CN113660949A - 用于改善存活蛋白治疗剂在肿瘤治疗中的功效的方法 - Google Patents

用于改善存活蛋白治疗剂在肿瘤治疗中的功效的方法 Download PDF

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Abstract

本申请总体涉及用于治疗肿瘤的方法，并且具体地，涉及通过改善肿瘤中存活蛋白特异性T细胞浸润来改善存活蛋白治疗剂在肿瘤治疗中的功效的方法。在某些方面，用于改善存活蛋白治疗剂的功效的方法可能需要向具有低肿瘤负荷的受试者给予治疗。

Description

用于改善存活蛋白治疗剂在肿瘤治疗中的功效的方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2018年11月19日提交的美国临时申请号62/769,347的优先权，其公开内容通过引用以其整体并入本文。
序列表
本申请包含序列表，该序列表已经以ASCII格式电子提交，并且特此通过引以其整体并入。所述创建于2019年11月6日的ASCII副本命名为249979_000056_SL.txt，大小为7,002字节。
技术领域
本申请总体上涉及用于治疗肿瘤的方法，并且具体地，涉及通过改善肿瘤中存活蛋白特异性T细胞浸润来改善存活蛋白治疗剂在肿瘤治疗中的功效的方法。
背景技术
卵巢癌是一种严重和威胁生命的疾病。每年，美国约有22,240位女性罹患卵巢癌，约有2.5％的女性由于其疾病的晚期而死亡(SEER发病率数据)。此统计数据可能部分由于以下事实：约75％的诊断发生在疾病处于晚期(即，III-IV)时，因为腹部疼痛或压力的早期症状不存在或被误诊(美国癌症协会(American Cancer Society)
Figure BDA0003166487160000011
年的癌症事实和图示；Jelovac和Armstrong,Recent progress in the diagnosis and treatment ofovarian cancer,CA Cancer J Clin 2011 61(3)183-203)。
针对晚期卵巢癌的第一线治疗是积极性减体手术(aggressive debulkingsurgery)，通常随后进行化学疗法。化学疗法的重复给药/停药方案(Repeated on/offregimens)导致显著的耐受性问题，从而影响患者的生活质量。不幸地，另外的治疗线路与显著的风险益处相关，包括治疗相关的毒性。Bruchim等人，2013(Eur.J.Obstet.Gynecol.Reprod.Biol.166(1):94-8)的回顾性研究显示第二线化学疗法之后的化学疗法益处非常受限，其中第3线化学疗法中仅11.9％，第4线中2.9％，第5线中4.5％，第6线或更多线中0％的反应率令人绝望。因此，复发率非常高，并且减少复发的选择受到限制，从而导致高死亡率。
免疫疗法的最新进展已经证实是许多肿瘤类型的有效治疗选择，其提供持久的益处并改善生活质量。然而，其应用目前限于因副作用而具有遗传易感性或低耐受性的患者。尽管多种T细胞活化治疗剂(例如，疫苗)已显示临床前发展的前景，但其最终未能在人类中测试时证实临床益处。在涉及癌症治疗时，治疗性干预是一种复杂的挑战，并且疾病的多个方面(如相对于护理标准的治疗时机、癌症阶段与类型)均对治疗结果具有影响。
因此，在本领域中对于用于与有限的毒性和较好的安全性相关的基于新活性免疫治疗剂的新颖和有效的手段存在需要。这种发明有望改变致病性癌症，如但肯定不限于晚期卵巢癌的治疗范例。
发明内容
申请人现意外地发现，通过向具有低目标肿瘤负荷的受试者给予存活蛋白治疗剂可以改善存活蛋白治疗剂的功效。
一方面，本发明涉及用于改善T细胞活化治疗剂在治疗受试者的肿瘤中的功效的方法，所述方法包括：a)测量受试者的估计肿瘤负荷；b)向有需要的受试者给予有效量的至少一种活性剂，其中所述受试者具有低肿瘤负荷；和c)向所述受试者给予治疗有效量的T细胞活化治疗剂，其中T细胞活化治疗剂包含至少一种存活蛋白抗原。
一方面，本发明涉及治疗具有低肿瘤负荷的受试者的肿瘤的方法，所述方法包括：a)测量受试者的估计肿瘤负荷；b)向有需要的受试者给予有效量的至少一种活性剂，其中受试者具有低肿瘤负荷；和c)向受试者给予治疗有效量的T细胞活化治疗剂，其中T细胞活化治疗剂包含至少一种存活蛋白抗原。
在本文公开的方法的某些实施方式中，受试者具有至少一种可测量的肿瘤病变(损伤，lesion)。在某些实施方式中，肿瘤是实体瘤。在某些实施方式中，肿瘤是皮下实体瘤。在某些实施方式中，肿瘤是血液恶性肿瘤。在某些实施方式中，肿瘤是乳腺癌、卵巢肿瘤、输卵管肿瘤、腹膜肿瘤、膀胱肿瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B celllymphoma)、神经胶质瘤、非小细胞肺肿瘤、或肝细胞癌。在某些实施方式中，肿瘤是卵巢肿瘤。在某些实施方式中，肿瘤是弥漫性大B细胞淋巴瘤。
在本文公开的方法的某些实施方式中，估计肿瘤负荷基于最大肿瘤病变。在某些实施方式中，估计肿瘤负荷基于最大肿瘤病变的最长直径。在某些实施方式中，当最大肿瘤病变的最长直径小于约10cm、约9cm、约8cm、约7cm、约6cm、约5cm、约4cm、约3cm或约2cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，当最大肿瘤病变的最长直径小于约4cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在本文公开的方法的某些实施方式中，当最大肿瘤病变涉及淋巴结时，估计肿瘤负荷基于淋巴结的短轴的直径。在某些实施方式中，当包含肿瘤的淋巴结的短轴的长度小于约7cm、约6cm、约5cm、约4cm、约3cm或约2cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，当包含肿瘤的淋巴结的短轴的长度小于约4cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在本文公开的方法的某些实施方式中，估计肿瘤负荷基于至少两个目标肿瘤病变的直径的总和。在某些实施方式中，直径是目标肿瘤病变的最长直径。在某些实施方式中，当目标肿瘤病变涉及淋巴结时，直径是淋巴结的短轴的直径。在某些实施方式中，当目标肿瘤病变涉及淋巴结时，直径是淋巴结的长轴的直径。在某些实施方式中，估计肿瘤负荷基于至少两个目标肿瘤病变的直径的乘积之和。在某些实施方式中，目标肿瘤病变基于其大小和/或病变对于精确重复测量的适合性来选择。在某些实施方式中，目标肿瘤病变是最大肿瘤病变。在某些实施方式中，目标肿瘤病变的数目在2和5之间。在某些实施方式中，每个器官测量不超过两个目标肿瘤病变。
在某些实施方式中，当目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约10cm、约9cm、约8cm、约7cm、约6cm、约5cm、约4cm或约3cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，当目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约5cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在某些实施方式中，当目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约30cm2、约27cm2、约25cm2、约22cm2、约20cm2、约17cm2、约15cm2、约12cm2或约10cm2时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，当目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约20cm2时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在本文公开的方法的某些实施方式中，根据实体瘤反应评价标准(ResponseEvaluation Criteria in Solid Tumors)(RECIST)指南测量肿瘤负荷或估计目标肿瘤负荷。在某些实施方式中，根据RECIST 1.1标准测量肿瘤负荷或估计目标肿瘤负荷。
在本文公开的方法的某些实施方式中，在步骤b)中，活性剂的有效量是足以提供免疫调节作用的量。
在本文公开的方法的某些实施方式中，在T细胞活化治疗剂之前、之后或同时给予活性剂。在某些实施方式中，在T细胞活化治疗剂之前给予活性剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，给予活性剂至少两次。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤b)包括在给予T细胞活化治疗剂前至少两天向受试者给予第一剂量的活性剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，在给予T细胞活化治疗剂前至少四天给予活性剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤b)包括在给予T细胞活化治疗剂前约一周向受试者给予第一剂量的活性剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤b)包括向受试者给予第一剂量的活性剂，然后给予一个或多个维持剂量的活性剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤b)包括每天向受试者给予活性剂至少1、2、3或4次。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤b)包括每天向受试者给予活性剂两次，持续约一周的时间段。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤b)包括在给予T细胞活化治疗剂之前每天向受试者给予活性剂两次，持续约一周的时间段。
在本文公开的方法的某些实施方式中，方法进一步包括在给予T细胞活化治疗剂之前停止向受试者给予活性剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，在给予T细胞活化治疗剂的过程期间继续向受试者给予活性剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤b)包括以低剂量节律式方案向受试者给予活性剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，节律式方案包括每隔一周(每两周，everysecond week)每天向受试者给予活性剂，持续约一周的时间段。在某些实施方式中，每天给予活性剂两次。
在本文公开的方法的某些实施方式中，节律式方案包括给予活性剂持续两周的周期，其中在周期的第一周期间向受试者给予活性剂，其中在周期的第二周期间不向受试者给予活性剂，并且其中节律式方案包括至少两个周期。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤c)包括约每三周向受试者给予T细胞活化治疗剂一次。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤c)包括向受试者给予T细胞活化治疗剂2、3、4或更多次。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤b)包括在给予第一剂量的T细胞活化治疗剂之前约一周开始向受试者给予活性剂，并且步骤c)包括约每三周向受试者给予T细胞活化治疗剂一次。
在本文公开的方法的某些实施方式中，存活蛋白抗原是肽抗原或编码肽抗原的核酸。在某些实施方式中，存活蛋白抗原是包含来自能够引发受试者中细胞毒性T-淋巴细胞(CTL)反应的存活蛋白的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)的肽抗原，或编码所述肽抗原的核酸分子。在某些实施方式中，存活蛋白抗原是包含氨基酸序列FEELTLGEF(SEQ ID NO:2)；FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)；LTLGEFLKL(SEQ ID NO:4)；LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)；RISTFKNWPF(SEQ ID NO:6)；RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)；STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)；或LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)中的至少一个的肽抗原，或编码所述肽抗原的核酸分子。在某些实施方式中，至少一种存活蛋白抗原包括包含氨基酸序列FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)；LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)；RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)；STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)或LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)的五种肽抗原的混合物。
在本文公开的方法的某些实施方式中，以每种肽抗原约0.1mg/ml至约5mg/ml的浓度给予至少一种存活蛋白抗原。在某些实施方式中，以每种肽抗原约1mg/ml的浓度给予至少一种存活蛋白抗原。在某些实施方式中，以约0.01ml至约1ml的剂量给予T细胞活化治疗剂。在某些实施方式中，以约0.25ml或约0.5ml的剂量给予T细胞活化治疗剂。在某些实施方式中，以约0.01ml至约1ml的起始剂量给予T细胞活化治疗剂抗原。在某些实施方式中，以约0.25ml或约0.5ml的起始剂量给予T细胞活化治疗剂。在某些实施方式中，以约0.01ml至约1ml的加强剂量给予T细胞活化治疗剂。在某些实施方式中，以约0.1ml的加强剂量给予T细胞活化治疗剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，活性剂干扰DNA复制。在某些实施方式中，活性剂能够选择性地靶向免疫系统的快速分裂的细胞并引起程序性细胞死亡。
在本文公开的方法的某些实施方式中，活性剂是烷基化剂。在某些实施方式中，烷基化剂是氮芥烷基化剂。在某些实施方式中，氮芥烷基化剂是环磷酰胺。
在本文公开的方法的某些实施方式中，活性剂是吉西他滨、5-FU、顺铂、奥沙利铂、替莫唑胺、紫杉醇、卡培他滨(capecitabine)、甲氨蝶呤、表柔比星、伊达比星、米托蒽醌、博来霉素、地西他滨(decitabine)或多西他赛(docetaxel)中的至少一种。
在本文公开的方法的某些实施方式中，活性剂是沙利度胺、硼替佐米、IL-2、IL-12、IL-15、IFN-γ、IFN-α或TNF-α、二甲双胍或来那度胺(lenalidomide)中的至少一种。
在本文公开的方法的某些实施方式中，活性剂是VEGF、VEGFR或CD40中的至少一种的抑制剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，活性剂的量为约25-300mg/天、约50-100mg/天或约100mg/天。在某些实施方式中，活性剂的量为每剂量约50mg。在某些实施方式中，每天给予活性剂两次。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤b)包括向受试者口服给予活性剂。在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤b)包括通过注射而向受试者给予活性剂。在本文公开的方法的某些实施方式中，注射是静脉内、皮下、肿瘤间或肌内注射。在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤c)包括通过注射向受试者给予T细胞活化治疗剂。在某些实施方式中，注射是皮下注射。
在本文公开的方法的某些实施方式中，T细胞活化治疗剂是包含至少一种存活蛋白抗原、脂质体和包含连续相的疏水性物质的载体的组合物。在某些实施方式中，组合物进一步包含T-辅助细胞表位。在某些实施方式中，T-辅助细胞表位是包含氨基酸序列AQYIKANSKFIGITEL(SEQ ID NO:10)的肽。在某些实施方式中，组合物进一步包含佐剂。在某些实施方式中，佐剂是聚I.C多核苷酸，其中多核苷酸是基于DNA或RNA的。在某些实施方式中，载体是疏水性物质，如植物油、坚果油或矿物油。在某些实施方式中，载体是矿物油或矿物油溶液中的二缩甘露醇油酸酯。在某些实施方式中，载体是
Figure BDA0003166487160000051
ISA 51。
在本文公开的方法的某些实施方式中，活性剂通过直接增强针对抗原的免疫反应，例如通过增加抗原特异性CD8+T细胞的活性或数量来改善T细胞活化治疗剂的功效。在某些实施方式中，增加抗原特异性CD8+T细胞的活性或数量涉及抗原特异性CD8+T细胞由于总CD8+T细胞的相对减少而富集。在某些实施方式中，活性剂通过减少抑制性免疫细胞，例如CD4+FoxP3+调节T细胞(Tregs)、髓源性抑制细胞(MDSC)和/或CD19+CD1d+CD5+B细胞(Bregs)的数量或活性来改善T细胞活化治疗剂的功效。
在本文公开的方法的某些实施方式中，方法进一步包括d)给予至少一种另外的治疗剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，至少一种另外的治疗剂是一种或多种检查点抑制剂。在某些实施方式中，检查点剂是免疫检查点蛋白的抑制剂，其中免疫检查点蛋白是程序性死亡-配体1(PD-L1，也称为B7-H1、CD274)、程序性死亡1(PD-1、CD279)、CTLA-4(CD154)、LAG3(CD223)、TIM3(HAVCR2、CD366)、41BB(CD137)、ICOS(诱导性T细胞共刺激物)、杀伤抑制受体(KIR)、CD27、OX-40、GITR或磷脂酰丝氨酸(PS)。
在本文公开的方法的某些实施方式中，检查点剂是PD-1的抑制剂。在某些实施方式中，PD-1的抑制剂是抗体。在某些实施方式中，抗体是帕博利珠单抗(pembrolizumab)。
在本文公开的方法的某些实施方式中，至少一种另外的治疗剂是rapalogue、组蛋白脱乙酰基酶(HDAC)抑制剂、parp抑制剂、或吲哚胺2,3-二加氧酶抑制剂中的一种或多种。在某些实施方式中，吲哚胺2,3-二加氧酶是IDO1。
在本文公开的方法的某些实施方式中，至少一种另外的治疗剂是阿霉素、曲妥珠单抗(trastuzumab)、贝伐单抗(bevacizumab)、舒尼替尼(sunitinib)、索拉非尼(sorafenib)、或其组合。在某些实施方式中，通过脂质体给予阿霉素。
在本文公开的方法的某些实施方式中，向受试者给予至少两个剂量的另外的治疗剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，向受试者给予另外的治疗剂，持续至少连续两天的时间段。
在本文公开的方法的某些实施方式中，向受试者给予第一剂量的另外的治疗剂，随后给予一个或多个维持剂量的另外的治疗剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，向受试者给予第一剂量的另外的治疗剂，随后给予一个或多个维持剂量的另外的治疗剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，每天向受试者给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，每天向受试者给予另外的治疗剂至少1、2、3或4次。在某些实施方式中，每天给予另外的治疗剂两次。
在本文公开的方法的某些实施方式中，约每1-4周给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，每3周给予另外的治疗剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，在T细胞活化治疗剂之前、之后或同时给予另外的治疗剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，在第一剂量的T细胞活化治疗剂之后向受试者给予第一剂量的另外的治疗剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，在第一剂量的T细胞活化治疗剂之后的当天向受试者给予第一剂量的另外的治疗剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，在给予T细胞活化治疗剂的过程期间继续给予治疗剂。
在本文公开的方法的某些实施方式中，步骤d)包括以每剂量约50mg至每剂量约500mg给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，另外的治疗剂的量小于每剂量300mg。在某些实施方式中，另外的治疗剂的量为每剂量约25mg至小于5g。在某些实施方式中，另外的治疗剂的量为每剂量约25mg至约300mg。在本文公开的方法的某些实施方式中，另外的治疗剂的量为约100mg/剂量。在本文公开的方法的某些实施方式中，另外的治疗剂的量为200mg/天。
在本文公开的方法的某些实施方式中，向受试者口服给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，通过注射向受试者给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，注射是静脉内、皮下、肿瘤间或肌内注射。
在本文公开的方法的某些实施方式中，通过清创术减小肿瘤负荷。
在本文公开的方法的某些实施方式中，方法进一步包括选择具有低肿瘤负荷的受试者。在某些实施方式中，方法进一步包括监测受试者的肿瘤负荷。在某些实施方式中，通过实体瘤反应评价标准(RECIST)指南测量监测期间受试者的肿瘤负荷。在某些实施方式中，RECIST标准是RECIST 1.1标准。
在本文公开的方法的某些实施方式中，受试者是人。
在以下说明书、权利要求和附图中，本文描述的这些和其它方面对于本领域普通技术人员而言将是显而易见的。
附图说明
图1A-1C提供了本发明的给药模式的非限制性示意图。图1A：受试者接受0.25mL起始和0.1mL加强的DPX-Survivac。在SD0开始，以50mg BID给予环磷酰胺，连续7天和中断7天。图1B：受试者接受0.25mL起始和0.1mL加强的DPX-Survivac。在SD0开始，以50mg BID给予环磷酰胺，连续7天和中断7天。在SD8开始，向所有受试者给予上至300mg BID的Epacadostat。图1C：受试者接受0.50mL起始和0.1mL加强的DPX-Survivac。在SD0开始，以50mg BID给予环磷酰胺，连续7天和中断7天。在SD7开始，每3周以200mg给予帕博利珠单抗。
图2提供了亚群的瀑布分析(waterfall analysis)，显示了在给药组1b期意图治疗群体中处于最佳总体反应下肿瘤负荷相对于基线的个体受试者变化。A图描绘了来自进入研究的根据RECIST 1.1的总目标病变大小<5cm的第1组受试者(N＝5)的结果。B图表示来自根据RECIST 1.1的基线总目标病变大小>5cm的第1组受试者(N＝8)的结果。C图表示来自根据RECIST 1.1的基线总目标病变大小<5cm的第2组受试者(N＝9)的结果。D图表示来自根据RECIST 1.1的基线总目标病变大小>5cm的组的受试者(N＝21)的结果。第1给药组接受上至100mg的epacadostat，第2给药组接受300mg的epacadostat。仅显示完成至少一个研究中放射成像的受试者。缩写：PD：疾病进展；PR：部分反应；RECIST：实体瘤反应评价标准。
图3提供了给药组的1b期意图治疗群体中个体受试者肿瘤负荷随时间变化。A图描绘了来自进入研究的根据RECIST 1.1的总目标病变大小<5cm的受试者(N＝14)的结果。B图表示来自根据RECIST 1.1的基线总目标病变大小>5cm的受试者(N＝28)的结果。仅显示完成至少一个研究中放射成像的受试者。缩写：PD：疾病进展；PR：部分反应；RECIST：实体瘤反应评价标准。
图4A和4B：图4A提供了编码人存活蛋白的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)的非限制性实例。图4B提供了包括终止密码子的存活蛋白(智人)的非限制性实例的编码序列(SEQ IDNO:11)。
图5提供了瀑布分析，显示了相对于肿瘤负荷，目标病变中自基线的最大百分比变化。具体地，该图显示了在给药组的2期意图治疗群体中处于最佳总体反应的肿瘤病变自基线的个体受试者百分比变化。进入研究的受试者(N＝16)不具有长度为4cm或更大的单个肿瘤病变。受试者接受0.25mL起始和0.1mL加强的DPX-Survivac。在SD0开始，以50mg BID给予环磷酰胺，持续7天和中断7天。在D56或D140进行扫描。仅显示完成至少一个研究中放射成像的受试者。
图6提供了对可评价受试者中直径乘积的总和(SPD)(即，最长总体肿瘤直径和垂直于最长总体直径的最长直径)自基线的百分比减少的瀑布分析。具体地，图6显示了在给药组的2期意图治疗群体中处于最佳总体反应的肿瘤负荷自基线的个体受试者的变化。受试者(N＝8)进入研究。在研究第7和28天，受试者间隔21天接受两个起始剂量的0.5mL的DPX-Survivac，且每2个月0.1ml维持注射。受试者在研究期间还接受节律式口服环磷酰胺(50mg BID；连续7天/中断7天)。每3周以200mg静脉内给予帕博利珠单抗，这在研7究天开始，共输注18次。仅显示完成至少一个研究中放射成像的受试者。缩写：PD：疾病进展；SD：疾病稳定；PR：部分反应；CR：完全反应。
图7提供了通过直径乘积的总和(SPD)测量的给药组的2期意图治疗群体中目标病变反应随时间的个体受试者百分比变化。该图描绘了来自进入研究的目标病变大小<4cm的受试者(N＝8)的结果。在研究第7和28天，受试者相隔21天接受两个起始剂量的0.5mL的DPX-Survivac，且每2个月0.1ml维持注射。受试者在研究期间还接受节律式口服环磷酰胺(50mg BID；连续7天/中断7天)。每3周以200mg静脉内给予帕博利珠单抗，这在研究第7天开始，共18次输注。仅显示完成至少一个研究中放射成像的受试者。
图8描绘了实现疾病进展(PD)、疾病稳定(SD)和部分反应(PR)的肿瘤负荷与T细胞活性之间的平衡。
具体实施方式
在描述本发明之前，应理解本发明不限于所描述的特定方法和实验条件，因为这些方法和条件可以变化。还应理解，本文中使用的术语仅用于描述特定实施方式的目的，而不旨在进行限制。
晚期癌利用若干机制逃避免疫介导的检测和破坏，因此在多个水平上降低癌症治疗剂的有效性。肿瘤诱导的免疫抑制是癌症的标志之一并且是针对癌症的任何免疫治疗的主要障碍(Hanahan和Weinberg,Cell,144(5):646-674,2011)。随着肿瘤的发展，其通过若干机制适应以避免和逃避免疫检测。肿瘤微环境，例如，上调许多促进抑制性免疫细胞发展的因子，例如CD4+FoxP3+调节T细胞(Tregs)(Curiel等人，Nat Med10(9):942-949,2004)和髓源性抑制细胞(MDSC)(Nagaraj和Gabrilovich，Cancer Res68(8):2561-3,2008)。肿瘤微环境还通过释放免疫抑制细胞因子例如TNF-β(Yang等人，Trends Immunol 31(6):220-227,2010)，促进活化的CD8+T细胞的直接抑制。应答免疫压力的其它肿瘤逃避机制是在抗原加工和呈递中的免疫编辑、MHC类别I的下调以及改变。因此，最重要的是T细胞活化治疗剂-诱导的CD8+T细胞在它们有可能适应之前，有机会快速识别并破坏肿瘤细胞。免疫调节剂抵消肿瘤诱导的免疫抑制的用途可以改善癌症治疗(包括T细胞活化疗法)的功效。
本发明的方法涉及通过组合给予活性剂(例如，干扰DNA复制的活性剂和/或免疫调节剂)和存活蛋白治疗剂(例如，DPX-Survivac)治疗具有低肿瘤负荷(例如，低目标肿瘤负荷)的受试者的肿瘤。存活蛋白，涉及细胞凋亡的负向调控的蛋白质，在许多肿瘤类型中高度表达并且具有所报道的预后价值。如本文所用，“存活蛋白治疗剂”意在包括任何疫苗、识别存活蛋白的工程化CAR T细胞、T细胞活化治疗剂或用于向受试者给予本文所述的存活蛋白抗原中的一种或多种的抗原递送手段。本文描述了这种“存活蛋白治疗剂”的示例性实施方式；然而，技术人员将理解包括任何T细胞活化治疗剂或向受试者递送抗原的手段。
在一个方面，本发明涉及用于改善T细胞活化治疗剂在治疗受试者的肿瘤中的功效的方法，所述方法包括向有需要的受试者给予有效量的至少一种活性剂(例如，干扰DNA复制的活性剂和/或免疫调节剂)，其中受试者具有低的肿瘤负荷(例如，通过估计肿瘤负荷测量)；和向受试者给予治疗有效量的T细胞活化治疗剂，其中T细胞活化治疗剂包含至少一种存活蛋白抗原(例如，DPX-Survivac)。
在另一方面，本发明涉及治疗具有低肿瘤负荷的受试者的肿瘤的方法，所述方法包括向有需要的受试者给予有效量的至少一种活性剂(例如，干扰DNA复制的活性剂和/或免疫调节剂)，其中受试者具有低的肿瘤负荷(例如，通过估计肿瘤负荷测量)；和随后向受试者给予治疗有效量的T细胞活化治疗剂，其中T细胞活化治疗剂包含至少一种存活蛋白抗原(例如，DPX-Survivac)。
定义
须注意，如在说明书和所附权利要求中所用，单数形式“一”、“一个/种”和“该/所述”包括复数形式，除非上下文另有明确指出。除非另有定义，本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员的普遍理解相同的含义。
如本文在说明书和权利要求书中所用，短语“和/或”应理解为意为如此结合的要素的“一个或两个”，即在一些情况下结合存在而在其它情况下不结合存在的要素。用“和/或”列出的多个要素应以相同的方式解释，即，如此结合的要素中的“一个或多个”。除了由“和/或”子句具体标识要素以外，可以任选地存在其它要素，无论是否与具体标识的那些要素相关或不相关。因此，作为非限制性实例，当与诸如“包含”的开放式语言结合使用时，对“A和/或B”的引用可以在一个实施方式中仅指代A(任选地包括除B之外的要素)；在另一实施方式中，仅指代B(任选地包括除A之外的要素)；在又一实施方式中，指代A和B(任选地包括其它要素)等。
如本文通篇所用，术语“约”意为合理接近。例如，“约”可以意为在由本领域普通技术人员确定的特定值的可接受标准偏差和/或可接受误差范围内，这将取决于如何测量特定值。进一步，当表示整数时，约可以指代整数两侧的十进制值。当在范围的上下文中使用时，术语“约”涵盖范围的一端的一个特定值与范围的另一端的另一特定值之间的所有示例性值，以及超过每一端的合理接近的值。
如本文所用，无论在说明书还是所附权利要求中，过渡性术语“包含”、“包括”、“携带”、“具有”、“含有”、“涉及”等应理解为包括或开放式(即，意为包括但不限于)，并且其不排除未列举的要素、材料或方法步骤。仅过渡性术语“由……组成”和“基本上由……组成”分别为与本文的权利要求和示例性实施方式段落相关的封闭或半封闭过渡性短语。
如本文所用，“改善T细胞活化治疗剂功效(improving T cell activationtherapeutic efficacy)”或“改善T细胞活化治疗剂的功效(improving the efficacy ofT cell activation therapeutic)”等指代能够使得本发明的存活蛋白治疗剂在治疗癌症中更加有效的受试者的免疫反应中的任何变化或改变。在一些实施方式中，这可能涉及加速免疫反应的出现和/或改善对存活蛋白治疗剂的免疫反应的持久性或强度。免疫反应可以是细胞介导的免疫反应或体液免疫反应。
在本发明的方法中，试剂可以通过直接或间接提高针对T细胞活化治疗剂中存活蛋白抗原的免疫反应来“改善T细胞活化治疗剂(例如，存活蛋白治疗剂)的功效”。例如，这可以通过降低抑制性免疫细胞的数量和/或活性来实现。例如，据报道，肿瘤微环境上调许多促进抑制性免疫细胞发展的因子，如CD4+FoxP3+调节T细胞(Tregs)(Curiel等人，NatMed 10(9):942-949,2004)、髓源性抑制细胞(MDSC)(Nagaraj和Gabrilovich，Cancer Res68(8):2561-3,2008)和CD19+CD5+CD1dhiIL-10+B细胞(Bregs)(Balkwill等人，TrendsImmunol，2012年12月3日，10.1016/j.it.2012.10.007刊载前的电子版(Epub ahead ofprint))。因此，降低这些抑制性免疫细胞的数量或活性的能力代表改善T细胞活化治疗剂功效的实施方式。
还可以例如通过增加抗原特异性CD8+T细胞的数量和/或活性来实现“改善T细胞活化治疗剂(例如，存活蛋白治疗剂)的功效”。在此方面，据报道，例如，肿瘤微环境通过释放免疫抑制因子例如TNF-α和TGF-β(Yang等人，Trends Immunol 31(6):220-227,2010)，促进活化的CD8+T细胞的直接抑制。因此，增加抗原特异性CD8+T细胞的活性的能力代表改善T细胞活化治疗剂功效的潜在机制。抗原特异性CD8+T细胞的增加可以是增加此类细胞数量、增加此类细胞活性、和/或相对于总CD8+T细胞的抗原特异性CD8+T细胞的富集群的产生(如例如，通过总CD8+T细胞的相对减少)的结果。
更一般地，“改善T细胞活化治疗剂的功效”指代本发明的方法：通过提高细胞介导的免疫反应和/或由存活蛋白治疗剂诱导的体液免疫反应，来提高存活蛋白治疗剂的免疫原性的能力；在接种部位或肿瘤部位增加免疫细胞和/或抗体的数量的能力；或改善由本发明的存活蛋白治疗剂所提供的治功效果的能力，例如通过提高癌症的预防性和/或治疗性治疗和/或缓解、延迟或抑制疾病症状的进展。与单一疗法的治疗相比，改善存活蛋白治疗剂的功效也可与改善生活质量或降低发病率相关。
“改善T细胞活化治疗剂的功效”也可以意为需要较低剂量的本发明的组合的活性成分来产生期望的结果。这包括其中剂量本身较小的实施方式和其中存活蛋白治疗剂、活性剂和/或另外的治疗剂(例如，干扰DNA复制的治疗剂和/或免疫调节剂)以较少频率来应用的实施方式。
如本文所用，“治疗(Treating)”或“治疗(treatment of)”或“预防(preventing)”或“预防(prevention of)”指代获得有益或期望结果的方法。有益或期望的结果可以包括但不限于，减轻或改善一种或多种症状或状况、减轻疾病程度、稳定疾病状态、预防疾病进展、预防疾病传播、延迟或减慢疾病进展(例如，抑制)、延迟或减慢疾病发作、赋予针对致病试剂的保护性免疫以及改善或缓解疾病状态。“治疗”或“预防”还可以意为将患者的存活时间延长超出在没有治疗的情况下预期的存活时间，并且还可以意为暂时抑制疾病的进展或预防疾病的发生，例如通过预防受试者的感染。“治疗”或“预防”还可以指代减小肿瘤实质(肿瘤块，tumor mass)的大小、减小肿瘤负荷、减小目标肿瘤负荷、减少肿瘤侵袭性等。
“治疗”与“预防”的区别可在于“治疗”典型地发生在已患有疾病或障碍或已知已暴露于感染剂的受试者中，而“预防”典型地发生在未患有疾病或障碍或未知已暴露于感染剂的受试者中。将理解，治疗和预防可以重叠。例如，可以“治疗”受试者的疾病，同时“预防”疾病的症状或进展。此外，“预防”和“治疗”可以重叠，因为治疗受试者以诱导免疫反应(例如，疫苗接种)可以具有预防病原体感染或预防由病原体感染引起的潜在疾病或症状的后续效果。这些预防方面在本文中由诸如“治疗肿瘤”或“治疗癌症”的表述涵盖。
如本文所用，术语“癌症”、“癌细胞”、“肿瘤”和“肿瘤细胞”(可以互换使用)指代表现出异常生长的细胞，其特征在于细胞增殖或已永生化的细胞的显著失控。术语“癌症”或“肿瘤”包括转移性以及非转移性癌症或肿瘤。可以使用本领域普遍接受的标准来诊断癌症，包括恶性肿瘤的存在。
如本文所用，“治疗有效量”意为有效地为受试者提供治疗、预防或诊断益处的活性剂、T细胞活化治疗剂、和/或任何另外的治疗剂的量，和/或足以调节受试者的免疫反应和/或体液反应的量。如本文所用，“调节”免疫和/或体液反应是不同的，并且不同于激活免疫和/或体液反应。“调节”意为本文中的活性剂和/或另外的治疗剂增强由其它机制或化合物(例如，由抗原或免疫原)激活的免疫和/或体液反应。在一个实施方式中，在给予活性剂、T细胞活化治疗剂、和/或本文有效的另外的治疗剂之前激活免疫和/或体液反应。在另一实施方式中，免疫和/或体液反应可以与给予活性剂、T细胞活化治疗剂、和/或本文所述的有效的任何另外的治疗剂同时激活。在另一实施方式中，可以在给予活性剂、T细胞活化治疗剂、和/或本文所述的有效的任何另外的治疗剂之后激活免疫和/或体液反应。
术语“受试者”、“患者”、“个体”和“动物”在本文中可以互换使用，并且指代哺乳动物，包括但不限于人和兽医动物(例如，灵长类、猫、狗、牛、马、羊、猪、兔、小鼠、大鼠等)和实验动物模型。在优选的实施方式中，受试者是人。
肿瘤负荷
本文公开的方法包括向具有低肿瘤负荷的受试者给予活性剂以及包含至少一种存活蛋白抗原(例如，DPX-Survivac)的T细胞活化治疗剂。在某些实施方式中，方法包括向具有低肿瘤负荷的受试者给予T细胞活化治疗剂。
“肿瘤负荷”指代分布在全身的肿瘤物质的总量。例如，肿瘤负荷可以指代全身的癌细胞的总数或肿瘤(一个或多个)的总大小，包括淋巴结(例如，恶性或病理性肿大的淋巴结(例如，在实体瘤的情况下，短轴≥15mm)和骨髓。在某些实施方式中，可以基于至少一种肿瘤病变(包括淋巴结和骨髓)的肿瘤大小估计肿瘤负荷，如在下文更详细地描述。
术语“肿瘤大小”指代肿瘤的总大小，其可以测量为肿瘤的直径、长度和宽度、或总面积、总和或垂直直径或体积。可以通过本领域已知的多种方法，如例如通过使用成像技术(例如CT、MRI、PET、骨扫描、X-射线或超声)测量体内的肿瘤(一个或多个)的尺寸或(例如，使用卡尺)测量从受试者移除后的肿瘤(一个或多个)的尺寸来确定肿瘤大小。在一些实施方式中，一维地测量肿瘤(例如，肿瘤病变的最长直径)。在一些实施方式中，二维地测量肿瘤(例如，最长直径和垂直于最长直径的直径)。
在某些实施方式中，通过实体瘤反应评价标准(RECIST)指南测量目标肿瘤病变。在某些实施方式中，通过RECIST 1.1标准测量目标肿瘤病变。以下是可以使用的RECIST1.1标准的进一步概述。普通技术人员理解，可以更新或修改这种方法，在这种情况下，更新或修改的方法可以用于测量目标肿瘤病变。
估计肿瘤负荷
如上所述，可以基于至少一个肿瘤病变的肿瘤大小来估计受试者的肿瘤负荷。不同的方法可以潜在地用于估计肿瘤负荷，只要该方法提供实际肿瘤体积的良好表示，或必须被T细胞消除以达到临床反应的肿瘤细胞的数量。
在某些实施方式中，估计肿瘤负荷基于最大肿瘤病变的肿瘤大小。在某些实施方式中，估计肿瘤负荷基于至少两个肿瘤病变(即，目标肿瘤病变)的肿瘤大小的总和。
在某些实施方式中，可以通过最大肿瘤病变的大小(例如，直径、长度和宽度(例如，最大直径乘以其垂线)、垂直直径与最长直径的总和(即，直径的乘积的总和)或体积)来确定估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，估计肿瘤负荷基于最大肿瘤病变的最长直径。在某些实施方式中，如果最大肿瘤病变涉及淋巴结，则估计肿瘤负荷可以基于恶性/病理性淋巴结的短轴或长轴的直径。在某些实施方式中，如果最大肿瘤病变涉及淋巴结，则估计肿瘤负荷可以基于恶性/病理性淋巴结的短轴的直径。
当治疗之前存在多于一个的可测量病变时，“目标肿瘤病变”可以基于肿瘤病变大小(例如，直径或长度和宽度)和/或肿瘤病变对精确重复测量的适合性来选择。在某些实施方式中，可以选择目标肿瘤病变以代表包含肿瘤病变的所有器官。在某些实施方式中，目标肿瘤病变可以是最大肿瘤病变。
在某些实施方式中，可以通过某些数量的肿瘤病变(即，目标肿瘤病变，其还包括恶性/病理性淋巴结和骨髓)的大小(例如，直径、长度和宽度(例如，最长直径乘以其垂线的最长直径)或体积)的总和来确定估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，可以通过目标肿瘤病变的最长直径的总和来确定估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变涉及淋巴结，则所进行的测量是恶性/病理性淋巴结的短轴或长轴的直径。在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变涉及淋巴结，则所进行的测量是恶性/病理性淋巴结的短轴的直径。
在某些实施方式中，可以通过至少约2、3、4、5、6、7、8、9或10个目标肿瘤病变的大小的总和来确定估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，可以通过约2、3、4或5个目标肿瘤病变的大小的总和来确定估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，每个器官测量不超过2个目标肿瘤病变。
