性黑素瘤患者中分离而来的TIL在体外生长。
酪氨酸酶：Me275和MCF7细胞系在补充有10％FBS和50μg/ml庆大霉素(Invitrogen)的DMEM中生长。Melme-3M细胞系在补充有20％FBS和50μg/ml庆大霉素(Invitrogen)的IMDM中生长。
MAGE-A1：Me275、SK-MEL-37和SK-MEL-21细胞系在补充有10％FBS和50μg/ml庆大霉素(Invitrogen)的DMEM中生长。
MART1：A375和SK-MEL-28细胞系在补充有10％FBS和50μg/ml庆大霉素(Invitrogen)的DMEM中生长。Malme-3M细胞系在补充有20％FBS和50μg/ml庆大霉素的IMDM中生长。
MAGE-A3：SK-MEL-28和HEK293T细胞系在补充有10％FBS和50μg/ml庆大霉素(Invitrogen)的DMEM中生长。
SSX2：SK-MEL-21、SK-MEL-37和SK-MEL-28细胞系在补充有10％FBS和50μg/ml庆大霉素(Invitrogen)的DMEM中生长。
肽
将合成肽在DMSO中溶解至50μg/ml。
酪氨酸酶：所使用的肽是C*05:01限制性酪氨酸酶460-468(FQDYIKSYL；SEQ ID NO:51)和HIV rev67-75(SAEPVPLQL；SEQ ID NO:82)肽。将HIV rev67-75肽用作阴性对照。
MAGE-A1：所使用的肽是B*07:02限制性MAGE-A1289-297(RVRFFFPSL；SEQ ID NO:52)、NY-ESO-160-72(APRGPHGGAASGL；SEQ ID NO:83)、EBV EBNA3A379-387(RPPIFIRRL；SEQ IDNO:84)和HIV nef128-137(TPGPGVRYPL；SEQ ID NO:85)肽。将NY-ESO-160-72、EBV EBNA3A379-387和HIV nef128-137肽用作阴性对照。
MART1：所使用的肽是覆盖MART1的整个蛋白的20聚体重叠肽和B*18:01限制性MART125-33(EEAAGIGIL；SEQ ID NO:53)、MAGE-A3167-176(MEVDPIGHLY；SEQ ID NO:54)和HIVgag161-170(FRDYVDRFYK；SEQ ID NO:86)肽。将MAGE-A3167-176和HIV gag161-170肽用作阴性对照。
MAGE-A3：所使用的肽是B*18:01限制性MAGE-A3167-176(MEVDPIGHLY；SEQ ID NO:54)、MART125-33(EEAAGIGIL；SEQ ID NO:53)和HIV gag161-170(FRDYVDRFYK；SEQ ID NO:86)肽。将MART125-33和HIV gag161-170肽用作阴性对照。
SSX2：所使用的肽是A*02:01限制性SSX241-49(KASEKIFYV；SEQ ID NO:55)、NY-ESO-1157-165(SLLMWITQV；SEQ ID NO:87)和HTLV-1tax11-19(LLFGYPVYV；SEQ ID NO:88)肽。将NY-ESO-1157-165和HTLV-1tax11-19肽用作阴性对照。
基因
适用时，将HLA C*05:01、B*07:02和B*18:01基因中的每一个都经由内部核糖体进入位点与截短版本的人神经生长因子受体(ΔNGFR)融合。使用抗NGFR mAb分离出ΔNGFR转导的细胞。根据公开序列经由RT-PCR从SK-MEL-28细胞克隆出全长酪氨酸酶基因。根据公开序列经由RT-PCR自Malme-3M细胞克隆出全长MART1基因。根据公开序列经由RT-PCR自SK-MEL-37细胞克隆出全长SSX2基因。使用SMARTer RACE cDNA扩增试剂盒(Takara Bio)，通过cDNA末端的5’-快速扩增(RACE)PCR来克隆TCR基因。将5’-RACE PCR产物克隆至逆转录病毒载体中并测序。将所有基因克隆至pMX逆转录病毒载体中并使用基于293GPG细胞的逆转录病毒系统进行转导。
转染体
用单独的TCRα和TCRβ基因转导Jurkat 76/CD8细胞。使用CD3微珠(MiltenyiBiotec)，将Jurkat 76/CD8衍生的TCR转染体纯化(>95％纯度)。先前已报道了与CD80和CD83结合来单独表达作为单一HLA等位基因的各种HLA I类基因的基于K562的人工APC(Butler和Hirano,Immunol.Rev.257:191-209(2014)；Hirano等人,Clin.Cancer Res.12:2967-75(2006))。使用PG13衍生的逆转录病毒上清液将TCR基因转导至人原代T细胞中。使用TransIT293(Mirus Bio)将TCR基因转染至293GPG细胞系中。
用全长酪氨酸酶基因以逆转录病毒的方式转导酪氨酸酶-MCF7细胞，以产生MCF7/酪氨酸酶细胞。在用抗酪氨酸酶单克隆抗体(mAb)(克隆ERP10141；Abcam)染色之后，通过流式细胞术评价经转导的酪氨酸酶的表达。用HLA-C*05:01以逆转录病毒的方式转导HLA-C*05:01-Malme-3M和Me275细胞，以产生Malme-3M/C*05:01和Me275/C*05:01细胞。用如上所述的ΔNGFR基因对HLA-C*05:01基因加标签，并且将ΔNGFR+细胞纯化(>95％纯度)并用于后续实验。将单独ΔNGFR基因以逆转录病毒的方式转导作为对照。
用全长MAGE-A1基因以逆转录病毒的方式转导MAGE-A1-SK-MEL-21细胞，以产生SK-MEK-21/MAGE-A1细胞。在用抗MAGE-A1mAb(克隆MA454；LifeSpan Biosciences)染色之后，通过流式细胞术评价经转导的MAGE-A1的表达。用HLA-B*07:02以逆转录病毒的方式转导HLA-B*07:02-Me275和SK-MEL-37细胞，以产生Me275/B*07:02和SK-MEL-37/B*07:02细胞。用如上所述的ΔNGFR基因对HLA-B*07:02基因加标签，并且将ΔNGFR+细胞纯化(>95％纯度)并用于后续实验。将单独ΔNGFR基因以逆转录病毒的方式转导作为对照。
用全长MART1基因以逆转录病毒的方式转导MART1-A375细胞，以产生A375/MART1细胞。在用抗MART1 mAb(克隆A103；Santa Cruz Biotechnology)染色之后，通过流式细胞术评价经转导的MART1的表达。用HLA-B*18:01以逆转录病毒的方式转导HLA-B*18:01-Malme-3M、SK-MEL-28和A375细胞，以产生Malme-3M/B*18:01、SK-MEL-28/B*18:01和A375/B*18:01细胞。用如上所述的ΔNGFR基因对HLA-B*18:01基因加标签，并且将ΔNGFR+细胞纯化(>95％纯度)并用于后续实验。将单独ΔNGFR基因以逆转录病毒的方式转导作为对照。
用全长MAGE-A3基因以逆转录病毒的方式转导MAGE-A3-HEK293T细胞，以产生HEK293T/MAGE-A3细胞。用抗MAGE-A3多克隆抗体(pAb)(LifeSpan Biosciences)通过蛋白质印迹分析评价MAGE-A3在经转导的细胞中的表达。用HLA-B*18:01以逆转录病毒的方式转导HLA-B*18:01-SK-MEL-28和HEK293T细胞，以产生SK-MEL-28/B*18:01和HEK293T/B*18:01细胞。用如上所述的ΔNGFR基因对HLA-B*18:01基因加标签，并且将ΔNGFR+细胞纯化(>95％纯度)并用于后续实验。将单独ΔNGFR基因以逆转录病毒的方式转导作为对照。
用全长SSX2基因以逆转录病毒的方式转导SSX2-SK-MEL-21和SK-MEL-28细胞，以产生SK-MEK-21/SSX2和SK-MEL-28/SSX2细胞。用抗SSX2 pAb(Thermo Fisher Scientific)通过蛋白质印迹分析评价SSX2在经转导的细胞中的表达。用HLA-A*02:01以逆转录病毒的方式转导HLA-A*02:01-SK-MEL-28细胞，以产生SK-MEL-28/A*02:01细胞。
流式细胞术和细胞分选
用PC5缀合抗CD8 mAb(克隆B9.11；Beckman Coulter)、FITC缀合抗NGFR(克隆ME20.4；Biolegend)和APC/Cy7缀合抗CD3(克隆UCHT1；Biolegend)对细胞表面分子进行染色。用LIVE/DEAD Fixable Aqua死亡细胞染色试剂盒(Life Technologies)分辨死亡细胞。对于胞内染色，通过使用Cytofix/Cytoperm试剂盒(BD Biosciences)将细胞固定并且透化。用流式细胞术(BD Biosciences)分析经染色的细胞，并且使用FlowJo(Tree Star)执行数据分析。使用FACS Aria II(BD Bioscience)进行细胞分选。
细胞因子ELISPOT分析
如先前所述进行IFN-γELISPOT测定(参见例如Kagoya等人,Nat.Commun.9:1915(2018)；Anczurowski等人,Sci.Rep.8:4804(2018)；和Yamashita等人,Nat Commun.8:15244(2017))。用捕获mAb(1-D1K；MABTECH，Mariemont，OH)涂覆PVDF板(Millipore，Bedford，MA)，并且在存在或不存在肽的情况下，在37℃下将T细胞与每孔2×104个靶细胞一起孵育20-24小时。随后将板洗涤并与生物素缀合检测mAb(7-B6-1；MABTECH)一起孵育。然后加入HRP缀合SA(Jackson ImmunoResearch)，并且将IFN-γ点显影。通过用冷自来水彻底冲洗来停止反应。使用ImmunoSpot板读取器和ImmunoSpot 5.0版软件(CellularTechnology Limited,Shaker Heights，OH)对ELISPOT板进行扫描并计数。
CD8+TIL以HLA-限制性肽特异性方式的扩增
适用时，例如，对于MAGE-A3 TCR而言，使用CD8+T细胞分离试剂盒(MiltenyiBiotec)，通过负磁性选择来纯化CD8+TIL。用10μg/mL所关注的I类限制性肽将B*18:01-人工APC脉冲处理6小时。然后，将人工APC在200Gy下照射、洗涤并以20:1的效应物与标靶(E:T)的比加入到TIL中。从第二天开始，每三天将10IU/ml IL-2(Novartis)、10ng/mlIL-15(Peprotech)和30ng/ml IL-21(Peprotech)加入到培养物中。
用经克隆的TCR转导的原代CD8+T细胞的扩增
使用Pan T细胞分离试剂盒(Miltenyi Biotec)，通过负磁性选择来纯化CD3+T细胞。以20:1的E:T比用经200Gy照射的人工APC/mOKT3刺激经纯化的T细胞。从第二天开始，经由在32℃下以1,000g离心1小时连续3天，用经克隆的TCR基因以逆转录病毒的方式转导激活的T细胞。第二天，将100IU/ml IL-2和10ng/ml IL-15加入到TCR转导的T细胞中。每2-3天补充培养基。
基于哺乳动物细胞的pHLA多聚体的产生
将亲和力成熟HLA I类基因工程化成在α2域和替换HLA I类α3域的小鼠Kb基因衍生的α3域的位置115处携带Glu(E)残基代替Gln(Q)残基。通过将亲和力成熟HLA I类基因的胞外域与Gly-Ser(GS)柔性接头融合，随后与6x His标签融合，产生可溶性HLA I类Q115E-Kb基因。使用基于293GPG细胞的逆转录病毒系统，用各种可溶性HLA I类Q115E-Kb基因连同β2m基因单独转导HEK293T细胞。使异位表达可溶性亲和力成熟I类Q115E-Kb的稳定HEK293T细胞生长直到汇合为止，然后更换培养基。四十八小时后，收获条件培养基并立即使用或冷冻直到使用为止。在37℃下，将由HEK293T转染体产生的含有可溶性HLA I类Q115E-Kb的上清液与100-1000μg/ml所关注的I类限制性肽一起孵育过夜以实现体外肽交换。以2:1摩尔比，使用缀合至荧光染料诸如藻红素(PE)的抗His mAb(克隆AD1.1.10；Abcam)，将负载有肽的可溶性单体I类Q115E-Kb二聚化，在室温下进行2小时或在4℃下过夜。分别使用抗泛I类mAb(克隆W6/32，内部)和抗His标签生物素化mAb(克隆AD1.1.10，R&D systems)作为捕获和检测Ab，通过特异性ELISA测量功能性可溶HLA I类Q115E-Kb分子的浓度。
pHLA多聚体染色
在37℃下，在存在50nM达沙替尼(dasatinib)(LC laboratories)的情况下，将T细胞(1×105)孵育30分钟。然后将细胞洗涤并在室温下与5-10μg/ml的多聚体一起孵育30分钟，并且在4℃下，加入R-藻红素缀合的AffiniPure Fab片段山羊抗小鼠IgG1(JacksonImmunoResearch Laboratories)持续15分钟。接下来，将细胞洗涤三次并在4℃下与抗CD8mAb共染色15分钟。最终使用LIVE/DEAD可固定死亡细胞染色试剂盒来分辨死亡细胞。
统计分析
使用GraphPad Prism 5.0e进行统计分析。进行Welch氏t检验(双侧)分析以确定两个组对于给定变量而言是否具有显著差异。P值<0.05被视为是显著的。
实施例2–酪氨酸酶特异性TCR
将肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)从转移性黑素瘤患者中分离出来，然后在体外进行多克隆扩增，并且检查其对于HLA-C*05:01等位基因的酪氨酸酶抗原特异性。将使用肽/HLA(pHLA)多聚体的基于结构的分析和功能分析的组合用于测量抗原特异性T细胞反应。使用具有酪氨酸酶460-468肽的pHLA多聚体对T细胞进行染色(图1)。TIL对于C*05:01/酪氨酸酶460-468多聚体而言显示出阳性。根据ELISPOT分析，多聚体阳性T细胞以HLA限制性肽特异性方式来分泌可检测的IFN-γ(图2)。
收集多聚体阳性抗肿瘤T细胞并且对其TCR基因进行分子克隆(图3)。经克隆的TCR的抗原特异性和功能反应性通过TCR重构T细胞的多聚体染色和ELISPOT测定来验证。当在原代T细胞上重构时，C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR-转导的T细胞成功地经同源多聚体染色(图4)并且与通过表面C*05:01分子呈递的酪氨酸酶460-468肽强烈反应(图5)。重要的是，这些细胞能够识别天然表达酪氨酸酶基因的C*05:01匹配且未经肽脉冲处理的肿瘤细胞。虽然Malme-3M和Me275黑素瘤细胞系对于C*05:01而言是阴性的，但它们内源性表达酪氨酸酶基因。当C*05:01分子经异位表达时，通过C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR转导的T细胞成功识别出两种黑素瘤细胞系。另外，当转导全长酪氨酸酶基因时，缺乏酪氨酸酶的内源性表达的MCF7乳腺癌细胞变得对于C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR转导的T细胞具有反应性(图6-8)。这些结果清楚地证明C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR转导的T细胞具有足够亲合性以识别肿瘤细胞并且经克隆的C*05:01/酪氨酸酶460-468TCR具有肿瘤反应性。
实施例3–MAGE-A1特异性TCR
将TIL从转移性黑素瘤患者中分离出来，然后在体外多克隆扩增，并且检查其对于HLA-B*07:02等位基因的MAGE-A1抗原特异性。使用具有MAGE-A1289-297肽的pHLA多聚体对T细胞进行染色(图9)。TIL对于B*07:02/MAGE-A1289-297多聚体而言显示阳性。根据ELISPOT分析，多聚体阳性T细胞以HLA限制性肽特异性方式来分泌可检测的IFN-γ(图10)。
收集多聚体阳性抗肿瘤T细胞并且对其TCR基因进行分子克隆(图11)。经克隆的TCR的抗原特异性和功能反应性通过TCR重构T细胞的多聚体染色和ELISPOT测定来验证。当在原代T细胞上重构时，B*07:02/MAGE-A1289-297TCR-转导的T细胞成功地经同源多聚体染色(图12)并且与由表面B*07:02分子呈递的MAGE-A1289-297肽强烈反应(图13)。重要的是，这些细胞能够识别天然表达MAGE-A1基因的B*07:02匹配且未经肽脉冲处理的肿瘤细胞。虽然Me275和SK-MEL-37黑素瘤细胞系两者对于B*07:02而言是阴性的，但它们内源性表达MAGE-A1基因。当B*07:02分子经异位表达时，通过B*07:02/MAGE-A1289-297TCR转导的T细胞成功识别出两种黑素瘤细胞系。另外，当转导全长MAGE-A1基因时，缺少MAGE-A1的内源性表达的SK-MEL-21黑素瘤细胞变得对于B*07:02/MAGE-A1289-297TCR转导的T细胞具有反应性(图14至图16)。这些结果清楚地证明B*07:02/MAGE-A1289-297TCR转导的T细胞具有足够亲合性以识别肿瘤细胞并且经克隆的B*07:02/MAGE-A1289-297TCR具有肿瘤反应性。
使用新克隆的肿瘤反应性B*07:02限制性MAGE-A1 TCR基因可扩大抗MAGE-A1 TCR基因疗法的适用性。
实施例4–MART1特异性TCR
将TIL从转移性黑素瘤患者中分离出来，然后在体外多克隆扩增，并且检查其对于HLA-B*18:01等位基因的MART1抗原特异性。由于pHLA多聚体产生需要使用具有已知准确序列的肽，因此使用基于pHLA多聚体的策略来进行新表位肽的高通量筛选既不简单也不实用。除了使用pHLA多聚体的基于结构的分析之外，还可应用功能分析来确定T细胞的抗原特异性。进行了使用人工抗原呈递细胞(APC)作为刺激细胞的功能测定，所述细胞可吸收并加工较长肽并经由I类分子呈递表位肽。HLA-B*18:01-人工APC用覆盖MART1的整个蛋白的重叠肽进行脉冲处理(表5)并且在细胞因子ELISPOT测定中用作刺激物。在IFN-γELISPOT分析中，当用MART1衍生的重叠肽脉冲处理的B*18:01-人工APC进行刺激时，B*18:01+黑素瘤TIL显示出对于具有共有序列21YTTAEEAAGIGILTV35的两个相邻肽的阳性反应(图17)。使用一系列突变缺失肽，确定了由B*18:01分子呈递的最少需要的肽表位25EEAAGIGIL33。重要的是，B*18:01/MART125-33多聚体成功地对至多9.2％的多克隆扩增TIL进行了染色，表明B*18:01/MART125-33T细胞是TIL的优势群体(图18)。根据ELISPOT分析，多聚体阳性T细胞以HLA限制性肽特异性方式分泌可检测的IFN-γ(图19)。
表5.MART1衍生的重叠肽。
位置 肽序列 SEQ ID NO
1 MPREDAHFIYGYPKKGHGHS 61
6 AHFIYGYPKKGHGHSYTTAE 62
11 GYPKKGHGHSYTTAEEAAGI 63
16 GHGHSYTTAEEAAGIGILTV 64
21 YTTAEEAAGIGILTVILGVL 65
26 EAAGIGILTVILGVLLLIGC 66
31 GILTVILGVLLLIGCWYCRR 67
36 ILGVLLLIGCWYCRRRNGYR 68
41 LLIGCWYCRRRNGYRALMDK 69
46 WYCRRRNGYRALMDKSLHVG 70
51 RNGYRALMDKSLHVGTQCAL 71
56 ALMDKSLHVGTQCALTRRCP 72
61 SLHVGTQCALTRRCPQEGFD 73
66 TQCALTRRCPQEGFDHRDSK 74
71 TRRCPQEGFDHRDSKVSLQE 75
76 QEGFDHRDSKVSLQEKNCEP 76
81 HRDSKVSLQEKNCEPVVPNA 77
86 VSLQEKNCEPVVPNAPPAYE 78
91 KNCEPVVPNAPPAYEKLSAE 79
96 VVPNAPPAYEKLSAEQSPPP 80
99 NAPPAYEKLSAEQSPPPYSP 81
收集多聚体阳性抗肿瘤T细胞并且对其TCR基因进行分子克隆(图20)。经克隆的TCR的抗原特异性和功能反应性通过TCR重构T细胞的多聚体染色和ELISPOT测定来验证。当在原代T细胞上重构时，B*18:01/MART125-33TCR-转导的T细胞成功地经同源多聚体染色(图21)并且与由表面B*18:01分子呈递的MART125-33肽强烈反应(图22)。重要的是，这些细胞能够识别天然表达MART1基因的B*18:01匹配且未经肽脉冲处理的肿瘤细胞。虽然Malme-3M和SK-MEL-28黑素瘤细胞系两者对于B*18:01而言是阴性的，但它们内源性表达MART1基因。当B*18:01分子经异位表达时，通过B*18:01/MART125-33TCR转导的T细胞成功识别出两种黑素瘤细胞系。另外，仅当转导B*18:01和全长MART1基因两者(而不是单一基因中的任何一个)时，缺乏B*18:01和MART1两者的内源性表达的A375黑素瘤细胞变得对于B*18:01/MART125- 33TCR转导的T细胞具有反应性(图23至图25)。这些结果清楚地证明B*18:01/MART125-33TCR转导的T细胞具有足够亲合性以识别肿瘤细胞并且经克隆的B*18:01/MART125-33TCR具有肿瘤反应性。
使用新克隆的肿瘤反应性B*18:01限制性MART1 TCR基因可扩大抗MART1 TCR基因疗法的适用性超出HLA-A*02:01阳性癌症患者的范围。
实施例5–MAGE-A3特异性TCR
将TIL从转移性黑素瘤患者中分离出来，然后在体外多克隆扩增，并且检查其对于HLA-B*18:01等位基因的MAGE-A3抗原特异性。使用具有MAGE-A3167-176肽的pHLA多聚体对T细胞进行染色。在肽特异性刺激之前，多克隆扩增TIL的B*18:01/MAGE-A3167-176多聚体阳性率仅为0.04％。然而，当用经MAGE-A3167-176肽脉冲处理的B*18:01-人工APC对TIL进行一次弱刺激时，5.5％的TIL经同源多聚体染色并且以B*18:01/MAGE-A3167-176特异性方式分泌IFN-γ(图26至图27)。
