CN113490752A - 幽门螺杆菌相关疾病的遗传标志物 - Google Patents

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Abstract

本申请涉及用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物及其用途，所述组合物包含用于测量基因的表达量的制剂，所述基因的表达通过幽门螺杆菌感染而增加或降低。

Description

幽门螺杆菌相关疾病的遗传标志物
技术领域
本申请涉及可以有效地用于诊断和治疗幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)相关疾病的遗传标志物。
背景技术
1983年，澳大利亚微生物学家Marchall和Warren首先在B型胃炎患者的胃粘膜活检组织中发现了一种弯曲细菌，然后培养该细菌并鉴定它是与弯曲菌属相关的新种。此后，对幽门螺杆菌与上消化道疾病如胃炎、消化性溃疡等之间的关联进行了积极的研究。幽门螺杆菌是一种革兰氏阴性杆菌，具有被薄膜包围的鞭毛，释放大量的脲酶，已知通过粪便-口服途径传播，并且是一种在世界范围内引起极大兴趣的病原体，因为世界卫生组织(WHO)在1994年将其确定为明确的致癌物。
目前，已知幽门螺杆菌引起的疾病的发病机理如下：与食物一起进入胃腔的细菌通过具有强运动性的鞭毛穿透胃粘液层，栖息于上皮层和胃粘液层中细胞之间的连接处，并且释放大量的脲酶以将粘液层变为碱性，从而导致胃泌素对胃酸分泌的异常过度刺激，进而导致炎症和溃疡。另外，根据最近的研究发现，幽门螺杆菌是胃腺癌发病的重要危险因素，世界卫生组织已经将幽门螺杆菌指定为I类致癌物。
特别地，据报道在包括韩国在内的发展中国家经常发生幽门螺杆菌感染。根据对5,732名无上消化道症状的人进行的全国流行病学调查，幽门螺杆菌感染的总体患病率为46.6％，16岁以上成人感染率为69.4％，40多岁的人感染率尤其高(78.5％)。另外，根据对1,031名消化性溃疡患者的调查，发现66％的胃溃疡患者和79％的十二指肠溃疡患者被幽门螺杆菌感染，而据报道71％的胃溃疡和十二指肠溃疡患者被幽门螺杆菌感染。
许多疾病状态的特征在于通过遗传DNA拷贝数的变化或通过特定基因的转录水平的变化(例如，通过控制启动、提供RNA前体、RNA加工等)的各种基因的表达水平的差异。例如，遗传物质的损失和获得在恶性转化和进展中起重要作用。这些获得和损失被认为是由至少两种基因(癌基因和肿瘤抑制基因)“驱动”。癌基因是肿瘤发生的正调节物，而肿瘤抑制基因是肿瘤发生的负调节物。因此，特定基因(例如，癌基因或肿瘤抑制基因)的表达(转录)水平的变化用作各种癌症的存在和进展的提示(signpost)。
幽门螺杆菌感染逆转了这些基因表达模式中的一些或全部。因此，这些基因中的一些或全部的表达模式变化可以用作监测或预测药物功效的方法。基因表达变化的分析可以在目的靶组织(例如肿瘤)或一些替代细胞群(例如外周血白细胞)中进行。在后一种情况下，基因表达变化与功效(例如肿瘤缩小或非生长)的相关性必须特别强，以使基因表达变化模式用作功效的标志物。用于检测幽门螺杆菌感染的许多常规诊断制剂是本领域已知的(专利文献1和专利文献2)。
然而，迄今为止，关于其表达模式可能通过幽门螺杆菌感染而改变的一组特定基因的信息，以及通过使用该信息来诊断或预测与幽门螺杆菌相关疾病的发展、进展和预后的方法几乎不为人所知。
现有技术文献
专利文献
(专利文献1)公开号为2003-0001506的韩国未经审查的专利申请
(专利文献2)公开号为2000-0033013的韩国未经审查的专利申请
本发明的公开内容
技术问题
本申请的一个目的是提供：用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物，所述组合物包含用于测量基因的表达量的制剂，所述基因的表达通过幽门螺杆菌感染而增加或降低；以及通过使用所述组合物辅助诊断、预测预后和确定患有幽门螺杆菌相关疾病的患者的治疗策略的方法。
另外，本申请的另一个目的是提供：用于鉴定和分析哺乳动物组织或细胞样品中一组基因的方法，所述基因的表达通过幽门螺杆菌感染而特异性地改变；以及通过将该组基因用作生物标志物而在哺乳动物对象中诊断幽门螺杆菌相关疾病并预测治疗效果的方法。
技术方案
为了实现上述目的，本申请的一个方面提供了用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物和试剂盒，其包含用于测量基因的表达量的制剂，所述基因的表达通过幽门螺杆菌感染而增加或降低。
本申请的另一方面提供了用于提供关于诊断或预后预测的信息的方法，其包括以下步骤：测量存在于感染有幽门螺杆菌的患者的生物样品中的基因的mRNA的量或者由所述基因表达的蛋白质的量，所述基因的表达通过幽门螺杆菌感染而增加或降低；以及将所述量与在正常对象的样品中测量的量进行比较。
有利效果
在本申请中，鉴定了与幽门螺杆菌感染相关的表达特异性增加或降低的一组基因，并且当克服幽门螺杆菌感染时，发现该组基因的表达恢复到正常状态。因此，本发明的组合物和试剂盒可以有效地用于幽门螺杆菌相关疾病的诊断或预后预测。
然而，本申请的效果不限于上述效果，本发明所属技术领域的技术人员将从以下描述中清楚地理解未提及的其它效果。
附图简述
图1是显示通过幽门螺杆菌感染而表达特异性增加的基因类型的图。
图2是显示当用本申请的泡菜提取物处理细胞系时，表达恢复到正常状态的一系列基因的热图和电泳照片，所述细胞系感染有幽门螺杆菌，因此在所述细胞系中特定基因的表达增加。
图3是显示通过幽门螺杆菌感染其表达特异性降低的基因类型的图。
图4是显示当用本申请的泡菜提取物处理细胞系时，表达恢复到正常状态的一系列基因的热图和电泳照片，所述细胞系感染有幽门螺杆菌，因此在所述细胞系中特定基因的表达降低。
图5是显示在动物模型中通过本申请的泡菜提取物的处理，使由幽门螺杆菌感染引起的ER应激基因的增加的表达恢复到正常状态的图。
图6是显示在动物模型中通过本申请的泡菜提取物的处理，使由幽门螺杆菌感染引起的抗氧化的基因的降低的表达恢复到正常状态的图。
用于实施本发明的模式
在下文中，将具体描述本申请。
除非本文另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的技术人员通常理解的相同的含义。通常，本文使用的命名法和下文将描述的实验方法是本领域熟知和常用的那些。