低的估计肿瘤负荷
不受理论束缚，将活性剂与包含至少一种存活蛋白抗原(例如，DPX-Survivac)的目标T细胞免疫疗法一起给予具有低肿瘤负荷的受试者的优点是利用T细胞能够浸润肿瘤并刺激肿瘤细胞破坏和/或控制肿瘤生长的能力。换言之，优点是确保适当数量的T细胞以大于肿瘤细胞增殖的动力浸润和杀伤肿瘤细胞(参见例如，图8)。在一些情况下，具有低肿瘤负荷的受试者的肿瘤体积或肿瘤生理学可能使得T细胞(例如，肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL))能够容易地浸润肿瘤并介导消退。
如本文涵盖的，“低的估计肿瘤负荷”或“低的估计目标肿瘤负荷”(可互换使用)将是本领域技术人员已知的，或者可以通过常规技术进行确定。在某些实施方式中，本领域技术人员可以基于肿瘤的类型确定低的估计肿瘤负荷或低的目标肿瘤负荷的构成、肿瘤所在的组织、和/或受试者的具体特征(例如，年龄、体重、性别、免疫状态、健康、癌症分级等)。不受理论束缚，可以通过找到肿瘤大小与T细胞减少肿瘤负荷或至少减少肿瘤负荷生长速率的能力之间的平衡来确定构成低的估计肿瘤负荷的值。T细胞减少肿瘤负荷或减少肿瘤负荷生长速率的能力可以是T细胞反应的结果。
在某些实施方式中，如果最大肿瘤病变的大小(例如，最大肿瘤病变的最长直径或淋巴结的短轴或长轴)为约10cm或更小、约9cm或更小、约8.75cm或更小、约8.5cm或更小、约8.25cm或更小、约8cm或更小、约7.75cm或更小、约7.5cm或更小、约7.25cm或更小、约7cm或更小、约6.75cm或更小、约6.5cm或更小、约6.25cm或更小、约6cm或更小、约5.75cm或更小、约5.5cm或更小、约5.25cm或更小、约5cm或更小、约4.75cm或更小、约4.5cm或更小、约4.25cm或更小、约4cm或更小、约3.75cm或更小、约3.5cm或更小、约3.25cm或更小、约3cm或更小、约2.75cm或更小、约2.5cm或更小、约2.25cm或更小、约2cm或更小、约1.75cm或更小、约1.5cm或更小、约1.25cm或更小、约1cm或更小、约0.75cm或更小、约0.5cm或更小、约0.25cm或更小、约0.1cm或更小、约0.075cm或更小、约0.015cm或更小或约0.0125cm或更小，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果最大肿瘤病变的大小(例如，最大肿瘤病变的最长直径或淋巴结的短轴或长轴)为约5cm或更小、约4.9cm或更小、约4.8cm或更小、约4.75cm或更小、约4.6cm或更小、约4.5cm或更小、约4.4cm或更小、约4.25cm或更小、约4.2cm或更小、约4cm或更小、约3.8cm或更小、约3.75cm或更小、约3.6cm或更小、约3.5cm或更小、约3.4cm或更小、约3.25cm或更小、约3.2cm或更小、约3.0cm或更小、约2.8cm或更小、约2.75cm或更小、约2.6cm或更小、约2.5cm或更小、约2.4cm或更小、约2.25cm或更小、约2.2cm或更小或约2cm或更小，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果最大肿瘤病变的大小(例如，最大肿瘤病变的最长直径或淋巴结的短轴或长轴)为约4cm或更小，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在某些实施方式中，如果最大肿瘤病变的大小(例如，最大肿瘤病变的最长直径或淋巴结的短轴或长轴)小于约10cm、小于约9cm、小于约8.75cm、小于约8.5cm、小于约8.25cm、小于约8cm、小于约7.75cm、小于约7.5cm、小于约7.25cm、小于约7cm、小于约6.75cm、小于约6.5cm、小于约6.25cm、小于约6cm、小于约5.75cm、小于约5.5cm、小于约5.25cm、小于约5cm、小于约4.75cm、小于约4.5cm、小于约4.25cm、小于约4cm、小于约3.75cm、小于约3.5cm、小于约3.25cm、小于约3cm、小于约2.75cm、小于约2.5cm、小于约2.25cm、小于约2cm、小于约1.75cm、小于约1.5cm、小于约1.25cm、小于约1cm、小于约0.75cm、小于约0.5cm、小于约0.25cm、小于约0.1cm、小于约0.075cm、小于约0.015cm或小于约0.0125cm，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有估计低肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果最大肿瘤病变的大小(例如，最大肿瘤病变的最长直径或淋巴结的短轴或长轴)小于约5cm、小于约4.9cm、小于约4.8cm、小于约4.75cm、小于约4.6cm、小于约4.5cm、小于约4.4cm、小于约4.25cm、小于约4.2cm、小于约4cm、小于约3.8cm、小于约3.75cm、小于约3.6cm、小于约3.5cm、小于约3.4cm、小于约3.25cm、小于约3.2cm、小于约3.0cm、小于约2.8cm、小于约2.75cm、小于约2.6cm、小于约2.5cm、小于约2.4cm、小于约2.25cm、小于约2.2cm、或小于约2cm，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果最大肿瘤病变的大小(例如，最大肿瘤病变的最长直径或淋巴结的短轴或长轴)小于约4cm，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在某些实施方式中，如果最大肿瘤病变的大小(例如，最大肿瘤病变的最长直径或淋巴结的短轴或长轴)不大于约10cm、不大于约9cm、不大于约8.75cm、不大于约8.5cm、不大于约8.25cm、不大于约8cm、不大于约7.75cm、不大于约7.5cm、不大于约7.25cm、不大于约7cm、不大于约6.75cm、不大于约6.5cm、不大于约6.25cm、不大于约6cm、不大于约5.75cm、不大于约5.5cm、不大于约5.25cm、不大于约5cm、不大于约4.75cm、不大于约4.5cm、不大于约4.25cm、不大于约4cm、不大于约3.75cm、不大于约3.5cm、不大于约3.25cm、不大于约3cm、不大于约2.75cm、不大于约2.5cm、不大于约2.25cm、不大于约2cm、不大于约1.75cm、不大于约1.5cm、不大于约1.25cm、不大于约1cm、不大于约0.75cm、不大于约0.5cm、不大于约0.25cm、不大于约0.1cm、不大于约0.075cm、不大于约0.015cm或不大于约0.0125cm，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果最大肿瘤病变的大小(例如，最大肿瘤病变的最长直径或淋巴结的短轴或长轴)不大于约5cm、不大于约4.9cm、不大于约4.8cm、不大于约4.75cm、不大于约4.6cm、不大于约4.5cm、不大于约4.4cm、不大于约4.25cm、不大于约4.2cm、不大于约4cm、不大于约3.8cm、不大于约3.75cm、不大于约3.6cm、不大于约3.5cm、不大于约3.4cm、不大于约3.25cm、不大于约3.2cm、不大于约3.0cm、不大于约2.8cm、不大于约2.75cm、不大于约2.6cm、不大于约2.5cm、不大于约2.4cm、不大于约2.25cm、不大于约2.2cm、或不大于约2cm，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果最大肿瘤病变的大小(例如，最大肿瘤病变的最长直径或淋巴结的短轴或长轴)不大于约4cm，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和为约50cm2或更小、约48cm2或更小、约46cm2或更小、约44cm2或更小、约42cm2或更小、约40cm2或更小、约39cm2或更小、38cm2或更小、37cm2或更小、36cm2或更小、35cm2或更小、34cm2或更小、33cm2或更小、32cm2或更小、31cm2或更小、约30cm2或更小、约29cm2或更小、约28cm2或更小、约27cm2或更小、约26cm2或更小、约25cm2或更小、约24cm2或更小、约23cm2或更小、约22cm2或更小、约21cm2或更小、约20cm2或更小、约19cm2或更小、约18cm2或更小、约17cm2或更小、约16cm2或更小、约15cm2或更小、约14cm2或更小、约13cm2或更小、约12cm2或更小、约11cm2或更小、约10cm2或更小、约9cm2或更小、约8.75cm2或更小、约8.5cm2或更小、约8.25cm2或更小、约8cm2或更小、约7.75cm2或更小、约7.5cm2或更小、约7.25cm2或更小、约7cm2或更小、约6.75cm2或更小、约6.5cm2或更小、约6.25cm2或更小、约6cm2或更小、约5.75cm2或更小、约5.5cm2或更小、约5.25cm2或更小、约5cm2或更小、约4.75cm2或更小、约4.5cm2或更小、约4.25cm2或更小、约4cm2或更小、约3.75cm2或更小、约3.5cm2或更小、约3.25cm2或更小、约3cm2或更小、约2.75cm2或更小、约2.5cm2或更小、约2.25cm2或更小、约2cm2或更小、约1.75cm2或更小、约1.5cm2或更小、约1.25cm2或更小、约1cm2或更小、约0.75cm2或更小、约0.5cm2或更小、约0.25cm2或更小、约0.1cm2或更小、约0.075cm2或更小、约0.015cm2、或约0.0125cm2或更小，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和为约20cm2或16cm2，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，大小被测量为最大肿瘤病变的长度和宽度(例如，最大直径乘以其最长垂直直径)。在某些实施方式中，大小被测量为目标肿瘤病变的长度和宽度的总和(例如，最大直径乘以其最长垂直直径)。
在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和小于约50cm2、小于约48cm2、小于约46cm2、小于约44cm2、小于约42cm2、小于约40cm2、小于约39cm2、小于约38cm2、小于约37cm2、小于约36cm2、小于约35cm2、小于约34cm2、小于约33cm2、小于约32cm2、小于约31cm2、小于约30cm2、小于约29cm3、小于约28cm2、小于约27cm2、小于约26cm2、小于约25cm2、小于约24cm2、小于约23cm2、小于约22cm2、小于约21cm2、小于约20cm2、小于约19cm2、小于约18cm2、小于约17cm2、小于约16cm2、小于约15cm2、小于约14cm2、小于约13cm2、小于约12cm2、小于约11cm2、小于约10cm2、小于约9cm2、小于约8.75cm2、小于约8.5cm2、小于约8.25cm2、小于约8cm2、小于约7.75cm2、小于约7.5cm2、小于约7.25cm2、小于约7cm2、小于约6.75cm2、小于约6.5cm2、小于约6.25cm2、小于约6cm2、小于约5.75cm2、小于约5.5cm2、小于约5.25cm2、小于约5cm2、小于约4.75cm2、小于约4.5cm2、小于约4.25cm2、小于约4cm2、小于约3.75cm2、小于约3.5cm2、小于约3.25cm2、小于约3cm2、小于约2.75cm2、小于约2.5cm2、小于约2.25cm2、小于约2cm2、小于约1.75cm2、小于约1.5cm2、小于约1.25cm2、小于约1cm2、小于约0.75cm2、小于约0.5cm2、小于约0.25cm2、小于约0.1cm2、小于约0.075cm2、小于约0.015cm2或小于约0.0125cm2，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和小于约20cm2或16cm2，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，大小被测量为最大肿瘤病变的长度和宽度(例如，最大直径乘以其最长垂直直径)。在某些实施方式中，大小被测量为目标肿瘤病变的长度和宽度的总和(例如，最大直径乘以其最长垂直直径)。
在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和不大于约50cm2、不大于约48cm2、不大于约46cm2、不大于约44cm2、不大于约42cm2、不大于约40cm2、不大于约39cm2、不大于约38cm2、不大于约37cm2、不大于约36cm2、不大于约35cm2、不大于约34cm2、不大于约33cm2、不大于约32cm2、不大于约31cm2、不大于约30cm2、不大于约29cm3、不大于约28cm2、不大于约27cm2、不大于约26cm2、不大于约25cm2、不大于约24cm2、不大于约23cm2、不大于约22cm2、不大于约21cm2、不大于约20cm2、不大于约19cm2、不大于约18cm2、不大于约17cm2、不大于约16cm2、不大于约15cm2、不大于约14cm2、不大于约13cm2、不大于约12cm2、不大于约11cm2、不大于约10cm2、不大于约9cm2、不大于约8.75cm2、不大于约8.5cm2、不大于约8.25cm2、不大于约8cm2、不大于约7.75cm2、不大于约7.5cm2、不大于约7.25cm2、不大于约7cm2、不大于约6.75cm2、不大于约6.5cm2、不大于约6.25cm2、不大于约6cm2、不大于约5.75cm2、不大于约5.5cm2、不大于约5.25cm2、不大于约5cm2、不大于约4.75cm2、不大于约4.5cm2、不大于约4.25cm2、不大于约4cm2、不大于约3.75cm2、不大于约3.5cm2、不大于约3.25cm2、不大于约3cm2、不大于约2.75cm2、不大于约2.5cm2、不大于约2.25cm2、不大于约2cm2、不大于约1.75cm2、不大于约1.5cm2、不大于约1.25cm2、不大于约1cm2、不大于约0.75cm2、不大于约0.5cm2、不大于约0.25cm2、不大于约0.1cm2、不大于约0.075cm2、不大于约0.015cm2或不大于约0.0125cm2，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和不大于约20cm2或16cm2，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，大小被测量为最大肿瘤病变的长度和宽度(例如，最大直径乘以其最长垂直直径)。在某些实施方式中，大小被测量为目标肿瘤病变的长度和宽度的总和(例如，最大直径乘以其最长垂直直径)。
在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和为约200cm3或更小、约195cm3或更小、约190cm3或更小、约185cm3或更小、约180cm3或更小、约175cm3或更小、约170cm3或更小、约165cm3或更小、约160cm3或更小、约155cm3或更小、约150cm3或更小、约145cm3或更小、约140cm3或更小、约135cm3或更小、约130cm3或更小、约125cm3或更小、约120cm3或更小、约115cm3或更小、约110cm3或更小、约100cm3或更小、约95cm3或更小、约90cm3或更小、约85cm3或更小、约80cm3或更小、约75cm3或更小、约70cm3或更小、约65cm3或更小、约60cm3或更小、约55cm3或更小、约50cm3或更小、约48cm3或更小、约46cm3或更小、约44cm3或更小、约42cm3或更小、约40cm3或更小、约39cm3或更小、38cm3或更小、37cm3或更小、36cm3或更小、35cm3或更小、34cm3或更小、33cm3或更小、32cm3或更小、31cm3或更小、约30cm3或更小、约29cm3或更小、约28cm3或更小、约27cm3或更小、约26cm3或更小、约25cm3或更小、约24cm3或更小、约23cm3或更小、约22cm3或更小、约21cm3或更小、约20cm3或更小、约19cm3或更小、约18cm3或更小、约17cm3或更小、约16cm3或更小、约15cm3或更小、约14cm3或更小、约13cm3或更小、约12cm3或更小、约11cm3或更小、约10cm3或更小、约9cm3或更小、约8.75cm3或更小、约8.5cm3或更小、约8.25cm3或更小、约8cm3或更小、约7.75cm3或更小、约7.5cm3或更小、约7.25cm3或更小、约7cm3或更小、约6.75cm3或更小、约6.5cm3或更小、约6.25cm3或更小、约6cm3或更小、约5.75cm3或更小、约5.5cm3或更小、约5.25cm3或更小、约5cm3或更小、约4.75cm3或更小、约4.5cm3或更小、约4.25cm3或更小、约4cm3或更小、约3.75cm3或更小、约3.5cm3或更小、约3.25cm3或更小、约3cm3或更小、约2.75cm3或更小、约2.5cm3或更小、约2.25cm3或更小、约2cm3或更小、约1.75cm3或更小、约1.5cm3或更小、约1.25cm3或更小、约1cm3或更小、约0.75cm3或更小、约0.5cm3或更小、约0.25cm3或更小、约0.1cm3或更小、约0.075cm3或更小、约0.015cm3或约0.0125cm3或更小，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和为约33cm3或更小或约34cm3或更小，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，大小被测量为最大肿瘤病变(例如，通过MRI)的体积。在某些实施方式中，大小是目标肿瘤病变的体积的总和。在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和的大小为约165cm3或更小或167cm3或更小，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和小于约200cm3、小于约195cm3、小于约190cm3、小于约185cm3、小于约180cm3、小于约175cm3、小于约cm3、小于约165cm3、小于约160cm3、小于约155cm3、小于约150cm3、小于约145cm3、小于约140cm3、小于约135cm3、小于约130cm3、小于约125cm3、小于约120cm3、小于约115cm3、小于约110cm3、小于约100cm3、小于约95cm3、小于约90cm3、小于约85cm3、小于约80cm3、小于约75cm3、小于约70cm3、小于约65cm3、小于约60cm3、小于约55cm3、小于约50cm3、小于约48cm3、小于约46cm3、小于约44cm3、小于约42cm3、小于约40cm3、小于约39cm3、小于约38cm3、小于约37cm3、小于约36cm3、小于约35cm3、小于约34cm3、小于约33cm3、小于约32cm3、小于约31cm3、小于约30cm3、小于约29cm3、小于约28cm3、小于约27cm3、小于约26cm3、小于约25cm3、小于约24cm3、小于约23cm3、小于约22cm3、小于约21cm3、小于约20cm3、小于约19cm3、小于约18cm3、小于约17cm3、小于约16cm3、小于约15cm3、小于约14cm3、小于约13cm3、小于约12cm3、小于约11cm3、小于约10cm3、小于约9cm3、小于约8.75cm3、小于约8.5cm3、小于约8.25cm3、小于约8cm3、小于约7.75cm3、小于约7.5cm3、小于约7.25cm3、小于约7cm3、小于约6.75cm3、小于约6.5cm3、小于约6.25cm3、小于约6cm3、小于约5.75cm3、小于约5.5cm3、小于约5.25cm3、小于约5cm3、小于约4.75cm3、小于约4.5cm3、小于约4.25cm3、小于约4cm3、小于约3.75cm3、小于约3.5cm3、小于约3.25cm3、小于约3cm3、小于约2.75cm3、小于约2.5cm3、小于约2.25cm3、小于约2cm3、小于约1.75cm3、小于约1.5cm3、小于约1.25cm3、小于约1cm3、小于约0.75cm3、小于约0.5cm3、小于约0.25cm3、小于约0.1cm3、小于约0.075cm3、小于约0.015cm3或小于约0.0125cm3，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和小于约33cm3或小于约34cm3，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，大小被测量为最大肿瘤病变(例如，通过MRI)的体积。在某些实施方式中，大小是目标肿瘤病变的体积的总和。在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和的大小小于约165cm3或小于约167cm3，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和不大于约200cm3、不大于约195cm3、不大于约190cm3、不大于约185cm3、不大于约180cm3、不大于约175cm3、不大于约cm3、不大于约165cm3、不大于约160cm3、不大于约155cm3、不大于约150cm3、不大于约145cm3、不大于约140cm3、不大于约135cm3、不大于约130cm3、不大于约125cm3、不大于约120cm3、不大于约115cm3、不大于约110cm3、不大于约100cm3、不大于约95cm3、不大于约90cm3、不大于约85cm3、不大于约80cm3、不大于约75cm3、不大于约70cm3、不大于约65cm3、不大于约60cm3、不大于约55cm3、不大于约50cm3、不大于约48cm3、不大于约46cm3、不大于约44cm3、不大于约42cm3、不大于约40cm3、不大于约39cm3、不大于约38cm3、不大于约37cm3、不大于约36cm3、不大于约35cm3、不大于约34cm3、不大于约33cm3、不大于约32cm3、不大于约31cm3、不大于约30cm3、不大于约29cm3、不大于约28cm3、不大于约27cm3、不大于约26cm3、不大于约25cm3、不大于约24cm3、不大于约23cm3、不大于约22cm3、不大于约21cm3、不大于约20cm3、不大于约19cm3、不大于约18cm3、不大于约17cm3、不大于约16cm3、不大于约15cm3、不大于约14cm3、不大于约13cm3、不大于约12cm3、不大于约11cm3、不大于约10cm3、不大于约9cm3、不大于约8.75cm3、不大于约8.5cm3、不大于约8.25cm3、不大于约8cm3、不大于约7.75cm3、不大于约7.5cm3、不大于约7.25cm3、不大于约7cm3、不大于约6.75cm3、不大于约6.5cm3、不大于约6.25cm3、不大于约6cm3、不大于约5.75cm3、不大于约5.5cm3、不大于约5.25cm3、不大于约5cm3、不大于约4.75cm3、不大于约4.5cm3、不大于约4.25cm3、不大于约4cm3、不大于约3.75cm3、不大于约3.5cm3、不大于约3.25cm3、不大于约3cm3、不大于约2.75cm3、不大于约2.5cm3、不大于约2.25cm3、不大于约2cm3、不大于约1.75cm3、不大于约1.5cm3、不大于约1.25cm3、不大于约1cm3、不大于约0.75cm3、不大于约0.5cm3、不大于约0.25cm3、不大于约0.1cm3、不大于约0.075cm3、不大于约0.015cm3或不大于约0.0125cm3，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果肿瘤(例如，最大肿瘤)的大小或目标肿瘤病变的总和不大于约33cm3或不大于约34cm3，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，大小被测量为目标肿瘤病变(例如，通过MRI)的体积。在某些实施方式中，大小是目标肿瘤病变的体积的总和。在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和的大小不大于约165cm3或不大于约167cm3，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和(例如，目标肿瘤的最长直径的总和或目标肿瘤(如果其是淋巴结)的短轴或长轴的直径的总和)为约30cm或更小、约29cm或更小、约28cm或更小、约27cm或更小、约26cm或更小、约25cm或更小、约24cm或更小、约23cm或更小、约22cm或更小、约21cm或更小、约20cm或更小、约19cm或更小、约18cm或更小、约17cm或更小、约16cm或更小、约15cm或更小、约14cm或更小、约13cm或更小、约12cm或更小、约11cm或更小、约10cm或更小、约9cm或更小、约8.75cm或更小、约8.5cm或更小、约8.25cm或更小、约8cm或更小、约7.75cm或更小、约7.5cm或更小、约7.25cm或更小、约7cm或更小、约6.75cm或更小、约6.5cm或更小、约6.25cm或更小、约6cm或更小、约5.75cm或更小、约5.5cm或更小、约5.25cm或更小、约5cm或更小、约4.75cm或更小、约4.5cm或更小、约4.25cm或更小、约4cm或更小、约3.75cm或更小、约3.5cm或更小、约3.25cm或更小、约3cm或更小、约2.75cm或更小、约2.5cm或更小、约2.25cm或更小、约2cm或更小、约1.75cm或更小、约1.5cm或更小、约1.25cm或更小、约1cm或更小、约0.75cm或更小、约0.5cm或更小、约0.25cm或更小、约0.1cm或更小、约0.075cm或更小、约0.015cm或更小或约0.0125cm或更小，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和(例如，目标肿瘤的最长直径的总和或目标肿瘤(如果其是淋巴结)的短轴或长轴的直径的总和)为约6cm或更小、约5.9cm或更小、约5.8cm或更小、约5.75cm或更小、约5.6cm或更小、约5.5cm或更小、约5.4cm或更小、约5.25cm或更小、约5.2cm或更小、约5cm或更小、约4.8cm或更小、约4.75cm或更小、约4.6cm或更小、约4.5cm或更小、约4.4cm或更小、约4.25cm或更小、约4.2cm或更小、约4.0cm或更小、约3.8cm或更小、约3.75cm或更小、约3.6cm或更小、约3.5cm或更小、约3.4cm或更小、约3.25cm或更小、约3.2cm或更小、或约3cm或更小，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和(例如，目标肿瘤的最长直径的总和或目标肿瘤(如果其是淋巴结)的短轴或长轴的直径的总和)为约5cm或更小，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和(例如，目标肿瘤的最长直径的总和或目标肿瘤(如果其是淋巴结)的短轴或长轴的直径的总和)小于约30cm、小于约29cm、小于约28cm、小于约27cm、小于约26cm、小于约25cm、小于约24cm、小于约23cm、小于约22cm、小于约21cm、小于约20cm、小于约19cm、小于约18cm、小于约17cm、小于约16cm、小于约15cm、小于约14cm、小于约13cm、小于约12cm、小于约11cm、小于约10cm、小于约9cm、小于约8.75cm、小于约8.5cm、小于约8.25cm、小于约8cm、小于约7.75cm、小于约7.5cm、小于约7.25cm、小于约7cm、小于约6.75cm、小于约6.5cm、小于约6.25cm、小于约6cm、小于约5.75cm、小于约5.5cm、小于约5.25cm、小于约5cm、小于约4.75cm、小于约4.5cm、小于约4.25cm、小于约4cm、小于约3.75cm、小于约3.5cm、小于约3.25cm、小于约3cm、小于约2.75cm、小于约2.5cm、小于约2.25cm、小于约2cm、小于约1.75cm、小于约1.5cm、小于约1.25cm、小于约1cm、小于约0.75cm、小于约0.5cm、小于约0.25cm、小于约0.1cm、小于约0.075cm、小于约0.015cm、或小于约0.0125cm，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和(例如，目标肿瘤的最长直径的总和或目标肿瘤(如果其是淋巴结)的短轴或长轴的直径的总和)小于约6cm、小于约5.9cm、小于约5.8cm、小于约5.75cm、小于约5.6cm、小于约5.5cm、小于约5.4cm、小于约5.25cm、小于约5.2cm、小于约5cm、小于约4.8cm、小于约4.75cm、小于约4.6cm、小于约4.5cm、小于约4.4cm、小于约4.25cm、小于约4.2cm、小于约4.0cm、小于约3.8cm、小于约3.75cm、小于约3.6cm、小于约3.5cm、小于约3.4cm、小于约3.25cm、小于约3.2cm、或小于约3cm，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和(例如，目标肿瘤的最长直径的总和或目标肿瘤(如果其是淋巴结)的短轴或长轴的直径的总和)小于约5cm，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和(例如，目标肿瘤的最长直径的总和或目标肿瘤(如果其是淋巴结)的短轴或长轴的直径的总和)不大于约30cm、不大于约29cm、不大于约28cm、不大于约27cm、不大于约26cm、不大于约25cm、不大于约24cm、不大于约23cm、不大于约22cm、不大于约21cm、不大于约20cm、不大于约19cm、不大于约18cm、不大于约17cm、不大于约16cm、不大于约15cm、不大于约14cm、不大于约13cm、不大于约12cm、不大于约11cm、不大于约10cm、不大于约9cm、不大于约8.75cm、不大于约8.5cm、不大于约8.25cm、不大于约8cm、不大于约7.75cm、不大于约7.5cm、不大于约7.25cm、不大于约7cm、不大于约6.75cm、不大于约6.5cm、不大于约6.25cm、不大于约6cm、不大于约5.75cm、不大于约5.5cm、不大于约5.25cm、不大于约5cm、不大于约4.75cm、不大于约4.5cm、不大于约4.25cm、不大于约4cm、不大于约3.75cm、不大于约3.5cm、不大于约3.25cm、不大于约3cm、不大于约2.75cm、不大于约2.5cm、不大于约2.25cm、不大于约2cm、不大于约1.75cm、不大于约1.5cm、不大于约1.25cm、不大于约1cm、不大于约0.75cm、不大于约0.5cm、不大于约0.25cm、不大于约0.1cm、不大于约0.075cm、不大于约0.015cm、或不大于约0.0125cm，则患有肿瘤(例如，诊断有肿瘤)的受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和(例如，目标肿瘤的最长直径的总和或目标肿瘤(如果其是淋巴结)的短轴或长轴的直径的总和)不大于约6cm、不大于约5.9cm、不大于约5.8cm、不大于约5.75cm、不大于约5.6cm、不大于约5.5cm、不大于约5.4cm、不大于约5.25cm、不大于约5.2cm、不大于约5cm、不大于约4.8cm、不大于约4.75cm、不大于约4.6cm、不大于约4.5cm、不大于约4.4cm、不大于约4.25cm、不大于约4.2cm、不大于约4.0cm、不大于约3.8cm、不大于约3.75cm、不大于约3.6cm、不大于约3.5cm、不大于约3.4cm、不大于约3.25cm、不大于约3.2cm、或不大于约3cm，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，如果目标肿瘤病变的总和(例如，目标肿瘤的最长直径的总和或目标肿瘤(如果其是淋巴结)的短轴或长轴的直径的总和)不大于约5cm，则受试者具有低的估计肿瘤负荷。
在某些实施方式中，通过对肿瘤组织进行清创(debriding)或减瘤(debulking)来实现低肿瘤负荷或低的估计肿瘤负荷。在某些实施方式中，通过切割和/或抽吸肿瘤组织来进行清创或减瘤。在某些实施方式中，清创是外科手术(例如，手术刀、镊子、剪刀和其它器械)、化学、机械(例如，注射器和导管，或湿至干敷料)或自溶清创。
在某些实施方式中，通过使T细胞活化治疗剂、活性剂、和/或另外的治疗剂可渗透肿瘤来实现低肿瘤负荷或低的估计肿瘤负荷。
在某些实施方式中，与基线或对照(即，没有低肿瘤负荷或不考虑低肿瘤负荷的治疗)相比，本文所述的方法降低肿瘤负荷、降低肿瘤负荷生长的速率约、降低目标肿瘤病变大小和/或降低目标肿瘤病变的生长速率至少约、或上至约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、22％、24％、26％、28％、30％、32％、34％、36％、38％、40％、42％、44％、46％、48％、50％、52％、54％、56％、58％、60％、62％、64％、66％、68％、70％、72％、74％、76％、78％、80％、82％、84％、86％、88％、90％、92％、94％、96％、98％或100％。
在某些实施方式中，与对照(即，没有低肿瘤负荷或不考虑低肿瘤负荷的治疗)相比，本文所述的方法使疾病控制率、客观反应率、部分反应率、完全反应率和/或寿命增加至少约、或上至约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、22％、24％、26％、28％、30％、32％、34％、36％、38％、40％、42％、44％、46％、48％、50％、52％、54％、56％、58％、60％、62％、64％、66％、68％、70％、72％、74％、76％、78％、80％、82％、84％、86％、88％、90％、92％、94％、96％、98％或100％。
在某些实施方式中，本文所述的方法使寿命增加至少约或上至约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或21天。在某些实施方式中，本文所述的方法使寿命增加至少约或上至约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或21周。在某些实施方式中，本文所述的方法使寿命增加至少约、或上至约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或21个月。在某些实施方式中，本文所述的方法使寿命增加至少约或上至约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或21年。
在某些实施方式中，本文所述的方法实现了约、至少约或上至约5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、22％、24％、26％、28％、30％、32％、34％、36％、38％、40％、42％、44％、46％、48％、50％、52％、54％、56％、58％、60％、62％、64％、66％、68％、70％、72％、74％、76％、78％、80％、82％、84％、86％、88％、90％、92％、94％、96％、98％或100％的疾病控制率。在某些实施方式中，本文所述的方法实现约、至少约、或上至约66％或67％的疾病控制率。在某些实施方式中，本文所述的方法实现约、至少约或上至约81％的疾病控制率。
在某些实施方式中，本文所述的方法导致约、至少约、或上至约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、22％、24％、26％、28％、30％、32％、34％、36％、38％、40％、42％、44％、46％、48％、50％、52％、54％、56％、58％、60％、62％、64％、66％、68％、70％、72％、74％、76％、78％、80％、82％、84％、86％、88％、90％、92％、94％、96％、98％或100％的受试者达到疾病稳定。在一些实施方式中，针对基线进行比较。在一些实施方式中，针对对照群体(即，没有低肿瘤负荷或不考虑低肿瘤负荷的治疗)进行比较。在某些实施方式中，本文所述的方法导致约、至少约、或上至约40％的受试者达到疾病稳定。在某些实施方式中，本文所述的方法导致约、至少约、或上至约68％或约69％的受试者达到疾病稳定。
在某些实施方式中，本文所述的方法在约、至少约、或上至约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、22％、24％、26％、28％、30％、32％、34％、36％、38％、40％、42％、44％、46％、48％、50％、52％、54％、56％、58％、60％、62％、64％、66％、68％、70％、72％、74％、76％、78％、80％、82％、84％、86％、88％、90％、92％、94％、96％、98％、或100％的受试者中实现部分反应和/或完全反应。在一些实施方式中，针对基线进行比较。在一些实施方式中，针对对照群体(即，没有低肿瘤负荷或不考虑低肿瘤负荷的治疗)进行比较。在某些实施方式中，与基线相比，本文所述的方法实现约、至少约、或上至约26％或27％的部分反应和/或完全反应。在某些实施方式中，与基线相比，本文所述的方法实现约、至少约、或上至约12％或13％的部分反应和/或完全反应。
测量方法
这些是测量方法的非限制性实例。普通技术人员能够根据肿瘤类型和病变特征确定测量病变大小的最适当方法。
在某些实施方式中，通过RECIST 1.1标准测量目标肿瘤负荷。在某些实施方式中，使用成像技术在体内获得肿瘤(一个或多个)的尺寸。在某些实施方式中，成像技术可以是CT、MRI、PET、骨扫描、X射线(例如，肺)、和/或超声。在某些实施方式中，成像技术是MRI扫描。在某些实施方式中，成像技术是CT扫描。在某些实施方式中，使用标尺或卡尺进行测量。
常规CT和MRI：在某些实施方式中，最小尺寸的病变是重建间隔的两倍。基线病变的最小尺寸可以是20mm，条件是以最小10mm连续重建图像。在某些实施方式中，使用MRI，其中可以通过在随后的检查中使用相同的成像序列在相同的解剖平面中测量病变。在某些实施方式中，使用CT，其中可以通过在随后的检查中使用相同的成像序列在相同的解剖平面中测量病变。在可能时，应使用相同的扫描仪。
螺旋CT：基线病变的最小尺寸可以是10mm，条件是以5mm间隔连续地重建图像。此规则适用于胸、腹和盆腔的肿瘤。
胸部X-射线：胸部X-射线上的病变在明确限定并被充气肺包围时可接受为可测量的病变。在某些实施方式中，MRI是优选的。
临床检查：在某些实施方式中，临床检测的病变仅当其是浅表的(例如，皮肤结节和可触及的淋巴结)时才被视为可通过RECIST标准进行测量。在某些实施方式中，对于皮肤损伤，通过彩色摄影——包括标尺和视场中的患者研究编号进行记录，以对病变的大小进行估计。
如本文所用，“RECIST 1.1反应标准”意为Eisenhauer等人，E.A.等人，Eur.JCancer 45:228-247(2009)中对于目标病变所示的定义，适当时，基于测量肿瘤和/或反应的环境。出于所有预期目的，Eisenhauer通过引用其整体并入本文。
简而言之，根据RECIST 1.1测量目标肿瘤负荷不一定意为包括所有可测量的病变作为目标病变。在某些实施方式中，每个器官上至最多2个病变并且总计5个病变的所有可测量的病变(代表所有涉及的器官)被识别为目标病变，并在基线(即，治疗前)和任选地在治疗后再次记录和测量，以确定目标肿瘤负荷是否发生变化。在某些实施方式中，目标病变基于其大小(例如，对于实体瘤病变为最长直径，对于淋巴结为短轴或长轴尺寸)和/或其对精确重复测量的适合性(例如，通过成像技术或临床)来选择。在某些实施方式中，实体瘤目标病变的最长直径(LD)的总和被计算和报道为基线总和LD。基线总和LD可以用作表征客观肿瘤反应的参考。
RECIST 1.1标准
目标病变的评价
用于评估目标病变(一个或多个)的反应的定义如下：
完全反应(CR)：所有目标病变消失。任何病理性淋巴结的短轴必须<10mm。
部分反应(PR)：以直径的基线总和作为参考，目标病变的直径的总和减少至少30％(例如，自基线的百分比变化)。
疾病稳定：既没有足够的收缩来满足PR，也没有足够增加来满足疾病进展。
疾病进展(PD)：以治疗开始时记录的直径的最小总和作为参考，目标病变的直径的总和增加至少20％(例如，自最低点的百分比变化，其中最低点定义为在治疗开始时记录的直径的最小总和)。另外，总和必须具有从5mm的最低点绝对增加。
不适用(NA)：在基线无目标病变。
不可评价(NE)：无法通过上述五个定义之一进行分类。
非目标病变的评价
用于评估非目标病变的反应的定义如下：
完全反应(CR)：所有非目标病变消失。在基线处被识别为疾病部位的所有淋巴结必须是非病理性的(例如，短轴<10mm)。
非-CR/非-PD：持续存在1个或多个非目标病变(一个或多个)或在基线0mm短轴下识别为疾病部位的淋巴结。