收集多聚体阳性抗肿瘤T细胞并且对其TCR基因进行分子克隆(图28)。经克隆的TCR的抗原特异性和功能反应性通过TCR重构T细胞的多聚体染色和ELISPOT测定来验证。当在原代T细胞上重构时，B*18:01/MAGE-A3167-176TCR-转导的T细胞成功地经同源多聚体染色(图29)并且与由表面B*18:01分子呈递的MAGE-A3167-176肽强烈反应(图30)。重要的是，这些细胞能够识别天然表达MAGE-A3基因的B*18:01匹配且未经肽脉冲处理的肿瘤细胞。虽然SK-MEL-28黑素瘤细胞对于B*18:01而言是阴性的，但其内源性表达MAGE-A3基因。当B*18:01分子经异位表达时，通过B*18:01/MAGE-A3167-176TCR转导的T细胞成功识别出黑素瘤细胞。另外，仅当转导B*18:01和全长MAGE-A3基因两者(而不是单一基因中的任何一个)时，缺乏B*18:01和MAGE-A3两者的内源性表达的HEK293T黑素瘤细胞变得对于B*18:01/MAGE-A3167-176TCR转导的T细胞具有反应性(图31至图33)。这些结果清楚地证明B*18:01/MAGE-A3167-176TCR转导的T细胞具有足够亲合性以识别肿瘤细胞并且经克隆的B*18:01/MAGE-A3167-176TCR具有肿瘤反应性。
使用新克隆的肿瘤反应性B*18:01/MAGE-A3 TCR基因可扩大抗MAGE-A3 TCR基因疗法的适用性超出HLA-A*02:01阳性癌症患者的范围。
实施例6–SSX2特异性TCR
将TIL从转移性黑素瘤患者中分离出来，然后在体外多克隆扩增，并且检查其对于HLA-A*02:01等位基因的SSX2抗原特异性。使用具有SSX241-49肽的pHLA多聚体对T细胞进行染色(图34)。TIL对于A*02:01/SSX241-49多聚体而言显示出阳性。根据ELISPOT分析，多聚体阳性T细胞以HLA限制性肽特异性方式分泌可检测的IFN-γ(图35)。
收集多聚体阳性抗肿瘤T细胞并且对其TCR基因进行分子克隆(图36)。经克隆的TCR的抗原特异性和功能反应性通过TCR重构T细胞的多聚体染色和ELISPOT测定来验证。当在原代T细胞上重构时，A*02:01/SSX241-49TCR-转导的T细胞成功地经同源多聚体染色(图37)并且与由表面A*02:01分子呈递的SSX241-49肽强烈反应(图38)。重要的是，这些细胞能够识别天然表达SSX2基因的A*02:01匹配且未经肽脉冲处理的肿瘤细胞。虽然SK-MEL-21黑素瘤细胞对于A*02:01而言是阳性的，但其不内源性表达SSX2基因。当SSX2分子经异位表达时，通过A*02:01/SSX241-49TCR转导的T细胞成功识别出黑素瘤细胞。另外，仅当转导A*02:01和全长SSX2基因两者(而不是单一基因中的任何一个)时，缺乏A*02:01和SSX2两者的内源性表达的SK-MEL-28黑素瘤细胞变得对于A*02:01/SSX241-49TCR转导的T细胞具有反应性(图39至图41)。这些结果清楚地证明A*02:01/SSX241-49TCR转导的T细胞具有足够亲合性以识别肿瘤细胞并且经克隆的A*02:01/SSX241-49TCR具有肿瘤反应性。
使用新克隆的肿瘤反应性A*02:01限制性SSX2 TCR基因可扩大抗SSX2 TCR基因疗法的适用性。
序列表
<110> 大学健康网络
<120> T细胞受体及其使用方法
<130> 4285.008PC01/C-K/BMD
<150> US 62/823,487
<151> 2019-03-25
<160> 93
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 271
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr-α链氨基酸序列
<400> 1
Met Arg Gln Val Ala Arg Val Ile Val Phe Leu Thr Leu Ser Thr Leu
1 5 10 15
Ser Leu Ala Lys Thr Thr Gln Pro Ile Ser Met Asp Ser Tyr Glu Gly
20 25 30
Gln Glu Val Asn Ile Thr Cys Ser His Asn Asn Ile Ala Thr Asn Asp
35 40 45
Tyr Ile Thr Trp Tyr Gln Gln Phe Pro Ser Gln Gly Pro Arg Phe Ile
50 55 60
Ile Gln Gly Tyr Lys Thr Lys Val Thr Asn Glu Val Ala Ser Leu Phe
65 70 75 80
Ile Pro Ala Asp Arg Lys Ser Ser Thr Leu Ser Leu Pro Arg Val Ser
85 90 95
Leu Ser Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Leu Val Gly Asp Val Glu Gly
100 105 110
Ser Gln Gly Asn Leu Ile Phe Gly Lys Gly Thr Lys Leu Ser Val Lys
115 120 125
Pro Asn Ile Gln Asn Pro Asp Pro Ala Val Tyr Gln Leu Arg Asp Ser
130 135 140
Lys Ser Ser Asp Lys Ser Val Cys Leu Phe Thr Asp Phe Asp Ser Gln
145 150 155 160
Thr Asn Val Ser Gln Ser Lys Asp Ser Asp Val Tyr Ile Thr Asp Lys
165 170 175
Thr Val Leu Asp Met Arg Ser Met Asp Phe Lys Ser Asn Ser Ala Val
180 185 190
Ala Trp Ser Asn Lys Ser Asp Phe Ala Cys Ala Asn Ala Phe Asn Asn
195 200 205
Ser Ile Ile Pro Glu Asp Thr Phe Phe Pro Ser Pro Glu Ser Ser Cys
210 215 220
Asp Val Lys Leu Val Glu Lys Ser Phe Glu Thr Asp Thr Asn Leu Asn
225 230 235 240
Phe Gln Asn Leu Ser Val Ile Gly Phe Arg Ile Leu Leu Leu Lys Val
245 250 255
Ala Gly Phe Asn Leu Leu Met Thr Leu Arg Leu Trp Ser Ser Glx
260 265 270
<210> 2
<211> 314
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr-β链氨基酸序列
<400> 2
Met Ser Ile Gly Leu Leu Cys Cys Ala Ala Leu Ser Leu Leu Trp Ala
1 5 10 15
Gly Pro Val Asn Ala Gly Val Thr Gln Thr Pro Lys Phe Gln Val Leu
20 25 30
Lys Thr Gly Gln Ser Met Thr Leu Gln Cys Ala Gln Asp Met Asn His
35 40 45
Glu Tyr Met Ser Trp Tyr Arg Gln Asp Pro Gly Met Gly Leu Arg Leu
50 55 60
Ile His Tyr Ser Val Gly Ala Gly Ile Thr Asp Gln Gly Glu Val Pro
65 70 75 80
Asn Gly Tyr Asn Val Ser Arg Ser Thr Thr Glu Asp Phe Pro Leu Arg
85 90 95
Leu Leu Ser Ala Ala Pro Ser Gln Thr Ser Val Tyr Phe Cys Ala Ser
100 105 110
Ser His His Ser Gly Gly Ile Tyr Asn Glu Gln Phe Phe Gly Pro Gly
115 120 125
Thr Arg Leu Thr Val Leu Glu Asp Leu Lys Asn Val Phe Pro Pro Glu
130 135 140
Val Ala Val Phe Glu Pro Ser Glu Ala Glu Ile Ser His Thr Gln Lys
145 150 155 160
Ala Thr Leu Val Cys Leu Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Asp His Val Glu
165 170 175
Leu Ser Trp Trp Val Asn Gly Lys Glu Val His Ser Gly Val Ser Thr
180 185 190
Asp Pro Gln Pro Leu Lys Glu Gln Pro Ala Leu Asn Asp Ser Arg Tyr
195 200 205
Cys Leu Ser Ser Arg Leu Arg Val Ser Ala Thr Phe Trp Gln Asn Pro
210 215 220
Arg Asn His Phe Arg Cys Gln Val Gln Phe Tyr Gly Leu Ser Glu Asn
225 230 235 240
Asp Glu Trp Thr Gln Asp Arg Ala Lys Pro Val Thr Gln Ile Val Ser
245 250 255
Ala Glu Ala Trp Gly Arg Ala Asp Cys Gly Phe Thr Ser Glu Ser Tyr
260 265 270
Gln Gln Gly Val Leu Ser Ala Thr Ile Leu Tyr Glu Ile Leu Leu Gly
275 280 285
Lys Ala Thr Leu Tyr Ala Val Leu Val Ser Ala Leu Val Leu Met Ala
290 295 300
Met Val Lys Arg Lys Asp Ser Arg Gly Glx
305 310
<210> 3
<211> 813
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr-α链核苷酸序列
<400> 3
atgaggcaag tggcgagagt gatcgtgttc ctgaccctga gtactttgag ccttgctaag 60
accacccagc ccatctccat ggactcatat gaaggacaag aagtgaacat aacctgtagc 120
cacaacaaca ttgctacaaa tgattatatc acgtggtacc aacagtttcc cagccaagga 180
ccacgattta ttattcaagg atacaagaca aaagttacaa acgaagtggc ctccctgttt 240
atccctgccg acagaaagtc cagcactctg agcctgcccc gggtttccct gagcgacact 300
gctgtgtact actgcctcgt gggtgacgta gaaggaagcc aaggaaatct catctttgga 360
aaaggcacta aactctctgt taaaccaaat atccagaacc ctgaccctgc cgtgtaccag 420
ctgagagact ctaaatccag tgacaagtct gtctgcctat tcaccgattt tgattctcaa 480
acaaatgtgt cacaaagtaa ggattctgat gtgtatatca cagacaaaac tgtgctagac 540
atgaggtcta tggacttcaa gagcaacagt gctgtggcct ggagcaacaa atctgacttt 600
gcatgtgcaa acgccttcaa caacagcatt attccagaag acaccttctt ccccagccca 660
gaaagttcct gtgatgtcaa gctggtcgag aaaagctttg aaacagatac gaacctaaac 720
tttcaaaacc tgtcagtgat tgggttccga atcctcctcc tgaaagtggc cgggtttaat 780
ctgctcatga cgctgcggct gtggtccagc tga 813
<210> 4
<211> 942
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr-β链核苷酸序列
<400> 4
atgagcatcg gcctcctgtg ctgtgcagcc ttgtctctcc tgtgggcagg tccagtgaat 60
gctggtgtca ctcagacccc aaaattccag gtcctgaaga caggacagag catgacactg 120
cagtgtgccc aggatatgaa ccatgaatac atgtcctggt atcgacaaga cccaggcatg 180
gggctgaggc tgattcatta ctcagttggt gctggtatca ctgaccaagg agaagtcccc 240
aatggctaca atgtctccag atcaaccaca gaggatttcc cgctcaggct gctgtcggct 300
gctccctccc agacatctgt gtacttctgt gccagcagtc accattcggg ggggatctac 360
aatgagcagt tcttcgggcc agggacacgg ctcaccgtgc tagaggacct gaaaaacgtg 420
ttcccacccg aggtcgctgt gtttgagcca tcagaagcag agatctccca cacccaaaag 480
gccacactgg tatgcctggc cacaggcttc taccccgacc acgtggagct gagctggtgg 540
gtgaatggga aggaggtgca cagtggggtc agcacagacc cgcagcccct caaggagcag 600
cccgccctca atgactccag atactgcctg agcagccgcc tgagggtctc ggccaccttc 660
tggcagaacc cccgcaacca cttccgctgt caagtccagt tctacgggct ctcggagaat 720
gacgagtgga cccaggatag ggccaaacct gtcacccaga tcgtcagcgc cgaggcctgg 780
ggtagagcag actgtggctt cacctccgag tcttaccagc aaggggtcct gtctgccacc 840
atcctctatg agatcttgct agggaaggcc accttgtatg ccgtgctggt cagtgccctc 900
gtgctgatgg ccatggtcaa gagaaaggat tccagaggct ag 942
<210> 5
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr-α CDR1
<400> 5
Asn Ile Ala Thr Asn Asp Tyr
1 5
<210> 6
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr-α CDR2
<400> 6
Gly Tyr Lys Thr Lys
1 5
<210> 7
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr-α CDR3
<400> 7
Cys Leu Val Gly Asp Val Glu Gly Ser Gln Gly Asn Leu Ile Phe
1 5 10 15
<210> 8
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr-β CDR1
<400> 8
Met Asn His Glu Tyr
1 5
<210> 9
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr-β CDR2
<400> 9
Ser Val Gly Ala Gly Ile
1 5
<210> 10
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr-β CDR3
<400> 10
Cys Ala Ser Ser His His Ser Gly Gly Ile Tyr Asn Glu Gln Phe Phe
1 5 10 15
<210> 11
<211> 280
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1-α链氨基酸序列
<400> 11
Met Leu Thr Ala Ser Leu Leu Arg Ala Val Ile Ala Ser Ile Cys Val
1 5 10 15
Val Ser Ser Met Ala Gln Lys Val Thr Gln Ala Gln Thr Glu Ile Ser
20 25 30
Val Val Glu Lys Glu Asp Val Thr Leu Asp Cys Val Tyr Glu Thr Arg
35 40 45
Asp Thr Thr Tyr Tyr Leu Phe Trp Tyr Lys Gln Pro Pro Ser Gly Glu
50 55 60
Leu Val Phe Leu Ile Arg Arg Asn Ser Phe Asp Glu Gln Asn Glu Ile
65 70 75 80
Ser Gly Arg Tyr Ser Trp Asn Phe Gln Lys Ser Thr Ser Ser Phe Asn
85 90 95
Phe Thr Ile Thr Ala Ser Gln Val Val Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys
100 105 110
Ala Leu Ser Glu Ser Tyr Ser Gly Ala Gly Ser Tyr Gln Leu Thr Phe
115 120 125
Gly Lys Gly Thr Lys Leu Ser Val Ile Pro Asn Ile Gln Asn Pro Asp
130 135 140
Pro Ala Val Tyr Gln Leu Arg Asp Ser Lys Ser Ser Asp Lys Ser Val
145 150 155 160
Cys Leu Phe Thr Asp Phe Asp Ser Gln Thr Asn Val Ser Gln Ser Lys
165 170 175
Asp Ser Asp Val Tyr Ile Thr Asp Lys Thr Val Leu Asp Met Arg Ser
180 185 190
Met Asp Phe Lys Ser Asn Ser Ala Val Ala Trp Ser Asn Lys Ser Asp
195 200 205
Phe Ala Cys Ala Asn Ala Phe Asn Asn Ser Ile Ile Pro Glu Asp Thr
210 215 220
Phe Phe Pro Ser Pro Glu Ser Ser Cys Asp Val Lys Leu Val Glu Lys
225 230 235 240
Ser Phe Glu Thr Asp Thr Asn Leu Asn Phe Gln Asn Leu Ser Val Ile
245 250 255
Gly Phe Arg Ile Leu Leu Leu Lys Val Ala Gly Phe Asn Leu Leu Met
260 265 270
Thr Leu Arg Leu Trp Ser Ser Glx
275 280
<210> 12
<211> 312
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1-β链氨基酸序列
<400> 12
Met Gly Thr Ser Leu Leu Cys Trp Met Ala Leu Cys Leu Leu Gly Ala
1 5 10 15
Asp His Ala Asp Thr Gly Val Ser Gln Asn Pro Arg His Lys Ile Thr
20 25 30
Lys Arg Gly Gln Asn Val Thr Phe Arg Cys Asp Pro Ile Ser Glu His
35 40 45
Asn Arg Leu Tyr Trp Tyr Arg Gln Thr Leu Gly Gln Gly Pro Glu Phe
50 55 60
Leu Thr Tyr Phe Gln Asn Glu Ala Gln Leu Glu Lys Ser Arg Leu Leu
65 70 75 80
Ser Asp Arg Phe Ser Ala Glu Arg Pro Lys Gly Ser Phe Ser Thr Leu
85 90 95
Glu Ile Gln Arg Thr Glu Gln Gly Asp Ser Ala Met Tyr Leu Cys Ala
100 105 110
Ser Ser Leu Ala Ser Gly Ser Asn Gln Pro Gln His Phe Gly Asp Gly
115 120 125
Thr Arg Leu Ser Ile Leu Glu Asp Leu Asn Lys Val Phe Pro Pro Glu
130 135 140