在下文中，将更详细地描述本发明。
1.用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物和试剂盒
本申请提供了：用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物，其包含用于测量基因的表达量的制剂，所述基因的表达通过幽门螺杆菌感染而增加或降低；以及用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的试剂盒，其包含所述组合物。在本申请的一个实施方案中，通过幽门螺杆菌感染而表达增加的基因可以选自：FGF21(成纤维细胞生长因子21，基因ID：26291)、CTH(胱硫醚g裂解酶，基因ID：1491)、CREBRF(cAMP响应元件结合蛋白，基因ID：153222)、DLL4(δ样4，基因ID：54567)、FGF18(成纤维细胞生长因子18，基因ID：8817)、FOS(Fos原癌基因，AP-1转录因子亚基，基因ID：2353)、PDK1(磷酸肌醇依赖性激酶-1，基因ID：5170)、PTPRN(受体型酪氨酸蛋白磷酸酶样N，基因ID：5798)、CLIC4(氯化物细胞内通道4，基因ID：25932)、PTPRB(蛋白酪氨酸磷酸酶，受体B型，基因ID：5787)、PPP1R15A(蛋白磷酸酶1调节亚基15A，基因ID：23645)、PTPRH(蛋白酪氨酸磷酸酶，受体H型，基因ID：5794)、DDIT3(DNA损伤诱导转录物3，基因ID：1649)、BIRC3(含杆状病毒IAP重复3，基因ID：330)、FOXO3(叉头框O3，基因ID：2309)、BCL2(BCL2，凋亡调节因子，基因ID：596)、PRKCE(蛋白激酶Cε，基因ID：5581)、CHMP4C(带电荷的多泡体蛋白4C，基因ID：92421)、CLDN14(密封蛋白14，基因ID：23562)、SLC7A11(溶质载体家族7成员11，基因ID：23657)、BOC(BOC细胞粘附相关的，癌基因调节的，基因ID：91653)、AJUBA(ajuba LIM蛋白，基因ID：84962)、LMO7(LIM结构域7，基因ID：4008)、MMP24(基质金属肽酶24，基因ID：10893)、C3orf58(发散蛋白激酶结构域2A，基因ID：205428)、KLF10(Kruppel样因子10，基因ID：7071)、CSGALNACT1(硫酸软骨素N-乙酰半乳糖胺基转移酶1，基因ID：55790)、CEP120(中心体蛋白120，基因ID：153241)、CHAC1(ChaC谷胱甘肽特异性γ-谷氨酰环化转移酶1，基因ID：79094)、ASNS(天冬酰胺合成酶(谷氨酰胺水解)，基因ID：440)、NFE2L2(红细胞衍生核因子2样蛋白2)、RIOK3(RIO激酶3，基因ID：8780)、TXNIP(硫氧还蛋白相互作用蛋白，基因ID：10628)、MTR(5-甲基四氢叶酸-高半胱氨酸甲基转移酶，基因ID：4548)、IFRD1(干扰素相关发育调节因子1，基因ID：3475)及以上的组合，但本申请不限于此。确定基因的表达是否增加允许幽门螺杆菌感染的诊断。在本申请的一个实施方案中，通过幽门螺杆菌感染而表达增加的基因可以选自FGF21、CTH、CREBRF、PTPRN及以上的组合，但本申请不限于此。
在本申请的另一个实施方案中，通过幽门螺杆菌感染而表达降低的基因可以选自：ADGRA2(粘附G蛋白偶联受体A2，基因ID：25960)、TBX4(T-box 4，基因ID：9496)、OVOL2(卵样锌指2，基因ID：58495)、ACVRL1(活化素A受体样1型，基因ID：94)、ALB(白蛋白，基因ID：213)、JADE1(Jade家族PHD指1，基因ID：79960)、MLLT11(MLLT11，转录因子7辅因子，基因ID：10962)、ADORA1(腺苷A1受体，基因ID：134)、TNFRSF8(TNF受体超家族成员8，基因ID：943)、NLRP12(含NLR家族pyrin结构域蛋白12，基因ID：91662)、CASP14(半胱天冬酶14，基因ID：23581)、LTA(淋巴毒素α，基因ID：4049)、SMAGP(小细胞粘附糖蛋白，基因ID：57228)、NEO1(再生蛋白前体1，基因ID：4756)、MTSS1(含有I-BAR结构域的MTSS1，基因ID：9788)、TSPAN32(四跨膜蛋白32，基因ID：10077)、CLDN8(密封蛋白8，基因ID：9073)、MYBPH(肌球蛋白结合蛋白H，基因ID：4608)、SGCE(肌糖ε，基因ID：8910)、CDH15(钙粘蛋白15，基因ID：1013)、ARHGAP6(Rho GTP酶活化蛋白6，基因ID：395)、ZFP36L2(ZFP36环状指蛋白样2、基因ID：678)、EHF(ETS同源因子，基因ID：26298)、SLAMF6(SLAM家族成员6，基因ID：114836)、HLA-DPB1(主要组织相容性复合体，II类，DPβ1，基因ID：3115)、SSC5D(具有5个结构域的富含半胱氨酸的清道夫受体家族成员，基因ID：284297)、CCR4(C-C基序趋化因子受体4，基因ID：1233)、CCR7(C-C基序趋化因子受体7，基因ID：1236)、KLRG1(杀伤细胞凝集素样受体超家族G成员1，基因ID：10219)、BLNK(B细胞接头，基因ID：29760)、IGFBP1(胰岛素样生长因子结合蛋白1，基因ID：3484)、GIF(MIF，巨噬细胞迁移抑制因子，基因ID：4282)基因及以上的组合，但本申请不限于此。确定基因的表达是否降低允许幽门螺杆菌感染的诊断。
在本申请中，本领域技术人员可以容易地从公开的数据库(如NCBI的GenBank或文献)中获得如上文例示的通过幽门螺杆菌感染而表达增加或降低的基因的核苷酸序列，以及由该基因表达的蛋白质的氨基酸序列。具体地，可以经由NCBI基因搜索(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)使用国家生物技术信息中心(NCBI)中的唯一标识符(UID)来鉴定本申请的基因ID。
