CN113265470A - 一种与中国花鲈抗逆性相关的snp位点及其应用 - Google Patents
一种与中国花鲈抗逆性相关的snp位点及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN113265470A CN113265470A CN202110502682.6A CN202110502682A CN113265470A CN 113265470 A CN113265470 A CN 113265470A CN 202110502682 A CN202110502682 A CN 202110502682A CN 113265470 A CN113265470 A CN 113265470A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- chinese
- snp
- lateolabrax japonicus
- lateolabrax
- individual
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 241000269795 Lateolabrax japonicus Species 0.000 title claims abstract description 37
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 title claims abstract description 10
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 title claims abstract description 10
- 230000002411 adverse Effects 0.000 title claims abstract description 6
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 12
- 241000269794 Lateolabrax Species 0.000 claims abstract description 7
- 238000009395 breeding Methods 0.000 claims abstract description 7
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 claims abstract description 7
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 7
- 230000036039 immunity Effects 0.000 claims abstract description 7
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 3
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 12
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 6
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims description 6
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 5
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 3
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 2
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000012214 genetic breeding Methods 0.000 abstract description 5
- 208000035240 Disease Resistance Diseases 0.000 abstract description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 abstract description 2
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 7
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000012154 double-distilled water Substances 0.000 description 5
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 5
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 5
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 5
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 5
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 4
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 4
- 230000034994 death Effects 0.000 description 4
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 4
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 4
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 4
- 239000000047 product Substances 0.000 description 4
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 4
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 3
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 3
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- SQGYOTSLMSWVJD-UHFFFAOYSA-N silver(1+) nitrate Chemical compound [Ag+].[O-]N(=O)=O SQGYOTSLMSWVJD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L Sodium Carbonate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]C([O-])=O CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 210000005228 liver tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 2