Val Ala Val Phe Glu Pro Ser Glu Ala Glu Ile Ser His Thr Gln Lys
145 150 155 160
Ala Thr Leu Val Cys Leu Ala Thr Gly Phe Phe Pro Asp His Val Glu
165 170 175
Leu Ser Trp Trp Val Asn Gly Lys Glu Val His Ser Gly Val Ser Thr
180 185 190
Asp Pro Gln Pro Leu Lys Glu Gln Pro Ala Leu Asn Asp Ser Arg Tyr
195 200 205
Cys Leu Ser Ser Arg Leu Arg Val Ser Ala Thr Phe Trp Gln Asn Pro
210 215 220
Arg Asn His Phe Arg Cys Gln Val Gln Phe Tyr Gly Leu Ser Glu Asn
225 230 235 240
Asp Glu Trp Thr Gln Asp Arg Ala Lys Pro Val Thr Gln Ile Val Ser
245 250 255
Ala Glu Ala Trp Gly Arg Ala Asp Cys Gly Phe Thr Ser Val Ser Tyr
260 265 270
Gln Gln Gly Val Leu Ser Ala Thr Ile Leu Tyr Glu Ile Leu Leu Gly
275 280 285
Lys Ala Thr Leu Tyr Ala Val Leu Val Ser Ala Leu Val Leu Met Ala
290 295 300
Met Val Lys Arg Lys Asp Phe Glx
305 310
<210> 13
<211> 840
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1-α链核苷酸序列
<400> 13
atgctgactg ccagcctgtt gagggcagtc atagcctcca tctgtgttgt atccagcatg 60
gctcagaagg taactcaagc gcagactgaa atttctgtgg tggagaagga ggatgtgacc 120
ttggactgtg tgtatgaaac ccgtgatact acttattact tattctggta caagcaacca 180
ccaagtggag aattggtttt ccttattcgt cggaactctt ttgatgagca aaatgaaata 240
agtggtcggt attcttggaa cttccagaaa tccaccagtt ccttcaactt caccatcaca 300
gcctcacaag tcgtggactc agcagtatac ttctgtgctc tgagtgagtc atactctggg 360
gctgggagtt accaactcac tttcgggaag gggaccaaac tctcggtcat accaaatatc 420
cagaaccctg accctgccgt gtaccagctg agagactcta aatccagtga caagtctgtc 480
tgcctattca ccgattttga ttctcaaaca aatgtgtcac aaagtaagga ttctgatgtg 540
tatatcacag acaaaactgt gctagacatg aggtctatgg acttcaagag caacagtgct 600
gtggcctgga gcaacaaatc tgactttgca tgtgcaaacg ccttcaacaa cagcattatt 660
ccagaagaca ccttcttccc cagcccagaa agttcctgtg atgtcaagct ggtcgagaaa 720
agctttgaaa cagatacgaa cctaaacttt caaaacctgt cagtgattgg gttccgaatc 780
ctcctcctga aagtggccgg gtttaatctg ctcatgacgc tgcggctgtg gtccagctga 840
<210> 14
<211> 936
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1-β链核苷酸序列
<400> 14
atgggcacca gcctcctctg ctggatggcc ctgtgtctcc tgggggcaga tcacgcagat 60
actggagtct cccagaaccc cagacacaag atcacaaaga ggggacagaa tgtaactttc 120
aggtgtgatc caatttctga acacaaccgc ctttattggt accgacagac cctggggcag 180
ggcccagagt ttctgactta cttccagaat gaagctcaac tagaaaaatc aaggctgctc 240
agtgatcggt tctctgcaga gaggcctaag ggatctttct ccaccttgga gatccagcgc 300
acagagcagg gggactcggc catgtatctc tgtgccagca gcttagcttc gggcagcaat 360
cagccccagc attttggtga tgggactcga ctctccatcc tagaggacct gaacaaggtg 420
ttcccacccg aggtcgctgt gtttgagcca tcagaagcag agatctccca cacccaaaag 480
gccacactgg tgtgcctggc cacaggcttc ttccccgacc acgtggagct gagctggtgg 540
gtgaatggga aggaggtgca cagtggggtc agcacggacc cgcagcccct caaggagcag 600
cccgccctca atgactccag atactgcctg agcagccgcc tgagggtctc ggccaccttc 660
tggcagaacc cccgcaacca cttccgctgt caagtccagt tctacgggct ctcggagaat 720
gacgagtgga cccaggatag ggccaaaccc gtcacccaga tcgtcagcgc cgaggcctgg 780
ggtagagcag actgtggctt tacctcggtg tcctaccagc aaggggtcct gtctgccacc 840
atcctctatg agatcctgct agggaaggcc accctgtatg ctgtgctggt cagcgccctt 900
gtgttgatgg ccatggtcaa gagaaaggat ttctga 936
<210> 15
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1-α CDR1
<400> 15
Thr Arg Asp Thr Thr Tyr Tyr Leu
1 5
<210> 16
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1-α CDR2
<400> 16
Arg Asn Ser Phe Asp Glu Gln Asn
1 5
<210> 17
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1-α CDR3
<400> 17
Cys Ala Leu Ser Glu Ser Tyr Ser Gly Ala Gly Ser Tyr Gln Leu Thr
1 5 10 15
Phe
<210> 18
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1-β CDR1
<400> 18
Ser Glu His Asn Arg
1 5
<210> 19
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1-β CDR2
<400> 19
Phe Gln Asn Glu Ala Gln
1 5
<210> 20
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1-β CDR3
<400> 20
Cys Ala Ser Ser Leu Ala Ser Gly Ser Asn Gln Pro Gln His Phe
1 5 10 15
<210> 21
<211> 269
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1-α链氨基酸序列
<400> 21
Met Trp Gly Val Phe Leu Leu Tyr Val Ser Met Lys Met Gly Gly Thr
1 5 10 15
Thr Gly Gln Asn Ile Asp Gln Pro Thr Glu Met Thr Ala Thr Glu Gly
20 25 30
Ala Ile Val Gln Ile Asn Cys Thr Tyr Gln Thr Ser Gly Phe Asn Gly
35 40 45
Leu Phe Trp Tyr Gln Gln His Ala Gly Glu Ala Pro Thr Phe Leu Ser
50 55 60
Tyr Asn Val Leu Asp Gly Leu Glu Glu Lys Gly Arg Phe Ser Ser Phe
65 70 75 80
Leu Ser Arg Ser Lys Gly Tyr Ser Tyr Leu Leu Leu Lys Glu Leu Gln
85 90 95
Met Lys Asp Ser Ala Ser Tyr Leu Cys Ala Val Tyr Gly Gly Ala Thr
100 105 110
Asn Lys Leu Ile Phe Gly Thr Gly Thr Leu Leu Ala Val Gln Pro Asn
115 120 125
Ile Gln Asn Pro Asp Pro Ala Val Tyr Gln Leu Arg Asp Ser Lys Ser
130 135 140
Ser Asp Lys Ser Val Cys Leu Phe Thr Asp Phe Asp Ser Gln Thr Asn
145 150 155 160
Val Ser Gln Ser Lys Asp Ser Asp Val Tyr Ile Thr Asp Lys Thr Val
165 170 175
Leu Asp Met Arg Ser Met Asp Phe Lys Ser Asn Ser Ala Val Ala Trp
180 185 190
Ser Asn Lys Ser Asp Phe Ala Cys Ala Asn Ala Phe Asn Asn Ser Ile
195 200 205
Ile Pro Glu Asp Thr Phe Phe Pro Ser Pro Glu Ser Ser Cys Asp Val
210 215 220
Lys Leu Val Glu Lys Ser Phe Glu Thr Asp Thr Asn Leu Asn Phe Gln
225 230 235 240
Asn Leu Ser Val Ile Gly Phe Arg Ile Leu Leu Leu Lys Val Ala Gly
245 250 255
Phe Asn Leu Leu Met Thr Leu Arg Leu Trp Ser Ser Glx
260 265
<210> 22
<211> 313
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1-β链氨基酸序列
<400> 22
Met Asp Thr Arg Val Leu Cys Cys Ala Val Ile Cys Leu Leu Gly Ala
1 5 10 15
Gly Leu Ser Asn Ala Gly Val Met Gln Asn Pro Arg His Leu Val Arg
20 25 30
Arg Arg Gly Gln Glu Ala Arg Leu Arg Cys Ser Pro Met Lys Gly His
35 40 45
Ser His Val Tyr Trp Tyr Arg Gln Leu Pro Glu Glu Gly Leu Lys Phe
50 55 60
Met Val Tyr Leu Gln Lys Glu Asn Ile Ile Asp Glu Ser Gly Met Pro
65 70 75 80
Lys Glu Arg Phe Ser Ala Glu Phe Pro Lys Glu Gly Pro Ser Ile Leu
85 90 95
Arg Ile Gln Gln Val Val Arg Gly Asp Ser Ala Ala Tyr Phe Cys Ala
100 105 110
Ser Ser Pro His Ala Gly Gly Val Asp Glu Lys Leu Phe Phe Gly Ser
115 120 125
Gly Thr Gln Leu Ser Val Leu Glu Asp Leu Asn Lys Val Phe Pro Pro
130 135 140
Glu Val Ala Val Phe Glu Pro Ser Glu Ala Glu Ile Ser His Thr Gln
145 150 155 160
Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ala Thr Gly Phe Phe Pro Asp His Val
165 170 175
Glu Leu Ser Trp Trp Val Asn Gly Lys Glu Val His Ser Gly Val Ser
180 185 190
Thr Asp Pro Gln Pro Leu Lys Glu Gln Pro Ala Leu Asn Asp Ser Arg
195 200 205
Tyr Cys Leu Ser Ser Arg Leu Arg Val Ser Ala Thr Phe Trp Gln Asn
210 215 220
Pro Arg Asn His Phe Arg Cys Gln Val Gln Phe Tyr Gly Leu Ser Glu
225 230 235 240
Asn Asp Glu Trp Thr Gln Asp Arg Ala Lys Pro Val Thr Gln Ile Val
245 250 255
Ser Ala Glu Ala Trp Gly Arg Ala Asp Cys Gly Phe Thr Ser Val Ser
260 265 270
Tyr Gln Gln Gly Val Leu Ser Ala Thr Ile Leu Tyr Glu Ile Leu Leu
275 280 285
Gly Lys Ala Thr Leu Tyr Ala Val Leu Val Ser Ala Leu Val Leu Met
290 295 300
Ala Met Val Lys Arg Lys Asp Phe Glx
305 310
<210> 23
<211> 807
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1-α链核苷酸序列
<400> 23
atgtggggag ttttccttct ttatgtttcc atgaagatgg gaggcactac aggacaaaac 60
attgaccagc ccactgagat gacagctacg gaaggtgcca ttgtccagat caactgcacg 120
taccagacat ctgggttcaa cgggctgttc tggtaccagc aacatgctgg cgaagcaccc 180
acatttctgt cttacaatgt tctggatggt ttggaggaga aaggtcgttt ttcttcattc 240
cttagtcggt ctaaagggta cagttacctc cttttgaagg agctccagat gaaagactct 300
gcctcttacc tctgtgctgt gtatggtggt gctacaaaca agctcatctt tggaactggc 360
actctgcttg ctgtccagcc aaatatccag aaccctgacc ctgccgtgta ccagctgaga 420
gactctaaat ccagtgacaa gtctgtctgc ctattcaccg attttgattc tcaaacaaat 480
gtgtcacaaa gtaaggattc tgatgtgtat atcacagaca aaactgtgct agacatgagg 540
tctatggact tcaagagcaa cagtgctgtg gcctggagca acaaatctga ctttgcatgt 600
gcaaacgcct tcaacaacag cattattcca gaagacacct tcttccccag cccagaaagt 660
tcctgtgatg tcaagctggt cgagaaaagc tttgaaacag atacgaacct aaactttcaa 720
aacctgtcag tgattgggtt ccgaatcctc ctcctgaaag tggccgggtt taatctgctc 780
atgacgctgc ggctgtggtc cagctga 807
<210> 24
<211> 939
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1-β链核苷酸序列
<400> 24
atggacacca gagtactctg ctgtgcggtc atctgtcttc tgggggcagg tctctcaaat 60
gccggcgtca tgcagaaccc aagacacctg gtcaggagga ggggacagga ggcaagactg 120
agatgcagcc caatgaaagg acacagtcat gtttactggt atcggcagct cccagaggaa 180
ggtctgaaat tcatggttta tctccagaaa gaaaatatca tagatgagtc aggaatgcca 240
aaggaacgat tttctgctga atttcccaaa gagggcccca gcatcctgag gatccagcag 300
gtagtgcgag gagattcggc agcttatttc tgtgccagct caccacacgc ggggggagtt 360
gatgaaaaac tgttttttgg cagtggaacc cagctctctg tcttggagga cctgaacaag 420
gtgttcccac ccgaggtcgc tgtgtttgag ccatcagaag cagagatctc ccacacccaa 480
aaggccacac tggtgtgcct ggccacaggc ttcttccctg accacgtgga gctgagctgg 540
tgggtgaatg ggaaggaggt gcacagtggg gtcagcacgg acccgcagcc cctcaaggag 600
cagcccgccc tcaatgactc cagatactgc ctgagcagcc gcctgagggt ctcggccacc 660
ttctggcaga acccccgcaa ccacttccgc tgtcaagtcc agttctacgg gctctcggag 720
aatgacgagt ggacccagga tagggccaaa cccgtcaccc agatcgtcag cgccgaggcc 780
tggggtagag cagactgtgg ctttacctcg gtgtcctacc agcaaggggt cctgtctgcc 840
accatcctct atgagatcct gctagggaag gccaccctgt atgctgtgct ggtcagcgcc 900
cttgtgttga tggccatggt caagagaaag gatttctga 939
<210> 25
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1-α CDR1
<400> 25
Thr Ser Gly Phe Asn Gly
1 5
<210> 26
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1-α CDR2
<400> 26
Asn Val Leu Asp Gly Leu
1 5
<210> 27
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1-α CDR3
<400> 27
Cys Ala Val Tyr Gly Gly Ala Thr Asn Lys Leu Ile Phe
1 5 10
<210> 28
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1-β CDR1
<400> 28
Lys Gly His Ser His
1 5
<210> 29
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1-β CDR2
<400> 29
Leu Gln Lys Glu Asn Ile
1 5
<210> 30
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1-β CDR3
<400> 30
Cys Ala Ser Ser Pro His Ala Gly Gly Val Asp Glu Lys Leu Phe Phe
1 5 10 15
<210> 31
<211> 277
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3-α链氨基酸序列