在本申请的一个实施方案中，用于测量通过幽门螺杆菌感染而表达增加或降低的基因的表达量的制剂可以是用于测量该基因的mRNA的量或者由该基因表达的蛋白质的量的制剂。用于测量基因的mRNA量的制剂是指能够特异性结合并识别基因的mRNA或者扩增所述基因的mRNA的量的制剂。作为具体实例，它可以是但不限于特异性结合mRNA或者通过mRNA的逆转录制备的cDNA的核苷酸序列的一对探针或一个探针。
在本申请中，“引物”是指具有游离的3’-末端羟基的短核酸序列，互补模板链与其形成碱基对，并因此当核酸聚合酶复制并扩增模板链时，其用于提供起始点。“探针”是指长度为几个到几百个碱基的核酸片段，其由能够特异性结合mRNA或cDNA的序列组成。
在本申请的一个实施方案中，基因的mRNA的量可以使用基因序列的有义和反义引物通过诸如PCR、RT-PCR、竞争性RT-PCR和实时RT-PCR的方法进行测量，可以使用具有能够特异性结合基因的mRNA或通过逆转录制备的cDNA的序列的探针通过诸如Northern印迹和微阵列的方法进行测量，以及此外，可以通过诸如RNA酶保护测定和测序的方法进行测量，但本申请不限于此，可以使用本领域技术人员已知的任何方法所需的任何制剂。
用于测量由基因表达的蛋白质的量的制剂是指能够特异性结合并识别蛋白质的制剂。作为具体实例，它可以是但不限于特异性结合蛋白质的抗体或适配体。
“抗体”是指免疫学上特异性结合蛋白质表位并具有反应性的免疫球蛋白分子，其意在包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、具有全长链结构的抗体、具有至少抗原结合功能的功能片段的抗体和重组抗体。适配体是指具有能够靶向并特异性结合蛋白质的特性的稳定的三维结构的单链核酸分子，可以通过指数富集(SELEX)技术等使用配体的系统进化来合成对蛋白质具有特异性的适配体。
在本申请的一个实施方案中，可以使用抗体或适配体，通过诸如蛋白质印迹、蛋白质微阵列(蛋白质芯片)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、二维电泳、免疫组织化学(IHC)、免疫荧光、共免疫沉淀测定、荧光激活细胞分类器(FACS)、放射免疫测定(RIA)、放射免疫扩散、基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)等的方法来测量由基因表达的蛋白质的量，但本申请不限于此，可以使用本领域技术人员已知的任何方法所需的任何制剂。
包含用于测量基因表达量的制剂的组合物可以用于诊断幽门螺杆菌相关疾病，以及预测患有该疾病的患者的预后。在本申请的一个实施方案中，当测量基因表达的量并因此基因表达的量增加或降低时，可以预测患有幽门螺杆菌相关疾病的患者将具有不良预后。因此，建立治疗的策略和对策是可能的。
在本申请中，术语“诊断”是鉴定病理状况的存在或特性，并且为了本发明的目的，它是指根据癌症患者的转移来确定对癌症的治疗效果的差异，以及确定相应的对象在癌症治疗后是否具有复发、药物反应、抗性等。优选地，当使用本发明基因的突变时，还可以通过检查患有肾癌的患者的样本中是否存在突变来预测存活率的差异。在这种情况下，根据患有肾癌的相应患者的转移和将来相应患者的预后，可以从存活率的差异来确定对肾癌的治疗效果的差异。
在本申请中，术语“预后”是指疾病的进展和完全恢复，包括例如幽门螺杆菌相关疾病的复发和转移扩散以及耐药性。在本申请的一个实施方案中，幽门螺杆菌相关疾病可以包括但不限于胃炎、胃溃疡、胃癌等。
在本申请中，术语“癌症”旨在包括以异常细胞的不受控制的生长为特征的一类疾病的任何成员。该术语包括所有已知的癌症和肿瘤病况，无论特征是恶性的、良性的、软组织的还是实体的，以及所有阶段和等级的癌症，包括转移前的癌症和转移后的癌症。
在本申请中，术语“基因”及其修饰产物包括参与多肽链合成的DNA片段，并且包括编码区上游和下游的区域，例如分别是启动子和3’-非翻译区，并且还包括相应编码片段(外显子)之间的插入序列(内含子)。
在本申请的一个实施方案中，基因的突变可以包括任何一个或多个突变，并且可以例如具有选自以下的至少一个突变：截短突变、错义突变、无义突变、移码突变、框内突变、剪接突变和剪接区突变。移码突变可以是选自移码插入(FS ins)突变和移码缺失(FSdel)突变中的至少一种。框内突变可以是选自框内插入(IF ins)突变和框内缺失(IF del)突变中的至少一种。
在多肽序列中的突变的上下文中的术语“X#Y”是本领域技术人员明显认识到的，其中“#”表示就多肽的氨基酸数量而言突变的位置，“X”表示在野生型氨基酸序列中的该位置处发现的氨基酸，“Y”表示在该位置处的突变氨基酸。
通过使用基因表达的增加或降低来诊断幽门螺杆菌相关疾病的预后的分析方法的实例是下一代测序(NGS)方法、RT-PCR、直接核酸测序方法、微阵列等，但本申请不限于此。在本申请的一个实施方案中，用于测定基因表达的增加或降低的抗体或核酸探针被可检测地标记。标记可以选自免疫荧光标记、化学发光标记、磷光标记、酶标记、放射性标记、亲和素/生物素、胶体金颗粒、有色颗粒和磁性颗粒，但本申请不限于此。在本申请的另一个实施方案中，基因表达的增加或降低可以通过放射免疫测定、蛋白质印迹测定、免疫荧光测定、酶免疫测定、免疫沉淀测定、化学发光测定、免疫组织化学测定、斑点印迹测定、狭缝印迹测定或流式细胞仪测定来确定，但本申请不限于此。
在本申请中，术语“多核苷酸”通常指可以是未修饰的RNA或DNA或者修饰的RNA或DNA的任何多聚核糖核苷酸或多聚脱氧核糖核苷酸。因此，如本文所定义的多核苷酸可以但不限于包括单链和双链DNA、包括单链和双链区的DNA、单链和双链RNA、以及包括单链和双链区的RNA、以及包括DNA和RNA的杂合分子，所述DNA和RNA可以是单链的或者更通常是双链的，或者可以包括单链和双链区。因此，由于其稳定性或其它原因而具有修饰的主链的DNA或RNA对应于本文所用术语中所述的“多核苷酸”。另外，含有不寻常碱基如肌苷或修饰碱基如氚化碱基的DNA或RNA也涵盖在本文所定义的术语“多核苷酸”中。通常，术语“多核苷酸”包括所有化学、酶促和/或代谢修饰形式的未修饰的多核苷酸。多核苷酸可以通过多种方法制备，包括体外重组DNA介导的技术，以及通过DNA在细胞和有机体中的表达制备，但本申请不限于此。
本申请的试剂盒包含如上所述的本申请的组合物，并且是非常经济的，因为与常规的基因检索方法相比，可以节省时间和成本。在本申请的一个实施方案中，能够检测多种基因的表达水平的一组引物可以在本申请的试剂盒中的一个芯片中堆叠在一起，因此与常规方法相比，可以节省时间和成本。