- 229910052573 porcelain Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000012257 pre-denaturation Methods 0.000 description 2
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 2
- 239000013535 sea water Substances 0.000 description 2
- 239000012192 staining solution Substances 0.000 description 2
- QENJLXATANVWMR-UHFFFAOYSA-N 2-[(3-amino-3-imino-2-methylpropanethioyl)amino]acetic acid Chemical compound NC(=N)C(C)C(=S)NCC(O)=O QENJLXATANVWMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000607471 Edwardsiella tarda Species 0.000 description 1
- 241000620209 Escherichia coli DH5[alpha] Species 0.000 description 1
- 101000829171 Hypocrea virens (strain Gv29-8 / FGSC 10586) Effector TSP1 Proteins 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 101100476480 Mus musculus S100a8 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000269799 Perca fluviatilis Species 0.000 description 1
- 241000276618 Perciformes Species 0.000 description 1
- -1 Polypropylene Polymers 0.000 description 1
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 238000007605 air drying Methods 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 238000009404 close breeding Methods 0.000 description 1
- 238000010219 correlation analysis Methods 0.000 description 1
- 230000007850 degeneration Effects 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000003203 everyday effect Effects 0.000 description 1
- 239000013505 freshwater Substances 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 1
- 239000007928 intraperitoneal injection Substances 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 239000012160 loading buffer Substances 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 1
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 description 1
- 229910000029 sodium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000017550 sodium carbonate Nutrition 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供一种与中国花鲈抗逆性相关的SNP位点，所述的位点位于序列为SEQ ID NO：1的核苷酸片段的第264位，其碱基为G或C；编码蛋白由Lys替换为Asn。本发明提供的SNP位点用于选育具有更好抗逆性的中国花鲈个体。本发明通过分析不同抗病性能的中国花鲈的基因，发现中国花鲈的CD4‑1基因上存在与抗逆性相关的SNP位点，基因型为264CC的纯合型个体具有更好的免疫性能。因此，生产中可选择该基因型个体作为亲本进行遗传育种。
Description
技术领域
本发明属于鱼类遗传育种技术领域，具体涉及一种与中国花鲈抗逆性相关的SNP位点及其应用。
背景技术
花鲈(Lateolabrax maculatus)，属于鲈形目，鮨科，花鲈属，分布于我国、日本和朝鲜半岛近海及河口地带，海水中繁殖，各类型水域均可生长，花鲈是我国重要的海产经济鱼类，在海水、半咸水、淡水或河口地区均可存活与生长。
我国花鲈养殖区域较广，主要集中在广东、山东、福建、浙江、广西等省区的沿海地区。而且内陆养殖水域对花鲈苗种需求也在增加。但目前我国花鲈产业正面临着空前挑战，主要表现在种质退化，缺乏优良花鲈品种，北方地区仍然以捞取野生鱼苗作为苗种，导致野生花鲈资源遭到破坏，人工培育苗种成活率极低；没有进行定向选育，尚未建立科学育种技术，长期近亲繁殖导致生长和抗病性能下降。因此，选育出抗逆能力强、肌肉品质好的花鲈优良品种就成为鲈鱼养殖中面临的关键问题之一。
发明内容
本发明的目的是提供一种与中国花鲈抗逆性相关的SNP位点，并用于选育具有更好疾病抗逆性的中国花鲈亲本，从而为花鲈的健康养殖提供有效的遗传育种分子标记。
本发明所提供的与中国花鲈抗逆性相关的SNP位点，所述的位点位于序列为SEQID NO：1的核苷酸片段的第264位，其碱基为G或C；编码蛋白由Lys(K)替换为Asn(N)；
本发明提供的SNP位点用于选育具有更好抗逆性的中国花鲈个体。
所述的抗逆性，是指免疫性能；
本发明另一个方面提供一种筛选具有更好抗逆性的中国花鲈个体的方法，是通过检测上述的SNP位点来实现的；
所述的方法，是通过PCR扩增测序的方法来检测待筛选的中国花鲈个体，其中基因型为264CC的纯合型个体具有更好的免疫性能；
所述的PCR扩增引物的序列信息如下：
上游引物:5′-acagttacccttaagcctccagtgggta-3′(SEQ ID NO：2)，