<400> 31
Met Leu Thr Ala Ser Leu Leu Arg Ala Val Ile Ala Ser Ile Cys Val
1 5 10 15
Val Ser Ser Met Ala Gln Lys Val Thr Gln Ala Gln Thr Glu Ile Ser
20 25 30
Val Val Glu Lys Glu Asp Val Thr Leu Asp Cys Val Tyr Glu Thr Arg
35 40 45
Asp Thr Thr Tyr Tyr Leu Phe Trp Tyr Lys Gln Pro Pro Ser Gly Glu
50 55 60
Leu Val Phe Leu Ile Arg Arg Asn Ser Phe Asp Glu Gln Asn Glu Ile
65 70 75 80
Ser Gly Arg Tyr Ser Trp Asn Phe Gln Lys Ser Thr Ser Ser Phe Asn
85 90 95
Phe Thr Ile Thr Ala Ser Gln Val Val Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys
100 105 110
Ala Leu Glu Val Arg Ser Ser Ala Ser Lys Ile Ile Phe Gly Ser Gly
115 120 125
Thr Arg Leu Ser Ile Arg Pro Asn Ile Gln Asn Pro Asp Pro Ala Val
130 135 140
Tyr Gln Leu Arg Asp Ser Lys Ser Ser Asp Lys Ser Val Cys Leu Phe
145 150 155 160
Thr Asp Phe Asp Ser Gln Thr Asn Val Ser Gln Ser Lys Asp Ser Asp
165 170 175
Val Tyr Ile Thr Asp Lys Thr Val Leu Asp Met Arg Ser Met Asp Phe
180 185 190
Lys Ser Asn Ser Ala Val Ala Trp Ser Asn Lys Ser Asp Phe Ala Cys
195 200 205
Ala Asn Ala Phe Asn Asn Ser Ile Ile Pro Glu Asp Thr Phe Phe Pro
210 215 220
Ser Pro Glu Ser Ser Cys Asp Val Lys Leu Val Glu Lys Ser Phe Glu
225 230 235 240
Thr Asp Thr Asn Leu Asn Phe Gln Asn Leu Ser Val Ile Gly Phe Arg
245 250 255
Ile Leu Leu Leu Lys Val Ala Gly Phe Asn Leu Leu Met Thr Leu Arg
260 265 270
Leu Trp Ser Ser Glx
275
<210> 32
<211> 310
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3-β链氨基酸序列
<400> 32
Met Leu Leu Leu Leu Leu Leu Leu Gly Pro Gly Ser Gly Leu Gly Ala
1 5 10 15
Val Val Ser Gln His Pro Ser Trp Val Ile Cys Lys Ser Gly Thr Ser
20 25 30
Val Lys Ile Glu Cys Arg Ser Leu Asp Phe Gln Ala Thr Thr Met Phe
35 40 45
Trp Tyr Arg Gln Phe Pro Lys Gln Ser Leu Met Leu Met Ala Thr Ser
50 55 60
Asn Glu Gly Ser Lys Ala Thr Tyr Glu Gln Gly Val Glu Lys Asp Lys
65 70 75 80
Phe Leu Ile Asn His Ala Ser Leu Thr Leu Ser Thr Leu Thr Val Thr
85 90 95
Ser Ala His Pro Glu Asp Ser Ser Phe Tyr Ile Cys Ser Ala Asn Pro
100 105 110
Arg Thr Thr Leu Tyr Glu Gln Tyr Phe Gly Pro Gly Thr Arg Leu Thr
115 120 125
Val Thr Glu Asp Leu Lys Asn Val Phe Pro Pro Glu Val Ala Val Phe
130 135 140
Glu Pro Ser Glu Ala Glu Ile Ser His Thr Gln Lys Ala Thr Leu Val
145 150 155 160
Cys Leu Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Asp His Val Glu Leu Ser Trp Trp
165 170 175
Val Asn Gly Lys Glu Val His Ser Gly Val Ser Thr Asp Pro Gln Pro
180 185 190
Leu Lys Glu Gln Pro Ala Leu Asn Asp Ser Arg Tyr Cys Leu Ser Ser
195 200 205
Arg Leu Arg Val Ser Ala Thr Phe Trp Gln Asn Pro Arg Asn His Phe
210 215 220
Arg Cys Gln Val Gln Phe Tyr Gly Leu Ser Glu Asn Asp Glu Trp Thr
225 230 235 240
Gln Asp Arg Ala Lys Pro Val Thr Gln Ile Val Ser Ala Glu Ala Trp
245 250 255
Gly Arg Ala Asp Cys Gly Phe Thr Ser Glu Ser Tyr Gln Gln Gly Val
260 265 270
Leu Ser Ala Thr Ile Leu Tyr Glu Ile Leu Leu Gly Lys Ala Thr Leu
275 280 285
Tyr Ala Val Leu Val Ser Ala Leu Val Leu Met Ala Met Val Lys Arg
290 295 300
Lys Asp Ser Arg Gly Glx
305 310
<210> 33
<211> 831
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3-α链核苷酸序列
<400> 33
atgctgactg ccagcctgtt gagggcagtc atagcctcca tctgtgttgt atccagcatg 60
gctcagaagg taactcaagc gcagactgaa atttctgtgg tggagaagga ggatgtgacc 120
ttggactgtg tgtatgaaac ccgtgatact acttattact tattctggta caagcaacca 180
ccaagtggag aattggtttt ccttattcgt cggaactctt ttgatgagca aaatgaaata 240
agtggtcggt attcttggaa cttccagaaa tccaccagtt ccttcaactt caccatcaca 300
gcctcacaag tcgtggactc agcagtatac ttctgtgctc tggaagtgag aagcagtgct 360
tccaagataa tctttggatc agggaccaga ctcagcatcc ggccaaatat ccagaaccct 420
gaccctgccg tgtaccagct gagagactct aaatccagtg acaagtctgt ctgcctattc 480
accgattttg attctcaaac aaatgtgtca caaagtaagg attctgatgt gtatatcaca 540
gacaaaactg tgctagacat gaggtctatg gacttcaaga gcaacagtgc tgtggcctgg 600
agcaacaaat ctgactttgc atgtgcaaac gccttcaaca acagcattat tccagaagac 660
accttcttcc ccagcccaga aagttcctgt gatgtcaagc tggtcgagaa aagctttgaa 720
acagatacga acctaaactt tcaaaacctg tcagtgattg ggttccgaat cctcctcctg 780
aaagtggccg ggtttaatct gctcatgacg ctgcggctgt ggtccagctg a 831
<210> 34
<211> 930
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3-β链核苷酸序列
<400> 34
atgctgctgc ttctgctgct tctggggcca ggctccgggc ttggtgctgt cgtctctcaa 60
catccgagct gggttatctg taagagtgga acctctgtga agatcgagtg ccgttccctg 120
gactttcagg ccacaactat gttttggtat cgtcagttcc cgaaacagag tctcatgctg 180
atggcaactt ccaatgaggg ctccaaggcc acatacgagc aaggcgtcga gaaggacaag 240
tttctcatca accatgcaag cctgaccttg tccactctga cagtgaccag tgcccatcct 300
gaagacagca gcttctacat ctgcagtgca aacccccgga ctaccctcta cgagcagtac 360
ttcgggccgg gcaccaggct cacggtcaca gaggacctga aaaacgtgtt cccacccgag 420
gtcgctgtgt ttgagccatc agaagcagag atctcccaca cccaaaaggc cacactggtg 480
tgcctggcca caggcttcta ccccgaccac gtggagctga gctggtgggt gaatgggaag 540
gaggtgcaca gtggggtcag cacagacccg cagcccctca aggagcagcc cgccctcaat 600
gactccagat actgcctgag cagccgcctg agggtctcgg ccaccttctg gcagaacccc 660
cgcaaccact tccgctgtca agtccagttc tacgggctct cggagaatga cgagtggacc 720
caggataggg ccaaacctgt cacccagatc gtcagcgccg aggcctgggg tagagcagac 780
tgtggcttca cctccgagtc ttaccagcaa ggggtcctgt ctgccaccat cctctatgag 840
atcttgctag ggaaggccac cttgtatgcc gtgctggtca gtgcccttgt gctgatggcc 900
atggtcaaga gaaaggattc cagaggctag 930
<210> 35
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3-α CDR1
<400> 35
Thr Arg Asp Thr Thr Tyr Tyr
1 5
<210> 36
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3-α CDR2
<400> 36
Arg Asn Ser Phe Asp Glu Gln Asn
1 5
<210> 37
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3-α CDR3
<400> 37
Cys Ala Leu Glu Val Arg Ser Ser Ala Ser Lys Ile Ile Phe
1 5 10
<210> 38
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3-β CDR1
<400> 38
Asp Phe Gln Ala Thr Thr
1 5
<210> 39
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3-β CDR2
<400> 39
Ser Asn Glu Gly Ser Lys Ala
1 5
<210> 40
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3-β CDR3
<400> 40
Cys Ser Ala Asn Pro Arg Thr Thr Leu Tyr Glu Gln Tyr Phe
1 5 10
<210> 41
<211> 274
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2-α链氨基酸序列
<400> 41
Met Glu Thr Leu Leu Gly Leu Leu Ile Leu Trp Leu Gln Leu Gln Trp
1 5 10 15
Val Ser Ser Lys Gln Glu Val Thr Gln Ile Pro Ala Ala Leu Ser Val
20 25 30
Pro Glu Gly Glu Asn Leu Val Leu Asn Cys Ser Phe Thr Asp Ser Ala
35 40 45
Ile Tyr Asn Leu Gln Trp Phe Arg Gln Asp Pro Gly Lys Gly Leu Thr
50 55 60
Ser Leu Leu Leu Ile Gln Ser Ser Gln Arg Glu Gln Thr Ser Gly Arg
65 70 75 80
Leu Asn Ala Ser Leu Asp Lys Ser Ser Gly Arg Ser Thr Leu Tyr Ile
85 90 95
Ala Ala Ser Gln Pro Gly Asp Ser Ala Thr Tyr Leu Cys Ala Val Glu
100 105 110
Pro Met Glu Tyr Gly Asn Lys Leu Val Phe Gly Ala Gly Thr Ile Leu
115 120 125
Arg Val Lys Ser Tyr Ile Gln Asn Pro Asp Pro Ala Val Tyr Gln Leu
130 135 140
Arg Asp Ser Lys Ser Ser Asp Lys Ser Val Cys Leu Phe Thr Asp Phe
145 150 155 160
Asp Ser Gln Thr Asn Val Ser Gln Ser Lys Asp Ser Asp Val Tyr Ile
165 170 175
Thr Asp Lys Thr Val Leu Asp Met Arg Ser Met Asp Phe Lys Ser Asn
180 185 190
Ser Ala Val Ala Trp Ser Asn Lys Ser Asp Phe Ala Cys Ala Asn Ala
195 200 205
Phe Asn Asn Ser Ile Ile Pro Glu Asp Thr Phe Phe Pro Ser Pro Glu
210 215 220
Ser Ser Cys Asp Val Lys Leu Val Glu Lys Ser Phe Glu Thr Asp Thr
225 230 235 240
Asn Leu Asn Phe Gln Asn Leu Ser Val Ile Gly Phe Arg Ile Leu Leu
245 250 255
Leu Lys Val Ala Gly Phe Asn Leu Leu Met Thr Leu Arg Leu Trp Ser
260 265 270
Ser Glx
<210> 42
<211> 313
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2-β链氨基酸序列
<400> 42
Met Ser Asn Gln Val Leu Cys Cys Val Val Leu Cys Leu Leu Gly Ala
1 5 10 15
Asn Thr Val Asp Gly Gly Ile Thr Gln Ser Pro Lys Tyr Leu Phe Arg
20 25 30
Lys Glu Gly Gln Asn Val Thr Leu Ser Cys Glu Gln Asn Leu Asn His
35 40 45
Asp Ala Met Tyr Trp Tyr Arg Gln Asp Pro Gly Gln Gly Leu Arg Leu
50 55 60
Ile Tyr Tyr Ser Gln Ile Val Asn Asp Phe Gln Lys Gly Asp Ile Ala
65 70 75 80
Glu Gly Tyr Ser Val Ser Arg Glu Lys Lys Glu Ser Phe Pro Leu Thr
85 90 95
Val Thr Ser Ala Gln Lys Asn Pro Thr Ala Phe Tyr Leu Cys Ala Ser
100 105 110
Ser Ala Leu Phe Ser Gly Ala Asn Val Leu Thr Phe Gly Ala Gly Ser
115 120 125
Arg Leu Thr Val Leu Glu Asp Leu Lys Asn Val Phe Pro Pro Glu Val
130 135 140
Ala Val Phe Glu Pro Ser Glu Ala Glu Ile Ser His Thr Gln Lys Ala
145 150 155 160
Thr Leu Val Cys Leu Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Asp His Val Glu Leu
165 170 175
Ser Trp Trp Val Asn Gly Lys Glu Val His Ser Gly Val Ser Thr Asp
180 185 190
Pro Gln Pro Leu Lys Glu Gln Pro Ala Leu Asn Asp Ser Arg Tyr Cys
195 200 205
Leu Ser Ser Arg Leu Arg Val Ser Ala Thr Phe Trp Gln Asn Pro Arg
210 215 220
Asn His Phe Arg Cys Gln Val Gln Phe Tyr Gly Leu Ser Glu Asn Asp
225 230 235 240
Glu Trp Thr Gln Asp Arg Ala Lys Pro Val Thr Gln Ile Val Ser Ala
245 250 255
Glu Ala Trp Gly Arg Ala Asp Cys Gly Phe Thr Ser Glu Ser Tyr Gln
260 265 270
Gln Gly Val Leu Ser Ala Thr Ile Leu Tyr Glu Ile Leu Leu Gly Lys
275 280 285
Ala Thr Leu Tyr Ala Val Leu Val Ser Ala Leu Val Leu Met Ala Met
290 295 300
Val Lys Arg Lys Asp Ser Arg Gly Glx
305 310
<210> 43
<211> 822
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2-α链核苷酸序列
<400> 43
atggagaccc tcttgggcct gcttatcctt tggctgcagc tgcaatgggt gagcagcaaa 60
caggaggtga cacagattcc tgcagctctg agtgtcccag aaggagaaaa cttggttctc 120
aactgcagtt tcactgatag cgctatttac aacctccagt ggtttaggca ggaccctggg 180
aaaggtctca catctctgtt gcttattcag tcaagtcaga gagagcaaac aagtggaaga 240
cttaatgcct cgctggataa atcatcagga cgtagtactt tatacattgc agcttctcag 300
cctggtgact cagccaccta cctctgtgct gtggaaccca tggaatatgg aaacaaactg 360
gtctttggcg caggaaccat tctgagagtc aagtcctata tccagaaccc tgaccctgcc 420
gtgtaccagc tgagagactc taaatccagt gacaagtctg tctgcctatt caccgatttt 480
gattctcaaa caaatgtgtc acaaagtaag gattctgatg tgtatatcac agacaaaact 540
gtgctagaca tgaggtctat ggacttcaag agcaacagtg ctgtggcctg gagcaacaaa 600
