CN113336759A - 溴结构域蛋白4小分子抑制剂、其制备方法及应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种溴结构域蛋白4小分子抑制剂、其制备方法及应用。属于化学医药领域,其具有抗肿瘤活性的通式(I)所示的化合物或其药学上可接受的盐,及其制备方法和其作为溴结构域蛋白4小分子抑制剂的应用;本发明提供的溴结构域蛋白4小分子抑制剂结构新颖,其在抗肿瘤细胞增殖中表现出优良的生物活性,并可用于关节炎、自身免疫性疾病或肿瘤等疾病的治疗,具有广阔的开发前景。
Description
技术领域
本发明属于化学医药领域,特别是涉及一种用于溴结构域蛋白4(BRD4) 小分子抑制剂的化合物、其制备方法及应用。
背景技术
表观遗传蛋白已经成为治疗癌症的重要靶标。而溴结构域家族蛋白属于表观 遗传蛋白中的一员,溴结构域家族蛋白有多个成员,目前人类中共发现了61个 不同的溴结构域,分布于46个不同的蛋白中,如HATs,SMARCA,TAF1等, 根据这些蛋白结构或序列相似性可以分为8个家族,其中就包括BET家族。该 家族由4个成员构成,BRD2,BRD3,BRD4以及BRDT。而BRD4是其中研究最 广泛、最深入的溴结构域蛋白。
BRD4由2个串联的N末端溴结构域(BD1和BD2),一个额外的末端结构 域(ET),和C末端基序(CTM)组成。每个溴结构域由保守折叠组成:有4 个不平行的α螺旋(αA,αB,αC andαZ)组成的左旋束以及2个疏水的环结构。 BRD4的BD1结构域(BRD4-BD1)和BD2结构域(BRD4-BD2)在环上的序列 和长度略有不同19,有13个氨基酸不同,其中有的位于乙酰化赖氨酸的结合位 点,这有助于乙酰赖氨酸的特异性结合。
BRD4参与多种致癌机制,如BRD4基因突变,基因融合和过表达。目前已 在众多的癌症中已发现BRD4蛋白与癌症发生、发展密切相关,如睾丸中的核蛋 白(NUT)基因与BRD4基因融合产生的BRD4-NUT基因会导致NUT中线癌。 在前列腺癌中,BRD4过表达增强转录活性和几种关键癌基因的表达从而影响前 列腺癌的进展。癌症基因组中,Myc基因的失调是一种常见的基因变化。在多发 性骨髓瘤细胞中,BRD4抑制剂JQ1可以抑制Myc转录。
目前已经报道许多BRD4小分子抑制剂,其中多个小分子抑制剂进入临床研 究中,并表现出显著的治疗效果。靶向抑制BRD4展示的抗肿瘤活性及安全性, 使得BRD4靶点正成为研发抗肿瘤药物的新途径。
发明内容
针对上述问题,本发明提供了一种用于溴结构域蛋白4(BRD4)小分子抑 制剂的化合物、其制备方法及应用。
本发明的技术方案是:溴结构域蛋白4小分子抑制剂,具有式(Ⅰ)结构特 征的用于溴结构域蛋白4小分子抑制剂的化合物或者其药学上可接受的盐或立 体异构体或其前药分子:
式(Ⅰ)中:
其中:R3和R4分别为H、CH3、CH2CH3、CH(CH3)2、OCH3、NHCH3、OCH2CH3或OCH(CH3)2中的一种或几种;
Y为CH2或NH;
R1为H或水溶环,其中水溶性环如下所示:
R2为芳环上任意位置单取代或双取代,所述的取代基为F、Cl、Br、I、CH3、 OCH3、CF3、OCH2CH3、OCH(CH3)2、环氧乙基的一种或几种;
进一步的,
R3为CH3,
R4为OCH3和NHCH3;
Y为NH;
R1为N-甲基哌嗪-1-基、吗啉-1-基;
R2为芳环上3位或4位F或Cl单取代。
进一步的,溴结构域蛋白4小分子抑制剂中通式Ⅰ的化合物的制备方法。
进一步的,溴结构域蛋白4小分子抑制剂在治疗关节炎、自身免疫性疾病或 肿瘤的药物中的应用。
进一步的,溴结构域蛋白4小分子抑制剂用于BET家族蛋白抑制剂的化合 物或药学上可接受的盐在相关疾病中的应用。
进一步的,一种用于预防和治疗关节炎、自身免疫性疾病或肿瘤的药物组合 物,包括所述的用于溴结构域蛋白4小分子抑制剂的化合物或其药学上可接受的 盐以及药学上可接受的载体或赋形剂。
本发明的有益效果是:本发明涉及具有式(Ⅰ)结构特征的小分子化合物, 该类化合物可以有效抑制溴结构域蛋白4的活性,对BRD4高表达肿瘤细胞系具 有显著的抗增殖活性。
具体实施方式
为了更清楚地说明本发明的技术方案,下面对本发明的技术方案做进一步的 详细说明:
本发明所述的一种溴结构域蛋白4小分子抑制剂,具有式(Ⅰ)结构特征的用 于溴结构域蛋白4小分子抑制剂的化合物或者其药学上可接受的盐或立体异构 体或其前药分子:
式(Ⅰ)中:
其中:R3和R4分别为H、CH3、CH2CH3、CH(CH3)2、OCH3、NHCH3、OCH2CH3或OCH(CH3)2中的一种或几种;
Y为CH2或NH;
R1为H或水溶环,其中水溶性环如下所示:
R2为芳环上任意位置单取代或双取代,所述的取代基为F、Cl、Br、I、CH3、 OCH3、CF3、OCH2CH3、OCH(CH3)2、环氧乙基的一种或几种;
进一步的,
R3为CH3,
R4为OCH3和NHCH3;
Y为NH;
R1为N-甲基哌嗪-1-基、吗啉-1-基;
R2为芳环上3位或4位F或Cl单取代。
进一步的,溴结构域蛋白4小分子抑制剂中通式Ⅰ的化合物的制备方法。
进一步的,溴结构域蛋白4小分子抑制剂在治疗关节炎、自身免疫性疾病或 肿瘤的药物中的应用。
进一步的,溴结构域蛋白4小分子抑制剂用于BET家族蛋白抑制剂的化合 物或药学上可接受的盐在相关疾病中的应用。
进一步的,一种用于预防和治疗关节炎、自身免疫性疾病或肿瘤的药物组合 物,包括所述的用于溴结构域蛋白4小分子抑制剂的化合物或其药学上可接受的 盐以及药学上可接受的载体或赋形剂。
本发明所述化学物中,当任何变量(例如R1、R2等)在任何组分中出现超 过一次,则其每次出现的定义独立于其它每次出现的定义;同样,允许取代基及 变量的组合,只要这种组合使化合物稳定。
本发明包括式(Ⅰ)化合物的游离形式,也包括其药学上可接受的盐及立体 异构体。
本发明式(Ⅰ)化合物的药学上可接受的盐包括通过本发明化合物和无机或 有机酸反应形成的本发明化合物的常规无毒盐。
本发明的化合物可能包含不对称碳原子,尤其是手性碳原子,因此而产生的 立体异构体均被视为本发明的一部分。
除在文献中已知的或在实验程序中例证的标准方法外,可采用如下列方案中 显示的反应制备本发明化合物;因此,下列说明性方案是为说明的目的而不是局 限于所列化合物或任何特定的取代基;方案中显示的取代基数目并不必需符合权 利要求中所用的数目,且为清楚起见,显示单取代基连接到在上文中式(Ⅰ)定 义下允许有多取代基的化合物上。
具体方案:
如方案A中所示式(I)中化合物可以由5-溴-3-甲基-1H-吲唑、5-溴代吡嗪 -2-胺和水溶性环为起始原料通过7步反应合成。
方案A:
服用方式:
根据标准药学技术,本发明化合物可单独或在药用组合物中与药学上可接受 的受体、辅料或稀释剂组合给予哺乳动物,优选人;可口服或皮下、肌注、腹膜 内、静脉、直肠及局部、眼睛、肺部、鼻腔、胃肠外给予化合物。
药物代谢物及前药:
本申请所涉及的化合物及其药学可接受的盐的代谢产物,以及可以在体内转 变为本申请所涉及的化合物及其药学可接受的盐的结构的前药,也包含在本申请 的权利要求中。
以下实施例对本发明做进一步的描述,但该实施例并非用于限制本发明的保 护范围。
实施例1:
N-(4-溴苯基)-2-(3-甲基-1H-吲唑-5-基)-6-吗啉代咪唑并[1,2-a]吡嗪-3- 胺(B-12)的制备:
步骤1:
3-甲基-1H-吲唑-5-甲醛的制备:
在0℃和氮气保护的条件下,将NaH(在矿物油中含量60%,1080.0mg) 加入5-溴-3-甲基-1H-吲唑(2849.3mg,13.5mmol)的THF(160mL)溶液中, 并升温至室温下搅拌20分钟;然后,将反应混合物冷却至-57℃,并逐滴加入 n-BuLi的正己烷溶液(2.5M,7.3mL);将混合物在-57℃温度下搅拌30分钟, 加入DMF(4.2ml,54.0mmol),当白色粘稠溶液变得均匀并且有效搅拌时缓慢 升温至室温;TLC监测(PE/EA:2/1)反应完全后,将反应混合物用1MHCl 水溶液酸化,EA萃取,合并有机相,经HCl水溶液(1M)和食盐水洗涤,无 水硫酸钠干燥,过滤,真空浓缩,柱层析(乙酸乙酯/石油醚=1/5)纯化,得到 白色固体(1152.3mg,收率53.35%)。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ10.07(s,1H),8.32–8.20(m,1H),7.96(dd,J= 8.7,1.5Hz,1H),7.53(d,J=8.7Hz,1H),2.67(s,3H).
