CN113337595A - 单核苷酸多态性rs671在筛查麻风患者中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了单核苷酸多态性rs671在筛查麻风患者中的应用。本发明所保护的技术方案是检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质在制备筛查麻风患者产品中的应用及检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质在制备检测与麻风相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。可将检测rs671的多态性或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与麻风相关的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备筛查麻风患者的产品。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域中，单核苷酸多态性rs671在筛查麻风患者中的应用。
背景技术
麻风，又名Hansen’s病，是一种由麻风分枝杆菌(M.Leprae)引起的传染性疾病，主要侵犯皮肤和周围神经。尽管目前存在有效的治疗方法，但在一些国家，特别是发展中国家，麻风仍是致畸和导致一些社会问题的主要原因。为了解麻风易感性的遗传学基础，麻风的全基因组关联分析(GWAS)定位了17个常见变异位点，揭示了固有免疫与适应性免疫在麻风发病中的作用。然而，这些常见的风险变异位点大部分位于非编码区，仅能够部分解释麻风的发病风险。目前，还没有对蛋白编码区域的变异，特别是低频变异和罕见变异，进行系统研究。而这些变异已证实与一些疾病的遗传易感性相关。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是如何筛查麻风患者与检测麻风易感性。
为解决上述技术问题，本发明首先提供了下述任一用途：
A1)检测人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型的物质在制备筛查麻风患者产品中的应用；
A2)检测人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型的物质在制备检测麻风易感性产品中的应用；
A3)检测人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型的物质在制备检测与麻风相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；
A4)检测人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定与麻风相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；
B1)人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型在制备筛查麻风患者产品中的应用；
B2)人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型在制备检测麻风易感性产品中的应用；
B3)检测人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型的物质在筛查麻风患者中的应用；
B4)检测人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型的物质在检测麻风易感性中的应用；
B5)检测人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型的物质在检测与麻风相关的单核苷酸多态性的中的应用；
B6)检测人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定与麻风相关的单核苷酸多态性的中的应用；
B7)人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型在筛查麻风患者中的应用；
B8)人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型在检测麻风易感性中的应用。
rs671是人染色体12q24.12上的一个二等位多态性的SNP位点，属于常见突变(MAF＝15％)，位于ALDH2基因的外显子中，该变异是转换(A/G，在其互补链上则为T/C)。所述rs671基因型是AA、AG或GG。所述AA是rs671位点为A的纯合型，所述GG是rs671位点为G的纯合型，所述AG是rs671位点为A和G的杂合型。所述检测人基因组中rs671的多态性(即等位基因)或基因型具体可为检测rs671的核苷酸种类。
上述用途中，所述检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质可为扩增包括rs671在内的基因组DNA片段的PCR引物和/或单碱基延伸引物。
上述用途中，所述AA和所述AG基因型的个体在麻风患者群体中的比例分别高于对应的基因型在正常人群体中的比例。所述产品可包括所述PCR引物和/或所述单碱基延伸引物。
上述用途中，所述麻风具体可为中国人群麻风。
为解决上述技术问题，本发明还提供了含有检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质的产品。