tctgactttg catgtgcaaa cgccttcaac aacagcatta ttccagaaga caccttcttc 660
cccagcccag aaagttcctg tgatgtcaag ctggtcgaga aaagctttga aacagatacg 720
aacctaaact ttcaaaacct gtcagtgatt gggttccgaa tcctcctcct gaaagtggcc 780
gggtttaatc tgctcatgac gctgcggctg tggtccagct ga 822
<210> 44
<211> 939
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2-β链核苷酸序列
<400> 44
atgagcaacc aggtgctctg ctgtgtggtc ctttgtctcc tgggagcaaa caccgtggat 60
ggtggaatca ctcagtcccc aaagtacctg ttcagaaagg aaggacagaa tgtgaccctg 120
agttgtgaac agaatttgaa ccacgatgcc atgtactggt accgacagga cccagggcaa 180
gggctgagat tgatctacta ctcacagata gtaaatgact ttcagaaagg agatatagct 240
gaagggtaca gcgtctctcg ggagaagaag gaatcctttc ctctcactgt gacatcggcc 300
caaaagaacc cgacagcttt ctatctctgt gccagtagtg cgttattctc tggggccaac 360
gtcctgactt tcggggccgg cagcaggctg accgtgctgg aggacctgaa aaacgtgttc 420
ccacccgagg tcgctgtgtt tgagccatca gaagcagaga tctcccacac ccaaaaggcc 480
acactggtgt gcctggccac aggcttctac cccgaccacg tggagctgag ctggtgggtg 540
aatgggaagg aggtgcacag tggggtcagc acagacccgc agcccctcaa ggagcagccc 600
gccctcaatg actccagata ctgcctgagc agccgcctga gggtctcggc caccttctgg 660
cagaaccccc gcaaccactt ccgctgtcaa gtccagttct acgggctctc ggagaatgac 720
gagtggaccc aggatagggc caaacctgtc acccagatcg tcagcgccga ggcctggggt 780
agagcagact gtggcttcac ctccgagtct taccagcaag gggtcctgtc tgccaccatc 840
ctctatgaga tcttgctagg gaaggccacc ttgtatgccg tgctggtcag tgccctcgtg 900
ctgatggcca tggtcaagag aaaggattcc agaggctga 939
<210> 45
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2-α CDR1
<400> 45
Asp Ser Ala Ile Tyr Asn
1 5
<210> 46
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2-α CDR2
<400> 46
Ile Gln Ser Ser Gln Arg Glu
1 5
<210> 47
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2-α CDR3
<400> 47
Cys Ala Val Glu Pro Met Glu Tyr Gly Asn Lys Leu Val Phe
1 5 10
<210> 48
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2-β CDR1
<400> 48
Leu Asn His Asp Ala
1 5
<210> 49
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2-β CDR2
<400> 49
Ser Gln Ile Val Asn Asp
1 5
<210> 50
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2-β CDR3
<400> 50
Cys Ala Ser Ser Ala Leu Phe Ser Gly Ala Asn Val Leu Thr Phe
1 5 10 15
<210> 51
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr-表位(460-468)
<400> 51
Phe Gln Asp Tyr Ile Lys Ser Tyr Leu
1 5
<210> 52
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1-表位(289-297)
<400> 52
Arg Val Arg Phe Phe Phe Pro Ser Leu
1 5
<210> 53
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1-表位(25-33)
<400> 53
Glu Glu Ala Ala Gly Ile Gly Ile Leu
1 5
<210> 54
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3-表位(167-176)
<400> 54
Met Glu Val Asp Pro Ile Gly His Leu Tyr
1 5 10
<210> 55
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2-表位(41-49)
<400> 55
Lys Ala Ser Glu Lys Ile Phe Tyr Val
1 5
<210> 56
<211> 119
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> B2m氨基酸序列
<400> 56
Met Ser Arg Ser Val Ala Leu Ala Val Leu Ala Leu Leu Ser Leu Ser
1 5 10 15
Gly Leu Glu Ala Ile Gln Arg Thr Pro Lys Ile Gln Val Tyr Ser Arg
20 25 30
His Pro Ala Glu Asn Gly Lys Ser Asn Phe Leu Asn Cys Tyr Val Ser
35 40 45
Gly Phe His Pro Ser Asp Ile Glu Val Asp Leu Leu Lys Asn Gly Glu
50 55 60
Arg Ile Glu Lys Val Glu His Ser Asp Leu Ser Phe Ser Lys Asp Trp
65 70 75 80
Ser Phe Tyr Leu Leu Tyr Tyr Thr Glu Phe Thr Pro Thr Glu Lys Asp
85 90 95
Glu Tyr Ala Cys Arg Val Asn His Val Thr Leu Ser Gln Pro Lys Ile
100 105 110
Val Lys Trp Asp Arg Asp Met
115
<210> 57
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> siRNA-TCRa-1核苷酸1至19是核糖核苷酸，其他核苷酸是脱氧核糖核苷酸
<400> 57
guaaggauuc ugauguguat t 21
<210> 58
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> siRNA-TCRa-2核苷酸1至19是核糖核苷酸，其他核苷酸是脱氧核糖核苷酸
<400> 58
uacacaucag aauccuuact t 21
<210> 59
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> siRNA-TCRb-1核苷酸1至19是核糖核苷酸，其他核苷酸是脱氧核糖核苷酸
<400> 59
ccaccauccu cuaugagaut t 21
<210> 60
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> siRNA-TCRb-2核苷酸1至19是核糖核苷酸，其他核苷酸是脱氧核糖核苷酸
<400> 60
aucucauaga ggaugguggt t 21
<210> 61
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置1
<400> 61
Met Pro Arg Glu Asp Ala His Phe Ile Tyr Gly Tyr Pro Lys Lys Gly
1 5 10 15
His Gly His Ser
20
<210> 62
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置6
<400> 62
Ala His Phe Ile Tyr Gly Tyr Pro Lys Lys Gly His Gly His Ser Tyr
1 5 10 15
Thr Thr Ala Glu
20
<210> 63
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置11
<400> 63
Gly Tyr Pro Lys Lys Gly His Gly His Ser Tyr Thr Thr Ala Glu Glu
1 5 10 15
Ala Ala Gly Ile
20
<210> 64
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置16
<400> 64
Gly His Gly His Ser Tyr Thr Thr Ala Glu Glu Ala Ala Gly Ile Gly
1 5 10 15
Ile Leu Thr Val
20
<210> 65
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置21
<400> 65
Tyr Thr Thr Ala Glu Glu Ala Ala Gly Ile Gly Ile Leu Thr Val Ile
1 5 10 15
Leu Gly Val Leu
20
<210> 66
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置26
<400> 66
Glu Ala Ala Gly Ile Gly Ile Leu Thr Val Ile Leu Gly Val Leu Leu
1 5 10 15
Leu Ile Gly Cys
20
<210> 67
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置31
<400> 67
Gly Ile Leu Thr Val Ile Leu Gly Val Leu Leu Leu Ile Gly Cys Trp
1 5 10 15
Tyr Cys Arg Arg
20
<210> 68
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置36
<400> 68
Ile Leu Gly Val Leu Leu Leu Ile Gly Cys Trp Tyr Cys Arg Arg Arg
1 5 10 15
Asn Gly Tyr Arg
20
<210> 69
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置41
<400> 69
Leu Leu Ile Gly Cys Trp Tyr Cys Arg Arg Arg Asn Gly Tyr Arg Ala
1 5 10 15
Leu Met Asp Lys
20
<210> 70
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置46
<400> 70
Trp Tyr Cys Arg Arg Arg Asn Gly Tyr Arg Ala Leu Met Asp Lys Ser
1 5 10 15
Leu His Val Gly
20
<210> 71
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置51
<400> 71
Arg Asn Gly Tyr Arg Ala Leu Met Asp Lys Ser Leu His Val Gly Thr
1 5 10 15
Gln Cys Ala Leu
20
<210> 72
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置56
<400> 72
Ala Leu Met Asp Lys Ser Leu His Val Gly Thr Gln Cys Ala Leu Thr
1 5 10 15
Arg Arg Cys Pro
20
<210> 73
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置61
<400> 73
Ser Leu His Val Gly Thr Gln Cys Ala Leu Thr Arg Arg Cys Pro Gln
1 5 10 15
Glu Gly Phe Asp
20
<210> 74
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置66
<400> 74
Thr Gln Cys Ala Leu Thr Arg Arg Cys Pro Gln Glu Gly Phe Asp His
1 5 10 15
Arg Asp Ser Lys
20
<210> 75
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置71
<400> 75
Thr Arg Arg Cys Pro Gln Glu Gly Phe Asp His Arg Asp Ser Lys Val
1 5 10 15
Ser Leu Gln Glu
20
<210> 76
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置76
<400> 76
Gln Glu Gly Phe Asp His Arg Asp Ser Lys Val Ser Leu Gln Glu Lys
1 5 10 15
Asn Cys Glu Pro
20
<210> 77
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置81
<400> 77
His Arg Asp Ser Lys Val Ser Leu Gln Glu Lys Asn Cys Glu Pro Val
1 5 10 15
Val Pro Asn Ala
20
<210> 78
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置86
<400> 78
Val Ser Leu Gln Glu Lys Asn Cys Glu Pro Val Val Pro Asn Ala Pro
1 5 10 15
Pro Ala Tyr Glu
20
<210> 79
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置91
<400> 79
Lys Asn Cys Glu Pro Val Val Pro Asn Ala Pro Pro Ala Tyr Glu Lys
1 5 10 15
Leu Ser Ala Glu
20
<210> 80
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置96
<400> 80
Val Val Pro Asn Ala Pro Pro Ala Tyr Glu Lys Leu Ser Ala Glu Gln
1 5 10 15
Ser Pro Pro Pro
20
<210> 81
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1衍生的重叠肽位置99
<400> 81
Asn Ala Pro Pro Ala Tyr Glu Lys Leu Ser Ala Glu Gln Ser Pro Pro
1 5 10 15
Pro Tyr Ser Pro
20
<210> 82
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> HIV rev67-75
<400> 82
Ser Ala Glu Pro Val Pro Leu Gln Leu
1 5
<210> 83
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> NY-ESO-1 60-72
<400> 83
Ala Pro Arg Gly Pro His Gly Gly Ala Ala Ser Gly Leu
1 5 10
<210> 84
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> EBV EBNA3A379-387
<400> 84
Arg Pro Pro Ile Phe Ile Arg Arg Leu
1 5
<210> 85
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> HIV nef128-137
<400> 85
Thr Pro Gly Pro Gly Val Arg Tyr Pro Leu
1 5 10
<210> 86
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> HIV gag161-170
<400> 86
Phe Arg Asp Tyr Val Asp Arg Phe Tyr Lys
1 5 10
<210> 87
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> NY-ESO-1 157-165
<400> 87
Ser Leu Leu Met Trp Ile Thr Gln Val
1 5
<210> 88
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> HTLV-1 tax11-19
<400> 88
Leu Leu Phe Gly Tyr Pro Val Tyr Val
1 5
<210> 89
<211> 529
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Tyr - 全长氨基酸序列
<400> 89
Met Leu Leu Ala Val Leu Tyr Cys Leu Leu Trp Ser Phe Gln Thr Ser
1 5 10 15
Ala Gly His Phe Pro Arg Ala Cys Val Ser Ser Lys Asn Leu Met Glu
20 25 30
Lys Glu Cys Cys Pro Pro Trp Ser Gly Asp Arg Ser Pro Cys Gly Gln
35 40 45
Leu Ser Gly Arg Gly Ser Cys Gln Asn Ile Leu Leu Ser Asn Ala Pro
50 55 60
Leu Gly Pro Gln Phe Pro Phe Thr Gly Val Asp Asp Arg Glu Ser Trp
65 70 75 80
Pro Ser Val Phe Tyr Asn Arg Thr Cys Gln Cys Ser Gly Asn Phe Met
85 90 95
Gly Phe Asn Cys Gly Asn Cys Lys Phe Gly Phe Trp Gly Pro Asn Cys
100 105 110
Thr Glu Arg Arg Leu Leu Val Arg Arg Asn Ile Phe Asp Leu Ser Ala
115 120 125
Pro Glu Lys Asp Lys Phe Phe Ala Tyr Leu Thr Leu Ala Lys His Thr
130 135 140
Ile Ser Ser Asp Tyr Val Ile Pro Ile Gly Thr Tyr Gly Gln Met Lys
145 150 155 160
Asn Gly Ser Thr Pro Met Phe Asn Asp Ile Asn Ile Tyr Asp Leu Phe
165 170 175
Val Trp Met His Tyr Tyr Val Ser Met Asp Ala Leu Leu Gly Gly Ser
180 185 190
Glu Ile Trp Arg Asp Ile Asp Phe Ala His Glu Ala Pro Ala Phe Leu
195 200 205
Pro Trp His Arg Leu Phe Leu Leu Arg Trp Glu Gln Glu Ile Gln Lys
210 215 220
Leu Thr Gly Asp Glu Asn Phe Thr Ile Pro Tyr Trp Asp Trp Arg Asp
225 230 235 240
Ala Glu Lys Cys Asp Ile Cys Thr Asp Glu Tyr Met Gly Gly Gln His
245 250 255