2.用于提供诊断幽门螺杆菌相关疾病所必需的信息的方法
本申请的另一方面提供了用于提供诊断对象的幽门螺杆菌相关疾病所必需的信息的方法，所述方法包括以下步骤：从对象的样品制备样本DNA；使用本申请的组合物或试剂盒扩增样本DNA；以及由扩增结果确定通过幽门螺杆菌感染而表达增加或降低的基因的表达水平。
本申请的另一方面提供了用于提供判断感染有幽门螺杆菌的对象的治疗效果差异所必需的信息的方法，所述方法包括以下步骤：用幽门螺杆菌相关疾病的任何治疗候选材料治疗对象，其中在所述对象中鉴定出通过幽门螺杆菌感染而表达增加或降低的基因；或者通过任何方法治愈对象；以及当用任何治疗候选材料或任何治疗方法改善或治疗疾病时，选择适合于患者的任何治疗候选材料或任何方法作为治疗候选材料或治疗方法。
本申请的又一方面提供了用于提供在感染有幽门螺杆菌的患者中幽门螺杆菌相关疾病的诊断，例如预后的诊断所必需的信息的方法，所述方法包括以下步骤：从感染有幽门螺杆菌的患者的样品制备样本DNA；使用本申请所述的组合物或试剂盒扩增样本DNA；以及由扩增结果确定通过幽门螺杆菌感染其表达增加或降低的基因的表达水平。
“用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物和试剂盒(composition and kit fordiagnosing a Helicobacter pylori-associated disease)”的描述与在“1.用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物和试剂盒(A composition and a kit for diagnosing a Helicobacter pylori-associated disease)”中描述的那些相同，因此省略其详细描述。
任何治疗候选材料可以是通常用于治疗幽门螺杆菌相关疾病的治疗剂，或者对疾病的治疗效果是未知的新材料，但本申请不限于此。任何治疗候选材料是否对某组患者具有治疗效果可以通过用任何治疗候选材料治疗感染有幽门螺杆菌的患者以检查治疗效果来确定。当治疗候选材料具有针对由幽门螺杆菌感染引起的胃炎的治疗效果时，可以预测，当治疗候选材料应用于患有由幽门螺杆菌感染引起的另一种疾病(例如胃溃疡或胃癌)的一组患者时，治疗候选材料具有高的治疗效果，从而提供有用的信息以确定治疗策略。另外，当通过使用任何治疗候选材料而对由幽门螺杆菌感染引起的胃炎没有发挥治疗效果时，不需要通过暂停对患有由幽门螺杆菌感染引起的另一种疾病(例如胃溃疡或胃癌)的患者组的治疗来进行不必要的治疗。因此，可以有效地设计治疗策略。
在本申请中，术语“样品”意在包括但不限于从患者获得的任何生物样本。在本申请的一个实施方案中，样品可以包括但不限于从患者的胃获得的细针吸出物(例如，通过随机乳腺细针抽吸收获的吸出物)，组织样品(例如，胃炎、胃溃疡、胃癌组织)，例如肿瘤活检(例如，吸出物活检、肿瘤的手术切除)及其细胞提取物。在一个实施方案中，样品是例如从胃炎、胃溃疡或胃癌制备的福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)的组织样品。在本申请的另一个实施方案中，样品是从冷冻组织制备的组织裂解物或提取物，所述冷冻组织获自患有胃炎、胃溃疡或胃癌的对象。
本申请的“对象”可以是所有动物，如大鼠、小鼠和家畜，包括人。具体地，对象可以是被幽门螺杆菌感染或疑似被幽门螺杆菌感染的对象。作为另一个实例，对象可以是患有或可能发展为幽门螺杆菌相关疾病的对象。更具体地，对象可以是感染有幽门螺杆菌的患者。
在本申请中，术语“患者”意在通常包括人，但也包括其它动物，如其它灵长类、啮齿动物、犬科动物、猫科动物、马科动物、绵羊科动物、猪科动物等。
在本申请中，术语“改善”是指但不限于至少降低与治疗相关的参数(如症状的程度)的所有行为。
在本申请中，术语“预防”意指包括抑制或延迟幽门螺杆菌相关疾病的症状的所有行为。
在本申请中，术语“治疗”意在包括改善或有益地改变幽门螺杆菌相关疾病的症状的所有行为。
另外，在本申请中，术语“施用”是指以适当的方式将预定物质引入对象。
在本申请中，可以分析本申请中公开的在患有幽门螺杆菌相关疾病的患者的样品中通过幽门螺杆菌感染而表达增加或降低的基因的表达，以确定具有靶样本的对象对于幽门螺杆菌相关疾病的预后是什么。在本申请的一个实施方案中，通过幽门螺杆菌感染而表达增加的基因可以选自FGF21、CTH、CREBRF、DLL4、FGF18、FOS、PDK1、PTPRN、CLIC4、PTPRB、PPP1R15A、PTPRH、DDIT3、BIRC3、FOXO3、BCL2、PRKCE、CHMP4C、CLDN14、SLC7A11、BOC、AJUBA、LMO7、MMP24、C3orf58、KLF10、CSGALNACT1、CEP120、CHAC1、ASNS、NFE2L2、RIOK3、TXNIP、MTR、IFRD1及以上的组合，具体地，可以选自FGF21、CTH、CREBRF、PTPRN及以上的组合，但本申请不限于此。在本申请的另一个实施方案中，通过幽门螺杆菌感染而表达降低的基因可以选自ADGRA2、TBX4、OVOL2、ACVRL1、ALB、JADE1、MLLT11、ADORA1、TNFRSF8、NLRP12、CASP14、LTA、SMAGP、NEO1、MTSS1、TSPAN32、CLDN8、MYBPH、SGCE、CDH15、ARHGAP6、ZFP36L2、EHF、SLAMF6、HLA-DPB1、SSC5D、CCR4、CCR7、KLRG1、BLNK、IGFBP1、GIF及以上的组合，但是本申请不限于此。
本申请的发明人首次发现基因表达的增加或降低可以用作能够预测患有幽门螺杆菌相关疾病的患者的治疗效果的差异或者诊断患有幽门螺杆菌相关疾病的患者的预后的诊断标志物。在本申请的一个实施方案中，用于提供诊断本申请的幽门螺杆菌相关疾病的预后所必需的信息的方法可以用于诊断疾病的发生，提高患有该疾病的患者的存活率，或者降低患有该疾病的患者的复发率。在本申请的另一个实施方案中，通过本申请的方法，可以预测对疾病的治疗效果，或者可以预测患有该疾病的患者的存活率或复发率，因此可以提供用于查找适合每个患者的治疗剂和选择治疗方法的信息。因此，可以有效地设计幽门螺杆菌相关疾病的治疗策略。