本发明所提供的含有检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质的产品，为a)-d)中的任一种产品：
a)检测与麻风相关的单核苷酸多态性(即等位基因)或基因型的产品；
b)鉴定或辅助鉴定与麻风相关的单核苷酸多态性(即等位基因)或基因型的产品；
c)筛查麻风患者产品；
d)检测麻风易感性产品。
上述产品中，所述检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质可为扩增包括rs671在内的基因组DNA片段的PCR引物和/或单碱基延伸引物。
上述产品中，所述麻风具体可为中国人群麻风。
为解决上述技术问题，本发明还提供了下述M1)或M2)的方法：
M1)筛查麻风患者的方法，包括：检测待测对象基因组中rs671位点的基因型，如rs671位点的基因型为AA基因型，所述待测对象为或候选为麻风患者；如rs671位点的基因型为AG基因型，所述待测对象为或候选为麻风患者；如rs671位点的基因型为GG基因型，所述待测对象为或候选为非麻风患者；
M2)检测麻风易感性的方法，包括：检测待测对象基因组中rs671位点的基因型，如rs671位点的基因型为AA基因型，所述待测对象易感或候选易感麻风；如rs671位点的基因型为AG基因型，所述待测对象易感或候选易感麻风；如rs671位点的基因型为GG基因型，所述待测对象不易感或候选不易感麻风。
上述方法中，所述麻风具体可为中国人群麻风。
上述方法中，检测待测对象基因组中rs671位点的基因型可采用所述检测rs671的多态性或基因型的物质进行。
实验证明，rs671的风险等位基因为A，该等位基因在麻风患者群体中的比例比该等位基因在正常健康人群中的比例高26.26％。rs671的P值是2.0×10-20，且rs671的相对危险度是1.35，说明rs671是与麻风相关的单核苷酸多态性。rs671的三个基因型中，AA基因型的个体和AG基因型的个体在麻风患者群体中的比例分别高于对应的基因型的个体在正常人群体中的比例，GG基因型的个体在麻风患者群体中的比例低于该基因型的个体在正常人群体中的比例。
本发明在实际应用中，可将检测rs671的多态性(即等位基因)或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与麻风相关的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备筛查麻风患者的产品。
其中，检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质可为通过下述至少一种方法确定rs671的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器：DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱、SNP芯片、TaqMan探针技术和Sequenom MassArray技术。其中，利用Sequenom MassArray技术确定rs671的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器包括PCR引物对、基于单碱基延伸反应的延伸引物、磷酸酶、树脂、芯片、MALDI-TOF(matrix-assisted laser desorption/ionization–time of fligh，基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱)和/或Sequenom MassArray技术所需要的其他试剂和仪器；利用TaqMan探针技术确定rs671的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器包括TaqMan探针、PCR引物对、定量PCR仪、进行基因分型的模块和/或TaqMan探针技术所需要的其他试剂；SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片和/或基于荧光分子DNA结合反应的芯片。在本发明的一个实施例中，利用的是Illumina公司的Infinium Human Exome BeadChip芯片。
所述产品可为试剂或试剂盒，还可为由试剂或试剂盒和仪器组成的系统，如由引物和DNA测序仪组成的系统，由PCR试剂和DNA测序试剂和DNA测序仪组成的系统，由TaqMan探针、PCR引物对、定量PCR仪和进行基因分型的模块以及TaqMan探针技术所需要的其他试剂组成的系统，由探针、PCR引物对以及连接酶检测反应(LDR)所需要的其他试剂和仪器组成的系统，由PCR引物对、单碱基延伸引物、芯片、PCR仪、进行基因分型的模块和/或Sequenom MassArray技术所需要的其他试剂和仪器组成的系统。
采用PCR引物扩增包括rs671在内的基因组DNA片段，以得到的PCR扩增产物为模板，采用单碱基延伸引物进行单碱基延伸反应，对得到的延伸产物的序列进行检测，确定rs671的多态性(即等位基因)和基因型。所述PCR引物在序列上没有特殊要求，只要能扩增出包括rs671在内的基因组DNA片段即可。所述延伸引物可根据人基因组中rs671上游(不包括该SNP位点)设计，所述延伸引物的最后1位核苷酸对应于人基因组中rs671的前1位核苷酸。所述延伸引物也可根据人基因组中rs671下游(不包括该SNP位点)设计，所述延伸引物的第1位核苷酸对应于人基因组中rs671的后1位核苷酸。
本发明中，所述PCR引物可由rs671-F和rs671-R组成；
所述rs671-F是如下a1)至a4)中的任一种单链DNA：
a1)序列表中序列7所示的单链DNA；