下游引物:5′-ggagaggtccacaacagtaacaga-3′(SEQ ID NO:3)。
本发明通过分析不同抗病性能的中国花鲈的基因，发现中国花鲈的 CD4-1基因上存在与抗逆性相关的SNP位点，基因型为264CC的纯合型个体具有更好的免疫性能。因此，生产中可选择该基因型个体作为亲本进行遗传育种。
具体实施方式
单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)是指基因组DNA 上由单个核苷酸突变所引起的DNA序列多态性，通过确定SNP及基因型分型进行选种。
本发明通过分析不同抗病性能的中国花鲈的基因，发现中国花鲈的 CD4-1基因上存在与抗逆性相关的SNP位点，基因型为264CC的纯合型个体具有更好的免疫性能。
下面通过实施例对本发明做进一步说明。
实施例1：筛选SNP位点
1、花鲈鱼总RNA的提取：
按照Trizol方法从花鲈鱼的肝脏中提取总RNA。
1)组织：取5mg肝脏组织置1.5ml离心管中，加入1ml Trizol充分匀浆，室温静置5min；
2)加入0.2ml氯仿，振荡15s，静置2min；然后再4℃离心，12000g× 15min，取上清；
3)上清液中加入0.5ml异丙醇，将管中液体轻轻混匀，室温静置10min；然后4℃离心，12000g×10min，弃上清。
4)沉淀中加入1ml 75％乙醇，轻轻洗涤沉淀。4℃，7500g×5min，弃上清，晾干后加入适量的DEPC H2O溶解。
2、合成cDNA：
以2μg总RNA为模板，分别加入1μl 20μM的Oligo d(T)18，RNase 处理过的H2O补足至13μl，混匀离心。70℃保温10min，立即置于冰上，以打开RNA二级结构。依次加入：5μl 5×M-MLV Buffer，5μl dNTPs(2.5mM)，1μl RNasin(40U/μl)，1μl M-MLV(200U/μl)；混匀离心后，42℃，90min。94℃，5min，以灭活反转录酶。分装后-20℃保存。
3、根据中国花鲈CD4-1基因的序列，利用引物设计软件Primer 5.0在其 DNA序列上设计引物对进行扩增，其引物序列信息如下：
上游引物:5′-Acagttacccttaagcctccagtgggta-3′，
下游引物:5′-ggagaggtccacaacagtaacaga-3′。
4、目的基因PCR扩增:
反应体系为25μl：10×buffer 2.5μl，dNTP 2μl，上游引物1μl，下游引物 1μl，cDNA 1μl，Taq酶0.2μl，双蒸水补足至25μl。PCR程序为：94℃预变性5min，94℃变性30s，52℃退火30s，72℃延伸30s，30个循环，最后72℃延伸7min。得到的PCR扩增产物回收后克隆。
5、目的片段的克隆。PCR产物使用切胶回收后与pMD19T-Vector载体连接，转化至感受态大肠杆菌DH5α中，通过蓝白斑筛选法挑选阳性克隆，接种于涂有ITPG和X-Ga的LB固体培养基上。从LB平板上选取白色单菌落接种于5ml Amp抗性的LB液体培养基中，37℃200rpm振荡培养14小时。将菌液吸取1ul作为模板进行菌液PCR鉴定，鉴定完成后，提取质粒并送大连宝生物工程有限公司进行Sanger测序，获得的目的片段的序列如下：
Acagttacccttaagcctccagtgggtacgaatttacaaagacagtatttgtactggttcttcagtgaccttcaa gttgcctggagaaattcctttggcggaaaggggttccataaagatgaaccctggactaatagattgtcctggcttgacg actcactggtcatcaagaacatccaacaagaacactttgggaccttttcctgtaaactaaaatctaaaactttaatcacat ttaaagtactcaaactcaatgtgactaagagcccaagctctcttctgctgcctggggaaattctgtctctggactgcagc gtggaggctcctcagggtcacaggaagccagggatatactggctggatccccagggaaagaaaattgccaataatg aaggaccattcaaagtgacagccaaaggccaacacaatggccagtggacttgtgttgtgcgaaatgatagaacaga acacaaagccacagtctctgttactgttgtggacctctcc(SEQ ID NO：1)。
为确定序列为SEQ ID NO：1的中国花鲈CD4-1基因片段与生长性状关联的SNP位点，进行PCR-SSCP法检测，包括如下步骤：
1)中国花鲈样品的获取：所采用的实验样品鱼，其中30条为感染迟缓爱德华氏菌病的病死鱼，30条为未发病或存活鱼。
2)按照实施例1中的方法提取待检测的鱼的肝脏组织的总RNA，合成 cDNA备用；
3)PCR反应及测序：反应体系为25μl：10×buffer 2.5μl，dNTP 2μl，上游引物1μl，下游引物1μl，cDNA 1μl，Taq酶0.2μl，双蒸水补足至25μl。 PCR程序为：94℃预变性5min，94℃变性30s，52℃退火30s，72℃延伸30s， 30个循环，最后72℃延伸7min。得到的PCR扩增产物在1.5％琼脂糖凝胶下电泳检测。
d)SSCP聚丙烯凝胶电泳：使用10％非变性聚丙烯酰胺凝胶进行电泳，在电泳槽上端加1×TBE，110V电压下预电泳10分钟。扩增产物与上样缓冲液按体积比1：5混匀后加入点样孔内；在1×TBE，120V恒压电泳条件下电泳 10个小时。
电泳结束后將凝胶放入加有10％乙醇溶液的容器中，在摇床上缓缓摇动 10min。倒掉瓷盘中的固定液，用双蒸水洗2次。倒掉瓷盘中的水，加入染色液(0.1％AgNO3溶液)，在摇床上缓缓摇动染色20min。倒掉瓷盘中的染色液，用双蒸水洗3次。加入显色液(2gNaOH,0.1gNa2CO3,加双蒸水到250ml, 在加入800μl甲醛)，振荡显色，带型显现至带型清晰时，将胶用清水冲洗干净，放置在成像仪上扫描。
利用SPSS13.0软件对扩增的中国花鲈片段上的SNP位点的基因型与中国花鲈免疫性能的表型值分别进行最小二乘的统计分析关联分析，计算SNP 位点基因型与免疫性能的关联性，结果如表1所示。
表1：中国花鲈核苷酸SEQ ID NO：1序列的SNP-SSCP多态性与生长性状的最小二乘分析(均值±标准差)
由表1可知，基因型为264CC的纯合型个体表现出了更好的免疫性能。
实施例2：基因型为264CC的纯合型个体进行感染实验
选用筛选出的基因型为264CC的中国花鲈个体进行迟缓爱德华氏菌注射感染实验，每尾腹腔注射浓度为4.0×106CFU/mL的菌液50μL；每天定时观察并记录各实验组鱼体死亡数量，计算不同基因型个体的发病致死率。
结果表明，基因型为264GG的个体在注射感染个体相比于另外两种基因型的个体具有更高的发病率(表2)。
表2：三种基因型中国花鲈的注射感染发病率
| 基因型 | 发病数目 | 发病率 | 致死数目 | 致死量率 |
| CC | 2/18 | 11％ | 0 | 0％ |
| CG | 9/30 | 30％ | 3 | 10％ |
| GG | 23/30 | 77％ | 19 | 63％ |
注：表示存活、死亡数/感染总数，