本申请提供了通过分析幽门螺杆菌感染后体内基因表达的变化来诊断和预后疾病的方法。在本申请的一个实施方案中，分类允许优化治疗，确定是否进行特定的治疗，以及如何优化剂量，治疗的选择等。单细胞的一组基因的表达模式的分析还提供了靶向疾病状态细胞中的突变和/或途径的疗法的鉴定和开发。
在本申请的另一个实施方案中，提供了用于检查和分析哺乳动物中组织或细胞样品中一种或多种遗传标志物的表达的方法。在一个实施方案中，一种或多种遗传标志物的表达指示从中收集组织或细胞样品的哺乳动物对象很可能患有幽门螺杆菌相关疾病。
在本申请的一个实施方案中，可以通过使感染有幽门螺杆菌的对象摄入包括乳酸菌的泡菜或者向对象施用包含乳酸菌的泡菜来改善或治疗幽门螺杆菌相关疾病的症状。在本申请的一个实施方案中，泡菜可以是但不限于包括肠膜明串珠菌(Leuconostocmesenteroides)CJLM119和植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)CJLP133的泡菜。肠膜明串珠菌CJLM119是以登录号KCTC13043BP保藏在韩国生物科学与生物技术研究所基因库(Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology Gene Bank)的微生物菌株，并且用于分离和鉴定该菌株的方法具体地公开在韩国专利第1,807,995号中。另外，植物乳杆菌CJLP133是以登录号KCTC 11403BP保藏在韩国生物科学与生物技术研究所的微生物菌株，并且用于分离和鉴定该菌株的方法具体地公开在韩国专利第1,486,999号中。
“泡菜”意在包括但不限于通过对蔬菜进行盐渍和调味，然后将其发酵而制备的食品。例如，蔬菜可以是泡菜白菜、白萝卜、葱、芥菜叶、黄瓜等。具体地，蔬菜可以是泡菜白菜，并且任何其它蔬菜可以用作泡菜的原料。在本申请的一个实施方案中，蔬菜可以是但不限于泡菜白菜，特别是具有高含量番茄红素的泡菜白菜。
在本申请的一个实施方案中，调味品通过混合诸如红椒粉、大蒜、生姜、咸鱼等的成分来制备，并且除了这些之外，对于构成调味品的成分，如果需要，可以根据个人喜好、发酵方法、发酵周期等适当地添加或排除任何其它成分。本申请的泡菜可以根据用于制备泡菜的常规方法，通过将盐渍蔬菜，例如盐渍泡菜白菜与调味品混合，然后将其发酵的方法来制备。作为大白菜，使用具有高含量番茄红素的大白菜可能更合适。然而，本申请不限于此，常规的大白菜可以不受限制地用于泡菜的制备。
根据本申请的一个实施方案，诸如用于ER应激的基因、用于氧化应激的基因、用于组织再生的基因、用于血管生成的基因等基因的表达可以在体外或体内通过幽门螺杆菌感染而增加(参见图1、图2和图5)。
根据本申请的另一个实施方案，诸如用于细胞防御反应的基因、用于组织再生的基因、用于抗氧化的基因、用于细胞粘附的基因等基因的表达可以在体外或体内通过幽门螺杆菌感染而降低(参见图3、图4和图6)。
因此，在本申请中鉴定的通过幽门螺杆菌感染而表达增加或降低的一系列基因可以有效地用于预防、治疗或改善可能由幽门螺杆菌引起的各种疾病，例如胃炎、胃溃疡和胃癌。
在下文中，将通过实施例和实验例详细描述本发明。
然而，以下实施例和实验例仅说明本发明，并且本发明的内容不受以下实施例和实验例的限制。
在以下实施例和实施例中，用GraphPad Prism(GraphPad Software,La Jolla,CA,USA)和SPSS软件(version 12.0；SPSS Inc.,Chicago,IL,USA)进行统计分析。通过Mann-Whitney U检验确定各组之间的统计显著性。在p<0.05时接受统计显著性。
实施例1：幽门螺杆菌感染的胃癌细胞和动物模型的制备
幽门螺杆菌感染的胃癌细胞模型
胃腺癌细胞系(AGS)购自ATCC(Manassas,VA)并储存和使用。复苏后使用所有细胞不超过6个月。在37℃，5％CO2下，在含有RPMI-1640培养液(Gibco BRL,Gaithersburg,MD)和10％胎牛血清(FBS,Gibco BRL)的培养基中培养AGS细胞。将细胞以105个细胞/ml的浓度分配到6孔板中，吸附24小时，然后暴露于50MOI(5005CFU)的幽门螺杆菌6小时以感染细胞。
<1-2>抗癌泡菜的制备
根据常规的泡菜制备方法来制备泡菜。通过用于制备标准泡菜(kimchi)(在下文中，有时称为‘sKimchi’或‘SK’)的相同方法来制备抗癌泡菜(在下文中，有时被称为‘CpKimchi’或‘CPK’)，不同之处在于：使用具有高含量番茄红素的大白菜代替普通大白菜作为主要材料，以及使用两种乳酸菌：肠膜明串珠菌CJLM119和植物乳杆菌CJLP133。肠膜明串珠菌CJLM119是以登录号KCTC 13043BP保藏在韩国生物科学与生物技术研究所基因库的微生物菌株，并且用于分离和鉴定该菌株的方法具体地公开在韩国第10-1807995号专利中。另外，植物乳杆菌CJLP133是以登录号KCTC 11403BP保藏在韩国生物科学与生物技术研究所基因库的微生物菌株，并且用于分离和鉴定该菌株的方法具体地公开在韩国第10-1486999号专利中。因此，省略了对其的详细描述。
<1-3>泡菜提取物的浓缩物的制备
将实施例<1-2>中制备的泡菜冷冻干燥，然后研磨成粉末。向粉末中加入20倍重量的甲醇粉末，然后用搅拌器进行12小时提取。将提取的上清液通过滤纸过滤，并将甲醇再次加入到剩余的沉淀物中以进行12小时的提取。通过浓缩器在约40℃的温度下热浓缩提取物以制备浓缩物，并将该浓缩物储存在4℃用于进一步的实验。
<1-4>用于体外和体内实验模型的制备
对于体外实验，在实施例<1-3>中制备的泡菜提取物的浓缩物分别以5mg/ml和10mg/ml使用。用于体内实验的泡菜摄入量设定如下：韩国人通常的泡菜摄入量根据个人喜好为约30至100g/天，将抗癌泡菜提取物的浓缩物与动物模型的膳食颗粒(dietarypellet)以每周一次，两倍的重量，并且以1.7g/kg/天和5.1g/kg/天的比率混合，以及将所得混合物转化为韩国人通常的泡菜摄入量并使用。
<1-5>RNA分离和RT-PCR性能