疾病进展(PD)：存在非目标病变的明确进展。
不适用(NA)：在基线处没有非目标病变。
不可评价(NE)：无法通过上述四个定义之一进行分类。
新病变
表示疾病进展的新恶性肿瘤必须是明确的。随访中识别的在基线处未扫描的解剖位置的病变被认为是新病变。应继续跟踪任何不明确的新病变。可以根据研究者的判断继续治疗，直至下一次预定的评价。如果在下一次评估中新病变被认为是明确的，则应记录进展。
目标和非目标病变的基线记录
在某些实施方式中，每个器官上至最多五个病变和总计十个病变的所有可测量的病变(代表所有涉及的器官)被识别为目标病变，并在基线处记录和测量。
目标病变可以基于其大小(具有LD的病变)和其对精确重复测量(临床或通过成像技术)的适合性来选择。
在某些实施方式中，可以计算所有目标病变的LD的总和并将其报道为基线总和LD。基线总和LD可以用作表征客观肿瘤反应的参考。
所有其它病变(或疾病部位)可以识别为非目标病变，并且也可以在基线处记录。这些病变的测量不是必需的，但在整个随访过程中可以注意到每个病变的存在或不存在。
指示性病变(一个或多个)的记录可以包括评估日期、疾病部位的描述、尺寸和用于跟踪病变(一个或多个)的诊断研究的类型。
在某些实施方式中，使用标尺或卡尺以公制符号进行测量并记录。
另外考虑
对于血液恶性肿瘤，可以通过不同的标准来考虑肿瘤负荷。例如，在非何杰金淋巴瘤中，大体积疾病(重病，bulky disease)视为直径超过10cm的任何病变。在滤泡性淋巴瘤中，大体积疾病是超过7cm的肿瘤。在某些实施方式中，测量在淋巴结内发现的肿瘤、结节外肿瘤(例如，在其它器官上)、循环肿瘤血细胞和/或骨髓浸润。
测量血液恶性肿瘤中的肿瘤负荷的方法的非限制性实例包括针对何杰金和非何杰金淋巴瘤的Cheson等人，J.Clin.Onc.207,25(5),579-586)；关于多发性骨髓瘤的国际骨髓瘤工作组(International Myeloma Working Group)(IMWG)统一反应标准(imwg.myeloma.org/international-myeloma-working-group-imwg-uniform-response-crite ria-for-multiple-myeloma/)；和关于慢性淋巴细胞白血病的iwCLL诊断指南(Hallek等人，Blood,2017 131:2745-2760)，其每个通过引用整体并入本文。
活性剂和另外的治疗剂
本文公开的方法包括向具有低肿瘤负荷的受试者给予至少一种活性剂以及包含至少一种存活蛋白抗原(例如，DPX-Survivac)的T细胞活化治疗剂。在某些实施方式中，本发明进一步包括给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，以相同方案给予活性剂和另外的治疗剂。在某些实施方式中，以不同方案给予活性剂和另外的治疗剂。
可以治疗有效量向受试者给予本文公开的活性剂和/或另外的治疗剂。在某些实施方式中，活性剂和/或另外的治疗剂的有效量是足以提供免疫调节作用的量。
术语“试剂”包括任何物质、分子、元素、化合物、实体或其组合。其可以是天然产物、合成化合物、或两种或更多种物质的组合。除非另有说明，术语“试剂”、“物质”和“化合物”在本文中可互换使用。
如本文所用，“活性剂”或“另外的治疗剂”指代药剂或治疗剂。活性剂和/或另外的治疗剂可以各自单独地是小分子药物、抗体、抗体模拟物、或其中任一种的功能性等效物或功能性片段。
在本文公开的方法中，任何具体的活性剂和/或另外的治疗剂的量可以取决于试剂的类型、待治疗的疾病或障碍和/或受试者的具体特征(例如，年龄、体重、性别、免疫状态等)。本领域技术人员可以通过经验试验容易地确定具体应用中所需的活性剂和/或另外的治疗剂的量。
小分子药物
在某些实施方式中，活性剂和/或另外的治疗剂是小分子药物。术语“小分子药物”指代可以用于治疗、治愈、预防或诊断疾病、障碍或状况的有机或无机化合物。
如本文所用，术语“小分子”指代可以合成地产生或获自天然来源并且具有小于2000道尔顿(Da)、小于1500Da、小于1000Da、小于900Da、小于800Da、小于700Da、小于600Da或小于500Da分子量的低分子量化合物。在一个实施方式中，小分子药物具有约900Da或小于900Da的分子量。更具体地，在一个实施方式中，小分子药物具有小于600Da，甚至更具体地小于500Da的分子量。
在一个实施方式中，小分子药物具有约100Da至约2000Da；约100Da至约1500Da；约100Da至约1000Da；约100Da至约900Da；约100Da至约800Da；约100Da至约700Da；约100Da至约600Da；或约100Da至约500Da之间的分子量。在一个实施方式中，小分子药物具有100Da、约150Da、约200Da、约250Da、约300Da、约350Da、约400Da、约450Da、约500Da、约550Da、约600Da、约650Da、约700Da、约750Da、约800Da、约850Da、约900Da、约950Da或约1000Da的分子量。在一个实施方式中，小分子药物可以具有约1nm的尺寸。
在一个实施方式中，小分子药物是化学制造的活性物质或化合物(即，其不是通过生物学过程产生)。总体上，这些化合物通过不同有机和/或无机化合物之间的化学反应以经典方式合成。如本文所用，术语“小分子药物”不包括通过生物学过程制造的较大结构，如多核苷酸、蛋白质和多糖。
小分子药物可以其给药形式发挥其活性，或者小分子药物可以是前药(prodrug)。在这方面，如本文所用，术语“小分子药物”包括活性形式和前药。
术语“前药”指代在生理条件下转化为治疗活性剂的化合物或物质。在一个实施方式中，前药是在给药后在受试者体内代谢成药物活性形式(例如，通过受试者体内的酶活性)的化合物或物质。制备前药的常用方法是包括在生理条件下水解以显示药物活性形式的选择部分。
在一个实施方式中，但不限于，小分子药物是细胞毒性剂、抗癌剂、抗肿瘤剂、化学治疗剂、抗瘤剂(anti-neoplastic agent)、免疫调节剂(例如，免疫增强剂)、免疫反应检查点抑制剂、抗血管生成剂、抗破骨细胞形成剂(anti-osteoclastogenic)、酶调节剂、生物反应调节剂、前药、细胞因子、趋化因子、维生素、类固醇、配体、靶向剂、放射性药物、或放射性同位素。
本文所用的小分子药物可以是其药学上可接受的盐。如本文所用，术语“药学上可接受的盐(一种或多种)”指代本文所述的活性剂和/或免疫调节剂的任何盐形式，其对于给药至目标受试者是安全和有效的，并且具有期望的生物学、药学和/或治疗活性。药学上可接受的盐包括酸性或碱性基团的盐。药学上可接受的酸加成盐可以包括但不限于盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、硝酸盐、硫酸盐、硫酸氢盐、磷酸盐、酸式磷酸盐、异烟酸盐、乙酸盐、乳酸盐、水杨酸盐、柠檬酸盐、酒石酸盐、泛酸盐、酒石酸氢盐、抗坏血酸盐、琥珀酸盐、马来酸盐、龙胆酸盐、富马酸盐、葡糖酸盐、葡糖醛酸盐、糖酸盐、甲酸盐、苯甲酸盐、谷氨酸盐、甲磺酸盐、乙磺酸盐、苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐和双羟萘酸(pamoate)(即，1,1'-亚甲基-双-(2-羟基-3-萘甲酸盐))盐。合适的碱性盐可以包括但不限于铝盐、钙盐、锂盐、镁盐、钾盐、钠盐、锌盐和二乙醇胺盐。药学上可接受的盐的评述可以例如在Berge,1977(出于所有预期目的，其整体通过引用并入本文)中找到。
在一个实施方式中，小分子药物是干扰DNA复制的试剂。如本文所用，表述“干扰DNA复制”旨在包括预防、抑制或延迟细胞的DNA拷贝(即，复制)的生物学过程的任何作用。技术人员将理解存在用于预防、抑制或延迟DNA复制的各种机制，如例如DNA交联、DNA甲基化、碱基取代等。本公开包括使用干扰DNA复制的任何试剂。可以使用的这种试剂的示例性、非限制性实施方式描述于例如WO2014/153636和WO2017/190242中，出于所有目的，其每个以其整体并入本文。在一个实施方式中，干扰DNA复制的试剂是烷基化剂，如例如氮芥烷基化剂(例如，环磷酰胺、苯达莫司汀(bendamustine)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、异环磷酰胺(ifosfamide)、甲氯乙胺(mechlorethamine)、美法仑(melphalan))、亚硝基脲烷基化剂(例如，卡莫司汀(carmustine)、洛莫司汀(lomustine)、链脲菌素)、烷基磺酸盐烷基化剂(例如，白消安(busulfan))、三嗪烷基化剂(例如，达卡巴嗪、替莫唑胺)或乙烯亚胺烷基化剂(例如，六甲蜜胺(altretamine)、噻替派(thiotepa))。在某些实施方式中，干扰DNA复制的试剂是环磷酰胺。
在一个实施方式中，小分子药物为环磷酰胺或其药学上可接受的盐。环磷酰胺(N,N-双(2-氯乙基)-1,3,2-氧杂磷杂环戊烷-2-胺2-氧化物)。环磷酰胺的化学结构为：
Figure BDA0003166487160000281
环磷酰胺还称作并且指代在商标
Figure BDA0003166487160000282
和
Figure BDA0003166487160000283
下。环磷酰胺(CPA)是前药，其通过P450酶的氧化而转化为其活性代谢物4-羟基-环磷酰胺和醛磷酰胺。胞内4-羟基-环磷酰胺自发分解成作为最终活性代谢物的磷酰胺芥。
CPA的活性代谢物是脂溶性的并通过被动扩散进入细胞。胞内4-OH-CPA自发分解成作为最终活性代谢物的磷酰胺芥。磷酰胺芥催化链内和链间DNA交联以及DNA-蛋白质交联，其抑制DNA复制导致细胞死亡(de Jonge,Huitema等人2005)。磷酰胺芥通过由胞质醛脱氢酶(ALDH)的酶促转化为羧基磷酰胺来消除(Emmenegger,Shaked等人，2007；2011)。具有低水平ALDH的细胞倾向于积累CPA代谢物并且对它的作用更加敏感，并且事实上ALDH的肿瘤上调是CPA抗性的一种机制(Zhang,Tian等人，2005)。除了ALDH，低的胞内ATP水平也与CPA对特定细胞类型的选择性有关(Zhao,Cao等人，2010)。在高剂量下，典型的是在1-5g/im2的范围内，CPA的效果是对任意细胞类型的快速分裂细胞具有最大细胞毒性，并且因为大多数的造血细胞是快速分裂的，因此CPA是骨髓抑制的(Bruce,Meeker等人，1966；Smith和Sladek 1985)。
与环磷酰胺同类别的其它氮芥烷基化剂包括但不限于帕利伐米(palifosfamide)、苯达莫司汀(bendamustine)和异环磷酰胺。
在一个实施方式中，小分子药物可以是但不限于吉西他滨、5-氟尿嘧啶、顺铂、奥沙利铂、替莫唑胺、紫杉醇、沙利度胺、卡培他滨、甲氨蝶呤、表柔比星、伊达比星、米托蒽醌、博来霉素、硼替佐米、地西他滨、多西他赛、异环磷酰胺、马磷酰胺(afosfamide)、美法仑、苯达莫司汀、乌拉莫司汀、帕利伐米、苯丁酸氮芥、白消安、4-羟基环磷酰胺、双-氯乙基亚硝基脲(BCNU)、丝裂霉素C、曲贝替定(yondelis)、丙卡巴肼、达卡巴嗪、卡铂、阿昔洛韦、胞嘧啶阿拉伯糖苷、更昔洛韦(ganciclovir)、喜树碱、拓扑替康、伊立替康、阿霉素、柔红霉素、依托泊苷、替尼泊苷、或匹杉琼(pixantrone)、或其任一种的药学上可接受的盐。
在一个实施方式中，小分子药物可以是环磷酰胺、吉西他滨、5-氟尿嘧啶、顺铂、奥沙利铂、替莫唑胺、紫杉醇、沙利度胺、卡培他滨、甲氨蝶呤、表柔比星、伊达比星、米托蒽醌、博来霉素、硼替佐米、地西他滨、或多西他赛。
在一个实施方式中，小分子药物可以是免疫反应检查点抑制剂。如本文所用，“免疫反应检查点抑制剂”指代完全或部分调节(例如，抑制或激活)一种或多种检查点分子(例如，蛋白质)的活性或功能的任何化合物或分子。检查点分子负责T细胞反应的共刺激或抑制性相互作用。检查点分子调节和维持自身耐受性以及生理免疫反应的持续时间和幅度。总体上，存在两种类型的检查点分子：刺激性检查点分子和抑制性检查点分子。
刺激性检查点分子在增强免疫反应中发挥作用。已知多种刺激性检查点分子，如例如但不限于：CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、CD137/4-1BB、ICOS、IL-10、OX40 TGF-β、TOR受体和糖皮质激素诱导的TNFR相关蛋白GITR。在一个实施方式中，小分子药物是一种或多种刺激性检查点分子的激动剂或超激动剂。技术人员将熟知可用于调节刺激性检查点分子的小分子药物。
抑制性检查点分子在减少或阻断免疫反应(例如，负反馈回路)中发挥作用。多种抑制性检查点蛋白是已知的，如例如CTLA-4及其配体CD80和CD86；和PD-1及其配体PD-L1和PD-L2。其它抑制性检查点分子包括但不限于腺苷A2A受体(A2AR)；B7-H3(CD276)；B7-H4(VTCN1)；BTLA(CD272)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)；淋巴细胞活化基因-3(LAG3)；T细胞活化的V-结构域Ig抑制因子(VISTA)；和T细胞免疫球蛋白结构域和粘蛋白结构域3(TIM-3)；以及其配体和/或受体。在一个实施方式中，小分子药物是一种或多种抑制性检查点分子的拮抗剂(即，抑制剂)。技术人员将熟知可以用于调节抑制性检查点分子的小分子药物。
在一个实施方式中，小分子药物是免疫反应检查点抑制剂，其是以下的抑制剂：程序性死亡-配体1(PD-L1，也称为B7-H1、CD274)、程序性死亡1(PD-1、CD279)、CTLA-4(CD154)、PD-L2(B7-DC、CD273)、LAG3(CD223)、TIM3(HAVCR2、CD366)、41BB(CD137)、2B4、A2aR、B7H1、B7H3、B7H4、B-和T-淋巴细胞衰减子(BTLA)、CD2、CD27、CD28、CD30、CD33、CD40、CD70、CD80、CD86、CD160、CD226、CD276、DR3、GAL9、GITR、HVEM、ICOS(诱导性T细胞共刺激物)、杀伤抑制受体(杀伤细胞抑制受体，killer inhibitory receptor)(KIR)、LAG-3、LAIR1、LIGHT、MARCO(具有胶原结构的巨噬细胞受体)、磷脂酰丝氨酸(PS)、OX-40、Siglec-5、Siglec-7、Siglec-9、Siglec-11、SLAM、TIGIT、TIM3、TNF-α、VISTA、VTCN1或其任何组合。
在一个实施方式中，小分子药物是免疫反应检查点剂，其是PD-L1、PD-1、CTLA-4、LAG3、TIM3、41BB、ICOS、KIR、CD27、OX-40、GITR或PS或其任何组合的抑制剂。
在一个实施方式中，小分子药物可以是吲哚胺2,3-二加氧酶酶(例如，IDO1和/或IDO2)中的一种或多种的抑制剂。在某些实施方式中，吲哚胺2,3-二加氧酶抑制剂是epacadostat。
在一个实施方式中，小分子药物可以是epacadostat、雷帕霉素、阿霉素、丙戊酸、米托蒽醌、伏立诺他(vorinostat)、伊立替康、顺铂、甲氨蝶呤、他克莫司或其任一种的药学上可接受的盐。
在一个实施方式中，小分子药物是epacadostat：
Figure BDA0003166487160000301
或其药学上可接受的盐。
技术人员将熟知可以在本发明的实践中使用的其它小分子药物。作为实例，但不限于，参考DrugBankTM(Wishart,2017)。DrugBankTM的5.0.11版于2017年12月20日发布，其含有10,990种药物条目，包括超过2,500种已批准的小分子药物，出于所有目，其整体通过引用并入本文。作为另一实例，但不限于，参考美国国家癌症研究所(National CancerInstitute)(www.cancer.gov/about-cancer/treatment/drugs)中提供的癌症药物的A至Z列表，出于所有目的，其整体通过引用并入本文。
抗体、抗体模拟物或功能等效物或片段
在一个实施方式中，活性剂和/或另外的治疗剂是抗体、抗体的功能性等效物或抗体的功能性片段。
广义上，“抗体”指代由抗体结构域组成或包含抗体结构域的多肽或蛋白质，抗体结构域被理解为免疫球蛋白的重链和/或轻链的恒定和/或可变结构域，具有或不具有连接体序列。在一个实施方式中，如果多肽包含由通过环序列连接的抗体结构域结构的至少两个β-链组成的β-桶序列(beta-barrel sequence)，则多肽被理解为抗体结构域。抗体结构域可以是天然结构或通过诱变或衍生化修饰，例如修饰结合特异性或任何其它性质。
术语“抗体”指代完整的抗体。在一个实施方式中，“抗体”可以包括完整的(即，全长)免疫球蛋白分子，包括例如具有全长重链和/或轻链的多克隆、单克隆、嵌合、人源化和/或人版本。术语“抗体”涵盖任何和所有同种型和亚类，包括但不限于IgA、IgD、IgE、IgG和IgM的主要类别，以及亚类IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。在一个实施方式中，抗体是IgG。抗体可以是天然存在的抗体或通过技术人员可用的任何手段(如例如通过使用动物或杂交瘤、和/或通过免疫球蛋白基因片段重组过程)制备的抗体。抗体总体上描述于例如Greenfield,2014中。
在一个实施方式中，抗体为分离形式，意为该抗体基本上不含针对不同目标抗原的其他抗体和/或不包含抗体结构域的不同结构排列。在一个实施方式中，抗体可以是从哺乳动物的血清样品中分离的抗体。在一个实施方式中，抗体为纯化形式，如以仅包含分离和纯化抗体作为活性剂的制剂提供。此制剂可用于制备本发明的组合物。在一个实施方式中，抗体是亲和纯化的抗体。
抗体可以是任何来源，包括天然、重组和/或合成来源的。在一个实施方式中，抗体可以是动物来源的。在一个实施方式中，抗体可以是哺乳动物来源的，包括但不限于人、鼠、兔和山羊。在一个实施方式中，抗体可以是重组抗体。
在一个实施方式中，抗体可以是单克隆抗体、多克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人抗体或全人抗体。技术人员将充分理解应用于这些术语的含义和其中涵盖的抗体类型。
简而言之，但不限于，本文所用的术语“嵌合抗体”指代这样的重组蛋白，其含有源自一种物种(如例如啮齿类)的抗体的可变结构域(包括互补决定区(CDR))，而抗体的恒定结构域源自不同物种，如人。对于兽医应用，嵌合抗体的恒定结构域可以源自动物，如例如猫或狗。
非限制性地，本文所用的“人源化抗体”指代这样的重组蛋白，其中来自一个物种(例如，啮齿类)的抗体的CDR从啮齿类抗体的可变重链和可变轻链转移至人的重链和轻链可变结构域，包括人框架区(FR)序列。人源化抗体的恒定结构域同样源自人抗体。
非限制性地，本文所用的“人抗体”指代从已被基因工程化以响应抗原挑战而产生特异性人抗体的转基因动物(例如，小鼠)获得的抗体。在此技术中，人重链和轻链基因座的元件被引入源自含有内源性重链和轻链基因座的靶向破坏的胚胎干细胞系的小鼠品系中。转基因动物可合成对人抗原特异的人抗体，并且该动物可用于产生分泌人抗体的杂交瘤。从转基因小鼠获得人抗体的方法描述于例如Green,1994；Lonberg,1994；和Taylor,1994中。也可以通过遗传或染色体转染方法以及噬菌体展示技术构建全人抗体，所有这些方法均是本领域已知的(参见，例如，McCafferty,1990，关于从未免疫供体的免疫球蛋白可变结构域基因库体外产生人抗体及其片段)。在这种技术中，抗体可变结构域基因被框内(in-frame)克隆至丝状噬菌体的主要或次要外壳蛋白基因中，并在噬菌体颗粒表面展示为功能性抗体片段。因为丝状颗粒含有噬菌体基因组的单链DNA拷贝，基于抗体功能特性的选择也导致编码表现出那些性质的抗体的基因的选择。以这种方式，噬菌体模拟B细胞的一些性质。噬菌体展示可以以多种形式进行，其评述参见例如Johnson和Chiswell,1993。人抗体也可以由体外活化的B细胞产生(参见，例如，美国专利号5,567,610和5,229,275)。
如本文所用，关于抗体的术语“功能性片段”指代抗体的抗原结合部分。在本文中，“功能性”意为片段保持其结合目标抗原的能力。在一个实施方式中，结合亲和力可以等于或大于亲本抗体的结合亲和力。在一个实施方式中，结合亲和力可以小于亲本抗体，但是功能性片段仍保持对目标抗原的特异性和/或选择性。
在一个实施方式中，除了功能性片段保持其与亲本抗体的目标抗原结合的能力之外，如果适用，功能性片段还保持抗体的效应子功能(例如，经典补体途径的激活；抗体依赖性细胞毒性(ADCC)；其它下游信号转导过程)。
抗体的功能性片段包括但不限于抗体的一部分，如F(ab')2、F(ab)2、Fab'、Fab、Fab2、Fab3、单结构域抗体(例如，Dab或VHH)等，包括IgG4的半分子(van der NeutKolfschoten,2007)。无论结构如何，抗体的功能性片段均与完整抗体识别的相同抗原结合。与抗体相关的术语“功能性片段”还包括由可变区组成的分离片段，如由重链和轻链的可变区组成的“Fv”片段以及其中轻链和重链可变区通过肽连接体连接的重组单链多肽分子(“scFv蛋白”)。如本文所用，术语“功能性片段”不包括不含有抗原结合位点的片段，如Fc片段。
抗体片段，如本文所述的那些，可以并入单结构域抗体(例如，纳米抗体)、单链抗体、大抗体、内抗体(evibodies)、微型抗体、胞内抗体、双抗体、三抗体、四抗体、vNAR、双-scFv和其它类似结构(参见例如，Hollinger和Hudson,2005)。包括纤连蛋白多肽单抗体(monobody)的抗体多肽也公开于美国专利号6,703,199中。其它抗体多肽公开于美国专利公开号20050238646中。出于所有目的，本文引用的每篇参考文献均通过引用以其整体并入。
功能性片段的另一种形式是包含抗体的一个或多个CDR或CDR的一个或多个部分的肽，条件是所得肽保留结合目标抗原的能力。
功能性片段可以是合成或基因工程蛋白质。例如，功能性片段包括由轻链可变区组成的分离的片段，由重链和轻链可变区组成的“Fv”片段，以及轻链和重链区通过肽连接体连接的重组单链多肽分子(scFv蛋白)。
如本文所用，术语“抗体”和抗体的“功能性片段”涵盖其任何衍生物。“衍生物”意为对抗体或功能性片段的任何修饰，包括天然存在(例如，在体内)或人工引入(例如，通过实验设计)的修饰。这种修饰的非限制性实例包括例如，序列修饰(例如，氨基酸取代、插入或缺失)、翻译后修饰(例如，磷酸化、N-连接糖基化、O-连接糖基化、乙酰化、羟基化、甲基化、泛素化、酰胺化等)、或异源分子(例如，多肽、定位信号、标记、靶向分子等)的任何其它共价连接或掺入。在一个实施方式中，可以对抗体或其功能性片段进行修饰以产生双特异性抗体或片段(即，具有多于一种抗原结合特异性)或双功能性抗体或片段(即，具有多于一种效应子功能)。
如本文所用，抗体的上下文中的“功能性等效物”指代这样的多肽或其它化合物或分子，其具有与针对特定目标的抗体相似的结合特性，但不一定是抗体的可识别“片段”。在一个实施方式中，功能性等效物是对目标抗原具有10-7至10-12范围内的平衡解离常数(KD)的多肽。在一个实施方式中，功能性等效物对特定目标具有10-8或更低的KD。在一个实施方式中，功能性等效物对特定目标具有10-10或更低的KD。在一个实施方式中，功能性等效物对特定目标具有10-11或更低的KD。在一个实施方式中，功能性等效物对特定目标具有10-12或更低的KD。本文定义的平衡常数(KD)是化合物与其目标的解离速率(K-off)和结合速率(K-on)的比。
在一个实施方式中，抗体、其功能性片段或其功能性等效物是结合免疫细胞上的目标、结合免疫细胞产生的蛋白质或多肽、或结合与免疫细胞相互作用或对免疫细胞发挥功能的蛋白质或多肽(例如，配体)的抗体、其功能性片段或其功能性等效物。
在一个实施方式中，抗体、其功能性片段或其功能性等效物是具有免疫调节活性或功能的抗体、其功能性片段或其功能性等效物。“免疫调节活性或功能”意为抗体、其功能性片段或其功能性等效物可以增强(上调)、抑制(下调)、引导、重定向或重编程免疫反应。
在一个实施方式中，抗体、其功能性片段或其功能性等效物是结合刺激性检查点分子和/或抑制性检查点分子的抗体、其功能性片段或其功能性等效物，如例如但不限于本文所述的那些。在一个实施方式中，抗体、其功能性片段或其功能性等效物是刺激性检查点分子和/或抑制性检查点分子的激动剂或拮抗剂。在一个实施方式中，抗体、其功能性片段或其功能性等效物是抑制性检查点分子的拮抗剂。在一个实施方式中，抗体、其功能性片段或其功能性等效物是刺激性检查点分子的激动剂或超激动剂。
在一个实施方式中，抗体可以是抗-PD-1抗体、其功能性片段或其功能性等效物、或其任何组合。PD-1(CD279)是作为免疫检查点起作用的细胞表面受体，其下调免疫反应并促进自身耐受。在一个实施方式中，PD-1抗体可以是但不限于纳武单抗(nivolumab)(OpdivoTM；Bristol-Myers Squibb)、帕博利珠单抗(KeytrudaTM；Merck)、匹地利珠单抗(pidilizumab)(Cure Tech)、AMP-224(MedImmune&GSK)或RMP1-4或J43(BioXCell)或其人或人源化对应物。在某些实施方式中，PD-1抗体可以是帕博利珠单抗。
在一个实施方式中，抗体可以是抗-PD-L1抗体、其功能性片段或其功能性等效物、或其任何组合。PD-L1是PD-1受体的配体，并且与其受体的结合传递减少CD8+T细胞的增殖并且也可以诱导细胞凋亡的抑制信号。在一个实施方式中，PD-L1抗体可以是但不限于BMS-936559(Bristol Myers Squibb)、阿特珠单抗(atezolizumab)(MPDL3280A；Roche)、阿维单抗(avelumab)(Merck&Pfizer)或德瓦鲁单抗(durvalumab)(MEDI4736；MedImmune/AstraZeneca)。
在其它实施方式中，并且没有限制，抗体、其功能性片段或其功能性等效物可以是抗-PD-1或抗-PD-L1抗体，如例如WO 2015/103602中公开的那些，出于所有预期目的，通过引用其整体并入本文。
在一个实施方式中，抗体可以是抗-CTLA-4抗体、其功能性片段或其功能性等效物、或其任何组合。CTLA-4(CD152)是作为免疫检查点起作用的蛋白质抗体，其下调免疫反应。在一个实施方式中，抗-CTLA-4抗体抑制CTLA-4活性或功能，从而增强免疫反应。在一个实施方式中，抗-CTLA-4抗体可以是但不限于依匹单抗(ipilimumab)(Bristol-MyersSquibb)、曲美木单抗(tremelimumab)(Pfizer；AstraZeneca)或BN-13(BioXCell)。在另一试实施方式中，抗-CTLA-4抗体可以是UC10-4F10-11、9D9或9H10(BioXCell)或其人或人源化对应物。
在一个实施方式中，活性剂是抗体模拟物、抗体模拟物的功能性等效物、或抗体模拟物的功能性片段。
如本文所用，术语“抗体模拟物”指代如抗体一样可以特异性和/或选择性地结合抗原或其它目标但在结构上与抗体不相关的化合物。抗体模拟物通常是人工肽或蛋白质，但其不限于这些实施方式。通常，抗体模拟物小于抗体，摩尔质量为约3-20kDa(而抗体通常为约150kDa)。抗体模拟物的非限制性实例包括肽适体、亲和体(affimers)、亲和蛋白(affilins)、亲和抗体(affibodies)、亲和素(affitins)、α抗体、抗运载蛋白(anticalins)、高亲和性多聚体(avimers)、DARPinsTM、fynomers、Kunits结构域肽、nanoCLAMPsTM、亲和试剂和支架蛋白。核酸和小分子也可以是抗体模拟物。
如本文所用，术语“肽适体”指代设计为干扰细胞内其它蛋白质相互作用的肽或蛋白质。其由在两端连接至蛋白质支架的可变肽环组成。这种双重结构限制大大增加肽适体的结合亲和力，达到与抗体相当的水平(纳摩尔范围)。可变肽环通常包含10至20个氨基酸，并且支架可以是具有良好溶解性质的任何蛋白质。目前，细菌蛋白硫氧还蛋白-A是一种常用的支架蛋白，可变肽环插入氧化还原活性位点内，其为野生型蛋白质中的-Cys-Gly-Pro-Cys-环(SEQ ID NO:17)，两条半胱氨酸侧链能够形成二硫键。肽适体选择可以使用不同的系统进行，但目前使用最广泛的是酵母双杂交系统。
如本文所用，术语“亲和体”表示肽适体的演化。亲和体是经工程化以展示肽环的小的、高度稳定的蛋白质，该肽环为特定目标蛋白或抗原提供高亲和力结合表面。亲和体可以具有与抗体相同的特异性优点，但更小，可以化学合成或化学修饰，并且具有不受细胞培养物污染的影响的优点。亲和体是低分子量的蛋白质，通常为12至14kDa，源自半胱氨酸蛋白酶抑制剂家族的半胱氨酸蛋白酶抑制剂。亲和体支架是基于半胱氨酸蛋白酶抑制剂蛋白折叠的稳定蛋白。其显示两个肽环和N-末端序列，可经随机化以高亲和力和特异性结合不同目标蛋白。
如本文所用，术语“亲和蛋白”指代通过使用γ-B结晶或泛素作为支架并通过随机诱变修饰这些蛋白质表面上的氨基酸而开发的抗体模拟物。例如，通过噬菌体展示或核糖体展示技术来选择具有期望目标特异性的亲和蛋白。根据支架，亲和蛋白的分子量为约10kDa(泛素)或20kDa(γ-B结晶)。如本文所用，术语亲和蛋白还指代亲和蛋白的二聚或多聚形式(Weidle,2013)。
如本文所用，术语“亲和抗体”指代源自葡萄球菌蛋白A的Z-结构域的抗体模拟物的家族。在结构上，亲和抗体分子基于也可以掺入融合蛋白中的三螺旋束结构域。亲和抗体自身的分子量为约6kDa，并且在高温和酸性或碱性条件下是稳定的。通过位于涉及亲本蛋白结构域的结合活性的两个α-螺旋中的13个氨基酸的随机化来获得目标特异性(Feldwisch和Tolmachev，2012，出于所有预期目的以其整体并入本文)。
在一个实施方式中，其是源自亲和抗体AB(Stockholm,Sweden)的AffibodyTM。
“亲和素”(也称为nanofitin)是由嗜酸热硫化叶菌(Sulfolobusacidocaldarius)的DNA结合蛋白Sac7d衍生的抗体模拟蛋白。亲和素通常具有约7kDa的分子量，并且被设计为通过随机化结合表面上的氨基酸来特异性结合目标分子(Mouratou,2012)。在一个实施方式中，亲和素如WO 2012/085861中所述，出于所有预期目的，其整体并入本文。
如本文所用，术语“α抗体”指代经工程化以结合多种抗原的小10kDa蛋白质。α抗体被开发为具有一组氨基酸残基的支架，可以对其进行修饰以结合蛋白质目标，同时保留正确的折叠和热稳定性。α抗体支架以计算方式基于卷曲螺旋结构(卷圈结构，coiled-coilstructures)设计，但其在自然界中没有已知的对应物。最初，支架由非共价结合形成平行卷曲螺旋三聚体的三个肽制成(美国专利公开号20100305304)，但后来被重新设计为含有三个通过连接体区域连接的α-螺旋的单肽链(Desmet,2014)。
如本文所用，术语“抗运载蛋白”指代源自脂质运载蛋白(lipocalin)的工程化蛋白(Beste,1999)；Gebauer和Skerra,2009)。抗运载蛋白具有八链β桶，其在脂质运载蛋白中形成高度保守的核心单元，并通过开放端的四个结构可变环天然形成配体的结合位点。抗运载蛋白，尽管与IgG超家族不同源，但显示出迄今为止被视为是抗体结合位点的典型特征：(i)由于序列变化而导致的高结构可塑性和(ii)提高的构象灵活性，允许诱导适合于不同形状的目标。
如本文所用，术语“高亲和性多聚体”(亲和性多聚体)指代由两个或更多个各自具有30至35个氨基酸的肽序列组成的一类抗体模拟物，其源自各种膜受体的A-结构域并且由连接体肽连接。目标分子的结合通过A-结构域发生，并且可以例如通过噬菌体展示技术选择具有期望结合特异性的结构域。高亲和性多聚体中包含的不同A结构域的结合特异性可以、但不必相同(Weidle,2013)。
如本文所用，术语“DARPinTM”指代设计的锚蛋白重复结构域(166个残基)，其提供由通常三个重复的β-转角产生的刚性界面。DARPins通常携带相应于人工共有序列的三个重复，其中每个重复的六个位置是随机的。因此，DARPins缺乏结构灵活性(Gebauer和Skerra,2009)。
如本文所用，术语“FynomerTM”指代源自人Fyn SH3结构域的非免疫球蛋白衍生的结合多肽。Fyn SH3-衍生的多肽是本领域众所周知的，并且已描述于例如Grabulovski,2007；WO 2008/022759；Bertschinger,2007；Gebauer和Skerra,2009；和Schlatter,2012)中。
“Kunitz结构域肽”源自Kunitz型蛋白酶抑制剂如牛胰蛋白酶抑制剂(BPTI)、淀粉样前体蛋白(APP)或组织因子通路抑制剂(TFPI)的Kunitz结构域。Kunitz结构域的分子量为约6kDA，并且可以通过展示技术(如噬菌体展示)选择具有所需目标特异性的结构域(Weidle,2013)。
如本文所用，术语“单抗体(monobody)”(也称为“adnectin”)涉及基于人纤连蛋白III(10Fn3)的第10个胞外结构域的分子，其采用94个残基的Ig-样β-夹心折叠，具有2至3个暴露的环，但缺少中央二硫桥(Gebauer和Skerra,2009)。通过在蛋白质的特定环中引入修饰，可以对具有期望目标特异性的单抗体进行基因工程化。在一个实施方式中，单抗体是ADNECTINTM(Bristol-Myers Squibb,New York,New York)。
如本文所用，术语“nanoCLAMP”(CLostridal抗体模拟蛋白)指代具有与目标分子紧密、选择性和平稳可逆地结合的亲和试剂，其为15kDa蛋白质。nanoCLAMP支架基于来自产气荚膜梭菌透明质酸酶(Clostridium perfringens hyaluronidase)(Mu毒素)的IgG-样、热稳定碳水化合物结合模块家族32(CBM32)。nanoCLAMP的形状近似于长约4nm和直径约2.5nm的圆柱体，与纳米抗体的大小大致相同。通过改变氨基酸序列以及有时改变连接构成β-夹心折叠的β-股的三个暴露于溶剂的相邻环的长度，赋予针对目标的结合亲和力和特异性来产生针对特定目标的nanoCLAMPs(Suderman,2017)。
如本文所用，术语“亲和试剂”指代与较大的目标分子结合以识别、跟踪、捕获或影响其活性的任何化合物或物质。尽管抗体和肽适体是常见的实例，但是技术人员可以获得多种不同类型的亲和试剂。在一个实施方式中，亲和试剂是提供可以被工程化以特异性结合目标的活支架(例如，Top7是被工程化以特异性结合CD4的支架；Boschek,2009)。
如本文所用，术语“支架蛋白”指代与信号传导通路的多个成员相互作用和/或结合的多肽或蛋白质。它们是多种关键信号通路的调节剂。在这些途径中，其调节信号转导并帮助定位通路组分。在本文中，其被术语“抗体模拟物”涵盖，因为其具有特异性和/或选择性结合目标蛋白的能力，很像抗体。除了其结合功能和特异性外，支架蛋白还可能具有酶活性。示例性支架蛋白包括但不限于Ras 1的激酶抑制剂(KNS)、MEK激酶1(MEKK1)、B细胞淋巴瘤/白血病10(BCL-10)、A-激酶锚定蛋白(AKAP)、神经母细胞分化相关蛋白(Neuroblastdifferentiation-associated protein)AHNAK、HOMER1、pellino蛋白、NLRP家族、圆盘大同系物1(discs large homolog 1)(DLG1)和spinophillin(PPP1R9B)。
抗体模拟物的其它实施方式包括但不限于蛋白A的Z结构域、γB结晶、泛素、半胱氨酸蛋白酶抑制剂、来自嗜酸热硫化叶菌的Sac7D、脂质运载蛋白、膜受体的A结构域、锚蛋白重复基序、Fyn的SH3结构域、蛋白酶抑制剂的Kunits结构域、纤连蛋白的第10类III结构域、3-或4-螺旋束蛋白、armadillo重复结构域、富含亮氨酸的重复结构域、PDZ结构域、SUMO或SUMO-样结构域、免疫球蛋白样结构域、磷酸酪氨酸结合结构域、pleckstrin同源结构域或src同源2结构域。
如本文所用，关于抗体模拟物的术语“功能性片段”指代保持与其目标分子结合的能力的抗体模拟物的任何部分或片段。抗体模拟物的功能性片段可以是例如本文所述的抗体模拟物中的任一种的部分。在一个实施方式中，结合亲和力可以等于或大于亲本抗体模拟物的结合亲和力。在一个实施方式中，结合亲和力可以小于亲本抗体模拟物，但功能性片段仍保持对目标抗原的特异性和/或选择性。
在一个实施方式中，除了抗体模拟物的功能性片段保持其结合亲本抗体模拟物的目标分子的能力之外，如果适用，功能性片段还保持抗体模拟物的效应子功能(例如，下游信号传导)。
如本文所用，抗体模拟物的上下文中的“功能性等效物”指代具有与抗体模拟物相似的结合特性，但不一定是抗体模拟物的可识别“片段”的多肽或其它化合物或分子。在一个实施方式中，功能性等效物是对特定目标具有10-7至10-12范围内的平衡解离常数(KD)的多肽。在一个实施方式中，功能性等效物对特定目标具有10-8或更低的KD。在一个实施方式中，功能性等效物对特定目标具有10-10或更低的KD。在一个实施方式中，功能性等效物对特定目标具有10-11或更低的KD。在一个实施方式中，功能性等效物对特定目标具有10-12或更低的KD。本文定义的平衡常数(KD)是化合物与其目标的解离速率(K-off)和结合速率(K-on)的比。
在一个实施方式中，抗体模拟物、其功能性片段或其功能性等效物是结合免疫细胞上的目标、结合由免疫细胞产生的蛋白质或多肽、或结合与免疫细胞相互作用或在免疫细胞上发挥作用的蛋白质或多肽(例如，配体)的抗体模拟物、其功能性片段或其功能性等效物。
在一个实施方式中，抗体模拟物、其功能性片段或其功能性等效物是具有免疫调节活性或功能的抗体模拟物、其功能性片段或其功能性等效物。在一个实施方式中，抗体模拟物、其功能性片段或其功能性等效物是结合刺激性检查点分子和/或抑制性检查点分子的抗体模拟物、其功能性片段或其功能性等效物，如例如但不限于本文所述的那些。在一个实施方式中，抗体模拟物、其功能性片段或其功能性等效物是刺激性检查点分子和/或抑制性检查点分子的激动剂或拮抗剂。在一个实施方式中，抗体模拟物、其功能性片段或其功能性等效物是抑制性检查点分子(例如，CTLA-4、PD-1或PD-L1)的拮抗剂。在一个实施方式中，抗体模拟物、其功能性片段或其功能性等效物是刺激性检查点分子的激动剂或超激动剂。
本文所述的任何特定活性剂的量可以取决于试剂的类型(例如，小分子药物、抗体、功能性片段等)。本领域技术人员可以通过经验测试容易地确定特定应用中所需的活性剂的量。
免疫调节剂
在某些实施方式中，活性剂和/或另外的治疗剂是免疫调节剂。如本文所用，“免疫调节剂”是调节免疫反应的活性和/或有效性的化合物或分子。如本文所用，“调节”意为增强(上调)、引导、重定向或重编程免疫反应。术语“调节”不旨在意为激活或诱导。这意为着免疫调节剂调节(增强或引导)由特定物质(例如，抗原)激活、引发或诱导的免疫反应，但是免疫调节剂本身不是免疫反应所针对的物质，也不是源自该物质的免疫调节剂。
在一个实施方式中，免疫调节剂是调节骨髓细胞(单核细胞、巨噬细胞、树突细胞、巨核细胞和粒细胞)或淋巴细胞(T细胞、B细胞和天然杀伤(NK)细胞)的免疫调节剂。在特定的实施方式中，免疫调节剂是仅调节淋巴细胞的免疫调节剂。在一个实施方式中，免疫调节剂是治疗剂，其在给予时刺激免疫细胞增殖或变得活化。
在一个实施方式中，免疫调节剂是增强免疫反应的免疫调节剂。免疫反应可以是先前被激活或引发但功效不足以提供适当或期望的治疗益处的免疫反应。可选地，可以预先提供免疫调节剂以启动(prime)免疫系统，从而增强随后激活的免疫反应。
在一个实施方式中，增强免疫反应的免疫调节剂可以选自细胞因子(例如，某些白细胞介素和干扰素)、干细胞生长因子、淋巴毒素、共刺激分子、造血因子、集落刺激因子、促红细胞生成素、血栓形成素等，以及这些分子的合成类似物。
在一个实施方式中，增强免疫反应的免疫调节剂可以选自以下非限制性实例：淋巴毒素，如肿瘤坏死因子(TNF)；造血因子，如白细胞介素(IL)；集落刺激因子，如粒细胞集落刺激因子(G-CSF)或粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)；干扰素，如干扰素-α、-β或-λ；和肝细胞生长因子，如指定为“SI因子”。
细胞因子中包括生长激素，如但不限于人生长激素、N-甲硫氨酰人生长激素和牛生长激素；甲状旁腺激素；甲状腺素；胰岛素；胰岛素原；松弛素；松弛素原(prorelaxin)；糖蛋白激素，如但不限于促卵泡激素(FSH)、促甲状腺激素(TSH)和促黄体激素(LH)；肝生长因子；前列腺素、成纤维细胞生长因子；催乳素；胎盘催乳素、OB蛋白；肿瘤坏死因子-α和-β；苗勒抑制物质；小鼠促性腺激素相关肽；抑制素；活化素；血管内皮生长因子(VEGF)；整联蛋白；血小板生成素(TPO)；神经生长因子，如但不限于NGF-β；血小板生长因子；转化生长因子(TGF)，如但不限于TGF-α和TGFP；胰岛素样生长因子-I和-II；促红细胞生成素(EPO)；骨诱导因子(osteoinductive factors)；干扰素，如但不限于干扰素α、-β和-γ；集落刺激因子(CSF)，如但不限于巨噬细胞-CSF(M-CSF)；白细胞介素(IL)，如但不限于IL-1、IL-lα、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL 6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12；IL-13、IL-14、IL-15、IL-16、IL-17、IL-18、IL-21、IL 25、LIF、kit配体(kit-ligand)或FLT-3、制管张素(angiostatin)、血小板反应蛋白、内皮抑制素(endostatin)和肿瘤坏死因子。