a2)在a1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；
a3)与a1)或a2)限定的单链DNA具有85％以上的同一性的单链DNA；
a4)在严格条件下与a1)或a2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；
所述rs671-R是如下b1)至b4)中的任一种单链DNA：
b1)序列表中序列8所示的单链DNA；
b2)在b1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；
b3)与b1)或b2)限定的单链DNA具有85％以上的同一性的单链DNA；
b4)在严格条件下与b1)或b2)限定的单链DNA杂交的单链DNA。
所述单碱基延伸引物(rs671-E)可为如下c1)至c4)中的任一种单链DNA：
c1)序列表中序列9所示的单链DNA；
c2)在c1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；
c3)与c1)或c2)限定的单链DNA具有85％以上的同一性的单链DNA；
c4)在严格条件下与c1)或c2)限定的单链DNA杂交的单链DNA。
a2)所述在a1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA为在序列7所示的单链DNA的5′端和/或3′端添加一至十个核苷酸得到的单链DNA。b2)所述在b1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA为在序列8所示的单链DNA的5′端和/或3′端添加一至十个核苷酸得到的单链DNA。c2)所述在c1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA为在序列9所示的单链DNA的5′端和/或3′端添加一至十个核苷酸得到的单链DNA。
这里使用的术语“同一性”指与天然核酸序列的序列相似性。“同一性”包括与本发明的序列7、序列8或序列9所示的核苷酸序列具有85％或更高，或90％或更高，或95％或更高同一性的核苷酸序列。同一性可以用肉眼或计算机软件进行评价。使用计算机软件，两个或多个序列之间的同一性可以用百分比(％)表示，其可以用来评价相关序列之间的同一性。
所述严格条件是在2×SSC，0.1％SDS的溶液中，在68℃下杂交并洗膜2次，每次5min，又于0.5×SSC，0.1％SDS的溶液中，在68℃下杂交并洗膜2次，每次15min；或，0.1×SSPE(或0.1×SSC)、0.1％SDS的溶液中，65℃条件下杂交并洗膜。
上述85％以上同一性，可为85％、90％或95％以上的同一性。
在本发明的实施例中，rs671应用SEQUENOM基因分型平台即
分子量阵列技术，Sequenom 
SNP检测过程结合多重PCR技术、MassARRAY iPLEX单碱基延伸技术，和基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析质谱技术(matrix-assisted laserdesorption/ionization–time of flight，MALDI-TOF)进行分型检测。将包含SNP位点区域的DNA模板通过PCR技术扩增，再使用特异的延伸引物与PCR产物进行单碱基延伸反应。由于多态性位点碱基不同，延伸产物不同的末端碱基将导致延伸后的产物分子量的差异，因此由SNP多态性引起的碱基差异通过分子量的差异而体现，通过基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析质谱技术，检测延伸产物分子量的大小，应用专用的分析软件，通过判断分子量的差异而进行SNP分型检测。
本发明在一个来自中国人群的样本(4817例麻风患者和12132例健康者)中发现rs671是与麻风相关的单核苷酸多态性。可将检测rs671的多态性(即等位基因)或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与麻风相关的单核苷酸多态性(即等位基因)或基因型的物质)联合在一起制备筛查麻风患者的产品。
附图说明
图1为应用固定效果模型对所有样本(4817例病例和12132例健康对照)进行meta分析的结果。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂、仪器等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。下述实施例中，如无特殊说明，序列表中各核苷酸序列的第1位均为相应DNA的5′末端核苷酸，末位均为相应DNA的3′末端核苷酸。
实施例1、rs13259978、rs925368、rs671和rs75680863是与麻风相关的单核苷酸多态性
方法：发明人通过二个阶段对中国人群中的4817例麻风患者及12132例正常对照进行蛋白编码区域的全基因组关联分析研究。首先，通过外显子芯片对1,648例麻风患者和2,318例正常对照的40,491个编码区域的SNP位点(MAF>0.1％)进行分析(第一阶段)。然后在中国北方人群(3,169例麻风患者和9,814例正常对照)中对34个候选SNP位点进行验证(第二阶段)。
研究对象
外显子芯片发现阶段(第一阶段)的研究对象为中国北方地区的1,670例麻风患者和2,321例正常对照。验证阶段(第二阶段)将39个变异位点在中国北方地区的另外的3,169例麻风患者和9,814例正常对照中进行验证。麻风患者和正常对照均为中国汉族人群，并且在地域上是相匹配的。研究对象的临床信息见表1。
表1、研究对象信息