步骤2:
N-(4-溴苯基)甲酰胺的制备:
向50mL圆底烧瓶中加入对溴苯胺(10mmol),甲酸(1.5ml,40mmol) 和催化量的甲酸钠(136mg,2mmol),室温下搅拌;通过TLC监测反应,反应 完毕,将20mL的EtOAc加入到反应液中,然后用H2O和NaHCO3的饱和溶液 洗涤有机相,并用无水Na2SO4干燥后,减压除去溶剂,得到含有N-(4-溴苯基) 甲酰胺的粗产物(1069.1mg),无需进一步纯化即可用于下一步。
步骤3:
1-溴-4-异氰基苯的制备:
在氮气保护和-5℃条件下,向N-(4-溴苯基)甲酰胺(250mg,1.25mmol) 和Et3N(1.7ml,12.5mmol)的无水THF(2.5mL)溶液中逐滴加入POCl3(3.13 mmol)的THF(0.3mL)溶液(约35分钟);反应完成后,将反应混合物倒入 0℃的K2CO3饱和溶液中,用甲基叔丁基醚萃取,合并有机相,饱和食盐水洗涤, 无水Na2SO4干燥,并在减压下除去溶剂;粗产物通过碱性氧化铝柱层析,得到 黄绿色液体(170mg,收率74.7%)。
步骤4:
(5-溴吡嗪-2-基)氨基甲酸叔丁酯的制备:
在0℃下,向5-溴代吡嗪-2-胺(5736.8mg,32.97mmol)的CH2Cl2(80mL) 溶液中加入4-DMAP(403.2mg,3.30mmol);然后在0℃下滴加二碳酸二叔丁 酯(11.4ml,3.30mmol)的CH2Cl2溶液;混合物在室温下搅拌;通过TLC监 测反应完成后,溶液用盐水洗涤,经Na2SO4干燥,过滤,并真空浓缩;粗产物 通过硅胶柱色谱法,用乙酸乙酯/石油醚(1/2)纯化,得到白色固体产物(7250.4 mg,收率80.2%)。
步骤5:
(5-吗啉代吡嗪-2-基)氨基甲酸叔丁酯的制备:
将吗啉(3.8mL,43.8mmol)和(5-溴吡嗪-2-基)氨基甲酸叔丁酯(2g, 7.3mmol)的混合物在75℃下反应;TLC监测反应完成后,反应液加入适量水, 用乙酸乙酯萃取,并用盐水洗涤;合并有机层,无水硫酸钠干燥,过滤,浓缩有 机相;粗产物通过硅胶柱色谱法,用乙酸乙酯/石油醚纯化,得到白色固体产物 (851.3mg,收率41.6%)。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.75(s,1H),7.76(s,1H),7.13(s,1H),3.84(t,4H), 3.45(t,4H),1.53(s,9H).