通过抽吸去除实施例<1-1>中制备的幽门螺杆菌感染的胃癌细胞的培养基，然后用Dulbecco's PBS洗涤细胞两次。将RiboEX(500μl,GeneAll,Seoul,South Korea)加入到板中，在4℃孵育10分钟。收集RiboEX，并将其转移到1.5ml管中，加入100μl氯仿并缓慢混合。在冰上静置10分钟后，将样品以10,000g离心30分钟。将上清液与200μl异丙醇混合，然后将混合物在4℃下放置1小时。在13,000g离心30分钟后，用70％(vol/vol)乙醇洗涤沉淀物。完全蒸发乙醇，然后将沉淀物溶解在用焦碳酸二亚乙酯(DEPC)(Invitrogen LifeTechnologies,Carlsbad,CA)处理的100μl水中。使用来自莫罗尼鼠白血病病毒(Promega,Madison,WI)的逆转录酶制备cDNA。使用在94℃下20秒，在58℃下30秒和在72℃下45秒的30个循环进行PCR。
<1-6>mRNA测序
使用SMARTer Stranded RNA-Seq试剂盒(Clontech Laboratories,Inc.,USA)由2μg总RNA制备文库。使用Poly(A)RNA SelectionKit(LEXOGEN,Inc.,Austria)进行mRNA的分离。分离的mRNA用于cDNA合成和切割。使用Illumina索引1至12进行索引，并通过PCR进行扩增。然后通过用Agilent 2100生物分析仪(DNA高灵敏度试剂盒)检查文库来评估片段的平均大小。对于定量，使用利用Step One实时PCR系统(Life Technologies,Inc.,USA)的文库定量试剂盒。使用HiSeq 2500(Illumina,Inc.,USA)通过配对末端100测序进行高通量测序。
<1-7>数据分析
对于mRNA-Seq分析，使用TopHat软件(Cole Trapnell等人,2009)工具以便获得比对文件。使用Bedtools(Quinlan AR,2010)的覆盖范围，基于来自独特和多重比对的计数来确定差异表达的基因。使用Bioconductor(Gentleman等人,2004)，使用统计程序R(Rdevelopment Core Team,2016)内的EdgeR，基于分位数标准化方法来处理RT(ReadCount)数据。比对文件也用于组装转录物，估计它们的丰度以及使用Cufflinks检测基因或同种型的差异表达。每百万片段的每千碱基外显子的片段(Fragments per kilobase ofexon per million fragments，FPKM)用于确定基因区域的表达水平。基因分类基于用DAVID(http://david.abcc.ncifcrf.gov/)进行的搜索结果。
实施例2：幽门螺杆菌感染后特异性增加的基因
<2-1>通过RNAseq鉴定基因
进行RNAseq分析以便查找幽门螺杆菌感染诱导的靶基因，并且在基因中，鉴定出了126个基因，其表达通过幽门螺杆菌感染而增加，但通过用CpKimchi的组合处理而正常。发现这些基因是用于ER应激的基因、用于氧化应激的基因、用于组织再生的基因、用于血管生成的基因等(图1)。
<2-2>通过RT-PCR验证RNAseq结果
通过RT-PCR验证RNAseq热图分析结果。在用于血管生成的基因中，DLL4(δ样4)和FGF18(成纤维细胞生长因子18)的表达在通过用CpKimchi组合处理后显著降低。在用于ER应激的基因中，FGF21(成纤维细胞生长因子21)、CTH(胱硫醚-裂解酶)和CREBPF(cAMP响应元件结合蛋白)的表达，以及在用于氧化应激的基因中，FOS、PDK1(磷酸肌醇依赖性激酶-1)和PTPRN(受体型酪氨酸蛋白磷酸酶样N)的表达在通过用CpKimchi组合处理后也显著降低(图2)。
实施例3：通过幽门螺杆菌感染而表达降低的基因
<3-1>通过RNAseq鉴定基因
在基因中，分析了以下基因，其表达通过幽门螺杆菌感染而降低，但用CpKimchi处理而正常化并从而增加。鉴定出总计262个基因。将基因(其表达通过幽门螺杆菌感染而降低，但通过用CpKimchi的组合处理而使其表达正常化)分为用于细胞防御反应的基因、用于组织再生的基因、用于抗氧化的基因、用于细胞粘附的基因等(图3)。
<3-2>通过RT-PCR验证RNAseq结果
通过RT-PCR验证RNAseq热图分析结果。对于ALB、NEO1(再生蛋白前体1)、CLDN8(密封蛋白8)、KLRG1(杀伤细胞凝集素样受体超家族G成员1)和IGFBP1(胰岛素样生长因子结合蛋白1)，发现降低的基因表达在用CpKimchi处理后而正常化(图4)。
实施例4：通过幽门螺杆菌感染而特异性增加的基因的体内验证
在幽门螺杆菌感染动物模型实验中，鉴定了用于ER应激的基因的表达，其与RNAseq结果相同。在感染有幽门螺杆菌的第2组中，用于ER应激的基因的表达显著增加，这与RNAseq结果一致。参与ER应激的这些基因在CpKimchi施用的第3组和第4组中显著改善，这也与RNAseq结果一致(图5)。
实施例5：通过幽门螺杆菌感染而特异性降低的基因的体内验证
在幽门螺杆菌感染动物模型中，鉴定了用于抗氧化的基因的表达，其与RNAseq结果相同。在幽门螺杆菌感染的第2组中，用于抗氧化的基因的表达显著降低，但在CpKimchi施用的第3组和第4组中均显著增加和恢复(图6)。
尽管上文已经描述了本申请的示例性实施方案，但本申请的范围不限于如以上所述的具体实施方案，本领域技术人员可以在本申请的权利要求中描述的范围内改变本申请。

Claims (11)

1.用于诊断幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)相关疾病的组合物，其包含用于测量FGF21(成纤维细胞生长因子21，基因ID：26291)基因的表达量的制剂。
2.根据权利要求1所述的用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物，其还包含用于测量CTH(胱硫醚g裂解酶，基因ID：1491)或CREBRF(cAMP响应元件结合蛋白，基因ID：153222)基因的表达量的制剂。