Pro Thr Asn Pro Asn Leu Leu Ser Pro Ala Ser Phe Phe Ser Ser Trp
260 265 270
Gln Ile Val Cys Ser Arg Leu Glu Glu Tyr Asn Ser His Gln Ser Leu
275 280 285
Cys Asn Gly Thr Pro Glu Gly Pro Leu Arg Arg Asn Pro Gly Asn His
290 295 300
Asp Lys Ser Arg Thr Pro Arg Leu Pro Ser Ser Ala Asp Val Glu Phe
305 310 315 320
Cys Leu Ser Leu Thr Gln Tyr Glu Ser Gly Ser Met Asp Lys Ala Ala
325 330 335
Asn Phe Ser Phe Arg Asn Thr Leu Glu Gly Phe Ala Ser Pro Leu Thr
340 345 350
Gly Ile Ala Asp Ala Ser Gln Ser Ser Met His Asn Ala Leu His Ile
355 360 365
Tyr Met Asn Gly Thr Met Ser Gln Val Gln Gly Ser Ala Asn Asp Pro
370 375 380
Ile Phe Leu Leu His His Ala Phe Val Asp Ser Ile Phe Glu Gln Trp
385 390 395 400
Leu Arg Arg His Arg Pro Leu Gln Glu Val Tyr Pro Glu Ala Asn Ala
405 410 415
Pro Ile Gly His Asn Arg Glu Ser Tyr Met Val Pro Phe Ile Pro Leu
420 425 430
Tyr Arg Asn Gly Asp Phe Phe Ile Ser Ser Lys Asp Leu Gly Tyr Asp
435 440 445
Tyr Ser Tyr Leu Gln Asp Ser Asp Pro Asp Ser Phe Gln Asp Tyr Ile
450 455 460
Lys Ser Tyr Leu Glu Gln Ala Ser Arg Ile Trp Ser Trp Leu Leu Gly
465 470 475 480
Ala Ala Met Val Gly Ala Val Leu Thr Ala Leu Leu Ala Gly Leu Val
485 490 495
Ser Leu Leu Cys Arg His Lys Arg Lys Gln Leu Pro Glu Glu Lys Gln
500 505 510
Pro Leu Leu Met Glu Lys Glu Asp Tyr His Ser Leu Tyr Gln Ser His
515 520 525
Leu
<210> 90
<211> 309
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A1 - 全长氨基酸序列
<400> 90
Met Ser Leu Glu Gln Arg Ser Leu His Cys Lys Pro Glu Glu Ala Leu
1 5 10 15
Glu Ala Gln Gln Glu Ala Leu Gly Leu Val Cys Val Gln Ala Ala Thr
20 25 30
Ser Ser Ser Ser Pro Leu Val Leu Gly Thr Leu Glu Glu Val Pro Thr
35 40 45
Ala Gly Ser Thr Asp Pro Pro Gln Ser Pro Gln Gly Ala Ser Ala Phe
50 55 60
Pro Thr Thr Ile Asn Phe Thr Arg Gln Arg Gln Pro Ser Glu Gly Ser
65 70 75 80
Ser Ser Arg Glu Glu Glu Gly Pro Ser Thr Ser Cys Ile Leu Glu Ser
85 90 95
Leu Phe Arg Ala Val Ile Thr Lys Lys Val Ala Asp Leu Val Gly Phe
100 105 110
Leu Leu Leu Lys Tyr Arg Ala Arg Glu Pro Val Thr Lys Ala Glu Met
115 120 125
Leu Glu Ser Val Ile Lys Asn Tyr Lys His Cys Phe Pro Glu Ile Phe
130 135 140
Gly Lys Ala Ser Glu Ser Leu Gln Leu Val Phe Gly Ile Asp Val Lys
145 150 155 160
Glu Ala Asp Pro Thr Gly His Ser Tyr Val Leu Val Thr Cys Leu Gly
165 170 175
Leu Ser Tyr Asp Gly Leu Leu Gly Asp Asn Gln Ile Met Pro Lys Thr
180 185 190
Gly Phe Leu Ile Ile Val Leu Val Met Ile Ala Met Glu Gly Gly His
195 200 205
Ala Pro Glu Glu Glu Ile Trp Glu Glu Leu Ser Val Met Glu Val Tyr
210 215 220
Asp Gly Arg Glu His Ser Ala Tyr Gly Glu Pro Arg Lys Leu Leu Thr
225 230 235 240
Gln Asp Leu Val Gln Glu Lys Tyr Leu Glu Tyr Arg Gln Val Pro Asp
245 250 255
Ser Asp Pro Ala Arg Tyr Glu Phe Leu Trp Gly Pro Arg Ala Leu Ala
260 265 270
Glu Thr Ser Tyr Val Lys Val Leu Glu Tyr Val Ile Lys Val Ser Ala
275 280 285
Arg Val Arg Phe Phe Phe Pro Ser Leu Arg Glu Ala Ala Leu Arg Glu
290 295 300
Glu Glu Glu Gly Val
305
<210> 91
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MART1 - 全长氨基酸序列
<400> 91
Met Pro Arg Glu Asp Ala His Phe Ile Tyr Gly Tyr Pro Lys Lys Gly
1 5 10 15
His Gly His Ser Tyr Thr Thr Ala Glu Glu Ala Ala Gly Ile Gly Ile
20 25 30
Leu Thr Val Ile Leu Gly Val Leu Leu Leu Ile Gly Cys Trp Tyr Cys
35 40 45
Arg Arg Arg Asn Gly Tyr Arg Ala Leu Met Asp Lys Ser Leu His Val
50 55 60
Gly Thr Gln Cys Ala Leu Thr Arg Arg Cys Pro Gln Glu Gly Phe Asp
65 70 75 80
His Arg Asp Ser Lys Val Ser Leu Gln Glu Lys Asn Cys Glu Pro Val
85 90 95
Val Pro Asn Ala Pro Pro Ala Tyr Glu Lys Leu Ser Ala Glu Gln Ser
100 105 110
Pro Pro Pro Tyr Ser Pro
115
<210> 92
<211> 314
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> MAGE-A3 - 全长氨基酸序列
<400> 92
Met Pro Leu Glu Gln Arg Ser Gln His Cys Lys Pro Glu Glu Gly Leu
1 5 10 15
Glu Ala Arg Gly Glu Ala Leu Gly Leu Val Gly Ala Gln Ala Pro Ala
20 25 30
Thr Glu Glu Gln Glu Ala Ala Ser Ser Ser Ser Thr Leu Val Glu Val
35 40 45
Thr Leu Gly Glu Val Pro Ala Ala Glu Ser Pro Asp Pro Pro Gln Ser
50 55 60
Pro Gln Gly Ala Ser Ser Leu Pro Thr Thr Met Asn Tyr Pro Leu Trp
65 70 75 80
Ser Gln Ser Tyr Glu Asp Ser Ser Asn Gln Glu Glu Glu Gly Pro Ser
85 90 95
Thr Phe Pro Asp Leu Glu Ser Glu Phe Gln Ala Ala Leu Ser Arg Lys
100 105 110
Val Ala Glu Leu Val His Phe Leu Leu Leu Lys Tyr Arg Ala Arg Glu
115 120 125
Pro Val Thr Lys Ala Glu Met Leu Gly Ser Val Val Gly Asn Trp Gln
130 135 140
Tyr Phe Phe Pro Val Ile Phe Ser Lys Ala Ser Ser Ser Leu Gln Leu
145 150 155 160
Val Phe Gly Ile Glu Leu Met Glu Val Asp Pro Ile Gly His Leu Tyr
165 170 175
Ile Phe Ala Thr Cys Leu Gly Leu Ser Tyr Asp Gly Leu Leu Gly Asp
180 185 190
Asn Gln Ile Met Pro Lys Ala Gly Leu Leu Ile Ile Val Leu Ala Ile
195 200 205
Ile Ala Arg Glu Gly Asp Cys Ala Pro Glu Glu Lys Ile Trp Glu Glu
210 215 220
Leu Ser Val Leu Glu Val Phe Glu Gly Arg Glu Asp Ser Ile Leu Gly
225 230 235 240
Asp Pro Lys Lys Leu Leu Thr Gln His Phe Val Gln Glu Asn Tyr Leu
245 250 255
Glu Tyr Arg Gln Val Pro Gly Ser Asp Pro Ala Cys Tyr Glu Phe Leu
260 265 270
Trp Gly Pro Arg Ala Leu Val Glu Thr Ser Tyr Val Lys Val Leu His
275 280 285
His Met Val Lys Ile Ser Gly Gly Pro His Ile Ser Tyr Pro Pro Leu
290 295 300
His Glu Trp Val Leu Arg Glu Gly Glu Glu
305 310
<210> 93
<211> 188
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SSX2 - 全长氨基酸序列
<400> 93
Met Asn Gly Asp Asp Ala Phe Ala Arg Arg Pro Thr Val Gly Ala Gln
1 5 10 15
Ile Pro Glu Lys Ile Gln Lys Ala Phe Asp Asp Ile Ala Lys Tyr Phe
20 25 30
Ser Lys Glu Glu Trp Glu Lys Met Lys Ala Ser Glu Lys Ile Phe Tyr
35 40 45
Val Tyr Met Lys Arg Lys Tyr Glu Ala Met Thr Lys Leu Gly Phe Lys
50 55 60
Ala Thr Leu Pro Pro Phe Met Cys Asn Lys Arg Ala Glu Asp Phe Gln
65 70 75 80
Gly Asn Asp Leu Asp Asn Asp Pro Asn Arg Gly Asn Gln Val Glu Arg
85 90 95
Pro Gln Met Thr Phe Gly Arg Leu Gln Gly Ile Ser Pro Lys Ile Met
100 105 110
Pro Lys Lys Pro Ala Glu Glu Gly Asn Asp Ser Glu Glu Val Pro Glu
115 120 125
Ala Ser Gly Pro Gln Asn Asp Gly Lys Glu Leu Cys Pro Pro Gly Lys
130 135 140
Pro Thr Thr Ser Glu Lys Ile His Glu Arg Ser Gly Pro Lys Arg Gly
145 150 155 160
Glu His Ala Trp Thr His Arg Leu Arg Glu Arg Lys Gln Leu Val Ile
165 170 175
Tyr Glu Glu Ile Ser Asp Pro Glu Glu Asp Asp Glu
180 185

Claims (107)

1.一种核酸分子，其包含(i)第一核苷酸序列，所述第一核苷酸序列编码特异性结合靶人蛋白的重组T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分；和(ii)第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列或由所述第二核苷酸序列编码的多肽抑制内源性TCR的表达；其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶(“抗酪氨酸酶TCR”)，其中所述抗酪氨酸酶TCR与参考抗酪氨酸酶TCR交叉竞争结合至人酪氨酸酶，其中所述参考抗酪氨酸酶TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ IDNO:2中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1(“抗MAGE-A1 TCR”)，其中所述抗MAGE-A1 TCR与参考抗MAGE-A1 TCR交叉竞争结合至人MAGE-A1，其中所述参考抗MAGE-A1 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1(“抗MART1 TCR”)，其中所述抗MART1 TCR与参考抗MART1TCR交叉竞争结合至人MART1，其中所述参考抗MART1 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3(“抗MAGE-A3 TCR”)，其中所述抗MAGE-A3 TCR与参考抗MAGE-A3 TCR交叉竞争结合至人MAGE-A3，其中所述参考抗MAGE-A3 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2(“抗SSX2 TCR”)，其中所述抗SSX2TCR与参考抗SSX2 TCR交叉竞争结合至人SSX2，其中所述参考抗SSX2 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQID NO:41中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
2.一种核酸分子，其包含(i)第一核苷酸序列，所述第一核苷酸序列编码特异性结合靶人蛋白的重组T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分；和(ii)第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列或由所述第二核苷酸序列编码的多肽抑制内源性TCR的表达；其中：
(a)靶人蛋白是酪氨酸酶(“抗酪氨酸酶TCR”)，其中所述抗酪氨酸酶TCR与参考抗酪氨酸酶TCR结合人酪氨酸酶的相同表位或重叠表位，其中所述参考抗酪氨酸酶TCR包含α链和β链，其中所述α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ IDNO:2中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1(“抗MAGE-A1 TCR”)，其中所述抗MAGE-A1 TCR与参考抗MAGE-A1 TCR结合人MAGE-A1的相同表位或重叠表位，其中所述参考抗MAGE-A1 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1(“抗MART1 TCR”)，其中所述抗MART1 TCR与参考抗MART1TCR结合人MART1的相同表位或重叠表位，其中所述参考抗MART1 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3(“抗MAGE-A3 TCR”)，其中所述抗MAGE-A3 TCR与参考抗MAGE-A3 TCR结合人MAGE-A3的相同表位或重叠表位，其中所述参考抗MAGE-A3 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2(“抗SSX2 TCR”)，其中所述抗SSX2TCR与参考抗SSX2 TCR结合人SSX2的相同表位或重叠表位，其中所述参考抗SSX2 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
3.如权利要求1或2所述的核酸分子，其中：
(a)所述抗酪氨酸酶TCR结合至酪氨酸酶的表位，所述表位由如SEQ ID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成；
(b)所述抗MAGE-A1 TCR结合至MAGE-A1的表位，所述表位由如SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成；
(c)所述抗MART1 TCR结合至MART1的表位，所述表位由如SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成；
(d)所述抗MAGE-A3 TCR结合至MAGE-A3的表位，所述表位由如SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成；或
(e)所述抗SSX2 TCR结合至SSX2的表位，所述表位由如SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成。
4.如权利要求2或3所述的核酸分子，其中所述表位与HLA I类分子复合。
5.如权利要求4所述的核酸分子，其中所述HLA I类分子是HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F或HLA-G等位基因。
6.如权利要求4所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述HLA I类分子是HLA-C*05等位基因；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述HLA I类分子是HLA-B*07等位基因；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18等位基因；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18等位基因；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述HLA I类分子是HLA-A*02等位基因。
7.如权利要求4至6中任一项所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述HLA I类分子选自HLA-C*05:01等位基因、HLA-C*05:03等位基因、HLA-C*05:04等位基因、HLA-C*05:05等位基因和HLA-C*05:06等位基因；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述HLA I类分子选自HLA-B*07:02等位基因、HLA-B*07:03等位基因、HLA-B*07:04等位基因、HLA-B*07:05等位基因和HLA-B*07:06等位基因；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述HLA I类分子选自HLA-A*02:01等位基因、HLA-A*02:02等位基因、HLA-A*02:03等位基因、HLA-A*02:04等位基因和HLA-A*02:05等位基因。
8.如权利要求4至7中任一项所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述HLA I类分子是HLA-C*05:01等位基因；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述HLA I类分子是HLA-B*07:02等位基因；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18:01等位基因；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18:01等位基因；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述HLA I类分子是HLA-A*02:01等位基因。