在一个实施方式中，免疫调节剂可以是调节检查点分子的试剂。上文更详细地讨论了检查点分子。
在一个实施方式中，免疫调节剂是作为免疫检查点抑制剂的任何化合物、分子或物质，包括但不限于选自以下的免疫检查点蛋白的抑制剂：程序性死亡-配体1(PD-L1，也称为B7-H1、CD274)、程序性死亡1(PD-1、CD279)、CTLA-4(CD154)、PD-L2(B7-DC、CD273)、LAG3(CD223)、TIM3(HAVCR2、CD366)、41BB(CD137)、2B4、A2aR、B7H1、B7H3、B7H4、B-和T-淋巴细胞衰减子(BTLA)、CD2、CD27、CD28、CD30、CD33、CD40、CD70、CD80、CD86、CD160、CD226、CD276、DR3、GAL9、GITR、HVEM、ICOS(诱导性T细胞共刺激剂)、杀伤抑制受体(KIR)、LAG-3、LAIR1、LIGHT、MARCO(具有胶原结构的巨噬细胞受体)、磷脂酰丝氨酸(PS)、OX-40、Siglec 5、Siglec-7、Siglec-9、Siglec-11、SLAM、TIGIT、TIM3、TNF-α、VISTA、VTCN1、或其任何组合。
在一个实施方式中，免疫调节剂是抑制或阻断CTLA-4的任何化合物、分子或物质。CTLA-4信号传导抑制T细胞活化，特别是在强T细胞反应期间。使用CTLA-4抑制剂(如抗-CTLA-4单克隆抗体)阻断CTLA-4具有大的吸引力，因为抑制性信号的遏制导致抗肿瘤T细胞反应的产生。临床和临床前数据均表明CTLA-4阻断导致CD4+和CD8+效应细胞的直接激活，并且抗-CTLA-4单克隆抗体疗法已在多种癌症中显示出前景。
在一个实施方式中，免疫调节剂是抑制或阻断PD-1的任何化合物、分子或物质。与CTLA-4信号传导一样，PD-1/PD-L1调节T细胞反应。在健康条件下在活化的T细胞的细胞表面上表达的PD-1的正常功能是下调不需要的或过度的免疫反应，包括自身免疫反应。PD-1通路代表可能由肿瘤细胞参与以克服活性T细胞免疫监视的主要免疫控制开关，并且其经常被肿瘤细胞劫持(hijacked)以抑制免疫控制。已显示表达PD-1的Tregs具有免疫抑制反应，因此PD-1/PD-L1表达被认为在自我耐受中起作用。在癌症的背景下，肿瘤细胞过表达PD-1和PD-L1，以逃避免疫系统的识别。阻断PD-L1/PD-1的抗癌疗法增加效应T细胞活性并降低抑制性Treg活性，从而允许个体免疫系统识别和破坏肿瘤。
可以使用各种检查点抑制剂。例如，检查点抑制剂可以是结合并拮抗抑制性检查点蛋白的抗体。示例性抗体包括抗-PD-1抗体(帕博利珠单抗、纳武单抗、匹地利珠单抗、AMP-224、RMP1-4或J43)、抗-PD-L1抗体(阿特珠单抗、阿维单抗、BMS-936559或德瓦鲁单抗)、抗-CTLA-4抗体(依匹单抗、曲美木单抗、BN-13、UC10-4F10-11、9D9或9H10)等。在一些实施方式中，检查点抑制剂可以是靶向抑制性检查点蛋白的小分子或RNAi。在一些实施方式中，检查点抑制剂可以是拟肽或多肽。
在一个实施方式中，免疫调节剂可以是免疫共刺激分子激动剂。免疫共刺激分子是在调节免疫反应中发挥作用的信号传导蛋白。一些免疫共刺激分子是位于细胞表面的响应于胞外信号传导的受体。当被激活时，免疫共刺激分子产生促炎性反应，其可以包括遏制调节性T细胞和激活细胞毒性或杀伤性T细胞。因此，免疫共刺激分子激动剂可以用于激活个体的免疫系统以杀伤癌细胞。
示例性免疫共刺激分子包括CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、CD137/4-1BB、ICOS、IL-10、OX40 TGFβ、TOR受体和糖皮质激素诱导的TNFR相关蛋白GITR中的任一种。例如，OX40刺激抑制Treg细胞功能，同时增强效应T细胞的存活和活性，从而增加抗肿瘤免疫性。
在一个实施方式中，免疫调节剂是作为共刺激免疫分子的激动剂的任何化合物、分子或物质，包括但不限于选自CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、CD137/4-1BB、ICOS、IL-10、OX40 TGFβ、TOR受体和糖皮质激素诱导的TNFR-相关蛋白GITR的共刺激免疫分子。
可以使用各种免疫共刺激分子激动剂。例如，免疫共刺激分子激动剂可以是结合并激活免疫共刺激分子的抗体。在进一步的实施方式中，免疫共刺激分子激动剂可以是靶向并激活免疫共刺激分子的小分子。
在一个实施方式中，免疫调节剂可以是作为免疫抑制性细胞毒性药物的任何化合物、分子或物质。在一个实施方式中，免疫抑制性细胞毒性药物是糖皮质激素、细胞抑制剂(cytostatic)(例如，烷基化剂、抗代谢物)、抗体、作用于亲免疫分子的药物、干扰素、阿片样物质或TNF结合蛋白。免疫抑制性细胞毒性药物包括但不限于氮芥(例如，环磷酰胺)、亚硝基脲、铂化合物、叶酸类似物(例如，甲氨蝶呤)、嘌呤类似物(例如，硫唑嘌呤和巯嘌呤)、嘧啶类似物(例如，氟尿嘧啶)、蛋白质合成抑制剂、细胞毒性抗生素(例如，放线菌素、蒽环类抗生素、丝裂霉素C、博来霉素和光神霉素)、环孢菌素、他克莫司、西罗莫司(sirolimus)/雷帕霉素、依维莫司(everolimus)、泼尼松、地塞米松、氢化可的松、双氯乙基甲胺、苯丁酸氮芥(clorambucil)、霉酚酸(mycopholic acid)、芬戈莫德(fingolimod)、多球壳菌素(myriocin)、英夫利昔单抗(infliximab)、依那西普(etanercept)或阿达木单抗(adalimumab)。
在一个实施方式中，免疫调节剂可以是抗炎性剂。在一个实施方式中，抗炎性剂可以是非甾体抗炎性剂。在一个实施方式中，非甾体抗炎性剂可以是Cox-1和/或Cox-2抑制剂。在一个实施方式中，抗炎性剂包括但不限于阿司匹林、双水杨酯、二氟尼柳、布洛芬、非诺洛芬、氟比洛芬(flubiprofen)、芬那酯(fenamate)、酮洛芬、萘丁美酮、吡罗昔康、萘普生、双氯芬酸、吲哚美锌、舒灵酸、托美丁、依托度酸、酮洛酸、
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丙嗪或塞来昔布(celecoxib)。在一个实施方式中，抗炎性剂可以是甾体抗炎性剂。在一个实施方式中，甾体抗炎性剂可以是皮质类固醇。
在一个实施方式中，免疫调节剂是本文所述的活性剂中的一种或多种(例如，小分子药物、抗体、抗体模拟物或其功能性等效物或片段)，由此活性剂具有免疫调节功能。
在一个实施方式中，免疫调节剂是本文所述的另外的治疗剂(例如，小分子药物、抗体、抗体模拟物或其功能性等效物或片段)，由此活性剂具有免疫调节功能。在某些实施方式中，另外的治疗剂是epacadostat、雷帕霉素、阿霉素、丙戊酸、米托蒽醌、伏立诺他、环磷酰胺、伊立替康、顺铂、甲氨蝶呤、他克莫司、抗-CTLA-4抗体或抗PD-1抗体(例如，帕博利珠单抗)中的一种或多种。
本领域技术人员将熟知上文所涵盖的其它免疫调节剂。值得注意的是，如本文所用，术语“免疫调节剂”不包括通过延长抗原暴露于免疫细胞(即，通过递送平台，如Freund’sTM完全或不完全佐剂、MontanideTMISA或其它油基载体)来增强抗原的免疫原性的化合物或组合物。
本文所述的任何具体免疫调节剂的量可以取决于试剂的类型(例如，小分子药物、抗体等)。本领域技术人员可以通过经验试验容易地确定特定应用中所需的免疫调节剂的量。
T细胞活化治疗剂组合物物
本发明的T细胞活化治疗剂组合物可以是适于向受试者递送存活蛋白抗原的任何形式。根据本发明的T细胞活化治疗剂组合物可以根据已知的方法进行配制，例如通过将一种或多种存活蛋白抗原与一种或多种药学上可接受的赋形剂或载体混合，优选的是可为向人类给予可接受的那些。此类赋形剂、载体和配制方法的实例例如可以在雷明顿药学大全(Remington’s Pharmaceutical Sciences)(Maack Publishing Co,Easton,PA)中找到。为了配制适于有效给予的药学上可接受的T细胞活化治疗剂组合物，此类组合物将典型地包含治疗有效量的存活蛋白抗原，例如如在本文描述的存活蛋白多肽、存活蛋白肽或存活蛋白肽变体，或编码此类存活蛋白抗原的核酸分子或载体。
可以将根据本发明的T细胞活化治疗剂组合物以治疗有效量给予受试者。如本文所用，“治疗有效量”意指有效治疗、预防、缓解、或改善肿瘤或癌症或肿瘤或癌症症状的T细胞活化治疗剂或有效成分(例如，一种或多种存活蛋白抗原)的量；延长被治疗受试者的生存期；和/或刺激、诱导或增强受试者的免疫反应，例如细胞毒性T细胞反应。在一些实施方式中，T细胞活化治疗剂的治疗有效量是能够在肿瘤治疗中在受试者中诱导临床反应的量。T细胞活化治疗剂的治疗有效量的确定，尤其是根据本文提供的披露，完全在本领域技术人员的能力之内。治疗有效量可以根据多种因素例如受试者的状况、体重、性别和年龄而变化。
一旦一种或多种适当的存活蛋白抗原被选择包含在根据本发明的T细胞活化治疗剂组合物中，那么抗原可以通过本领域已知的各种适当方式进行递送。用于本文所描述方法中的T细胞活化治疗剂组合物可以包括，例如，并非限制，脂肽(例如，Vitiello,A.等人，J.Clin.Invest.95:341,1995)、封装在聚(DL-丙交酯-共-乙交酯)(“PLG”)微球内的肽组合物(参见，例如，Eldridge等人，Molec.Immunol.28:287-294,1991；Alonso等人，Vaccine12:299-306,1994；Jones等人，Vaccine 13:675-681,1995)、包含在免疫刺激复合物(ISCOMS)的肽组合物(参见，例如，Takahashi等人，Nature344:873-875,1990；Hu等人，ClinExp Immunol.113:235-243,1998)、多抗原肽系统(MAP)(参见，例如，Tarn,J.P.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85:5409-5413,1988；Tarn,J.P.,J.Immunol.Methods 196:17-32,1996)、配制为多价肽的肽、用于冲击式递送系统的肽、典型地结晶的肽、病毒传递载体(Perkus,M.E.等人，出处：Concepts in vaccine development,Kaufmann,S.H.E.，编辑，第379页，1996；Chakrabarti,S.等人，Nature 320:535,1986；Hu,S.L.等人，Nature 320:537,1986；Kieny,M.-P.等人，AIDS Bio/Technology 4:790,1986；Top,F.H.等人，J.Infect.Dis.124:148,1971；Chanda,P.K.等人，Virology 175:535,1990)、病毒或合成来源的粒子(例如，Kofler,N.等人，J.Immunol.Methods.192:25,1996；Eldridge,J.H.等人，Sem.Hematol.30:16,1993；Falo,L.D.,Jr.等人，Nature Med.7:649,1995)、佐剂(Warren,H.S.,Vogel,F.R.和Chedid,L.A.Annu.Rev.Immunol.4:369,1986；Gupta,R.K.等人，Vaccine 1 1:293,1993)、脂质体(Reddy,R.等人，J.Immunol.148:1585,1992；Rock,K.L,Immunol.Today 17:131,1996)或裸cDNA或粒子吸收的cDNA(Ulmer,J.B.等人，Science259:1745,1993；Robinson,H.L,Hunt,L.A.和Webster,R.G.,Vaccine 1 1:957,1993；Shiver,J.W.等人，出处：Concepts in vaccine development,Kaufmann,S.H.E.，编辑，第423页，1996；Cease,K.B.和Berzofsky,J.A.,Annu.Rev.Immunol.12:923,1994和Eldridge,J.H.等人，Sem.Hematol.30:16,1993)。出于所有预期目的，此段落中公开的每个参考文献均通过引用并入本文。
本发明的T细胞活化治疗剂组合物还包括核酸介导的形式。例如，可以向受试者给予编码如本文描述的存活蛋白抗原中的一种或多种的DNA或RNA。此类方法描述于，例如，Wolff等人，Science 247:1465(1990)连同美国专利号5,580,859；5,589,466；5,804,566；5,739,1 18；5,736,524；5,679,647和WO 98/04720中。基于DNA的递送技术的实例包括“裸DNA”、促进(布比卡因、聚合物、肽介导的)递送、阳离子脂质复合物、和粒子介导的(“基因枪”)或压力介导的递送(参见，例如，美国专利号5,922,687)。出于所有预期目的，此段落中公开的每个参考文献均通过引用并入本文。
在T细胞活化治疗剂组合物的进一步实施方式中，存活蛋白抗原(例如，存活蛋白肽)还可以通过病毒或细菌载体来表达。表达型载体的实例包括减毒病毒宿主，例如牛痘或禽痘。这种方法涉及牛痘病毒的使用，例如，作为表达编码如本文描述的存活蛋白肽的核苷酸序列的载体。当引入急性或慢性感染的宿主或引入非感染宿主时，重组牛痘病毒表达抗原肽，并且从而引起宿主免疫反应。牛痘载体和用于免疫方案中的方法被描述于，例如，美国专利号4,722,848。另一种载体是BCG(卡介苗)。BCG载体被描述于Stover等人，Nature351:456-460(1991)中。用于治疗性给予或免疫本发明肽的多种多样的其他载体，例如腺病毒和腺相关病毒载体、逆转录病毒载体、伤寒沙门菌载体、脱毒的炭疽毒素载体、以及类似物，对本领域技术人员来说是显而易见的，并且被本文所描述的T细胞活化治疗剂组合物所包括。出于所有预期目的，此段落中公开的每个参考文献均通过引用并入本文。
根据本发明的T细胞活化治疗剂还包括，包含存活蛋白抗原中的一种或多种的组合物，其中抗原可以单独存在或作为包含多拷贝相同或不同存活蛋白抗原的构建物存在。例如，存活蛋白抗原可以作为编码相同或不同存活蛋白抗原中的若干种的单核酸分子(例如，载体)存在。或者，在其他实施方式中，可以使用包括多拷贝相同存活蛋白抗原的均聚物，或各种不同存活蛋白抗原的杂聚物。此类多聚体可具有的优点是，由于它们包括存活蛋白抗原的多重拷贝，因此提供了增加的免疫反应，这样使得产生的作用可以是增强的用存活蛋白的一个或多个抗原决定簇诱导免疫反应的能力。组合物可以包括一种或多种存活蛋白抗原的天然发生的区，或可以包括制备的抗原，例如，重组地或通过化学合成。
本发明的T细胞活化治疗剂还可以包括抗原呈递细胞(APC)，例如树突细胞(DC)，作为运载体以呈现一种或多种存活蛋白抗原(例如，存活蛋白肽)。此类T细胞活化治疗剂组合物可以在体外产生，随后树突细胞动员(motibilization)并收获，从而树突细胞的装载发生在体外。例如，树突细胞用编码多种存活蛋白抗原之一的DNA或RNA进行转染，或是用存活蛋白肽抗原脉冲处理。然后可以将树突细胞给予受试者，以在体内引起免疫反应。
根据本发明的T细胞活化治疗剂可以通过任何适当的方式给予，如例如，注射(例如，肌内注射的、真皮内的、皮下的、静脉内的、或腹膜内的)、雾化吸入、口服、鼻、局部的、鞘内的、经皮肤的、经粘膜的、或任何其他适当的途径。针对受试者体内的全身分布或定位分布来配制T细胞活化治疗剂。系统性配制品包括为通过注射所给予而设计的那些，以及为经皮的、经粘膜的或口服给予而设计的那些。
针对注射，T细胞活化治疗剂可以被配制到载体中，该载体包括如本文描述的连续相的疏水物质，例如，油包水乳剂或油基载体。在一些实施方式中，脂质体可以与载体一起被使用。T细胞活化治疗剂还可以被配制为水性溶液，例如汉克溶液、林格氏溶液或生理盐水缓冲剂。
如从以上可见的，本发明的T细胞活化治疗剂组合物意在包括用于癌症治疗的任何组合物或抗原递送手段(例如，病毒载体)，包括能够刺激受试者免疫反应的组合物，例如当给予时的特异性细胞毒性T细胞的应答。
为了获得本发明的T细胞活化治疗剂组合物，可以适当地组合存活蛋白抗原，该存活蛋白抗原可以是相对小的存活蛋白肽，和各种材料例如佐剂、赋形剂、表面活性剂、免疫刺激组分和/或载体。佐剂可以包括在T细胞活化治疗剂组合物中，以增强特异性免疫反应。根据所期望的给予途径或所期望的受试者中的分布，例如全身的或局部的，可以使用不同的载体。
在具体的实施方式中，用于本发明方法的T细胞活化治疗剂是这样的组合物，其包括至少一种存活蛋白抗原、脂质体、和包括连续相的疏水性物质的载体。在进一步的实施方式中，组合物可另外包括佐剂。在进一步的实施方式中，组合物可另外包括T辅助细胞表位或抗原。
因此，在一个实施方式中，T细胞活化治疗剂组合物包括一种或多种存活蛋白抗原；T辅助细胞表位；佐剂；脂质体；和包括连续相的疏水物质的载体。T辅助细胞表位可以，例如，是包括氨基酸序列AQYIKANSKFIGITEL(SEQ ID NO:10)的肽。佐剂可以例如但不限于是聚I:C聚dIdC多核苷酸。
在进一步的实施方式中，用于本发明方法的T细胞活化治疗剂是这样的组合物，其包括至少一种存活蛋白抗原，与IMV公司的基于脂质体和/或基于两亲化合物的疫苗辅助平台，包括但不限于，
Figure BDA0003166487160000441
和DepoVaxTM平台技术(参见，例如，美国专利号6,793,923和7,824,686；美国专利号20160067335、WO 2002/038175；WO2007/041832；WO 2009/039628；WO 2009/043165、WO 2009/146523、WO 2013049941、WO 2014/153636、WO 2016/176761、WO2016/109880、WO 2017/190242、WO2017/083963、WO 2018/058230，出于所有预期目的，其每一个均通过引用整体并入本文)。该DepoVaxTM平台是T细胞活化治疗剂递送制剂，其向免疫系统提供抗原加佐剂的受控制的和延长的暴露。该平台能够提供强的、特异性的和持续的免疫反应，并且能够是单次剂量有效。
在某些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括至少一种存活蛋白抗原，其中每种存活蛋白抗原的浓度为约0.01mg/ml至约10mg/ml、约0.025mg/ml至约9mg/ml、约0.05mg/ml至约8mg/ml、约0.75mg/ml至约7mg/ml、约0.1mg/ml至约6mg/ml、约0.25mg/ml至约5mg/ml、约0.5mg/ml至约4mg/ml、约0.75mg/ml至约3mg/ml、约1mg/ml至约2mg/ml。在某些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括至少一种存活蛋白抗原，其中每种存活蛋白抗原的浓度为约0.1mg/ml至约5mg/ml、约0.5mg/ml至约3mg/ml、或约0.5mg/ml至约2mg/ml。在某些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括至少一种存活蛋白抗原，其中每种存活蛋白抗原的浓度为约0.01mg/ml、约0.02mg/ml、约0.03mg/ml、约0.04mg/ml、约0.05mg/ml、约0.06mg/ml、约0.07mg/ml、约0.08mg/ml、约0.09mg/ml、约0.1mg/ml、约0.2mg/ml、约0.3mg/ml、约0.4mg/ml、约0.5mg/ml、约0.6mg/ml、约0.7mg/ml、约0.8mg/ml、约0.9mg/ml、约1mg/ml、约2mg/ml、约3mg/ml、约4mg/ml、约5mg/ml、约6mg/ml、约7mg/ml、约8mg/ml、约9mg/ml、或约10mg/ml。在某些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括至少一种存活蛋白抗原，其中每种存活蛋白抗原的浓度为约1mg/ml。
在某些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括至少一种存活蛋白抗原，其中T细胞活化治疗剂以约0.01至约3ml、约0.05ml至约2ml、约0.075ml至约1.75ml、约0.1ml至约1.5ml、约0.125ml至约1.25ml、约0.15ml至约1ml、约0.175ml至约0.75ml、约0.2ml至约0.5ml或约0.25ml至约0.5ml的剂量给予。在某些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括至少一种存活蛋白抗原，其中T细胞活化治疗剂以约0.01ml至约1ml、约0.5ml至约0.75、或约0.25ml至约0.5ml的剂量给予。在某些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括至少一种存活蛋白抗原，其中T细胞活化治疗剂以约0.05ml、约0.06ml、约0.07ml、约0.08ml、约0.09ml、约0.1ml、约0.125ml、约0.15ml、约0.175ml、约0.2ml、约0.225ml、约0.25ml、约0.275ml、约0.3ml、约0.325ml、约0.35ml、约0.375ml、约0.4ml、约0.425ml、约0.45ml、约0.475ml、约0.5ml、约0.525ml、约0.55ml、约0.575ml、约0.6ml、约0.625ml、约0.65ml、约0.675ml、约0.7ml、约0.725ml、约0.75ml、约0.775ml、约0.8ml、约0.825ml、约0.85ml、约0.875ml、约0.9ml、约0.925ml、约0.95ml、约0.975ml、约1ml、约1.25ml、约1.5ml、约1.75ml或约2ml的剂量给予。在某些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括至少一种存活蛋白抗原，其中T细胞活化治疗剂以约0.25ml或约0.5ml的剂量给予。在某些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括至少一种存活蛋白抗原，其中T细胞活化治疗剂以约0.1ml的剂量给予。在某些实施方式中，剂量是起始剂量。在某些实施方式中，剂量是加强剂量。
在进一步的实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂是如以上所描述的任何适合的组合物，其包括一种或多种具有如下氨基酸序列的存活蛋白肽抗原：FEELTLGEF(SEQ IDNO:2)；FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)；LTLGEFLKL(SEQ ID NO:4)；LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)；RISTFKNWPF(SEQ ID NO:6)；RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)；STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)；和LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)。
在进一步的实施方式中，T细胞活化治疗剂组合物包括五种包含如下氨基酸序列的存活蛋白肽抗原：FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)、LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)、RISTFKNWPK(SEQID NO:7)、STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)和LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)；T辅助细胞表位；佐剂；脂质体；和包括连续相的疏水物质的载体。T-辅助细胞表位可以，例如，是包括氨基酸序列AQYIKANSKFIGITEL(SEQ ID NO:10)的肽。佐剂可以，例如，是基于RNA或DNA的多核苷酸佐剂(例如，聚I:C、聚dIdC等)。脂质体可以，例如，由1,2-二油酰-sn-甘油基-3-磷酸胆碱(DOPC；合成的磷脂)和胆固醇构成。疏水的载体可以，例如，是
Figure BDA0003166487160000451
ISA51 VG。
在具体的实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂可以是IMV公司的候选抗癌症免疫治疗剂DPX-Survivac。DPX-Survivac包括五种具有如下氨基酸序列的合成存活蛋白肽抗原：FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)、LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)、RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)、STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)和LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)；来自破伤风类毒素的通用T辅助细胞表位(AQYIKANSKFIGITEL；SEQ ID NO:10)；聚I:C多核苷酸佐剂；由DOPC和胆固醇组成的脂质体；和疏水载体
Figure BDA0003166487160000452
ISA 51VG。每种组分的示例性的量(/ml T细胞活化治疗剂组合物)包括，但不限于，1.0mg的每种存活蛋白抗原；0.5mg的T-辅助细胞表位(例如，SEQID NO:10)；0.4mg的佐剂(例如，聚I:C多核苷酸)；120.0mg的合成DOPC磷脂；12.0mg的胆固醇；和0.7ml的疏水载体(例如，
Figure BDA0003166487160000453
ISA51 VG)。
在具体的实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂可以是IMV公司的候选抗癌症免疫治疗剂DPX-Survivac。DPX-Survivac包括五种具有如下氨基酸序列的合成存活蛋白肽抗原：FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)、LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)、RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)、STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)和LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)；来自破伤风毒素的通用T-辅助细胞表位(AQYIKANSKFIGITEL；SEQ ID NO:10；dIdC多核苷酸佐剂；由DOPC和胆固醇组成的脂质体；和疏水载体
Figure BDA0003166487160000461
ISA 51VG。每种组分的示例性的量(/ml T细胞活化治疗剂组合物)包括，但不限于，1.0mg的每种存活蛋白抗原；0.5mg的T-辅助细胞表位(例如，SEQ IDNO:10)；0.4mg的佐剂(例如，聚I:C多核苷酸)；120.0mg的合成DOPC磷脂；12.0mg的胆固醇；和0.7ml的疏水载体(例如，
Figure BDA0003166487160000462
ISA51 VG)。
T细胞活化治疗剂可以任选地进一步包括另外的组分如例如，乳化剂。T细胞活化治疗剂及其组分的示例性实施方式的更详细披露描述如下。
(i)存活蛋白抗原
本发明的T细胞活化治疗剂组合物包括至少一种存活蛋白抗原。表述“至少一种”在本文可以与表述“一种或多种”互换使用。这些表达，在本文除非另外明确指明，指代T细胞活化治疗剂中不同存活蛋白抗原的数量，并且不是指任何具体的存活蛋白抗原的数量。根据“至少一种”或“一种或多种”的普通含义，本发明的T细胞活化治疗剂组合物包含最少一种存活蛋白抗原。
存活蛋白，也称作凋亡重复相容5(apoptosis repeat containing 5)(BIRC5)的杆状病毒抑制剂，是涉及凋亡的负向调控的蛋白质。它已被归类为凋亡蛋白抑制剂(lAP)家族中的成员。存活蛋白是包含单一BIR基序和代替无名指(RING finger)的高电荷羧基末端螺旋区的16.5kDa胞浆蛋白。编码存活蛋白的基因与效应细胞蛋白酶受体-1(EPR-1)的序列几乎相同，但是定位于相反方向。存活蛋白的编码序列(智人)为包括终止密码子的429个核苷酸长(SEQ ID NO:11)。编码的蛋白质存活蛋白(智人)是142个氨基长(SEQ ID NO:1)。
假定，存活蛋白功能是抑制胱天蛋白酶活化，从而导致凋亡或程序性细胞死亡的负向调控。与该功能一致，存活蛋白已经被确定为在许多类型的癌症中而不是在正常组织中总是上调的TOP基因之一(参见，例如，Altieri等人，Lab Invest,79:1327-1333,1999；和美国专利号6,245,523)。因此，该事实使得存活蛋白成为理想的癌症疗法的靶标，因为癌细胞被靶向而正常细胞不被靶向。事实上，存活蛋白在包括人类癌症的大部分的许多肿瘤类型中高度表达，并且被报道具有预后价值。
本发明的T细胞活化治疗剂包括一种或多种存活蛋白抗原。如本文所用，术语“存活蛋白抗原”包括了任何肽、多肽或衍生自存活蛋白的或其片段的其变体(例如，存活蛋白肽变体)。术语“存活蛋白抗原”还包括多核苷酸，该多核苷酸编码本文所述的存活蛋白肽、存活蛋白肽变体或存活蛋白肽功能性等效物。
多核苷酸可以是DNA(例如，基因组DNA或cDNA)或RNA(例如，mRNA)或其组合。它们可以是天然存在的或合成的(例如，化学合成的)。考虑多核苷酸可包含核苷酸链中的一种或多种含氮碱基、戊糖或磷酸基团的修饰。此类修饰在本领域是众所周知的，并且可为了例如改善多核苷酸稳定性的目的。
在一个实施方式中，存活蛋白抗原可包括全长存活蛋白多肽或编码全长存活蛋白多肽的核酸。可选地，存活蛋白抗原可以是包括任何长度存活蛋白的片段的存活蛋白肽。示例性实施方式包括存活蛋白肽，该存活蛋白肽包括至少5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个氨基酸残基。在具体的实施方式中，存活蛋白肽由七肽、八肽、九肽、十肽或十一肽组成，这些七肽、八肽、九肽、十肽或十一肽分别由7个、8个、9个、10个、11个存活蛋白(例如，SEQ ID NO:1)的连续的氨基酸残基组成。存活蛋白抗原的具体实施方式包括约9个或10个氨基酸的存活蛋白肽。
本发明的存活蛋白抗原还包括存活蛋白肽的变体和功能性等效物。存活蛋白肽的变体或功能性等效物包括显示与存活蛋白的特异序列相比具有差异的氨基酸序列的肽，例如一种或多种氨基酸取代、缺失或添加，或其组合。该差异可以测量为在存活蛋白蛋白序列与存活蛋白肽变体或存活蛋白肽功能性等效物之间的同一性的降低。
在氨基酸序列之间的同一性可以使用本领域所熟知的算法来计算。存活蛋白肽变体或功能性等效物，当他们是优选地在其整个长度范围，与存活蛋白的肽序列具有至少70％同一性，例如至少75％的同一性、至少80％的同一性、至少85％的同一性、至少90％的同一性、或至少95％的同一性，包括与存活蛋白肽序列的96％、97％、98％或99％的同一性时，被看作是落入本发明“存活蛋白抗原”的含义中。在具体的实施方式中，存活蛋白肽变体具有与SEQ ID NO:1的连续氨基酸序列至少85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。
可以衍生存活蛋白抗原的存活蛋白是来自表达蛋白质的任何动物品种中的存活蛋白。具体的实施方式是来自人类的存活蛋白(SEQ ID NO:1)。基于所选择的存活蛋白的序列，存活蛋白抗原可以通过存活蛋白或编码核酸的任何适当的化学或酶处理来进行衍生。可选地，存活蛋白抗原可以通过本领域普通技术人员熟悉的任何常规肽或核酸合成程序来合成。
本发明的存活蛋白抗原(肽或核酸)可以具有作为存活蛋白的天然序列的序列。可选地，存活蛋白抗原可以是通过一种或多种取代、缺失或添加修饰的肽或核酸序列，如例如，本文所描述的存活蛋白变体或功能性等效物。增加肽的免疫原性的存活蛋白肽的示例性程序和修饰包括，例如，于WO 2004/067023(出于所有预期目的，通过引用整体并入本文)中所描述的那些，其涉及在锚定位置引入氨基酸取代，这增加了结合至HLA I类分子的肽。
在一个实施方式中，存活蛋白抗原是衍生自存活蛋白、或其任何存活蛋白肽变体的任何肽，其能够结合MHC I类HLA分子。沿着这些线路，存活蛋白抗原可以是任何存活蛋白肽、或其存活蛋白肽变体，其能够诱导或加强受试者的免疫反应。
在一个实施方式中，存活蛋白抗原是包括来自存活蛋白(SEQ ID NO:1)的氨基酸序列的肽抗原，其能够在受试者中引起细胞毒性T淋巴细胞(CTL)反应，或是编码所述肽的核酸分子。
在一个实施方式中，基于存活蛋白的氨基酸序列，T细胞活化治疗剂包括一种或多种合成的存活蛋白肽、或其变体，例如SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列。
存活蛋白肽、存活蛋白肽变体和存活蛋白功能性等效物，以及其用于诊断和治疗的目的用途，特别是在癌症中，已经描述于，例如，WO 2004/067023和WO 2006/081826中，出于所有预期目的，其每一个通过引用整体并入本文。在这些出版物中所披露的新颖的肽被发现能够在癌症患者中引起细胞毒性T淋巴细胞(CTL)反应。具体而言，在WO 2004/067023中，已经发现MHC I类限制性肽可以衍生自存活蛋白，其能够结合MHC I类HLA分子，从而在正在经受各式各样的癌症疾病的患者中引起先体外后体内和原位CTL免疫反应。
在一个实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂可以包括披露于WO 2004/067023和WO 2006/081826中的存活蛋白肽、存活蛋白肽变体或存活蛋白肽功能性等效物中的任何一种或多种。
在另一个实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂可以包括有能力结合选自HLA-A、HLA-B或HLA-C分子的任何MHC I类分子的存活蛋白肽、存活蛋白肽变体或存活蛋白肽功能性等效物中的一种或多种
存活蛋白肽、存活蛋白肽变体或存活蛋白肽功能性等效物可以结合的示例性MHCI类HLA-A分子包括，但不限于，HLA-A 1、HLA-A2、HLA-A3、HLA-A9、HLA-A10、HLA-A1 1、HLA-A19、HLA-A23、HLA-A24、HLA-A25、HLA-A26、HLA-A28、HLA-A29、HLA-A30、HLA-A31、HLA-A32、HLA-A33、HLA-A34、HLA-A36、HLA-A43、HLA-A66、HLA-A68、和HLA-A69。
存活蛋白肽、存活蛋白肽变体或存活蛋白肽功能等效物可以结合的示例性MHCI类HLA-B分子包括，但不限于，HLA-B5、HLA-B7、HLA-B8、HLA-B12、HLA-B13、HLA-B14、HLA-B15、HLA-B16、HLA-B17、HLA-B18、HLA-B21、HLA-B22、HLA-B27、HLA-B35、HLA-B37、HLA-B38、HLA-B39、HLA-B40、HLA-B41、HLA-B42、HLA-B44、HLA-B45、HLA-B46和HLA-B47。
存活蛋白肽、存活蛋白肽变体或存活蛋白肽功能等效物可以结合的示例性MHCI类HLA-C分子包括，但不限于HLA-C1、HLA-C2、HLA-C3、HLA-C4、HLA-C5、HLA-C6、HLA-C7和HLA-C16。
在具体的实施例中，本发明的T细胞活化治疗剂可以包括选自如下的存活蛋白肽抗原中的一种或多种：i)FEELTLGEF(SEQ ID NO:2)[HLA-A1]ii)FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)[HLA-A1]iii)LTLGEFLKL(SEQ ID NO:4)[HLA-A2]iv)LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)[HLA-A2]v)RISTFKNWPF(SEQ ID NO:6)[HLA-A3]vi)RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)[HLA-A3]vii)STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)[HLA-A24]viii)LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)[HLA-B7]。
以上列出的存活蛋白肽代表但不限于本发明包括的示例性MHC I类限制性肽。相信每种存活蛋白肽结合的具体MHC I类HLA分子显示在右侧方括号中。本发明的T细胞活化治疗剂可以以任何合适的组合包含一种或多种这些存活蛋白肽。
在进一步的实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂以任何合适的组合包含以下列出的五种存活蛋白肽中的任一种或多种：i)FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)[HLA-A1]ii)LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)[HLA-A2]iii)RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)[HLA-A3]iv)STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)[HLA-A24]v)LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)[HLA-B7]。
在具体的实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂组合物包括如在IMV公司的候选抗癌症免疫治疗T细胞活化治疗剂DPX-Survivac中发现的在以上列出的所有五种存活蛋白肽抗原、或肽抗原中的一种或多种的任何组合。在优选的实施方式中，组合物将包括所有五种存活蛋白肽抗原、候选抗癌症免疫治疗T细胞活化治疗剂DPX-Survivac。
除了至少一种存活蛋白抗原，本发明的T细胞活化治疗剂的进一步实施方式可以包括用于治疗癌症或用于诱导或加强针对癌症的免疫反应的一种或多种另外的抗原。
以下描述了此类另外的抗原的示例性实施方式。
(ii)另外的抗原
可以用于本发明组合物的其他抗原包括，但不限于，能够诱导或加强受试者免疫反应的抗原，其将有益于肿瘤或癌症的治疗，例如，细胞介导的免疫反应或体液介导的免疫反应。
细胞介导免疫是这样的免疫反应，其不涉及抗体而是涉及巨噬细胞和自然杀伤细胞的活化、抗原特异性细胞毒性T淋巴细胞的产生以及响应于抗原的各种细胞因子的释放。细胞毒性T淋巴细胞是T淋巴细胞的亚群(白细胞的类型)，其能够诱导感染的体细胞或肿瘤细胞的死亡；它们杀死感染病毒(或其他病原体)的细胞，或以另外的方式损伤或功能障碍。
大多数细胞毒性T细胞表达T细胞受体，该T细胞受体可以识别与I类MHC分子结合的特异性肽抗原。这些CTL还表达CD8(CD8+T细胞)，该CD8吸引I类MHC分子的部分。在抗原特异性活化期间，这种亲和性使得CTL和靶细胞紧密结合在一起。
细胞免疫通过，例如，活化抗原特异性细胞毒性T淋巴细胞(其能溶解在其表面显示外源抗原表位的身体细胞，例如病毒感染的细胞、具有胞内菌的细胞，和显示出肿瘤抗原的癌细胞)；活化巨噬细胞和自然杀伤细胞(使他们来破坏胞内病原体)；和刺激细胞分泌各种细胞因子(所述细胞因子影响涉及到获得性免疫反应和先天免疫反应的其他细胞的功能)来保护身体。
因此，在进一步的实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂组合物可以包括除一种或多种存活蛋白抗原以外的另外的抗原。例如，该另外的抗原可以是，但不限于，肽，合适的天然的、非-天然的、重组的或变性蛋白质或多肽，或其片段，或能够诱导或加强受试者CTL免疫反应的表位。
该另外的抗原还可以是编码起抗原作用的多肽的多核苷酸。基于核酸的接种策略是已知的，其中，向受试者给予包含多核苷酸的T细胞活化治疗剂组合物。由多核苷酸编码的抗原多肽在受试者中表达，使得抗原多肽最终出现在受试者中，正如同T细胞活化治疗剂组合物本身已经含有该多肽。用于本发明的目的，上下文规定的另外的抗原，包括此类多核苷酸，该多核苷酸编码起到抗原作用的多肽。