其中，麻风患者的入选标准是符合下述4条中的2条或2条以上，或符合第3条者确立诊断：1、皮损伴有感觉障碍及闭汗，或有麻木区；2、周围神经受累，表现为神经干粗大伴相应功能障碍；3、皮损组织切片或组织液涂片查到麻风杆菌；4、病理可见特征性改变。
正常对照(正常健康人)的入选标准：无麻风史且无麻风的家族史(包括麻风患者的一级、二级和三级亲属)；无其他传染病病史；无其他自身免疫性疾病病史、系统性疾病病史及家族史。
本研究已通过山东省医学科学院、山东省皮肤病性病防治研究所伦理审查委员会批准。
分型与质控
选用Illumina公司的Infinium Human Exome Bead Chip芯片对1,670例麻风患者及2,321例正常对照进行分型，芯片上共有对1,998例中国人样本进行全外显子组测序鉴定出的27,089个(在>1例样本中存在)非同义编码区域变异。排除非编码区变异和MAF<0.1％的变异，选择外显子芯片上内含子及基因间区域和rs13259978、rs925368、rs671、rs79259738、rs75680863进行关联分析。在验证阶段，选用Sequenom MassARRAY system(Agena Bioscience)，QuantStudioTM 12K Flex Real-Time PCR(Applied Biosystems)和7900HT Fasr Real-Time PCR System(Applied Biosystems)进行分型研究。质控过滤标准如下：排除不确定群体的变异、检出率<90％且不符合Hardy-Weinberg平衡定律(P<1×10-3)、样本检出率<95％的情况。
统计学分析
在第一阶段，通过GMMAT-v0.7进行表型和单个变异基因型之间的关联性分析。在第二阶段，通过PLINK中的线性回归模型对MAF>1％的SNPs进行关联性分析，利用PLINK中Fisher’s确切概率法对MAF<1％的SNPs进行关联分析。利用固定效果模型(通过META-v7.0软件对MAF>1％的SNPs采用逆方差法，对MAF<1％的SNPs采用z-统计量组合方法进行分析)。对发现阶段、验证阶段二部分结合起来的数据进行meta分析。同时符合p<5×10-8的变异为有统计学意义的变异。
外显子组发现阶段分析
对1,670例麻风患者和2,321例正常对照的273,028个变异位点进行分型。通过主成分分析确定所有样本均为中国血统，并且发现在麻风患者和正常对照中具有较好的基因型的匹配。经过一系列样本和变异位点的过滤，共发现46,373个MAF>0.1％的编码区变异位点，后将其在1,648例麻风患者和2,318例健康对照中进行分析。
全外显子分析发现在MHC区域内有较强的关联性。去除MHC区域内的所有变异位点后，剩余SNP位点的Q-Q图符合零分布，表明将人群混杂因素导致的外显子关联分析结果的可能性降到最低(lambda value＝0.99)。同时，对不同MAF阈值(MAF>0.5％,MAF>1％和MAF>5％)的SNP位点进行Q-Q图的分析，与上述结果一致。
通过研究发现，17个变异位点(P<1.0×10-3)被发现与麻风具有关联性。
验证阶段分析
在中国北方区域内的3,169例麻风患者和9,814例健康对照中对17个新发现的变异位点进行分型。有12个变异位点可成功分型，4个位点在发现阶段和验证阶段的meta分析具有统计学意义(P<5×10-8)且没有遗传异质性，这4个位点分别为：SLC7A2基因rs13259978(chr8:17396415)(P＝1.74×10-8,OR＝1.28)，GIT2基因rs925368(chr12∶110390979:)(P＝9.18×10-17,OR＝1.44)，ALDH2基因rs671(chr12∶112241766)(P＝2.0×10-20,OR＝1.35)，TCN2基因rs75680863(chr22∶31007023)(P＝8.37×10-21,OR＝0.74)(表3)。
其中，对rs13259978、rs925368、rs671、rs75680863分型采用Sequenom MassARRAYsystem(Agena Bioscience)，QuantStudioTM 12K Flex Real-Time PCR(AppliedBiosystems)和7900HT Fasr Real-Time PCR System(Applied Biosystems)进行，具体方法如下：
1.rs13259978、rs925368、rs671、rs75680863的分型
rs13259978、rs925368、rs671、rs75680863这4个SNP应用SEQUENOM基因分型平台即
分子量阵列技术，Sequenom 
SNP检测过程结合多重PCR技术、MassARRAY iPLEX单碱基延伸技术，和基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析质谱技术(matrix-assisted laser desorption/ionization–time of flight，MALDI-TOF)进行分型检测。将包含SNP位点区域的DNA模板通过PCR技术扩增，再使用特异的延伸引物与PCR产物进行单碱基延伸反应，各位点PCR扩增与延伸引物如表2所示。由于多态性位点碱基不同，延伸产物不同的末端碱基将导致延伸后的产物分子量的差异，因此由SNP多态性引起的碱基差异通过分子量的差异而体现，通过基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析质谱技术，检测延伸产物分子量的大小，应用专用的分析软件，通过判断分子量的差异而进行SNP分型检测。
表2、4个SNP分型引物
操作步骤如下：