上述结果表明通过本发明SNP位点所筛选获得的中国花鲈对于微生物致病菌具有更好的免疫保护性能，所筛选出的基因型为264CC的纯合型个体能够用于遗传育种。
序列表
<110> 湖州师范学院
<120> 一种与中国花鲈抗逆性相关的SNP位点及其应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 507
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
acagttaccc ttaagcctcc agtgggtacg aatttacaaa gacagtattt gtactggttc 60
ttcagtgacc ttcaagttgc ctggagaaat tcctttggcg gaaaggggtt ccataaagat 120
gaaccctgga ctaatagatt gtcctggctt gacgactcac tggtcatcaa gaacatccaa 180
caagaacact ttgggacctt ttcctgtaaa ctaaaatcta aaactttaat cacatttaaa 240
gtactcaaac tcaatgtgac taagagccca agctctcttc tgctgcctgg ggaaattctg 300
tctctggact gcagcgtgga ggctcctcag ggtcacagga agccagggat atactggctg 360
gatccccagg gaaagaaaat tgccaataat gaaggaccat tcaaagtgac agccaaaggc 420
caacacaatg gccagtggac ttgtgttgtg cgaaatgata gaacagaaca caaagccaca 480
gtctctgtta ctgttgtgga cctctcc 507
<210> 2
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
acagttaccc ttaagcctcc agtgggta 28
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ggagaggtcc acaacagtaa caga 24
Claims (7)
1.一种与中国花鲈抗逆性相关的SNP位点，其特征在于，所述的SNP位点位于序列为SEQID NO：1的核苷酸片段的第264位，其碱基为G或C；编码蛋白由Lys替换为Asn。
2.权利要求1所述的SNP位点在选育抗逆性中国花鲈个体中的应用。
3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述的抗逆性为免疫性能。
4.一种筛选具有更好抗逆性的中国花鲈个体的方法，其特征在于，所述的方法是通过检测权利要求1所述的SNP位点来筛选具有更好免疫性的个体。
5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述的的个体是基因型为264CC的纯合型个体。
6.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述的检测权利要求1所述的SNP位点，是通过PCR扩增待检测个体，扩增产物进行测序来鉴定。
7.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述的PCR扩增引物，其上游引物的序列为SEQ ID NO：2，下游引物的序列为SEQ ID NO：3。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202110502682.6A CN113265470B (zh) | 2021-05-09 | 2021-05-09 | 一种与中国花鲈抗逆性相关的snp位点及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202110502682.6A CN113265470B (zh) | 2021-05-09 | 2021-05-09 | 一种与中国花鲈抗逆性相关的snp位点及其应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN113265470A true CN113265470A (zh) | 2021-08-17 |
| CN113265470B CN113265470B (zh) | 2022-03-15 |
Family
ID=77230178
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202110502682.6A Expired - Fee Related CN113265470B (zh) | 2021-05-09 | 2021-05-09 | 一种与中国花鲈抗逆性相关的snp位点及其应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN113265470B (zh) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113683677A (zh) * | 2021-08-27 | 2021-11-23 | 中国海洋大学 | 中国花鲈t细胞表面标志分子cd4-1的特异性抗体制备及应用 |
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20050026156A1 (en) * | 2002-08-16 | 2005-02-03 | Oystein Lie | Verification of food origin based on nucleic acid pattern recognition |
| CN101892319A (zh) * | 2010-08-09 | 2010-11-24 | 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所 | 德国镜鲤抗逆基因标记及其核心选育群体构建方法 |
| CN106256904A (zh) * | 2016-08-22 | 2016-12-28 | 华中农业大学 | 一种草鱼出血病免疫性状相关的遗传标记 |
| CN110819720A (zh) * | 2019-09-20 | 2020-02-21 | 厦门大学 | 一种快速鉴定南北方花鲈群体的InDel分子标记方法 |
| CN112266967A (zh) * | 2020-11-09 | 2021-01-26 | 湖州师范学院 | 一种鲈鱼免疫相关snp位点及其在选育中应用 |
-
2021
- 2021-05-09 CN CN202110502682.6A patent/CN113265470B/zh not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20050026156A1 (en) * | 2002-08-16 | 2005-02-03 | Oystein Lie | Verification of food origin based on nucleic acid pattern recognition |