术语“多肽”包括氨基酸的任何链，不论长度(例如，至少6个、8个、10个、12个、14个、16个、18个、或20个氨基酸)或翻译后修饰(例如，糖基化或磷酸化作用)如何，并且包括，例如，天然蛋白质、合成的或重组的多肽和肽、表位、杂交分子、变体、同系物、类似物、类肽、肽模拟物等等。因此，变体或衍生物包括缺失，其包括截短和片段；插入和添加，例如保守取代，定点突变，和等位变体；和修饰，其包括具有一种或多种非氨基酰基基团(例如，糖、脂质等等)的肽，该非氨基酰基基团共价地连接至肽和翻译后修饰。如本文所用，术语“保守氨基酸取代”或“保持取代”指代在肽中的给定位置，一种氨基酸对另一种的取代，其中取代可以在相关功能没有实质性缺失的情况下完成。在进行此类变更中，可以在侧链取代基的相对相似度的基础上进行相似的氨基酸残基的取代，例如，其大小、电荷、疏水性、亲水性等等，并且此类取代可以通过常规测试针对其对肽功能的影响来评价。保持取代的特异性非限制性的实例包括以下实例：
表1：保守核酸取代
Figure BDA0003166487160000501
Figure BDA0003166487160000511
可以使用与优选的抗原序列具有实质上同一性的多肽或肽。两种序列如果当最佳比对(允许有间隙)时，它们共同具有至少约50％序列同一性，或如果这些序列共同具有所定义的功能性基序，那么它们被认为是具有实质上同一性。在可选的实施方式中，最佳比对序列如果它们在指定区域上共同具有至少60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％的同一性，那么可以被认为是实质上同一性的。术语“同一性”是指在两种多肽分子之间的序列相似性。同一性可以通过比较被比对的序列中的每个位置来确定。氨基酸序列之间的同一性程度是在由序列(例如，在指定区域上)所共有的位置上的相同的或匹配的氨基酸的数量的函数。用于同一性比较的序列的最优比对可以使用各种算法来进行，如本领域已知的，该算法包括ClustalW程序，可在http://clustalw.genome.ad.jp获得；Smith和Waterman的局部同源性算法，1981,Adv.Appl.Math 2:482；Needleman和Wunsch的同源性比对算法，1970,J.Mol.Biol.48:443；Pearson和Lipman相似性搜索方法，1988,Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:2444；和这些算法的计算机化实现(如Wisconsin Genetics软件包，Genetics Computer Group,Madison,Wl,U.S.A.中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA)。还可以使用BLAST算法来确定序列同一性，其描述于Altschul等人，1990,J.Mol.Biol.215:403-10(使用所公开的默认设置)。例如，可以使用“BLAST 2序列”工具，其可以通过美国国家生物技术信息中心(通过在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/bl2seq/wblast2.cgi的互联网)获得，选择处于以下默认设置的“blastp”程序：期望阈值10；字号3；矩阵BLOSUM62；缺口值存在11，延伸1。在另一个实施方式中，本领域技术人员可以容易地并适当地比对任何给定的序列，并且仅通过肉眼观察推断序列同一性和/或同源性。
在本发明的T细胞活化治疗剂中被用作为另外抗原的多肽和肽可以从自然来源中分离，合成，或是重组生成的多肽。肽和蛋白质可以在体外或体内重组表达。被用来实践本发明的肽和多肽可以使用本领域已知的任何方法完成并分离。被用来实践本发明的多肽和肽还可以使用本领域熟知的化学法，全部或部分地合成。参见，例如，Caruthers(1980)Nucleic Acids Res.Symp.Ser.215-223；Horn(1980)Nucleic Acids Res.Symp.Ser.225-232；Banga,A.K,Therapeutic Peptides and Proteins,Formulation,
Processing and Delivery Systems(1995)Technomic Publishing Co.,Lancaster,Pa。例如，可以使用各种固相技术来进行肽合成(参见，例如，Roberge(1995)Science 269:202；Merrifield(1997)Methods Enzymol.289:3-13)，并且可以例如使用根据由制造商所提供的说明书的ABI 431A肽合成仪(Perkin Elmer)来完成自动合成。
在一些实施方式中，另外的抗原可以是纯化的抗原，例如，约25％至50％纯度的，约50％至约75％纯度的，约75％至约85％纯度的，约85％至约90％纯度的，约90％至约95％纯度的，约95％至约98％纯度的，约98％至约99％纯度的，或大于99％纯度的。
如以上所指出，另外的抗原包括编码起抗原作用的多肽的多核苷酸。如本文所用，术语“多核苷酸”包括任何长度(例如，9个、12个、18个、24个、30个、60个、150个、300个、600个、1500个或更多个核苷酸)或链数(例如，单链的或双链的)的核苷酸链。多核苷酸可以是DNA(例如，基因组DNA或cDNA)或RNA(例如，mRNA)或其组合。它们可以是天然发生的或合成的(例如，化学上合成的)。考虑多核苷酸可包含核苷酸链中的一种或多种含氮碱基、戊糖或磷酸基团的修饰。此类修饰在本领域是众所周知的，并且可用于例如改善多核苷酸稳定性的目的。
可以用各种形式递送多核苷酸。在一些实施方式中，可以用线性形式或插入质粒(例如表达质粒)中，使用裸多核苷酸。在其他实施方式，可以使用活载体例如病毒或细菌载体。
可以存在帮助将DNA转录为RNA和/或将RNA翻译成多肽的一种或多种调节序列。在一些情况中，例如在多核苷酸是信使RNA(mRNA)分子的情况下，不需要涉及转录过程的调节序列(例如，启动子)，并且在启动子不存在的情况下可以影响蛋白质表达。技术人员可以根据情况需要包括适合的调节序列。
在一些实施方式中，多核苷酸存在于表达盒中，其中多核苷酸可操作地连接到调节序列，该调节序列将允许多核苷酸在被给予本发明组合物的受试者中进行表达。表达盒的选择取决于组合物被给予的受试者，以及期望所表达的多肽的特征。
典型地，表达盒包括启动子，该启动子在受试者中是具有功能的，并且可以是组成型或可诱导型；核糖体结合部位；起始密码子(ATG)(必要的话)；编码目标多肽的多核苷酸；终止密码子；和任选地3’末端区域(翻译和/或转录终止子)。可以包括另外的序列例如编码信号肽的区域。编码目标多肽的多核苷酸可以在表达盒中对任何其他调节序列是同源的或异源的。与目标多肽一起表达的序列，例如信号肽编码区域，典型地位于编码待表达蛋白质的多核苷酸附近并且置于适当的阅读框内。由编码单独表达的或与待表达的任何其他序列一起表达的蛋白质(例如，信号肽)的多核苷酸构成的开放阅读框处于启动子的控制下，以便转录和翻译在给予该组合物的受试者中发生。
被用于以如在本文描述的T细胞活化治疗剂组合物的单次治疗中的另外抗原的量可以根据抗原的类型和受试者的体型大小而变化。本领域技术人员将能够确定(无需过多的实验)用于具体应用的另外抗原的有效量。
在一些实施方式中，另外的抗原可以是能够诱导CTL反应的至少一种CTL表位。例如，另外的抗原可以是衍生自被确定为在癌细胞中上调的蛋白质的CTL表位。
在一个实施方式中，CTL表位可以是肿瘤相关蛋白质的表位，如例如黑色素瘤相关的蛋白质。在一些实施方式中，黑色素瘤相关的蛋白质是酪氨酸相关蛋白质-2(TRP-2)或p53，其可以通过包括重组技术或化学合成的各种方法来获取。
以下基因(并非限制)，编码具有可以作为本发明T细胞活化治疗剂中的另外抗原被掺入的肽序列的肿瘤相关蛋白质：p53、HPV E6和E7、ART-4、CAMEL、CEA、Cyp-B、HER2/neu、hTERT、hTRT、iCE、MUC1、MUC2、PRAME、P15、RUI、RU2、SART-1、SART-3、WT1、PSA、酪氨酸酶、TRP-1、TRP-2、gp100、MART-1/Melan A、MAGE-A1.MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、MAGE-A12、BAGE、DAM-6、DAM-10、GAGE-1、GAGE-2、GAGE-3、GAGE-4、GAGE-5、GAGE-6、GAGE-7B、GAGE-8、NA88-A、NY-ESO-1、NY-ESO-1a(CAG-3)、AFP、β-连环蛋白/m、胱天蛋白酶-8/m、CDK-4/m、ELF2M、GnT-V、G250、Ras、HSP70-2M、HST-2、KIAA0205、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌球蛋白/m、RAGE、SART-2、存活蛋白、TRP-2/INT2、和707-AP。
在一个实施方式中，T细胞活化治疗剂可以包括与癌症相关，作为用于诱导CTL反应的抗原的CTL表位的混合物。例如，抗原可以包括如本文描述的存活蛋白抗原的至少一种或多种，如例如但不限于，具有以下氨基酸序列的存活蛋白肽抗原：FEELTLGEF(SEQ ID NO:2)；FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)；LTLGEFLKL(SEQ ID NO:4)；LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)；RISTFKNWPF(SEQ ID NO:6)；RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)；STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)；和LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)，和肿瘤相关蛋白质的至少一种另外的抗原。
(iii)T-辅助细胞表位
在一些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括至少一种T-辅助细胞表位或T辅助细胞抗原。
T辅助细胞表位是具有T辅助细胞活性的氨基酸(天然或非天然氨基酸)序列。T辅助细胞表位由T辅助淋巴细胞识别，该T辅助淋巴细胞在建立并最大化免疫系统的能力中发挥了重要作用，并且其涉及活化并指引其它免疫细胞，如例如细胞毒性T淋巴细胞。
T辅助细胞表位可以由连续或非连续表位组成。因此不是T辅助细胞的每个氨基酸必须是表位的部分。因此，T-辅助细胞表位，其包括T辅助细胞表位的类似物和区段，能够增强或刺激免疫反应。免疫显性T辅助细胞表位在具有截然不同MHC类型的动物和人类群体中具有广泛的反应性(Celis等人(1988)J.Immunol.140:1808-1815；Demotz等人(1989)J.Immunol.142:394-402；Chong等人，(1992)Infect.Immun.60:4640-4647)。受试者肽的T辅助细胞结构域具有约10至约50个氨基酸，并且优选的是约10至约30个氨基酸。当多个T辅助细胞表位存在时，那么每个T辅助细胞表位独立地起作用。
在一些实施方式中，T辅助细胞表位可以形成如本文描述的部分抗原。具体而言，如果抗原具有足够大小，其可以包含起到T辅助细胞表位功能的表位。在其他实施方式中，T辅助细胞表位是独立于抗原的分子。
在另一个实施方式中，T辅助细胞表位类似物可以包括在T辅助细胞表位中的1个至约10个氨基酸残基的取代、缺失和插入。T辅助细胞区段是T辅助细胞表位的邻接部分，该T辅助细胞表位足以增强或刺激免疫反应。T辅助细胞区段的实例是一系列衍生自单一长肽的重叠肽。
在具体的实施方式中，本发明的组合物可以包括修饰的破伤风毒素肽A16L(830至844；AQYIKANSKFIGITEL(SEQ ID NO:10))，作为T-辅助细胞表位或抗原，具有添加至氨基端的丙氨酸残基以提高稳定性(Slingluff等人，Clin Cancer Res.,7:3012-3024,2001)。
可以被用于本组合物的T辅助细胞表位的其它来源包括，例如，乙型肝炎表面抗原辅助性T细胞表位、百日咳毒素辅助性T细胞表位、麻疹病毒F蛋白辅助性T细胞表位、沙眼衣原体主要外膜蛋白辅助性T细胞表位、白喉毒素辅助性T细胞表位、镰状疟原虫环孢子辅助性T细胞表位、曼氏裂体吸虫磷酸丙糖异构酶辅助性T细胞表位、大肠杆菌TraT辅助性T细胞表位和免疫增强类似物以及任何这些T-辅助细胞表位的区段。
在一些实施方式中，T辅助细胞表位可以是通用T辅助细胞表位。本文使用的通用T辅助细胞表位指代肽或其他免疫原性分子，或其片段，其以II类(CD4+T细胞)-限制性方式活化T细胞功能的方式结合至多个MHC II类分子。通用T辅助细胞表位的实例是包括肽序列AKXVAAWTLKAAA(SEQ ID NO:13)的PADRE(泛DR表位)，其中X可以是环己基丙氨酰基。特别地，PADRE具有CD4+T辅助细胞表位，即，它刺激PADRE特异性CD4+T辅助细胞反应的诱导。
除了之前提到的修饰的破伤风毒素肽A16L，破伤风类毒素还具有以与PADRE类似的方式工作的其他T辅助细胞表位。破伤风和白喉毒素针对人类CD4+细胞具有通用表位(Diethelm-Okita,B.M.等人，J.Infect.Diseases,181:1001-1009,2000)。在另一个实施方式中，T辅助细胞表位可以是破伤风类毒素肽例如包括肽序列FNNFTVSFWLRVPKVS ASHLE(氨基酸947-967；SEQ ID NO:15)的F21E。
在某些实施方式中，将T辅助细胞表位与本发明T细胞活化治疗剂中的一种或多种存活蛋白抗原中的至少一种融合，或与可以包括在T细胞活化治疗剂内的另外的抗原融合(例如，融合肽)。
(iv)佐剂
在一些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括一种或多种药学上可接受的佐剂。现已描述了大量的佐剂，并且其对本领域技术人员是已知的。参见，例如，雷明顿药学大全(Remington’s Pharmaceutical Sciences)(Remington's PharmaceuticalSciences，Mack出版公司，Easton,Pa.,USA 1985)和美国药典(United StatesPharmacopoeia)：公布于1999国家处方集(The National Formulary)(USP 24NF19)。
示例性佐剂包括，但不限于，矾、铝的其他化合物、卡介苗(BCG)、TiterMaxTM、RibiTM、完全弗氏佐剂(FCA)、包含CpG的寡脱氧核苷酸(CpG ODN)、脂肽和多核苷酸(例如，聚I:C、聚dIdC等)。示例性CpG ODN是5'-TCCATGACGTTCCTGACGTT-3'(SEQ ID NO:16)。基于目标物种和功效，技术人员可以容易地选择其他适当的CpG ODN。示例性脂肽包括，但不限于，Pam3Cys-SKKK(SEQ ID NO:18)(EMC Microcollections，德国)或其变体、同系物和类似物。已经显示脂肽的Pam2家族是对脂肽的Pam3家族的有效替代。
如本文所用，“聚I:C”或“聚I:C多核苷酸”是含有肌苷酸残基(I)和胞苷酸残基(C)，并且能够诱导或增强哺乳动物受试者中至少一种炎性细胞因子(如干扰素)的产生的多核苷酸分子(RNA或DNA或DNA和RNA的组合)。
聚I:C多核苷酸可以具有约8个、10个、12个、14个、16个、18个、20个、22个、24个、25个、28个、30个、35个、40个、45个、50个、55个、60个、65个、70个、75个、80个、85个、90个、95个、100个、150个、200个、250个、300个、500个、1000个或更多个残基的长度。上限被认为是不必要的。优选的聚I:C多核苷酸可以具有约6个、8个、10个、12个、14个、16个、18个、20个、22个、24个、26个、28个、或30个核苷酸的最短长度，和约1000个、500个、300个、200个、100个、90个、80个、70个、60个、50个、45个或40个核苷酸的最大长度。在某些实施方式中，聚I:C多核苷酸的长度为约20个或更多个残基(通常长度为22、24、26、28或30个残基)。如果是半合成制备的(例如，使用酶)，则链的长度可以为500、1000或更多个残基。
在一些实施方式中，聚I:C多核苷酸是双链的。在这种实施方式中，它们可以由完全由含胞嘧啶的核苷酸组成的一条链和完全由含肌苷的核苷酸组成的一条链构成，但是其它构型也是可能的。例如，每条链可以同时含有含胞嘧啶和含肌苷的核苷酸。非限制性实例包括其中每条链含有至少6个连续肌苷酸或胞苷酸残基或以任何顺序(例如，IICIIC、ICICIC或IIICCC)选自肌苷酸和胞苷酸的6个连续残基的那些。在一些情况下，一条或两条链可以另外含有一个或多个非胞嘧啶或非肌苷核苷酸。
在其它实施方式中，聚I:C多核苷酸可以是含有肌苷酸残基(I)和胞苷酸残基(C)的单链分子。作为实例而非限制，单链聚I:C可以是重复dIdC的序列。在具体实施方式中，单链聚I:C的序列可以是(IC)13的26-聚体序列，即ICICICICICICICICICICICICIC(SEQ IDNO:19)。本领域技术人员将理解，由于其性质(例如，互补性)，预期重复dIdC的这些单链分子将自然形成同型二聚体，因此其在概念上类似于聚I/聚C二聚体。
在某些实施方式中，聚I:C多核苷酸的每条链可以是肌苷酸或胞苷酸残基的均聚物，或者每条链可以是包含肌苷酸或胞苷酸残基二者的杂聚物。在任何一种情况下，聚合物可以由一种或多种非肌苷酸或非胞苷酸残基(例如，尿苷)中断，条件是存在如以上所描述的6个I、6个C或6个I/C残基的至少一个连续区域。典型地，聚I:C多核苷酸的每条链的每6个I/C残基将包含不超过1个非I/C残基，更优选的是每8个、10个、12个、14个、16个、18个、20个、22个、24个、26个、28个或30个I/C残基中不超过1个非I/C残基。
在聚I:C多核苷酸中的肌苷酸或胞苷酸(或其他)残基可以按本领域已知的进行衍生或修饰，条件是保留聚I:C多核苷酸促进炎性细胞因子例如干扰素的产生的能力。衍生物或修饰的非限制性实例包括，例如，叠氮基修饰、氟修饰、或使用硫酯(或类似的)键而不是天然磷酸二酯键以增强体内稳定性。还可以通过例如将分子与带正电的聚赖氨酸和羧甲基纤维素或与带正电的合成肽进行复合，修饰聚I:C多核苷酸以例如增强其对体内降解的耐性。
在某些实施方式中，T细胞活化治疗剂包含聚I:C多核苷酸作为佐剂，如例如但不限于26聚体脱氧肌苷/胞嘧啶合成多核苷酸。在某些实施方式中，T细胞活化治疗剂包含dIdC DNA多核苷酸作为佐剂。
聚I:C多核苷酸将以约0.001mg至1mg/单位剂量组合物的量，典型地被包括在本发明的组合物中。在某些实施方式中，聚I:C多核苷酸的量将是约0.04mg/mL的T细胞活化治疗组合物。
T细胞活化治疗剂的其他适合的佐剂是活化或增加TLR2活性的那些。如本文所用，“活化”或“增加”TLR2活性的佐剂包括任何佐剂，在一些实施方式中，基于脂质的佐剂，其充当TLR激动剂。进一步，活化或增加TLR2活性包括其以任何单体的、同源二聚体的、异源二聚体的形式的活化，并且具体地包括作为具有TLR1或TLR6(即，TLR1/2或TLR2/6)的异源二聚体的TLR2的活化。
活化或增加TLR2活性的佐剂的示例性实施方式是基于脂质的佐剂，其包括至少一种脂质部分或脂质组分。
如本文所用，表述“脂质部分”或“脂质组分”指代任何脂肪酸(例如，脂酰基)或其衍生物，包括例如甘油三脂、甘油二酯、和甘油单酯。示例性脂质包括，没有限制，软脂酰、肉豆蔻酰、硬脂酰和癸酰基基团或任何C2至C30的饱和的或不饱和的脂酰基基团，优选的是任何C14至C22的饱和的或不饱和的脂酰基基团，并且更优选的是C16的饱和的或不饱和的脂酰基基团。因此，如本文提及的，表述“基于脂质的佐剂”包括含有脂酰基基团或其衍生物的任何佐剂。
基于脂质的佐剂在最低限度上包含至少一个脂质部分，或合成的/半合成的脂质部分类似物，其可以结合至氨基酸、寡肽或其他分子(例如，碳水化合物、聚糖、多糖、生物素、罗丹明、等等)上。因此，并非限制，基于脂质的佐剂可以是例如脂氨基酸、脂肽、脂聚糖、脂多糖、或脂磷壁质。
此外，脂质部分或包含脂质部分的结构可以共价地或非共价地结合至抗原，以生成具有内置辅助性质的抗原化合物。例如，并非限制，基于脂质的部分可以包括阳离子(例如镍)，以提供用于非共价结合的正电荷。
在一些实施方式中，该脂质部分或脂质组分可以是天然发生的，如例如来自革兰氏阳性或革兰氏阴性细菌、绿色红假单胞菌、或支原体的细胞壁组分(例如脂蛋白)。在其他实施方式中，脂质部分或脂质组分可以是合成的或半合成的。
基于脂质的佐剂可以包括棕榈酸(PAM)作为佐剂的脂质部分或组分中的至少一种。此类基于脂质的佐剂在本文称为“棕榈酸佐剂”。棕榈酸是低分子量脂质，发现于大肠杆菌的免疫学反应性的布劳恩(Braun’s)脂蛋白中。棕榈酸的其他常见的化学名称包括，例如，以lUPAC命名法的十六烷酸以及1-十五烷羧酸。棕榈酸的分子式是CH3(CH2)14CO2H。如本领域技术人员将理解的，可能的是，可以改变棕榈酸的脂质链。在本文可以用作棕榈酸佐剂的示例性化合物，以及其合成方法被描述于，例如，美国专利出版物US 2008/0233143；US2010/0129385；和US 2011/0200632，出于所有预期目的，其每个以其整体并入本文。。
如以上针对脂质部分所描述的，一般地，棕榈酸佐剂在最低限度上包含至少一种棕榈酸部分，该棕榈酸部分可以结合(coupled)至氨基酸、寡肽或其他分子上。棕榈酸部分或包含棕榈酸的结构可以共价地或非共价地结合至抗原，以生成具有内置辅助性质的抗原化合物。可以将棕榈酸部分或包含棕榈酸的化学结构结合至半胱氨酸肽(Cys)，以允许佐剂的各种结构构型，其包括线性和分支结构。半胱氨酸残基通常通过极性残基例如丝氨酸(Ser)和/或赖氨酸(Lys)在C端延伸，以生成具有改善的溶解度的佐剂化合物。可以将包含棕榈酸的佐剂化合物与抗原混合，通过非-共价作用与抗原结合，或直接地或用连接体/间隔区可选地共价连接到抗原上，以产生增强的免疫反应。最常见地，将两个棕榈酸部分附接到甘油基骨架和半胱氨酸残基上，以生成二棕榈酰-S-甘油基-半胱氨酸(PAM2Cys)或三棕榈酰-S-甘油基-半胱氨酸(PAM3Cys)，其也可以被用于如以上所描述的多重构型。
因此，在一个实施方式中，组合物的佐剂可以包括棕榈酸部分或组分。可以修饰或操作该棕榈酸部分，以改善其体外或体内稳定性，提高其与受体(如例如以下所描述的toll样受体)的结合或提高其生物活性。
在具体的实施方式中，棕榈酸佐剂可以包括PAM2Cys或PAM3Cys。在另一个具体的实施方式中，棕榈酸佐剂可以是Pam-2-Cys-Ser-(Lys)4(SEQ ID NO:20)或Pam-3-Cys-Ser-(Lys)4(SEQ ID NO:21)。此类棕榈酸佐剂是可得的，例如，作为研究试剂来自EMCMicrocollections GmbH(德国)和InvivoGen(圣地亚哥，加利福尼亚，美国)。还可以从EMCMicrocollections获取的是Pam-2-Cys-Ser-(Lys)4(SEQ ID NO:20)和Pam-3-Cys-Ser-(Lys)4(SEQ ID NO:21)的各种类似物，包括标记的类似物。
本发明的组合物可以包括如以上所描述的与至少一种其他适合的佐剂组合的佐剂。至少一种其他适合的佐剂的示例性实施方式包括，但绝不是限于，来自合成的、非生物或生物来源的有机和无机化合物、聚合物、蛋白质、肽、糖(包括但不限于其组分的病毒微体、病毒样颗粒、病毒和细菌)。相容佐剂的另外实例可以包括，没有限制，趋化因子、Toll样受体激动剂、集落刺激因子、细胞因子、1018ISS、铝盐、Amplivax、AS04、AS15、ABM2、Adjumer、Algammulin、AS01 B、AS02(SBASA)、AS02A、BCG、骨化三醇、壳聚糖、霍乱毒素、CP-870,893、CpG、聚IC、CyaA、双十八烷基二甲基溴化铵(DDA)、邻苯二甲酸二丁基酯(DBP)、dSLIM、γ菊糖、GM-CSF、GMDP、甘油、IC30、IC31、咪喹莫特、ImuFact IMP321、IS Patch、ISCOM、ISCOMATRIX、Juvlmmune、LipoVac、LPS、脂质核心蛋白、MF59、单磷酰脂质A、
Figure BDA0003166487160000581
IMS1312、基于
Figure BDA0003166487160000582
的佐剂、OK-432、OM-174、OM-197-MP-EC、ONTAK、PepTel载体系统、其他基于棕榈酰的分子、PLG微粒、瑞喹莫德、角鲨烯、SLR172、YF-17DBCG、QS21、QuilA、P1005、泊咯沙姆、皂苷、合成多核苷酸、酵母多糖、百日咳毒素。
因此，组合物可以包括一种或多种药学上可接受的佐剂。在一些实施方式中，可以将一种或多种存活蛋白抗原的至少一种或另外的抗原与佐剂的至少一种结合。
使用的佐剂的量取决于抗原的量以及取决于佐剂的类型。本领域技术人员可以容易地通过实证检验来确定在具体应用中所需佐剂的量。
(v)脂质体
在一些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括脂质体。在具体的实施方式中，当T细胞活化治疗剂组合物包括载体——其包括如本文描述的连续相的疏水物质——时，脂质体被包括。
脂质体代表了本发明包括的佐剂系统的具体实施方式。然而，在某些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂可以不包括脂质体。例如，在T细胞活化治疗剂的一些实施方式中，可以将一种或多种存活蛋白抗原与用于向受试者递送存活蛋白抗原的任何适合的活性剂、另外的治疗剂和/或佐剂组合。
脂质体的一般讨论可见于Gregoriadis G，Immunol.Today,1 1:89-97,1990；和Frezard,F.,Braz.J.Med.Bio.Res.,32:181-189,1999，出于所有目的，其每个通过引用整体并入本文。如本文和权利要求中所用，术语“脂质体”意在包括如以上所描述的所有此类的小泡结构，包括但不限于，本领域以“囊泡”、“传递体”和“病毒微体”描述的那些。
尽管任何脂质体可以被用于本发明，包括由古细菌脂质所制成的脂质体，但是特别有用的脂质体在脂质体制品中使用磷脂和未酯化的胆固醇。当使用胆固醇时，可以以足以稳定脂质膜中的脂质的任何量使用胆固醇。在一个实施方式中，胆固醇的用量可以相当于磷脂重量的约10％(例如，DOPC：胆固醇的比为10:1w/w)。胆固醇可以稳定磷脂囊泡颗粒的形成。如果使用胆固醇以外的化合物，本领域技术人员可以容易地确定所需的量。其他脂质体稳定性化合物为本领域技术人员已知。例如，饱和磷脂产生具有较高转变温度的脂质体，这表示稳定性增强。
优选被用于制备脂质体的磷脂是具有选自下的至少一种头基的那些：磷酸甘油、磷酸乙醇胺、磷酸丝氨酸、磷胆碱(例如，DOPC；1,2-二油酰-sn-甘油基-3-磷酸胆碱)和磷酸肌醇。更优选的是包括脂质的脂质体，该脂质是94％-100％的磷脂酰胆碱。此类脂质以卵磷脂
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90G是可商购的。当也将未酯化的胆固醇用于脂质体制品中时，胆固醇的用量可以相当于磷脂重量的约10％。如果将不同于胆固醇的化合物用于稳定脂质体，本领域技术人员可以容易地确定组合物中所需的量。在一个实施方式中，磷脂可以是磷脂酰胆碱或包含磷脂酰胆碱的脂质混合物。在一个实施方式中，脂质可以是DOPC(Lipoid GmbH,Germany)或Lipoid S100卵磷脂。在一些实施方式中，可以使用DOPC和未酯化的胆固醇的混合物。在其它实施方式中，可以使用Lipoid S100卵磷脂和未酯化的胆固醇的混合物。
可以例如通过使用天然脂质、合成脂质、鞘脂、醚脂、固醇、心磷脂、阳离子脂质和用聚(乙二醇)及其他聚合物修饰的脂质，来获得脂质体组合物。合成的脂质可以包括以下脂肪酸组分；月桂酰基、肉豆蔻酰、软脂酰、硬脂酰、花生酰基、油酰、亚油酰、芥酰、或这些脂肪酸的组合。
在一个实施方式中，本文公开的组合物包含约120mg/ml的DOPC和约12mg/ml的胆固醇。
另一种常见的磷脂是鞘磷脂。鞘磷脂含有鞘氨醇，一种具有长不饱和烃链的氨基醇。脂肪酰基侧链通过酰胺键与鞘氨醇的氨基基团连接，以形成神经酰胺。鞘氨醇的羟基基团被酯化为磷酸胆碱。与磷酸甘油酯一样，鞘磷脂是两亲性的。
也可以使用的卵磷脂是磷脂的天然混合物，通常源自鸡蛋、羊毛、大豆和其它植物来源。
所有这些和其它卵磷脂均可以用于实践本发明。磷脂可以购自例如Avantilipids(Alabastar,AL,USA)、Lipoid LLC(Newark,NJ,USA)和Lipoid GmbH(Germany)等各种其它供应商。
存在可形成的各种基于脂质的结构，并且本文公开的组合物可以包括单一类型的基于脂质的结构或包括不同类型的基于脂质的结构的混合物。
在一个实施方式中，基于脂质的结构可以是封闭的囊泡结构。其结构通常为球形或基本上球形，但可以形成并且不排除其它形状和构型。“基本上球形”意为基于脂质的结构接近球形，但可能不是完美的球形。封闭的囊泡结构的其它形状包括但不限于椭圆形、长圆形(oblong)、正方形、矩形、三角形、立方体、新月形、菱形、圆柱体或半球形状。可以形成任何规则或不规则的形状。封闭的囊泡结构的示例性实施方式包括但不限于单层囊泡结构(例如，胶团或反胶团)和双层囊泡结构(例如，单层或多层囊泡)或其各种组合。
“单层”意为脂质不形成双层，而是保留在一层中，其中疏水部分取向于一侧，而亲水部分取向于另一侧。“双层”意为脂质形成两层片状，如其中每层的疏水部分在内部朝向双层的中心取向，而亲水部分在外部取向。可选地，相反的构型也是可能的，即，其中每层的亲水部分在内部朝向双层的中心取向，而疏水部分在外部取向。术语“多层”意为涵盖单层和双层结构的任何组合。采用的形式可以取决于所使用的具体脂质，以及组合物是否无水。
封闭的囊泡结构可以由单层脂质膜、双层脂质膜和/或多层脂质膜形成。脂质膜主要由脂质构成和形成，但也可以包含另外的组分。例如，但不限于，脂质膜可以包括稳定的分子以帮助维持结构的完整性。可以使用任何可用的稳定分子。
在一个实施方式中，基于脂质的结构是双层囊泡结构，如例如脂质体。脂质体是完全封闭的脂双层膜。脂质体可以是单层囊泡(具有单个双层膜)、多层囊泡(以多膜双层为特征，其中每个双层可以或不可以通过水层与下一层分开)或多囊泡(在囊泡内具有一个或多个囊泡)。在一个实施方式中，当本文的组合物不是无水时，基于脂质的结构是脂质体。
在一个实施方式中，一个或多个基于脂质的结构由单层脂质组装体构成。存在可以形成的各种类型的这些基于脂质的结构，并且本文公开的组合物可以包含具有单层脂质组装体的单一类型的基于脂质的结构或包含不同于此类基于脂质的结构的混合物。
在一个实施方式中，当本文的组合物无水时，本文的基于脂质的结构具有单层脂质组装体。
在一个实施方式中，具有单层脂质组装体的基于脂质的结构部分地或完全围绕T细胞活化治疗剂。作为实例，基于脂质的结构可以是围绕T细胞活化治疗剂的封闭的囊泡结构。在一个实施方式中，囊泡结构中脂质的疏水部分向外朝向疏水载体取向。
作为另一实例，具有单层脂质组装体的一个或多个基于脂质的结构可以包括脂质的聚集体，其中脂质的疏水部分向外朝向疏水载体取向，并且脂质的亲水部分聚集为核心。这些结构不一定形成连续的脂质层膜。在一个实施方式中，其是单体脂质的聚集体。
在一个实施方式中，具有单层脂质组装体的一个或多个基于脂质的结构包含反胶团。水溶液中的典型胶团和与周围水溶液接触的亲水部分形成聚集体，将疏水部分隔离在胶团中心。相反，在疏水载体中，反向/反胶团形成与周围疏水溶液接触的疏水部分，将亲水部分隔离在胶团中心。球形反胶团可以在其核心内(即，内部环境)包装具有亲水亲和性的T细胞活化治疗剂。
不受限制，具有单层脂质组装体的基于脂质的结构的尺寸在直径上在2nm(20A)至20nm(200A)的范围内。在一个实施方式中，具有单层脂质组装体的基于脂质的结构的尺寸在直径上为约2nm至约10nm之间。在一个实施方式中，具有单层脂质组装体的基于脂质的结构的尺寸在直径上为约2nm、3nm、4nm、5nm、6nm、约7nm、约8nm、约9nm或约10nm。在一个实施方式中，基于脂质的结构的最大直径为约4nm或约6nm。在一个实施方式中，这些尺寸的基于脂质的结构是反胶团。
在一个实施方式中，一种或多种T细胞活化治疗剂在溶解在疏水性载体之后位于基于脂质的结构内。“位于基于脂质的结构内”意为T细胞活化治疗剂基本上被脂质包围，使得T细胞活化治疗剂的亲水组分不暴露于疏水载体。在一个实施方式中，位于基于脂质的结构内的T细胞活化治疗剂主要是亲水的。
在一个实施方式中，一种或多种T细胞活化治疗剂在溶解在疏水性载体中之后位于基于脂质的结构外。“位于基于脂质的结构外”意为T细胞活化治疗剂不隔离在脂质膜或组装体内部的环境中。在一个实施方式中，位于基于脂质的结构外的T细胞活化治疗剂主要是疏水的。
(vi)载体
在一些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂包括药学上可接受的载体、赋形剂或稀释剂。如本文所用，药学上可接受的载体指代适用于递送本发明的T细胞活化治疗组合物并且用于本发明方法中的任何物质。
可以与本发明T细胞活化治疗剂一起使用的载体是本领域众所周知的，包括但绝不限于，例如，水、磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液、葡萄糖溶液、含有血清的溶液、汉克斯氏溶液、其他水性生理平衡溶液、水包油乳剂、油、油包水乳剂、酯、聚(乙烯-乙酸乙烯酯)、乳酸和乙醇酸的共聚物、聚(乳酸)、明胶、胶原蛋白基质、多糖、聚(D,L丙交酯)、聚(苹果酸)、聚(己内酯)、纤维素、白蛋白、淀粉、酪蛋白、右旋糖酐、聚酯、乙醇、丙烯酸甲酯、聚氨酯、聚乙烯、乙烯基聚合物、乙二醇、甲状腺球蛋白、白蛋白例如人血清白蛋白、破伤风类毒素、聚氨基酸(例如聚L-赖氨酸、聚L-谷氨基酸、流行性感冒、乙型肝炎病毒核心蛋白、其混合物以及类似物。参见，例如，Remington:The Science and Practice of Pharmacy,2000,Gennaro,A R编辑，Eaton,Pa.:Mack Publishing Co。
在具体的实施方式中，T细胞活化治疗剂组合物的载体是包括连续相的疏水物质(优选的是液体疏水物质)的载体。连续相可以是基本纯的疏水物质或疏水物质的混合物。另外，载体可以是在疏水物质中的水乳剂或疏水物质混合物中的水乳剂，条件是该疏水物质构成连续相。进一步，在另一个实施方式中，载体可以起到佐剂的作用。
用于如本文描述的组合物中的疏水物质是药学上和/或免疫学上可接受的那些。载体优选的是液体，但是某些在常温下不是液体的疏水物质可以进行液化，例如通过温热，并且也用于本发明中。在一个实施方式中，疏水载体可以是磷酸盐缓冲盐水/弗氏不完全佐剂(PBS/FIA)乳剂。
油或油包水乳剂是用于本发明T细胞活化治疗剂组合物的特别合适的载体。油应当是药学上和/或免疫学上可接受的。合适的油包括，例如，矿物油(特别是轻或低粘度的矿物油例如
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6VR)、植物油(例如，大豆油)、坚果油(例如，花生油)、或其混合物。因此，在具体的实施方式中，载体是疏水物质例如植物油、坚果油或矿物油。还可以使用动物油脂和人工疏水聚合物材料，特别是在大气温度下为液体或可以相对容易液化的那些。
为了增强癌症T细胞活化治疗剂的免疫原性，IMV公司已经研发了佐剂(辅助，adjuvanting)T细胞活化治疗剂平台，该佐剂T细胞活化治疗剂平台设计用来促进针对肽抗原的强并且有力的免疫反应。DepoVaxTM(DPX)是油包脂质体制品，其包括TLR佐剂和通用T辅助细胞肽，可以用任何表位、或表位混合物进行配制，以诱导细胞毒性T淋巴细胞介导的免疫反应(Karkada等人，J Immunother 33(3):2050-261,2010)和/或体液免疫反应。DPX在免疫部位上形成强的贮存部，该贮存部延长了抗原对免疫系统的暴露。
已经表明在DPX中使用肽单次接种导致等效的，或比在其他常见制剂中使用肽的多重接种更好的免疫反应，例如Montanide ISA51 VG乳剂，类似于作为第一代基于乳剂的T细胞活化治疗剂平台的VacciMax(Daftarian等人，J Transl Med 5:26,2007；Mansour等人，J Transl Med 5:20,2007)。最近，被称为DPX-0907的基于DepoVaxTM的肽T细胞活化治疗剂在乳腺癌、卵巢癌和前列腺癌患者中完成了I期临床试验，证实了在这些晚期患者中的安全性和免疫原性(Berinstein等人，J Transl Med 10(1):156,2012)。
因此，在具体的实施方式中，本发明T细胞活化治疗剂的载体可以是IMV公司的基于脂质体的佐剂系统。不像基于油包水乳剂的T细胞活化治疗剂依赖于包含抗原和佐剂的油包水(oil entrapping water)滴，基于DepoVaxTM的制品依赖于脂质体，以促进抗原和佐剂直接掺入油，而不需要乳化。此种方法的优点包括：(1)提高亲水抗原/佐剂在油稀释剂中的溶解度，否则该亲水抗原/佐剂通常将在基于水的稀释剂中具有最大溶解度，并且(2)在T细胞活化治疗剂给予前消除繁琐的乳化操作。
在优选的实施方式中，载体是矿物油或者是矿物油溶液中的二缩甘露醇油酸酯，例如，其作为
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ISA 51可商购获得(SEPPIC，法国)。
在某些实施方式中，组合物可以是基本上没有水的(例如，“无水的”)。可能的是这些“无水的”组合物的疏水载体可以仍然包含少量的水，条件是该水存在于载体的非连续相中。例如，组合物的个别组分可以具有结合水，该结合水不可以通过方法例如冷冻干燥或蒸发完全去除，并且某些疏水载体可以包含其中溶解的少量水。一般来说，在组合物的载体组分的总重的重量/重量基础之上，“无水的”本发明组合物包含，例如，少于约10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.05％或0.01％的水。
制备示例性T细胞活化治疗组合物的方法
考虑到本公开，T细胞活化治疗剂组合物可以通过本领域已知的方法制备。下文描述但不限于用于制备本文公开的组合物的示例性实施方式。
在某些实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂组合物是包含至少一种存活蛋白抗原、脂质体和包含连续相疏水物质的载体的T细胞活化治疗剂组合物。
用于制备脂质体的方法是本领域众所周知的。参见，例如，之前引用的Gregoriadis(1990)和Frezard(1999)二者。用于制备脂质体的任何适合的方法可以被用于本发明的实践中，或脂质体可以从商业来源获得。典型地通过水化脂质体组分来制备脂质体，这将形成具有水溶液的脂双层(例如，磷脂和胆固醇)，该水溶液可以是纯水或于水中溶解了一种或多种组分的溶液，例如，磷酸盐缓冲盐水(PBS)、无磷酸盐的生理盐水、或任何其他生理上相容的水溶液。
在一个实施方式中，脂质体组合物或脂质体组分的混合物，例如磷脂(例如，
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90G)或DOPC和胆固醇，可以溶解于有机溶剂，例如氯仿和甲醇的混合物，随后过滤(例如，PTFE 0.2μm滤器)并干燥，例如通过旋转蒸发，以去除溶剂。获得的脂质混合物的水化可以被如下影响，例如，注射脂质混合物到水溶液中或者超声处理脂质混合物和水溶液。在脂质体形成期间，脂质体组分形成了包围一定体积水溶液的单个双层(单层的)或多重双层(多层的)，用该水溶液将脂质体组分水化。
在一些实施方式中，然后将该脂质体脱水，例如通过冻干法或冷冻干燥。
在一些实施方式中，脂质体与适当的载体(例如包括连续疏水相的载体)组合。这可以按不同方式完成。
如果该载体仅由疏水物质或疏水物质的混合物组成(例如，使用100％矿物油载体)，那么可以简单地将脂质体与疏水物质混合；或者如果存在多种疏水物质，那么与任何一种或它们的组合进行混合。
相反，如果包括连续相疏水物质的载体包含不连续水相，那么载体将典型地采用水相在疏水相中的乳剂形式，例如油包水乳剂。此类组合物可以包含乳化剂以稳定乳剂并且促进脂质体的平均分布。在此方面，为了促进载体中脂质体的平均分布的目的，即使使用无水载体，乳化剂也可以是有用的。典型的乳化剂包括二缩甘露醇油酸酯(ArlacelTM A)、卵磷脂(例如，S100卵磷脂)、磷脂、吐温(Tween)TM 80、和司盘(Spans)TM 20、80、83和85。典型地，疏水物质与乳化剂的体积比率(v/v)在约5:1至约15:1的范围内，优选的是约10:1的比率。
在一些实施方式中，可以将脂质体添加至已完成的乳剂，或者它们在乳化前可以存在于水相或疏水相中。
如本文描述的存活蛋白抗原(一种或多种)或另外的抗原可以在配制过程中各种不同的阶段引入。可以将超过一种类型的抗原掺入组合物中。如在此部分使用的，通常使用术语“抗原”并且可以指代如本文描述的存活蛋白抗原、一种或多种存活蛋白抗原、如本文描述的另外的抗原或一种或多种另外的抗原，或其任何组合。术语通常用来描述任何抗原可以如何被配制成本发明的T细胞活化治疗剂组合物。术语“抗原”包括单数形式“抗原(antigen)”和多数的“抗原(antigens)”。不需要将所有的抗原以相同方式引入T细胞活化治疗剂组合物中。