9.如权利要求1至8中任一项所述的核酸分子，其中特异性结合所述靶人蛋白的所述重组TCR或其抗原结合部分包含α链和β链，其中所述α链包含有包含α链CDR1、α链CDR2和α链CDR3的可变区；其中所述β链包含有包含β链CDR1、β链CDR2和β链CDR3的可变结构域；并且其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列。
10.如权利要求9所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:30中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述αβCDR3包含如SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列。
11.如权利要求1至8中任一项所述的核酸分子，其中特异性结合所述靶人蛋白的所述重组TCR或其抗原结合部分包含α链和β链，其中所述α链包含有包含α链CDR1、α链CDR2和α链CDR3的可变区；其中所述β链包含有包含β链CDR1、β链CDR2和β链CDR3的可变结构域；并且其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:30中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述αβCDR3包含如SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列。
12.如权利要求11所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列。
13.如权利要求9至12中任一项所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链CDR1包含如SEQ ID NO:5中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链CDR1包含如SEQ ID NO:15中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链CDR1包含如SEQ ID NO:25中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链CDR1包含如SEQ ID NO:35中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链CDR1包含如SEQ ID NO:45中所陈述的氨基酸序列。
14.如权利要求9至13中任一项所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链CDR1包含如SEQ ID NO:8中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链CDR1包含如SEQ ID NO:18中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链CDR1包含如SEQ ID NO:28中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链CDR1包含如SEQ ID NO:38中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述β链CDR1包含如SEQ ID NO:48中所陈述的氨基酸序列。
15.如权利要求9至14中任一项所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链CDR2包含如SEQ ID NO:6中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链CDR2包含如SEQ ID NO:16中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链CDR2包含如SEQ ID NO:26中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链CDR2包含如SEQ ID NO:36中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链CDR2包含如SEQ ID NO:46中所陈述的氨基酸序列。
16.如权利要求9至15中任一项所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链CDR2包含如SEQ ID NO:9中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链CDR2包含如SEQ ID NO:19中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链CDR2包含如SEQ ID NO:29中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链CDR2包含如SEQ ID NO:39中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述β链CDR2包含如SEQ ID NO:49中所陈述的氨基酸序列。
17.如权利要求9至16中任一项所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链可变结构域包含在SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链可变结构域包含在SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链可变结构域包含在SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链可变结构域包含在SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链可变结构域包含SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列。
18.如权利要求9至17中任一项所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链可变结构域包含在SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链可变结构域包含在SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链可变结构域包含在SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链可变结构域包含在SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述β链可变结构域包含在SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列。
19.如权利要求9至18中任一项所述的核酸分子，其中所述α链还包含恒定区，其中所述恒定区不同于所述α链的内源性恒定区。
20.如权利要求9至19中任一项所述的核酸分子，其中所述α链还包含恒定区，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链恒定区包含与在SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链恒定区包含与在SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链恒定区包含与在SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链恒定区包含与在SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链恒定区包含与在SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。
21.如权利要求19或20的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
22.如权利要求9至21中任一项所述的核酸分子，其中所述β链还包含恒定区，其中所述恒定区不同于所述β链的内源性恒定区。
23.如权利要求9至22中任一项所述的核酸分子，其中所述β链还包含恒定区，并且其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链恒定区包含与在SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链恒定区包含与在SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链恒定区包含与在SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链恒定区包含与在SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述β链恒定区包含与在SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。
24.如权利要求22或23的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述β链恒定区包含相对于在SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个氨基酸取代的氨基酸序列。
25.如权利要求9至24中任一项所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链包含如SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列。
26.如权利要求9至25中任一项所述的核酸分子，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链包含如SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链包含如SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
27.如权利要求1至26中任一项所述的核酸分子，其中所述第二核苷酸序列是一种或多种减少内源性TCR的表达的siRNA。
28.如权利要求27所述的核酸分子，其中所述一种或多种siRNA与编码所述内源性TCR的恒定区的核苷酸序列内的靶序列互补。
29.如权利要求27或28所述的核酸分子，其中所述一种或多种siRNA包含一个或多个选自由SEQ ID NO:57-60组成的组的核苷酸序列。
30.如权利要求1至29中任一项所述的核酸分子，其中所述第二核苷酸序列编码Cas9。
31.如权利要求1至30中任一项所述的核酸分子，其中所述重组TCR或其抗原结合部分包含α链恒定区、β链恒定区或两者；并且其中所述α链恒定区、所述β链恒定区或两者包含相对于内源性TCR的对应氨基酸序列在所述靶序列内具有至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或至少5个取代的氨基酸序列。
32.一种载体，其包含如权利要求1至31中任一项所述的核酸分子。
33.如权利要求32所述的载体，其是病毒载体、哺乳动物载体或细菌载体。
34.如权利要求32或33所述的载体，其是逆转录病毒载体。
35.如权利要求32至34中任一项所述的载体，其选自由以下组成的组：腺病毒载体、慢病毒、仙台病毒载体、杆状病毒载体、爱泼斯坦巴尔病毒载体、乳多空病毒载体、牛痘病毒载体、单纯性疱疹病毒载体、杂合载体和腺相关病毒(AAV)载体。
36.如权利要求32至35中任一项所述的载体，其是慢病毒。
37.一种T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分，其包含如权利要求9至31中任一项所述的重组TCR或其抗原结合部分的α链可变结构域和如权利要求9至31中任一项所述的重组TCR或其抗原结合部分的β链可变结构域。
38.一种特异性结合靶人蛋白的重组T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分(“重组TCR”)，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶(“抗酪氨酸酶TCR”)，其中所述抗酪氨酸酶TCR与参考抗酪氨酸酶TCR交叉竞争结合至人酪氨酸酶，其中所述参考抗酪氨酸酶TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ IDNO:2中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1(“抗MAGE-A1 TCR”)，其中所述抗MAGE-A1 TCR与参考抗MAGE-A1 TCR交叉竞争结合至人MAGE-A1，其中所述参考抗MAGE-A1 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1(“抗MART1 TCR”)，其中所述抗MART1 TCR与参考抗MART1TCR交叉竞争结合至人MART1，其中所述参考抗MART1 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3(“抗MAGE-A3 TCR”)，其中所述抗MAGE-A3 TCR与参考抗MAGE-A3 TCR交叉竞争结合至人MAGE-A3，其中所述参考抗MAGE-A3 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2(“抗SSX2 TCR”)，其中所述抗SSX2TCR与参考抗SSX2 TCR交叉竞争结合至人SSX2，其中所述参考抗SSX2 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQID NO:41中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
39.一种特异性结合靶人蛋白的重组T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分(“重组TCR”)，其中：
(a)靶人蛋白是酪氨酸酶(“抗酪氨酸酶TCR”)，其中所述抗酪氨酸酶TCR与参考抗酪氨酸酶TCR结合人酪氨酸酶的相同表位或重叠表位，其中所述参考抗酪氨酸酶TCR包含α链和β链，其中所述α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ IDNO:2中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1(“抗MAGE-A1 TCR”)，其中所述抗MAGE-A1 TCR与参考抗MAGE-A1 TCR结合人MAGE-A1的相同表位或重叠表位，其中所述参考抗MAGE-A1 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1(“抗MART1 TCR”)，其中所述抗MART1 TCR与参考抗MART1TCR结合人MART1的相同表位或重叠表位，其中所述参考抗MART1 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3(“抗MAGE-A3 TCR”)，其中所述抗MAGE-A3 TCR与参考抗MAGE-A3 TCR结合人MAGE-A3的相同表位或重叠表位，其中所述参考抗MAGE-A3 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2(“抗SSX2 TCR”)，其中所述抗SSX2TCR与参考抗SSX2 TCR结合人SSX2的相同表位或重叠表位，其中所述参考抗SSX2 TCR包含α链和β链，并且其中所述α链包含如SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列，并且所述β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
40.如权利要求38或39所述的重组TCR，其中：
(a)所述抗酪氨酸酶TCR结合至酪氨酸酶的表位，所述表位由如SEQ ID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成；
(b)所述抗MAGE-A1 TCR结合至MAGE-A1的表位，所述表位由如SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成；
(c)所述抗MART1 TCR结合至MART1的表位，所述表位由如SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成；
(d)所述抗MAGE-A3 TCR结合至MAGE-A3的表位，所述表位由如SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成；或
(e)所述抗SSX2 TCR结合至SSX2的表位，所述表位由如SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成。
41.如权利要求39或40所述的重组TCR，其中所述表位与HLA I类分子复合。
42.如权利要求41所述的重组TCR，其中所述HLA I类分子是HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F或HLA-G等位基因。
43.如权利要求41所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述HLA I类分子是HLA-C*05等位基因；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述HLA I类分子是HLA-B*07等位基因；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18等位基因；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18等位基因；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述HLA I类分子是HLA-A*02等位基因。
44.如权利要求41至43中任一项所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述HLA I类分子选自HLA-C*05:01等位基因、HLA-C*05:03等位基因、HLA-C*05:04等位基因、HLA-C*05:05等位基因和HLA-C*05:06等位基因；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述HLA I类分子选自HLA-B*07:02等位基因、HLA-B*07:03等位基因、HLA-B*07:04等位基因、HLA-B*07:05等位基因和HLA-B*07:06等位基因；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述HLA I类分子选自HLA-A*02:01等位基因、HLA-A*02:02等位基因、HLA-A*02:03等位基因、HLA-A*02:04等位基因和HLA-A*02:05等位基因。
45.如权利要求41至44中任一项所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述HLA I类分子是HLA-C*05:01等位基因；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述HLA I类分子是HLA-B*07:02等位基因；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18:01等位基因；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18:01等位基因；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述HLA I类分子是HLA-A*02:01等位基因。
46.如权利要求38至45中任一项所述的重组TCR，其中特异性结合所述靶人蛋白的重组TCR或其抗原结合部分包含α链和β链；其中所述α链包含有包含α链CDR1、α链CDR2和α链CDR3的可变区；其中所述β链包含有包含β链CDR1、β链CDR2和β链CDR3的可变结构域；并且其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列。
47.如权利要求46所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:30中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述αβCDR3包含如SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列。
48.如权利要求38至45中任一项所述的重组TCR，其中特异性结合所述靶人蛋白的所述重组TCR或其抗原结合部分包含α链和β链，其中所述α链包含有包含α链CDR1、α链CDR2和α链CDR3的可变区；其中所述β链包含有包含β链CDR1、β链CDR2和β链CDR3的可变结构域；并且其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:10中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:20中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:30中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链CDR3包含如SEQ ID NO:40中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述αβCDR3包含如SEQ ID NO:50中所陈述的氨基酸序列。