4个SNP采用Sequenom MassArray(San Diego，USA)平台验证，每个样本约用到15ngDNA。首先提取外周血的基因组DNA，标准化后，样本DNA经多重PCR反应扩增包括SNP位点在内的基因组DNA片段，扩增产物进行SNP位点特异性单一链的延伸，延伸产物脱盐并转移到384孔的芯片上。质谱仪(MALDI-TOF MS)进行等位基因的检测，采用SequenomMassARRAY分型软件对检测结果进行分析。
表3、SNP与麻风相关性分析结果
注：表3中，
次等位基因/主等位基因；
OR,OR根据次等为基因计算；
F_A,病例中的次等位基因频率；F_U,对照中的次等位基因频率。
表4、SNP在麻风患者和正常群体中的各基因型个体数
表5、麻风患者和正常群体中的不同基因型的频率
注：表4和表5中，rs13259978的基因型中，A1A1表示CC，A1A2表示CG，A2A2表示GG；
rs925368的基因型中，A1A1表示CC，A1A2表示CT，A2A2表示TT；
rs671的基因型中，A1A1表示AA，A1A2表示AG，A2A2表示GG；
rs75680863的基因型中，A1A1表示TT，A1A2表示TA，A2A2表示AA。
表4中，各SNP的麻风患者不足4817例，正常对照不足12132例正常对照，因为在分型过程中部分个体分型不成功，表5和表6的数据分析均在表4的基础上进行。
4个SNP在麻风患者和正常对照中的基因型及频率如表4和表5所示。结果表明：rs13259978的三个基因型中，CC和CG基因型的个体在麻风患者群体中的比例分别高于对应的基因型的个体在正常人群体中的比例，GG基因型的个体在麻风患者群体中的比例低于该基因型的个体在正常人群体中的比例；
rs925368的三个基因型中，CC和CT基因型的个体在麻风患者群体中的比例分别高于对应的基因型的个体在正常人群体中的比例，TT基因型的个体在麻风患者群体中的比例低于该基因型的个体在正常人群体中的比例；
rs671的三个基因型中，AA和AG基因型的个体在麻风患者群体中的比例分别高于对应的基因型的个体在正常人群体中的比例，GG基因型的个体在麻风患者群体中的比例低于该基因型的个体在正常人群体中的比例；
rs75680863的三个基因型中，AA基因型的个体在麻风患者群体中的比例高于该基因型的个体在正常人群体中的比例，TT和TA基因型的个体在麻风患者群体中的比例分别低于对应基因型的个体在正常人群体中的比例。
表6、SNP在麻风患者群体中的等位基因频率(％)和与对照相比的变化量
利用二分类的logistic回归模型(log-additive模型)计算麻风患者群体和正常人群体中基因频率差异性P值，确定SNP有无显著性意义，其中基因型采用可加模型进行统计。结果发现，rs13259978、rs925368、rs671和rs75680863的各等位基因的基因频率在正常人群体和麻风患者群体中均有显著性差异。
由表6可知，rs13259978的风险等位基因为C，与正常对照相比，该等位基因在麻风患者中增加了28.63％；rs925368的风险等位基因为C，与正常对照相比，该等位基因在麻风患者中增加了38.77％；rs671的风险等位基因为A，与正常对照相比，该等位基因在麻风患者中增加了26.26％；rs75680863的风险等位基因为A，与正常对照相比，该等位基因在麻风患者中增加了5.88％。
实验结果表明，rs13259978、rs925368、rs671和rs75680863的多态性或基因型或等位基因频率可用于麻风患者的筛查。
<110> 山东第一医科大学附属皮肤病医院（山东省皮肤病性病防治研究所、山东省皮肤病医院）
<120> 单核苷酸多态性rs671在筛查麻风患者中的应用
<160> 12
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
acgttggatg ggtttattgg aacacctgcc 30
<210> 2
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
acgttggatg tatatcagta tcccaggccc 30
<210> 3
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
gccccaccgg tttgcc 16
<210> 4
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
acgttggatg tctgtgtctt cgtctgatgc 30
<210> 5
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
acgttggatg catcaataac cagcacagcg 30
<210> 6
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
gggtcgttga gagtcaagac aa 22
<210> 7
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
acgttggatg caggtcccac actcacagtt 30
<210> 8
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
acgttggatg agttgggcga gtacgggctg 30
<210> 9
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
cactcacagt tttcacttc 19
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<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