在一些实施方式中，抗原存在于被用来水化组分的水性溶液中，该组分被用来形成脂质体的脂质双层(例如，磷脂(一种或多种)和胆固醇)。在这种情况下，抗原将被封装在脂质体中，存在于它的水性内部。如果产生的脂质体没有被洗涤或干燥，这样使得残留的水溶液存在，这最终与包括连续相疏水物质的载体混合，那么可能的是另外的抗原可以在最终产品中出现在脂质体外。在相关的技术中，在用水溶液水化之前，可以将该抗原与被用来形成脂质体的脂质双层的组分混合。抗原还可以添加至预先形成的脂质体中，在这种情况下，可以将抗原积极地加载到脂质体中，或结合至脂质体的表面或抗原可以保留在脂质体之外。在此类实施方式中，在添加抗原之前，预先形成的脂质体可以是空的脂质体(例如，不包含封装抗原或基于脂质的佐剂)，或者预先形成的脂质体可以包含被引入或结合脂质体的基于脂质的佐剂。这些步骤可以在与包括连续相疏水物质的载体混合之前优选地发生。
在可选的方法中，在载体与脂质体组合之前、期间、或之后，抗原可以替代地与包括连续相疏水物质的载体混合。如果载体是乳剂，则在乳化之前，可以将抗原与水相或疏水相中的之一或两者进行混合。可选地，在乳化之后，可以将抗原与载体混合。
将抗原与载体组合的技术可以与如以上所描述的封装抗原在脂质体中一起使用，使得抗原存在于脂质体和包括连续相疏水物质的载体中。
在其被包括的实施方式中，将抗原引入组合物的上述程序还可以施用于如本文描述的T辅助细胞表位和/或组合物的佐剂。即，可以将T辅助细胞表位和/或佐剂引入例如以下的一个或多个：(1)用于水化组分的水溶液，该组分被用于形成脂质体的脂质双层；(2)在形成脂质体的脂质双层后的水溶液；(3)用于形成脂质体的脂质双层的组分；或(4)在载体与脂质体组合之前、期间、或之后，包括连续相疏水物质的载体。如果该载体是乳剂，在乳化之前、期间或之后，可以将T辅助细胞表位和/或佐剂与水相或疏水相中的之一或两者进行混合。
将T辅助细胞表位和/或佐剂与载体组合的技术可以与封装这些组分在脂质体中，或与添加这些组分到脂质体一起使用，使得T辅助细胞表位和/或佐剂存在于脂质体内和/或脂质体外以及在包括连续相疏水物质的载体中。
T辅助细胞表位和/或佐剂可以在相同的处理步骤、或分别在不同的处理步骤与抗原一起掺入组合物。例如，抗原、T辅助细胞表位和佐剂可以都存在于用于水化脂质双层形成的脂质体组分的水溶液中，使得所有三种组分封装于脂质体中。可选地，可以将抗原和T辅助细胞表位封装于脂质体、和与包括连续相疏水物质的载体混合的佐剂。在进一步的实施方式中，在抗原封装步骤后，通过使脂质体-抗原制品通过手动小型挤出机，并且然后将所获得的脂质体抗原制品与在例如磷酸缓冲液中的基于脂质的佐剂混合，可以将T辅助细胞表位和/或佐剂掺入到组合物中。在脂质体已经形成后，还可以将T辅助细胞表位和/或佐剂单独地或与抗原一起掺入组合物中，使得T辅助细胞表位和佐剂可以结合或保留在脂质体之外。在添加抗原之前，还可以将T辅助细胞表位和/或佐剂掺入或与脂质体结合，通过进一步处理，抗原保留在预先形成的脂质体外或装载至/结合脂质体上。在此类实施方式中，可以冻干产生的制品，并且然后在包括连续相疏水物质的载体中重构。将理解的是许多此类组合是可能的。
如果该组合物包含一种或多种另外的佐剂，那么可以如以上针对佐剂所描述的类似方式，或通过将可以适用于另外的佐剂(一种或多种)的此类方法中的若干结合，将此类另外的佐剂掺入组合物中。
维持生物学活性或改善化学稳定性以延长抗原、佐剂、脂质体或连续疏水载体的保质期的稳定剂例如糖、抗氧化剂、或防腐剂，可以被添加至此类组合物中。
在一些实施方式中，可以使用抗原/佐剂混合物，在这种情况下该抗原和佐剂同时被掺入组合物中。“抗原/佐剂混合物”指代这样的实施方式，其中抗原和佐剂至少在掺入组合物中之前处于相同的稀释剂中。在抗原/佐剂混合物中的抗原和佐剂可以是，但不必是化学上连接的，例如通过共价键合。
在用于制备组合物的实施方式中，在轻轻振荡的情况下，通过将脂质或脂质混合物溶解在合适的溶剂中来制备脂质制剂。然后可以将T细胞活化治疗剂直接添加至脂质制剂中(例如，添加干燥的活性剂和/或免疫调节剂)，或者通过首先制备溶解在合适的溶剂中的T细胞活化治疗剂的储备液。在某些实施方式中，在轻轻振荡的情况下将T细胞活化治疗剂添加至脂质制剂或与脂质制剂组合。然后将T细胞活化治疗剂制剂干燥以形成干饼，并将干饼重新悬浮在疏水性载体中。可以通过本领域已知的各种方式，如通过冷冻干燥、冻干、旋转蒸发、在压力下蒸发等进行干燥步骤。也可以使用不损害组分的完整性的低热干燥。
“合适的溶剂”是能够溶解相应组分(例如，脂质、试剂或两者)并且可以由技术人员确定的溶剂。
关于脂质，在一个实施方式中，合适的溶剂是极性质子溶剂，如醇(例如，叔丁醇、正丁醇、异丙醇、正丙醇、乙醇或甲醇)、水、乙酸盐缓冲液、甲酸或氯仿。在一个实施方式中，合适的溶剂是40％的叔丁醇。技术人员可以根据要使用的脂质确定其它合适的溶剂。
在制备组合物的具体实施方式中，可以通过在室温下以300RPM振荡将含有10:1比(w:w)的DOPC和胆固醇(Lipoid GmBH，德国)的脂质混合物溶解于40％叔丁醇中直至溶解。可以在DMSO中制备活性剂/免疫调节剂储存液(stock)，并在与溶解的脂质混合物混合之前用40％的叔丁醇稀释。然后可以将T细胞活化治疗剂储备液添加至溶解的脂质混合物中并在300RPM振荡约5分钟。然后可以将制剂冷冻干燥。然后可以在
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ISA 51VG(SEPPIC,France)中重构冻干饼以获得清澈溶液。典型地，储存冻干饼(例如，在-20℃下)下直至给药时，此时冻干饼在疏水载体中重构。
在另一实施方式中，为制备组合物，将T细胞活化治疗剂溶解在具有S100脂质和胆固醇(Lipoid，德国)的磷酸钠或乙酸钠缓冲液中。然后将这些组分冻干以形成干饼。就在注射之前，将干饼重悬在ISA51 VG油(SEPPIC，法国)中，以制备基于无水油的组合物。
在另一实施方式中，为制备组合物，将活性剂和/或免疫调节剂溶解在具有DOPC和胆固醇(Lipoid，德国)的磷酸钠或乙酸钠缓冲液中。然后将这些组分冻干以形成干饼。就在注射之前，将干饼重悬在ISA51 VG油(SEPPIC，法国)中，以制备基于无水油的组合物。
在另一实施方式中，为制备组合物，将干饼与脂质/胆固醇纳米颗粒(尺寸≤110nm)混合于磷酸钠或乙酸钠缓冲液(100mM，pH 6.0)中。脂质可以是DOPC。然后将组分冻干以形成干饼。就在注射之前，将干饼重悬在ISA51 VG油(SEPPIC，法国)中，以制备基于无水油的组合物。
在一些实施方式中，在疏水载体中包括乳化剂以在干饼的组分重悬在疏水载体中时帮助稳定其组分可能是合适的。以足以将活性剂和/或免疫调节剂和脂质的干燥混合物重悬于疏水载体中并保持活性剂和/或免疫调节剂和脂质在疏水载体中处于溶解状态的量提供乳化剂。例如，乳化剂可以以疏水载体的约5％至约15％重量/重量或重量/体积存在。
可以将维持生物学活性或改善化学稳定性以延长任何组分的保质期的稳定剂，如糖、抗氧化剂或防腐剂添加至组合物中。
在一个实施方式中，在本公开的上下文中，适当时，用于制备本文的组合物的方法可以包括WO 2009/043165中公开的那些。在此类情况下，本文所述的活性剂和/或免疫调节剂将以与WO 2009/043165中针对抗原所述的类似方式掺入组合物中。
在一个实施方式中，用于制备本文的组合物的方法可以包括出版物PCT/CA2017/051335和PCT/CA2017/051336(涉及使用尺寸化的脂质囊泡颗粒)中公开的那些。在此类情况下，本文所述的活性剂和/或免疫调节剂将以与出版物PCT/CA2017/051335和PCT/CA2017/051336(出于所有预期目的，两者均通过引用整体并入本文)中针对治疗剂描述的类似方式掺入组合物中。
在具体实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂是DPX-Survivac。制备DPX-Survivac的示例性方法如下。然而，将理解，可选的实施方式也包括在本文，例如上述的那些，其中抗原、佐剂和T辅助细胞表位可以以任何顺序在T细胞活化治疗剂的配制的任何阶段引入并且最终可以于脂质体内部、脂质体外部或者脂质体内和脂质体外见到。
在某些实施方式中，为制备DPX-Survivac，在存活蛋白抗原和佐剂的存在下，通过混合和水化脂质组分的方法，在水性缓冲液中，用五种存活蛋白抗原(SEQ ID Nos:3、5、7、8和9)；佐剂(例如，聚I:C或聚dIdC多核苷酸)和脂质体(DOPC和胆固醇)形成复合物，挤出以获得可以无菌过滤的颗粒大小，然后填入小瓶中并冻干成干饼。然后在注射前将该干饼重悬于疏水载体Montanide ISA51 VG中。此示例性制备方法可以与存活蛋白抗原、任何适合的佐剂和任何适合的T辅助细胞表位的任何组合一起使用。
在某些实施方式中，为制备DPX-Survivac，将五种存活蛋白抗原(SEQ ID Nos:3、5、7、8和9)和佐剂(例如，聚I:C或聚dIdC多核苷酸)添加至预先确定大小的脂质体(<100nm，pdi<0.1)中，无菌过滤和冷冻干燥。然后在注射前将该干饼重悬于疏水载体MontanideISA51 VG中。此示例性制备方法可以与存活蛋白抗原、任何适合的佐剂和任何适合的T辅助细胞表位的任何组合一起使用。
在一些实施方式中，包括连续相疏水物质的载体可以自身具有佐剂活性。不完全弗氏佐剂和
Figure BDA0003166487160000671
ISA 51VG是具有佐剂作用的疏水载体的实例。如本文和权利要求中所用，当使用术语“佐剂”时，这意图表示除了由包括连续相疏水物质的载体所提供的任何佐剂活性以外的佐剂的存在。
给药模式
本文公开的方法包括向具有低肿瘤负荷的受试者给予至少一种活性剂(例如，干扰DNA复制的活性剂和/或免疫调节剂)以及包含至少一种存活蛋白抗原的T细胞活化治疗剂(例如，DPX-Survivac)。在某些实施方式中，本发明进一步包括给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，活性剂和另外的治疗剂以相同的方案给予。在某些实施方式中，活性剂和另外的治疗剂以不同的方案给予。
如本文所用，术语“组合”、“共同给予”、或“组合给予”等意指包括向单个患者给予活性剂和T细胞活化治疗剂，并且意图包括这样的情况，其中试剂和T细胞活化治疗剂没有必要通过同样的给药途径或在同一时间给予。例如，活性剂和T细胞活化治疗剂可以单独地、顺序地或使用交替给药进行给予。
在某些实施方式中，在给予T细胞活化治疗剂之前、同时和/或之后给予活性剂。
活性剂典型地以足以提供免疫调节作用的量给予。
在某些实施方式中，活性剂以约5mg至约5g、约10mg至约4.5g、约15mg至约4g、约20mg至约3.5g、约25mg至约3g、约30mg至约2.5g、约35mg至约2g、约40mg至约1.5g、约45mg至约1g、约50mg至约900mg、约55mg至约850mg、约60mg至约800mg、约65mg至约750mg、约70mg至约700mg、约75mg至约650mg、约80mg至约600mg、约85mg至约550mg、约90mg至约500mg、约95mg至约450mg、约100mg至约400mg、约110mg至约350mg、约120mg至约300mg、约130mg至约290mg、约140mg至约280mg、约150mg至约270mg、约160mg至约260mg、约170mg至约250mg、约180mg至约240mg、约190mg至约230mg,or about 200mg至约220mg的剂量给予。在某些实施方式中，活性剂以至少约5mg、至少约10mg、至少约15mg、至少约20mg、至少约25mg、至少约30mg、至少约40mg、至少约50mg、至少约60mg、至少约70mg、至少约75mg、至少约80mg、至少约90mg、至少约100mg、至少约125mg、至少约150mg、至少约175mg、至少约200mg、至少约225mg、至少约250mg、至少约275mg、至少约300mg、至少约325mg、至少约350mg、至少约375mg、至少约400mg、至少约425mg、至少约450mg、至少约475mg、至少约500mg、至少约525mg、至少约550mg、至少约575mg、至少约600mg、至少约625mg、至少约650mg、至少约675mg、至少约700mg、至少约725mg、至少约750mg、至少约775mg、至少约800mg、至少约825mg、至少约850mg、至少约875mg、至少约900mg、至少约925mg、至少约950mg、至少约975mg、至少约1g、至少约2g、至少约3g、至少约4g或至少约5g的剂量给予。
在某些实施方式中，“足以提供免疫调节作用的量”可以是“低剂量”的量。因此，在某些实施方式中，本发明的方法涉及低剂量的活性剂与T细胞活化治疗剂组合使用。
在涉及本发明的某些实施方式时，“低剂量”可以指代小于约300mg/m2，如例如约100-300mg/m2的活性剂的剂量。就每日给药而言，活性剂的“低剂量”为约25-300mg/天或约50-150mg/天。在某些实施方式中，每日剂量为约100mg活性剂。在某些实施方式中，每日剂量为每剂量约50mg活性剂。
在涉及其中活性剂是烷基化剂环磷酰胺的本发明的某些实施方式时，表述“低剂量””典型地指代小于约300mg/m2，如例如约100-300mg/m2的环磷酰胺剂量。就每日给药而言，环磷酰胺的“低剂量”在约25-300mg/天或约50-150mg/天之间。在某些实施方式中，每日剂量为约100mg环磷酰胺。在某些实施方式中，每日剂量为每剂量约50mg环磷酰胺。
本文涵盖的其它活性剂的“低剂量”的量将是本领域技术人员已知的，或者可以通过常规技术确定。
在某些实施方式中，本发明的方法包括在第一次给予T细胞活化治疗剂之前给予至少两个剂量的活性剂。结合这些实施方式，可以在用T细胞活化治疗剂的治疗过程之前、期间或之后的任何其它时间向受试者另外给予活性剂，只要在第一次给予T细胞活化治疗剂之前给予至少两个剂量。
如本文所用，表述“至少两个剂量”旨在涵盖大于单个剂量的任意数量的剂量。在一个实施方式中，至少两个剂量包括2-50个剂量，更具体地2-28个剂量，更具体地2-14个剂量。在一个实施方式中，至少两个剂量是2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14个剂量。至少两个剂量可以间隔任何适合的时间量。在具体的实施方式中，至少两个剂量包括每天2个剂量持续一周的时间，共计14个剂量。
在某些实施方式中，本发明的方法包括给予至少两个剂量的活性剂，然后随后给予本发明的T细胞活化治疗剂。“随后给予”意为在第一给予T细胞活化治疗剂之前开始给予活性剂(例如，在T细胞活化治疗剂之前向受试者给予至少一个剂量或至少两个剂量的试剂)。然而，如本文所述，在开始给予T细胞活化治疗剂之后，可以继续向受试者给予活性剂。在可选的实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前停止给予活性剂。
在某些实施方式中，本发明的方法使得活性剂的第一剂量的活性剂在用T细胞活化治疗剂对受试者进行任何治疗之前。在一个实施方式中，将第一次给予活性剂和第一次给予T细胞活化治疗剂分开的最小时间量可以是足以提供免疫调节作用的任何时间量。技术人员将基于活性剂和受试者理解并考虑足以提供免疫调节的时间量。
在一些实施方式中，第一剂量的活性剂在第一次给予T细胞活化治疗剂前至少12小时，并且优选地在第一次给予T细胞活化治疗剂前至少2天、4天或6天给予。在进一步的实施方式中，第一剂量的活性剂可以在第一次给予T细胞活化治疗剂前约1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天或14天、或更多天提供。在具体的实施方式中，第一次给予活性剂发生在第一次给予T细胞活化治疗剂前1-4天。在某些实施方式中，第一次给予活性剂发生在第一次给予T细胞活化治疗剂前约1周。
在活性剂的第一剂量之后，随后剂量可以在剂量之间的任何期望的时间间隔进行给予，只要至少两个剂量的试剂在第一次给予T细胞活化治疗剂之前给予。活性剂的给药可以在用T细胞活化治疗剂进行治疗的过程之前、期间或之后停止。
在一个实施方式中，第一剂量的活性剂之后可以是一个或多个维持剂量。如本文所用，术语“维持剂量”意在包括活性剂的剂量，该剂量以在受试者体内维持足够量的试剂和/或其活性代谢物(例如，避免总体全身清除的试剂和/或其活性代谢物)的时间段和/或量给予。通过提供维持剂量，可以在给予T细胞活化治疗剂的过程之前、期间和/或之后延长和/或维持活性剂的免疫调节作用持续延长的时间段。
在某些实施方式中，为了保持免疫调节作用，活性剂可以每天被给予1次、2次、3次、4次或5次或更多次。在某些实施方式中，为了保持免疫调节作用，活性剂可以每天被给予1次、2次、3次、4次或5次或更多次，只要保持低剂量给药(例如，多个较小剂量合计达期望的每日低剂量)。活性剂的单个剂量(即，给予)可以在单个时间点给予，如例如，吞咽的丸剂。可选地，可以在短的连续时间段内，如例如通过静脉滴注给予单个剂量的活性剂。
对于其中活性剂是环磷酰胺的本发明的实施方式，可以适当地提供维持剂量，例如，每6-18小时。本领域技术人员通过常规技能将知道或可以确定如本文所包括的环磷酰胺、以及其它活性剂的维持剂量的适当时间间隔。
在具体的实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前给予活性剂持续至少连续两天的时间段。在这些天，可以每天向受试者给予活性剂至少1次、2次、3或4次，或任何期望的次数。在某些实施方式中，可以每天向受试者给予活性剂至少1次、2次3次或4次，或任何期望的次数以提供每日低剂量的试剂。
在另一实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前给予活性剂持续约一周的时间段。在这一周的时间段期间可以提供多个剂量。在示例性实施方式中，活性剂可以每天、每隔一天或以用于提供所描述的维持剂量的任何合适的时间间隔进行给予。例如，在某些实施方式中，本发明的方法包括在给予T细胞活化治疗剂之前每天给予活性剂两次，持续约1周的时间段。
在本发明的方法中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前用活性剂进行的治疗中可以存在中断。在这种实施方式中，给予活性剂可以在第一次给予T细胞活化治疗剂前永久地或暂时地停止。活性剂的最后一个剂量和T细胞活化治疗剂的第一次剂量之间的时间段可以是任何合适的时间段，只要受试者仍然从试剂获得免疫-调节益处。例如，但不限于，给予活性剂可以在给予第一剂量的T细胞活化治疗剂的相同时间或在第一剂量的T细胞活化治疗剂前上至约1周的任何时间停止。例如，但不限于，给予活性剂可以在第一剂量的T细胞活化治疗剂前约6小时、12小时、18小时、24小时、36小时、48小时、60小时或72小时或更长时间停止。在某些实施方式中，给予活性剂可以在第一剂量的T细胞活化治疗剂前2天、4天或7天停止。
在可选的实施方式中，用活性剂治疗受试者持续用T细胞活化治疗剂进行治疗的整个过程，在给予试剂中有或无间歇性中断。在进一步的实施方式中，用活性剂进行治疗可以在用T细胞活化治疗剂的治疗停止后继续。因此，在一个实施方式中，可以在每次给予T细胞活化治疗剂的时间段期间给予活性剂。可选地，可以仅在第一次给予T细胞活化治疗剂之前的时间段期间给予活性剂。
如本文所述，用活性剂进行治疗可以在第一次给予T细胞活化治疗剂后继续。在一个实施方式中，在有或无间歇性中断的情况下，活性剂的每日给予持续用T细胞活化治疗剂进行治疗的整个过程。因此，在一些实施方式中，将在用T细胞活化治疗剂进行治疗之前和期间给予试剂。在这种情况下，一旦给予T细胞活化治疗剂开始，这就可能以与T细胞活化治疗剂相同的时间、紧随其后、或在一天中的不同时间给予活性剂。当以与T细胞活化治疗剂相同的时间给予活性剂时，其可以作为单一组分包括在本发明的T细胞活化治疗剂组合物中，或者以分开的组分给予。
可选地，当给予T细胞活化治疗剂时，可以中止给予活性剂。因此，本发明的方案可以包括在给予T细胞活化治疗剂的过程期间，中断ag T细胞活化治疗剂的给予。
本文针对在第一次给予T细胞活化治疗剂之前给予活性剂所描述的实施方式还应用于在第一次给予T细胞活性治疗剂之后给予试剂(例如，在每次随后的给予T细胞活化治疗剂之前)。
在某些实施方式中，本发明的方法包括用T细胞活化治疗剂节律式治疗受试者。用于本发明的目的，“节律式治疗”、“节律式方案”或“节律式给药”等意在指代比干扰DNA复制的试剂的正常剂量低的频繁给予。如本文所用，术语“正常剂量”例如但不限于，可以指代如下之一：(i)建立的最大耐受剂量(MTD)或经过传统给药方案的标准剂量，或(ii)在针对具体活性剂已经确定低剂量单弹丸量，而不是低剂量的情况。
在节律式给药中，最终在某一时间段内可以给予与通过传统给药方案给予的相同的、较低的、或较高的累积剂量。在特别合适的实施方式中，这是通过在进行给药和/或增加给予频率期间通过延长时间框架，同时相比于正常剂量降低给予的量来实现。例如，当典型地给予低剂量300mg/m2的活性剂(例如，通过单次弹丸注射)的情况下，节律式方案可以包括在若干天的时间段内通过给予频繁低剂量来给予相同的量。通过这种方法，可以使用节律式给药，例如，以提供如在本文描述的维持剂量。
在本发明方法的实施方式中，用活性剂的节律式治疗意指包括在某时间段内每日低剂量给予试剂，如例如连续2、3、4、5、6或7、或更多天的时间段。在节律式给药的这些天，活性剂可以按频繁的定期的间隔或不同的间隔来提供。例如，在一个实施方式中，活性剂的剂量可以每1、2、3、4、6、8、12或24小时进行给予。在另一个实施方式中，活性剂的剂量可以每2、3、或4天进行给予。
在本发明方法的一些实施方式中，在活性剂的节律式治疗期间可能存在中断或间歇。以这种方式，活性剂的节律式治疗可以以循环方式发生，在给予期间和不给予期间之间交替。特别合适的是时间间隔，其中按周间隔交替，将活性剂每天向受试者给予。例如，给予活性剂的一周时间段随后是治疗停止一周，并且反复该循环。
在一个实施方式中，本发明的方法包括每隔一周每天向受试者给予活性剂，持续一周的时间段。在此实施方式的具体方面，给予活性剂是在第一次给予T细胞活化治疗剂前约一周开始。
在涉及本发明的T细胞活化治疗剂时，在一些实施方式中，可能适合以每周一次、每两周一次或每三周一次，优选地每三周一次的时间间隔向受试者给予T细胞活化治疗剂。然而，给予T细胞活化治疗剂的频率和持续时间可以针对任何给定的受试者如所期望的进行调整，并且可以比每周一次、每两周一次或每三周一次更高频率或更低频率。在用T细胞活化治疗剂进行治疗的过程期间，给药之间的时间间隔也可以不是恒定的。在本发明的方法中，可以向受试者给予T细胞活化治疗剂1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多次。将理解，用T细胞活化治疗剂进行治疗可以持续无限时间段，取决于受试者的肿瘤治疗的进展如何。
在某些实施方式中，以约5μg至约1000μg、约10μg至约950μg、约15μg至约900μg、约20μg至约850μg、约25μg至约800μg、约30μg至约750μg、约35μg至约700μg、约40μg至约650μg、约45μg至约600μg、约50μg至约550μg、约55μg至约500μg、约60μg至约450μg、约65μg至约400μg、约65μg至约350μg、约70μg至约300μg、约75μg至约275μg、约80μg至约250μg、约85μg至约225μg、约90μg至约200μg、约95μg至约175μg或约100μg至约150μg的剂量给予T细胞活化治疗剂。在某些实施方式中，以约50μg至约500μg、约50μg至约100μg、约60μg至约90μg,70μg至约80μg、约100μg至约500μg、约120μg至约480μg、约140μg至约460μg、约160μg至约440μg、约180μg至约420μg、约200μg至约400μg、约220μg至约380μg、约240μg至约360μg、约260μg至约340μg、约280μg至约320μg或约300μg至约310μg的剂量给予T细胞活化治疗剂。
在本发明的方法的实施方式中，活性剂可以在每次给予T细胞活化治疗剂之前的间歇时间段期间作为预激剂(引发剂，priming agent)给予。
在具体的实施方式中，包括活性剂和存活蛋白治疗剂的组合的本发明的方法将涉及存活蛋白治疗剂，该存活蛋白治疗剂以每三周一次的间隔向受试者给予(例如，第0、21、42、63、84天等)，第一次给予活性剂在第一次存活蛋白治疗剂给予前约一周(例如，7天)时开始，并且按照间隔每周交替，每天继续给予(例如，节律式)。如这样的治疗方案显示于图1A中。
如技术人员将理解，给予活性剂和存活蛋白治疗剂的频率和持续时间可以针对任何给定受试者如所期望的进行调整。可以考虑的因素包括，例如存活蛋白治疗剂中一种或多种存活蛋白抗原的性质；癌症类型；受试者的年龄、身体状况、体重、性别和饮食；以及其它临床因素。
活性剂可以通过任何合适的递送手段和任何合适的给予途径给予。在一个实施方式中，口服给予活性剂，如以丸剂、片剂或胶囊剂的形式。在可选的实施方式中，通过注射(例如，静脉内)给予试剂。在本发明的方法的具体实施方式中，试剂是环磷酰胺并且将其进行口服给予。
可以将本文所述的本发明的T细胞活化治疗剂以适合于口服、鼻腔、直肠或肠胃外给予的形式进行配制。肠胃外给予包括静脉内、腹膜内、真皮内、皮下、肌内、经上皮、肺内、鞘内、和局部模式的给予。在其中将T细胞活化治疗剂配制为上述组合物以便实现在注射部位的储库效应的实施方式中。T细胞活化治疗剂和活性剂不一定通过相同的给予途径或在相同时间给予。
在本发明的方法的具体实施方式中，活性剂是烷基化剂，如例如，环磷酰胺。
在某些实施方式中，给予另外的治疗剂。
在某些实施方式中，向单个患者给予另外的治疗剂和T细胞活化治疗剂并且旨在包括其中试剂和T细胞活化治疗剂不一定通过相同的给予途径给予或同时给予的情况。例如，另外的治疗剂和T细胞活化治疗剂可以单独地、顺序地或使用交替给药给予。
在某些实施方式中，在给予T细胞活化治疗剂之前、同时或之后给予活性剂。
另外的治疗剂典型地以足以提供免疫-调节作用的量给予。
在某些实施方式中，另外的治疗剂以约10mg至约1g、约5mg至约5g、约10mg至约4.5g、约15mg至约4g、约20mg至约3.5g、约25mg至约3g、约30mg至约2.5g、约35mg至约2g、约40mg至约1.5g、约45mg至约1g、约50mg至约900mg、约55mg至约850mg、约60mg至约800mg、约65mg至约750mg、约70mg至约700mg、约75mg至约650mg、约80mg至约600mg、约85mg至约550mg、约90mg至约500mg、约95mg至约450mg、约100mg至约400mg、约110mg至约350mg、约120mg至约300mg、约130mg至约290mg、约140mg至约280mg、约150mg至约270mg、约160mg至约260mg、约170mg至约250mg、约180mg至约240mg、约190mg至约230mg、或约200mg至约220mg的剂量给予。在某些实施方式中，另外的治疗剂以约50mg至约350mg、约100mg至约300mg、或约150mg至约250mg的剂量给予。在某些实施方式中，另外的治疗剂以如下的剂量或以至少如下的剂量给予：约5mg、至少约10mg、至少约15mg、至少约20mg、至少约25mg、至少约30mg、至少约40mg、至少约50mg、至少约60mg、至少约70mg、至少约75mg、至少约80mg、至少约90mg、至少约100mg、至少约125mg、至少约150mg、至少约175mg、至少约200mg、至少约225mg、至少约250mg、至少约275mg、至少约300mg、至少约325mg、至少约350mg、至少约375mg、至少约400mg、至少约425mg、至少约450mg、至少约475mg、至少约500mg、至少约525mg、至少约550mg、至少约575mg、至少约600mg、至少约625mg、至少约650mg、至少约675mg、至少约700mg、至少约725mg、至少约750mg、至少约775mg、至少约800mg、至少约825mg、至少约850mg、至少约875mg、至少约900mg、至少约925mg、至少约950mg、至少约975mg、至少约1g、至少约2g、至少约3g、至少约4g或至少约5g。在某些实施方式中，以每剂量约100mg的剂量给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，以每剂量约200mg给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，以约200mg的剂量给予另外的治疗剂。在本文公开的方法的某些实施方式中，另外的治疗剂是检查点剂。在某些实施方式中，另外的治疗剂是PD-1的抑制剂。在某些实施方式中，PD-1的抑制剂是抗体。在某些实施方式中，抗体是帕博利珠单抗。
在某些实施方式中，以每剂量小于约300mg、每剂量小于约275mg、每剂量小于约250mg、每剂量小于约225mg、每剂量小于约200mg、每剂量小于约175mg、每剂量小于约150mg、每剂量小于约125mg或每剂量约100mg的剂量给予另外的治疗剂。在本文公开的方法的某些实施方式中，另外的治疗剂是检查点剂。在某些实施方式中，另外的治疗剂是PD-1的抑制剂。在某些实施方式中，PD-1的抑制剂是抗体。在某些实施方式中，抗体是帕博利珠单抗。
在某些实施方式中，以小于约600mg/天、小于约575mg/天、小于约550mg/天、小于约525mg/天、小于约500mg/天、小于约475mg/天、小于约450mg/天、小于约450mg/天、小于约425mg/天、小于约400mg/天、小于约375mg/天、小于约350mg/天、小于约325mg/天、小于约300mg/天、小于约275mg/天、小于约250mg/天、或小于约225mg/天给予另外的治疗剂。在本文公开的方法的某些实施方式中，另外的治疗剂是检查点剂。在某些实施方式中，另外的治疗剂是PD-1的抑制剂。在某些实施方式中，PD-1的抑制剂是抗体。在某些实施方式中，抗体是帕博利珠单抗。
在本文公开的方法的某些实施方式中，每约1至24周、约1至20周、约1至19周、约1至18周、约1至17周、约1至16周、约1至15周、约1至14周、约1至13周、约1至12周、约1至10周、约1至9周、约1至8周、约1至7周、约1至6周、约1至5周、约1至4周、约1至3周或约1至2周给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，每周给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，每2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，每3周给予另外的治疗剂。在本文公开的方法的某些实施方式中，另外的治疗剂是检查点剂。在某些实施方式中，另外的治疗剂是PD-1的抑制剂。在某些实施方式中，PD-1的抑制剂是抗体。在某些实施方式中，抗体是帕博利珠单抗。
在某些实施方式中，本发明的方法包括在第一次给予T细胞活化治疗剂之前给予至少两个剂量的另外的治疗剂。结合这些实施方式，可以在用T细胞活化治疗剂进行治疗的过程之前、期间或之后的任何其它时间向受试者另外给予试剂，只要在第一次给予T细胞活化治疗剂之前给予至少两个剂量。
在某些实施方式中，本发明的方法包括在第一次给予T细胞活化治疗剂之后给予至少两个剂量的另外的治疗剂。结合这些实施方式，可以在用T细胞活化治疗剂进行治疗的过程期间或之后的任何其它时间向受试者另外给予试剂，只要在第一次给予T细胞活化治疗剂之后给予至少两个剂量。
在一个实施方式中，至少两个剂量包括2-50个剂量，更具体地2-28个剂量，并且更具体地2-14个剂量。在一个实施方式中，至少两个剂量是2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14个剂量。至少两个剂量可以间隔任何合适的时间量。在某些实施方式中，至少两个剂量包括每日剂量(一个或多个)。在某些实施方式中，在受试者治疗肿瘤期间每天给予每日剂量(一个或多个)。
在某些实施方式中，“足以提供免疫调节作用的量”可以是“低剂量”的量。因此，在某些实施方式中，本发明的方法包括低剂量的另外的治疗剂与T细胞活化治疗剂的组合使用。
本文涵盖的另外的治疗剂的“低剂量”的量将是本领域技术人员已知的，或者可以通过常规技术确定。
当涉及本发明的某些实施方式时，“低剂量”典型地指代小于约300mg/m2，如例如约100-300mg/m2的另外的治疗剂的剂量。就每日给药而言，活性剂的“低剂量”为约25-300mg/天或约50-150mg/天。在某些实施方式中，每日剂量为约100mg另外的治疗剂。在某些实施方式中，每日剂量为每剂量约50mg另外的治疗剂。
在某些实施方式中，本发明的方法包括给予至少两个剂量另外的治疗剂，然后随后给予本发明的T细胞活化治疗剂(即，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前开始给予另外的治疗剂(例如，在T细胞活化治疗剂之前向受试者给予至少两个剂量的试剂))。然而，如本文所述，在开始给予T细胞活化治疗剂之后，可以继续向受试者给予另外的治疗剂。在可选的实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前停止给予另外的治疗剂。
在本发明的某些方法中，第一剂量的另外的治疗剂在用T细胞活化治疗剂对受试者进行任何治疗之前。在一个实施方式中，将另外的治疗剂的第一次给予与T细胞活化治疗剂的第一次给予分开的最小时间量可以是足以提供免疫调节作用的任何时间量。技术人员将基于另外的治疗剂和受试者理解并考虑足以提供的免疫调节的时间量。
在一些实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前至少12小时，优选地在第一次给予T细胞活化治疗剂之前至少2、4或6天给予第一剂量的另外的治疗剂。在进一步的实施方式中，可以在第一次给予T细胞活化治疗剂之前约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天或更长时间提供第一剂量的另外的治疗剂。在具体的实施方式中，另外的治疗剂的第一次给予发生在T细胞活化治疗剂的第一次给予之前1-4天。在某些实施方式中，另外的治疗剂的第一次给予发生在T细胞活化治疗剂的第一次给予之前约一周。
在某些实施方式中，本发明的方法包括在发生本发明的T细胞活化治疗剂的给予之后给予至少两个剂量的另外的治疗剂(即，在另外的治疗剂的第一次给予之前开始给予T细胞活化治疗剂)。
在本发明的某些方法中，第一剂量的T细胞活化治疗剂在用另外的治疗剂对受试者进行任何治疗之前。在一个实施方式中，将细胞活化治疗剂的第一次给予与另外的治疗剂的第一次给予分开的最小时间量可以是足以提供免疫调节作用的任何时间量。技术人员将基于另外的治疗剂和受试者理解并考虑足以提供免疫调节的时间量。
在一些实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之后至少12小时或24小时给予第一剂量的另外的治疗剂。在进一步的实施方式中，可以在第一次给予T细胞活化治疗剂之后约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天或更长时间提供第一剂量的另外的治疗剂。在具体的实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之后1-4天发生另外的治疗剂的第一次给予。
在第一剂量的另外的治疗剂之后，可以在剂量之间的任何期望的时间间隔给予随后剂量。在某些实施方式中，可以在用T细胞活化治疗剂进行治疗的过程之前、期间或之后停止用另外的治疗剂进行给药。在某些实施方式中，在用T细胞活化治疗剂进行治疗的过程期间可以继续用另外的治疗剂进行给药。
在一个实施方式中，第一剂量是另外的治疗剂，随后是一个或多个维持剂量(即，以维持受试者体内足够量的试剂和/或其代谢物(例如，避免试剂和/或其活性代谢物的总体全身清除)的时间间隔和/或量给予的另外的治疗剂的剂量)。通过提供维持剂量，可以在给予T细胞活化治疗剂的过程之前、期间和/或之后延长和/或维持试剂的免疫调节作用，持续延长的时间段。
在某些实施方式中，为了维持免疫调节作用，另外的治疗剂可以每天给予1、2、3、4或5次或更多次。在某些实施方式中，为了维持免疫调节作用，另外的治疗剂可以每天给予1、2、3、4或5次或更多次，只要维持低剂量给药(例如，多个较小剂量合计达期望的每日低剂量)。另外的治疗剂的单个剂量(即，给予)可以在单个时间点给予，如例如吞咽的药丸。可选地，可以在短的连续时间段内，如例如通过静脉滴注给予单个剂量的另外的治疗剂。本领域技术人员将知晓或者可以通过常规技术确定另外的治疗剂的维持剂量的适当时间间隔。
在具体的实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前或之后给予另外的治疗剂，持续至少连续两天的时间段。在这些天，可以每天向受试者给予另外的治疗剂至少1、2、3或4次或任何期望的次数，以提供每日低剂量的试剂。
在另一实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前给予另外的治疗剂，持续约一周的时间段。在另一实施方式中，在用T细胞活化治疗剂治疗期间给予另外的治疗剂。在治疗期间可以提供多个剂量。在示例性实施方式中，可以每天、每隔一天或以用于提供所述给药的任何合适的时间间隔给予另外的治疗剂。
在本发明的方法中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前用另外的治疗剂进行的治疗中可以存在中断。在这种实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前或之后可以永久或暂时停止给予另外的治疗剂。最后剂量的另外的治疗剂与第一剂量的T细胞活化治疗剂之间的时间段可以是任何合适的时间段，只要受试者仍从该试剂获得免疫调节益处。
在可选的实施方式中，用另外的治疗剂治疗受试者持续用T细胞活化治疗剂进行治疗的整个过程，其中在给予试剂中有或无间歇性中断。在进一步的实施方式中，在用T细胞活化治疗剂治疗停止之后可以继续用另外的治疗剂进行治疗。
如本文所述，在第一次给予T细胞活化治疗剂之后可以继续用另外的治疗剂进行治疗。在一个实施方式中，在有或无间歇性中断的情况下，另外的治疗剂每日给予持续用T细胞活化治疗剂进行治疗的整个过程。因此，在一些实施方式中，将在用T细胞活化治疗剂治疗之前或期间给予试剂。在这种情况下，在开始给予T细胞活化治疗剂之后，另外的治疗剂可以与T细胞活化治疗剂同时、紧接或在一天中的不同时间给予。当另外的治疗剂与T细胞活化治疗剂同时给予时，其可以作为单个组合物包含在本发明的T细胞活化治疗剂组合物中或以单独的组分给予。
可选地，可以在给予T细胞活化治疗剂的天数期间暂停给予另外的治疗剂。因此，本发明的方案可以包括在给予T细胞活化治疗剂的过程期间中断T细胞活化治疗剂的给予。
在某些实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之前给予另外的治疗剂也适用于在第一次给予T细胞活化治疗剂之后(例如，在每次随后给予T细胞活化治疗剂之前)给予试剂。
在某些实施方式中，本发明的方法包括用另外的治疗剂对受试者进行节律式治疗。在本发明的方法的实施方式中，用另外的治疗剂进行节律式治疗旨在包括在某些时间段(如例如连续2、3、4、5、6或7天或更长的时间段)内每日低剂量给予试剂。在节律式给药的这些天期间，可以以频繁的规律间隔或不同的间隔提供另外的治疗剂。例如，在一个实施方式中，可以每1、2、3、4、6、8、12或24小时给予一定剂量的另外的治疗剂。在另一实施方式中，可以每2、3或4天给予一定剂量的另外的治疗剂。
在本发明的方法的一些实施方式中，在用另外的治疗剂进行节律式治疗期间可能存在中断或间隙。以这种方式，用另外的治疗剂进行节律式治疗可以循环方式(在开始给药与停止给药的时间段之间交替)进行。特别合适的是这种间隔，其中以交替的每周间隔每天向受试者给予另外的治疗剂。例如，另外的治疗剂的一周给予时间段后是一周的暂停治疗，并且重复循环。
因此，在一个实施方式中，本发明的方法包括在肿瘤治疗过程期间每天向受试者给予另外的治疗剂。在某些实施方式中，在第一次给予T细胞活化治疗剂之后约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、或14天开始给予另外的治疗剂。在此实施方式的具体方面，在第一次给予T细胞活化治疗剂之后约1天开始给予另外的治疗剂。
本领域技术人员将理解，另外的治疗剂和存活蛋白治疗剂的给予频率和持续时间可以根据任何给定受试者的期望进行调整。可以考虑的因素包括，例如：存活蛋白治疗剂中的一种或多种存活蛋白抗原的性质；癌症的类型；受试者的年龄、身体状况、体重、性别和饮食；以及其它临床因素。
可以通过任何合适的递送手段和任何合适的给予途径给予另外的治疗剂。在一个实施方式中，可以口服，如以丸剂、片剂或胶囊的形式给予另外的治疗剂。在可选的实施方式中，通过注射(例如，静脉内)给予试剂。在本发明的方法的具体实施方式中，试剂是IDO1抑制剂并且其被口服给予。在某些实施方式中，IDO1抑制剂是epacadostat。
治疗指征
如本文所述，本发明的方法涉及肿瘤(包括癌症)的治疗。能够通过本发明的方法治疗和/或预防的肿瘤可以包括，例如，表达存活蛋白或与正常细胞相比过表达存活蛋白的任何肿瘤或癌症。
在某些实施方式中，肿瘤是实体瘤。在某些实施方式中，肿瘤是皮下肿瘤。在某些实施方式中，肿瘤是血液恶性肿瘤。在某些实施方式中，肿瘤是卵巢肿瘤。在某些实施方式中，肿瘤是弥漫性大B细胞淋巴瘤。