步骤6:
5-吗啉并吡嗪-2-胺的制备:
在氮气保护下,向(5-吗啉代吡嗪-2-基)氨基甲酸叔丁酯(282.0mg,1.0mmol) 的二氯甲烷(5ml)溶液中加入三氟乙酸(2.5mL),并在室温搅拌5h;然后反 应液中加入饱和碳酸氢钠淬灭,二氯甲烷萃取,再用盐水洗涤,无水硫酸钠干燥, 并减压浓缩;通过碱性氧化铝柱色谱法,用乙酸乙酯/石油醚(1/1)纯化粗化合 物,得到黄色固体状产物(115.2mg,收率63.3%)。
步骤7:
N-(4-溴苯基)-2-(3-甲基-1H-吲唑-5-基)-6-吗啉代咪唑并[1,2-a]吡嗪-3- 胺(B-12)的制备:
在氮气保护下,向5-吗啉并吡嗪-2-胺(45mg,0.25mmol)和3-甲基-1H- 吲唑-5-甲醛(40mg,0.25mmol)的无水甲醇(1mL)溶液中加入Sc(OTf)3(24 mg,0.05mmol),并将混合物室温搅拌30分钟;然后,将1-溴-4-异氰基苯(34 mg,0.25mmol)加入反应瓶中,在室温下搅拌过夜;通过TLC(PE/EA=1/2) 监测反应完成后,加入饱和碳酸氢钠溶液淬灭反应;反应混合物用乙酸乙酯萃取, 合并有机相并用盐水洗涤,无水硫酸钠干燥,抽滤并浓缩有机相;通过硅胶薄层 层析(PE/EA或DCM/MeOH)纯化,得到白色固体(37.8mg,收率30.0%)。 mp:294~296℃。
1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ12.74(s,1H),8.91(d,J=1.2Hz,1H),8.52(s, 1H),8.31(s,1H),8.15–8.00(m,1H),7.49(d,J=8.8Hz,1H),7.33(d,J=8.5Hz, 2H),7.26(s,1H),6.54(d,J=8.4Hz,2H),3.77(t,J=4.5Hz,4H),3.27(t,J=4.7Hz, 4H),2.46(s,3H).
HRMS(ESI+)m/z cacld for C24H22BrN7O[M+H]+,504.1142;found, 504.1141.
实施例2:
4-(3-(4-氯苄基)-2-(3-甲基-1H-吲唑-5-基)咪唑并[1,2-a]吡嗪-6-基)吗 啉(B-11)的制备:
将5-吗啉代吡嗪-2-胺(45mg,0.25mmol)和3-甲基-1H-吲唑-5-甲醛(40 mg,0.25mmol)加入乙醇(4ml)中,0℃氮气保护搅拌15分钟;加入对氯苯 炔(51.9mg,0.38mmol)、五水合硫酸铜(10.0mg,0.04mmol)和D-glucose (15.9mg,0.08mmol),并升温至100℃;TLC检测反应完全,加入1M盐酸和 EA进行萃取,合并有机相,用1M盐酸洗涤有机相,合并水相,用1M NaOH 调节pH至碱性8~9,用正丁醇进行萃取,饱和食盐水洗涤有机相,无水硫酸钠干 燥,浓缩,EA:PE=5:1薄层层析得黄色固体(8mg,收率7.0%)。mp:146~147℃。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ12.76(s,1H),8.82(s,1H),7.75(s,1H),7.52(s, 2H),7.39(s,1H),7.35(d,J=3.3Hz,2H),7.13(d,J=8.2Hz,2H),4.44(s,2H),3.73 (d,J=5.2Hz,4H),3.28(s,4H),2.43(s,3H).
HRMS(ESI+)m/z cacld for C25H23ClN6O[M+H]+,459.1695;found,459.1695.
实施例及其结构表征信息总结于表1所示;
合成方法如实施例1;
表1、实施例及其结构表征信息:
实施例43:
体外蛋白结合和抑制试验:
化合物与BRD4结合活性经Bio-Rad CFX96实时PCR(Polymerase chain reaction)系统进行Thermal Shift Assays测定;所有反应均缓冲于10mM HEPES (4-(2-hydroxyerhyl)piperazine-1-erhanesulfonic acid),150mM NaCl,5%甘油中 (pH 7.5);蛋白质和化合物最终浓度为10μM和200μM。将20μl反应混合物 添加到96孔PCR板的孔中;以1:1000的稀释度稀释,添加SYPRO Orange(ABI, Sigma)作为荧光探针,并与化合物在冰上孵育30分钟;总DMSO浓度被限制 在1%及以下;SYPRO Orange染料的激发和发射波长分别设置为465nm和590 nm。通过每次升高0.3℃将温度从30℃升高到75℃,并在每个(0.3℃)间隔读取荧光读数;所有实验重复3次;熔融温度(Tm)使用GraphPad Prism通 过拟合计算将熔融曲线代入Boltzmann方程计算得到;ΔTm是含化合物与不含 化合物的反应计算的Tm的差值。