3.根据权利要求2所述的用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物，其还包含用于测量选自以下的基因的表达量的制剂：DLL4(δ样4，基因ID：54567)、FGF18(成纤维细胞生长因子18，基因ID：8817)、FOS(Fos原癌基因，AP-1转录因子亚基，基因ID：2353)、PDK1(磷酸肌醇依赖性激酶-1，基因ID：5170)、PTPRN(受体型酪氨酸蛋白磷酸酶样N，基因ID：5798)、CLIC4(氯化物细胞内通道4，基因ID：25932)、PTPRB(蛋白酪氨酸磷酸酶，受体B型，基因ID：5787)、PPP1R15A(蛋白磷酸酶1调节亚基15A，基因ID：23645)、PTPRH(蛋白酪氨酸磷酸酶，受体H型，基因ID：5794)、DDIT3(DNA损伤诱导转录物3，基因ID：1649)、BIRC3(含杆状病毒IAP重复3，基因ID：330)、FOXO3(叉头框O3，基因ID：2309)、BCL2(BCL2，凋亡调节因子，基因ID：596)、PRKCE(蛋白激酶Cε，基因ID：5581)、CHMP4C(带电荷的多泡体蛋白4C，基因ID：92421)、CLDN14(密封蛋白14，基因ID：23562)、SLC7A11(溶质载体家族7成员11，基因ID：23657)、BOC(BOC细胞粘附相关的，癌基因调节的，基因ID：91653)、AJUBA(ajuba LIM蛋白，基因ID：84962)、LMO7(LIM结构域7，基因ID：4008)、MMP24(基质金属肽酶24，基因ID：10893)、C3orf58(发散蛋白激酶结构域2A，基因ID：205428)、KLF10(Kruppel样因子10，基因ID：7071)、CSGALNACT1(硫酸软骨素N-乙酰半乳糖胺基转移酶1，基因ID：55790)、CEP120(中心体蛋白120，基因ID：153241)、CHAC1(ChaC谷胱甘肽特异性γ-谷氨酰环化转移酶1，基因ID：79094)、ASNS(天冬酰胺合成酶(谷氨酰胺水解)，基因ID：440)、NFE2L2(红细胞衍生核因子2样蛋白2，基因ID：4780)、RIOK3(RIO激酶3，基因ID：8780)、TXNIP(硫氧还蛋白相互作用蛋白，基因ID：10628)、MTR(5-甲基四氢叶酸-高半胱氨酸甲基转移酶，基因ID：4548)、IFRD1(干扰素相关发育调节因子1，基因ID：3475)、ADGRA2(粘附G蛋白偶联受体A2，基因ID：25960)、TBX4(T-box 4，基因ID：9496)、OVOL2(卵样锌指2，基因ID：58495)、ACVRL1(活化素A受体样1型，基因ID：94)、ALB(白蛋白，基因ID：213)、JADE1(Jade家族PHD指1，基因ID：79960)、MLLT11(MLLT11，转录因子7辅因子，基因ID：10962)、ADORA1(腺苷A1受体，基因ID：134)、TNFRSF8(TNF受体超家族成员8，基因ID：943)、NLRP12(含NLR家族pyrin结构域蛋白12，基因ID：91662)、CASP14(半胱天冬酶14，基因ID：23581)、LTA(淋巴毒素α，基因ID：4049)、SMAGP(小细胞粘附糖蛋白，基因ID：57228)、NEO1(再生蛋白前体1，基因ID：4756)、MTSS1(含有I-BAR结构域的MTSS1，基因ID：9788)、TSPAN32(四跨膜蛋白32，基因ID：10077)、CLDN8(密封蛋白8，基因ID：9073)、MYBPH(肌球蛋白结合蛋白H，基因ID：4608)、SGCE(肌糖ε，基因ID：8910)、CDH15(钙粘蛋白15，基因ID：1013)、ARHGAP6(Rho GTP酶活化蛋白6，基因ID：395)、ZFP36L2(ZFP36环状指蛋白样2、基因ID：678)、EHF(ETS同源因子，基因ID：26298)、SLAMF6(SLAM家族成员6，基因ID：114836)、HLA-DPB1(主要组织相容性复合体，II类，DPβ1，基因ID：3115)、SSC5D(具有5个结构域的富含半胱氨酸的清道夫受体家族成员，基因ID：284297)、CCR4(C-C基序趋化因子受体4，基因ID：1233)、CCR7(C-C基序趋化因子受体7，基因ID：1236)、KLRG1(杀伤细胞凝集素样受体超家族G成员1，基因ID：10219)、BLNK(B细胞接头，基因ID：29760)、IGFBP1(胰岛素样生长因子结合蛋白1，基因ID：3484)、GIF(MIF，巨噬细胞迁移抑制因子，基因ID：4282)基因及以上的组合。
4.根据权利要求1所述的用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物，其中用于测量所述基因的表达量的制剂是用于测量所述基因的mRNA的量的制剂、用于测量由所述基因表达的蛋白质的量的制剂、或两者。
5.根据权利要求4所述的用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物，其中用于测量所述基因的mRNA的量的制剂包括特异性结合所述基因的mRNA或cDNA的引物或探针。
6.根据权利要求4所述的用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的组合物，其中用于测量由所述基因表达的蛋白质的量的制剂包括对由所述基因表达的蛋白质特异的抗体或适配体。
7.用于诊断幽门螺杆菌相关疾病的试剂盒，其包含权利要求1至6中任一项所述的组合物。
8.用于提供诊断感染有幽门螺杆菌的患者中幽门螺杆菌相关疾病所必需的信息的方法，所述方法包括以下步骤：从感染有幽门螺杆菌的患者的样品制备样本DNA；使用权利要求1至6中任一项所述的组合物扩增所述样本DNA；以及由扩增结果确定通过幽门螺杆菌感染而表达增加或降低的基因的表达水平。
9.如权利要求8所述的用于提供诊断幽门螺杆菌相关疾病所必需的信息的方法，其中确定所述基因的表达水平的步骤是测量所述基因的mRNA的量、由所述基因表达的蛋白质的量、或两者。
10.如权利要求9所述的用于提供诊断幽门螺杆菌相关疾病所必需的信息的方法，其中通过使用特异性结合所述基因的mRNA或cDNA的引物或探针来测量所述基因的mRNA的量。
11.如权利要求9所述的用于提供诊断幽门螺杆菌相关疾病所必需的信息的方法，其中通过使用对由所述基因表达的蛋白质特异的抗体或适配体来测量由所述基因表达的蛋白质的量。