可以通过本文所述的方法治疗的肿瘤的非限制性实例包括例如癌、淋巴瘤、肉瘤、胚细胞瘤和白血病。非限制性的具体实例包括例如乳腺肿瘤、胰腺肿瘤、肝肿瘤、肺肿瘤、前列腺肿瘤、结肠肿瘤、肾肿瘤、膀胱肿瘤、头颈癌、甲状腺癌、软组织肉瘤、卵巢肿瘤、原发性或转移性黑色素瘤、磷状细胞癌、基底细胞癌、所有组织病理学类型的脑肿瘤、血管肉瘤(angiosarcoma)、血管肉瘤(hemangiosarcoma)、骨肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、成骨肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮血管肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤(lymphangioendotheliosarcoma)、滑膜瘤、睾丸肿瘤、子宫肿瘤、宫颈肿瘤、胃肠道肿瘤、间皮瘤、与病毒感染相关的肿瘤(如但不限于人乳头瘤病毒(HPV)相关肿瘤(例如，宫颈癌、阴道癌、外阴癌、头颈癌、肛门癌和阴茎癌))、尤因氏瘤、平滑肌肉瘤、尤因氏肉瘤、横纹肌肉瘤、不明原发性癌(carcinoma of unknown primary)(CUP)、磷状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、沃尔丹斯特伦氏巨球蛋白血症、乳头状腺癌、囊腺癌、支气管癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、维尔姆斯氏肿瘤、肺癌、上皮细胞癌、宫颈癌、睾丸癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、星形细胞瘤、成神经管细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、成血管细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、视网膜母细胞瘤、白血病、成神经细胞瘤、小细胞肺癌、膀胱癌、淋巴瘤、多发性骨髓瘤、髓样癌、B细胞淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、NK细胞淋巴瘤、大颗粒淋巴细胞淋巴瘤或白血病、γ-δT细胞淋巴瘤或γ-δT细胞白血病、套细胞淋巴瘤、骨髓瘤、白血病、慢性粒细胞白血病、急性粒细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病、急性淋巴细胞白血病、毛细胞性白血病、造血瘤(hematopoieticneoplasias)、胸腺瘤、肉瘤、非何杰金氏淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)诱导的所有类型的恶性肿瘤，包括但不限于：EBV-相关的何杰金氏和非何杰金氏淋巴瘤、所有形式的移植后淋巴瘤，包括移植后淋巴组织增生性障碍(post-transplantlymphoproliferative disorder)(PTLD)、子宫癌、肾细胞癌、肝癌、肝母细胞瘤(hepatoblastoma)。可通过本文所述的方法和组合物治疗的肿瘤包括但不限于来自膀胱、血液、骨、骨髓、脑、乳房、结肠、食道、胃肠、牙龈、头、肾、肝、肺、鼻咽、颈、卵巢、前列腺、皮肤、胃、睾丸、舌或子宫的肿瘤细胞。另外，癌症可以具体地具有以下组织学类型，但其不限于以下这些：瘤、恶性肿瘤；癌；癌，未分化；巨细胞和梭形细胞癌(giant and spindle cellcarcinoma)；小细胞癌；乳头状癌；鳞状细胞癌；淋巴上皮癌；基底细胞癌；毛基质癌；移行细胞癌；乳头状移行细胞癌；腺癌；胃泌素瘤(gastrinoma)，恶性；胆管癌；肝细胞癌；合并的肝细胞癌和胆管癌；小梁腺癌(trabecular adenocarcinoma)；腺样囊性癌；腺瘤样息肉中的腺癌；腺癌，家族性结肠息肉病；实体癌；类癌瘤，恶性；鳃-肺泡腺癌；乳头状腺癌；嫌色细胞癌；嗜酸性癌；嗜酸腺癌；嗜碱性癌；透明细胞腺癌(clear cell adenocarcinoma)；颗粒细胞癌；滤泡腺癌；乳头状和滤泡腺癌；非包膜硬化性癌(nonencapsulating sclerosingcarcinoma)；肾上腺皮质癌；子宫内膜癌；皮肤附件癌(skin appendage carcinoma)；大汗腺腺癌(apocrine adenocarcinoma)；皮脂腺腺癌；耵聍腺癌(ceruminousadenocarcinoma)；粘液表皮样癌；囊腺癌；乳头状囊腺癌；乳头状浆液性囊腺癌；粘液性囊腺癌；粘液腺癌；印戒细胞癌；浸润性导管癌；髓样癌；小叶癌；炎性癌；佩吉特氏病，乳腺；腺泡细胞癌；腺磷癌；腺癌伴鳞状组织变形(adenocarcinoma w/squamous metaplasia)；胸腺瘤，恶性；卵巢间质瘤，恶性；泡膜细胞瘤，恶性；粒层细胞瘤，恶性；和肉母细胞瘤(roblastoma)，恶性；塞尔托利细胞癌；莱迪希细胞瘤，恶性；脂质细胞瘤，恶性；神经节细胞瘤，恶性；乳腺外神经节细胞瘤，恶性；嗜铬细胞瘤；血管球肉瘤(glomangiosarcoma)；恶性黑素瘤；无黑色素性恶性黑素瘤；浅表扩展性黑素瘤；巨大色素痣中的恶性黑素瘤(maligmelanoma in giant pigmented nevus)；上皮样细胞黑素瘤；蓝痣，恶性；肉瘤；纤维肉瘤；纤维组织细胞瘤，恶性；粘液肉瘤；脂肪肉瘤；平滑肌肉瘤；横纹肌肉瘤；胚胎横纹肌肉瘤；肺泡横纹肌肉瘤；间质肉瘤；混合瘤，恶性；苗勒混合瘤(mullerian mixed tumor)；肾胚细胞瘤；肝母细胞瘤；癌肉瘤；间充质瘤，恶性；布伦纳癌，恶性；叶状瘤(phyllodes tumor)，恶性；滑膜肉瘤；间皮瘤，恶性；无性细胞瘤(dysgerminoma)；胚胎性癌；畸胎瘤，恶性；卵巢甲状腺肿样瘤，恶性；绒毛膜癌；中肾瘤，恶性；中肾瘤；血管肉瘤；血管内皮瘤，恶性；卡波西氏肉瘤；血管外皮细胞瘤，恶性；淋巴管肉瘤；骨肉瘤；皮质旁骨肉瘤；软骨肉瘤；成软骨细胞瘤，恶性；间充质软骨肉瘤；骨巨细胞瘤(giant cell tumor of bone)；尤因氏肉瘤；牙源性肿瘤，恶性；成釉细胞牙肉瘤；成釉细胞瘤，恶性；成釉细胞纤维肉瘤；松果体瘤，恶性；脊索瘤；神经胶质瘤，恶性；室管膜瘤；星形细胞瘤；原生质性星形细胞瘤；纤维状星形细胞瘤；成星形细胞瘤；成胶质细胞瘤；少突神经胶质瘤；少突胶质母细胞瘤(oligodendroblastoma)；原始神经外胚层(primitive neuroectodermal)；小脑肉瘤；神经节母细胞瘤(ganglioneuroblastoma)；成神经细胞瘤；视网膜母细胞瘤；溴神经源性细胞瘤(olfactoryneurogenic tumor)；脑膜瘤，恶性；神经纤维肉瘤；神经鞘瘤，恶性；颗粒细胞瘤，恶性；恶性淋巴瘤；何杰金氏病；何杰金氏淋巴瘤；类肉芽肿；恶性淋巴瘤、小淋巴细胞；恶性淋巴瘤，大细胞，弥漫性；恶性淋巴瘤，滤泡性；蕈样真菌病；其它具体的非何杰金氏淋巴瘤；恶性组织细胞增多病；多发性骨髓瘤；肥大细胞肉瘤；免疫增生性小肠病；白血病；淋巴细胞白血病；浆细胞性白血病；红白血病；淋巴肉瘤细胞白血病；髓细胞性白血病；嗜碱性白血病；嗜酸性白血病；单核细胞性白血病；肥大细胞白血病；成巨核细胞白血病；髓细胞性肉瘤；和毛细胞性白血病。
在某些实施方式中，能够通过本发明的方法治疗的癌症可以包括，但不限于，癌症、腺癌、淋巴瘤、白血病、肉瘤、母细胞瘤、骨髓瘤、和生殖细胞瘤。在一个实施方式中，肿瘤是处于实体瘤形式。特别合适的实施方式包括，但不限于，成神经胶质细胞瘤、多发性骨髓瘤、卵巢癌、输卵管癌、腹膜癌、膀胱癌、弥漫性大B细胞淋巴瘤、神经胶质瘤、非小细胞肺癌、肝细胞癌。
在一些实施方式中，受试者可以进行手术以去除大块的肿瘤，并且可以在切除肿瘤块之前和/或之后应用本发明方法。在其他实施方式中，受试者可以已经接受过放射治疗、化学疗法或一些其他非外科治疗以控制或杀死癌性或恶性细胞，并且本发明方法可以在这些疗法之前或之后应用。在某些实施方式中，癌症处于晚期。
如本文所讨论，在治疗和/或预防癌症中，本发明的方法可以用于“改善T细胞活化治疗剂的功效”，正如本文描述的这种表述。这可以涉及改善在诱导细胞介导的免疫反应或体液免疫反应中的之一或两者中的T细胞活化治疗剂的功效。这还可以涉及减少肿瘤诱导的免疫抑制。
由于细胞介导的免疫涉及各种细胞类型的参与，并且由不同机制介导，因此若干方法可以用来证实在应用本发明方法后免疫性的诱导或改善的功效。可以将这些广泛地分类为检测：i)特异性抗原递呈细胞；ii)特异性效应细胞及其功能和iii)可溶性介质例如细胞因子的释放。
i)抗原递呈细胞：树突细胞和B细胞(和在较小程度上巨噬细胞)配有特定的允许T细胞活化增强的免疫刺激受体，并且被称为专职抗原呈递细胞(APC)。在抗原呈递至效应细胞例如CD4+和CD8+细胞毒性T细胞的过程中，在感染或接种后，这些免疫刺激分子(还称作共刺激分子)在这些细胞上被上调。此类共刺激分子(例如，CD80、CD86、MHC I类或MHC II类)可以通过使用流式细胞术用针对这些分子的荧色物结合抗体和特异性识别APC的抗体(例如，对树突细胞，CD1 1c)来检测。
ii)细胞毒性T细胞：(又称Tc、杀伤T细胞、或细胞毒性T淋巴细胞(CTL))是T细胞的子组亚群，其诱导感染病毒(和其他病原体)的、或表达肿瘤抗原的细胞死亡。这些CTL直接攻击在其表面携带某种外源或异常分子的其它细胞。此类细胞毒效应的能力可以使用体外细胞溶解测定(铬释放测定)来检测。因此，获得性细胞免疫的诱导可以由此类细胞毒性T细胞的存在来证实，其中，当装载抗原时，靶细胞被接种或感染后体内生成的特异CTL裂解。
当其T细胞受体(TCR)与肽结合的MHC I类分子强烈地相互作用时，幼稚
Figure BDA0003166487160000801
细胞毒性T细胞被活化。这种亲和力取决于抗原/MHC复合物的类型和定向，并且使得CTL和感染的细胞结合在一起。一旦活化的CTL经历了称作克隆扩增的过程，其中它增加了功能性，并且快速分裂，以产生一组“武装的(armed)”-效应细胞。
然后激活的CTL行进经过全身以搜索具有独特MHC I类+肽的细胞。这可以在流式细胞术测定中通过使用肽MHC I类四聚物在体外识别此类CTL。
当暴露于这些感染的或功能失常的体细胞时，效应子CTL释放穿孔素和粒溶素：细胞毒素，其在靶细胞质膜中形成孔，允许离子和水流入受感染细胞并且导致其破裂或裂解。CTL释放粒酶，是丝氨酸蛋白酶，其经过孔进入细胞以诱导凋亡(细胞死亡)。从CTL释放这些分子可以被用作接种后细胞免疫反应的成功诱导的测量。这可以通过酶联免疫吸附测定(ELISA)或酶联免疫斑点法(ELISPOT)来完成，其中CTL可以进行定量测量。由于CTL还能够产生重要的细胞因子例如IFN-γ，因此IFN-γ产生的CD8细胞的定量测量可以通过ELISPOT和通过在这些细胞中胞内IFN-γ的流式细胞术测量来实现。CD4+“辅助性”T细胞：CD4+淋巴细胞或辅助性T细胞，是免疫反应的介体，并且在确立和最大化获得性免疫反应能力的方面发挥了重要作用。这些细胞没有细胞毒性活性或吞噬活性；并且不能杀死受感染细胞或清除病原体，但是在本质上“管理”免疫反应，通过引导其它细胞执行这些任务。可以通过专职APC、指定的Th1和Th2来诱导两种类型的效应子CD4+T辅助细胞反应，每种被设计为消除不同类型的病原体。
辅助性T细胞表达T-细胞受体(TCR)，该受体识别结合至II类MHC分子的抗原。幼稚辅助性T细胞的活化导致其释放细胞因子，该细胞因子影响包括将其活化的APC在内的许多细胞类型的活性。辅助性T细胞需要比细胞毒性T细胞更温和的活化刺激。辅助性T细胞可以提供“帮助”活化细胞毒性细胞的额外的信号。可以通过专职APC、指定的Th1和Th2来诱导两种类型的效应子CD4+T辅助细胞反应，每种被设计为消除不同类型的病原体。这两种Th细胞群体差别在于所产生的效应子蛋白(细胞因子)的模式。一般来说，Th1细胞通过巨噬细胞和细胞毒性T细胞的活化来辅助细胞免疫反应；从而Th2细胞通过刺激B细胞转化成浆细胞并且通过形成抗体促进体液免疫反应。例如，通过Th1细胞调节的反应可以诱导小鼠中的lgG2a和lgG2b(人类中IgGI和lgG3)并且有利于细胞介导的针对抗原的免疫反应。如果对抗原的IgG反应是由Th2类型细胞调节，那么它可以显著地提高小鼠中IgGI(人类中lgG2)的产生。与Th1或Th2反应有关的细胞因子的测量将给出成功接种的测量。这可以通过针对Th1-细胞因子(例如IFN-γ、IL-2、IL-12、TNF-α及其他)，或Th2-细胞因子(例如IL-4、IL-5、IL10等)所设计的特异性ELISA来实现。
iii)细胞因子的测量：从局部淋巴结释放的细胞因子给出了成功免疫的良好指示。由于APC和免疫效应细胞例如CD4+和CD8+T细胞的抗原呈递和成熟，若干细胞因子由淋巴结细胞释放。在体外在抗原的存在下通过培养这些LNC，抗原特异性免疫反应可以通过测量释放(如果某些重要的细胞因子例如IFN-γ、IL-2、IL-12、TNF-α和GM-CSF释放的话)来检测。这可以使用培养上清液和重组细胞因子作为标准，通过ELISA来完成。成功免疫可以用技术人员已知的多种方式来测定，包括但不限于，血凝抑制(ΗAIJ和血清中和反应抑制测定以检测功能性抗体)；激发研究，其中对接种的受试者用相关病原体进行激发，以确定接种功效；并且使用荧光激活细胞分选术(FACS)以确定表达特异性细胞表面标志的细胞群体，例如在活化或记忆性淋巴细胞的鉴定中。技术人员还可以确定，使用其他已知方法，本发明方法是否改善了细胞介导的免疫反应的功效。参见，例如，Current Protocols inImmunology，Coligan等人，编辑(Wiley Interscience,2007)。
在一些实施方式中，本发明的方法还可以用于通过诱导体液免疫反应或通过在诱导体液免疫反应中改善T细胞活化治疗剂的功效来治疗癌症。这种实施方式可以在其中本发明的T细胞活化治疗剂包括如本文描述的不同于存活蛋白抗原的另外的抗原的情况中具有特定应用。这些方法可以涉及通过诱导细胞介导的免疫反应和体液免疫反应治疗癌症。
体液免疫反应，与细胞介导的免疫相反，是通过分泌型抗体来介导的，该分泌型抗体是在B淋巴细胞谱系(B细胞)的细胞中产生。此类分泌型抗体结合至抗原，如例如，在外来物质和/或病原体(例如，病毒、细菌等)表面上的那些，并且为了破坏标记他们。
抗体是称为B淋巴细胞(B细胞)的白细胞亚类的抗原特异性糖蛋白产物。抗原与表达在B细胞表面的抗体的结合可以诱导抗体反应，包括刺激B细胞以将其活化，以进行有丝分裂和最终分化为浆细胞，所述浆细胞对于抗原特异性抗体的合成与分泌是特化的。
B细胞是在免疫反应期间的抗体唯一的生产者，并且因此是有效体液免疫的关键要素。除生产大量的抗体之外，B细胞还充当抗原呈递细胞并且可以向T细胞例如T辅助CD4或细胞毒性CD8呈递抗原，因此传播免疫反应。B细胞以及T细胞是可以协助T细胞活化治疗剂功效的获得性免疫反应的部分。在由接种或天然感染诱导的活性免疫反应期间，抗原特异性B细胞被活化并克隆扩增。在扩增期间，B细胞进化为对表位具有较高亲和力。B细胞的增殖可以通过活化的T-辅助细胞间接诱导，并且还可以直接通过刺激受体例如toll样受体(TLR)来诱导。
抗原递呈细胞，例如树突细胞和B细胞，被吸引到接种部位并且可以与抗原和包含在T细胞活化治疗剂中的佐剂相互作用。佐剂刺激细胞活化并且抗原提供针对靶标的蓝图。不同类型的佐剂向细胞提供不同的刺激信号。例如，聚I:C多核苷酸(TLR3激动剂)可以活化树突细胞，但不能活化B细胞。佐剂例如Pam3Cys、Pam2Cys和FSL-1特别擅长活化并开始B细胞的增殖，其被预期有助于抗体反应的产生(Moyle等人，Curr Med Chem,2008；So.,JImmunol,2012)。
如本文所用，术语“抗体反应”指代响应于受试者体内抗原的引入，受试者体内的抗原特异性抗体的量的增加。
评价抗体反应的一种方法是测量与特定抗原反应的抗体的效价。这可以使用本领域已知的各种方法进行，例如从动物获得的含有抗体的物质的酶联免疫吸附测定(ELISA)。例如，结合特定抗原的血清抗体的效价可以在暴露于抗原之前和之后在受试者中确定。暴露于抗原之后的抗原特异性抗体的效价的统计上显著的增加将指示受试者已经引起(mounted)针对抗原的抗体反应。
可以用来检测抗原-特异性抗体的存在的其他测定包括但不限于，免疫测定(例如放射免疫测定(RIA))、免疫沉淀测定、和蛋白质印迹(例如免疫印迹)测定、和中和测定(例如，在体外或体内测定中病毒感染性的中和)。
本发明的方法，通过改善T细胞活化治疗剂在诱导体液免疫反应中的功效，可以能够治疗和/或预防癌症。
体液免疫反应是有效传染性疾病T细胞活化治疗剂的主要机制。然而，体液免疫反应还可以用于对抗癌症。补充癌症T细胞活化治疗剂，即，设计产生可以识别并破坏癌细胞的细胞毒性CD8+T细胞反应，B细胞介导的反应可以通过其他机制靶向癌细胞，这些机制在一些情况中为了最大化益处可以与细胞毒性CD8+T细胞合作。B细胞介导的(例如体液免疫反应介导的)抗肿瘤反应的机制的实例包括，但不限于：1)由B细胞产生的抗体，其结合在肿瘤细胞或其他细胞上发现的影响肿瘤发生的表面抗原。例如，此类抗体可以通过抗体依赖的细胞介导的细胞毒作用(ADCC)或补体结合诱导杀死靶细胞，潜在地导致可以由免疫系统识别的另外的抗原释放；2)结合肿瘤细胞上受体以阻断他们的刺激并且实际上中和其作用的抗体；3)结合由肿瘤或肿瘤相关细胞释放或与肿瘤或肿瘤相关细胞相关的因子以调节支持癌症的信号转导或细胞途径的抗体；和4)通过当前未知的机制结合胞内靶标并且介导抗-肿瘤活性的抗体。
通过本发明方法治疗的受试者可以是任何脊椎动物，优选的是哺乳动物，更优选的是人。
试剂盒和试剂
为了实践本发明的方法，本文描述的组合物可以任选地以试剂盒向使用者提供。例如，本发明的试剂盒包含一种或多种本发明组合物的组分。该试剂盒可以进一步包括一种或多种另外的试剂、包装材料、用于装试剂盒组件的容器，和详细说明使用试剂盒组件的优选方法的指令集或用户手册。
在具体的实施方式中，本发明的T细胞活化治疗剂(例如，DPX-Survivac)被提供为含有两个容器的试剂盒。容器1，例如，可以包括冻干佐剂系统(例如脂质体)、存活蛋白抗原和佐剂。容器2，例如，可以仅包含油组分(
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ISA51 VG)。适当体积(0.1或0.5mL)的重构T细胞活化治疗剂可以皮下注射。
在某些实施方式中，试剂盒可以另外包含活性剂。活性剂可以包含在具有第三个容器的试剂盒内，或者试剂可以如以上所描述的包含在容器1或容器2中。在具体的实施方式中，包含在试剂盒中的活性剂是烷基化剂，如例如环磷酰胺。
在其它实施方式中，试剂盒可以另外包含另外的治疗剂。另外的治疗剂可以包含在带有第四个容器的试剂盒中，或者试剂可以包含在如上所述的容器1、容器2或容器3中。在具体的实施方式中，包含在试剂盒中的另外的治疗剂是烷基化剂，如例如IDO1抑制剂。在具体的实施方式中，包含在试剂盒中的另外的治疗剂是烷基化剂，如例如epacadostat。在具体的实施方式中，包含在试剂盒中的另外的治疗剂是抗-PD-1抗体，如例如，帕博利珠单抗。
示例性实施方式
本发明还通过以下示例性实施方式进行描述和证明，但决不限于本发明的范围和含义。
1.用于改善T细胞活化治疗剂在治疗受试者肿瘤中的功效的方法，所述方法包括：
a)测量受试者的估计肿瘤负荷；
b)向有需要的受试者给予有效量的至少一种活性剂，其中受试者具有低的估计肿瘤负荷；和
c)向受试者给予治疗有效量的T细胞活化治疗剂，其中T细胞活化治疗剂包含至少一种存活蛋白抗原。
2.治疗具有低肿瘤负荷的受试者的肿瘤的方法，所述方法包括：
a)测量受试者的估计肿瘤负荷；
b)向有需要的受试者给予有效量的至少一种活性剂，其中受试者具有低的估计肿瘤负荷；和
c)向受试者给予治疗有效量的T细胞活化治疗剂，其中T细胞活化治疗剂包含至少一种存活蛋白抗原。
3.实施方式1或实施方式2的方法，其中受试者具有至少一种可测量的肿瘤病变。
4.实施方式1-3中任一项的方法，其中肿瘤是实体瘤。
5.实施方式1-4中任一项的方法，其中估计肿瘤负荷基于最大肿瘤病变。
6.实施方式1-5中任一项的方法，其中估计肿瘤负荷基于最大肿瘤病变的最长直径。
7.实施方式1-6中任一项的方法，其中当最大肿瘤病变的最长直径小于约10cm、约9cm、约8cm、约7cm、约6cm、约5cm、约4cm、约3cm、或约2cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
8.实施方式1-7中任一项的方法，其中当最大肿瘤病变的最长直径小于约4cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
9.实施方式1-5的方法，其中当最大肿瘤病变涉及淋巴结时，估计肿瘤负荷基于淋巴结的短轴的直径。
10.实施方式9的方法，其中当包含肿瘤的淋巴结的短轴的长度小于约7cm、约6cm、约5cm、约4cm、约3cm或约2cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
11.实施方式9或实施方式10的方法，其中当包含肿瘤的淋巴结的短轴的长度小于约4cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
12.实施方式1-4中任一项的方法，其中估计肿瘤负荷基于至少两个目标肿瘤病变的直径的总和。
13.实施方式12的方法，其中直径是目标肿瘤病变的最长直径。
14.实施方式12的方法，其中当目标肿瘤病变涉及淋巴结时，直径是淋巴结的短轴的直径。
15.实施方式1-4中任一项的方法，其中估计肿瘤负荷基于至少两个目标肿瘤病变的直径的乘积的总和。
16.实施方式12-15中任一项的方法，其中目标肿瘤病变基于其大小和/或病变对精确重复测量的适合性来选择。
17.实施方式12-16中任一项的方法，其中目标肿瘤病变是最大肿瘤病变。
18.实施方式12-17中任一项的方法，其中目标肿瘤病变的数目为2至5。
19.实施方式12-18中任一项的方法，其中每个器官测量不超过两个目标肿瘤病变。
20.实施方式12-14或16-19中任一项的方法，其中当目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约10cm、约9cm、约8cm、约7cm、约6cm、约5cm、约4cm、或约3cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
21.实施方式12-14或16-20中任一项的方法，其中当目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约5cm时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
22.实施方式15-19中任一项的方法，其中当目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约30cm2、约27cm2、约25cm2、约22cm2、约20cm2、约17cm2、约15cm2、约12cm2、或约10cm2时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
23.实施方式15-19或22中任一项的方法，其中当目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约20cm2时，受试者具有低的估计肿瘤负荷。
24.实施方式1-23中任一项的方法，其中方法进一步包括监测受试者的肿瘤负荷。
25.实施方式1-4或12-24中任一项的方法，其中肿瘤负荷或估计肿瘤负荷根据实体瘤反应评价标准(RECIST)指南来测量。
26.实施方式25的方法，其中肿瘤负荷或估计肿瘤负荷根据RECIST 1.1标准来测量。
27.实施方式1-26中任一项的方法，其中方法进一步包括选择具有低肿瘤负荷的受试者。
28.实施方式1-27中任一项的方法，其中在步骤b)中，活性剂的有效量是足以提供免疫调节作用的量。
29.实施方式1-28中任一项的方法，其中在T细胞活化治疗剂之前、之后或同时给予活性剂。
30.实施方式1-29中任一项的方法，其中在T细胞活化治疗剂之前给予活性剂。
31.实施方式1-30中任一项的方法，其中给予活性剂两次。
32.实施方式1-31中任一项的方法，其中步骤b)包括在给予T细胞活化治疗剂之前至少两天向受试者给予第一剂量的活性剂。
33.实施方式32的方法，其中在给予T细胞活化治疗剂之前至少四天给予活性剂。
34.实施方式1-33中任一项的方法，其中步骤b)包括在给予T细胞活化治疗剂之前约一周向受试者给予第一剂量的活性剂。
35.实施方式1-34中任一项的方法，其中步骤b)包括向受试者给予第一剂量的活性剂，然后给予一个或多个维持剂量的活性剂。
36.实施方式1-35中任一项的方法，其中步骤b)包括每天向受试者给予活性剂至少1、2、3或4次。
37.实施方式1-36中任一项的方法，其中步骤b)包括每天向受试者给予活性剂两次，持续约一周的时间段。
38.实施方式1-37中任一项的方法，其中步骤b)包括在给予T细胞活化治疗剂之前每天向受试者给予活性剂两次，持续约一周的时间段。
39.实施方式1-38中任一项的方法，进一步包括在给予T细胞活化治疗剂之前停止向受试者给予活性剂。
40.实施方式1-39中任一项的方法，其中在给予T细胞活化治疗剂的过程期间继续向受试者给予活性剂。
41.实施方式1-40中任一项的方法，其中步骤b)包括以低剂量节律式方案向受试者给予活性剂。
42.实施方式41的方法，其中节律式方案包括每隔一周每天向受试者给予活性剂，持续约一周的时间段。
43.实施方式42的方法，其中每天给予活性剂两次。
44.实施方式41-43中任一项的方法，其中节律式方案包括给予活性剂，持续两周的周期，其中在周期的第一周期间向受试者给予活性剂，其中在周期的第二周期间不向受试者给予活性剂，并且其中节律式方案包括至少两个周期。
45.实施方式1-44中任一项的方法，其中步骤c)包括每三周向受试者给予T细胞活化治疗剂一次。
46.实施方式1-45中任一项的方法，其中步骤c)包括向受试者给予T细胞活化治疗剂2、3、4或更多次。
47.实施方式1-46中任一项的方法，其中步骤b)包括在给予第一剂量的T细胞活化治疗剂之前约一周开始向受试者给予活性剂，并且步骤c)包括每三周向受试者给予T细胞活化治疗剂约一次。
48.实施方式1-47中任一项的方法，其中存活蛋白抗原是肽抗原或编码肽抗原的核酸。
49.实施方式1-48中任一项的方法，其中存活蛋白抗原是包含来自能够引发受试者中细胞毒性T-淋巴细胞(CTL)反应的存活蛋白的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)的肽抗原，或编码所述肽抗原的核酸分子。
50.实施方式1-49中任一项的方法，其中存活蛋白抗原是包含至少一种氨基酸序列的肽抗原，其中氨基酸序列是FEELTLGEF(SEQ ID NO:2)；FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)；LTLGEFLKL(SEQ ID NO:4)；LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)；RISTFKNWPF(SEQ ID NO:6)；RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)；STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)；或LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)，或编码所述肽抗原的核酸分子。
51.实施方式1-50中任一项的方法，其中至少一种存活蛋白抗原包括包含以下氨基酸序列的五种肽抗原的混合物：FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)；LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)；RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)；STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)或LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)。
52.实施方式1-51中任一项的方法，其中对于每种肽抗原以约0.1mg/ml至约5mg/ml的浓度给予至少一种存活蛋白抗原。
53.实施方式52的方法，其中对于每种肽抗原以约1mg/ml的浓度给予至少一种存活蛋白抗原。
54.实施方式52或实施方式53中任一项的方法，其中以约0.01ml至约1ml的剂量给予T细胞活化治疗剂。
55.实施方式54的方法，其中以约0.25ml或约0.5ml的剂量给予T细胞活化治疗剂。
56.实施方式1-55中任一项的方法，其中以约0.01ml至约1ml的起始剂量给予T细胞活化治疗剂抗原。
57.实施方式56的方法，其中以约0.25ml或约0.5ml的起始剂量给予T细胞活化治疗剂。
58.实施方式1-57中任一项的方法，其中以约0.01ml至约1ml的加强剂量给予T细胞活化治疗剂。
59.实施方式58的方法，其中以约0.1ml的加强剂量给予T细胞活化治疗剂。
60.实施方式1-59中任一项的方法，其中活性剂是干扰DNA复制的试剂。
61.实施方式60的方法，其中活性剂能够选择性地靶向免疫系统的快速分裂的细胞并引起程序性细胞死亡。
62.实施方式60或实施方式61的方法，其中活性剂是烷基化剂。
63.实施方式62的方法，其中烷基化剂是氮芥烷基化剂。
64.实施方式63的方法，其中氮芥烷基化剂是环磷酰胺。
65.实施方式60或实施方式61的方法，其中活性剂是吉西他滨、5-FU、顺铂、奥沙利铂、替莫唑胺、紫杉醇、卡培他滨、甲氨蝶呤、表柔比星、伊达比星、米托蒽醌、博来霉素、地西他滨、或多西他赛中的至少一种。
66.实施方式1-65中任一项的方法，其中活性剂是沙利度胺、硼替佐米、IL-2、IL-12、IL-15、IFN-γ、IFN-α、或TNF-α、二甲双胍、或来那度胺中的至少一种。
67.实施方式1-66中任一项的方法，其中活性剂是VEGF、VEGFR或CD40中至少一种的抑制剂。
68.实施方式1-67中任一项的方法，其中步骤b)包括以约25-300mg/天、约50-100mg/天或约100mg/天给予活性剂。
69.实施方式1-68中任一项的方法，其中步骤b)包括以约50mg/剂量给予活性剂。
70.实施方式69的方法，其中每天给予活性剂两次。
71.实施方式1-70中任一项的方法，其中步骤b)包括向受试者口服给予活性剂。
72.实施方式1-70中任一项的方法，其中步骤b)包括通过注射向受试者给予活性剂。
73.实施方式72的方法，其中注射是静脉内、皮下、肿瘤间或肌内注射。
74.实施方式1-73中任一项的方法，其中步骤b)包括通过注射向受试者给予T细胞活化治疗剂。
75.实施方式74的方法，其中注射是皮下注射。
76.实施方式1-75中任一项的方法，其中T细胞活化治疗剂是包含至少一种存活蛋白抗原、脂质体和包含连续相的疏水物质的载体的组合物。
77.实施方式76的方法，其中组合物进一步包含T-辅助细胞表位。
78.实施方式77的方法，其中T-辅助细胞表位是包含氨基酸序列AQYIKANSKFIGITEL(SEQ ID NO:10)的肽。
79.实施方式76-78中任一项的方法，其中组合物进一步包含佐剂。
80.实施方式79的方法，其中佐剂是聚I.C多核苷酸，其中多核苷酸是基于DNA或RNA的。
81.实施方式76-80中任一项的方法，其中载体是疏水物质，如植物油、坚果油或矿物油。
82.实施方式76-81中任一项的方法，其中载体是矿物油或矿物油溶液中的二缩甘露醇油酸酯。
83.实施方式82的方法，其中载体是
Figure BDA0003166487160000881
ISA 51。
84.实施方式1-83中任一项的方法，其中活性剂通过直接增强对抗原的免疫反应，如通过增加抗原特异性CD8+T细胞的活性或数量来改善T细胞活化治疗剂的功效。
85.实施方式84的方法，其中增加抗原特异性CD8+T细胞的活性或数量涉及由于总CD8+T细胞的相对减少而富集抗原特异性CD8+T细胞。
86.实施方式1-85中任一项的方法，其中活性剂通过减少抑制性免疫细胞例如CD4+FoxP3+调节T细胞(Tregs)、髓源性抑制细胞(MDSC)和/或CD19+CD1d+CD5+B细胞(Bregs)的数量或活性来改善T细胞活化治疗剂的功效。
87.实施方式1-86中任一项的方法，其中方法进一步包括步骤d)给予至少一种另外的治疗剂。
88.实施方式87的方法，其中至少一种另外的治疗剂是一种或多种检查点剂。
89.实施方式88的方法，其中检查点剂是免疫检查点蛋白的抑制剂，其中免疫检查点蛋白是程序性死亡-配体1(PD-L1，也称为B7-H1、CD274)、程序性死亡1(PD-1、CD279)、CTLA-4(CD154)、LAG3(CD223)、TIM3(HAVCR2、CD366)、41BB(CD137)、ICOS(诱导型T细胞共刺激剂)、杀伤抑制受体(KIR)、CD27、OX-40、GITR或磷脂酰丝氨酸(PS)。
90.实施方式89的方法，其中检查点剂是PD-1的抑制剂。
91.实施方式90的方法，其中PD-1的抑制剂是抗体。
92.实施方式91的方法，其中抗体是帕博利珠单抗。
93.实施方式87-92中任一项的方法，其中至少一种另外的治疗剂是rapalogue、组蛋白脱乙酰基酶(HDAC)抑制剂、parp抑制剂、或吲哚胺2,3-二加氧酶抑制剂中的一种或多种。
94.实施方式93的方法，其中吲哚胺2,3-二加氧酶是IDO1。
95.实施方式87-94中任一项的方法，其中至少一种另外的治疗剂是阿霉素、曲妥珠单抗、贝伐单抗、舒尼替尼、索拉非尼、或其组合。
96.实施方式95的方法，其中通过脂质体给予阿霉素。
97.实施方式87-96中任一项的方法，其中向受试者给予至少两个剂量的另外的治疗剂。
98.实施方式87-97中任一项的方法，其中向受试者给予第一剂量的另外的治疗剂，然后给予一个或多个维持剂量的另外的治疗剂。
99.实施方式87-98中任一项的方法，其中向受试者给予另外的治疗剂，持续至少连续两天的时间段。
100.实施方式87-99中任一项的方法，其中每天向受试者给予另外的治疗剂。
101.实施方式87-100中任一项的方法，其中每天向受试者给予另外的治疗剂至少1、2、3或4次。
102.实施方式101的方法，其中每天向受试者给予另外的治疗剂两次。
103.实施方式87-98中任一项的方法，其中约每1-4周给予另外的治疗剂。
104.实施方式103的方法，其中每3周给予另外的治疗剂。
105.实施方式87-104中任一项的方法，其中在T细胞活化治疗剂之前、之后或同时给予另外的治疗剂。
106.实施方式87-105中任一项的方法，其中在与第一剂量的T细胞活化治疗剂的同一天向受试者给予第一剂量的另外的治疗剂。
107.实施方式87-106中任一项的方法，其中在第一剂量的T细胞活化治疗剂之后向受试者给予第一剂量的另外的治疗剂。
108.实施方式107的方法，其中在第一剂量的T细胞活化治疗剂后之日向受试者给予第一剂量的另外的治疗剂。
109.实施方式87-108中任一项的方法，其中在给予T细胞活化治疗剂的过程期间继续给予另外的治疗剂。
110.实施方式87-109中任一项的方法，其中步骤d)包括以约50mg/剂量至约500mg/剂量给予另外的治疗剂。
111.实施方式87-110中任一项的方法，其中步骤d)包括以约100mg/剂量给予另外的治疗剂。
112.实施方式87-110中任一项的方法，其中步骤d)包括以约200mg/剂量给予另外的治疗剂。
113.实施方式87-110中任一项的方法，其中d)包括以小于300mg/剂量的量给予另外的治疗剂。
114.实施方式87-109中任一项的方法，其中步骤d)包括以约25mg/剂量至约5g/剂量给予另外的治疗剂。
115.实施方式87-109中任一项的方法，其中步骤d)包括以约25mg/剂量至约300mg/剂量给予另外的治疗剂。
116.实施方式87-102、105-110、112、114或115中任一项的方法，其中步骤d)包括以约200mg/天给予另外的治疗剂。
117.实施方式87-116中任一项的方法，其中向受试者口服给予另外的治疗剂。
118.实施方式87-116中任一项的方法，其中通过注射向受试者给予另外的治疗剂。
119.实施方式118的方法，其中注射是静脉内、皮下、肿瘤间、或肌内注射。
120.实施方式1-119中任一项的方法，其中通过清创术减少肿瘤负荷。
121.实施方式1-120中任一项的方法，其中肿瘤是实体瘤。
122.实施方式121的方法，其中肿瘤是皮下实体瘤。
123.实施方式1-120中任一项的方法，其中肿瘤是血液恶性肿瘤。
124.根据实施方式1-123中任一项的方法，其中肿瘤是乳腺癌、卵巢肿瘤、输卵管肿瘤、腹膜肿瘤、膀胱肿瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、神经胶质瘤、非小细胞肺肿瘤、或肝细胞癌。
125.根据实施方式1-124中任一项的方法，其中肿瘤是卵巢肿瘤。
126.根据实施方式1-124中任一项的方法，其中肿瘤是弥漫性大B细胞淋巴瘤。
127.根据实施方式1-126中任一项的方法，其中受试者是人。
实施例
本发明还通过以下实例进行描述和说明。然而，在说明书中任何部分使用这些和其它实例仅是示例性的，决不限制本发明或任何示例性术语的范围和意义。同样，本发明不限于此处描述的任何具体优选的实施方式。实际上，本领域技术人员在阅读本说明书以后可以清楚本发明的多个修改和改变，并且可以在不背离本发明的精神或范围的情况下进行这种改变。因此，本发明仅受所附权利要求的术语以及那些权利要求所赋予的等效物的全部范围限制。
实施例1
1b期研究检查免疫治疗性DPX-Survivac(IND#016739)与低剂量环磷酰胺和epacadostat(INCB024360)在复发性卵巢癌患者中的功效。在1b期评价了共53位患者。
DPX-Survivac是T细胞活化治疗剂，其由具有氨基酸序列：FTELTLGEF(SEQ ID NO:3)；LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)；RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)；STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)或LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)的五种合成存活蛋白肽抗原、来自破伤风类毒素的通用T辅助细胞表位(AQYIKANSKFIGITEL；SEQ ID NO:10)、聚I:C多核苷酸佐剂(例如，dIdC)、以10:1(w:w)比的DOPC与胆固醇组成的脂质混合物、以及疏水载体Montanide ISA 51VG组成。DPX-Survivac被设计为靶向存活蛋白。抗原/佐剂/脂质复合物在乙酸盐缓冲液中配制、无菌过滤、填充至小瓶中，并冻干成干饼。在临床上，注射前将滤饼重悬于Montanide ISA 51VG中。在交替的大腿上部的前部和/或外部区域进行深层皮下给予DPX-Survivac进行治疗，并且距离先前注射部位不近于10cm。
根据制造商的说明使用和储存商业可得的(即，FDA/Health Canada批准的)环磷酰胺(50mg)。
Epacadostat是人肿瘤细胞和人树突细胞中吲哚胺2,3二加氧酶1(IDO1)酶的新型、有效和选择性抑制剂。Epacadostat(INCB024360；C11H13BrFN7O4S，分子量为438.23g/mol)以100mg和/或25mg立即释放片剂供应。片剂含有活性药物(INCB024360)以及常用的药典赋形剂(乳糖一水合物、微晶纤维素、聚维酮、交联羧甲基纤维素钠、胶体二氧化硅和硬脂酸镁)。
诊断和纳入标准如下：
1.组织学证实的IIc-IV期上皮卵巢癌、输卵管癌或腹膜癌。(需要通过病理报告的原始原发性肿瘤的组织学记录。)
2.已完成第一线治疗(减瘤手术和用诸如卡铂和紫杉醇的标准护理治疗进行辅助或新辅助治疗)的铂抗性或铂敏感性受试者。铂抗性和铂敏感性分别被定义为3至6个月(含)或大于6个月的进展。受试者可能已接受任何数量的后续化学疗法路线。
3.必须有疾病进展的证据，具有生化进展(CA-125升高必须通过至少相隔2周的两次测量确认，并且大于实验室正常上限(ULN))或放射学进展或两者。
4.受试者必须已具有RECIST v1.1可测量的疾病，成功完成治疗前肿瘤活检，并且愿意在治疗期间进行肿瘤活检。仅有一个可测量疾病病变在治疗前活检后无法测量的受试者不符合资格。
5.年龄≥18岁的任何种族或族裔的女性。
6.必须可走动，东部肿瘤合作小组(Eastern Cooperative Oncology Group)(ECOG)效能状态为0-1
7.预期寿命≥6个月
8.实验室要求：
血液学：
·白细胞>2,500/mcL(>2.5×109/L)
·绝对中性粒细胞计数>1,000/mcL(>1×109/L)
·血小板计数>75,000/mcL(>75×109/L)
·血红蛋白≥8g/dL(≥80g/L)(在接受第一剂量的环磷酰胺之前上至一周已接受输血或促红细胞生成素的受试者有资格进行研究)
凝血时间：
·国家标准化比率(INR)或凝血酶原时间(PT)<1.5×ULN(正常上限)
·活化的部分凝血活酶时间(aPTT)<1.5×ULN
肾功能：
·血清肌酐<1.5×ULN或计算的肌酐清除(CrCl)>60mL/min
肝功能：