cctggagcac ttgaacccca gcatctatg 29
<210> 11
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
gtggtgacag gcccaaacta gtacc 25
<210> 12
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
cctctacctg cacagcctca 20
Claims (10)
1.检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质在制备筛查麻风患者产品中的应用。
2.检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质在制备检测麻风易感性产品中的应用。
3.检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质在制备检测与麻风相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。
4.检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定与麻风相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。
5.下述任一应用：
B1)人基因组中rs671的多态性或基因型在制备筛查麻风患者产品中的应用；
B2)人基因组中rs671的多态性或基因型在制备检测麻风易感性产品中的应用；
B3)检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质在筛查麻风患者中的应用；
B4)检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质在检测麻风易感性中的应用；
B5)检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质在检测与麻风相关的单核苷酸多态性的中的应用；
B6)检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定与麻风相关的单核苷酸多态性的中的应用；
B7)人基因组中rs671的多态性或基因型在筛查麻风患者中的应用；
B8)人基因组中rs671的多态性或基因型在检测麻风易感性中的应用。
6.含有检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质的产品，为a)-d)中的任一种产品：
a)检测与麻风相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
b)鉴定或辅助鉴定与麻风相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
c)筛查麻风患者产品；
d)检测麻风易感性产品。
7.根据权利要求6所述的产品，其特征在于：所述检测人基因组中rs671的多态性或基因型的物质为扩增包括rs671在内的基因组DNA片段的PCR引物和/或单碱基延伸引物。
8.根据权利要求7所述的产品，其特征在于：所述PCR引物由rs671-F和rs671-R组成；
所述rs671-F是如下a1)至a4)中的任一种单链DNA：
a1)序列表中序列7所示的单链DNA；
a2)在a1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；
a3)与a1)或a2)限定的单链DNA具有85％以上的同一性的单链DNA；
a4)在严格条件下与a1)或a2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；
所述rs671-R是如下b1)至b4)中的任一种单链DNA：
b1)序列表中序列8所示的单链DNA；
b2)在b1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；
b3)与b1)或b2)限定的单链DNA具有85％以上的同一性的单链DNA；
b4)在严格条件下与b1)或b2)限定的单链DNA杂交的单链DNA。
9.根据权利要求7或8所述的产品，其特征在于：所述单碱基延伸引物为如下c1)至c4)中的任一种单链DNA：
c1)序列表中序列9所示的单链DNA；
c2)在c1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；
c3)与c1)或c2)限定的单链DNA具有85％以上的同一性的单链DNA；
c4)在严格条件下与c1)或c2)限定的单链DNA杂交的单链DNA。
10.下述M1)或M2)的方法：
M1)筛查麻风患者的方法，包括：检测待测对象基因组中rs671位点的基因型，如rs671位点的基因型为AA基因型，所述待测对象为或候选为麻风患者；如rs671位点的基因型为AG基因型，所述待测对象为或候选为麻风患者；如rs671位点的基因型为GG基因型，所述待测对象为或候选为非麻风患者；
M2)检测麻风易感性的方法，包括：检测待测对象基因组中rs671位点的基因型，如rs671位点的基因型为AA基因型，所述待测对象易感或候选易感麻风；如rs671位点的基因型为AG基因型，所述待测对象易感或候选易感麻风；如rs671位点的基因型为GG基因型，所述待测对象不易感或候选不易感麻风。
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