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Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20100298244A1 (en) * 2009-05-21 2010-11-25 National Taiwan University Composition for the prevention and the treatment of helicobacter pylori infection
CN102099486A (zh) * 2008-05-26 2011-06-15 康塞普西翁大学 用于检测幽门螺旋杆菌的强毒株的分子诊断试剂盒
US20140206023A1 (en) * 2013-01-24 2014-07-24 Ping Gao Methods, Kits & Antibodies for Detecting Intact Fibroblast Growth Factor 21
CN104561322A (zh) * 2015-01-13 2015-04-29 石河子大学 基于幽门螺旋杆菌dna分子定量的胃癌患者生存预测及个体化随访时间评估方法

Family Cites Families (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5856094A (en) * 1995-05-12 1999-01-05 The Johns Hopkins University School Of Medicine Method of detection of neoplastic cells
US5989885A (en) * 1997-01-10 1999-11-23 Myriad Genetics, Inc. Specific mutations of map kinase 4 (MKK4) in human tumor cell lines identify it as a tumor suppressor in various types of cancer
KR100306587B1 (ko) 1998-11-19 2001-11-30 이종욱 헬리코박터파이로리감염의진단방법및그를위한신속요소분해효소반응키트
BR0110954A (pt) 2000-05-19 2005-01-11 Otsuka Pharma Co Ltd Preparação farmacêutica para diagnóstico de infecção por helicobacter pylori
FI119571B (fi) 2002-09-06 2008-12-31 Biohit Oyj Menetelmä esofagiitin tai Barrettin ruokatorven riskin osoittamiseksi yksilöllä
KR101486999B1 (ko) 2009-07-22 2015-01-28 씨제이제일제당 주식회사 신규한 락토바실러스 플란타룸 및 이를 포함하는 조성물
US8785402B2 (en) * 2009-07-31 2014-07-22 Academia Sinica Compositions and assays for treatment and diagnosis of helicobacter pylori infection and conditions
US9574002B2 (en) 2011-06-06 2017-02-21 Amgen Inc. Human antigen binding proteins that bind to a complex comprising β-Klotho and an FGF receptor
CN108350072B (zh) 2015-08-03 2022-05-24 诺华股份有限公司 治疗fgf21相关病症的方法
WO2018012941A2 (ko) 2016-07-15 2018-01-18 씨제이제일제당(주) 가스발생량이 낮은 류코노스톡 메센테로이드 cjlm119 균주 및 이를 이용한 김치의 제조방법
JP7142872B2 (ja) 2016-09-30 2022-09-28 国立研究開発法人国立がん研究センター 胃癌発症リスクの診断補助方法ならびに当該方法に利用される人工ｄｎａおよび胃癌発症リスク診断用キット
FI3538896T3 (fi) 2016-11-14 2023-08-07 Biohit Oyj Parannettu menetelmä helicobacter pylori -gastriitin ja atrofisen gastriitin sekä niihin liittyvien riskien havaitsemiseen

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102099486A (zh) * 2008-05-26 2011-06-15 康塞普西翁大学 用于检测幽门螺旋杆菌的强毒株的分子诊断试剂盒
US20100298244A1 (en) * 2009-05-21 2010-11-25 National Taiwan University Composition for the prevention and the treatment of helicobacter pylori infection
US20140206023A1 (en) * 2013-01-24 2014-07-24 Ping Gao Methods, Kits & Antibodies for Detecting Intact Fibroblast Growth Factor 21
CN104561322A (zh) * 2015-01-13 2015-04-29 石河子大学 基于幽门螺旋杆菌dna分子定量的胃癌患者生存预测及个体化随访时间评估方法

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ZHUOFENG LIN ET AL.: "Adiponectin Mediates the Metabolic Effects of FGF21 on Glucose Homeostasis and Insulin Sensitivity in Mice" *

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