·总胆红素<1.5×ULN，除非已知具有吉耳伯氏病史
·ALT和AST<2.5×ULN
·如果碱性磷酸酶<5.0×ULN，则纳入在筛查放射学检查中存在骨转移并且无肝实质转移的受试者
9.能够理解并提供签署的知情审查委员会/研究伦理委员会(IRB/REB)。
10.能够遵守协议要求。
在治疗的第一天，即研究第0(SD0)天之前上至28天筛选受试者的资格。在筛选访问时收集病史，包括自先前治疗开始以来可用于受试者的所有先前CA-125数据、术前和化学疗法前绝对淋巴细胞计数、以及最后一次破伤风注射的日期(如果有)、体检、基线尿液分析和进行CA-125和实验室测试的血液样品。
对于此研究，铂抗性患者被定义为在其基于铂的化学疗法的第一疗程后3至6个月之间进展的患者。铂敏感性患者是在其基于铂的化学疗法的第一疗程之后超过6个月进展的患者。难治性患者或在其首次基于铂的化学疗法之后小于3个月进展的患者不符合本研究。
符合所有其它资格标准的受试者经历治疗前肿瘤活检，以定量存活蛋白和IDO表达以及其它生物标志物分析。治疗开始后进行放射成像和肿瘤活检。评价肿瘤样品的免疫细胞浸润的变化。将浸润与治疗前肿瘤活检的类似分析进行比较。可能已进行其它探索性分析，包括T细胞受体(TCR)库的变化和基因表达的变化。
在开始治疗前，受试者接受体检以及放射学和实验室评价。在治疗期间，受试者大约每月接受一次体检。在治疗前、在治疗期间约每两个月以及此外如果受试者基于临床和实验室发现正在进展，则进行常规放射成像(例如，CT扫描)。如果临床上有指示，在首次记录的疾病进展(改良的RECIST)后4周进行确认成像。
细胞介导的免疫通过免疫原性分析确定，并且描述为对T细胞活化治疗剂中一种或多种表位具有阳性免疫反应的受试者的百分比以及对肿瘤的免疫细胞浸润的变化。对于ELISpot，从预处理和/或未刺激/背景细胞获得的大于平均值+2SD(通常>64SFU/106PBMC)的抗原特异性反应率被认为是阳性反应。进一步，根据治疗后ELISpot反应的幅度，受试者被分类为对治疗的低(>64至<512SFU/106PBMC)或高(>512SFU/106PBMC)免疫反应者，或描述为具有高和持续的免疫反应(3个独立的时间点>512SFU/106PBMC)。
通过对治疗前和治疗中活检进行的多参数免疫组织化学(IHC或类似)测量肿瘤浸润。量化淋巴细胞(包括T细胞)的频率。获得这些不同细胞亚群的相对丰度，并且如果需要，使用配对t检验或非参数检验测试收集的所有受试者的治疗前和治疗中活检样品之间的差异。还仅使用通过免疫学和/或临床测量对治疗有反应的受试者进行探索性分析。
受试者接受以下方案持续1年或直至疾病进展，以先到者为准(参见图1B)：
·在研究D7和研究D28中间隔3周两剂量的0.25mL DPX-Survivac 3，然后间隔8周，上至六剂量的0.1mL DPX-Survivac
·研究D0至研究D6(7天)，以50mg BID的剂量的间歇性低剂量CPA(口服)，然后停药7天以及给药7天，持续1年或直至疾病进展
·自研究D8开始，以上至300mg BID的剂量口服epacadostat，上至研究D370或直至疾病进展，以先到者为准。
主要终点包括使用不良事件通用术语标准(Common Terminology Criteria forAdverse Events)(CTCAE)v4.03报道的不良事件、细胞介导的免疫学、ELISPOT测量的抗原特异性反应率和免疫细胞浸润(肿瘤活检中效应细胞群[如CD3+细胞、CD8+细胞或CD8+/forkhead BOX(Fox)P3+比]增加或免疫抑制性细胞群[如FoxP3+细胞]减少)。对于研究的第2期部分，另一主要终点是客观反应率(ORR)，使用修改后的RECIST 1.1进行评价。
次级终点包括ORR、疾病控制率(DCR)、反应持续时间(DOR)、进展时间、总存活期(OS)、癌抗原125(CA-125)反应、CA-125进展和生物标志物分析。
修改后的RECIST 1.1如此处所示进行。根据RECIST，不一定所有可测量的病变都包括目标病变。在基线下识别每个器官上至最多2个病变和总计5个病变的所有可测量病变(代表所有涉及的器官)为目标病变，并记录和测量。目标病变基于其大小(具有最长直径的病变)和其对精确重复测量(通过成像技术或临床地)的适用性来选择。计算所有目标病变的最长直径(LD)的总和，并将其报道为基线总和LD。基线总和LD将用作表征客观肿瘤反应的参考。所有其它病变(或疾病部位)被确定为非目标病变，并且也在基线下进行记录。无需测量这些病变，但在整个随访过程中记录每个病变的存在或不存在。
在第一次治疗(SD0)前21天内进行初始肿瘤成像。现场研究团队审查了研究前图像，以根据RECIST v1.1(纳入标准#5)确认受试者患有在二维成像研究上存在的可测量疾病。
如果作为常规临床管理的一部分进行的放射学评价具有诊断质量并在第一剂量的研究治疗前21天内进行，则可接受用作筛选扫描。根据RECIST v1.1使用计算机断层扫描(CT)或磁共振成像(MRI)(Eisenhauer等人，Eur J Cancer 45:228-47 2009，出于所有预期目的，通过引用整体并入本文)。在整个研究过程中，对受试者使用相同的成像方式，并且在可能的情况下，同一放射科医生对受试者进行所有检查。
在基线下对病变进行标准的全面评价，包括胸部、腹部和盆骨的扫描。跟踪筛选访视时观察的所有病变。对于目标病变的选择，应遵循RECIST v1.1。例如，RECIST不鼓励在先前照射领域内选择目标病变。位于先前照射区域内或经受其它局部区域治疗的区域内的病变通常不认为是可测量的，除非其是可测量疾病的孤立部位并且已证明病变进展。理想地，未选择用于RECIST的病变用于活检。如果受试者仅具有一个可测量的病变，并且进行切片活检，则必须在治疗前活检后仍存在肿瘤可及性，以发生治疗中活检，如果不是，则受试者被认为不合格。
如果放射成像显示疾病进展(PD)，则在>4周后重复评价以确认PD。如果初始成像显示PD，则由治疗医师决定保持受试者进行研究治疗，以如修改后的RECIST建议中所述等待确认，或中断研究治疗。
在确定肿瘤负荷是增加还是减少时，研究者考虑所有目标病变以及非目标病变。如果放射学进展被证实，则受试者中断研究治疗，并且PD的第一放射学证据应为进展日期。如果未确认放射学进展，则受试者继续研究治疗并根据方案特定的时间表进行下一次扫描。如果未确认进展并且受试者继续接受治疗，则记录疾病进展的下一次扫描(并且通过至少4周后的第二次扫描确认)被认为是疾病进展的日期。
数据意外地证明，估计肿瘤负荷可能是受试者对研究治疗的响应的可能性的关键替代标志物。如表2所示，来自显示估计肿瘤负荷<5cm(通过目标肿瘤病变的最长直径的总和测量)的受试者的亚群的数据更可能响应。在估计肿瘤负荷<5cm的15位受试者中，4位受试者(26.7％)已达到部分反应(PR)，6位受试者(40.0％)已达到疾病稳定(SD)，得到66.7％的DCR。
此亚群的进一步细分表明，DPX-Survivac、间歇性低剂量CPA和epacadostat100mg队列中的受试者比具有epacadostat 300mg队列的组合更可能从治疗中受益。在具有间歇性低剂量CPA和epacadostat 100mg队列的DPX-Survivac组合中，所有受试者(N＝5)在治疗时肿瘤减少，提供100％的DCR。例如，即使从PD+26％至SD+6％的受试者613被认为是PD，则受试者已经历肿瘤减少和从进展移动至疾病稳定(图2)。五位受试者中的三位(60％)达到PR，两位受试者(40％)以继续无进展状态完成研究，对应超过25和23个月。
表2：基线TTB和队列–研究1b期意图治疗群体的比较功效
Figure BDA0003166487160000941
Figure BDA0003166487160000951
缩写：CR：完全反应；DCR：疾病控制率；ORR：总体反应率；PR：部分反应；SD：疾病稳定；TTB：目标肿瘤负荷。
总之，研究显示DPX-Survivac联合间歇性低剂量CPA和epacadostat具有良好的耐受性，其中epacadostat 100mg队列的14位受试者中的5位和epacadostat 300mg BID队列的39位受试者中的6位中目标病变的肿瘤负荷具有可测量的减少。此外，具有较低基线目标肿瘤负荷(＜5cm)的受试者中观察到的临床益处较大，其中所有受试者显示疾病控制率，并且在100mg队列中5位患者中的3位显示出反应。300mg队列的结果还显示较低的基线肿瘤负荷中的DCR和反应率(RR)更好。也参见图3。
登记有较高肿瘤负荷(5cm及以上)的患者具有微不足道(more modest)的肿瘤减小或根本没有减小；14位患者中的1位患者由于患者类别和疾病稳定而实现PR。初步分析表明epacadostat不存在与剂量相关的活性，甚至表明epacadostat 300mg与DPX-Survivac组合可能无效。此假设得到以下观察的支持：100mg中的治疗平均持续时间、T细胞反应和肿瘤消退比300mg中的更重要，如表3所示。
表3：Epacadostat剂量的反应数据
Figure BDA0003166487160000952
a：此队列中部分监测的数据。尚未接收到所有数据。数据可能改变。
缩写：CT：计算机断层扫描；PD：疾病进展；PR：部分反应；SD：疾病稳定。
在基线目标病变的总和<5cm的亚群中可以更清楚地观察到相同的负面影响的趋势(表4)。尽管可用于分析的受试者数量少，但观察到该亚群中100mg BID中，治疗的平均时间为8.8个月，而在300mg BID中为5.2个月。这表明100mg BID亚群中的受试者在研究中保持在治疗期中更长时间。此外，来自100mg的所有可评价的受试者均显示存活蛋白特异性T细胞反应，而300mg中的所有受试者均未显示反应。当观察肿瘤反应时，来自100mg队列中的所有受试者在试验期间一些时间点肿瘤消退，而300mg队列中仅3/9受试者(33％)如此。来自100mg的5位患者中的3位达到最佳PR反应，而300mg队列中9位受试者中仅1位如此。
表4：基线处目标病变总和<5cm的受试者中Epacadostat剂量的反应数据
Figure BDA0003166487160000961
a此队列中的部分监测数据。缩写：CT：计算机断层扫描；PD：疾病进展；PR：部分反应；SD：疾病稳定。
为确认两组之间观察到的差异不是由于受试者特征之间的不平衡，观察了已知与此类群体中更好的反应相关的一些特征：疾病阶段、对先前治疗的反应、先前化学疗法的线路和铂抗性状态。与300mg相比，100mg队列中的患者在研究开始时处于更晚期的阶段，分别为3c期的71.4％vs 51.3％和4期的28.6％vs 12.8％。与100mg相比，在300mg中处于最后治疗方案时具有PD最佳反应的受试者更多，分别为51.3％vs 14.3％。
300mg中的治疗路线的平均数高于100mg(分别为4.0vs 3.1)。尽管这可能对观察到的差异具有影响，但在100mg中患有铂抗性疾病的患者中观察到临床反应的事实表明铂状态特征可能不是观察到的差异中的因素。
实施例2
进行了2期研究，检查免疫治疗剂DPX-Survivac与低剂量环磷酰胺在复发性卵巢癌患者中的功效。招募基线目标肿瘤总和＜5cm和≥5cm的受试者，以确认在没有epacadostat的治疗中观察到在＜5cm中检测到的益处。
实施例3
进行了2期研究，检查免疫治疗剂DPX-Survivac与间歇性低剂量环磷酰胺在复发性卵巢癌患者中的功效。该方案与实施例1中概述的方案类似——主要区别在于受试者没有接受epacadostat，并且仅招募具有长度小于4cm的单个肿瘤病变的受试者(即，最大肿瘤的最长直径必须小于4cm)。
受试者接受以下方案(参见图1A)：
·在研究D7和研究D28，间隔3周两个0.25mL剂量的DPX-Survivac，然后间隔8周，0.1mL剂量的DPX-Survivac
·在研究D0至研究D6(7天)，以50mg BID的剂量的间歇低低剂量CPA(口服)，然后停药7天和给药7天，历时DPX-Survivac治疗的持续期间。
数据意外地证明，估计肿瘤负荷可以是受试者对研究治疗反应的可能性的关键替代标志物。来自显示估计肿瘤负荷<4cm(通过最大肿瘤病变的最长直径测量)的受试者的数据更有可能反应，如图5所示，这表明大多数接受DPX-Survivac/CPA治疗的具有低肿瘤负荷的受试者显示肿瘤减少和令人印象深刻的疾病控制率。在估计肿瘤负荷<4cm的16位受试者中，2位受试者(12.5％)此时已达到部分反应(PR)，11位受试者(68.75％)已达到疾病稳定(SD)，产生目标病变的81.25％的DCR。
实施例4
弥漫性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)是最常见的非何杰金氏淋巴瘤类型。尽管在3位患者中的2位中标准疗法通常能成功治愈DLBCL，但大约33％的患者将停止对其当前治疗作出反应，或者其癌症将复发。由于这些患者的存活率低，因此迫切需要对这些患者进行新的和有效的治疗。
DLBCL是与其它类型的淋巴瘤相比一直表现出“高和强”的存活蛋白表达的淋巴瘤亚型。研究已通过免疫组化显示60％(134/222)DLBCL患者中存活蛋白表达，其中存活蛋白表达与存活率负相关(Adida C,Haioun C,Gaulard P等人，Prognostic significance ofsurvivin expression in diffuse large B-cell lymphomas.Blood.2000；96(5):1921-1925)，而39％DLBCL患者(22/56)中存活蛋白表达(>45％阳性肿瘤细胞)，其中存活蛋白表达与较短存活期相关(Markovic O,Marisavljevic D,Cemerikic-Martinovic V等人，Survivin expression in patients with newly diagnosed nodal diffuse large Bcell lymphoma(DLBCL).Med Oncol.2012；29(5):3515-3521)。
此实例报道了2期非随机化、开放标记、不受控制的功效和安全性研究，检查与程序性细胞死亡1(PD-1)抑制剂(例如，帕博利珠单抗)一起给予的免疫治疗剂DPX-Survivac与低剂量环磷酰胺在患有持续性或复发性/难治性弥漫性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)患者中的功效。研究受试者患有复发性弥漫性大细胞B细胞淋巴瘤(DLBCL)，不符合高剂量治疗和自体干细胞移植(ASCT)。由于没有有效的抢救疗法，这些指定群体最终将死于其疾病。
研究参与者接受以下治疗方案(图1C)：
·在研究第7天和28天间隔21天的两个起始剂量的0.5mL DPX-Survivac，且每两个月0.1ml的维持注射。所有注射均在大腿上部皮肤下给予。
·从研究D0至研究D6(7天)，以50mg BID剂量的间歇性低剂量CPA(口服)，然后停药7天和给药7天，历时研究的持续时间。
·每3周静脉内200mg帕博利珠单抗，在研究第7天开始。
在大约研究第70天(如果有证据证明研究第49天明显的2级或更高级的注射部位反应或溃疡)或通常在大约研究第91天且此外在所有参与者的研究结束或退出研究时，参与者进行“再分期”，以评价其疾病状态。
在研究第77-83天之间，针对在SD49或SD98和SD104之间(如果没有证据证明注射部位反应或溃疡)具有任何2级或更高级注射部位反应或溃疡的参与者，进行随访肿瘤活检。
标准
入选条件
·具有组织学证实的复发性DLBCL的受试者。受试者可能在DLBCL的一级、二级或三级治疗方案后复发。
·在积极性第一线组合化学疗法(例如RCHOP、Hyper-CVAD或其它积极性“治愈性”组合)、自体干细胞移植(ASCT)或积极性第二线组合疗法后至少90天复发的受试者符合条件。
·第一线治疗(非ASCT候选者)后具有部分反应或可测量疾病或在第二线或第三线治疗之后无疾病进展的患者也符合条件。在针对第一、第二或第三线疾病进行在有或没有利妥昔单抗的非积极性组合或单一试剂疗法(即CVP、CHL或VP16)后的任何时间复发的患者符合条件。
纳入标准
·愿意并能够为试验提供书面知情同意书/同意。
·在签署知情同意书当天18岁以上且属于任何种族或族裔群体的男性或女性。
·使用标准CT成像，基于Cheson标准具有至少一个可测量疾病部位。
·愿意为新获得的(在第0天前上至3个月)肿瘤病变的活检提供组织。如果这不可用，患者必须愿意在开始治疗前进行核心活检。他们还必须愿意提供治疗中的活检。注意：可以使用超过上述3个月时间线7天的治疗前活检。
·具有ECOG表现量表0-1的表现状态。
·展示定义的足够器官功能。足够器官功能应在接受第一剂量的研究药物(第0天)前48小时内确认。如果肝酶异常上至正常上限的5倍和/或GFR降低50-100％正常范围的患者，如果改变是由淋巴瘤引起的，则可以考虑纳入。
·在SD0之前超过21天进行先前局部手术、放射疗法、化学疗法和免疫疗法。可针对已接受单一试剂疗法的受试者给予上至100mg/天的环磷酰胺，直至SD-1。
·受试者必须具有治疗前肿瘤样品中存活蛋白表达的证据(>10％的肿瘤细胞被染色)。
·预期寿命>6个月。
·有生育潜力的女性受试者在接受第一剂量的研究药物(第0天)前72小时内具有阴性尿液或血清妊娠。如果尿检呈阳性或不能确认为阴性，则将需要进行血清妊娠试验。
·有生育潜力的女性受试者应愿意使用2种避孕方法或以外科手术绝育，或在最后一剂量的研究药物后120天的研究过程内避免异性活动(参考部分6.1.8)。有生育潜力的受试者是尚未经过外科手术绝育后或尚未绝经>1年的那些受试者。
·男性受试者应同意从第一剂量的研究治疗开始到最后一次研究访问后120天使用适当的避孕方法。
·能够遵守方案要求。
排除标准
·在第一剂量治疗(SD0)的21天内目前正参与并接受研究治疗，或已参与研究性试剂的研究并接受研究治疗或使用研究性装置。
·有资格进行可能的治愈性疗法(如ASCT)的患者。
·LDH大于5倍正常上限
·在第一剂量的试验治疗(SD0)前35天内被诊断为免疫缺陷或正接受全身性类固醇治疗或任何其它形式的免疫抑制治疗，但用作化学疗法或对比增强研究的前药符合条件。受试者可能接受生理剂量的替代泼尼松或等同剂量的皮质类固醇(每天<10mg)。
·先前接受同种异体干细胞移植
·具有已知的活性TB(结核杆菌(Bacillus Tuberculosis))
·对帕博利珠单抗或其任何赋形剂超敏。
·在研究第0天之前的21天内已使用先前抗癌单克隆抗体(mAb)，或者由于之前给予超过21天的试剂而导致的不良事件尚未恢复(即，≤1级)。
·在研究第0天之前的21天内已接受先前化学治疗、目标小分子治疗或放射治疗。受试者必须已从先前治疗的所有急性毒性中恢复；周围神经病变必须≤2级。
·患有正在进展或需要积极治疗的已知的另外恶性肿瘤。例外情况包括已经历潜在治愈性治疗的皮肤的基底细胞癌或皮肤鳞状细胞癌或原位宫颈癌。
·患有已知活性中枢神经系统(CNS)癌转移和/或癌性脑膜炎。先前已治疗脑转移的受试者可以参与，条件是他们稳定(在第一剂量试验治疗前至少4周内，通过成像没有进展的证据，并且任何神经症状已恢复至基线，没有新的或扩大的脑转移的证据，并在试验治疗前至少35天不使用类固醇。
·在SD0前35天内需要治疗的进展性CNS淋巴瘤。
·在过去2年内具有需要全身治疗(即使用疾病调节剂、皮质类固醇或免疫抑制药物)的活性自身免疫性疾病的病史。替代疗法(例如，针对肾上腺或垂体功能不全的甲状腺素、胰岛素或生理性皮质类固醇替代疗法等)不视为全身治疗的形式。
·具有已知的活性、非传染性肺炎病史或有任何该病的证据。
·过去5年内患有甲状腺炎。
·具有需要全身治疗的活性感染。注意：在SD0前7天完成针对急性感染的抗生素疗程并且未经历症状复发或发烧的受试者符合条件。
·具有可能混淆试验结果、干扰受试者在整个试验持续时间的参与或在治疗研究者观点中受试者并非最有兴趣参与的任何状况、疗法或实验室异常的病史或当前证据。
·患有将干扰与试验要求的合作的已知精神或药物滥用障碍。
·怀孕或哺乳，或预期在试验计划持续时间内怀孕或孕育孩子，从筛选访问开始到研究完成后120天
·已接受抗-PD-1、抗-PD-L1或抗-PD-L2试剂的先前治疗。
·具有已知人免疫缺陷病毒(HIV)(HIV 1/2抗体)病史。
·患有已知活性乙型肝炎(例如，HBsAg反应性)或丙型肝炎(例如，检测到HCV RNA[定性])。允许有乙型肝炎表面抗原的证据但无转氨酶过高(transaminitis)，条件是患者用抗病毒疗法(Heptavir或Tenofovir)进行治疗
·先前已接受基于存活蛋白疫苗的患者。
·将干扰皮下注射或潜在皮肤反应的随后评价的急性或慢性皮肤障碍。
·严重的并发慢性或急性疾病，如心脏病(纽约心脏协会III或IV类)、肝病或其它被研究者认为对研究产品具有不适当高风险的疾病。
·对任何疫苗过敏，在用医学监测器讨论之后严重到足以保证从本研究中排除。
·在研究疗法计划开始30天内接受活疫苗。注意：用于注射的季节性流感疫苗通常为灭活流感疫苗并被允许；然而，鼻内流感疫苗为减毒疫苗，且不被允许。
表5：DLBLC：基于肿瘤负荷，随时间推移每个可评价受试者的反应
Figure BDA0003166487160001001
Figure BDA0003166487160001011
来自显示估计肿瘤负荷≤20cm2(通过目标病变的SPD的总和测量)的受试者的数据更有可能作出反应(响应，respond)，如图6和7所示，这证明大多数用DPX-Survivac/CPA/帕博利珠单抗治疗的具有低肿瘤负荷受试者显示出所有可评价受试者的肿瘤消退和令人印象深刻的疾病控制率。与表5一起，图6和7突出显示具有较高反应百分比的受试者主要是具有较低肿瘤负荷(小于20cm2)的受试者。
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虽然上述发明已经通过说明和实例的方式用于清楚理解的目的在一些细节方面进行了描述，但是本领域技术人员根据本发明传授的内容很容易明白可以对其进行某些变化和修改而不偏离所附权利要求的精神或范围。
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Cys Thr Pro Glu Arg Met Ala Glu Ala Gly Phe Ile His Cys Pro Thr
35 40 45
Glu Asn Glu Pro Asp Leu Ala Gln Cys Phe Phe Cys Phe Lys Glu Leu
50 55 60
Glu Gly Trp Glu Pro Asp Asp Asp Pro Ile Glu Glu His Lys Lys His
65 70 75 80
Ser Ser Gly Cys Ala Phe Leu Ser Val Lys Lys Gln Phe Glu Glu Leu
85 90 95
Thr Leu Gly Glu Phe Leu Lys Leu Asp Arg Glu Arg Ala Lys Asn Lys
100 105 110
Ile Ala Lys Glu Thr Asn Asn Lys Lys Lys Glu Phe Glu Glu Thr Ala
115 120 125
Lys Lys Val Arg Arg Ala Ile Glu Gln Leu Ala Ala Met Asp
130 135 140
<210> 2
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 2
Phe Glu Glu Leu Thr Leu Gly Glu Phe
1 5
<210> 3
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成肽
<400> 3
Phe Thr Glu Leu Thr Leu Gly Glu Phe
1 5
<210> 4
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 4
Leu Thr Leu Gly Glu Phe Leu Lys Leu
1 5
<210> 5
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成肽
<400> 5
Leu Met Leu Gly Glu Phe Leu Lys Leu
1 5
<210> 6
<211> 10
<212> PRT
<213> 智人
<400> 6
Arg Ile Ser Thr Phe Lys Asn Trp Pro Phe
1 5 10
<210> 7
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成肽
<400> 7
Arg Ile Ser Thr Phe Lys Asn Trp Pro Lys
1 5 10
<210> 8
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成肽
<400> 8
Ser Thr Phe Lys Asn Trp Pro Phe Leu
1 5
<210> 9
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成肽
<400> 9
Leu Pro Pro Ala Trp Gln Pro Phe Leu
1 5
<210> 10
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成肽
<400> 10
Ala Gln Tyr Ile Lys Ala Asn Ser Lys Phe Ile Gly Ile Thr Glu Leu
1 5 10 15
<210> 11
<211> 429
<212> DNA
<213> 智人
<400> 11
atgggtgccc cgacgttgcc ccctgcctgg cagccctttc tcaaggacca ccgcatctct 60
acattcaaga actggccctt cttggagggc tgcgcctgca ccccggagcg gatggccgag 120
gctggcttca tccactgccc cactgagaac gagccagact tggcccagtg tttcttctgc 180
ttcaaggagc tggaaggctg ggagccagat gacgacccca tagaggaaca taaaaagcat 240
tcgtccggtt gcgctttcct ttctgtcaag aagcagtttg aagaattaac ccttggtgaa 300
tttttgaaac tggacagaga aagagccaag aacaaaattg caaaggaaac caacaataag 360
aagaaagaat ttgaggaaac tgcgaagaaa gtgcgccgtg ccatcgagca gctggctgcc 420
atggattga 429
<210> 12
<400> 12
000
<210> 13
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成肽
<220>
<221> MOD_RES
<222> (3)..(3)
<223> 环己基丙氨酰（Cyclohexylalanyl）
<400> 13
Ala Lys Ala Val Ala Ala Trp Thr Leu Lys Ala Ala Ala
1 5 10
<210> 14
<400> 14
000
<210> 15
<211> 21
<212> PRT
<213> 破伤风梭菌（Clostridium tetani）
<400> 15
Phe Asn Asn Phe Thr Val Ser Phe Trp Leu Arg Val Pro Lys Val Ser
1 5 10 15
Ala Ser His Leu Glu
20
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 16
tccatgacgt tcctgacgtt 20
<210> 17
<211> 4
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成肽
<400> 17
Cys Gly Pro Cys
1
<210> 18
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成肽
<220>
<221> MOD_RES
<222> (1)..(1)
<223> Pam3Cys
<400> 18
Cys Ser Lys Lys Lys
1 5
<210> 19
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<220>
<221> 修饰的_碱基（modified_base）
<222> (1)..(1)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (3)..(3)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (5)..(5)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (7)..(7)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (9)..(9)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (11)..(11)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (13)..(13)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (15)..(15)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (17)..(17)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (19)..(19)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (21)..(21)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (23)..(23)
<223> 肌苷
<220>
<221> 修饰的_碱基
<222> (25)..(25)
<223> 肌苷
<400> 19
ncncncncnc ncncncncnc ncncnc 26
<210> 20
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成肽
<220>
<221> MOD_RES
<222> (1)..(1)
<223> Pam2Cys
<400> 20
Cys Ser Lys Lys Lys Lys
1 5
<210> 21
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成肽
<220>
<221> MOD_RES
<222> (1)..(1)
<223> Pam3Cys
<400> 21
Cys Ser Lys Lys Lys Lys
1 5

Claims (47)

1.用于改善T细胞活化治疗剂在治疗受试者肿瘤中的功效的方法，所述方法包括：
a)测量所述受试者的估计肿瘤负荷；
b)向有需要的所述受试者给予有效量的至少一种活性剂，其中所述受试者具有低的估计肿瘤负荷；和
c)向所述受试者给予治疗有效量的所述T细胞活化治疗剂，其中所述T细胞活化治疗剂包含至少一种存活蛋白抗原。
2.治疗具有低肿瘤负荷的受试者中的肿瘤的方法，所述方法包括：
a)测量所述受试者的估计肿瘤负荷；
b)向有需要的所述受试者给予有效量的至少一种活性剂，其中所述受试者具有低的估计肿瘤负荷；和
c)向所述受试者给予治疗有效量的T细胞活化治疗剂，其中所述T细胞活化治疗剂包括至少一种存活蛋白抗原。
3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述估计肿瘤负荷基于最大肿瘤病变。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述估计肿瘤负荷基于所述最大肿瘤病变的最长直径。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中当所述最大肿瘤病变涉及淋巴结时，所述估计肿瘤负荷基于淋巴结的短轴的直径。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中当所述最大肿瘤病变的所述最长直径小于约10cm、约9cm、约8cm、约7cm、约6cm、约5cm、约4cm、约3cm、或约2cm时，所述受试者具有低的估计肿瘤负荷。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中当所述最大肿瘤病变的所述最长直径小于约4cm时，所述受试者具有低的估计肿瘤负荷。
8.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述估计肿瘤负荷基于至少两个目标肿瘤病变的直径的总和。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述直径是：
a)所述目标肿瘤病变的最长直径；和/或
b)当所述目标肿瘤病变涉及淋巴结时，淋巴结的短轴的直径。
10.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述估计肿瘤负荷基于至少两个目标肿瘤病变的直径的乘积的总和。
11.根据权利要求8-10中任一项所述的方法，其中所述目标肿瘤病变：
a)基于其大小和/或所述病变对精确重复测量的适合性来选择；和/或
b)是所述最大肿瘤病变。
12.根据权利要求8-11中任一项所述的方法，其中所述目标肿瘤病变的数量在2至5之间，并且任选地，其中每个器官测量不超过两个目标肿瘤病变。
13.根据权利要求8-12中任一项所述的方法，其中当所述目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约10cm、约9cm、约8cm、约7cm、约6cm、约5cm、约4cm、或约3cm时，所述受试者具有低的估计肿瘤负荷。
14.根据权利要求8-13中任一项所述的方法，其中当所述目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约5cm时，所述受试者具有低的估计肿瘤负荷。
15.根据权利要求8-14中任一项所述的方法，其中当所述目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约30cm2、约27cm2、约25cm2、约22cm2、约20cm2、约17cm2、约15cm2、约12cm2、或约10cm2时，所述受试者具有低的估计肿瘤负荷。
16.根据权利要求8-15中任一项所述的方法，其中当所述目标肿瘤病变的最长直径的总和小于约20cm2时，所述受试者具有低的估计肿瘤负荷。
17.根据权利要求1-16中任一项所述的方法，其中在步骤b)中，所述活性剂的有效量是足以提供免疫调节作用的量。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述活性剂在所述T细胞活化治疗剂之前给予。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中步骤b)包括在给予所述T细胞活化治疗剂之前至少两天向所述受试者给予第一剂量的所述活性剂。
20.根据权利要求1-19中任一项所述的方法，其中步骤b)包括在给予所述T细胞活化治疗剂之前约一周向所述受试者给予第一剂量的所述活性剂。
21.根据权利要求1-20中任一项所述的方法，其中步骤b)包括向所述受试者给予第一剂量的所述活性剂，随后给予一个或多个维持剂量的所述活性剂。
22.根据权利要求1-21中任一项所述的方法，其中步骤b)包括每天向所述受试者给予所述活性剂两次，持续约一周的时间段。
23.根据权利要求1-22中任一项所述的方法，其中步骤b)包括以低剂量节律式方案向所述受试者给予所述活性剂。
24.根据权利要求23所述的方法，其中所述节律式方案包括每隔一周每天向所述受试者给予所述活性剂，持续约一周的时间段。
25.根据权利要求24所述的方法，其中每天给予所述活性剂两次。
26.根据权利要求23-25中任一项所述的方法，其中所述节律式方案包括给予所述活性剂，持续两周的周期，其中在所述周期的第一周期间向所述受试者给予所述活性剂，其中在所述周期的所述第二周期间不向所述受试者给予所述活性剂，并且其中所述节律式方案包括至少两个周期。
27.根据权利要求1-26中任一项所述的方法，其中步骤c)包括每三周向所述受试者给予所述T细胞活化治疗剂约一次。
28.根据权利要求1-27中任一项所述的方法，其中步骤b)包括在给予第一剂量的所述T细胞活化治疗剂之前约一周开始向所述受试者给予所述活性剂，并且步骤c)包括每三周向所述受试者给予所述T细胞活化治疗剂约一次。
29.根据权利要求1-28中任一项所述的方法，其中所述存活蛋白抗原是包括至少一个氨基酸序列的肽抗原，其中所述氨基酸序列是FEELTLGEF(SEQ ID NO:2)；FTELTLGEF(SEQID NO:3)；LTLGEFLKL(SEQ ID NO:4)；LMLGEFLKL(SEQ ID NO:5)；RISTFKNWPF(SEQ ID NO:6)；RISTFKNWPK(SEQ ID NO:7)；STFKNWPFL(SEQ ID NO:8)；或LPPAWQPFL(SEQ ID NO:9)，或编码所述肽抗原的核酸分子。
30.根据权利要求1-29中任一项所述的方法，其中所述活性剂是干扰DNA复制的试剂。
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述活性剂是烷基化剂。
32.根据权利要求31所述的方法，其中所述烷基化剂是氮芥烷基化剂，任选地是环磷酰胺。
33.根据权利要求30所述的方法，其中所述活性剂是：
a)吉西他滨、5-FU、顺铂、奥沙利铂、替莫唑胺、紫杉醇、卡培他滨、甲氨蝶呤、表柔比星、伊达比星、米托蒽醌、博来霉素、地西他滨、或多西他赛中的至少一种；
b)沙利度胺、硼替佐米、IL-2、IL-12、IL-15、IFN-γ、IFN-α、或TNF-α、二甲双胍、或来那度胺中的至少一种；和/或
c)VEGF、VEGFR或CD40中的至少一种。
34.根据权利要求1-33中任一项所述的方法，其中所述T细胞活化治疗剂是包含所述至少一种存活蛋白抗原、脂质体和包含连续相的疏水物质的载体的组合物。
35.根据权利要求1-34中任一项所述的方法，其中所述活性剂通过直接增强针对所述抗原的免疫反应，如通过增加抗原特异性CD8+T细胞的活性或数量来改善所述T细胞活化治疗剂的功效。
36.根据权利要求35所述的方法，其中增加抗原特异性CD8+T细胞的活性或数量包括由于总CD8+T细胞的相对减少而富集抗原特异性CD8+T细胞。
37.根据权利要求1-36中任一项所述的方法，其中所述活性剂通过减少抑制性免疫细胞例如CD4+FoxP3+调节T细胞(Tregs)、髓源性抑制细胞(MDSC)、和/或CD19+CD1d+CD5+B细胞(Bregs)的数量或活性来改善所述T细胞活化治疗剂的功效。
38.根据权利要求1-37中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括步骤d)给予至少一种另外的治疗剂。
39.根据权利要求38所述的方法，其中所述至少一种另外的治疗剂是：
a)一种或多种检查点剂；
b)rapalogue、组蛋白脱乙酰基酶(HDAC)抑制剂、parp抑制剂、或吲哚胺2,3-二加氧酶抑制剂中的一种或多种；和/或
c)阿霉素、曲妥珠单抗、贝伐单抗、舒尼替尼、索拉非尼、或其组合。
40.根据权利要求39所述的方法，其中所述检查点剂是免疫检查点蛋白的抑制剂，其中所述免疫检查点蛋白是程序性死亡-配体1(PD-L1，也称为B7-H1、CD274)、程序性死亡1(PD-1、CD279)、CTLA-4(CD154)、LAG3(CD223)、TIM3(HAVCR2、CD366)、41BB(CD137)、ICOS(诱导型T细胞共刺激剂)、杀伤抑制受体(KIR)、CD27、OX-40、GITR或磷脂酰丝氨酸(PS)。
41.根据权利要求40所述的方法，其中PD-1的抑制剂是抗体，任选地帕博利珠单抗。
42.根据权利要求38-41中任一项所述的方法，其中向所述受试者给予第一剂量的所述另外的治疗剂，随后给予一个或多个维持剂量的所述另外的治疗剂。
43.根据权利要求38-42中任一项所述的方法，其中约每1-4周给予所述另外的治疗剂。
44.根据权利要求43所述的方法，其中每3周给予所述另外的治疗剂。
45.根据权利要求1-44中任一项所述的方法，其中所述肿瘤是实体瘤。
46.根据权利要求1-44中任一项所述的方法，其中所述肿瘤是血液恶性肿瘤。
47.根据权利要求1-46中任一项所述的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌、卵巢肿瘤、输卵管肿瘤、腹膜肿瘤、膀胱肿瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、神经胶质瘤、非小细胞肺肿瘤、或肝细胞癌。
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