49.如权利要求48所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:7中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:17中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:27中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:37中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链CDR3包含如SEQ ID NO:47中所陈述的氨基酸序列。
50.如权利要求46至49中任一项所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链CDR1包含如SEQ ID NO:5中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链CDR1包含如SEQ ID NO:15中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链CDR1包含如SEQ ID NO:25中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链CDR1包含如SEQ ID NO:35中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链CDR1包含如SEQ ID NO:45中所陈述的氨基酸序列。
51.如权利要求46至50中任一项所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链CDR1包含如SEQ ID NO:8中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链CDR1包含如SEQ ID NO:18中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链CDR1包含如SEQ ID NO:28中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链CDR1包含如SEQ ID NO:38中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述β链CDR1包含如SEQ ID NO:48中所陈述的氨基酸序列。
52.如权利要求46至51中任一项所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链CDR2包含如SEQ ID NO:6中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链CDR2包含如SEQ ID NO:16中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链CDR2包含如SEQ ID NO:26中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链CDR2包含如SEQ ID NO:36中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链CDR2包含如SEQ ID NO:46中所陈述的氨基酸序列。
53.如权利要求46至52中任一项所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链CDR2包含如SEQ ID NO:9中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链CDR2包含如SEQ ID NO:19中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链CDR2包含如SEQ ID NO:29中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链CDR2包含如SEQ ID NO:39中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述β链CDR2包含如SEQ ID NO:49中所陈述的氨基酸序列。
54.如权利要求46至53中任一项所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链可变结构域包含在SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链可变结构域包含在SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链可变结构域包含在SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链可变结构域包含在SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链可变结构域包含在SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列。
55.如权利要求46至54中任一项所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链可变结构域包含在SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链可变结构域包含在SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链可变结构域包含在SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链可变结构域包含在SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述β链可变结构域包含在SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中存在的可变结构域的氨基酸序列。
56.如权利要求46至55中任一项所述的重组TCR，其中所述α链还包含恒定区，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链恒定区包含与在SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链恒定区包含与在SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链恒定区包含与在SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链恒定区包含与在SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链恒定区包含与在SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。
57.如权利要求9至54中任一项所述的重组TCR，其中所述β链还包含恒定区，并且其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链恒定区包含与在SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链恒定区包含与在SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链恒定区包含与在SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链恒定区包含与在SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述β链恒定区包含与在SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列中存在的恒定区具有至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。
58.如权利要求46至57中任一项所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述α链包含如SEQ ID NO:1中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述α链包含如SEQ ID NO:11中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述α链包含如SEQ ID NO:21中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述α链包含如SEQ ID NO:31中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述α链包含如SEQ ID NO:41中所陈述的氨基酸序列。
59.如权利要求46至58中任一项所述的重组TCR，其中：
(a)所述靶人蛋白是酪氨酸酶，并且所述β链包含如SEQ ID NO:2中所陈述的氨基酸序列；
(b)所述靶人蛋白是MAGE-A1，并且所述β链包含如SEQ ID NO:12中所陈述的氨基酸序列；
(c)所述靶人蛋白是MART1，并且所述β链包含如SEQ ID NO:22中所陈述的氨基酸序列；
(d)所述靶人蛋白是MAGE-A3，并且所述β链包含如SEQ ID NO:32中所陈述的氨基酸序列；或
(e)所述靶人蛋白是SSX2，并且所述β链包含如SEQ ID NO:42中所陈述的氨基酸序列。
60.一种双特异性TCR，其包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，其中所述第一抗原结合结构域包含如权利要求37所述的TCR或其抗原结合部分或如权利要求38至59中任一项所述的重组TCR。
61.如权利要求60所述的双特异性TCR，其中所述第一抗原结合结构域包含单链可变片段(“scFv”)。
62.如权利要求60或61所述的双特异性TCR，其中所述第二抗原结合结构域特异性结合至在T细胞的表面上表达的蛋白。
63.如权利要求60至62中任一项所述的双特异性TCR，其中所述第二抗原结合结构域特异性结合至CD3。
64.如权利要求60至63中任一项所述的双特异性TCR，其中所述第二抗原结合结构域包含scFv。
65.如权利要求60至64中任一项所述的双特异性TCR，其中所述第一抗原结合结构域和所述第二抗原结合结构域通过共价键来连接或结合。
66.如权利要求60至65中任一项所述的双特异性TCR，其中所述第一抗原结合结构域和所述第二抗原结合结构域通过肽键来连接。
67.一种细胞，其包含如权利要求1至31中任一项所述的核酸分子、如权利要求32至36中任一项所述的载体、如权利要求37所述的TCR、如权利要求38至59中任一项所述的重组TCR或如权利要求60至66中任一项所述的双特异性TCR。
68.如权利要求67所述的细胞，其进一步表达CD3。
69.如权利要求67或68所述的细胞，其选自由以下组成的组：T细胞、自然杀伤(NK)细胞、自然杀伤T(NKT)细胞或ILC细胞。
70.一种治疗有需要的受试者的癌症的方法，其包括向所述受试者施用如权利要求67至69中任一项所述的细胞。
71.如权利要求70所述的方法，其中所述癌症选自由以下组成的组：黑素瘤、骨癌、胰脏癌、皮肤癌、头或颈部癌、子宫癌、卵巢癌、直肠癌、肛门区癌、胃癌、睾丸癌、子宫癌、输卵管癌、子宫内膜癌、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、霍奇金氏病、非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBC)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、转化型滤泡性淋巴瘤、脾边缘区淋巴瘤(SMZL)、食道癌、小肠癌、内分泌系统癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、慢性或急性白血病、急性髓系白血病、慢性髓系白血病、急性淋巴母细胞性白血病(ALL)(包括非T细胞ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、儿童时期的实体瘤、淋巴细胞性淋巴瘤、膀胱癌、肾或输尿管癌、肾盂癌、中枢神经系统(CNS)肿瘤、原发性CNS淋巴瘤、肿瘤血管生成、脊柱轴肿瘤、脑干神经胶质瘤、垂体腺瘤、卡波西氏肉瘤、表皮样癌、鳞状细胞癌、T细胞淋巴瘤、环境诱导的癌症包括由石棉诱导的癌症、其他B细胞恶性肿瘤和所述癌症的组合。
72.如权利要求70或71所述的方法，其中所述癌症是复发或难治性癌症。
73.如权利要求70至72中任一项所述的方法，其中所述癌症是局部晚期癌症。
74.如权利要求70至73中任一项所述的方法，其中所述癌症是晚期癌症。
75.如权利要求70至74中任一项所述的方法，其中所述癌症是转移性癌症。
76.如权利要求70至75中任一项所述的方法，其中所述细胞获自所述受试者。
77.如权利要求70至76中任一项所述的方法，其中所述细胞获自除了所述受试者以外的供体。
78.如权利要求70至77中任一项所述的方法，其中在施用所述细胞之前，所述受试者经预调节。
79.如权利要求68至78中任一项所述的方法，其中所述预调节包括向所述受试者施用化学疗法、细胞因子、蛋白、小分子或它们的任何组合。
80.如权利要求78或79所述的方法，其中所述预调节包括施用白细胞介素。
81.如权利要求78至80中任一项所述的方法，其中所述预调节包括施用IL-2、IL-4、IL-7、IL-9、IL-15、IL-21或它们的任何组合。
82.如权利要求78至81中任一项所述的方法，其中所述预调节包括施用选自由以下组成的组的预调节剂：环磷酰胺、氟达拉滨、维生素C、AKT抑制剂、ATRA、雷帕霉素或它们的任何组合。
83.如权利要求78至82中任一项所述的方法，其中所述预调节包括施用环磷酰胺、氟达拉滨或两者。
84.一种工程化抗原靶向细胞的方法，其包括用如权利要求1至31中任一项所述的核酸分子或如权利要求32至36中任一项所述的载体转导从需要T细胞疗法的受试者收集的细胞。
85.如权利要求84所述的方法，其中所述抗原靶向细胞进一步表达CD3。
86.如权利要求84或85所述的方法，其中所述细胞是T细胞或自然杀伤(NK)细胞。
87.一种与肽复合的HLA I类分子，其中所述HLA I类分子包含α1结构域、α2结构域、α3结构域和β2m，并且其中所述肽由选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列组成。
88.如权利要求87所述的HLA I类分子，其是HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F或HLA-G。
89.如权利要求87或88所述的HLA I类分子，其中：
(a)所述肽由SEQ ID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-C；
(b)所述肽由SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-B；
(c)所述肽由SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-B；
(d)所述肽由SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-B；或
(e)所述肽由SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-A。
90.如权利要求87至89中任一项所述的HLA I类分子，其中：
(a)所述肽由SEQ ID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-C*05；
(b)所述肽由SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-B*07；
(c)所述肽由SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18；
(d)所述肽由SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18；或
(e)所述肽由SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-A*02。
91.如权利要求87至90中任一项所述的HLA I类分子，其中：
(a)所述肽由SEQ ID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子选自HLA-C*05:01等位基因、HLA-C*05:03等位基因、HLA-C*05:04等位基因、HLA-C*05:05等位基因和HLA-C*05:06等位基因；
(b)所述肽由SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子选自HLA-B*07:02等位基因、HLA-B*07:03等位基因、HLA-B*07:04等位基因、HLA-B*07:05等位基因和HLA-B*07:06等位基因；
(c)所述肽由SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；
(d)所述肽由SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子选自HLA-B*18:01等位基因、HLA-B*18:02等位基因、HLA-B*18:03等位基因、HLA-B*18:04等位基因和HLA-B*18:05等位基因；或
(e)所述肽由SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子选自HLA-A*02:01等位基因、HLA-A*02:02等位基因、HLA-A*02:03等位基因、HLA-A*02:04等位基因和HLA-A*02:05等位基因。
92.如权利要求87至91中任一项所述的HLA I类分子，其中：
(a)所述肽由SEQ ID NO:51中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-C*05:01；
(b)所述肽由SEQ ID NO:52中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-B*07:02；
(c)所述肽由SEQ ID NO:53中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18:01；
(d)所述肽由SEQ ID NO:54中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-B*18:01；或
(e)所述肽由SEQ ID NO:55中所陈述的氨基酸序列组成，并且所述HLA I类分子是HLA-A*02:01。
93.如权利要求87至92中任一项所述的HLA I类分子，其是单体。
94.如权利要求87至92中任一项所述的HLA I类分子，其是二聚体。
95.如权利要求87至92中任一项所述的HLA I类分子，其是三聚体。
96.如权利要求87至92中任一项所述的HLA I类分子，其是四聚体。
97.如权利要求87至92中任一项所述的HLA I类分子，其是五聚体。
98.一种抗原呈递细胞(APC)，其包含如权利要求87至97中任一项所述的HLA I类分子。
99.如权利要求98所述的APC，其中所述HLA I类分子在所述APC的表面上表达。
100.一种富集获自人受试者的靶T细胞群的方法，其包括使所述T细胞与如权利要求87至97中任一项所述的HLA I类分子或如权利要求98或99所述的APC接触，其中相对于在所述接触之前能够结合所述HLA I类分子的T细胞的数目，在所述接触之后，所述经富集的T细胞群包含更高数目的能够结合所述HLA I类分子的T细胞。
101.一种富集获自人受试者的靶T细胞群的方法，其包括使所述T细胞在体外与肽接触；其中所述肽由选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列组成；其中相对于在所述接触之前能够靶向肿瘤细胞的T细胞的数目，在所述接触之后，所述经富集的T细胞群包含更高数目的能够靶向肿瘤细胞的T细胞。
102.如权利要求100或101所述的方法，其中获自所述人受试者的所述T细胞是肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)。
103.一种治疗有需要的受试者的肿瘤的方法，其包括向所述受试者施用如权利要求100或101所述的经富集的T细胞。
104.一种增强罹患癌症的受试者的细胞毒性T细胞介导的癌细胞靶向的方法，其包括向所述受试者施用具有选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列的肽。
105.一种癌症疫苗，其包含具有选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列的肽。
106.一种选择能够靶向肿瘤细胞的T细胞的方法，其包括使经分离的T细胞群在体外与肽接触，其中所述肽由选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55和它们的任何组合组成的组的氨基酸序列组成。
107.如权利要求106所述的方法，其中所述T细胞是肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)。
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