化合物对BRD4的抑制活性使用来自PerkinElmer(Norwalk,CT)的组氨 酸检测试剂盒,通过基于AlphaScreen技术(PerkinElmer)发光测定;在存在或 不存在所指定含量的对照化合物或候选化合物的情况下,所有反应均包含与镍受 体微珠结合的含溴结构域的蛋白质(5μg/mL)和与链霉亲和素供体微珠结合的 生物素标记的乙酰化组蛋白H4肽(5μg/mL);C末端生物素标记的四乙酰化 组蛋白肽段H4(bH4KAc4)序列是H-YSGRGK(Ac)GGK(Ac)GLGK(Ac) GGAK(Ac)RHRK-生物素-OH(由Genscript合成);按以下蛋白质/肽比例进行实验:BRD4-BD1:bH4KAc4=50nM:50nM。缓冲液为:50mM MOPS(3- (N-morpholino)propanesulfonic acid),50mM NaF,50μM CHAPS (3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonate),0.1mg/mL牛血 清白蛋白,pH 7.4;将所有试剂在缓冲液中稀释,在室温下达到平衡,然后添加 到小体积384孔板中(ProxiPlate-384Plus);将板用箔密封以避光,在室温下孵 育2小时,然后在EnSpire读板器(PerkinElmer)上读取;当被680nm的激光 束激发时,供体束会发射单线态氧,从而激活受体珠粒中的噻吩衍生物,释放出 520-620nm的光子作为结合信号;所有实验均在同一平板上一式三份进行。
化合物对BRD4-BD1蛋白结合和抑制活性结果总结于表2:
表2化合物体外BRD4(1)结合与抑制活性结果
N.D.=Not determined.
Thermal Shift Assays(ΔTm)可以看出,化合物与BRD4-BD1蛋白均有一定 的结合作用,其中21个化合物的ΔTm>5℃,显示与BRD4-BD1具有强的结合 作用;Alphascreen试验表明大多数化合物在10μM浓度下显示出对BRD4-BD1 蛋白较强的抑制活性(抑制率大于80%);其中,化合物B-3、B-6、B-9、B-12、 B-13、B-18、B-24、B-25、B-35、B-36、B-39和B-42在微摩尔水平显示出对BRD4-BD1蛋白显著的抑制活性。
实施例44:
化合物体外抗肿瘤细胞增殖试验:
在37℃和5%CO2的氛围下,在含10%FBS的RPMI-1640培养基(Roswell parkmemorial institute 1640,RPMI 1640)中培养22Rv1和MV4-11细胞;将细 胞以500-1000个细胞每孔(生长的最佳密度)接种在384孔板中,培养基总体 积为20μL。12小时后,将10μL化合物和2倍或3倍连续稀释液添加到每个孔 中,最终浓度从5nM至100μM。接种96小时后进行测量;加入25μL的 CellTiter-GLO试剂(Promega),使用GLOMAX微孔板光度计(Promega)测量 光线;体外最大半数抑制浓度(IC50)值使用GraphPad Prism 6软件计算。
表3、化合物体外抗肿瘤细胞增殖活性结果
N.D.=Not determined.
以上是所合成的化合物对肿瘤细胞抗增殖活性数据;结果表明,在10μM浓 度下,一些化合物(B-6、B-9、B-13、B-36)对MV4-11白血病细胞表现出显著 的抗增殖活性(>80%),化合物B-6、B-9、B-13、B-36、B-39和B-40对MV4-11 细胞抗增殖IC50值在2~5μM之间;然而B系列化合物对22RV1前列腺癌细胞 不敏感,活性最好的化合物B-6在10μM浓度下对22RV1细胞抗增殖抑制率为 13.84%,IC50值为15.79μM;综上,化合物B-6有效抑制BRD4,具有最优的 体外生物活性。
最后,应当理解的是,本发明中所述实施例仅用以说明本发明实施例的原则; 其他的变形也可能属于本发明的范围;因此,作为示例而非限制,本发明实施例 的替代配置可视为与本发明的教导一致;相应地,本发明的实施例不限于本发明 明确介绍和描述的实施例。
Claims (5)
3.如权利要求1所述的溴结构域蛋白4小分子抑制剂中通式Ⅰ的化合物的制备方法。
4.权利要求1~2中任一项所述的溴结构域蛋白4小分子抑制剂在治疗关节炎、自身免疫性疾病或肿瘤的药物中的应用。
5.一种用于预防和治疗关节炎、自身免疫性疾病或肿瘤的药物组合物,其特征在于,包括权利要求1-2任一项所述的用于溴结构域蛋白4小分子抑制剂的化合物或其药学上可接受的盐以及药学上可接受的载体或赋形剂。
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2020
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