| CN101892319A (zh) * | 2010-08-09 | 2010-11-24 | 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所 | 德国镜鲤抗逆基因标记及其核心选育群体构建方法 |
| CN106256904A (zh) * | 2016-08-22 | 2016-12-28 | 华中农业大学 | 一种草鱼出血病免疫性状相关的遗传标记 |
| CN110819720A (zh) * | 2019-09-20 | 2020-02-21 | 厦门大学 | 一种快速鉴定南北方花鲈群体的InDel分子标记方法 |
| CN112266967A (zh) * | 2020-11-09 | 2021-01-26 | 湖州师范学院 | 一种鲈鱼免疫相关snp位点及其在选育中应用 |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| YUNFENG ZHAO等: "Population Genomics Reveals Genetic Divergence and Adaptive Differentiation of Chinese Sea Bass (Lateolabrax maculatus)", 《MARINE BIOTECHNOLOGY》 * |
| 周志峰: "梭鲈的抗逆性研究和养殖风险评估", 《中国优秀博硕士学位论文全文数据库(硕士) 农业科技辑》 * |
| 雷宁等: "不同生长环境下花䱻的形态特征比较", 《安徽农业科学》 * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113683677A (zh) * | 2021-08-27 | 2021-11-23 | 中国海洋大学 | 中国花鲈t细胞表面标志分子cd4-1的特异性抗体制备及应用 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN113265470B (zh) | 2022-03-15 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN109554486B (zh) | 与草鱼性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN116497129B (zh) | 一种与刺参生长性状相关的基因分子标记及其应用 | |
| CN106520939B (zh) | 一种鲷鱼种质鉴定的方法及其应用 | |
| CN113265470B (zh) | 一种与中国花鲈抗逆性相关的snp位点及其应用 | |
| Horbańczuk et al. | A search for sequence similarity between chicken (Gallus domesticus) and ostrich (Struthio camelus) microsatellite markers | |
| CN108950017A (zh) | 一种中国南方海区砗磲科物种线粒体16S rRNA基因通用扩增引物及其筛选方法 | |
| Al-Abedy et al. | Molecular Identification of Tomato Yellow leaf curl virus and its whitefly vector (Bemisia tabaci) | |
| Ma et al. | Genetic analysis of gynogenetic and common populations of Verasper moseri using SSR markers | |
| CN104450697A (zh) | 一种与牡蛎抗病毒特性相关的snp标记及其应用 | |
| CN109468391B (zh) | 应用于青鱼亲缘关系鉴定的双重pcr方法 | |
| CN105671084B (zh) | 一种基于基因组编辑的海水鲆鲽鱼类种质构建方法及应用 | |
| CN114891900B (zh) | 一种棕点石斑鱼微卫星标记及其引物 | |
| Wang et al. | Population structure of the blood clam (Tegillarca granosa) in China based on microsatellite markers | |
| CN106957921B (zh) | 一种适合食人工配合饲料大口黑鲈klotho基因的SNP位点及其在育种中的应用 | |
| Su et al. | DNA microsatellite analysis of genetic diversity among Chinese indigenous laying-type ducks (Anas platyrhynchos) | |
| CN106554996B (zh) | 一种团头鲂转铁蛋白受体基因snp分子标记及其应用 | |
| CN111378765B (zh) | 速生草鱼个体的snp标记及其应用 | |
| Tanaka et al. | Comparative genetic characterization of ark shell Scapharca broughtonii in Northeast Asia | |
| Gu et al. | Microsatellite marker analysis reveals the distinction between the north and south groups of hard clam (Meretrix meretrix) in China | |
| CN113215279A (zh) | 一种鉴别皱纹盘鲍性别的分子标记及其引物 | |
| CN111793698A (zh) | 一种红鳍东方鲀大规格苗种快速生长相关的snp位点及其应用 | |
| CN113684284A (zh) | 一种鉴定鳅科鱼类的引物、试剂盒以及方法 | |
| CN112322756A (zh) | 一种与红鳍东方鲀生长性状相连锁的snp位点 | |
| Li et al. | Polymorphic microsatellite differences among four cultured populations of two selected tilapia strains | |
| CN111748639A (zh) | 一种鉴别皱纹盘鲍性别的分子标记及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| CF01 | Termination of patent right due to non-payment of annual fee | ||
| CF01 | Termination of patent right due to non-payment of annual fee |
Granted publication date: 20220315 |